MicrobesOnline Operon Predictions for Escherichia coli HS

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3471954 3471955 EcHS_A0002 EcHS_A0003 thrL thrA FALSE 0.207 81.000 0.043 1.000   NA
 3471955 3471956 EcHS_A0003 EcHS_A0004 thrA thrB TRUE 0.993 2.000 0.133 1.000 Y NA
 3471956 3471957 EcHS_A0004 EcHS_A0005 thrB thrC TRUE 0.996 1.000 0.233 1.000 Y NA
 3471958 3471959 EcHS_A0006 EcHS_A0007     TRUE 0.799 -37.000 0.000 NA   NA
 3471959 3471960 EcHS_A0007 EcHS_A0008   agcS FALSE 0.142 70.000 0.028 NA   NA
 3471961 3471962 EcHS_A0009 EcHS_A0010 tal2 mog FALSE 0.163 115.000 0.042 1.000 N NA
 3471963 3471964 EcHS_A0011 EcHS_A0012     FALSE 0.070 149.000 0.043 NA   NA
 3471964 3471965 EcHS_A0012 EcHS_A0013     TRUE 0.907 26.000 0.500 NA   NA
 3471965 3471966 EcHS_A0013 EcHS_A0014     FALSE 0.068 135.000 0.000 NA   NA
 3471967 3471968 EcHS_A0015 EcHS_A0016 dnaK dnaJ TRUE 0.899 89.000 0.236 0.004 Y NA
 3471969 3471970 EcHS_A0017 EcHS_A0018     FALSE 0.127 78.000 0.000 NA   NA
 3471971 3471972 EcHS_A0019 EcHS_A0020 nhaA nhaR TRUE 0.640 66.000 0.292 1.000 N NA
 3471973 3471974 EcHS_A0021 EcHS_A0023     FALSE 0.026 192.000 0.000 NA   NA
 3471974 3471975 EcHS_A0023 EcHS_A4640     FALSE 0.003 433.000 0.000 NA   NA
 3471975 3471976 EcHS_A4640 EcHS_A0024     FALSE 0.230 42.000 0.000 NA   NA
 3471976 3471977 EcHS_A0024 EcHS_A0025   rpsT FALSE 0.002 484.000 0.000 NA   NA
 3471978 3471979 EcHS_A0026 EcHS_A0027   ribF TRUE 0.748 8.000 0.019 NA   NA
 3471979 3471980 EcHS_A0027 EcHS_A0028 ribF ileS TRUE 0.717 43.000 0.254 1.000 N NA
 3471980 3471981 EcHS_A0028 EcHS_A0029 ileS lspA TRUE 0.950 0.000 0.045 1.000 N NA
 3471981 3471982 EcHS_A0029 EcHS_A0030 lspA fkpB FALSE 0.385 88.000 0.154 1.000 N NA
 3471982 3471983 EcHS_A0030 EcHS_A0031 fkpB ispH TRUE 0.995 2.000 0.626 1.000 N NA
 3471983 3471984 EcHS_A0031 EcHS_A0032 ispH rihC FALSE 0.171 66.000 0.028 NA N NA
 3471984 3471985 EcHS_A0032 EcHS_A0033 rihC dapB FALSE 0.033 167.000 0.003 NA N NA
 3471987 3471988 EcHS_A0035 EcHS_A0036 carA carB TRUE 0.991 18.000 0.345 0.001 Y NA
 3471991 3471992 EcHS_A0039 EcHS_A0040 caiE caiD TRUE 0.861 6.000 0.000 1.000   NA
 3471992 3471993 EcHS_A0040 EcHS_A0041 caiD   TRUE 0.705 109.000 0.000 0.037 Y NA
 3471993 3471994 EcHS_A0041 EcHS_A0042   caiB TRUE 0.669 59.000 0.154 0.037 N NA
 3471994 3471995 EcHS_A0042 EcHS_A0043 caiB caiA TRUE 0.650 129.000 0.529 1.000 N NA
 3471995 3471996 EcHS_A0043 EcHS_A0044 caiA caiT TRUE 0.640 31.000 0.118 1.000 N NA
 3471997 3471998 EcHS_A0045 EcHS_A0046     FALSE 0.033 179.000 0.000 NA   NA
 3471998 3471999 EcHS_A0046 EcHS_A0047   fixA FALSE 0.380 69.000 0.154 NA   NA
 3471999 3472000 EcHS_A0047 EcHS_A0048 fixA fixB TRUE 0.987 15.000 0.231 0.022 Y NA
 3472000 3472001 EcHS_A0048 EcHS_A0049 fixB fixC TRUE 0.844 51.000 0.000 0.067 Y NA
 3472001 3472002 EcHS_A0049 EcHS_A0050 fixC fixX TRUE 0.997 -3.000 0.167 0.067 Y NA
 3472002 3472003 EcHS_A0050 EcHS_A0051 fixX   FALSE 0.253 59.000 0.000 1.000 N NA
 3472003 3472004 EcHS_A0051 EcHS_A0052   kefF FALSE 0.133 108.000 0.000 1.000   NA
 3472004 3472005 EcHS_A0052 EcHS_A0053 kefF kefC TRUE 0.994 -7.000 0.560 1.000   NA
 3472005 3472006 EcHS_A0053 EcHS_A0054 kefC folA FALSE 0.038 192.000 0.012 1.000 N NA
 3472007 3472008 EcHS_A0055 EcHS_A0056 apaH apaG TRUE 0.967 7.000 0.267 NA N NA
 3472008 3472009 EcHS_A0056 EcHS_A0057 apaG ksgA TRUE 0.925 3.000 0.078 NA N NA
 3472009 3472010 EcHS_A0057 EcHS_A0058 ksgA pdxA TRUE 0.983 -3.000 0.197 1.000 N NA
 3472010 3472011 EcHS_A0058 EcHS_A0059 pdxA surA TRUE 0.996 0.000 0.561 1.000 N NA
 3472011 3472012 EcHS_A0059 EcHS_A0060 surA imp TRUE 0.573 53.000 0.182 1.000 N NA
 3472014 3472015 EcHS_A0062 EcHS_A0063   rapA TRUE 0.952 12.000 0.294 1.000 N NA
 3472015 3472016 EcHS_A0063 EcHS_A0064 rapA polB TRUE 0.576 165.000 0.098 0.081 Y NA
 3472016 3472017 EcHS_A0064 EcHS_A0065 polB araD FALSE 0.192 75.000 0.018 1.000 N NA
 3472017 3472018 EcHS_A0065 EcHS_A0066 araD araA FALSE 0.332 169.000 0.017 1.000 Y NA
 3472018 3472019 EcHS_A0066 EcHS_A0067 araA araB TRUE 0.912 11.000 0.138 1.000 N NA
 3472020 3472021 EcHS_A0068 EcHS_A0069 araC   FALSE 0.341 86.000 0.167 NA   NA
 3472022 3472023 EcHS_A0070 EcHS_A0071 thiQ thiP TRUE 0.995 -16.000 0.522 0.018 N NA
 3472023 3472024 EcHS_A0071 EcHS_A0072 thiP thiB TRUE 0.996 -24.000 0.697 0.085 N NA
 3472024 3472025 EcHS_A0072 EcHS_A0073 thiB   FALSE 0.171 44.000 0.010 NA   NA
 3472025 3472026 EcHS_A0073 EcHS_A0074   sgrR TRUE 0.879 1.000 0.000 NA   NA
 3472028 3472029 EcHS_A0076 EcHS_A0077 leuD leuC TRUE 0.996 11.000 0.309 0.001 Y NA
 3472029 3472030 EcHS_A0077 EcHS_A0078 leuC leuB TRUE 0.998 3.000 0.275 0.002 Y NA
 3472030 3472031 EcHS_A0078 EcHS_A0079 leuB leuA TRUE 0.998 0.000 0.126 0.002 Y NA
 3472031 3472032 EcHS_A0079 EcHS_A0080 leuA leuL FALSE 0.407 93.000 0.010 0.002   NA
 3472035 3472036 EcHS_A0083 EcHS_A0084 ilvI ilvH TRUE 0.999 3.000 0.371 0.002 Y NA
 3472036 3472037 EcHS_A0084 EcHS_A0085 ilvH   FALSE 0.190 52.000 0.000 NA   NA
 3472037 3472038 EcHS_A0085 EcHS_A0086   fruR TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3472038 3472039 EcHS_A0086 EcHS_A0087 fruR mraZ FALSE 0.002 602.000 0.000 NA   NA
 3472039 3472040 EcHS_A0087 EcHS_A0088 mraZ mraW TRUE 0.994 2.000 0.635 NA   NA
 3472040 3472041 EcHS_A0088 EcHS_A0089 mraW ftsL TRUE 0.986 -3.000 0.227 1.000 N NA
 3472041 3472042 EcHS_A0089 EcHS_A0090 ftsL ftsI TRUE 0.824 16.000 0.124 1.000 N NA
 3472042 3472043 EcHS_A0090 EcHS_A0091 ftsI murE TRUE 0.988 -13.000 0.059 1.000 Y NA
 3472043 3472044 EcHS_A0091 EcHS_A0092 murE murF TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 3472044 3472045 EcHS_A0092 EcHS_A0093 murF mraY TRUE 0.999 -6.000 0.309 0.005 Y NA
 3472045 3472046 EcHS_A0093 EcHS_A0094 mraY murD TRUE 0.999 3.000 0.647 0.005 Y NA
 3472046 3472047 EcHS_A0094 EcHS_A0095 murD ftsW TRUE 0.995 0.000 0.297 0.003 N NA
 3472047 3472048 EcHS_A0095 EcHS_A0096 ftsW murG TRUE 0.997 -3.000 0.647 1.000 N NA
 3472048 3472049 EcHS_A0096 EcHS_A0097 murG murC TRUE 0.900 54.000 0.283 1.000 Y NA
 3472049 3472050 EcHS_A0097 EcHS_A0098 murC ddlB TRUE 0.997 -7.000 0.153 0.005 Y NA
 3472050 3472051 EcHS_A0098 EcHS_A0099 ddlB ftsQ TRUE 0.997 2.000 0.372 NA Y NA
 3472051 3472052 EcHS_A0099 EcHS_A0100 ftsQ ftsA TRUE 0.992 -3.000 0.389 NA N NA
 3472052 3472053 EcHS_A0100 EcHS_A0101 ftsA ftsZ TRUE 0.930 61.000 0.460 1.000 Y NA
 3472053 3472054 EcHS_A0101 EcHS_A0102 ftsZ lpxC FALSE 0.314 101.000 0.134 1.000 N NA
 3472054 3472055 EcHS_A0102 EcHS_A0103 lpxC secM FALSE 0.072 156.000 0.000 1.000   NA
 3472055 3472056 EcHS_A0103 EcHS_A0104 secM secA FALSE 0.305 62.000 0.065 1.000   NA
 3472056 3472057 EcHS_A0104 EcHS_A0105 secA mutT TRUE 0.506 60.000 0.168 1.000 N NA
 3472058 3472059 EcHS_A0106 EcHS_A0107     TRUE 0.970 10.000 0.356 NA   NA
 3472059 3472060 EcHS_A0107 EcHS_A0108   coaE TRUE 0.961 0.000 0.110 NA   NA
 3472062 3472063 EcHS_A0110 EcHS_A0111 pilC hofB TRUE 0.998 -10.000 0.571 1.000 Y NA
 3472063 3472064 EcHS_A0111 EcHS_A0112 hofB pilA TRUE 0.743 10.000 0.000 NA   NA
 3472064 3472065 EcHS_A0112 EcHS_A0113 pilA nadC FALSE 0.022 203.000 0.000 NA   NA
 3472066 3472067 EcHS_A0114 EcHS_A0115 ampD ampE TRUE 0.997 -3.000 0.249 1.000 Y NA
 3472069 3472070 EcHS_A0117 EcHS_A0118   aceE FALSE 0.309 161.000 0.276 1.000 N NA
 3472070 3472071 EcHS_A0118 EcHS_A0119 aceE aceF TRUE 0.976 15.000 0.220 1.000 Y NA
 3472071 3472072 EcHS_A0119 EcHS_A0120 aceF lpdA FALSE 0.262 325.000 0.463 1.000 Y NA
 3472074 3472075 EcHS_A0122 EcHS_A0123 acnB   FALSE 0.060 176.000 0.068 NA   NA
 3472076 3472077 EcHS_A0124 EcHS_A0125 speD speE TRUE 0.966 16.000 0.162 1.000 Y NA
 3472077 3472078 EcHS_A0125 EcHS_A0127 speE   TRUE 0.525 106.000 0.354 NA   NA
 3472083 3472084 EcHS_A0131 EcHS_A0132     TRUE 0.999 -3.000 0.688 1.000 Y NA
 3472084 3472085 EcHS_A0132 EcHS_A0133     FALSE 0.164 105.000 0.037 1.000 N NA
 3472085 3472086 EcHS_A0133 EcHS_A0134     TRUE 0.853 64.000 0.222 1.000 Y NA
 3472089 3472090 EcHS_A0137 EcHS_A0138 panC panB TRUE 0.996 12.000 0.395 0.001 Y NA
 3472090 3472091 EcHS_A0138 EcHS_A0139 panB   FALSE 0.143 113.000 0.000 1.000 N NA
 3472091 3472092 EcHS_A0139 EcHS_A0140     TRUE 0.555 53.000 0.000 0.010   NA
 3472092 3472093 EcHS_A0140 EcHS_A0141     FALSE 0.129 112.000 0.000 1.000   NA
 3472093 3472094 EcHS_A0141 EcHS_A0142     TRUE 0.818 57.000 0.000 0.081 Y NA
 3472094 3472095 EcHS_A0142 EcHS_A0143     FALSE 0.134 123.000 0.000 1.000 N NA
 3472095 3472096 EcHS_A0143 EcHS_A0144     FALSE 0.092 105.000 0.000 NA   NA
 3472096 3472097 EcHS_A0144 EcHS_A0145   folK FALSE 0.004 370.000 0.000 NA   NA
 3472097 3472098 EcHS_A0145 EcHS_A0146 folK pcnB TRUE 0.987 -3.000 0.234 1.000 N NA
 3472098 3472099 EcHS_A0146 EcHS_A0147 pcnB gluQ TRUE 0.717 93.000 0.131 1.000 Y NA
 3472099 3472100 EcHS_A0147 EcHS_A0148 gluQ dksA TRUE 0.731 37.000 0.231 1.000 N NA
 3472100 3472101 EcHS_A0148 EcHS_A0149 dksA sfsA FALSE 0.110 178.000 0.151 NA   NA
 3472101 3472102 EcHS_A0149 EcHS_A0150 sfsA ligT TRUE 0.627 15.000 0.045 NA   NA
 3472103 3472104 EcHS_A0151 EcHS_A0152 hrpB mrcB FALSE 0.114 196.000 0.158 1.000 N NA
 3472106 3472107 EcHS_A0154 EcHS_A0155 fhuA fhuC TRUE 0.854 51.000 0.156 1.000 Y NA
 3472107 3472108 EcHS_A0155 EcHS_A0156 fhuC fhuD TRUE 0.992 0.000 0.031 1.000 Y NA
 3472108 3472109 EcHS_A0156 EcHS_A0157 fhuD fhuB TRUE 0.992 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3472111 3472112 EcHS_A0159 EcHS_A0160 clcA yadR FALSE 0.127 82.000 0.031 NA   NA
 3472113 3472114 EcHS_A0161 EcHS_A0162   btuF TRUE 0.642 38.000 0.213 NA   NA
 3472114 3472115 EcHS_A0162 EcHS_A0163 btuF mtnN TRUE 0.952 -7.000 0.073 1.000 N NA
 3472116 3472117 EcHS_A0164 EcHS_A0165 dgt degP FALSE 0.223 130.000 0.101 1.000 N NA
 3472117 3472118 EcHS_A0165 EcHS_A0166 degP cdaR FALSE 0.105 155.000 0.080 NA N NA
 3472119 3472120 EcHS_A0167 EcHS_A0168   dapD FALSE 0.006 315.000 0.035 NA   NA
 3472120 3472121 EcHS_A0168 EcHS_A0169 dapD glnD TRUE 0.611 31.000 0.097 1.000 N NA
 3472121 3472122 EcHS_A0169 EcHS_A0170 glnD map TRUE 0.603 62.000 0.243 1.000 N NA
 3472123 3472124 EcHS_A4731 EcHS_A0171   rpsB FALSE 0.349 27.000 0.000 NA   NA
 3472124 3472125 EcHS_A0171 EcHS_A0172 rpsB tsf TRUE 0.576 258.000 0.748 1.000 Y NA
 3472125 3472126 EcHS_A0172 EcHS_A0173 tsf pyrH TRUE 0.500 147.000 0.416 1.000 N NA
 3472126 3472127 EcHS_A0173 EcHS_A0174 pyrH frr FALSE 0.164 292.000 0.626 1.000 N NA
 3472127 3472128 EcHS_A0174 EcHS_A0175 frr dxr FALSE 0.178 92.000 0.032 1.000 N NA
 3472128 3472129 EcHS_A0175 EcHS_A0176 dxr uppS FALSE 0.272 188.000 0.025 1.000 Y NA
 3472129 3472130 EcHS_A0176 EcHS_A0177 uppS cdsA1 TRUE 0.990 13.000 0.400 1.000 Y NA
 3472130 3472131 EcHS_A0177 EcHS_A0178 cdsA1 rseP TRUE 0.851 12.000 0.080 1.000 N NA
 3472131 3472132 EcHS_A0178 EcHS_A0179 rseP yaeT TRUE 0.933 30.000 0.204 1.000 Y NA
 3472132 3472133 EcHS_A0179 EcHS_A0180 yaeT skp TRUE 0.828 122.000 0.354 1.000 Y NA
 3472133 3472134 EcHS_A0180 EcHS_A0181 skp lpxD TRUE 0.999 4.000 0.814 1.000 Y NA
 3472134 3472135 EcHS_A0181 EcHS_A0182 lpxD fabZ TRUE 0.816 105.000 0.796 1.000 N NA
 3472135 3472136 EcHS_A0182 EcHS_A0183 fabZ lpxA TRUE 0.996 4.000 0.850 1.000 N NA
 3472136 3472137 EcHS_A0183 EcHS_A0184 lpxA lpxB TRUE 0.997 0.000 0.289 1.000 Y NA
 3472137 3472138 EcHS_A0184 EcHS_A0185 lpxB rnhB TRUE 0.983 -3.000 0.186 1.000 N NA
 3472138 3472139 EcHS_A0185 EcHS_A0186 rnhB dnaE TRUE 0.871 37.000 0.104 1.000 Y NA
 3472139 3472140 EcHS_A0186 EcHS_A0187 dnaE accA TRUE 0.869 13.000 0.122 1.000 N NA
 3472140 3472141 EcHS_A0187 EcHS_A0188 accA ldcC1 FALSE 0.131 99.000 0.010 1.000 N NA
 3472141 3472142 EcHS_A0188 EcHS_A0189 ldcC1   TRUE 0.713 57.000 0.039 NA Y NA
 3472142 3472143 EcHS_A0189 EcHS_A0190   tilS FALSE 0.143 65.000 0.015 NA N NA
 3472144 3472145 EcHS_A0191 EcHS_A0192 rof   TRUE 0.959 -13.000 0.179 NA   NA
 3472146 3472147 EcHS_A0193 EcHS_A0194     TRUE 0.940 -3.000 0.034 1.000   NA
 3472147 3472148 EcHS_A0194 EcHS_A0195   cutF TRUE 0.584 14.000 0.027 NA   NA
 3472148 3472149 EcHS_A0195 EcHS_A0196 cutF   FALSE 0.012 250.000 0.000 NA N NA
 3472150 3472151 EcHS_A0197 EcHS_A0198   proS FALSE 0.128 54.000 0.002 NA   NA
 3472151 3472152 EcHS_A0198 EcHS_A0199 proS   FALSE 0.117 112.000 0.048 NA   NA
 3472152 3472153 EcHS_A0199 EcHS_A0200   rcsF TRUE 0.984 -3.000 0.247 NA   NA
 3472153 3472154 EcHS_A0200 EcHS_A0201 rcsF metQ TRUE 0.616 118.000 0.500 NA   NA
 3472154 3472155 EcHS_A0201 EcHS_A0202 metQ metI TRUE 0.969 40.000 0.411 0.072 Y NA
 3472155 3472156 EcHS_A0202 EcHS_A0203 metI metN TRUE 0.999 -7.000 0.584 1.000 Y NA
 3472157 3472158 EcHS_A0204 EcHS_A4732   rrs FALSE 0.004 364.000 0.000 NA   NA
 3472158 3472159 EcHS_A4732 EcHS_A4641 rrs   FALSE 0.142 69.000 0.000 NA   NA
 3472159 3472160 EcHS_A4641 EcHS_A4642     FALSE 0.230 42.000 0.000 NA   NA
 3472160 3472161 EcHS_A4642 EcHS_A4733   rrl FALSE 0.035 174.000 0.000 NA   NA
 3472161 3472162 EcHS_A4733 EcHS_A4734 rrl rrf FALSE 0.101 95.000 0.000 NA   NA
 3472162 3472163 EcHS_A4734 EcHS_A4643 rrf   FALSE 0.182 54.000 0.000 NA   NA
 3472163 3472164 EcHS_A4643 EcHS_A0211   dkgB FALSE 0.044 162.000 0.000 NA   NA
 3472166 3472167 EcHS_A0213 EcHS_A0214     FALSE 0.203 78.000 0.066 NA   NA
 3472168 3472169 EcHS_A0215 EcHS_A0216 mltD gloB TRUE 0.546 72.000 0.233 1.000   NA
 3472172 3472173 EcHS_A0218 EcHS_A4644 dnaQ   FALSE 0.072 132.000 0.000 NA   NA
 3472176 3472177 EcHS_A0223 EcHS_A0224     TRUE 0.905 44.000 0.750 NA   NA
 3472177 3472178 EcHS_A0224 EcHS_A0225     TRUE 0.739 24.000 0.182 NA   NA
 3472178 3472179 EcHS_A0225 EcHS_A0226     TRUE 0.954 11.000 0.312 NA   NA
 3472179 3472180 EcHS_A0226 EcHS_A0227     TRUE 0.967 19.000 0.750 NA   NA
 3472180 3472181 EcHS_A0227 EcHS_A0228     TRUE 0.993 5.000 0.711 NA   NA
 3472181 3472182 EcHS_A0228 EcHS_A0229   clpV TRUE 0.919 -3.000 0.039 NA   NA
 3472182 3472183 EcHS_A0229 EcHS_A0230 clpV   TRUE 0.981 9.000 0.471 NA   NA
 3472183 3472184 EcHS_A0230 EcHS_A0231     TRUE 0.992 5.000 0.673 NA   NA
 3472184 3472185 EcHS_A0231 EcHS_A0232     TRUE 0.995 3.000 0.765 NA   NA
 3472185 3472186 EcHS_A0232 EcHS_A0233     TRUE 0.997 -3.000 0.862 NA   NA
 3472186 3472187 EcHS_A0233 EcHS_A0234     TRUE 0.916 25.000 0.510 NA   NA
 3472187 3472188 EcHS_A0234 EcHS_A0235     TRUE 0.994 -36.000 0.863 NA   NA
 3472188 3472189 EcHS_A0235 EcHS_A0236     TRUE 0.990 4.000 0.552 NA   NA
 3472189 3472190 EcHS_A0236 EcHS_A0237     TRUE 0.990 7.000 0.627 NA   NA
 3472190 3472191 EcHS_A0237 EcHS_A0238     FALSE 0.200 51.000 0.030 NA   NA
 3472191 3472192 EcHS_A0238 EcHS_A0239     FALSE 0.289 35.000 0.034 NA   NA
 3472193 3472194 EcHS_A0240 EcHS_A0241     FALSE 0.077 127.000 0.000 NA   NA
 3472194 3472195 EcHS_A0241 EcHS_A0242     FALSE 0.288 33.000 0.000 NA   NA
 3472195 3472196 EcHS_A0242 EcHS_A0243     FALSE 0.239 40.000 0.000 NA   NA
 3472196 3472197 EcHS_A0243 EcHS_A0244   rhsH TRUE 0.506 76.000 0.250 NA   NA
 3472197 3472198 EcHS_A0244 EcHS_A0245 rhsH   TRUE 0.656 12.000 0.000 NA   NA
 3472198 3472199 EcHS_A0245 EcHS_A0246     FALSE 0.009 261.000 0.000 NA   NA
 3472203 3472204 EcHS_A0250 EcHS_A0251 gmhA   FALSE 0.134 206.000 0.229 1.000   NA
 3472205 3472206 EcHS_A0252 EcHS_A0253     FALSE 0.048 156.000 0.000 NA   NA
 3472206 3472207 EcHS_A0253 EcHS_A0254     TRUE 0.956 3.000 0.167 NA   NA
 3472209 3472210 EcHS_A0256 EcHS_A0257     TRUE 0.979 -7.000 0.250 NA   NA
 3472210 3472211 EcHS_A0257 EcHS_A0259     FALSE 0.092 105.000 0.000 NA   NA
 3472212 3472213 EcHS_A0258 EcHS_A0260   dinB FALSE 0.221 71.000 0.000 1.000 N NA
 3472213 3472214 EcHS_A0260 EcHS_A0261 dinB   TRUE 0.922 -3.000 0.011 1.000   NA
 3472214 3472215 EcHS_A0261 EcHS_A0262     FALSE 0.017 219.000 0.000 NA   NA
 3472215 3472216 EcHS_A0262 EcHS_A0263     TRUE 0.988 -3.000 0.303 NA   NA
