MicrobesOnline Operon Predictions for Vibrio fischeri ES114

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 945561 945562 VF_A0001 VF_A0002   yoaB FALSE 0.006 350.000 0.000 NA   NA
 945562 945563 VF_A0002 VF_A0003 yoaB   FALSE 0.007 310.000 0.000 NA   NA
 945565 945566 VF_A0005 VF_A0006     FALSE 0.086 101.000 0.000 NA   NA
 945568 945569 VF_A0008 VF_A0009   katA FALSE 0.231 55.000 0.042 1.000   NA
 945569 945570 VF_A0009 VF_A0010 katA   FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 945570 945571 VF_A0010 VF_A0011     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 945573 945574 VF_A0013 VF_A0014     FALSE 0.018 210.000 0.000 1.000   NA
 945574 945575 VF_A0014 VF_A0015     FALSE 0.012 251.000 0.000 1.000   NA
 945575 945576 VF_A0015 VF_A0016     FALSE 0.105 86.000 0.000 1.000   NA
 945578 945579 VF_A0018 VF_A0019     FALSE 0.014 230.000 0.000 1.000   NA
 945579 945580 VF_A0019 VF_A0020     FALSE 0.133 60.000 0.000 NA   NA
 5488641 5488642 VF_A1173 VF_A1174     FALSE 0.051 144.000 0.000 NA   NA
 5488643 945581 VF_A1175 VF_A0021     FALSE 0.007 334.000 0.000 NA   NA
 945582 945583 VF_A0022 VF_A0023     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 945587 945588 VF_A0027 VF_A0028   setC FALSE 0.006 140.000 0.000 1.000 N NA
 945589 945590 VF_A0029 VF_A0030     FALSE 0.008 116.000 0.000 NA N NA
 945593 945594 VF_A0033 VF_A0034     FALSE 0.113 76.000 0.000 NA   NA
 945596 945597 VF_A0036 VF_A0037     TRUE 0.972 -3.000 0.286 NA   NA
 945598 5488644 VF_A0038 VF_A1176     FALSE 0.045 149.000 0.000 NA   NA
 945599 945600 VF_A0039 VF_A0040 uhpC uhpB TRUE 0.994 9.000 0.929 0.082 N NA
 945600 945601 VF_A0040 VF_A0041 uhpB uhpA TRUE 0.979 39.000 0.444 0.027 Y NA
 945601 945602 VF_A0041 VF_A0042 uhpA uhpT FALSE 0.429 148.000 0.273 1.000 N NA
 945602 945603 VF_A0042 VF_A0043 uhpT   FALSE 0.001 274.000 0.000 1.000 N NA
 945604 945605 VF_A0044 VF_A0045     TRUE 0.999 0.000 1.000 0.015 Y NA
 945605 945606 VF_A0045 VF_A0046     TRUE 0.993 0.000 0.833 NA N NA
 945608 945609 VF_A0048 VF_A0049     TRUE 0.911 6.000 0.167 NA   NA
 945609 945610 VF_A0049 VF_A0050     FALSE 0.521 56.000 0.125 NA   NA
 945614 945615 VF_A0054 VF_A0055     TRUE 0.901 12.000 0.209 NA   NA
 945617 945618 VF_A0057 VF_A0058     TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 945618 945619 VF_A0058 VF_A0059     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 945620 945621 VF_A0060 VF_A0061 cmtB cmtA TRUE 0.964 14.000 0.083 0.011 Y NA
 945621 945622 VF_A0061 VF_A0062 cmtA yggP TRUE 0.847 51.000 0.458 1.000 N NA
 945622 945623 VF_A0062 VF_A0063 yggP yggD TRUE 0.686 59.000 0.250 NA N NA
 945623 945624 VF_A0063 VF_A0064 yggD yggC TRUE 0.973 10.000 0.588 NA N NA
 945627 945628 VF_A0067 VF_A0068     TRUE 0.973 10.000 0.500 NA   NA
 945631 945632 VF_A0071 VF_A0072 hnoX   TRUE 0.614 19.000 0.077 1.000   NA
 945633 945634 VF_A0073 VF_A0074     FALSE 0.010 265.000 0.000 NA   NA
 945634 945635 VF_A0074 VF_A0075   mshQ2 FALSE 0.281 23.000 0.000 NA   NA
 945635 945636 VF_A0075 VF_A0076 mshQ2 mshP2 TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 945636 945637 VF_A0076 VF_A0077 mshP2 mshO2 TRUE 0.978 -28.000 0.548 NA   NA
 945637 945638 VF_A0077 VF_A0078 mshO2 mshD2 TRUE 0.995 0.000 0.871 NA   NA
 945638 945639 VF_A0078 VF_A0079 mshD2 mshC2 TRUE 0.979 -10.000 0.433 NA   NA
 945639 945640 VF_A0079 VF_A0080 mshC2 dmsC FALSE 0.006 372.000 0.000 NA   NA
 945640 945641 VF_A0080 VF_A0081 dmsC ynfG TRUE 0.995 2.000 0.889 1.000   NA
 945641 945642 VF_A0081 VF_A0082 ynfG dmsA TRUE 0.989 11.000 0.310 0.049 Y NA
 945643 945644 VF_A0083 VF_A0084 dmsD   TRUE 0.980 0.000 0.188 0.049   NA
 945645 945646 VF_A0085 VF_A0086   ggt FALSE 0.030 168.000 0.000 1.000   NA
 945646 945647 VF_A0086 VF_A0087 ggt   FALSE 0.035 162.000 0.000 NA   NA
 945648 945649 VF_A0088 VF_A0089     FALSE 0.068 123.000 0.000 1.000   NA
 945650 945651 VF_A0090 VF_A0091     FALSE 0.026 899.000 0.000 0.029   NA
 945651 945652 VF_A0091 VF_A0092     FALSE 0.005 148.000 0.000 1.000 N NA
 945654 945655 VF_A0094 VF_A0095 ynjF ynjD TRUE 0.977 -7.000 0.359 1.000   NA
 945655 945656 VF_A0095 VF_A0096 ynjD   TRUE 0.970 14.000 0.602 1.000   NA
 945656 945657 VF_A0096 VF_A0097   ynjB TRUE 0.982 18.000 0.627 0.057   NA
 945657 945658 VF_A0097 VF_A0098 ynjB ydjX FALSE 0.012 241.000 0.000 NA   NA
 945658 945659 VF_A0098 VF_A0099 ydjX   TRUE 0.831 16.000 0.167 NA   NA
 945659 945660 VF_A0099 VF_A0100   yeiT TRUE 0.874 -3.000 0.083 1.000   NA
 945660 945661 VF_A0100 VF_A0101 yeiT   FALSE 0.330 30.000 0.067 1.000 N NA
 945662 945663 VF_A0102 VF_A0103     TRUE 0.995 9.000 0.750 1.000 Y NA
 945663 945664 VF_A0103 VF_A0104   yraR FALSE 0.011 94.000 0.000 NA N NA
 945664 945665 VF_A0104 VF_A0105 yraR   FALSE 0.013 79.000 0.000 NA N NA
 945667 945668 VF_A0107 VF_A0108     FALSE 0.011 253.000 0.000 NA   NA
 945670 945671 VF_A0110 VF_A0111 ybhG ybhF TRUE 0.996 5.000 0.752 1.000 Y NA
 945671 945672 VF_A0111 VF_A0112 ybhF ybhS TRUE 0.990 -3.000 0.671 1.000 N NA
 945672 5488645 VF_A0112 VF_A1177 ybhS   FALSE 0.005 451.000 0.000 NA   NA
 945674 945675 VF_A0114 VF_A0115     FALSE 0.519 76.000 0.147 1.000   NA
 945675 945676 VF_A0115 VF_A0116   yceM FALSE 0.020 197.000 0.000 1.000   NA
 945677 945678 VF_A0117 VF_A0118     FALSE 0.247 64.000 0.051 NA   NA
 945678 945679 VF_A0118 VF_A0119     FALSE 0.208 21.000 0.042 1.000 N NA
 945680 945681 VF_A0120 VF_A0121     FALSE 0.392 12.000 0.000 NA   NA
 945683 945684 VF_A0123 VF_A0124 ybgH tppB FALSE 0.205 345.000 0.000 0.001 Y NA
 945684 945685 VF_A0124 VF_A0125 tppB   FALSE 0.002 186.000 0.000 NA N NA
 945687 945688 VF_A0127 VF_A0128     FALSE 0.008 291.000 0.000 NA   NA
 945688 945689 VF_A0128 VF_A0129   ulaA TRUE 0.974 16.000 0.377 0.013   NA
 945689 945690 VF_A0129 VF_A0130 ulaA   TRUE 0.939 -15.000 0.074 0.013   NA
 945690 945691 VF_A0130 VF_A0131     FALSE 0.037 159.000 0.000 NA   NA
 945691 945692 VF_A0131 VF_A0132     FALSE 0.032 165.000 0.000 NA   NA
 945693 945694 VF_A0133 VF_A0134     FALSE 0.084 104.000 0.000 NA   NA
 945694 945695 VF_A0134 VF_A0135     FALSE 0.468 -31.000 0.000 NA   NA
 945697 945698 VF_A0137 VF_A0138     FALSE 0.030 167.000 0.000 NA   NA
 945698 945699 VF_A0138 VF_A0139     FALSE 0.023 184.000 0.000 NA   NA
 5488646 945702 VF_A0141 VF_A0142     FALSE 0.006 356.000 0.000 NA   NA
 945709 945710 VF_A0149 VF_A0150   yeeN TRUE 0.531 96.000 0.184 NA   NA
 945710 945711 VF_A0150 VF_A0151 yeeN rhlE FALSE 0.040 155.000 0.000 NA   NA
 945711 945712 VF_A0151 VF_A0152 rhlE   FALSE 0.001 237.000 0.000 1.000 N NA
 945712 945713 VF_A0152 VF_A0153   emrD FALSE 0.001 251.000 0.000 1.000 N NA
 945715 945716 VF_A0155 VF_A0156     TRUE 0.941 79.000 1.000 NA   NA
 945718 945719 VF_A0158 VF_A0159 fhuC fhuD TRUE 0.851 39.000 0.125 1.000 Y NA
 945719 945720 VF_A0159 VF_A0160 fhuD fhuB TRUE 0.993 13.000 0.800 1.000 Y NA
 945720 945721 VF_A0160 VF_A0161 fhuB iucA FALSE 0.005 149.000 0.000 1.000 N NA
 945721 945722 VF_A0161 VF_A0162 iucA iucB TRUE 0.988 -7.000 0.609 1.000   NA
 945722 945723 VF_A0162 VF_A0163 iucB iucC TRUE 0.970 0.000 0.250 1.000   NA
 945723 945724 VF_A0163 VF_A0164 iucC iucD TRUE 0.969 29.000 0.417 1.000 Y NA
 945724 945725 VF_A0164 VF_A0165 iucD iutA FALSE 0.155 104.000 0.075 1.000 N NA
 945725 945726 VF_A0165 VF_A0166 iutA qmcA FALSE 0.003 183.000 0.012 NA N NA
 945726 945727 VF_A0166 VF_A0167 qmcA   TRUE 0.982 10.000 0.313 NA Y NA
 945727 945728 VF_A0167 VF_A0168     FALSE 0.001 237.000 0.000 NA N NA
 945728 945729 VF_A0168 VF_A0169     FALSE 0.117 425.000 0.000 0.021 Y NA
 945729 945730 VF_A0169 VF_A0170     FALSE 0.108 461.000 0.000 0.021 Y NA
 945733 945734 VF_A0173 VF_A0174     FALSE 0.044 151.000 0.000 NA   NA
 945734 945735 VF_A0174 VF_A0175     FALSE 0.016 217.000 0.000 NA   NA
 945736 945737 VF_A0176 VF_A0177   ogt FALSE 0.212 24.000 0.044 1.000 N NA
 945738 945739 VF_A0178 VF_A0179 cusS cusR TRUE 0.999 5.000 1.000 0.001 Y NA
 945739 945740 VF_A0179 VF_A0180 cusR   TRUE 0.802 104.000 0.500 NA   NA
 945741 945742 VF_A0181 VF_A0182     TRUE 0.989 6.000 0.364 1.000 Y NA
 945742 945743 VF_A0182 VF_A0183     FALSE 0.013 236.000 0.000 NA   NA
 945743 945744 VF_A0183 VF_A0184     FALSE 0.446 10.000 0.000 NA   NA
 945744 945745 VF_A0184 VF_A0185     FALSE 0.529 -15.000 0.000 1.000   NA
 945745 945746 VF_A0185 VF_A0186   motA2 TRUE 0.941 -3.000 0.000 0.007   NA
 945746 945747 VF_A0186 VF_A0187 motA2 motB2 TRUE 0.998 1.000 0.913 1.000 Y NA
 945748 945749 VF_A0188 VF_A0189 torZ torY TRUE 0.992 13.000 0.481 0.049 Y NA
 945749 945750 VF_A0189 VF_A0190 torY   FALSE 0.059 134.000 0.000 NA   NA
 945751 945752 VF_A0191 VF_A0192     FALSE 0.526 111.000 0.200 NA   NA
 945752 945753 VF_A0192 VF_A0193     TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 945753 945754 VF_A0193 VF_A0194     TRUE 0.994 0.000 0.200 0.017 Y NA
 945754 945755 VF_A0194 VF_A0195     TRUE 0.995 -3.000 0.300 0.073 Y NA
 945755 945756 VF_A0195 VF_A0196     TRUE 0.967 0.000 0.286 1.000 N NA
 945756 945757 VF_A0196 VF_A0197     TRUE 0.938 -3.000 0.154 1.000   NA
 945758 945759 VF_A0198 VF_A0199     TRUE 0.983 0.000 0.400 1.000   NA
 945759 945760 VF_A0199 VF_A0200     TRUE 0.998 -3.000 0.857 0.004   NA
 945764 945765 VF_A0204 VF_A0205   yeiH FALSE 0.069 119.000 0.000 NA   NA
 945767 945768 VF_A0207 VF_A0208     FALSE 0.106 82.000 0.000 NA   NA
 945769 945770 VF_A0209 VF_A0210   eptA FALSE 0.063 129.000 0.000 1.000   NA
 945770 945771 VF_A0210 VF_A0211 eptA   FALSE 0.290 100.000 0.087 1.000   NA
 945771 945772 VF_A0211 VF_A0212     TRUE 0.991 -12.000 0.391 1.000 Y NA
 945773 5488647 VF_A0213 VF_A1178     FALSE 0.446 -103.000 0.000 NA   NA
 5488647 945774 VF_A1178 VF_A0214     FALSE 0.075 113.000 0.000 NA   NA
 945775 945776 VF_A0215 VF_A0216     TRUE 0.989 -10.000 0.667 1.000   NA
 945776 945777 VF_A0216 VF_A0217     FALSE 0.468 -31.000 0.000 NA   NA
 945777 945778 VF_A0217 VF_A0218   flp2 FALSE 0.006 351.000 0.000 NA   NA
 945778 5488648 VF_A0218 VF_A1179 flp2   TRUE 0.973 10.000 0.500 NA   NA
 5488648 945779 VF_A1179 VF_A0219     TRUE 0.995 9.000 0.750 NA Y NA
 945779 945780 VF_A0219 VF_A0220     TRUE 0.996 11.000 1.000 NA Y NA
 945780 945781 VF_A0220 VF_A0221     TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 945781 945782 VF_A0221 VF_A0222     TRUE 0.991 2.000 0.667 NA   NA
 945782 945783 VF_A0222 VF_A0223   tadA2 TRUE 0.998 3.000 1.000 1.000 Y NA
 945783 945784 VF_A0223 VF_A0224 tadA2 tadB2 TRUE 0.997 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 945784 945785 VF_A0224 VF_A0225 tadB2 tadC2 TRUE 0.998 -30.000 1.000 0.015 Y NA
 945785 945786 VF_A0225 VF_A0226 tadC2 tadD2 TRUE 0.996 -10.000 0.667 1.000 Y NA
 945786 945787 VF_A0226 VF_A0227 tadD2 tadE2 TRUE 0.990 5.000 0.750 NA   NA
 945787 945788 VF_A0227 VF_A0228 tadE2 tadF2 TRUE 0.979 -16.000 0.500 NA   NA
 945788 945789 VF_A0228 VF_A0229 tadF2 tadG2 TRUE 0.962 2.000 0.222 NA   NA
 945789 945790 VF_A0229 VF_A0230 tadG2   FALSE 0.175 40.000 0.000 NA   NA
 945790 945791 VF_A0230 VF_A0231     FALSE 0.070 121.000 0.000 1.000   NA
 945791 945792 VF_A0231 VF_A0232     FALSE 0.455 -46.000 0.000 NA   NA
 945793 945794 VF_A0233 VF_A0234     TRUE 0.984 19.000 0.667 0.024   NA
 945795 945796 VF_A0235 VF_A0236 glpF glpK FALSE 0.024 66.000 0.032 1.000 N NA
 945798 945799 VF_A0238 VF_A0239 glpR glpD FALSE 0.083 178.000 0.104 1.000 N NA
 945805 945806 VF_A0245 VF_A0246     FALSE 0.063 128.000 0.000 NA   NA
 945807 945808 VF_A0247 VF_A0248   glpC FALSE 0.001 278.000 0.000 1.000 N NA
 945808 945809 VF_A0248 VF_A0249 glpC glpB TRUE 0.993 -3.000 0.547 0.048 N NA
 945809 945810 VF_A0249 VF_A0250 glpB glpA TRUE 0.996 -3.000 0.650 0.001 N NA
 945813 945814 VF_A0253 VF_A0254 pepT   FALSE 0.059 135.000 0.000 1.000   NA
 945815 945816 VF_A0255 VF_A0256 yeaM   FALSE 0.011 262.000 0.000 NA   NA
 945819 945820 VF_A0259 VF_A0260     FALSE 0.001 430.000 0.000 1.000 N NA
 945820 945821 VF_A0260 VF_A0261     TRUE 0.981 8.000 0.590 1.000   NA
 945821 945822 VF_A0261 VF_A0262     FALSE 0.226 116.000 0.080 1.000   NA
 945822 945823 VF_A0262 VF_A0263     FALSE 0.004 159.000 0.005 1.000   NA
 945823 945824 VF_A0263 VF_A0264   ycbX FALSE 0.061 133.000 0.000 1.000   NA
 945824 945825 VF_A0264 VF_A0265 ycbX   FALSE 0.321 12.000 0.021 1.000   NA
 945825 945826 VF_A0265 VF_A0266     TRUE 0.996 -25.000 0.923 1.000 Y NA
 945827 945828 VF_A0267 VF_A0268   yedI FALSE 0.010 144.000 0.008 NA   NA
 945836 5488650 VF_A0276 VF_AT0001     FALSE 0.005 448.000 0.000 NA   NA
 5488650 5488651 VF_AT0001 VF_AT0002     FALSE 0.175 40.000 0.000 NA   NA
 5488651 945839 VF_AT0002 VF_A0277     FALSE 0.105 83.000 0.000 NA   NA
 945839 945840 VF_A0277 VF_A0278   alx FALSE 0.006 146.000 0.015 1.000 N NA
 945843 945844 VF_A0281 VF_A0282 nrdD nrdG TRUE 0.983 0.000 0.464 1.000 N NA
 945844 945845 VF_A0282 VF_A0283 nrdG   FALSE 0.104 91.000 0.054 1.000 N NA
 945845 945846 VF_A0283 VF_A0284     TRUE 0.712 65.000 0.288 1.000 N NA
 945847 945848 VF_A0285 VF_A0286     TRUE 0.987 91.000 1.000 0.012 Y NA
 945848 945849 VF_A0286 VF_A0287     FALSE 0.010 265.000 0.000 NA   NA
 945849 945850 VF_A0287 VF_A0288     TRUE 0.937 84.000 1.000 NA   NA
 945851 945852 VF_A0289 VF_A0290 cobQ modA FALSE 0.066 12.000 0.014 1.000 N NA
 945852 945853 VF_A0290 VF_A0291 modA modB TRUE 0.999 -3.000 0.627 0.001 Y NA
 945853 945854 VF_A0291 VF_A0292 modB modC TRUE 0.998 4.000 0.537 0.001 Y NA
 945854 945855 VF_A0292 VF_A0293 modC yjjG FALSE 0.127 11.000 0.008 1.000   NA
 945856 945857 VF_A0294 VF_A0295   yaiL FALSE 0.526 5.000 0.026 NA   NA
 945858 945859 VF_A0296 VF_A0297     FALSE 0.007 332.000 0.000 NA   NA
 945859 945860 VF_A0297 VF_A0298   torC TRUE 0.715 58.000 0.069 NA Y NA
 945860 945861 VF_A0298 VF_A0299 torC torA TRUE 0.989 24.000 0.500 0.048 Y NA
 945861 945862 VF_A0299 VF_A0300 torA   FALSE 0.001 238.000 0.000 1.000 N NA
 945862 945863 VF_A0300 VF_A0301     FALSE 0.001 397.000 0.000 1.000 N NA
 945863 945864 VF_A0301 VF_A0302     FALSE 0.002 220.000 0.000 1.000 N NA
 945864 945865 VF_A0302 VF_A0303     TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 945866 945867 VF_A0304 VF_A0305   sapF FALSE 0.451 10.000 0.026 1.000   NA
 945867 945868 VF_A0305 VF_A0306 sapF sapD TRUE 0.998 -16.000 0.684 0.004 Y NA
 945868 945869 VF_A0306 VF_A0307 sapD sapC TRUE 0.997 0.000 0.667 1.000 Y NA
 945869 945870 VF_A0307 VF_A0308 sapC sapB TRUE 0.990 -13.000 0.210 0.056 Y NA
 945870 945871 VF_A0308 VF_A0309 sapB sapA TRUE 0.975 0.000 0.195 0.056 N NA
 945871 945872 VF_A0309 VF_A0310 sapA pspF TRUE 0.771 78.000 0.402 1.000 N NA
 945873 945874 VF_A0311 VF_A0312 pspA pspB TRUE 0.924 64.000 0.739 NA   NA
