MicrobesOnline Operon Predictions for Yersinia pseudotuberculosis IP 31758

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3516765 3516766 YpsIP31758_0001 YpsIP31758_0002 mioC   TRUE 0.550 93.000 0.165 1.000 N NA
 3516768 3516769 YpsIP31758_0004 YpsIP31758_0005     TRUE 0.987 4.000 0.443 NA   NA
 3516770 3516771 YpsIP31758_0006 YpsIP31758_0007 kup rbsD FALSE 0.019 205.000 0.010 1.000 N NA
 3516771 3516772 YpsIP31758_0007 YpsIP31758_0008 rbsD rbsK TRUE 0.814 51.000 0.010 1.000 Y NA
 3516772 3516773 YpsIP31758_0008 YpsIP31758_0010 rbsK   TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3516774 3516775 YpsIP31758_0009 YpsIP31758_0011     TRUE 0.604 80.000 0.133 1.000   NA
 3516776 3516777 YpsIP31758_4189 YpsIP31758_4190 rrsA   FALSE 0.170 136.000 0.000 NA   NA
 3516777 3516778 YpsIP31758_4190 YpsIP31758_4191   rrlA FALSE 0.070 252.000 0.000 NA   NA
 3516778 3516779 YpsIP31758_4191 YpsIP31758_4192 rrlA rrfA FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3516779 3516780 YpsIP31758_4192 YpsIP31758_0015 rrfA   FALSE 0.009 501.000 0.000 NA   NA
 3516781 3516782 YpsIP31758_0016 YpsIP31758_0017 mobB mobA TRUE 0.993 -3.000 0.064 0.004 Y NA
 3516783 3516784 YpsIP31758_0018 YpsIP31758_0019     TRUE 0.474 91.000 0.106 NA   NA
 3516784 3516785 YpsIP31758_0019 YpsIP31758_0020   dsbA TRUE 0.729 28.000 0.111 NA   NA
 3516785 3516786 YpsIP31758_0020 YpsIP31758_0021 dsbA polA FALSE 0.011 491.000 0.000 1.000   NA
 3516786 3516787 YpsIP31758_0021 YpsIP31758_4297 polA spf FALSE 0.161 149.000 0.000 NA   NA
 3516789 3516790 YpsIP31758_4298 YpsIP31758_0023     FALSE 0.164 145.000 0.000 NA   NA
 3516790 3516791 YpsIP31758_0023 YpsIP31758_0024   hemN FALSE 0.324 183.000 0.107 NA   NA
 3516792 3516793 YpsIP31758_0025 YpsIP31758_0026 ntrC ntrB TRUE 0.997 8.000 0.587 0.080 Y NA
 3516793 3516794 YpsIP31758_0026 YpsIP31758_0027 ntrB glnA FALSE 0.065 253.000 0.053 1.000 N NA
 3516795 3516796 YpsIP31758_0028 YpsIP31758_0029 typA   FALSE 0.024 323.000 0.007 1.000   NA
 3516796 3516797 YpsIP31758_0029 YpsIP31758_0030   rbn FALSE 0.231 97.000 0.031 1.000   NA
 3516797 3516798 YpsIP31758_0030 YpsIP31758_0031 rbn dtd TRUE 0.841 7.000 0.069 1.000   NA
 3516798 3516799 YpsIP31758_0031 YpsIP31758_0032 dtd   FALSE 0.233 186.000 0.065 1.000   NA
 3516800 3516801 YpsIP31758_0033 YpsIP31758_0034   yicE TRUE 0.668 147.000 0.257 NA   NA
 3516802 3516803 YpsIP31758_0035 YpsIP31758_0036   gltS FALSE 0.185 120.000 0.000 NA   NA
 3516804 3516805 YpsIP31758_0037 YpsIP31758_0038 recG trmH TRUE 0.890 1.000 0.076 1.000 N NA
 3516805 3516806 YpsIP31758_0038 YpsIP31758_0039 trmH spoT TRUE 0.845 6.000 0.095 1.000 N NA
 3516806 3516807 YpsIP31758_0039 YpsIP31758_0040 spoT rpoZ TRUE 0.981 20.000 0.291 1.000 Y NA
 3516807 3516808 YpsIP31758_0040 YpsIP31758_0041 rpoZ gmk TRUE 0.909 55.000 0.471 1.000 N NA
 3516812 3516813 YpsIP31758_0045 YpsIP31758_0046     FALSE 0.436 30.000 0.000 NA   NA
 3516813 3516814 YpsIP31758_0046 YpsIP31758_0047     FALSE 0.004 747.000 0.000 NA   NA
 3516814 3516815 YpsIP31758_0047 YpsIP31758_0048     FALSE 0.007 547.000 0.000 NA   NA
 3516815 3516816 YpsIP31758_0048 YpsIP31758_0049     TRUE 0.786 -43.000 0.000 NA   NA
 3516816 3516817 YpsIP31758_0049 YpsIP31758_0050     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3516817 3516818 YpsIP31758_0050 YpsIP31758_0051     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3516818 3516819 YpsIP31758_0051 YpsIP31758_0052     TRUE 0.990 0.000 0.375 NA   NA
 3516819 3516820 YpsIP31758_0052 YpsIP31758_0053     FALSE 0.190 114.000 0.000 NA   NA
 3516820 3516821 YpsIP31758_0053 YpsIP31758_0054     FALSE 0.208 97.000 0.000 NA   NA
 3516821 3516822 YpsIP31758_0054 YpsIP31758_0055     FALSE 0.078 190.000 0.010 NA   NA
 3516823 3516824 YpsIP31758_0056 YpsIP31758_0057 rph pyrE FALSE 0.287 167.000 0.108 1.000 N NA
 3516825 3516826 YpsIP31758_0058 YpsIP31758_0059   dut FALSE 0.204 122.000 0.060 1.000 N NA
 3516826 3516827 YpsIP31758_0059 YpsIP31758_0060 dut coaBC TRUE 0.962 -19.000 0.201 1.000 N NA
 3516828 3516829 YpsIP31758_0061 YpsIP31758_0062 radC rpmB FALSE 0.004 263.000 0.002 1.000 N NA
 3516829 3516830 YpsIP31758_0062 YpsIP31758_0063 rpmB rpmG TRUE 0.993 12.000 0.332 0.016 Y NA
 3516830 3516831 YpsIP31758_0063 YpsIP31758_0064 rpmG mutM FALSE 0.140 83.000 0.034 1.000 N NA
 3516832 3516833 YpsIP31758_0065 YpsIP31758_0066 coaD   TRUE 0.557 -3.000 0.023 NA N NA
 3516833 3516834 YpsIP31758_0066 YpsIP31758_0067   kdtA TRUE 0.986 1.000 0.083 NA Y NA
 3516834 3516835 YpsIP31758_0067 YpsIP31758_0068 kdtA rfaC FALSE 0.125 420.000 0.028 1.000 Y NA
 3516835 3516836 YpsIP31758_0068 YpsIP31758_0069 rfaC rfaF TRUE 0.997 0.000 0.205 0.001 Y NA
 3516836 3516837 YpsIP31758_0069 YpsIP31758_0070 rfaF rfaD TRUE 0.946 31.000 0.146 1.000 Y NA
 3516838 3516839 YpsIP31758_0071 YpsIP31758_0072 kbl tdh TRUE 0.982 10.000 0.547 1.000 N NA
 3516840 3516841 YpsIP31758_0073 YpsIP31758_0074     TRUE 0.726 24.000 0.088 1.000   NA
 3516841 3516842 YpsIP31758_0074 YpsIP31758_0075   gpmI TRUE 0.906 10.000 0.170 1.000 N NA
 3516843 3516844 YpsIP31758_0076 YpsIP31758_0077   grxC FALSE 0.128 119.000 0.048 NA N NA
 3516844 3516845 YpsIP31758_0077 YpsIP31758_0078 grxC secB FALSE 0.151 88.000 0.038 1.000 N NA
 3516845 3516846 YpsIP31758_0078 YpsIP31758_0079 secB gpsA TRUE 0.973 0.000 0.206 1.000 N NA
 3516846 3516847 YpsIP31758_0079 YpsIP31758_0080 gpsA cysE TRUE 0.537 266.000 0.429 1.000 N NA
 3516850 3516851 YpsIP31758_0083 YpsIP31758_0084 cpxA cpxR2 TRUE 0.999 -3.000 0.791 1.000 Y NA
 3516852 3516853 YpsIP31758_0085 YpsIP31758_0086     FALSE 0.005 678.000 0.000 NA   NA
 3516855 3516856 YpsIP31758_0088 YpsIP31758_0089 fieF pfkA FALSE 0.063 218.000 0.040 1.000 N NA
 3516856 3516857 YpsIP31758_0089 YpsIP31758_0090 pfkA   FALSE 0.080 221.000 0.049 1.000 N NA
 3516858 3516859 YpsIP31758_0091 YpsIP31758_0092     TRUE 0.755 118.000 0.000 0.081 Y NA
 3516859 3516860 YpsIP31758_0092 YpsIP31758_0093   ligK FALSE 0.159 66.000 0.000 1.000 N NA
 3516860 3516861 YpsIP31758_0093 YpsIP31758_0094 ligK   TRUE 0.991 -3.000 0.353 NA   NA
 3516863 3516864 YpsIP31758_0096 YpsIP31758_0097 tpiA   FALSE 0.261 129.000 0.058 NA   NA
 3516866 3516867 YpsIP31758_0099 YpsIP31758_0100 fpr glpX FALSE 0.331 155.000 0.117 1.000 N NA
 3516867 3516868 YpsIP31758_0100 YpsIP31758_0101 glpX glpK FALSE 0.023 269.000 0.025 1.000 N NA
 3516868 3516869 YpsIP31758_0101 YpsIP31758_0102 glpK glpF FALSE 0.027 177.000 0.013 1.000 N NA
 3516870 3516871 YpsIP31758_0103 YpsIP31758_0104     FALSE 0.136 175.000 0.000 NA   NA
 3516872 3516873 YpsIP31758_0105 YpsIP31758_0106     TRUE 0.996 -7.000 0.250 1.000 Y NA
 3516874 3516875 YpsIP31758_0107 YpsIP31758_0108     FALSE 0.136 175.000 0.000 NA   NA
 3516875 3516876 YpsIP31758_0108 YpsIP31758_0109     FALSE 0.040 306.000 0.000 NA   NA
 3516877 3516878 YpsIP31758_0110 YpsIP31758_0111 rraA menA TRUE 0.823 142.000 0.158 NA Y NA
 3516878 3516879 YpsIP31758_0111 YpsIP31758_0112 menA hslU FALSE 0.086 218.000 0.051 1.000 N NA
 3516879 3516880 YpsIP31758_0112 YpsIP31758_0113 hslU hslV TRUE 0.987 71.000 0.752 1.000 Y NA
 3516880 3516881 YpsIP31758_0113 YpsIP31758_0114 hslV ftsN FALSE 0.400 100.000 0.122 NA N NA
 3516881 3516882 YpsIP31758_0114 YpsIP31758_0115 ftsN cytR TRUE 0.738 66.000 0.245 NA N NA
 3516882 3516883 YpsIP31758_0115 YpsIP31758_0116 cytR priA FALSE 0.005 353.000 0.013 1.000 N NA
 3516884 3516885 YpsIP31758_0117 YpsIP31758_0118   rpmE FALSE 0.179 125.000 0.000 NA   NA
 3516886 3516887 YpsIP31758_0119 YpsIP31758_0120   metJ FALSE 0.027 349.000 0.000 NA   NA
 3516888 3516889 YpsIP31758_0121 YpsIP31758_0122 metB metL TRUE 0.997 3.000 0.428 1.000 Y NA
 3516889 3516890 YpsIP31758_0122 YpsIP31758_0123 metL metF FALSE 0.450 233.000 0.017 1.000 Y NA
 3516890 3516891 YpsIP31758_0123 YpsIP31758_0124 metF   FALSE 0.412 34.000 0.000 NA   NA
 3516892 3516893 YpsIP31758_0125 YpsIP31758_0126 ppc argE FALSE 0.019 374.000 0.053 1.000 N NA
 3516894 3516895 YpsIP31758_0127 YpsIP31758_0128 argC argB TRUE 0.814 166.000 0.097 0.003 Y NA
 3516895 3516896 YpsIP31758_0128 YpsIP31758_0129 argB argH TRUE 0.590 167.000 0.017 1.000 Y NA
 3516896 3516897 YpsIP31758_0129 YpsIP31758_0130 argH hasR FALSE 0.003 599.000 0.000 1.000 N NA
 3516897 3516898 YpsIP31758_0130 YpsIP31758_0131 hasR hasA FALSE 0.095 222.000 0.000 NA   NA
 3516898 3516899 YpsIP31758_0131 YpsIP31758_0132 hasA hasD FALSE 0.143 166.000 0.000 NA   NA
 3516899 3516900 YpsIP31758_0132 YpsIP31758_0133 hasD hasE TRUE 0.981 76.000 1.000 0.010   NA
 3516900 3516901 YpsIP31758_0133 YpsIP31758_0134 hasE   TRUE 0.957 65.000 0.667 0.010 N NA
 3516902 3516903 YpsIP31758_0135 YpsIP31758_0136     TRUE 0.740 94.000 0.204 0.006 N NA
 3516906 3516907 YpsIP31758_0139 YpsIP31758_0140     TRUE 0.978 13.000 0.508 NA   NA
 3516909 3516910 YpsIP31758_0142 YpsIP31758_0143 btuB murI TRUE 0.572 -55.000 0.025 1.000 N NA
 3516910 3516911 YpsIP31758_0143 YpsIP31758_4193 murI rrsB FALSE 0.011 457.000 0.000 NA   NA
 3516911 3516912 YpsIP31758_4193 YpsIP31758_4194 rrsB   FALSE 0.170 136.000 0.000 NA   NA
 3516912 3516913 YpsIP31758_4194 YpsIP31758_4195   rrlB FALSE 0.070 252.000 0.000 NA   NA
 3516913 3516914 YpsIP31758_4195 YpsIP31758_4196 rrlB rrfB FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3516914 3516915 YpsIP31758_4196 YpsIP31758_4197 rrfB   FALSE 0.182 123.000 0.000 NA   NA
 3516915 3516916 YpsIP31758_4197 YpsIP31758_4198     TRUE 0.706 7.000 0.000 NA   NA
 3516916 3516917 YpsIP31758_4198 YpsIP31758_0147     FALSE 0.003 993.000 0.000 NA   NA
 3516917 3516918 YpsIP31758_0147 YpsIP31758_0148     TRUE 0.985 86.000 0.804 NA Y NA
 3516918 3516919 YpsIP31758_0148 YpsIP31758_0149     TRUE 0.991 33.000 0.506 0.013 Y NA
 3516919 3516920 YpsIP31758_0149 YpsIP31758_0151     TRUE 1.000 0.000 0.865 0.013 Y NA
 3516924 3516925 YpsIP31758_0154 YpsIP31758_0155 ilvB3 ilvM TRUE 0.999 -3.000 0.943 0.002   NA
 3516925 3516926 YpsIP31758_0155 YpsIP31758_0156 ilvM ilvE TRUE 0.885 23.000 0.205 1.000   NA
 3516926 3516927 YpsIP31758_0156 YpsIP31758_0157 ilvE ilvD TRUE 0.635 205.000 0.075 1.000 Y NA
 3516927 3516928 YpsIP31758_0157 YpsIP31758_0158 ilvD ilvA TRUE 0.978 6.000 0.106 1.000 Y NA
 3516929 3516930 YpsIP31758_0159 YpsIP31758_0160     FALSE 0.245 80.000 0.000 NA   NA
 3516930 3516931 YpsIP31758_0160 YpsIP31758_0161     TRUE 0.995 -16.000 0.667 NA   NA
 3516931 3516932 YpsIP31758_0161 YpsIP31758_0162   ilvY FALSE 0.030 337.000 0.000 NA   NA
 3516933 3516934 YpsIP31758_0163 YpsIP31758_0164 ilvC   FALSE 0.152 180.000 0.000 1.000   NA
 3516934 3516935 YpsIP31758_0164 YpsIP31758_0165     TRUE 0.851 2.000 0.000 1.000   NA
 3516936 3516937 YpsIP31758_0166 YpsIP31758_0167     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3516937 3516938 YpsIP31758_0167 YpsIP31758_0168     TRUE 0.982 50.000 1.000 1.000   NA
 3516938 3516939 YpsIP31758_0168 YpsIP31758_0169     TRUE 0.875 107.000 0.500 1.000   NA
 3516939 3516940 YpsIP31758_0169 YpsIP31758_0170     TRUE 0.988 28.000 0.500 1.000 Y NA
 3516940 3516941 YpsIP31758_0170 YpsIP31758_0171     TRUE 0.993 64.000 1.000 1.000 Y NA
 3516941 3516942 YpsIP31758_0171 YpsIP31758_0172     FALSE 0.002 792.000 0.000 1.000 N NA
 3516942 3516943 YpsIP31758_0172 YpsIP31758_0173   ppiC FALSE 0.095 239.000 0.000 1.000   NA
 3516943 3516944 YpsIP31758_0173 YpsIP31758_0174 ppiC   TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3516946 3516947 YpsIP31758_0176 YpsIP31758_0177   gppA TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3516947 3516948 YpsIP31758_0177 YpsIP31758_0178 gppA rhlB TRUE 0.982 4.000 0.406 1.000 N NA
 3516949 3516950 YpsIP31758_0179 YpsIP31758_0180 trx rho FALSE 0.018 480.000 0.087 1.000 N NA
 3516950 3516951 YpsIP31758_0180 YpsIP31758_0181 rho   FALSE 0.029 273.000 0.000 1.000 N NA
 3516951 3516952 YpsIP31758_0181 YpsIP31758_0182   wecA FALSE 0.005 479.000 0.000 1.000 N NA
 3516952 3516953 YpsIP31758_0182 YpsIP31758_0183 wecA   TRUE 0.997 18.000 0.735 0.004 Y NA
 3516953 3516954 YpsIP31758_0183 YpsIP31758_0184     TRUE 0.934 281.000 0.677 0.004 Y NA
 3516954 3516955 YpsIP31758_0184 YpsIP31758_0185     TRUE 0.998 -3.000 0.348 1.000 Y NA
 3516955 3516956 YpsIP31758_0185 YpsIP31758_0186   rfbB TRUE 0.997 -3.000 0.273 1.000 Y NA
 3516956 3516957 YpsIP31758_0186 YpsIP31758_0187 rfbB rfbA TRUE 0.935 295.000 0.739 0.004 Y NA
 3516957 3516958 YpsIP31758_0187 YpsIP31758_0188 rfbA wecD TRUE 0.954 -22.000 0.145 1.000   NA
 3516958 3516959 YpsIP31758_0188 YpsIP31758_0189 wecD   TRUE 0.980 2.000 0.248 1.000   NA
 3516959 3516960 YpsIP31758_0189 YpsIP31758_0190     TRUE 0.977 2.000 0.218 1.000   NA
 3516960 3516961 YpsIP31758_0190 YpsIP31758_0191   wecF TRUE 0.975 23.000 0.605 1.000   NA
 3516961 3516962 YpsIP31758_0191 YpsIP31758_0192 wecF   TRUE 0.997 -3.000 0.684 1.000   NA
 3516962 3516963 YpsIP31758_0192 YpsIP31758_0193     TRUE 0.906 9.000 0.126 1.000   NA
 3516963 3516964 YpsIP31758_0193 YpsIP31758_0194     FALSE 0.004 539.000 0.000 1.000 N NA
 3516964 3516965 YpsIP31758_0194 YpsIP31758_4199     FALSE 0.161 149.000 0.000 NA   NA
 3516965 3516966 YpsIP31758_4199 YpsIP31758_4200     FALSE 0.238 83.000 0.000 NA   NA
 3516966 3516967 YpsIP31758_4200 YpsIP31758_4201     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3516967 3516968 YpsIP31758_4201 YpsIP31758_4202     FALSE 0.254 74.000 0.000 NA   NA
 3516969 3516970 YpsIP31758_0195 YpsIP31758_0196 hemY   TRUE 0.990 3.000 0.144 1.000 Y NA
 3516970 3516971 YpsIP31758_0196 YpsIP31758_0197   hemD TRUE 0.990 31.000 0.600 1.000 Y NA
 3516971 3516972 YpsIP31758_0197 YpsIP31758_0198 hemD hemC TRUE 0.997 -3.000 0.205 0.002 Y NA
 3516976 3516977 YpsIP31758_0202 YpsIP31758_0203     FALSE 0.127 186.000 0.000 NA   NA
 3516978 3516979 YpsIP31758_0204 YpsIP31758_0205   dapF FALSE 0.023 183.000 0.021 NA N NA
 3516979 3516980 YpsIP31758_0205 YpsIP31758_0206 dapF   TRUE 0.703 65.000 0.175 NA   NA
 3516980 3516981 YpsIP31758_0206 YpsIP31758_0207   xerC TRUE 0.997 -3.000 0.714 NA   NA
 3516981 3516982 YpsIP31758_0207 YpsIP31758_0208 xerC   TRUE 0.990 0.000 0.367 1.000   NA
 3516982 3516983 YpsIP31758_0208 YpsIP31758_0209   uvrD TRUE 0.538 99.000 0.128 1.000   NA
 3516985 3516986 YpsIP31758_0211 YpsIP31758_0212     TRUE 0.507 26.000 0.042 NA   NA
 3516989 3516990 YpsIP31758_0215 YpsIP31758_0216 rarD   FALSE 0.467 87.000 0.099 NA   NA
 3516991 3516992 YpsIP31758_0217 YpsIP31758_0218   recQ FALSE 0.259 77.000 0.057 1.000 N NA
 3516992 3516993 YpsIP31758_0218 YpsIP31758_0219 recQ rhtC FALSE 0.145 107.000 0.043 1.000 N NA
 3516995 3516996 YpsIP31758_0221 YpsIP31758_0222 pldB   TRUE 0.956 35.000 0.524 1.000   NA
 3516996 3516997 YpsIP31758_0222 YpsIP31758_0223     FALSE 0.024 375.000 0.000 1.000   NA
 3516998 3516999 YpsIP31758_0224 YpsIP31758_0225 glpQ glpT TRUE 0.691 187.000 0.396 1.000 N NA
 3516999 3517000 YpsIP31758_0225 YpsIP31758_0226 glpT   FALSE 0.092 224.000 0.000 NA   NA
 3517001 3517002 YpsIP31758_0227 YpsIP31758_0228 glpA glpB TRUE 0.997 -10.000 0.650 0.001 N NA
 3517002 3517003 YpsIP31758_0228 YpsIP31758_0229 glpB glpC TRUE 0.964 45.000 0.547 0.001 N NA
 3517004 3517005 YpsIP31758_0230 YpsIP31758_0231     FALSE 0.286 130.000 0.066 NA   NA
 3517007 3517008 YpsIP31758_0233 YpsIP31758_0234 cadA   FALSE 0.242 414.000 0.325 0.094   NA
 3517009 3517010 YpsIP31758_0235 YpsIP31758_0236     FALSE 0.162 212.000 0.058 NA   NA
 3517011 3517012 YpsIP31758_0237 YpsIP31758_0238     TRUE 0.903 -10.000 0.063 NA   NA
 3517013 3517014 YpsIP31758_0239 YpsIP31758_0240 ftsY ftsE TRUE 0.876 6.000 0.117 1.000 N NA
 3517014 3517015 YpsIP31758_0240 YpsIP31758_0241 ftsE   TRUE 0.990 -10.000 0.121 1.000 Y NA
 3517015 3517016 YpsIP31758_0241 YpsIP31758_0242   rpoH FALSE 0.034 311.000 0.051 1.000 N NA
 3517018 3517019 YpsIP31758_0244 YpsIP31758_0245 livK livH TRUE 0.839 181.000 0.217 1.000 Y NA
 3517019 3517020 YpsIP31758_0245 YpsIP31758_0246 livH livM TRUE 0.999 -3.000 0.574 0.080 Y NA
 3517020 3517021 YpsIP31758_0246 YpsIP31758_0247 livM livG TRUE 0.999 -3.000 0.574 1.000 Y NA
 3517021 3517022 YpsIP31758_0247 YpsIP31758_0248 livG livF TRUE 0.996 45.000 0.967 0.031 Y NA
 3517022 3517023 YpsIP31758_0248 YpsIP31758_0249 livF   FALSE 0.090 228.000 0.000 NA   NA
 3517024 3517025 YpsIP31758_0250 YpsIP31758_0251     TRUE 0.953 141.000 1.000 NA   NA
 3517025 3517026 YpsIP31758_0251 YpsIP31758_0252     TRUE 0.939 62.000 0.600 NA   NA
 3517026 3517027 YpsIP31758_0252 YpsIP31758_0253     TRUE 0.993 -28.000 0.600 NA   NA
 3517027 3517028 YpsIP31758_0253 YpsIP31758_0254     TRUE 0.932 18.000 0.286 NA   NA
 3517028 3517029 YpsIP31758_0254 YpsIP31758_0255     FALSE 0.060 267.000 0.000 NA   NA
 3517030 3517031 YpsIP31758_0256 YpsIP31758_0257 ugpB ugpA TRUE 0.931 298.000 0.793 0.080 Y NA
 3517031 3517032 YpsIP31758_0257 YpsIP31758_0258 ugpA ugpE TRUE 0.998 -3.000 0.306 0.080 Y NA
 3517032 3517033 YpsIP31758_0258 YpsIP31758_0259 ugpE ugpC TRUE 0.993 7.000 0.272 0.080 Y NA
 3517033 3517034 YpsIP31758_0259 YpsIP31758_0260 ugpC ugpQ TRUE 0.702 -3.000 0.024 1.000 N NA
 3517034 3517035 YpsIP31758_0260 YpsIP31758_0261 ugpQ   FALSE 0.197 101.000 0.023 1.000   NA
 3517035 3517036 YpsIP31758_0261 YpsIP31758_0263     FALSE 0.054 354.000 0.000 0.094   NA
 3517040 3517041 YpsIP31758_0266 YpsIP31758_0267 udp   FALSE 0.088 127.000 0.030 1.000 N NA
 3517041 3517042 YpsIP31758_0267 YpsIP31758_0268     FALSE 0.212 350.000 0.000 1.000 Y NA