 3472218 3472219 EcHS_A0265 EcHS_A0266 gpt frsA FALSE 0.127 92.000 0.040 NA   NA
 3472219 3472220 EcHS_A0266 EcHS_A0267 frsA crl FALSE 0.215 58.000 0.048 NA   NA
 3472222 3472223 EcHS_A0269 EcHS_A0270 proB proA TRUE 0.984 12.000 0.026 0.001 Y NA
 3472223 3472224 EcHS_A0270 EcHS_A4645 proA   FALSE 0.086 115.000 0.000 NA   NA
 3472225 3472226 EcHS_A0272 EcHS_A0273     FALSE 0.006 310.000 0.000 NA   NA
 3472226 3472227 EcHS_A0273 EcHS_A0274     FALSE 0.028 188.000 0.000 NA   NA
 3472227 3472228 EcHS_A0274 EcHS_A0275     TRUE 0.997 2.000 1.000 NA   NA
 3472228 3472229 EcHS_A0275 EcHS_A0276     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3472229 3472230 EcHS_A0276 EcHS_A0277     TRUE 0.559 15.000 0.000 NA   NA
 3472230 3472231 EcHS_A0277 EcHS_A0278     TRUE 0.509 17.000 0.000 NA   NA
 3472231 3472232 EcHS_A0278 EcHS_A0279     TRUE 0.656 12.000 0.000 NA   NA
 3472233 3472234 EcHS_A0280 EcHS_A0281     TRUE 0.819 57.000 0.000 0.079 Y NA
 3472235 3472236 EcHS_A0282 EcHS_A0283     TRUE 0.961 -16.000 0.200 NA   NA
 3472236 3472237 EcHS_A0283 EcHS_A0284     FALSE 0.007 286.000 0.000 NA   NA
 3472237 3472238 EcHS_A0284 EcHS_A0285     FALSE 0.018 213.000 0.000 NA   NA
 3472238 3472239 EcHS_A0285 EcHS_A0286     FALSE 0.030 183.000 0.000 NA   NA
 3472239 3472240 EcHS_A0286 EcHS_A0287     FALSE 0.069 134.000 0.000 NA   NA
 3472240 3472241 EcHS_A0287 EcHS_A0288     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3472241 3472242 EcHS_A0288 EcHS_A0289   c2 FALSE 0.005 315.000 0.000 NA   NA
 3472243 3472244 EcHS_A0290 EcHS_A0291 cro   FALSE 0.273 116.000 0.000 0.079   NA
 3472244 3472245 EcHS_A0291 EcHS_A0292     FALSE 0.036 172.000 0.000 NA   NA
 3472245 3472246 EcHS_A0292 EcHS_A0293     TRUE 0.985 -10.000 0.364 NA   NA
 3472246 3472247 EcHS_A0293 EcHS_A0294     FALSE 0.129 77.000 0.000 NA   NA
 3472247 3472248 EcHS_A0294 EcHS_A0295     FALSE 0.067 137.000 0.000 NA   NA
 3472248 3472249 EcHS_A0295 EcHS_A0296     TRUE 0.846 3.000 0.000 NA   NA
 3472249 3472250 EcHS_A0296 EcHS_A0297     TRUE 0.899 0.000 0.000 NA   NA
 3472250 3472251 EcHS_A0297 EcHS_A0298     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 3472251 3472252 EcHS_A0298 EcHS_A0299     TRUE 0.899 0.000 0.000 NA   NA
 3472252 3472253 EcHS_A0299 EcHS_A0300   rusA TRUE 0.996 -3.000 0.667 NA   NA
 3472253 3472254 EcHS_A0300 EcHS_A0301 rusA   TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 3472254 3472255 EcHS_A0301 EcHS_A0302     TRUE 0.860 -3.000 0.002 NA   NA
 3472255 3472256 EcHS_A0302 EcHS_A0303     FALSE 0.002 823.000 0.000 NA   NA
 3472256 3472257 EcHS_A0303 EcHS_A0304     TRUE 0.961 -16.000 0.200 NA   NA
 3472257 3472258 EcHS_A0304 EcHS_A0305     TRUE 0.936 -3.000 0.000 1.000   NA
 3472258 3472259 EcHS_A0305 EcHS_A0306     FALSE 0.043 164.000 0.000 NA   NA
 3472259 3472260 EcHS_A0306 EcHS_A0307     FALSE 0.004 355.000 0.000 NA   NA
 3472260 3472261 EcHS_A0307 EcHS_A0308     TRUE 0.846 3.000 0.000 NA   NA
 3472261 3472262 EcHS_A0308 EcHS_A0309     TRUE 0.936 -3.000 0.000 1.000   NA
 3472262 3472263 EcHS_A0309 EcHS_A0310     TRUE 0.850 17.000 0.214 NA   NA
 3472263 3472264 EcHS_A0310 EcHS_A0311     FALSE 0.398 91.000 0.214 NA   NA
 3472264 3472265 EcHS_A0311 EcHS_A0312     TRUE 0.600 19.000 0.065 NA   NA
 3472265 3472266 EcHS_A0312 EcHS_A0313     TRUE 0.872 6.000 0.065 NA   NA
 3472266 3472267 EcHS_A0313 EcHS_A0314     TRUE 0.824 -19.000 0.000 NA   NA
 3472267 3472268 EcHS_A0314 EcHS_A0315     TRUE 0.980 10.000 0.500 NA   NA
 3472268 3472269 EcHS_A0315 EcHS_A0316     TRUE 0.986 0.000 0.286 NA   NA
 3472269 3472270 EcHS_A0316 EcHS_A0317     TRUE 0.997 0.000 0.750 NA   NA
 3472270 3472271 EcHS_A0317 EcHS_A0318     TRUE 0.992 3.000 0.600 NA   NA
 3472271 3472272 EcHS_A0318 EcHS_A0319     TRUE 0.959 11.000 0.333 NA   NA
 3472272 3472273 EcHS_A0319 EcHS_A0320     TRUE 0.973 0.000 0.167 NA   NA
 3472274 3472275 EcHS_A0321 EcHS_A0322     FALSE 0.298 32.000 0.000 NA   NA
 3472276 3472277 EcHS_A0323 EcHS_A0324     FALSE 0.219 89.000 0.087 NA   NA
 3472277 3472278 EcHS_A0324 EcHS_A0325     FALSE 0.157 61.000 0.000 NA   NA
 3472278 3472279 EcHS_A0325 EcHS_A0326     TRUE 0.820 57.000 0.000 0.078 Y NA
 3472279 3472280 EcHS_A0326 EcHS_A0327     FALSE 0.003 571.000 0.000 1.000   NA
 3472280 3472281 EcHS_A0327 EcHS_A0328     FALSE 0.002 707.000 0.000 NA   NA
 3472281 3472282 EcHS_A0328 EcHS_A0329     FALSE 0.002 663.000 0.000 NA   NA
 3472282 3472283 EcHS_A0329 EcHS_A0330     FALSE 0.046 242.000 0.000 0.078   NA
 3472283 3472284 EcHS_A0330 EcHS_A0331     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 3472284 3472285 EcHS_A0331 EcHS_A0332     TRUE 0.794 -55.000 0.000 NA   NA
 3472286 3472287 EcHS_A0333 EcHS_A0335     FALSE 0.015 223.000 0.000 NA   NA
 3472288 3472289 EcHS_A0336 EcHS_A0337     TRUE 0.997 -3.000 0.740 NA   NA
 3472289 3472290 EcHS_A0337 EcHS_A0338     TRUE 0.985 12.000 0.779 NA   NA
 3472290 3472291 EcHS_A0338 EcHS_A0339     TRUE 0.813 46.000 0.477 NA   NA
 3472291 3472292 EcHS_A0339 EcHS_A0340     FALSE 0.237 177.000 0.310 NA   NA
 3472292 3472293 EcHS_A0340 EcHS_A0341     TRUE 0.980 11.000 0.564 NA   NA
 3472294 3472295 EcHS_A0342 EcHS_A0343     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3472295 3472296 EcHS_A0343 EcHS_A0344     FALSE 0.008 269.000 0.000 NA   NA
 3472296 3472297 EcHS_A0344 EcHS_A0345     TRUE 0.841 -13.000 0.000 NA   NA
 3472298 3472299 EcHS_A0346 EcHS_A0347     TRUE 0.820 57.000 0.000 0.078 Y NA
 3472300 3472301 EcHS_A0348 EcHS_A0349 matA rpmJ2 FALSE 0.002 1037.000 0.000 1.000   NA
 3472301 3472302 EcHS_A0349 EcHS_A0350 rpmJ2 rpmE2 TRUE 0.975 0.000 0.004 0.015   NA
 3472306 3472308 EcHS_A0355 EcHS_A0356     FALSE 0.004 357.000 0.000 NA   NA
 3472309 3472310 EcHS_A0357 EcHS_A0358     FALSE 0.182 54.000 0.000 NA   NA
 3472310 3472311 EcHS_A0358 EcHS_A0359     FALSE 0.002 527.000 0.000 NA N NA
 3472311 3472312 EcHS_A0359 EcHS_A0360     TRUE 0.988 11.000 0.286 NA Y NA
 3472312 3472313 EcHS_A0360 EcHS_A0361     TRUE 0.994 -7.000 0.286 0.001   NA
 3472314 3472315 EcHS_A0362 EcHS_A0363     FALSE 0.044 163.000 0.000 NA   NA
 3472315 3472316 EcHS_A0363 EcHS_A0364     FALSE 0.230 42.000 0.000 NA   NA
 3472316 3472317 EcHS_A0364 EcHS_A0365     FALSE 0.049 154.000 0.000 NA   NA
 3472317 3472318 EcHS_A0365 EcHS_A0366     FALSE 0.007 330.000 0.000 1.000   NA
 3472318 3472319 EcHS_A0366 EcHS_A0367     FALSE 0.010 447.000 0.000 0.078   NA
 3472320 3472321 EcHS_A0368 EcHS_A0369     FALSE 0.038 169.000 0.000 NA   NA
 3472322 3472323 EcHS_A0370 EcHS_A0371 betA betB TRUE 0.978 14.000 0.634 1.000 N NA
 3472323 3472324 EcHS_A0371 EcHS_A0372 betB betI TRUE 0.964 14.000 0.459 1.000 N NA
 3472325 3472326 EcHS_A0373 EcHS_A0374 betT   FALSE 0.025 573.000 0.000 1.000 Y NA
 3472326 3472327 EcHS_A0374 EcHS_A0375     FALSE 0.102 142.000 0.000 1.000 N NA
 3472328 3472329 EcHS_A0376 EcHS_A0377     FALSE 0.106 92.000 0.000 NA   NA
 3472330 3472331 EcHS_A0378 EcHS_A0379     TRUE 0.795 -52.000 0.000 NA   NA
 3472331 3472332 EcHS_A0379 EcHS_A0380     TRUE 0.899 40.000 0.667 NA   NA
 3472332 3472333 EcHS_A0380 EcHS_A0381     TRUE 0.988 -10.000 0.429 NA   NA
 3472333 3472334 EcHS_A0381 EcHS_A0382     TRUE 0.996 0.000 0.714 NA   NA
 3472334 3472335 EcHS_A0382 EcHS_A0383     FALSE 0.163 143.000 0.125 NA   NA
 3472335 3472336 EcHS_A0383 EcHS_A0384     FALSE 0.363 148.000 0.278 1.000 N NA
 3472336 3472337 EcHS_A0384 EcHS_A0385     FALSE 0.008 268.000 0.000 NA   NA
 3472337 3472338 EcHS_A0385 EcHS_A0386     FALSE 0.010 254.000 0.000 NA   NA
 3472338 3472339 EcHS_A0386 EcHS_A0387     TRUE 0.955 49.000 0.571 NA Y NA
 3472339 3472340 EcHS_A0387 EcHS_A0388     TRUE 0.999 -7.000 0.667 1.000 Y NA
 3472340 3472341 EcHS_A0388 EcHS_A0389     TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.069 Y NA
 3472341 3472342 EcHS_A0389 EcHS_A0390     FALSE 0.165 87.000 0.000 1.000   NA
 3472342 3472343 EcHS_A0390 EcHS_A0391     FALSE 0.012 243.000 0.000 NA   NA
 3472343 3472344 EcHS_A0391 EcHS_A4646     FALSE 0.005 342.000 0.000 NA   NA
 3472344 3472346 EcHS_A4646 EcHS_A0393     FALSE 0.101 95.000 0.000 NA   NA
 3472350 3472351 EcHS_A0397 EcHS_A0398 prpB prpC TRUE 0.860 45.000 0.502 1.000 N NA
 3472351 3472352 EcHS_A0398 EcHS_A0399 prpC prpD TRUE 0.721 34.000 0.216 1.000   NA
 3472352 3472353 EcHS_A0399 EcHS_A0400 prpD prpE TRUE 0.710 40.000 0.038 0.001   NA
 3472353 3472354 EcHS_A0400 EcHS_A0401 prpE codB FALSE 0.022 237.000 0.000 1.000 N NA
 3472354 3472355 EcHS_A0401 EcHS_A0402 codB codA TRUE 0.995 -10.000 0.250 1.000 Y NA
 3472357 3472358 EcHS_A0404 EcHS_A0405 cynT cynS TRUE 0.884 31.000 0.075 1.000 Y NA
 3472358 3472359 EcHS_A0405 EcHS_A0406 cynS cynX TRUE 0.842 33.000 0.000 1.000 Y NA
 3472360 3472361 EcHS_A0407 EcHS_A0408 lacY lacZ TRUE 0.665 52.000 0.261 1.000   NA
 3472361 3472362 EcHS_A0408 EcHS_A0409 lacZ lacI FALSE 0.332 123.000 0.174 1.000 N NA
 3472362 3472363 EcHS_A0409 EcHS_A0410 lacI mhpR TRUE 0.800 68.000 0.000 0.052 Y NA
 3472364 3472365 EcHS_A0411 EcHS_A0412 mhpA mhpB TRUE 0.994 2.000 0.333 0.007   NA
 3472365 3472366 EcHS_A0412 EcHS_A0413 mhpB mhpC TRUE 0.992 3.000 0.300 0.007   NA
 3472366 3472367 EcHS_A0413 EcHS_A0414 mhpC mhpD TRUE 0.984 10.000 0.300 0.007   NA
 3472367 3472368 EcHS_A0414 EcHS_A0415 mhpD mhpF TRUE 0.998 -3.000 0.444 1.000 Y NA
 3472368 3472369 EcHS_A0415 EcHS_A0416 mhpF mhpE TRUE 0.997 -3.000 0.750 1.000 N NA
 3472369 3472370 EcHS_A0416 EcHS_A0417 mhpE   TRUE 0.503 176.000 0.600 1.000 N NA
 3472370 3472371 EcHS_A0417 EcHS_A0418     FALSE 0.093 102.000 0.000 NA   NA
 3472371 3472372 EcHS_A0418 EcHS_A0419     FALSE 0.011 249.000 0.000 NA   NA
 3472373 3472374 EcHS_A0420 EcHS_A0421 fghA2 adhC TRUE 0.566 93.000 0.327 1.000   NA
 3472374 3472375 EcHS_A0421 EcHS_A0422 adhC   TRUE 0.876 35.000 0.531 NA   NA
 3472375 3472376 EcHS_A0422 EcHS_A0423     FALSE 0.029 186.000 0.000 NA   NA
 3472376 3472377 EcHS_A0423 EcHS_A0424     TRUE 0.867 2.000 0.000 NA   NA
 3472377 3472378 EcHS_A0424 EcHS_A0425     FALSE 0.084 119.000 0.000 NA   NA
 3472378 3472379 EcHS_A0425 EcHS_A0426     TRUE 0.940 10.000 0.214 NA   NA
 3472382 3472383 EcHS_A0428 EcHS_A0430 tauA tauB TRUE 0.959 13.000 0.047 1.000 Y NA
 3472383 3472384 EcHS_A0430 EcHS_A0431 tauB tauC TRUE 0.999 -3.000 0.728 1.000 Y NA
 3472384 3472385 EcHS_A0431 EcHS_A0432 tauC tauD TRUE 0.985 -3.000 0.214 1.000 N NA
 3472388 3472389 EcHS_A0435 EcHS_A0436     TRUE 0.820 57.000 0.000 0.077 Y NA
 3472390 3472391 EcHS_A0437 EcHS_A0438     TRUE 0.783 88.000 0.667 NA   NA
 3472392 3472393 EcHS_A0439 EcHS_A0441 ampH   FALSE 0.212 46.000 0.000 NA   NA
 3472394 3472395 EcHS_A0440 EcHS_A0442   smbA TRUE 0.448 20.000 0.000 NA   NA
 3472395 3472396 EcHS_A0442 EcHS_A0443 smbA   TRUE 0.715 13.000 0.000 1.000   NA
 3472400 3472401 EcHS_A0448 EcHS_A0449     FALSE 0.399 23.000 0.000 NA   NA
 3472401 3472402 EcHS_A0449 EcHS_A0450     FALSE 0.212 46.000 0.000 NA   NA
 3472402 3472403 EcHS_A0450 EcHS_A0451   phoA FALSE 0.100 101.000 0.032 NA   NA
 3472403 3472404 EcHS_A0451 EcHS_A0452 phoA psiF FALSE 0.089 119.000 0.032 NA   NA
 3472404 3472405 EcHS_A0452 EcHS_A0453 psiF   FALSE 0.410 102.000 0.250 NA   NA
 3472407 3472408 EcHS_A0455 EcHS_A0456   aroL FALSE 0.021 183.000 0.007 NA   NA
 3472408 3472409 EcHS_A0456 EcHS_A0457 aroL   FALSE 0.246 50.000 0.044 NA   NA
 3472409 3472410 EcHS_A0457 EcHS_A0458   aroM FALSE 0.009 258.000 0.000 NA   NA
 3472410 3472411 EcHS_A0458 EcHS_A0459 aroM   FALSE 0.138 72.000 0.000 NA   NA
 3472411 3472412 EcHS_A0459 EcHS_A0460     FALSE 0.020 208.000 0.000 NA   NA
 3472415 3472416 EcHS_A0463 EcHS_A0464 araJ sbcC FALSE 0.348 42.000 0.030 1.000 N NA
 3472416 3472417 EcHS_A0464 EcHS_A0466 sbcC sbcD TRUE 0.997 -3.000 0.021 0.001 Y NA
 3472418 3472419 EcHS_A0465 EcHS_A0467   phoB FALSE 0.137 73.000 0.000 NA   NA
 3472419 3472420 EcHS_A0467 EcHS_A0468 phoB phoR TRUE 0.961 58.000 0.453 0.016 Y NA
 3472421 3472422 EcHS_A0469 EcHS_A0470     FALSE 0.106 92.000 0.000 NA   NA
 3472423 3472424 EcHS_A0471 EcHS_A0472 brnQ proY TRUE 0.924 76.000 0.348 0.098 Y NA
 3472424 3472425 EcHS_A0472 EcHS_A0473 proY malZ FALSE 0.172 156.000 0.123 1.000 N NA
 3472427 3472428 EcHS_A0475 EcHS_A0476 queA tgt TRUE 0.964 56.000 0.360 0.001 Y NA
 3472428 3472429 EcHS_A0476 EcHS_A0477 tgt yajC TRUE 0.869 23.000 0.325 NA N NA
 3472429 3472430 EcHS_A0477 EcHS_A0478 yajC secD TRUE 0.863 28.000 0.045 NA Y NA
 3472430 3472431 EcHS_A0478 EcHS_A0479 secD secF TRUE 0.994 11.000 0.206 0.001 Y NA
 3472431 3472432 EcHS_A0479 EcHS_A0480 secF   FALSE 0.096 129.000 0.015 1.000   NA
 3472432 3472433 EcHS_A0480 EcHS_A0481     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3472434 3472435 EcHS_A0482 EcHS_A0483 tsx   FALSE 0.006 299.000 0.000 NA   NA
 3472436 3472437 EcHS_A0484 EcHS_A0485 nrdR ribD TRUE 0.974 4.000 0.277 NA N NA
 3472437 3472438 EcHS_A0485 EcHS_A0486 ribD ribH TRUE 0.800 89.000 0.034 0.002 Y NA
 3472438 3472439 EcHS_A0486 EcHS_A0487 ribH nusB TRUE 0.915 20.000 0.347 1.000 N NA
 3472439 3472440 EcHS_A0487 EcHS_A0488 nusB thiL TRUE 0.523 78.000 0.225 1.000 N NA
 3472440 3472441 EcHS_A0488 EcHS_A0489 thiL pgpA TRUE 0.968 -22.000 0.206 1.000 N NA
 3472442 3472443 EcHS_A0490 EcHS_A0491   dxs FALSE 0.045 180.000 0.009 1.000 N NA
 3472443 3472444 EcHS_A0491 EcHS_A0492 dxs ispA TRUE 0.904 25.000 0.060 1.000 Y NA
 3472444 3472445 EcHS_A0492 EcHS_A0493 ispA xseB TRUE 0.944 0.000 0.035 1.000 N NA
 3472446 3472447 EcHS_A0494 EcHS_A0495   thiI FALSE 0.360 26.000 0.000 NA   NA
 3472448 3472449 EcHS_A0496 EcHS_A0497 thiJ panE TRUE 0.937 -37.000 0.155 NA   NA
 3472453 3472454 EcHS_A0501 EcHS_A0502     TRUE 0.884 -16.000 0.000 1.000   NA
 3472454 3472455 EcHS_A0502 EcHS_A0503   cyoE FALSE 0.100 137.000 0.000 1.000   NA
 3472455 3472456 EcHS_A0503 EcHS_A0504 cyoE cyoD TRUE 0.935 12.000 0.118 0.098 N NA
 3472456 3472457 EcHS_A0504 EcHS_A0505 cyoD cyoC TRUE 0.999 0.000 0.485 0.064 Y NA
 3472457 3472458 EcHS_A0505 EcHS_A0506 cyoC cyoB TRUE 0.999 -10.000 0.697 0.064 Y NA
 3472458 3472459 EcHS_A0506 EcHS_A0507 cyoB cyoA TRUE 0.956 22.000 0.041 0.004 Y NA
 3472459 3472460 EcHS_A0507 EcHS_A0508 cyoA   FALSE 0.009 461.000 0.000 0.098   NA
 3472460 3472461 EcHS_A0508 EcHS_A0509     TRUE 0.664 44.000 0.256 NA   NA
 3472461 3472462 EcHS_A0509 EcHS_A0510     FALSE 0.199 50.000 0.000 NA   NA
 3472463 3472464 EcHS_A0511 EcHS_A0512     TRUE 0.769 9.000 0.000 NA   NA
 3472464 3472465 EcHS_A0512 EcHS_A0513   tig FALSE 0.057 147.000 0.000 NA   NA
 3472465 3472466 EcHS_A0513 EcHS_A0514 tig clpP FALSE 0.376 246.000 0.351 1.000 Y NA
 3472466 3472467 EcHS_A0514 EcHS_A0515 clpP clpX TRUE 0.820 126.000 0.352 1.000 Y NA
 3472467 3472468 EcHS_A0515 EcHS_A0516 clpX lon TRUE 0.569 188.000 0.201 0.097 Y NA
 3472468 3472469 EcHS_A0516 EcHS_A0517 lon hupB FALSE 0.034 209.000 0.000 1.000 N NA
 3472469 3472470 EcHS_A0517 EcHS_A0518 hupB ppiD FALSE 0.045 192.000 0.000 1.000 N NA
 3472470 3472471 EcHS_A0518 EcHS_A0519 ppiD   FALSE 0.094 151.000 0.033 1.000 N NA
 3472471 3472472 EcHS_A0519 EcHS_A0520     FALSE 0.148 94.000 0.027 1.000   NA
 3472473 3472474 EcHS_A0521 EcHS_A0522 queC   FALSE 0.195 65.000 0.019 1.000   NA
 3472475 3472476 EcHS_A0523 EcHS_A0524 cof   FALSE 0.069 153.000 0.020 1.000   NA
 3472476 3472477 EcHS_A0524 EcHS_A0525   mdlA TRUE 0.731 30.000 0.179 1.000 N NA
 3472477 3472478 EcHS_A0525 EcHS_A0526 mdlA mdlB TRUE 1.000 -7.000 0.911 0.001 Y NA
 3472478 3472479 EcHS_A0526 EcHS_A0527 mdlB glnK FALSE 0.054 181.000 0.028 1.000 N NA
 3472479 3472480 EcHS_A0527 EcHS_A0528 glnK amt TRUE 0.704 30.000 0.156 1.000 N NA
 3472484 3472485 EcHS_A4735 EcHS_A0532 srpB   FALSE 0.065 139.000 0.000 NA   NA
 3472486 3472487 EcHS_A0533 EcHS_A0534     FALSE 0.047 158.000 0.000 NA   NA
