MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus mitis B6

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10161687 10161688 smi_0001 smi_0002 dnaA dnaN TRUE 0.514 159.000 0.328 1.000 Y NA
 10161688 10161689 smi_0002 smi_0003 dnaN   TRUE 0.926 11.000 0.009 NA   NA
 10161689 10161690 smi_0003 smi_0004     TRUE 0.642 85.000 0.064 NA   NA
 10161690 10161691 smi_0004 smi_0005   pth TRUE 0.845 72.000 0.184 1.000 Y NA
 10161691 10161692 smi_0005 smi_0006 pth mfd TRUE 0.963 1.000 0.137 1.000 N NA
 10161692 10161693 smi_0006 smi_0007 mfd   TRUE 0.486 58.000 0.024 1.000 N NA
 10161693 10161694 smi_0007 smi_0008     TRUE 0.953 -7.000 0.053 1.000 N NA
 10161694 10161695 smi_0008 smi_0009     FALSE 0.171 120.000 0.011 NA N NA
 10161695 10161696 smi_0009 smi_0010     TRUE 0.950 -3.000 0.014 NA N NA
 10161696 10161697 smi_0010 smi_0011   hgt TRUE 0.986 5.000 0.067 0.062 N NA
 10161697 10161698 smi_0011 smi_0012 hgt ftsH TRUE 0.921 16.000 0.192 1.000 N NA
 10161698 10161699 smi_0012 smi_0013 ftsH comX1 FALSE 0.140 119.000 0.006 1.000   NA
 10161701 10161702 smi_0015 smi_0016 tRNA-Glu 16S_rRNA FALSE 0.067 252.000 0.000 NA   NA
 10161702 10161703 smi_0016 smi_0017 16S_rRNA tRNA-Ala TRUE 0.587 50.000 0.000 NA   NA
 10161703 10161704 smi_0017 smi_0018 tRNA-Ala 23S_rRNA FALSE 0.201 108.000 0.000 NA   NA
 10161704 10161705 smi_0018 smi_0019 23S_rRNA 5S_rRNA FALSE 0.358 79.000 0.000 NA   NA
 10161705 10161706 smi_0019 smi_0020 5S_rRNA tRNA-Asn TRUE 0.884 6.000 0.000 NA   NA
 10161706 10161707 smi_0020 smi_0021 tRNA-Asn   FALSE 0.071 398.000 0.000 NA   NA
 10161707 10161708 smi_0021 smi_0022   purA FALSE 0.069 231.000 0.000 NA   NA
 10161708 10161709 smi_0022 smi_0023 purA ccnC TRUE 0.609 47.000 0.000 NA   NA
 10161709 10161710 smi_0023 smi_0024 ccnC   TRUE 0.541 56.000 0.000 NA   NA
 10161710 10161711 smi_0024 smi_0025   ffs TRUE 0.626 44.000 0.000 NA   NA
 10161711 10161712 smi_0025 smi_0026 ffs dut TRUE 0.940 -39.000 0.000 NA   NA
 10161712 10161713 smi_0026 smi_0027 dut   TRUE 0.624 44.000 0.005 NA N NA
 10161713 10161714 smi_0027 smi_0028   RadA FALSE 0.073 182.000 0.003 NA N NA
 10161714 10161715 smi_0028 smi_0029 RadA   TRUE 0.421 72.000 0.000 NA   NA
 10161715 10161716 smi_0029 smi_0030     FALSE 0.247 160.000 0.049 NA   NA
 10161716 10161717 smi_0030 smi_0031     TRUE 0.930 25.000 0.111 NA   NA
 10161719 10161720 smi_0033 smi_0034 prsA   FALSE 0.146 119.000 0.000 NA   NA
 10161720 10161721 smi_0034 smi_0035     FALSE 0.079 183.000 0.000 NA   NA
 10161721 10161722 smi_0035 smi_0036     FALSE 0.079 183.000 0.000 NA   NA
 10161722 10161723 smi_0036 smi_0037   cbp1 FALSE 0.070 376.000 0.000 NA   NA
 10161723 10161724 smi_0037 smi_0038 cbp1 cbp2 FALSE 0.068 342.000 0.000 NA   NA
 10161724 10161725 smi_0038 smi_0039 cbp2   FALSE 0.067 296.000 0.000 NA   NA
 10161725 10161726 smi_0039 smi_0040     FALSE 0.164 162.000 0.000 NA Y NA
 10161726 10161727 smi_0040 smi_0041     TRUE 0.414 73.000 0.000 NA   NA
 10161729 10161730 smi_0043 smi_0043.1     FALSE 0.121 128.000 0.000 NA   NA
 10161730 10161731 smi_0043.1 smi_0044     TRUE 0.940 -21.000 0.000 NA   NA
 10161731 10161732 smi_0044 smi_0045     FALSE 0.067 275.000 0.000 NA   NA
 10161732 10161733 smi_0045 smi_0046     TRUE 0.991 -103.000 0.200 NA   NA
 10161735 10161736 smi_0048 smi_0049 polI   TRUE 0.459 83.000 0.005 NA   NA
 10161738 10161739 smi_0051 smi_0052 aspC1   TRUE 0.894 -3.000 0.012 1.000 N NA
 10161739 10161740 smi_0052 smi_0053   plsX TRUE 0.890 -3.000 0.011 1.000 N NA
 10161740 10161741 smi_0053 smi_0054 plsX acpP TRUE 0.991 6.000 0.017 0.009   NA
 10161741 10161742 smi_0054 smi_0055 acpP cbp3 FALSE 0.074 452.000 0.000 NA   NA
 10161744 10161745 smi_0057 smi_0057.1 cbp4   FALSE 0.091 153.000 0.000 NA   NA
 10161745 10161746 smi_0057.1 smi_0058     TRUE 0.681 34.000 0.000 NA   NA
 10161746 10161747 smi_0058 smi_0059     TRUE 0.967 -3.000 0.000 NA Y NA
 10161747 10161748 smi_0059 smi_0059.1     FALSE 0.032 483.000 0.000 1.000   NA
 10161748 10161749 smi_0059.1 smi_0059.2     TRUE 0.747 21.000 0.000 NA   NA
 10161749 10161750 smi_0059.2 smi_0060     TRUE 0.681 34.000 0.000 NA   NA
 10161750 10161751 smi_0060 smi_0060.1     TRUE 0.817 15.000 0.000 NA   NA
 10161751 10161752 smi_0060.1 smi_0061     TRUE 0.938 -7.000 0.000 NA   NA
 10161752 10161753 smi_0061 smi_0062     TRUE 0.895 4.000 0.000 NA   NA
 10161753 10161754 smi_0062 smi_0063     FALSE 0.068 338.000 0.000 NA   NA
 10161754 10161755 smi_0063 smi_0064   comA FALSE 0.078 562.000 0.000 NA   NA
 10161755 10161756 smi_0064 smi_0065 comA comB TRUE 0.995 13.000 0.444 0.060   NA
 10161756 10161757 smi_0065 smi_0066 comB purC TRUE 0.910 0.000 0.004 1.000   NA
 10161757 10161758 smi_0066 smi_0067 purC purL FALSE 0.215 345.000 0.043 1.000 Y NA
 10161758 10161759 smi_0067 smi_0068 purL purF TRUE 0.522 94.000 0.024 1.000 Y NA
 10161759 10161760 smi_0068 smi_0069 purF purM TRUE 0.402 325.000 0.248 1.000 Y NA
 10161760 10161761 smi_0069 smi_0070 purM purN TRUE 0.999 -3.000 0.238 0.003 Y NA
 10161761 10161762 smi_0070 smi_0071 purN   TRUE 0.392 45.000 0.000 1.000   NA
 10161762 10161763 smi_0071 smi_0072   purH TRUE 0.801 2.000 0.000 1.000   NA
 10161763 10161764 smi_0072 smi_0073 purH purD TRUE 0.593 122.000 0.238 1.000 Y NA
 10161764 10161765 smi_0073 smi_0074 purD purE FALSE 0.226 409.000 0.044 1.000 Y NA
 10161765 10161766 smi_0074 smi_0075 purE purK TRUE 0.998 -13.000 0.008 0.001 Y NA
 10161766 10161767 smi_0075 smi_0076 purK purB FALSE 0.077 300.000 0.000 1.000 Y NA
 10161767 10161768 smi_0076 smi_0077 purB   FALSE 0.003 434.000 0.000 1.000 N NA
 10161770 10161771 smi_0079 smi_0080 bgaC PTS-EIIB TRUE 0.991 -3.000 0.190 1.000 Y NA
 10161771 10161772 smi_0080 smi_0081 PTS-EIIB PTS-EIIC TRUE 0.997 27.000 0.810 0.018 Y NA
 10161772 10161773 smi_0081 smi_0082 PTS-EIIC PTS-EIID TRUE 0.998 -13.000 0.118 0.018 Y NA
 10161773 10161774 smi_0082 smi_0083 PTS-EIID PTS-EII TRUE 0.987 7.000 0.000 0.018 Y NA
 10161774 10161775 smi_0083 smi_0084 PTS-EII agaS FALSE 0.061 210.000 0.022 1.000 N NA
 10161775 10161776 smi_0084 smi_0085 agaS galM FALSE 0.077 538.000 0.000 NA   NA
 10161776 10161777 smi_0085 smi_0086 galM cbpI FALSE 0.118 130.000 0.000 NA   NA
 10161777 10161778 smi_0086 smi_0086.1 cbpI   FALSE 0.067 300.000 0.000 NA   NA
 10161778 10161779 smi_0086.1 smi_0087     FALSE 0.207 106.000 0.000 NA   NA
 10161779 10161780 smi_0087 smi_0088   trkG1 FALSE 0.081 34.000 0.000 1.000 N NA
 10161780 10161781 smi_0088 smi_0089 trkG1 trkA1 TRUE 0.998 14.000 0.490 0.005 Y NA
 10161781 10161782 smi_0089 smi_0090 trkA1   FALSE 0.035 405.000 0.000 NA N NA
 10161782 10161783 smi_0090 smi_0091     FALSE 0.161 116.000 0.000 NA   NA
 10161783 10161784 smi_0091 smi_0092     TRUE 0.380 167.000 0.333 1.000   NA
 10161784 10161785 smi_0092 smi_0093     TRUE 0.995 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 10161785 10161786 smi_0093 smi_0094   rpsD FALSE 0.021 195.000 0.002 1.000 N NA
 10161787 10161788 smi_0096 smi_0097     TRUE 0.697 31.000 0.000 NA   NA
 10161788 10161789 smi_0097 smi_0098     TRUE 0.693 32.000 0.000 NA   NA
 10161790 10161791 smi_0099 smi_0100     TRUE 0.998 -10.000 1.000 NA   NA
 10161791 10161792 smi_0100 smi_0101     FALSE 0.076 511.000 0.000 NA   NA
 10161792 10161793 smi_0101 smi_0102     TRUE 0.985 22.000 0.818 NA   NA
 10161794 10161795 smi_0103 smi_0104     TRUE 0.991 12.000 0.875 NA N NA
 10161795 10161796 smi_0104 smi_0105   rpmGA FALSE 0.033 264.000 0.000 NA N NA
 10161796 10161797 smi_0105 smi_0106 rpmGA rpmF TRUE 0.981 16.000 0.012 0.040 Y NA
 10161800 10161801 smi_0108 smi_0109     TRUE 0.995 4.000 0.156 0.010 N NA
 10161801 10161802 smi_0109 smi_0110     TRUE 0.993 13.000 0.182 0.018   NA
 10161802 10161803 smi_0110 smi_0111   tktN TRUE 0.983 4.000 0.333 1.000   NA
 10161803 10161804 smi_0111 smi_0112 tktN tktC TRUE 1.000 -3.000 0.742 0.002 Y NA
 10161804 10161805 smi_0112 smi_0113 tktC ilvD FALSE 0.080 231.000 0.000 1.000 Y NA
 10161807 10161808 smi_0115 smi_0116   rgg TRUE 0.998 -25.000 1.000 NA   NA
 10161808 10161809 smi_0116 smi_0117 rgg   FALSE 0.067 306.000 0.000 NA   NA
 10161809 10161810 smi_0117 smi_0118   hisS TRUE 0.484 78.000 0.003 NA   NA
 10161810 10161811 smi_0118 smi_0119 hisS   FALSE 0.338 97.000 0.003 NA   NA
 10161811 10161812 smi_0119 smi_0120     TRUE 0.989 10.000 0.500 NA   NA
 10161812 10161813 smi_0120 smi_0121     TRUE 0.992 0.000 0.333 NA   NA
 10161813 10161814 smi_0121 smi_0122     TRUE 0.781 66.000 0.077 NA   NA
 10161814 10161815 smi_0122 smi_0123     TRUE 0.861 11.000 0.000 NA   NA
 10161815 10161816 smi_0123 smi_0124     TRUE 0.995 -7.000 0.500 NA   NA
 10161816 10161817 smi_0124 smi_0125     TRUE 0.868 10.000 0.000 NA   NA
 10161817 10161818 smi_0125 smi_0126     TRUE 0.976 18.000 0.400 NA   NA
 10161818 10161819 smi_0126 smi_0127   aspS FALSE 0.166 135.000 0.003 NA   NA
 10161819 10161820 smi_0127 smi_0128 aspS   TRUE 0.974 -22.000 0.016 NA   NA
 10161821 10161822 smi_0129 smi_0130 malR malA TRUE 0.986 10.000 0.364 NA   NA
 10161822 10161823 smi_0130 smi_0131 malA malD FALSE 0.338 261.000 0.200 NA   NA
 10161823 10161824 smi_0131 smi_0132 malD malC TRUE 0.999 2.000 0.714 0.041 Y NA
 10161824 10161825 smi_0132 smi_0133 malC malX TRUE 0.814 111.000 0.621 1.000 Y NA
 10161826 10161827 smi_0134 smi_0135 malM malP TRUE 0.987 26.000 0.105 0.023 Y NA
 10161829 10161830 smi_0137 smi_0138   ctpC TRUE 0.991 2.000 0.363 NA   NA
 10161832 10161833 smi_0140 smi_0141 tnpA pbp1b FALSE 0.068 322.000 0.000 NA   NA
 10161833 10161834 smi_0141 smi_0142 pbp1b   TRUE 0.534 57.000 0.000 NA   NA
 10161834 10161835 smi_0142 smi_0143   dapD FALSE 0.029 229.000 0.000 1.000   NA
 10161835 10161836 smi_0143 smi_0144 dapD hipO TRUE 0.854 68.000 0.372 1.000   NA
 10161836 10161837 smi_0144 smi_0145 hipO   TRUE 0.849 12.000 0.006 1.000   NA
 10161837 10161838 smi_0145 smi_0146     TRUE 0.966 -16.000 0.037 1.000   NA
 10161839 10161840 smi_0147 smi_0148 galU gpdA TRUE 0.733 22.000 0.032 1.000 N NA
 10161840 10161841 smi_0148 smi_0149 gpdA   FALSE 0.082 168.000 0.000 NA   NA
 10161841 10161842 smi_0149 smi_0150   argS FALSE 0.076 501.000 0.000 NA   NA
 10161843 10161844 smi_0151 smi_0152 argR2 hexA TRUE 0.407 51.000 0.008 1.000 N NA
 10161844 10161845 smi_0152 smi_0153 hexA   FALSE 0.033 146.000 0.003 1.000 N NA
 10161845 10161846 smi_0153 smi_0154     TRUE 0.999 2.000 0.720 0.011 Y NA
 10161846 10161847 smi_0154 smi_0155     FALSE 0.135 291.000 0.053 1.000   NA
 10161847 10161848 smi_0155 smi_0156     FALSE 0.034 177.000 0.000 1.000   NA
 10161848 10161849 smi_0156 smi_0157   gpi FALSE 0.003 285.000 0.000 1.000 N NA
 10161849 10161850 smi_0157 smi_0158 gpi gltX FALSE 0.049 130.000 0.005 1.000 N NA
 10161850 10161851 smi_0158 smi_0159 gltX codA TRUE 0.716 14.000 0.008 1.000 N NA
 10161851 10161852 smi_0159 smi_0160 codA tRNA-Glu FALSE 0.183 112.000 0.000 NA   NA
 10161852 10161853 smi_0160 smi_0161 tRNA-Glu 16S_rRNA FALSE 0.067 252.000 0.000 NA   NA
 10161853 10161854 smi_0161 smi_0162 16S_rRNA tRNA-Ala TRUE 0.587 50.000 0.000 NA   NA
 10161854 10161855 smi_0162 smi_0163 tRNA-Ala 23S_rRNA FALSE 0.201 108.000 0.000 NA   NA
 10161855 10161856 smi_0163 smi_0164 23S_rRNA 5S_rRNA FALSE 0.358 79.000 0.000 NA   NA
 10161856 10161857 smi_0164 smi_0165 5S_rRNA tRNA-Val TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10161857 10161858 smi_0165 smi_0166 tRNA-Val tRNA-Gly TRUE 0.884 6.000 0.000 NA   NA
 10161858 10161859 smi_0166 smi_0167 tRNA-Gly tRNA-Ile TRUE 0.681 34.000 0.000 NA   NA
 10161859 10161860 smi_0167 smi_0168 tRNA-Ile tRNA-Glu TRUE 0.875 9.000 0.000 NA   NA
 10161860 10161861 smi_0168 smi_0169 tRNA-Glu tRNA-Ser TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10161861 10161862 smi_0169 smi_0170 tRNA-Ser tRNA-Met TRUE 0.861 11.000 0.000 NA   NA
 10161862 10161863 smi_0170 smi_0171 tRNA-Met tRNA-Phe TRUE 0.895 4.000 0.000 NA   NA
 10161863 10161864 smi_0171 smi_0172 tRNA-Phe tRNA-Tyr TRUE 0.843 13.000 0.000 NA   NA
 10161864 10161865 smi_0172 smi_0173 tRNA-Tyr tRNA-Trp TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10161865 10161866 smi_0173 smi_0174 tRNA-Trp tRNA-His TRUE 0.817 15.000 0.000 NA   NA
 10161866 10161867 smi_0174 smi_0175 tRNA-His tRNA-Gln TRUE 0.829 14.000 0.000 NA   NA
 10161867 10161868 smi_0175 smi_0176 tRNA-Gln tRNA-Leu TRUE 0.868 10.000 0.000 NA   NA
 10161869 10161870 smi_0177 smi_0178     TRUE 0.858 -7.000 0.000 1.000   NA
 10161870 10161871 smi_0178 smi_0179     FALSE 0.071 216.000 0.000 NA   NA
 10161871 10161872 smi_0179 smi_0180     TRUE 0.838 41.000 0.027 NA   NA
 10161872 10161873 smi_0180 smi_0181     TRUE 0.994 4.000 0.714 NA   NA
 10161873 10161874 smi_0181 smi_0182     TRUE 0.984 14.000 0.429 NA   NA
 10161874 10161875 smi_0182 smi_0183     FALSE 0.077 189.000 0.000 NA   NA
 10161875 10161876 smi_0183 smi_0184     FALSE 0.075 196.000 0.000 NA   NA
 10161876 10161877 smi_0184 smi_0185     TRUE 0.681 34.000 0.000 NA   NA
 10161877 10161878 smi_0185 smi_0186     FALSE 0.284 90.000 0.000 NA   NA
 10161878 10161879 smi_0186 smi_0187     TRUE 0.884 6.000 0.000 NA   NA
 10161879 10161880 smi_0187 smi_0188     FALSE 0.067 255.000 0.000 NA   NA
 10161880 10161881 smi_0188 smi_0189     TRUE 0.552 54.000 0.000 NA   NA
 10161882 10161883 smi_0190 smi_0191     FALSE 0.073 208.000 0.000 NA   NA
 10161883 10161884 smi_0191 smi_0192     FALSE 0.067 263.000 0.000 NA   NA
 10161884 10161885 smi_0192 smi_0193   thrC TRUE 0.370 76.000 0.003 NA N NA
 10161885 10161886 smi_0193 smi_0194 thrC   FALSE 0.263 68.000 0.006 1.000 N NA
 10161886 10161887 smi_0194 smi_0195     TRUE 0.984 4.000 0.364 1.000   NA
 10161887 10161888 smi_0195 smi_0196     FALSE 0.248 163.000 0.133 1.000   NA
 10161888 10161889 smi_0196 smi_0197   pcp FALSE 0.029 386.000 0.000 1.000   NA
 10161891 10161892 smi_0199 smi_0200 tgt   FALSE 0.083 101.000 0.003 1.000 N NA
 10161894 10161895 smi_0202 smi_0203 nagA adh FALSE 0.079 164.000 0.030 1.000 N NA
 10161895 10161896 smi_0203 smi_0204 adh   TRUE 0.614 86.000 0.053 NA   NA
 10161896 10161897 smi_0204 smi_0205   cglA TRUE 0.730 77.000 0.083 NA   NA
 10161897 10161898 smi_0205 smi_0206 cglA cglB TRUE 0.997 -127.000 0.639 1.000 Y NA
 10161898 10161899 smi_0206 smi_0207 cglB cglC TRUE 1.000 2.000 0.861 0.001 Y NA
 10161899 10161900 smi_0207 smi_0208 cglC cglD TRUE 0.993 -82.000 0.110 NA Y NA
 10161900 10161901 smi_0208 smi_0209 cglD   TRUE 0.994 5.000 0.786 NA   NA
 10161901 10161902 smi_0209 smi_0210     TRUE 0.993 -37.000 0.250 NA   NA
 10161902 10161903 smi_0210 smi_0211     TRUE 0.992 -22.000 0.232 NA   NA
 10161903 10161904 smi_0211 smi_0212     TRUE 0.933 33.000 0.154 NA   NA
 10161904 10161905 smi_0212 smi_0213     FALSE 0.029 236.000 0.000 1.000   NA
 10161905 10161906 smi_0213 smi_0214   ackA FALSE 0.352 111.000 0.130 1.000 N NA
 10161906 10161907 smi_0214 smi_0215 ackA   FALSE 0.030 146.000 0.002 1.000 N NA
 10161907 10161908 smi_0215 smi_0216     TRUE 0.954 -31.000 0.052 1.000 N NA
 10161908 10161909 smi_0216 smi_0217     TRUE 0.915 18.000 0.106 1.000   NA
