MicrobesOnline Operon Predictions for Arcobacter butzleri RM4018

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3540814 3540815 Abu_0001 Abu_0002 dnaA dnaN TRUE 0.863 158.000 0.328 1.000 Y NA
 3540815 3540816 Abu_0002 Abu_0003 dnaN gyrB TRUE 0.955 22.000 0.114 1.000 Y NA
 3540818 3540819 Abu_0005 Abu_0006 queF   TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3540819 3540820 Abu_0006 Abu_0007     FALSE 0.094 209.000 0.000 NA   NA
 3540821 3540822 Abu_0008 Abu_0009   modD TRUE 0.880 2.000 0.000 1.000   NA
 3540822 3540823 Abu_0009 Abu_0010 modD modB TRUE 0.990 -13.000 0.286 1.000 N NA
 3540823 3540824 Abu_0010 Abu_0011 modB   TRUE 0.949 -7.000 0.011 1.000   NA
 3540824 3540825 Abu_0011 Abu_0012   modA TRUE 0.951 -3.000 0.010 1.000   NA
 3540825 3540826 Abu_0012 Abu_0013 modA modE TRUE 0.979 10.000 0.010 0.002   NA
 3540829 3540830 Abu_0016 Abu_0017     FALSE 0.098 83.000 0.000 1.000   NA
 3540832 3540833 Abu_0019 Abu_0020 purB nrdA TRUE 0.960 11.000 0.012 1.000 Y NA
 3540833 3540834 Abu_0020 Abu_0021 nrdA nrdB TRUE 0.896 130.000 0.057 0.001 Y NA
 3540834 3540835 Abu_0021 Abu_0022 nrdB   FALSE 0.086 158.000 0.000 NA   NA
 3540835 3540836 Abu_0022 Abu_0023     FALSE 0.086 58.000 0.000 NA   NA
 3540836 3540837 Abu_0023 Abu_0024     FALSE 0.447 17.000 0.000 NA   NA
 3540837 3540838 Abu_0024 Abu_0025     FALSE 0.078 62.000 0.000 NA   NA
 3540838 3540839 Abu_0025 Abu_0026     TRUE 0.871 4.000 0.000 1.000   NA
 3540842 3540843 Abu_0029 Abu_0030 gpsA gatB TRUE 0.964 2.000 0.011 1.000 N NA
 3540843 3540844 Abu_0030 Abu_0031 gatB   TRUE 0.780 10.000 0.000 1.000   NA
 3540844 3540845 Abu_0031 Abu_0032     FALSE 0.100 77.000 0.000 1.000   NA
 3540845 3540846 Abu_0032 Abu_0033   lctP FALSE 0.260 119.000 0.000 1.000 Y NA
 3540846 3540847 Abu_0033 Abu_0034 lctP   FALSE 0.092 91.000 0.000 1.000 N NA
 3540847 3540848 Abu_0034 Abu_0035     TRUE 0.981 2.000 0.000 0.077 Y NA
 3540848 3540849 Abu_0035 Abu_0036     FALSE 0.337 25.000 0.000 1.000   NA
 3540849 3540850 Abu_0036 Abu_0037     TRUE 0.998 -7.000 0.508 0.002   NA
 3540850 3540851 Abu_0037 Abu_0038     TRUE 0.996 -3.000 0.508 NA Y NA
 3540851 3540852 Abu_0038 Abu_0039     FALSE 0.069 93.000 0.000 NA N NA
 3540853 3540854 Abu_0040 Abu_0041 accB accC1 TRUE 0.996 10.000 0.071 0.003 Y NA
 3540854 3540855 Abu_0041 Abu_0042 accC1   FALSE 0.119 222.000 0.000 1.000 N NA
 3540855 3540856 Abu_0042 Abu_0043     FALSE 0.123 208.000 0.000 1.000   NA
 3540856 3540857 Abu_0043 Abu_0044     FALSE 0.128 241.000 0.000 1.000   NA
 3540857 3540858 Abu_0044 Abu_0045   asnB1 TRUE 0.857 5.000 0.000 1.000   NA
 3540859 3540860 Abu_0046 Abu_0047     FALSE 0.101 297.000 0.000 NA   NA
 3540860 3540861 Abu_0047 Abu_0048     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3540861 3540862 Abu_0048 Abu_0049     TRUE 0.774 -30.000 0.000 NA   NA
 3540862 3540863 Abu_0049 Abu_0050   rluB TRUE 0.937 -16.000 0.006 1.000 N NA
 3540863 3540864 Abu_0050 Abu_0051 rluB   TRUE 0.989 -3.000 0.167 1.000 N NA
 3540864 3540865 Abu_0051 Abu_0052     TRUE 0.972 13.000 0.222 1.000   NA
 3540865 3540866 Abu_0052 Abu_0053   ksgA TRUE 0.968 -16.000 0.028 1.000   NA
 3540867 3540868 Abu_0054 Abu_0055 hisF1   TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3540868 3540869 Abu_0055 Abu_0056     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3540869 3540870 Abu_0056 Abu_0057     TRUE 0.898 11.000 0.000 0.045   NA
 3540870 3540871 Abu_0057 Abu_0058   gltX1 FALSE 0.098 89.000 0.000 1.000   NA
 3540871 3540872 Abu_0058 Abu_0059 gltX1 rbpA FALSE 0.356 24.000 0.000 1.000   NA
 3540872 3540873 Abu_0059 Abu_0060 rbpA   FALSE 0.102 110.000 0.000 1.000   NA
 3540873 3540874 Abu_0060 Abu_0061     TRUE 0.994 -25.000 0.154 1.000 Y NA
 3540874 3540875 Abu_0061 Abu_0062     FALSE 0.076 64.000 0.000 NA   NA
 3540875 3540876 Abu_0062 Abu_0063     TRUE 0.993 0.000 0.625 NA   NA
 3540876 3540877 Abu_0063 Abu_0064   czcB TRUE 0.992 -3.000 0.312 1.000   NA
 3540877 3540878 Abu_0064 Abu_0065 czcB czcA TRUE 0.987 7.000 0.105 1.000 N NA
 3540878 3540879 Abu_0065 Abu_0066 czcA   FALSE 0.112 49.000 0.000 NA   NA
 3540881 3540882 Abu_0068 Abu_0069     FALSE 0.074 67.000 0.000 NA   NA
 3540884 3540885 Abu_0071 Abu_0072 thrS infC TRUE 0.992 -3.000 0.060 1.000 Y NA
 3540885 3540886 Abu_0072 Abu_0073 infC rpmI TRUE 0.886 139.000 0.652 1.000 Y NA
 3540886 3540887 Abu_0073 Abu_0074 rpmI rplT TRUE 0.952 99.000 0.928 0.025 Y NA
 3540888 3540889 Abu_0075 Abu_0076     TRUE 0.776 -16.000 0.000 NA   NA
 3540889 3540890 Abu_0076 Abu_0077     TRUE 0.974 10.000 0.071 NA   NA
 3540890 3540891 Abu_0077 Abu_0078   mobA FALSE 0.074 81.000 0.000 NA   NA
 3540891 3540892 Abu_0078 Abu_0079 mobA leuC TRUE 0.946 0.000 0.007 1.000 N NA
 3540892 3540893 Abu_0079 Abu_0080 leuC lspA FALSE 0.092 69.000 0.000 1.000 N NA
 3540893 3540894 Abu_0080 Abu_0081 lspA glmM TRUE 0.978 -3.000 0.042 1.000 N NA
 3540895 3540896 Abu_0082 Abu_0083 rpsT prfA TRUE 0.990 4.000 0.029 1.000 Y NA
 3540896 3540897 Abu_0083 Abu_0084 prfA   FALSE 0.347 21.000 0.000 NA   NA
 3540897 3540898 Abu_0084 Abu_0085   pstS FALSE 0.075 76.000 0.000 NA   NA
 3540898 3540899 Abu_0085 Abu_0086 pstS   FALSE 0.068 70.000 0.000 NA N NA
 3540899 3540900 Abu_0086 Abu_0087   pstC FALSE 0.241 32.000 0.000 1.000 N NA
 3540900 3540901 Abu_0087 Abu_0088 pstC pstA TRUE 0.999 -3.000 0.485 0.003 Y NA
 3540901 3540902 Abu_0088 Abu_0089 pstA pstB TRUE 0.995 16.000 0.402 0.003 Y NA
 3540902 3540903 Abu_0089 Abu_0090 pstB   TRUE 0.932 0.000 0.000 NA Y NA
 3540903 3540904 Abu_0090 Abu_0091     FALSE 0.288 24.000 0.000 NA   NA
 3540904 3540905 Abu_0091 Abu_0092     TRUE 0.778 -10.000 0.000 NA   NA
 3540905 3540906 Abu_0092 Abu_0093     TRUE 0.995 -6.000 0.231 1.000 Y NA
 3540906 3540907 Abu_0093 Abu_0094   rplM FALSE 0.094 76.000 0.000 1.000 N NA
 3540907 3540908 Abu_0094 Abu_0095 rplM rpsI TRUE 0.998 6.000 0.231 0.025 Y NA
 3540908 3540909 Abu_0095 Abu_0096 rpsI appA FALSE 0.339 53.000 0.008 1.000 N NA
 3540909 3540910 Abu_0096 Abu_0097 appA   TRUE 0.974 10.000 0.058 1.000   NA
 3540910 3540911 Abu_0097 Abu_0098     FALSE 0.133 314.000 0.000 1.000   NA
 3540911 3540912 Abu_0098 Abu_0099     TRUE 0.878 37.000 0.690 NA   NA
 3540912 3540913 Abu_0099 Abu_0100     TRUE 0.994 -3.000 0.844 NA   NA
 3540913 3540914 Abu_0100 Abu_0101     FALSE 0.235 28.000 0.000 NA   NA
 3540914 3540915 Abu_0101 Abu_0102     TRUE 0.936 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 3540915 3540916 Abu_0102 Abu_0103   cynT1 FALSE 0.154 44.000 0.000 1.000 N NA
 3540916 3540917 Abu_0103 Abu_0104 cynT1   TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3540918 3540919 Abu_0105 Abu_0106     TRUE 0.986 -3.000 0.120 NA   NA
 3540919 3540920 Abu_0106 Abu_0107   iamA TRUE 0.997 0.000 0.912 NA Y NA
 3540920 3540921 Abu_0107 Abu_0108 iamA iamB TRUE 0.998 1.000 0.912 NA Y NA
 3540921 3540922 Abu_0108 Abu_0109 iamB   FALSE 0.075 79.000 0.000 NA   NA
 3540922 3540923 Abu_0109 Abu_0110     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3540924 3540925 Abu_0111 Abu_0112 luxS   TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3540925 3540926 Abu_0112 Abu_0113     TRUE 0.923 -18.000 0.004 NA   NA
 3540926 3540927 Abu_0113 Abu_0114   dacA FALSE 0.194 39.000 0.000 1.000   NA
 3540931 3540932 Abu_0118 Abu_0119 ilvE   TRUE 0.692 45.000 0.098 NA N NA
 3540932 3540933 Abu_0119 Abu_0120     FALSE 0.136 41.000 0.000 NA   NA
 3540933 3540934 Abu_0120 Abu_0121   hisI TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3540934 3540935 Abu_0121 Abu_0122 hisI   FALSE 0.074 93.000 0.000 NA   NA
 3540936 3540937 Abu_0123 Abu_0124 mrp thiC FALSE 0.354 67.000 0.021 1.000 N NA
 3540938 3540939 Abu_0125 Abu_0126   ispDF FALSE 0.140 39.000 0.000 NA N NA
 3540939 3540940 Abu_0126 Abu_0127 ispDF   TRUE 0.966 -15.000 0.027 1.000 N NA
 3540940 3540941 Abu_0127 Abu_0128   pgpA TRUE 0.898 11.000 0.008 1.000 N NA
 3540941 3540942 Abu_0128 Abu_0129 pgpA   FALSE 0.447 17.000 0.000 NA   NA
 3540943 3540944 Abu_0130 Abu_0131 carA   TRUE 0.976 0.000 0.041 NA   NA
 3540944 3540945 Abu_0131 Abu_0132   purA TRUE 0.939 5.000 0.004 NA   NA
 3540945 3540946 Abu_0132 Abu_0133 purA   TRUE 0.992 2.000 0.161 1.000 N NA
 3540946 3540947 Abu_0133 Abu_0134     TRUE 0.973 0.000 0.030 1.000 N NA
 3540948 3540949 Abu_0135 Abu_0136     FALSE 0.086 156.000 0.000 NA   NA
 3540949 3540950 Abu_0136 Abu_0137     FALSE 0.092 56.000 0.000 NA   NA
 3540950 3540951 Abu_0137 Abu_0138     FALSE 0.288 24.000 0.000 NA   NA
 3540951 3540952 Abu_0138 Abu_0139   pirA TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3540952 3540953 Abu_0139 Abu_0140 pirA gapB FALSE 0.089 57.000 0.000 NA   NA
 3540955 3540956 Abu_0142 Abu_0143 speE coaE TRUE 0.460 44.000 0.016 1.000 N NA
 3540956 3540957 Abu_0143 Abu_0144 coaE dapF TRUE 0.958 -3.000 0.016 1.000 N NA
 3540957 3540958 Abu_0144 Abu_0145 dapF purT FALSE 0.323 25.000 0.000 1.000 N NA
 3540958 3540959 Abu_0145 Abu_0146 purT   TRUE 0.813 9.000 0.000 1.000   NA
 3540960 3540961 Abu_0147 Abu_0148     FALSE 0.074 84.000 0.000 NA   NA
 3540961 3540962 Abu_0148 Abu_0149     FALSE 0.089 170.000 0.000 NA   NA
 3540962 3540963 Abu_0149 Abu_0150   ubiA FALSE 0.130 43.000 0.000 NA   NA
 3540964 3540965 Abu_0151 Abu_0152   miaA TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3540965 3540966 Abu_0152 Abu_0153 miaA rpmE FALSE 0.250 81.000 0.000 1.000 Y NA
 3540966 3540967 Abu_0153 Abu_0154 rpmE   TRUE 0.922 13.000 0.031 1.000   NA
 3540967 3540968 Abu_0154 Abu_0155     TRUE 0.972 -3.000 0.031 1.000   NA
 3540968 3540969 Abu_0155 Abu_0156     TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 3540969 3540970 Abu_0156 Abu_0157   aspB1 TRUE 0.988 4.000 0.098 NA   NA
 3540970 3540971 Abu_0157 Abu_0158 aspB1 hom TRUE 0.825 125.000 0.202 1.000 Y NA
 3540971 3540972 Abu_0158 Abu_0159 hom traT FALSE 0.098 96.000 0.000 1.000   NA
 3540972 3540973 Abu_0159 Abu_0160 traT cdsA FALSE 0.108 134.000 0.000 1.000   NA
 3540973 3540974 Abu_0160 Abu_0161 cdsA dxr TRUE 0.996 -3.000 0.372 1.000 Y NA
 3540974 3540975 Abu_0161 Abu_0162 dxr   TRUE 0.778 -10.000 0.000 NA   NA
 3540975 3540976 Abu_0162 Abu_0163     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3540976 3540977 Abu_0163 Abu_0164   gcp TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3540977 3540978 Abu_0164 Abu_0165 gcp   TRUE 0.861 1.000 0.000 1.000 N NA
 3540978 3540979 Abu_0165 Abu_0166     FALSE 0.187 32.000 0.000 NA N NA
 3540979 3540980 Abu_0166 Abu_0167     TRUE 0.778 -3.000 0.000 NA N NA
 3540980 3540981 Abu_0167 Abu_0168   thiG TRUE 0.829 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3540981 3540982 Abu_0168 Abu_0169 thiG   FALSE 0.077 114.000 0.000 NA   NA
 3540982 3540983 Abu_0169 Abu_0170     FALSE 0.394 19.000 0.000 NA   NA
 3540983 3540984 Abu_0170 Abu_0171     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3540984 3540985 Abu_0171 Abu_0172     TRUE 0.815 5.000 0.000 NA   NA
 3540985 3540986 Abu_0172 Abu_0173     TRUE 0.776 8.000 0.000 NA   NA
 3540986 3540987 Abu_0173 Abu_0174     FALSE 0.073 69.000 0.000 NA   NA
 3540987 3540988 Abu_0174 Abu_0175     TRUE 0.789 7.000 0.000 NA   NA
 3540989 3540990 Abu_0176 Abu_0177 pycB1   TRUE 0.984 7.000 0.075 1.000   NA
 3540991 3540992 Abu_0178 Abu_0179     FALSE 0.145 47.000 0.000 1.000 N NA
 3540994 3540995 Abu_0181 Abu_0182   tkt FALSE 0.094 78.000 0.000 1.000 N NA
 3540995 3540996 Abu_0182 Abu_0183 tkt lrgA FALSE 0.104 118.000 0.000 1.000   NA
 3540996 3540997 Abu_0183 Abu_0184 lrgA lrgB TRUE 0.986 -10.000 0.143 NA   NA
 3540997 3540998 Abu_0184 Abu_0185 lrgB   TRUE 0.494 15.000 0.000 NA   NA
 3540999 3541000 Abu_0186 Abu_0187   dctA FALSE 0.076 64.000 0.000 NA   NA
 3541001 3541002 Abu_0188 Abu_0189     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541002 3541003 Abu_0189 Abu_0190     TRUE 0.778 -10.000 0.000 NA   NA
 3541003 3541004 Abu_0190 Abu_0191     TRUE 0.996 0.000 0.155 0.005   NA
 3541004 3541005 Abu_0191 Abu_0192     TRUE 0.994 2.000 0.238 1.000   NA
 3541005 3541006 Abu_0192 Abu_0193   aas TRUE 0.955 12.000 0.000 0.005 Y NA
 3541007 3541008 Abu_0194 Abu_0195 glnD   TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3541008 3541009 Abu_0195 Abu_0196     FALSE 0.078 62.000 0.000 NA   NA
 3541009 3541010 Abu_0196 Abu_0197     FALSE 0.073 70.000 0.000 NA   NA
 3541011 3541012 Abu_0198 Abu_0199 glnB1 pyrC TRUE 0.861 1.000 0.000 1.000 N NA
 3541013 3541014 Abu_0200 Abu_0201 fliM flgI TRUE 0.984 4.000 0.000 0.013 Y NA
 3541015 3541016 Abu_0202 Abu_0203   fliQ TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3541016 3541017 Abu_0203 Abu_0204 fliQ   TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3541017 3541018 Abu_0204 Abu_0205     TRUE 0.761 9.000 0.000 NA   NA
 3541018 3541019 Abu_0205 Abu_0206   fliL TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3541019 3541020 Abu_0206 Abu_0207 fliL   TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541020 3541021 Abu_0207 Abu_0208   flgH TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541021 3541022 Abu_0208 Abu_0209 flgH flgK FALSE 0.380 54.000 0.000 0.010   NA
 3541022 3541023 Abu_0209 Abu_0210 flgK fliD TRUE 0.783 21.000 0.000 0.002   NA
 3541023 3541024 Abu_0210 Abu_0211 fliD fliS TRUE 0.953 72.000 0.608 0.002 Y NA
 3541024 3541025 Abu_0211 Abu_0212 fliS   TRUE 0.775 -24.000 0.000 NA   NA
 3541026 3541027 Abu_0213 Abu_0214 tilS yliG TRUE 0.972 3.000 0.019 1.000 N NA
 3541027 3541028 Abu_0214 Abu_0215 yliG panC FALSE 0.265 68.000 0.008 1.000 N NA
 3541028 3541029 Abu_0215 Abu_0216 panC   FALSE 0.430 20.000 0.000 1.000 N NA
 3541031 3541032 Abu_0218 Abu_0219 gltS   FALSE 0.341 24.000 0.000 1.000 N NA
 3541032 3541033 Abu_0219 Abu_0220   metF TRUE 0.829 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3541034 3541035 Abu_0221 Abu_0222 serB tal TRUE 0.979 3.000 0.029 1.000 N NA
 3541035 3541036 Abu_0222 Abu_0223 tal dhs FALSE 0.092 68.000 0.000 1.000 N NA
 3541036 3541037 Abu_0223 Abu_0224 dhs tsx FALSE 0.093 66.000 0.000 1.000 N NA
 3541037 3541038 Abu_0224 Abu_0225 tsx   FALSE 0.073 69.000 0.000 NA   NA
 3541038 3541039 Abu_0225 Abu_0227     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3541040 3541041 Abu_0228 Abu_0229   gatC FALSE 0.276 151.000 0.005 1.000 N NA
 3541041 3541042 Abu_0229 Abu_0230 gatC tgt FALSE 0.371 44.000 0.000 1.000 Y NA
 3541043 3541044 Abu_0231 Abu_0232   aspB2 TRUE 0.780 10.000 0.000 1.000   NA
 3541044 3541045 Abu_0232 Abu_0233 aspB2   TRUE 0.970 -7.000 0.035 NA   NA
 3541045 3541046 Abu_0233 Abu_0234   murC TRUE 0.939 0.000 0.007 NA   NA
 3541047 3541048 Abu_0235 Abu_0236 dprA   TRUE 0.530 43.000 0.022 1.000   NA
 3541048 3541049 Abu_0236 Abu_0237   ilvC TRUE 0.465 42.000 0.013 1.000   NA
 3541052 3541053 Abu_0240 Abu_0241   rpsF FALSE 0.349 88.000 0.020 1.000 N NA
 3541053 3541054 Abu_0241 Abu_0242 rpsF ssb TRUE 0.838 21.000 0.033 1.000 N NA
 3541054 3541055 Abu_0242 Abu_0243 ssb rpsR TRUE 0.908 15.000 0.034 1.000 N NA
 3541055 3541056 Abu_0243 Abu_0244 rpsR   FALSE 0.074 73.000 0.000 NA   NA
 3541057 3541058 Abu_0245 Abu_0246 cysS nusA TRUE 0.849 5.000 0.000 1.000 N NA
