MicrobesOnline Operon Predictions for Vibrio cholerae V51

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2502882 2502883 VchoV5_02000001 VchoV5_02000002     FALSE 0.230 48.000 0.035 NA N NA
 2502883 2502884 VchoV5_02000002 VchoV5_02000003     FALSE 0.293 161.000 0.208 NA N NA
 2502884 2502885 VchoV5_02000003 VchoV5_02000004     FALSE 0.001 256.000 0.000 1.000 N NA
 2502886 2502887 VchoV5_02000005 VchoV5_02000006     FALSE 0.012 116.000 0.036 1.000 N NA
 2502888 2502889 VchoV5_02000007 VchoV5_02000008     TRUE 0.981 -3.000 0.651 NA   NA
 2502889 2502890 VchoV5_02000008 VchoV5_02000009     TRUE 0.656 152.000 0.581 NA N NA
 2502894 2502895 VchoV5_02000013 VchoV5_02000014     FALSE 0.288 152.000 0.150 NA   NA
 2502896 2502897 VchoV5_02000016 VchoV5_02000017     FALSE 0.004 683.000 0.000 NA   NA
 2502897 2502898 VchoV5_02000017 VchoV5_02000018     FALSE 0.004 1134.000 0.000 NA   NA
 2502899 2502900 VchoV5_02000019 VchoV5_02000020     FALSE 0.001 364.000 0.000 1.000 N NA
 2502900 2502901 VchoV5_02000020 VchoV5_02000021     FALSE 0.004 183.000 0.000 1.000 N NA
 2502903 2502904 VchoV5_02000023 VchoV5_02000024     TRUE 0.849 98.000 0.145 0.049 Y NA
 2502904 2502905 VchoV5_02000024 VchoV5_02000025     FALSE 0.481 122.000 0.109 1.000 Y NA
 2502906 2502907 VchoV5_02000026 VchoV5_02000027     FALSE 0.260 145.000 0.192 1.000 N NA
 2502907 2502908 VchoV5_02000027 VchoV5_02000028     FALSE 0.468 161.000 0.192 1.000 Y NA
 2502908 2502909 VchoV5_02000028 VchoV5_02000029     TRUE 0.973 20.000 0.400 1.000 Y NA
 2502910 2502911 VchoV5_02000030 VchoV5_02000031     TRUE 0.927 29.000 0.333 NA   NA
 2502912 2502913 VchoV5_02000032 VchoV5_02000033     FALSE 0.001 335.000 0.000 1.000 N NA
 2502913 2502914 VchoV5_02000033 VchoV5_02000034     FALSE 0.000 419.000 0.000 1.000 N NA
 2502919 2502920 VchoV5_02000039 VchoV5_02000040     FALSE 0.328 151.000 0.250 1.000 N NA
 2502922 2502923 VchoV5_02000042 VchoV5_02000043     FALSE 0.083 290.000 0.235 NA   NA
 2502930 2502931 VchoV5_02000050 VchoV5_02000051     FALSE 0.002 626.000 0.000 1.000   NA
 2502934 2502935 VchoV5_02000054 VchoV5_02000055     FALSE 0.588 5.000 0.041 NA N NA
 2502935 2502936 VchoV5_02000055 VchoV5_02000056     FALSE 0.002 223.000 0.000 1.000 N NA
 2502937 2502938 VchoV5_02000057 VchoV5_02000058     TRUE 0.690 75.000 0.120 1.000 Y NA
 2502938 2502939 VchoV5_02000058 VchoV5_02000059     TRUE 0.997 12.000 0.814 0.060 Y NA
 2502940 2502941 VchoV5_02000060 VchoV5_02000061     FALSE 0.145 111.000 0.025 NA   NA
 2502941 2502942 VchoV5_02000061 VchoV5_02000062     FALSE 0.048 148.000 0.038 NA N NA
 2502942 2502943 VchoV5_02000062 VchoV5_02000063     FALSE 0.007 152.000 0.048 1.000 N NA
 2502943 2502944 VchoV5_02000063 VchoV5_02000064     FALSE 0.503 158.000 0.375 NA N NA
 2502946 2502947 VchoV5_02000066 VchoV5_02000067     FALSE 0.037 215.000 0.000 NA   NA
