MicrobesOnline Operon Predictions for Bordetella petrii DSM 12804

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3489043 3489044 Bpet0001 Bpet0002 dnaA dnaN TRUE 0.995 3.000 0.328 1.000 Y NA
 3489044 3489045 Bpet0002 Bpet0003 dnaN gyrB TRUE 0.779 91.000 0.114 1.000 Y NA
 3489045 3489046 Bpet0003 Bpet0004 gyrB   FALSE 0.060 147.000 0.000 1.000   NA
 3489046 3489047 Bpet0004 Bpet0005     TRUE 0.994 0.000 0.652 NA   NA
 3489048 3489049 Bpet0006 Bpet0007 ycaC   FALSE 0.235 87.000 0.000 NA   NA
 3489051 3489052 Bpet0009 Bpet0010 bioD bioF TRUE 0.996 -7.000 0.121 0.001 Y NA
 3489052 3489053 Bpet0010 Bpet0011 bioF bioA TRUE 0.996 2.000 0.054 0.001 Y NA
 3489053 3489054 Bpet0011 Bpet0012 bioA   FALSE 0.005 528.000 0.000 NA   NA
 3489054 3489055 Bpet0012 Bpet0013     TRUE 0.851 10.000 0.000 NA   NA
 3489056 3489057 Bpet0014 Bpet0015   GAF FALSE 0.020 142.000 0.000 NA N NA
 3489057 3489058 Bpet0015 Bpet0016 GAF ampH FALSE 0.023 137.000 0.000 NA N NA
 3489058 3489059 Bpet0016 Bpet0017 ampH   TRUE 0.851 10.000 0.000 NA   NA
 3489059 3489060 Bpet0017 Bpet0018     TRUE 0.860 8.000 0.000 NA   NA
 3489060 3489061 Bpet0018 Bpet0019     FALSE 0.005 129.000 0.000 1.000 N NA
 3489063 3489064 Bpet0021 Bpet0022     FALSE 0.292 89.000 0.011 1.000   NA
 3489064 3489065 Bpet0022 Bpet0023     TRUE 0.733 17.000 0.000 NA   NA
 3489066 3489067 Bpet0024 Bpet0025 ribB1   FALSE 0.006 343.000 0.000 1.000   NA
 3489067 3489068 Bpet0025 Bpet0026     FALSE 0.183 82.000 0.000 1.000   NA
 3489069 3489070 Bpet0027 Bpet0028 ilvG1   FALSE 0.007 111.000 0.000 1.000 N NA
 3489070 3489071 Bpet0028 Bpet0029   bug1 TRUE 0.815 83.000 0.857 1.000   NA
 3489071 3489072 Bpet0029 Bpet0030 bug1   TRUE 0.987 8.000 0.667 1.000   NA
 3489072 3489073 Bpet0030 Bpet0031     TRUE 0.979 7.000 0.667 1.000 N NA
 3489074 3489075 Bpet0032 Bpet0033   idnO TRUE 0.704 71.000 0.118 0.067 N NA
 3489075 3489076 Bpet0033 Bpet0034 idnO topB1 FALSE 0.157 12.000 0.000 1.000 N NA
 3489078 3489079 Bpet0036 Bpet0037     FALSE 0.009 287.000 0.000 1.000   NA
 3489079 3489080 Bpet0037 Bpet0038     TRUE 0.931 4.000 0.008 NA   NA
 3489080 3489081 Bpet0038 Bpet0039     FALSE 0.035 196.000 0.000 NA   NA
 3489081 3489082 Bpet0039 Bpet0040     FALSE 0.189 244.000 0.500 NA   NA
 3489083 3489084 Bpet0041 Bpet0042   argM1 TRUE 0.665 98.000 0.032 NA Y NA
 3489085 3489086 Bpet0043 Bpet0044     TRUE 0.917 -3.000 0.000 1.000   NA
 3489086 3489087 Bpet0044 Bpet0045   acd1 TRUE 0.983 -3.000 0.000 0.009   NA
 3489087 3489088 Bpet0045 Bpet0046 acd1 kduD1 TRUE 0.605 50.000 0.000 1.000 Y NA
 3489088 3489089 Bpet0046 Bpet0047 kduD1   TRUE 0.691 19.000 0.000 NA   NA
 3489089 3489090 Bpet0047 Bpet0048     TRUE 0.923 36.000 0.857 NA   NA
 3489090 3489091 Bpet0048 Bpet0049   bug2 TRUE 0.887 30.000 0.222 NA   NA
 3489091 3489092 Bpet0049 Bpet0050 bug2   TRUE 0.567 26.000 0.000 NA   NA
 3489092 3489093 Bpet0050 Bpet0051   bug3 TRUE 0.833 40.000 0.250 NA   NA
 3489093 3489094 Bpet0051 Bpet0052 bug3   TRUE 0.780 71.000 0.308 NA   NA
 3489094 3489095 Bpet0052 Bpet0053     TRUE 0.996 -3.000 0.714 NA   NA
 3489095 3489096 Bpet0053 Bpet0054     TRUE 0.961 -7.000 0.143 NA N NA
 3489096 3489097 Bpet0054 Bpet0055   accA1 FALSE 0.002 164.000 0.000 1.000 N NA
 3489097 3489098 Bpet0055 Bpet0056 accA1 accB1 TRUE 0.988 22.000 0.158 0.001 Y NA
 3489098 3489099 Bpet0056 Bpet0057 accB1 fadA1 FALSE 0.162 184.000 0.009 1.000 Y NA
 3489099 3489100 Bpet0057 Bpet0058 fadA1 aceK TRUE 0.787 34.000 0.255 1.000 N NA
 3489100 3489101 Bpet0058 Bpet0059 aceK ivd TRUE 0.598 22.000 0.028 1.000 N NA
 3489102 3489103 Bpet0060 Bpet0061   bug4 FALSE 0.194 77.000 0.000 1.000   NA
 3489104 3489105 Bpet0062 Bpet0063     FALSE 0.429 36.000 0.000 NA   NA
 3489109 3489110 Bpet0067 Bpet0068 dsbA   TRUE 0.741 76.000 0.573 NA N NA
 3489110 3489111 Bpet0068 Bpet0069   argS TRUE 0.918 10.000 0.062 NA N NA
 3489112 3489113 Bpet0070 Bpet0071     TRUE 0.624 100.000 0.176 NA   NA
 3489114 3489115 Bpet0072 Bpet0073 ugpE1 ugpA1 TRUE 0.999 -3.000 0.816 0.074 Y NA
 3489115 3489116 Bpet0073 Bpet0074 ugpA1 ugpB1 TRUE 0.996 13.000 0.611 0.074 Y NA
 3489116 3489117 Bpet0074 Bpet0075 ugpB1   TRUE 0.995 12.000 0.357 0.074 Y NA
 3489117 3489118 Bpet0075 Bpet0076     FALSE 0.374 105.000 0.048 1.000   NA
 3489118 3489119 Bpet0076 Bpet0077     TRUE 0.778 63.000 0.382 1.000   NA
 3489119 3489120 Bpet0077 Bpet0078     TRUE 0.993 -63.000 0.632 0.074 Y NA
 3489120 3489121 Bpet0078 Bpet0079     TRUE 0.984 14.000 0.660 0.074 N NA
 3489121 3489122 Bpet0079 Bpet0080     TRUE 0.944 31.000 0.870 0.074 N NA
 3489122 3489123 Bpet0080 Bpet0081     TRUE 0.992 -3.000 0.761 1.000 N NA
 3489125 3489126 Bpet0083 Bpet0084 leuA   FALSE 0.008 370.000 0.000 NA   NA
 3489127 3489128 Bpet0085 Bpet0086 rpoN1   FALSE 0.192 99.000 0.020 NA N NA
 3489128 3489129 Bpet0086 Bpet0087   bfr FALSE 0.066 362.000 0.046 NA Y NA
 3489130 3489131 Bpet0088 Bpet0089   prfC TRUE 0.564 33.000 0.005 NA   NA
 3489131 3489132 Bpet0089 Bpet0090 prfC rhtB1 FALSE 0.103 50.000 0.005 1.000 N NA
 3489132 3489133 Bpet0090 Bpet0091 rhtB1   FALSE 0.451 52.000 0.024 1.000   NA
 3489133 3489134 Bpet0091 Bpet0092   rhlE1 TRUE 0.929 18.000 0.016 0.013   NA
 3489135 3489136 Bpet0093 Bpet0094 lemA   FALSE 0.361 89.000 0.013 NA   NA
 3489137 3489138 Bpet0095 Bpet0096     TRUE 0.998 -3.000 0.713 1.000 Y NA
 3489138 3489139 Bpet0096 Bpet0097     TRUE 0.963 0.000 0.032 1.000   NA
 3489140 3489141 Bpet0098 Bpet0099     TRUE 0.744 -43.000 0.000 NA   NA
 3489142 3489143 Bpet0100 Bpet0101     TRUE 0.917 -3.000 0.000 1.000   NA
 3489143 3489144 Bpet0101 Bpet0102     TRUE 0.945 10.000 0.061 1.000   NA
 3489144 3489145 Bpet0102 Bpet0103     TRUE 0.992 11.000 0.097 0.074 Y NA
 3489145 3489146 Bpet0103 Bpet0104     TRUE 0.831 134.000 0.290 0.074 Y NA
 3489146 3489147 Bpet0104 Bpet0105     FALSE 0.000 635.000 0.000 1.000 N NA
 3489147 3489148 Bpet0105 Bpet0106     FALSE 0.013 248.000 0.000 1.000   NA
 3489148 3489149 Bpet0106 Bpet0107     TRUE 0.988 -13.000 0.904 NA   NA
 3489149 3489150 Bpet0107 Bpet0108     TRUE 0.969 1.000 0.038 NA   NA
 3489150 3489151 Bpet0108 Bpet0109     FALSE 0.482 67.000 0.027 NA   NA
 3489153 3489154 Bpet0111 Bpet0112 fimD1 fimC1 TRUE 0.988 3.000 0.263 NA   NA
 3489154 3489155 Bpet0112 Bpet0113 fimC1 fimB1 TRUE 0.981 24.000 1.000 1.000 Y NA
 3489155 3489156 Bpet0113 Bpet0114 fimB1 fimA1 TRUE 0.857 109.000 0.667 1.000 Y NA
 3489156 3489157 Bpet0114 Bpet0115 fimA1   FALSE 0.000 568.000 0.000 1.000 N NA
 3489157 3489158 Bpet0115 Bpet0116     FALSE 0.356 35.000 0.000 1.000   NA
 3489160 3489161 Bpettrna_01 Bpet0118 b_petrii_trna_01 sspB FALSE 0.269 74.000 0.000 NA   NA
 3489161 3489162 Bpet0118 Bpet0119 sspB sspA TRUE 0.972 19.000 0.831 NA   NA
 3489162 3489163 Bpet0119 Bpet0120 sspA petC FALSE 0.394 144.000 0.370 NA N NA
 3489163 3489164 Bpet0120 Bpet0121 petC petB TRUE 0.994 20.000 0.630 0.001 Y NA
 3489164 3489165 Bpet0121 Bpet0122 petB petA TRUE 0.935 65.000 0.108 0.001 Y NA
 3489169 3489170 Bpet0126 Bpet0127   tatC FALSE 0.311 98.000 0.010 NA   NA
 3489170 3489171 Bpet0127 Bpet0128 tatC tatB TRUE 0.997 -3.000 0.314 NA Y NA
 3489171 3489172 Bpet0128 Bpet0129 tatB tatA TRUE 0.928 78.000 0.157 0.005 Y NA
 3489172 3489173 Bpet0129 Bpet0130 tatA   TRUE 0.806 19.000 0.080 1.000 N NA
 3489173 3489174 Bpet0130 Bpet0131   hisE TRUE 0.880 14.000 0.079 1.000 N NA
 3489174 3489175 Bpet0131 Bpet0132 hisE hisI TRUE 0.998 -3.000 0.152 0.004 Y NA
 3489175 3489176 Bpet0132 Bpet0133 hisI hisF TRUE 0.997 10.000 0.430 0.004 Y NA
 3489176 3489177 Bpet0133 Bpet0134 hisF hisA TRUE 0.999 -3.000 0.433 0.004 Y NA
 3489177 3489178 Bpet0134 Bpet0135 hisA hisH TRUE 0.929 65.000 0.120 0.004 Y NA
 3489178 3489179 Bpet0135 Bpet0136 hisH hisB TRUE 0.983 22.000 0.111 0.004 Y NA
 3489179 3489180 Bpet0136 Bpet0137 hisB hisC1 TRUE 0.994 16.000 0.341 0.004 Y NA
 3489180 3489181 Bpet0137 Bpet0138 hisC1 hisD TRUE 0.998 -3.000 0.165 0.004 Y NA
 3489181 3489182 Bpet0138 Bpet0139 hisD hisG TRUE 0.917 106.000 0.254 0.004 Y NA
 3489182 3489183 Bpet0139 Bpet0140 hisG murA TRUE 0.977 -3.000 0.123 1.000 N NA
 3489183 3489184 Bpet0140 Bpet0141 murA   TRUE 0.977 0.000 0.129 NA N NA
 3489184 3489185 Bpet0141 Bpet0142     TRUE 0.945 6.000 0.088 NA N NA
 3489185 3489186 Bpet0142 Bpet0143     TRUE 0.998 -3.000 0.236 0.093 Y NA
 3489186 3489187 Bpet0143 Bpet0144     FALSE 0.267 86.000 0.028 NA N NA
 3489187 3489188 Bpet0144 Bpet0145     TRUE 0.723 34.000 0.111 NA N NA
 3489188 3489189 Bpet0145 Bpet0146     FALSE 0.351 109.000 0.031 NA   NA
 3489189 3489190 Bpet0146 Bpet0147     TRUE 0.984 13.000 0.562 NA   NA
 3489190 3489191 Bpet0147 Bpet0148     TRUE 0.998 -3.000 0.530 NA Y NA
 3489191 3489192 Bpet0148 Bpet0149     FALSE 0.024 226.000 0.000 NA   NA
 3489194 3489195 Bpet0151 Bpet0152   gltD FALSE 0.002 168.000 0.000 1.000 N NA
 3489195 3489196 Bpet0152 Bpet0153 gltD gltB,asb TRUE 0.992 18.000 0.236 0.001 Y NA
 3489196 3489197 Bpet0153 Bpet0154 gltB,asb   FALSE 0.009 440.000 0.015 1.000   NA
 3489198 3489199 Bpet0155 Bpet0156     TRUE 0.684 26.000 0.019 1.000   NA
 3489199 3489200 Bpet0156 Bpet0157     FALSE 0.462 79.000 0.029 NA   NA
 3489206 3489207 Bpet0163 Bpet0164     TRUE 0.971 33.000 0.864 NA Y NA
 3489207 3489208 Bpet0164 Bpet0165     TRUE 0.918 53.000 0.500 1.000 Y NA
 3489208 3489209 Bpet0165 Bpet0166   ilvD1 TRUE 0.558 67.000 0.000 1.000 Y NA
 3489211 3489212 Bpet0168 Bpet0169 coxB coxA1 TRUE 0.955 98.000 0.741 0.003 Y NA
 3489212 3489213 Bpet0169 Bpet0170 coxA1   TRUE 0.613 31.000 0.008 NA   NA
 3489213 3489214 Bpet0170 Bpet0171     TRUE 0.952 7.000 0.045 NA   NA
 3489214 3489215 Bpet0171 Bpet0172   coxC TRUE 0.783 41.000 0.152 NA   NA
 3489217 3489218 Bpet0174 Bpet0175     TRUE 0.944 28.000 0.722 NA   NA
 3489218 3489219 Bpet0175 Bpet0176   ctaA TRUE 0.967 14.000 0.255 1.000   NA
 3489219 3489220 Bpet0176 Bpet0177 ctaA ubiA1 TRUE 0.963 26.000 0.321 1.000 Y NA
 3489220 3489221 Bpet0177 Bpet0178 ubiA1 senC1 TRUE 0.727 19.000 0.007 1.000   NA
 3489221 3489222 Bpet0178 Bpet0179 senC1   FALSE 0.004 407.000 0.000 1.000   NA
 3489222 3489223 Bpet0179 Bpet0180     TRUE 0.515 29.000 0.000 NA   NA
 3489223 3489224 Bpet0180 Bpet0181   glmU FALSE 0.361 60.000 0.003 NA   NA
 3489224 3489225 Bpet0181 Bpet0182 glmU   TRUE 0.770 -3.000 0.003 1.000 N NA
 3489225 3489226 Bpet0182 Bpet0183   ugd TRUE 0.720 73.000 0.600 1.000 N NA
 3489226 3489227 Bpet0183 Bpet0184 ugd   TRUE 0.993 -3.000 0.073 1.000 Y NA
 3489230 3489231 Bpet0187 Bpet0188     TRUE 0.908 -25.000 0.036 NA   NA
 3489231 3489232 Bpet0188 Bpet0189   wlbH1 TRUE 0.894 -39.000 0.036 NA   NA
 3489232 3489233 Bpet0189 Bpet0190 wlbH1   FALSE 0.021 203.000 0.000 1.000   NA
 3489233 3489234 Bpet0190 Bpet0191   mreB1 FALSE 0.233 55.000 0.000 1.000   NA
 3489234 3489235 Bpet0191 Bpet0192 mreB1   TRUE 0.803 14.000 0.000 NA   NA
 3489235 3489236 Bpet0192 Bpet0193     FALSE 0.414 37.000 0.000 NA   NA
 3489237 3489238 Bpet0194 Bpet0195 tnp1   TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.098 Y NA
 3489238 3489239 Bpet0195 Bpet0196     FALSE 0.017 243.000 0.000 0.098 N NA
 3489239 3489240 Bpet0196 Bpet0197     FALSE 0.404 81.000 0.000 0.098   NA
 3489240 3489241 Bpet0197 Bpet0198     TRUE 0.801 21.000 0.000 0.098   NA
 3489242 3489243 Bpet0199 Bpet0200     FALSE 0.025 221.000 0.000 NA   NA
 3489244 3489245 Bpet0201 Bpet0202     TRUE 0.930 21.000 0.080 0.098   NA
 3489247 3489248 Bpet0204 Bpet0205     FALSE 0.003 1621.000 0.000 NA   NA
 3489248 3489249 Bpet0205 Bpet0206     FALSE 0.031 203.000 0.000 NA   NA
 3489250 3489251 Bpet0207 Bpet0208     TRUE 0.906 51.000 0.667 0.098   NA
 3489253 3489254 Bpet0210 Bpet0211     FALSE 0.055 150.000 0.000 1.000   NA
 3489254 3489255 Bpet0211 Bpet0212   tnp2 TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.098 Y NA
 3489255 3489256 Bpet0212 Bpet0213 tnp2   FALSE 0.046 179.000 0.000 NA   NA
 3489256 3489257 Bpet0213 Bpet0214     FALSE 0.260 77.000 0.000 NA   NA
 3489257 3489258 Bpet0214 Bpet0215     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3489258 3489259 Bpet0215 Bpet0216     TRUE 0.987 -3.000 0.042 0.098   NA
 3489259 3489260 Bpet0216 Bpet0217     FALSE 0.226 58.000 0.000 1.000   NA
 3489260 3489261 Bpet0217 Bpet0218     TRUE 0.875 -7.000 0.000 NA   NA
 3489261 3489262 Bpet0218 Bpet0219     TRUE 0.992 3.000 0.556 NA   NA
 3489262 3489263 Bpet0219 Bpet0220     FALSE 0.004 620.000 0.000 NA   NA
 3489263 3489264 Bpet0220 Bpet0221   orfA1 FALSE 0.145 119.000 0.000 NA   NA
 3489264 3489265 Bpet0221 Bpet0222 orfA1   FALSE 0.179 142.000 0.000 0.098   NA
 3489265 3489266 Bpet0222 Bpet0223     TRUE 0.984 9.000 0.390 NA   NA
 3489266 3489267 Bpet0223 Bpet0224     TRUE 0.834 66.000 0.579 NA   NA
 3489267 3489268 Bpet0224 Bpet0225     TRUE 0.984 3.000 0.171 NA   NA
 3489268 3489269 Bpet0225 Bpet0226     FALSE 0.008 368.000 0.000 NA   NA
 3489269 3489270 Bpet0226 Bpet0227     TRUE 0.603 49.000 0.000 0.025   NA
 3489270 3489271 Bpet0227 Bpet0228   orfA2 TRUE 0.971 -3.000 0.000 0.098   NA
 3489272 3489273 Bpet0229 Bpet0230     FALSE 0.068 156.000 0.000 NA   NA
 3489273 3489274 Bpet0230 Bpet0231     FALSE 0.008 359.000 0.000 NA   NA
 3489274 3489275 Bpet0231 Bpet0232     TRUE 0.994 -3.000 0.400 NA   NA
 3489275 3489276 Bpet0232 Bpet0233     FALSE 0.005 456.000 0.000 NA   NA
 3489276 3489277 Bpet0233 Bpet0234     FALSE 0.302 39.000 0.000 1.000   NA
 3489277 3489278 Bpet0234 Bpet0235     TRUE 0.997 -3.000 0.400 0.009   NA
 3489278 3489279 Bpet0235 Bpet0236   wza1 TRUE 0.839 43.000 0.080 1.000 Y NA
 3489279 3489280 Bpet0236 Bpet0237 wza1 wzm1 TRUE 0.961 8.000 0.000 NA Y NA
 3489280 3489281 Bpet0237 Bpet0238 wzm1 wzt1 TRUE 0.982 10.000 0.056 NA Y NA
 3489281 3489282 Bpet0238 Bpet0239 wzt1 kpsE1 FALSE 0.388 122.000 0.000 NA Y NA
 3489282 3489283 Bpet0239 Bpet0240 kpsE1   TRUE 0.875 -7.000 0.000 NA   NA
 3489283 3489284 Bpet0240 Bpet0241     TRUE 0.825 13.000 0.000 NA   NA
 3489285 3489286 Bpet0242 Bpet0243     FALSE 0.001 202.000 0.000 1.000 N NA
 3489287 3489288 Bpet0244 Bpet0245     FALSE 0.076 151.000 0.000 NA   NA
 3489291 3489292 Bpet0248 Bpet0249     FALSE 0.163 94.000 0.000 1.000   NA
 3489292 3489293 Bpet0249 Bpet0250     TRUE 0.968 22.000 0.364 0.079   NA
 3489293 3489294 Bpet0250 Bpet0251     FALSE 0.037 29.000 0.000 1.000 N NA
 3489294 3489295 Bpet0251 Bpet0252     TRUE 0.825 43.000 0.364 1.000   NA
 3489295 3489296 Bpet0252 Bpet0253   bug5 TRUE 0.628 92.000 0.182 1.000   NA
 3489296 3489297 Bpet0253 Bpet0254 bug5 pcaG FALSE 0.005 365.000 0.000 1.000   NA
 3489297 3489298 Bpet0254 Bpet0255 pcaG pcaH TRUE 0.999 4.000 0.782 0.001 Y NA
 3489300 3489301 Bpet0257 Bpet0258 pcaC2 pcaB2 TRUE 0.949 -7.000 0.049 1.000   NA
 3489301 3489302 Bpet0258 Bpet0259 pcaB2 bug6 TRUE 0.965 -3.000 0.021 1.000   NA
 3489303 3489304 Bpet0260 Bpet0261     FALSE 0.064 145.000 0.000 1.000   NA
 3489305 3489306 Bpet0262 Bpet0263     TRUE 0.981 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3489306 3489307 Bpet0263 Bpet0264     TRUE 0.939 13.000 0.000 1.000 Y NA
