MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus agalactiae COH1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2444919 2444920 SAN_0460 SAN_0461   recF TRUE 0.944 3.000 0.209 1.000   NA
 2444921 2444922 SAN_0462 SAN_0463     FALSE 0.011 215.000 0.000 1.000   NA
 2444922 2444923 SAN_0463 SAN_0464   guaB FALSE 0.127 76.000 0.000 1.000   NA
 2444923 2444924 SAN_0464 SAN_0465 guaB   FALSE 0.042 157.000 0.000 1.000 N NA
 2444924 2444925 SAN_0465 SAN_0466     TRUE 0.903 10.000 0.000 0.046 N NA
 2444926 2444927 SAN_0467 SAN_0468   arcA FALSE 0.001 266.000 0.000 NA   NA
 2444927 2444928 SAN_0468 SAN_0469 arcA   TRUE 0.866 6.000 0.056 NA   NA
 2444928 2444929 SAN_0469 SAN_0470     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2444929 2444930 SAN_0470 SAN_0471   argF TRUE 0.910 16.000 0.104 1.000   NA
 2444930 2444931 SAN_0471 SAN_0472 argF arcD TRUE 0.811 63.000 0.042 1.000 Y NA
 2444931 2444932 SAN_0472 SAN_0473 arcD arcC TRUE 0.947 21.000 0.091 1.000 Y NA
 2444933 2444934 SAN_0474 SAN_0475 trpS   FALSE 0.074 108.000 0.000 1.000   NA
 2444935 2444936 SAN_0476 SAN_0477     TRUE 0.520 66.000 0.027 NA   NA
 2444936 2444937 SAN_0477 SAN_0478     FALSE 0.340 123.000 0.040 NA   NA
 2444939 2444940 SAN_0480 SAN_0481 htrA   FALSE 0.398 98.000 0.015 1.000 N NA
 2444940 2444941 SAN_0481 SAN_0482   dnaA FALSE 0.059 209.000 0.002 1.000 N NA
 2444941 2444942 SAN_0482 SAN_0483 dnaA dnaN TRUE 0.736 155.000 0.328 1.000 Y NA
 2444942 2444943 SAN_0483 SAN_0484 dnaN   FALSE 0.449 70.000 0.003 1.000 N NA
 2444943 2444944 SAN_0484 SAN_0485     TRUE 0.804 10.000 0.015 NA   NA
 2444944 2444945 SAN_0485 SAN_0486     FALSE 0.003 203.000 0.000 NA   NA
 2444945 2444946 SAN_0486 SAN_0487   ychF FALSE 0.025 244.000 0.002 NA   NA
 2444946 2444947 SAN_0487 SAN_0488 ychF pth TRUE 0.871 84.000 0.184 1.000 Y NA
 2444947 2444948 SAN_0488 SAN_0489 pth   TRUE 0.909 -3.000 0.137 1.000 N NA
 2444948 2444949 SAN_0489 SAN_0490     FALSE 0.039 291.000 0.024 1.000 N NA
 2444949 2444950 SAN_0490 SAN_0491     TRUE 0.817 -13.000 0.053 1.000 N NA
 2444950 2444951 SAN_0491 SAN_0492     TRUE 0.741 3.000 0.009 NA   NA
 2444951 2444952 SAN_0492 SAN_0493     TRUE 0.874 0.000 0.105 NA   NA
 2444952 2444953 SAN_0493 SAN_0494     TRUE 0.810 2.000 0.014 1.000 N NA
 2444953 2444954 SAN_0494 SAN_0495   hpt TRUE 0.963 5.000 0.067 0.062 N NA
 2444954 2444955 SAN_0495 SAN_0496 hpt ftsH TRUE 0.931 23.000 0.192 1.000 N NA
 2444956 2444957 SAN_0497 SAN_0498     FALSE 0.447 84.000 0.025 NA   NA
 2444958 2444959 SAN_0499 SAN_0500     FALSE 0.001 268.000 0.000 NA   NA
 2444959 2444960 SAN_0500 SAN_0501     FALSE 0.146 15.000 0.000 NA   NA
 2444960 2444961 SAN_0501 SAN_0502     FALSE 0.018 189.000 0.000 1.000   NA
 2444961 2444962 SAN_0502 SAN_0503     TRUE 0.887 27.000 0.000 0.006   NA
 2444962 2444963 SAN_0503 SAN_0504     TRUE 0.795 52.000 0.000 0.006   NA
 2444963 2444964 SAN_0504 SAN_0505     FALSE 0.003 210.000 0.000 NA   NA
 2444964 2444965 SAN_0505 SAN_0506     FALSE 0.001 554.000 0.000 NA   NA
 2444965 2444966 SAN_0506 SAN_0507   nrdI TRUE 0.989 1.000 0.643 NA Y NA
 2444966 2444967 SAN_0507 SAN_0508 nrdI   TRUE 0.994 2.000 1.000 NA Y NA
 2444967 2444968 SAN_0508 SAN_0509     FALSE 0.039 63.000 0.000 NA   NA
 2444968 2444969 SAN_0509 SAN_0510     TRUE 0.943 13.000 0.200 NA   NA
 2444970 2444971 SAN_0511 SAN_0512     FALSE 0.072 -24.000 0.000 NA   NA
 2444971 2444972 SAN_0512 SAN_0513     FALSE 0.029 83.000 0.000 NA   NA
 2444972 2444973 SAN_0513 SAN_0514     FALSE 0.002 239.000 0.000 NA   NA
 2444973 2444974 SAN_0514 SAN_0515     FALSE 0.002 243.000 0.000 NA   NA
 2444974 2444975 SAN_0515 SAN_0516     TRUE 0.888 28.000 0.167 NA   NA
 2444975 2444976 SAN_0516 SAN_0517     TRUE 0.897 10.000 0.095 NA   NA
 2444976 2444977 SAN_0517 SAN_0518     TRUE 0.910 7.000 0.095 1.000   NA
 2444977 2444978 SAN_0518 SAN_0519     TRUE 0.878 0.000 0.000 0.026   NA
 2444978 2444979 SAN_0519 SAN_0520     FALSE 0.492 110.000 0.000 0.026   NA
 2444979 2444980 SAN_0520 SAN_0521     FALSE 0.112 85.000 0.000 1.000   NA
 2444986 2444987 SAN_0681 SAN_0682 aroA aroK TRUE 0.892 -7.000 0.012 1.000 Y NA
 2444987 2444988 SAN_0682 SAN_0683 aroK   TRUE 0.735 57.000 0.111 NA N NA
 2444988 2444989 SAN_0683 SAN_0684     FALSE 0.501 101.000 0.093 NA N NA
 2444989 2444990 SAN_0684 SAN_0685     FALSE 0.016 117.000 0.000 NA   NA
 2444990 2444991 SAN_0685 SAN_0686   AphA FALSE 0.291 118.000 0.017 NA   NA
 2444991 2444992 SAN_0686 SAN_0687 AphA   FALSE 0.001 320.000 0.000 NA   NA
 2444992 2444993 SAN_0687 SAN_0688     FALSE 0.075 34.000 0.000 NA   NA
 2444996 2444997 SAN_0691 SAN_0692     TRUE 0.979 48.000 0.333 0.073 Y NA
 2444998 2444999 SAN_0693 SAN_0694     FALSE 0.028 86.000 0.000 NA   NA
 2445000 2445001 SAN_0695 SAN_0696     TRUE 0.915 -36.000 0.010 0.005   NA
 2445001 2445002 SAN_0696 SAN_0697     FALSE 0.017 194.000 0.000 1.000   NA
 2445003 2445004 SAN_0698 SAN_0699     TRUE 0.639 89.000 0.000 0.014   NA
 2445004 2445005 SAN_0699 SAN_0700     FALSE 0.121 2.000 0.000 NA   NA
 2445005 2445006 SAN_0700 SAN_0701     TRUE 0.988 -43.000 1.000 NA Y NA
 2445006 2445007 SAN_0701 SAN_0702     TRUE 0.913 82.000 0.667 NA   NA
 2445007 2445008 SAN_0702 SAN_0703     FALSE 0.001 275.000 0.000 NA   NA
 2445008 2445009 SAN_0703 SAN_0704     FALSE 0.002 249.000 0.000 NA   NA
 2445009 2445010 SAN_0704 SAN_0705     FALSE 0.001 521.000 0.000 NA   NA
 2445012 2445013 SAN_0707 SAN_0708     FALSE 0.016 122.000 0.000 NA   NA
 2445013 2445014 SAN_0708 SAN_0709     FALSE 0.000 1119.000 0.000 NA   NA
 2445014 2445015 SAN_0709 SAN_0710     FALSE 0.041 61.000 0.000 NA   NA
 2445015 2445016 SAN_0710 SAN_0711   natA FALSE 0.015 200.000 0.000 1.000   NA
 2445016 2445017 SAN_0711 SAN_0712 natA   TRUE 0.959 1.000 0.073 0.041   NA
 2445017 2445018 SAN_0712 SAN_0713     FALSE 0.129 3.000 0.000 NA   NA
 2445018 2445019 SAN_0713 SAN_0714     FALSE 0.121 2.000 0.000 NA   NA
 2445019 2445020 SAN_0714 SAN_0715     FALSE 0.000 930.000 0.000 NA   NA
 2445020 2445021 SAN_0715 SAN_0716   fabG TRUE 0.930 -3.000 0.000 0.070 Y NA
 2445021 2445022 SAN_0716 SAN_0717 fabG acpP-1 FALSE 0.314 -7.000 0.000 1.000   NA
 2445022 2445023 SAN_0717 SAN_0718 acpP-1 fabZ TRUE 0.873 -16.000 0.167 NA   NA
 2445023 2445024 SAN_0718 SAN_0719 fabZ   FALSE 0.177 -10.000 0.000 NA N NA
 2445024 2445025 SAN_0719 SAN_0720     TRUE 0.981 -7.000 0.849 NA   NA
 2445025 2445026 SAN_0720 SAN_0721     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445026 2445027 SAN_0721 SAN_0722     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445027 2445028 SAN_0722 SAN_0723     FALSE 0.410 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2445028 2445029 SAN_0723 SAN_0724     FALSE 0.483 5.000 0.000 1.000 N NA
 2445029 2445030 SAN_0724 SAN_0725     FALSE 0.068 -31.000 0.000 NA   NA
 2445030 2445031 SAN_0725 SAN_0726     FALSE 0.001 343.000 0.000 NA   NA
 2445031 2445032 SAN_0726 SAN_0727     FALSE 0.075 34.000 0.000 NA   NA
 2445032 2445033 SAN_0727 SAN_0728     FALSE 0.021 97.000 0.000 NA   NA
 2445033 2445034 SAN_0728 SAN_0729     FALSE 0.056 46.000 0.000 NA   NA
 2445034 2445035 SAN_0729 SAN_0730     FALSE 0.076 -19.000 0.000 NA   NA
 2445035 2445036 SAN_0730 SAN_0731     FALSE 0.020 184.000 0.000 1.000   NA
 2445036 2445037 SAN_0731 SAN_0732   pepO TRUE 0.927 21.000 0.000 0.002   NA
 2445037 2445038 SAN_0732 SAN_0733 pepO pepO TRUE 0.921 -3.000 0.000 0.002   NA
 2445038 2445039 SAN_0733 SAN_0734 pepO   FALSE 0.080 32.000 0.000 NA   NA
 2445039 2445040 SAN_0734 SAN_0735     FALSE 0.072 35.000 0.000 NA   NA
 2445040 2445041 SAN_0735 SAN_0736     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445041 2445042 SAN_0736 SAN_0737     FALSE 0.062 -88.000 0.000 NA   NA
 2445042 2445043 SAN_0737 SAN_0738     FALSE 0.072 35.000 0.000 NA   NA
 2445043 2445044 SAN_0738 SAN_0739     FALSE 0.015 124.000 0.000 NA   NA
 2445044 2445045 SAN_0739 SAN_0740     FALSE 0.148 10.000 0.000 NA   NA
 2445045 2445046 SAN_0740 SAN_0741     FALSE 0.072 35.000 0.000 NA   NA
 2445046 2445047 SAN_0741 SAN_0742     FALSE 0.147 9.000 0.000 NA   NA
 2445047 2445048 SAN_0742 SAN_0743     FALSE 0.021 97.000 0.000 NA   NA
 2445050 2445051 SAN_1306 SAN_1307   deoD TRUE 0.902 9.000 0.107 NA   NA
 2445051 2445052 SAN_1307 SAN_1308 deoD   TRUE 0.763 -16.000 0.027 1.000 N NA
 2445052 2445053 SAN_1308 SAN_1309     FALSE 0.140 86.000 0.000 1.000 N NA
 2445053 2445054 SAN_1309 SAN_1310   arsC TRUE 0.826 39.000 0.108 1.000 N NA
 2445054 2445055 SAN_1310 SAN_1311 arsC deoB TRUE 0.783 51.000 0.108 1.000 N NA
 2445055 2445056 SAN_1311 SAN_1312 deoB rpiA TRUE 0.803 57.000 0.018 1.000 Y NA
 2445056 2445057 SAN_1312 SAN_1313 rpiA   FALSE 0.011 238.000 0.000 1.000 N NA
 2445057 2445058 SAN_1313 SAN_1314     TRUE 0.721 90.000 0.217 NA   NA
 2445058 2445059 SAN_1314 SAN_1315     TRUE 0.760 57.000 0.143 NA   NA
 2445059 2445060 SAN_1315 SAN_1316     FALSE 0.035 297.000 0.026 1.000   NA
 2445060 2445061 SAN_1316 SAN_1317     TRUE 0.988 0.000 0.895 1.000   NA
 2445061 2445062 SAN_1317 SAN_1318     TRUE 0.968 13.000 0.368 NA   NA
 2445064 2445065 SAN_1320 SAN_1321 budA   TRUE 0.887 14.000 0.044 1.000 N NA
 2445065 2445066 SAN_1321 SAN_1322     FALSE 0.369 110.000 0.022 1.000   NA
 2445066 2445067 SAN_1322 SAN_1323     TRUE 0.773 -10.000 0.048 NA   NA
 2445067 2445068 SAN_1323 SAN_1324     FALSE 0.024 92.000 0.000 NA   NA
 2445068 2445069 SAN_1324 SAN_1325     FALSE 0.294 -31.000 0.000 1.000 N NA
 2445071 2445072 SAN_1327 SAN_1328 rfbB   TRUE 0.537 207.000 0.350 1.000 Y NA
 2445072 2445073 SAN_1328 SAN_1329   rfbA TRUE 0.961 0.000 0.149 1.000 Y NA
 2445073 2445074 SAN_1329 SAN_1330 rfbA   TRUE 0.693 59.000 0.059 1.000 N NA
 2445074 2445075 SAN_1330 SAN_1331     TRUE 0.819 9.000 0.021 NA   NA
 2445075 2445076 SAN_1331 SAN_1332     TRUE 0.925 -10.000 0.283 NA   NA
 2445076 2445077 SAN_1332 SAN_1333     FALSE 0.286 104.000 0.012 NA   NA
 2445077 2445078 SAN_1333 SAN_1334   apt FALSE 0.238 118.000 0.005 NA N NA
 2445078 2445079 SAN_1334 SAN_1335 apt   FALSE 0.034 123.000 0.000 NA N NA
 2445079 2445080 SAN_1335 SAN_1336     FALSE 0.080 -16.000 0.000 NA   NA
 2445080 2445081 SAN_1336 SAN_1337   recJ FALSE 0.034 70.000 0.000 NA   NA
 2445081 2445082 SAN_1337 SAN_1338 recJ   TRUE 0.787 -3.000 0.016 1.000   NA
 2445082 2445083 SAN_1338 SAN_1339     TRUE 0.878 2.000 0.074 1.000   NA
 2445083 2445084 SAN_1339 SAN_1340     FALSE 0.253 144.000 0.022 1.000   NA
 2445084 2445085 SAN_1340 SAN_1341     TRUE 0.752 -7.000 0.014 1.000   NA
 2445085 2445086 SAN_1341 SAN_1342   miaA FALSE 0.462 91.000 0.027 1.000   NA
 2445088 2445089 SAN_1344 SAN_1345     TRUE 0.737 -75.000 0.000 0.082   NA
 2445089 2445090 SAN_1345 SAN_1346     FALSE 0.064 135.000 0.000 1.000 N NA
 2445090 2445091 SAN_1346 SAN_1347     FALSE 0.033 169.000 0.000 1.000 N NA
 2445091 2445092 SAN_1347 SAN_1348     FALSE 0.275 15.000 0.000 NA N NA
 2445092 2445093 SAN_1348 SAN_1349   pepV FALSE 0.406 97.000 0.031 NA N NA
 2445093 2445094 SAN_1349 SAN_1350 pepV   TRUE 0.860 47.000 0.179 1.000 N NA
 2445096 2445097 SAN_1352 SAN_1353     FALSE 0.072 -24.000 0.000 NA   NA
 2445097 2445098 SAN_1353 SAN_1354   uvrC FALSE 0.033 75.000 0.000 NA   NA
 2445101 2445102 SAN_2015 SAN_2016   mae FALSE 0.004 191.000 0.000 NA   NA
 2445102 2445103 SAN_2016 SAN_2017 mae   TRUE 0.981 25.000 0.432 1.000 Y NA
 2445104 2445105 SAN_2018 SAN_2019     TRUE 0.964 2.000 0.154 1.000 Y NA
 2445106 2445107 SAN_2020 SAN_2021 galE malA FALSE 0.135 88.000 0.000 1.000 N NA
 2445107 2445108 SAN_2021 SAN_2022 malA   TRUE 0.741 129.000 0.171 1.000 Y NA
 2445108 2445109 SAN_2022 SAN_2023     FALSE 0.515 101.000 0.071 1.000 N NA
 2445109 2445110 SAN_2023 SAN_2024     FALSE 0.114 95.000 0.000 1.000 N NA
 2445110 2445111 SAN_2024 SAN_2025   lacD TRUE 0.621 54.000 0.000 1.000 Y NA
 2445111 2445112 SAN_2025 SAN_2026 lacD   TRUE 0.970 2.000 0.000 0.001 Y NA
 2445112 2445113 SAN_2026 SAN_2027     FALSE 0.150 82.000 0.000 1.000 N NA
 2445113 2445114 SAN_2027 SAN_2028     FALSE 0.072 -24.000 0.000 NA   NA
 2445114 2445115 SAN_2028 SAN_2029   lacB FALSE 0.010 142.000 0.000 NA   NA
 2445115 2445116 SAN_2029 SAN_2030 lacB   TRUE 0.817 98.000 0.000 0.002 Y NA
 2445116 2445117 SAN_2030 SAN_2031     FALSE 0.007 249.000 0.000 1.000   NA
 2445117 2445118 SAN_2031 SAN_2032     FALSE 0.004 310.000 0.000 1.000   NA
 2445118 2445119 SAN_2032 SAN_2033     TRUE 0.777 -114.000 0.000 0.028   NA
 2445119 2445120 SAN_2033 SAN_2034     TRUE 0.785 40.000 0.000 0.028   NA
 2445120 2445121 SAN_2034 SAN_2035     TRUE 0.995 2.000 0.429 0.015 Y NA
 2445123 2445124 SAN_2037 SAN_2038     FALSE 0.094 27.000 0.000 NA   NA
 2445124 2445125 SAN_2038 SAN_2039   dtd FALSE 0.009 255.000 0.000 1.000 N NA
 2445125 2445126 SAN_2039 SAN_2040 dtd relA TRUE 0.948 10.000 0.177 1.000 N NA
 2445127 2445128 SAN_2041 SAN_2042 cpdB nrdI FALSE 0.371 157.000 0.022 NA Y NA
 2445128 2445129 SAN_2042 SAN_2043 nrdI   TRUE 0.842 11.000 0.027 NA N NA
 2445129 2445130 SAN_2043 SAN_2044     TRUE 0.766 0.000 0.018 NA   NA
 2445131 2445132 SAN_2045 SAN_2046     TRUE 0.983 12.000 0.571 1.000   NA
 2445132 2445133 SAN_2046 SAN_2047     TRUE 0.992 4.000 0.500 0.018   NA
 2445133 2445134 SAN_2047 SAN_2048     TRUE 0.783 138.000 0.222 0.082 N NA
 2445134 2445135 SAN_2048 SAN_2049     TRUE 0.997 -3.000 0.778 0.028 Y NA
 2445135 2445136 SAN_2049 SAN_2050     TRUE 0.997 4.000 0.778 0.028 Y NA
 2445136 2445137 SAN_2050 SAN_2051     TRUE 0.998 18.000 0.786 0.016 Y NA
 2445137 2445138 SAN_2051 SAN_2052     FALSE 0.002 247.000 0.000 NA   NA
 2445140 2445141 SAN_2054 SAN_2055     TRUE 0.983 6.000 0.667 NA   NA
 2445142 2445143 SAN_2056 SAN_2057     FALSE 0.065 -43.000 0.000 NA   NA
 2445144 2445145 SAN_2058 SAN_2059   agrA TRUE 0.983 -3.000 0.444 1.000 Y NA
 2445145 2445146 SAN_2059 SAN_2060 agrA   FALSE 0.004 312.000 0.000 1.000   NA
 2445146 2445147 SAN_2060 SAN_2061   ptsG TRUE 0.945 54.000 0.610 1.000   NA
 2445147 2445148 SAN_2061 SAN_2062 ptsG hpkA FALSE 0.034 155.000 0.000 1.000   NA
 2445150 2445151 SAN_0198 SAN_0199   rpoB FALSE 0.003 524.000 0.000 1.000 N NA
 2445151 2445152 SAN_0199 SAN_0200 rpoB   TRUE 0.992 87.000 0.851 0.003 Y NA
 2445152 2445153 SAN_0200 SAN_0201     FALSE 0.239 114.000 0.007 NA   NA
 2445153 2445154 SAN_0201 SAN_0202   gspE FALSE 0.200 172.000 0.083 NA   NA
 2445154 2445155 SAN_0202 SAN_0203 gspE gspE FALSE 0.118 1.000 0.000 NA   NA
 2445155 2445156 SAN_0203 SAN_0204 gspE   TRUE 0.905 89.000 0.639 1.000   NA
 2445156 2445157 SAN_0204 SAN_0205     FALSE 0.302 121.000 0.000 NA Y NA
 2445157 2445158 SAN_0205 SAN_0206     FALSE 0.002 316.000 0.000 NA N NA
 2445158 2445159 SAN_0206 SAN_0207   ackA TRUE 0.871 32.000 0.130 1.000 N NA