 3517042 3517043 YpsIP31758_0268 YpsIP31758_0269     FALSE 0.010 520.000 0.041 NA   NA
 3517043 3517044 YpsIP31758_0269 YpsIP31758_0270     FALSE 0.322 208.000 0.125 NA   NA
 3517044 3517045 YpsIP31758_0270 YpsIP31758_0271   ubiE FALSE 0.272 92.000 0.047 NA   NA
 3517045 3517046 YpsIP31758_0271 YpsIP31758_0272 ubiE   TRUE 0.792 32.000 0.145 1.000   NA
 3517046 3517047 YpsIP31758_0272 YpsIP31758_0273   ubiB TRUE 0.993 0.000 0.432 1.000   NA
 3517047 3517048 YpsIP31758_0273 YpsIP31758_0274 ubiB tatA1 FALSE 0.133 180.000 0.025 1.000   NA
 3517048 3517049 YpsIP31758_0274 YpsIP31758_0275 tatA1 tatB TRUE 0.986 4.000 0.130 1.000 Y NA
 3517049 3517050 YpsIP31758_0275 YpsIP31758_0276 tatB tatC TRUE 0.996 3.000 0.333 NA Y NA
 3517050 3517051 YpsIP31758_0276 YpsIP31758_0277 tatC tatD TRUE 0.549 56.000 0.121 NA N NA
 3517051 3517052 YpsIP31758_0277 YpsIP31758_0278 tatD hemB FALSE 0.301 15.000 0.031 NA N NA
 3517054 3517055 YpsIP31758_0280 YpsIP31758_0281 ubiD   TRUE 0.881 55.000 0.090 1.000 Y NA
 3517056 3517057 YpsIP31758_0282 YpsIP31758_0283 fadA fadB TRUE 0.996 12.000 0.607 1.000 Y NA
 3517058 3517059 YpsIP31758_0284 YpsIP31758_0285 pepQ   TRUE 0.962 0.000 0.127 1.000   NA
 3517059 3517060 YpsIP31758_0285 YpsIP31758_0286   trkH TRUE 0.830 40.000 0.202 1.000   NA
 3517060 3517061 YpsIP31758_0286 YpsIP31758_0287 trkH hemG TRUE 0.951 22.000 0.455 1.000 N NA
 3517061 3517062 YpsIP31758_0287 YpsIP31758_4203 hemG rrsC FALSE 0.010 475.000 0.000 NA   NA
 3517062 3517063 YpsIP31758_4203 YpsIP31758_4204 rrsC   FALSE 0.201 102.000 0.000 NA   NA
 3517063 3517064 YpsIP31758_4204 YpsIP31758_4205     FALSE 0.344 50.000 0.000 NA   NA
 3517064 3517065 YpsIP31758_4205 YpsIP31758_4206   rrlC FALSE 0.098 218.000 0.000 NA   NA
 3517065 3517066 YpsIP31758_4206 YpsIP31758_4300 rrlC rrf FALSE 0.194 110.000 0.000 NA   NA
 3517066 3517067 YpsIP31758_4300 YpsIP31758_4207 rrf   TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3517067 3517068 YpsIP31758_4207 YpsIP31758_4208   rrfC FALSE 0.390 38.000 0.000 NA   NA
 3517072 3517073 YpsIP31758_0294 YpsIP31758_0295 aceB aceA TRUE 0.914 47.000 0.118 1.000 Y NA
 3517073 3517074 YpsIP31758_0295 YpsIP31758_0296 aceA aceK FALSE 0.403 256.000 0.273 1.000 N NA
 3517077 3517078 YpsIP31758_0299 YpsIP31758_0300 shlA   TRUE 0.930 70.000 0.600 NA   NA
 3517078 3517079 YpsIP31758_0300 YpsIP31758_0301     FALSE 0.004 445.000 0.000 NA N NA
 3517080 3517081 YpsIP31758_0302 YpsIP31758_0303 pgi psiE FALSE 0.148 127.000 0.015 1.000   NA
 3517082 3517083 YpsIP31758_0304 YpsIP31758_0305 malG malF TRUE 0.998 14.000 0.814 0.080 Y NA
 3517083 3517084 YpsIP31758_0305 YpsIP31758_0306 malF malE2 TRUE 0.641 187.000 0.060 1.000 Y NA
 3517084 3517085 YpsIP31758_0306 YpsIP31758_0307 malE2   FALSE 0.007 567.000 0.000 NA   NA
 3517086 3517087 YpsIP31758_0308 YpsIP31758_0309 malK2 lamB TRUE 0.776 71.000 0.000 1.000 Y NA
 3517087 3517088 YpsIP31758_0309 YpsIP31758_0310 lamB malM FALSE 0.093 241.000 0.000 1.000   NA
 3517089 3517090 YpsIP31758_0311 YpsIP31758_0312     FALSE 0.337 52.000 0.000 NA   NA
 3517091 3517092 YpsIP31758_0313 YpsIP31758_0314     TRUE 0.962 68.000 0.821 NA   NA
 3517092 3517093 YpsIP31758_0314 YpsIP31758_0315     TRUE 0.990 7.000 0.627 NA   NA
 3517093 3517094 YpsIP31758_0315 YpsIP31758_0316     TRUE 0.995 0.000 0.552 NA   NA
 3517094 3517095 YpsIP31758_0316 YpsIP31758_0317     TRUE 0.988 21.000 0.863 NA   NA
 3517095 3517096 YpsIP31758_0317 YpsIP31758_0318     TRUE 0.863 126.000 0.510 NA   NA
 3517096 3517097 YpsIP31758_0318 YpsIP31758_0319     TRUE 0.998 0.000 0.862 NA   NA
 3517097 3517098 YpsIP31758_0319 YpsIP31758_0320     TRUE 0.996 3.000 0.765 NA   NA
 3517098 3517099 YpsIP31758_0320 YpsIP31758_0321     TRUE 0.996 0.000 0.673 NA   NA
 3517099 3517100 YpsIP31758_0321 YpsIP31758_0322   clpV2 TRUE 0.979 11.000 0.471 NA   NA
 3517100 3517101 YpsIP31758_0322 YpsIP31758_0323 clpV2   TRUE 0.899 -3.000 0.039 1.000   NA
 3517101 3517102 YpsIP31758_0323 YpsIP31758_0324     TRUE 0.909 -3.000 0.053 NA   NA
 3517102 3517103 YpsIP31758_0324 YpsIP31758_0325     TRUE 0.992 6.000 0.711 NA   NA
 3517103 3517104 YpsIP31758_0325 YpsIP31758_0326     TRUE 0.977 32.000 0.750 NA   NA
 3517104 3517105 YpsIP31758_0326 YpsIP31758_0327     TRUE 0.720 152.000 0.312 NA   NA
 3517105 3517106 YpsIP31758_0327 YpsIP31758_0328     TRUE 0.865 22.000 0.182 NA   NA
 3517106 3517107 YpsIP31758_0328 YpsIP31758_0329     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3517107 3517108 YpsIP31758_0329 YpsIP31758_0330     TRUE 0.965 -7.000 0.143 NA   NA
 3517108 3517109 YpsIP31758_0330 YpsIP31758_0331     TRUE 0.672 10.000 0.000 NA   NA
 3517109 3517110 YpsIP31758_0331 YpsIP31758_0332     FALSE 0.012 455.000 0.000 NA   NA
 3517110 3517111 YpsIP31758_0332 YpsIP31758_0333     TRUE 0.965 -7.000 0.143 NA   NA
 3517111 3517112 YpsIP31758_0333 YpsIP31758_0334     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517113 3517114 YpsIP31758_0335 YpsIP31758_0336     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517114 3517115 YpsIP31758_0336 YpsIP31758_0337     TRUE 0.579 82.000 0.133 NA   NA
 3517116 3517117 YpsIP31758_0338 YpsIP31758_0339     TRUE 0.865 22.000 0.182 NA   NA
 3517117 3517118 YpsIP31758_0339 YpsIP31758_0340     TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3517118 3517119 YpsIP31758_0340 YpsIP31758_0341     FALSE 0.366 45.000 0.000 NA   NA
 3517122 3517123 YpsIP31758_0344 YpsIP31758_0345     TRUE 0.994 -3.000 0.455 NA   NA
 3517125 3517126 YpsIP31758_0346 YpsIP31758_0348     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3517126 3517127 YpsIP31758_0348 YpsIP31758_0349     TRUE 0.962 6.000 0.000 1.000 Y NA
 3517130 3517131 YpsIP31758_0352 YpsIP31758_0353     TRUE 0.891 15.000 0.169 1.000   NA
 3517131 3517132 YpsIP31758_0353 YpsIP31758_0354   ssuD TRUE 0.935 19.000 0.341 1.000 N NA
 3517132 3517133 YpsIP31758_0354 YpsIP31758_0355 ssuD   TRUE 0.925 12.000 0.226 1.000 N NA
 3517133 3517134 YpsIP31758_0355 YpsIP31758_0356     TRUE 0.998 -3.000 0.472 1.000 Y NA
 3517136 3517137 YpsIP31758_0358 YpsIP31758_0359     FALSE 0.041 317.000 0.000 1.000   NA
 3517138 3517139 YpsIP31758_0360 YpsIP31758_0361   htrB2 FALSE 0.159 152.000 0.000 NA   NA
 3517140 3517141 YpsIP31758_0362 YpsIP31758_0363     FALSE 0.169 137.000 0.000 NA   NA
 3517141 3517142 YpsIP31758_0363 YpsIP31758_0364     FALSE 0.114 202.000 0.000 NA   NA
 3517142 3517143 YpsIP31758_0364 YpsIP31758_0365     TRUE 0.957 204.000 0.714 NA Y NA
 3517143 3517144 YpsIP31758_0365 YpsIP31758_0366     TRUE 0.999 -7.000 0.667 0.013 Y NA
 3517144 3517145 YpsIP31758_0366 YpsIP31758_0367     TRUE 1.000 2.000 0.900 0.013 Y NA
 3517145 3517146 YpsIP31758_0367 YpsIP31758_0368     TRUE 0.854 19.000 0.184 1.000 N NA
 3517146 3517147 YpsIP31758_0368 YpsIP31758_0369     TRUE 0.965 -3.000 0.102 0.024 N NA
 3517152 3517153 YpsIP31758_0374 YpsIP31758_0375     TRUE 0.489 260.000 0.000 0.062 Y NA
 3517153 3517154 YpsIP31758_0375 YpsIP31758_0376     TRUE 0.489 260.000 0.000 0.062 Y NA
 3517157 3517158 YpsIP31758_0379 YpsIP31758_0380     FALSE 0.314 65.000 0.000 1.000   NA
 3517158 3517159 YpsIP31758_0380 YpsIP31758_0381     FALSE 0.324 192.000 0.105 1.000   NA
 3517159 3517160 YpsIP31758_0381 YpsIP31758_0382     FALSE 0.390 154.000 0.105 1.000   NA
 3517160 3517161 YpsIP31758_0382 YpsIP31758_0383     FALSE 0.126 90.000 0.000 1.000 N NA
 3517161 3517162 YpsIP31758_0383 YpsIP31758_0384     FALSE 0.275 66.000 0.000 NA   NA
 3517163 3517164 YpsIP31758_0385 YpsIP31758_0386 fis   TRUE 0.793 25.000 0.161 1.000 N NA
 3517164 3517165 YpsIP31758_0386 YpsIP31758_0387     FALSE 0.011 456.000 0.000 NA   NA
 3517165 3517166 YpsIP31758_0387 YpsIP31758_0388   prmA FALSE 0.396 37.000 0.000 NA   NA
 3517166 3517167 YpsIP31758_0388 YpsIP31758_0389 prmA panF FALSE 0.182 76.000 0.041 1.000 N NA
 3517167 3517168 YpsIP31758_0389 YpsIP31758_0390 panF   TRUE 0.996 -10.000 0.682 NA   NA
 3517168 3517169 YpsIP31758_0390 YpsIP31758_0391   accC FALSE 0.009 1607.000 0.103 NA   NA
 3517169 3517170 YpsIP31758_0391 YpsIP31758_0392 accC accB TRUE 0.992 12.000 0.275 0.001 Y NA
 3517170 3517171 YpsIP31758_0392 YpsIP31758_0393 accB aroQ TRUE 0.605 158.000 0.254 1.000 N NA
 3517171 3517172 YpsIP31758_0393 YpsIP31758_0394 aroQ   FALSE 0.041 271.000 0.006 1.000   NA
 3517172 3517173 YpsIP31758_0394 YpsIP31758_0395   yedY TRUE 0.998 0.000 0.790 0.046   NA
 3517173 3517174 YpsIP31758_0395 YpsIP31758_0396 yedY   FALSE 0.163 223.000 0.059 1.000   NA
 3517175 3517176 YpsIP31758_0397 YpsIP31758_0398   mreB FALSE 0.015 337.000 0.000 1.000 N NA
 3517176 3517177 YpsIP31758_0398 YpsIP31758_0399 mreB mreC TRUE 0.840 204.000 0.689 1.000 N NA
 3517177 3517178 YpsIP31758_0399 YpsIP31758_0400 mreC mreD TRUE 0.999 -3.000 0.550 0.002 Y NA
 3517178 3517179 YpsIP31758_0400 YpsIP31758_0401 mreD maf2 TRUE 0.892 14.000 0.206 NA N NA
 3517179 3517180 YpsIP31758_0401 YpsIP31758_0402 maf2 cafA TRUE 0.988 -10.000 0.417 NA N NA
 3517180 3517181 YpsIP31758_0402 YpsIP31758_0403 cafA   TRUE 0.778 94.000 0.296 NA   NA
 3517181 3517182 YpsIP31758_0403 YpsIP31758_0404     TRUE 0.991 -3.000 0.358 NA   NA
 3517182 3517183 YpsIP31758_0404 YpsIP31758_0405   tldD TRUE 0.947 12.000 0.259 NA   NA
 3517184 3517185 YpsIP31758_0406 YpsIP31758_0407     FALSE 0.386 304.000 0.000 0.016 Y NA
 3517185 3517186 YpsIP31758_0407 YpsIP31758_0408     TRUE 0.923 28.000 0.000 0.016 Y NA
 3517186 3517187 YpsIP31758_0408 YpsIP31758_0409     TRUE 0.929 25.000 0.000 0.016 Y NA
 3517187 3517188 YpsIP31758_0409 YpsIP31758_0410     FALSE 0.324 55.000 0.000 NA   NA
 3517188 3517189 YpsIP31758_0410 YpsIP31758_0411     FALSE 0.378 41.000 0.000 NA   NA
 3517189 3517190 YpsIP31758_0411 YpsIP31758_0412     TRUE 0.992 -3.000 0.400 NA   NA
 3517190 3517191 YpsIP31758_0412 YpsIP31758_0413     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3517191 3517192 YpsIP31758_0413 YpsIP31758_0414     FALSE 0.171 134.000 0.000 NA   NA
 3517192 3517193 YpsIP31758_0414 YpsIP31758_0415     TRUE 0.925 58.000 0.500 NA   NA
 3517193 3517194 YpsIP31758_0415 YpsIP31758_0416     FALSE 0.382 40.000 0.000 NA   NA
 3517194 3517195 YpsIP31758_0416 YpsIP31758_0417     FALSE 0.124 208.000 0.000 1.000   NA
 3517195 3517196 YpsIP31758_0417 YpsIP31758_0418   aaeR TRUE 0.486 262.000 0.000 0.055 Y NA
 3517197 3517198 YpsIP31758_0419 YpsIP31758_0420   aaeA TRUE 0.920 8.000 0.150 NA   NA
 3517198 3517199 YpsIP31758_0420 YpsIP31758_0421 aaeA aaeB TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 3517199 3517200 YpsIP31758_0421 YpsIP31758_0422 aaeB gabD FALSE 0.060 267.000 0.000 NA   NA
 3517200 3517201 YpsIP31758_0422 YpsIP31758_0423 gabD   FALSE 0.160 195.000 0.043 1.000   NA
 3517201 3517202 YpsIP31758_0423 YpsIP31758_0424     TRUE 0.977 5.000 0.329 NA   NA
 3517204 3517205 YpsIP31758_0426 YpsIP31758_0427 pmbA   FALSE 0.106 124.000 0.005 NA   NA
 3517205 3517206 YpsIP31758_0427 YpsIP31758_0428     FALSE 0.108 208.000 0.000 NA   NA
 3517207 3517208 YpsIP31758_0429 YpsIP31758_0430 rnk treC FALSE 0.013 353.000 0.000 1.000 N NA
 3517208 3517209 YpsIP31758_0430 YpsIP31758_0431 treC treB TRUE 0.974 111.000 0.650 1.000 Y NA
 3517209 3517210 YpsIP31758_0431 YpsIP31758_0432 treB treR FALSE 0.008 411.000 0.000 1.000 N NA
 3517210 3517211 YpsIP31758_0432 YpsIP31758_0433 treR   FALSE 0.085 234.000 0.000 NA   NA
 3517211 3517212 YpsIP31758_0433 YpsIP31758_0434     FALSE 0.043 299.000 0.000 NA   NA
 3517212 3517213 YpsIP31758_0434 YpsIP31758_0435   pyrI FALSE 0.241 138.000 0.084 NA N NA
 3517213 3517214 YpsIP31758_0435 YpsIP31758_0436 pyrI pyrB TRUE 0.989 12.000 0.197 0.001 Y NA
 3517214 3517215 YpsIP31758_0436 YpsIP31758_0437 pyrB   FALSE 0.015 338.000 0.000 1.000 N NA
 3517215 3517216 YpsIP31758_0437 YpsIP31758_0438     TRUE 0.978 -3.000 0.182 NA   NA
 3517216 3517217 YpsIP31758_0438 YpsIP31758_0439   ptsN FALSE 0.220 306.000 0.186 NA   NA
 3517217 3517218 YpsIP31758_0439 YpsIP31758_0440 ptsN   TRUE 0.910 118.000 0.728 NA N NA
 3517218 3517219 YpsIP31758_0440 YpsIP31758_0441   rpoN TRUE 0.981 24.000 0.820 NA N NA
 3517219 3517220 YpsIP31758_0441 YpsIP31758_0442 rpoN   TRUE 0.709 62.000 0.163 1.000   NA
 3517220 3517221 YpsIP31758_0442 YpsIP31758_0443   yhbN TRUE 0.987 7.000 0.543 NA   NA
 3517221 3517222 YpsIP31758_0443 YpsIP31758_0444 yhbN   TRUE 0.991 -16.000 0.459 NA   NA
 3517222 3517223 YpsIP31758_0444 YpsIP31758_0445   kdsC TRUE 0.996 -3.000 0.617 NA   NA
 3517223 3517224 YpsIP31758_0445 YpsIP31758_0446 kdsC kdsD FALSE 0.391 410.000 0.598 1.000   NA
 3517224 3517225 YpsIP31758_0446 YpsIP31758_0447 kdsD   TRUE 0.632 111.000 0.226 1.000 N NA
 3517226 3517227 YpsIP31758_0448 YpsIP31758_0449     TRUE 0.919 218.000 0.530 NA Y NA
 3517227 3517228 YpsIP31758_0449 YpsIP31758_0450     TRUE 0.990 5.000 0.562 NA   NA
 3517228 3517229 YpsIP31758_0450 YpsIP31758_0451   ttg2D TRUE 0.915 13.000 0.188 NA   NA
 3517229 3517230 YpsIP31758_0451 YpsIP31758_0452 ttg2D   TRUE 0.899 36.000 0.308 NA   NA
 3517230 3517231 YpsIP31758_0452 YpsIP31758_0453     TRUE 0.818 147.000 0.453 NA   NA
 3517231 3517232 YpsIP31758_0453 YpsIP31758_0454   murA TRUE 0.602 154.000 0.258 NA N NA
 3517233 3517234 YpsIP31758_0455 YpsIP31758_0456 degS degQ TRUE 0.951 90.000 0.262 0.003 Y NA
 3517234 3517235 YpsIP31758_0456 YpsIP31758_0457 degQ   FALSE 0.240 271.000 0.154 NA   NA
 3517236 3517237 YpsIP31758_0458 YpsIP31758_0459   rplM FALSE 0.019 314.000 0.003 NA   NA
 3517237 3517238 YpsIP31758_0459 YpsIP31758_0461 rplM rpsI TRUE 0.996 15.000 0.601 0.015 Y NA
 3517240 3517241 YpsIP31758_0462 YpsIP31758_0463 sspA sspB TRUE 0.995 6.000 0.831 NA   NA
 3517242 3517243 YpsIP31758_0464 YpsIP31758_0465   gltD FALSE 0.006 600.000 0.000 NA   NA
 3517243 3517244 YpsIP31758_0465 YpsIP31758_0466 gltD gltB TRUE 0.983 10.000 0.096 0.001 Y NA
 3517245 3517246 YpsIP31758_0467 YpsIP31758_0468     FALSE 0.167 139.000 0.000 NA   NA
 3517246 3517247 YpsIP31758_0468 YpsIP31758_0469     FALSE 0.165 284.000 0.113 1.000   NA
 3517249 3517250 YpsIP31758_0470 YpsIP31758_0471 elbB mtgA TRUE 0.928 -3.000 0.066 NA   NA
 3517251 3517252 YpsIP31758_0472 YpsIP31758_0473   gmhA2 TRUE 0.986 11.000 0.613 NA   NA
 3517252 3517253 YpsIP31758_0473 YpsIP31758_0474 gmhA2   FALSE 0.251 271.000 0.187 1.000 N NA
 3517253 3517254 YpsIP31758_0474 YpsIP31758_0475     TRUE 0.605 99.000 0.172 NA   NA
 3517255 3517256 YpsIP31758_0476 YpsIP31758_4302     FALSE 0.245 80.000 0.000 NA   NA
 3517259 3517260 YpsIP31758_0479 YpsIP31758_0480     FALSE 0.360 86.000 0.065 NA   NA
 3517260 3517261 YpsIP31758_0480 YpsIP31758_0481     FALSE 0.188 304.000 0.161 NA   NA
 3517261 3517262 YpsIP31758_0481 YpsIP31758_0482     TRUE 0.978 -3.000 0.185 NA   NA
 3517262 3517263 YpsIP31758_0482 YpsIP31758_0483     TRUE 0.965 3.000 0.185 NA   NA
 3517263 3517264 YpsIP31758_0483 YpsIP31758_0484     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3517264 3517265 YpsIP31758_0484 YpsIP31758_0485     TRUE 0.771 4.000 0.000 NA   NA
 3517265 3517266 YpsIP31758_0485 YpsIP31758_0486     TRUE 0.829 226.000 0.684 NA   NA
 3517266 3517267 YpsIP31758_0486 YpsIP31758_0487     TRUE 0.960 -3.000 0.118 NA   NA
 3517267 3517268 YpsIP31758_0487 YpsIP31758_0488     FALSE 0.054 278.000 0.000 NA   NA
 3517268 3517269 YpsIP31758_0488 YpsIP31758_0489     FALSE 0.115 201.000 0.000 NA   NA
 3517269 3517270 YpsIP31758_0489 YpsIP31758_0490     TRUE 0.550 263.000 0.433 1.000 N NA
 3517271 3517272 YpsIP31758_0491 YpsIP31758_0492 uxaC uxaB TRUE 0.681 199.000 0.095 1.000 Y NA
 3517272 3517273 YpsIP31758_0492 YpsIP31758_0493 uxaB uxaA TRUE 0.974 11.000 0.126 1.000 Y NA
 3517273 3517274 YpsIP31758_0493 YpsIP31758_0494 uxaA   FALSE 0.434 153.000 0.126 NA   NA
 3517277 3517278 YpsIP31758_0497 YpsIP31758_0498     FALSE 0.211 203.000 0.072 NA   NA
 3517278 3517279 YpsIP31758_0498 YpsIP31758_0499     FALSE 0.056 273.000 0.000 NA   NA
 3517281 3517282 YpsIP31758_0501 YpsIP31758_0502 fadH   FALSE 0.119 213.000 0.000 1.000   NA
 3517282 3517283 YpsIP31758_0502 YpsIP31758_0503     FALSE 0.021 391.000 0.000 1.000   NA
 3517283 3517284 YpsIP31758_0503 YpsIP31758_0504     TRUE 0.947 32.000 0.452 1.000   NA
 3517284 3517285 YpsIP31758_0504 YpsIP31758_0505     TRUE 0.997 0.000 0.789 NA   NA
 3517285 3517286 YpsIP31758_0505 YpsIP31758_0506     TRUE 0.935 102.000 0.750 NA   NA
 3517286 3517287 YpsIP31758_0506 YpsIP31758_0507     TRUE 0.964 2.000 0.164 NA   NA
 3517287 3517288 YpsIP31758_0507 YpsIP31758_0508     TRUE 0.839 33.000 0.200 NA   NA
 3517289 3517290 YpsIP31758_0509 YpsIP31758_0510     TRUE 0.850 45.000 0.000 1.000 Y NA
 3517290 3517291 YpsIP31758_0510 YpsIP31758_0511     FALSE 0.027 350.000 0.000 NA   NA
 3517291 3517292 YpsIP31758_0511 YpsIP31758_0512     FALSE 0.150 160.000 0.000 NA   NA
 3517292 3517293 YpsIP31758_0512 YpsIP31758_0513     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3517293 3517294 YpsIP31758_0513 YpsIP31758_0514     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3517294 3517295 YpsIP31758_0514 YpsIP31758_0515     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517295 3517296 YpsIP31758_0515 YpsIP31758_0516     FALSE 0.396 37.000 0.000 NA   NA
 3517296 3517297 YpsIP31758_0516 YpsIP31758_0517     FALSE 0.135 177.000 0.000 NA   NA
 3517297 3517298 YpsIP31758_0517 YpsIP31758_0518     FALSE 0.015 415.000 0.000 NA   NA
 3517298 3517299 YpsIP31758_0518 YpsIP31758_0519     FALSE 0.005 661.000 0.000 NA   NA