 3472487 3472488 EcHS_A0534 EcHS_A0535   maa FALSE 0.331 77.000 0.101 1.000   NA
 3472488 3472489 EcHS_A0535 EcHS_A0536 maa   FALSE 0.069 172.000 0.076 NA   NA
 3472489 3472490 EcHS_A0536 EcHS_A0537     TRUE 0.537 26.000 0.080 NA   NA
 3472490 3472491 EcHS_A0537 EcHS_A0538     FALSE 0.002 546.000 0.000 NA   NA
 3472491 3472492 EcHS_A0538 EcHS_A0539   acrA TRUE 0.925 23.000 0.458 1.000 N NA
 3472493 3472494 EcHS_A0540 EcHS_A0541 acrR kefA FALSE 0.088 128.000 0.000 NA N NA
 3472494 3472495 EcHS_A0541 EcHS_A0542 kefA   FALSE 0.212 46.000 0.000 NA   NA
 3472496 3472497 EcHS_A0543 EcHS_A0544   priC TRUE 0.958 14.000 0.474 NA   NA
 3472498 3472499 EcHS_A0545 EcHS_A0546   apt FALSE 0.064 153.000 0.043 NA   NA
 3472499 3472500 EcHS_A0546 EcHS_A0547 apt dnaX FALSE 0.208 129.000 0.088 1.000 N NA
 3472500 3472501 EcHS_A0547 EcHS_A0548 dnaX   TRUE 0.753 53.000 0.411 NA   NA
 3472501 3472502 EcHS_A0548 EcHS_A0549   recR TRUE 0.995 0.000 0.604 NA   NA
 3472502 3472503 EcHS_A0549 EcHS_A0550 recR htpG FALSE 0.146 110.000 0.028 1.000 N NA
 3472503 3472504 EcHS_A0550 EcHS_A0551 htpG adk FALSE 0.126 181.000 0.035 0.096 N NA
 3472504 3472505 EcHS_A0551 EcHS_A0552 adk hemH FALSE 0.019 236.000 0.013 1.000 N NA
 3472508 3472509 EcHS_A0555 EcHS_A0556   fsr FALSE 0.051 238.000 0.000 0.098 N NA
 3472515 3472516 EcHS_A0561 EcHS_A0562     TRUE 0.771 -129.000 0.000 NA   NA
 3472516 3472517 EcHS_A0562 EcHS_A0563   copA TRUE 0.769 9.000 0.000 NA   NA
 3472518 3472519 EcHS_A0564 EcHS_A0565 glsA1   TRUE 0.986 3.000 0.028 1.000 Y NA
 3472519 3472520 EcHS_A0565 EcHS_A0566   cueR FALSE 0.132 125.000 0.000 1.000 N NA
 3472521 3472522 EcHS_A0567 EcHS_A0568     TRUE 0.997 -3.000 0.313 NA Y NA
 3472523 3472524 EcHS_A0569 EcHS_A0570     TRUE 0.942 -13.000 0.127 NA   NA
 3472525 3472526 EcHS_A0571 EcHS_A0572 ybbN   FALSE 0.409 61.000 0.118 1.000   NA
 3472526 3472527 EcHS_A0572 EcHS_A0574   tesA TRUE 0.938 -10.000 0.072 1.000   NA
 3472528 3472529 EcHS_A0573 EcHS_A0575     TRUE 0.999 -3.000 0.535 NA Y NA
 3472530 3472531 EcHS_A0577 EcHS_A0578 selU   FALSE 0.111 69.000 0.012 NA   NA
 3472532 3472533 EcHS_A0579 EcHS_A0580 allA allR TRUE 0.817 78.000 0.625 1.000 N NA
 3472533 3472534 EcHS_A0580 EcHS_A0581 allR gcl FALSE 0.206 90.000 0.054 1.000   NA
 3472534 3472535 EcHS_A0581 EcHS_A0582 gcl hyi TRUE 0.793 13.000 0.065 1.000   NA
 3472535 3472536 EcHS_A0582 EcHS_A0583 hyi   FALSE 0.342 100.000 0.154 1.000 N NA
 3472536 3472537 EcHS_A0583 EcHS_A0584     FALSE 0.065 169.000 0.000 1.000 N NA
 3472537 3472538 EcHS_A0584 EcHS_A0585   allB TRUE 0.825 60.000 0.161 1.000 Y NA
 3472538 3472539 EcHS_A0585 EcHS_A0586 allB   TRUE 0.837 57.000 0.161 1.000 Y NA
 3472539 3472540 EcHS_A0586 EcHS_A0587     TRUE 0.755 22.000 0.133 1.000 N NA
 3472540 3472541 EcHS_A0587 EcHS_A0588     FALSE 0.162 59.000 0.000 NA   NA
 3472542 3472543 EcHS_A0589 EcHS_A0590   allC TRUE 0.790 11.000 0.059 NA   NA
 3472543 3472544 EcHS_A0590 EcHS_A0591 allC allD TRUE 0.799 22.000 0.174 1.000 N NA
 3472545 3472546 EcHS_A0592 EcHS_A0593     TRUE 0.975 10.000 0.412 NA   NA
 3472546 3472547 EcHS_A0593 EcHS_A0594     TRUE 0.943 11.000 0.265 NA   NA
 3472547 3472548 EcHS_A0594 EcHS_A0595   arcC TRUE 0.991 -3.000 0.375 NA   NA
 3472548 3472549 EcHS_A0595 EcHS_A0596 arcC   TRUE 0.899 0.000 0.000 NA   NA
 3472550 3472551 EcHS_A0597 EcHS_A0598 purK purE TRUE 0.998 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 3472551 3472552 EcHS_A0598 EcHS_A0599 purE lpxH FALSE 0.110 118.000 0.016 1.000   NA
 3472552 3472553 EcHS_A0599 EcHS_A0600 lpxH ppiB TRUE 0.977 3.000 0.237 1.000   NA
 3472555 3472556 EcHS_A0602 EcHS_A0603   folD FALSE 0.005 322.000 0.000 NA   NA
 3472557 3472558 EcHS_A0604 EcHS_A0605     FALSE 0.099 96.000 0.000 NA   NA
 3472558 3472559 EcHS_A0605 EcHS_A0606     TRUE 0.854 -10.000 0.000 NA   NA
 3472559 3472560 EcHS_A0606 EcHS_A0607   fimD2 TRUE 0.988 31.000 0.875 1.000 Y NA
 3472560 3472561 EcHS_A0607 EcHS_A0608 fimD2   TRUE 0.996 13.000 0.875 NA Y NA
 3472561 3472562 EcHS_A0608 EcHS_A0609     TRUE 0.997 11.000 0.875 NA Y NA
 3472565 3472566 EcHS_A0612 EcHS_A0614     FALSE 0.225 43.000 0.000 NA   NA
 3472566 3472567 EcHS_A0614 EcHS_A0615     FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3472567 3472568 EcHS_A0615 EcHS_A0616     TRUE 0.774 28.000 0.250 NA   NA
 3472568 3472569 EcHS_A0616 EcHS_A0617   cusS FALSE 0.002 737.000 0.000 NA   NA
 3472569 3472570 EcHS_A0617 EcHS_A0618 cusS cusR TRUE 0.999 -10.000 0.600 0.001 Y NA
 3472571 3472572 EcHS_A0619 EcHS_A0620 cusC cusF TRUE 0.459 158.000 0.500 NA   NA
 3472572 3472573 EcHS_A0620 EcHS_A0621 cusF cusB TRUE 0.531 16.000 0.000 NA   NA
 3472573 3472574 EcHS_A0621 EcHS_A0622 cusB cusA TRUE 0.976 12.000 0.500 1.000 N NA
 3472574 3472575 EcHS_A0622 EcHS_A0623 cusA pheP FALSE 0.301 102.000 0.000 0.097 N NA
 3472576 3472577 EcHS_A0624 EcHS_A0625   nfnB FALSE 0.082 108.000 0.012 NA N NA
 3472577 3472578 EcHS_A0625 EcHS_A0626 nfnB   TRUE 0.664 94.000 0.500 NA   NA
 3472578 3472579 EcHS_A0626 EcHS_A0627     FALSE 0.150 65.000 0.000 NA   NA
 3472579 3472580 EcHS_A0627 EcHS_A0628     FALSE 0.148 66.000 0.000 NA   NA
 3472581 3472582 EcHS_A0629 EcHS_A0630     FALSE 0.129 77.000 0.000 NA   NA
 3472583 3472584 EcHS_A0631 EcHS_A0633 entD fepA TRUE 0.614 166.000 0.700 1.000 N NA
 3472585 3472586 EcHS_A0632 EcHS_A0634   fes FALSE 0.024 197.000 0.000 NA   NA
 3472586 3472587 EcHS_A0634 EcHS_A0635 fes   TRUE 0.981 3.000 0.320 NA   NA
 3472587 3472588 EcHS_A0635 EcHS_A0636   entF TRUE 0.951 -3.000 0.080 NA   NA
 3472591 3472592 EcHS_A0639 EcHS_A0640 fepC fepG TRUE 0.992 -3.000 0.038 1.000 Y NA
 3472592 3472593 EcHS_A0640 EcHS_A0641 fepG fepD TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.068 Y NA
 3472596 3472597 EcHS_A0644 EcHS_A0645 entC entE TRUE 0.997 10.000 0.667 1.000 Y NA
 3472597 3472598 EcHS_A0645 EcHS_A0646 entE entB TRUE 0.994 14.000 0.667 1.000 Y NA
 3472598 3472599 EcHS_A0646 EcHS_A0647 entB entA TRUE 0.991 0.000 0.024 1.000 Y NA
 3472599 3472600 EcHS_A0647 EcHS_A0648 entA   TRUE 0.987 3.000 0.065 NA Y NA
 3472600 3472601 EcHS_A0648 EcHS_A0649   cstA FALSE 0.168 181.000 0.222 NA N NA
 3472601 3472602 EcHS_A0649 EcHS_A0650 cstA   FALSE 0.239 183.000 0.333 NA   NA
 3472605 3472606 EcHS_A0653 EcHS_A0654     TRUE 0.887 -15.000 0.000 1.000   NA
 3472606 3472607 EcHS_A0654 EcHS_A0655     TRUE 0.416 147.000 0.333 1.000   NA
 3472607 3472608 EcHS_A0655 EcHS_A0656   dsbG FALSE 0.038 209.000 0.067 NA N NA
 3472609 3472610 EcHS_A0657 EcHS_A0658 ahpC ahpF TRUE 0.787 215.000 0.551 0.001 Y NA
 3472613 3472614 EcHS_A0661 EcHS_A0662 rnk rna FALSE 0.022 229.000 0.018 1.000 N NA
 3472614 3472615 EcHS_A0662 EcHS_A0663 rna   FALSE 0.136 114.000 0.024 1.000 N NA
 3472615 3472616 EcHS_A0663 EcHS_A0664   citG TRUE 0.602 51.000 0.194 1.000 N NA
 3472616 3472617 EcHS_A0664 EcHS_A0665 citG citX TRUE 0.996 -25.000 0.400 1.000 Y NA
 3472617 3472618 EcHS_A0665 EcHS_A0666 citX citF TRUE 0.892 4.000 0.000 1.000 N NA
 3472618 3472619 EcHS_A0666 EcHS_A0667 citF citE TRUE 0.947 11.000 0.000 0.001 N NA
 3472619 3472620 EcHS_A0667 EcHS_A0668 citE citD TRUE 0.998 -3.000 0.537 0.001 N NA
 3472620 3472621 EcHS_A0668 EcHS_A0669 citD citC TRUE 0.944 15.000 0.000 1.000 Y NA
 3472622 3472623 EcHS_A0670 EcHS_A0671 dpiB dpiA TRUE 0.989 -31.000 0.000 0.082 Y NA
 3472624 3472625 EcHS_A0672 EcHS_A0673 dcuC   FALSE 0.065 139.000 0.000 NA   NA
 3472626 3472627 EcHS_A0674 EcHS_A0675 pagP cspE FALSE 0.299 175.000 0.333 1.000   NA
 3472629 3472630 EcHS_A0677 EcHS_A0678   tatA2 FALSE 0.324 129.000 0.196 1.000   NA
 3472631 3472632 EcHS_A0679 EcHS_A0680 lipA   FALSE 0.096 99.000 0.000 NA   NA
 3472632 3472633 EcHS_A0680 EcHS_A0681     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3472633 3472634 EcHS_A0681 EcHS_A0682   lipB FALSE 0.016 259.000 0.000 1.000 N NA
 3472634 3472635 EcHS_A0682 EcHS_A0683 lipB   FALSE 0.370 101.000 0.219 NA   NA
 3472635 3472636 EcHS_A0683 EcHS_A0684   dacA FALSE 0.088 111.000 0.000 NA   NA
 3472636 3472637 EcHS_A0684 EcHS_A0685 dacA rlpA FALSE 0.064 140.000 0.000 NA   NA
 3472637 3472638 EcHS_A0685 EcHS_A0686 rlpA mrdB TRUE 0.752 11.000 0.035 NA N NA
 3472638 3472639 EcHS_A0686 EcHS_A0687 mrdB mrdA TRUE 0.923 3.000 0.046 1.000 N NA
 3472639 3472640 EcHS_A0687 EcHS_A0688 mrdA   FALSE 0.320 31.000 0.031 NA   NA
 3472640 3472641 EcHS_A0688 EcHS_A0689     TRUE 0.976 4.000 0.307 NA   NA
 3472641 3472642 EcHS_A0689 EcHS_A0690   cobC FALSE 0.009 260.000 0.000 NA   NA
 3472642 3472643 EcHS_A0690 EcHS_A0691 cobC nadD TRUE 0.604 24.000 0.057 1.000 N NA
 3472643 3472644 EcHS_A0691 EcHS_A0692 nadD holA TRUE 0.933 2.000 0.045 1.000 N NA
 3472644 3472645 EcHS_A0692 EcHS_A0693 holA   TRUE 0.979 0.000 0.199 NA N NA
 3472645 3472646 EcHS_A0693 EcHS_A0694   leuS TRUE 0.860 15.000 0.182 NA N NA
 3472648 3472649 EcHS_A0696 EcHS_A0697   gltL FALSE 0.324 118.000 0.195 NA N NA
 3472649 3472650 EcHS_A0697 EcHS_A0698 gltL gltK TRUE 0.998 0.000 0.379 1.000 Y NA
 3472650 3472651 EcHS_A0698 EcHS_A0699 gltK gltJ TRUE 1.000 0.000 0.933 0.017 Y NA
 3472651 3472652 EcHS_A0699 EcHS_A4737 gltJ sroC TRUE 0.656 12.000 0.000 NA   NA
 3472652 3472653 EcHS_A4737 EcHS_A0700 sroC gltI TRUE 0.885 -4.000 0.000 NA   NA
 3472654 3472655 EcHS_A0701 EcHS_A0702     FALSE 0.024 198.000 0.000 NA   NA
 3472656 3472657 EcHS_A0704 EcHS_A0705 lnt corC TRUE 0.938 25.000 0.557 1.000 N NA
 3472657 3472658 EcHS_A0705 EcHS_A0706 corC   FALSE 0.306 90.000 0.150 NA   NA
 3472658 3472659 EcHS_A0706 EcHS_A0707     TRUE 0.993 -3.000 0.457 NA   NA
 3472659 3472660 EcHS_A0707 EcHS_A0708   miaB FALSE 0.279 153.000 0.220 1.000 N NA
 3472662 3472663 EcHS_A4648 EcHS_A4649     FALSE 0.263 36.000 0.000 NA   NA
 3472663 3472664 EcHS_A4649 EcHS_A4650     FALSE 0.212 46.000 0.000 NA   NA
 3472664 3472665 EcHS_A4650 EcHS_A4651     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3472665 3472666 EcHS_A4651 EcHS_A4652     FALSE 0.277 34.000 0.000 NA   NA
 3472666 3472667 EcHS_A4652 EcHS_A4653     FALSE 0.399 23.000 0.000 NA   NA
 3472667 3472668 EcHS_A4653 EcHS_A4654     TRUE 0.791 7.000 0.000 NA   NA
 3472668 3472669 EcHS_A4654 EcHS_A0717   asnB FALSE 0.003 380.000 0.000 NA   NA
 3472669 3472670 EcHS_A0717 EcHS_A0718 asnB   FALSE 0.005 426.000 0.000 1.000 N NA
 3472670 3472671 EcHS_A0718 EcHS_A0719   nagD FALSE 0.014 270.000 0.000 1.000 N NA
 3472671 3472672 EcHS_A0719 EcHS_A0720 nagD nagC TRUE 0.810 48.000 0.070 1.000 Y NA
 3472672 3472673 EcHS_A0720 EcHS_A0721 nagC nagA2 TRUE 0.997 9.000 0.571 1.000 Y NA
 3472673 3472674 EcHS_A0721 EcHS_A0722 nagA2 nagB TRUE 0.974 60.000 0.557 0.002 Y NA
 3472679 3472680 EcHS_A0728 EcHS_A0729     FALSE 0.199 50.000 0.000 NA   NA
 3472681 3472682 EcHS_A0730 EcHS_A0731 fur fldA FALSE 0.032 289.000 0.156 1.000 N NA
 3472682 3472683 EcHS_A0731 EcHS_A0732 fldA   TRUE 0.925 23.000 0.473 1.000   NA
 3472683 3472684 EcHS_A0732 EcHS_A0733   ybfF FALSE 0.338 140.000 0.276 NA   NA
 3472685 3472686 EcHS_A0734 EcHS_A0735 seqA pgm TRUE 0.732 26.000 0.151 1.000 N NA
 3472688 3472689 EcHS_A0737 EcHS_A0738     FALSE 0.328 29.000 0.000 NA   NA
 3472689 3472690 EcHS_A0738 EcHS_A0739     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.025 Y NA
 3472690 3472691 EcHS_A0739 EcHS_A0740     TRUE 0.867 2.000 0.000 NA   NA
 3472692 3472693 EcHS_A0741 EcHS_A0742 kdpE kdpD TRUE 0.998 -3.000 0.385 1.000 Y NA
 3472693 3472694 EcHS_A0742 EcHS_A0743 kdpD kdpC TRUE 0.961 -7.000 0.100 1.000 N NA
 3472694 3472695 EcHS_A0743 EcHS_A0744 kdpC kdpB TRUE 0.999 9.000 0.877 0.001 Y NA
 3472695 3472696 EcHS_A0744 EcHS_A0745 kdpB kdpA TRUE 0.979 23.000 0.201 0.001 Y NA
 3472696 3472697 EcHS_A0745 EcHS_A0746 kdpA kdpF TRUE 0.984 0.000 0.022 0.001   NA
 3472698 3472699 EcHS_A0747 EcHS_A0748   rhsC FALSE 0.012 243.000 0.000 NA   NA
 3472699 3472700 EcHS_A0748 EcHS_A0749 rhsC   FALSE 0.002 444.000 0.000 NA   NA
 3472700 3472701 EcHS_A0749 EcHS_A0750     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3472701 3472702 EcHS_A0750 EcHS_A0751     FALSE 0.015 226.000 0.000 NA   NA
 3472702 3472703 EcHS_A0751 EcHS_A0752     FALSE 0.079 126.000 0.000 NA   NA
 3472703 3472704 EcHS_A0752 EcHS_A0753     FALSE 0.073 131.000 0.000 NA   NA
 3472704 3472705 EcHS_A0753 EcHS_A0754     FALSE 0.056 148.000 0.000 NA   NA
 3472705 3472706 EcHS_A0754 EcHS_A0755   phrB TRUE 0.888 -3.000 0.019 NA   NA
 3472706 3472707 EcHS_A0755 EcHS_A0756 phrB   FALSE 0.277 34.000 0.000 NA   NA
 3472709 3472710 EcHS_A0758 EcHS_A0759     TRUE 0.486 23.000 0.050 NA   NA
 3472710 3472711 EcHS_A0759 EcHS_A0760     TRUE 0.997 -6.000 0.379 NA Y NA
 3472711 3472712 EcHS_A0760 EcHS_A0761     TRUE 0.969 -10.000 0.211 NA   NA
 3472712 3472713 EcHS_A0761 EcHS_A0762   nei FALSE 0.382 36.000 0.037 1.000   NA
 3472714 3472715 EcHS_A0763 EcHS_A0764 abrB   FALSE 0.052 152.000 0.000 NA   NA
 3472715 3472716 EcHS_A0764 EcHS_A0765     TRUE 0.936 -3.000 0.000 1.000   NA
 3472716 3472717 EcHS_A0765 EcHS_A0766     TRUE 0.944 15.000 0.000 1.000 Y NA
 3472717 3472718 EcHS_A0766 EcHS_A0767     TRUE 0.978 9.000 0.000 1.000 Y NA
 3472718 3472719 EcHS_A0767 EcHS_A0768   gltA FALSE 0.006 389.000 0.000 1.000 N NA
 3472720 3472721 EcHS_A0769 EcHS_A0770 sdhC sdhD TRUE 0.999 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 3472721 3472722 EcHS_A0770 EcHS_A0771 sdhD sdhA TRUE 1.000 0.000 0.705 0.002 Y NA
 3472722 3472723 EcHS_A0771 EcHS_A0772 sdhA sdhB TRUE 0.996 16.000 0.604 0.002 Y NA
 3472723 3472724 EcHS_A0772 EcHS_A0773 sdhB sucA FALSE 0.277 201.000 0.067 1.000 Y NA
 3472724 3472725 EcHS_A0773 EcHS_A0774 sucA sucB TRUE 0.994 15.000 0.667 1.000 Y NA
 3472725 3472726 EcHS_A0774 EcHS_A0775 sucB sucC FALSE 0.077 366.000 0.136 1.000 Y NA
 3472726 3472727 EcHS_A0775 EcHS_A0776 sucC sucD TRUE 1.000 0.000 0.806 0.001 Y NA
 3472729 3472730 EcHS_A0778 EcHS_A0779     TRUE 0.489 18.000 0.000 NA   NA
 3472731 3472732 EcHS_A0780 EcHS_A0781     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.025 Y NA
 3472733 3472734 EcHS_A0782 EcHS_A0783     FALSE 0.373 25.000 0.000 NA   NA
 3472736 3472737 EcHS_A0785 EcHS_A0786 cydA cydB1 TRUE 0.963 16.000 0.000 0.062 Y NA
 3472737 3472738 EcHS_A0786 EcHS_A0787 cydB1   TRUE 0.819 15.000 0.149 NA   NA
 3472738 3472739 EcHS_A0787 EcHS_A0788     TRUE 0.988 0.000 0.310 NA   NA
 3472739 3472740 EcHS_A0788 EcHS_A0789   ybgC FALSE 0.121 150.000 0.095 NA   NA
 3472740 3472741 EcHS_A0789 EcHS_A0790 ybgC tolQ TRUE 0.996 -3.000 0.593 1.000   NA
 3472741 3472742 EcHS_A0790 EcHS_A0791 tolQ tolR TRUE 0.999 4.000 0.556 0.078 Y NA
 3472742 3472743 EcHS_A0791 EcHS_A0792 tolR tolA FALSE 0.349 65.000 0.114 NA N NA
 3472743 3472744 EcHS_A0792 EcHS_A0793 tolA tolB FALSE 0.071 133.000 0.000 NA   NA
 3472744 3472745 EcHS_A0793 EcHS_A0795 tolB pal FALSE 0.269 35.000 0.000 NA   NA
 3472745 3472746 EcHS_A0795 EcHS_A0796 pal ygbF TRUE 0.897 10.000 0.088 1.000   NA
 3472746 3472747 EcHS_A0796 EcHS_A4655 ygbF   FALSE 0.043 164.000 0.000 NA   NA
 3472747 3472748 EcHS_A4655 EcHS_A4656     FALSE 0.069 134.000 0.000 NA   NA
 3472748 3472749 EcHS_A4656 EcHS_A4657     TRUE 0.867 2.000 0.000 NA   NA
 3472749 3472750 EcHS_A4657 EcHS_A4658     FALSE 0.190 52.000 0.000 NA   NA
 3472750 3472751 EcHS_A4658 EcHS_A4659     TRUE 0.825 4.000 0.000 NA   NA
 3472751 3472752 EcHS_A4659 EcHS_A4660     FALSE 0.058 146.000 0.000 NA   NA
 3472752 3472753 EcHS_A4660 EcHS_A4661     FALSE 0.072 132.000 0.000 NA   NA
 3472753 3472754 EcHS_A4661 EcHS_A0804   nadA FALSE 0.007 278.000 0.000 NA   NA
 3472754 3472755 EcHS_A0804 EcHS_A0805 nadA pnuC TRUE 0.746 53.000 0.023 1.000 Y NA
 3472756 3472757 EcHS_A0806 EcHS_A0807 zitB   FALSE 0.175 114.000 0.057 1.000   NA
 3472759 3472760 EcHS_A0809 EcHS_A0810 gpmA galM FALSE 0.213 203.000 0.009 1.000 Y NA