 10161909 10161910 smi_0217 smi_0218     TRUE 0.728 51.000 0.008 NA   NA
 10161910 10161911 smi_0218 smi_0219     FALSE 0.350 119.000 0.039 NA   NA
 10161911 10161912 smi_0219 smi_0220     TRUE 0.993 24.000 0.431 0.017   NA
 10161912 10161913 smi_0220 smi_0221     TRUE 0.977 77.000 0.279 0.010 Y NA
 10161913 10161914 smi_0221 smi_0222   sgh TRUE 0.976 17.000 0.328 1.000 Y NA
 10161914 10161915 smi_0222 smi_0223 sgh sga TRUE 0.993 4.000 0.536 1.000 Y NA
 10161915 10161916 smi_0223 smi_0224 sga araD TRUE 0.995 2.000 0.700 1.000 Y NA
 10161916 10161917 smi_0224 smi_0225 araD   FALSE 0.214 167.000 0.200 1.000 N NA
 10161917 10161918 smi_0225 smi_0226     TRUE 0.642 112.000 0.231 NA   NA
 10161918 10161919 smi_0226 smi_0227   tktA TRUE 0.466 114.000 0.077 NA   NA
 10161919 10161920 smi_0227 smi_0228 tktA   FALSE 0.133 118.000 0.002 NA N NA
 10161920 10161921 smi_0228 smi_0229     TRUE 0.570 47.000 0.002 NA N NA
 10161921 10161922 smi_0229 smi_0230     TRUE 0.975 -13.000 0.019 NA   NA
 10161922 10161923 smi_0230 smi_0231   adhE FALSE 0.067 301.000 0.000 NA   NA
 10161923 10161924 smi_0231 smi_0232 adhE gapA FALSE 0.003 319.000 0.000 1.000 N NA
 10161928 10161929 smi_0236 smi_0237 rpmGB secE TRUE 0.916 10.000 0.080 1.000 N NA
 10161929 10161930 smi_0237 smi_0238 secE   TRUE 0.931 55.000 0.843 1.000 N NA
 10161930 10161931 smi_0238 smi_0239   comX2 TRUE 0.475 120.000 0.002 0.054   NA
 10161933 10161934 smi_0241 smi_0242 16S_rRNA tRNA-Ala TRUE 0.587 50.000 0.000 NA   NA
 10161934 10161935 smi_0242 smi_0243 tRNA-Ala 23S_rRNA FALSE 0.201 108.000 0.000 NA   NA
 10161935 10161936 smi_0243 smi_0244 23S_rRNA 5S_rRNA FALSE 0.358 79.000 0.000 NA   NA
 10161936 10161937 smi_0244 smi_0245 5S_rRNA tRNA-Val TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10161937 10161938 smi_0245 smi_0246 tRNA-Val tRNA-Asp TRUE 0.901 3.000 0.000 NA   NA
 10161938 10161939 smi_0246 smi_0247 tRNA-Asp tRNA-Lys TRUE 0.727 24.000 0.000 NA   NA
 10161939 10161940 smi_0247 smi_0248 tRNA-Lys tRNA-Leu TRUE 0.884 6.000 0.000 NA   NA
 10161940 10161941 smi_0248 smi_0249 tRNA-Leu tRNA-Thr TRUE 0.761 19.000 0.000 NA   NA
 10161941 10161942 smi_0249 smi_0250 tRNA-Thr tRNA-Gly TRUE 0.732 23.000 0.000 NA   NA
 10161942 10161943 smi_0250 smi_0251 tRNA-Gly tRNA-Leu TRUE 0.879 8.000 0.000 NA   NA
 10161943 10161944 smi_0251 smi_0252 tRNA-Leu tRNA-Arg TRUE 0.854 12.000 0.000 NA   NA
 10161944 10161945 smi_0252 smi_0253 tRNA-Arg tRNA-Pro TRUE 0.800 16.000 0.000 NA   NA
 10161945 10161946 smi_0253 smi_0254 tRNA-Pro   FALSE 0.076 507.000 0.000 NA   NA
 10161946 10161947 smi_0254 smi_0255     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 10161947 10161948 smi_0255 smi_0256     TRUE 0.976 -13.000 0.023 NA   NA
 10161948 10161949 smi_0256 smi_0257     TRUE 0.991 2.000 0.193 NA Y NA
 10161949 10161950 smi_0257 smi_0258     TRUE 0.976 0.000 0.107 NA N NA
 10161950 10161951 smi_0258 smi_0259     TRUE 0.999 2.000 0.857 0.015 Y NA
 10161953 10161954 smi_0261 smi_0262 rpsL rpsG TRUE 0.996 20.000 0.224 0.005 Y NA
 10161954 10161955 smi_0262 smi_0263 rpsG fusA TRUE 0.574 395.000 0.579 1.000 Y NA
 10161955 10161956 smi_0263 smi_0264 fusA polC FALSE 0.082 104.000 0.003 1.000 N NA
 10161956 10161957 smi_0264 smi_0265 polC   FALSE 0.069 358.000 0.000 NA   NA
 10161957 10161958 smi_0265 smi_0266   pepS FALSE 0.277 194.000 0.095 NA   NA
 10161958 10161959 smi_0266 smi_0267 pepS rsuA1 FALSE 0.003 464.000 0.000 1.000 N NA
 10161959 10161960 smi_0267 smi_0268 rsuA1 pepC FALSE 0.208 111.000 0.041 1.000 N NA
 10161960 10161961 smi_0268 smi_0269 pepC   FALSE 0.005 142.000 0.000 1.000 N NA
 10161961 10161962 smi_0269 smi_0270     FALSE 0.067 262.000 0.000 NA   NA
 10161962 10161963 smi_0270 smi_0271     FALSE 0.080 787.000 0.000 NA   NA
 10161964 10161965 smi_0272 smi_0273 manN manM TRUE 0.998 15.000 0.812 0.017 Y NA
 10161965 10161966 smi_0273 smi_0274 manM manL TRUE 0.992 75.000 0.943 0.010 Y NA
 10161966 10161967 smi_0274 smi_0275 manL adhP FALSE 0.028 245.000 0.000 1.000   NA
 10161967 10161968 smi_0275 smi_0276 adhP   FALSE 0.031 423.000 0.000 1.000   NA
 10161969 10161970 smi_0277 smi_0278     TRUE 0.809 50.000 0.034 NA   NA
 10161970 10161971 smi_0278 smi_0279   folP FALSE 0.069 231.000 0.000 NA   NA
 10161971 10161972 smi_0279 smi_0280 folP sulB TRUE 0.996 2.000 0.006 0.005 Y NA
 10161972 10161973 smi_0280 smi_0281 sulB sulC TRUE 0.979 -19.000 0.024 1.000 Y NA
 10161973 10161974 smi_0281 smi_0282 sulC sulD FALSE 0.161 158.000 0.005 1.000 Y NA
 10161980 10161981 smi_0288 smi_0289   aspC2 FALSE 0.147 156.000 0.005 NA   NA
 10161981 10161982 smi_0289 smi_0290 aspC2 rpmH FALSE 0.075 145.000 0.002 1.000   NA
 10161982 10161983 smi_0290 smi_0291 rpmH   FALSE 0.044 139.000 0.000 1.000   NA
 10161985 10161986 smi_0293 smi_0294     TRUE 0.984 3.000 0.058 NA Y NA
 10161986 10161987 smi_0294 smi_0295   ksgA TRUE 0.611 65.000 0.093 1.000 N NA
 10161987 10161988 smi_0295 smi_0296 ksgA   TRUE 0.888 2.000 0.003 1.000   NA
 10161988 10161989 smi_0296 smi_0297   rpe TRUE 0.968 11.000 0.213 1.000   NA
 10161989 10161990 smi_0297 smi_0298 rpe   TRUE 0.977 -37.000 0.166 1.000 N NA
 10161990 10161991 smi_0298 smi_0299     TRUE 0.978 -40.000 0.030 NA   NA
 10161991 10161992 smi_0299 smi_0300   cbf1 TRUE 0.978 -10.000 0.030 NA   NA
 10161994 10161995 smi_0302 smi_0303 purR lysA FALSE 0.328 67.000 0.012 1.000 N NA
 10161995 10161996 smi_0303 smi_0304 lysA pflC FALSE 0.065 126.000 0.007 1.000 N NA
 10161996 10161997 smi_0304 smi_0305 pflC   FALSE 0.003 273.000 0.000 1.000 N NA
 10161997 10161998 smi_0305 smi_0306     TRUE 0.992 2.000 0.462 NA   NA
 10161998 10161999 smi_0306 smi_0307     TRUE 0.995 2.000 0.667 NA   NA
 10161999 10162000 smi_0307 smi_0308     TRUE 0.774 62.000 0.056 NA   NA
 10162000 10162001 smi_0308 smi_0309     TRUE 0.997 -30.000 0.741 1.000 Y NA
 10162003 10162004 smi_0311 smi_0312     TRUE 0.679 55.000 0.005 NA   NA
 10162004 10162005 smi_0312 smi_0313   asnA FALSE 0.332 111.000 0.011 NA   NA
 10162005 10162006 smi_0313 smi_0314 asnA   FALSE 0.290 65.000 0.006 1.000 N NA
 10162006 10162007 smi_0314 smi_0315   kdtB TRUE 0.887 -10.000 0.008 1.000 N NA
 10162007 10162008 smi_0315 smi_0316 kdtB   TRUE 0.847 -16.000 0.003 1.000 N NA
 10162008 10162009 smi_0316 smi_0317   murA FALSE 0.003 311.000 0.000 1.000 N NA
 10162009 10162010 smi_0317 smi_0318 murA   TRUE 0.988 -13.000 0.110 NA   NA
 10162010 10162011 smi_0318 smi_0319   endA TRUE 0.941 39.000 0.237 NA   NA
 10162011 10162012 smi_0319 smi_0320 endA tlyC FALSE 0.067 262.000 0.000 NA   NA
 10162014 10162015 smi_0322 smi_0323 amiA amiC TRUE 0.975 67.000 0.600 0.039   NA
 10162015 10162016 smi_0323 smi_0324 amiC amiD TRUE 0.997 0.000 0.278 0.039   NA
 10162016 10162017 smi_0324 smi_0325 amiD amiE TRUE 0.993 9.000 0.650 1.000 Y NA
 10162017 10162018 smi_0325 smi_0326 amiE amiF TRUE 0.999 11.000 0.333 0.001 Y NA
 10162018 10162019 smi_0326 smi_0327 amiF   FALSE 0.074 454.000 0.000 NA   NA
 10162019 10162020 smi_0327 smi_0328     TRUE 0.979 12.000 0.222 NA   NA
 10162020 10162021 smi_0328 smi_0329     TRUE 0.952 13.000 0.143 1.000   NA
 10162021 10162022 smi_0329 smi_0330     TRUE 0.641 15.000 0.000 1.000   NA
 10162022 10162023 smi_0330 smi_0331     FALSE 0.100 142.000 0.000 NA   NA
 10162023 10162024 smi_0331 smi_0332   murI FALSE 0.154 204.000 0.014 NA   NA
 10162024 10162025 smi_0332 smi_0333 murI   TRUE 0.933 -3.000 0.034 1.000 N NA
 10162025 10162026 smi_0333 smi_0334     TRUE 0.963 -24.000 0.004 NA   NA
 10162026 10162027 smi_0334 smi_0335     TRUE 0.976 -3.000 0.034 NA   NA
 10162027 10162028 smi_0335 smi_0336   xerD TRUE 0.954 -9.000 0.017 1.000   NA
 10162028 10162029 smi_0336 smi_0337 xerD   TRUE 0.949 0.000 0.003 NA   NA
 10162029 10162030 smi_0337 smi_0338     TRUE 0.980 19.000 0.570 NA   NA
 10162030 10162031 smi_0338 smi_0339   rsuA2 TRUE 0.988 -13.000 0.224 NA N NA
 10162031 10162032 smi_0339 smi_0340 rsuA2   TRUE 0.965 0.000 0.014 NA   NA
 10162034 10162035 smi_0342 smi_0343 pepA   TRUE 0.932 22.000 0.100 NA   NA
 10162037 10162038 smi_0345 smi_0346   pgk TRUE 0.397 90.000 0.002 1.000 Y NA
 10162038 10162039 smi_0346 smi_0347 pgk   FALSE 0.150 136.000 0.002 NA   NA
 10162039 10162040 smi_0347 smi_0348   glnR TRUE 0.794 77.000 0.154 NA   NA
 10162040 10162041 smi_0348 smi_0349 glnR glnA TRUE 0.851 37.000 0.179 1.000 N NA
 10162041 10162042 smi_0349 smi_0350 glnA   FALSE 0.007 120.000 0.000 1.000 N NA
 10162042 10162043 smi_0350 smi_0351     TRUE 0.988 0.000 0.200 NA   NA
 10162043 10162044 smi_0351 smi_0352     TRUE 0.676 35.000 0.000 NA   NA
 10162044 10162045 smi_0352 smi_0353   hrcA FALSE 0.127 164.000 0.003 NA   NA
 10162045 10162046 smi_0353 smi_0354 hrcA grpE TRUE 0.760 27.000 0.051 1.000 N NA
 10162046 10162047 smi_0354 smi_0355 grpE dnaK TRUE 0.671 253.000 0.026 0.007 Y NA
 10162047 10162048 smi_0355 smi_0356 dnaK   FALSE 0.068 248.000 0.000 NA   NA
 10162048 10162049 smi_0356 smi_0356.1     TRUE 0.940 -55.000 0.000 NA   NA
 10162049 10162050 smi_0356.1 smi_0357   dnaJ FALSE 0.075 200.000 0.000 NA   NA
 10162050 10162051 smi_0357 smi_0358 dnaJ tnpB FALSE 0.005 132.000 0.000 1.000 N NA
 10162052 10162053 smi_0359 smi_0360     TRUE 0.963 10.000 0.063 NA   NA
 10162054 10162055 smi_0361 smi_0362     TRUE 0.984 -3.000 0.167 NA N NA
 10162057 10162058 smi_0364 smi_0365 spiR1 spiR2 TRUE 0.991 5.000 0.500 NA   NA
 10162058 10162059 smi_0365 smi_0366 spiR2 spiH TRUE 0.990 14.000 0.444 NA Y NA
 10162059 10162060 smi_0366 smi_0367 spiH   TRUE 0.438 69.000 0.000 NA   NA
 10162060 10162061 smi_0367 smi_0368     FALSE 0.072 213.000 0.000 NA   NA
 10162061 10162062 smi_0368 smi_0369   pncH TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 10162062 10162063 smi_0369 smi_0370 pncH pncN TRUE 0.917 69.000 0.500 NA   NA
 10162063 10162064 smi_0370 smi_0371 pncN pncQ TRUE 0.669 37.000 0.000 NA   NA
 10162064 10162065 smi_0371 smi_0372 pncQ pncP TRUE 0.701 30.000 0.000 NA   NA
 10162065 10162066 smi_0372 smi_0373 pncP cotS FALSE 0.085 161.000 0.000 NA   NA
 10162066 10162067 smi_0373 smi_0374 cotS   TRUE 0.989 -3.000 0.154 NA   NA
 10162067 10162068 smi_0374 smi_0375     FALSE 0.196 126.000 0.004 NA   NA
 10162068 10162069 smi_0375 smi_0376   nusA TRUE 0.973 44.000 0.759 NA   NA
 10162069 10162070 smi_0376 smi_0377 nusA   TRUE 0.979 22.000 0.323 NA Y NA
 10162070 10162071 smi_0377 smi_0378     TRUE 0.992 -7.000 0.408 NA N NA
 10162071 10162072 smi_0378 smi_0379   IF2 TRUE 0.980 17.000 0.223 NA Y NA
 10162072 10162073 smi_0379 smi_0380 IF2 rbfA TRUE 0.542 252.000 0.530 1.000 Y NA
 10162073 10162074 smi_0380 smi_0381 rbfA   FALSE 0.071 216.000 0.000 NA   NA
 10162074 10162075 smi_0381 smi_0382     FALSE 0.067 266.000 0.000 NA   NA
 10162075 10162076 smi_0382 smi_0383     TRUE 0.990 0.000 0.229 NA   NA
 10162076 10162077 smi_0383 smi_0384     TRUE 0.972 10.000 0.114 NA   NA
 10162077 10162078 smi_0384 smi_0385     TRUE 0.665 96.000 0.143 NA   NA
 10162078 10162079 smi_0385 smi_0386     FALSE 0.028 284.000 0.000 1.000   NA
 10162079 10162080 smi_0386 smi_0387     TRUE 0.984 -13.000 0.150 1.000   NA
 10162080 10162081 smi_0387 smi_0388     TRUE 0.963 0.000 0.053 1.000   NA
 10162081 10162082 smi_0388 smi_0389   valS TRUE 0.942 -7.000 0.008 1.000   NA
 10162082 10162083 smi_0389 smi_0390 valS ddeI FALSE 0.027 75.000 0.000 1.000 N NA
 10162083 10162084 smi_0390 smi_0391 ddeI   TRUE 0.715 13.000 0.000 NA N NA
 10162084 10162085 smi_0391 smi_0392     TRUE 0.882 7.000 0.000 NA   NA
 10162085 10162086 smi_0392 smi_0393     FALSE 0.069 349.000 0.000 NA   NA
 10162086 10162087 smi_0393 smi_0394     FALSE 0.003 240.000 0.000 1.000 N NA
 10162087 10162088 smi_0394 smi_0395     TRUE 0.739 22.000 0.000 NA   NA
 10162088 10162089 smi_0395 smi_0396     FALSE 0.152 118.000 0.000 NA   NA
 10162089 10162090 smi_0396 smi_0397     TRUE 0.987 -3.000 0.250 1.000   NA
 10162090 10162091 smi_0397 smi_0398     TRUE 0.985 4.000 0.400 1.000   NA
 10162093 10162094 smi_0400 smi_0401 rpoE pyrG FALSE 0.064 236.000 0.029 1.000 N NA
 10162094 10162095 smi_0401 smi_0402 pyrG cbp5 FALSE 0.067 279.000 0.000 NA   NA
 10162095 10162096 smi_0402 smi_0403 cbp5   FALSE 0.278 91.000 0.000 NA   NA
 10162096 10162097 smi_0403 smi_0404     TRUE 0.988 -3.000 0.140 NA   NA
 10162097 10162098 smi_0404 smi_0405     TRUE 0.955 16.000 0.239 1.000   NA
 10162098 10162099 smi_0405 smi_0406     TRUE 0.717 43.000 0.020 1.000   NA
 10162100 10162101 smi_0407 smi_0408 int   FALSE 0.157 117.000 0.000 NA   NA
 10162101 10162102 smi_0408 smi_0409     TRUE 0.727 24.000 0.000 NA   NA
 10162103 10162104 smi_0410 smi_0411   gp37 TRUE 0.559 53.000 0.000 NA   NA
 10162104 10162105 smi_0411 smi_0412 gp37   FALSE 0.070 225.000 0.000 NA   NA
 10162107 10162108 smi_0414 smi_0415     FALSE 0.272 93.000 0.000 NA   NA
 10162108 10162109 smi_0415 smi_0416     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 10162109 10162110 smi_0416 smi_0417     TRUE 0.938 -7.000 0.000 NA   NA
 10162110 10162111 smi_0417 smi_0418     FALSE 0.082 172.000 0.000 NA   NA
 10162111 10162112 smi_0418 smi_0419     TRUE 0.916 1.000 0.000 NA   NA
 10162112 10162113 smi_0419 smi_0420     TRUE 0.991 0.000 0.286 NA   NA
 10162113 10162114 smi_0420 smi_0421     TRUE 0.992 -3.000 0.286 NA   NA
 10162114 10162115 smi_0421 smi_0422     TRUE 0.987 -43.000 0.100 NA   NA
 10162115 10162116 smi_0422 smi_0423     TRUE 0.992 6.000 0.600 NA   NA
 10162116 10162117 smi_0423 smi_0424     TRUE 0.976 4.000 0.100 NA   NA
 10162117 10162118 smi_0424 smi_0425     TRUE 0.990 -64.000 0.167 NA   NA
 10162118 10162119 smi_0425 smi_0426     FALSE 0.067 253.000 0.000 NA   NA
 10162119 10162120 smi_0426 smi_0427     FALSE 0.335 82.000 0.000 NA   NA
 10162120 10162121 smi_0427 smi_0428     TRUE 0.998 -10.000 1.000 NA   NA
 10162121 10162122 smi_0428 smi_0429     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 10162122 10162123 smi_0429 smi_0430   Pi3 TRUE 0.901 3.000 0.000 NA   NA
 10162123 10162124 smi_0430 smi_0431 Pi3   TRUE 0.916 1.000 0.000 NA   NA
 10162124 10162125 smi_0431 smi_0432     TRUE 0.843 13.000 0.000 NA   NA
 10162125 10162126 smi_0432 smi_0433     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 10162126 10162127 smi_0433 smi_0435     FALSE 0.081 1136.000 0.000 NA   NA
 10162127 10162128 smi_0435 smi_0436     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 10162128 10162129 smi_0436 smi_0437     TRUE 0.843 13.000 0.000 NA   NA
 10162130 10162131 smi_0438 smi_0439     TRUE 0.985 -16.000 0.075 NA   NA
 10162132 10162133 smi_0440 smi_0441   tRNA-Tyr FALSE 0.068 246.000 0.000 NA   NA
 10162133 10162134 smi_0441 smi_0442 tRNA-Tyr   TRUE 0.609 47.000 0.000 NA   NA
 10162134 10162135 smi_0442 smi_0443     TRUE 0.995 -10.000 0.000 0.001   NA
 10162135 10162136 smi_0443 smi_0444     TRUE 0.985 12.000 0.368 NA   NA
 10162136 10162137 smi_0444 smi_0445     TRUE 0.990 -31.000 0.158 NA   NA
 10162137 10162138 smi_0445 smi_0446     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 10162138 10162139 smi_0446 smi_0447     TRUE 0.637 43.000 0.000 NA   NA
