MicrobesOnline Operon Predictions for Burkholderia mallei FMH

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2411280 2411281 BmalF_02000001 BmalF_02000002     TRUE 0.670 5.000 0.005 NA   NA
 2411283 2411284 BmalF_02000004 BmalF_02000005     FALSE 0.003 563.000 0.000 NA   NA
 2411285 2411286 BmalF_02000006 BmalF_02000007     TRUE 0.996 41.000 0.688 0.014 Y NA
 2411287 2411288 BmalF_02000008 BmalF_02000009     FALSE 0.562 213.000 0.431 NA   NA
 2411288 2411289 BmalF_02000009 BmalF_02000010     FALSE 0.480 84.000 0.067 NA   NA
 2411289 2411290 BmalF_02000010 BmalF_02000011     FALSE 0.030 402.000 0.025 1.000 N NA
 2411290 2411291 BmalF_02000011 BmalF_02000012     FALSE 0.019 366.000 0.000 1.000   NA
 2411292 2411293 BmalF_02000013 BmalF_02000014     TRUE 0.976 -3.000 0.750 NA   NA
 2411293 2411294 BmalF_02000014 BmalF_02000015     FALSE 0.364 192.000 0.115 NA   NA
 2411294 2411295 BmalF_02000015 BmalF_02000016     FALSE 0.120 251.000 0.053 NA N NA
 2411295 2411296 BmalF_02000016 BmalF_02000017     TRUE 0.774 0.000 0.047 NA N NA
 2411296 2411297 BmalF_02000017 BmalF_02000018     TRUE 0.698 0.000 0.020 NA N NA
 2411297 2411298 BmalF_02000018 BmalF_02000019     FALSE 0.306 151.000 0.028 1.000 N NA
 2411299 2411300 BmalF_02000020 BmalF_02000021     FALSE 0.509 125.000 0.141 NA   NA
 2411300 2411301 BmalF_02000021 BmalF_02000022     TRUE 0.874 40.000 0.155 NA   NA
 2411301 2411302 BmalF_02000022 BmalF_02000023     FALSE 0.354 69.000 0.000 1.000   NA
 2411302 2411303 BmalF_02000023 BmalF_02000024     FALSE 0.181 96.000 0.000 1.000   NA
 2411305 2411306 BmalF_02000026 BmalF_02000027     TRUE 0.800 82.000 0.333 1.000 N NA
 2411306 2411307 BmalF_02000027 BmalF_02000028     TRUE 0.885 15.000 0.111 1.000   NA
 2411309 2411310 BmalF_02000030 BmalF_02000031     TRUE 0.854 202.000 0.115 0.080 Y NA
 2411312 2411313 BmalF_02000033 BmalF_02000034     FALSE 0.513 114.000 0.160 NA   NA
 2411315 2411316 BmalF_02000036 BmalF_02000037     FALSE 0.096 277.000 0.040 1.000 N NA
 2411316 2411317 BmalF_02000037 BmalF_02000038     TRUE 0.882 5.000 0.099 1.000   NA
 2411318 2411319 BmalF_02000039 BmalF_02000040     FALSE 0.209 297.000 0.250 NA   NA
 2411319 2411320 BmalF_02000040 BmalF_02000041     TRUE 0.991 0.000 0.132 0.024 Y NA
 2411320 2411321 BmalF_02000041 BmalF_02000042     TRUE 0.939 63.000 0.132 1.000 Y NA
 2411321 2411322 BmalF_02000042 BmalF_02000043     TRUE 0.997 -19.000 0.917 0.080 Y NA
 2411323 2411324 BmalF_02000044 BmalF_02000045     FALSE 0.181 96.000 0.000 1.000   NA
 2411325 2411326 BmalF_02000046 BmalF_02000047     FALSE 0.001 1098.000 0.000 NA   NA
 2411326 2411327 BmalF_02000047 BmalF_02000048     FALSE 0.001 3566.000 0.000 NA   NA
 2411327 2411328 BmalF_02000048 BmalF_02000049     TRUE 0.941 4.000 0.318 NA   NA
 2411328 2411329 BmalF_02000049 BmalF_02000050     TRUE 0.898 60.000 0.350 NA   NA
 2411329 2411330 BmalF_02000050 BmalF_02000051     FALSE 0.014 2754.000 0.000 1.000 Y NA
 2411330 2411331 BmalF_02000051 BmalF_02000052     TRUE 0.768 108.000 0.074 1.000 Y NA
 2411331 2411332 BmalF_02000052 BmalF_02000053     FALSE 0.107 779.000 0.000 0.003 Y NA
 2411332 2411333 BmalF_02000053 BmalF_02000054     TRUE 0.990 12.000 0.064 0.003 Y NA
 2411335 2411336 BmalF_02000056 BmalF_02000057     TRUE 0.808 15.000 0.047 1.000 N NA
 2411336 2411337 BmalF_02000057 BmalF_02000058     TRUE 0.925 92.000 0.452 1.000 Y NA