 945874 945875 VF_A0312 VF_A0313 pspB pspC TRUE 0.995 0.000 0.913 NA   NA
 945875 945876 VF_A0313 VF_A0314 pspC ycjX TRUE 0.546 96.000 0.190 NA   NA
 945876 945877 VF_A0314 VF_A0315 ycjX ycjF TRUE 0.994 -3.000 0.791 NA   NA
 945877 945878 VF_A0315 VF_A0316 ycjF thiD FALSE 0.011 261.000 0.000 NA   NA
 945878 945879 VF_A0316 VF_A0317 thiD   TRUE 0.937 -7.000 0.204 1.000 N NA
 945879 945880 VF_A0317 VF_A0318   tauC TRUE 0.997 -7.000 0.741 1.000 Y NA
 945880 945881 VF_A0318 VF_A0319 tauC   TRUE 0.963 28.000 0.196 0.056 Y NA
 945881 945882 VF_A0319 VF_A0320     TRUE 0.802 19.000 0.189 1.000 N NA
 945882 945883 VF_A0320 VF_A0321   thiM FALSE 0.030 33.000 0.022 1.000 N NA
 945883 945884 VF_A0321 VF_A0322 thiM   TRUE 0.986 11.000 0.190 0.004 Y NA
 945885 945886 VF_A0323 VF_A0324     FALSE 0.002 188.000 0.000 1.000 N NA
 945890 945891 VF_A0328 VF_A0329 yiaD   FALSE 0.007 152.000 0.007 NA   NA
 945891 945892 VF_A0329 VF_A0330     TRUE 0.992 3.000 0.750 NA   NA
 945892 945893 VF_A0330 VF_A0331     FALSE 0.245 29.000 0.000 NA   NA
 945893 945894 VF_A0331 VF_A0332     FALSE 0.081 10.000 0.000 1.000 N NA
 945894 945895 VF_A0332 VF_A0333   ptrB TRUE 0.957 17.000 0.600 1.000 N NA
 945895 945896 VF_A0333 VF_A0334 ptrB   FALSE 0.001 240.000 0.000 1.000 N NA
 945897 945898 VF_A0335 VF_A0336     TRUE 0.648 19.000 0.086 NA   NA
 945900 945901 VF_A0338 VF_A0339   ygjJ TRUE 0.847 131.000 0.750 1.000   NA
 945901 945902 VF_A0339 VF_A0340 ygjJ   FALSE 0.006 364.000 0.000 1.000   NA
 945902 945903 VF_A0340 VF_A0341     FALSE 0.004 765.000 0.000 NA   NA
 945904 945905 VF_A0342 VF_A0343     TRUE 0.973 -10.000 0.000 0.015 Y NA
 945905 945906 VF_A0343 VF_A0344     TRUE 0.990 6.000 0.400 NA Y NA
 945907 945908 VF_A0345 VF_A0346 ygjI ebgC FALSE 0.431 174.000 0.412 1.000 N NA
 945908 945909 VF_A0346 VF_A0347 ebgC ebgA TRUE 0.999 0.000 0.682 0.001 Y NA
 945909 945910 VF_A0347 VF_A0348 ebgA ebgR FALSE 0.034 350.000 0.136 1.000 N NA
 945910 945911 VF_A0348 VF_A0349 ebgR   FALSE 0.301 102.000 0.000 0.050 N NA
 945911 945912 VF_A0349 VF_A0350     TRUE 0.992 4.000 1.000 1.000 N NA
 945912 945913 VF_A0350 VF_A0351   yidK FALSE 0.054 141.000 0.000 1.000   NA
 945914 945915 VF_A0352 VF_A0353 galE galT FALSE 0.279 138.000 0.007 0.002 N NA
 945915 945917 VF_A0353 VF_A0355 galT galK TRUE 0.595 194.000 0.370 0.002 N NA
 945917 945918 VF_A0355 VF_A0356 galK galM TRUE 0.973 10.000 0.051 0.002 Y NA
 945919 945920 VF_A0357 VF_A0358     TRUE 0.938 4.000 0.227 NA N NA
 945921 945922 VF_A0359 VF_A0360     FALSE 0.163 148.000 0.000 0.095 N NA
 945924 945925 VF_A0362 VF_A0363 ygjH   FALSE 0.011 260.000 0.000 1.000   NA
 945925 945926 VF_A0363 VF_A0364     FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 945926 945927 VF_A0364 VF_A0365     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 945927 945928 VF_A0365 VF_A0366     FALSE 0.001 364.000 0.000 1.000 N NA
 945928 945929 VF_A0366 VF_A0367     FALSE 0.014 74.000 0.011 NA N NA
 945929 945930 VF_A0367 VF_A0368     FALSE 0.002 219.000 0.000 NA N NA
 945930 945931 VF_A0368 VF_A0369     FALSE 0.088 281.000 0.000 1.000 Y NA
 945931 945932 VF_A0369 VF_A0370     TRUE 0.997 18.000 1.000 0.011 Y NA
 945934 945935 VF_A0372 VF_A0373 ybdG   FALSE 0.312 155.000 0.000 NA Y NA
 945935 945936 VF_A0373 VF_A0374     FALSE 0.001 244.000 0.000 NA N NA
 945936 945937 VF_A0374 VF_A0375     FALSE 0.009 275.000 0.000 NA   NA
 945937 945938 VF_A0375 VF_A0376     TRUE 0.974 4.000 0.364 NA   NA
 945938 945939 VF_A0376 VF_A0377     TRUE 0.981 11.000 0.679 NA   NA
 945940 945941 VF_A0378 VF_A0379   yiaV FALSE 0.002 190.000 0.000 1.000 N NA
 945941 945942 VF_A0379 VF_A0380 yiaV yiaW TRUE 0.936 0.000 0.143 NA   NA
 945942 945943 VF_A0380 VF_A0381 yiaW   FALSE 0.030 167.000 0.000 NA   NA
 5488652 945944 VF_A1180 VF_A0382     FALSE 0.136 57.000 0.000 NA   NA
 945946 945947 VF_A0384 VF_A0385 deaD speG FALSE 0.088 281.000 0.000 1.000 Y NA
 945949 945950 VF_A0387 VF_A0388     FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 945950 945951 VF_A0388 VF_A0389     FALSE 0.020 194.000 0.000 NA   NA
 945952 945953 VF_A0390 VF_A0391     TRUE 0.998 4.000 0.771 0.055 Y NA
 945953 945954 VF_A0391 VF_A0392   glnP TRUE 0.996 15.000 0.771 0.055 Y NA
 945954 945955 VF_A0392 VF_A0393 glnP   TRUE 0.996 2.000 0.548 1.000 Y NA
 945958 945959 VF_A0396 VF_A0397     FALSE 0.004 462.000 0.000 NA   NA
 945960 945961 VF_A0398 VF_A0399     TRUE 0.930 2.000 0.000 0.017   NA
 945961 945962 VF_A0399 VF_A0400   lsrR FALSE 0.069 122.000 0.000 1.000   NA
 945962 945963 VF_A0400 VF_A0401 lsrR   FALSE 0.508 9.000 0.029 1.000   NA
 945963 945964 VF_A0401 VF_A0402   deoD2 TRUE 0.908 58.000 0.636 1.000   NA
 945965 945966 VF_A0403 VF_A0404     TRUE 0.998 -3.000 0.524 0.005 Y NA
 945967 945968 VF_A0405 VF_A0406 ynaI   FALSE 0.046 19.000 0.023 NA N NA
 945968 945969 VF_A0406 VF_A0407     TRUE 0.981 16.000 0.244 0.048 Y NA
 945970 945971 VF_A0408 VF_A0409   ypeB FALSE 0.289 -10.000 0.011 NA   NA
 945975 5488653 VF_A0413 VF_AT0003     FALSE 0.043 152.000 0.000 NA   NA
 5488653 945977 VF_AT0003 VF_A0414     FALSE 0.032 165.000 0.000 NA   NA
 945977 945978 VF_A0414 VF_A0415     FALSE 0.022 196.000 0.029 NA   NA
 945979 945980 VF_A0416 VF_A0417   tdh FALSE 0.013 83.000 0.008 NA N NA
 945980 945981 VF_A0417 VF_A0418 tdh kbl TRUE 0.986 0.000 0.547 1.000 N NA
 945982 945983 VF_A0419 VF_A0420     TRUE 0.531 -13.000 0.000 NA   NA
 945983 5488654 VF_A0420 VF_AR0001     FALSE 0.005 442.000 0.000 NA   NA
 5488654 5488655 VF_AR0001 VF_AT0004     FALSE 0.101 88.000 0.000 NA   NA
 5488655 5488656 VF_AT0004 VF_AT0005     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 5488656 5488657 VF_AT0005 VF_AT0006     FALSE 0.130 62.000 0.000 NA   NA
 5488657 5488658 VF_AT0006 VF_AR0002     FALSE 0.005 415.000 0.000 NA   NA
 5488658 5488659 VF_AR0002 VF_AR0003     FALSE 0.062 129.000 0.000 NA   NA
 5488659 5488660 VF_AR0003 VF_AT0007     FALSE 0.131 61.000 0.000 NA   NA
 5488660 945991 VF_AT0007 VF_A0421     FALSE 0.007 335.000 0.000 NA   NA
 5488661 945992 VF_A1181 VF_A0422     FALSE 0.011 256.000 0.000 NA   NA
 945993 945994 VF_A0423 VF_A0424 ycaI msbA TRUE 0.733 35.000 0.075 0.078   NA
 945994 945995 VF_A0424 VF_A0425 msbA lpxK TRUE 0.950 0.000 0.205 1.000 N NA
 945995 945996 VF_A0425 VF_A0426 lpxK   TRUE 0.991 2.000 0.263 0.001   NA
 945996 945997 VF_A0426 VF_A0427   kdsB TRUE 0.951 -18.000 0.265 1.000   NA
 945999 946000 VF_A0429 VF_A0430 smtA mukF TRUE 0.877 26.000 0.325 NA N NA
 946000 946001 VF_A0430 VF_A0431 mukF mukE TRUE 0.942 -19.000 0.071 NA Y NA
 946001 946002 VF_A0431 VF_A0432 mukE mukB TRUE 0.999 3.000 0.800 0.001 Y NA
 946002 946004 VF_A0432 VF_A0434 mukB   FALSE 0.075 114.000 0.000 1.000   NA
 946005 946006 VF_A0435 VF_A0436     TRUE 0.996 -19.000 0.783 1.000 Y NA
 946008 946009 VF_A0438 VF_A0439 nagE2 nnrS FALSE 0.005 155.000 0.026 1.000 N NA
 946012 946013 VF_A0442 VF_A0443   cusC FALSE 0.169 176.000 0.133 NA   NA
 946013 946014 VF_A0443 VF_A0444 cusC cusB TRUE 0.951 11.000 0.133 1.000 Y NA
 946014 946015 VF_A0444 VF_A0445 cusB cusA TRUE 0.995 -3.000 1.000 1.000 N NA
 946015 946016 VF_A0445 VF_A0446 cusA cusF TRUE 0.667 98.000 0.286 NA   NA
 946017 946018 VF_A0447 VF_A0448     FALSE 0.296 219.000 0.000 0.021 Y NA
 946018 946019 VF_A0448 VF_A0449     FALSE 0.023 184.000 0.000 NA   NA
 946019 946020 VF_A0449 VF_A0450   hutH FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 946020 946021 VF_A0450 VF_A0451 hutH hutU TRUE 0.976 42.000 0.315 0.001 Y NA
 946021 946022 VF_A0451 VF_A0452 hutU hutG TRUE 0.971 19.000 0.114 0.001 Y NA
 946022 946023 VF_A0452 VF_A0453 hutG hutI TRUE 0.876 -25.000 0.171 1.000 N NA
 946023 946024 VF_A0453 VF_A0454 hutI hutC FALSE 0.062 184.000 0.090 1.000 N NA
 946026 946027 VF_A0456 VF_A0457     TRUE 0.838 25.000 0.209 NA   NA
 946027 946028 VF_A0457 VF_A0458     FALSE 0.082 107.000 0.000 NA   NA
 946028 946030 VF_A0458 VF_A0460   mfd FALSE 0.259 90.000 0.071 NA   NA
 946030 946031 VF_A0460 VF_A0461 mfd   FALSE 0.453 16.000 0.039 NA   NA
 946032 946033 VF_A0462 VF_A0463 lolC lolD TRUE 0.964 -7.000 0.175 0.071 N NA
 946033 946034 VF_A0463 VF_A0464 lolD lolE TRUE 0.959 0.000 0.125 0.071 N NA
 946034 946035 VF_A0464 VF_A0465 lolE   FALSE 0.047 165.000 0.035 1.000   NA
 946035 5488662 VF_A0465 VF_A0466     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 5488662 946037 VF_A0466 VF_A0467     FALSE 0.513 6.000 0.000 NA   NA
 946037 946038 VF_A0467 VF_A0468   zwf FALSE 0.006 138.000 0.029 1.000 N NA
 946038 946039 VF_A0468 VF_A0469 zwf   TRUE 0.985 -3.000 0.188 1.000 Y NA
 946039 946040 VF_A0469 VF_A0470   gnd TRUE 0.908 37.000 0.039 0.002 Y NA
 946042 946043 VF_A0472 VF_A0473   tcpP FALSE 0.008 311.000 0.000 1.000   NA
 946043 946044 VF_A0473 VF_A0474 tcpP tcpH TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 946044 946045 VF_A0474 VF_A0475 tcpH   FALSE 0.141 53.000 0.000 NA   NA
 946045 946046 VF_A0475 VF_A0476     TRUE 0.832 51.000 0.000 0.015 Y NA
 946046 946047 VF_A0476 VF_A0477     FALSE 0.376 121.000 0.000 0.015   NA
 946047 946048 VF_A0477 VF_A0478     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 946048 946049 VF_A0478 VF_A0479     FALSE 0.103 6.000 0.000 NA N NA
 946049 946050 VF_A0479 VF_A0480     FALSE 0.123 69.000 0.000 NA   NA
 946050 946051 VF_A0480 VF_A0481     FALSE 0.146 51.000 0.000 NA   NA
 946052 946053 VF_A0482 VF_A0483     FALSE 0.145 156.000 0.000 0.078 N NA
 946053 946054 VF_A0483 VF_A0484     FALSE 0.002 187.000 0.000 1.000 N NA
 946054 946055 VF_A0484 VF_A0485     TRUE 0.986 -19.000 0.133 0.004 Y NA
 946055 946056 VF_A0485 VF_A0486     FALSE 0.042 135.000 0.021 1.000   NA
 946056 946057 VF_A0486 VF_A0487   ompU2 FALSE 0.036 146.000 0.021 1.000   NA
 946057 946058 VF_A0487 VF_A0488 ompU2   FALSE 0.147 174.000 0.118 NA   NA
 946058 946059 VF_A0488 VF_A0489     FALSE 0.031 166.000 0.000 NA   NA
 946060 946061 VF_A0490 VF_A0491     TRUE 0.948 10.000 0.300 NA   NA
 946064 946065 VF_A0494 VF_A0495 pykA ygcF FALSE 0.010 102.000 0.004 1.000 N NA
 946068 946069 VF_A0498 VF_A0499 ravA viaA FALSE 0.368 19.000 0.033 NA   NA
 946070 946071 VF_A0500 VF_A0501     FALSE 0.299 44.000 0.051 NA   NA
 946074 946075 VF_A0504 VF_A0505     FALSE 0.297 42.000 0.049 NA   NA
 946075 946076 VF_A0505 VF_A0506     TRUE 0.930 23.000 0.412 NA   NA
 946077 946078 VF_A0507 VF_A0508 gltS   FALSE 0.015 221.000 0.000 NA   NA
 946078 946079 VF_A0508 VF_A0509     FALSE 0.026 177.000 0.000 NA   NA
 946082 946083 VF_A0512 VF_A0513     TRUE 0.747 33.000 0.000 0.003   NA
 946086 946087 VF_A0516 VF_A0517     FALSE 0.306 19.000 0.000 NA   NA
 946087 946088 VF_A0517 VF_A0518     FALSE 0.012 243.000 0.000 NA   NA
 946088 946089 VF_A0518 VF_A0519     FALSE 0.004 471.000 0.000 NA   NA
 946089 946090 VF_A0519 VF_A0520     FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 946090 946091 VF_A0520 VF_A0521     FALSE 0.127 65.000 0.000 NA   NA
 946091 946092 VF_A0521 VF_A0522     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 946093 946094 VF_A0523 VF_A0524     TRUE 0.829 93.000 0.600 1.000 N NA
 946094 946095 VF_A0524 VF_A0525     FALSE 0.001 425.000 0.000 1.000 N NA
 946095 946096 VF_A0525 VF_A0526     FALSE 0.032 31.000 0.000 NA N NA
 946096 946097 VF_A0526 VF_A0527     FALSE 0.086 283.000 0.000 NA Y NA
 946097 946098 VF_A0527 VF_A0528     FALSE 0.117 429.000 0.000 0.020 Y NA
 946098 946099 VF_A0528 VF_A0529   pnuC FALSE 0.000 562.000 0.000 1.000 N NA
 946099 946100 VF_A0529 VF_A0530 pnuC   TRUE 0.955 -3.000 0.227 1.000 N NA
 946100 946101 VF_A0530 VF_A0531     TRUE 0.532 131.000 0.294 NA N NA
 946101 946102 VF_A0531 VF_A0532     FALSE 0.021 190.000 0.000 NA   NA
 946102 946103 VF_A0532 VF_A0533     FALSE 0.095 92.000 0.000 NA   NA
 946103 946104 VF_A0533 VF_A0534     FALSE 0.008 292.000 0.000 NA   NA
 946104 946105 VF_A0534 VF_A0535   hsdM TRUE 0.975 -3.000 0.167 0.049   NA
 946105 946106 VF_A0535 VF_A0536 hsdM   TRUE 0.676 -3.000 0.031 NA   NA
 946106 946107 VF_A0536 VF_A0537     TRUE 0.676 -3.000 0.031 NA   NA
 946107 946108 VF_A0537 VF_A0538     TRUE 0.989 0.000 0.117 0.049 Y NA
 946108 946109 VF_A0538 VF_A0539     TRUE 0.995 3.000 0.216 0.001 Y NA
 946109 946110 VF_A0539 VF_A0540     FALSE 0.267 25.000 0.000 NA   NA
 946110 946111 VF_A0540 VF_A0541     FALSE 0.005 393.000 0.000 NA   NA
 946111 946112 VF_A0541 VF_A0542     FALSE 0.528 5.000 0.000 NA   NA
 946112 946113 VF_A0542 VF_A0543     TRUE 0.951 -3.000 0.000 0.002   NA
 946113 946114 VF_A0543 VF_A0544     TRUE 0.605 -6.000 0.000 NA   NA
 946114 946115 VF_A0544 VF_A0545     FALSE 0.417 11.000 0.000 NA   NA
 946115 946116 VF_A0545 VF_A0546     TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 946116 946117 VF_A0546 VF_A0547     TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 946118 946119 VF_A0548 VF_A0549 intA   FALSE 0.006 357.000 0.000 NA   NA
 946119 946120 VF_A0549 VF_A0550     TRUE 0.984 13.000 0.833 NA   NA
 946120 946121 VF_A0550 VF_A0551     FALSE 0.007 315.000 0.000 NA   NA
 946121 946122 VF_A0551 VF_A0552     FALSE 0.044 151.000 0.000 NA   NA
 946124 946125 VF_A0554 VF_A0555     FALSE 0.130 62.000 0.000 NA   NA
 946125 946126 VF_A0555 VF_A0556     FALSE 0.016 63.000 0.000 NA N NA
 946129 946130 VF_A0559 VF_A0560     FALSE 0.060 132.000 0.000 NA   NA
 946130 946131 VF_A0560 VF_A0561     TRUE 0.997 -25.000 0.944 1.000 Y NA
 946131 946132 VF_A0561 VF_A0562     TRUE 0.875 5.000 0.118 NA   NA
 946132 946133 VF_A0562 VF_A0563     TRUE 0.765 0.000 0.042 NA   NA
 946133 946134 VF_A0563 VF_A0564     FALSE 0.362 167.000 0.250 NA   NA
 946134 946135 VF_A0564 VF_A0565   mog FALSE 0.110 79.000 0.000 NA   NA
 946137 5488663 VF_A0567 VF_A1183 ydaM   FALSE 0.086 101.000 0.000 NA   NA
 946139 946140 VF_A0569 VF_A0570   ddlA FALSE 0.018 52.000 0.004 NA   NA
 946142 946143 VF_A0572 VF_A0573   yciH FALSE 0.270 40.000 0.041 NA   NA
 946144 946145 VF_A0574 VF_A0575     FALSE 0.005 451.000 0.000 NA   NA
 946145 946146 VF_A0575 VF_A0576   zot FALSE 0.004 519.000 0.000 NA   NA
 946146 946147 VF_A0576 VF_A0577 zot ace TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 946147 946148 VF_A0577 VF_A0578 ace orfU FALSE 0.501 7.000 0.000 NA   NA
 946148 5488664 VF_A0578 VF_A1184 orfU cep FALSE 0.071 116.000 0.000 NA   NA
 5488664 946150 VF_A1184 VF_A0580 cep rstB FALSE 0.052 143.000 0.000 NA   NA
 946150 946151 VF_A0580 VF_A0581 rstB rstA TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 946152 5488665 VF_A0582 VF_A1185 rstR   FALSE 0.003 990.000 0.000 NA   NA
 946154 946155 VF_A0584 VF_A0585   pntB FALSE 0.017 213.000 0.000 NA   NA
 946155 946156 VF_A0585 VF_A0586 pntB pntA TRUE 0.998 12.000 0.745 0.001 Y NA
