MicrobesOnline Operon Predictions for Agrobacterium vitis S4

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5477084 5477085 Avi_0001 Avi_0002   maf TRUE 0.866 32.000 0.135 NA   NA
 5477085 5477086 Avi_0002 Avi_0004 maf aroE TRUE 0.990 -7.000 0.169 NA N NA
 5477086 5477087 Avi_0004 Avi_0005 aroE coaE TRUE 0.976 -3.000 0.078 1.000 N NA
 5477087 5477088 Avi_0005 Avi_0006 coaE dnaQ FALSE 0.394 95.000 0.092 1.000 N NA
 5477089 5477090 Avi_0007 Avi_0008 secB fxsA TRUE 0.527 90.000 0.122 NA   NA
 5477091 5477092 Avi_0009 Avi_0010   mltA TRUE 0.995 -3.000 0.324 1.000   NA
 5477092 5477093 Avi_0010 Avi_0011 mltA   TRUE 0.926 39.000 0.332 NA   NA
 5477093 5477094 Avi_0011 Avi_0012     TRUE 0.989 -3.000 0.183 NA   NA
 5477094 5477095 Avi_0012 Avi_0013   gyrB FALSE 0.133 126.000 0.008 1.000 N NA
 5477097 5477098 Avi_0016 Avi_0017 depA   FALSE 0.327 138.000 0.118 NA   NA
 5477098 5477099 Avi_0017 Avi_0018     FALSE 0.288 111.000 0.034 NA   NA
 5477099 5477100 Avi_0018 Avi_0019   trpF TRUE 0.666 42.000 0.017 NA   NA
 5477100 5477101 Avi_0019 Avi_0020 trpF trpB TRUE 0.999 -3.000 0.375 0.001 Y NA
 5477101 5477102 Avi_0020 Avi_0021 trpB trpA TRUE 0.998 2.000 0.344 0.001 Y NA
 5477102 5477103 Avi_0021 Avi_0022 trpA   FALSE 0.419 135.000 0.232 1.000 N NA
 5477103 5477104 Avi_0022 Avi_0024   folC TRUE 0.922 40.000 0.383 1.000 N NA
 5477104 5477105 Avi_0024 Avi_0025 folC   FALSE 0.012 496.000 0.000 NA   NA
 5477105 5477106 Avi_0025 Avi_0027     FALSE 0.050 235.000 0.000 NA   NA
 5477107 5477108 Avi_0028 Avi_0030 trxA   FALSE 0.065 200.000 0.000 NA   NA
 5477108 5477109 Avi_0030 Avi_0031   hslU FALSE 0.163 174.000 0.021 NA   NA
 5477109 5477110 Avi_0031 Avi_0032 hslU hslV TRUE 0.994 38.000 0.752 1.000 Y NA
 5477111 5477112 Avi_0033 Avi_0035 hisB hisH TRUE 0.974 28.000 0.049 0.004 Y NA
 5477112 5477113 Avi_0035 Avi_0036 hisH hisA TRUE 0.979 25.000 0.070 0.004 Y NA
 5477113 5477114 Avi_0036 Avi_0037 hisA hisF TRUE 0.996 14.000 0.433 0.004 Y NA
 5477114 5477115 Avi_0037 Avi_0038 hisF hisE TRUE 0.989 13.000 0.105 0.004 Y NA
 5477115 5477116 Avi_0038 Avi_0039 hisE panK TRUE 0.928 6.000 0.086 1.000 N NA
 5477116 5477117 Avi_0039 Avi_0040 panK   FALSE 0.326 67.000 0.000 1.000   NA
 5477118 5477119 Avi_0041 Avi_0042   pckA FALSE 0.178 177.000 0.025 1.000   NA
 5477120 5477121 Avi_0044 Avi_0045 chvI chvG TRUE 0.901 238.000 0.829 1.000 Y NA