 3517299 3517300 YpsIP31758_0519 YpsIP31758_0520     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3517300 3517301 YpsIP31758_0520 YpsIP31758_0521     FALSE 0.052 281.000 0.000 NA   NA
 3517302 3517303 YpsIP31758_0522 YpsIP31758_0523     FALSE 0.337 60.000 0.000 1.000   NA
 3517303 3517304 YpsIP31758_0523 YpsIP31758_0524     FALSE 0.142 102.000 0.016 NA   NA
 3517305 3517306 YpsIP31758_0525 YpsIP31758_0526     TRUE 0.751 83.000 0.030 1.000 Y NA
 3517306 3517307 YpsIP31758_0526 YpsIP31758_0527     FALSE 0.264 109.000 0.073 1.000 N NA
 3517307 3517308 YpsIP31758_0527 YpsIP31758_0528     FALSE 0.388 77.000 0.089 1.000 N NA
 3517308 3517309 YpsIP31758_0528 YpsIP31758_0529     TRUE 0.992 54.000 0.733 0.077 Y NA
 3517309 3517310 YpsIP31758_0529 YpsIP31758_0530     TRUE 0.993 0.000 0.105 0.077 Y NA
 3517310 3517311 YpsIP31758_0530 YpsIP31758_0531     TRUE 0.992 -3.000 0.375 NA   NA
 3517311 3517312 YpsIP31758_0531 YpsIP31758_0532     TRUE 0.899 51.000 0.375 NA   NA
 3517313 3517314 YpsIP31758_0533 YpsIP31758_0534     TRUE 0.903 170.000 0.750 NA   NA
 3517314 3517315 YpsIP31758_0534 YpsIP31758_0535     TRUE 0.997 -16.000 0.889 NA   NA
 3517315 3517316 YpsIP31758_0535 YpsIP31758_0536     TRUE 0.992 10.000 0.778 NA   NA
 3517316 3517317 YpsIP31758_0536 YpsIP31758_0537     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3517318 3517319 YpsIP31758_0538 YpsIP31758_0539     TRUE 0.976 -7.000 0.222 1.000 N NA
 3517319 3517320 YpsIP31758_0539 YpsIP31758_0540     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3517320 3517321 YpsIP31758_0540 YpsIP31758_0541     FALSE 0.171 134.000 0.000 NA   NA
 3517321 3517322 YpsIP31758_0541 YpsIP31758_0542     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3517322 3517323 YpsIP31758_0542 YpsIP31758_0543     FALSE 0.328 285.000 0.000 NA Y NA
 3517324 3517325 YpsIP31758_0544 YpsIP31758_0545     FALSE 0.065 260.000 0.000 NA   NA
 3517326 3517327 YpsIP31758_0546 YpsIP31758_0547     FALSE 0.233 86.000 0.000 NA   NA
 3517327 3517328 YpsIP31758_0547 YpsIP31758_0548     FALSE 0.007 427.000 0.000 1.000 N NA
 3517328 3517329 YpsIP31758_0548 YpsIP31758_0549     FALSE 0.036 335.000 0.000 1.000   NA
 3517329 3517330 YpsIP31758_0549 YpsIP31758_0550     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3517330 3517331 YpsIP31758_0550 YpsIP31758_0551     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3517331 3517332 YpsIP31758_0551 YpsIP31758_0552     FALSE 0.035 316.000 0.000 NA   NA
 3517333 3517334 YpsIP31758_4209 YpsIP31758_0553   rpoD FALSE 0.121 195.000 0.000 NA   NA
 3517334 3517335 YpsIP31758_0553 YpsIP31758_0554 rpoD dnaG TRUE 0.660 158.000 0.299 1.000 N NA
 3517335 3517336 YpsIP31758_0554 YpsIP31758_0555 dnaG rpsU FALSE 0.211 136.000 0.067 1.000 N NA
 3517339 3517340 YpsIP31758_0558 YpsIP31758_0559 folB uppP FALSE 0.159 274.000 0.128 1.000 N NA
 3517341 3517342 YpsIP31758_0560 YpsIP31758_0561 cca   FALSE 0.250 178.000 0.106 NA N NA
 3517343 3517344 YpsIP31758_0562 YpsIP31758_0563   glnE FALSE 0.214 172.000 0.053 1.000   NA
 3517344 3517345 YpsIP31758_0563 YpsIP31758_0564 glnE hldE FALSE 0.262 135.000 0.083 1.000 N NA
 3517345 3517346 YpsIP31758_0564 YpsIP31758_0565 hldE   FALSE 0.100 37.000 0.012 1.000 N NA
 3517348 3517349 YpsIP31758_0567 YpsIP31758_0568 ribB   FALSE 0.178 126.000 0.000 NA   NA
 3517349 3517350 YpsIP31758_0568 YpsIP31758_0569     FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3517350 3517351 YpsIP31758_0569 YpsIP31758_0570     FALSE 0.390 38.000 0.000 NA   NA
 3517352 3517353 YpsIP31758_0571 YpsIP31758_0572     TRUE 0.988 10.000 0.632 NA   NA
 3517353 3517354 YpsIP31758_0572 YpsIP31758_0573     TRUE 0.525 301.000 0.480 NA   NA
 3517355 3517356 YpsIP31758_0574 YpsIP31758_0575     TRUE 0.940 34.000 0.443 NA   NA
 3517356 3517357 YpsIP31758_0575 YpsIP31758_0576     TRUE 0.875 81.000 0.433 NA   NA
 3517357 3517358 YpsIP31758_0576 YpsIP31758_0577   yqiA TRUE 0.992 0.000 0.427 NA   NA
 3517358 3517359 YpsIP31758_0577 YpsIP31758_0578 yqiA parE TRUE 0.674 102.000 0.217 NA   NA
 3517359 3517360 YpsIP31758_0578 YpsIP31758_0579 parE   TRUE 0.495 4.000 0.022 1.000 N NA
 3517362 3517363 YpsIP31758_0581 YpsIP31758_0582 parC   FALSE 0.035 289.000 0.043 1.000 N NA
 3517363 3517364 YpsIP31758_0582 YpsIP31758_0583     FALSE 0.387 179.000 0.154 1.000 N NA
 3517367 3517368 YpsIP31758_0586 YpsIP31758_0587 dkgA   FALSE 0.017 425.000 0.000 1.000   NA
 3517370 3517371 YpsIP31758_0589 YpsIP31758_0590   metC1 TRUE 0.524 193.000 0.212 NA   NA
 3517372 3517373 YpsIP31758_0591 YpsIP31758_0592 exbB exbD TRUE 0.999 4.000 0.810 0.096 Y NA
 3517374 3517375 YpsIP31758_0593 YpsIP31758_0594     TRUE 0.960 25.000 0.500 NA   NA
 3517375 3517376 YpsIP31758_0594 YpsIP31758_0595     TRUE 0.970 -16.000 0.200 NA   NA
 3517376 3517377 YpsIP31758_0595 YpsIP31758_0596     TRUE 0.996 0.000 0.667 NA   NA
 3517377 3517378 YpsIP31758_0596 YpsIP31758_0597     TRUE 0.995 -16.000 0.273 1.000 Y NA
 3517378 3517379 YpsIP31758_0597 YpsIP31758_0598     TRUE 1.000 -3.000 0.909 0.015 Y NA
 3517379 3517380 YpsIP31758_0598 YpsIP31758_0599     TRUE 0.999 -3.000 0.800 1.000 Y NA
 3517380 3517381 YpsIP31758_0599 YpsIP31758_0600     TRUE 0.997 12.000 0.727 NA Y NA
 3517381 3517382 YpsIP31758_0600 YpsIP31758_0601     TRUE 0.557 298.000 0.182 NA Y NA
 3517382 3517383 YpsIP31758_0601 YpsIP31758_0602     TRUE 0.998 -3.000 0.889 NA   NA
 3517383 3517384 YpsIP31758_0602 YpsIP31758_0603     TRUE 0.813 52.000 0.222 NA   NA
 3517384 3517385 YpsIP31758_0603 YpsIP31758_0604     TRUE 0.889 88.000 0.500 NA   NA
 3517385 3517386 YpsIP31758_0604 YpsIP31758_0605     FALSE 0.095 222.000 0.000 NA   NA
 3517386 3517387 YpsIP31758_0605 YpsIP31758_0606     FALSE 0.006 577.000 0.000 NA   NA
 3517387 3517388 YpsIP31758_0606 YpsIP31758_0607   cusA TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3517390 3517391 YpsIP31758_0609 YpsIP31758_0610     FALSE 0.294 62.000 0.000 NA   NA
 3517391 3517392 YpsIP31758_0610 YpsIP31758_0611     TRUE 0.567 65.000 0.000 0.002   NA
 3517392 3517393 YpsIP31758_0611 YpsIP31758_0612     FALSE 0.004 900.000 0.000 NA   NA
 3517394 3517395 YpsIP31758_0613 YpsIP31758_0614     FALSE 0.288 307.000 0.000 1.000 Y NA
 3517395 3517396 YpsIP31758_0614 YpsIP31758_0615   papD TRUE 0.918 18.000 0.000 1.000 Y NA
 3517396 3517397 YpsIP31758_0615 YpsIP31758_0616 papD   TRUE 0.898 25.000 0.000 1.000 Y NA
 3517398 3517399 YpsIP31758_0617 YpsIP31758_0618     FALSE 0.010 484.000 0.000 NA   NA
 3517403 3517404 YpsIP31758_0622 YpsIP31758_0623 flhA2 flhB2 TRUE 0.997 -13.000 0.333 0.015 Y NA
 3517404 3517405 YpsIP31758_0623 YpsIP31758_0624 flhB2 fliR2 TRUE 1.000 0.000 1.000 1.000 Y NA
 3517405 3517406 YpsIP31758_0624 YpsIP31758_0625 fliR2 fliQ2 TRUE 0.994 7.000 0.281 0.004 Y NA
 3517406 3517407 YpsIP31758_0625 YpsIP31758_0626 fliQ2 fliP1 TRUE 0.997 2.000 0.263 0.015 Y NA
 3517407 3517408 YpsIP31758_0626 YpsIP31758_0627 fliP1 fliN2 TRUE 0.998 -3.000 0.368 1.000 Y NA
 3517408 3517409 YpsIP31758_0627 YpsIP31758_0628 fliN2   TRUE 0.957 -7.000 0.123 NA   NA
 3517410 3517411 YpsIP31758_0629 YpsIP31758_0630   fliE2 TRUE 0.972 17.000 0.576 1.000 N NA
 3517411 3517412 YpsIP31758_0630 YpsIP31758_0631 fliE2 fliF2 TRUE 0.999 10.000 1.000 0.012 Y NA
 3517412 3517413 YpsIP31758_0631 YpsIP31758_0632 fliF2 fliG2 TRUE 0.999 -28.000 0.970 0.012 Y NA
 3517413 3517414 YpsIP31758_0632 YpsIP31758_0633 fliG2 fliH1 TRUE 0.999 5.000 0.789 0.007 Y NA
 3517414 3517415 YpsIP31758_0633 YpsIP31758_0634 fliH1 fliI2 TRUE 0.999 -7.000 0.816 1.000 Y NA
 3517415 3517416 YpsIP31758_0634 YpsIP31758_0635 fliI2 fliJ2 TRUE 0.804 4.000 0.035 1.000   NA
 3517417 3517418 YpsIP31758_0636 YpsIP31758_0637     TRUE 0.993 7.000 0.585 0.004   NA
 3517418 3517419 YpsIP31758_0637 YpsIP31758_0638     FALSE 0.288 210.000 0.113 NA   NA
 3517420 3517421 YpsIP31758_0639 YpsIP31758_0640 flgB1 flgC2 TRUE 1.000 3.000 0.972 0.007 Y NA
 3517421 3517422 YpsIP31758_0640 YpsIP31758_0641 flgC2 flgD2 TRUE 0.999 3.000 0.914 NA Y NA
 3517422 3517423 YpsIP31758_0641 YpsIP31758_0642 flgD2 flgE2 TRUE 0.993 55.000 0.970 NA Y NA
 3517423 3517424 YpsIP31758_0642 YpsIP31758_0643 flgE2 flgF1 TRUE 1.000 0.000 1.000 0.008 Y NA
 3517424 3517425 YpsIP31758_0643 YpsIP31758_0644 flgF1 flgG1 TRUE 0.995 68.000 0.971 0.002 Y NA
 3517425 3517426 YpsIP31758_0644 YpsIP31758_0645 flgG1 flgH2 TRUE 0.997 35.000 0.941 0.012 Y NA
 3517426 3517427 YpsIP31758_0645 YpsIP31758_0646 flgH2 flgI1 TRUE 0.993 79.000 0.912 0.014 Y NA
 3517427 3517428 YpsIP31758_0646 YpsIP31758_0647 flgI1   TRUE 0.980 10.000 0.457 NA   NA
 3517428 3517429 YpsIP31758_0647 YpsIP31758_0648   flgK2 TRUE 0.855 103.000 0.457 NA   NA
 3517429 3517430 YpsIP31758_0648 YpsIP31758_0649 flgK2 flgL2 TRUE 0.978 32.000 0.576 0.002   NA
 3517430 3517431 YpsIP31758_0649 YpsIP31758_0650 flgL2   TRUE 0.987 12.000 0.667 NA   NA
 3517432 3517433 YpsIP31758_0651 YpsIP31758_0652     TRUE 0.995 -19.000 0.714 NA   NA
 3517434 3517435 YpsIP31758_0653 YpsIP31758_0654     FALSE 0.080 652.000 0.000 0.002 Y NA
 3517435 3517436 YpsIP31758_0654 YpsIP31758_0655   fliD1 TRUE 0.511 220.000 0.000 1.000 Y NA
 3517436 3517437 YpsIP31758_0655 YpsIP31758_0656 fliD1 fliS1 TRUE 0.999 10.000 0.865 0.004 Y NA
 3517437 3517438 YpsIP31758_0656 YpsIP31758_0657 fliS1   TRUE 0.882 2.000 0.054 NA   NA
 3517438 3517439 YpsIP31758_0657 YpsIP31758_0658   fliK2 TRUE 0.897 2.000 0.062 NA   NA
 3517439 3517440 YpsIP31758_0658 YpsIP31758_0659 fliK2   TRUE 0.921 26.000 0.296 1.000   NA
 3517440 3517441 YpsIP31758_0659 YpsIP31758_0660   fliA2 TRUE 0.976 6.000 0.333 1.000   NA
 3517441 3517442 YpsIP31758_0660 YpsIP31758_0661 fliA2 motA2 TRUE 0.966 16.000 0.500 1.000 N NA
 3517442 3517443 YpsIP31758_0661 YpsIP31758_0662 motA2 motB2 TRUE 0.999 0.000 0.846 1.000 Y NA
 3517443 3517444 YpsIP31758_0662 YpsIP31758_0663 motB2   FALSE 0.009 509.000 0.000 NA   NA
 3517444 3517445 YpsIP31758_0663 YpsIP31758_0664     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517446 3517447 YpsIP31758_0665 YpsIP31758_0666 pcP   FALSE 0.002 1306.000 0.000 1.000 N NA
 3517448 3517449 YpsIP31758_0667 YpsIP31758_0668     TRUE 0.990 13.000 0.842 1.000 N NA
 3517449 3517450 YpsIP31758_0668 YpsIP31758_0670     FALSE 0.441 29.000 0.000 NA   NA
 3517451 3517452 YpsIP31758_0669 YpsIP31758_0671     FALSE 0.004 699.000 0.000 NA   NA
 3517453 3517454 YpsIP31758_0672 YpsIP31758_0673     FALSE 0.004 807.000 0.000 NA   NA
 3517455 3517456 YpsIP31758_0674 YpsIP31758_0675     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3517456 3517457 YpsIP31758_0675 YpsIP31758_0676   yopM FALSE 0.083 327.000 0.000 0.015   NA
 3517457 3517458 YpsIP31758_0676 YpsIP31758_0677 yopM   FALSE 0.091 227.000 0.000 NA   NA
 3517459 3517460 YpsIP31758_0678 YpsIP31758_0679     FALSE 0.019 384.000 0.000 NA   NA
 3517460 3517461 YpsIP31758_0679 YpsIP31758_0680   pepT1 TRUE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 3517461 3517462 YpsIP31758_0680 YpsIP31758_0681 pepT1   FALSE 0.010 384.000 0.000 1.000 N NA
 3517462 3517463 YpsIP31758_0681 YpsIP31758_0682     FALSE 0.159 151.000 0.000 NA   NA
 3517463 3517464 YpsIP31758_0682 YpsIP31758_0683     FALSE 0.104 212.000 0.000 NA   NA
 3517464 3517465 YpsIP31758_0683 YpsIP31758_0684     TRUE 0.965 13.000 0.000 0.001 Y NA
 3517465 3517466 YpsIP31758_0684 YpsIP31758_0685     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517466 3517467 YpsIP31758_0685 YpsIP31758_0686     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517467 3517468 YpsIP31758_0686 YpsIP31758_0687     TRUE 0.988 -7.000 0.074 1.000 Y NA
 3517468 3517469 YpsIP31758_0687 YpsIP31758_0688     TRUE 0.836 -10.000 0.000 NA   NA
 3517469 3517470 YpsIP31758_0688 YpsIP31758_0689     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517470 3517471 YpsIP31758_0689 YpsIP31758_0690     TRUE 0.989 -7.000 0.000 0.007 Y NA
 3517472 3517473 YpsIP31758_0691 YpsIP31758_0692     FALSE 0.013 436.000 0.000 NA   NA
 3517474 3517475 YpsIP31758_0693 YpsIP31758_0694 gntP   FALSE 0.002 1026.000 0.000 1.000 N NA
 3517475 3517476 YpsIP31758_0694 YpsIP31758_0695     FALSE 0.070 658.000 0.000 0.011 Y NA
 3517476 3517477 YpsIP31758_0695 YpsIP31758_0696     FALSE 0.006 586.000 0.000 NA   NA
 3517477 3517478 YpsIP31758_0696 YpsIP31758_0697     FALSE 0.461 26.000 0.000 NA   NA
 3517478 3517479 YpsIP31758_0697 YpsIP31758_0698     TRUE 0.626 14.000 0.000 1.000   NA
 3517479 3517480 YpsIP31758_0698 YpsIP31758_0699     TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3517480 3517481 YpsIP31758_0699 YpsIP31758_0700     FALSE 0.181 124.000 0.000 NA   NA
 3517481 3517482 YpsIP31758_0700 YpsIP31758_0701     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517482 3517483 YpsIP31758_0701 YpsIP31758_0702     FALSE 0.173 131.000 0.000 NA   NA
 3517483 3517484 YpsIP31758_0702 YpsIP31758_0703     FALSE 0.080 241.000 0.000 NA   NA
 3517484 3517485 YpsIP31758_0703 YpsIP31758_0704     FALSE 0.055 275.000 0.000 NA   NA
 3517485 3517486 YpsIP31758_0704 YpsIP31758_0705     FALSE 0.007 545.000 0.000 NA   NA
 3517487 3517488 YpsIP31758_0706 YpsIP31758_0707     FALSE 0.027 282.000 0.000 1.000 N NA
 3517489 3517490 YpsIP31758_0708 YpsIP31758_0709   gph1 TRUE 0.804 162.000 0.444 1.000   NA
 3517491 3517492 YpsIP31758_0710 YpsIP31758_0711   iucD FALSE 0.432 72.000 0.100 1.000 N NA
 3517492 3517493 YpsIP31758_0711 YpsIP31758_0712 iucD iucC TRUE 0.998 -3.000 0.417 1.000 Y NA
 3517493 3517494 YpsIP31758_0712 YpsIP31758_0713 iucC iucB TRUE 0.986 -3.000 0.250 1.000   NA
 3517494 3517495 YpsIP31758_0713 YpsIP31758_0714 iucB iucA TRUE 0.994 -16.000 0.609 1.000   NA
 3517504 3517505 YpsIP31758_0723 YpsIP31758_0724     FALSE 0.268 68.000 0.000 NA   NA
 3517507 3517508 YpsIP31758_0726 YpsIP31758_0727     FALSE 0.373 43.000 0.000 NA   NA
 3517508 3517509 YpsIP31758_0727 YpsIP31758_0728     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3517509 3517510 YpsIP31758_0728 YpsIP31758_0729     TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 3517510 3517511 YpsIP31758_0729 YpsIP31758_0730     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517511 3517512 YpsIP31758_0730 YpsIP31758_0731     TRUE 0.771 4.000 0.000 NA   NA
 3517512 3517513 YpsIP31758_0731 YpsIP31758_0732   clpV1 FALSE 0.107 294.000 0.083 NA   NA
 3517513 3517514 YpsIP31758_0732 YpsIP31758_0733 clpV1   TRUE 0.964 -3.000 0.125 NA   NA
 3517514 3517515 YpsIP31758_0733 YpsIP31758_0734     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3517515 3517516 YpsIP31758_0734 YpsIP31758_0735     FALSE 0.004 804.000 0.000 NA   NA
 3517516 3517517 YpsIP31758_0735 YpsIP31758_0736     FALSE 0.329 54.000 0.000 NA   NA
 3517517 3517518 YpsIP31758_0736 YpsIP31758_0737     FALSE 0.006 601.000 0.000 NA   NA
 3517518 3517519 YpsIP31758_0737 YpsIP31758_0738     TRUE 0.552 16.000 0.000 NA   NA
 3517519 3517520 YpsIP31758_0738 YpsIP31758_0739     TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3517520 3517521 YpsIP31758_0739 YpsIP31758_0740     FALSE 0.211 96.000 0.000 NA   NA
 3517521 3517522 YpsIP31758_0740 YpsIP31758_0741     TRUE 0.885 54.000 0.000 0.008 Y NA
 3517522 3517523 YpsIP31758_0741 YpsIP31758_0742     FALSE 0.005 630.000 0.000 NA   NA
 3517523 3517524 YpsIP31758_0742 YpsIP31758_0743     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3517525 3517526 YpsIP31758_0744 YpsIP31758_0745     TRUE 0.796 -13.000 0.024 NA   NA
 3517526 3517527 YpsIP31758_0745 YpsIP31758_0746     FALSE 0.116 200.000 0.000 NA   NA
 3517527 3517528 YpsIP31758_0746 YpsIP31758_0747     TRUE 0.964 96.000 1.000 NA   NA
 3517528 3517529 YpsIP31758_0747 YpsIP31758_0748     TRUE 0.994 12.000 1.000 NA   NA
 3517529 3517530 YpsIP31758_0748 YpsIP31758_0749     FALSE 0.319 56.000 0.000 NA   NA
 3517532 3517533 YpsIP31758_0750 YpsIP31758_0752     TRUE 0.982 17.000 0.667 NA   NA
 3517533 3517534 YpsIP31758_0752 YpsIP31758_0753     FALSE 0.176 128.000 0.000 NA   NA
 3517534 3517535 YpsIP31758_0753 YpsIP31758_0754     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517535 3517536 YpsIP31758_0754 YpsIP31758_0755     FALSE 0.208 97.000 0.000 NA   NA
 3517536 3517537 YpsIP31758_0755 YpsIP31758_0756     FALSE 0.199 104.000 0.000 NA   NA
 3517537 3517538 YpsIP31758_0756 YpsIP31758_0757     FALSE 0.182 123.000 0.000 NA   NA
 3517538 3517539 YpsIP31758_0757 YpsIP31758_0758     TRUE 0.984 6.000 0.462 NA   NA
 3517539 3517540 YpsIP31758_0758 YpsIP31758_0759     FALSE 0.224 213.000 0.000 0.046   NA
 3517540 3517541 YpsIP31758_0759 YpsIP31758_0760     TRUE 0.745 108.000 0.286 NA   NA
 3517541 3517542 YpsIP31758_0760 YpsIP31758_0761     FALSE 0.015 415.000 0.000 NA   NA
 3517543 3517544 YpsIP31758_0762 YpsIP31758_0763     FALSE 0.197 107.000 0.000 NA   NA
 3517546 3517547 YpsIP31758_0765 YpsIP31758_0766     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3517547 3517548 YpsIP31758_0766 YpsIP31758_0767     FALSE 0.050 285.000 0.000 NA   NA
 3517548 3517549 YpsIP31758_0767 YpsIP31758_0768     FALSE 0.012 452.000 0.000 NA   NA
 3517551 3517552 YpsIP31758_0770 YpsIP31758_0771     TRUE 0.971 -3.000 0.125 0.058 N NA
 3517552 3517553 YpsIP31758_0771 YpsIP31758_0772     TRUE 1.000 -7.000 0.857 0.058 Y NA
 3517554 3517555 YpsIP31758_0773 YpsIP31758_0774     FALSE 0.005 657.000 0.000 NA   NA
 3517555 3517556 YpsIP31758_0774 YpsIP31758_0775     TRUE 0.829 2.000 0.000 NA   NA
