MicrobesOnline Operon Predictions for Thermomicrobium roseum DSM 5159

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5471370 5471371 trd_0002 trd_0004     TRUE 0.530 -9.000 0.000 NA   NA
 5471372 5471373 trd_0003 trd_0005     FALSE 0.058 179.000 0.000 1.000   NA
 5471373 5471374 trd_0005 trd_0006     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471376 5471377 trd_0008 trd_0009     FALSE 0.004 696.000 0.000 NA   NA
 5471379 5471380 trd_0011 trd_0012     FALSE 0.135 78.000 0.000 NA   NA
 5471380 5471381 trd_0012 trd_0013     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471381 5471382 trd_0013 trd_0014     FALSE 0.050 192.000 0.000 1.000 N NA
 5471383 5471384 trd_0015 trd_0016   cas6 FALSE 0.003 977.000 0.000 NA   NA
 5471384 5471385 trd_0016 trd_0017 cas6   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471385 5471386 trd_0017 trd_0018   cst2 TRUE 0.892 73.000 0.295 NA   NA
 5471386 5471387 trd_0018 trd_0019 cst2 cas5t TRUE 0.915 23.000 0.026 NA   NA
 5471387 5471388 trd_0019 trd_0020 cas5t cas3 TRUE 0.967 -10.000 0.080 NA   NA
 5471388 5471389 trd_0020 trd_0021 cas3 cas4 FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5471389 5471390 trd_0021 trd_0022 cas4 cas1 TRUE 0.996 -3.000 0.579 NA Y NA
 5471390 5471391 trd_0022 trd_0024 cas1   TRUE 0.970 65.000 0.683 NA Y NA
 5471392 5471393 trd_0023 trd_0025     FALSE 0.018 229.000 0.000 NA N NA
 5471393 5471394 trd_0025 trd_0026     TRUE 0.992 11.000 0.488 NA Y NA
 5471394 5471395 trd_0026 trd_0027     FALSE 0.495 27.000 0.000 1.000 N NA
 5471395 5471396 trd_0027 trd_0028     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471397 5471398 trd_0029 trd_0031     FALSE 0.003 6005.000 0.000 NA   NA
 11525216 5471397   trd_0029     FALSE NA 412.000 0.000 NA   NA
 11667579 5471397   trd_0029     FALSE NA 412.000 0.000 NA   NA
 11809971 5471397   trd_0029     FALSE NA 412.000 0.000 NA   NA
 11525217 5471397   trd_0029     FALSE NA 442.000 0.000 NA   NA
 11667580 5471397   trd_0029     FALSE NA 442.000 0.000 NA   NA
 11809972 5471397   trd_0029     FALSE NA 442.000 0.000 NA   NA
 11525218 5471397   trd_0029     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11667581 5471397   trd_0029     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11809973 5471397   trd_0029     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11525219 5471397   trd_0029     FALSE NA 510.000 0.000 NA   NA
 11667582 5471397   trd_0029     FALSE NA 510.000 0.000 NA   NA
 11809974 5471397   trd_0029     FALSE NA 510.000 0.000 NA   NA
 11525220 5471397   trd_0029     FALSE NA 550.000 0.000 NA   NA
 11667583 5471397   trd_0029     FALSE NA 550.000 0.000 NA   NA
 11809975 5471397   trd_0029     FALSE NA 550.000 0.000 NA   NA
 11525221 5471397   trd_0029     FALSE NA 580.000 0.000 NA   NA
 11667584 5471397   trd_0029     FALSE NA 580.000 0.000 NA   NA
 11809976 5471397   trd_0029     FALSE NA 580.000 0.000 NA   NA
 11525222 5471397   trd_0029     FALSE NA 616.000 0.000 NA   NA
 11667585 5471397   trd_0029     FALSE NA 616.000 0.000 NA   NA
 11809977 5471397   trd_0029     FALSE NA 616.000 0.000 NA   NA
 11525223 5471397   trd_0029     FALSE NA 646.000 0.000 NA   NA
 11667586 5471397   trd_0029     FALSE NA 646.000 0.000 NA   NA
 11809978 5471397   trd_0029     FALSE NA 646.000 0.000 NA   NA