 946156 946157 VF_A0586 VF_A0587 pntA   FALSE 0.011 259.000 0.000 NA   NA
 946157 946158 VF_A0587 VF_A0588     FALSE 0.154 80.000 0.036 NA   NA
 946158 946159 VF_A0588 VF_A0589     FALSE 0.087 110.000 0.029 NA   NA
 946159 946160 VF_A0589 VF_A0590     TRUE 0.990 4.000 0.743 NA   NA
 946160 946161 VF_A0590 VF_A0591     TRUE 0.989 20.000 0.729 NA Y NA
 946161 946162 VF_A0591 VF_A0592     TRUE 0.974 5.000 0.464 1.000 N NA
 946162 946163 VF_A0592 VF_A0593   luxT FALSE 0.092 96.000 0.000 1.000   NA
 946166 946167 VF_A0596 VF_A0597     FALSE 0.250 28.000 0.000 NA   NA
 946170 946171 VF_A0600 VF_A0601     FALSE 0.253 7.000 0.011 NA   NA
 946173 946174 VF_A0603 VF_A0604 yhbQ yceH TRUE 0.876 0.000 0.082 NA   NA
 946175 946176 VF_A0605 VF_A0606     FALSE 0.112 100.000 0.033 NA   NA
 946177 946178 VF_A0607 VF_A0608     TRUE 0.997 0.000 0.902 0.091   NA
 946178 946179 VF_A0608 VF_A0609     FALSE 0.080 136.000 0.035 NA   NA
 946179 946180 VF_A0609 VF_A0610     FALSE 0.007 326.000 0.000 NA   NA
 946181 946182 VF_A0611 VF_A0612 yhjX   FALSE 0.124 110.000 0.039 NA   NA
 946182 946183 VF_A0612 VF_A0613     FALSE 0.034 164.000 0.000 NA   NA
 946184 946185 VF_A0614 VF_A0615     FALSE 0.020 193.000 0.000 NA   NA
 946185 946186 VF_A0615 VF_A0616     FALSE 0.077 179.000 0.071 NA   NA
 946187 946188 VF_A0617 VF_A0618     FALSE 0.008 302.000 0.000 NA   NA
 946191 946192 VF_A0621 VF_A0622     FALSE 0.019 196.000 0.000 NA   NA
 946192 946193 VF_A0622 VF_A0623     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 946193 946194 VF_A0623 VF_A0624   ygeA FALSE 0.004 658.000 0.000 NA   NA
 946194 946195 VF_A0624 VF_A0625 ygeA   FALSE 0.058 135.000 0.000 NA   NA
 946195 946196 VF_A0625 VF_A0626     FALSE 0.130 62.000 0.000 NA   NA
 946196 946197 VF_A0626 VF_A0627     FALSE 0.012 251.000 0.000 1.000   NA
 5488667 946199 VF_A1187 VF_A0629     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 946199 946200 VF_A0629 VF_A0630     FALSE 0.004 696.000 0.000 NA   NA
 946200 946201 VF_A0630 VF_A0631     FALSE 0.045 149.000 0.000 NA   NA
 946201 946202 VF_A0631 VF_A0632     FALSE 0.008 290.000 0.000 NA   NA
 946202 946203 VF_A0632 VF_A0633     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 946203 946204 VF_A0633 VF_A0634     FALSE 0.010 270.000 0.000 NA   NA
 946204 946205 VF_A0634 VF_A0635     FALSE 0.085 103.000 0.000 NA   NA
 946205 946206 VF_A0635 VF_A0636     FALSE 0.082 106.000 0.000 NA   NA
 946206 946207 VF_A0636 VF_A0637     FALSE 0.003 1356.000 0.000 NA   NA
 946207 946208 VF_A0637 VF_A0638     FALSE 0.009 274.000 0.000 NA   NA
 946208 946209 VF_A0638 VF_A0639     FALSE 0.036 160.000 0.000 NA   NA
 946209 946210 VF_A0639 VF_A0640     FALSE 0.031 166.000 0.000 NA   NA
 946210 946211 VF_A0640 VF_A0641     FALSE 0.012 246.000 0.000 NA   NA
 946215 946216 VF_A0645 VF_A0646     FALSE 0.334 142.000 0.000 0.009   NA
 946216 946217 VF_A0646 VF_A0647     FALSE 0.040 155.000 0.000 NA   NA
 946217 946218 VF_A0647 VF_A0648     FALSE 0.373 13.000 0.000 NA   NA
 946218 946219 VF_A0648 VF_A0649     FALSE 0.039 156.000 0.000 NA   NA
 946219 946220 VF_A0649 VF_A0650     TRUE 0.954 -9.000 0.222 NA   NA
 946221 946222 VF_A0651 VF_A0652     FALSE 0.325 17.000 0.000 NA   NA
 946223 946224 VF_A0653 VF_A0654     FALSE 0.044 150.000 0.000 NA   NA
 946224 946225 VF_A0654 VF_A0655     FALSE 0.070 118.000 0.000 NA   NA
 946225 946226 VF_A0655 VF_A0656     FALSE 0.004 727.000 0.000 NA   NA
 946230 946231 VF_A0660 VF_A0661     FALSE 0.010 271.000 0.000 NA   NA
 946231 946232 VF_A0661 VF_A0662     FALSE 0.019 198.000 0.000 NA   NA
 946234 946235 VF_A0664 VF_A0665     TRUE 0.985 3.000 0.500 NA   NA
 946235 946236 VF_A0665 VF_A0666   ydiI FALSE 0.412 23.000 0.071 NA N NA
 946238 946239 VF_A0668 VF_A0669     FALSE 0.004 585.000 0.000 NA   NA
 946239 946240 VF_A0669 VF_A0670     FALSE 0.006 374.000 0.000 NA   NA
 946240 946241 VF_A0670 VF_A0671     FALSE 0.006 380.000 0.000 NA   NA
 946241 946242 VF_A0671 VF_A0672     FALSE 0.004 562.000 0.000 1.000   NA
 946242 946243 VF_A0672 VF_A0673   sbmA FALSE 0.157 -3.000 0.000 1.000 N NA
 946243 946244 VF_A0673 VF_A0674 sbmA   FALSE 0.078 233.000 0.000 0.075   NA
 946244 946245 VF_A0674 VF_A0675     FALSE 0.004 569.000 0.000 NA   NA
 946248 946249 VF_A0678 VF_A0679     TRUE 0.887 49.000 0.500 NA   NA
 946249 946250 VF_A0679 VF_A0680     TRUE 0.993 0.000 0.738 NA   NA
 946250 946251 VF_A0680 VF_A0681     TRUE 0.978 -7.000 0.370 NA   NA
 946251 946252 VF_A0681 VF_A0682     TRUE 0.850 -7.000 0.082 1.000   NA
 946252 946253 VF_A0682 VF_A0683     TRUE 0.605 -6.000 0.000 NA   NA
 946255 946256 VF_A0685 VF_A0686 talB tktB FALSE 0.139 314.000 0.105 1.000 Y NA
 946257 946258 VF_A0687 VF_A0688 htrB1   FALSE 0.015 221.000 0.000 1.000   NA
 946259 946260 VF_A0689 VF_A0690     TRUE 0.926 33.000 0.500 NA   NA
 946261 946262 VF_A0691 VF_A0692 nfsB   FALSE 0.012 90.000 0.000 1.000 N NA
 946263 946264 VF_A0693 VF_A0694     FALSE 0.020 193.000 0.000 NA   NA
 946269 946270 VF_A0699 VF_A0700   gcvT FALSE 0.001 441.000 0.000 1.000 N NA
 946270 946271 VF_A0700 VF_A0701 gcvT   FALSE 0.016 66.000 0.006 1.000 N NA
 946272 946273 VF_A0702 VF_A0703 gcvH gcvP TRUE 0.952 24.000 0.249 1.000 Y NA
 946274 946275 VF_A0704 VF_A0705     TRUE 0.975 -31.000 0.500 NA   NA
 946277 946278 VF_A0707 VF_A0708   yijO FALSE 0.106 82.000 0.000 NA   NA
 946278 5488668 VF_A0708 VF_A1188 yijO   TRUE 0.573 -9.000 0.000 NA   NA
 946279 946280 VF_A0709 VF_A0710   manA TRUE 0.910 72.000 0.333 1.000 Y NA
 946281 946282 VF_A0711 VF_A0712     TRUE 0.999 0.000 0.679 0.010 Y NA
 5488669 946287 VF_AT0008 VF_A0716     FALSE 0.011 257.000 0.000 NA   NA
 946287 946288 VF_A0716 VF_A0717     FALSE 0.006 342.000 0.000 NA   NA
 946288 946289 VF_A0717 VF_A0718     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 946289 946290 VF_A0718 VF_A0719     FALSE 0.097 91.000 0.000 NA   NA
 946290 946291 VF_A0719 VF_A0720     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 946291 946292 VF_A0720 VF_A0721     FALSE 0.528 5.000 0.000 NA   NA
 946292 946293 VF_A0721 VF_A0722     FALSE 0.011 252.000 0.000 NA   NA
 946297 946298 VF_A0726 VF_A0727     FALSE 0.255 31.000 0.029 NA   NA
 946298 946299 VF_A0727 VF_A0728     FALSE 0.112 77.000 0.000 NA   NA
 946299 946300 VF_A0728 VF_A0729     FALSE 0.171 41.000 0.000 NA   NA
 946300 946301 VF_A0729 VF_A0730   abgR FALSE 0.103 85.000 0.000 NA   NA
 946303 946304 VF_A0732 VF_A0733     TRUE 0.996 -3.000 0.317 0.025 Y NA
 946304 946305 VF_A0733 VF_A0734     TRUE 0.735 77.000 0.293 NA   NA
 946305 946306 VF_A0734 VF_A0735     TRUE 0.988 3.000 0.579 NA   NA
 946306 946307 VF_A0735 VF_A0736     TRUE 0.992 -7.000 0.737 NA   NA
 946307 946308 VF_A0736 VF_A0737     TRUE 0.990 -12.000 0.824 NA N NA
 946308 946309 VF_A0737 VF_A0738     TRUE 0.989 10.000 0.882 NA   NA
 946311 946312 VF_A0740 VF_A0741 ybiI   FALSE 0.003 184.000 0.010 1.000 N NA
 946312 946313 VF_A0741 VF_A0742     FALSE 0.066 123.000 0.000 NA   NA
 946313 946314 VF_A0742 VF_A0743     TRUE 0.983 13.000 0.818 NA   NA
 946316 946317 VF_A0745 VF_A0746 bioD bioC TRUE 0.926 -7.000 0.028 0.002 N NA
 946317 946318 VF_A0746 VF_A0747 bioC bioF TRUE 0.957 7.000 0.133 0.002 N NA
 946318 5488670 VF_A0747 VF_A1189 bioF bioB TRUE 0.990 -16.000 0.168 0.002 Y NA
 946320 946321 VF_A0749 VF_A0750   rimJ FALSE 0.030 144.000 0.017 NA   NA
 946321 946322 VF_A0750 VF_A0751 rimJ tyrR TRUE 0.747 12.000 0.122 1.000 N NA
 946323 946324 VF_A0752 VF_A0753 ybgA phr TRUE 0.700 -10.000 0.042 NA   NA
 946324 946325 VF_A0753 VF_A0754 phr   FALSE 0.018 51.000 0.004 1.000   NA
 946328 946329 VF_A0757 VF_A0758     TRUE 0.983 0.000 0.395 NA   NA
 946329 946330 VF_A0758 VF_A0759     TRUE 0.963 -52.000 0.387 NA   NA
 946330 946331 VF_A0759 VF_A0760   cfa TRUE 0.863 86.000 0.588 NA   NA
 946331 946332 VF_A0760 VF_A0761 cfa   TRUE 0.955 9.000 0.311 NA   NA
 946332 946333 VF_A0761 VF_A0762     TRUE 0.993 -3.000 0.722 NA   NA
 946333 946334 VF_A0762 VF_A0763     TRUE 0.967 -42.000 0.217 0.024   NA
 946334 946335 VF_A0763 VF_A0764     TRUE 0.988 -3.000 0.533 NA   NA
 946335 946336 VF_A0764 VF_A0765   chrR FALSE 0.113 76.000 0.000 NA   NA
 946336 946337 VF_A0765 VF_A0766 chrR rpoE4 TRUE 0.993 -7.000 0.898 NA N NA
 946339 946340 VF_A0768 VF_A0769     TRUE 0.948 -16.000 0.242 NA   NA
 946340 946341 VF_A0769 VF_A0770     FALSE 0.014 230.000 0.000 NA   NA
 946342 946343 VF_A0771 VF_A0772     FALSE 0.011 95.000 0.022 1.000 N NA
 946346 946347 VF_A0775 VF_A0776     TRUE 0.990 -3.000 0.625 1.000   NA
 946347 946348 VF_A0776 VF_A0777     TRUE 0.972 0.000 0.312 1.000 N NA
 946348 946349 VF_A0777 VF_A0778     TRUE 0.995 -3.000 0.600 0.068   NA
 946349 946350 VF_A0778 VF_A0779     TRUE 0.986 0.000 0.231 0.016   NA
 946350 946351 VF_A0779 VF_A0780     TRUE 0.994 2.000 0.846 NA   NA
 946351 946352 VF_A0780 VF_A0781     TRUE 0.562 73.000 0.167 NA   NA
 946352 946353 VF_A0781 VF_A0782     TRUE 0.972 3.000 0.118 1.000 Y NA
 946353 946354 VF_A0782 VF_A0783     TRUE 0.996 -6.000 0.650 1.000 Y NA
 946354 946355 VF_A0783 VF_A0784   fhuA TRUE 0.625 114.000 0.100 1.000 Y NA
 946355 946356 VF_A0784 VF_A0785 fhuA   FALSE 0.432 145.000 0.211 1.000   NA
 946356 946357 VF_A0785 VF_A0786     FALSE 0.055 140.000 0.000 1.000   NA
 946357 946358 VF_A0786 VF_A0787   ybiT FALSE 0.008 294.000 0.000 1.000   NA
 946358 946359 VF_A0787 VF_A0788 ybiT   FALSE 0.045 149.000 0.000 NA   NA
 946359 946360 VF_A0788 VF_A0789     FALSE 0.014 230.000 0.000 NA   NA
 946360 946361 VF_A0789 VF_A0790     FALSE 0.031 167.000 0.000 1.000   NA
 946366 946367 VF_A0795 VF_A0796   adrA TRUE 0.966 0.000 0.066 1.000 Y NA
 946368 946369 VF_A0797 VF_A0798 malG malF TRUE 0.985 69.000 0.814 0.052 Y NA
 946369 946370 VF_A0798 VF_A0799 malF malE FALSE 0.393 146.000 0.040 1.000 Y NA
 946371 946372 VF_A0800 VF_A0801 malK glgX FALSE 0.468 113.000 0.000 1.000 Y NA
 946375 946376 VF_A0804 VF_A0805   glgA FALSE 0.113 128.000 0.043 NA   NA
 946376 946377 VF_A0805 VF_A0806 glgA glgC TRUE 0.924 -46.000 0.055 1.000 Y NA
 946379 946380 VF_A0808 VF_A0809 glgB malQ TRUE 0.952 54.000 0.235 0.006 Y NA
 946380 946381 VF_A0809 VF_A0810 malQ malP TRUE 0.986 17.000 0.314 0.019 Y NA
 946382 946383 VF_A0811 VF_A0812 malT   FALSE 0.067 91.000 0.020 NA   NA
 946384 946385 VF_A0813 VF_A0814 focA   FALSE 0.029 169.000 0.000 NA   NA
 946385 946386 VF_A0814 VF_A0815   tag FALSE 0.018 51.000 0.004 NA   NA
 946387 946388 VF_A0816 VF_A0817     TRUE 0.990 -3.000 0.615 NA   NA
 946388 946389 VF_A0817 VF_A0818     TRUE 0.925 -19.000 0.194 NA   NA
 946389 946390 VF_A0818 VF_A0819     FALSE 0.032 165.000 0.000 NA   NA
 946391 946392 VF_A0820 VF_A0821 rpoE3   TRUE 0.547 111.000 0.250 1.000 N NA
 946392 946393 VF_A0821 VF_A0822     FALSE 0.056 137.000 0.000 NA   NA
 946393 946394 VF_A0822 VF_A0823     FALSE 0.085 103.000 0.000 NA   NA
 946394 946395 VF_A0823 VF_A0824   vctC TRUE 0.864 12.000 0.018 NA Y NA
 946395 946396 VF_A0824 VF_A0825 vctC   TRUE 0.996 9.000 0.870 1.000 Y NA
 946396 946397 VF_A0825 VF_A0826   vctD TRUE 0.989 51.000 0.870 0.052 Y NA
 946397 946398 VF_A0826 VF_A0827 vctD vctP TRUE 0.914 74.000 0.356 1.000 Y NA
 946398 5488671 VF_A0827 VF_A1190 vctP   FALSE 0.017 212.000 0.000 NA   NA
 5488671 946399 VF_A1190 VF_A0828     FALSE 0.010 268.000 0.000 NA   NA
 946399 946400 VF_A0828 VF_A0829   putP FALSE 0.002 186.000 0.000 1.000 N NA
 946400 946401 VF_A0829 VF_A0830 putP   FALSE 0.119 110.000 0.037 1.000   NA
 946401 946403 VF_A0830 VF_A0832   putA TRUE 0.887 15.000 0.037 0.001   NA
 946403 946404 VF_A0832 VF_A0833 putA   FALSE 0.004 160.000 0.000 1.000 N NA
 946405 946406 VF_A0834 VF_A0835   ybbM FALSE 0.039 156.000 0.000 NA   NA
 946406 946407 VF_A0835 VF_A0836 ybbM tas FALSE 0.201 36.000 0.000 NA   NA
 946410 946411 VF_A0839 VF_A0840 speB speA TRUE 0.945 0.000 0.015 1.000 Y NA
 946413 946414 VF_A0842 VF_A0843 blc   FALSE 0.103 85.000 0.000 NA   NA
 946423 946424 VF_A0852 VF_A0853 ydcR   TRUE 0.721 37.000 0.026 1.000 Y NA
 946425 946427 VF_A0854 VF_A0856     FALSE 0.101 87.000 0.000 NA   NA
 946428 946429 VF_A0857 VF_A0858     TRUE 0.605 91.000 0.250 1.000 N NA
 946431 946432 VF_A0860 VF_A0861     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 946432 946433 VF_A0861 VF_A0862   norR2 FALSE 0.101 88.000 0.000 NA   NA
 946433 946434 VF_A0862 VF_A0863 norR2 hcp FALSE 0.048 241.000 0.115 1.000 N NA
 946434 946435 VF_A0863 VF_A0864 hcp hcr TRUE 0.984 95.000 0.885 0.014 Y NA
 946436 946437 VF_A0865 VF_A0866   tcpF FALSE 0.005 401.000 0.000 NA   NA
 946437 946438 VF_A0866 VF_A0867 tcpF tcpE TRUE 0.552 4.000 0.000 NA   NA
 946438 946439 VF_A0867 VF_A0868 tcpE tcpT TRUE 0.993 -46.000 0.636 1.000 Y NA
 946439 946440 VF_A0868 VF_A0869 tcpT tcpS TRUE 0.981 -3.000 0.364 NA   NA
 946440 946441 VF_A0869 VF_A0870 tcpS tcpD TRUE 0.981 14.000 0.800 NA   NA
 946441 946442 VF_A0870 VF_A0871 tcpD   TRUE 0.540 -12.000 0.000 NA   NA
 946442 946443 VF_A0871 VF_A0872   tcpC TRUE 0.531 -13.000 0.000 NA   NA
 946443 946444 VF_A0872 VF_A0873 tcpC tcpQ TRUE 0.984 5.000 0.583 NA   NA
 946444 946445 VF_A0873 VF_A0874 tcpQ tcpB TRUE 0.980 5.000 0.500 NA   NA
 946445 946446 VF_A0874 VF_A0875 tcpB tcpA FALSE 0.297 20.000 0.000 NA   NA
 946452 946453 VF_A0881 VF_A0882   bcsZ TRUE 0.879 -9.000 0.105 1.000   NA
 946453 946454 VF_A0882 VF_A0883 bcsZ bcsB TRUE 0.994 0.000 0.778 1.000   NA
 946454 946455 VF_A0883 VF_A0884 bcsB bcsA TRUE 0.965 14.000 0.205 0.001   NA
 946455 946456 VF_A0884 VF_A0885 bcsA   TRUE 0.980 4.000 0.545 NA N NA
 946457 5488672 VF_A0886 VF_A1191 bcsE   TRUE 0.932 5.000 0.190 NA   NA
 5488672 946458 VF_A1191 VF_A0887   bcsG TRUE 0.963 0.000 0.211 NA   NA
 946460 946461 VF_A0889 VF_A0890 tagD   TRUE 0.984 0.000 0.004 0.001 Y NA
 946462 946463 VF_A0891 VF_A0892   yjgK FALSE 0.000 1024.000 0.000 NA N NA
 946464 946465 VF_A0893 VF_A0894     FALSE 0.086 102.000 0.000 NA   NA
 946465 946466 VF_A0894 VF_A0895     FALSE 0.019 197.000 0.000 NA   NA
 946466 946467 VF_A0895 VF_A0896     TRUE 0.995 -7.000 1.000 NA   NA
 946469 946470 VF_A0898 VF_A0899     FALSE 0.146 51.000 0.000 NA   NA
 946470 946471 VF_A0899 VF_A0900   aslB TRUE 0.862 66.000 0.286 0.051   NA
 946471 946472 VF_A0900 VF_A0901 aslB   TRUE 0.867 30.000 0.286 1.000   NA
 946472 946473 VF_A0901 VF_A0902     TRUE 0.992 8.000 1.000 NA   NA
 946473 946474 VF_A0902 VF_A0903     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 946474 5488673 VF_A0903 VF_A1192     TRUE 0.995 -7.000 1.000 NA   NA
 5488673 946475 VF_A1192 VF_A0904     TRUE 0.990 -7.000 0.667 NA   NA
 946475 946476 VF_A0904 VF_A0905     TRUE 0.992 0.000 0.667 NA   NA
