MicrobesOnline Operon Predictions for Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1128699 1128700 PSHAa0001 PSHAa0002 dnaA dnaN TRUE 0.988 14.000 0.328 1.000 Y NA
 1128700 1128701 PSHAa0002 PSHAa0003 dnaN recF TRUE 0.986 16.000 0.318 1.000 Y NA
 1128701 1128702 PSHAa0003 PSHAa0004 recF gyrB TRUE 0.993 13.000 0.249 0.007 Y NA
 1128702 1128703 PSHAa0004 PSHAa0005 gyrB glyQ FALSE 0.027 141.000 0.004 1.000 N NA
 1128703 1128704 PSHAa0005 PSHAa0006 glyQ glyS TRUE 0.999 3.000 0.651 0.001 Y NA
 1128704 1128705 PSHAa0006 PSHAa0007 glyS   FALSE 0.066 96.000 0.009 NA   NA
 1128705 1128706 PSHAa0007 PSHAa0008     FALSE 0.076 90.000 0.000 NA   NA
 1128707 1128708 PSHAa0009 PSHAa0010 sirA fadA FALSE 0.035 308.000 0.009 0.057 N NA
 1128708 1128709 PSHAa0010 PSHAa0011 fadA fadB TRUE 0.997 5.000 0.607 1.000 Y NA
 1128710 1128711 PSHAa0012 PSHAa0013 slt pepQ FALSE 0.089 119.000 0.024 1.000 N NA
 1128711 1128712 PSHAa0013 PSHAa0014 pepQ   TRUE 0.633 52.000 0.127 1.000   NA
 1128712 1128713 PSHAa0014 PSHAa0015   trkH TRUE 0.749 50.000 0.202 1.000   NA
 1128713 1128714 PSHAa0015 PSHAa0016 trkH   FALSE 0.353 40.000 0.018 1.000   NA
 1128714 1128715 PSHAa0016 PSHAa0017     FALSE 0.007 468.000 0.000 1.000   NA
 1128715 1128716 PSHAa0017 PSHAa0018     FALSE 0.154 150.000 0.000 0.010   NA
 1128716 1128717 PSHAa0018 PSHAa0019     FALSE 0.484 69.000 0.000 0.010   NA
 1128718 1128719 PSHAa0020 PSHAa0021 trkA rsmB FALSE 0.435 88.000 0.122 1.000 N NA
 1128719 1128720 PSHAa0021 PSHAa0022 rsmB fmt TRUE 0.994 -7.000 0.305 1.000 Y NA
 1128720 1128721 PSHAa0022 PSHAa0023 fmt def TRUE 0.933 37.000 0.105 0.028 Y NA
 1128722 1128723 PSHAa0024 PSHAa0025   smf TRUE 0.619 29.000 0.048 1.000   NA
 1128723 1128724 PSHAa0025 PSHAa0026 smf smg FALSE 0.071 286.000 0.124 NA   NA
 1128724 1128725 PSHAa0026 PSHAa0027 smg   FALSE 0.223 249.000 0.331 NA   NA
 1128725 1128726 PSHAa0027 PSHAa0028     TRUE 0.843 25.000 0.151 NA N NA
 1128726 1128727 PSHAa0028 PSHAa0029   hemF TRUE 0.869 -22.000 0.066 NA N NA
 1128729 1128730 PSHAa0031 PSHAa0032 aroE   TRUE 0.935 -3.000 0.078 NA   NA
 1128732 1128733 PSHAa_rRNA16s6 PSHAatRNA1     FALSE 0.099 78.000 0.000 NA   NA
 1128733 1128734 PSHAatRNA1 PSHAatRNA2     FALSE 0.046 112.000 0.000 NA   NA
 1128734 1128735 PSHAatRNA2 PSHAa_rRNA23s6     FALSE 0.008 307.000 0.000 NA   NA
 1128735 1128736 PSHAa_rRNA23s6 PSHAa_rRNA5s7     FALSE 0.029 144.000 0.000 NA   NA
 1128736 1128737 PSHAa_rRNA5s7 PSHAa0038     FALSE 0.004 528.000 0.000 NA   NA
 1128737 1128738 PSHAa0038 PSHAa0039     TRUE 0.974 27.000 0.760 NA   NA
 1128738 1128739 PSHAa0039 PSHAa0040     TRUE 0.948 5.000 0.110 1.000   NA
 1128739 1128740 PSHAa0040 PSHAa0041     FALSE 0.434 80.000 0.104 NA   NA
 1128740 1128741 PSHAa0041 PSHAa0042     TRUE 0.982 25.000 0.911 NA   NA
 1128741 1128742 PSHAa0042 PSHAa0043     TRUE 0.728 75.000 0.286 NA   NA
 1128742 1128743 PSHAa0043 PSHAa0044     TRUE 0.963 39.000 0.864 NA   NA
 1128743 1128744 PSHAa0044 PSHAa0045     FALSE 0.141 56.000 0.000 NA   NA
 1128745 1128746 PSHAa0046 PSHAa0047     TRUE 0.990 11.000 0.667 NA   NA
 1128746 1128747 PSHAa0047 PSHAa0048   fumC FALSE 0.049 114.000 0.010 NA   NA
 1128749 1128750 PSHAa0050 PSHAa0051     TRUE 0.715 3.000 0.000 NA   NA
 1128750 1128751 PSHAa0051 PSHAa0052     TRUE 0.655 -10.000 0.000 NA   NA
 1128751 1128752 PSHAa0052 PSHAa0053     TRUE 0.823 75.000 0.286 0.093 N NA
 1128753 1128754 PSHAa0054 PSHAa0055     TRUE 0.990 2.000 0.407 NA   NA
 1128755 1128756 PSHAa0056 PSHAatRNA106     FALSE 0.008 307.000 0.000 NA   NA
 1128756 1128757 PSHAatRNA106 PSHAatRNA105     FALSE 0.139 58.000 0.000 NA   NA
 1128757 1128758 PSHAatRNA105 PSHAa0058     FALSE 0.004 915.000 0.000 NA   NA
 1128762 1128763 PSHAa0062 PSHAa0063     FALSE 0.071 92.000 0.000 NA   NA
 1128763 1128764 PSHAa0063 PSHAa0064     TRUE 0.995 0.000 0.651 NA   NA
 1128766 1128767 PSHAa0066 PSHAa0067     FALSE 0.172 95.000 0.037 NA   NA
 1128768 1128769 PSHAa0068 PSHAa0069   ptrB TRUE 0.703 79.000 0.150 0.047   NA
 1128769 1128770 PSHAa0069 PSHAa0070 ptrB   FALSE 0.021 171.000 0.000 NA   NA
 1128770 1128771 PSHAa0070 PSHAa0071     FALSE 0.079 84.000 0.008 NA   NA
 1128772 1128773 PSHAa0072 PSHAa0073 folX folE TRUE 0.974 4.000 0.043 1.000 Y NA
 1128773 1128774 PSHAa0073 PSHAa0074 folE folM TRUE 0.726 27.000 0.080 1.000 N NA
 1128774 1128775 PSHAa0074 PSHAa0075 folM nadE FALSE 0.038 124.000 0.007 1.000 N NA
 1128775 1128776 PSHAa0075 PSHAa0076 nadE   FALSE 0.120 74.000 0.010 NA   NA
 1128776 1128777 PSHAa0076 PSHAa0077     FALSE 0.245 42.000 0.014 NA   NA
 1128777 1128778 PSHAa0077 PSHAa0078     FALSE 0.085 118.000 0.025 NA   NA
 1128779 1128780 PSHAa0079 PSHAa0080     FALSE 0.084 145.000 0.033 1.000   NA
 1128780 1128781 PSHAa0080 PSHAa0081     FALSE 0.132 89.000 0.014 1.000   NA
 1128781 1128782 PSHAa0081 PSHAa0082     FALSE 0.058 136.000 0.014 1.000   NA
 1128785 1128786 PSHAa0085 PSHAa0086     TRUE 0.562 13.000 0.000 NA   NA
 1128788 1128789 PSHAa0088 PSHAa0089     FALSE 0.094 80.000 0.009 NA   NA
 1128789 1128790 PSHAa0089 PSHAa0090   xerC TRUE 0.979 12.000 0.367 1.000   NA
 1128790 1128791 PSHAa0090 PSHAa0091 xerC   TRUE 0.995 -3.000 0.714 NA   NA
 1128791 1128792 PSHAa0091 PSHAa0092   dapF TRUE 0.971 -3.000 0.175 NA   NA
 1128792 1128793 PSHAa0092 PSHAa0093 dapF lysA TRUE 0.897 64.000 0.104 0.003 Y NA
 1128793 1128794 PSHAa0093 PSHAa0094 lysA   TRUE 0.936 1.000 0.071 NA   NA
 1128795 1128796 PSHAa0095 PSHAa0096 cyaY   TRUE 0.796 -18.000 0.030 NA   NA
 1128796 1128797 PSHAa0096 PSHAa0097     TRUE 0.574 23.000 0.028 NA   NA
 1128797 1128798 PSHAa0097 PSHAa0098   hemC FALSE 0.150 37.000 0.003 NA   NA
 1128798 1128799 PSHAa0098 PSHAa0099 hemC hemDX TRUE 0.990 0.000 0.023 0.002 Y NA
 1128799 1128800 PSHAa0099 PSHAa0100 hemDX hemY TRUE 0.998 -3.000 0.765 1.000 Y NA
 1128800 1128801 PSHAa0100 PSHAa0101 hemY   FALSE 0.186 50.000 0.000 1.000 N NA
 1128801 1128802 PSHAa0101 PSHAa0102   add FALSE 0.043 128.000 0.000 1.000 N NA
 1128803 1128804 PSHAa0103 PSHAa0104   fre FALSE 0.093 176.000 0.062 1.000   NA
 1128804 1128805 PSHAa0104 PSHAa0105 fre ubiD FALSE 0.481 101.000 0.045 NA Y NA
 1128805 1128806 PSHAa0105 PSHAa0106 ubiD   FALSE 0.023 161.000 0.000 NA   NA
 1128812 1128813 PSHAa0112 PSHAa0113 rho trxA FALSE 0.111 186.000 0.087 1.000   NA
 1128814 1128815 PSHAa0114 PSHAa0115 rhlB gppA TRUE 0.883 46.000 0.406 1.000 N NA
 1128815 1128816 PSHAa0115 PSHAa_rRNA16s7 gppA   FALSE 0.004 541.000 0.000 NA   NA
 1128816 1128817 PSHAa_rRNA16s7 PSHAa_rRNA23s7     FALSE 0.008 302.000 0.000 NA   NA
 1128817 1128818 PSHAa_rRNA23s7 PSHAa_rRNA5s8     FALSE 0.029 144.000 0.000 NA   NA
 1128819 1128820 PSHAa0121 PSHAa0122   uvrD TRUE 0.811 -22.000 0.029 1.000   NA
 1128821 1128822 PSHAa0123 PSHAa0124     FALSE 0.093 115.000 0.026 NA   NA
 1128822 1128823 PSHAa0124 PSHAa0125     FALSE 0.103 107.000 0.026 NA   NA
 1128825 1128826 PSHAa0127 PSHAa0128 nudE   TRUE 0.986 -7.000 0.373 1.000 N NA
 1128826 1128827 PSHAa0128 PSHAatRNA3     FALSE 0.025 153.000 0.000 NA   NA
 1128827 1128828 PSHAatRNA3 PSHAatRNA4     FALSE 0.016 196.000 0.000 NA   NA
 1128828 1128829 PSHAatRNA4 PSHAatRNA5     FALSE 0.021 174.000 0.000 NA   NA
 1128829 1128830 PSHAatRNA5 PSHAa0129     FALSE 0.005 427.000 0.000 NA   NA
 1128830 1128831 PSHAa0129 PSHAa0130   yifB FALSE 0.191 34.000 0.005 NA   NA
 1128832 1128833 PSHAa0131 PSHAa0132     FALSE 0.255 230.000 0.333 1.000 N NA
 1128838 1128839 PSHAa0137 PSHAa0138     TRUE 0.920 -3.000 0.061 NA   NA
 1128840 1128841 PSHAa0139 PSHAa0140     FALSE 0.018 187.000 0.000 NA   NA
 1128844 1128845 PSHAa0143 PSHAa0144 rpsJ rplC TRUE 0.981 28.000 0.307 0.024 Y NA
 1128845 1128846 PSHAa0144 PSHAa0145 rplC rplD TRUE 0.994 18.000 0.486 0.018 Y NA
 1128846 1128847 PSHAa0145 PSHAa0146 rplD rplW TRUE 0.998 -3.000 0.513 0.018 Y NA
 1128847 1128848 PSHAa0146 PSHAa0147 rplW rplB TRUE 0.998 16.000 0.849 0.024 Y NA
 1128848 1128849 PSHAa0147 PSHAa0148 rplB rpsS TRUE 0.999 4.000 0.820 0.024 Y NA
 1128849 1128850 PSHAa0148 PSHAa0149 rpsS rplV TRUE 0.998 14.000 0.769 0.024 Y NA
 1128850 1128851 PSHAa0149 PSHAa0150 rplV rpsC TRUE 0.998 13.000 0.719 0.024 Y NA
 1128851 1128852 PSHAa0150 PSHAa0151 rpsC rplP TRUE 0.998 13.000 0.828 0.024 Y NA
 1128852 1128853 PSHAa0151 PSHAa0152 rplP rpmC TRUE 0.999 0.000 0.802 0.018 Y NA
 1128853 1128854 PSHAa0152 PSHAa0153 rpmC rpsQ TRUE 0.999 0.000 0.828 0.018 Y NA
 1128854 1128855 PSHAa0153 PSHAa0154 rpsQ cysJ FALSE 0.007 422.000 0.000 1.000 N NA
 1128855 1128856 PSHAa0154 PSHAa0155 cysJ cysI TRUE 0.990 49.000 0.791 0.001 Y NA
 1128856 1128857 PSHAa0155 PSHAa0156 cysI cysH TRUE 0.655 44.000 0.116 1.000 N NA
 1128857 1128858 PSHAa0156 PSHAa0157 cysH   FALSE 0.032 137.000 0.000 NA   NA
 1128859 1128860 PSHAa0158 PSHAa0159   acnA FALSE 0.021 142.000 0.004 NA   NA
 1128860 1128861 PSHAa0159 PSHAa0160 acnA   FALSE 0.012 187.000 0.004 NA   NA
 1128861 1128862 PSHAa0160 PSHAa0161     FALSE 0.037 107.000 0.005 NA   NA
 1128862 1128863 PSHAa0161 PSHAa0162     FALSE 0.095 80.000 0.000 NA   NA
 1128863 1128864 PSHAa0162 PSHAa0163   glnG FALSE 0.282 31.000 0.010 NA   NA
 1128864 1128865 PSHAa0163 PSHAa0164 glnG glnL TRUE 0.995 16.000 0.587 0.092 Y NA
 1128865 1128866 PSHAa0164 PSHAa0165 glnL   FALSE 0.503 93.000 0.188 NA   NA
 1128866 1128867 PSHAa0165 PSHAa0166   glnA FALSE 0.205 92.000 0.044 NA   NA
 1128869 1128870 PSHAa0169 PSHAa0170     FALSE 0.172 93.000 0.035 NA   NA
 1128871 1128872 PSHAa0171 PSHAa0172 rbn dtd TRUE 0.938 2.000 0.069 1.000   NA
 1128875 1128876 PSHAa0175 PSHAa0176 pldA   FALSE 0.139 58.000 0.000 NA   NA
 1128876 1128877 PSHAa0176 PSHAa0177     FALSE 0.510 15.000 0.000 NA   NA
 1128877 1128878 PSHAa0177 PSHAa0178   dcdA TRUE 0.662 50.000 0.133 1.000   NA
 1128878 1128879 PSHAa0178 PSHAa0179 dcdA dapD TRUE 0.972 0.000 0.014 1.000 Y NA
 1128879 1128880 PSHAa0179 PSHAa0180 dapD dapA TRUE 0.914 16.000 0.012 1.000 Y NA
 1128881 1128882 PSHAa0181 PSHAa0182     TRUE 0.651 10.000 0.006 1.000   NA
 1128882 1128883 PSHAa0182 PSHAa0183     FALSE 0.008 386.000 0.000 1.000   NA
 1128883 1128884 PSHAa0183 PSHAa0184   acnB FALSE 0.010 297.000 0.000 1.000 N NA
 1128884 1128885 PSHAa0184 PSHAa0185 acnB   FALSE 0.016 200.000 0.000 NA   NA
 1128885 1128886 PSHAa0185 PSHAa0186   csd TRUE 0.970 10.000 0.242 NA   NA
 1128889 1128890 PSHAa0189 PSHAa0190 glpD glpK TRUE 0.929 26.000 0.010 0.002 Y NA
 1128890 1128891 PSHAa0190 PSHAa0191 glpK   FALSE 0.015 203.000 0.000 NA   NA
 1128892 1128893 PSHAa0192 PSHAa0193 pabA   FALSE 0.212 46.000 0.013 NA   NA
 1128893 1128894 PSHAa0193 PSHAa0194   astC FALSE 0.006 369.000 0.000 NA   NA
 1128894 1128895 PSHAa0194 PSHAa0195 astC astA TRUE 0.896 88.000 0.429 1.000 Y NA
 1128895 1128896 PSHAa0195 PSHAa0196 astA astD TRUE 0.971 17.000 0.429 1.000 N NA
 1128896 1128897 PSHAa0196 PSHAa0197 astD   FALSE 0.170 129.000 0.081 NA   NA
 1128897 1128898 PSHAa0197 PSHAa0198     FALSE 0.033 170.000 0.015 NA   NA
 1128898 1128899 PSHAa0198 PSHAa0199   speD FALSE 0.095 88.000 0.009 1.000 N NA
 1128900 1128901 PSHAa0200 PSHAa0201 sdaC   FALSE 0.038 123.000 0.000 NA   NA
 1128903 1128904 PSHAa0203 PSHAa0204     FALSE 0.018 184.000 0.000 NA   NA
 1128904 1128905 PSHAa0204 PSHAa0205     FALSE 0.081 87.000 0.000 NA   NA
 1128905 1128906 PSHAa0205 PSHAa0206     TRUE 0.593 -30.000 0.000 NA   NA
 1128908 1128909 PSHAa0208 PSHAa0209 cysQ cysC TRUE 0.752 74.000 0.093 1.000 Y NA
 1128909 1128910 PSHAa0209 PSHAa0210 cysC snaA TRUE 0.954 35.000 0.291 1.000 Y NA
 1128910 1128911 PSHAa0210 PSHAa0211 snaA cysN TRUE 0.939 32.000 0.200 1.000 Y NA
 1128911 1128912 PSHAa0211 PSHAa0212 cysN cysD TRUE 0.997 0.000 0.574 0.001 N NA
 1128912 1128913 PSHAa0212 PSHAa0213 cysD cysG TRUE 0.942 56.000 0.417 1.000 Y NA
 1128914 1128915 PSHAa0214 PSHAa0215     FALSE 0.182 44.000 0.000 NA   NA
 1128915 1128916 PSHAa0215 PSHAatRNA6     FALSE 0.020 176.000 0.000 NA   NA
 1128916 1128917 PSHAatRNA6 PSHAa0216   secE FALSE 0.033 133.000 0.000 NA   NA
 1128917 1128918 PSHAa0216 PSHAa0217 secE nusG TRUE 0.873 5.000 0.037 1.000 N NA
 1128918 1128919 PSHAa0217 PSHAa0218 nusG rplK FALSE 0.509 212.000 0.681 1.000 N NA
 1128919 1128920 PSHAa0218 PSHAa0219 rplK rplA TRUE 0.999 5.000 0.838 0.024 Y NA
 1128920 1128921 PSHAa0219 PSHAa0220 rplA rplJ FALSE 0.465 323.000 0.302 0.024 Y NA
 1128921 1128922 PSHAa0220 PSHAa0221 rplJ rplL TRUE 0.982 75.000 0.884 0.018 Y NA
 1128922 1128923 PSHAa0221 PSHAa0222 rplL rpoB FALSE 0.147 271.000 0.223 1.000   NA
 1128923 1128924 PSHAa0222 PSHAa0223 rpoB rpoC TRUE 0.925 105.000 0.851 0.001   NA
 1128924 1128925 PSHAa0223 PSHAa0224 rpoC rpsL FALSE 0.132 193.000 0.122 1.000 N NA
 1128925 1128926 PSHAa0224 PSHAa0225 rpsL rpsG TRUE 0.952 99.000 0.620 0.003 Y NA
 1128926 1128927 PSHAa0225 PSHAa0226 rpsG fusA TRUE 0.797 28.000 0.003 1.000 Y NA
 1128927 1128928 PSHAa0226 PSHAa0227 fusA tufA TRUE 0.790 63.000 0.003 0.002 Y NA
 1128929 1128930 PSHAa0228 PSHAa0229 pck hslO FALSE 0.038 262.000 0.048 1.000 N NA
 1128930 1128931 PSHAa0229 PSHAa0230 hslO hslR TRUE 0.930 13.000 0.140 1.000 N NA
 1128932 1128933 PSHAa0231 PSHAa0232 gspC exeD TRUE 0.993 24.000 0.575 0.007 Y NA
 1128933 1128934 PSHAa0232 PSHAa0233 exeD exeE TRUE 0.999 -7.000 0.776 0.007 Y NA
 1128934 1128935 PSHAa0233 PSHAa0234 exeE gspF TRUE 0.999 3.000 0.653 0.007 Y NA
 1128935 1128936 PSHAa0234 PSHAa0235 gspF gspG TRUE 0.943 102.000 0.599 0.007 Y NA
 1128936 1128937 PSHAa0235 PSHAa0236 gspG gspH TRUE 0.934 50.000 0.425 0.007   NA
 1128937 1128938 PSHAa0236 PSHAa0237 gspH gspI TRUE 0.997 0.000 0.605 0.007   NA
 1128938 1128939 PSHAa0237 PSHAa0238 gspI gspJ TRUE 0.997 1.000 0.569 0.007   NA
 1128939 1128940 PSHAa0238 PSHAa0239 gspJ gspK TRUE 0.997 0.000 0.461 1.000 Y NA
 1128940 1128941 PSHAa0239 PSHAa0240 gspK   TRUE 0.998 -3.000 0.537 0.066 Y NA
 1128941 1128942 PSHAa0240 PSHAa0241     TRUE 0.998 -3.000 0.811 1.000 Y NA
 1128942 1128943 PSHAa0241 PSHAa0242     TRUE 0.993 4.000 0.649 1.000   NA
 1128943 1128944 PSHAa0242 PSHAa0243     FALSE 0.512 22.000 0.017 NA   NA
 1128945 1128946 PSHAa0244 PSHAa0245     TRUE 0.967 0.000 0.136 NA   NA
 1128947 1128948 PSHAa0246 PSHAa0247   rdoA TRUE 0.607 52.000 0.125 NA   NA
 1128948 1128949 PSHAa0247 PSHAa0248 rdoA dsbA FALSE 0.309 35.000 0.014 NA   NA
 1128949 1128950 PSHAa0248 PSHAa0249 dsbA porA TRUE 0.992 21.000 0.750 0.001   NA
 1128952 1128953 PSHAa0251 PSHAa0252   murI FALSE 0.066 78.000 0.004 NA   NA
 1128955 1128956 PSHAa_rRNA16s8 PSHAatRNA7     FALSE 0.099 78.000 0.000 NA   NA
 1128956 1128957 PSHAatRNA7 PSHAatRNA8     FALSE 0.046 112.000 0.000 NA   NA
 1128957 1128958 PSHAatRNA8 PSHAa_rRNA23s8     FALSE 0.008 307.000 0.000 NA   NA
 1128958 1128959 PSHAa_rRNA23s8 PSHAa_rRNA5s9     FALSE 0.029 144.000 0.000 NA   NA
 1128960 1128961 PSHAa0258 PSHAa0259 rnk groL FALSE 0.028 160.000 0.000 1.000 N NA
 1128961 1128962 PSHAa0259 PSHAa0260 groL groS TRUE 0.845 49.000 0.023 0.011 Y NA
 1128962 1128963 PSHAa0260 PSHAa0261 groS   FALSE 0.047 108.000 0.009 NA   NA
 1128964 1128965 PSHAa0262 PSHAa0263 cutA dipZ TRUE 0.953 0.000 0.092 1.000 N NA
 1128965 1128966 PSHAa0263 PSHAa0264 dipZ aroQ FALSE 0.012 227.000 0.006 1.000 N NA