 2445159 2445160 SAN_0207 SAN_0208 ackA   FALSE 0.354 151.000 0.094 1.000 N NA
 2445160 2445161 SAN_0208 SAN_0209     FALSE 0.042 59.000 0.000 NA   NA
 2445161 2445162 SAN_0209 SAN_0210     FALSE 0.062 41.000 0.000 NA   NA
 2445162 2445163 SAN_0210 SAN_0211     FALSE 0.035 69.000 0.000 NA   NA
 2445164 2445165 SAN_0212 SAN_0213 proC   TRUE 0.607 70.000 0.041 1.000 N NA
 2445165 2445166 SAN_0213 SAN_0214     FALSE 0.005 185.000 0.000 NA   NA
 2445167 2445168 SAN_0215 SAN_0216     TRUE 0.890 -3.000 0.140 NA   NA
 2445168 2445169 SAN_0216 SAN_0217   pheT TRUE 0.916 33.000 0.239 1.000   NA
 2445171 2445172 SAN_0219 SAN_0220 ssbB   FALSE 0.062 124.000 0.000 1.000   NA
 2445172 2445173 SAN_0220 SAN_0221     FALSE 0.311 27.000 0.000 1.000   NA
 2445173 2445174 SAN_0221 SAN_0222     TRUE 0.993 -19.000 0.538 0.017 Y NA
 2445174 2445175 SAN_0222 SAN_0223     FALSE 0.366 170.000 0.178 1.000   NA
 2445175 2445176 SAN_0223 SAN_0224     TRUE 0.986 2.000 0.869 NA   NA
 2445178 2445179 SAN_0226 SAN_0227     TRUE 0.664 113.000 0.000 0.055 Y NA
 2445179 2445180 SAN_0227 SAN_0228   dppC TRUE 0.997 -3.000 1.000 0.055 Y NA
 2445180 2445181 SAN_0228 SAN_0229 dppC   TRUE 0.985 12.000 0.333 1.000 Y NA
 2445181 2445182 SAN_0229 SAN_0230     TRUE 0.995 -16.000 0.750 0.040 Y NA
 2445182 2445183 SAN_0230 SAN_0231     FALSE 0.007 282.000 0.000 1.000 N NA
 2445183 2445184 SAN_0231 SAN_0232     TRUE 0.643 222.000 0.650 1.000 Y NA
 2445184 2445185 SAN_0232 SAN_0233     FALSE 0.015 216.000 0.000 1.000 N NA
 2445185 2445186 SAN_0233 SAN_0234     TRUE 0.980 3.000 0.156 0.014 N NA
 2445186 2445187 SAN_0234 SAN_0235     TRUE 0.984 13.000 0.182 0.016   NA
 2445187 2445188 SAN_0235 SAN_0236   tkt TRUE 0.962 3.000 0.333 1.000   NA
 2445188 2445189 SAN_0236 SAN_0237 tkt   TRUE 0.998 -3.000 0.742 0.002 Y NA
 2445189 2445190 SAN_0237 SAN_0238     FALSE 0.093 109.000 0.000 1.000 N NA
 2445190 2445191 SAN_0238 SAN_0239   rpsO FALSE 0.135 88.000 0.000 1.000 N NA
 2445191 2445192 SAN_0239 SAN_0240 rpsO pnp FALSE 0.216 380.000 0.335 1.000 Y NA
 2445192 2445193 SAN_0240 SAN_0241 pnp   TRUE 0.731 2.000 0.009 NA   NA
 2445193 2445194 SAN_0241 SAN_0242   cysE TRUE 0.897 9.000 0.097 NA   NA
 2445194 2445195 SAN_0242 SAN_0243 cysE   FALSE 0.148 10.000 0.000 NA   NA
 2445195 2445196 SAN_0243 SAN_0244   cysS FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445197 2445198 SAN_0999 SAN_0998     TRUE 0.974 2.000 0.546 NA   NA
 2445198 2445199 SAN_0998 SAN_0997     FALSE 0.001 280.000 0.000 NA   NA
 2445199 2445200 SAN_0997 SAN_0996     TRUE 0.916 -25.000 0.330 NA   NA
 2445200 2445201 SAN_0996 SAN_0995     TRUE 0.868 1.000 0.055 1.000 N NA
 2445201 2445202 SAN_0995 SAN_0994     TRUE 0.889 4.000 0.060 1.000 N NA
 2445202 2445203 SAN_0994 SAN_0993     FALSE 0.023 93.000 0.000 NA   NA
 2445203 2445204 SAN_0993 SAN_0992     TRUE 0.884 25.000 0.143 NA   NA
 2445204 2445205 SAN_0992 SAN_0991   glmM FALSE 0.015 123.000 0.000 NA   NA
 2445205 2445206 SAN_0991 SAN_0990 glmM   TRUE 0.776 54.000 0.150 NA   NA
 2445206 2445207 SAN_0990 SAN_0989     TRUE 0.974 3.000 0.502 NA   NA
 2445208 2445209 SAN_0988 SAN_0987     TRUE 0.984 0.000 0.796 1.000   NA
 2445210 2445211 SAN_0986 SAN_0985     FALSE 0.003 581.000 0.000 1.000 N NA
 2445211 2445212 SAN_0985 SAN_0984     TRUE 0.704 98.000 0.200 1.000 N NA
 2445212 2445213 SAN_0984 SAN_0983   aceF TRUE 0.856 60.000 0.091 1.000 Y NA
 2445213 2445214 SAN_0983 SAN_0982 aceF   TRUE 0.802 127.000 0.051 0.068 Y NA
 2445214 2445215 SAN_0982 SAN_0981   pdhA TRUE 0.919 213.000 0.769 0.001 Y NA
 2445215 2445216 SAN_0981 SAN_0980 pdhA   FALSE 0.038 150.000 0.000 1.000   NA
 2445218 2445219 SAN_0978 SAN_0977     FALSE 0.505 13.000 0.000 1.000 N NA
 2445219 2445220 SAN_0977 SAN_0976   rexB TRUE 0.968 -10.000 0.070 0.070 Y NA
 2445222 2445223 SAN_0974 SAN_0973 pheT   TRUE 0.541 54.000 0.007 1.000   NA
 2445223 2445224 SAN_0973 SAN_0972     TRUE 0.562 48.000 0.014 NA   NA
 2445224 2445225 SAN_0972 SAN_0971   pheS TRUE 0.553 44.000 0.009 NA   NA
 2445225 2445226 SAN_0971 SAN_0970 pheS   FALSE 0.007 254.000 0.000 1.000   NA
 2445226 2445227 SAN_0970 SAN_0969     TRUE 0.788 75.000 0.237 NA   NA
 2445227 2445228 SAN_0969 SAN_0968   murA TRUE 0.842 -10.000 0.110 NA   NA
 2445228 2445229 SAN_0968 SAN_0967 murA   TRUE 0.837 63.000 0.279 NA   NA
 2445229 2445230 SAN_0967 SAN_0966   atpC FALSE 0.517 77.000 0.039 NA   NA
 2445230 2445231 SAN_0966 SAN_0965 atpC atpD TRUE 0.999 13.000 0.837 0.004 Y NA
 2445231 2445232 SAN_0965 SAN_0964 atpD atpG TRUE 0.991 74.000 0.724 0.004 Y NA
 2445232 2445233 SAN_0964 SAN_0963 atpG atpA TRUE 0.998 16.000 0.846 0.004 Y NA
 2445233 2445234 SAN_0963 SAN_0962 atpA atpH TRUE 0.999 16.000 0.864 0.004 Y NA
 2445234 2445235 SAN_0962 SAN_0961 atpH atpF TRUE 0.992 0.000 0.222 0.004 Y NA
 2445235 2445236 SAN_0961 SAN_0960 atpF atpB TRUE 0.983 18.000 0.032 0.005 Y NA
 2445237 2445238 SAN_2120 SAN_2121     FALSE 0.004 197.000 0.000 NA   NA
 2445238 2445239 SAN_2121 SAN_2122     FALSE 0.080 -16.000 0.000 NA   NA
 2445239 2445240 SAN_2122 SAN_2123     TRUE 0.960 16.000 0.333 NA   NA
 2445240 2445241 SAN_2123 SAN_2124     FALSE 0.005 288.000 0.000 1.000   NA
 2445241 2445242 SAN_2124 SAN_2125     TRUE 0.919 77.000 0.667 NA   NA
 2445242 2445243 SAN_2125 SAN_2126     TRUE 0.987 22.000 1.000 NA   NA
 2445243 2445244 SAN_2126 SAN_2127     TRUE 0.819 60.000 0.222 NA   NA
 2445244 2445245 SAN_2127 SAN_2128     TRUE 0.644 89.000 0.000 0.013   NA
 2445245 2445246 SAN_2128 SAN_2129     FALSE 0.140 16.000 0.000 NA   NA
 2445246 2445247 SAN_2129 SAN_2130     FALSE 0.121 20.000 0.000 NA   NA
 2445247 2445248 SAN_2130 SAN_2131     TRUE 0.785 -15.000 0.065 NA   NA
 2445248 2445249 SAN_2131 SAN_2132     FALSE 0.095 -7.000 0.000 NA   NA
 2445252 2445253 SAN_2135 SAN_2136     TRUE 0.976 7.000 0.500 NA   NA
 2445254 2445255 SAN_2137 SAN_2138     FALSE 0.135 4.000 0.000 NA   NA
 2445255 2445256 SAN_2138 SAN_2139     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445256 2445257 SAN_2139 SAN_2140   CAMP-2 FALSE 0.001 534.000 0.000 NA   NA
 2445257 2445258 SAN_2140 SAN_2141 CAMP-2   FALSE 0.001 297.000 0.000 NA   NA
 2445258 2445259 SAN_2141 SAN_2142   carB FALSE 0.038 160.000 0.000 1.000 N NA
 2445259 2445260 SAN_2142 SAN_2143 carB   TRUE 0.966 29.000 0.051 0.001 N NA
 2445262 2445263 SAN_2145 SAN_2146     FALSE 0.135 4.000 0.000 NA   NA
 2445263 2445264 SAN_2146 SAN_2147     FALSE 0.044 58.000 0.000 NA   NA
 2445264 2445265 SAN_2147 SAN_2148     FALSE 0.042 60.000 0.000 NA   NA
 2445265 2445266 SAN_2148 SAN_2149     TRUE 0.867 -40.000 0.167 1.000   NA
 2445266 2445267 SAN_2149 SAN_2150     FALSE 0.001 572.000 0.000 NA   NA
 2445267 2445268 SAN_2150 SAN_2151     FALSE 0.080 -16.000 0.000 NA   NA
 2445268 2445269 SAN_2151 SAN_2152     FALSE 0.086 -12.000 0.000 NA   NA
 2445269 2445270 SAN_2152 SAN_2153     FALSE 0.067 37.000 0.000 NA   NA
 2445270 2445271 SAN_2153 SAN_2154     FALSE 0.006 171.000 0.000 NA   NA
 2445271 2445272 SAN_2154 SAN_2155     FALSE 0.121 2.000 0.000 NA   NA
 2445272 2445273 SAN_2155 SAN_2156     FALSE 0.002 260.000 0.000 NA   NA
 2445273 2445274 SAN_2156 SAN_2157     FALSE 0.003 206.000 0.000 NA   NA
 2445276 2445277 SAN_2159 SAN_2160     TRUE 0.952 -13.000 0.486 NA   NA
 2445277 2445278 SAN_2160 SAN_2161     FALSE 0.001 522.000 0.000 NA   NA
 2445278 2445279 SAN_2161 SAN_2162     FALSE 0.018 106.000 0.000 NA   NA
 2445279 2445280 SAN_2162 SAN_2163     TRUE 0.980 15.000 0.569 NA   NA
 2445280 2445281 SAN_2163 SAN_2164     TRUE 0.633 84.000 0.118 NA   NA
 2445281 2445282 SAN_2164 SAN_2165     TRUE 0.916 2.000 0.167 NA   NA
 2445282 2445283 SAN_2165 SAN_2166     FALSE 0.010 245.000 0.000 1.000 N NA
 2445283 2445284 SAN_2166 SAN_2167     FALSE 0.072 -24.000 0.000 NA   NA
 2445284 2445285 SAN_2167 SAN_2168     FALSE 0.022 94.000 0.000 NA   NA
 2445286 2445287 SAN_2169 SAN_2170     TRUE 0.864 -3.000 0.104 NA   NA
 2445287 2445288 SAN_2170 SAN_2171     FALSE 0.001 305.000 0.000 NA   NA
 2445289 2445290 SAN_2172 SAN_2173   CAMP-1 FALSE 0.005 173.000 0.000 NA   NA
 2445291 2445292 SAN_1167 SAN_1166     FALSE 0.049 52.000 0.000 NA   NA
 2445292 2445293 SAN_1166 SAN_1165   pyrF FALSE 0.003 213.000 0.000 NA   NA
 2445293 2445294 SAN_1165 SAN_1164 pyrF pyrE TRUE 0.968 13.000 0.133 1.000 Y NA
 2445294 2445295 SAN_1164 SAN_1163 pyrE pyrC TRUE 0.921 12.000 0.003 1.000 Y NA
 2445295 2445296 SAN_1163 SAN_1162 pyrC pyrB TRUE 0.751 165.000 0.452 1.000 Y NA
 2445296 2445297 SAN_1162 SAN_1161 pyrB carA TRUE 0.935 14.000 0.014 1.000 Y NA
 2445297 2445298 SAN_1161 SAN_1160 carA carB TRUE 0.983 31.000 0.117 0.004 Y NA
 2445298 2445299 SAN_1160 SAN_1159 carB   FALSE 0.014 126.000 0.000 NA   NA
 2445299 2445300 SAN_1159 SAN_1158     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445300 2445301 SAN_1158 SAN_1156     FALSE 0.074 -22.000 0.000 NA   NA
 2445303 2445304 SAN_1155 SAN_1154     TRUE 0.905 -16.000 0.237 NA   NA
 2445304 2445305 SAN_1154 SAN_1153     TRUE 0.984 0.000 0.833 NA   NA
 2445305 2445306 SAN_1153 SAN_1152     TRUE 0.982 7.000 0.623 NA   NA
 2445306 2445307 SAN_1152 SAN_1151     FALSE 0.140 5.000 0.000 NA   NA
 2445307 2445308 SAN_1151 SAN_1150     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445310 2445311 SAN_1148 SAN_1147     FALSE 0.031 79.000 0.000 NA   NA
 2445311 2445312 SAN_1147 SAN_1146     FALSE 0.084 -13.000 0.000 NA   NA
 2445312 2445313 SAN_1146 SAN_1145     FALSE 0.000 1274.000 0.000 NA   NA
 2445313 2445314 SAN_1145 SAN_1144     FALSE 0.000 769.000 0.000 NA   NA
 2445314 2445315 SAN_1144 SAN_1143     FALSE 0.002 249.000 0.000 NA   NA
 2445315 2445316 SAN_1143 SAN_1142     FALSE 0.001 548.000 0.000 NA   NA
 2445316 2445317 SAN_1142 SAN_1141     TRUE 0.997 12.000 0.538 0.017 Y NA
 2445317 2445318 SAN_1141 SAN_1140     FALSE 0.463 156.000 0.050 1.000 Y NA
 2445318 2445319 SAN_1140 SAN_1139     FALSE 0.003 202.000 0.000 NA   NA
 2445319 2445320 SAN_1139 SAN_1138     FALSE 0.001 276.000 0.000 NA   NA
 2445320 2445321 SAN_1138 SAN_1137   rnhB TRUE 0.882 -13.000 0.148 1.000   NA
 2445321 2445322 SAN_1137 SAN_1136 rnhB   TRUE 0.732 21.000 0.003 1.000   NA
 2445322 2445323 SAN_1136 SAN_1135     FALSE 0.008 240.000 0.000 1.000   NA
 2445323 2445324 SAN_1135 SAN_1134     TRUE 0.997 -3.000 0.870 0.053 Y NA
 2445324 2445325 SAN_1134 SAN_1133     TRUE 0.993 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 2445325 2445326 SAN_1133 SAN_1132     TRUE 0.765 62.000 0.012 1.000 Y NA
 2445326 2445327 SAN_1132 SAN_1131   dprA FALSE 0.061 138.000 0.000 1.000 N NA
 2445327 2445328 SAN_1131 SAN_1130 dprA topA TRUE 0.861 95.000 0.238 1.000 Y NA
 2445328 2445329 SAN_1130 SAN_1129 topA   FALSE 0.062 137.000 0.000 1.000 N NA
 2445329 2445330 SAN_1129 SAN_1128     TRUE 0.972 12.000 0.438 NA   NA
 2445330 2445331 SAN_1128 SAN_1127     FALSE 0.058 45.000 0.000 NA   NA
 2445331 2445332 SAN_1127 SAN_1126     FALSE 0.046 55.000 0.000 NA   NA
 2445335 2445336 SAN_0343 SAN_0344     FALSE 0.055 47.000 0.000 NA   NA
 2445336 2445337 SAN_0344 SAN_0345     FALSE 0.076 -19.000 0.000 NA   NA
 2445337 2445338 SAN_0345 SAN_0346     TRUE 0.858 -13.000 0.136 NA   NA
 2445338 2445339 SAN_0346 SAN_0347     TRUE 0.558 174.000 0.500 NA   NA
 2445339 2445340 SAN_0347 SAN_0348     TRUE 0.991 79.000 0.857 0.017 Y NA
 2445340 2445341 SAN_0348 SAN_0349     FALSE 0.051 50.000 0.000 NA   NA
 2445341 2445342 SAN_0349 SAN_0350     FALSE 0.006 167.000 0.000 NA   NA
 2445342 2445343 SAN_0350 SAN_0351     TRUE 0.969 23.000 0.471 1.000 N NA
 2445343 2445344 SAN_0351 SAN_0352   priA TRUE 0.809 74.000 0.032 0.068 N NA
 2445344 2445345 SAN_0352 SAN_0353 priA fmt TRUE 0.734 47.000 0.052 1.000 N NA
 2445345 2445346 SAN_0353 SAN_0354 fmt sun TRUE 0.967 32.000 0.305 1.000 Y NA
 2445346 2445347 SAN_0354 SAN_0355 sun   TRUE 0.798 38.000 0.074 1.000 N NA
 2445347 2445348 SAN_0355 SAN_0356     TRUE 0.970 66.000 0.704 1.000 Y NA
 2445348 2445349 SAN_0356 SAN_0357     FALSE 0.189 159.000 0.039 NA   NA
 2445349 2445350 SAN_0357 SAN_0358     TRUE 0.977 -3.000 0.679 NA   NA
 2445350 2445351 SAN_0358 SAN_0359   vraR TRUE 0.997 -7.000 0.853 0.017 Y NA
 2445351 2445352 SAN_0359 SAN_0360 vraR   TRUE 0.855 42.000 0.164 1.000   NA
 2445352 2445353 SAN_0360 SAN_0361     TRUE 0.879 -16.000 0.151 1.000   NA
 2445355 2445356 SAN_0363 SAN_0364     TRUE 0.911 119.000 0.188 0.040 Y NA
 2445356 2445357 SAN_0364 SAN_0365     FALSE 0.165 204.000 0.091 1.000 N NA
 2445357 2445358 SAN_0365 SAN_0366   celA TRUE 0.998 17.000 0.889 0.014 Y NA
 2445358 2445359 SAN_0366 SAN_0367 celA celB TRUE 0.998 2.000 0.889 0.014 Y NA
 2445359 2445360 SAN_0367 SAN_0368 celB   FALSE 0.269 181.000 0.132 1.000 N NA
 2445360 2445361 SAN_0368 SAN_0369     TRUE 0.972 10.000 0.368 1.000 N NA
 2445361 2445362 SAN_0369 SAN_0370   gldA TRUE 0.817 68.000 0.211 1.000 N NA
 2445363 2445364 SAN_0371 SAN_0372 cysK   FALSE 0.480 91.000 0.033 1.000   NA
 2445365 2445366 SAN_0373 SAN_0374 comFA   FALSE 0.077 289.000 0.130 1.000   NA
 2445366 2445367 SAN_0374 SAN_0375     TRUE 0.595 77.000 0.080 NA   NA
 2445369 2445370 SAN_0377 SAN_0378   fad-4 TRUE 0.826 84.000 0.083 0.065   NA
 2445371 2445372 SAN_2235 SAN_2236     FALSE 0.033 74.000 0.000 NA   NA
 2445372 2445373 SAN_2236 SAN_2237     TRUE 0.973 26.000 0.651 NA   NA
 2445373 2445374 SAN_2237 SAN_2238     TRUE 0.978 9.000 0.537 NA   NA
 2445374 2445375 SAN_2238 SAN_2239     FALSE 0.092 202.000 0.032 NA   NA
 2445375 2445376 SAN_2239 SAN_2240   recA FALSE 0.058 216.000 0.004 1.000 N NA
 2445376 2445377 SAN_2240 SAN_2241 recA   TRUE 0.649 74.000 0.083 1.000   NA
 2445377 2445378 SAN_2241 SAN_2242     FALSE 0.409 89.000 0.011 1.000   NA
 2445378 2445379 SAN_2242 SAN_2243   ruvA TRUE 0.905 23.000 0.012 1.000 Y NA
 2445379 2445380 SAN_2243 SAN_2244 ruvA   TRUE 0.758 2.000 0.005 1.000   NA
 2445380 2445381 SAN_2244 SAN_2245   hexB TRUE 0.670 32.000 0.006 1.000   NA
 2445381 2445382 SAN_2245 SAN_2246 hexB   FALSE 0.015 125.000 0.000 NA   NA
 2445384 2445385 SAN_2248 SAN_2249 mutS argR TRUE 0.555 57.000 0.008 1.000 N NA
 2445386 2445387 SAN_2250 SAN_2251 argS   FALSE 0.445 88.000 0.032 NA   NA
 2445388 2445389 SAN_2252 SAN_2253     FALSE 0.423 108.000 0.062 NA   NA
 2445389 2445390 SAN_2253 SAN_2254   aspS TRUE 0.701 -10.000 0.016 NA   NA
 2445390 2445391 SAN_2254 SAN_2255 aspS hisS TRUE 0.923 93.000 0.161 0.057 Y NA
 2445392 2445393 SAN_2256 SAN_2257 rpmF rpmG TRUE 0.976 16.000 0.012 0.028 Y NA
 2445393 2445394 SAN_2257 SAN_2258 rpmG   FALSE 0.002 292.000 0.000 NA N NA
 2445394 2445395 SAN_2258 SAN_2259     TRUE 0.990 12.000 0.875 NA N NA
 2445395 2445396 SAN_2259 SAN_2260     TRUE 0.945 51.000 0.571 1.000   NA