 946476 946477 VF_A0905 VF_A0906     FALSE 0.015 223.000 0.000 NA   NA
 946477 946478 VF_A0906 VF_A0907     TRUE 0.922 22.000 0.429 1.000 N NA
 946478 946479 VF_A0907 VF_A0908     FALSE 0.088 99.000 0.000 NA   NA
 946480 946481 VF_A0909 VF_A0910     FALSE 0.046 149.000 0.000 1.000   NA
 946483 946484 VF_A0912 VF_A0913     TRUE 0.982 0.000 0.375 NA   NA
 946485 946486 VF_A0914 VF_A0915 ytfL   FALSE 0.024 243.000 0.048 1.000   NA
 946486 946487 VF_A0915 VF_A0916     FALSE 0.083 108.000 0.000 1.000   NA
 946489 946490 VF_A0918 VF_A0919 luxG luxE TRUE 0.919 10.000 0.053 1.000 Y NA
 946490 946491 VF_A0919 VF_A0920 luxE luxB TRUE 0.782 79.000 0.158 0.001 N NA
 946491 946492 VF_A0920 VF_A0921 luxB luxA TRUE 0.998 11.000 0.875 0.001 Y NA
 946492 946493 VF_A0921 VF_A0922 luxA luxD TRUE 0.978 23.000 0.889 1.000   NA
 946493 946494 VF_A0922 VF_A0923 luxD luxC TRUE 0.972 16.000 0.667 1.000   NA
 946494 946495 VF_A0923 VF_A0924 luxC luxI FALSE 0.192 38.000 0.000 1.000   NA
 946497 946498 VF_A0926 VF_A0927     FALSE 0.024 182.000 0.000 NA   NA
 946499 946500 VF_A0928 VF_A0929 yjiH yjiG TRUE 0.982 0.000 0.159 0.003   NA
 946500 946501 VF_A0929 VF_A0930 yjiG   TRUE 0.796 10.000 0.097 1.000   NA
 946502 946503 VF_A0931 VF_A0932   ybhB TRUE 0.779 24.000 0.161 NA   NA
 946503 946504 VF_A0932 VF_A0933 ybhB   FALSE 0.054 140.000 0.000 NA   NA
 946505 946506 VF_A0934 VF_A0935 ygbA   TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 946506 946507 VF_A0935 VF_A0936     FALSE 0.053 16.000 0.000 1.000 N NA
 946508 946509 VF_A0937 VF_A0938     FALSE 0.042 154.000 0.000 1.000   NA
 946511 946512 VF_A0940 VF_A0941 fruA fruK TRUE 0.977 31.000 0.562 1.000 Y NA
 946512 946513 VF_A0941 VF_A0942 fruK fruB TRUE 0.970 4.000 0.130 1.000 Y NA
 946513 946514 VF_A0942 VF_A0944 fruB   FALSE 0.022 186.000 0.000 NA   NA
 946516 946517 VF_A0945 VF_A0946     FALSE 0.513 6.000 0.000 NA   NA
 946517 946518 VF_A0946 VF_A0947     FALSE 0.013 237.000 0.000 NA   NA
 946518 946519 VF_A0947 VF_A0948     FALSE 0.162 43.000 0.000 NA   NA
 946519 946520 VF_A0948 VF_A0949     FALSE 0.513 6.000 0.000 NA   NA
 946520 946521 VF_A0949 VF_A0950     TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 946521 946522 VF_A0950 VF_A0951     FALSE 0.024 181.000 0.000 NA   NA
 946522 946523 VF_A0951 VF_A0952     TRUE 0.928 -3.000 0.133 NA   NA
 946523 946524 VF_A0952 VF_A0953     TRUE 0.894 5.000 0.133 NA   NA
 946524 946525 VF_A0953 VF_A0954     TRUE 0.875 143.000 1.000 NA   NA
 946525 946526 VF_A0954 VF_A0955     FALSE 0.013 239.000 0.000 NA   NA
 946528 946529 VF_A0957 VF_A0958 yihN glpQ TRUE 0.739 42.000 0.250 NA N NA
 946529 946530 VF_A0958 VF_A0959 glpQ mifB FALSE 0.001 381.000 0.000 1.000 N NA
 946530 946531 VF_A0959 VF_A0960 mifB mifC TRUE 0.853 -3.000 0.103 NA N NA
 946532 946533 VF_A0961 VF_A0962 yjjI yjjW TRUE 0.989 9.000 0.810 NA   NA
 5488675 946535 VF_A1194 VF_A0964 psrN   FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 946535 946536 VF_A0964 VF_A0965   nfsA FALSE 0.017 103.000 0.008 NA   NA
 946536 946537 VF_A0965 VF_A0966 nfsA   FALSE 0.016 65.000 0.000 1.000 N NA
 946537 946538 VF_A0966 VF_A0967     FALSE 0.002 232.000 0.000 1.000 N NA
 946538 946539 VF_A0967 VF_A0968   deoD3 TRUE 0.967 23.000 0.333 1.000 Y NA
 946539 946540 VF_A0968 VF_A0969 deoD3 guaD TRUE 0.628 58.000 0.000 1.000 Y NA
 946540 946541 VF_A0969 VF_A0970 guaD   FALSE 0.006 138.000 0.000 NA N NA
 946542 946543 VF_A0971 VF_A0972 fecE fecD TRUE 0.994 -3.000 0.423 1.000 Y NA
 946543 946544 VF_A0972 VF_A0973 fecD   TRUE 0.995 0.000 0.500 1.000 Y NA
 946545 946546 VF_A0974 VF_A0975     TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 946546 946547 VF_A0975 VF_A0976     FALSE 0.014 234.000 0.000 1.000   NA
 946549 946550 VF_A0978 VF_A0979     FALSE 0.017 212.000 0.000 NA   NA
 946550 946551 VF_A0979 VF_A0980     FALSE 0.008 306.000 0.000 NA   NA
 946552 946553 VF_A0981 VF_A0982     TRUE 0.972 21.000 0.750 NA   NA
 946553 946554 VF_A0982 VF_A0983     FALSE 0.337 16.000 0.000 NA   NA
 946555 946556 VF_A0984 VF_A0985 yfhD   FALSE 0.392 12.000 0.000 NA   NA
 946557 946558 VF_A0986 VF_A0987     TRUE 0.878 -10.000 0.111 NA   NA
 946558 946559 VF_A0987 VF_A0988   kdgK TRUE 0.998 -10.000 1.000 1.000 Y NA
 946559 946560 VF_A0988 VF_A0989 kdgK kbaY TRUE 0.722 97.000 0.130 1.000 Y NA
 946560 946561 VF_A0989 VF_A0990 kbaY   FALSE 0.001 257.000 0.000 1.000 N NA
 946561 946562 VF_A0990 VF_A0991     FALSE 0.017 212.000 0.000 NA   NA
 946562 946563 VF_A0991 VF_A0992   ydeN TRUE 0.917 71.000 0.727 NA   NA
 946563 946564 VF_A0992 VF_A0993 ydeN   TRUE 0.960 41.000 0.615 0.050   NA
 946565 946566 VF_A0994 VF_A0995     FALSE 0.040 155.000 0.000 NA   NA
 946567 946568 VF_A0996 VF_A0997   kduD TRUE 0.934 26.000 0.462 1.000   NA
 946568 946569 VF_A0997 VF_A0998 kduD kduI TRUE 0.566 70.000 0.192 1.000 N NA
 946569 946570 VF_A0998 VF_A0999 kduI nagA3 TRUE 0.615 102.000 0.075 1.000 Y NA
 946570 946571 VF_A0999 VF_A1000 nagA3   TRUE 0.973 2.000 0.104 1.000 Y NA
 946571 946572 VF_A1000 VF_A1001   agaD TRUE 0.985 89.000 0.833 0.010 Y NA
 946572 946573 VF_A1001 VF_A1002 agaD agaC TRUE 0.999 -10.000 0.917 0.010 Y NA
 946573 946574 VF_A1002 VF_A1003 agaC agaV TRUE 0.998 11.000 0.909 0.010 Y NA
 946574 946575 VF_A1003 VF_A1004 agaV agaS TRUE 0.771 15.000 0.150 1.000 N NA
 946575 946576 VF_A1004 VF_A1005 agaS kbaZ TRUE 0.957 -3.000 0.240 1.000 N NA
 946576 946577 VF_A1005 VF_A1006 kbaZ agaR TRUE 0.943 48.000 0.400 1.000 Y NA
 946578 946579 VF_A1007 VF_A1008 yidJ   TRUE 0.636 80.000 0.211 NA   NA
 5488676 5488677 VF_AT0009 VF_AT0010     FALSE 0.245 29.000 0.000 NA   NA
 5488677 5488678 VF_AT0010 VF_AT0011     FALSE 0.154 48.000 0.000 NA   NA
 5488678 946586 VF_AT0011 VF_A1012   ydeH FALSE 0.037 159.000 0.000 NA   NA
 946588 946589 VF_A1014 VF_A1015   rpoQ FALSE 0.470 47.000 0.125 1.000 N NA
 946590 946591 VF_A1016 VF_A1017     TRUE 0.859 10.000 0.000 0.021   NA
 946592 946593 VF_A1018 VF_A1019     TRUE 0.983 -37.000 0.667 NA   NA
 946594 946595 VF_A1020 VF_A1021 sypA sypB FALSE 0.019 49.000 0.000 NA N NA
 946595 946596 VF_A1021 VF_A1022 sypB sypC TRUE 0.981 5.000 0.214 1.000 Y NA
 946596 946597 VF_A1022 VF_A1023 sypC sypD TRUE 0.967 0.000 0.286 NA N NA
 946597 946598 VF_A1023 VF_A1024 sypD sypE TRUE 0.907 3.000 0.158 NA N NA
 946598 946599 VF_A1024 VF_A1025 sypE sypF TRUE 0.967 28.000 0.200 0.021 Y NA
 946599 946600 VF_A1025 VF_A1026 sypF sypG TRUE 0.936 43.000 0.176 0.021 Y NA
 946600 946601 VF_A1026 VF_A1027 sypG sypH TRUE 0.888 -16.000 0.170 1.000 N NA
 946601 946602 VF_A1027 VF_A1028 sypH sypI TRUE 0.693 161.000 0.132 0.016 Y NA
 946602 946603 VF_A1028 VF_A1029 sypI sypJ TRUE 0.997 -7.000 0.429 0.016 Y NA
 946603 946604 VF_A1029 VF_A1030 sypJ sypK TRUE 0.911 -3.000 0.115 1.000   NA
 946604 946605 VF_A1030 VF_A1031 sypK sypL TRUE 0.834 -3.000 0.066 1.000   NA
 946605 946606 VF_A1031 VF_A1032 sypL sypM FALSE 0.049 147.000 0.000 1.000   NA
 946606 946607 VF_A1032 VF_A1033 sypM sypN TRUE 0.952 -10.000 0.226 1.000   NA
 946607 946608 VF_A1033 VF_A1034 sypN sypO TRUE 0.992 -3.000 0.323 1.000 Y NA
 946608 946609 VF_A1034 VF_A1035 sypO sypP TRUE 0.724 156.000 0.296 1.000 Y NA
 946609 946610 VF_A1035 VF_A1036 sypP sypQ TRUE 0.978 -3.000 0.128 NA Y NA
 946610 946611 VF_A1036 VF_A1037 sypQ sypR TRUE 0.905 15.000 0.080 NA Y NA
 946611 946612 VF_A1037 VF_A1038 sypR   FALSE 0.002 221.000 0.000 NA N NA
 946612 946613 VF_A1038 VF_A1039     FALSE 0.066 73.000 0.017 NA   NA
 946613 946614 VF_A1039 VF_A1040     FALSE 0.171 41.000 0.000 NA   NA
 946615 946616 VF_A1041 VF_A1042   ybbP FALSE 0.006 348.000 0.000 NA   NA
 946616 946617 VF_A1042 VF_A1043 ybbP ybbA TRUE 0.985 2.000 0.535 NA N NA
 946620 946621 VF_A1046 VF_A1047 hdfR   FALSE 0.001 361.000 0.017 1.000 N NA
 946623 946624 VF_A1049 VF_A1050 nemA   FALSE 0.157 -3.000 0.000 1.000 N NA
 946625 946626 VF_A1051 VF_A1052     TRUE 0.795 11.000 0.133 1.000 N NA
 946628 946629 VF_A1054 VF_A1055 yjaB   FALSE 0.140 54.000 0.000 NA   NA
 946633 946634 VF_A1059 VF_A1060     FALSE 0.306 19.000 0.000 NA   NA
 946637 946638 VF_A1063 VF_A1064     FALSE 0.088 101.000 0.000 1.000   NA
 946639 946640 VF_A1065 VF_A1066     FALSE 0.013 239.000 0.000 1.000   NA
 946642 946643 VF_A1068 VF_A1069 pepE   FALSE 0.001 386.000 0.000 1.000 N NA
 946643 946644 VF_A1069 VF_A1070     FALSE 0.175 40.000 0.000 NA   NA
 946644 946645 VF_A1070 VF_A1071     FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 946646 946647 VF_A1072 VF_A1073     FALSE 0.158 330.000 0.000 0.019 Y NA
 946647 946648 VF_A1073 VF_A1074   acfC FALSE 0.249 29.000 0.000 1.000   NA
 946649 946650 VF_A1075 VF_A1076     FALSE 0.048 18.000 0.000 NA N NA
 946652 946653 VF_A1078 VF_A1079   ydiK FALSE 0.064 122.000 0.026 NA   NA
 946653 946654 VF_A1079 VF_A1080 ydiK   FALSE 0.130 87.000 0.033 NA   NA
 946654 946655 VF_A1080 VF_A1081     FALSE 0.005 438.000 0.000 NA   NA
 946656 946657 VF_A1082 VF_A1083     FALSE 0.004 597.000 0.000 NA   NA
 946657 946658 VF_A1083 VF_A1084     FALSE 0.004 476.000 0.000 NA   NA
 946661 946662 VF_A1087 VF_A1088     TRUE 0.973 10.000 0.500 1.000   NA
 946662 946663 VF_A1088 VF_A1089     TRUE 0.974 -3.000 0.290 1.000   NA
 946663 946664 VF_A1089 VF_A1090     TRUE 0.995 -13.000 0.774 0.050   NA
 946664 946665 VF_A1090 VF_A1091   afuC TRUE 0.996 0.000 0.360 0.050 Y NA
 946665 946666 VF_A1091 VF_A1092 afuC   TRUE 0.976 3.000 0.139 1.000 Y NA
 946667 946668 VF_A1093 VF_A1094   cspG FALSE 0.014 232.000 0.000 NA   NA
 946668 946669 VF_A1094 VF_A1095 cspG hvnA FALSE 0.006 350.000 0.000 NA   NA
 946669 946670 VF_A1095 VF_A1096 hvnA   FALSE 0.337 16.000 0.000 NA   NA
 946670 946671 VF_A1096 VF_A1097     FALSE 0.092 95.000 0.000 NA   NA
 946671 946672 VF_A1097 VF_A1098     FALSE 0.097 91.000 0.000 NA   NA
 946672 946673 VF_A1098 VF_A1099     FALSE 0.054 140.000 0.000 NA   NA
 946673 946674 VF_A1099 VF_A1100   ompA TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 946674 946675 VF_A1100 VF_A1101 ompA   FALSE 0.059 134.000 0.000 NA   NA
 946675 946676 VF_A1101 VF_A1102     FALSE 0.005 447.000 0.000 NA   NA
 946677 946678 VF_A1103 VF_A1104     TRUE 0.990 -3.000 0.600 1.000   NA
 946678 946679 VF_A1104 VF_A1105   hvnC FALSE 0.028 170.000 0.000 NA   NA
 946679 946680 VF_A1105 VF_A1106 hvnC   FALSE 0.040 155.000 0.000 NA   NA
 946681 946682 VF_A1107 VF_A1108     FALSE 0.013 237.000 0.000 NA   NA
 946682 946683 VF_A1108 VF_A1110     FALSE 0.075 113.000 0.000 NA   NA
 946685 946686 VF_A1111 VF_A1112     FALSE 0.097 92.000 0.000 1.000   NA
 946689 946690 VF_A1115 VF_A1116     FALSE 0.013 83.000 0.000 1.000 N NA
 946691 946692 VF_A1117 VF_A1118     TRUE 0.985 15.000 0.933 NA   NA
 946692 946693 VF_A1118 VF_A1119     FALSE 0.049 371.000 0.000 0.011   NA
 946694 946695 VF_A1120 VF_A1121     FALSE 0.103 6.000 0.000 1.000 N NA
 946695 946696 VF_A1121 VF_A1122   ectA FALSE 0.011 264.000 0.000 1.000   NA
 946696 946697 VF_A1122 VF_A1123 ectA ectB TRUE 0.991 21.000 0.793 0.001   NA
 946697 946698 VF_A1123 VF_A1124 ectB ectC TRUE 0.967 15.000 0.572 1.000   NA
 946698 946699 VF_A1124 VF_A1125 ectC   FALSE 0.487 89.000 0.149 1.000   NA
 946699 946700 VF_A1125 VF_A1126     FALSE 0.000 454.000 0.000 1.000 N NA
 946700 946701 VF_A1126 VF_A1127     FALSE 0.182 39.000 0.000 NA   NA
 946701 946702 VF_A1127 VF_A1128     FALSE 0.373 13.000 0.000 NA   NA
 946702 5488680 VF_A1128 VF_A1196     FALSE 0.102 86.000 0.000 NA   NA
 946703 946704 VF_A1129 VF_A1130     FALSE 0.005 401.000 0.000 NA   NA
 946704 946705 VF_A1130 VF_A1131     FALSE 0.250 28.000 0.000 NA   NA
 946705 946706 VF_A1131 VF_A1132     FALSE 0.014 232.000 0.000 NA   NA
 946706 946707 VF_A1132 VF_A1133     TRUE 0.819 32.000 0.222 NA   NA
 946707 946708 VF_A1133 VF_A1134     TRUE 0.766 40.000 0.222 NA   NA
 946708 946709 VF_A1134 VF_A1135     TRUE 0.775 39.000 0.222 NA   NA
 946709 946710 VF_A1135 VF_A1136     TRUE 0.813 33.000 0.222 NA   NA
 946710 946711 VF_A1136 VF_A1137     TRUE 0.795 36.000 0.222 NA   NA
 946711 946712 VF_A1137 VF_A1138     FALSE 0.102 86.000 0.000 NA   NA
 946712 946713 VF_A1138 VF_A1139     FALSE 0.035 161.000 0.000 NA   NA
 946714 946715 VF_A1140 VF_A1141     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 946718 946719 VF_A1144 VF_A1145     FALSE 0.017 208.000 0.000 NA   NA
 946721 946722 VF_A1147 VF_A1148 ybiV ycjZ FALSE 0.091 97.000 0.000 1.000   NA
 946722 946723 VF_A1148 VF_A1149 ycjZ acrF FALSE 0.002 193.000 0.000 1.000 N NA
 946723 946726 VF_A1149 VF_A1152 acrF acrA TRUE 0.994 2.000 0.889 1.000 N NA
 946726 946727 VF_A1152 VF_A1153 acrA ybiN FALSE 0.007 178.000 0.010 1.000   NA
 946727 946728 VF_A1153 VF_A1154 ybiN yibL FALSE 0.020 113.000 0.010 NA   NA
 946729 946730 VF_A1155 VF_A1156 yaeJ   FALSE 0.164 0.000 0.005 1.000   NA
 946730 946732 VF_A1156 VF_A1158     FALSE 0.086 110.000 0.028 1.000   NA
 946735 946736 VF_A1161 VF_A1162 pdxH rtxA2 FALSE 0.071 119.000 0.000 1.000   NA
 946737 946738 VF_A1163 VF_A1164     TRUE 0.994 3.000 0.500 1.000 Y NA
 946739 946740 VF_A1165 VF_A1166 rtxB   TRUE 0.924 -22.000 0.234 1.000 N NA
 946740 946741 VF_A1166 VF_A1167     TRUE 0.979 7.000 0.514 NA   NA
 946741 946742 VF_A1167 VF_A1168   rtxD TRUE 0.832 24.000 0.200 NA   NA
 946742 946743 VF_A1168 VF_A1169 rtxD ypfI FALSE 0.018 206.000 0.000 NA   NA
 946745 946746 VF_A1171 VF_A1172     TRUE 0.990 4.000 0.800 1.000 N NA
 942845 942846 VF_0001 VF_0002 mioC trmE FALSE 0.104 70.000 0.023 1.000   NA
 942846 942847 VF_0002 VF_0003 trmE yidC TRUE 0.599 97.000 0.221 1.000   NA
 942847 942848 VF_0003 VF_0004 yidC rnpA FALSE 0.049 227.000 0.105 1.000 N NA
 942848 942849 VF_0004 VF_0005 rnpA rpmH TRUE 0.979 16.000 0.787 1.000   NA
 942849 942850 VF_0005 VF_0006 rpmH yecC FALSE 0.003 186.000 0.006 1.000   NA
 942850 942851 VF_0006 VF_0007 yecC yecS TRUE 0.995 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 942851 942852 VF_0007 VF_0008 yecS fliY TRUE 0.963 125.000 0.704 0.050 Y NA
 942853 942854 VF_0009 VF_0010 dnaA dnaN TRUE 0.954 33.000 0.328 1.000 Y NA
 942854 942855 VF_0010 VF_0011 dnaN recF TRUE 0.975 14.000 0.318 1.000 Y NA
 942855 942856 VF_0011 VF_0012 recF gyrB TRUE 0.984 18.000 0.249 0.005 Y NA
 942856 942857 VF_0012 VF_0013 gyrB ibpA FALSE 0.001 424.000 0.000 NA N NA
 942859 942860 VF_0015 VF_0016 glyQ glyS TRUE 0.999 3.000 0.651 0.001 Y NA
 942860 942861 VF_0016 VF_0017 glyS malS FALSE 0.006 146.000 0.003 1.000 N NA
 942861 942862 VF_0017 VF_0018 malS   FALSE 0.063 135.000 0.029 NA   NA
 942864 942865 VF_0020 VF_0021     TRUE 0.639 147.000 0.423 NA   NA
 942865 942866 VF_0021 VF_0022   yiaA FALSE 0.065 125.000 0.000 NA   NA
 942867 942868 VF_0023 VF_0024 yhdH fadA FALSE 0.001 760.000 0.032 1.000 N NA