 3541059 3541060 Abu_0247 Abu_0248   miaB TRUE 0.807 22.000 0.033 NA   NA
 3541060 3541061 Abu_0248 Abu_0249 miaB   TRUE 0.976 3.000 0.029 NA   NA
 3541061 3541062 Abu_0249 Abu_0250     TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3541063 3541064 Abu_0251 Abu_0252     TRUE 0.802 6.000 0.000 NA   NA
 3541064 3541065 Abu_0252 Abu_0253   cynT2 TRUE 0.815 5.000 0.000 NA   NA
 3541065 3541066 Abu_0253 Abu_0254 cynT2 bioF TRUE 0.816 -13.000 0.000 1.000 N NA
 3541066 3541067 Abu_0254 Abu_0255 bioF   FALSE 0.112 178.000 0.000 1.000 N NA
 3541067 3541068 Abu_0255 Abu_0256     TRUE 0.849 5.000 0.000 1.000 N NA
 3541068 3541069 Abu_0256 Abu_0257     FALSE 0.098 62.000 0.000 1.000 N NA
 3541071 3541072 Abu_0259 Abu_0260 argD1 cti FALSE 0.081 60.000 0.000 NA   NA
 3541073 3541074 Abu_0261 Abu_0262 pyrB pabB TRUE 0.947 -3.000 0.009 1.000 N NA
 3541074 3541075 Abu_0262 Abu_0263 pabB   FALSE 0.096 63.000 0.000 1.000 N NA
 3541075 3541076 Abu_0263 Abu_0264     TRUE 0.849 5.000 0.000 1.000 N NA
 3541076 3541077 Abu_0264 Abu_0265     TRUE 0.508 17.000 0.000 1.000 N NA
 3541079 3541080 Abu_0267 Abu_0268     FALSE 0.347 21.000 0.000 NA   NA
 3541080 3541081 Abu_0268 Abu_0269     FALSE 0.074 73.000 0.000 NA   NA
 3541083 3541084 Abu_0271 Abu_0272     TRUE 0.988 7.000 0.133 1.000   NA
 3541084 3541085 Abu_0272 Abu_0273     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541086 3541087 Abu_0274 Abu_0275     TRUE 0.469 16.000 0.000 NA   NA
 3541088 3541089 Abu_0276 Abu_0277 prpB prpC TRUE 0.785 57.000 0.502 1.000 N NA
 3541089 3541090 Abu_0277 Abu_0278 prpC acnA TRUE 0.840 102.000 0.289 1.000 Y NA
 3541090 3541091 Abu_0278 Abu_0279 acnA   TRUE 0.755 90.000 0.733 NA   NA
 3541091 3541092 Abu_0279 Abu_0280     FALSE 0.074 74.000 0.000 NA   NA
 3541093 3541094 Abu_0281 Abu_0282     FALSE 0.081 60.000 0.000 NA   NA
 3541094 3541095 Abu_0282 Abu_0283   hemC FALSE 0.258 26.000 0.000 NA   NA
 3541095 3541096 Abu_0283 Abu_0284 hemC   TRUE 0.797 16.000 0.007 1.000 N NA
 3541096 3541097 Abu_0284 Abu_0285   dnaX FALSE 0.098 62.000 0.000 1.000 N NA
 3541097 3541098 Abu_0285 Abu_0286 dnaX murI TRUE 0.937 -3.000 0.004 1.000 N NA
 3541098 3541099 Abu_0286 Abu_0287 murI gdhA FALSE 0.119 225.000 0.000 1.000 N NA
 3541099 3541100 Abu_0287 Abu_0288 gdhA rho FALSE 0.104 140.000 0.000 1.000 N NA
 3541100 3541101 Abu_0288 Abu_0289 rho tsaA FALSE 0.110 160.000 0.000 1.000 N NA
 3541102 3541103 Abu_0290 Abu_0291 fdxA ndk FALSE 0.331 112.000 0.015 1.000   NA
 3541103 3541104 Abu_0291 Abu_0292 ndk   TRUE 0.727 28.000 0.033 NA   NA
 3541104 3541105 Abu_0292 Abu_0293   rpmF TRUE 0.928 12.000 0.032 NA   NA
 3541105 3541106 Abu_0293 Abu_0294 rpmF plsX TRUE 0.993 0.000 0.418 1.000 N NA
 3541106 3541107 Abu_0294 Abu_0295 plsX fabH TRUE 0.965 27.000 0.058 0.006 Y NA
 3541108 3541109 Abu_0296 Abu_0297     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3541109 3541110 Abu_0297 Abu_0298     TRUE 0.998 0.000 0.750 0.008   NA
 3541110 3541111 Abu_0298 Abu_0299   frdB FALSE 0.379 100.000 0.022 1.000   NA
 3541111 3541112 Abu_0299 Abu_0300 frdB frdA TRUE 0.998 0.000 0.153 0.002 Y NA
 3541112 3541113 Abu_0300 Abu_0301 frdA frdC TRUE 0.998 0.000 0.128 0.002 Y NA
 3541113 3541114 Abu_0301 Abu_0302 frdC nuoN FALSE 0.297 198.000 0.000 1.000 Y NA
 3541114 3541115 Abu_0302 Abu_0303 nuoN nuoM TRUE 0.996 -3.000 0.033 0.002 Y NA
 3541115 3541116 Abu_0303 Abu_0304 nuoM nuoL TRUE 0.999 2.000 0.198 0.002 Y NA
 3541116 3541117 Abu_0304 Abu_0305 nuoL nuoK TRUE 0.999 2.000 0.790 0.010 Y NA
 3541117 3541118 Abu_0305 Abu_0306 nuoK nuoJ TRUE 0.999 4.000 0.306 0.005 Y NA
 3541118 3541119 Abu_0306 Abu_0307 nuoJ nuoI TRUE 0.996 0.000 0.034 0.010 Y NA
 3541119 3541120 Abu_0307 Abu_0308 nuoI nuoH TRUE 0.998 2.000 0.053 0.010 Y NA
 3541120 3541121 Abu_0308 Abu_0309 nuoH nuoG TRUE 0.997 -3.000 0.515 0.010   NA
 3541121 3541122 Abu_0309 Abu_0310 nuoG gltA FALSE 0.206 37.000 0.000 1.000   NA
 3541122 3541123 Abu_0310 Abu_0311 gltA nuoF TRUE 0.607 25.000 0.000 1.000 Y NA
 3541123 3541124 Abu_0311 Abu_0312 nuoF nuoE TRUE 0.997 -10.000 0.061 0.010 Y NA
 3541124 3541125 Abu_0312 Abu_0313 nuoE nuoCD TRUE 0.998 0.000 0.097 0.010 Y NA
 3541125 3541126 Abu_0313 Abu_0314 nuoCD nuoB TRUE 0.980 -7.000 0.000 0.005 Y NA
 3541126 3541127 Abu_0314 Abu_0315 nuoB nuoA TRUE 0.980 -9.000 0.000 0.005 Y NA
 3541127 3541128 Abu_0315 Abu_0316 nuoA   FALSE 0.102 133.000 0.000 1.000 N NA
 3541130 3541131 Abu_0318 Abu_0319     TRUE 0.995 2.000 0.704 NA   NA
 3541132 3541133 Abu_0320 Abu_0321     TRUE 0.954 -31.000 0.021 NA   NA
 3541133 3541134 Abu_0321 Abu_0322   hisG TRUE 0.963 -22.000 0.023 1.000 N NA
 3541134 3541135 Abu_0322 Abu_0323 hisG   TRUE 0.948 0.000 0.006 1.000   NA
 3541135 3541136 Abu_0323 Abu_0324     FALSE 0.105 123.000 0.000 1.000   NA
 3541136 3541137 Abu_0324 Abu_0325     TRUE 0.774 -25.000 0.000 NA   NA
 3541137 3541138 Abu_0325 Abu_0326     FALSE 0.074 96.000 0.000 NA   NA
 3541139 3541140 Abu_0327 Abu_0328 trpS   FALSE 0.175 40.000 0.000 1.000 N NA
 3541140 3541141 Abu_0328 Abu_0329     FALSE 0.105 122.000 0.000 1.000   NA
 3541141 3541142 Abu_0329 Abu_0330     FALSE 0.098 84.000 0.000 1.000   NA
 3541142 3541143 Abu_0330 Abu_0331     TRUE 0.863 4.000 0.000 1.000 N NA
 3541143 3541144 Abu_0331 Abu_0332     TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3541144 3541145 Abu_0332 Abu_0333     TRUE 0.761 9.000 0.000 NA   NA
 3541147 3541148 Abu_0335 Abu_0336     TRUE 0.936 -6.000 0.008 NA   NA
 3541148 3541149 Abu_0336 Abu_0337     TRUE 0.993 -3.000 0.083 0.068   NA
 3541149 3541150 Abu_0337 Abu_0338     TRUE 0.995 -3.000 0.174 0.050   NA
 3541150 3541151 Abu_0338 Abu_0339     TRUE 0.999 -7.000 0.913 0.006 Y NA
 3541151 3541152 Abu_0339 Abu_0340     TRUE 0.768 103.000 0.095 0.050 N NA
 3541155 3541156 Abu_0343 Abu_0344     TRUE 0.939 12.000 0.039 NA   NA
 3541156 3541157 Abu_0344 Abu_0345   serS FALSE 0.118 55.000 0.000 1.000 N NA
 3541158 3541159 Abu_0346 Abu_0347 nrfI nrfA FALSE 0.135 50.000 0.000 1.000 N NA
 3541159 3541160 Abu_0347 Abu_0348 nrfA nrfH TRUE 0.984 14.000 0.087 0.001 N NA
 3541160 3541161 Abu_0348 Abu_0349 nrfH   FALSE 0.079 125.000 0.000 NA   NA
 3541161 3541162 Abu_0349 Abu_0350     TRUE 0.789 7.000 0.000 NA   NA
 3541162 3541163 Abu_0350 Abu_0351     FALSE 0.247 92.000 0.000 0.073   NA
 3541163 3541164 Abu_0351 Abu_0352   napD TRUE 0.991 2.000 0.139 NA   NA
 3541164 3541165 Abu_0352 Abu_0353 napD napL TRUE 0.990 2.000 0.111 NA   NA
 3541165 3541166 Abu_0353 Abu_0354 napL napF TRUE 0.972 9.000 0.047 NA   NA
 3541166 3541167 Abu_0354 Abu_0355 napF napB TRUE 0.996 0.000 0.174 0.030   NA
 3541167 3541168 Abu_0355 Abu_0356 napB napH TRUE 0.999 2.000 0.385 0.030 Y NA
 3541168 3541169 Abu_0356 Abu_0357 napH napG TRUE 0.996 -3.000 0.167 0.025   NA
 3541169 3541170 Abu_0357 Abu_0358 napG napA TRUE 0.978 18.000 0.258 0.065   NA
 3541171 3541172 Abu_0359 Abu_0360 dctP dctQ TRUE 0.978 14.000 0.134 NA Y NA
 3541172 3541173 Abu_0360 Abu_0361 dctQ dctM TRUE 0.998 3.000 0.882 NA Y NA
 3541176 3541177 Abu_0364 Abu_0365 menG cysG FALSE 0.242 156.000 0.000 NA Y NA
 3541177 3541178 Abu_0365 Abu_0366 cysG   FALSE 0.092 56.000 0.000 NA   NA
 3541178 3541179 Abu_0366 Abu_0367     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541180 3541181 Abu_0368 Abu_0369   moaA TRUE 0.531 16.000 0.000 1.000 N NA
 3541181 3541182 Abu_0369 Abu_0370 moaA rpsO FALSE 0.093 97.000 0.000 1.000 N NA
 3541182 3541183 Abu_0370 Abu_0371 rpsO   FALSE 0.295 129.000 0.016 NA N NA
 3541183 3541184 Abu_0371 Abu_0372     TRUE 0.978 0.000 0.048 NA   NA
 3541184 3541185 Abu_0372 Abu_0373     TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3541186 3541187 Abu_0374 Abu_0375     TRUE 0.963 25.000 0.375 1.000 Y NA
 3541188 3541189 Abu_0376 Abu_0377 ppiC fba TRUE 0.953 11.000 0.036 1.000 N NA
 3541189 3541190 Abu_0377 Abu_0378 fba ald FALSE 0.106 152.000 0.000 1.000 N NA
 3541190 3541191 Abu_0378 Abu_0379 ald   TRUE 0.674 54.000 0.125 NA   NA
 3541192 3541193 Abu_0380 Abu_0381 exbD1 exbB1 TRUE 0.947 0.000 0.000 0.049   NA
 3541194 3541195 Abu_0382 Abu_0383   aroK FALSE 0.247 87.000 0.000 1.000 Y NA
 3541195 3541196 Abu_0383 Abu_0384 aroK hisD TRUE 0.957 2.000 0.000 1.000 Y NA
 3541196 3541197 Abu_0384 Abu_0385 hisD   TRUE 0.925 10.000 0.013 NA   NA
 3541197 3541198 Abu_0385 Abu_0386   ispB TRUE 0.887 11.000 0.009 NA   NA
 3541198 3541199 Abu_0386 Abu_0387 ispB hemA TRUE 0.991 0.000 0.051 1.000 Y NA
 3541199 3541200 Abu_0387 Abu_0388 hemA proS TRUE 0.954 17.000 0.040 0.048 N NA
 3541200 3541201 Abu_0388 Abu_0389 proS mscS TRUE 0.590 12.000 0.000 NA N NA
 3541201 3541202 Abu_0389 Abu_0390 mscS   FALSE 0.088 212.000 0.000 NA N NA
 3541202 3541203 Abu_0390 Abu_0391     FALSE 0.089 57.000 0.000 NA   NA
 3541203 3541204 Abu_0391 Abu_0392     TRUE 0.992 -16.000 0.519 NA   NA
 3541206 3541207 Abu_0394 Abu_0395 yajC secD TRUE 0.699 67.000 0.068 NA Y NA
 3541207 3541208 Abu_0395 Abu_0396 secD secF TRUE 0.999 0.000 0.436 0.001 Y NA
 3541208 3541209 Abu_0396 Abu_0397 secF   FALSE 0.073 69.000 0.000 NA   NA
 3541210 3541211 Abu_0398 Abu_0399   motB TRUE 0.802 6.000 0.000 NA   NA
 3541211 3541212 Abu_0399 Abu_0400 motB motA TRUE 0.996 4.000 0.119 1.000 Y NA
 3541213 3541214 Abu_0401 Abu_0402   leuS TRUE 0.961 0.000 0.021 NA   NA
 3541214 3541215 Abu_0402 Abu_0403 leuS   TRUE 0.977 3.000 0.031 NA   NA
 3541215 3541216 Abu_0403 Abu_0404   folC TRUE 0.988 3.000 0.084 NA   NA
 3541216 3541217 Abu_0404 Abu_0405 folC   TRUE 0.816 -13.000 0.000 1.000 N NA
 3541221 3541222 Abu_0409 Abu_0410   mfd TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541222 3541223 Abu_0410 Abu_0411 mfd   TRUE 0.680 12.000 0.000 1.000   NA
 3541225 3541226 Abu_0413 Abu_0414   ompR FALSE 0.182 34.000 0.000 NA   NA
 3541226 3541227 Abu_0414 Abu_0415 ompR   TRUE 0.940 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3541227 3541228 Abu_0415 Abu_0416     FALSE 0.120 46.000 0.000 NA   NA
 3541228 3541229 Abu_0416 Abu_0417     FALSE 0.105 51.000 0.000 NA   NA
 3541229 3541230 Abu_0417 Abu_0418     TRUE 0.830 -7.000 0.000 1.000   NA
 3541230 3541231 Abu_0418 Abu_0419     TRUE 0.979 1.000 0.000 0.072 Y NA
 3541231 3541232 Abu_0419 Abu_0420     TRUE 0.976 -3.000 0.000 0.042 Y NA
 3541232 3541233 Abu_0420 Abu_0421     TRUE 0.869 1.000 0.000 1.000   NA
 3541233 3541234 Abu_0421 Abu_0422     FALSE 0.153 47.000 0.000 1.000   NA
 3541234 3541235 Abu_0422 Abu_0423     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541235 3541236 Abu_0423 Abu_0424   ubiE FALSE 0.082 138.000 0.000 NA   NA
 3541236 3541237 Abu_0424 Abu_0425 ubiE xseA TRUE 0.685 25.000 0.016 1.000 N NA
 3541237 3541238 Abu_0425 Abu_0426 xseA cheW FALSE 0.093 74.000 0.000 1.000 N NA
 3541240 3541241 Abu_0428 Abu_0429 panD   TRUE 0.965 -7.000 0.029 NA   NA
 3541241 3541242 Abu_0429 Abu_0430   ispA TRUE 0.936 5.000 0.003 NA   NA
 3541242 3541243 Abu_0430 Abu_0431 ispA groES FALSE 0.103 137.000 0.000 1.000 N NA
 3541243 3541244 Abu_0431 Abu_0432 groES groEL TRUE 0.999 0.000 0.356 0.011 Y NA
 3541245 3541246 Abu_0433 Abu_0434     TRUE 0.998 -10.000 0.500 0.033 Y NA
 3541246 3541247 Abu_0434 Abu_0435     TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3541247 3541248 Abu_0435 Abu_0436     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541248 3541249 Abu_0436 Abu_0437     TRUE 0.832 4.000 0.000 NA   NA
 3541249 3541250 Abu_0437 Abu_0438     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3541250 3541251 Abu_0438 Abu_0439     TRUE 0.777 -12.000 0.000 NA   NA
 3541251 3541252 Abu_0439 Abu_0440     TRUE 0.992 -16.000 0.400 1.000   NA
 3541252 3541253 Abu_0440 Abu_0441     TRUE 0.989 -3.000 0.250 NA N NA
 3541253 3541254 Abu_0441 Abu_0442     FALSE 0.074 92.000 0.000 NA   NA
 3541255 3541256 Abu_0443 Abu_0444 suhB glmS FALSE 0.135 50.000 0.000 1.000 N NA
 3541256 3541257 Abu_0444 Abu_0445 glmS metK FALSE 0.100 129.000 0.000 1.000 N NA
 3541257 3541258 Abu_0445 Abu_0446 metK accD FALSE 0.094 102.000 0.000 1.000 N NA
 3541258 3541259 Abu_0446 Abu_0447 accD thiE TRUE 0.960 4.000 0.010 1.000 N NA
 3541259 3541260 Abu_0447 Abu_0448 thiE   TRUE 0.931 -34.000 0.008 NA   NA
 3541260 3541261 Abu_0448 Abu_0449     FALSE 0.295 60.000 0.013 NA   NA
 3541261 3541262 Abu_0449 Abu_0450     TRUE 0.968 1.000 0.021 NA   NA
 3541262 3541263 Abu_0450 Abu_0451   prmA FALSE 0.249 82.000 0.000 1.000 Y NA
 3541263 3541264 Abu_0451 Abu_0452 prmA ftsH1 TRUE 0.991 5.000 0.217 1.000 N NA
 3541264 3541265 Abu_0452 Abu_0453 ftsH1   FALSE 0.098 119.000 0.000 1.000 N NA
 3541265 3541266 Abu_0453 Abu_0454     TRUE 0.976 -13.000 0.000 0.027 Y NA
 3541266 3541267 Abu_0454 Abu_0455     TRUE 0.957 2.000 0.000 1.000 Y NA
 3541267 3541268 Abu_0455 Abu_0456   leuA1 FALSE 0.124 277.000 0.000 1.000 N NA
 3541268 3541269 Abu_0456 Abu_0457 leuA1   FALSE 0.184 40.000 0.000 1.000   NA
 3541269 3541270 Abu_0457 Abu_0458     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541270 3541271 Abu_0458 Abu_0459   mutS1 TRUE 0.775 -21.000 0.000 NA   NA
 3541272 3541273 Abu_0460 Abu_0461     TRUE 0.996 2.000 0.844 1.000   NA
 3541273 3541274 Abu_0461 Abu_0462     TRUE 0.996 2.000 0.655 1.000   NA
 3541274 3541275 Abu_0462 Abu_0463     TRUE 0.713 11.000 0.000 1.000 N NA
 3541275 3541276 Abu_0463 Abu_0464     TRUE 0.470 91.000 0.000 0.030 Y NA
 3541277 3541278 Abu_0465 Abu_0466     TRUE 0.989 10.000 0.400 1.000   NA
 3541278 3541279 Abu_0466 Abu_0467     TRUE 0.726 11.000 0.000 1.000   NA
 3541279 3541280 Abu_0467 Abu_0468     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3541280 3541281 Abu_0468 Abu_0469     TRUE 0.949 15.000 0.125 NA   NA
 3541281 3541282 Abu_0469 Abu_0470     TRUE 0.830 -7.000 0.000 1.000   NA
 3541282 3541283 Abu_0470 Abu_0471     TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3541284 3541285 Abu_0472 Abu_0473   hisA FALSE 0.092 71.000 0.000 1.000 N NA
 3541285 3541286 Abu_0473 Abu_0474 hisA   TRUE 0.680 12.000 0.000 1.000   NA
 3541286 3541287 Abu_0474 Abu_0475   hisH1 FALSE 0.420 21.000 0.000 1.000   NA
 3541287 3541288 Abu_0475 Abu_0476 hisH1 ctsW FALSE 0.169 43.000 0.000 1.000   NA
 3541291 3541292 Abu_0479 Abu_0480     TRUE 0.977 12.000 0.287 NA   NA
 3541293 3541294 Abu_0481 Abu_0482 cadF prsA FALSE 0.094 80.000 0.000 1.000 N NA
 3541296 3541297 Abu_0484 Abu_0485 trmU1 trmU2 TRUE 0.985 12.000 0.014 0.002 Y NA
 3541297 3541298 Abu_0485 Abu_0486 trmU2 folK FALSE 0.141 48.000 0.000 1.000 N NA
 3541298 3541299 Abu_0486 Abu_0487 folK pepQ TRUE 0.721 31.000 0.033 1.000 N NA
 3541300 3541301 Abu_0488 Abu_0489 aroQ   TRUE 0.971 -52.000 0.033 1.000 N NA
 3541301 3541302 Abu_0489 Abu_0490   pspA TRUE 0.974 -7.000 0.035 1.000 N NA
 3541303 3541304 Abu_0491 Abu_0492   ackA1 FALSE 0.097 237.000 0.000 NA   NA
 3541304 3541305 Abu_0492 Abu_0493 ackA1 pta TRUE 0.578 27.000 0.000 1.000 Y NA
 3541305 3541306 Abu_0493 Abu_0494 pta ackA2 FALSE 0.310 244.000 0.000 1.000 Y NA
 3541306 3541307 Abu_0494 Abu_0495 ackA2   FALSE 0.095 104.000 0.000 1.000 N NA
 3541307 3541308 Abu_0495 Abu_0496   ackA3 FALSE 0.107 58.000 0.000 1.000 N NA
 3541308 3541309 Abu_0496 Abu_0497 ackA3 dnaQ1 TRUE 0.702 21.000 0.000 0.037 N NA