 3517556 3517557 YpsIP31758_0775 YpsIP31758_0776     FALSE 0.039 308.000 0.000 NA   NA
 3517558 3517559 YpsIP31758_0777 YpsIP31758_0778     TRUE 0.983 45.000 1.000 NA   NA
 3517559 3517560 YpsIP31758_0778 YpsIP31758_0779     FALSE 0.178 126.000 0.000 NA   NA
 3517560 3517561 YpsIP31758_0779 YpsIP31758_0780     TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 3517561 3517562 YpsIP31758_0780 YpsIP31758_0781     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517562 3517563 YpsIP31758_0781 YpsIP31758_0782     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3517565 3517566 YpsIP31758_0784 YpsIP31758_0785     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517566 3517567 YpsIP31758_0785 YpsIP31758_0786     FALSE 0.187 118.000 0.000 NA   NA
 3517567 3517568 YpsIP31758_0786 YpsIP31758_0787     TRUE 0.706 7.000 0.000 NA   NA
 3517568 3517569 YpsIP31758_0787 YpsIP31758_0788     FALSE 0.036 315.000 0.000 NA   NA
 3517569 3517570 YpsIP31758_0788 YpsIP31758_0789     TRUE 0.964 3.000 0.182 NA   NA
 3517570 3517571 YpsIP31758_0789 YpsIP31758_0790     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3517571 3517572 YpsIP31758_0790 YpsIP31758_0791     FALSE 0.132 180.000 0.000 NA   NA
 3517572 3517573 YpsIP31758_0791 YpsIP31758_0792     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3517573 3517574 YpsIP31758_0792 YpsIP31758_0793     FALSE 0.010 477.000 0.000 NA   NA
 3517574 3517575 YpsIP31758_0793 YpsIP31758_0794     FALSE 0.150 160.000 0.000 NA   NA
 3517575 3517576 YpsIP31758_0794 YpsIP31758_0795     TRUE 0.996 -3.000 0.625 NA   NA
 3517576 3517577 YpsIP31758_0795 YpsIP31758_0796     TRUE 0.688 42.000 0.120 NA   NA
 3517577 3517578 YpsIP31758_0796 YpsIP31758_0797     TRUE 0.567 18.000 0.040 NA   NA
 3517578 3517579 YpsIP31758_0797 YpsIP31758_0798     TRUE 0.940 15.000 0.286 NA   NA
 3517579 3517580 YpsIP31758_0798 YpsIP31758_0799     FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3517580 3517581 YpsIP31758_0799 YpsIP31758_0800     FALSE 0.202 101.000 0.000 NA   NA
 3517581 3517582 YpsIP31758_0800 YpsIP31758_0801     TRUE 0.995 -36.000 0.750 NA   NA
 3517582 3517583 YpsIP31758_0801 YpsIP31758_0802     TRUE 0.996 -25.000 0.750 NA   NA
 3517583 3517584 YpsIP31758_0802 YpsIP31758_0803     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517586 3517587 YpsIP31758_0805 YpsIP31758_0806     FALSE 0.213 95.000 0.000 NA   NA
 3517587 3517588 YpsIP31758_0806 YpsIP31758_0807     FALSE 0.285 64.000 0.000 NA   NA
 3517589 3517590 YpsIP31758_0808 YpsIP31758_0809     FALSE 0.203 397.000 0.000 0.058 Y NA
 3517590 3517591 YpsIP31758_0809 YpsIP31758_4210     FALSE 0.120 196.000 0.000 NA   NA
 3517592 3517593 YpsIP31758_0810 YpsIP31758_0811   speC TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3517593 3517594 YpsIP31758_0811 YpsIP31758_0812 speC   FALSE 0.002 581.000 0.000 NA N NA
 3517594 3517595 YpsIP31758_0812 YpsIP31758_0813     TRUE 0.984 46.000 0.545 NA Y NA
 3517595 3517596 YpsIP31758_0813 YpsIP31758_0814     TRUE 0.995 33.000 0.727 0.012 Y NA
 3517597 3517598 YpsIP31758_0815 YpsIP31758_0816     TRUE 0.992 -7.000 0.128 1.000 Y NA
 3517598 3517599 YpsIP31758_0816 YpsIP31758_0817     FALSE 0.016 300.000 0.000 NA N NA
 3517599 3517600 YpsIP31758_0817 YpsIP31758_0818     FALSE 0.107 307.000 0.128 NA N NA
 3517600 3517601 YpsIP31758_0818 YpsIP31758_0819   mutY FALSE 0.382 178.000 0.150 1.000 N NA
 3517602 3517603 YpsIP31758_0820 YpsIP31758_0821 trmB   TRUE 0.940 0.000 0.092 NA   NA
 3517603 3517604 YpsIP31758_0821 YpsIP31758_0822     TRUE 0.477 111.000 0.123 NA   NA
 3517604 3517605 YpsIP31758_0822 YpsIP31758_0823     FALSE 0.286 112.000 0.059 NA   NA
 3517605 3517606 YpsIP31758_0823 YpsIP31758_0824     FALSE 0.008 525.000 0.000 NA   NA
 3517607 3517608 YpsIP31758_0825 YpsIP31758_0826   rdgB TRUE 0.975 -7.000 0.218 1.000 N NA
 3517608 3517609 YpsIP31758_0826 YpsIP31758_0827 rdgB   FALSE 0.143 100.000 0.016 NA   NA
 3517609 3517610 YpsIP31758_0827 YpsIP31758_0828     TRUE 0.941 -3.000 0.081 NA   NA
 3517610 3517611 YpsIP31758_0828 YpsIP31758_0829   proC FALSE 0.155 288.000 0.117 NA   NA
 3517611 3517612 YpsIP31758_0829 YpsIP31758_0830 proC   FALSE 0.450 133.000 0.125 NA   NA
 3517614 3517615 YpsIP31758_0832 YpsIP31758_0833 aguA aguB TRUE 0.750 22.000 0.095 1.000   NA
 3517615 3517616 YpsIP31758_0833 YpsIP31758_0834 aguB   FALSE 0.094 180.000 0.004 1.000   NA
 3517616 3517617 YpsIP31758_0834 YpsIP31758_0835     TRUE 0.980 0.000 0.263 NA N NA
 3517617 3517618 YpsIP31758_0835 YpsIP31758_0836   gshB FALSE 0.372 116.000 0.120 NA N NA
 3517618 3517619 YpsIP31758_0836 YpsIP31758_0837 gshB rsmE TRUE 0.837 26.000 0.173 NA   NA
 3517619 3517620 YpsIP31758_0837 YpsIP31758_0838 rsmE   FALSE 0.195 109.000 0.000 NA   NA
 3517620 3517621 YpsIP31758_0838 YpsIP31758_0839   endA TRUE 0.803 -21.000 0.000 NA   NA
 3517621 3517622 YpsIP31758_0839 YpsIP31758_0840 endA sprT TRUE 0.683 98.000 0.210 1.000   NA
 3517622 3517623 YpsIP31758_0840 YpsIP31758_0841 sprT metK FALSE 0.135 192.000 0.030 1.000   NA
 3517624 3517625 YpsIP31758_0842 YpsIP31758_0843   speA FALSE 0.005 629.000 0.000 NA   NA
 3517625 3517626 YpsIP31758_0843 YpsIP31758_0844 speA   FALSE 0.019 160.000 0.006 1.000 N NA
 3517628 3517629 YpsIP31758_0846 YpsIP31758_0847   tkt FALSE 0.038 310.000 0.000 NA   NA
 3517629 3517630 YpsIP31758_0847 YpsIP31758_0848 tkt epd FALSE 0.152 397.000 0.000 1.000 Y NA
 3517630 3517631 YpsIP31758_0848 YpsIP31758_0849 epd pgk TRUE 0.842 103.000 0.070 0.006 Y NA
 3517631 3517632 YpsIP31758_0849 YpsIP31758_0850 pgk fbaA TRUE 0.812 120.000 0.056 0.006 Y NA
 3517632 3517633 YpsIP31758_0850 YpsIP31758_0851 fbaA   FALSE 0.003 624.000 0.038 NA N NA
 3517633 3517634 YpsIP31758_0851 YpsIP31758_0852   argO FALSE 0.101 245.000 0.049 NA   NA
 3517634 3517635 YpsIP31758_0852 YpsIP31758_0853 argO   FALSE 0.241 190.000 0.075 NA   NA
 3517637 3517638 YpsIP31758_0855 YpsIP31758_0856 rpiA2 serA FALSE 0.017 307.000 0.029 1.000 N NA
 3517639 3517640 YpsIP31758_0857 YpsIP31758_4304     FALSE 0.165 143.000 0.000 NA   NA
 3517640 3517641 YpsIP31758_4304 YpsIP31758_0858     FALSE 0.319 56.000 0.000 NA   NA
 3517642 3517643 YpsIP31758_0859 YpsIP31758_0860   pepP FALSE 0.384 88.000 0.073 NA   NA
 3517643 3517644 YpsIP31758_0860 YpsIP31758_0861 pepP ubiH FALSE 0.088 205.000 0.047 1.000 N NA
 3517644 3517645 YpsIP31758_0861 YpsIP31758_0862 ubiH   TRUE 0.960 173.000 0.474 0.001 Y NA
 3517645 3517646 YpsIP31758_0862 YpsIP31758_0863   gcvT FALSE 0.000 721.000 0.004 1.000 N NA
 3517646 3517647 YpsIP31758_0863 YpsIP31758_0864 gcvT gcvH TRUE 0.970 69.000 0.317 0.001 Y NA
 3517647 3517648 YpsIP31758_0864 YpsIP31758_0865 gcvH gcvP TRUE 0.822 212.000 0.249 1.000 Y NA
 3517648 3517649 YpsIP31758_0865 YpsIP31758_0866 gcvP   FALSE 0.106 209.000 0.000 NA   NA
 3517649 3517650 YpsIP31758_0866 YpsIP31758_0867     FALSE 0.425 32.000 0.000 NA   NA
 3517650 3517651 YpsIP31758_0867 YpsIP31758_0868     FALSE 0.003 1060.000 0.000 NA   NA
 3517651 3517652 YpsIP31758_0868 YpsIP31758_0869     FALSE 0.199 104.000 0.000 NA   NA
 3517652 3517653 YpsIP31758_0869 YpsIP31758_0870     FALSE 0.114 202.000 0.000 NA   NA
 3517653 3517654 YpsIP31758_0870 YpsIP31758_0871     FALSE 0.039 309.000 0.000 NA   NA
 3517656 3517657 YpsIP31758_0873 YpsIP31758_0874     TRUE 0.881 -19.000 0.061 NA   NA
 3517657 3517658 YpsIP31758_0874 YpsIP31758_0875   creB TRUE 0.892 0.000 0.051 NA   NA
 3517658 3517659 YpsIP31758_0875 YpsIP31758_0876 creB creC TRUE 0.995 25.000 0.776 1.000 Y NA
 3517659 3517660 YpsIP31758_0876 YpsIP31758_0877 creC   TRUE 0.766 85.000 0.311 NA N NA
 3517662 3517663 YpsIP31758_0879 YpsIP31758_0880 xerD dsbC TRUE 0.550 31.000 0.079 1.000 N NA
 3517663 3517664 YpsIP31758_0880 YpsIP31758_0881 dsbC recJ TRUE 0.803 7.000 0.082 1.000 N NA
 3517664 3517665 YpsIP31758_0881 YpsIP31758_0882 recJ prfB FALSE 0.059 179.000 0.028 1.000 N NA
 3517665 3517666 YpsIP31758_0882 YpsIP31758_0883 prfB lysS TRUE 0.986 10.000 0.162 0.048 Y NA
 3517666 3517667 YpsIP31758_0883 YpsIP31758_4211 lysS   FALSE 0.121 194.000 0.000 NA   NA
 3517667 3517668 YpsIP31758_4211 YpsIP31758_0884     FALSE 0.143 166.000 0.000 NA   NA
 3517669 3517670 YpsIP31758_0885 YpsIP31758_0886     FALSE 0.202 101.000 0.000 NA   NA
 3517671 3517672 YpsIP31758_0887 YpsIP31758_0888     FALSE 0.145 164.000 0.000 NA   NA
 3517672 3517673 YpsIP31758_0888 YpsIP31758_0889     TRUE 0.998 0.000 0.857 NA   NA
 3517675 3517676 YpsIP31758_0891 YpsIP31758_0892     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3517677 3517678 YpsIP31758_0893 YpsIP31758_0894     FALSE 0.131 182.000 0.000 NA   NA
 3517678 3517679 YpsIP31758_0894 YpsIP31758_0895     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3517680 3517681 YpsIP31758_0896 YpsIP31758_0897     FALSE 0.012 479.000 0.000 1.000   NA
 3517683 3517684 YpsIP31758_0899 YpsIP31758_0900     FALSE 0.018 398.000 0.000 NA   NA
 3517684 3517685 YpsIP31758_0900 YpsIP31758_0901     TRUE 0.988 -30.000 0.429 NA   NA
 3517685 3517686 YpsIP31758_0901 YpsIP31758_0902     FALSE 0.006 606.000 0.000 NA   NA
 3517686 3517687 YpsIP31758_0902 YpsIP31758_0903     FALSE 0.099 217.000 0.000 NA   NA
 3517688 3517689 YpsIP31758_0904 YpsIP31758_0905     TRUE 0.916 0.000 0.065 NA   NA
 3517689 3517690 YpsIP31758_0905 YpsIP31758_0906     FALSE 0.012 443.000 0.000 NA   NA
 3517690 3517691 YpsIP31758_0906 YpsIP31758_0907     FALSE 0.020 376.000 0.000 NA   NA
 3517695 3517696 YpsIP31758_0911 YpsIP31758_0912 rbsC1 rbsA1 TRUE 0.962 47.000 0.200 0.012 Y NA
 3517696 3517697 YpsIP31758_0912 YpsIP31758_0913 rbsA1 malK1 FALSE 0.068 539.000 0.000 1.000 Y NA
 3517698 3517699 YpsIP31758_0914 YpsIP31758_0915 malE1   TRUE 0.977 160.000 0.815 1.000 Y NA
 3517699 3517700 YpsIP31758_0915 YpsIP31758_0916     TRUE 0.998 12.000 0.885 0.072 Y NA
 3517700 3517701 YpsIP31758_0916 YpsIP31758_0917     TRUE 0.993 5.000 0.308 1.000 Y NA
 3517701 3517702 YpsIP31758_0917 YpsIP31758_0918     TRUE 0.960 51.000 0.190 0.005 Y NA
 3517702 3517703 YpsIP31758_0918 YpsIP31758_0919     TRUE 0.843 112.000 0.143 1.000 Y NA
 3517705 3517706 YpsIP31758_0921 YpsIP31758_0922     TRUE 0.505 21.000 0.000 NA   NA
 3517707 3517708 YpsIP31758_0923 YpsIP31758_0924     FALSE 0.169 137.000 0.000 NA   NA
 3517712 3517713 YpsIP31758_0928 YpsIP31758_0929     TRUE 0.820 24.000 0.148 NA   NA
 3517713 3517714 YpsIP31758_0929 YpsIP31758_0930     TRUE 0.717 111.000 0.261 NA   NA
 3517714 3517715 YpsIP31758_0930 YpsIP31758_0931     TRUE 0.923 123.000 0.727 NA   NA
 3517715 3517716 YpsIP31758_0931 YpsIP31758_0932     TRUE 0.977 21.000 0.615 1.000   NA
 3517718 3517719 YpsIP31758_0933 YpsIP31758_0935   kduD2 TRUE 0.969 16.000 0.462 1.000   NA
 3517719 3517720 YpsIP31758_0935 YpsIP31758_0936 kduD2   FALSE 0.064 196.000 0.000 1.000 N NA
 3517720 3517721 YpsIP31758_0936 YpsIP31758_0937   agaF TRUE 0.986 3.000 0.104 1.000 Y NA
 3517721 3517722 YpsIP31758_0937 YpsIP31758_0938 agaF agaE TRUE 0.991 86.000 0.833 0.010 Y NA
 3517722 3517723 YpsIP31758_0938 YpsIP31758_0939 agaE agaW TRUE 1.000 -10.000 0.917 0.010 Y NA
 3517723 3517724 YpsIP31758_0939 YpsIP31758_0940 agaW agaV TRUE 0.996 47.000 0.909 0.010 Y NA
 3517724 3517725 YpsIP31758_0940 YpsIP31758_0941 agaV   TRUE 0.817 18.000 0.150 1.000 N NA
 3517725 3517726 YpsIP31758_0941 YpsIP31758_0942   agaZ TRUE 0.982 -3.000 0.240 1.000 N NA
 3517726 3517727 YpsIP31758_0942 YpsIP31758_0943 agaZ agaR TRUE 0.974 50.000 0.400 1.000 Y NA
 3517727 3517728 YpsIP31758_0943 YpsIP31758_0944 agaR   FALSE 0.051 283.000 0.000 NA   NA
 3517730 3517731 YpsIP31758_0946 YpsIP31758_0947     TRUE 0.852 109.000 0.444 1.000   NA
 3517731 3517732 YpsIP31758_0947 YpsIP31758_0948     TRUE 0.748 115.000 0.286 1.000   NA
 3517732 3517733 YpsIP31758_0948 YpsIP31758_0949     FALSE 0.006 603.000 0.000 NA   NA
 3517734 3517735 YpsIP31758_0950 YpsIP31758_0951     FALSE 0.004 743.000 0.000 NA   NA
 3517735 3517736 YpsIP31758_0951 YpsIP31758_0952     TRUE 0.943 68.000 0.667 NA   NA
 3517736 3517737 YpsIP31758_0952 YpsIP31758_0953   gspD TRUE 0.935 81.000 0.667 NA   NA
 3517737 3517738 YpsIP31758_0953 YpsIP31758_0954 gspD gspE TRUE 0.990 -3.000 0.012 0.003 Y NA
 3517738 3517739 YpsIP31758_0954 YpsIP31758_0955 gspE gspF TRUE 0.999 -13.000 0.653 0.003 Y NA
 3517739 3517740 YpsIP31758_0955 YpsIP31758_0956 gspF gspG TRUE 0.995 20.000 0.599 0.003 Y NA
 3517740 3517741 YpsIP31758_0956 YpsIP31758_0957 gspG gspI FALSE 0.019 585.000 0.029 0.003   NA
 3517741 3517742 YpsIP31758_0957 YpsIP31758_0958 gspI gspJ TRUE 0.997 -7.000 0.569 0.003   NA
 3517742 3517743 YpsIP31758_0958 YpsIP31758_0959 gspJ gspK TRUE 0.995 9.000 0.461 1.000 Y NA
 3517743 3517744 YpsIP31758_0959 YpsIP31758_0960 gspK gspL TRUE 0.998 5.000 0.537 0.085 Y NA
 3517744 3517745 YpsIP31758_0960 YpsIP31758_0961 gspL   TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517745 3517746 YpsIP31758_0961 YpsIP31758_0963     FALSE 0.407 35.000 0.000 NA   NA
 3517748 3517749 YpsIP31758_0964 YpsIP31758_0965     TRUE 0.926 57.000 0.500 NA   NA
 3517749 3517750 YpsIP31758_0965 YpsIP31758_0967   tsr FALSE 0.156 155.000 0.000 NA   NA
 3517751 3517752 YpsIP31758_0966 YpsIP31758_0968     TRUE 0.573 113.000 0.157 1.000   NA
 3517753 3517754 YpsIP31758_0969 YpsIP31758_0971     FALSE 0.011 369.000 0.000 1.000 N NA
 3517758 3517759 YpsIP31758_0974 YpsIP31758_4305     FALSE 0.074 248.000 0.000 NA   NA
 3517759 3517760 YpsIP31758_4305 YpsIP31758_0975   aas FALSE 0.198 106.000 0.000 NA   NA
 3517760 3517761 YpsIP31758_0975 YpsIP31758_0976 aas   TRUE 0.963 -3.000 0.124 NA   NA
 3517764 3517765 YpsIP31758_0979 YpsIP31758_0980 tas mutH FALSE 0.004 371.000 0.015 1.000 N NA
 3517766 3517767 YpsIP31758_0981 YpsIP31758_0982 nudH ptsP FALSE 0.209 13.000 0.012 1.000 N NA
 3517767 3517768 YpsIP31758_0982 YpsIP31758_0983 ptsP lgt FALSE 0.006 251.000 0.003 1.000 N NA
 3517768 3517769 YpsIP31758_0983 YpsIP31758_0984 lgt thyA TRUE 0.913 7.000 0.164 1.000 N NA
 3517769 3517770 YpsIP31758_0984 YpsIP31758_0985 thyA   FALSE 0.016 300.000 0.000 NA N NA
 3517770 3517771 YpsIP31758_0985 YpsIP31758_0986     TRUE 0.980 -9.000 0.000 NA Y NA
 3517771 3517772 YpsIP31758_0986 YpsIP31758_0987     TRUE 0.991 -3.000 0.373 NA   NA
 3517772 3517773 YpsIP31758_0987 YpsIP31758_0988     TRUE 0.993 -12.000 0.538 NA   NA
 3517773 3517774 YpsIP31758_0988 YpsIP31758_0989   recC FALSE 0.222 135.000 0.076 NA N NA
 3517774 3517775 YpsIP31758_0989 YpsIP31758_0990 recC ptrA FALSE 0.383 82.000 0.092 1.000 N NA
 3517775 3517776 YpsIP31758_0990 YpsIP31758_0991 ptrA recB TRUE 0.930 -3.000 0.092 1.000 N NA
 3517776 3517777 YpsIP31758_0991 YpsIP31758_0992 recB recD TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 3517780 3517781 YpsIP31758_4212 YpsIP31758_4213     FALSE 0.298 61.000 0.000 NA   NA
 3517781 3517782 YpsIP31758_4213 YpsIP31758_4214     FALSE 0.141 168.000 0.000 NA   NA
 3517783 3517784 YpsIP31758_0995 YpsIP31758_0996 mltA   FALSE 0.053 143.000 0.021 1.000 N NA
 3517785 3517786 YpsIP31758_0997 YpsIP31758_0998   csdA TRUE 0.618 136.000 0.122 0.002   NA
 3517786 3517787 YpsIP31758_0998 YpsIP31758_4306 csdA gcvB FALSE 0.011 463.000 0.000 NA   NA
 3517788 3517789 YpsIP31758_0999 YpsIP31758_1000 gcvA   FALSE 0.283 166.000 0.081 NA   NA
 3517789 3517790 YpsIP31758_1000 YpsIP31758_1001     TRUE 0.965 -7.000 0.144 NA   NA
 3517791 3517792 YpsIP31758_1002 YpsIP31758_1003 xni   FALSE 0.302 260.000 0.178 NA   NA
 3517792 3517793 YpsIP31758_1003 YpsIP31758_1004   queF FALSE 0.301 153.000 0.079 NA   NA
 3517794 3517795 YpsIP31758_1005 YpsIP31758_4307     FALSE 0.089 229.000 0.000 NA   NA
 3517795 3517796 YpsIP31758_4307 YpsIP31758_1006     FALSE 0.154 157.000 0.000 NA   NA
 3517796 3517797 YpsIP31758_1006 YpsIP31758_1007     TRUE 0.994 0.000 0.518 NA   NA
 3517797 3517798 YpsIP31758_1007 YpsIP31758_1008     TRUE 0.837 28.000 0.209 1.000 N NA
 3517799 3517800 YpsIP31758_1009 YpsIP31758_1010   dapD FALSE 0.189 124.000 0.035 NA   NA
 3517800 3517801 YpsIP31758_1010 YpsIP31758_1011 dapD glnD FALSE 0.251 175.000 0.097 1.000 N NA
 3517801 3517802 YpsIP31758_1011 YpsIP31758_1012 glnD map1 TRUE 0.774 60.000 0.243 1.000 N NA
 3517803 3517804 YpsIP31758_4308 YpsIP31758_1013   rpsB FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3517804 3517805 YpsIP31758_1013 YpsIP31758_1014 rpsB tsf TRUE 0.977 128.000 0.748 1.000 Y NA
 3517805 3517806 YpsIP31758_1014 YpsIP31758_1015 tsf pyrH TRUE 0.670 209.000 0.416 1.000 N NA
 3517806 3517807 YpsIP31758_1015 YpsIP31758_1016 pyrH frr TRUE 0.876 136.000 0.626 1.000 N NA
 3517807 3517808 YpsIP31758_1016 YpsIP31758_1017 frr dxr FALSE 0.051 214.000 0.032 1.000 N NA
 3517808 3517809 YpsIP31758_1017 YpsIP31758_1018 dxr uppS TRUE 0.491 223.000 0.025 1.000 Y NA
 3517809 3517810 YpsIP31758_1018 YpsIP31758_1019 uppS cdsA1 TRUE 0.993 10.000 0.400 1.000 Y NA
 3517810 3517811 YpsIP31758_1019 YpsIP31758_1020 cdsA1 rseP TRUE 0.561 29.000 0.080 1.000 N NA
 3517811 3517812 YpsIP31758_1020 YpsIP31758_1021 rseP   TRUE 0.954 37.000 0.204 1.000 Y NA
 3517812 3517813 YpsIP31758_1021 YpsIP31758_1022   skp TRUE 0.918 158.000 0.354 1.000 Y NA
 3517813 3517814 YpsIP31758_1022 YpsIP31758_1023 skp lpxD TRUE 0.999 4.000 0.814 1.000 Y NA
 3517814 3517815 YpsIP31758_1023 YpsIP31758_1024 lpxD fabZ TRUE 0.908 158.000 0.796 1.000 N NA
 3517815 3517816 YpsIP31758_1024 YpsIP31758_1025 fabZ lpxA TRUE 0.995 4.000 0.850 1.000 N NA
