MicrobesOnline Operon Predictions for Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5414066 5414067 CMS_0001 CMS_0002 dnaA dnaN TRUE 0.517 508.000 0.328 1.000 Y NA
 5414069 5414070 CMS_0004 CMS_0005     TRUE 0.609 8.000 0.009 1.000 N NA
 5414070 5414071 CMS_0005 CMS_0006     TRUE 0.961 -3.000 0.099 NA   NA
 5414071 5414072 CMS_0006 CMS_0007     FALSE 0.067 241.000 0.022 NA   NA
 5414072 5414073 CMS_0007 CMS_0008     TRUE 0.895 83.000 0.306 0.003 Y NA
 5414073 5414074 CMS_0008 CMS_0009     TRUE 0.904 -7.000 0.053 NA   NA
 5414074 5414075 CMS_0009 CMS_r021     FALSE 0.183 49.000 0.000 NA   NA
 5414075 5414076 CMS_r021 CMS_r007     FALSE 0.148 84.000 0.000 NA   NA
 5414078 5414079 CMS_0011 CMS_0012 cypB yggP TRUE 0.966 0.000 0.182 1.000   NA
 5414081 5414082 CMS_0014 CMS_0015 srtA   TRUE 0.685 3.000 0.000 NA   NA
 5414082 5414083 CMS_0015 CMS_0016     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414084 5414085 CMS_0017 CMS_0018   pknA TRUE 0.875 135.000 0.368 0.002 Y NA
 5414085 5414086 CMS_0018 CMS_0019 pknA   TRUE 0.978 -3.000 0.162 0.005 N NA
 5414086 5414087 CMS_0019 CMS_0020     TRUE 0.959 -3.000 0.070 1.000 N NA
 5414087 5414088 CMS_0020 CMS_0021     TRUE 0.734 65.000 0.180 1.000 N NA
 5414088 5414089 CMS_0021 CMS_0022     TRUE 0.984 5.000 0.267 NA Y NA
 5414089 5414090 CMS_0022 CMS_0023     TRUE 0.993 -3.000 0.629 NA   NA
 5414091 5414092 CMS_r032 CMS_0024     FALSE 0.110 120.000 0.000 NA   NA
 5414094 5414095 CMS_0026 CMS_0027     TRUE 0.782 14.000 0.000 0.020 Y NA
 5414096 5414097 CMS_0028 CMS_0029     FALSE 0.122 94.000 0.000 NA   NA
 5414098 5414099 CMS_0030 CMS_0031   recQ FALSE 0.135 89.000 0.000 NA   NA
 5414101 5414102 CMS_0033 CMS_0034     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414104 5414105 CMS_0036 CMS_0037     FALSE 0.184 50.000 0.000 NA   NA
 5414106 5414107 CMS_0038 CMS_0039   mscL FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5414107 5414108 CMS_0039 CMS_0040 mscL   TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414108 5414109 CMS_0040 CMS_0041     FALSE 0.113 99.000 0.000 NA   NA
 5414110 5414111 CMS_0042 CMS_0043 galU   FALSE 0.398 58.000 0.024 1.000 N NA
 5414111 5414112 CMS_0043 CMS_0044     FALSE 0.229 99.000 0.037 NA   NA
 5414112 5414113 CMS_0044 CMS_r008     FALSE 0.108 114.000 0.000 NA   NA
 5414113 5414114 CMS_r008 CMS_0045   celB FALSE 0.055 211.000 0.000 NA   NA
 5414114 5414115 CMS_0045 CMS_0047 celB   FALSE 0.160 77.000 0.000 NA   NA
 5414115 5414116 CMS_0047 CMS_0048     FALSE 0.122 94.000 0.000 NA   NA
 5414118 5414119 CMS_0050 CMS_0051     TRUE 0.798 116.000 0.500 1.000 N NA
 5414119 5414120 CMS_0051 CMS_0052     TRUE 0.963 96.000 1.000 0.063 Y NA
 5414120 5414121 CMS_0052 CMS_0053     TRUE 0.995 -3.000 0.333 0.063 Y NA
 5414121 5414122 CMS_0053 CMS_0054   abfA TRUE 0.898 83.000 0.333 1.000 Y NA
 5414122 5414123 CMS_0054 CMS_0055 abfA   FALSE 0.137 165.000 0.000 1.000 N NA
 5414123 5414124 CMS_0055 CMS_0056     TRUE 0.639 37.000 0.000 1.000 Y NA
 5414124 5414125 CMS_0056 CMS_0057     FALSE 0.026 415.000 0.000 1.000   NA
 5414125 5414126 CMS_0057 CMS_0058     FALSE 0.039 273.000 0.000 1.000   NA
 5414126 5414127 CMS_0058 CMS_0059     TRUE 0.997 4.000 0.857 0.063 Y NA
 5414127 5414128 CMS_0059 CMS_0060     TRUE 0.997 -3.000 0.571 0.063 Y NA
 5414128 5414129 CMS_0060 CMS_0061     TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5414129 5414130 CMS_0061 CMS_0062     TRUE 0.833 -3.000 0.000 0.003   NA
 5414130 5414131 CMS_0062 CMS_0063   pip TRUE 0.843 -3.000 0.015 1.000   NA
 5414131 5414132 CMS_0063 CMS_0064 pip   TRUE 0.829 -3.000 0.000 0.030   NA
 5414132 5414133 CMS_0064 CMS_0065     TRUE 0.730 20.000 0.000 1.000 Y NA
 5414133 5414134 CMS_0065 CMS_0066     FALSE 0.253 143.000 0.054 NA   NA
 5414134 5414135 CMS_0066 CMS_0067     TRUE 0.929 -3.000 0.053 NA   NA
 5414135 5414136 CMS_0067 CMS_0068     TRUE 0.891 8.000 0.018 1.000 Y NA
 5414136 5414137 CMS_0068 CMS_0069     FALSE 0.342 27.000 0.000 1.000 N NA
 5414137 5414138 CMS_0069 CMS_0070     FALSE 0.080 227.000 0.000 1.000 N NA
 5414139 5414140 CMS_0071 CMS_0072     FALSE 0.085 165.000 0.000 NA   NA
 5414140 5414141 CMS_0072 CMS_0073     FALSE 0.110 106.000 0.000 NA   NA
 5414141 5414142 CMS_0073 CMS_0074     TRUE 0.782 -6.000 0.000 0.095   NA
 5414142 5414143 CMS_0074 CMS_0075     FALSE 0.179 71.000 0.000 1.000   NA
 5414146 5414147 CMS_0078 CMS_0079     FALSE 0.029 353.000 0.000 NA   NA
 5414147 5414148 CMS_0079 CMS_0080     FALSE 0.030 347.000 0.000 NA   NA
 5414148 5414149 CMS_0080 CMS_0081     TRUE 0.955 0.000 0.000 NA Y NA
 5414149 5414150 CMS_0081 CMS_0082     TRUE 0.987 -3.000 0.333 1.000   NA
 5414150 5414151 CMS_0082 CMS_0083     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5414151 5414152 CMS_0083 CMS_0084     FALSE 0.184 50.000 0.000 NA   NA
 5414152 5414153 CMS_0084 CMS_0086     FALSE 0.111 103.000 0.000 NA   NA
 5414157 5414158 CMS_0090 CMS_0091     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414161 5414162 CMS_r041 CMS_r015     FALSE 0.170 73.000 0.000 NA   NA
 5414162 5414163 CMS_r015 CMS_r016     FALSE 0.192 42.000 0.000 NA   NA
 5414164 5414165 CMS_0094 CMS_0095     TRUE 0.806 2.000 0.000 NA N NA
 5414167 5414168 CMS_0097 CMS_0098     TRUE 0.958 2.000 0.137 0.044 N NA
 5414168 5414169 CMS_0098 CMS_0099     TRUE 0.525 158.000 0.180 1.000 N NA
 5414169 5414170 CMS_0099 CMS_0100     TRUE 0.639 6.000 0.006 1.000 N NA
 5414170 5414171 CMS_0100 CMS_0101     TRUE 0.974 -3.000 0.023 1.000 Y NA
 5414171 5414172 CMS_0101 CMS_0102     TRUE 0.605 5.000 0.000 NA   NA
 5414172 5414173 CMS_0102 CMS_0103     TRUE 0.764 -6.000 0.000 NA   NA
 5414173 5414174 CMS_0103 CMS_0104     TRUE 0.954 -3.000 0.081 NA   NA
 5414174 5414175 CMS_0104 CMS_0105     TRUE 0.647 51.000 0.163 NA   NA
 5414175 5414176 CMS_0105 CMS_0106     TRUE 0.992 -3.000 0.577 NA   NA
 5414176 5414177 CMS_0106 CMS_0107     TRUE 0.939 -3.000 0.062 NA   NA
 5414177 5414178 CMS_0107 CMS_0108     TRUE 0.482 43.000 0.067 NA   NA
 5414178 5414179 CMS_0108 CMS_0109     FALSE 0.158 116.000 0.009 1.000 N NA
 5414179 5414180 CMS_0109 CMS_0110     FALSE 0.337 13.000 0.000 NA   NA
 5414180 5414181 CMS_0110 CMS_0111     FALSE 0.265 22.000 0.000 NA   NA
 5414181 5414182 CMS_0111 CMS_0112     FALSE 0.087 162.000 0.000 NA   NA
 5414182 5414183 CMS_0112 CMS_0113   galE FALSE 0.142 161.000 0.000 1.000 N NA
 5414183 5414184 CMS_0113 CMS_0114 galE   TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5414184 5414185 CMS_0114 CMS_0115     FALSE 0.063 272.000 0.000 1.000 N NA
 5414185 5414186 CMS_0115 CMS_0116     TRUE 0.973 75.000 0.884 0.020 Y NA
 5414188 5414189 CMS_0118 CMS_0119     TRUE 0.571 93.000 0.145 1.000 N NA
 5414191 5414192 CMS_0121 CMS_0122     TRUE 0.932 136.000 0.670 0.063 Y NA
 5414192 5414193 CMS_0122 CMS_0123     TRUE 0.998 -3.000 0.693 0.063 Y NA
 5414193 5414194 CMS_0123 CMS_0124     FALSE 0.064 283.000 0.000 0.074 N NA
 5414195 5414196 CMS_0125 CMS_0126     TRUE 0.931 3.000 0.111 NA   NA
 5414197 5414198 CMS_0127 CMS_0128     TRUE 0.811 50.000 0.087 0.017 Y NA
 5414200 5414201 CMS_0130 CMS_0131   araB FALSE 0.106 188.000 0.000 1.000 N NA
 5414201 5414202 CMS_0131 CMS_0132 araB   TRUE 0.983 -3.000 0.217 1.000 N NA
 5414202 5414203 CMS_0132 CMS_0133   araA TRUE 0.990 -3.000 0.138 1.000 Y NA
 5414203 5414204 CMS_0133 CMS_0134 araA   TRUE 0.673 75.000 0.034 NA Y NA
 5414204 5414205 CMS_0134 CMS_0135     TRUE 0.676 180.000 0.176 NA Y NA
 5414205 5414206 CMS_0135 CMS_0136     TRUE 0.995 6.000 0.800 1.000 Y NA
 5414206 5414207 CMS_0136 CMS_0137     FALSE 0.104 137.000 0.000 NA   NA
 5414210 5414211 CMS_0140 CMS_0141   xylA FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5414212 5414213 CMS_0142 CMS_0143     TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5414214 5414215 CMS_0144 CMS_0145     TRUE 0.463 136.000 0.000 0.070 Y NA
 5414216 5414217 CMS_0146 CMS_0147     FALSE 0.222 86.000 0.000 1.000 N NA
 5414217 5414218 CMS_0147 CMS_0148     FALSE 0.109 110.000 0.000 NA   NA
 5414219 5414220 CMS_0149 CMS_0150     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414220 5414221 CMS_0150 CMS_r044     FALSE 0.058 204.000 0.000 NA   NA
 5414221 5414222 CMS_r044 CMS_0151     FALSE 0.187 46.000 0.000 NA   NA
 5414222 5414223 CMS_0151 CMS_0152     FALSE 0.027 399.000 0.000 1.000   NA
 5414224 5414225 CMS_0153 CMS_0154     TRUE 0.698 55.000 0.185 1.000   NA
 5414225 5414226 CMS_0154 CMS_0155     FALSE 0.036 304.000 0.000 1.000   NA
 5414226 5414227 CMS_0155 CMS_0156     FALSE 0.050 220.000 0.000 NA   NA
 5414227 5414228 CMS_0156 CMS_0157     TRUE 0.993 -3.000 0.600 NA   NA
 5414228 5414229 CMS_0157 CMS_0158     FALSE 0.250 25.000 0.000 1.000   NA
 5414229 5414230 CMS_0158 CMS_0159   recR TRUE 0.920 7.000 0.028 0.009 Y NA
 5414230 5414231 CMS_0159 CMS_0160 recR   FALSE 0.163 113.000 0.010 1.000 N NA
 5414231 5414232 CMS_0160 CMS_0161     TRUE 0.848 62.000 0.119 1.000 Y NA
 5414232 5414233 CMS_0161 CMS_0162     FALSE 0.085 88.000 0.003 1.000   NA
 5414233 5414234 CMS_0162 CMS_0164     FALSE 0.192 53.000 0.000 NA   NA
 5414234 5414235 CMS_0164 CMS_0165     FALSE 0.096 150.000 0.000 NA   NA
 5414235 5414236 CMS_0165 CMS_0166     TRUE 0.817 1.000 0.000 1.000 N NA
 5414236 5414237 CMS_0166 CMS_0167     FALSE 0.045 377.000 0.000 1.000 N NA
 5414237 5414238 CMS_0167 CMS_0168     FALSE 0.028 363.000 0.000 NA   NA
 5414238 5414239 CMS_0168 CMS_0169     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414239 5414240 CMS_0169 CMS_0170     FALSE 0.301 17.000 0.000 NA   NA
 5414240 5414241 CMS_0170 CMS_0171     FALSE 0.033 320.000 0.000 NA   NA
 5414243 5414244 CMS_0173 CMS_0174     FALSE 0.178 126.000 0.000 1.000 N NA
 5414244 5414245 CMS_0174 CMS_0175     FALSE 0.148 155.000 0.000 1.000 N NA
 5414245 5414246 CMS_0175 CMS_0176     FALSE 0.176 71.000 0.000 NA   NA
 5414247 5414248 CMS_r046 CMS_0177     FALSE 0.200 64.000 0.000 NA   NA
 5414248 5414249 CMS_0177 CMS_0178     TRUE 0.758 0.000 0.000 1.000   NA
 5414250 5414251 CMS_0179 CMS_0180     TRUE 0.944 0.000 0.094 NA   NA
 5414253 5414254 CMS_0182 CMS_0183     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414254 5414255 CMS_0183 CMS_0184     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414255 5414256 CMS_0184 CMS_0185     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414256 5414257 CMS_0185 CMS_0186     TRUE 0.745 -10.000 0.000 NA   NA
 5414257 5414258 CMS_0186 CMS_0187     FALSE 0.054 214.000 0.000 NA   NA
 5414258 5414259 CMS_0187 CMS_0188     TRUE 0.896 -3.000 0.015 1.000 N NA
 5414259 5414260 CMS_0188 CMS_0189     TRUE 0.936 -3.000 0.037 1.000 N NA
 5414260 5414261 CMS_0189 CMS_0190     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414261 5414262 CMS_0190 CMS_r031     FALSE 0.108 115.000 0.000 NA   NA
 5414262 5414263 CMS_r031 CMS_0191     FALSE 0.035 287.000 0.000 NA   NA
 5414263 5414264 CMS_0191 CMS_0192     FALSE 0.297 65.000 0.000 1.000 N NA
 5414264 5414265 CMS_0192 CMS_0193     FALSE 0.250 80.000 0.000 0.078 N NA
 5414265 5414266 CMS_0193 CMS_0194     TRUE 0.840 0.000 0.000 1.000 N NA
 5414266 5414267 CMS_0194 CMS_0195     FALSE 0.110 120.000 0.000 NA   NA
 5414269 5414270 CMS_0197 CMS_0198     TRUE 0.995 -3.000 0.313 1.000 Y NA
 5414270 5414271 CMS_0198 CMS_0199     TRUE 0.984 -3.000 0.255 0.006   NA
 5414273 5414274 CMS_0201 CMS_0202     TRUE 0.568 6.000 0.000 NA   NA
 5414277 5414278 CMS_0205 CMS_0206     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5414280 5414281 CMS_0208 CMS_0209     FALSE 0.109 165.000 0.015 0.059   NA
 5414283 5414284 CMS_0211 CMS_0212     FALSE 0.112 128.000 0.000 NA   NA
 5414284 5414285 CMS_0212 CMS_0213     FALSE 0.100 142.000 0.000 NA   NA
 5414285 5414286 CMS_0213 CMS_0214     TRUE 0.476 9.000 0.000 1.000   NA
 5414287 5414288 CMS_0215 CMS_0216     TRUE 0.742 -12.000 0.000 NA   NA
 5414289 5414290 CMS_0217 CMS_0218     FALSE 0.030 343.000 0.000 NA   NA
 5414290 5414291 CMS_0218 CMS_0219     FALSE 0.253 24.000 0.000 NA   NA
 5414291 5414292 CMS_0219 CMS_0220     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5414295 5414296 CMS_0223 CMS_0224     FALSE 0.096 150.000 0.000 NA   NA
 5414297 5414298 CMS_0225 CMS_0226     FALSE 0.060 197.000 0.000 NA   NA
 5414298 5414299 CMS_0226 CMS_0227     FALSE 0.041 258.000 0.000 NA   NA
 5414299 5414300 CMS_0227 CMS_0228     FALSE 0.182 69.000 0.000 NA   NA
 5414300 5414301 CMS_0228 CMS_0229     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414301 5414302 CMS_0229 CMS_0230     TRUE 0.948 -3.000 0.071 NA   NA
 5414303 5414304 CMS_0231 CMS_0232     FALSE 0.076 172.000 0.000 NA   NA
 5414304 5414305 CMS_0232 CMS_0233   pyrE FALSE 0.288 67.000 0.000 1.000 N NA
 5414305 5414306 CMS_0233 CMS_0234 pyrE   TRUE 0.685 0.000 0.006 NA   NA
 5414306 5414307 CMS_0234 CMS_0235     FALSE 0.112 125.000 0.000 NA   NA
 5414307 5414308 CMS_0235 CMS_0236     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414308 5414309 CMS_0236 CMS_0237     FALSE 0.170 73.000 0.000 NA   NA
 5414309 5414310 CMS_0237 CMS_0238     FALSE 0.204 58.000 0.000 NA   NA
 5414314 5414315 CMS_0242 CMS_0243     FALSE 0.135 89.000 0.000 NA   NA
 5414317 5414318 CMS_0245 CMS_0246     FALSE 0.094 153.000 0.000 NA   NA
 5414318 5414319 CMS_0246 CMS_0247     FALSE 0.157 79.000 0.000 NA   NA
 5414321 5414322 CMS_0249 CMS_0250     TRUE 0.995 -3.000 0.667 1.000 N NA
 5414322 5414323 CMS_0250 CMS_0251     FALSE 0.100 142.000 0.000 NA   NA
 5414323 5414324 CMS_0251 CMS_0252     FALSE 0.176 71.000 0.000 NA   NA
 5414324 5414325 CMS_0252 CMS_0253     TRUE 0.733 0.000 0.010 NA   NA
 5414325 5414326 CMS_0253 CMS_0254     TRUE 0.958 -3.000 0.089 NA   NA
 5414326 5414327 CMS_0254 CMS_0255     FALSE 0.189 45.000 0.000 NA   NA
 5414327 5414328 CMS_0255 CMS_0256     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414329 5414330 CMS_0257 CMS_0258     FALSE 0.044 246.000 0.000 NA   NA
 5414330 5414331 CMS_0258 CMS_0261     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414331 5414332 CMS_0261 CMS_0262     FALSE 0.036 285.000 0.000 NA   NA
 5414334 5414335 CMS_0264 CMS_0265     FALSE 0.091 209.000 0.000 NA N NA
 5414335 5414336 CMS_0265 CMS_0266     FALSE 0.102 140.000 0.000 NA   NA
 5414336 5414337 CMS_0266 CMS_0267     FALSE 0.194 66.000 0.000 NA   NA
 5414337 5414338 CMS_0267 CMS_0268     FALSE 0.103 141.000 0.000 1.000   NA
 5414339 5414340 CMS_0269 CMS_0270 rpoB rpoC TRUE 0.975 49.000 0.851 0.001 Y NA
 5414340 5414341 CMS_0270 CMS_0271 rpoC   FALSE 0.180 70.000 0.000 NA   NA
 5414341 5414342 CMS_0271 CMS_0272     FALSE 0.176 71.000 0.000 NA   NA
 5414342 5414343 CMS_0272 CMS_0273     TRUE 0.955 45.000 0.594 0.061 Y NA
 5414343 5414344 CMS_0273 CMS_0274     TRUE 0.898 131.000 0.481 1.000 Y NA
