MicrobesOnline Operon Predictions for Vibrio cholerae MO10

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2492707 2492708 VchoM_02000001 VchoM_02000002     FALSE 0.079 135.000 0.059 NA   NA
 2492709 2492710 VchoM_02000003 VchoM_02000004     FALSE 0.096 205.000 0.171 1.000   NA
 2492710 2492711 VchoM_02000004 VchoM_02000005     FALSE 0.178 153.000 0.143 1.000   NA
 2492714 2492715 VchoM_02000008 VchoM_02000009     FALSE 0.201 46.000 0.052 NA   NA
 2492718 2492719 VchoM_02000012 VchoM_02000013     TRUE 0.973 40.000 0.217 0.002 Y NA
 2492719 2492720 VchoM_02000013 VchoM_02000014     TRUE 0.837 11.000 0.156 NA   NA
 2492722 2492723 VchoM_02000016 VchoM_02000017     TRUE 0.961 -3.000 0.159 0.003   NA
 2492724 2492725 VchoM_02000018 VchoM_02000019     FALSE 0.032 48.000 0.035 NA N NA
 2492725 2492726 VchoM_02000019 VchoM_02000020     FALSE 0.274 161.000 0.208 NA N NA
 2492726 2492727 VchoM_02000020 VchoM_02000021     FALSE 0.001 256.000 0.000 1.000 N NA
 2492728 2492729 VchoM_02000022 VchoM_02000023     FALSE 0.011 116.000 0.036 1.000 N NA
 2492730 2492731 VchoM_02000024 VchoM_02000025     TRUE 0.973 -3.000 0.651 NA   NA
 2492731 2492732 VchoM_02000025 VchoM_02000026     FALSE 0.681 152.000 0.581 NA N NA
 2492736 2492737 VchoM_02000030 VchoM_02000031     FALSE 0.237 152.000 0.150 NA   NA
 2492739 2492740 VchoM_02000033 VchoM_02000034     TRUE 0.917 10.000 0.310 1.000 N NA
 2492741 2492742 VchoM_02000035 VchoM_02000036     FALSE 0.302 158.000 0.071 1.000 Y NA
 2492743 2492744 VchoM_02000037 VchoM_02000038     FALSE 0.000 364.000 0.000 1.000 N NA
 2492744 2492745 VchoM_02000038 VchoM_02000039     FALSE 0.004 183.000 0.015 1.000 N NA
 2492747 2492748 VchoM_02000041 VchoM_02000042     TRUE 0.843 98.000 0.145 0.049 Y NA
 2492748 2492749 VchoM_02000042 VchoM_02000043     FALSE 0.497 123.000 0.109 1.000 Y NA
 2492750 2492751 VchoM_02000044 VchoM_02000045     FALSE 0.231 154.000 0.192 1.000 N NA
 2492751 2492752 VchoM_02000045 VchoM_02000046     FALSE 0.010 131.000 0.000 NA   NA
 2492752 2492753 VchoM_02000046 VchoM_02000047     FALSE 0.067 20.000 0.000 NA   NA
 2492753 2492754 VchoM_02000047 VchoM_02000048     TRUE 0.974 20.000 0.500 1.000 Y NA
 2492755 2492756 VchoM_02000049 VchoM_02000050     TRUE 0.934 29.000 0.500 NA   NA
 2492757 2492758 VchoM_02000051 VchoM_02000052     FALSE 0.001 335.000 0.000 1.000 N NA
 2492758 2492759 VchoM_02000052 VchoM_02000053     FALSE 0.000 419.000 0.000 1.000 N NA
 2492764 2492765 VchoM_02000058 VchoM_02000059     FALSE 0.149 152.000 0.150 1.000 N NA
 2492767 2492768 VchoM_02000061 VchoM_02000062     FALSE 0.070 287.000 0.235 NA   NA
 2492774 2492775 VchoM_02000068 VchoM_02000069     TRUE 0.778 -13.000 0.000 1.000 Y NA
 2492776 2492777 VchoM_02000070 VchoM_02000071     FALSE 0.000 626.000 0.000 1.000   NA
 2492780 2492781 VchoM_02000074 VchoM_02000075     FALSE 0.101 5.000 0.041 NA N NA
 2492781 2492782 VchoM_02000075 VchoM_02000076     FALSE 0.002 223.000 0.000 1.000 N NA
 2492783 2492784 VchoM_02000077 VchoM_02000078     FALSE 0.672 75.000 0.120 1.000 Y NA
 2492784 2492785 VchoM_02000078 VchoM_02000079     TRUE 0.996 12.000 0.814 0.060 Y NA
 2492786 2492787 VchoM_02000080 VchoM_02000081     FALSE 0.012 111.000 0.025 NA   NA