 2411337 2411338 BmalF_02000058 BmalF_02000059     TRUE 0.918 81.000 0.247 1.000 Y NA
 2411338 2411339 BmalF_02000059 BmalF_02000060     TRUE 0.891 -13.000 0.109 1.000 N NA
 2411339 2411340 BmalF_02000060 BmalF_02000061     TRUE 0.931 -3.000 0.263 NA N NA
 2411340 2411341 BmalF_02000061 BmalF_02000062     FALSE 0.133 206.000 0.012 NA   NA
 2411343 2411344 BmalF_02000064 BmalF_02000065     TRUE 0.980 93.000 0.600 0.007 Y NA
 2411344 2411345 BmalF_02000065 BmalF_02000066     FALSE 0.003 590.000 0.000 NA   NA
 2411345 2411346 BmalF_02000066 BmalF_02000067     FALSE 0.001 1211.000 0.000 NA   NA
 2411348 2411349 BmalF_02000069 BmalF_02000070     FALSE 0.002 644.000 0.000 NA   NA
 2411349 2411350 BmalF_02000070 BmalF_02000071     FALSE 0.582 263.000 0.875 NA   NA
 2411350 2411351 BmalF_02000071 BmalF_02000072     TRUE 0.925 78.000 1.000 NA   NA
 2411351 2411352 BmalF_02000072 BmalF_02000073     TRUE 0.869 93.000 0.875 NA   NA
 2411352 2411353 BmalF_02000073 BmalF_02000074     FALSE 0.002 702.000 0.000 NA   NA
 2411354 2411355 BmalF_02000075 BmalF_02000076     FALSE 0.448 182.000 0.113 1.000   NA
 2411355 2411356 BmalF_02000076 BmalF_02000077     TRUE 0.931 -3.000 0.205 1.000   NA
 2411356 2411357 BmalF_02000077 BmalF_02000078     FALSE 0.021 350.000 0.000 1.000   NA
 2411357 2411358 BmalF_02000078 BmalF_02000079     FALSE 0.007 474.000 0.000 1.000 N NA
 2411358 2411359 BmalF_02000079 BmalF_02000080     FALSE 0.487 130.000 0.089 1.000   NA
 2411359 2411360 BmalF_02000080 BmalF_02000081     FALSE 0.057 491.000 0.000 0.074   NA
 2411361 2411362 BmalF_02000082 BmalF_02000083     FALSE 0.004 624.000 0.000 1.000   NA
 2411362 2411363 BmalF_02000083 BmalF_02000084     FALSE 0.094 120.000 0.000 NA   NA
 2411364 2411365 BmalF_02000085 BmalF_02000086     TRUE 0.851 98.000 0.867 NA   NA
 2411365 2411366 BmalF_02000086 BmalF_02000087     TRUE 0.918 74.000 0.688 1.000 N NA
 2411367 2411368 BmalF_02000088 BmalF_02000091     FALSE 0.328 260.000 0.000 1.000 Y NA
 2411368 2411369 BmalF_02000091 BmalF_02000092     TRUE 0.965 33.000 0.105 1.000 Y NA
 2411369 2411370 BmalF_02000092 BmalF_02000093     TRUE 0.982 48.000 0.421 1.000 Y NA
 2411370 2411371 BmalF_02000093 BmalF_02000094     FALSE 0.002 665.000 0.000 NA   NA
 2411371 2411372 BmalF_02000094 BmalF_02000095     FALSE 0.459 185.000 0.167 NA   NA
 2411372 2411373 BmalF_02000095 BmalF_02000096     FALSE 0.043 383.000 0.048 1.000 N NA
 2411373 2411374 BmalF_02000096 BmalF_02000097     TRUE 0.991 29.000 0.069 0.001 Y NA
 2411379 2411380 BmalF_02000102 BmalF_02000103     TRUE 0.750 53.000 0.049 1.000 N NA
 2411380 2411381 BmalF_02000103 BmalF_02000104     FALSE 0.134 428.000 0.024 1.000 Y NA
 2411381 2411382 BmalF_02000104 BmalF_02000105     FALSE 0.271 182.000 0.031 1.000 N NA
 2411382 2411383 BmalF_02000105 BmalF_02000106     TRUE 0.726 295.000 0.233 0.074 Y NA
 2411384 2411385 BmalF_02000107 BmalF_02000108     TRUE 0.985 -3.000 0.316 1.000 Y NA
 2411385 2411386 BmalF_02000108 BmalF_02000109     TRUE 0.735 25.000 0.017 1.000 N NA
 2411386 2411387 BmalF_02000109 BmalF_02000110     TRUE 0.794 -3.000 0.043 NA   NA
 2411387 2411388 BmalF_02000110 BmalF_02000111     TRUE 0.965 43.000 0.681 NA   NA
 2411388 2411389 BmalF_02000111 BmalF_02000112     TRUE 0.941 20.000 0.297 1.000   NA
 2411391 2411392 BmalF_02000114 BmalF_02000115     FALSE 0.054 501.000 0.206 1.000   NA
