MicrobesOnline Operon Predictions for Vibrio cholerae RC385

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2499653 2499654 VchoR_02000001 VchoR_02000002     FALSE 0.004 427.000 0.000 NA   NA
 2499654 2499655 VchoR_02000002 VchoR_02000003     TRUE 0.948 0.000 0.462 NA   NA
 2499655 2499656 VchoR_02000003 VchoR_02000004     FALSE 0.002 4298.000 0.000 NA   NA
 2499656 2499657 VchoR_02000004 VchoR_02000005     TRUE 0.928 69.000 0.833 NA   NA
 2499657 2499658 VchoR_02000005 VchoR_02000006     TRUE 0.982 10.000 0.833 NA   NA
 2499658 2499659 VchoR_02000006 VchoR_02000008     FALSE 0.009 276.000 0.000 NA   NA
 2499659 2499660 VchoR_02000008 VchoR_02000009     TRUE 0.983 3.000 1.000 NA   NA
 2499660 2499661 VchoR_02000009 VchoR_02000010     TRUE 0.985 12.000 1.000 NA   NA
 2499661 2499662 VchoR_02000010 VchoR_02000011     TRUE 0.674 118.000 0.444 NA   NA
 2499662 2499663 VchoR_02000011 VchoR_02000012     TRUE 0.908 63.000 0.643 NA   NA
 2499663 2499664 VchoR_02000012 VchoR_02000013     TRUE 0.969 15.000 0.643 NA   NA
 2499664 2499665 VchoR_02000013 VchoR_02000014     TRUE 0.954 58.000 1.000 NA   NA
 2499665 2499666 VchoR_02000014 VchoR_02000015     TRUE 0.983 3.000 1.000 NA   NA
 2499666 2499667 VchoR_02000015 VchoR_02000016     TRUE 0.964 0.000 0.600 NA   NA
 2499667 2499668 VchoR_02000016 VchoR_02000017     TRUE 0.766 0.000 0.133 NA   NA
 2499668 2499669 VchoR_02000017 VchoR_02000018     FALSE 0.475 73.000 0.133 NA   NA
 2499669 2499670 VchoR_02000018 VchoR_02000019     TRUE 0.895 0.000 0.267 NA   NA
 2499670 2499671 VchoR_02000019 VchoR_02000020     TRUE 0.973 -13.000 0.800 NA   NA
 2499671 2499672 VchoR_02000020 VchoR_02000021     TRUE 0.973 -13.000 0.800 NA   NA
 2499672 2499673 VchoR_02000021 VchoR_02000022     TRUE 0.953 0.000 0.500 NA   NA
 2499673 2499674 VchoR_02000022 VchoR_02000023     TRUE 0.983 1.000 1.000 NA   NA
 2499674 2499675 VchoR_02000023 VchoR_02000024     TRUE 0.973 3.000 0.700 NA   NA
 2499675 2499676 VchoR_02000024 VchoR_02000025     TRUE 0.979 0.000 0.875 NA   NA
 2499676 2499677 VchoR_02000025 VchoR_02000026     FALSE 0.002 1510.000 0.000 NA   NA
 2499679 2499680 VchoR_02000028 VchoR_02000029     FALSE 0.072 128.000 0.000 NA   NA
 2499680 2499681 VchoR_02000029 VchoR_02000030     FALSE 0.418 -3.000 0.000 NA   NA
 2499681 2499682 VchoR_02000030 VchoR_02000031     FALSE 0.395 24.000 0.000 NA   NA
 2499682 2499683 VchoR_02000031 VchoR_02000032     FALSE 0.012 247.000 0.000 NA   NA
 2499683 2499684 VchoR_02000032 VchoR_02000033     FALSE 0.402 -13.000 0.000 NA   NA
 2499684 2499685 VchoR_02000033 VchoR_02000034     FALSE 0.016 226.000 0.000 NA   NA
 2499685 2499686 VchoR_02000034 VchoR_02000035     FALSE 0.173 155.000 0.143 NA N NA
 2499686 2499687 VchoR_02000035 VchoR_02000036     TRUE 0.955 0.000 0.238 NA Y NA
 2499687 2499688 VchoR_02000036 VchoR_02000037     FALSE 0.003 193.000 0.013 1.000   NA
 2499689 2499690 VchoR_02000038 VchoR_02000039     FALSE 0.001 710.000 0.000 1.000   NA
 2499690 2499691 VchoR_02000039 VchoR_02000040     FALSE 0.007 315.000 0.000 NA   NA
 2499694 2499695 VchoR_02000043 VchoR_02000044     FALSE 0.025 498.000 0.000 1.000 Y NA
 2499696 2499697 VchoR_02000045 VchoR_02000046     FALSE 0.003 477.000 0.000 NA   NA
 2499698 2499699 VchoR_02000047 VchoR_02000048     FALSE 0.000 428.000 0.000 1.000 N NA
