MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus agalactiae CJB111

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2442711 2442712 SAM_1148 SAM_1147     TRUE 0.273 73.000 0.000 NA N NA
 2442713 2442714 SAM_1146 SAM_1145     TRUE 0.629 -55.000 0.000 NA   NA
 2442714 2442715 SAM_1145 SAM_1144     FALSE 0.015 439.000 0.000 NA   NA
 2442716 2442717 SAM_1143 SAM_1142     FALSE 0.120 149.000 0.000 NA   NA
 2442717 2442718 SAM_1142 SAM_1141     FALSE 0.249 74.000 0.000 NA   NA
 2442718 2442719 SAM_1141 SAM_1140   opuD FALSE 0.167 143.000 0.000 1.000 N NA
 2442721 2442722 SAM_1138 SAM_1137     FALSE 0.058 197.000 0.000 NA   NA
 2442722 2442723 SAM_1137 SAM_1136   thrB TRUE 0.987 2.000 0.036 1.000 Y NA
 2442723 2442724 SAM_1136 SAM_1135 thrB rarD TRUE 0.894 -13.000 0.005 1.000   NA
 2442724 2442725 SAM_1135 SAM_1134 rarD folC TRUE 0.908 2.000 0.000 1.000   NA
 2442725 2442726 SAM_1134 SAM_1133 folC folE TRUE 0.982 19.000 0.057 1.000 Y NA
 2442726 2442727 SAM_1133 SAM_1132 folE folP TRUE 0.990 4.000 0.073 1.000 Y NA
 2442727 2442728 SAM_1132 SAM_1131 folP folB TRUE 0.991 2.000 0.094 1.000 Y NA
 2442728 2442729 SAM_1131 SAM_1130 folB folK TRUE 0.991 -3.000 0.142 1.000 Y NA
 2442729 2442730 SAM_1130 SAM_1128 folK murB TRUE 0.312 144.000 0.010 1.000 N NA
 2442730 2442731 SAM_1128 SAM_1129 murB   TRUE 0.589 -342.000 0.000 NA   NA
 2442731 2442732 SAM_1129 SAM_1127   potA FALSE 0.012 609.000 0.000 NA   NA
 2442732 2442733 SAM_1127 SAM_1126 potA potB TRUE 0.998 -16.000 0.928 0.053 Y NA
 2442733 2442734 SAM_1126 SAM_1125 potB potC TRUE 0.998 -3.000 0.492 0.053 Y NA
 2442734 2442735 SAM_1125 SAM_1124 potC   TRUE 0.995 -7.000 0.253 0.053 Y NA
 2442735 2442736 SAM_1124 SAM_1123     TRUE 0.490 109.000 0.033 1.000 N NA
 2442738 2442739 SAM_1121 SAM_1120     FALSE 0.020 345.000 0.000 NA   NA
 2442739 2442740 SAM_1120 SAM_1119     TRUE 0.557 101.000 0.071 1.000   NA
 2442740 2442741 SAM_1119 SAM_1118     FALSE 0.122 163.000 0.000 1.000 N NA
 2442741 2442742 SAM_1118 SAM_1117     FALSE 0.199 91.000 0.000 NA   NA
 2442742 2442743 SAM_1117 SAM_1116     TRUE 0.484 96.000 0.046 NA   NA
 2442744 2442745 SAM_1115 SAM_1114     TRUE 0.339 161.000 0.083 NA   NA
 2442745 2442746 SAM_1114 SAM_1113     TRUE 0.983 2.000 0.166 NA   NA
 2442746 2442747 SAM_1113 SAM_1112   prsA TRUE 0.991 4.000 0.089 1.000 Y NA
 2442747 2442748 SAM_1112 SAM_1111 prsA   TRUE 0.381 177.000 0.145 1.000   NA
 2442749 2442750 SAM_1110 SAM_1109     TRUE 0.681 -25.000 0.000 NA   NA
 2442750 2442751 SAM_1109 SAM_1108     FALSE 0.245 75.000 0.000 NA   NA
 2442751 2442752 SAM_1108 SAM_1107   rluD TRUE 0.979 -3.000 0.150 NA   NA
 2442752 2442753 SAM_1107 SAM_1106 rluD pta TRUE 0.941 26.000 0.067 1.000 N NA
 2442753 2442754 SAM_1106 SAM_1105 pta   TRUE 0.775 62.000 0.031 0.067   NA
 2442754 2442755 SAM_1105 SAM_1104     FALSE 0.176 135.000 0.000 1.000   NA
 2442755 2442756 SAM_1104 SAM_1103     TRUE 0.891 11.000 0.000 NA   NA
 2442758 2442759 SAM_1101 SAM_1099   guaC FALSE 0.066 203.000 0.000 1.000   NA
 2442761 2442762 SAM_1098 SAM_1097 xpt pbuX TRUE 0.988 0.000 0.046 1.000 Y NA
 2442763 2442764 SAM_1096 SAM_1095     FALSE 0.198 99.000 0.000 NA   NA
 2442764 2442765 SAM_1095 SAM_1094     TRUE 0.988 24.000 0.588 NA   NA
 2442765 2442766 SAM_1094 SAM_1093   apbE TRUE 0.982 18.000 0.243 NA   NA
 2442766 2442767 SAM_1093 SAM_1092 apbE   TRUE 0.554 149.000 0.189 1.000   NA
 2442768 2442769 SAM_1091 SAM_1090   prfA TRUE 0.890 35.000 0.062 1.000 N NA
 2442769 2442770 SAM_1090 SAM_1089 prfA hemK TRUE 0.994 0.000 0.084 0.059 Y NA
 2442770 2442771 SAM_1089 SAM_1088 hemK   TRUE 0.975 -7.000 0.029 NA Y NA
 2442771 2442772 SAM_1088 SAM_1087   glyA TRUE 0.419 92.000 0.015 NA N NA
 2442772 2442773 SAM_1087 SAM_1086 glyA   TRUE 0.978 5.000 0.103 NA   NA
 2442773 2442774 SAM_1086 SAM_1085     TRUE 0.980 2.000 0.128 NA   NA
 2442774 2442775 SAM_1085 SAM_1084     TRUE 0.970 12.000 0.053 NA   NA
 2442775 2442776 SAM_1084 SAM_1083     TRUE 0.999 1.000 0.895 0.008 Y NA
 2442777 2442778 SAM_1082 SAM_1081 manB   TRUE 0.544 110.000 0.098 NA   NA
 2442778 2442779 SAM_1081 SAM_1080     TRUE 0.743 46.000 0.019 NA   NA
 2442779 2442780 SAM_1080 SAM_1079   dfp TRUE 0.939 -7.000 0.013 1.000   NA
 2442781 2442782 SAM_1078 SAM_1077   noxB-2 TRUE 0.947 -7.000 0.019 1.000 N NA
 2442782 2442783 SAM_1077 SAM_1076 noxB-2   TRUE 0.990 -3.000 0.100 1.000 Y NA
 2442783 2442784 SAM_1076 SAM_1075   gcvH TRUE 0.985 29.000 0.571 1.000 N NA
 2442784 2442785 SAM_1075 SAM_1074 gcvH   TRUE 0.964 -7.000 0.107 NA   NA
 2442785 2442786 SAM_1074 SAM_1073     TRUE 0.955 -31.000 0.286 NA   NA
 2442786 2442787 SAM_1073 SAM_1072     TRUE 0.972 27.000 0.250 1.000 N NA
 2442787 2442788 SAM_1072 SAM_1071   fhs TRUE 0.720 89.000 0.200 1.000 N NA
 2442788 2442789 SAM_1071 SAM_1070 fhs cls TRUE 0.572 119.000 0.094 1.000 N NA
 2442789 2442790 SAM_1070 SAM_1069 cls   FALSE 0.014 685.000 0.000 1.000   NA
 2442790 2442791 SAM_1069 SAM_1068   asd FALSE 0.038 260.000 0.000 1.000   NA
 2442791 2442792 SAM_1068 SAM_1067 asd nrdD FALSE 0.237 170.000 0.020 1.000   NA
 2442792 2442793 SAM_1067 SAM_1066 nrdD   FALSE 0.189 131.000 0.000 1.000   NA
 2442793 2442794 SAM_1066 SAM_1065     TRUE 0.425 52.000 0.000 NA   NA
 2442794 2442795 SAM_1065 SAM_1064   pyrF FALSE 0.047 213.000 0.000 NA   NA
 2442795 2442796 SAM_1064 SAM_1063 pyrF pyrE TRUE 0.992 13.000 0.133 1.000 Y NA
 2442796 2442797 SAM_1063 SAM_1062 pyrE pyrC TRUE 0.981 12.000 0.003 1.000 Y NA
 2442797 2442798 SAM_1062 SAM_1061 pyrC pyrB TRUE 0.802 165.000 0.452 1.000 Y NA
 2442798 2442799 SAM_1061 SAM_1060 pyrB carA TRUE 0.983 14.000 0.014 1.000 Y NA
 2442799 2442800 SAM_1060 SAM_1059 carA carB TRUE 0.987 31.000 0.117 0.003 Y NA
 2442800 2442801 SAM_1059 SAM_1058 carB   FALSE 0.172 126.000 0.000 NA   NA
 2442801 2442802 SAM_1058 SAM_1057     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2442802 2442803 SAM_1057 SAM_1056     FALSE 0.183 117.000 0.000 NA   NA
 2442803 2442804 SAM_1056 SAM_1055     FALSE 0.087 168.000 0.000 NA   NA
 2442804 2442805 SAM_1055 SAM_1054     TRUE 0.559 82.000 0.061 NA   NA
 2442805 2442806 SAM_1054 SAM_1053     TRUE 0.989 9.000 0.286 NA   NA
 2442806 2442807 SAM_1053 SAM_1052     TRUE 0.965 -16.000 0.237 NA   NA
 2442807 2442808 SAM_1052 SAM_1051     TRUE 0.996 0.000 0.833 NA   NA
 2442808 2442809 SAM_1051 SAM_1050     TRUE 0.995 7.000 0.623 NA   NA
 2442809 2442810 SAM_1050 SAM_1049     TRUE 0.965 13.000 0.038 NA   NA
 2442810 2442811 SAM_1049 SAM_1048     TRUE 0.893 9.000 0.000 NA   NA
 2442811 2442812 SAM_1048 SAM_1047     TRUE 0.888 0.000 0.000 NA   NA
 2442812 2442813 SAM_1047 SAM_1046     TRUE 0.895 6.000 0.000 NA   NA
 2442813 2442814 SAM_1046 SAM_1045     TRUE 0.714 29.000 0.000 NA   NA
 2442814 2442815 SAM_1045 SAM_1044     FALSE 0.031 264.000 0.000 NA   NA
 2442815 2442816 SAM_1044 SAM_1043     TRUE 0.724 -18.000 0.000 NA   NA
 2442816 2442817 SAM_1043 SAM_1042     TRUE 0.895 6.000 0.000 NA   NA
 2442817 2442818 SAM_1042 SAM_1041     TRUE 0.891 11.000 0.000 NA   NA
 2442818 2442819 SAM_1041 SAM_1040     FALSE 0.058 197.000 0.000 NA   NA
 2442819 2442820 SAM_1040 SAM_1039     FALSE 0.199 91.000 0.000 NA   NA
 2442820 2442821 SAM_1039 SAM_1038     TRUE 0.516 44.000 0.000 NA   NA
 2442821 2442822 SAM_1038 SAM_1037     TRUE 0.996 6.000 0.667 NA   NA
 2442824 2442825 SAM_1035 SAM_1034     FALSE 0.014 517.000 0.000 NA   NA
 2442825 2442826 SAM_1034 SAM_1033     FALSE 0.025 303.000 0.000 NA   NA
 2442826 2442827 SAM_1033 SAM_1032     TRUE 0.894 5.000 0.000 NA   NA
 2442827 2442828 SAM_1032 SAM_1031     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2442828 2442829 SAM_1031 SAM_1030     FALSE 0.015 429.000 0.000 NA   NA
 2442829 2442830 SAM_1030 SAM_1029     FALSE 0.209 87.000 0.000 NA   NA
 2442830 2442831 SAM_1029 SAM_1028     FALSE 0.013 548.000 0.000 NA   NA
 2442831 2442832 SAM_1028 SAM_1027     TRUE 0.999 12.000 0.538 0.018 Y NA
 2442832 2442833 SAM_1027 SAM_1026     TRUE 0.555 156.000 0.050 1.000 Y NA
 2442833 2442834 SAM_1026 SAM_1025     FALSE 0.057 201.000 0.000 NA   NA
 2442834 2442835 SAM_1025 SAM_1024     FALSE 0.029 276.000 0.000 NA   NA
 2442835 2442836 SAM_1024 SAM_1023   rnhB TRUE 0.962 -13.000 0.148 1.000   NA
 2442836 2442837 SAM_1023 SAM_1022 rnhB   TRUE 0.913 21.000 0.003 1.000   NA
 2442837 2442838 SAM_1022 SAM_1021     FALSE 0.048 238.000 0.000 1.000   NA
 2442838 2442839 SAM_1021 SAM_1020     TRUE 0.999 -3.000 0.870 0.052 Y NA
 2442839 2442840 SAM_1020 SAM_1019     TRUE 0.998 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 2442840 2442841 SAM_1019 SAM_1018     TRUE 0.793 62.000 0.012 1.000 Y NA
 2442841 2442842 SAM_1018 SAM_1017   dprA FALSE 0.181 138.000 0.000 1.000 N NA
 2442842 2442843 SAM_1017 SAM_1016 dprA topA TRUE 0.858 95.000 0.238 1.000 Y NA
 2442843 2442844 SAM_1016 SAM_1015 topA   FALSE 0.185 137.000 0.000 1.000 N NA
 2442844 2442845 SAM_1015 SAM_1014     TRUE 0.992 12.000 0.438 NA   NA
 2442846 2442847 SAM_0270 SAM_0271     TRUE 0.996 3.000 0.713 NA N NA
 2442847 2442848 SAM_0271 SAM_0272     FALSE 0.031 264.000 0.000 NA   NA
 2442848 2442849 SAM_0272 SAM_0273     TRUE 0.951 21.000 0.069 NA   NA
 2442850 2442851 SAM_0274 SAM_0275   nagA FALSE 0.029 278.000 0.000 NA   NA
 2442851 2442852 SAM_0275 SAM_0276 nagA   FALSE 0.181 119.000 0.000 NA   NA
 2442852 2442853 SAM_0276 SAM_0277     FALSE 0.186 111.000 0.000 NA   NA
 2442853 2442854 SAM_0277 SAM_0278   glyQ FALSE 0.019 424.000 0.000 1.000   NA
 2442854 2442855 SAM_0278 SAM_0279 glyQ   TRUE 0.914 0.000 0.000 1.000 N NA
 2442855 2442856 SAM_0279 SAM_0280   glyS TRUE 0.919 4.000 0.000 1.000 N NA
 2442856 2442857 SAM_0280 SAM_0281 glyS   TRUE 0.960 12.000 0.020 NA   NA
 2442857 2442858 SAM_0281 SAM_0282     TRUE 0.671 32.000 0.000 NA   NA
 2442858 2442859 SAM_0282 SAM_0283   glpK FALSE 0.183 115.000 0.000 NA   NA
 2442859 2442860 SAM_0283 SAM_0284 glpK glpD TRUE 0.999 13.000 0.500 0.002 Y NA
 2442860 2442861 SAM_0284 SAM_0285 glpD   TRUE 0.995 12.000 0.500 1.000 N NA
 2442861 2442862 SAM_0285 SAM_0286     TRUE 0.691 145.000 0.364 1.000   NA
 2442862 2442863 SAM_0286 SAM_0287     TRUE 0.993 9.000 0.462 NA   NA
 2442863 2442864 SAM_0287 SAM_0288   tkt FALSE 0.039 239.000 0.000 NA   NA
 2442864 2442865 SAM_0288 SAM_0289 tkt   FALSE 0.051 207.000 0.000 NA   NA
 2442865 2442866 SAM_0289 SAM_0290     TRUE 0.967 20.000 0.136 NA   NA
 2442866 2442867 SAM_0290 SAM_0291     TRUE 0.991 4.000 0.341 NA   NA
 2442869 2442870 SAM_0293 SAM_0294 proB proA TRUE 0.998 10.000 0.281 0.002 Y NA
 2442870 2442871 SAM_0294 SAM_0295 proA mraW TRUE 0.319 134.000 0.003 1.000 N NA
 2442871 2442872 SAM_0295 SAM_0296 mraW   TRUE 0.974 15.000 0.077 1.000 N NA
 2442872 2442873 SAM_0296 SAM_0297     TRUE 0.994 4.000 0.456 1.000 N NA
 2442873 2442874 SAM_0297 SAM_0298   mraY TRUE 0.988 2.000 0.038 1.000 Y NA
 2442874 2442875 SAM_0298 SAM_0299 mraY   TRUE 0.417 98.000 0.007 1.000 N NA
 2442875 2442876 SAM_0299 SAM_0300     TRUE 0.414 138.000 0.036 1.000 N NA
 2442876 2442877 SAM_0300 SAM_0302     TRUE 0.878 95.000 0.143 0.051 Y NA
 2442879 2442880 SAM_0303 SAM_0304     TRUE 0.771 98.000 0.364 NA   NA
 2442880 2442881 SAM_0304 SAM_0305   trxB TRUE 0.680 69.000 0.117 NA   NA
 2442881 2442882 SAM_0305 SAM_0306 trxB   TRUE 0.281 158.000 0.017 1.000 N NA
 2442882 2442883 SAM_0306 SAM_0307   nadE TRUE 0.997 -3.000 0.194 0.004 Y NA
 2442883 2442884 SAM_0307 SAM_0308 nadE pepC TRUE 0.441 113.000 0.017 1.000 N NA
 2442885 2442886 SAM_0309 SAM_0310     TRUE 0.926 47.000 0.319 1.000   NA
 2442887 2442888 SAM_0311 SAM_0312     TRUE 0.710 -19.000 0.000 NA   NA
 2442888 2442889 SAM_0312 SAM_0313     TRUE 0.842 18.000 0.000 NA   NA
 2442889 2442890 SAM_0313 SAM_0314     FALSE 0.014 470.000 0.000 NA   NA
 2442890 2442891 SAM_0314 SAM_0315     TRUE 0.961 13.000 0.029 NA   NA
 2442895 2442896 SAM_0319 SAM_0320     TRUE 0.710 -19.000 0.000 NA   NA
 2442896 2442897 SAM_0320 SAM_0321     TRUE 0.956 -13.000 0.136 NA   NA
 2442897 2442898 SAM_0321 SAM_0322     TRUE 0.982 27.000 0.500 NA   NA
 2442898 2442899 SAM_0322 SAM_0323     TRUE 0.999 2.000 0.857 0.018 Y NA
 2442899 2442900 SAM_0323 SAM_0324     TRUE 0.450 50.000 0.000 NA   NA
 2442900 2442901 SAM_0324 SAM_0325     FALSE 0.089 167.000 0.000 NA   NA
 2442901 2442902 SAM_0325 SAM_0326     TRUE 0.987 23.000 0.471 1.000 N NA
 2442902 2442903 SAM_0326 SAM_0327   priA TRUE 0.703 74.000 0.032 0.073 N NA
 2442903 2442904 SAM_0327 SAM_0328 priA fmt TRUE 0.819 47.000 0.052 1.000 N NA
 2442904 2442905 SAM_0328 SAM_0329 fmt sun TRUE 0.991 -10.000 0.305 1.000 Y NA
 2442905 2442906 SAM_0329 SAM_0330 sun   TRUE 0.882 38.000 0.074 1.000 N NA
 2442906 2442907 SAM_0330 SAM_0331     TRUE 0.967 66.000 0.704 1.000 Y NA
 2442907 2442908 SAM_0331 SAM_0332     TRUE 0.280 161.000 0.039 NA   NA
 2442908 2442909 SAM_0332 SAM_0333     TRUE 0.995 -3.000 0.679 NA   NA
 2442909 2442910 SAM_0333 SAM_0334   vraR TRUE 0.999 -7.000 0.853 0.018 Y NA
 2442910 2442911 SAM_0334 SAM_0335 vraR   TRUE 0.904 42.000 0.164 1.000   NA
 2442911 2442912 SAM_0335 SAM_0336     TRUE 0.957 -16.000 0.151 1.000   NA
 2442914 2442915 SAM_0338 SAM_0339     TRUE 0.888 119.000 0.188 0.044 Y NA
 2442915 2442916 SAM_0339 SAM_0340     FALSE 0.252 204.000 0.091 1.000 N NA
 2442916 2442917 SAM_0340 SAM_0341   celA TRUE 0.999 17.000 0.889 0.015 Y NA
 2442917 2442918 SAM_0341 SAM_0342 celA celB TRUE 0.999 2.000 0.889 0.015 Y NA
 2442920 2442921 SAM_0344 SAM_0345     TRUE 0.993 10.000 0.368 1.000 N NA
 2442921 2442922 SAM_0345 SAM_0346   gldA TRUE 0.807 68.000 0.211 1.000 N NA
 2442923 2442924 SAM_0347 SAM_0348 cysK   TRUE 0.488 91.000 0.033 1.000   NA
 2442925 2442926 SAM_0349 SAM_0350 comFA   TRUE 0.982 0.000 0.130 1.000   NA
 2442926 2442927 SAM_0350 SAM_0351     TRUE 0.598 77.000 0.080 NA   NA
 2442927 2442928 SAM_0351 SAM_0352     FALSE 0.010 6590.000 0.000 NA   NA
 2442928 2442929 SAM_0352 SAM_0353     TRUE 0.320 64.000 0.000 NA   NA
 2442929 2442930 SAM_0353 SAM_0354     TRUE 0.995 19.000 1.000 NA   NA
 2442930 2442931 SAM_0354 SAM_0355     TRUE 0.892 10.000 0.000 NA   NA
 2442933 2442934 SAM_0357 SAM_0358     TRUE 0.892 3.000 0.000 NA   NA
 2442934 2442935 SAM_0358 SAM_0359     FALSE 0.017 573.000 0.000 1.000 N NA
 2442935 2442936 SAM_0359 SAM_0360     TRUE 0.667 100.000 0.000 0.016 Y NA
 2442936 2442937 SAM_0360 SAM_0361     TRUE 0.899 43.000 0.000 0.016 Y NA
 2442938 2442939 SAM_0362 SAM_0363     TRUE 0.989 -3.000 0.333 NA   NA
 2442941 2442942 SAM_0365 SAM_0366     TRUE 0.780 24.000 0.000 NA   NA
 2442943 2442944 SAM_0913 SAM_0912     TRUE 0.994 3.000 0.502 NA   NA
 2442945 2442946 SAM_0911 SAM_0910     TRUE 0.996 0.000 0.796 1.000   NA