 2502947 2502948 VchoV5_02000067 VchoV5_02000068     FALSE 0.005 653.000 0.000 NA   NA
 2502949 2502950 VchoV5_02000069 VchoV5_02000070     FALSE 0.140 113.000 0.025 NA   NA
 2502950 2502951 VchoV5_02000070 VchoV5_02000071     FALSE 0.138 114.000 0.025 NA   NA
 2502954 2502955 VchoV5_02000074 VchoV5_02000075     TRUE 0.667 147.000 0.500 NA   NA
 2502957 2502958 VchoV5_02000077 VchoV5_02000078     FALSE 0.044 203.000 0.000 NA   NA
 2502960 2502961 VchoV5_02000080 VchoV5_02000081     TRUE 0.885 0.000 0.029 1.000 Y NA
 2502961 2502962 VchoV5_02000081 VchoV5_02000082     TRUE 0.982 36.000 0.852 1.000 Y NA
 2502962 2502963 VchoV5_02000082 VchoV5_02000083     TRUE 0.764 11.000 0.117 1.000 N NA
 2502963 2502964 VchoV5_02000083 VchoV5_02000084     TRUE 0.994 -3.000 0.551 0.076 Y NA
 2502964 2502965 VchoV5_02000084 VchoV5_02000085     TRUE 0.990 0.000 0.473 0.015 N NA
 2502966 2502967 VchoV5_02000086 VchoV5_02000087     TRUE 0.861 24.000 0.203 NA N NA
 2502967 2502968 VchoV5_02000087 VchoV5_02000088     TRUE 0.970 25.000 0.355 NA Y NA
 2502968 2502969 VchoV5_02000088 VchoV5_02000089     FALSE 0.001 301.000 0.000 1.000 N NA
 2502969 2502970 VchoV5_02000089 VchoV5_02000090     FALSE 0.002 218.000 0.000 1.000 N NA
 2502970 2502971 VchoV5_02000090 VchoV5_02000091     FALSE 0.168 137.000 0.063 NA   NA
 2502972 2502973 VchoV5_02000092 VchoV5_02000093     TRUE 0.820 24.000 0.169 1.000   NA
 2502973 2502974 VchoV5_02000093 VchoV5_02000095     FALSE 0.002 612.000 0.000 1.000   NA
 2502974 2502975 VchoV5_02000095 VchoV5_02000096     TRUE 0.980 14.000 0.039 0.002 Y NA
 2502975 2502976 VchoV5_02000096 VchoV5_02000097     TRUE 0.951 -3.000 0.188 1.000 Y NA
 2502976 2502977 VchoV5_02000097 VchoV5_02000098     FALSE 0.001 344.000 0.000 1.000 N NA
 2502978 2502979 VchoV5_02000099 VchoV5_02000100     FALSE 0.598 77.000 0.245 1.000 N NA
 2502979 2502980 VchoV5_02000100 VchoV5_02000101     FALSE 0.247 157.000 0.132 NA   NA
 2502980 2502981 VchoV5_02000101 VchoV5_02000102     TRUE 0.623 110.000 0.286 NA   NA
 2502982 2502983 VchoV5_02000103 VchoV5_02000104     FALSE 0.221 -6.000 0.058 1.000 N NA
 2502983 2502984 VchoV5_02000104 VchoV5_02000105     FALSE 0.008 147.000 0.016 1.000 N NA
 2502985 2502986 VchoV5_02000106 VchoV5_02000107     TRUE 0.973 3.000 0.547 1.000 N NA
 2502986 2502987 VchoV5_02000107 VchoV5_02000108     FALSE 0.000 474.000 0.000 1.000 N NA
 2502987 2502988 VchoV5_02000108 VchoV5_02000109     TRUE 0.839 11.000 0.118 1.000   NA
 2502992 2502993 VchoV5_02000113 VchoV5_02000114     FALSE 0.016 493.000 0.000 1.000 Y NA
 2502994 2502995 VchoV5_02000115 VchoV5_02000116     FALSE 0.006 477.000 0.000 NA   NA
 2502996 2502997 VchoV5_02000117 VchoV5_02000118     FALSE 0.000 427.000 0.000 1.000 N NA
 2502998 2502999 VchoV5_02000119 VchoV5_02000120     FALSE 0.006 479.000 0.000 NA   NA
 2502999 2503000 VchoV5_02000120 VchoV5_02000121     TRUE 0.873 16.000 0.146 NA   NA