 942868 942869 VF_0024 VF_0025 fadA fadB TRUE 0.992 -52.000 0.607 1.000 Y NA
 942870 942871 VF_0026 VF_0027 yigZ trkH TRUE 0.679 57.000 0.202 1.000   NA
 942871 942872 VF_0027 VF_0028 trkH hemG TRUE 0.900 33.000 0.455 1.000 N NA
 942872 5488683 VF_0028 VF_T0001 hemG   FALSE 0.069 119.000 0.000 NA   NA
 5488683 942874 VF_T0001 VF_0029   pqqL FALSE 0.005 434.000 0.000 NA   NA
 942874 942875 VF_0029 VF_0030 pqqL   FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 942875 942876 VF_0030 VF_0031     FALSE 0.008 299.000 0.000 NA   NA
 942876 942877 VF_0031 VF_0032   thiC FALSE 0.000 601.000 0.000 1.000 N NA
 942877 942878 VF_0032 VF_0033 thiC thiE TRUE 0.856 71.000 0.063 0.004 Y NA
 942878 942879 VF_0033 VF_0034 thiE thiF TRUE 0.987 -7.000 0.242 1.000 Y NA
 942879 5488684 VF_0034 VF_2576 thiF thiS TRUE 0.995 -7.000 0.548 1.000 Y NA
 5488684 942880 VF_2576 VF_0035 thiS thiG TRUE 0.969 2.000 0.087 1.000 Y NA
 942880 942881 VF_0035 VF_0036 thiG thiH TRUE 0.990 11.000 0.277 0.004 Y NA
 942882 942883 VF_0037 VF_0038     FALSE 0.011 260.000 0.000 1.000   NA
 942883 942885 VF_0038 VF_0040   yidZ FALSE 0.148 105.000 0.074 1.000 N NA
 942886 942887 VF_0041 VF_0042 mdtL   TRUE 0.814 122.000 0.625 NA   NA
 942889 942891 VF_0044 VF_0046 rmuC ubiE FALSE 0.241 58.000 0.047 NA   NA
 942891 942892 VF_0046 VF_0047 ubiE yigP TRUE 0.843 12.000 0.145 1.000   NA
 942892 942893 VF_0047 VF_0048 yigP ubiB TRUE 0.984 -3.000 0.432 1.000   NA
 942893 942894 VF_0048 VF_0049 ubiB tatA FALSE 0.046 52.000 0.010 1.000   NA
 942894 942895 VF_0049 VF_0050 tatA tatB TRUE 0.978 4.000 0.043 0.006 Y NA
 942895 942896 VF_0050 VF_0051 tatB tatC TRUE 0.991 3.000 0.333 NA Y NA
 942896 5488685 VF_0051 VF_2577 tatC csrB2 FALSE 0.006 338.000 0.000 NA   NA
 942899 942901 VF_0054 VF_0056 gpp rhlB TRUE 0.880 34.000 0.406 1.000 N NA
 942902 942903 VF_0057 VF_0058 trxA rho FALSE 0.051 240.000 0.087 1.000   NA
 942903 942904 VF_0058 VF_0059 rho   FALSE 0.004 158.000 0.002 1.000   NA
 942904 942905 VF_0059 VF_0060   ubiD FALSE 0.012 102.000 0.006 1.000   NA
 942905 942906 VF_0060 VF_0061 ubiD   FALSE 0.004 164.000 0.000 1.000 N NA
 942906 942907 VF_0061 VF_0062   fre TRUE 0.715 97.000 0.000 0.043 Y NA
 942908 942909 VF_0063 VF_0064 hemY hemX TRUE 0.997 -3.000 0.765 1.000 Y NA
 942909 942910 VF_0064 VF_0065 hemX hemD TRUE 0.996 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 942910 942911 VF_0065 VF_0066 hemD hemC TRUE 0.994 3.000 0.205 0.002 Y NA
 942912 942913 VF_0067 VF_0068 cyaA uvrD FALSE 0.012 85.000 0.022 1.000 N NA
 942915 942916 VF_0070 VF_0071 recQ   TRUE 0.747 4.000 0.054 NA   NA
 942918 5488686 VF_0073 VF_2578 yhhQ ryhB FALSE 0.027 174.000 0.000 NA   NA
 5488686 942919 VF_2578 VF_0074 ryhB polA FALSE 0.005 420.000 0.000 NA   NA
 942919 5488687 VF_0074 VF_2579 polA spf FALSE 0.013 234.000 0.000 NA   NA
 942921 942922 VF_0076 VF_0077 cycA   FALSE 0.114 155.000 0.069 NA   NA
 942922 942923 VF_0077 VF_0078   yihI TRUE 0.979 0.000 0.333 NA   NA
 942923 942924 VF_0078 VF_0079 yihI   TRUE 0.991 3.000 0.679 NA   NA
 942924 942925 VF_0079 VF_0080   hemN TRUE 0.603 109.000 0.244 NA   NA
 942929 942930 VF_0084 VF_0085 ftnA uspB TRUE 0.666 81.000 0.235 NA   NA
 942930 942931 VF_0085 VF_0086 uspB yhiN FALSE 0.162 49.000 0.028 NA   NA
 942931 942932 VF_0086 VF_0087 yhiN   FALSE 0.072 117.000 0.000 1.000   NA
 942933 942934 VF_0088 VF_0089     TRUE 0.996 0.000 1.000 NA   NA
 942938 942939 VF_0093 VF_0094 add   FALSE 0.235 165.000 0.189 1.000 N NA
 942939 942940 VF_0094 VF_0095   ntrC FALSE 0.504 117.000 0.046 1.000 Y NA
 942940 942941 VF_0095 VF_0096 ntrC ntrB TRUE 0.983 39.000 0.587 0.084 Y NA
 942941 942942 VF_0096 VF_0097 ntrB   FALSE 0.029 77.000 0.009 NA   NA
 942942 942943 VF_0097 VF_0098   glnA FALSE 0.012 250.000 0.000 NA   NA
 942944 942945 VF_0099 VF_0100 typA yihY FALSE 0.001 297.000 0.006 1.000   NA
 942945 942946 VF_0100 VF_0101 yihY dtd TRUE 0.737 -28.000 0.069 1.000   NA
 942946 942947 VF_0101 VF_0102 dtd yiiD FALSE 0.012 518.000 0.065 1.000   NA
 942948 942949 VF_0103 VF_0104 trmH spoT FALSE 0.034 252.000 0.095 1.000 N NA
 942949 942950 VF_0104 VF_0105 spoT rpoZ TRUE 0.915 51.000 0.291 1.000 Y NA
 942950 942951 VF_0105 VF_0106 rpoZ gmk TRUE 0.746 109.000 0.471 1.000 N NA
 942952 942953 VF_0107 VF_0108     FALSE 0.034 197.000 0.042 NA   NA
 942953 942954 VF_0108 VF_0109   yedA FALSE 0.014 232.000 0.000 NA   NA
 942956 942957 VF_0111 VF_0112 rph pyrE FALSE 0.043 243.000 0.108 1.000 N NA
 942959 942960 VF_0114 VF_0115 ompR envZ FALSE 0.411 433.000 0.584 1.000 Y NA
 942961 942962 VF_0116 VF_0117 yicE gntX FALSE 0.006 364.000 0.000 1.000   NA
 942963 942964 VF_0118 VF_0119 bioH   FALSE 0.442 27.000 0.053 NA   NA
 942965 942966 VF_0120 VF_0121 yhgF greB FALSE 0.267 228.000 0.123 1.000 Y NA
 942966 942967 VF_0121 VF_0122 greB htrB2 FALSE 0.046 19.000 0.010 1.000 N NA
 942967 942969 VF_0122 VF_0124 htrB2 slmA FALSE 0.038 25.000 0.016 1.000 N NA
 942969 942970 VF_0124 VF_0125 slmA dfp FALSE 0.005 155.000 0.016 1.000 N NA
 942971 942972 VF_0126 VF_0127 yicR rpmB FALSE 0.002 196.000 0.006 1.000 N NA
 942972 942973 VF_0127 VF_0128 rpmB rpmG TRUE 0.989 15.000 0.332 0.014 Y NA
 942973 942974 VF_0128 VF_0129 rpmG   FALSE 0.000 461.000 0.004 NA   NA
 942974 942975 VF_0129 VF_0130   mutM FALSE 0.010 240.000 0.022 NA   NA
 942975 942976 VF_0130 VF_0131 mutM   FALSE 0.038 25.000 0.004 1.000 N NA
 942977 942978 VF_0132 VF_0133 coaD   FALSE 0.136 -7.000 0.005 1.000 N NA
 942978 942979 VF_0133 VF_0134     TRUE 0.948 3.000 0.040 NA Y NA
 942979 942980 VF_0134 VF_0135     TRUE 0.922 10.000 0.058 NA Y NA
 942981 942982 VF_0136 VF_0137 wavC   FALSE 0.077 109.000 0.025 1.000   NA
 942983 942984 VF_0138 VF_0139 waaA rfaF TRUE 0.956 -3.000 0.040 1.000 Y NA
 942985 942986 VF_0140 VF_0141     TRUE 0.971 24.000 0.383 1.000 Y NA
 942986 942987 VF_0141 VF_0142   neuC TRUE 0.910 35.000 0.190 1.000 Y NA
 942987 942988 VF_0142 VF_0143 neuC neuB TRUE 0.992 8.000 0.549 1.000 Y NA
 942988 942989 VF_0143 VF_0144 neuB neuD TRUE 0.969 -7.000 0.292 1.000   NA
 942989 942990 VF_0144 VF_0145 neuD   TRUE 0.821 16.000 0.156 1.000   NA
 942990 942991 VF_0145 VF_0146     TRUE 0.722 6.000 0.054 1.000   NA
 942991 942992 VF_0146 VF_0147   neuA TRUE 0.655 16.000 0.078 1.000   NA
 942992 942993 VF_0147 VF_0148 neuA ptmA TRUE 0.904 0.000 0.131 1.000 N NA
 942993 942994 VF_0148 VF_0149 ptmA   FALSE 0.089 9.000 0.000 1.000 N NA
 942995 942996 VF_0150 VF_0151   waaL TRUE 0.552 4.000 0.000 NA   NA
 942996 942997 VF_0151 VF_0152 waaL rfaD TRUE 0.782 28.000 0.000 NA Y NA
 942998 942999 VF_0153 VF_0154 rjg   FALSE 0.102 86.000 0.000 NA   NA
 942999 943000 VF_0154 VF_0155     FALSE 0.066 123.000 0.000 NA   NA
 943002 943003 VF_0157 VF_0158 wbfB   TRUE 0.975 4.000 0.380 NA   NA
 943003 943005 VF_0158 VF_0160   wbfD TRUE 0.875 43.000 0.429 NA   NA
 943005 943006 VF_0160 VF_0161 wbfD   FALSE 0.065 124.000 0.000 NA   NA
 943007 943008 VF_0162 VF_0163 gfcE   FALSE 0.244 161.000 0.154 NA   NA
 943008 943009 VF_0163 VF_0164   etp FALSE 0.006 355.000 0.000 NA   NA
 943009 943010 VF_0164 VF_0165 etp wzc FALSE 0.353 285.000 0.700 1.000 N NA
 943010 943011 VF_0165 VF_0166 wzc rffG TRUE 0.714 82.000 0.100 1.000 Y NA
 943011 943012 VF_0166 VF_0167 rffG rffH TRUE 0.998 0.000 0.444 0.002 Y NA
 943012 943013 VF_0167 VF_0168 rffH rfbC TRUE 0.951 0.000 0.000 1.000 Y NA
 943013 943014 VF_0168 VF_0169 rfbC rmlB TRUE 0.939 2.000 0.012 1.000 Y NA
 943014 943015 VF_0169 VF_0170 rmlB rfbX TRUE 0.558 4.000 0.000 1.000   NA
 943015 943016 VF_0170 VF_0171 rfbX   FALSE 0.292 22.000 0.000 1.000   NA
 943016 943017 VF_0171 VF_0172     FALSE 0.503 -19.000 0.000 1.000   NA
 943017 943018 VF_0172 VF_0173     FALSE 0.528 5.000 0.000 NA   NA
 943018 5488688 VF_0173 VF_2581     TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 5488688 943019 VF_2581 VF_0174     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 943019 943020 VF_0174 VF_0175     FALSE 0.484 -24.000 0.000 NA   NA
 943020 943021 VF_0175 VF_0176     FALSE 0.373 13.000 0.000 NA   NA
 943021 943022 VF_0176 VF_0177     TRUE 0.754 3.000 0.048 1.000   NA
 943022 943023 VF_0177 VF_0178     TRUE 0.914 4.000 0.018 0.005   NA
 943023 943024 VF_0178 VF_0179   kpsF TRUE 0.947 1.000 0.023 1.000 Y NA
 943024 943025 VF_0179 VF_0180 kpsF rfe FALSE 0.114 246.000 0.000 1.000 Y NA
 943025 943026 VF_0180 VF_0181 rfe ddhD FALSE 0.000 575.000 0.000 1.000 N NA
 943026 943027 VF_0181 VF_0182 ddhD ddhA FALSE 0.140 23.000 0.038 1.000 N NA
 943027 943028 VF_0182 VF_0183 ddhA ddhB TRUE 0.995 4.000 0.624 1.000 Y NA
 943028 943029 VF_0183 VF_0184 ddhB ddhC TRUE 0.989 0.000 0.247 1.000 Y NA
 943029 943030 VF_0184 VF_0185 ddhC   TRUE 0.617 16.000 0.097 1.000 N NA
 943030 943031 VF_0185 VF_0186     FALSE 0.512 -22.000 0.054 1.000 N NA
 943031 943032 VF_0186 VF_0187     FALSE 0.115 74.000 0.000 NA   NA
 943032 943033 VF_0187 VF_0188     FALSE 0.206 35.000 0.000 NA   NA
 943033 943034 VF_0188 VF_0189     TRUE 0.531 -13.000 0.000 NA   NA
 943034 943035 VF_0189 VF_0190     TRUE 0.905 -10.000 0.133 NA   NA
 943035 943036 VF_0190 VF_0191   fnlA FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 943036 943037 VF_0191 VF_0192 fnlA fnlB TRUE 0.979 0.000 0.162 0.016   NA
 943037 943038 VF_0192 VF_0193 fnlB rffE TRUE 0.989 10.000 0.477 1.000 Y NA
 943038 943039 VF_0193 VF_0194 rffE wbjE TRUE 0.909 -31.000 0.031 1.000 Y NA
 943039 943040 VF_0194 VF_0195 wbjE   TRUE 0.942 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 943040 943041 VF_0195 VF_0196     TRUE 0.991 -3.000 0.297 NA Y NA
 943041 943042 VF_0196 VF_0197     TRUE 0.877 15.000 0.046 NA Y NA
 943042 5488689 VF_0197 VF_0198   ugd FALSE 0.007 334.000 0.000 NA   NA
 5488689 943045 VF_0198 VF_0200 ugd   FALSE 0.017 209.000 0.000 NA   NA
 943045 943046 VF_0200 VF_0201     FALSE 0.224 123.000 0.083 1.000   NA
 943047 943048 VF_0202 VF_0203 gpmM   FALSE 0.001 373.000 0.000 1.000 N NA
 943049 943050 VF_0204 VF_0205 groS groL TRUE 0.979 78.000 0.631 0.009 Y NA
 943053 943054 VF_0208 VF_0209   glpX FALSE 0.004 725.000 0.000 NA   NA
 943056 943057 VF_0211 VF_0212 rraA menA TRUE 0.681 125.000 0.158 NA Y NA
 943057 943059 VF_0212 VF_0214 menA prkB FALSE 0.013 83.000 0.007 1.000 N NA
 943059 943060 VF_0214 VF_0215 prkB   TRUE 0.682 103.000 0.303 1.000   NA
 943060 943061 VF_0215 VF_0216   yheT TRUE 0.837 28.000 0.222 NA   NA
 943061 943062 VF_0216 VF_0217 yheT   TRUE 0.722 6.000 0.056 NA   NA
 943062 943063 VF_0217 VF_0218   yheS TRUE 0.965 -16.000 0.333 NA   NA
 943064 943065 VF_0219 VF_0220 kefG kefB TRUE 0.995 0.000 0.927 1.000   NA
 943065 943067 VF_0220 VF_0222 kefB   TRUE 0.892 36.000 0.400 NA   NA
 943067 943068 VF_0222 VF_0223   slyD TRUE 0.826 57.000 0.370 NA   NA
 943069 943070 VF_0224 VF_0225 slyX   TRUE 0.609 0.000 0.024 NA   NA
 943071 943072 VF_0226 VF_0227 fkpA yheO FALSE 0.259 171.000 0.190 NA   NA
 943072 943073 VF_0227 VF_0228 yheO tusD TRUE 0.963 -3.000 0.220 NA   NA
 943073 943074 VF_0228 VF_0229 tusD tusC TRUE 0.984 35.000 0.790 NA Y NA
 943074 5488690 VF_0229 VF_2582 tusC tusB TRUE 0.998 1.000 0.804 NA Y NA
 5488690 943075 VF_2582 VF_0230 tusB rpsL FALSE 0.041 164.000 0.058 NA N NA
 943075 943076 VF_0230 VF_0231 rpsL rpsG TRUE 0.976 95.000 0.620 0.003 Y NA
 943076 5488691 VF_0231 VF_2583 rpsG   FALSE 0.464 -34.000 0.000 NA   NA
 5488691 943077 VF_2583 VF_0232   fusA FALSE 0.487 -22.000 0.000 NA   NA
 943077 943078 VF_0232 VF_0233 fusA tufB TRUE 0.959 109.000 0.400 0.001 Y NA
 943078 943079 VF_0233 VF_0234 tufB rpsJ FALSE 0.262 413.000 0.318 1.000 Y NA
 943079 943080 VF_0234 VF_0235 rpsJ rplC TRUE 0.988 13.000 0.307 0.018 Y NA
 943080 943082 VF_0235 VF_0237 rplC rplD TRUE 0.991 18.000 0.486 0.014 Y NA
 943082 943083 VF_0237 VF_0238 rplD rplW TRUE 0.998 -3.000 0.513 0.014 Y NA
 943083 943084 VF_0238 VF_0239 rplW rplB TRUE 0.996 16.000 0.849 0.018 Y NA
 943084 943085 VF_0239 VF_0240 rplB rpsS TRUE 0.996 20.000 0.820 0.018 Y NA
 943085 943086 VF_0240 VF_0241 rpsS rplV TRUE 0.997 11.000 0.769 0.018 Y NA
 943086 943087 VF_0241 VF_0242 rplV rpsC TRUE 0.995 20.000 0.719 0.018 Y NA
 943087 943088 VF_0242 VF_0243 rpsC rplP TRUE 0.997 12.000 0.828 0.018 Y NA
 943088 943089 VF_0243 VF_0244 rplP rpmC TRUE 0.999 0.000 0.802 0.014 Y NA
 943089 943090 VF_0244 VF_0245 rpmC rpsQ TRUE 0.999 0.000 0.828 0.014 Y NA
 943090 943091 VF_0245 VF_0246 rpsQ rplN TRUE 0.943 165.000 0.791 0.018 Y NA
 943091 943093 VF_0246 VF_0248 rplN rplX TRUE 0.997 14.000 0.810 0.018 Y NA
 943093 943094 VF_0248 VF_0249 rplX rplE TRUE 0.996 15.000 0.758 0.014 Y NA
 943094 943095 VF_0249 VF_0250 rplE rpsN TRUE 0.990 22.000 0.496 0.014 Y NA
 943095 943096 VF_0250 VF_0251 rpsN rpsH TRUE 0.987 30.000 0.473 0.014 Y NA
 943096 943097 VF_0251 VF_0252 rpsH rplF TRUE 0.997 13.000 0.808 0.014 Y NA
 943097 943098 VF_0252 VF_0253 rplF rplR TRUE 0.998 10.000 0.815 0.014 Y NA
 943098 943099 VF_0253 VF_0254 rplR rpsE TRUE 0.996 15.000 0.814 0.018 Y NA
 943099 943100 VF_0254 VF_0255 rpsE rpmD TRUE 0.998 6.000 0.789 0.018 Y NA
 943100 943101 VF_0255 VF_0256 rpmD rplO TRUE 0.998 6.000 0.653 0.002 Y NA
 943101 943102 VF_0256 VF_0257 rplO secY TRUE 0.965 21.000 0.730 1.000 N NA
 943102 943103 VF_0257 VF_0258 secY rpmJ TRUE 0.573 31.000 0.089 1.000   NA
 943103 943104 VF_0258 VF_0259 rpmJ rpsM TRUE 0.607 150.000 0.194 0.014   NA
 943104 943105 VF_0259 VF_0260 rpsM rpsK TRUE 0.995 22.000 0.810 0.014 Y NA
 943105 943106 VF_0260 VF_0261 rpsK rpsD TRUE 0.987 32.000 0.509 0.018 Y NA
 943106 943107 VF_0261 VF_0262 rpsD rpoA TRUE 0.940 24.000 0.549 1.000 N NA
 943107 943108 VF_0262 VF_0263 rpoA rplQ TRUE 0.956 37.000 0.873 1.000 N NA
 943110 943111 VF_0265 VF_0266 mpl ubiX TRUE 0.949 3.000 0.235 1.000 N NA
 943111 943112 VF_0266 VF_0267 ubiX thiB FALSE 0.152 215.000 0.000 1.000 Y NA
 943112 943113 VF_0267 VF_0268 thiB thiP TRUE 0.959 42.000 0.697 0.064 N NA
 943113 943114 VF_0268 VF_0269 thiP thiQ TRUE 0.994 0.000 0.522 0.016 N NA
 943114 943115 VF_0269 VF_0270 thiQ hepA FALSE 0.002 194.000 0.000 1.000 N NA
 943115 943116 VF_0270 VF_0271 hepA rluA TRUE 0.579 115.000 0.294 1.000 N NA
 943117 943118 VF_0272 VF_0273     TRUE 0.598 52.000 0.154 NA   NA
 943118 943119 VF_0273 VF_0274     FALSE 0.027 294.000 0.073 NA   NA
 943119 943120 VF_0274 VF_0275   argR FALSE 0.007 331.000 0.000 NA   NA
 943123 943124 VF_0278 VF_0279 rplU rpmA TRUE 0.995 18.000 0.667 0.014 Y NA
 943124 943125 VF_0279 VF_0280 rpmA obgE FALSE 0.262 237.000 0.335 1.000   NA
 943125 943126 VF_0280 VF_0281 obgE yjjP FALSE 0.061 134.000 0.027 NA   NA
 943126 943128 VF_0281 VF_0283 yjjP   TRUE 0.991 -7.000 0.704 NA   NA