 2499700 2499701 VchoR_02000049 VchoR_02000050     FALSE 0.003 528.000 0.000 NA   NA
 2499701 2499702 VchoR_02000050 VchoR_02000051     TRUE 0.789 16.000 0.146 NA   NA
 2499702 2499703 VchoR_02000051 VchoR_02000052     TRUE 0.922 -34.000 0.000 0.007   NA
 2499703 2499704 VchoR_02000052 VchoR_02000053     FALSE 0.000 535.000 0.000 1.000 N NA
 2499705 2499706 VchoR_02000054 VchoR_02000055     FALSE 0.243 339.000 0.000 0.003 Y NA
 2499706 2499707 VchoR_02000055 VchoR_02000056     TRUE 0.992 13.000 0.182 0.001 Y NA
 2499707 2499708 VchoR_02000056 VchoR_02000057     TRUE 0.930 179.000 0.705 0.003 Y NA
 2499708 2499709 VchoR_02000057 VchoR_02000058     TRUE 0.994 11.000 0.405 0.011 Y NA
 2499709 2499710 VchoR_02000058 VchoR_02000059     TRUE 0.952 115.000 0.457 0.011 Y NA
 2499710 2499711 VchoR_02000059 VchoR_02000060     TRUE 0.998 15.000 0.909 0.007 Y NA
 2499711 2499712 VchoR_02000060 VchoR_02000061     TRUE 0.995 20.000 0.446 0.003 Y NA
 2499712 2499713 VchoR_02000061 VchoR_02000062     TRUE 0.894 183.000 0.594 0.006 Y NA
 2499713 2499714 VchoR_02000062 VchoR_02000063     TRUE 0.987 29.000 0.875 NA Y NA
 2499714 2499715 VchoR_02000063 VchoR_02000064     TRUE 0.979 18.000 0.478 NA Y NA
 2499715 2499716 VchoR_02000064 VchoR_02000065     TRUE 0.991 5.000 0.889 1.000 Y NA
 2499716 2499717 VchoR_02000065 VchoR_02000066     FALSE 0.379 215.000 0.309 1.000 Y NA
 2499717 2499718 VchoR_02000066 VchoR_02000067     TRUE 0.991 11.000 0.838 1.000 Y NA
 2499719 2499720 VchoR_02000068 VchoR_02000069     TRUE 0.774 131.000 0.371 NA Y NA
 2499720 2499721 VchoR_02000069 VchoR_02000070     TRUE 0.963 104.000 0.361 0.003 Y NA
 2499722 2499723 VchoR_02000071 VchoR_02000072     TRUE 0.908 8.000 0.260 NA   NA
 2499725 2499726 VchoR_02000074 VchoR_02000075     FALSE 0.008 258.000 0.000 NA N NA
 2499726 2499727 VchoR_02000075 VchoR_02000076     FALSE 0.065 304.000 0.000 NA Y NA
 2499729 2499730 VchoR_02000078 VchoR_02000079     FALSE 0.001 296.000 0.000 1.000 N NA
 2499731 2499732 VchoR_02000080 VchoR_02000081     FALSE 0.542 129.000 0.333 NA   NA
 2499734 2499735 VchoR_02000083 VchoR_02000085     FALSE 0.002 803.000 0.000 NA   NA
 2499735 2499736 VchoR_02000085 VchoR_02000086     FALSE 0.476 66.000 0.120 NA   NA
 2499737 2499738 VchoR_02000087 VchoR_02000088     FALSE 0.001 282.000 0.000 1.000 N NA
 2499739 2499740 VchoR_02000089 VchoR_02000090     TRUE 0.991 3.000 0.230 0.003 Y NA
 2499741 2499742 VchoR_02000091 VchoR_02000092     TRUE 0.655 63.000 0.229 1.000   NA
 2499744 2499745 VchoR_02000094 VchoR_02000095     FALSE 0.339 81.000 0.098 NA   NA
 2499748 2499749 VchoR_02000098 VchoR_02000099     FALSE 0.025 72.000 0.020 1.000   NA
 2499750 2499751 VchoR_02000100 VchoR_02000101     FALSE 0.414 69.000 0.103 NA   NA
 2499751 2499752 VchoR_02000101 VchoR_02000102     FALSE 0.041 154.000 0.067 1.000 N NA
 2499752 2499753 VchoR_02000102 VchoR_02000103     FALSE 0.001 329.000 0.000 1.000 N NA
 2499753 2499754 VchoR_02000103 VchoR_02000104     FALSE 0.018 90.000 0.015 1.000 N NA
 2499756 2499757 VchoR_02000106 VchoR_02000107     FALSE 0.480 55.000 0.122 1.000   NA
 2499758 2499759 VchoR_02000108 VchoR_02000109     FALSE 0.137 128.000 0.108 1.000 N NA
 2499760 2499761 VchoR_02000110 VchoR_02000111     FALSE 0.292 -13.000 0.011 NA   NA