 5477121 5477122 Avi_0045 Avi_0046 chvG   TRUE 0.997 -3.000 0.304 0.015   NA
 5477122 5477123 Avi_0046 Avi_0047     FALSE 0.112 361.000 0.145 1.000   NA
 5477123 5477124 Avi_0047 Avi_0048   ptsH TRUE 0.996 15.000 0.420 0.001 Y NA
 5477124 5477125 Avi_0048 Avi_0049 ptsH ahcY TRUE 0.521 45.000 0.012 1.000 N NA
 5477125 5477126 Avi_0049 Avi_0050 ahcY   FALSE 0.089 212.000 0.018 1.000 N NA
 5477126 5477127 Avi_0050 Avi_0051     TRUE 0.983 -3.000 0.085 NA   NA
 5477127 5477128 Avi_0051 Avi_0053     TRUE 0.745 154.000 0.642 NA   NA
 5477128 5477129 Avi_0053 Avi_0055   addB TRUE 0.987 -3.000 0.196 1.000 N NA
 5477129 5477130 Avi_0055 Avi_0056 addB uvrD TRUE 1.000 -7.000 0.863 0.067 Y NA
 5477130 5477131 Avi_0056 Avi_0057 uvrD glcB FALSE 0.011 348.000 0.000 1.000 N NA
 5477134 5477135 Avi_0063 Avi_0064 actR actS TRUE 0.888 159.000 0.560 1.000 Y NA
 5477135 5477136 Avi_0064 Avi_0067 actS hrpB TRUE 0.690 37.000 0.042 1.000 N NA
 5477136 5477137 Avi_0067 Avi_0068 hrpB arcB FALSE 0.308 83.000 0.021 1.000 N NA
 5477138 5477139 Avi_4501 Avi_4551     FALSE 0.018 392.000 0.000 NA   NA
 5477139 5477140 Avi_4551 Avi_4552     FALSE 0.206 85.000 0.000 NA   NA
 5477140 5477141 Avi_4552 Avi_4502     FALSE 0.006 985.000 0.000 NA   NA
 5477141 5477142 Avi_4502 Avi_4503     FALSE 0.009 600.000 0.000 NA   NA
 5477142 5477143 Avi_4503 Avi_4553     FALSE 0.116 118.000 0.000 NA   NA
 5477143 5477144 Avi_4553 Avi_0069     FALSE 0.084 153.000 0.000 NA   NA
 5477145 5477146 Avi_0070 Avi_0071   dapA FALSE 0.084 321.000 0.100 1.000 N NA
 5477148 5477149 Avi_0073 Avi_0074   idhA FALSE 0.053 228.000 0.000 NA   NA
 5477150 5477151 Avi_0075 Avi_0076   iolC FALSE 0.157 128.000 0.021 1.000 N NA
 5477151 5477152 Avi_0076 Avi_0077 iolC iolD FALSE 0.254 132.000 0.093 1.000 N NA
 5477152 5477153 Avi_0077 Avi_0078 iolD iolE TRUE 0.990 2.000 0.438 1.000 N NA
 5477153 5477154 Avi_0078 Avi_0079 iolE   FALSE 0.360 109.000 0.071 NA   NA
 5477154 5477155 Avi_0079 Avi_0080   iolB TRUE 0.973 -3.000 0.026 NA   NA
 5477156 5477157 Avi_0081 Avi_0082     TRUE 0.715 14.000 0.000 NA   NA
 5477158 5477159 Avi_0083 Avi_0084 csgA   TRUE 0.463 68.000 0.012 NA   NA
 5477159 5477160 Avi_0084 Avi_0085   idnO TRUE 0.986 0.000 0.240 NA   NA
 5477161 5477162 Avi_0086 Avi_0087     TRUE 0.991 -3.000 0.213 NA   NA
 5477162 5477163 Avi_0087 Avi_0088     TRUE 0.998 -3.000 0.722 NA   NA
 5477164 5477165 Avi_0089 Avi_0090     TRUE 0.997 0.000 0.898 NA N NA