 2411395 2411396 BmalF_02000118 BmalF_02000119     FALSE 0.478 124.000 0.121 NA   NA
 2411396 2411397 BmalF_02000119 BmalF_02000120     FALSE 0.550 104.000 0.194 NA   NA
 2411398 2411399 BmalF_02000121 BmalF_02000122     TRUE 0.761 71.000 0.192 NA   NA
 2411399 2411400 BmalF_02000122 BmalF_02000123     TRUE 0.785 93.000 0.483 NA   NA
 2411400 2411401 BmalF_02000123 BmalF_02000124     FALSE 0.001 1150.000 0.000 NA N NA
 2411401 2411402 BmalF_02000124 BmalF_02000125     TRUE 0.812 7.000 0.069 NA N NA
 2411403 2411404 BmalF_02000126 BmalF_02000127     FALSE 0.399 106.000 0.058 1.000   NA
 2411404 2411405 BmalF_02000127 BmalF_02000128     TRUE 0.784 177.000 0.593 1.000   NA
 2411405 2411406 BmalF_02000128 BmalF_02000129     TRUE 0.989 65.000 0.556 0.091 Y NA
 2411406 2411407 BmalF_02000129 BmalF_02000130     TRUE 0.966 -3.000 0.460 1.000   NA
 2411407 2411408 BmalF_02000130 BmalF_02000131     TRUE 0.876 133.000 0.215 0.008   NA
 2411408 2411409 BmalF_02000131 BmalF_02000132     TRUE 0.968 18.000 0.592 1.000 N NA
 2411409 2411410 BmalF_02000132 BmalF_02000133     TRUE 0.909 20.000 0.167 1.000   NA
 2411410 2411411 BmalF_02000133 BmalF_02000134     FALSE 0.005 598.000 0.000 1.000   NA
 2411411 2411412 BmalF_02000134 BmalF_02000135     FALSE 0.181 96.000 0.000 1.000   NA
 2411412 2411413 BmalF_02000135 BmalF_02000136     FALSE 0.197 73.000 0.000 NA   NA
 2411413 2411414 BmalF_02000136 BmalF_02000137     FALSE 0.003 583.000 0.000 NA   NA
 2411414 2411415 BmalF_02000137 BmalF_02000138     FALSE 0.096 192.000 0.000 1.000 N NA
 2411416 2411417 BmalF_02000139 BmalF_02000140     FALSE 0.081 538.000 0.043 1.000 Y NA
 2411417 2411418 BmalF_02000140 BmalF_02000141     TRUE 0.953 67.000 0.291 1.000 Y NA
 2411418 2411419 BmalF_02000141 BmalF_02000142     TRUE 0.925 61.000 0.471 1.000 N NA
 2411419 2411420 BmalF_02000142 BmalF_02000143     TRUE 0.932 7.000 0.276 NA   NA
 2411421 2411422 BmalF_02000144 BmalF_02000145     TRUE 0.940 -3.000 0.262 1.000 N NA
 2411422 2411423 BmalF_02000145 BmalF_02000146     TRUE 0.930 -3.000 0.218 1.000 N NA
 2411423 2411424 BmalF_02000146 BmalF_02000147     FALSE 0.002 2101.000 0.000 1.000   NA
 2411424 2411425 BmalF_02000147 BmalF_02000148     FALSE 0.023 449.000 0.022 1.000   NA
 2411425 2411426 BmalF_02000148 BmalF_02000149     FALSE 0.323 181.000 0.066 NA   NA
 2411429 2411430 BmalF_02000153 BmalF_02000154     FALSE 0.187 191.000 0.020 NA   NA
 2411430 2411431 BmalF_02000154 BmalF_02000155     TRUE 0.989 13.000 0.618 NA Y NA
 2411431 2411432 BmalF_02000155 BmalF_02000156     TRUE 0.961 74.000 0.466 1.000 Y NA
 2411432 2411433 BmalF_02000156 BmalF_02000157     FALSE 0.191 208.000 0.021 1.000   NA
 2411437 2411438 BmalF_02000161 BmalF_02000162     FALSE 0.427 198.000 0.167 1.000 N NA
 2411438 2411439 BmalF_02000162 BmalF_02000163     TRUE 0.815 58.000 0.130 1.000 N NA
 2411440 2411441 BmalF_02000164 BmalF_02000165     FALSE 0.103 271.000 0.053 NA   NA
 2411441 2411442 BmalF_02000165 BmalF_02000166     TRUE 0.927 26.000 0.281 NA   NA
 2411443 2411444 BmalF_02000167 BmalF_02000168     TRUE 0.974 125.000 0.723 0.080 Y NA
 2411444 2411445 BmalF_02000168 BmalF_02000169     TRUE 0.997 2.000 0.816 0.080 Y NA
 2411445 2411446 BmalF_02000169 BmalF_02000170     TRUE 0.808 253.000 0.224 0.080 Y NA
 2411447 2411448 BmalF_02000171 BmalF_02000172     TRUE 0.802 88.000 0.046 1.000 Y NA
 2411448 2411449 BmalF_02000172 BmalF_02000173     TRUE 0.964 41.000 0.117 1.000 Y NA