 3541309 3541310 Abu_0497 Abu_0498 dnaQ1   TRUE 0.993 -7.000 0.588 1.000 N NA
 3541310 3541311 Abu_0498 Abu_0499     TRUE 0.731 51.000 0.138 1.000   NA
 3541311 3541312 Abu_0499 Abu_0500     TRUE 0.994 0.000 0.826 NA   NA
 3541312 3541313 Abu_0500 Abu_0501     TRUE 0.815 227.000 0.826 NA   NA
 3541313 3541314 Abu_0501 Abu_0502     TRUE 0.994 0.000 0.826 NA   NA
 3541314 3541315 Abu_0502 Abu_0503   dnaQ2 FALSE 0.074 72.000 0.000 NA   NA
 3541315 3541316 Abu_0503 Abu_0504 dnaQ2   TRUE 0.994 0.000 0.588 1.000 N NA
 3541316 3541317 Abu_0504 Abu_0505     TRUE 0.834 20.000 0.026 1.000   NA
 3541317 3541318 Abu_0505 Abu_0506     TRUE 0.994 6.000 0.916 NA   NA
 3541318 3541319 Abu_0506 Abu_0507     FALSE 0.075 76.000 0.000 NA   NA
 3541319 3541320 Abu_0507 Abu_0508     TRUE 0.935 -19.000 0.000 1.000 Y NA
 3541320 3541321 Abu_0508 Abu_0509     FALSE 0.075 77.000 0.000 NA   NA
 3541321 3541322 Abu_0509 Abu_0510     FALSE 0.347 21.000 0.000 NA   NA
 3541322 3541323 Abu_0510 Abu_0511     FALSE 0.371 20.000 0.000 NA   NA
 3541323 3541324 Abu_0511 Abu_0512     FALSE 0.305 23.000 0.000 NA   NA
 3541324 3541325 Abu_0512 Abu_0513     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3541325 3541326 Abu_0513 Abu_0514     FALSE 0.076 64.000 0.000 NA   NA
 3541326 3541327 Abu_0514 Abu_0515     FALSE 0.371 20.000 0.000 NA   NA
 3541327 3541328 Abu_0515 Abu_0516     FALSE 0.305 23.000 0.000 NA   NA
 3541328 3541329 Abu_0516 Abu_0517     FALSE 0.076 64.000 0.000 NA   NA
 3541329 3541330 Abu_0517 Abu_0518   mqo FALSE 0.074 97.000 0.000 NA   NA
 3541331 3541332 Abu_0519 Abu_0520 ileS   FALSE 0.099 124.000 0.000 1.000 N NA
 3541332 3541333 Abu_0520 Abu_0521     TRUE 0.991 3.000 0.107 1.000   NA
 3541333 3541334 Abu_0521 Abu_0522   murE TRUE 0.980 -22.000 0.057 1.000   NA
 3541334 3541335 Abu_0522 Abu_0523 murE   FALSE 0.126 332.000 0.000 1.000 N NA
 3541335 3541336 Abu_0523 Abu_0524   tas FALSE 0.175 40.000 0.000 1.000 N NA
 3541336 3541337 Abu_0524 Abu_0525 tas pitA FALSE 0.092 70.000 0.000 1.000 N NA
 3541337 3541338 Abu_0525 Abu_0526 pitA   FALSE 0.124 287.000 0.000 1.000 N NA
 3541339 3541340 Abu_0527 Abu_0528     FALSE 0.084 143.000 0.000 NA   NA
 3541341 3541342 Abu_0529 Abu_0530     TRUE 0.780 10.000 0.000 1.000   NA
 3541342 3541343 Abu_0530 Abu_0531     FALSE 0.184 40.000 0.000 1.000   NA
 3541343 3541344 Abu_0531 Abu_0532     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541345 3541346 Abu_0533 Abu_0534   moeA2 TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541346 3541347 Abu_0534 Abu_0535 moeA2   TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3541348 3541349 Abu_0536 Abu_0537     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541350 3541351 Abu_0538 Abu_0539     TRUE 0.776 -16.000 0.000 NA   NA
 3541352 3541353 Abu_0540 Abu_0541 rpsB tsf TRUE 0.997 0.000 0.748 1.000 Y NA
 3541353 3541354 Abu_0541 Abu_0542 tsf   TRUE 0.470 46.000 0.019 1.000 N NA
 3541354 3541355 Abu_0542 Abu_0543     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541355 3541356 Abu_0543 Abu_0544   gmk TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541358 3541359 Abu_0546 Abu_0547     TRUE 0.984 17.000 0.713 NA Y NA
 3541361 3541362 Abu_0549 Abu_0550   hemH TRUE 0.816 -13.000 0.000 1.000 N NA
 3541363 3541364 Abu_0551 Abu_0552 feoB1   TRUE 0.995 -10.000 0.219 1.000 Y NA
 3541365 3541366 Abu_0553 Abu_0554     FALSE 0.089 57.000 0.000 NA   NA
 3541366 3541367 Abu_0554 Abu_0555     TRUE 0.989 14.000 0.616 1.000 Y NA
 3541367 3541368 Abu_0555 Abu_0556     FALSE 0.356 24.000 0.000 1.000   NA
 3541368 3541369 Abu_0556 Abu_0557   tpx FALSE 0.099 81.000 0.000 1.000   NA
 3541369 3541370 Abu_0557 Abu_0558 tpx   FALSE 0.102 112.000 0.000 1.000   NA
 3541372 3541373 Abu_0560 Abu_0561     FALSE 0.098 251.000 0.000 NA   NA
 3541373 3541374 Abu_0561 Abu_0562     TRUE 0.997 0.000 0.790 0.063   NA
 3541374 3541375 Abu_0562 Abu_0563   rep FALSE 0.129 250.000 0.000 1.000   NA
 3541375 3541376 Abu_0563 Abu_0564 rep   FALSE 0.145 47.000 0.000 1.000 N NA
 3541376 3541377 Abu_0564 Abu_0565   soxC FALSE 0.129 242.000 0.000 1.000   NA
 3541377 3541378 Abu_0565 Abu_0566 soxC soxD TRUE 0.994 -31.000 0.143 0.063   NA
 3541378 3541379 Abu_0566 Abu_0567 soxD soxX TRUE 0.986 15.000 0.250 0.020   NA
 3541379 3541380 Abu_0567 Abu_0568 soxX soxY TRUE 0.877 16.000 0.031 NA   NA
 3541380 3541381 Abu_0568 Abu_0569 soxY soxZ TRUE 0.582 58.000 0.078 NA   NA
 3541381 3541382 Abu_0569 Abu_0570 soxZ soxA TRUE 0.744 38.000 0.091 NA   NA
 3541382 3541383 Abu_0570 Abu_0571 soxA   TRUE 0.945 14.000 0.091 NA   NA
 3541383 3541384 Abu_0571 Abu_0572   soxB TRUE 0.585 132.000 0.091 NA   NA
 3541384 3541385 Abu_0572 Abu_0573 soxB   FALSE 0.092 87.000 0.000 1.000 N NA
 3541385 3541386 Abu_0573 Abu_0574     TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3541386 3541387 Abu_0574 Abu_0575     TRUE 0.832 4.000 0.000 NA   NA
 3541387 3541388 Abu_0575 Abu_0576     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3541389 3541390 Abu_0577 Abu_0578 pfpI   FALSE 0.099 75.000 0.000 1.000   NA
 3541393 3541394 Abu_0581 Abu_0582 valS   FALSE 0.296 28.000 0.000 1.000   NA
 3541394 3541395 Abu_0582 Abu_0583     FALSE 0.088 161.000 0.000 NA   NA
 3541396 3541397 Abu_0584 Abu_0585     TRUE 0.789 7.000 0.000 NA   NA
 3541399 3541400 Abu_0587 Abu_0588     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541400 3541401 Abu_0588 Abu_0589     TRUE 0.778 -10.000 0.000 NA   NA
 3541401 3541402 Abu_0589 Abu_0590   proC TRUE 0.777 -13.000 0.000 NA   NA
 3541403 3541404 Abu_0591 Abu_0592   lon TRUE 0.664 43.000 0.062 NA   NA
 3541404 3541405 Abu_0592 Abu_0593 lon   TRUE 0.871 4.000 0.000 1.000   NA
 3541405 3541406 Abu_0593 Abu_0594     TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3541406 3541407 Abu_0594 Abu_0595     FALSE 0.142 40.000 0.000 NA   NA
 3541407 3541408 Abu_0595 Abu_0596     TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3541414 3541415 Abu_0603 Abu_0604     FALSE 0.235 28.000 0.000 NA   NA
 3541416 3541417 Abu_0605 Abu_0606 accC2   FALSE 0.098 249.000 0.000 NA   NA
 3541417 3541418 Abu_0606 Abu_0607   sufE TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3541418 3541419 Abu_0607 Abu_0608 sufE sufS TRUE 0.990 2.000 0.116 NA   NA
 3541419 3541420 Abu_0608 Abu_0609 sufS sufD TRUE 0.820 -7.000 0.000 1.000 N NA
 3541420 3541421 Abu_0609 Abu_0610 sufD sufC TRUE 0.996 -13.000 0.482 1.000 Y NA
 3541421 3541422 Abu_0610 Abu_0611 sufC sufB TRUE 0.997 4.000 0.466 1.000 Y NA
 3541423 3541424 Abu_0612 Abu_0613 iscS iscU TRUE 0.783 31.000 0.056 1.000 N NA
 3541424 3541425 Abu_0613 Abu_0614 iscU   FALSE 0.101 131.000 0.000 1.000 N NA
 3541428 3541429 Abu_0617 Abu_0618 cheV   FALSE 0.131 51.000 0.000 1.000 N NA
 3541430 3541431 Abu_0619 Abu_0620 greA   TRUE 0.873 13.000 0.012 1.000   NA
 3541431 3541432 Abu_0620 Abu_0621   uvrB TRUE 0.680 12.000 0.000 1.000   NA
 3541432 3541433 Abu_0621 Abu_0622 uvrB   FALSE 0.092 91.000 0.000 1.000 N NA
 3541434 3541435 Abu_0623 Abu_0624 nth   TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541436 3541437 Abu_0625 Abu_0626     TRUE 0.760 103.000 0.017 0.012 Y NA
 3541438 3541439 Abu_0627 Abu_0628     FALSE 0.098 93.000 0.000 1.000   NA
 3541440 3541441 Abu_0629 Abu_0630     FALSE 0.077 113.000 0.000 NA   NA
 3541441 3541442 Abu_0630 Abu_0631     TRUE 0.980 5.000 0.000 0.032 Y NA
 3541442 3541443 Abu_0631 Abu_0632     FALSE 0.294 189.000 0.000 1.000 Y NA
 3541443 3541444 Abu_0632 Abu_0633     TRUE 0.503 114.000 0.000 0.022 Y NA
 3541445 3541446 Abu_0634 Abu_0635   rpiB FALSE 0.099 262.000 0.000 NA   NA
 3541446 3541447 Abu_0635 Abu_0636 rpiB lepP TRUE 0.978 0.000 0.037 1.000 N NA
 3541447 3541448 Abu_0636 Abu_0637 lepP folD TRUE 0.987 -6.000 0.117 1.000 N NA
 3541449 3541450 Abu_0638 Abu_0639 rplY pth TRUE 0.998 9.000 0.496 0.036 Y NA
 3541450 3541451 Abu_0639 Abu_0640 pth   TRUE 0.980 3.000 0.031 1.000   NA
 3541451 3541452 Abu_0640 Abu_0641     TRUE 0.597 14.000 0.000 1.000   NA
 3541453 3541454 Abu_0642 Abu_0643 amiA npd TRUE 0.985 6.000 0.068 1.000   NA
 3541454 3541455 Abu_0643 Abu_0644 npd tyrS TRUE 0.513 61.000 0.043 1.000   NA
 3541455 3541456 Abu_0644 Abu_0645 tyrS spoT TRUE 0.886 19.000 0.045 1.000 N NA
 3541456 3541457 Abu_0645 Abu_0646 spoT rpoZ TRUE 0.720 34.000 0.039 1.000   NA
 3541457 3541458 Abu_0646 Abu_0647 rpoZ pyrH TRUE 0.813 23.000 0.033 1.000   NA
 3541458 3541459 Abu_0647 Abu_0648 pyrH   FALSE 0.089 57.000 0.000 NA   NA
 3541459 3541460 Abu_0648 Abu_0649   pdxA TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541460 3541461 Abu_0649 Abu_0650 pdxA pdxJ TRUE 0.997 -7.000 0.048 0.002 Y NA
 3541461 3541462 Abu_0650 Abu_0651 pdxJ trpE TRUE 0.915 10.000 0.000 1.000 Y NA
 3541462 3541463 Abu_0651 Abu_0652 trpE   TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3541463 3541464 Abu_0652 Abu_0653   glyA1 FALSE 0.258 26.000 0.000 NA   NA
 3541464 3541465 Abu_0653 Abu_0654 glyA1 lysS TRUE 0.927 14.000 0.044 1.000 N NA
 3541465 3541466 Abu_0654 Abu_0655 lysS   TRUE 0.910 13.000 0.023 1.000   NA
 3541467 3541468 Abu_0656 Abu_0657 ispG   TRUE 0.837 0.000 0.000 1.000 N NA
 3541468 3541469 Abu_0657 Abu_0658   dnaB FALSE 0.096 63.000 0.000 1.000 N NA
 3541469 3541470 Abu_0658 Abu_0659 dnaB ugd FALSE 0.093 66.000 0.000 1.000 N NA
 3541470 3541471 Abu_0659 Abu_0660 ugd   TRUE 0.890 11.000 0.000 1.000 Y NA
 3541471 3541472 Abu_0660 Abu_0661     TRUE 0.976 -3.000 0.008 1.000 Y NA
 3541472 3541473 Abu_0661 Abu_0662     TRUE 0.995 3.000 0.070 0.062   NA
 3541473 3541474 Abu_0662 Abu_0663     TRUE 0.989 5.000 0.114 1.000   NA
 3541474 3541475 Abu_0663 Abu_0664     TRUE 0.986 3.000 0.048 1.000   NA
 3541475 3541476 Abu_0664 Abu_0665     TRUE 0.845 0.000 0.000 1.000   NA
 3541476 3541477 Abu_0665 Abu_0666     TRUE 0.824 -34.000 0.000 1.000   NA
 3541477 3541478 Abu_0666 Abu_0667     TRUE 0.997 5.000 0.511 1.000 Y NA
 3541478 3541479 Abu_0667 Abu_0668   asnB2 TRUE 0.993 2.000 0.178 1.000 N NA
 3541479 3541480 Abu_0668 Abu_0669 asnB2   TRUE 0.934 -49.000 0.000 1.000 Y NA
 3541480 3541481 Abu_0669 Abu_0670   wbpG1 TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541481 3541482 Abu_0670 Abu_0671 wbpG1 hisH2 TRUE 0.991 -3.000 0.379 NA   NA
 3541482 3541483 Abu_0671 Abu_0672 hisH2 hisF2 TRUE 0.998 3.000 0.103 0.008 Y NA
 3541483 3541484 Abu_0672 Abu_0673 hisF2   TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541484 3541485 Abu_0673 Abu_0674     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541485 3541486 Abu_0674 Abu_0675     FALSE 0.092 85.000 0.000 1.000 N NA
 3541486 3541487 Abu_0675 Abu_0676     TRUE 0.863 4.000 0.000 1.000 N NA
 3541487 3541488 Abu_0676 Abu_0677   pglJ TRUE 0.829 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3541488 3541489 Abu_0677 Abu_0678 pglJ asnB TRUE 0.984 -12.000 0.083 1.000 N NA
 3541489 3541490 Abu_0678 Abu_0679 asnB   TRUE 0.948 -7.000 0.011 1.000 N NA
 3541490 3541491 Abu_0679 Abu_0680     FALSE 0.272 59.000 0.000 1.000 Y NA
 3541491 3541492 Abu_0680 Abu_0681     FALSE 0.074 91.000 0.000 NA   NA
 3541492 3541493 Abu_0681 Abu_0682     FALSE 0.288 24.000 0.000 NA   NA
 3541493 3541494 Abu_0682 Abu_0683   wbpG2 TRUE 0.971 0.000 0.026 1.000   NA
 3541494 3541495 Abu_0683 Abu_0684 wbpG2   TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3541495 3541496 Abu_0684 Abu_0685     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541496 3541497 Abu_0685 Abu_0686     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3541497 3541498 Abu_0686 Abu_0687     TRUE 0.802 6.000 0.000 NA   NA
 3541498 3541499 Abu_0687 Abu_0688   wbpG3 TRUE 0.980 -10.000 0.056 1.000 N NA
 3541499 3541500 Abu_0688 Abu_0689 wbpG3 hisH3 TRUE 0.996 9.000 0.379 0.046 N NA
 3541500 3541501 Abu_0689 Abu_0690 hisH3 hisF3 TRUE 0.999 -3.000 0.517 0.008 Y NA
 3541501 3541502 Abu_0690 Abu_0691 hisF3   TRUE 0.837 0.000 0.000 1.000 N NA
 3541502 3541503 Abu_0691 Abu_0692     TRUE 0.994 -3.000 0.099 1.000 Y NA
 3541503 3541504 Abu_0692 Abu_0693     TRUE 0.980 -7.000 0.020 NA Y NA
 3541504 3541505 Abu_0693 Abu_0694     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA Y NA
 3541505 3541506 Abu_0694 Abu_0695     TRUE 0.981 0.000 0.014 1.000 Y NA
 3541506 3541507 Abu_0695 Abu_0696   pglF TRUE 0.990 10.000 0.087 1.000 Y NA
 3541507 3541508 Abu_0696 Abu_0697 pglF   FALSE 0.104 62.000 0.000 1.000   NA
 3541510 3541511 Abu_0699 Abu_0700 apt trpB1 TRUE 0.804 17.000 0.011 1.000 N NA
 3541511 3541512 Abu_0700 Abu_0701 trpB1   TRUE 0.768 18.000 0.013 NA   NA
 3541512 3541513 Abu_0701 Abu_0702   pepA TRUE 0.989 -10.000 0.250 NA   NA
 3541514 3541515 Abu_0703 Abu_0704   exbD2 TRUE 0.816 8.000 0.000 1.000 N NA
 3541515 3541516 Abu_0704 Abu_0705 exbD2 exbB2 TRUE 0.973 -19.000 0.000 0.047 Y NA
 3541517 3541518 Abu_0706 Abu_0707     TRUE 0.992 7.000 0.071 1.000 Y NA
 3541518 3541519 Abu_0707 Abu_0708     TRUE 0.994 -13.000 0.929 1.000 N NA
 3541519 3541520 Abu_0708 Abu_0709     TRUE 0.997 0.000 0.459 1.000 Y NA
 3541521 3541522 Abu_0710 Abu_0711     FALSE 0.105 485.000 0.000 NA   NA
 3541522 3541523 Abu_0711 Abu_0712     TRUE 0.992 2.000 0.176 NA   NA
 3541523 3541524 Abu_0712 Abu_0713     TRUE 0.990 1.000 0.150 NA   NA
 3541524 3541525 Abu_0713 Abu_0714     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541525 3541526 Abu_0714 Abu_0715     TRUE 0.832 4.000 0.000 NA   NA
 3541526 3541527 Abu_0715 Abu_0716     TRUE 0.990 -3.000 0.250 NA   NA
 3541527 3541528 Abu_0716 Abu_0717   fur1 TRUE 0.685 61.000 0.250 NA   NA
 3541529 3541530 Abu_0718 Abu_0719   fumC FALSE 0.305 23.000 0.000 NA   NA
 3541530 3541531 Abu_0719 Abu_0720 fumC   FALSE 0.324 22.000 0.000 NA   NA
 3541532 3541533 Abu_0721 Abu_0722     TRUE 0.935 -16.000 0.000 1.000 Y NA
 3541534 3541535 Abu_0723 Abu_0724 bfrE   TRUE 0.635 84.000 0.122 1.000   NA
 3541535 3541536 Abu_0724 Abu_0725     TRUE 0.990 -3.000 0.214 1.000   NA
 3541536 3541537 Abu_0725 Abu_0726   irgA FALSE 0.117 215.000 0.000 1.000 N NA
 3541537 3541538 Abu_0726 Abu_0727 irgA   FALSE 0.099 79.000 0.000 1.000   NA
 3541538 3541539 Abu_0727 Abu_0728     TRUE 0.633 13.000 0.000 1.000   NA
 3541539 3541540 Abu_0728 Abu_0729     FALSE 0.075 99.000 0.000 NA   NA
 3541540 3541541 Abu_0729 Abu_0730   cysJ TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3541542 3541543 Abu_0731 Abu_0732   cstA TRUE 0.992 3.000 0.229 NA   NA
 3541544 3541545 Abu_0733 Abu_0734     TRUE 0.706 10.000 0.000 NA N NA
 3541546 3541547 Abu_0735 Abu_0736     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541549 3541550 Abu_0738 Abu_0739     FALSE 0.116 44.000 0.000 NA N NA
 3541551 3541552 Abu_0740 Abu_0741 thiL truD FALSE 0.406 134.000 0.022 1.000   NA
 3541552 3541553 Abu_0741 Abu_0742 truD   FALSE 0.101 53.000 0.000 NA   NA
 3541555 3541556 Abu_0744 Abu_0745 ruvA ddlA TRUE 0.785 19.000 0.014 1.000 N NA
 3541556 3541557 Abu_0745 Abu_0746 ddlA   TRUE 0.983 3.000 0.046 NA   NA
 3541557 3541558 Abu_0746 Abu_0747   murF TRUE 0.985 -13.000 0.129 NA   NA
 3541558 3541559 Abu_0747 Abu_0748 murF   TRUE 0.966 11.000 0.061 1.000 N NA