 2492787 2492788 VchoM_02000081 VchoM_02000082     FALSE 0.009 137.000 0.038 NA N NA
 2492788 2492789 VchoM_02000082 VchoM_02000083     FALSE 0.269 152.000 0.048 0.095 N NA
 2492789 2492790 VchoM_02000083 VchoM_02000084     FALSE 0.505 158.000 0.375 NA N NA
 2492792 2492793 VchoM_02000086 VchoM_02000087     FALSE 0.002 215.000 0.000 NA   NA
 2492793 2492794 VchoM_02000087 VchoM_02000088     FALSE 0.000 666.000 0.000 NA   NA
 2492795 2492796 VchoM_02000089 VchoM_02000090     FALSE 0.012 113.000 0.025 NA   NA
 2492796 2492797 VchoM_02000090 VchoM_02000091     FALSE 0.012 114.000 0.025 NA   NA
 2492798 2492799 VchoM_02000092 VchoM_02000093     TRUE 0.908 -3.000 0.273 NA   NA
 2492803 2492804 VchoM_02000097 VchoM_02000098     FALSE 0.587 147.000 0.375 NA   NA
 2492806 2492807 VchoM_02000100 VchoM_02000101     FALSE 0.003 203.000 0.000 NA   NA
 2492809 2492810 VchoM_02000103 VchoM_02000104     TRUE 0.818 0.000 0.029 1.000 Y NA
 2492810 2492811 VchoM_02000104 VchoM_02000105     TRUE 0.980 36.000 0.852 1.000 Y NA
 2492811 2492812 VchoM_02000105 VchoM_02000106     FALSE 0.616 11.000 0.117 1.000 N NA
 2492812 2492813 VchoM_02000106 VchoM_02000107     TRUE 0.992 -3.000 0.551 0.075 Y NA
 2492813 2492814 VchoM_02000107 VchoM_02000108     TRUE 0.985 0.000 0.473 0.014 N NA
 2492815 2492816 VchoM_02000109 VchoM_02000110     TRUE 0.793 24.000 0.203 NA N NA
 2492816 2492817 VchoM_02000110 VchoM_02000111     TRUE 0.960 25.000 0.355 NA Y NA
 2492817 2492818 VchoM_02000111 VchoM_02000112     FALSE 0.001 302.000 0.000 1.000 N NA
 2492818 2492819 VchoM_02000112 VchoM_02000113     FALSE 0.298 141.000 0.040 1.000 Y NA
 2492819 2492820 VchoM_02000113 VchoM_02000114     FALSE 0.088 159.000 0.120 1.000 N NA
 2492820 2492821 VchoM_02000114 VchoM_02000115     TRUE 0.877 19.000 0.109 1.000 Y NA
 2492821 2492822 VchoM_02000115 VchoM_02000116     FALSE 0.085 136.000 0.063 NA   NA
 2492823 2492824 VchoM_02000117 VchoM_02000118     TRUE 0.724 24.000 0.169 1.000   NA
 2492824 2492825 VchoM_02000118 VchoM_02000120     FALSE 0.000 612.000 0.000 1.000   NA
 2492825 2492826 VchoM_02000120 VchoM_02000121     TRUE 0.972 14.000 0.039 0.002 Y NA
 2492826 2492827 VchoM_02000121 VchoM_02000122     TRUE 0.935 -3.000 0.188 1.000 Y NA
 2492827 2492828 VchoM_02000122 VchoM_02000123     FALSE 0.000 344.000 0.000 1.000 N NA
 2492829 2492830 VchoM_02000124 VchoM_02000125     FALSE 0.569 77.000 0.245 1.000 N NA
 2492830 2492831 VchoM_02000125 VchoM_02000126     FALSE 0.194 157.000 0.132 NA   NA
 2492831 2492832 VchoM_02000126 VchoM_02000127     FALSE 0.587 112.000 0.286 NA   NA
 2492833 2492834 VchoM_02000128 VchoM_02000129     FALSE 0.080 -6.000 0.058 1.000 N NA
 2492834 2492835 VchoM_02000129 VchoM_02000130     TRUE 0.900 100.000 0.267 0.053 Y NA
 2492835 2492836 VchoM_02000130 VchoM_02000131     TRUE 0.845 20.000 0.208 NA   NA
 2492837 2492838 VchoM_02000132 VchoM_02000133     TRUE 0.960 3.000 0.547 1.000 N NA
 2492839 2492840 VchoM_02000134 VchoM_02000135     TRUE 0.957 51.000 1.000 NA   NA
 2492840 2492841 VchoM_02000135 VchoM_02000136     TRUE 0.983 13.000 0.800 NA   NA
 2492841 2492842 VchoM_02000136 VchoM_02000137     FALSE 0.598 186.000 0.667 NA   NA
 2492842 2492843 VchoM_02000137 VchoM_02000138     FALSE 0.000 1034.000 0.000 NA   NA