 3517816 3517817 YpsIP31758_1025 YpsIP31758_1026 lpxA lpxB TRUE 0.994 4.000 0.289 1.000 Y NA
 3517817 3517818 YpsIP31758_1026 YpsIP31758_1027 lpxB rnhB TRUE 0.974 -3.000 0.186 1.000 N NA
 3517818 3517819 YpsIP31758_1027 YpsIP31758_1028 rnhB dnaE TRUE 0.743 163.000 0.104 1.000 Y NA
 3517819 3517820 YpsIP31758_1028 YpsIP31758_1029 dnaE accA TRUE 0.818 13.000 0.122 1.000 N NA
 3517820 3517821 YpsIP31758_1029 YpsIP31758_1030 accA   FALSE 0.009 184.000 0.008 NA N NA
 3517821 3517822 YpsIP31758_1030 YpsIP31758_1031   tilS FALSE 0.046 29.000 0.015 NA N NA
 3517822 3517823 YpsIP31758_1031 YpsIP31758_1032 tilS   FALSE 0.007 256.000 0.005 1.000 N NA
 3517824 3517825 YpsIP31758_1033 YpsIP31758_1034     TRUE 0.973 -7.000 0.179 NA   NA
 3517826 3517827 YpsIP31758_1035 YpsIP31758_1036     TRUE 0.829 -21.000 0.034 1.000   NA
 3517827 3517828 YpsIP31758_1036 YpsIP31758_1037   cutF FALSE 0.213 85.000 0.027 NA   NA
 3517829 3517830 YpsIP31758_1038 YpsIP31758_1039 proS   FALSE 0.253 104.000 0.048 NA   NA
 3517830 3517831 YpsIP31758_1039 YpsIP31758_1040     TRUE 0.985 -3.000 0.247 NA   NA
 3517831 3517832 YpsIP31758_1040 YpsIP31758_1041   metQ TRUE 0.862 118.000 0.500 NA   NA
 3517832 3517833 YpsIP31758_1041 YpsIP31758_1042 metQ metI TRUE 0.966 64.000 0.411 NA Y NA
 3517833 3517834 YpsIP31758_1042 YpsIP31758_1043 metI metN TRUE 0.999 -7.000 0.584 1.000 Y NA
 3517835 3517836 YpsIP31758_1044 YpsIP31758_4215 gmhB rrsD FALSE 0.013 442.000 0.000 NA   NA
 3517836 3517837 YpsIP31758_4215 YpsIP31758_4216 rrsD   FALSE 0.181 124.000 0.000 NA   NA
 3517837 3517838 YpsIP31758_4216 YpsIP31758_4217   rrlD FALSE 0.070 252.000 0.000 NA   NA
 3517838 3517839 YpsIP31758_4217 YpsIP31758_4218 rrlD rrfD FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3517839 3517840 YpsIP31758_4218 YpsIP31758_4219 rrfD   FALSE 0.182 123.000 0.000 NA   NA
 3517840 3517841 YpsIP31758_4219 YpsIP31758_1048   dkgB FALSE 0.013 435.000 0.000 NA   NA
 3517841 3517842 YpsIP31758_1048 YpsIP31758_1049 dkgB   FALSE 0.407 35.000 0.000 NA   NA
 3517842 3517843 YpsIP31758_1049 YpsIP31758_1050     FALSE 0.024 361.000 0.000 NA   NA
 3517844 3517845 YpsIP31758_1051 YpsIP31758_1052 mltD   TRUE 0.772 72.000 0.233 1.000   NA
 3517848 3517849 YpsIP31758_1055 YpsIP31758_4220 dnaQ   FALSE 0.192 112.000 0.000 NA   NA
 3517851 3517852 YpsIP31758_1057 YpsIP31758_1058     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3517853 3517854 YpsIP31758_1059 YpsIP31758_1060 proX proW TRUE 0.992 48.000 0.695 0.071 Y NA
 3517854 3517855 YpsIP31758_1060 YpsIP31758_1061 proW proV TRUE 0.999 -7.000 0.630 1.000 Y NA
 3517855 3517856 YpsIP31758_1061 YpsIP31758_1062 proV   FALSE 0.002 676.000 0.000 1.000 N NA
 3517856 3517857 YpsIP31758_1062 YpsIP31758_1063     TRUE 0.935 89.000 0.190 0.002 Y NA
 3517857 3517858 YpsIP31758_1063 YpsIP31758_1064   nrdI TRUE 0.993 -18.000 0.216 NA Y NA
 3517858 3517859 YpsIP31758_1064 YpsIP31758_1065 nrdI nrdH TRUE 0.962 14.000 0.440 NA N NA
 3517860 3517861 YpsIP31758_1066 YpsIP31758_1067     FALSE 0.010 479.000 0.000 NA   NA
 3517862 3517863 YpsIP31758_1068 YpsIP31758_1069     TRUE 0.486 165.000 0.167 NA   NA
 3517864 3517865 YpsIP31758_1070 YpsIP31758_1071   yntA FALSE 0.002 789.000 0.000 1.000 N NA
 3517865 3517866 YpsIP31758_1071 YpsIP31758_1072 yntA yntB TRUE 1.000 0.000 1.000 0.071 Y NA
 3517866 3517867 YpsIP31758_1072 YpsIP31758_1073 yntB yntC TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.071 Y NA
 3517867 3517868 YpsIP31758_1073 YpsIP31758_1074 yntC yntD TRUE 0.998 0.000 1.000 1.000   NA
 3517868 3517869 YpsIP31758_1074 YpsIP31758_1075 yntD yntE TRUE 0.996 -7.000 0.500 0.028   NA
 3517871 3517872 YpsIP31758_1077 YpsIP31758_1078 ureA ureB TRUE 0.973 53.000 0.267 0.001 Y NA
 3517872 3517873 YpsIP31758_1078 YpsIP31758_1079 ureB ureC TRUE 0.955 90.000 0.267 0.001 Y NA
 3517873 3517874 YpsIP31758_1079 YpsIP31758_1080 ureC ureE FALSE 0.155 296.000 0.067 0.001 N NA
 3517874 3517875 YpsIP31758_1080 YpsIP31758_1081 ureE ureF TRUE 0.993 22.000 0.460 0.002 Y NA
 3517875 3517876 YpsIP31758_1081 YpsIP31758_1082 ureF ureG TRUE 0.824 126.000 0.064 0.002 Y NA
 3517876 3517877 YpsIP31758_1082 YpsIP31758_1083 ureG ureD TRUE 0.994 -3.000 0.095 0.002 Y NA
 3517877 3517878 YpsIP31758_1083 YpsIP31758_1084 ureD yut FALSE 0.025 379.000 0.065 1.000 N NA
 3517878 3517879 YpsIP31758_1084 YpsIP31758_1085 yut ureH FALSE 0.395 149.000 0.095 0.084 N NA
 3517882 3517883 YpsIP31758_1088 YpsIP31758_1089     TRUE 0.978 16.000 0.233 NA Y NA
 3517883 3517884 YpsIP31758_1089 YpsIP31758_1090     FALSE 0.197 107.000 0.000 NA   NA
 3517885 3517886 YpsIP31758_1091 YpsIP31758_1092 chbB chbC TRUE 0.991 11.000 0.250 0.007 Y NA
 3517886 3517887 YpsIP31758_1092 YpsIP31758_1093 chbC chbA TRUE 0.984 167.000 0.833 0.007 Y NA
 3517887 3517888 YpsIP31758_1093 YpsIP31758_1094 chbA chbR TRUE 0.961 49.000 0.727 1.000 N NA
 3517888 3517889 YpsIP31758_1094 YpsIP31758_1095 chbR chbG TRUE 0.822 52.000 0.222 1.000   NA
 3517890 3517891 YpsIP31758_1096 YpsIP31758_1097     FALSE 0.008 531.000 0.000 NA   NA
 3517892 3517893 YpsIP31758_1098 YpsIP31758_1099 seqA pgm TRUE 0.579 73.000 0.151 1.000 N NA
 3517893 3517894 YpsIP31758_1099 YpsIP31758_1100 pgm   FALSE 0.021 374.000 0.000 NA   NA
 3517895 3517896 YpsIP31758_1101 YpsIP31758_1102   kdpE TRUE 0.532 95.000 0.129 NA   NA
 3517896 3517897 YpsIP31758_1102 YpsIP31758_1103 kdpE kdpD FALSE 0.192 922.000 0.385 1.000 Y NA
 3517897 3517898 YpsIP31758_1103 YpsIP31758_1104 kdpD kdpC TRUE 0.817 10.000 0.100 1.000 N NA
 3517900 3517901 YpsIP31758_1106 YpsIP31758_1107 kdpB   TRUE 0.795 -28.000 0.000 NA   NA
 3517901 3517902 YpsIP31758_1107 YpsIP31758_1108   kdpA TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517903 3517904 YpsIP31758_1109 YpsIP31758_1110     FALSE 0.236 84.000 0.000 NA   NA
 3517904 3517905 YpsIP31758_1110 YpsIP31758_1111     FALSE 0.159 151.000 0.000 NA   NA
 3517905 3517906 YpsIP31758_1111 YpsIP31758_1112   phrB FALSE 0.152 106.000 0.019 NA   NA
 3517906 3517907 YpsIP31758_1112 YpsIP31758_1113 phrB cpdP FALSE 0.411 -9.000 0.008 1.000 N NA
 3517907 3517908 YpsIP31758_1113 YpsIP31758_1114 cpdP   FALSE 0.112 140.000 0.013 NA   NA
 3517908 3517909 YpsIP31758_1114 YpsIP31758_1115     FALSE 0.008 620.000 0.050 NA   NA
 3517909 3517910 YpsIP31758_1115 YpsIP31758_1116     TRUE 0.997 -6.000 0.379 NA Y NA
 3517910 3517911 YpsIP31758_1116 YpsIP31758_1117     TRUE 0.982 -3.000 0.211 NA   NA
 3517911 3517912 YpsIP31758_1117 YpsIP31758_1118     TRUE 0.646 85.000 0.173 NA   NA
 3517912 3517913 YpsIP31758_1118 YpsIP31758_1119     TRUE 0.998 -3.000 0.939 NA   NA
 3517913 3517914 YpsIP31758_1119 YpsIP31758_1120   pcp TRUE 0.964 10.000 0.300 NA   NA
 3517916 3517917 YpsIP31758_1122 YpsIP31758_1123 grcA   FALSE 0.153 179.000 0.000 1.000   NA
 3517917 3517918 YpsIP31758_1123 YpsIP31758_1124     TRUE 0.790 -34.000 0.000 NA   NA
 3517918 3517919 YpsIP31758_1124 YpsIP31758_1125     TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3517923 3517924 YpsIP31758_1129 YpsIP31758_1130 rpoE rseA TRUE 0.972 26.000 0.705 NA N NA
 3517924 3517925 YpsIP31758_1130 YpsIP31758_1131 rseA rseB TRUE 0.999 0.000 0.856 NA Y NA
 3517925 3517926 YpsIP31758_1131 YpsIP31758_1132 rseB rseC TRUE 0.999 -3.000 0.609 NA Y NA
 3517928 3517929 YpsIP31758_1134 YpsIP31758_1135 lepA lepB TRUE 0.937 10.000 0.187 1.000   NA
 3517929 3517930 YpsIP31758_1135 YpsIP31758_1136 lepB rnc FALSE 0.093 352.000 0.117 1.000   NA
 3517930 3517931 YpsIP31758_1136 YpsIP31758_1137 rnc era TRUE 0.979 -3.000 0.127 0.044   NA
 3517931 3517932 YpsIP31758_1137 YpsIP31758_1138 era recO TRUE 0.879 10.000 0.109 1.000   NA
 3517932 3517933 YpsIP31758_1138 YpsIP31758_1139 recO pdxJ FALSE 0.442 159.000 0.166 1.000 N NA
 3517933 3517934 YpsIP31758_1139 YpsIP31758_1140 pdxJ acpS TRUE 0.986 0.000 0.326 1.000 N NA
 3517935 3517936 YpsIP31758_1141 YpsIP31758_1142     FALSE 0.237 162.000 0.056 1.000   NA
 3517937 3517938 YpsIP31758_1143 YpsIP31758_1144     FALSE 0.446 275.000 0.316 NA   NA
 3517938 3517939 YpsIP31758_1144 YpsIP31758_1145   tadA FALSE 0.260 71.000 0.062 NA N NA
 3517942 3517943 YpsIP31758_1148 YpsIP31758_1149     FALSE 0.034 323.000 0.000 NA   NA
 3517943 3517944 YpsIP31758_1149 YpsIP31758_4309     FALSE 0.006 580.000 0.000 NA   NA
 3517945 3517946 YpsIP31758_1150 YpsIP31758_1151     TRUE 0.935 4.000 0.132 NA   NA
 3517946 3517947 YpsIP31758_1151 YpsIP31758_1152     TRUE 0.940 -37.000 0.130 NA   NA
 3517947 3517948 YpsIP31758_1152 YpsIP31758_1153     TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3517948 3517949 YpsIP31758_1153 YpsIP31758_1154     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517949 3517950 YpsIP31758_1154 YpsIP31758_1155   glnB TRUE 0.841 15.000 0.151 1.000 N NA
 3517951 3517952 YpsIP31758_1156 YpsIP31758_1157   hmp FALSE 0.011 464.000 0.000 NA   NA
 3517953 3517954 YpsIP31758_1158 YpsIP31758_1159 glyA   FALSE 0.191 113.000 0.000 NA   NA
 3517954 3517955 YpsIP31758_1159 YpsIP31758_1160   ail FALSE 0.187 118.000 0.000 NA   NA
 3517955 3517956 YpsIP31758_1160 YpsIP31758_1162 ail   FALSE 0.025 370.000 0.000 1.000   NA
 3517958 3517959 YpsIP31758_1163 YpsIP31758_1164     TRUE 0.964 -9.000 0.150 NA   NA
 3517961 3517962 YpsIP31758_1166 YpsIP31758_1167   iscR FALSE 0.363 156.000 0.126 1.000 N NA
 3517962 3517963 YpsIP31758_1167 YpsIP31758_1168 iscR iscS TRUE 0.897 54.000 0.424 1.000 N NA
 3517963 3517964 YpsIP31758_1168 YpsIP31758_1169 iscS iscU TRUE 0.936 31.000 0.448 1.000 N NA
 3517964 3517965 YpsIP31758_1169 YpsIP31758_1170 iscU iscA TRUE 0.644 270.000 0.359 0.002   NA
 3517965 3517966 YpsIP31758_1170 YpsIP31758_1171 iscA hscB TRUE 0.871 113.000 0.500 1.000   NA
 3517966 3517967 YpsIP31758_1171 YpsIP31758_1172 hscB hscA TRUE 0.926 243.000 0.634 1.000 Y NA
 3517967 3517968 YpsIP31758_1172 YpsIP31758_1173 hscA fdx TRUE 0.996 3.000 0.794 1.000 N NA
 3517968 3517969 YpsIP31758_1173 YpsIP31758_1174 fdx   TRUE 0.970 30.000 0.625 1.000   NA
 3517969 3517970 YpsIP31758_1174 YpsIP31758_1175   pepB TRUE 0.557 140.000 0.171 1.000   NA
 3517970 3517971 YpsIP31758_1175 YpsIP31758_1176 pepB sseB TRUE 0.770 79.000 0.253 NA   NA
 3517972 3517973 YpsIP31758_1177 YpsIP31758_1178     FALSE 0.181 124.000 0.000 NA   NA
 3517976 3517977 YpsIP31758_1181 YpsIP31758_1182   ndk FALSE 0.033 327.000 0.000 NA   NA
 3517977 3517978 YpsIP31758_1182 YpsIP31758_1183 ndk   FALSE 0.275 262.000 0.156 1.000   NA
 3517978 3517979 YpsIP31758_1183 YpsIP31758_1184   pilF FALSE 0.287 154.000 0.067 1.000   NA
 3517979 3517980 YpsIP31758_1184 YpsIP31758_1185 pilF   TRUE 0.965 -10.000 0.153 1.000   NA
 3517980 3517981 YpsIP31758_1185 YpsIP31758_1186   ispG TRUE 0.707 104.000 0.233 1.000   NA
 3517981 3517982 YpsIP31758_1186 YpsIP31758_1187 ispG hisS FALSE 0.426 209.000 0.207 1.000 N NA
 3517982 3517983 YpsIP31758_1187 YpsIP31758_1188 hisS   TRUE 0.941 14.000 0.259 1.000   NA
 3517983 3517984 YpsIP31758_1188 YpsIP31758_1189     TRUE 0.979 12.000 0.492 1.000   NA
 3517984 3517985 YpsIP31758_1189 YpsIP31758_1190     TRUE 0.604 148.000 0.203 1.000   NA
 3517985 3517986 YpsIP31758_1190 YpsIP31758_1191     FALSE 0.035 369.000 0.003 0.083   NA
 3517986 3517987 YpsIP31758_1191 YpsIP31758_1192     FALSE 0.458 49.000 0.055 NA   NA
 3517991 3517992 YpsIP31758_1196 YpsIP31758_1197 guaA   FALSE 0.425 32.000 0.000 NA   NA
 3517993 3517994 YpsIP31758_1198 YpsIP31758_1199     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3517994 3517995 YpsIP31758_1199 YpsIP31758_1200     FALSE 0.004 908.000 0.000 NA   NA
 3517995 3517996 YpsIP31758_1200 YpsIP31758_1201     FALSE 0.206 98.000 0.000 NA   NA
 3517996 3517997 YpsIP31758_1201 YpsIP31758_1202     TRUE 0.836 -10.000 0.000 NA   NA
 3517999 3518000 YpsIP31758_1204 YpsIP31758_1205     FALSE 0.128 185.000 0.000 NA   NA
 3518002 3518003 YpsIP31758_1207 YpsIP31758_4311     FALSE 0.012 451.000 0.000 NA   NA
 3518003 3518004 YpsIP31758_4311 YpsIP31758_1208     FALSE 0.201 102.000 0.000 NA   NA
 3518004 3518005 YpsIP31758_1208 YpsIP31758_1209     FALSE 0.026 298.000 0.008 NA   NA
 3518005 3518006 YpsIP31758_1209 YpsIP31758_1210   baeR FALSE 0.266 137.000 0.062 NA   NA
 3518006 3518007 YpsIP31758_1210 YpsIP31758_1211 baeR baeS TRUE 0.996 10.000 0.591 1.000 Y NA
 3518007 3518008 YpsIP31758_1211 YpsIP31758_1212 baeS mdtD TRUE 0.788 31.000 0.139 1.000   NA
 3518008 3518009 YpsIP31758_1212 YpsIP31758_1213 mdtD mdtC TRUE 0.939 34.000 0.438 NA   NA
 3518009 3518010 YpsIP31758_1213 YpsIP31758_1214 mdtC mdtB TRUE 0.990 -3.000 0.094 NA Y NA
 3518010 3518011 YpsIP31758_1214 YpsIP31758_1215 mdtB mdtA TRUE 0.998 0.000 1.000 1.000 N NA
 3518011 3518012 YpsIP31758_1215 YpsIP31758_1216 mdtA potA FALSE 0.008 416.000 0.000 1.000 N NA
 3518012 3518013 YpsIP31758_1216 YpsIP31758_1217 potA   FALSE 0.164 383.000 0.000 1.000 Y NA
 3518014 3518015 YpsIP31758_1218 YpsIP31758_1219 gabT potD TRUE 0.831 53.000 0.000 1.000 Y NA
 3518015 3518016 YpsIP31758_1219 YpsIP31758_1220 potD potC TRUE 0.885 47.000 0.000 0.070 Y NA
 3518016 3518017 YpsIP31758_1220 YpsIP31758_1221 potC potB TRUE 0.885 62.000 0.072 0.070 Y NA
 3518017 3518018 YpsIP31758_1221 YpsIP31758_1222 potB   FALSE 0.258 72.000 0.000 NA   NA
 3518019 3518020 YpsIP31758_1223 YpsIP31758_1224   mgtE FALSE 0.066 142.000 0.000 NA N NA
 3518020 3518021 YpsIP31758_1224 YpsIP31758_1225 mgtE   FALSE 0.296 52.000 0.024 NA   NA
 3518021 3518022 YpsIP31758_1225 YpsIP31758_1226   ppx FALSE 0.181 165.000 0.047 NA   NA
 3518022 3518023 YpsIP31758_1226 YpsIP31758_1227 ppx ppk TRUE 0.994 11.000 0.486 1.000 Y NA
 3518024 3518025 YpsIP31758_1228 YpsIP31758_1229 pstC1 pstA2 TRUE 0.994 0.000 0.489 1.000   NA
 3518025 3518026 YpsIP31758_1229 YpsIP31758_1230 pstA2 pstB2 TRUE 0.993 28.000 0.511 0.002 Y NA
 3518026 3518027 YpsIP31758_1230 YpsIP31758_1231 pstB2   FALSE 0.076 244.000 0.000 NA   NA
 3518028 3518029 YpsIP31758_1232 YpsIP31758_1233 speG purN FALSE 0.022 229.000 0.017 1.000 N NA
 3518029 3518030 YpsIP31758_1233 YpsIP31758_1234 purN purM TRUE 0.934 115.000 0.230 0.002 Y NA
 3518031 3518032 YpsIP31758_1235 YpsIP31758_1236 upp uraA TRUE 0.798 112.000 0.101 1.000 Y NA
 3518032 3518033 YpsIP31758_1236 YpsIP31758_1237 uraA hda FALSE 0.060 247.000 0.048 1.000 N NA
 3518034 3518035 YpsIP31758_1238 YpsIP31758_1239 arsC   TRUE 0.731 107.000 0.259 1.000   NA
 3518038 3518039 YpsIP31758_1242 YpsIP31758_1243     FALSE 0.135 178.000 0.000 NA   NA
 3518039 3518040 YpsIP31758_1243 YpsIP31758_1244     TRUE 0.841 -9.000 0.000 NA   NA
 3518041 3518042 YpsIP31758_1245 YpsIP31758_1246 bcp gcvR TRUE 0.902 3.000 0.102 1.000 N NA
 3518043 3518044 YpsIP31758_1247 YpsIP31758_1248 dapA   TRUE 0.913 18.000 0.032 NA Y NA
 3518044 3518045 YpsIP31758_1248 YpsIP31758_1249   purC FALSE 0.021 71.000 0.008 NA N NA
 3518045 3518046 YpsIP31758_1249 YpsIP31758_1250 purC   FALSE 0.067 220.000 0.004 1.000   NA
 3518046 3518047 YpsIP31758_1250 YpsIP31758_1251     FALSE 0.161 94.000 0.018 NA   NA
 3518047 3518048 YpsIP31758_1251 YpsIP31758_1252     TRUE 0.935 2.000 0.100 NA   NA
 3518049 3518050 YpsIP31758_1253 YpsIP31758_1254     TRUE 0.608 68.000 0.130 NA   NA
 3518050 3518051 YpsIP31758_1254 YpsIP31758_1255   dapE TRUE 0.979 -3.000 0.163 0.025 N NA
 3518051 3518052 YpsIP31758_1255 YpsIP31758_1256 dapE   TRUE 0.981 2.000 0.292 1.000 N NA
 3518052 3518053 YpsIP31758_1256 YpsIP31758_1257     FALSE 0.109 160.000 0.006 1.000   NA
 3518054 3518055 YpsIP31758_1258 YpsIP31758_1259     TRUE 0.984 95.000 0.688 0.070 Y NA
 3518055 3518056 YpsIP31758_1259 YpsIP31758_1260     TRUE 0.996 -7.000 0.585 0.070 N NA
 3518056 3518057 YpsIP31758_1260 YpsIP31758_1261     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3518059 3518060 YpsIP31758_1263 YpsIP31758_1264     TRUE 0.946 58.000 0.600 1.000   NA
 3518060 3518061 YpsIP31758_1264 YpsIP31758_1265     FALSE 0.080 241.000 0.000 NA   NA
 3518062 3518063 YpsIP31758_1266 YpsIP31758_1267     FALSE 0.049 289.000 0.000 NA   NA
 3518063 3518064 YpsIP31758_1267 YpsIP31758_1268   acrD FALSE 0.087 231.000 0.000 NA   NA
 3518067 3518068 YpsIP31758_1271 YpsIP31758_1272 napF napD TRUE 0.975 -10.000 0.209 NA   NA
 3518068 3518069 YpsIP31758_1272 YpsIP31758_1273 napD napA TRUE 0.998 -3.000 0.875 NA N NA
 3518069 3518070 YpsIP31758_1273 YpsIP31758_1274 napA napB TRUE 0.711 95.000 0.031 NA Y NA
 3518070 3518071 YpsIP31758_1274 YpsIP31758_1275 napB napC TRUE 0.987 28.000 0.490 NA Y NA
 3518071 3518072 YpsIP31758_1275 YpsIP31758_1276 napC   FALSE 0.170 185.000 0.070 1.000 N NA
 3518072 3518073 YpsIP31758_1276 YpsIP31758_1277   maeB FALSE 0.027 459.000 0.047 0.006 N NA
 3518073 3518074 YpsIP31758_1277 YpsIP31758_1278 maeB   FALSE 0.086 232.000 0.000 NA   NA
 3518075 3518076 YpsIP31758_1279 YpsIP31758_1280   hemF TRUE 0.796 0.000 0.016 NA   NA
 3518079 3518080 YpsIP31758_1283 YpsIP31758_1284     TRUE 0.969 -3.000 0.138 NA   NA
 3518080 3518081 YpsIP31758_1284 YpsIP31758_1285     TRUE 0.991 3.000 0.500 NA   NA
 3518081 3518082 YpsIP31758_1285 YpsIP31758_1286     FALSE 0.172 160.000 0.000 1.000   NA
 3518082 3518083 YpsIP31758_1286 YpsIP31758_1287     FALSE 0.011 471.000 0.000 NA   NA
 3518084 3518085 YpsIP31758_1288 YpsIP31758_1289     FALSE 0.009 505.000 0.000 NA   NA
 3518086 3518087 YpsIP31758_1290 YpsIP31758_1291     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3518087 3518088 YpsIP31758_1291 YpsIP31758_1292     TRUE 0.489 23.000 0.000 NA   NA