 3489308 3489309 Bpet0265 Bpet0266   acd2 FALSE 0.052 24.000 0.000 1.000 N NA
 3489309 3489310 Bpet0266 Bpetpseudo_01 acd2   TRUE 0.866 37.000 0.400 1.000   NA
 3489310 3489311 Bpetpseudo_01 Bpet0267     TRUE 0.879 2.000 0.000 1.000   NA
 3489311 3489312 Bpet0267 Bpet0268     FALSE 0.194 77.000 0.000 1.000   NA
 3489313 3489314 Bpet0269 Bpet0270     TRUE 0.925 0.000 0.000 NA   NA
 3489315 3489316 Bpet0271 Bpet0272     FALSE 0.032 119.000 0.000 NA N NA
 3489318 3489319 Bpet0274 Bpet0275   otsB FALSE 0.029 207.000 0.000 NA   NA
 3489319 3489320 Bpet0275 Bpet0276 otsB otsA TRUE 0.950 24.000 0.000 0.001 Y NA
 3489320 3489321 Bpet0276 Bpet0277 otsA   FALSE 0.051 96.000 0.000 NA N NA
 3489321 3489322 Bpet0277 Bpet0278     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3489324 3489325 Bpet0280 Bpet0281     FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 3489325 3489326 Bpet0281 Bpet0282     TRUE 0.751 69.000 0.231 NA   NA
 3489326 3489327 Bpet0282 Bpet0283     TRUE 0.972 35.000 0.375 0.073 Y NA
 3489327 3489328 Bpet0283 Bpet0284     TRUE 0.987 22.000 0.375 0.073 Y NA
 3489328 3489329 Bpet0284 Bpet0285     TRUE 0.994 10.000 0.600 1.000 Y NA
 3489329 3489330 Bpet0285 Bpet0286     TRUE 0.962 63.000 0.462 0.004 Y NA
 3489330 3489331 Bpet0286 Bpet0287     TRUE 0.833 24.000 0.000 1.000 Y NA
 3489331 3489332 Bpet0287 Bpet0288     FALSE 0.013 72.000 0.000 1.000 N NA
 3489333 3489334 Bpet0289 Bpet0290     FALSE 0.020 241.000 0.000 NA   NA
 3489334 3489335 Bpet0290 Bpet0291     FALSE 0.003 757.000 0.000 NA   NA
 3489335 3489336 Bpet0291 Bpet0292     FALSE 0.014 281.000 0.000 NA   NA
 3489336 3489337 Bpet0292 Bpet0293     TRUE 0.976 2.000 0.229 1.000 N NA
 3489337 3489338 Bpet0293 Bpet0294   uahA TRUE 0.996 0.000 0.343 0.001 N NA
 3489339 3489340 Bpet0295 Bpet0296     TRUE 0.981 22.000 0.654 1.000 Y NA
 3489340 3489341 Bpet0296 Bpet0297     TRUE 0.999 -3.000 0.758 0.073 Y NA
 3489341 3489342 Bpet0297 Bpet0298     TRUE 0.995 -3.000 0.823 1.000   NA
 3489342 3489343 Bpet0298 Bpet0299     TRUE 0.997 2.000 0.731 0.032   NA
 3489343 3489344 Bpet0299 Bpet0300     FALSE 0.014 69.000 0.000 1.000 N NA
 3489345 3489346 Bpet0301 Bpet0302   bug7 TRUE 0.928 -42.000 0.107 1.000   NA
 3489346 3489347 Bpet0302 Bpet0303 bug7   TRUE 0.741 113.000 0.750 NA   NA
 3489347 3489348 Bpet0303 Bpet0304     TRUE 0.988 -7.000 0.500 NA   NA
 3489348 3489349 Bpet0304 Bpet0305     FALSE 0.025 220.000 0.000 NA   NA
 3489349 3489350 Bpet0305 Bpet0306     TRUE 0.643 22.000 0.000 NA   NA
 3489353 3489354 Bpet0309 Bpet0310 aqpZ   FALSE 0.034 31.000 0.000 1.000 N NA
 3489355 3489356 Bpet0311 Bpet0312     TRUE 0.622 52.000 0.083 1.000   NA
 3489357 3489358 Bpet0313 Bpet0314     TRUE 0.983 -3.000 0.061 NA   NA
 3489358 3489359 Bpet0314 Bpet0315     TRUE 0.850 38.000 0.061 1.000 Y NA
 3489360 3489361 Bpet0316 Bpet0317   trpC TRUE 0.584 25.000 0.000 NA   NA
 3489361 3489362 Bpet0317 Bpet0318 trpC trpD TRUE 0.997 -3.000 0.293 1.000 Y NA
 3489362 3489363 Bpet0318 Bpet0319 trpD trpG TRUE 0.972 16.000 0.105 1.000 Y NA
 3489363 3489364 Bpet0319 Bpet0320 trpG trpE TRUE 0.960 52.000 0.230 0.001 Y NA
 3489364 3489365 Bpet0320 Bpet0321 trpE gph FALSE 0.161 211.000 0.233 1.000   NA
 3489365 3489366 Bpet0321 Bpet0322 gph rpe TRUE 0.973 8.000 0.192 1.000   NA
 3489367 3489368 Bpet0323 Bpet0324   mltA TRUE 0.639 33.000 0.063 NA N NA
 3489368 3489369 Bpet0324 Bpet0325 mltA   TRUE 0.885 -3.000 0.013 1.000 N NA
 3489369 3489370 Bpet0325 Bpet0326   dsbC TRUE 0.945 20.000 0.814 1.000 N NA
 3489370 3489371 Bpet0326 Bpet0327 dsbC serA1 FALSE 0.368 62.000 0.059 1.000 N NA
 3489372 3489373 Bpet0328 Bpet0329     FALSE 0.036 193.000 0.000 NA   NA
 3489373 3489374 Bpet0329 Bpet0330   folB TRUE 0.864 9.000 0.025 NA N NA
 3489377 3489378 Bpet0333 Bpet0334     FALSE 0.031 203.000 0.000 NA   NA
 3489378 3489379 Bpet0334 Bpet0335     FALSE 0.044 180.000 0.000 NA   NA
 3489379 3489380 Bpet0335 Bpet0336   atpB TRUE 0.756 69.000 0.330 1.000   NA
 3489380 3489381 Bpet0336 Bpet0337 atpB atpE TRUE 0.861 113.000 0.557 0.002   NA
 3489381 3489382 Bpet0337 Bpet0338 atpE atpF TRUE 0.752 149.000 0.666 0.002   NA
 3489382 3489383 Bpet0338 Bpet0339 atpF atpH TRUE 0.996 13.000 0.242 0.002 Y NA
 3489383 3489384 Bpet0339 Bpet0340 atpH atpA TRUE 0.982 40.000 0.864 0.002 Y NA
 3489384 3489385 Bpet0340 Bpet0341 atpA atpG TRUE 0.958 100.000 0.846 0.002 Y NA
 3489385 3489386 Bpet0341 Bpet0342 atpG atpD TRUE 0.978 44.000 0.724 0.002 Y NA
 3489386 3489387 Bpet0342 Bpet0343 atpD atpC TRUE 0.998 10.000 0.837 0.002 Y NA
 3489387 3489388 Bpet0343 Bpet0344 atpC   FALSE 0.015 236.000 0.000 1.000   NA
 3489390 3489391 Bpet0346 Bpet0347 hemE priA FALSE 0.000 348.000 0.000 1.000 N NA
 3489391 3489392 Bpet0347 Bpet0348 priA rep TRUE 0.987 3.000 0.005 0.092 Y NA
 3489392 3489393 Bpet0348 Bpet0349 rep   FALSE 0.097 305.000 0.000 0.012 Y NA
 3489394 3489395 Bpet0350 Bpet0351     TRUE 0.554 35.000 0.006 NA   NA
 3489395 3489396 Bpet0351 Bpet0352     TRUE 0.844 15.000 0.006 NA   NA
 3489396 3489397 Bpet0352 Bpet0353     TRUE 0.999 -3.000 0.750 0.004 Y NA
 3489397 3489398 Bpet0353 Bpet0354     TRUE 0.998 -3.000 0.750 1.000 Y NA
 3489398 3489399 Bpet0354 Bpet0355     TRUE 0.991 -46.000 0.333 0.073 Y NA
 3489399 3489400 Bpet0355 Bpet0356     TRUE 0.802 43.000 0.000 0.073 Y NA
 3489400 3489401 Bpet0356 Bpet0357     TRUE 0.612 48.000 0.000 1.000 Y NA
 3489403 3489404 Bpet0359 Bpet0360     FALSE 0.015 271.000 0.000 NA   NA
 3489404 3489405 Bpet0360 Bpet0361     FALSE 0.274 97.000 0.004 NA   NA
 3489407 3489408 Bpet0363 Bpet0364     TRUE 0.980 -3.000 0.060 1.000   NA
 3489409 3489410 Bpet0365 Bpet0366   acd3 TRUE 0.762 42.000 0.429 1.000 N NA
 3489410 3489411 Bpet0366 Bpet0367 acd3   FALSE 0.510 139.000 1.000 1.000 N NA
 3489411 3489412 Bpet0367 Bpet0368   paaH TRUE 0.671 37.000 0.143 1.000 N NA
 3489414 3489415 Bpettrna_02 Bpet0370 b_petrii_trna_02   FALSE 0.242 84.000 0.000 NA   NA
 3489416 3489417 Bpet0371 Bpet0372 bug8   FALSE 0.014 241.000 0.000 1.000   NA
 3489418 3489419 Bpet0373 Bpet0374     TRUE 0.810 26.000 0.000 1.000 Y NA
 3489419 3489420 Bpet0374 Bpet0375   pcaI3 TRUE 0.920 15.000 0.000 1.000 Y NA
 3489420 3489421 Bpet0375 Bpet0376 pcaI3 pcaJ3 TRUE 0.981 -16.000 0.000 0.002 Y NA
 3489421 3489422 Bpet0376 Bpet0377 pcaJ3   TRUE 0.530 23.000 0.000 1.000   NA
 3489422 3489423 Bpet0377 Bpet0378     TRUE 0.977 -3.000 0.000 0.066   NA
 3489423 3489424 Bpet0378 Bpet0379     TRUE 0.925 0.000 0.000 NA   NA
 3489424 3489425 Bpet0379 Bpet0380     TRUE 0.995 -3.000 0.600 NA   NA
 3489426 3489427 Bpet0381 Bpet0382     FALSE 0.214 62.000 0.000 1.000   NA
 3489427 3489428 Bpet0382 Bpet0383     TRUE 0.880 5.000 0.000 NA   NA
 3489429 3489430 Bpet0384 Bpet0385   bug9 FALSE 0.243 50.000 0.000 1.000   NA
 3489430 3489431 Bpet0385 Bpet0386 bug9   TRUE 0.842 31.000 0.118 NA   NA
 3489433 3489434 Bpet0388 Bpet0389 gdH   TRUE 0.900 6.000 0.053 1.000 N NA
 3489435 3489436 Bpet0390 Bpet0391 bug10   TRUE 0.944 12.000 0.071 1.000   NA
 3489436 3489437 Bpet0391 Bpet0392     TRUE 0.993 -3.000 0.071 1.000 Y NA
 3489439 3489440 Bpet0394 Bpet0395   gshA FALSE 0.095 118.000 0.018 1.000 N NA
 3489442 3489443 Bpet0397 Bpet0398     FALSE 0.340 152.000 0.000 0.096 Y NA
 3489444 3489445 Bpet0399 Bpet0400 frdB   TRUE 0.995 -3.000 0.092 0.002   NA
 3489445 3489446 Bpet0400 Bpet0401   sdhC TRUE 0.986 2.000 0.010 0.001   NA
 3489446 3489447 Bpet0401 Bpet0402 sdhC ttdA TRUE 0.849 4.000 0.000 1.000   NA
 3489447 3489448 Bpet0402 Bpet0403 ttdA ttdB TRUE 0.983 21.000 0.667 1.000 Y NA
 3489448 3489449 Bpet0403 Bpet0404 ttdB   TRUE 0.991 -3.000 0.037 1.000 Y NA
 3489449 3489450 Bpet0404 Bpet0405   bug11 FALSE 0.302 39.000 0.000 1.000   NA
 3489450 3489451 Bpet0405 Bpet0406 bug11 ilvG FALSE 0.208 68.000 0.000 1.000   NA
 3489451 3489452 Bpet0406 Bpet0407 ilvG   TRUE 0.680 16.000 0.000 1.000   NA
 3489453 3489454 Bpet0408 Bpet0409   serA2 FALSE 0.471 192.000 0.458 1.000 Y NA
 3489454 3489455 Bpet0409 Bpet0410 serA2 bug12 FALSE 0.212 63.000 0.000 1.000   NA
 3489455 3489456 Bpet0410 Bpet0411 bug12   FALSE 0.251 47.000 0.000 1.000   NA
 3489456 3489457 Bpet0411 Bpet0412     TRUE 0.988 -7.000 0.111 1.000 Y NA
 3489457 3489458 Bpet0412 Bpet0413     TRUE 0.582 58.000 0.000 1.000 Y NA
 3489458 3489459 Bpet0413 Bpet0414     FALSE 0.002 159.000 0.000 1.000 N NA
 3489459 3489460 Bpet0414 Bpet0415     TRUE 0.940 44.000 0.400 0.001   NA
 3489461 3489462 Bpet0416 Bpet0417   metX FALSE 0.002 172.000 0.000 1.000 N NA
 3489462 3489463 Bpet0417 Bpet0418 metX metW TRUE 0.995 -3.000 0.509 NA   NA
 3489463 3489464 Bpet0418 Bpet0419 metW ampG TRUE 0.704 28.000 0.018 NA   NA
 3489464 3489465 Bpet0419 Bpet0420 ampG   TRUE 0.604 24.000 0.000 NA   NA
 3489466 3489467 Bpet0421 Bpet0422 gdhA1   FALSE 0.000 431.000 0.000 1.000 N NA
 3489469 3489470 Bpet0424 Bpet0425 gatB gatA2 TRUE 0.999 -3.000 0.492 0.002 Y NA
 3489470 3489471 Bpet0425 Bpet0426 gatA2 gatC TRUE 0.998 4.000 0.643 0.002 Y NA
 3489472 3489473 Bpet0427 Bpet0428 mreB2 mreC TRUE 0.720 80.000 0.689 1.000 N NA
 3489473 3489474 Bpet0428 Bpet0429 mreC mreD TRUE 0.997 -13.000 0.550 0.002 Y NA
 3489474 3489475 Bpet0429 Bpet0430 mreD mrdA TRUE 0.942 25.000 0.108 1.000 Y NA
 3489475 3489476 Bpet0430 Bpet0431 mrdA mrdB TRUE 0.965 -3.000 0.073 1.000 N NA
 3489477 3489478 Bpet0432 Bpet0433     TRUE 0.819 31.000 0.122 1.000   NA
 3489478 3489479 Bpet0433 Bpet0434   argB TRUE 0.975 0.000 0.069 1.000   NA
 3489481 3489482 Bpet0436 Bpet0437     TRUE 0.961 0.000 0.017 NA   NA
 3489482 3489483 Bpet0437 Bpet0438     TRUE 0.995 -3.000 0.613 NA   NA
 3489483 3489484 Bpet0438 Bpet0439     TRUE 0.870 21.000 0.187 1.000 N NA
 3489485 3489486 Bpet0440 Bpet0441   ogt TRUE 0.944 -3.000 0.004 1.000   NA
 3489487 3489488 Bpet0442 Bpet0443     TRUE 0.960 -3.000 0.006 NA   NA
 3489489 3489490 Bpet0444 Bpet0445     TRUE 0.996 10.000 0.250 0.013 Y NA
 3489491 3489492 Bpet0446 Bpet0447 ptsO ptsN TRUE 0.968 20.000 0.177 1.000 Y NA
 3489492 3489493 Bpet0447 Bpet0448 ptsN rpoN2 FALSE 0.105 240.000 0.309 NA N NA
 3489493 3489494 Bpet0448 Bpet0449 rpoN2   FALSE 0.027 253.000 0.006 NA   NA
 3489494 3489495 Bpet0449 Bpet0450     TRUE 0.910 35.000 0.543 NA   NA
 3489495 3489496 Bpet0450 Bpet0451     TRUE 0.995 -3.000 0.459 NA   NA
 3489496 3489497 Bpet0451 Bpet0452   kdsC TRUE 0.971 -87.000 0.617 NA   NA
 3489497 3489498 Bpet0452 Bpet0453 kdsC   TRUE 0.991 3.000 0.598 1.000   NA
 3489499 3489500 Bpet0454 Bpet0455 purT   FALSE 0.137 109.000 0.013 NA N NA
 3489500 3489501 Bpet0455 Bpet0456   cydA FALSE 0.226 132.000 0.071 NA N NA
 3489501 3489502 Bpet0456 Bpet0457 cydA cydB TRUE 0.995 16.000 0.953 0.079 Y NA
 3489502 3489503 Bpet0457 Bpet0458 cydB   TRUE 0.974 13.000 0.230 NA   NA
 3489503 3489504 Bpet0458 Bpet0459   cydD TRUE 0.969 -3.000 0.014 NA   NA
 3489504 3489505 Bpet0459 Bpet0460 cydD cydC TRUE 0.999 -3.000 0.631 0.005 Y NA
 3489505 3489506 Bpet0460 Bpet0461 cydC apt FALSE 0.084 58.000 0.004 1.000 N NA
 3489508 3489509 Bpet0463 Bpet0464     FALSE 0.011 316.000 0.000 NA   NA
 3489511 3489512 Bpet0466 Bpet0467     FALSE 0.486 81.000 0.039 NA   NA
 3489513 3489514 Bpet0468 Bpet0469 bug13   TRUE 0.788 75.000 0.500 1.000   NA
 3489514 3489515 Bpet0469 Bpet0470     FALSE 0.081 18.000 0.000 1.000 N NA
 3489515 3489516 Bpet0470 Bpet0471     FALSE 0.002 159.000 0.000 1.000 N NA
 3489516 3489517 Bpet0471 Bpet0472   gabD1 FALSE 0.014 67.000 0.000 1.000 N NA
 3489519 3489520 Bpet0474 Bpet0475     TRUE 0.931 -58.000 0.101 NA   NA
 3489520 3489521 Bpet0475 Bpet0476     TRUE 0.995 -3.000 0.085 NA Y NA
 3489521 3489522 Bpet0476 Bpet0477     TRUE 0.750 25.000 0.020 NA   NA
 3489524 3489525 Bpet0479 Bpet0480 serA3 phoR FALSE 0.009 97.000 0.000 1.000 N NA
 3489525 3489526 Bpet0480 Bpet0481 phoR phoB TRUE 0.996 13.000 0.453 0.014 Y NA
 3489527 3489528 Bpet0482 Bpet0483 ubiE1   FALSE 0.143 161.000 0.044 1.000   NA
 3489528 3489529 Bpet0483 Bpet0484   ubiB FALSE 0.003 611.000 0.000 1.000   NA
 3489529 3489530 Bpet0484 Bpet0485 ubiB   FALSE 0.069 167.000 0.007 1.000   NA
 3489530 3489531 Bpet0485 Bpet0486     TRUE 0.558 50.000 0.051 1.000   NA
 3489534 3489535 Bpet0489 Bpet0490 pcm1 thiD1 FALSE 0.010 93.000 0.000 1.000 N NA
 3489535 3489536 Bpet0490 Bpet0491 thiD1 thiG TRUE 0.995 -3.000 0.005 0.003 Y NA
 3489536 3489537 Bpet0491 Bpet0492 thiG   FALSE 0.060 82.000 0.003 1.000 N NA
 3489537 3489538 Bpet0492 Bpet0493     TRUE 0.976 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3489544 3489545 Bpet0499 Bpet0500 cheD   FALSE 0.001 262.000 0.000 1.000 N NA
 3489545 3489546 Bpet0500 Bpet0501   ftsE TRUE 0.990 -3.000 0.031 1.000 Y NA
 3489547 3489548 Bpet0502 Bpet0503     TRUE 0.861 127.000 0.375 0.073 Y NA
 3489548 3489549 Bpet0503 Bpet0504     TRUE 0.998 2.000 0.375 0.011 Y NA
 3489549 3489550 Bpet0504 Bpet0505     TRUE 0.712 61.000 0.028 1.000 Y NA
 3489550 3489551 Bpet0505 Bpet0506   bug14 FALSE 0.273 113.000 0.028 1.000   NA
 3489551 3489552 Bpet0506 Bpet0507 bug14   FALSE 0.095 124.000 0.000 1.000   NA
 3489552 3489553 Bpet0507 Bpet0508     TRUE 0.995 0.000 0.083 0.096 Y NA
 3489554 3489555 Bpet0509 Bpet0510     FALSE 0.488 61.000 0.000 0.078   NA
 3489555 3489556 Bpet0510 Bpet0511   bug15 TRUE 0.915 24.000 0.250 1.000   NA
 3489556 3489557 Bpet0511 Bpet0512 bug15   TRUE 0.827 -7.000 0.000 1.000   NA
 3489557 3489558 Bpet0512 Bpet0513     FALSE 0.042 27.000 0.000 1.000 N NA
 3489558 3489559 Bpet0513 Bpet0514   bug16 FALSE 0.339 36.000 0.000 1.000   NA
 3489559 3489560 Bpet0514 Bpet0515 bug16   TRUE 0.666 91.000 0.235 1.000   NA
 3489560 3489561 Bpet0515 Bpet0516     FALSE 0.228 4.000 0.000 1.000 N NA
 3489561 3489562 Bpet0516 Bpet0517     TRUE 0.909 37.000 0.167 1.000 Y NA
 3489563 3489564 Bpet0518 Bpet0519     FALSE 0.006 411.000 0.000 NA   NA
 3489564 3489565 Bpet0519 Bpet0520     TRUE 0.983 14.000 0.667 NA   NA
 3489565 3489566 Bpet0520 Bpet0521     TRUE 0.969 19.000 0.667 NA   NA
 3489566 3489567 Bpet0521 Bpet0522     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3489567 3489568 Bpet0522 Bpet0523     TRUE 0.685 -202.000 0.000 NA   NA
 3489568 3489569 Bpet0523 Bpet0524     TRUE 0.790 35.000 0.091 NA   NA
 3489570 3489571 Bpet0525 Bpet0526 glpK   FALSE 0.338 53.000 0.006 1.000   NA
 3489572 3489573 Bpet0527 Bpet0528   panC TRUE 0.566 39.000 0.018 NA   NA
 3489573 3489574 Bpet0528 Bpet0529 panC   FALSE 0.006 118.000 0.000 1.000 N NA
 3489575 3489576 Bpet0530 Bpet0531     FALSE 0.005 547.000 0.000 NA   NA
 3489577 3489578 Bpet0532 Bpet0533 pilD coaE FALSE 0.505 64.000 0.122 1.000 N NA
 3489578 3489579 Bpet0533 Bpet0534 coaE   TRUE 0.753 41.000 0.110 NA   NA
 3489579 3489580 Bpet0534 Bpet0535     FALSE 0.227 133.000 0.021 NA   NA
 3489580 3489581 Bpet0535 Bpet0536     TRUE 0.983 -3.000 0.143 NA N NA
 3489581 3489582 Bpet0536 Bpet0537     TRUE 0.998 -3.000 0.741 NA Y NA