 10162139 10162140 smi_0447 smi_0448     TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10162140 10162141 smi_0448 smi_0449     FALSE 0.292 89.000 0.000 NA   NA
 10162143 10162144 smi_0451 smi_0452     TRUE 0.714 26.000 0.000 NA   NA
 10162144 10162145 smi_0452 smi_0453     TRUE 0.968 15.000 0.182 NA   NA
 10162145 10162146 smi_0453 smi_0454     TRUE 0.774 18.000 0.000 NA   NA
 10162146 10162147 smi_0454 smi_0455     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 10162147 10162148 smi_0455 smi_0456   Pi2 TRUE 0.996 -13.000 0.625 NA   NA
 10162148 10162149 smi_0456 smi_0457 Pi2   TRUE 0.940 -10.000 0.000 NA   NA
 10162149 10162150 smi_0457 smi_0458     TRUE 0.940 -13.000 0.000 NA   NA
 10162150 10162151 smi_0458 smi_0459     TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 10162151 10162152 smi_0459 smi_0460     TRUE 0.761 19.000 0.000 NA   NA
 10162152 10162153 smi_0460 smi_0461     TRUE 0.986 16.000 0.667 NA   NA
 10162153 10162154 smi_0461 smi_0462     FALSE 0.086 160.000 0.000 NA   NA
 10162154 10162155 smi_0462 smi_0463     TRUE 0.817 15.000 0.000 NA   NA
 10162155 10162156 smi_0463 smi_0464     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 10162156 10162157 smi_0464 smi_0465     TRUE 0.916 1.000 0.000 NA   NA
 10162157 10162158 smi_0465 smi_0466     TRUE 0.993 -3.000 0.320 NA   NA
 10162158 10162159 smi_0466 smi_0467     TRUE 0.996 -3.000 0.720 NA   NA
 10162159 10162160 smi_0467 smi_0468     TRUE 0.993 8.000 0.708 NA   NA
 10162160 10162161 smi_0468 smi_0469     TRUE 0.861 11.000 0.000 NA   NA
 10162161 10162162 smi_0469 smi_0470     TRUE 0.909 2.000 0.000 NA   NA
 10162162 10162163 smi_0470 smi_0471     TRUE 0.875 9.000 0.000 NA   NA
 10162163 10162164 smi_0471 smi_0472     TRUE 0.895 4.000 0.000 NA   NA
 10162164 10162165 smi_0472 smi_0473     TRUE 0.854 12.000 0.000 NA   NA
 10162165 10162166 smi_0473 smi_0474     TRUE 0.817 15.000 0.000 NA   NA
 10162166 10162167 smi_0474 smi_0475     TRUE 0.895 4.000 0.000 NA   NA
 10162167 10162168 smi_0475 smi_0476     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 10162168 10162169 smi_0476 smi_0477     TRUE 0.829 14.000 0.000 NA   NA
 10162169 10162170 smi_0477 smi_0478   lytA TRUE 0.993 0.000 0.400 NA   NA
 10162172 10162173 smi_0480 smi_0481 ssbB groES FALSE 0.144 156.000 0.083 1.000 N NA
 10162173 10162174 smi_0481 smi_0482 groES groEL TRUE 0.966 16.000 0.160 1.000 Y NA
 10162174 10162175 smi_0482 smi_0483 groEL   FALSE 0.196 138.000 0.010 NA   NA
 10162175 10162176 smi_0483 smi_0484     FALSE 0.072 400.000 0.000 NA   NA
 10162176 10162177 smi_0484 smi_0485   rggD TRUE 0.683 13.000 0.000 1.000   NA
 10162178 10162179 smi_0486 smi_0487   recX TRUE 0.527 89.000 0.025 NA   NA
 10162180 10162181 smi_0488 smi_0489   tRNA-Glu TRUE 0.609 47.000 0.000 NA   NA
 10162181 10162182 smi_0489 smi_0490 tRNA-Glu 16S_rRNA FALSE 0.067 252.000 0.000 NA   NA
 10162182 10162183 smi_0490 smi_0491 16S_rRNA tRNA-Ala TRUE 0.587 50.000 0.000 NA   NA
 10162183 10162184 smi_0491 smi_0492 tRNA-Ala 23S_rRNA FALSE 0.201 108.000 0.000 NA   NA
 10162184 10162185 smi_0492 smi_0493 23S_rRNA 5S_rRNA FALSE 0.358 79.000 0.000 NA   NA
 10162185 10162186 smi_0493 smi_0494 5S_rRNA tRNA-Val TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10162186 10162187 smi_0494 smi_0495 tRNA-Val tRNA-Asp TRUE 0.901 3.000 0.000 NA   NA
 10162187 10162188 smi_0495 smi_0496 tRNA-Asp tRNA-Lys TRUE 0.727 24.000 0.000 NA   NA
 10162188 10162189 smi_0496 smi_0497 tRNA-Lys tRNA-Leu TRUE 0.884 6.000 0.000 NA   NA
 10162189 10162190 smi_0497 smi_0498 tRNA-Leu tRNA-Thr TRUE 0.761 19.000 0.000 NA   NA
 10162190 10162191 smi_0498 smi_0499 tRNA-Thr tRNA-Gly TRUE 0.732 23.000 0.000 NA   NA
 10162191 10162192 smi_0499 smi_0500 tRNA-Gly tRNA-Leu TRUE 0.879 8.000 0.000 NA   NA
 10162192 10162193 smi_0500 smi_0501 tRNA-Leu tRNA-Arg TRUE 0.854 12.000 0.000 NA   NA
 10162193 10162194 smi_0501 smi_0502 tRNA-Arg tRNA-Pro TRUE 0.800 16.000 0.000 NA   NA
 10162194 10162195 smi_0502 smi_0503 tRNA-Pro tRNA-Met TRUE 0.884 6.000 0.000 NA   NA
 10162195 10162196 smi_0503 smi_0504 tRNA-Met tRNA-Met TRUE 0.829 14.000 0.000 NA   NA
 10162196 10162197 smi_0504 smi_0505 tRNA-Met tRNA-Ser TRUE 0.843 13.000 0.000 NA   NA
 10162197 10162198 smi_0505 smi_0506 tRNA-Ser tRNA-Met TRUE 0.861 11.000 0.000 NA   NA
 10162198 10162199 smi_0506 smi_0507 tRNA-Met tRNA-Phe TRUE 0.895 4.000 0.000 NA   NA
 10162199 10162200 smi_0507 smi_0508 tRNA-Phe tRNA-Gly TRUE 0.747 21.000 0.000 NA   NA
 10162200 10162201 smi_0508 smi_0509 tRNA-Gly tRNA-Ile TRUE 0.657 40.000 0.000 NA   NA
 10162201 10162202 smi_0509 smi_0510 tRNA-Ile tRNA-Ser TRUE 0.882 7.000 0.000 NA   NA
 10162203 10162204 smi_0511 smi_0512 birA tnpA FALSE 0.003 447.000 0.000 1.000 N NA
 10162205 10162206 smi_0513 smi_0514     FALSE 0.048 145.000 0.000 NA N NA
 10162206 10162207 smi_0514 smi_0515   proV FALSE 0.003 241.000 0.000 1.000 N NA
 10162207 10162208 smi_0515 smi_0516 proV   TRUE 0.987 -7.000 0.382 1.000 N NA
 10162212 10162213 smi_0520 smi_0521 galK galT TRUE 0.994 19.000 0.107 0.003 Y NA
 10162213 10162214 smi_0521 smi_0522 galT   TRUE 0.557 70.000 0.024 NA N NA
 10162214 10162215 smi_0522 smi_0523   dpnIIA FALSE 0.120 157.000 0.015 NA N NA
 10162215 10162216 smi_0523 smi_0524 dpnIIA dpnIIB TRUE 0.998 -10.000 0.058 0.003 Y NA
 10162216 10162217 smi_0524 smi_0525 dpnIIB   TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10162217 10162218 smi_0525 smi_0526     TRUE 0.843 13.000 0.000 NA   NA
 10162219 10162220 smi_0527 smi_0528   xpt TRUE 0.979 0.000 0.046 1.000 Y NA
 10162220 10162221 smi_0528   xpt   FALSE 0.135 123.000 0.000 NA   NA
 10162221 10162222   smi_0529     FALSE 0.069 234.000 0.000 NA   NA
 10162222 10162223 smi_0529 smi_0530   exoA TRUE 0.916 12.000 0.006 NA   NA
 10162224 10162225 smi_0531 smi_0532     TRUE 0.940 -16.000 0.000 NA   NA
 10162225 10162226 smi_0532 smi_0533     TRUE 0.997 -19.000 0.667 NA   NA
 10162226 10162227 smi_0533 smi_0534     FALSE 0.122 127.000 0.000 NA   NA
 10162227 10162228 smi_0534 smi_0535     TRUE 0.984 -3.000 0.083 NA   NA
 10162228 10162229 smi_0535 smi_0536     FALSE 0.184 161.000 0.018 NA   NA
 10162229 10162230 smi_0536 smi_0537     TRUE 1.000 -10.000 0.911 0.009 Y NA
 10162230 10162231 smi_0537 smi_0538     FALSE 0.114 184.000 0.018 NA N NA
 10162231 10162232 smi_0538 smi_0539   wecE TRUE 0.971 43.000 0.382 NA Y NA
 10162232 10162233 smi_0539 smi_0540 wecE   FALSE 0.074 455.000 0.000 NA   NA
 10162233 10162234 smi_0540 smi_0541     FALSE 0.069 353.000 0.000 NA   NA
 10162234 10162235 smi_0541 smi_0542     TRUE 0.999 -3.000 0.321 0.001 Y NA
 10162235 10162236 smi_0542 smi_0543     TRUE 0.944 11.000 0.018 1.000 Y NA
 10162236 10162237 smi_0543 smi_0544     TRUE 0.992 -3.000 0.216 1.000 Y NA
 10162237 10162238 smi_0544 smi_0545     TRUE 0.999 -13.000 0.264 0.003 Y NA
 10162238 10162239 smi_0545 smi_0546     TRUE 0.999 -22.000 0.375 0.003 Y NA
 10162239 10162240 smi_0546 smi_0547     TRUE 0.999 -7.000 0.248 0.001 Y NA
 10162243 10162244 smi_0550 smi_0551     TRUE 0.985 31.000 1.000 NA   NA
 10162244 10162245 smi_0551 smi_0552     TRUE 0.858 38.000 0.036 NA   NA
 10162245 10162246 smi_0552 smi_0553     TRUE 0.973 11.000 0.143 NA   NA
 10162246 10162247 smi_0553 smi_0554     TRUE 0.824 77.000 0.214 NA   NA
 10162249 10162250 smi_0556 smi_0557     TRUE 0.547 55.000 0.000 NA   NA
 10162250 10162251 smi_0557 smi_0558     TRUE 0.485 91.000 0.057 NA N NA
 10162251 10162252 smi_0558 smi_0559   tRNA-Lys FALSE 0.069 233.000 0.000 NA   NA
 10162252 10162253 smi_0559 smi_s01 tRNA-Lys ssrS TRUE 0.936 -4.000 0.000 NA   NA
 10162253 10162254 smi_s01 smi_0560 ssrS   TRUE 0.534 57.000 0.000 NA   NA
 10162255 10162256 smi_0561 smi_0562     TRUE 0.967 7.000 0.065 NA   NA
 10162256 10162257 smi_0562 smi_0563     FALSE 0.170 111.000 0.004 1.000   NA
 10162257 10162258 smi_0563 smi_0564     TRUE 0.988 2.000 0.227 NA   NA
 10162258 10162259 smi_0564 smi_0565     TRUE 0.912 11.000 0.004 NA   NA
 10162259 10162260 smi_0565 smi_0566     FALSE 0.068 248.000 0.000 NA   NA
 10162263 10162264 smi_0569 smi_0570     TRUE 0.907 19.000 0.101 1.000   NA
 10162264 10162265 smi_0570 smi_0571     TRUE 0.984 -7.000 0.280 1.000 N NA
 10162265 10162266 smi_0571 smi_0572   queC TRUE 0.966 0.000 0.062 1.000   NA
 10162266 10162267 smi_0572 smi_0573 queC   FALSE 0.031 202.000 0.000 1.000   NA
 10162267 10162268 smi_0573 smi_0574     TRUE 0.978 16.000 0.364 NA   NA
 10162268 10162269 smi_0574 smi_0575     TRUE 0.645 98.000 0.143 NA   NA
 10162270 10162271 smi_0576 smi_0577     TRUE 0.979 -3.000 0.121 1.000   NA
 10162272 10162273 smi_0578 smi_0579     FALSE 0.103 139.000 0.000 NA   NA
 10162273 10162274 smi_0579 smi_0580     TRUE 0.981 16.000 0.471 NA   NA
 10162274 10162275 smi_0580 smi_0581     TRUE 0.978 5.000 0.412 1.000 N NA
 10162276 10162277 smi_0582 smi_0583     TRUE 0.974 1.000 0.109 NA N NA
 10162277 10162278 smi_0583 smi_0584   dnaI TRUE 0.998 1.000 0.817 NA Y NA
 10162278 10162279 smi_0584 smi_0585 dnaI   TRUE 0.945 -3.000 0.048 1.000 N NA
 10162279 10162280 smi_0585 smi_0586   engA TRUE 0.816 14.000 0.005 1.000   NA
 10162280 10162281 smi_0586 smi_0587 engA   TRUE 0.402 85.000 0.002 NA   NA
 10162281 10162282 smi_0587 smi_0588     FALSE 0.266 94.000 0.000 NA   NA
 10162282 10162283 smi_0588 smi_0589   secA FALSE 0.200 147.000 0.017 NA   NA
 10162283 10162284 smi_0589 smi_0590 secA   FALSE 0.311 81.000 0.025 1.000 N NA
 10162284 10162285 smi_0590 smi_0591     TRUE 1.000 2.000 0.750 0.001 Y NA
 10162285 10162286 smi_0591 smi_0592     TRUE 0.478 39.000 0.007 1.000 N NA
 10162286 10162287 smi_0592 smi_0593     TRUE 0.965 -10.000 0.093 1.000 N NA
 10162287 10162288 smi_0593 smi_0594   mmsA TRUE 0.838 19.000 0.078 1.000 N NA
 10162288 10162289 smi_0594 smi_0595 mmsA   FALSE 0.078 188.000 0.000 NA   NA
 10162290 10162291 smi_0596 smi_0597     TRUE 0.991 -37.000 0.000 0.011   NA
 10162291 10162292 smi_0597 smi_0598     FALSE 0.068 238.000 0.000 NA   NA
 10162292 10162293 smi_0598 smi_0599     FALSE 0.100 142.000 0.000 NA   NA
 10162294 10162295 smi_0600 smi_0601   nanA FALSE 0.003 513.000 0.000 1.000 N NA
 10162295 10162296 smi_0601 smi_0602 nanA nanE2 FALSE 0.077 289.000 0.000 1.000 Y NA
 10162296 10162297 smi_0602 smi_0603 nanE2   TRUE 0.589 114.000 0.154 1.000 Y NA
 10162297 10162298 smi_0603 smi_0604     TRUE 0.523 126.000 0.000 0.035 Y NA
 10162298 10162299 smi_0604 smi_0605     TRUE 0.998 16.000 1.000 0.035 Y NA
 10162299 10162300 smi_0605 smi_0606     TRUE 0.674 126.000 0.250 NA Y NA
 10162300 10162301 smi_0606 smi_0607     TRUE 0.967 20.000 0.300 NA   NA
 10162301 10162302 smi_0607 smi_0608     TRUE 0.481 172.000 0.333 NA   NA
 10162302 10162303 smi_0608 smi_0609     TRUE 0.822 18.000 0.054 1.000 N NA
 10162303 10162304 smi_0609 smi_0610     FALSE 0.068 240.000 0.000 NA   NA
 10162304 10162305 smi_0610 smi_0611     TRUE 0.995 -10.000 0.500 NA   NA
 10162307 10162308 smi_0613 smi_0614 pbp2B recR TRUE 0.796 11.000 0.013 1.000 N NA
 10162308 10162309 smi_0614 smi_0615 recR ddL FALSE 0.047 176.000 0.010 1.000 N NA
 10162309 10162310 smi_0615 smi_0616 ddL murF TRUE 0.939 85.000 0.046 0.007 Y NA
 10162310 10162311 smi_0616 smi_0617 murF   TRUE 0.574 95.000 0.059 NA   NA
 10162312 10162313 smi_0618 smi_0619 tnpA tnpA TRUE 0.372 390.000 0.000 0.034 Y NA
 10162314 10162315 smi_0620 smi_0621 ftsA ftsZ TRUE 0.980 18.000 0.460 1.000 Y NA
 10162315 10162316 smi_0621 smi_0622 ftsZ   TRUE 0.958 5.000 0.030 NA   NA
 10162316 10162317 smi_0622 smi_0623     TRUE 0.979 10.000 0.194 NA   NA
 10162317 10162318 smi_0623 smi_0624     TRUE 0.993 0.000 0.370 NA   NA
 10162318 10162319 smi_0624 smi_0625     TRUE 0.988 -3.000 0.287 1.000   NA
 10162319 10162320 smi_0625 smi_0626   divIVA TRUE 0.991 9.000 0.579 NA   NA
 10162320 10162321 smi_0626 smi_0627 divIVA ileRS FALSE 0.087 253.000 0.012 NA N NA
 10162321 10162322 smi_0627 smi_0628 ileRS   FALSE 0.077 553.000 0.000 NA   NA
 10162322 10162323 smi_0628 smi_0629     FALSE 0.115 131.000 0.000 NA   NA
 10162323 10162324 smi_0629 smi_0630     TRUE 0.548 53.000 0.006 1.000   NA
 10162324 10162325 smi_0630 smi_0631     FALSE 0.028 245.000 0.000 1.000   NA
 10162325 10162326 smi_0631 smi_0632     TRUE 0.993 2.000 0.438 1.000 Y NA
 10162327 10162328 smi_0633 smi_0634   psaA FALSE 0.036 421.000 0.007 1.000 N NA
 10162328 10162329 smi_0634 smi_0635 psaA psaC TRUE 0.888 32.000 0.038 1.000 Y NA
 10162329 10162330 smi_0635 smi_0636 psaC   TRUE 0.981 -3.000 0.043 1.000 Y NA
 10162330 10162331 smi_0636 smi_0637     FALSE 0.036 461.000 0.000 NA N NA
 10162331 10162332 smi_0637 smi_0638     TRUE 0.876 -7.000 0.000 NA N NA
 10162334 10162335 smi_0640 smi_0641     FALSE 0.071 219.000 0.000 NA   NA
 10162336 10162337 smi_0642 smi_0643 relA dtd FALSE 0.088 30.000 0.000 1.000 N NA
 10162338 10162339 smi_0644 smi_0645     FALSE 0.242 164.000 0.049 NA   NA
 10162340 10162341 smi_0646 smi_0647     TRUE 0.921 76.000 0.667 NA   NA
 10162343 10162344 smi_0649 smi_0650     TRUE 0.997 -7.000 0.812 1.000 Y NA
 10162344 10162345 smi_0650 smi_0651     FALSE 0.004 799.000 0.000 1.000 N NA
 10162345 10162346 smi_0651 smi_0652     FALSE 0.067 291.000 0.000 NA   NA
 10162347 10162348 smi_0653 smi_0654 thrRS   FALSE 0.068 323.000 0.000 NA   NA
 10162348 10162349 smi_0654 smi_0655     TRUE 0.526 58.000 0.000 NA   NA
 10162350 10162351 smi_0656 smi_0657 rpsO fecD FALSE 0.003 528.000 0.000 1.000 N NA
 10162351 10162352 smi_0657 smi_0658 fecD fecE TRUE 0.990 2.000 0.250 1.000 Y NA
 10162352 10162353 smi_0658 smi_0659 fecE fecB TRUE 0.970 20.000 0.300 1.000 Y NA
 10162353 10162354 smi_0659 smi_0660 fecB   TRUE 0.988 -19.000 0.114 NA   NA
 10162355 10162356 smi_0661 smi_0662   tnpA FALSE 0.003 343.000 0.000 1.000 N NA
 10162357 10162358 smi_0663 smi_0664     FALSE 0.351 102.000 0.008 NA   NA
 10162358 10162359 smi_0664 smi_0665     TRUE 0.993 -13.000 0.283 NA   NA
 10162359 10162360 smi_0665 smi_0666     TRUE 0.904 17.000 0.021 NA   NA
 10162360 10162361 smi_0666 smi_0667     TRUE 0.991 7.000 0.042 0.017   NA
 10162361 10162362 smi_0667 smi_0668     FALSE 0.098 103.000 0.000 1.000   NA
 10162362 10162363 smi_0668 smi_0669     TRUE 0.981 2.000 0.030 NA Y NA
 10162365 10162366 smi_0671 smi_0672     TRUE 0.937 9.000 0.012 NA   NA
 10162366 10162367 smi_0672 smi_0673   phnA FALSE 0.043 125.000 0.002 1.000 N NA
 10162367 10162368 smi_0673 smi_0674 phnA   TRUE 0.951 3.000 0.011 NA   NA
 10162368 10162369 smi_0674 smi_0675     FALSE 0.069 235.000 0.000 NA   NA
 10162369 10162370 smi_0675 smi_0676   truA FALSE 0.240 100.000 0.009 1.000   NA
 10162370 10162371 smi_0676 smi_0677 truA   TRUE 0.956 -10.000 0.058 1.000 N NA
 10162371 10162372 smi_0677 smi_0678     TRUE 0.993 -22.000 0.276 NA   NA
 10162373 10162374 smi_0679 smi_0680 pepQ   FALSE 0.029 233.000 0.000 1.000   NA
 10162374 10162375 smi_0680 smi_0681     TRUE 0.994 0.000 0.796 1.000   NA
 10162375 10162376 smi_0681 smi_0682     FALSE 0.144 98.000 0.010 1.000 N NA