 2492843 2492844 VchoM_02000138 VchoM_02000139     FALSE 0.625 108.000 0.333 1.000   NA
 2492844 2492845 VchoM_02000139 VchoM_02000140     FALSE 0.001 315.000 0.000 NA   NA
 2492847 2492848 VchoM_02000142 VchoM_02000143     FALSE 0.000 822.000 0.000 NA   NA
 2492848 2492849 VchoM_02000143 VchoM_02000144     TRUE 0.993 13.000 0.500 0.049 Y NA
 2492849 2492850 VchoM_02000144 VchoM_02000145     FALSE 0.555 141.000 0.400 1.000 N NA
 2492850 2492851 VchoM_02000145 VchoM_02000146     FALSE 0.002 238.000 0.000 1.000 N NA
 2492851 2492852 VchoM_02000146 VchoM_02000147     FALSE 0.000 531.000 0.000 NA   NA
 2492853 2492854 VchoM_02000148 VchoM_02000149     FALSE 0.000 427.000 0.000 1.000 N NA
 2492855 2492856 VchoM_02000150 VchoM_02000151     FALSE 0.000 478.000 0.000 NA   NA
 2492856 2492857 VchoM_02000151 VchoM_02000152     TRUE 0.787 16.000 0.146 NA   NA
 2492857 2492858 VchoM_02000152 VchoM_02000153     FALSE 0.000 535.000 0.000 1.000 N NA
 2492859 2492860 VchoM_02000154 VchoM_02000156     FALSE 0.001 313.000 0.000 NA   NA
 2492860 2492861 VchoM_02000156 VchoM_02000157     TRUE 0.987 9.000 0.882 NA   NA
 2492861 2492862 VchoM_02000157 VchoM_02000158     TRUE 0.978 -12.000 0.824 NA N NA
 2492862 2492863 VchoM_02000158 VchoM_02000159     TRUE 0.976 -7.000 0.737 NA   NA
 2492863 2492864 VchoM_02000159 VchoM_02000160     TRUE 0.835 95.000 0.579 NA   NA
 2492864 2492865 VchoM_02000160 VchoM_02000161     TRUE 0.924 1.000 0.293 NA   NA
 2492865 2492866 VchoM_02000161 VchoM_02000162     TRUE 0.831 163.000 0.317 0.030 Y NA
 2492866 2492867 VchoM_02000162 VchoM_02000163     FALSE 0.001 301.000 0.000 1.000   NA
 2492867 2492868 VchoM_02000163 VchoM_02000164     FALSE 0.010 131.000 0.000 1.000   NA
 2492871 2492872 VchoM_02000167 VchoM_02000168     FALSE 0.001 301.000 0.000 NA   NA
 2492872 2492873 VchoM_02000168 VchoM_02000169     FALSE 0.000 701.000 0.000 1.000 N NA
 2492874 2492875 VchoM_02000170 VchoM_02000171     FALSE 0.007 155.000 0.018 NA   NA
 2492875 2492876 VchoM_02000171 VchoM_02000172     FALSE 0.092 144.000 0.069 NA   NA
 2492876 2492877 VchoM_02000172 VchoM_02000173     FALSE 0.311 77.000 0.098 NA   NA
 2492878 2492879 VchoM_02000174 VchoM_02000175     FALSE 0.447 194.000 0.581 1.000 N NA
 2492881 2492882 VchoM_02000177 VchoM_02000178     FALSE 0.003 188.000 0.060 1.000 N NA
 2492883 2492884 VchoM_02000179 VchoM_02000180     TRUE 0.807 -10.000 0.203 1.000 N NA
 2492884 2492885 VchoM_02000180 VchoM_02000181     FALSE 0.000 680.000 0.000 1.000   NA
 2492885 2492886 VchoM_02000181 VchoM_02000182     TRUE 0.993 24.000 0.793 0.001   NA
 2492886 2492887 VchoM_02000182 VchoM_02000183     TRUE 0.925 36.000 0.572 1.000   NA
 2492887 2492888 VchoM_02000183 VchoM_02000184     TRUE 0.761 0.000 0.149 1.000   NA
 2492889 2492890 VchoM_02000185 VchoM_02000186     FALSE 0.079 33.000 0.031 NA   NA
 2492890 2492891 VchoM_02000186 VchoM_02000187     TRUE 0.870 74.000 0.069 0.008 Y NA
 2492891 2492892 VchoM_02000187 VchoM_02000188     FALSE 0.003 202.000 0.000 1.000 N NA
 2492892 2492893 VchoM_02000188 VchoM_02000189     FALSE 0.524 3.000 0.065 NA   NA
 2492894 2492895 VchoM_02000190 VchoM_02000191     TRUE 0.854 1.000 0.055 1.000 Y NA
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