 3489582 3489583 Bpet0537 Bpet0538     TRUE 0.992 -3.000 0.556 NA N NA
 3489584 3489585 Bpet0539 Bpet0540 mutT   TRUE 0.946 -7.000 0.045 1.000   NA
 3489585 3489586 Bpet0540 Bpet0541   argJ TRUE 0.799 25.000 0.056 1.000   NA
 3489586 3489587 Bpet0541 Bpet0542 argJ   FALSE 0.000 608.000 0.000 1.000 N NA
 3489587 3489588 Bpet0542 Bpet0543     TRUE 0.914 8.000 0.073 1.000 N NA
 3489589 3489590 Bpet0544 Bpet0545     TRUE 0.917 91.000 0.833 NA Y NA
 3489590 3489591 Bpet0545 Bpet0546     TRUE 0.998 4.000 0.667 0.072 Y NA
 3489591 3489592 Bpet0546 Bpet0547     TRUE 0.938 56.000 1.000 1.000 Y NA
 3489592 3489593 Bpet0547 Bpet0548     TRUE 0.998 -6.000 1.000 0.031 Y NA
 3489593 3489594 Bpet0548 Bpet0549     FALSE 0.000 551.000 0.000 1.000 N NA
 3489594 3489595 Bpet0549 Bpet0550     TRUE 0.986 -3.000 0.068 0.065 N NA
 3489595 3489596 Bpet0550 Bpet0551     TRUE 0.961 20.000 0.113 1.000 Y NA
 3489596 3489597 Bpet0551 Bpet0552   acd4 TRUE 0.997 2.000 0.742 1.000 Y NA
 3489597 3489598 Bpet0552 Bpet0553 acd4   TRUE 0.939 37.000 0.378 1.000 Y NA
 3489598 3489599 Bpet0553 Bpet0554     TRUE 0.961 13.000 0.146 1.000   NA
 3489599 3489600 Bpet0554 Bpet0555     TRUE 0.983 5.000 0.243 NA   NA
 3489601 3489602 Bpet0556 Bpet0557   hemL FALSE 0.000 286.000 0.000 1.000 N NA
 3489602 3489603 Bpet0557 Bpet0558 hemL thiE TRUE 0.991 5.000 0.173 1.000 Y NA
 3489603 3489604 Bpet0558 Bpet0559 thiE thiD2 TRUE 0.996 -3.000 0.209 1.000 Y NA
 3489605 3489606 Bpet0560 Bpet0561 rubA   FALSE 0.184 60.000 0.006 NA N NA
 3489606 3489607 Bpet0561 Bpet0562     TRUE 0.974 -7.000 0.263 NA N NA
 3489607 3489608 Bpet0562 Bpet0563     FALSE 0.003 155.000 0.000 1.000 N NA
 3489609 3489610 Bpet0564 Bpet0565 apaH   TRUE 0.947 -3.000 0.005 1.000   NA
 3489610 3489611 Bpet0565 Bpet0566   mtgA TRUE 0.534 80.000 0.005 0.070   NA
 3489611 3489612 Bpet0566 Bpet0567 mtgA aroE TRUE 0.965 7.000 0.107 1.000   NA
 3489612 3489613 Bpet0567 Bpet0568 aroE   TRUE 0.978 -3.000 0.054 1.000   NA
 3489613 3489614 Bpet0568 Bpet0569   rnb FALSE 0.134 228.000 0.225 1.000   NA
 3489614 3489615 Bpet0569 Bpet0570 rnb   TRUE 0.636 86.000 0.122 NA   NA
 3489615 3489616 Bpet0570 Bpet0571   mpl TRUE 0.985 -3.000 0.072 NA   NA
 3489617 3489618 Bpet0572 Bpet0573   aroQ FALSE 0.118 136.000 0.041 1.000 N NA
 3489618 3489619 Bpet0573 Bpet0574 aroQ accB2 FALSE 0.510 101.000 0.254 1.000 N NA
 3489619 3489620 Bpet0574 Bpet0575 accB2   TRUE 0.997 9.000 0.275 0.001 Y NA
 3489620 3489621 Bpet0575 Bpet0576   prmA TRUE 0.600 46.000 0.152 1.000 N NA
 3489621 3489622 Bpet0576 Bpet0577 prmA   TRUE 0.688 24.000 0.004 NA   NA
 3489622 3489623 Bpet0577 Bpet0578     TRUE 0.894 13.000 0.011 NA   NA
 3489623 3489624 Bpet0578 Bpet0579     FALSE 0.037 148.000 0.011 1.000 N NA
 3489625 3489626 Bpet0580 Bpet0581     FALSE 0.061 178.000 0.010 1.000   NA
 3489626 3489627 Bpet0581 Bpet0582   nrdB FALSE 0.007 316.000 0.000 1.000   NA
 3489627 3489628 Bpet0582 Bpet0583 nrdB nrdA TRUE 0.992 24.000 0.564 0.001 Y NA
 3489628 3489629 Bpet0583 Bpet0584 nrdA iorA2 FALSE 0.000 305.000 0.000 1.000 N NA
 3489630 3489631 Bpet0585 Bpet0586     TRUE 0.935 -31.000 0.083 NA   NA
 3489631 3489632 Bpet0586 Bpet0587     TRUE 0.974 2.000 0.058 NA   NA
 3489636 3489637 Bpet0591 Bpet0592     FALSE 0.158 114.000 0.000 NA   NA
 3489637 3489638 Bpet0592 Bpet0593   rplM FALSE 0.000 299.000 0.000 1.000 N NA
 3489638 3489639 Bpet0593 Bpet0594 rplM rpsI TRUE 0.997 10.000 0.601 0.011 Y NA
 3489639 3489640 Bpet0594 Bpet0595 rpsI argC1 FALSE 0.178 103.000 0.032 1.000 N NA
 3489640 3489641 Bpet0595 Bpet0596 argC1   FALSE 0.393 52.000 0.004 NA   NA
 3489641 3489642 Bpet0596 Bpet0597     FALSE 0.312 88.000 0.005 NA   NA
 3489644 3489645 Bpet0599 Bpet0600   fhaC FALSE 0.009 180.000 0.000 NA N NA
 3489645 3489646 Bpet0600 Bpet0601 fhaC fhaB FALSE 0.438 28.000 0.000 1.000   NA
 3489646 3489647 Bpet0601 Bpet0602 fhaB   TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3489647 3489648 Bpet0602 Bpet0603     FALSE 0.007 376.000 0.000 NA   NA
 3489649 3489650 Bpet0604 Bpet0605     TRUE 0.988 -3.000 0.042 0.096   NA
 3489651 3489652 Bpet0606 Bpet0607     TRUE 0.570 39.000 0.000 0.096   NA
 3489652 3489653 Bpet0607 Bpet0608     TRUE 0.598 51.000 0.000 0.024   NA
 3489653 3489654 Bpet0608 Bpet0609     TRUE 0.533 28.000 0.000 NA   NA
 3489655 3489656 Bpet0610 Bpet0611     TRUE 0.893 18.000 0.184 1.000 N NA
 3489657 3489658 Bpet0612 Bpet0613 tyrS   TRUE 0.589 31.000 0.005 NA   NA
 3489658 3489659 Bpet0613 Bpet0614   glyA FALSE 0.004 567.000 0.000 NA   NA
 3489659 3489660 Bpet0614 Bpet0615 glyA   FALSE 0.282 114.000 0.069 NA N NA
 3489660 3489661 Bpet0615 Bpet0616   ribD TRUE 0.845 30.000 0.277 NA N NA
 3489661 3489662 Bpet0616 Bpet0617 ribD ribE TRUE 0.941 38.000 0.456 1.000 Y NA
 3489662 3489663 Bpet0617 Bpet0618 ribE   FALSE 0.002 338.000 0.000 NA N NA
 3489663 3489664 Bpet0618 Bpet0619     TRUE 0.986 13.000 0.683 NA   NA
 3489664 3489665 Bpet0619 Bpet0620     TRUE 0.996 -3.000 0.761 NA   NA
 3489665 3489666 Bpet0620 Bpettrna_03   b_petrii_trna_03 FALSE 0.187 105.000 0.000 NA   NA
 3489666 3489667 Bpettrna_03 Bpet0621 b_petrii_trna_03   FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 3489667 3489668 Bpet0621 Bpet0622   lytR FALSE 0.067 237.000 0.000 0.012   NA
 3489669 3489670 Bpet0623 Bpet0624     FALSE 0.114 135.000 0.000 NA   NA
 3489671 3489672 Bpet0625 Bpet0626   nadC FALSE 0.173 122.000 0.010 1.000   NA
 3489672 3489673 Bpet0626 Bpet0627 nadC   FALSE 0.007 111.000 0.000 1.000 N NA
 3489674 3489675 Bpet0628 Bpet0629 fabI mltD FALSE 0.230 91.000 0.037 1.000 N NA
 3489675 3489676 Bpet0629 Bpet0630 mltD gloB TRUE 0.973 11.000 0.233 1.000   NA
 3489677 3489678 Bpet0631 Bpet0632 rnhA   FALSE 0.028 150.000 0.008 1.000 N NA
 3489678 3489679 Bpet0632 Bpet0633     TRUE 0.993 -3.000 0.900 1.000 N NA
 3489679 3489680 Bpet0633 Bpet0634   dnaQ TRUE 0.675 7.000 0.007 1.000 N NA
 3489680 3489681 Bpet0634 Bpettrna_04 dnaQ b_petrii_trna_04 FALSE 0.276 70.000 0.000 NA   NA
 3489681 3489682 Bpettrna_04 Bpet0635 b_petrii_trna_04   FALSE 0.019 242.000 0.000 NA   NA
 3489688 3489689 Bpet0641 Bpet0642     TRUE 0.996 -3.000 0.111 NA Y NA
 3489689 3489690 Bpet0642 Bpet0643     FALSE 0.209 152.000 0.074 1.000   NA
 3489691 3489692 Bpet0644 Bpet0645     FALSE 0.000 447.000 0.000 1.000 N NA
 3489692 3489693 Bpet0645 Bpet0646     TRUE 0.985 -3.000 0.025 0.098   NA
 3489694 3489695 Bpet0647 Bpet0648     TRUE 0.734 70.000 0.200 NA   NA
 3489695 3489696 Bpet0648 Bpet0649     TRUE 0.674 94.000 0.200 NA   NA
 3489696 3489697 Bpet0649 Bpet0650   fusA1 FALSE 0.002 174.000 0.000 1.000 N NA
 3489698 3489699 Bpet0651 Bpet0652     TRUE 0.995 0.000 0.083 0.095 Y NA
 3489699 3489700 Bpet0652 Bpet0653     FALSE 0.108 137.000 0.000 NA   NA
 3489701 3489702 Bpet0654 Bpet0655     TRUE 0.584 25.000 0.000 NA   NA
 3489703 3489704 Bpet0656 Bpet0657   pal TRUE 0.633 86.000 0.167 1.000   NA
 3489704 3489705 Bpet0657 Bpet0658 pal tolB TRUE 0.863 32.000 0.592 1.000 N NA
 3489705 3489706 Bpet0658 Bpet0659 tolB tolA TRUE 0.930 17.000 0.005 0.005   NA
 3489706 3489707 Bpet0659 Bpet0660 tolA tolR TRUE 0.744 34.000 0.015 0.098   NA
 3489707 3489708 Bpet0660 Bpet0661 tolR tolQ TRUE 0.998 0.000 0.556 0.086 Y NA
 3489708 3489709 Bpet0661 Bpet0662 tolQ   TRUE 0.989 4.000 0.593 1.000   NA
 3489709 3489710 Bpet0662 Bpet0663   proS TRUE 0.714 -97.000 0.004 1.000   NA
 3489711 3489712 Bpet0664 Bpet0665     TRUE 0.829 -19.000 0.007 1.000   NA
 3489712 3489713 Bpet0665 Bpet0666     TRUE 0.993 -19.000 0.900 1.000 Y NA
 3489716 3489717 Bpet0669 Bpet0670     FALSE 0.036 192.000 0.000 NA   NA
 3489717 3489718 Bpet0670 Bpet0671     TRUE 0.983 14.000 0.667 NA   NA
 3489719 3489720 Bpet0672 Bpet0673     TRUE 0.948 0.000 0.005 NA   NA
 3489720 3489721 Bpet0673 Bpet0674     FALSE 0.011 305.000 0.000 NA   NA
 3489723 3489724 Bpet0676 Bpet0677 ilvD2 cyt FALSE 0.140 -16.000 0.000 1.000 N NA
 3489724 3489725 Bpet0677 Bpet0678 cyt   FALSE 0.004 145.000 0.000 1.000 N NA
 3489725 3489726 Bpet0678 Bpet0679     TRUE 0.888 25.000 0.176 1.000   NA
 3489726 3489727 Bpet0679 Bpet0680     TRUE 0.990 -3.000 0.220 1.000   NA
 3489729 3489730 Bpet0682 Bpetrrna_01     FALSE 0.003 744.000 0.000 NA   NA
 3489730 3489731 Bpetrrna_01 Bpettrna_05   b_petrii_trna_05 FALSE 0.065 159.000 0.000 NA   NA
 3489731 3489732 Bpettrna_05 Bpettrna_06 b_petrii_trna_05 b_petrii_trna_06 FALSE 0.289 60.000 0.000 NA   NA
 3489732 3489733 Bpettrna_06 Bpetrrna_02 b_petrii_trna_06   FALSE 0.013 292.000 0.000 NA   NA
 3489733 3489734 Bpetrrna_02 Bpetrrna_03     FALSE 0.091 145.000 0.000 NA   NA
 3489734 3489735 Bpetrrna_03 Bpet0684     FALSE 0.042 182.000 0.000 NA   NA
 3489737 3489738 Bpet0686 Bpet0687   pyrC TRUE 0.697 21.000 0.007 1.000   NA
 3489740 3489741 Bpet0689 Bpet0690   mraW TRUE 0.988 9.000 0.635 NA   NA
 3489741 3489742 Bpet0690 Bpet0691 mraW ftsL TRUE 0.980 0.000 0.227 1.000 N NA
 3489742 3489743 Bpet0691 Bpet0692 ftsL ftsI TRUE 0.977 -3.000 0.124 1.000 N NA
 3489743 3489744 Bpet0692 Bpet0693 ftsI murE TRUE 0.994 -3.000 0.089 1.000 Y NA
 3489744 3489745 Bpet0693 Bpet0694 murE mraY TRUE 0.988 -10.000 0.011 0.003 Y NA
 3489745 3489746 Bpet0694 Bpet0695 mraY murD TRUE 0.999 -3.000 0.647 0.003 Y NA
 3489746 3489747 Bpet0695 Bpet0696 murD ftsW TRUE 0.995 0.000 0.297 0.002 N NA
 3489747 3489748 Bpet0696 Bpet0697 ftsW murG1 TRUE 0.991 -3.000 0.647 1.000 N NA
 3489748 3489749 Bpet0697 Bpet0698 murG1 murC TRUE 0.997 -3.000 0.283 1.000 Y NA
 3489749 3489750 Bpet0698 Bpet0699 murC ddlB TRUE 0.998 -3.000 0.153 0.003 Y NA
 3489750 3489751 Bpet0699 Bpet0700 ddlB ftsQ TRUE 0.992 13.000 0.372 NA Y NA
 3489751 3489752 Bpet0700 Bpet0701 ftsQ ftsA TRUE 0.979 5.000 0.389 NA N NA
 3489752 3489753 Bpet0701 Bpet0702 ftsA FtsZ FALSE 0.483 187.000 0.460 1.000 Y NA
 3489753 3489754 Bpet0702 Bpet0703 FtsZ lpxC FALSE 0.291 126.000 0.134 1.000 N NA
 3489756 3489757 Bpet0705 Bpet0706   secA FALSE 0.134 164.000 0.111 1.000 N NA
 3489757 3489758 Bpet0706 Bpet0707 secA   TRUE 0.964 -3.000 0.009 NA   NA
 3489760 3489761 Bpet0709 Bpet0710     TRUE 0.769 40.000 0.400 1.000 N NA
 3489762 3489763 Bpet0711 Bpet0712     TRUE 0.809 13.000 0.018 NA N NA
 3489763 3489764 Bpet0712 Bpet0713     FALSE 0.443 73.000 0.020 NA   NA
 3489769 3489770 Bpet0718 Bpet0719     FALSE 0.001 247.000 0.000 1.000 N NA
 3489770 3489771 Bpet0719 Bpet0720     FALSE 0.009 332.000 0.034 1.000 N NA
 3489771 3489772 Bpet0720 Bpet0721     TRUE 0.990 -43.000 0.914 1.000 Y NA
 3489772 3489773 Bpet0721 Bpet0722     TRUE 0.850 44.000 0.073 NA Y NA
 3489773 3489774 Bpet0722 Bpettrna_07   b_petrii_trna_07 FALSE 0.320 50.000 0.000 NA   NA
 3489776 3489777 Bpet0724 Bpet0725     TRUE 0.993 23.000 0.660 0.001 Y NA
 3489777 3489778 Bpet0725 Bpet0726     TRUE 0.993 -97.000 0.308 0.001 Y NA
 3489780 3489781 Bpet0728 Bpet0729     TRUE 0.663 21.000 0.000 NA   NA
 3489781 3489782 Bpet0729 Bpet0730     TRUE 0.892 4.000 0.000 NA   NA
 3489782 3489783 Bpet0730 Bpet0731     TRUE 0.901 32.000 0.333 NA   NA
 3489783 3489784 Bpet0731 Bpet0732     TRUE 0.946 -16.000 0.167 NA N NA
 3489784 3489785 Bpet0732 Bpet0733   bug17 FALSE 0.374 40.000 0.000 NA   NA
 3489785 3489786 Bpet0733 Bpet0734 bug17   FALSE 0.094 143.000 0.000 NA   NA
 3489786 3489787 Bpet0734 Bpet0735   tagB FALSE 0.308 85.000 0.004 NA   NA
 3489787 3489788 Bpet0735 Bpet0736 tagB   FALSE 0.023 181.000 0.006 NA N NA
 3489792 3489793 Bpet0740 Bpet0741 menG1   FALSE 0.166 30.000 0.000 NA N NA
 3489793 3489794 Bpet0741 Bpet0742   bug18 TRUE 0.691 19.000 0.000 NA   NA
 3489794 3489795 Bpet0742 Bpet0743 bug18   TRUE 0.917 -3.000 0.000 1.000   NA
 3489795 3489796 Bpet0743 Bpet0744     TRUE 0.756 16.000 0.000 NA   NA
 3489796 3489797 Bpet0744 Bpet0745     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3489797 3489798 Bpet0745 Bpettrna_08   b_petrii_trna_08 FALSE 0.047 177.000 0.000 NA   NA
 3489798 3489799 Bpettrna_08 Bpet0746 b_petrii_trna_08   FALSE 0.007 389.000 0.000 NA   NA
 3489799 3489800 Bpet0746 Bpet0747     FALSE 0.320 50.000 0.000 NA   NA
 3489804 3489805 Bpet0751 Bpet0752     FALSE 0.032 178.000 0.000 1.000   NA
 3489805 3489806 Bpet0752 Bpet0753     TRUE 0.676 20.000 0.000 NA   NA
 3489806 3489807 Bpet0753 Bpet0754     TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 3489807 3489808 Bpet0754 Bpet0755     FALSE 0.121 131.000 0.000 NA   NA
 3489808 3489809 Bpet0755 Bpet0756     FALSE 0.117 67.000 0.008 1.000 N NA
 3489810 3489811 Bpet0757 Bpet0758     FALSE 0.185 131.000 0.008 NA   NA
 3489811 3489812 Bpet0758 Bpet0759     TRUE 0.994 0.000 0.642 NA   NA
 3489813 3489814 Bpet0760 Bpet0761 ostA   TRUE 0.981 -3.000 0.168 1.000 N NA
 3489814 3489815 Bpet0761 Bpet0762   ksgA TRUE 0.669 18.000 0.028 1.000 N NA
 3489818 3489819 Bpet0765 Bpet0766     FALSE 0.052 24.000 0.000 1.000 N NA
 3489819 3489820 Bpet0766 Bpet0767     FALSE 0.240 85.000 0.000 NA   NA
 3489820 3489821 Bpet0767 Bpet0768     FALSE 0.374 40.000 0.000 NA   NA
 3489823 3489824 Bpet0770 Bpet0771   gloA TRUE 0.513 20.000 0.014 1.000 N NA
 3489824 3489825 Bpet0771 Bpet0772 gloA citB FALSE 0.347 86.000 0.009 NA   NA
 3489825 3489826 Bpet0772 Bpet0773 citB   TRUE 0.993 2.000 0.618 NA   NA
 3489826 3489827 Bpet0773 Bpet0774     FALSE 0.263 79.000 0.039 1.000 N NA
 3489827 3489828 Bpet0774 Bpet0775     TRUE 0.896 10.000 0.006 NA   NA
 3489828 3489829 Bpet0775 Bpet0776   plsC TRUE 0.948 -22.000 0.099 NA   NA
 3489829 3489830 Bpet0776 Bpet0777 plsC   TRUE 0.974 4.000 0.279 1.000 N NA
 3489830 3489831 Bpet0777 Bpet0778   glyS TRUE 0.977 -3.000 0.123 1.000 N NA
 3489831 3489832 Bpet0778 Bpet0779 glyS glyQ TRUE 0.999 1.000 0.651 0.001 Y NA
 3489833 3489834 Bpet0780 Bpet0781     FALSE 0.316 98.000 0.054 NA N NA
 3489834 3489835 Bpet0781 Bpet0782     TRUE 0.538 9.000 0.000 NA N NA
 3489835 3489836 Bpet0782 Bpet0783     FALSE 0.000 705.000 0.000 1.000 N NA
 3489836 3489837 Bpet0783 Bpet0784   fumA FALSE 0.081 105.000 0.009 1.000 N NA
 3489837 3489838 Bpet0784 Bpet0785 fumA   FALSE 0.003 146.000 0.000 1.000 N NA
 3489838 3489839 Bpet0785 Bpet0786     TRUE 0.995 0.000 0.083 0.094 Y NA
 3489839 3489840 Bpet0786 Bpet0787     FALSE 0.046 178.000 0.000 NA   NA
 3489842 3489843 Bpet0789 Bpet0790     TRUE 0.865 7.000 0.000 NA   NA
 3489844 3489845 Bpet0791 Bpet0792     FALSE 0.003 724.000 0.000 NA   NA
 3489845 3489846 Bpet0792 Bpet0793     FALSE 0.026 214.000 0.000 NA   NA
 3489846 3489847 Bpet0793 Bpet0794     TRUE 0.865 78.000 0.273 1.000 Y NA
 3489847 3489848 Bpet0794 Bpet0795     TRUE 0.981 0.000 0.250 1.000 N NA
 3489848 3489849 Bpet0795 Bpet0796     TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.031 Y NA
 3489849 3489850 Bpet0796 Bpet0797     TRUE 0.998 -3.000 0.556 1.000 Y NA
 3489850 3489851 Bpet0797 Bpet0798     TRUE 0.979 36.000 0.778 0.071 Y NA
 3489851 3489852 Bpet0798 Bpet0799     TRUE 0.975 22.000 0.273 NA Y NA
 3489854 3489855 Bpet0801 Bpet0802     FALSE 0.069 20.000 0.000 1.000 N NA