 2445396 2445397 SAN_2260 SAN_2261     FALSE 0.004 321.000 0.000 1.000   NA
 2445397 2445398 SAN_2261 SAN_2262     FALSE 0.003 202.000 0.000 NA   NA
 2445398 2445399 SAN_2262 SAN_2263     TRUE 0.969 0.000 0.500 NA   NA
 2445399 2445400 SAN_2263 SAN_2264     TRUE 0.986 -3.000 1.000 NA   NA
 2445400 2445401 SAN_2264 SAN_2265     FALSE 0.425 206.000 0.500 NA   NA
 2445401 2445402 SAN_2265 SAN_2266     TRUE 0.966 -7.000 0.500 1.000   NA
 2445402 2445403 SAN_2266 SAN_2267     TRUE 0.813 90.000 0.333 1.000   NA
 2445403 2445404 SAN_2267 SAN_2268     FALSE 0.003 359.000 0.000 1.000   NA
 2445404 2445405 SAN_2268 SAN_2269     FALSE 0.112 85.000 0.000 1.000   NA
 2445405 2445406 SAN_2269 SAN_2270     TRUE 0.978 -16.000 0.492 1.000 Y NA
 2445407 2445408 SAN_2271 SAN_2272   arcC FALSE 0.091 94.000 0.000 1.000   NA
 2445408 2445409 SAN_2272 SAN_2273 arcC argF TRUE 0.857 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2445410 2445411 SAN_2274 SAN_2275     FALSE 0.346 -3.000 0.000 1.000   NA
 2445411 2445412 SAN_2275 SAN_2276   proV FALSE 0.013 222.000 0.000 1.000 N NA
 2445412 2445413 SAN_2276 SAN_2277 proV proX TRUE 0.991 3.000 0.382 0.005 N NA
 2445415 2445416 SAN_0293 SAN_0294   glyQ FALSE 0.003 424.000 0.000 1.000   NA
 2445416 2445417 SAN_0294 SAN_0295 glyQ   FALSE 0.429 0.000 0.000 1.000 N NA
 2445417 2445418 SAN_0295 SAN_0296   glyS FALSE 0.473 4.000 0.000 1.000 N NA
 2445418 2445419 SAN_0296 SAN_0297 glyS   TRUE 0.823 12.000 0.020 NA   NA
 2445419 2445420 SAN_0297 SAN_0298     FALSE 0.080 32.000 0.000 NA   NA
 2445420 2445421 SAN_0298 SAN_0299   glpK FALSE 0.017 115.000 0.000 NA   NA
 2445421 2445422 SAN_0299 SAN_0300 glpK glpD TRUE 0.998 13.000 0.500 0.002 Y NA
 2445422 2445423 SAN_0300 SAN_0301 glpD   TRUE 0.981 12.000 0.500 1.000 N NA
 2445423 2445424 SAN_0301 SAN_0302     TRUE 0.654 145.000 0.364 1.000   NA
 2445424 2445425 SAN_0302 SAN_0303     TRUE 0.973 9.000 0.462 NA   NA
 2445425 2445426 SAN_0303 SAN_0304   tkt FALSE 0.002 239.000 0.000 NA   NA
 2445426 2445427 SAN_0304 SAN_0305 tkt   FALSE 0.003 212.000 0.000 NA   NA
 2445427 2445428 SAN_0305 SAN_0306     TRUE 0.901 20.000 0.136 NA   NA
 2445428 2445429 SAN_0306 SAN_0307     TRUE 0.960 4.000 0.341 NA   NA
 2445430 2445431 SAN_0308 SAN_0309     TRUE 0.853 -16.000 0.000 0.014   NA
 2445432 2445433 SAN_0310 SAN_0311 proB proA TRUE 0.996 10.000 0.281 0.002 Y NA
 2445433 2445434 SAN_0311 SAN_0312 proA mraW FALSE 0.216 134.000 0.003 1.000 N NA
 2445434 2445435 SAN_0312 SAN_0313 mraW   TRUE 0.906 15.000 0.077 1.000 N NA
 2445435 2445436 SAN_0313 SAN_0314     TRUE 0.975 4.000 0.456 1.000 N NA
 2445436 2445437 SAN_0314 SAN_0315   mraY TRUE 0.934 2.000 0.038 1.000 Y NA
 2445437 2445438 SAN_0315 SAN_0316 mraY   FALSE 0.355 98.000 0.007 1.000 N NA
 2445438 2445439 SAN_0316 SAN_0317     FALSE 0.322 138.000 0.036 1.000 N NA
 2445439 2445440 SAN_0317 SAN_0318     TRUE 0.913 95.000 0.143 0.053 Y NA
 2445440 2445441 SAN_0318 SAN_0319     TRUE 0.994 0.000 0.310 0.006 Y NA
 2445441 2445442 SAN_0319 SAN_0320     TRUE 0.774 98.000 0.364 NA   NA
 2445442 2445443 SAN_0320 SAN_0321   trxB TRUE 0.677 69.000 0.117 NA   NA
 2445443 2445444 SAN_0321 SAN_0322 trxB   FALSE 0.197 158.000 0.017 1.000 N NA
 2445444 2445445 SAN_0322 SAN_0323   nadE TRUE 0.991 -3.000 0.194 0.003 Y NA
 2445445 2445446 SAN_0323 SAN_0324 nadE pepC FALSE 0.365 113.000 0.017 1.000 N NA
 2445447 2445448 SAN_0325 SAN_0326     TRUE 0.903 47.000 0.319 1.000   NA
 2445449 2445450 SAN_0327 SAN_0328     FALSE 0.076 -19.000 0.000 NA   NA
 2445450 2445451 SAN_0328 SAN_0329     FALSE 0.130 18.000 0.000 NA   NA
 2445451 2445452 SAN_0329 SAN_0330     FALSE 0.001 470.000 0.000 NA   NA
 2445452 2445453 SAN_0330 SAN_0331     TRUE 0.565 -51.000 0.008 NA   NA
 2445454 2445455 SAN_1459 SAN_1460     TRUE 0.990 3.000 0.923 1.000 N NA
 2445455 2445456 SAN_1460 SAN_1461     FALSE 0.015 201.000 0.000 1.000   NA
 2445456 2445457 SAN_1461 SAN_1462   carA TRUE 0.894 56.000 0.013 0.003   NA
 2445457 2445458 SAN_1462 SAN_1463 carA   TRUE 0.646 49.000 0.000 1.000 Y NA
 2445458 2445459 SAN_1463 SAN_1464   rluD FALSE 0.119 176.000 0.008 1.000 N NA
 2445459 2445460 SAN_1464 SAN_1465 rluD lspA TRUE 0.833 -16.000 0.082 1.000 N NA
 2445460 2445461 SAN_1465 SAN_1466 lspA   TRUE 0.927 9.000 0.119 1.000 N NA
 2445461 2445462 SAN_1466 SAN_1467   rpmA FALSE 0.015 216.000 0.000 1.000 N NA
 2445462 2445463 SAN_1467 SAN_1468 rpmA   TRUE 0.964 22.000 0.203 NA Y NA
 2445463 2445464 SAN_1468 SAN_1469   rplU TRUE 0.973 7.000 0.208 NA Y NA
 2445464 2445465 SAN_1469 SAN_1470 rplU   FALSE 0.023 190.000 0.000 1.000 N NA
 2445465 2445466 SAN_1470 SAN_1471   thiI FALSE 0.374 102.000 0.014 1.000 N NA
 2445466 2445467 SAN_1471 SAN_1472 thiI   TRUE 0.887 62.000 0.349 1.000 N NA
 2445469 2445470 SAN_1474 SAN_1475     FALSE 0.015 124.000 0.000 NA   NA
 2445470 2445471 SAN_1475 SAN_1476     FALSE 0.146 8.000 0.000 NA   NA
 2445471 2445472 SAN_1476 SAN_1477     FALSE 0.003 214.000 0.000 NA   NA
 2445472 2445473 SAN_1477 SAN_1478     TRUE 0.921 -16.000 0.300 NA   NA
 2445473 2445474 SAN_1478 SAN_1479   secA TRUE 0.972 16.000 0.429 1.000   NA
 2445474 2445475 SAN_1479 SAN_1480 secA   TRUE 0.972 -3.000 0.571 NA   NA
 2445475 2445476 SAN_1480 SAN_1481     FALSE 0.095 -7.000 0.000 NA   NA
 2445476 2445477 SAN_1481 SAN_1482     FALSE 0.121 2.000 0.000 NA   NA
 2445477 2445478 SAN_1482 SAN_1483     TRUE 0.762 10.000 0.007 NA   NA
 2445478 2445479 SAN_1483 SAN_1485     FALSE 0.265 110.000 0.003 1.000   NA
 2445481 2445482 SAN_1486 SAN_1487   aroC FALSE 0.332 84.000 0.005 NA   NA
 2445482 2445483 SAN_1487 SAN_1488 aroC aroB TRUE 0.989 1.000 0.110 0.003 Y NA
 2445483 2445484 SAN_1488 SAN_1489 aroB aroD TRUE 0.819 94.000 0.000 0.003 Y NA
 2445484 2445485 SAN_1489 SAN_1490 aroD   TRUE 0.888 21.000 0.125 NA   NA
 2445487 2445488 SAN_1751 SAN_1752 brnQ   FALSE 0.364 114.000 0.000 1.000 Y NA
 2445489 2445490 SAN_1753 SAN_1754     TRUE 0.994 -3.000 0.938 1.000 Y NA
 2445490 2445491 SAN_1754 SAN_1755     FALSE 0.376 -7.000 0.000 1.000 N NA
 2445491 2445492 SAN_1755 SAN_1756     FALSE 0.026 134.000 0.000 NA N NA
 2445492 2445493 SAN_1756 SAN_1757     FALSE 0.023 141.000 0.000 NA N NA
 2445493 2445494 SAN_1757 SAN_1758     FALSE 0.077 102.000 0.000 1.000   NA
 2445494 2445495 SAN_1758 SAN_1759     FALSE 0.099 -6.000 0.000 NA   NA
 2445495 2445496 SAN_1759 SAN_1760     FALSE 0.053 48.000 0.000 NA   NA
 2445496 2445497 SAN_1760 SAN_1761     FALSE 0.001 426.000 0.000 NA   NA
 2445497 2445498 SAN_1761 SAN_1762     FALSE 0.001 477.000 0.000 NA   NA
 2445498 2445499 SAN_1762 SAN_1763     FALSE 0.024 92.000 0.000 NA   NA
 2445499 2445500 SAN_1763 SAN_1764     FALSE 0.013 131.000 0.000 NA   NA
 2445500 2445501 SAN_1764 SAN_1765     FALSE 0.001 430.000 0.000 NA   NA
 2445501 2445502 SAN_1765 SAN_1766     FALSE 0.094 27.000 0.000 NA   NA
 2445502 2445503 SAN_1766 SAN_1767     FALSE 0.018 106.000 0.000 NA   NA
 2445503 2445504 SAN_1767 SAN_1768     TRUE 0.984 10.000 0.625 1.000   NA
 2445505 2445506 SAN_1769 SAN_1770     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445506 2445507 SAN_1770 SAN_1771     FALSE 0.486 141.000 0.000 0.003   NA
 2445507 2445508 SAN_1771 SAN_1772     TRUE 0.862 38.000 0.000 0.003   NA
 2445508 2445509 SAN_1772 SAN_1773     TRUE 0.889 0.000 0.099 1.000   NA
 2445509 2445510 SAN_1773 SAN_1774     TRUE 0.996 10.000 0.857 0.076   NA
 2445511 2445512 SAN_1775 SAN_1776     FALSE 0.002 229.000 0.000 NA   NA
 2445512 2445513 SAN_1776 SAN_1777     FALSE 0.060 44.000 0.000 NA   NA
 2445513 2445514 SAN_1777 SAN_1778     FALSE 0.023 93.000 0.000 NA   NA
 2445514 2445515 SAN_1778 SAN_1779     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445515 2445516 SAN_1779 SAN_1780     FALSE 0.108 23.000 0.000 NA   NA
 2445516 2445517 SAN_1780 SAN_1781     TRUE 0.644 66.000 0.085 NA   NA
 2445517 2445518 SAN_1781 SAN_1782     TRUE 0.720 2.000 0.008 NA   NA
 2445518 2445519 SAN_1782 SAN_1783     TRUE 0.597 63.000 0.024 1.000 N NA
 2445519 2445520 SAN_1783 SAN_1784   nadD TRUE 0.966 -3.000 0.199 1.000 Y NA
 2445520 2445521 SAN_1784 SAN_1785 nadD   FALSE 0.499 130.000 0.150 NA N NA
 2445521 2445522 SAN_1785 SAN_1786     FALSE 0.497 93.000 0.068 NA   NA
 2445522 2445523 SAN_1786 SAN_1787   YqeG TRUE 0.976 0.000 0.555 1.000   NA
 2445523 2445524 SAN_1787 SAN_1788 YqeG   FALSE 0.340 111.000 0.015 1.000   NA
 2445524 2445525 SAN_1788 SAN_1789   gatB FALSE 0.131 157.000 0.002 1.000   NA
 2445525 2445526 SAN_1789 SAN_1790 gatB gatA TRUE 0.997 0.000 0.492 0.002 Y NA
 2445526 2445527 SAN_1790 SAN_1791 gatA gatC TRUE 0.998 0.000 0.643 0.002 Y NA
 2445527 2445528 SAN_1791 SAN_1792 gatC ppdK FALSE 0.201 138.000 0.002 1.000 N NA
 2445528 2445529 SAN_1792 SAN_1793 ppdK   TRUE 0.880 13.000 0.065 NA   NA
 2445529 2445530 SAN_1793 SAN_1794     TRUE 0.893 11.000 0.089 NA   NA
 2445532 2445533 SAN_1796 SAN_1797 entB   TRUE 0.688 67.000 0.083 1.000 N NA
 2445533 2445534 SAN_1797 SAN_1798     FALSE 0.318 126.000 0.015 1.000 N NA
 2445536 2445537 SAN_1685 SAN_1684 livJ   FALSE 0.496 175.000 0.150 1.000 Y NA
 2445537 2445538 SAN_1684 SAN_1683   livM TRUE 0.993 3.000 0.363 0.052 Y NA
 2445538 2445539 SAN_1683 SAN_1682 livM livG FALSE 0.369 1.000 0.000 1.000   NA
 2445539 2445540 SAN_1682 SAN_1681 livG guaB-1 FALSE 0.384 19.000 0.000 1.000   NA
 2445542 2445543 SAN_1679 SAN_1678 tmk dnaZX TRUE 0.952 20.000 0.254 1.000 N NA
 2445543 2445544 SAN_1678 SAN_1677 dnaZX   TRUE 0.750 30.000 0.038 NA   NA
 2445544 2445545 SAN_1677 SAN_1676     TRUE 0.850 6.000 0.043 NA   NA
 2445545 2445546 SAN_1676 SAN_1675     FALSE 0.215 122.000 0.005 NA   NA
 2445548 2445549 SAN_1673 SAN_1672 serC   FALSE 0.499 68.000 0.012 1.000   NA
 2445549 2445550 SAN_1672 SAN_1671   serA TRUE 0.582 127.000 0.013 0.063   NA
 2445550 2445551 SAN_1671 SAN_1670 serA   TRUE 0.968 3.000 0.018 0.002   NA
 2445551 2445552 SAN_1670 SAN_1669   ogt TRUE 0.548 55.000 0.009 1.000   NA
 2445552 2445553 SAN_1669 SAN_1668 ogt   TRUE 0.865 2.000 0.050 1.000 N NA
 2445554 2445555 SAN_1667 SAN_1666 xth   FALSE 0.126 77.000 0.000 1.000   NA
 2445555 2445556 SAN_1666 SAN_1665     TRUE 0.973 -16.000 0.714 1.000   NA
 2445559 2445560 SAN_1662 SAN_1661 metS brnQ FALSE 0.021 196.000 0.000 1.000 N NA
 2445560 2445561 SAN_1661 SAN_1660 brnQ   FALSE 0.001 446.000 0.000 NA   NA
 2445561 2445562 SAN_1660 SAN_1659     TRUE 0.909 51.000 0.429 NA   NA
 2445562 2445563 SAN_1659 SAN_1658     TRUE 0.988 5.000 0.857 NA   NA
 2445563 2445564 SAN_1658 SAN_1657     TRUE 0.931 7.000 0.167 NA   NA
 2445564 2445565 SAN_1657 SAN_1656     FALSE 0.316 158.000 0.131 NA   NA
 2445565 2445566 SAN_1656 SAN_1655     FALSE 0.012 133.000 0.000 NA   NA
 2445566 2445567 SAN_1655 SAN_1654     FALSE 0.002 240.000 0.000 NA   NA
 2445567 2445568 SAN_1654 SAN_1653     FALSE 0.004 198.000 0.000 NA   NA
 2445568 2445569 SAN_1653 SAN_1652     FALSE 0.025 90.000 0.000 NA   NA
 2445569 2445570 SAN_1652 SAN_1651     TRUE 0.974 -7.000 0.710 NA   NA
 2445570 2445571 SAN_1651 SAN_1650     FALSE 0.049 239.000 0.022 NA   NA
 2445571 2445572 SAN_1650 SAN_1649     TRUE 0.805 -3.000 0.043 NA   NA
 2445572 2445573 SAN_1649 SAN_1648     FALSE 0.026 89.000 0.000 NA   NA
 2445573 2445574 SAN_1648 SAN_1647     FALSE 0.064 40.000 0.000 NA   NA
 2445574 2445575 SAN_1647 SAN_1646     FALSE 0.151 13.000 0.000 NA   NA
 2445575 2445576 SAN_1646 SAN_1645   glmU FALSE 0.002 244.000 0.000 NA   NA
 2445576 2445577 SAN_1645 SAN_1644 glmU   TRUE 0.808 21.000 0.015 1.000 N NA
 2445577 2445578 SAN_1644 SAN_1643     TRUE 0.782 0.000 0.025 NA   NA
 2445578 2445579 SAN_1643 SAN_1642     TRUE 0.853 10.000 0.041 NA   NA
 2445581 2445582 SAN_0761 SAN_0762     FALSE 0.006 164.000 0.000 NA   NA
 2445583 2445584 SAN_0763 SAN_0764     FALSE 0.062 -81.000 0.000 NA   NA
 2445585 2445586 SAN_0765 SAN_0766     TRUE 0.939 14.000 0.158 1.000   NA
 2445586 2445587 SAN_0766 SAN_0767     FALSE 0.007 208.000 0.000 NA N NA
 2445587 2445588 SAN_0767 SAN_0768     FALSE 0.504 67.000 0.000 NA Y NA
 2445588 2445589 SAN_0768 SAN_0769     TRUE 0.839 17.000 0.000 1.000 Y NA
 2445589 2445590 SAN_0769 SAN_0770     TRUE 0.945 29.000 0.333 1.000 N NA
 2445590 2445591 SAN_0770 SAN_0771     TRUE 0.855 117.000 0.583 1.000 N NA
 2445591 2445592 SAN_0771 SAN_0772   uxaC TRUE 0.987 17.000 0.467 1.000 Y NA
 2445592 2445593 SAN_0772 SAN_0773 uxaC   TRUE 0.998 18.000 0.533 0.001 Y NA
 2445593 2445594 SAN_0773 SAN_0774     TRUE 0.752 124.000 0.364 1.000 N NA
 2445594 2445595 SAN_0774 SAN_0775     FALSE 0.510 153.000 0.035 0.063   NA
 2445595 2445596 SAN_0775 SAN_0776     TRUE 0.813 16.000 0.012 1.000   NA
 2445598 2445599 SAN_0778 SAN_0779 ccpA   FALSE 0.360 132.000 0.041 1.000 N NA
 2445599 2445600 SAN_0779 SAN_0780     TRUE 0.721 45.000 0.037 1.000 N NA
 2445600 2445601 SAN_0780 SAN_0781     TRUE 0.995 2.000 0.413 0.013 Y NA
 2445601 2445602 SAN_0781 SAN_0782   thrS FALSE 0.004 457.000 0.000 1.000 N NA
 2445602 2445603 SAN_0782 SAN_0783 thrS   FALSE 0.011 239.000 0.000 1.000 N NA
 2445603 2445604 SAN_0783 SAN_0784     FALSE 0.020 98.000 0.000 NA   NA
 2445604 2445605 SAN_0784 SAN_0785     FALSE 0.006 167.000 0.000 NA   NA
 2445606 2445607 SAN_0786 SAN_0787 glnP glnP TRUE 0.999 12.000 0.947 0.014 Y NA
 2445607 2445608 SAN_0787 SAN_0788 glnP   TRUE 0.995 13.000 0.400 0.051 Y NA
 2445608 2445609 SAN_0788 SAN_0789     TRUE 0.976 12.000 0.185 1.000 Y NA
 2445610 2445611 SAN_0790 SAN_0791     TRUE 0.995 -7.000 0.597 0.016 Y NA
 2445611 2445612 SAN_0791 SAN_0792     TRUE 0.861 4.000 0.038 1.000   NA
 2445612 2445613 SAN_0792 SAN_0793     TRUE 0.753 3.000 0.011 NA   NA
 2445613 2445614 SAN_0793 SAN_0794     FALSE 0.071 175.000 0.002 NA   NA
 2445614 2445615 SAN_0794 SAN_0795     FALSE 0.247 188.000 0.120 1.000 N NA
 2445617 2445618 SAN_0580 SAN_0579     FALSE 0.203 186.000 0.079 1.000 N NA
 2445618 2445619 SAN_0579 SAN_0577     TRUE 0.694 64.000 0.114 NA   NA
 2445620 2445621 SAN_0576 SAN_0575 ileS   FALSE 0.028 285.000 0.012 NA N NA
 2445621 2445622 SAN_0575 SAN_0574     TRUE 0.981 10.000 0.579 NA   NA
 2445622 2445623 SAN_0574 SAN_0573     TRUE 0.954 2.000 0.287 1.000   NA
 2445623 2445624 SAN_0573 SAN_0572     TRUE 0.961 3.000 0.370 NA   NA
 2445624 2445625 SAN_0572 SAN_0571     TRUE 0.726 12.000 0.002 NA   NA
 2445625 2445626 SAN_0571 SAN_0570     TRUE 0.710 6.000 0.002 NA   NA
 2445626 2445627 SAN_0570 SAN_0569   ftsA TRUE 0.984 22.000 0.460 1.000 Y NA
 2445627 2445628 SAN_0569 SAN_0568 ftsA   FALSE 0.203 273.000 0.389 NA N NA
 2445628 2445629 SAN_0568 SAN_0567     TRUE 0.945 4.000 0.072 NA Y NA
 2445629 2445630 SAN_0567 SAN_0566   murD TRUE 0.946 3.000 0.060 1.000 Y NA
 2445630 2445631 SAN_0566 SAN_0565 murD   FALSE 0.191 130.000 0.006 NA   NA