 1128966 1128967 PSHAa0264 PSHAa0265 aroQ accB TRUE 0.869 34.000 0.254 1.000 N NA
 1128967 1128968 PSHAa0265 PSHAa0266 accB accC TRUE 0.984 27.000 0.275 0.002 Y NA
 1128968 1128969 PSHAa0266 PSHAa0267 accC   FALSE 0.021 131.000 0.003 NA   NA
 1128969 1128970 PSHAa0267 PSHAa0268   amiB FALSE 0.315 101.000 0.109 NA   NA
 1128970 1128971 PSHAa0268 PSHAa0269 amiB mutL TRUE 0.652 38.000 0.092 1.000 N NA
 1128971 1128972 PSHAa0269 PSHAa0270 mutL miaA TRUE 0.964 8.000 0.188 1.000 N NA
 1128972 1128973 PSHAa0270 PSHAa0271 miaA hfq TRUE 0.836 82.000 0.531 1.000   NA
 1128973 1128974 PSHAa0271 PSHAa0272 hfq hflX TRUE 0.906 17.000 0.141 1.000   NA
 1128974 1128975 PSHAa0272 PSHAa0273 hflX hflK TRUE 0.596 102.000 0.184 0.065   NA
 1128975 1128976 PSHAa0273 PSHAa0274 hflK hflC TRUE 0.999 6.000 0.947 0.014 Y NA
 1128976 1128977 PSHAa0274 PSHAa0275 hflC purA FALSE 0.028 212.000 0.019 1.000 N NA
 1128977 1128978 PSHAa0275 PSHAa0276 purA   FALSE 0.009 335.000 0.000 1.000   NA
 1128980 1128981 PSHAa0278 PSHAa0279   proB FALSE 0.004 692.000 0.000 NA   NA
 1128981 1128982 PSHAa0279 PSHAa0280 proB proA TRUE 0.987 -3.000 0.015 0.002 Y NA
 1128984 1128985 PSHAa0281 PSHAa0282     TRUE 0.884 2.000 0.034 NA   NA
 1128987 1128988 PSHAa0284 PSHAa0285     FALSE 0.061 176.000 0.039 NA   NA
 1128988 1128989 PSHAa0285 PSHAa0286     FALSE 0.461 143.000 0.333 1.000 N NA
 1128989 1128990 PSHAa0286 PSHAa0287     TRUE 0.974 28.000 0.800 1.000 N NA
 1128991 1128992 PSHAa0288 PSHAa0289     TRUE 0.692 4.000 0.000 NA   NA
 1128992 1128993 PSHAa0289 PSHAa0290     FALSE 0.205 50.000 0.000 1.000   NA
 1128993 1128994 PSHAa0290 PSHAa0291     TRUE 0.992 -3.000 0.333 0.068   NA
 1128994 1128995 PSHAa0291 PSHAa0292   slyDB TRUE 0.649 32.000 0.073 1.000 N NA
 1128995 1128996 PSHAa0292 PSHAa0293 slyDB mltD FALSE 0.224 71.000 0.018 1.000   NA
 1128996 1128997 PSHAa0293 PSHAa0294 mltD   FALSE 0.259 57.000 0.018 1.000   NA
 1128997 1128998 PSHAa0294 PSHAa0295     FALSE 0.090 60.000 0.003 NA   NA
 1128998 1128999 PSHAa0295 PSHAa0296     TRUE 0.829 0.000 0.017 NA   NA
 1129000 1129001 PSHAa0297 PSHAa0298     TRUE 0.692 4.000 0.000 NA   NA
 1129002 1129003 PSHAa0299 PSHAa0300     FALSE 0.027 148.000 0.000 NA   NA
 1129004 1129005 PSHAa0301 PSHAa0302     FALSE 0.032 138.000 0.000 NA   NA
 1129005 1129006 PSHAa0302 PSHAa0303     TRUE 0.558 92.000 0.222 NA   NA
 1129006 1129007 PSHAa0303 PSHAa0304     TRUE 0.998 -10.000 0.750 1.000 Y NA
 1129007 1129008 PSHAa0304 PSHAa0305   cusA TRUE 0.993 9.000 0.750 1.000 N NA
 1129008 1129009 PSHAa0305 PSHAa0306 cusA   FALSE 0.310 142.000 0.200 NA   NA
 1129009 1129010 PSHAa0306 PSHAa0307     FALSE 0.026 151.000 0.000 NA   NA
 1129012 1129013 PSHAa0309 PSHAa0310 pstC pstA TRUE 0.979 15.000 0.489 1.000   NA
 1129013 1129014 PSHAa0310 PSHAa0311 pstA pstB TRUE 0.994 23.000 0.511 0.001 Y NA
 1129014 1129015 PSHAa0311 PSHAa0312 pstB phoU TRUE 0.941 43.000 0.330 NA Y NA
 1129015 1129016 PSHAa0312 PSHAa0313 phoU   FALSE 0.226 149.000 0.014 NA Y NA
 1129016 1129017 PSHAa0313 PSHAa0314     TRUE 0.938 103.000 0.937 NA Y NA
 1129017 1129018 PSHAa0314 PSHAa0315     FALSE 0.181 83.000 0.024 1.000 N NA
 1129019 1129020 PSHAa0316 PSHAa0317     FALSE 0.015 204.000 0.000 NA   NA
 1129021 1129022 PSHAa0318 PSHAa0319 queA tgt TRUE 0.837 151.000 0.360 0.001 Y NA
 1129022 1129023 PSHAa0319 PSHAa0320 tgt yajC TRUE 0.918 27.000 0.325 NA N NA
 1129023 1129024 PSHAa0320 PSHAa0321 yajC secD TRUE 0.879 20.000 0.009 NA Y NA
 1129024 1129025 PSHAa0321 PSHAa0322 secD secF TRUE 0.985 10.000 0.045 0.002 Y NA
 1129026 1129027 PSHAa0323 PSHAa0324 suhB   FALSE 0.009 271.000 0.000 NA   NA
 1129028 1129029 PSHAa0325 PSHAa0326 osmY   FALSE 0.154 76.000 0.016 NA   NA
 1129029 1129030 PSHAa0326 PSHAatRNA9     FALSE 0.008 306.000 0.000 NA   NA
 1129030 1129031 PSHAatRNA9 PSHAa0327     FALSE 0.006 349.000 0.000 NA   NA
 1129031 1129032 PSHAa0327 PSHAa0328     TRUE 0.985 9.000 0.429 NA   NA
 1129034 1129035 PSHAa0330 PSHAa0331     FALSE 0.235 35.000 0.000 NA   NA
 1129035 1129036 PSHAa0331 PSHAa0332     TRUE 0.782 4.000 0.016 NA   NA
 1129036 1129037 PSHAa0332 PSHAa0333     TRUE 0.844 14.000 0.068 NA   NA
 1129037 1129038 PSHAa0333 PSHAa0334     TRUE 0.593 35.000 0.068 NA   NA
 1129038 1129039 PSHAa0334 PSHAa0335   ampH TRUE 0.860 22.000 0.136 NA   NA
 1129039 1129040 PSHAa0335 PSHAa0336 ampH   FALSE 0.335 117.000 0.167 NA N NA
 1129043 1129044 PSHAa0339 PSHAa0340     FALSE 0.369 23.000 0.000 NA   NA
 1129044 1129045 PSHAa0340 PSHAa0341     FALSE 0.329 26.000 0.000 NA   NA
 1129045 1129046 PSHAa0341 PSHAa0343   purD FALSE 0.006 344.000 0.000 NA N NA
 1129046 1129047 PSHAa0343 PSHAa0344 purD   FALSE 0.416 17.000 0.007 NA   NA
 1129047 1129048 PSHAa0344 PSHAa0345   purH FALSE 0.042 104.000 0.006 NA   NA
 1129048 1129049 PSHAa0345 PSHAa0346 purH fis FALSE 0.035 474.000 0.101 1.000 N NA
 1129049 1129050 PSHAa0346 PSHAa0347 fis dusB TRUE 0.900 20.000 0.161 1.000 N NA
 1129050 1129051 PSHAa0347 PSHAa0348 dusB prmA FALSE 0.132 272.000 0.042 1.000 Y NA
 1129051 1129052 PSHAa0348 PSHAa0349 prmA rpoD FALSE 0.082 82.000 0.004 1.000 N NA
 1129052 1129053 PSHAa0349 PSHAa0350 rpoD dnaG FALSE 0.483 126.000 0.299 1.000 N NA
 1129053 1129054 PSHAa0350 PSHAa0351 dnaG   FALSE 0.118 227.000 0.137 1.000   NA
 1129054 1129055 PSHAa0351 PSHAa0352   rpsU TRUE 0.804 62.000 0.173 0.027   NA
 1129055 1129056 PSHAa0352 PSHAa0353 rpsU   FALSE 0.022 146.000 0.003 1.000 N NA
 1129057 1129058 PSHAa0354 PSHAa0355 ftsY ftsE FALSE 0.010 234.000 0.004 1.000 N NA
 1129058 1129059 PSHAa0355 PSHAa0356 ftsE ftsX TRUE 0.987 -3.000 0.121 NA Y NA
 1129059 1129060 PSHAa0356 PSHAa0357 ftsX rpoH FALSE 0.044 225.000 0.051 NA N NA
 1129061 1129062 PSHAa0358 PSHAa0359     FALSE 0.071 92.000 0.000 NA   NA
 1129062 1129063 PSHAa0359 PSHAa0360   gor FALSE 0.010 268.000 0.000 NA   NA
 1129064 1129065 PSHAa0361 PSHAa0362 prlC   FALSE 0.095 205.000 0.098 NA   NA
 1129066 1129067 PSHAa0363 PSHAa0364     FALSE 0.381 73.000 0.060 1.000   NA
 1129067 1129068 PSHAa0364 PSHAa0365     TRUE 0.541 69.000 0.036 0.045 N NA
 1129068 1129069 PSHAa0365 PSHAa0366   gpmM TRUE 0.966 4.000 0.170 1.000 N NA
 1129070 1129071 PSHAa0367 PSHAa0368     FALSE 0.428 30.000 0.019 1.000 N NA
 1129071 1129072 PSHAa0368 PSHAa0369   secB FALSE 0.331 40.000 0.018 1.000 N NA
 1129072 1129073 PSHAa0369 PSHAa0370 secB gpsA TRUE 0.972 4.000 0.206 1.000 N NA
 1129076 1129077 PSHAa0373 PSHAa0374     TRUE 0.887 4.000 0.041 1.000 N NA
 1129077 1129078 PSHAa0374 PSHAa0375   cpxR TRUE 0.998 2.000 0.791 1.000 Y NA
 1129080 1129081 PSHAa0377 PSHAa0378   pilB FALSE 0.042 156.000 0.013 1.000   NA
 1129081 1129082 PSHAa0378 PSHAa0379 pilB coaE FALSE 0.032 121.000 0.003 1.000 N NA
 1129082 1129083 PSHAa0379 PSHAa0380 coaE pilD TRUE 0.962 2.000 0.122 1.000 N NA
 1129083 1129084 PSHAa0380 PSHAa0381 pilD pilC TRUE 0.955 49.000 0.454 1.000 Y NA
 1129086 1129087 PSHAa0383 PSHAa0384   ppdD TRUE 0.919 53.000 0.667 NA   NA
 1129089 1129090 PSHAa0386 PSHAa0387 nadC   FALSE 0.006 375.000 0.000 NA   NA
 1129091 1129092 PSHAa0388 PSHAa0389 ampD   TRUE 0.709 14.000 0.022 1.000 N NA
 1129092 1129093 PSHAa0389 PSHAa0390   pdhR FALSE 0.005 707.000 0.000 1.000 N NA
 1129093 1129094 PSHAa0390 PSHAa0391 pdhR aceE FALSE 0.240 84.000 0.038 1.000 N NA
 1129094 1129095 PSHAa0391 PSHAa0392 aceE aceF TRUE 0.951 11.000 0.018 1.000 Y NA
 1129095 1129096 PSHAa0392 PSHAa0393 aceF lpd TRUE 0.732 158.000 0.463 1.000 Y NA
 1129096 1129097 PSHAa0393 PSHAa0394 lpd   FALSE 0.005 508.000 0.000 NA   NA
 1129097 1129098 PSHAa0394 PSHAa0395     FALSE 0.006 397.000 0.000 NA   NA
 1129100 1129101 PSHAa0396 PSHAa0397 mscS   TRUE 0.805 33.000 0.027 NA Y NA
 1129101 1129102 PSHAa0397 PSHAa0398     FALSE 0.381 124.000 0.047 NA Y NA
 1129102 1129103 PSHAa0398 PSHAa0399   bhbD TRUE 0.784 0.000 0.000 1.000 N NA
 1129103 1129104 PSHAa0399 PSHAa0400 bhbD   TRUE 0.731 4.000 0.000 1.000 N NA
 1129104 1129105 PSHAa0400 PSHAa0401     FALSE 0.057 486.000 0.022 1.000 Y NA
 1129105 1129106 PSHAa0401 PSHAa0402     FALSE 0.022 197.000 0.000 1.000   NA
 1129106 1129107 PSHAa0402 PSHAa0403     TRUE 0.565 -103.000 0.000 NA   NA
 1129107 1129108 PSHAa0403 PSHAa0404     TRUE 0.701 -6.000 0.000 NA   NA
 1129108 1129109 PSHAa0404 PSHAa0405     TRUE 0.715 3.000 0.000 NA   NA
 1129109 1129110 PSHAa0405 PSHAa0406     FALSE 0.008 353.000 0.000 1.000 N NA
 1129112 1129113 PSHAa0408 PSHAa0409     TRUE 0.992 -3.000 0.500 NA   NA
 1129113 1129114 PSHAa0409 PSHAa0410     TRUE 0.787 97.000 0.600 NA   NA
 1129115 1129116 PSHAa0411 PSHAa0412     TRUE 0.686 -7.000 0.000 NA   NA
 1129116 1129117 PSHAa0412 PSHAa0413     TRUE 0.966 -33.000 0.250 NA   NA
 1129117 1129118 PSHAa0413 PSHAa0414     FALSE 0.179 45.000 0.000 NA   NA
 1129118 1129119 PSHAa0414 PSHAa0415     TRUE 0.990 -27.000 0.667 NA   NA
 1129119 1129120 PSHAa0415 PSHAa0416     TRUE 0.928 29.000 0.400 NA   NA
 1129120 1129121 PSHAa0416 PSHAa0417     TRUE 0.961 20.000 0.400 NA   NA
 1129122 1129123 PSHAa0418 PSHAa0419     TRUE 0.757 31.000 0.000 0.001   NA
 1129123 1129124 PSHAa0419 PSHAa0420     FALSE 0.144 54.000 0.000 NA   NA
 1129125 1129126 PSHAa0421 PSHAa0422     FALSE 0.005 434.000 0.000 NA   NA
 1129126 1129127 PSHAa0422 PSHAa0423     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 1129127 1129128 PSHAa0423 PSHAa0424     TRUE 0.998 -7.000 1.000 0.053   NA
 1129128 1129129 PSHAa0424 PSHAa0425     TRUE 0.533 14.000 0.000 NA   NA
 1129132 1129133 PSHAa0428 PSHAa0429     FALSE 0.161 60.000 0.000 1.000 N NA
 1129133 1129134 PSHAa0429 PSHAa0430     TRUE 0.774 3.000 0.000 1.000   NA
 1129139 1129140 PSHAa0435 PSHAa0436     TRUE 0.943 -24.000 0.150 1.000 N NA
 1129141 1129142 PSHAa0437 PSHAa0438     FALSE 0.381 123.000 0.220 NA N NA
 1129142 1129143 PSHAa0438 PSHAa0439     FALSE 0.026 151.000 0.000 NA   NA
 1129144 1129145 PSHAa0441 PSHAa0442     FALSE 0.128 67.000 0.000 NA   NA
 1129145 1129146 PSHAa0442 PSHAa0443     FALSE 0.007 439.000 0.000 1.000   NA
 1129149 1129150 PSHAa0446 PSHAa0447   mutM FALSE 0.151 60.000 0.010 NA   NA
 1129150 1129151 PSHAa0447 PSHAa0448 mutM   FALSE 0.028 146.000 0.000 NA   NA
 1129152 1129153 PSHAa0449 PSHAa0450     TRUE 0.964 12.000 0.238 NA   NA
 1129153 1129154 PSHAa0450 PSHAa0451     TRUE 0.997 -3.000 0.605 NA Y NA
 1129155 1129156 PSHAa0452 PSHAa0453     TRUE 0.991 -10.000 0.636 NA   NA
 1129156 1129157 PSHAa0453 PSHAa0454   purC FALSE 0.027 150.000 0.000 NA   NA
 1129157 1129158 PSHAa0454 PSHAa0455 purC   FALSE 0.133 122.000 0.043 1.000   NA
 1129158 1129159 PSHAa0455 PSHAa0456     TRUE 0.984 -7.000 0.333 1.000   NA
 1129159 1129160 PSHAa0456 PSHAa0457     TRUE 0.963 -13.000 0.209 NA   NA
 1129160 1129161 PSHAa0457 PSHAa0458     TRUE 0.994 0.000 0.619 NA   NA
 1129161 1129162 PSHAa0458 PSHAa0459   sseA FALSE 0.168 67.000 0.000 1.000   NA
 1129164 1129165 PSHAa0461 PSHAa0462     TRUE 0.607 -21.000 0.000 NA   NA
 1129167 1129168 PSHAa0464 PSHAa0465     FALSE 0.014 211.000 0.000 NA   NA
 1129169 1129170 PSHAa0466 PSHAa0467 rffE rsuA FALSE 0.025 173.000 0.000 1.000 N NA
 1129177 1129178 PSHAa0474 PSHAa0475 efp   TRUE 0.861 60.000 0.082 0.053 Y NA
 1129180 1129181 PSHAa0477 PSHAa0478     FALSE 0.095 145.000 0.048 NA   NA
 1129181 1129182 PSHAa0478 PSHAa0480   thiC FALSE 0.004 448.000 0.000 NA N NA
 1129182 1129183 PSHAa0480 PSHAa0481 thiC thiO FALSE 0.373 58.000 0.044 1.000 N NA
 1129183 1129184 PSHAa0481 PSHAa0482 thiO thiS TRUE 0.982 8.000 0.342 1.000 N NA
 1129184 1129185 PSHAa0482 PSHAa0483 thiS thiG TRUE 0.975 6.000 0.064 1.000 Y NA
 1129185 1129186 PSHAa0483 PSHAa0484 thiG thiDE TRUE 0.974 12.000 0.012 0.004 Y NA
 1129186 1129187 PSHAa0484 PSHAa0485 thiDE thiF TRUE 0.863 23.000 0.010 1.000 Y NA
 1129188 1129189 PSHAa0486 PSHAa0487 psd   TRUE 0.551 55.000 0.095 1.000   NA
 1129190 1129191 PSHAa0488 PSHAa0489 orn   TRUE 0.652 8.000 0.000 NA   NA
 1129191 1129192 PSHAa0489 PSHAatRNA10     FALSE 0.169 48.000 0.000 NA   NA
 1129192 1129193 PSHAatRNA10 PSHAatRNA11     FALSE 0.015 206.000 0.000 NA   NA
 1129193 1129194 PSHAatRNA11 PSHAatRNA12     FALSE 0.043 117.000 0.000 NA   NA
 1129195 1129196 PSHAa0491 PSHAa0492     TRUE 0.731 -3.000 0.009 NA   NA
 1129196 1129197 PSHAa0492 PSHAa0493   zur TRUE 0.536 64.000 0.112 NA N NA
 1129198 1129199 PSHAa_rRNA16s9 PSHAa_rRNA23s9     FALSE 0.008 302.000 0.000 NA   NA
 1129199 1129200 PSHAa_rRNA23s9 PSHAa_rRNA5s10     FALSE 0.029 144.000 0.000 NA   NA
 1129200 1129201 PSHAa_rRNA5s10 PSHAa0499   dusA FALSE 0.006 349.000 0.000 NA   NA
 1129201 1129202 PSHAa0499 PSHAa0500 dusA pspA FALSE 0.009 254.000 0.000 NA N NA
 1129202 1129203 PSHAa0500 PSHAa0501 pspA pspC TRUE 0.993 11.000 0.400 NA Y NA
 1129203 1129204 PSHAa0501 PSHAa0502 pspC   TRUE 0.904 37.000 0.400 NA   NA
 1129204 1129205 PSHAa0502 PSHAa0503     TRUE 0.743 79.000 0.333 NA   NA
 1129205 1129206 PSHAa0503 PSHAa0504     TRUE 0.829 9.000 0.034 NA   NA
 1129206 1129207 PSHAa0504 PSHAa0505     TRUE 0.976 4.000 0.236 NA   NA
 1129208 1129209 PSHAa0506 PSHAa0507     TRUE 0.843 -31.000 0.050 NA   NA
 1129211 1129212 PSHAa0509 PSHAa0510   srmB FALSE 0.010 255.000 0.000 NA   NA
 1129213 1129214 PSHAa0511 PSHAa0512     FALSE 0.146 53.000 0.000 NA   NA
 1129216 1129217 PSHAa0514 PSHAa0515 xerD dsbC FALSE 0.323 90.000 0.079 1.000 N NA
 1129217 1129218 PSHAa0515 PSHAa0516 dsbC recJ FALSE 0.358 86.000 0.082 1.000 N NA
 1129218 1129219 PSHAa0516 PSHAa0517 recJ prfB FALSE 0.069 146.000 0.028 1.000 N NA
 1129219 1129220 PSHAa0517 PSHAa0518 prfB lysS TRUE 0.963 28.000 0.162 0.053 Y NA
 1129220 1129221 PSHAa0518 PSHAa0519 lysS   FALSE 0.016 194.000 0.000 NA   NA
 1129221 1129222 PSHAa0519 PSHAatRNA13     FALSE 0.034 131.000 0.000 NA   NA
 1129222 1129223 PSHAatRNA13 PSHAatRNA14     FALSE 0.230 36.000 0.000 NA   NA
 1129223 1129224 PSHAatRNA14 PSHAatRNA15     FALSE 0.054 103.000 0.000 NA   NA
 1129224 1129225 PSHAatRNA15 PSHAatRNA16     FALSE 0.027 148.000 0.000 NA   NA
 1129225 1129226 PSHAatRNA16 PSHAatRNA17     FALSE 0.044 115.000 0.000 NA   NA
 1129226 1129227 PSHAatRNA17 PSHAa0521     FALSE 0.007 319.000 0.000 NA   NA
 1129227 1129228 PSHAa0521 PSHAa0522     TRUE 0.736 11.000 0.020 NA   NA
 1129228 1129229 PSHAa0522 PSHAa0523     FALSE 0.018 205.000 0.000 1.000 N NA
 1129231 1129232 PSHAa0525 PSHAa0526     FALSE 0.085 85.000 0.000 NA   NA
 1129232 1129233 PSHAa0526 PSHAa0527     FALSE 0.167 55.000 0.000 1.000 N NA
 1129235 1129236 PSHAa0529 PSHAa0530 ribA   TRUE 0.747 14.000 0.032 NA   NA
 1129236 1129237 PSHAa0530 PSHAa0531   recX TRUE 0.643 0.000 0.003 NA   NA
 1129237 1129238 PSHAa0531 PSHAa0532 recX alaS TRUE 0.834 20.000 0.085 1.000   NA
 1129238 1129239 PSHAa0532 PSHAa0533 alaS lysC TRUE 0.934 1.000 0.065 1.000 N NA
 1129239 1129240 PSHAa0533 PSHAa0534 lysC csrA FALSE 0.313 91.000 0.079 1.000 N NA
 1129241 1129242 PSHAa0535 PSHAa0536     FALSE 0.015 202.000 0.000 NA   NA
 1129242 1129243 PSHAa0536 PSHAa0537     TRUE 0.901 66.000 0.636 NA   NA
 1129244 1129245 PSHAa0538 PSHAa0539 oadG oadA TRUE 0.986 13.000 0.080 0.001 Y NA
 1129245 1129246 PSHAa0539 PSHAa0540 oadA oadB TRUE 0.999 14.000 0.976 0.001 Y NA