 5414344 5414345 CMS_0274 CMS_0275     FALSE 0.168 74.000 0.000 NA   NA
 5414345 5414346 CMS_0275 CMS_0276     FALSE 0.191 44.000 0.000 NA   NA
 5414346 5414347 CMS_0276 CMS_0277     FALSE 0.039 265.000 0.000 NA   NA
 5414347 5414348 CMS_0277 CMS_0278     TRUE 0.997 0.000 0.620 0.004 Y NA
 5414348 5414349 CMS_0278 CMS_0279     TRUE 0.951 48.000 0.579 1.000 Y NA
 5414349 5414350 CMS_0279 CMS_0280     TRUE 0.885 115.000 0.400 0.001 Y NA
 5414350 5414351 CMS_0280 CMS_0281     FALSE 0.154 150.000 0.000 1.000 N NA
 5414351 5414352 CMS_0281 CMS_0282     FALSE 0.040 440.000 0.000 1.000 N NA
 5414352 5414353 CMS_0282 CMS_0283     TRUE 0.985 9.000 0.467 0.026 Y NA
 5414353 5414354 CMS_0283 CMS_0284     TRUE 0.992 3.000 0.361 0.019 Y NA
 5414354 5414355 CMS_0284 CMS_0285   rplW TRUE 0.997 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 5414355 5414356 CMS_0285 CMS_0286 rplW   TRUE 0.983 23.000 0.849 1.000 Y NA
 5414356 5414357 CMS_0286 CMS_0287     TRUE 0.988 13.000 0.820 0.026 Y NA
 5414357 5414358 CMS_0287 CMS_0288     TRUE 0.977 26.000 0.769 0.026 Y NA
 5414358 5414359 CMS_0288 CMS_0289     TRUE 0.997 0.000 0.719 0.026 Y NA
 5414359 5414360 CMS_0289 CMS_0290     TRUE 0.997 3.000 0.828 0.026 Y NA
 5414360 5414361 CMS_0290 CMS_0291   rpmC TRUE 0.998 0.000 0.802 0.019 Y NA
 5414361 5414362 CMS_0291 CMS_0292 rpmC   TRUE 0.999 -3.000 0.828 0.019 Y NA
 5414362 5414363 CMS_0292 CMS_0293     TRUE 0.988 11.000 0.791 0.026 Y NA
 5414363 5414364 CMS_0293 CMS_0294     TRUE 0.997 3.000 0.810 0.026 Y NA
 5414364 5414365 CMS_0294 CMS_0295     TRUE 0.997 3.000 0.758 0.019 Y NA
 5414365 5414366 CMS_0295 CMS_0296     TRUE 0.562 166.000 0.059 0.019 Y NA
 5414366 5414367 CMS_0296 CMS_0297     TRUE 0.996 5.000 0.808 0.019 Y NA
 5414367 5414368 CMS_0297 CMS_0298     TRUE 0.998 -3.000 0.815 0.019 Y NA
 5414368 5414369 CMS_0298 CMS_0299     TRUE 0.973 42.000 0.814 0.026 Y NA
 5414369 5414370 CMS_0299 CMS_0300     TRUE 0.998 0.000 0.789 0.026 Y NA
 5414370 5414371 CMS_0300 CMS_0301   rplO TRUE 0.966 33.000 0.653 0.003 Y NA
 5414371 5414372 CMS_0301 CMS_0302 rplO   TRUE 0.872 126.000 0.730 1.000 N NA
 5414372 5414373 CMS_0302 CMS_0303     TRUE 0.951 -3.000 0.057 1.000 N NA
 5414373 5414374 CMS_0303 CMS_0304     TRUE 0.984 5.000 0.606 1.000 N NA
 5414376 5414377 CMS_0306 CMS_0307   ptsH TRUE 0.473 112.000 0.000 0.007 Y NA
 5414377 5414378 CMS_0307 CMS_0308 ptsH ptsI TRUE 0.919 63.000 0.286 0.007 Y NA
 5414378 5414379 CMS_0308 CMS_0309 ptsI mtlA TRUE 0.504 130.000 0.016 0.007 Y NA
 5414379 5414380 CMS_0309 CMS_0310 mtlA mtlF TRUE 0.537 110.000 0.025 0.004 Y NA
 5414380 5414381 CMS_0310 CMS_0311 mtlF mtlD TRUE 0.972 -3.000 0.019 1.000 Y NA
 5414381 5414382 CMS_0311 CMS_0312 mtlD infA FALSE 0.069 253.000 0.000 1.000 N NA
 5414382 5414383 CMS_0312 CMS_0313 infA   TRUE 0.734 73.000 0.257 1.000   NA
 5414383 5414384 CMS_0313 CMS_0314     TRUE 0.510 156.000 0.194 0.019   NA
 5414384 5414385 CMS_0314 CMS_0315     TRUE 0.972 46.000 0.810 0.019 Y NA
 5414385 5414386 CMS_0315 CMS_0316     TRUE 0.649 162.000 0.308 1.000 N NA
 5414386 5414387 CMS_0316 CMS_0317     TRUE 0.947 53.000 0.873 1.000 N NA
 5414387 5414388 CMS_0317 CMS_0318     FALSE 0.113 120.000 0.000 1.000   NA
 5414388 5414389 CMS_0318 CMS_0319     FALSE 0.227 30.000 0.000 1.000   NA
 5414389 5414390 CMS_0319 CMS_0320     TRUE 0.715 79.000 0.058 1.000 Y NA
 5414390 5414391 CMS_0320 CMS_0321     TRUE 0.956 51.000 0.601 0.019 Y NA
 5414391 5414392 CMS_0321 CMS_0322     TRUE 0.644 24.000 0.068 1.000 N NA
 5414394 5414395 CMS_0324 CMS_0325     FALSE 0.191 67.000 0.000 NA   NA
 5414396 5414397 CMS_0326 CMS_0327     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5414397 5414398 CMS_0327 CMS_0328     FALSE 0.111 129.000 0.000 NA   NA
 5414398 5414399 CMS_0328 CMS_0329     FALSE 0.022 498.000 0.000 1.000   NA
 5414399 5414400 CMS_0329 CMS_0330     FALSE 0.120 95.000 0.000 NA   NA
 5414400 5414401 CMS_0330 CMS_0331     FALSE 0.065 187.000 0.000 NA   NA
 5414402 5414403 CMS_0332 CMS_0333     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414403 5414404 CMS_0333 CMS_0334     FALSE 0.051 219.000 0.000 NA   NA
 5414404 5414405 CMS_0334 CMS_0335     FALSE 0.223 31.000 0.000 1.000   NA
 5414405 5414406 CMS_0335 CMS_0336     TRUE 0.997 -3.000 0.577 1.000 Y NA
 5414406 5414407 CMS_0336 CMS_0337     TRUE 0.967 15.000 0.448 1.000 Y NA
 5414407 5414408 CMS_0337 CMS_0338     FALSE 0.032 999.000 0.000 1.000 N NA
 5414408 5414409 CMS_0338 CMS_0339     TRUE 0.969 -3.000 0.000 0.019 Y NA
 5414411 5414412 CMS_0341 CMS_0342     FALSE 0.183 49.000 0.000 NA   NA
 5414413 5414414 CMS_0343 CMS_0344     FALSE 0.215 32.000 0.000 NA   NA
 5414414 5414415 CMS_0344 CMS_0345     FALSE 0.187 46.000 0.000 NA   NA
 5414419 5414420 CMS_0349 CMS_0350     FALSE 0.030 349.000 0.000 NA   NA
 5414421 5414422 CMS_0351 CMS_0352     TRUE 0.794 12.000 0.000 1.000 Y NA
 5414422 5414423 CMS_0352 CMS_0353     TRUE 0.536 87.000 0.000 1.000 Y NA
 5414423 5414424 CMS_0353 CMS_0354     FALSE 0.162 78.000 0.000 1.000   NA
 5414426 5414427 CMS_0356 CMS_0357     FALSE 0.122 95.000 0.000 1.000   NA
 5414427 5414428 CMS_0357 CMS_0358     TRUE 0.993 -7.000 0.750 1.000   NA
 5414429 5414430 CMS_0359 CMS_0360     FALSE 0.112 100.000 0.000 NA   NA
 5414431 5414432 CMS_0361 CMS_0362     TRUE 0.991 -3.000 0.500 NA   NA
 5414432 5414433 CMS_0362 CMS_0363     TRUE 0.671 55.000 0.167 NA   NA
 5414433 5414434 CMS_0363 CMS_0364     TRUE 0.867 52.000 0.171 0.060 Y NA
 5414434 5414435 CMS_0364 CMS_0365     TRUE 0.992 -3.000 0.171 0.060 Y NA
 5414436 5414437 CMS_0366 CMS_0367     TRUE 0.985 3.000 0.556 NA   NA
 5414437 5414438 CMS_0367 CMS_0368     FALSE 0.424 10.000 0.000 NA   NA
 5414438 5414439 CMS_0368 CMS_0369     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5414439 5414440 CMS_0369 CMS_0370     FALSE 0.094 153.000 0.000 NA   NA
 5414442 5414443 CMS_0372 CMS_0373     FALSE 0.024 431.000 0.000 NA   NA
 5414443 5414444 CMS_0373 CMS_0374     TRUE 0.990 -7.000 0.200 0.060 Y NA
 5414444 5414445 CMS_0374 CMS_0375     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414446 5414447 CMS_0376 CMS_0377     TRUE 0.806 2.000 0.000 NA N NA
 5414447 5414448 CMS_0377 CMS_0378     TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 5414448 5414449 CMS_0378 CMS_0379     FALSE 0.327 189.000 0.000 1.000 Y NA
 5414449 5414450 CMS_0379 CMS_0380     FALSE 0.032 327.000 0.000 NA   NA
 5414450 5414451 CMS_0380 CMS_0381     FALSE 0.130 91.000 0.000 NA   NA
 5414452 5414453 CMS_0382 CMS_0383     FALSE 0.054 214.000 0.000 NA   NA
 5414453 5414454 CMS_0383 CMS_0384     FALSE 0.110 107.000 0.000 NA   NA
 5414454 5414455 CMS_0384 CMS_0385     TRUE 0.931 9.000 0.295 NA   NA
 5414455 5414456 CMS_0385 CMS_0386     FALSE 0.108 112.000 0.000 NA   NA
 5414456 5414457 CMS_0386 CMS_0387     FALSE 0.155 80.000 0.000 NA   NA
 5414459 5414460 CMS_0389 CMS_0390     FALSE 0.176 71.000 0.000 NA   NA
 5414461 5414462 CMS_0391 CMS_0392     FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5414468 5414469 CMS_0398 CMS_0399     FALSE 0.298 18.000 0.000 1.000   NA
 5414470 5414471 CMS_0400 CMS_0401     FALSE 0.175 125.000 0.000 NA N NA
 5414475 5414476 CMS_0405 CMS_0406     TRUE 0.845 28.000 0.352 1.000   NA
 5414478 5414479 CMS_0408 CMS_0410     FALSE 0.073 179.000 0.000 1.000   NA
 5414479 5414480 CMS_0410 CMS_0411     FALSE 0.044 239.000 0.000 NA   NA
 5414480 5414481 CMS_0411 CMS_0412     FALSE 0.195 54.000 0.000 NA   NA
 5414482 5414483 CMS_0413 CMS_0414     TRUE 0.736 -16.000 0.000 NA   NA
 5414483 5414484 CMS_0414 CMS_0415     FALSE 0.108 114.000 0.000 NA   NA
 5414485 5414486 CMS_0416 CMS_0417     TRUE 0.973 -3.000 0.167 NA   NA
 5414486 5414487 CMS_0417 CMS_0418     FALSE 0.198 55.000 0.000 NA   NA
 5414487 5414488 CMS_0418 CMS_0419     FALSE 0.386 11.000 0.000 1.000   NA
 5414488 5414489 CMS_0419 CMS_0420     FALSE 0.295 47.000 0.000 0.039 N NA
 5414489 5414490 CMS_0420 CMS_0421     FALSE 0.160 79.000 0.000 1.000   NA
 5414494 5414495 CMS_0425 CMS_0426   pgm FALSE 0.150 83.000 0.000 NA   NA
 5414498 5414499 CMS_0429 CMS_0430     TRUE 0.956 -3.000 0.084 1.000   NA
 5414499 5414500 CMS_0430 CMS_r037     FALSE 0.087 162.000 0.000 NA   NA
 5414500 5414501 CMS_r037 CMS_0431     FALSE 0.301 17.000 0.000 NA   NA
 5414501 5414502 CMS_0431 CMS_r038     FALSE 0.025 421.000 0.000 NA   NA
 5414502 5414503 CMS_r038 CMS_0432     FALSE 0.197 65.000 0.000 NA   NA
 5414503 5414504 CMS_0432 CMS_0433     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5414504 5414505 CMS_0433 CMS_0434     FALSE 0.164 77.000 0.000 1.000   NA
 5414505 5414506 CMS_0434 CMS_0435     FALSE 0.076 172.000 0.000 NA   NA
 5414506 5414507 CMS_0435 CMS_0436     TRUE 0.945 18.000 0.688 NA   NA
 5414507 5414508 CMS_0436 CMS_0437     FALSE 0.127 92.000 0.000 NA   NA
 5414511 5414512 CMS_0439 CMS_0440     TRUE 0.727 -87.000 0.000 NA   NA
 5414512 5414513 CMS_0440 CMS_0441     TRUE 0.995 -3.000 0.692 NA   NA
 5414514 5414515 CMS_0442 CMS_0443     FALSE 0.111 104.000 0.000 NA   NA
 5414515 5414516 CMS_0443 CMS_0444     FALSE 0.109 110.000 0.000 NA   NA
 5414516 5414517 CMS_0444 CMS_0445     FALSE 0.108 113.000 0.000 NA   NA
 5414519 5414520 CMS_0447 CMS_0448     FALSE 0.095 204.000 0.000 1.000 N NA
 5414525 5414526 CMS_0453 CMS_0454     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5414526 5414527 CMS_0454 CMS_0455     FALSE 0.106 136.000 0.000 NA   NA
 5414527 5414528 CMS_0455 CMS_0456     FALSE 0.233 27.000 0.000 NA   NA
 5414528 5414529 CMS_0456 CMS_0457     FALSE 0.191 43.000 0.000 NA   NA
 5414529 5414530 CMS_0457 CMS_0458     FALSE 0.107 187.000 0.000 1.000 N NA
 5414530 5414531 CMS_0458 CMS_0459     TRUE 0.997 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5414531 5414532 CMS_0459 CMS_0460     FALSE 0.105 172.000 0.006 0.085 N NA
 5414532 5414533 CMS_0460 CMS_0461   kdpB TRUE 0.980 33.000 0.877 0.001 Y NA
 5414533 5414534 CMS_0461 CMS_0462 kdpB   TRUE 0.990 -3.000 0.124 0.001 Y NA
 5414534 5414535 CMS_0462 CMS_0463     FALSE 0.112 101.000 0.000 NA   NA
 5414535 5414536 CMS_0463 CMS_0464     FALSE 0.111 104.000 0.000 NA   NA
 5414536 5414537 CMS_0464 CMS_0465     FALSE 0.120 95.000 0.000 NA   NA
 5414537 5414538 CMS_0465 CMS_0466     TRUE 0.756 -7.000 0.000 NA   NA
 5414538 5414539 CMS_0466 CMS_0467     FALSE 0.162 78.000 0.000 1.000   NA
 5414539 5414540 CMS_0467 CMS_0468     TRUE 0.512 8.000 0.000 1.000   NA
 5414541 5414542 CMS_0469 CMS_0470     TRUE 0.851 51.000 0.474 NA   NA
 5414544 5414545 CMS_0472 CMS_r039     FALSE 0.204 58.000 0.000 NA   NA
 5414546 5414547 CMS_0473 CMS_0474     TRUE 0.991 -3.000 0.143 0.019 Y NA
 5414548 5414549 CMS_0475 CMS_0476     TRUE 0.979 -3.000 0.174 1.000 N NA
 5414550 5414551 CMS_0477 CMS_0478     FALSE 0.112 100.000 0.000 NA   NA
 5414551 5414552 CMS_0478 CMS_0479     TRUE 0.947 -16.000 0.118 NA   NA
 5414552 5414553 CMS_0479 CMS_0480     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414553 5414554 CMS_0480 CMS_0481     TRUE 0.711 2.000 0.000 NA   NA
 5414554 5414555 CMS_0481 CMS_0482     FALSE 0.145 85.000 0.000 NA   NA
 5414555 5414556 CMS_0482 CMS_0483     FALSE 0.111 105.000 0.000 NA   NA
 5414558 5414559 CMS_0485 CMS_0486     FALSE 0.041 257.000 0.000 NA   NA
 5414560 5414561 CMS_0487 CMS_0488     TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5414561 5414562 CMS_0488 CMS_0489     FALSE 0.019 783.000 0.000 NA   NA
 5414562 5414563 CMS_0489 CMS_0490     FALSE 0.122 94.000 0.000 NA   NA
 5414564 5414565 CMS_0491 CMS_0492     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414565 5414566 CMS_0492 CMS_0493     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414567 5414568 CMS_0494 CMS_0495     FALSE 0.204 37.000 0.000 1.000   NA
 5414568 5414569 CMS_0495 CMS_0496     FALSE 0.082 167.000 0.000 NA   NA
 5414569 5414570 CMS_0496 CMS_0497     TRUE 0.685 3.000 0.000 NA   NA
 5414570 5414571 CMS_0497 CMS_0498     FALSE 0.035 289.000 0.000 NA   NA
 5414571 5414572 CMS_0498 CMS_0499     FALSE 0.054 214.000 0.000 NA   NA
 5414572 5414573 CMS_0499 CMS_0500     FALSE 0.192 53.000 0.000 NA   NA
 5414574 5414575 CMS_0501 CMS_0502     TRUE 0.998 -3.000 0.611 0.018 Y NA
 5414575 5414576 CMS_0502 CMS_0503     FALSE 0.076 172.000 0.000 NA   NA
 5414576 5414577 CMS_0503 CMS_0504     FALSE 0.127 92.000 0.000 NA   NA
 5414579 5414580 CMS_0506 CMS_0508     FALSE 0.154 81.000 0.000 NA   NA
 5414580 5414581 CMS_0508 CMS_0509     TRUE 0.620 45.000 0.000 NA Y NA
 5414581 5414582 CMS_0509 CMS_0510     FALSE 0.215 32.000 0.000 NA   NA
 5414582 5414583 CMS_0510 CMS_0511     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5414584 5414585 CMS_0512 CMS_0513   cysE TRUE 0.994 3.000 0.483 0.001 Y NA
 5414585 5414586 CMS_0513 CMS_0514 cysE spoU TRUE 0.840 0.000 0.000 1.000 N NA
 5414586 5414587 CMS_0514 CMS_0515 spoU   FALSE 0.112 101.000 0.000 NA   NA
 5414588 5414589 CMS_0516 CMS_0517   coaA FALSE 0.065 190.000 0.000 1.000   NA
 5414590 5414591 CMS_0518 CMS_0519 glmS acpS TRUE 0.708 11.000 0.048 1.000 N NA
 5414591 5414592 CMS_0519 CMS_0520 acpS alr TRUE 0.907 -3.000 0.021 1.000 N NA
 5414592 5414593 CMS_0520 CMS_0521 alr alr* TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 5414593 5414594 CMS_0521 CMS_0522 alr*   TRUE 0.468 10.000 0.003 1.000 N NA
 5414594 5414595 CMS_0522 CMS_0523     TRUE 0.970 -3.000 0.012 0.001 Y NA
 5414595 5414596 CMS_0523 CMS_0524     FALSE 0.054 105.000 0.002 NA   NA
 5414598 5414599 CMS_0526 CMS_0527     FALSE 0.111 133.000 0.000 1.000   NA
 5414599 5414600 CMS_0527 CMS_0528     FALSE 0.071 179.000 0.000 NA   NA
 5414601 5414602 CMS_0529 CMS_0530     TRUE 0.944 78.000 0.582 0.025 Y NA
 5414602 5414603 CMS_0530 CMS_0531     TRUE 0.994 -7.000 0.361 1.000 Y NA
 5414603 5414604 CMS_0531 CMS_0532     TRUE 0.990 7.000 0.528 0.058 Y NA
 5414605 5414606 CMS_0533 CMS_0534     FALSE 0.081 168.000 0.000 NA   NA
 5414606 5414607 CMS_0534 CMS_0535     TRUE 0.756 -7.000 0.000 NA   NA
 5414607 5414608 CMS_0535 CMS_0536     FALSE 0.177 102.000 0.000 1.000 N NA
 5414608 5414609 CMS_0536 CMS_0537     TRUE 0.987 4.000 0.286 1.000 Y NA
 5414609 5414610 CMS_0537 CMS_0538     TRUE 0.915 0.000 0.061 NA   NA
 5414610 5414611 CMS_0538 CMS_0539     TRUE 0.881 10.000 0.198 NA   NA
 5414611 5414612 CMS_0539 CMS_0540     TRUE 0.818 -3.000 0.013 NA   NA
 5414615 5414616 CMS_0543 CMS_0544     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5414617 5414618 CMS_0544A CMS_0545     FALSE 0.380 11.000 0.000 NA   NA
 5414618 5414619 CMS_0545 CMS_0546     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414619 5414620 CMS_0546 CMS_0547     FALSE 0.205 59.000 0.000 NA   NA
 5414620 5414621 CMS_0547 CMS_0548     TRUE 0.761 -7.000 0.000 1.000   NA