 11525224 5471397   trd_0029     FALSE NA 686.000 0.000 NA   NA
 11667587 5471397   trd_0029     FALSE NA 686.000 0.000 NA   NA
 11809979 5471397   trd_0029     FALSE NA 686.000 0.000 NA   NA
 11525225 5471397   trd_0029     FALSE NA 716.000 0.000 NA   NA
 11667588 5471397   trd_0029     FALSE NA 716.000 0.000 NA   NA
 11809980 5471397   trd_0029     FALSE NA 716.000 0.000 NA   NA
 11525226 5471397   trd_0029     FALSE NA 752.000 0.000 NA   NA
 11667589 5471397   trd_0029     FALSE NA 752.000 0.000 NA   NA
 11809981 5471397   trd_0029     FALSE NA 752.000 0.000 NA   NA
 11525227 5471397   trd_0029     FALSE NA 782.000 0.000 NA   NA
 11667590 5471397   trd_0029     FALSE NA 782.000 0.000 NA   NA
 11809982 5471397   trd_0029     FALSE NA 782.000 0.000 NA   NA
 11525228 5471397   trd_0029     FALSE NA 818.000 0.000 NA   NA
 11667591 5471397   trd_0029     FALSE NA 818.000 0.000 NA   NA
 11809983 5471397   trd_0029     FALSE NA 818.000 0.000 NA   NA
 11525229 5471397   trd_0029     FALSE NA 848.000 0.000 NA   NA
 11667592 5471397   trd_0029     FALSE NA 848.000 0.000 NA   NA
 11809984 5471397   trd_0029     FALSE NA 848.000 0.000 NA   NA
 11525230 5471397   trd_0029     FALSE NA 883.000 0.000 NA   NA
 11667593 5471397   trd_0029     FALSE NA 883.000 0.000 NA   NA
 11809985 5471397   trd_0029     FALSE NA 883.000 0.000 NA   NA
 11525231 5471397   trd_0029     FALSE NA 913.000 0.000 NA   NA
 11667594 5471397   trd_0029     FALSE NA 913.000 0.000 NA   NA
 11809986 5471397   trd_0029     FALSE NA 913.000 0.000 NA   NA
 11525232 5471397   trd_0029     FALSE NA 948.000 0.000 NA   NA
 11667595 5471397   trd_0029     FALSE NA 948.000 0.000 NA   NA
 11809987 5471397   trd_0029     FALSE NA 948.000 0.000 NA   NA
 11525233 5471397   trd_0029     FALSE NA 978.000 0.000 NA   NA
 11667596 5471397   trd_0029     FALSE NA 978.000 0.000 NA   NA
 11809988 5471397   trd_0029     FALSE NA 978.000 0.000 NA   NA
 11525234 5471397   trd_0029     FALSE NA 1015.000 0.000 NA   NA
 11667597 5471397   trd_0029     FALSE NA 1015.000 0.000 NA   NA
 11809989 5471397   trd_0029     FALSE NA 1015.000 0.000 NA   NA
 11525235 5471397   trd_0029     FALSE NA 1045.000 0.000 NA   NA
 11667598 5471397   trd_0029     FALSE NA 1045.000 0.000 NA   NA
 11809990 5471397   trd_0029     FALSE NA 1045.000 0.000 NA   NA
 11525236 5471397   trd_0029     FALSE NA 1081.000 0.000 NA   NA
 11667599 5471397   trd_0029     FALSE NA 1081.000 0.000 NA   NA
 11809991 5471397   trd_0029     FALSE NA 1081.000 0.000 NA   NA
 11525237 5471397   trd_0029     FALSE NA 1111.000 0.000 NA   NA
 11667600 5471397   trd_0029     FALSE NA 1111.000 0.000 NA   NA
 11809992 5471397   trd_0029     FALSE NA 1111.000 0.000 NA   NA
 11525238 5471397   trd_0029     FALSE NA 1149.000 0.000 NA   NA
 11667601 5471397   trd_0029     FALSE NA 1149.000 0.000 NA   NA
 11809993 5471397   trd_0029     FALSE NA 1149.000 0.000 NA   NA
 11525239 5471397   trd_0029     FALSE NA 1179.000 0.000 NA   NA
 11667602 5471397   trd_0029     FALSE NA 1179.000 0.000 NA   NA
 11809994 5471397   trd_0029     FALSE NA 1179.000 0.000 NA   NA
 11525240 5471397   trd_0029     FALSE NA 1215.000 0.000 NA   NA
 11667603 5471397   trd_0029     FALSE NA 1215.000 0.000 NA   NA