 2442947 2442948 SAM_0909 SAM_0908     TRUE 0.714 98.000 0.200 1.000 N NA
 2442948 2442949 SAM_0908 SAM_0907   aceF TRUE 0.880 60.000 0.091 1.000 Y NA
 2442951 2442952 SAM_0905 SAM_0904   pdhA TRUE 0.968 135.000 0.769 0.001 Y NA
 2442952 2442953 SAM_0904 SAM_0903 pdhA   FALSE 0.139 150.000 0.000 1.000   NA
 2442955 2442956 SAM_0901 SAM_0900     TRUE 0.913 13.000 0.000 1.000 N NA
 2442956 2442957 SAM_0900 SAM_0899   rexB TRUE 0.987 -10.000 0.070 0.072 Y NA
 2442957 2442958 SAM_0899 SAM_0898 rexB   TRUE 0.942 -3.000 0.008 NA   NA
 2442960 2442961 SAM_0896 SAM_0895 pheT   TRUE 0.648 54.000 0.007 1.000   NA
 2442961 2442962 SAM_0895 SAM_0894   pheS TRUE 0.445 83.000 0.009 1.000   NA
 2442962 2442963 SAM_0894 SAM_0893 pheS   FALSE 0.033 292.000 0.000 1.000   NA
 2442963 2442964 SAM_0893 SAM_0892     TRUE 0.760 75.000 0.237 NA   NA
 2442964 2442965 SAM_0892 SAM_0891   murA TRUE 0.956 -10.000 0.110 NA   NA
 2442965 2442966 SAM_0891 SAM_0890 murA atpC FALSE 0.026 358.000 0.000 1.000 N NA
 2442966 2442967 SAM_0890 SAM_0889 atpC atpD TRUE 0.999 13.000 0.837 0.004 Y NA
 2442967 2442968 SAM_0889 SAM_0888 atpD atpG TRUE 0.980 74.000 0.724 0.004 Y NA
 2442968 2442969 SAM_0888 SAM_0887 atpG atpA TRUE 0.999 16.000 0.846 0.004 Y NA
 2442969 2442970 SAM_0887 SAM_0886 atpA atpH TRUE 0.999 16.000 0.864 0.004 Y NA
 2442970 2442971 SAM_0886 SAM_0885 atpH atpF TRUE 0.998 0.000 0.222 0.004 Y NA
 2442971 2442972 SAM_0885 SAM_0884 atpF atpB TRUE 0.991 18.000 0.032 0.006 Y NA
 2442972 2442973 SAM_0884 SAM_0883 atpB   TRUE 0.973 33.000 0.189 0.006   NA
 2442973 2442974 SAM_0883 SAM_0882     FALSE 0.026 332.000 0.000 1.000   NA
 2442974 2442975 SAM_0882 SAM_0881   glgD TRUE 0.996 -3.000 0.395 1.000 Y NA
 2442975 2442976 SAM_0881 SAM_0880 glgD glgC TRUE 0.999 -10.000 0.810 0.002 Y NA
 2442976 2442977 SAM_0880 SAM_0879 glgC glgB TRUE 0.987 42.000 0.317 0.002 Y NA
 2442977 2442978 SAM_0879 SAM_0878 glgB   TRUE 0.580 206.000 0.067 0.007 Y NA
 2442978 2442979 SAM_0878 SAM_0877     TRUE 0.980 4.000 0.088 1.000 N NA
 2442979 2442980 SAM_0877 SAM_0876   ligA TRUE 0.963 12.000 0.013 1.000 N NA
 2442980 2442981 SAM_0876 SAM_0875 ligA   FALSE 0.240 152.000 0.010 NA   NA
 2442983 2442984 SAM_0873 SAM_0872   map TRUE 0.992 2.000 0.373 1.000   NA
 2442984 2442985 SAM_0872 SAM_0871 map   TRUE 0.687 131.000 0.235 1.000 N NA
 2442985 2442986 SAM_0871 SAM_0870     TRUE 0.987 -7.000 0.342 1.000 N NA
 2442986 2442987 SAM_0870 SAM_0869   murA TRUE 0.578 84.000 0.052 1.000 N NA
 2442987 2442988 SAM_0869 SAM_0868 murA thiE FALSE 0.215 127.000 0.000 1.000 N NA
 2442988 2442989 SAM_0868 SAM_0867 thiE thiM TRUE 0.995 14.000 0.061 0.004 Y NA
 2442989 2442990 SAM_0867 SAM_0866 thiM thiD TRUE 0.994 2.000 0.032 0.004 Y NA
 2442990 2442991 SAM_0866 SAM_0865 thiD   TRUE 0.994 2.000 0.478 1.000 N NA
 2442991 2442992 SAM_0865 SAM_0864     FALSE 0.256 84.000 0.000 1.000   NA
 2442992 2442993 SAM_0864 SAM_0863     TRUE 0.596 -253.000 0.000 NA   NA
 2442993 2442994 SAM_0863 SAM_0862     FALSE 0.183 116.000 0.000 NA   NA
 2442994 2442995 SAM_0862 SAM_0861     TRUE 0.894 4.000 0.000 NA   NA
 2442995 2442996 SAM_0861 SAM_0860     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2442996 2442997 SAM_0860 SAM_0859     FALSE 0.017 396.000 0.000 NA   NA
 2442997 2442998 SAM_0859 SAM_0858     TRUE 0.295 67.000 0.000 NA   NA
 2442998 2442999 SAM_0858 SAM_0857   metK FALSE 0.013 520.000 0.000 NA   NA
 2443001 2443002 SAM_0855 SAM_0854   dnaX TRUE 0.529 89.000 0.067 NA   NA
 2443002 2443003 SAM_0854 SAM_0853 dnaX   TRUE 0.965 0.000 0.030 NA N NA
 2443003 2443004 SAM_0853 SAM_0852   udk FALSE 0.227 87.000 0.000 NA N NA
 2443006 2443007 SAM_0850 SAM_0849     TRUE 0.377 140.000 0.028 1.000 N NA
 2443007 2443008 SAM_0849 SAM_0848   ptsI TRUE 0.357 150.000 0.035 1.000 N NA
 2443008 2443009 SAM_0848 SAM_0847 ptsI   TRUE 0.997 14.000 0.240 0.015 Y NA
 2443010 2443011 SAM_0846 SAM_0845 nrdH   TRUE 0.889 78.000 0.562 1.000 N NA
 2443011 2443012 SAM_0845 SAM_0844     TRUE 0.856 203.000 0.500 0.003 Y NA
 2443012 2443013 SAM_0844 SAM_0843     FALSE 0.037 241.000 0.000 NA   NA
 2443014 2443015 SAM_0842 SAM_0841     TRUE 0.979 3.000 0.115 NA   NA
 2443015 2443016 SAM_0841 SAM_0840     TRUE 0.952 45.000 0.500 NA   NA
 2443016 2443017 SAM_0840 SAM_0839     FALSE 0.016 422.000 0.000 NA   NA
 2443017 2443018 SAM_0839 SAM_0838     FALSE 0.206 88.000 0.000 NA   NA
 2443018 2443019 SAM_0838 SAM_0837   alaS FALSE 0.228 82.000 0.000 NA   NA
 2443019 2443020 SAM_0837 SAM_0836 alaS   TRUE 0.579 -1221.000 0.000 NA   NA
 2443020 2443021 SAM_0836 SAM_0835     FALSE 0.011 869.000 0.000 NA   NA
 2443021 2443022 SAM_0835 SAM_0834     FALSE 0.037 242.000 0.000 NA   NA
 2443023 2443024 SAM_0782 SAM_0781 ftsW ppc TRUE 0.482 106.000 0.028 1.000 N NA
 2443026 2443027 SAM_0779 SAM_0778     TRUE 0.967 -16.000 0.250 NA   NA
 2443030 2443031 SAM_0775 SAM_0774     TRUE 0.919 22.000 0.018 NA   NA
 2443034 2443035 SAM_0771 SAM_0770 ribH ribBA TRUE 0.994 15.000 0.054 0.003 Y NA
 2443035 2443036 SAM_0770 SAM_0769 ribBA ribE TRUE 0.983 18.000 0.051 1.000 Y NA
 2443036 2443037 SAM_0769 SAM_0768 ribE ribD TRUE 0.997 5.000 0.456 1.000 Y NA
 2443039 2443040 SAM_0766 SAM_0765     FALSE 0.177 124.000 0.000 NA   NA
 2443040 2443041 SAM_0765 SAM_0764     FALSE 0.169 127.000 0.000 NA   NA
 2443041 2443042 SAM_0764 SAM_0763     TRUE 0.889 130.000 0.156 0.003 Y NA
 2443044 2443045 SAM_0761 SAM_0760     TRUE 0.984 -3.000 0.206 NA   NA
 2443045 2443046 SAM_0760 SAM_0759   lgt TRUE 0.969 15.000 0.079 NA   NA
 2443046 2443047 SAM_0759 SAM_0758 lgt hprK TRUE 0.991 -7.000 0.494 1.000 N NA
 2443047 2443048 SAM_0758 SAM_0757 hprK   FALSE 0.183 116.000 0.000 NA   NA
 2443048 2443049 SAM_0757 SAM_0756     TRUE 0.695 -22.000 0.000 NA   NA
 2443049 2443050 SAM_0756 SAM_0755     TRUE 0.544 81.000 0.051 NA   NA
 2443050 2443051 SAM_0755 SAM_0754   tex TRUE 0.939 -55.000 0.215 NA   NA
 2443051 2443052 SAM_0754 SAM_0753 tex   TRUE 0.826 24.000 0.000 1.000 N NA
 2443053 2443054 SAM_0752 SAM_0751     TRUE 0.980 6.000 0.114 NA   NA
 2443054 2443055 SAM_0751 SAM_0750     TRUE 0.996 0.000 0.841 NA   NA
 2443056 2443057 SAM_0749 SAM_0748 ftsY   TRUE 0.975 0.000 0.007 0.098   NA
 2443057 2443058 SAM_0748 SAM_0747     TRUE 0.994 0.000 0.250 0.024   NA
 2443058 2443059 SAM_0747 SAM_0746     FALSE 0.232 91.000 0.000 1.000   NA
 2443059 2443060 SAM_0746 SAM_0745     TRUE 0.332 188.000 0.120 1.000 N NA
 2443060 2443061 SAM_0745 SAM_0744     FALSE 0.145 176.000 0.002 NA   NA
 2443061 2443062 SAM_0744 SAM_0743     TRUE 0.954 3.000 0.011 NA   NA
 2443062 2443063 SAM_0743 SAM_0742     TRUE 0.972 4.000 0.038 1.000   NA
 2443063 2443064 SAM_0742 SAM_0741   drrA TRUE 0.998 -7.000 0.597 0.018 Y NA
 2443065 2443066 SAM_0740 SAM_0739     TRUE 0.994 12.000 0.185 1.000 Y NA
 2443066 2443067 SAM_0739 SAM_0738   glnP TRUE 0.998 13.000 0.400 0.049 Y NA
 2443070 2443071 SAM_0735 SAM_0734     FALSE 0.089 167.000 0.000 NA   NA
 2443071 2443072 SAM_0734 SAM_0733     FALSE 0.198 98.000 0.000 NA   NA
 2443072 2443073 SAM_0733 SAM_0732   thrS FALSE 0.050 240.000 0.000 1.000 N NA
 2443073 2443074 SAM_0732 SAM_0731 thrS   FALSE 0.019 457.000 0.000 1.000 N NA
 2443074 2443075 SAM_0731 SAM_0730     TRUE 0.998 2.000 0.413 0.013 Y NA
 2443075 2443076 SAM_0730 SAM_0729     TRUE 0.818 45.000 0.037 1.000 N NA
 2443076 2443077 SAM_0729 SAM_0728   ccpA TRUE 0.457 132.000 0.041 1.000 N NA
 2443079 2443080 SAM_0726 SAM_0725     TRUE 0.948 16.000 0.012 1.000   NA
 2443080 2443081 SAM_0725 SAM_0724     TRUE 0.331 153.000 0.035 1.000   NA
 2443081 2443082 SAM_0724 SAM_0723     TRUE 0.777 124.000 0.364 1.000 N NA
 2443082 2443083 SAM_0723 SAM_0722   uxaC TRUE 0.998 18.000 0.533 0.001 Y NA
 2443083 2443084 SAM_0722 SAM_0721 uxaC   TRUE 0.996 17.000 0.467 1.000 Y NA
 2443084 2443085 SAM_0721 SAM_0720     TRUE 0.859 117.000 0.583 1.000 N NA
 2443085 2443086 SAM_0720 SAM_0719     TRUE 0.974 29.000 0.333 1.000 N NA
 2443086 2443087 SAM_0719 SAM_0718     TRUE 0.955 17.000 0.000 1.000 Y NA
 2443087 2443088 SAM_0718 SAM_0717     TRUE 0.576 67.000 0.000 NA Y NA
 2443088 2443089 SAM_0717 SAM_0716     FALSE 0.058 206.000 0.000 NA N NA
 2443089 2443090 SAM_0716 SAM_0715     TRUE 0.983 14.000 0.158 1.000   NA
 2443091 2443092 SAM_0714 SAM_0713     TRUE 0.615 -81.000 0.000 NA   NA
 2443093 2443094 SAM_0712 SAM_0711     FALSE 0.092 164.000 0.000 NA   NA
 2443094 2443095 SAM_0711 SAM_0710     TRUE 0.976 -3.000 0.127 NA   NA
 2443098 2443099 SAM_2083 SAM_2082 gidA   TRUE 0.563 67.000 0.011 1.000 N NA
 2443099 2443100 SAM_2082 SAM_2081     TRUE 0.982 6.000 0.119 1.000   NA
 2443100 2443101 SAM_2081 SAM_2080   rplI TRUE 0.949 -13.000 0.007 0.026   NA
 2443101 2443102 SAM_2080 SAM_2079 rplI dnaC TRUE 0.571 43.000 0.000 1.000   NA
 2443102 2443103 SAM_2079 SAM_2078 dnaC dnaC FALSE 0.229 189.000 0.000 0.001   NA
 2443103 2443104 SAM_2078 SAM_2077 dnaC   TRUE 0.971 12.000 0.053 NA   NA
 2443104 2443105 SAM_2077 SAM_2076   rpsD FALSE 0.022 330.000 0.000 NA   NA
 2443106 2443107 SAM_2075 SAM_2074     FALSE 0.085 170.000 0.000 NA   NA
 2443107 2443108 SAM_2074 SAM_2073     FALSE 0.011 677.000 0.000 NA   NA
 2443108 2443109 SAM_2073 SAM_2072     FALSE 0.032 255.000 0.000 NA   NA
 2443110 2443111 SAM_2071 SAM_2070     TRUE 0.862 16.000 0.000 NA   NA
 2443111 2443112 SAM_2070 SAM_2069     FALSE 0.040 236.000 0.000 NA   NA
 2443112 2443113 SAM_2069 SAM_2068     FALSE 0.256 72.000 0.000 NA   NA
 2443113 2443114 SAM_2068 SAM_2067     FALSE 0.130 143.000 0.000 NA   NA
 2443114 2443115 SAM_2067 SAM_2066     FALSE 0.241 77.000 0.000 NA   NA
 2443115 2443116 SAM_2066 SAM_2065     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443116 2443117 SAM_2065 SAM_2064     TRUE 0.995 3.000 0.667 NA   NA
 2443117 2443118 SAM_2064 SAM_2063     FALSE 0.021 342.000 0.000 NA   NA
 2443118 2443119 SAM_2063 SAM_2062     TRUE 0.996 1.000 0.714 NA   NA
 2443119 2443120 SAM_2062 SAM_2061     TRUE 0.989 12.000 0.286 NA   NA
 2443120 2443121 SAM_2061 SAM_2060     FALSE 0.010 878.000 0.000 NA   NA
 2443121 2443122 SAM_2060 SAM_2059     FALSE 0.253 73.000 0.000 NA   NA
 2443122 2443123 SAM_2059 SAM_2058     TRUE 0.557 40.000 0.000 NA   NA
 2443123 2443124 SAM_2058 SAM_2057     TRUE 0.681 -25.000 0.000 NA   NA
 2443124 2443125 SAM_2057 SAM_2056     TRUE 0.271 69.000 0.000 NA   NA
 2443125 2443126 SAM_2056 SAM_2055     TRUE 0.994 -10.000 1.000 NA   NA
 2443126 2443127 SAM_2055 SAM_2054     FALSE 0.014 484.000 0.000 NA   NA
 2443131 2443132 SAM_2050 SAM_2049   est-1 FALSE 0.153 134.000 0.000 NA   NA
 2443132 2443133 SAM_2049 SAM_2048 est-1   TRUE 0.929 23.000 0.035 NA   NA
 2443134 2443135 SAM_2047 SAM_2046 proX   TRUE 0.662 93.000 0.036 0.049 N NA
 2443135 2443136 SAM_2046 SAM_2045   proV TRUE 0.998 3.000 0.382 0.004 Y NA
 2443136 2443137 SAM_2045 SAM_2044 proV   FALSE 0.058 222.000 0.000 1.000 N NA
 2443137 2443138 SAM_2044 SAM_2043     TRUE 0.894 -3.000 0.000 1.000   NA
 2443139 2443140 SAM_2042 SAM_2041 argF arcC TRUE 0.968 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2443140 2443141 SAM_2041 SAM_2040 arcC   FALSE 0.231 94.000 0.000 1.000   NA
 2443142 2443143 SAM_2039 SAM_2038     TRUE 0.992 -16.000 0.492 1.000 Y NA
 2443143 2443144 SAM_2038 SAM_2037     FALSE 0.251 85.000 0.000 1.000   NA
 2443145 2443146 SAM_2036 SAM_2035     TRUE 0.982 33.000 0.750 NA   NA
 2443147 2443148 SAM_2034 SAM_2033     FALSE 0.105 156.000 0.000 NA   NA
 2443148 2443149 SAM_2033 SAM_2032     TRUE 0.759 90.000 0.333 NA   NA
 2443149 2443150 SAM_2032 SAM_2031     TRUE 0.991 -7.000 0.500 1.000   NA
 2443150 2443151 SAM_2031 SAM_2030     TRUE 0.804 124.000 0.500 NA   NA
 2443151 2443152 SAM_2030 SAM_2029     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 2443152 2443153 SAM_2029 SAM_2028     TRUE 0.993 0.000 0.500 NA   NA
 2443153 2443154 SAM_2028 SAM_2027     FALSE 0.055 203.000 0.000 NA   NA
 2443154 2443155 SAM_2027 SAM_2026     FALSE 0.028 321.000 0.000 1.000   NA
 2443155 2443156 SAM_2026 SAM_2025     TRUE 0.952 51.000 0.571 1.000   NA
 2443156 2443157 SAM_2025 SAM_2024     TRUE 0.997 12.000 0.875 NA N NA
 2443157 2443158 SAM_2024 SAM_2023   rpmG FALSE 0.030 293.000 0.000 NA N NA
 2443158 2443159 SAM_2023 SAM_2022 rpmG rpmF TRUE 0.989 16.000 0.012 0.034 Y NA
 2443160 2443161 SAM_2021 SAM_2020 hisS aspS TRUE 0.885 93.000 0.161 0.055 Y NA
 2443161 2443162 SAM_2020 SAM_2019 aspS   TRUE 0.917 -10.000 0.016 NA   NA
 2443162 2443163 SAM_2019 SAM_2018     TRUE 0.506 108.000 0.062 NA   NA
 2443164 2443165 SAM_2017 SAM_2016   argS TRUE 0.460 88.000 0.032 NA   NA
 2443166 2443167 SAM_2015 SAM_2014 argR mutS TRUE 0.645 57.000 0.008 1.000 N NA
 2443169 2443170 SAM_2012 SAM_2011   hexB FALSE 0.175 125.000 0.000 NA   NA
 2443170 2443171 SAM_2011 SAM_2010 hexB   TRUE 0.843 32.000 0.006 1.000   NA
 2443171 2443172 SAM_2010 SAM_2009   ruvA TRUE 0.954 2.000 0.005 1.000   NA
 2443172 2443173 SAM_2009 SAM_2008 ruvA   TRUE 0.965 23.000 0.012 1.000 Y NA
 2443173 2443174 SAM_2008 SAM_2007     TRUE 0.421 89.000 0.011 1.000   NA
 2443174 2443175 SAM_2007 SAM_2006   recA TRUE 0.640 74.000 0.083 1.000   NA
 2443175 2443176 SAM_2006 SAM_2005 recA   FALSE 0.115 216.000 0.004 1.000 N NA
 2443176 2443177 SAM_2005 SAM_2004     FALSE 0.163 202.000 0.032 NA   NA
 2443177 2443178 SAM_2004 SAM_2003     TRUE 0.994 9.000 0.537 NA   NA
 2443178 2443179 SAM_2003 SAM_2002     TRUE 0.987 26.000 0.651 NA   NA
 2443179 2443180 SAM_2002 SAM_2001     FALSE 0.224 83.000 0.000 NA   NA
 2443180 2443181 SAM_2001 SAM_2000     TRUE 0.689 31.000 0.000 NA   NA
 2443182 2443183 SAM_0152 SAM_0153     TRUE 0.987 3.000 0.192 1.000   NA
 2443183 2443184 SAM_0153 SAM_0154     TRUE 0.996 -10.000 0.673 1.000 Y NA
 2443185 2443186 SAM_0155 SAM_0156   tyrS FALSE 0.015 579.000 0.000 1.000   NA
 2443187 2443188 SAM_0157 SAM_0158   rpoB FALSE 0.017 524.000 0.000 1.000 N NA
 2443188 2443189 SAM_0158 SAM_0159 rpoB   TRUE 0.981 87.000 0.851 0.002 Y NA
 2443189 2443190 SAM_0159 SAM_0160     TRUE 0.343 114.000 0.007 NA   NA
 2443190 2443191 SAM_0160 SAM_0161   gspE TRUE 0.296 173.000 0.083 NA   NA
 2443191 2443192 SAM_0161 SAM_0162 gspE pilC TRUE 0.877 89.000 0.639 1.000   NA
 2443192 2443193 SAM_0162 SAM_0163 pilC   TRUE 0.998 -3.000 0.861 1.000 Y NA
 2443193 2443194 SAM_0163 SAM_0164     TRUE 0.886 -25.000 0.040 NA   NA
 2443194 2443195 SAM_0164 SAM_0165     TRUE 0.947 -28.000 0.214 NA   NA
 2443195 2443196 SAM_0165 SAM_0166     TRUE 0.748 83.000 0.250 NA   NA
 2443196 2443197 SAM_0166 SAM_0167     TRUE 0.956 -22.000 0.232 NA   NA
 2443197 2443198 SAM_0167 SAM_0168     TRUE 0.522 115.000 0.087 NA   NA
 2443198 2443199 SAM_0168 SAM_0169   ackA TRUE 0.937 32.000 0.130 1.000 N NA