 2445631 2445632 SAN_0565 SAN_0564   typA TRUE 0.587 45.000 0.015 NA   NA
 2445632 2445633 SAN_0564 SAN_0563 typA   FALSE 0.037 232.000 0.003 NA N NA
 2445633 2445634 SAN_0563 SAN_0562     TRUE 0.886 12.000 0.064 NA N NA
 2445634 2445635 SAN_0562 SAN_0561     TRUE 0.965 -3.000 0.496 NA   NA
 2445637 2445638 SAN_0559 SAN_0558 nth   FALSE 0.090 113.000 0.000 1.000 N NA
 2445640 2445641 SAN_0556 SAN_0555 atoB   TRUE 0.790 -10.000 0.058 NA   NA
 2445642 2445643 SAN_0554 SAN_0553 bioB   FALSE 0.118 1.000 0.000 NA   NA
 2445644 2445645 SAN_0552 SAN_0551 trpG   FALSE 0.073 128.000 0.000 1.000 N NA
 2445645 2445646 SAN_0551 SAN_0550     TRUE 0.997 -10.000 0.911 0.008 Y NA
 2445646 2445647 SAN_0550 SAN_0549     FALSE 0.257 196.000 0.045 NA Y NA
 2445647 2445648 SAN_0549 SAN_0548     TRUE 0.737 0.000 0.012 NA   NA
 2445648 2445649 SAN_0548 SAN_0547     TRUE 0.557 51.000 0.016 NA   NA
 2445649 2445650 SAN_0547 SAN_0546     TRUE 0.850 69.000 0.347 NA   NA
 2445650 2445651 SAN_0546 SAN_0545     TRUE 0.548 75.000 0.023 1.000 N NA
 2445651 2445652 SAN_0545 SAN_0544   coaD TRUE 0.823 -10.000 0.052 1.000 N NA
 2445652 2445653 SAN_0544 SAN_0543 coaD   FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445653 2445654 SAN_0543 SAN_0542     FALSE 0.152 12.000 0.000 NA   NA
 2445657 2445658 SAN_1959 SAN_1960     FALSE 0.006 168.000 0.000 NA   NA
 2445660 2445661 SAN_1962 SAN_1963 purA   FALSE 0.002 371.000 0.000 NA N NA
 2445662 2445663 SAN_1964 SAN_1965     FALSE 0.006 170.000 0.000 NA   NA
 2445663 2445664 SAN_1965 SAN_1966     FALSE 0.002 220.000 0.000 NA   NA
 2445664 2445665 SAN_1966 SAN_1967     TRUE 0.982 -3.000 0.818 NA   NA
 2445665 2445666 SAN_1967 SAN_1968     FALSE 0.024 140.000 0.000 NA N NA
 2445666 2445667 SAN_1968 SAN_1969     TRUE 0.778 -16.000 0.034 1.000 N NA
 2445667 2445668 SAN_1969 SAN_1970   dck FALSE 0.287 121.000 0.005 1.000 N NA
 2445668 2445669 SAN_1970 SAN_1971 dck   FALSE 0.500 14.000 0.000 1.000 N NA
 2445670 2445671 SAN_1972 SAN_1973 clpC-1   TRUE 0.920 -3.000 0.188 NA N NA
 2445673 2445674 SAN_1975 SAN_1976 tsf   TRUE 0.532 161.000 0.009 0.003   NA
 2445674 2445675 SAN_1976 SAN_1977   rpsB TRUE 0.908 94.000 0.748 1.000   NA
 2445676 2445677 SAN_1978 SAN_1979 ahpC   TRUE 0.989 18.000 0.551 1.000 Y NA
 2445678 2445679 SAN_1980 SAN_1981     FALSE 0.121 2.000 0.000 NA   NA
 2445683 2445684 SAN_1985 SAN_1986     FALSE 0.062 -91.000 0.000 NA   NA
 2445685 2445686 SAN_1987 SAN_1988   def TRUE 0.611 66.000 0.034 1.000 N NA
 2445687 2445688 SAN_1989 SAN_1990     TRUE 0.898 80.000 0.562 NA   NA
 2445688 2445689 SAN_1990 SAN_1991     TRUE 0.845 80.000 0.375 NA   NA
 2445689 2445690 SAN_1991 SAN_1992     TRUE 0.997 -13.000 0.933 0.015 Y NA
 2445690 2445691 SAN_1992 SAN_1993     TRUE 0.997 36.000 0.933 0.015 Y NA
 2445691 2445692 SAN_1993 SAN_1994     TRUE 0.871 55.000 0.267 1.000   NA
 2445692 2445693 SAN_1994 SAN_1995     TRUE 0.930 3.000 0.160 1.000   NA
 2445694 2445695 SAN_1746 SAN_1745     FALSE 0.031 79.000 0.000 NA   NA
 2445695 2445696 SAN_1745 SAN_1744     TRUE 0.968 17.000 0.435 NA   NA
 2445696 2445697 SAN_1744 SAN_1743     TRUE 0.968 -7.000 0.530 1.000   NA
 2445698 2445699 SAN_1742 SAN_1741 ktrA ktrB TRUE 0.997 13.000 0.490 0.004 Y NA
 2445699 2445700 SAN_1741 SAN_1740 ktrB gidB TRUE 0.814 15.000 0.006 1.000 N NA
 2445701 2445702 SAN_1739 SAN_1738     TRUE 0.931 21.000 0.222 NA   NA
 2445702 2445703 SAN_1738 SAN_1737     FALSE 0.067 180.000 0.002 NA   NA
 2445703 2445704 SAN_1737 SAN_1736     FALSE 0.045 235.000 0.014 NA   NA
 2445704 2445705 SAN_1736 SAN_1735     TRUE 0.990 -10.000 0.438 0.093 Y NA
 2445705 2445706 SAN_1735 SAN_1734     FALSE 0.157 149.000 0.007 NA N NA
 2445706 2445707 SAN_1734 SAN_1733     TRUE 0.885 0.000 0.109 NA N NA
 2445707 2445708 SAN_1733 SAN_1732     TRUE 0.991 -3.000 0.817 NA Y NA
 2445708 2445709 SAN_1732 SAN_1731     TRUE 0.579 48.000 0.008 1.000   NA
 2445709 2445710 SAN_1731 SAN_1730     FALSE 0.147 155.000 0.004 1.000   NA
 2445710 2445711 SAN_1730 SAN_1729     FALSE 0.040 62.000 0.000 NA   NA
 2445711 2445712 SAN_1729 SAN_1728     FALSE 0.140 5.000 0.000 NA   NA
 2445712 2445713 SAN_1728 SAN_1727   murC TRUE 0.792 10.000 0.013 NA   NA
 2445713 2445714 SAN_1727 SAN_1726 murC   FALSE 0.450 86.000 0.014 1.000   NA
 2445714 2445715 SAN_1726 SAN_1725     TRUE 0.660 87.000 0.120 1.000   NA
 2445715 2445716 SAN_1725 SAN_1724     TRUE 0.648 73.000 0.079 1.000   NA
 2445716 2445717 SAN_1724 SAN_1723   nylA FALSE 0.097 104.000 0.000 1.000 N NA
 2445717 2445718 SAN_1723 SAN_1722 nylA   FALSE 0.037 161.000 0.000 1.000 N NA
 2445718 2445719 SAN_1722 SAN_1721     TRUE 0.981 24.000 0.125 0.050 Y NA
 2445720 2445721 SAN_1720 SAN_1719     FALSE 0.187 217.000 0.154 1.000 N NA
 2445722 2445723 SAN_1718 SAN_1717     TRUE 0.744 38.000 0.043 1.000   NA
 2445723 2445724 SAN_1717 SAN_1716     FALSE 0.369 146.000 0.123 NA   NA
 2445724 2445725 SAN_1716 SAN_1715     FALSE 0.036 68.000 0.000 NA   NA
 2445725 2445726 SAN_1715 SAN_1713     TRUE 0.691 62.000 0.107 NA   NA
 2445728 2445729 SAN_1712 SAN_1711   murI FALSE 0.131 175.000 0.014 1.000   NA
 2445729 2445730 SAN_1711 SAN_1710 murI   TRUE 0.831 -3.000 0.034 1.000 N NA
 2445730 2445731 SAN_1710 SAN_1709     TRUE 0.647 -18.000 0.005 1.000   NA
 2445731 2445732 SAN_1709 SAN_1708     TRUE 0.789 -3.000 0.034 NA   NA
 2445732 2445733 SAN_1708 SAN_1707     TRUE 0.792 -49.000 0.111 NA   NA
 2445733 2445734 SAN_1707 SAN_1706     TRUE 0.763 0.000 0.017 NA   NA
 2445734 2445735 SAN_1706 SAN_1705     TRUE 0.972 -3.000 0.570 NA   NA
 2445736 2445737 SAN_0631 SAN_0632 fabG   FALSE 0.074 108.000 0.000 1.000   NA
 2445737 2445738 SAN_0632 SAN_0633     FALSE 0.516 86.000 0.028 1.000 N NA
 2445738 2445739 SAN_0633 SAN_0634   asnS TRUE 0.876 21.000 0.068 1.000 N NA
 2445740 2445741 SAN_0635 SAN_0636     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445741 2445742 SAN_0636 SAN_0637     FALSE 0.010 246.000 0.000 1.000 N NA
 2445743 2445744 SAN_0638 SAN_0639     TRUE 0.924 -3.000 0.214 NA   NA
 2445744 2445745 SAN_0639 SAN_0640     TRUE 0.962 -3.000 0.470 NA   NA
 2445745 2445746 SAN_0640 SAN_0641     TRUE 0.837 15.000 0.015 1.000   NA
 2445746 2445747 SAN_0641 SAN_0642     TRUE 0.597 142.000 0.250 1.000 N NA
 2445748 2445749 SAN_0643 SAN_0644 rpmE   FALSE 0.482 85.000 0.020 1.000   NA
 2445750 2445751 SAN_0645 SAN_0646 add   TRUE 0.642 59.000 0.034 1.000 N NA
 2445751 2445752 SAN_0646 SAN_0647     TRUE 0.765 77.000 0.167 1.000 N NA
 2445752 2445753 SAN_0647 SAN_0648     TRUE 0.867 -7.000 0.094 1.000 N NA
 2445753 2445754 SAN_0648 SAN_0649   rplS FALSE 0.012 584.000 0.006 1.000 N NA
 2445756 2445757 SAN_0651 SAN_0652     FALSE 0.007 162.000 0.000 NA   NA
 2445757 2445758 SAN_0652 SAN_0653     FALSE 0.112 22.000 0.000 NA   NA
 2445758 2445759 SAN_0653 SAN_0654     FALSE 0.467 126.000 0.000 0.017   NA
 2445761 2445762 SAN_0656 SAN_0657     TRUE 0.991 10.000 0.917 1.000 N NA
 2445762 2445763 SAN_0657 SAN_0658     TRUE 0.976 0.000 0.542 1.000 N NA
 2445763 2445764 SAN_0658 SAN_0659     TRUE 0.826 97.000 0.409 1.000 N NA
 2445764 2445765 SAN_0659 SAN_0660     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445765 2445766 SAN_0660 SAN_0661     FALSE 0.044 58.000 0.000 NA   NA
 2445768 2445769 SAN_0663 SAN_0664     FALSE 0.061 42.000 0.000 NA   NA
 2445769 2445770 SAN_0664 SAN_0665   mreB-2 FALSE 0.001 425.000 0.000 NA   NA
 2445770 2445771 SAN_0665 SAN_0666 mreB-2 pgp TRUE 0.764 119.000 0.385 1.000   NA
 2445771 2445772 SAN_0666 SAN_0667 pgp gyrB FALSE 0.410 91.000 0.013 1.000   NA
 2445772 2445773 SAN_0667 SAN_0668 gyrB   FALSE 0.397 94.000 0.011 1.000 N NA
 2445773 2445774 SAN_0668 SAN_0669     TRUE 0.628 122.000 0.000 0.001   NA
 2445774 2445775 SAN_0669 SAN_0670   serB FALSE 0.364 94.000 0.009 1.000   NA
 2445776 2445777 SAN_0671 SAN_0672     FALSE 0.151 13.000 0.000 NA   NA
 2445779 2445780 SAN_1584 SAN_1585   gloA FALSE 0.432 88.000 0.009 1.000 N NA
 2445780 2445781 SAN_1585 SAN_1586 gloA   FALSE 0.029 129.000 0.000 NA N NA
 2445781 2445782 SAN_1586 SAN_1587     FALSE 0.029 129.000 0.000 NA N NA
 2445783 2445784 SAN_1588 SAN_1589 smpB vacB TRUE 0.975 3.000 0.143 0.028 N NA
 2445784 2445785 SAN_1589 SAN_1590 vacB   FALSE 0.477 113.000 0.064 1.000 N NA
 2445785 2445786 SAN_1590 SAN_1591     TRUE 0.538 133.000 0.007 0.073 N NA
 2445786 2445787 SAN_1591 SAN_1592     FALSE 0.004 196.000 0.000 NA   NA
 2445787 2445788 SAN_1592 SAN_1593   natA TRUE 0.947 27.000 0.385 NA   NA
 2445788 2445789 SAN_1593 SAN_1594 natA   FALSE 0.080 124.000 0.000 1.000 N NA
 2445789 2445790 SAN_1594 SAN_1595   mutM TRUE 0.841 -9.000 0.066 1.000 N NA
 2445790 2445791 SAN_1595 SAN_1596 mutM   FALSE 0.167 149.000 0.004 1.000   NA
 2445792 2445793 SAN_1597 SAN_1598     FALSE 0.069 36.000 0.000 NA   NA
 2445794 2445795 SAN_1599 SAN_1600     FALSE 0.002 233.000 0.000 NA   NA
 2445795 2445796 SAN_1600 SAN_1601     FALSE 0.000 730.000 0.000 NA   NA
 2445796 2445797 SAN_1601 SAN_1602   era FALSE 0.002 237.000 0.000 NA   NA
 2445797 2445798 SAN_1602 SAN_1603 era   TRUE 0.762 42.000 0.063 1.000   NA
 2445798 2445799 SAN_1603 SAN_1604     TRUE 0.717 -19.000 0.035 NA   NA
 2445799 2445800 SAN_1604 SAN_1605     FALSE 0.001 395.000 0.000 NA   NA
 2445800 2445801 SAN_1605 SAN_1606     FALSE 0.058 45.000 0.000 NA   NA
 2445801 2445802 SAN_1606 SAN_1607     FALSE 0.007 158.000 0.000 NA   NA
 2445804 2445805 SAN_1609 SAN_1610     FALSE 0.195 124.000 0.004 NA   NA
 2445805 2445806 SAN_1610 SAN_1611     FALSE 0.008 157.000 0.000 NA   NA
 2445806 2445807 SAN_1611 SAN_1612   msrA TRUE 0.866 -3.000 0.080 1.000   NA
 2445807 2445808 SAN_1612 SAN_1613 msrA   FALSE 0.256 138.000 0.016 1.000   NA
 2445808 2445809 SAN_1613 SAN_1614   frr FALSE 0.306 118.000 0.012 1.000   NA
 2445809 2445810 SAN_1614 SAN_1615 frr   TRUE 0.984 16.000 0.626 1.000 N NA
 2445810 2445811 SAN_1615 SAN_1616     FALSE 0.065 121.000 0.000 1.000   NA
 2445811 2445812 SAN_1616 SAN_1617     TRUE 0.790 -34.000 0.000 0.035   NA
 2445812 2445813 SAN_1617 SAN_1618     TRUE 0.828 -13.000 0.000 0.035   NA
 2445813 2445814 SAN_1618 SAN_1619     TRUE 0.933 69.000 0.353 1.000 Y NA
 2445814 2445815 SAN_1619 SAN_1620     TRUE 0.990 45.000 0.353 0.002 Y NA
 2445815 2445816 SAN_1620 SAN_1621     TRUE 0.988 -13.000 0.167 0.002 Y NA
 2445816 2445817 SAN_1621 SAN_1622   rplA FALSE 0.004 428.000 0.000 1.000 N NA
 2445820 2445821 SAN_1089 SAN_1088     TRUE 0.992 -3.000 0.812 1.000 Y NA
 2445821 2445822 SAN_1088 SAN_1087     FALSE 0.507 110.000 0.094 1.000   NA
 2445822 2445823 SAN_1087 SAN_1086     TRUE 0.987 2.000 0.855 1.000   NA
 2445823 2445824 SAN_1086 SAN_1085     TRUE 0.800 26.000 0.033 1.000   NA
 2445825 2445826 SAN_1084 SAN_1083     FALSE 0.017 114.000 0.000 NA   NA
 2445827 2445828 SAN_1082 SAN_1081     FALSE 0.012 133.000 0.000 NA   NA
 2445828 2445829 SAN_1081 SAN_1080   gid FALSE 0.124 78.000 0.000 1.000   NA
 2445829 2445830 SAN_1080 SAN_1079 gid   FALSE 0.089 114.000 0.000 1.000 N NA
 2445832 2445833 SAN_1077 SAN_1076     TRUE 0.897 27.000 0.176 NA   NA
 2445833 2445834 SAN_1076 SAN_1075     FALSE 0.001 451.000 0.000 NA   NA
 2445834 2445835 SAN_1075 SAN_1074     TRUE 0.986 -3.000 1.000 NA   NA
 2445837 2445838 SAN_1072 SAN_1071     FALSE 0.001 377.000 0.000 NA   NA
 2445838 2445839 SAN_1071 SAN_1070     TRUE 0.899 98.000 0.800 NA   NA
 2445839 2445840 SAN_1070 SAN_1069     TRUE 0.981 -3.000 0.800 NA   NA
 2445840 2445841 SAN_1069 SAN_1068     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445841 2445842 SAN_1068 SAN_1067     TRUE 0.900 -16.000 0.222 NA   NA
 2445842 2445843 SAN_1067 SAN_1066     FALSE 0.088 29.000 0.000 NA   NA
 2445845 2445846 SAN_1064 SAN_1063     TRUE 0.798 61.000 0.200 NA   NA
 2445846 2445847 SAN_1063 SAN_1062     FALSE 0.400 159.000 0.200 NA   NA
 2445847 2445848 SAN_1062 SAN_1061     TRUE 0.966 -3.000 0.500 NA   NA
 2445848 2445849 SAN_1061 SAN_1060     TRUE 0.966 -3.000 0.500 NA   NA
 2445849 2445850 SAN_1060 SAN_1059     TRUE 0.691 182.000 0.800 1.000   NA
 2445851 2445852 SAN_1058 SAN_1057     FALSE 0.068 -31.000 0.000 NA   NA
 2445853 2445854 SAN_1056 SAN_1055     TRUE 0.985 10.000 0.750 NA   NA
 2445854 2445855 SAN_1055 SAN_1054     TRUE 0.974 21.000 0.571 NA   NA
 2445857 2445858 SAN_1528 SAN_1527     FALSE 0.069 36.000 0.000 NA   NA
 2445858 2445859 SAN_1527 SAN_1526     TRUE 0.907 30.000 0.222 NA   NA
 2445859 2445860 SAN_1526 SAN_1525     FALSE 0.121 2.000 0.000 NA   NA
 2445860 2445861 SAN_1525 SAN_1524     FALSE 0.116 0.000 0.000 NA   NA
 2445861 2445862 SAN_1524 SAN_1523     FALSE 0.346 -3.000 0.000 1.000   NA
 2445862 2445863 SAN_1523 SAN_1522     FALSE 0.296 -10.000 0.000 1.000   NA
 2445863 2445864 SAN_1522 SAN_1521     FALSE 0.001 282.000 0.000 NA   NA
 2445864 2445865 SAN_1521 SAN_1520     TRUE 0.967 -16.000 0.667 NA   NA
 2445865 2445866 SAN_1520 SAN_1519     FALSE 0.375 20.000 0.000 1.000   NA
 2445866 2445867 SAN_1519 SAN_1518     TRUE 0.822 41.000 0.000 0.012   NA
 2445867 2445868 SAN_1518 SAN_1517     FALSE 0.018 107.000 0.000 NA   NA
 2445868 2445869 SAN_1517 SAN_1516     FALSE 0.088 -10.000 0.000 NA   NA
 2445869 2445870 SAN_1516 SAN_1515     FALSE 0.095 -7.000 0.000 NA   NA
 2445870 2445871 SAN_1515 SAN_1514     FALSE 0.001 284.000 0.000 NA   NA
 2445871 2445872 SAN_1514 SAN_1513     TRUE 0.961 -19.000 0.600 NA   NA
 2445872 2445873 SAN_1513 SAN_1512     FALSE 0.507 93.000 0.050 1.000   NA
 2445873 2445874 SAN_1512 SAN_1511     TRUE 0.956 -7.000 0.408 1.000   NA
 2445876 2445877 SAN_1509 SAN_1508     FALSE 0.510 68.000 0.028 NA   NA
 2445877 2445878 SAN_1508 SAN_1507     TRUE 0.743 -6.000 0.011 1.000   NA
 2445878 2445879 SAN_1507 SAN_1506     FALSE 0.357 117.000 0.023 1.000   NA
 2445879 2445880 SAN_1506 SAN_1505     FALSE 0.507 60.000 0.015 NA   NA
 2445881 2445882 SAN_1504 SAN_1503     TRUE 0.997 -3.000 0.857 0.049 Y NA
 2445882 2445883 SAN_1503 SAN_1502     TRUE 0.942 16.000 0.179 1.000   NA
 2445883 2445884 SAN_1502 SAN_1501     FALSE 0.005 174.000 0.000 NA   NA
 2445884 2445885 SAN_1501 SAN_1500     FALSE 0.105 24.000 0.000 NA   NA
 2445885 2445886 SAN_1500 SAN_1499     FALSE 0.271 159.000 0.062 1.000 N NA
 2445887 2445888 SAN_1498 SAN_1497   pepT FALSE 0.049 135.000 0.000 1.000   NA
 2445888 2445889 SAN_1497 SAN_1496 pepT   TRUE 0.777 29.000 0.051 NA   NA
 2445891 2445892 SAN_1206 SAN_1205     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445892 2445893 SAN_1205 SAN_1204   guaC FALSE 0.003 204.000 0.000 NA   NA
 2445893 2445894 SAN_1204 SAN_1203 guaC xpt FALSE 0.106 255.000 0.009 1.000 Y NA
 2445894 2445895 SAN_1203 SAN_1202 xpt pbuX TRUE 0.934 0.000 0.046 1.000 Y NA