 1129246 1129247 PSHAa0540 PSHAa0541 oadB   FALSE 0.045 130.000 0.008 1.000   NA
 1129247 1129248 PSHAa0541 PSHAa0542     FALSE 0.297 27.000 0.008 NA   NA
 1129251 1129252 PSHAa0546 PSHAa0547   mtnN TRUE 0.962 1.000 0.117 1.000 N NA
 1129252 1129253 PSHAa0547 PSHAa0548 mtnN   FALSE 0.061 108.000 0.013 NA   NA
 1129253 1129254 PSHAa0548 PSHAa0549     FALSE 0.056 116.000 0.013 NA   NA
 1129256 1129257 PSHAa0551 PSHAa0552 arcA rsmC FALSE 0.005 761.000 0.000 1.000 N NA
 1129257 1129258 PSHAa0552 PSHAa0553 rsmC yggH FALSE 0.108 90.000 0.010 1.000   NA
 1129259 1129260 PSHAa0554 PSHAa0555 mutY   TRUE 0.758 35.000 0.150 NA N NA
 1129262 1129263 PSHAatRNA18 PSHAatRNA19     FALSE 0.113 73.000 0.000 NA   NA
 1129263 1129264 PSHAatRNA19 PSHAatRNA20     FALSE 0.028 145.000 0.000 NA   NA
 1129264 1129265 PSHAatRNA20 PSHAatRNA21     FALSE 0.137 60.000 0.000 NA   NA
 1129265 1129266 PSHAatRNA21 PSHAatRNA22     FALSE 0.008 299.000 0.000 NA   NA
 1129266 1129267 PSHAatRNA22 PSHAa0558     FALSE 0.007 310.000 0.000 NA   NA
 1129267 1129268 PSHAa0558 PSHAa0559     TRUE 0.982 -10.000 0.114 1.000 Y NA
 1129268 1129269 PSHAa0559 PSHAa0560     TRUE 0.996 -3.000 0.909 NA N NA
 1129269 1129270 PSHAa0560 PSHAa0561     FALSE 0.004 609.000 0.000 NA   NA
 1129270 1129271 PSHAa0561 PSHAa0562   pepP TRUE 0.595 29.000 0.051 NA   NA
 1129271 1129272 PSHAa0562 PSHAa0563 pepP ubiH TRUE 0.729 16.000 0.031 1.000 N NA
 1129272 1129273 PSHAa0563 PSHAa0564 ubiH visC TRUE 0.999 -3.000 0.474 0.001 Y NA
 1129275 1129276 PSHAa0566 PSHAa0567     TRUE 0.728 -3.000 0.000 NA   NA
 1129277 1129278 PSHAa0568 PSHAa0569     TRUE 0.750 0.000 0.000 NA   NA
 1129285 1129286 PSHAa0576 PSHAa0577     TRUE 0.681 184.000 1.000 NA   NA
 1129286 1129287 PSHAa0577 PSHAa0578   czcB TRUE 0.995 -3.000 0.667 1.000   NA
 1129287 1129288 PSHAa0578 PSHAa0579 czcB czcA TRUE 0.970 9.000 0.222 1.000   NA
 1129289 1129290 PSHAa0580 PSHAa0581     FALSE 0.023 164.000 0.000 NA   NA
 1129291 1129292 PSHAa0582 PSHAa0583     FALSE 0.024 158.000 0.000 NA   NA
 1129292 1129293 PSHAa0583 PSHAa0584     FALSE 0.198 41.000 0.000 NA   NA
 1129295 1129296 PSHAa0586 PSHAa0587     TRUE 0.994 11.000 0.916 1.000   NA
 1129296 1129297 PSHAa0587 PSHAa0588     FALSE 0.109 116.000 0.026 1.000   NA
 1129297 1129298 PSHAa0588 PSHAa0589     TRUE 0.739 48.000 0.184 1.000 N NA
 1129298 1129299 PSHAa0589 PSHAa0590     FALSE 0.010 315.000 0.000 1.000   NA
 1129300 1129301 PSHAa0591 PSHAa0592     TRUE 0.740 58.000 0.231 NA   NA
 1129302 1129303 PSHAa0594 PSHAa0595 epd pgk TRUE 0.905 44.000 0.070 0.007 Y NA
 1129303 1129304 PSHAa0595 PSHAa0596 pgk fbaA FALSE 0.292 209.000 0.019 0.007 Y NA
 1129304 1129305 PSHAa0596 PSHAa0597 fbaA phoB FALSE 0.005 561.000 0.000 1.000 N NA
 1129305 1129306 PSHAa0597 PSHAa0598 phoB phoR FALSE 0.528 254.000 0.453 1.000 Y NA
 1129306 1129307 PSHAa0598 PSHAa0599 phoR   FALSE 0.497 91.000 0.168 1.000 N NA
 1129308 1129309 PSHAa0600 PSHAa0601   panC FALSE 0.184 31.000 0.003 NA   NA
 1129309 1129310 PSHAa0601 PSHAa0602 panC panB TRUE 0.998 0.000 0.395 0.001 Y NA
 1129310 1129311 PSHAa0602 PSHAa0603 panB folK TRUE 0.912 31.000 0.117 1.000 Y NA
 1129311 1129312 PSHAa0603 PSHAa0604 folK pcnB TRUE 0.974 6.000 0.234 1.000 N NA
 1129312 1129313 PSHAa0604 PSHAa0605 pcnB queB FALSE 0.191 317.000 0.131 1.000 Y NA
 1129313 1129314 PSHAa0605 PSHAa0606 queB dksAA TRUE 0.928 21.000 0.231 1.000 N NA
 1129314 1129315 PSHAa0606 PSHAa0607 dksAA sfsA FALSE 0.073 317.000 0.151 NA   NA
 1129316 1129317 PSHAa0608 PSHAa0609 pepB hpt FALSE 0.023 188.000 0.008 1.000   NA
 1129320 1129321 PSHAa0613 PSHAa0614     FALSE 0.045 114.000 0.000 NA   NA
 1129321 1129322 PSHAa0614 PSHAa0615     FALSE 0.051 124.000 0.000 1.000   NA
 1129322 1129323 PSHAa0615 PSHAa0616     TRUE 0.927 8.000 0.000 0.009   NA
 1129323 1129324 PSHAa0616 PSHAa0617     FALSE 0.146 156.000 0.000 0.009   NA
 1129324 1129325 PSHAa0617 PSHAa0618     TRUE 0.737 28.000 0.000 0.009   NA
 1129325 1129326 PSHAa0618 PSHAa0619     FALSE 0.045 114.000 0.000 NA   NA
 1129327 1129328 PSHAa0620 PSHAa0621     TRUE 0.873 2.000 0.029 NA   NA
 1129328 1129329 PSHAa0621 PSHAa0622     TRUE 0.857 3.000 0.029 NA   NA
 1129329 1129330 PSHAa0622 PSHAa0623     TRUE 0.558 25.000 0.029 NA   NA
 1129333 1129334 PSHAa0626 PSHAa0627     FALSE 0.026 151.000 0.000 NA   NA
 1129334 1129335 PSHAa0627 PSHAa0628     TRUE 0.999 0.000 0.778 1.000 Y NA
 1129336 1129337 PSHAa0629 PSHAa0630     TRUE 0.893 27.000 0.241 NA   NA
 1129337 1129338 PSHAa0630 PSHAa0631     TRUE 0.995 -3.000 0.741 NA   NA
 1129340 1129341 PSHAa0633 PSHAa0634 proB   FALSE 0.027 177.000 0.000 1.000   NA
 1129341 1129342 PSHAa0634 PSHAa0635   gltX FALSE 0.267 39.000 0.000 1.000   NA
 1129342 1129343 PSHAa0635 PSHAa0636 gltX   FALSE 0.023 163.000 0.000 NA   NA
 1129344 1129345 PSHAa0637 PSHAa0638     TRUE 0.580 -45.000 0.000 NA   NA
 1129345 1129346 PSHAa0638 PSHAa0639     FALSE 0.051 105.000 0.000 NA   NA
 1129347 1129348 PSHAa0640 PSHAa0641     FALSE 0.203 107.000 0.070 NA   NA
 1129350 1129351 PSHAa0643 PSHAa0644     FALSE 0.042 139.000 0.000 1.000   NA
 1129351 1129352 PSHAa0644 PSHAa0645   cysE FALSE 0.068 139.000 0.024 1.000 N NA
 1129352 1129353 PSHAa0645 PSHAa0646 cysE   TRUE 0.614 19.000 0.024 NA   NA
 1129355 1129356 PSHAa0648 PSHAa0649 guaB guaA TRUE 0.667 107.000 0.190 0.001   NA
 1129357 1129358 PSHAa0650 PSHAa0651 lmrb   FALSE 0.457 67.000 0.073 1.000   NA
 1129359 1129360 PSHAatRNA23 PSHAa0652     FALSE 0.130 66.000 0.000 NA   NA
 1129360 1129361 PSHAa0652 PSHAa0653   rimI FALSE 0.179 32.000 0.004 NA   NA
 1129363 1129364 PSHAa0655 PSHAa0656 prfC argS TRUE 0.755 58.000 0.006 0.051 Y NA
 1129364 1129365 PSHAa0656 PSHAa0658 argS pdxH FALSE 0.005 402.000 0.004 1.000 N NA
 1129365 1129366 PSHAa0658 PSHAa0659 pdxH   FALSE 0.415 22.000 0.013 NA N NA
 1129370 1129371 PSHAa0663 PSHAa0664 radA   FALSE 0.054 82.000 0.002 NA   NA
 1129371 1129372 PSHAa0664 PSHAa0665     FALSE 0.011 250.000 0.000 NA   NA
 1129373 1129374 PSHAa0666 PSHAa0667 serA rpiA TRUE 0.671 10.000 0.000 1.000 N NA
 1129374 1129375 PSHAa0667 PSHAa0668 rpiA   TRUE 0.624 -49.000 0.000 1.000 N NA
 1129375 1129376 PSHAa0668 PSHAa0669     FALSE 0.299 21.000 0.003 NA   NA
 1129376 1129377 PSHAa0669 PSHAa0670   metK FALSE 0.015 153.000 0.003 NA   NA
 1129378 1129379 PSHAa0671 PSHAa0672 tktA   FALSE 0.018 186.000 0.000 NA   NA
 1129379 1129380 PSHAa0672 PSHAa0673     FALSE 0.015 202.000 0.000 NA   NA
 1129380 1129381 PSHAa0673 PSHAa0674     FALSE 0.012 213.000 0.000 NA N NA
 1129381 1129382 PSHAa0674 PSHAa0675     FALSE 0.005 460.000 0.000 NA   NA
 1129385 1129386 PSHAa0678 PSHAa0679     FALSE 0.261 267.000 0.431 NA   NA
 1129386 1129387 PSHAa0679 PSHAa0680     FALSE 0.150 60.000 0.010 NA   NA
 1129388 1129389 PSHAa0681 PSHAa0682     FALSE 0.176 121.000 0.075 NA   NA
 1129389 1129390 PSHAa0682 PSHAa0683     FALSE 0.135 49.000 0.006 NA   NA
 1129390 1129391 PSHAa0683 PSHAa0684   ispD TRUE 0.955 -22.000 0.185 1.000 N NA
 1129391 1129392 PSHAa0684 PSHAa0685 ispD ispF TRUE 0.996 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 1129392 1129393 PSHAa0685 PSHAa0686 ispF truD TRUE 0.973 -3.000 0.173 1.000   NA
 1129393 1129394 PSHAa0686 PSHAa0687 truD surE TRUE 0.968 -19.000 0.235 1.000   NA
 1129394 1129395 PSHAa0687 PSHAa0688 surE pcm TRUE 0.984 -10.000 0.353 1.000   NA
 1129395 1129396 PSHAa0688 PSHAa0689 pcm   FALSE 0.532 37.000 0.055 NA   NA
 1129396 1129397 PSHAa0689 PSHAa0690     FALSE 0.524 42.000 0.067 NA   NA
 1129397 1129398 PSHAa0690 PSHAa0691   rpoS TRUE 0.769 39.000 0.169 1.000 N NA
 1129400 1129401 PSHAa0693 PSHAa0694   recA FALSE 0.452 68.000 0.082 NA   NA
 1129402 1129403 PSHAa0695 PSHAa0696     FALSE 0.021 202.000 0.000 1.000   NA
 1129404 1129405 PSHAa0697 PSHAa0698   acs FALSE 0.133 63.000 0.000 NA   NA
 1129405 1129406 PSHAa0698 PSHAa0699 acs   TRUE 0.873 98.000 0.909 1.000 N NA
 1129406 1129407 PSHAa0699 PSHAa0700     FALSE 0.032 150.000 0.000 1.000 N NA
 1129408 1129409 PSHAa0701 PSHAa0702 purU   FALSE 0.015 205.000 0.000 NA   NA
 1129409 1129410 PSHAa0702 PSHAa0703     FALSE 0.033 134.000 0.000 NA   NA
 1129410 1129411 PSHAa0703 PSHAa0704     TRUE 0.994 -12.000 0.889 NA   NA
 1129411 1129412 PSHAa0704 PSHAa0705     TRUE 0.992 -7.000 0.600 1.000   NA
 1129412 1129413 PSHAa0705 PSHAa0706     TRUE 0.969 -7.000 0.200 NA   NA
 1129413 1129414 PSHAa0706 PSHAa0707     TRUE 0.994 -3.000 0.667 NA   NA
 1129414 1129415 PSHAa0707 PSHAa0708     TRUE 0.965 15.000 0.333 NA   NA
 1129415 1129416 PSHAa0708 PSHAa0709     TRUE 0.951 3.000 0.100 1.000   NA
 1129417 1129418 PSHAa0711 PSHAa0712     FALSE 0.005 547.000 0.000 1.000 N NA
 1129418 1129419 PSHAa0712 PSHAa0713     FALSE 0.502 43.000 0.062 NA   NA
 1129420 1129421 PSHAa0714 PSHAa0715     TRUE 0.838 38.000 0.069 NA Y NA
 1129421 1129422 PSHAa0715 PSHAa0716     TRUE 0.927 -7.000 0.082 NA   NA
 1129422 1129423 PSHAa0716 PSHAa0717     FALSE 0.268 68.000 0.025 1.000   NA
 1129424 1129425 PSHAa0718 PSHAa0719     FALSE 0.354 50.000 0.036 NA   NA
 1129425 1129426 PSHAa0719 PSHAa0720     FALSE 0.176 46.000 0.000 NA   NA
 1129427 1129428 PSHAa0721 PSHAa0722 slyDA ygfZ TRUE 0.686 13.000 0.013 1.000   NA
 1129429 1129430 PSHAa0723 PSHAa0724     FALSE 0.019 155.000 0.005 NA   NA
 1129432 1129433 PSHAa0726 PSHAa0727 rpoE rseA TRUE 0.995 2.000 0.705 NA N NA
 1129433 1129434 PSHAa0727 PSHAa0728 rseA rseB TRUE 0.998 5.000 0.856 NA Y NA
 1129434 1129435 PSHAa0728 PSHAa0729 rseB rseC TRUE 0.990 21.000 0.609 NA Y NA
 1129435 1129436 PSHAa0729 PSHAa0730 rseC lepA FALSE 0.114 123.000 0.045 NA N NA
 1129436 1129437 PSHAa0730 PSHAa0731 lepA lepB TRUE 0.929 17.000 0.187 1.000   NA
 1129437 1129438 PSHAa0731 PSHAa0732 lepB rnc FALSE 0.498 78.000 0.117 1.000   NA
 1129438 1129439 PSHAa0732 PSHAa0733 rnc era TRUE 0.974 -10.000 0.127 0.045   NA
 1129439 1129440 PSHAa0733 PSHAa0734 era recO TRUE 0.832 23.000 0.109 1.000   NA
 1129440 1129441 PSHAa0734 PSHAa0735 recO pdxJ TRUE 0.877 23.000 0.166 1.000 N NA
 1129442 1129443 PSHAa0736 PSHAa0737   barA FALSE 0.133 63.000 0.000 NA   NA
 1129444 1129445 PSHAa0738 PSHAa0739 rumA relA TRUE 0.658 9.000 0.007 1.000 N NA
 1129445 1129446 PSHAa0739 PSHAa0740 relA mazG TRUE 0.734 3.000 0.006 1.000   NA
 1129446 1129447 PSHAa0740 PSHAa0741 mazG pyrG FALSE 0.056 161.000 0.025 1.000   NA
 1129447 1129448 PSHAa0741 PSHAa0742 pyrG eno FALSE 0.204 110.000 0.068 1.000 N NA
 1129449 1129450 PSHAa0743 PSHAa0744 mutH   TRUE 0.596 -28.000 0.000 NA   NA
 1129451 1129452 PSHAa0745 PSHAa0746 nudH ptsP TRUE 0.603 20.000 0.019 1.000 N NA
 1129452 1129453 PSHAa0746 PSHAa0747 ptsP   TRUE 0.721 68.000 0.222 1.000   NA
 1129453 1129454 PSHAa0747 PSHAa0748   lgt TRUE 0.555 13.000 0.003 1.000   NA
 1129454 1129455 PSHAa0748 PSHAa0749 lgt thyA TRUE 0.950 11.000 0.164 1.000 N NA
 1129455 1129456 PSHAa0749 PSHAa0750 thyA galU FALSE 0.327 24.000 0.004 1.000 N NA
 1129456 1129457 PSHAa0750 PSHAa0751 galU   FALSE 0.007 320.000 0.000 NA   NA
 1129457 1129458 PSHAa0751 PSHAa0752     TRUE 0.811 126.000 1.000 NA   NA
 1129458 1129459 PSHAa0752 PSHAa0753     FALSE 0.019 180.000 0.000 NA   NA
 1129459 1129460 PSHAa0753 PSHAa0754     FALSE 0.149 52.000 0.000 NA   NA
 1129460 1129461 PSHAa0754 PSHAa0755     TRUE 0.834 14.000 0.062 NA   NA
 1129461 1129462 PSHAa0755 PSHAa0756     TRUE 0.864 12.000 0.062 NA   NA
 1129462 1129463 PSHAa0756 PSHAatRNA24     FALSE 0.138 59.000 0.000 NA   NA
 1129464 1129465 PSHAa0758 PSHAa0759     TRUE 0.817 71.000 0.204 0.007 N NA
 1129469 1129470 PSHAa0763 PSHAa0764 flgN flgM TRUE 0.970 -7.000 0.062 0.003   NA
 1129470 1129471 PSHAa0764 PSHAa0765 flgM flgA TRUE 0.902 77.000 0.371 NA Y NA
 1129472 1129473 PSHAa0766 PSHAa0767 cheV cheR TRUE 0.994 21.000 0.838 1.000 Y NA
 1129475 1129476 PSHAa0769 PSHAa0770 flgB flgC TRUE 0.999 6.000 0.889 0.005 Y NA
 1129476 1129477 PSHAa0770 PSHAa0771 flgC flgD TRUE 0.992 14.000 0.478 NA Y NA
 1129477 1129478 PSHAa0771 PSHAa0772 flgD flgE TRUE 0.979 50.000 0.875 NA Y NA
 1129478 1129479 PSHAa0772 PSHAa0773 flgE flgF TRUE 0.596 428.000 0.594 0.005 Y NA
 1129479 1129480 PSHAa0773 PSHAa0774 flgF flgG TRUE 0.993 22.000 0.446 0.001 Y NA
 1129480 1129481 PSHAa0774 PSHAa0775 flgG flgH TRUE 0.998 17.000 0.909 0.007 Y NA
 1129481 1129482 PSHAa0775 PSHAa0776 flgH flgI TRUE 0.996 13.000 0.457 0.009 Y NA
 1129482 1129483 PSHAa0776 PSHAa0777 flgI flgJ TRUE 0.869 128.000 0.405 0.009 Y NA
 1129483 1129484 PSHAa0777 PSHAa0778 flgJ flgK TRUE 0.999 2.000 0.705 0.003 Y NA
 1129484 1129485 PSHAa0778 PSHAa0779 flgK flgL TRUE 0.991 3.000 0.057 0.002 Y NA
 1129485 1129486 PSHAa0779 PSHAa0781 flgL fliC FALSE 0.105 682.000 0.000 0.001 Y NA
 1129486 1129487 PSHAa0781 PSHAa0782 fliC   FALSE 0.179 307.000 0.000 0.001 Y NA
 1129487 1129488 PSHAa0782 PSHAa0783   flaG FALSE 0.174 174.000 0.011 NA Y NA
 1129488 1129489 PSHAa0783 PSHAa0784 flaG fliD TRUE 0.734 81.000 0.117 NA Y NA
 1129490 1129491 PSHAa0785 PSHAa0786   fliS TRUE 0.658 7.000 0.000 NA   NA
 1129494 1129495 PSHAa0789 PSHAa0790   flaM TRUE 0.998 -3.000 0.679 1.000 Y NA
 1129495 1129496 PSHAa0790 PSHAa0791 flaM fliE FALSE 0.376 203.000 0.446 1.000 N NA
 1129496 1129497 PSHAa0791 PSHAa0792 fliE fliF TRUE 0.997 21.000 0.910 0.007 Y NA
 1129497 1129498 PSHAa0792 PSHAa0793 fliF fliG TRUE 0.995 -7.000 0.189 0.007 Y NA
 1129498 1129499 PSHAa0793 PSHAa0794 fliG fliH TRUE 0.991 19.000 0.320 0.005 Y NA
 1129499 1129500 PSHAa0794 PSHAa0795 fliH fliI TRUE 0.989 19.000 0.248 0.005 Y NA
 1129500 1129501 PSHAa0795 PSHAa0796 fliI fliJ TRUE 0.905 63.000 0.127 0.009 Y NA
 1129501 1129502 PSHAa0796 PSHAa0797 fliJ fliK FALSE 0.428 138.000 0.006 0.007 Y NA
 1129502 1129503 PSHAa0797 PSHAa0798 fliK fliL TRUE 0.733 58.000 0.045 1.000 Y NA
 1129503 1129504 PSHAa0798 PSHAa0799 fliL fliM TRUE 0.995 10.000 0.241 0.002 Y NA
 1129504 1129505 PSHAa0799 PSHAa0800 fliM fliN TRUE 0.997 21.000 0.741 0.002 Y NA
 1129505 1129506 PSHAa0800 PSHAa0801 fliN fliO TRUE 0.996 3.000 0.443 1.000 Y NA
 1129506 1129507 PSHAa0801 PSHAa0802 fliO fliP TRUE 0.984 5.000 0.122 1.000 Y NA
 1129507 1129508 PSHAa0802 PSHAa0803 fliP fliQ TRUE 0.988 42.000 0.702 0.011 Y NA
 1129508 1129509 PSHAa0803 PSHAa0804 fliQ fliR TRUE 0.999 3.000 0.719 0.003 Y NA
 1129509 1129510 PSHAa0804 PSHAa0805 fliR flhB TRUE 0.989 10.000 0.240 1.000 Y NA
 1129510 1129511 PSHAa0805 PSHAa0806 flhB flhA TRUE 0.918 73.000 0.205 0.011 Y NA
 1129511 1129512 PSHAa0806 PSHAa0807 flhA flhF TRUE 0.966 21.000 0.178 1.000 Y NA
 1129512 1129513 PSHAa0807 PSHAa0808 flhF flhG TRUE 0.988 -7.000 0.241 0.019 N NA
 1129513 1129514 PSHAa0808 PSHAa0809 flhG fliA TRUE 0.951 27.000 0.482 1.000 N NA
 1129514 1129515 PSHAa0809 PSHAa0810 fliA cheY TRUE 0.905 41.000 0.283 0.084 N NA
 1129515 1129516 PSHAa0810 PSHAa0811 cheY cheZ TRUE 0.992 16.000 0.516 1.000 Y NA
 1129516 1129517 PSHAa0811 PSHAa0812 cheZ cheA TRUE 0.987 16.000 0.341 1.000 Y NA
 1129517 1129518 PSHAa0812 PSHAa0813 cheA cheB TRUE 0.961 52.000 0.327 0.010 Y NA
 1129518 1129519 PSHAa0813 PSHAa0814 cheB   TRUE 0.987 -7.000 0.153 1.000 Y NA
 1129519 1129520 PSHAa0814 PSHAa0815   motB TRUE 0.990 9.000 0.248 1.000 Y NA