 5414621 5414622 CMS_0548 CMS_0549     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414622 5414623 CMS_0549 CMS_0550     FALSE 0.111 122.000 0.000 NA   NA
 5414623 5414624 CMS_0550 CMS_0551     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414624 5414625 CMS_0551 CMS_0552     FALSE 0.202 63.000 0.000 NA   NA
 5414625 5414626 CMS_0552 CMS_0553     FALSE 0.232 83.000 0.000 1.000 N NA
 5414626 5414627 CMS_0553 CMS_0554     TRUE 0.671 102.000 0.074 1.000 Y NA
 5414627 5414628 CMS_0554 CMS_0555     TRUE 0.711 2.000 0.000 NA   NA
 5414628 5414629 CMS_0555 CMS_0556     FALSE 0.189 52.000 0.000 NA   NA
 5414629 5414630 CMS_0556 CMS_0557     FALSE 0.097 103.000 0.009 NA   NA
 5414630 5414631 CMS_0557 CMS_0558     FALSE 0.110 118.000 0.000 NA   NA
 5414631 5414632 CMS_0558 CMS_0559     FALSE 0.108 113.000 0.000 NA   NA
 5414633 5414634 CMS_0560 CMS_0561     FALSE 0.193 52.000 0.000 1.000   NA
 5414635 5414636 CMS_0562 CMS_0563     FALSE 0.248 66.000 0.019 NA   NA
 5414636 5414637 CMS_0563 CMS_0564     FALSE 0.065 187.000 0.000 NA   NA
 5414637 5414638 CMS_0564 CMS_0565     FALSE 0.205 59.000 0.000 NA   NA
 5414639 5414640 CMS_0566 CMS_0567     TRUE 0.963 21.000 1.000 NA   NA
 5414640 5414641 CMS_0567 CMS_0568     FALSE 0.020 565.000 0.000 NA   NA
 5414645 5414646 CMS_0571 CMS_0572     FALSE 0.039 264.000 0.000 NA   NA
 5414648 5414649 CMS_0574 CMS_0575     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414651 5414652 CMS_0577 CMS_0578     FALSE 0.155 80.000 0.000 NA   NA
 5414652 5414653 CMS_0578 CMS_0579     FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5414653 5414654 CMS_0579 CMS_0580     TRUE 0.813 11.000 0.000 1.000 Y NA
 5414655 5414656 CMS_0581 CMS_0582     TRUE 0.991 -3.000 0.370 0.001 N NA
 5414656 5414657 CMS_0582 CMS_0583     FALSE 0.274 21.000 0.000 1.000   NA
 5414657 5414658 CMS_0583 CMS_0584     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5414659 5414660 CMS_0585 CMS_0586     TRUE 0.981 -3.000 0.187 1.000 N NA
 5414661 5414662 CMS_0587 CMS_0588     FALSE 0.193 41.000 0.000 NA   NA
 5414667 5414668 CMS_0593 CMS_0594     FALSE 0.054 213.000 0.000 NA   NA
 5414668 5414669 CMS_0594 CMS_0595     FALSE 0.099 144.000 0.000 NA   NA
 5414671 5414672 CMS_0597 CMS_0598     FALSE 0.039 311.000 0.000 0.001   NA
 5414672 5414673 CMS_0598 CMS_0599     FALSE 0.045 246.000 0.000 1.000   NA
 5414676 5414677 CMS_0602 CMS_0603     TRUE 0.992 -3.000 0.182 0.004 Y NA
 5414678 5414679 CMS_0604 CMS_0605     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414679 5414680 CMS_0605 CMS_0606     FALSE 0.268 71.000 0.000 1.000 N NA
 5414680 5414681 CMS_0606 CMS_0607   punA TRUE 0.985 -3.000 0.235 1.000 N NA
 5414686 5414687 CMS_0612 CMS_0613     FALSE 0.282 45.000 0.000 NA N NA
 5414687 5414688 CMS_0613 CMS_0615     TRUE 0.745 -10.000 0.000 NA   NA
 5414691 5414692 CMS_0617 CMS_0618     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414693 5414694 CMS_0619 CMS_0620 birA   TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 5414696 5414697 CMS_0622 CMS_0623     TRUE 0.787 91.000 0.141 0.001 Y NA
 5414697 5414698 CMS_0623 CMS_0624     FALSE 0.215 75.000 0.007 NA N NA
 5414699 5414700 CMS_0625 CMS_0626     TRUE 0.507 92.000 0.000 1.000 Y NA
 5414700 5414701 CMS_0626 CMS_0627     TRUE 0.963 26.000 0.548 1.000 Y NA
 5414701 5414702 CMS_0627 CMS_0628     TRUE 0.487 96.000 0.000 1.000 Y NA
 5414702 5414703 CMS_0628 CMS_0629     TRUE 0.988 -3.000 0.083 0.007 Y NA
 5414704 5414705 CMS_0630 CMS_0631     FALSE 0.243 26.000 0.000 1.000   NA
 5414705 5414706 CMS_0631 CMS_0632     TRUE 0.983 4.000 0.200 1.000 Y NA
 5414708 5414709 CMS_0634 CMS_0635   TTHA0885 TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414710 5414711 CMS_0636 CMS_0637     FALSE 0.127 92.000 0.000 NA   NA
 5414712 5414713 CMS_0638 CMS_0639   glf TRUE 0.617 68.000 0.012 NA Y NA
 5414713 5414714 CMS_0639 CMS_0640 glf   TRUE 0.948 0.000 0.105 NA   NA
 5414714 5414715 CMS_0640 CMS_0641     FALSE 0.157 79.000 0.000 NA   NA
 5414715 5414716 CMS_0641 CMS_0642     FALSE 0.103 138.000 0.000 NA   NA
 5414717 5414718 CMS_0642A CMS_0642B     TRUE 0.960 49.000 0.667 NA Y NA
 5414718 5414719 CMS_0642B CMS_0642C     FALSE 0.190 94.000 0.000 NA N NA
 5414720 5414721 CMS_0643 CMS_0644 manA   FALSE 0.208 35.000 0.000 1.000   NA
 5414723 5414724 CMS_0646 CMS_0647     TRUE 0.480 94.000 0.125 NA   NA
 5414724 5414725 CMS_0647 CMS_0648     TRUE 0.990 -13.000 0.606 NA   NA
 5414727 5414728 CMS_0650 CMS_0651   manB TRUE 0.864 33.000 0.460 NA   NA
 5414728 5414729 CMS_0651 CMS_0652 manB   FALSE 0.108 134.000 0.000 NA   NA
 5414729 5414730 CMS_0652 CMS_0653     FALSE 0.189 45.000 0.000 NA   NA
 5414730 5414731 CMS_0653 CMS_0654     TRUE 0.948 2.000 0.000 0.002 Y NA
 5414731 5414732 CMS_0654 CMS_0655     FALSE 0.303 63.000 0.000 1.000 N NA
 5414734 5414735 CMS_0659 CMS_0660     TRUE 0.995 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 5414737 5414738 CMS_0662 CMS_0663     FALSE 0.314 15.000 0.000 NA   NA
 5414738 5414739 CMS_0663 CMS_0664     FALSE 0.108 112.000 0.000 NA   NA
 5414739 5414740 CMS_0664 CMS_0665     TRUE 0.985 -3.000 0.302 NA   NA
 5414740 5414741 CMS_0665 CMS_0666     TRUE 0.996 -3.000 0.841 NA   NA
 5414741 5414742 CMS_0666 CMS_0667     TRUE 0.993 -3.000 0.628 NA   NA
 5414743 5414744 CMS_0668 CMS_0669     TRUE 0.981 20.000 0.772 1.000 Y NA
 5414744 5414745 CMS_0669 CMS_0670     TRUE 0.727 119.000 0.418 NA   NA
 5414745 5414746 CMS_0670 CMS_0671     TRUE 0.674 62.000 0.163 NA   NA
 5414746 5414747 CMS_0671 CMS_0672     FALSE 0.334 137.000 0.072 NA   NA
 5414747 5414748 CMS_0672 CMS_0673   secA FALSE 0.306 200.000 0.094 NA N NA
 5414750 5414751 CMS_0675 CMS_0676     FALSE 0.180 70.000 0.000 NA   NA
 5414751 5414752 CMS_0676 CMS_0677     FALSE 0.202 36.000 0.000 NA   NA
 5414752 5414753 CMS_0677 CMS_0678     TRUE 0.558 10.000 0.000 1.000 N NA
 5414757 5414758 CMS_r050 CMS_0684     FALSE 0.037 282.000 0.000 NA   NA
 5414758 5414759 CMS_0684 CMS_0685     FALSE 0.112 125.000 0.000 NA   NA
 5414759 5414760 CMS_0685 CMS_0686     FALSE 0.053 216.000 0.000 NA   NA
 5414760 5414761 CMS_0686 CMS_0687     FALSE 0.093 154.000 0.000 NA   NA
 5414764 5414765 CMS_0690 CMS_0691     TRUE 0.983 -3.000 0.208 NA N NA
 5414766 5414767 CMS_0692 CMS_0693     FALSE 0.202 57.000 0.000 NA   NA
 5414768 5414769 CMS_0694 CMS_0695   qcrB FALSE 0.112 118.000 0.000 1.000   NA
 5414769 5414770 CMS_0695 CMS_0696 qcrB qcrA TRUE 0.995 -16.000 0.457 NA Y NA
 5414770 5414771 CMS_0696 CMS_0697 qcrA qcrC TRUE 0.617 46.000 0.000 NA Y NA
 5414771 5414772 CMS_0697 CMS_0698 qcrC ctaE TRUE 0.691 27.000 0.000 0.030 Y NA
 5414773 5414774 CMS_0699 CMS_0700 trpD   FALSE 0.184 48.000 0.000 NA   NA
 5414775 5414776 CMS_0701 CMS_0702     FALSE 0.223 30.000 0.000 NA   NA
 5414777 5414778 CMS_0703 CMS_0704   dak2 TRUE 0.960 4.000 0.242 0.001   NA
 5414778 5414779 CMS_0704 CMS_0705 dak2   TRUE 0.990 -3.000 0.442 1.000   NA
 5414782 5414783 CMS_0708 CMS_0709     FALSE 0.282 68.000 0.000 1.000 N NA
 5414786 5414787 CMS_r020 CMS_r017     FALSE 0.197 65.000 0.000 NA   NA
 5414787 5414788 CMS_r017 CMS_r018     FALSE 0.327 14.000 0.000 NA   NA
 5414788 5414789 CMS_r018 CMS_0711     FALSE 0.087 162.000 0.000 NA   NA
 5414789 5414790 CMS_0711 CMS_0712     TRUE 0.967 3.000 0.208 1.000 N NA
 5414790 5414791 CMS_0712 CMS_0713     TRUE 0.472 14.000 0.000 0.037 N NA
 5414791 5414792 CMS_0713 CMS_0714     TRUE 0.966 -10.000 0.030 NA Y NA
 5414792 5414793 CMS_0714 CMS_0715     FALSE 0.375 77.000 0.055 NA   NA
 5414793 5414794 CMS_0715 CMS_0716   ruvC TRUE 0.766 52.000 0.277 NA   NA
 5414794 5414795 CMS_0716 CMS_0717 ruvC ruvA TRUE 0.966 18.000 0.451 0.008 Y NA
 5414795 5414796 CMS_0717 CMS_0718 ruvA ruvB TRUE 0.997 -3.000 0.549 0.002 Y NA
 5414796 5414797 CMS_0718 CMS_0719 ruvB   TRUE 0.547 38.000 0.063 NA N NA
 5414797 5414798 CMS_0719 CMS_0720   secD TRUE 0.637 127.000 0.062 NA Y NA
 5414798 5414799 CMS_0720 CMS_0721 secD secF TRUE 0.994 0.000 0.336 0.001 Y NA
 5414799 5414800 CMS_0721 CMS_0722 secF   TRUE 0.868 -3.000 0.009 NA N NA
 5414800 5414801 CMS_0722 CMS_0723   relA FALSE 0.234 131.000 0.024 NA N NA
 5414802 5414803 CMS_0724 CMS_0725     FALSE 0.450 94.000 0.103 NA   NA
 5414804 5414805 CMS_0726 CMS_0727     FALSE 0.053 249.000 0.005 1.000 N NA
 5414805 5414806 CMS_0727 CMS_0728     FALSE 0.074 174.000 0.000 NA   NA
 5414806 5414807 CMS_0728 CMS_0729     TRUE 0.682 6.000 0.023 NA   NA
 5414807 5414808 CMS_0729 CMS_0730     TRUE 0.959 0.000 0.103 1.000 N NA
 5414808 5414809 CMS_0730 CMS_0731     FALSE 0.051 518.000 0.039 NA   NA
 5414809 5414810 CMS_0731 CMS_0732     TRUE 0.894 -7.000 0.045 NA   NA
 5414810 5414811 CMS_0732 CMS_0733     TRUE 0.938 4.000 0.021 1.000 Y NA
 5414811 5414812 CMS_0733 CMS_0734     TRUE 0.960 3.000 0.041 1.000 Y NA
 5414812 5414813 CMS_0734 CMS_0735     TRUE 0.991 -3.000 0.147 1.000 Y NA
 5414813 5414814 CMS_0735 CMS_0736     TRUE 0.886 -3.000 0.000 0.070 N NA
 5414814 5414815 CMS_0736 CMS_0737     FALSE 0.112 108.000 0.000 1.000   NA
 5414817 5414818 CMS_0739 CMS_0740     TRUE 0.990 5.000 0.867 NA   NA
 5414818 5414819 CMS_0740 CMS_0741     TRUE 0.789 196.000 0.837 NA   NA
 5414819 5414820 CMS_0741 CMS_0742   recG TRUE 0.879 -3.000 0.000 NA N NA
 5414820 5414821 CMS_0742 CMS_0743 recG coaD FALSE 0.266 26.000 0.002 1.000 N NA
 5414821 5414822 CMS_0743 CMS_0744 coaD   FALSE 0.307 20.000 0.014 NA   NA
 5414822 5414823 CMS_0744 CMS_0745   rpmF TRUE 0.983 4.000 0.599 NA   NA
 5414823 5414824 CMS_0745 CMS_0746 rpmF   FALSE 0.461 26.000 0.044 1.000   NA
 5414824 5414825 CMS_0746 CMS_0747     TRUE 0.861 7.000 0.068 1.000 N NA
 5414827 5414828 CMS_0749 CMS_0750   ftsY TRUE 0.797 21.000 0.165 0.015 N NA
 5414828 5414829 CMS_0750 CMS_0751 ftsY ffh TRUE 0.677 49.000 0.024 0.001 Y NA
 5414829 5414830 CMS_0751 CMS_0752 ffh   FALSE 0.106 136.000 0.000 NA   NA
 5414831 5414832 CMS_0753 CMS_0754     FALSE 0.197 41.000 0.000 1.000   NA
 5414833 5414834 CMS_0755 CMS_0756 rpsP   TRUE 0.974 4.000 0.385 1.000   NA
 5414834 5414835 CMS_0756 CMS_0757   rimM TRUE 0.978 -22.000 0.324 1.000   NA
 5414835 5414836 CMS_0757 CMS_0758 rimM trmD TRUE 0.996 2.000 0.672 1.000 Y NA
 5414838 5414839 CMS_0760 CMS_0761   rplS FALSE 0.078 171.000 0.000 NA   NA
 5414839 5414840 CMS_0761 CMS_0762 rplS sipU FALSE 0.288 67.000 0.000 1.000 N NA
 5414840 5414841 CMS_0762 CMS_0763 sipU rnhB TRUE 0.840 0.000 0.000 1.000 N NA
 5414841 5414842 CMS_0763 CMS_0764 rnhB   FALSE 0.323 107.000 0.067 NA   NA
 5414842 5414843 CMS_0764 CMS_0765     FALSE 0.131 106.000 0.015 NA   NA
 5414843 5414844 CMS_0765 CMS_0766     TRUE 0.840 0.000 0.000 1.000 N NA
 5414844 5414845 CMS_0766 CMS_0767   smf TRUE 0.837 -3.000 0.003 1.000 N NA
 5414845 5414846 CMS_0767 CMS_0768 smf xerC FALSE 0.371 217.000 0.037 1.000 Y NA
 5414848 5414849 CMS_0770 CMS_0771   rpsB FALSE 0.045 239.000 0.000 1.000   NA
 5414849 5414850 CMS_0771 CMS_0772 rpsB tsf TRUE 0.939 111.000 0.748 1.000 Y NA
 5414850 5414851 CMS_0772 CMS_0773 tsf pyrH TRUE 0.717 160.000 0.416 1.000 N NA
 5414851 5414852 CMS_0773 CMS_0774 pyrH frr TRUE 0.836 114.000 0.626 1.000 N NA
 5414852 5414853 CMS_0774 CMS_0775 frr cdsA FALSE 0.364 124.000 0.076 1.000   NA
 5414853 5414854 CMS_0775 CMS_0776 cdsA   TRUE 0.929 2.000 0.090 NA   NA
 5414854 5414855 CMS_0776 CMS_0777     FALSE 0.272 193.000 0.095 NA   NA
 5414855 5414856 CMS_0777 CMS_0778     FALSE 0.182 69.000 0.000 NA   NA
 5414856 5414857 CMS_0778 CMS_0779     FALSE 0.202 36.000 0.000 NA   NA
 5414857 5414858 CMS_0779 CMS_0780     TRUE 0.959 -3.000 0.092 NA   NA
 5414859 5414860 CMS_0781 CMS_0782     TRUE 0.583 27.000 0.077 NA   NA
 5414861 5414862 CMS_0783 CMS_0784     FALSE 0.091 180.000 0.017 NA   NA
 5414863 5414864 CMS_0785 CMS_0786     TRUE 0.991 -3.000 0.159 0.011 Y NA
 5414867 5414868 CMS_0790 CMS_0791     FALSE 0.120 95.000 0.000 NA   NA
 5414868 5414869 CMS_0791 CMS_0792     TRUE 0.756 -7.000 0.000 NA   NA
 5414869 5414870 CMS_0792 CMS_0793     FALSE 0.046 233.000 0.000 NA   NA
 5414871 5414872 CMS_0794 CMS_0795     FALSE 0.110 108.000 0.000 NA   NA
 5414872 5414873 CMS_0795 CMS_0796     FALSE 0.288 67.000 0.000 1.000 N NA
 5414873 5414874 CMS_0796 CMS_0797     TRUE 0.989 -3.000 0.429 1.000   NA
 5414874 5414875 CMS_0797 CMS_0798     TRUE 0.984 -3.000 0.286 1.000   NA
 5414875 5414876 CMS_0798 CMS_0798A     TRUE 0.994 -3.000 0.636 1.000   NA
 5414876 5414877 CMS_0798A CMS_0799     TRUE 0.998 -3.000 0.818 0.055 Y NA
 5414877 5414878 CMS_0799 CMS_0800     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414878 5414879 CMS_0800 CMS_0802     FALSE 0.112 125.000 0.000 NA   NA
 5414881 10691938 CMS_0804 CMS_0809     TRUE 0.726 -929.000 0.000 NA   NA
 10691938 5414882 CMS_0809 CMS_0810     FALSE 0.021 526.000 0.000 NA   NA
 5414884 5414885 CMS_0812 CMS_0813     FALSE 0.032 326.000 0.000 NA   NA
 5414887 5414888 CMS_0815 CMS_0816     TRUE 0.470 9.000 0.000 NA   NA
 5414888 5414889 CMS_0816 CMS_0817     FALSE 0.187 68.000 0.000 NA   NA
 5414889 5414890 CMS_0817 CMS_0818     FALSE 0.184 50.000 0.000 NA   NA
 5414890 5414891 CMS_0818 CMS_0819     TRUE 0.995 -3.000 0.680 1.000 N NA
 5414892 5414893 CMS_0820 CMS_0821     FALSE 0.039 270.000 0.000 1.000   NA
 5414893 5414894 CMS_0821 CMS_0822     FALSE 0.075 176.000 0.000 1.000   NA
 5414894 5414895 CMS_0822 CMS_0823     FALSE 0.186 51.000 0.000 NA   NA
 5414895 5414896 CMS_0823 CMS_0824     FALSE 0.075 173.000 0.000 NA   NA
 5414896 5414897 CMS_0824 CMS_0825     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414898 5414899 CMS_0826 CMS_0827     FALSE 0.202 63.000 0.000 NA   NA
 5414899 5414900 CMS_0827 CMS_0828     FALSE 0.186 51.000 0.000 NA   NA
 5414900 5414901 CMS_0828 CMS_0829     FALSE 0.082 167.000 0.000 NA   NA
 5414901 5414902 CMS_0829 CMS_0829A     FALSE 0.424 10.000 0.000 NA   NA
 5414903 5414904 CMS_0830 CMS_0831     TRUE 0.969 -3.000 0.000 0.079 Y NA
 5414904 5414905 CMS_0831 CMS_0832     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5414905 5414906 CMS_0832 CMS_0833     FALSE 0.430 10.000 0.000 1.000   NA
 5414910 5414911 CMS_0837 CMS_0838     TRUE 0.969 75.000 0.833 0.055 Y NA
 5414911 5414912 CMS_0838 CMS_0839     TRUE 0.998 -7.000 0.833 0.055 Y NA
 5414912 5414913 CMS_0839 CMS_0840     TRUE 0.933 80.000 0.500 NA Y NA
 5414913 5414914 CMS_0840 CMS_0841     TRUE 0.982 -3.000 0.240 NA   NA
 5414914 5414915 CMS_0841 CMS_0842     FALSE 0.274 21.000 0.000 1.000   NA
 5414915 5414916 CMS_0842 CMS_0843     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5414919 5414920 CMS_0846 CMS_0847     FALSE 0.205 59.000 0.000 NA   NA
 5414920 5414921 CMS_0847 CMS_0848     FALSE 0.045 235.000 0.000 NA   NA
 5414923 5414924 CMS_0850 CMS_0851     FALSE 0.143 86.000 0.000 NA   NA
 5414925 5414926 CMS_0852 CMS_0853     FALSE 0.204 56.000 0.000 1.000   NA
