MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus agalactiae 18RS21

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2437999 2438000 SAJ_1443 SAJ_1444     FALSE 0.223 84.000 0.000 NA   NA
 2438000 2438001 SAJ_1444 SAJ_1445     FALSE 0.212 11.000 0.000 NA   NA
 2438001 2438002 SAJ_1445 SAJ_1446   gtaA TRUE 0.944 -7.000 0.200 NA   NA
 2438002 2438003 SAJ_1446 SAJ_1447 gtaA   FALSE 0.122 14.000 0.000 1.000 N NA
 2438003 2438004 SAJ_1447 SAJ_1448     TRUE 0.596 -13.000 0.000 NA   NA
 2438004 2438005 SAJ_1448 SAJ_1449     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438005 2438006 SAJ_1449 SAJ_1450     FALSE 0.157 7.000 0.000 NA   NA
 2438006 2438007 SAJ_1450 SAJ_1451   secY TRUE 0.619 0.000 0.007 NA   NA
 2438007 2438008 SAJ_1451 SAJ_1452 secY   FALSE 0.118 124.000 0.000 NA   NA
 2438008 2438009 SAJ_1452 SAJ_1453     FALSE 0.356 61.000 0.000 NA   NA
 2438009 2438010 SAJ_1453 SAJ_1454     TRUE 0.622 -19.000 0.000 NA   NA
 2438010 2438011 SAJ_1454 SAJ_1455     TRUE 0.979 -10.000 0.000 0.005 Y NA
 2438011 2438012 SAJ_1455 SAJ_1456     TRUE 0.967 -3.000 0.000 0.005 Y NA
 2438012 2438013 SAJ_1456 SAJ_1457     FALSE 0.152 9.000 0.000 NA   NA
 2438013 2438014 SAJ_1457 SAJ_1458     FALSE 0.007 331.000 0.000 NA   NA
 2438016 2438017 SAJ_1460 SAJ_1461 uvrB   FALSE 0.356 61.000 0.000 NA   NA
 2438018 2438019 SAJ_1462 SAJ_1463   glnQ TRUE 0.980 0.000 0.326 1.000 Y NA
 2438019 2438020 SAJ_1463 SAJ_1464 glnQ   FALSE 0.069 149.000 0.000 NA   NA
 2438021 2438022 SAJ_1465 SAJ_1466     TRUE 0.743 26.000 0.009 NA   NA
 2438022 2438023 SAJ_1466 SAJ_1467     TRUE 0.622 61.000 0.011 NA   NA
 2438025 2438026 SAJ_1469 SAJ_1470     TRUE 0.559 110.000 0.000 0.013   NA
 2438026 2438027 SAJ_1470 SAJ_1471     TRUE 0.754 85.000 0.000 1.000 Y NA
 2438027 2438028 SAJ_1471 SAJ_1472     FALSE 0.035 191.000 0.000 1.000   NA
 2438029 2438030 SAJ_1473 SAJ_1474   gloA FALSE 0.319 88.000 0.009 1.000 N NA
 2438030 2438031 SAJ_1474 SAJ_1475 gloA   FALSE 0.016 129.000 0.000 NA N NA
 2438032 2438033 SAJ_1397 SAJ_1398   pepT TRUE 0.833 29.000 0.051 NA   NA
 2438033 2438034 SAJ_1398 SAJ_1399 pepT   FALSE 0.105 135.000 0.000 1.000   NA
 2438035 2438036 SAJ_1400 SAJ_1401     FALSE 0.206 156.000 0.062 1.000 N NA
 2438036 2438037 SAJ_1401 SAJ_1402     TRUE 0.997 24.000 0.889 1.000 Y NA
 2438037 2438038 SAJ_1402 SAJ_1403     TRUE 0.972 16.000 0.179 1.000 Y NA
 2438038 2438039 SAJ_1403 SAJ_1404     TRUE 0.998 -3.000 0.857 0.049 Y NA
 2438040 2438041 SAJ_1405 SAJ_1406   ppx1 TRUE 0.660 60.000 0.015 NA   NA
 2438041 2438042 SAJ_1406 SAJ_1407 ppx1 act FALSE 0.293 117.000 0.023 1.000 N NA
 2438042 2438043 SAJ_1407 SAJ_1408 act   TRUE 0.632 68.000 0.028 NA   NA
 2438043 2438044 SAJ_1408 SAJ_1409     FALSE 0.127 180.000 0.023 NA   NA
 2438044 2438045 SAJ_1409 SAJ_1410     TRUE 0.974 -7.000 0.408 1.000   NA
 2438045 2438046 SAJ_1410 SAJ_1411     TRUE 0.516 93.000 0.050 1.000   NA
 2438046 2438047 SAJ_1411 SAJ_1412     TRUE 0.989 -19.000 0.600 NA   NA
 2438047 2438048 SAJ_1412 SAJ_1413     FALSE 0.009 301.000 0.000 NA   NA
 2438048 2438049 SAJ_1413 SAJ_1414     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438049 2438050 SAJ_1414 SAJ_1415     TRUE 0.995 0.000 0.909 NA Y NA
 2438050 2438051 SAJ_1415 SAJ_1416     FALSE 0.162 112.000 0.000 1.000   NA
 2438051 2438052 SAJ_1416 SAJ_1417     FALSE 0.467 130.000 0.000 0.011   NA
 2438054 2438055 SAJ_1419 SAJ_1420     TRUE 0.616 -10.000 0.000 1.000   NA
 2438055 2438056 SAJ_1420 SAJ_1421     TRUE 0.503 -3.000 0.000 1.000   NA
 2438056 2438057 SAJ_1421 SAJ_1422     FALSE 0.377 0.000 0.000 NA   NA
 2438057 2438058 SAJ_1422 SAJ_1423     FALSE 0.304 2.000 0.000 NA   NA
 2438058 2438059 SAJ_1423 SAJ_1424     TRUE 0.943 30.000 0.222 NA   NA
 2438059 2438060 SAJ_1424 SAJ_1425     TRUE 0.821 2.000 0.000 NA Y NA
 2438060 2438061 SAJ_1425 SAJ_1426     FALSE 0.147 0.000 0.000 1.000 N NA
 2438061 2438062 SAJ_1426 SAJ_1427   licD FALSE 0.040 3.000 0.000 NA N NA
 2438062 2438063 SAJ_1427 SAJ_1428 licD   FALSE 0.286 70.000 0.000 NA   NA
 2438064 2438065 SAJ_1396 SAJ_1395 infC rpmI TRUE 0.993 40.000 0.652 1.000 Y NA
 2438065 2438066 SAJ_1395 SAJ_1394 rpmI rplT TRUE 0.998 58.000 0.928 0.027 Y NA
 2438068 2438069 SAJ_1392 SAJ_1391   aroD TRUE 0.898 21.000 0.125 NA   NA
 2438069 2438070 SAJ_1391 SAJ_1390 aroD aroB TRUE 0.884 94.000 0.000 0.003 Y NA
 2438070 2438071 SAJ_1390 SAJ_1389 aroB aroC TRUE 0.980 1.000 0.110 0.003 Y NA
 2438071 2438072 SAJ_1389 SAJ_1388 aroC   FALSE 0.419 84.000 0.005 NA   NA
 2438072 2438073 SAJ_1388 SAJ_1387   gor FALSE 0.111 175.000 0.010 NA   NA
 2438075 2438076 SAJ_1386 SAJ_1384     FALSE 0.004 426.000 0.000 NA   NA
 2438076 2438077 SAJ_1384 SAJ_1383   thiI TRUE 0.923 62.000 0.349 1.000 N NA
 2438077 2438078 SAJ_1383 SAJ_1382 thiI   FALSE 0.280 102.000 0.014 1.000 N NA
 2438078 2438079 SAJ_1382 SAJ_1381   rplU FALSE 0.009 190.000 0.000 1.000 N NA
 2438079 2438080 SAJ_1381 SAJ_1380 rplU   TRUE 0.907 7.000 0.208 NA Y NA
 2438080 2438081 SAJ_1380 SAJ_1379   rpmA TRUE 0.981 22.000 0.203 NA Y NA
 2438081 2438082 SAJ_1379 SAJ_1378 rpmA   FALSE 0.006 216.000 0.000 1.000 N NA
 2438082 2438083 SAJ_1378 SAJ_1377   lspA TRUE 0.554 9.000 0.119 1.000 N NA
 2438083 2438084 SAJ_1377 SAJ_1376 lspA   TRUE 0.883 -16.000 0.082 1.000 N NA
 2438084 2438085 SAJ_1376 SAJ_1375     FALSE 0.068 176.000 0.008 1.000 N NA
 2438085 2438086 SAJ_1375 SAJ_1374   carA TRUE 0.882 49.000 0.000 1.000 Y NA
 2438086 2438087 SAJ_1374 SAJ_1373 carA   TRUE 0.912 56.000 0.013 0.003   NA
 2438087 2438088 SAJ_1373 SAJ_1372     FALSE 0.029 202.000 0.000 1.000   NA
 2438088 2438089 SAJ_1372 SAJ_1371     TRUE 0.966 3.000 0.923 1.000 N NA
 2438089 2438090 SAJ_1371 SAJ_1370     TRUE 0.995 15.000 0.923 NA Y NA
 2438090 2438091 SAJ_1370 SAJ_1369   rpsP FALSE 0.016 129.000 0.000 NA N NA
 2438091 2438092 SAJ_1369 SAJ_1368 rpsP   TRUE 0.861 10.000 0.385 1.000   NA
 2438092 2438093 SAJ_1368 SAJ_1367     FALSE 0.098 132.000 0.000 NA   NA
 2438093 2438094 SAJ_1367 SAJ_1366     FALSE 0.146 108.000 0.000 NA   NA
 2438094 2438095 SAJ_1366 SAJ_1364     TRUE 0.639 -28.000 0.000 NA   NA
 2438095 2438096 SAJ_1364 SAJ_1365     TRUE 0.653 -108.000 0.000 NA   NA
 2438096 2438097 SAJ_1365 SAJ_1363   trmD FALSE 0.003 568.000 0.000 NA   NA
 2438097 2438098 SAJ_1363 SAJ_1362 trmD   TRUE 0.740 -19.000 0.007 1.000 N NA
 2438098 2438099 SAJ_1362 SAJ_1361   pfoSR FALSE 0.353 137.000 0.059 1.000   NA
 2438099 2438100 SAJ_1361 SAJ_1360 pfoSR panE TRUE 0.915 13.000 0.333 1.000   NA
 2438100 2438101 SAJ_1360 SAJ_1359 panE   FALSE 0.022 212.000 0.000 NA   NA
 2438102 2438103 SAJ_0546 SAJ_0547   int FALSE 0.003 652.000 0.000 NA   NA
 2438104 2438105 SAJ_0548 SAJ_0549     FALSE 0.280 71.000 0.000 NA   NA
 2438105 2438106 SAJ_0549 SAJ_0550     FALSE 0.486 34.000 0.000 NA   NA
 2438107 2438108 SAJ_0551 SAJ_0552     FALSE 0.145 109.000 0.000 NA   NA
 2438108 2438109 SAJ_0552 SAJ_0553     FALSE 0.014 268.000 0.000 1.000   NA
 2438109 2438110 SAJ_0553 SAJ_0554     TRUE 0.920 98.000 0.022 0.003 Y NA
 2438110 2438111 SAJ_0554 SAJ_0555     TRUE 0.783 -3.000 0.033 NA   NA
 2438111 2438112 SAJ_0555 SAJ_0556   valS TRUE 0.629 0.000 0.008 NA   NA
 2438112 2438113 SAJ_0556 SAJ_0557 valS   FALSE 0.050 171.000 0.000 1.000   NA
 2438113 2438114 SAJ_0557 SAJ_0558     TRUE 0.624 161.000 0.375 1.000   NA
 2438116 2438117 SAJ_0560 SAJ_0561   asnA FALSE 0.288 114.000 0.005 NA   NA
 2438119 2438120 SAJ_0563 SAJ_0564     FALSE 0.256 12.000 0.000 NA   NA
 2438120 2438121 SAJ_0564 SAJ_0565   coaD FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438121 2438122 SAJ_0565 SAJ_0566 coaD   TRUE 0.837 -10.000 0.052 1.000 N NA
 2438122 2438123 SAJ_0566 SAJ_0567     TRUE 0.593 75.000 0.023 1.000   NA
 2438123 2438124 SAJ_0567 SAJ_0568     TRUE 0.870 48.000 0.000 0.004   NA
 2438124 2438125 SAJ_0568 SAJ_0569     TRUE 0.876 86.000 0.347 NA   NA
 2438125 2438126 SAJ_0569 SAJ_0570     TRUE 0.692 51.000 0.016 NA   NA
 2438126 2438127 SAJ_0570 SAJ_0571     TRUE 0.652 0.000 0.012 NA   NA
 2438127 2438128 SAJ_0571 SAJ_0572   atp FALSE 0.454 179.000 0.045 NA Y NA
 2438128 2438129 SAJ_0572 SAJ_0573 atp   TRUE 0.999 -10.000 0.911 0.009 Y NA
 2438129 2438130 SAJ_0573 SAJ_0574     FALSE 0.033 128.000 0.000 1.000 N NA
 2438131 2438132 SAJ_0575 SAJ_0576   bioB FALSE 0.334 1.000 0.000 NA   NA
 2438133 2438134 SAJ_0577 SAJ_0578   fadA TRUE 0.518 10.000 0.058 NA   NA
 2438134 2438135 SAJ_0578 SAJ_0579 fadA   TRUE 0.995 -7.000 0.576 1.000 Y NA
 2438135 2438136 SAJ_0579 SAJ_0580   nth FALSE 0.004 240.000 0.000 1.000 N NA
 2438138 2438139 SAJ_0582 SAJ_0583     TRUE 0.972 -3.000 0.496 NA   NA
 2438139 2438140 SAJ_0583 SAJ_0584     TRUE 0.577 12.000 0.064 NA N NA
 2438141 2438142 SAJ_1034 SAJ_1033   myo TRUE 0.973 -10.000 0.337 NA   NA
 2438142 2438143 SAJ_1033 SAJ_1032 myo   TRUE 0.853 68.000 0.229 NA N NA
 2438143 2438144 SAJ_1032 SAJ_1031     FALSE 0.384 185.000 0.303 NA N NA
 2438144 2438145 SAJ_1031 SAJ_1030   pstC TRUE 0.975 46.000 0.206 1.000 Y NA
 2438145 2438146 SAJ_1030 SAJ_1029 pstC pstA TRUE 0.999 -10.000 0.907 0.005 Y NA
 2438146 2438147 SAJ_1029 SAJ_1028 pstA pstB TRUE 0.991 12.000 0.490 0.005 Y NA
 2438147 2438148 SAJ_1028 SAJ_1027 pstB pstB TRUE 0.901 213.000 0.542 0.003 Y NA
 2438148 2438149 SAJ_1027 SAJ_1026 pstB phoU TRUE 0.990 34.000 0.413 NA Y NA
 2438149 2438150 SAJ_1026 SAJ_1025 phoU   FALSE 0.244 146.000 0.067 NA N NA
 2438150 2438151 SAJ_1025 SAJ_1024     FALSE 0.180 162.000 0.061 1.000 N NA
 2438151 2438152 SAJ_1024 SAJ_1023     TRUE 0.996 -16.000 0.606 1.000 Y NA
 2438152 2438153 SAJ_1023 SAJ_1022     FALSE 0.218 89.000 0.000 1.000   NA
 2438153 2438154 SAJ_1022 SAJ_1021   ffh TRUE 0.911 18.000 0.151 1.000   NA
 2438154 2438155 SAJ_1021 SAJ_1020 ffh   TRUE 0.511 67.000 0.002 NA   NA
 2438155 2438156 SAJ_1020 SAJ_1019     TRUE 0.963 -10.000 0.250 NA   NA
 2438159 2438160 SAJ_1016 SAJ_1015     TRUE 0.996 -3.000 0.812 1.000 Y NA
 2438160 2438161 SAJ_1015 SAJ_1014     TRUE 0.539 110.000 0.094 NA   NA
 2438161 2438162 SAJ_1014 SAJ_1013     TRUE 0.977 2.000 0.855 NA   NA
 2438162 2438163 SAJ_1013 SAJ_1012     TRUE 0.819 26.000 0.033 1.000   NA
 2438165 2438166 SAJ_1010 SAJ_1009 hlpA   FALSE 0.096 133.000 0.000 NA   NA
 2438166 2438167 SAJ_1009 SAJ_1008   gid FALSE 0.282 78.000 0.000 1.000   NA
 2438167 2438168 SAJ_1008 SAJ_1007 gid   FALSE 0.044 114.000 0.000 1.000 N NA
 2438170 2438171 SAJ_1005 SAJ_1004     TRUE 0.986 33.000 0.750 NA   NA
 2438173 2438174 SAJ_0432 SAJ_0431   rrsF FALSE 0.182 90.000 0.000 NA   NA
 2438174 2438175 SAJ_0431 SAJ_0430 rrsF   FALSE 0.008 330.000 0.000 NA   NA
 2438175 2438176 SAJ_0430 SAJ_0429   comF TRUE 0.678 77.000 0.080 NA   NA
 2438176 2438177 SAJ_0429 SAJ_0428 comF   TRUE 0.857 0.000 0.130 1.000   NA
 2438178 2438179 SAJ_0427 SAJ_0426   cysK FALSE 0.488 91.000 0.033 1.000   NA
 2438180 2438181 SAJ_0425 SAJ_0424     TRUE 0.847 68.000 0.211 1.000 N NA
 2438181 2438182 SAJ_0424 SAJ_0423     TRUE 0.827 10.000 0.368 1.000 N NA
 2438182 2438183 SAJ_0423 SAJ_0422     FALSE 0.222 181.000 0.132 1.000 N NA
 2438183 2438184 SAJ_0422 SAJ_0421     TRUE 0.997 2.000 0.889 0.012 Y NA
 2438184 2438185 SAJ_0421 SAJ_0420     TRUE 0.998 17.000 0.889 0.012 Y NA
 2438185 2438186 SAJ_0420 SAJ_0419     FALSE 0.114 205.000 0.091 1.000 N NA
 2438186 2438187 SAJ_0419 SAJ_0418     TRUE 0.937 119.000 0.188 0.034 Y NA
 2438189 2438190 SAJ_0416 SAJ_0415     TRUE 0.948 -16.000 0.151 1.000   NA
 2438190 2438191 SAJ_0415 SAJ_0414     TRUE 0.906 42.000 0.164 1.000   NA
 2438191 2438192 SAJ_0414 SAJ_0413     TRUE 0.999 -7.000 0.853 0.017 Y NA
 2438192 2438193 SAJ_0413 SAJ_0412     TRUE 0.982 -3.000 0.679 NA   NA
 2438193 2438194 SAJ_0412 SAJ_0411     FALSE 0.196 161.000 0.039 NA   NA
 2438194 2438195 SAJ_0411 SAJ_0410     TRUE 0.990 66.000 0.704 1.000 Y NA
 2438195 2438196 SAJ_0410 SAJ_0409   sun TRUE 0.791 38.000 0.074 1.000 N NA
 2438196 2438197 SAJ_0409 SAJ_0408 sun fmt TRUE 0.987 32.000 0.305 1.000 Y NA
 2438197 2438198 SAJ_0408 SAJ_0407 fmt   TRUE 0.724 47.000 0.052 1.000 N NA
 2438198 2438199 SAJ_0407 SAJ_0406     TRUE 0.755 74.000 0.032 0.065 N NA
 2438199 2438200 SAJ_0406 SAJ_0405     TRUE 0.970 23.000 0.471 1.000 N NA
 2438200 2438201 SAJ_0405 SAJ_0404     FALSE 0.046 167.000 0.000 NA   NA
 2438201 2438202 SAJ_0404 SAJ_0403     FALSE 0.400 50.000 0.000 NA   NA
 2438206 2438207 SAJ_1949 SAJ_1950   metH FALSE 0.006 347.000 0.000 NA   NA
 2438207 2438208 SAJ_1950 SAJ_1951 metH metH FALSE 0.015 261.000 0.000 1.000   NA
 2438208 2438209 SAJ_1951 SAJ_1952 metH metE TRUE 0.937 45.000 0.030 1.000 Y NA
 2438209 2438210 SAJ_1952 SAJ_1953 metE   FALSE 0.005 370.000 0.000 NA   NA
 2438210 2438211 SAJ_1953 SAJ_1954     TRUE 0.973 -10.000 0.338 NA   NA
 2438212 2438213 SAJ_1955 SAJ_1956     FALSE 0.005 233.000 0.000 1.000 N NA
 2438213 2438214 SAJ_1956 SAJ_1957     TRUE 0.996 -3.000 0.889 1.000 Y NA
 2438214 2438215 SAJ_1957 SAJ_1958     TRUE 0.497 93.000 0.049 NA   NA
 2438215 2438216 SAJ_1958 SAJ_1959     TRUE 0.639 -28.000 0.000 NA   NA
 2438220 2438221 SAJ_1963 SAJ_1964     TRUE 0.996 65.000 0.750 0.005 Y NA
 2438222 2438223 SAJ_1965 SAJ_1966 nusG   FALSE 0.027 206.000 0.000 1.000   NA
 2438223 2438224 SAJ_1966 SAJ_1967   secE FALSE 0.010 312.000 0.000 1.000   NA
 2438224 2438225 SAJ_1967 SAJ_1968 secE rpmG TRUE 0.808 36.000 0.080 1.000 N NA
 2438225 2438226 SAJ_1968 SAJ_1969 rpmG   TRUE 0.815 49.000 0.111 1.000 N NA
 2438227 2438228 SAJ_1778 SAJ_1779     FALSE 0.118 124.000 0.000 NA   NA
 2438228 2438229 SAJ_1779 SAJ_1780     TRUE 0.987 -3.000 0.818 NA   NA
 2438229 2438230 SAJ_1780 SAJ_1781     FALSE 0.012 140.000 0.000 NA N NA
 2438230 2438231 SAJ_1781 SAJ_1782     TRUE 0.827 -16.000 0.034 1.000 N NA
 2438231 2438232 SAJ_1782 SAJ_1783   dck FALSE 0.191 121.000 0.005 1.000 N NA
 2438232 2438233 SAJ_1783 SAJ_1784 dck   FALSE 0.122 14.000 0.000 1.000 N NA
 2438234 2438235 SAJ_1785 SAJ_1786     TRUE 0.902 -3.000 0.188 NA N NA
 2438237 2438238 SAJ_1788 SAJ_1789 tsf rpsB TRUE 0.977 94.000 0.748 1.000 Y NA
 2438239 2438240 SAJ_1790 SAJ_1791     TRUE 0.993 18.000 0.551 1.000 Y NA
 2438240 2438241 SAJ_1791 SAJ_1792     FALSE 0.091 135.000 0.000 NA   NA
 2438242 2438243 SAJ_1793 SAJ_1794     FALSE 0.031 395.000 0.091 NA   NA
 2438243 2438244 SAJ_1794 SAJ_1795     TRUE 0.845 94.000 0.091 0.003   NA
 2438244 2438245 SAJ_1795 SAJ_1796     FALSE 0.035 184.000 0.000 NA   NA
 2438250 2438251 SAJ_1801 SAJ_1802   def TRUE 0.574 66.000 0.034 NA N NA
 2438252 2438253 SAJ_1803 SAJ_1804     TRUE 0.939 80.000 0.562 NA   NA
 2438253 2438254 SAJ_1804 SAJ_1805     TRUE 0.904 80.000 0.375 NA   NA
 2438254 2438255 SAJ_1805 SAJ_1806     TRUE 0.999 -13.000 0.933 0.020 Y NA