 11809995 5471397   trd_0029     FALSE NA 1215.000 0.000 NA   NA
 11525241 5471397   trd_0029     FALSE NA 1245.000 0.000 NA   NA
 11667604 5471397   trd_0029     FALSE NA 1245.000 0.000 NA   NA
 11809996 5471397   trd_0029     FALSE NA 1245.000 0.000 NA   NA
 11525242 5471397   trd_0029     FALSE NA 1282.000 0.000 NA   NA
 11667605 5471397   trd_0029     FALSE NA 1282.000 0.000 NA   NA
 11809997 5471397   trd_0029     FALSE NA 1282.000 0.000 NA   NA
 11525243 5471397   trd_0029     FALSE NA 1312.000 0.000 NA   NA
 11667606 5471397   trd_0029     FALSE NA 1312.000 0.000 NA   NA
 11809998 5471397   trd_0029     FALSE NA 1312.000 0.000 NA   NA
 11525244 5471397   trd_0029     FALSE NA 1348.000 0.000 NA   NA
 11667607 5471397   trd_0029     FALSE NA 1348.000 0.000 NA   NA
 11809999 5471397   trd_0029     FALSE NA 1348.000 0.000 NA   NA
 11525245 5471397   trd_0029     FALSE NA 1378.000 0.000 NA   NA
 11667608 5471397   trd_0029     FALSE NA 1378.000 0.000 NA   NA
 11810000 5471397   trd_0029     FALSE NA 1378.000 0.000 NA   NA
 11525246 5471397   trd_0029     FALSE NA 1415.000 0.000 NA   NA
 11667609 5471397   trd_0029     FALSE NA 1415.000 0.000 NA   NA
 11810001 5471397   trd_0029     FALSE NA 1415.000 0.000 NA   NA
 11525247 5471397   trd_0029     FALSE NA 1445.000 0.000 NA   NA
 11667610 5471397   trd_0029     FALSE NA 1445.000 0.000 NA   NA
 11810002 5471397   trd_0029     FALSE NA 1445.000 0.000 NA   NA
 11525248 5471397   trd_0029     FALSE NA 1481.000 0.000 NA   NA
 11667611 5471397   trd_0029     FALSE NA 1481.000 0.000 NA   NA
 11810003 5471397   trd_0029     FALSE NA 1481.000 0.000 NA   NA
 11525249 5471397   trd_0029     FALSE NA 1511.000 0.000 NA   NA
 11667612 5471397   trd_0029     FALSE NA 1511.000 0.000 NA   NA
 11810004 5471397   trd_0029     FALSE NA 1511.000 0.000 NA   NA
 11525250 5471397   trd_0029     FALSE NA 1547.000 0.000 NA   NA
 11667613 5471397   trd_0029     FALSE NA 1547.000 0.000 NA   NA
 11810005 5471397   trd_0029     FALSE NA 1547.000 0.000 NA   NA
 11525251 5471397   trd_0029     FALSE NA 1577.000 0.000 NA   NA
 11667614 5471397   trd_0029     FALSE NA 1577.000 0.000 NA   NA
 11810006 5471397   trd_0029     FALSE NA 1577.000 0.000 NA   NA
 11525252 5471397   trd_0029     FALSE NA 1613.000 0.000 NA   NA
 11667615 5471397   trd_0029     FALSE NA 1613.000 0.000 NA   NA
 11810007 5471397   trd_0029     FALSE NA 1613.000 0.000 NA   NA
 11525253 5471397   trd_0029     FALSE NA 1643.000 0.000 NA   NA
 11667616 5471397   trd_0029     FALSE NA 1643.000 0.000 NA   NA
 11810008 5471397   trd_0029     FALSE NA 1643.000 0.000 NA   NA
 11525254 5471397   trd_0029     FALSE NA 1679.000 0.000 NA   NA
 11667617 5471397   trd_0029     FALSE NA 1679.000 0.000 NA   NA
 11810009 5471397   trd_0029     FALSE NA 1679.000 0.000 NA   NA
 11525255 5471397   trd_0029     FALSE NA 1709.000 0.000 NA   NA
 11667618 5471397   trd_0029     FALSE NA 1709.000 0.000 NA   NA
 11810010 5471397   trd_0029     FALSE NA 1709.000 0.000 NA   NA
 11525256 5471397   trd_0029     FALSE NA 1745.000 0.000 NA   NA
 11667619 5471397   trd_0029     FALSE NA 1745.000 0.000 NA   NA
 11810011 5471397   trd_0029     FALSE NA 1745.000 0.000 NA   NA
 11525257 5471397   trd_0029     FALSE NA 1775.000 0.000 NA   NA
 11667620 5471397   trd_0029     FALSE NA 1775.000 0.000 NA   NA