 2411449 2411450 BmalF_02000173 BmalF_02000174     FALSE 0.007 471.000 0.000 1.000 N NA
 2411450 2411451 BmalF_02000174 BmalF_02000175     TRUE 0.961 86.000 0.300 0.080 Y NA
 2411451 2411452 BmalF_02000175 BmalF_02000176     TRUE 0.971 47.000 0.212 1.000 Y NA
 2411452 2411453 BmalF_02000176 BmalF_02000177     TRUE 0.929 71.000 0.182 1.000 Y NA
 2411453 2411454 BmalF_02000177 BmalF_02000178     TRUE 0.606 78.000 0.094 NA   NA
 2411456 2411457 BmalF_02000180 BmalF_02000181     TRUE 0.683 100.000 0.333 NA   NA
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 2411458 2411459 BmalF_02000182 BmalF_02000183     TRUE 0.947 29.000 0.017 1.000 Y NA
 2411459 2411460 BmalF_02000183 BmalF_02000184     TRUE 0.987 15.000 0.456 1.000 Y NA
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 2411462 2411463 BmalF_02000186 BmalF_02000187     TRUE 0.954 -3.000 0.347 1.000 N NA
 2411463 2411464 BmalF_02000187 BmalF_02000188     TRUE 0.629 65.000 0.042 1.000 N NA
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 2411510 2411511 BmalF_02000234 BmalF_02000235     FALSE 0.003 533.000 0.000 NA   NA
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 2411541 2411542 BmalF_02000265 BmalF_02000266     TRUE 0.857 -3.000 0.099 NA N NA
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 2411562 2411563 BmalF_02000287 BmalF_02000288     FALSE 0.005 529.000 0.000 1.000 N NA
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 2411570 2411571 BmalF_02000295 BmalF_02000296     TRUE 0.591 174.000 0.265 NA   NA
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 2411582 2411583 BmalF_02000307 BmalF_02000308     FALSE 0.561 65.000 0.019 1.000 N NA
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 2411586 2411587 BmalF_02000311 BmalF_02000312     FALSE 0.003 1257.000 0.009 1.000   NA
 2411587 2411588 BmalF_02000312 BmalF_02000313     TRUE 0.862 -3.000 0.063 1.000   NA
 2411588 2411589 BmalF_02000313 BmalF_02000314     FALSE 0.527 170.000 0.154 1.000   NA
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 2411590 2411591 BmalF_02000315 BmalF_02000316     TRUE 0.908 55.000 0.275 1.000   NA
 2411591 2411592 BmalF_02000316 BmalF_02000317     FALSE 0.001 3631.000 0.000 NA   NA
 2411593 2411594 BmalF_02000319 BmalF_02000320     FALSE 0.027 595.000 0.135 1.000   NA
 2411594 2411595 BmalF_02000320 BmalF_02000321     FALSE 0.136 452.000 0.056 1.000 Y NA
 2411595 2411596 BmalF_02000321 BmalF_02000322     FALSE 0.123 262.000 0.036 1.000   NA
 2411596 2411597 BmalF_02000322 BmalF_02000323     FALSE 0.419 111.000 0.096 NA   NA
 2411599 2411600 BmalF_02000325 BmalF_02000326     TRUE 0.969 -3.000 0.188 0.097 N NA
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 2411603 2411604 BmalF_02000329 BmalF_02000330     TRUE 0.840 22.000 0.104 NA N NA
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 2411922 2411923 BmalF_02000652 BmalF_02000653     TRUE 0.860 44.000 0.141 NA   NA
 2411924 2411925 BmalF_02000654 BmalF_02000655     FALSE 0.305 97.000 0.022 1.000 N NA
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 2411926 2411927 BmalF_02000656 BmalF_02000657     TRUE 0.807 39.000 0.059 1.000 N NA
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 2411928 2411929 BmalF_02000658 BmalF_02000659     TRUE 0.988 89.000 0.857 0.004 Y NA
 2411929 2411930 BmalF_02000659 BmalF_02000660     TRUE 0.645 154.000 0.273 1.000 N NA