 2438255 2438256 SAJ_1806 SAJ_1807     TRUE 0.999 36.000 0.933 0.020 Y NA
 2438256 2438257 SAJ_1807 SAJ_1808     TRUE 0.929 55.000 0.267 1.000   NA
 2438257 2438258 SAJ_1808 SAJ_1809     TRUE 0.788 3.000 0.160 1.000   NA
 2438259 2438260 SAJ_1131 SAJ_1132     TRUE 0.992 -25.000 0.725 1.000   NA
 2438261 2438262 SAJ_1133 SAJ_1134     FALSE 0.308 177.000 0.145 1.000   NA
 2438262 2438263 SAJ_1134 SAJ_1135     TRUE 0.863 4.000 0.089 1.000 Y NA
 2438263 2438264 SAJ_1135 SAJ_1136     TRUE 0.839 2.000 0.166 NA   NA
 2438264 2438265 SAJ_1136 SAJ_1137     FALSE 0.260 161.000 0.083 NA   NA
 2438266 2438267 SAJ_1138 SAJ_1139     FALSE 0.474 96.000 0.046 NA   NA
 2438267 2438268 SAJ_1139 SAJ_1140     FALSE 0.176 91.000 0.000 NA   NA
 2438268 2438269 SAJ_1140 SAJ_1141     FALSE 0.015 163.000 0.000 1.000 N NA
 2438269 2438270 SAJ_1141 SAJ_1142     TRUE 0.527 101.000 0.071 1.000   NA
 2438274 2438275 SAJ_1146 SAJ_1147   potC TRUE 0.993 -7.000 0.253 0.047 Y NA
 2438275 2438276 SAJ_1147 SAJ_1148 potC potB TRUE 0.995 -3.000 0.492 0.047 Y NA
 2438276 2438277 SAJ_1148 SAJ_1149 potB potA TRUE 0.999 -16.000 0.928 0.047 Y NA
 2438277 2438278 SAJ_1149 SAJ_1150 potA murB TRUE 0.691 49.000 0.041 1.000 N NA
 2438278 2438279 SAJ_1150 SAJ_1151 murB   FALSE 0.138 144.000 0.010 1.000 N NA
 2438279 2438280 SAJ_1151 SAJ_1152   folB TRUE 0.971 -3.000 0.142 1.000 Y NA
 2438280 2438281 SAJ_1152 SAJ_1153 folB folP TRUE 0.928 2.000 0.094 1.000 Y NA
 2438281 2438282 SAJ_1153 SAJ_1154 folP folE TRUE 0.854 4.000 0.073 1.000 Y NA
 2438282 2438283 SAJ_1154 SAJ_1155 folE   TRUE 0.957 19.000 0.057 1.000 Y NA
 2438283 2438284 SAJ_1155 SAJ_1156   rarD FALSE 0.259 83.000 0.000 1.000   NA
 2438284 2438285 SAJ_1156 SAJ_1157 rarD thrB TRUE 0.801 -13.000 0.005 1.000   NA
 2438285 2438286 SAJ_1157 SAJ_1158 thrB   TRUE 0.902 2.000 0.036 1.000 Y NA
 2438288 2438289 SAJ_1160 SAJ_1161 betT   TRUE 0.495 106.000 0.000 0.047   NA
 2438289 2438290 SAJ_1161 SAJ_1162     FALSE 0.089 143.000 0.000 1.000   NA
 2438290 2438291 SAJ_1162 SAJ_1163     FALSE 0.269 74.000 0.000 NA   NA
 2438292 2438293 SAJ_1879 SAJ_1878     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438293 2438294 SAJ_1878 SAJ_1877     FALSE 0.026 201.000 0.000 NA   NA
 2438294 2438295 SAJ_1877 SAJ_1876   pstC FALSE 0.411 15.000 0.000 1.000   NA
 2438295 2438296 SAJ_1876 SAJ_1875 pstC pstA TRUE 0.986 2.000 0.219 0.004 Y NA
 2438296 2438297 SAJ_1875 SAJ_1874 pstA pstB TRUE 0.997 -7.000 0.428 0.004 Y NA
 2438297 2438298 SAJ_1874 SAJ_1873 pstB phoU TRUE 0.978 -3.000 0.203 NA Y NA
 2438298 2438299 SAJ_1873 SAJ_1872 phoU   TRUE 0.941 0.000 0.429 NA N NA
 2438299 2438300 SAJ_1872 SAJ_1871     TRUE 0.983 -7.000 0.075 0.054 Y NA
 2438300 2438301 SAJ_1871 SAJ_1870     FALSE 0.004 266.000 0.000 1.000 N NA
 2438301 2438302 SAJ_1870 SAJ_1869     TRUE 0.979 39.000 0.610 1.000   NA
 2438302 2438303 SAJ_1869 SAJ_1868     FALSE 0.013 277.000 0.000 1.000   NA
 2438303 2438304 SAJ_1868 SAJ_1867     TRUE 0.921 78.000 0.444 NA   NA
 2438304 2438305 SAJ_1867 SAJ_1866     FALSE 0.122 123.000 0.000 NA   NA
 2438305 2438306 SAJ_1866 SAJ_1865     TRUE 0.923 6.000 0.667 NA   NA
 2438306 2438307 SAJ_1865 SAJ_1864     FALSE 0.022 211.000 0.000 NA   NA
 2438307 2438308 SAJ_1864 SAJ_1863     FALSE 0.014 247.000 0.000 NA   NA
 2438308 2438309 SAJ_1863 SAJ_1862     TRUE 0.998 18.000 0.786 0.020 Y NA
 2438309 2438310 SAJ_1862 SAJ_1861     TRUE 0.997 16.000 0.778 0.023 Y NA
 2438310 2438311 SAJ_1861 SAJ_1860     TRUE 0.998 -3.000 0.778 0.023 Y NA
 2438311 2438312 SAJ_1860 SAJ_1859     TRUE 0.718 138.000 0.222 0.069 N NA
 2438312 2438313 SAJ_1859 SAJ_1858     TRUE 0.958 4.000 0.500 0.017   NA
 2438313 2438314 SAJ_1858 SAJ_1857     TRUE 0.946 12.000 0.571 1.000   NA
 2438315 2438316 SAJ_1856 SAJ_1855     TRUE 0.682 0.000 0.018 NA   NA
 2438316 2438317 SAJ_1855 SAJ_1854   nrdI FALSE 0.404 11.000 0.027 NA N NA
 2438317 2438318 SAJ_1854 SAJ_1853 nrdI cpdB TRUE 0.531 157.000 0.022 NA Y NA
 2438320 2438321 SAJ_1296 SAJ_1297     TRUE 0.944 49.000 0.333 NA   NA
 2438321 2438322 SAJ_1297 SAJ_1298     TRUE 0.611 -16.000 0.000 NA   NA
 2438322 2438323 SAJ_1298 SAJ_1299     FALSE 0.334 1.000 0.000 NA   NA
 2438324 2438325 SAJ_1300 SAJ_1301     TRUE 0.826 -3.000 0.061 NA   NA
 2438326 2438327 SAJ_1302 SAJ_1303   traE TRUE 0.964 2.000 0.667 NA   NA
 2438327 2438328 SAJ_1303 SAJ_1304 traE   FALSE 0.005 393.000 0.000 NA   NA
 2438328 2438329 SAJ_1304 SAJ_1305     FALSE 0.480 19.000 0.000 NA   NA
 2438329 2438330 SAJ_1305 SAJ_1306   traK FALSE 0.470 18.000 0.000 NA   NA
 2438330 2438331 SAJ_1306 SAJ_1307 traK   FALSE 0.377 0.000 0.000 NA   NA
 2438331 2438332 SAJ_1307 SAJ_1308     FALSE 0.256 77.000 0.000 NA   NA
 2438332 2438333 SAJ_1308 SAJ_1309     TRUE 0.949 3.000 0.667 NA   NA
 2438333 2438334 SAJ_1309 SAJ_1310     FALSE 0.012 816.000 0.000 0.064   NA
 2438334 2438335 SAJ_1310 SAJ_1311     FALSE 0.392 52.000 0.000 NA   NA
 2438335 2438336 SAJ_1311 SAJ_1312     FALSE 0.304 2.000 0.000 NA   NA
 2438336 2438337 SAJ_1312 SAJ_1313     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438337 2438338 SAJ_1313 SAJ_1314   rplL FALSE 0.058 199.000 0.002 NA   NA
 2438338 2438339 SAJ_1314 SAJ_1315 rplL   FALSE 0.335 64.000 0.000 NA   NA
 2438340 2438341 SAJ_0026 SAJ_0025     FALSE 0.002 2100.000 0.000 NA   NA
 2438341 2438342 SAJ_0025 SAJ_0024   hpt TRUE 0.919 23.000 0.192 1.000 N NA
 2438342 2438343 SAJ_0024 SAJ_0023 hpt   TRUE 0.698 5.000 0.067 0.055 N NA
 2438343 2438344 SAJ_0023 SAJ_0022     FALSE 0.490 2.000 0.014 1.000 N NA
 2438344 2438345 SAJ_0022 SAJ_0021     TRUE 0.825 0.000 0.105 NA   NA
 2438345 2438346 SAJ_0021 SAJ_0020     FALSE 0.460 3.000 0.009 NA   NA
 2438346 2438347 SAJ_0020 SAJ_0019     TRUE 0.849 -13.000 0.053 1.000 N NA
 2438347 2438348 SAJ_0019 SAJ_0018     FALSE 0.025 291.000 0.024 1.000 N NA
 2438348 2438349 SAJ_0018 SAJ_0017     TRUE 0.867 -40.000 0.018 NA   NA
 2438349 2438350 SAJ_0017 SAJ_0016   pth TRUE 0.897 -3.000 0.137 NA   NA
 2438350 2438351 SAJ_0016 SAJ_0015 pth ychF TRUE 0.743 158.000 0.184 1.000 Y NA
 2438351 2438352 SAJ_0015 SAJ_0014 ychF   FALSE 0.114 160.000 0.002 NA   NA
 2438352 2438353 SAJ_0014 SAJ_0013     FALSE 0.025 202.000 0.000 NA   NA
 2438353 2438354 SAJ_0013 SAJ_0012     FALSE 0.404 10.000 0.015 NA   NA
 2438354 2438355 SAJ_0012 SAJ_0011   dnaN FALSE 0.372 70.000 0.003 1.000 N NA
 2438355 2438356 SAJ_0011 SAJ_0010 dnaN dnaA TRUE 0.839 155.000 0.328 1.000 Y NA
 2438356 2438357 SAJ_0010 SAJ_0009 dnaA   FALSE 0.036 199.000 0.002 1.000 N NA
 2438357 2438358 SAJ_0009 SAJ_0008     FALSE 0.294 98.000 0.015 1.000 N NA
 2438361 2438362 SAJ_0005 SAJ_0004     TRUE 0.503 30.000 0.000 NA   NA
 2438363 2438364 SAJ_0003 SAJ_0002     FALSE 0.384 123.000 0.040 NA   NA
 2438364 2438365 SAJ_0002 SAJ_0001     TRUE 0.653 66.000 0.027 NA   NA
 2438366 2438367 SAJ_1263 SAJ_1264     FALSE 0.064 319.000 0.000 0.008   NA
 2438367 2438368 SAJ_1264 SAJ_1265   orfB TRUE 0.990 36.000 0.667 0.063   NA
 2438368 2438369 SAJ_1265 SAJ_1266 orfB   FALSE 0.006 352.000 0.000 NA   NA
 2438369 2438370 SAJ_1266 SAJ_1267     TRUE 0.986 33.000 0.750 NA   NA
 2438370 2438371 SAJ_1267 SAJ_1268     FALSE 0.205 87.000 0.000 NA   NA
 2438372 2438373 SAJ_1269 SAJ_1270     TRUE 0.943 23.000 0.222 NA   NA
 2438373 2438374 SAJ_1270 SAJ_1271     FALSE 0.010 279.000 0.000 NA   NA
 2438374 2438375 SAJ_1271 SAJ_1272     FALSE 0.036 181.000 0.000 NA   NA
 2438375 2438376 SAJ_1272 SAJ_1273     TRUE 0.596 -13.000 0.000 NA   NA
 2438376 2438377 SAJ_1273 SAJ_1274     FALSE 0.006 362.000 0.000 NA   NA
 2438378 2438379 SAJ_1275 SAJ_1276     FALSE 0.356 61.000 0.000 NA   NA
 2438380 2438381 SAJ_1277 SAJ_1278     TRUE 0.956 -91.000 0.000 0.002   NA
 2438381 2438382 SAJ_1278 SAJ_1279     TRUE 0.576 -7.000 0.000 1.000   NA
 2438382 2438383 SAJ_1279 SAJ_1280     FALSE 0.003 556.000 0.000 NA   NA
 2438385 2438386 SAJ_1282 SAJ_1283   copB FALSE 0.400 50.000 0.000 NA   NA
 2438386 2438387 SAJ_1283 SAJ_1284 copB pacS TRUE 0.660 139.000 0.286 NA   NA
 2438387 2438388 SAJ_1284 SAJ_1285 pacS   TRUE 0.567 148.000 0.024 0.004   NA
 2438388 2438389 SAJ_1285 SAJ_1286     FALSE 0.093 213.000 0.040 1.000   NA
 2438389 2438390 SAJ_1286 SAJ_1287     FALSE 0.002 676.000 0.000 NA   NA
 2438391 2438392 SAJ_1288 SAJ_1289     FALSE 0.003 544.000 0.000 NA   NA
 2438392 2438393 SAJ_1289 SAJ_1290     FALSE 0.232 3.000 0.000 NA   NA
 2438393 2438394 SAJ_1290 SAJ_1291     FALSE 0.164 6.000 0.000 NA   NA
 2438394 2438395 SAJ_1291 SAJ_1292     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438396 2438397 SAJ_1293 SAJ_1294     TRUE 0.973 -3.000 0.500 NA   NA
 2438397 2438398 SAJ_1294 SAJ_1295     TRUE 0.987 54.000 1.000 NA   NA
 2438399 2438400 SAJ_0491 SAJ_0490     FALSE 0.161 113.000 0.000 1.000   NA
 2438400 2438401 SAJ_0490 SAJ_0489     TRUE 0.738 15.000 0.047 NA   NA
 2438401 2438402 SAJ_0489 SAJ_0488     FALSE 0.143 110.000 0.000 NA   NA
 2438402 2438403 SAJ_0488 SAJ_0487     TRUE 0.979 41.000 0.048 0.006 Y NA
 2438403 2438404 SAJ_0487 SAJ_0486     FALSE 0.057 284.000 0.064 1.000   NA
 2438406 2438407 SAJ_0484 SAJ_0483 rbfA   TRUE 0.960 109.000 0.530 1.000 Y NA
 2438407 2438408 SAJ_0483 SAJ_0482     TRUE 0.716 117.000 0.010 0.003   NA
 2438408 2438409 SAJ_0482 SAJ_0481     TRUE 0.853 61.000 0.000 0.003   NA
 2438409 2438410 SAJ_0481 SAJ_0480     FALSE 0.256 77.000 0.000 NA   NA
 2438410 2438411 SAJ_0480 SAJ_0479     TRUE 0.967 -7.000 0.408 NA N NA
 2438411 2438412 SAJ_0479 SAJ_0478   nusA TRUE 0.987 22.000 0.323 NA Y NA
 2438412 2438413 SAJ_0478 SAJ_0477 nusA   TRUE 0.981 48.000 0.759 NA   NA
 2438413 2438414 SAJ_0477 SAJ_0476     FALSE 0.004 452.000 0.000 NA   NA
 2438414 2438415 SAJ_0476 SAJ_0475   trmB FALSE 0.431 44.000 0.000 NA   NA
 2438415 2438416 SAJ_0475 SAJ_0474 trmB   TRUE 0.939 -10.000 0.154 NA   NA
 2438416 2438417 SAJ_0474 SAJ_0473     TRUE 0.776 58.000 0.107 NA N NA
 2438417 2438418 SAJ_0473 SAJ_0472     TRUE 0.805 2.000 0.167 NA N NA
 2438418 2438419 SAJ_0472 SAJ_0471     FALSE 0.009 309.000 0.000 NA   NA
 2438420 2438421 SAJ_0470 SAJ_0469     TRUE 0.828 -3.000 0.063 NA   NA
 2438422 2438423 SAJ_0468 SAJ_0467     TRUE 0.791 9.000 0.283 NA   NA
 2438423 2438424 SAJ_0467 SAJ_0466     TRUE 0.884 -46.000 0.033 NA   NA
 2438424 2438425 SAJ_0466 SAJ_0465     FALSE 0.453 83.000 0.008 NA   NA
 2438425 2438426 SAJ_0465 SAJ_0464     TRUE 0.503 103.000 0.068 NA   NA
 2438426 2438427 SAJ_0464 SAJ_0463     TRUE 0.872 90.000 0.400 NA   NA
 2438429 2438430 SAJ_1089 SAJ_1088 nrdD   FALSE 0.115 131.000 0.000 1.000   NA
 2438430 2438431 SAJ_1088 SAJ_1087     FALSE 0.392 52.000 0.000 NA   NA
 2438431 2438432 SAJ_1087 SAJ_1086   pyrF FALSE 0.021 213.000 0.000 NA   NA
 2438432 2438433 SAJ_1086 SAJ_1085 pyrF pyrE TRUE 0.939 13.000 0.133 1.000 Y NA
 2438433 2438434 SAJ_1085 SAJ_1084 pyrE   TRUE 0.839 12.000 0.003 1.000 Y NA
 2438434 2438435 SAJ_1084 SAJ_1083   pyrB TRUE 0.853 165.000 0.452 1.000 Y NA
 2438435 2438436 SAJ_1083 SAJ_1082 pyrB carA TRUE 0.898 14.000 0.014 1.000 Y NA
 2438436 2438437 SAJ_1082 SAJ_1081 carA carB TRUE 0.991 31.000 0.117 0.002 Y NA
 2438437 2438438 SAJ_1081 SAJ_1080 carB   FALSE 0.110 127.000 0.000 NA   NA
 2438438 2438439 SAJ_1080 SAJ_1079     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438439 2438440 SAJ_1079 SAJ_1078     FALSE 0.135 117.000 0.000 NA   NA
 2438440 2438441 SAJ_1078 SAJ_1077     TRUE 0.630 82.000 0.061 NA   NA
 2438441 2438442 SAJ_1077 SAJ_1076     FALSE 0.004 466.000 0.000 NA   NA
 2438442 2438443 SAJ_1076 SAJ_1075     TRUE 0.982 0.000 0.833 NA   NA
 2438443 2438444 SAJ_1075 SAJ_1074     TRUE 0.913 7.000 0.623 NA   NA
 2438444 2438445 SAJ_1074 SAJ_1073     FALSE 0.015 241.000 0.000 NA   NA
 2438445 2438446 SAJ_1073 SAJ_1072     TRUE 0.633 -25.000 0.000 NA   NA
 2438448 2438449 SAJ_1070 SAJ_1069     FALSE 0.256 12.000 0.000 NA   NA
 2438449 2438450 SAJ_1069 SAJ_1068     FALSE 0.232 3.000 0.000 NA   NA
 2438450 2438451 SAJ_1068 SAJ_1067     FALSE 0.105 129.000 0.000 NA   NA
 2438452 2438453 SAJ_0706 SAJ_0707     FALSE 0.304 2.000 0.000 NA   NA
 2438453 2438454 SAJ_0707 SAJ_0708     TRUE 0.998 -43.000 1.000 NA Y NA
 2438454 2438455 SAJ_0708 SAJ_0709     TRUE 0.949 82.000 0.667 NA   NA
 2438455 2438456 SAJ_0709 SAJ_0710     FALSE 0.059 325.000 0.000 0.010   NA
 2438456 2438457 SAJ_0710 SAJ_0711     FALSE 0.011 275.000 0.000 NA   NA
 2438457 2438458 SAJ_0711 SAJ_0712     FALSE 0.014 249.000 0.000 NA   NA
 2438458 2438459 SAJ_0712 SAJ_0713     FALSE 0.003 521.000 0.000 NA   NA
 2438459 2438460 SAJ_0713 SAJ_0714     FALSE 0.004 431.000 0.000 NA   NA
 2438460 2438461 SAJ_0714 SAJ_0715     FALSE 0.125 122.000 0.000 NA   NA
 2438461 2438462 SAJ_0715 SAJ_0716     FALSE 0.002 1119.000 0.000 NA   NA
 2438462 2438463 SAJ_0716 SAJ_0717     FALSE 0.356 61.000 0.000 NA   NA
 2438463 2438464 SAJ_0717 SAJ_0718     FALSE 0.030 200.000 0.000 1.000   NA
 2438464 2438465 SAJ_0718 SAJ_0719     FALSE 0.232 3.000 0.000 NA   NA
 2438465 2438466 SAJ_0719 SAJ_0720     FALSE 0.304 2.000 0.000 NA   NA
 2438466 2438467 SAJ_0720 SAJ_0721     FALSE 0.002 930.000 0.000 NA   NA
 2438467 2438468 SAJ_0721 SAJ_0722     TRUE 0.952 -3.000 0.000 0.064 Y NA
 2438468 2438469 SAJ_0722 SAJ_0723     TRUE 0.576 -7.000 0.000 1.000   NA
 2438469 2438470 SAJ_0723 SAJ_0724   fabZ TRUE 0.951 -16.000 0.167 NA   NA
 2438470 2438471 SAJ_0724 SAJ_0725 fabZ   FALSE 0.159 -10.000 0.000 NA N NA
 2438471 2438472 SAJ_0725 SAJ_0726     TRUE 0.991 -7.000 0.849 NA   NA
 2438472 2438473 SAJ_0726 SAJ_0727     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438473 2438474 SAJ_0727 SAJ_0728     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438474 2438475 SAJ_0728 SAJ_0729     FALSE 0.196 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2438475 2438476 SAJ_0729 SAJ_0730     FALSE 0.172 5.000 0.000 NA   NA
 2438477 2438478 SAJ_0618 SAJ_0619     FALSE 0.034 185.000 0.000 NA   NA
 2438479 2438480 SAJ_0620 SAJ_0621 pyrD   FALSE 0.009 187.000 0.000 1.000 N NA
 2438480 2438481 SAJ_0621 SAJ_0622     TRUE 0.996 19.000 0.467 0.009 Y NA
 2438481 2438482 SAJ_0622 SAJ_0623     TRUE 0.982 13.000 0.133 0.001 Y NA
 2438482 2438483 SAJ_0623 SAJ_0624     TRUE 0.852 0.000 0.125 1.000   NA
 2438483 2438484 SAJ_0624 SAJ_0625     TRUE 0.641 71.000 0.035 1.000   NA
 2438485 2438486 SAJ_0626 SAJ_0627     FALSE 0.006 344.000 0.000 NA   NA
 2438488 2438489 SAJ_0629 SAJ_0630   aa23 FALSE 0.358 90.000 0.018 1.000 N NA
 2438489 2438490 SAJ_0630 SAJ_0631 aa23 prfB FALSE 0.053 187.000 0.006 1.000 N NA
 2438490 2438491 SAJ_0631 SAJ_0632 prfB   TRUE 0.926 19.000 0.053 0.013 N NA
 2438491 2438492 SAJ_0632 SAJ_0633   ftsX TRUE 0.994 -16.000 0.431 1.000 Y NA