 11810012 5471397   trd_0029     FALSE NA 1775.000 0.000 NA   NA
 11525258 5471397   trd_0029     FALSE NA 1811.000 0.000 NA   NA
 11667621 5471397   trd_0029     FALSE NA 1811.000 0.000 NA   NA
 11810013 5471397   trd_0029     FALSE NA 1811.000 0.000 NA   NA
 11525259 5471397   trd_0029     FALSE NA 1841.000 0.000 NA   NA
 11667622 5471397   trd_0029     FALSE NA 1841.000 0.000 NA   NA
 11810014 5471397   trd_0029     FALSE NA 1841.000 0.000 NA   NA
 11525260 5471397   trd_0029     FALSE NA 1876.000 0.000 NA   NA
 11667623 5471397   trd_0029     FALSE NA 1876.000 0.000 NA   NA
 11810015 5471397   trd_0029     FALSE NA 1876.000 0.000 NA   NA
 11525261 5471397   trd_0029     FALSE NA 1906.000 0.000 NA   NA
 11667624 5471397   trd_0029     FALSE NA 1906.000 0.000 NA   NA
 11810016 5471397   trd_0029     FALSE NA 1906.000 0.000 NA   NA
 11525262 5471397   trd_0029     FALSE NA 1944.000 0.000 NA   NA
 11667625 5471397   trd_0029     FALSE NA 1944.000 0.000 NA   NA
 11810017 5471397   trd_0029     FALSE NA 1944.000 0.000 NA   NA
 11525263 5471397   trd_0029     FALSE NA 1974.000 0.000 NA   NA
 11667626 5471397   trd_0029     FALSE NA 1974.000 0.000 NA   NA
 11810018 5471397   trd_0029     FALSE NA 1974.000 0.000 NA   NA
 11525264 5471397   trd_0029     FALSE NA 2011.000 0.000 NA   NA
 11667627 5471397   trd_0029     FALSE NA 2011.000 0.000 NA   NA
 11810019 5471397   trd_0029     FALSE NA 2011.000 0.000 NA   NA
 11525265 5471397   trd_0029     FALSE NA 2041.000 0.000 NA   NA
 11667628 5471397   trd_0029     FALSE NA 2041.000 0.000 NA   NA
 11810020 5471397   trd_0029     FALSE NA 2041.000 0.000 NA   NA
 11525266 5471397   trd_0029     FALSE NA 2076.000 0.000 NA   NA
 11667629 5471397   trd_0029     FALSE NA 2076.000 0.000 NA   NA
 11810021 5471397   trd_0029     FALSE NA 2076.000 0.000 NA   NA
 11525267 5471397   trd_0029     FALSE NA 2106.000 0.000 NA   NA
 11667630 5471397   trd_0029     FALSE NA 2106.000 0.000 NA   NA
 11810022 5471397   trd_0029     FALSE NA 2106.000 0.000 NA   NA
 11525268 5471397   trd_0029     FALSE NA 2141.000 0.000 NA   NA
 11667631 5471397   trd_0029     FALSE NA 2141.000 0.000 NA   NA
 11810023 5471397   trd_0029     FALSE NA 2141.000 0.000 NA   NA
 11525269 5471397   trd_0029     FALSE NA 2171.000 0.000 NA   NA
 11667632 5471397   trd_0029     FALSE NA 2171.000 0.000 NA   NA
 11810024 5471397   trd_0029     FALSE NA 2171.000 0.000 NA   NA
 11525270 5471397   trd_0029     FALSE NA 2207.000 0.000 NA   NA
 11667633 5471397   trd_0029     FALSE NA 2207.000 0.000 NA   NA
 11810025 5471397   trd_0029     FALSE NA 2207.000 0.000 NA   NA
 11525271 5471397   trd_0029     FALSE NA 2237.000 0.000 NA   NA
 11667634 5471397   trd_0029     FALSE NA 2237.000 0.000 NA   NA
 11810026 5471397   trd_0029     FALSE NA 2237.000 0.000 NA   NA
 11525272 5471397   trd_0029     FALSE NA 2275.000 0.000 NA   NA
 11667635 5471397   trd_0029     FALSE NA 2275.000 0.000 NA   NA
 11810027 5471397   trd_0029     FALSE NA 2275.000 0.000 NA   NA
 11525273 5471397   trd_0029     FALSE NA 2305.000 0.000 NA   NA
 11667636 5471397   trd_0029     FALSE NA 2305.000 0.000 NA   NA
 11810028 5471397   trd_0029     FALSE NA 2305.000 0.000 NA   NA
 11525274 5471397   trd_0029     FALSE NA 2340.000 0.000 NA   NA