 5414926 5414927 CMS_0853 CMS_0854     FALSE 0.111 103.000 0.000 NA   NA
 5414928 5414929 CMS_0855 CMS_0856     FALSE 0.117 97.000 0.000 NA   NA
 5414930 5414931 CMS_0857 CMS_0858     FALSE 0.113 129.000 0.000 1.000   NA
 5414931 5414932 CMS_0858 CMS_0859     TRUE 0.995 -3.000 0.697 NA   NA
 5414932 5414933 CMS_0859 CMS_0860     FALSE 0.192 42.000 0.000 NA   NA
 5414933 5414934 CMS_0860 CMS_0861     FALSE 0.233 27.000 0.000 NA   NA
 5414934 5414935 CMS_0861 CMS_0862     FALSE 0.111 122.000 0.000 NA   NA
 5414937 5414938 CMS_0864 CMS_0865     FALSE 0.189 45.000 0.000 NA   NA
 5414939 5414940 CMS_0866 CMS_0867     FALSE 0.258 24.000 0.000 1.000   NA
 5414941 5414942 CMS_0868 CMS_0869     FALSE 0.346 184.000 0.000 0.055 Y NA
 5414942 5414943 CMS_0869 CMS_0870     TRUE 0.999 -3.000 0.833 0.055 Y NA
 5414943 5414944 CMS_0870 CMS_0871     TRUE 0.989 -3.000 0.119 1.000 Y NA
 5414945 5414946 CMS_0872 CMS_0873     FALSE 0.044 240.000 0.000 NA   NA
 5414947 5414948 CMS_0874 CMS_0875     FALSE 0.205 61.000 0.000 NA   NA
 5414948 5414949 CMS_0875 CMS_0876     FALSE 0.208 34.000 0.000 NA   NA
 5414951 5414952 CMS_0878 CMS_0879     FALSE 0.171 74.000 0.000 1.000   NA
 5414956 5414957 CMS_0883 CMS_0884     FALSE 0.020 578.000 0.000 NA   NA
 5414957 5414958 CMS_0884 CMS_0885     TRUE 0.631 66.000 0.000 1.000 Y NA
 5414959 5414960 CMS_0886 CMS_0887     TRUE 0.899 19.000 0.444 NA   NA
 5414960 5414961 CMS_0887 CMS_0888     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5414961 10691939 CMS_0888 CMS_0889     TRUE 0.726 -767.000 0.000 NA   NA
 10691939 5414962 CMS_0889 CMS_0890     FALSE 0.176 71.000 0.000 NA   NA
 5414962 5414963 CMS_0890 CMS_0891   rafA FALSE 0.040 263.000 0.000 NA   NA
 5414963 5414964 CMS_0891 CMS_0892 rafA   FALSE 0.143 86.000 0.000 NA   NA
 5414965 5414966 CMS_0893 CMS_0894     TRUE 0.638 8.000 0.000 1.000 N NA
 5414966 5414967 CMS_0894 CMS_0895     FALSE 0.193 45.000 0.000 1.000   NA
 5414968 5414969 CMS_0896 CMS_0897     TRUE 0.756 -7.000 0.000 NA   NA
 5414969 5414970 CMS_0897 CMS_0898     FALSE 0.200 37.000 0.000 NA   NA
 5414970 5414971 CMS_0898 CMS_0899     FALSE 0.045 235.000 0.000 NA   NA
 5414971 5414972 CMS_0899 CMS_0900     FALSE 0.047 231.000 0.000 NA   NA
 5414972 5414973 CMS_0900 CMS_0901     FALSE 0.069 181.000 0.000 NA   NA
 5414973 5414974 CMS_0901 CMS_0902     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5414974 5414975 CMS_0902 CMS_0903     FALSE 0.233 27.000 0.000 NA   NA
 5414975 5414976 CMS_0903 CMS_0904     TRUE 0.878 -3.000 0.024 NA   NA
 5414976 5414977 CMS_0904 CMS_0905     TRUE 0.878 -3.000 0.024 NA   NA
 5414977 5414978 CMS_0905 CMS_0906     FALSE 0.109 117.000 0.000 NA   NA
 5414978 5414979 CMS_0906 CMS_0907     FALSE 0.089 162.000 0.000 1.000   NA
 5414984 5414985 CMS_0912 CMS_0913     FALSE 0.201 319.000 0.000 0.004 Y NA
 5414985 5414986 CMS_0913 CMS_0914   nagA TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5414987 5414988 CMS_0916 CMS_0917     TRUE 0.855 67.000 0.154 1.000 Y NA
 5414988 5414989 CMS_0917 CMS_0918     TRUE 0.719 90.000 0.077 1.000 Y NA
 5414990 5414991 CMS_0919 CMS_0920     TRUE 0.548 84.000 0.000 NA Y NA
 5414991 5414992 CMS_0920 CMS_0921     TRUE 0.999 -3.000 0.882 0.054 Y NA
 5414992 5414993 CMS_0921 CMS_0922     TRUE 0.961 120.000 1.000 0.054 Y NA
 5414993 5414994 CMS_0922 CMS_0923     TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5414994 5414995 CMS_0923 CMS_0924   lacZ1 TRUE 0.483 97.000 0.000 1.000 Y NA
 5414997 5414998 CMS_0926 CMS_0927     FALSE 0.189 52.000 0.000 NA   NA
 5414998 5414999 CMS_0927 CMS_0928     FALSE 0.083 166.000 0.000 NA   NA
 5414999 5415000 CMS_0928 CMS_0929     TRUE 0.974 75.000 1.000 1.000 Y NA
 5415000 5415001 CMS_0929 CMS_0930     TRUE 0.998 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 5415001 5415002 CMS_0930 CMS_0931     FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5415006 5415007 CMS_0935 CMS_0936     TRUE 0.976 70.000 0.900 0.054 Y NA
 5415007 5415008 CMS_0936 CMS_0937     TRUE 0.951 150.000 0.900 0.054 Y NA
 5415008 5415009 CMS_0937 CMS_0938     TRUE 0.939 6.000 0.222 1.000   NA
 5415009 5415010 CMS_0938 CMS_0939     TRUE 0.912 62.000 0.667 0.023   NA
 5415010 5415011 CMS_0939 CMS_0940     FALSE 0.028 358.000 0.000 NA   NA
 5415011 5415012 CMS_0940 CMS_0941     FALSE 0.048 224.000 0.000 NA   NA
 5415012 5415013 CMS_0941 CMS_0942     FALSE 0.130 91.000 0.000 NA   NA
 5415014 5415015 CMS_0943 CMS_0945     FALSE 0.127 92.000 0.000 NA   NA
 5415015 5415016 CMS_0945 CMS_0946     FALSE 0.160 77.000 0.000 NA   NA
 5415016 5415017 CMS_0946 CMS_0947     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415017 5415018 CMS_0947 CMS_0948     TRUE 0.985 -3.000 0.292 NA   NA
 5415020 5415021 CMS_0950 CMS_0951     TRUE 0.879 -3.000 0.000 NA N NA
 5415027 5415028 CMS_0957 CMS_0958     TRUE 0.998 -3.000 0.786 0.017 Y NA
 5415028 5415029 CMS_0958 CMS_0959     FALSE 0.183 49.000 0.000 NA   NA
 5415029 5415030 CMS_0959 CMS_0960     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415031 5415032 CMS_0961 CMS_0962     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5415035 5415036 CMS_0965 CMS_0966 crtI crtE TRUE 0.956 -3.000 0.065 1.000 N NA
 5415039 5415040 CMS_0969 CMS_0970     FALSE 0.042 251.000 0.000 NA   NA
 5415040 5415041 CMS_0970 CMS_0971     TRUE 0.756 -7.000 0.000 NA   NA
 5415043 5415044 CMS_0973 CMS_0974     TRUE 0.823 61.000 0.286 1.000 N NA
 5415044 5415045 CMS_0974 CMS_0975     TRUE 0.879 0.000 0.037 NA   NA
 5415046 5415047 CMS_0976 CMS_0977     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415048 5415049 CMS_0978 CMS_0979     FALSE 0.138 88.000 0.000 NA   NA
 5415050 5415051 CMS_0980 CMS_0981     FALSE 0.104 137.000 0.000 NA   NA
 5415051 5415052 CMS_0981 CMS_0982     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5415052 5415053 CMS_0982 CMS_0983   lip FALSE 0.183 49.000 0.000 NA   NA
 5415053 5415054 CMS_0983 CMS_0984 lip   FALSE 0.115 180.000 0.000 1.000 N NA
 5415054 5415055 CMS_0984 CMS_0985     FALSE 0.075 184.000 0.000 0.044   NA
 5415055 5415056 CMS_0985 CMS_0986     FALSE 0.112 125.000 0.000 NA   NA
 5415056 5415057 CMS_0986 CMS_0987     FALSE 0.205 59.000 0.000 NA   NA
 5415058 5415059 CMS_0988 CMS_0989     FALSE 0.133 90.000 0.000 NA   NA
 5415061 5415062 CMS_0991 CMS_0992     TRUE 0.996 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 5415062 5415063 CMS_0992 CMS_0993     TRUE 0.977 4.000 0.375 1.000 N NA
 5415063 5415064 CMS_0993 CMS_0994     TRUE 0.969 -3.000 0.000 0.017 Y NA
 5415064 5415065 CMS_0994 CMS_0995     FALSE 0.057 309.000 0.000 NA N NA
 5415065 5415066 CMS_0995 CMS_0996     TRUE 0.468 123.000 0.000 NA Y NA
 5415066 5415067 CMS_0996 CMS_0997     TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5415067 5415068 CMS_0997 CMS_0998     FALSE 0.191 67.000 0.000 NA   NA
 5415069 5415070 CMS_0999 CMS_1000     FALSE 0.239 26.000 0.000 NA   NA
 5415070 5415071 CMS_1000 CMS_1001     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415071 5415072 CMS_1001 CMS_1002     FALSE 0.127 92.000 0.000 NA   NA
 5415073 5415074 CMS_1003 CMS_1004     FALSE 0.190 98.000 0.000 0.077 N NA
 5415074 5415075 CMS_1004 CMS_1005     FALSE 0.178 125.000 0.000 1.000 N NA
 5415075 5415076 CMS_1005 CMS_1006     FALSE 0.200 56.000 0.000 NA   NA
 5415077 5415078 CMS_1007 CMS_1008     FALSE 0.038 317.000 0.000 0.043   NA
 5415078 5415079 CMS_1008 CMS_1009     FALSE 0.192 42.000 0.000 NA   NA
 5415081 5415082 CMS_1011 CMS_1012     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5415082 5415083 CMS_1012 CMS_1013     TRUE 0.466 131.000 0.000 1.000 Y NA
 5415083 5415084 CMS_1013 CMS_1014     TRUE 0.960 89.000 0.818 0.053 Y NA
 5415084 5415085 CMS_1014 CMS_1015     TRUE 0.976 45.000 0.857 0.053 Y NA
 5415085 5415086 CMS_1015 CMS_1016     TRUE 0.552 222.000 0.143 1.000 Y NA
 5415087 5415088 CMS_1017 CMS_1018   RS00183 TRUE 0.943 -3.000 0.065 NA   NA
 5415088 5415089 CMS_1018 CMS_1019 RS00183   FALSE 0.110 106.000 0.000 NA   NA
 5415094 5415095 CMS_1024 CMS_1025     TRUE 0.976 -3.000 0.189 NA   NA
 5415097 5415098 CMS_1027 CMS_1028 purC purD TRUE 0.973 -3.000 0.021 1.000 Y NA
 5415099 5415100 CMS_1029 CMS_1030     FALSE 0.205 59.000 0.000 NA   NA
 5415105 5415106 CMS_1035 CMS_1036     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415106 5415107 CMS_1036 CMS_1037     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415107 5415108 CMS_1037 CMS_1038     FALSE 0.097 148.000 0.000 NA   NA
 5415108 5415109 CMS_1038 CMS_1039     FALSE 0.135 89.000 0.000 NA   NA
 5415110 5415111 CMS_1040 CMS_1041     FALSE 0.187 49.000 0.000 1.000   NA
 5415111 5415112 CMS_1041 CMS_1042     FALSE 0.111 110.000 0.000 1.000   NA
 5415112 5415113 CMS_1042 CMS_1043     FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5415113 5415114 CMS_1043 CMS_1044   glgP FALSE 0.176 72.000 0.000 1.000   NA
 5415115 5415116 CMS_1045 CMS_1046     FALSE 0.025 440.000 0.000 1.000   NA
 5415117 5415118 CMS_1047 CMS_1048   trmU TRUE 0.968 -3.000 0.094 1.000 N NA
 5415118 5415119 CMS_1048 CMS_1049 trmU ligA TRUE 0.575 8.000 0.005 1.000 N NA
 5415119 5415120 CMS_1049 CMS_1050 ligA   FALSE 0.079 170.000 0.000 NA   NA
 5415122 5415123 CMS_1052 CMS_1053 gatC gatA TRUE 0.991 8.000 0.643 0.002 Y NA
 5415123 5415124 CMS_1053 CMS_1054 gatA gatB TRUE 0.996 0.000 0.492 0.002 Y NA
 5415124 5415125 CMS_1054 CMS_1055 gatB   TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5415126 5415127 CMS_1056 CMS_1057     FALSE 0.424 10.000 0.000 NA   NA
 5415127 5415128 CMS_1057 CMS_1058     FALSE 0.108 113.000 0.000 NA   NA
 5415128 5415129 CMS_1058 CMS_1059   fadD FALSE 0.119 97.000 0.000 1.000   NA
 5415129 5415130 CMS_1059 CMS_1060 fadD   FALSE 0.187 68.000 0.000 NA   NA
 5415130 5415131 CMS_1060 CMS_1061     FALSE 0.184 50.000 0.000 NA   NA
 5415131 5415132 CMS_1061 CMS_1062     TRUE 0.739 -15.000 0.000 NA   NA
 5415132 5415133 CMS_1062 CMS_1063     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415133 5415134 CMS_1063 CMS_1064     TRUE 0.685 3.000 0.000 NA   NA
 5415134 5415135 CMS_1064 CMS_1065     TRUE 0.991 -3.000 0.500 NA   NA
 5415135 5415136 CMS_1065 CMS_1066     TRUE 0.745 -10.000 0.000 NA   NA
 5415137 5415138 CMS_1067 CMS_1068     TRUE 0.939 19.000 0.667 NA   NA
 5415138 5415139 CMS_1068 CMS_1069     TRUE 0.568 6.000 0.000 NA   NA
 5415139 5415140 CMS_1069 CMS_1070     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415140 5415141 CMS_1070 CMS_1071     TRUE 0.733 -19.000 0.000 NA   NA
 5415141 5415142 CMS_1071 CMS_1072     TRUE 0.709 33.000 0.182 NA   NA
 5415142 5415143 CMS_1072 CMS_1073     FALSE 0.202 57.000 0.000 NA   NA
 5415143 5415144 CMS_1073 CMS_1074     FALSE 0.127 92.000 0.000 NA   NA
 5415144 5415145 CMS_1074 CMS_1075     FALSE 0.219 31.000 0.000 NA   NA
 5415145 5415146 CMS_1075 CMS_1076     FALSE 0.148 84.000 0.000 NA   NA
 5415146 5415147 CMS_1076 CMS_1077     FALSE 0.112 102.000 0.000 NA   NA
 5415147 5415148 CMS_1077 CMS_1078     FALSE 0.200 56.000 0.000 NA   NA
 5415149 5415150 CMS_1079 CMS_1080     FALSE 0.454 10.000 0.000 0.042   NA
 5415150 5415151 CMS_1080 CMS_1081     FALSE 0.124 99.000 0.000 0.066   NA
 5415151 5415152 CMS_1081 CMS_1082     FALSE 0.386 11.000 0.000 1.000   NA
 5415153 5415154 CMS_1083 CMS_1084     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415154 5415155 CMS_1084 CMS_1085     FALSE 0.119 97.000 0.000 1.000   NA
 5415155 5415156 CMS_1085 CMS_1086     FALSE 0.208 58.000 0.000 1.000   NA
 5415157 5415158 CMS_1087 CMS_1088     FALSE 0.200 56.000 0.000 NA   NA
 5415159 5415160 CMS_1089 CMS_1090     FALSE 0.206 63.000 0.000 1.000   NA
 5415163 5415164 CMS_1093 CMS_1094     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5415165 5415166 CMS_1095 CMS_1096     FALSE 0.089 158.000 0.000 NA   NA
 5415168 5415169 CMS_1098 CMS_1099     FALSE 0.076 172.000 0.000 NA   NA
 5415170 5415171 CMS_1100 CMS_1100A     TRUE 0.756 -7.000 0.000 NA   NA
 5415171 5415172 CMS_1100A CMS_1100B     FALSE 0.108 115.000 0.000 NA   NA
 5415172 5415173 CMS_1100B CMS_1100C     FALSE 0.110 107.000 0.000 NA   NA
 5415173 5415174 CMS_1100C CMS_1101     FALSE 0.186 51.000 0.000 NA   NA
 5415174 5415175 CMS_1101 CMS_1101A     FALSE 0.108 115.000 0.000 NA   NA
 5415175 5415176 CMS_1101A CMS_1102   thiED FALSE 0.074 174.000 0.000 NA   NA
 5415176 5415177 CMS_1102 CMS_1103 thiED thiM TRUE 0.967 -3.000 0.007 0.003 Y NA
 5415178 5415179 CMS_1104 CMS_1105     FALSE 0.019 760.000 0.000 NA   NA
 5415179 5415180 CMS_1105 CMS_1106     FALSE 0.037 277.000 0.000 NA   NA
 5415181 5415182 CMS_1107 CMS_1108     FALSE 0.424 10.000 0.000 NA   NA
 5415182 5415183 CMS_1108 CMS_1109     FALSE 0.168 74.000 0.000 NA   NA
 5415183 5415184 CMS_1109 CMS_1110     FALSE 0.354 25.000 0.000 NA N NA
 5415184 5415185 CMS_1110 CMS_1111   xyoA FALSE 0.172 113.000 0.000 1.000 N NA
 5415185 5415186 CMS_1111 CMS_1112 xyoA lacZ2 FALSE 0.171 135.000 0.000 1.000 N NA
 5415186 5415187 CMS_1112 CMS_1113 lacZ2   FALSE 0.450 137.000 0.000 1.000 Y NA
 5415187 5415188 CMS_1113 CMS_1114     TRUE 0.998 -3.000 0.667 0.052 Y NA
 5415188 5415189 CMS_1114 CMS_1115     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415189 5415190 CMS_1115 CMS_1117     FALSE 0.110 120.000 0.000 NA   NA
 5415191 5415192 CMS_1118 CMS_1119     TRUE 0.737 32.000 0.200 NA   NA
 5415192 5415193 CMS_1119 CMS_1120     FALSE 0.184 50.000 0.000 NA   NA
 5415194 5415195 CMS_1122 CMS_1123     FALSE 0.024 443.000 0.000 NA   NA
 5415195 5415196 CMS_1123 CMS_1124     FALSE 0.055 210.000 0.000 NA   NA
 5415196 5415197 CMS_1124 CMS_1125     FALSE 0.192 53.000 0.000 NA   NA
 5415198 5415199 CMS_1126 CMS_1127     FALSE 0.195 40.000 0.000 NA   NA
 5415200 5415201 CMS_1128 CMS_1129     FALSE 0.185 47.000 0.000 NA   NA
 5415201 5415202 CMS_1129 CMS_1130     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415202 5415203 CMS_1130 CMS_1131     FALSE 0.189 52.000 0.000 NA   NA
 5415203 5415204 CMS_1131 CMS_1132     TRUE 0.711 2.000 0.000 NA   NA
 5415205 5415206 CMS_1133 CMS_1134     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA N NA
 5415206 5415207 CMS_1134 CMS_1135     TRUE 0.990 -3.000 0.143 NA Y NA
 5415208 5415209 CMS_1136 CMS_1137     FALSE 0.106 136.000 0.000 NA   NA
 5415210 5415211 CMS_1138 CMS_1139     FALSE 0.173 116.000 0.000 1.000 N NA
 5415211 5415212 CMS_1139 CMS_1140   NCU06945.1 TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5415212 5415213 CMS_1140 CMS_1141 NCU06945.1   FALSE 0.104 139.000 0.000 1.000   NA
 5415215 5415216 CMS_1143 CMS_1144     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5415216 5415217 CMS_1144 CMS_1145     FALSE 0.282 68.000 0.000 1.000 N NA
 5415217 5415218 CMS_1145 CMS_1146     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415218 5415219 CMS_1146 CMS_1147     FALSE 0.111 122.000 0.000 NA   NA