 5477165 5477166 Avi_0090 Avi_0091     TRUE 0.780 28.000 0.028 NA   NA
 5477166 5477167 Avi_0091 Avi_0092   glpR FALSE 0.211 84.000 0.000 NA   NA
 5477167 5477168 Avi_0092 Avi_0094 glpR glpD FALSE 0.382 77.000 0.036 1.000 N NA
 5477168 5477169 Avi_0094 Avi_0095 glpD   FALSE 0.125 158.000 0.019 1.000 N NA
 5477169 5477170 Avi_0095 Avi_0096     TRUE 0.999 4.000 0.865 0.010 Y NA
 5477170 5477171 Avi_0096 Avi_0097     TRUE 1.000 -3.000 0.847 NA Y NA
 5477171 5477172 Avi_0097 Avi_0098     TRUE 0.979 91.000 0.922 NA Y NA
 5477172 5477173 Avi_0098 Avi_0099     TRUE 0.993 14.000 0.854 NA   NA
 5477173 5477174 Avi_0099 Avi_0100     TRUE 0.964 43.000 0.640 NA   NA
 5477176 5477177 Avi_0103 Avi_0105 kdsB pheA TRUE 0.548 68.000 0.083 1.000 N NA
 5477178 5477179 Avi_0107 Avi_0108     FALSE 0.016 290.000 0.000 1.000 N NA
 5477179 5477180 Avi_0108 Avi_0109     TRUE 0.980 -3.000 0.108 1.000 N NA
 5477181 5477182 Avi_4516 Avi_0110   dnaX FALSE 0.276 71.000 0.000 NA   NA
 5477182 5477183 Avi_0110 Avi_0111 dnaX   TRUE 0.755 100.000 0.411 NA   NA
 5477186 5477187 Avi_0114 Avi_0115     TRUE 0.943 17.000 0.205 1.000   NA
 5477188 5477189 Avi_0116 Avi_0118 ftsZ1 lepA TRUE 0.725 34.000 0.000 0.006 N NA
 5477190 5477191 Avi_0120 Avi_0122 rnd   FALSE 0.179 99.000 0.000 1.000   NA
 5477191 5477192 Avi_0122 Avi_0125     FALSE 0.044 252.000 0.000 NA   NA
 5477193 5477194 Avi_0126 Avi_0127 noeK   FALSE 0.024 198.000 0.000 NA N NA
 5477194 5477195 Avi_0127 Avi_0128     FALSE 0.125 113.000 0.000 NA   NA
 5477199 5477200 Avi_0134 Avi_0136     TRUE 0.613 49.000 0.018 NA   NA
 5477200 5477201 Avi_0136 Avi_0137   ampS FALSE 0.121 198.000 0.006 NA   NA
 5477202 5477203 Avi_0138 Avi_0140     FALSE 0.055 223.000 0.000 NA   NA
 5477203 5477204 Avi_0140 Avi_0142   cspA FALSE 0.018 387.000 0.000 NA   NA
 5477204 5477205 Avi_0142 Avi_0143 cspA xseA FALSE 0.014 310.000 0.000 1.000 N NA
 5477205 5477206 Avi_0143 Avi_0147 xseA   FALSE 0.016 412.000 0.000 NA   NA
 5477207 5477208 Avi_0148 Avi_0149 exoA   TRUE 0.985 -3.000 0.114 NA   NA
 5477213 5477214 Avi_0154 Avi_0155     FALSE 0.080 165.000 0.000 NA   NA
 5477215 5477216 Avi_0156 Avi_0157 recR mltB TRUE 0.482 52.000 0.014 1.000 N NA
 5477217 5477218 Avi_0158 Avi_0160     FALSE 0.052 438.000 0.000 0.002   NA
 5477220 5477221 Avi_0162 Avi_0163     FALSE 0.211 84.000 0.000 NA   NA
 5477222 5477223 Avi_0164 Avi_0166   nusA TRUE 0.960 59.000 0.759 NA   NA