 1129520 1129521 PSHAa0815 PSHAa0816 motB   TRUE 0.950 13.000 0.199 1.000 N NA
 1129521 1129522 PSHAa0816 PSHAa0817     TRUE 0.921 37.000 0.454 1.000   NA
 1129522 1129523 PSHAa0817 PSHAa0818   cheW TRUE 0.991 25.000 0.886 0.010   NA
 1129523 1129524 PSHAa0818 PSHAa0819 cheW   TRUE 0.984 19.000 0.743 NA   NA
 1129525 1129526 PSHAa0820 PSHAa0821     TRUE 0.774 3.000 0.000 1.000   NA
 1129527 1129528 PSHAa0822 PSHAa0823 ccmA ccmB TRUE 0.989 0.000 0.021 0.003 Y NA
 1129528 1129529 PSHAa0823 PSHAa0824 ccmB ccmC TRUE 0.989 2.000 0.015 0.001 Y NA
 1129529 1129530 PSHAa0824 PSHAa0825 ccmC ccmD TRUE 0.992 3.000 0.501 1.000 N NA
 1129530 1129531 PSHAa0825 PSHAa0826 ccmD ccmE TRUE 0.989 0.000 0.344 1.000 N NA
 1129531 1129532 PSHAa0826 PSHAa0827 ccmE ccmF TRUE 0.996 3.000 0.211 0.003 Y NA
 1129532 1129533 PSHAa0827 PSHAa0828 ccmF ccmG TRUE 0.999 -3.000 0.804 0.003 Y NA
 1129533 1129534 PSHAa0828 PSHAa0829 ccmG ccmH TRUE 0.998 0.000 0.578 NA Y NA
 1129534 1129535 PSHAa0829 PSHAa0830 ccmH   TRUE 0.998 1.000 0.727 NA Y NA
 1129535 1129536 PSHAa0830 PSHAa0831   vacJ TRUE 0.968 10.000 0.239 NA N NA
 1129541 1129542 PSHAa0836 PSHAa0837   dsbB TRUE 0.896 0.000 0.036 NA   NA
 1129543 1129544 PSHAa0838 PSHAa0839 fadR ahpCB FALSE 0.011 279.000 0.000 1.000 N NA
 1129545 1129546 PSHAa0840 PSHAa0841   smpB FALSE 0.007 365.000 0.000 1.000 N NA
 1129547 1129548 PSHAa0842 PSHAa0843     TRUE 0.959 -3.000 0.124 NA   NA
 1129551 1129552 PSHAa0846 PSHAa0847     TRUE 0.722 -10.000 0.000 1.000   NA
 1129552 1129553 PSHAa0847 PSHAa0848     TRUE 0.861 87.000 0.667 1.000   NA
 1129553 1129554 PSHAa0848 PSHAa0849   ilvC FALSE 0.019 161.000 0.003 1.000 N NA
 1129555 1129556 PSHAa0850 PSHAa0851     FALSE 0.010 229.000 0.000 NA N NA
 1129556 1129557 PSHAa0851 PSHAa0852     TRUE 0.988 2.000 0.353 NA   NA
 1129557 1129558 PSHAa0852 PSHAa0853   rstA TRUE 0.840 15.000 0.072 NA   NA
 1129558 1129559 PSHAa0853 PSHAa0854 rstA rstB TRUE 0.873 27.000 0.036 1.000 Y NA
 1129560 1129561 PSHAa0855 PSHAa0856     FALSE 0.008 304.000 0.000 NA   NA
 1129562 1129563 PSHAa0857 PSHAa0858     FALSE 0.041 170.000 0.022 NA   NA
 1129564 1129565 PSHAa0859 PSHAa0860     FALSE 0.022 200.000 0.000 1.000   NA
 1129565 1129566 PSHAa0860 PSHAa0861     TRUE 0.998 7.000 0.750 1.000 Y NA
 1129566 1129567 PSHAa0861 PSHAa0862     TRUE 0.990 13.000 0.750 NA   NA
 1129567 1129568 PSHAa0862 PSHAa0863     TRUE 0.938 50.000 0.750 NA   NA
 1129568 1129569 PSHAa0863 PSHAa0864     TRUE 0.855 93.000 0.750 NA   NA
 1129570 1129571 PSHAa0865 PSHAa0866 ampC   TRUE 0.667 6.000 0.000 NA   NA
 1129571 1129572 PSHAa0866 PSHAa0867     TRUE 0.579 -49.000 0.000 NA   NA
 1129574 1129575 PSHAa0869 PSHAa0870 ftsJ ftsH FALSE 0.334 112.000 0.152 NA N NA
 1129575 1129576 PSHAa0870 PSHAa0871 ftsH folP TRUE 0.634 98.000 0.325 1.000 N NA
 1129576 1129577 PSHAa0871 PSHAa0872 folP glmM TRUE 0.984 1.000 0.260 1.000 N NA
 1129577 1129578 PSHAa0872 PSHAa0873 glmM tpiA TRUE 0.745 73.000 0.082 1.000 Y NA
 1129578 1129579 PSHAa0873 PSHAa0874 tpiA secG TRUE 0.976 1.000 0.184 1.000 N NA
 1129579 1129580 PSHAa0874 PSHAatRNA25 secG   FALSE 0.083 86.000 0.000 NA   NA
 1129580 1129581 PSHAatRNA25 PSHAa0875     FALSE 0.011 246.000 0.000 NA   NA
 1129583 1129584 PSHAa0877 PSHAa0878     TRUE 0.970 15.000 0.222 0.052 N NA
 1129584 1129585 PSHAa0878 PSHAa0879     FALSE 0.087 91.000 0.000 1.000 N NA
 1129585 1129586 PSHAa0879 PSHAa0880     TRUE 0.981 10.000 0.222 0.063 N NA
 1129586 1129587 PSHAa0880 PSHAa0881   teiR FALSE 0.010 288.000 0.000 1.000 N NA
 1129589 1129590 PSHAa0883 PSHAa0884 fabG   FALSE 0.247 92.000 0.061 NA   NA
 1129590 1129591 PSHAa0884 PSHAa0885     TRUE 0.988 0.000 0.333 NA   NA
 1129591 1129592 PSHAa0885 PSHAa0886     TRUE 0.986 -28.000 0.500 1.000   NA
 1129592 1129593 PSHAa0886 PSHAa0887     TRUE 0.986 18.000 0.750 1.000   NA
 1129593 1129594 PSHAa0887 PSHAa0888     TRUE 0.982 10.000 0.130 1.000 Y NA
 1129594 1129595 PSHAa0888 PSHAa0889     TRUE 0.981 15.000 0.087 0.005 Y NA
 1129595 1129596 PSHAa0889 PSHAa0890     TRUE 0.999 0.000 0.750 0.005 Y NA
 1129597 1129598 PSHAa0891 PSHAa0892     FALSE 0.150 140.000 0.000 0.033 N NA
 1129598 1129599 PSHAa0892 PSHAa0893   tesD TRUE 0.804 43.000 0.222 1.000   NA
 1129600 1129601 PSHAa0894 PSHAa0895     TRUE 0.976 9.000 0.286 NA   NA
 1129601 1129602 PSHAa0895 PSHAa0896     TRUE 0.958 21.000 0.400 NA   NA
 1129602 1129603 PSHAa0896 PSHAa0897     TRUE 0.996 0.000 0.400 NA Y NA
 1129603 1129604 PSHAa0897 PSHAa0898     TRUE 0.998 2.000 0.750 NA Y NA
 1129604 1129605 PSHAa0898 PSHAa0900   tesB FALSE 0.291 193.000 0.286 1.000   NA
 1129605 1129606 PSHAa0900 PSHAa0901 tesB   TRUE 0.978 0.000 0.188 1.000   NA
 1129606 1129607 PSHAa0901 PSHAa0902     TRUE 0.998 15.000 0.912 0.001 Y NA
 1129607 1129608 PSHAa0902 PSHAa0903     TRUE 0.996 0.000 0.206 0.063 Y NA
 1129608 1129609 PSHAa0903 PSHAa0904     TRUE 0.971 3.000 0.171 1.000   NA
 1129609 1129610 PSHAa0904 PSHAa0905     TRUE 0.972 4.000 0.195 1.000   NA
 1129610 1129611 PSHAa0905 PSHAa0906     TRUE 0.991 9.000 0.265 1.000 Y NA
 1129611 1129612 PSHAa0906 PSHAa0907     TRUE 0.997 12.000 0.879 0.005   NA
 1129612 1129613 PSHAa0907 PSHAa0908     TRUE 0.980 -3.000 0.226 1.000   NA
 1129613 1129614 PSHAa0908 PSHAa0909     TRUE 0.980 15.000 0.207 1.000 Y NA
 1129614 1129615 PSHAa0909 PSHAa0910     TRUE 0.958 0.000 0.103 1.000 N NA
 1129616 1129617 PSHAa0911 PSHAa0912     TRUE 0.856 107.000 1.000 NA   NA
 1129620 1129621 PSHAa0916 PSHAa0917 mviN ribF TRUE 0.542 86.000 0.169 1.000   NA
 1129621 1129622 PSHAa0917 PSHAa0918 ribF ileS TRUE 0.887 30.000 0.254 1.000 N NA
 1129622 1129623 PSHAa0918 PSHAa0919 ileS lspA TRUE 0.945 11.000 0.147 1.000 N NA
 1129623 1129624 PSHAa0919 PSHAa0920 lspA fkpB TRUE 0.990 -3.000 0.417 1.000 N NA
 1129624 1129625 PSHAa0920 PSHAa0921 fkpB ispH TRUE 0.995 0.000 0.626 1.000 N NA
 1129625 1129626 PSHAa0921 PSHAa0922 ispH algZ FALSE 0.253 48.000 0.014 1.000 N NA
 1129626 1129627 PSHAa0922 PSHAa0923 algZ algR TRUE 0.999 -3.000 0.775 0.027 Y NA
 1129627 1129628 PSHAa0923 PSHAa0924 algR   FALSE 0.062 143.000 0.028 NA N NA
 1129628 1129629 PSHAa0924 PSHAa0925     TRUE 0.998 2.000 0.630 NA Y NA
 1129629 1129630 PSHAa0925 PSHAa0926     TRUE 0.581 51.000 0.109 NA   NA
 1129630 1129631 PSHAa0926 PSHAa0927     TRUE 0.994 2.000 0.600 NA   NA
 1129631 1129632 PSHAa0927 PSHAa0928   pilE TRUE 0.757 20.000 0.057 NA   NA
 1129633 1129634 PSHAa0929 PSHAa0930     TRUE 0.970 76.000 1.000 NA Y NA
 1129637 1129638 PSHAa0933 PSHAa0934 rluD   TRUE 0.973 0.000 0.168 NA   NA
 1129638 1129639 PSHAa0934 PSHAa0935   clpB FALSE 0.330 98.000 0.108 NA   NA
 1129641 1129642 PSHAa0937 PSHAa0938 gshA   FALSE 0.198 134.000 0.103 NA   NA
 1129643 1129644 PSHAa0939 PSHAa0940     FALSE 0.434 152.000 0.349 NA   NA
 1129645 1129646 PSHAa0941 PSHAa0942   ffh FALSE 0.021 171.000 0.000 NA   NA
 1129646 1129647 PSHAa0942 PSHAa0944 ffh rpsP FALSE 0.241 262.000 0.361 1.000 N NA
 1129647 1129648 PSHAa0944 PSHAa0945 rpsP rimM TRUE 0.992 18.000 0.342 0.016 Y NA
 1129648 1129649 PSHAa0945 PSHAa0946 rimM trmD TRUE 0.998 0.000 0.672 1.000 Y NA
 1129649 1129650 PSHAa0946 PSHAa0947 trmD rplS TRUE 0.978 34.000 0.567 1.000 Y NA
 1129656 1129657 PSHAa0953 PSHAa0954     TRUE 0.671 265.000 0.524 0.083 Y NA
 1129657 1129658 PSHAa0954 PSHAa0955     TRUE 0.602 56.000 0.007 NA Y NA
 1129658 1129659 PSHAa0955 PSHAa0956   aspC FALSE 0.012 190.000 0.007 NA N NA
 1129660 1129661 PSHAa0957 PSHAa0958     FALSE 0.020 160.000 0.007 NA   NA
 1129661 1129662 PSHAa0958 PSHAa0959     TRUE 0.997 0.000 0.946 NA   NA
 1129662 1129663 PSHAa0959 PSHAa0960     TRUE 0.852 60.000 0.432 NA   NA
 1129663 1129664 PSHAa0960 PSHAa0961     TRUE 0.962 -6.000 0.152 NA   NA
 1129664 1129665 PSHAa0961 PSHAa0962     TRUE 0.945 0.000 0.082 NA   NA
 1129665 1129666 PSHAa0962 PSHAa0963     TRUE 0.686 -7.000 0.000 NA   NA
 1129666 1129667 PSHAa0963 PSHAa0964     TRUE 0.715 3.000 0.000 NA   NA
 1129667 1129668 PSHAa0964 PSHAa0965     TRUE 0.815 82.000 0.500 NA   NA
 1129669 1129670 PSHAa0966 PSHAa0967 fadI fadJ TRUE 0.997 0.000 0.430 1.000 Y NA
 1129672 1129673 PSHAa0969 PSHAa0970     FALSE 0.031 140.000 0.000 NA   NA
 1129674 1129675 PSHAa0971 PSHAa0972     TRUE 0.663 65.000 0.175 1.000 N NA
 1129676 1129677 PSHAa0973 PSHAa0974 sixA   FALSE 0.260 28.000 0.000 NA N NA
 1129678 1129679 PSHAa0975 PSHAa0976     TRUE 0.998 0.000 0.639 0.001   NA
 1129679 1129680 PSHAa0976 PSHAa0977     TRUE 0.998 -3.000 0.657 1.000 Y NA
 1129680 1129681 PSHAa0977 PSHAa0978     TRUE 0.948 13.000 0.030 1.000 Y NA
 1129683 1129684 PSHAa0980 PSHAa0981     FALSE 0.315 42.000 0.023 NA   NA
 1129685 1129686 PSHAa0982 PSHAa0983 prmB aroC FALSE 0.242 106.000 0.081 1.000 N NA
 1129686 1129687 PSHAa0983 PSHAa0984 aroC   FALSE 0.040 120.000 0.000 NA   NA
 1129689 1129690 PSHAa0986 PSHAa0987     TRUE 0.932 -10.000 0.092 1.000   NA
 1129690 1129691 PSHAa0987 PSHAa0988     TRUE 0.858 31.000 0.224 NA   NA
 1129691 1129692 PSHAa0988 PSHAa0989     FALSE 0.055 162.000 0.030 NA   NA
 1129693 1129694 PSHAa0990 PSHAa0991 deaD grxA FALSE 0.022 161.000 0.006 1.000 N NA
 1129695 1129696 PSHAa0992 PSHAa0993 ibpB ibpA FALSE 0.075 291.000 0.000 NA Y NA
 1129698 1129699 PSHAatRNA26 PSHAa0995     FALSE 0.007 310.000 0.000 NA   NA
 1129699 1129700 PSHAa0995 PSHAa0996   nusA TRUE 0.956 39.000 0.759 NA   NA
 1129700 1129701 PSHAa0996 PSHAa0997 nusA infB TRUE 0.935 26.000 0.342 1.000 N NA
 1129701 1129702 PSHAa0997 PSHAa0998 infB rbfA TRUE 0.868 110.000 0.530 1.000 Y NA
 1129702 1129703 PSHAa0998 PSHAa0999 rbfA truB TRUE 0.992 -16.000 0.318 1.000 Y NA
 1129703 1129704 PSHAa0999 PSHAa1000 truB rpsO TRUE 0.553 155.000 0.211 1.000 Y NA
 1129704 1129705 PSHAa1000 PSHAa1001 rpsO pnp FALSE 0.338 351.000 0.335 1.000 Y NA
 1129705 1129706 PSHAa1001 PSHAa1002 pnp nlpI FALSE 0.055 255.000 0.071 1.000   NA
 1129706 1129707 PSHAa1002 PSHAa1003 nlpI   TRUE 0.859 -13.000 0.047 NA   NA
 1129707 1129708 PSHAa1003 PSHAa1004     FALSE 0.010 257.000 0.000 NA   NA
 1129708 1129709 PSHAa1004 PSHAa1005     TRUE 0.999 0.000 0.881 0.001 Y NA
 1129709 1129710 PSHAa1005 PSHAa1006     TRUE 0.999 -3.000 0.976 0.001 Y NA
 1129710 1129711 PSHAa1006 PSHAa1007     TRUE 0.999 0.000 0.944 1.000 Y NA
 1129711 1129712 PSHAa1007 PSHAa1008     TRUE 0.999 -6.000 0.937 0.059 Y NA
 1129712 1129713 PSHAa1008 PSHAa1009     TRUE 0.998 10.000 0.937 1.000 Y NA
 1129713 1129714 PSHAa1009 PSHAa1010     FALSE 0.022 185.000 0.000 1.000 N NA
 1129714 1129715 PSHAa1010 PSHAa1011   copAB TRUE 0.995 0.000 0.667 1.000 N NA
 1129715 1129716 PSHAa1011 PSHAa1012 copAB   TRUE 0.921 31.000 0.400 NA   NA
 1129716 1129717 PSHAa1012 PSHAa1013     FALSE 0.113 73.000 0.000 NA   NA
 1129717 1129718 PSHAa1013 PSHAa1014     FALSE 0.004 555.000 0.000 NA   NA
 1129718 1129719 PSHAa1014 PSHAa1015     FALSE 0.156 150.000 0.000 0.009   NA
 1129719 1129720 PSHAa1015 PSHAa1016     FALSE 0.316 96.000 0.000 0.009   NA
 1129721 1129722 PSHAa1017 PSHAa1018     FALSE 0.013 268.000 0.000 1.000   NA
 1129722 1129723 PSHAa1018 PSHAa1019   lipA FALSE 0.017 223.000 0.000 1.000   NA
 1129723 1129724 PSHAa1019 PSHAa1020 lipA lipB TRUE 0.998 -3.000 0.319 0.001 Y NA
 1129724 1129725 PSHAa1020 PSHAa1021 lipB   TRUE 0.924 20.000 0.219 NA   NA
 1129725 1129726 PSHAa1021 PSHAa1022   dacA FALSE 0.026 219.000 0.024 NA   NA
 1129726 1129727 PSHAa1022 PSHAa1023 dacA   FALSE 0.040 315.000 0.080 NA   NA
 1129727 1129728 PSHAa1023 PSHAa1024   mrdB FALSE 0.186 96.000 0.043 NA   NA
 1129728 1129729 PSHAa1024 PSHAa1025 mrdB mrdA TRUE 0.802 -3.000 0.013 1.000 N NA
 1129729 1129730 PSHAa1025 PSHAa1026 mrdA   TRUE 0.691 9.000 0.012 NA   NA
 1129730 1129731 PSHAa1026 PSHAa1027     TRUE 0.847 43.000 0.307 NA   NA
 1129731 1129732 PSHAa1027 PSHAa1028   nadD FALSE 0.159 93.000 0.032 NA   NA
 1129732 1129733 PSHAa1028 PSHAa1029 nadD holA FALSE 0.341 70.000 0.045 1.000 N NA
 1129733 1129734 PSHAa1029 PSHAa1030 holA rlpB TRUE 0.976 0.000 0.199 NA N NA
 1129734 1129735 PSHAa1030 PSHAa1031 rlpB leuS TRUE 0.972 2.000 0.182 NA N NA
 1129736 1129737 PSHAa1032 PSHAa1033     FALSE 0.230 77.000 0.033 NA   NA
 1129737 1129738 PSHAa1033 PSHAa1034     TRUE 0.973 3.000 0.029 1.000 Y NA
 1129738 1129739 PSHAa1034 PSHAa1035     FALSE 0.029 144.000 0.000 NA   NA
 1129739 1129740 PSHAa1035 PSHAa1036     FALSE 0.030 142.000 0.000 NA   NA
 1129742 1129743 PSHAa1038 PSHAa1039     FALSE 0.036 127.000 0.000 NA   NA
 1129743 1129744 PSHAa1039 PSHAa1040     FALSE 0.005 454.000 0.000 NA   NA
 1129744 1129745 PSHAa1040 PSHAa1041     TRUE 0.913 42.000 0.500 NA   NA
 1129746 1129747 PSHAa1042 PSHAa1043 cutE corC TRUE 0.988 -19.000 0.557 1.000 N NA
 1129747 1129748 PSHAa1043 PSHAa1044 corC   TRUE 0.860 23.000 0.150 NA   NA
 1129748 1129749 PSHAa1044 PSHAa1045   ybeZ TRUE 0.988 5.000 0.457 NA   NA
 1129749 1129750 PSHAa1045 PSHAa1046 ybeZ miaB TRUE 0.752 51.000 0.220 1.000 N NA
 1129752 1129753 PSHAatRNA102 PSHAatRNA101     FALSE 0.203 40.000 0.000 NA   NA
 1129753 1129754 PSHAatRNA101 PSHAatRNA100     FALSE 0.118 71.000 0.000 NA   NA
 1129754 1129755 PSHAatRNA100 PSHAatRNA99     FALSE 0.210 39.000 0.000 NA   NA
 1129755 1129756 PSHAatRNA99 PSHAatRNA98     FALSE 0.085 85.000 0.000 NA   NA
 1129756 1129757 PSHAatRNA98 PSHAatRNA97     FALSE 0.210 39.000 0.000 NA   NA
 1129757 1129758 PSHAatRNA97 PSHAatRNA96     FALSE 0.069 93.000 0.000 NA   NA
 1129758 1129759 PSHAatRNA96 PSHAatRNA95     TRUE 0.667 6.000 0.000 NA   NA
 1129759 1129760 PSHAatRNA95 PSHAatRNA94     FALSE 0.222 37.000 0.000 NA   NA
 1129760 1129761 PSHAatRNA94 PSHAatRNA93     FALSE 0.130 66.000 0.000 NA   NA
 1129761 1129762 PSHAatRNA93 PSHAa1051   engD FALSE 0.007 320.000 0.000 NA   NA
 1129762 1129763 PSHAa1051 PSHAa1052 engD pth TRUE 0.877 53.000 0.184 1.000 Y NA
 1129763 1129764 PSHAa1052 PSHAa1053 pth rplY TRUE 0.994 19.000 0.496 0.024 Y NA
 1129764 1129765 PSHAa1053 PSHAa1054 rplY prs FALSE 0.167 171.000 0.122 1.000 N NA
 1129765 1129766 PSHAa1054 PSHAa1055 prs ispE FALSE 0.093 88.000 0.009 1.000 N NA
 1129766 1129767 PSHAa1055 PSHAa1056 ispE   TRUE 0.761 3.000 0.010 1.000 N NA
 1129768 1129769 PSHAa1057 PSHAa1058 hemA prfA TRUE 0.979 7.000 0.171 0.049 N NA
 1129769 1129770 PSHAa1058 PSHAa1059 prfA prmC TRUE 0.994 6.000 0.229 0.049 Y NA
 1129770 1129771 PSHAa1059 PSHAa1060 prmC   FALSE 0.086 84.000 0.000 NA   NA
 1129771 1129772 PSHAa1060 PSHAa1061     FALSE 0.027 149.000 0.009 NA   NA
 1129772 1129773 PSHAa1061 PSHAa1062     TRUE 0.809 15.000 0.056 NA   NA
 1129773 1129774 PSHAa1062 PSHAa1063   kdsA TRUE 0.826 10.000 0.029 1.000   NA
 1129774 1129775 PSHAa1063 PSHAa1064 kdsA gcvA FALSE 0.044 111.000 0.005 1.000 N NA
 1129775 1129776 PSHAa1064 PSHAa1065 gcvA   TRUE 0.969 2.000 0.157 NA   NA
 1129776 1129777 PSHAa1065 PSHAa1066     FALSE 0.335 59.000 0.039 NA   NA
 1129777 1129778 PSHAa1066 PSHAa1067   ygdE TRUE 0.945 10.000 0.144 NA   NA
 1129779 1129780 PSHAa1068 PSHAa1069 cysZ   FALSE 0.034 131.000 0.000 NA   NA
 1129781 1129782 PSHAa1070 PSHAa1071     FALSE 0.165 49.000 0.000 NA   NA
 1129782 1129783 PSHAa1071 PSHAa1072     FALSE 0.006 405.000 0.000 NA   NA