 11667637 5471397   trd_0029     FALSE NA 2340.000 0.000 NA   NA
 11810029 5471397   trd_0029     FALSE NA 2340.000 0.000 NA   NA
 11525275 5471397   trd_0029     FALSE NA 2370.000 0.000 NA   NA
 11667638 5471397   trd_0029     FALSE NA 2370.000 0.000 NA   NA
 11810030 5471397   trd_0029     FALSE NA 2370.000 0.000 NA   NA
 11525276 5471397   trd_0029     FALSE NA 2407.000 0.000 NA   NA
 11667639 5471397   trd_0029     FALSE NA 2407.000 0.000 NA   NA
 11810031 5471397   trd_0029     FALSE NA 2407.000 0.000 NA   NA
 11525277 5471397   trd_0029     FALSE NA 2437.000 0.000 NA   NA
 11667640 5471397   trd_0029     FALSE NA 2437.000 0.000 NA   NA
 11810032 5471397   trd_0029     FALSE NA 2437.000 0.000 NA   NA
 11525278 5471397   trd_0029     FALSE NA 2474.000 0.000 NA   NA
 11667641 5471397   trd_0029     FALSE NA 2474.000 0.000 NA   NA
 11810033 5471397   trd_0029     FALSE NA 2474.000 0.000 NA   NA
 11525279 5471397   trd_0029     FALSE NA 2504.000 0.000 NA   NA
 11667642 5471397   trd_0029     FALSE NA 2504.000 0.000 NA   NA
 11810034 5471397   trd_0029     FALSE NA 2504.000 0.000 NA   NA
 11525280 5471397   trd_0029     FALSE NA 2540.000 0.000 NA   NA
 11667643 5471397   trd_0029     FALSE NA 2540.000 0.000 NA   NA
 11810035 5471397   trd_0029     FALSE NA 2540.000 0.000 NA   NA
 11525281 5471397   trd_0029     FALSE NA 2570.000 0.000 NA   NA
 11667644 5471397   trd_0029     FALSE NA 2570.000 0.000 NA   NA
 11810036 5471397   trd_0029     FALSE NA 2570.000 0.000 NA   NA
 11525282 5471397   trd_0029     FALSE NA 2606.000 0.000 NA   NA
 11667645 5471397   trd_0029     FALSE NA 2606.000 0.000 NA   NA
 11810037 5471397   trd_0029     FALSE NA 2606.000 0.000 NA   NA
 11525283 5471397   trd_0029     FALSE NA 2636.000 0.000 NA   NA
 11667646 5471397   trd_0029     FALSE NA 2636.000 0.000 NA   NA
 11810038 5471397   trd_0029     FALSE NA 2636.000 0.000 NA   NA
 11525284 5471397   trd_0029     FALSE NA 2673.000 0.000 NA   NA
 11667647 5471397   trd_0029     FALSE NA 2673.000 0.000 NA   NA
 11810039 5471397   trd_0029     FALSE NA 2673.000 0.000 NA   NA
 11525285 5471397   trd_0029     FALSE NA 2703.000 0.000 NA   NA
 11667648 5471397   trd_0029     FALSE NA 2703.000 0.000 NA   NA
 11810040 5471397   trd_0029     FALSE NA 2703.000 0.000 NA   NA
 11525286 5471397   trd_0029     FALSE NA 2740.000 0.000 NA   NA
 11667649 5471397   trd_0029     FALSE NA 2740.000 0.000 NA   NA
 11810041 5471397   trd_0029     FALSE NA 2740.000 0.000 NA   NA
 11525287 5471397   trd_0029     FALSE NA 2770.000 0.000 NA   NA
 11667650 5471397   trd_0029     FALSE NA 2770.000 0.000 NA   NA
 11810042 5471397   trd_0029     FALSE NA 2770.000 0.000 NA   NA
 11525288 5471397   trd_0029     FALSE NA 2805.000 0.000 NA   NA
 11667651 5471397   trd_0029     FALSE NA 2805.000 0.000 NA   NA
 11810043 5471397   trd_0029     FALSE NA 2805.000 0.000 NA   NA
 11525289 5471397   trd_0029     FALSE NA 2835.000 0.000 NA   NA
 11667652 5471397   trd_0029     FALSE NA 2835.000 0.000 NA   NA
 11810044 5471397   trd_0029     FALSE NA 2835.000 0.000 NA   NA
 11525290 5471397   trd_0029     FALSE NA 2873.000 0.000 NA   NA
 11667653 5471397   trd_0029     FALSE NA 2873.000 0.000 NA   NA
 11810045 5471397   trd_0029     FALSE NA 2873.000 0.000 NA   NA