 5415219 5415220 CMS_1147 CMS_1148     FALSE 0.131 96.000 0.000 0.052   NA
 5415225 5415226 CMS_1153 CMS_1154     FALSE 0.191 44.000 0.000 NA   NA
 5415226 5415227 CMS_1154 CMS_1155     FALSE 0.223 30.000 0.000 NA   NA
 5415227 5415228 CMS_1155 CMS_1156     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5415233 5415234 CMS_1162 CMS_1163     FALSE 0.098 145.000 0.000 NA   NA
 5415234 5415235 CMS_1163 CMS_1164     FALSE 0.108 134.000 0.000 NA   NA
 5415235 5415236 CMS_1164 CMS_1165     FALSE 0.138 88.000 0.000 NA   NA
 5415236 5415237 CMS_1165 CMS_1166     FALSE 0.103 192.000 0.000 1.000 N NA
 5415238 5415239 CMS_1167 CMS_1168     TRUE 0.998 -3.000 0.750 0.016 Y NA
 5415239 5415240 CMS_1168 CMS_1169     FALSE 0.095 152.000 0.000 NA   NA
 5415240 5415241 CMS_1169 CMS_1170     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5415241 5415242 CMS_1170 CMS_1171     FALSE 0.184 50.000 0.000 NA   NA
 5415243 5415244 CMS_1172 CMS_1173     FALSE 0.145 85.000 0.000 NA   NA
 5415244 5415245 CMS_1173 CMS_1174     FALSE 0.270 21.000 0.000 NA   NA
 5415245 5415246 CMS_1174 CMS_1175     FALSE 0.424 10.000 0.000 NA   NA
 5415246 5415247 CMS_1175 CMS_1176     FALSE 0.265 23.000 0.000 1.000   NA
 5415251 5415252 CMS_1180 CMS_1181     FALSE 0.112 124.000 0.000 NA   NA
 5415252 5415253 CMS_1181 CMS_1182     FALSE 0.067 187.000 0.000 1.000   NA
 5415254 5415255 CMS_1183 CMS_1184     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415256 5415257 CMS_1185 CMS_1186     FALSE 0.136 477.000 0.011 1.000 Y NA
 5415258 5415259 CMS_1187 CMS_1188     FALSE 0.260 23.000 0.000 NA   NA
 5415260 5415261 CMS_1189 CMS_1190     FALSE 0.037 276.000 0.000 NA   NA
 5415261 5415262 CMS_1190 CMS_1191     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415262 5415263 CMS_1191 CMS_1192     FALSE 0.198 55.000 0.000 NA   NA
 5415263 5415264 CMS_1192 CMS_1193     FALSE 0.392 9.000 0.007 NA   NA
 5415264 5415265 CMS_1193 CMS_1194     FALSE 0.303 59.000 0.000 NA N NA
 5415265 5415266 CMS_1194 CMS_1195     TRUE 0.758 0.000 0.000 1.000   NA
 5415268 5415269 CMS_1197 CMS_1198     FALSE 0.306 35.000 0.000 1.000 N NA
 5415269 5415270 CMS_1198 CMS_1199     TRUE 0.734 60.000 0.206 1.000   NA
 5415270 5415271 CMS_1199 CMS_1200     FALSE 0.058 204.000 0.000 NA   NA
 5415271 5415272 CMS_1200 CMS_1201     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415272 5415273 CMS_1201 CMS_1202     TRUE 0.998 -3.000 0.800 1.000 Y NA
 5415273 5415274 CMS_1202 CMS_1203   ftsK TRUE 0.840 0.000 0.000 1.000 N NA
 5415274 5415275 CMS_1203 CMS_1204 ftsK   TRUE 0.834 4.000 0.025 0.049 N NA
 5415275 5415276 CMS_1204 CMS_1205     TRUE 0.970 -3.000 0.151 NA   NA
 5415276 5415277 CMS_1205 CMS_1206     FALSE 0.271 140.000 0.057 NA   NA
 5415277 5415278 CMS_1206 CMS_1207     TRUE 0.626 77.000 0.177 NA   NA
 5415278 5415279 CMS_1207 CMS_1208   recA FALSE 0.131 138.000 0.017 NA   NA
 5415279 5415280 CMS_1208 CMS_1209 recA recX FALSE 0.422 235.000 0.296 1.000   NA
 5415280 5415281 CMS_1209 CMS_1210 recX   FALSE 0.229 51.000 0.016 1.000   NA
 5415281 5415282 CMS_1210 CMS_1211     TRUE 0.976 -3.000 0.028 1.000 Y NA
 5415282 5415283 CMS_1211 CMS_1212     TRUE 0.779 10.000 0.062 1.000 N NA
 5415287 5415288 CMS_1215A CMS_1216   hisB FALSE 0.112 102.000 0.000 NA   NA
 5415288 5415289 CMS_1216 CMS_1217 hisB hisH TRUE 0.981 -3.000 0.046 0.005 Y NA
 5415289 5415290 CMS_1217 CMS_1218 hisH priA TRUE 0.949 65.000 0.491 0.005 Y NA
 5415290 5415291 CMS_1218 CMS_1219 priA   TRUE 0.979 -3.000 0.215 NA   NA
 5415293 5415294 CMS_1221 CMS_1222 infC rpmI TRUE 0.997 -7.000 0.652 1.000 Y NA
 5415294 5415295 CMS_1222 CMS_1223 rpmI rplT TRUE 0.978 47.000 0.928 0.016 Y NA
 5415295 5415296 CMS_1223 CMS_1224 rplT   TRUE 0.775 64.000 0.057 0.014 Y NA
 5415296 5415297 CMS_1224 CMS_1225     FALSE 0.152 152.000 0.000 1.000 N NA
 5415297 5415298 CMS_1225 CMS_1226     TRUE 0.761 92.000 0.121 1.000 Y NA
 5415298 5415299 CMS_1226 CMS_1227     TRUE 0.896 116.000 0.462 0.051 Y NA
 5415299 5415300 CMS_1227 CMS_1228     TRUE 0.996 -3.000 0.429 0.005 Y NA
 5415300 5415301 CMS_1228 CMS_1229   pheS FALSE 0.253 75.000 0.000 1.000 N NA
 5415301 5415302 CMS_1229 CMS_1230 pheS pheT TRUE 0.995 3.000 0.574 0.001 Y NA
 5415302 5415303 CMS_1230 CMS_1231 pheT argC FALSE 0.183 117.000 0.014 1.000 N NA
 5415303 5415304 CMS_1231 CMS_1232 argC argJ TRUE 0.995 -3.000 0.303 0.002 Y NA
 5415304 5415305 CMS_1232 CMS_1233 argJ argB TRUE 0.992 0.000 0.239 0.002 Y NA
 5415305 5415306 CMS_1233 CMS_1234 argB argD TRUE 0.989 -3.000 0.105 1.000 Y NA
 5415306 5415307 CMS_1234 CMS_1235 argD argF TRUE 0.669 148.000 0.091 1.000 Y NA
 5415307 5415308 CMS_1235 CMS_1236 argF argG TRUE 0.805 49.000 0.088 1.000 Y NA
 5415308 5415309 CMS_1236 CMS_1237 argG argH TRUE 0.985 5.000 0.278 1.000 Y NA
 5415309 5415310 CMS_1237 CMS_1238 argH   TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415310 5415311 CMS_1238 CMS_1239     TRUE 0.506 8.000 0.000 NA   NA
 5415312 5415313 CMS_1240 CMS_1241     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415314 5415315 CMS_1242 CMS_r001 tyrS   FALSE 0.021 563.000 0.000 NA   NA
 5415315 5415316 CMS_r001 CMS_r002     FALSE 0.023 447.000 0.000 NA   NA
 5415316 5415317 CMS_r002 CMS_r003     FALSE 0.079 170.000 0.000 NA   NA
 5415317 5415318 CMS_r003 CMS_1243     FALSE 0.019 883.000 0.000 NA   NA
 11501227 5415317   CMS_r003     FALSE NA 547.000 0.000 NA   NA
 11643590 5415317   CMS_r003     FALSE NA 547.000 0.000 NA   NA
 11785982 5415317   CMS_r003     FALSE NA 547.000 0.000 NA   NA
 11501228 5415317   CMS_r003     FALSE NA 576.000 0.000 NA   NA
 11643591 5415317   CMS_r003     FALSE NA 576.000 0.000 NA   NA
 11785983 5415317   CMS_r003     FALSE NA 576.000 0.000 NA   NA
 11501229 5415317   CMS_r003     FALSE NA 607.000 0.000 NA   NA
 11643592 5415317   CMS_r003     FALSE NA 607.000 0.000 NA   NA
 11785984 5415317   CMS_r003     FALSE NA 607.000 0.000 NA   NA
 11501230 5415317   CMS_r003     FALSE NA 636.000 0.000 NA   NA
 11643593 5415317   CMS_r003     FALSE NA 636.000 0.000 NA   NA
 11785985 5415317   CMS_r003     FALSE NA 636.000 0.000 NA   NA
 11501231 5415317   CMS_r003     FALSE NA 664.000 0.000 NA   NA
 11643594 5415317   CMS_r003     FALSE NA 664.000 0.000 NA   NA
 11785986 5415317   CMS_r003     FALSE NA 664.000 0.000 NA   NA
 11501232 5415317   CMS_r003     FALSE NA 693.000 0.000 NA   NA
 11643595 5415317   CMS_r003     FALSE NA 693.000 0.000 NA   NA
 11785987 5415317   CMS_r003     FALSE NA 693.000 0.000 NA   NA
 11501233 5415317   CMS_r003     FALSE NA 724.000 0.000 NA   NA
 11643596 5415317   CMS_r003     FALSE NA 724.000 0.000 NA   NA
 11785988 5415317   CMS_r003     FALSE NA 724.000 0.000 NA   NA
 11501234 5415317   CMS_r003     FALSE NA 753.000 0.000 NA   NA
 11643597 5415317   CMS_r003     FALSE NA 753.000 0.000 NA   NA
 11785989 5415317   CMS_r003     FALSE NA 753.000 0.000 NA   NA
 11501235 5415317   CMS_r003     FALSE NA 781.000 0.000 NA   NA
 11643598 5415317   CMS_r003     FALSE NA 781.000 0.000 NA   NA
 11785990 5415317   CMS_r003     FALSE NA 781.000 0.000 NA   NA
 11501236 5415317   CMS_r003     FALSE NA 810.000 0.000 NA   NA
 11643599 5415317   CMS_r003     FALSE NA 810.000 0.000 NA   NA
 11785991 5415317   CMS_r003     FALSE NA 810.000 0.000 NA   NA
 11501237 5415317   CMS_r003     FALSE NA 841.000 0.000 NA   NA
 11643600 5415317   CMS_r003     FALSE NA 841.000 0.000 NA   NA
 11785992 5415317   CMS_r003     FALSE NA 841.000 0.000 NA   NA
 11501238 5415317   CMS_r003     FALSE NA 870.000 0.000 NA   NA
 11643601 5415317   CMS_r003     FALSE NA 870.000 0.000 NA   NA
 11785993 5415317   CMS_r003     FALSE NA 870.000 0.000 NA   NA
 5415318 5415319 CMS_1243 CMS_1244     TRUE 0.987 -10.000 0.500 1.000   NA
 11501239 5415317   CMS_r003     FALSE NA 901.000 0.000 NA   NA
 11643602 5415317   CMS_r003     FALSE NA 901.000 0.000 NA   NA
 11785994 5415317   CMS_r003     FALSE NA 901.000 0.000 NA   NA
 5415319 5415320 CMS_1244 CMS_1245     FALSE 0.424 10.000 0.000 NA   NA
 5415320 5415321 CMS_1245 CMS_1246     TRUE 0.756 -7.000 0.000 NA   NA
 5415321 5415322 CMS_1246 CMS_1247   ppnK TRUE 0.973 -3.000 0.120 1.000 N NA
 5415322 5415323 CMS_1247 CMS_1248 ppnK recN TRUE 0.957 -7.000 0.094 1.000 N NA
 5415323 5415324 CMS_1248 CMS_1249 recN pyrG FALSE 0.216 74.000 0.006 1.000 N NA
 5415324 5415325 CMS_1249 CMS_1250 pyrG   TRUE 0.948 -3.000 0.055 1.000 N NA
 5415325 5415326 CMS_1250 CMS_1251     TRUE 0.984 -3.000 0.063 1.000 Y NA
 5415326 5415327 CMS_1251 CMS_1252   parA TRUE 0.486 73.000 0.058 1.000 N NA
 5415327 5415328 CMS_1252 CMS_1253 parA   TRUE 0.914 -16.000 0.065 NA   NA
 5415328 5415329 CMS_1253 CMS_1254     TRUE 0.989 -10.000 0.570 NA   NA
 5415329 5415330 CMS_1254 CMS_1255   rsuA TRUE 0.976 -16.000 0.224 NA N NA
 5415330 5415331 CMS_1255 CMS_1256 rsuA   TRUE 0.926 -3.000 0.030 1.000 N NA
 5415331 5415332 CMS_1256 CMS_1257   cmk FALSE 0.276 129.000 0.032 1.000 N NA
 5415332 5415333 CMS_1257 CMS_1258 cmk   FALSE 0.116 41.000 0.002 1.000   NA
 5415334 5415335 CMS_1259 CMS_1260     FALSE 0.079 171.000 0.000 1.000   NA
 5415335 5415336 CMS_1260 CMS_1261     FALSE 0.119 97.000 0.000 1.000   NA
 5415336 5415337 CMS_1261 CMS_1262     FALSE 0.114 127.000 0.000 1.000   NA
 5415338 5415339 CMS_1263 CMS_r022     FALSE 0.148 84.000 0.000 NA   NA
 5415339 5415340 CMS_r022 CMS_1264     FALSE 0.036 286.000 0.000 NA   NA
 5415343 5415344 CMS_1267 CMS_1268     TRUE 0.586 44.000 0.105 NA   NA
 5415344 5415345 CMS_1268 CMS_1269     FALSE 0.111 121.000 0.000 NA   NA
 5415346 5415347 CMS_1270 CMS_1271     TRUE 0.972 38.000 0.792 0.050 Y NA
 5415347 5415348 CMS_1271 CMS_1272     TRUE 0.999 -3.000 0.864 0.050 Y NA
 5415348 5415349 CMS_1272 CMS_1273     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415349 5415350 CMS_1273 CMS_1275     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415350 5415351 CMS_1275 CMS_1276     TRUE 0.988 -3.000 0.375 NA   NA
 5415351 5415352 CMS_1276 CMS_1277     TRUE 0.990 -3.000 0.455 NA   NA
 5415352 5415353 CMS_1277 CMS_1278     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415354 5415355 CMS_1279 CMS_1280     FALSE 0.168 136.000 0.000 1.000 N NA
 5415356 5415357 CMS_1281 CMS_1282     TRUE 0.981 -3.000 0.190 NA N NA
 5415360 5415361 CMS_1285 CMS_1287     FALSE 0.111 122.000 0.000 NA   NA
 5415361 5415362 CMS_1287 CMS_1288     FALSE 0.160 77.000 0.000 NA   NA
 5415362 5415363 CMS_1288 CMS_1289     TRUE 0.756 -7.000 0.000 NA   NA
 5415363 5415364 CMS_1289 CMS_1290     FALSE 0.195 54.000 0.000 NA   NA
 5415364 5415365 CMS_1290 CMS_1291     FALSE 0.157 79.000 0.000 NA   NA
 5415365 5415366 CMS_1291 CMS_1293     FALSE 0.198 38.000 0.000 NA   NA
 5415366 5415367 CMS_1293 CMS_1294     FALSE 0.189 52.000 0.000 NA   NA
 5415370 5415371 CMS_1297 CMS_1298     FALSE 0.178 126.000 0.000 1.000 N NA
 5415371 5415372 CMS_1298 CMS_1299     TRUE 0.961 -3.000 0.095 1.000   NA
 5415372 5415373 CMS_1299 CMS_1300     FALSE 0.197 41.000 0.000 1.000   NA
 5415374 5415375 CMS_1301 CMS_1302     FALSE 0.091 156.000 0.000 NA   NA
 5415375 5415376 CMS_1302 CMS_1303     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415376 5415377 CMS_1303 CMS_1304     FALSE 0.109 116.000 0.000 NA   NA
 5415377 5415378 CMS_1304 CMS_1305     FALSE 0.205 90.000 0.000 NA N NA
 5415379 5415380 CMS_1306 CMS_1307     TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5415382 5415383 CMS_1310 CMS_1311     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415384 5415385 CMS_1312 CMS_1313     FALSE 0.055 211.000 0.000 NA   NA
 5415385 5415386 CMS_1313 CMS_1314     FALSE 0.327 14.000 0.000 NA   NA
 5415386 5415387 CMS_1314 CMS_1315     FALSE 0.112 102.000 0.000 NA   NA
 5415388 5415389 CMS_1316 CMS_1317     TRUE 0.879 -3.000 0.000 NA N NA
 5415390 5415391 CMS_1318 CMS_1319     TRUE 0.998 -3.000 0.750 0.026 Y NA
 5415392 5415393 CMS_1320 CMS_1321     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415393 5415394 CMS_1321 CMS_1322     FALSE 0.097 148.000 0.000 NA   NA
 5415394 5415395 CMS_1322 CMS_1323     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415397 5415398 CMS_1325 CMS_1326     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5415405 5415406 CMS_1333 CMS_1334     FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5415406 5415407 CMS_1334 CMS_1335     TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5415407 5415408 CMS_1335 CMS_1336     TRUE 0.652 8.000 0.000 0.049 N NA
 5415408 5415409 CMS_1336 CMS_1337     TRUE 0.957 0.000 0.000 0.049 Y NA
 5415409 5415410 CMS_1337 CMS_1338     FALSE 0.122 120.000 0.000 0.049   NA
 5415412 5415413 CMS_1341 CMS_1342     FALSE 0.196 39.000 0.000 NA   NA
 5415413 5415414 CMS_1342 CMS_1343     TRUE 0.873 1.000 0.043 NA   NA
 5415414 5415415 CMS_1343 CMS_1344     FALSE 0.125 94.000 0.000 1.000   NA
 5415415 5415416 CMS_1344 CMS_1345     TRUE 0.993 -3.000 0.222 1.000 Y NA
 5415417 5415418 CMS_1346 CMS_1347     FALSE 0.208 89.000 0.000 NA N NA
 5415418 5415419 CMS_1347 CMS_1348     TRUE 0.994 0.000 0.707 NA N NA
 5415419 5415420 CMS_1348 CMS_1349     FALSE 0.383 253.000 0.060 0.006 Y NA
 5415422 5415423 CMS_1351 CMS_1352 pyc   TRUE 0.933 4.000 0.014 0.034 Y NA
 5415423 5415424 CMS_1352 CMS_1353     FALSE 0.306 35.000 0.000 1.000 N NA
 5415426 5415427 CMS_1355 CMS_1356     TRUE 0.676 81.000 0.182 1.000 N NA
 5415427 5415428 CMS_1356 CMS_1357   aroH TRUE 0.622 60.000 0.082 1.000 N NA
 5415428 5415429 CMS_1357 CMS_1358 aroH   FALSE 0.141 162.000 0.000 1.000 N NA
 5415430 5415431 CMS_1359 CMS_1360     FALSE 0.225 107.000 0.021 1.000 N NA
 5415434 5415435 CMS_1363 CMS_1364   mraZ FALSE 0.031 339.000 0.000 NA   NA
 5415435 5415436 CMS_1364 CMS_1365 mraZ mraW TRUE 0.816 104.000 0.635 NA   NA
 5415436 5415437 CMS_1365 CMS_1366 mraW   TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415437 5415438 CMS_1366 CMS_1367     FALSE 0.085 165.000 0.000 NA   NA
 5415438 5415439 CMS_1367 CMS_1368   murE TRUE 0.962 13.000 0.333 1.000 Y NA
 5415439 5415440 CMS_1368 CMS_1369 murE murF TRUE 0.994 -43.000 0.367 0.002 Y NA
 5415440 5415441 CMS_1369 CMS_1370 murF mraY TRUE 0.981 -6.000 0.071 0.005 Y NA
 5415441 5415442 CMS_1370 CMS_1371 mraY murD TRUE 0.996 3.000 0.647 0.005 Y NA
 5415442 5415443 CMS_1371 CMS_1372 murD ftsW TRUE 0.947 -43.000 0.081 0.005 N NA
 5415443 5415444 CMS_1372 CMS_1373 ftsW murG TRUE 0.978 -3.000 0.167 1.000 N NA
 5415444 5415445 CMS_1373 CMS_1374 murG murC TRUE 0.903 48.000 0.270 1.000 Y NA
 5415445 5415446 CMS_1374 CMS_1375 murC ftsQ FALSE 0.362 420.000 0.134 NA Y NA
 5415446 5415447 CMS_1375 CMS_1376 ftsQ ftsZ FALSE 0.370 138.000 0.067 NA N NA
 5415447 5415448 CMS_1376 CMS_1377 ftsZ   FALSE 0.105 87.000 0.006 NA   NA