 1129783 1129784 PSHAa1072 PSHAa1073     FALSE 0.004 1298.000 0.000 NA   NA
 1129784 1129785 PSHAa1073 PSHAa1074     FALSE 0.015 202.000 0.000 NA   NA
 1129785 1129786 PSHAa1074 PSHAa1075   speA FALSE 0.006 375.000 0.000 NA   NA
 1129786 1129787 PSHAa1075 PSHAa1076 speA speB TRUE 0.973 3.000 0.031 1.000 Y NA
 1129787 1129788 PSHAa1076 PSHAa1077 speB aaeX FALSE 0.011 245.000 0.000 NA   NA
 1129788 1129789 PSHAa1077 PSHAa1078 aaeX   TRUE 0.989 0.000 0.353 NA   NA
 1129789 1129790 PSHAa1078 PSHAa1079     TRUE 0.553 75.000 0.147 NA   NA
 1129790 1129791 PSHAa1079 PSHAa1080     FALSE 0.329 26.000 0.000 NA   NA
 1129791 1129792 PSHAa1080 PSHAa1081     FALSE 0.119 54.000 0.003 1.000 N NA
 1129792 1129793 PSHAa1081 PSHAa1082     TRUE 0.887 69.000 0.115 0.012 Y NA
 1129793 1129794 PSHAa1082 PSHAa1083   ligA FALSE 0.445 82.000 0.106 1.000 N NA
 1129794 1129795 PSHAa1083 PSHAa1084 ligA   TRUE 0.578 -7.000 0.003 NA   NA
 1129795 1129796 PSHAa1084 PSHAa1085     TRUE 0.888 -3.000 0.037 NA   NA
 1129796 1129797 PSHAa1085 PSHAa1086     TRUE 0.881 3.000 0.037 NA   NA
 1129797 1129798 PSHAa1086 PSHAa1087   msrB FALSE 0.124 63.000 0.008 NA   NA
 1129799 1129800 PSHAa1088 PSHAatRNA92     FALSE 0.004 942.000 0.000 NA   NA
 1129800 1129801 PSHAatRNA92 PSHAatRNA91     FALSE 0.140 57.000 0.000 NA   NA
 1129801 1129802 PSHAatRNA91 PSHAatRNA90     FALSE 0.027 150.000 0.000 NA   NA
 1129802 1129803 PSHAatRNA90 PSHAatRNA89     FALSE 0.024 159.000 0.000 NA   NA
 1129803 1129804 PSHAatRNA89 PSHAatRNA88     FALSE 0.026 152.000 0.000 NA   NA
 1129804 1129805 PSHAatRNA88 PSHAatRNA87     FALSE 0.024 157.000 0.000 NA   NA
 1129805 1129806 PSHAatRNA87 PSHAatRNA86     FALSE 0.026 151.000 0.000 NA   NA
 1129807 1129808 PSHAatRNA27 PSHAatRNA28     FALSE 0.215 38.000 0.000 NA   NA
 1129808 1129809 PSHAatRNA28 PSHAatRNA29     FALSE 0.028 145.000 0.000 NA   NA
 1129809 1129810 PSHAatRNA29 PSHAatRNA30     FALSE 0.020 175.000 0.000 NA   NA
 1129810 1129811 PSHAatRNA30 PSHAatRNA31     FALSE 0.076 90.000 0.000 NA   NA
 1129811 1129812 PSHAatRNA31 PSHAatRNA32     FALSE 0.076 90.000 0.000 NA   NA
 1129812 1129813 PSHAatRNA32 PSHAatRNA33     FALSE 0.076 90.000 0.000 NA   NA
 1129813 1129814 PSHAatRNA33 PSHAatRNA34     FALSE 0.020 179.000 0.000 NA   NA
 1129814 1129815 PSHAatRNA34 PSHAa1089     FALSE 0.009 285.000 0.000 NA   NA
 1129815 1129816 PSHAa1089 PSHAa1090   dskAC FALSE 0.230 125.000 0.027 0.026 N NA
 1129818 1129819 PSHAa1092 PSHAa1093   fbaA FALSE 0.128 67.000 0.000 NA   NA
 1129821 1129822 PSHAa1095 PSHAa1096   uvrD TRUE 0.998 -3.000 0.649 NA Y NA
 1129823 1129824 PSHAa1097 PSHAa1098     FALSE 0.093 81.000 0.000 NA   NA
 1129824 1129825 PSHAa1098 PSHAa1099   nth FALSE 0.010 268.000 0.000 NA   NA
 1129825 1129826 PSHAa1099 PSHAa1100 nth rsxE TRUE 0.801 26.000 0.109 1.000 N NA
 1129826 1129827 PSHAa1100 PSHAa1101 rsxE rsxG TRUE 0.994 30.000 0.908 0.050 Y NA
 1129827 1129828 PSHAa1101 PSHAa1102 rsxG rsxD TRUE 0.999 -3.000 0.924 0.050 Y NA
 1129828 1129829 PSHAa1102 PSHAa1103 rsxD rsxC TRUE 0.999 9.000 0.814 0.050 Y NA
 1129829 1129830 PSHAa1103 PSHAa1104 rsxC rsxB TRUE 0.998 9.000 0.537 0.017 Y NA
 1129830 1129831 PSHAa1104 PSHAa1105 rsxB rsxA TRUE 0.998 2.000 0.564 0.050 Y NA
 1129831 1129832 PSHAa1105 PSHAa1106 rsxA   FALSE 0.070 265.000 0.102 1.000 N NA
 1129832 1129833 PSHAa1106 PSHAatRNA85     FALSE 0.026 151.000 0.000 NA   NA
 1129833 1129834 PSHAatRNA85 PSHAatRNA84     FALSE 0.329 26.000 0.000 NA   NA
 1129834 1129835 PSHAatRNA84 PSHAatRNA83     FALSE 0.369 23.000 0.000 NA   NA
 1129835 1129836 PSHAatRNA83 PSHAatRNA82     FALSE 0.389 22.000 0.000 NA   NA
 1129836 1129837 PSHAatRNA82 PSHAa1107     TRUE 0.533 14.000 0.000 NA   NA
 1129838 1129839 PSHAa1108 PSHAa1109     FALSE 0.006 390.000 0.000 NA   NA
 1129839 1129840 PSHAa1109 PSHAa1110   uvrB TRUE 0.778 -3.000 0.010 1.000 N NA
 1129840 1129841 PSHAa1110 PSHAa1111 uvrB   TRUE 0.602 3.000 0.003 NA   NA
 1129841 1129842 PSHAa1111 PSHAa1112     FALSE 0.113 73.000 0.000 NA   NA
 1129842 1129843 PSHAa1112 PSHAa1113     FALSE 0.050 106.000 0.000 NA   NA
 1129849 1129850 PSHAa1119 PSHAa1120     FALSE 0.004 707.000 0.000 NA   NA
 1129850 1129851 PSHAa1120 PSHAa1121     FALSE 0.053 104.000 0.000 NA   NA
 1129852 1129853 PSHAa1122 PSHAa1123 bcpA gcvR TRUE 0.888 15.000 0.102 1.000 N NA
 1129853 1129854 PSHAa1123 PSHAa1124 gcvR   FALSE 0.036 126.000 0.000 NA   NA
 1129855 1129856 PSHAa1125 PSHAa1126     FALSE 0.347 66.000 0.047 NA   NA
 1129857 1129858 PSHAa1127 PSHAa1128     FALSE 0.178 95.000 0.038 NA   NA
 1129859 1129860 PSHAa1129 PSHAa1130     FALSE 0.013 222.000 0.000 NA   NA
 1129861 1129862 PSHAa1131 PSHAa1132     TRUE 0.994 -3.000 0.657 NA   NA
 1129862 1129863 PSHAa1132 PSHAa1133     TRUE 0.985 0.000 0.253 1.000   NA
 1129863 1129864 PSHAa1133 PSHAa1134     TRUE 0.787 54.000 0.259 1.000   NA
 1129864 1129865 PSHAa1134 PSHAa1135     TRUE 0.837 2.000 0.021 NA   NA
 1129866 1129867 PSHAa1136 PSHAa1137   yfgO TRUE 0.786 -7.000 0.017 NA   NA
 1129867 1129868 PSHAa1137 PSHAa1138 yfgO   FALSE 0.039 134.000 0.011 NA   NA
 1129868 1129869 PSHAa1138 PSHAa1139   pgi FALSE 0.011 270.000 0.000 1.000 N NA
 1129869 1129870 PSHAa1139 PSHAa1140 pgi zwf FALSE 0.079 300.000 0.000 1.000 Y NA
 1129870 1129871 PSHAa1140 PSHAa1141 zwf agaI TRUE 0.972 0.000 0.014 1.000 Y NA
 1129871 1129872 PSHAa1141 PSHAa1142 agaI   FALSE 0.007 343.000 0.000 NA   NA
 1129872 1129873 PSHAa1142 PSHAa1143   iaaA FALSE 0.057 123.000 0.015 NA   NA
 1129873 1129874 PSHAa1143 PSHAa1144 iaaA hrpA FALSE 0.065 122.000 0.015 1.000 N NA
 1129874 1129875 PSHAa1144 PSHAa1145 hrpA   FALSE 0.120 77.000 0.009 1.000 N NA
 1129875 1129876 PSHAa1145 PSHAa1146     TRUE 0.902 9.000 0.073 NA   NA
 1129878 1129879 PSHAa1148 PSHAa1149     TRUE 0.810 -13.000 0.025 1.000   NA
 1129880 1129881 PSHAa1150 PSHAa1151 CheB   TRUE 0.999 4.000 0.833 0.022 Y NA
 1129883 1129885 PSHAatRNA81 PSHAatRNA80     FALSE 0.159 50.000 0.000 NA   NA
 1129886 1129887 PSHAa1154 PSHAa1155     FALSE 0.008 289.000 0.000 NA   NA
 1129890 1129891 PSHAa1158 PSHAa1159     FALSE 0.365 41.000 0.028 NA   NA
 1129895 1129896 PSHAa1163 PSHAa1164 sdaA   FALSE 0.218 101.000 0.061 1.000 N NA
 1129896 1129897 PSHAa1164 PSHAa1165   pabB TRUE 0.942 13.000 0.169 1.000 N NA
 1129898 1129899 PSHAa1166 PSHAa1167 fumB bcd FALSE 0.006 491.000 0.000 1.000 N NA
 1129899 1129900 PSHAa1167 PSHAa1168 bcd   FALSE 0.134 103.000 0.029 1.000 N NA
 1129900 1129901 PSHAa1168 PSHAa1169     FALSE 0.038 137.000 0.000 1.000 N NA
 1129901 1129902 PSHAa1169 PSHAa1170     FALSE 0.180 59.000 0.000 1.000   NA
 1129902 1129903 PSHAa1170 PSHAa1171     FALSE 0.105 100.000 0.015 1.000   NA
 1129907 1129908 PSHAa1175 PSHAa1176     FALSE 0.049 108.000 0.000 NA   NA
 1129908 1129909 PSHAa1176 PSHAa1177     FALSE 0.031 141.000 0.000 NA   NA
 1129909 1129910 PSHAa1177 PSHAa1178     FALSE 0.050 107.000 0.000 NA   NA
 1129911 1129912 PSHAa1179 PSHAa1180     FALSE 0.059 99.000 0.000 NA   NA
 1129912 1129913 PSHAa1180 PSHAa1181   metR FALSE 0.122 90.000 0.018 NA   NA
 1129913 1129914 PSHAa1181 PSHAa1182 metR   FALSE 0.005 569.000 0.000 1.000 N NA
 1129915 1129916 PSHAa1183 PSHAa1184 pyrC cspC FALSE 0.006 493.000 0.000 1.000 N NA
 1129918 1129919 PSHAa1186 PSHAa1187     FALSE 0.021 173.000 0.000 NA   NA
 1129919 1129920 PSHAa1187 PSHAa1188     TRUE 0.994 7.000 0.750 NA   NA
 1129920 1129921 PSHAa1188 PSHAa1189   ExbB2 TRUE 0.998 0.000 0.821 0.016   NA
 1129921 1129922 PSHAa1189 PSHAa1190 ExbB2 ExbD2 TRUE 0.966 63.000 0.917 0.053   NA
 1129922 1129923 PSHAa1190 PSHAa1191 ExbD2 TonB2 TRUE 0.997 0.000 0.955 1.000 N NA
 1129923 1129924 PSHAa1191 PSHAa1192 TonB2   TRUE 0.989 12.000 0.625 1.000   NA
 1129924 1129925 PSHAa1192 PSHAa1193     FALSE 0.404 63.000 0.062 NA   NA
 1129926 1129927 PSHAa1194 PSHAa1195 dksAB dusC FALSE 0.171 61.000 0.008 1.000   NA
 1129928 1129929 PSHAa1196 PSHAa1197     TRUE 0.709 94.000 0.406 NA   NA
 1129929 1129930 PSHAa1197 PSHAa1198     TRUE 0.957 46.000 0.914 NA   NA
 1129930 1129931 PSHAa1198 PSHAa1199     FALSE 0.298 73.000 0.043 NA   NA
 1129931 1129932 PSHAa1199 PSHAa1200   apt FALSE 0.015 164.000 0.004 NA   NA
 1129932 1129933 PSHAa1200 PSHAa1201 apt   TRUE 0.936 4.000 0.088 1.000 N NA
 1129933 1129934 PSHAa1201 PSHAa1202     TRUE 0.839 64.000 0.411 NA   NA
 1129934 1129935 PSHAa1202 PSHAa1203   recR TRUE 0.991 7.000 0.604 NA   NA
 1129937 1129938 PSHAa1205 PSHAa1206     FALSE 0.016 198.000 0.000 NA   NA
 1129938 1129939 PSHAa1206 PSHAa1207   htpG FALSE 0.038 111.000 0.003 1.000 N NA
 1129939 1129940 PSHAa1207 PSHAa1208 htpG adk FALSE 0.146 165.000 0.035 0.097 N NA
 1129942 1129943 PSHAa1210 PSHAa1211     TRUE 0.998 6.000 0.902 1.000 Y NA
 1129944 1129945 PSHAa1212 PSHAa1213     TRUE 0.991 -100.000 0.761 NA   NA
 1129945 1129946 PSHAa1213 PSHAa1214     TRUE 0.962 31.000 0.683 NA   NA
 1129946 1129947 PSHAa1214 PSHAa1215   sodB FALSE 0.012 211.000 0.000 NA N NA
 1129949 1129950 PSHAa1217 PSHAa1218   recN FALSE 0.083 61.000 0.002 NA   NA
 1129950 1129951 PSHAa1218 PSHAa1219 recN   FALSE 0.104 76.000 0.000 NA   NA
 1129951 1129952 PSHAa1219 PSHAa1220   nadK FALSE 0.099 78.000 0.000 NA   NA
 1129953 1129954 PSHAa1221 PSHAa1222   grpE FALSE 0.125 58.000 0.004 1.000 N NA
 1129957 1129958 PSHAa1225 PSHAa1226     FALSE 0.302 75.000 0.039 1.000   NA
 1129959 1129960 PSHAa1227 PSHAa1228 dapB carA FALSE 0.078 400.000 0.034 1.000 Y NA
 1129960 1129961 PSHAa1228 PSHAa1229 carA carB TRUE 0.994 17.000 0.345 0.001 Y NA
 1129961 1129962 PSHAa1229 PSHAa1230 carB greA TRUE 0.766 54.000 0.241 1.000 N NA
 1129962 1129963 PSHAa1230 PSHAa1231 greA   FALSE 0.006 523.000 0.000 1.000   NA
 1129963 1129964 PSHAa1231 PSHAa1232     FALSE 0.015 208.000 0.000 NA   NA
 1129964 1129965 PSHAa1232 PSHAa1233   ribB FALSE 0.005 404.000 0.000 NA N NA
 1129966 1129967 PSHAa1234 PSHAa1235     FALSE 0.131 65.000 0.000 NA   NA
 1129968 1129969 PSHAa1236 PSHAa1237     FALSE 0.048 121.000 0.000 1.000 N NA
 1129970 1129971 PSHAa1238 PSHAa1239     FALSE 0.025 143.000 0.000 NA N NA
 1129971 1129972 PSHAa1239 PSHAa1240     TRUE 0.996 3.000 1.000 NA N NA
 1129976 1129977 PSHAa1244 PSHAa1245     FALSE 0.254 110.000 0.095 NA   NA
 1129977 1129978 PSHAa1245 PSHAa1246     TRUE 0.997 -3.000 0.950 NA   NA
 1129978 1129979 PSHAa1246 PSHAa1247     TRUE 0.995 6.000 0.947 NA   NA
 1129980 1129981 PSHAa1248 PSHAa1249     TRUE 0.875 -43.000 0.071 NA   NA
 1129981 1129982 PSHAa1249 PSHAa1250   lysC FALSE 0.011 252.000 0.000 NA   NA
 1129987 1129988 PSHAa1255 PSHAa1256 sbcB   FALSE 0.013 250.000 0.000 1.000 N NA
 1129989 1129990 PSHAa1257 PSHAa1258     FALSE 0.016 238.000 0.000 1.000   NA
 1129991 1129992 PSHAa1259 PSHAa1260     FALSE 0.005 424.000 0.000 NA   NA
 1129993 1129994 PSHAa1261 PSHAa1262     FALSE 0.012 230.000 0.000 NA   NA
 1129994 1129995 PSHAa1262 PSHAa1263     FALSE 0.122 88.000 0.017 NA   NA
 1129995 1129996 PSHAa1263 PSHAa1264     FALSE 0.221 52.000 0.017 NA   NA
 1129996 1129997 PSHAa1264 PSHAa1265     FALSE 0.383 37.000 0.026 NA   NA
 1129998 1129999 PSHAa1266 PSHAa1267     FALSE 0.006 355.000 0.000 NA   NA
 1130000 1130001 PSHAa1268 PSHAa1269     TRUE 0.988 -3.000 0.353 1.000 N NA
 1130001 1130002 PSHAa1269 PSHAa1270   ilvE FALSE 0.014 231.000 0.000 1.000 N NA
 1130003 1130004 PSHAa1271 PSHAa1272     FALSE 0.013 218.000 0.000 NA   NA
 1130007 1130008 PSHAa1275 PSHAa1276     TRUE 0.785 83.000 0.448 NA   NA
 1130009 1130010 PSHAa1277 PSHAa1278     FALSE 0.041 141.000 0.000 1.000   NA
 1130012 1130013 PSHAa1280 PSHAa1281     FALSE 0.054 103.000 0.000 NA   NA
 1130013 1130014 PSHAa1281 PSHAa1282   phoQ TRUE 0.945 -13.000 0.143 NA   NA
 1130014 1130015 PSHAa1282 PSHAa1283 phoQ phoP TRUE 0.996 -6.000 0.476 1.000 Y NA
 1130015 1130016 PSHAa1283 PSHAa1284 phoP   TRUE 0.938 4.000 0.095 NA   NA
 1130016 1130017 PSHAa1284 PSHAa1285     FALSE 0.025 160.000 0.010 NA   NA
 1130018 1130019 PSHAa1286 PSHAa1287   hupA FALSE 0.022 200.000 0.000 1.000   NA
 1130020 1130021 PSHAa1288 PSHAa1289 trpA trpB TRUE 0.999 -3.000 0.947 0.001 Y NA
 1130021 1130022 PSHAa1289 PSHAa1290 trpB trpCF TRUE 0.995 8.000 0.221 0.001 Y NA
 1130022 1130023 PSHAa1290 PSHAa1291 trpCF trpD TRUE 0.993 -7.000 0.293 1.000 Y NA
 1130023 1130024 PSHAa1291 PSHAa1292 trpD trpG TRUE 0.971 12.000 0.083 1.000 Y NA
 1130024 1130025 PSHAa1292 PSHAa1293 trpG trpE TRUE 0.998 -124.000 0.703 0.001 Y NA
 1130026 1130027 PSHAa1294 PSHAa1295 trpH yciO TRUE 0.983 -3.000 0.281 NA   NA
 1130027 1130028 PSHAa1295 PSHAa1296 yciO   TRUE 0.860 7.000 0.040 NA   NA
 1130028 1130029 PSHAa1296 PSHAa1297     FALSE 0.012 233.000 0.000 NA   NA
 1130029 1130030 PSHAa1297 PSHAa1298     TRUE 0.910 67.000 0.676 NA   NA
 1130031 1130032 PSHAa1299 PSHAa1300     FALSE 0.466 138.000 0.333 NA   NA
 1130032 1130033 PSHAa1300 PSHAa1301     FALSE 0.222 37.000 0.000 NA   NA
 1130034 1130035 PSHAa1302 PSHAa1303   icd FALSE 0.014 217.000 0.000 NA   NA
 1130039 1130040 PSHAa1307 PSHAa1308     FALSE 0.485 90.000 0.154 1.000 N NA
 1130040 1130041 PSHAa1308 PSHAa1309     FALSE 0.295 83.000 0.061 NA   NA
 1130041 1130042 PSHAa1309 PSHAa1310     FALSE 0.030 142.000 0.000 NA   NA
 1130042 1130043 PSHAa1310 PSHAa1311     FALSE 0.026 152.000 0.000 NA   NA
 1130043 1130044 PSHAa1311 PSHAa1312     FALSE 0.146 53.000 0.000 NA   NA
 1130044 1130045 PSHAa1312 PSHAa1313     FALSE 0.046 112.000 0.000 NA   NA
 1130047 1130048 PSHAa1315 PSHAa1316     FALSE 0.293 28.000 0.000 NA   NA
 1130050 1130051 PSHAa1318 PSHAa1319 mrp dcd TRUE 0.817 7.000 0.025 1.000 N NA
 1130052 1130053 PSHAa1320 PSHAa1321     FALSE 0.451 33.000 0.031 NA   NA
 1130054 1130055 PSHAa1322 PSHAa1323   yfbQ FALSE 0.031 131.000 0.008 NA   NA
 1130056 1130057 PSHAa1324 PSHAa1325     TRUE 0.696 17.000 0.032 NA   NA
 1130057 1130058 PSHAa1325 PSHAa1326     TRUE 0.985 12.000 0.516 NA   NA
 1130058 1130059 PSHAa1326 PSHAa1327     TRUE 0.982 9.000 0.372 NA   NA
 1130059 1130060 PSHAa1327 PSHAa1328     FALSE 0.263 31.000 0.000 NA   NA
 1130062 1130063 PSHAa1330 PSHAa1331   dapE TRUE 0.970 -42.000 0.163 0.039 N NA
 1130063 1130064 PSHAa1331 PSHAa1332 dapE   TRUE 0.986 0.000 0.292 1.000 N NA
 1130064 1130065 PSHAa1332 PSHAa1333     TRUE 0.710 5.000 0.008 1.000 N NA
 1130065 1130066 PSHAa1333 PSHAa1334     TRUE 0.890 4.000 0.048 NA   NA
 1130067 1130068 PSHAa1335 PSHAa1336     FALSE 0.040 121.000 0.000 NA   NA
 1130069 1130070 PSHAa1337 PSHAa1338     TRUE 0.838 -3.000 0.023 NA   NA
 1130070 1130071 PSHAa1338 PSHAa1339   xthA TRUE 0.754 20.000 0.056 NA   NA
 1130072 1130073 PSHAa1340 PSHAa1341     FALSE 0.059 153.000 0.029 NA   NA
 1130073 1130074 PSHAa1341 PSHAa1342   rluB TRUE 0.976 -3.000 0.210 NA N NA
 1130076 1130077 PSHAa1344 PSHAa1345   sohB FALSE 0.362 98.000 0.114 1.000   NA
 1130079 1130080 PSHAa1347 PSHAa1348   topA FALSE 0.011 251.000 0.000 NA   NA
 1130084 1130085 PSHAa1352 PSHAa1353     FALSE 0.525 99.000 0.231 NA   NA
 1130085 1130086 PSHAa1353 PSHAa1354     TRUE 0.717 79.000 0.296 NA   NA
 1130086 1130087 PSHAa1354 PSHAa1355     TRUE 0.839 99.000 0.153 0.001 Y NA
 1130087 1130088 PSHAa1355 PSHAa1356     TRUE 0.861 -10.000 0.042 NA   NA