 2503000 2503001 VchoV5_02000121 VchoV5_02000122     FALSE 0.000 535.000 0.000 1.000 N NA
 2503002 2503003 VchoV5_02000123 VchoV5_02000124     FALSE 0.005 336.000 0.000 1.000   NA
 2503003 2503004 VchoV5_02000124 VchoV5_02000125     FALSE 0.559 131.000 0.333 1.000   NA
 2503006 2503007 VchoV5_02000127 VchoV5_02000128     TRUE 0.827 9.000 0.071 NA   NA
 2503007 2503008 VchoV5_02000128 VchoV5_02000129     FALSE 0.017 280.000 0.000 NA   NA
 2503009 2503010 VchoV5_02000130 VchoV5_02000131     FALSE 0.015 301.000 0.000 NA   NA
 2503010 2503011 VchoV5_02000131 VchoV5_02000132     FALSE 0.000 642.000 0.000 1.000 N NA
 2503012 2503013 VchoV5_02000133 VchoV5_02000134     FALSE 0.078 155.000 0.018 NA   NA
 2503013 2503014 VchoV5_02000134 VchoV5_02000135     FALSE 0.161 144.000 0.069 NA   NA
 2503014 2503015 VchoV5_02000135 VchoV5_02000136     FALSE 0.442 77.000 0.098 NA   NA
 2503016 2503017 VchoV5_02000137 VchoV5_02000138     FALSE 0.394 194.000 0.581 1.000 N NA
 2503020 2503021 VchoV5_02000142 VchoV5_02000143     TRUE 0.919 -3.000 0.200 NA   NA
 2503021 2503022 VchoV5_02000143 VchoV5_02000144     FALSE 0.004 815.000 0.000 NA   NA
 2503022 2503023 VchoV5_02000144 VchoV5_02000145     FALSE 0.209 104.000 0.000 NA   NA
 2503023 2503024 VchoV5_02000145 VchoV5_02000146     FALSE 0.051 195.000 0.000 NA   NA
 2503024 2503025 VchoV5_02000146 VchoV5_02000147     FALSE 0.101 161.000 0.000 NA   NA
 2503025 2503026 VchoV5_02000147 VchoV5_02000148     TRUE 0.718 -3.000 0.000 NA   NA
 2503026 2503027 VchoV5_02000148 VchoV5_02000149     TRUE 0.718 -3.000 0.000 NA   NA
 2503027 2503028 VchoV5_02000149 VchoV5_02000150     TRUE 0.718 -3.000 0.000 NA   NA
 2503028 2503029 VchoV5_02000150 VchoV5_02000151     TRUE 0.636 24.000 0.000 NA   NA
 2503029 2503030 VchoV5_02000151 VchoV5_02000152     TRUE 0.688 -6.000 0.000 NA   NA
 2503030 2503031 VchoV5_02000152 VchoV5_02000153     FALSE 0.006 479.000 0.000 NA   NA
 2503031 2503032 VchoV5_02000153 VchoV5_02000154     TRUE 0.861 132.000 1.000 NA   NA
 2503032 2503033 VchoV5_02000154 VchoV5_02000155     TRUE 0.984 -13.000 1.000 NA   NA
 2503033 2503034 VchoV5_02000155 VchoV5_02000156     TRUE 0.971 -28.000 0.750 1.000   NA
 2503034 2503035 VchoV5_02000156 VchoV5_02000157     FALSE 0.004 874.000 0.000 NA   NA
 2503035 2503036 VchoV5_02000157 VchoV5_02000159     FALSE 0.005 510.000 0.000 NA   NA
 2503036 2503037 VchoV5_02000159 VchoV5_02000160     TRUE 0.935 -3.000 0.240 NA   NA
 2503037 2503038 VchoV5_02000160 VchoV5_02000161     TRUE 0.752 0.000 0.000 NA   NA
 2503038 2503039 VchoV5_02000161 VchoV5_02000162     TRUE 0.752 0.000 0.000 NA   NA
 2503039 2503040 VchoV5_02000162 VchoV5_02000163     TRUE 0.950 3.000 0.241 NA   NA
 2503040 2503041 VchoV5_02000163 VchoV5_02000164     TRUE 0.957 5.000 0.259 NA   NA
 2503041 2503042 VchoV5_02000164 VchoV5_02000165     FALSE 0.315 73.000 0.000 NA   NA