 3489855 3489856 Bpet0802 Bpet0803     TRUE 0.980 8.000 0.000 0.064 Y NA
 3489858 3489859 Bpet0805 Bpet0806     FALSE 0.356 35.000 0.000 1.000   NA
 3489859 3489860 Bpet0806 Bpet0807     FALSE 0.145 13.000 0.000 1.000 N NA
 3489860 3489861 Bpet0807 Bpet0808     FALSE 0.326 48.000 0.000 NA   NA
 3489861 3489862 Bpet0808 Bpet0809     FALSE 0.481 32.000 0.000 NA   NA
 3489863 3489864 Bpet0810 Bpet0811 bug19   FALSE 0.006 442.000 0.000 NA   NA
 3489864 3489865 Bpet0811 Bpet0812     FALSE 0.326 48.000 0.000 NA   NA
 3489866 3489867 Bpet0813 Bpet0814   bug20 TRUE 0.628 18.000 0.000 1.000   NA
 3489868 3489869 Bpet0815 Bpet0816     TRUE 0.984 28.000 0.368 0.008 Y NA
 3489869 3489870 Bpet0816 Bpet0817     TRUE 0.981 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3489870 3489871 Bpet0817 Bpet0818     FALSE 0.139 121.000 0.000 NA   NA
 3489871 3489872 Bpet0818 Bpet0819     TRUE 0.651 57.000 0.081 NA   NA
 3489872 3489873 Bpet0819 Bpet0820     TRUE 0.987 0.000 0.500 1.000 N NA
 3489874 3489875 Bpet0821 Bpet0822 folK pcnB TRUE 0.985 -3.000 0.234 1.000 N NA
 3489875 3489876 Bpet0822 Bpet0823 pcnB   TRUE 0.844 0.000 0.011 1.000 N NA
 3489876 3489877 Bpet0823 Bpet0824     TRUE 0.960 -3.000 0.015 1.000   NA
 3489879 3489880 Bpet0826 Bpet0827 miaA mutL TRUE 0.777 46.000 0.188 0.089 N NA
 3489882 3489883 Bpet0829 Bpet0830   amiC FALSE 0.222 94.000 0.000 NA   NA
 3489883 3489884 Bpet0830 Bpet0831 amiC   TRUE 0.721 -69.000 0.000 NA   NA
 3489890 3489891 Bpet0837 Bpet0838   bug22 TRUE 0.983 13.000 0.667 1.000   NA
 3489891 3489892 Bpet0838 Bpet0839 bug22   FALSE 0.267 100.000 0.014 1.000   NA
 3489897 3489898 Bpet0844 Bpet0845     FALSE 0.013 71.000 0.000 1.000 N NA
 3489898 3489899 Bpet0845 Bpet0846   gatA3 FALSE 0.275 2.000 0.000 1.000 N NA
 3489899 3489900 Bpet0846 Bpet0847 gatA3   FALSE 0.366 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3489900 3489901 Bpet0847 Bpet0848     TRUE 0.953 -13.000 0.000 NA Y NA
 3489901 3489902 Bpet0848 Bpet0849     TRUE 0.985 -3.000 0.000 NA Y NA
 3489902 3489903 Bpet0849 Bpet0850     TRUE 0.628 18.000 0.000 1.000   NA
 3489903 3489904 Bpet0850 Bpet0851   acd5 TRUE 0.894 32.000 0.400 1.000   NA
 3489904 3489905 Bpet0851 Bpet0852 acd5   TRUE 0.989 -3.000 0.400 1.000 N NA
 3489905 3489906 Bpet0852 Bpet0853     TRUE 0.990 -3.000 0.500 1.000 N NA
 3489906 3489907 Bpet0853 Bpet0854     FALSE 0.366 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3489907 3489908 Bpet0854 Bpet0855     TRUE 0.937 -16.000 0.000 1.000 Y NA
 3489909 3489910 Bpet0856 Bpet0857   purU FALSE 0.127 14.000 0.000 1.000 N NA
 3489910 3489911 Bpet0857 Bpet0858 purU   FALSE 0.471 42.000 0.018 1.000   NA
 3489911 3489912 Bpet0858 Bpet0859     TRUE 0.948 14.000 0.018 0.064   NA
 3489912 3489913 Bpet0859 Bpet0860   pdxH TRUE 0.938 -40.000 0.006 0.005   NA
 3489913 3489914 Bpet0860 Bpet0861 pdxH   FALSE 0.354 69.000 0.004 NA   NA
 3489915 3489916 Bpet0862 Bpet0863 tnp3   TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.094 Y NA
 3489917 3489918 Bpet0864 Bpet0865     TRUE 0.984 -3.000 0.070 NA   NA
 3489920 3489921 Bpet0867 Bpet0868     TRUE 0.979 3.000 0.333 1.000 N NA
 3489922 3489923 Bpet0869 Bpet0870 bug23   TRUE 0.995 -3.000 0.667 1.000   NA
 3489924 3489925 Bpet0871 Bpet0872     TRUE 0.945 29.000 0.219 1.000 Y NA
 3489925 3489926 Bpet0872 Bpet0873   uvrA1 TRUE 0.710 7.000 0.009 1.000 N NA
 3489927 3489928 Bpet0874 Bpet0875   kdgA FALSE 0.074 19.000 0.000 1.000 N NA
 3489928 3489929 Bpet0875 Bpet0876 kdgA   TRUE 0.958 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 3489933 3489934 Bpet0880 Bpet0881     FALSE 0.269 76.000 0.004 1.000   NA
 3489934 3489935 Bpet0881 Bpet0882     FALSE 0.302 66.000 0.005 1.000   NA
 3489935 3489936 Bpet0882 Bpet0883   osmB FALSE 0.047 206.000 0.008 NA   NA
 3489938 3489939 Bpet0885 Bpet0886     TRUE 0.974 -136.000 0.229 1.000 Y NA
 3489939 3489940 Bpet0886 Bpet0887     FALSE 0.390 54.000 0.057 1.000 N NA
 3489940 3489941 Bpet0887 Bpet0888     TRUE 0.890 79.000 0.333 NA Y NA
 3489941 3489942 Bpet0888 Bpet0889     TRUE 0.984 24.000 1.000 NA Y NA
 3489942 3489943 Bpet0889 Bpet0890     FALSE 0.030 34.000 0.000 1.000 N NA
 3489944 3489945 Bpet0891 Bpet0892 minE minD TRUE 0.996 4.000 0.618 NA Y NA
 3489945 3489946 Bpet0892 Bpet0893 minD minC TRUE 0.829 110.000 0.466 1.000 Y NA
 3489946 3489947 Bpet0893 Bpet0894 minC glnS TRUE 0.541 14.000 0.006 1.000 N NA
 3489948 3489949 Bpet0895 Bpet0896     TRUE 0.999 -3.000 0.886 0.076 Y NA
 3489950 3489951 Bpet0897 Bpet0898     TRUE 0.992 14.000 0.667 1.000 Y NA
 3489952 3489953 Bpet0899 Bpet0900   recQ FALSE 0.337 79.000 0.005 NA   NA
 3489955 3489956 Bpet0902 Bpet0903     FALSE 0.440 74.000 0.006 0.054 N NA
 3489957 3489958 Bpet0904 Bpet0905 ruvA ruvC TRUE 0.951 79.000 0.451 0.011 Y NA
 3489958 3489959 Bpet0905 Bpet0906 ruvC purH TRUE 0.896 0.000 0.023 1.000 N NA
 3489959 3489960 Bpet0906 Bpet0907 purH fis FALSE 0.092 46.000 0.003 1.000 N NA
 3489960 3489961 Bpet0907 Bpet0908 fis   FALSE 0.129 36.000 0.003 1.000 N NA
 3489961 3489962 Bpet0908 Bpet0909   ubiH TRUE 0.753 31.000 0.019 0.017 N NA
 3489967 3489968 Bpet0914 Bpet0915     FALSE 0.231 90.000 0.000 NA   NA
 3489971 3489972 Bpet0918 Bpet0919     TRUE 0.951 7.000 0.044 NA   NA
 3489972 3489973 Bpet0919 Bpet0920     TRUE 0.959 8.000 0.065 NA   NA
 3489973 3489974 Bpet0920 Bpet0921   ilvE TRUE 0.803 44.000 0.223 NA   NA
 3489975 3489976 Bpet0922 Bpet0923     TRUE 0.994 -3.000 0.434 NA   NA
 3489976 3489977 Bpet0923 Bpet0924   rhlE2 FALSE 0.388 104.000 0.034 NA   NA
 3489979 3489980 Bpet0926 Bpet0927     TRUE 0.926 -61.000 0.123 1.000   NA
 3489980 3489981 Bpet0927 Bpet0928     FALSE 0.077 158.000 0.006 1.000   NA
 3489984 3489985 Bpet0931 Bpet0932 pyrD ate FALSE 0.410 40.000 0.044 1.000 N NA
 3489985 3489986 Bpet0932 Bpet0933 ate aat TRUE 0.883 61.000 0.285 1.000 Y NA
 3489986 3489987 Bpet0933 Bpet0934 aat   TRUE 0.931 3.000 0.058 1.000 N NA
 3489987 3489988 Bpet0934 Bpet0935     FALSE 0.333 46.000 0.000 NA   NA
 3489988 3489989 Bpet0935 Bpet0936     FALSE 0.242 84.000 0.000 NA   NA
 3489989 3489990 Bpet0936 Bpet0937     FALSE 0.043 214.000 0.000 0.025 N NA
 3489991 3489992 Bpet0938 Bpet0939     FALSE 0.279 66.000 0.000 NA   NA
 3489992 3489993 Bpet0939 Bpet0940     FALSE 0.055 170.000 0.000 NA   NA
 3489993 3489994 Bpet0940 Bpet0941     FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 3489995 3489996 Bpet0942 Bpet0943     FALSE 0.044 180.000 0.000 NA   NA
 3489996 3489997 Bpet0943 Bpet0944     FALSE 0.033 200.000 0.000 NA   NA
 3489997 3489998 Bpet0944 Bpet0945     TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 3489998 3489999 Bpet0945 Bpet0946     TRUE 0.925 0.000 0.000 NA   NA
 3489999 3490000 Bpet0946 Bpet0947     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490002 3490003 Bpet0949 Bpet0950   recF TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490003 3490004 Bpet0950 Bpet0951 recF   TRUE 0.880 5.000 0.000 NA   NA
 3490004 3490005 Bpet0951 Bpet0952   recT FALSE 0.016 267.000 0.000 NA   NA
 3490005 3490006 Bpet0952 Bpet0953 recT recB FALSE 0.280 65.000 0.000 NA   NA
 3490006 3490007 Bpet0953 Bpet0954 recB   TRUE 0.875 -7.000 0.000 NA   NA
 3490007 3490008 Bpet0954 Bpet0955     FALSE 0.034 197.000 0.000 NA   NA
 3490008 3490009 Bpet0955 Bpet0956     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490009 3490010 Bpet0956 Bpet0957     FALSE 0.024 222.000 0.000 NA   NA
 3490010 3490011 Bpet0957 Bpet0958     FALSE 0.021 239.000 0.000 NA   NA
 3490011 3490012 Bpet0958 Bpet0959     FALSE 0.063 161.000 0.000 NA   NA
 3490012 3490013 Bpet0959 Bpet0960     TRUE 0.875 -7.000 0.000 NA   NA
 3490013 3490014 Bpet0960 Bpet0961     FALSE 0.311 53.000 0.000 NA   NA
 3490014 3490015 Bpet0961 Bpet0962     FALSE 0.211 97.000 0.000 NA   NA
 3490015 3490016 Bpet0962 Bpet0963     TRUE 0.643 22.000 0.000 NA   NA
 3490019 3490020 Bpet0966 Bpet0967     TRUE 0.875 -7.000 0.000 NA   NA
 3490022 3490023 Bpet0969 Bpet0970     TRUE 0.801 -19.000 0.000 NA   NA
 3490023 3490024 Bpet0970 Bpet0971     FALSE 0.218 95.000 0.000 NA   NA
 3490024 3490025 Bpet0971 Bpet0972     FALSE 0.088 146.000 0.000 NA   NA
 3490025 3490026 Bpet0972 Bpet0973     TRUE 0.875 -7.000 0.000 NA   NA
 3490028 3490029 Bpet0975 Bpet0976     TRUE 0.962 2.000 0.026 NA   NA
 3490029 3490030 Bpet0976 Bpet0977     TRUE 0.981 3.000 0.111 NA   NA
 3490030 3490031 Bpet0977 Bpet0978     TRUE 0.945 -64.000 0.167 NA   NA
 3490031 3490032 Bpet0978 Bpet0979     TRUE 0.973 11.000 0.174 NA   NA
 3490032 3490033 Bpet0979 Bpet0980     TRUE 0.963 10.000 0.087 NA   NA
 3490033 3490034 Bpet0980 Bpet0981     TRUE 0.644 67.000 0.091 NA   NA
 3490034 3490035 Bpet0981 Bpet0982     TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 3490035 3490036 Bpet0982 Bpet0983     TRUE 0.904 3.000 0.000 NA   NA
 3490036 3490037 Bpet0983 Bpet0984     TRUE 0.835 -13.000 0.000 NA   NA
 3490037 3490038 Bpet0984 Bpet0985     TRUE 0.925 0.000 0.000 NA   NA
 3490038 3490039 Bpet0985 Bpet0986     TRUE 0.559 155.000 1.000 NA   NA
 3490039 3490040 Bpet0986 Bpet0987     TRUE 0.780 58.000 0.250 NA   NA
 3490040 3490041 Bpet0987 Bpet0988     TRUE 0.977 12.000 0.250 NA   NA
 3490041 3490042 Bpet0988 Bpet0989     TRUE 0.993 0.000 0.429 NA   NA
 3490042 3490043 Bpet0989 Bpet0990     FALSE 0.078 150.000 0.000 NA   NA
 3490043 3490044 Bpet0990 Bpet0991     TRUE 0.990 -3.000 0.133 NA   NA
 3490044 3490045 Bpet0991 Bpet0992     TRUE 0.996 -3.000 1.000 NA   NA
 3490045 3490046 Bpet0992 Bpet0993     TRUE 0.979 -13.000 0.286 NA   NA
 3490046 3490047 Bpet0993 Bpet0994     TRUE 0.995 -3.000 0.571 NA   NA
 3490047 3490048 Bpet0994 Bpet0995     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490048 3490049 Bpet0995 Bpet0996     TRUE 0.623 23.000 0.000 NA   NA
 3490049 3490050 Bpet0996 Bpet0997     TRUE 0.925 0.000 0.000 NA   NA
 3490050 3490051 Bpet0997 Bpet0998     TRUE 0.533 28.000 0.000 NA   NA
 3490051 3490052 Bpet0998 Bpet0999     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490052 3490053 Bpet0999 Bpet1000     TRUE 0.851 10.000 0.000 NA   NA
 3490053 3490054 Bpet1000 Bpet1001     TRUE 0.779 15.000 0.000 NA   NA
 3490054 3490055 Bpet1001 Bpet1002     FALSE 0.269 74.000 0.000 NA   NA
 3490055 3490056 Bpet1002 Bpet1003     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490056 3490057 Bpet1003 Bpet1004     FALSE 0.030 205.000 0.000 NA   NA
 3490058 3490059 Bpet1005 Bpet1006     FALSE 0.034 199.000 0.000 NA   NA
 3490059 3490060 Bpet1006 Bpet1007     FALSE 0.012 295.000 0.000 NA   NA
 3490060 3490061 Bpet1007 Bpet1008     TRUE 0.623 23.000 0.000 NA   NA
 3490061 3490062 Bpet1008 Bpettrna_09   b_petrii_trna_09 FALSE 0.011 313.000 0.000 NA   NA
 3490062 3490063 Bpettrna_09 Bpet1009 b_petrii_trna_09 arsH1 FALSE 0.005 466.000 0.000 NA   NA
 3490063 3490064 Bpet1009 Bpet1010 arsH1   FALSE 0.009 344.000 0.000 NA   NA
 3490065 3490066 Bpet1011 Bpet1012     TRUE 0.780 12.000 0.000 1.000   NA
 3490066 3490067 Bpet1012 Bpet1013     FALSE 0.007 391.000 0.000 NA   NA
 3490067 3490068 Bpet1013 Bpet1014     FALSE 0.387 39.000 0.000 NA   NA
 3490068 3490069 Bpet1014 Bpet1015     TRUE 0.690 -33.000 0.000 1.000   NA
 3490069 3490070 Bpet1015 Bpet1016     FALSE 0.313 52.000 0.000 NA   NA
 3490071 3490072 Bpet1017 Bpet1018     FALSE 0.013 70.000 0.000 1.000 N NA
 3490072 3490073 Bpet1018 Bpet1019     FALSE 0.153 150.000 0.000 0.092   NA
 3490074 3490075 Bpet1020 Bpet1021     FALSE 0.095 124.000 0.000 1.000   NA
 3490076 3490077 Bpet1022 Bpet1023 arsC1   TRUE 0.984 -27.000 0.250 1.000 Y NA
 3490077 3490078 Bpet1023 Bpet1024     TRUE 0.980 11.000 1.000 1.000 N NA
 3490078 3490079 Bpet1024 Bpet1025     TRUE 0.971 13.000 0.250 1.000   NA
 3490079 3490080 Bpet1025 Bpet1026     TRUE 0.980 13.000 0.500 1.000   NA
 3490081 3490082 Bpet1027 Bpet1028   alpA1 TRUE 0.513 119.000 0.149 NA   NA
 3490082 3490083 Bpet1028 Bpet1029 alpA1 parA1 TRUE 0.615 43.000 0.106 NA N NA
 3490083 3490084 Bpet1029 Bpet1030 parA1   TRUE 0.986 -16.000 0.800 NA   NA
 3490084 3490085 Bpet1030 Bpet1031     TRUE 0.991 -7.000 0.800 NA   NA
 3490085 3490086 Bpet1031 Bpet1032     TRUE 0.984 15.000 1.000 NA   NA
 3490086 3490087 Bpet1032 Bpet1033     TRUE 0.992 4.000 0.714 NA   NA
 3490087 3490088 Bpet1033 Bpet1034     FALSE 0.006 431.000 0.000 NA   NA
 3490088 3490089 Bpet1034 Bpet1035     TRUE 0.996 -3.000 0.667 NA   NA
 3490089 3490090 Bpet1035 Bpet1036   ssb1 FALSE 0.267 75.000 0.000 NA   NA
 3490090 3490091 Bpet1036 Bpet1037 ssb1 topB2 FALSE 0.046 276.000 0.000 1.000 Y NA
 3490091 3490092 Bpet1037 Bpet1038 topB2   FALSE 0.003 532.000 0.000 1.000   NA
 3490093 3490094 Bpet1039 Bpet1040     TRUE 0.985 -7.000 0.000 0.011 Y NA
 3490094 3490095 Bpet1040 Bpet1041     TRUE 0.999 0.000 0.545 0.011 Y NA
 3490096 3490097 Bpet1042 Bpet1043     FALSE 0.019 244.000 0.000 NA   NA
 3490097 3490098 Bpet1043 Bpet1044     FALSE 0.308 55.000 0.000 NA   NA
 3490098 3490099 Bpet1044 Bpet1045     FALSE 0.006 434.000 0.000 NA   NA
 3490099 3490100 Bpet1045 Bpet1046     TRUE 0.643 22.000 0.000 NA   NA
 3490100 3490101 Bpet1046 Bpet1047     TRUE 0.736 -51.000 0.000 NA   NA
 3490101 3490102 Bpet1047 Bpet1048     TRUE 0.843 84.000 1.000 NA   NA
 3490102 3490103 Bpet1048 Bpet1049     TRUE 0.805 97.000 0.800 NA   NA
 3490103 3490104 Bpet1049 Bpet1050     FALSE 0.014 283.000 0.000 NA   NA
 3490104 3490105 Bpet1050 Bpet1051     FALSE 0.139 121.000 0.000 NA   NA
 3490105 3490106 Bpet1051 Bpet1052     FALSE 0.008 363.000 0.000 NA   NA
 3490106 3490107 Bpet1052 Bpet1053     FALSE 0.091 145.000 0.000 NA   NA
 3490107 3490108 Bpet1053 Bpet1054     TRUE 0.741 95.000 0.364 NA   NA
 3490108 3490109 Bpet1054 Bpet1055     TRUE 0.657 95.000 0.182 NA   NA
 3490109 3490110 Bpet1055 Bpet1056     TRUE 0.754 107.000 0.667 NA   NA
 3490110 3490111 Bpet1056 Bpet1057     FALSE 0.004 602.000 0.000 NA   NA
 3490111 3490112 Bpet1057 Bpet1058     FALSE 0.025 219.000 0.000 NA   NA
 3490112 3490113 Bpet1058 Bpet1059     FALSE 0.260 77.000 0.000 NA   NA
 3490113 3490114 Bpet1059 Bpet1060     FALSE 0.003 728.000 0.000 NA   NA
 3490114 3490115 Bpet1060 Bpet1061     FALSE 0.086 131.000 0.000 1.000   NA
 3490115 3490116 Bpet1061 Bpet1062     FALSE 0.313 52.000 0.000 NA   NA
 3490116 3490117 Bpet1062 Bpet1063     TRUE 0.746 90.000 0.333 NA   NA
 3490117 3490118 Bpet1063 Bpet1064     FALSE 0.172 109.000 0.000 NA   NA
 3490118 3490119 Bpet1064 Bpet1065     FALSE 0.158 114.000 0.000 NA   NA
 3490119 3490120 Bpet1065 Bpet1066     FALSE 0.063 161.000 0.000 NA   NA
 3490120 3490121 Bpet1066 Bpet1067     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490121 3490122 Bpet1067 Bpet1068     TRUE 0.977 15.000 0.500 NA   NA
 3490122 3490123 Bpet1068 Bpet1069     TRUE 0.982 -18.000 0.600 NA   NA
 3490123 3490124 Bpet1069 Bpet1070     TRUE 0.992 -3.000 0.227 NA   NA
 3490124 3490125 Bpet1070 Bpet1071     TRUE 0.992 5.000 1.000 NA   NA
 3490125 3490126 Bpet1071 Bpet1072     TRUE 0.993 -3.000 0.273 NA   NA