 1130088 1130089 PSHAa1356 PSHAa1357     FALSE 0.021 172.000 0.000 NA   NA
 1130089 1130090 PSHAa1357 PSHAa1358     FALSE 0.006 395.000 0.000 NA   NA
 1130090 1130091 PSHAa1358 PSHAa1359     FALSE 0.047 111.000 0.000 NA   NA
 1130091 1130092 PSHAa1359 PSHAa1360     FALSE 0.062 97.000 0.000 NA   NA
 1130092 1130093 PSHAa1360 PSHAa1361     FALSE 0.005 485.000 0.000 NA   NA
 1130094 1130095 PSHAa1362 PSHAa1363     FALSE 0.007 339.000 0.000 NA   NA
 1130096 1130097 PSHAa1364 PSHAa1365     TRUE 0.939 27.000 0.400 1.000 N NA
 1130097 1130098 PSHAa1365 PSHAa1366   edd FALSE 0.008 349.000 0.000 1.000 N NA
 1130098 1130099 PSHAa1366 PSHAa1367 edd eda TRUE 0.979 31.000 0.523 1.000 Y NA
 1130099 1130100 PSHAa1367 PSHAa1368 eda epd TRUE 0.970 -3.000 0.017 1.000 Y NA
 1130101 1130102 PSHAa1369 PSHAa1370     FALSE 0.203 75.000 0.026 NA   NA
 1130102 1130103 PSHAa1370 PSHAa1371     FALSE 0.014 210.000 0.000 NA   NA
 1130103 1130104 PSHAa1371 PSHAa1372     FALSE 0.225 192.000 0.045 1.000 Y NA
 1130105 1130106 PSHAa1373 PSHAa1374   secD FALSE 0.170 110.000 0.056 NA   NA
 1130106 1130107 PSHAa1374 PSHAa1375 secD   TRUE 0.990 -7.000 0.070 0.002 Y NA
 1130107 1130108 PSHAa1375 PSHAa1376     FALSE 0.444 44.000 0.038 1.000   NA
 1130108 1130109 PSHAa1376 PSHAa1377     FALSE 0.005 715.000 0.000 1.000   NA
 1130109 1130110 PSHAa1377 PSHAa1378     TRUE 0.986 0.000 0.285 1.000   NA
 1130110 1130111 PSHAa1378 PSHAa1379     FALSE 0.250 43.000 0.014 NA   NA
 1130112 1130113 PSHAa1380 PSHAa1381     FALSE 0.107 69.000 0.000 NA N NA
 1130117 1130118 PSHAa1385 PSHAa1386   adhC FALSE 0.474 59.000 0.071 1.000   NA
 1130119 1130120 PSHAa1387 PSHAa1388   lolC FALSE 0.079 124.000 0.023 1.000 N NA
 1130120 1130121 PSHAa1388 PSHAa1389 lolC lolD TRUE 0.981 -7.000 0.175 0.051 N NA
 1130121 1130122 PSHAa1389 PSHAa1390 lolD lolE TRUE 0.995 -10.000 0.620 0.051 N NA
 1130122 1130123 PSHAa1390 PSHAa1391 lolE   FALSE 0.027 135.000 0.007 NA   NA
 1130123 1130124 PSHAa1391 PSHAa1392   gdhA FALSE 0.005 434.000 0.000 NA   NA
 1130124 1130125 PSHAa1392 PSHAa1393 gdhA   FALSE 0.020 209.000 0.000 1.000   NA
 1130126 1130127 PSHAa1394 PSHAa1395     FALSE 0.065 183.000 0.049 NA   NA
 1130128 1130129 PSHAa1396 PSHAa1397 thrS infC TRUE 0.827 77.000 0.186 1.000 Y NA
 1130129 1130130 PSHAa1397 PSHAa1398 infC rpmI TRUE 0.709 213.000 0.652 1.000 Y NA
 1130130 1130131 PSHAa1398 PSHAa1399 rpmI rplT TRUE 0.998 16.000 0.928 0.015 Y NA
 1130131 1130132 PSHAa1399 PSHAa1400 rplT   FALSE 0.012 274.000 0.000 1.000   NA
 1130132 1130133 PSHAa1400 PSHAa1401     TRUE 0.762 2.000 0.006 1.000   NA
 1130133 1130134 PSHAa1401 PSHAa1402     FALSE 0.074 95.000 0.006 1.000   NA
 1130134 1130135 PSHAa1402 PSHAa1403     FALSE 0.066 133.000 0.020 1.000 N NA
 1130135 1130136 PSHAa1403 PSHAa1404     FALSE 0.087 196.000 0.013 0.056   NA
 1130136 1130137 PSHAa1404 PSHAa1405     TRUE 0.992 0.000 0.273 0.025   NA
 1130140 1130141 PSHAa1408 PSHAa1409 ansA sppA FALSE 0.518 73.000 0.113 1.000 N NA
 1130142 1130143 PSHAa1410 PSHAa1411 fadH   FALSE 0.214 220.000 0.000 0.048 Y NA
 1130143 1130144 PSHAa1411 PSHAa1412     FALSE 0.007 325.000 0.000 NA   NA
 1130144 1130145 PSHAa1412 PSHAatRNA35     FALSE 0.026 152.000 0.000 NA   NA
 1130145 1130146 PSHAatRNA35 PSHAa1413     FALSE 0.153 51.000 0.000 NA   NA
 1130146 1130147 PSHAa1413 PSHAa1414   fklB FALSE 0.206 70.000 0.022 NA   NA
 1130148 1130149 PSHAa1415 PSHAa1416     FALSE 0.011 274.000 0.000 1.000 N NA
 1130149 1130150 PSHAa1416 PSHAa1417   nrdB TRUE 0.939 0.000 0.069 1.000 N NA
 1130150 1130151 PSHAa1417 PSHAa1418 nrdB nrdA TRUE 0.921 68.000 0.150 0.001 Y NA
 1130151 1130152 PSHAa1418 PSHAa1419 nrdA   FALSE 0.007 413.000 0.000 1.000   NA
 1130152 1130153 PSHAa1419 PSHAa1420   ubiG TRUE 0.985 0.000 0.259 1.000   NA
 1130154 1130155 PSHAa1421 PSHAa1422 gyrA serC FALSE 0.011 325.000 0.014 1.000 N NA
 1130155 1130156 PSHAa1422 PSHAa1423 serC aroA TRUE 0.967 0.000 0.005 1.000 Y NA
 1130156 1130157 PSHAa1423 PSHAa1424 aroA cmk FALSE 0.461 106.000 0.209 1.000 N NA
 1130157 1130158 PSHAa1424 PSHAa1425 cmk rpsA TRUE 0.609 96.000 0.281 1.000 N NA
 1130158 1130159 PSHAa1425 PSHAa1426 rpsA ihfB TRUE 0.786 64.000 0.292 1.000 N NA
 1130159 1130160 PSHAa1426 PSHAa1427 ihfB   TRUE 0.899 23.000 0.208 NA   NA
 1130160 1130161 PSHAa1427 PSHAa1428     TRUE 0.992 3.000 0.576 NA   NA
 1130161 1130162 PSHAa1428 PSHAa1429   pyrF TRUE 0.667 46.000 0.125 1.000 N NA
 1130162 1130163 PSHAa1429 PSHAa1430 pyrF   FALSE 0.038 103.000 0.005 NA   NA
 1130164 1130165 PSHAa1431 PSHAa1432   srmB TRUE 0.722 3.000 0.009 NA   NA
 1130166 1130167 PSHAa1433 PSHAa1434     FALSE 0.024 158.000 0.000 NA   NA
 1130167 1130168 PSHAa1434 PSHAa1435     TRUE 0.948 8.000 0.130 1.000 N NA
 1130170 1130171 PSHAa1437 PSHAa1438     TRUE 0.988 -3.000 0.354 NA   NA
 1130172 1130173 PSHAa1439 PSHAa1440   asnB TRUE 0.646 -79.000 0.000 1.000   NA
 1130173 1130174 PSHAa1440 PSHAa1441 asnB   FALSE 0.029 158.000 0.000 1.000 N NA
 1130174 1130175 PSHAa1441 PSHAa1442     FALSE 0.052 116.000 0.000 1.000 N NA
 1130175 1130176 PSHAa1442 PSHAa1443     TRUE 0.989 -3.000 0.034 0.006 Y NA
 1130178 1130179 PSHAa1445 PSHAa1446   atoA FALSE 0.010 299.000 0.000 1.000 N NA
 1130179 1130180 PSHAa1446 PSHAa1447 atoA   TRUE 0.994 18.000 0.352 0.001 Y NA
 1130180 1130181 PSHAa1447 PSHAa1448   hmgcL TRUE 0.588 89.000 0.120 0.058 N NA
 1130181 1130182 PSHAa1448 PSHAa1449 hmgcL   TRUE 0.990 0.000 0.229 0.058 N NA
 1130182 1130183 PSHAa1449 PSHAa1450     TRUE 0.993 9.000 0.205 0.058 Y NA
 1130183 1130184 PSHAa1450 PSHAa1451     TRUE 0.982 13.000 0.189 1.000 Y NA
 1130184 1130185 PSHAa1451 PSHAa1452     TRUE 0.991 11.000 0.316 1.000 Y NA
 1130185 1130186 PSHAa1452 PSHAa1453     TRUE 0.756 40.000 0.166 1.000 N NA
 1130187 1130188 PSHAa1454 PSHAa1455 atoB   TRUE 0.790 85.000 0.457 1.000 N NA
 1130188 1130189 PSHAa1455 PSHAa1456     FALSE 0.340 128.000 0.185 1.000 N NA
 1130189 1130190 PSHAa1456 PSHAa1457     TRUE 0.989 11.000 0.242 1.000 Y NA
 1130190 1130191 PSHAa1457 PSHAa1458     TRUE 0.999 0.000 0.627 0.004 Y NA
 1130191 1130192 PSHAa1458 PSHAa1459     TRUE 0.996 -52.000 0.687 1.000 Y NA
 1130192 1130193 PSHAa1459 PSHAa1460     TRUE 0.975 10.000 0.086 1.000 Y NA
 1130195 1130196 PSHAa1462 PSHAa1463     FALSE 0.040 121.000 0.000 NA   NA
 1130196 1130197 PSHAa1463 PSHAa1464     FALSE 0.040 121.000 0.000 NA   NA
 1130199 1130200 PSHAa1466 PSHAa1467     FALSE 0.040 121.000 0.000 NA   NA
 1130203 1130204 PSHAa1470 PSHAa1471 metE   TRUE 0.919 71.000 0.775 NA   NA
 1130205 1130206 PSHAa1472 PSHAa1473     FALSE 0.007 338.000 0.000 NA   NA
 1130206 1130207 PSHAa1473 PSHAa1474     FALSE 0.028 146.000 0.000 NA   NA
 1130208 1130209 PSHAa1475 PSHAa1476     TRUE 0.989 4.000 0.483 NA   NA
 1130209 1130210 PSHAa1476 PSHAa1477     TRUE 0.975 2.000 0.194 NA   NA
 1130211 1130212 PSHAa1478 PSHAa1479     FALSE 0.016 200.000 0.000 NA   NA
 1130212 1130213 PSHAa1479 PSHAa1480     FALSE 0.006 349.000 0.000 NA   NA
 1130214 1130215 PSHAa1481 PSHAa1482     FALSE 0.009 287.000 0.000 NA   NA
 1130218 1130219 PSHAa1485 PSHAa1486     FALSE 0.134 62.000 0.000 NA   NA
 1130220 1130221 PSHAa1487 PSHAa1488   yhdH FALSE 0.304 73.000 0.044 NA   NA
 1130221 1130222 PSHAa1488 PSHAa1489 yhdH   TRUE 0.887 48.000 0.444 1.000 N NA
 1130225 1130226 PSHAa1492 PSHAa1493     FALSE 0.230 36.000 0.000 NA   NA
 1130226 1130227 PSHAa1493 PSHAa1494     TRUE 0.935 -7.000 0.094 NA   NA
 1130227 1130228 PSHAa1494 PSHAa1495     TRUE 0.724 6.000 0.015 NA N NA
 1130229 1130230 PSHAa1496 PSHAa1497     FALSE 0.440 27.000 0.019 NA   NA
 1130230 1130231 PSHAa1497 PSHAa1499     TRUE 0.995 -3.000 0.727 NA   NA
 1130231 1130232 PSHAa1499 PSHAa1500   moxR TRUE 0.994 6.000 0.739 NA   NA
 1130232 1130233 PSHAa1500 PSHAa1501 moxR   TRUE 0.610 14.000 0.000 1.000   NA
 1130234 1130235 PSHAa1502 PSHAa1504     FALSE 0.012 238.000 0.000 NA   NA
 1130236 1130237 PSHAa1505 PSHAa1506     TRUE 0.737 2.000 0.000 NA   NA
 1130237 1130238 PSHAa1506 PSHAa1507     TRUE 0.639 -12.000 0.000 NA   NA
 1130238 1130239 PSHAa1507 PSHAa1508     TRUE 0.610 11.000 0.000 NA   NA
 1130239 1130240 PSHAa1508 PSHAa1509     TRUE 0.686 -7.000 0.000 NA   NA
 1130240 1130241 PSHAa1509 PSHAa1510     TRUE 0.966 -7.000 0.182 NA   NA
 1130241 1130242 PSHAa1510 PSHAa1511     TRUE 0.992 0.000 0.485 NA   NA
 1130242 1130243 PSHAa1511 PSHAa1512     TRUE 0.750 0.000 0.000 NA   NA
 1130243 1130244 PSHAa1512 PSHAa1513     TRUE 0.610 11.000 0.000 NA   NA
 1130244 1130245 PSHAa1513 PSHAa1514     TRUE 0.655 -10.000 0.000 NA   NA
 1130245 1130246 PSHAa1514 PSHAa1515     FALSE 0.023 162.000 0.000 NA   NA
 1130246 1130247 PSHAa1515 PSHAa1516     TRUE 0.750 0.000 0.000 NA   NA
 1130247 1130248 PSHAa1516 PSHAa1517     TRUE 0.715 3.000 0.000 NA   NA
 1130248 1130249 PSHAa1517 PSHAa1518     TRUE 0.628 10.000 0.000 NA   NA
 1130249 1130250 PSHAa1518 PSHAa1519     TRUE 0.750 0.000 0.000 NA   NA
 1130250 1130251 PSHAa1519 PSHAa1520     TRUE 0.746 1.000 0.000 NA   NA
 1130251 1130252 PSHAa1520 PSHAa1521     FALSE 0.116 72.000 0.000 NA   NA
 1130252 1130253 PSHAa1521 PSHAa1522     FALSE 0.222 37.000 0.000 NA   NA
 1130253 1130254 PSHAa1522 PSHAa1523     TRUE 0.981 -10.000 0.333 NA   NA
 1130254 1130255 PSHAa1523 PSHAa1524     TRUE 0.993 10.000 0.778 NA   NA
 1130255 1130256 PSHAa1524 PSHAa1525     TRUE 0.655 -10.000 0.000 NA   NA
 1130256 1130257 PSHAa1525 PSHAa1526     FALSE 0.169 48.000 0.000 NA   NA
 1130257 1130258 PSHAa1526 PSHAa1527     FALSE 0.140 57.000 0.000 NA   NA
 1130259 1130260 PSHAa1528 PSHAa1529     FALSE 0.430 20.000 0.000 NA   NA
 1130262 1130263 PSHAa1531 PSHAa1532     TRUE 0.628 10.000 0.000 NA   NA
 1130263 1130264 PSHAa1532 PSHAa1533     TRUE 0.686 -7.000 0.000 NA   NA
 1130264 1130265 PSHAa1533 PSHAa1534     FALSE 0.036 128.000 0.000 NA   NA
 1130265 1130266 PSHAa1534 PSHAa1535     FALSE 0.222 37.000 0.000 NA   NA
 1130267 1130268 PSHAa1536 PSHAa1537     FALSE 0.012 232.000 0.000 NA   NA
 1130268 1130269 PSHAa1537 PSHAa1538     TRUE 0.669 -9.000 0.000 NA   NA
 1130269 1130270 PSHAa1538 PSHAa1539     TRUE 0.655 -10.000 0.000 NA   NA
 1130271 1130272 PSHAa1540 PSHAa1541     TRUE 0.979 5.000 0.286 NA   NA
 1130272 1130273 PSHAa1541 PSHAa1542     TRUE 0.729 42.000 0.160 NA   NA
 1130273 1130274 PSHAa1542 PSHAa1543     FALSE 0.079 88.000 0.000 NA   NA
 1130274 1130275 PSHAa1543 PSHAa1544     TRUE 0.588 -34.000 0.000 NA   NA
 1130275 1130276 PSHAa1544 PSHAa1545     FALSE 0.179 45.000 0.000 NA   NA
 1130276 1130277 PSHAa1545 PSHAa1546     TRUE 0.728 -3.000 0.000 NA   NA
 1130277 1130278 PSHAa1546 PSHAa1547     TRUE 0.728 -3.000 0.000 NA   NA
 1130278 1130279 PSHAa1547 PSHAa1548     TRUE 0.667 6.000 0.000 NA   NA
 1130279 1130280 PSHAa1548 PSHAa1549     TRUE 0.652 8.000 0.000 NA   NA
 1130280 1130281 PSHAa1549 PSHAa1550     FALSE 0.411 21.000 0.000 NA   NA
 1130281 1130282 PSHAa1550 PSHAa1551     TRUE 0.584 -40.000 0.000 NA   NA
 1130282 1130283 PSHAa1551 PSHAa1552     FALSE 0.165 49.000 0.000 NA   NA
 1130283 1130284 PSHAa1552 PSHAa1553     FALSE 0.104 76.000 0.000 NA   NA
 1130284 1130285 PSHAa1553 PSHAa1554     TRUE 0.990 0.000 0.400 NA   NA
 1130285 1130286 PSHAa1554 PSHAa1555     TRUE 0.964 -16.000 0.222 NA   NA
 1130286 1130287 PSHAa1555 PSHAa1556     TRUE 0.973 -7.000 0.222 NA   NA
 1130287 1130288 PSHAa1556 PSHAa1557     FALSE 0.253 32.000 0.000 NA   NA
 1130288 1130289 PSHAa1557 PSHAa1558     TRUE 0.655 -10.000 0.000 NA   NA
 1130290 1130291 PSHAa1559 PSHAa1560     FALSE 0.022 165.000 0.000 NA   NA
 1130291 1130292 PSHAa1560 PSHAa1561     TRUE 0.629 88.000 0.250 NA   NA
 1130292 1130293 PSHAa1561 PSHAa1562     TRUE 0.708 11.000 0.016 NA   NA
 1130295 1130296 PSHAa1564 PSHAa1565   sfcA FALSE 0.013 218.000 0.000 NA   NA
 1130296 1130297 PSHAa1565 PSHAa1566 sfcA   FALSE 0.209 152.000 0.133 1.000 N NA
 1130299 1130300 PSHAa1568 PSHAa1569     FALSE 0.054 103.000 0.000 NA   NA
 1130300 1130301 PSHAa1569 PSHAa1570     TRUE 0.750 0.000 0.000 NA   NA
 1130301 1130302 PSHAa1570 PSHAa1571     TRUE 0.658 7.000 0.000 NA   NA
 1130302 1130303 PSHAa1571 PSHAa1572   purK FALSE 0.139 58.000 0.000 NA   NA
 1130303 1130304 PSHAa1572 PSHAa1573 purK purE TRUE 0.995 3.000 0.136 0.001 Y NA
 1130304 1130305 PSHAa1573 PSHAa1574 purE ybiT FALSE 0.035 152.000 0.000 1.000   NA
 1130307 1130308 PSHAa1576 PSHAa1577     FALSE 0.009 271.000 0.000 NA   NA
 1130312 1130313 PSHAa1581 PSHAa1582     TRUE 0.593 -30.000 0.000 NA   NA
 1130315 1130316 PSHAa1584 PSHAa1585     FALSE 0.005 768.000 0.000 1.000   NA
 1130318 1130319 PSHAa1587 PSHAa1588     TRUE 0.572 -73.000 0.000 NA   NA
 1130320 1130321 PSHAa1589 PSHAa1590     FALSE 0.041 119.000 0.000 NA   NA
 1130321 1130322 PSHAa1590 PSHAa1591   uhpA FALSE 0.007 389.000 0.000 1.000 N NA
 1130322 1130323 PSHAa1591 PSHAa1592 uhpA uhpB TRUE 0.974 -13.000 0.000 0.024 Y NA
 1130326 1130327 PSHAa1595 PSHAa1596     TRUE 0.750 0.000 0.000 NA   NA
 1130327 1130328 PSHAa1596 PSHAa1597     FALSE 0.004 864.000 0.000 NA   NA
 1130328 1130329 PSHAa1597 PSHAa1598     TRUE 0.994 12.000 1.000 NA   NA
 1130329 1130330 PSHAa1598 PSHAa1599     TRUE 0.993 -10.000 0.750 NA   NA
 1130330 1130331 PSHAa1599 PSHAa1600     FALSE 0.009 359.000 0.000 1.000   NA
 1130333 1130334 PSHAa1602 PSHAa1603     FALSE 0.013 221.000 0.000 NA   NA
 1130334 1130335 PSHAa1603 PSHAa1604     FALSE 0.159 50.000 0.000 NA   NA
 1130335 1130336 PSHAa1604 PSHAa1605   htpX FALSE 0.043 117.000 0.000 NA   NA
 1130336 1130337 PSHAa1605 PSHAa1606 htpX bioD FALSE 0.038 143.000 0.010 1.000 N NA
 1130337 1130338 PSHAa1606 PSHAa1607 bioD bioC FALSE 0.218 38.000 0.004 1.000   NA
 1130338 1130339 PSHAa1607 PSHAa1608 bioC bioF TRUE 0.965 -3.000 0.133 1.000   NA
 1130339 1130340 PSHAa1608 PSHAa1609 bioF bioB TRUE 0.861 59.000 0.168 1.000 Y NA
 1130341 1130342 PSHAa1610 PSHAa1611 bioA   FALSE 0.025 156.000 0.000 NA   NA
 1130342 1130343 PSHAa1611 PSHAa1612     TRUE 0.985 1.000 0.286 NA   NA
 1130343 1130344 PSHAa1612 PSHAa1613     TRUE 0.997 0.000 0.286 0.040 Y NA
 1130344 1130345 PSHAa1613 PSHAa1614     TRUE 0.888 15.000 0.028 0.040 N NA
 1130348 1130349 PSHAa1617 PSHAa1618 etfA etfB TRUE 0.999 1.000 0.875 0.015 Y NA
 1130350 1130351 PSHAa1619 PSHAa1620 etfdH   FALSE 0.030 122.000 0.008 NA N NA
 1130351 1130352 PSHAa1620 PSHAa1621     FALSE 0.008 262.000 0.000 NA N NA
 1130352 1130353 PSHAa1621 PSHAa1622     FALSE 0.006 389.000 0.000 NA   NA
 1130353 1130354 PSHAa1622 PSHAa1623   proS FALSE 0.063 185.000 0.048 NA   NA
 1130355 1130356 PSHAa1624 PSHAa1625     FALSE 0.010 230.000 0.000 NA N NA
 1130356 1130357 PSHAa1625 PSHAa1626     TRUE 0.995 -7.000 0.448 NA Y NA
 1130357 1130358 PSHAa1626 PSHAa1627     TRUE 0.872 -3.000 0.031 NA   NA
 1130359 1130360 PSHAa1628 PSHAa1629     FALSE 0.145 122.000 0.059 NA   NA
 1130361 1130362 PSHAa1630 PSHAa1631 dbT bkdA2 TRUE 0.992 9.000 0.188 0.056 Y NA
 1130362 1130363 PSHAa1631 PSHAa1632 bkdA2 BckdhA TRUE 0.999 0.000 0.558 0.001 Y NA
 1130363 1130364 PSHAa1632 PSHAa1633 BckdhA   FALSE 0.123 265.000 0.094 0.056 N NA
 1130364 1130365 PSHAa1633 PSHAa1634   pgm FALSE 0.065 98.000 0.007 1.000 N NA