 5415448 5415449 CMS_1377 CMS_1378     TRUE 0.857 76.000 0.581 NA   NA
 5415449 5415450 CMS_1378 CMS_1379     TRUE 0.651 68.000 0.165 NA   NA
 5415450 5415451 CMS_1379 CMS_1380     TRUE 0.587 47.000 0.114 NA   NA
 5415451 5415452 CMS_1380 CMS_1381   rlu FALSE 0.219 31.000 0.000 NA   NA
 5415452 5415453 CMS_1381 CMS_1382 rlu dnaE FALSE 0.267 77.000 0.014 1.000 N NA
 5415455 5415456 CMS_1384 CMS_1385 hisD   FALSE 0.397 18.000 0.011 NA N NA
 5415456 5415457 CMS_1385 CMS_1386   pyrD FALSE 0.235 58.000 0.004 NA N NA
 5415459 5415460 CMS_1388 CMS_1389     FALSE 0.072 136.000 0.005 NA   NA
 5415460 5415461 CMS_1389 CMS_1390     FALSE 0.159 86.000 0.014 NA   NA
 5415461 5415462 CMS_1390 CMS_1391     TRUE 0.958 13.000 0.284 0.001 Y NA
 5415462 5415463 CMS_1391 CMS_1392     TRUE 0.970 2.000 0.250 NA   NA
 5415463 5415464 CMS_1392 CMS_1393     TRUE 0.605 5.000 0.000 NA   NA
 5415464 5415465 CMS_1393 CMS_1394     FALSE 0.119 97.000 0.000 1.000   NA
 5415466 5415467 CMS_1395 CMS_1396     FALSE 0.184 48.000 0.000 NA   NA
 5415468 5415469 CMS_1397 CMS_1398     FALSE 0.232 83.000 0.000 1.000 N NA
 5415469 5415470 CMS_1398 CMS_1399     FALSE 0.191 46.000 0.000 1.000   NA
 5415470 5415471 CMS_1399 CMS_1400     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415471 5415472 CMS_1400 CMS_1401     FALSE 0.048 228.000 0.000 NA   NA
 5415473 5415474 CMS_1402 CMS_1403     FALSE 0.062 193.000 0.000 NA   NA
 5415475 5415476 CMS_1404 CMS_1405     TRUE 0.469 101.000 0.000 NA Y NA
 5415476 5415477 CMS_1405 CMS_1406     TRUE 0.990 6.000 0.471 0.001 Y NA
 5415477 5415478 CMS_1406 CMS_1407   mnhA FALSE 0.196 93.000 0.000 1.000 N NA
 5415478 5415479 CMS_1407 CMS_1408 mnhA   TRUE 0.999 -3.000 0.833 0.001 Y NA
 5415479 5415480 CMS_1408 CMS_1409     TRUE 0.999 -3.000 0.870 0.001 Y NA
 5415480 5415481 CMS_1409 CMS_1410     TRUE 0.999 -3.000 0.913 1.000 Y NA
 5415481 5415482 CMS_1410 CMS_1411     TRUE 0.965 -3.000 0.109 0.047   NA
 5415482 5415483 CMS_1411 CMS_1412     TRUE 0.963 -3.000 0.106 1.000   NA
 5415483 5415484 CMS_1412 CMS_1413   ilvD FALSE 0.273 70.000 0.000 1.000 N NA
 5415484 5415485 CMS_1413 CMS_1414 ilvD ilvB TRUE 0.667 45.000 0.020 0.002 Y NA
 5415485 5415486 CMS_1414 CMS_1415 ilvB ilvH TRUE 0.996 -3.000 0.380 0.001 Y NA
 5415486 5415487 CMS_1415 CMS_1416 ilvH ilvC TRUE 0.549 181.000 0.071 0.002 Y NA
 5415487 5415488 CMS_1416 CMS_1417 ilvC   FALSE 0.053 215.000 0.000 NA   NA
 5415488 5415489 CMS_1417 CMS_1418     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415495 5415496 CMS_1424 CMS_1425 leuB ilvE TRUE 0.940 9.000 0.083 1.000 Y NA
 5415496 5415497 CMS_1425 CMS_1426 ilvE   FALSE 0.290 58.000 0.010 1.000 N NA
 5415497 5415498 CMS_1426 CMS_1427     TRUE 0.685 3.000 0.000 NA   NA
 5415498 5415499 CMS_1427 CMS_1428   gltX FALSE 0.327 14.000 0.000 NA   NA
 5415499 5415500 CMS_1428 CMS_1429 gltX   FALSE 0.251 38.000 0.006 1.000 N NA
 5415500 5415501 CMS_1429 CMS_r023     FALSE 0.130 91.000 0.000 NA   NA
 5415504 5415505 CMS_1432 CMS_1433     FALSE 0.202 55.000 0.000 1.000   NA
 5415507 5415508 CMS_1435 CMS_1436     FALSE 0.048 229.000 0.000 NA   NA
 5415508 5415509 CMS_1436 CMS_1437     FALSE 0.229 28.000 0.000 NA   NA
 5415510 5415511 CMS_r024 CMS_1438     FALSE 0.099 143.000 0.000 NA   NA
 5415511 5415512 CMS_1438 CMS_1439   ung FALSE 0.386 11.000 0.000 1.000   NA
 5415512 5415513 CMS_1439 CMS_1440 ung   FALSE 0.388 54.000 0.025 1.000 N NA
 5415516 5415517 CMS_1443 CMS_1444 hps rmpB TRUE 0.986 -3.000 0.250 0.021 N NA
 5415518 5415519 CMS_1445 CMS_1446     FALSE 0.134 166.000 0.000 1.000 N NA
 5415519 5415520 CMS_1446 CMS_1447     FALSE 0.334 29.000 0.000 1.000 N NA
 5415522 5415523 CMS_1449 CMS_1450     TRUE 0.685 3.000 0.000 NA   NA
 5415524 5415525 CMS_1451 CMS_1452     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415525 5415526 CMS_1452 CMS_1453     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415526 5415527 CMS_1453 CMS_1454     FALSE 0.305 58.000 0.000 1.000 N NA
 5415527 5415528 CMS_1454 CMS_1455     FALSE 0.302 131.000 0.040 1.000 N NA
 5415528 5415529 CMS_1455 CMS_1456     FALSE 0.133 91.000 0.000 1.000   NA
 5415529 5415530 CMS_1456 CMS_1457     FALSE 0.073 176.000 0.000 NA   NA
 5415530 5415531 CMS_1457 CMS_1458     FALSE 0.241 199.000 0.083 NA   NA
 5415531 5415532 CMS_1458 CMS_1459     FALSE 0.135 89.000 0.000 NA   NA
 5415532 5415533 CMS_1459 CMS_1460     FALSE 0.111 129.000 0.000 NA   NA
 5415535 5415536 CMS_1461 CMS_1462     FALSE 0.208 34.000 0.000 NA   NA
 5415536 5415537 CMS_1462 CMS_1463     FALSE 0.246 25.000 0.000 NA   NA
 5415538 5415539 CMS_1464 CMS_1465     FALSE 0.162 78.000 0.000 1.000   NA
 5415540 5415541 CMS_1466 CMS_1467     TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 5415541 5415542 CMS_1467 CMS_1468     TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5415542 5415543 CMS_1468 CMS_1469     TRUE 0.645 35.000 0.000 1.000 Y NA
 5415543 5415544 CMS_1469 CMS_1470     TRUE 0.963 26.000 1.000 1.000 N NA
 5415545 5415546 CMS_1471 CMS_1472     FALSE 0.202 63.000 0.000 NA   NA
 5415548 5415549 CMS_1474 CMS_1475 argS   FALSE 0.203 12.000 0.002 NA   NA
 5415549 5415550 CMS_1475 CMS_1476   lysA FALSE 0.089 159.000 0.000 NA   NA
 5415550 5415551 CMS_1476 CMS_1477 lysA   TRUE 0.985 -3.000 0.071 1.000 Y NA
 5415551 5415552 CMS_1477 CMS_1478   thrC TRUE 0.989 0.000 0.194 1.000 Y NA
 5415552 5415553 CMS_1478 CMS_1479 thrC thrB TRUE 0.993 -3.000 0.221 1.000 Y NA
 5415555 5415556 CMS_1481 CMS_1482 rho prfA TRUE 0.732 6.000 0.017 1.000 N NA
 5415556 5415557 CMS_1482 CMS_1483 prfA   TRUE 0.833 25.000 0.069 1.000 Y NA
 5415559 5415560 CMS_1485 CMS_1486     TRUE 0.985 -3.000 0.248 NA N NA
 5415560 5415561 CMS_1486 CMS_1487     TRUE 0.859 -3.000 0.020 NA   NA
 5415561 5415562 CMS_1487 CMS_1488     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5415563 5415564 CMS_1489 CMS_1490     TRUE 0.939 0.000 0.083 1.000   NA
 5415564 5415565 CMS_1490 CMS_1491   pepN FALSE 0.356 158.000 0.071 1.000 N NA
 5415566 5415567 CMS_1492 CMS_1493     TRUE 0.527 114.000 0.182 1.000   NA
 5415567 5415568 CMS_1493 CMS_1494     TRUE 0.967 7.000 0.398 1.000 N NA
 5415569 5415570 CMS_1495 CMS_1496     FALSE 0.099 143.000 0.000 NA   NA
 5415570 5415571 CMS_1496 CMS_r042     FALSE 0.020 639.000 0.000 NA   NA
 5415572 5415573 CMS_r025 CMS_1497   tig FALSE 0.182 69.000 0.000 NA   NA
 5415573 5415574 CMS_1497 CMS_1498 tig clpP1 FALSE 0.316 185.000 0.007 1.000 Y NA
 5415574 5415575 CMS_1498 CMS_1499 clpP1 clpP2 TRUE 0.954 36.000 0.512 0.001 Y NA
 5415580 5415581 CMS_1504 CMS_1505     TRUE 0.995 0.000 1.000 NA   NA
 5415581 5415582 CMS_1505 CMS_1506     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5415582 5415583 CMS_1506 CMS_1507   pckG FALSE 0.156 148.000 0.000 1.000 N NA
 5415585 5415586 CMS_1509 CMS_1510     TRUE 0.967 -3.000 0.133 1.000   NA
 5415586 5415587 CMS_1510 CMS_1511     TRUE 0.997 -3.000 0.533 0.048 Y NA
 5415587 5415588 CMS_1511 CMS_1512     TRUE 0.999 -3.000 0.889 0.048 Y NA
 5415589 5415590 CMS_1513 CMS_1514     TRUE 0.638 8.000 0.000 1.000 N NA
 5415590 5415591 CMS_1514 CMS_1515     FALSE 0.112 118.000 0.000 1.000   NA
 5415593 5415594 CMS_1517 CMS_1518     FALSE 0.204 58.000 0.000 NA   NA
 5415594 5415595 CMS_1518 CMS_1519     FALSE 0.314 15.000 0.000 NA   NA
 5415595 5415596 CMS_1519 CMS_1520     FALSE 0.185 47.000 0.000 NA   NA
 5415596 5415597 CMS_1520 CMS_1521     FALSE 0.110 118.000 0.000 NA   NA
 5415597 5415598 CMS_1521 CMS_1522     FALSE 0.157 79.000 0.000 NA   NA
 5415598 5415599 CMS_1522 CMS_1523     FALSE 0.036 285.000 0.000 NA   NA
 5415600 5415601 CMS_1524 CMS_1525     FALSE 0.128 170.000 0.000 1.000 N NA
 5415601 5415602 CMS_1525 CMS_1526     TRUE 0.995 -3.000 0.263 0.010 Y NA
 5415602 5415603 CMS_1526 CMS_1527   treX TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415604 5415605 CMS_1529 CMS_1530     FALSE 0.040 259.000 0.000 NA   NA
 5415605 5415606 CMS_1530 CMS_1531     TRUE 0.973 3.000 0.326 NA   NA
 5415606 5415607 CMS_1531 CMS_1532     TRUE 0.988 -3.000 0.372 1.000   NA
 5415607 5415608 CMS_1532 CMS_1533     TRUE 0.831 -10.000 0.000 NA N NA
 5415608 5415609 CMS_1533 CMS_1534     FALSE 0.424 10.000 0.000 NA   NA
 5415610 5415611 CMS_1535 CMS_r043     FALSE 0.113 99.000 0.000 NA   NA
 5415611 5415612 CMS_r043 CMS_1536     FALSE 0.191 44.000 0.000 NA   NA
 5415613 5415614 CMS_1537 CMS_1538     FALSE 0.138 88.000 0.000 NA   NA
 5415614 5415615 CMS_1538 CMS_r012     FALSE 0.314 15.000 0.000 NA   NA
 5415615 5415616 CMS_r012 CMS_1539   nadE FALSE 0.193 41.000 0.000 NA   NA
 5415617 5415618 CMS_1540 CMS_1541     FALSE 0.148 84.000 0.000 NA   NA
 5415619 5415620 CMS_1542 CMS_1543 msrA   FALSE 0.110 107.000 0.000 NA   NA
 5415620 5415621 CMS_1543 CMS_1543A     FALSE 0.110 106.000 0.000 NA   NA
 5415621 5415622 CMS_1543A CMS_1544     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415622 5415623 CMS_1544 CMS_1545     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415623 5415624 CMS_1545 CMS_1546     FALSE 0.127 64.000 0.004 NA   NA
 5415624 5415625 CMS_1546 CMS_1547     TRUE 0.788 4.000 0.031 NA   NA
 5415627 5415628 CMS_1549 CMS_1550     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5415629 5415630 CMS_1551 CMS_1552     FALSE 0.083 166.000 0.000 NA   NA
 5415631 5415632 CMS_1553 CMS_1554     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415632 5415633 CMS_1554 CMS_1555     FALSE 0.125 93.000 0.000 NA   NA
 5415633 5415634 CMS_1555 CMS_1556     TRUE 0.712 5.000 0.011 1.000 N NA
 5415634 5415635 CMS_1556 CMS_1557   dnaG FALSE 0.450 65.000 0.037 1.000 N NA
 5415635 5415636 CMS_1557 CMS_1558 dnaG   FALSE 0.098 199.000 0.000 1.000 N NA
 5415636 5415637 CMS_1558 CMS_1559     FALSE 0.443 147.000 0.000 0.048 Y NA
 5415637 5415638 CMS_1559 CMS_1560     TRUE 0.994 2.000 0.435 0.048 Y NA
 5415638 5415639 CMS_1560 CMS_1561     TRUE 0.976 -3.000 0.185 1.000   NA
 5415639 5415640 CMS_1561 CMS_1562     FALSE 0.121 114.000 0.000 0.021   NA
 5415640 5415641 CMS_1562 CMS_1563     TRUE 0.463 111.000 0.000 1.000 Y NA
 5415641 5415642 CMS_1563 CMS_1564     FALSE 0.296 64.000 0.000 NA N NA
 5415644 5415645 CMS_1566 CMS_1567     TRUE 0.829 101.000 0.667 NA   NA
 5415645 5415646 CMS_1567 CMS_1568     TRUE 0.991 -3.000 0.500 NA   NA
 5415646 5415647 CMS_1568 CMS_1569     TRUE 0.994 -3.000 0.667 NA   NA
 5415647 5415648 CMS_1569 CMS_1570     TRUE 0.993 -3.000 0.600 NA   NA
 5415648 5415649 CMS_1570 CMS_1571     FALSE 0.074 174.000 0.000 NA   NA
 5415649 5415650 CMS_1571 CMS_1572     TRUE 0.995 -3.000 0.333 1.000 Y NA
 5415650 5415651 CMS_1572 CMS_1573     TRUE 0.996 -3.000 0.375 1.000 Y NA
 5415651 5415652 CMS_1573 CMS_1574     TRUE 0.984 -7.000 0.375 NA   NA
 5415652 5415653 CMS_1574 CMS_1575     FALSE 0.114 98.000 0.000 NA   NA
 5415653 5415654 CMS_1575 CMS_r014     FALSE 0.187 68.000 0.000 NA   NA
 5415656 5415657 CMS_1577 CMS_1578     TRUE 0.485 169.000 0.213 NA   NA
 5415657 5415658 CMS_1578 CMS_r026     FALSE 0.337 13.000 0.000 NA   NA
 5415658 5415659 CMS_r026 CMS_1579     TRUE 0.506 8.000 0.000 NA   NA
 5415660 5415661 CMS_1580 CMS_1581 fcl gmd TRUE 0.991 -3.000 0.160 0.006 Y NA
 5415662 5415663 CMS_1582 CMS_1583 wcaI wcaF TRUE 0.943 -3.000 0.066 1.000   NA
 5415663 5415664 CMS_1583 CMS_1584 wcaF   TRUE 0.931 -3.000 0.055 1.000   NA
 5415664 5415665 CMS_1584 CMS_1585   rfc TRUE 0.982 -3.000 0.250 NA   NA
 5415666 5415667 CMS_1586 CMS_1587     TRUE 0.982 -3.000 0.250 NA   NA
 5415667 5415668 CMS_1587 CMS_1588     FALSE 0.253 24.000 0.000 NA   NA
 5415668 5415669 CMS_1588 CMS_1589   wzx FALSE 0.206 63.000 0.000 1.000   NA
 5415669 5415670 CMS_1589 CMS_1590 wzx   FALSE 0.118 96.000 0.000 NA   NA
 5415670 5415671 CMS_1590 CMS_1591     FALSE 0.111 122.000 0.000 NA   NA
 5415671 5415672 CMS_1591 CMS_1592   csp FALSE 0.109 117.000 0.000 NA   NA
 5415673 5415674 CMS_1593 CMS_1594 polA   FALSE 0.189 52.000 0.000 NA   NA
 5415674 5415675 CMS_1594 CMS_1595     FALSE 0.110 108.000 0.000 NA   NA
 5415678 5415679 CMS_1599 CMS_1600 kasA acpP TRUE 0.838 80.000 0.178 1.000 Y NA
 5415679 5415680 CMS_1600 CMS_1601 acpP fabH TRUE 0.921 54.000 0.307 0.002 Y NA
 5415680 5415681 CMS_1601 CMS_1602 fabH fabD TRUE 0.908 70.000 0.294 1.000 Y NA
 5415681 5415682 CMS_1602 CMS_1603 fabD   TRUE 0.786 95.000 0.441 NA N NA
 5415682 5415683 CMS_1603 CMS_1604   aceE TRUE 0.547 17.000 0.028 NA N NA
 5415688 5415689 CMS_1608 CMS_1609 bioY   TRUE 0.964 -3.000 0.117 NA   NA
 5415689 5415690 CMS_1609 CMS_1610     TRUE 0.998 -3.000 0.729 1.000 Y NA
 5415690 5415691 CMS_1610 CMS_1611     FALSE 0.143 86.000 0.000 NA   NA
 5415691 5415692 CMS_1611 CMS_1612     FALSE 0.192 53.000 0.000 NA   NA
 5415692 5415693 CMS_1612 CMS_1613     TRUE 0.860 56.000 0.468 NA   NA
 5415697 5415698 CMS_1617 CMS_1618 glnA2 glnE TRUE 0.498 59.000 0.046 1.000 N NA
 5415701 5415702 CMS_1621 CMS_1622     FALSE 0.033 318.000 0.000 NA   NA
 5415704 5415705 CMS_1624 CMS_1625 sucB pdhD TRUE 0.937 61.000 0.379 1.000 Y NA
 5415705 5415706 CMS_1625 CMS_1626 pdhD pepA TRUE 0.521 92.000 0.095 0.033 N NA
 5415707 5415708 CMS_1627 CMS_1628     TRUE 0.579 76.000 0.140 NA   NA
 5415708 5415709 CMS_1628 CMS_1629     FALSE 0.033 628.000 0.000 NA N NA
 5415709 5415710 CMS_1629 CMS_1630     TRUE 0.777 4.000 0.015 1.000 N NA
 5415710 5415711 CMS_1630 CMS_1631     TRUE 0.995 -3.000 0.796 1.000   NA
 5415718 5415719 CMS_1638 CMS_1639     FALSE 0.080 169.000 0.000 NA   NA
 5415720 5415721 CMS_1640 CMS_1641 dut   TRUE 0.953 -3.000 0.078 NA   NA
 5415721 5415722 CMS_1641 CMS_1642     TRUE 0.948 3.000 0.169 NA   NA
 5415722 5415723 CMS_1642 CMS_1643   acnA FALSE 0.070 180.000 0.000 NA   NA
 5415723 5415724 CMS_1643 CMS_1644 acnA dxs FALSE 0.154 116.000 0.008 1.000 N NA
 5415725 5415726 CMS_1645 CMS_1646 fadB fadA TRUE 0.998 -3.000 0.812 NA Y NA
 5415726 5415727 CMS_1646 CMS_1647 fadA   FALSE 0.278 100.000 0.032 NA N NA
 5415727 5415728 CMS_1647 CMS_1648     FALSE 0.414 141.000 0.115 NA   NA
 5415728 5415729 CMS_1648 CMS_1649     FALSE 0.117 181.000 0.025 NA   NA
 5415729 5415730 CMS_1649 CMS_1650     TRUE 0.890 -3.000 0.027 NA   NA
 5415730 5415731 CMS_1650 CMS_1651   thtR TRUE 0.987 -3.000 0.351 NA   NA
 5415732 5415733 CMS_1652 CMS_1653     FALSE 0.042 252.000 0.000 NA   NA
 5415733 5415734 CMS_1653 CMS_1654     FALSE 0.063 194.000 0.000 1.000   NA
 5415734 5415735 CMS_1654 CMS_1655     FALSE 0.031 342.000 0.000 NA   NA
 5415735 5415736 CMS_1655 CMS_1656     FALSE 0.192 42.000 0.000 NA   NA
 5415736 5415737 CMS_1656 CMS_1658     FALSE 0.030 356.000 0.000 1.000   NA
 5415737 5415738 CMS_1658 CMS_1659     FALSE 0.189 47.000 0.000 1.000   NA
 5415739 5415740 CMS_1660 CMS_1661     TRUE 0.971 3.000 0.229 0.047 N NA
 5415740 5415741 CMS_1661 CMS_1662     TRUE 0.649 87.000 0.042 1.000 Y NA