 10162377 10162378 smi_0683 smi_0684     TRUE 0.944 11.000 0.160 1.000 N NA
 10162378 10162379 smi_0684 smi_0685   exp9 FALSE 0.003 358.000 0.000 1.000 N NA
 10162381 10162382 smi_0687 smi_0688 codY   TRUE 0.953 0.000 0.083 1.000 N NA
 10162382 10162383 smi_0688 smi_0689   tRNA-Leu FALSE 0.341 81.000 0.000 NA   NA
 10162383 10162384 smi_0689 smi_0690 tRNA-Leu vexp1 FALSE 0.105 138.000 0.000 NA   NA
 10162384 10162385 smi_0690 smi_0691 vexp1 vex2 TRUE 0.993 13.000 0.917 1.000 Y NA
 10162385 10162386 smi_0691 smi_0692 vex2 vexp3 TRUE 0.543 286.000 0.542 1.000 Y NA
 10162386 10162387 smi_0692 smi_0693 vexp3 vncR FALSE 0.283 321.000 0.409 1.000 N NA
 10162387 10162388 smi_0693 smi_0694 vncR vncS TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 10162388 10162389 smi_0694 smi_0695 vncS   FALSE 0.004 147.000 0.000 1.000 N NA
 10162389 10162390 smi_0695 smi_0696     FALSE 0.166 115.000 0.000 NA   NA
 10162390 10162391 smi_0696 smi_0697     FALSE 0.077 520.000 0.000 NA   NA
 10162391 10162392 smi_0697 smi_0698     TRUE 0.943 42.000 0.273 NA   NA
 10162392 10162393 smi_0698 smi_0699     FALSE 0.068 325.000 0.000 NA   NA
 10162393 10162394 smi_0699 smi_0700     TRUE 0.384 52.000 0.000 NA N NA
 10162394 10162395 smi_0700 smi_0701     FALSE 0.028 320.000 0.000 1.000   NA
 10162395 10162396 smi_0701 smi_0702     TRUE 0.979 2.000 0.098 NA   NA
 10162396 10162397 smi_0702 smi_0703     TRUE 0.978 2.000 0.083 NA   NA
 10162397 10162398 smi_0703 smi_0704   tRNA-Thr FALSE 0.219 101.000 0.000 NA   NA
 10162398 10162399 smi_0704 smi_0705 tRNA-Thr prtA FALSE 0.081 903.000 0.000 NA   NA
 10162399 10162400 smi_0705 smi_0706 prtA   FALSE 0.075 485.000 0.000 NA   NA
 10162402 10162403 smi_0708 smi_0709     TRUE 0.968 -16.000 0.042 1.000   NA
 10162403 10162404 smi_0709 smi_0710     TRUE 0.880 48.000 0.100 NA   NA
 10162404 10162405 smi_0710 smi_0711     TRUE 0.971 12.000 0.136 NA   NA
 10162405 10162406 smi_0711 smi_0712     TRUE 0.831 28.000 0.044 1.000   NA
 10162408 10162409 smi_0714 smi_0715   rpsU FALSE 0.117 139.000 0.011 1.000   NA
 10162409 10162410 smi_0715 smi_0716 rpsU hpr FALSE 0.133 130.000 0.011 1.000   NA
 10162410 10162411 smi_0716 smi_0717 hpr   TRUE 0.986 0.000 0.494 1.000 N NA
 10162411 10162412 smi_0717 smi_0718     TRUE 0.979 1.000 0.079 NA   NA
 10162412 10162413 smi_0718 smi_0719     TRUE 0.967 16.000 0.206 NA   NA
 10162413 10162414 smi_0719 smi_0720     TRUE 0.804 83.000 0.021 0.051   NA
 10162414 10162415 smi_0720 smi_0721     TRUE 0.920 5.000 0.060 1.000 N NA
 10162415 10162416 smi_0721 smi_0722     TRUE 0.904 9.000 0.055 1.000 N NA
 10162416 10162417 smi_0722 smi_0723     TRUE 0.994 -10.000 0.330 NA   NA
 10162419 10162420 smi_0725 smi_0726 cbp6 cbp7 TRUE 0.752 20.000 0.000 NA   NA
 10162420 10162421 smi_0726 smi_0727 cbp7   FALSE 0.069 346.000 0.000 NA   NA
 10162421 10162422 smi_0727 smi_0728     FALSE 0.069 234.000 0.000 NA   NA
 10162422 10162423 smi_0728 smi_0729     TRUE 0.988 0.000 0.169 NA   NA
 10162423 10162424 smi_0729 smi_0730     TRUE 0.994 -10.000 0.337 NA   NA
 10162424 10162425 smi_0730 smi_0731     TRUE 0.983 1.000 0.229 NA N NA
 10162425 10162426 smi_0731 smi_0732   pstS FALSE 0.351 468.000 0.303 NA N NA
 10162426 10162427 smi_0732 smi_0733 pstS   TRUE 0.990 0.000 0.206 1.000 Y NA
 10162427 10162428 smi_0733 smi_0734     TRUE 1.000 -10.000 0.907 0.002 Y NA
 10162428 10162429 smi_0734 smi_0735   pstB2 TRUE 0.999 11.000 0.490 0.002 Y NA
 10162429 10162430 smi_0735 smi_0736 pstB2 pstB1 TRUE 0.999 13.000 0.542 0.001 Y NA
 10162430 10162431 smi_0736 smi_0737 pstB1 phoU TRUE 0.992 12.000 0.413 NA Y NA
 10162431 10162432 smi_0737 smi_0738 phoU   FALSE 0.043 158.000 0.000 NA N NA
 10162434 10162435 smi_0740 smi_0741     TRUE 0.955 10.000 0.042 NA   NA
 10162435 10162436 smi_0741 smi_0742   murB FALSE 0.269 113.000 0.005 NA   NA
 10162436 10162437 smi_0742 smi_0743 murB potA FALSE 0.096 159.000 0.041 1.000 N NA
 10162437 10162438 smi_0743 smi_0744 potA potB TRUE 0.999 -19.000 0.928 0.034 Y NA
 10162438 10162439 smi_0744 smi_0745 potB potC TRUE 0.999 -3.000 0.492 0.034 Y NA
 10162439 10162440 smi_0745 smi_0746 potC   TRUE 0.998 -3.000 0.253 0.034 Y NA
 10162442 10162443 smi_0748 smi_0749   alaRS TRUE 0.839 22.000 0.006 NA   NA
 10162445 10162446 smi_0751 smi_0752     TRUE 0.994 -19.000 0.341 NA   NA
 10162448 10162449 smi_0754 smi_0755   aroD TRUE 0.979 -3.000 0.125 1.000   NA
 10162449 10162450 smi_0755 smi_0756 aroD aroE TRUE 0.996 -10.000 0.500 1.000 Y NA
 10162450 10162451 smi_0756 smi_0757 aroE aroB TRUE 0.882 19.000 0.010 1.000 Y NA
 10162451 10162452 smi_0757 smi_0758 aroB aroC TRUE 0.997 10.000 0.110 0.004 Y NA
 10162452 10162453 smi_0758 smi_0759 aroC   TRUE 0.939 10.000 0.010 1.000 Y NA
 10162453 10162454 smi_0759 smi_0760     TRUE 0.959 11.000 0.058 NA   NA
 10162454 10162455 smi_0760 smi_0760.1     FALSE 0.070 388.000 0.000 NA   NA
 10162455 10162456 smi_0760.1 smi_0761     TRUE 0.940 -46.000 0.000 NA   NA
 10162456 10162457 smi_0761 smi_0762     TRUE 0.761 19.000 0.000 NA   NA
 10162457 10162458 smi_0762 smi_0763   aroA FALSE 0.138 122.000 0.000 NA   NA
 10162458 10162459 smi_0763 smi_0764 aroA   TRUE 0.974 -7.000 0.012 1.000 Y NA
 10162459 10162460 smi_0764 smi_0765   pheA TRUE 0.977 -3.000 0.025 1.000 Y NA
 10162460 10162461 smi_0765 smi_0766 pheA   TRUE 0.959 -3.000 0.025 NA N NA
 10162461 10162462 smi_0766 smi_0767   licD3 FALSE 0.063 126.000 0.000 NA N NA
 10162462 10162463 smi_0767 smi_0768 licD3   TRUE 0.998 -10.000 0.667 NA Y NA
 10162463 10162464 smi_0768 smi_0769     TRUE 0.990 2.000 0.250 1.000 Y NA
 10162464 10162465 smi_0769 smi_0770     TRUE 0.969 16.000 0.222 NA   NA
 10162465 10162466 smi_0770 smi_0771     TRUE 0.994 -7.000 0.333 NA   NA
 10162466 10162467 smi_0771 smi_0772   MecA FALSE 0.067 306.000 0.000 NA   NA
 10162467 10162468 smi_0772 smi_0773 MecA thrA FALSE 0.182 151.000 0.044 NA N NA
 10162468 10162469 smi_0773 smi_0774 thrA thrB TRUE 0.972 2.000 0.036 1.000 Y NA
 10162469 10162470 smi_0774 smi_0775 thrB msrA FALSE 0.003 214.000 0.000 1.000 N NA
 10162470 10162471 smi_0775 smi_0776 msrA   TRUE 0.496 61.000 0.035 1.000 N NA
 10162471 10162472 smi_0776 smi_0777     TRUE 0.999 2.000 0.895 0.009 Y NA
 10162472 10162473 smi_0777 smi_0778     FALSE 0.003 398.000 0.000 1.000 N NA
 10162474 10162475 smi_0779 smi_0780 tnpA tnpA TRUE 0.377 390.000 0.000 0.033 Y NA
 10162475 10162476 smi_0780 smi_0781 tnpA tnpA TRUE 0.377 390.000 0.000 0.033 Y NA
 10162476 10162477 smi_0781 smi_0782 tnpA tnpA TRUE 0.377 390.000 0.000 0.033 Y NA
 10162478 10162479 smi_0783 smi_0784 rplJ rplL TRUE 0.990 73.000 0.884 0.024 Y NA
 10162479 10162480 smi_0784 smi_0785 rplL   FALSE 0.074 202.000 0.000 NA   NA
 10162480 10162481 smi_0785 smi_0786     TRUE 0.993 -3.000 0.333 NA   NA
 10162481 10162482 smi_0786 smi_0787     TRUE 0.762 98.000 0.333 NA   NA
 10162482 10162483 smi_0787 smi_0788     TRUE 0.998 -16.000 1.000 NA   NA
 10162483 10162484 smi_0788 smi_0789     TRUE 0.938 -7.000 0.000 NA   NA
 10162484 10162485 smi_0789 smi_0790     TRUE 0.993 13.000 1.000 NA   NA
 10162485 10162486 smi_0790 smi_0791     TRUE 0.901 3.000 0.000 NA   NA
 10162486 10162487 smi_0791 smi_0792     FALSE 0.072 400.000 0.000 NA   NA
 10162487 10162488 smi_0792 smi_0793   nanE TRUE 0.898 5.000 0.040 1.000 N NA
 10162488 10162489 smi_0793 smi_0794 nanE   TRUE 0.971 25.000 1.000 1.000 N NA
 10162489 10162490 smi_0794 smi_0795     TRUE 0.893 28.000 0.037 1.000 Y NA
 10162490 10162491 smi_0795 smi_0796     TRUE 0.831 26.000 0.037 NA N NA
 10162491 10162492 smi_0796 smi_0797     FALSE 0.077 189.000 0.000 NA   NA
 10162492 10162493 smi_0797 smi_0798     TRUE 0.637 157.000 0.667 NA   NA
 10162493 10162494 smi_0798 smi_0799     TRUE 0.964 25.000 0.333 NA   NA
 10162494 10162495 smi_0799 smi_0800   ntpI TRUE 0.978 -10.000 0.029 NA   NA
 10162495 10162496 smi_0800 smi_0801 ntpI ntpK TRUE 0.998 16.000 0.848 0.010   NA
 10162496 10162497 smi_0801 smi_0802 ntpK ntpE TRUE 0.974 34.000 0.045 0.010   NA
 10162497 10162498 smi_0802 smi_0803 ntpE ntpC TRUE 0.953 65.000 0.097 0.010   NA
 10162498 10162499 smi_0803 smi_0804 ntpC ntpF TRUE 0.997 -10.000 0.021 0.008 Y NA
 10162499 10162500 smi_0804 smi_0805 ntpF ntpA TRUE 0.958 63.000 0.021 0.008 Y NA
 10162500 10162501 smi_0805 smi_0806 ntpA ntpB TRUE 0.999 1.000 0.776 0.008 Y NA
 10162501 10162502 smi_0806 smi_0807 ntpB ntpD TRUE 0.995 23.000 0.238 0.008 Y NA
 10162502 10162503 smi_0807 smi_0808 ntpD   FALSE 0.070 227.000 0.000 NA   NA
 10162503 10162504 smi_0808 smi_0809     TRUE 0.998 -78.000 1.000 NA   NA
 10162504 10162505 smi_0809 smi_0810     FALSE 0.033 695.000 0.000 1.000   NA
 10162506 10162507 smi_0811 smi_0812     TRUE 0.940 -78.000 0.000 NA   NA
 10162507 10162508 smi_0812 smi_0813     FALSE 0.067 310.000 0.000 NA   NA
 10162508 10162509 smi_0813 smi_0814   gdhA FALSE 0.003 225.000 0.000 1.000 N NA
 10162510 10162511 smi_0815 smi_0816 pyrD2 holA TRUE 0.383 33.000 0.002 1.000 N NA
 10162511 10162512 smi_0816 smi_0817 holA sodA FALSE 0.044 374.000 0.012 1.000 N NA
 10162512 10162513 smi_0817 smi_0818 sodA   FALSE 0.184 173.000 0.021 NA   NA
 10162513 10162514 smi_0818 smi_0819     TRUE 0.874 21.000 0.016 NA   NA
 10162514 10162515 smi_0819 smi_0820     TRUE 0.963 0.000 0.012 NA   NA
 10162515 10162516 smi_0820 smi_0821     FALSE 0.339 117.000 0.027 NA   NA
 10162517 10162518 smi_0822 smi_0823     FALSE 0.197 109.000 0.000 NA   NA
 10162518 10162519 smi_0823 smi_0823.1     FALSE 0.067 277.000 0.000 NA   NA
 10162519 10162520 smi_0823.1 smi_0824     TRUE 0.995 3.000 0.750 NA   NA
 10162521 10162522 smi_0825 smi_0826 rpsP   TRUE 0.958 20.000 0.385 1.000   NA
 10162522 10162523 smi_0826 smi_0827     TRUE 0.616 45.000 0.000 NA   NA
 10162523 10162524 smi_0827 smi_0828     FALSE 0.235 98.000 0.000 NA   NA
 10162524 10162525 smi_0828 smi_0829   rimM TRUE 0.777 31.000 0.002 NA   NA
 10162525 10162526 smi_0829 smi_0830 rimM trmD TRUE 0.997 -10.000 0.672 1.000 Y NA
 10162526 10162527 smi_0830 smi_0831 trmD   TRUE 0.808 12.000 0.002 1.000   NA
 10162531 10162532 smi_0835 smi_0836     TRUE 0.994 -3.000 0.400 NA   NA
 10162532 10162533 smi_0836 smi_0837     TRUE 0.994 -3.000 0.400 NA   NA
 10162535 10162536 smi_0839 smi_0840 acrA salX TRUE 0.995 -16.000 0.923 1.000 N NA
 10162536 10162537 smi_0840 smi_0841 salX salY TRUE 0.996 2.000 0.923 1.000 Y NA
 10162537 10162538 smi_0841 smi_0842 salY metS FALSE 0.049 124.000 0.003 1.000 N NA
 10162538 10162539 smi_0842 smi_0843 metS   FALSE 0.040 150.000 0.000 1.000   NA
 10162539 10162540 smi_0843 smi_0844     FALSE 0.364 100.000 0.008 NA   NA
 10162540 10162541 smi_0844 smi_0845     TRUE 0.997 -7.000 0.710 NA   NA
 10162541 10162542 smi_0845 smi_0846     TRUE 0.904 11.000 0.067 1.000 N NA
 10162542 10162543 smi_0846 smi_0847     TRUE 0.928 8.000 0.091 1.000 N NA
 10162543 10162544 smi_0847 smi_0848     FALSE 0.016 91.000 0.000 1.000 N NA
 10162544 10162545 smi_0848 smi_0849     FALSE 0.087 158.000 0.000 NA   NA
 10162545 10162546 smi_0849 smi_0850   pepN FALSE 0.068 241.000 0.000 NA   NA
 10162546 10162547 smi_0850 smi_0851 pepN ciaR FALSE 0.094 259.000 0.061 1.000 N NA
 10162547 10162548 smi_0851 smi_0852 ciaR ciaH TRUE 0.997 -10.000 0.606 1.000 Y NA
 10162550 10162551 smi_0854 smi_0855   dinG FALSE 0.003 201.000 0.000 1.000 N NA
 10162551 10162552 smi_0855 smi_0856 dinG rodA TRUE 0.604 37.000 0.019 1.000 N NA
 10162552 10162553 smi_0856 smi_0857 rodA   TRUE 0.924 11.000 0.008 NA   NA
 10162555 10162556 smi_0859 smi_0860   gyrB TRUE 0.847 15.000 0.013 1.000   NA
 10162556 10162557 smi_0860 smi_0861 gyrB ezrA FALSE 0.226 82.000 0.011 1.000 N NA
 10162558 10162559 smi_0862 smi_0863     FALSE 0.109 136.000 0.000 NA   NA
 10162559 10162560 smi_0863 smi_0864     TRUE 0.845 59.000 0.114 NA   NA
 10162560 10162561 smi_0864 smi_0865   clpE FALSE 0.179 130.000 0.079 1.000 N NA
 10162561 10162562 smi_0865 smi_0866 clpE   FALSE 0.070 229.000 0.000 NA   NA
 10162563 10162564 smi_0867 smi_0868     TRUE 0.996 0.000 0.640 1.000 Y NA
 10162564 10162565 smi_0868 smi_0869   folD FALSE 0.126 115.000 0.017 1.000 N NA
 10162565 10162566 smi_0869 smi_0870 folD   FALSE 0.191 138.000 0.009 NA   NA
 10162566 10162567 smi_0870 smi_0871     TRUE 0.908 15.000 0.013 NA   NA
 10162569 10162570 smi_0873 smi_0874 rpiA deoB TRUE 0.880 24.000 0.018 1.000 Y NA
 10162570 10162571 smi_0874 smi_0875 deoB   TRUE 0.977 2.000 0.080 NA   NA
 10162571 10162572 smi_0875 smi_0876   pnp TRUE 0.984 -3.000 0.083 NA   NA
 10162572 10162573 smi_0876 smi_0877 pnp   TRUE 0.933 3.000 0.067 1.000 N NA
 10162573 10162574 smi_0877 smi_0878     FALSE 0.003 229.000 0.000 1.000 N NA
 10162574 10162575 smi_0878 smi_0879   deoD FALSE 0.079 339.000 0.000 1.000 Y NA
 10162575 10162576 smi_0879 smi_0880 deoD   FALSE 0.003 230.000 0.000 1.000 N NA
 10162577 10162578 smi_0881 smi_0882 flaR rpsT FALSE 0.050 53.000 0.000 1.000 N NA
 10162578 10162579 smi_0882 smi_0883 rpsT coaA TRUE 0.456 53.000 0.014 1.000 N NA
 10162580 10162581 smi_0884 smi_0885   merR FALSE 0.067 304.000 0.000 NA   NA
 10162581 10162582 smi_0885 smi_0886 merR merA TRUE 0.981 29.000 0.051 0.001 N NA
 10162582 10162583 smi_0886 smi_0887 merA   FALSE 0.086 160.000 0.000 NA   NA
 10162583 10162584 smi_0887 smi_0888     FALSE 0.088 157.000 0.000 NA   NA
 10162584 10162585 smi_0888 smi_0889   deoA TRUE 0.943 -3.000 0.044 1.000 N NA
 10162585 10162586 smi_0889 smi_0890 deoA deoC TRUE 0.944 20.000 0.106 1.000 Y NA
 10162586 10162587 smi_0890 smi_0891 deoC cdd TRUE 0.984 -13.000 0.051 1.000 Y NA
 10162587 10162588 smi_0891 smi_0892 cdd   TRUE 0.644 90.000 0.200 1.000   NA
 10162588 10162589 smi_0892 smi_0893     FALSE 0.142 144.000 0.024 1.000   NA
 10162589 10162590 smi_0893 smi_0894     TRUE 0.992 -7.000 0.438 1.000   NA
 10162590 10162591 smi_0894 smi_0895     TRUE 0.998 3.000 0.720 0.033   NA
 10162593 10162594 smi_0897 smi_0898 parE   TRUE 0.489 29.000 0.000 1.000   NA
 10162594 10162595 smi_0898 smi_0899     TRUE 0.674 36.000 0.000 NA   NA
 10162595 10162596 smi_0899 smi_0900     TRUE 0.997 -7.000 0.800 NA   NA
 10162596 10162597 smi_0900 smi_0901     FALSE 0.069 352.000 0.000 NA   NA
 10162597 10162598 smi_0901 smi_0902     TRUE 0.720 25.000 0.000 NA   NA
 10162598 10162599 smi_0902 smi_0903     TRUE 0.711 27.000 0.000 NA   NA
 10162599 10162600 smi_0903 smi_0904     FALSE 0.100 142.000 0.000 NA   NA
 10162600 10162601 smi_0904 smi_0905   parC FALSE 0.068 338.000 0.000 NA   NA
 10162601 10162602 smi_0905 smi_0906 parC ilvE FALSE 0.176 136.000 0.086 1.000 N NA
 10162602 10162603 smi_0906 smi_0907 ilvE   TRUE 0.761 23.000 0.000 1.000 Y NA
 10162603 10162604 smi_0907 smi_0908     FALSE 0.229 99.000 0.000 NA   NA
 10162604 10162605 smi_0908 smi_0909   tRNA-Tyr TRUE 0.587 50.000 0.000 NA   NA
 10162605 10162606 smi_0909 smi_0910 tRNA-Tyr tRNA-Gln TRUE 0.868 10.000 0.000 NA   NA
 10162606 10162607 smi_0910 smi_0911 tRNA-Gln rpsA FALSE 0.084 162.000 0.000 NA   NA
 10162607 10162608 smi_0911 smi_0912 rpsA   FALSE 0.303 86.000 0.005 NA N NA