 3472760 3472761 EcHS_A0810 EcHS_A0811 galM galK TRUE 0.997 -6.000 0.083 0.001 Y NA
 3472761 3472762 EcHS_A0811 EcHS_A0812 galK galT TRUE 0.994 4.000 0.370 0.001 N NA
 3472762 3472763 EcHS_A0812 EcHS_A0813 galT galE TRUE 0.963 10.000 0.053 0.001 N NA
 3472763 3472764 EcHS_A0813 EcHS_A0814 galE modF FALSE 0.013 262.000 0.023 1.000   NA
 3472764 3472765 EcHS_A0814 EcHS_A0815 modF modE FALSE 0.365 68.000 0.009 0.094   NA
 3472766 3472767 EcHS_A0816 EcHS_A0817   modA FALSE 0.073 167.000 0.072 NA   NA
 3472767 3472768 EcHS_A0817 EcHS_A0818 modA modB TRUE 1.000 0.000 0.627 0.001 Y NA
 3472768 3472769 EcHS_A0818 EcHS_A0819 modB modC TRUE 0.999 3.000 0.537 0.001 Y NA
 3472773 3472774 EcHS_A0823 EcHS_A0824     FALSE 0.132 76.000 0.000 NA   NA
 3472774 3472775 EcHS_A0824 EcHS_A0825     FALSE 0.338 159.000 0.300 1.000 N NA
 3472776 3472777 EcHS_A0826 EcHS_A0827     FALSE 0.052 152.000 0.000 NA   NA
 3472777 3472778 EcHS_A0827 EcHS_A0829   bioA FALSE 0.113 59.000 0.003 NA   NA
 3472779 3472780 EcHS_A0828 EcHS_A0830 bioB bioF TRUE 0.998 -3.000 0.168 0.002 Y NA
 3472780 3472781 EcHS_A0830 EcHS_A0831 bioF bioC TRUE 0.996 -13.000 0.133 0.002 Y NA
 3472781 3472782 EcHS_A0831 EcHS_A0832 bioC bioD1 TRUE 0.996 -7.000 0.054 0.002 Y NA
 3472782 3472783 EcHS_A0832 EcHS_A0833 bioD1 uvrB FALSE 0.008 579.000 0.000 0.094 N NA
 3472785 3472786 EcHS_A0835 EcHS_A0836 moaA moaB TRUE 0.969 22.000 0.108 0.003 Y NA
 3472786 3472787 EcHS_A0836 EcHS_A0837 moaB moaC TRUE 0.996 3.000 0.109 0.003 Y NA
 3472787 3472788 EcHS_A0837 EcHS_A0838 moaC moaD TRUE 0.997 -7.000 0.175 0.003 Y NA
 3472788 3472789 EcHS_A0838 EcHS_A0839 moaD moaE TRUE 0.999 2.000 0.501 0.003 Y NA
 3472789 3472790 EcHS_A0839 EcHS_A0840 moaE   FALSE 0.063 137.000 0.025 NA   NA
 3472790 3472791 EcHS_A0840 EcHS_A0841     FALSE 0.024 206.000 0.037 NA   NA
 3472792 3472793 EcHS_A0842 EcHS_A0843     TRUE 0.944 0.000 0.071 NA   NA
 3472793 3472794 EcHS_A0843 EcHS_A0844     TRUE 0.989 -3.000 0.333 NA   NA
 3472796 3472797 EcHS_A0846 EcHS_A0847     TRUE 0.998 11.000 0.609 0.005 Y NA
 3472797 3472798 EcHS_A0847 EcHS_A0848     TRUE 0.996 -7.000 0.547 0.094   NA
 3472798 3472799 EcHS_A0848 EcHS_A0849     TRUE 0.994 -7.000 0.545 1.000   NA
 3472799 3472800 EcHS_A0849 EcHS_A0850     TRUE 0.978 3.000 0.236 1.000 N NA
 3472802 3472803 EcHS_A0852 EcHS_A0854     FALSE 0.148 66.000 0.000 NA   NA
 3472804 3472805 EcHS_A0853 EcHS_A0855     TRUE 0.510 28.000 0.041 1.000 N NA
 3472805 3472806 EcHS_A0855 EcHS_A0856     FALSE 0.239 141.000 0.000 0.058 N NA
 3472807 3472808 EcHS_A0857 EcHS_A0858     FALSE 0.008 265.000 0.027 NA   NA
 3472808 3472809 EcHS_A0858 EcHS_A0859     FALSE 0.195 74.000 0.000 1.000   NA
 3472809 3472810 EcHS_A0859 EcHS_A0860   fiu TRUE 0.606 42.000 0.171 1.000   NA
 3472810 3472811 EcHS_A0860 EcHS_A0861 fiu   FALSE 0.009 265.000 0.000 NA   NA
 3472813 3472814 EcHS_A0863 EcHS_A0864     FALSE 0.155 62.000 0.000 NA   NA
 3472814 3472815 EcHS_A0864 EcHS_A0865   glnQ TRUE 0.509 17.000 0.000 NA   NA
 3472815 3472816 EcHS_A0865 EcHS_A0866 glnQ glnP TRUE 0.992 -3.000 0.038 1.000 Y NA
 3472816 3472817 EcHS_A0866 EcHS_A0867 glnP glnH TRUE 0.630 139.000 0.051 0.078 Y NA
 3472817 3472818 EcHS_A0867 EcHS_A0868 glnH dps FALSE 0.005 404.000 0.000 1.000 N NA
 3472818 3472819 EcHS_A0868 EcHS_A0869 dps   FALSE 0.038 169.000 0.000 NA   NA
 3472819 3472820 EcHS_A0869 EcHS_A0870   rhtA FALSE 0.310 31.000 0.000 NA   NA
 3472822 3472823 EcHS_A0872 EcHS_A0873     FALSE 0.008 272.000 0.000 NA   NA
 3472824 3472825 EcHS_A0874 EcHS_A0875 mntR   TRUE 0.933 -3.000 0.014 1.000 N NA
 3472827 3472828 EcHS_A0877 EcHS_A0878     FALSE 0.011 279.000 0.000 1.000   NA
 3472829 3472830 EcHS_A0879 EcHS_A0880   supH FALSE 0.052 152.000 0.000 NA   NA
 3472830 3472831 EcHS_A0880 EcHS_A0881 supH   FALSE 0.088 146.000 0.000 1.000   NA
 3472831 3472832 EcHS_A0881 EcHS_A0882     TRUE 0.990 6.000 0.316 0.003 N NA
 3472834 3472835 EcHS_A0884 EcHS_A0885 moeB moeA TRUE 0.999 0.000 0.323 0.003 Y NA
 3472836 3472837 EcHS_A0886 EcHS_A0887   gsiA TRUE 0.947 -13.000 0.104 1.000   NA
 3472837 3472838 EcHS_A0887 EcHS_A0888 gsiA gsiB TRUE 0.700 20.000 0.083 1.000   NA
 3472838 3472839 EcHS_A0888 EcHS_A0889 gsiB gsiC TRUE 0.996 18.000 0.803 0.066 Y NA
 3472839 3472840 EcHS_A0889 EcHS_A0890 gsiC gsiD TRUE 0.999 3.000 0.689 0.066 Y NA
 3472840 3472841 EcHS_A0890 EcHS_A0891 gsiD   FALSE 0.039 178.000 0.000 NA N NA
 3472841 3472842 EcHS_A0891 EcHS_A0892     TRUE 0.976 8.000 0.000 NA Y NA
 3472843 3472844 EcHS_A0893 EcHS_A0894     TRUE 0.980 -10.000 0.300 NA   NA
 3472844 3472845 EcHS_A0894 EcHS_A0895     FALSE 0.015 226.000 0.000 NA   NA
 3472846 3472847 EcHS_A0896 EcHS_A0897 bssR   FALSE 0.088 111.000 0.000 NA   NA
 3472850 3472851 EcHS_A0901 EcHS_A0902 deoR   TRUE 0.603 58.000 0.235 1.000   NA
 3472852 3472853 EcHS_A0903 EcHS_A0904   mdfA TRUE 0.836 -15.000 0.000 NA   NA
 3472854 3472855 EcHS_A0905 EcHS_A0906   ybjI FALSE 0.106 92.000 0.000 NA   NA
 3472855 3472856 EcHS_A0906 EcHS_A0907 ybjI   TRUE 0.932 0.000 0.000 1.000   NA
 3472861 3472862 EcHS_A0912 EcHS_A0913     TRUE 0.599 33.000 0.154 NA   NA
 3472862 3472863 EcHS_A0913 EcHS_A0914     FALSE 0.036 172.000 0.000 NA   NA
 3472863 3472864 EcHS_A0914 EcHS_A0915     TRUE 0.684 68.000 0.400 NA   NA
 3472864 3472865 EcHS_A0915 EcHS_A0916     TRUE 0.998 0.000 1.000 NA   NA
 3472865 3472866 EcHS_A0916 EcHS_A0917     TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000 N NA
 3472866 3472867 EcHS_A0917 EcHS_A0918     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 3472867 3472868 EcHS_A0918 EcHS_A0919     TRUE 0.471 155.000 0.500 NA   NA
 3472868 3472869 EcHS_A0919 EcHS_A0920     TRUE 0.987 11.000 0.750 NA   NA
 3472869 3472870 EcHS_A0920 EcHS_A0921     TRUE 0.485 60.000 0.200 NA   NA
 3472870 3472871 EcHS_A0921 EcHS_A0922     FALSE 0.007 286.000 0.000 NA   NA
 3472872 3472873 EcHS_A0923 EcHS_A0924     TRUE 0.996 0.000 0.667 NA   NA
 3472874 3472875 EcHS_A0925 EcHS_A0926     TRUE 0.617 17.000 0.000 1.000   NA
 3472875 3472876 EcHS_A0926 EcHS_A0927     TRUE 0.880 4.000 0.000 1.000   NA
 3472876 3472877 EcHS_A0927 EcHS_A0928     TRUE 0.745 33.000 0.000 0.001   NA
 3472877 3472878 EcHS_A0928 EcHS_A0929     TRUE 0.899 0.000 0.000 NA   NA
 3472878 3472879 EcHS_A0929 EcHS_A0930     TRUE 0.996 4.000 1.000 NA   NA
 3472879 3472880 EcHS_A0930 EcHS_A0931     TRUE 0.993 -19.000 0.667 NA   NA
 3472880 3472881 EcHS_A0931 EcHS_A0932     TRUE 0.995 2.000 0.667 NA   NA
 3472881 3472882 EcHS_A0932 EcHS_A0933     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 3472882 3472883 EcHS_A0933 EcHS_A0934   gpR TRUE 0.845 96.000 1.000 NA   NA
 3472883 3472884 EcHS_A0934 EcHS_A0935 gpR   TRUE 0.997 -7.000 1.000 NA   NA
 3472884 3472885 EcHS_A0935 EcHS_A0936     TRUE 0.892 69.000 1.000 NA   NA
 3472885 3472886 EcHS_A0936 EcHS_A0937     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3472886 3472887 EcHS_A0937 EcHS_A0938     TRUE 0.841 -13.000 0.000 NA   NA
 3472887 3472888 EcHS_A0938 EcHS_A0939     TRUE 0.997 -7.000 1.000 NA   NA
 3472888 3472889 EcHS_A0939 EcHS_A0940     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 3472889 3472890 EcHS_A0940 EcHS_A0941     TRUE 0.899 0.000 0.000 NA   NA
 3472890 3472891 EcHS_A0941 EcHS_A0942     FALSE 0.090 107.000 0.000 NA   NA
 3472891 3472892 EcHS_A0942 EcHS_A0943     TRUE 0.743 10.000 0.000 NA   NA
 3472892 3472893 EcHS_A0943 EcHS_A0944     FALSE 0.179 55.000 0.000 NA   NA
 3472893 3472894 EcHS_A0944 EcHS_A0945     TRUE 0.559 15.000 0.000 NA   NA
 3472894 3472895 EcHS_A0945 EcHS_A0946     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 3472895 3472896 EcHS_A0946 EcHS_A0947     TRUE 0.989 0.000 0.333 NA   NA
 3472896 3472897 EcHS_A0947 EcHS_A0948     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 3472897 3472898 EcHS_A0948 EcHS_A0949     FALSE 0.108 91.000 0.000 NA   NA
 3472899 3472900 EcHS_A4738 EcHS_A0950 rybB   FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3472903 3472904 EcHS_A0953 EcHS_A0954   nfsA TRUE 0.950 -16.000 0.159 NA   NA
 3472904 3472905 EcHS_A0954 EcHS_A0955 nfsA rimK FALSE 0.246 61.000 0.000 1.000 N NA
 3472905 3472906 EcHS_A0955 EcHS_A0956 rimK   FALSE 0.351 40.000 0.065 NA   NA
 3472906 3472907 EcHS_A0956 EcHS_A0957   potF FALSE 0.004 351.000 0.000 NA   NA
 3472907 3472908 EcHS_A0957 EcHS_A0958 potF potG TRUE 0.935 95.000 0.679 1.000 Y NA
 3472908 3472909 EcHS_A0958 EcHS_A0959 potG potH TRUE 0.998 10.000 0.857 1.000 Y NA
 3472909 3472910 EcHS_A0959 EcHS_A0960 potH potI TRUE 0.999 -3.000 0.528 0.065 Y NA
 3472910 3472911 EcHS_A0960 EcHS_A0961 potI   TRUE 0.576 60.000 0.264 NA   NA
 3472911 3472912 EcHS_A0961 EcHS_A0962   rumB TRUE 0.649 41.000 0.226 NA   NA
 3472912 3472913 EcHS_A0962 EcHS_A0963 rumB   TRUE 0.656 12.000 0.000 NA   NA
 3472914 3472915 EcHS_A0964 EcHS_A0965 artJ artM FALSE 0.358 226.000 0.143 0.077 Y NA
 3472915 3472916 EcHS_A0965 EcHS_A0966 artM artQ TRUE 1.000 0.000 0.714 0.016 Y NA
 3472916 3472917 EcHS_A0966 EcHS_A0967 artQ artI TRUE 0.996 7.000 0.260 0.065 Y NA
 3472917 3472918 EcHS_A0967 EcHS_A0968 artI artP TRUE 0.978 18.000 0.323 1.000 Y NA
 3472918 3472919 EcHS_A0968 EcHS_A0969 artP   FALSE 0.046 218.000 0.081 1.000   NA
 3472920 3472921 EcHS_A0970 EcHS_A0971   amiD TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3472922 3472923 EcHS_A0972 EcHS_A0973     TRUE 0.839 63.000 0.022 0.003 Y NA
 3472923 3472924 EcHS_A0973 EcHS_A0974   ltaE TRUE 0.868 11.000 0.074 1.000 N NA
 3472924 3472925 EcHS_A0974 EcHS_A0975 ltaE poxB TRUE 0.830 37.000 0.041 1.000 Y NA
 3472925 3472926 EcHS_A0975 EcHS_A0976 poxB hcr FALSE 0.114 133.000 0.025 1.000 N NA
 3472926 3472927 EcHS_A0976 EcHS_A0977 hcr hcp TRUE 0.980 12.000 0.000 0.020 Y NA
 3472927 3472928 EcHS_A0977 EcHS_A0978 hcp   FALSE 0.090 144.000 0.000 1.000   NA
 3472928 3472929 EcHS_A0978 EcHS_A0979   aqpZ FALSE 0.003 495.000 0.025 1.000   NA
 3472932 3472933 EcHS_A0982 EcHS_A0983 macA macB TRUE 0.998 -3.000 0.789 1.000 N NA
 3472935 3472936 EcHS_A0985 EcHS_A0986 clpS clpA TRUE 0.911 31.000 0.596 NA   NA
 3472937 3472938 EcHS_A4662 EcHS_A0988   infA FALSE 0.010 253.000 0.000 NA   NA
 3472938 3472939 EcHS_A0988 EcHS_A0989 infA aat FALSE 0.011 285.000 0.020 1.000 N NA
 3472939 3472940 EcHS_A0989 EcHS_A0990 aat cudC TRUE 0.816 42.000 0.049 1.000 Y NA
 3472940 3472941 EcHS_A0990 EcHS_A0991 cudC cydD TRUE 0.999 1.000 0.631 0.005 Y NA
 3472941 3472942 EcHS_A0991 EcHS_A0992 cydD trxB TRUE 0.566 123.000 0.049 1.000 Y NA
 3472943 3472944 EcHS_A0993 EcHS_A0994   lrp FALSE 0.004 363.000 0.000 NA   NA
 3472944 3472945 EcHS_A0994 EcHS_A0995 lrp ftsK TRUE 0.490 135.000 0.345 1.000 N NA
 3472945 3472946 EcHS_A0995 EcHS_A0996 ftsK lolA FALSE 0.356 155.000 0.305 1.000 N NA
 3472946 3472947 EcHS_A0996 EcHS_A0997 lolA   TRUE 0.926 11.000 0.167 1.000 N NA
 3472947 3472948 EcHS_A0997 EcHS_A0998   serS TRUE 0.422 91.000 0.078 0.091 N NA
 3472948 3472949 EcHS_A0998 EcHS_A0999 serS dmsA FALSE 0.021 239.000 0.000 1.000 N NA
 3472949 3472950 EcHS_A0999 EcHS_A1000 dmsA dmsB2 TRUE 0.990 11.000 0.172 0.060 Y NA
 3472950 3472951 EcHS_A1000 EcHS_A1001 dmsB2 dmsC1 TRUE 0.987 2.000 0.333 1.000   NA
 3472952 3472953 EcHS_A1002 EcHS_A1003     FALSE 0.037 170.000 0.000 NA   NA
 3472954 3472955 EcHS_A1004 EcHS_A1005     TRUE 0.626 18.000 0.000 1.000 N NA
 3472958 3472959 EcHS_A1008 EcHS_A1009 pflA pflB2 FALSE 0.084 192.000 0.092 1.000 N NA
 3472959 3472960 EcHS_A1009 EcHS_A1010 pflB2   TRUE 0.741 55.000 0.345 1.000 N NA
 3472960 3472961 EcHS_A1010 EcHS_A1011     FALSE 0.003 406.000 0.000 NA   NA
 3472962 3472963 EcHS_A1012 EcHS_A1013   serC FALSE 0.018 199.000 0.014 NA   NA
 3472963 3472964 EcHS_A1013 EcHS_A1014 serC aroA TRUE 0.686 71.000 0.033 1.000 Y NA
 3472964 3472965 EcHS_A1014 EcHS_A1015 aroA   FALSE 0.051 169.000 0.003 1.000 N NA
 3472965 3472966 EcHS_A1015 EcHS_A1016   cmk FALSE 0.048 173.000 0.004 1.000 N NA
 3472966 3472967 EcHS_A1016 EcHS_A1017 cmk rpsA TRUE 0.484 111.000 0.281 1.000 N NA
 3472967 3472968 EcHS_A1017 EcHS_A1018 rpsA ihfB FALSE 0.327 160.000 0.292 1.000 N NA
 3472968 3472969 EcHS_A1018 EcHS_A1019 ihfB   FALSE 0.074 130.000 0.000 NA   NA
 3472969 3472970 EcHS_A1019 EcHS_A1021   msbA FALSE 0.256 37.000 0.000 NA   NA
 3472970 3472971 EcHS_A1021 EcHS_A1022 msbA lpxK TRUE 0.984 -3.000 0.205 1.000 N NA
 3472971 3472972 EcHS_A1022 EcHS_A1023 lpxK   FALSE 0.217 37.000 0.017 NA   NA
 3472972 3472973 EcHS_A1023 EcHS_A1024     FALSE 0.159 52.000 0.016 NA   NA
 3472973 3472974 EcHS_A1024 EcHS_A1025   kdsB TRUE 0.986 -3.000 0.265 NA   NA
 3472974 3472975 EcHS_A1025 EcHS_A1026 kdsB   FALSE 0.045 154.000 0.023 NA   NA
 3472977 3472978 EcHS_A1028 EcHS_A1029 smtA mukF TRUE 0.990 -3.000 0.325 NA N NA
 3472978 3472979 EcHS_A1029 EcHS_A1030 mukF mukE TRUE 0.982 -19.000 0.036 NA Y NA
 3472979 3472980 EcHS_A1030 EcHS_A1031 mukE mukB TRUE 0.997 0.000 0.000 0.001 Y NA
 3472980 3472981 EcHS_A1031 EcHS_A1032 mukB   FALSE 0.014 261.000 0.000 1.000   NA
 3472981 3472982 EcHS_A1032 EcHS_A1033     FALSE 0.278 181.000 0.372 NA   NA
 3472982 3472983 EcHS_A1033 EcHS_A1034     TRUE 0.553 27.000 0.089 NA   NA
 3472984 3472985 EcHS_A1035 EcHS_A1036   aspC FALSE 0.013 279.000 0.000 1.000 N NA
 3472985 3472986 EcHS_A1036 EcHS_A1037 aspC ompF FALSE 0.055 185.000 0.036 1.000 N NA
 3472986 3472987 EcHS_A1037 EcHS_A1038 ompF asnS FALSE 0.003 602.000 0.000 1.000 N NA
 3472987 3472988 EcHS_A1038 EcHS_A1039 asnS pncB FALSE 0.070 169.000 0.034 1.000 N NA
 3472989 3472990 EcHS_A1040 EcHS_A1041   pepN FALSE 0.263 36.000 0.000 NA   NA
 3472991 3472992 EcHS_A1042 EcHS_A1043     TRUE 0.999 -3.000 0.472 1.000 Y NA
 3472992 3472993 EcHS_A1043 EcHS_A1044   ssuD TRUE 0.947 11.000 0.226 1.000 N NA
 3472993 3472994 EcHS_A1044 EcHS_A1045 ssuD   TRUE 0.992 -3.000 0.341 1.000 N NA
 3472994 3472995 EcHS_A1045 EcHS_A1046     TRUE 0.952 -49.000 0.169 1.000   NA
 3472996 3472997 EcHS_A1047 EcHS_A1048     FALSE 0.119 83.000 0.000 NA   NA
 3472997 3472998 EcHS_A1048 EcHS_A1049     TRUE 0.987 25.000 0.667 1.000 Y NA
 3472998 3472999 EcHS_A1049 EcHS_A1050     TRUE 0.988 -9.000 0.000 1.000 Y NA
 3472999 3473000 EcHS_A1050 EcHS_A1051     TRUE 0.981 12.000 0.000 0.009 Y NA
 3473000 3473001 EcHS_A1051 EcHS_A1052     TRUE 0.999 8.000 0.667 0.009 Y NA
 3473001 3473002 EcHS_A1052 EcHS_A1053     TRUE 0.997 -34.000 0.500 1.000 Y NA
 3473002 3473003 EcHS_A1053 EcHS_A1054   pyrD FALSE 0.146 110.000 0.000 1.000 N NA
 3473003 3473004 EcHS_A1054 EcHS_A1055 pyrD   FALSE 0.129 138.000 0.081 NA   NA
 3473006 3473007 EcHS_A1057 EcHS_A1058   uup TRUE 0.814 12.000 0.061 1.000   NA
 3473007 3473008 EcHS_A1058 EcHS_A1059 uup pqiA FALSE 0.107 130.000 0.054 NA   NA
 3473008 3473009 EcHS_A1059 EcHS_A1060 pqiA pqiB TRUE 0.994 5.000 0.819 NA   NA
 3473009 3473010 EcHS_A1060 EcHS_A1061 pqiB   TRUE 0.994 -3.000 0.531 NA   NA
 3473010 3473011 EcHS_A1061 EcHS_A1062   rmf FALSE 0.010 256.000 0.000 NA   NA
 3473012 3473013 EcHS_A1063 EcHS_A1064 fabA   TRUE 0.626 69.000 0.290 1.000 N NA
 3473015 3473016 EcHS_A1066 EcHS_A1067 ompA sulA FALSE 0.007 357.000 0.000 1.000 N NA
 3473018 3473019 EcHS_A1069 EcHS_A1070     TRUE 0.871 10.000 0.090 NA   NA
 3473021 3473022 EcHS_A1072 EcHS_A1073 mgsA   FALSE 0.143 96.000 0.055 NA   NA
 3473024 3473025 EcHS_A1075 EcHS_A1076     FALSE 0.325 58.000 0.094 NA   NA
 3473025 3473026 EcHS_A1076 EcHS_A1077   tusE FALSE 0.004 370.000 0.000 NA   NA
 3473026 3473027 EcHS_A1077 EcHS_A1078 tusE   FALSE 0.287 91.000 0.140 NA   NA
 3473027 3473028 EcHS_A1078 EcHS_A4663     FALSE 0.021 206.000 0.000 NA   NA
 3473029 3473030 EcHS_A1080 EcHS_A1081 hyaA hyaB TRUE 0.997 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 3473030 3473031 EcHS_A1081 EcHS_A1082 hyaB hyaC TRUE 0.987 19.000 0.355 0.060 Y NA