 2438493 2438494 SAJ_0634 SAJ_0635     TRUE 0.680 -3.000 0.004 NA   NA
 2438495 2438496 SAJ_0636 SAJ_0637     FALSE 0.046 108.000 0.000 1.000 N NA
 2438497 2438498 SAJ_0296 SAJ_0297 rplM rpsI TRUE 0.997 21.000 0.601 0.025 Y NA
 2438499 2438500 SAJ_0298 SAJ_0299     FALSE 0.328 69.000 0.000 1.000   NA
 2438501 2438502 SAJ_0300 SAJ_0301     TRUE 0.782 141.000 0.500 NA   NA
 2438502 2438503 SAJ_0301 SAJ_0302     FALSE 0.007 337.000 0.000 NA   NA
 2438503 2438504 SAJ_0302 SAJ_0303   repE FALSE 0.009 300.000 0.000 NA   NA
 2438504 2438505 SAJ_0303 SAJ_0304 repE   FALSE 0.469 36.000 0.000 NA   NA
 2438505 2438506 SAJ_0304 SAJ_0305   preA FALSE 0.008 317.000 0.000 NA   NA
 2438506 2438507 SAJ_0305 SAJ_0306 preA   TRUE 0.850 168.000 1.000 NA   NA
 2438508 2438509 SAJ_0307 SAJ_0308     TRUE 0.577 -10.000 0.000 NA   NA
 2438510 2438511 SAJ_0309 SAJ_0310     FALSE 0.150 102.000 0.000 NA   NA
 2438511 2438512 SAJ_0310 SAJ_0311     TRUE 0.986 0.000 1.000 NA   NA
 2438512 2438513 SAJ_0311 SAJ_0312     TRUE 0.637 -27.000 0.000 NA   NA
 2438513 2438514 SAJ_0312 SAJ_0313     TRUE 0.605 -15.000 0.000 NA   NA
 2438514 2438515 SAJ_0313 SAJ_0314     FALSE 0.486 34.000 0.000 NA   NA
 2438515 2438516 SAJ_0314 SAJ_0315     FALSE 0.176 91.000 0.000 NA   NA
 2438516 2438517 SAJ_0315 SAJ_0316     FALSE 0.004 428.000 0.000 NA   NA
 2438517 2438518 SAJ_0316 SAJ_0317     FALSE 0.125 122.000 0.000 NA   NA
 2438518 2438519 SAJ_0317 SAJ_0318     TRUE 0.851 73.000 0.200 1.000   NA
 2438520 2438521 SAJ_0319 SAJ_0320     TRUE 0.985 1.000 0.619 0.004 N NA
 2438521 2438522 SAJ_0320 SAJ_0321     TRUE 0.976 3.000 0.650 0.004 N NA
 2438522 2438523 SAJ_0321 SAJ_0322     TRUE 0.995 0.000 0.450 0.004 Y NA
 2438524 2438525 SAJ_0323 SAJ_0324 rrsE   FALSE 0.182 90.000 0.000 NA   NA
 2438526 2438527 SAJ_0918 SAJ_0917 atpF atpB TRUE 0.980 18.000 0.032 0.008 Y NA
 2438527 2438528 SAJ_0917 SAJ_0916 atpB   TRUE 0.975 33.000 0.189 0.008   NA
 2438528 2438529 SAJ_0916 SAJ_0915   glgA FALSE 0.008 332.000 0.000 1.000   NA
 2438529 2438530 SAJ_0915 SAJ_0914 glgA glgD TRUE 0.988 -3.000 0.395 1.000 Y NA
 2438530 2438531 SAJ_0914 SAJ_0913 glgD glgC TRUE 0.999 -10.000 0.810 0.002 Y NA
 2438532 2438533 SAJ_0912 SAJ_0911     TRUE 0.986 33.000 0.750 NA   NA
 2438534 2438535 SAJ_0910 SAJ_0909 glgB pulA TRUE 0.613 206.000 0.067 0.008 Y NA
 2438535 2438536 SAJ_0909 SAJ_0908 pulA   TRUE 0.533 4.000 0.088 1.000 N NA
 2438536 2438537 SAJ_0908 SAJ_0907   ligA FALSE 0.424 12.000 0.013 1.000 N NA
 2438537 2438538 SAJ_0907 SAJ_0906 ligA   FALSE 0.171 152.000 0.010 NA   NA
 2438540 2438541 SAJ_0904 SAJ_0903   map TRUE 0.929 2.000 0.373 1.000   NA
 2438541 2438542 SAJ_0903 SAJ_0902 map   TRUE 0.617 131.000 0.235 1.000 N NA
 2438542 2438543 SAJ_0902 SAJ_0901     TRUE 0.962 -7.000 0.342 1.000 N NA
 2438543 2438544 SAJ_0901 SAJ_0900   murA TRUE 0.518 84.000 0.052 1.000 N NA
 2438544 2438545 SAJ_0900 SAJ_0899 murA thiE FALSE 0.034 127.000 0.000 1.000 N NA
 2438545 2438546 SAJ_0899 SAJ_0898 thiE thiM TRUE 0.971 14.000 0.061 0.005 Y NA
 2438546 2438547 SAJ_0898 SAJ_0897 thiM thiD FALSE 0.339 2.000 0.000 1.000   NA
 2438549 2438550 SAJ_0778 SAJ_0779 glnP glnP TRUE 0.996 12.000 0.947 0.011 Y NA
 2438550 2438551 SAJ_0779 SAJ_0780 glnP   TRUE 0.988 13.000 0.400 0.044 Y NA
 2438551 2438552 SAJ_0780 SAJ_0781     TRUE 0.944 12.000 0.185 1.000 Y NA
 2438553 2438554 SAJ_0782 SAJ_0783     TRUE 0.998 -7.000 0.597 0.016 Y NA
 2438554 2438555 SAJ_0783 SAJ_0784     TRUE 0.514 4.000 0.038 1.000   NA
 2438555 2438556 SAJ_0784 SAJ_0785     FALSE 0.475 3.000 0.011 NA   NA
 2438556 2438557 SAJ_0785 SAJ_0786   rnc FALSE 0.087 176.000 0.002 NA   NA
 2438557 2438558 SAJ_0786 SAJ_0787 rnc smc1 FALSE 0.185 188.000 0.120 1.000 N NA
 2438558 2438559 SAJ_0787 SAJ_0788 smc1   TRUE 0.970 -25.000 0.015 0.002   NA
 2438559 2438560 SAJ_0788 SAJ_0789     FALSE 0.200 91.000 0.000 1.000   NA
 2438560 2438561 SAJ_0789 SAJ_0790     TRUE 0.966 0.000 0.250 0.022   NA
 2438561 2438562 SAJ_0790 SAJ_0791     TRUE 0.834 0.000 0.007 0.094   NA
 2438563 2438564 SAJ_0792 SAJ_0793     TRUE 0.982 0.000 0.841 NA   NA
 2438564 2438565 SAJ_0793 SAJ_0794     TRUE 0.622 6.000 0.114 NA   NA
 2438566 2438567 SAJ_0795 SAJ_0796   tex FALSE 0.223 24.000 0.000 1.000 N NA
 2438567 2438568 SAJ_0796 SAJ_0797 tex   TRUE 0.967 -55.000 0.215 NA   NA
 2438569 2438570 SAJ_0145 SAJ_0144   rrsC FALSE 0.182 90.000 0.000 NA   NA
 2438570 2438571 SAJ_0144 SAJ_0143 rrsC rplQ FALSE 0.003 594.000 0.000 NA   NA
 2438571 2438572 SAJ_0143 SAJ_0142 rplQ rpoA TRUE 0.981 15.000 0.873 1.000 N NA
 2438572 2438573 SAJ_0142 SAJ_0141 rpoA rpsK TRUE 0.927 50.000 0.308 1.000 N NA
 2438573 2438574 SAJ_0141 SAJ_0140 rpsK rpsM TRUE 0.997 45.000 0.810 0.024 Y NA
 2438574 2438575 SAJ_0140 SAJ_0139 rpsM infA TRUE 0.766 160.000 0.075 0.030 Y NA
 2438575 2438576 SAJ_0139 SAJ_0138 infA adk FALSE 0.388 116.000 0.059 1.000 N NA
 2438576 2438577 SAJ_0138 SAJ_0137 adk secY FALSE 0.063 409.000 0.241 1.000 N NA
 2438577 2438578 SAJ_0137 SAJ_0136 secY rplO TRUE 0.982 21.000 0.730 1.000 N NA
 2438578 2438579 SAJ_0136 SAJ_0135 rplO rpmD TRUE 0.985 125.000 0.653 0.004 Y NA
 2438579 2438580 SAJ_0135 SAJ_0134 rpmD rpsE TRUE 0.997 15.000 0.789 0.033 Y NA
 2438580 2438581 SAJ_0134 SAJ_0133 rpsE rplR TRUE 0.998 19.000 0.814 0.033 Y NA
 2438581 2438582 SAJ_0133 SAJ_0132 rplR   TRUE 0.990 101.000 0.815 0.024 Y NA
 2438582 2438583 SAJ_0132 SAJ_0131   rpsH TRUE 0.989 110.000 0.808 0.024 Y NA
 2438583 2438584 SAJ_0131 SAJ_0130 rpsH rpsN TRUE 0.944 155.000 0.473 0.024 Y NA
 2438584 2438585 SAJ_0130 SAJ_0129 rpsN   TRUE 0.996 33.000 0.496 0.024 Y NA
 2438585 2438586 SAJ_0129 SAJ_0128   rplX TRUE 0.998 24.000 0.758 0.024 Y NA
 2438586 2438587 SAJ_0128 SAJ_0127 rplX rplN TRUE 0.994 80.000 0.810 0.033 Y NA
 2438587 2438588 SAJ_0127 SAJ_0126 rplN   TRUE 0.998 25.000 0.791 0.033 Y NA
 2438588 2438589 SAJ_0126 SAJ_0125   rpmC TRUE 0.998 26.000 0.828 0.024 Y NA
 2438589 2438590 SAJ_0125 SAJ_0124 rpmC rplP TRUE 0.991 10.000 0.802 0.024 Y NA
 2438590 2438591 SAJ_0124 SAJ_0123 rplP rpsC TRUE 0.992 4.000 0.828 0.033 Y NA
 2438591 2438592 SAJ_0123 SAJ_0122 rpsC rplV TRUE 0.997 40.000 0.719 0.033 Y NA
 2438592 2438593 SAJ_0122 SAJ_0121 rplV rpsS TRUE 0.997 16.000 0.769 0.033 Y NA
 2438593 2438594 SAJ_0121 SAJ_0120 rpsS rplB TRUE 0.990 99.000 0.820 0.033 Y NA
 2438594 2438595 SAJ_0120 SAJ_0119 rplB rplW TRUE 0.998 18.000 0.849 0.030 Y NA
 2438595 2438596 SAJ_0119 SAJ_0118 rplW rplD TRUE 0.990 0.000 0.307 0.024 Y NA
 2438596 2438597 SAJ_0118 SAJ_0117 rplD rplC TRUE 0.997 24.000 0.544 0.024 Y NA
 2438597 2438598 SAJ_0117 SAJ_0116 rplC rpsJ TRUE 0.977 105.000 0.467 0.033 Y NA
 2438598 2438599 SAJ_0116 SAJ_0115 rpsJ   FALSE 0.007 206.000 0.000 1.000 N NA
 2438599 2438600 SAJ_0115 SAJ_0114   thrC FALSE 0.013 168.000 0.000 1.000 N NA
 2438600 2438601 SAJ_0114 SAJ_0113 thrC adhA FALSE 0.278 120.000 0.003 1.000   NA
 2438602 2438603 SAJ_1708 SAJ_1709   rimI TRUE 0.602 76.000 0.030 1.000   NA
 2438603 2438604 SAJ_1709 SAJ_1710 rimI   TRUE 0.875 2.000 0.209 1.000   NA
 2438605 2438606 SAJ_1711 SAJ_1712     TRUE 0.969 54.000 0.576 NA   NA
 2438607 2438608 SAJ_1713 SAJ_1714   glnA FALSE 0.070 148.000 0.000 NA   NA
 2438608 2438609 SAJ_1714 SAJ_1715 glnA   TRUE 0.910 34.000 0.179 1.000 N NA
 2438609 2438610 SAJ_1715 SAJ_1716     FALSE 0.101 286.000 0.154 NA   NA
 2438610 2438611 SAJ_1716 SAJ_1717   pgk FALSE 0.029 263.000 0.002 NA   NA
 2438611 2438612 SAJ_1717 SAJ_1718 pgk   FALSE 0.205 135.000 0.003 1.000   NA
 2438612 2438613 SAJ_1718 SAJ_1719   gap FALSE 0.026 209.000 0.000 1.000   NA
 2438613 2438614 SAJ_1719 SAJ_1720 gap fusA FALSE 0.007 204.000 0.000 1.000 N NA
 2438614 2438615 SAJ_1720 SAJ_1721 fusA rpsG TRUE 0.912 155.000 0.579 1.000 Y NA
 2438615 2438616 SAJ_1721 SAJ_1722 rpsG rpsL TRUE 0.993 22.000 0.224 0.005 Y NA
 2438616 2438617 SAJ_1722 SAJ_1723 rpsL purR FALSE 0.005 219.000 0.000 1.000 N NA
 2438617 2438618 SAJ_1723 SAJ_1724 purR   TRUE 0.503 97.000 0.052 1.000   NA
 2438618 2438619 SAJ_1724 SAJ_1725     TRUE 0.846 -10.000 0.030 NA   NA
 2438619 2438620 SAJ_1725 SAJ_1726     TRUE 0.637 2.000 0.030 NA   NA
 2438620 2438621 SAJ_1726 SAJ_1727   rpe TRUE 0.918 -7.000 0.166 1.000 N NA
 2438621 2438622 SAJ_1727 SAJ_1728 rpe   TRUE 0.753 7.000 0.213 1.000   NA
 2438622 2438623 SAJ_1728 SAJ_1729     FALSE 0.032 198.000 0.000 1.000   NA
 2438623 2438624 SAJ_1729 SAJ_1730   ksgA FALSE 0.209 4.000 0.000 1.000   NA
 2438625 2438626 SAJ_1055 SAJ_1054     FALSE 0.002 800.000 0.000 NA   NA
 2438626 2438627 SAJ_1054 SAJ_1053     FALSE 0.003 536.000 0.000 NA   NA
 2438627 2438628 SAJ_1053 SAJ_1052     TRUE 0.991 12.000 0.538 0.015 Y NA
 2438628 2438629 SAJ_1052 SAJ_1051     TRUE 0.586 156.000 0.050 1.000 Y NA
 2438629 2438630 SAJ_1051 SAJ_1050     FALSE 0.026 201.000 0.000 NA   NA
 2438630 2438631 SAJ_1050 SAJ_1049     FALSE 0.011 276.000 0.000 NA   NA
 2438631 2438632 SAJ_1049 SAJ_1048   rnhB TRUE 0.943 -13.000 0.148 1.000   NA
 2438632 2438633 SAJ_1048 SAJ_1047 rnhB   TRUE 0.719 21.000 0.003 1.000   NA
 2438633 2438634 SAJ_1047 SAJ_1046     FALSE 0.032 198.000 0.000 1.000   NA
 2438634 2438635 SAJ_1046 SAJ_1045     TRUE 0.998 -3.000 0.870 0.043 Y NA
 2438635 2438636 SAJ_1045 SAJ_1044     TRUE 0.996 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 2438636 2438637 SAJ_1044 SAJ_1043     TRUE 0.902 62.000 0.012 1.000 Y NA
 2438637 2438638 SAJ_1043 SAJ_1042     FALSE 0.026 138.000 0.000 1.000 N NA
 2438638 2438639 SAJ_1042 SAJ_1041   topA TRUE 0.924 95.000 0.238 1.000 Y NA
 2438639 2438640 SAJ_1041 SAJ_1040 topA   FALSE 0.026 137.000 0.000 1.000 N NA
 2438640 2438641 SAJ_1040 SAJ_1039     TRUE 0.975 12.000 0.438 1.000 Y NA
 2438642 2438643 SAJ_0585 SAJ_0586   typA FALSE 0.023 232.000 0.003 NA N NA
 2438643 2438644 SAJ_0586 SAJ_0587 typA   TRUE 0.711 45.000 0.015 NA   NA
 2438644 2438645 SAJ_0587 SAJ_0588   murD FALSE 0.230 130.000 0.006 NA   NA
 2438645 2438646 SAJ_0588 SAJ_0589 murD murG TRUE 0.881 3.000 0.060 1.000 Y NA
 2438646 2438647 SAJ_0589 SAJ_0590 murG   TRUE 0.849 4.000 0.072 NA Y NA
 2438647 2438648 SAJ_0590 SAJ_0591   ftsA FALSE 0.216 272.000 0.389 NA N NA
 2438648 2438649 SAJ_0591 SAJ_0592 ftsA   TRUE 0.991 22.000 0.460 1.000 Y NA
 2438649 2438650 SAJ_0592 SAJ_0593     FALSE 0.311 6.000 0.002 NA   NA
 2438650 2438651 SAJ_0593 SAJ_0594     FALSE 0.444 12.000 0.002 NA   NA
 2438651 2438652 SAJ_0594 SAJ_0595     TRUE 0.896 3.000 0.370 NA   NA
 2438652 2438653 SAJ_0595 SAJ_0596     TRUE 0.906 2.000 0.287 NA   NA
 2438653 2438654 SAJ_0596 SAJ_0597     FALSE 0.358 113.000 0.015 NA   NA
 2438654 2438655 SAJ_0597 SAJ_0598     TRUE 0.911 10.000 0.579 NA   NA
 2438655 2438656 SAJ_0598 SAJ_0599     FALSE 0.017 292.000 0.012 NA N NA
 2438656 2438657 SAJ_0599 SAJ_0600     TRUE 0.953 34.000 0.020 0.001   NA
 2438658 2438659 SAJ_0601 SAJ_0602     TRUE 0.809 64.000 0.114 NA   NA
 2438659 2438660 SAJ_0602 SAJ_0603     FALSE 0.135 186.000 0.079 1.000 N NA
 2438662 2438663 SAJ_0352 SAJ_0353     TRUE 0.849 21.000 0.069 NA   NA
 2438664 2438665 SAJ_0354 SAJ_0355   nagA FALSE 0.011 278.000 0.000 NA   NA
 2438665 2438666 SAJ_0355 SAJ_0356 nagA   FALSE 0.150 119.000 0.000 1.000   NA
 2438666 2438667 SAJ_0356 SAJ_0357   glyQ FALSE 0.005 424.000 0.000 1.000   NA
 2438667 2438668 SAJ_0357 SAJ_0358 glyQ   FALSE 0.147 0.000 0.000 1.000 N NA
 2438668 2438669 SAJ_0358 SAJ_0359   glyS FALSE 0.060 4.000 0.000 1.000 N NA
 2438669 2438670 SAJ_0359 SAJ_0360 glyS   TRUE 0.560 12.000 0.020 NA   NA
 2438670 2438671 SAJ_0360 SAJ_0361     TRUE 0.499 32.000 0.000 NA   NA
 2438671 2438672 SAJ_0361 SAJ_0362   glpK FALSE 0.137 115.000 0.000 NA   NA
 2438672 2438673 SAJ_0362 SAJ_0363 glpK   TRUE 0.994 13.000 0.500 0.002 Y NA
 2438673 2438674 SAJ_0363 SAJ_0364     TRUE 0.924 12.000 0.500 1.000 N NA
 2438674 2438675 SAJ_0364 SAJ_0365     TRUE 0.703 145.000 0.364 1.000   NA
 2438675 2438676 SAJ_0365 SAJ_0366     TRUE 0.867 9.000 0.462 NA   NA
 2438676 2438677 SAJ_0366 SAJ_0367   tktA FALSE 0.008 326.000 0.000 NA   NA
 2438677 2438678 SAJ_0367 SAJ_0368 tktA   TRUE 0.826 65.000 0.000 0.004   NA
 2438678 2438679 SAJ_0368 SAJ_0369   tktA TRUE 0.897 35.000 0.000 0.004   NA
 2438679 2438680 SAJ_0369 SAJ_0370 tktA   FALSE 0.023 207.000 0.000 NA   NA
 2438680 2438681 SAJ_0370 SAJ_0371     TRUE 0.905 20.000 0.136 NA   NA
 2438682 2438683 SAJ_0731 SAJ_0732     TRUE 0.641 -31.000 0.000 NA   NA
 2438683 2438684 SAJ_0732 SAJ_0733     FALSE 0.006 343.000 0.000 NA   NA
 2438684 2438685 SAJ_0733 SAJ_0734     FALSE 0.486 34.000 0.000 NA   NA
 2438685 2438686 SAJ_0734 SAJ_0735     FALSE 0.159 97.000 0.000 NA   NA
 2438686 2438687 SAJ_0735 SAJ_0736     FALSE 0.459 46.000 0.000 1.000   NA
 2438687 2438688 SAJ_0736 SAJ_0737     FALSE 0.041 184.000 0.000 1.000   NA
 2438688 2438689 SAJ_0737 SAJ_0738     TRUE 0.919 21.000 0.000 0.002   NA
 2438689 2438690 SAJ_0738 SAJ_0739     TRUE 0.909 -3.000 0.000 0.002   NA
 2438690 2438691 SAJ_0739 SAJ_0740     TRUE 0.499 32.000 0.000 NA   NA
 2438691 2438692 SAJ_0740 SAJ_0741     FALSE 0.476 35.000 0.000 NA   NA
 2438692 2438693 SAJ_0741 SAJ_0742     FALSE 0.476 35.000 0.000 NA   NA
 2438693 2438694 SAJ_0742 SAJ_0743     FALSE 0.118 124.000 0.000 NA   NA
 2438694 2438695 SAJ_0743 SAJ_0744     FALSE 0.168 10.000 0.000 NA   NA
 2438695 2438696 SAJ_0744 SAJ_0745     FALSE 0.217 85.000 0.000 NA   NA
 2438696 2438697 SAJ_0745 SAJ_0746     FALSE 0.476 35.000 0.000 NA   NA
 2438697 2438698 SAJ_0746 SAJ_0747     FALSE 0.152 9.000 0.000 NA   NA
 2438698 2438699 SAJ_0747 SAJ_0748     FALSE 0.181 97.000 0.000 1.000   NA
 2438701 2438702 SAJ_1224 SAJ_1223   apt FALSE 0.122 123.000 0.000 NA   NA
 2438702 2438703 SAJ_1223 SAJ_1222 apt   FALSE 0.177 118.000 0.005 NA N NA
 2438703 2438704 SAJ_1222 SAJ_1221     FALSE 0.349 104.000 0.012 NA   NA
 2438704 2438705 SAJ_1221 SAJ_1220     TRUE 0.967 -10.000 0.283 NA   NA
 2438705 2438706 SAJ_1220 SAJ_1219     FALSE 0.400 9.000 0.021 NA   NA
 2438706 2438707 SAJ_1219 SAJ_1218   rfbA TRUE 0.702 59.000 0.059 1.000 N NA
 2438707 2438708 SAJ_1218 SAJ_1217 rfbA   TRUE 0.961 0.000 0.149 1.000 Y NA
 2438708 2438709 SAJ_1217 SAJ_1216   rfbB TRUE 0.675 207.000 0.350 1.000 Y NA
 2438711 2438712 SAJ_1214 SAJ_1213     FALSE 0.337 -31.000 0.000 1.000 N NA
 2438712 2438713 SAJ_1213 SAJ_1212     FALSE 0.173 92.000 0.000 NA   NA
 2438713 2438714 SAJ_1212 SAJ_1211     TRUE 0.867 -10.000 0.048 NA   NA
 2438714 2438715 SAJ_1211 SAJ_1210     FALSE 0.403 110.000 0.022 1.000   NA
 2438715 2438716 SAJ_1210 SAJ_1209   budA TRUE 0.625 14.000 0.044 1.000 N NA
 2438718 2438719 SAJ_1758 SAJ_1759     FALSE 0.362 66.000 0.000 1.000   NA