 10162608 10162609 smi_0912 smi_0913   dnaX TRUE 0.956 0.000 0.030 NA N NA
 10162609 10162610 smi_0913 smi_0914 dnaX   TRUE 0.907 28.000 0.067 NA   NA
 10162610 10162611 smi_0914 smi_0915     FALSE 0.141 150.000 0.003 NA   NA
 10162611 10162612 smi_0915 smi_0916     TRUE 0.939 28.000 0.139 1.000 Y NA
 10162612 10162613 smi_0916 smi_0917     TRUE 0.980 11.000 0.606 1.000 N NA
 10162613 10162614 smi_0917 smi_0918     TRUE 0.985 -13.000 0.292 1.000 N NA
 10162614 10162615 smi_0918 smi_0919     TRUE 0.959 70.000 0.152 0.002 N NA
 10162617 10162618 smi_0921 smi_0922   tufA FALSE 0.074 206.000 0.000 NA   NA
 10162619 10162620 smi_0923 smi_0924     TRUE 0.984 -3.000 0.200 1.000   NA
 10162620 10162621 smi_0924 smi_0925   tnpA FALSE 0.030 414.000 0.000 1.000   NA
 10162622 10162623 smi_0926 smi_0927 rplU   TRUE 0.980 16.000 0.208 NA Y NA
 10162623 10162624 smi_0927 smi_0928   rpmA TRUE 0.958 41.000 0.203 NA Y NA
 10162626 10162627 smi_0930 smi_0931   lspA TRUE 0.967 -3.000 0.119 1.000 N NA
 10162627 10162628 smi_0931 smi_0932 lspA   TRUE 0.963 -10.000 0.082 1.000 N NA
 10162628 10162629 smi_0932 smi_0933   pce2 FALSE 0.032 193.000 0.000 1.000   NA
 10162629 10162630 smi_0933 smi_0934 pce2 pce1 TRUE 0.985 0.000 0.000 0.023   NA
 10162630 10162631 smi_0934 smi_0935 pce1 proB FALSE 0.303 80.000 0.003 1.000   NA
 10162631 10162632 smi_0935 smi_0936 proB proA TRUE 0.998 10.000 0.281 0.002 Y NA
 10162632 10162633 smi_0936 smi_0937 proA proC TRUE 0.996 4.000 0.009 0.002 Y NA
 10162633 10162634 smi_0937 smi_0938 proC tmk FALSE 0.003 230.000 0.000 1.000 N NA
 10162634 10162635 smi_0938 smi_0939 tmk holB TRUE 0.982 -3.000 0.254 1.000 N NA
 10162635 10162636 smi_0939 smi_0940 holB   TRUE 0.857 40.000 0.038 NA   NA
 10162636 10162637 smi_0940 smi_0941     TRUE 0.968 3.000 0.043 NA   NA
 10162637 10162638 smi_0941 smi_0942     FALSE 0.030 222.000 0.000 1.000   NA
 10162638 10162639 smi_0942 smi_0943     TRUE 0.985 3.000 0.200 NA   NA
 10162639 10162640 smi_0943 smi_0944     TRUE 0.978 -3.000 0.042 NA   NA
 10162640 10162641 smi_0944 smi_0945     TRUE 0.893 25.000 0.042 NA   NA
 10162641 10162642 smi_0945 smi_0946     TRUE 0.990 -34.000 0.167 NA   NA
 10162642 10162643 smi_0946 smi_0947     TRUE 0.990 0.000 0.250 NA   NA
 10162643 10162644 smi_0947 smi_0948   gid FALSE 0.147 157.000 0.005 NA   NA
 10162644 10162645 smi_0948 smi_0949 gid pyrH FALSE 0.120 84.000 0.002 1.000 N NA
 10162645 10162646 smi_0949 smi_0950 pyrH frr TRUE 0.982 9.000 0.626 1.000 N NA
 10162646 10162647 smi_0950 smi_0951 frr   TRUE 0.679 60.000 0.012 NA   NA
 10162647 10162648 smi_0951 smi_0952     TRUE 0.939 9.000 0.013 NA   NA
 10162648 10162649 smi_0952 smi_0953     TRUE 0.480 85.000 0.010 NA   NA
 10162649 10162650 smi_0953 smi_0954     FALSE 0.116 87.000 0.002 1.000 N NA
 10162650 10162651 smi_0954 smi_0955   celA TRUE 0.644 67.000 0.125 1.000 N NA
 10162651 10162652 smi_0955 smi_0956 celA celB TRUE 0.922 -16.000 0.002 1.000   NA
 10162652 10162653 smi_0956 smi_0957 celB   FALSE 0.030 399.000 0.000 1.000   NA
 10162653 10162654 smi_0957 smi_0958     TRUE 0.992 4.000 0.500 NA   NA
 10162654 10162655 smi_0958 smi_0959   infC FALSE 0.067 281.000 0.000 NA   NA
 10162655 10162656 smi_0959 smi_0960 infC rpmI TRUE 0.977 33.000 0.652 1.000 Y NA
 10162656 10162657 smi_0960 smi_0961 rpmI rplT TRUE 0.995 52.000 0.928 0.024 Y NA
 10162657 10162658 smi_0961 smi_0962 rplT   FALSE 0.262 59.000 0.003 1.000 N NA
 10162660 10162661 smi_0964 smi_0965 pyrDII pyrD1 TRUE 0.979 11.000 0.592 1.000 N NA
 10162661 10162662 smi_0965 smi_0966 pyrD1 lytB FALSE 0.216 98.000 0.005 1.000   NA
 10162664 10162665 smi_0968 smi_0969   dgkA TRUE 0.979 -19.000 0.035 NA   NA
 10162665 10162666 smi_0969 smi_0970 dgkA era TRUE 0.898 17.000 0.063 1.000   NA
 10162666 10162667 smi_0970 smi_0971 era   TRUE 0.562 49.000 0.004 1.000   NA
 10162667 10162668 smi_0971 smi_0972   coaE TRUE 0.947 0.000 0.066 1.000 N NA
 10162668 10162669 smi_0972 smi_0973 coaE   TRUE 0.885 -13.000 0.007 1.000 N NA
 10162669 10162670 smi_0973 smi_0974   rpmGC TRUE 0.879 0.000 0.012 1.000 N NA
 10162670 10162671 smi_0974 smi_0975 rpmGC secG TRUE 0.531 40.000 0.012 1.000 N NA
 10162671 10162672 smi_0975 smi_0976 secG vacB FALSE 0.294 101.000 0.064 1.000 N NA
 10162672 10162673 smi_0976 smi_0977 vacB   TRUE 0.996 -37.000 0.143 0.029 N NA
 10162673 10162674 smi_0977 smi_0978   tehB TRUE 0.552 15.000 0.002 1.000 N NA
 10162674 10162675 smi_0978 smi_0979 tehB   FALSE 0.030 404.000 0.000 1.000   NA
 10162675 10162676 smi_0979 smi_0980   coiA FALSE 0.067 276.000 0.000 NA   NA
 10162676 10162677 smi_0980 smi_0981 coiA pepF TRUE 0.959 19.000 0.204 NA   NA
 10162677 10162678 smi_0981 smi_0982 pepF   TRUE 0.938 2.000 0.024 1.000   NA
 10162678 10162679 smi_0982 smi_0983   prsA TRUE 0.519 67.000 0.016 1.000   NA
 10162679 10162680 smi_0983 smi_0984 prsA ftsW FALSE 0.004 161.000 0.000 1.000 N NA
 10162680 10162681 smi_0984 smi_0985 ftsW ppc TRUE 0.701 25.000 0.028 1.000 N NA
 10162682 10162683 smi_0986 smi_0987 tnpA tnpA TRUE 0.381 390.000 0.000 0.032 Y NA
 10162684 10162685   smi_0988     FALSE 0.327 83.000 0.000 NA   NA
 10162685 10162686 smi_0988 smi_0989     TRUE 0.877 76.000 0.368 NA   NA
 10162686 10162687 smi_0989 smi_0990     TRUE 0.996 -3.000 0.895 1.000   NA
 10162687 10162688 smi_0990 smi_0991   dnaG FALSE 0.232 90.000 0.002 1.000   NA
 10162688 10162689 smi_0991 smi_0992 dnaG rpoD TRUE 0.967 3.000 0.209 1.000 N NA
 10162689 10162690 smi_0992 smi_0993 rpoD   TRUE 0.938 15.000 0.044 NA   NA
 10162690 10162691 smi_0993 smi_0994   cpoA FALSE 0.215 142.000 0.019 NA   NA
 10162691 10162692 smi_0994 smi_0995 cpoA   TRUE 0.997 16.000 0.413 0.011 Y NA
 10162692 10162693 smi_0995 smi_0996     TRUE 0.774 29.000 0.016 NA N NA
 10162693 10162694 smi_0996 smi_0997     TRUE 0.874 59.000 0.167 NA   NA
 10162694 10162695 smi_0997 smi_0998   obg TRUE 0.651 64.000 0.011 NA   NA
 10162695 10162696 smi_0998 smi_0999 obg   TRUE 0.929 10.000 0.009 NA   NA
 10162697 10162698 smi_1000 smi_1001 argR1 pepX FALSE 0.031 460.000 0.000 1.000   NA
 10162699 10162700 smi_1002 smi_1003   dnaE FALSE 0.094 107.000 0.000 1.000   NA
 10162700 10162701 smi_1003 smi_1004 dnaE pfkA TRUE 0.486 82.000 0.098 1.000 N NA
 10162701 10162702 smi_1004 smi_1005 pfkA pykF TRUE 0.989 59.000 0.261 0.005 Y NA
 10162704 10162705 smi_1007 smi_1008 gyrA srtA TRUE 0.941 0.000 0.013 NA N NA
 10162705 10162706 smi_1008 smi_1009 srtA   FALSE 0.051 139.000 0.000 NA N NA
 10162706 10162707 smi_1009 smi_1010     FALSE 0.004 147.000 0.000 1.000 N NA
 10162707 10162708 smi_1010 smi_1011     TRUE 0.482 96.000 0.027 NA   NA
 10162708 10162709 smi_1011 smi_1012   truB TRUE 0.973 -49.000 0.014 NA   NA
 10162709 10162710 smi_1012 smi_1013 truB udK FALSE 0.009 112.000 0.000 1.000 N NA
 10162710 10162711 smi_1013 smi_1014 udK xseA FALSE 0.041 128.000 0.002 1.000 N NA
 10162711 10162712 smi_1014 smi_1015 xseA xseB TRUE 1.000 -22.000 0.412 0.001 Y NA
 10162712 10162713 smi_1015 smi_1016 xseB ispA TRUE 0.963 -3.000 0.100 1.000 N NA
 10162713 10162714 smi_1016 smi_1017 ispA   TRUE 0.955 -7.000 0.058 1.000 N NA
 10162714 10162715 smi_1017 smi_1018   ahrC TRUE 0.950 -7.000 0.048 1.000 N NA
 10162715 10162716 smi_1018 smi_1019 ahrC recN TRUE 0.886 7.000 0.037 1.000 N NA
 10162716 10162717 smi_1019 smi_1020 recN pphA TRUE 0.900 2.000 0.005 1.000   NA
 10162717 10162718 smi_1020 smi_1021 pphA lepA FALSE 0.284 79.000 0.002 1.000   NA
 10162718 10162719 smi_1021 smi_1022 lepA   FALSE 0.003 222.000 0.000 1.000 N NA
 10162719 10162720 smi_1022 smi_1023     TRUE 0.990 39.000 0.143 0.008 Y NA
 10162720 10162721 smi_1023 smi_1024     TRUE 0.988 48.000 0.214 0.014 Y NA
 10162721 10162722 smi_1024 smi_1025     FALSE 0.253 100.000 0.000 1.000 Y NA
 10162722 10162723 smi_1025 smi_1026   lacA FALSE 0.077 287.000 0.000 1.000 Y NA
 10162723 10162724 smi_1026 smi_1027 lacA lacB TRUE 0.997 31.000 0.333 0.001 Y NA
 10162724 10162725 smi_1027 smi_1028 lacB lacC TRUE 0.990 11.000 0.500 1.000 Y NA
 10162725 10162726 smi_1028 smi_1029 lacC lacD TRUE 1.000 2.000 0.800 0.001 Y NA
 10162727 10162728 smi_1030 smi_1031     TRUE 0.997 12.000 0.286 0.018 Y NA
 10162728 10162729 smi_1031 smi_1032     FALSE 0.046 151.000 0.000 NA N NA
 10162730 10162731 smi_1033 smi_1034     FALSE 0.067 277.000 0.000 NA   NA
 10162731 10162732 smi_1034 smi_1035     TRUE 0.969 -22.000 0.008 NA   NA
 10162732 10162733 smi_1035 smi_1036   lacT FALSE 0.028 305.000 0.000 1.000   NA
 10162733 10162734 smi_1036 smi_1037 lacT lacF TRUE 0.951 36.000 0.500 1.000   NA
 10162734 10162735 smi_1037 smi_1038 lacF lacE TRUE 0.999 0.000 0.600 0.008 Y NA
 10162735 10162736 smi_1038 smi_1039 lacE lacG TRUE 0.377 215.000 0.200 1.000 Y NA
 10162736 10162737 smi_1039 smi_1040 lacG   TRUE 0.961 43.000 0.500 NA   NA
 10162738 10162739 smi_1041 smi_1042 lacR nrdF FALSE 0.129 143.000 0.056 1.000 N NA
 10162739 10162740 smi_1042 smi_1043 nrdF nrdE TRUE 0.924 291.000 0.500 0.001 Y NA
 10162740 10162741 smi_1043 smi_1044 nrdE nrdH TRUE 0.785 81.000 0.562 1.000 N NA
 10162742 10162743 smi_1045 smi_1046 ptsH ptsI TRUE 0.998 6.000 0.240 0.008 Y NA
 10162743 10162744 smi_1046 smi_1047 ptsI   FALSE 0.247 134.000 0.022 NA   NA
 10162744 10162745 smi_1047 smi_1048     TRUE 0.523 88.000 0.022 NA   NA
 10162746 10162747 smi_1049 smi_1050     TRUE 0.994 -3.000 0.625 1.000   NA
 10162748 10162749 smi_1051 smi_1052     TRUE 0.997 22.000 0.316 0.002 Y NA
 10162749 10162750 smi_1052 smi_1053     FALSE 0.111 215.000 0.028 1.000   NA
 10162750 10162751 smi_1053 smi_1054     FALSE 0.032 492.000 0.000 1.000   NA
 10162751 10162752 smi_1054 smi_1055   ung TRUE 0.584 62.000 0.024 1.000   NA
 10162752 10162753 smi_1055 smi_1056 ung mutT TRUE 0.960 10.000 0.043 1.000 Y NA
 10162753 10162754 smi_1056 smi_1057 mutT pyrC TRUE 0.692 13.000 0.005 1.000 N NA
 10162754 10162755 smi_1057 smi_1058 pyrC   FALSE 0.072 41.000 0.000 1.000 N NA
 10162756 10162757 smi_1059 smi_1060 xerC   FALSE 0.067 281.000 0.000 NA   NA
 10162757 10162758 smi_1060 smi_1061   eriC FALSE 0.292 89.000 0.000 NA   NA
 10162758 10162759 smi_1061 smi_1062 eriC rnhB TRUE 0.518 17.000 0.002 1.000 N NA
 10162759 10162760 smi_1062 smi_1063 rnhB   TRUE 0.984 -13.000 0.148 1.000   NA
 10162760 10162761 smi_1063 smi_1064     FALSE 0.028 252.000 0.000 1.000   NA
 10162761 10162762 smi_1064 smi_1065     FALSE 0.069 344.000 0.000 NA   NA
 10162762 10162763 smi_1065 smi_1066   rexA TRUE 0.876 18.000 0.010 NA   NA
 10162763 10162764 smi_1066 smi_1067 rexA rexB TRUE 0.996 -3.000 0.070 0.092 Y NA
 10162765 10162766 smi_1068 smi_1069 tnpA   FALSE 0.028 302.000 0.000 1.000   NA
 10162766 10162767 smi_1069 smi_1070     FALSE 0.043 142.000 0.000 1.000   NA
 10162767 10162768 smi_1070 smi_1071     TRUE 0.861 11.000 0.000 NA   NA
 10162769 10162770 smi_1072 smi_1073     TRUE 0.997 -3.000 0.750 1.000 Y NA
 10162772 10162773 smi_1075 smi_1076     TRUE 0.994 2.000 0.855 1.000   NA
 10162773 10162774 smi_1076 smi_1077     FALSE 0.078 593.000 0.000 NA   NA
 10162774 10162775 smi_1077 smi_1078     TRUE 0.895 4.000 0.000 NA   NA
 10162775 10162776 smi_1078 smi_1079     FALSE 0.076 194.000 0.000 NA   NA
 10162776 10162777 smi_1079 smi_1080     TRUE 0.790 59.000 0.051 NA   NA
 10162777 10162778 smi_1080 smi_1081     TRUE 0.992 -13.000 0.215 NA   NA
 10162778 10162779 smi_1081 smi_1082     FALSE 0.073 423.000 0.000 NA   NA
 10162780 10162781 smi_1083 smi_1084     TRUE 0.980 1.000 0.091 NA   NA
 10162781 10162782 smi_1084 smi_1085     TRUE 0.997 -3.000 0.841 NA   NA
 10162785 10162786 smi_1088 smi_1089     TRUE 0.952 4.000 0.015 NA   NA
 10162786 10162787 smi_1089 smi_1090     FALSE 0.079 756.000 0.000 NA   NA
 10162787 10162788 smi_1090 smi_1091     FALSE 0.071 218.000 0.000 NA   NA
 10162788 10162789 smi_1091 smi_1092     FALSE 0.067 254.000 0.000 NA   NA
 10162789 10162790 smi_1092 smi_1093     FALSE 0.206 107.000 0.000 NA   NA
 10162790 10162791 smi_1093 smi_1094     TRUE 0.414 73.000 0.000 NA   NA
 10162791 10162792 smi_1094 smi_1095     FALSE 0.071 397.000 0.000 NA   NA
 10162792 10162793 smi_1095 smi_1096     FALSE 0.079 660.000 0.000 NA   NA
 10162793 10162794 smi_1096 smi_1097     TRUE 0.751 53.000 0.016 NA   NA
 10162794 10162795 smi_1097 smi_1098     FALSE 0.067 321.000 0.000 NA   NA
 10162795 10162796 smi_1098 smi_1099     FALSE 0.068 323.000 0.000 NA   NA
 10162796 10162797 smi_1099 smi_1100     FALSE 0.068 251.000 0.000 NA   NA
 10162797 10162798 smi_1100 smi_1101     FALSE 0.072 413.000 0.000 NA   NA
 10162798 10162799 smi_1101 smi_1102     TRUE 0.972 0.000 0.095 1.000   NA
 10162799 10162800 smi_1102 smi_1103     FALSE 0.067 276.000 0.000 NA   NA
 10162800 10162801 smi_1103 smi_1104   nplT TRUE 0.570 79.000 0.016 NA   NA
 10162801 10162802 smi_1104 smi_1105 nplT   FALSE 0.003 483.000 0.000 1.000 N NA
 10162802 10162803 smi_1105 smi_1106     TRUE 0.396 111.000 0.077 NA N NA
 10162803 10162804 smi_1106 smi_1107     TRUE 0.937 -6.000 0.000 NA   NA
 10162804 10162805 smi_1107 smi_1108     FALSE 0.067 268.000 0.000 NA   NA
 10162805 10162806 smi_1108 smi_1109     TRUE 0.421 72.000 0.000 NA   NA
 10162806 10162807 smi_1109 smi_1110     FALSE 0.071 391.000 0.000 NA   NA
 10162807 10162808 smi_1110 smi_1111     TRUE 0.709 48.000 0.028 1.000   NA
 10162808 10162809 smi_1111 smi_1112     FALSE 0.073 430.000 0.000 NA   NA
 10162809 10162810 smi_1112 smi_1113     TRUE 0.727 24.000 0.000 NA   NA
 10162810 10162811 smi_1113 smi_1114     FALSE 0.069 364.000 0.000 NA   NA
 10162811 10162812 smi_1114 smi_1115     TRUE 0.792 76.000 0.143 NA   NA
 10162812 10162813 smi_1115 smi_1116     FALSE 0.076 194.000 0.000 NA   NA
 10162813 10162814 smi_1116 smi_1117     TRUE 0.831 63.000 0.125 NA   NA
 10162814 10162815 smi_1117 smi_1118     FALSE 0.068 322.000 0.000 NA   NA
 10162815 10162816 smi_1118 smi_1119     FALSE 0.090 154.000 0.000 NA   NA
 10162816 10162817 smi_1119 smi_1120     TRUE 0.629 74.000 0.019 NA   NA
 10162817 10162818 smi_1120 smi_1121     TRUE 0.630 74.000 0.019 NA   NA
 10162818 10162819 smi_1121 smi_1122     TRUE 0.985 0.000 0.128 NA   NA
 10162819 10162820 smi_1122 smi_1123   glyA TRUE 0.987 -25.000 0.103 NA   NA
 10162820 10162821 smi_1123 smi_1124 glyA   TRUE 0.694 60.000 0.056 1.000   NA
 10162821 10162822 smi_1124 smi_1125     TRUE 0.956 2.000 0.012 NA   NA
 10162822 10162823 smi_1125 smi_1126   hemK TRUE 0.987 -43.000 0.029 NA Y NA
 10162823 10162824 smi_1126 smi_1127 hemK prfA TRUE 0.996 0.000 0.084 0.047 Y NA
 10162824 10162825 smi_1127 smi_1128 prfA   TRUE 0.823 10.000 0.002 1.000   NA
 10162825 10162826 smi_1128 smi_1129   tdk TRUE 0.930 -10.000 0.004 1.000   NA
 10162827 10162828 smi_1130 smi_1131 xylH thdF FALSE 0.085 138.000 0.003 1.000   NA
 10162829 10162830 smi_1132 smi_1133 dapA asd TRUE 0.835 57.000 0.063 1.000 Y NA
 10162830 10162831 smi_1133 smi_1134 asd tRNA-Thr FALSE 0.070 380.000 0.000 NA   NA
 10162831 10162832 smi_1134 smi_1135 tRNA-Thr   FALSE 0.225 100.000 0.000 NA   NA
 10162833 10162834 smi_1136 smi_1137   mscL TRUE 0.729 85.000 0.003 0.047   NA