 3490126 3490127 Bpet1072 Bpet1073     FALSE 0.202 99.000 0.000 NA   NA
 3490127 3490128 Bpet1073 Bpet1074     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490128 3490129 Bpet1074 Bpet1075     TRUE 0.733 17.000 0.000 NA   NA
 3490129 3490130 Bpet1075 Bpet1076     TRUE 0.825 13.000 0.000 NA   NA
 3490130 3490131 Bpet1076 Bpet1077     TRUE 0.996 -3.000 0.955 NA   NA
 3490131 3490132 Bpet1077 Bpet1078     TRUE 0.996 -3.000 0.955 NA   NA
 3490132 3490133 Bpet1078 Bpet1079     TRUE 0.990 -10.000 1.000 NA   NA
 3490133 3490134 Bpet1079 Bpet1080     TRUE 0.801 -19.000 0.000 NA   NA
 3490134 3490135 Bpet1080 Bpet1081     TRUE 0.925 0.000 0.000 NA   NA
 3490135 3490136 Bpet1081 Bpet1082     TRUE 0.978 14.000 0.600 1.000   NA
 3490136 3490137 Bpet1082 Bpet1083   radC1 FALSE 0.320 175.000 1.000 1.000 N NA
 3490137 3490138 Bpet1083 Bpet1084 radC1   FALSE 0.406 164.000 0.400 NA   NA
 3490138 3490139 Bpet1084 Bpet1085     TRUE 0.937 27.000 0.500 NA   NA
 3490139 3490140 Bpet1085 Bpet1086     TRUE 0.851 10.000 0.000 NA   NA
 3490140 3490141 Bpet1086 Bpet1087     TRUE 0.995 -3.000 0.500 NA   NA
 3490141 3490142 Bpet1087 Bpet1088     TRUE 0.803 14.000 0.000 NA   NA
 3490143 3490144 Bpet1089 Bpet1090     TRUE 0.721 82.000 0.231 NA   NA
 3490144 3490145 Bpet1090 Bpet1091     TRUE 0.986 13.000 0.769 NA   NA
 3490150 3490151 Bpet1096 Bpet1097   bug25 FALSE 0.010 320.000 0.000 NA   NA
 3490155 3490156 Bpet1101 Bpet1102     TRUE 0.779 15.000 0.000 NA   NA
 3490156 3490157 Bpet1102 Bpet1103     FALSE 0.042 182.000 0.000 NA   NA
 3490157 3490158 Bpet1103 Bpet1104     FALSE 0.119 111.000 0.000 1.000   NA
 3490158 3490159 Bpet1104 Bpet1105     FALSE 0.226 58.000 0.000 1.000   NA
 3490159 3490160 Bpet1105 Bpet1106     TRUE 0.988 -3.000 0.042 0.091   NA
 3490161 3490162 Bpet1107 Bpet1108     FALSE 0.047 177.000 0.000 NA   NA
 3490162 3490163 Bpet1108 Bpet1109     FALSE 0.154 150.000 0.000 0.091   NA
 3490163 3490164 Bpet1109 Bpet1110     TRUE 0.880 5.000 0.000 NA   NA
 3490164 3490165 Bpet1110 Bpet1111     FALSE 0.235 87.000 0.000 NA   NA
 3490165 3490166 Bpet1111 Bpet1112   hyuA FALSE 0.100 16.000 0.000 1.000 N NA
 3490166 3490167 Bpet1112 Bpet1113 hyuA   FALSE 0.057 149.000 0.000 1.000   NA
 3490167 3490168 Bpet1113 Bpet1114     TRUE 0.988 -3.000 0.042 0.091   NA
 3490168 3490169 Bpet1114 Bpet1115     FALSE 0.146 226.000 0.042 0.022   NA
 3490170 3490171 Bpet1116 Bpet1117 acd6   FALSE 0.238 52.000 0.000 1.000   NA
 3490172 3490173 Bpet1118 Bpet1119     FALSE 0.508 28.000 0.000 0.097 N NA
 3490174 3490175 Bpet1120 Bpet1121     FALSE 0.029 124.000 0.000 NA N NA
 3490175 3490176 Bpet1121 Bpet1122     TRUE 0.815 65.000 0.080 NA Y NA
 3490176 3490177 Bpet1122 Bpet1123     TRUE 0.656 91.000 0.000 0.097 Y NA
 3490177 3490178 Bpet1123 Bpet1124     FALSE 0.005 135.000 0.000 1.000 N NA
 3490178 3490179 Bpet1124 Bpetpseudo_02   lcf' TRUE 0.923 0.000 0.034 1.000 N NA
 3490180 3490181 Bpet1125 Bpet1126   tnp4 TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.091 Y NA
 3490182 3490183 Bpetpseudo_03 Bpet1127 'lcf   TRUE 0.972 -3.000 0.034 1.000   NA
 3490183 3490184 Bpet1127 Bpet1128     TRUE 0.998 4.000 0.667 0.068 Y NA
 3490184 3490185 Bpet1128 Bpet1129     TRUE 0.913 75.000 0.500 NA Y NA
 3490185 3490186 Bpet1129 Bpet1130     TRUE 0.741 76.000 0.036 NA Y NA
 3490186 3490187 Bpet1130 Bpet1131     FALSE 0.157 12.000 0.000 1.000 N NA
 3490187 3490188 Bpet1131 Bpet1132   kduD2 TRUE 0.741 55.000 0.000 0.097 Y NA
 3490190 3490191 Bpet1134 Bpet1135     FALSE 0.238 52.000 0.000 1.000   NA
 3490191 3490192 Bpet1135 Bpet1136     TRUE 0.584 25.000 0.000 NA   NA
 3490192 3490193 Bpet1136 Bpet1137     FALSE 0.009 341.000 0.000 NA   NA
 3490193 3490194 Bpet1137 Bpet1138     FALSE 0.008 363.000 0.000 NA   NA
 3490195 3490196 Bpet1139 Bpet1140     TRUE 0.988 -3.000 0.042 0.090   NA
 3490197 3490198 Bpet1141 Bpet1142     FALSE 0.308 55.000 0.000 NA   NA
 3490198 3490199 Bpet1142 Bpet1143     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490199 3490200 Bpet1143 Bpet1144     FALSE 0.251 80.000 0.000 NA   NA
 3490201 3490202 Bpet1145 Bpet1146   istB FALSE 0.016 262.000 0.000 NA   NA
 3490202 3490203 Bpet1146 Bpet1147 istB   TRUE 0.997 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 3490203 3490204 Bpet1147 Bpet1148     TRUE 0.762 -34.000 0.000 NA   NA
 3490204 3490205 Bpet1148 Bpet1149     TRUE 0.623 23.000 0.000 NA   NA
 3490205 3490206 Bpet1149 Bpet1150     TRUE 0.925 0.000 0.000 NA   NA
 3490207 3490208 Bpet1151 Bpet1152     TRUE 0.838 12.000 0.000 NA   NA
 3490208 3490209 Bpet1152 Bpet1153   pccB FALSE 0.472 33.000 0.000 NA   NA
 3490209 3490210 Bpet1153 Bpet1154 pccB pccA TRUE 0.994 4.000 0.019 0.001 Y NA
 3490210 3490211 Bpet1154 Bpet1155 pccA   TRUE 0.715 -52.000 0.000 0.097 N NA
 3490211 3490212 Bpet1155 Bpet1156     FALSE 0.105 40.000 0.000 NA N NA
 3490212 3490213 Bpet1156 Bpet1157   bug26 FALSE 0.278 68.000 0.000 NA   NA
 3490213 3490214 Bpet1157 Bpet1158 bug26   FALSE 0.202 74.000 0.000 1.000   NA
 3490214 3490215 Bpet1158 Bpet1159     TRUE 0.988 3.000 0.000 0.052 Y NA
 3490216 3490217 Bpet1160 Bpet1161     TRUE 0.984 3.000 0.000 0.090 Y NA
 3490217 3490218 Bpet1161 Bpet1162     FALSE 0.012 80.000 0.000 1.000 N NA
 3490218 3490219 Bpet1162 Bpet1163     FALSE 0.374 40.000 0.000 NA   NA
 3490219 3490220 Bpet1163 Bpet1164     TRUE 0.974 16.000 0.500 NA   NA
 3490220 3490221 Bpet1164 Bpet1165     TRUE 0.754 47.000 0.500 1.000 N NA
 3490221 3490222 Bpet1165 Bpet1166     TRUE 0.993 -10.000 0.103 0.029 Y NA
 3490222 3490223 Bpet1166 Bpet1167     TRUE 0.986 8.000 0.106 1.000 Y NA
 3490223 3490224 Bpet1167 Bpet1168     TRUE 0.991 -7.000 0.043 0.068 Y NA
 3490224 3490225 Bpet1168 Bpet1169     TRUE 0.931 50.000 0.667 1.000 Y NA
 3490225 3490226 Bpet1169 Bpet1170     TRUE 0.627 74.000 0.286 1.000 N NA
 3490226 3490227 Bpet1170 Bpet1171     TRUE 0.985 15.000 0.286 1.000 Y NA
 3490228 3490229 Bpet1172 Bpet1173   scoA FALSE 0.130 115.000 0.028 1.000 N NA
 3490229 3490230 Bpet1173 Bpet1174 scoA scoB TRUE 0.989 13.000 0.028 0.002 Y NA
 3490231 3490232 Bpet1175 Bpet1176     FALSE 0.148 33.000 0.000 NA N NA
 3490232 3490233 Bpet1176 Bpet1177     TRUE 0.721 48.000 0.007 NA Y NA
 3490233 3490234 Bpet1177 Bpet1178     TRUE 0.980 14.000 0.087 NA Y NA
 3490234 3490235 Bpet1178 Bpet1179     FALSE 0.510 123.000 0.400 NA N NA
 3490236 3490237 Bpet1180 Bpet1181     TRUE 0.982 12.000 0.400 NA   NA
 3490238 3490239 Bpet1182 Bpet1183     TRUE 0.958 -16.000 0.250 NA N NA
 3490240 3490241 Bpet1184 Bpet1185     TRUE 0.875 49.000 0.180 1.000 Y NA
 3490241 3490242 Bpet1185 Bpet1186     TRUE 0.993 13.000 0.180 0.068 Y NA
 3490242 3490243 Bpet1186 Bpet1187     TRUE 0.995 -10.000 0.909 1.000 Y NA
 3490243 3490244 Bpet1187 Bpet1188     TRUE 0.997 9.000 0.625 0.029 Y NA
 3490244 3490245 Bpet1188 Bpet1189     TRUE 0.551 52.000 0.125 1.000 N NA
 3490247 3490248 Bpet1191 Bpet1192 bug27   TRUE 0.653 17.000 0.000 1.000   NA
 3490250 3490251 Bpet1194 Bpet1195     TRUE 0.736 14.000 0.000 1.000   NA
 3490251 3490252 Bpet1195 Bpet1196     TRUE 0.866 3.000 0.000 1.000   NA
 3490252 3490253 Bpet1196 Bpet1197     TRUE 0.650 -55.000 0.000 1.000   NA
 3490253 3490254 Bpet1197 Bpet1198     TRUE 0.742 33.000 0.000 0.022   NA
 3490255 3490256 Bpet1199 Bpet1200     TRUE 0.988 -3.000 0.042 0.090   NA
 3490256 3490257 Bpet1200 Bpet1201     FALSE 0.052 152.000 0.000 1.000   NA
 3490257 3490258 Bpet1201 Bpet1202     FALSE 0.010 94.000 0.000 1.000 N NA
 3490258 3490259 Bpet1202 Bpet1203     TRUE 0.738 -40.000 0.000 0.093 N NA
 3490260 3490261 Bpet1204 Bpet1205     TRUE 0.988 -3.000 0.042 0.090   NA
 3490261 3490262 Bpet1205 Bpet1206     TRUE 0.792 36.000 0.042 0.090   NA
 3490262 3490263 Bpet1206 Bpet1207     TRUE 0.988 -3.000 0.042 0.090   NA
 3490263 3490264 Bpet1207 Bpet1208     FALSE 0.035 194.000 0.000 NA   NA
 3490264 3490265 Bpet1208 Bpet1209   bug28 FALSE 0.326 48.000 0.000 NA   NA
 3490265 3490266 Bpet1209 Bpet1210 bug28   FALSE 0.073 139.000 0.000 1.000   NA
 3490266 3490267 Bpet1210 Bpet1211   acd7 FALSE 0.004 145.000 0.000 1.000 N NA
 3490267 3490268 Bpet1211 Bpet1212 acd7   FALSE 0.036 308.000 0.000 1.000 Y NA
 3490268 3490269 Bpet1212 Bpet1213     TRUE 0.988 0.000 0.000 0.097 Y NA
 3490269 3490270 Bpet1213 Bpet1214   acd8 TRUE 0.674 39.000 0.000 1.000 Y NA
 3490270 3490271 Bpet1214 Bpet1215 acd8   FALSE 0.366 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3490271 3490272 Bpet1215 Bpet1216     TRUE 0.917 -3.000 0.000 1.000   NA
 3490272 3490273 Bpet1216 Bpet1217     FALSE 0.051 173.000 0.000 NA   NA
 3490273 3490274 Bpet1217 Bpet1218     TRUE 0.875 -7.000 0.000 NA   NA
 3490274 3490275 Bpet1218 Bpet1219     FALSE 0.017 50.000 0.000 1.000 N NA
 3490275 3490276 Bpet1219 Bpet1220     FALSE 0.009 97.000 0.000 1.000 N NA
 3490276 3490277 Bpet1220 Bpet1221     TRUE 0.816 44.000 0.000 0.052 Y NA
 3490278 3490279 Bpet1222 Bpet1223     FALSE 0.130 120.000 0.000 0.097 N NA
 3490279 3490280 Bpet1223 Bpet1224     FALSE 0.262 64.000 0.000 0.097 N NA
 3490280 3490281 Bpet1224 Bpet1225   bug29 TRUE 0.736 14.000 0.000 1.000   NA
 3490281 3490282 Bpet1225 Bpet1226 bug29 bug30 TRUE 0.859 63.000 0.222 0.048   NA
 3490282 3490283 Bpet1226 Bpet1227 bug30   FALSE 0.194 77.000 0.000 1.000   NA
 3490283 3490284 Bpet1227 Bpet1228     FALSE 0.287 55.000 0.000 0.097 N NA
 3490284 3490285 Bpet1228 Bpet1229     TRUE 0.903 66.000 0.333 NA Y NA
 3490285 3490286 Bpet1229 Bpet1230     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490286 3490287 Bpet1230 Bpet1231     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490287 3490288 Bpet1231 Bpet1232     FALSE 0.006 429.000 0.000 NA   NA
 3490288 3490289 Bpet1232 Bpet1233   bug31 FALSE 0.053 172.000 0.000 NA   NA
 3490290 3490291 Bpet1234 Bpet1235     FALSE 0.004 235.000 0.000 NA N NA
 3490292 3490293 Bpet1236 Bpet1237     FALSE 0.002 324.000 0.000 NA N NA
 3490294 3490295 Bpet1238 Bpet1239     FALSE 0.463 41.000 0.000 0.052 N NA
 3490295 3490296 Bpet1239 Bpet1240     TRUE 0.998 -3.000 0.211 0.096 Y NA
 3490296 3490297 Bpet1240 Bpet1241     TRUE 0.996 4.000 0.211 0.096 Y NA
 3490297 3490298 Bpet1241 Bpet1242   acd9 TRUE 0.915 44.000 0.333 1.000 Y NA
 3490298 3490299 Bpet1242 Bpet1243 acd9 hbd TRUE 0.997 -3.000 0.250 1.000 Y NA
 3490299 3490300 Bpet1243 Bpet1244 hbd   TRUE 0.994 6.000 0.333 0.002   NA
 3490300 3490301 Bpet1244 Bpet1245     TRUE 0.994 -3.000 0.500 1.000   NA
 3490301 3490302 Bpet1245 Bpet1246     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 3490303 3490304 Bpet1247 Bpet1248     FALSE 0.002 715.000 0.000 1.000   NA
 3490304 3490305 Bpet1248 Bpet1249     TRUE 0.792 -21.000 0.000 NA   NA
 3490305 3490306 Bpet1249 Bpet1250   bug32 FALSE 0.010 317.000 0.000 NA   NA
 3490306 3490307 Bpet1250 Bpet1251 bug32   TRUE 0.761 69.000 0.250 NA   NA
 3490307 3490308 Bpet1251 Bpet1252     FALSE 0.068 156.000 0.000 NA   NA
 3490312 3490313 Bpet1256 Bpet1257   bug34 FALSE 0.047 158.000 0.000 1.000   NA
 3490313 3490314 Bpet1257 Bpet1258 bug34   FALSE 0.020 208.000 0.000 1.000   NA
 3490314 3490315 Bpet1258 Bpet1259     FALSE 0.366 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3490315 3490316 Bpet1259 Bpet1260   dadA FALSE 0.388 112.000 0.000 1.000 Y NA
 3490316 3490317 Bpet1260 Bpet1261 dadA mdh3 FALSE 0.023 38.000 0.000 1.000 N NA
 3490317 3490318 Bpet1261 Bpet1262 mdh3   TRUE 0.675 18.000 0.029 1.000 N NA
 3490318 3490319 Bpet1262 Bpet1263     FALSE 0.283 50.000 0.029 1.000 N NA
 3490319 3490320 Bpet1263 Bpet1264     TRUE 0.838 12.000 0.000 NA   NA
 3490320 3490321 Bpet1264 Bpet1265     TRUE 0.567 26.000 0.000 NA   NA
 3490321 3490322 Bpet1265 Bpet1266     FALSE 0.018 46.000 0.000 1.000 N NA
 3490322 3490323 Bpet1266 Bpet1267     TRUE 0.995 -7.000 0.650 1.000 Y NA
 3490323 3490324 Bpet1267 Bpet1268     TRUE 0.997 4.000 0.154 0.010 Y NA
 3490324 3490325 Bpet1268 Bpet1269     TRUE 0.917 64.000 0.154 0.068 Y NA
 3490325 3490326 Bpet1269 Bpet1270   dapA1 TRUE 0.511 84.000 0.000 1.000 Y NA
 3490327 3490328 Bpet1271 Bpet1272     FALSE 0.104 254.000 0.000 0.090 Y NA
 3490331 3490332 Bpet1275 Bpettrna_10 intB13 b_petrii_trna_10 FALSE 0.023 227.000 0.000 NA   NA
 3490333 3490334 Bpet1276 Bpet1277     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490337 3490338 Bpet1280 Bpet1281 gst1   FALSE 0.006 118.000 0.000 1.000 N NA
 3490339 3490340 Bpet1282 Bpet1283 bug35   TRUE 0.953 21.000 0.500 1.000   NA
 3490340 3490341 Bpet1283 Bpet1284     TRUE 0.996 -3.000 0.900 1.000   NA
 3490341 3490342 Bpet1284 Bpet1285     TRUE 0.866 3.000 0.000 1.000   NA
 3490342 3490343 Bpet1285 Bpet1286     TRUE 0.961 -39.000 0.000 0.061 Y NA
 3490345 3490346 Bpet1288 Bpet1289     FALSE 0.020 480.000 0.000 NA Y NA
 3490346 3490347 Bpet1289 Bpet1290   parA2 TRUE 0.708 38.000 0.149 NA N NA
 3490347 3490348 Bpet1290 ig_0609 parA2   TRUE 0.983 -16.000 0.571 NA   NA
 3490348 3490349 ig_0609 Bpet1291     TRUE 0.986 -7.000 0.333 NA   NA
 3490349 3490350 Bpet1291 Bpet1292     TRUE 0.987 12.000 0.750 NA   NA
 3490350 3490351 Bpet1292 Bpet1293     TRUE 0.992 3.000 0.556 NA   NA
 3490351 3490352 Bpet1293 Bpet1294     FALSE 0.029 603.000 0.200 NA   NA
 3490352 3490353 Bpet1294 Bpet1295     TRUE 0.996 -3.000 0.900 NA   NA
 3490353 3490354 Bpet1295 Bpet1296     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490354 3490355 Bpet1296 Bpet1297   ssb2 TRUE 0.626 45.000 0.000 1.000 Y NA
 3490355 3490356 Bpet1297 Bpet1298 ssb2 top3A FALSE 0.021 406.000 0.000 1.000 Y NA
 3490356 3490357 Bpet1298 Bpet1299 top3A tnp5 TRUE 0.561 64.000 0.000 1.000 Y NA
 3490357 3490358 Bpet1299 Bpet1300 tnp5   TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.090 Y NA
 3490358 3490359 Bpet1300 Bpet1301   top3B FALSE 0.185 81.000 0.000 1.000   NA
 3490359 3490360 Bpet1301 Bpet1302 top3B   FALSE 0.003 554.000 0.000 1.000   NA
 3490360 3490361 Bpet1302 Bpet1303     FALSE 0.062 206.000 0.000 0.090   NA
 3490361 3490362 Bpet1303 Bpet1304     TRUE 0.999 0.000 0.545 0.011 Y NA
 3490362 3490363 Bpet1304 Bpet1305     TRUE 0.985 -7.000 0.000 0.011 Y NA
 3490363 3490364 Bpet1305 Bpet1306     FALSE 0.269 119.000 0.000 0.090   NA
 3490365 3490366 Bpet1307 Bpet1308     TRUE 0.994 0.000 0.714 1.000   NA
 3490367 3490368 Bpet1309 Bpet1310     FALSE 0.067 158.000 0.000 NA   NA
 3490368 3490369 Bpet1310 Bpet1311     FALSE 0.017 254.000 0.000 NA   NA
 3490369 3490370 Bpet1311 Bpet1312     FALSE 0.010 322.000 0.000 NA   NA
 3490370 3490371 Bpet1312 Bpet1313     FALSE 0.184 106.000 0.000 NA   NA
 3490371 3490372 Bpet1313 Bpet1314     FALSE 0.006 408.000 0.000 NA   NA
 3490372 3490373 Bpet1314 Bpet1315     TRUE 0.763 107.000 0.727 NA   NA
 3490373 3490374 Bpet1315 Bpet1316     FALSE 0.257 78.000 0.000 NA   NA
 3490374 3490375 Bpet1316 Bpet1317     FALSE 0.021 235.000 0.000 NA   NA
 3490375 3490376 Bpet1317 Bpet1318     FALSE 0.106 138.000 0.000 NA   NA
 3490376 3490377 Bpet1318 Bpet1319     FALSE 0.279 66.000 0.000 NA   NA