 3518089 3518090 YpsIP31758_1293 YpsIP31758_1294     FALSE 0.428 63.000 0.087 1.000 N NA
 3518091 3518092 YpsIP31758_1295 YpsIP31758_1296     TRUE 0.879 82.000 0.154 NA Y NA
 3518092 3518093 YpsIP31758_1296 YpsIP31758_1297     FALSE 0.351 189.000 0.154 NA N NA
 3518093 3518094 YpsIP31758_1297 YpsIP31758_1298     FALSE 0.003 611.000 0.000 1.000 N NA
 3518094 3518095 YpsIP31758_1298 YpsIP31758_1299   cysP FALSE 0.016 333.000 0.000 1.000 N NA
 3518095 3518096 YpsIP31758_1299 YpsIP31758_1300 cysP cysU TRUE 0.995 0.000 0.479 0.002 N NA
 3518096 3518097 YpsIP31758_1300 YpsIP31758_1301 cysU cysW TRUE 0.997 0.000 0.583 0.001 N NA
 3518097 3518098 YpsIP31758_1301 YpsIP31758_1302 cysW cysA TRUE 0.993 -10.000 0.180 1.000 Y NA
 3518098 3518099 YpsIP31758_1302 YpsIP31758_1303 cysA cysM FALSE 0.116 171.000 0.049 1.000 N NA
 3518100 3518101 YpsIP31758_1304 YpsIP31758_1305     TRUE 0.985 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3518101 3518102 YpsIP31758_1305 YpsIP31758_1306     FALSE 0.086 233.000 0.000 NA   NA
 3518103 3518104 YpsIP31758_1307 YpsIP31758_1308     TRUE 0.873 34.000 0.000 1.000 Y NA
 3518104 3518105 YpsIP31758_1308 YpsIP31758_1309     FALSE 0.235 337.000 0.000 1.000 Y NA
 3518105 3518106 YpsIP31758_1309 YpsIP31758_1310     FALSE 0.337 60.000 0.000 1.000   NA
 3518107 3518108 YpsIP31758_1311 YpsIP31758_1312     TRUE 0.984 4.000 0.439 1.000 N NA
 3518109 3518110 YpsIP31758_1313 YpsIP31758_1314 cpxR1   TRUE 0.967 26.000 0.216 1.000 Y NA
 3518111 3518112 YpsIP31758_1315 YpsIP31758_1316   ptsI TRUE 0.897 49.000 0.038 0.008 Y NA
 3518112 3518113 YpsIP31758_1316 YpsIP31758_1317 ptsI   TRUE 0.894 49.000 0.033 0.008 Y NA
 3518113 3518114 YpsIP31758_1317 YpsIP31758_1318   cysK FALSE 0.002 499.000 0.019 1.000 N NA
 3518114 3518115 YpsIP31758_1318 YpsIP31758_1319 cysK   TRUE 0.779 157.000 0.122 1.000 Y NA
 3518116 3518117 YpsIP31758_1320 YpsIP31758_1321 zipA ligA1 FALSE 0.048 91.000 0.013 1.000 N NA
 3518117 3518118 YpsIP31758_1321 YpsIP31758_1322 ligA1   FALSE 0.422 20.000 0.017 NA   NA
 3518119 3518120 YpsIP31758_1323 YpsIP31758_1324     FALSE 0.144 149.000 0.027 NA   NA
 3518120 3518121 YpsIP31758_1324 YpsIP31758_4221     FALSE 0.123 192.000 0.000 NA   NA
 3518121 3518122 YpsIP31758_4221 YpsIP31758_4222     FALSE 0.252 76.000 0.000 NA   NA
 3518122 3518123 YpsIP31758_4222 YpsIP31758_1325   gltX FALSE 0.087 231.000 0.000 NA   NA
 3518124 3518125 YpsIP31758_4223 YpsIP31758_4224     FALSE 0.396 37.000 0.000 NA   NA
 3518125 3518126 YpsIP31758_4224 YpsIP31758_4225     FALSE 0.370 44.000 0.000 NA   NA
 3518126 3518127 YpsIP31758_4225 YpsIP31758_4226     FALSE 0.118 198.000 0.000 NA   NA
 3518130 3518131 YpsIP31758_1328 YpsIP31758_1329     FALSE 0.250 171.000 0.071 NA   NA
 3518131 3518132 YpsIP31758_1329 YpsIP31758_1330     FALSE 0.135 155.000 0.050 1.000 N NA
 3518133 3518134 YpsIP31758_1331 YpsIP31758_1332   glk FALSE 0.168 181.000 0.048 NA   NA
 3518136 3518137 YpsIP31758_1334 YpsIP31758_1335     FALSE 0.014 226.000 0.009 1.000 N NA
 3518139 3518140 YpsIP31758_1337 YpsIP31758_1338     TRUE 0.994 -18.000 0.625 NA   NA
 3518140 3518141 YpsIP31758_1338 YpsIP31758_1339     TRUE 0.997 -3.000 0.740 NA   NA
 3518142 3518143 YpsIP31758_1340 YpsIP31758_1341     TRUE 0.993 -3.000 0.333 0.041   NA
 3518143 3518144 YpsIP31758_1341 YpsIP31758_1342     FALSE 0.009 537.000 0.000 1.000   NA
 3518144 3518145 YpsIP31758_1342 YpsIP31758_1343     TRUE 0.996 2.000 0.667 1.000   NA
 3518145 3518146 YpsIP31758_1343 YpsIP31758_1344     TRUE 0.996 12.000 0.500 0.041 Y NA
 3518150 3518151 YpsIP31758_1348 YpsIP31758_1349 fbpC fbpB TRUE 0.989 -3.000 0.275 0.069 N NA
 3518151 3518152 YpsIP31758_1349 YpsIP31758_1350 fbpB fbpA TRUE 0.993 56.000 0.824 0.069 Y NA
 3518153 3518154 YpsIP31758_1351 YpsIP31758_1352 mltB   FALSE 0.095 222.000 0.000 NA   NA
 3518154 3518155 YpsIP31758_1352 YpsIP31758_1353     FALSE 0.004 906.000 0.000 NA   NA
 3518156 3518157 YpsIP31758_1354 YpsIP31758_1355     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 3518157 3518158 YpsIP31758_1355 YpsIP31758_1356     TRUE 0.990 1.000 0.400 NA   NA
 3518158 3518159 YpsIP31758_1356 YpsIP31758_1357     TRUE 0.996 -3.000 0.600 NA   NA
 3518159 3518160 YpsIP31758_1357 YpsIP31758_1358     TRUE 0.970 40.000 0.714 NA   NA
 3518160 3518161 YpsIP31758_1358 YpsIP31758_1359     TRUE 0.992 7.000 0.714 NA   NA
 3518161 3518162 YpsIP31758_1359 YpsIP31758_1360     TRUE 0.963 99.000 1.000 NA   NA
 3518162 3518163 YpsIP31758_1360 YpsIP31758_1361     TRUE 0.998 0.000 0.833 NA   NA
 3518164 3518165 YpsIP31758_1362 YpsIP31758_1363     TRUE 0.911 211.000 1.000 1.000 N NA
 3518165 3518166 YpsIP31758_1363 YpsIP31758_1364     TRUE 0.985 157.000 1.000 1.000 Y NA
 3518166 3518167 YpsIP31758_1364 YpsIP31758_1365     TRUE 0.941 299.000 1.000 1.000 Y NA
 3518167 3518168 YpsIP31758_1365 YpsIP31758_1366     TRUE 0.999 -15.000 0.833 1.000 Y NA
 3518168 3518169 YpsIP31758_1366 YpsIP31758_1367     TRUE 0.918 106.000 0.667 NA   NA
 3518169 3518170 YpsIP31758_1367 YpsIP31758_1368     TRUE 0.984 24.000 0.800 NA   NA
 3518170 3518171 YpsIP31758_1368 YpsIP31758_1369     FALSE 0.469 333.000 0.500 NA   NA
 3518171 3518172 YpsIP31758_1369 YpsIP31758_1370     FALSE 0.469 274.000 0.333 NA   NA
 3518172 3518173 YpsIP31758_1370 YpsIP31758_1371     TRUE 0.996 4.000 0.833 NA   NA
 3518173 3518174 YpsIP31758_1371 YpsIP31758_1372     TRUE 0.988 -3.000 0.294 NA   NA
 3518174 3518175 YpsIP31758_1372 YpsIP31758_1373     TRUE 0.954 9.000 0.235 NA   NA
 3518175 3518176 YpsIP31758_1373 YpsIP31758_1374     FALSE 0.033 327.000 0.000 NA   NA
 3518176 3518177 YpsIP31758_1374 YpsIP31758_1375     TRUE 0.652 99.000 0.200 NA   NA
 3518177 3518178 YpsIP31758_1375 YpsIP31758_1376     TRUE 0.950 6.000 0.200 NA   NA
 3518178 3518179 YpsIP31758_1376 YpsIP31758_1377     TRUE 0.987 20.000 0.833 NA   NA
 3518179 3518180 YpsIP31758_1377 YpsIP31758_1378     TRUE 0.976 64.000 1.000 NA   NA
 3518180 3518181 YpsIP31758_1378 YpsIP31758_1379     FALSE 0.471 25.000 0.000 NA   NA
 3518182 3518183 YpsIP31758_1380 YpsIP31758_1381 phnA   FALSE 0.020 376.000 0.000 NA   NA
 3518183 3518184 YpsIP31758_1381 YpsIP31758_1382     TRUE 0.489 59.000 0.074 NA   NA
 3518186 3518187 YpsIP31758_1383 YpsIP31758_1384     FALSE 0.228 88.000 0.000 NA   NA
 3518187 3518188 YpsIP31758_1384 YpsIP31758_1385     TRUE 0.928 21.000 0.295 NA   NA
 3518189 3518190 YpsIP31758_1386 YpsIP31758_1387   ccmA FALSE 0.012 445.000 0.000 NA   NA
 3518190 3518191 YpsIP31758_1387 YpsIP31758_1388 ccmA ccmB TRUE 0.998 -30.000 0.503 0.002 Y NA
 3518191 3518192 YpsIP31758_1388 YpsIP31758_1389 ccmB ccmC TRUE 0.986 63.000 0.501 0.001 Y NA
 3518192 3518193 YpsIP31758_1389 YpsIP31758_1390 ccmC ccmD TRUE 0.772 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3518193 3518194 YpsIP31758_1390 YpsIP31758_1391 ccmD ccmE TRUE 0.772 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3518194 3518195 YpsIP31758_1391 YpsIP31758_1392 ccmE ccmF TRUE 0.997 -3.000 0.211 0.002 Y NA
 3518195 3518196 YpsIP31758_1392 YpsIP31758_1393 ccmF dsbE TRUE 1.000 -3.000 0.804 0.002 Y NA
 3518196 3518197 YpsIP31758_1393 YpsIP31758_1394 dsbE   TRUE 0.999 -3.000 0.578 NA Y NA
 3518197 3518198 YpsIP31758_1394 YpsIP31758_1395   ccmI TRUE 0.999 0.000 0.727 NA Y NA
 3518198 3518199 YpsIP31758_1395 YpsIP31758_1396 ccmI vacJ TRUE 0.831 36.000 0.239 NA N NA
 3518201 3518202 YpsIP31758_1398 YpsIP31758_1399   fadI FALSE 0.084 287.000 0.061 NA   NA
 3518202 3518203 YpsIP31758_1399 YpsIP31758_1400 fadI fadJ TRUE 0.963 81.000 0.430 1.000 Y NA
 3518203 3518204 YpsIP31758_1400 YpsIP31758_1401 fadJ   TRUE 0.532 18.000 0.000 NA   NA
 3518204 3518205 YpsIP31758_1401 YpsIP31758_1402   sixA FALSE 0.012 451.000 0.000 NA   NA
 3518207 3518208 YpsIP31758_1404 YpsIP31758_1405   aroC FALSE 0.356 77.000 0.081 1.000 N NA
 3518208 3518209 YpsIP31758_1405 YpsIP31758_1406 aroC   TRUE 0.485 6.000 0.025 1.000 N NA
 3518209 3518210 YpsIP31758_1406 YpsIP31758_1407     TRUE 0.951 4.000 0.160 1.000   NA
 3518210 3518211 YpsIP31758_1407 YpsIP31758_1408     TRUE 0.566 100.000 0.153 NA   NA
 3518211 3518212 YpsIP31758_1408 YpsIP31758_1409     TRUE 0.904 58.000 0.425 NA   NA
 3518217 3518218 YpsIP31758_1414 YpsIP31758_1415     FALSE 0.159 285.000 0.118 NA   NA
 3518219 3518220 YpsIP31758_1416 YpsIP31758_1417     TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3518220 3518221 YpsIP31758_1417 YpsIP31758_1418   pdxB FALSE 0.282 47.000 0.043 1.000 N NA
 3518221 3518222 YpsIP31758_1418 YpsIP31758_1419 pdxB   TRUE 0.801 170.000 0.097 0.010 Y NA
 3518222 3518223 YpsIP31758_1419 YpsIP31758_1420   truA FALSE 0.136 105.000 0.040 1.000 N NA
 3518223 3518224 YpsIP31758_1420 YpsIP31758_1421 truA   FALSE 0.168 157.000 0.038 NA   NA
 3518224 3518225 YpsIP31758_1421 YpsIP31758_1422   accD FALSE 0.066 231.000 0.020 NA   NA
 3518225 3518226 YpsIP31758_1422 YpsIP31758_1423 accD folC TRUE 0.544 249.000 0.383 1.000 N NA
 3518226 3518227 YpsIP31758_1423 YpsIP31758_1424 folC   TRUE 0.661 120.000 0.216 1.000   NA
 3518227 3518228 YpsIP31758_1424 YpsIP31758_1425   cvpA FALSE 0.128 312.000 0.116 1.000   NA
 3518228 3518229 YpsIP31758_1425 YpsIP31758_1426 cvpA purF TRUE 0.946 13.000 0.262 1.000   NA
 3518229 3518230 YpsIP31758_1426 YpsIP31758_1427 purF ubiX FALSE 0.064 262.000 0.056 1.000 N NA
 3518230 3518231 YpsIP31758_1427 YpsIP31758_1428 ubiX hisJ FALSE 0.004 504.000 0.000 1.000 N NA
 3518231 3518232 YpsIP31758_1428 YpsIP31758_1429 hisJ hisQ TRUE 0.989 96.000 0.833 0.068 Y NA
 3518232 3518233 YpsIP31758_1429 YpsIP31758_1430 hisQ hisM TRUE 1.000 -3.000 0.900 0.018 Y NA
 3518233 3518234 YpsIP31758_1430 YpsIP31758_1431 hisM hisP TRUE 0.995 14.000 0.643 1.000 Y NA
 3518236 3518237 YpsIP31758_1433 YpsIP31758_1434     FALSE 0.125 188.000 0.000 NA   NA
 3518240 3518241 YpsIP31758_1437 YpsIP31758_1438     TRUE 0.978 13.000 0.377 0.009   NA
 3518241 3518242 YpsIP31758_1438 YpsIP31758_1439     FALSE 0.289 63.000 0.000 NA   NA
 3518242 3518243 YpsIP31758_1439 YpsIP31758_1440   cmtB TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3518245 3518246 YpsIP31758_1442 YpsIP31758_1443 pta ackA TRUE 0.878 168.000 0.634 1.000   NA
 3518247 3518248 YpsIP31758_1444 YpsIP31758_1445     FALSE 0.130 400.000 0.221 NA   NA
 3518248 3518249 YpsIP31758_1445 YpsIP31758_1446     TRUE 0.744 165.000 0.375 NA   NA
 3518249 3518250 YpsIP31758_1446 YpsIP31758_1447     FALSE 0.194 292.000 0.136 1.000   NA
 3518250 3518251 YpsIP31758_1447 YpsIP31758_1448     FALSE 0.014 426.000 0.000 NA   NA
 3518252 3518253 YpsIP31758_1449 YpsIP31758_1450 yfbR   FALSE 0.390 151.000 0.104 1.000   NA
 3518253 3518254 YpsIP31758_1450 YpsIP31758_1451     FALSE 0.070 253.000 0.000 NA   NA
 3518255 3518256 YpsIP31758_1452 YpsIP31758_1453 lrhA   FALSE 0.163 146.000 0.000 NA   NA
 3518256 3518257 YpsIP31758_1453 YpsIP31758_1454   nuoA FALSE 0.018 398.000 0.000 NA   NA
 3518257 3518258 YpsIP31758_1454 YpsIP31758_1455 nuoA nuoB TRUE 0.964 102.000 0.377 0.002 Y NA
 3518258 3518259 YpsIP31758_1455 YpsIP31758_1456 nuoB nuoCD TRUE 0.982 143.000 0.691 0.002 Y NA
 3518259 3518260 YpsIP31758_1456 YpsIP31758_1457 nuoCD nuoE FALSE 0.271 67.000 0.000 NA   NA
 3518260 3518261 YpsIP31758_1457 YpsIP31758_1458 nuoE nuoF TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3518261 3518262 YpsIP31758_1458 YpsIP31758_1459 nuoF nuoG TRUE 0.929 87.000 0.180 0.004 Y NA
 3518262 3518263 YpsIP31758_1459 YpsIP31758_1460 nuoG nuoH TRUE 0.999 -3.000 0.664 0.004 Y NA
 3518263 3518264 YpsIP31758_1460 YpsIP31758_1461 nuoH nuoI TRUE 0.994 15.000 0.423 0.004 Y NA
 3518264 3518265 YpsIP31758_1461 YpsIP31758_1462 nuoI nuoJ TRUE 0.995 13.000 0.428 0.004 Y NA
 3518265 3518266 YpsIP31758_1462 YpsIP31758_1463 nuoJ nuoK TRUE 0.998 -3.000 0.269 0.002 Y NA
 3518266 3518267 YpsIP31758_1463 YpsIP31758_1464 nuoK nuoL TRUE 0.997 -3.000 0.211 0.004 Y NA
 3518267 3518268 YpsIP31758_1464 YpsIP31758_1465 nuoL nuoM TRUE 0.995 40.000 0.713 0.001 Y NA
 3518268 3518269 YpsIP31758_1465 YpsIP31758_1466 nuoM nuoN TRUE 0.997 7.000 0.437 0.001 Y NA
 3518269 3518270 YpsIP31758_1466 YpsIP31758_1467 nuoN   FALSE 0.051 238.000 0.011 NA   NA
 3518271 3518272 YpsIP31758_1468 YpsIP31758_1469   idnK TRUE 0.834 78.000 0.095 NA Y NA
 3518272 3518273 YpsIP31758_1469 YpsIP31758_1470 idnK idnO TRUE 0.526 49.000 0.095 1.000 N NA
 3518273 3518274 YpsIP31758_1470 YpsIP31758_1471 idnO   FALSE 0.010 484.000 0.000 NA   NA
 3518274 3518275 YpsIP31758_1471 YpsIP31758_1472     FALSE 0.146 163.000 0.000 NA   NA
 3518278 3518279 YpsIP31758_1475 YpsIP31758_1476   edd FALSE 0.003 579.000 0.000 1.000 N NA
 3518280 3518281 YpsIP31758_1477 YpsIP31758_1478     FALSE 0.099 217.000 0.000 NA   NA
 3518282 3518283 YpsIP31758_1479 YpsIP31758_1480   rhiA FALSE 0.007 555.000 0.000 NA   NA
 3518283 3518284 YpsIP31758_1480 YpsIP31758_1481 rhiA menF FALSE 0.008 533.000 0.000 NA   NA
 3518284 3518285 YpsIP31758_1481 YpsIP31758_1482 menF menD TRUE 0.820 228.000 0.281 1.000 Y NA
 3518285 3518286 YpsIP31758_1482 YpsIP31758_1483 menD   TRUE 0.991 -3.000 0.355 NA   NA
 3518286 3518287 YpsIP31758_1483 YpsIP31758_1484   menB TRUE 0.942 14.000 0.280 NA   NA
 3518287 3518288 YpsIP31758_1484 YpsIP31758_1485 menB menC TRUE 0.996 0.000 0.171 0.001 Y NA
 3518288 3518289 YpsIP31758_1485 YpsIP31758_1486 menC menE TRUE 0.988 -12.000 0.283 0.001 N NA
 3518289 3518290 YpsIP31758_1486 YpsIP31758_1487 menE   FALSE 0.159 66.000 0.000 1.000 N NA
 3518290 3518291 YpsIP31758_1487 YpsIP31758_1489     FALSE 0.086 233.000 0.000 NA   NA
 3518292 3518293 YpsIP31758_1488 YpsIP31758_1490     FALSE 0.246 79.000 0.000 NA   NA
 3518294 3518295 YpsIP31758_1491 YpsIP31758_1492     FALSE 0.005 797.000 0.000 1.000   NA
 3518296 3518297 YpsIP31758_1493 YpsIP31758_1494 glnQ glnP TRUE 0.987 -3.000 0.051 1.000 Y NA
 3518297 3518298 YpsIP31758_1494 YpsIP31758_1495 glnP glnH TRUE 0.938 35.000 0.103 0.086 Y NA
 3518298 3518299 YpsIP31758_1495 YpsIP31758_1496 glnH   FALSE 0.008 570.000 0.000 1.000   NA
 3518299 3518300 YpsIP31758_1496 YpsIP31758_1497     FALSE 0.040 320.000 0.000 1.000   NA
 3518300 3518301 YpsIP31758_1497 YpsIP31758_1498   tam FALSE 0.078 257.000 0.000 1.000   NA
 3518301 3518302 YpsIP31758_1498 YpsIP31758_1499 tam   TRUE 0.707 23.000 0.000 0.046   NA
 3518302 3518303 YpsIP31758_1499 YpsIP31758_1500     FALSE 0.453 16.000 0.016 NA   NA
 3518304 3518305 YpsIP31758_1501 YpsIP31758_1502 ompX   FALSE 0.018 316.000 0.000 1.000 N NA
 3518305 3518306 YpsIP31758_1502 YpsIP31758_1503     FALSE 0.082 238.000 0.000 NA   NA
 3518308 3518309 YpsIP31758_1505 YpsIP31758_1506     FALSE 0.005 670.000 0.000 NA   NA
 3518309 3518310 YpsIP31758_1506 YpsIP31758_1507   rbsB2 FALSE 0.324 175.000 0.125 1.000 N NA
 3518310 3518311 YpsIP31758_1507 YpsIP31758_1508 rbsB2 rbsA2 TRUE 0.932 57.000 0.125 0.011 Y NA
 3518311 3518312 YpsIP31758_1508 YpsIP31758_1509 rbsA2 rbsC2 TRUE 0.995 -3.000 0.111 0.011 Y NA
 3518313 3518314 YpsIP31758_1510 YpsIP31758_1511     FALSE 0.236 372.000 0.000 0.048 Y NA
 3518315 3518316 YpsIP31758_1512 YpsIP31758_1513     FALSE 0.265 69.000 0.000 NA   NA
 3518316 3518317 YpsIP31758_1513 YpsIP31758_1514     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3518317 3518318 YpsIP31758_1514 YpsIP31758_1515     FALSE 0.116 200.000 0.000 NA   NA
 3518318 3518319 YpsIP31758_1515 YpsIP31758_1516     TRUE 0.510 117.000 0.167 1.000 N NA
 3518319 3518320 YpsIP31758_1516 YpsIP31758_1517     FALSE 0.313 93.000 0.000 0.040 N NA
 3518320 3518321 YpsIP31758_1517 YpsIP31758_1518     FALSE 0.003 655.000 0.000 1.000 N NA
 3518321 3518322 YpsIP31758_1518 YpsIP31758_1519     TRUE 0.646 155.000 0.000 1.000 Y NA
 3518322 3518323 YpsIP31758_1519 YpsIP31758_1520     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3518323 3518324 YpsIP31758_1520 YpsIP31758_1521     FALSE 0.230 87.000 0.000 NA   NA
 3518324 3518325 YpsIP31758_1521 YpsIP31758_1522     FALSE 0.056 273.000 0.000 NA   NA
 3518325 3518326 YpsIP31758_1522 YpsIP31758_1523     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3518327 3518328 YpsIP31758_1524 YpsIP31758_1525   manB2 TRUE 0.715 100.000 0.000 1.000 Y NA
 3518328 3518329 YpsIP31758_1525 YpsIP31758_1526 manB2   FALSE 0.371 17.000 0.000 1.000 N NA
 3518330 3518331 YpsIP31758_1527 YpsIP31758_1528     TRUE 0.984 109.000 0.733 0.068 Y NA
 3518331 3518332 YpsIP31758_1528 YpsIP31758_1529     TRUE 0.999 1.000 0.711 0.068 Y NA
 3518332 3518333 YpsIP31758_1529 YpsIP31758_1530     TRUE 0.643 147.000 0.000 NA Y NA
 3518333 3518334 YpsIP31758_1530 YpsIP31758_1531     FALSE 0.455 27.000 0.000 NA   NA
 3518334 3518335 YpsIP31758_1531 YpsIP31758_1532     FALSE 0.182 123.000 0.000 NA   NA
 3518335 3518336 YpsIP31758_1532 YpsIP31758_1533     FALSE 0.386 39.000 0.000 NA   NA
 11466333 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4692.000 0.000 NA   NA
 11608696 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4692.000 0.000 NA   NA
 11751088 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4692.000 0.000 NA   NA
 11466334 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4720.000 0.000 NA   NA
 11608697 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4720.000 0.000 NA   NA
 11751089 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4720.000 0.000 NA   NA
 11466335 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4752.000 0.000 NA   NA
 11608698 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4752.000 0.000 NA   NA