 3541559 3541560 Abu_0748 Abu_0749     FALSE 0.076 108.000 0.000 NA   NA
 3541560 3541561 Abu_0749 Abu_0750     FALSE 0.077 111.000 0.000 NA   NA
 3541561 3541562 Abu_0750 Abu_0751   rpsJ FALSE 0.093 207.000 0.000 NA   NA
 3541562 3541563 Abu_0751 Abu_0752 rpsJ rplC TRUE 0.991 19.000 0.467 0.030 Y NA
 3541563 3541564 Abu_0752 Abu_0753 rplC rplD TRUE 0.998 -3.000 0.361 0.023 Y NA
 3541564 3541565 Abu_0753 Abu_0754 rplD rplW TRUE 0.998 2.000 0.513 1.000 Y NA
 3541565 3541566 Abu_0754 Abu_0755 rplW rplB TRUE 0.995 11.000 0.849 1.000 Y NA
 3541566 3541567 Abu_0755 Abu_0756 rplB rpsS TRUE 0.998 10.000 0.820 0.030 Y NA
 3541567 3541568 Abu_0756 Abu_0757 rpsS rplV TRUE 0.999 3.000 0.769 0.030 Y NA
 3541568 3541569 Abu_0757 Abu_0758 rplV rpsC TRUE 0.999 0.000 0.719 0.030 Y NA
 3541569 3541570 Abu_0758 Abu_0759 rpsC rplP TRUE 0.999 3.000 0.828 0.030 Y NA
 3541570 3541571 Abu_0759 Abu_0760 rplP rpmC TRUE 0.997 -13.000 0.802 0.023   NA
 3541571 3541572 Abu_0760 Abu_0761 rpmC rpsQ TRUE 0.996 11.000 0.828 0.023   NA
 3541572 3541573 Abu_0761 Abu_0762 rpsQ rplN TRUE 0.999 0.000 0.791 0.030 Y NA
 3541573 3541574 Abu_0762 Abu_0763 rplN rplX TRUE 0.999 0.000 0.810 0.030 Y NA
 3541574 3541575 Abu_0763 Abu_0764 rplX rplE TRUE 0.999 -7.000 0.758 0.023 Y NA
 3541575 3541576 Abu_0764 Abu_0765 rplE rpsN TRUE 0.999 0.000 0.496 0.023 Y NA
 3541576 3541577 Abu_0765 Abu_0766 rpsN rpsH TRUE 0.996 13.000 0.473 0.023 Y NA
 3541577 3541578 Abu_0766 Abu_0767 rpsH rplF TRUE 0.998 10.000 0.808 0.023 Y NA
 3541578 3541579 Abu_0767 Abu_0768 rplF rplR TRUE 0.998 10.000 0.815 0.023 Y NA
 3541579 3541580 Abu_0768 Abu_0769 rplR rpsE TRUE 0.998 10.000 0.814 0.030 Y NA
 3541580 3541581 Abu_0769 Abu_0770 rpsE rplO TRUE 0.998 4.000 0.148 0.030 Y NA
 3541581 3541582 Abu_0770 Abu_0771 rplO secY TRUE 0.996 3.000 0.730 1.000 N NA
 3541582 3541583 Abu_0771 Abu_0772 secY map TRUE 0.978 2.000 0.026 1.000 N NA
 3541583 3541584 Abu_0772 Abu_0773 map infA TRUE 0.987 10.000 0.051 1.000 Y NA
 3541584 3541585 Abu_0773 Abu_0774 infA   FALSE 0.092 89.000 0.000 1.000 N NA
 3541585 3541586 Abu_0774 Abu_0775     TRUE 0.983 -3.000 0.087 NA   NA
 3541586 3541587 Abu_0775 Abu_0776   aspS FALSE 0.125 44.000 0.000 NA   NA
 3541587 3541588 Abu_0776 Abu_0777 aspS   FALSE 0.104 141.000 0.000 1.000 N NA
 3541588 3541589 Abu_0777 Abu_0778     FALSE 0.100 61.000 0.000 1.000 N NA
 3541591 3541592 Abu_0780 Abu_0781 adk2   TRUE 0.961 0.000 0.016 1.000   NA
 3541592 3541593 Abu_0781 Abu_0782   cat FALSE 0.322 26.000 0.000 1.000   NA
 3541593 3541594 Abu_0782 Abu_0783 cat   FALSE 0.105 125.000 0.000 1.000   NA
 3541594 3541595 Abu_0783 Abu_0784     TRUE 0.464 38.000 0.000 0.031   NA
 3541596 3541597 Abu_0785 Abu_0786   alr FALSE 0.099 125.000 0.000 1.000 N NA
 3541597 3541598 Abu_0786 Abu_0787 alr uvrC TRUE 0.872 3.000 0.000 1.000 N NA
 3541599 3541600 Abu_0788 Abu_0789     TRUE 0.585 434.000 0.000 0.022 Y NA
 3541600 3541601 Abu_0789 Abu_0790     TRUE 0.649 42.000 0.000 0.022 Y NA
 3541601 3541602 Abu_0790 Abu_0791     TRUE 0.578 351.000 0.000 0.022 Y NA
 3541603 3541604 Abu_0792 Abu_0793     TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.026 Y NA
 3541606 3541607 Abu_0795 Abu_0796     FALSE 0.075 77.000 0.000 NA   NA
 3541607 3541608 Abu_0796 Abu_0797     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3541608 3541609 Abu_0797 Abu_0798     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3541610 3541611 Abu_0799 Abu_0800     TRUE 0.880 57.000 0.654 NA Y NA
 3541611 3541612 Abu_0800 Abu_0801     TRUE 0.999 4.000 0.758 0.037 Y NA
 3541612 3541613 Abu_0801 Abu_0802     TRUE 0.996 2.000 0.823 1.000   NA
 3541613 3541614 Abu_0802 Abu_0803     TRUE 0.909 130.000 0.731 0.017   NA
 3541614 3541615 Abu_0803 Abu_0804     FALSE 0.080 127.000 0.000 NA   NA
 3541615 3541616 Abu_0804 Abu_0805   ureD FALSE 0.090 172.000 0.000 NA   NA
 3541616 3541617 Abu_0805 Abu_0806 ureD ureAB TRUE 0.941 10.000 0.000 0.004 N NA
 3541617 3541618 Abu_0806 Abu_0807 ureAB ureC TRUE 0.988 2.000 0.000 0.001 Y NA
 3541618 3541619 Abu_0807 Abu_0808 ureC ureE TRUE 0.987 10.000 0.029 0.002 N NA
 3541619 3541620 Abu_0808 Abu_0809 ureE ureF TRUE 0.999 -55.000 0.460 0.006 Y NA
 3541620 3541621 Abu_0809 Abu_0810 ureF ureG TRUE 0.946 136.000 0.439 0.006 Y NA
 3541624 3541625 Abu_0813 Abu_0814     TRUE 0.996 3.000 0.945 1.000 N NA
 3541625 3541626 Abu_0814 Abu_0815     TRUE 0.989 -3.000 0.036 1.000 Y NA
 3541627 3541628 Abu_0816 Abu_0817     FALSE 0.074 81.000 0.000 NA   NA
 3541629 3541630 Abu_0818 Abu_0819     TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 3541632 3541633 Abu_0821 Abu_0822 xth   TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541635 3541636 Abu_0824 Abu_0825     TRUE 0.832 4.000 0.000 NA   NA
 3541637 3541638 Abu_0826 Abu_0827     TRUE 0.993 -3.000 0.748 NA   NA
 3541639 3541640 Abu_0828 Abu_0829     TRUE 0.738 225.000 0.286 NA   NA
 3541640 3541641 Abu_0829 Abu_0830     TRUE 0.773 -73.000 0.000 NA   NA
 3541641 3541642 Abu_0830 Abu_0831     FALSE 0.216 65.000 0.000 NA Y NA
 3541642 3541643 Abu_0831 Abu_0832     TRUE 0.998 -3.000 0.286 0.031 Y NA
 3541643 3541644 Abu_0832 Abu_0833     TRUE 0.727 28.000 0.034 NA N NA
 3541644 3541645 Abu_0833 Abu_0834   phrB TRUE 0.925 -13.000 0.006 NA N NA
 3541645 3541646 Abu_0834 Abu_0835 phrB   TRUE 0.945 -3.000 0.012 NA   NA
 3541646 3541647 Abu_0835 Abu_0836     FALSE 0.080 126.000 0.000 NA   NA
 3541647 3541648 Abu_0836 Abu_0837     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3541648 3541649 Abu_0837 Abu_0838   pgi TRUE 0.916 9.000 0.000 NA Y NA
 3541649 3541650 Abu_0838 Abu_0839 pgi galU TRUE 0.837 0.000 0.000 1.000 N NA
 3541650 3541651 Abu_0839 Abu_0840 galU   TRUE 0.873 2.000 0.000 1.000 N NA
 3541652 3541653 Abu_0841 Abu_0842     FALSE 0.076 108.000 0.000 NA   NA
 3541653 3541654 Abu_0842 Abu_0843     FALSE 0.094 55.000 0.000 NA   NA
 3541654 3541655 Abu_0843 Abu_0844     FALSE 0.103 391.000 0.000 NA   NA
 3541655 3541656 Abu_0844 Abu_0845     FALSE 0.086 158.000 0.000 NA   NA
 3541656 3541657 Abu_0845 Abu_0846     FALSE 0.104 423.000 0.000 NA   NA
 3541657 3541658 Abu_0846 Abu_0847     TRUE 0.924 10.000 0.000 0.033   NA
 3541661 3541662 Abu_0850 Abu_0851 trpC   TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3541662 3541663 Abu_0851 Abu_0852     TRUE 0.775 -24.000 0.000 NA   NA
 3541663 3541664 Abu_0852 Abu_0853     TRUE 0.980 -7.000 0.064 NA   NA
 3541665 3541666 Abu_0854 Abu_0855 oorD oorA TRUE 0.998 9.000 0.316 0.002 Y NA
 3541666 3541667 Abu_0855 Abu_0856 oorA oorB TRUE 0.999 2.000 0.771 0.002 Y NA
 3541667 3541668 Abu_0856 Abu_0857 oorB oorC TRUE 0.999 8.000 0.324 0.002 Y NA
 3541669 3541670 Abu_0858 Abu_0859 dnaQ3 trpF TRUE 0.947 -13.000 0.011 1.000 N NA
 3541670 3541671 Abu_0859 Abu_0860 trpF rpe TRUE 0.948 -3.000 0.010 1.000 N NA
 3541673 3541674 Abu_0862 Abu_0863     TRUE 0.879 3.000 0.000 1.000   NA
 3541674 3541675 Abu_0863 Abu_0864     TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3541675 3541676 Abu_0864 Abu_0865     FALSE 0.109 50.000 0.000 NA   NA
 3541676 3541677 Abu_0865 Abu_0866     TRUE 0.830 1.000 0.000 NA   NA
 3541677 3541678 Abu_0866 Abu_0867     TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 3541680 3541681 Abu_0869 Abu_0870     TRUE 0.832 4.000 0.000 NA   NA
 3541681 3541682 Abu_0870 Abu_0871     TRUE 0.907 12.000 0.021 NA   NA
 3541682 3541683 Abu_0871 Abu_0872   pgsA TRUE 0.978 10.000 0.023 0.062 N NA
 3541683 3541684 Abu_0872 Abu_0873 pgsA   TRUE 0.983 0.000 0.017 1.000 Y NA
 3541684 3541685 Abu_0873 Abu_0874   dapA TRUE 0.991 0.000 0.238 1.000 N NA
 3541685 3541686 Abu_0874 Abu_0875 dapA   TRUE 0.916 24.000 0.217 1.000   NA
 3541686 3541687 Abu_0875 Abu_0876   pyrD TRUE 0.981 0.000 0.048 1.000   NA
 3541687 3541688 Abu_0876 Abu_0877 pyrD msbA TRUE 0.470 44.000 0.017 1.000 N NA
 3541688 3541689 Abu_0877 Abu_0878 msbA mviN FALSE 0.284 58.000 0.000 0.062   NA
 3541689 3541690 Abu_0878 Abu_0879 mviN   TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541694 3541695 Abu_0883 Abu_0884   radA TRUE 0.820 16.000 0.000 0.021 N NA
 3541696 3541697 Abu_0885 Abu_0886     FALSE 0.075 100.000 0.000 NA   NA
 3541697 3541698 Abu_0886 Abu_0887     TRUE 0.989 -22.000 0.222 1.000 N NA
 3541699 3541700 Abu_0888 Abu_0889   ftsY FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3541700 3541701 Abu_0889 Abu_0890 ftsY   TRUE 0.826 13.000 0.002 1.000 N NA
 3541702 3541703 Abu_0891 Abu_0892     TRUE 0.949 13.000 0.059 1.000   NA
 3541703 3541704 Abu_0892 Abu_0893     TRUE 0.470 19.000 0.000 1.000   NA
 3541704 3541705 Abu_0893 Abu_0894     TRUE 0.932 -40.000 0.004 1.000 N NA
 3541705 3541706 Abu_0894 Abu_0895     FALSE 0.142 40.000 0.000 NA   NA
 3541708 3541709 Abu_0897 Abu_0898     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3541711 3541712 Abu_0900 Abu_0901     FALSE 0.288 24.000 0.000 NA   NA
 3541712 3541713 Abu_0901 Abu_0902     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3541713 3541714 Abu_0902 Abu_0903     TRUE 0.967 16.000 0.500 NA   NA
 3541714 3541715 Abu_0903 Abu_0904     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541715 3541716 Abu_0904 Abu_0905     TRUE 0.997 -13.000 0.857 1.000 Y NA
 3541716 3541717 Abu_0905 Abu_0906     FALSE 0.107 58.000 0.000 1.000 N NA
 3541718 3541719 Abu_0907 Abu_0908     FALSE 0.396 22.000 0.000 1.000   NA
 3541719 3541720 Abu_0908 Abu_0909     FALSE 0.194 39.000 0.000 1.000   NA
 3541722 3541723 Abu_0911 Abu_0912     FALSE 0.099 82.000 0.000 1.000   NA
 3541723 3541724 Abu_0912 Abu_0913     FALSE 0.103 382.000 0.000 NA   NA
 3541724 3541725 Abu_0913 Abu_0914     FALSE 0.074 88.000 0.000 NA   NA
 3541725 3541726 Abu_0914 Abu_0915     TRUE 0.761 9.000 0.000 NA   NA
 3541728 3541729 Abu_0917 Abu_0918     FALSE 0.252 78.000 0.000 0.067   NA
 3541729 3541730 Abu_0918 Abu_0919     TRUE 0.469 16.000 0.000 NA   NA
 3541730 3541731 Abu_0919 Abu_0920     FALSE 0.102 348.000 0.000 NA   NA
 3541731 3541732 Abu_0920 Abu_0921   guaA FALSE 0.172 35.000 0.000 NA   NA
 3541732 3541733 Abu_0921 Abu_0922 guaA nadB FALSE 0.094 65.000 0.000 1.000 N NA
 3541736 3541737 Abu_0925 Abu_0926 aspB3   TRUE 0.863 4.000 0.000 1.000 N NA
 3541737 3541738 Abu_0926 Abu_0927     FALSE 0.110 59.000 0.000 1.000   NA
 3541738 3541739 Abu_0927 Abu_0928   cyaA TRUE 0.988 -13.000 0.146 1.000   NA
 3541740 3541741 Abu_0929 Abu_0930     TRUE 0.761 9.000 0.000 NA   NA
 3541742 3541743 Abu_0931 Abu_0932     FALSE 0.117 47.000 0.000 NA   NA
 3541743 3541744 Abu_0932 Abu_0933     FALSE 0.142 40.000 0.000 NA   NA
 3541744 3541745 Abu_0933 Abu_0934     FALSE 0.069 98.000 0.000 NA N NA
 3541745 3541746 Abu_0934 Abu_0935   cbiM TRUE 0.997 2.000 0.388 NA Y NA
 3541746 3541747 Abu_0935 Abu_0936 cbiM   TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541747 3541748 Abu_0936 Abu_0937     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541748 3541749 Abu_0937 Abu_0938     TRUE 0.995 -3.000 0.153 1.000 Y NA
 3541749 3541750 Abu_0938 Abu_0939     FALSE 0.070 101.000 0.000 NA N NA
 3541750 3541751 Abu_0939 Abu_0940     TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3541751 3541752 Abu_0940 Abu_0941     TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3541752 3541753 Abu_0941 Abu_0942     FALSE 0.324 22.000 0.000 NA   NA
 3541753 3541754 Abu_0942 Abu_0943     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3541754 3541755 Abu_0943 Abu_0944     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3541755 3541756 Abu_0944 Abu_0945     FALSE 0.166 36.000 0.000 NA   NA
 3541756 3541757 Abu_0945 Abu_0946     TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3541757 3541758 Abu_0946 Abu_0947     FALSE 0.394 19.000 0.000 NA   NA
 3541758 3541759 Abu_0947 Abu_0948     FALSE 0.075 76.000 0.000 NA   NA
 3541760 3541761 Abu_0949 Abu_0950     TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3541761 3541762 Abu_0950 Abu_0951     FALSE 0.095 220.000 0.000 NA   NA
 3541763 3541764 Abu_0952 Abu_0953     FALSE 0.172 35.000 0.000 NA   NA
 3541764 3541765 Abu_0953 Abu_0954     FALSE 0.208 31.000 0.000 NA   NA
 3541765 3541766 Abu_0954 Abu_0955     TRUE 0.980 9.000 0.083 NA   NA
 3541769 3541770 Abu_0958 Abu_0959 uvrA   FALSE 0.075 102.000 0.000 NA   NA
 3541772 3541773 Abu_0961 Abu_0962 ggt   FALSE 0.120 184.000 0.000 1.000   NA
 3541773 3541774 Abu_0962 Abu_0963   cysE FALSE 0.110 141.000 0.000 1.000   NA
 3541774 3541775 Abu_0963 Abu_0964 cysE speA TRUE 0.991 -10.000 0.055 1.000 Y NA
 3541775 3541776 Abu_0964 Abu_0965 speA hisS TRUE 0.971 1.000 0.021 1.000 N NA
 3541776 3541777 Abu_0965 Abu_0966 hisS tmk TRUE 0.958 -10.000 0.018 1.000 N NA
 3541777 3541778 Abu_0966 Abu_0967 tmk coaD TRUE 0.973 -9.000 0.034 1.000 N NA
 3541778 3541779 Abu_0967 Abu_0968 coaD ubiD TRUE 0.989 5.000 0.032 1.000 Y NA
 3541780 3541781 Abu_0969 Abu_0970   rplI FALSE 0.093 74.000 0.000 1.000 N NA
 3541781 3541782 Abu_0970 Abu_0971 rplI hslV TRUE 0.976 6.000 0.034 1.000 N NA
 3541782 3541783 Abu_0971 Abu_0972 hslV hslU TRUE 0.997 8.000 0.752 1.000 Y NA
 3541783 3541784 Abu_0972 Abu_0973 hslU   FALSE 0.101 53.000 0.000 NA   NA
 3541784 3541785 Abu_0973 Abu_0974     FALSE 0.086 158.000 0.000 NA   NA
 3541785 3541786 Abu_0974 Abu_0975     TRUE 0.496 36.000 0.015 NA   NA
 3541786 3541787 Abu_0975 Abu_0976   rlpA TRUE 0.979 -16.000 0.062 NA   NA
 3541787 3541788 Abu_0976 Abu_0977 rlpA hisB TRUE 0.942 10.000 0.022 NA N NA
 3541788 3541789 Abu_0977 Abu_0978 hisB   TRUE 0.962 -3.000 0.018 1.000   NA
 3541789 3541790 Abu_0978 Abu_0979     TRUE 0.992 -9.000 0.617 NA   NA
 3541790 3541791 Abu_0979 Abu_0980     TRUE 0.992 0.000 0.459 NA   NA
 3541791 3541792 Abu_0980 Abu_0981     TRUE 0.976 0.000 0.041 NA   NA
 3541792 3541793 Abu_0981 Abu_0982     TRUE 0.965 -10.000 0.023 1.000   NA
 3541793 3541794 Abu_0982 Abu_0983     FALSE 0.093 66.000 0.000 1.000 N NA
 3541794 3541795 Abu_0983 Abu_0984     TRUE 0.818 1.000 0.000 NA N NA
 3541795 3541796 Abu_0984 Abu_0985     FALSE 0.235 139.000 0.000 NA Y NA
 3541797 3541798 Abu_0986 Abu_0987 argC   FALSE 0.295 56.000 0.000 1.000 Y NA
 3541799 3541800 Abu_0988 Abu_0989     TRUE 0.885 13.000 0.000 0.005   NA
 3541801 3541802 Abu_0990 Abu_0991     TRUE 0.994 -3.000 1.000 NA   NA
 3541802 3541803 Abu_0991 Abu_0992     TRUE 0.777 -13.000 0.000 NA   NA
 3541803 3541804 Abu_0992 Abu_0993     TRUE 0.994 -3.000 0.098 1.000 Y NA
 3541804 3541805 Abu_0993 Abu_0994     FALSE 0.100 129.000 0.000 1.000 N NA
 3541805 3541806 Abu_0994 Abu_0995   fliP FALSE 0.266 29.000 0.000 1.000 N NA
 3541806 3541807 Abu_0995 Abu_0996 fliP pbpC FALSE 0.094 76.000 0.000 1.000 N NA
 3541807 3541808 Abu_0996 Abu_0997 pbpC   TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541808 3541809 Abu_0997 Abu_0998     TRUE 0.761 9.000 0.000 NA   NA
 3541809 3541810 Abu_0998 Abu_0999   ftsX TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3541810 3541811 Abu_0999 Abu_1000 ftsX ftsE TRUE 0.960 -13.000 0.024 NA   NA
 3541811 3541812 Abu_1000 Abu_1001 ftsE   TRUE 0.979 -3.000 0.044 1.000   NA
 3541812 3541813 Abu_1001 Abu_1002     TRUE 0.981 8.000 0.060 1.000   NA