 3490377 3490378 Bpet1319 Bpet1320     FALSE 0.251 80.000 0.000 NA   NA
 3490378 3490379 Bpet1320 Bpet1321     FALSE 0.231 90.000 0.000 NA   NA
 3490379 3490380 Bpet1321 Bpet1322     FALSE 0.128 126.000 0.000 NA   NA
 3490380 3490381 Bpet1322 Bpet1323     FALSE 0.192 103.000 0.000 NA   NA
 3490383 3490384 Bpet1325 Bpet1326     TRUE 0.974 1.000 0.074 1.000   NA
 3490384 3490385 Bpet1326 Bpet1327     TRUE 0.982 -3.000 0.077 1.000   NA
 3490385 3490386 Bpet1327 Bpet1328   asnB TRUE 0.776 30.000 0.077 1.000   NA
 3490386 3490387 Bpet1328 Bpet1329 asnB   TRUE 0.900 22.000 0.333 1.000 N NA
 3490387 3490388 Bpet1329 Bpet1330     FALSE 0.000 900.000 0.000 1.000 N NA
 3490388 3490389 Bpet1330 Bpet1331     TRUE 0.947 23.000 0.000 0.003 Y NA
 3490389 3490390 Bpet1331 Bpet1332     FALSE 0.210 66.000 0.000 1.000   NA
 3490390 3490391 Bpet1332 Bpet1333     TRUE 0.775 82.000 0.522 1.000   NA
 3490391 3490392 Bpet1333 Bpet1334     TRUE 0.605 19.000 0.000 1.000   NA
 3490393 3490394 Bpet1335 Bpet1336     FALSE 0.079 189.000 0.021 NA   NA
 3490395 3490396 Bpet1337 Bpet1338 tnp6   TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.089 Y NA
 3490397 3490398 Bpet1339 Bpet1340     FALSE 0.280 65.000 0.000 NA   NA
 3490398 3490399 Bpet1340 Bpet1341     TRUE 0.879 2.000 0.000 1.000   NA
 3490399 3490400 Bpet1341 Bpet1342   alaS1 FALSE 0.197 100.000 0.000 NA   NA
 3490401 3490402 Bpet1343 Bpet1344     FALSE 0.229 91.000 0.000 NA   NA
 3490402 3490403 Bpet1344 Bpet1345     TRUE 0.995 -3.000 0.636 NA   NA
 3490403 3490404 Bpet1345 Bpet1346     TRUE 0.851 10.000 0.000 NA   NA
 3490404 3490405 Bpet1346 Bpet1347     TRUE 0.827 -15.000 0.000 NA   NA
 3490405 3490406 Bpet1347 Bpet1348     TRUE 0.994 -3.000 0.409 NA   NA
 3490406 3490407 Bpet1348 Bpet1349     TRUE 0.989 11.000 1.000 NA   NA
 3490407 3490408 Bpet1349 Bpet1350     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490408 3490409 Bpet1350 Bpet1351   csrA FALSE 0.014 281.000 0.000 NA   NA
 3490410 3490411 Bpet1352 Bpet1353     TRUE 0.989 -3.000 0.115 NA   NA
 3490412 3490413 Bpet1354 Bpet1355     TRUE 0.996 -3.000 0.800 NA   NA
 3490413 3490414 Bpet1355 Bpet1356     TRUE 0.958 17.000 0.250 NA   NA
 3490414 3490415 Bpet1356 Bpet1357     TRUE 0.964 10.000 0.091 NA   NA
 3490415 3490416 Bpet1357 Bpet1358     TRUE 0.996 -3.000 0.955 NA   NA
 3490416 3490417 Bpet1358 Bpet1359     TRUE 0.996 -3.000 0.955 NA   NA
 3490417 3490418 Bpet1359 Bpet1360     TRUE 0.990 -10.000 1.000 NA   NA
 3490418 3490419 Bpet1360 Bpet1361     TRUE 0.973 -19.000 0.273 NA   NA
 3490419 3490420 Bpet1361 Bpet1362     TRUE 0.994 0.000 0.600 NA   NA
 3490423 3490424 Bpet1365 Bpet1366     FALSE 0.004 427.000 0.000 1.000   NA
 3490424 3490425 Bpet1366 Bpet1367     TRUE 0.648 -58.000 0.000 1.000   NA
 3490425 3490426 Bpet1367 Bpet1368     FALSE 0.001 239.000 0.000 1.000 N NA
 3490429 3490430 Bpet1371 Bpet1372   rhtB2 TRUE 0.527 57.000 0.030 NA   NA
 3490430 3490431 Bpet1372 Bpet1373 rhtB2   TRUE 0.972 13.000 0.044 1.000 Y NA
 3490431 3490432 Bpet1373 Bpet1374     FALSE 0.026 215.000 0.000 NA   NA
 3490432 3490433 Bpet1374 Bpet1375     TRUE 0.994 -3.000 0.333 NA   NA
 3490433 3490434 Bpet1375 Bpet1376     TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 3490434 3490435 Bpet1376 Bpet1377     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490435 3490436 Bpet1377 Bpet1378     TRUE 0.803 14.000 0.000 NA   NA
 3490437 3490438 Bpet1379 Bpet1380     TRUE 0.625 63.000 0.080 NA   NA
 3490438 3490439 Bpet1380 Bpet1381     FALSE 0.280 65.000 0.000 NA   NA
 3490441 3490442 Bpet1383 Bpet1384     TRUE 0.996 -3.000 0.667 NA   NA
 3490442 3490443 Bpet1384 Bpet1385   benE TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490443 3490444 Bpet1385 Bpet1386 benE   TRUE 0.600 28.000 0.000 0.064 N NA
 3490444 3490445 Bpet1386 Bpet1387   areB FALSE 0.012 81.000 0.000 1.000 N NA
 3490445 3490446 Bpet1387 Bpet1388 areB   TRUE 0.993 11.000 0.109 0.060 Y NA
 3490446 3490447 Bpet1388 Bpet1389     FALSE 0.218 60.000 0.000 1.000   NA
 3490447 3490448 Bpet1389 Bpet1390     FALSE 0.093 125.000 0.000 1.000   NA
 3490448 3490449 Bpet1390 Bpet1391     FALSE 0.369 34.000 0.000 1.000   NA
 3490449 3490450 Bpet1391 Bpet1392     TRUE 0.845 11.000 0.000 NA   NA
 3490450 3490451 Bpet1392 Bpet1393     TRUE 0.819 -16.000 0.000 NA   NA
 3490451 3490452 Bpet1393 Bpet1394   benK TRUE 0.511 24.000 0.000 1.000   NA
 3490452 3490453 Bpet1394 Bpet1395 benK   FALSE 0.116 38.000 0.000 NA N NA
 3490453 3490454 Bpet1395 Bpet1396   benD FALSE 0.478 57.000 0.070 NA N NA
 3490454 3490455 Bpet1396 Bpet1397 benD benC TRUE 0.946 13.000 0.209 1.000 N NA
 3490455 3490456 Bpet1397 Bpet1398 benC benB TRUE 0.958 18.000 0.250 0.072 N NA
 3490456 3490457 Bpet1398 Bpet1399 benB benA TRUE 0.998 -3.000 0.953 0.000 N NA
 3490457 3490458 Bpet1399 Bpet1400 benA catA2 FALSE 0.330 127.000 0.188 1.000 N NA
 3490458 3490459 Bpet1400 Bpet1401 catA2 catB1 TRUE 0.515 43.000 0.086 1.000 N NA
 3490460 3490461 Bpet1402 Bpet1403 catR1   FALSE 0.007 394.000 0.000 NA   NA
 3490461 3490462 Bpet1403 Bpet1404     TRUE 0.973 -30.000 0.400 NA   NA
 3490463 3490464 Bpet1405 Bpet1406     FALSE 0.448 74.000 0.000 0.089   NA
 3490465 3490466 Bpet1407 Bpet1408     FALSE 0.191 232.000 0.364 NA   NA
 3490466 3490467 Bpet1408 Bpet1409     FALSE 0.011 311.000 0.000 NA   NA
 3490468 3490469 Bpet1410 Bpet1411     TRUE 0.856 54.000 0.250 0.089   NA
 3490469 3490470 Bpet1411 Bpet1412     FALSE 0.235 87.000 0.000 NA   NA
 3490470 3490471 Bpet1412 Bpet1413     FALSE 0.400 180.000 0.684 NA   NA
 3490471 3490472 Bpet1413 Bpet1414     FALSE 0.365 41.000 0.000 NA   NA
 3490472 3490473 Bpet1414 Bpet1415   nthB TRUE 0.998 3.000 0.761 0.000   NA
 3490473 3490474 Bpet1415 Bpet1416 nthB nthA TRUE 0.996 11.000 0.761 0.001   NA
 3490474 3490475 Bpet1416 Bpet1417 nthA   FALSE 0.082 134.000 0.000 1.000   NA
 3490475 3490476 Bpet1417 Bpet1418     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490479 3490480 Bpet1421 Bpet1422     FALSE 0.235 87.000 0.000 NA   NA
 3490482 3490483 Bpet1424 Bpet1425     FALSE 0.026 214.000 0.000 NA   NA
 3490483 3490484 Bpet1425 Bpet1426     TRUE 0.592 79.000 0.000 0.002   NA
 3490484 3490485 Bpet1426 Bpet1427     FALSE 0.008 295.000 0.000 1.000   NA
 3490486 3490487 Bpet1428 Bpet1429     TRUE 0.865 17.000 0.105 1.000 N NA
 3490487 3490488 Bpet1429 Bpet1430     TRUE 0.920 30.000 0.105 1.000 Y NA
 3490490 3490491 Bpet1432 Bpet1433 tnp7   FALSE 0.005 402.000 0.000 1.000   NA
 3490492 3490493 Bpet1434 Bpet1435     FALSE 0.049 292.000 0.000 NA Y NA
 3490493 3490494 Bpet1435 Bpet1436     TRUE 0.595 85.000 0.294 1.000 N NA
 3490496 3490497 Bpet1438 Bpet1439   alpA3 FALSE 0.332 120.000 0.043 NA   NA
 3490497 3490498 Bpet1439 Bpet1440 alpA3 parA3 FALSE 0.443 44.000 0.043 NA N NA
 3490498 3490499 Bpet1440 Bpet1441 parA3   TRUE 0.819 -16.000 0.000 NA   NA
 3490499 3490500 Bpet1441 Bpet1442     TRUE 0.875 -7.000 0.000 NA   NA
 3490500 3490501 Bpet1442 Bpet1443     TRUE 0.966 16.000 0.286 NA   NA
 3490501 3490502 Bpet1443 Bpet1444     TRUE 0.987 4.000 0.286 NA   NA
 3490502 3490503 Bpet1444 Bpet1445     FALSE 0.010 331.000 0.000 NA   NA
 3490503 3490504 Bpet1445 Bpet1446     TRUE 0.995 -3.000 0.500 NA   NA
 3490504 3490505 Bpet1446 Bpet1447   ssb3 TRUE 0.862 74.000 1.000 NA   NA
 3490505 3490506 Bpet1447 Bpet1448 ssb3 topB3 FALSE 0.045 279.000 0.000 1.000 Y NA
 3490506 3490507 Bpet1448 Bpet1449 topB3   FALSE 0.003 537.000 0.000 1.000   NA
 3490507 3490508 Bpet1449 Bpet1450     FALSE 0.063 206.000 0.000 0.088   NA
 3490508 3490509 Bpet1450 Bpet1451     TRUE 0.999 0.000 0.545 0.011 Y NA
 3490510 3490511 Bpet1452 Bpet1453   tnp8 TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.088 Y NA
 3490512 3490513 Bpet1454 Bpet1455 int1   FALSE 0.273 119.000 0.000 0.088   NA
 3490513 3490514 Bpet1455 Bpet1456     FALSE 0.019 245.000 0.000 NA   NA
 3490514 3490515 Bpet1456 Bpet1457     FALSE 0.466 157.000 0.500 NA   NA
 3490515 3490516 Bpet1457 Bpet1458     TRUE 0.968 22.000 1.000 NA   NA
 3490516 3490517 Bpet1458 Bpet1459     FALSE 0.448 173.000 0.750 NA   NA
 3490517 3490518 Bpet1459 Bpet1460     TRUE 0.783 80.000 0.400 NA   NA
 3490518 3490519 Bpet1460 Bpet1461     TRUE 0.777 98.000 0.625 NA   NA
 3490519 3490520 Bpet1461 Bpet1462     FALSE 0.269 74.000 0.000 NA   NA
 3490521 3490522 Bpet1463 Bpet1464   tnp9 TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.088 Y NA
 3490523 3490524 Bpet1465 Bpet1466     FALSE 0.088 146.000 0.000 NA   NA
 3490526 3490527 Bpet1468 Bpet1469     TRUE 0.816 58.000 0.375 NA   NA
 3490527 3490528 Bpet1469 Bpet1470     TRUE 0.696 96.000 0.250 NA   NA
 3490528 3490529 Bpet1470 Bpet1471     TRUE 0.763 97.000 0.500 NA   NA
 3490529 3490530 Bpet1471 Bpet1472     TRUE 0.971 17.000 0.500 NA   NA
 3490530 3490531 Bpet1472 Bpet1473     TRUE 0.808 77.000 0.500 NA   NA
 3490531 3490532 Bpet1473 Bpet1474     TRUE 0.824 65.000 0.500 NA   NA
 3490532 3490533 Bpet1474 Bpet1475   ltrA2 FALSE 0.002 1021.000 0.000 1.000   NA
 3490533 3490534 Bpet1475 Bpet1476 ltrA2   FALSE 0.016 228.000 0.000 1.000   NA
 3490534 3490535 Bpet1476 Bpet1477     TRUE 0.647 114.000 0.333 NA   NA
 3490535 3490536 Bpet1477 Bpet1478     FALSE 0.328 161.000 0.200 NA   NA
 3490536 3490537 Bpet1478 Bpet1479     TRUE 0.996 -3.000 0.700 NA   NA
 3490537 3490538 Bpet1479 Bpet1480     TRUE 0.984 15.000 1.000 NA   NA
 3490538 3490539 Bpet1480 Bpet1481     TRUE 0.975 -18.000 0.286 NA   NA
 3490539 3490540 Bpet1481 Bpet1482     TRUE 0.987 -3.000 0.091 NA   NA
 3490540 3490541 Bpet1482 Bpet1483     TRUE 0.992 5.000 1.000 NA   NA
 3490541 3490542 Bpet1483 Bpet1484     TRUE 0.987 -3.000 0.091 NA   NA
 3490544 3490545 Bpet1486 Bpet1487     TRUE 0.993 -3.000 0.286 NA   NA
 3490545 3490546 Bpet1487 Bpet1488     TRUE 0.980 11.000 0.286 NA   NA
 3490546 3490547 Bpet1488 Bpet1489     TRUE 0.957 13.000 0.091 NA   NA
 3490547 3490548 Bpet1489 Bpet1490     TRUE 0.996 -3.000 0.955 NA   NA
 3490548 3490549 Bpet1490 Bpet1491     TRUE 0.996 -3.000 0.955 NA   NA
 3490549 3490550 Bpet1491 Bpet1492     TRUE 0.990 -10.000 1.000 NA   NA
 3490550 3490551 Bpet1492 Bpet1493     TRUE 0.949 -19.000 0.091 NA   NA
 3490551 3490552 Bpet1493 bp050705_PS_02     TRUE 0.925 0.000 0.000 NA   NA
 3490552 3490553 bp050705_PS_02 Bpetpseudo_04     TRUE 0.679 -1088.000 0.000 NA   NA
 3490553 3490554 Bpetpseudo_04 Bpet1494   tnp10 FALSE 0.472 33.000 0.000 NA   NA
 3490554 3490555 Bpet1494 Bpet1495 tnp10   TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.088 Y NA
 3490555 3490556 Bpet1495 Bpetpseudo_05     FALSE 0.255 46.000 0.000 1.000   NA
 3490556 3490557 Bpetpseudo_05 Bpet1496     TRUE 0.985 14.000 0.857 NA   NA
 3490557 3490558 Bpet1496 Bpet1497     FALSE 0.370 184.000 0.667 NA   NA
 3490558 3490559 Bpet1497 Bpet1498     FALSE 0.231 56.000 0.000 1.000   NA
 3490559 3490560 Bpet1498 Bpet1499     TRUE 0.999 -3.000 0.357 0.010 Y NA
 3490560 3490561 Bpet1499 Bpet1500     TRUE 0.998 -3.000 0.200 0.010 Y NA
 3490561 3490562 Bpet1500 Bpet1501     FALSE 0.005 500.000 0.000 NA   NA
 3490562 3490563 Bpet1501 Bpet1502     TRUE 0.973 -123.000 0.833 NA   NA
 3490563 3490564 Bpet1502 Bpet1503     TRUE 0.987 10.000 0.571 NA   NA
 3490564 3490565 Bpet1503 Bpet1504     TRUE 0.996 -3.000 0.857 NA   NA
 3490565 3490566 Bpet1504 Bpet1505     TRUE 0.978 16.000 0.667 NA   NA
 3490567 3490568 Bpet1506 Bpet1507     TRUE 0.941 28.000 0.667 NA   NA
 3490568 3490569 Bpet1507 Bpet1508     TRUE 0.993 0.000 0.400 NA   NA
 3490571 3490572 Bpet1510 Bpet1511     FALSE 0.429 36.000 0.000 NA   NA
 3490572 3490573 Bpet1511 Bpet1512     FALSE 0.002 182.000 0.000 1.000 N NA
 3490573 3490574 Bpet1512 Bpet1513     TRUE 0.516 82.000 0.000 1.000 Y NA
 3490574 3490575 Bpet1513 Bpetpseudo_06     FALSE 0.352 43.000 0.000 NA   NA
 3490575 3490576 Bpetpseudo_06 Bpet1514     FALSE 0.374 40.000 0.000 NA   NA
 3490576 3490577 Bpet1514 Bpet1515     FALSE 0.125 109.000 0.000 1.000   NA
 3490577 3490578 Bpet1515 Bpet1516     FALSE 0.426 -21.000 0.000 NA N NA
 3490578 3490579 Bpet1516 Bpet1517     FALSE 0.304 19.000 0.000 NA N NA
 3490579 3490580 Bpet1517 Bpet1518     FALSE 0.314 -111.000 0.000 NA N NA
 3490580 3490581 Bpet1518 Bpet1519   gst2 TRUE 0.880 69.000 0.222 NA Y NA
 3490581 3490582 Bpet1519 Bpet1520 gst2   FALSE 0.127 14.000 0.000 1.000 N NA
 3490582 3490583 Bpet1520 Bpet1521     TRUE 0.779 15.000 0.000 NA   NA
 3490583 3490584 Bpet1521 Bpet1522     TRUE 0.894 13.000 0.011 NA   NA
 3490584 3490585 Bpet1522 Bpet1523     FALSE 0.034 198.000 0.000 NA   NA
 3490585 3490586 Bpet1523 Bpet1524     FALSE 0.007 440.000 0.029 NA N NA
 3490586 3490587 Bpet1524 Bpet1525     TRUE 0.992 -3.000 0.031 NA Y NA
 3490587 3490588 Bpet1525 Bpet1526     TRUE 0.964 -7.000 0.088 1.000   NA
 3490588 3490589 Bpet1526 Bpet1527     TRUE 0.895 -16.000 0.026 1.000   NA
 3490589 3490590 Bpet1527 Bpet1528     FALSE 0.286 61.000 0.000 NA   NA
 3490590 3490591 Bpet1528 Bpet1529     FALSE 0.007 403.000 0.000 NA   NA
 3490592 3490593 Bpet1530 Bpet1531     FALSE 0.015 233.000 0.000 1.000   NA
 3490593 3490594 Bpet1531 Bpet1532     TRUE 0.899 18.000 0.000 0.009   NA
 3490596 3490597 Bpet1534 Bpet1535 clcA catB2 TRUE 0.993 -3.000 1.000 1.000 N NA
 3490597 3490598 Bpet1535 Bpet1536 catB2 bug36 TRUE 0.947 27.000 1.000 1.000   NA
 3490598 3490599 Bpet1536 Bpet1537 bug36   TRUE 0.963 22.000 1.000 1.000   NA
 3490599 3490600 Bpet1537 Bpet1538     TRUE 0.995 -3.000 0.667 0.093 N NA
 3490600 3490601 Bpet1538 Bpet1539     FALSE 0.449 116.000 0.286 1.000 N NA
 3490601 3490602 Bpet1539 Bpet1540     FALSE 0.002 796.000 0.000 1.000   NA
 3490602 3490603 Bpet1540 Bpet1541     TRUE 0.998 3.000 1.000 0.001   NA
 3490603 3490604 Bpet1541 Bpet1542     TRUE 0.776 98.000 0.500 0.071 N NA
 3490604 3490605 Bpet1542 Bpet1543     FALSE 0.001 205.000 0.000 1.000 N NA
 3490605 3490606 Bpet1543 Bpet1544     TRUE 0.852 -94.000 0.025 NA   NA
 3490607 3490608 Bpet1545 Bpettrna_11 intB13 b_petrii_trna_11 FALSE 0.039 185.000 0.000 NA   NA
 3490610 3490611 Bpet1547 Bpet1548 dapB omlA FALSE 0.341 61.000 0.049 1.000 N NA
 3490613 3490614 Bpet1550 Bpet1551 recN ppnK TRUE 0.948 10.000 0.170 1.000 N NA
 3490615 3490616 Bpet1552 Bpet1553 hrcA hemH FALSE 0.358 55.000 0.048 1.000 N NA
 3490616 3490617 Bpet1553 Bpet1554 hemH   FALSE 0.254 79.000 0.000 NA   NA
 3490617 3490618 Bpet1554 Bpet1555   grpE FALSE 0.232 89.000 0.000 NA   NA
 3490618 3490619 Bpet1555 Bpet1556 grpE   TRUE 0.982 6.000 0.333 1.000   NA
 3490619 3490620 Bpet1556 Bpet1557   dnaK FALSE 0.378 57.000 0.012 1.000   NA
 3490620 3490621 Bpet1557 Bpet1558 dnaK dnaJ TRUE 0.911 109.000 0.236 0.002 Y NA
 3490622 3490623 Bpet1559 Bpet1560     FALSE 0.014 280.000 0.000 NA   NA
 3490625 3490626 Bpet1562 Bpet1563     TRUE 0.956 21.000 0.431 NA   NA
 3490627 3490628 Bpet1564 Bpet1565     TRUE 0.986 15.000 0.048 0.012 Y NA
 3490630 3490631 Bpet1567 Bpet1568 icd   FALSE 0.000 442.000 0.000 1.000 N NA