 3473031 3473032 EcHS_A1082 EcHS_A1083 hyaC hyaD TRUE 0.996 -3.000 0.177 1.000 Y NA
 3473032 3473033 EcHS_A1083 EcHS_A1084 hyaD hyaE TRUE 0.959 -3.000 0.096 NA   NA
 3473033 3473034 EcHS_A1084 EcHS_A1085 hyaE hyaF TRUE 0.997 -3.000 0.769 NA   NA
 3473034 3473035 EcHS_A1085 EcHS_A1086 hyaF appC FALSE 0.110 134.000 0.061 NA   NA
 3473035 3473036 EcHS_A1086 EcHS_A1087 appC appB TRUE 0.988 12.000 0.158 0.060 Y NA
 3473036 3473037 EcHS_A1087 EcHS_A1088 appB   TRUE 0.811 13.000 0.105 NA   NA
 3473037 3473038 EcHS_A1088 EcHS_A1089   appA FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3473039 3473040 EcHS_A1090 EcHS_A1091 etk1 etp TRUE 0.980 20.000 1.000 1.000 N NA
 3473040 3473041 EcHS_A1091 EcHS_A1092 etp yccZ TRUE 0.995 -12.000 0.750 1.000 N NA
 3473041 3473042 EcHS_A1092 EcHS_A1094 yccZ ymcA FALSE 0.373 25.000 0.000 NA   NA
 3473042 3473043 EcHS_A1094 EcHS_A1095 ymcA ymcB TRUE 0.899 0.000 0.000 NA   NA
 3473043 3473044 EcHS_A1095 EcHS_A1096 ymcB ymcC TRUE 0.996 -3.000 0.600 NA   NA
 3473044 3473045 EcHS_A1096 EcHS_A1097 ymcC   FALSE 0.090 107.000 0.000 NA   NA
 3473045 3473046 EcHS_A1097 EcHS_A1098     FALSE 0.003 424.000 0.000 NA   NA
 3473047 3473048 EcHS_A1099 EcHS_A1100     FALSE 0.035 174.000 0.000 NA   NA
 3473049 3473050 EcHS_A1101 EcHS_A1102     FALSE 0.288 33.000 0.000 NA   NA
 3473050 3473051 EcHS_A1102 EcHS_A1103     TRUE 0.772 -126.000 0.000 NA   NA
 3473051 3473052 EcHS_A1103 EcHS_A1104   torS FALSE 0.277 34.000 0.000 NA   NA
 3473055 3473056 EcHS_A1107 EcHS_A1108 torC torA TRUE 0.995 0.000 0.000 0.059 Y NA
 3473056 3473057 EcHS_A1108 EcHS_A1109 torA torD TRUE 0.983 -3.000 0.077 0.059   NA
 3473058 3473059 EcHS_A1110 EcHS_A1111   cbpM TRUE 0.867 2.000 0.000 NA   NA
 3473059 3473060 EcHS_A1111 EcHS_A1112 cbpM cbpA TRUE 0.994 0.000 0.512 NA   NA
 3473061 3473062 EcHS_A1113 EcHS_A1114     FALSE 0.194 51.000 0.000 NA   NA
 3473062 3473063 EcHS_A1114 EcHS_A1115   agp FALSE 0.062 141.000 0.000 NA   NA
 3473064 3473065 EcHS_A1116 EcHS_A1117   wrbA TRUE 0.859 21.000 0.290 NA   NA
 3473066 3473067 EcHS_A1118 EcHS_A1119     TRUE 0.618 13.000 0.000 NA   NA
 3473067 3473068 EcHS_A1119 EcHS_A1120     FALSE 0.018 213.000 0.000 NA   NA
 3473069 3473070 EcHS_A1121 EcHS_A1122     TRUE 0.944 21.000 0.533 1.000   NA
 3473070 3473071 EcHS_A1122 EcHS_A1123     TRUE 0.992 11.000 0.625 0.048   NA
 3473071 3473072 EcHS_A1123 EcHS_A1124     TRUE 0.953 10.000 0.256 NA   NA
 3473072 3473073 EcHS_A1124 EcHS_A1125     TRUE 0.976 8.000 0.365 NA   NA
 3473073 3473074 EcHS_A1125 EcHS_A1126     TRUE 0.967 12.000 0.442 NA N NA
 3473074 3473075 EcHS_A1126 EcHS_A1127     TRUE 0.996 -3.000 0.621 NA N NA
 3473077 3473078 EcHS_A1129 EcHS_A1130 putA   FALSE 0.052 152.000 0.000 NA   NA
 3473079 3473080 EcHS_A1131 EcHS_A1132 putP   FALSE 0.002 542.000 0.000 NA N NA
 3473080 3473081 EcHS_A1132 EcHS_A1133     TRUE 0.904 58.000 0.356 NA Y NA
 3473081 3473082 EcHS_A1133 EcHS_A1134     TRUE 0.995 6.000 0.378 NA Y NA
 3473082 3473083 EcHS_A1134 EcHS_A1135   phoH FALSE 0.005 345.000 0.000 NA N NA
 3473084 3473085 EcHS_A1136 EcHS_A1137 pgaD pgaC TRUE 0.990 2.000 0.462 NA   NA
 3473085 3473086 EcHS_A1137 EcHS_A1138 pgaC pgaB TRUE 0.992 -7.000 0.435 1.000 N NA
 3473086 3473087 EcHS_A1138 EcHS_A1139 pgaB   TRUE 0.769 9.000 0.000 NA   NA
 3473087 3473088 EcHS_A1139 EcHS_A1140     FALSE 0.182 54.000 0.000 NA   NA
 3473088 3473089 EcHS_A1140 EcHS_A1141     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.024 Y NA
 3473089 3473090 EcHS_A1141 EcHS_A1142     FALSE 0.194 51.000 0.000 NA   NA
 3473092 3473093 EcHS_A1145 EcHS_A1146     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3473094 3473095 EcHS_A1147 EcHS_A1148     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3473096 3473097 EcHS_A4664 EcHS_A1150     FALSE 0.096 99.000 0.000 NA   NA
 3473098 3473099 EcHS_A1151 EcHS_A1152     TRUE 0.849 55.000 0.169 1.000 Y NA
 3473099 3473100 EcHS_A1152 EcHS_A1153     TRUE 0.908 24.000 0.417 1.000   NA
 3473100 3473101 EcHS_A1153 EcHS_A1154     FALSE 0.265 102.000 0.145 NA   NA
 3473102 3473103 EcHS_A1155 EcHS_A1156 csgG csgF FALSE 0.406 27.000 0.043 NA   NA
 3473103 3473104 EcHS_A1156 EcHS_A1157 csgF csgE TRUE 0.950 25.000 0.723 NA   NA
 3473104 3473105 EcHS_A1157 EcHS_A1158 csgE csgD TRUE 0.948 5.000 0.176 NA   NA
 3473105 3473106 EcHS_A1158 EcHS_A1159 csgD   FALSE 0.002 467.000 0.000 NA   NA
 3473107 3473108 EcHS_A1160 EcHS_A1161 csgB csgA TRUE 0.884 41.000 0.333 0.009   NA
 3473108 3473109 EcHS_A1161 EcHS_A1162 csgA csgC TRUE 0.846 59.000 0.667 NA   NA
 3473110 3473111 EcHS_A1163 EcHS_A1164     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.024 Y NA
 3473112 3473113 EcHS_A1165 EcHS_A1166     FALSE 0.147 95.000 0.028 1.000   NA
 3473113 3473114 EcHS_A1166 EcHS_A1167     TRUE 0.931 -7.000 0.046 1.000   NA
 3473115 3473116 EcHS_A1168 EcHS_A1169 mdoC   FALSE 0.218 45.000 0.000 NA   NA
 3473117 3473118 EcHS_A1170 EcHS_A1171 mdoG mdoH TRUE 0.993 -7.000 0.469 1.000 N NA
 3473118 3473119 EcHS_A1171 EcHS_A1172 mdoH   TRUE 0.769 9.000 0.000 NA   NA
 3473119 3473120 EcHS_A1172 EcHS_A1173     TRUE 0.863 -9.000 0.000 NA   NA
 3473121 3473122 EcHS_A1174 EcHS_A1175 msyB mdtG TRUE 0.574 83.000 0.333 NA   NA
 3473126 3473127 EcHS_A1179 EcHS_A1180 yceI   TRUE 0.994 4.000 0.676 1.000   NA
 3473127 3473128 EcHS_A1180 EcHS_A1181     FALSE 0.009 261.000 0.000 NA   NA
 3473128 3473129 EcHS_A1181 EcHS_A1182   solA TRUE 0.655 48.000 0.269 NA   NA
 3473129 3473130 EcHS_A1182 EcHS_A1183 solA   TRUE 0.565 115.000 0.423 NA   NA
 3473130 3473131 EcHS_A1183 EcHS_A1184   dinI FALSE 0.007 287.000 0.000 NA   NA
 3473131 3473132 EcHS_A1184 EcHS_A1185 dinI pyrC FALSE 0.141 74.000 0.031 NA   NA
 3473132 3473133 EcHS_A1185 EcHS_A1186 pyrC   FALSE 0.082 106.000 0.022 NA   NA
 3473133 3473134 EcHS_A1186 EcHS_A1187   grxB FALSE 0.131 134.000 0.078 NA   NA
 3473134 3473135 EcHS_A1187 EcHS_A1188 grxB mdtH FALSE 0.394 64.000 0.103 1.000 N NA
 3473136 3473137 EcHS_A1189 EcHS_A1190 rimJ   TRUE 0.868 11.000 0.116 NA   NA
 3473137 3473138 EcHS_A1190 EcHS_A1191     TRUE 0.944 2.000 0.103 NA   NA
 3473138 3473139 EcHS_A1191 EcHS_A1192   mviN FALSE 0.123 110.000 0.022 1.000   NA
 3473140 3473141 EcHS_A1193 EcHS_A1194 flgN flgM TRUE 0.998 5.000 0.361 0.002 Y NA
 3473141 3473142 EcHS_A1194 EcHS_A1195 flgM flgA TRUE 0.863 76.000 0.330 NA Y NA
 3473143 3473144 EcHS_A1196 EcHS_A1197 flgB flgC TRUE 0.999 4.000 0.824 0.003 Y NA
 3473144 3473145 EcHS_A1197 EcHS_A1198 flgC flgD TRUE 0.979 12.000 0.186 NA Y NA
 3473145 3473146 EcHS_A1198 EcHS_A1199 flgD flgE TRUE 0.913 25.000 0.116 NA Y NA
 3473146 3473147 EcHS_A1199 EcHS_A1200 flgE flgF TRUE 0.992 20.000 0.476 0.003 Y NA
 3473147 3473148 EcHS_A1200 EcHS_A1201 flgF flgG TRUE 0.847 172.000 0.420 0.001 Y NA
 3473148 3473149 EcHS_A1201 EcHS_A1202 flgG flgH TRUE 0.947 53.000 0.268 0.005 Y NA
 3473149 3473150 EcHS_A1202 EcHS_A1203 flgH flgI TRUE 0.985 12.000 0.073 0.006 Y NA
 3473150 3473151 EcHS_A1203 EcHS_A1204 flgI flgJ TRUE 0.996 0.000 0.036 0.006 Y NA
 3473151 3473152 EcHS_A1204 EcHS_A1205 flgJ flgK TRUE 0.980 66.000 0.705 0.002 Y NA
 3473152 3473153 EcHS_A1205 EcHS_A1206 flgK flgL TRUE 0.990 12.000 0.142 0.001 Y NA
 3473157 3473158 EcHS_A4740 EcHS_A1210 sraB   FALSE 0.256 37.000 0.000 NA   NA
 3473158 3473159 EcHS_A1210 EcHS_A1211   rpmF TRUE 0.844 52.000 0.599 NA   NA
 3473159 3473160 EcHS_A1211 EcHS_A1212 rpmF plsX TRUE 0.697 81.000 0.418 1.000 N NA
 3473160 3473161 EcHS_A1212 EcHS_A1213 plsX fabH TRUE 0.952 68.000 0.380 0.004 Y NA
 3473161 3473162 EcHS_A1213 EcHS_A1214 fabH fabD TRUE 0.985 16.000 0.182 0.004 Y NA
 3473162 3473163 EcHS_A1214 EcHS_A1215 fabD fabG TRUE 0.995 13.000 0.432 0.004 Y NA
 3473163 3473164 EcHS_A1215 EcHS_A1216 fabG acpP TRUE 0.651 211.000 0.321 0.004 Y NA
 3473164 3473165 EcHS_A1216 EcHS_A1217 acpP fabF TRUE 0.868 88.000 0.346 1.000 Y NA
 3473165 3473166 EcHS_A1217 EcHS_A1218 fabF pabC TRUE 0.532 120.000 0.187 0.032 N NA
 3473166 3473167 EcHS_A1218 EcHS_A1219 pabC   TRUE 0.966 3.000 0.204 NA   NA
 3473167 3473168 EcHS_A1219 EcHS_A1220   tmk TRUE 0.968 -10.000 0.209 NA   NA
 3473168 3473169 EcHS_A1220 EcHS_A1221 tmk holB TRUE 0.985 -3.000 0.211 1.000 N NA
 3473169 3473170 EcHS_A1221 EcHS_A1222 holB   TRUE 0.976 11.000 0.110 NA Y NA
 3473170 3473171 EcHS_A1222 EcHS_A1223   ptsG FALSE 0.005 295.000 0.004 NA N NA
 3473172 3473173 EcHS_A1224 EcHS_A1225 fhuE   FALSE 0.288 33.000 0.000 NA   NA
 3473174 3473175 EcHS_A1226 EcHS_A1227 hinT   TRUE 0.888 3.000 0.051 NA   NA
 3473175 3473176 EcHS_A1227 EcHS_A1228     TRUE 0.963 14.000 0.516 NA   NA
 3473176 3473177 EcHS_A1228 EcHS_A1229   thiK TRUE 0.976 -19.000 0.310 NA   NA
 3473177 3473178 EcHS_A1229 EcHS_A1230 thiK nagZ TRUE 0.863 11.000 0.069 1.000 N NA
 3473178 3473179 EcHS_A1230 EcHS_A1231 nagZ   TRUE 0.610 23.000 0.091 NA   NA
 3473179 3473180 EcHS_A1231 EcHS_A1232   ndh FALSE 0.004 408.000 0.057 NA   NA
 3473180 3473181 EcHS_A1232 EcHS_A1233 ndh   FALSE 0.036 227.000 0.071 1.000   NA
 3473184 3473185 EcHS_A1236 EcHS_A1237   mfd FALSE 0.071 144.000 0.006 1.000   NA
 3473185 3473186 EcHS_A1237 EcHS_A1238 mfd   FALSE 0.087 128.000 0.003 1.000   NA
 3473187 3473188 EcHS_A1239 EcHS_A1240 lolD lolE TRUE 0.986 0.000 0.125 0.074 N NA
 3473188 3473189 EcHS_A1240 EcHS_A1241 lolE nagK TRUE 0.787 29.000 0.225 1.000 N NA
 3473189 3473190 EcHS_A1241 EcHS_A1242 nagK npdA TRUE 0.959 16.000 0.119 1.000 Y NA
 3473191 3473192 EcHS_A1243 EcHS_A1244 potD potC TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.063 Y NA
 3473192 3473193 EcHS_A1244 EcHS_A1245 potC potB TRUE 0.998 -3.000 0.286 0.063 Y NA
 3473193 3473194 EcHS_A1245 EcHS_A1246 potB potA TRUE 0.999 -16.000 0.789 1.000 Y NA
 3473196 3473197 EcHS_A1248 EcHS_A1249   phoQ TRUE 0.666 76.000 0.408 NA   NA
 3473197 3473198 EcHS_A1249 EcHS_A1250 phoQ phoP TRUE 0.999 0.000 0.940 1.000 Y NA
 3473198 3473199 EcHS_A1250 EcHS_A1251 phoP purB FALSE 0.054 169.000 0.011 1.000 N NA
 3473199 3473200 EcHS_A1251 EcHS_A1252 purB   TRUE 0.919 4.000 0.093 NA   NA
 3473200 3473201 EcHS_A1252 EcHS_A1253   trmU TRUE 0.611 36.000 0.180 NA   NA
 3473201 3473202 EcHS_A1253 EcHS_A1254 trmU   TRUE 0.533 54.000 0.158 1.000 N NA
 3473202 3473203 EcHS_A1254 EcHS_A1255   rluE TRUE 0.945 10.000 0.182 1.000 N NA
 3473205 3473206 EcHS_A1257 EcHS_A1258   mlrA FALSE 0.016 221.000 0.000 NA   NA
 3473206 3473207 EcHS_A1258 EcHS_A1259 mlrA   FALSE 0.212 205.000 0.333 1.000 N NA
 3473207 3473208 EcHS_A1259 EcHS_A1260     FALSE 0.003 640.000 0.000 1.000 N NA
 3473208 3473209 EcHS_A1260 EcHS_A1261     TRUE 0.822 57.000 0.000 0.071 Y NA
 3473210 3473211 EcHS_A1262 EcHS_A1263     FALSE 0.087 113.000 0.000 NA   NA
 3473211 3473212 EcHS_A1263 EcHS_A1264     FALSE 0.006 290.000 0.000 NA   NA
 3473212 3473213 EcHS_A1264 EcHS_A1265     FALSE 0.072 132.000 0.000 NA   NA
 3473213 3473214 EcHS_A1265 EcHS_A1266     FALSE 0.104 93.000 0.000 NA   NA
 3473214 3473215 EcHS_A1266 EcHS_A1267     FALSE 0.043 164.000 0.000 NA   NA
 3473215 3473216 EcHS_A1267 EcHS_A1268     FALSE 0.020 208.000 0.000 NA   NA
 3473217 3473218 EcHS_A1269 EcHS_A1270     TRUE 0.743 10.000 0.000 NA   NA
 3473218 3473219 EcHS_A1270 EcHS_A1271     TRUE 0.867 2.000 0.000 NA   NA
 3473220 3473221 EcHS_A1272 EcHS_A1273     FALSE 0.041 166.000 0.000 NA   NA
 3473222 3473223 EcHS_A1274 EcHS_A1275 minE minD TRUE 0.998 4.000 0.618 NA Y NA
 3473223 3473224 EcHS_A1275 EcHS_A1276 minD minC TRUE 0.978 24.000 0.466 1.000 Y NA
 3473227 3473228 EcHS_A1279 EcHS_A1280     FALSE 0.199 72.000 0.056 NA   NA
 3473228 3473229 EcHS_A1280 EcHS_A1281     FALSE 0.253 77.000 0.088 NA   NA
 3473230 3473231 EcHS_A1283 EcHS_A1285     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 3473232 3473233 EcHS_A4741 EcHS_A1286   umuD FALSE 0.160 60.000 0.000 NA   NA
 3473233 3473234 EcHS_A1286 EcHS_A1287 umuD umuC TRUE 0.940 0.000 0.000 1.000 N NA
 3473235 3473236 EcHS_A1288 EcHS_A1289 dsbB nhaB TRUE 0.704 146.000 0.723 1.000 N NA
 3473239 3473240 EcHS_A1292 EcHS_A1293 dadA alr1 TRUE 0.940 10.000 0.168 1.000 N NA
 3473241 3473242 EcHS_A1294 EcHS_A1296 cvrA ldcA FALSE 0.242 95.000 0.103 NA N NA
 3473245 3473246 EcHS_A1298 EcHS_A1299     FALSE 0.033 178.000 0.000 NA   NA
 3473249 3473250 EcHS_A1302 EcHS_A1303 dhaM   TRUE 0.895 11.000 0.118 1.000   NA
 3473250 3473251 EcHS_A1303 EcHS_A1304   dhaK TRUE 0.995 11.000 0.226 0.001 Y NA
 3473255 3473256 EcHS_A1308 EcHS_A1309 engD pth TRUE 0.720 117.000 0.184 1.000 Y NA
 3473258 3473259 EcHS_A1311 EcHS_A1312 ychM prs FALSE 0.086 152.000 0.027 1.000 N NA
 3473259 3473260 EcHS_A1312 EcHS_A1313 prs ispE FALSE 0.114 151.000 0.053 1.000 N NA
 3473260 3473261 EcHS_A1313 EcHS_A1314 ispE lolB TRUE 0.978 0.000 0.157 1.000 N NA
 3473262 3473263 EcHS_A1315 EcHS_A1316 hemA prfA TRUE 0.770 42.000 0.171 0.049 N NA
 3473263 3473264 EcHS_A1316 EcHS_A1317 prfA hemK TRUE 0.998 0.000 0.229 0.049 Y NA
 3473264 3473265 EcHS_A1317 EcHS_A1318 hemK   TRUE 0.963 -3.000 0.109 NA   NA
 3473265 3473266 EcHS_A1318 EcHS_A1319   sirB1 TRUE 0.958 4.000 0.195 NA   NA
 3473266 3473267 EcHS_A1319 EcHS_A1320 sirB1 kdsA TRUE 0.520 36.000 0.089 1.000   NA
 3473267 3473268 EcHS_A1320 EcHS_A1321 kdsA   FALSE 0.194 51.000 0.000 NA   NA
 3473269 3473270 EcHS_A1322 EcHS_A1323     FALSE 0.003 401.000 0.000 NA   NA
 3473270 3473271 EcHS_A1323 EcHS_A1324     FALSE 0.003 378.000 0.000 NA   NA
 3473272 3473273 EcHS_A1325 EcHS_A1326     FALSE 0.192 137.000 0.140 NA   NA
 3473275 3473276 EcHS_A1328 EcHS_A1329     TRUE 0.792 -67.000 0.000 NA   NA
 3473277 3473278 EcHS_A1330 EcHS_A1331 narL narX TRUE 0.999 -7.000 0.521 0.015 Y NA
 3473279 3473280 EcHS_A1332 EcHS_A1333   narK FALSE 0.101 95.000 0.000 NA   NA
 3473280 3473281 EcHS_A1333 EcHS_A1334 narK narG FALSE 0.004 516.000 0.000 1.000 N NA
 3473281 3473282 EcHS_A1334 EcHS_A1335 narG narH TRUE 0.999 -3.000 0.471 0.001 Y NA
 3473282 3473283 EcHS_A1335 EcHS_A1336 narH narJ TRUE 0.999 -3.000 0.588 0.003 Y NA
 3473283 3473284 EcHS_A1336 EcHS_A1337 narJ narI2 TRUE 0.999 0.000 0.500 0.003 Y NA
 3473285 3473286 EcHS_A4665 EcHS_A4666     FALSE 0.003 383.000 0.000 NA   NA
 3473286 3473287 EcHS_A4666 EcHS_A1340   purU FALSE 0.046 159.000 0.000 NA   NA
 3473287 3473288 EcHS_A1340 EcHS_A1341 purU   TRUE 0.552 50.000 0.200 NA   NA
 3473289 3473290 EcHS_A1342 EcHS_A1343     FALSE 0.190 92.000 0.048 1.000   NA
 3473290 3473291 EcHS_A1343 EcHS_A1344   galU FALSE 0.158 202.000 0.235 1.000 N NA
 3473292 3473293 EcHS_A1345 EcHS_A1346     FALSE 0.106 92.000 0.000 NA   NA
 3473295 3473296 EcHS_A1348 EcHS_A1350   adhE FALSE 0.081 124.000 0.000 NA   NA
 3473297 3473298 EcHS_A1351 EcHS_A1352   oppA FALSE 0.002 738.000 0.000 NA N NA
 3473298 3473299 EcHS_A1352 EcHS_A1353 oppA oppB TRUE 0.837 86.000 0.151 0.062 Y NA
 3473299 3473300 EcHS_A1353 EcHS_A1354 oppB oppC TRUE 0.997 15.000 0.870 0.062 Y NA
 3473300 3473301 EcHS_A1354 EcHS_A1355 oppC oppD TRUE 0.994 12.000 0.554 1.000 Y NA
 3473301 3473302 EcHS_A1355 EcHS_A1356 oppD oppF TRUE 0.999 -3.000 0.420 0.002 Y NA
 3473303 3473304 EcHS_A1357 EcHS_A1358   cls TRUE 0.693 35.000 0.231 NA   NA
 3473304 3473305 EcHS_A1358 EcHS_A1359 cls kch FALSE 0.006 371.000 0.000 1.000 N NA
 3473305 3473306 EcHS_A1359 EcHS_A1360 kch   FALSE 0.006 300.000 0.000 NA   NA
 3473308 3473309 EcHS_A1362 EcHS_A1363 yciA ispZ FALSE 0.303 105.000 0.167 NA N NA
 3473309 3473310 EcHS_A1363 EcHS_A1364 ispZ   TRUE 0.440 30.000 0.061 NA   NA
 3473312 3473313 EcHS_A1366 EcHS_A1367   yciF TRUE 0.746 46.000 0.115 0.002   NA
 3473313 3473314 EcHS_A1367 EcHS_A1368 yciF   TRUE 0.776 58.000 0.500 NA   NA
 3473314 3473315 EcHS_A1368 EcHS_A1369   trpA FALSE 0.003 394.000 0.000 NA   NA
 3473315 3473316 EcHS_A1369 EcHS_A1370 trpA trpB TRUE 1.000 0.000 0.947 0.001 Y NA