 2445896 2445897 SAN_1201 SAN_1200     FALSE 0.020 99.000 0.000 NA   NA
 2445897 2445898 SAN_1200 SAN_1199     TRUE 0.972 24.000 0.588 NA   NA
 2445898 2445899 SAN_1199 SAN_1198   apbE TRUE 0.945 18.000 0.243 NA   NA
 2445899 2445900 SAN_1198 SAN_1197 apbE   FALSE 0.490 149.000 0.189 1.000   NA
 2445901 2445902 SAN_1196 SAN_1195   prfA TRUE 0.801 35.000 0.062 1.000 N NA
 2445902 2445903 SAN_1195 SAN_1194 prfA hemK TRUE 0.979 0.000 0.084 0.052 Y NA
 2445903 2445904 SAN_1194 SAN_1193 hemK   TRUE 0.895 -7.000 0.029 NA Y NA
 2445904 2445905 SAN_1193 SAN_1192   glyA FALSE 0.381 92.000 0.015 NA N NA
 2445905 2445906 SAN_1192 SAN_1191 glyA   TRUE 0.895 5.000 0.103 NA   NA
 2445906 2445907 SAN_1191 SAN_1190     TRUE 0.894 2.000 0.128 NA   NA
 2445907 2445908 SAN_1190 SAN_1189     TRUE 0.870 12.000 0.053 NA   NA
 2445908 2445909 SAN_1189 SAN_1188     TRUE 0.998 1.000 0.895 0.007 Y NA
 2445910 2445911 SAN_1187 SAN_1186 manB   FALSE 0.473 110.000 0.098 NA   NA
 2445911 2445912 SAN_1186 SAN_1185     TRUE 0.601 46.000 0.019 NA   NA
 2445912 2445913 SAN_1185 SAN_1184   dfp TRUE 0.775 -3.000 0.013 1.000   NA
 2445914 2445915 SAN_1183 SAN_1182   noxB-2 TRUE 0.783 -7.000 0.019 1.000 N NA
 2445915 2445916 SAN_1182 SAN_1181 noxB-2   TRUE 0.947 -3.000 0.100 1.000 Y NA
 2445916 2445917 SAN_1181 SAN_1180   gcvH TRUE 0.971 29.000 0.571 1.000 N NA
 2445917 2445918 SAN_1180 SAN_1179 gcvH   TRUE 0.850 -7.000 0.107 NA   NA
 2445918 2445919 SAN_1179 SAN_1178     TRUE 0.904 -31.000 0.286 NA   NA
 2445919 2445920 SAN_1178 SAN_1177     TRUE 0.936 27.000 0.250 1.000 N NA
 2445920 2445921 SAN_1177 SAN_1176   fhs TRUE 0.751 89.000 0.200 1.000 N NA
 2445921 2445922 SAN_1176 SAN_1175 fhs cls FALSE 0.503 119.000 0.094 1.000 N NA
 2445922 2445923 SAN_1175 SAN_1174 cls   FALSE 0.002 689.000 0.000 1.000   NA
 2445923 2445924 SAN_1174 SAN_1173     FALSE 0.013 208.000 0.000 1.000   NA
 2445925 2445926 SAN_1248 SAN_1247     FALSE 0.018 108.000 0.000 NA   NA
 2445926 2445927 SAN_1247 SAN_1246     FALSE 0.033 74.000 0.000 NA   NA
 2445927 2445928 SAN_1246 SAN_1245   opuD FALSE 0.026 167.000 0.000 1.000   NA
 2445928 2445929 SAN_1245 SAN_1244 opuD opuD FALSE 0.474 106.000 0.000 0.048   NA
 2445930 2445931 SAN_1243 SAN_1242 icaB   FALSE 0.065 -40.000 0.000 NA   NA
 2445932 2445933 SAN_1241 SAN_1240     FALSE 0.004 197.000 0.000 NA   NA
 2445933 2445934 SAN_1240 SAN_1239   thrB TRUE 0.932 2.000 0.036 1.000 Y NA
 2445934 2445935 SAN_1239 SAN_1238 thrB rarD TRUE 0.669 -13.000 0.005 1.000   NA
 2445935 2445936 SAN_1238 SAN_1237 rarD folC FALSE 0.116 83.000 0.000 1.000   NA
 2445936 2445937 SAN_1237 SAN_1236 folC folE TRUE 0.944 19.000 0.057 1.000 Y NA
 2445937 2445938 SAN_1236 SAN_1235 folE folP TRUE 0.952 4.000 0.073 1.000 Y NA
 2445938 2445939 SAN_1235 SAN_1234 folP folB TRUE 0.951 2.000 0.094 1.000 Y NA
 2445939 2445940 SAN_1234 SAN_1233 folB folK TRUE 0.956 -3.000 0.142 1.000 Y NA
 2445940 2445941 SAN_1233 SAN_1232 folK murB FALSE 0.226 144.000 0.010 1.000 N NA
 2445941 2445942 SAN_1232 SAN_1231 murB potA TRUE 0.704 49.000 0.041 1.000 N NA
 2445942 2445943 SAN_1231 SAN_1230 potA potB TRUE 0.996 -16.000 0.928 0.048 Y NA
 2445943 2445944 SAN_1230 SAN_1229 potB potC TRUE 0.994 -3.000 0.492 0.048 Y NA
 2445944 2445945 SAN_1229 SAN_1228 potC   TRUE 0.988 -7.000 0.253 0.048 Y NA
 2445945 2445946 SAN_1228 SAN_1227     TRUE 0.685 109.000 0.033 0.089 N NA
 2445948 2445949 SAN_1225 SAN_1224     FALSE 0.499 101.000 0.071 1.000   NA
 2445949 2445950 SAN_1224 SAN_1223     FALSE 0.036 163.000 0.000 1.000 N NA
 2445950 2445951 SAN_1223 SAN_1222     FALSE 0.024 91.000 0.000 NA   NA
 2445951 2445952 SAN_1222 SAN_1221     FALSE 0.432 96.000 0.046 NA   NA
 2445953 2445954 SAN_1220 SAN_1219     FALSE 0.237 161.000 0.083 NA   NA
 2445954 2445955 SAN_1219 SAN_1218     TRUE 0.914 2.000 0.166 NA   NA
 2445955 2445956 SAN_1218 SAN_1217   prsA TRUE 0.955 4.000 0.089 1.000 Y NA
 2445956 2445957 SAN_1217 SAN_1216 prsA   FALSE 0.288 177.000 0.145 1.000   NA
 2445958 2445959 SAN_1215 SAN_1214     TRUE 0.970 -25.000 0.725 1.000   NA
 2445959 2445960 SAN_1214 SAN_1213   rluD TRUE 0.914 -3.000 0.150 1.000 N NA
 2445960 2445961 SAN_1213 SAN_1212 rluD pta TRUE 0.852 26.000 0.067 1.000 N NA
 2445962 2445963 SAN_0055 SAN_0054     FALSE 0.001 560.000 0.000 NA   NA
 2445963 2445964 SAN_0054 SAN_0053   purK FALSE 0.148 10.000 0.000 NA   NA
 2445964 2445965 SAN_0053 SAN_0052 purK purE TRUE 0.971 -13.000 0.002 0.001 Y NA
 2445965 2445966 SAN_0052 SAN_0051 purE purD FALSE 0.310 190.000 0.044 1.000 Y NA
 2445968 2445969 SAN_0049 SAN_0048   xylR-2 TRUE 0.920 8.000 0.105 1.000 N NA
 2445969 2445970 SAN_0048 SAN_0047 xylR-2   FALSE 0.472 17.000 0.000 1.000 N NA
 2445970 2445971 SAN_0047 SAN_0046     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2445971 2445972 SAN_0046 SAN_0045     FALSE 0.121 20.000 0.000 NA   NA
 2445972 2445973 SAN_0045 SAN_0044     TRUE 0.978 13.000 0.250 NA Y NA
 2445973 2445974 SAN_0044 SAN_0043     TRUE 0.998 10.000 1.000 0.048 Y NA
 2445974 2445975 SAN_0043 SAN_0042     TRUE 0.766 88.000 0.000 0.048 Y NA
 2445975 2445976 SAN_0042 SAN_0041     TRUE 0.659 47.000 0.000 1.000 Y NA
 2445976 2445977 SAN_0041 SAN_0040     FALSE 0.004 355.000 0.000 1.000   NA
 2445977 2445978 SAN_0040 SAN_0039     FALSE 0.040 147.000 0.000 1.000   NA
 2445978 2445979 SAN_0039 SAN_0038   purH FALSE 0.017 193.000 0.000 1.000   NA
 2445979 2445980 SAN_0038 SAN_0037 purH   TRUE 0.732 20.000 0.002 1.000   NA
 2445980 2445981 SAN_0037 SAN_0036   purN TRUE 0.713 23.000 0.003 1.000   NA
 2445981 2445982 SAN_0036 SAN_0035 purN purM TRUE 0.881 167.000 0.238 0.002 Y NA
 2445982 2445983 SAN_0035 SAN_0034 purM purF TRUE 0.966 28.000 0.248 1.000 Y NA
 2445983 2445984 SAN_0034 SAN_0033 purF   FALSE 0.163 234.000 0.024 1.000 Y NA
 2445984 2445985 SAN_0033 SAN_0032   purC TRUE 0.856 48.000 0.043 1.000 Y NA
 2445985 2445986 SAN_0032 SAN_0031 purC   FALSE 0.338 124.000 0.017 1.000 N NA
 2445986 2445987 SAN_0031 SAN_0030   plsX TRUE 0.984 11.000 0.017 0.006 Y NA
 2445987 2445988 SAN_0030 SAN_0029 plsX   FALSE 0.032 78.000 0.000 NA   NA
 2445988 2445989 SAN_0029 SAN_0028     FALSE 0.025 90.000 0.000 NA   NA
 2445990 2445991 SAN_0450 SAN_0449   pgi FALSE 0.005 322.000 0.000 1.000 N NA
 2445991 2445992 SAN_0449 SAN_0448 pgi   FALSE 0.008 273.000 0.000 1.000 N NA
 2445992 2445993 SAN_0448 SAN_0447     TRUE 0.741 0.000 0.013 NA   NA
 2445993 2445994 SAN_0447 SAN_0446     FALSE 0.118 1.000 0.000 NA   NA
 2445994 2445995 SAN_0446 SAN_0445   bioY FALSE 0.011 139.000 0.000 NA   NA
 2445995 2445996 SAN_0445 SAN_0444 bioY   TRUE 0.872 7.000 0.039 1.000   NA
 2445996 2445997 SAN_0444 SAN_0443   tgt FALSE 0.283 106.000 0.004 1.000   NA
 2445999 2446000 SAN_0441 SAN_0440     FALSE 0.159 60.000 0.000 1.000   NA
 2446000 2446001 SAN_0440 SAN_0439     TRUE 0.987 2.000 0.500 1.000 Y NA
 2446001 2446002 SAN_0439 SAN_0438     TRUE 0.747 113.000 0.333 1.000   NA
 2446002 2446003 SAN_0438 SAN_0437   fur-3 FALSE 0.036 153.000 0.000 1.000   NA
 2446003 2446004 SAN_0437 SAN_0436 fur-3   FALSE 0.441 82.000 0.010 1.000   NA
 2446004 2446005 SAN_0436 SAN_0435   polA TRUE 0.675 30.000 0.005 1.000   NA
 2446005 2446006 SAN_0435 SAN_0434 polA   FALSE 0.070 113.000 0.000 1.000   NA
 2446006 2446007 SAN_0434 SAN_0433     TRUE 0.856 15.000 0.047 NA   NA
 2446007 2446008 SAN_0433 SAN_0432     FALSE 0.017 110.000 0.000 NA   NA
 2446008 2446009 SAN_0432 SAN_0431     TRUE 0.968 41.000 0.048 0.004 Y NA
 2446009 2446010 SAN_0431 SAN_0430     TRUE 0.903 13.000 0.064 1.000 N NA
 2446012 2446013 SAN_0428 SAN_0427 rbfA infB TRUE 0.914 108.000 0.530 1.000 Y NA
 2446013 2446014 SAN_0427 SAN_0426 infB   TRUE 0.885 77.000 0.223 NA Y NA
 2446014 2446015 SAN_0426 SAN_0425     TRUE 0.952 -7.000 0.408 NA N NA
 2446015 2446016 SAN_0425 SAN_0424   nusA TRUE 0.974 22.000 0.323 NA Y NA
 2446016 2446017 SAN_0424 SAN_0423 nusA   TRUE 0.957 48.000 0.759 NA   NA
 2446017 2446018 SAN_0423 SAN_0422     FALSE 0.008 582.000 0.004 NA   NA
 2446018 2446019 SAN_0422 SAN_0421     TRUE 0.877 -10.000 0.154 NA   NA
 2446019 2446020 SAN_0421 SAN_0420     TRUE 0.722 58.000 0.107 NA N NA
 2446020 2446021 SAN_0420 SAN_0419     TRUE 0.921 2.000 0.167 NA N NA
 2446025 2446026 SAN_1878 SAN_1877     TRUE 0.770 44.000 0.105 NA   NA
 2446026 2446027 SAN_1877 SAN_1876     TRUE 0.552 127.000 0.156 1.000   NA
 2446027 2446028 SAN_1876 SAN_1875     FALSE 0.447 118.000 0.094 NA   NA
 2446029 2446030 SAN_1874 SAN_1873     FALSE 0.007 160.000 0.000 NA   NA
 2446031 2446032 SAN_1872 SAN_1871     FALSE 0.000 653.000 0.000 NA   NA
 2446032 2446033 SAN_1871 SAN_1870     FALSE 0.001 409.000 0.000 NA   NA
 2446033 2446034 SAN_1870 SAN_1869   ndh TRUE 0.963 13.000 0.261 1.000 N NA
 2446034 2446035 SAN_1869 SAN_1868 ndh appC TRUE 0.925 103.000 0.174 0.020 Y NA
 2446035 2446036 SAN_1868 SAN_1867 appC cydB TRUE 0.998 1.000 0.950 0.020 Y NA
 2446036 2446037 SAN_1867 SAN_1866 cydB   TRUE 0.940 0.000 0.061 1.000 Y NA
 2446037 2446038 SAN_1866 SAN_1865     TRUE 0.988 -7.000 0.168 0.007 Y NA
 2446039 2446040 SAN_1864 SAN_1863 ispB   FALSE 0.056 46.000 0.000 NA   NA
 2446040 2446041 SAN_1863 SAN_1862     TRUE 0.855 4.000 0.054 NA   NA
 2446041 2446042 SAN_1862 SAN_1861     TRUE 0.863 24.000 0.081 1.000   NA
 2446043 2446044 SAN_1860 SAN_1859     TRUE 0.870 18.000 0.043 1.000 N NA
 2446044 2446045 SAN_1859 SAN_1858     FALSE 0.144 189.000 0.031 1.000 N NA
 2446047 2446048 SAN_1856 SAN_1855     TRUE 0.922 -18.000 0.326 NA   NA
 2446049 2446050 SAN_1854 SAN_1853   pfl FALSE 0.005 295.000 0.000 1.000   NA
 2446053 2446054 SAN_0009 SAN_0010     TRUE 0.882 5.000 0.083 NA   NA
 2446054 2446055 SAN_0010 SAN_0011     FALSE 0.060 44.000 0.000 NA   NA
 2446055 2446056 SAN_0011 SAN_0012     FALSE 0.105 24.000 0.000 NA   NA
 2446056 2446057 SAN_0012 SAN_0013     FALSE 0.129 3.000 0.000 NA   NA
 2446057 2446058 SAN_0013 SAN_0014     FALSE 0.072 35.000 0.000 NA   NA
 2446058 2446059 SAN_0014 SAN_0015     FALSE 0.000 637.000 0.000 NA   NA
 2446059 2446060 SAN_0015 SAN_0016     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2446060 2446061 SAN_0016 SAN_0017     FALSE 0.116 0.000 0.000 NA   NA
 2446061 2446062 SAN_0017 SAN_0018     FALSE 0.147 9.000 0.000 NA   NA
 2446062 2446063 SAN_0018 SAN_0019     TRUE 0.764 73.000 0.200 NA   NA
 2446064 2446065 SAN_0020 SAN_0021     TRUE 0.995 1.000 0.619 0.004 N NA
 2446065 2446066 SAN_0021 SAN_0022     TRUE 0.995 3.000 0.650 0.004 N NA
 2446066 2446067 SAN_0022 SAN_0023   proV TRUE 0.996 0.000 0.450 0.004 Y NA
 2446068 2446069 SAN_0024 SAN_0025   prsA FALSE 0.452 124.000 0.107 NA   NA
 2446069 2446070 SAN_0025 SAN_0026 prsA aspB-3 TRUE 0.665 108.000 0.048 1.000 Y NA
 2446070 2446071 SAN_0026 SAN_0027 aspB-3   TRUE 0.724 -10.000 0.012 1.000   NA
 2446072 2446073 SAN_0933 SAN_0932     FALSE 0.036 67.000 0.000 NA   NA
 2446073 2446074 SAN_0932 SAN_0931   metK FALSE 0.001 521.000 0.000 NA   NA
 2446076 2446077 SAN_0929 SAN_0928   dnaX TRUE 0.522 89.000 0.067 NA   NA
 2446077 2446078 SAN_0928 SAN_0927 dnaX   TRUE 0.805 0.000 0.030 NA N NA
 2446078 2446079 SAN_0927 SAN_0926   udk FALSE 0.058 87.000 0.000 NA N NA
 2446081 2446082 SAN_0924 SAN_0923     FALSE 0.291 140.000 0.028 1.000 N NA
 2446082 2446083 SAN_0923 SAN_0922   ptsI FALSE 0.269 150.000 0.035 1.000 N NA
 2446083 2446084 SAN_0922 SAN_0921 ptsI   TRUE 0.994 5.000 0.240 0.012 Y NA
 2446085 2446086 SAN_0920 SAN_0919 nrdH   TRUE 0.914 78.000 0.562 1.000 N NA
 2446086 2446087 SAN_0919 SAN_0918     TRUE 0.886 203.000 0.500 0.002 Y NA
 2446087 2446088 SAN_0918 SAN_0917     FALSE 0.002 238.000 0.000 NA   NA
 2446089 2446090 SAN_0916 SAN_0915     TRUE 0.894 3.000 0.115 NA   NA
 2446090 2446091 SAN_0915 SAN_0914     TRUE 0.936 45.000 0.500 NA   NA
 2446091 2446092 SAN_0914 SAN_0913     FALSE 0.001 427.000 0.000 NA   NA
 2446092 2446093 SAN_0913 SAN_0912     FALSE 0.027 88.000 0.000 NA   NA
 2446093 2446094 SAN_0912 SAN_0911   alaS FALSE 0.030 82.000 0.000 NA   NA
 2446094 2446095 SAN_0911 SAN_0910 alaS   TRUE 0.744 16.000 0.006 NA   NA
 2446096 2446097 SAN_0878 SAN_0879     FALSE 0.461 126.000 0.000 0.019   NA
 2446097 2446098 SAN_0879 SAN_0880     TRUE 0.950 11.000 0.200 1.000   NA
 2446100 2446101 SAN_0882 SAN_0883     FALSE 0.052 147.000 0.000 1.000 N NA
 2446101 2446102 SAN_0883 SAN_0884     FALSE 0.485 80.000 0.012 1.000 N NA
 2446102 2446103 SAN_0884 SAN_0885     FALSE 0.004 338.000 0.000 1.000   NA
 2446103 2446104 SAN_0885 SAN_0886     TRUE 0.936 -7.000 0.259 1.000   NA
 2446104 2446105 SAN_0886 SAN_0887     TRUE 0.981 17.000 0.318 1.000 Y NA
 2446107 2446108 SAN_0889 SAN_0890   gntP TRUE 0.940 25.000 0.095 1.000 Y NA
 2446108 2446109 SAN_0890 SAN_0891 gntP   FALSE 0.078 101.000 0.000 1.000   NA
 2446110 2446111 SAN_0892 SAN_0893   queA FALSE 0.152 81.000 0.000 1.000 N NA
 2446112 2446113 SAN_0894 SAN_0895   nagB FALSE 0.274 151.000 0.071 NA   NA
 2446115 2446116 SAN_0897 SAN_0898 rsuA   TRUE 0.529 73.000 0.020 1.000   NA
 2446117 2446118 SAN_2335 SAN_2334     TRUE 0.996 2.000 0.872 0.007   NA
 2446118 2446119 SAN_2334 SAN_2333   pgsA FALSE 0.064 123.000 0.000 1.000   NA
 2446119 2446120 SAN_2333 SAN_2332 pgsA   TRUE 0.809 0.000 0.015 1.000 N NA
 2446120 2446121 SAN_2332 SAN_2331     TRUE 0.994 -24.000 0.713 0.034 Y NA
 2446121 2446122 SAN_2331 SAN_2330     TRUE 0.949 -7.000 0.136 1.000 Y NA
 2446122 2446123 SAN_2330 SAN_2329     FALSE 0.095 216.000 0.041 1.000   NA
 2446123 2446124 SAN_2329 SAN_2328     FALSE 0.405 4.000 0.000 1.000   NA
 2446124 2446125 SAN_2328 SAN_2327     FALSE 0.506 133.000 0.000 0.004   NA
 2446126 2446127 SAN_2326 SAN_2325 sdhA sdhB TRUE 0.995 15.000 0.221 0.002 Y NA
 2446128 2446129 SAN_2324 SAN_2323 trmU   TRUE 0.618 32.000 0.005 NA N NA
 2446129 2446130 SAN_2323 SAN_2322   gidA FALSE 0.013 170.000 0.000 NA N NA
 2446130 2446131 SAN_2322 SAN_2321 gidA   TRUE 0.520 67.000 0.011 1.000 N NA
 2446131 2446132 SAN_2321 SAN_2320   rplI TRUE 0.925 6.000 0.119 1.000 N NA
 2446132 2446133 SAN_2320 SAN_2319 rplI dnaC TRUE 0.808 43.000 0.100 1.000 N NA
 2446133 2446134 SAN_2319 SAN_2318 dnaC   TRUE 0.870 12.000 0.053 NA   NA
 2446134 2446135 SAN_2318 SAN_2317   rpsD FALSE 0.001 330.000 0.000 NA   NA
 2446136 2446137 SAN_2316 SAN_2315     FALSE 0.001 332.000 0.000 NA   NA
 2446137 2446138 SAN_2315 SAN_2314     FALSE 0.094 27.000 0.000 NA   NA
 2446138 2446139 SAN_2314 SAN_2313     FALSE 0.152 12.000 0.000 NA   NA
 2446142 2446143 SAN_0630 SAN_0629     TRUE 0.633 144.000 0.051 0.021   NA
 2446144 2446145 SAN_0628 SAN_0627     TRUE 0.665 -3.000 0.004 NA   NA
 2446146 2446147 SAN_0626 SAN_0625     FALSE 0.072 -24.000 0.000 NA   NA
 2446147 2446148 SAN_0625 SAN_0624   ftsX FALSE 0.033 74.000 0.000 NA   NA