 2438719 2438720 SAJ_1759 SAJ_1760     TRUE 0.921 22.000 0.154 1.000   NA
 2438720 2438721 SAJ_1760 SAJ_1761     TRUE 0.982 -31.000 0.154 0.021   NA
 2438721 2438722 SAJ_1761 SAJ_1762   serA TRUE 0.591 98.000 0.133 1.000 N NA
 2438722 2438723 SAJ_1762 SAJ_1763 serA   TRUE 0.904 19.000 0.133 1.000   NA
 2438723 2438724 SAJ_1763 SAJ_1764     FALSE 0.020 235.000 0.000 1.000   NA
 2438724 2438725 SAJ_1764 SAJ_1765     FALSE 0.014 164.000 0.000 1.000 N NA
 2438725 2438726 SAJ_1765 SAJ_1766   araD TRUE 0.748 11.000 0.000 1.000 Y NA
 2438726 2438727 SAJ_1766 SAJ_1767 araD   TRUE 0.989 2.000 0.700 1.000 Y NA
 2438727 2438728 SAJ_1767 SAJ_1768     TRUE 0.970 4.000 0.536 1.000 Y NA
 2438728 2438729 SAJ_1768 SAJ_1769     TRUE 0.930 113.000 0.328 1.000 Y NA
 2438729 2438730 SAJ_1769 SAJ_1770     TRUE 0.987 67.000 0.279 0.011 Y NA
 2438730 2438731 SAJ_1770 SAJ_1771     TRUE 0.988 28.000 0.431 0.018   NA
 2438731 2438732 SAJ_1771 SAJ_1772     FALSE 0.045 168.000 0.000 NA   NA
 2438732 2438733 SAJ_1772 SAJ_1773   purA FALSE 0.002 655.000 0.000 NA   NA
 2438733 2438734 SAJ_1773 SAJ_1774 purA   FALSE 0.001 371.000 0.000 1.000 N NA
 2438737 2438738 SAJ_0647 SAJ_0648     TRUE 0.931 -3.000 0.214 NA   NA
 2438738 2438739 SAJ_0648 SAJ_0649     TRUE 0.970 -3.000 0.470 NA   NA
 2438739 2438740 SAJ_0649 SAJ_0650     TRUE 0.685 15.000 0.015 1.000   NA
 2438740 2438741 SAJ_0650 SAJ_0651     TRUE 0.572 142.000 0.250 1.000 N NA
 2438741 2438742 SAJ_0651 SAJ_0652     TRUE 0.657 89.000 0.000 0.009   NA
 2438743 2438744 SAJ_0653 SAJ_0655 rpmE   TRUE 0.521 85.000 0.020 1.000   NA
 2438744 2438745 SAJ_0655 SAJ_0654     TRUE 0.930 -149.000 0.000 0.021   NA
 2438746 2438747 SAJ_0656 SAJ_0657 add   TRUE 0.639 59.000 0.034 1.000 N NA
 2438747 2438748 SAJ_0657 SAJ_0658     TRUE 0.773 77.000 0.167 1.000 N NA
 2438748 2438749 SAJ_0658 SAJ_0659     TRUE 0.862 -7.000 0.094 1.000 N NA
 2438749 2438750 SAJ_0659 SAJ_0660   rplS FALSE 0.005 580.000 0.006 1.000 N NA
 2438750 2438751 SAJ_0660 SAJ_0661 rplS   FALSE 0.142 111.000 0.000 NA   NA
 2438753 2438754 SAJ_0663 SAJ_0664     FALSE 0.051 162.000 0.000 NA   NA
 2438754 2438755 SAJ_0664 SAJ_0665     TRUE 0.498 22.000 0.000 NA   NA
 2438757 2438758 SAJ_0667 SAJ_0668     FALSE 0.168 10.000 0.000 NA   NA
 2438759 2438760 SAJ_1680 SAJ_1679     TRUE 0.975 -18.000 0.326 NA   NA
 2438761 2438762 SAJ_1678 SAJ_1677   pflB FALSE 0.174 101.000 0.000 1.000   NA
 2438764 2438765 SAJ_1675 SAJ_1674     FALSE 0.440 114.000 0.050 NA   NA
 2438765 2438766 SAJ_1674 SAJ_1673   lepB FALSE 0.403 129.000 0.099 1.000 N NA
 2438766 2438767 SAJ_1673 SAJ_1672 lepB rnhC TRUE 0.775 16.000 0.080 1.000 N NA
 2438768 2438769 SAJ_1671 SAJ_1670   cvpA TRUE 0.522 3.000 0.019 NA   NA
 2438769 2438770 SAJ_1670 SAJ_1669 cvpA   TRUE 0.686 76.000 0.070 1.000   NA
 2438770 2438771 SAJ_1669 SAJ_1668   lppB FALSE 0.387 4.000 0.005 1.000   NA
 2438771 2438772 SAJ_1668 SAJ_1667 lppB trx TRUE 0.632 81.000 0.053 1.000   NA
 2438773 2438774 SAJ_1666 SAJ_1665     FALSE 0.053 177.000 0.002 1.000 N NA
 2438776 2438777 SAJ_1123 SAJ_1122     TRUE 0.633 -25.000 0.000 NA   NA
 2438777 2438778 SAJ_1122 SAJ_1121   guaC FALSE 0.025 203.000 0.000 NA   NA
 2438778 2438779 SAJ_1121 SAJ_1120 guaC xpt FALSE 0.182 255.000 0.009 1.000 Y NA
 2438779 2438780 SAJ_1120 SAJ_1119 xpt   TRUE 0.931 0.000 0.046 1.000 Y NA
 2438781 2438782 SAJ_1118 SAJ_1117     FALSE 0.155 99.000 0.000 NA   NA
 2438782 2438783 SAJ_1117 SAJ_1116     TRUE 0.981 24.000 0.588 NA   NA
 2438783 2438784 SAJ_1116 SAJ_1115     TRUE 0.943 18.000 0.243 NA   NA
 2438784 2438785 SAJ_1115 SAJ_1114     TRUE 0.517 149.000 0.189 1.000   NA
 2438786 2438787 SAJ_1113 SAJ_1112   prfA TRUE 0.792 35.000 0.062 1.000 N NA
 2438787 2438788 SAJ_1112 SAJ_1111 prfA   TRUE 0.970 0.000 0.084 0.051 Y NA
 2438788 2438789 SAJ_1111 SAJ_1110     TRUE 0.957 -7.000 0.029 NA Y NA
 2438789 2438790 SAJ_1110 SAJ_1109   glyA FALSE 0.299 92.000 0.015 NA N NA
 2438790 2438791 SAJ_1109 SAJ_1108 glyA   TRUE 0.614 5.000 0.103 NA   NA
 2438791 2438792 SAJ_1108 SAJ_1107     TRUE 0.801 2.000 0.128 NA   NA
 2438792 2438793 SAJ_1107 SAJ_1106     TRUE 0.637 12.000 0.053 NA   NA
 2438794 2438795 SAJ_0817 SAJ_0818     TRUE 0.968 -16.000 0.250 NA   NA
 2438797 2438798 SAJ_0820 SAJ_0821 ppc   FALSE 0.326 106.000 0.028 1.000 N NA
 2438798 2438799 SAJ_0821 SAJ_0822   tuf FALSE 0.002 352.000 0.000 1.000 N NA
 2438799 2438800 SAJ_0822 SAJ_0823 tuf tpiA FALSE 0.052 181.000 0.003 1.000 N NA
 2438800 2438801 SAJ_0823 SAJ_0824 tpiA gpmA FALSE 0.307 177.000 0.000 1.000 Y NA
 2438801 2438802 SAJ_0824 SAJ_0825 gpmA   FALSE 0.032 129.000 0.000 1.000 N NA
 2438802 2438803 SAJ_0825 SAJ_0826   recR TRUE 0.555 15.000 0.013 1.000 N NA
 2438803 2438804 SAJ_0826 SAJ_0827 recR   FALSE 0.143 141.000 0.010 1.000 N NA
 2438804 2438805 SAJ_0827 SAJ_0828     TRUE 0.818 147.000 0.046 0.009 Y NA
 2438806 2438807 SAJ_1587 SAJ_1588     TRUE 0.986 24.000 0.125 0.042 Y NA
 2438807 2438808 SAJ_1588 SAJ_1589     FALSE 0.015 161.000 0.000 1.000 N NA
 2438808 2438809 SAJ_1589 SAJ_1590     FALSE 0.047 103.000 0.000 1.000 N NA
 2438809 2438810 SAJ_1590 SAJ_1591     TRUE 0.709 73.000 0.079 1.000   NA
 2438810 2438811 SAJ_1591 SAJ_1592     TRUE 0.706 87.000 0.120 1.000   NA
 2438811 2438812 SAJ_1592 SAJ_1593   murC FALSE 0.484 86.000 0.014 1.000   NA
 2438812 2438813 SAJ_1593 SAJ_1594 murC   FALSE 0.389 10.000 0.013 NA   NA
 2438813 2438814 SAJ_1594 SAJ_1595     FALSE 0.172 5.000 0.000 NA   NA
 2438814 2438815 SAJ_1595 SAJ_1596     FALSE 0.347 62.000 0.000 NA   NA
 2438815 2438816 SAJ_1596 SAJ_1597     FALSE 0.147 155.000 0.004 1.000   NA
 2438816 2438817 SAJ_1597 SAJ_1598     TRUE 0.676 48.000 0.008 1.000   NA
 2438817 2438818 SAJ_1598 SAJ_1599     TRUE 0.991 69.000 0.817 NA Y NA
 2438818 2438819 SAJ_1599 SAJ_1600     TRUE 0.785 0.000 0.109 NA N NA
 2438821 2438822 SAJ_0450 SAJ_0449   accA FALSE 0.003 470.000 0.000 NA   NA
 2438822 2438823 SAJ_0449 SAJ_0448 accA accD TRUE 0.995 -7.000 0.234 0.004 Y NA
 2438823 2438824 SAJ_0448 SAJ_0447 accD accC TRUE 0.930 9.000 0.090 0.006 Y NA
 2438824 2438825 SAJ_0447 SAJ_0446 accC   TRUE 0.947 38.000 0.045 NA Y NA
 2438825 2438826 SAJ_0446 SAJ_0445   accB TRUE 0.773 115.000 0.047 NA Y NA
 2438826 2438827 SAJ_0445 SAJ_0444 accB   TRUE 0.979 -34.000 0.074 1.000 Y NA
 2438827 2438828 SAJ_0444 SAJ_0443   fabG TRUE 0.946 16.000 0.056 1.000 Y NA
 2438828 2438829 SAJ_0443 SAJ_0442 fabG fabD TRUE 0.979 9.000 0.432 0.009 Y NA
 2438829 2438830 SAJ_0442 SAJ_0441 fabD   TRUE 0.881 20.000 0.099 1.000   NA
 2438830 2438831 SAJ_0441 SAJ_0440     FALSE 0.287 155.000 0.072 1.000   NA
 2438831 2438832 SAJ_0440 SAJ_0439     TRUE 0.910 10.000 0.019 0.009 Y NA
 2438832 2438833 SAJ_0439 SAJ_0438     TRUE 0.728 0.000 0.070 1.000 N NA
 2438833 2438834 SAJ_0438 SAJ_0437     TRUE 0.522 96.000 0.098 1.000 N NA
 2438834 2438835 SAJ_0437 SAJ_0436     FALSE 0.387 176.000 0.083 0.061   NA
 2438837 2438838 SAJ_0180 SAJ_0179 thiD truA TRUE 0.878 -37.000 0.058 1.000 N NA
 2438838 2438839 SAJ_0179 SAJ_0178 truA   FALSE 0.099 71.000 0.000 1.000 N NA
 2438839 2438840 SAJ_0178 SAJ_0177     FALSE 0.044 114.000 0.000 1.000 N NA
 2438840 2438841 SAJ_0177 SAJ_0176     TRUE 0.597 289.000 0.196 0.003 Y NA
 2438841 2438842 SAJ_0176 SAJ_0175   grpE TRUE 0.674 181.000 0.026 0.005 Y NA
 2438842 2438843 SAJ_0175 SAJ_0174 grpE hrcA TRUE 0.525 3.000 0.051 1.000 N NA
 2438843 2438844 SAJ_0174 SAJ_0173 hrcA   FALSE 0.265 95.000 0.009 1.000 N NA
 2438844 2438845 SAJ_0173 SAJ_0172     TRUE 0.898 -3.000 0.174 1.000 N NA
 2438845 2438846 SAJ_0172 SAJ_0171     TRUE 0.898 -3.000 0.174 1.000 N NA
 2438846 2438847 SAJ_0171 SAJ_0170     FALSE 0.144 122.000 0.000 1.000   NA
 2438847 2438848 SAJ_0170 SAJ_0169     FALSE 0.015 245.000 0.000 NA   NA
 2438848 2438849 SAJ_0169 SAJ_0168     FALSE 0.019 220.000 0.000 NA   NA
 2438849 2438850 SAJ_0168 SAJ_0167     FALSE 0.002 920.000 0.000 NA   NA
 2438850 2438851 SAJ_0167 SAJ_0166     FALSE 0.286 70.000 0.000 NA   NA
 2438851 2438852 SAJ_0166 SAJ_0165     TRUE 0.565 -9.000 0.000 NA   NA
 2438852 2438853 SAJ_0165 SAJ_0164     FALSE 0.005 375.000 0.000 NA   NA
 2438853 2438854 SAJ_0164 SAJ_0163     FALSE 0.212 11.000 0.000 NA   NA
 2438854 2438855 SAJ_0163 SAJ_0162     FALSE 0.157 7.000 0.000 NA   NA
 2438855 2438856 SAJ_0162 SAJ_0161     FALSE 0.373 15.000 0.000 NA   NA
 2438858 2438859 SAJ_0160 SAJ_0159     FALSE 0.256 12.000 0.000 NA   NA
 2438859 2438860 SAJ_0159 SAJ_0158     FALSE 0.232 3.000 0.000 NA   NA
 2438860 2438861 SAJ_0158 SAJ_0156     FALSE 0.256 12.000 0.000 NA   NA
 2438861 2438862 SAJ_0156 SAJ_0155     FALSE 0.329 14.000 0.000 NA   NA
 2438862 2438863 SAJ_0155 SAJ_0154     FALSE 0.153 8.000 0.000 NA   NA
 2438864 2438865 SAJ_1203 SAJ_1202     TRUE 0.862 57.000 0.143 NA   NA
 2438865 2438866 SAJ_1202 SAJ_1201     TRUE 0.780 90.000 0.217 NA   NA
 2438866 2438867 SAJ_1201 SAJ_1200   rpiA FALSE 0.001 477.000 0.000 1.000 N NA
 2438867 2438868 SAJ_1200 SAJ_1199 rpiA   TRUE 0.698 57.000 0.018 1.000   NA
 2438868 2438869 SAJ_1199 SAJ_1198     TRUE 0.877 85.000 0.080 0.003   NA
 2438869 2438870 SAJ_1198 SAJ_1197   arsC TRUE 0.848 51.000 0.108 1.000   NA
 2438870 2438871 SAJ_1197 SAJ_1196 arsC   TRUE 0.837 39.000 0.108 1.000 N NA
 2438871 2438872 SAJ_1196 SAJ_1195     FALSE 0.071 86.000 0.000 1.000 N NA
 2438872 2438873 SAJ_1195 SAJ_1194   deoD TRUE 0.813 -16.000 0.027 1.000 N NA
 2438873 2438874 SAJ_1194 SAJ_1193 deoD   TRUE 0.586 9.000 0.107 NA   NA
 2438876 2438877 SAJ_1191 SAJ_1190     TRUE 0.895 6.000 0.583 1.000 N NA
 2438877 2438878 SAJ_1190 SAJ_1189     TRUE 0.970 9.000 0.636 1.000 Y NA
 2438878 2438879 SAJ_1189 SAJ_1188     TRUE 0.947 11.000 0.800 1.000 N NA
 2438879 2438880 SAJ_1188 SAJ_1187     FALSE 0.293 13.000 0.000 NA   NA
 2438881 2438882 SAJ_0088 SAJ_0089     FALSE 0.084 147.000 0.000 1.000   NA
 2438882 2438883 SAJ_0089 SAJ_0090     FALSE 0.007 355.000 0.000 1.000   NA
 2438883 2438884 SAJ_0090 SAJ_0091     TRUE 0.887 47.000 0.000 1.000 Y NA
 2438884 2438885 SAJ_0091 SAJ_0092     TRUE 0.860 88.000 0.000 0.041 Y NA
 2438885 2438886 SAJ_0092 SAJ_0093     TRUE 0.993 10.000 1.000 0.041 Y NA
 2438886 2438887 SAJ_0093 SAJ_0094     TRUE 0.964 13.000 0.250 NA Y NA
 2438887 2438888 SAJ_0094 SAJ_0095     FALSE 0.487 20.000 0.000 NA   NA
 2438888 2438889 SAJ_0095 SAJ_0096     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2438889 2438890 SAJ_0096 SAJ_0097   xylR FALSE 0.192 17.000 0.000 1.000 N NA
 2438890 2438891 SAJ_0097 SAJ_0098 xylR   TRUE 0.524 8.000 0.105 1.000 N NA
 2438893 2438894 SAJ_0100 SAJ_0101 purD purE FALSE 0.434 185.000 0.044 1.000 Y NA
 2438894 2438895 SAJ_0101 SAJ_0102 purE   TRUE 0.996 -13.000 0.201 0.003 Y NA
 2438897 2438898 SAJ_1999 SAJ_2000 mutS argR TRUE 0.518 57.000 0.008 1.000 N NA
 2438899 2438900 SAJ_2001 SAJ_2002 argS   TRUE 0.503 88.000 0.032 NA   NA
 2438901 2438902 SAJ_2003 SAJ_2004     FALSE 0.489 108.000 0.062 NA   NA
 2438902 2438903 SAJ_2004 SAJ_2005   aspS TRUE 0.825 -10.000 0.016 NA   NA
 2438903 2438904 SAJ_2005 SAJ_2006 aspS hisS TRUE 0.945 93.000 0.161 0.050 Y NA
 2438905 2438906 SAJ_2007 SAJ_2008 rpmF rpmG TRUE 0.966 16.000 0.012 0.031 Y NA
 2438906 2438907 SAJ_2008 SAJ_2009 rpmG   FALSE 0.017 247.000 0.000 1.000   NA
 2438907 2438908 SAJ_2009 SAJ_2010     FALSE 0.246 85.000 0.000 1.000   NA
 2438908 2438909 SAJ_2010 SAJ_2011     TRUE 0.995 -16.000 0.492 1.000 Y NA
 2438910 2438911 SAJ_0842 SAJ_0843     FALSE 0.084 147.000 0.000 1.000   NA
 2438911 2438912 SAJ_0843 SAJ_0844     FALSE 0.395 81.000 0.012 1.000 N NA
 2438912 2438913 SAJ_0844 SAJ_0845     FALSE 0.008 338.000 0.000 1.000   NA
 2438913 2438914 SAJ_0845 SAJ_0846   asc TRUE 0.960 -7.000 0.259 1.000   NA
 2438914 2438915 SAJ_0846 SAJ_0847 asc   TRUE 0.888 141.000 0.136 0.011 Y NA
 2438915 2438916 SAJ_0847 SAJ_0848     TRUE 0.985 17.000 0.318 1.000 Y NA
 2438918 2438919 SAJ_0850 SAJ_0851     TRUE 0.968 25.000 0.095 1.000 Y NA
 2438919 2438920 SAJ_0851 SAJ_0852     FALSE 0.174 101.000 0.000 1.000   NA
 2438921 2438922 SAJ_0853 SAJ_0854   queA FALSE 0.082 81.000 0.000 1.000 N NA
 2438924 2438925 SAJ_0760 SAJ_0761     TRUE 0.495 17.000 0.000 1.000   NA
 2438925 2438926 SAJ_0761 SAJ_0762     TRUE 0.955 29.000 0.333 1.000 N NA
 2438926 2438927 SAJ_0762 SAJ_0763     TRUE 0.871 117.000 0.583 1.000 N NA
 2438927 2438928 SAJ_0763 SAJ_0764   uxaC TRUE 0.990 17.000 0.467 1.000 Y NA
 2438928 2438929 SAJ_0764 SAJ_0765 uxaC uxuA TRUE 0.998 18.000 0.533 0.001 Y NA
 2438929 2438930 SAJ_0765 SAJ_0766 uxuA   TRUE 0.758 124.000 0.364 1.000 N NA
 2438930 2438931 SAJ_0766 SAJ_0767     FALSE 0.439 153.000 0.035 0.060   NA
 2438931 2438932 SAJ_0767 SAJ_0768     TRUE 0.706 16.000 0.012 1.000   NA
 2438934 2438935 SAJ_0770 SAJ_0771 ccpA   FALSE 0.264 132.000 0.041 1.000 N NA
 2438936 2438937 SAJ_0242 SAJ_0241     FALSE 0.304 114.000 0.007 NA   NA
 2438937 2438938 SAJ_0241 SAJ_0240   rpoB TRUE 0.996 87.000 0.851 0.002 Y NA
 2438938 2438939 SAJ_0240 SAJ_0239 rpoB   FALSE 0.001 524.000 0.000 1.000 N NA
 2438940 2438941 SAJ_0238 SAJ_0237 tyrS   FALSE 0.002 1105.000 0.000 NA   NA
 2438943 2438944 SAJ_1930 SAJ_1931     FALSE 0.184 4.000 0.000 NA   NA
 2438944 2438945 SAJ_1931 SAJ_1932   str FALSE 0.002 687.000 0.000 NA   NA
 2438945 2438946 SAJ_1932 SAJ_1933 str   FALSE 0.002 1006.000 0.000 NA   NA
 2438946 2438947 SAJ_1933 SAJ_1934     TRUE 0.983 -13.000 0.486 NA   NA
 2438947 2438948 SAJ_1934 SAJ_1935     FALSE 0.004 522.000 0.000 1.000   NA
 2438948 2438949 SAJ_1935 SAJ_1936     FALSE 0.148 106.000 0.000 NA   NA
 2438949 2438950 SAJ_1936 SAJ_1937     TRUE 0.966 15.000 0.569 NA   NA
 2438950 2438951 SAJ_1937 SAJ_1938     FALSE 0.003 292.000 0.000 1.000 N NA
 2438951 2438952 SAJ_1938 SAJ_1939     FALSE 0.016 249.000 0.000 1.000   NA
 2438953 2438954 SAJ_1940 SAJ_1941     TRUE 0.865 17.000 0.104 NA   NA
 2438955 2438956 SAJ_1338 SAJ_1337 mvk mvaD TRUE 0.997 -18.000 0.281 0.004 Y NA
 2438956 2438957 SAJ_1337 SAJ_1336 mvaD   TRUE 0.996 -7.000 0.312 0.005 Y NA
 2438957 2438958 SAJ_1336 SAJ_1335   fni TRUE 0.829 -3.000 0.097 1.000 N NA
 2438958 2438959 SAJ_1335 SAJ_1334 fni   FALSE 0.304 68.000 0.000 NA   NA
 2438960 2438961 SAJ_1333 SAJ_1332     FALSE 0.048 101.000 0.000 1.000 N NA
 2438961 2438962 SAJ_1332 SAJ_1331   hlyIII TRUE 0.728 87.000 0.135 1.000   NA
 2438962 2438963 SAJ_1331 SAJ_1330 hlyIII   TRUE 0.740 86.000 0.146 NA   NA
 2438963 2438964 SAJ_1330 SAJ_1329     FALSE 0.433 92.000 0.020 NA   NA
 2438964 2438965 SAJ_1329 SAJ_1328     TRUE 0.955 2.000 0.183 1.000 Y NA
 2438966 2438967 SAJ_1327 SAJ_1326 thyA folA TRUE 0.858 80.000 0.295 1.000 N NA
 2438967 2438968 SAJ_1326 SAJ_1325 folA clpX FALSE 0.006 218.000 0.000 1.000 N NA