 3473316 3473317 EcHS_A1370 EcHS_A1371 trpB trpC TRUE 0.993 12.000 0.221 0.001 Y NA
 3473317 3473318 EcHS_A1371 EcHS_A1372 trpC trpD TRUE 0.997 1.000 0.293 1.000 Y NA
 3473318 3473319 EcHS_A1372 EcHS_A1373 trpD trpE TRUE 0.996 0.000 0.010 0.001 Y NA
 3473319 3473320 EcHS_A1373 EcHS_A1374 trpE   FALSE 0.098 92.000 0.023 NA   NA
 3473321 3473322 EcHS_A1375 EcHS_A1376     TRUE 0.986 -3.000 0.281 NA   NA
 3473322 3473323 EcHS_A1376 EcHS_A1377     FALSE 0.337 28.000 0.000 NA   NA
 3473323 3473324 EcHS_A1377 EcHS_A1378   rluB FALSE 0.019 211.000 0.000 NA   NA
 3473325 3473326 EcHS_A1379 EcHS_A1380 btuR   TRUE 0.955 -3.000 0.050 1.000 N NA
 3473329 3473330 EcHS_A1383 EcHS_A1384 topA cysB FALSE 0.027 210.000 0.008 1.000 N NA
 3473330 3473331 EcHS_A1384 EcHS_A1385 cysB   FALSE 0.011 289.000 0.000 1.000 N NA
 3473331 3473332 EcHS_A1385 EcHS_A1386     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.023 Y NA
 3473332 3473333 EcHS_A1386 EcHS_A1387   acnA FALSE 0.004 522.000 0.000 1.000 N NA
 3473335 3473336 EcHS_A1389 EcHS_A1390 pgpB   FALSE 0.166 149.000 0.143 NA   NA
 3473336 3473337 EcHS_A1390 EcHS_A1391     TRUE 0.988 7.000 0.576 NA   NA
 3473339 3473340 EcHS_A1393 EcHS_A1394 pyrF   TRUE 0.950 0.000 0.045 1.000 N NA
 3473341 3473342 EcHS_A1395 EcHS_A1396     FALSE 0.008 269.000 0.000 NA   NA
 3473342 3473343 EcHS_A1396 EcHS_A1397     FALSE 0.302 90.000 0.146 NA   NA
 3473343 3473344 EcHS_A1397 EcHS_A1398     FALSE 0.132 138.000 0.083 NA   NA
 3473344 3473345 EcHS_A1398 EcHS_A1399   rnb FALSE 0.023 235.000 0.000 1.000 N NA
 3473345 3473346 EcHS_A1399 EcHS_A1400 rnb   FALSE 0.309 68.000 0.105 NA   NA
 3473346 3473347 EcHS_A1400 EcHS_A1401   fabI FALSE 0.214 66.000 0.057 NA   NA
 3473349 3473350 EcHS_A1403 EcHS_A1404   sapF FALSE 0.207 68.000 0.000 1.000   NA
 3473350 3473351 EcHS_A1404 EcHS_A1405 sapF sapD TRUE 0.999 2.000 0.684 0.020 Y NA
 3473351 3473352 EcHS_A1405 EcHS_A1406 sapD sapC TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 3473352 3473353 EcHS_A1406 EcHS_A1407 sapC sapB TRUE 0.997 -13.000 0.284 0.062 Y NA
 3473353 3473354 EcHS_A1407 EcHS_A1408 sapB sapA TRUE 0.994 -3.000 0.264 0.062 N NA
 3473354 3473355 EcHS_A1408 EcHS_A1409 sapA   FALSE 0.006 312.000 0.000 NA   NA
 3473355 3473356 EcHS_A1409 EcHS_A1410     TRUE 0.531 16.000 0.000 NA   NA
 3473356 3473357 EcHS_A1410 EcHS_A1411     TRUE 0.781 8.000 0.000 NA   NA
 3473357 3473358 EcHS_A1411 EcHS_A1412   puuA FALSE 0.073 303.000 0.000 1.000 Y NA
 3473359 3473360 EcHS_A1413 EcHS_A1414 puuD puuR TRUE 0.510 27.000 0.046 1.000   NA
 3473360 3473361 EcHS_A1414 EcHS_A1415 puuR puuC FALSE 0.015 275.000 0.040 1.000 N NA
 3473361 3473362 EcHS_A1415 EcHS_A1416 puuC puuB TRUE 0.996 2.000 0.500 0.046 N NA
 3473362 3473363 EcHS_A1416 EcHS_A1417 puuB gabT1 TRUE 0.866 38.000 0.100 1.000 Y NA
 3473365 3473366 EcHS_A1419 EcHS_A1420 pspA pspB TRUE 0.880 54.000 0.739 NA   NA
 3473366 3473367 EcHS_A1420 EcHS_A1421 pspB pspC TRUE 0.998 0.000 0.913 NA   NA
 3473367 3473368 EcHS_A1421 EcHS_A1422 pspC pspD TRUE 0.930 9.000 0.167 NA   NA
 3473368 3473369 EcHS_A1422 EcHS_A1423 pspD pspE FALSE 0.331 75.000 0.133 NA   NA
 3473369 3473370 EcHS_A1423 EcHS_A1424 pspE   FALSE 0.032 212.000 0.000 1.000 N NA
 3473370 3473371 EcHS_A1424 EcHS_A1425     TRUE 0.987 14.000 0.360 1.000 Y NA
 3473371 3473372 EcHS_A1425 EcHS_A1426     TRUE 0.993 21.000 0.620 0.062 Y NA
 3473372 3473373 EcHS_A1426 EcHS_A1427     TRUE 0.999 -13.000 0.805 0.062 Y NA
 3473373 3473374 EcHS_A1427 EcHS_A1428     TRUE 0.749 31.000 0.205 1.000 N NA
 3473374 3473375 EcHS_A1428 EcHS_A1429     TRUE 0.868 19.000 0.261 NA N NA
 3473375 3473376 EcHS_A1429 EcHS_A1430     TRUE 0.969 10.000 0.347 NA   NA
 3473376 3473377 EcHS_A1430 EcHS_A1431     TRUE 0.936 -3.000 0.000 1.000   NA
 3473377 3473378 EcHS_A1431 EcHS_A1432   pgmB TRUE 0.936 -3.000 0.000 1.000   NA
 3473378 3473379 EcHS_A1432 EcHS_A1433 pgmB   TRUE 0.827 14.000 0.103 1.000   NA
 3473379 3473380 EcHS_A1433 EcHS_A1434   ompG TRUE 0.784 45.000 0.222 0.062   NA
 3473382 3473383 EcHS_A1436 EcHS_A1437     TRUE 0.997 -3.000 0.791 NA   NA
 3473383 3473384 EcHS_A1437 EcHS_A1438   tyrR FALSE 0.163 148.000 0.137 NA   NA
 3473387 3473388 EcHS_A1442 EcHS_A1443     FALSE 0.012 275.000 0.000 1.000   NA
 3473394 3473395 EcHS_A1449 EcHS_A1450 uspE fnr TRUE 0.856 152.000 0.619 1.000 Y NA
 3473395 3473396 EcHS_A1450 EcHS_A1451 fnr ogt FALSE 0.043 195.000 0.000 1.000 N NA
 3473396 3473397 EcHS_A1451 EcHS_A1452 ogt abgT TRUE 0.731 11.000 0.000 NA N NA
 3473397 3473398 EcHS_A1452 EcHS_A1453 abgT abgB TRUE 0.414 37.000 0.080 NA   NA
 3473398 3473399 EcHS_A1453 EcHS_A1454 abgB abgA TRUE 0.990 0.000 0.128 0.004   NA
 3473399 3473400 EcHS_A1454 EcHS_A1456 abgA   FALSE 0.132 76.000 0.000 NA   NA
 3473401 3473402 EcHS_A1455 EcHS_A4742     TRUE 0.824 -19.000 0.000 NA   NA
 3473402 3473403 EcHS_A4742 EcHS_A1457     FALSE 0.037 170.000 0.000 NA   NA
 3473405 3473406 EcHS_A1459 EcHS_A4743 zntB   FALSE 0.005 330.000 0.000 NA   NA
 3473406 3473407 EcHS_A4743 EcHS_A1460   dbpA FALSE 0.135 74.000 0.000 NA   NA
 3473408 3473409 EcHS_A1461 EcHS_A1462   uspF FALSE 0.039 177.000 0.000 NA N NA
 3473409 3473410 EcHS_A1462 EcHS_A1463 uspF ompN FALSE 0.104 141.000 0.000 1.000 N NA
 3473414 3473415 EcHS_A1466 EcHS_A1467 hslJ idhA FALSE 0.102 111.000 0.000 NA N NA
 3473416 3473417 EcHS_A1468 EcHS_A1469     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3473417 3473418 EcHS_A1469 EcHS_A1470     TRUE 0.991 8.000 0.726 NA   NA
 3473421 3473422 EcHS_A1473 EcHS_A1474 tynA paaN FALSE 0.019 248.000 0.000 1.000 N NA
 3473423 3473424 EcHS_A1475 EcHS_A1476 paaG paaH TRUE 0.989 12.000 0.920 NA   NA
 3473424 3473425 EcHS_A1476 EcHS_A1477 paaH paaI TRUE 0.994 9.000 0.943 NA   NA
 3473425 3473426 EcHS_A1477 EcHS_A1478 paaI paaJ TRUE 0.983 15.000 0.919 NA   NA
 3473426 3473427 EcHS_A1478 EcHS_A1479 paaJ paaK TRUE 0.987 8.000 0.571 NA   NA
 3473427 3473428 EcHS_A1479 EcHS_A1480 paaK   TRUE 0.970 -3.000 0.093 1.000 N NA
 3473428 3473429 EcHS_A1480 EcHS_A1481   paaB TRUE 0.998 0.000 0.215 0.001 Y NA
 3473429 3473430 EcHS_A1481 EcHS_A1482 paaB paaC TRUE 0.990 2.000 0.051 1.000 Y NA
 3473430 3473431 EcHS_A1482 EcHS_A1483 paaC paaD TRUE 0.846 -10.000 0.013 NA N NA
 3473431 3473432 EcHS_A1483 EcHS_A1484 paaD pcaF TRUE 0.941 0.000 0.058 NA N NA
 3473432 3473433 EcHS_A1484 EcHS_A1485 pcaF paaF TRUE 0.846 27.000 0.293 1.000 N NA
 3473433 3473434 EcHS_A1485 EcHS_A1486 paaF paaX FALSE 0.264 101.000 0.132 NA N NA
 3473434 3473435 EcHS_A1486 EcHS_A1487 paaX paaY TRUE 0.932 -18.000 0.118 NA   NA
 3473435 3473436 EcHS_A1487 EcHS_A1488 paaY   FALSE 0.007 331.000 0.000 1.000   NA
 3473436 3473437 EcHS_A1488 EcHS_A1489     FALSE 0.031 208.000 0.000 1.000   NA
 3473437 3473438 EcHS_A1489 EcHS_A1490     FALSE 0.152 64.000 0.000 NA   NA
 3473438 3473439 EcHS_A1490 EcHS_A1491     FALSE 0.037 171.000 0.000 NA   NA
 3473439 3473440 EcHS_A1491 EcHS_A1492   cdsA2 TRUE 0.992 0.000 0.179 0.002   NA
 3473440 3473441 EcHS_A1492 EcHS_A1493 cdsA2   TRUE 0.531 16.000 0.000 NA   NA
 3473441 3473442 EcHS_A1493 EcHS_A1494     TRUE 0.981 14.000 0.285 NA Y NA
 3473444 3473445 EcHS_A1496 EcHS_A1497 hrpA   FALSE 0.008 272.000 0.000 NA   NA
 3473445 3473446 EcHS_A1497 EcHS_A1498   aldA FALSE 0.029 197.000 0.040 NA   NA
 3473448 3473449 EcHS_A1500 EcHS_A1501     FALSE 0.011 245.000 0.000 NA   NA
 3473453 3473454 EcHS_A1505 EcHS_A1506     FALSE 0.015 225.000 0.000 NA   NA
 3473454 3473455 EcHS_A1506 EcHS_A1507     FALSE 0.061 140.000 0.026 NA   NA
 3473455 3473456 EcHS_A1507 EcHS_A1508   rimL FALSE 0.147 63.000 0.026 NA   NA
 3473458 3473459 EcHS_A1510 EcHS_A1511 tehA tehB TRUE 0.980 -3.000 0.175 1.000   NA
 3473459 3473460 EcHS_A1511 EcHS_A1512 tehB   FALSE 0.052 152.000 0.000 NA   NA
 3473460 3473461 EcHS_A1512 EcHS_A1513     FALSE 0.298 32.000 0.000 NA   NA
 3473465 3473466 EcHS_A1517 EcHS_A1519     FALSE 0.410 31.000 0.000 1.000   NA
 3473467 3473468 EcHS_A1520 EcHS_A1521     FALSE 0.172 57.000 0.000 NA   NA
 3473469 3473470 EcHS_A1522 EcHS_A1523     FALSE 0.181 79.000 0.000 1.000   NA
 3473470 3473471 EcHS_A1523 EcHS_A1524   ydcS FALSE 0.132 245.000 0.000 1.000 Y NA
 3473471 3473472 EcHS_A1524 EcHS_A1525 ydcS ydcT TRUE 0.994 18.000 0.609 0.061 Y NA
 3473472 3473473 EcHS_A1525 EcHS_A1526 ydcT ydcU TRUE 0.999 1.000 0.643 0.061 Y NA
 3473473 3473474 EcHS_A1526 EcHS_A1527 ydcU ydcV TRUE 0.999 -10.000 0.821 0.061 Y NA
 3473474 3473475 EcHS_A1527 EcHS_A1528 ydcV ydcW TRUE 0.835 22.000 0.216 1.000 N NA
 3473475 3473476 EcHS_A1528 EcHS_A1529 ydcW   FALSE 0.238 64.000 0.000 1.000 N NA
 3473476 3473477 EcHS_A1529 EcHS_A1530     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.023 Y NA
 3473477 3473478 EcHS_A1530 EcHS_A1531     FALSE 0.108 91.000 0.000 NA   NA
 3473478 3473479 EcHS_A1531 EcHS_A1532     FALSE 0.115 86.000 0.000 NA   NA
 3473480 3473481 EcHS_A1533 EcHS_A1534     TRUE 0.946 -3.000 0.070 NA   NA
 3473482 3473483 EcHS_A1535 EcHS_A1536     FALSE 0.036 198.000 0.000 1.000   NA
 3473485 3473486 EcHS_A1537 EcHS_A1539     FALSE 0.056 148.000 0.000 NA   NA
 3473490 3473491 EcHS_A1543 EcHS_A1544     FALSE 0.012 239.000 0.000 NA   NA
 3473491 3473492 EcHS_A1544 EcHS_A1545     FALSE 0.386 33.000 0.000 1.000   NA
 3473495 3473496 EcHS_A1548 EcHS_A1549   narI1 FALSE 0.181 79.000 0.000 1.000   NA
 3473496 3473497 EcHS_A1549 EcHS_A1550 narI1 narW TRUE 0.999 -3.000 0.429 0.003 Y NA
 3473497 3473498 EcHS_A1550 EcHS_A1551 narW narY TRUE 1.000 0.000 0.714 0.003 Y NA
 3473498 3473499 EcHS_A1551 EcHS_A1552 narY narZ TRUE 1.000 -3.000 0.833 0.001 Y NA
 3473499 3473500 EcHS_A1552 EcHS_A1553 narZ narU TRUE 0.774 82.000 0.556 1.000 N NA
 3473500 3473501 EcHS_A1553 EcHS_A1554 narU   FALSE 0.008 324.000 0.000 1.000   NA
 3473501 3473502 EcHS_A1554 EcHS_A1555     TRUE 0.494 24.000 0.000 1.000   NA
 3473502 3473503 EcHS_A1555 EcHS_A1556     FALSE 0.035 259.000 0.000 0.098   NA
 3473504 3473505 EcHS_A1557 EcHS_A1558 fdnG fdnH TRUE 0.996 13.000 0.429 0.002 Y NA
 3473505 3473506 EcHS_A1558 EcHS_A1559 fdnH fdnI TRUE 0.998 -25.000 0.333 0.002 Y NA
 3473506 3473507 EcHS_A1559 EcHS_A1560 fdnI   FALSE 0.116 85.000 0.000 NA   NA
 3473508 3473509 EcHS_A1562 EcHS_A1563     FALSE 0.088 146.000 0.000 1.000   NA
 3473509 3473510 EcHS_A1563 EcHS_A1564   sfcA FALSE 0.103 134.000 0.000 1.000   NA
 3473510 3473511 EcHS_A1564 EcHS_A1565 sfcA   TRUE 0.655 157.000 0.750 1.000   NA
 3473511 3473512 EcHS_A1565 EcHS_A1566     TRUE 0.692 102.000 0.571 NA   NA
 3473514 3473515 EcHS_A1568 EcHS_A1569     TRUE 0.998 -7.000 0.219 0.002 Y NA
 3473515 3473516 EcHS_A1569 EcHS_A1570   yddQ TRUE 0.998 -3.000 0.333 1.000 Y NA
 3473516 3473517 EcHS_A1570 EcHS_A1571 yddQ yddR TRUE 0.997 -3.000 0.143 0.061 Y NA
 3473517 3473518 EcHS_A1571 EcHS_A1572 yddR   TRUE 0.995 2.000 0.091 0.061 Y NA
 3473518 3473519 EcHS_A1572 EcHS_A1573   ddpX TRUE 0.827 14.000 0.091 1.000 N NA
 3473519 3473520 EcHS_A1573 EcHS_A1574 ddpX dos FALSE 0.016 258.000 0.000 1.000 N NA
 3473520 3473521 EcHS_A1574 EcHS_A1575 dos   TRUE 0.997 1.000 0.130 0.004 Y NA
 3473521 3473522 EcHS_A1575 EcHS_A1576     FALSE 0.005 377.000 0.000 1.000   NA
 3473522 3473523 EcHS_A1576 EcHS_A1577   gadC FALSE 0.108 131.000 0.000 1.000   NA
 3473523 3473524 EcHS_A1577 EcHS_A1578 gadC gadB TRUE 0.496 156.000 0.103 1.000 Y NA
 3473524 3473525 EcHS_A1578 EcHS_A1579 gadB pqqL FALSE 0.006 363.000 0.000 1.000   NA
 3473525 3473526 EcHS_A1579 EcHS_A1580 pqqL   TRUE 0.507 57.000 0.167 1.000   NA
 3473526 3473527 EcHS_A1580 EcHS_A1581     TRUE 0.576 38.000 0.000 0.072   NA
 3473527 3473528 EcHS_A1581 EcHS_A1582     FALSE 0.010 291.000 0.000 1.000   NA
 3473528 3473529 EcHS_A1582 EcHS_A1583     TRUE 0.864 52.000 0.600 1.000   NA
 3473529 3473530 EcHS_A1583 EcHS_A1584     FALSE 0.005 402.000 0.000 1.000 N NA
 3473530 3473531 EcHS_A1584 EcHS_A1585     FALSE 0.004 520.000 0.000 1.000 N NA
 3473531 3473532 EcHS_A1585 EcHS_A1586     FALSE 0.007 334.000 0.000 1.000   NA
 3473532 3473533 EcHS_A1586 EcHS_A1587     TRUE 0.520 59.000 0.000 0.008   NA
 3473533 3473534 EcHS_A1587 EcHS_A1588     TRUE 0.978 13.000 0.000 0.008 Y NA
 3473534 3473535 EcHS_A1588 EcHS_A1589     TRUE 0.688 14.000 0.000 1.000   NA
 3473535 3473536 EcHS_A1589 EcHS_A1590     FALSE 0.002 853.000 0.000 NA   NA
 3473536 3473537 EcHS_A1590 EcHS_A1591   hipB TRUE 0.996 0.000 0.675 NA   NA
 3473537 3473538 EcHS_A1591 EcHS_A1592 hipB   FALSE 0.021 205.000 0.000 NA   NA
 3473538 3473539 EcHS_A1592 EcHS_A1593   lsrK FALSE 0.002 531.000 0.000 NA   NA
 3473539 3473540 EcHS_A1593 EcHS_A1594 lsrK lsrR FALSE 0.200 79.000 0.000 1.000 N NA
 3473541 3473542 EcHS_A1595 EcHS_A1596 lsrA lsrC TRUE 0.999 -6.000 0.818 1.000 Y NA
 3473542 3473543 EcHS_A1596 EcHS_A1597 lsrC lsrD TRUE 1.000 0.000 0.788 0.061 Y NA
 3473543 3473544 EcHS_A1597 EcHS_A1598 lsrD lsrB TRUE 0.997 12.000 0.844 NA Y NA
 3473544 3473545 EcHS_A1598 EcHS_A1599 lsrB lsrF TRUE 0.857 27.000 0.000 NA Y NA
 3473545 3473546 EcHS_A1599 EcHS_A1600 lsrF lsrG TRUE 0.494 24.000 0.000 1.000   NA
 3473546 3473547 EcHS_A1600 EcHS_A1601 lsrG tam FALSE 0.243 57.000 0.000 1.000   NA
 3473548 3473549 EcHS_A1602 EcHS_A1603   uxaB FALSE 0.147 156.000 0.143 NA   NA
 3473549 3473550 EcHS_A1603 EcHS_A1604 uxaB   FALSE 0.025 227.000 0.000 1.000 N NA
 3473550 3473551 EcHS_A1604 EcHS_A1605     FALSE 0.040 220.000 0.098 NA   NA
 3473551 3473552 EcHS_A1605 EcHS_A1606   glsA2 TRUE 0.912 0.000 0.037 NA   NA
 3473552 3473553 EcHS_A1606 EcHS_A1607 glsA2   FALSE 0.238 64.000 0.000 1.000 N NA
 3473554 3473555 EcHS_A1608 EcHS_A1609     FALSE 0.127 78.000 0.000 NA   NA
 3473555 3473556 EcHS_A1609 EcHS_A1610   sotB FALSE 0.054 150.000 0.000 NA   NA
 3473558 3473559 EcHS_A1612 EcHS_A1613 marR marA TRUE 0.448 20.000 0.000 NA   NA
 3473559 3473560 EcHS_A1613 EcHS_A1614 marA marB FALSE 0.298 32.000 0.000 NA   NA
 3473561 3473562 EcHS_A1615 EcHS_A1617     FALSE 0.373 25.000 0.000 NA   NA
 3473562 3473563 EcHS_A1617 EcHS_A1618     FALSE 0.176 56.000 0.000 NA   NA
 3473563 3473564 EcHS_A1618 EcHS_A1619     TRUE 0.952 28.000 0.105 0.011 Y NA
 3473564 3473565 EcHS_A1619 EcHS_A1620     TRUE 0.961 124.000 0.789 0.011 Y NA
 3473568 3473569 EcHS_A1623 EcHS_A1624 ydeE   FALSE 0.143 127.000 0.077 NA   NA
 3473570 3473571 EcHS_A1625 EcHS_A1626     FALSE 0.010 255.000 0.000 NA   NA
 3473574 3473575 EcHS_A1629 EcHS_A1630     FALSE 0.162 89.000 0.000 1.000   NA
 3473576 3473577 EcHS_A1631 EcHS_A1632     TRUE 0.769 9.000 0.000 NA   NA
 3473577 3473578 EcHS_A1632 EcHS_A1633   ydfJ TRUE 0.622 89.000 0.000 1.000 Y NA
 3473579 3473580 EcHS_A1634 EcHS_A1635   pinR FALSE 0.005 317.000 0.000 NA   NA
 3473581 3473582 EcHS_A1636 EcHS_A1637     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3473582 3473583 EcHS_A1637 EcHS_A1638     TRUE 0.699 65.000 0.000 1.000 Y NA
 3473583 3473584 EcHS_A1638 EcHS_A1639     FALSE 0.144 68.000 0.000 NA   NA
 3473584 3473585 EcHS_A1639 EcHS_A1640     FALSE 0.003 386.000 0.000 NA   NA
 3473585 3473586 EcHS_A1640 EcHS_A1641     FALSE 0.002 1050.000 0.000 NA   NA
 3473586 3473587 EcHS_A1641 EcHS_A1642     FALSE 0.002 672.000 0.000 NA   NA
 3473587 3473588 EcHS_A1642 EcHS_A1643     FALSE 0.004 361.000 0.000 NA   NA
 3473588 3473589 EcHS_A1643 EcHS_A1644     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3473589 3473590 EcHS_A1644 EcHS_A1645     FALSE 0.005 322.000 0.000 NA   NA
 3473590 3473591 EcHS_A1645 EcHS_A1646     TRUE 0.809 5.000 0.000 NA   NA
 3473591 3473592 EcHS_A1646 EcHS_A1647     FALSE 0.027 191.000 0.000 NA   NA
 3473592 3473593 EcHS_A1647 EcHS_A1648     FALSE 0.003 407.000 0.000 NA   NA
 3473593 3473594 EcHS_A1648 EcHS_A1649     FALSE 0.002 873.000 0.000 NA   NA
 3473596 3473597 EcHS_A1651 EcHS_A1652     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.023 Y NA