 2443199 2443200 SAM_0169 SAM_0170 ackA   TRUE 0.438 152.000 0.094 1.000 N NA
 2443200 2443201 SAM_0170 SAM_0171     TRUE 0.369 59.000 0.000 NA   NA
 2443201 2443202 SAM_0171 SAM_0172     TRUE 0.545 41.000 0.000 NA   NA
 2443202 2443203 SAM_0172 SAM_0173     TRUE 0.271 69.000 0.000 NA   NA
 2443204 2443205 SAM_0174 SAM_0175 proC   TRUE 0.613 70.000 0.041 1.000 N NA
 2443205 2443206 SAM_0175 SAM_0176     FALSE 0.069 185.000 0.000 NA   NA
 2443207 2443208 SAM_0177 SAM_0178     TRUE 0.978 -3.000 0.140 NA   NA
 2443208 2443209 SAM_0178 SAM_0179   pheT TRUE 0.953 33.000 0.239 1.000   NA
 2443211 2443212 SAM_0181 SAM_0182 ssbB   TRUE 0.605 40.000 0.000 1.000   NA
 2443212 2443213 SAM_0182 SAM_0183     TRUE 0.774 27.000 0.000 1.000   NA
 2443213 2443214 SAM_0183 SAM_0184     TRUE 0.996 -19.000 0.538 0.017 Y NA
 2443214 2443215 SAM_0184 SAM_0185     TRUE 0.446 170.000 0.178 1.000   NA
 2443215 2443216 SAM_0185 SAM_0186     TRUE 0.997 2.000 0.869 1.000   NA
 2443218 2443219 SAM_0188 SAM_0189     TRUE 0.614 113.000 0.000 0.048 Y NA
 2443219 2443220 SAM_0189 SAM_0190   dppC TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.048 Y NA
 2443220 2443221 SAM_0190 SAM_0191 dppC   TRUE 0.996 12.000 0.333 1.000 Y NA
 2443221 2443222 SAM_0191 SAM_0192     TRUE 0.997 -16.000 0.750 0.035 Y NA
 2443222 2443223 SAM_0192 SAM_0193     FALSE 0.038 283.000 0.000 1.000 N NA
 2443223 2443224 SAM_0193 SAM_0194     TRUE 0.741 222.000 0.650 1.000 Y NA
 2443224 2443225 SAM_0194 SAM_0195     FALSE 0.061 216.000 0.000 1.000 N NA
 2443225 2443226 SAM_0195 SAM_0196     TRUE 0.993 3.000 0.156 0.014 N NA
 2443226 2443227 SAM_0196 SAM_0197     TRUE 0.993 13.000 0.182 0.020   NA
 2443227 2443228 SAM_0197 SAM_0198   tkt TRUE 0.991 3.000 0.333 1.000   NA
 2443228 2443229 SAM_0198 SAM_0199 tkt   TRUE 0.999 -3.000 0.742 0.002 Y NA
 2443231 2443232 SAM_0201 SAM_0202   rpsO FALSE 0.258 88.000 0.000 1.000 N NA
 2443232 2443233 SAM_0202 SAM_0203 rpsO pnp TRUE 0.367 381.000 0.335 1.000 Y NA
 2443233 2443234 SAM_0203 SAM_0204 pnp   TRUE 0.951 2.000 0.009 NA   NA
 2443234 2443235 SAM_0204 SAM_0205   cysE TRUE 0.977 9.000 0.097 NA   NA
 2443235 2443236 SAM_0205 SAM_0206 cysE   TRUE 0.892 10.000 0.000 NA   NA
 2443236 2443237 SAM_0206 SAM_0207   cysS TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443237 2443238 SAM_0207 SAM_0208 cysS   TRUE 0.971 -7.000 0.129 1.000   NA
 2443238 2443239 SAM_0208 SAM_0209     TRUE 0.804 103.000 0.150 0.006   NA
 2443239 2443240 SAM_0209 SAM_0210     TRUE 0.974 -3.000 0.109 NA   NA
 2443240 2443241 SAM_0210 SAM_0211     TRUE 0.462 93.000 0.036 NA   NA
 2443241 2443242 SAM_0211 SAM_0212     FALSE 0.020 345.000 0.000 NA   NA
 2443242 2443243 SAM_0212 SAM_0213   rplM FALSE 0.016 417.000 0.000 NA   NA
 2443243 2443244 SAM_0213 SAM_0214 rplM rpsI TRUE 0.998 21.000 0.601 0.025 Y NA
 2443245 2443246 SAM_0215 SAM_0216     TRUE 0.365 64.000 0.000 1.000   NA
 2443247 2443248 SAM_0217 SAM_0218     TRUE 0.766 136.000 0.500 NA   NA
 2443248 2443249 SAM_0218 SAM_0219     TRUE 0.994 11.000 0.500 NA   NA
 2443249 2443250 SAM_0219 SAM_0220     TRUE 0.997 13.000 1.000 NA   NA
 2443250 2443251 SAM_0220 SAM_0221     TRUE 0.996 4.000 0.667 NA   NA
 2443251 2443252 SAM_0221 SAM_0222     FALSE 0.064 190.000 0.000 NA   NA
 2443252 2443253 SAM_0222 SAM_0223     TRUE 0.594 36.000 0.000 NA   NA
 2443255 2443256 SAM_0225 SAM_0226 pre   TRUE 0.808 168.000 1.000 NA   NA
 2443257 2443258 SAM_0227 SAM_0228     TRUE 0.987 -10.000 0.500 NA   NA
 2443259 2443260 SAM_0968 SAM_0967     TRUE 0.278 153.000 0.024 NA   NA
 2443260 2443261 SAM_0967 SAM_0966     TRUE 0.960 16.000 0.039 NA N NA
 2443261 2443262 SAM_0966 SAM_0965   gyrA TRUE 0.959 7.000 0.013 NA N NA
 2443264 2443265 SAM_0963 SAM_0962   rbsC-2 FALSE 0.064 205.000 0.000 1.000   NA
 2443265 2443266 SAM_0962 SAM_0961 rbsC-2 rbsC-1 TRUE 0.998 2.000 0.720 0.047   NA
 2443266 2443267 SAM_0961 SAM_0960 rbsC-1 rbsA-1 TRUE 0.989 -7.000 0.438 1.000   NA
 2443267 2443268 SAM_0960 SAM_0959 rbsA-1 tmbC TRUE 0.370 145.000 0.036 1.000   NA
 2443268 2443269 SAM_0959 SAM_0958 tmbC cdd TRUE 0.855 65.000 0.300 1.000   NA
 2443269 2443270 SAM_0958 SAM_0957 cdd   FALSE 0.035 299.000 0.000 1.000 N NA
 2443271 2443272 SAM_0956 SAM_0955   rpsT TRUE 0.651 60.000 0.014 1.000 N NA
 2443273 2443274 SAM_0954 SAM_0953 glnH   TRUE 0.968 -58.000 0.154 1.000 Y NA
 2443274 2443275 SAM_0953 SAM_0952   glnP TRUE 0.992 10.000 0.130 1.000 Y NA
 2443275 2443276 SAM_0952 SAM_0951 glnP phnA TRUE 0.384 135.000 0.018 1.000 N NA
 2443276 2443277 SAM_0951 SAM_0950 phnA glmS FALSE 0.232 163.000 0.008 1.000 N NA
 2443279 2443280 SAM_0948 SAM_0947   pyk TRUE 0.317 171.000 0.072 1.000   NA
 2443280 2443281 SAM_0947 SAM_0946 pyk   TRUE 0.652 253.000 0.261 0.006 Y NA
 2443281 2443282 SAM_0946 SAM_0945   dnaE TRUE 0.653 81.000 0.098 1.000 N NA
 2443283 2443284 SAM_0944 SAM_0943     TRUE 0.993 1.000 0.412 1.000 N NA
 2443284 2443285 SAM_0943 SAM_0942     TRUE 0.993 12.000 0.471 NA   NA
 2443288 2443289 SAM_0939 SAM_0938     TRUE 0.906 0.000 0.000 1.000   NA
 2443289 2443290 SAM_0938 SAM_0937     TRUE 0.941 22.000 0.000 0.002   NA
 2443290 2443291 SAM_0937 SAM_0936     FALSE 0.139 150.000 0.000 1.000   NA
 2443291 2443292 SAM_0936 SAM_0935     TRUE 0.906 0.000 0.000 1.000   NA
 2443292 2443293 SAM_0935 SAM_0934     TRUE 0.959 9.000 0.010 1.000   NA
 2443293 2443294 SAM_0934 SAM_0933     FALSE 0.230 100.000 0.000 1.000   NA
 2443294 2443295 SAM_0933 SAM_0932     TRUE 0.966 7.000 0.000 0.014   NA
 2443295 2443296 SAM_0932 SAM_0931   lepA FALSE 0.042 247.000 0.000 1.000   NA
 2443296 2443297 SAM_0931 SAM_0930 lepA   TRUE 0.308 136.000 0.003 1.000 N NA
 11477352 2443297   SAM_0930     FALSE NA 575.000 0.000 NA   NA
 11619715 2443297   SAM_0930     FALSE NA 575.000 0.000 NA   NA
 11762107 2443297   SAM_0930     FALSE NA 575.000 0.000 NA   NA
 11477353 2443297   SAM_0930     FALSE NA 594.000 0.000 NA   NA
 11619716 2443297   SAM_0930     FALSE NA 594.000 0.000 NA   NA
 11762108 2443297   SAM_0930     FALSE NA 594.000 0.000 NA   NA
 11477354 2443297   SAM_0930     FALSE NA 624.000 0.000 NA   NA
 11619717 2443297   SAM_0930     FALSE NA 624.000 0.000 NA   NA
 11762109 2443297   SAM_0930     FALSE NA 624.000 0.000 NA   NA
 11477355 2443297   SAM_0930     FALSE NA 660.000 0.000 NA   NA
 11619718 2443297   SAM_0930     FALSE NA 660.000 0.000 NA   NA
 11762110 2443297   SAM_0930     FALSE NA 660.000 0.000 NA   NA
 11477356 2443297   SAM_0930     FALSE NA 690.000 0.000 NA   NA
 11619719 2443297   SAM_0930     FALSE NA 690.000 0.000 NA   NA
 11762111 2443297   SAM_0930     FALSE NA 690.000 0.000 NA   NA
 11477357 2443297   SAM_0930     FALSE NA 726.000 0.000 NA   NA
 11619720 2443297   SAM_0930     FALSE NA 726.000 0.000 NA   NA
 11762112 2443297   SAM_0930     FALSE NA 726.000 0.000 NA   NA
 11477358 2443297   SAM_0930     FALSE NA 756.000 0.000 NA   NA
 11619721 2443297   SAM_0930     FALSE NA 756.000 0.000 NA   NA
 11762113 2443297   SAM_0930     FALSE NA 756.000 0.000 NA   NA
 11477359 2443297   SAM_0930     FALSE NA 792.000 0.000 NA   NA
 11619722 2443297   SAM_0930     FALSE NA 792.000 0.000 NA   NA
 11762114 2443297   SAM_0930     FALSE NA 792.000 0.000 NA   NA
 11477360 2443297   SAM_0930     FALSE NA 822.000 0.000 NA   NA
 11619723 2443297   SAM_0930     FALSE NA 822.000 0.000 NA   NA
 11762115 2443297   SAM_0930     FALSE NA 822.000 0.000 NA   NA
 11477361 2443297   SAM_0930     FALSE NA 858.000 0.000 NA   NA
 11619724 2443297   SAM_0930     FALSE NA 858.000 0.000 NA   NA
 11762116 2443297   SAM_0930     FALSE NA 858.000 0.000 NA   NA
 11477362 2443297   SAM_0930     FALSE NA 888.000 0.000 NA   NA
 11619725 2443297   SAM_0930     FALSE NA 888.000 0.000 NA   NA
 11762117 2443297   SAM_0930     FALSE NA 888.000 0.000 NA   NA
 11477363 2443297   SAM_0930     FALSE NA 924.000 0.000 NA   NA
 11619726 2443297   SAM_0930     FALSE NA 924.000 0.000 NA   NA
 11762118 2443297   SAM_0930     FALSE NA 924.000 0.000 NA   NA
 11477364 2443297   SAM_0930     FALSE NA 954.000 0.000 NA   NA
 11619727 2443297   SAM_0930     FALSE NA 954.000 0.000 NA   NA
 11762119 2443297   SAM_0930     FALSE NA 954.000 0.000 NA   NA
 11477365 2443297   SAM_0930     FALSE NA 990.000 0.000 NA   NA
 11619728 2443297   SAM_0930     FALSE NA 990.000 0.000 NA   NA
 11762120 2443297   SAM_0930     FALSE NA 990.000 0.000 NA   NA
 11477366 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1019.000 0.000 NA   NA
 11619729 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1019.000 0.000 NA   NA
 11762121 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1019.000 0.000 NA   NA
 11477367 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1055.000 0.000 NA   NA
 11619730 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1055.000 0.000 NA   NA
 11762122 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1055.000 0.000 NA   NA
 11477368 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1085.000 0.000 NA   NA
 11619731 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1085.000 0.000 NA   NA
 11762123 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1085.000 0.000 NA   NA
 11477369 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1121.000 0.000 NA   NA
 11619732 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1121.000 0.000 NA   NA
 11762124 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1121.000 0.000 NA   NA
 11477370 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1151.000 0.000 NA   NA
 11619733 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1151.000 0.000 NA   NA
 11762125 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1151.000 0.000 NA   NA
 11477371 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1187.000 0.000 NA   NA
 11619734 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1187.000 0.000 NA   NA
 11762126 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1187.000 0.000 NA   NA
 11477372 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1217.000 0.000 NA   NA
 11619735 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1217.000 0.000 NA   NA
 11762127 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1217.000 0.000 NA   NA
 11477373 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1253.000 0.000 NA   NA
 11619736 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1253.000 0.000 NA   NA
 11762128 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1253.000 0.000 NA   NA
 11477374 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1283.000 0.000 NA   NA
 11619737 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1283.000 0.000 NA   NA
 11762129 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1283.000 0.000 NA   NA
 11477375 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1319.000 0.000 NA   NA
 11619738 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1319.000 0.000 NA   NA
 11762130 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1319.000 0.000 NA   NA
 11477376 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1349.000 0.000 NA   NA
 11619739 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1349.000 0.000 NA   NA
 11762131 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1349.000 0.000 NA   NA
 11477377 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1385.000 0.000 NA   NA
 11619740 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1385.000 0.000 NA   NA
 11762132 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1385.000 0.000 NA   NA
 11477378 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1415.000 0.000 NA   NA
 11619741 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1415.000 0.000 NA   NA
 11762133 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1415.000 0.000 NA   NA
 11477379 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1451.000 0.000 NA   NA
 11619742 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1451.000 0.000 NA   NA
 11762134 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1451.000 0.000 NA   NA
 11477380 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1481.000 0.000 NA   NA
 11619743 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1481.000 0.000 NA   NA
 11762135 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1481.000 0.000 NA   NA
 11477381 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1517.000 0.000 NA   NA
 11619744 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1517.000 0.000 NA   NA
 11762136 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1517.000 0.000 NA   NA
 11477382 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1547.000 0.000 NA   NA
 11619745 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1547.000 0.000 NA   NA
 11762137 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1547.000 0.000 NA   NA
 11477383 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1583.000 0.000 NA   NA
 11619746 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1583.000 0.000 NA   NA
 11762138 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1583.000 0.000 NA   NA
 11477384 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1613.000 0.000 NA   NA
 11619747 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1613.000 0.000 NA   NA
 11762139 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1613.000 0.000 NA   NA
 11477385 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1649.000 0.000 NA   NA
 11619748 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1649.000 0.000 NA   NA
 11762140 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1649.000 0.000 NA   NA
 11477386 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1679.000 0.000 NA   NA
 11619749 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1679.000 0.000 NA   NA
 11762141 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1679.000 0.000 NA   NA
 11477387 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1715.000 0.000 NA   NA
 11619750 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1715.000 0.000 NA   NA
 11762142 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1715.000 0.000 NA   NA
 11477388 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1745.000 0.000 NA   NA
 11619751 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1745.000 0.000 NA   NA
 11762143 2443297   SAM_0930     FALSE NA 1745.000 0.000 NA   NA
 2443299 2443300 SAM_0928 SAM_0927   cas2 TRUE 0.972 -13.000 0.253 NA   NA
 2443300 2443301 SAM_0927 SAM_0926 cas2 cas1 TRUE 0.997 12.000 0.876 NA   NA
 2443301 2443302 SAM_0926 SAM_0925 cas1   TRUE 0.994 2.000 0.546 NA   NA
 2443302 2443303 SAM_0925 SAM_0924     FALSE 0.018 388.000 0.000 NA   NA
 2443303 2443304 SAM_0924 SAM_0923     TRUE 0.963 -25.000 0.330 NA   NA