 3541813 3541814 Abu_1002 Abu_1003   rluD TRUE 0.970 -52.000 0.031 1.000   NA
 3541817 3541818 Abu_1006 Abu_1007 hemL   TRUE 0.521 14.000 0.000 NA   NA
 3541818 3541819 Abu_1007 Abu_1008     TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3541819 3541820 Abu_1008 Abu_1009     TRUE 0.989 -61.000 0.269 NA   NA
 3541821 3541822 Abu_1010 Abu_1011   rpoD TRUE 0.961 3.000 0.013 NA   NA
 3541823 3541824 Abu_1012 Abu_1013 leuD leuB TRUE 0.998 1.000 0.089 0.003 Y NA
 3541824 3541825 Abu_1013 Abu_1014 leuB   FALSE 0.324 22.000 0.000 NA   NA
 3541827 3541828 Abu_1016 Abu_1017 rpmJ rpsM TRUE 0.996 6.000 0.194 0.022   NA
 3541828 3541829 Abu_1017 Abu_1018 rpsM rpsK TRUE 0.998 11.000 0.810 0.022 Y NA
 3541829 3541830 Abu_1018 Abu_1019 rpsK rpsD TRUE 0.997 11.000 0.509 0.029 Y NA
 3541830 3541831 Abu_1019 Abu_1020 rpsD rpoA TRUE 0.965 18.000 0.549 1.000 N NA
 3541831 3541832 Abu_1020 Abu_1021 rpoA rplQ TRUE 0.979 15.000 0.873 1.000 N NA
 3541832 3541833 Abu_1021 Abu_1022 rplQ gatA TRUE 0.503 154.000 0.000 0.034 Y NA
 3541833 3541834 Abu_1022 Abu_1023 gatA guaB TRUE 0.846 20.000 0.032 1.000 N NA
 3541834 3541835 Abu_1023 Abu_1024 guaB   FALSE 0.085 150.000 0.000 NA   NA
 3541836 3541837 Abu_1025 Abu_1026     FALSE 0.098 54.000 0.000 NA   NA
 3541837 3541838 Abu_1026 Abu_1027     TRUE 0.890 11.000 0.000 1.000 Y NA
 3541839 3541840 Abu_1028 Abu_1029     TRUE 0.995 10.000 0.600 1.000 Y NA
 3541840 3541841 Abu_1029 Abu_1030     TRUE 0.524 17.000 0.000 1.000   NA
 3541841 3541842 Abu_1030 Abu_1031     FALSE 0.371 20.000 0.000 NA   NA
 3541842 3541843 Abu_1031 Abu_1032     TRUE 0.991 0.000 0.286 NA   NA
 3541845 3541846 Abu_1034 Abu_1035     TRUE 0.633 13.000 0.000 1.000   NA
 3541847 3541848 Abu_1036 Abu_1037     TRUE 0.998 3.000 1.000 1.000 Y NA
 3541848 3541849 Abu_1037 Abu_1038     FALSE 0.104 119.000 0.000 1.000   NA
 3541849 3541850 Abu_1038 Abu_1039     FALSE 0.104 120.000 0.000 1.000   NA
 3541851 3541852 Abu_1040 Abu_1041     TRUE 0.778 -3.000 0.000 NA N NA
 3541852 3541853 Abu_1041 Abu_1042     FALSE 0.070 76.000 0.000 NA N NA
 3541853 3541854 Abu_1042 Abu_1043     FALSE 0.258 26.000 0.000 NA   NA
 3541859 3541860 Abu_1048 Abu_1049   sugE TRUE 0.479 34.000 0.000 1.000 Y NA
 3541861 3541862 Abu_1050 Abu_1051     TRUE 0.494 15.000 0.000 NA   NA
 3541862 3541863 Abu_1051 Abu_1052     FALSE 0.075 65.000 0.000 NA   NA
 3541866 3541867 Abu_1055 Abu_1056     FALSE 0.098 87.000 0.000 1.000   NA
 3541867 3541868 Abu_1056 Abu_1057     TRUE 0.832 4.000 0.000 NA   NA
 3541869 3541870 Abu_1058 Abu_1059     TRUE 0.927 10.000 0.000 0.030   NA
 3541870 3541871 Abu_1059 Abu_1060     TRUE 0.860 13.000 0.000 0.030   NA
 3541871 3541872 Abu_1060 Abu_1061     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3541872 3541873 Abu_1061 Abu_1062     FALSE 0.235 28.000 0.000 NA   NA
 3541873 3541874 Abu_1062 Abu_1063     FALSE 0.102 113.000 0.000 1.000   NA
 3541874 3541875 Abu_1063 Abu_1064     FALSE 0.099 82.000 0.000 1.000   NA
 3541876 3541877 Abu_1065 Abu_1066     FALSE 0.068 90.000 0.000 NA N NA
 3541877 3541878 Abu_1066 Abu_1067   lig FALSE 0.093 96.000 0.000 1.000 N NA
 3541878 3541879 Abu_1067 Abu_1068 lig   TRUE 0.531 16.000 0.000 1.000 N NA
 3541879 3541880 Abu_1068 Abu_1069     TRUE 0.995 4.000 0.763 NA   NA
 3541881 3541882 Abu_1070 Abu_1071 dgt mloA FALSE 0.131 273.000 0.000 1.000   NA
 3541882 3541883 Abu_1071 Abu_1072 mloA   FALSE 0.365 92.000 0.000 0.001   NA
 3541884 3541885 Abu_1073 Abu_1074 aroE   TRUE 0.872 3.000 0.000 1.000 N NA
 3541886 3541887 Abu_1075 Abu_1076   maeA FALSE 0.074 95.000 0.000 NA   NA
 3541887 3541888 Abu_1076 Abu_1077 maeA purU FALSE 0.092 68.000 0.000 1.000 N NA
 3541888 3541889 Abu_1077 Abu_1078 purU   TRUE 0.977 2.000 0.025 1.000 N NA
 3541890 3541891 Abu_1079 Abu_1080     TRUE 0.777 -13.000 0.000 NA   NA
 3541892 3541893 Abu_1081 Abu_1082     TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3541893 3541894 Abu_1082 Abu_1083     TRUE 0.830 1.000 0.000 NA   NA
 3541894 3541895 Abu_1083 Abu_1084     TRUE 0.936 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 3541895 3541896 Abu_1084 Abu_1085     FALSE 0.116 44.000 0.000 NA N NA
 3541896 3541897 Abu_1085 Abu_1086     TRUE 0.995 -22.000 0.313 NA Y NA
 3541898 3541899 Abu_1087 Abu_1088   cydB FALSE 0.077 111.000 0.000 NA   NA
 3541899 3541900 Abu_1088 Abu_1089 cydB cydA TRUE 0.999 2.000 0.962 0.058 Y NA
 3541900 3541901 Abu_1089 Abu_1090 cydA   TRUE 0.974 16.000 0.887 NA   NA
 3541901 3541902 Abu_1090 Abu_1091     FALSE 0.087 159.000 0.000 NA   NA
 3541902 3541903 Abu_1091 Abu_1092     FALSE 0.305 23.000 0.000 NA   NA
 3541903 3541904 Abu_1092 Abu_1093     FALSE 0.076 103.000 0.000 NA   NA
 3541909 3541910 Abu_1098 Abu_1099     TRUE 0.946 0.000 0.011 NA   NA
 3541910 3541911 Abu_1099 Abu_1100     FALSE 0.235 28.000 0.000 NA   NA
 3541911 3541912 Abu_1100 Abu_1101     FALSE 0.371 20.000 0.000 NA   NA
 3541912 3541913 Abu_1101 Abu_1102     TRUE 0.995 2.000 0.080 1.000 Y NA
 3541913 3541914 Abu_1102 Abu_1103     TRUE 0.991 -22.000 0.060 1.000 Y NA
 3541914 3541915 Abu_1103 Abu_1104     TRUE 0.992 -3.000 0.060 1.000 Y NA
 3541916 3541917 Abu_1105 Abu_1106     TRUE 0.539 13.000 0.000 NA N NA
 3541918 3541919 Abu_1107 Abu_1108     TRUE 0.987 -10.000 0.154 NA   NA
 3541919 3541920 Abu_1108 Abu_1109     TRUE 0.997 -43.000 0.625 1.000 Y NA
 3541920 3541921 Abu_1109 Abu_1110     TRUE 0.992 -6.000 0.333 1.000   NA
 3541921 3541922 Abu_1110 Abu_1111     FALSE 0.098 71.000 0.000 1.000   NA
 3541928 3541929 Abu_1117 Abu_1118     TRUE 0.974 -3.000 0.000 0.065 Y NA
 3541929 3541930 Abu_1118 Abu_1119     FALSE 0.125 303.000 0.000 1.000 N NA
 3541930 3541931 Abu_1119 Abu_1120     FALSE 0.308 26.000 0.000 1.000 N NA
 3541931 3541932 Abu_1120 Abu_1121     TRUE 0.996 -7.000 0.447 0.060 N NA
 3541932 3541933 Abu_1121 Abu_1122     TRUE 0.827 7.000 0.000 1.000 N NA
 3541933 3541934 Abu_1122 Abu_1123     FALSE 0.073 70.000 0.000 NA   NA
 3541934 3541935 Abu_1123 Abu_1124     TRUE 0.987 -3.000 0.152 NA   NA
 3541935 3541936 Abu_1124 Abu_1125   aroB FALSE 0.093 74.000 0.000 1.000 N NA
 3541936 3541937 Abu_1125 Abu_1126 aroB   TRUE 0.981 2.000 0.041 NA N NA
 3541937 3541938 Abu_1126 Abu_1127     TRUE 0.985 4.000 0.063 NA N NA
 3541938 3541939 Abu_1127 Abu_1128   ftsH2 TRUE 0.982 -19.000 0.067 1.000 N NA
 3541939 3541940 Abu_1128 Abu_1129 ftsH2   TRUE 0.988 -13.000 0.237 NA   NA
 3541940 3541941 Abu_1129 Abu_1130   mog TRUE 0.944 -3.000 0.011 NA   NA
 3541943 3541944 Abu_1132 Abu_1133     TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3541944 3541945 Abu_1133 Abu_1134     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3541945 3541946 Abu_1134 Abu_1135     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3541946 3541947 Abu_1135 Abu_1136     TRUE 0.815 5.000 0.000 NA   NA
 3541949 3541950 Abu_1138 Abu_1139     FALSE 0.103 52.000 0.000 NA   NA
 3541950 3541951 Abu_1139 Abu_1140     FALSE 0.102 110.000 0.000 1.000   NA
 3541951 3541952 Abu_1140 Abu_1141     FALSE 0.076 64.000 0.000 NA   NA
 3541952 3541953 Abu_1141 Abu_1142   torC FALSE 0.088 160.000 0.000 NA   NA
 3541953 3541954 Abu_1142 Abu_1143 torC bisC TRUE 0.942 -3.000 0.000 0.057   NA
 3541956 3541957 Abu_1145 Abu_1146   mutS2 FALSE 0.145 47.000 0.000 1.000 N NA
 3541958 3541959 Abu_1147 Abu_1148     FALSE 0.074 91.000 0.000 NA   NA
 3541959 3541960 Abu_1148 Abu_1149     FALSE 0.074 87.000 0.000 NA   NA
 3541961 3541962 Abu_1150 Abu_1151 dapE amtB FALSE 0.096 109.000 0.000 1.000 N NA
 3541962 3541963 Abu_1151 Abu_1152 amtB glnB2 TRUE 0.899 20.000 0.063 1.000 N NA
 3541963 3541964 Abu_1152 Abu_1153 glnB2 pssA FALSE 0.111 163.000 0.000 1.000 N NA
 3541964 3541965 Abu_1153 Abu_1154 pssA   TRUE 0.825 8.000 0.000 1.000   NA
 3541967 3541968 Abu_1156 Abu_1157 ilvI ilvH TRUE 0.999 0.000 0.249 0.002 Y NA
 3541968 3541969 Abu_1157 Abu_1158 ilvH lpxD TRUE 0.896 19.000 0.052 1.000 N NA
 3541969 3541970 Abu_1158 Abu_1159 lpxD   FALSE 0.114 158.000 0.000 1.000   NA
 3541970 3541971 Abu_1159 Abu_1160     FALSE 0.261 65.000 0.000 0.052   NA
 3541971 3541972 Abu_1160 Abu_1161     TRUE 0.780 116.000 0.103 1.000 Y NA
 3541972 3541973 Abu_1161 Abu_1162     FALSE 0.104 62.000 0.000 1.000   NA
 3541973 3541974 Abu_1162 Abu_1163     FALSE 0.098 70.000 0.000 1.000   NA
 3541974 3541975 Abu_1163 Abu_1164     TRUE 0.937 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 3541975 3541976 Abu_1164 Abu_1165     FALSE 0.074 72.000 0.000 NA   NA
 3541976 3541977 Abu_1165 Abu_1166     FALSE 0.074 66.000 0.000 NA   NA
 3541977 3541978 Abu_1166 Abu_1167     FALSE 0.221 29.000 0.000 NA   NA
 3541978 3541979 Abu_1167 Abu_1168     FALSE 0.074 98.000 0.000 NA   NA
 3541979 3541980 Abu_1168 Abu_1169     FALSE 0.208 31.000 0.000 NA   NA
 3541982 3541983 Abu_1171 Abu_1172     TRUE 0.777 -13.000 0.000 NA   NA
 3541983 3541984 Abu_1172 Abu_1173     FALSE 0.074 91.000 0.000 NA   NA
 3541984 3541985 Abu_1173 Abu_1174     FALSE 0.092 195.000 0.000 NA   NA
 3541985 3541986 Abu_1174 Abu_1175   engA FALSE 0.074 85.000 0.000 NA   NA
 3541986 3541987 Abu_1175 Abu_1176 engA   TRUE 0.585 27.000 0.000 0.059   NA
 3541987 3541988 Abu_1176 Abu_1177   hemD TRUE 0.829 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3541988 3541989 Abu_1177 Abu_1178 hemD   FALSE 0.083 59.000 0.000 NA   NA
 3541989 3541990 Abu_1178 Abu_1179   purD TRUE 0.774 -31.000 0.000 NA   NA
 3541990 3541991 Abu_1179 Abu_1180 purD   TRUE 0.952 7.000 0.017 NA   NA
 3541991 3541992 Abu_1180 Abu_1181     TRUE 0.987 -7.000 0.149 NA   NA
 3541992 3541993 Abu_1181 Abu_1182     TRUE 0.990 0.000 0.165 1.000   NA
 3541993 3541994 Abu_1182 Abu_1183   pnp TRUE 0.971 7.000 0.028 1.000   NA
 3541994 3541995 Abu_1183 Abu_1184 pnp cheY1 FALSE 0.101 130.000 0.000 1.000 N NA
 3541995 3541996 Abu_1184 Abu_1185 cheY1 cheA TRUE 0.839 13.000 0.000 1.000 Y NA
 3541996 3541997 Abu_1185 Abu_1186 cheA cheR TRUE 0.944 6.000 0.000 1.000 Y NA
 3541997 3541998 Abu_1186 Abu_1187 cheR cheD TRUE 0.940 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3541998 3541999 Abu_1187 Abu_1188 cheD cheB TRUE 0.496 33.000 0.000 1.000 Y NA
 3541999 3542000 Abu_1188 Abu_1189 cheB   TRUE 0.830 1.000 0.000 NA   NA
 3542000 3542001 Abu_1189 Abu_1190   fsr TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3542001 3542002 Abu_1190 Abu_1191 fsr xerD FALSE 0.096 109.000 0.000 1.000 N NA
 3542002 3542003 Abu_1191 Abu_1192 xerD   TRUE 0.880 2.000 0.000 1.000   NA
 3542004 3542005 Abu_1193 Abu_1194     FALSE 0.394 19.000 0.000 NA   NA
 3542005 3542006 Abu_1194 Abu_1195   prlC FALSE 0.101 53.000 0.000 NA   NA
 3542006 3542007 Abu_1195 Abu_1196 prlC hemK TRUE 0.872 3.000 0.000 1.000 N NA
 3542007 3542008 Abu_1196 Abu_1197 hemK hemN1 FALSE 0.160 43.000 0.000 1.000 N NA
 3542009 3542010 Abu_1198 Abu_1199 nudH lysC TRUE 0.904 18.000 0.051 1.000 N NA
 3542010 3542011 Abu_1199 Abu_1200 lysC   TRUE 0.984 3.000 0.050 NA   NA
 3542011 3542012 Abu_1200 Abu_1201   holB TRUE 0.978 -3.000 0.053 NA   NA
 3542012 3542013 Abu_1201 Abu_1202 holB folP TRUE 0.956 12.000 0.054 1.000   NA
 3542014 3542015 Abu_1203 Abu_1204   cfa TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542015 3542016 Abu_1204 Abu_1205 cfa   TRUE 0.967 3.000 0.018 NA   NA
 3542016 3542017 Abu_1205 Abu_1206     TRUE 0.995 2.000 0.722 NA   NA
 3542017 3542018 Abu_1206 Abu_1207     TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3542018 3542019 Abu_1207 Abu_1208     FALSE 0.080 58.000 0.000 NA N NA
 3542019 3542020 Abu_1208 Abu_1209     TRUE 0.479 41.000 0.020 NA   NA
 3542020 3542021 Abu_1209 Abu_1210   tyrA FALSE 0.099 100.000 0.000 1.000   NA
 3542022 3542023 Abu_1211 Abu_1212     TRUE 0.975 0.000 0.033 1.000 N NA
 3542023 3542024 Abu_1212 Abu_1213     TRUE 0.991 4.000 0.130 1.000   NA
 3542024 3542025 Abu_1213 Abu_1214   gltX2 TRUE 0.879 3.000 0.000 1.000   NA
 3542025 3542026 Abu_1214 Abu_1215 gltX2   TRUE 0.983 -3.000 0.088 NA   NA
 3542026 3542027 Abu_1215 Abu_1216   slt TRUE 0.975 10.000 0.080 NA   NA
 3542029 3542030 Abu_1218 Abu_1219 mobB fbp TRUE 0.953 4.000 0.005 1.000 N NA
 3542030 3542031 Abu_1219 Abu_1220 fbp   TRUE 0.993 -7.000 0.778 NA   NA
 3542031 3542032 Abu_1220 Abu_1221   metS TRUE 0.870 15.000 0.024 NA   NA
 3542032 3542033 Abu_1221 Abu_1222 metS   TRUE 0.981 0.000 0.046 1.000   NA
 3542035 3542036 Abu_1224 Abu_1225     FALSE 0.079 121.000 0.000 NA   NA
 3542036 3542037 Abu_1225 Abu_1226   pycB2 TRUE 0.984 7.000 0.075 1.000   NA
 3542037 3542038 Abu_1226 Abu_1227 pycB2 pckA TRUE 0.524 74.000 0.016 1.000 Y NA
 3542040 3542041 Abu_1229 Abu_1230     FALSE 0.272 25.000 0.000 NA   NA
 3542041 3542042 Abu_1230 Abu_1231     FALSE 0.075 77.000 0.000 NA   NA
 3542043 3542044 Abu_1232 Abu_1233 glyS   TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3542044 3542045 Abu_1233 Abu_1234     FALSE 0.221 29.000 0.000 NA   NA
 3542045 3542046 Abu_1234 Abu_1235     TRUE 0.990 7.000 0.281 NA   NA
 3542046 3542047 Abu_1235 Abu_1236   gidB TRUE 0.949 -3.000 0.009 1.000   NA
 3542047 3542048 Abu_1236 Abu_1237 gidB ribA TRUE 0.961 0.000 0.017 1.000 N NA
 3542049 3542050 Abu_1238 Abu_1239 hemB   TRUE 0.803 9.000 0.000 1.000 N NA
 3542050 3542051 Abu_1239 Abu_1240     TRUE 0.978 -3.000 0.000 0.029 Y NA
 3542052 3542053 Abu_1241 Abu_1242     TRUE 0.981 -49.000 0.076 NA   NA
 3542053 3542054 Abu_1242 Abu_1243   nrdD TRUE 0.985 -22.000 0.133 NA   NA
 3542055 3542056 Abu_1244 Abu_1245 argF hemN2 TRUE 0.951 1.000 0.004 1.000 N NA
 3542057 3542058 Abu_1246 Abu_1247     TRUE 0.830 1.000 0.000 NA   NA
 3542058 3542059 Abu_1247 Abu_1248   lpxK TRUE 0.761 9.000 0.000 NA   NA
 3542059 3542060 Abu_1248 Abu_1249 lpxK   TRUE 0.985 7.000 0.024 1.000 Y NA
 3542060 3542061 Abu_1249 Abu_1250   nadE TRUE 0.944 -3.000 0.008 1.000 N NA
 3542061 3542062 Abu_1250 Abu_1251 nadE   FALSE 0.296 28.000 0.000 1.000   NA
 3542062 3542063 Abu_1251 Abu_1252     TRUE 0.776 8.000 0.000 NA   NA
 3542063 3542064 Abu_1252 Abu_1253     TRUE 0.830 1.000 0.000 NA   NA
 3542065 3542066 Abu_1254 Abu_1255     FALSE 0.099 272.000 0.000 NA   NA
 3542066 3542067 Abu_1255 Abu_1256   tatC TRUE 0.996 0.000 0.535 NA Y NA
 3542067 3542068 Abu_1256 Abu_1257 tatC queA TRUE 0.978 4.000 0.036 NA N NA
 3542068 3542069 Abu_1257 Abu_1258 queA dnaQ4 TRUE 0.713 11.000 0.000 1.000 N NA
 3542069 3542070 Abu_1258 Abu_1259 dnaQ4   TRUE 0.830 1.000 0.000 NA   NA
 3542073 3542074 Abu_1262 Abu_1263     TRUE 0.726 11.000 0.000 1.000   NA
 3542074 3542075 Abu_1263 Abu_1264     TRUE 0.777 -13.000 0.000 NA   NA
 3542076 3542077 Abu_1265 Abu_1266   glpC FALSE 0.075 99.000 0.000 NA   NA
 3542077 3542078 Abu_1266 Abu_1267 glpC lgt TRUE 0.951 5.000 0.006 1.000 N NA
 3542079 3542080 Abu_1268 Abu_1269     FALSE 0.182 34.000 0.000 NA   NA
 3542080 3542081 Abu_1269 Abu_1270   polA FALSE 0.250 72.000 0.000 0.051 N NA
 3542082 3542083 Abu_1271 Abu_1272   kdsB FALSE 0.359 23.000 0.000 1.000 N NA
 3542083 3542084 Abu_1272 Abu_1273 kdsB   TRUE 0.863 4.000 0.000 1.000 N NA
 3542085 3542086 Abu_1274 Abu_1275     TRUE 0.972 -7.000 0.039 NA   NA
 3542086 3542087 Abu_1275 Abu_1276   trpD TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3542091 3542092 Abu_1280 Abu_1281 dltA dltB TRUE 0.991 -3.000 0.435 NA N NA