 2503042 2503043 VchoV5_02000165 VchoV5_02000166     TRUE 0.707 15.000 0.000 NA   NA
 2503043 2503044 VchoV5_02000166 VchoV5_02000167     TRUE 0.984 0.000 0.667 NA   NA
 2503044 2503045 VchoV5_02000167 VchoV5_02000168     TRUE 0.839 3.000 0.083 NA   NA
 2503045 2503046 VchoV5_02000168 VchoV5_02000169     TRUE 0.980 -3.000 0.635 NA   NA
 2503046 2503047 VchoV5_02000169 VchoV5_02000170     FALSE 0.518 81.000 0.135 NA   NA
 2503047 2503048 VchoV5_02000170 VchoV5_02000171     TRUE 0.987 12.000 0.778 NA   NA
 2503048 2503049 VchoV5_02000171 VchoV5_02000173     FALSE 0.061 185.000 0.000 NA   NA
 2503049 2503050 VchoV5_02000173 VchoV5_02000174     TRUE 0.937 3.000 0.200 NA   NA
 2503050 2503051 VchoV5_02000174 VchoV5_02000175     TRUE 0.976 10.000 0.429 NA   NA
 2503051 2503052 VchoV5_02000175 VchoV5_02000176     TRUE 0.987 2.000 0.714 NA   NA
 2503052 2503053 VchoV5_02000176 VchoV5_02000177     FALSE 0.004 1317.000 0.000 NA   NA
 2503053 2503054 VchoV5_02000177 VchoV5_02000178     FALSE 0.342 67.000 0.000 NA   NA
 2503054 2503055 VchoV5_02000178 VchoV5_02000179     TRUE 0.750 12.000 0.000 NA   NA
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 2503196 2503197 VchoV5_02000320 VchoV5_02000321     FALSE 0.001 259.000 0.000 1.000 N NA
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 2503199 2503200 VchoV5_02000323 VchoV5_02000324     TRUE 0.982 6.000 0.514 NA   NA
 2503200 2503201 VchoV5_02000324 VchoV5_02000325     FALSE 0.399 143.000 0.200 NA   NA
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 2503205 2503206 VchoV5_02000329 VchoV5_02000330     FALSE 0.335 54.000 0.016 NA   NA
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 2503882 2503883 VchoV5_02001014 VchoV5_02001015     TRUE 0.992 8.000 0.188 0.003 Y NA
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 2504042 2504043 VchoV5_02001179 VchoV5_02001180     TRUE 0.767 103.000 0.444 NA   NA
 2504043 2504044 VchoV5_02001180 VchoV5_02001181     TRUE 0.991 -3.000 0.800 1.000 Y NA
 2504044 2504045 VchoV5_02001181 VchoV5_02001182     TRUE 0.989 -3.000 1.000 NA   NA
 2504045 2504046 VchoV5_02001182 VchoV5_02001183     FALSE 0.600 89.000 0.200 NA   NA
 2504048 2504049 VchoV5_02001185 VchoV5_02001186     FALSE 0.245 172.000 0.250 1.000 N NA
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 2504052 2504053 VchoV5_02001189 VchoV5_02001190     TRUE 0.740 98.000 0.098 0.008   NA
 2504053 2504054 VchoV5_02001190 VchoV5_02001191     TRUE 0.938 9.000 0.098 1.000 Y NA
 2504054 2504055 VchoV5_02001191 VchoV5_02001192     TRUE 0.979 6.000 0.545 1.000   NA
 2504055 2504056 VchoV5_02001192 VchoV5_02001193     TRUE 0.913 6.000 0.182 1.000   NA
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 2504057 2504058 VchoV5_02001194 VchoV5_02001195     TRUE 0.783 5.000 0.000 NA   NA
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