 2443304 2443305 SAM_0923 SAM_0922     TRUE 0.975 1.000 0.055 1.000 N NA
 2443305 2443306 SAM_0922 SAM_0921     TRUE 0.977 4.000 0.060 1.000 N NA
 2443306 2443307 SAM_0921 SAM_0920     FALSE 0.198 92.000 0.000 NA   NA
 2443307 2443308 SAM_0920 SAM_0919     TRUE 0.956 25.000 0.143 NA   NA
 2443308 2443309 SAM_0919 SAM_0918   glmM FALSE 0.179 123.000 0.000 NA   NA
 2443309 2443310 SAM_0918 SAM_0917 glmM   TRUE 0.825 54.000 0.150 NA   NA
 2443311 2443312 SAM_1453 SAM_1452     FALSE 0.059 196.000 0.000 NA   NA
 2443312 2443313 SAM_1452 SAM_1451     TRUE 0.496 133.000 0.007 0.069 N NA
 2443313 2443314 SAM_1451 SAM_1450   vacB TRUE 0.545 113.000 0.064 1.000 N NA
 2443314 2443315 SAM_1450 SAM_1449 vacB smpB TRUE 0.992 3.000 0.143 0.027 N NA
 2443316 2443317 SAM_1448 SAM_1447     FALSE 0.181 129.000 0.000 NA N NA
 2443317 2443318 SAM_1447 SAM_1446   gloA FALSE 0.181 129.000 0.000 NA N NA
 2443318 2443319 SAM_1446 SAM_1445 gloA   TRUE 0.439 88.000 0.009 1.000 N NA
 2443320 2443321 SAM_1444 SAM_1443   rsuA FALSE 0.075 191.000 0.000 1.000   NA
 2443321 2443322 SAM_1443 SAM_1442 rsuA nylA TRUE 0.506 85.000 0.000 1.000 Y NA
 2443322 2443323 SAM_1442 SAM_1441 nylA   TRUE 0.442 110.000 0.000 0.011   NA
 2443325 2443326 SAM_1439 SAM_1438   obg TRUE 0.572 61.000 0.011 NA   NA
 2443326 2443327 SAM_1438 SAM_1437 obg   TRUE 0.878 26.000 0.009 NA   NA
 2443328 2443329 SAM_1436 SAM_1435   glnQ FALSE 0.120 149.000 0.000 NA   NA
 2443329 2443330 SAM_1435 SAM_1434 glnQ   TRUE 0.996 0.000 0.326 1.000 Y NA
 2443331 2443332 SAM_1433 SAM_1432   uvrB TRUE 0.350 61.000 0.000 NA   NA
 2443333 2443334 SAM_1431 SAM_1430     TRUE 0.823 102.000 0.500 NA   NA
 2443334 2443335 SAM_1430 SAM_1429     TRUE 0.876 69.000 0.500 NA   NA
 2443336 2443337 SAM_1428 SAM_1427 clfB   FALSE 0.022 331.000 0.000 NA   NA
 2443337 2443338 SAM_1427 SAM_1426     TRUE 0.893 9.000 0.000 NA   NA
 2443338 2443339 SAM_1426 SAM_1425     TRUE 0.985 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 2443339 2443340 SAM_1425 SAM_1424     TRUE 0.973 -10.000 0.000 0.003 Y NA
 2443340 2443341 SAM_1424 SAM_1423   V TRUE 0.710 -19.000 0.000 NA   NA
 2443341 2443342 SAM_1423 SAM_1422 V   TRUE 0.350 61.000 0.000 NA   NA
 2443342 2443343 SAM_1422 SAM_1421   secY FALSE 0.177 124.000 0.000 NA   NA
 2443343 2443344 SAM_1421 SAM_1420 secY   TRUE 0.948 0.000 0.007 NA   NA
 2443344 2443345 SAM_1420 SAM_1419     TRUE 0.894 7.000 0.000 NA   NA
 2443345 2443346 SAM_1419 SAM_1418     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443346 2443347 SAM_1418 SAM_1417   secA TRUE 0.770 -13.000 0.000 NA   NA
 2443347 2443348 SAM_1417 SAM_1416 secA   TRUE 0.907 14.000 0.000 1.000 N NA
 2443348 2443349 SAM_1416 SAM_1415     TRUE 0.977 -7.000 0.200 NA   NA
 2443349 2443350 SAM_1415 SAM_1414     TRUE 0.891 11.000 0.000 NA   NA
 2443350 2443351 SAM_1414 SAM_1413     FALSE 0.220 84.000 0.000 NA   NA
 2443352 2443353 SAM_1412 SAM_1411     TRUE 0.627 68.000 0.000 0.001   NA
 2443353 2443354 SAM_1411 SAM_1410   malG FALSE 0.112 231.000 0.000 0.044   NA
 2443354 2443355 SAM_1410 SAM_1409 malG malF TRUE 0.999 0.000 0.793 0.044 Y NA
 2443355 2443356 SAM_1409 SAM_1408 malF   TRUE 0.965 98.000 0.690 0.044 Y NA
 2443358 2443359 SAM_0571 SAM_0572     TRUE 0.966 -7.000 0.094 1.000   NA
 2443359 2443360 SAM_0572 SAM_0573   rplS FALSE 0.033 580.000 0.006 1.000 N NA
 2443362 2443363 SAM_0575 SAM_0576     FALSE 0.095 162.000 0.000 NA   NA
 2443363 2443364 SAM_0576 SAM_0577     TRUE 0.799 22.000 0.000 NA   NA
 2443364 2443365 SAM_0577 SAM_0578     TRUE 0.416 126.000 0.000 0.011   NA
 2443367 2443368 SAM_0580 SAM_0581     TRUE 0.997 10.000 0.917 1.000 N NA
 2443368 2443369 SAM_0581 SAM_0582     TRUE 0.995 0.000 0.542 1.000 N NA
 2443369 2443370 SAM_0582 SAM_0583     TRUE 0.815 97.000 0.409 1.000 N NA
 2443370 2443371 SAM_0583 SAM_0584     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 2443373 2443374 SAM_0586 SAM_0587     TRUE 0.535 42.000 0.000 NA   NA
 2443374 2443375 SAM_0587 SAM_0588   mreB-2 FALSE 0.016 425.000 0.000 NA   NA
 2443375 2443376 SAM_0588 SAM_0589 mreB-2 pgp TRUE 0.779 119.000 0.385 1.000   NA
 2443376 2443377 SAM_0589 SAM_0590 pgp gyrB TRUE 0.428 91.000 0.013 1.000   NA
 2443377 2443378 SAM_0590 SAM_0591 gyrB   TRUE 0.432 94.000 0.011 1.000 N NA
 2443378 2443379 SAM_0591 SAM_0592   serB TRUE 0.422 94.000 0.009 1.000 N NA
 2443380 2443381 SAM_0593 SAM_0594     TRUE 0.887 13.000 0.000 NA   NA
 2443384 2443385 SAM_0597 SAM_0598 aroA aroK TRUE 0.974 -7.000 0.012 1.000 Y NA
 2443385 2443386 SAM_0598 SAM_0599 aroK   TRUE 0.786 57.000 0.111 NA N NA
 2443386 2443387 SAM_0599 SAM_0600     TRUE 0.565 101.000 0.093 NA N NA
 2443387 2443388 SAM_0600 SAM_0601     FALSE 0.013 522.000 0.000 NA   NA
 2443389 2443390 SAM_0602 SAM_0603     FALSE 0.228 82.000 0.000 NA   NA
 2443390 2443391 SAM_0603 SAM_0604     FALSE 0.011 688.000 0.000 NA   NA
 2443393 2443394 SAM_0606 SAM_0607 tetM   FALSE 0.018 377.000 0.000 NA   NA
 2443394 2443395 SAM_0607 SAM_0608     TRUE 0.872 15.000 0.000 NA   NA
 2443395 2443396 SAM_0608 SAM_0609     TRUE 0.609 -91.000 0.000 NA   NA
 2443396 2443397 SAM_0609 SAM_0610     TRUE 0.586 -439.000 0.000 NA   NA
 2443397 2443398 SAM_0610 SAM_0611     TRUE 0.892 3.000 0.000 NA   NA
 2443398 2443399 SAM_0611 SAM_0612     TRUE 0.741 -16.000 0.000 NA   NA
 2443399 2443400 SAM_0612 SAM_0613     TRUE 0.681 -25.000 0.000 NA   NA
 2443400 2443401 SAM_0613 SAM_0614     FALSE 0.183 117.000 0.000 NA   NA
 2443401 2443402 SAM_0614 SAM_0615     TRUE 0.523 43.000 0.000 NA   NA
 2443402 2443403 SAM_0615 SAM_0616     FALSE 0.089 178.000 0.000 1.000   NA
 2443403 2443404 SAM_0616 SAM_0617     TRUE 0.714 29.000 0.000 NA   NA
 2443404 2443405 SAM_0617 SAM_0618     TRUE 0.862 16.000 0.000 NA   NA
 2443405 2443406 SAM_0618 SAM_0619     FALSE 0.015 450.000 0.000 NA   NA
 2443406 2443407 SAM_0619 SAM_0620     FALSE 0.237 79.000 0.000 NA   NA
 2443409 2443410 SAM_1315 SAM_1314   pfoS/R TRUE 0.447 137.000 0.059 1.000   NA
 2443410 2443411 SAM_1314 SAM_1313 pfoS/R panE TRUE 0.991 13.000 0.333 1.000   NA
 2443411 2443412 SAM_1313 SAM_1312 panE   FALSE 0.058 212.000 0.000 1.000   NA
 2443412 2443413 SAM_1312 SAM_1311     FALSE 0.153 144.000 0.000 1.000   NA
 2443413 2443414 SAM_1311 SAM_1310   lacR FALSE 0.204 131.000 0.000 1.000 N NA
 2443414 2443415 SAM_1310 SAM_1309 lacR   TRUE 0.998 -3.000 0.721 1.000 Y NA
 2443415 2443416 SAM_1309 SAM_1308   fruA-2 TRUE 0.991 36.000 0.816 1.000 Y NA
 2443416 2443417 SAM_1308 SAM_1307 fruA-2   FALSE 0.065 189.000 0.000 NA   NA
 2443417 2443418 SAM_1307 SAM_1306     TRUE 0.440 51.000 0.000 NA   NA
 2443418 2443419 SAM_1306 SAM_1305     TRUE 0.622 72.000 0.083 NA   NA
 2443419 2443420 SAM_1305 SAM_1304     TRUE 0.970 0.000 0.056 NA   NA
 2443420 2443421 SAM_1304 SAM_1303   pcnA FALSE 0.069 185.000 0.000 NA   NA
 2443421 2443422 SAM_1303 SAM_1302 pcnA   TRUE 0.974 11.000 0.056 1.000   NA
 2443422 2443423 SAM_1302 SAM_1301     TRUE 0.947 -3.000 0.006 1.000   NA
 2443423 2443424 SAM_1301 SAM_1300     TRUE 0.578 67.000 0.013 1.000 N NA
 2443424 2443425 SAM_1300 SAM_1299     TRUE 0.999 5.000 0.846 0.007 Y NA
 2443427 2443428 SAM_1297 SAM_1296 gdhA def TRUE 0.642 70.000 0.056 1.000 N NA
 2443430 2443431 SAM_1294 SAM_1293     TRUE 0.928 47.000 0.296 1.000 N NA
 2443431 2443432 SAM_1293 SAM_1292     TRUE 0.999 -10.000 1.000 0.007 Y NA
 2443432 2443433 SAM_1292 SAM_1291     FALSE 0.224 108.000 0.000 1.000   NA
 2443433 2443434 SAM_1291 SAM_1290     TRUE 0.996 2.000 0.800 1.000   NA
 2443434 2443435 SAM_1290 SAM_1289     TRUE 0.997 0.000 0.533 1.000 Y NA
 2443435 2443436 SAM_1289 SAM_1288   mvk FALSE 0.231 116.000 0.000 1.000 N NA
 2443436 2443437 SAM_1288 SAM_1287 mvk mvaD TRUE 0.994 -18.000 0.281 0.004 Y NA
 2443437 2443438 SAM_1287 SAM_1286 mvaD   TRUE 0.997 -7.000 0.312 0.005 Y NA
 2443438 2443439 SAM_1286 SAM_1285     TRUE 0.977 -3.000 0.097 1.000 N NA
 2443439 2443440 SAM_1285 SAM_1284     TRUE 0.283 68.000 0.000 NA   NA
 2443441 2443442 SAM_1283 SAM_1282     FALSE 0.214 101.000 0.000 NA N NA
 2443442 2443443 SAM_1282 SAM_1281     TRUE 0.654 87.000 0.135 1.000   NA
 2443443 2443444 SAM_1281 SAM_1280     TRUE 0.644 86.000 0.146 NA   NA
 2443444 2443445 SAM_1280 SAM_1279     TRUE 0.420 92.000 0.020 NA   NA
 2443445 2443446 SAM_1279 SAM_1278     TRUE 0.994 2.000 0.183 1.000 Y NA
 2443447 2443448 SAM_1277 SAM_1276 thyA folA TRUE 0.806 80.000 0.295 1.000 N NA
 2443448 2443449 SAM_1276 SAM_1275 folA   TRUE 0.945 18.000 0.030 NA   NA
 2443449 2443450 SAM_1275 SAM_1274   clpX TRUE 0.856 30.000 0.012 NA   NA
 2443450 2443451 SAM_1274 SAM_1273 clpX   TRUE 0.972 11.000 0.043 1.000   NA
 2443453 2443454 SAM_1271 SAM_1270     TRUE 0.644 -39.000 0.000 NA   NA
 2443454 2443455 SAM_1270 SAM_1269     TRUE 0.425 52.000 0.000 NA   NA
 2443455 2443456 SAM_1269 SAM_1268     FALSE 0.101 158.000 0.000 NA   NA
 2443456 2443457 SAM_1268 SAM_1267     FALSE 0.163 130.000 0.000 NA   NA
 2443457 2443458 SAM_1267 SAM_1266     TRUE 0.952 -97.000 0.093 1.000 Y NA
 2443461 2443462 SAM_0001 SAM_0002   prsA TRUE 0.567 124.000 0.107 1.000   NA
 2443462 2443463 SAM_0002 SAM_0003 prsA aspB-3 TRUE 0.712 108.000 0.048 1.000 Y NA
 2443463 2443464 SAM_0003 SAM_0004 aspB-3 recO TRUE 0.936 20.000 0.012 1.000 N NA
 2443464 2443465 SAM_0004 SAM_0006 recO   FALSE 0.200 90.000 0.000 NA   NA
 2443467 2443468 SAM_0007 SAM_0008 plsX   TRUE 0.889 -19.000 0.017 1.000   NA
 2443468 2443469 SAM_0008 SAM_0009     TRUE 0.700 -21.000 0.000 NA   NA
 2443469 2443470 SAM_0009 SAM_0010   purC TRUE 0.379 124.000 0.017 NA   NA
 2443470 2443471 SAM_0010 SAM_0011 purC   TRUE 0.900 48.000 0.043 1.000 Y NA
 2443471 2443472 SAM_0011 SAM_0012   purF TRUE 0.274 234.000 0.024 1.000 Y NA
 2443472 2443473 SAM_0012 SAM_0013 purF purM TRUE 0.985 28.000 0.248 1.000 Y NA
 2443473 2443474 SAM_0013 SAM_0014 purM purN TRUE 0.846 168.000 0.238 0.002 Y NA
 2443474 2443475 SAM_0014 SAM_0015 purN   TRUE 0.900 23.000 0.003 1.000   NA
 2443475 2443476 SAM_0015 SAM_0016   purH TRUE 0.916 20.000 0.002 1.000   NA
 2443476 2443477 SAM_0016 SAM_0017 purH   FALSE 0.074 193.000 0.000 1.000   NA
 2443477 2443478 SAM_0017 SAM_0018     FALSE 0.146 147.000 0.000 1.000   NA
 2443478 2443479 SAM_0018 SAM_0019     FALSE 0.024 355.000 0.000 1.000   NA
 2443479 2443480 SAM_0019 SAM_0020     TRUE 0.777 47.000 0.000 1.000 Y NA
 2443480 2443481 SAM_0020 SAM_0021     TRUE 0.650 88.000 0.000 0.043 Y NA
 2443481 2443482 SAM_0021 SAM_0022     TRUE 0.999 10.000 1.000 0.043 Y NA
 2443482 2443483 SAM_0022 SAM_0023     TRUE 0.994 13.000 0.250 NA Y NA
 2443483 2443484 SAM_0023 SAM_0024     TRUE 0.822 20.000 0.000 NA   NA
 2443484 2443485 SAM_0024 SAM_0025     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443485 2443486 SAM_0025 SAM_0026   xylR-2 TRUE 0.885 17.000 0.000 1.000 N NA
 2443486 2443487 SAM_0026 SAM_0027 xylR-2   TRUE 0.982 8.000 0.105 1.000 N NA
 2443489 2443490 SAM_0029 SAM_0030 purD purE TRUE 0.431 185.000 0.044 1.000 Y NA
 2443490 2443491 SAM_0030 SAM_0031 purE purK TRUE 0.993 -13.000 0.136 0.001 Y NA
 2443491 2443492 SAM_0031 SAM_0032 purK   TRUE 0.407 54.000 0.000 NA   NA
 2443492 2443493 SAM_0032 SAM_0033   purB TRUE 0.766 25.000 0.000 NA   NA
 2443493 2443494 SAM_0033 SAM_0034 purB   FALSE 0.245 152.000 0.005 1.000   NA
 2443494 2443495 SAM_0034 SAM_0036   ruvB FALSE 0.048 339.000 0.002 1.000   NA
 2443497 2443498 SAM_0037 SAM_0038     TRUE 0.961 7.000 0.019 NA   NA
 2443498 2443499 SAM_0038 SAM_0040     TRUE 0.989 -3.000 0.351 NA   NA
 2443499 2443500 SAM_0040 SAM_0039     TRUE 0.581 -553.000 0.000 NA   NA
 2443500 2443501 SAM_0039 SAM_0041     FALSE 0.010 1495.000 0.000 NA   NA
 2443502 2443503 SAM_0623 SAM_0624     FALSE 0.259 71.000 0.000 NA   NA
 2443503 2443504 SAM_0624 SAM_0625     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443504 2443505 SAM_0625 SAM_0626     TRUE 0.750 26.000 0.000 NA   NA
 2443505 2443506 SAM_0626 SAM_0627     TRUE 0.283 68.000 0.000 NA   NA
 2443506 2443507 SAM_0627 SAM_0628     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443507 2443508 SAM_0628 SAM_0629     TRUE 0.991 -7.000 0.545 NA   NA
 2443508 2443509 SAM_0629 SAM_0630     TRUE 0.990 14.000 0.364 NA   NA
 2443509 2443510 SAM_0630 SAM_0631     TRUE 0.986 -3.000 0.250 NA   NA
 2443510 2443511 SAM_0631 SAM_0632     FALSE 0.022 331.000 0.000 NA   NA
 2443511 2443512 SAM_0632 SAM_0633     TRUE 0.990 9.000 0.308 NA   NA
 2443512 2443513 SAM_0633 SAM_0634     TRUE 0.982 3.000 0.148 NA   NA
 2443513 2443514 SAM_0634 SAM_0635     TRUE 0.978 12.000 0.111 NA   NA
 2443514 2443515 SAM_0635 SAM_0636     TRUE 0.271 69.000 0.000 NA   NA
 2443515 2443516 SAM_0636 SAM_0637     FALSE 0.161 131.000 0.000 NA   NA
 2443516 2443517 SAM_0637 SAM_0638     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443517 2443518 SAM_0638 SAM_0639     TRUE 0.996 0.000 0.750 NA   NA
 2443518 2443519 SAM_0639 SAM_0641     TRUE 0.985 13.000 0.200 NA   NA
 2443521 2443522 SAM_0642 SAM_0643     TRUE 0.890 2.000 0.000 NA   NA
 2443522 2443523 SAM_0643 SAM_0644     FALSE 0.133 141.000 0.000 NA   NA
 2443523 2443524 SAM_0644 SAM_0646     FALSE 0.025 308.000 0.000 NA   NA
 2443524 2443525 SAM_0646 SAM_0645     TRUE 0.593 -258.000 0.000 NA   NA
 2443525 2443526 SAM_0645 SAM_0647     FALSE 0.010 886.000 0.000 NA   NA
 2443526 2443527 SAM_0647 SAM_0648     FALSE 0.263 70.000 0.000 NA   NA
 2443527 2443528 SAM_0648 SAM_0649     TRUE 0.974 14.000 0.095 NA   NA
 2443528 2443529 SAM_0649 SAM_0650     FALSE 0.033 250.000 0.000 NA   NA
 2443529 2443530 SAM_0650 SAM_0651   aphA TRUE 0.389 118.000 0.017 NA   NA
 2443530 2443531 SAM_0651 SAM_0652 aphA   FALSE 0.023 321.000 0.000 NA   NA
 2443534 2443535 SAM_0655 SAM_0656     TRUE 0.997 17.000 0.333 0.060 Y NA
 2443537 2443538 SAM_0658 SAM_0659     TRUE 0.929 -36.000 0.010 0.004   NA
 2443538 2443539 SAM_0659 SAM_0660     FALSE 0.073 194.000 0.000 1.000   NA
 2443540 2443541 SAM_0661 SAM_0662     TRUE 0.467 89.000 0.000 0.011   NA
 2443541 2443542 SAM_0662 SAM_0663     TRUE 0.890 2.000 0.000 NA   NA
 2443542 2443543 SAM_0663 SAM_0664     TRUE 0.994 -43.000 1.000 NA Y NA
 2443543 2443544 SAM_0664 SAM_0665     TRUE 0.886 82.000 0.667 NA   NA
 2443544 2443545 SAM_0665 SAM_0666     FALSE 0.030 275.000 0.000 NA   NA
 2443545 2443546 SAM_0666 SAM_0667     FALSE 0.033 249.000 0.000 NA   NA
 2443546 2443547 SAM_0667 SAM_0668     FALSE 0.013 521.000 0.000 NA   NA
 2443549 2443550 SAM_0670 SAM_0671     FALSE 0.180 122.000 0.000 NA   NA
 2443550 2443551 SAM_0671 SAM_0672     FALSE 0.010 1119.000 0.000 NA   NA
 2443551 2443552 SAM_0672 SAM_0673     TRUE 0.350 61.000 0.000 NA   NA
 2443552 2443553 SAM_0673 SAM_0674   drrA FALSE 0.069 200.000 0.000 1.000   NA