 2438968 2438969 SAJ_1325 SAJ_1324 clpX   TRUE 0.567 11.000 0.043 1.000   NA
 2438971 2438972 SAJ_2384 SAJ_2385     FALSE 0.469 36.000 0.000 NA   NA
 2438972 2438973 SAJ_2385 SAJ_2386     FALSE 0.223 84.000 0.000 NA   NA
 2438973 2438974 SAJ_2386 SAJ_2387     TRUE 0.822 11.000 0.231 NA   NA
 2438974 2438975 SAJ_2387 SAJ_2388     TRUE 0.970 15.000 0.615 NA   NA
 2438975 2438976 SAJ_2388 SAJ_2389     TRUE 0.976 -7.000 0.444 NA   NA
 2438976 2438977 SAJ_2389 SAJ_2390     FALSE 0.006 365.000 0.000 NA   NA
 2438977 2438978 SAJ_2390 SAJ_2391     TRUE 0.639 -28.000 0.000 NA   NA
 2438978 2438979 SAJ_2391 SAJ_2392     FALSE 0.184 4.000 0.000 NA   NA
 2438979 2438980 SAJ_2392 SAJ_2393     TRUE 0.896 22.000 0.118 NA   NA
 2438980 2438981 SAJ_2393 SAJ_2394     TRUE 0.934 -19.000 0.118 NA   NA
 2438981 2438982 SAJ_2394 SAJ_2395     FALSE 0.061 477.000 0.250 NA   NA
 2438982 2438983 SAJ_2395 SAJ_2396     FALSE 0.264 75.000 0.000 NA   NA
 2438983 2438984 SAJ_2396 SAJ_2397     FALSE 0.458 138.000 0.125 NA   NA
 2438985 2438986 SAJ_2398 SAJ_2399     TRUE 0.935 52.000 0.294 NA   NA
 2438987 2438988 SAJ_2400 SAJ_2401     FALSE 0.002 701.000 0.000 NA   NA
 2438988 2438989 SAJ_2401 SAJ_2402     FALSE 0.047 166.000 0.000 NA   NA
 2438990 2438991 SAJ_0525 SAJ_0526   nrdI TRUE 0.989 1.000 0.643 NA Y NA
 2438991 2438992 SAJ_0526 SAJ_0527 nrdI new TRUE 0.994 2.000 1.000 NA Y NA
 2438992 2438993 SAJ_0527 SAJ_0528 new   FALSE 0.341 63.000 0.000 NA   NA
 2438993 2438994 SAJ_0528 SAJ_0529     TRUE 0.857 13.000 0.200 NA   NA
 2438995 2438996 SAJ_0530 SAJ_0531     FALSE 0.016 239.000 0.000 NA   NA
 2438996 2438997 SAJ_0531 SAJ_0532     FALSE 0.205 87.000 0.000 NA   NA
 2438997 2438998 SAJ_0532 SAJ_0533     TRUE 0.929 24.000 0.167 1.000   NA
 2438998 2438999 SAJ_0533 SAJ_0534     TRUE 0.781 10.000 0.095 0.047   NA
 2438999 2439000 SAJ_0534 SAJ_0535     TRUE 0.804 16.000 0.095 1.000 N NA
 2439000 2439001 SAJ_0535 SAJ_0536     FALSE 0.164 110.000 0.000 1.000   NA
 2439001 2439002 SAJ_0536 SAJ_0537   czcD-like FALSE 0.246 85.000 0.000 1.000   NA
 2439003 2439004 SAJ_0538 SAJ_0539     TRUE 0.986 33.000 0.750 NA   NA
 2439005 2439006 SAJ_2247 SAJ_2248     FALSE 0.005 403.000 0.000 NA   NA
 2439006 2439007 SAJ_2248 SAJ_2249     FALSE 0.423 16.000 0.000 NA   NA
 2439007 2439008 SAJ_2249 SAJ_2250     FALSE 0.256 77.000 0.000 NA   NA
 2439008 2439009 SAJ_2250 SAJ_2251     FALSE 0.113 126.000 0.000 NA   NA
 2439009 2439010 SAJ_2251 SAJ_2252     FALSE 0.009 304.000 0.000 NA   NA
 2439010 2439011 SAJ_2252 SAJ_2253     TRUE 0.992 23.000 1.000 NA   NA
 2439011 2439012 SAJ_2253 SAJ_2254     TRUE 0.885 12.000 0.300 NA   NA
 2439012 2439013 SAJ_2254 SAJ_2255     FALSE 0.240 11.000 0.000 1.000   NA
 2439013 2439014 SAJ_2255 SAJ_2256     TRUE 0.565 -9.000 0.000 NA   NA
 2439014 2439015 SAJ_2256 SAJ_2257     FALSE 0.256 12.000 0.000 NA   NA
 2439017 2439018 SAJ_2050 SAJ_2051     FALSE 0.024 215.000 0.000 1.000   NA
 2439018 2439019 SAJ_2051 SAJ_2052   guaB FALSE 0.297 75.000 0.000 1.000   NA
 2439019 2439020 SAJ_2052 SAJ_2053 guaB   FALSE 0.017 157.000 0.000 1.000 N NA
 2439020 2439021 SAJ_2053 SAJ_2054     FALSE 0.471 10.000 0.000 0.033 N NA
 2439022 2439023 SAJ_2055 SAJ_2056   arcA FALSE 0.012 267.000 0.000 NA   NA
 2439023 2439024 SAJ_2056 SAJ_2057 arcA   TRUE 0.523 6.000 0.056 1.000   NA
 2439024 2439025 SAJ_2057 SAJ_2058   argF TRUE 0.856 16.000 0.104 1.000   NA
 2439025 2439026 SAJ_2058 SAJ_2059 argF   TRUE 0.919 63.000 0.042 1.000 Y NA
 2439026 2439027 SAJ_2059 SAJ_2060   arcC TRUE 0.965 21.000 0.091 1.000 Y NA
 2439028 2439029 SAJ_2061 SAJ_2062 trpS   FALSE 0.146 108.000 0.000 NA   NA
 2439030 2439031 SAJ_0382 SAJ_0383 deaD   FALSE 0.302 138.000 0.036 1.000   NA
 2439031 2439032 SAJ_0383 SAJ_0384     TRUE 0.939 95.000 0.143 0.040 Y NA
 2439032 2439033 SAJ_0384 SAJ_0385     TRUE 0.992 0.000 0.310 0.005 Y NA
 2439033 2439034 SAJ_0385 SAJ_0386     TRUE 0.839 98.000 0.364 NA   NA
 2439034 2439035 SAJ_0386 SAJ_0387   trxB TRUE 0.781 69.000 0.117 NA   NA
 2439035 2439036 SAJ_0387 SAJ_0388 trxB   FALSE 0.124 158.000 0.017 1.000 N NA
 2439036 2439037 SAJ_0388 SAJ_0389   nadE TRUE 0.993 -3.000 0.194 0.002 Y NA
 2439037 2439038 SAJ_0389 SAJ_0390 nadE pepC FALSE 0.282 113.000 0.017 1.000 N NA
 2439039 2439040 SAJ_0391 SAJ_0392   recU TRUE 0.946 47.000 0.319 1.000   NA
 2439041 2439042 SAJ_0393 SAJ_0394     TRUE 0.879 121.000 0.579 NA   NA
 2439043 2439044 SAJ_0325 SAJ_0326     FALSE 0.184 4.000 0.000 NA   NA
 2439044 2439045 SAJ_0326 SAJ_0327     FALSE 0.164 6.000 0.000 NA   NA
 2439045 2439046 SAJ_0327 SAJ_0328     FALSE 0.462 37.000 0.000 NA   NA
 2439046 2439047 SAJ_0328 SAJ_0329     FALSE 0.153 8.000 0.000 NA   NA
 2439047 2439048 SAJ_0329 SAJ_0330     FALSE 0.470 18.000 0.000 NA   NA
 2439048 2439050 SAJ_0330 SAJ_0331     FALSE 0.373 15.000 0.000 NA   NA
 2439050 2439051 SAJ_0331 SAJ_0332     FALSE 0.232 3.000 0.000 NA   NA
 2439051 2439052 SAJ_0332 SAJ_0333     FALSE 0.329 14.000 0.000 NA   NA
 2439052 2439053 SAJ_0333 SAJ_0334     FALSE 0.157 7.000 0.000 NA   NA
 2439053 2439054 SAJ_0334 SAJ_0335     FALSE 0.373 15.000 0.000 NA   NA
 2439054 2439055 SAJ_0335 SAJ_0336     FALSE 0.157 7.000 0.000 NA   NA
 2439055 2439056 SAJ_0336 SAJ_0337     FALSE 0.212 11.000 0.000 NA   NA
 2439056 2439057 SAJ_0337 SAJ_0338     FALSE 0.009 310.000 0.000 NA   NA
 2439057 2439058 SAJ_0338 SAJ_0339     FALSE 0.335 64.000 0.000 NA   NA
 2439058 2439059 SAJ_0339 SAJ_0340     TRUE 0.991 19.000 1.000 NA   NA
 2439059 2439060 SAJ_0340 SAJ_0341     FALSE 0.168 10.000 0.000 NA   NA
 2439062 2439063 SAJ_0343 SAJ_0344     TRUE 0.501 31.000 0.000 NA   NA
 2439063 2439064 SAJ_0344 SAJ_0345     FALSE 0.001 573.000 0.000 1.000 N NA
 2439064 2439065 SAJ_0345 SAJ_0346     FALSE 0.008 332.000 0.000 1.000   NA
 2439065 2439066 SAJ_0346 SAJ_0347     TRUE 0.853 43.000 0.000 0.013   NA
 2439067 2439068 SAJ_0348 SAJ_0349     TRUE 0.956 -3.000 0.333 NA   NA
 2439068 2439069 SAJ_0349 SAJ_0350     FALSE 0.068 580.000 0.000 0.032 Y NA
 2439069 2439070 SAJ_0350 SAJ_0351     TRUE 0.875 24.000 0.085 1.000   NA
 2439071 2439072 SAJ_1651 SAJ_1650 efp   FALSE 0.490 89.000 0.031 NA   NA
 2439072 2439073 SAJ_1650 SAJ_1649   nusB TRUE 0.959 -7.000 0.265 NA   NA
 2439074 2439075 SAJ_1648 SAJ_1647     TRUE 0.948 2.000 0.571 1.000 N NA
 2439076 2439077 SAJ_1646 SAJ_1645     TRUE 0.964 68.000 0.235 1.000 Y NA
 2439077 2439078 SAJ_1645 SAJ_1644   manA TRUE 0.928 118.000 0.333 1.000 Y NA
 2439078 2439079 SAJ_1644 SAJ_1643 manA secA FALSE 0.361 109.000 0.042 1.000 N NA
 2439079 2439080 SAJ_1643 SAJ_1642 secA aroG FALSE 0.035 126.000 0.000 1.000 N NA
 2439080 2439081 SAJ_1642 SAJ_1641 aroG acpS FALSE 0.224 25.000 0.000 1.000 N NA
 2439083 2439084 SAJ_1001 SAJ_1000     FALSE 0.206 153.000 0.024 NA   NA
 2439084 2439085 SAJ_1000 SAJ_0999     TRUE 0.685 16.000 0.039 NA N NA
 2439085 2439086 SAJ_0999 SAJ_0998   gyrA FALSE 0.262 7.000 0.013 NA N NA
 2439088 2439089 SAJ_0996 SAJ_0995   rbsC FALSE 0.028 205.000 0.000 1.000   NA
 2439089 2439090 SAJ_0995 SAJ_0994 rbsC rbsC TRUE 0.983 2.000 0.720 0.040   NA
 2439090 2439091 SAJ_0994 SAJ_0993 rbsC   TRUE 0.976 -7.000 0.438 1.000   NA
 2439091 2439092 SAJ_0993 SAJ_0992     FALSE 0.274 145.000 0.036 1.000   NA
 2439094 2439095 SAJ_1816 SAJ_1817     FALSE 0.111 133.000 0.000 1.000   NA
 2439095 2439096 SAJ_1817 SAJ_1818   polC FALSE 0.240 127.000 0.020 1.000 N NA
 2439096 2439097 SAJ_1818 SAJ_1819 polC   FALSE 0.038 123.000 0.000 1.000 N NA
 2439097 2439098 SAJ_1819 SAJ_1820   proS FALSE 0.036 125.000 0.000 1.000 N NA
 2439098 2439099 SAJ_1820 SAJ_1821 proS   TRUE 0.534 92.000 0.095 1.000 N NA
 2439099 2439100 SAJ_1821 SAJ_1822   cdsA TRUE 0.764 31.000 0.040 1.000 N NA
 2439100 2439101 SAJ_1822 SAJ_1823 cdsA uppS TRUE 0.952 15.000 0.113 1.000 Y NA
 2439102 2439103 SAJ_0804 SAJ_0805     FALSE 0.110 127.000 0.000 NA   NA
 2439103 2439104 SAJ_0805 SAJ_0806     FALSE 0.118 124.000 0.000 NA   NA
 2439106 2439107 SAJ_0808 SAJ_0809 ribD ribE TRUE 0.960 5.000 0.456 1.000 Y NA
 2439107 2439108 SAJ_0809 SAJ_0810 ribE   TRUE 0.953 18.000 0.051 1.000 Y NA
 2439108 2439109 SAJ_0810 SAJ_0811   ribH TRUE 0.979 15.000 0.054 0.002 Y NA
 2439112 2439113 SAJ_0814 SAJ_0815     TRUE 0.779 22.000 0.018 NA   NA
 2439115 2439116 SAJ_0080 SAJ_0079     FALSE 0.079 412.000 0.024 1.000 Y NA
 2439116 2439117 SAJ_0079 SAJ_0078   purC TRUE 0.938 48.000 0.043 1.000 Y NA
 2439117 2439118 SAJ_0078 SAJ_0077 purC   FALSE 0.245 124.000 0.017 1.000 N NA
 2439118 2439119 SAJ_0077 SAJ_0076   plsX TRUE 0.929 11.000 0.017 0.009 Y NA
 2439119 2439120 SAJ_0076 SAJ_0075 plsX   FALSE 0.250 78.000 0.000 NA   NA
 2439120 2439121 SAJ_0075 SAJ_0074   recO FALSE 0.182 90.000 0.000 NA   NA
 2439121 2439122 SAJ_0074 SAJ_0073 recO aspB FALSE 0.327 89.000 0.012 1.000 N NA
 2439122 2439123 SAJ_0073 SAJ_0072 aspB   TRUE 0.794 108.000 0.048 1.000 Y NA
 2439123 2439124 SAJ_0072 SAJ_0071     FALSE 0.118 124.000 0.000 NA   NA
 2439125 2439126 SAJ_1358 SAJ_1357 fruK   TRUE 0.996 36.000 0.816 1.000 Y NA
 2439126 2439127 SAJ_1357 SAJ_1356     FALSE 0.031 189.000 0.000 NA   NA
 2439127 2439128 SAJ_1356 SAJ_1355     FALSE 0.397 51.000 0.000 NA   NA
 2439128 2439129 SAJ_1355 SAJ_1354     TRUE 0.706 73.000 0.083 NA   NA
 2439129 2439130 SAJ_1354 SAJ_1353     TRUE 0.759 0.000 0.056 NA   NA
 2439130 2439131 SAJ_1353 SAJ_1352   pcnA FALSE 0.034 185.000 0.000 NA   NA
 2439131 2439132 SAJ_1352 SAJ_1351 pcnA   TRUE 0.598 11.000 0.056 1.000   NA
 2439132 2439133 SAJ_1351 SAJ_1350     TRUE 0.709 -3.000 0.006 1.000   NA
 2439133 2439134 SAJ_1350 SAJ_1349     TRUE 0.500 67.000 0.013 1.000 N NA
 2439134 2439135 SAJ_1349 SAJ_1348     TRUE 0.980 5.000 0.846 0.007   NA
 2439136 2439137 SAJ_0381 SAJ_0380 deaD mraY FALSE 0.247 98.000 0.007 1.000 N NA
 2439137 2439138 SAJ_0380 SAJ_0379 mraY   TRUE 0.903 2.000 0.038 1.000 Y NA
 2439138 2439139 SAJ_0379 SAJ_0378     TRUE 0.872 4.000 0.456 1.000 N NA
 2439139 2439140 SAJ_0378 SAJ_0377   mraW TRUE 0.733 15.000 0.077 1.000 N NA
 2439140 2439141 SAJ_0377 SAJ_0376 mraW proA FALSE 0.131 134.000 0.003 1.000 N NA
 2439141 2439142 SAJ_0376 SAJ_0375 proA proB TRUE 0.979 10.000 0.281 0.002 Y NA
 2439144 2439145 SAJ_0373 SAJ_0372     TRUE 0.855 4.000 0.341 NA   NA
 2439146 2439147 SAJ_0112 SAJ_0111     FALSE 0.003 270.000 0.000 1.000 N NA
 2439147 2439148 SAJ_0111 SAJ_0110     TRUE 0.959 -3.000 0.351 NA   NA
 2439148 2439149 SAJ_0110 SAJ_0109     FALSE 0.405 7.000 0.019 NA   NA
 2439149 2439150 SAJ_0109 SAJ_0108   ruvB FALSE 0.103 152.000 0.005 1.000 N NA
 2439150 2439151 SAJ_0108 SAJ_0107 ruvB   FALSE 0.017 339.000 0.002 1.000   NA
 2439151 2439152 SAJ_0107 SAJ_0106   purB FALSE 0.162 152.000 0.005 1.000   NA
 2439152 2439153 SAJ_0106 SAJ_0105 purB   TRUE 0.504 25.000 0.000 NA   NA
 2439153 2439154 SAJ_0105 SAJ_0104     FALSE 0.007 336.000 0.000 NA   NA
 2439154 2439155 SAJ_0104 SAJ_0103     FALSE 0.360 162.000 0.000 0.003   NA
 2439156 2439157 SAJ_1973 SAJ_1974     FALSE 0.425 197.000 0.080 0.003   NA
 2439157 2439158 SAJ_1974 SAJ_1975   deoC FALSE 0.351 67.000 0.000 1.000   NA
 2439158 2439159 SAJ_1975 SAJ_1976 deoC   TRUE 0.988 30.000 0.333 1.000 Y NA
 2439159 2439160 SAJ_1976 SAJ_1977   udp TRUE 0.946 21.000 0.015 1.000 Y NA
 2439162 2439163 SAJ_1979 SAJ_1980   groES TRUE 0.916 96.000 0.032 0.005 Y NA
 2439163 2439164 SAJ_1980 SAJ_1981 groES   FALSE 0.144 175.000 0.020 1.000   NA
 2439164 2439165 SAJ_1981 SAJ_1982     TRUE 0.695 5.000 0.143 1.000   NA
 2439165 2439166 SAJ_1982 SAJ_1983     FALSE 0.423 16.000 0.000 NA   NA
 2439166 2439167 SAJ_1983 SAJ_1984     FALSE 0.004 465.000 0.000 NA   NA
 2439168 2439169 SAJ_0243 SAJ_0244     FALSE 0.304 114.000 0.007 NA   NA
 2439169 2439170 SAJ_0244 SAJ_0245     FALSE 0.217 173.000 0.083 NA   NA
 2439170 2439171 SAJ_0245 SAJ_0246     TRUE 0.934 89.000 0.639 1.000   NA
 2439171 2439172 SAJ_0246 SAJ_0247     TRUE 0.900 -3.000 0.000 NA Y NA
 2439172 2439173 SAJ_0247 SAJ_0248     TRUE 0.967 -22.000 0.232 NA   NA
 2439173 2439174 SAJ_0248 SAJ_0249     TRUE 0.510 115.000 0.087 NA   NA
 2439174 2439175 SAJ_0249 SAJ_0250   ackA TRUE 0.883 32.000 0.130 1.000 N NA
 2439175 2439176 SAJ_0250 SAJ_0251 ackA   FALSE 0.277 152.000 0.094 1.000 N NA
 2439176 2439177 SAJ_0251 SAJ_0252     FALSE 0.369 59.000 0.000 NA   NA
 2439177 2439178 SAJ_0252 SAJ_0253     FALSE 0.438 41.000 0.000 NA   NA
 2439178 2439179 SAJ_0253 SAJ_0254     FALSE 0.294 69.000 0.000 NA   NA
 2439180 2439181 SAJ_0255 SAJ_0256 proC   TRUE 0.568 70.000 0.041 1.000 N NA
 2439182 2439183 SAJ_0257 SAJ_0258     TRUE 0.898 -3.000 0.140 NA   NA
 2439183 2439184 SAJ_0258 SAJ_0259     TRUE 0.949 33.000 0.239 1.000   NA
 2439185 2439186 SAJ_1734 SAJ_1735     TRUE 0.972 -13.000 0.058 NA Y NA
 2439186 2439187 SAJ_1735 SAJ_1736     FALSE 0.143 110.000 0.000 NA   NA
 2439187 2439188 SAJ_1736 SAJ_1737     FALSE 0.480 19.000 0.000 NA   NA
 2439188 2439189 SAJ_1737 SAJ_1738     TRUE 0.565 -9.000 0.000 NA   NA
 2439189 2439190 SAJ_1738 SAJ_1739     FALSE 0.377 0.000 0.000 NA   NA
 2439190 2439191 SAJ_1739 SAJ_1740     FALSE 0.041 175.000 0.000 NA   NA
 2439191 2439192 SAJ_1740 SAJ_1741   dltC TRUE 0.973 -7.000 0.409 NA   NA
 2439192 2439193 SAJ_1741 SAJ_1742 dltC   TRUE 0.947 15.000 0.387 NA   NA
 2439193 2439194 SAJ_1742 SAJ_1743   dltA TRUE 0.959 -3.000 0.435 NA N NA
 2439194 2439195 SAJ_1743 SAJ_1744 dltA   FALSE 0.022 146.000 0.000 1.000 N NA
 2439195 2439196 SAJ_1744 SAJ_1745     TRUE 0.870 0.000 0.000 1.000 Y NA
 2439196 2439197 SAJ_1745 SAJ_1746   rpmH FALSE 0.007 356.000 0.000 1.000   NA
 2439197 2439198 SAJ_1746 SAJ_1747 rpmH   FALSE 0.035 184.000 0.000 NA   NA
 2439200 2439201 SAJ_1920 SAJ_1921     TRUE 0.955 77.000 0.667 NA   NA
 2439201 2439202 SAJ_1921 SAJ_1922     TRUE 0.596 -13.000 0.000 NA   NA
 2439202 2439203 SAJ_1922 SAJ_1923     TRUE 0.992 22.000 1.000 NA   NA
 2439203 2439204 SAJ_1923 SAJ_1924     TRUE 0.904 60.000 0.222 NA   NA
 2439204 2439205 SAJ_1924 SAJ_1925     TRUE 0.664 -22.000 0.000 1.000   NA
 2439205 2439206 SAJ_1925 SAJ_1926   merA FALSE 0.016 160.000 0.000 1.000 N NA
 2439206 2439207 SAJ_1926 SAJ_1927 merA merR TRUE 0.951 29.000 0.051 0.002 N NA
 2439209 2439210 SAJ_2036 SAJ_2037   gidA TRUE 0.577 67.000 0.011 NA   NA
 2439210 2439211 SAJ_2037 SAJ_2038 gidA   FALSE 0.013 138.000 0.000 NA N NA
 2439211 2439212 SAJ_2038 SAJ_2039   trmU TRUE 0.575 32.000 0.005 NA N NA
 2439213 2439214 SAJ_2040 SAJ_2041 sdhB sdhA TRUE 0.982 84.000 0.221 0.001 Y NA
 2439215 2439216 SAJ_2042 SAJ_2043     FALSE 0.111 133.000 0.000 1.000   NA
 2439216 2439217 SAJ_2043 SAJ_2044     FALSE 0.023 216.000 0.000 1.000   NA