 943128 943129 VF_0283 VF_0284   folA TRUE 0.579 35.000 0.104 NA   NA
 943130 943131 VF_0285 VF_0286 apaH ksgA FALSE 0.014 73.000 0.025 1.000 N NA
 943131 943132 VF_0286 VF_0287 ksgA pdxA TRUE 0.943 -3.000 0.197 1.000 N NA
 943132 943133 VF_0287 VF_0288 pdxA surA TRUE 0.976 -22.000 0.561 1.000 N NA
 943133 943134 VF_0288 VF_0289 surA imp TRUE 0.538 68.000 0.182 1.000 N NA
 943136 943137 VF_0291 VF_0292   leuD FALSE 0.452 123.000 0.186 NA   NA
 943137 943138 VF_0292 VF_0293 leuD leuC TRUE 0.992 13.000 0.309 0.001 Y NA
 943138 943139 VF_0293 VF_0294 leuC leuB TRUE 0.989 16.000 0.275 0.001 Y NA
 943139 943140 VF_0294 VF_0295 leuB leuA TRUE 0.908 82.000 0.126 0.001 Y NA
 943140 5488692 VF_0295 VF_2584 leuA leuL FALSE 0.077 112.000 0.000 NA   NA
 943141 943142 VF_0296 VF_0297     TRUE 0.909 -13.000 0.154 NA   NA
 943142 943143 VF_0297 VF_0298     TRUE 0.966 -3.000 0.240 NA   NA
 943146 943147 VF_0301 VF_0302 dnaB alr TRUE 0.921 13.000 0.317 1.000 N NA
 943147 943148 VF_0302 VF_0303 alr   TRUE 0.962 0.000 0.208 1.000   NA
 943148 943149 VF_0303 VF_0304   pgi FALSE 0.017 215.000 0.000 1.000   NA
 943150 943151 VF_0305 VF_0306 cheX zur TRUE 0.566 28.000 0.112 NA N NA
 943152 943153 VF_0307 VF_0308     FALSE 0.008 119.000 0.006 NA   NA
 943153 943154 VF_0308 VF_0309     FALSE 0.220 172.000 0.169 NA   NA
 943154 943155 VF_0309 VF_0310   cysJ FALSE 0.251 136.000 0.109 NA   NA
 943155 943156 VF_0310 VF_0311 cysJ cysI TRUE 0.999 0.000 0.791 0.001 Y NA
 943156 943157 VF_0311 VF_0312 cysI cysH TRUE 0.857 -7.000 0.116 1.000 N NA
 943158 943159 VF_0313 VF_0314   fklB FALSE 0.362 124.000 0.141 NA   NA
 943161 943162 VF_0316 VF_0317   elaA TRUE 0.925 2.000 0.132 NA   NA
 943162 943163 VF_0317 VF_0318 elaA   FALSE 0.295 67.000 0.066 NA   NA
 943163 943164 VF_0318 VF_0319   cpdB FALSE 0.208 117.000 0.104 NA N NA
 943165 943166 VF_0320 VF_0321 cysD cysN TRUE 0.977 30.000 0.574 0.001 N NA
 943166 943167 VF_0321 VF_0322 cysN yfbS TRUE 0.964 12.000 0.200 1.000 Y NA
 943167 943168 VF_0322 VF_0323 yfbS cysC TRUE 0.971 15.000 0.291 1.000 Y NA
 943169 943170 VF_0324 VF_0325     FALSE 0.010 272.000 0.000 NA   NA
 943170 943171 VF_0325 VF_0326     TRUE 0.915 12.000 0.238 NA   NA
 943171 943172 VF_0326 VF_0327     TRUE 0.996 -3.000 0.605 1.000 Y NA
 943172 943173 VF_0327 VF_0328     TRUE 0.867 37.000 0.336 NA   NA
 5488693 5488694 VF_2585 VF_2586     TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 943177 943178 VF_0332 VF_0333 ytfM ytfN TRUE 0.989 -3.000 0.575 NA   NA
 943178 5488695 VF_0333 VF_R0001 ytfN   FALSE 0.004 499.000 0.000 NA   NA
 5488695 5488696 VF_R0001 VF_T0002     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 5488696 5488697 VF_T0002 VF_R0002     FALSE 0.009 276.000 0.000 NA   NA
 5488697 5488698 VF_R0002 VF_R0003     FALSE 0.093 94.000 0.000 NA   NA
 5488698 5488699 VF_R0003 VF_R0004     FALSE 0.005 398.000 0.000 NA   NA
 5488699 5488700 VF_R0004 VF_T0003     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 5488700 5488701 VF_T0003 VF_T0004     FALSE 0.188 38.000 0.000 NA   NA
 5488701 5488702 VF_T0004 VF_R0005     FALSE 0.009 274.000 0.000 NA   NA
 5488702 5488703 VF_R0005 VF_R0006     FALSE 0.100 89.000 0.000 NA   NA
 5488703 5488704 VF_R0006 VF_T0005     FALSE 0.238 30.000 0.000 NA   NA
 943195 943196 VF_0340 VF_0341   uvrA FALSE 0.011 97.000 0.013 NA N NA
 943196 943197 VF_0341 VF_0342 uvrA galU FALSE 0.003 172.000 0.002 1.000 N NA
 943197 943198 VF_0342 VF_0343 galU   FALSE 0.071 181.000 0.069 NA   NA
 943198 943199 VF_0343 VF_0344     TRUE 0.951 -13.000 0.241 NA   NA
 943199 943200 VF_0344 VF_0345     TRUE 0.996 5.000 0.459 0.016 Y NA
 943200 943201 VF_0345 VF_0346     TRUE 0.985 -3.000 0.189 NA Y NA
 943201 943202 VF_0346 VF_0347     TRUE 0.982 -7.000 0.438 NA   NA
 943202 943203 VF_0347 VF_0348     TRUE 0.988 3.000 0.600 NA   NA
 943203 943204 VF_0348 VF_0349     TRUE 0.913 5.000 0.161 NA   NA
 943204 943205 VF_0349 VF_0350     TRUE 0.980 4.000 0.194 1.000 Y NA
 943205 943206 VF_0350 VF_0351     TRUE 0.952 1.000 0.184 1.000   NA
 943206 943207 VF_0351 VF_0352   wcaJ TRUE 0.906 -16.000 0.158 NA   NA
 5488705 943208 VF_2587 VF_0353   ssb FALSE 0.050 145.000 0.000 NA   NA
 943210 943211 VF_0355 VF_0356 csrD mshI FALSE 0.047 120.000 0.020 NA   NA
 943211 943212 VF_0356 VF_0357 mshI mshJ TRUE 0.656 -7.000 0.033 NA   NA
 943212 943213 VF_0357 VF_0358 mshJ   TRUE 0.979 2.000 0.344 NA   NA
 943213 943214 VF_0358 VF_0359   mshL TRUE 0.949 12.000 0.356 NA   NA
 943214 943215 VF_0359 VF_0360 mshL mshM TRUE 0.994 13.000 0.846 1.000 Y NA
 943215 943216 VF_0360 VF_0361 mshM mshN TRUE 0.967 -15.000 0.338 1.000   NA
 943216 943217 VF_0361 VF_0362 mshN mshE TRUE 0.979 0.000 0.328 1.000   NA
 943217 943218 VF_0362 VF_0363 mshE mshG TRUE 0.994 10.000 0.740 1.000 Y NA
 943218 943219 VF_0363 VF_0364 mshG   TRUE 0.703 3.000 0.039 NA   NA
 943219 943220 VF_0364 VF_0365   mshB TRUE 0.645 87.000 0.231 NA   NA
 943220 943221 VF_0365 VF_0366 mshB mshA TRUE 0.808 166.000 0.538 NA Y NA
 943221 943222 VF_0366 VF_0367 mshA mshC TRUE 0.551 127.000 0.250 NA   NA
 943222 943223 VF_0367 VF_0368 mshC mshD TRUE 0.699 -3.000 0.033 NA   NA
 943223 943224 VF_0368 VF_0369 mshD mshO TRUE 0.995 0.000 0.871 NA   NA
 943224 943225 VF_0369 VF_0370 mshO mshP TRUE 0.759 32.000 0.177 NA   NA
 943225 943226 VF_0370 VF_0371 mshP mshQ TRUE 0.952 0.000 0.182 NA   NA
 943226 943227 VF_0371 VF_0372 mshQ mreB FALSE 0.008 123.000 0.005 1.000   NA
 943227 943228 VF_0372 VF_0373 mreB mreC TRUE 0.959 24.000 0.689 1.000 N NA
 943228 943229 VF_0373 VF_0374 mreC mreD TRUE 0.998 -10.000 0.550 0.002 Y NA
 943229 943230 VF_0374 VF_0375 mreD yhdE TRUE 0.882 11.000 0.206 NA N NA
 943230 943231 VF_0375 VF_0376 yhdE rng TRUE 0.925 19.000 0.417 NA N NA
 943231 943232 VF_0376 VF_0377 rng yhdP TRUE 0.803 48.000 0.296 NA   NA
 943232 943233 VF_0377 VF_0378 yhdP   TRUE 0.940 15.000 0.358 NA   NA
 943233 943234 VF_0378 VF_0379   tldD TRUE 0.657 94.000 0.259 NA   NA
 943237 943238 VF_0382 VF_0383     FALSE 0.209 151.000 0.140 1.000 N NA
 943238 943239 VF_0383 VF_0384   yhbJ TRUE 0.832 19.000 0.182 NA   NA
 943239 943240 VF_0384 VF_0385 yhbJ ptsN TRUE 0.815 24.000 0.186 NA   NA
 943240 943241 VF_0385 VF_0386 ptsN hpf TRUE 0.991 2.000 0.728 NA N NA
 943241 943242 VF_0386 VF_0387 hpf rpoN TRUE 0.972 20.000 0.820 NA N NA
 943242 943243 VF_0387 VF_0388 rpoN lptB TRUE 0.783 24.000 0.163 1.000   NA
 943243 943244 VF_0388 VF_0389 lptB lptA TRUE 0.986 3.000 0.543 NA   NA
 943244 943245 VF_0389 VF_0390 lptA   TRUE 0.975 -19.000 0.459 NA   NA
 943245 943246 VF_0390 VF_0391   kdsC TRUE 0.990 -3.000 0.617 NA   NA
 943246 943247 VF_0391 VF_0392 kdsC kdsD TRUE 0.990 0.000 0.598 1.000   NA
 943247 943248 VF_0392 VF_0393 kdsD yrbG FALSE 0.219 186.000 0.226 1.000 N NA
 943249 943250 VF_0394 VF_0395 yrbF yrbE TRUE 0.995 -7.000 0.530 NA Y NA
 943250 943251 VF_0395 VF_0396 yrbE yrbD TRUE 0.985 4.000 0.562 NA   NA
 943251 943252 VF_0396 VF_0397 yrbD yrbC TRUE 0.956 0.000 0.188 NA   NA
 943252 943254 VF_0397 VF_0399 yrbC yrbB TRUE 0.977 0.000 0.308 NA   NA
 943254 943255 VF_0399 VF_0400 yrbB yrbA TRUE 0.986 0.000 0.453 NA   NA
 943255 943256 VF_0400 VF_0401 yrbA murA TRUE 0.904 12.000 0.258 NA N NA
 943256 943257 VF_0401 VF_0402 murA plsC FALSE 0.014 115.000 0.033 1.000 N NA
 943257 943258 VF_0402 VF_0403 plsC idi TRUE 0.557 72.000 0.013 1.000 Y NA
 943259 943260 VF_0404 VF_0405 yjgF pyrI FALSE 0.074 139.000 0.063 NA N NA
 943260 943261 VF_0405 VF_0406 pyrI pyrB TRUE 0.986 14.000 0.197 0.001 Y NA
 943261 5488706 VF_0406 VF_2588 pyrB pyrL FALSE 0.297 20.000 0.000 NA   NA
 5488706 943262 VF_2588 VF_0407 pyrL argI FALSE 0.056 137.000 0.000 NA   NA
 943262 943263 VF_0407 VF_0408 argI sagP TRUE 0.906 113.000 0.500 1.000 Y NA
 943264 943265 VF_0409 VF_0410 rraB   TRUE 0.541 71.000 0.151 NA   NA
 943266 943267 VF_0411 VF_0412 valS holC FALSE 0.189 111.000 0.089 1.000 N NA
 943267 943268 VF_0412 VF_0413 holC pepA TRUE 0.808 80.000 0.494 1.000 N NA
 943269 943270 VF_0414 VF_0415 yjgP yjgQ TRUE 0.994 -7.000 0.631 0.068   NA
 943273 943274 VF_0417 VF_0418   dgkA FALSE 0.298 34.000 0.038 NA   NA
 943274 5488708 VF_0418 VF_T0007 dgkA   FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 5488708 5488709 VF_T0007 VF_T0008     FALSE 0.501 7.000 0.000 NA   NA
 5488709 5488710 VF_T0008 VF_T0009     FALSE 0.488 8.000 0.000 NA   NA
 5488710 5488711 VF_T0009 VF_T0010     FALSE 0.115 74.000 0.000 NA   NA
 5488711 5488712 VF_T0010 VF_T0011     FALSE 0.213 34.000 0.000 NA   NA
 5488712 5488713 VF_T0011 VF_T0012     FALSE 0.166 42.000 0.000 NA   NA
 5488713 5488714 VF_T0012 VF_T0013     FALSE 0.501 7.000 0.000 NA   NA
 5488714 5488715 VF_T0013 VF_T0014     FALSE 0.488 8.000 0.000 NA   NA
 5488715 5488716 VF_T0014 VF_T0015     FALSE 0.113 76.000 0.000 NA   NA
 5488716 943285 VF_T0015 VF_0420   mltC FALSE 0.038 157.000 0.000 NA   NA
 943285 943286 VF_0420 VF_0421 mltC yggX FALSE 0.101 109.000 0.060 NA N NA
 943286 943287 VF_0421 VF_0422 yggX mutY TRUE 0.901 3.000 0.150 NA N NA
 5488717 943288 VF_2589 VF_0423 trmB yneH FALSE 0.103 84.000 0.026 1.000   NA
 943289 943290 VF_0424 VF_0425 yggW rdgB TRUE 0.935 4.000 0.218 1.000 N NA
 943290 943291 VF_0425 VF_0426 rdgB   TRUE 0.610 11.000 0.050 NA   NA
 943291 943292 VF_0426 VF_0427   yggU FALSE 0.327 70.000 0.076 NA   NA
 943292 943293 VF_0427 VF_0428 yggU yggT TRUE 0.785 8.000 0.081 NA   NA
 943293 943294 VF_0428 VF_0429 yggT proC FALSE 0.522 49.000 0.117 NA   NA
 943294 943295 VF_0429 VF_0430 proC yggS FALSE 0.443 84.000 0.125 NA   NA
 943296 943297 VF_0431 VF_0432 pilT pilU TRUE 0.997 3.000 0.436 0.043 Y NA
 943298 943299 VF_0433 VF_0434 yqgF yqgE TRUE 0.962 -3.000 0.263 NA N NA
 943299 943300 VF_0434 VF_0435 yqgE gshB FALSE 0.264 113.000 0.120 NA N NA
 943300 943301 VF_0435 VF_0436 gshB rsmE TRUE 0.854 14.000 0.173 NA   NA
 943301 943302 VF_0436 VF_0437 rsmE endA TRUE 0.635 74.000 0.201 NA   NA
 943302 943303 VF_0437 VF_0438 endA yggI TRUE 0.602 92.000 0.210 1.000   NA
 943303 943304 VF_0438 VF_0439 yggI metK FALSE 0.038 166.000 0.030 1.000   NA
 943305 943306 VF_0440 VF_0441 tktA epd FALSE 0.337 145.000 0.016 1.000 Y NA
 943306 943307 VF_0441 VF_0442 epd pgk TRUE 0.583 167.000 0.070 0.005 Y NA
 943307 943308 VF_0442 VF_0443 pgk fbaA TRUE 0.623 156.000 0.056 0.005 Y NA
 943309 943310 VF_0444 VF_0445 srmB yfiC TRUE 0.871 89.000 0.333 0.016   NA
 943313 943314 VF_0448 VF_0449 xerD dsbC FALSE 0.222 75.000 0.079 1.000 N NA
 943314 943315 VF_0449 VF_0450 dsbC recJ FALSE 0.244 71.000 0.082 1.000 N NA
 943315 943317 VF_0450 VF_0452 recJ prfB FALSE 0.001 270.000 0.028 1.000 N NA
 943317 943318 VF_0452 VF_0453 prfB lysU TRUE 0.974 14.000 0.162 0.043 Y NA
 943318 943319 VF_0453 VF_0454 lysU vpsR FALSE 0.021 388.000 0.000 0.099 N NA
 943321 943322 VF_0456 VF_0457 nudH ptsP FALSE 0.024 39.000 0.005 1.000 N NA
 943322 943323 VF_0457 VF_0458 ptsP   TRUE 0.867 0.000 0.077 1.000   NA
 943323 943324 VF_0458 VF_0459   lgt FALSE 0.511 12.000 0.038 1.000   NA
 943324 943325 VF_0459 VF_0460 lgt thyA FALSE 0.483 73.000 0.164 1.000 N NA
 943327 943328 VF_0462 VF_0463 nhaR hlyU TRUE 0.926 64.000 0.210 0.056 Y NA
 943330 943331 VF_0465 VF_0466 yceN ribF FALSE 0.520 91.000 0.169 1.000   NA
 943331 943332 VF_0466 VF_0467 ribF ileS TRUE 0.779 37.000 0.254 1.000 N NA
 943332 943333 VF_0467 VF_0468 ileS lspA TRUE 0.917 0.000 0.147 1.000 N NA
 943333 943334 VF_0468 VF_0469 lspA fkpB TRUE 0.791 72.000 0.417 1.000 N NA
 943334 943335 VF_0469 VF_0470 fkpB ispH TRUE 0.948 25.000 0.626 1.000 N NA
 943335 943336 VF_0470 VF_0471 ispH dapB FALSE 0.014 73.000 0.009 1.000 N NA
 943336 943337 VF_0471 VF_0472 dapB carA FALSE 0.044 595.000 0.034 1.000 Y NA
 943337 943338 VF_0472 VF_0473 carA carB TRUE 0.991 18.000 0.345 0.001 Y NA
 943339 943340 VF_0474 VF_0475 dacB ompU FALSE 0.366 143.000 0.025 1.000 Y NA
 943343 943344 VF_0478 VF_0479 rrmJ hflB FALSE 0.419 86.000 0.152 NA N NA
 943344 943345 VF_0479 VF_0480 hflB folP TRUE 0.741 69.000 0.325 1.000 N NA
 943345 943346 VF_0480 VF_0481 folP glmM TRUE 0.727 49.000 0.260 1.000 N NA
 943346 943348 VF_0481 VF_0483 glmM secG FALSE 0.005 152.000 0.016 1.000 N NA
 943348 5488718 VF_0483 VF_T0016 secG   FALSE 0.446 10.000 0.000 NA   NA
 5488718 943350 VF_T0016 VF_0484     FALSE 0.007 311.000 0.000 NA   NA
 943350 943351 VF_0484 VF_0485   nusA TRUE 0.976 18.000 0.759 NA   NA
 943351 943352 VF_0485 VF_0486 nusA infB TRUE 0.889 25.000 0.342 1.000 N NA
 943352 943353 VF_0486 VF_0487 infB rbfA TRUE 0.914 112.000 0.530 1.000 Y NA
 943353 943354 VF_0487 VF_0488 rbfA truB TRUE 0.992 0.000 0.318 1.000 Y NA
 943354 943355 VF_0488 VF_0489 truB rpsO TRUE 0.610 164.000 0.211 1.000 Y NA
 943355 943356 VF_0489 VF_0490 rpsO pnp FALSE 0.330 339.000 0.335 1.000 Y NA
 943356 943357 VF_0490 VF_0491 pnp nlpI FALSE 0.192 121.000 0.071 1.000   NA
 943358 943359 VF_0492 VF_0493 yhbV yhbU TRUE 0.998 10.000 0.948 0.003 Y NA
 943359 943360 VF_0493 VF_0494 yhbU gmr FALSE 0.058 218.000 0.112 1.000 N NA
 943361 943362 VF_0495 VF_0496 yhbT yhbS TRUE 0.966 -10.000 0.295 1.000   NA
 943364 943365 VF_0498 VF_0499 holD rimI TRUE 0.891 -10.000 0.121 1.000   NA
 943365 943366 VF_0499 VF_0500 rimI prfC FALSE 0.088 97.000 0.026 1.000   NA
 943366 5488719 VF_0500 VF_2590 prfC   FALSE 0.008 146.000 0.008 NA   NA
 5488719 943367 VF_2590 VF_0501   yjjV FALSE 0.164 0.000 0.003 NA   NA
 943367 943368 VF_0501 VF_0502 yjjV yeiM FALSE 0.002 199.000 0.000 NA N NA
 943368 943369 VF_0502 VF_0503 yeiM   FALSE 0.009 286.000 0.000 NA   NA
 943369 943370 VF_0503 VF_0504   deoC FALSE 0.009 277.000 0.000 NA   NA
 943370 943371 VF_0504 VF_0505 deoC deoA TRUE 0.823 116.000 0.286 1.000 Y NA
 943371 943372 VF_0505 VF_0506 deoA deoB TRUE 0.949 11.000 0.398 1.000 N NA
 943372 943373 VF_0506 VF_0507 deoB deoD TRUE 0.790 72.000 0.414 1.000 N NA
 943375 943376 VF_0509 VF_0510 serB   FALSE 0.011 260.000 0.000 NA   NA
 943376 943377 VF_0510 VF_0511     FALSE 0.392 12.000 0.000 NA   NA
 943377 943378 VF_0511 VF_0512   flp1 TRUE 0.911 8.000 0.000 NA Y NA
 943378 943379 VF_0512 VF_0513 flp1   TRUE 0.930 4.000 0.000 NA Y NA
 943379 943380 VF_0513 VF_0514     TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 943380 943381 VF_0514 VF_0515     TRUE 0.924 50.000 0.667 NA   NA
 943381 943382 VF_0515 VF_0516   tadA1 FALSE 0.099 7.000 0.000 1.000 N NA
 943382 943383 VF_0516 VF_0517 tadA1 tadB1 TRUE 0.951 0.000 0.000 1.000 Y NA
 943383 943384 VF_0517 VF_0518 tadB1 tadC1 TRUE 0.999 0.000 1.000 0.013 Y NA
 943384 943385 VF_0518 VF_0519 tadC1 tadD1 TRUE 0.996 -7.000 0.667 1.000 Y NA
 943385 943386 VF_0519 VF_0520 tadD1 tadE1 FALSE 0.472 9.000 0.000 NA   NA