 2443553 2443554 SAM_0674 SAM_0675 drrA   TRUE 0.892 3.000 0.000 NA   NA
 2443554 2443555 SAM_0675 SAM_0676     FALSE 0.058 197.000 0.000 NA   NA
 2443556 2443557 SAM_0420 SAM_0421   ychF FALSE 0.069 244.000 0.002 NA   NA
 2443557 2443558 SAM_0421 SAM_0422 ychF pth TRUE 0.852 84.000 0.184 1.000 Y NA
 2443558 2443559 SAM_0422 SAM_0423 pth   TRUE 0.982 -3.000 0.137 1.000 N NA
 2443559 2443560 SAM_0423 SAM_0424     FALSE 0.096 291.000 0.024 1.000 N NA
 2443560 2443561 SAM_0424 SAM_0425     TRUE 0.943 -13.000 0.053 1.000 N NA
 2443561 2443562 SAM_0425 SAM_0426     TRUE 0.952 3.000 0.009 NA   NA
 2443562 2443563 SAM_0426 SAM_0427     TRUE 0.977 0.000 0.105 NA   NA
 2443563 2443564 SAM_0427 SAM_0428     TRUE 0.964 2.000 0.014 1.000 N NA
 2443564 2443565 SAM_0428 SAM_0429   hpt TRUE 0.988 5.000 0.067 0.047 N NA
 2443565 2443566 SAM_0429 SAM_0430 hpt ftsH TRUE 0.974 23.000 0.192 1.000 N NA
 2443567 2443568 SAM_0431 SAM_0432     TRUE 0.466 84.000 0.025 NA   NA
 2443569 2443570 SAM_0433 SAM_0434     FALSE 0.037 269.000 0.000 1.000   NA
 2443570 2443571 SAM_0434 SAM_0435     FALSE 0.154 143.000 0.000 1.000   NA
 2443571 2443572 SAM_0435 SAM_0436     FALSE 0.080 188.000 0.000 1.000   NA
 2443572 2443573 SAM_0436 SAM_0437     FALSE 0.049 210.000 0.000 NA   NA
 2443573 2443574 SAM_0437 SAM_0438     FALSE 0.013 552.000 0.000 NA   NA
 2443574 2443575 SAM_0438 SAM_0439   nrdI TRUE 0.998 1.000 0.643 NA Y NA
 2443575 2443576 SAM_0439 SAM_0440 nrdI   TRUE 0.999 2.000 1.000 NA Y NA
 2443576 2443577 SAM_0440 SAM_0441     TRUE 0.332 63.000 0.000 NA   NA
 2443577 2443578 SAM_0441 SAM_0442     TRUE 0.985 13.000 0.200 NA   NA
 2443579 2443580 SAM_0443 SAM_0444     FALSE 0.039 239.000 0.000 NA   NA
 2443580 2443581 SAM_0444 SAM_0445     TRUE 0.889 1.000 0.000 NA   NA
 2443581 2443582 SAM_0445 SAM_0446     FALSE 0.036 243.000 0.000 NA   NA
 2443582 2443583 SAM_0446 SAM_0447     TRUE 0.952 28.000 0.167 NA   NA
 2443583 2443584 SAM_0447 SAM_0448     TRUE 0.890 2.000 0.000 NA   NA
 2443584 2443585 SAM_0448 SAM_0449     TRUE 0.988 10.000 0.095 0.053   NA
 2443585 2443586 SAM_0449 SAM_0450     TRUE 0.980 7.000 0.095 1.000   NA
 2443586 2443587 SAM_0450 SAM_0451     TRUE 0.962 0.000 0.000 0.018   NA
 2443587 2443588 SAM_0451 SAM_0452     TRUE 0.424 110.000 0.000 0.018   NA
 2443588 2443589 SAM_0452 SAM_0453     FALSE 0.052 206.000 0.000 NA   NA
 2443592 2443593 SAM_0831 SAM_0830   gph TRUE 0.401 110.000 0.012 1.000   NA
 2443593 2443594 SAM_0830 SAM_0829 gph pepF FALSE 0.072 195.000 0.000 1.000   NA
 2443594 2443595 SAM_0829 SAM_0828 pepF   TRUE 0.982 16.000 0.204 NA   NA
 2443595 2443596 SAM_0828 SAM_0827     TRUE 0.752 52.000 0.056 NA   NA
 2443596 2443597 SAM_0827 SAM_0826   rsuA TRUE 0.552 73.000 0.020 1.000 N NA
 2443599 2443600 SAM_0824 SAM_0823 nagB   TRUE 0.372 151.000 0.071 NA   NA
 2443601 2443602 SAM_0822 SAM_0821 queA   TRUE 0.287 81.000 0.000 1.000 N NA
 2443603 2443604 SAM_0820 SAM_0819   gntP FALSE 0.230 101.000 0.000 1.000   NA
 2443604 2443605 SAM_0819 SAM_0817 gntP   TRUE 0.977 25.000 0.095 1.000 Y NA
 2443606 2443607 SAM_0818 SAM_0816     FALSE 0.011 850.000 0.000 NA   NA
 2443608 2443609 SAM_0815 SAM_0814     TRUE 0.994 17.000 0.318 1.000 Y NA
 2443609 2443610 SAM_0814 SAM_0813     TRUE 0.983 -7.000 0.259 1.000   NA
 2443610 2443611 SAM_0813 SAM_0812     FALSE 0.026 338.000 0.000 1.000   NA
 2443611 2443612 SAM_0812 SAM_0811     TRUE 0.492 80.000 0.012 1.000 N NA
 2443612 2443613 SAM_0811 SAM_0810     FALSE 0.159 147.000 0.000 1.000 N NA
 2443615 2443616 SAM_0808 SAM_0807     TRUE 0.987 11.000 0.200 1.000   NA
 2443616 2443617 SAM_0807 SAM_0806     TRUE 0.389 126.000 0.000 0.020   NA
 2443617 2443618 SAM_0806 SAM_0805   comEA TRUE 0.972 -7.000 0.130 1.000   NA
 2443618 2443619 SAM_0805 SAM_0804 comEA   TRUE 0.447 100.000 0.014 1.000 N NA
 2443620 2443621 SAM_0803 SAM_0802     TRUE 0.980 -7.000 0.209 1.000   NA
 2443622 2443623 SAM_0801 SAM_0800     FALSE 0.046 235.000 0.000 NA N NA
 2443623 2443624 SAM_0800 SAM_0799     TRUE 0.995 16.000 0.400 NA Y NA
 2443624 2443625 SAM_0799 SAM_0798     TRUE 0.983 -7.000 0.067 1.000 Y NA
 2443625 2443626 SAM_0798 SAM_0797     FALSE 0.180 121.000 0.000 NA   NA
 2443626 2443627 SAM_0797 SAM_0796   prfC TRUE 0.360 86.000 0.003 NA   NA
 2443627 2443628 SAM_0796 SAM_0795 prfC   FALSE 0.091 177.000 0.000 1.000   NA
 2443628 2443629 SAM_0795 SAM_0794     TRUE 0.906 0.000 0.000 1.000   NA
 2443630 2443631 SAM_1537 SAM_1536   clpP TRUE 0.340 125.000 0.010 NA   NA
 2443631 2443632 SAM_1536 SAM_1535 clpP   TRUE 0.846 40.000 0.065 NA   NA
 2443632 2443633 SAM_1535 SAM_1534   livJ TRUE 0.402 154.000 0.109 NA   NA
 2443633 2443634 SAM_1534 SAM_1533 livJ   TRUE 0.604 175.000 0.150 1.000 Y NA
 2443634 2443635 SAM_1533 SAM_1532   livM TRUE 0.998 3.000 0.363 0.042 Y NA
 2443635 2443636 SAM_1532 SAM_1531 livM livG TRUE 0.996 1.000 0.349 1.000 Y NA
 2443636 2443637 SAM_1531 SAM_1530 livG livF TRUE 0.996 0.000 0.128 0.030 Y NA
 2443637 2443638 SAM_1530 SAM_1529 livF guaB-1 TRUE 0.980 19.000 0.214 1.000   NA
 2443638 2443639 SAM_1529 SAM_1528 guaB-1 tmk TRUE 0.398 89.000 0.006 1.000   NA
 2443639 2443640 SAM_1528 SAM_1527 tmk dnaZX TRUE 0.983 20.000 0.254 1.000 N NA
 2443640 2443641 SAM_1527 SAM_1526 dnaZX   TRUE 0.888 31.000 0.038 NA   NA
 2443641 2443642 SAM_1526 SAM_1525     TRUE 0.969 6.000 0.043 NA   NA
 2443642 2443643 SAM_1525 SAM_1524     TRUE 0.327 122.000 0.005 NA   NA
 2443645 2443646 SAM_1522 SAM_1521 serC   TRUE 0.536 68.000 0.012 1.000   NA
 2443646 2443647 SAM_1521 SAM_1520   serA TRUE 0.739 63.000 0.013 0.053   NA
 2443647 2443648 SAM_1520 SAM_1519 serA ogt TRUE 0.651 57.000 0.009 1.000 N NA
 2443648 2443649 SAM_1519 SAM_1518 ogt   TRUE 0.975 2.000 0.050 1.000 N NA
 2443650 2443651 SAM_1517 SAM_1516 xth   TRUE 0.279 77.000 0.000 1.000   NA
 2443651 2443652 SAM_1516 SAM_1515     TRUE 0.989 -16.000 0.714 1.000   NA
 2443655 2443656 SAM_1512 SAM_1511 metS brnQ FALSE 0.084 190.000 0.000 1.000 N NA
 2443656 2443657 SAM_1511 SAM_1510 brnQ   FALSE 0.019 366.000 0.000 NA   NA
 2443657 2443658 SAM_1510 SAM_1509     TRUE 0.925 51.000 0.429 NA   NA
 2443658 2443659 SAM_1509 SAM_1508     TRUE 0.985 -46.000 0.857 NA   NA
 2443659 2443660 SAM_1508 SAM_1507     TRUE 0.984 7.000 0.167 NA   NA
 2443660 2443661 SAM_1507 SAM_1506     TRUE 0.490 140.000 0.131 NA   NA
 2443661 2443662 SAM_1506 SAM_1505     FALSE 0.035 246.000 0.000 NA   NA
 2443662 2443663 SAM_1505 SAM_1504     FALSE 0.034 248.000 0.000 NA   NA
 2443663 2443664 SAM_1504 SAM_1503     FALSE 0.200 90.000 0.000 NA   NA
 2443664 2443665 SAM_1503 SAM_1502     TRUE 0.993 -7.000 0.710 NA   NA
 2443665 2443666 SAM_1502 SAM_1501     FALSE 0.108 239.000 0.022 NA   NA
 2443666 2443667 SAM_1501 SAM_1500     TRUE 0.963 -3.000 0.043 NA   NA
 2443667 2443668 SAM_1500 SAM_1499     FALSE 0.237 89.000 0.000 1.000   NA
 2443668 2443669 SAM_1499 SAM_1498     TRUE 0.993 13.000 0.500 NA   NA
 2443669 2443670 SAM_1498 SAM_1497   glmU FALSE 0.036 244.000 0.000 NA   NA
 2443670 2443671 SAM_1497 SAM_1496 glmU   TRUE 0.936 21.000 0.015 1.000 N NA
 2443671 2443672 SAM_1496 SAM_1495     TRUE 0.961 0.000 0.025 NA   NA
 2443672 2443673 SAM_1495 SAM_1494     TRUE 0.968 10.000 0.041 NA   NA
 2443676 2443677 SAM_0514 SAM_0513     TRUE 0.290 186.000 0.079 1.000 N NA
 2443677 2443678 SAM_0513 SAM_0512     TRUE 0.727 64.000 0.114 NA   NA
 2443679 2443680 SAM_0511 SAM_0510 ileS   FALSE 0.074 284.000 0.012 NA N NA
 2443680 2443681 SAM_0510 SAM_0509     TRUE 0.995 10.000 0.579 NA   NA
 2443681 2443682 SAM_0509 SAM_0508     TRUE 0.990 2.000 0.287 1.000   NA
 2443682 2443683 SAM_0508 SAM_0507     TRUE 0.991 3.000 0.370 NA   NA
 2443683 2443684 SAM_0507 SAM_0506     TRUE 0.943 12.000 0.002 NA   NA
 2443684 2443685 SAM_0506 SAM_0505     TRUE 0.945 6.000 0.002 NA   NA
 2443685 2443686 SAM_0505 SAM_0504   ftsA TRUE 0.994 22.000 0.460 1.000 Y NA
 2443686 2443687 SAM_0504 SAM_0503 ftsA   TRUE 0.322 271.000 0.389 NA N NA
 2443687 2443688 SAM_0503 SAM_0502     TRUE 0.989 4.000 0.072 NA Y NA
 2443688 2443689 SAM_0502 SAM_0501   murD TRUE 0.990 3.000 0.060 1.000 Y NA
 2443689 2443690 SAM_0501 SAM_0500 murD   TRUE 0.307 130.000 0.006 NA   NA
 2443690 2443691 SAM_0500 SAM_0499   typA TRUE 0.739 45.000 0.015 NA   NA
 2443691 2443692 SAM_0499 SAM_0498 typA   FALSE 0.092 232.000 0.003 NA N NA
 2443692 2443693 SAM_0498 SAM_0497     TRUE 0.974 12.000 0.064 NA N NA
 2443693 2443694 SAM_0497 SAM_0496     TRUE 0.992 -3.000 0.496 NA   NA
 2443696 2443697 SAM_0494 SAM_0493 nth   FALSE 0.233 113.000 0.000 1.000 N NA
 2443697 2443698 SAM_0493 SAM_0492   atoB TRUE 0.996 -7.000 0.576 1.000 Y NA
 2443698 2443699 SAM_0492 SAM_0491 atoB   TRUE 0.943 -10.000 0.058 NA   NA
 2443700 2443701 SAM_0490 SAM_0489 bioB   TRUE 0.970 1.000 0.000 0.002   NA
 2443702 2443703 SAM_0488 SAM_0487 trpG   FALSE 0.213 128.000 0.000 1.000 N NA
 2443703 2443704 SAM_0487 SAM_0486     TRUE 0.999 -10.000 0.911 0.006 Y NA
 2443704 2443705 SAM_0486 SAM_0485     TRUE 0.366 196.000 0.045 NA Y NA
 2443705 2443706 SAM_0485 SAM_0484     TRUE 0.953 0.000 0.012 NA   NA
 2443706 2443707 SAM_0484 SAM_0483     TRUE 0.686 51.000 0.016 NA   NA
 2443707 2443708 SAM_0483 SAM_0482     TRUE 0.830 69.000 0.347 NA   NA
 2443708 2443709 SAM_0482 SAM_0481     TRUE 0.548 75.000 0.023 1.000 N NA
 2443709 2443710 SAM_0481 SAM_0480   coaD TRUE 0.950 -10.000 0.052 1.000 N NA
 2443710 2443711 SAM_0480 SAM_0479 coaD   TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443711 2443712 SAM_0479 SAM_0478     TRUE 0.890 12.000 0.000 NA   NA
 2443715 2443716 SAM_0229 SAM_0230 mod_1 res_1 TRUE 0.988 -16.000 0.400 0.059   NA
 2443716 2443717 SAM_0230 SAM_0231 res_1   FALSE 0.012 604.000 0.000 NA   NA
 2443717 2443718 SAM_0231 SAM_0232     FALSE 0.231 81.000 0.000 NA   NA
 2443718 2443719 SAM_0232 SAM_0233     TRUE 0.997 0.000 1.000 NA   NA
 2443719 2443720 SAM_0233 SAM_0234     TRUE 0.842 18.000 0.000 NA   NA
 2443720 2443721 SAM_0234 SAM_0235     TRUE 0.671 -27.000 0.000 NA   NA
 2443721 2443722 SAM_0235 SAM_0236     TRUE 0.756 -15.000 0.000 NA   NA
 2443722 2443723 SAM_0236 SAM_0237     TRUE 0.623 34.000 0.000 NA   NA
 2443723 2443724 SAM_0237 SAM_0238     FALSE 0.199 91.000 0.000 NA   NA
 2443724 2443725 SAM_0238 SAM_0239     FALSE 0.015 428.000 0.000 NA   NA
 2443725 2443726 SAM_0239 SAM_0240     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443726 2443727 SAM_0240 SAM_0241     TRUE 0.888 0.000 0.000 NA   NA
 2443727 2443728 SAM_0241 SAM_0242     TRUE 0.764 73.000 0.200 1.000   NA
 2443729 2443730 SAM_0243 SAM_0244     TRUE 0.998 1.000 0.619 0.003 N NA
 2443730 2443731 SAM_0244 SAM_0245     TRUE 0.998 3.000 0.650 0.041   NA
 2443731 2443732 SAM_0245 SAM_0246   proW-1 TRUE 0.899 -15.000 0.000 0.041   NA
 2443732 2443733 SAM_0246 SAM_0247 proW-1 proV TRUE 0.996 0.000 0.450 0.080   NA
 2443733 2443734 SAM_0247 SAM_0248 proV   FALSE 0.035 5637.000 0.000 1.000 Y NA
 2443735 2443736 SAM_0249 SAM_0250   fad-3 TRUE 0.450 176.000 0.083 0.052   NA
 2443736 2443737 SAM_0250 SAM_0251 fad-3   TRUE 0.606 96.000 0.098 1.000 N NA
 2443737 2443738 SAM_0251 SAM_0252   fabH TRUE 0.977 0.000 0.070 1.000 N NA
 2443738 2443739 SAM_0252 SAM_0253 fabH   TRUE 0.993 10.000 0.019 0.006 Y NA
 2443739 2443740 SAM_0253 SAM_0254   fabK TRUE 0.383 155.000 0.072 1.000   NA
 2443740 2443741 SAM_0254 SAM_0255 fabK fabD TRUE 0.965 20.000 0.099 1.000   NA
 2443741 2443742 SAM_0255 SAM_0256 fabD fabG TRUE 0.999 9.000 0.432 0.006 Y NA
 2443742 2443743 SAM_0256 SAM_0257 fabG fabF TRUE 0.986 16.000 0.056 1.000 Y NA
 2443743 2443744 SAM_0257 SAM_0258 fabF accB TRUE 0.958 -34.000 0.074 1.000 Y NA
 2443744 2443745 SAM_0258 SAM_0259 accB fabZ TRUE 0.994 -3.000 0.047 0.006 Y NA
 2443745 2443746 SAM_0259 SAM_0260 fabZ accC TRUE 0.933 38.000 0.045 1.000 Y NA
 2443746 2443747 SAM_0260 SAM_0261 accC accD TRUE 0.996 9.000 0.090 0.002 Y NA
 2443747 2443748 SAM_0261 SAM_0262 accD accA TRUE 0.996 -7.000 0.234 0.002 Y NA
 2443748 2443749 SAM_0262 SAM_0263 accA   FALSE 0.014 470.000 0.000 NA   NA
 2443752 2443753 SAM_0266 SAM_0267     FALSE 0.023 321.000 0.000 NA   NA
 2443753 2443754 SAM_0267 SAM_0268     TRUE 0.646 179.000 0.583 NA   NA
 2443754 2443755 SAM_0268 SAM_0269     TRUE 0.999 15.000 0.812 0.017 Y NA
 2443756 2443757 SAM_1386 SAM_1385     TRUE 0.993 -3.000 0.568 NA   NA
 2443757 2443758 SAM_1385 SAM_1384     TRUE 0.833 -7.000 0.000 NA   NA
 2443758 2443759 SAM_1384 SAM_1383     FALSE 0.263 70.000 0.000 NA   NA
 2443759 2443760 SAM_1383 SAM_1382     TRUE 0.902 3.000 0.000 NA N NA
 2443760 2443761 SAM_1382 SAM_1381     TRUE 0.917 3.000 0.000 1.000 N NA
 2443761 2443762 SAM_1381 SAM_1380     TRUE 0.963 2.000 0.000 NA Y NA
 2443762 2443763 SAM_1380 SAM_1379     TRUE 0.956 30.000 0.222 NA   NA
 2443763 2443764 SAM_1379 SAM_1378     TRUE 0.890 2.000 0.000 NA   NA
 2443764 2443765 SAM_1378 SAM_1377     TRUE 0.888 0.000 0.000 NA   NA
 2443765 2443766 SAM_1377 SAM_1376     TRUE 0.894 -3.000 0.000 1.000   NA
 2443766 2443767 SAM_1376 SAM_1375     TRUE 0.827 -10.000 0.000 1.000   NA
 2443769 2443770 SAM_1373 SAM_1372     TRUE 0.432 123.000 0.000 0.008   NA
 2443770 2443771 SAM_1372 SAM_1371     FALSE 0.217 112.000 0.000 1.000   NA
 2443771 2443772 SAM_1371 SAM_1370     TRUE 0.999 0.000 0.909 NA Y NA
 2443772 2443773 SAM_1370 SAM_1369     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443773 2443774 SAM_1369 SAM_1368     FALSE 0.026 301.000 0.000 NA   NA
 2443774 2443775 SAM_1368 SAM_1367     TRUE 0.983 -19.000 0.600 NA   NA
 2443775 2443776 SAM_1367 SAM_1366     TRUE 0.524 93.000 0.050 1.000   NA
 2443776 2443777 SAM_1366 SAM_1365     TRUE 0.988 -7.000 0.408 1.000   NA
 2443777 2443778 SAM_1365 SAM_1364     FALSE 0.191 180.000 0.023 NA   NA
 2443778 2443779 SAM_1364 SAM_1363     TRUE 0.555 68.000 0.028 NA   NA
 2443779 2443780 SAM_1363 SAM_1362     TRUE 0.453 117.000 0.023 1.000 N NA
 2443780 2443781 SAM_1362 SAM_1361     TRUE 0.610 60.000 0.015 NA   NA
 2443782 2443783 SAM_1360 SAM_1359     TRUE 0.999 -3.000 0.857 0.040 Y NA
 2443783 2443784 SAM_1359 SAM_1358     TRUE 0.992 16.000 0.179 1.000 Y NA
 2443784 2443785 SAM_1358 SAM_1357     TRUE 0.997 24.000 0.889 1.000 Y NA
 2443785 2443786 SAM_1357 SAM_1356   murE TRUE 0.380 156.000 0.062 1.000 N NA
 2443787 2443788 SAM_1355 SAM_1354   pepT FALSE 0.176 135.000 0.000 1.000   NA
 2443788 2443789 SAM_1354 SAM_1353 pepT   TRUE 0.908 29.000 0.051 NA   NA
 2443790 2443791 SAM_1805 SAM_1806 purA   FALSE 0.020 371.000 0.000 NA N NA
 2443792 2443793 SAM_1807 SAM_1808     TRUE 0.982 33.000 0.750 NA   NA
 2443793 2443794 SAM_1808 SAM_1809     FALSE 0.197 101.000 0.000 NA   NA