 5415741 5415742 CMS_1662 CMS_1663     TRUE 0.588 128.000 0.043 1.000 Y NA
 5415744 5415745 CMS_1665 CMS_1666     FALSE 0.286 45.000 0.000 1.000 N NA
 5415745 5415746 CMS_1666 CMS_r028     FALSE 0.112 127.000 0.000 NA   NA
 5415747 5415748 CMS_1667 CMS_1668     FALSE 0.160 142.000 0.000 1.000 N NA
 5415748 5415749 CMS_1668 CMS_1669   cysS TRUE 0.574 65.000 0.071 1.000 N NA
 5415751 5415752 CMS_1671 CMS_1672     TRUE 0.830 -3.000 0.014 1.000   NA
 5415752 5415753 CMS_1672 CMS_1673     FALSE 0.208 62.000 0.000 1.000   NA
 5415753 5415754 CMS_1673 CMS_1674     FALSE 0.246 25.000 0.000 NA   NA
 5415754 5415755 CMS_1674 CMS_1675     TRUE 0.998 -3.000 0.767 NA Y NA
 5415755 5415756 CMS_1675 CMS_1676   tatA FALSE 0.103 191.000 0.000 NA N NA
 5415756 5415757 CMS_1676 CMS_1677 tatA tatC TRUE 0.632 55.000 0.012 NA Y NA
 5415757 5415758 CMS_1677 CMS_1678 tatC   TRUE 0.526 95.000 0.166 NA   NA
 5415758 5415759 CMS_1678 CMS_1679   lnt TRUE 0.909 -3.000 0.035 1.000   NA
 5415760 5415761 CMS_1680 CMS_1681     FALSE 0.359 76.000 0.048 NA   NA
 5415761 5415762 CMS_1681 CMS_1682     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415763 5415764 CMS_1683 CMS_1684     FALSE 0.257 136.000 0.029 1.000 N NA
 5415764 5415765 CMS_1684 CMS_1685     TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5415765 5415766 CMS_1685 CMS_1686     FALSE 0.172 72.000 0.000 NA   NA
 5415766 5415767 CMS_1686 CMS_1687   lip FALSE 0.204 58.000 0.000 NA   NA
 5415767 5415768 CMS_1687 CMS_1688 lip   FALSE 0.068 183.000 0.000 NA   NA
 5415772 10691940 CMS_1692 CMS_1693     FALSE 0.145 85.000 0.000 NA   NA
 10691940 5415773 CMS_1693 CMS_1693A     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5415773 5415774 CMS_1693A CMS_1694     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5415774 5415775 CMS_1694 CMS_1696     FALSE 0.054 213.000 0.000 NA   NA
 5415775 5415776 CMS_1696 CMS_1700     FALSE 0.018 2208.000 0.000 NA   NA
 5415778 5415779 CMS_1702 CMS_1703     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5415779 5415780 CMS_1703 CMS_1704     FALSE 0.196 93.000 0.000 1.000 N NA
 5415780 5415781 CMS_1704 CMS_1705     FALSE 0.114 122.000 0.000 1.000   NA
 5415781 5415782 CMS_1705 CMS_1706     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415783 5415784 CMS_1707 CMS_1708     TRUE 0.994 0.000 0.333 0.045 Y NA
 5415784 5415785 CMS_1708 CMS_1709     TRUE 0.923 9.000 0.263 1.000   NA
 5415786 5415787 CMS_1711 CMS_1712     FALSE 0.305 16.000 0.000 NA   NA
 5415787 5415788 CMS_1712 CMS_1713     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415788 5415789 CMS_1713 CMS_1715     FALSE 0.090 157.000 0.000 NA   NA
 5415789 5415790 CMS_1715 CMS_1717     FALSE 0.033 318.000 0.000 NA   NA
 5415791 5415792 CMS_1718 CMS_1720     FALSE 0.030 351.000 0.000 1.000   NA
 5415794 5415795 CMS_1722 CMS_1723 glyQS   FALSE 0.110 112.000 0.000 1.000   NA
 5415795 5415796 CMS_1723 CMS_1724   uppS FALSE 0.148 85.000 0.000 1.000   NA
 5415796 5415797 CMS_1724 CMS_1725 uppS recO TRUE 0.962 -3.000 0.076 1.000 N NA
 5415799 5415800 CMS_1727 CMS_1728 leuA   FALSE 0.088 167.000 0.013 1.000   NA
 5415800 5415801 CMS_1728 CMS_1729     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415801 5415802 CMS_1729 CMS_1730     FALSE 0.154 81.000 0.000 NA   NA
 5415802 5415803 CMS_1730 CMS_1731     TRUE 0.978 51.000 1.000 0.015 Y NA
 5415803 5415804 CMS_1731 CMS_1732     FALSE 0.120 111.000 0.000 0.045   NA
 5415804 5415805 CMS_1732 CMS_1733     TRUE 0.943 -7.000 0.089 1.000   NA
 5415805 5415806 CMS_1733 CMS_1734     TRUE 0.895 10.000 0.222 NA   NA
 5415806 5415807 CMS_1734 CMS_1735     TRUE 0.990 -3.000 0.457 NA   NA
 5415807 5415808 CMS_1735 CMS_1736     TRUE 0.898 -13.000 0.032 1.000 N NA
 5415808 5415809 CMS_1736 CMS_1737     FALSE 0.395 29.000 0.034 NA   NA
 5415809 5415810 CMS_1737 CMS_1738     TRUE 0.879 3.000 0.058 NA   NA
 5415810 5415811 CMS_1738 CMS_1739   hrcA FALSE 0.205 61.000 0.000 NA   NA
 5415812 5415813 CMS_1740 CMS_1741     FALSE 0.260 23.000 0.000 NA   NA
 5415817 5415818 CMS_1745 CMS_1746     FALSE 0.202 57.000 0.000 NA   NA
 5415818 5415819 CMS_1746 CMS_1747     FALSE 0.180 70.000 0.000 NA   NA
 5415819 5415820 CMS_1747 CMS_1748     FALSE 0.112 101.000 0.000 NA   NA
 5415821 5415822 CMS_1749 CMS_1750 lepA   FALSE 0.112 100.000 0.000 NA   NA
 5415822 5415823 CMS_1750 CMS_1751     FALSE 0.086 164.000 0.000 NA   NA
 5415823 5415824 CMS_1751 CMS_1752     FALSE 0.191 46.000 0.000 1.000   NA
 5415824 5415825 CMS_1752 CMS_1753     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5415826 5415827 CMS_1754 CMS_1755   rpsT FALSE 0.168 136.000 0.000 1.000 N NA
 5415828 5415829 CMS_1756 CMS_1757     FALSE 0.111 105.000 0.000 NA   NA
 5415829 5415830 CMS_1757 CMS_1758     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5415830 5415831 CMS_1758 CMS_1759     FALSE 0.078 171.000 0.000 NA   NA
 5415831 5415832 CMS_1759 CMS_1760   leuS FALSE 0.028 360.000 0.000 NA   NA
 5415832 5415833 CMS_1760 CMS_1761 leuS trpE FALSE 0.118 99.000 0.002 1.000 N NA
 5415835 5415836 CMS_1763 CMS_1764     TRUE 0.998 -3.000 0.631 0.005 Y NA
 5415836 5415837 CMS_1764 CMS_1765     FALSE 0.270 22.000 0.000 1.000   NA
 5415837 5415838 CMS_1765 CMS_1766   cydB FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5415838 5415839 CMS_1766 CMS_1767 cydB cydA TRUE 0.998 0.000 0.925 0.024 Y NA
 5415842 5415843 CMS_1770 CMS_1771     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5415844 5415845 CMS_1772 CMS_1772A     TRUE 0.986 0.000 0.133 1.000 Y NA
 5415845 5415846 CMS_1772A CMS_1773     TRUE 0.976 0.000 0.213 1.000 N NA
 5415846 5415847 CMS_1773 CMS_1774     FALSE 0.223 30.000 0.000 NA   NA
 5415847 5415848 CMS_1774 CMS_1774A     FALSE 0.165 75.000 0.000 NA   NA
 5415848 5415849 CMS_1774A CMS_1774B     TRUE 0.956 15.000 0.667 0.046 N NA
 5415849 5415850 CMS_1774B CMS_1775     TRUE 0.999 -3.000 0.918 0.046 Y NA
 5415850 5415851 CMS_1775 CMS_1776     TRUE 0.998 -3.000 0.694 1.000 Y NA
 5415852 5415853 CMS_1777 CMS_1778     FALSE 0.109 109.000 0.000 NA   NA
 5415855 5415856 CMS_1780 CMS_1781     FALSE 0.069 182.000 0.000 NA   NA
 5415857 5415858 CMS_1782 CMS_1783     FALSE 0.279 51.000 0.000 NA N NA
 5415858 5415859 CMS_1783 CMS_1784   zwf FALSE 0.179 99.000 0.000 1.000 N NA
 5415860 5415861 CMS_1785 CMS_1786     FALSE 0.200 56.000 0.000 NA   NA
 5415861 5415862 CMS_1786 CMS_1787     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415862 5415863 CMS_1787 CMS_1788     FALSE 0.453 141.000 0.000 0.031 Y NA
 5415866 5415867 CMS_1791 CMS_1792     FALSE 0.117 97.000 0.000 NA   NA
 5415867 5415868 CMS_1792 CMS_1793     FALSE 0.176 71.000 0.000 NA   NA
 5415868 5415869 CMS_1793 CMS_1794     FALSE 0.187 68.000 0.000 NA   NA
 5415871 5415872 CMS_1796 CMS_1797     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5415873 5415874 CMS_1798 CMS_1799     FALSE 0.176 71.000 0.000 NA   NA
 5415875 5415876 CMS_1800 CMS_1801 ptsH fruA TRUE 0.631 46.000 0.000 0.006 Y NA
 5415876 5415877 CMS_1801 CMS_1802 fruA   TRUE 0.918 23.000 0.200 1.000 Y NA
 5415877 5415878 CMS_1802 CMS_1803     TRUE 0.996 -3.000 0.353 1.000 Y NA
 5415878 5415879 CMS_1803 CMS_1804     FALSE 0.064 193.000 0.000 1.000   NA
 5415879 5415880 CMS_1804 CMS_1805     FALSE 0.191 43.000 0.000 NA   NA
 5415882 5415883 CMS_r009 CMS_1807     FALSE 0.112 101.000 0.000 NA   NA
 5415883 5415884 CMS_1807 CMS_1808     FALSE 0.080 83.000 0.002 NA   NA
 5415884 5415885 CMS_1808 CMS_1809     FALSE 0.107 40.000 0.002 NA   NA
 5415885 5415886 CMS_1809 CMS_1810   nadD TRUE 0.688 -3.000 0.002 NA   NA
 5415886 5415887 CMS_1810 CMS_1811 nadD   FALSE 0.175 18.000 0.002 NA   NA
 5415887 5415888 CMS_1811 CMS_1812   proA FALSE 0.060 99.000 0.002 NA   NA
 5415888 5415889 CMS_1812 CMS_1813 proA proB TRUE 0.983 6.000 0.281 0.001 Y NA
 5415889 5415890 CMS_1813 CMS_1814 proB   TRUE 0.951 4.000 0.206 1.000   NA
 5415890 5415891 CMS_1814 CMS_1815   rpmA TRUE 0.686 120.000 0.335 1.000   NA
 5415891 5415892 CMS_1815 CMS_1816 rpmA rplU TRUE 0.974 25.000 0.667 0.015 Y NA
 5415896 5415897 CMS_1820 CMS_1821 ndk   TRUE 0.556 10.000 0.024 NA   NA
 5415897 5415898 CMS_1821 CMS_1822   folC TRUE 0.971 -3.000 0.156 NA   NA
 5415898 5415899 CMS_1822 CMS_1823 folC ileS TRUE 0.930 -3.000 0.031 0.087 N NA
 5415899 5415900 CMS_1823 CMS_1824 ileS   FALSE 0.053 217.000 0.000 1.000   NA
 5415902 5415903 CMS_1826 CMS_1827     FALSE 0.193 41.000 0.000 NA   NA
 5415903 5415904 CMS_1827 CMS_1828     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415904 5415905 CMS_1828 CMS_1829     FALSE 0.109 111.000 0.000 NA   NA
 5415909 5415910 CMS_1833 CMS_1834     TRUE 0.745 -10.000 0.000 NA   NA
 5415910 5415911 CMS_1834 CMS_1835   ribF FALSE 0.127 92.000 0.000 NA   NA
 5415911 5415912 CMS_1835 CMS_1836 ribF   TRUE 0.642 3.000 0.008 NA   NA
 5415912 5415913 CMS_1836 CMS_1837     TRUE 0.669 39.000 0.167 NA   NA
 5415913 5415914 CMS_1837 CMS_1838   truB TRUE 0.791 -3.000 0.010 NA   NA
 5415918 5415919 CMS_1842 CMS_1843 rbfA infB TRUE 0.721 332.000 0.530 1.000 Y NA
 5415919 5415920 CMS_1843 CMS_1844 infB nusA FALSE 0.347 441.000 0.342 1.000 N NA
 5415920 5415921 CMS_1844 CMS_1845 nusA proS FALSE 0.222 86.000 0.000 1.000 N NA
 5415921 5415922 CMS_1845 CMS_1846 proS   FALSE 0.320 32.000 0.000 1.000 N NA
 5415922 5415923 CMS_1846 CMS_1847     TRUE 0.977 -3.000 0.154 1.000 N NA
 5415923 5415924 CMS_1847 CMS_1848   fabH TRUE 0.850 47.000 0.154 NA Y NA
 5415924 5415925 CMS_1848 CMS_1849 fabH ispG TRUE 0.464 107.000 0.000 NA Y NA
 5415925 5415926 CMS_1849 CMS_1850 ispG   FALSE 0.432 96.000 0.072 1.000 N NA
 5415927 5415928 CMS_1851 CMS_1852     FALSE 0.189 45.000 0.000 NA   NA
 5415929 5415930 CMS_1853 CMS_1854 dxr   FALSE 0.332 9.000 0.002 1.000   NA
 5415935 5415936 CMS_1860 CMS_1861 deaD   FALSE 0.373 171.000 0.000 1.000 Y NA
 5415937 5415938 CMS_1863 CMS_1864     FALSE 0.172 72.000 0.000 NA   NA
 5415939 5415940 CMS_1865 CMS_1866     TRUE 0.734 -18.000 0.000 NA   NA
 5415944 5415945 CMS_1870 CMS_1871     TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5415948 5415949 CMS_1875 CMS_1876     FALSE 0.112 127.000 0.000 NA   NA
 5415949 5415950 CMS_1876 CMS_1877     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415950 5415951 CMS_1877 CMS_1878     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415951 5415952 CMS_1878 CMS_1879     FALSE 0.024 439.000 0.000 NA   NA
 5415952 5415953 CMS_1879 CMS_1880     FALSE 0.284 19.000 0.000 NA   NA
 5415953 5415954 CMS_1880 CMS_1881     FALSE 0.082 167.000 0.000 NA   NA
 5415955 5415956 CMS_1882 CMS_1883 lipB lipA TRUE 0.995 -3.000 0.319 0.001 Y NA
 5415956 5415957 CMS_1883 CMS_1884 lipA   FALSE 0.165 75.000 0.000 NA   NA
 5415957 5415958 CMS_1884 CMS_1885     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5415959 5415960 CMS_1886 CMS_r045     FALSE 0.049 223.000 0.000 NA   NA
 5415960 5415961 CMS_r045 CMS_1887     FALSE 0.099 143.000 0.000 NA   NA
 5415961 5415962 CMS_1887 CMS_1888     FALSE 0.279 128.000 0.053 1.000   NA
 5415963 5415964 CMS_1889 CMS_1890     FALSE 0.122 94.000 0.000 NA   NA
 5415965 5415966 CMS_1891 CMS_1892     TRUE 0.876 11.000 0.044 1.000 Y NA
 5415968 5415969 CMS_1894 CMS_1895     TRUE 0.997 -3.000 0.493 0.003 Y NA
 5415970 5415971 CMS_1896 CMS_1897     TRUE 0.655 12.000 0.060 NA   NA
 5415973 5415974 CMS_1899 CMS_1900     FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5415976 5415977 CMS_1902 CMS_1903     TRUE 0.685 3.000 0.000 NA   NA
 5415979 5415980 CMS_1905 CMS_1906     TRUE 0.899 -16.000 0.056 NA   NA
 5415980 5415981 CMS_1906 CMS_1907     TRUE 0.984 -10.000 0.389 NA   NA
 5415981 5415982 CMS_1907 CMS_1908     FALSE 0.110 119.000 0.000 NA   NA
 5415982 5415983 CMS_1908 CMS_1909     FALSE 0.205 61.000 0.000 NA   NA
 5415986 5415987 CMS_1912 CMS_1913     FALSE 0.117 97.000 0.000 NA   NA
 5415987 5415988 CMS_1913 CMS_1914     FALSE 0.173 148.000 0.028 NA   NA
 5415988 5415989 CMS_1914 CMS_1915   dapE TRUE 0.725 -18.000 0.011 NA   NA
 5415991 5415992 CMS_1917 CMS_1918     TRUE 0.909 60.000 0.667 NA   NA
 5415993 5415994 CMS_1919 CMS_1920     FALSE 0.175 107.000 0.000 1.000 N NA
 5415994 5415995 CMS_1920 CMS_1921   tag TRUE 0.748 15.000 0.008 1.000 Y NA
 5415996 5415997 CMS_1922 CMS_1923   atpC FALSE 0.108 112.000 0.000 NA   NA
 5415997 5415998 CMS_1923 CMS_1924 atpC atpD TRUE 0.998 2.000 0.837 0.003 Y NA
 5415998 5415999 CMS_1924 CMS_1925 atpD atpG TRUE 0.970 36.000 0.724 0.003 Y NA
 5415999 5416000 CMS_1925 CMS_1926 atpG atpA TRUE 0.975 50.000 0.846 0.003 Y NA
 5416000 5416001 CMS_1926 CMS_1927 atpA atpH TRUE 0.978 35.000 0.864 0.003 Y NA
 5416001 5416002 CMS_1927 CMS_1928 atpH atpF TRUE 0.980 0.000 0.067 0.003 Y NA
 5416002 5416003 CMS_1928 CMS_1929 atpF atpE TRUE 0.784 33.000 0.056 0.003 Y NA
 5416003 5416004 CMS_1929 CMS_1930 atpE atpB TRUE 0.768 47.000 0.062 0.003 Y NA
 5416004 5416005 CMS_1930 CMS_1931 atpB   FALSE 0.032 336.000 0.000 1.000   NA
 5416006 5416007 CMS_1932 CMS_1933     FALSE 0.052 330.000 0.000 NA N NA
 5416008 5416009 CMS_1939 CMS_1940 ppc   FALSE 0.176 105.000 0.000 1.000 N NA
 5416009 5416010 CMS_1940 CMS_1941     FALSE 0.057 206.000 0.000 NA   NA
 5416013 5416014 CMS_1944 CMS_1945     FALSE 0.108 114.000 0.000 NA   NA
 5416014 5416015 CMS_1945 CMS_1946     FALSE 0.106 136.000 0.000 NA   NA
 5416016 5416017 CMS_1947 CMS_1948     FALSE 0.125 98.000 0.000 0.068   NA
 5416017 5416018 CMS_1948 CMS_1949     FALSE 0.097 200.000 0.000 1.000 N NA
 5416018 5416019 CMS_1949 CMS_1950     FALSE 0.192 53.000 0.000 NA   NA
 5416021 5416022 CMS_1952 CMS_1953     TRUE 0.878 -3.000 0.012 1.000 N NA
 5416023 5416024 CMS_1954 CMS_1955     TRUE 0.882 -3.000 0.012 1.000 N NA
 5416025 5416026 CMS_1956 CMS_1957     TRUE 0.989 -3.000 0.400 1.000   NA
 5416027 5416028 CMS_1958 CMS_1959 treS   FALSE 0.436 11.000 0.005 1.000 N NA
 5416029 5416030 CMS_1960 CMS_1961 rpmE2   FALSE 0.132 130.000 0.004 1.000 N NA
 5416030 5416031 CMS_1961 CMS_1962     TRUE 0.670 55.000 0.119 1.000 N NA
 5416032 5416033 CMS_1963 CMS_1964 glgC serB TRUE 0.895 -3.000 0.015 1.000 N NA
 5416034 5416035 CMS_1965 CMS_1966   fabG FALSE 0.253 24.000 0.000 NA   NA
 5416036 5416037 CMS_1967 CMS_1968     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416037 5416038 CMS_1968 CMS_1969     TRUE 0.940 -3.000 0.062 NA   NA
 5416039 5416040 CMS_1970 CMS_1971     FALSE 0.066 222.000 0.019 NA   NA
 5416040 5416041 CMS_1971 CMS_1972     TRUE 0.867 -3.000 0.021 NA   NA
 5416041 5416042 CMS_1972 CMS_1973     TRUE 0.648 14.000 0.046 NA N NA
 5416042 5416043 CMS_1973 CMS_1974     TRUE 0.955 -3.000 0.063 NA N NA
 5416043 5416044 CMS_1974 CMS_1975     TRUE 0.991 1.000 0.266 0.001 Y NA
 5416047 5416048 CMS_1978 CMS_1979 tkt tal TRUE 0.704 151.000 0.135 1.000 Y NA