 943386 943387 VF_0520 VF_0521 tadE1 tadF1 FALSE 0.481 -25.000 0.000 NA   NA
 943387 943388 VF_0521 VF_0522 tadF1 tadG1 TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 943388 943389 VF_0522 VF_0523 tadG1   FALSE 0.337 16.000 0.000 NA   NA
 943390 943391 VF_0524 VF_0525 phoQ2 phoQ1 TRUE 0.977 7.000 0.041 0.002 Y NA
 943391 943392 VF_0525 VF_0526 phoQ1 phoP TRUE 0.998 3.000 0.940 1.000 Y NA
 943392 943393 VF_0526 VF_0527 phoP   FALSE 0.074 114.000 0.000 NA   NA
 943394 943395 VF_0528 VF_0529 radA fusA2 FALSE 0.002 196.000 0.002 1.000 N NA
 943396 943397 VF_0530 VF_0531   codA FALSE 0.035 93.000 0.012 NA   NA
 943397 943398 VF_0531 VF_0532 codA codB TRUE 0.972 12.000 0.250 1.000 Y NA
 943398 943399 VF_0532 VF_0533 codB   FALSE 0.000 939.000 0.000 1.000 N NA
 943399 943400 VF_0533 VF_0534   mutS FALSE 0.002 210.000 0.000 1.000 N NA
 5488720 943401 VF_2591 VF_0535 cinA recA FALSE 0.178 141.000 0.082 NA   NA
 943401 943402 VF_0535 VF_0536 recA alaS FALSE 0.067 243.000 0.054 0.099 N NA
 943402 943403 VF_0536 VF_0537 alaS   FALSE 0.473 13.000 0.065 1.000 N NA
 943403 943404 VF_0537 VF_0538   csrA FALSE 0.207 82.000 0.079 1.000 N NA
 943404 5488721 VF_0538 VF_T0017 csrA   FALSE 0.016 216.000 0.000 NA   NA
 5488721 5488722 VF_T0017 VF_T0018     FALSE 0.140 54.000 0.000 NA   NA
 5488722 5488723 VF_T0018 VF_T0019     FALSE 0.175 40.000 0.000 NA   NA
 5488723 5488724 VF_T0019 VF_T0020     FALSE 0.146 51.000 0.000 NA   NA
 5488724 5488725 VF_T0020 VF_T0021     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 5488725 5488726 VF_T0021 VF_T0022     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 5488726 5488727 VF_T0022 VF_T0023     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 5488727 5488728 VF_T0023 VF_T0024     FALSE 0.004 547.000 0.000 NA   NA
 5488728 5488729 VF_T0024 VF_T0025     FALSE 0.127 65.000 0.000 NA   NA
 5488729 5488730 VF_T0025 VF_2592   oadC FALSE 0.007 324.000 0.000 NA   NA
 5488730 943414 VF_2592 VF_0539 oadC oadA TRUE 0.994 37.000 0.810 0.001 Y NA
 943414 943415 VF_0539 VF_0540 oadA oadB TRUE 0.998 16.000 0.976 0.001 Y NA
 943415 943416 VF_0540 VF_0541 oadB yqaA FALSE 0.116 34.000 0.016 NA   NA
 943416 943417 VF_0541 VF_0542 yqaA   FALSE 0.456 10.000 0.027 NA   NA
 943417 943418 VF_0542 VF_0543   gshA FALSE 0.051 132.000 0.048 1.000 N NA
 943418 943419 VF_0543 VF_0544 gshA   FALSE 0.426 67.000 0.103 NA   NA
 943419 943420 VF_0544 VF_0545   luxS FALSE 0.321 32.000 0.039 NA   NA
 943421 943422 VF_0546 VF_0547 corB   TRUE 0.723 104.000 0.349 NA   NA
 943423 943424 VF_0548 VF_0549 ffh rpsP FALSE 0.208 258.000 0.361 1.000 N NA
 943424 943425 VF_0549 VF_0550 rpsP rimM TRUE 0.983 28.000 0.342 0.013 Y NA
 943425 943426 VF_0550 VF_0551 rimM trmD TRUE 0.987 23.000 0.672 1.000 Y NA
 943426 943427 VF_0551 VF_0552 trmD rplS TRUE 0.966 42.000 0.567 1.000 Y NA
 943427 943428 VF_0552 VF_0553 rplS aroF FALSE 0.002 217.000 0.000 1.000 N NA
 943428 943429 VF_0553 VF_0554 aroF tyrA TRUE 0.905 7.000 0.015 1.000 Y NA
 943430 943431 VF_0555 VF_0556     TRUE 0.612 25.000 0.088 NA   NA
 943431 943432 VF_0556 VF_0557   yjjK FALSE 0.092 115.000 0.033 NA   NA
 943433 943434 VF_0558 VF_0559 slt trpR FALSE 0.419 96.000 0.167 1.000 N NA
 943435 943436 VF_0560 VF_0561 yjjX pheA FALSE 0.351 23.000 0.034 NA   NA
 943436 943437 VF_0561 VF_0562 pheA raiA FALSE 0.008 115.000 0.015 NA N NA
 943437 943438 VF_0562 VF_0563 raiA yfiO FALSE 0.001 439.000 0.004 NA   NA
 943439 943440 VF_0564 VF_0565 rluD yfiH TRUE 0.935 3.000 0.168 NA   NA
 943440 943441 VF_0565 VF_0566 yfiH clpB FALSE 0.331 106.000 0.108 NA   NA
 943441 5488731 VF_0566 VF_R0007 clpB   FALSE 0.005 441.000 0.000 NA   NA
 5488731 5488732 VF_R0007 VF_R0008     FALSE 0.006 361.000 0.000 NA   NA
 5488732 5488733 VF_R0008 VF_R0009     FALSE 0.094 93.000 0.000 NA   NA
 5488733 5488734 VF_R0009 VF_T0026     FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 5488734 5488735 VF_T0026 VF_T0027     FALSE 0.194 37.000 0.000 NA   NA
 943448 943449 VF_0568 VF_0569     TRUE 0.977 -10.000 0.410 NA   NA
 943449 943450 VF_0569 VF_0570     TRUE 0.994 0.000 0.824 NA   NA
 943450 943451 VF_0570 VF_0571     FALSE 0.455 -46.000 0.000 NA   NA
 943455 943456 VF_0575 VF_0576     FALSE 0.130 117.000 0.044 1.000   NA
 943456 943457 VF_0576 VF_0577     FALSE 0.015 218.000 0.000 NA   NA
 943460 943461 VF_0580 VF_0581   recC FALSE 0.013 82.000 0.011 1.000 N NA
 943461 943462 VF_0581 VF_0582 recC recB TRUE 0.760 292.000 0.542 0.001 Y NA
 943462 943463 VF_0582 VF_0583 recB recD TRUE 0.999 -7.000 0.688 0.001 Y NA
 943463 943464 VF_0583 VF_0584 recD emrE FALSE 0.002 211.000 0.000 1.000 N NA
 943466 943467 VF_0586 VF_0587   mltA TRUE 0.733 191.000 1.000 NA   NA
 943467 943468 VF_0587 VF_0588 mltA ygdL FALSE 0.011 94.000 0.005 1.000 N NA
 943469 943470 VF_0589 VF_0590 csdE csdA TRUE 0.934 24.000 0.164 0.001   NA
 943471 943472 VF_0591 VF_0592 gcvA ygdD TRUE 0.848 -7.000 0.081 NA   NA
 943472 943473 VF_0592 VF_0593 ygdD ygdE TRUE 0.933 -3.000 0.144 NA   NA
 943474 943475 VF_0594 VF_0595 xni ygdH FALSE 0.521 95.000 0.178 NA   NA
 943475 943476 VF_0595 VF_0596 ygdH   FALSE 0.148 152.000 0.082 NA   NA
 943476 943477 VF_0596 VF_0597     FALSE 0.508 176.000 0.450 1.000   NA
 943477 943478 VF_0597 VF_0598   queF FALSE 0.420 72.000 0.104 1.000   NA
 943479 943480 VF_0599 VF_0600 syd   TRUE 0.817 82.000 0.443 NA   NA
 943481 943482 VF_0601 VF_0602 yaiI   TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 5488736 943483 VF_2593 VF_0603 csrB1   FALSE 0.014 229.000 0.000 NA   NA
 943483 943484 VF_0603 VF_0604     TRUE 0.980 33.000 0.333 0.009 Y NA
 943484 943485 VF_0604 VF_0605   bglA TRUE 0.975 40.000 0.667 1.000 Y NA
 943485 943486 VF_0605 VF_0606 bglA   TRUE 0.874 27.000 0.095 1.000 Y NA
 943486 943487 VF_0606 VF_0607     TRUE 0.929 12.000 0.095 1.000 Y NA
 943487 943488 VF_0607 VF_0608   ascG TRUE 0.887 70.000 0.667 1.000 N NA
 943488 943489 VF_0608 VF_0609 ascG   FALSE 0.001 261.000 0.000 1.000 N NA
 943490 943491 VF_0610 VF_0611     TRUE 0.976 4.000 0.402 NA   NA
 943492 943493 VF_0612 VF_0613   truC TRUE 0.987 2.000 0.518 NA   NA
 943495 943496 VF_0615 VF_0616 trmJ iscR FALSE 0.304 108.000 0.126 1.000 N NA
 943496 943497 VF_0616 VF_0617 iscR iscS TRUE 0.970 -13.000 0.424 1.000 N NA
 943497 943498 VF_0617 VF_0618 iscS iscU TRUE 0.890 35.000 0.448 1.000 N NA
 943498 943499 VF_0618 VF_0619 iscU iscA TRUE 0.854 125.000 0.359 0.002   NA
 943499 943500 VF_0619 VF_0620 iscA hscB TRUE 0.958 16.000 0.500 1.000   NA
 943500 943501 VF_0620 VF_0621 hscB hscA TRUE 0.974 39.000 0.634 1.000 Y NA
 943501 943502 VF_0621 VF_0622 hscA fdx TRUE 0.991 3.000 0.794 1.000 N NA
 943502 943503 VF_0622 VF_0623 fdx iscX TRUE 0.813 123.000 0.625 1.000   NA
 943503 943504 VF_0623 VF_0624 iscX pepB FALSE 0.126 231.000 0.171 1.000   NA
 943504 943505 VF_0624 VF_0625 pepB ndk FALSE 0.001 289.000 0.017 1.000 N NA
 943505 943506 VF_0625 VF_0626 ndk yfgB FALSE 0.109 234.000 0.156 1.000   NA
 943506 943507 VF_0626 VF_0627 yfgB   FALSE 0.477 31.000 0.067 1.000   NA
 943507 943508 VF_0627 VF_0628   yfgA FALSE 0.394 120.000 0.153 1.000   NA
 943508 943509 VF_0628 VF_0629 yfgA ispG TRUE 0.907 13.000 0.233 1.000   NA
 943509 943510 VF_0629 VF_0630 ispG hisS TRUE 0.704 39.000 0.207 1.000 N NA
 943510 943511 VF_0630 VF_0631 hisS yfgM TRUE 0.924 12.000 0.259 1.000   NA
 943511 943512 VF_0631 VF_0632 yfgM yfgL TRUE 0.968 11.000 0.492 1.000   NA
 943512 943513 VF_0632 VF_0633 yfgL der FALSE 0.246 182.000 0.203 1.000   NA
 943513 943514 VF_0633 VF_0634 der   FALSE 0.058 80.000 0.016 NA   NA
 943514 943515 VF_0634 VF_0635     FALSE 0.007 318.000 0.000 NA   NA
 943517 943518 VF_0637 VF_0638 guaB guaA TRUE 0.690 202.000 0.190 0.001 Y NA
 943518 943519 VF_0638 VF_0639 guaA   FALSE 0.001 276.000 0.000 NA N NA
 943520 943521 VF_0640 VF_0641   yhaM TRUE 0.638 60.000 0.186 NA   NA
 943521 943522 VF_0641 VF_0642 yhaM   TRUE 0.802 26.000 0.186 NA   NA
 943524 943525 VF_0644 VF_0645 yeiG frmA FALSE 0.146 218.000 0.179 1.000   NA
 5488737 943526 VF_2594 VF_0646     TRUE 0.733 61.000 0.250 NA   NA
 943527 943528 VF_0647 VF_0648     FALSE 0.171 199.000 0.000 1.000 Y NA
 943529 943530 VF_0649 VF_0650 yafC   FALSE 0.158 1.000 0.008 1.000 N NA
 943532 943533 VF_0652 VF_0653 purL   FALSE 0.001 241.000 0.000 1.000 N NA
 943533 943534 VF_0653 VF_0654     FALSE 0.029 169.000 0.000 NA   NA
 943537 943538 VF_0657 VF_0658   rimK TRUE 0.813 -40.000 0.102 1.000   NA
 943538 943539 VF_0658 VF_0659 rimK rimK2 TRUE 0.873 0.000 0.109 1.000 N NA
 943541 943542 VF_0661 VF_0662     TRUE 0.984 0.000 0.421 NA   NA
 943542 943543 VF_0662 VF_0663   nanA FALSE 0.153 115.000 0.053 NA   NA
 943546 943547 VF_0666 VF_0667 nanE nanK TRUE 0.934 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 943547 943548 VF_0667 VF_0668 nanK nanT FALSE 0.055 60.000 0.037 1.000 N NA
 943548 943549 VF_0668 VF_0669 nanT yhcH FALSE 0.054 56.000 0.037 NA N NA
 943550 943551 VF_0670 VF_0671 ureG ureF TRUE 0.997 10.000 0.550 0.002 Y NA
 943551 943552 VF_0671 VF_0672 ureF ureE TRUE 0.996 12.000 0.560 0.002 Y NA
 943552 943553 VF_0672 VF_0673 ureE ureC TRUE 0.906 62.000 0.315 0.001 N NA
 943553 943554 VF_0673 VF_0674 ureC ureB TRUE 0.998 0.000 0.486 0.001 Y NA
 943554 943555 VF_0674 VF_0675 ureB ureA TRUE 0.997 11.000 0.595 0.001 Y NA
 943555 943556 VF_0675 VF_0676 ureA ureD TRUE 0.986 17.000 0.664 0.002 N NA
 943556 943557 VF_0676 VF_0677 ureD   FALSE 0.001 370.000 0.000 1.000 N NA
 943557 943558 VF_0677 VF_0678     TRUE 0.958 -49.000 0.000 0.018 Y NA
 943558 943559 VF_0678 VF_0679     TRUE 0.932 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 943559 943560 VF_0679 VF_0680     TRUE 0.996 19.000 1.000 0.046 Y NA
 943560 943561 VF_0680 VF_0681     TRUE 0.998 -21.000 1.000 0.046 Y NA
 943561 943562 VF_0681 VF_0682   proS FALSE 0.001 356.000 0.000 1.000 N NA
 943562 943563 VF_0682 VF_0683 proS yaeB FALSE 0.112 137.000 0.048 1.000   NA
 943563 943564 VF_0683 VF_0684 yaeB metQ FALSE 0.045 80.000 0.013 NA   NA
 943564 943565 VF_0684 VF_0685 metQ metI TRUE 0.941 39.000 0.321 NA Y NA
 943565 943566 VF_0685 VF_0686 metI metN TRUE 0.995 -10.000 0.584 1.000 Y NA
 943567 5488738 VF_0687 VF_2595 gmhB   FALSE 0.016 216.000 0.000 NA   NA
 5488738 943568 VF_2595 VF_0688   yejB FALSE 0.008 295.000 0.000 NA   NA
 943568 943569 VF_0688 VF_0689 yejB yejE TRUE 0.996 3.000 0.742 0.046   NA
 943569 943570 VF_0689 VF_0690 yejE   TRUE 0.559 106.000 0.097 0.046   NA
 943570 943571 VF_0690 VF_0691     TRUE 0.701 88.000 0.100 1.000 Y NA
 943571 943572 VF_0691 VF_0692     TRUE 0.995 -3.000 0.200 0.002 Y NA
 943572 943573 VF_0692 VF_0693     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 943575 943576 VF_0695 VF_0696 glyA acfD FALSE 0.008 303.000 0.000 NA   NA
 943577 943578 VF_0697 VF_0698     TRUE 0.602 85.000 0.200 NA   NA
 943579 943580 VF_0699 VF_0700 nrdR ribD TRUE 0.963 2.000 0.277 NA N NA
 943580 943581 VF_0700 VF_0701 ribD ribE TRUE 0.992 4.000 0.456 1.000 Y NA
 943581 943582 VF_0701 VF_0702 ribE ribB TRUE 0.763 41.000 0.065 1.000 Y NA
 943582 943583 VF_0702 VF_0703 ribB ribH TRUE 0.654 154.000 0.049 0.002 Y NA
 943583 943584 VF_0703 VF_0704 ribH nusB TRUE 0.976 0.000 0.347 1.000 N NA
 943584 943585 VF_0704 VF_0705 nusB thiL TRUE 0.583 85.000 0.225 1.000 N NA
 943585 943586 VF_0705 VF_0706 thiL pgpA TRUE 0.948 -3.000 0.206 1.000 N NA
 943586 943587 VF_0706 VF_0707 pgpA luxP FALSE 0.164 0.000 0.000 NA N NA
 943587 943588 VF_0707 VF_0708 luxP luxQ FALSE 0.138 3.000 0.000 NA N NA
 943591 943592 VF_0711 VF_0712 dxs ispA TRUE 0.955 22.000 0.246 1.000 Y NA
 943592 943593 VF_0712 VF_0713 ispA xseB TRUE 0.894 -16.000 0.177 1.000 N NA
 943594 943595 VF_0714 VF_0715 motA1 motB1 TRUE 0.986 16.000 0.566 1.000 Y NA
 943595 943596 VF_0715 VF_0716 motB1 thiI FALSE 0.004 160.000 0.029 1.000 N NA
 943597 943598 VF_0717 VF_0718 yajL panE TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 943598 943599 VF_0718 VF_0719 panE yfeN FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 943599 943600 VF_0719 VF_0720 yfeN ampG FALSE 0.009 282.000 0.000 NA   NA
 943600 943601 VF_0720 VF_0721 ampG   TRUE 0.822 87.000 0.467 1.000   NA
 943601 943602 VF_0721 VF_0722     TRUE 0.946 0.000 0.198 NA N NA
 943602 943603 VF_0722 VF_0723   rlmG TRUE 0.881 15.000 0.248 NA N NA
 943604 943605 VF_0724 VF_0725 bolA nqrA FALSE 0.001 337.000 0.000 NA N NA
 943605 943606 VF_0725 VF_0726 nqrA nqrB TRUE 0.999 4.000 0.854 0.002 Y NA
 943606 943607 VF_0726 VF_0727 nqrB nqrC TRUE 0.998 -10.000 0.603 0.002 Y NA
 943607 943608 VF_0727 VF_0728 nqrC nqrD TRUE 0.997 0.000 0.312 0.002 Y NA
 943608 943609 VF_0728 VF_0729 nqrD nqrE TRUE 0.990 8.000 0.188 0.002 Y NA
 943609 943611 VF_0729 VF_0731 nqrE nqrF TRUE 0.991 30.000 0.551 0.002 Y NA
 943611 943612 VF_0731 VF_0732 nqrF apbE TRUE 0.601 158.000 0.519 1.000 N NA
 943612 943613 VF_0732 VF_0733 apbE   TRUE 0.964 12.000 0.481 NA   NA
 943613 943614 VF_0733 VF_0734   dinB FALSE 0.182 113.000 0.063 NA   NA
 943614 943615 VF_0734 VF_0735 dinB   FALSE 0.002 190.000 0.000 1.000 N NA
 943617 943618 VF_0737 VF_0738 yieG gpt FALSE 0.171 38.000 0.024 1.000   NA
 943618 943619 VF_0738 VF_0739 gpt frsA FALSE 0.083 145.000 0.040 NA   NA
 943619 943620 VF_0739 VF_0740 frsA proB FALSE 0.124 169.000 0.095 NA   NA
 943620 943621 VF_0740 VF_0741 proB proA TRUE 0.904 30.000 0.002 0.002 Y NA
 943622 943623 VF_0742 VF_0743 lipA lipB TRUE 0.997 -7.000 0.319 0.001 Y NA
 943623 943624 VF_0743 VF_0744 lipB ybeD FALSE 0.480 135.000 0.219 NA   NA
 943624 943625 VF_0744 VF_0745 ybeD dacA FALSE 0.008 136.000 0.007 NA   NA
 943625 943626 VF_0745 VF_0746 dacA rlpA FALSE 0.088 281.000 0.000 NA Y NA
 943626 943627 VF_0746 VF_0747 rlpA mrdB TRUE 0.541 0.000 0.043 NA N NA
 943627 943628 VF_0747 VF_0748 mrdB mrdA FALSE 0.164 0.000 0.003 1.000 N NA
 943628 943629 VF_0748 VF_0749 mrdA ybeA FALSE 0.119 4.000 0.003 NA   NA
 943629 943630 VF_0749 VF_0750 ybeA ybeB TRUE 0.963 5.000 0.307 NA   NA
 943630 943631 VF_0750 VF_0751 ybeB holA FALSE 0.068 48.000 0.013 NA   NA
 943631 943632 VF_0751 VF_0752 holA rlpB TRUE 0.935 3.000 0.199 NA N NA
 943632 943633 VF_0752 VF_0753 rlpB leuS FALSE 0.109 228.000 0.182 NA N NA
 943635 943636 VF_0755 VF_0756 lnt ybeX TRUE 0.808 96.000 0.557 1.000 N NA
 943636 943637 VF_0756 VF_0757 ybeX ybeY TRUE 0.547 68.000 0.150 NA   NA
 943637 943638 VF_0757 VF_0758 ybeY   TRUE 0.950 17.000 0.457 NA   NA
 943638 943639 VF_0758 VF_0759   miaB TRUE 0.747 36.000 0.220 1.000 N NA
 5488739 5488740 VF_T0028 VF_T0029     FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 5488740 5488741 VF_T0029 VF_T0030     FALSE 0.102 86.000 0.000 NA   NA