 2443794 2443795 SAM_1809 SAM_1810     FALSE 0.085 170.000 0.000 NA   NA
 2443797 2443798 SAM_1812 SAM_1813     TRUE 0.996 -3.000 0.818 NA   NA
 2443798 2443799 SAM_1813 SAM_1814     FALSE 0.148 140.000 0.000 NA N NA
 2443799 2443800 SAM_1814 SAM_1815     TRUE 0.922 -16.000 0.034 1.000 N NA
 2443800 2443801 SAM_1815 SAM_1816   dck TRUE 0.380 121.000 0.005 1.000 N NA
 2443801 2443802 SAM_1816 SAM_1817 dck   TRUE 0.907 14.000 0.000 1.000 N NA
 2443803 2443804 SAM_1818 SAM_1819 clpC-1   TRUE 0.984 -3.000 0.188 NA N NA
 2443806 2443807 SAM_1821 SAM_1822 tsf rpsB TRUE 0.945 94.000 0.748 1.000 Y NA
 2443808 2443809 SAM_1823 SAM_1824 ahpC   TRUE 0.996 18.000 0.551 1.000 Y NA
 2443810 2443811 SAM_1825 SAM_1826     TRUE 0.890 2.000 0.000 NA   NA
 2443815 2443816 SAM_1830 SAM_1831     TRUE 0.609 -91.000 0.000 NA   NA
 2443817 2443818 SAM_1832 SAM_1833   def TRUE 0.647 66.000 0.034 1.000 N NA
 2443819 2443820 SAM_1834 SAM_1835     TRUE 0.871 79.000 0.562 NA   NA
 2443820 2443821 SAM_1835 SAM_1836     TRUE 0.812 80.000 0.375 NA   NA
 2443821 2443822 SAM_1836 SAM_1837     TRUE 0.998 -13.000 0.933 0.017 Y NA
 2443822 2443823 SAM_1837 SAM_1838     TRUE 0.996 36.000 0.933 0.017 Y NA
 2443823 2443824 SAM_1838 SAM_1839     TRUE 0.887 55.000 0.267 1.000   NA
 2443824 2443825 SAM_1839 SAM_1840     TRUE 0.985 3.000 0.160 1.000   NA
 2443826 2443827 SAM_0564 SAM_0563   add TRUE 0.708 59.000 0.034 1.000 N NA
 2443828 2443829 SAM_0562 SAM_0561   rpmE TRUE 0.481 85.000 0.020 1.000   NA
 2443830 2443831 SAM_0560 SAM_0559     TRUE 0.648 142.000 0.250 1.000 N NA
 2443831 2443832 SAM_0559 SAM_0558     TRUE 0.956 15.000 0.015 1.000   NA
 2443832 2443833 SAM_0558 SAM_0557     TRUE 0.992 -3.000 0.470 NA   NA
 2443833 2443834 SAM_0557 SAM_0556     TRUE 0.984 -3.000 0.214 NA   NA
 2443835 2443836 SAM_0555 SAM_0554     FALSE 0.047 246.000 0.000 1.000 N NA
 2443836 2443837 SAM_0554 SAM_0553     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443838 2443839 SAM_0552 SAM_0551 asnS   TRUE 0.959 21.000 0.068 1.000 N NA
 2443839 2443840 SAM_0551 SAM_0550     TRUE 0.511 86.000 0.028 1.000 N NA
 2443840 2443841 SAM_0550 SAM_0549   fabG FALSE 0.241 108.000 0.000 1.000 N NA
 2443842 2443843 SAM_0548 SAM_0547     TRUE 0.937 -3.000 0.004 NA   NA
 2443844 2443845 SAM_0546 SAM_0545 ftsX ftsE TRUE 0.991 -16.000 0.431 1.000 Y NA
 2443845 2443846 SAM_0545 SAM_0544 ftsE prfB TRUE 0.981 19.000 0.053 0.014 N NA
 2443846 2443847 SAM_0544 SAM_0543 prfB   FALSE 0.170 187.000 0.006 1.000 N NA
 2443847 2443848 SAM_0543 SAM_0542   fbp TRUE 0.471 90.000 0.018 1.000 N NA
 2443850 2443851 SAM_0540 SAM_0539     FALSE 0.020 344.000 0.000 NA   NA
 2443852 2443853 SAM_0538 SAM_0537     TRUE 0.580 71.000 0.035 1.000   NA
 2443853 2443854 SAM_0537 SAM_0536     TRUE 0.954 -15.000 0.125 1.000   NA
 2443854 2443855 SAM_0536 SAM_0535     TRUE 0.997 13.000 0.133 0.001 Y NA
 2443855 2443856 SAM_0535 SAM_0534     TRUE 0.998 19.000 0.467 0.009 Y NA
 2443857 2443858 SAM_1731 SAM_1730     TRUE 0.636 127.000 0.156 1.000 N NA
 2443859 2443860 SAM_1729 SAM_1728     FALSE 0.097 161.000 0.000 NA   NA
 2443861 2443862 SAM_1727 SAM_1726     FALSE 0.017 408.000 0.000 NA   NA
 2443862 2443863 SAM_1726 SAM_1725     FALSE 0.221 109.000 0.000 1.000   NA
 2443863 2443864 SAM_1725 SAM_1724     TRUE 0.535 42.000 0.000 NA   NA
 2443865 2443866 SAM_1723 SAM_1722     TRUE 0.829 -124.000 0.000 0.017   NA
 2443866 2443867 SAM_1722 SAM_1721     TRUE 0.895 6.000 0.000 NA   NA
 2443868 2443869 SAM_1720 SAM_1719     TRUE 0.646 33.000 0.000 NA   NA
 2443869 2443870 SAM_1719 SAM_1718     FALSE 0.049 211.000 0.000 NA   NA
 2443870 2443871 SAM_1718 SAM_1717   fruA-1 TRUE 0.964 14.000 0.000 0.012 N NA
 2443871 2443872 SAM_1717 SAM_1716 fruA-1   TRUE 0.997 14.000 0.179 0.012 Y NA
 2443872 2443873 SAM_1716 SAM_1715   fruA-2 TRUE 0.985 13.000 0.000 0.012 Y NA
 2443873 2443874 SAM_1715 SAM_1714 fruA-2   TRUE 0.995 12.000 0.273 1.000 Y NA
 2443874 2443875 SAM_1714 SAM_1713     TRUE 0.976 18.000 0.000 0.019 Y NA
 2443875 2443876 SAM_1713 SAM_1712   tkt TRUE 0.975 49.000 0.500 1.000 Y NA
 2443876 2443877 SAM_1712 SAM_1711 tkt   FALSE 0.141 138.000 0.000 NA   NA
 2443879 2443880 SAM_1709 SAM_1708     FALSE 0.016 409.000 0.000 NA   NA
 2443880 2443881 SAM_1708 SAM_1706   ndh TRUE 0.990 13.000 0.261 1.000 N NA
 2443883 2443884 SAM_1705 SAM_1704 appC cydB TRUE 0.999 1.000 0.950 0.018 Y NA
 2443884 2443885 SAM_1704 SAM_1703 cydB   TRUE 0.989 0.000 0.061 1.000 Y NA
 2443885 2443886 SAM_1703 SAM_1702     TRUE 0.995 -7.000 0.168 0.006 Y NA
 2443887 2443888 SAM_1701 SAM_1700 ispB   TRUE 0.498 46.000 0.000 NA   NA
 2443888 2443889 SAM_1700 SAM_1699     TRUE 0.972 4.000 0.054 NA   NA
 2443889 2443890 SAM_1699 SAM_1698     TRUE 0.950 24.000 0.081 1.000   NA
 2443892 2443893 SAM_0369 SAM_0370     FALSE 0.031 302.000 0.000 1.000   NA
 2443894 2443895 SAM_0371 SAM_0372     TRUE 0.787 90.000 0.400 NA   NA
 2443895 2443896 SAM_0372 SAM_0373     TRUE 0.519 103.000 0.068 NA   NA
 2443896 2443897 SAM_0373 SAM_0374     TRUE 0.407 83.000 0.008 NA   NA
 2443897 2443898 SAM_0374 SAM_0375     TRUE 0.855 -46.000 0.033 NA   NA
 2443898 2443899 SAM_0375 SAM_0376     TRUE 0.989 9.000 0.283 NA   NA
 2443900 2443901 SAM_0377 SAM_0378   pkcI TRUE 0.968 -3.000 0.063 NA   NA
 2443904 2443905 SAM_0381 SAM_0382     TRUE 0.985 2.000 0.167 NA N NA
 2443905 2443906 SAM_0382 SAM_0383     TRUE 0.775 58.000 0.107 NA N NA
 2443906 2443907 SAM_0383 SAM_0384     TRUE 0.965 -10.000 0.154 NA   NA
 2443907 2443908 SAM_0384 SAM_0385     FALSE 0.025 583.000 0.004 NA   NA
 2443908 2443909 SAM_0385 SAM_0386   nusA TRUE 0.964 48.000 0.759 NA   NA
 2443909 2443910 SAM_0386 SAM_0387 nusA   TRUE 0.991 22.000 0.323 NA Y NA
 2443910 2443911 SAM_0387 SAM_0388     TRUE 0.988 -7.000 0.408 NA N NA
 2443911 2443912 SAM_0388 SAM_0389   infB TRUE 0.870 77.000 0.223 NA Y NA
 2443912 2443913 SAM_0389 SAM_0390 infB rbfA TRUE 0.919 109.000 0.530 1.000 Y NA
 2443915 2443916 SAM_0392 SAM_0393     TRUE 0.976 13.000 0.064 1.000 N NA
 2443916 2443917 SAM_0393 SAM_0394   pacS TRUE 0.967 41.000 0.048 0.003 Y NA
 2443917 2443918 SAM_0394 SAM_0395 pacS   FALSE 0.187 110.000 0.000 NA   NA
 2443918 2443919 SAM_0395 SAM_0396     TRUE 0.963 15.000 0.047 NA   NA
 2443919 2443920 SAM_0396 SAM_0397     FALSE 0.216 113.000 0.000 1.000   NA
 2443920 2443921 SAM_0397 SAM_0398     TRUE 0.857 30.000 0.005 1.000   NA
 2443921 2443922 SAM_0398 SAM_0399   fur-3 TRUE 0.453 82.000 0.010 1.000   NA
 2443922 2443923 SAM_0399 SAM_0400 fur-3   FALSE 0.133 153.000 0.000 1.000   NA
 2443923 2443924 SAM_0400 SAM_0401     TRUE 0.761 113.000 0.333 1.000   NA
 2443924 2443925 SAM_0401 SAM_0402     TRUE 0.997 2.000 0.500 1.000 Y NA
 2443928 2443929 SAM_1454 SAM_1455   natA TRUE 0.982 -10.000 0.385 NA   NA
 2443929 2443930 SAM_1455 SAM_1456 natA   FALSE 0.221 125.000 0.000 1.000 N NA
 2443930 2443931 SAM_1456 SAM_1457   mutM TRUE 0.958 -9.000 0.066 1.000 N NA
 2443931 2443932 SAM_1457 SAM_1458 mutM   FALSE 0.253 149.000 0.004 1.000   NA
 2443933 2443934 SAM_1459 SAM_1460     TRUE 0.594 36.000 0.000 NA   NA
 2443935 2443936 SAM_1461 SAM_1462     FALSE 0.061 193.000 0.000 NA   NA
 2443936 2443937 SAM_1462 SAM_1463   era FALSE 0.010 1845.000 0.000 NA   NA
 2443937 2443938 SAM_1463 SAM_1464 era   TRUE 0.850 42.000 0.063 1.000   NA
 2443938 2443939 SAM_1464 SAM_1465     TRUE 0.894 -19.000 0.035 NA   NA
 2443939 2443940 SAM_1465 SAM_1466     FALSE 0.017 394.000 0.000 NA   NA
 2443940 2443941 SAM_1466 SAM_1467     FALSE 0.025 323.000 0.000 NA N NA
 2443943 2443944 SAM_1469 SAM_1470     TRUE 0.312 124.000 0.004 NA   NA
 2443944 2443945 SAM_1470 SAM_1471     FALSE 0.103 157.000 0.000 NA   NA
 2443945 2443946 SAM_1471 SAM_1472   msrA TRUE 0.973 -3.000 0.080 1.000   NA
 2443946 2443947 SAM_1472 SAM_1473 msrA   TRUE 0.345 138.000 0.016 1.000   NA
 2443947 2443948 SAM_1473 SAM_1474   frr TRUE 0.391 118.000 0.012 1.000   NA
 2443948 2443949 SAM_1474 SAM_1475 frr   TRUE 0.995 15.000 0.626 1.000 N NA
 2443949 2443950 SAM_1475 SAM_1476     FALSE 0.228 121.000 0.000 1.000 N NA
 2443950 2443951 SAM_1476 SAM_1477     TRUE 0.996 -13.000 0.500 0.028 Y NA
 2443951 2443952 SAM_1477 SAM_1478     TRUE 0.925 69.000 0.353 1.000 Y NA
 2443952 2443953 SAM_1478 SAM_1479     TRUE 0.998 0.000 0.353 0.002 Y NA
 2443953 2443954 SAM_1479 SAM_1480     TRUE 0.993 -13.000 0.167 0.002 Y NA
 2443954 2443955 SAM_1480 SAM_1481   rplA FALSE 0.023 392.000 0.000 1.000 N NA
 2443955 2443956 SAM_1481 SAM_1482 rplA rplK TRUE 0.973 104.000 0.838 0.027 Y NA
 2443956 2443957 SAM_1482 SAM_1483 rplK   FALSE 0.059 211.000 0.000 1.000   NA
 2443957 2443958 SAM_1483 SAM_1484     TRUE 0.911 8.000 0.000 1.000   NA
 2443960 2443961 SAM_1486 SAM_1487 pabB/C   FALSE 0.228 82.000 0.000 NA   NA
 2443964 2443965 SAM_1233 SAM_1232 miaA   TRUE 0.471 91.000 0.027 1.000   NA
 2443965 2443966 SAM_1232 SAM_1231     TRUE 0.939 -7.000 0.014 1.000   NA
 2443966 2443967 SAM_1231 SAM_1230     TRUE 0.797 42.000 0.022 1.000   NA
 2443967 2443968 SAM_1230 SAM_1229     TRUE 0.977 2.000 0.074 1.000   NA
 2443968 2443969 SAM_1229 SAM_1228   recJ TRUE 0.957 -3.000 0.016 1.000   NA
 2443969 2443970 SAM_1228 SAM_1227 recJ   FALSE 0.263 70.000 0.000 NA   NA
 2443970 2443971 SAM_1227 SAM_1226     TRUE 0.741 -16.000 0.000 NA   NA
 2443971 2443972 SAM_1226 SAM_1225   apt FALSE 0.195 123.000 0.000 NA N NA
 2443972 2443973 SAM_1225 SAM_1224 apt   TRUE 0.346 118.000 0.005 NA N NA
 2443973 2443974 SAM_1224 SAM_1223     TRUE 0.381 104.000 0.012 NA   NA
 2443974 2443975 SAM_1223 SAM_1222     TRUE 0.977 -10.000 0.283 NA   NA
 2443975 2443976 SAM_1222 SAM_1221     TRUE 0.961 9.000 0.021 NA   NA
 2443976 2443977 SAM_1221 SAM_1220   rfbA TRUE 0.750 59.000 0.059 1.000 N NA
 2443977 2443978 SAM_1220 SAM_1219 rfbA   TRUE 0.993 0.000 0.149 1.000 Y NA
 2443978 2443979 SAM_1219 SAM_1218   rfbB TRUE 0.637 207.000 0.350 1.000 Y NA
 2443981 2443982 SAM_1216 SAM_1215     TRUE 0.717 -31.000 0.000 1.000 N NA
 2443982 2443983 SAM_1215 SAM_1214     FALSE 0.198 92.000 0.000 NA   NA
 2443983 2443984 SAM_1214 SAM_1213     TRUE 0.938 -10.000 0.048 NA   NA
 2443984 2443985 SAM_1213 SAM_1212     TRUE 0.443 110.000 0.022 1.000   NA
 2443985 2443986 SAM_1212 SAM_1211   budA TRUE 0.971 14.000 0.044 1.000 N NA
 2443988 2443989 SAM_1209 SAM_1208     TRUE 0.991 13.000 0.368 NA   NA
 2443991 2443992 SAM_0704 SAM_0703     FALSE 0.048 212.000 0.000 NA   NA
 2443992 2443993 SAM_0703 SAM_0702     TRUE 0.893 9.000 0.000 NA   NA
 2443993 2443994 SAM_0702 SAM_0701     TRUE 0.609 35.000 0.000 NA   NA
 2443994 2443995 SAM_0701 SAM_0700     TRUE 0.892 10.000 0.000 NA   NA
 2443995 2443996 SAM_0700 SAM_0699     FALSE 0.177 124.000 0.000 NA   NA
 2443996 2443997 SAM_0699 SAM_0698     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2443997 2443998 SAM_0698 SAM_0697     TRUE 0.609 35.000 0.000 NA   NA
 2443998 2443999 SAM_0697 SAM_0696     TRUE 0.609 35.000 0.000 NA   NA
 2443999 2444000 SAM_0696 SAM_0695   pepO TRUE 0.671 32.000 0.000 NA   NA
 2444000 2444001 SAM_0695 SAM_0694 pepO pepO TRUE 0.965 -3.000 0.000 0.002   NA
 2444001 2444002 SAM_0694 SAM_0693 pepO   TRUE 0.946 21.000 0.000 0.002   NA
 2444002 2444003 SAM_0693 SAM_0692     FALSE 0.084 184.000 0.000 1.000   NA
 2444003 2444004 SAM_0692 SAM_0691     TRUE 0.547 46.000 0.000 1.000   NA
 2444004 2444005 SAM_0691 SAM_0690     TRUE 0.425 52.000 0.000 NA   NA
 2444005 2444006 SAM_0690 SAM_0689     TRUE 0.623 34.000 0.000 NA   NA
 2444006 2444007 SAM_0689 SAM_0688     FALSE 0.021 343.000 0.000 NA   NA
 2444007 2444008 SAM_0688 SAM_0687     TRUE 0.654 -31.000 0.000 NA   NA
 2444008 2444009 SAM_0687 SAM_0686     TRUE 0.919 5.000 0.000 1.000 N NA
 2444009 2444010 SAM_0686 SAM_0685     TRUE 0.902 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2444010 2444011 SAM_0685 SAM_0684     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2444011 2444012 SAM_0684 SAM_0683     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2444012 2444013 SAM_0683 SAM_0682   drrA TRUE 0.994 -7.000 0.849 NA   NA
 2444013 2444014 SAM_0682 SAM_0681 drrA fabZ TRUE 0.813 -10.000 0.000 NA N NA
 2444014 2444015 SAM_0681 SAM_0680 fabZ acpP-1 TRUE 0.955 -16.000 0.167 NA   NA
 2444017 2444018 SAM_0678 SAM_0677     FALSE 0.010 930.000 0.000 NA   NA
 2444019 2444020 SAM_2124 SAM_2123     TRUE 0.975 -3.000 0.111 NA   NA
 2444020 2444021 SAM_2123 SAM_2122   dnaN TRUE 0.888 25.000 0.003 1.000   NA
 2444021 2444022 SAM_2122 SAM_2121 dnaN dnaA TRUE 0.784 155.000 0.328 1.000 Y NA
 2444022 2444023 SAM_2121 SAM_2120 dnaA   FALSE 0.117 209.000 0.002 1.000 N NA
 2444023 2444024 SAM_2120 SAM_2119   htrA TRUE 0.452 98.000 0.015 1.000 N NA
 2444026 2444027 SAM_2117 SAM_2116     TRUE 0.443 123.000 0.040 NA   NA
 2444027 2444028 SAM_2116 SAM_2115     TRUE 0.582 66.000 0.027 NA   NA
 2444029 2444030 SAM_2114 SAM_2113   trpS FALSE 0.224 108.000 0.000 1.000   NA
 2444031 2444032 SAM_2112 SAM_2111 arcC arcD TRUE 0.982 21.000 0.091 1.000 Y NA
 2444032 2444033 SAM_2111 SAM_2110 arcD argF TRUE 0.833 63.000 0.042 1.000 Y NA
 2444033 2444034 SAM_2110 SAM_2109 argF   TRUE 0.974 16.000 0.104 1.000   NA
 2444034 2444035 SAM_2109 SAM_2108   arcA TRUE 0.975 6.000 0.056 1.000   NA
 2444035 2444036 SAM_2108 SAM_2107 arcA   FALSE 0.031 267.000 0.000 NA   NA
 2444037 2444038 SAM_2106 SAM_2105     TRUE 0.962 10.000 0.000 0.035 N NA
 2444038 2444039 SAM_2105 SAM_2104   guaB FALSE 0.133 157.000 0.000 1.000 N NA
 2444039 2444040 SAM_2104 SAM_2103 guaB   TRUE 0.284 75.000 0.000 1.000   NA
 2444040 2444041 SAM_2103 SAM_2102     FALSE 0.248 86.000 0.000 1.000   NA
 2444042 2444043 SAM_2101 SAM_2100 recF   TRUE 0.988 3.000 0.209 1.000   NA
 2444044 2444045 SAM_2099 SAM_2098     TRUE 0.999 2.000 0.872 0.004   NA
 2444046 2444047 SAM_0122 SAM_0123 rpmB   TRUE 0.413 132.000 0.044 NA   NA
 2444047 2444048 SAM_0123 SAM_0124     TRUE 0.976 33.000 0.567 NA   NA
 2444048 2444049 SAM_0124 SAM_0125     TRUE 0.268 148.000 0.006 1.000   NA
 2444050 2444051 SAM_0126 SAM_0127     FALSE 0.019 368.000 0.000 NA   NA
 2444052 2444053 SAM_0128 SAM_0129     FALSE 0.060 195.000 0.000 NA   NA
 2444054 2444055 SAM_0130 SAM_0131 glnQ glnP TRUE 0.998 10.000 0.758 1.000 Y NA
 2444056 2444057 SAM_0132 SAM_0133     TRUE 0.851 46.000 0.118 NA   NA
 2444057 2444058 SAM_0133 SAM_0134     TRUE 0.302 192.000 0.132 NA N NA
 2444060 2444061 SAM_0136 SAM_0137     FALSE 0.246 165.000 0.013 1.000 N NA
 2444061 2444062 SAM_0137 SAM_0138     TRUE 0.959 37.000 0.139 1.000 Y NA
 2444062 2444063 SAM_0138 SAM_0139     TRUE 0.996 2.000 0.606 1.000 N NA
 2444063 2444064 SAM_0139 SAM_0140   nifU TRUE 0.978 -13.000 0.292 1.000 N NA
 2444064 2444065 SAM_0140 SAM_0141 nifU   TRUE 0.839 100.000 0.152 0.001 N NA