 2499761 2499762 VchoR_02000111 VchoR_02000112     FALSE 0.004 316.000 0.014 NA   NA
 2499762 2499763 VchoR_02000112 VchoR_02000113     TRUE 0.693 2.000 0.095 NA   NA
 2499763 2499764 VchoR_02000113 VchoR_02000114     FALSE 0.023 197.000 0.000 NA   NA
 2499764 2499765 VchoR_02000114 VchoR_02000115     TRUE 0.688 32.000 0.136 NA   NA
 2499765 2499766 VchoR_02000115 VchoR_02000116     TRUE 0.821 26.000 0.030 1.000 Y NA
 2499766 2499767 VchoR_02000116 VchoR_02000118     FALSE 0.003 517.000 0.000 NA   NA
 2499768 2499769 VchoR_02000119 VchoR_02000120     FALSE 0.074 -7.000 0.013 1.000   NA
 2499769 2499770 VchoR_02000120 VchoR_02000121     FALSE 0.002 1273.000 0.000 NA   NA
 2499770 2499771 VchoR_02000121 VchoR_02000123     FALSE 0.067 131.000 0.000 NA   NA
 2499771 2499772 VchoR_02000123 VchoR_02000124     TRUE 0.880 11.000 0.000 1.000 Y NA
 2499772 2499773 VchoR_02000124 VchoR_02000125     FALSE 0.005 317.000 0.000 NA N NA
 2499773 2499774 VchoR_02000125 VchoR_02000126     FALSE 0.484 -13.000 0.064 NA N NA
 2499775 2499776 VchoR_02000127 VchoR_02000128     FALSE 0.044 361.000 0.230 NA   NA
 2499777 2499778 VchoR_02000129 VchoR_02000130     FALSE 0.264 49.000 0.036 NA   NA
 2499778 2499779 VchoR_02000130 VchoR_02000131     TRUE 0.962 -10.000 0.636 NA   NA
 2499781 2499782 VchoR_02000133 VchoR_02000134     FALSE 0.272 162.000 0.261 1.000 N NA
 2499782 2499783 VchoR_02000134 VchoR_02000135     TRUE 0.957 21.000 0.609 1.000   NA
 2499785 2499786 VchoR_02000137 VchoR_02000138     FALSE 0.496 -7.000 0.054 NA   NA
 2499786 2499787 VchoR_02000138 VchoR_02000139     TRUE 0.902 29.000 0.000 0.010   NA
 2499788 2499789 VchoR_02000141 VchoR_02000142     FALSE 0.338 -10.000 0.023 NA   NA
 2499789 2499790 VchoR_02000142 VchoR_02000143     FALSE 0.031 162.000 0.020 NA   NA
 2499790 2499791 VchoR_02000143 VchoR_02000144     FALSE 0.034 157.000 0.065 1.000 N NA
 2499791 2499792 VchoR_02000144 VchoR_02000145     FALSE 0.497 75.000 0.182 1.000 N NA
 2499793 2499794 VchoR_02000146 VchoR_02000147     FALSE 0.007 138.000 0.036 1.000 N NA
 2499795 2499796 VchoR_02000148 VchoR_02000149     FALSE 0.197 106.000 0.100 1.000   NA
 2499797 2499798 VchoR_02000150 VchoR_02000151     FALSE 0.233 175.000 0.239 NA   NA
 2499798 2499799 VchoR_02000151 VchoR_02000152     TRUE 0.997 3.000 1.000 0.057 Y NA
 2499799 2499800 VchoR_02000152 VchoR_02000153     TRUE 0.945 155.000 0.848 0.057 Y NA
 2499800 2499801 VchoR_02000153 VchoR_02000154     TRUE 0.727 92.000 0.408 1.000   NA
 2499803 2499804 VchoR_02000157 VchoR_02000158     TRUE 0.789 2.000 0.143 NA   NA
 2499804 2499805 VchoR_02000158 VchoR_02000159     TRUE 0.983 2.000 1.000 NA   NA
 2499805 2499806 VchoR_02000159 VchoR_02000160     TRUE 0.586 -3.000 0.071 NA   NA
 2499806 2499807 VchoR_02000160 VchoR_02000161     TRUE 0.957 -3.000 0.607 1.000   NA
 2499807 2499808 VchoR_02000161 VchoR_02000162     TRUE 0.989 4.000 0.240 0.010 Y NA
 2499808 2499809 VchoR_02000162 VchoR_02000163     TRUE 0.933 60.000 0.429 1.000 Y NA
 2499809 2499810 VchoR_02000163 VchoR_02000164     TRUE 0.921 -7.000 0.167 1.000 Y NA
 2499810 2499811 VchoR_02000164 VchoR_02000165     TRUE 0.654 1.000 0.083 NA   NA
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 2500169 2500170 VchoR_02000531 VchoR_02000532     FALSE 0.016 94.000 0.000 1.000 N NA