 2439217 2439218 SAJ_2044 SAJ_2045   cbiO TRUE 0.978 -7.000 0.136 1.000 Y NA
 2439218 2439219 SAJ_2045 SAJ_2046 cbiO   TRUE 0.999 -24.000 0.713 0.032 Y NA
 2439219 2439220 SAJ_2046 SAJ_2047   pgsA TRUE 0.582 0.000 0.015 1.000 N NA
 2439220 2439221 SAJ_2047 SAJ_2048 pgsA   FALSE 0.141 123.000 0.000 1.000   NA
 2439222 2439223 SAJ_0979 SAJ_0980 dnaE   TRUE 0.711 81.000 0.098 1.000   NA
 2439223 2439224 SAJ_0980 SAJ_0981   pyk TRUE 0.721 253.000 0.261 0.004 Y NA
 2439224 2439225 SAJ_0981 SAJ_0982 pyk lepB FALSE 0.218 171.000 0.072 1.000   NA
 2439227 2439228 SAJ_0984 SAJ_0985 glmS phnA FALSE 0.085 163.000 0.008 1.000 N NA
 2439228 2439229 SAJ_0985 SAJ_0986 phnA   FALSE 0.199 135.000 0.018 1.000 N NA
 2439229 2439230 SAJ_0986 SAJ_0987     TRUE 0.880 10.000 0.130 1.000 Y NA
 2439230 2439231 SAJ_0987 SAJ_0988     TRUE 0.987 -58.000 0.154 1.000 Y NA
 2439232 2439233 SAJ_0989 SAJ_0990 rpsT   TRUE 0.558 60.000 0.014 1.000 N NA
 2439239 2439240 SAJ_1171 SAJ_1170     FALSE 0.294 69.000 0.000 NA   NA
 2439240 2439241 SAJ_1170 SAJ_1169     TRUE 0.939 -19.000 0.121 1.000   NA
 2439241 2439242 SAJ_1169 SAJ_1168     FALSE 0.064 159.000 0.000 1.000   NA
 2439242 2439243 SAJ_1168 SAJ_1167     TRUE 0.839 64.000 0.060 0.084 N NA
 2439244 2439245 SAJ_1166 SAJ_1165     FALSE 0.015 133.000 0.000 NA N NA
 2439245 2439246 SAJ_1165 SAJ_1164   pcrA FALSE 0.024 106.000 0.000 NA N NA
 2439249 2439250 SAJ_1750 SAJ_1751     TRUE 0.988 19.000 0.177 0.084 Y NA
 2439252 2439253 SAJ_1753 SAJ_1754 xfp   FALSE 0.182 90.000 0.000 NA   NA
 2439253 2439254 SAJ_1754 SAJ_1755     FALSE 0.127 317.000 0.231 NA   NA
 2439255 2439256 SAJ_1629 SAJ_1628     TRUE 0.759 66.000 0.085 NA   NA
 2439256 2439257 SAJ_1628 SAJ_1627     TRUE 0.501 23.000 0.000 NA   NA
 2439257 2439258 SAJ_1627 SAJ_1626     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2439258 2439259 SAJ_1626 SAJ_1625     FALSE 0.435 93.000 0.023 NA   NA
 2439259 2439260 SAJ_1625 SAJ_1624     FALSE 0.267 139.000 0.000 0.045 N NA
 2439261 2439262 SAJ_1623 SAJ_1622     TRUE 0.974 10.000 0.857 0.057   NA
 2439262 2439263 SAJ_1622 SAJ_1621     TRUE 0.825 0.000 0.099 1.000   NA
 2439263 2439264 SAJ_1621 SAJ_1620     TRUE 0.995 38.000 0.316 0.002 Y NA
 2439264 2439265 SAJ_1620 SAJ_1619     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2439266 2439267 SAJ_1618 SAJ_1617     TRUE 0.922 10.000 0.625 1.000   NA
 2439267 2439268 SAJ_1617 SAJ_1616     FALSE 0.152 118.000 0.000 1.000   NA
 2439268 2439269 SAJ_1616 SAJ_1615     FALSE 0.141 155.000 0.002 1.000   NA
 2439269 2439270 SAJ_1615 SAJ_1614     FALSE 0.172 102.000 0.000 1.000   NA
 2439271 2439272 SAJ_1105 SAJ_1104     TRUE 0.982 1.000 0.895 1.000   NA
 2439273 2439274 SAJ_1103 SAJ_1102     TRUE 0.550 110.000 0.098 NA   NA
 2439274 2439275 SAJ_1102 SAJ_1101   coaC TRUE 0.724 46.000 0.019 NA   NA
 2439275 2439276 SAJ_1101 SAJ_1100 coaC coaB TRUE 0.801 -7.000 0.013 1.000   NA
 2439277 2439278 SAJ_1099 SAJ_1098   noxB TRUE 0.744 -7.000 0.019 1.000 N NA
 2439278 2439279 SAJ_1098 SAJ_1097 noxB   TRUE 0.964 -3.000 0.100 1.000 Y NA
 2439279 2439280 SAJ_1097 SAJ_1096     TRUE 0.977 29.000 0.571 1.000 N NA
 2439280 2439281 SAJ_1096 SAJ_1095     TRUE 0.902 -7.000 0.107 NA   NA
 2439282 2439283 SAJ_0888 SAJ_0887     FALSE 0.012 270.000 0.000 NA   NA
 2439283 2439284 SAJ_0887 SAJ_0886     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2439284 2439285 SAJ_0886 SAJ_0885     FALSE 0.005 396.000 0.000 NA   NA
 2439285 2439286 SAJ_0885 SAJ_0884     FALSE 0.315 67.000 0.000 NA   NA
 2439286 2439287 SAJ_0884 SAJ_0883   metK FALSE 0.003 521.000 0.000 NA   NA
 2439289 2439290 SAJ_0881 SAJ_0880   dnaX TRUE 0.575 89.000 0.067 NA   NA
 2439290 2439291 SAJ_0880 SAJ_0879 dnaX   TRUE 0.613 0.000 0.030 NA N NA
 2439291 2439292 SAJ_0879 SAJ_0878   udk FALSE 0.205 87.000 0.000 NA   NA
 2439293 2439294 SAJ_0759 SAJ_0758     TRUE 0.829 67.000 0.000 NA Y NA
 2439294 2439295 SAJ_0758 SAJ_0757     FALSE 0.003 207.000 0.000 NA N NA
 2439295 2439296 SAJ_0757 SAJ_0756   pfoSR TRUE 0.857 14.000 0.158 1.000   NA
 2439298 2439299 SAJ_0754 SAJ_0753     FALSE 0.049 164.000 0.000 NA   NA
 2439299 2439300 SAJ_0753 SAJ_0752     TRUE 0.887 -3.000 0.127 NA   NA
 2439303 2439304 SAJ_1654 SAJ_1655     TRUE 0.568 12.000 0.018 1.000   NA
 2439304 2439305 SAJ_1655 SAJ_1656     TRUE 0.916 52.000 0.007 0.002   NA
 2439305 2439306 SAJ_1656 SAJ_1657     FALSE 0.154 100.000 0.000 NA   NA
 2439306 2439307 SAJ_1657 SAJ_1658     TRUE 0.871 114.000 0.500 NA   NA
 2439307 2439308 SAJ_1658 SAJ_1659   uvrA FALSE 0.002 336.000 0.000 1.000 N NA
 2439308 2439309 SAJ_1659 SAJ_1660 uvrA   FALSE 0.072 147.000 0.000 NA   NA
 2439309 2439310 SAJ_1660 SAJ_1661   corA TRUE 0.858 25.000 0.072 NA   NA
 2439310 2439311 SAJ_1661 SAJ_1662 corA rpsR FALSE 0.013 170.000 0.000 1.000 N NA
 2439311 2439312 SAJ_1662 SAJ_1663 rpsR   TRUE 0.602 45.000 0.012 1.000 N NA
 2439312 2439313 SAJ_1663 SAJ_1664   rpsF FALSE 0.408 12.000 0.012 1.000 N NA
 2439314 2439315 SAJ_0202 SAJ_0203     FALSE 0.168 148.000 0.006 NA   NA
 2439316 2439317 SAJ_0204 SAJ_0205     FALSE 0.005 368.000 0.000 NA   NA
 2439318 2439319 SAJ_0206 SAJ_0208     FALSE 0.023 207.000 0.000 NA   NA
 2439320 2439321 SAJ_0207 SAJ_0209     FALSE 0.065 158.000 0.000 1.000   NA
 2439321 2439322 SAJ_0209 SAJ_0210     TRUE 0.938 10.000 0.758 1.000   NA
 2439323 2439324 SAJ_0211 SAJ_0212   bacA TRUE 0.863 46.000 0.118 NA   NA
 2439324 2439325 SAJ_0212 SAJ_0213 bacA   FALSE 0.091 252.000 0.132 NA N NA
 2439325 2439326 SAJ_0213 SAJ_0214     TRUE 0.877 2.000 0.267 NA N NA
 2439327 2439328 SAJ_0679 SAJ_0680 gyrB ezrA FALSE 0.283 94.000 0.011 1.000 N NA
 2439328 2439329 SAJ_0680 SAJ_0681 ezrA serB FALSE 0.267 94.000 0.009 1.000 N NA
 2439330 2439331 SAJ_0682 SAJ_0683     FALSE 0.293 13.000 0.000 NA   NA
 2439334 2439335 SAJ_0686 SAJ_0687 aroA aroK TRUE 0.953 -7.000 0.012 1.000 Y NA
 2439336 2439337 SAJ_0452 SAJ_0453 fabZ accC TRUE 0.949 38.000 0.045 1.000 Y NA
 2439337 2439338 SAJ_0453 SAJ_0454 accC accD TRUE 0.932 9.000 0.090 0.005 Y NA
 2439338 2439339 SAJ_0454 SAJ_0455 accD accA TRUE 0.995 -7.000 0.234 0.004 Y NA
 2439339 2439340 SAJ_0455 SAJ_0456 accA   FALSE 0.003 470.000 0.000 NA   NA
 2439343 2439344 SAJ_0459 SAJ_0460     TRUE 0.668 179.000 0.583 NA   NA
 2439344 2439345 SAJ_0460 SAJ_0461     TRUE 0.997 15.000 0.812 0.016 Y NA
 2439347 2439348 SAJ_1503 SAJ_1504   cpsA FALSE 0.175 8.000 0.000 1.000   NA
 2439349 2439350 SAJ_1505 SAJ_1506     FALSE 0.003 485.000 0.000 NA   NA
 2439350 2439351 SAJ_1506 SAJ_1507   orfB TRUE 0.629 -24.000 0.000 NA   NA
 2439352 2439353 SAJ_1508 SAJ_1509 pabB   FALSE 0.265 82.000 0.000 1.000   NA
 2439356 2439357 SAJ_0270 SAJ_0271     TRUE 0.804 113.000 0.000 0.038 Y NA
 2439357 2439358 SAJ_0271 SAJ_0272     TRUE 0.998 -3.000 1.000 0.038 Y NA
 2439358 2439359 SAJ_0272 SAJ_0273     TRUE 0.967 12.000 0.333 1.000 Y NA
 2439359 2439360 SAJ_0273 SAJ_0274     TRUE 0.999 -16.000 0.750 0.031 Y NA
 2439360 2439361 SAJ_0274 SAJ_0275     FALSE 0.003 283.000 0.000 1.000 N NA
 2439361 2439362 SAJ_0275 SAJ_0276     TRUE 0.533 222.000 0.650 1.000   NA
 2439363 2439364 SAJ_1573 SAJ_1574 scpA   TRUE 0.679 0.000 0.017 NA   NA
 2439364 2439365 SAJ_1574 SAJ_1575     TRUE 0.938 -49.000 0.111 NA   NA
 2439365 2439366 SAJ_1575 SAJ_1576     TRUE 0.785 -3.000 0.034 NA   NA
 2439366 2439367 SAJ_1576 SAJ_1577     TRUE 0.814 -18.000 0.005 1.000   NA
 2439367 2439368 SAJ_1577 SAJ_1578   murI TRUE 0.724 -3.000 0.034 1.000 N NA
 2439368 2439369 SAJ_1578 SAJ_1579 murI   FALSE 0.123 175.000 0.014 NA   NA
 2439369 2439370 SAJ_1579 SAJ_1580     FALSE 0.056 158.000 0.000 NA   NA
 2439370 2439371 SAJ_1580 SAJ_1581     TRUE 0.809 62.000 0.107 NA   NA
 2439371 2439372 SAJ_1581 SAJ_1582     FALSE 0.304 68.000 0.000 NA   NA
 2439372 2439373 SAJ_1582 SAJ_1583     FALSE 0.416 146.000 0.123 NA   NA
 2439373 2439374 SAJ_1583 SAJ_1584     TRUE 0.802 38.000 0.043 1.000   NA
 2439375 2439376 SAJ_1585 SAJ_1586     FALSE 0.152 217.000 0.154 1.000 N NA
 2439377 2439378 SAJ_2362 SAJ_2363     TRUE 0.789 24.000 0.020 NA   NA
 2439378 2439379 SAJ_2363 SAJ_2364     TRUE 0.765 0.000 0.052 1.000   NA
 2439379 2439380 SAJ_2364 SAJ_2365     TRUE 0.596 -13.000 0.000 NA   NA
 2439380 2439381 SAJ_2365 SAJ_2366     TRUE 0.536 -7.000 0.000 NA   NA
 2439381 2439382 SAJ_2366 SAJ_2367     TRUE 0.978 22.000 0.000 0.001 Y NA
 2439382 2439383 SAJ_2367 SAJ_2368     FALSE 0.339 2.000 0.000 1.000   NA
 2439383 2439384 SAJ_2368 SAJ_2369     TRUE 0.819 16.000 0.080 NA   NA
 2439384 2439385 SAJ_2369 SAJ_2370     FALSE 0.153 8.000 0.000 NA   NA
 2439385 2439386 SAJ_2370 SAJ_2371     TRUE 0.793 -3.000 0.033 1.000   NA
 2439387 2439388 SAJ_0505 SAJ_0504     TRUE 0.565 -9.000 0.000 NA   NA
 2439388 2439389 SAJ_0504 SAJ_0503   pgi FALSE 0.002 322.000 0.000 1.000 N NA
 2439389 2439390 SAJ_0503 SAJ_0502 pgi   FALSE 0.003 272.000 0.000 1.000 N NA
 2439390 2439391 SAJ_0502 SAJ_0501     TRUE 0.879 0.000 0.013 0.019   NA
 2439391 2439392 SAJ_0501 SAJ_0500     FALSE 0.288 139.000 0.033 1.000   NA
 2439392 2439393 SAJ_0500 SAJ_0499     FALSE 0.469 7.000 0.039 1.000   NA
 2439393 2439394 SAJ_0499 SAJ_0498   tgt FALSE 0.315 107.000 0.004 1.000   NA
 2439396 2439397 SAJ_0496 SAJ_0495     TRUE 0.983 2.000 0.500 1.000 Y NA
 2439398 2439399 SAJ_0606 SAJ_0607 manB folD FALSE 0.161 139.000 0.013 1.000 N NA
 2439399 2439400 SAJ_0607 SAJ_0608 folD   FALSE 0.277 120.000 0.030 NA N NA
 2439400 2439401 SAJ_0608 SAJ_0609   xseA FALSE 0.152 126.000 0.005 NA N NA
 2439401 2439402 SAJ_0609 SAJ_0610 xseA xseB TRUE 0.998 -22.000 0.412 0.002 Y NA
 2439402 2439403 SAJ_0610 SAJ_0611 xseB   TRUE 0.779 0.000 0.100 1.000 N NA
 2439403 2439404 SAJ_0611 SAJ_0612     TRUE 0.821 -7.000 0.058 1.000 N NA
 2439404 2439405 SAJ_0612 SAJ_0613     TRUE 0.678 15.000 0.048 1.000 N NA
 2439405 2439406 SAJ_0613 SAJ_0614   recN TRUE 0.521 12.000 0.037 1.000 N NA
 2439407 2439408 SAJ_0183 SAJ_0184     FALSE 0.230 136.000 0.009 1.000   NA
 2439408 2439409 SAJ_0184 SAJ_0185     FALSE 0.004 265.000 0.000 1.000 N NA
 2439409 2439410 SAJ_0185 SAJ_0186   gltX FALSE 0.005 228.000 0.000 1.000 N NA
 2439411 2439412 SAJ_0187 SAJ_0188 rbsB   TRUE 0.998 53.000 0.847 0.003 Y NA
 2439412 2439413 SAJ_0188 SAJ_0189     TRUE 0.986 11.000 0.358 0.003 Y NA
 2439413 2439414 SAJ_0189 SAJ_0190   rbsD TRUE 0.979 16.000 0.243 1.000 Y NA
 2439414 2439415 SAJ_0190 SAJ_0191 rbsD rbsK TRUE 0.960 -25.000 0.183 1.000   NA
 2439415 2439416 SAJ_0191 SAJ_0192 rbsK   TRUE 0.596 -13.000 0.000 NA   NA
 2439417 2439418 SAJ_2035 SAJ_2034   rplI TRUE 0.577 6.000 0.119 1.000 N NA
 2439418 2439419 SAJ_2034 SAJ_2033 rplI   FALSE 0.230 164.000 0.100 1.000 N NA
 2439419 2439420 SAJ_2033 SAJ_2032     TRUE 0.950 -19.000 0.000 0.002   NA
 2439420 2439421 SAJ_2032 SAJ_2031   dnaB TRUE 0.851 14.000 0.000 0.002   NA
 2439421 2439422 SAJ_2031 SAJ_2030 dnaB   TRUE 0.860 -25.000 0.018 NA   NA
 2439422 2439423 SAJ_2030 SAJ_2029     TRUE 0.639 12.000 0.053 NA   NA
 2439423 2439424 SAJ_2029 SAJ_2028   rpsD FALSE 0.008 330.000 0.000 NA   NA
 2439425 2439426 SAJ_2027 SAJ_2026     FALSE 0.007 332.000 0.000 NA   NA
 2439426 2439427 SAJ_2026 SAJ_2025     TRUE 0.505 27.000 0.000 NA   NA
 2439427 2439428 SAJ_2025 SAJ_2024     FALSE 0.256 12.000 0.000 NA   NA
 2439431 2439432 SAJ_2021 SAJ_2020     TRUE 0.582 67.000 0.012 NA   NA
 2439432 2439433 SAJ_2020 SAJ_2019   est FALSE 0.094 134.000 0.000 NA   NA
 2439433 2439434 SAJ_2019 SAJ_2018 est   TRUE 0.811 23.000 0.035 NA   NA
 2439435 2439436 SAJ_2017 SAJ_2016 proWX   TRUE 0.956 3.000 0.382 0.004 N NA
 2439437 2439438 SAJ_1530 SAJ_1529     FALSE 0.455 140.000 0.131 NA   NA
 2439438 2439439 SAJ_1529 SAJ_1528     FALSE 0.015 240.000 0.000 NA   NA
 2439439 2439440 SAJ_1528 SAJ_1527     FALSE 0.027 198.000 0.000 NA   NA
 2439440 2439441 SAJ_1527 SAJ_1526     FALSE 0.182 90.000 0.000 NA   NA
 2439441 2439442 SAJ_1526 SAJ_1525     TRUE 0.987 -7.000 0.710 NA   NA
 2439442 2439443 SAJ_1525 SAJ_1524     FALSE 0.056 239.000 0.022 NA   NA
 2439443 2439444 SAJ_1524 SAJ_1523     TRUE 0.644 -39.000 0.000 NA   NA
 2439444 2439445 SAJ_1523 SAJ_1522     TRUE 0.799 -3.000 0.043 NA   NA
 2439445 2439446 SAJ_1522 SAJ_1521     FALSE 0.218 89.000 0.000 1.000   NA
 2439446 2439447 SAJ_1521 SAJ_1520     TRUE 0.946 13.000 0.500 NA   NA
 2439448 2439449 SAJ_1500 SAJ_1499 rplK rplA TRUE 0.990 104.000 0.838 0.028 Y NA
 2439449 2439450 SAJ_1499 SAJ_1498 rplA nikA FALSE 0.001 389.000 0.000 1.000 N NA
 2439450 2439451 SAJ_1498 SAJ_1497 nikA   TRUE 0.995 -13.000 0.167 0.002 Y NA
 2439451 2439452 SAJ_1497 SAJ_1496     TRUE 0.995 45.000 0.353 0.002 Y NA
 2439452 2439453 SAJ_1496 SAJ_1495     TRUE 0.974 69.000 0.353 1.000 Y NA
 2439453 2439454 SAJ_1495 SAJ_1494   dppF TRUE 0.998 -13.000 0.500 0.031 Y NA
 2439454 2439455 SAJ_1494 SAJ_1493 dppF pyrH FALSE 0.040 121.000 0.000 1.000 N NA
 2439455 2439456 SAJ_1493 SAJ_1492 pyrH frr TRUE 0.972 16.000 0.626 1.000 N NA
 2439456 2439457 SAJ_1492 SAJ_1491 frr   FALSE 0.315 118.000 0.012 NA   NA
 2439458 2439459 SAJ_0940 SAJ_0939 rep   TRUE 0.888 -10.000 0.070 NA   NA
 2439459 2439460 SAJ_0939 SAJ_0938     FALSE 0.029 277.000 0.008 NA   NA
 2439460 2439461 SAJ_0938 SAJ_0937     TRUE 0.677 56.000 0.016 NA   NA
 2439464 2439465 SAJ_1630 SAJ_1631   gatB FALSE 0.117 130.000 0.000 1.000   NA
 2439465 2439466 SAJ_1631 SAJ_1632 gatB gatA TRUE 0.996 0.000 0.492 0.002 Y NA
 2439466 2439467 SAJ_1632 SAJ_1633 gatA gatC TRUE 0.997 0.000 0.643 0.002 Y NA
 2439467 2439468 SAJ_1633 SAJ_1634 gatC ppdK FALSE 0.117 138.000 0.002 1.000 N NA
 2439468 2439469 SAJ_1634 SAJ_1635 ppdK   TRUE 0.701 13.000 0.065 NA   NA
 2439469 2439470 SAJ_1635 SAJ_1636     TRUE 0.641 11.000 0.089 NA   NA
 2439471 2439472 SAJ_1909 SAJ_1910     TRUE 0.914 3.000 0.444 NA   NA
 2439472 2439473 SAJ_1910 SAJ_1911     FALSE 0.033 197.000 0.000 1.000   NA
 2439473 2439474 SAJ_1911 SAJ_1912     TRUE 0.611 -16.000 0.000 NA   NA
 2439474 2439475 SAJ_1912 SAJ_1913     TRUE 0.948 16.000 0.333 NA   NA
 2439475 2439476 SAJ_1913 SAJ_1914     FALSE 0.020 234.000 0.000 1.000   NA
 2439476 2439477 SAJ_1914 SAJ_1915     TRUE 0.596 -13.000 0.000 NA   NA
 2439477 2439478 SAJ_1915 SAJ_1916   repE TRUE 0.949 -3.000 0.286 NA   NA
 2439478 2439479 SAJ_1916 SAJ_1917 repE   FALSE 0.018 227.000 0.000 NA   NA
 2439482 2439483 SAJ_1555 SAJ_1556     TRUE 0.938 19.000 0.214 1.000   NA
 2439483 2439484 SAJ_1556 SAJ_1557     TRUE 0.979 0.000 0.128 0.031 Y NA
 2439484 2439485 SAJ_1557 SAJ_1558     TRUE 0.978 1.000 0.349 1.000 Y NA
 2439485 2439486 SAJ_1558 SAJ_1559     TRUE 0.982 3.000 0.363 0.037 Y NA
 2439486 2439487 SAJ_1559 SAJ_1560     TRUE 0.638 175.000 0.150 1.000 Y NA