 2444066 2444067 SAM_0142 SAM_0143 pbp4   TRUE 0.875 153.000 0.231 0.002 Y NA
 2444068 2444069 SAM_0144 SAM_0145   oppB TRUE 0.616 119.000 0.000 0.039 Y NA
 2444069 2444070 SAM_0145 SAM_0146 oppB oppC-1 TRUE 0.991 10.000 0.134 0.039   NA
 2444070 2444071 SAM_0146 SAM_0147 oppC-1   TRUE 0.990 13.000 0.286 1.000   NA
 2444071 2444072 SAM_0147 SAM_0148   oppF TRUE 0.999 0.000 0.619 0.001 Y NA
 2444073 2444074 SAM_1999 SAM_1998   nrdD TRUE 0.469 125.000 0.057 NA   NA
 2444074 2444075 SAM_1998 SAM_1997 nrdD   TRUE 0.584 75.000 0.062 NA   NA
 2444075 2444076 SAM_1997 SAM_1996     TRUE 0.966 13.000 0.041 NA   NA
 2444076 2444077 SAM_1996 SAM_1995     TRUE 0.972 9.000 0.041 1.000   NA
 2444077 2444078 SAM_1995 SAM_1994   nrdG TRUE 0.734 73.000 0.159 1.000   NA
 2444079 2444080 SAM_1993 SAM_1992     TRUE 0.403 82.000 0.007 NA   NA
 2444081 2444082 SAM_1991 SAM_1990     FALSE 0.014 465.000 0.000 NA   NA
 2444082 2444083 SAM_1990 SAM_1989     FALSE 0.137 139.000 0.000 NA   NA
 2444083 2444084 SAM_1989 SAM_1988     TRUE 0.984 5.000 0.143 1.000   NA
 2444084 2444085 SAM_1988 SAM_1987   groES FALSE 0.226 175.000 0.020 1.000   NA
 2444085 2444086 SAM_1987 SAM_1986 groES   TRUE 0.831 96.000 0.032 0.006 Y NA
 2444088 2444089 SAM_1984 SAM_1983 udp   TRUE 0.931 21.000 0.015 1.000   NA
 2444089 2444090 SAM_1983 SAM_1982     TRUE 0.994 -7.000 0.333 0.001   NA
 2444090 2444091 SAM_1982 SAM_1981   deoC TRUE 0.986 30.000 0.333 1.000 Y NA
 2444091 2444092 SAM_1981 SAM_1980 deoC deoB TRUE 0.560 67.000 0.000 0.043 N NA
 2444092 2444093 SAM_1980 SAM_1979 deoB   FALSE 0.085 170.000 0.000 NA   NA
 2444095 2444096 SAM_1977 SAM_1976   rpmG TRUE 0.849 49.000 0.111 1.000 N NA
 2444096 2444097 SAM_1976 SAM_1975 rpmG   TRUE 0.892 36.000 0.080 1.000 N NA
 2444097 2444098 SAM_1975 SAM_1974     FALSE 0.029 311.000 0.000 1.000   NA
 2444098 2444099 SAM_1974 SAM_1973     TRUE 0.735 -22.000 0.000 1.000   NA
 2444099 2444100 SAM_1973 SAM_1972   nusG FALSE 0.063 206.000 0.000 1.000   NA
 2444100 2444101 SAM_1972 SAM_1971 nusG   FALSE 0.167 138.000 0.000 1.000   NA
 2444102 2444103 SAM_1899 SAM_1898     TRUE 0.949 54.000 0.610 1.000   NA
 2444103 2444104 SAM_1898 SAM_1897   agrA FALSE 0.029 312.000 0.000 1.000   NA
 2444104 2444105 SAM_1897 SAM_1896 agrA   TRUE 0.996 -3.000 0.444 1.000 Y NA
 2444107 2444108 SAM_1894 SAM_1893     TRUE 0.895 6.000 0.000 NA   NA
 2444110 2444111 SAM_1891 SAM_1890     FALSE 0.034 247.000 0.000 NA   NA
 2444111 2444112 SAM_1890 SAM_1889     TRUE 0.999 18.000 0.786 0.016 Y NA
 2444112 2444113 SAM_1889 SAM_1888     TRUE 0.999 16.000 0.778 0.019 Y NA
 2444113 2444114 SAM_1888 SAM_1887     TRUE 0.999 -3.000 0.778 0.019 Y NA
 2444114 2444115 SAM_1887 SAM_1886     TRUE 0.756 138.000 0.222 0.060 N NA
 2444115 2444116 SAM_1886 SAM_1885     TRUE 0.997 4.000 0.500 0.014   NA
 2444116 2444117 SAM_1885 SAM_1884     TRUE 0.995 12.000 0.571 1.000   NA
 2444118 2444119 SAM_1883 SAM_1882     TRUE 0.958 0.000 0.018 NA   NA
 2444119 2444120 SAM_1882 SAM_1881   nrdI TRUE 0.965 11.000 0.027 NA N NA
 2444120 2444121 SAM_1881 SAM_1880 nrdI cpdB TRUE 0.463 157.000 0.022 NA Y NA
 2444122 2444123 SAM_1879 SAM_1878 relA dtd TRUE 0.987 10.000 0.177 1.000 N NA
 2444123 2444124 SAM_1878 SAM_1877 dtd   FALSE 0.042 255.000 0.000 1.000 N NA
 2444124 2444125 SAM_1877 SAM_1876     TRUE 0.737 27.000 0.000 NA   NA
 2444127 2444128 SAM_1595 SAM_1596 brnQ   TRUE 0.456 114.000 0.000 1.000 Y NA
 2444129 2444130 SAM_1597 SAM_1598     TRUE 0.999 -3.000 0.938 1.000 Y NA
 2444130 2444131 SAM_1598 SAM_1599     TRUE 0.870 -7.000 0.000 1.000 N NA
 2444131 2444132 SAM_1599 SAM_1600     FALSE 0.167 134.000 0.000 NA N NA
 2444132 2444133 SAM_1600 SAM_1601     FALSE 0.146 141.000 0.000 NA N NA
 2444133 2444134 SAM_1601 SAM_1602     FALSE 0.229 102.000 0.000 1.000   NA
 2444134 2444135 SAM_1602 SAM_1603     TRUE 0.850 -6.000 0.000 NA   NA
 2444135 2444136 SAM_1603 SAM_1604     TRUE 0.469 48.000 0.000 NA   NA
 2444136 2444137 SAM_1604 SAM_1605     FALSE 0.213 118.000 0.000 1.000   NA
 2444137 2444138 SAM_1605 SAM_1606     TRUE 0.996 10.000 0.625 1.000   NA
 2444139 2444140 SAM_1607 SAM_1608     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2444140 2444141 SAM_1608 SAM_1609     TRUE 0.989 38.000 0.316 0.002 Y NA
 2444141 2444142 SAM_1609 SAM_1610     TRUE 0.979 0.000 0.099 1.000   NA
 2444142 2444143 SAM_1610 SAM_1611     TRUE 0.998 10.000 0.857 0.060   NA
 2444144 2444145 SAM_1612 SAM_1613     TRUE 0.320 139.000 0.000 0.049 N NA
 2444145 2444146 SAM_1613 SAM_1614     TRUE 0.426 93.000 0.023 NA   NA
 2444146 2444147 SAM_1614 SAM_1615     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2444147 2444148 SAM_1615 SAM_1616     TRUE 0.790 23.000 0.000 NA   NA
 2444148 2444149 SAM_1616 SAM_1617     TRUE 0.682 66.000 0.085 NA   NA
 2444149 2444150 SAM_1617 SAM_1618     TRUE 0.950 2.000 0.008 NA   NA
 2444150 2444151 SAM_1618 SAM_1619     TRUE 0.651 63.000 0.024 1.000 N NA
 2444151 2444152 SAM_1619 SAM_1620   nadD TRUE 0.993 -3.000 0.199 1.000 Y NA
 2444152 2444153 SAM_1620 SAM_1621 nadD   TRUE 0.588 130.000 0.150 NA N NA
 2444153 2444154 SAM_1621 SAM_1622     TRUE 0.524 93.000 0.068 NA   NA
 2444154 2444155 SAM_1622 SAM_1623   yqeG TRUE 0.995 0.000 0.555 1.000   NA
 2444155 2444156 SAM_1623 SAM_1624 yqeG   TRUE 0.418 111.000 0.015 1.000   NA
 2444156 2444157 SAM_1624 SAM_1625   gatB FALSE 0.212 157.000 0.002 1.000   NA
 2444157 2444158 SAM_1625 SAM_1626 gatB gatA TRUE 0.999 0.000 0.492 0.001 Y NA
 2444158 2444159 SAM_1626 SAM_1627 gatA gatC TRUE 0.999 0.000 0.643 0.001 Y NA
 2444159 2444160 SAM_1627 SAM_1628 gatC ppdK TRUE 0.281 138.000 0.002 1.000   NA
 2444162 2444163 SAM_1568 SAM_1569     TRUE 0.990 24.000 0.125 0.038 Y NA
 2444163 2444164 SAM_1569 SAM_1570   nylA FALSE 0.126 161.000 0.000 1.000 N NA
 2444164 2444165 SAM_1570 SAM_1571 nylA   FALSE 0.245 104.000 0.000 1.000 N NA
 2444165 2444166 SAM_1571 SAM_1572     TRUE 0.642 73.000 0.079 1.000   NA
 2444166 2444167 SAM_1572 SAM_1573     TRUE 0.635 87.000 0.120 1.000   NA
 2444167 2444168 SAM_1573 SAM_1574   murC TRUE 0.455 86.000 0.014 1.000   NA
 2444168 2444169 SAM_1574 SAM_1575 murC   TRUE 0.955 10.000 0.013 NA   NA
 2444169 2444170 SAM_1575 SAM_1576     TRUE 0.894 5.000 0.000 NA   NA
 2444170 2444171 SAM_1576 SAM_1577     TRUE 0.332 63.000 0.000 NA   NA
 2444171 2444172 SAM_1577 SAM_1578     FALSE 0.230 155.000 0.004 1.000   NA
 2444174 2444175 SAM_1580 SAM_1581     TRUE 0.998 -3.000 0.817 NA Y NA
 2444175 2444176 SAM_1581 SAM_1582     TRUE 0.979 0.000 0.109 NA N NA
 2444176 2444177 SAM_1582 SAM_1583     FALSE 0.252 149.000 0.007 NA N NA
 2444177 2444178 SAM_1583 SAM_1584     TRUE 0.996 -10.000 0.438 0.075 Y NA
 2444178 2444179 SAM_1584 SAM_1585     FALSE 0.103 235.000 0.014 NA   NA
 2444179 2444180 SAM_1585 SAM_1586     FALSE 0.137 180.000 0.002 NA   NA
 2444180 2444181 SAM_1586 SAM_1587     TRUE 0.975 21.000 0.222 NA   NA
 2444182 2444183 SAM_1588 SAM_1589 gidB ktrB TRUE 0.951 15.000 0.006 1.000 N NA
 2444183 2444184 SAM_1589 SAM_1590 ktrB ktrA TRUE 0.999 13.000 0.490 0.004 Y NA
 2444185 2444186 SAM_1591 SAM_1592     TRUE 0.991 -7.000 0.530 1.000   NA
 2444186 2444187 SAM_1592 SAM_1593     TRUE 0.989 17.000 0.435 NA   NA
 2444188 2444189 SAM_1900 SAM_1901 hpkA drrA TRUE 0.984 -7.000 0.075 1.000 Y NA
 2444189 2444190 SAM_1901 SAM_1902 drrA   TRUE 0.992 0.000 0.429 NA N NA
 2444190 2444191 SAM_1902 SAM_1903   pstB TRUE 0.993 -3.000 0.203 NA Y NA
 2444191 2444192 SAM_1903 SAM_1904 pstB pstA TRUE 0.998 -7.000 0.428 0.003 Y NA
 2444192 2444193 SAM_1904 SAM_1905 pstA pstC TRUE 0.998 2.000 0.219 0.003 Y NA
 2444193 2444194 SAM_1905 SAM_1906 pstC   TRUE 0.893 15.000 0.000 1.000   NA
 2444194 2444195 SAM_1906 SAM_1907     FALSE 0.057 201.000 0.000 NA   NA
 2444195 2444196 SAM_1907 SAM_1908     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2444196 2444197 SAM_1908 SAM_1909   prmA TRUE 0.987 0.000 0.227 NA   NA
 2444197 2444198 SAM_1909 SAM_1910 prmA   TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2444200 2444201 SAM_1912 SAM_1913     TRUE 0.897 -28.000 0.048 1.000   NA
 2444201 2444202 SAM_1913 SAM_1914     TRUE 0.951 -7.000 0.048 NA   NA
 2444202 2444203 SAM_1914 SAM_1915     TRUE 0.852 43.000 0.100 NA   NA
 2444203 2444204 SAM_1915 SAM_1916     FALSE 0.249 74.000 0.000 NA   NA
 2444204 2444205 SAM_1916 SAM_1917     TRUE 0.615 -81.000 0.000 NA   NA
 2444205 2444206 SAM_1917 SAM_1918     TRUE 0.892 3.000 0.000 NA   NA
 2444207 2444208 SAM_1919 SAM_1920     TRUE 0.959 -7.000 0.047 1.000 N NA
 2444209 2444210 SAM_1921 SAM_1922     TRUE 0.741 -16.000 0.000 NA   NA
 2444210 2444211 SAM_1922 SAM_1923     TRUE 0.994 -12.000 1.000 NA   NA
 2444211 2444212 SAM_1923 SAM_1924     TRUE 0.888 0.000 0.000 NA   NA
 2444212 2444213 SAM_1924 SAM_1925     TRUE 0.890 2.000 0.000 NA   NA
 2444214 2444215 SAM_1926 SAM_1927     FALSE 0.018 375.000 0.000 NA   NA
 2444215 2444216 SAM_1927 SAM_1928     FALSE 0.193 107.000 0.000 NA   NA
 2444216 2444217 SAM_1928 SAM_1929     FALSE 0.019 358.000 0.000 NA   NA
 2444217 2444218 SAM_1929 SAM_1930     FALSE 0.197 101.000 0.000 NA   NA
 2444218 2444219 SAM_1930 SAM_1931     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2444219 2444220 SAM_1931 SAM_1932     FALSE 0.074 178.000 0.000 NA   NA
 2444220 2444221 SAM_1932 SAM_1933     TRUE 0.766 25.000 0.000 NA   NA
 2444221 2444222 SAM_1933 SAM_1934     FALSE 0.200 90.000 0.000 NA   NA
 2444222 2444223 SAM_1934 SAM_1935     FALSE 0.033 250.000 0.000 NA   NA
 2444223 2444224 SAM_1935 SAM_1936     TRUE 0.982 33.000 0.750 NA   NA
 2444225 2444226 SAM_1937 SAM_1938     FALSE 0.073 179.000 0.000 NA   NA
 2444226 2444227 SAM_1938 SAM_1939     FALSE 0.015 442.000 0.000 NA   NA
 2444227 2444228 SAM_1939 SAM_1940     TRUE 0.983 -13.000 0.486 NA   NA
 2444228 2444229 SAM_1940 SAM_1941     FALSE 0.016 522.000 0.000 1.000   NA
 2444230 2444231 SAM_1009 SAM_1008     TRUE 0.846 34.000 0.033 NA   NA
 2444231 2444232 SAM_1008 SAM_1007     TRUE 0.968 13.000 0.049 NA   NA
 2444232 2444233 SAM_1007 SAM_1006   truB FALSE 0.189 131.000 0.000 1.000   NA
 2444233 2444234 SAM_1006 SAM_1005 truB ribF TRUE 0.991 13.000 0.308 1.000 N NA
 2444234 2444235 SAM_1005 SAM_1004 ribF   TRUE 0.792 43.000 0.017 1.000 N NA
 2444235 2444236 SAM_1004 SAM_1003     TRUE 0.937 -28.000 0.169 NA   NA
 2444236 2444237 SAM_1003 SAM_1002     TRUE 0.981 -10.000 0.337 NA   NA
 2444237 2444238 SAM_1002 SAM_1001     TRUE 0.283 68.000 0.000 NA   NA
 2444238 2444239 SAM_1001 SAM_1000     FALSE 0.071 183.000 0.000 NA   NA
 2444239 2444240 SAM_1000 SAM_0999   pstC TRUE 0.956 46.000 0.206 1.000 Y NA
 2444240 2444241 SAM_0999 SAM_0997 pstC pstA TRUE 0.999 -10.000 0.907 0.003 Y NA
 2444243 2444244 SAM_0996 SAM_0995 pstB pstB TRUE 0.859 213.000 0.542 0.001 Y NA
 2444244 2444245 SAM_0995 SAM_0994 pstB   TRUE 0.982 34.000 0.413 NA Y NA
 2444245 2444246 SAM_0994 SAM_0993     TRUE 0.404 146.000 0.067 NA N NA
 2444246 2444247 SAM_0993 SAM_0992     TRUE 0.352 162.000 0.061 1.000 N NA
 2444247 2444248 SAM_0992 SAM_0991     TRUE 0.994 -16.000 0.606 1.000 Y NA
 2444248 2444249 SAM_0991 SAM_0990     FALSE 0.216 113.000 0.000 1.000   NA
 2444249 2444250 SAM_0990 SAM_0989   ffh TRUE 0.977 18.000 0.151 1.000   NA
 2444250 2444251 SAM_0989 SAM_0988 ffh   TRUE 0.454 67.000 0.002 NA   NA
 2444251 2444252 SAM_0988 SAM_0987     TRUE 0.976 -10.000 0.250 NA   NA
 2444255 2444256 SAM_0984 SAM_0983     TRUE 0.998 -3.000 0.812 1.000 Y NA
 2444257 2444258 SAM_1782 SAM_1783     FALSE 0.043 246.000 0.000 1.000   NA
 2444258 2444259 SAM_1783 SAM_1784     TRUE 0.994 19.000 0.177 0.074 Y NA
 2444259 2444260 SAM_1784 SAM_1785   xfp FALSE 0.020 444.000 0.000 1.000 N NA
 2444260 2444261 SAM_1785 SAM_1786 xfp   FALSE 0.200 90.000 0.000 NA   NA
 2444261 2444262 SAM_1786 SAM_1787     FALSE 0.188 317.000 0.231 NA   NA
 2444262 2444263 SAM_1787 SAM_1788     FALSE 0.141 138.000 0.000 NA   NA
 2444263 2444264 SAM_1788 SAM_1789   gntK TRUE 0.941 20.000 0.035 NA   NA
 2444264 2444265 SAM_1789 SAM_1790 gntK   TRUE 0.350 66.000 0.000 1.000   NA
 2444265 2444266 SAM_1790 SAM_1791     TRUE 0.969 22.000 0.154 1.000   NA
 2444266 2444267 SAM_1791 SAM_1792     TRUE 0.647 98.000 0.133 1.000 N NA
 2444267 2444268 SAM_1792 SAM_1793     TRUE 0.972 19.000 0.133 1.000   NA
 2444268 2444269 SAM_1793 SAM_1794     FALSE 0.050 235.000 0.000 1.000   NA
 2444269 2444270 SAM_1794 SAM_1795     FALSE 0.120 164.000 0.000 1.000 N NA
 2444270 2444271 SAM_1795 SAM_1796     TRUE 0.968 11.000 0.000 1.000 Y NA
 2444271 2444272 SAM_1796 SAM_1797     TRUE 0.998 2.000 0.700 1.000 Y NA
 2444272 2444273 SAM_1797 SAM_1798     TRUE 0.998 4.000 0.536 1.000 Y NA
 2444273 2444274 SAM_1798 SAM_1799     TRUE 0.873 113.000 0.328 1.000 Y NA
 2444274 2444275 SAM_1799 SAM_1800     TRUE 0.958 67.000 0.279 0.011 Y NA
 2444275 2444276 SAM_1800 SAM_1801     TRUE 0.989 28.000 0.431 0.016   NA
 2444276 2444277 SAM_1801 SAM_1802     FALSE 0.087 168.000 0.000 NA   NA
 2444279 2444280 SAM_0077 SAM_0078     TRUE 0.812 -9.000 0.000 NA   NA
 2444280 2444281 SAM_0078 SAM_0079     FALSE 0.263 70.000 0.000 NA   NA
 2444281 2444282 SAM_0079 SAM_0080     FALSE 0.010 915.000 0.000 NA   NA
 2444282 2444283 SAM_0080 SAM_0081     FALSE 0.045 220.000 0.000 NA   NA
 2444285 2444286 SAM_0083 SAM_0084     FALSE 0.211 122.000 0.000 1.000   NA
 2444286 2444287 SAM_0084 SAM_0085     TRUE 0.984 -3.000 0.174 1.000 N NA
 2444287 2444288 SAM_0085 SAM_0086     TRUE 0.984 -3.000 0.174 1.000 N NA
 2444288 2444289 SAM_0086 SAM_0087   hrcA TRUE 0.424 95.000 0.009 1.000 N NA
 2444289 2444290 SAM_0087 SAM_0088 hrcA grpE TRUE 0.975 3.000 0.051 1.000 N NA
 2444290 2444291 SAM_0088 SAM_0089 grpE   TRUE 0.593 181.000 0.026 0.006 Y NA
 2444291 2444292 SAM_0089 SAM_0090     TRUE 0.573 289.000 0.196 0.003 Y NA
 2444292 2444293 SAM_0090 SAM_0091     FALSE 0.232 114.000 0.000 1.000 N NA
 2444293 2444294 SAM_0091 SAM_0092   truA TRUE 0.319 71.000 0.000 1.000 N NA
 2444294 2444295 SAM_0092 SAM_0093 truA   TRUE 0.903 -37.000 0.058 1.000 N NA
 2444295 2444296 SAM_0093 SAM_0094     TRUE 0.989 10.000 0.276 NA   NA
 2444296 2444297 SAM_0094 SAM_0095     TRUE 0.979 -3.000 0.149 NA   NA
 2444299 2444300 SAM_0097 SAM_0098 tig   FALSE 0.152 189.000 0.005 1.000   NA
 2444300 2444301 SAM_0098 SAM_0099     TRUE 0.860 -81.000 0.000 0.003   NA
 2444301 2444302 SAM_0099 SAM_0100   pyrG FALSE 0.036 273.000 0.000 1.000   NA
 2444302 2444303 SAM_0100 SAM_0101 pyrG   TRUE 0.335 109.000 0.002 NA N NA
 2444304 2444305 SAM_2137 SAM_2138     TRUE 0.966 -3.000 0.057 NA   NA
 2444305 2444306 SAM_2138 SAM_2139     TRUE 0.425 52.000 0.000 NA   NA
 2444306 2444307 SAM_2139 SAM_2140     FALSE 0.021 343.000 0.000 NA   NA