 3490631 3490632 Bpet1568 Bpet1569     FALSE 0.007 399.000 0.000 NA   NA
 3490632 3490633 Bpet1569 Bpet1570     TRUE 0.995 0.000 0.916 NA   NA
 3490634 3490635 Bpet1571 Bpet1572     TRUE 0.976 -3.000 0.047 1.000   NA
 3490635 3490636 Bpet1572 Bpet1573   trxB1 TRUE 0.940 -10.000 0.053 1.000   NA
 3490637 3490638 Bpet1574 Bpet1575 ftsK lolA TRUE 0.971 0.000 0.130 1.000 N NA
 3490638 3490639 Bpet1575 Bpet1576 lolA   TRUE 0.623 23.000 0.000 NA   NA
 3490640 3490641 Bpet1577 Bpet1578     TRUE 0.993 -3.000 0.654 NA N NA
 3490641 3490642 Bpet1578 Bpet1579     TRUE 0.980 5.000 0.558 1.000 N NA
 3490642 3490643 Bpet1579 Bpet1580     FALSE 0.366 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3490643 3490644 Bpet1580 Bpet1581     TRUE 0.999 -3.000 0.436 0.003 Y NA
 3490644 3490645 Bpet1581 Bpet1582     TRUE 0.990 3.000 0.091 1.000 Y NA
 3490645 3490646 Bpet1582 Bpet1583     TRUE 0.998 2.000 0.625 0.065 Y NA
 3490646 3490647 Bpet1583 Bpet1584     TRUE 0.987 25.000 0.542 0.065 Y NA
 3490647 3490648 Bpet1584 Bpet1585   dsd TRUE 0.653 41.000 0.000 1.000 Y NA
 3490649 3490650 Bpet1586 Bpet1587   serS TRUE 0.682 46.000 0.078 0.082 N NA
 3490650 3490651 Bpet1587 Bpet1588 serS   FALSE 0.025 220.000 0.000 NA   NA
 3490658 3490659 Bpet1595 Bpet1596     TRUE 0.993 -3.000 0.058 1.000 Y NA
 3490661 3490662 Bpet1598 Bpet1599     FALSE 0.487 63.000 0.083 NA N NA
 3490662 3490663 Bpet1599 Bpettrna_12   b_petrii_trna_12 FALSE 0.003 826.000 0.000 NA   NA
 3490664 3490665 Bpet1600 Bpet1601     FALSE 0.445 45.000 0.007 NA   NA
 3490665 3490666 Bpet1601 Bpet1602     TRUE 0.882 12.000 0.004 NA   NA
 3490668 3490669 Bpet1604 Bpet1605 ilvG2 ilvH TRUE 0.997 11.000 0.371 0.002 Y NA
 3490669 3490670 Bpet1605 Bpet1606 ilvH ilvC TRUE 0.924 67.000 0.092 0.002 Y NA
 3490670 3490671 Bpet1606 Bpet1607 ilvC pssA FALSE 0.042 185.000 0.041 1.000 N NA
 3490673 3490674 Bpet1609 Bpet1610 rpsO pnp TRUE 0.861 91.000 0.335 1.000 Y NA
 3490674 3490675 Bpet1610 Bpet1611 pnp   FALSE 0.113 146.000 0.002 NA   NA
 3490675 3490676 Bpet1611 Bpet1612   tdcB FALSE 0.398 62.000 0.009 NA   NA
 3490678 3490679 Bpet1614 Bpet1615     TRUE 0.533 28.000 0.000 NA   NA
 3490679 3490680 Bpet1615 Bpet1616     FALSE 0.387 39.000 0.000 NA   NA
 3490680 3490681 Bpet1616 Bpet1617     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490681 3490682 Bpet1617 Bpet1618     TRUE 0.880 5.000 0.000 NA   NA
 3490682 3490683 Bpet1618 Bpet1619     TRUE 0.875 -7.000 0.000 NA   NA
 3490683 3490684 Bpet1619 Bpet1620     TRUE 0.779 15.000 0.000 NA   NA
 3490684 3490685 Bpet1620 Bpet1621     TRUE 0.725 -63.000 0.000 NA   NA
 3490686 3490687 Bpet1622 Bpet1623     FALSE 0.492 31.000 0.000 NA   NA
 3490687 3490688 Bpet1623 Bpettrna_13   b_petrii_trna_13 FALSE 0.086 147.000 0.000 NA   NA
 3490688 3490689 Bpettrna_13 Bpettrna_14 b_petrii_trna_13 b_petrii_trna_14 TRUE 0.838 12.000 0.000 NA   NA
 3490690 3490691 Bpet1624 Bpet1625   tpi FALSE 0.376 96.000 0.099 1.000 N NA
 3490691 3490692 Bpet1625 Bpet1626 tpi secG TRUE 0.903 17.000 0.184 1.000 N NA
 3490695 3490696 Bpet1628 Bpet1629     FALSE 0.002 949.000 0.000 1.000   NA
 3490696 3490697 Bpet1629 Bpet1630     FALSE 0.257 78.000 0.000 NA   NA
 3490699 3490700 Bpet1632 Bpet1633 bug37   TRUE 0.991 -3.000 0.250 1.000   NA
 3490702 3490703 Bpet1635 Bpet1636 pcaJ1 pcaI1 TRUE 0.999 -3.000 0.800 0.002 Y NA
 3490703 3490704 Bpet1636 Bpet1637 pcaI1   TRUE 0.652 50.000 0.000 NA Y NA
 3490704 3490705 Bpet1637 Bpet1638     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490709 3490710 Bpet1642 Bpet1643     TRUE 0.842 -12.000 0.000 NA   NA
 3490710 3490711 Bpet1643 Bpet1644     FALSE 0.161 113.000 0.000 NA   NA
 3490713 3490714 Bpet1646 Bpet1647     TRUE 0.940 28.000 0.154 1.000 Y NA
 3490714 3490715 Bpet1647 Bpet1648     TRUE 0.987 -3.000 0.125 1.000   NA
 3490715 3490716 Bpet1648 Bpet1649     FALSE 0.049 155.000 0.000 1.000   NA
 3490717 3490718 Bpet1650 Bpet1651   bug38 TRUE 0.769 75.000 0.400 1.000   NA
 3490718 3490719 Bpet1651 Bpet1652 bug38   TRUE 0.588 20.000 0.000 1.000   NA
 3490719 3490720 Bpet1652 Bpet1653     TRUE 0.628 18.000 0.000 1.000   NA
 3490720 3490721 Bpet1653 Bpet1654     FALSE 0.490 25.000 0.000 1.000   NA
 3490721 3490722 Bpet1654 Bpet1655     TRUE 0.941 0.000 0.000 0.065 N NA
 3490722 3490723 Bpet1655 Bpet1656     TRUE 0.901 -10.000 0.000 0.028 N NA
 3490723 3490724 Bpet1656 Bpet1657     TRUE 0.620 46.000 0.000 1.000 Y NA
 3490724 3490725 Bpet1657 Bpet1658   pcaC1 FALSE 0.111 115.000 0.000 1.000   NA
 3490725 3490726 Bpet1658 Bpet1659 pcaC1   TRUE 0.918 14.000 0.053 1.000   NA
 3490726 3490727 Bpet1659 Bpet1660     TRUE 0.981 14.000 0.714 1.000   NA
 3490727 3490728 Bpet1660 Bpet1661     TRUE 0.845 11.000 0.000 NA   NA
 3490728 3490729 Bpet1661 Bpet1662     FALSE 0.018 252.000 0.000 NA   NA
 3490729 3490730 Bpet1662 Bpet1663   bug39 FALSE 0.054 171.000 0.000 NA   NA
 3490730 3490731 Bpet1663 Bpet1664 bug39   TRUE 0.959 21.000 0.667 1.000   NA
 3490731 3490732 Bpet1664 Bpet1665   leuC1 TRUE 0.970 12.000 0.500 1.000 N NA
 3490732 3490733 Bpet1665 Bpet1666 leuC1   TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.001 Y NA
 3490733 3490734 Bpet1666 Bpet1667     TRUE 0.975 0.000 0.167 1.000 N NA
 3490734 3490735 Bpet1667 Bpet1668     FALSE 0.011 83.000 0.000 1.000 N NA
 3490737 3490738 Bpet1670 Bpet1671     TRUE 0.970 -3.000 0.030 1.000   NA
 3490738 3490739 Bpet1671 Bpet1672     TRUE 0.935 24.000 0.069 0.010   NA
 3490740 3490741 Bpet1673 Bpet1674     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490741 3490742 Bpet1674 Bpet1675     TRUE 0.931 2.000 0.033 NA N NA
 3490743 3490744 Bpet1676 Bpet1677   nuoA FALSE 0.012 202.000 0.009 1.000 N NA
 3490744 3490745 Bpet1677 Bpet1678 nuoA nuoB TRUE 0.996 -30.000 0.507 0.002 Y NA
 3490745 3490746 Bpet1678 Bpet1679 nuoB nuoC TRUE 0.957 68.000 0.328 0.002 Y NA
 3490746 3490747 Bpet1679 Bpet1680 nuoC nuoD TRUE 0.998 4.000 0.483 0.005 Y NA
 3490747 3490748 Bpet1680 Bpet1681 nuoD nuoE TRUE 0.971 40.000 0.355 0.005 Y NA
 3490748 3490749 Bpet1681 Bpet1682 nuoE nuoF TRUE 0.999 -3.000 0.343 0.005 Y NA
 3490749 3490750 Bpet1682 Bpet1683 nuoF nuoG TRUE 0.995 16.000 0.395 0.005 Y NA
 3490750 3490751 Bpet1683 Bpet1684 nuoG nuoH TRUE 0.999 2.000 0.515 0.005 Y NA
 3490751 3490752 Bpet1684 Bpet1685 nuoH nuoI TRUE 0.992 22.000 0.500 0.005 Y NA
 3490752 3490753 Bpet1685 Bpet1686 nuoI nuoJ TRUE 0.992 21.000 0.442 0.005 Y NA
 3490753 3490754 Bpet1686 Bpet1687 nuoJ nuoK TRUE 0.999 -3.000 0.484 0.002 Y NA
 3490754 3490755 Bpet1687 Bpet1688 nuoK nuoL TRUE 0.993 18.000 0.451 0.005 Y NA
 3490755 3490756 Bpet1688 Bpet1689 nuoL nuoM TRUE 0.999 -3.000 0.175 0.001 Y NA
 3490756 3490757 Bpet1689 Bpet1690 nuoM nuoN TRUE 0.997 10.000 0.340 0.001 Y NA
 3490757 3490758 Bpet1690 Bpet1691 nuoN   TRUE 0.976 11.000 0.202 NA   NA
 3490758 3490759 Bpet1691 Bpet1692     FALSE 0.013 285.000 0.000 NA   NA
 3490760 3490761 Bpet1693 Bpet1694 serB mfd FALSE 0.272 36.000 0.014 1.000 N NA
 3490762 3490763 Bpet1695 Bpet1696 ispD ispF TRUE 0.997 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 3490764 3490765 Bpet1697 Bpet1698 ahpD ahpC TRUE 0.609 56.000 0.058 NA   NA
 3490765 3490766 Bpet1698 Bpet1699 ahpC risS FALSE 0.245 60.000 0.027 1.000 N NA
 3490766 3490767 Bpet1699 Bpet1700 risS risA TRUE 0.932 35.000 0.241 1.000 Y NA
 3490768 3490769 Bpet1701 Bpet1702     TRUE 0.729 -3.000 0.002 1.000 N NA
 3490771 3490772 Bpet1704 Bpet1705     TRUE 0.658 63.000 0.006 0.007   NA
 3490772 3490773 Bpet1705 Bpet1706   ligA TRUE 0.929 0.000 0.004 1.000   NA
 3490774 3490775 Bpet1707 Bpet1708     TRUE 0.956 10.000 0.162 NA N NA
 3490775 3490776 Bpet1708 Bpet1709   ispA TRUE 0.939 -16.000 0.133 NA N NA
 3490776 3490777 Bpet1709 Bpet1710 ispA msrB1 TRUE 0.969 1.000 0.136 1.000 N NA
 3490778 3490779 Bpet1711 Bpet1712     TRUE 0.998 -3.000 0.729 1.000 Y NA
 3490779 3490780 Bpet1712 Bpet1713     TRUE 0.850 36.000 0.211 NA   NA
 3490780 3490781 Bpet1713 Bpet1714     FALSE 0.029 206.000 0.000 NA   NA
 3490781 3490782 Bpet1714 Bpet1715     TRUE 0.674 136.000 0.167 NA Y NA
 3490782 3490783 Bpet1715 Bpet1716     TRUE 0.994 6.000 0.125 0.065 Y NA
 3490783 3490784 Bpet1716 Bpet1717     TRUE 0.999 -3.000 0.600 0.028 Y NA
 3490785 3490786 Bpet1718 Bpet1719     TRUE 0.888 67.000 0.333 1.000 Y NA
 3490786 3490787 Bpet1719 Bpet1720     TRUE 0.633 200.000 0.500 0.065 Y NA
 3490787 3490788 Bpet1720 Bpet1721     TRUE 0.997 -3.000 0.091 0.065 Y NA
 3490788 3490789 Bpet1721 Bpet1722     TRUE 0.748 94.000 0.068 NA Y NA
 3490789 3490790 Bpet1722 Bpet1723     TRUE 0.804 59.000 0.059 NA Y NA
 3490790 3490791 Bpet1723 Bpet1724     TRUE 0.999 -3.000 0.716 0.028 Y NA
 3490791 3490792 Bpet1724 Bpet1725   nth FALSE 0.003 146.000 0.000 1.000 N NA
 3490792 3490793 Bpet1725 Bpet1726 nth rnfB TRUE 0.953 -3.000 0.048 1.000 N NA
 3490793 3490794 Bpet1726 Bpet1727 rnfB phaZ FALSE 0.197 47.000 0.014 1.000 N NA
 3490794 3490795 Bpet1727 Bpet1728 phaZ fpr1 FALSE 0.087 140.000 0.029 1.000 N NA
 3490795 3490796 Bpet1728 Bpet1729 fpr1 fdx1 TRUE 0.870 46.000 0.029 0.070 Y NA
 3490797 3490798 Bpet1730 Bpet1731 pncB   FALSE 0.242 52.000 0.011 NA N NA
 3490798 3490799 Bpet1731 Bpet1732     FALSE 0.044 180.000 0.000 NA   NA
 3490800 3490801 Bpet1733 Bpet1734     TRUE 0.969 -3.000 0.015 NA   NA
 3490802 3490803 Bpet1735 Bpet1736 relA argE1 FALSE 0.314 56.000 0.039 1.000 N NA
 3490803 3490804 Bpet1736 Bpet1737 argE1 trpB TRUE 0.567 92.000 0.008 1.000 Y NA
 3490804 3490805 Bpet1737 Bpet1738 trpB trpA TRUE 0.998 5.000 0.344 0.000 Y NA
 3490805 3490806 Bpet1738 Bpet1739 trpA accD TRUE 0.735 37.000 0.232 1.000 N NA
 3490806 3490807 Bpet1739 Bpet1740 accD   FALSE 0.039 169.000 0.000 1.000   NA
 3490808 3490809 Bpet1741 Bpet1742   rne TRUE 0.681 -37.000 0.000 1.000   NA
 3490810 3490811 Bpet1743 Bpet1744 rluC   TRUE 0.988 3.000 0.389 1.000   NA
 3490811 3490812 Bpet1744 Bpet1745     FALSE 0.306 86.000 0.013 1.000   NA
 3490812 3490813 Bpet1745 Bpet1746     TRUE 0.989 15.000 0.790 0.070   NA
 3490814 3490815 Bpet1747 Bpet1748     TRUE 0.804 -99.000 0.021 1.000   NA
 3490815 3490816 Bpet1748 Bpet1749     TRUE 0.988 -3.000 0.107 NA   NA
 3490817 3490818 Bpet1750 Bpet1751   rpmF TRUE 0.856 52.000 0.599 NA   NA
 3490818 3490819 Bpet1751 Bpet1752 rpmF   TRUE 0.724 51.000 0.418 1.000 N NA
 3490819 3490820 Bpet1752 Bpet1753   fabH TRUE 0.999 0.000 0.380 0.003 Y NA
 3490820 3490821 Bpet1753 Bpet1754 fabH fabD TRUE 0.935 78.000 0.182 0.003 Y NA
 3490821 3490822 Bpet1754 Bpet1755 fabD fabG TRUE 0.998 7.000 0.432 0.003 Y NA
 3490822 3490823 Bpet1755 Bpet1756 fabG acpP TRUE 0.890 126.000 0.321 0.003 Y NA
 3490823 3490824 Bpet1756 Bpet1757 acpP fabF FALSE 0.468 184.000 0.346 1.000 Y NA
 3490824 3490825 Bpet1757 Bpet1758 fabF   FALSE 0.002 403.000 0.005 1.000 N NA
 3490825 3490826 Bpet1758 Bpet1759     TRUE 0.986 13.000 0.705 NA   NA
 3490826 3490827 Bpet1759 Bpet1760   mucB TRUE 0.942 30.000 0.856 NA   NA
 3490827 3490828 Bpet1760 Bpet1761 mucB mucD TRUE 0.700 45.000 0.218 NA N NA
 3490828 3490829 Bpet1761 Bpet1762 mucD lepA FALSE 0.002 497.000 0.008 1.000 N NA
 3490829 3490830 Bpet1762 Bpet1763 lepA lepB TRUE 0.884 19.000 0.187 1.000 N NA
 3490830 3490831 Bpet1763 Bpet1764 lepB rnc TRUE 0.964 2.000 0.117 1.000 N NA
 3490831 3490832 Bpet1764 Bpet1765 rnc   TRUE 0.992 -3.000 0.058 0.044   NA
 3490832 3490833 Bpet1765 Bpet1766   recO TRUE 0.949 -7.000 0.049 1.000   NA
 3490834 3490835 Bpet1767 Bpet1768     FALSE 0.020 240.000 0.000 NA   NA
 3490835 3490836 Bpet1768 Bpet1769     FALSE 0.313 101.000 0.014 NA   NA
 3490836 3490837 Bpet1769 Bpet1770   holC TRUE 0.841 16.000 0.009 NA   NA
 3490837 3490838 Bpet1770 Bpet1771 holC pepA TRUE 0.969 12.000 0.494 1.000 N NA
 3490841 3490842 Bpet1774 Bpet1775   mmsA1 TRUE 0.696 76.000 0.375 NA N NA
 3490842 3490843 Bpet1775 Bpet1776 mmsA1   FALSE 0.001 206.000 0.000 1.000 N NA
 3490843 3490844 Bpet1776 Bpet1777     FALSE 0.037 189.000 0.000 NA   NA
 3490846 3490847 Bpet1779 Bpet1780 prpE   TRUE 0.983 -3.000 0.060 NA   NA
 3490847 3490848 Bpet1780 Bpet1781     FALSE 0.406 60.000 0.009 NA   NA
 3490848 3490849 Bpet1781 Bpet1782     FALSE 0.064 168.000 0.006 1.000   NA
 3490849 3490850 Bpet1782 Bpet1783     FALSE 0.271 108.000 0.022 1.000   NA
 3490850 3490851 Bpet1783 Bpet1784   ltaE FALSE 0.391 71.000 0.021 1.000   NA
 3490852 3490853 Bpet1785 Bpet1786     FALSE 0.415 -42.000 0.004 1.000 N NA
 3490853 3490854 Bpet1786 Bpet1787     TRUE 0.667 7.000 0.007 1.000 N NA
 3490855 3490856 Bpet1788 Bpet1789 fcbC lpsI TRUE 0.529 72.000 0.042 NA   NA
 3490856 3490857 Bpet1789 Bpet1790 lpsI lpsJ1 TRUE 0.998 13.000 0.789 0.002 Y NA
 3490857 3490858 Bpet1790 Bpet1791 lpsJ1   FALSE 0.056 167.000 0.034 1.000 N NA
 3490858 3490859 Bpet1791 Bpet1792     TRUE 0.987 -3.000 0.292 1.000 N NA
 3490859 3490860 Bpet1792 Bpet1793     TRUE 0.704 51.000 0.146 1.000   NA
 3490860 3490861 Bpet1793 Bpet1794     TRUE 0.762 37.000 0.117 1.000   NA
 3490861 3490862 Bpet1794 Bpet1795     TRUE 0.956 79.000 0.803 0.065 Y NA
 3490862 3490863 Bpet1795 Bpet1796     TRUE 0.997 8.000 0.689 0.065 Y NA
 3490863 3490864 Bpet1796 Bpet1797     TRUE 0.993 9.000 0.354 NA Y NA
 3490864 3490865 Bpet1797 Bpet1798     TRUE 0.906 43.000 0.190 NA Y NA
 3490865 3490866 Bpet1798 Bpet1799     TRUE 0.976 9.000 0.022 NA Y NA
 3490866 3490867 Bpet1799 Bpet1800   pyrG FALSE 0.001 213.000 0.000 1.000 N NA
 3490867 3490868 Bpet1800 Bpet1801 pyrG kdsA TRUE 0.969 1.000 0.138 1.000 N NA
 3490868 3490869 Bpet1801 Bpet1802 kdsA eno TRUE 0.568 48.000 0.125 1.000 N NA
 3490869 3490870 Bpet1802 Bpet1803 eno   TRUE 0.607 67.000 0.241 1.000 N NA
 3490871 3490872 Bpet1804 Bpet1805   hslO FALSE 0.092 111.000 0.005 NA N NA
 3490872 3490873 Bpet1805 Bpet1806 hslO   TRUE 0.693 36.000 0.061 1.000   NA
 3490873 3490874 Bpet1806 Bpet1807     TRUE 0.712 22.000 0.012 1.000   NA
 3490874 3490875 Bpet1807 Bpet1808     FALSE 0.129 138.000 0.008 1.000   NA
 3490875 3490876 Bpet1808 Bpet1809     FALSE 0.008 363.000 0.000 NA   NA
 3490876 3490877 Bpet1809 Bpet1810     FALSE 0.054 186.000 0.004 NA   NA
 3490877 3490878 Bpet1810 Bpet1811     TRUE 0.707 31.000 0.029 NA   NA
 3490878 3490879 Bpet1811 Bpet1812   prpD FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 3490880 3490881 Bpet1813 Bpet1814   acnA1 TRUE 0.906 -3.000 0.018 1.000 N NA
 3490881 3490882 Bpet1814 Bpet1815 acnA1   TRUE 0.843 75.000 0.733 NA   NA
 3490883 3490884 Bpet1816 Bpet1817 prpC prpB TRUE 0.716 64.000 0.502 1.000 N NA
 3490884 3490885 Bpet1817 Bpet1818 prpB mdh1 FALSE 0.006 259.000 0.008 1.000 N NA
 3490886 3490887 Bpet1819 Bpet1820   sdhC FALSE 0.350 122.000 0.185 1.000 N NA
 3490887 3490888 Bpet1820 Bpet1821 sdhC sdhD TRUE 0.999 1.000 0.453 0.001 Y NA
 3490888 3490889 Bpet1821 Bpet1822 sdhD sdhA TRUE 0.999 4.000 0.705 0.002 Y NA
 3490889 3490890 Bpet1822 Bpet1823 sdhA sdhB TRUE 0.997 14.000 0.604 0.002 Y NA
 3490890 3490891 Bpet1823 Bpet1824 sdhB   TRUE 0.919 22.000 0.151 NA   NA