 11525291 5471397   trd_0029     FALSE NA 2903.000 0.000 NA   NA
 11667654 5471397   trd_0029     FALSE NA 2903.000 0.000 NA   NA
 11810046 5471397   trd_0029     FALSE NA 2903.000 0.000 NA   NA
 11525292 5471397   trd_0029     FALSE NA 2939.000 0.000 NA   NA
 11667655 5471397   trd_0029     FALSE NA 2939.000 0.000 NA   NA
 11810047 5471397   trd_0029     FALSE NA 2939.000 0.000 NA   NA
 11525293 5471397   trd_0029     FALSE NA 2969.000 0.000 NA   NA
 11667656 5471397   trd_0029     FALSE NA 2969.000 0.000 NA   NA
 11810048 5471397   trd_0029     FALSE NA 2969.000 0.000 NA   NA
 11525294 5471397   trd_0029     FALSE NA 3006.000 0.000 NA   NA
 11667657 5471397   trd_0029     FALSE NA 3006.000 0.000 NA   NA
 11810049 5471397   trd_0029     FALSE NA 3006.000 0.000 NA   NA
 11525295 5471397   trd_0029     FALSE NA 3036.000 0.000 NA   NA
 11667658 5471397   trd_0029     FALSE NA 3036.000 0.000 NA   NA
 11810050 5471397   trd_0029     FALSE NA 3036.000 0.000 NA   NA
 11525296 5471397   trd_0029     FALSE NA 3071.000 0.000 NA   NA
 11667659 5471397   trd_0029     FALSE NA 3071.000 0.000 NA   NA
 11810051 5471397   trd_0029     FALSE NA 3071.000 0.000 NA   NA
 11525297 5471397   trd_0029     FALSE NA 3101.000 0.000 NA   NA
 11667660 5471397   trd_0029     FALSE NA 3101.000 0.000 NA   NA
 11810052 5471397   trd_0029     FALSE NA 3101.000 0.000 NA   NA
 11525298 5471397   trd_0029     FALSE NA 3137.000 0.000 NA   NA
 11667661 5471397   trd_0029     FALSE NA 3137.000 0.000 NA   NA
 11810053 5471397   trd_0029     FALSE NA 3137.000 0.000 NA   NA
 11525299 5471397   trd_0029     FALSE NA 3167.000 0.000 NA   NA
 11667662 5471397   trd_0029     FALSE NA 3167.000 0.000 NA   NA
 11810054 5471397   trd_0029     FALSE NA 3167.000 0.000 NA   NA
 11525300 5471397   trd_0029     FALSE NA 3203.000 0.000 NA   NA
 11667663 5471397   trd_0029     FALSE NA 3203.000 0.000 NA   NA
 11810055 5471397   trd_0029     FALSE NA 3203.000 0.000 NA   NA
 11525301 5471397   trd_0029     FALSE NA 3233.000 0.000 NA   NA
 11667664 5471397   trd_0029     FALSE NA 3233.000 0.000 NA   NA
 11810056 5471397   trd_0029     FALSE NA 3233.000 0.000 NA   NA
 11525302 5471397   trd_0029     FALSE NA 3268.000 0.000 NA   NA
 11667665 5471397   trd_0029     FALSE NA 3268.000 0.000 NA   NA
 11810057 5471397   trd_0029     FALSE NA 3268.000 0.000 NA   NA
 11525303 5471397   trd_0029     FALSE NA 3298.000 0.000 NA   NA
 11667666 5471397   trd_0029     FALSE NA 3298.000 0.000 NA   NA
 11810058 5471397   trd_0029     FALSE NA 3298.000 0.000 NA   NA
 11525304 5471397   trd_0029     FALSE NA 3334.000 0.000 NA   NA
 11667667 5471397   trd_0029     FALSE NA 3334.000 0.000 NA   NA
 11810059 5471397   trd_0029     FALSE NA 3334.000 0.000 NA   NA
 11525305 5471397   trd_0029     FALSE NA 3364.000 0.000 NA   NA
 11667668 5471397   trd_0029     FALSE NA 3364.000 0.000 NA   NA
 11810060 5471397   trd_0029     FALSE NA 3364.000 0.000 NA   NA
 11525306 5471397   trd_0029     FALSE NA 3399.000 0.000 NA   NA
 11667669 5471397   trd_0029     FALSE NA 3399.000 0.000 NA   NA
 11810061 5471397   trd_0029     FALSE NA 3399.000 0.000 NA   NA
 11525307 5471397   trd_0029     FALSE NA 3429.000 0.000 NA   NA
 11667670 5471397   trd_0029     FALSE NA 3429.000 0.000 NA   NA
 11810062 5471397   trd_0029     FALSE NA 3429.000 0.000 NA   NA