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 2412077 2412078 BmalF_02000811 BmalF_02000812     FALSE 0.469 326.000 0.000 0.014 Y NA
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 2412238 2412239 BmalF_02000974 BmalF_02000975     TRUE 0.782 107.000 0.583 NA   NA
 2412239 2412240 BmalF_02000975 BmalF_02000976     TRUE 0.978 22.000 1.000 NA   NA
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 2412243 2412244 BmalF_02000979 BmalF_02000980     FALSE 0.001 1289.000 0.000 NA   NA
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 2412409 2412410 BmalF_02001148 BmalF_02001149     FALSE 0.411 69.000 0.006 NA   NA
 2412411 2412412 BmalF_02001150 BmalF_02001151     TRUE 0.653 101.000 0.254 1.000   NA
 2412414 2412415 BmalF_02001153 BmalF_02001154     TRUE 0.928 138.000 0.567 1.000 Y NA
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 2412419 2412420 BmalF_02001158 BmalF_02001159     FALSE 0.547 107.000 0.196 NA   NA
 2412421 2412422 BmalF_02001160 BmalF_02001161     FALSE 0.377 109.000 0.060 1.000 N NA
 2412424 2412425 BmalF_02001163 BmalF_02001164     TRUE 0.921 32.000 0.000 0.067   NA
 2412425 2412426 BmalF_02001164 BmalF_02001165     TRUE 0.911 113.000 0.462 0.013 N NA
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 2412428 2412429 BmalF_02001167 BmalF_02001168     TRUE 0.915 89.000 0.400 NA Y NA
 2412429 2412430 BmalF_02001168 BmalF_02001169     TRUE 0.993 2.000 0.914 1.000 Y NA
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 2412910 2412911 BmalF_02001656 BmalF_02001657     TRUE 0.989 -3.000 0.530 NA Y NA
 2412911 2412912 BmalF_02001657 BmalF_02001658     FALSE 0.413 100.000 0.069 1.000 N NA
 2412912 2412913 BmalF_02001658 BmalF_02001659     TRUE 0.993 -3.000 0.118 0.004 Y NA
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 2412914 2412915 BmalF_02001660 BmalF_02001661     TRUE 0.932 49.000 0.342 1.000 N NA
 2412917 2412918 BmalF_02001663 BmalF_02001664     TRUE 0.767 -3.000 0.016 1.000 N NA
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 2412923 2412924 BmalF_02001669 BmalF_02001670     TRUE 0.724 45.000 0.024 1.000 N NA
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 2413003 2413004 BmalF_02001752 BmalF_02001753     FALSE 0.003 516.000 0.000 NA   NA
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 2413052 2413053 BmalF_02001803 BmalF_02001804     FALSE 0.377 194.000 0.130 NA   NA
 2413053 2413054 BmalF_02001804 BmalF_02001805     TRUE 0.911 159.000 0.491 1.000 Y NA
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 2413056 2413057 BmalF_02001807 BmalF_02001808     TRUE 0.914 7.000 0.168 1.000   NA
 2413059 2413060 BmalF_02001810 BmalF_02001811     FALSE 0.069 285.000 0.028 NA   NA
 2413060 2413061 BmalF_02001811 BmalF_02001812     FALSE 0.384 163.000 0.081 NA   NA
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 2413066 2413067 BmalF_02001817 BmalF_02001818     FALSE 0.460 148.000 0.117 NA   NA
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 2413068 2413069 BmalF_02001819 BmalF_02001820     TRUE 0.998 17.000 0.947 0.009 Y NA
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 2413215 2413216 BmalF_02001966 BmalF_02001967     TRUE 0.696 109.000 0.010 1.000 Y NA
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 2413227 2413228 BmalF_02001979 BmalF_02001980     TRUE 0.955 -196.000 0.000 0.005   NA
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