 1130365 1130366 PSHAa1634 PSHAa1635 pgm seqA TRUE 0.950 10.000 0.151 1.000 N NA
 1130367 1130368 PSHAa1636 PSHAa1637     FALSE 0.174 96.000 0.038 NA   NA
 1130368 1130369 PSHAa1637 PSHAa1638     TRUE 0.982 3.000 0.282 NA   NA
 1130369 1130370 PSHAa1638 PSHAa1639   fldA TRUE 0.981 13.000 0.473 NA   NA
 1130375 1130376 PSHAa1644 PSHAa1645 sucD sucC TRUE 0.999 0.000 0.806 0.001 Y NA
 1130376 1130377 PSHAa1645 PSHAa1646 sucC sucB FALSE 0.398 178.000 0.136 1.000 Y NA
 1130377 1130378 PSHAa1646 PSHAa1647 sucB sucA TRUE 0.998 4.000 0.667 1.000 Y NA
 1130378 1130379 PSHAa1647 PSHAa1648 sucA sdhB TRUE 0.627 89.000 0.067 1.000 Y NA
 1130379 1130380 PSHAa1648 PSHAa1649 sdhB sdhA TRUE 0.998 11.000 0.604 0.003 Y NA
 1130380 1130381 PSHAa1649 PSHAa1650 sdhA sdhD TRUE 0.999 1.000 0.705 0.001 Y NA
 1130381 1130382 PSHAa1650 PSHAa1651 sdhD sdhC TRUE 0.998 -9.000 0.453 0.001 Y NA
 1130383 1130384 PSHAa1652 PSHAa1653   gltA FALSE 0.007 319.000 0.000 NA   NA
 1130384 1130385 PSHAa1653 PSHAa1654 gltA csdA FALSE 0.042 126.000 0.008 1.000 N NA
 1130385 1130386 PSHAa1654 PSHAa1655 csdA   TRUE 0.618 15.000 0.016 NA   NA
 1130387 1130388 PSHAa1656 PSHAa1657     TRUE 0.750 1.000 0.007 1.000 N NA
 1130388 1130389 PSHAa1657 PSHAa1658   kdsB TRUE 0.732 -3.000 0.007 1.000 N NA
 1130389 1130390 PSHAa1658 PSHAa1659 kdsB   TRUE 0.974 -12.000 0.265 NA   NA
 1130390 1130391 PSHAa1659 PSHAa1660   lpxK TRUE 0.975 -10.000 0.263 NA   NA
 1130391 1130392 PSHAa1660 PSHAa1661 lpxK msbA TRUE 0.977 -3.000 0.205 1.000 N NA
 1130392 1130393 PSHAa1661 PSHAa1662 msbA   TRUE 0.659 61.000 0.075 0.054   NA
 1130395 1130396 PSHAa1664 PSHAa1665   uup TRUE 0.906 12.000 0.094 NA   NA
 1130396 1130397 PSHAa1665 PSHAa1666 uup   TRUE 0.862 16.000 0.092 NA   NA
 1130397 1130398 PSHAa1666 PSHAa1667     FALSE 0.443 32.000 0.029 NA   NA
 1130398 1130399 PSHAa1667 PSHAa1668   ycbW FALSE 0.081 91.000 0.010 NA   NA
 1130399 1130400 PSHAa1668 PSHAa1669 ycbW pyrD FALSE 0.100 180.000 0.081 NA   NA
 1130400 1130401 PSHAa1669 PSHAa1670 pyrD   FALSE 0.110 137.000 0.045 1.000 N NA
 1130401 1130402 PSHAa1670 PSHAa1671     FALSE 0.020 211.000 0.000 1.000   NA
 1130402 1130403 PSHAa1671 PSHAa1672     TRUE 0.991 0.000 0.455 NA   NA
 1130403 1130404 PSHAa1672 PSHAa1673     TRUE 0.608 132.000 0.500 NA   NA
 1130404 1130405 PSHAa1673 PSHAa1674     TRUE 0.988 14.000 0.710 NA   NA
 1130405 1130406 PSHAa1674 PSHAa1675     FALSE 0.010 254.000 0.000 NA   NA
 1130406 1130407 PSHAa1675 PSHAa1676   pepN TRUE 0.580 49.000 0.099 NA   NA
 1130407 1130408 PSHAa1676 PSHAa1677 pepN   FALSE 0.355 49.000 0.031 1.000 N NA
 1130408 1130409 PSHAa1677 PSHAa1678   prc FALSE 0.043 160.000 0.017 1.000 N NA
 1130409 1130410 PSHAa1678 PSHAa1679 prc proQ TRUE 0.913 27.000 0.304 NA N NA
 1130410 1130411 PSHAa1679 PSHAa1680 proQ   TRUE 0.787 16.000 0.053 NA   NA
 1130411 1130412 PSHAa1680 PSHAa1681     TRUE 0.807 0.000 0.014 NA   NA
 1130412 1130413 PSHAa1681 PSHAa1682     FALSE 0.029 129.000 0.007 NA   NA
 1130413 1130414 PSHAa1682 PSHAatRNA79     FALSE 0.022 168.000 0.000 NA   NA
 1130414 1130415 PSHAatRNA79 PSHAatRNA78     FALSE 0.055 102.000 0.000 NA   NA
 1130416 1130417 PSHAa1683 PSHAa1684     TRUE 0.663 55.000 0.167 NA   NA
 1130417 1130418 PSHAa1684 PSHAa1685     TRUE 0.996 15.000 0.790 NA Y NA
 1130418 1130419 PSHAa1685 PSHAa1686     TRUE 0.996 -3.000 0.804 NA   NA
 1130419 1130420 PSHAa1686 PSHAa1687     TRUE 0.982 4.000 0.317 NA   NA
 1130420 1130421 PSHAa1687 PSHAa1688   rluE TRUE 0.769 0.000 0.008 1.000 N NA
 1130423 1130424 PSHAa1690 PSHAa1691 mnmA hflD TRUE 0.974 0.000 0.180 NA   NA
 1130424 1130425 PSHAa1691 PSHAa1692 hflD purB TRUE 0.690 32.000 0.093 NA   NA
 1130425 1130426 PSHAa1692 PSHAa1693 purB   FALSE 0.047 90.000 0.003 NA   NA
 1130426 1130427 PSHAa1693 PSHAa1694     TRUE 0.848 10.000 0.043 NA   NA
 1130428 1130429 PSHAa1695 PSHAa1696     FALSE 0.074 126.000 0.025 NA   NA
 1130430 1130431 PSHAa1697 PSHAa1698     FALSE 0.018 173.000 0.000 NA N NA
 1130432 1130433 PSHAa1699 PSHAa1700     FALSE 0.063 353.000 0.000 1.000 Y NA
 1130433 1130434 PSHAa1700 PSHAa1701     FALSE 0.006 367.000 0.000 NA   NA
 1130434 1130435 PSHAa1701 PSHAa1702     FALSE 0.011 241.000 0.000 NA   NA
 1130436 1130437 PSHAa1703 PSHAa1704 avtA   FALSE 0.043 117.000 0.000 NA   NA
 1130437 1130438 PSHAa1704 PSHAa1705     TRUE 0.669 -9.000 0.000 NA   NA
 1130441 1130442 PSHAa1708 PSHAa1709     FALSE 0.035 129.000 0.000 NA   NA
 1130442 1130443 PSHAa1709 PSHAa1710     FALSE 0.005 488.000 0.000 NA   NA
 1130443 1130444 PSHAa1710 PSHAa1712   serS FALSE 0.004 568.000 0.000 NA   NA
 1130444 1130445 PSHAa1712 PSHAa1713 serS crcB TRUE 0.816 9.000 0.033 NA N NA
 1130445 1130446 PSHAa1713 PSHAa1714 crcB rarA FALSE 0.260 68.000 0.033 NA N NA
 1130446 1130447 PSHAa1714 PSHAa1715 rarA lolA TRUE 0.965 -7.000 0.167 1.000 N NA
 1130447 1130448 PSHAa1715 PSHAa1716 lolA   TRUE 0.987 0.000 0.305 1.000 N NA
 1130448 1130449 PSHAa1716 PSHAa1717   lrp FALSE 0.328 198.000 0.345 1.000 N NA
 1130452 1130453 PSHAa1720 PSHAa1721 trxB aat FALSE 0.524 98.000 0.046 1.000 Y NA
 1130453 1130454 PSHAa1721 PSHAa1722 aat   TRUE 0.888 74.000 0.285 1.000 Y NA
 1130454 1130455 PSHAa1722 PSHAa1723   infA FALSE 0.312 91.000 0.078 1.000 N NA
 1130456 1130457 PSHAa1724 PSHAa1725 clpA clpS TRUE 0.884 69.000 0.596 NA   NA
 1130458 1130459 PSHAa1726 PSHAa1727 cspD   FALSE 0.026 798.000 0.093 1.000 N NA
 1130460 1130461 PSHAa1728 PSHAa1729     TRUE 0.998 13.000 0.874 0.005 Y NA
 1130461 1130462 PSHAa1729 PSHAa1730     FALSE 0.104 101.000 0.023 NA   NA
 1130462 1130463 PSHAa1730 PSHAa1731     FALSE 0.044 116.000 0.000 NA   NA
 1130464 1130465 PSHAa1732 PSHAa1733     FALSE 0.081 136.000 0.033 NA   NA
 1130467 1130468 PSHAa1735 PSHAa1736 mdtK   TRUE 0.858 -22.000 0.054 NA   NA
 1130468 1130469 PSHAa1736 PSHAatRNA36     FALSE 0.044 115.000 0.000 NA   NA
 1130469 1130470 PSHAatRNA36 PSHAatRNA37     FALSE 0.149 52.000 0.000 NA   NA
 1130470 1130471 PSHAatRNA37 PSHAa1737     FALSE 0.005 429.000 0.000 NA   NA
 1130474 1130475 PSHAa1740 PSHAa1741     FALSE 0.005 436.000 0.000 NA   NA
 1130475 1130476 PSHAa1741 PSHAa1742     FALSE 0.049 108.000 0.000 NA   NA
 1130476 1130477 PSHAa1742 PSHAa1743   fbaA TRUE 0.969 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 1130477 1130478 PSHAa1743 PSHAa1744 fbaA   TRUE 0.919 14.000 0.005 1.000 Y NA
 1130478 1130479 PSHAa1744 PSHAa1745     TRUE 0.627 58.000 0.008 1.000 Y NA
 1130479 1130480 PSHAa1745 PSHAa1746     TRUE 0.835 74.000 0.182 1.000 Y NA
 1130480 1130481 PSHAa1746 PSHAa1747     TRUE 0.913 3.000 0.059 NA   NA
 1130481 1130482 PSHAa1747 PSHAa1748   alyll TRUE 0.939 6.000 0.109 NA   NA
 1130482 1130483 PSHAa1748 PSHAa1749 alyll   TRUE 0.992 5.000 0.300 0.001   NA
 1130483 1130484 PSHAa1749 PSHAa1750     FALSE 0.437 140.000 0.286 1.000   NA
 1130484 1130485 PSHAa1750 PSHAa1751     FALSE 0.005 1058.000 0.000 1.000   NA
 1130485 1130486 PSHAa1751 PSHAa1752     FALSE 0.180 59.000 0.000 1.000   NA
 1130486 1130487 PSHAa1752 PSHAa1753     TRUE 0.815 2.000 0.016 NA   NA
 1130487 1130488 PSHAa1753 PSHAa1754     FALSE 0.056 101.000 0.000 NA   NA
 1130488 1130489 PSHAa1754 PSHAa1755     FALSE 0.022 165.000 0.000 NA   NA
 1130490 1130491 PSHAa1756 PSHAa1757   ureA TRUE 0.583 264.000 0.664 0.002 N NA
 1130491 1130492 PSHAa1757 PSHAa1758 ureA ureB TRUE 0.998 12.000 0.595 0.001 Y NA
 1130492 1130493 PSHAa1758 PSHAa1759 ureB ureC TRUE 0.999 0.000 0.486 0.001 Y NA
 1130493 1130494 PSHAa1759 PSHAa1760 ureC ureE TRUE 0.977 21.000 0.315 0.001 N NA
 1130494 1130495 PSHAa1760 PSHAa1761 ureE ureF TRUE 0.997 -100.000 0.560 0.002 Y NA
 1130495 1130496 PSHAa1761 PSHAa1762 ureF ureG TRUE 0.990 31.000 0.550 0.002 Y NA
 1130496 1130497 PSHAa1762 PSHAa1763 ureG   TRUE 0.664 60.000 0.026 NA Y NA
 1130497 1130498 PSHAa1763 PSHAa1764     FALSE 0.015 189.000 0.000 NA N NA
 1130498 1130499 PSHAa1764 PSHAa1765   prpD FALSE 0.005 411.000 0.000 NA   NA
 1130499 1130500 PSHAa1765 PSHAa1766 prpD   FALSE 0.050 107.000 0.000 NA   NA
 1130501 1130502 PSHAa1767 PSHAa1768 galM   FALSE 0.027 178.000 0.000 1.000   NA
 1130502 1130503 PSHAa1768 PSHAa1769   galK TRUE 0.665 42.000 0.107 1.000   NA
 1130503 1130504 PSHAa1769 PSHAa1770 galK galT TRUE 0.971 0.000 0.026 0.001 N NA
 1130506 1130507 PSHAa1772 PSHAa1773   acnA TRUE 0.990 -99.000 0.733 NA   NA
 1130507 1130508 PSHAa1773 PSHAa1774 acnA prpC TRUE 0.695 135.000 0.289 1.000 Y NA
 1130508 1130509 PSHAa1774 PSHAa1775 prpC prpB TRUE 0.959 26.000 0.502 1.000 N NA
 1130509 1130510 PSHAa1775 PSHAa1776 prpB   TRUE 0.560 72.000 0.130 1.000 N NA
 1130512 1130513 PSHAa1778 PSHAa1779     TRUE 0.855 -7.000 0.027 1.000   NA
 1130513 1130514 PSHAa1779 PSHAa1780     TRUE 0.977 4.000 0.062 1.000 Y NA
 1130514 1130515 PSHAa1780 PSHAa1781     TRUE 0.975 21.000 0.581 1.000   NA
 1130515 1130516 PSHAa1781 PSHAa1782     TRUE 0.987 9.000 0.474 NA   NA
 1130516 1130517 PSHAa1782 PSHAa1783   wcaJ TRUE 0.981 -16.000 0.395 NA   NA
 1130519 1130520 PSHAa1785 PSHAa1786     FALSE 0.022 198.000 0.000 1.000   NA
 1130520 1130521 PSHAa1786 PSHAa1787     TRUE 0.562 13.000 0.000 NA   NA
 1130521 1130522 PSHAa1787 PSHAa1788     FALSE 0.222 37.000 0.000 NA   NA
 1130522 1130523 PSHAa1788 PSHAa1789     FALSE 0.144 54.000 0.000 NA   NA
 1130523 1130524 PSHAa1789 PSHAa1790     FALSE 0.230 36.000 0.000 NA   NA
 1130524 1130525 PSHAa1790 PSHAa1791     FALSE 0.018 220.000 0.000 1.000   NA
 1130525 1130526 PSHAa1791 PSHAa1792     FALSE 0.134 62.000 0.000 NA   NA
 1130526 1130527 PSHAa1792 PSHAa1793     TRUE 0.591 -31.000 0.000 NA   NA
 1130528 1130529 PSHAa1794 PSHAa1795     TRUE 0.978 -16.000 0.333 NA   NA
 1130529 1130530 PSHAa1795 PSHAa1796     FALSE 0.329 26.000 0.000 NA   NA
 1130530 1130531 PSHAa1796 PSHAa1797     FALSE 0.144 54.000 0.000 NA   NA
 1130532 1130533 PSHAa1798 PSHAa1799     TRUE 0.889 1.000 0.034 NA   NA
 1130533 1130534 PSHAa1799 PSHAa1800     FALSE 0.111 50.000 0.004 NA   NA
 1130534 1130535 PSHAa1800 PSHAa1801   pilZ TRUE 0.909 10.000 0.089 NA N NA
 1130535 1130536 PSHAa1801 PSHAa1802 pilZ holB TRUE 0.980 11.000 0.382 NA N NA
 1130536 1130537 PSHAa1802 PSHAa1803 holB tmk TRUE 0.987 2.000 0.211 0.089 N NA
 1130537 1130538 PSHAa1803 PSHAa1804 tmk   TRUE 0.967 7.000 0.209 NA   NA
 1130538 1130539 PSHAa1804 PSHAa1805   pabC TRUE 0.972 -6.000 0.204 NA   NA
 1130539 1130540 PSHAa1805 PSHAa1806 pabC fabF TRUE 0.691 60.000 0.187 1.000 N NA
 1130540 1130541 PSHAa1806 PSHAa1807 fabF acpP TRUE 0.549 209.000 0.346 1.000 Y NA
 1130541 1130542 PSHAa1807 PSHAa1808 acpP fabG TRUE 0.612 251.000 0.321 0.004 Y NA
 1130542 1130543 PSHAa1808 PSHAa1809 fabG fabD TRUE 0.997 12.000 0.432 0.004 Y NA
 1130543 1130544 PSHAa1809 PSHAa1810 fabD plsX TRUE 0.903 58.000 0.106 0.004 Y NA
 1130544 1130545 PSHAa1810 PSHAa1811 plsX rpmF TRUE 0.981 12.000 0.418 1.000 N NA
 1130545 1130546 PSHAa1811 PSHAa1812 rpmF   TRUE 0.989 10.000 0.599 NA   NA
 1130548 1130549 PSHAa1814 PSHAa1815   rluC TRUE 0.989 -3.000 0.389 1.000   NA
 1130552 1130553 PSHAa1818 PSHAa1819     TRUE 0.977 6.000 0.267 NA   NA
 1130553 1130554 PSHAa1819 PSHAa1820     FALSE 0.366 101.000 0.136 NA   NA
 1130554 1130555 PSHAa1820 PSHAa1821     FALSE 0.134 111.000 0.039 NA   NA
 1130555 1130556 PSHAa1821 PSHAa1822     TRUE 0.828 18.000 0.078 1.000 N NA
 1130556 1130557 PSHAa1822 PSHAa1823     FALSE 0.199 174.000 0.167 NA   NA
 1130558 1130559 PSHAa1824 PSHAa1825     TRUE 0.930 46.000 0.286 NA Y NA
 1130559 1130560 PSHAa1825 PSHAa1826     TRUE 0.996 -3.000 0.833 NA N NA
 1130562 1130563 PSHAa1828 PSHAa1829     TRUE 0.993 -7.000 0.139 0.010 Y NA
 1130563 1130564 PSHAa1829 PSHAa1830     FALSE 0.031 153.000 0.000 1.000 N NA
 1130565 1130566 PSHAa1831 PSHAa1832     FALSE 0.494 75.000 0.105 1.000   NA
 1130566 1130567 PSHAa1832 PSHAa1833     FALSE 0.013 225.000 0.000 NA   NA
 1130567 1130568 PSHAa1833 PSHAa1834     FALSE 0.111 103.000 0.026 NA   NA
 1130568 1130569 PSHAa1834 PSHAa1835     TRUE 0.988 -3.000 0.364 NA   NA
 1130569 1130570 PSHAa1835 PSHAa1836   mfd FALSE 0.138 62.000 0.004 1.000   NA
 1130570 1130571 PSHAa1836 PSHAa1837 mfd   TRUE 0.937 0.000 0.071 NA   NA
 1130571 1130572 PSHAa1837 PSHAa1838     FALSE 0.519 32.000 0.040 NA   NA
 1130573 1130574 PSHAa1839 PSHAa1840     FALSE 0.173 105.000 0.053 NA   NA
 1130574 1130575 PSHAa1840 PSHAa1841     FALSE 0.004 823.000 0.000 NA   NA
 1130576 1130577 PSHAa1842 PSHAa1843     TRUE 0.995 13.000 0.700 0.002 N NA
 1130577 1130578 PSHAa1843 PSHAa1844     TRUE 0.997 7.000 0.667 0.002   NA
 1130578 1130579 PSHAa1844 PSHAa1845     TRUE 0.997 -3.000 0.636 0.002   NA
 1130579 1130580 PSHAa1845 PSHAa1846     FALSE 0.508 143.000 0.404 NA   NA
 1130580 1130581 PSHAa1846 PSHAa1847     TRUE 0.962 9.000 0.197 NA   NA
 1130581 1130582 PSHAa1847 PSHAa1848     TRUE 0.998 -3.000 0.713 NA Y NA
 1130582 1130583 PSHAa1848 PSHAa1849     TRUE 0.968 -34.000 0.266 NA   NA
 1130583 1130584 PSHAa1849 PSHAa1850   fnr TRUE 0.703 42.000 0.141 NA   NA
 1130584 1130585 PSHAa1850 PSHAa1851 fnr uspE TRUE 0.804 153.000 0.619 1.000 Y NA
 1130585 1130586 PSHAa1851 PSHAa1852 uspE   FALSE 0.340 88.000 0.091 NA N NA
 1130586 1130587 PSHAa1852 PSHAa1853     FALSE 0.015 206.000 0.000 NA   NA
 1130587 1130588 PSHAa1853 PSHAa1854     FALSE 0.118 71.000 0.000 NA   NA
 1130588 1130589 PSHAa1854 PSHAa1855     FALSE 0.175 52.000 0.000 1.000 N NA
 1130589 1130590 PSHAa1855 PSHAa1856     FALSE 0.489 21.000 0.000 1.000   NA
 1130591 1130592 PSHAa1857 PSHAa1858 recD recB TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 1130592 1130593 PSHAa1858 PSHAa1859 recB recC TRUE 0.998 -13.000 0.542 0.001 Y NA
 1130593 1130594 PSHAa1859 PSHAa1860 recC phoD FALSE 0.031 157.000 0.008 1.000   NA
 1130594 1130595 PSHAa1860 PSHAa1861 phoD   TRUE 0.966 -3.000 0.135 1.000   NA
 1130595 1130596 PSHAa1861 PSHAa1862     TRUE 0.729 70.000 0.235 1.000   NA
 1130596 1130597 PSHAa1862 PSHAa1863     FALSE 0.017 215.000 0.000 1.000 N NA
 1130598 1130599 PSHAa1864 PSHAa1865     FALSE 0.006 363.000 0.000 NA   NA
 1130600 1130601 PSHAatRNA77 PSHAa1866   nadA FALSE 0.015 204.000 0.000 NA   NA
 1130601 1130602 PSHAa1866 PSHAatRNA76 nadA   FALSE 0.028 146.000 0.000 NA   NA
 1130602 1130603 PSHAatRNA76 PSHAatRNA75     FALSE 0.085 85.000 0.000 NA   NA
 1130603 1130604 PSHAatRNA75 PSHAatRNA74     FALSE 0.116 72.000 0.000 NA   NA
 1130604 1130605 PSHAatRNA74 PSHAatRNA73     FALSE 0.083 86.000 0.000 NA   NA
 1130605 1130606 PSHAatRNA73 PSHAatRNA72     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 1130606 1130607 PSHAatRNA72 PSHAatRNA71     FALSE 0.083 86.000 0.000 NA   NA
 1130607 1130608 PSHAatRNA71 PSHAatRNA70     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 1130608 1130609 PSHAatRNA70 PSHAatRNA69     FALSE 0.097 79.000 0.000 NA   NA
 1130609 1130610 PSHAatRNA69 PSHAa1869     FALSE 0.019 180.000 0.000 NA   NA
 1130610 1130611 PSHAa1869 PSHAa1870   pal TRUE 0.964 14.000 0.278 1.000   NA
 1130611 1130612 PSHAa1870 PSHAa1871 pal tolB TRUE 0.943 36.000 0.592 1.000 N NA
 1130612 1130613 PSHAa1871 PSHAa1872 tolB   TRUE 0.910 10.000 0.089 NA N NA
 1130613 1130614 PSHAa1872 PSHAa1873   tolR TRUE 0.964 5.000 0.183 NA N NA