 11751090 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4752.000 0.000 NA   NA
 11466336 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4780.000 0.000 NA   NA
 11608699 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4780.000 0.000 NA   NA
 11751091 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4780.000 0.000 NA   NA
 11466337 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4812.000 0.000 NA   NA
 11608700 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4812.000 0.000 NA   NA
 11751092 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4812.000 0.000 NA   NA
 11466338 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4840.000 0.000 NA   NA
 11608701 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4840.000 0.000 NA   NA
 11751093 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4840.000 0.000 NA   NA
 11466339 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4873.000 0.000 NA   NA
 11608702 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4873.000 0.000 NA   NA
 11751094 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4873.000 0.000 NA   NA
 11466340 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4901.000 0.000 NA   NA
 11608703 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4901.000 0.000 NA   NA
 11751095 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4901.000 0.000 NA   NA
 11466341 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4933.000 0.000 NA   NA
 11608704 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4933.000 0.000 NA   NA
 11751096 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4933.000 0.000 NA   NA
 11466342 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4961.000 0.000 NA   NA
 11608705 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4961.000 0.000 NA   NA
 11751097 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4961.000 0.000 NA   NA
 11466343 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4993.000 0.000 NA   NA
 11608706 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4993.000 0.000 NA   NA
 11751098 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4993.000 0.000 NA   NA
 11466344 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5021.000 0.000 NA   NA
 11608707 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5021.000 0.000 NA   NA
 11751099 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5021.000 0.000 NA   NA
 11466345 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5053.000 0.000 NA   NA
 11608708 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5053.000 0.000 NA   NA
 11751100 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5053.000 0.000 NA   NA
 11466346 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5081.000 0.000 NA   NA
 11608709 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5081.000 0.000 NA   NA
 11751101 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5081.000 0.000 NA   NA
 11466347 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5113.000 0.000 NA   NA
 11608710 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5113.000 0.000 NA   NA
 11751102 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5113.000 0.000 NA   NA
 11466348 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5141.000 0.000 NA   NA
 11608711 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5141.000 0.000 NA   NA
 11751103 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5141.000 0.000 NA   NA
 11466349 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5173.000 0.000 NA   NA
 11608712 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5173.000 0.000 NA   NA
 11751104 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5173.000 0.000 NA   NA
 11466350 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5201.000 0.000 NA   NA
 11608713 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5201.000 0.000 NA   NA
 11751105 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5201.000 0.000 NA   NA
 11466351 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5233.000 0.000 NA   NA
 11608714 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5233.000 0.000 NA   NA
 11751106 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5233.000 0.000 NA   NA
 11466352 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5261.000 0.000 NA   NA
 11608715 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5261.000 0.000 NA   NA
 11751107 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5261.000 0.000 NA   NA
 11466353 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5293.000 0.000 NA   NA
 11608716 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5293.000 0.000 NA   NA
 11751108 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5293.000 0.000 NA   NA
 11466354 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5321.000 0.000 NA   NA
 11608717 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5321.000 0.000 NA   NA
 11751109 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5321.000 0.000 NA   NA
 11466355 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5354.000 0.000 NA   NA
 11608718 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5354.000 0.000 NA   NA
 11751110 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5354.000 0.000 NA   NA
 11466356 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5382.000 0.000 NA   NA
 11608719 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5382.000 0.000 NA   NA
 11751111 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5382.000 0.000 NA   NA
 11466357 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5415.000 0.000 NA   NA
 11608720 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5415.000 0.000 NA   NA
 11751112 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5415.000 0.000 NA   NA
 11466358 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5443.000 0.000 NA   NA
 11608721 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5443.000 0.000 NA   NA
 11751113 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5443.000 0.000 NA   NA
 11466359 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5476.000 0.000 NA   NA
 11608722 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5476.000 0.000 NA   NA
 11751114 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5476.000 0.000 NA   NA
 11466360 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5504.000 0.000 NA   NA
 11608723 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5504.000 0.000 NA   NA
 11751115 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5504.000 0.000 NA   NA
 11466361 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5536.000 0.000 NA   NA
 11608724 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5536.000 0.000 NA   NA
 11751116 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5536.000 0.000 NA   NA
 11466362 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5564.000 0.000 NA   NA
 11608725 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5564.000 0.000 NA   NA
 11751117 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5564.000 0.000 NA   NA
 11466363 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5596.000 0.000 NA   NA
 11608726 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5596.000 0.000 NA   NA
 11751118 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5596.000 0.000 NA   NA
 11466364 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5624.000 0.000 NA   NA
 11608727 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5624.000 0.000 NA   NA
 11751119 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5624.000 0.000 NA   NA
 11466365 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5656.000 0.000 NA   NA
 11608728 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5656.000 0.000 NA   NA
 11751120 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5656.000 0.000 NA   NA
 11466366 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5684.000 0.000 NA   NA
 11608729 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5684.000 0.000 NA   NA
 11751121 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5684.000 0.000 NA   NA
 11466367 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5716.000 0.000 NA   NA
 11608730 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5716.000 0.000 NA   NA
 11751122 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5716.000 0.000 NA   NA
 11466368 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5744.000 0.000 NA   NA
 11608731 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5744.000 0.000 NA   NA
 11751123 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5744.000 0.000 NA   NA
 11466369 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5776.000 0.000 NA   NA
 11608732 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5776.000 0.000 NA   NA
 11751124 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5776.000 0.000 NA   NA
 11466370 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5804.000 0.000 NA   NA
 11608733 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5804.000 0.000 NA   NA
 11751125 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5804.000 0.000 NA   NA
 11466371 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5836.000 0.000 NA   NA
 11608734 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5836.000 0.000 NA   NA
 11751126 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5836.000 0.000 NA   NA
 11466372 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5864.000 0.000 NA   NA
 11608735 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5864.000 0.000 NA   NA
 11751127 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5864.000 0.000 NA   NA
 11466373 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5896.000 0.000 NA   NA
 11608736 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5896.000 0.000 NA   NA
 11751128 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5896.000 0.000 NA   NA
 11466374 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5924.000 0.000 NA   NA
 11608737 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5924.000 0.000 NA   NA
 11751129 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5924.000 0.000 NA   NA
 11466375 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5956.000 0.000 NA   NA
 11608738 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5956.000 0.000 NA   NA
 11751130 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5956.000 0.000 NA   NA
 11466376 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5984.000 0.000 NA   NA
 11608739 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5984.000 0.000 NA   NA
 11751131 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5984.000 0.000 NA   NA
 11466377 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6016.000 0.000 NA   NA
 11608740 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6016.000 0.000 NA   NA
 11751132 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6016.000 0.000 NA   NA
 11466378 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6044.000 0.000 NA   NA
 11608741 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6044.000 0.000 NA   NA
 11751133 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6044.000 0.000 NA   NA
 11466379 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6076.000 0.000 NA   NA
 11608742 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6076.000 0.000 NA   NA
 11751134 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6076.000 0.000 NA   NA
 11466380 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6104.000 0.000 NA   NA
 11608743 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6104.000 0.000 NA   NA
 11751135 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6104.000 0.000 NA   NA
 11466381 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6137.000 0.000 NA   NA
 11608744 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6137.000 0.000 NA   NA
 11751136 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6137.000 0.000 NA   NA
 3518338 3518339 YpsIP31758_1535 YpsIP31758_1536 cas1   TRUE 0.997 -3.000 0.707 NA   NA
 3518339 3518340 YpsIP31758_1536 YpsIP31758_1537     TRUE 0.847 156.000 0.528 NA   NA
 3518340 3518341 YpsIP31758_1537 YpsIP31758_1538     TRUE 0.998 -3.000 0.895 NA   NA
 3518341 3518342 YpsIP31758_1538 YpsIP31758_1539     TRUE 0.986 18.000 0.787 NA   NA
 3518342 3518343 YpsIP31758_1539 YpsIP31758_1540     TRUE 0.978 11.000 0.468 NA   NA
 3518344 3518345 YpsIP31758_1541 YpsIP31758_1542     TRUE 0.990 11.000 0.714 1.000   NA
 3518345 3518346 YpsIP31758_1542 YpsIP31758_1543     TRUE 0.877 47.000 0.286 1.000   NA
 3518352 3518353 YpsIP31758_1549 YpsIP31758_1550     FALSE 0.028 344.000 0.000 NA   NA
 3518353 3518354 YpsIP31758_1550 YpsIP31758_1551     FALSE 0.007 560.000 0.000 NA   NA
 3518355 3518356 YpsIP31758_1552 YpsIP31758_1553 mdoG mdoH TRUE 0.926 38.000 0.469 NA N NA
 3518356 3518357 YpsIP31758_1553 YpsIP31758_1554 mdoH   TRUE 0.761 33.000 0.135 NA   NA
 3518358 3518359 YpsIP31758_1555 YpsIP31758_1556   htrB1 FALSE 0.006 739.000 0.000 0.076 N NA
 3518359 3518360 YpsIP31758_1556 YpsIP31758_1557 htrB1   FALSE 0.006 583.000 0.000 NA   NA
 3518361 3518362 YpsIP31758_1558 YpsIP31758_1559     FALSE 0.126 187.000 0.000 NA   NA
 3518362 3518363 YpsIP31758_1559 YpsIP31758_1560     FALSE 0.370 44.000 0.000 NA   NA
 3518363 3518364 YpsIP31758_1560 YpsIP31758_1561     FALSE 0.160 149.000 0.033 NA   NA
 3518365 3518366 YpsIP31758_1562 YpsIP31758_1563     FALSE 0.120 344.000 0.143 NA   NA
 3518366 3518367 YpsIP31758_1563 YpsIP31758_1564   solA FALSE 0.031 267.000 0.000 1.000 N NA
 3518367 3518368 YpsIP31758_1564 YpsIP31758_1565 solA   FALSE 0.072 251.000 0.000 NA   NA
 3518368 3518369 YpsIP31758_1565 YpsIP31758_1566   dinI FALSE 0.009 506.000 0.000 NA   NA
 3518369 3518370 YpsIP31758_1566 YpsIP31758_1567 dinI pyrC FALSE 0.035 313.000 0.031 NA   NA
 3518375 3518376 YpsIP31758_1572 YpsIP31758_1573     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3518376 3518377 YpsIP31758_1573 YpsIP31758_1574   rpmF TRUE 0.983 13.000 0.599 NA   NA
 3518377 3518378 YpsIP31758_1574 YpsIP31758_1575 rpmF plsX TRUE 0.924 34.000 0.418 1.000 N NA
 3518378 3518379 YpsIP31758_1575 YpsIP31758_1576 plsX fabH TRUE 0.996 7.000 0.380 0.003 Y NA
 3518379 3518380 YpsIP31758_1576 YpsIP31758_1577 fabH fabD TRUE 0.967 38.000 0.182 0.003 Y NA
 3518380 3518381 YpsIP31758_1577 YpsIP31758_1578 fabD fabG TRUE 0.994 14.000 0.432 0.003 Y NA
 3518381 3518382 YpsIP31758_1578 YpsIP31758_1579 fabG acpP TRUE 0.941 154.000 0.321 0.003 Y NA
 3518382 3518383 YpsIP31758_1579 YpsIP31758_1580 acpP fabF TRUE 0.942 95.000 0.346 1.000 Y NA
 3518383 3518384 YpsIP31758_1580 YpsIP31758_1581 fabF pabC FALSE 0.171 362.000 0.187 0.026 N NA
 3518384 3518385 YpsIP31758_1581 YpsIP31758_1582 pabC   TRUE 0.635 117.000 0.204 NA   NA
 3518385 3518386 YpsIP31758_1582 YpsIP31758_1583   tmk TRUE 0.975 -10.000 0.209 NA   NA
 3518386 3518387 YpsIP31758_1583 YpsIP31758_1584 tmk holB TRUE 0.974 0.000 0.211 1.000 N NA
 3518387 3518388 YpsIP31758_1584 YpsIP31758_1585 holB   TRUE 0.957 15.000 0.110 NA Y NA
 3518388 3518389 YpsIP31758_1585 YpsIP31758_1586   ptsG FALSE 0.003 305.000 0.004 NA N NA
 3518389 3518390 YpsIP31758_1586 YpsIP31758_1587 ptsG   FALSE 0.010 381.000 0.000 1.000 N NA
 3518390 3518391 YpsIP31758_1587 YpsIP31758_1588   hinT FALSE 0.012 174.000 0.003 1.000 N NA
 3518391 3518392 YpsIP31758_1588 YpsIP31758_1589 hinT   TRUE 0.498 35.000 0.051 NA   NA
 3518392 3518393 YpsIP31758_1589 YpsIP31758_1590     TRUE 0.947 41.000 0.516 NA   NA
 3518393 3518394 YpsIP31758_1590 YpsIP31758_1591   thiK TRUE 0.982 -19.000 0.310 NA   NA
 3518394 3518395 YpsIP31758_1591 YpsIP31758_1592 thiK nagZ FALSE 0.325 71.000 0.069 1.000 N NA
 3518395 3518396 YpsIP31758_1592 YpsIP31758_1593 nagZ   FALSE 0.363 128.000 0.091 NA   NA
 3518396 3518397 YpsIP31758_1593 YpsIP31758_1594   ndh FALSE 0.034 374.000 0.057 NA   NA
 3518397 3518398 YpsIP31758_1594 YpsIP31758_1595 ndh   FALSE 0.008 526.000 0.000 NA   NA
 3518398 3518399 YpsIP31758_1595 YpsIP31758_1596     TRUE 0.697 8.000 0.000 NA   NA
 3518399 3518400 YpsIP31758_1596 YpsIP31758_1597     FALSE 0.038 311.000 0.000 NA   NA
 3518401 3518402 YpsIP31758_1598 YpsIP31758_1599 mfd   FALSE 0.187 118.000 0.000 NA   NA
 3518403 3518404 YpsIP31758_1600 YpsIP31758_1601 lolC lolD TRUE 0.976 -7.000 0.175 0.081 N NA
 3518404 3518405 YpsIP31758_1601 YpsIP31758_1602 lolD lolE TRUE 0.964 0.000 0.125 0.081 N NA
 3518405 3518406 YpsIP31758_1602 YpsIP31758_1603 lolE nagK TRUE 0.887 19.000 0.225 1.000 N NA
 3518406 3518407 YpsIP31758_1603 YpsIP31758_1604 nagK   TRUE 0.910 49.000 0.119 1.000 Y NA
 3518407 3518408 YpsIP31758_1604 YpsIP31758_1605   pepT2 FALSE 0.008 330.000 0.019 1.000 N NA
 3518409 3518410 YpsIP31758_1606 YpsIP31758_1607   phoQ TRUE 0.860 84.000 0.408 NA   NA
 3518410 3518411 YpsIP31758_1607 YpsIP31758_1608 phoQ phoP TRUE 0.999 6.000 0.940 1.000 Y NA
 3518411 3518412 YpsIP31758_1608 YpsIP31758_1609 phoP   FALSE 0.121 211.000 0.000 1.000   NA
 3518412 3518413 YpsIP31758_1609 YpsIP31758_1610   purB FALSE 0.090 179.000 0.002 1.000   NA
 3518413 3518414 YpsIP31758_1610 YpsIP31758_1611 purB   TRUE 0.536 61.000 0.093 NA   NA
 3518414 3518415 YpsIP31758_1611 YpsIP31758_1612   trmU TRUE 0.740 58.000 0.180 NA   NA