 3542092 3542093 Abu_1281 Abu_1282 dltB   TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542093 3542094 Abu_1282 Abu_1283   dltD TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3542094 3542095 Abu_1283 Abu_1284 dltD dltC TRUE 0.974 0.000 0.036 NA   NA
 3542096 3542097 Abu_1285 Abu_1286     FALSE 0.135 380.000 0.000 1.000   NA
 3542097 3542098 Abu_1286 Abu_1287   uspA TRUE 0.872 3.000 0.000 1.000 N NA
 3542099 3542100 Abu_1288 Abu_1289 ktrA ktrB TRUE 0.999 -3.000 0.647 0.005 Y NA
 3542100 3542101 Abu_1289 Abu_1290 ktrB kdpE TRUE 0.988 7.000 0.125 1.000 N NA
 3542101 3542102 Abu_1290 Abu_1291 kdpE kdpD TRUE 0.940 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3542102 3542103 Abu_1291 Abu_1292 kdpD dut FALSE 0.091 184.000 0.000 NA   NA
 3542103 3542104 Abu_1292 Abu_1293 dut recR FALSE 0.092 192.000 0.000 NA   NA
 3542105 3542106 Abu_1294 Abu_1295 dnaJ trpB2 FALSE 0.241 32.000 0.000 1.000 N NA
 3542106 3542107 Abu_1295 Abu_1296 trpB2   TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3542108 3542109 Abu_1297 Abu_1298     TRUE 0.830 1.000 0.000 NA   NA
 3542110 3542111 Abu_1299 Abu_1300     TRUE 0.845 0.000 0.000 1.000   NA
 3542111 3542112 Abu_1300 Abu_1301     TRUE 0.977 8.000 0.000 0.012 Y NA
 3542114 3542115 Abu_1303 Abu_1304     FALSE 0.101 104.000 0.000 1.000   NA
 3542115 3542116 Abu_1304 Abu_1305   pepD FALSE 0.184 39.000 0.000 1.000 N NA
 3542117 3542118 Abu_1306 Abu_1307     FALSE 0.077 63.000 0.000 NA   NA
 3542121 3542122 Abu_1310 Abu_1311 secA   TRUE 0.992 2.000 0.201 NA N NA
 3542124 3542125 Abu_1313 Abu_1314   icd FALSE 0.301 119.000 0.016 NA   NA
 3542125 3542126 Abu_1314 Abu_1315 icd mdh TRUE 0.631 100.000 0.032 1.000 Y NA
 3542126 3542127 Abu_1315 Abu_1316 mdh   FALSE 0.259 100.000 0.000 0.056   NA
 3542130 3542131 Abu_1319 Abu_1320   mraW TRUE 0.966 -7.000 0.031 NA   NA
 3542132 3542133 Abu_1321 Abu_1322   hup FALSE 0.097 114.000 0.000 1.000 N NA
 3542133 3542134 Abu_1322 Abu_1323 hup   FALSE 0.074 67.000 0.000 NA   NA
 3542134 3542135 Abu_1323 Abu_1324     FALSE 0.090 178.000 0.000 NA   NA
 3542136 3542137 Abu_1325 Abu_1326     FALSE 0.073 70.000 0.000 NA   NA
 3542137 3542138 Abu_1326 Abu_1327     FALSE 0.074 85.000 0.000 NA   NA
 3542138 3542139 Abu_1327 Abu_1328     FALSE 0.084 146.000 0.000 NA   NA
 3542140 3542141 Abu_1329 Abu_1330     FALSE 0.076 106.000 0.000 NA   NA
 3542142 3542143 Abu_1331 Abu_1332     TRUE 0.990 -7.000 0.286 NA   NA
 3542143 3542144 Abu_1332 Abu_1333     FALSE 0.105 424.000 0.000 NA   NA
 3542145 3542146 Abu_1334 Abu_1335     FALSE 0.074 74.000 0.000 NA   NA
 3542147 3542148 Abu_1336 Abu_1337     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542148 3542149 Abu_1337 Abu_1338     FALSE 0.305 23.000 0.000 NA   NA
 3542149 3542150 Abu_1338 Abu_1339     TRUE 0.774 -28.000 0.000 NA   NA
 3542150 3542151 Abu_1339 Abu_1340     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542151 3542152 Abu_1340 Abu_1341     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542152 3542153 Abu_1341 Abu_1342     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542153 3542154 Abu_1342 Abu_1343     TRUE 0.830 1.000 0.000 NA   NA
 3542154 3542155 Abu_1343 Abu_1344     FALSE 0.084 144.000 0.000 NA   NA
 3542155 3542156 Abu_1344 Abu_1345     TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3542156 3542157 Abu_1345 Abu_1346     TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3542157 3542158 Abu_1346 Abu_1347     FALSE 0.091 180.000 0.000 NA   NA
 3542158 3542159 Abu_1347 Abu_1348     FALSE 0.075 78.000 0.000 NA   NA
 3542159 3542160 Abu_1348 Abu_1349     TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3542160 3542161 Abu_1349 Abu_1350     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542161 3542162 Abu_1350 Abu_1351     FALSE 0.150 39.000 0.000 NA   NA
 3542166 3542167 Abu_1355 Abu_1356     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542167 3542168 Abu_1356 Abu_1357     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542169 3542170 Abu_1358 Abu_1359     TRUE 0.997 0.000 0.667 NA Y NA
 3542170 3542171 Abu_1359 Abu_1360     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA Y NA
 3542171 3542172 Abu_1360 Abu_1361   cbpA FALSE 0.094 77.000 0.000 1.000 N NA
 3542172 3542173 Abu_1361 Abu_1362 cbpA   TRUE 0.976 12.000 0.211 1.000   NA
 3542173 3542174 Abu_1362 Abu_1363     FALSE 0.098 73.000 0.000 1.000   NA
 3542174 3542175 Abu_1363 Abu_1364     TRUE 0.993 -13.000 0.545 1.000   NA
 3542175 3542176 Abu_1364 Abu_1365     TRUE 0.995 1.000 0.547 1.000   NA
 3542176 3542177 Abu_1365 Abu_1366     TRUE 0.982 0.000 0.000 0.005 Y NA
 3542178 3542179 Abu_1367 Abu_1368   brnQ FALSE 0.254 89.000 0.000 0.057   NA
 3542179 3542180 Abu_1368 Abu_1369 brnQ   FALSE 0.105 51.000 0.000 NA   NA
 3542180 3542181 Abu_1369 Abu_1370     FALSE 0.166 36.000 0.000 NA   NA
 3542181 3542182 Abu_1370 Abu_1371     FALSE 0.073 70.000 0.000 NA   NA
 3542182 3542183 Abu_1371 Abu_1372   carB TRUE 0.959 0.000 0.020 NA   NA
 3542185 3542186 Abu_1374 Abu_1375 nhaA1   FALSE 0.375 23.000 0.000 1.000   NA
 3542186 3542187 Abu_1375 Abu_1376   metX TRUE 0.962 -3.000 0.019 1.000   NA
 3542187 3542188 Abu_1376 Abu_1377 metX   FALSE 0.096 111.000 0.000 1.000 N NA
 3542190 3542191 Abu_1379 Abu_1380 ftsZ ftsA TRUE 0.994 0.000 0.114 1.000 Y NA
 3542191 3542192 Abu_1380 Abu_1381 ftsA   TRUE 0.991 5.000 0.184 1.000   NA
 3542192 3542193 Abu_1381 Abu_1382   recD FALSE 0.102 63.000 0.000 1.000   NA
 3542193 3542194 Abu_1382 Abu_1383 recD   TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542194 3542195 Abu_1383 Abu_1384     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542195 3542196 Abu_1384 Abu_1385     FALSE 0.078 115.000 0.000 NA   NA
 3542196 3542197 Abu_1385 Abu_1386     FALSE 0.089 57.000 0.000 NA   NA
 3542197 3542198 Abu_1386 Abu_1387     TRUE 0.777 -13.000 0.000 NA   NA
 3542199 3542200 Abu_1388 Abu_1389     TRUE 0.989 3.000 0.104 NA   NA
 3542203 3542204 Abu_1392 Abu_1393 dapD   FALSE 0.094 102.000 0.000 1.000 N NA
 3542206 3542207 Abu_1395 Abu_1396 priA   TRUE 0.931 0.000 0.003 NA   NA
 3542207 3542208 Abu_1396 Abu_1397     FALSE 0.172 35.000 0.000 NA   NA
 3542208 3542209 Abu_1397 Abu_1398     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542209 3542210 Abu_1398 Abu_1399     FALSE 0.109 50.000 0.000 NA   NA
 3542210 3542211 Abu_1399 Abu_1400   hypA FALSE 0.074 74.000 0.000 NA   NA
 3542211 3542212 Abu_1400 Abu_1401 hypA hypE TRUE 0.588 104.000 0.080 1.000   NA
 3542212 3542213 Abu_1401 Abu_1402 hypE   TRUE 0.830 1.000 0.000 NA   NA
 3542213 3542214 Abu_1402 Abu_1403     TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3542214 3542215 Abu_1403 Abu_1404     TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3542215 3542216 Abu_1404 Abu_1405     TRUE 0.993 -7.000 0.759 NA   NA
 3542216 3542217 Abu_1405 Abu_1406   hypD TRUE 0.747 9.000 0.000 NA N NA
 3542217 3542218 Abu_1406 Abu_1407 hypD hypC TRUE 0.987 14.000 0.342 1.000 Y NA
 3542218 3542219 Abu_1407 Abu_1408 hypC hypB TRUE 0.867 126.000 0.463 1.000 Y NA
 3542220 3542221 Abu_1409 Abu_1410     FALSE 0.074 88.000 0.000 NA   NA
 3542222 3542223 Abu_1411 Abu_1412     TRUE 0.494 15.000 0.000 NA   NA
 3542225 3542226 Abu_1414 Abu_1415     FALSE 0.192 33.000 0.000 NA   NA
 3542226 3542227 Abu_1415 Abu_1416     FALSE 0.076 107.000 0.000 NA   NA
 3542229 3542230 Abu_1418 Abu_1419   thiI FALSE 0.074 85.000 0.000 NA   NA
 3542232 3542233 Abu_1421 Abu_1422     FALSE 0.258 26.000 0.000 NA   NA
 3542233 3542234 Abu_1422 Abu_1423   hypF FALSE 0.103 390.000 0.000 NA   NA
 3542234 3542235 Abu_1423 Abu_1424 hypF   TRUE 0.594 31.000 0.018 NA   NA
 3542235 3542236 Abu_1424 Abu_1425   hydD TRUE 0.975 -16.000 0.049 NA   NA
 3542236 3542237 Abu_1425 Abu_1426 hydD hydC TRUE 0.995 -18.000 0.277 1.000 Y NA
 3542237 3542238 Abu_1426 Abu_1427 hydC hydB TRUE 0.984 22.000 0.270 0.054 Y NA
 3542238 3542239 Abu_1427 Abu_1428 hydB hydA TRUE 0.999 -10.000 0.951 0.002 Y NA
 3542239 3542240 Abu_1428 Abu_1429 hydA   FALSE 0.090 238.000 0.000 NA N NA
 3542240 3542241 Abu_1429 Abu_1430     TRUE 0.996 3.000 1.000 NA N NA
 3542241 3542242 Abu_1430 Abu_1431     FALSE 0.075 100.000 0.000 NA   NA
 3542242 3542243 Abu_1431 Abu_1432   hyaD TRUE 0.984 -34.000 0.111 NA   NA
 3542243 3542244 Abu_1432 Abu_1433 hyaD hyaC TRUE 0.866 89.000 0.545 1.000 Y NA
 3542244 3542245 Abu_1433 Abu_1434 hyaC hyaB TRUE 0.998 -22.000 0.700 0.054 Y NA
 3542245 3542246 Abu_1434 Abu_1435 hyaB hyaA TRUE 0.999 0.000 0.900 0.002 Y NA
 3542246 3542247 Abu_1435 Abu_1436 hyaA hupL TRUE 0.954 234.000 0.333 0.003 Y NA
 3542247 3542248 Abu_1436 Abu_1437 hupL hupS TRUE 0.999 3.000 0.800 0.001 Y NA
 3542248 3542249 Abu_1437 Abu_1438 hupS   TRUE 0.993 -10.000 0.562 1.000   NA
 3542249 3542250 Abu_1438 Abu_1439   acnB FALSE 0.128 238.000 0.000 1.000   NA
 3542252 3542253 Abu_1441 Abu_1442     FALSE 0.095 219.000 0.000 NA   NA
 3542254 3542255 Abu_1443 Abu_1444     TRUE 0.994 4.000 0.684 NA N NA
 3542255 3542256 Abu_1444 Abu_1445     TRUE 0.990 0.000 0.263 NA   NA
 3542256 3542257 Abu_1445 Abu_1446     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542257 3542258 Abu_1446 Abu_1447     FALSE 0.090 177.000 0.000 NA   NA
 3542259 3542260 Abu_1448 Abu_1449   dsbA TRUE 0.885 13.000 0.000 0.005   NA
 3542260 3542261 Abu_1449 Abu_1450 dsbA dsbB TRUE 0.998 -10.000 0.286 0.005 Y NA
 3542262 3542263 Abu_1451 Abu_1452     FALSE 0.094 102.000 0.000 1.000 N NA
 3542263 3542264 Abu_1452 Abu_1453     TRUE 0.994 0.000 1.000 NA N NA
 3542264 3542265 Abu_1453 Abu_1454     FALSE 0.216 99.000 0.000 NA Y NA
 3542265 3542266 Abu_1454 Abu_1455     FALSE 0.113 179.000 0.000 1.000 N NA
 3542266 3542267 Abu_1455 Abu_1456     TRUE 0.823 -55.000 0.000 1.000   NA
 3542268 3542269 Abu_1457 Abu_1458 betT kefB FALSE 0.102 134.000 0.000 1.000 N NA
 3542270 3542271 Abu_1459 Abu_1460   glyA2 FALSE 0.074 74.000 0.000 NA   NA
 3542271 3542272 Abu_1460 Abu_1461 glyA2 ada TRUE 0.666 27.000 0.016 1.000 N NA
 3542272 3542273 Abu_1461 Abu_1462 ada   TRUE 0.953 1.000 0.000 1.000 Y NA
 3542274 3542275 Abu_1463 Abu_1464     FALSE 0.160 37.000 0.000 NA   NA
 3542275 3542276 Abu_1464 Abu_1465     TRUE 0.986 -3.000 0.118 NA   NA
 3542276 3542277 Abu_1465 Abu_1466     FALSE 0.076 107.000 0.000 NA   NA
 3542279 3542280 Abu_1468 Abu_1469 argD2   TRUE 0.976 13.000 0.044 0.020   NA
 3542280 3542281 Abu_1469 Abu_1470   lipA FALSE 0.273 81.000 0.000 0.036   NA
 3542281 3542282 Abu_1470 Abu_1471 lipA   TRUE 0.990 12.000 0.051 0.036 Y NA
 3542283 3542284 Abu_1472 Abu_1473 aceE aceF TRUE 0.992 11.000 0.053 0.045 Y NA
 3542284 3542285 Abu_1473 Abu_1474 aceF lpdA TRUE 0.995 10.000 0.463 1.000 Y NA
 3542285 3542286 Abu_1474 Abu_1475 lpdA   FALSE 0.094 102.000 0.000 1.000 N NA
 3542287 3542288 Abu_1476 Abu_1477     FALSE 0.123 270.000 0.000 1.000 N NA
 3542288 3542289 Abu_1477 Abu_1478     TRUE 0.829 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3542289 3542290 Abu_1478 Abu_1479   rhlE FALSE 0.131 51.000 0.000 1.000 N NA
 3542291 3542292 Abu_1480 Abu_1481     FALSE 0.118 175.000 0.000 1.000   NA
 3542292 3542293 Abu_1481 Abu_1482     TRUE 0.989 8.000 0.250 NA   NA
 3542295 3542296 Abu_1484 Abu_1485     FALSE 0.172 35.000 0.000 NA   NA
 3542296 3542297 Abu_1485 Abu_1486     TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3542299 3542300 Abu_1488 Abu_1489 rnhA   FALSE 0.135 52.000 0.000 1.000   NA
 3542301 3542302 Abu_1490 Abu_1491     FALSE 0.142 40.000 0.000 NA   NA
 3542302 3542303 Abu_1491 Abu_1492   dinP FALSE 0.106 126.000 0.000 1.000   NA
 3542303 3542304 Abu_1492 Abu_1493 dinP moeA1 FALSE 0.093 75.000 0.000 1.000 N NA
 3542304 3542305 Abu_1493 Abu_1494 moeA1   TRUE 0.768 10.000 0.000 1.000 N NA
 3542305 3542306 Abu_1494 Abu_1495   fdhD TRUE 0.820 -7.000 0.000 1.000 N NA
 3542306 3542307 Abu_1495 Abu_1496 fdhD fdhC TRUE 0.996 -3.000 0.034 0.003 Y NA
 3542307 3542308 Abu_1496 Abu_1497 fdhC fdhB1 TRUE 0.999 9.000 0.667 0.003 Y NA
 3542308 3542309 Abu_1497 Abu_1498 fdhB1   TRUE 0.998 11.000 0.500 0.003 Y NA
 3542309 3542310 Abu_1498 Abu_1499     FALSE 0.258 26.000 0.000 NA   NA
 3542310 3542311 Abu_1499 Abu_1500     FALSE 0.074 83.000 0.000 NA   NA
 3542311 3542312 Abu_1500 Abu_1501     TRUE 0.994 -7.000 0.118 0.054   NA
 3542313 3542314 Abu_1502 Abu_1503 livJ   TRUE 0.778 -3.000 0.000 NA N NA
 3542314 3542315 Abu_1503 Abu_1504     TRUE 0.935 8.000 0.000 1.000 Y NA
 3542315 3542316 Abu_1504 Abu_1505     TRUE 0.820 -7.000 0.000 1.000 N NA
 3542317 3542318 Abu_1506 Abu_1507     TRUE 0.998 4.000 0.200 0.001   NA
 3542318 3542319 Abu_1507 Abu_1508     TRUE 0.984 -3.000 0.092 NA   NA
 3542319 3542320 Abu_1508 Abu_1509     FALSE 0.087 204.000 0.000 NA N NA
 3542320 3542321 Abu_1509 Abu_1510   fdhB2 TRUE 0.999 9.000 0.667 0.003 Y NA
 3542321 3542322 Abu_1510 Abu_1511 fdhB2 fdhA2 TRUE 0.927 11.000 0.000 0.003   NA
 3542322 3542323 Abu_1511 Abu_1512 fdhA2   FALSE 0.324 22.000 0.000 NA   NA
 3542326 3542327 Abu_1515 Abu_1516     TRUE 0.794 51.000 0.500 NA   NA
 3542327 3542328 Abu_1516 Abu_1517     TRUE 0.984 12.000 0.750 NA   NA
 3542328 3542329 Abu_1517 Abu_1518     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542329 3542330 Abu_1518 Abu_1519     TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3542330 3542331 Abu_1519 Abu_1520     TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3542332 3542333 Abu_1521 Abu_1522     FALSE 0.083 59.000 0.000 NA   NA
 3542333 3542334 Abu_1522 Abu_1523     FALSE 0.083 139.000 0.000 NA   NA
 3542335 3542336 Abu_1524 Abu_1525 selA selB TRUE 0.998 0.000 0.569 0.001 N NA
 3542336 3542337 Abu_1525 Abu_1526 selB   TRUE 0.871 4.000 0.000 1.000   NA
 3542337 3542338 Abu_1526 Abu_1527     TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3542338 3542339 Abu_1527 Abu_1528     TRUE 0.994 -3.000 0.857 NA   NA
 3542339 3542340 Abu_1528 Abu_1529     TRUE 0.849 47.000 0.857 NA   NA
 3542340 3542341 Abu_1529 Abu_1530     TRUE 0.772 85.000 0.857 NA   NA
 3542341 3542342 Abu_1530 Abu_1531     FALSE 0.142 40.000 0.000 NA   NA
 3542342 3542343 Abu_1531 Abu_1532     FALSE 0.074 87.000 0.000 NA   NA
 3542343 3542344 Abu_1532 Abu_1533     FALSE 0.324 22.000 0.000 NA   NA
 3542344 3542345 Abu_1533 Abu_1534     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3542345 3542346 Abu_1534 Abu_1535     FALSE 0.272 25.000 0.000 NA   NA
 3542348 3542349 Abu_1537 Abu_1538     FALSE 0.086 58.000 0.000 NA   NA
 3542349 3542350 Abu_1538 Abu_1539     FALSE 0.097 69.000 0.000 1.000   NA
 3542353 3542354 Abu_1542 Abu_1543   dbpA FALSE 0.189 38.000 0.000 1.000 N NA
 3542354 3542355 Abu_1543 Abu_1544 dbpA   TRUE 0.879 3.000 0.000 1.000   NA
 3542357 3542358 Abu_1546 Abu_1547   htpG FALSE 0.082 137.000 0.000 NA   NA
 3542359 3542360 Abu_1548 Abu_1549 katG ciaB FALSE 0.102 111.000 0.000 1.000   NA
 3542361 3542362 Abu_1550 Abu_1551   pqiB FALSE 0.324 22.000 0.000 NA   NA
 3542362 3542363 Abu_1551 Abu_1552 pqiB pqiA TRUE 0.778 -10.000 0.000 NA   NA
 3542364 3542365 Abu_1553 Abu_1554     FALSE 0.098 73.000 0.000 1.000   NA