 1130614 1130615 PSHAa1873 PSHAa1874 tolR tolQ TRUE 0.987 32.000 0.556 0.048 Y NA
 1130615 1130616 PSHAa1874 PSHAa1875 tolQ ruvB FALSE 0.004 1151.000 0.007 1.000 N NA
 1130616 1130617 PSHAa1875 PSHAa1876 ruvB ruvA TRUE 0.998 8.000 0.549 0.002 Y NA
 1130617 1130618 PSHAa1876 PSHAa1877 ruvA ruvC TRUE 0.998 3.000 0.451 0.009 Y NA
 1130618 1130619 PSHAa1877 PSHAa1878 ruvC   FALSE 0.030 129.000 0.000 NA N NA
 1130619 1130620 PSHAa1878 PSHAa1879     TRUE 0.996 -10.000 0.535 NA Y NA
 1130621 1130622 PSHAa1880 PSHAatRNA38 apeA   FALSE 0.037 125.000 0.000 NA   NA
 1130625 1130626 PSHAa1883 PSHAa1884     FALSE 0.010 257.000 0.000 NA   NA
 1130634 1130635 PSHAa1892 PSHAa1893     FALSE 0.217 174.000 0.175 1.000 N NA
 1130635 1130636 PSHAa1893 PSHAa1894     FALSE 0.017 193.000 0.000 NA   NA
 1130636 1130637 PSHAa1894 PSHAa1895     TRUE 0.543 94.000 0.222 NA   NA
 1130637 1130638 PSHAa1895 PSHAa1896     TRUE 0.875 -10.000 0.049 NA   NA
 1130638 1130639 PSHAa1896 PSHAa1897     TRUE 0.970 2.000 0.167 NA   NA
 1130639 1130640 PSHAa1897 PSHAa1898   dagA TRUE 0.642 59.000 0.158 NA   NA
 1130640 1130641 PSHAa1898 PSHAa1899 dagA   FALSE 0.345 149.000 0.060 1.000 Y NA
 1130641 1130642 PSHAa1899 PSHAa1900   gapA FALSE 0.051 175.000 0.028 1.000 N NA
 1130644 1130645 PSHAa1902 PSHAa1903 ihfA pheT TRUE 0.976 3.000 0.208 1.000 N NA
 1130645 1130646 PSHAa1903 PSHAa1904 pheT pheS TRUE 0.997 16.000 0.574 0.001 Y NA
 1130646 1130647 PSHAa1904 PSHAa1905 pheS hda FALSE 0.052 85.000 0.003 NA   NA
 1130647 1130648 PSHAa1905 PSHAa1906 hda   TRUE 0.872 24.000 0.174 NA   NA
 1130648 1130649 PSHAa1906 PSHAa_rRNA5s6     FALSE 0.004 575.000 0.000 NA   NA
 1130649 1130650 PSHAa_rRNA5s6 PSHAa_rRNA23s5     FALSE 0.029 144.000 0.000 NA   NA
 1130650 1130651 PSHAa_rRNA23s5 PSHAa_rRNA16s5     FALSE 0.008 301.000 0.000 NA   NA
 1130653 1130654 PSHAatRNA68 PSHAatRNA67     FALSE 0.210 39.000 0.000 NA   NA
 1130654 1130655 PSHAatRNA67 PSHAatRNA66     FALSE 0.430 20.000 0.000 NA   NA
 1130655 1130656 PSHAatRNA66 PSHAatRNA65     FALSE 0.104 76.000 0.000 NA   NA
 1130656 1130657 PSHAatRNA65 PSHAatRNA64     FALSE 0.203 40.000 0.000 NA   NA
 1130657 1130658 PSHAatRNA64 PSHAatRNA63     FALSE 0.131 65.000 0.000 NA   NA
 1130658 1130659 PSHAatRNA63 PSHAatRNA62     FALSE 0.215 38.000 0.000 NA   NA
 1130659 1130660 PSHAatRNA62 PSHAatRNA61     FALSE 0.454 18.000 0.000 NA   NA
 1130660 1130661 PSHAatRNA61 PSHAa1914   pgsA FALSE 0.014 217.000 0.000 NA   NA
 1130661 1130662 PSHAa1914 PSHAa1915 pgsA uvrC TRUE 0.805 43.000 0.227 1.000 N NA
 1130662 1130663 PSHAa1915 PSHAa1916 uvrC uvrY TRUE 0.963 10.000 0.086 0.014 N NA
 1130663 1130664 PSHAa1916 PSHAa1917 uvrY   FALSE 0.065 149.000 0.027 1.000 N NA
 1130665 1130666 PSHAa1918 PSHAa1919 cysK   FALSE 0.099 119.000 0.032 NA   NA
 1130667 1130668 PSHAa1920 PSHAa1921 fadE   FALSE 0.015 243.000 0.000 1.000   NA
 1130668 1130669 PSHAa1921 PSHAa1922     FALSE 0.016 201.000 0.000 NA   NA
 1130669 1130670 PSHAa1922 PSHAa1923     TRUE 0.856 0.000 0.023 NA   NA
 1130670 1130671 PSHAa1923 PSHAa1924     TRUE 0.995 -3.000 0.682 NA   NA
 1130671 1130672 PSHAa1924 PSHAa1925   metC FALSE 0.078 144.000 0.035 NA   NA
 1130672 1130673 PSHAa1925 PSHAa1926 metC   TRUE 0.784 3.000 0.012 1.000 N NA
 1130673 1130674 PSHAa1926 PSHAa1927     FALSE 0.016 191.000 0.008 NA   NA
 1130675 1130676 PSHAa1928 PSHAa1929     TRUE 0.990 0.000 0.412 NA   NA
 1130680 1130681 PSHAa1933 PSHAa1934     FALSE 0.028 147.000 0.000 NA   NA
 1130682 1130683 PSHAa1935 PSHAa1936     FALSE 0.489 16.000 0.000 NA   NA
 1130686 1130687 PSHAa1939 PSHAa1940     FALSE 0.295 45.000 0.022 NA   NA
 1130688 1130689 PSHAa1941 PSHAa1942     FALSE 0.027 150.000 0.000 NA   NA
 1130692 1130693 PSHAa1945 PSHAa1946   yecP TRUE 0.956 17.000 0.315 NA   NA
 1130693 1130694 PSHAa1946 PSHAa1947 yecP purM FALSE 0.012 190.000 0.004 NA   NA
 1130694 1130695 PSHAa1947 PSHAa1948 purM purN TRUE 0.997 0.000 0.230 0.002 Y NA
 1130695 1130696 PSHAa1948 PSHAa1949 purN   FALSE 0.529 26.000 0.027 NA   NA
 1130697 1130698 PSHAa1950 PSHAa1951     FALSE 0.044 115.000 0.000 NA   NA
 1130699 1130700 PSHAa1952 PSHAa1953 fadE   FALSE 0.020 192.000 0.000 1.000 N NA
 1130701 1130702 PSHAatRNA60 PSHAatRNA59     FALSE 0.142 55.000 0.000 NA   NA
 1130702 1130703 PSHAatRNA59 PSHAatRNA58     FALSE 0.169 48.000 0.000 NA   NA
 1130703 1130704 PSHAatRNA58 PSHAatRNA57     FALSE 0.210 39.000 0.000 NA   NA
 1130704 1130705 PSHAatRNA57 PSHAatRNA56     FALSE 0.241 34.000 0.000 NA   NA
 1130705 1130706 PSHAatRNA56 PSHAatRNA55     FALSE 0.192 42.000 0.000 NA   NA
 1130706 1130707 PSHAatRNA55 PSHAatRNA54     FALSE 0.310 27.000 0.000 NA   NA
 1130707 1130708 PSHAatRNA54 PSHAa1958     FALSE 0.059 99.000 0.000 NA   NA
 1130708 1130709 PSHAa1958 PSHAatRNA53     FALSE 0.089 83.000 0.000 NA   NA
 1130709 1130710 PSHAatRNA53 PSHAatRNA52     FALSE 0.241 34.000 0.000 NA   NA
 1130710 1130711 PSHAatRNA52 PSHAatRNA51     FALSE 0.192 42.000 0.000 NA   NA
 1130711 1130712 PSHAatRNA51 PSHAatRNA50     FALSE 0.310 27.000 0.000 NA   NA
 1130712 1130713 PSHAatRNA50 PSHAa1962     FALSE 0.059 99.000 0.000 NA   NA
 1130713 1130714 PSHAa1962 PSHAa1963   dnaQ TRUE 0.921 10.000 0.098 NA   NA
 1130717 1130718 PSHAa1966 PSHAa1967 gloB mltD FALSE 0.326 157.000 0.233 1.000   NA
 1130719 1130720 PSHAa1968 PSHAa1969     FALSE 0.099 78.000 0.000 NA   NA
 1130720 1130721 PSHAa1969 PSHAa1970   truC TRUE 0.973 4.000 0.209 1.000 N NA
 1130721 1130722 PSHAa1970 PSHAa1971 truC   TRUE 0.990 -7.000 0.518 NA   NA
 1130723 1130724 PSHAa1972 PSHAa1973     TRUE 0.990 1.000 0.402 NA   NA
 1130726 1130727 PSHAa1976 PSHAa1977     FALSE 0.217 122.000 0.098 NA   NA
 1130727 1130728 PSHAa1977 PSHAa1978     TRUE 0.958 17.000 0.322 NA   NA
 1130731 1130732 PSHAa1981 PSHAa1982     FALSE 0.075 91.000 0.009 NA   NA
 1130732 1130733 PSHAa1982 PSHAa1983     TRUE 0.994 0.000 0.575 NA   NA
 1130735 1130736 PSHAa1985 PSHAa1986 yejH   FALSE 0.012 258.000 0.000 1.000 N NA
 1130736 1130737 PSHAa1986 PSHAa1987     FALSE 0.140 71.000 0.000 1.000 N NA
 1130737 1130738 PSHAa1987 PSHAa1988     FALSE 0.005 795.000 0.000 1.000 N NA
 1130738 1130739 PSHAa1988 PSHAa1989     FALSE 0.158 62.000 0.000 1.000 N NA
 1130739 1130740 PSHAa1989 PSHAa1990     FALSE 0.007 373.000 0.000 1.000 N NA
 1130741 1130742 PSHAa1991 PSHAa1992 dinG   TRUE 0.974 3.000 0.189 1.000   NA
 1130742 1130743 PSHAa1992 PSHAa1993     TRUE 0.990 2.000 0.434 NA   NA
 1130743 1130744 PSHAa1993 PSHAa1994     FALSE 0.065 141.000 0.026 NA   NA
 1130744 1130745 PSHAa1994 PSHAa1995     FALSE 0.448 47.000 0.054 NA   NA
 1130747 1130748 PSHAa1997 PSHAa1998     FALSE 0.222 37.000 0.000 NA   NA
 1130748 1130749 PSHAa1998 PSHAa1999     TRUE 0.574 -67.000 0.000 NA   NA
 1130749 1130750 PSHAa1999 PSHAa2000     TRUE 0.692 4.000 0.000 NA   NA
 1130750 1130751 PSHAa2000 PSHAa2001     TRUE 0.692 4.000 0.000 NA   NA
 1130752 1130753 PSHAa2002 PSHAa2003 ygfH   FALSE 0.008 290.000 0.000 NA   NA
 1130753 1130754 PSHAa2003 PSHAa2004     FALSE 0.355 24.000 0.000 NA   NA
 1130754 1130755 PSHAa2004 PSHAa2005     TRUE 0.655 -10.000 0.000 NA   NA
 1130755 1130756 PSHAa2005 PSHAa2006     FALSE 0.293 28.000 0.000 NA   NA
 1130756 1130757 PSHAa2006 PSHAa2007     FALSE 0.037 124.000 0.000 NA   NA
 1130757 1130758 PSHAa2007 PSHAa2008     FALSE 0.374 74.000 0.070 NA   NA
 1130762 1130763 PSHAa2012 PSHAa2013   tilS TRUE 0.643 0.000 0.003 NA   NA
 1130763 1130764 PSHAa2013 PSHAa2014 tilS accA TRUE 0.677 43.000 0.123 1.000 N NA
 1130764 1130765 PSHAa2014 PSHAa2015 accA dnaE TRUE 0.889 17.000 0.122 1.000 N NA
 1130765 1130766 PSHAa2015 PSHAa2016 dnaE rnhB TRUE 0.985 3.000 0.104 1.000 Y NA
 1130766 1130767 PSHAa2016 PSHAa2017 rnhB lpxB TRUE 0.964 -10.000 0.186 1.000 N NA
 1130768 1130769 PSHAa2018 PSHAa2019 cydA cydB TRUE 0.999 -3.000 0.714 0.044 Y NA
 1130769 1130770 PSHAa2019 PSHAa2020 cydB   TRUE 0.842 13.000 0.057 NA   NA
 1130770 1130771 PSHAa2020 PSHAa2021   cydD FALSE 0.358 71.000 0.057 NA   NA
 1130771 1130772 PSHAa2021 PSHAa2022 cydD cydC TRUE 0.991 -7.000 0.075 0.002 Y NA
 1130773 1130774 PSHAa2023 PSHAa2024   lpxA FALSE 0.025 154.000 0.009 NA   NA
 1130774 1130775 PSHAa2024 PSHAa2025 lpxA fabZ TRUE 0.996 3.000 0.850 1.000 N NA
 1130775 1130776 PSHAa2025 PSHAa2026 fabZ lpxD TRUE 0.974 28.000 0.796 1.000 N NA
 1130776 1130777 PSHAa2026 PSHAa2027 lpxD skp TRUE 0.995 8.000 0.814 1.000   NA
 1130777 1130778 PSHAa2027 PSHAa2028 skp ecfK FALSE 0.286 111.000 0.104 1.000   NA
 1130778 1130779 PSHAa2028 PSHAa2029 ecfK ecfE FALSE 0.474 97.000 0.026 1.000 Y NA
 1130779 1130780 PSHAa2029 PSHAa2030 ecfE dxr TRUE 0.993 2.000 0.568 1.000 N NA
 1130780 1130781 PSHAa2030 PSHAa2031 dxr cdsA TRUE 0.996 -3.000 0.372 1.000 Y NA
 1130781 1130782 PSHAa2031 PSHAa2032 cdsA ispU TRUE 0.985 21.000 0.400 1.000 Y NA
 1130782 1130783 PSHAa2032 PSHAa2033 ispU frr FALSE 0.447 166.000 0.409 1.000 N NA
 1130783 1130784 PSHAa2033 PSHAa2034 frr pyrH TRUE 0.918 51.000 0.626 1.000 N NA
 1130784 1130785 PSHAa2034 PSHAa2035 pyrH tsf FALSE 0.472 158.000 0.416 1.000 N NA
 1130785 1130786 PSHAa2035 PSHAa2036 tsf rpsB TRUE 0.921 104.000 0.748 1.000 Y NA
 1130787 1130788 PSHAa2037 PSHAa2038 map glnD FALSE 0.280 69.000 0.030 1.000 N NA
 1130788 1130789 PSHAa2038 PSHAa2039 glnD dapD TRUE 0.639 10.000 0.007 1.000 N NA
 1130792 1130793 PSHAa2042 PSHAa2043 phhB phhA TRUE 0.797 40.000 0.203 1.000 N NA
 1130793 1130794 PSHAa2043 PSHAa2044 phhA mdeA FALSE 0.127 239.000 0.020 1.000 Y NA
 1130794 1130795 PSHAa2044 PSHAa2045 mdeA   FALSE 0.101 158.000 0.065 NA   NA
 1130795 1130796 PSHAa2045 PSHAa2046     TRUE 0.996 -3.000 0.791 NA   NA
 1130796 1130797 PSHAa2046 PSHAa2047   pspC TRUE 0.679 64.000 0.190 NA   NA
 1130797 1130798 PSHAa2047 PSHAa2048 pspC pspB TRUE 0.996 -3.000 0.913 NA   NA
 1130798 1130799 PSHAa2048 PSHAa2049 pspB pspA TRUE 0.874 86.000 0.739 NA   NA
 1130800 1130801 PSHAa2050 PSHAa2051 pspF sapA TRUE 0.873 49.000 0.402 1.000 N NA
 1130801 1130802 PSHAa2051 PSHAa2052 sapA sapB TRUE 0.982 0.000 0.118 0.037 N NA
 1130802 1130803 PSHAa2052 PSHAa2053 sapB sapC TRUE 0.989 -13.000 0.118 0.037 Y NA
 1130803 1130804 PSHAa2053 PSHAa2054 sapC sapD TRUE 0.995 1.000 0.272 1.000 Y NA
 1130804 1130805 PSHAa2054 PSHAa2055 sapD sapF TRUE 0.997 0.000 0.239 0.010 Y NA
 1130805 1130806 PSHAa2055 PSHAa2056 sapF   FALSE 0.021 174.000 0.000 NA   NA
 1130807 1130808 PSHAa2057 PSHAa2058   ppiD FALSE 0.015 242.000 0.000 1.000   NA
 1130808 1130809 PSHAa2058 PSHAa2059 ppiD hupB FALSE 0.086 172.000 0.051 1.000   NA
 1130809 1130810 PSHAa2059 PSHAa2060 hupB lon FALSE 0.040 207.000 0.030 1.000 N NA
 1130810 1130811 PSHAa2060 PSHAa2061 lon clpX TRUE 0.669 150.000 0.201 0.086 Y NA
 1130811 1130812 PSHAa2061 PSHAa2062 clpX clpP TRUE 0.743 133.000 0.352 1.000 Y NA
 1130812 1130813 PSHAa2062 PSHAa2063 clpP tig TRUE 0.654 165.000 0.351 1.000 Y NA
 1130813 1130814 PSHAa2063 PSHAatRNA49 tig   FALSE 0.005 457.000 0.000 NA   NA
 1130814 1130815 PSHAatRNA49 PSHAatRNA48     FALSE 0.131 65.000 0.000 NA   NA
 1130815 1130816 PSHAatRNA48 PSHAatRNA47     FALSE 0.489 16.000 0.000 NA   NA
 1130816 1130817 PSHAatRNA47 PSHAatRNA46     FALSE 0.355 24.000 0.000 NA   NA
 1130817 1130818 PSHAatRNA46 PSHAatRNA45     FALSE 0.043 117.000 0.000 NA   NA
 1130821 1130822 PSHAa2066 PSHAa2067 ppiB lpxH FALSE 0.484 113.000 0.237 1.000   NA
 1130825 1130826 PSHAa2070 PSHAa2071 purF cvpA TRUE 0.946 19.000 0.262 1.000   NA
 1130826 1130827 PSHAa2071 PSHAa2072 cvpA dedD FALSE 0.067 280.000 0.116 NA   NA
 1130827 1130828 PSHAa2072 PSHAa2073 dedD folC TRUE 0.677 72.000 0.216 NA   NA
 1130828 1130829 PSHAa2073 PSHAa2074 folC accD TRUE 0.942 26.000 0.383 1.000 N NA
 1130829 1130830 PSHAa2074 PSHAa2075 accD truA FALSE 0.086 155.000 0.044 1.000 N NA
 1130830 1130831 PSHAa2075 PSHAa2076 truA   FALSE 0.051 150.000 0.016 1.000   NA
 1130831 1130832 PSHAa2076 PSHAa2077     FALSE 0.051 105.000 0.000 NA   NA
 1130832 1130833 PSHAa2077 PSHAa2078   asd FALSE 0.198 41.000 0.000 NA   NA
 1130833 1130834 PSHAa2078 PSHAa2079 asd pdxB TRUE 0.917 46.000 0.097 0.008 Y NA
 1130834 1130835 PSHAa2079 PSHAa2080 pdxB fabB FALSE 0.207 110.000 0.069 1.000 N NA
 1130836 1130837 PSHAa2081 PSHAa2082     FALSE 0.105 83.000 0.000 1.000 N NA
 1130841 1130842 PSHAa2086 PSHAa2087     TRUE 0.737 2.000 0.000 NA   NA
 1130843 1130844 PSHAa2088 PSHAa2089     FALSE 0.139 58.000 0.000 NA   NA
 1130844 1130845 PSHAa2089 PSHAa2090     FALSE 0.280 29.000 0.000 NA   NA
 1130845 1130846 PSHAa2090 PSHAa2091   hsdR FALSE 0.104 76.000 0.000 NA   NA
 1130846 1130847 PSHAa2091 PSHAa2092 hsdR   TRUE 0.728 -3.000 0.000 NA   NA
 1130847 1130848 PSHAa2092 PSHAa2093   hsdS TRUE 0.750 0.000 0.000 NA   NA
 1130848 1130849 PSHAa2093 PSHAa2094 hsdS hsdM TRUE 0.995 0.000 0.165 0.042 Y NA
 1130850 1130851 PSHAa2095 PSHAa2096     FALSE 0.016 194.000 0.000 NA   NA
 1130852 1130853 PSHAa2097 PSHAa2098     TRUE 0.728 -3.000 0.000 NA   NA
 1130854 1130855 PSHAa2099 PSHAa2100     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 1130856 1130857 PSHAa2101 PSHAa2102     TRUE 0.750 0.000 0.000 NA   NA
 1130857 1130858 PSHAa2102 PSHAa2103     FALSE 0.005 408.000 0.000 NA   NA
 1130860 1130861 PSHAa2105 PSHAa2106     FALSE 0.064 96.000 0.000 NA   NA
 1130861 1130862 PSHAa2106 PSHAa2107     FALSE 0.005 510.000 0.000 NA   NA
 1130862 1130864 PSHAa2107 PSHAa2108     FALSE 0.034 132.000 0.000 NA   NA
 1130865 1130866 PSHAa2109 PSHAa2110     FALSE 0.051 105.000 0.000 NA   NA
 1130868 1130869 PSHAa2112 PSHAa2113     FALSE 0.004 1340.000 0.000 NA   NA
 1130873 1130874 PSHAa2117 PSHAa2118 tyrP   FALSE 0.033 133.000 0.000 NA   NA
 1130877 1130878 PSHAa2121 PSHAa2122     TRUE 0.991 -10.000 0.375 0.037   NA
 1130878 1130879 PSHAa2122 PSHAa2123     TRUE 0.667 6.000 0.000 NA   NA
 1130879 1130880 PSHAa2123 PSHAa2124     FALSE 0.099 78.000 0.000 NA   NA
 1130880 1130881 PSHAa2124 PSHAa2125     TRUE 0.915 57.000 0.667 NA   NA
 1130881 1130882 PSHAa2125 PSHAa2126     TRUE 0.952 52.000 1.000 NA   NA
 1130882 1130883 PSHAa2126 PSHAa2127     FALSE 0.004 752.000 0.000 NA   NA
 1130884 1130885 PSHAa2128 PSHAa2129   hdhA TRUE 0.633 56.000 0.000 1.000 Y NA
 1130886 1130887 PSHAa2130 PSHAa2131     TRUE 0.981 26.000 0.229 0.004 Y NA
 1130887 1130888 PSHAa2131 PSHAa2132     TRUE 0.648 52.000 0.000 1.000 Y NA
 1130888 1130889 PSHAa2132 PSHAa2133   tesH TRUE 0.974 11.000 0.286 1.000   NA
 1130889 1130890 PSHAa2133 PSHAa2134 tesH   FALSE 0.126 80.000 0.000 1.000   NA
 1130890 1130891 PSHAa2134 PSHAa2135     TRUE 0.967 -3.000 0.143 1.000   NA
 1130892 1130893 PSHAa2136 PSHAa2137     TRUE 0.974 19.000 0.500 1.000   NA
 1130894 1130895 PSHAa2138 PSHAa2139     FALSE 0.008 353.000 0.000 1.000 N NA
 1130896 1130897 PSHAa2140 PSHAa2141 tesA xylJ TRUE 0.980 -3.000 0.222 1.000   NA
 1130897 1130898 PSHAa2141 PSHAa2142 xylJ mhpF TRUE 0.969 25.000 0.250 1.000 Y NA
 1130898 1130899 PSHAa2142 PSHAa2143 mhpF mhpE TRUE 0.968 12.000 0.250 1.000 N NA
 1130899 1130900 PSHAa2143 PSHAa2144 mhpE   TRUE 0.802 87.000 0.500 1.000 N NA
 1130900 1130901 PSHAa2144 PSHAa2145   hsdA FALSE 0.456 50.000 0.057 1.000 N NA
 1130901<