 11525308 5471397   trd_0029     FALSE NA 3465.000 0.000 NA   NA
 11667671 5471397   trd_0029     FALSE NA 3465.000 0.000 NA   NA
 11810063 5471397   trd_0029     FALSE NA 3465.000 0.000 NA   NA
 11525309 5471397   trd_0029     FALSE NA 3495.000 0.000 NA   NA
 11667672 5471397   trd_0029     FALSE NA 3495.000 0.000 NA   NA
 11810064 5471397   trd_0029     FALSE NA 3495.000 0.000 NA   NA
 11525310 5471397   trd_0029     FALSE NA 3531.000 0.000 NA   NA
 11667673 5471397   trd_0029     FALSE NA 3531.000 0.000 NA   NA
 11810065 5471397   trd_0029     FALSE NA 3531.000 0.000 NA   NA
 11525311 5471397   trd_0029     FALSE NA 3561.000 0.000 NA   NA
 11667674 5471397   trd_0029     FALSE NA 3561.000 0.000 NA   NA
 11810066 5471397   trd_0029     FALSE NA 3561.000 0.000 NA   NA
 11525312 5471397   trd_0029     FALSE NA 3597.000 0.000 NA   NA
 11667675 5471397   trd_0029     FALSE NA 3597.000 0.000 NA   NA
 11810067 5471397   trd_0029     FALSE NA 3597.000 0.000 NA   NA
 11525313 5471397   trd_0029     FALSE NA 3627.000 0.000 NA   NA
 11667676 5471397   trd_0029     FALSE NA 3627.000 0.000 NA   NA
 11810068 5471397   trd_0029     FALSE NA 3627.000 0.000 NA   NA
 11525314 5471397   trd_0029     FALSE NA 3662.000 0.000 NA   NA
 11667677 5471397   trd_0029     FALSE NA 3662.000 0.000 NA   NA
 11810069 5471397   trd_0029     FALSE NA 3662.000 0.000 NA   NA
 11525315 5471397   trd_0029     FALSE NA 3692.000 0.000 NA   NA
 11667678 5471397   trd_0029     FALSE NA 3692.000 0.000 NA   NA
 11810070 5471397   trd_0029     FALSE NA 3692.000 0.000 NA   NA
 11525316 5471397   trd_0029     FALSE NA 3729.000 0.000 NA   NA
 11667679 5471397   trd_0029     FALSE NA 3729.000 0.000 NA   NA
 11810071 5471397   trd_0029     FALSE NA 3729.000 0.000 NA   NA
 11525317 5471397   trd_0029     FALSE NA 3759.000 0.000 NA   NA
 11667680 5471397   trd_0029     FALSE NA 3759.000 0.000 NA   NA
 11810072 5471397   trd_0029     FALSE NA 3759.000 0.000 NA   NA
 11525318 5471397   trd_0029     FALSE NA 3794.000 0.000 NA   NA
 11667681 5471397   trd_0029     FALSE NA 3794.000 0.000 NA   NA
 11810073 5471397   trd_0029     FALSE NA 3794.000 0.000 NA   NA
 11525319 5471397   trd_0029     FALSE NA 3824.000 0.000 NA   NA
 11667682 5471397   trd_0029     FALSE NA 3824.000 0.000 NA   NA
 11810074 5471397   trd_0029     FALSE NA 3824.000 0.000 NA   NA
 11525320 5471397   trd_0029     FALSE NA 3860.000 0.000 NA   NA
 11667683 5471397   trd_0029     FALSE NA 3860.000 0.000 NA   NA
 11810075 5471397   trd_0029     FALSE NA 3860.000 0.000 NA   NA
 11525321 5471397   trd_0029     FALSE NA 3890.000 0.000 NA   NA
 11667684 5471397   trd_0029     FALSE NA 3890.000 0.000 NA   NA
 11810076 5471397   trd_0029     FALSE NA 3890.000 0.000 NA   NA
 11525322 5471397   trd_0029     FALSE NA 3926.000 0.000 NA   NA
 11667685 5471397   trd_0029     FALSE NA 3926.000 0.000 NA   NA
 11810077 5471397   trd_0029     FALSE NA 3926.000 0.000 NA   NA
 11525323 5471397   trd_0029     FALSE NA 3956.000 0.000 NA   NA
 11667686 5471397   trd_0029     FALSE NA 3956.000 0.000 NA   NA
 11810078 5471397   trd_0029     FALSE NA 3956.000 0.000 NA   NA
 11525324 5471397   trd_0029     FALSE NA 3992.000 0.000 NA   NA
 11667687 5471397   trd_0029     FALSE NA 3992.000 0.000 NA   NA