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 2500340 2500341 VchoR_02000705 VchoR_02000706     FALSE 0.403 122.000 0.000 1.000 Y NA
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 2500343 2500344 VchoR_02000708 VchoR_02000709     TRUE 0.838 -25.000 0.000 1.000 Y NA
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 2500351 2500352 VchoR_02000716 VchoR_02000717     FALSE 0.525 72.000 0.155 NA   NA
 2500352 2500353 VchoR_02000717 VchoR_02000718     TRUE 0.985 4.000 0.366 0.007   NA
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 2500821 2500822 VchoR_02001194 VchoR_02001195     TRUE 0.827 52.000 0.128 1.000 Y NA
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 2500825 2500826 VchoR_02001198 VchoR_02001199     FALSE 0.002 942.000 0.000 NA   NA
 2500827 2500828 VchoR_02001200 VchoR_02001201     FALSE 0.014 238.000 0.000 NA   NA
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 2501000 2501001 VchoR_02001376 VchoR_02001377     FALSE 0.277 -34.000 0.002 NA   NA
 2501001 2501002 VchoR_02001377 VchoR_02001378     FALSE 0.003 609.000 0.000 NA   NA
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 2501005 2501006 VchoR_02001381 VchoR_02001382     FALSE 0.000 757.000 0.000 1.000 N NA
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 2501056 2501057 VchoR_02001433 VchoR_02001434     FALSE 0.001 258.000 0.000 1.000 N NA
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 2501104 2501105 VchoR_02001482 VchoR_02001483     FALSE 0.477 7.000 0.000 NA   NA
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 2501156 2501157 VchoR_02001536 VchoR_02001537     FALSE 0.003 196.000 0.005 1.000 N NA
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 2501167 2501168 VchoR_02001547 VchoR_02001548     TRUE 0.985 0.000 0.128 0.003 Y NA
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 2501169 2501170 VchoR_02001549 VchoR_02001550     TRUE 0.993 4.000 0.294 0.003 Y NA
 2501170 2501171 VchoR_02001550 VchoR_02001551     TRUE 0.989 5.000 0.171 0.003 Y NA
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 2501188 2501189 VchoR_02001568 VchoR_02001569     FALSE 0.007 210.000 0.000 1.000   NA
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 2501326 2501327 VchoR_02001709 VchoR_02001710     FALSE 0.028 170.000 0.066 1.000 N NA
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 2501331 2501332 VchoR_02001714 VchoR_02001715     FALSE 0.000 611.000 0.000 1.000 N NA
 2501332 2501333 VchoR_02001715 VchoR_02001716     TRUE 0.977 0.000 0.049 0.004 Y NA
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 2501334 2501335 VchoR_02001717 VchoR_02001718     TRUE 0.768 7.000 0.155 1.000 N NA
 2501335 2501336 VchoR_02001718 VchoR_02001719     FALSE 0.001 316.000 0.000 1.000 N NA
 2501336 2501337 VchoR_02001719 VchoR_02001720     TRUE 0.747 69.000 0.333 1.000 N NA
 2501337 2501338 VchoR_02001720 VchoR_02001721     TRUE 0.965 -13.000 0.356 1.000 Y NA
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 2501538 2501539 VchoR_02001924 VchoR_02001925     FALSE 0.355 29.000 0.000 NA   NA
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 2501540 2501541 VchoR_02001926 VchoR_02001927     TRUE 0.955 28.000 0.333 1.000 Y NA
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