 3473597 3473598 EcHS_A1652 EcHS_A1653     TRUE 0.461 29.000 0.000 1.000 N NA
 3473598 3473599 EcHS_A1653 EcHS_A1654   rspA TRUE 0.809 12.000 0.049 1.000 N NA
 3473599 3473600 EcHS_A1654 EcHS_A1655 rspA   FALSE 0.028 206.000 0.020 1.000   NA
 3473601 3473602 EcHS_A1656 EcHS_A1657   speG FALSE 0.359 35.000 0.055 NA   NA
 3473604 3473605 EcHS_A1659 EcHS_A1660   ynfE FALSE 0.170 199.000 0.304 NA   NA
 3473605 3473606 EcHS_A1660 EcHS_A1661 ynfE   TRUE 0.937 61.000 0.231 0.001 Y NA
 3473606 3473607 EcHS_A1661 EcHS_A1662   dmsB1 TRUE 0.998 11.000 0.667 0.056 Y NA
 3473607 3473608 EcHS_A1662 EcHS_A1663 dmsB1 dmsC2 TRUE 0.987 2.000 0.333 1.000   NA
 3473608 3473609 EcHS_A1663 EcHS_A1664 dmsC2 dmsD TRUE 0.528 43.000 0.125 1.000   NA
 3473609 3473610 EcHS_A1664 EcHS_A1665 dmsD   TRUE 0.431 21.000 0.000 NA   NA
 3473610 3473611 EcHS_A1665 EcHS_A1666     FALSE 0.146 67.000 0.000 NA   NA
 3473612 3473613 EcHS_A1667 EcHS_A1668 bioD2 mic TRUE 0.580 125.000 0.455 NA N NA
 3473613 3473614 EcHS_A1668 EcHS_A1669 mic   TRUE 0.799 135.000 0.408 NA Y NA
 3473615 3473616 EcHS_A1670 EcHS_A1671 ynfM   FALSE 0.003 397.000 0.000 NA   NA
 3473616 3473617 EcHS_A1671 EcHS_A1672     FALSE 0.007 276.000 0.000 NA   NA
 3473618 3473619 EcHS_A1673 EcHS_A1674 mdtI mdtJ TRUE 0.999 -13.000 0.869 0.087 Y NA
 3473621 3473622 EcHS_A1676 EcHS_A1677   pntA TRUE 0.999 11.000 0.745 0.001 Y NA
 3473623 3473624 EcHS_A1678 EcHS_A1679   ydgH TRUE 0.854 -10.000 0.000 NA   NA
 3473624 3473625 EcHS_A1679 EcHS_A1680 ydgH arcD FALSE 0.092 186.000 0.143 NA   NA
 3473625 3473626 EcHS_A1680 EcHS_A1681 arcD   TRUE 0.608 37.000 0.140 1.000 N NA
 3473628 3473629 EcHS_A1683 EcHS_A1684 rstA rstB TRUE 0.992 4.000 0.181 1.000 Y NA
 3473629 3473630 EcHS_A1684 EcHS_A1685 rstB tus TRUE 0.479 76.000 0.200 1.000   NA
 3473631 3473632 EcHS_A1686 EcHS_A1687 fumC fumA TRUE 0.682 143.000 0.000 0.001 Y NA
 3473633 3473634 EcHS_A1688 EcHS_A1689 manA   TRUE 0.784 101.000 0.778 NA   NA
 3473635 3473636 EcHS_A1690 EcHS_A1691 uidC uidB TRUE 0.819 39.000 0.375 1.000   NA
 3473636 3473637 EcHS_A1691 EcHS_A1692 uidB uidA TRUE 0.997 -3.000 0.235 1.000 Y NA
 3473637 3473638 EcHS_A1692 EcHS_A1693 uidA uidR FALSE 0.005 391.000 0.000 1.000 N NA
 3473638 3473639 EcHS_A1693 EcHS_A1694 uidR   FALSE 0.027 221.000 0.000 1.000 N NA
 3473639 3473640 EcHS_A1694 EcHS_A1695   malI FALSE 0.144 112.000 0.000 1.000 N NA
 3473641 3473642 EcHS_A1696 EcHS_A1697 malX malY TRUE 0.985 10.000 0.531 1.000 N NA
 3473642 3473643 EcHS_A1697 EcHS_A1698 malY add FALSE 0.305 104.000 0.132 1.000 N NA
 3473645 3473646 EcHS_A1700 EcHS_A1701 blr   FALSE 0.008 273.000 0.000 NA   NA
 3473646 3473647 EcHS_A1701 EcHS_A1702     FALSE 0.275 86.000 0.120 NA   NA
 3473647 3473648 EcHS_A1702 EcHS_A1703   rnfA FALSE 0.346 77.000 0.148 NA   NA
 3473648 3473649 EcHS_A1703 EcHS_A1704 rnfA rnfB TRUE 0.999 0.000 0.564 0.056 Y NA
 3473649 3473650 EcHS_A1704 EcHS_A1705 rnfB rnfC TRUE 0.999 -7.000 0.537 0.018 Y NA
 3473650 3473651 EcHS_A1705 EcHS_A1706 rnfC rnfD TRUE 0.999 1.000 0.814 0.056 Y NA
 3473651 3473652 EcHS_A1706 EcHS_A1707 rnfD rnfG TRUE 0.999 4.000 0.924 0.056 Y NA
 3473652 3473653 EcHS_A1707 EcHS_A1708 rnfG rnfE TRUE 0.999 4.000 0.908 0.056 Y NA
 3473653 3473654 EcHS_A1708 EcHS_A1709 rnfE nth TRUE 0.971 0.000 0.109 1.000 N NA
 3473654 3473655 EcHS_A1709 EcHS_A1710 nth tppB FALSE 0.003 611.000 0.000 1.000 N NA
 3473655 3473656 EcHS_A1710 EcHS_A1711 tppB   TRUE 0.567 106.000 0.344 1.000 N NA
 3473657 3473658 EcHS_A1712 EcHS_A1713 pdxY tyrS FALSE 0.275 62.000 0.041 1.000 N NA
 3473658 3473659 EcHS_A1713 EcHS_A1714 tyrS pdxH FALSE 0.159 129.000 0.054 1.000 N NA
 3473659 3473660 EcHS_A1714 EcHS_A1715 pdxH   FALSE 0.176 59.000 0.034 NA   NA
 3473660 3473661 EcHS_A1715 EcHS_A1716     FALSE 0.102 104.000 0.034 NA   NA
 3473663 3473664 EcHS_A1718 EcHS_A1719     FALSE 0.373 25.000 0.000 NA   NA
 3473665 3473666 EcHS_A1720 EcHS_A1721     TRUE 0.987 3.000 0.412 NA   NA
 3473666 3473667 EcHS_A1721 EcHS_A1722     TRUE 0.899 0.000 0.000 NA   NA
 3473668 3473669 EcHS_A1723 EcHS_A1724 sodC ydhF FALSE 0.187 81.000 0.033 1.000   NA
 3473670 3473671 EcHS_A1725 EcHS_A1726     FALSE 0.019 212.000 0.000 NA   NA
 3473671 3473672 EcHS_A1726 EcHS_A1727   nemA TRUE 0.838 35.000 0.362 1.000 N NA
 3473672 3473673 EcHS_A1727 EcHS_A1728 nemA gloA FALSE 0.251 81.000 0.057 1.000 N NA
 3473673 3473674 EcHS_A1728 EcHS_A1729 gloA rnt FALSE 0.311 103.000 0.136 1.000 N NA
 3473677 3473678 EcHS_A1732 EcHS_A1733     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3473679 3473680 EcHS_A1734 EcHS_A1735   sodB FALSE 0.110 128.000 0.015 1.000 N NA
 3473681 3473682 EcHS_A1736 EcHS_A1737     FALSE 0.041 166.000 0.000 NA   NA
 3473685 3473686 EcHS_A1740 EcHS_A1741   cfa FALSE 0.011 291.000 0.000 1.000 N NA
 3473689 3473690 EcHS_A1744 EcHS_A1745     FALSE 0.023 202.000 0.000 NA   NA
 3473691 3473692 EcHS_A4667 EcHS_A4668     TRUE 0.846 3.000 0.000 NA   NA
 3473692 3473693 EcHS_A4668 EcHS_A1748   ydhR FALSE 0.090 107.000 0.000 NA   NA
 3473693 3473694 EcHS_A1748 EcHS_A1749 ydhR   FALSE 0.079 126.000 0.000 NA   NA
 3473694 3473695 EcHS_A1749 EcHS_A1750     FALSE 0.018 213.000 0.000 NA   NA
 3473696 3473697 EcHS_A1751 EcHS_A1752     TRUE 0.999 -3.000 0.444 0.056 Y NA
 3473697 3473698 EcHS_A1752 EcHS_A1753     TRUE 0.911 13.000 0.235 NA   NA
 3473698 3473699 EcHS_A1753 EcHS_A1754     TRUE 0.986 4.000 0.458 NA   NA
 3473699 3473700 EcHS_A1754 EcHS_A1755     TRUE 0.993 21.000 0.600 0.018 Y NA
 3473700 3473701 EcHS_A1755 EcHS_A1756     FALSE 0.002 455.000 0.000 NA   NA
 3473702 3473703 EcHS_A1757 EcHS_A1758 pykF lpp FALSE 0.010 311.000 0.000 1.000 N NA
 3473704 3473705 EcHS_A1759 EcHS_A1760   sufE FALSE 0.096 149.000 0.069 NA   NA
 3473705 3473706 EcHS_A1760 EcHS_A1761 sufE sufS TRUE 0.880 13.000 0.183 NA   NA
 3473706 3473707 EcHS_A1761 EcHS_A1762 sufS sufD TRUE 0.983 -3.000 0.193 1.000 N NA
 3473707 3473708 EcHS_A1762 EcHS_A1763 sufD sufC TRUE 0.997 -25.000 0.482 1.000 Y NA
 3473708 3473709 EcHS_A1763 EcHS_A1764 sufC sufB TRUE 0.995 10.000 0.466 1.000 Y NA
 3473709 3473710 EcHS_A1764 EcHS_A1765 sufB sufA TRUE 0.808 9.000 0.041 NA   NA
 3473712 3473713 EcHS_A1766 EcHS_A1767   ydiL TRUE 0.486 19.000 0.032 NA   NA
 3473713 3473714 EcHS_A1767 EcHS_A1768 ydiL   TRUE 0.970 -3.000 0.129 NA N NA
 3473715 3473716 EcHS_A1769 EcHS_A4746 ydiK rprA FALSE 0.029 186.000 0.000 NA   NA
 3473716 3473717 EcHS_A4746 EcHS_A1770 rprA   FALSE 0.089 109.000 0.000 NA   NA
 3473717 3473718 EcHS_A1770 EcHS_A1771   ydiM FALSE 0.195 133.000 0.095 1.000   NA
 3473718 3473719 EcHS_A1771 EcHS_A1772 ydiM   FALSE 0.272 221.000 0.000 0.060 Y NA
 3473719 3473720 EcHS_A1772 EcHS_A1773     TRUE 0.854 12.000 0.082 1.000 N NA
 3473720 3473721 EcHS_A1773 EcHS_A1774   aroD TRUE 0.901 31.000 0.113 1.000 Y NA
 3473721 3473722 EcHS_A1774 EcHS_A1775 aroD pct FALSE 0.059 145.000 0.000 NA   NA
 3473722 3473723 EcHS_A1775 EcHS_A1777 pct   TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3473724 3473725 EcHS_A1778 EcHS_A1779     TRUE 0.867 2.000 0.000 NA   NA
 3473725 3473726 EcHS_A1779 EcHS_A1780     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.022 Y NA
 3473726 3473727 EcHS_A1780 EcHS_A1781   ppsA FALSE 0.087 152.000 0.000 1.000 N NA
 3473727 3473728 EcHS_A1781 EcHS_A1782 ppsA   FALSE 0.182 54.000 0.000 NA   NA
 3473729 3473730 EcHS_A1783 EcHS_A1784   aroH FALSE 0.194 157.000 0.165 1.000   NA
 3473730 3473731 EcHS_A1784 EcHS_A1785 aroH   FALSE 0.116 132.000 0.054 NA N NA
 3473732 3473733 EcHS_A1786 EcHS_A1787     FALSE 0.160 63.000 0.031 NA   NA
 3473733 3473734 EcHS_A1787 EcHS_A1788     FALSE 0.013 247.000 0.000 NA N NA
 3473734 3473735 EcHS_A1788 EcHS_A1789   btuD FALSE 0.146 78.000 0.000 NA N NA
 3473735 3473736 EcHS_A1789 EcHS_A1790 btuD btuE TRUE 0.940 0.000 0.000 1.000 N NA
 3473736 3473737 EcHS_A1790 EcHS_A1791 btuE btuC FALSE 0.365 63.000 0.084 1.000 N NA
 3473737 3473738 EcHS_A1791 EcHS_A1792 btuC ihfA FALSE 0.147 101.000 0.023 1.000 N NA
 3473738 3473739 EcHS_A1792 EcHS_A1793 ihfA pheT TRUE 0.966 5.000 0.208 1.000 N NA
 3473739 3473740 EcHS_A1793 EcHS_A1794 pheT pheS TRUE 0.996 15.000 0.574 0.001 Y NA
 3473740 3473741 EcHS_A1794 EcHS_A1795 pheS   FALSE 0.087 114.000 0.000 NA   NA
 3473741 3473742 EcHS_A1795 EcHS_A1796     FALSE 0.134 75.000 0.000 NA   NA
 3473742 3473743 EcHS_A1796 EcHS_A1797   rplT FALSE 0.081 123.000 0.000 NA   NA
 3473743 3473744 EcHS_A1797 EcHS_A1798 rplT rpmI TRUE 0.988 53.000 0.928 0.013 Y NA
 3473744 3473745 EcHS_A1798 EcHS_A1799 rpmI infC TRUE 0.927 97.000 0.652 1.000 Y NA
 3473745 3473746 EcHS_A1799 EcHS_A1800 infC thrS TRUE 0.727 112.000 0.186 1.000 Y NA
 3473749 3473750 EcHS_A1804 EcHS_A1805 pfkB   FALSE 0.094 101.000 0.000 NA   NA
 3473750 3473751 EcHS_A1805 EcHS_A1806     FALSE 0.091 106.000 0.000 NA   NA
 3473753 3473754 EcHS_A1808 EcHS_A1809     FALSE 0.077 163.000 0.068 NA   NA
 3473754 3473755 EcHS_A1809 EcHS_A1810     FALSE 0.164 133.000 0.102 NA   NA
 3473756 3473757 EcHS_A1811 EcHS_A1812   cedA FALSE 0.007 289.000 0.000 NA   NA
 3473759 3473760 EcHS_A1814 EcHS_A1815     FALSE 0.008 322.000 0.000 1.000   NA
 3473760 3473761 EcHS_A1815 EcHS_A1816   chbF TRUE 0.980 13.000 0.429 0.019   NA
 3473761 3473762 EcHS_A1816 EcHS_A1817 chbF chbR TRUE 0.754 106.000 0.625 1.000 N NA
 3473762 3473763 EcHS_A1817 EcHS_A1818 chbR chbA TRUE 0.698 11.000 0.000 NA   NA
 3473763 3473764 EcHS_A1818 EcHS_A1819 chbA chbC FALSE 0.194 51.000 0.000 NA   NA
 3473764 3473765 EcHS_A1819 EcHS_A1820 chbC chbB TRUE 0.951 85.000 0.500 0.010 Y NA
 3473765 3473766 EcHS_A1820 EcHS_A1821 chbB osmE FALSE 0.009 299.000 0.000 1.000   NA
 3473767 3473768 EcHS_A1822 EcHS_A1823 nadE cho FALSE 0.020 230.000 0.010 1.000 N NA
 3473769 3473770 EcHS_A1824 EcHS_A1825   spy FALSE 0.022 203.000 0.028 NA   NA
 3473772 3473773 EcHS_A1827 EcHS_A1828 astE astB TRUE 0.993 -7.000 0.126 1.000 Y NA
 3473773 3473774 EcHS_A1828 EcHS_A1829 astB astD TRUE 0.990 -3.000 0.306 1.000 N NA
 3473774 3473775 EcHS_A1829 EcHS_A1830 astD astA TRUE 0.982 -3.000 0.179 1.000 N NA
 3473775 3473776 EcHS_A1830 EcHS_A1831 astA astC TRUE 0.999 -3.000 0.625 1.000 Y NA
 3473777 3473778 EcHS_A1832 EcHS_A1833   xth TRUE 0.618 13.000 0.000 NA   NA
 3473778 3473779 EcHS_A1833 EcHS_A1834 xth   FALSE 0.032 167.000 0.016 NA   NA
 3473779 3473780 EcHS_A1834 EcHS_A1835     TRUE 0.902 5.000 0.083 NA   NA
 3473780 3473781 EcHS_A1835 EcHS_A1836     TRUE 0.844 15.000 0.174 NA   NA
 3473781 3473782 EcHS_A1836 EcHS_A1837     TRUE 0.952 0.000 0.087 NA   NA
 3473782 3473783 EcHS_A1837 EcHS_A1838     TRUE 0.755 10.000 0.032 NA   NA
 3473783 3473784 EcHS_A1838 EcHS_A1839   ynjC TRUE 0.995 -27.000 0.627 0.060   NA
 3473784 3473785 EcHS_A1839 EcHS_A1840 ynjC   TRUE 0.996 0.000 0.602 1.000   NA
 3473785 3473786 EcHS_A1840 EcHS_A1841     FALSE 0.378 67.000 0.111 1.000   NA
 3473791 3473792 EcHS_A1846 EcHS_A1847   topB FALSE 0.076 128.000 0.000 NA   NA
 3473792 3473793 EcHS_A1847 EcHS_A1848 topB selD TRUE 0.897 5.000 0.041 1.000 N NA
 3473793 3473794 EcHS_A1848 EcHS_A1849 selD   FALSE 0.149 117.000 0.033 1.000 N NA
 3473795 3473796 EcHS_A1850 EcHS_A1851 sppA ansA FALSE 0.138 167.000 0.113 1.000 N NA
 3473796 3473797 EcHS_A1851 EcHS_A1852 ansA pncA TRUE 0.823 11.000 0.040 1.000 N NA
 3473798 3473799 EcHS_A1853 EcHS_A1854 ydjE   TRUE 0.664 118.000 0.125 1.000 Y NA
 3473799 3473800 EcHS_A1854 EcHS_A1855     FALSE 0.400 137.000 0.269 1.000 N NA
 3473800 3473801 EcHS_A1855 EcHS_A1856     TRUE 0.964 10.000 0.269 1.000 N NA
 3473801 3473802 EcHS_A1856 EcHS_A1857     TRUE 0.996 5.000 0.368 1.000 Y NA
 3473802 3473803 EcHS_A1857 EcHS_A1859     TRUE 0.431 21.000 0.000 NA   NA
 3473803 3473804 EcHS_A1859 EcHS_A1860   ydjK TRUE 0.509 17.000 0.000 NA   NA
 3473804 3473805 EcHS_A1860 EcHS_A1861 ydjK   TRUE 0.821 27.000 0.250 1.000 N NA
 3473805 3473806 EcHS_A1861 EcHS_A1862     FALSE 0.004 370.000 0.000 NA   NA
 3473806 3473807 EcHS_A1862 EcHS_A1863   msrB TRUE 0.622 42.000 0.216 NA   NA
 3473808 3473809 EcHS_A1864 EcHS_A1865 gapA   TRUE 0.814 63.000 0.154 1.000 Y NA
 3473810 3473811 EcHS_A1866 EcHS_A1867   mipA FALSE 0.180 90.000 0.067 NA   NA
 3473812 3473813 EcHS_A1868 EcHS_A1869     FALSE 0.017 215.000 0.000 NA   NA
 3473813 3473814 EcHS_A1869 EcHS_A1870     TRUE 0.741 113.000 0.683 NA   NA
 3473814 3473815 EcHS_A1870 EcHS_A1871     FALSE 0.057 147.000 0.000 NA   NA
 3473815 3473816 EcHS_A1871 EcHS_A1872     TRUE 0.485 181.000 0.000 0.004 Y NA
 3473816 3473817 EcHS_A1872 EcHS_A1873     FALSE 0.386 43.000 0.083 NA   NA
 3473821 3473822 EcHS_A1877 EcHS_A1878 yeaN   FALSE 0.131 55.000 0.007 NA   NA
 3473824 3473825 EcHS_A1880 EcHS_A1881     TRUE 0.847 18.000 0.222 NA   NA
 3473826 3473827 EcHS_A1882 EcHS_A1883     TRUE 0.656 12.000 0.000 NA   NA
 3473827 3473828 EcHS_A1883 EcHS_A1884     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3473828 3473829 EcHS_A1884 EcHS_A1885     TRUE 0.825 4.000 0.000 NA   NA
 3473829 3473830 EcHS_A1885 EcHS_A1886     FALSE 0.042 173.000 0.000 NA N NA
 3473830 3473831 EcHS_A1886 EcHS_A1887     FALSE 0.128 127.000 0.000 1.000 N NA
 3473832 3473833 EcHS_A1888 EcHS_A1889 ttuC   FALSE 0.115 251.000 0.333 1.000 N NA
 3473833 3473834 EcHS_A1889 EcHS_A1890     TRUE 0.426 32.000 0.000 1.000 N NA
 3473834 3473835 EcHS_A1890 EcHS_A1891     TRUE 0.536 56.000 0.043 0.055 N NA
 3473836 3473837 EcHS_A1892 EcHS_A4747 rnd   FALSE 0.360 26.000 0.000 NA   NA
 3473837 3473838 EcHS_A4747 EcHS_A1893   fadD TRUE 0.797 -41.000 0.000 NA   NA
 3473838 3473839 EcHS_A1893 EcHS_A1894 fadD slp FALSE 0.106 205.000 0.169 1.000 N NA
 3473839 3473840 EcHS_A1894 EcHS_A1895 slp   FALSE 0.343 40.000 0.024 1.000 N NA
 3473840 3473841 EcHS_A1895 EcHS_A1896     FALSE 0.381 58.000 0.082 1.000 N NA
 3473842 3473843 EcHS_A1897 EcHS_A1898     FALSE 0.004 362.000 0.000 NA   NA
 3473843 3473844 EcHS_A1898 EcHS_A1899     FALSE 0.194 51.000 0.000 NA   NA
 3473844 3473845 EcHS_A1899 EcHS_A1900     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.022 Y NA
 3473845 3473846 EcHS_A1900 EcHS_A1901     FALSE 0.022 203.000 0.000 NA   NA
 3473846 3473847 EcHS_A1901 EcHS_A1902   pabB FALSE 0.106 92.000 0.000 NA   NA
 3473847 3473848 EcHS_A1902 EcHS_A1903 pabB   TRUE 0.945 4.000 0.116 1.000   NA
 3473848 3473849 EcHS_A1903 EcHS_A1904   sdaA2 FALSE 0.322 184.000 0.409 1.000   NA
 3473849 3473850 EcHS_A1904 EcHS_A1905 sdaA2   TRUE 0.508 131.000 0.389 NA N NA
 3473852 3473853 EcHS_A1907 EcHS_A1908 manX manY TRUE 0.823 63.000 0.000 0.015 Y NA
 3473853 3473854 EcHS_A1908 EcHS_A1909 manY manZ TRUE 0.998 13.000 0.939 0.015 Y NA
 3473854 3473855 EcHS_A1909 EcHS_A1910 manZ   TRUE 0.881 55.000 0.755 NA   NA
 3473855 3473856 EcHS_A1910 EcHS_A1911     FALSE 0.003 429.000 0.000 NA   NA
 3473857 3473858 EcHS_A1912 EcHS_A1913 rrmA cspC FALSE 0.070 166.000 0.038 1.000   NA
 3473858 3473859 EcHS_A1913 EcHS_A1914 cspC   TRUE 0.898 13.000 0.214 NA   NA
 3473859 3473860 EcHS_A1914 EcHS_A1915     FALSE 0.002 669.000 0.000 NA   NA
 3473860 3473861 EcHS_A1915 EcHS_A1916     TRUE 0.728 75.000 0.500 NA   NA
 3473865 3473866 EcHS_A1920 EcHS_A1921   prc FALSE 0.134 192.000 0.042 0.022 N NA
 3473866 3473867 EcHS_A1921 EcHS_A1922 prc proQ TRUE 0.881 20.000 0.304 NA N NA
 3473867 3473868 EcHS_A1922 EcHS_A1923 proQ   TRUE 0.620 97.000 0.081 NA Y NA
 3473869 3473870 EcHS_A1924 EcHS_A1925     TRUE 0.994 -37.000 0.840 NA   NA
 3473870 3473871 EcHS_A1925 EcHS_A1926     TRUE 0.681 74.000 0.420 NA   NA
 3473871 3473872 EcHS_A1926 EcHS_A1927     FALSE 0.214 118.000 0.121 NA   NA
 3473872 3473873 EcHS_A1927 EcHS_A1928     TRUE 0.893 21.000 0.353 NA   NA
 3473876 3473877 EcHS_A4749 EcHS_A1930     FALSE 0.044 162.000 0.000 NA   NA