 2446148 2446149 SAN_0624 SAN_0623 ftsX ftsE TRUE 0.975 -16.000 0.431 1.000 Y NA
 2446149 2446150 SAN_0623 SAN_0622 ftsE prfB TRUE 0.967 19.000 0.053 0.014 N NA
 2446150 2446151 SAN_0622 SAN_0621 prfB   FALSE 0.104 187.000 0.006 1.000 N NA
 2446151 2446152 SAN_0621 SAN_0620   fbp FALSE 0.466 90.000 0.018 1.000 N NA
 2446153 2446154 SAN_0619 SAN_0618     FALSE 0.172 178.000 0.071 NA   NA
 2446155 2446156 SAN_0617 SAN_0616     FALSE 0.001 344.000 0.000 NA   NA
 2446157 2446158 SAN_0615 SAN_0614     TRUE 0.574 72.000 0.035 1.000   NA
 2446158 2446159 SAN_0614 SAN_0613     TRUE 0.864 -15.000 0.125 1.000   NA
 2446159 2446160 SAN_0613 SAN_0612     TRUE 0.993 13.000 0.133 0.001 Y NA
 2446160 2446161 SAN_0612 SAN_0611     TRUE 0.996 19.000 0.467 0.010 Y NA
 2446161 2446162 SAN_0611 SAN_0610     FALSE 0.025 188.000 0.000 1.000 N NA
 2446164 2446165 SAN_1029 SAN_1028   glmS FALSE 0.115 174.000 0.008 1.000   NA
 2446167 2446168 SAN_1026 SAN_1025   pyk FALSE 0.225 171.000 0.072 1.000   NA
 2446168 2446169 SAN_1025 SAN_1024 pyk   TRUE 0.634 253.000 0.261 0.006 Y NA
 2446169 2446170 SAN_1024 SAN_1023   dnaE TRUE 0.669 81.000 0.098 1.000 N NA
 2446171 2446172 SAN_1022 SAN_1021   ATP-bindingprot TRUE 0.967 1.000 0.412 1.000 N NA
 2446172 2446173 SAN_1021 SAN_1020 ATP-bindingprot   TRUE 0.974 12.000 0.471 NA   NA
 2446176 2446177 SAN_1017 SAN_1016     FALSE 0.364 0.000 0.000 1.000   NA
 2446177 2446178 SAN_1016 SAN_1015     FALSE 0.050 149.000 0.000 1.000 N NA
 2446178 2446179 SAN_1015 SAN_1014     FALSE 0.364 0.000 0.000 1.000   NA
 2446179 2446180 SAN_1014 SAN_1013     TRUE 0.817 9.000 0.010 1.000   NA
 2446180 2446181 SAN_1013 SAN_1012     FALSE 0.080 100.000 0.000 1.000   NA
 2446185 2446186 SAN_2180 SAN_2181     FALSE 0.001 347.000 0.000 NA   NA
 2446186 2446187 SAN_2181 SAN_2182   metE TRUE 0.853 45.000 0.030 1.000 Y NA
 2446187 2446188 SAN_2182 SAN_2183 metE   FALSE 0.001 370.000 0.000 NA   NA
 2446191 2446192 SAN_2186 SAN_2187     FALSE 0.009 233.000 0.000 1.000   NA
 2446192 2446193 SAN_2187 SAN_2188     TRUE 0.787 51.000 0.000 0.011   NA
 2446193 2446194 SAN_2188 SAN_2189     TRUE 0.987 -3.000 0.889 1.000   NA
 2446194 2446195 SAN_2189 SAN_2190     FALSE 0.457 93.000 0.049 NA   NA
 2446195 2446196 SAN_2190 SAN_2191     FALSE 0.069 -28.000 0.000 NA   NA
 2446199 2446200 SAN_1296 SAN_1295     FALSE 0.151 13.000 0.000 NA   NA
 2446200 2446201 SAN_1295 SAN_1294     TRUE 0.791 24.000 0.020 1.000   NA
 2446201 2446202 SAN_1294 SAN_1293   V TRUE 0.855 0.000 0.052 1.000   NA
 2446202 2446203 SAN_1293 SAN_1292 V   FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2446203 2446204 SAN_1292 SAN_1291     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2446204 2446205 SAN_1291 SAN_1290     TRUE 0.686 34.000 0.000 NA Y NA
 2446205 2446206 SAN_1290 SAN_1289     FALSE 0.029 84.000 0.000 NA   NA
 2446206 2446207 SAN_1289 SAN_1288     TRUE 0.818 -3.000 0.033 1.000   NA
 2446207 2446208 SAN_1288 SAN_1287     FALSE 0.364 0.000 0.000 1.000   NA
 2446208 2446209 SAN_1287 SAN_1286   synX TRUE 0.910 77.000 0.549 1.000   NA
 2446209 2446210 SAN_1286 SAN_1285 synX   TRUE 0.956 27.000 0.013 0.001   NA
 2446210 2446211 SAN_1285 SAN_1284     TRUE 0.773 -3.000 0.013 1.000   NA
 2446211 2446212 SAN_1284 SAN_1283     TRUE 0.832 11.000 0.013 1.000   NA
 2446212 2446213 SAN_1283 SAN_1282     FALSE 0.017 114.000 0.000 NA   NA
 2446213 2446214 SAN_1282 SAN_1281   ung FALSE 0.020 99.000 0.000 NA   NA
 2446216 2446217 SAN_1279 SAN_1278 parE parC TRUE 0.970 134.000 0.552 0.002 Y NA
 2446217 2446218 SAN_1278 SAN_1277 parC ilvE FALSE 0.487 114.000 0.086 1.000   NA
 2446218 2446219 SAN_1277 SAN_1276 ilvE ilvE FALSE 0.193 231.000 0.000 0.001   NA
 2446220 2446221 SAN_1817 SAN_1816   cscA FALSE 0.374 2.000 0.000 1.000   NA
 2446222 2446223 SAN_1815 SAN_1814     TRUE 0.910 68.000 0.235 1.000 Y NA
 2446223 2446224 SAN_1814 SAN_1813   manA TRUE 0.856 118.000 0.333 1.000 Y NA
 2446224 2446225 SAN_1813 SAN_1812 manA secA FALSE 0.442 109.000 0.042 1.000 N NA
 2446225 2446226 SAN_1812 SAN_1811 secA aroG FALSE 0.076 126.000 0.000 1.000 N NA
 2446226 2446227 SAN_1811 SAN_1810 aroG acpS FALSE 0.391 25.000 0.000 1.000 N NA
 2446227 2446228 SAN_1810 SAN_1809 acpS alr TRUE 0.881 -3.000 0.093 1.000 N NA
 2446228 2446229 SAN_1809 SAN_1808 alr   FALSE 0.023 93.000 0.000 NA   NA
 2446229 2446230 SAN_1808 SAN_1807   recG FALSE 0.031 80.000 0.000 NA   NA
 2446230 2446231 SAN_1807 SAN_1806 recG   FALSE 0.027 291.000 0.008 1.000   NA
 2446231 2446232 SAN_1806 SAN_1805   aroE FALSE 0.083 98.000 0.000 1.000   NA
 2446236 2446237 SAN_1903 SAN_1904 rpsG rpsL TRUE 0.979 22.000 0.224 0.024   NA
 2446237 2446238 SAN_1904 SAN_1905 rpsL purR FALSE 0.014 219.000 0.000 1.000 N NA
 2446238 2446239 SAN_1905 SAN_1906 purR   FALSE 0.492 97.000 0.052 1.000   NA
 2446239 2446240 SAN_1906 SAN_1907     TRUE 0.738 -10.000 0.030 NA   NA
 2446240 2446241 SAN_1907 SAN_1908     TRUE 0.800 2.000 0.030 NA   NA
 2446241 2446242 SAN_1908 SAN_1909   rpe TRUE 0.910 -7.000 0.166 1.000 N NA
 2446242 2446243 SAN_1909 SAN_1910 rpe   TRUE 0.952 7.000 0.213 1.000   NA
 2446243 2446244 SAN_1910 SAN_1911     FALSE 0.015 198.000 0.000 1.000   NA
 2446244 2446245 SAN_1911 SAN_1912   ksgA FALSE 0.405 4.000 0.000 1.000   NA
 2446245 2446246 SAN_1912 SAN_1913 ksgA   FALSE 0.031 80.000 0.000 NA   NA
 2446246 2446247 SAN_1913 SAN_1914     FALSE 0.125 19.000 0.000 NA   NA
 2446247 2446248 SAN_1914 SAN_1915     TRUE 0.903 -13.000 0.058 NA Y NA
 2446248 2446249 SAN_1915 SAN_1916     FALSE 0.017 110.000 0.000 NA   NA
 2446249 2446250 SAN_1916 SAN_1917     FALSE 0.148 10.000 0.000 NA   NA
 2446250 2446251 SAN_1917 SAN_1918     FALSE 0.090 -9.000 0.000 NA   NA
 2446251 2446252 SAN_1918 SAN_1919     FALSE 0.012 133.000 0.000 NA   NA
 2446252 2446253 SAN_1919 SAN_1920     FALSE 0.116 0.000 0.000 NA   NA
 2446253 2446254 SAN_1920 SAN_1921   dltD FALSE 0.005 175.000 0.000 NA   NA
 2446254 2446255 SAN_1921 SAN_1922 dltD dltC TRUE 0.950 -7.000 0.409 NA   NA
 2446255 2446256 SAN_1922 SAN_1923 dltC   TRUE 0.968 15.000 0.387 NA   NA
 2446256 2446257 SAN_1923 SAN_1924   dltA TRUE 0.961 -3.000 0.435 NA N NA
 2446257 2446258 SAN_1924 SAN_1925 dltA   FALSE 0.053 146.000 0.000 1.000 N NA
 2446258 2446259 SAN_1925 SAN_1926     TRUE 0.815 0.000 0.000 1.000 Y NA
 2446259 2446260 SAN_1926 SAN_1927   rpmH FALSE 0.003 356.000 0.000 1.000   NA
 2446261 2446262 SAN_0182 SAN_0181   pbp4 TRUE 0.903 153.000 0.231 0.003 Y NA
 2446263 2446264 SAN_0180 SAN_0179   nifU TRUE 0.898 100.000 0.152 0.002 N NA
 2446264 2446265 SAN_0179 SAN_0178 nifU   TRUE 0.936 -13.000 0.292 1.000 N NA
 2446265 2446266 SAN_0178 SAN_0177     TRUE 0.981 2.000 0.606 1.000 N NA
 2446266 2446267 SAN_0177 SAN_0176     TRUE 0.928 37.000 0.139 1.000 Y NA
 2446267 2446268 SAN_0176 SAN_0175     FALSE 0.163 165.000 0.013 1.000 N NA
 2446268 2446269 SAN_0175 SAN_0174     TRUE 0.947 2.000 0.267 NA N NA
 2446269 2446270 SAN_0174 SAN_0173     FALSE 0.213 192.000 0.132 NA N NA
 2446270 2446271 SAN_0173 SAN_0172     TRUE 0.776 46.000 0.118 NA   NA
 2446272 2446273 SAN_0171 SAN_0170 glnP glnQ TRUE 0.994 10.000 0.758 1.000 Y NA
 2446274 2446275 SAN_0169 SAN_0168     FALSE 0.004 195.000 0.000 NA   NA
 2446276 2446277 SAN_0167 SAN_0166     FALSE 0.001 368.000 0.000 NA   NA
 2446278 2446279 SAN_0165 SAN_0164     FALSE 0.181 148.000 0.006 1.000   NA
 2446279 2446280 SAN_0164 SAN_0163     TRUE 0.959 33.000 0.567 NA   NA
 2446283 2446284 SAN_1955 SAN_1954     TRUE 0.984 28.000 0.431 0.023   NA
 2446284 2446285 SAN_1954 SAN_1953     TRUE 0.975 67.000 0.279 0.012 Y NA
 2446285 2446286 SAN_1953 SAN_1952     TRUE 0.858 113.000 0.328 1.000 Y NA
 2446286 2446287 SAN_1952 SAN_1951     TRUE 0.989 4.000 0.536 1.000 Y NA
 2446287 2446288 SAN_1951 SAN_1950     TRUE 0.991 2.000 0.700 1.000 Y NA
 2446288 2446289 SAN_1950 SAN_1949     TRUE 0.856 11.000 0.000 1.000 Y NA
 2446289 2446290 SAN_1949 SAN_1948     FALSE 0.036 163.000 0.000 1.000 N NA
 2446290 2446291 SAN_1948 SAN_1947     FALSE 0.009 235.000 0.000 1.000   NA
 2446291 2446292 SAN_1947 SAN_1946     TRUE 0.914 19.000 0.133 1.000   NA
 2446292 2446293 SAN_1946 SAN_1945     TRUE 0.623 98.000 0.133 1.000 N NA
 2446293 2446294 SAN_1945 SAN_1944     TRUE 0.915 22.000 0.154 1.000   NA
 2446294 2446295 SAN_1944 SAN_1943   gntK FALSE 0.145 66.000 0.000 1.000   NA
 2446295 2446296 SAN_1943 SAN_1942 gntK   TRUE 0.810 20.000 0.035 NA   NA
 2446296 2446297 SAN_1942 SAN_1941     FALSE 0.011 138.000 0.000 NA   NA
 2446297 2446298 SAN_1941 SAN_1940     FALSE 0.094 317.000 0.231 NA   NA
 2446298 2446299 SAN_1940 SAN_1939   xfp FALSE 0.025 90.000 0.000 NA   NA
 2446301 2446302 SAN_0849 SAN_0850     TRUE 0.909 -16.000 0.250 NA   NA
 2446304 2446305 SAN_0852 SAN_0853 ppc ftsW FALSE 0.412 106.000 0.028 1.000 N NA
 2446305 2446306 SAN_0853 SAN_0854 ftsW tuf FALSE 0.005 352.000 0.000 1.000 N NA
 2446306 2446307 SAN_0854 SAN_0855 tuf tpiA FALSE 0.096 181.000 0.003 1.000 N NA
 2446307 2446308 SAN_0855 SAN_0856 tpiA   FALSE 0.143 177.000 0.000 1.000 Y NA
 2446308 2446309 SAN_0856 SAN_0857     FALSE 0.071 129.000 0.000 1.000 N NA
 2446309 2446310 SAN_0857 SAN_0858   recR TRUE 0.837 15.000 0.013 1.000 N NA
 2446310 2446311 SAN_0858 SAN_0859 recR   FALSE 0.234 141.000 0.010 1.000 N NA
 2446311 2446312 SAN_0859 SAN_0860   murF TRUE 0.795 147.000 0.046 0.009 Y NA
 2446312 2446313 SAN_0860 SAN_0861 murF oxlT-2 FALSE 0.011 241.000 0.000 1.000 N NA
 2446313 2446314 SAN_0861 SAN_0862 oxlT-2   FALSE 0.013 129.000 0.000 NA   NA
 2446315 2446316 SAN_0831 SAN_0830     FALSE 0.014 127.000 0.000 NA   NA
 2446316 2446317 SAN_0830 SAN_0829     TRUE 0.920 130.000 0.156 0.002 Y NA
 2446319 2446320 SAN_0827 SAN_0826     TRUE 0.922 -3.000 0.206 NA   NA
 2446320 2446321 SAN_0826 SAN_0825   lgt TRUE 0.883 15.000 0.079 NA   NA
 2446321 2446322 SAN_0825 SAN_0824 lgt hprK TRUE 0.965 -7.000 0.494 1.000 N NA
 2446322 2446323 SAN_0824 SAN_0823 hprK   FALSE 0.017 116.000 0.000 NA   NA
 2446323 2446324 SAN_0823 SAN_0822     FALSE 0.074 -22.000 0.000 NA   NA
 2446324 2446325 SAN_0822 SAN_0821     TRUE 0.533 81.000 0.051 NA   NA
 2446325 2446326 SAN_0821 SAN_0820   tex TRUE 0.873 -55.000 0.215 NA   NA
 2446326 2446327 SAN_0820 SAN_0819 tex   FALSE 0.300 -28.000 0.000 1.000 N NA
 2446328 2446329 SAN_0818 SAN_0817     TRUE 0.904 6.000 0.114 NA   NA
 2446329 2446330 SAN_0817 SAN_0816     TRUE 0.984 0.000 0.841 NA   NA
 2446331 2446332 SAN_0815 SAN_0814     FALSE 0.152 12.000 0.000 NA   NA
 2446332 2446333 SAN_0814 SAN_0813   ftsY FALSE 0.003 551.000 0.000 1.000 N NA
 2446333 2446334 SAN_0813 SAN_0812 ftsY   TRUE 0.918 0.000 0.007 0.084   NA
 2446334 2446335 SAN_0812 SAN_0811     TRUE 0.982 0.000 0.250 0.019   NA
 2446335 2446336 SAN_0811 SAN_0810     FALSE 0.097 91.000 0.000 1.000   NA
 2446337 2446338 SAN_2073 SAN_2074 malX hpkA FALSE 0.008 155.000 0.000 NA   NA
 2446338 2446339 SAN_2074 SAN_2075 hpkA phoB TRUE 0.973 -7.000 0.075 0.051 Y NA
 2446339 2446340 SAN_2075 SAN_2076 phoB   TRUE 0.963 0.000 0.429 NA N NA
 2446340 2446341 SAN_2076 SAN_2077   pstB TRUE 0.963 -3.000 0.203 NA Y NA
 2446341 2446342 SAN_2077 SAN_2078 pstB pstA TRUE 0.994 -7.000 0.428 0.004 Y NA
 2446342 2446343 SAN_2078 SAN_2079 pstA pstC TRUE 0.993 2.000 0.219 0.004 Y NA
 2446343 2446344 SAN_2079 SAN_2080 pstC   FALSE 0.427 15.000 0.000 1.000   NA
 2446344 2446345 SAN_2080 SAN_2081     FALSE 0.003 201.000 0.000 NA   NA
 2446345 2446346 SAN_2081 SAN_2082     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2446346 2446347 SAN_2082 SAN_2083     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2446347 2446348 SAN_2083 SAN_2084   prmA TRUE 0.934 0.000 0.227 NA   NA
 2446348 2446349 SAN_2084 SAN_2085 prmA   FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2446351 2446352 SAN_2087 SAN_2088     TRUE 0.763 -28.000 0.048 1.000   NA
 2446352 2446353 SAN_2088 SAN_2089     TRUE 0.765 -13.000 0.048 NA   NA
 2446353 2446354 SAN_2089 SAN_2090     TRUE 0.897 6.000 0.100 NA   NA
 2446355 2446356 SAN_2091 SAN_2092     TRUE 0.828 -7.000 0.047 1.000 N NA
 2446357 2446358 SAN_2093 SAN_2094     FALSE 0.003 212.000 0.000 NA   NA
 2446358 2446359 SAN_2094 SAN_2095     FALSE 0.051 50.000 0.000 NA   NA
 2446359 2446360 SAN_2095 SAN_2096     FALSE 0.004 193.000 0.000 NA   NA
 2446360 2446361 SAN_2096 SAN_2097     FALSE 0.030 81.000 0.000 NA   NA
 2446361 2446362 SAN_2097 SAN_2098     TRUE 0.974 17.000 0.500 NA   NA
 2446363 2446364 SAN_2219 SAN_2218 groES   TRUE 0.895 96.000 0.032 0.006 Y NA
 2446366 2446367 SAN_2216 SAN_2215 udp   TRUE 0.916 21.000 0.015 1.000 Y NA
 2446367 2446368 SAN_2215 SAN_2214   deoC TRUE 0.971 30.000 0.333 1.000 Y NA
 2446368 2446369 SAN_2214 SAN_2213 deoC deoB TRUE 0.658 67.000 0.000 0.049 N NA
 2446369 2446370 SAN_2213 SAN_2212 deoB   FALSE 0.006 170.000 0.000 NA   NA
 2446372 2446373 SAN_2210 SAN_2209   rpmG TRUE 0.792 49.000 0.111 1.000 N NA
 2446373 2446374 SAN_2209 SAN_2208 rpmG   TRUE 0.810 36.000 0.080 1.000 N NA
 2446374 2446375 SAN_2208 SAN_2207     FALSE 0.004 314.000 0.000 1.000   NA
 2446375 2446376 SAN_2207 SAN_2206   nusG FALSE 0.013 206.000 0.000 1.000   NA
 11489497 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1892.000 0.000 NA   NA
 11631860 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1892.000 0.000 NA   NA
 11774252 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1892.000 0.000 NA   NA
 11489498 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1921.000 0.000 NA   NA
 11631861 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1921.000 0.000 NA   NA
 11774253 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1921.000 0.000 NA   NA
 11489499 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1952.000 0.000 NA   NA
 11631862 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1952.000 0.000 NA   NA
 11774254 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1952.000 0.000 NA   NA
 11489500 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1981.000 0.000 NA   NA
 11631863 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1981.000 0.000 NA   NA
 11774255 2446372   SAN_2210     FALSE NA 1981.000 0.000 NA   NA
 11489501 2446372   SAN_2210     FALSE NA 2000.000 0.000 NA   NA
 11631864 2446372   SAN_2210     FALSE NA 2000.000 0.000 NA   NA
 11774256 2446372   SAN_2210     FALSE NA 2000.000 0.000 NA   NA
 11489502 2446372   SAN_2210     FALSE NA 2029.000 0.000 NA   NA
 11631865 2446372   SAN_2210     FALSE NA 2029.000 0.000 NA   NA
 11774257 2446372   SAN_2210     FALSE NA 2029.000 0.000 NA   NA
 11489503 2446372   SAN_2210     FALSE NA 2060.000 0.000 NA   NA
 11631866 2446372   SAN_2210     FALSE NA 2060.000 0.000 NA   NA