 5477223 5477224 Avi_0166 Avi_0168 nusA   TRUE 0.992 0.000 0.075 NA Y NA
 5477224 5477225 Avi_0168 Avi_0169   infB TRUE 0.511 104.000 0.223 NA N NA
 5477225 5477226 Avi_0169 Avi_0170 infB rbfA TRUE 0.880 165.000 0.530 1.000 Y NA
 5477226 5477227 Avi_0170 Avi_0171 rbfA truB TRUE 0.995 5.000 0.318 1.000 Y NA
 5477227 5477228 Avi_0171 Avi_0173 truB rpsO TRUE 0.667 205.000 0.211 1.000 Y NA
 5477228 5477229 Avi_0173 Avi_0175 rpsO pnpA TRUE 0.432 424.000 0.335 1.000 Y NA
 5477229 5477230 Avi_0175 Avi_4510 pnpA suhB TRUE 0.961 -17.000 0.000 NA   NA
 5477230 5477231 Avi_4510 Avi_0178 suhB rsmC FALSE 0.118 117.000 0.000 NA   NA
 5477232 5477233 Avi_0179 Avi_0180 fabI fabB TRUE 0.987 18.000 0.265 1.000 Y NA
 5477233 5477234 Avi_0180 Avi_0181 fabB fabA TRUE 0.987 35.000 0.451 1.000 Y NA
 5477236 5477237 Avi_0184 Avi_0189     FALSE 0.035 283.000 0.000 NA   NA
 5477237 5477238 Avi_0189 Avi_0190     FALSE 0.410 49.000 0.000 NA   NA
 5477238 5477239 Avi_0190 Avi_4597     FALSE 0.015 440.000 0.000 NA   NA
 5477239 5477240 Avi_4597 Avi_0191     FALSE 0.085 152.000 0.000 NA   NA
 5477241 5477242 Avi_0193 Avi_0194 cmk rpsA TRUE 0.439 151.000 0.281 1.000 N NA
 5477242 5477243 Avi_0194 Avi_0196 rpsA   FALSE 0.093 162.000 0.000 1.000   NA
 5477244 5477245 Avi_0197 Avi_0199     FALSE 0.077 274.000 0.014 NA   NA
 5477246 5477247 Avi_0200 Avi_0202 infC   FALSE 0.003 1455.000 0.000 1.000 N NA
 5477247 5477248 Avi_0202 Avi_0203     TRUE 1.000 -6.000 0.963 1.000 Y NA
 5477248 5477249 Avi_0203 Avi_0205   rpmI FALSE 0.026 228.000 0.000 1.000 N NA
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 5477255 5477256 Avi_0211 Avi_0212   ctpI FALSE 0.020 371.000 0.000 NA   NA
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 5477261 5477262 Avi_0217 Avi_0218 ctpD ctpC TRUE 0.998 -3.000 0.222 NA Y NA
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 5477263 5477264 Avi_0221 Avi_0222 ctpB ctpA TRUE 0.820 204.000 0.467 NA Y NA
 5477264 5477265 Avi_0222 Avi_0223 ctpA ctpA TRUE 0.746 188.000 0.300 NA Y NA
 5477266 5477267 Avi_0224 Avi_0226 pilQ   TRUE 0.458 227.000 0.381 NA   NA
 5477267 5477268 Avi_0226 Avi_0228     TRUE 1.000 -3.000 0.857 NA Y NA
 5477268 5477269 Avi_0228 Avi_0229   deoB FALSE 0.169 149.000 0.055 NA N NA
 5477269 5477270 Avi_0229 Avi_0230 deoB add TRUE 0.977 -3.000 0.086 1.000 N NA
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