 3542370 3542371 Abu_1559 Abu_1560     TRUE 0.761 9.000 0.000 NA   NA
 3542371 3542372 Abu_1560 Abu_1561     FALSE 0.073 68.000 0.000 NA   NA
 3542372 3542373 Abu_1561 Abu_1562     TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3542376 3542377 Abu_1565 Abu_1566 hicA hicB TRUE 0.925 24.000 0.424 NA   NA
 3542378 3542379 Abu_1567 Abu_1568     TRUE 0.818 1.000 0.000 NA N NA
 3542381 3542382 Abu_1570 Abu_1571 leuA2   FALSE 0.113 181.000 0.000 1.000 N NA
 3542382 3542383 Abu_1571 Abu_1572     TRUE 0.917 10.000 0.000 0.048 N NA
 3542383 3542384 Abu_1572 Abu_1573     TRUE 0.981 -6.000 0.075 NA   NA
 3542384 3542385 Abu_1573 Abu_1574     FALSE 0.073 69.000 0.000 NA   NA
 3542387 3542388 Abu_1576 Abu_1577 sodB   FALSE 0.094 78.000 0.000 1.000 N NA
 3542388 3542389 Abu_1577 Abu_1578   ppa FALSE 0.092 72.000 0.000 1.000 N NA
 3542389 3542390 Abu_1578 Abu_1579 ppa   FALSE 0.104 120.000 0.000 1.000   NA
 3542390 3542391 Abu_1579 Abu_1580     TRUE 0.847 6.000 0.000 1.000   NA
 3542391 3542392 Abu_1580 Abu_1581   aspA TRUE 0.823 -49.000 0.000 1.000   NA
 3542392 3542393 Abu_1581 Abu_1582 aspA   FALSE 0.093 66.000 0.000 1.000 N NA
 3542393 3542394 Abu_1582 Abu_1583     TRUE 0.957 3.000 0.000 1.000 Y NA
 3542394 3542395 Abu_1583 Abu_1584     FALSE 0.092 72.000 0.000 1.000 N NA
 3542395 3542396 Abu_1584 Abu_1585   pfs FALSE 0.102 133.000 0.000 1.000 N NA
 3542396 3542397 Abu_1585 Abu_1586 pfs fabD TRUE 0.975 -7.000 0.037 1.000 N NA
 3542397 3542398 Abu_1586 Abu_1587 fabD slyD FALSE 0.262 135.000 0.004 1.000 N NA
 3542398 3542399 Abu_1587 Abu_1588 slyD   TRUE 0.931 22.000 0.233 1.000   NA
 3542399 3542400 Abu_1588 Abu_1589     TRUE 0.996 2.000 0.794 1.000   NA
 3542400 3542401 Abu_1589 Abu_1590   tolB TRUE 0.810 161.000 0.702 1.000   NA
 3542401 3542402 Abu_1590 Abu_1591 tolB   TRUE 0.990 5.000 0.213 NA   NA
 3542402 3542403 Abu_1591 Abu_1592   exbD3 TRUE 0.991 6.000 0.343 NA   NA
 3542403 3542404 Abu_1592 Abu_1593 exbD3 exbB3 TRUE 0.998 5.000 0.944 0.040   NA
 3542404 3542405 Abu_1593 Abu_1594 exbB3 atpC TRUE 0.976 7.000 0.036 1.000   NA
 3542405 3542406 Abu_1594 Abu_1595 atpC atpD TRUE 0.991 24.000 0.837 0.005 Y NA
 3542406 3542407 Abu_1595 Abu_1596 atpD atpG TRUE 0.993 20.000 0.724 0.005 Y NA
 3542407 3542408 Abu_1596 Abu_1597 atpG atpA TRUE 0.998 11.000 0.846 0.005 Y NA
 3542408 3542409 Abu_1597 Abu_1598 atpA atpH TRUE 0.993 22.000 0.864 0.005 Y NA
 3542409 3542410 Abu_1598 Abu_1599 atpH atpF TRUE 0.998 0.000 0.132 0.005 Y NA
 3542410 3542411 Abu_1599 Abu_1600 atpF atpF' TRUE 0.992 14.000 0.110 0.005 Y NA
 3542411 3542412 Abu_1600 Abu_1601 atpF' parB TRUE 0.480 119.000 0.037 1.000 N NA
 3542412 3542413 Abu_1601 Abu_1602 parB parA TRUE 0.961 21.000 0.827 1.000 N NA
 3542413 3542414 Abu_1602 Abu_1603 parA birA TRUE 0.977 -3.000 0.040 1.000 N NA
 3542414 3542415 Abu_1603 Abu_1604 birA   FALSE 0.074 94.000 0.000 NA   NA
 3542417 3542418 Abu_1606 Abu_1607 fmt proB TRUE 0.936 10.000 0.014 1.000 N NA
 3542418 3542419 Abu_1607 Abu_1608 proB obg TRUE 0.990 -3.000 0.206 1.000   NA
 3542419 3542420 Abu_1608 Abu_1609 obg rpmA TRUE 0.743 130.000 0.335 1.000   NA
 3542420 3542421 Abu_1609 Abu_1610 rpmA rplU TRUE 0.988 25.000 0.667 0.020 Y NA
 3542421 3542422 Abu_1610 Abu_1611 rplU dnaG FALSE 0.102 134.000 0.000 1.000 N NA
 3542423 3542424 Abu_1612 Abu_1613   rnc FALSE 0.149 48.000 0.000 1.000   NA
 3542424 3542425 Abu_1613 Abu_1614 rnc aroC TRUE 0.978 4.000 0.030 1.000 N NA
 3542425 3542426 Abu_1614 Abu_1615 aroC   TRUE 0.778 -10.000 0.000 NA   NA
 3542427 3542428 Abu_1616 Abu_1617     FALSE 0.098 54.000 0.000 NA   NA
 3542430 3542431 Abu_1619 Abu_1620   trmE TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542431 3542432 Abu_1620 Abu_1621 trmE   TRUE 0.986 3.000 0.049 1.000   NA
 3542432 3542433 Abu_1621 Abu_1622   oxaA TRUE 0.891 21.000 0.061 1.000   NA
 3542433 3542434 Abu_1622 Abu_1623 oxaA   TRUE 0.991 -7.000 0.461 NA   NA
 3542434 3542435 Abu_1623 Abu_1624   rnpA TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542435 3542436 Abu_1624 Abu_1625 rnpA rpmH TRUE 0.777 -12.000 0.000 NA   NA
 3542436 3542437 Abu_1625 Abu_1626 rpmH clpB FALSE 0.244 75.000 0.002 1.000   NA
 3542439 3542440 Abu_1628 Abu_1629     TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3542442 3542443 Abu_1631 Abu_1632 msrA msrB TRUE 0.997 3.000 0.031 0.001 Y NA
 3542443 3542444 Abu_1632 Abu_1633 msrB   TRUE 0.665 12.000 0.000 1.000 N NA
 3542446 3542447 Abu_1635 Abu_1636   bioA TRUE 0.869 1.000 0.000 1.000   NA
 3542447 3542448 Abu_1636 Abu_1637 bioA   FALSE 0.141 48.000 0.000 1.000 N NA
 3542448 3542449 Abu_1637 Abu_1638   purH FALSE 0.097 116.000 0.000 1.000 N NA
 3542449 3542450 Abu_1638 Abu_1639 purH purL FALSE 0.298 200.000 0.000 1.000 Y NA
 3542450 3542451 Abu_1639 Abu_1640 purL   FALSE 0.075 65.000 0.000 NA   NA
 3542453 3542454 Abu_1642 Abu_1643 folE corA FALSE 0.359 23.000 0.000 1.000 N NA
 3542454 3542455 Abu_1643 Abu_1644 corA ctsF TRUE 0.774 16.000 0.000 0.099 N NA
 3542455 3542456 Abu_1644 Abu_1645 ctsF ctsE TRUE 0.957 2.000 0.000 1.000 Y NA
 3542456 3542457 Abu_1645 Abu_1646 ctsE   FALSE 0.099 272.000 0.000 NA   NA
 3542457 3542458 Abu_1646 Abu_1647     TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3542460 3542461 Abu_1649 Abu_1650     FALSE 0.074 85.000 0.000 NA   NA
 3542461 3542462 Abu_1650 Abu_1651     FALSE 0.076 108.000 0.000 NA   NA
 3542462 3542463 Abu_1651 Abu_1652     TRUE 0.992 -6.000 0.600 NA   NA
 3542463 3542464 Abu_1652 Abu_1653     TRUE 0.988 -3.000 0.158 NA   NA
 3542464 3542465 Abu_1653 Abu_1654     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542465 3542466 Abu_1654 Abu_1655     FALSE 0.084 146.000 0.000 NA   NA
 3542466 3542467 Abu_1655 Abu_1656     TRUE 0.521 14.000 0.000 NA   NA
 3542467 3542468 Abu_1656 Abu_1657     TRUE 0.992 2.000 0.217 NA   NA
 3542468 3542469 Abu_1657 Abu_1658     FALSE 0.235 28.000 0.000 NA   NA
 3542469 3542470 Abu_1658 Abu_1659     TRUE 0.778 -10.000 0.000 NA   NA
 3542470 3542471 Abu_1659 Abu_1660     TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 3542471 3542472 Abu_1660 Abu_1661     TRUE 0.993 -3.000 0.600 NA   NA
 3542472 3542473 Abu_1661 Abu_1662     TRUE 0.774 -28.000 0.000 NA   NA
 3542473 3542474 Abu_1662 Abu_1663     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542474 3542475 Abu_1663 Abu_1664     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542475 3542476 Abu_1664 Abu_1665     TRUE 0.991 -3.000 0.429 NA   NA
 3542476 3542477 Abu_1665 Abu_1666     FALSE 0.074 98.000 0.000 NA   NA
 3542477 3542478 Abu_1666 Abu_1667     TRUE 0.992 -7.000 0.500 NA   NA
 3542479 3542480 Abu_1668 Abu_1669     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3542480 3542481 Abu_1669 Abu_1670     TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 3542481 3542482 Abu_1670 Abu_1671     TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3542482 3542483 Abu_1671 Abu_1672     FALSE 0.079 123.000 0.000 NA   NA
 3542483 3542484 Abu_1672 Abu_1673     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542484 3542485 Abu_1673 Abu_1674     TRUE 0.984 -13.000 0.103 NA   NA
 3542485 3542486 Abu_1674 Abu_1675     TRUE 0.995 1.000 0.750 NA   NA
 3542486 3542487 Abu_1675 Abu_1676     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3542487 3542488 Abu_1676 Abu_1677     FALSE 0.075 100.000 0.000 NA   NA
 3542490 3542491 Abu_1679 Abu_1680     FALSE 0.084 145.000 0.000 NA   NA
 3542492 3542493 Abu_1681 Abu_1682     TRUE 0.782 -7.000 0.000 NA   NA
 3542493 3542494 Abu_1682 Abu_1683     TRUE 0.775 -19.000 0.000 NA   NA
 3542494 3542495 Abu_1683 Abu_1684     FALSE 0.102 370.000 0.000 NA   NA
 3542495 3542496 Abu_1684 Abu_1685     TRUE 0.777 -13.000 0.000 NA   NA
 3542496 3542497 Abu_1685 Abu_1686     FALSE 0.077 63.000 0.000 NA   NA
 3542497 3542498 Abu_1686 Abu_1687     FALSE 0.076 104.000 0.000 NA   NA
 3542498 3542499 Abu_1687 Abu_1688     TRUE 0.774 -30.000 0.000 NA   NA
 3542499 3542500 Abu_1688 Abu_1689     TRUE 0.778 -10.000 0.000 NA   NA
 3542500 3542501 Abu_1689 Abu_1690     TRUE 0.751 72.000 0.500 1.000   NA
 3542501 3542502 Abu_1690 Abu_1691     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542503 3542504 Abu_1692 Abu_1693     FALSE 0.447 17.000 0.000 NA   NA
 3542505 3542506 Abu_1694 Abu_1695     TRUE 0.775 -19.000 0.000 NA   NA
 3542506 3542507 Abu_1695 Abu_1696   era FALSE 0.074 73.000 0.000 NA   NA
 3542507 3542508 Abu_1696 Abu_1697 era   FALSE 0.075 76.000 0.000 NA   NA
 3542508 3542509 Abu_1697 Abu_1698     TRUE 0.789 7.000 0.000 NA   NA
 3542511 3542512 Abu_1700 Abu_1701 def clpP TRUE 0.966 9.000 0.030 1.000 N NA
 3542512 3542513 Abu_1701 Abu_1702 clpP tig TRUE 0.985 15.000 0.351 1.000 Y NA
 3542513 3542514 Abu_1702 Abu_1703 tig   FALSE 0.112 148.000 0.000 1.000   NA
 3542514 3542515 Abu_1703 Abu_1704     TRUE 0.972 1.000 0.000 0.001   NA
 3542515 3542516 Abu_1704 Abu_1705   nspC FALSE 0.356 24.000 0.000 1.000   NA
 3542516 3542517 Abu_1705 Abu_1706 nspC   TRUE 0.997 4.000 0.444 1.000 Y NA
 3542518 3542519 Abu_1707 Abu_1708     FALSE 0.324 22.000 0.000 NA   NA
 3542519 3542520 Abu_1708 Abu_1709     FALSE 0.102 349.000 0.000 NA   NA
 3542520 3542521 Abu_1709 Abu_1710     TRUE 0.773 -76.000 0.000 NA   NA
 3542521 3542522 Abu_1710 Abu_1711     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542522 3542523 Abu_1711 Abu_1712     TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542523 3542524 Abu_1712 Abu_1713     TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3542525 3542526 Abu_1714 Abu_1715     TRUE 0.939 -3.000 0.000 0.098   NA
 3542526 3542527 Abu_1715 Abu_1716   hsdS TRUE 0.938 -10.000 0.000 0.047 N NA
 3542527 3542528 Abu_1716 Abu_1717 hsdS hsdM TRUE 0.975 -3.000 0.000 0.047 Y NA
 3542530 3542531 Abu_1719 Abu_1720     FALSE 0.106 626.000 0.000 NA   NA
 3542531 3542532 Abu_1720 Abu_1721     TRUE 0.521 14.000 0.000 NA   NA
 3542532 3542533 Abu_1721 Abu_1722     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542534 3542535 Abu_1723 Abu_1724 metC1 metC2 TRUE 0.988 2.000 0.000 0.001 Y NA
 3542537 3542538 Abu_1726 Abu_1727     FALSE 0.371 20.000 0.000 NA   NA
 3542538 3542539 Abu_1727 Abu_1728     FALSE 0.447 17.000 0.000 NA   NA
 3542539 3542540 Abu_1728 Abu_1729     FALSE 0.273 140.000 0.000 1.000 Y NA
 3542540 3542541 Abu_1729 Abu_1730     TRUE 0.487 105.000 0.000 0.028 Y NA
 3542542 3542543 Abu_1731 Abu_1732     FALSE 0.123 200.000 0.000 1.000   NA
 3542543 3542544 Abu_1732 Abu_1733     TRUE 0.824 -21.000 0.000 1.000   NA
 3542544 3542545 Abu_1733 Abu_1734     TRUE 0.845 0.000 0.000 1.000   NA
 3542545 3542546 Abu_1734 Abu_1735     TRUE 0.996 -3.000 0.188 0.016   NA
 3542546 3542547 Abu_1735 Abu_1736     FALSE 0.099 82.000 0.000 1.000   NA
 3542549 3542550 Abu_1738 Abu_1739     TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3542551 3542552 Abu_1740 Abu_1741   nhaA2 TRUE 0.936 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 3542553 3542554 Abu_1742 Abu_1743     TRUE 0.837 0.000 0.000 1.000 N NA
 3542554 3542555 Abu_1743 Abu_1744     TRUE 0.959 8.000 0.023 NA   NA
 3542555 3542556 Abu_1744 Abu_1745     TRUE 0.993 -3.000 0.713 NA   NA
 3542556 3542557 Abu_1745 Abu_1746     TRUE 0.990 -34.000 0.436 NA N NA
 3542557 3542558 Abu_1746 Abu_1747     FALSE 0.074 98.000 0.000 NA   NA
 3542559 3542560 Abu_1748 Abu_1749 atpE   FALSE 0.110 139.000 0.000 1.000   NA
 3542560 3542561 Abu_1749 Abu_1750     FALSE 0.075 75.000 0.000 NA   NA
 3542562 3542563 Abu_1751 Abu_1752     FALSE 0.074 87.000 0.000 NA   NA
 3542563 3542564 Abu_1752 Abu_1753     FALSE 0.081 60.000 0.000 NA   NA
 3542564 3542565 Abu_1753 Abu_1754     TRUE 0.986 10.000 0.286 NA   NA
 3542566 3542567 Abu_1755 Abu_1756   thiD TRUE 0.680 12.000 0.000 1.000   NA
 3542567 3542568 Abu_1756 Abu_1757 thiD proA FALSE 0.093 75.000 0.000 1.000 N NA
 3542568 3542569 Abu_1757 Abu_1758 proA   TRUE 0.872 3.000 0.000 1.000 N NA
 3542572 3542573 Abu_1761 Abu_1762     TRUE 0.936 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 3542574 3542575 Abu_1763 Abu_1764 ogt   TRUE 0.818 -10.000 0.000 1.000 N NA
 3542575 3542576 Abu_1764 Abu_1765     TRUE 0.824 -25.000 0.000 1.000   NA
 3542576 3542577 Abu_1765 Abu_1766     FALSE 0.075 77.000 0.000 NA   NA
 3542577 3542578 Abu_1766 Abu_1767     FALSE 0.097 238.000 0.000 NA   NA
 3542578 3542579 Abu_1767 Abu_1768     TRUE 0.983 -6.000 0.094 NA   NA
 3542579 3542580 Abu_1768 Abu_1769   fldA TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 3542581 3542582 Abu_1770 Abu_1771 fur2   FALSE 0.074 86.000 0.000 NA   NA
 3542582 3542583 Abu_1771 Abu_1772   ate FALSE 0.075 75.000 0.000 NA   NA
 3542583 3542584 Abu_1772 Abu_1773 ate trpA TRUE 0.872 3.000 0.000 1.000 N NA
 3542584 3542585 Abu_1773 Abu_1774 trpA   FALSE 0.122 54.000 0.000 1.000 N NA
 3542586 3542587 Abu_1775 Abu_1776 panB ruvB TRUE 0.976 4.000 0.027 1.000 N NA
 3542587 3542588 Abu_1776 Abu_1777 ruvB amaA TRUE 0.956 -3.000 0.019 NA   NA
 3542589 3542590 Abu_1778 Abu_1779     FALSE 0.091 185.000 0.000 NA   NA
 3542590 3542591 Abu_1779 Abu_1780     FALSE 0.087 159.000 0.000 NA   NA
 3542591 3542592 Abu_1780 Abu_1781     FALSE 0.104 392.000 0.000 NA   NA
 3542592 3542593 Abu_1781 Abu_1782     FALSE 0.094 55.000 0.000 NA   NA
 3542593 3542594 Abu_1782 Abu_1783     FALSE 0.076 106.000 0.000 NA   NA
 3542594 3542595 Abu_1783 Abu_1784     FALSE 0.095 221.000 0.000 NA   NA
 3542595 3542596 Abu_1784 Abu_1785     FALSE 0.074 73.000 0.000 NA   NA
 3542596 3542597 Abu_1785 Abu_1786   hemE FALSE 0.334 78.000 0.017 1.000 N NA
 3542597 3542598 Abu_1786 Abu_1787 hemE   TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 3542598 3542599 Abu_1787 Abu_1788   asd TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542599 3542600 Abu_1788 Abu_1789 asd gyrA TRUE 0.957 3.000 0.005 1.000 N NA
 3542600 3542601 Abu_1789 Abu_1790 gyrA   FALSE 0.083 139.000 0.000 NA   NA
 3542601 3542602 Abu_1790 Abu_1791   argJ FALSE 0.283 84.000 0.015 NA   NA
 3542602 3542603 Abu_1791 Abu_1792 argJ   TRUE 0.972 2.000 0.019 1.000 N NA
 3542603 3542604 Abu_1792 Abu_1793   rpmB TRUE 0.763 24.000 0.025 1.000 N NA
 3542604 3542605 Abu_1793 Abu_1794 rpmB   FALSE 0.093 66.000 0.000 1.000 N NA
 3542606 3542607 Abu_1795 Abu_1796   waaD TRUE 0.983 9.000 0.093 1.000 N NA
 3542607 3542608 Abu_1796 Abu_1797 waaD waaE TRUE 0.998 1.000 0.096 0.012 Y NA
 3542608 3542609 Abu_1797 Abu_1798 waaE gmhA TRUE 0.987 -19.000 0.142 1.000 N NA
 3542609 3542610 Abu_1798 Abu_1799 gmhA   FALSE 0.092 90.000 0.000 1.000 N NA
 3542611 3542612 Abu_1800 Abu_1801 waaF   TRUE 0.963 -7.000 0.021 1.000   NA
 3542612 3542613 Abu_1801 Abu_1802     TRUE 0.982 -7.000 0.059 1.000   NA
 3542613 3542614 Abu_1802 Abu_1803     TRUE 0.957 0.000 0.013 1.000   NA
 3542616 3542617 Abu_1805 Abu_1806     TRUE 0.813 9.000 0.000 1.000   NA
 3542617 3542618 Abu_1806 Abu_1807     TRUE 0.761 9.000 0.000 NA   NA
 3542618 3542619 Abu_1807 Abu_1808     TRUE 0.932 6.000 0.000 NA Y NA
 3542619 3542620 Abu_1808 Abu_1809     TRUE 0.991 -37.000 0.083 NA Y NA
 3542621 3542622 Abu_1810 Abu_1811     TRUE 0.599 23.000 0.000 NA Y NA