 5416048 5416049 CMS_1979 CMS_1980 tal pgi TRUE 0.975 -3.000 0.025 1.000 Y NA
 5416049 5416050 CMS_1980 CMS_1981 pgi zwf TRUE 0.772 39.000 0.061 1.000 Y NA
 5416050 5416051 CMS_1981 CMS_1982 zwf   TRUE 0.997 -3.000 0.583 NA Y NA
 5416051 5416052 CMS_1982 CMS_1983   pgl TRUE 0.997 -3.000 0.463 NA Y NA
 5416053 5416054 CMS_1984 CMS_1985   secG TRUE 0.508 12.000 0.027 NA   NA
 5416054 5416055 CMS_1985 CMS_1986 secG tpiA FALSE 0.298 142.000 0.064 1.000   NA
 5416055 5416056 CMS_1986 CMS_1987 tpiA pgk TRUE 0.980 -9.000 0.075 1.000 Y NA
 5416056 5416057 CMS_1987 CMS_1988 pgk gap TRUE 0.939 7.000 0.055 0.004 Y NA
 5416057 5416058 CMS_1988 CMS_1989 gap sodB FALSE 0.308 128.000 0.041 1.000 N NA
 5416058 5416059 CMS_1989 CMS_1990 sodB   FALSE 0.070 169.000 0.009 NA   NA
 5416059 5416060 CMS_1990 CMS_1991     TRUE 0.566 30.000 0.076 NA   NA
 5416060 5416061 CMS_1991 CMS_1992   uvrC TRUE 0.517 65.000 0.073 NA   NA
 5416061 5416062 CMS_1992 CMS_1993 uvrC uvrA TRUE 0.974 0.000 0.043 0.001 Y NA
 5416062 5416063 CMS_1993 CMS_1994 uvrA uvrB TRUE 0.823 82.000 0.154 0.001 Y NA
 5416063 5416064 CMS_1994 CMS_1995 uvrB coaE TRUE 0.677 10.000 0.026 0.085 N NA
 5416064 5416065 CMS_1995 CMS_1996 coaE rpsA FALSE 0.201 156.000 0.024 1.000 N NA
 5416065 5416066 CMS_1996 CMS_1997 rpsA   FALSE 0.060 199.000 0.000 NA   NA
 5416066 5416067 CMS_1997 CMS_1998   fruB TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416067 5416068 CMS_1998 CMS_1999 fruB polA FALSE 0.279 50.000 0.000 1.000 N NA
 5416069 5416070 CMS_2000 CMS_2001     FALSE 0.104 137.000 0.000 NA   NA
 5416071 5416072 CMS_2002 CMS_2003     FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5416074 5416075 CMS_2004 CMS_2005 pyk   FALSE 0.328 88.000 0.031 1.000 N NA
 5416075 5416076 CMS_2005 CMS_2006     TRUE 0.965 -7.000 0.022 0.001 Y NA
 5416076 5416077 CMS_2006 CMS_2007   lgt TRUE 0.644 102.000 0.222 1.000 N NA
 5416077 5416078 CMS_2007 CMS_2008 lgt trpA FALSE 0.282 60.000 0.009 1.000 N NA
 5416078 5416079 CMS_2008 CMS_2009 trpA trpB TRUE 0.991 -3.000 0.153 0.001 Y NA
 5416079 5416080 CMS_2009 CMS_2010 trpB trpC TRUE 0.976 -3.000 0.025 0.001 Y NA
 5416080 5416081 CMS_2010 CMS_2011 trpC   TRUE 0.974 1.000 0.286 NA   NA
 5416081 5416082 CMS_2011 CMS_2012     TRUE 0.596 41.000 0.109 NA   NA
 5416082 5416083 CMS_2012 CMS_2013   trpE TRUE 0.992 0.000 0.690 NA   NA
 5416083 5416084 CMS_2013 CMS_2014 trpE hisI TRUE 0.982 -3.000 0.050 1.000 Y NA
 5416084 5416085 CMS_2014 CMS_2015 hisI hisF TRUE 0.996 -3.000 0.430 0.004 Y NA
 5416085 5416086 CMS_2015 CMS_2016 hisF hisG TRUE 0.937 3.000 0.008 0.004 Y NA
 5416086 5416087 CMS_2016 CMS_2017 hisG hisE TRUE 0.804 47.000 0.081 0.004 Y NA
 5416087 5416088 CMS_2017 CMS_2018 hisE   FALSE 0.109 109.000 0.000 NA   NA
 5416088 5416089 CMS_2018 CMS_2020   rpe FALSE 0.260 23.000 0.000 NA   NA
 5416089 5416090 CMS_2020 CMS_2021 rpe   TRUE 0.730 11.000 0.056 1.000 N NA
 5416090 5416091 CMS_2021 CMS_2022   fmt TRUE 0.914 68.000 0.305 1.000 Y NA
 5416091 5416092 CMS_2022 CMS_2023 fmt priA FALSE 0.174 116.000 0.012 NA N NA
 5416092 5416093 CMS_2023 CMS_2024 priA metK FALSE 0.388 115.000 0.068 NA N NA
 5416093 5416094 CMS_2024 CMS_2025 metK coaBC TRUE 0.766 40.000 0.059 1.000 Y NA
 5416094 5416095 CMS_2025 CMS_2026 coaBC rpoZ TRUE 0.691 79.000 0.192 1.000 N NA
 5416095 5416096 CMS_2026 CMS_2027 rpoZ gmk TRUE 0.871 49.000 0.471 1.000 N NA
 5416096 5416097 CMS_2027 CMS_2028 gmk pyrF TRUE 0.591 75.000 0.013 1.000 Y NA
 5416097 5416098 CMS_2028 CMS_2029 pyrF carB TRUE 0.986 -3.000 0.075 1.000 Y NA
 5416098 5416099 CMS_2029 CMS_2030 carB carA TRUE 0.994 0.000 0.345 0.001 Y NA
 5416099 5416100 CMS_2030 CMS_2031 carA   TRUE 0.927 -3.000 0.050 NA   NA
 5416100 5416101 CMS_2031 CMS_2032   pyrC TRUE 0.934 -3.000 0.057 NA   NA
 5416101 5416102 CMS_2032 CMS_2033 pyrC pyrB TRUE 0.996 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 5416102 5416103 CMS_2033 CMS_2034 pyrB pyrR TRUE 0.994 -3.000 0.247 1.000 Y NA
 5416103 5416104 CMS_2034 CMS_2035 pyrR acsA FALSE 0.172 112.000 0.000 1.000 N NA
 5416104 5416105 CMS_2035 CMS_2036 acsA   FALSE 0.434 74.000 0.045 1.000 N NA
 5416105 5416106 CMS_2036 CMS_2037     TRUE 0.998 -3.000 0.795 0.045 Y NA
 5416106 5416107 CMS_2037 CMS_2038     TRUE 0.811 83.000 0.146 1.000 Y NA
 5416107 5416108 CMS_2038 CMS_2039     FALSE 0.043 249.000 0.000 NA   NA
 5416108 5416109 CMS_2039 CMS_2040   nusB FALSE 0.160 77.000 0.000 NA   NA
 5416109 5416110 CMS_2040 CMS_2041 nusB efp TRUE 0.917 4.000 0.078 1.000 N NA
 5416110 5416111 CMS_2041 CMS_2042 efp aroQ FALSE 0.132 112.000 0.005 1.000 N NA
 5416111 5416112 CMS_2042 CMS_2043 aroQ   FALSE 0.258 24.000 0.000 1.000   NA
 5416112 5416113 CMS_2043 CMS_2044   thiL FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5416115 5416116 CMS_2046 CMS_2047   ddl FALSE 0.379 169.000 0.000 NA Y NA
 5416116 5416117 CMS_2047 CMS_2048 ddl gpsA TRUE 0.967 -3.000 0.088 1.000 N NA
 5416117 5416118 CMS_2048 CMS_2049 gpsA   TRUE 0.987 -7.000 0.380 1.000 N NA
 5416118 5416119 CMS_2049 CMS_2050     TRUE 0.893 12.000 0.236 1.000 N NA
 5416119 5416120 CMS_2050 CMS_2051   leuD TRUE 0.938 1.000 0.074 1.000 N NA
 5416120 5416121 CMS_2051 CMS_2052 leuD leuC TRUE 0.994 3.000 0.477 0.001 Y NA
 5416121 5416122 CMS_2052 CMS_2053 leuC   FALSE 0.293 66.000 0.000 1.000 N NA
 5416122 5416123 CMS_2053 CMS_2054     TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5416126 5416127 CMS_2057 CMS_2058   metX TRUE 0.951 42.000 0.542 1.000 Y NA
 5416127 5416128 CMS_2058 CMS_2059 metX   FALSE 0.174 118.000 0.000 1.000 N NA
 5416128 5416129 CMS_2059 CMS_2060     TRUE 0.646 59.000 0.000 1.000 Y NA
 5416129 5416130 CMS_2060 CMS_2061     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416130 5416131 CMS_2061 CMS_2062     FALSE 0.108 112.000 0.000 NA   NA
 5416131 5416132 CMS_2062 CMS_2063     FALSE 0.204 64.000 0.000 1.000   NA
 5416133 5416134 CMS_2064 CMS_2065     FALSE 0.196 39.000 0.000 NA   NA
 5416138 5416139 CMS_2069 CMS_2070     TRUE 0.996 -7.000 1.000 0.030   NA
 5416139 5416140 CMS_2070 CMS_2071     FALSE 0.111 121.000 0.000 NA   NA
 5416142 5416143 CMS_2073 CMS_2074     FALSE 0.204 35.000 0.000 NA   NA
 5416143 5416144 CMS_2074 CMS_2075   sigR TRUE 0.996 -3.000 0.808 NA   NA
 5416145 5416146 CMS_2076 CMS_2077 aroA   TRUE 0.942 -3.000 0.063 1.000   NA
 5416146 5416147 CMS_2077 CMS_2078     FALSE 0.354 37.000 0.033 1.000   NA
 5416149 5416150 CMS_2080 CMS_2081     TRUE 0.890 24.000 0.364 0.045 N NA
 5416150 5416151 CMS_2081 CMS_2082     TRUE 0.685 3.000 0.000 NA   NA
 5416152 5416153 CMS_2083 CMS_2084 smpB ftsX FALSE 0.446 67.000 0.038 1.000 N NA
 5416153 5416154 CMS_2084 CMS_2085 ftsX ftsE TRUE 0.991 -3.000 0.431 1.000 N NA
 5416154 5416155 CMS_2085 CMS_2086 ftsE prfB FALSE 0.343 103.000 0.053 1.000 N NA
 5416157 5416158 CMS_2088 CMS_2089     TRUE 0.975 -3.000 0.182 NA   NA
 5416158 5416159 CMS_2089 CMS_2090     TRUE 0.981 -25.000 0.364 NA   NA
 5416159 5416160 CMS_2090 CMS_2091     TRUE 0.696 39.000 0.185 NA   NA
 5416160 5416161 CMS_2091 CMS_2092     FALSE 0.186 51.000 0.000 NA   NA
 5416161 5416162 CMS_2092 CMS_2093     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416162 5416163 CMS_2093 CMS_2094     TRUE 0.907 36.000 0.667 NA   NA
 5416163 5416164 CMS_2094 CMS_2095   xylB FALSE 0.173 117.000 0.000 1.000 N NA
 5416165 5416166 CMS_r030 CMS_2096     FALSE 0.200 64.000 0.000 NA   NA
 5416166 5416167 CMS_2096 CMS_2097     FALSE 0.112 125.000 0.000 NA   NA
 5416168 5416169 CMS_2098 CMS_2099     FALSE 0.405 19.000 0.000 1.000 N NA
 5416169 5416170 CMS_2099 CMS_2100   rph TRUE 0.677 125.000 0.262 1.000 N NA
 5416170 5416171 CMS_2100 CMS_2101 rph racE TRUE 0.779 9.000 0.048 1.000 N NA
 5416171 5416172 CMS_2101 CMS_2102 racE   FALSE 0.209 59.000 0.000 1.000   NA
 5416174 5416175 CMS_2104 CMS_2105     TRUE 0.469 62.000 0.059 NA   NA
 5416175 5416176 CMS_2105 CMS_2106     TRUE 0.987 -24.000 0.508 NA   NA
 5416177 5416178 CMS_2107 CMS_2108     TRUE 0.637 37.000 0.000 NA Y NA
 5416178 5416179 CMS_2108 CMS_2109     TRUE 0.995 0.000 0.462 0.084 Y NA
 5416179 5416180 CMS_2109 CMS_2110     TRUE 0.689 85.000 0.250 NA   NA
 5416183 5416184 CMS_2113 CMS_2114     FALSE 0.112 128.000 0.000 NA   NA
 5416184 5416185 CMS_2114 CMS_2115     TRUE 0.993 -3.000 0.600 NA   NA
 5416185 5416186 CMS_2115 CMS_2116     TRUE 0.862 -3.000 0.020 NA   NA
 5416186 5416187 CMS_2116 CMS_2117     FALSE 0.105 220.000 0.020 NA N NA
 5416187 5416188 CMS_2117 CMS_2118     FALSE 0.047 230.000 0.000 NA   NA
 5416188 5416189 CMS_2118 CMS_2119     TRUE 0.749 -9.000 0.000 NA   NA
 5416190 5416191 CMS_2120 CMS_2121     FALSE 0.176 130.000 0.000 1.000 N NA
 5416191 5416192 CMS_2121 CMS_2122     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416192 5416193 CMS_2122 CMS_2123     FALSE 0.118 96.000 0.000 NA   NA
 5416193 5416194 CMS_2123 CMS_2124     TRUE 0.652 57.000 0.000 0.014 Y NA
 5416194 5416195 CMS_2124 CMS_2125   clpS FALSE 0.111 104.000 0.000 NA   NA
 5416195 5416196 CMS_2125 CMS_2126 clpS   TRUE 0.996 -3.000 0.823 NA   NA
 5416196 5416197 CMS_2126 CMS_2127     FALSE 0.108 114.000 0.000 NA   NA
 5416197 5416198 CMS_2127 CMS_2128     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416198 5416199 CMS_2128 CMS_2129     FALSE 0.215 32.000 0.000 NA   NA
 5416201 5416202 CMS_2131 CMS_2132     TRUE 0.711 2.000 0.000 NA   NA
 5416202 5416203 CMS_2132 CMS_2133     TRUE 0.997 -3.000 0.545 1.000 Y NA
 5416204 5416205 CMS_2134 CMS_2135     TRUE 0.995 -3.000 0.726 NA   NA
 5416211 5416212 CMS_2141 CMS_2142   purA FALSE 0.189 45.000 0.000 NA   NA
 5416212 5416213 CMS_2142 CMS_2143 purA   TRUE 0.469 82.000 0.082 NA   NA
 5416214 5416215 CMS_2144 CMS_2145     TRUE 0.997 0.000 0.669 NA Y NA
 5416217 5416218 CMS_2148 CMS_2149     FALSE 0.152 82.000 0.000 NA   NA
 5416218 5416219 CMS_2149 CMS_2150     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416219 5416220 CMS_2150 CMS_2151     TRUE 0.983 -3.000 0.261 NA   NA
 5416221 5416222 CMS_2152 CMS_2153     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416223 5416224 CMS_2154 CMS_2155     FALSE 0.108 136.000 0.000 1.000   NA
 5416224 5416225 CMS_2155 CMS_2156     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5416226 5416227 CMS_2157 CMS_2158     TRUE 0.830 -3.000 0.000 0.023   NA
 5416229 5416230 CMS_2160 CMS_2161   deaD FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5416230 5416231 CMS_2161 CMS_2162 deaD   FALSE 0.035 300.000 0.000 NA   NA
 5416232 5416233 CMS_2164 CMS_2165     FALSE 0.293 18.000 0.000 NA   NA
 5416234 5416235 CMS_2166 CMS_2167     FALSE 0.101 141.000 0.000 NA   NA
 5416235 5416236 CMS_2167 CMS_2168     FALSE 0.117 98.000 0.000 1.000   NA
 5416237 5416238 CMS_2169 CMS_2170     FALSE 0.109 110.000 0.000 NA   NA
 5416240 5416241 CMS_2172 CMS_2173     TRUE 0.997 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 5416241 5416242 CMS_2173 CMS_2174     FALSE 0.185 47.000 0.000 NA   NA
 5416243 5416244 CMS_2175 CMS_2176     FALSE 0.293 18.000 0.000 NA   NA
 5416245 5416246 CMS_2177 CMS_2178   peh FALSE 0.157 146.000 0.000 1.000 N NA
 5416247 5416248 CMS_2179 CMS_2180     FALSE 0.191 43.000 0.000 NA   NA
 5416248 5416249 CMS_2180 CMS_2181     FALSE 0.195 67.000 0.000 1.000   NA
 5416249 5416250 CMS_2181 CMS_2182     FALSE 0.039 269.000 0.000 1.000   NA
 5416250 5416251 CMS_2182 CMS_2183     FALSE 0.190 68.000 0.000 1.000   NA
 5416251 5416252 CMS_2183 CMS_2184     FALSE 0.115 125.000 0.000 1.000   NA
 5416252 5416253 CMS_2184 CMS_2185     FALSE 0.184 50.000 0.000 NA   NA
 5416253 5416254 CMS_2185 CMS_2186     FALSE 0.106 136.000 0.000 NA   NA
 5416254 5416255 CMS_2186 CMS_2187     FALSE 0.109 111.000 0.000 NA   NA
 5416255 5416256 CMS_2187 CMS_2188     FALSE 0.233 28.000 0.000 1.000   NA
 5416257 5416258 CMS_2189 CMS_2190     FALSE 0.189 45.000 0.000 NA   NA
 5416262 5416263 CMS_2194 CMS_2195 gabT ansA TRUE 0.972 0.000 0.044 NA Y NA
 5416264 5416265 CMS_2196 CMS_2197     FALSE 0.130 91.000 0.000 NA   NA
 5416265 5416266 CMS_2197 CMS_2198     TRUE 0.996 -3.000 0.880 NA   NA
 5416266 5416267 CMS_2198 CMS_2199     TRUE 0.995 -3.000 0.808 NA   NA
 5416267 5416268 CMS_2199 CMS_2200     TRUE 0.914 67.000 0.731 NA   NA
 5416268 5416269 CMS_2200 CMS_2201     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416269 5416270 CMS_2201 CMS_2203   gltA FALSE 0.089 158.000 0.000 NA   NA
 5416270 5416271 CMS_2203 CMS_2204 gltA   FALSE 0.320 163.000 0.064 1.000 N NA
 5416271 5416272 CMS_2204 CMS_2205     TRUE 0.691 6.000 0.012 1.000 N NA
 5416272 5416273 CMS_2205 CMS_2206     FALSE 0.193 41.000 0.000 NA   NA
 5416274 5416275 CMS_2207 CMS_2208     TRUE 0.858 71.000 0.180 NA Y NA
 5416275 5416276 CMS_2208 CMS_2209     TRUE 0.998 0.000 0.812 NA Y NA
 5416277 5416278 CMS_2210 CMS_2211     FALSE 0.110 106.000 0.000 NA   NA
 5416278 5416279 CMS_2211 CMS_2212     FALSE 0.172 115.000 0.000 1.000 N NA
 5416279 5416280 CMS_2212 CMS_2213     FALSE 0.115 100.000 0.000 1.000   NA
 5416282 5416283 CMS_2215 CMS_2216     TRUE 0.785 101.000 0.522 0.044   NA
 5416283 5416284 CMS_2216 CMS_2217     FALSE 0.061 195.000 0.000 NA   NA
 5416285 5416286 CMS_2219 CMS_2220     FALSE 0.110 108.000 0.000 NA   NA
 5416286 5416287 CMS_2220 CMS_2221     TRUE 0.991 -3.000 0.484 NA   NA
 5416288 5416289 CMS_2222 CMS_2223 gcvP gcvH TRUE 0.963 -3.000 0.005 1.000 Y NA
 5416289 5416290 CMS_2223 CMS_2224 gcvH gcvT TRUE 0.983 -3.000 0.056 0.001 Y NA
 5416290 5416291 CMS_2224 CMS_2225 gcvT   FALSE 0.027 370.000 0.000 NA   NA
 5416293 5416294 CMS_2227 CMS_2228     FALSE 0.115 125.000 0.000 1.000   NA
 5416294 5416295 CMS_2228 CMS_2229     FALSE 0.353 12.000 0.000 NA   NA
 5416295 5416296 CMS_2229 CMS_2230     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416297 5416298 CMS_2231 CMS_2232     FALSE 0.344 15.000 0.000 0.012   NA
 5416301 5416302 CMS_2235 CMS_2236 katA   TRUE 0.820 77.000 0.143 1.000 Y NA
 5416303 5416304 CMS_2237 CMS_2238     FALSE 0.098 146.000 0.000 NA   NA
 5416304 5416305 CMS_2238 CMS_2239     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416305 5416306 CMS_2239 CMS_2240     TRUE 0.764 -13.000 0.000 0.035   NA
 5416306 5416307 CMS_2240 CMS_2241     TRUE 0.815 -3.000 0.000 1.000   NA
 5416307 5416308 CMS_2241 CMS_2242     TRUE 0.754 0.000 0.000 NA   NA
 5416308 5416309 CMS_2242 CMS_2243     TRUE 0.811 -3.000 0.000 NA   NA
 5416313 5416314 CMS_2247 CMS_2248     FALSE 0.121 96.000 0.000 1.000   NA
 5416314 5416315 CMS_2248 CMS_2249   purQ TRUE 0.997 0.000 0.656 0.001 Y NA
 5416315 5416316 CMS_2249 CMS_2250 purQ purL TRUE 0.996 -3.000 0.346 0.001 Y NA
 5416316 5416317 CMS_2250 CMS_2251 purL   TRUE 0.880 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5416317 5416318 CMS_2251 CMS_2252     FALSE 0.022 506.000 0.000 NA   NA
 5416318 5416319