 10162837 10162838 smi_1140 smi_1141     FALSE 0.077 555.000 0.000 NA   NA
 10162838 10162839 smi_1141 smi_1142     FALSE 0.067 290.000 0.000 NA   NA
 10162839 10162840 smi_1142 smi_1143     TRUE 0.990 8.000 0.500 NA   NA
 10162840 10162841 smi_1143 smi_1144     FALSE 0.003 343.000 0.000 1.000 N NA
 10162841 10162842 smi_1144 smi_1145     FALSE 0.006 126.000 0.000 1.000 N NA
 10162842 10162843 smi_1145 smi_1146   ccdA1 TRUE 0.982 12.000 0.500 1.000   NA
 10162843 10162844 smi_1146 smi_1147 ccdA1   FALSE 0.183 79.000 0.000 1.000   NA
 10162844 10162845 smi_1147 smi_1148     TRUE 0.979 33.000 0.750 NA   NA
 10162845 10162846 smi_1148 smi_1149   ccdA1 TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 10162846 10162847 smi_1149 smi_1150 ccdA1   FALSE 0.030 213.000 0.000 1.000   NA
 10162847 10162848 smi_1150 smi_1151     TRUE 0.544 108.000 0.098 NA   NA
 10162850 10162851 smi_1153 smi_1154 ribF map FALSE 0.003 216.000 0.000 1.000 N NA
 10162851 10162852 smi_1154 smi_1155 map   TRUE 0.933 16.000 0.235 1.000 N NA
 10162852 10162853 smi_1155 smi_1156     TRUE 0.986 -7.000 0.342 1.000 N NA
 10162853 10162854 smi_1156 smi_1157   murZ TRUE 0.839 16.000 0.052 1.000 N NA
 10162858 10162859 smi_1161 smi_1162 glxK serB TRUE 0.770 9.000 0.007 1.000 N NA
 10162859 10162860 smi_1162 smi_1163 serB glgA FALSE 0.270 59.000 0.003 1.000 N NA
 10162860 10162861 smi_1163 smi_1164 glgA glgD TRUE 0.994 -3.000 0.395 1.000 Y NA
 10162861 10162862 smi_1164 smi_1165 glgD glgC TRUE 1.000 -10.000 0.810 0.001 Y NA
 10162862 10162863 smi_1165 smi_1166 glgC glgB TRUE 0.999 -10.000 0.317 0.002 Y NA
 10162865 10162866 smi_1168 smi_1169 pulA ligA FALSE 0.061 112.000 0.002 1.000 N NA
 10162866 10162867 smi_1169 smi_1170 ligA   FALSE 0.360 93.000 0.002 NA   NA
 10162867 10162868 smi_1170 smi_1171   mutR TRUE 0.898 80.000 0.600 NA   NA
 10162868 10162869 smi_1171 smi_1172 mutR   TRUE 0.928 3.000 0.019 1.000   NA
 10162870 10162871 smi_1173 smi_1174 pgmA   TRUE 0.439 112.000 0.049 NA   NA
 10162872 10162873 smi_1175 smi_1176 vicX   TRUE 0.949 2.000 0.038 1.000   NA
 10162873 10162874 smi_1176 smi_1177     TRUE 0.999 -7.000 0.597 0.012 Y NA
 10162874 10162875 smi_1177 smi_1178     FALSE 0.041 126.000 0.002 1.000 N NA
 10162875 10162876 smi_1178 smi_1179   pta FALSE 0.021 310.000 0.002 1.000 N NA
 10162876 10162877 smi_1179 smi_1180 pta rluA3 TRUE 0.717 44.000 0.067 1.000 N NA
 10162877 10162878 smi_1180 smi_1181 rluA3   TRUE 0.972 -3.000 0.150 1.000 N NA
 10162878 10162879 smi_1181 smi_1182     TRUE 0.995 -16.000 0.725 1.000   NA
 10162880 10162881 smi_1183 smi_1184   prs TRUE 0.450 113.000 0.145 1.000   NA
 10162881 10162882 smi_1184 smi_1185 prs   TRUE 0.898 43.000 0.089 1.000 Y NA
 10162882 10162883 smi_1185 smi_1186     TRUE 0.981 5.000 0.166 NA   NA
 10162883 10162884 smi_1186 smi_1187     TRUE 0.983 -28.000 0.056 NA   NA
 10162884 10162885 smi_1187 smi_1188     TRUE 0.742 83.000 0.143 NA   NA
 10162885 10162886 smi_1188 smi_1189     TRUE 0.978 18.000 0.714 1.000   NA
 10162887 10162888 smi_1190 smi_1191 radC pcrA TRUE 0.964 43.000 0.005 0.017 Y NA
 10162888 10162889 smi_1191 smi_1192 pcrA fhs FALSE 0.003 184.000 0.000 1.000 N NA
 10162890 10162891 smi_1193 smi_1194     TRUE 0.880 12.000 0.013 1.000   NA
 10162891 10162892 smi_1194 smi_1195     TRUE 0.975 -16.000 0.019 NA   NA
 10162892 10162893 smi_1195 smi_1196     FALSE 0.193 177.000 0.026 NA   NA
 10162893 10162894 smi_1196 smi_1197     TRUE 0.967 12.000 0.107 NA   NA
 10162895 10162896 smi_1198 smi_1199     TRUE 0.507 73.000 0.021 1.000   NA
 10162896 10162897 smi_1199 smi_1200     TRUE 0.994 -34.000 0.014 0.016   NA
 10162897 10162898 smi_1200 smi_1201   uvrB TRUE 0.638 10.000 0.002 1.000 N NA
 10162898 10162899 smi_1201 smi_1202 uvrB   TRUE 0.475 77.000 0.002 NA   NA
 10162900 10162901 smi_1203 smi_1204 glnP glnQ TRUE 0.993 0.000 0.326 1.000 Y NA
 10162901 10162902 smi_1204 smi_1205 glnQ zwf FALSE 0.076 151.000 0.021 1.000 N NA
 10162903 10162904 smi_1206 smi_1207 ftsY   TRUE 0.981 4.000 0.005 0.068   NA
 10162904 10162905 smi_1207 smi_1208     TRUE 0.996 0.000 0.103 0.022   NA
 10162905 10162906 smi_1208 smi_1209   smc TRUE 0.930 -3.000 0.006 1.000   NA
 10162906 10162907 smi_1209 smi_1210 smc rnc TRUE 0.971 -9.000 0.120 1.000 N NA
 10162907 10162908 smi_1210 smi_1211 rnc tRNA-Arg FALSE 0.079 182.000 0.000 NA   NA
 10162908 10162909 smi_1211 smi_1212 tRNA-Arg guaC TRUE 0.449 67.000 0.000 NA   NA
 10162909 10162910 smi_1212 smi_1213 guaC   FALSE 0.036 201.000 0.000 NA N NA
 10162910 10162911 smi_1213 smi_1214   leuD TRUE 0.767 30.000 0.015 NA N NA
 10162911 10162912 smi_1214 smi_1215 leuD leuC TRUE 0.999 10.000 0.477 0.001 Y NA
 10162912 10162913 smi_1215 smi_1216 leuC   TRUE 0.954 4.000 0.018 NA   NA
 10162913 10162914 smi_1216 smi_1217   leuB TRUE 0.964 -3.000 0.007 NA   NA
 10162914 10162915 smi_1217 smi_1218 leuB leuA TRUE 0.996 12.000 0.041 0.002 Y NA
 10162915 10162916 smi_1218 smi_1219 leuA   FALSE 0.067 305.000 0.000 NA   NA
 10162916 10162917 smi_1219 smi_1220   cutC TRUE 0.842 44.000 0.040 NA   NA
 10162917 10162918 smi_1220 smi_1221 cutC   TRUE 0.460 94.000 0.015 NA   NA
 10162918 10162919 smi_1221 smi_1222   topA FALSE 0.067 257.000 0.000 NA   NA
 10162919 10162920 smi_1222 smi_1223 topA dprA TRUE 0.617 118.000 0.238 1.000 Y NA
 10162920 10162921 smi_1223 smi_1224 dprA licC FALSE 0.099 93.000 0.002 1.000 N NA
 10162921 10162922 smi_1224 smi_1225 licC licB TRUE 0.955 12.000 0.133 1.000   NA
 10162922 10162923 smi_1225 smi_1226 licB licA TRUE 0.995 -10.000 0.667 1.000   NA
 10162923 10162924 smi_1226 smi_1227 licA tarJ FALSE 0.327 98.000 0.074 1.000 N NA
 10162924 10162925 smi_1227 smi_1228 tarJ tarI TRUE 0.975 5.000 0.367 1.000 N NA
 10162926 10162927 smi_1229 smi_1230 tacF licD1 TRUE 0.989 10.000 0.500 NA   NA
 10162927 10162928 smi_1230 smi_1231 licD1 licD2 TRUE 0.998 2.000 1.000 NA Y NA
 10162929 10162930 smi_1232 smi_1233   carB FALSE 0.003 273.000 0.000 1.000 N NA
 10162930 10162931 smi_1233 smi_1234 carB carA TRUE 0.835 338.000 0.117 0.001 Y NA
 10162931 10162932 smi_1234 smi_1235 carA pyrB TRUE 0.785 50.000 0.014 1.000 Y NA
 10162932 10162933 smi_1235 smi_1236 pyrB pyrR TRUE 0.967 19.000 0.247 1.000 Y NA
 10162933 10162934 smi_1236 smi_1237 pyrR nth FALSE 0.003 211.000 0.000 1.000 N NA
 10162934 10162935 smi_1237 smi_1238 nth   TRUE 0.947 0.000 0.002 NA   NA
 10162936 10162937 smi_1239 smi_1240     FALSE 0.068 331.000 0.000 NA   NA
 10162938 10162939 smi_1241 smi_1242 htpX lemA TRUE 0.987 2.000 0.222 NA   NA
 10162940 10162941 smi_1243 smi_1244 gidB pyrP FALSE 0.003 610.000 0.000 1.000 N NA
 10162942 10162943 smi_1245 smi_1246     FALSE 0.067 292.000 0.000 NA   NA
 10162943 10162944 smi_1246 smi_1247     TRUE 0.829 14.000 0.000 NA   NA
 10162944 10162945 smi_1247 smi_1248     TRUE 0.940 -16.000 0.000 NA   NA
 10162945 10162946 smi_1248 smi_1249     TRUE 0.895 4.000 0.000 NA   NA
 10162946 10162947 smi_1249 smi_1250     TRUE 0.427 189.000 0.253 NA   NA
 10162947 10162948 smi_1250 smi_1251     TRUE 0.996 -7.000 0.565 NA   NA
 10162948 10162949 smi_1251 smi_1252   ffh FALSE 0.010 109.000 0.000 1.000 N NA
 10162949 10162950 smi_1252 smi_1253 ffh   TRUE 0.958 12.000 0.151 1.000   NA
 10162950 10162951 smi_1253 smi_1254     TRUE 0.445 90.000 0.009 NA   NA
 10162952 10162953 smi_1255 smi_1256     TRUE 0.906 13.000 0.035 1.000   NA
 10162954 10162955 smi_1257 smi_1258     FALSE 0.036 466.000 0.000 NA N NA
 10162955 10162956 smi_1258 smi_1259     FALSE 0.029 234.000 0.000 1.000   NA
 10162956 10162957 smi_1259 smi_1260     FALSE 0.033 569.000 0.000 1.000   NA
 10162957 10162958 smi_1260 smi_1261     FALSE 0.105 138.000 0.000 NA   NA
 10162958 10162959 smi_1261 smi_1262     TRUE 0.940 -19.000 0.000 NA   NA
 10162959 10162960 smi_1262 smi_1263     TRUE 0.609 47.000 0.000 NA   NA
 10162960 10162961 smi_1263 smi_1264   tRNA-Arg FALSE 0.081 175.000 0.000 NA   NA
 10162961 10162962 smi_1264 smi_1265 tRNA-Arg rplS TRUE 0.626 44.000 0.000 NA   NA
 10162962 10162963 smi_1265 smi_1266 rplS crcB1 FALSE 0.059 119.000 0.004 1.000 N NA
 10162963 10162964 smi_1266 smi_1267 crcB1 crcB2 TRUE 0.998 -6.000 0.160 0.068 Y NA
 10162964 10162965 smi_1267 smi_1268 crcB2   TRUE 0.920 -3.000 0.023 1.000 N NA
 10162965 10162966 smi_1268 smi_1269     FALSE 0.354 115.000 0.167 1.000 N NA
 10162967 10162968 smi_1270 smi_1271   rpmE FALSE 0.326 96.000 0.020 1.000   NA
 10162968 10162969 smi_1271 smi_1272 rpmE   FALSE 0.213 103.000 0.000 NA   NA
 10162969 10162970 smi_1272 smi_1273     TRUE 0.940 -10.000 0.000 NA   NA
 10162971 10162972 smi_1274 smi_1275 tatA tatC TRUE 0.994 -16.000 0.312 NA   NA
 10162972 10162973 smi_1275 smi_1276 tatC   TRUE 0.957 1.000 0.040 NA N NA
 10162973 10162974 smi_1276 smi_1277     TRUE 0.993 -25.000 0.119 NA Y NA
 10162974 10162975 smi_1277 smi_1278     TRUE 0.996 6.000 0.812 NA Y NA
 10162976 10162977 smi_1279 smi_1280   cbp8 FALSE 0.074 202.000 0.000 NA   NA
 10162977 10162978 smi_1280 smi_1281 cbp8   TRUE 0.681 34.000 0.000 NA   NA
 10162978 10162979 smi_1281 smi_1282     TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10162979 10162980 smi_1282 smi_1283     FALSE 0.070 224.000 0.000 NA   NA
 10162981 10162982 smi_1284 smi_1285   dnaQ TRUE 0.933 9.000 0.105 1.000 N NA
 10162982 10162983 smi_1285 smi_1287 dnaQ   TRUE 0.529 286.000 0.105 0.035   NA
 10162983 10162984 smi_1287 smi_1288   pfs TRUE 0.376 77.000 0.006 1.000   NA
 10162984 10162985 smi_1288 smi_1289 pfs   TRUE 0.922 17.000 0.041 NA   NA
 10162985 10162986 smi_1289 smi_1290     TRUE 0.941 12.000 0.025 NA   NA
 10162986 10162987 smi_1290 smi_1291   gcaD TRUE 0.820 10.000 0.015 1.000 N NA
 10162988 10162989 smi_1292 smi_1293     TRUE 0.579 95.000 0.062 NA   NA
 10162989 10162990 smi_1293 smi_1294     TRUE 0.962 0.000 0.012 NA   NA
 10162990 10162991 smi_1294 smi_1295   gpmA TRUE 0.971 -3.000 0.018 NA   NA
 10162991 10162992 smi_1295 smi_1296 gpmA lysS FALSE 0.026 239.000 0.004 1.000 N NA
 10162993 10162994 smi_1297 smi_1298     TRUE 0.978 10.000 0.154 1.000 Y NA
 10162994 10162995 smi_1298 smi_1299     TRUE 0.976 10.000 0.130 1.000 Y NA
 10162995 10162996 smi_1299 smi_1300     FALSE 0.124 140.000 0.013 1.000   NA
 10162996 10162997 smi_1300 smi_1301     TRUE 0.987 8.000 0.324 NA   NA
 10162997 10162998 smi_1301 smi_1302   aliA FALSE 0.152 118.000 0.000 NA   NA
 10162998 10162999 smi_1302 smi_1303 aliA tnpA FALSE 0.003 405.000 0.000 1.000 N NA
 10163000 10163001 smi_1304 smi_1305 ybhE   FALSE 0.101 141.000 0.000 NA   NA
 10163004 10163005 smi_1308 smi_1309 atpC atpD TRUE 0.999 11.000 0.837 0.007 Y NA
 10163005 10163006 smi_1309 smi_1310 atpD atpG TRUE 0.987 86.000 0.724 0.007 Y NA
 10163006 10163007 smi_1310 smi_1311 atpG atpA TRUE 0.999 16.000 0.846 0.007 Y NA
 10163007 10163008 smi_1311 smi_1312 atpA atpH TRUE 0.999 15.000 0.864 0.007 Y NA
 10163008 10163009 smi_1312 smi_1313 atpH atpF TRUE 0.999 0.000 0.222 0.007 Y NA
 10163009 10163010 smi_1313 smi_1314 atpF atpB TRUE 0.992 14.000 0.032 0.009 Y NA
 10163010 10163011 smi_1314 smi_1315 atpB atpE TRUE 0.987 33.000 0.189 0.009   NA
 10163011 10163012 smi_1315 smi_1316 atpE   FALSE 0.028 310.000 0.000 1.000   NA
 10163012 10163013 smi_1316 smi_1317     FALSE 0.033 187.000 0.000 1.000   NA
 10163014 10163015 smi_1318 smi_1319     TRUE 0.998 -3.000 0.341 0.087 Y NA
 10163015 10163016 smi_1319 smi_1320     FALSE 0.315 200.000 0.133 NA   NA
 10163016 10163017 smi_1320 smi_1321     TRUE 0.979 21.000 0.571 NA   NA
 10163017 10163018 smi_1321 smi_1322     TRUE 0.993 10.000 0.750 NA   NA
 10163018 10163019 smi_1322 smi_1323     TRUE 0.971 22.000 0.400 NA   NA
 10163019 10163020 smi_1323 smi_1324     TRUE 0.559 182.000 0.800 1.000   NA
 10163020 10163021 smi_1324 smi_1325     FALSE 0.067 284.000 0.000 NA   NA
 10163021 10163022 smi_1325 smi_1326     TRUE 0.929 42.000 0.200 NA   NA
 10163022 10163023 smi_1326 smi_1327     TRUE 0.872 61.000 0.200 NA   NA
 10163023 10163024 smi_1327 smi_1328     TRUE 0.893 56.000 0.200 NA   NA
 10163024 10163025 smi_1328 smi_1329     TRUE 0.838 72.000 0.200 NA   NA
 10163025 10163026 smi_1329 smi_1330     TRUE 0.996 -16.000 0.600 NA   NA
 10163026 10163027 smi_1330 smi_1331     TRUE 0.996 -3.000 0.600 NA   NA
 10163027 10163028 smi_1331 smi_1332     TRUE 0.997 -3.000 0.800 NA   NA
 10163028 10163029 smi_1332 smi_1333     TRUE 0.994 8.000 0.800 NA   NA
 10163029 10163030 smi_1333 smi_1334   tetM FALSE 0.070 377.000 0.000 NA   NA
 10163030 10163031 smi_1334 smi_1335 tetM   TRUE 0.483 119.000 0.125 NA   NA
 10163033 10163034 smi_1337 smi_1338     TRUE 0.711 129.000 0.667 NA   NA
 10163034 10163035 smi_1338 smi_1339   pnpA TRUE 0.996 -3.000 1.000 1.000   NA
 10163035 10163036 smi_1339 smi_1340 pnpA   FALSE 0.076 498.000 0.000 NA   NA
 10163036 10163037 smi_1340 smi_1341     TRUE 0.943 27.000 0.176 NA   NA
 10163040 10163041 smi_1344 smi_1345     TRUE 0.935 9.000 0.047 1.000   NA
 10163041 10163042 smi_1345 smi_1346     TRUE 0.993 -3.000 0.326 NA   NA
 10163042 10163043 smi_1346 smi_1347     FALSE 0.305 124.000 0.031 NA   NA
 10163043 10163044 smi_1347 smi_1348   cbp9 FALSE 0.129 125.000 0.000 NA   NA
 10163046 10163047 smi_1350 smi_1351     TRUE 0.968 13.000 0.130 NA   NA
 10163047 10163048 smi_1351 smi_1352     TRUE 0.916 22.000 0.059 NA   NA
 10163048 10163049 smi_1352 smi_1353   thiI FALSE 0.170 137.000 0.005 NA   NA
 10163049 10163050 smi_1353 smi_1354 thiI   TRUE 0.971 9.000 0.349 1.000 N NA
 10163052 10163053 smi_1356 smi_1357 ftsK fruA TRUE 0.671 89.000 0.010 0.045 N NA
 10163053 10163054 smi_1357 smi_1358 fruA fruB TRUE 0.997 -3.000 0.816 1.000 Y NA
 10163054 10163055 smi_1358 smi_1359 fruB fruR TRUE 0.997 -3.000 0.721 1.000 Y NA
 10163057 10163058 smi_1361 smi_1362 tnpB   FALSE 0.096 146.000 0.000 NA   NA
 10163058 10163059 smi_1362 smi_1363   tRNA-Ser FALSE 0.358 79.000 0.000 NA   NA
 10163060 10163061 smi_1364 smi_1365     TRUE 0.990 -6.000 0.000 0.086 Y NA
 10163063 10163064 smi_1367 smi_1368     TRUE 0.829 14.000 0.000 NA   NA
 10163064 10163065 smi_1368 smi_1369     FALSE 0.074 449.000 0.000 NA   NA
 10163065 10163066 smi_1369 smi_1370     TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 10163066 10163067 smi_1370 smi_1371     FALSE 0.070 229.000 0.000 NA   NA
 10163067 10163068 smi_1371 smi_1372     FALSE 0.067 293.000 0.000 NA   NA
 10163069 10163070 smi_1373 smi_1374 ssrA   TRUE 0.480 62.000 0.000 NA   NA
 10163070 10163071 smi_1374 smi_1375     TRUE 0.974 2.000 0.143 1.000   NA
 10163071 10163072 smi_1375 smi_1376     TRUE 0.876 22.000 0.019 NA   NA
 10163073 10163074 smi_1377 smi_1378   trmH TRUE 0.729 45.000 0.002 1.000 Y NA
 10163075 10163076 smi_1379 smi_1380 trxA   TRUE 0.817 66.000 0.117 NA   NA
 10163076 10163077 smi_1380 smi_1381     TRUE 0.866 78.000 0.364 NA   NA
 10163077 10163078 smi_1381 smi_1382     TRUE 0.992 0.000 0.310 1.000 Y NA
 10163078 10163079 smi_1382 smi_1383     FALSE 0.051 158.000 0.010 1.000 N NA
 10163079 10163080 smi_1383 smi_1384     TRUE 0.906 6.000 0.050 1.000 N NA