 3518415 3518416 YpsIP31758_1612 YpsIP31758_1613 trmU   FALSE 0.381 187.000 0.158 1.000 N NA
 3518416 3518417 YpsIP31758_1613 YpsIP31758_1614   rluE TRUE 0.968 -7.000 0.182 1.000 N NA
 3518419 3518420 YpsIP31758_1616 YpsIP31758_1617     FALSE 0.065 260.000 0.000 NA   NA
 3518420 3518421 YpsIP31758_1617 YpsIP31758_1618     TRUE 0.472 120.000 0.125 NA   NA
 3518421 3518422 YpsIP31758_1618 YpsIP31758_1619     FALSE 0.002 920.000 0.000 1.000 N NA
 3518423 3518424 YpsIP31758_1620 YpsIP31758_1621     FALSE 0.310 58.000 0.000 NA   NA
 3518424 3518425 YpsIP31758_1621 YpsIP31758_1622   appA FALSE 0.039 307.000 0.000 NA   NA
 3518426 3518427 YpsIP31758_1623 YpsIP31758_1624     FALSE 0.041 303.000 0.000 NA   NA
 3518427 3518428 YpsIP31758_1624 YpsIP31758_1625     FALSE 0.265 92.000 0.045 NA   NA
 3518428 3518429 YpsIP31758_1625 YpsIP31758_1626     FALSE 0.062 263.000 0.000 NA   NA
 3518429 3518430 YpsIP31758_1626 YpsIP31758_1627     FALSE 0.240 82.000 0.000 NA   NA
 3518430 3518431 YpsIP31758_1627 YpsIP31758_1628     FALSE 0.051 284.000 0.000 NA   NA
 3518431 3518432 YpsIP31758_1628 YpsIP31758_1629   lacZ FALSE 0.008 408.000 0.000 1.000 N NA
 10161674 3518433 YpsIP31758_5000 YpsIP31758_1630   dsrB FALSE 0.261 215.000 0.105 NA   NA
 3518435 3518436 YpsIP31758_1632 YpsIP31758_1633   mgtA FALSE 0.032 405.000 0.065 NA   NA
 3518436 3518437 YpsIP31758_1633 YpsIP31758_1634 mgtA flhD FALSE 0.004 1188.000 0.000 1.000   NA
 3518437 3518438 YpsIP31758_1634 YpsIP31758_1635 flhD flhC TRUE 0.985 4.000 0.250 0.001   NA
 3518438 3518439 YpsIP31758_1635 YpsIP31758_1636 flhC motA1 TRUE 0.722 205.000 0.408 1.000   NA
 3518439 3518440 YpsIP31758_1636 YpsIP31758_1637 motA1 motB1 TRUE 0.998 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 3518440 3518441 YpsIP31758_1637 YpsIP31758_1638 motB1 cheA TRUE 0.998 11.000 0.913 1.000 Y NA
 3518441 3518442 YpsIP31758_1638 YpsIP31758_1639 cheA cheW TRUE 0.957 163.000 0.447 0.003 Y NA
 3518442 3518443 YpsIP31758_1639 YpsIP31758_1640 cheW   FALSE 0.006 620.000 0.000 NA   NA
 3518443 3518444 YpsIP31758_1640 YpsIP31758_1641     FALSE 0.265 69.000 0.000 NA   NA
 3518444 3518445 YpsIP31758_1641 YpsIP31758_1642   tar FALSE 0.080 241.000 0.000 NA   NA
 3518445 3518446 YpsIP31758_1642 YpsIP31758_1643 tar   TRUE 0.949 184.000 0.429 0.002 Y NA
 3518446 3518447 YpsIP31758_1643 YpsIP31758_1644   cheR TRUE 0.748 227.000 0.188 1.000 Y NA
 3518447 3518448 YpsIP31758_1644 YpsIP31758_1645 cheR cheB TRUE 0.989 0.000 0.087 1.000 Y NA
 3518448 3518449 YpsIP31758_1645 YpsIP31758_1646 cheB cheY TRUE 0.946 101.000 0.286 0.011 Y NA
 3518449 3518450 YpsIP31758_1646 YpsIP31758_1647 cheY cheZ TRUE 0.992 10.000 0.333 1.000 Y NA
 3518452 3518453 YpsIP31758_1649 YpsIP31758_1650     FALSE 0.012 357.000 0.000 1.000 N NA
 3518453 3518454 YpsIP31758_1650 YpsIP31758_1651     FALSE 0.203 100.000 0.000 NA   NA
 3518455 3518456 YpsIP31758_1652 YpsIP31758_1653 alr1   FALSE 0.018 392.000 0.000 NA   NA
 3518457 3518458 YpsIP31758_1654 YpsIP31758_1656     FALSE 0.018 393.000 0.000 NA   NA
 3518460 3518461 YpsIP31758_1657 YpsIP31758_1658     FALSE 0.062 263.000 0.000 NA   NA
 3518461 3518462 YpsIP31758_1658 YpsIP31758_1659     FALSE 0.026 352.000 0.000 NA   NA
 3518463 3518464 YpsIP31758_1660 YpsIP31758_1661     FALSE 0.108 208.000 0.000 NA   NA
 3518466 3518467 YpsIP31758_1663 YpsIP31758_1664     TRUE 0.990 70.000 0.879 NA Y NA
 3518467 3518468 YpsIP31758_1664 YpsIP31758_1665     TRUE 0.862 31.000 0.219 NA   NA
 3518468 3518469 YpsIP31758_1665 YpsIP31758_1666     TRUE 0.997 -6.000 0.714 NA   NA
 3518469 3518470 YpsIP31758_1666 YpsIP31758_1667     TRUE 0.801 45.000 0.192 NA   NA
 3518470 3518471 YpsIP31758_1667 YpsIP31758_1668     FALSE 0.010 481.000 0.000 NA   NA
 3518471 3518472 YpsIP31758_1668 YpsIP31758_1669     TRUE 0.996 -31.000 0.840 NA   NA
 3518473 3518474 YpsIP31758_1670 YpsIP31758_1671   proQ TRUE 0.785 96.000 0.081 NA Y NA
 3518474 3518475 YpsIP31758_1671 YpsIP31758_1672 proQ prc TRUE 0.916 20.000 0.304 NA N NA
 3518475 3518476 YpsIP31758_1672 YpsIP31758_1673 prc   FALSE 0.090 143.000 0.000 1.000 N NA
 3518476 3518477 YpsIP31758_1673 YpsIP31758_1674     FALSE 0.004 532.000 0.000 1.000 N NA
 3518477 3518478 YpsIP31758_1674 YpsIP31758_1675     FALSE 0.002 658.000 0.000 1.000 N NA
 3518478 3518479 YpsIP31758_1675 YpsIP31758_1676     TRUE 0.972 161.000 0.750 1.000 Y NA
 3518479 3518480 YpsIP31758_1676 YpsIP31758_1677     TRUE 0.985 82.000 0.750 1.000 Y NA
 3518480 3518481 YpsIP31758_1677 YpsIP31758_1678     TRUE 0.994 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 3518481 3518482 YpsIP31758_1678 YpsIP31758_1679     TRUE 0.994 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 3518483 3518484 YpsIP31758_1680 YpsIP31758_1681     FALSE 0.160 150.000 0.000 NA   NA
 3518485 3518486 YpsIP31758_1682 YpsIP31758_1683 ogl   FALSE 0.136 187.000 0.059 1.000 N NA
 3518486 3518487 YpsIP31758_1683 YpsIP31758_1684     FALSE 0.010 386.000 0.000 1.000 N NA
 3518488 3518489 YpsIP31758_1685 YpsIP31758_1686     FALSE 0.275 204.000 0.102 NA   NA
 3518489 3518490 YpsIP31758_1686 YpsIP31758_1687   kdgM2 FALSE 0.009 498.000 0.000 NA   NA
 3518490 3518491 YpsIP31758_1687 YpsIP31758_1688 kdgM2 togB FALSE 0.099 298.000 0.000 0.064   NA
 3518491 3518492 YpsIP31758_1688 YpsIP31758_1689 togB togA TRUE 0.966 16.000 0.101 0.064 Y NA
 3518492 3518493 YpsIP31758_1689 YpsIP31758_1690 togA togN TRUE 0.976 14.000 0.131 0.064 Y NA
 3518493 3518494 YpsIP31758_1690 YpsIP31758_1691 togN togM TRUE 1.000 -7.000 0.917 0.064 Y NA
 3518494 3518495 YpsIP31758_1691 YpsIP31758_1692 togM   TRUE 0.841 41.000 0.217 1.000   NA
 3518495 3518496 YpsIP31758_1692 YpsIP31758_1693   kduD1 FALSE 0.032 345.000 0.000 1.000   NA
 3518496 3518497 YpsIP31758_1693 YpsIP31758_1694 kduD1 kduI TRUE 0.614 92.000 0.192 1.000 N NA
 3518499 3518500 YpsIP31758_1695 YpsIP31758_1697     FALSE 0.141 169.000 0.000 NA   NA
 3518502 3518503 YpsIP31758_1698 YpsIP31758_1700     FALSE 0.441 29.000 0.000 NA   NA
 3518503 3518504 YpsIP31758_1700 YpsIP31758_1701     FALSE 0.471 25.000 0.000 NA   NA
 3518504 3518505 YpsIP31758_1701 YpsIP31758_1702   yfeD FALSE 0.268 68.000 0.000 NA   NA
 3518505 3518506 YpsIP31758_1702 YpsIP31758_1703 yfeD yfeC TRUE 0.999 -3.000 0.525 0.006 Y NA
 3518506 3518507 YpsIP31758_1703 YpsIP31758_1704 yfeC yfeB TRUE 1.000 0.000 0.857 0.094 Y NA
 3518507 3518508 YpsIP31758_1704 YpsIP31758_1705 yfeB yfeA TRUE 0.999 -3.000 0.894 1.000 Y NA
 3518511 3518512 YpsIP31758_1708 YpsIP31758_1709     TRUE 0.787 -42.000 0.000 NA   NA
 3518512 3518513 YpsIP31758_1709 YpsIP31758_1710     FALSE 0.037 313.000 0.000 NA   NA
 3518515 3518516 YpsIP31758_1712 YpsIP31758_1713 thrS infC TRUE 0.990 4.000 0.186 1.000 Y NA
 3518516 3518517 YpsIP31758_1713 YpsIP31758_1714 infC rpmI TRUE 0.976 97.000 0.652 1.000 Y NA
 3518517 3518518 YpsIP31758_1714 YpsIP31758_1715 rpmI rplT TRUE 0.996 38.000 0.928 0.012 Y NA
 3518518 3518519 YpsIP31758_1715 YpsIP31758_1716 rplT pheS FALSE 0.224 499.000 0.202 1.000 Y NA
 3518519 3518520 YpsIP31758_1716 YpsIP31758_1717 pheS pheT TRUE 0.997 14.000 0.574 0.001 Y NA
 3518520 3518521 YpsIP31758_1717 YpsIP31758_1718 pheT ihfA TRUE 0.948 5.000 0.208 1.000 N NA
 3518521 3518522 YpsIP31758_1718 YpsIP31758_1719 ihfA   FALSE 0.031 334.000 0.000 NA   NA
 3518522 3518523 YpsIP31758_1719 YpsIP31758_1720   btuC FALSE 0.111 227.000 0.044 NA   NA
 3518523 3518524 YpsIP31758_1720 YpsIP31758_1721 btuC btuE FALSE 0.387 70.000 0.084 1.000 N NA
 3518524 3518525 YpsIP31758_1721 YpsIP31758_1722 btuE btuD FALSE 0.334 25.000 0.036 1.000 N NA
 3518525 3518526 YpsIP31758_1722 YpsIP31758_1723 btuD arnB FALSE 0.082 350.000 0.129 1.000 N NA
 3518526 3518527 YpsIP31758_1723 YpsIP31758_1724 arnB   TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3518527 3518528 YpsIP31758_1724 YpsIP31758_1725     TRUE 0.781 -769.000 0.000 NA   NA
 3518528 3518529 YpsIP31758_1725 YpsIP31758_1727   arnA FALSE 0.035 257.000 0.000 1.000 N NA
 3518529 3518530 YpsIP31758_1727 YpsIP31758_1728 arnA   TRUE 0.998 -3.000 0.447 1.000 Y NA
 3518530 3518531 YpsIP31758_1728 YpsIP31758_1729   arnT TRUE 0.887 -3.000 0.061 1.000 N NA
 3518531 3518532 YpsIP31758_1729 YpsIP31758_1730 arnT   TRUE 0.985 -3.000 0.227 1.000   NA
 3518532 3518533 YpsIP31758_1730 YpsIP31758_1731     TRUE 0.996 -3.000 0.613 NA   NA
 3518533 3518534 YpsIP31758_1731 YpsIP31758_1732     FALSE 0.233 280.000 0.161 NA   NA
 3518534 3518535 YpsIP31758_1732 YpsIP31758_1733     FALSE 0.274 125.000 0.091 NA N NA
 3518535 3518536 YpsIP31758_1733 YpsIP31758_1734     FALSE 0.179 64.000 0.006 NA   NA
 3518537 3518538 YpsIP31758_1735 YpsIP31758_1736 aroH   TRUE 0.518 157.000 0.165 1.000   NA
 3518540 3518541 YpsIP31758_4312 YpsIP31758_1738 rprA   FALSE 0.061 265.000 0.000 NA   NA
 3518542 3518543 YpsIP31758_1739 YpsIP31758_1740   ydiI FALSE 0.359 154.000 0.129 NA N NA
 3518543 3518544 YpsIP31758_1740 YpsIP31758_1741 ydiI sufA FALSE 0.006 616.000 0.000 NA   NA
 3518544 3518545 YpsIP31758_1741 YpsIP31758_1742 sufA sufB TRUE 0.610 15.000 0.041 NA   NA
 3518545 3518546 YpsIP31758_1742 YpsIP31758_1743 sufB sufC TRUE 0.929 185.000 0.466 1.000 Y NA
 3518546 3518547 YpsIP31758_1743 YpsIP31758_1744 sufC sufD TRUE 0.997 -25.000 0.482 1.000 Y NA
 3518547 3518548 YpsIP31758_1744 YpsIP31758_1745 sufD sufS TRUE 0.975 -3.000 0.193 1.000 N NA
 3518548 3518549 YpsIP31758_1745 YpsIP31758_1746 sufS sufE TRUE 0.657 89.000 0.183 NA   NA
 3518549 3518550 YpsIP31758_1746 YpsIP31758_1747 sufE   FALSE 0.157 271.000 0.103 NA   NA
 3518551 3518552 YpsIP31758_1748 YpsIP31758_1749 lpp pykF FALSE 0.017 321.000 0.000 1.000 N NA
 3518552 3518553 YpsIP31758_1749 YpsIP31758_4228 pykF   FALSE 0.006 574.000 0.000 NA   NA
 3518553 3518554 YpsIP31758_4228 YpsIP31758_4229     FALSE 0.161 149.000 0.000 NA   NA
 3518554 3518555 YpsIP31758_4229 YpsIP31758_4230     FALSE 0.310 58.000 0.000 NA   NA
 3518555 3518556 YpsIP31758_4230 YpsIP31758_1750   mdtK FALSE 0.079 242.000 0.000 NA   NA
 3518558 3518559 YpsIP31758_1752 YpsIP31758_1753 cfa   FALSE 0.005 480.000 0.000 1.000 N NA
 3518561 3518562 YpsIP31758_1755 YpsIP31758_1756   sodB FALSE 0.004 527.000 0.000 1.000 N NA
 3518562 3518563 YpsIP31758_1756 YpsIP31758_1757 sodB   FALSE 0.002 361.000 0.015 NA N NA
 3518565 3518566 YpsIP31758_1759 YpsIP31758_1760 rnt gloA FALSE 0.452 112.000 0.136 1.000 N NA
 3518566 3518567 YpsIP31758_1760 YpsIP31758_1761 gloA   FALSE 0.013 439.000 0.000 NA   NA
 3518567 3518568 YpsIP31758_1761 YpsIP31758_1762     FALSE 0.125 188.000 0.000 NA   NA
 3518568 3518569 YpsIP31758_1762 YpsIP31758_1763     TRUE 0.806 88.000 0.362 1.000 N NA
 3518569 3518570 YpsIP31758_1763 YpsIP31758_1764     FALSE 0.272 243.000 0.128 1.000   NA
 3518571 3518572 YpsIP31758_1765 YpsIP31758_1766     FALSE 0.210 132.000 0.045 NA   NA
 3518572 3518573 YpsIP31758_1766 YpsIP31758_1767   slyA FALSE 0.004 798.000 0.000 1.000   NA
 3518574 3518575 YpsIP31758_1768 YpsIP31758_1769   pcp2 FALSE 0.073 177.000 0.000 1.000 N NA
 3518576 3518577 YpsIP31758_1770 YpsIP31758_1771 anmK   FALSE 0.329 55.000 0.034 NA   NA
 3518577 3518578 YpsIP31758_1771 YpsIP31758_1772   pdxH FALSE 0.222 91.000 0.034 NA   NA
 3518578 3518579 YpsIP31758_1772 YpsIP31758_1773 pdxH tyrS FALSE 0.125 182.000 0.054 1.000 N NA
 3518579 3518580 YpsIP31758_1773 YpsIP31758_1774 tyrS   FALSE 0.109 155.000 0.041 1.000 N NA
 3518581 3518582 YpsIP31758_1775 YpsIP31758_1776     FALSE 0.128 245.000 0.062 NA   NA
 3518582 3518583 YpsIP31758_1776 YpsIP31758_1777     FALSE 0.075 246.000 0.000 NA   NA
 3518583 3518584 YpsIP31758_1777 YpsIP31758_1778     FALSE 0.068 256.000 0.000 NA   NA
 3518584 3518585 YpsIP31758_1778 YpsIP31758_1779     FALSE 0.005 646.000 0.000 NA   NA
 3518585 3518586 YpsIP31758_1779 YpsIP31758_1780   sapF FALSE 0.018 390.000 0.000 NA   NA
 3518586 3518587 YpsIP31758_1780 YpsIP31758_1781 sapF sapD TRUE 0.999 0.000 0.684 0.024 Y NA
 3518587 3518588 YpsIP31758_1781 YpsIP31758_1782 sapD sapC TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 3518588 3518589 YpsIP31758_1782 YpsIP31758_1783 sapC sapB TRUE 0.997 -13.000 0.284 0.063 Y NA
 3518589 3518590 YpsIP31758_1783 YpsIP31758_1784 sapB sapA TRUE 0.989 -3.000 0.264 0.063 N NA
 3518593 3518594 YpsIP31758_1786 YpsIP31758_1787 pspA pspB TRUE 0.905 162.000 0.739 NA   NA
 3518594 3518595 YpsIP31758_1787 YpsIP31758_1788 pspB pspC TRUE 0.998 0.000 0.913 NA   NA
 3518595 3518596 YpsIP31758_1788 YpsIP31758_1789 pspC pspD TRUE 0.632 85.000 0.167 NA   NA
 3518596 3518597 YpsIP31758_1789 YpsIP31758_1790 pspD   TRUE 0.859 -19.000 0.052 NA   NA
 3518597 3518598 YpsIP31758_1790 YpsIP31758_1791     TRUE 0.998 -3.000 0.791 NA   NA
 3518599 3518600 YpsIP31758_1792 YpsIP31758_1793     TRUE 0.893 62.000 0.412 NA   NA
 3518605 3518606 YpsIP31758_1798 YpsIP31758_1799 mppA zntB FALSE 0.021 243.000 0.019 1.000 N NA
 3518607 3518608 YpsIP31758_1800 YpsIP31758_1801     FALSE 0.019 312.000 0.000 1.000 N NA
 3518608 3518609 YpsIP31758_1801 YpsIP31758_1802     FALSE 0.021 271.000 0.000 NA N NA
 3518609 3518610 YpsIP31758_1802 YpsIP31758_1803     FALSE 0.018 285.000 0.000 NA N NA
 3518614 3518615 YpsIP31758_1807 YpsIP31758_1808 hslJ ldhA FALSE 0.073 70.000 0.024 NA N NA
 3518616 3518617 YpsIP31758_1809 YpsIP31758_1810     TRUE 0.918 -3.000 0.057 NA   NA
 3518617 3518618 YpsIP31758_1810 YpsIP31758_1811     TRUE 0.991 10.000 0.726 NA   NA
 3518622 3518623 YpsIP31758_1815 YpsIP31758_1816 hrpA   FALSE 0.045 297.000 0.000 NA   NA
 3518623 3518624 YpsIP31758_1816 YpsIP31758_1817     TRUE 0.939 -3.000 0.077 NA   NA
 3518625 3518626 YpsIP31758_1818 YpsIP31758_1819   asr FALSE 0.031 334.000 0.000 NA   NA
 3518627 3518628 YpsIP31758_1820 YpsIP31758_1821     TRUE 0.976 26.000 0.676 NA   NA
 3518628 3518629 YpsIP31758_1821 YpsIP31758_1822     FALSE 0.007 564.000 0.000 NA   NA
 3518630 3518631 YpsIP31758_1823 YpsIP31758_1824     FALSE 0.002 839.000 0.000 1.000 N NA
 3518631 3518632 YpsIP31758_1824 YpsIP31758_1825   rstB TRUE 0.748 94.000 0.300 1.000 N NA
 3518632 3518633 YpsIP31758_1825 YpsIP31758_1826 rstB rstA TRUE 0.994 0.000 0.181 1.000 Y NA
 3518635 3518636 YpsIP31758_1828 YpsIP31758_1829     FALSE 0.227 270.000 0.143 NA   NA
 3518637 3518638 YpsIP31758_1830 YpsIP31758_1831 pntA pntB TRUE 0.991 73.000 0.745 0.001 Y NA
 3518639 3518640 YpsIP31758_1832 YpsIP31758_1833 uspE fnr TRUE 0.967 135.000 0.619 1.000 Y NA
 3518640 3518641 YpsIP31758_1833 YpsIP31758_1834 fnr ogt FALSE 0.170 73.000 0.038 1.000 N NA
 3518642 3518643 YpsIP31758_1835 YpsIP31758_1836     FALSE 0.007 547.000 0.000 NA   NA
 3518643 3518644 YpsIP31758_1836 YpsIP31758_1837     FALSE 0.163 146.000 0.033 NA   NA
 3518645 3518646 YpsIP31758_1838 YpsIP31758_1839   ilvB2 TRUE 0.997 2.000 0.649 0.002   NA
 3518646 3518647 YpsIP31758_1839 YpsIP31758_1840 ilvB2 ivbL TRUE 0.661 110.000 0.216 NA   NA
 3518649 3518650 YpsIP31758_1842 YpsIP31758_1843     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 3518650 3518651 YpsIP31758_1843 YpsIP31758_1844     TRUE 0.907 5.000 0.111 NA   NA
 3518652 3518653 YpsIP31758_1845 YpsIP31758_1846   amn FALSE 0.198 105.000 0.000 NA   NA
 3518654 3518655 YpsIP31758_1847 YpsIP31758_1848     TRUE 0.996 10.000 0.520 1.000 Y NA
 3518655 3518656 YpsIP31758_1848 YpsIP31758_1849     TRUE 0.998 4.000 0.520 0.063 Y NA
 3518657 3518658 YpsIP31758_1850 YpsIP31758_1851   rbsA3 TRUE 0.998 -3.000 0.786 NA   NA
 3518658 3518659 YpsIP31758_1851 YpsIP31758_1852 rbsA3 rbsC3 TRUE 0.998 27.000 1.000 0.010 Y NA
 3518659 3518660 YpsIP31758_1852 YpsIP31758_1853 rbsC3 rbsB3 TRUE 0.973 199.000 0.727 0.010 Y NA
 3518660 3518661 YpsIP31758_1853 YpsIP31758_1854 rbsB3   FALSE 0.164 144.000 0.000 NA   NA
 3518661 3518662 YpsIP31758_1854 YpsIP31758_1855     FALSE 0.285 64.000 0.000 NA   NA
 3518662 3518663 YpsIP31758_1855 YpsIP31758_1856   nhaC TRUE 0.749 145.000 0.385 1.000 N NA
 3518663 3518664 YpsIP31758_1856 YpsIP31758_1857 nhaC   TRUE 0.925 -13.000 0.115 1.000 N NA
 3518664 3518665 YpsIP31758_1857 YpsIP31758_1858   ypmA FALSE 0.004 711.000 0.000 NA   NA
 3518667 3518668 YpsIP31758_1860 YpsIP31758_1861     FALSE 0.159 151.000 0.000 NA   NA
 3518670 3518671 YpsIP31758_1863 YpsIP31758_1864     FALSE 0.216 114.000 0.000 1.000   NA
 3518671 3518672 YpsIP31758_1864 YpsIP31758_1865     FALSE 0.085 227.000 0.029 NA   NA
 3518672 3518673 YpsIP31758_1865 YpsIP31758_1866     TRUE 0.755 214.000 0.500 NA   NA
 3518673 3518674 YpsIP31758_1866 YpsIP31758_1867     FALSE 0.181 182.000 0.053 NA   NA
 3518675 3518676 YpsIP31758_1868 YpsIP31758_1869 bioD1 mlc TRUE 0.657 224.000 0.455 NA N NA
 3518676 3518677 YpsIP31758_1869 YpsIP31758_1870 mlc   TRUE 0.916 179.000 0.408 NA Y NA
 3518678 3518679 YpsIP31758_1871 YpsIP31758_1872   tus FALSE 0.096 206.000 0.018 1.000   NA
 3518681 3518682 YpsIP31758_1874 YpsIP31758_1875 manA   TRUE 0.843 240.000 0.778 NA   NA
 3518682 3518683 YpsIP31758_1875 YpsIP31758_1876     FALSE 0.029 341.000 0.000 NA   NA
 3518685 3518686 YpsIP31758_1878 YpsIP31758_1879 add   FALSE 0.329 54.000 0.000 NA   NA
 3518687 3518688 YpsIP31758_1880 YpsIP31758_1881     FALSE 0.121 194.000 0.000 NA   NA
 3518688 3518689 YpsIP31758_1881 YpsIP31758_1882   araC TRUE 0.719 128.000 0.276 1.000   NA
 3518689 3518690 YpsIP31758_1882 YpsIP31758_1883 araC araH FALSE 0.344 235.000 0.196 1.000 N NA
 3518690 3518691 YpsIP31758_1883 YpsIP31758_1884 araH</