 3490891 3490892 Bpet1824 Bpet1825   gltA TRUE 0.921 21.000 0.136 NA   NA
 3490895 3490896 Bpet1828 Bpet1829 maeB1 aceE1 FALSE 0.102 345.000 0.043 0.092 Y NA
 3490897 3490898 Bpet1830 Bpet1831     FALSE 0.498 62.000 0.029 NA   NA
 3490898 3490899 Bpet1831 Bpet1832   odhA FALSE 0.009 337.000 0.000 NA   NA
 3490899 3490900 Bpet1832 Bpet1833 odhA odhB TRUE 0.935 46.000 0.667 1.000 Y NA
 3490900 3490901 Bpet1833 Bpet1834 odhB odhL TRUE 0.816 100.000 0.253 1.000 Y NA
 3490901 3490902 Bpet1834 Bpet1835 odhL   FALSE 0.033 401.000 0.103 NA   NA
 3490902 3490903 Bpet1835 Bpet1836     FALSE 0.108 137.000 0.000 NA   NA
 3490903 3490904 Bpet1836 Bpet1837     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 3490904 3490905 Bpet1837 Bpet1838     TRUE 0.991 0.000 0.300 NA   NA
 3490905 3490906 Bpet1838 Bpet1839   trpS FALSE 0.429 72.000 0.017 NA   NA
 3490907 3490908 Bpet1840 Bpet1841     FALSE 0.029 206.000 0.000 NA   NA
 3490910 3490911 Bpet1843 Bpet1844   tex FALSE 0.257 78.000 0.000 NA   NA
 3490914 3490915 Bpet1847 Bpet1848 rluD   TRUE 0.972 -12.000 0.168 NA   NA
 3490915 3490916 Bpet1848 Bpet1849   phbC FALSE 0.063 182.000 0.006 NA   NA
 3490916 3490917 Bpet1849 Bpet1850 phbC phbB TRUE 0.910 73.000 0.049 0.000 Y NA
 3490917 3490918 Bpet1850 Bpet1851 phbB phbF TRUE 0.610 97.000 0.130 NA   NA
 3490918 3490919 Bpet1851 Bpet1852 phbF   FALSE 0.181 140.000 0.016 NA   NA
 3490919 3490920 Bpet1852 Bpet1853     TRUE 0.990 3.000 0.386 NA   NA
 3490920 3490921 Bpet1853 Bpet1854     TRUE 0.984 14.000 0.775 NA   NA
 3490921 3490922 Bpet1854 Bpet1855     TRUE 0.675 57.000 0.233 NA N NA
 3490922 3490923 Bpet1855 Bpet1856     TRUE 0.528 49.000 0.025 NA   NA
 3490924 3490925 Bpet1857 Bpet1858     TRUE 0.665 61.000 0.100 NA   NA
 3490925 3490926 Bpet1858 Bpet1859     TRUE 0.844 31.000 0.120 NA   NA
 3490926 3490927 Bpet1859 Bpet1860   cphA1 FALSE 0.026 217.000 0.000 NA   NA
 3490927 3490928 Bpet1860 Bpet1861 cphA1 cphA2 TRUE 0.995 21.000 0.871 0.001 Y NA
 3490929 3490930 Bpet1862 Bpet1863     TRUE 0.973 19.000 0.848 NA   NA
 3490932 3490933 Bpet1865 Bpet1866     FALSE 0.335 82.000 0.016 1.000   NA
 3490935 3490936 Bpet1868 Bpet1869     FALSE 0.013 72.000 0.000 1.000 N NA
 3490940 3490941 Bpet1873 Bpet1874     FALSE 0.163 94.000 0.000 1.000   NA
 3490942 3490943 Bpet1875 Bpet1876 msrA1 msrB2 TRUE 0.999 -3.000 0.404 0.001 Y NA
 3490943 3490944 Bpet1876 Bpet1877 msrB2   TRUE 0.803 14.000 0.000 NA   NA
 3490944 3490945 Bpet1877 Bpet1878     TRUE 0.818 46.000 0.286 NA   NA
 3490945 3490946 Bpet1878 Bpet1879     FALSE 0.000 622.000 0.000 1.000 N NA
 3490946 3490947 Bpet1879 Bpet1880     FALSE 0.011 262.000 0.000 1.000   NA
 3490947 3490948 Bpet1880 Bpet1881   ubiG TRUE 0.992 -3.000 0.259 1.000   NA
 3490948 3490949 Bpet1881 Bpet1882 ubiG ompA2 FALSE 0.353 82.000 0.071 1.000 N NA
 3490950 3490951 Bpet1883 Bpet1884 gyrA serC TRUE 0.951 0.000 0.067 1.000 N NA
 3490951 3490952 Bpet1884 Bpet1885 serC pheA TRUE 0.988 -7.000 0.121 1.000 Y NA
 3490952 3490953 Bpet1885 Bpet1886 pheA hisC2 TRUE 0.938 25.000 0.098 1.000 Y NA
 3490953 3490954 Bpet1886 Bpet1887 hisC2 tyrA TRUE 0.996 -3.000 0.198 1.000 Y NA
 3490954 3490955 Bpet1887 Bpet1888 tyrA aroA TRUE 0.985 8.000 0.100 1.000 Y NA
 3490955 3490956 Bpet1888 Bpet1889 aroA cmk TRUE 0.954 -10.000 0.209 1.000 N NA
 3490956 3490957 Bpet1889 Bpet1890 cmk rpsA TRUE 0.524 100.000 0.281 1.000 N NA
 3490957 3490958 Bpet1890 Bpet1891 rpsA ihfB TRUE 0.978 3.000 0.292 1.000 N NA
 3490958 3490959 Bpet1891 Bpet1892 ihfB   FALSE 0.368 145.000 0.129 NA   NA
 3490959 3490960 Bpet1892 Bpet1893     TRUE 0.797 46.000 0.229 NA   NA
 3490960 3490961 Bpet1893 Bpet1894   rfaE TRUE 0.926 -3.000 0.026 1.000 N NA
 3490961 3490962 Bpet1894 Bpet1895 rfaE rfaD TRUE 0.998 -3.000 0.191 0.009 Y NA
 3490962 3490963 Bpet1895 Bpet1896 rfaD   FALSE 0.147 140.000 0.006 NA   NA
 3490963 3490964 Bpet1896 Bpet1897   cysM FALSE 0.353 77.000 0.006 NA   NA
 3490966 3490967 Bpet1899 Bpet1900 hda etfB1 FALSE 0.435 68.000 0.065 NA N NA
 3490967 3490968 Bpet1900 Bpet1901 etfB1 etfA1 TRUE 0.994 -49.000 0.600 0.018 Y NA
 3490968 3490969 Bpet1901 Bpet1902 etfA1   FALSE 0.012 388.000 0.000 0.015 N NA
 3490969 3490970 Bpet1902 Bpet1903   lsfA1 FALSE 0.060 147.000 0.021 1.000 N NA
 3490970 3490971 Bpet1903 Bpet1904 lsfA1   FALSE 0.001 201.000 0.000 1.000 N NA
 3490971 3490972 Bpet1904 Bpet1905   cysT TRUE 0.938 23.000 0.097 0.001 N NA
 3490972 3490973 Bpet1905 Bpet1906 cysT cysW TRUE 0.998 -3.000 0.935 0.000 N NA
 3490973 3490974 Bpet1906 Bpet1907 cysW cysA TRUE 0.991 14.000 0.587 1.000 Y NA
 3490974 3490975 Bpet1907 Bpet1908 cysA cysH TRUE 0.848 -3.000 0.008 1.000 N NA
 3490975 3490976 Bpet1908 Bpet1909 cysH cysD TRUE 0.958 10.000 0.003 1.000 Y NA
 3490976 3490977 Bpet1909 Bpet1910 cysD cysN TRUE 0.902 25.000 0.045 0.000 N NA
 3490977 3490978 Bpet1910 Bpet1911 cysN   FALSE 0.001 201.000 0.000 1.000 N NA
 3490978 3490979 Bpet1911 Bpet1912     TRUE 0.874 14.000 0.009 NA   NA
 3490981 3490982 Bpet1914 Bpet1915 rplS   FALSE 0.169 91.000 0.000 1.000   NA
 3490982 3490983 Bpet1915 Bpet1916   tnp11 FALSE 0.379 33.000 0.000 1.000   NA
 3490983 3490984 Bpet1916 Bpet1917 tnp11   TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.085 Y NA
 3490984 3490985 Bpet1917 Bpet1918     FALSE 0.032 178.000 0.000 1.000   NA
 3490986 3490987 Bpet1919 Bpet1920     TRUE 0.976 -3.000 0.046 1.000   NA
 3490988 3490989 Bpet1921 Bpet1922 orn   TRUE 0.728 22.000 0.005 NA   NA
 3490991 3490992 Bpet1924 Bpet1925 paaA paaB TRUE 0.864 65.000 0.920 NA   NA
 3490992 3490993 Bpet1925 Bpet1926 paaB paaC TRUE 0.989 10.000 0.943 NA   NA
 3490993 3490994 Bpet1926 Bpet1927 paaC paaD TRUE 0.996 -3.000 0.919 NA   NA
 3490994 3490995 Bpet1927 Bpet1928 paaD paaE TRUE 0.966 19.000 0.571 NA   NA
 3490995 3490996 Bpet1928 Bpet1929 paaE paaZ1 TRUE 0.824 46.000 0.075 1.000 Y NA
 3490997 3490998 Bpet1930 Bpet1931   tnp12 TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.085 Y NA
 3490999 3491000 Bpet1932 Bpet1933   paaG TRUE 0.961 14.000 0.139 NA   NA
 3491000 3491001 Bpet1933 Bpet1934 paaG paaI TRUE 0.982 0.000 0.204 NA N NA
 3491001 3491002 Bpet1934 Bpet1935 paaI paaK FALSE 0.306 76.000 0.031 NA N NA
 3491004 3491005 Bpet1937 Bpet1938     TRUE 0.779 15.000 0.000 NA   NA
 3491005 3491006 Bpet1938 Bpet1939     TRUE 0.994 -3.000 0.429 NA   NA
 3491006 3491007 Bpet1939 Bpet1940   bug40 FALSE 0.208 69.000 0.000 1.000   NA
 3491008 3491009 Bpet1941 Bpet1942     FALSE 0.492 31.000 0.000 NA   NA
 3491009 3491010 Bpet1942 Bpet1943     TRUE 0.943 59.000 1.000 NA Y NA
 3491010 3491011 Bpet1943 Bpet1944     TRUE 0.794 96.000 0.115 NA Y NA
 3491012 3491013 Bpet1945 Bpet1946     TRUE 0.985 -3.000 0.102 1.000   NA
 3491013 3491014 Bpet1946 Bpet1947     TRUE 0.887 -10.000 0.012 1.000   NA
 3491014 3491015 Bpet1947 Bpet1948   potF FALSE 0.002 496.000 0.013 1.000 N NA
 3491015 3491016 Bpet1948 Bpet1949 potF potG TRUE 0.989 6.000 0.158 1.000 Y NA
 3491016 3491017 Bpet1949 Bpet1950 potG potH TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 3491017 3491018 Bpet1950 Bpet1951 potH potI TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.064 Y NA
 3491018 3491019 Bpet1951 Bpet1952 potI   TRUE 0.851 -3.000 0.008 1.000 N NA
 3491019 3491020 Bpet1952 Bpet1953     TRUE 0.767 3.000 0.008 1.000 N NA
 3491022 3491023 Bpet1955 Bpet1956     FALSE 0.369 60.000 0.004 NA   NA
 3491023 3491024 Bpet1956 Bpet1957   rpiA FALSE 0.085 47.000 0.003 1.000 N NA
 3491024 3491025 Bpet1957 Bpet1958 rpiA   FALSE 0.037 196.000 0.024 NA N NA
 3491026 3491027 Bpet1959 Bpet1960     FALSE 0.401 37.000 0.000 0.091 N NA
 3491027 3491028 Bpet1960 Bpet1961   bug41 TRUE 0.962 13.000 0.154 1.000   NA
 3491030 3491031 Bpet1963 Bpet1964     FALSE 0.054 254.000 0.123 NA N NA
 3491031 3491032 Bpet1964 Bpet1965     FALSE 0.005 125.000 0.000 1.000 N NA
 3491034 3491035 Bpetpseudo_07 Bpet1967   glnE TRUE 0.739 22.000 0.007 NA   NA
 3491037 3491038 Bpet1969 Bpet1970   rho FALSE 0.000 551.000 0.000 1.000 N NA
 3491038 3491039 Bpet1970 Bpet1971 rho trxA FALSE 0.403 115.000 0.087 1.000   NA
 3491040 3491041 Bpet1972 Bpet1973 parE parC TRUE 0.953 42.000 0.106 0.001 Y NA
 3491042 3491043 Bpet1974 Bpet1975     FALSE 0.234 88.000 0.000 NA   NA
 3491043 3491044 Bpet1975 Bpet1976     FALSE 0.004 628.000 0.000 NA   NA
 3491044 3491045 Bpet1976 Bpet1977     FALSE 0.392 133.000 0.098 NA   NA
 3491045 3491046 Bpet1977 Bpet1978     FALSE 0.366 120.000 0.056 NA   NA
 3491046 3491047 Bpet1978 Bpet1979     TRUE 0.590 82.000 0.268 1.000 N NA
 3491048 3491049 Bpet1980 Bpet1981   ectA TRUE 0.974 -3.000 0.039 1.000   NA
 3491049 3491050 Bpet1981 Bpet1982 ectA ectB TRUE 0.898 110.000 0.793 0.000   NA
 3491050 3491051 Bpet1982 Bpet1983 ectB ectC TRUE 0.994 -3.000 0.572 1.000   NA
 3491051 3491052 Bpet1983 Bpet1984 ectC   TRUE 0.863 18.000 0.046 1.000   NA
 3491052 3491053 Bpet1984 Bpet1985   kdgT FALSE 0.016 226.000 0.000 1.000   NA
 3491053 3491054 Bpet1985 Bpet1986 kdgT   TRUE 0.925 -135.000 0.118 NA   NA
 3491054 3491055 Bpet1986 Bpet1987   pdxA1 TRUE 0.987 -3.000 0.098 NA   NA
 3491055 3491056 Bpet1987 Bpet1988 pdxA1   TRUE 0.958 5.000 0.158 1.000 N NA
 3491056 3491057 Bpet1988 Bpet1989     TRUE 0.621 68.000 0.105 1.000   NA
 3491059 3491060 Bpet1991 Bpet1992 ascD   FALSE 0.026 184.000 0.020 1.000 N NA
 3491060 3491061 Bpet1992 Bpet1993   ugpB2 TRUE 0.973 5.000 0.333 1.000 N NA
 3491061 3491062 Bpet1993 Bpet1994 ugpB2   FALSE 0.028 211.000 0.000 NA   NA
 3491062 3491063 Bpet1994 Bpet1995     TRUE 0.990 -3.000 0.143 NA   NA
 3491063 3491064 Bpet1995 Bpet1996     TRUE 0.990 1.000 0.286 NA   NA
 3491064 3491065 Bpet1996 Bpet1997     TRUE 0.984 -13.000 0.500 NA   NA
 3491065 3491066 Bpet1997 Bpet1998     TRUE 0.941 -88.000 0.154 NA   NA
 3491066 3491067 Bpet1998 Bpet1999     TRUE 0.991 -7.000 0.800 NA   NA
 3491067 3491068 Bpet1999 Bpet2000     TRUE 0.880 44.000 0.667 NA   NA
 3491068 3491069 Bpet2000 Bpet2001     TRUE 0.971 12.000 0.167 NA   NA
 3491069 3491070 Bpet2001 Bpet2002   alaS2 FALSE 0.276 70.000 0.000 NA   NA
 3491070 3491071 Bpet2002 Bpet2003 alaS2   TRUE 0.921 -13.000 0.006 0.027 N NA
 3491071 3491072 Bpet2003 Bpet2004   rpsP FALSE 0.004 141.000 0.000 1.000 N NA
 3491072 3491073 Bpet2004 Bpet2005 rpsP rimM TRUE 0.964 45.000 0.342 0.009 Y NA
 3491073 3491074 Bpet2005 Bpet2006 rimM trmD TRUE 0.997 0.000 0.672 1.000 Y NA
 3491074 3491075 Bpet2006 Bpet2007 trmD   FALSE 0.001 192.000 0.000 1.000 N NA
 3491075 3491076 Bpet2007 Bpet2008     TRUE 0.540 97.000 0.263 1.000 N NA
 3491076 3491077 Bpet2008 Bpet2009     TRUE 0.954 75.000 0.633 0.064 Y NA
 3491077 3491078 Bpet2009 Bpet2010     TRUE 0.998 -3.000 0.867 1.000 Y NA
 3491078 3491079 Bpet2010 Bpet2011     TRUE 0.990 10.000 0.233 1.000 Y NA
 3491080 3491081 Bpet2012 Bpet2013     TRUE 0.891 99.000 0.833 1.000 Y NA
 3491084 3491085 Bpet2016 Bpet2017 ndk   TRUE 0.860 28.000 0.156 1.000   NA
 3491085 3491086 Bpet2017 Bpet2018     TRUE 0.964 -3.000 0.020 1.000   NA
 3491086 3491087 Bpet2018 Bpet2019   ispG TRUE 0.965 14.000 0.233 1.000   NA
 3491087 3491088 Bpet2019 Bpet2020 ispG hisS TRUE 0.638 48.000 0.207 1.000 N NA
 3491088 3491089 Bpet2020 Bpet2021 hisS   TRUE 0.987 2.000 0.259 1.000   NA
 3491089 3491090 Bpet2021 Bpet2022     TRUE 0.986 5.000 0.492 1.000   NA
 3491090 3491091 Bpet2022 Bpet2023   engA TRUE 0.904 24.000 0.203 1.000   NA
 3491091 3491092 Bpet2023 Bpet2024 engA hisC3 TRUE 0.891 4.000 0.003 1.000   NA
 3491092 3491093 Bpet2024 Bpet2025 hisC3 hfq FALSE 0.120 148.000 0.015 1.000   NA
 3491093 3491094 Bpet2025 Bpet2026 hfq hflX FALSE 0.486 82.000 0.058 1.000   NA
 3491094 3491095 Bpet2026 Bpet2027 hflX hflK TRUE 0.977 -34.000 0.184 0.061   NA
 3491095 3491096 Bpet2027 Bpet2028 hflK hflC TRUE 0.995 19.000 0.947 0.007 Y NA
 3491096 3491097 Bpet2028 Bpet2029 hflC   FALSE 0.000 1064.000 0.000 1.000 N NA
 3491097 3491098 Bpet2029 Bpet2030   hisZ FALSE 0.001 240.000 0.000 1.000 N NA
 3491098 3491099 Bpet2030 Bpet2031 hisZ purA FALSE 0.510 80.000 0.161 1.000 N NA
 3491099 3491100 Bpet2031 Bpet2032 purA   FALSE 0.356 105.000 0.042 1.000   NA
 3491100 3491101 Bpet2032 Bpet2033   rpsU FALSE 0.009 286.000 0.000 1.000   NA
 3491101 3491102 Bpet2033 Bpet2034 rpsU dnaG TRUE 0.741 22.000 0.067 1.000 N NA
 3491102 3491103 Bpet2034 Bpet2035 dnaG rpoD FALSE 0.031 397.000 0.299 1.000 N NA
 3491103 3491104 Bpet2035 Bpettrna_16 rpoD b_petrii_trna_16 TRUE 0.860 8.000 0.000 NA   NA
 3491104 3491105 Bpettrna_16 Bpet2036 b_petrii_trna_16   FALSE 0.014 284.000 0.000 NA   NA
 3491107 3491108 Bpet2038 Bpet2039     FALSE 0.037 191.000 0.000 NA   NA
 3491109 3491110 Bpet2040 Bpet2041     TRUE 0.552 81.000 0.065 NA   NA
 3491110 3491111 Bpet2041 Bpet2042     TRUE 0.587 70.000 0.065 NA   NA
 3491114 3491115 Bpettrna_17 Bpet2046 b_petrii_trna_17   FALSE 0.184 106.000 0.000 NA   NA
 3491117 3491118 Bpet2048 Bpet2049     TRUE 0.985 -21.000 1.000 NA   NA
 3491118 3491119 Bpet2049 Bpet2050   pyrB FALSE 0.335 73.000 0.003 NA   NA
 3491122 3491123 Bpet2053 Bpet2054     FALSE 0.061 187.000 0.070 1.000 N NA
 3491123 3491124 Bpet2054 Bpet2055     TRUE 0.850 116.000 0.812 1.000 Y NA
 3491125 3491126 Bpet2056 Bpet2057 recA   TRUE 0.992 -3.000 0.296 1.000   NA
 3491128 3491129 Bpet2059 Bpet2060 metE   FALSE 0.119 132.000 0.000 NA   NA
 3491129 3491130 Bpet2060 Bpet2061   sucC TRUE 0.957 11.000 0.076 NA   NA
 3491130 3491131 Bpet2061 Bpet2062 sucC sucD TRUE 0.990 19.000 0.151 0.000 Y NA
 3491131 3491132 Bpet2062 Bpet2063 sucD   FALSE 0.062 254.000 0.220 1.000 N NA
 3491132 3491133 Bpet2063 Bpet2064     TRUE 0.845 114.000 0.150 0.061 Y NA
 3491133 3491134 Bpet2064 Bpet2065   hemC FALSE 0.039 109.000 0.003 1.000 N NA
 3491134 3491135 Bpet2065 Bpet2066 hemC hemD TRUE 0.963 44.000 0.205 0.001 Y NA
 3491135 3491136 Bpet2066 Bpet2067 hemD hemX TRUE 0.945 39.000 0.600 1.000 Y NA
 3491136 3491137 Bpet2067 Bpet2068 hemX hemY TRUE 0.927 4.000 0.016 1.000   NA
 3491137 3491138 Bpet2068 Bpet2069 hemY ppa TRUE 0.906 4.000 0.006 1.000   NA
 3491138 3491139 Bpet2069 Bpet2070 ppa   FALSE 0.001 239.000 0.000 1.000 N NA
 3491139 3491140 Bpet2070 Bpet2071     TRUE 0.824 28.000 0.100 1.000   NA
 3491140 3491141 Bpet2071 Bpet2072     FALSE 0.149 180.000 0.067 NA   NA
 3491141 3491142 Bpet2072 Bpet2073     TRUE 0.993 -3.000 0.273 NA   NA
 3491142 3491143 Bpet2073 Bpet2074     TRUE 0.993 -3.000 0.273 NA   NA
 3491143 3491144 Bpet2074 Bpet2075     TRUE 0.991 4.000 0.667 NA   NA
 3491144 3491145 Bpet2075 Bpet2076     TRUE 0.984 -3.000 0.062 NA   NA
 3491145 3491146 Bpet2076 Bpet2077     TRUE 0.996 -3.000 0.125 NA Y NA
 3491146 3491147 Bpet2077 Bpet2078     TRUE 0.975 -48.000 0.154 1.000 Y NA
 3491147 3491148 Bpet2078 Bpet2079     TRUE 0.997 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 3491148 3491149 Bpet2079 Bpet2080     TRUE 0.997 9.000 0.381 0.007 Y NA
 3491149 3491150 Bpet2080 Bpet2081     TRUE 0.958 -18.000 0.111 NA   NA
 3491151