 10163080 10163081 smi_1384 smi_1385     TRUE 0.943 0.000 0.019 1.000   NA
 10163082 10163083 smi_1386 smi_1387     TRUE 0.981 -3.000 0.146 1.000   NA
 10163084 10163085 smi_1388 smi_1389   pdx1 TRUE 0.996 1.000 0.488 NA Y NA
 10163085 10163086 smi_1389 smi_1390 pdx1 nox FALSE 0.083 152.000 0.005 1.000   NA
 10163087 10163088 smi_1391 smi_1392 apbE   TRUE 0.893 60.000 0.243 NA   NA
 10163088 10163089 smi_1392 smi_1393     TRUE 0.981 19.000 0.588 NA   NA
 10163090 10163091 smi_1394 smi_1395   glyS TRUE 0.822 42.000 0.020 NA   NA
 10163091 10163092 smi_1395 smi_1396 glyS glyQ TRUE 0.942 212.000 0.651 0.001 Y NA
 10163092 10163093 smi_1396 smi_1397 glyQ   FALSE 0.078 186.000 0.000 NA   NA
 10163093 10163094 smi_1397       TRUE 0.669 37.000 0.000 NA   NA
 10163094 10163095   smi_1398     TRUE 0.466 65.000 0.000 NA   NA
 10163095 10163096 smi_1398 smi_1399   pgdA FALSE 0.031 208.000 0.000 1.000   NA
 10163096 10163097 smi_1399 smi_1400 pgdA metK FALSE 0.016 90.000 0.000 1.000 N NA
 10163099 10163100 smi_1402 smi_1403 rheB   FALSE 0.067 293.000 0.000 NA   NA
 10163100 10163101 smi_1403 smi_1404   ptsG TRUE 0.957 52.000 0.610 NA   NA
 10163103 10163104 smi_1406 smi_1407 ftsX ftsE TRUE 0.995 -7.000 0.431 1.000 Y NA
 10163104 10163105 smi_1407 smi_1408 ftsE prfB TRUE 0.821 18.000 0.053 1.000 N NA
 10163107 10163108 smi_1410 smi_1411   livF FALSE 0.260 305.000 0.214 1.000   NA
 10163108 10163109 smi_1411 smi_1412 livF livG TRUE 0.997 0.000 0.128 0.029 Y NA
 10163109 10163110 smi_1412 smi_1413 livG livM TRUE 0.993 0.000 0.349 1.000 Y NA
 10163110 10163111 smi_1413 smi_1414 livM livH TRUE 0.998 4.000 0.363 0.030 Y NA
 10163111 10163112 smi_1414 smi_1415 livH livJ TRUE 0.514 123.000 0.150 1.000 Y NA
 10163112 10163113 smi_1415 smi_1416 livJ   TRUE 0.772 75.000 0.109 NA   NA
 10163113 10163114 smi_1416 smi_1417   clpP TRUE 0.691 79.000 0.065 NA   NA
 10163114 10163115 smi_1417 smi_1418 clpP upp FALSE 0.046 174.000 0.010 1.000 N NA
 10163117 10163118 smi_1420 smi_1421 comEB   TRUE 0.548 19.000 0.004 1.000 N NA
 10163119 10163120 smi_1422 smi_1423     TRUE 0.697 59.000 0.012 NA   NA
 10163120 10163121 smi_1423 smi_1424     TRUE 0.763 49.000 0.012 NA   NA
 10163124 10163125 smi_1427 smi_1428 pmi   FALSE 0.067 259.000 0.000 NA   NA
 10163125 10163126 smi_1428 smi_1429     FALSE 0.067 252.000 0.000 NA   NA
 10163126 10163127 smi_1429 smi_1430     FALSE 0.077 530.000 0.000 NA   NA
 10163127 10163128 smi_1430 smi_1431   spxB TRUE 0.823 59.000 0.083 NA   NA
 10163128 10163129 smi_1431 smi_1432 spxB ctpA FALSE 0.003 210.000 0.000 1.000 N NA
 10163129 10163130 smi_1432 smi_1433 ctpA   TRUE 0.977 10.000 0.167 NA   NA
 10163130 10163131 smi_1433 smi_1434     TRUE 0.982 11.000 0.250 NA   NA
 10163131 10163132 smi_1434 smi_1435   lctO FALSE 0.003 380.000 0.000 1.000 N NA
 10163133 10163134 smi_1436 smi_1437     TRUE 1.000 -40.000 0.841 0.009 Y NA
 10163134 10163135 smi_1437 smi_1438     TRUE 0.996 1.000 0.773 1.000 Y NA
 10163135 10163136 smi_1438 smi_1439     TRUE 0.992 12.000 0.671 1.000 Y NA
 10163137 10163138 smi_1440 smi_1441     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 10163138 10163139 smi_1441 smi_1442     TRUE 0.996 4.000 1.000 NA   NA
 10163139 10163140 smi_1442 smi_1443     TRUE 0.995 0.000 0.667 NA   NA
 10163140 10163141 smi_1443 smi_1444     TRUE 0.859 96.000 0.667 NA   NA
 10163141 10163142 smi_1444 smi_1445     FALSE 0.068 323.000 0.000 NA   NA
 10163142 10163143 smi_1445 smi_1446     TRUE 0.801 39.000 0.006 1.000 Y NA
 10163143 10163144 smi_1446 smi_1447   div1B FALSE 0.034 233.000 0.000 NA N NA
 10163144 10163145 smi_1447 smi_1448 div1B murG TRUE 0.979 10.000 0.072 NA Y NA
 10163145 10163146 smi_1448 smi_1449 murG murD TRUE 0.977 2.000 0.060 1.000 Y NA
 10163146 10163147 smi_1449 smi_1450 murD   FALSE 0.003 256.000 0.000 1.000 N NA
 10163147 10163148 smi_1450 smi_1451     TRUE 0.996 2.000 1.000 NA   NA
 10163152 10163153 smi_1455 smi_1456     TRUE 0.820 48.000 0.035 NA   NA
 10163153 10163154 smi_1456 smi_1457     FALSE 0.252 96.000 0.000 NA   NA
 10163154 10163155 smi_1457 smi_1458     TRUE 0.998 -19.000 0.704 NA Y NA
 10163155 10163156 smi_1458 smi_1459     FALSE 0.341 81.000 0.000 NA   NA
 10163156 10163157 smi_1459 smi_1460     TRUE 0.683 13.000 0.000 1.000   NA
 10163159 10163160 smi_1462 smi_1463     TRUE 0.940 -13.000 0.000 NA   NA
 10163160 10163161 smi_1463 smi_1464     FALSE 0.118 130.000 0.000 NA   NA
 10163161 10163162 smi_1464 smi_1465     FALSE 0.067 255.000 0.000 NA   NA
 10163162 10163163 smi_1465 smi_1466     TRUE 0.400 75.000 0.000 NA   NA
 10163163 10163164 smi_1466 smi_1467   cbp10 TRUE 0.526 58.000 0.000 NA   NA
 10163165 10163166 smi_1468 smi_1469     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 10163166 10163167 smi_1469 smi_1470     FALSE 0.067 304.000 0.000 NA   NA
 10163168 10163169 smi_1471 smi_1472     TRUE 0.883 21.000 0.074 1.000   NA
 10163169 10163170 smi_1472 smi_1473     TRUE 0.921 15.000 0.022 NA   NA
 10163170 10163171 smi_1473 smi_1474     TRUE 0.972 -7.000 0.014 NA   NA
 10163171 10163172 smi_1474 smi_1475   miaA TRUE 0.960 -7.000 0.027 1.000   NA
 10163174 10163175 smi_1477 smi_1478   glk FALSE 0.118 98.000 0.006 1.000 N NA
 10163175 10163176 smi_1478 smi_1479 glk cbp11 FALSE 0.353 111.000 0.015 NA   NA
 10163176 10163177 smi_1479 smi_1480 cbp11   TRUE 0.722 50.000 0.006 NA   NA
 10163177 10163178 smi_1480 smi_1481     TRUE 0.952 1.000 0.006 NA   NA
 10163178 10163179 smi_1481 smi_1482   zmpB TRUE 0.481 61.000 0.006 1.000   NA
 10163179 10163180 smi_1482 smi_1483 zmpB   TRUE 0.958 3.000 0.020 NA   NA
 10163180 10163181 smi_1483 smi_1484     TRUE 0.478 94.000 0.020 NA   NA
 10163181 10163182 smi_1484 smi_1485     TRUE 0.999 -3.000 0.480 0.012   NA
 10163182 10163183 smi_1485 smi_1486     TRUE 0.798 71.000 0.240 1.000   NA
 10163183 10163184 smi_1486 smi_1487     TRUE 0.995 10.000 0.875 1.000 Y NA
 10163184 10163185 smi_1487 smi_1488   ccdA2 TRUE 0.979 14.000 0.250 1.000 Y NA
 10163185 10163186 smi_1488 smi_1489 ccdA2   FALSE 0.079 621.000 0.000 NA   NA
 10163186 10163187 smi_1489 smi_1490     FALSE 0.090 154.000 0.000 NA   NA
 10163187 10163188 smi_1490 smi_1491     FALSE 0.037 489.000 0.007 1.000 N NA
 10163188 10163189 smi_1491 smi_1492     TRUE 0.999 -3.000 0.194 0.003 Y NA
 10163189 10163190 smi_1492 smi_1493     FALSE 0.331 116.000 0.021 NA   NA
 10163190 10163191 smi_1493 smi_1494     TRUE 0.987 -10.000 0.103 NA   NA
 10163191 10163192 smi_1494 smi_1495     FALSE 0.100 142.000 0.000 NA   NA
 10163192 10163193 smi_1495 smi_1496     TRUE 0.616 45.000 0.000 NA   NA
 10163193 10163194 smi_1496 smi_1497     FALSE 0.101 101.000 0.000 1.000   NA
 10163194 10163195 smi_1497 smi_1498     FALSE 0.005 131.000 0.000 1.000 N NA
 10163195 10163196 smi_1498 smi_1499     TRUE 0.805 61.000 0.079 NA   NA
 10163196 10163197 smi_1499 smi_1500     TRUE 0.456 123.000 0.120 NA   NA
 10163197 10163198 smi_1500 smi_1501     TRUE 0.995 -3.000 0.037 0.015   NA
 10163198 10163199 smi_1501 smi_1502   murC TRUE 0.893 10.000 0.014 1.000   NA
 10163199 10163200 smi_1502 smi_1503 murC   TRUE 0.932 11.000 0.013 NA   NA
 10163200 10163201 smi_1503 smi_1504     TRUE 0.903 48.000 0.151 NA   NA
 10163201 10163202 smi_1504 smi_1505     FALSE 0.073 446.000 0.000 NA   NA
 10163202 10163203 smi_1505 smi_1506     TRUE 0.596 49.000 0.000 NA   NA
 10163203 10163204 smi_1506 smi_1507     FALSE 0.067 287.000 0.000 NA   NA
 10163204 10163205 smi_1507 smi_1508     TRUE 0.996 8.000 0.082 0.009 Y NA
 10163205 10163206 smi_1508 smi_1509     FALSE 0.067 271.000 0.000 NA   NA
 10163206 10163207 smi_1509 smi_1510   aliB FALSE 0.067 317.000 0.000 NA   NA
 10163207 10163208 smi_1510 smi_1511 aliB   FALSE 0.032 195.000 0.000 1.000   NA
 10163210 10163211 smi_1513 smi_1514     TRUE 0.687 102.000 0.231 NA   NA
 10163211 10163212 smi_1514 smi_1515     TRUE 0.992 -16.000 0.208 NA   NA
 10163212 10163213 smi_1515 smi_1516     FALSE 0.121 210.000 0.005 NA   NA
 10163213 10163214 smi_1516 smi_1517     FALSE 0.030 226.000 0.005 1.000 N NA
 10163214 10163215 smi_1517 smi_1518     TRUE 0.987 -10.000 0.209 1.000   NA
 10163215 10163216 smi_1518 smi_1519     TRUE 0.556 53.000 0.006 1.000   NA
 10163216 10163217 smi_1519 smi_1520     TRUE 0.975 2.000 0.151 1.000   NA
 10163217 10163218 smi_1520 smi_1521   rpsR FALSE 0.030 222.000 0.000 1.000   NA
 10163218 10163219 smi_1521 smi_1522 rpsR ssbA TRUE 0.578 32.000 0.012 1.000 N NA
 10163219 10163220 smi_1522 smi_1523 ssbA rpsF TRUE 0.777 12.000 0.012 1.000 N NA
 10163222 10163223 smi_1525 smi_1526 asnS   TRUE 0.798 19.000 0.013 1.000   NA
 10163223 10163224 smi_1526 smi_1527     TRUE 0.967 -7.000 0.042 1.000   NA
 10163224 10163225 smi_1527 smi_1528     TRUE 0.990 -3.000 0.205 NA   NA
 10163225 10163226 smi_1528 smi_1529     FALSE 0.068 244.000 0.000 NA   NA
 10163230 10163231 smi_1533 smi_1534   bgaA FALSE 0.067 258.000 0.000 NA   NA
 10163232 10163233 smi_1535 smi_1536     TRUE 0.479 272.000 0.000 0.009 Y NA
 10163234 10163235 smi_1537 smi_1538     TRUE 0.397 157.000 0.000 0.003 N NA
 10163235 10163236 smi_1538 smi_1539     FALSE 0.069 359.000 0.000 NA   NA
 10163236 10163237 smi_1539 smi_1540     TRUE 0.485 79.000 0.004 NA   NA
 10163237 10163238 smi_1540 smi_1541     TRUE 0.802 50.000 0.030 NA   NA
 10163238 10163239 smi_1541 smi_1542     TRUE 0.942 12.000 0.028 NA   NA
 10163239 10163240 smi_1542 smi_1543     FALSE 0.008 116.000 0.000 1.000 N NA
 10163240 10163241 smi_1543       FALSE 0.341 81.000 0.000 NA   NA
 10163243 10163244 smi_1545 smi_1546   pcnB TRUE 0.969 -3.000 0.056 1.000   NA
 10163244 10163245 smi_1546 smi_1547 pcnB   TRUE 0.905 -3.000 0.015 1.000 N NA
 10163245 10163246 smi_1547 smi_1548     FALSE 0.113 389.000 0.004 NA   NA
 10163246 10163247 smi_1548 smi_1549     FALSE 0.365 154.000 0.139 NA   NA
 10163247 10163248 smi_1549 smi_1550     FALSE 0.351 74.000 0.003 1.000   NA
 10163248 10163249 smi_1550 smi_1551     TRUE 0.940 25.000 0.150 NA   NA
 10163249 10163250 smi_1551 smi_1552     TRUE 0.996 -13.000 0.502 NA   NA
 10163252 10163253 smi_1554 smi_1555     TRUE 0.994 -3.000 0.470 NA   NA
 10163253 10163254 smi_1555 smi_1556     TRUE 0.990 -3.000 0.214 NA   NA
 10163254 10163255 smi_1556 smi_1557     TRUE 0.824 52.000 0.051 NA   NA
 10163255 10163256 smi_1557 smi_1558     TRUE 0.906 11.000 0.002 NA   NA
 10163256 10163257 smi_1558 smi_1559   clpX TRUE 0.948 3.000 0.043 1.000   NA
 10163257 10163258 smi_1559 smi_1560 clpX   TRUE 0.813 37.000 0.012 NA   NA
 10163258 10163259 smi_1560 smi_1561     TRUE 0.971 0.000 0.030 NA   NA
 10163259 10163260 smi_1561 smi_1562     FALSE 0.050 132.000 0.005 1.000 N NA
 10163260 10163261 smi_1562 smi_1563   lytC FALSE 0.030 215.000 0.000 1.000   NA
 10163261 10163262 smi_1563 smi_1564 lytC   TRUE 0.689 34.000 0.007 1.000   NA
 10163262 10163263 smi_1564 smi_1565     FALSE 0.259 98.000 0.007 NA N NA
 10163263 10163264 smi_1565 smi_1566     TRUE 0.918 9.000 0.021 NA N NA
 10163264 10163265 smi_1566 smi_1567     FALSE 0.040 426.000 0.009 1.000 N NA
 10163265 10163266 smi_1567 smi_1568     FALSE 0.119 86.000 0.002 1.000 N NA
 10163266 10163267 smi_1568 smi_1569   rplA FALSE 0.003 522.000 0.000 1.000 N NA
 10163267 10163268 smi_1569 smi_1570 rplA rplK TRUE 0.905 207.000 0.838 0.029 Y NA
 10163268 10163269 smi_1570 smi_1571 rplK vanYb FALSE 0.003 238.000 0.000 1.000 N NA
 10163269 10163270 smi_1571 smi_1572 vanYb   TRUE 0.815 3.000 0.007 1.000 N NA
 10163270 10163271 smi_1572 smi_1573     TRUE 0.956 2.000 0.007 1.000 Y NA
 10163271 10163272 smi_1573 smi_1574     FALSE 0.003 204.000 0.000 1.000 N NA
 10163272 10163273 smi_1574 smi_1575     FALSE 0.044 156.000 0.000 NA N NA
 10163273 10163274 smi_1575 smi_1576     FALSE 0.036 206.000 0.000 NA N NA
 10163274 10163275 smi_1576 smi_1577     TRUE 0.692 54.000 0.031 NA N NA
 10163275 10163276 smi_1577 smi_1578     TRUE 0.862 14.000 0.051 1.000 N NA
 10163278 10163279 smi_1580 smi_1581   uvrC TRUE 0.918 -10.000 0.002 1.000   NA
 10163279 10163280 smi_1581 smi_1582 uvrC   FALSE 0.350 38.000 0.002 1.000 N NA
 10163280 10163281 smi_1582 smi_1583   fibB TRUE 0.483 80.000 0.087 1.000 N NA
 10163281 10163282 smi_1583 smi_1584 fibB fibA TRUE 0.999 5.000 0.467 0.006 Y NA
 10163282 10163283 smi_1584 smi_1585 fibA   TRUE 0.520 112.000 0.100 NA   NA
 10163283 10163284 smi_1585 smi_1586     TRUE 0.822 69.000 0.143 NA   NA
 10163284 10163285 smi_1586 smi_1587   recJ FALSE 0.029 371.000 0.000 1.000   NA
 10163286 10163287 smi_1588 smi_1589     TRUE 0.979 11.000 0.185 1.000 Y NA
 10163287 10163288 smi_1589 smi_1590     TRUE 0.995 13.000 0.400 0.030   NA
 10163288 10163289 smi_1590 smi_1591     TRUE 0.999 -34.000 0.947 0.009   NA
 10163290 10163291 smi_1592 smi_1593     FALSE 0.339 113.000 0.054 NA N NA
 10163291 10163292 smi_1593 smi_1594     TRUE 0.954 4.000 0.017 NA   NA
 10163292 10163293 smi_1594 smi_1595   cysS TRUE 0.981 -7.000 0.129 1.000   NA
 10163293 10163294 smi_1595 smi_1596 cysS   FALSE 0.258 83.000 0.002 1.000   NA
 10163294 10163295 smi_1596 smi_1597   cysE TRUE 0.889 12.000 0.017 1.000   NA
 10163295 10163296 smi_1597 smi_1598 cysE   TRUE 0.633 16.000 0.006 1.000 N NA
 10163296 10163297 smi_1598 smi_1599   metF FALSE 0.004 734.000 0.000 1.000 N NA
 10163297 10163298 smi_1599 smi_1600 metF   TRUE 0.976 62.000 0.050 0.002 Y NA
 10163298 10163299 smi_1600 smi_1601   tnpB FALSE 0.010 108.000 0.000 1.000 N NA
 10163299 10163300 smi_1601 smi_1602 tnpB   FALSE 0.067 307.000 0.000 NA   NA
 10163300 10163301 smi_1602 smi_1603     TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10163301 10163302 smi_1603 smi_1604     FALSE 0.111 135.000 0.000 NA   NA
 10163302 10163303 smi_1604 smi_1605     TRUE 0.962 57.000 0.025 0.002   NA
 10163303 10163304 smi_1605 smi_1606     TRUE 0.916 60.000 0.000 0.002   NA
 10163304 10163305 smi_1606 smi_1607     TRUE 0.994 -31.000 0.000 0.002   NA
 10163305 10163306 smi_1607 smi_1608     TRUE 0.875 9.000 0.000 NA   NA
 10163306 10163307 smi_1608 smi_1609     TRUE 0.979 -10.000 0.033 NA   NA
 10163307 10163308 smi_1609 smi_1610     FALSE 0.248 123.000 0.011 NA   NA
 10163308 10163309 smi_1610 smi_1611     TRUE 0.879 8.000 0.000 NA   NA
 10163309 10163310 smi_1611 smi_1612     FALSE 0.171 114.000 0.000 NA   NA
 10163312 10163313 smi_1614 smi_1615     TRUE 0.480 150.000 0.235 1.000 Y NA
 10163314 10163315 smi_1616 smi_1617     TRUE 0.991 -19.000 0.571 1.000 N NA
 10163316 10163317 smi_1618 smi_1619     TRUE 0.989 0.000 0.183 1.000 Y NA
 10163317 10163318 smi_1619 smi_1620     TRUE 0.395 113.000 0.035 NA   NA
 10163318 10163319 smi_1620 smi_1621     TRUE 0.992 2.000 0.400 NA   NA
 10163319 10163320 smi_1621 smi_1622     TRUE 0.457 89.000 0.010 NA   NA
 10163320 10163321 smi_1622 smi_1623     TRUE 0.997 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 10163321 10163322 smi_1623 smi_1624     TRUE 0.875 15.000 0.074 1.000 N NA
 10163322 10163323 smi_1624 smi_1625   fmt TRUE 0.994 -10.000 0.305 1.000 Y NA
 10163323 10163324 smi_1625 smi_1626 fmt   TRUE 0.875 13.000 0.052 1.000 N NA