 11774258 2446372   SAN_2210     FALSE NA 2060.000 0.000 NA   NA
 2446377 2446378 SAN_2205 SAN_2204     TRUE 0.993 65.000 0.750 0.002 Y NA
 2446379 2446380 SAN_1421 SAN_1420     TRUE 0.985 2.000 0.800 1.000   NA
 2446380 2446381 SAN_1420 SAN_1419     TRUE 0.987 0.000 0.533 1.000 Y NA
 2446381 2446382 SAN_1419 SAN_1418   mvk FALSE 0.088 116.000 0.000 1.000 N NA
 2446382 2446383 SAN_1418 SAN_1417 mvk mvaD TRUE 0.990 -18.000 0.281 0.003 Y NA
 2446383 2446384 SAN_1417 SAN_1416 mvaD   TRUE 0.993 -7.000 0.312 0.004 Y NA
 2446384 2446385 SAN_1416 SAN_1415     TRUE 0.886 -3.000 0.097 1.000 N NA
 2446385 2446386 SAN_1415 SAN_1414     FALSE 0.036 68.000 0.000 NA   NA
 2446387 2446388 SAN_1413 SAN_1412     FALSE 0.041 101.000 0.000 NA N NA
 2446388 2446389 SAN_1412 SAN_1411     TRUE 0.679 87.000 0.135 1.000   NA
 2446389 2446390 SAN_1411 SAN_1410     TRUE 0.663 86.000 0.146 NA   NA
 2446390 2446391 SAN_1410 SAN_1409     FALSE 0.383 92.000 0.020 NA   NA
 2446391 2446392 SAN_1409 SAN_1408     TRUE 0.969 2.000 0.183 1.000 Y NA
 2446393 2446394 SAN_1407 SAN_1406 thyA folA TRUE 0.837 80.000 0.295 1.000 N NA
 2446394 2446395 SAN_1406 SAN_1405 folA   TRUE 0.811 18.000 0.030 NA   NA
 2446395 2446396 SAN_1405 SAN_1404   clpX TRUE 0.662 30.000 0.012 NA   NA
 2446396 2446397 SAN_1404 SAN_1403 clpX   TRUE 0.879 11.000 0.043 1.000   NA
 2446401 2446402 SAN_0145 SAN_0146 rbsB rbsC TRUE 0.996 53.000 0.847 0.002 Y NA
 2446402 2446403 SAN_0146 SAN_0147 rbsC rbsA TRUE 0.997 14.000 0.358 0.002 Y NA
 2446403 2446404 SAN_0147 SAN_0148 rbsA rbsD TRUE 0.979 16.000 0.243 1.000 Y NA
 2446404 2446405 SAN_0148 SAN_0149 rbsD rbsK TRUE 0.945 -25.000 0.183 1.000 Y NA
 2446405 2446406 SAN_0149 SAN_0150 rbsK   TRUE 0.941 -7.000 0.281 1.000 N NA
 2446406 2446407 SAN_0150 SAN_0151     FALSE 0.044 58.000 0.000 NA   NA
 2446408 2446409 SAN_0152 SAN_0153     TRUE 0.979 0.000 0.591 1.000 N NA
 2446409 2446410 SAN_0153 SAN_0154     TRUE 0.877 31.000 0.133 1.000 N NA
 2446410 2446411 SAN_0154 SAN_0155     TRUE 0.983 -7.000 0.500 1.000 Y NA
 2446411 2446412 SAN_0155 SAN_0156   argG FALSE 0.045 154.000 0.000 1.000 N NA
 2446412 2446413 SAN_0156 SAN_0157 argG argH TRUE 0.978 19.000 0.278 1.000 Y NA
 2446413 2446414 SAN_0157 SAN_0158 argH fba FALSE 0.059 140.000 0.000 1.000 N NA
 2446415 2446416 SAN_1108 SAN_1107   pstC TRUE 0.935 46.000 0.206 1.000 Y NA
 2446416 2446417 SAN_1107 SAN_1106 pstC pstA TRUE 0.998 -10.000 0.907 0.004 Y NA
 2446417 2446418 SAN_1106 SAN_1105 pstA pstB TRUE 0.997 12.000 0.490 0.004 Y NA
 2446418 2446419 SAN_1105 SAN_1104 pstB pstB TRUE 0.884 213.000 0.542 0.001 Y NA
 2446419 2446420 SAN_1104 SAN_1103 pstB   TRUE 0.969 34.000 0.413 NA Y NA
 2446420 2446421 SAN_1103 SAN_1102     FALSE 0.304 146.000 0.067 NA N NA
 2446421 2446422 SAN_1102 SAN_1101     FALSE 0.253 162.000 0.061 1.000 N NA
 2446422 2446423 SAN_1101 SAN_1100     TRUE 0.984 -16.000 0.606 1.000 Y NA
 2446423 2446424 SAN_1100 SAN_1099     FALSE 0.103 89.000 0.000 1.000   NA
 2446424 2446425 SAN_1099 SAN_1098   ffh TRUE 0.927 18.000 0.151 1.000   NA
 2446425 2446426 SAN_1098 SAN_1097 ffh   FALSE 0.241 95.000 0.002 NA   NA
 2446426 2446427 SAN_1097 SAN_1096     TRUE 0.918 -10.000 0.250 NA   NA
 2446429 2446430 SAN_0389 SAN_0390     FALSE 0.432 10.000 0.000 1.000   NA
 2446430 2446431 SAN_0390 SAN_0391   fabK FALSE 0.293 155.000 0.072 1.000   NA
 2446431 2446432 SAN_0391 SAN_0392 fabK fabD TRUE 0.894 20.000 0.099 1.000   NA
 2446432 2446433 SAN_0392 SAN_0393 fabD fabG TRUE 0.996 9.000 0.432 0.006 Y NA
 2446433 2446434 SAN_0393 SAN_0394 fabG fabF TRUE 0.950 16.000 0.056 1.000 Y NA
 2446434 2446435 SAN_0394 SAN_0395 fabF accB TRUE 0.901 -34.000 0.074 1.000 Y NA
 2446435 2446436 SAN_0395 SAN_0396 accB fabZ TRUE 0.981 -3.000 0.047 0.006 Y NA
 2446436 2446437 SAN_0396 SAN_0397 fabZ accC TRUE 0.884 38.000 0.045 1.000 Y NA
 2446437 2446438 SAN_0397 SAN_0398 accC accD TRUE 0.991 9.000 0.090 0.002 Y NA
 2446438 2446439 SAN_0398 SAN_0399 accD accA TRUE 0.993 -7.000 0.234 0.001 Y NA
 2446439 2446440 SAN_0399 SAN_0400 accA   FALSE 0.001 468.000 0.000 NA   NA
 2446443 2446444 SAN_0403 SAN_0404     TRUE 0.834 114.000 0.583 NA   NA
 2446444 2446445 SAN_0404 SAN_0405     TRUE 0.998 15.000 0.812 0.013 Y NA
 2446446 2446447 SAN_1639 SAN_1638     FALSE 0.495 171.000 0.135 1.000 Y NA
 2446447 2446448 SAN_1638 SAN_1637   psaC TRUE 0.959 2.000 0.130 1.000 Y NA
 2446450 2446451 SAN_1635 SAN_1634   pabB/C FALSE 0.150 82.000 0.000 1.000 N NA
 2446452 2446453 SAN_1633 SAN_1632     FALSE 0.072 -24.000 0.000 NA   NA
 2446453 2446454 SAN_1632 SAN_1631     FALSE 0.001 485.000 0.000 NA   NA
 2446455 2446456 SAN_1630 SAN_1629     FALSE 0.428 8.000 0.000 1.000   NA
 2446457 2446458 SAN_2285 SAN_2286   est-1 FALSE 0.108 23.000 0.000 NA   NA
 2446458 2446459 SAN_2286 SAN_2287 est-1   FALSE 0.012 134.000 0.000 NA   NA
 2446459 2446460 SAN_2287 SAN_2288     FALSE 0.441 67.000 0.012 NA   NA
 2446464 2446465 SAN_2292 SAN_2293     FALSE 0.002 220.000 0.000 NA   NA
 2446465 2446466 SAN_2293 SAN_2294     FALSE 0.001 274.000 0.000 NA   NA
 2446466 2446467 SAN_2294 SAN_2295     FALSE 0.017 110.000 0.000 NA   NA
 2446467 2446468 SAN_2295 SAN_2296     FALSE 0.071 -25.000 0.000 NA   NA
 2446468 2446469 SAN_2296 SAN_2297     FALSE 0.105 24.000 0.000 NA   NA
 2446469 2446470 SAN_2297 SAN_2298     FALSE 0.004 196.000 0.000 NA   NA
 2446470 2446471 SAN_2298 SAN_2299     FALSE 0.028 85.000 0.000 NA   NA
 2446471 2446472 SAN_2299 SAN_2300     FALSE 0.030 81.000 0.000 NA   NA
 2446472 2446473 SAN_2300 SAN_2301     FALSE 0.140 5.000 0.000 NA   NA
 2446473 2446474 SAN_2301 SAN_2302     FALSE 0.002 262.000 0.000 NA   NA
 2446474 2446475 SAN_2302 SAN_2303     TRUE 0.986 -3.000 1.000 NA   NA
 2446475 2446476 SAN_2303 SAN_2304     TRUE 0.991 12.000 1.000 NA   NA
 2446476 2446477 SAN_2304 SAN_2305     TRUE 0.976 -3.000 0.667 NA   NA
 2446477 2446478 SAN_2305 SAN_2306     TRUE 0.900 89.000 0.667 NA   NA
 2446478 2446479 SAN_2306 SAN_2307     FALSE 0.010 143.000 0.000 NA   NA
 2446479 2446480 SAN_2307 SAN_2308     FALSE 0.034 72.000 0.000 NA   NA
 2446482 2446483 SAN_1819 SAN_1820 nusB   TRUE 0.928 -7.000 0.265 NA   NA
 2446483 2446484 SAN_1820 SAN_1821   efp FALSE 0.436 89.000 0.031 NA   NA
 2446484 2446485 SAN_1821 SAN_1822 efp   FALSE 0.000 729.000 0.000 NA   NA
 2446485 2446486 SAN_1822 SAN_1823     FALSE 0.048 53.000 0.000 NA   NA
 2446486 2446487 SAN_1823 SAN_1824     FALSE 0.048 53.000 0.000 NA   NA
 2446487 2446488 SAN_1824 SAN_1825     FALSE 0.001 273.000 0.000 NA   NA
 2446488 2446489 SAN_1825 SAN_1826     FALSE 0.000 647.000 0.000 NA   NA
 2446489 2446490 SAN_1826 SAN_1827     FALSE 0.150 11.000 0.000 NA   NA
 2446490 2446491 SAN_1827 SAN_1828     FALSE 0.001 302.000 0.000 NA   NA
 2446491 2446492 SAN_1828 SAN_1829   pepQ TRUE 0.859 12.000 0.018 1.000 N NA
 2446492 2446493 SAN_1829 SAN_1830 pepQ   FALSE 0.020 100.000 0.000 NA   NA
 2446493 2446494 SAN_1830 SAN_1831     TRUE 0.970 2.000 0.500 NA   NA
 2446494 2446495 SAN_1831 SAN_1832     TRUE 0.825 -12.000 0.000 0.044   NA
 2446495 2446496 SAN_1832 SAN_1833   uvrA FALSE 0.004 336.000 0.000 1.000   NA
 2446496 2446497 SAN_1833 SAN_1834 uvrA   FALSE 0.009 147.000 0.000 NA   NA
 2446497 2446498 SAN_1834 SAN_1835     TRUE 0.828 25.000 0.072 NA   NA
 2446499 2446500 SAN_1440 SAN_1441     TRUE 0.834 0.000 0.056 NA   NA
 2446500 2446501 SAN_1441 SAN_1442     TRUE 0.616 72.000 0.083 NA   NA
 2446501 2446502 SAN_1442 SAN_1443     FALSE 0.050 51.000 0.000 NA   NA
 2446502 2446503 SAN_1443 SAN_1444   fruA FALSE 0.004 189.000 0.000 NA   NA
 2446503 2446504 SAN_1444 SAN_1445 fruA fruA-2 TRUE 0.551 161.000 0.037 0.011   NA
 2446504 2446505 SAN_1445 SAN_1446 fruA-2   TRUE 0.987 36.000 0.816 1.000 Y NA
 2446505 2446506 SAN_1446 SAN_1447   lacR TRUE 0.990 -3.000 0.721 1.000 Y NA
 2446506 2446507 SAN_1447 SAN_1448 lacR   FALSE 0.007 281.000 0.000 1.000 N NA
 2446507 2446508 SAN_1448 SAN_1449     FALSE 0.043 144.000 0.000 1.000   NA
 2446508 2446509 SAN_1449 SAN_1450   panE FALSE 0.012 212.000 0.000 1.000   NA
 2446509 2446510 SAN_1450 SAN_1451 panE pfoS/R TRUE 0.968 13.000 0.333 1.000   NA
 2446510 2446511 SAN_1451 SAN_1452 pfoS/R   FALSE 0.355 137.000 0.059 1.000   NA
 2446511 2446512 SAN_1452 SAN_1453   trmD TRUE 0.683 -19.000 0.007 1.000 N NA
 2446512 2446513 SAN_1453 SAN_1454 trmD   TRUE 0.987 -13.000 0.672 1.000 Y NA
 2446514 2446515 SAN_0935 SAN_0936     FALSE 0.001 396.000 0.000 NA   NA
 2446515 2446516 SAN_0936 SAN_0937     FALSE 0.108 -3.000 0.000 NA   NA
 2446516 2446517 SAN_0937 SAN_0938     FALSE 0.135 4.000 0.000 NA   NA
 2446517 2446518 SAN_0938 SAN_0939     FALSE 0.231 -45.000 0.000 1.000   NA
 2446518 2446519 SAN_0939 SAN_0940     FALSE 0.114 84.000 0.000 1.000   NA
 2446519 2446520 SAN_0940 SAN_0941   thiD TRUE 0.972 2.000 0.478 1.000 N NA
 2446520 2446521 SAN_0941 SAN_0942 thiD thiM TRUE 0.984 2.000 0.032 0.003 Y NA
 2446521 2446522 SAN_0942 SAN_0943 thiM thiE TRUE 0.989 14.000 0.061 0.003 Y NA
 2446522 2446523 SAN_0943 SAN_0944 thiE murA FALSE 0.074 127.000 0.000 1.000 N NA
 2446523 2446524 SAN_0944 SAN_0945 murA   TRUE 0.587 84.000 0.052 1.000 N NA
 2446524 2446525 SAN_0945 SAN_0946     TRUE 0.952 -7.000 0.342 1.000 N NA
 2446525 2446526 SAN_0946 SAN_0947   map TRUE 0.633 131.000 0.235 1.000 N NA
 2446526 2446527 SAN_0947 SAN_0948 map   TRUE 0.964 2.000 0.373 1.000   NA
 2446530 2446531 SAN_0608 SAN_0607     TRUE 0.972 -25.000 0.828 NA   NA
 2446531 2446532 SAN_0607 SAN_0606     TRUE 0.879 -25.000 0.203 NA   NA
 2446532 2446533 SAN_0606 SAN_0605   recN FALSE 0.235 113.000 0.006 NA   NA
 2446533 2446534 SAN_0605 SAN_0604 recN   TRUE 0.882 12.000 0.037 1.000 N NA
 2446534 2446535 SAN_0604 SAN_0603     TRUE 0.808 -13.000 0.048 1.000 N NA
 2446535 2446536 SAN_0603 SAN_0602   ispA TRUE 0.841 -7.000 0.058 1.000 N NA
 2446536 2446537 SAN_0602 SAN_0601 ispA xseB TRUE 0.895 0.000 0.100 1.000 N NA
 2446537 2446538 SAN_0601 SAN_0600 xseB xseA TRUE 0.994 -22.000 0.412 0.001 Y NA
 2446538 2446539 SAN_0600 SAN_0599 xseA   FALSE 0.214 126.000 0.005 NA N NA
 2446539 2446540 SAN_0599 SAN_0598   folD FALSE 0.337 120.000 0.030 NA N NA
 2446540 2446541 SAN_0598 SAN_0597 folD manB FALSE 0.252 139.000 0.013 1.000 N NA
 2446541 2446542 SAN_0597 SAN_0596 manB glnQ FALSE 0.007 287.000 0.000 1.000 N NA
 2446542 2446543 SAN_0596 SAN_0595 glnQ glnP TRUE 0.987 -7.000 0.640 1.000 Y NA
 2446546 2446547 SAN_0843 SAN_0842     TRUE 0.758 22.000 0.018 NA   NA
 2446550 2446551 SAN_0839 SAN_0838 ribH ribBA TRUE 0.989 15.000 0.054 0.002 Y NA
 2446551 2446552 SAN_0838 SAN_0837 ribBA ribE TRUE 0.944 18.000 0.051 1.000 Y NA
 2446552 2446553 SAN_0837 SAN_0836 ribE ribD TRUE 0.987 5.000 0.456 1.000 Y NA
 2446555 2446556 SAN_0834 SAN_0833     FALSE 0.015 124.000 0.000 NA   NA
 2446556 2446557 SAN_0833 SAN_0832     FALSE 0.014 127.000 0.000 NA   NA
 2446558 2446559 SAN_0116 SAN_0117     TRUE 0.914 -3.000 0.174 NA N NA
 2446559 2446560 SAN_0117 SAN_0118     TRUE 0.925 -3.000 0.174 1.000 N NA
 2446560 2446561 SAN_0118 SAN_0119   hrcA FALSE 0.381 95.000 0.009 1.000 N NA
 2446561 2446562 SAN_0119 SAN_0120 hrcA grpE TRUE 0.874 3.000 0.051 1.000 N NA
 2446562 2446563 SAN_0120 SAN_0121 grpE   TRUE 0.636 181.000 0.026 0.006 Y NA
 2446563 2446564 SAN_0121 SAN_0122     FALSE 0.508 289.000 0.196 0.004 Y NA
 2446564 2446565 SAN_0122 SAN_0123     FALSE 0.087 118.000 0.000 1.000 N NA
 2446565 2446566 SAN_0123 SAN_0124   truA FALSE 0.168 71.000 0.000 1.000 N NA
 2446566 2446567 SAN_0124 SAN_0125 truA   TRUE 0.782 -37.000 0.058 1.000 N NA
 2446567 2446568 SAN_0125 SAN_0126     TRUE 0.956 10.000 0.276 NA   NA
 2446568 2446569 SAN_0126 SAN_0127     TRUE 0.895 -3.000 0.149 NA   NA
 2446575 2446576 SAN_1884 SAN_1885   gcp FALSE 0.085 120.000 0.000 1.000 N NA
 2446576 2446577 SAN_1885 SAN_1886 gcp rimI TRUE 0.545 76.000 0.030 1.000   NA
 2446577 2446578 SAN_1886 SAN_1887 rimI   FALSE 0.374 2.000 0.000 1.000   NA
 2446578 2446579 SAN_1887 SAN_1888     TRUE 0.863 -111.000 0.000 0.002   NA
 2446580 2446581 SAN_1889 SAN_1890     TRUE 0.934 54.000 0.576 NA   NA
 2446582 2446583 SAN_1891 SAN_1892   glnA FALSE 0.009 148.000 0.000 NA   NA
 2446583 2446584 SAN_1892 SAN_1893 glnA   TRUE 0.896 34.000 0.179 1.000 N NA
 2446584 2446585 SAN_1893 SAN_1894     TRUE 0.701 80.000 0.154 NA   NA
 2446585 2446586 SAN_1894 SAN_1895   pgk FALSE 0.021 263.000 0.002 NA   NA
 2446588 2446589 SAN_1044 SAN_1043   rbsC-2 FALSE 0.013 206.000 0.000 1.000   NA
 2446589 2446590 SAN_1043 SAN_1042 rbsC-2 rbsC-1 TRUE 0.993 2.000 0.720 0.043   NA
 2446590 2446591 SAN_1042 SAN_1041 rbsC-1 rbsA-1 TRUE 0.960 -7.000 0.438 1.000   NA
 2446591 2446592 SAN_1041 SAN_1040 rbsA-1 tmbC FALSE 0.280 145.000 0.036 1.000   NA
 2446592 2446593 SAN_1040 SAN_1039 tmbC cdd TRUE 0.859 65.000 0.300 1.000   NA
 2446593 2446594 SAN_1039 SAN_1038 cdd   FALSE 0.005 299.000 0.000 1.000   NA
 2446595 2446596 SAN_1037 SAN_1036   rpsT TRUE 0.576 60.000 0.014 1.000 N NA
 2446597 2446598 SAN_1035 SAN_1034     TRUE 0.929 -58.000 0.154 1.000 Y NA
 2446598 2446599 SAN_1034 SAN_1033   glnP TRUE 0.967 10.000 0.130 1.000 Y NA
 2446602 2446603 SAN_1996 SAN_1997     TRUE 0.946 17.000 0.197 1.000 N NA
 2446603 2446604 SAN_1997 SAN_1998     TRUE 0.938 26.000 0.094 1.000 Y NA
 2446604 2446605 SAN_1998 SAN_1999     TRUE 0.974 12.000 0.167 1.000 Y NA
 2446605 2446606 SAN_1999 SAN_2000     FALSE 0.000 1063.000 0.000 NA   NA
 2446606 2446607 SAN_2000 SAN_2001     FALSE 0.019 102.000 0.000 NA   NA
 2446608 2446609 SAN_2002 SAN_2003     FALSE 0.052 133.000 0.000 1.000   NA
 2446609 2446610 SAN_2003 SAN_2004   polC FALSE 0.327 127.000 0.020 1.000 N NA
 2446610 2446611 SAN_2004 SAN_2005 polC   FALSE 0.064 123.000 0.000 1.000   NA
 2446612 2446613 SAN_1581 SAN_1580   rsuA FALSE 0.018 191.000 0.000 1.000   NA
 2446615 2446616 SAN_1578 SAN_1577 nylA   TRUE 0.556 110.000 0.000 0.010   NA
 2446618 2446619 SAN_1575 SAN_1574   obg FALSE 0.466 61.000 0.011 NA   NA
 2446619 2446620 SAN_1574 SAN_1573 obg   TRUE 0.680 26.000 0.009 NA   NA
 2446621 2446622 SAN_1572 SAN_1571   glnQ FALSE 0.009 150.000 0.000 NA   NA
 2446622 2446623 SAN_1571 SAN_1570 glnQ   TRUE 0.978 0.000 0.326 1.000 Y NA
 2446624 2446625 SAN_0273 SAN_0274     FALSE 0.038 64.000 0.000 NA   NA
 2446625 2446626 SAN_0274 SAN_0275     TRUE 0.989 19.000 1.000 NA   NA
 2446626 2446627 SAN_0275 SAN_0276     FALSE 0.148 10.000 0.000 NA   NA
 2446627 2446628 SAN_0276 SAN_0277     FALSE 0.001 448.000 0.000 NA   NA
 2446628 2446629 SAN_0277 SAN_0278     FALSE 0.001 280.000 0.000 NA   NA
 2446629 2446630 SAN_0278 SAN_0279     FALSE 0.011 141.000 0.000 NA   NA
 2446631 2446632 SAN_0280 SAN_0281     TRUE 0.948 -3.000 0.333 NA   NA