 5488741 5488742 VF_T0030 VF_T0031     FALSE 0.417 11.000 0.000 NA   NA
 5488742 5488743 VF_T0031 VF_T0032     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 5488743 5488744 VF_T0032 VF_T0033     FALSE 0.238 30.000 0.000 NA   NA
 5488744 5488745 VF_T0033 VF_T0034     FALSE 0.417 11.000 0.000 NA   NA
 5488745 5488746 VF_T0034 VF_T0035     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 5488746 5488747 VF_T0035 VF_T0036     FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 5488747 5488748 VF_T0036 VF_T0037     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 5488748 5488749 VF_T0037 VF_T0038     FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 5488749 5488750 VF_T0038 VF_T0039     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 5488750 5488751 VF_T0039 VF_T0040     FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 5488751 5488752 VF_T0040 VF_T0041     FALSE 0.110 79.000 0.000 NA   NA
 5488752 943656 VF_T0041 VF_0762   ychF FALSE 0.008 308.000 0.000 NA   NA
 943656 943657 VF_0762 VF_0763 ychF pth TRUE 0.940 20.000 0.184 1.000 Y NA
 943657 943658 VF_0763 VF_0764 pth prs FALSE 0.001 301.000 0.011 1.000 N NA
 943658 943659 VF_0764 VF_0765 prs ispE TRUE 0.546 -12.000 0.053 1.000 N NA
 943659 943660 VF_0765 VF_0766 ispE lolB TRUE 0.919 -3.000 0.157 1.000 N NA
 943661 943662 VF_0767 VF_0768 hemA prfA TRUE 0.808 40.000 0.171 0.042 N NA
 943662 943663 VF_0768 VF_0769 prfA prmC TRUE 0.994 0.000 0.229 0.042 Y NA
 943663 943664 VF_0769 VF_0770 prmC   TRUE 0.743 16.000 0.109 1.000   NA
 943664 943665 VF_0770 VF_0771   ychA TRUE 0.949 3.000 0.195 1.000   NA
 943665 943666 VF_0771 VF_0772 ychA kdsA TRUE 0.742 12.000 0.089 1.000   NA
 943667 943668 VF_0773 VF_0774 cobA   FALSE 0.077 129.000 0.059 1.000 N NA
 943668 943669 VF_0774 VF_0775   nirD TRUE 0.581 110.000 0.069 1.000 Y NA
 943669 943670 VF_0775 VF_0776 nirD nirB TRUE 0.997 3.000 0.829 0.001 N NA
 943670 943671 VF_0776 VF_0777 nirB   FALSE 0.001 297.000 0.000 1.000 N NA
 943675 943676 VF_0780 VF_0781 copG copA FALSE 0.348 103.000 0.111 NA   NA
 943678 943679 VF_0783 VF_0784 ybbN ybbO FALSE 0.029 329.000 0.118 1.000 N NA
 943679 943680 VF_0784 VF_0785 ybbO proX FALSE 0.003 185.000 0.000 1.000 N NA
 943680 943681 VF_0785 VF_0786 proX proW TRUE 0.998 3.000 0.695 0.046 Y NA
 943681 943682 VF_0786 VF_0787 proW proV TRUE 0.995 4.000 0.630 1.000 Y NA
 943682 943683 VF_0787 VF_0788 proV yfcH FALSE 0.006 390.000 0.000 1.000   NA
 943685 943686 VF_0790 VF_0791 toxS toxR TRUE 0.573 -9.000 0.000 NA   NA
 943687 943688 VF_0792 VF_0793 htpG adk FALSE 0.047 262.000 0.035 0.096 N NA
 943688 943689 VF_0793 VF_0794 adk hemH FALSE 0.313 86.000 0.113 1.000 N NA
 943689 943690 VF_0794 VF_0795 hemH tig FALSE 0.001 342.000 0.000 1.000 N NA
 943690 943691 VF_0795 VF_0796 tig clpP TRUE 0.878 106.000 0.351 1.000 Y NA
 943691 943692 VF_0796 VF_0797 clpP clpX TRUE 0.901 87.000 0.352 1.000 Y NA
 943692 943693 VF_0797 VF_0798 clpX lon TRUE 0.830 132.000 0.201 0.096 Y NA
 943693 943694 VF_0798 VF_0799 lon hupB FALSE 0.005 149.000 0.030 1.000 N NA
 943694 943695 VF_0799 VF_0800 hupB ppiD FALSE 0.017 205.000 0.051 1.000 N NA
 943695 943696 VF_0800 VF_0801 ppiD comE FALSE 0.029 188.000 0.033 1.000   NA
 943699 943700 VF_0804 VF_0805 asnB   FALSE 0.001 290.000 0.027 1.000 N NA
 943700 943701 VF_0805 VF_0806   nagC TRUE 0.537 85.000 0.200 1.000 N NA
 943701 943702 VF_0806 VF_0807 nagC nagA1 TRUE 0.996 2.000 0.571 1.000 Y NA
 943703 943704 VF_0808 VF_0809 nagE glnS FALSE 0.003 176.000 0.018 1.000 N NA
 943707 943708 VF_0812 VF_0813 fldA   TRUE 0.633 60.000 0.183 NA   NA
 943708 943709 VF_0813 VF_0814   ybfF TRUE 0.549 88.000 0.179 NA   NA
 943710 943711 VF_0815 VF_0816 seqA pgm TRUE 0.530 49.000 0.151 1.000 N NA
 943711 943712 VF_0816 VF_0817 pgm ybgI FALSE 0.021 65.000 0.007 NA   NA
 943714 943715 VF_0819 VF_0820 sdhC sdhD TRUE 0.998 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 943715 943716 VF_0820 VF_0821 sdhD sdhA TRUE 0.999 0.000 0.705 0.002 Y NA
 943716 943717 VF_0821 VF_0822 sdhA sdhB TRUE 0.996 13.000 0.604 0.002 Y NA
 943717 943718 VF_0822 VF_0823 sdhB sucA TRUE 0.606 98.000 0.067 1.000 Y NA
 943718 943719 VF_0823 VF_0824 sucA sucB TRUE 0.987 20.000 0.667 1.000 Y NA
 943719 943720 VF_0824 VF_0825 sucB sucC TRUE 0.551 153.000 0.136 1.000 Y NA
 943720 943721 VF_0825 VF_0826 sucC sucD TRUE 0.999 0.000 0.806 0.001 Y NA
 943721 943722 VF_0826 VF_0827 sucD   FALSE 0.002 188.000 0.000 1.000 N NA
 943723 943724 VF_0828 VF_0829 znuB znuC TRUE 0.999 -3.000 0.755 0.096 Y NA
 943725 943726 VF_0830 VF_0831 znuA yebA TRUE 0.583 -3.000 0.023 1.000   NA
 943726 943727 VF_0831 VF_0832 yebA   FALSE 0.046 149.000 0.000 1.000   NA
 943727 943728 VF_0832 VF_0833   feoA FALSE 0.000 625.000 0.000 1.000 N NA
 943728 943729 VF_0833 VF_0834 feoA feoB TRUE 0.997 2.000 0.778 1.000 Y NA
 943729 943730 VF_0834 VF_0835 feoB   TRUE 0.973 -3.000 0.288 NA   NA
 943731 943732 VF_0836 VF_0837 pta ackA TRUE 0.857 100.000 0.634 1.000   NA
 943736 943737 VF_0841 VF_0842     FALSE 0.270 100.000 0.081 1.000   NA
 943737 943738 VF_0842 VF_0843     FALSE 0.089 104.000 0.028 NA   NA
 943739 943740 VF_0844 VF_0845     TRUE 0.986 5.000 0.636 NA   NA
 943740 943741 VF_0845 VF_0846     TRUE 0.939 -31.000 0.245 1.000   NA
 943741 943742 VF_0846 VF_0847     TRUE 0.961 12.000 0.169 0.001   NA
 943742 943743 VF_0847 VF_0848     TRUE 0.985 0.000 0.422 1.000   NA
 943743 943744 VF_0848 VF_0849     TRUE 0.987 -39.000 0.758 1.000   NA
 943744 943745 VF_0849 VF_0850     TRUE 0.979 14.000 0.368 NA Y NA
 943745 943746 VF_0850 VF_0851     TRUE 0.970 3.000 0.297 NA   NA
 943746 943747 VF_0851 VF_0852     TRUE 0.971 -10.000 0.333 1.000   NA
 943747 943748 VF_0852 VF_0853     TRUE 0.957 12.000 0.413 1.000   NA
 943748 943749 VF_0853 VF_0854     TRUE 0.986 -7.000 0.532 1.000   NA
 943749 943750 VF_0854 VF_0855     FALSE 0.254 522.000 0.732 1.000   NA
 943750 943751 VF_0855 VF_0856     TRUE 0.967 -10.000 0.305 1.000   NA
 943751 943752 VF_0856 VF_0857     TRUE 0.974 6.000 0.422 1.000   NA
 943752 943753 VF_0857 VF_0858     TRUE 0.994 -9.000 0.514 NA Y NA
 943753 943754 VF_0858 VF_0859     TRUE 0.974 20.000 0.397 NA Y NA
 943754 943755 VF_0859 VF_0860     TRUE 0.995 -3.000 0.486 1.000 Y NA
 943756 943757 VF_0861 VF_0862 hslJ rplY FALSE 0.001 316.000 0.000 NA N NA
 943761 943762 VF_0866 VF_0867     TRUE 0.957 51.000 1.000 NA   NA
 943764 943765 VF_0869 VF_0870     FALSE 0.095 92.000 0.000 NA   NA
 943765 943766 VF_0870 VF_0871     TRUE 0.895 21.000 0.286 1.000   NA
 943766 943767 VF_0871 VF_0872     FALSE 0.011 259.000 0.000 1.000   NA
 943769 943770 VF_0874 VF_0875 secF2 secD2 TRUE 0.997 4.000 0.366 0.001 Y NA
 943770 943771 VF_0875 VF_0876 secD2   FALSE 0.242 131.000 0.099 NA   NA
 943771 943772 VF_0876 VF_0877     FALSE 0.101 87.000 0.000 NA   NA
 943773 943774 VF_0878 VF_0879 emrK emrB TRUE 0.990 3.000 0.650 1.000   NA
 943774 943775 VF_0879 VF_0880 emrB rsuA FALSE 0.168 73.000 0.036 1.000   NA
 943775 943776 VF_0880 VF_0881 rsuA bcr FALSE 0.018 215.000 0.055 1.000 N NA
 943776 943777 VF_0881 VF_0882 bcr   TRUE 0.985 1.000 0.452 NA   NA
 943779 943780 VF_0884 VF_0885     TRUE 0.988 -19.000 0.842 NA N NA
 943780 943781 VF_0885 VF_0886     TRUE 0.972 0.000 0.271 NA   NA
 943781 943782 VF_0886 VF_0887   nhaA FALSE 0.040 165.000 0.031 1.000   NA
 943782 943783 VF_0887 VF_0888 nhaA   FALSE 0.004 554.000 0.000 NA   NA
 943784 943785 VF_0889 VF_0890 ybjL grxA FALSE 0.048 147.000 0.026 1.000   NA
 943785 943786 VF_0890 VF_0891 grxA yebK FALSE 0.009 112.000 0.000 1.000 N NA
 943786 943787 VF_0891 VF_0892 yebK   FALSE 0.001 322.000 0.000 1.000 N NA
 943787 943788 VF_0892 VF_0893     FALSE 0.285 175.000 0.212 NA   NA
 943788 943789 VF_0893 VF_0894   ybjE FALSE 0.160 137.000 0.071 NA   NA
 943789 943790 VF_0894 VF_0895 ybjE   FALSE 0.386 91.000 0.113 NA   NA
 943793 943794 VF_0898 VF_0899   serC FALSE 0.002 198.000 0.004 NA   NA
 943795 943796 VF_0900 VF_0901 cydC cydD TRUE 0.998 -7.000 0.631 0.004 Y NA
 943796 943797 VF_0901 VF_0902 cydD trxB FALSE 0.374 153.000 0.049 1.000 Y NA
 943797 943798 VF_0902 VF_0903 trxB ald FALSE 0.180 148.000 0.018 0.039 N NA
 943799 943800 VF_0904 VF_0905 lrp ftsK FALSE 0.249 223.000 0.345 1.000 N NA
 943800 943801 VF_0905 VF_0906 ftsK lolA TRUE 0.867 26.000 0.305 1.000 N NA
 943801 943802 VF_0906 VF_0907 lolA rarA TRUE 0.663 34.000 0.167 1.000 N NA
 943802 943803 VF_0907 VF_0908 rarA serS FALSE 0.361 122.000 0.078 0.095 N NA
 943804 943805 VF_0909 VF_0910 trxC yciU FALSE 0.041 172.000 0.036 NA   NA
 943807 943808 VF_0912 VF_0913 yeaD gapA FALSE 0.381 195.000 0.154 1.000 Y NA
 943811 5488754 VF_0916 VF_2596     FALSE 0.032 147.000 0.020 NA   NA
 943814 943815 VF_0919 VF_0920     FALSE 0.135 223.000 0.175 NA   NA
 943815 943816 VF_0920 VF_0921   sodB FALSE 0.016 203.000 0.024 NA   NA
 943818 943819 VF_0923 VF_0924     FALSE 0.029 170.000 0.000 1.000   NA
 943819 943820 VF_0924 VF_0925   rnt FALSE 0.431 47.000 0.084 1.000   NA
 943822 943823 VF_0927 VF_0928   gloA FALSE 0.101 142.000 0.047 NA   NA
 943823 943824 VF_0928 VF_0929 gloA nth FALSE 0.058 14.000 0.013 1.000 N NA
 943824 943825 VF_0929 VF_0930 nth rnfE FALSE 0.341 71.000 0.109 1.000 N NA
 943825 943826 VF_0930 VF_0931 rnfE rnfG TRUE 0.999 0.000 0.908 0.039 Y NA
 943826 943827 VF_0931 VF_0932 rnfG rnfD TRUE 0.999 5.000 0.924 0.039 Y NA
 943827 943828 VF_0932 VF_0933 rnfD rnfC TRUE 0.987 63.000 0.814 0.039 Y NA
 943828 943829 VF_0933 VF_0934 rnfC rnfB TRUE 0.997 4.000 0.537 0.017 Y NA
 943829 943830 VF_0934 VF_0935 rnfB rnfA TRUE 0.998 3.000 0.564 0.039 Y NA
 943830 5488755 VF_0935 VF_T0043 rnfA   FALSE 0.058 135.000 0.000 NA   NA
 5488755 5488756 VF_T0043 VF_T0044     FALSE 0.133 60.000 0.000 NA   NA
 943834 943835 VF_0937 VF_0938 luxO luxU TRUE 0.988 -10.000 0.654 NA   NA
 943837 943838 VF_0940 VF_0941 moaA moaC TRUE 0.958 13.000 0.039 0.003 Y NA
 943838 943839 VF_0941 VF_0942 moaC moaD TRUE 0.994 -3.000 0.175 0.003 Y NA
 943839 943840 VF_0942 VF_0943 moaD moaE TRUE 0.998 2.000 0.501 0.003 Y NA
 943841 943842 VF_0944 VF_0945     TRUE 0.993 4.000 0.923 NA   NA
 943842 943843 VF_0945 VF_0946     FALSE 0.521 109.000 0.192 NA   NA
 943843 943844 VF_0946 VF_0947   cmoB FALSE 0.124 80.000 0.030 NA   NA
 943844 943845 VF_0947 VF_0948 cmoB   TRUE 0.853 37.000 0.315 NA   NA
 943846 943847 VF_0949 VF_0950 aspS ruvC FALSE 0.180 153.000 0.015 0.015 N NA
 943847 943848 VF_0950 VF_0951 ruvC ruvA TRUE 0.956 106.000 0.451 0.008 Y NA
 943848 943849 VF_0951 VF_0952 ruvA ruvB TRUE 0.992 28.000 0.549 0.001 Y NA
 943849 943850 VF_0952 VF_0953 ruvB cydA FALSE 0.001 379.000 0.000 1.000 N NA
 943850 943851 VF_0953 VF_0954 cydA cydB TRUE 0.997 18.000 1.000 0.039 Y NA
 943851 943852 VF_0954 VF_0955 cydB ybgT FALSE 0.325 13.000 0.023 NA   NA
 943852 943853 VF_0955 VF_0956 ybgT   TRUE 0.972 -7.000 0.310 NA   NA
 943853 943854 VF_0956 VF_0957   ybgC FALSE 0.108 178.000 0.095 NA   NA
 943854 943855 VF_0957 VF_0958 ybgC tolQ TRUE 0.986 -10.000 0.593 1.000   NA
 943855 943856 VF_0958 VF_0959 tolQ tolR TRUE 0.998 0.000 0.556 0.059 Y NA
 943856 943857 VF_0959 VF_0960 tolR tolA TRUE 0.804 17.000 0.183 NA N NA
 943857 943859 VF_0960 VF_0962 tolA tolB TRUE 0.663 11.000 0.089 NA N NA
 943859 943860 VF_0962 VF_0963 tolB pal TRUE 0.920 36.000 0.592 1.000 N NA
 943860 943861 VF_0963 VF_0964 pal ybgF TRUE 0.874 26.000 0.278 1.000   NA
 943861 943862 VF_0964 VF_0965 ybgF nadA FALSE 0.026 132.000 0.013 1.000   NA
 943864 5488758 VF_0967 VF_T0045 ygaW   FALSE 0.025 179.000 0.000 NA   NA
 5488758 943866 VF_T0045 VF_0968     FALSE 0.004 657.000 0.000 NA   NA
 943866 943867 VF_0968 VF_0969     FALSE 0.004 455.000 0.000 NA   NA
 943867 943868 VF_0969 VF_0970     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 943868 943869 VF_0970 VF_0971     FALSE 0.018 206.000 0.000 1.000   NA
 943869 943870 VF_0971 VF_0972   rpoE2 FALSE 0.026 177.000 0.000 1.000   NA
 943870 943871 VF_0972 VF_0973 rpoE2 gshA2 FALSE 0.004 157.000 0.012 1.000 N NA
 943871 943872 VF_0973 VF_0974 gshA2 mdlA FALSE 0.109 5.000 0.012 1.000 N NA
 943872 943873 VF_0974 VF_0975 mdlA mdlB TRUE 0.999 -7.000 0.911 0.004 Y NA
 943873 943874 VF_0975 VF_0976 mdlB   TRUE 0.656 25.000 0.018 0.095   NA
 943874 5488759 VF_0976 VF_2598     FALSE 0.061 130.000 0.000 NA   NA
 5488759 943875 VF_2598 VF_0977     FALSE 0.125 67.000 0.000 NA   NA
 943876 943877 VF_0978 VF_0979 qor   FALSE 0.111 132.000 0.045 NA   NA
 943877 943878 VF_0979 VF_0980   ycaD FALSE 0.200 64.000 0.040 NA   NA
 943880 943881 VF_0982 VF_0983 yigM   FALSE 0.068 121.000 0.000 NA   NA
 943881 943882 VF_0983 VF_0984     FALSE 0.250 28.000 0.000 NA   NA
 943886 943887 VF_0988 VF_0989   mifA FALSE 0.002 187.000 0.000 NA N NA
 943888 943889 VF_0990 VF_0991     TRUE 0.996 -3.000 0.625 1.000 Y NA
 943889 943891 VF_0991 VF_0993   icmF TRUE 0.921 -3.000 0.125 NA   NA
 943891 943892 VF_0993 VF_0994 icmF   TRUE 0.980 11.000 0.667 NA   NA
 943892 943893 VF_0994 VF_0995     TRUE 0.991 2.000 0.667 NA   NA
 943893 943894 VF_0995 VF_0996     TRUE 0.978 12.000 0.667 NA   NA
 943894 943895 VF_0996 VF_0997     TRUE 0.700 37.000 0.167 NA   NA
 943895 5488761 VF_0997 VF_2600     TRUE 0.552 4.000 0.000 NA   NA
 5488761 943896 VF_2600 VF_0998     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 943896 943897 VF_0998 VF_0999     TRUE 0.870 6.000 0.000 0.013 N NA
 943897 943898 VF_0999 VF_1000     TRUE 0.956 -3.000 0.196 1.000   NA
 943898 943899 VF_1000 VF_1001     TRUE 0.691 -36.000 0.059 NA   NA
 943899 943900 VF_1001 VF_1002     TRUE 0.794 -3.000 0.052 NA   NA
 943900 943901 VF_1002 VF_1003     TRUE 0.870 90.000 0.627 NA   NA
 943901 943902 VF_1003 VF_1004     TRUE 0.590 4.000 0.030 NA   NA
 943902 943903 VF_1004 VF_1005     FALSE 0.463 16.000 0.040 NA   NA
 943903 943904 VF_1005 VF_1006     FALSE 0.015 223.000 0.000 NA   NA
 943904 943905 VF_1006 VF_1007     TRUE 0.984 -7.000 0.474 NA   NA
 943905 943906 VF_1007 VF_1008   yfcA TRUE 0.964 11.000 0.434 NA   NA
 943906 943907 VF_1008 VF_1009 yfcA dinG TRUE 0.627 69.000 0.189 1.000   NA
 943908 943909 VF_1010 VF_1011     FALSE 0.025 638.000 0.000 0.045   NA
 943909 5488762 VF_1011 VF_2601   hisL FALSE 0.019 197.000 0.000 NA   NA
 5488762 943910 VF_2601 VF_1012 hisL hisG FALSE 0.015 221.000 0.000 NA   NA
 943910 943911 VF_1012 VF_1013 hisG hisD TRUE 0.990 6.000 0.171 0.003 Y NA
 943911 943912 VF_1013 VF_1014 hisD hisC TRUE 0.992 10.000 0.294 0.003 Y NA
 943912 943913 VF_1014 VF_1015 hisC hisB TRUE 0.717 238.000 0.341 0.003 Y NA
 943913 943914 VF_1015 VF_1016 hisB hisH TRUE 0.985 9.000 0.128 0.003 Y NA
 943914 943915 VF_1016 VF_1017 h