 3473877 3473878 EcHS_A1930 EcHS_A1931     TRUE 0.980 13.000 0.704 NA   NA
 3473878 3473879 EcHS_A1931 EcHS_A1932     TRUE 0.993 4.000 0.613 1.000   NA
 3473880 3473881 EcHS_A1933 EcHS_A1934 holE   TRUE 0.419 102.000 0.222 1.000   NA
 3473881 3473882 EcHS_A1934 EcHS_A1935   exoX TRUE 0.927 24.000 0.500 1.000   NA
 3473884 3473885 EcHS_A1937 EcHS_A1938     FALSE 0.012 240.000 0.000 NA   NA
 3473886 3473887 EcHS_A1939 EcHS_A1940     FALSE 0.142 67.000 0.027 NA   NA
 3473889 3473890 EcHS_A1942 EcHS_A1943 eda edd TRUE 0.967 37.000 0.523 1.000 Y NA
 3473890 3473891 EcHS_A1943 EcHS_A1944 edd zwf FALSE 0.161 235.000 0.041 1.000 Y NA
 3473891 3473892 EcHS_A1944 EcHS_A1945 zwf   FALSE 0.041 166.000 0.000 NA   NA
 3473893 3473894 EcHS_A1946 EcHS_A1947   pykA FALSE 0.186 128.000 0.071 1.000 N NA
 3473895 3473896 EcHS_A1948 EcHS_A1949 msbB   TRUE 0.795 120.000 0.299 1.000 Y NA
 3473896 3473897 EcHS_A1949 EcHS_A1951   znuA TRUE 0.830 16.000 0.131 1.000 N NA
 3473898 3473899 EcHS_A1950 EcHS_A1952 znuC znuB TRUE 1.000 -3.000 0.755 0.084 Y NA
 3473900 3473901 EcHS_A1953 EcHS_A1954 ruvB ruvA TRUE 0.999 9.000 0.549 0.001 Y NA
 3473903 3473904 EcHS_A1956 EcHS_A1957 ruvC   TRUE 0.736 35.000 0.277 NA   NA
 3473904 3473905 EcHS_A1957 EcHS_A1958   nudB FALSE 0.355 29.000 0.035 NA   NA
 3473905 3473906 EcHS_A1958 EcHS_A1959 nudB aspS FALSE 0.173 118.000 0.050 1.000 N NA
 3473906 3473907 EcHS_A1959 EcHS_A1960 aspS   FALSE 0.027 190.000 0.000 NA   NA
 3473908 3473909 EcHS_A1961 EcHS_A1962     TRUE 0.956 -3.000 0.089 NA   NA
 3473909 3473910 EcHS_A1962 EcHS_A1963     FALSE 0.412 53.000 0.126 NA   NA
 3473910 3473911 EcHS_A1963 EcHS_A1964     TRUE 0.415 41.000 0.089 NA   NA
 3473911 3473912 EcHS_A1964 EcHS_A1965     TRUE 0.988 -3.000 0.315 NA   NA
 3473912 3473913 EcHS_A1965 EcHS_A1966     FALSE 0.337 28.000 0.000 NA   NA
 3473914 3473915 EcHS_A1967 EcHS_A1968 torZ torY TRUE 0.998 7.000 0.481 0.001 Y NA
 3473915 3473916 EcHS_A1968 EcHS_A1969 torY cutC FALSE 0.006 388.000 0.000 1.000 N NA
 3473916 3473917 EcHS_A1969 EcHS_A1970 cutC   TRUE 0.691 14.000 0.057 NA   NA
 3473918 3473919 EcHS_A1971 EcHS_A1972 argS   FALSE 0.034 177.000 0.000 NA   NA
 3473920 3473921 EcHS_A1973 EcHS_A1974 flhE flhA TRUE 0.992 0.000 0.158 0.002   NA
 3473921 3473922 EcHS_A1974 EcHS_A1975 flhA flhB TRUE 0.998 -7.000 0.287 0.008 Y NA
 3473924 3473925 EcHS_A1977 EcHS_A1978 cheZ cheY TRUE 0.968 11.000 0.000 1.000 Y NA
 3473925 3473926 EcHS_A1978 EcHS_A1979 cheY cheB TRUE 0.971 15.000 0.000 0.011 Y NA
 3473926 3473927 EcHS_A1979 EcHS_A1980 cheB cheR TRUE 0.986 3.000 0.000 1.000 Y NA
 3473927 3473928 EcHS_A1980 EcHS_A1981 cheR tap TRUE 0.961 19.000 0.188 1.000 Y NA
 3473928 3473929 EcHS_A1981 EcHS_A1982 tap tar TRUE 0.956 46.000 0.235 0.001 Y NA
 3473931 3473932 EcHS_A1983 EcHS_A1984 cheW cheA TRUE 0.991 21.000 0.447 0.003 Y NA
 3473932 3473933 EcHS_A1984 EcHS_A1985 cheA motB TRUE 0.999 5.000 0.913 1.000 Y NA
 3473933 3473934 EcHS_A1985 EcHS_A1986 motB motA TRUE 0.998 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 3473934 3473935 EcHS_A1986 EcHS_A1987 motA flhC TRUE 0.563 127.000 0.408 1.000   NA
 3473935 3473936 EcHS_A1987 EcHS_A1988 flhC flhD TRUE 0.975 3.000 0.000 0.001   NA
 3473936 3473937 EcHS_A1988 EcHS_A1989 flhD   FALSE 0.310 31.000 0.000 NA   NA
 3473938 3473939 EcHS_A1990 EcHS_A1991     TRUE 0.824 57.000 0.000 0.066 Y NA
 3473939 3473940 EcHS_A1991 EcHS_A1992   uspC FALSE 0.138 119.000 0.000 1.000 N NA
 3473941 3473942 EcHS_A1993 EcHS_A1994 otsA otsB TRUE 0.994 -25.000 0.068 0.001 Y NA
 3473942 3473943 EcHS_A1994 EcHS_A1995 otsB araH FALSE 0.365 167.000 0.037 1.000 Y NA
 3473943 3473944 EcHS_A1995 EcHS_A1996 araH araG TRUE 0.995 15.000 0.451 0.002 Y NA
 3473944 3473945 EcHS_A1996 EcHS_A1997 araG araF TRUE 0.985 70.000 0.917 0.002 Y NA
 3473946 3473948 EcHS_A1998 EcHS_A2000     FALSE 0.002 442.000 0.000 NA   NA
 3473948 3473949 EcHS_A2000 EcHS_A2001     FALSE 0.021 206.000 0.000 NA   NA
 3473954 3473955 EcHS_A2006 EcHS_A4669     FALSE 0.025 196.000 0.000 NA   NA
 3473955 3473956 EcHS_A4669 EcHS_A4670     TRUE 0.618 13.000 0.000 NA   NA
 3473956 3473957 EcHS_A4670 EcHS_A4671     FALSE 0.179 55.000 0.000 NA   NA
 3473957 3473958 EcHS_A4671 EcHS_A2010   pgsA FALSE 0.052 152.000 0.000 NA   NA
 3473958 3473959 EcHS_A2010 EcHS_A2011 pgsA uvrC TRUE 0.615 57.000 0.227 1.000 N NA
 3473959 3473960 EcHS_A2011 EcHS_A2012 uvrC uvrY TRUE 0.987 -3.000 0.086 0.021 N NA
 3473960 3473961 EcHS_A2012 EcHS_A2013 uvrY   FALSE 0.012 239.000 0.000 NA   NA
 3473963 3473964 EcHS_A2015 EcHS_A2016 sdiA yecC FALSE 0.038 230.000 0.071 1.000 N NA
 3473964 3473965 EcHS_A2016 EcHS_A2017 yecC   TRUE 0.996 -3.000 0.150 1.000 Y NA
 3473965 3473966 EcHS_A2017 EcHS_A2018   dcyD TRUE 0.950 15.000 0.050 1.000 Y NA
 3473966 3473967 EcHS_A2018 EcHS_A2019 dcyD fliY TRUE 0.880 105.000 0.469 1.000 Y NA
 3473967 3473968 EcHS_A2019 EcHS_A2020 fliY   FALSE 0.108 91.000 0.000 NA   NA
 3473968 3473969 EcHS_A2020 EcHS_A2021   fliA FALSE 0.212 46.000 0.000 NA   NA
 3473969 3473970 EcHS_A2021 EcHS_A2022 fliA   FALSE 0.061 164.000 0.012 1.000 N NA
 3473971 3473972 EcHS_A2024 EcHS_A2025 fliD fliS TRUE 0.990 16.000 0.284 0.002 Y NA
 3473972 3473973 EcHS_A2025 EcHS_A2026 fliS fliT TRUE 0.990 0.000 0.324 1.000   NA
 3473973 3473974 EcHS_A2026 EcHS_A2027 fliT amyA FALSE 0.345 78.000 0.115 1.000   NA
 3473976 3473977 EcHS_A2029 EcHS_A2030     TRUE 0.997 -3.000 0.844 NA   NA
 3473977 3473978 EcHS_A2030 EcHS_A2031     FALSE 0.089 109.000 0.000 NA   NA
 3473981 3473982 EcHS_A2034 EcHS_A2035     TRUE 0.987 10.000 0.625 NA   NA
 3473982 3473983 EcHS_A2035 EcHS_A2036   emrE FALSE 0.038 169.000 0.000 NA   NA
 3473983 3473984 EcHS_A2036 EcHS_A2037 emrE fliE FALSE 0.008 344.000 0.000 1.000 N NA
 3473985 3473986 EcHS_A2038 EcHS_A2039 fliF fliG TRUE 0.998 -7.000 0.220 0.005 Y NA
 3473986 3473987 EcHS_A2039 EcHS_A2040 fliG fliH TRUE 0.995 -7.000 0.000 0.003 Y NA
 3473987 3473988 EcHS_A2040 EcHS_A2041 fliH fliI TRUE 0.996 0.000 0.000 0.003 Y NA
 3473988 3473989 EcHS_A2041 EcHS_A2042 fliI fliJ TRUE 0.957 19.000 0.006 0.006 Y NA
 3473989 3473990 EcHS_A2042 EcHS_A2043 fliJ fliK TRUE 0.999 -3.000 0.317 0.005 Y NA
 3473990 3473991 EcHS_A2043 EcHS_A2044 fliK fliL TRUE 0.678 105.000 0.119 1.000 Y NA
 3473991 3473992 EcHS_A2044 EcHS_A2045 fliL fliM TRUE 0.999 5.000 0.957 0.001 Y NA
 3473992 3473993 EcHS_A2045 EcHS_A2046 fliM fliN TRUE 0.998 -3.000 0.137 0.001 Y NA
 3473993 3473994 EcHS_A2046 EcHS_A2047 fliN fliO TRUE 0.997 3.000 0.443 1.000 Y NA
 3473994 3473995 EcHS_A2047 EcHS_A2048 fliO fliP TRUE 0.996 0.000 0.203 1.000 Y NA
 3473995 3473996 EcHS_A2048 EcHS_A2049 fliP fliQ TRUE 0.999 10.000 0.827 0.008 Y NA
 3473996 3473997 EcHS_A2049 EcHS_A2050 fliQ fliR TRUE 0.991 8.000 0.000 0.002 Y NA
 3473997 3473998 EcHS_A2050 EcHS_A2051 fliR rcsA FALSE 0.011 290.000 0.000 1.000 N NA
 3474002 3474003 EcHS_A2054 EcHS_A2055     FALSE 0.061 142.000 0.000 NA   NA
 3474004 3474005 EcHS_A2057 EcHS_A2059     FALSE 0.010 256.000 0.000 NA   NA
 3474005 3474006 EcHS_A2059 EcHS_A2060     FALSE 0.119 79.000 0.025 NA   NA
 3474008 3474009 EcHS_A2062 EcHS_A2063 vsr dcm TRUE 0.991 -19.000 0.000 0.066 Y NA
 3474009 3474010 EcHS_A2063 EcHS_A2064 dcm   FALSE 0.210 67.000 0.000 1.000   NA
 3474011 3474012 EcHS_A2065 EcHS_A2066     TRUE 0.824 57.000 0.000 0.066 Y NA
 3474012 3474013 EcHS_A2066 EcHS_A2067     FALSE 0.145 96.000 0.000 1.000   NA
 3474013 3474014 EcHS_A2067 EcHS_A2068   hchA FALSE 0.002 591.000 0.000 NA   NA
 3474015 3474016 EcHS_A2069 EcHS_A2070     TRUE 1.000 0.000 0.857 0.001 Y NA
 3474017 3474018 EcHS_A2071 EcHS_A2072     FALSE 0.132 109.000 0.000 1.000   NA
 3474018 3474019 EcHS_A2072 EcHS_A2073     TRUE 0.998 1.000 0.790 0.054   NA
 3474019 3474020 EcHS_A2073 EcHS_A2074     FALSE 0.015 257.000 0.000 1.000   NA
 3474020 3474021 EcHS_A2074 EcHS_A2075     FALSE 0.007 343.000 0.000 1.000   NA
 3474022 3474023 EcHS_A2076 EcHS_A2077     TRUE 0.743 10.000 0.000 NA   NA
 3474025 3474026 EcHS_A2079 EcHS_A2080     TRUE 0.743 10.000 0.000 NA   NA
 3474028 3474029 EcHS_A2082 EcHS_A2083     FALSE 0.349 27.000 0.000 NA   NA
 3474029 3474030 EcHS_A2083 EcHS_A2084     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 3474030 3474031 EcHS_A2084 EcHS_A2085     TRUE 0.997 -10.000 1.000 NA   NA
 3474031 3474032 EcHS_A2085 EcHS_A2086     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 3474032 3474033 EcHS_A2086 EcHS_A2087     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 3474033 3474034 EcHS_A2087 EcHS_A2088     TRUE 0.948 -3.000 0.074 NA   NA
 3474034 3474035 EcHS_A2088 EcHS_A2089     TRUE 0.791 -76.000 0.000 NA   NA
 3474035 3474036 EcHS_A2089 EcHS_A2090     TRUE 0.899 0.000 0.000 NA   NA
 3474036 3474037 EcHS_A2090 EcHS_A2091     TRUE 0.994 2.000 0.600 NA   NA
 3474037 3474038 EcHS_A2091 EcHS_A2092     TRUE 0.977 -3.000 0.150 1.000   NA
 3474038 3474039 EcHS_A2092 EcHS_A2093     TRUE 0.709 60.000 0.350 1.000   NA
 3474039 3474040 EcHS_A2093 EcHS_A2094     TRUE 0.943 9.000 0.200 NA   NA
 3474040 3474041 EcHS_A2094 EcHS_A2095     TRUE 0.985 -58.000 0.500 NA   NA
 3474041 3474042 EcHS_A2095 EcHS_A2097     FALSE 0.011 248.000 0.000 NA   NA
 3474045 3474046 EcHS_A2099 EcHS_A4673     FALSE 0.095 100.000 0.000 NA   NA
 3474046 3474047 EcHS_A4673 EcHS_A2102     FALSE 0.013 238.000 0.000 NA   NA
 3474049 3474050 EcHS_A2104 EcHS_A2105 shiA amn FALSE 0.141 102.000 0.021 1.000 N NA
 3474050 3474051 EcHS_A2105 EcHS_A2106 amn   FALSE 0.004 343.000 0.000 NA   NA
 3474052 3474053 EcHS_A4674 EcHS_A2108     FALSE 0.095 100.000 0.000 NA   NA
 3474055 3474056 EcHS_A2110 EcHS_A2111 cbl nac TRUE 0.851 102.000 0.222 0.053 Y NA
 3474058 3474059 EcHS_A2113 EcHS_A2114   cobT FALSE 0.122 65.000 0.015 NA   NA
 3474059 3474060 EcHS_A2114 EcHS_A2115 cobT cobS TRUE 0.985 12.000 0.056 0.003 Y NA
 3474060 3474061 EcHS_A2115 EcHS_A2116 cobS cobU TRUE 0.992 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3474061 3474062 EcHS_A2116 EcHS_A2117 cobU   FALSE 0.069 134.000 0.000 NA   NA
 3474062 3474063 EcHS_A2117 EcHS_A2118     FALSE 0.027 191.000 0.000 NA   NA
 3474066 3474067 EcHS_A2121 EcHS_A2122     TRUE 0.991 -3.000 0.000 NA Y NA
 3474067 3474068 EcHS_A2122 EcHS_A2123     TRUE 0.834 31.000 0.000 NA Y NA
 3474069 3474070 EcHS_A2124 EcHS_A2127     FALSE 0.094 101.000 0.000 NA   NA
 3474070 3474071 EcHS_A2127 EcHS_A2128     FALSE 0.006 295.000 0.000 NA   NA
 3474073 3474074 EcHS_A2131 EcHS_A2132     FALSE 0.041 166.000 0.000 NA   NA
 3474077 3474078 EcHS_A2135 EcHS_A2136     FALSE 0.111 89.000 0.000 NA   NA
 3474078 3474079 EcHS_A2136 EcHS_A2137     FALSE 0.002 1186.000 0.000 NA   NA
 3474079 3474080 EcHS_A2137 EcHS_A2138     TRUE 0.695 85.000 0.500 NA   NA
 3474080 3474081 EcHS_A2138 EcHS_A2139     FALSE 0.004 372.000 0.000 NA   NA
 3474081 3474082 EcHS_A2139 EcHS_A2140     FALSE 0.004 343.000 0.000 NA   NA
 3474082 3474083 EcHS_A2140 EcHS_A2141     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3474083 3474084 EcHS_A2141 EcHS_A2142     TRUE 0.743 10.000 0.000 NA   NA
 3474084 3474085 EcHS_A2142 EcHS_A2143     FALSE 0.002 716.000 0.000 NA   NA
 3474085 3474086 EcHS_A2143 EcHS_A2144     FALSE 0.002 602.000 0.000 NA   NA
 3474087 3474088 EcHS_A2145 EcHS_A2146     FALSE 0.143 172.000 0.180 NA   NA
 3474088 3474089 EcHS_A2146 EcHS_A2147   gyrI FALSE 0.056 198.000 0.096 NA   NA
 3474089 3474090 EcHS_A2147 EcHS_A2148 gyrI dacD FALSE 0.214 119.000 0.110 NA N NA
 3474092 3474093 EcHS_A2150 EcHS_A2151     TRUE 0.951 14.000 0.419 NA   NA
 3474093 3474094 EcHS_A2151 EcHS_A2152   yeeF FALSE 0.033 179.000 0.000 NA   NA
 3474094 3474095 EcHS_A2152 EcHS_A2153 yeeF   FALSE 0.015 267.000 0.000 1.000 N NA
 3474095 3474096 EcHS_A2153 EcHS_A2154     FALSE 0.288 46.000 0.015 1.000 N NA
 3474096 3474097 EcHS_A2154 EcHS_A2155   yoeB FALSE 0.119 83.000 0.000 NA   NA
 3474097 3474098 EcHS_A2155 EcHS_A2156 yoeB yefM TRUE 0.991 -3.000 0.366 NA   NA
 3474099 3474100 EcHS_A2157 EcHS_A2158 hisL hisG FALSE 0.252 146.000 0.003 0.003   NA
 3474100 3474101 EcHS_A2158 EcHS_A2159 hisG hisD TRUE 0.996 6.000 0.171 0.003 Y NA
 3474101 3474102 EcHS_A2159 EcHS_A2160 hisD hisC TRUE 0.999 -3.000 0.294 0.003 Y NA
 3474102 3474103 EcHS_A2160 EcHS_A2161 hisC hisB TRUE 0.999 0.000 0.341 0.003 Y NA
 3474103 3474104 EcHS_A2161 EcHS_A2162 hisB hisH TRUE 0.998 0.000 0.128 0.003 Y NA
 3474104 3474105 EcHS_A2162 EcHS_A2163 hisH hisA TRUE 0.998 0.000 0.210 0.003 Y NA
 3474105 3474106 EcHS_A2163 EcHS_A2164 hisA hisF TRUE 0.998 -18.000 0.433 0.003 Y NA
 3474106 3474107 EcHS_A2164 EcHS_A2165 hisF hisIE TRUE 0.999 -6.000 0.430 0.003 Y NA
 3474108 3474109 EcHS_A2166 EcHS_A2167   mtfB TRUE 0.995 10.000 0.256 0.011 Y NA
 3474109 3474110 EcHS_A2167 EcHS_A2168 mtfB   TRUE 0.906 47.000 0.093 0.011 Y NA
 3474110 3474111 EcHS_A2168 EcHS_A2169     FALSE 0.221 86.000 0.057 1.000   NA
 3474111 3474112 EcHS_A2169 EcHS_A2170     TRUE 0.800 20.000 0.057 0.082   NA
 3474112 3474113 EcHS_A2170 EcHS_A2171     TRUE 0.998 3.000 0.450 0.082 Y NA
 3474113 3474114 EcHS_A2171 EcHS_A2172     TRUE 0.988 6.000 0.125 1.000 Y NA
 3474114 3474115 EcHS_A2172 EcHS_A2173   manC TRUE 0.733 24.000 0.133 1.000 N NA
 3474115 3474116 EcHS_A2173 EcHS_A2174 manC   TRUE 0.698 11.000 0.000 NA   NA
 3474116 3474117 EcHS_A2174 EcHS_A2175     FALSE 0.002 574.000 0.000 NA   NA
 3474117 3474118 EcHS_A2175 EcHS_A2176     FALSE 0.007 282.000 0.000 NA   NA
 3474118 3474119 EcHS_A2176 EcHS_A2177     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.022 Y NA
 3474119 3474120 EcHS_A2177 EcHS_A2178   ugd FALSE 0.258 58.000 0.000 1.000 N NA
 3474120 3474121 EcHS_A2178 EcHS_A2179 ugd rfbC FALSE 0.394 181.000 0.105 1.000 Y NA
 3474121 3474122 EcHS_A2179 EcHS_A2180 rfbC rfbD TRUE 0.941 15.000 0.021 1.000 Y NA
 3474122 3474123 EcHS_A2180 EcHS_A2181 rfbD rfbA2 TRUE 0.927 32.000 0.021 0.002 Y NA
 3474123 3474124 EcHS_A2181 EcHS_A2182 rfbA2 rfbB1 TRUE 0.965 27.000 0.143 0.002 Y NA
 3474124 3474125 EcHS_A2182 EcHS_A2183 rfbB1 gnd FALSE 0.026 224.000 0.000 1.000 N NA
 3474125 3474126 EcHS_A2183 EcHS_A2184 gnd   FALSE 0.035 201.000 0.000 1.000   NA
 3474126 3474127 EcHS_A2184 EcHS_A2185     FALSE 0.119 83.000 0.000 NA   NA
 3474127 3474128 EcHS_A2185 EcHS_A2186     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 3474128 3474129 EcHS_A2186 EcHS_A2187     TRUE 0.867 2.000 0.000 NA   NA
 3474129 3474130 EcHS_A2187 EcHS_A2188     FALSE 0.298 32.000 0.000 NA   NA
 3474130 3474131 EcHS_A2188 EcHS_A2189     FALSE 0.002 447.000 0.000 NA   NA
 3474131 3474132 EcHS_A2189 EcHS_A2190     FALSE 0.273 38.000 0.035 NA   NA
 3474132 3474133 EcHS_A2190 EcHS_A2191   etk2 TRUE 0.788 103.000 0.250 1.000 Y NA
 3474133 3474134 EcHS_A2191 EcHS_A2192 etk2 wzb TRUE 0.987 15.000 1.000 1.000 N NA
 3474134 3474135 EcHS_A2192 EcHS_A2193 wzb   TRUE 0.996 2.000 0.667 1.000 N NA
 3474135 3474136 EcHS_A2193 EcHS_A2194     FALSE 0.203 144.000 0.167 NA   NA
 3474136 3474137 EcHS_A2194 EcHS_A2195     FALSE 0.072 132.000 0.000 NA   NA
 3474137 3474138 EcHS_A2195 EcHS_A2196     TRUE 0.814 -25.000 0.000 NA   NA
 3474139 3474140 EcHS_A2197 EcHS_A2198     TRUE 0.989 -81.000 0.000 0.021 Y NA
 3474141 3474142 EcHS_A2199 EcHS_A2200     FALSE 0.087 112.000 0.000 NA   NA
 3474142 3474143 EcHS_A2200 EcHS_A2202   galF FALSE 0.003 393.000 0.000 NA   NA
 3474145 3474146 EcHS_A2204 EcHS_A2205 asmA dcd TRUE 0.559 22.000 0.057 NA N NA
 3474146 3474147 EcHS_A2205 EcHS_A2206 dcd udk TRUE 0.694 92.000 0.098 1.000 Y NA
 3474151 3474152 EcHS_A2211 EcHS_A2212     FALSE 0.212 46.000 0.000 NA   NA
 3474154 3474155 EcHS_A2214 EcHS_A2215     TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   NA
 3474156 3474157 EcHS_A4752 EcHS_A4753     FALSE 0.028 187.000 0.000 NA   NA
 3474157 3474158 EcHS_A4753