 2439487 2439488 SAJ_1560 SAJ_1561     FALSE 0.343 155.000 0.109 NA   NA
 2439488 2439489 SAJ_1561 SAJ_1562   clpP TRUE 0.819 40.000 0.065 NA   NA
 2439489 2439490 SAJ_1562 SAJ_1563 clpP   FALSE 0.290 125.000 0.010 1.000   NA
 2439491 2439492 SAJ_0696 SAJ_0695     TRUE 0.991 48.000 0.333 0.052 Y NA
 2439495 2439496 SAJ_0692 SAJ_0691     FALSE 0.008 321.000 0.000 NA   NA
 2439496 2439497 SAJ_0691 SAJ_0690     FALSE 0.350 118.000 0.017 NA   NA
 2439497 2439498 SAJ_0690 SAJ_0689   rumA FALSE 0.135 117.000 0.000 NA   NA
 2439498 2439499 SAJ_0689 SAJ_0688 rumA   FALSE 0.473 101.000 0.093 NA N NA
 2439500 2439501 SAJ_0524 SAJ_0523     FALSE 0.004 460.000 0.000 NA   NA
 2439501 2439502 SAJ_0523 SAJ_0522     FALSE 0.037 188.000 0.000 1.000   NA
 2439502 2439503 SAJ_0522 SAJ_0521     FALSE 0.089 143.000 0.000 1.000   NA
 2439503 2439504 SAJ_0521 SAJ_0520     FALSE 0.014 269.000 0.000 1.000   NA
 2439505 2439506 SAJ_2085 SAJ_2086     TRUE 0.955 -13.000 0.200 NA   NA
 2439506 2439507 SAJ_2086 SAJ_2087     TRUE 0.916 75.000 0.400 NA   NA
 2439507 2439508 SAJ_2087 SAJ_2088     TRUE 0.917 5.000 0.600 NA   NA
 2439508 2439509 SAJ_2088 SAJ_2089     TRUE 0.871 18.000 0.100 NA   NA
 2439509 2439510 SAJ_2089 SAJ_2090     FALSE 0.012 269.000 0.000 NA   NA
 2439510 2439511 SAJ_2090 SAJ_2091     TRUE 0.854 20.000 0.080 NA   NA
 2439511 2439512 SAJ_2091 SAJ_2092     FALSE 0.006 359.000 0.000 NA   NA
 2439512 2439513 SAJ_2092 SAJ_2093     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2439513 2439514 SAJ_2093 SAJ_2094     FALSE 0.099 131.000 0.000 NA   NA
 2439515 2439516 SAJ_2405 SAJ_2406     FALSE 0.002 878.000 0.000 NA   NA
 2439516 2439517 SAJ_2406 SAJ_2407     TRUE 0.881 12.000 0.286 NA   NA
 2439517 2439518 SAJ_2407 SAJ_2408     TRUE 0.970 1.000 0.714 NA   NA
 2439518 2439519 SAJ_2408 SAJ_2409     FALSE 0.007 341.000 0.000 NA   NA
 2439519 2439520 SAJ_2409 SAJ_2410     FALSE 0.019 221.000 0.000 NA   NA
 2439520 2439521 SAJ_2410 SAJ_2411     FALSE 0.256 77.000 0.000 NA   NA
 2439521 2439522 SAJ_2411 SAJ_2412     FALSE 0.004 415.000 0.000 NA   NA
 2439522 2439523 SAJ_2412 SAJ_2413     FALSE 0.016 236.000 0.000 NA   NA
 2439523 2439524 SAJ_2413 SAJ_2414     TRUE 0.503 24.000 0.000 NA   NA
 2439525 2439526 SAJ_0970 SAJ_0971   msrB FALSE 0.416 0.000 0.000 1.000   NA
 2439526 2439527 SAJ_0971 SAJ_0972 msrB   FALSE 0.020 152.000 0.000 1.000 N NA
 2439527 2439528 SAJ_0972 SAJ_0973     FALSE 0.416 0.000 0.000 1.000   NA
 2439529 2439530 SAJ_0974 SAJ_0975     FALSE 0.009 330.000 0.000 1.000   NA
 2439531 2439532 SAJ_0395 SAJ_0396     TRUE 0.621 13.000 0.029 NA   NA
 2439532 2439533 SAJ_0396 SAJ_0397     TRUE 0.507 -6.000 0.000 NA   NA
 2439535 2439536 SAJ_0399 SAJ_0400     FALSE 0.121 129.000 0.000 1.000   NA
 2439536 2439537 SAJ_0400 SAJ_0401     TRUE 0.937 -13.000 0.136 NA   NA
 2439537 2439538 SAJ_0401 SAJ_0402     TRUE 0.977 27.000 0.500 NA   NA
 2439539 2439540 SAJ_0283 SAJ_0282     FALSE 0.166 109.000 0.000 1.000   NA
 2439540 2439541 SAJ_0282 SAJ_0281     TRUE 0.998 -3.000 0.742 0.004 Y NA
 2439541 2439542 SAJ_0281 SAJ_0280     TRUE 0.888 3.000 0.333 1.000   NA
 2439542 2439543 SAJ_0280 SAJ_0279     TRUE 0.936 13.000 0.182 0.016   NA
 2439543 2439544 SAJ_0279 SAJ_0278     TRUE 0.889 3.000 0.156 0.010 N NA
 2439544 2439545 SAJ_0278 SAJ_0277     FALSE 0.023 216.000 0.000 1.000   NA
 2439546 2439547 SAJ_1257 SAJ_1256     FALSE 0.001 582.000 0.000 1.000 N NA
 2439548 2439549 SAJ_0871 SAJ_0870 ptsI   TRUE 0.987 14.000 0.240 0.010 Y NA
 2439550 2439551 SAJ_0869 SAJ_0868     TRUE 0.931 78.000 0.562 1.000 N NA
 2439551 2439552 SAJ_0868 SAJ_0867     TRUE 0.855 249.000 0.500 0.002 Y NA
 2439553 2439554 SAJ_1830 SAJ_1829   galE FALSE 0.226 88.000 0.000 1.000   NA
 2439555 2439556 SAJ_1828 SAJ_1827     TRUE 0.949 2.000 0.154 1.000 Y NA
 2439557 2439558 SAJ_1826 SAJ_1825     TRUE 0.991 25.000 0.432 1.000 Y NA
 2439558 2439559 SAJ_1825 SAJ_1824     FALSE 0.030 191.000 0.000 NA   NA
 2439560 2439561 SAJ_0284 SAJ_0285   rpsO FALSE 0.066 88.000 0.000 1.000 N NA
 2439561 2439562 SAJ_0285 SAJ_0286 rpsO   FALSE 0.305 381.000 0.335 1.000 Y NA
 2439562 2439563 SAJ_0286 SAJ_0287     TRUE 0.555 2.000 0.009 NA   NA
 2439563 2439564 SAJ_0287 SAJ_0288   cysE TRUE 0.565 9.000 0.097 NA   NA
 2439564 2439565 SAJ_0288 SAJ_0289 cysE   FALSE 0.168 10.000 0.000 NA   NA
 2439565 2439566 SAJ_0289 SAJ_0290   cysS FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2439567 2439568 SAJ_1056 SAJ_1057     FALSE 0.006 348.000 0.000 NA   NA
 2439568 2439569 SAJ_1057 SAJ_1058     FALSE 0.061 155.000 0.000 NA   NA
 2439569 2439570 SAJ_1058 SAJ_1059     FALSE 0.172 5.000 0.000 NA   NA
 2439570 2439571 SAJ_1059 SAJ_1060     FALSE 0.005 395.000 0.000 NA   NA
 2439571 2439572 SAJ_1060 SAJ_1061     TRUE 0.576 -7.000 0.000 1.000   NA
 2439572 2439573 SAJ_1061 SAJ_1062     FALSE 0.164 6.000 0.000 NA   NA
 2439573 2439574 SAJ_1062 SAJ_1063     FALSE 0.110 127.000 0.000 NA   NA
 2439574 2439575 SAJ_1063 SAJ_1064     TRUE 0.493 21.000 0.000 NA   NA
 2439575 2439576 SAJ_1064 SAJ_1065     FALSE 0.329 14.000 0.000 NA   NA
 2439576 2439577 SAJ_1065 SAJ_1066     FALSE 0.105 129.000 0.000 NA   NA
 2439578 2439579 SAJ_0267 SAJ_0266     TRUE 0.978 2.000 0.869 1.000   NA
 2439579 2439580 SAJ_0266 SAJ_0265     FALSE 0.381 170.000 0.178 1.000   NA
 2439580 2439581 SAJ_0265 SAJ_0264     TRUE 0.998 -19.000 0.538 0.013 Y NA
 2439581 2439582 SAJ_0264 SAJ_0263     TRUE 0.545 27.000 0.000 1.000   NA
 2439582 2439583 SAJ_0263 SAJ_0262     FALSE 0.484 40.000 0.000 1.000   NA
 2439586 2439587 SAJ_1838 SAJ_1837   fruK TRUE 0.949 -27.000 0.000 0.003   NA
 2439587 2439588 SAJ_1837 SAJ_1836 fruK lacD TRUE 0.822 2.000 0.000 0.003   NA
 2439588 2439589 SAJ_1836 SAJ_1835 lacD   TRUE 0.873 54.000 0.000 1.000 Y NA
 2439589 2439590 SAJ_1835 SAJ_1834     FALSE 0.052 95.000 0.000 1.000 N NA
 2439590 2439591 SAJ_1834 SAJ_1833     FALSE 0.443 101.000 0.071 1.000 N NA
 2439591 2439592 SAJ_1833 SAJ_1832     TRUE 0.847 128.000 0.171 1.000 Y NA
 2439592 2439593 SAJ_1832 SAJ_1831   galE FALSE 0.226 88.000 0.000 1.000   NA
 2439594 2439595 SAJ_1322 SAJ_1321     FALSE 0.056 158.000 0.000 NA   NA
 2439595 2439596 SAJ_1321 SAJ_1320   rocE FALSE 0.101 130.000 0.000 NA   NA
 2439596 2439597 SAJ_1320 SAJ_1319 rocE rocE TRUE 0.937 4.000 0.286 0.004   NA
 2439597 2439598 SAJ_1319 SAJ_1318 rocE   TRUE 0.982 -97.000 0.093 1.000 Y NA
 2439601 2439602 SAJ_0919 SAJ_0920   atpF TRUE 0.935 18.000 0.032 0.007   NA
 2439602 2439603 SAJ_0920 SAJ_0921 atpF atpH TRUE 0.989 0.000 0.222 0.005 Y NA
 2439603 2439604 SAJ_0921 SAJ_0922 atpH atpA TRUE 0.998 16.000 0.864 0.005 Y NA
 2439604 2439605 SAJ_0922 SAJ_0923 atpA atpG TRUE 0.998 16.000 0.846 0.005 Y NA
 2439605 2439606 SAJ_0923 SAJ_0924 atpG atpD TRUE 0.995 74.000 0.724 0.005 Y NA
 2439606 2439607 SAJ_0924 SAJ_0925 atpD atpC TRUE 0.997 13.000 0.837 0.005 Y NA
 2439607 2439608 SAJ_0925 SAJ_0926 atpC   FALSE 0.007 358.000 0.000 1.000   NA
 2439609 2439610 SAJ_0860 SAJ_0861   alaS TRUE 0.658 16.000 0.006 NA   NA
 2439610 2439611 SAJ_0861 SAJ_0862 alaS   FALSE 0.235 82.000 0.000 NA   NA
 2439611 2439612 SAJ_0862 SAJ_0863     FALSE 0.199 88.000 0.000 NA   NA
 2439612 2439613 SAJ_0863 SAJ_0864     FALSE 0.004 428.000 0.000 NA   NA
 2439613 2439614 SAJ_0864 SAJ_0865     TRUE 0.969 45.000 0.500 NA   NA
 2439614 2439615 SAJ_0865 SAJ_0866     TRUE 0.837 0.000 0.115 NA   NA
 2439616 2439617 SAJ_0215 SAJ_0216   sufC FALSE 0.048 165.000 0.000 NA   NA
 2439617 2439618 SAJ_0216 SAJ_0217 sufC sufD TRUE 0.971 37.000 0.139 1.000 Y NA
 2439618 2439619 SAJ_0217 SAJ_0218 sufD   TRUE 0.952 2.000 0.606 1.000 N NA
 2439619 2439620 SAJ_0218 SAJ_0219     TRUE 0.964 -13.000 0.292 1.000 N NA
 2439620 2439621 SAJ_0219 SAJ_0220   sufB TRUE 0.865 100.000 0.152 0.002 N NA
 2439623 2439624 SAJ_0705 SAJ_0704     FALSE 0.304 2.000 0.000 NA   NA
 2439624 2439625 SAJ_0704 SAJ_0703     TRUE 0.651 89.000 0.000 0.010   NA
 2439625 2439626 SAJ_0703 SAJ_0702     FALSE 0.392 52.000 0.000 NA   NA
 2439627 2439628 SAJ_0701 SAJ_0700     TRUE 0.622 -19.000 0.000 NA   NA
 2439628 2439629 SAJ_0700 SAJ_0699     FALSE 0.034 194.000 0.000 1.000   NA
 2439632 2439633 SAJ_0832 SAJ_0833     FALSE 0.247 -7.000 0.000 1.000 N NA
 2439633 2439634 SAJ_0833 SAJ_0834     TRUE 0.986 16.000 0.400 NA Y NA
 2439634 2439635 SAJ_0834 SAJ_0835     FALSE 0.002 235.000 0.000 NA N NA
 2439636 2439637 SAJ_0836 SAJ_0837     TRUE 0.949 -7.000 0.209 1.000   NA
 2439638 2439639 SAJ_0838 SAJ_0839     FALSE 0.154 100.000 0.000 NA   NA
 2439640 2439641 SAJ_0968 SAJ_0967 lepA   FALSE 0.124 136.000 0.003 1.000 N NA
 2439643 2439644 SAJ_0965 SAJ_0964   cas2 TRUE 0.967 -13.000 0.253 NA   NA
 2439644 2439645 SAJ_0964 SAJ_0963 cas2   TRUE 0.972 12.000 0.876 NA   NA
 2439646 2439647 SAJ_0957 SAJ_0958     FALSE 0.478 4.000 0.060 1.000 N NA
 2439647 2439648 SAJ_0958 SAJ_0959     TRUE 0.660 1.000 0.055 1.000 N NA
 2439648 2439649 SAJ_0959 SAJ_0960     TRUE 0.977 -25.000 0.330 NA   NA
 2439649 2439650 SAJ_0960 SAJ_0961     FALSE 0.005 388.000 0.000 NA   NA
 2439651 2439652 SAJ_1893 SAJ_1894     TRUE 0.802 -7.000 0.047 1.000 N NA
 2439652 2439653 SAJ_1894 SAJ_1895     FALSE 0.010 282.000 0.000 NA   NA
 2439654 2439655 SAJ_1896 SAJ_1897     FALSE 0.400 50.000 0.000 NA   NA
 2439655 2439656 SAJ_1897 SAJ_1898     FALSE 0.029 193.000 0.000 NA   NA
 2439656 2439657 SAJ_1898 SAJ_1899     FALSE 0.241 81.000 0.000 NA   NA
 2439657 2439658 SAJ_1899 SAJ_1900     TRUE 0.972 17.000 0.500 NA   NA
 2439659 2439660 SAJ_1094 SAJ_1093     TRUE 0.951 27.000 0.250 NA   NA
 2439660 2439661 SAJ_1093 SAJ_1092   fhs TRUE 0.737 89.000 0.200 1.000 N NA
 2439661 2439662 SAJ_1092 SAJ_1091 fhs   FALSE 0.448 119.000 0.094 1.000 N NA
 2439662 2439663 SAJ_1091 SAJ_1090     FALSE 0.003 917.000 0.000 1.000   NA
 2439664 2439665 SAJ_1342 SAJ_1343     TRUE 0.536 -7.000 0.000 NA   NA
 2439666 2439667 SAJ_1344 SAJ_1345 def gdhA TRUE 0.611 70.000 0.056 1.000 N NA
 2439670 2439671 SAJ_0947 SAJ_0946     TRUE 0.849 127.000 0.051 0.050 Y NA
 2439671 2439672 SAJ_0946 SAJ_0945     TRUE 0.943 213.000 0.769 0.001 Y NA
 2439672 2439673 SAJ_0945 SAJ_0944     FALSE 0.079 150.000 0.000 1.000   NA
 2439676 2439677 SAJ_1690 SAJ_1689 sds   FALSE 0.420 46.000 0.000 NA   NA
 2439677 2439678 SAJ_1689 SAJ_1688   pepXP TRUE 0.538 4.000 0.054 NA   NA
 2439678 2439679 SAJ_1688 SAJ_1687 pepXP   TRUE 0.870 24.000 0.081 1.000   NA
 2439681 2439682 SAJ_1251 SAJ_1252     FALSE 0.018 224.000 0.000 NA   NA
 2439683 2439684 SAJ_1253 SAJ_1254     TRUE 0.970 13.000 0.800 NA   NA
 2439687 2439688 SAJ_2421 SAJ_2422   accA FALSE 0.003 470.000 0.000 NA   NA
 2439688 2439689 SAJ_2422 SAJ_2423 accA accD TRUE 0.995 -7.000 0.234 0.003 Y NA
 2439689 2439690 SAJ_2423 SAJ_2424 accD accC TRUE 0.932 9.000 0.090 0.005 Y NA
 2439690 2439691 SAJ_2424 SAJ_2425 accC fabZ TRUE 0.796 38.000 0.045 NA   NA
 2439693 2439694 SAJ_0644 SAJ_0643     FALSE 0.004 465.000 0.000 1.000   NA
 2439694 2439695 SAJ_0643 SAJ_0642     TRUE 0.863 17.000 0.100 NA   NA
 2439695 2439696 SAJ_0642 SAJ_0641     FALSE 0.274 73.000 0.000 NA   NA
 2439697 2439698 SAJ_0640 SAJ_0639 asnS   TRUE 0.809 21.000 0.068 1.000 N NA
 2439698 2439699 SAJ_0639 SAJ_0638     FALSE 0.211 86.000 0.000 NA   NA
 2439700 2439701 SAJ_0933 SAJ_0932   paiA TRUE 0.649 54.000 0.007 1.000   NA
 2439701 2439702 SAJ_0932 SAJ_0931 paiA pheS FALSE 0.478 83.000 0.009 1.000   NA
 2439702 2439703 SAJ_0931 SAJ_0930 pheS   FALSE 0.011 292.000 0.000 1.000   NA
 2439703 2439704 SAJ_0930 SAJ_0929     TRUE 0.865 75.000 0.237 NA   NA
 2439704 2439705 SAJ_0929 SAJ_0928   murZ TRUE 0.918 -10.000 0.110 NA   NA
 2439706 2439707 SAJ_0776 SAJ_0775   thrS FALSE 0.004 240.000 0.000 1.000 N NA
 2439707 2439708 SAJ_0775 SAJ_0774 thrS   FALSE 0.004 458.000 0.000 1.000   NA
 2439708 2439709 SAJ_0774 SAJ_0773     TRUE 0.965 -31.000 0.032 0.009   NA
 2439709 2439710 SAJ_0773 SAJ_0772     TRUE 0.991 2.000 0.413 0.009 Y NA
 2439711 2439712 SAJ_1601 SAJ_1602     TRUE 0.876 -10.000 0.000 0.074   NA
 2439712 2439713 SAJ_1602 SAJ_1603     FALSE 0.052 235.000 0.014 NA   NA
 2439713 2439714 SAJ_1603 SAJ_1604     FALSE 0.083 180.000 0.002 NA   NA
 2439714 2439715 SAJ_1604 SAJ_1605     TRUE 0.940 21.000 0.222 NA   NA
 2439716 2439717 SAJ_1606 SAJ_1607 gidB   TRUE 0.630 15.000 0.006 1.000   NA
 2439719 2439720 SAJ_1477 SAJ_1478 smpB rnr TRUE 0.871 3.000 0.143 0.023 N NA
 2439720 2439721 SAJ_1478 SAJ_1479 rnr   FALSE 0.411 113.000 0.064 1.000 N NA
 2439721 2439722 SAJ_1479 SAJ_1480     FALSE 0.410 133.000 0.007 0.050 N NA
 2439723 2439724 SAJ_1240 SAJ_1239     TRUE 0.808 70.000 0.000 0.003   NA
 2439724 2439725 SAJ_1239 SAJ_1238   pulA TRUE 0.838 14.000 0.000 0.003   NA
 2439725 2439726 SAJ_1238 SAJ_1237 pulA   TRUE 0.986 -25.000 0.160 0.003   NA
 2439726 2439727 SAJ_1237 SAJ_1236     FALSE 0.105 135.000 0.000 1.000   NA
 2439730 2439731 SAJ_0229 SAJ_0228   rrsD FALSE 0.182 90.000 0.000 NA   NA
 2439731 2439732 SAJ_0228 SAJ_0227 rrsD   FALSE 0.004 405.000 0.000 NA   NA
 2439732 2439733 SAJ_0227 SAJ_0226   oppD TRUE 0.997 0.000 0.619 0.002 Y NA
 2439733 2439734 SAJ_0226 SAJ_0225 oppD   TRUE 0.903 13.000 0.286 1.000   NA
 2439734 2439735 SAJ_0225 SAJ_0224     TRUE 0.828 10.000 0.134 0.034   NA
 2439737 2439738 SAJ_1568 SAJ_1569 trkA trkH TRUE 0.991 17.000 0.163 0.003 Y NA
 2439739 2439740 SAJ_1570 SAJ_1571     TRUE 0.682 0.000 0.014 1.000   NA
 2439740 2439741 SAJ_1571 SAJ_1572     TRUE 0.958 -10.000 0.224 NA   NA
 2439742 2439743 SAJ_1536 SAJ_1535   brnQ FALSE 0.035 190.000 0.000 1.000   NA
 2439743 2439744 SAJ_1535 SAJ_1534 brnQ   FALSE 0.005 366.000 0.000 NA   NA
 2439744 2439745 SAJ_1534 SAJ_1533     TRUE 0.955 52.000 0.429 NA   NA
 2439745 2439746 SAJ_1533 SAJ_1532     TRUE 0.994 -46.000 0.857 NA   NA
 2439746 2439747 SAJ_1532 SAJ_1531     FALSE 0.157 7.000 0.000 NA   NA
 2439749 2439750 SAJ_1552 SAJ_1551 tmk   TRUE 0.952 20.000 0.254 1.000   NA
 2439750 2439751 SAJ_1551 SAJ_1550     TRUE 0.888 34.000 0.000 0.007   NA
 2439751 2439752 SAJ_1550 SAJ_1549     TRUE 0.816 30.000 0.038 NA   NA
 2439752 2439753 SAJ_1549 SAJ_1548     FALSE 0.474 6.000 0.043 NA   NA
 2439755 2439756 SAJ_1695 SAJ_1694 cydA cydB TRUE 0.993 1.000 0.950 0.019   NA
 2439756 2439757 SAJ_1694 SAJ_1693 cydB   TRUE 0.937 0.000 0.061 1.000 Y NA
 2439757 2439758 SAJ_1693 SAJ_1692     TRUE 0.993 -7.000 0.168 0.006 Y NA
 2439761 2439762 SAJ_1848 SAJ_1849     TRUE 0.505 27.000 0.000 NA   NA
 2439762 2439763 SAJ_1849 SAJ_1850   dtd FALSE 0.004 255.000 0.000 1.000 N NA
 2439763 2439764 SAJ_1850 SAJ_1851 dtd   TRUE 0.731 10.000 0.177 1.000   NA
 2439765 2439766 SAJ_0511 SAJ_0510   rrsG FALSE 0.182 90.000 0.000 NA   NA