 3542623 3542624 Abu_1812 Abu_1813     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542624 3542625 Abu_1813 Abu_1814     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA Y NA
 3542625 3542626 Abu_1814 Abu_1815     TRUE 0.841 12.000 0.000 NA Y NA
 3542626 3542627 Abu_1815 Abu_1816     TRUE 0.986 2.000 0.014 1.000 Y NA
 3542627 3542628 Abu_1816 Abu_1817     TRUE 0.998 -10.000 0.286 0.003 Y NA
 3542628 3542629 Abu_1817 Abu_1818     TRUE 0.943 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3542629 3542630 Abu_1818 Abu_1819   dgkA TRUE 0.818 14.000 0.000 1.000 Y NA
 3542630 3542631 Abu_1819 Abu_1820 dgkA   TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542631 3542632 Abu_1820 Abu_1821   waaM TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542632 3542633 Abu_1821 Abu_1822 waaM waaC TRUE 0.995 -7.000 0.231 1.000 Y NA
 3542633 3542634 Abu_1822 Abu_1823 waaC gppA TRUE 0.992 -3.000 0.429 1.000 N NA
 3542634 3542635 Abu_1823 Abu_1824 gppA fdxB TRUE 0.995 0.000 0.806 1.000   NA
 3542635 3542636 Abu_1824 Abu_1825 fdxB   FALSE 0.163 44.000 0.000 1.000   NA
 3542636 3542637 Abu_1825 Abu_1826   gltD TRUE 0.988 3.000 0.070 1.000 N NA
 3542637 3542638 Abu_1826 Abu_1827 gltD gltB TRUE 0.999 6.000 0.188 0.001 Y NA
 3542638 3542639 Abu_1827 Abu_1828 gltB   FALSE 0.122 195.000 0.000 1.000   NA
 3542639 3542640 Abu_1828 Abu_1829     TRUE 0.832 4.000 0.000 NA   NA
 3542640 3542641 Abu_1829 Abu_1830     FALSE 0.093 196.000 0.000 NA   NA
 3542641 3542642 Abu_1830 Abu_1831     TRUE 0.592 614.000 0.000 0.018 Y NA
 3542642 3542643 Abu_1831 Abu_1832     TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 3542643 3542644 Abu_1832 Abu_1833   gspD FALSE 0.102 351.000 0.000 NA   NA
 3542644 3542645 Abu_1833 Abu_1834 gspD   FALSE 0.272 30.000 0.000 1.000   NA
 3542646 3542647 Abu_1835 Abu_1836 tlyA ribF TRUE 0.956 -31.000 0.018 1.000 N NA
 3542647 3542648 Abu_1836 Abu_1837 ribF   TRUE 0.703 32.000 0.003 1.000 Y NA
 3542648 3542649 Abu_1837 Abu_1838   bcp TRUE 0.617 13.000 0.000 1.000 N NA
 3542649 3542650 Abu_1838 Abu_1839 bcp   TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3542650 3542651 Abu_1839 Abu_1840   glcD TRUE 0.992 0.000 0.404 NA   NA
 3542651 3542652 Abu_1840 Abu_1841 glcD rbn TRUE 0.971 8.000 0.031 1.000   NA
 3542653 3542654 Abu_1842 Abu_1843   murA TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3542655 3542656 Abu_1844 Abu_1845   kdsA TRUE 0.633 13.000 0.000 1.000   NA
 3542656 3542657 Abu_1845 Abu_1846 kdsA ribH TRUE 0.649 34.000 0.027 1.000 N NA
 3542657 3542658 Abu_1846 Abu_1847 ribH nusB TRUE 0.984 3.000 0.045 1.000 N NA
 3542658 3542659 Abu_1847 Abu_1848 nusB pyrF TRUE 0.976 2.000 0.023 1.000 N NA
 3542659 3542660 Abu_1848 Abu_1849 pyrF   FALSE 0.074 96.000 0.000 NA   NA
 3542660 3542661 Abu_1849 Abu_1850     TRUE 0.815 5.000 0.000 NA   NA
 3542661 3542662 Abu_1850 Abu_1851     FALSE 0.100 290.000 0.000 NA   NA
 3542662 3542663 Abu_1851 Abu_1852     TRUE 0.978 0.000 0.047 NA   NA
 3542663 3542664 Abu_1852 Abu_1853   feoA TRUE 0.521 14.000 0.000 NA   NA
 3542664 3542665 Abu_1853 Abu_1854 feoA feoB2 TRUE 0.997 -3.000 0.692 1.000 Y NA
 3542665 3542666 Abu_1854 Abu_1855 feoB2   FALSE 0.125 44.000 0.000 NA   NA
 3542667 3542668 Abu_1856 Abu_1857     TRUE 0.971 11.000 0.100 NA   NA
 3542668 3542669 Abu_1857 Abu_1858     TRUE 0.982 9.000 0.100 NA   NA
 3542669 3542670 Abu_1858 Abu_1859     FALSE 0.080 129.000 0.000 NA   NA
 3542670 3542671 Abu_1859 Abu_1860     TRUE 0.849 5.000 0.000 1.000 N NA
 3542671 3542672 Abu_1860 Abu_1861     FALSE 0.097 115.000 0.000 1.000 N NA
 3542673 3542674 Abu_1862 Abu_1863     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542674 3542675 Abu_1863 Abu_1864     TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3542675 3542676 Abu_1864 Abu_1865     TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542676 3542677 Abu_1865 Abu_1866   cspA FALSE 0.116 207.000 0.000 1.000 N NA
 3542677 3542678 Abu_1866 Abu_1867 cspA   FALSE 0.182 34.000 0.000 NA   NA
 3542680 3542681 Abu_1869 Abu_1870     FALSE 0.079 120.000 0.000 NA   NA
 3542681 3542682 Abu_1870 Abu_1871     FALSE 0.182 34.000 0.000 NA   NA
 3542682 3542683 Abu_1871 Abu_1872     FALSE 0.086 154.000 0.000 NA   NA
 3542683 3542684 Abu_1872 Abu_1873     FALSE 0.138 531.000 0.000 1.000   NA
 3542686 3542687 Abu_1875 Abu_1876     FALSE 0.097 236.000 0.000 NA   NA
 3542687 3542688 Abu_1876 Abu_1877     TRUE 0.661 11.000 0.000 NA   NA
 3542688 3542689 Abu_1877 Abu_1878     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3542689 3542690 Abu_1878 Abu_1879   ahpC FALSE 0.089 165.000 0.000 NA   NA
 3542690 3542691 Abu_1879 Abu_1880 ahpC trx1 TRUE 0.866 12.000 0.000 1.000 Y NA
 3542692 3542693 Abu_1881 Abu_1882     FALSE 0.130 43.000 0.000 NA   NA
 3542693 3542694 Abu_1882 Abu_1883   rpoC FALSE 0.166 36.000 0.000 NA   NA
 3542694 3542695 Abu_1883 Abu_1884 rpoC rpoB TRUE 0.998 -10.000 0.851 0.001   NA
 3542695 3542696 Abu_1884 Abu_1885 rpoB rplL TRUE 0.722 157.000 0.223 1.000   NA
 3542696 3542697 Abu_1885 Abu_1886 rplL rplJ TRUE 0.921 52.000 0.884 1.000 Y NA
 3542697 3542698 Abu_1886 Abu_1887 rplJ rplA TRUE 0.863 161.000 0.302 1.000 Y NA
 3542698 3542699 Abu_1887 Abu_1888 rplA rplK TRUE 0.950 76.000 0.838 0.025 Y NA
 3542699 3542700 Abu_1888 Abu_1889 rplK nusG TRUE 0.771 95.000 0.681 1.000 N NA
 3542700 3542701 Abu_1889 Abu_1890 nusG secE TRUE 0.992 10.000 0.843 1.000   NA
 3542701 3542702 Abu_1890 Abu_1891 secE   FALSE 0.075 80.000 0.000 NA   NA
 3542702 3542703 Abu_1891 Abu_1892   rpmG FALSE 0.142 40.000 0.000 NA   NA
 3542703 3542704 Abu_1892 Abu_1893 rpmG tufA TRUE 0.981 13.000 0.099 1.000 Y NA
 3542704 3542705 Abu_1893 Abu_1894 tufA   FALSE 0.094 211.000 0.000 NA   NA
 3542705 3542706 Abu_1894 Abu_1895     TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3542706 3542707 Abu_1895 Abu_1896     FALSE 0.086 58.000 0.000 NA   NA
 3542707 3542708 Abu_1896 Abu_1897     TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3542708 3542709 Abu_1897 Abu_1898   murD FALSE 0.160 37.000 0.000 NA   NA
 3542709 3542710 Abu_1898 Abu_1899 murD mraY TRUE 0.998 10.000 0.647 0.005 Y NA
 3542711 3542712 Abu_1900 Abu_1901 pgm   TRUE 0.837 0.000 0.000 1.000 N NA
 3542712 3542713 Abu_1901 Abu_1902   pbpA TRUE 0.979 4.000 0.032 1.000 N NA
 3542714 3542715 Abu_1903 Abu_1904 glnA hisJ TRUE 0.534 98.000 0.017 1.000 Y NA
 3542715 3542716 Abu_1904 Abu_1905 hisJ moaE TRUE 0.829 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3542716 3542717 Abu_1905 Abu_1906 moaE moaD TRUE 0.998 3.000 0.501 1.000 Y NA
 3542718 3542719 Abu_1907 Abu_1908   uppP TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542720 3542721 Abu_1909 Abu_1910 murG pbpB TRUE 0.990 -3.000 0.200 1.000 N NA
 3542722 3542723 Abu_1911 Abu_1912 ftsW ppi FALSE 0.404 21.000 0.000 1.000 N NA
 3542724 3542725 Abu_1913 Abu_1914     FALSE 0.087 159.000 0.000 NA   NA
 3542725 3542726 Abu_1914 Abu_1915     FALSE 0.104 392.000 0.000 NA   NA
 3542726 3542727 Abu_1915 Abu_1916     FALSE 0.094 55.000 0.000 NA   NA
 3542727 3542728 Abu_1916 Abu_1917     FALSE 0.076 106.000 0.000 NA   NA
 3542728 3542729 Abu_1917 Abu_1918     FALSE 0.095 220.000 0.000 NA   NA
 3542729 3542730 Abu_1918 Abu_1919     FALSE 0.084 144.000 0.000 NA   NA
 3542730 3542731 Abu_1919 Abu_1920   clpA FALSE 0.092 69.000 0.000 1.000 N NA
 3542731 3542732 Abu_1920 Abu_1921 clpA clpS TRUE 0.995 2.000 0.596 NA   NA
 3542735 3542736 Abu_1924 Abu_1925     TRUE 0.973 17.000 0.052 0.001 N NA
 3542736 3542737 Abu_1925 Abu_1926     TRUE 0.915 10.000 0.000 1.000 Y NA
 3542737 3542738 Abu_1926 Abu_1927     TRUE 0.786 33.000 0.067 1.000 N NA
 3542738 3542739 Abu_1927 Abu_1928   fumA FALSE 0.112 177.000 0.000 1.000 N NA
 3542739 3542740 Abu_1928 Abu_1929 fumA   FALSE 0.088 160.000 0.000 NA   NA
 3542741 3542742 Abu_1930 Abu_1931   arsB FALSE 0.113 181.000 0.000 1.000 N NA
 3542742 3542743 Abu_1931 Abu_1932 arsB arsR TRUE 0.981 -6.000 0.057 1.000   NA
 3542743 3542744 Abu_1932 Abu_1933 arsR   TRUE 0.800 0.000 0.000 NA   NA
 3542744 3542745 Abu_1933 Abu_1934     TRUE 0.986 5.000 0.090 NA   NA
 3542745 3542746 Abu_1934 Abu_1935   arsC TRUE 0.963 1.000 0.017 NA   NA
 3542746 3542747 Abu_1935 Abu_1936 arsC   FALSE 0.101 109.000 0.000 1.000   NA
 3542747 3542748 Abu_1936 Abu_1937     FALSE 0.074 81.000 0.000 NA   NA
 3542748 3542749 Abu_1937 Abu_1938   flhA FALSE 0.182 34.000 0.000 NA   NA
 3542749 3542750 Abu_1938 Abu_1939 flhA flgL TRUE 0.710 20.000 0.000 1.000 Y NA
 3542750 3542751 Abu_1939 Abu_1940 flgL fliI TRUE 0.940 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3542751 3542752 Abu_1940 Abu_1941 fliI pflA TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3542752 3542753 Abu_1941 Abu_1942 pflA flhB TRUE 0.871 4.000 0.000 1.000   NA
 3542753 3542754 Abu_1942 Abu_1943 flhB fliR TRUE 0.995 12.000 0.353 0.094 Y NA
 3542754 3542755 Abu_1943 Abu_1944 fliR   TRUE 0.845 0.000 0.000 1.000   NA
 3542755 3542756 Abu_1944 Abu_1945   flgC TRUE 0.879 13.000 0.000 0.008   NA
 3542756 3542757 Abu_1945 Abu_1946 flgC fliE TRUE 0.994 15.000 0.271 0.005 Y NA
 3542757 3542758 Abu_1946 Abu_1947 fliE   TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 3542758 3542759 Abu_1947 Abu_1948     FALSE 0.076 64.000 0.000 NA   NA
 3542759 3542760 Abu_1948 Abu_1949   flhF TRUE 0.998 3.000 0.382 0.013 N NA
 3542760 3542761 Abu_1949 Abu_1950 flhF   TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542761 3542762 Abu_1950 Abu_1951     TRUE 0.776 -16.000 0.000 NA   NA
 3542762 3542763 Abu_1951 Abu_1952     TRUE 0.469 16.000 0.000 NA   NA
 3542763 3542764 Abu_1952 Abu_1953   fliY TRUE 0.843 2.000 0.000 NA   NA
 3542764 3542765 Abu_1953 Abu_1954 fliY flaG FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 3542765 3542766 Abu_1954 Abu_1955 flaG   FALSE 0.113 48.000 0.000 NA   NA
 3542766 3542767 Abu_1955 Abu_1956     TRUE 0.774 -37.000 0.000 NA   NA
 3542767 3542768 Abu_1956 Abu_1957   flgE1 FALSE 0.098 54.000 0.000 NA   NA
 3542768 3542769 Abu_1957 Abu_1958 flgE1 flgE2 TRUE 0.521 94.000 0.000 0.005 Y NA
 3542769 3542770 Abu_1958 Abu_1959 flgE2 flgD FALSE 0.371 20.000 0.000 NA   NA
 3542770 3542771 Abu_1959 Abu_1960 flgD fliN TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3542771 3542772 Abu_1960 Abu_1961 fliN fliH FALSE 0.414 50.000 0.000 0.008   NA
 3542772 3542773 Abu_1961 Abu_1962 fliH fliG TRUE 0.999 3.000 0.308 0.005 Y NA
 3542773 3542774 Abu_1962 Abu_1963 fliG fliF TRUE 0.996 13.000 0.477 0.008 Y NA
 3542774 3542775 Abu_1963 Abu_1964 fliF flgB TRUE 0.904 18.000 0.000 0.008 Y NA
 3542775 3542776 Abu_1964 Abu_1965 flgB flgG1 TRUE 0.982 0.000 0.000 0.005 Y NA
 3542776 3542777 Abu_1965 Abu_1966 flgG1   TRUE 0.494 15.000 0.000 NA   NA
 3542777 3542778 Abu_1966 Abu_1967   cheY2 TRUE 0.949 15.000 0.125 NA   NA
 3542779 3542780 Abu_1968 Abu_1969 flgG2   FALSE 0.371 20.000 0.000 NA   NA
 3542780 3542781 Abu_1969 Abu_1970     TRUE 0.842 3.000 0.000 NA   NA
 3542782 3542783 Abu_1971 Abu_1972 rimM   TRUE 0.994 1.000 0.324 1.000   NA
 3542783 3542784 Abu_1972 Abu_1973   rpsP TRUE 0.974 14.000 0.385 1.000   NA
 3542784 3542785 Abu_1973 Abu_1974 rpsP ffh TRUE 0.724 81.000 0.361 1.000 N NA
 3542785 3542786 Abu_1974 Abu_1975 ffh   FALSE 0.333 151.000 0.013 1.000 N NA
 3542786 3542787 Abu_1975 Abu_1976   kdtA TRUE 0.987 -9.000 0.133 1.000 N NA
 3542787 3542788 Abu_1976 Abu_1977 kdtA   TRUE 0.990 3.000 0.122 NA   NA
 3542788 3542789 Abu_1977 Abu_1978     TRUE 0.990 -7.000 0.342 NA   NA
 3542789 3542790 Abu_1978 Abu_1979   glyQ TRUE 0.982 3.000 0.041 NA   NA
 3542790 3542791 Abu_1979 Abu_1980 glyQ   TRUE 0.838 -3.000 0.000 1.000   NA
 3542791 3542792 Abu_1980 Abu_1981   purE TRUE 0.845 0.000 0.000 1.000   NA
 3542792 3542793 Abu_1981 Abu_1982 purE   FALSE 0.127 41.000 0.000 NA N NA
 3542793 3542794 Abu_1982 Abu_1983     FALSE 0.289 23.000 0.000 NA N NA
 3542794 3542795 Abu_1983 Abu_1984     FALSE 0.096 111.000 0.000 1.000 N NA
 3542795 3542796 Abu_1984 Abu_1985   recN FALSE 0.118 55.000 0.000 1.000 N NA
 3542796 3542797 Abu_1985 Abu_1986 recN   TRUE 0.987 4.000 0.066 1.000 N NA
 3542797 3542798 Abu_1986 Abu_1987   fus FALSE 0.115 194.000 0.000 1.000 N NA
 3542798 3542799 Abu_1987 Abu_1988 fus rpsG TRUE 0.995 10.000 0.579 1.000 Y NA
 3542799 3542800 Abu_1988 Abu_1989 rpsG rpsL TRUE 0.995 17.000 0.620 0.004 Y NA
 3542801 3542802 Abu_1990 Abu_1991   araJ FALSE 0.074 74.000 0.000 NA   NA
 3542803 3542804 Abu_1992 Abu_1993     TRUE 0.756 89.000 0.120 NA Y NA
 3542804 3542805 Abu_1993 Abu_1994     TRUE 0.644 21.000 0.000 NA Y NA
 3542805 3542806 Abu_1994 Abu_1995     TRUE 0.996 -3.000 0.500 NA Y NA
 3542806 3542807 Abu_1995 Abu_1996     TRUE 0.997 -12.000 0.625 1.000 Y NA
 3542807 3542808 Abu_1996 Abu_1997     FALSE 0.098 246.000 0.000 NA   NA
 3542808 3542809 Abu_1997 Abu_1998     FALSE 0.087 159.000 0.000 NA   NA
 3542809 3542810 Abu_1998 Abu_1999     FALSE 0.104 392.000 0.000 NA   NA
 3542810 3542811 Abu_1999 Abu_2000     FALSE 0.094 55.000 0.000 NA   NA
 3542811 3542812 Abu_2000 Abu_2001     FALSE 0.076 106.000 0.000 NA   NA
 3542812 3542813 Abu_2001 Abu_2002     FALSE 0.101 317.000 0.000 NA   NA
 3542813 3542814 Abu_2002 Abu_2003     TRUE 0.791 -3.000 0.000 NA   NA
 3542814 3542815 Abu_2003 Abu_2004   trpG TRUE 0.989 8.000 0.263 NA   NA
 3542816 3542817 Abu_2005 Abu_2006 fbpA fbpB TRUE 0.999 -9.000 0.618 0.030 Y NA
 3542817 3542818 Abu_2006 Abu_2007 fbpB   TRUE 0.997 -3.000 0.529 0.030 N NA
 3542818 3542819 Abu_2007 Abu_2008     TRUE 0.453 19.000 0.000 1.000 N NA
 3542819 3542820 Abu_2008 Abu_2009     FALSE 0.094 103.000 0.000 1.000 N NA
 3542820 3542821 Abu_2009 Abu_2010     TRUE 0.609 12.000 0.000 NA   NA
 3542821 3542822 Abu_2010 Abu_2011     TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3542822 3542823 Abu_2011 Abu_2012     TRUE 0.983 -16.000 0.100 NA   NA
 3542825 3542826 Abu_2014 Abu_2015     FALSE 0.221 29.000 0.000 NA   NA
 3542826 3542827 Abu_2015 Abu_2016     TRUE 0.776 -16.000 0.000 NA   NA
 3542827 3542828 Abu_2016 Abu_2017     FALSE 0.075 76.000 0.000 NA   NA
 3542829 3542830 Abu_2018 Abu_2019     TRUE 0.722 10.000 0.000 NA   NA
 3542830 3542831 Abu_2019 Abu_2020     FALSE 0.127 41.000 0.000 NA N NA
 3542831 3542832 Abu_2020 Abu_2021     TRUE 0.839 13.000 0.000 1.000 Y NA
 3542834 3542835 Abu_2023 Abu_2024     TRUE 0.832 4.000 0.000 NA   NA
 3542835 3542836 Abu_2024 Abu_2025   rplS FALSE 0.075 102.000 0.000 NA   NA
 3542836 3542837 Abu_2025 Abu_2026 rplS trmD TRUE 0.892 56.000 0.567 1.000 Y NA
 3542838 3542839 Abu_2027 Abu_2028   metE FALSE 0.265 165.000 0.006 NA   NA
 3542839 3542840 Abu_2028 Abu_2029 metE ilvA FALSE 0.254 106.000 0.000 1.000 Y NA
 3542840 3542841 Abu_2029 Abu_2030 ilvA atpB FALSE 0.092 91.000 0.000 1.000 N NA
 3542841 3542842 Abu_2030 Abu_2031 atpB   FALSE 0.098 62.000 0.000 1.000 N NA
 3542843 3542844 Abu_2032 Abu_2033 porA folB FALSE 0.132 292.000 0.000 1.000   NA
 3542844 3542845 Abu_2033 Abu_2034 folB   TRUE 0.986 -3.000 0.096 1.000   NA
 3542846 3542847 Abu_2035 Abu_2036 nadA nadC TRUE 0.998 -3.000 0.198 0.004 Y NA
 3542847 3542848 Abu_2036 Abu_2037 nadC<