 10163324 10163325 smi_1626 smi_1627   rpoZ TRUE 0.838 66.000 0.032 0.083 N NA
 10163325 10163326 smi_1627 smi_1628 rpoZ   TRUE 0.939 25.000 0.471 1.000 N NA
 10163328 10163329 smi_1630 smi_1631     FALSE 0.098 144.000 0.000 NA   NA
 10163329 10163330 smi_1631 smi_1632     FALSE 0.073 210.000 0.000 NA   NA
 10163330 10163331 smi_1632 smi_1633     TRUE 0.968 10.000 0.094 NA   NA
 10163331 10163332 smi_1633 smi_1634     FALSE 0.308 154.000 0.085 NA   NA
 10163332 10163333 smi_1634 smi_1635     TRUE 0.919 12.000 0.008 NA   NA
 10163333 10163334 smi_1635 smi_1636     TRUE 0.903 1.000 0.024 1.000 N NA
 10163334 10163335 smi_1636 smi_1637     TRUE 0.989 0.000 0.199 1.000 Y NA
 10163335 10163336 smi_1637 smi_1638     TRUE 0.846 52.000 0.150 NA N NA
 10163336 10163337 smi_1638 smi_1639     FALSE 0.240 213.000 0.068 NA   NA
 10163337 10163338 smi_1639 smi_1640     TRUE 0.989 3.000 0.555 1.000   NA
 10163338 10163339 smi_1640 smi_1641     TRUE 0.826 17.000 0.015 1.000   NA
 10163339 10163340 smi_1641 smi_1642     TRUE 0.928 58.000 0.059 0.063   NA
 10163341 10163342 smi_1643 smi_1644     TRUE 0.647 67.000 0.013 NA   NA
 10163343 10163344 smi_1645 smi_1646     TRUE 0.996 5.000 1.000 NA   NA
 10163344 10163345 smi_1646 smi_1647     TRUE 0.992 2.000 0.400 NA   NA
 10163345 10163346 smi_1647 smi_1648     TRUE 0.994 -7.000 0.400 NA   NA
 10163346 10163347 smi_1648 smi_1649     TRUE 0.970 12.000 0.429 1.000 N NA
 10163347 10163348 smi_1649 smi_1650     TRUE 0.996 -7.000 0.571 NA   NA
 10163348 10163349 smi_1650 smi_1651     TRUE 0.997 -3.000 0.800 NA   NA
 10163349 10163350 smi_1651 smi_1652     TRUE 0.949 56.000 0.571 NA   NA
 10163350 10163351 smi_1652 smi_1653     TRUE 0.926 10.000 0.007 NA   NA
 10163351 10163352 smi_1653 smi_1654     TRUE 0.479 57.000 0.002 NA N NA
 10163352 10163353 smi_1654 smi_1655     TRUE 0.996 0.000 0.500 NA Y NA
 10163353 10163354 smi_1655 smi_1656     TRUE 0.999 9.000 0.750 0.002 Y NA
 10163354 10163355 smi_1656 smi_1657     FALSE 0.243 97.000 0.000 NA   NA
 10163355 10163356 smi_1657 smi_1658     FALSE 0.069 232.000 0.000 NA   NA
 10163356 10163357 smi_1658 smi_1659     TRUE 0.976 10.000 0.154 NA   NA
 10163357 10163358 smi_1659 smi_1660     FALSE 0.219 101.000 0.000 NA   NA
 10163358 10163359 smi_1660 smi_1661     TRUE 0.847 -3.000 0.000 1.000   NA
 10163359 10163360 smi_1661 smi_1662   monX FALSE 0.040 150.000 0.000 1.000   NA
 10163360 10163361 smi_1662 smi_1663 monX   FALSE 0.034 822.000 0.000 1.000   NA
 10163362 10163363 smi_1664 smi_1665   gatC FALSE 0.080 774.000 0.000 NA   NA
 10163363 10163364 smi_1665 smi_1666 gatC gatA TRUE 1.000 0.000 0.643 0.002 Y NA
 10163364 10163365 smi_1666 smi_1667 gatA gatB TRUE 0.999 0.000 0.492 0.002 Y NA
 10163365 10163366 smi_1667 smi_1668 gatB   TRUE 0.666 52.000 0.002 NA   NA
 10163366 10163367 smi_1668 smi_1669     FALSE 0.068 328.000 0.000 NA   NA
 10163367 10163368 smi_1669 smi_1670     TRUE 0.891 22.000 0.031 NA   NA
 10163368 10163369 smi_1670 smi_1671   nusB TRUE 0.993 -7.000 0.265 NA   NA
 10163370 10163371 smi_1672 smi_1673     TRUE 0.989 19.000 1.000 NA   NA
 10163371 10163372 smi_1673 smi_1674     FALSE 0.132 158.000 0.003 NA   NA
 10163372 10163373 smi_1674 smi_1675     TRUE 0.999 -3.000 0.234 0.002 Y NA
 10163373 10163374 smi_1675 smi_1676     TRUE 0.911 37.000 0.090 1.000 Y NA
 10163374 10163375 smi_1676 smi_1677   fabA TRUE 0.957 12.000 0.045 1.000 Y NA
 10163375 10163376 smi_1677 smi_1678 fabA accB TRUE 0.998 -3.000 0.047 0.006 Y NA
 10163376 10163377 smi_1678 smi_1679 accB fabB TRUE 0.977 3.000 0.074 1.000 Y NA
 10163377 10163378 smi_1679 smi_1680 fabB fabG TRUE 0.922 22.000 0.056 1.000 Y NA
 10163378 10163379 smi_1680 smi_1681 fabG fabD TRUE 0.995 41.000 0.432 0.006 Y NA
 10163379 10163380 smi_1681 smi_1682 fabD fabK TRUE 0.978 -7.000 0.099 1.000   NA
 10163380 10163381 smi_1682 smi_1683 fabK acpP TRUE 0.479 117.000 0.216 1.000   NA
 10163381 10163382 smi_1683 smi_1684 acpP fabH TRUE 0.963 59.000 0.065 0.006   NA
 10163382 10163383 smi_1684 smi_1685 fabH   TRUE 0.949 0.000 0.070 1.000 N NA
 10163383 10163384 smi_1685 smi_1686     TRUE 0.415 92.000 0.098 1.000 N NA
 10163385 10163386 smi_1687 smi_1688     TRUE 0.950 3.000 0.010 NA   NA
 10163386 10163387 smi_1688       TRUE 0.739 22.000 0.000 NA   NA
 10163387 10163388   smi_1689   serS TRUE 0.843 13.000 0.000 NA   NA
 10163389 10163390 smi_1690 smi_1691     FALSE 0.067 308.000 0.000 NA   NA
 10163391 10163392 smi_1692 smi_1693     TRUE 0.979 33.000 0.750 NA   NA
 10163392 10163393 smi_1693 smi_1694     FALSE 0.078 593.000 0.000 NA   NA
 10163393 10163394 smi_1694 smi_1695     FALSE 0.090 154.000 0.000 NA   NA
 10163394 10163395 smi_1695 smi_1696     TRUE 0.984 17.000 0.625 NA   NA
 10163395 10163396 smi_1696 smi_1697     TRUE 0.650 113.000 0.250 NA   NA
 10163396 10163397 smi_1697 smi_1698     FALSE 0.006 124.000 0.000 1.000 N NA
 10163398 10163399 smi_1699 smi_1700     FALSE 0.069 367.000 0.000 NA   NA
 10163399 10163400 smi_1700 smi_1701     FALSE 0.146 119.000 0.000 NA   NA
 10163402 10163403 smi_1703 smi_1704   aacA-aphD FALSE 0.029 338.000 0.000 1.000   NA
 10163403 10163404 smi_1704 smi_1705 aacA-aphD   TRUE 0.992 1.000 0.009 0.014   NA
 10163404 10163405 smi_1705 smi_1706     FALSE 0.092 151.000 0.000 NA   NA
 10163405 10163406 smi_1706 smi_1707     FALSE 0.107 137.000 0.000 NA   NA
 10163406 10163407 smi_1707 smi_1708   aphA FALSE 0.028 276.000 0.000 1.000   NA
 10163407 10163408 smi_1708 smi_1709 aphA sat TRUE 0.563 93.000 0.125 1.000   NA
 10163408 10163409 smi_1709 smi_1710 sat aadE TRUE 0.983 -3.000 0.075 NA   NA
 10163409 10163410 smi_1710 smi_1711 aadE   TRUE 0.924 33.000 0.125 NA   NA
 10163410 10163411 smi_1711 smi_1712     TRUE 0.983 -19.000 0.143 1.000   NA
 10163411 10163412 smi_1712 smi_1713     FALSE 0.029 355.000 0.000 1.000   NA
 10163412 10163413 smi_1713 smi_1714     TRUE 0.992 4.000 0.500 NA   NA
 10163413 10163414 smi_1714 smi_1715     TRUE 0.916 1.000 0.000 NA   NA
 10163414 10163415 smi_1715 smi_1716     TRUE 0.940 -55.000 0.000 NA   NA
 10163415 10163416 smi_1716 smi_1717     FALSE 0.252 96.000 0.000 NA   NA
 10163416 10163417 smi_1717 smi_1718     TRUE 0.990 -25.000 0.167 NA   NA
 10163417 10163418 smi_1718 smi_1719     FALSE 0.316 111.000 0.103 1.000 N NA
 10163418 10163419 smi_1719 smi_1720   shetA FALSE 0.003 186.000 0.000 1.000 N NA
 10163419 10163420 smi_1720 smi_1721 shetA   FALSE 0.071 216.000 0.000 NA   NA
 10163420 10163421 smi_1721 smi_1722     FALSE 0.114 132.000 0.000 NA   NA
 10163421 10163422 smi_1722 smi_1723     FALSE 0.070 379.000 0.000 NA   NA
 10163422 10163423 smi_1723 smi_1724   cbp12 TRUE 0.634 136.000 0.500 NA   NA
 10163423 10163424 smi_1724 smi_1725 cbp12 cbp13 TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 10163424 10163425 smi_1725 smi_1726 cbp13   FALSE 0.082 172.000 0.000 NA   NA
 10163425 10163426 smi_1726 smi_1727     FALSE 0.069 235.000 0.000 NA   NA
 10163426 10163427 smi_1727 smi_1728     TRUE 0.972 16.000 0.250 NA   NA
 10163427 10163428 smi_1728 smi_1729     TRUE 0.976 8.000 0.250 1.000   NA
 10163428 10163429 smi_1729 smi_1730     TRUE 0.683 13.000 0.000 1.000   NA
 10163429 10163430 smi_1730 smi_1731     TRUE 0.868 10.000 0.000 NA   NA
 10163432 10163433 smi_1733 smi_1734     TRUE 0.405 103.000 0.070 1.000   NA
 10163433 10163434 smi_1734 smi_1735     TRUE 0.972 -3.000 0.019 NA   NA
 10163435 10163436 smi_1736 smi_1737     TRUE 0.934 4.000 0.080 1.000 N NA
 10163436 10163437 smi_1737 smi_1738     FALSE 0.121 238.000 0.099 1.000 N NA
 10163438 10163439 smi_1739 smi_1740     FALSE 0.318 84.000 0.000 NA   NA
 10163439 10163440 smi_1740 smi_1741     FALSE 0.209 104.000 0.000 NA   NA
 10163440 10163441 smi_1741 smi_1742     TRUE 0.999 11.000 0.853 0.011 Y NA
 10163441 10163442 smi_1742 smi_1743     TRUE 0.996 -3.000 0.679 NA   NA
 10163442 10163443 smi_1743 smi_1744     TRUE 0.523 77.000 0.005 NA   NA
 10163443 10163444 smi_1744 smi_1745     TRUE 0.967 -16.000 0.097 1.000 N NA
 10163444 10163445 smi_1745 smi_1746     TRUE 0.999 -13.000 0.312 0.003 Y NA
 10163445 10163446 smi_1746 smi_1747     TRUE 0.999 -18.000 0.281 0.003 Y NA
 10163446 10163447 smi_1747 smi_1748   cbpF FALSE 0.135 123.000 0.000 NA   NA
 10163447 10163448 smi_1748 smi_1749 cbpF   FALSE 0.229 99.000 0.000 NA   NA
 10163448 10163449 smi_1749 smi_1750   gnd TRUE 0.776 12.000 0.012 1.000 N NA
 10163449 10163450 smi_1750 smi_1751 gnd   TRUE 0.527 76.000 0.005 NA   NA
 10163450 10163451 smi_1751 smi_1752     TRUE 0.937 13.000 0.029 NA   NA
 10163451 10163452 smi_1752 smi_1753   rnpB TRUE 0.432 70.000 0.000 NA   NA
 10163452 10163453 smi_1753 smi_1754 rnpB   TRUE 0.785 17.000 0.000 NA   NA
 10163453 10163454 smi_1754 smi_1755     TRUE 0.924 70.000 0.579 NA   NA
 10163455 10163456 smi_1756 smi_1757 recU pbp1a TRUE 0.989 -3.000 0.319 1.000   NA
 10163457 10163458 smi_1758 smi_1759 aliA glf FALSE 0.003 340.000 0.000 1.000 N NA
 10163458 10163459 smi_1759 smi_1760 glf   FALSE 0.068 332.000 0.000 NA   NA
 10163459 10163460 smi_1760 smi_1761   dexB FALSE 0.075 196.000 0.000 NA   NA
 10163461 10163462 smi_1762 smi_1763   luxS TRUE 0.395 95.000 0.006 NA   NA
 10163463 10163464 smi_1764 smi_1765   clpL FALSE 0.004 678.000 0.000 1.000 N NA
 10163464 10163465 smi_1765 smi_1766 clpL mraY FALSE 0.003 595.000 0.000 1.000 N NA
 10163465 10163466 smi_1766 smi_1767 mraY pbp2x TRUE 0.972 2.000 0.038 1.000 Y NA
 10163466 10163467 smi_1767 smi_1768 pbp2x ftsL TRUE 0.980 4.000 0.456 1.000 N NA
 10163467 10163468 smi_1768 smi_1769 ftsL mraW TRUE 0.913 10.000 0.077 1.000 N NA
 10163469 10163470 smi_1770 smi_1771     TRUE 0.957 15.000 0.105 NA   NA
 10163470 10163471 smi_1771 smi_1772     TRUE 0.940 -10.000 0.000 NA   NA
 10163471 10163472 smi_1772 smi_1773     TRUE 0.843 13.000 0.000 NA   NA
 10163472 10163473 smi_1773 smi_1774   gpo TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 10163474 10163475 smi_1775 smi_1776     TRUE 0.938 -7.000 0.000 NA   NA
 10163475 10163476 smi_1776 smi_1777     TRUE 0.992 -3.000 0.286 NA   NA
 10163476 10163477 smi_1777 smi_1778     FALSE 0.260 4.000 0.000 1.000 N NA
 10163477 10163478 smi_1778 smi_1779     FALSE 0.003 366.000 0.000 1.000 N NA
 10163479 10163480 smi_1780 smi_1781     FALSE 0.086 160.000 0.000 NA   NA
 10163480 10163481 smi_1781 smi_1782     TRUE 0.916 1.000 0.000 NA   NA
 10163485 10163486 smi_1785.1 smi_1786     FALSE 0.076 498.000 0.000 NA   NA
 10163486 10163487 smi_1786 smi_1787     FALSE 0.358 79.000 0.000 NA   NA
 10163487 10163488 smi_1787 smi_1788     TRUE 0.982 13.000 0.333 NA   NA
 10163488 10163489 smi_1788 smi_1789     TRUE 0.918 77.000 0.667 NA   NA
 10163489 10163490 smi_1789 smi_1790     FALSE 0.252 96.000 0.000 NA   NA
 10163490 10163491 smi_1790 smi_1791     TRUE 0.785 17.000 0.000 NA   NA
 10163491 10163492 smi_1791 smi_1792     FALSE 0.150 86.000 0.000 1.000   NA
 10163492 10163493 smi_1792 smi_1793     FALSE 0.082 172.000 0.000 NA   NA
 10163493 10163494 smi_1793 smi_1794     TRUE 0.988 8.000 0.375 NA   NA
 10163494 10163495 smi_1794 smi_1795     TRUE 0.982 42.000 0.375 0.080   NA
 10163496 10163497 smi_1796 smi_1797 rpsI rplM TRUE 0.997 19.000 0.601 0.020 Y NA
 10163499 10163500 smi_1799 smi_1800 natB natA TRUE 0.981 -3.000 0.059 NA   NA
 10163500 10163501 smi_1800 smi_1801 natA pheT FALSE 0.029 235.000 0.000 1.000   NA
 10163501 10163502 smi_1801 smi_1802 pheT   FALSE 0.075 212.000 0.007 1.000   NA
 10163502 10163503 smi_1802 smi_1803   pheS TRUE 0.928 0.000 0.009 1.000   NA
 10163503 10163504 smi_1803   pheS   TRUE 0.940 -55.000 0.000 NA   NA
 10163504 10163505   smi_1804     TRUE 0.513 59.000 0.000 NA   NA
 10163505 10163506 smi_1804 smi_1805     TRUE 0.863 -25.000 0.000 1.000   NA
 10163506 10163507 smi_1805 smi_1806     TRUE 0.883 28.000 0.105 1.000   NA
 10163507 10163508 smi_1806 smi_1807     TRUE 0.996 -10.000 0.600 NA   NA
 10163508 10163509 smi_1807       FALSE 0.084 164.000 0.000 NA   NA
 10163509 10163510   smi_1808   cspR FALSE 0.079 182.000 0.000 NA   NA
 10163510 10163511 smi_1808 smi_1809 cspR cbiQ FALSE 0.031 193.000 0.005 1.000 N NA
 10163511 10163512 smi_1809 smi_1810 cbiQ cbiO TRUE 0.994 -15.000 0.530 1.000   NA
 10163512 10163513 smi_1810 smi_1811 cbiO   TRUE 0.530 169.000 0.435 NA   NA
 10163513 10163514 smi_1811 smi_1812     TRUE 0.942 16.000 0.068 NA   NA
 10163515 10163516 smi_1813 smi_1814 trkA2 trkG2 TRUE 0.996 4.000 0.017 0.003 Y NA
 10163519 10163520 smi_1817 smi_1818 uppP   TRUE 0.836 61.000 0.118 NA   NA
 10163521 10163522 smi_1819 smi_1820     TRUE 0.996 0.000 0.758 1.000 Y NA
 10163523 10163524 smi_1821 smi_1822   ilvA FALSE 0.080 797.000 0.000 NA   NA
 10163524 10163525 smi_1822 smi_1823 ilvA ilvC TRUE 0.396 115.000 0.033 1.000 Y NA
 10163525 10163526 smi_1823 smi_1824 ilvC ilvN TRUE 0.830 218.000 0.130 0.002 Y NA
 10163526 10163527 smi_1824 smi_1825 ilvN ilvB TRUE 0.999 -7.000 0.249 0.001 Y NA
 10163527 10163528 smi_1825 smi_1826 ilvB   FALSE 0.065 201.000 0.004 1.000   NA
 10163528 10163529 smi_1826 smi_1827   asp TRUE 0.993 3.000 0.567 NA   NA
 10163529 10163530 smi_1827 smi_1828 asp rpmB TRUE 0.442 111.000 0.044 NA   NA
 10163531 10163532 smi_1829 smi_1830 tnpA tnpA TRUE 0.402 392.000 0.000 0.027 Y NA
 10163533 10163534 smi_1831 smi_1832     TRUE 0.994 5.000 0.714 NA   NA
 10163534 10163535 smi_1832 smi_1833     TRUE 0.429 114.000 0.053 NA   NA
 10163535 10163536 smi_1833 smi_1834     FALSE 0.158 84.000 0.000 1.000   NA
 10163536 10163537 smi_1834 smi_1835     TRUE 1.000 -10.000 1.000 0.007 Y NA
 10163537 10163538 smi_1835 smi_1836     TRUE 0.985 -16.000 0.296 1.000 N NA
 10163538 10163539 smi_1836 smi_1837     FALSE 0.118 178.000 0.002 NA   NA
 10163539 10163540 smi_1837 smi_1838   dinF FALSE 0.243 97.000 0.000 NA   NA
 10163540 10163541 smi_1838 smi_1839 dinF recA FALSE 0.008 115.000 0.000 1.000 N NA
 10163541 10163542 smi_1839 smi_1840 recA cinA TRUE 0.766 55.000 0.083 1.000   NA
 10163542 10163543 smi_1840 smi_1841 cinA   TRUE 0.493 78.000 0.004 NA   NA
 10163543 10163544 smi_1841 smi_1842     TRUE 0.979 8.000 0.283 NA N NA
 10163544 10163545 smi_1842 smi_1843     TRUE 0.979 -10.000 0.033 NA   NA
 10163545 10163546 smi_1843 smi_1844   comM FALSE 0.348 96.000 0.003 NA   NA
 10163546 10163547 smi_1844 smi_1845 comM ndk FALSE 0.112 134.000 0.000 NA   NA
 10163547 10163548 smi_1845 smi_1846 ndk rpoC FALSE 0.065 108.000 0.002 1.000 N NA
 10163548 10163549 smi_1846 smi_1847 rpoC rpoB TRUE 0.997 60.000 0.851 0.001 Y NA
 10163551 10163552 smi_1849 smi_1850   glmS FALSE 0.034 223.000 0.000 NA N NA
 10163552 10163553 smi_1850 smi_1851 glmS   FALSE 0.028 193.000 0.003 1.000 N NA
 10163553 10163554 smi_1851 smi_1852   proS FALSE 0.084 99.000 0.002 1.000 N NA
 10163554 10163555 smi_1852 smi_1853 proS eep TRUE 0.907 13.000 0.095 1.000 N NA
 10163555 10163556 smi_1853 smi_1854 eep cdsA TRUE 0.757 22.000 0.040 1.000 N NA
 10163556 10163557 smi_1854 smi_1855 cdsA uppS TRUE 0.976 9.000 0.113 1.000 Y NA
 10163558 10163559 smi_1856 smi_1857 tnpA tnpC TRUE 0.402 394.000 0.000 0.027 Y NA