 2444307 2444308 SAM_2140 SAM_2141     TRUE 0.879 66.000 0.125 0.002   NA
 2444308 2444309 SAM_2141 SAM_2142     FALSE 0.013 716.000 0.000 1.000   NA
 2444309 2444310 SAM_2142 SAM_2143   metK TRUE 0.667 -67.000 0.000 1.000   NA
 2444310 2444311 SAM_2143 SAM_2144 metK   TRUE 0.469 48.000 0.000 NA   NA
 2444311 2444312 SAM_2144 SAM_2145     FALSE 0.089 167.000 0.000 NA   NA
 2444312 2444313 SAM_2145 SAM_2146     TRUE 0.978 -7.000 0.182 1.000   NA
 2444313 2444314 SAM_2146 SAM_2147     TRUE 0.984 -19.000 0.636 NA   NA
 2444314 2444315 SAM_2147 SAM_2148     FALSE 0.103 303.000 0.067 NA   NA
 2444316 2444317 SAM_2149 SAM_2150     TRUE 0.681 -25.000 0.000 NA   NA
 2444317 2444318 SAM_2150 SAM_2151     TRUE 0.977 -7.000 0.200 NA   NA
 2444318 2444319 SAM_2151 SAM_2152     TRUE 0.977 5.000 0.095 NA   NA
 2444319 2444320 SAM_2152 SAM_2153     TRUE 0.852 17.000 0.000 NA   NA
 2444320 2444321 SAM_2153 SAM_2154     TRUE 0.450 50.000 0.000 NA   NA
 2444323 2444324 SAM_2156 SAM_2157     TRUE 0.603 -112.000 0.000 NA   NA
 2444325 2444326 SAM_2158 SAM_2159     FALSE 0.039 239.000 0.000 NA   NA
 2444326 2444327 SAM_2159 SAM_2160     TRUE 0.770 -13.000 0.000 NA   NA
 2444327 2444328 SAM_2160 SAM_2161     FALSE 0.029 313.000 0.000 1.000   NA
 2444331 2444332 SAM_1346 SAM_1345   aroD TRUE 0.962 21.000 0.125 NA   NA
 2444332 2444333 SAM_1345 SAM_1344 aroD aroB TRUE 0.705 94.000 0.000 0.002 Y NA
 2444333 2444334 SAM_1344 SAM_1343 aroB aroC TRUE 0.996 1.000 0.110 0.002 Y NA
 2444334 2444335 SAM_1343 SAM_1342 aroC   TRUE 0.381 84.000 0.005 NA   NA
 2444335 2444336 SAM_1342 SAM_1341     FALSE 0.174 175.000 0.010 NA   NA
 2444338 2444339 SAM_1339 SAM_1338   thiI TRUE 0.890 62.000 0.349 1.000 N NA
 2444339 2444340 SAM_1338 SAM_1337 thiI   TRUE 0.446 102.000 0.014 1.000 N NA
 2444342 2444343 SAM_1335 SAM_1334   rpmA TRUE 0.987 22.000 0.203 NA Y NA
 2444343 2444344 SAM_1334 SAM_1333 rpmA   FALSE 0.061 216.000 0.000 1.000 N NA
 2444344 2444345 SAM_1333 SAM_1332   lspA TRUE 0.983 9.000 0.119 1.000 N NA
 2444345 2444346 SAM_1332 SAM_1331 lspA rluD TRUE 0.942 -16.000 0.082 1.000 N NA
 2444346 2444347 SAM_1331 SAM_1330 rluD   FALSE 0.197 176.000 0.008 1.000 N NA
 2444347 2444348 SAM_1330 SAM_1329   carA TRUE 0.759 49.000 0.000 1.000 Y NA
 2444348 2444349 SAM_1329 SAM_1328 carA   TRUE 0.840 56.000 0.013 0.002   NA
 2444349 2444350 SAM_1328 SAM_1327     FALSE 0.060 209.000 0.000 1.000   NA
 2444351 2444352 SAM_1752 SAM_1753 fusA   TRUE 0.809 40.000 0.000 0.013   NA
 2444352 2444353 SAM_1753 SAM_1754   rpsG FALSE 0.128 155.000 0.000 1.000   NA
 2444353 2444354 SAM_1754 SAM_1755 rpsG rpsL TRUE 0.995 22.000 0.224 0.004 Y NA
 2444354 2444355 SAM_1755 SAM_1756 rpsL purR FALSE 0.059 219.000 0.000 1.000 N NA
 2444355 2444356 SAM_1756 SAM_1757 purR   TRUE 0.529 97.000 0.052 1.000   NA
 2444356 2444357 SAM_1757 SAM_1758     TRUE 0.927 -10.000 0.030 NA   NA
 2444357 2444358 SAM_1758 SAM_1759     TRUE 0.963 2.000 0.030 NA   NA
 2444358 2444359 SAM_1759 SAM_1760   rpe TRUE 0.978 -7.000 0.166 1.000 N NA
 2444359 2444360 SAM_1760 SAM_1761 rpe   TRUE 0.988 7.000 0.213 1.000   NA
 2444360 2444361 SAM_1761 SAM_1762     FALSE 0.125 156.000 0.000 1.000   NA
 2444361 2444362 SAM_1762 SAM_1763   ksgA TRUE 0.911 4.000 0.000 1.000   NA
 2444362 2444363 SAM_1763 SAM_1764 ksgA   TRUE 0.868 28.000 0.002 1.000 N NA
 2444363 2444364 SAM_1764 SAM_1765     TRUE 0.919 4.000 0.000 1.000 N NA
 2444364 2444365 SAM_1765 SAM_1766     TRUE 0.971 -13.000 0.058 NA Y NA
 2444365 2444366 SAM_1766 SAM_1767     FALSE 0.187 110.000 0.000 NA   NA
 2444366 2444367 SAM_1767 SAM_1768     TRUE 0.830 19.000 0.000 NA   NA
 2444367 2444368 SAM_1768 SAM_1769     TRUE 0.812 -9.000 0.000 NA   NA
 2444368 2444369 SAM_1769 SAM_1770     TRUE 0.888 0.000 0.000 NA   NA
 2444369 2444370 SAM_1770 SAM_1771   dltD FALSE 0.079 175.000 0.000 NA   NA
 2444370 2444371 SAM_1771 SAM_1772 dltD dltC TRUE 0.987 -7.000 0.409 NA   NA
 2444371 2444372 SAM_1772 SAM_1773 dltC   TRUE 0.990 15.000 0.387 NA   NA
 2444372 2444373 SAM_1773 SAM_1774   dltA TRUE 0.992 -3.000 0.435 NA N NA
 2444373 2444374 SAM_1774 SAM_1775 dltA   FALSE 0.162 146.000 0.000 1.000 N NA
 2444374 2444375 SAM_1775 SAM_1776     TRUE 0.967 0.000 0.000 1.000 Y NA
 2444376 2444377 SAM_1696 SAM_1695     TRUE 0.958 18.000 0.043 1.000   NA
 2444377 2444378 SAM_1695 SAM_1694     FALSE 0.214 190.000 0.031 1.000 N NA
 2444380 2444381 SAM_1692 SAM_1691     TRUE 0.969 -18.000 0.326 NA   NA
 2444382 2444383 SAM_1690 SAM_1689   pfl FALSE 0.230 100.000 0.000 1.000   NA
 2444385 2444386 SAM_1687 SAM_1686     TRUE 0.470 113.000 0.050 NA   NA
 2444386 2444387 SAM_1686 SAM_1685     TRUE 0.556 129.000 0.099 1.000 N NA
 2444387 2444388 SAM_1685 SAM_1684   rnhC TRUE 0.972 16.000 0.080 1.000 N NA
 2444389 2444390 SAM_1683 SAM_1682   cvpA TRUE 0.960 3.000 0.019 NA   NA
 2444390 2444391 SAM_1682 SAM_1681 cvpA mutS2 TRUE 0.585 85.000 0.070 1.000   NA
 2444391 2444392 SAM_1681 SAM_1680 mutS2   TRUE 0.322 133.000 0.005 1.000   NA
 2444392 2444393 SAM_1680 SAM_1679   trx TRUE 0.580 81.000 0.053 1.000   NA
 2444394 2444395 SAM_1678 SAM_1677   mutY FALSE 0.172 177.000 0.002 1.000 N NA
 2444396 2444397 SAM_0102 SAM_0103 dut radA TRUE 0.276 162.000 0.028 1.000   NA
 2444397 2444398 SAM_0103 SAM_0104 radA   TRUE 0.338 136.000 0.009 1.000 N NA
 2444398 2444399 SAM_0104 SAM_0105   lpdA-1 FALSE 0.142 154.000 0.000 1.000 N NA
 2444399 2444400 SAM_0105 SAM_0106 lpdA-1 gltX FALSE 0.057 227.000 0.000 1.000 N NA
 2444401 2444402 SAM_0107 SAM_0108 rbsB rbsC TRUE 0.993 53.000 0.847 0.002 Y NA
 2444402 2444403 SAM_0108 SAM_0109 rbsC rbsA TRUE 0.998 11.000 0.358 0.002 Y NA
 2444403 2444404 SAM_0109 SAM_0110 rbsA rbsD TRUE 0.994 16.000 0.243 1.000 Y NA
 2444404 2444405 SAM_0110 SAM_0111 rbsD rbsK TRUE 0.977 -25.000 0.183 1.000 Y NA
 2444405 2444406 SAM_0111 SAM_0112 rbsK   TRUE 0.985 -7.000 0.281 1.000 N NA
 2444406 2444407 SAM_0112 SAM_0113     TRUE 0.375 58.000 0.000 NA   NA
 2444408 2444409 SAM_0114 SAM_0115     TRUE 0.995 0.000 0.591 1.000 N NA
 2444409 2444410 SAM_0115 SAM_0116     TRUE 0.943 31.000 0.133 1.000 N NA
 2444410 2444411 SAM_0116 SAM_0117     TRUE 0.996 -7.000 0.500 1.000 Y NA
 2444411 2444412 SAM_0117 SAM_0118   argG FALSE 0.142 154.000 0.000 1.000 N NA
 2444412 2444413 SAM_0118 SAM_0119 argG argH TRUE 0.992 19.000 0.278 1.000 Y NA
 2444413 2444414 SAM_0119 SAM_0120 argH fba FALSE 0.171 141.000 0.000 1.000 N NA
 2444416 2444417 SAM_1856 SAM_1857     FALSE 0.241 77.000 0.000 NA   NA
 2444417 2444418 SAM_1857 SAM_1858   mae FALSE 0.063 191.000 0.000 NA   NA
 2444418 2444419 SAM_1858 SAM_1859 mae   TRUE 0.992 25.000 0.432 1.000 Y NA
 2444420 2444421 SAM_1860 SAM_1861     TRUE 0.993 2.000 0.154 1.000 Y NA
 2444422 2444423 SAM_1862 SAM_1863 galE malA FALSE 0.258 88.000 0.000 1.000 N NA
 2444423 2444424 SAM_1863 SAM_1864 malA   TRUE 0.794 129.000 0.171 1.000 Y NA
 2444424 2444425 SAM_1864 SAM_1865     TRUE 0.573 101.000 0.071 1.000 N NA
 2444425 2444426 SAM_1865 SAM_1866     FALSE 0.248 95.000 0.000 1.000 N NA
 2444426 2444427 SAM_1866 SAM_1867   lacD TRUE 0.718 54.000 0.000 1.000 Y NA
 2444427 2444428 SAM_1867 SAM_1868 lacD lacC TRUE 0.988 2.000 0.000 0.001 Y NA
 2444428 2444429 SAM_1868 SAM_1869 lacC lacB TRUE 0.968 11.000 0.000 1.000 Y NA
 2444429 2444430 SAM_1869 SAM_1870 lacB lacA TRUE 0.978 21.000 0.000 0.001 Y NA
 2444430 2444431 SAM_1870 SAM_1871 lacA   FALSE 0.042 247.000 0.000 1.000   NA
 2444431 2444432 SAM_1871 SAM_1872     FALSE 0.045 241.000 0.000 1.000   NA
 2444432 2444433 SAM_1872 SAM_1873     TRUE 0.912 40.000 0.000 0.015 Y NA
 2444433 2444434 SAM_1873 SAM_1874     TRUE 0.998 2.000 0.429 0.011 Y NA
 2444435 2444436 SAM_1966 SAM_1967 leuS   TRUE 0.591 -286.000 0.000 NA   NA
 2444437 2444438 SAM_1965 SAM_1964     TRUE 0.664 -28.000 0.000 NA   NA
 2444438 2444439 SAM_1964 SAM_1963     TRUE 0.490 93.000 0.049 NA   NA
 2444439 2444440 SAM_1963 SAM_1962     TRUE 0.998 -3.000 0.889 1.000 Y NA
 2444440 2444441 SAM_1962 SAM_1961     FALSE 0.056 233.000 0.000 1.000 N NA
 2444444 2444445 SAM_1958 SAM_1957   metE FALSE 0.019 370.000 0.000 NA   NA
 2444445 2444446 SAM_1957 SAM_1956 metE   TRUE 0.903 45.000 0.030 1.000 Y NA
 2444446 2444447 SAM_1956 SAM_1955     FALSE 0.020 347.000 0.000 NA   NA
 2444448 2444449 SAM_1954 SAM_1953     FALSE 0.074 201.000 0.000 1.000 N NA
 2444450 2444451 SAM_1186 SAM_1185     TRUE 0.894 4.000 0.000 NA   NA
 2444451 2444452 SAM_1185 SAM_1184     TRUE 0.833 -7.000 0.000 NA   NA
 2444452 2444453 SAM_1184 SAM_1183     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   NA
 2444453 2444454 SAM_1183 SAM_1182     TRUE 0.963 -3.000 0.033 1.000   NA
 2444454 2444455 SAM_1182 SAM_1181     TRUE 0.906 0.000 0.000 1.000   NA
 2444455 2444456 SAM_1181 SAM_1180     TRUE 0.943 77.000 0.549 1.000 Y NA
 2444456 2444457 SAM_1180 SAM_1179     TRUE 0.954 -3.000 0.013 1.000   NA
 2444457 2444458 SAM_1179 SAM_1178     TRUE 0.961 11.000 0.013 1.000   NA
 2444458 2444459 SAM_1178 SAM_1177     FALSE 0.184 114.000 0.000 NA   NA
 2444459 2444460 SAM_1177 SAM_1176   ung FALSE 0.198 99.000 0.000 NA   NA
 2444462 2444463 SAM_1174 SAM_1173 parE parC TRUE 0.956 134.000 0.552 0.002 Y NA
 2444463 2444464 SAM_1173 SAM_1172 parC ilvE TRUE 0.570 113.000 0.086 1.000 N NA
 2444464 2444465 SAM_1172 SAM_1171 ilvE   TRUE 0.595 83.000 0.095 NA   NA
 2444465 2444466 SAM_1171 SAM_1170     FALSE 0.126 146.000 0.000 NA   NA
 2444467 2444468 SAM_1207 SAM_1206     TRUE 0.997 0.000 0.895 NA   NA
 2444468 2444469 SAM_1206 SAM_1205     FALSE 0.088 296.000 0.026 1.000   NA
 2444469 2444470 SAM_1205 SAM_1204     TRUE 0.982 3.000 0.143 NA   NA
 2444470 2444471 SAM_1204 SAM_1203     TRUE 0.906 33.000 0.100 NA   NA
 2444471 2444472 SAM_1203 SAM_1202     TRUE 0.696 90.000 0.217 NA   NA
 2444472 2444473 SAM_1202 SAM_1201   rpiA FALSE 0.052 238.000 0.000 1.000 N NA
 2444473 2444474 SAM_1201 SAM_1200 rpiA deoB TRUE 0.835 57.000 0.018 1.000 Y NA
 2444474 2444475 SAM_1200 SAM_1199 deoB arsC TRUE 0.837 51.000 0.108 1.000 N NA
 2444475 2444476 SAM_1199 SAM_1198 arsC   TRUE 0.895 39.000 0.108 1.000 N NA
 2444476 2444477 SAM_1198 SAM_1197     TRUE 0.266 86.000 0.000 1.000 N NA
 2444477 2444478 SAM_1197 SAM_1196   deoD TRUE 0.916 -16.000 0.027 1.000 N NA
 2444478 2444479 SAM_1196 SAM_1195 deoD   TRUE 0.978 9.000 0.107 NA   NA
 2444481 2444482 SAM_1193 SAM_1192     TRUE 0.996 6.000 0.583 1.000 N NA
 2444482 2444483 SAM_1192 SAM_1191     TRUE 0.998 9.000 0.636 1.000 Y NA
 2444483 2444484 SAM_1191 SAM_1190     TRUE 0.997 11.000 0.800 1.000 N NA
 2444484 2444485 SAM_1190 SAM_1189     TRUE 0.977 13.000 0.067 1.000 N NA
 2444487 2444488 SAM_1261 SAM_1260     TRUE 0.428 85.000 0.000 0.052   NA
 2444489 2444490 SAM_1259 SAM_1258     FALSE 0.013 536.000 0.000 NA   NA
 2444490 2444491 SAM_1258 SAM_1257     TRUE 0.822 41.000 0.000 0.003   NA
 2444491 2444492 SAM_1257 SAM_1256     FALSE 0.049 236.000 0.000 1.000   NA
 2444492 2444493 SAM_1256 SAM_1255     TRUE 0.996 13.000 0.800 NA   NA
 2444494 2444495 SAM_1254 SAM_1253     TRUE 0.876 32.000 0.000 0.009   NA
 2444495 2444496 SAM_1253 SAM_1252     FALSE 0.101 158.000 0.000 NA   NA
 2444496 2444497 SAM_1252 SAM_1251     FALSE 0.044 224.000 0.000 NA   NA
 2444497 2444498 SAM_1251 SAM_1250     TRUE 0.922 108.000 0.667 0.052   NA
 2444498 2444499 SAM_1250 SAM_1249     FALSE 0.065 189.000 0.000 NA   NA
 2444500 2444501 SAM_0042 SAM_0043 adhP   TRUE 0.348 120.000 0.003 1.000   NA
 2444501 2444502 SAM_0043 SAM_0044     FALSE 0.159 147.000 0.000 1.000 N NA
 2444502 2444503 SAM_0044 SAM_0045   rpsJ FALSE 0.069 206.000 0.000 1.000 N NA
 2444503 2444504 SAM_0045 SAM_0046 rpsJ rplC TRUE 0.948 105.000 0.467 0.025 Y NA
 2444504 2444505 SAM_0046 SAM_0047 rplC rplD TRUE 0.997 24.000 0.544 0.019 Y NA
 2444505 2444506 SAM_0047 SAM_0048 rplD rplW TRUE 0.998 0.000 0.307 0.019 Y NA
 2444506 2444507 SAM_0048 SAM_0049 rplW rplB TRUE 0.999 18.000 0.849 0.023 Y NA
 2444507 2444508 SAM_0049 SAM_0050 rplB rpsS TRUE 0.973 99.000 0.820 0.025 Y NA
 2444508 2444509 SAM_0050 SAM_0051 rpsS rplV TRUE 0.999 16.000 0.769 0.025 Y NA
 2444509 2444510 SAM_0051 SAM_0052 rplV rpsC TRUE 0.994 40.000 0.719 0.025 Y NA
 2444510 2444511 SAM_0052 SAM_0053 rpsC rplP TRUE 0.999 4.000 0.828 0.025 Y NA
 2444513 2444514 SAM_0055 SAM_0056 rpmC rpsQ TRUE 0.998 26.000 0.828 0.019 Y NA
 2444514 2444515 SAM_0056 SAM_0057 rpsQ rplN TRUE 0.998 25.000 0.791 0.025 Y NA
 2444515 2444516 SAM_0057 SAM_0058 rplN rplX TRUE 0.977 80.000 0.810 0.025 Y NA
 2444516 2444517 SAM_0058 SAM_0059 rplX   TRUE 0.998 24.000 0.758 0.019 Y NA
 2444517 2444518 SAM_0059 SAM_0060   rpsN TRUE 0.993 33.000 0.496 0.019 Y NA
 2444518 2444519 SAM_0060 SAM_0061 rpsN rpsH TRUE 0.906 155.000 0.473 0.019 Y NA
 2444519 2444520 SAM_0061 SAM_0062 rpsH rplF TRUE 0.971 110.000 0.808 0.019 Y NA
 2444520 2444521 SAM_0062 SAM_0063 rplF rplR TRUE 0.973 101.000 0.815 0.019 Y NA
 2444521 2444522 SAM_0063 SAM_0064 rplR rpsE TRUE 0.999 19.000 0.814 0.025 Y NA
 2444524 2444525 SAM_0066 SAM_0067 rpmD rplO TRUE 0.967 125.000 0.653 0.003 Y NA
 2444525 2444526 SAM_0067 SAM_0068 rplO   TRUE 0.993 21.000 0.730 1.000 N NA
 2444526 2444527 SAM_0068 SAM_0069     TRUE 0.733 95.000 0.241 1.000   NA
 2444528 2444529 SAM_1841 SAM_1842     TRUE 0.983 17.000 0.197 1.000 N NA
 2444529 2444530 SAM_1842 SAM_1843     TRUE 0.975 26.000 0.094 1.000 Y NA
 2444530 2444531 SAM_1843 SAM_1844     TRUE 0.994 12.000 0.167 1.000 Y NA
 2444532 2444533 SAM_1845 SAM_1846     FALSE 0.183 133.000 0.000 1.000   NA
 2444533 2444534 SAM_1846 SAM_1847   polC TRUE 0.429 126.000 0.020 1.000 N NA
 2444534 2444535 SAM_1847 SAM_1848 polC   FALSE 0.226 123.000 0.000 1.000 N NA
 2444535 2444536 SAM_1848 SAM_1849   proS FALSE 0.221 125.000 0.000 1.000 N NA
 2444536 2444537 SAM_1849 SAM_1850 proS   TRUE 0.600 92.000 0.095 1.000 N NA
 2444537 2444538 SAM_1850 SAM_1851   cdsA TRUE 0.907 31.000 0.040 1.000 N NA
 2444538 2444539 SAM_1851 SAM_1852 cdsA uppS TRUE 0.990 15.000 0.113 1.000 Y NA
 2444539 2444540 SAM_1852 SAM_1853 uppS   FALSE 0.089 167.000 0.000 NA   NA
 2444541 2444542 SAM_1236 SAM_1238     FALSE 0.191 135.000 0.000 1.000 N NA
 2444544 2444545 SAM_1239 SAM_1240     FALSE 0.103 169.000 0.000 1.000   NA
 2444545 2444546 SAM_1240 SAM_1241     TRUE 0.883 15.000 0.000 NA N NA
 2444546 2444547 SAM_1241 SAM_1242   pepV TRUE 0.462 97.000 0.031 NA N NA
 2444547 2444548 SAM_1242 SAM_1243 pepV   TRUE 0.898 47.000 0.179 1.000 N NA
 2444552 2444553 SAM_1247 SAM_1248     TRUE 0.986 -3.000 0.036 0.002   NA
 2444554 2444555 SAM_0405 SAM_0406     TRUE 0.371 107.000 0.004 1.000   NA
 2444555 2444556 SAM_0406 SAM_0407   bioY TRUE 0.972 7.000 0.039 1.000   NA