 2446635 2446636 SAN_0951 SAN_0952 ligA   TRUE 0.844 12.000 0.013 1.000 N NA
 2446636 2446637 SAN_0952 SAN_0953     TRUE 0.904 4.000 0.088 1.000 N NA
 2446637 2446638 SAN_0953 SAN_0954   glgB TRUE 0.593 205.000 0.067 0.008 Y NA
 2446638 2446639 SAN_0954 SAN_0955 glgB glgC TRUE 0.990 42.000 0.317 0.002 Y NA
 2446639 2446640 SAN_0955 SAN_0956 glgC glgD TRUE 0.995 -10.000 0.810 0.002   NA
 2446640 2446641 SAN_0956 SAN_0957 glgD glgD TRUE 0.936 58.000 0.095 0.002   NA
 2446641 2446642 SAN_0957 SAN_0958 glgD   TRUE 0.981 -3.000 0.395 1.000 Y NA
 2446643 2446644 SAN_1849 SAN_1848     FALSE 0.465 129.000 0.099 1.000 N NA
 2446644 2446645 SAN_1848 SAN_1847   rnhC TRUE 0.903 16.000 0.080 1.000 N NA
 2446646 2446647 SAN_1846 SAN_1845   cvpA TRUE 0.789 3.000 0.019 NA   NA
 2446647 2446648 SAN_1845 SAN_1844 cvpA mutS2 TRUE 0.630 76.000 0.070 1.000   NA
 2446648 2446649 SAN_1844 SAN_1843 mutS2   TRUE 0.781 4.000 0.005 1.000   NA
 2446649 2446650 SAN_1843 SAN_1842   trx TRUE 0.586 81.000 0.053 1.000   NA
 2446651 2446652 SAN_1841 SAN_1840   mutY FALSE 0.099 177.000 0.002 1.000 N NA
 2446653 2446654 SAN_1704 SAN_1703   rluB TRUE 0.912 -10.000 0.224 NA   NA
 2446654 2446655 SAN_1703 SAN_1702 rluB   TRUE 0.793 0.000 0.014 1.000   NA
 2446656 2446657 SAN_1701 SAN_1700 trkH trkA TRUE 0.992 17.000 0.163 0.004 Y NA
 2446658 2446659 SAN_1699 SAN_1698     FALSE 0.030 173.000 0.000 1.000 N NA
 2446661 2446662 SAN_1696 SAN_1695   upp FALSE 0.290 110.000 0.004 1.000 N NA
 2446662 2446663 SAN_1695 SAN_1694 upp clpP FALSE 0.276 125.000 0.010 1.000   NA
 2446663 2446664 SAN_1694 SAN_1693 clpP clpP TRUE 0.948 -87.000 0.080 0.003   NA
 2446664 2446665 SAN_1693 SAN_1692 clpP   TRUE 0.736 40.000 0.065 NA   NA
 2446667 2446668 SAN_1432 SAN_1433     TRUE 0.998 5.000 0.846 0.007 Y NA
 2446668 2446669 SAN_1433 SAN_1434     FALSE 0.518 67.000 0.013 1.000   NA
 2446669 2446670 SAN_1434 SAN_1435     FALSE 0.067 37.000 0.000 NA   NA
 2446670 2446671 SAN_1435 SAN_1436     TRUE 0.680 -3.000 0.006 NA   NA
 2446671 2446672 SAN_1436 SAN_1437   pcnA TRUE 0.891 11.000 0.056 1.000   NA
 2446672 2446673 SAN_1437 SAN_1438 pcnA   FALSE 0.005 178.000 0.000 NA   NA
 2446673 2446674 SAN_1438 SAN_1439     TRUE 0.834 0.000 0.056 NA   NA
 2446675 2446676 SAN_2105 SAN_2106     TRUE 0.951 0.000 0.333 NA   NA
 2446676 2446677 SAN_2106 SAN_2107     FALSE 0.001 496.000 0.000 NA   NA
 2446677 2446678 SAN_2107 SAN_2108     TRUE 0.964 16.000 0.364 NA   NA
 2446678 2446679 SAN_2108 SAN_2109     FALSE 0.085 30.000 0.000 NA   NA
 2446679 2446680 SAN_2109 SAN_2110     FALSE 0.116 21.000 0.000 NA   NA
 2446680 2446681 SAN_2110 SAN_2111     FALSE 0.007 159.000 0.000 NA   NA
 2446681 2446682 SAN_2111 SAN_2112     TRUE 0.981 21.000 0.750 NA   NA
 2446682 2446683 SAN_2112 SAN_2113     FALSE 0.048 53.000 0.000 NA   NA
 2446684 2446685 SAN_0074 SAN_0073     FALSE 0.008 269.000 0.000 1.000 N NA
 2446685 2446686 SAN_0073 SAN_0072     TRUE 0.951 -3.000 0.351 NA   NA
 2446686 2446687 SAN_0072 SAN_0071     TRUE 0.813 7.000 0.019 NA   NA
 2446687 2446688 SAN_0071 SAN_0070   ruvB FALSE 0.178 152.000 0.005 1.000 N NA
 2446688 2446689 SAN_0070 SAN_0069 ruvB   FALSE 0.005 172.000 0.000 NA   NA
 2446689 2446690 SAN_0069 SAN_0068     FALSE 0.035 69.000 0.000 NA   NA
 2446690 2446691 SAN_0068 SAN_0067   purB FALSE 0.158 153.000 0.005 1.000   NA
 2446691 2446692 SAN_0067 SAN_0066 purB   FALSE 0.130 18.000 0.000 NA   NA
 2446693 2446694 SAN_1430 SAN_1429 gdhA   TRUE 0.640 70.000 0.056 1.000 N NA
 2446694 2446695 SAN_1429 SAN_1428     TRUE 0.873 -178.000 0.000 0.001   NA
 2446697 2446698 SAN_1426 SAN_1425     TRUE 0.903 47.000 0.296 1.000 N NA
 2446698 2446699 SAN_1425 SAN_1424     TRUE 0.998 -10.000 1.000 0.007 Y NA
 2446699 2446700 SAN_1424 SAN_1423     FALSE 0.074 108.000 0.000 1.000   NA
 2446701 2446702 SAN_1375 SAN_1376     FALSE 0.015 125.000 0.000 NA   NA
 2446703 2446704 SAN_1377 SAN_1378     TRUE 0.981 3.000 0.667 NA   NA
 2446704 2446705 SAN_1378 SAN_1380     FALSE 0.074 -22.000 0.000 NA   NA
 2446707 2446708 SAN_1381 SAN_1382     FALSE 0.069 36.000 0.000 NA   NA
 2446710 2446711 SAN_1553 SAN_1554   malQ TRUE 0.994 12.000 0.289 0.020 Y NA
 2446711 2446712 SAN_1554 SAN_1555 malQ   TRUE 0.833 121.000 0.538 1.000 N NA
 2446713 2446714 SAN_1556 SAN_1557     FALSE 0.020 98.000 0.000 NA   NA
 2446717 2446718 SAN_2345 SAN_2346     FALSE 0.075 106.000 0.000 1.000   NA
 2446718 2446719 SAN_2346 SAN_2347     FALSE 0.037 152.000 0.000 1.000   NA
 2446721 2446722 SAN_0115 SAN_0114     FALSE 0.065 122.000 0.000 1.000   NA
 2446722 2446723 SAN_0114 SAN_0113     FALSE 0.002 245.000 0.000 NA   NA
 2446723 2446724 SAN_0113 SAN_0112     FALSE 0.002 220.000 0.000 NA   NA
 2446724 2446725 SAN_0112 SAN_0111     FALSE 0.000 790.000 0.000 NA   NA
 2446725 2446726 SAN_0111 SAN_0110     FALSE 0.095 -7.000 0.000 NA   NA
 2446726 2446727 SAN_0110 SAN_0109     FALSE 0.003 217.000 0.000 NA   NA
 2446727 2446728 SAN_0109 SAN_0108     FALSE 0.034 70.000 0.000 NA   NA
 2446730 2446731 SAN_0408 SAN_0409     TRUE 0.820 90.000 0.400 NA   NA
 2446731 2446732 SAN_0409 SAN_0410     FALSE 0.044 292.000 0.068 NA   NA
 2446732 2446733 SAN_0410 SAN_0411     FALSE 0.367 83.000 0.008 NA   NA
 2446733 2446734 SAN_0411 SAN_0412     TRUE 0.674 -46.000 0.033 NA   NA
 2446734 2446735 SAN_0412 SAN_0413     TRUE 0.957 9.000 0.283 NA   NA
 2446736 2446737 SAN_0414 SAN_0415   pkcI TRUE 0.831 -3.000 0.063 NA   NA
 2446738 2446739 SAN_1367 SAN_1366     TRUE 0.987 13.000 0.800 NA   NA
 2446740 2446741 SAN_1365 SAN_1364     FALSE 0.050 350.000 0.000 0.016   NA
 2446741 2446742 SAN_1364 SAN_1363     FALSE 0.007 158.000 0.000 NA   NA
 2446742 2446743 SAN_1363 SAN_1362     FALSE 0.002 224.000 0.000 NA   NA
 2446743 2446744 SAN_1362 SAN_1361     TRUE 0.637 242.000 0.667 0.054   NA
 2446744 2446745 SAN_1361 SAN_1360     FALSE 0.004 189.000 0.000 NA   NA
 2446746 2446747 SAN_1539 SAN_1540     TRUE 0.927 -10.000 0.289 NA   NA
 2446747 2446748 SAN_1540 SAN_1541   rfbD TRUE 0.808 117.000 0.212 1.000 Y NA
 2446748 2446749 SAN_1541 SAN_1542 rfbD   TRUE 0.649 90.000 0.152 NA   NA
 2446749 2446750 SAN_1542 SAN_1543     FALSE 0.381 109.000 0.044 NA   NA
 2446750 2446751 SAN_1543 SAN_1544     TRUE 0.954 8.000 0.209 1.000 N NA
 2446753 2446754 SAN_1011 SAN_1010   lepA FALSE 0.002 246.000 0.000 NA   NA
 2446754 2446755 SAN_1010 SAN_1009 lepA   FALSE 0.209 136.000 0.003 1.000 N NA
 2446755 2446756 SAN_1009 SAN_1008     FALSE 0.011 141.000 0.000 NA   NA
 2446756 2446757 SAN_1008 SAN_1007     FALSE 0.000 811.000 0.000 NA   NA
 11447733 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1126.000 0.000 NA   NA
 11590096 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1126.000 0.000 NA   NA
 11732488 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1126.000 0.000 NA   NA
 11447734 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1145.000 0.000 NA   NA
 11590097 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1145.000 0.000 NA   NA
 11732489 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1145.000 0.000 NA   NA
 11447735 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1175.000 0.000 NA   NA
 11590098 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1175.000 0.000 NA   NA
 11732490 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1175.000 0.000 NA   NA
 11447736 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1211.000 0.000 NA   NA
 11590099 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1211.000 0.000 NA   NA
 11732491 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1211.000 0.000 NA   NA
 11447737 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1241.000 0.000 NA   NA
 11590100 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1241.000 0.000 NA   NA
 11732492 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1241.000 0.000 NA   NA
 11447738 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1277.000 0.000 NA   NA
 11590101 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1277.000 0.000 NA   NA
 11732493 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1277.000 0.000 NA   NA
 11447739 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1307.000 0.000 NA   NA
 11590102 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1307.000 0.000 NA   NA
 11732494 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1307.000 0.000 NA   NA
 11447740 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1343.000 0.000 NA   NA
 11590103 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1343.000 0.000 NA   NA
 11732495 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1343.000 0.000 NA   NA
 11447741 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1373.000 0.000 NA   NA
 11590104 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1373.000 0.000 NA   NA
 11732496 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1373.000 0.000 NA   NA
 11447742 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1409.000 0.000 NA   NA
 11590105 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1409.000 0.000 NA   NA
 11732497 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1409.000 0.000 NA   NA
 11447743 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1439.000 0.000 NA   NA
 11590106 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1439.000 0.000 NA   NA
 11732498 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1439.000 0.000 NA   NA
 11447744 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1475.000 0.000 NA   NA
 11590107 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1475.000 0.000 NA   NA
 11732499 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1475.000 0.000 NA   NA
 11447745 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1505.000 0.000 NA   NA
 11590108 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1505.000 0.000 NA   NA
 11732500 2446754   SAN_1010   lepA FALSE NA 1505.000 0.000 NA   NA
 2446757 2446758 SAN_1007 SAN_1006   cas2 TRUE 0.916 -13.000 0.253 NA   NA
 2446758 2446759 SAN_1006 SAN_1005 cas2 cas1 TRUE 0.990 12.000 0.876 NA   NA
 2446760 2446761 SAN_1368 SAN_1369     FALSE 0.003 582.000 0.000 1.000 N NA
 2446762 2446763 SAN_1530 SAN_1531     TRUE 0.787 2.000 0.000 NA Y NA
 2446763 2446764 SAN_1531 SAN_1532     FALSE 0.429 0.000 0.000 1.000 N NA
 2446764 2446765 SAN_1532 SAN_1533     FALSE 0.247 3.000 0.000 NA N NA
 2446765 2446766 SAN_1533 SAN_1534     FALSE 0.034 70.000 0.000 NA   NA
 2446766 2446767 SAN_1534 SAN_1535     FALSE 0.095 -7.000 0.000 NA   NA
 2446767 2446768 SAN_1535 SAN_1536     TRUE 0.971 -3.000 0.568 NA   NA
 2446769 2446770 SAN_1267 SAN_1266 uraA   FALSE 0.027 133.000 0.000 NA N NA
 2446770 2446771 SAN_1266 SAN_1265   pcrA FALSE 0.040 106.000 0.000 NA N NA
 2446771 2446772 SAN_1265 SAN_1264 pcrA   FALSE 0.004 319.000 0.000 1.000   NA
 2446772 2446773 SAN_1264 SAN_1263     TRUE 0.713 48.000 0.000 0.061   NA
 2446773 2446774 SAN_1263 SAN_1262     FALSE 0.146 15.000 0.000 NA   NA
 2446774 2446775 SAN_1262 SAN_1261     TRUE 0.922 10.000 0.143 NA   NA
 2446781 2446782 SAN_1386 SAN_1385     TRUE 0.971 1.000 0.481 1.000   NA
 2446782 2446783 SAN_1385 SAN_1384     FALSE 0.165 58.000 0.000 1.000   NA
 2446784 2446785 SAN_1297 SAN_1298     FALSE 0.066 -39.000 0.000 NA   NA
 2446785 2446786 SAN_1298 SAN_1299     TRUE 0.989 11.000 0.800 1.000 N NA
 2446786 2446787 SAN_1299 SAN_1300     TRUE 0.992 9.000 0.636 1.000 Y NA
 2446787 2446788 SAN_1300 SAN_1301     TRUE 0.983 6.000 0.583 1.000 N NA
 2446790 2446791 SAN_1303 SAN_1304     FALSE 0.088 29.000 0.000 NA   NA
 2446791 2446792 SAN_1304 SAN_1305     FALSE 0.072 -24.000 0.000 NA   NA
 2446793 2446794 SAN_2336 SAN_2337     TRUE 0.570 161.000 0.375 1.000   NA
 2446794 2446795 SAN_2337 SAN_2338     FALSE 0.006 271.000 0.000 1.000   NA
 2446798 2446799 SAN_0909 SAN_0908     FALSE 0.509 61.000 0.008 1.000   NA
 2446799 2446800 SAN_0908 SAN_0907     FALSE 0.322 110.000 0.012 1.000   NA
 2446800 2446801 SAN_0907 SAN_0906   pepF FALSE 0.016 195.000 0.000 1.000   NA
 2446801 2446802 SAN_0906 SAN_0905 pepF   TRUE 0.940 16.000 0.204 NA   NA
 2446802 2446803 SAN_0905 SAN_0904     TRUE 0.662 52.000 0.056 NA   NA
 2446804 2446805 SAN_0081 SAN_0082 rplD rplW TRUE 0.985 0.000 0.307 0.016   NA
 2446805 2446806 SAN_0082 SAN_0083 rplW rplB TRUE 0.998 18.000 0.849 0.022 Y NA
 2446806 2446807 SAN_0083 SAN_0084 rplB rpsS TRUE 0.983 99.000 0.820 0.022 Y NA
 2446807 2446808 SAN_0084 SAN_0085 rpsS rplV TRUE 0.998 16.000 0.769 0.022 Y NA
 2446808 2446809 SAN_0085 SAN_0086 rplV rpsC TRUE 0.994 40.000 0.719 0.022 Y NA
 2446809 2446810 SAN_0086 SAN_0087 rpsC rplP TRUE 0.998 4.000 0.828 0.022 Y NA
 2446812 2446813 SAN_0089 SAN_0090 rpmC rpsQ TRUE 0.997 26.000 0.828 0.016 Y NA
 2446813 2446814 SAN_0090 SAN_0091 rpsQ rplN TRUE 0.997 25.000 0.791 0.022 Y NA
 2446814 2446815 SAN_0091 SAN_0092 rplN rplX TRUE 0.671 268.000 0.810 0.022   NA
 2446815 2446816 SAN_0092 SAN_0093 rplX   TRUE 0.994 24.000 0.758 0.016   NA
 2446816 2446817 SAN_0093 SAN_0094   rpsN TRUE 0.996 18.000 0.496 0.016 Y NA
 2446817 2446818 SAN_0094 SAN_0095 rpsN rpsH TRUE 0.925 155.000 0.473 0.016 Y NA
 2446819 2446820 SAN_0872 SAN_0873     FALSE 0.005 235.000 0.000 NA N NA
 2446821 2446822 SAN_0874 SAN_0875     TRUE 0.923 -7.000 0.209 1.000   NA
 2446823 2446824 SAN_0876 SAN_0877   comEA FALSE 0.382 100.000 0.014 1.000 N NA
 2446826 2446827 SAN_0196 SAN_0195 tyrS   FALSE 0.000 1105.000 0.000 NA   NA
 2446828 2446829 SAN_0194 SAN_0193     TRUE 0.987 -10.000 0.673 1.000 Y NA
 2446829 2446830 SAN_0193 SAN_0192     TRUE 0.939 3.000 0.192 1.000   NA
 2446831 2446832 SAN_0263 SAN_0264 cysS   FALSE 0.013 128.000 0.000 NA   NA
 2446832 2446833 SAN_0264 SAN_0265     TRUE 0.872 103.000 0.150 0.004   NA
 2446833 2446834 SAN_0265 SAN_0266     TRUE 0.869 -3.000 0.109 NA   NA
 2446834 2446835 SAN_0266 SAN_0267     FALSE 0.425 93.000 0.036 NA   NA
 2446835 2446836 SAN_0267 SAN_0268     TRUE 0.850 -3.000 0.087 NA   NA
 2446836 2446837 SAN_0268 SAN_0269     FALSE 0.001 537.000 0.000 NA   NA
 2446837 2446838 SAN_0269 SAN_0270   rplM FALSE 0.010 222.000 0.000 1.000   NA
 2446838 2446839 SAN_0270 SAN_0271 rplM rpsI TRUE 0.996 21.000 0.601 0.016 Y NA
 2446841 2446842 SAN_1124 SAN_1123     FALSE 0.075 34.000 0.000 NA   NA
 2446842 2446843 SAN_1123 SAN_1122     TRUE 0.864 13.000 0.049 NA   NA
 2446843 2446844 SAN_1122 SAN_1121   truB FALSE 0.053 131.000 0.000 1.000   NA
 2446844 2446845 SAN_1121 SAN_1120 truB ribF TRUE 0.967 13.000 0.308 1.000 N NA
 2446845 2446846 SAN_1120 SAN_1119 ribF   TRUE 0.682 43.000 0.017 1.000 N NA
 2446846 2446847 SAN_1119 SAN_1118     TRUE 0.860 -28.000 0.169 NA   NA
 2446847