 2439766 2439767 SAJ_0510 SAJ_0509 rrsG jag FALSE 0.006 348.000 0.000 NA   NA
 2439767 2439768 SAJ_0509 SAJ_0508 jag   TRUE 0.939 -58.000 0.106 1.000   NA
 2439768 2439769 SAJ_0508 SAJ_0507   rnpA TRUE 0.610 13.000 0.052 1.000 N NA
 2439771 2439772 SAJ_1845 SAJ_1844     TRUE 0.991 2.000 0.429 0.009 Y NA
 2439772 2439773 SAJ_1844 SAJ_1843     TRUE 0.959 40.000 0.000 0.014 Y NA
 2439773 2439774 SAJ_1843 SAJ_1842     FALSE 0.018 239.000 0.000 1.000   NA
 2439775 2439776 SAJ_2012 SAJ_2013   arcC FALSE 0.189 94.000 0.000 1.000   NA
 2439776 2439777 SAJ_2013 SAJ_2014 arcC argF TRUE 0.792 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2439779 2439780 SAJ_1177 SAJ_1178 parC parE TRUE 0.978 134.000 0.552 0.003 Y NA
 2439782 2439783 SAJ_0896 SAJ_0895 murA   FALSE 0.015 265.000 0.000 1.000   NA
 2439783 2439784 SAJ_0895 SAJ_0894   thiM TRUE 0.972 14.000 0.061 0.004 Y NA
 2439784 2439785 SAJ_0894 SAJ_0893 thiM thiD TRUE 0.964 2.000 0.032 0.004 Y NA
 2439785 2439786 SAJ_0893 SAJ_0892 thiD tenA TRUE 0.934 2.000 0.478 1.000 N NA
 2439786 2439787 SAJ_0892 SAJ_0891 tenA   FALSE 0.253 84.000 0.000 1.000   NA
 2439787 2439788 SAJ_0891 SAJ_0890     TRUE 0.655 -253.000 0.000 NA   NA
 2439788 2439789 SAJ_0890 SAJ_0889     FALSE 0.136 116.000 0.000 NA   NA
 2439790 2439791 SAJ_0512 SAJ_0513     FALSE 0.184 4.000 0.000 NA   NA
 2439791 2439792 SAJ_0513 SAJ_0514     FALSE 0.164 6.000 0.000 NA   NA
 2439792 2439793 SAJ_0514 SAJ_0515     FALSE 0.462 37.000 0.000 NA   NA
 2439793 2439794 SAJ_0515 SAJ_0516     FALSE 0.153 8.000 0.000 NA   NA
 2439795 2439796 SAJ_0517 SAJ_0518     TRUE 0.526 84.000 0.025 NA   NA
 2439800 2439801 SAJ_1243 SAJ_1244     FALSE 0.076 15.000 0.000 NA N NA
 2439801 2439802 SAJ_1244 SAJ_1245   pepV FALSE 0.333 97.000 0.031 NA N NA
 2439802 2439803 SAJ_1245 SAJ_1246 pepV   TRUE 0.883 47.000 0.179 1.000 N NA
 2439805 2439806 SAJ_0087 SAJ_0086 tagE purH FALSE 0.034 193.000 0.000 1.000   NA
 2439806 2439807 SAJ_0086 SAJ_0085 purH   TRUE 0.706 20.000 0.002 1.000   NA
 2439807 2439808 SAJ_0085 SAJ_0084   purN TRUE 0.723 23.000 0.003 1.000   NA
 2439808 2439809 SAJ_0084 SAJ_0083 purN purM TRUE 0.891 168.000 0.238 0.004 Y NA
 2439811 2439812 SAJ_1540 SAJ_1541     TRUE 0.991 -16.000 0.714 1.000   NA
 2439812 2439813 SAJ_1541 SAJ_1542   xth FALSE 0.288 77.000 0.000 1.000   NA
 2439815 2439816 SAJ_2168 SAJ_2169 ilvE   TRUE 0.680 83.000 0.095 NA   NA
 2439816 2439817 SAJ_2169 SAJ_2170     FALSE 0.356 61.000 0.000 NA   NA
 2439817 2439818 SAJ_2170 SAJ_2172     FALSE 0.172 5.000 0.000 NA   NA
 2439818 2439819 SAJ_2172 SAJ_2171     TRUE 0.650 -75.000 0.000 NA   NA
 2439819 2439820 SAJ_2171 SAJ_2173     FALSE 0.002 1398.000 0.000 NA   NA
 2439821 2439822 SAJ_2174 SAJ_2175     FALSE 0.041 119.000 0.000 1.000 N NA
 2439822 2439823 SAJ_2175 SAJ_2176     FALSE 0.277 72.000 0.000 NA   NA
 2439824 2439825 SAJ_1814 SAJ_1813     FALSE 0.002 1061.000 0.000 NA   NA
 2439825 2439826 SAJ_1813 SAJ_1812     TRUE 0.940 12.000 0.167 1.000 Y NA
 2439826 2439827 SAJ_1812 SAJ_1811     TRUE 0.967 26.000 0.094 1.000 Y NA
 2439827 2439828 SAJ_1811 SAJ_1810     TRUE 0.907 17.000 0.197 1.000 N NA
 2439829 2439830 SAJ_2136 SAJ_2137     FALSE 0.329 14.000 0.000 NA   NA
 2439830 2439831 SAJ_2137 SAJ_2138     FALSE 0.304 2.000 0.000 NA   NA
 2439831 2439832 SAJ_2138 SAJ_2139     FALSE 0.003 614.000 0.000 NA   NA
 2439832 2439833 SAJ_2139 SAJ_2140     FALSE 0.423 16.000 0.000 NA   NA
 2439835 2439836 SAJ_2142 SAJ_2143     TRUE 0.577 -10.000 0.000 NA   NA
 2439836 2439837 SAJ_2143 SAJ_2144   sin FALSE 0.172 5.000 0.000 NA   NA
 2439842 2439843 SAJ_1996 SAJ_1995   ruvA FALSE 0.304 2.000 0.000 NA   NA
 2439843 2439844 SAJ_1995 SAJ_1994 ruvA tagI TRUE 0.945 23.000 0.012 1.000 Y NA
 2439844 2439845 SAJ_1994 SAJ_1993 tagI   FALSE 0.431 89.000 0.011 1.000   NA
 2439845 2439846 SAJ_1993 SAJ_1992     TRUE 0.749 110.000 0.005 0.001   NA
 2439846 2439847 SAJ_1992 SAJ_1991   recA TRUE 0.711 74.000 0.083 1.000   NA
 2439847 2439848 SAJ_1991 SAJ_1990 recA   FALSE 0.030 216.000 0.004 1.000 N NA
 2439850 2439851 SAJ_1610 SAJ_1611     TRUE 0.997 -3.000 0.938 1.000 Y NA
 2439851 2439852 SAJ_1611 SAJ_1612     FALSE 0.247 -7.000 0.000 1.000 N NA
 2439852 2439853 SAJ_1612 SAJ_1613     FALSE 0.094 134.000 0.000 NA   NA
 2439855 2439856 SAJ_0950 SAJ_0949     TRUE 0.687 98.000 0.200 1.000 N NA
 2439856 2439857 SAJ_0949 SAJ_0948   sucB TRUE 0.804 60.000 0.091 1.000   NA
 2439858 2439859 SAJ_1637 SAJ_1638     FALSE 0.228 126.000 0.015 1.000 N NA
 2439862 2439863 SAJ_0291 SAJ_0292 cysS   TRUE 0.919 -7.000 0.129 1.000   NA
 2439863 2439864 SAJ_0292 SAJ_0293     TRUE 0.858 103.000 0.150 0.005   NA
 2439864 2439865 SAJ_0293 SAJ_0294     TRUE 0.875 -3.000 0.109 NA   NA
 2439865 2439866 SAJ_0294 SAJ_0295     FALSE 0.468 93.000 0.036 NA   NA
 2439867 2439868 SAJ_1228 SAJ_1229   fabG TRUE 0.503 -3.000 0.000 1.000   NA
 2439868 2439869 SAJ_1229 SAJ_1230 fabG   TRUE 0.763 2.000 0.000 0.016   NA
 2439869 2439870 SAJ_1230 SAJ_1231     TRUE 0.735 2.000 0.074 1.000   NA
 2439870 2439871 SAJ_1231 SAJ_1232     TRUE 0.755 42.000 0.022 1.000   NA
 2439871 2439872 SAJ_1232 SAJ_1233     TRUE 0.803 -7.000 0.014 1.000   NA
 2439873 2439874 SAJ_0036 SAJ_0037     FALSE 0.212 11.000 0.000 NA   NA
 2439874 2439875 SAJ_0037 SAJ_0038     FALSE 0.486 34.000 0.000 NA   NA
 2439875 2439876 SAJ_0038 SAJ_0039     FALSE 0.152 9.000 0.000 NA   NA
 2439876 2439877 SAJ_0039 SAJ_0040     FALSE 0.256 12.000 0.000 NA   NA
 2439877 2439878 SAJ_0040 SAJ_0041     FALSE 0.153 8.000 0.000 NA   NA
 2439878 2439879 SAJ_0041 SAJ_0042   rrsA FALSE 0.064 153.000 0.000 NA   NA
 2439879 2439880 SAJ_0042 SAJ_0044 rrsA   FALSE 0.182 90.000 0.000 NA   NA
 2439881 2439882 SAJ_1519 SAJ_1518     TRUE 0.689 21.000 0.015 1.000 N NA
 2439882 2439883 SAJ_1518 SAJ_1517     TRUE 0.701 0.000 0.025 NA   NA
 2439883 2439884 SAJ_1517 SAJ_1516     FALSE 0.477 10.000 0.041 NA   NA
 2439886 2439887 SAJ_1441 SAJ_1440 glpT   FALSE 0.003 627.000 0.000 NA   NA
 2439891 2439892 SAJ_1434 SAJ_1433     FALSE 0.384 10.000 0.009 1.000   NA
 2439892 2439893 SAJ_1433 SAJ_1432     TRUE 0.694 8.000 0.209 1.000 N NA
 2439894 2439895 SAJ_0236 SAJ_0235     TRUE 0.655 195.000 0.673 1.000   NA
 2439895 2439896 SAJ_0235 SAJ_0234     TRUE 0.816 3.000 0.192 1.000   NA
 2439896 2439897 SAJ_0234 SAJ_0233   ispE FALSE 0.446 86.000 0.008 1.000   NA
 2439897 2439898 SAJ_0233 SAJ_0232 ispE   FALSE 0.080 140.000 0.000 NA   NA
 2439898 2439899 SAJ_0232 SAJ_0231     FALSE 0.164 6.000 0.000 NA   NA
 2439900 2439901 SAJ_1972 SAJ_1971 deoB   FALSE 0.044 170.000 0.000 NA   NA
 2439903 2439904 SAJ_1704 SAJ_1703     TRUE 0.855 44.000 0.105 NA   NA
 2439904 2439905 SAJ_1703 SAJ_1702     TRUE 0.535 127.000 0.156 1.000 N NA
 2439907 2439908 SAJ_0545 SAJ_0544     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2439908 2439909 SAJ_0544 SAJ_0543     FALSE 0.002 712.000 0.000 NA   NA
 2439910 2439911 SAJ_2356 SAJ_2357     FALSE 0.047 166.000 0.000 NA   NA
 2439911 2439912 SAJ_2357 SAJ_2358     FALSE 0.005 388.000 0.000 NA   NA
 2439912 2439913 SAJ_2358 SAJ_2359     TRUE 0.973 -3.000 0.500 NA   NA
 2439913 2439914 SAJ_2359 SAJ_2360     FALSE 0.010 285.000 0.000 NA   NA
 2439914 2439915 SAJ_2360 SAJ_2361     FALSE 0.099 131.000 0.000 NA   NA
 2439916 2439917 SAJ_0872 SAJ_0873     FALSE 0.079 150.000 0.000 1.000   NA
 2439917 2439918 SAJ_0873 SAJ_0874     FALSE 0.255 140.000 0.028 NA   NA
 2439919 2439920 SAJ_0196 SAJ_0197     TRUE 0.942 18.000 0.007 0.001   NA
 2439920 2439921 SAJ_0197 SAJ_0198     TRUE 0.952 19.000 0.278 1.000   NA
 2439921 2439922 SAJ_0198 SAJ_0199     TRUE 0.970 -25.000 0.009 0.001   NA
 2439922 2439923 SAJ_0199 SAJ_0200     TRUE 0.849 83.000 0.009 0.001   NA
 2439924 2439925 SAJ_0803 SAJ_0802     TRUE 0.835 130.000 0.156 0.002   NA
 2439925 2439926 SAJ_0802 SAJ_0801     FALSE 0.002 656.000 0.000 NA   NA
 2439926 2439927 SAJ_0801 SAJ_0800     TRUE 0.928 -3.000 0.206 NA   NA
 2439931 2439932 SAJ_0953 SAJ_0954   glmM TRUE 0.872 54.000 0.150 NA   NA
 2439932 2439933 SAJ_0954 SAJ_0955 glmM   TRUE 0.881 48.000 0.005 0.019   NA
 2439933 2439934 SAJ_0955 SAJ_0956     FALSE 0.122 123.000 0.000 NA   NA
 2439935 2439936 SAJ_2268 SAJ_2269 ion merR TRUE 0.788 29.000 0.051 1.000 N NA
 2439939 2439940 SAJ_0540 SAJ_0541     FALSE 0.010 185.000 0.000 1.000 N NA
 2439942 2439943 SAJ_1544 SAJ_1545 serA   TRUE 0.835 63.000 0.013 0.048   NA
 2439943 2439944 SAJ_1545 SAJ_1546   serC TRUE 0.806 68.000 0.012 0.048   NA
 2439945 2439946 SAJ_0492 SAJ_0493     TRUE 0.490 82.000 0.010 1.000   NA
 2439946 2439947 SAJ_0493 SAJ_0494     FALSE 0.074 153.000 0.000 1.000   NA
 2439948 2439949 SAJ_1341 SAJ_1340     TRUE 0.973 2.000 0.800 1.000   NA
 2439949 2439950 SAJ_1340 SAJ_1339     TRUE 0.989 0.000 0.533 1.000 Y NA
 2439951 2439952 SAJ_1258 SAJ_1259     FALSE 0.146 108.000 0.000 NA   NA
 2439952 2439953 SAJ_1259 SAJ_1260     FALSE 0.400 50.000 0.000 NA   NA
 2439953 2439954 SAJ_1260 SAJ_1261     FALSE 0.449 39.000 0.000 NA   NA
 2439956 2439957 SAJ_0678 SAJ_0677   pgp FALSE 0.334 1.000 0.000 NA   NA
 2439957 2439958 SAJ_0677 SAJ_0676 pgp mreB TRUE 0.821 119.000 0.385 1.000   NA
 2439958 2439959 SAJ_0676 SAJ_0675 mreB   FALSE 0.004 426.000 0.000 NA   NA
 2439961 2439962 SAJ_1706 SAJ_1707     FALSE 0.040 120.000 0.000 1.000 N NA
 2439963 2439964 SAJ_1890 SAJ_1889     TRUE 0.598 6.000 0.100 NA   NA
 2439964 2439965 SAJ_1889 SAJ_1888     TRUE 0.877 -13.000 0.048 NA   NA
 2439965 2439966 SAJ_1888 SAJ_1887     TRUE 0.901 -28.000 0.048 1.000   NA
 2439968 2439969 SAJ_1908 SAJ_1907     TRUE 0.986 21.000 0.750 NA   NA
 2439969 2439970 SAJ_1907 SAJ_1906     TRUE 0.950 11.000 0.750 NA   NA
 2439970 2439971 SAJ_1906 SAJ_1905     TRUE 0.493 21.000 0.000 NA   NA
 2439972 2439973 SAJ_1985 SAJ_1986     TRUE 0.501 31.000 0.000 NA   NA
 2439973 2439974 SAJ_1986 SAJ_1987     FALSE 0.235 82.000 0.000 NA   NA
 2439974 2439975 SAJ_1987 SAJ_1988     TRUE 0.984 26.000 0.651 NA   NA
 2439975 2439976 SAJ_1988 SAJ_1989     TRUE 0.894 9.000 0.537 1.000   NA
 2439981 2439982 SAJ_0617 SAJ_0616     TRUE 0.978 63.000 0.828 NA   NA
 2439982 2439983 SAJ_0616 SAJ_0615     TRUE 0.963 -25.000 0.203 NA   NA
 2439986 2439987 SAJ_1882 SAJ_1881   prmA FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2439987 2439988 SAJ_1881 SAJ_1880 prmA   TRUE 0.911 0.000 0.227 NA   NA
 2439991 2439992 SAJ_0976 SAJ_0977     TRUE 0.928 12.000 0.471 NA   NA
 2439992 2439993 SAJ_0977 SAJ_0978     TRUE 0.941 1.000 0.412 NA   NA
 2439994 2439995 SAJ_0069 SAJ_0068     TRUE 0.611 -16.000 0.000 NA   NA
 2439995 2439996 SAJ_0068 SAJ_0067     FALSE 0.016 236.000 0.000 NA   NA
 2439996 2439997 SAJ_0067 SAJ_0066     FALSE 0.329 14.000 0.000 NA   NA
 2439997 2439998 SAJ_0066 SAJ_0065     FALSE 0.476 35.000 0.000 NA   NA
 2439998 2439999 SAJ_0065 SAJ_0064     FALSE 0.487 20.000 0.000 NA   NA
 2439999 2440000 SAJ_0064 SAJ_0063     FALSE 0.232 3.000 0.000 NA   NA
 2440000 2440001 SAJ_0063 SAJ_0062     FALSE 0.212 11.000 0.000 NA   NA
 2440001 2440002 SAJ_0062 SAJ_0061     FALSE 0.423 16.000 0.000 NA   NA
 2440002 2440003 SAJ_0061 SAJ_0060     FALSE 0.487 20.000 0.000 NA   NA
 2440003 2440004 SAJ_0060 SAJ_0059     FALSE 0.423 16.000 0.000 NA   NA
 2440004 2440005 SAJ_0059 SAJ_0058     FALSE 0.153 8.000 0.000 NA   NA
 2440005 2440006 SAJ_0058 SAJ_0057     FALSE 0.256 12.000 0.000 NA   NA
 2440006 2440007 SAJ_0057 SAJ_0056     FALSE 0.152 9.000 0.000 NA   NA
 2440007 2440008 SAJ_0056 SAJ_0055     FALSE 0.486 34.000 0.000 NA   NA
 2440008 2440009 SAJ_0055 SAJ_0054     FALSE 0.212 11.000 0.000 NA   NA
 2440010 2440011 SAJ_2403 SAJ_2404     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2440012 2440013 SAJ_1776 SAJ_1777     TRUE 0.959 -78.000 0.000 0.001   NA
 2440014 2440015 SAJ_1733 SAJ_1732     FALSE 0.480 19.000 0.000 NA   NA
 2440015 2440016 SAJ_1732 SAJ_1731     FALSE 0.246 80.000 0.000 NA   NA
 2440017 2440018 SAJ_1564 SAJ_1565     FALSE 0.103 136.000 0.000 1.000   NA
 2440021 2440022 SAJ_2415 SAJ_2416 murA thiE FALSE 0.126 127.000 0.000 1.000   NA
 2440022 2440023 SAJ_2416 SAJ_2417 thiE   TRUE 0.972 14.000 0.061 0.004 Y NA
 2440025 2440026 SAJ_1685 SAJ_1684     TRUE 0.814 18.000 0.043 1.000   NA
 2440026 2440027 SAJ_1684 SAJ_1683     FALSE 0.170 168.000 0.031 1.000   NA
 2440028 2440029 SAJ_1487 SAJ_1488     FALSE 0.245 124.000 0.004 NA   NA
 2440032 2440033 SAJ_1839 SAJ_1840 fruK lacB TRUE 0.748 11.000 0.000 1.000 Y NA
 2440033 2440034 SAJ_1840 SAJ_1841 lacB lacA TRUE 0.924 21.000 0.000 0.001   NA
 2440036 2440037 SAJ_1698 SAJ_1699     FALSE 0.003 653.000 0.000 NA   NA
 2440039 2440040 SAJ_1883 SAJ_1884     FALSE 0.462 -3.000 0.000 NA   NA
 2440043 2440044 SAJ_1756 SAJ_1757     TRUE 0.802 20.000 0.035 NA   NA
 2440049 2440050 SAJ_2313 SAJ_2314     FALSE 0.274 73.000 0.000 NA   NA
 2440050 2440051 SAJ_2314 SAJ_2315     FALSE 0.443 40.000 0.000 NA   NA
 2440051 2440052 SAJ_2315 SAJ_2316     TRUE 0.633 -25.000 0.000 NA   NA
 2440055 2440056 SAJ_0941 SAJ_0942     FALSE 0.293 13.000 0.000 NA   NA
 2440057 2440058 SAJ_1486 SAJ_1485     FALSE 0.153 8.000 0.000 NA   NA
 2440058 2440059 SAJ_1485 SAJ_1484   dgkA TRUE 0.875 -19.000 0.035 NA   NA
 2440059 2440060 SAJ_1484 SAJ_1483 dgkA era TRUE 0.821 42.000 0.063 1.000   NA
 2440063 2440064 SAJ_2082 SAJ_2083     FALSE 0.164 6.000 0.000 NA   NA
 2440064 2440065 SAJ_2083 SAJ_2084     FALSE 0.184 4.000 0.000 NA   NA
 2440067 2440068 SAJ_1182 SAJ_1181     FALSE 0.139 114.000 0.000 NA   NA
 2440069 2440070 SAJ_0672 SAJ_0671     TRUE 0.965 0.000 0.542 NA   NA
 2440074 2440075 SAJ_1248 SAJ_1249     FALSE 0.031 189.000 0.000 NA   NA
 2440075 2440076 SAJ_1249 SAJ_1250     FALSE 0.015 244.000 0.000 NA   NA
 2440079 2440080 SAJ_1481 SAJ_1482     FALSE 0.017 235.000 0.000 NA   NA
 2440083 2440084 SAJ_1431 SAJ_1430     TRUE 0.976 -3.000 0.568 NA   NA
 2440084 2440085 SAJ_1430 SAJ_1429     TRUE 0.536 -7.000 0.000 NA   NA
 2440087 2440088 SAJ_2320 SAJ_2321     FALSE 0.164 6.000 0.000 NA   NA
 2440088 2440089 SAJ_2321 SAJ_2322     FALSE 0.184 4.000 0.000 NA   NA
 2440090 2440091 SAJ_0673 SAJ_0674     TRUE 0.990 -3.000 1.000 NA   NA
 2440093 2440094 SAJ_1205 SAJ_1206     TRUE 0.611 0.000 0.006 NA   NA
 2440095 2440096 SAJ_0798 SAJ_0799 hprK lgt TRUE 0.979 -7.000 0.494 1.000   NA
 2440098 2440099 SAJ_0081 SAJ_0082     TRUE 0.952 28.000 0.248 1.000   NA
 2440100 2440101 SAJ_2065 SAJ_2066     FALSE 0.164 6.000 0.000 NA   NA
 2440106 2440107 SAJ_1126 SAJ_1127     FALSE 0.105 135.000 0.000 1.000   NA
 2440107 2440108 SAJ_1127 SAJ_1128     FALSE 0.388 9.000 0.018 NA   NA
 2440115 2440116 SAJ_2132 SAJ_2133     TRUE 0.991 24.000 0.889 1.000