 11810079 5471397   trd_0029     FALSE NA 3992.000 0.000 NA   NA
 11525325 5471397   trd_0029     FALSE NA 4022.000 0.000 NA   NA
 11667688 5471397   trd_0029     FALSE NA 4022.000 0.000 NA   NA
 11810080 5471397   trd_0029     FALSE NA 4022.000 0.000 NA   NA
 11525326 5471397   trd_0029     FALSE NA 4058.000 0.000 NA   NA
 11667689 5471397   trd_0029     FALSE NA 4058.000 0.000 NA   NA
 11810081 5471397   trd_0029     FALSE NA 4058.000 0.000 NA   NA
 11525327 5471397   trd_0029     FALSE NA 4088.000 0.000 NA   NA
 11667690 5471397   trd_0029     FALSE NA 4088.000 0.000 NA   NA
 11810082 5471397   trd_0029     FALSE NA 4088.000 0.000 NA   NA
 11525328 5471397   trd_0029     FALSE NA 4123.000 0.000 NA   NA
 11667691 5471397   trd_0029     FALSE NA 4123.000 0.000 NA   NA
 11810083 5471397   trd_0029     FALSE NA 4123.000 0.000 NA   NA
 11525329 5471397   trd_0029     FALSE NA 4153.000 0.000 NA   NA
 11667692 5471397   trd_0029     FALSE NA 4153.000 0.000 NA   NA
 11810084 5471397   trd_0029     FALSE NA 4153.000 0.000 NA   NA
 11525330 5471397   trd_0029     FALSE NA 4189.000 0.000 NA   NA
 11667693 5471397   trd_0029     FALSE NA 4189.000 0.000 NA   NA
 11810085 5471397   trd_0029     FALSE NA 4189.000 0.000 NA   NA
 11525331 5471397   trd_0029     FALSE NA 4219.000 0.000 NA   NA
 11667694 5471397   trd_0029     FALSE NA 4219.000 0.000 NA   NA
 11810086 5471397   trd_0029     FALSE NA 4219.000 0.000 NA   NA
 11525332 5471397   trd_0029     FALSE NA 4255.000 0.000 NA   NA
 11667695 5471397   trd_0029     FALSE NA 4255.000 0.000 NA   NA
 11810087 5471397   trd_0029     FALSE NA 4255.000 0.000 NA   NA
 11525333 5471397   trd_0029     FALSE NA 4285.000 0.000 NA   NA
 11667696 5471397   trd_0029     FALSE NA 4285.000 0.000 NA   NA
 11810088 5471397   trd_0029     FALSE NA 4285.000 0.000 NA   NA
 11525334 5471397   trd_0029     FALSE NA 4323.000 0.000 NA   NA
 11667697 5471397   trd_0029     FALSE NA 4323.000 0.000 NA   NA
 11810089 5471397   trd_0029     FALSE NA 4323.000 0.000 NA   NA
 11525335 5471397   trd_0029     FALSE NA 4353.000 0.000 NA   NA
 11667698 5471397   trd_0029     FALSE NA 4353.000 0.000 NA   NA
 11810090 5471397   trd_0029     FALSE NA 4353.000 0.000 NA   NA
 11525336 5471397   trd_0029     FALSE NA 4388.000 0.000 NA   NA
 11667699 5471397   trd_0029     FALSE NA 4388.000 0.000 NA   NA
 11810091 5471397   trd_0029     FALSE NA 4388.000 0.000 NA   NA
 11525337 5471397   trd_0029     FALSE NA 4418.000 0.000 NA   NA
 11667700 5471397   trd_0029     FALSE NA 4418.000 0.000 NA   NA
 11810092 5471397   trd_0029     FALSE NA 4418.000 0.000 NA   NA
 11525338 5471397   trd_0029     FALSE NA 4454.000 0.000 NA   NA
 11667701 5471397   trd_0029     FALSE NA 4454.000 0.000 NA   NA
 11810093 5471397   trd_0029     FALSE NA 4454.000 0.000 NA   NA
 11525339 5471397   trd_0029     FALSE NA 4484.000 0.000 NA   NA
 11667702 5471397   trd_0029     FALSE NA 4484.000 0.000 NA   NA
 11810094 5471397   trd_0029     FALSE NA 4484.000 0.000 NA   NA
 11525340 5471397   trd_0029     FALSE NA 4521.000 0.000 NA   NA
 11667703 5471397   trd_0029     FALSE NA 4521.000 0.000 NA   NA
 11810095 5471397   trd_0029     FALSE NA 4521.000 0.000 NA   NA
 11525341 5471397   trd_0029     FALSE NA 4551.000 0.000 NA   NA
 11667704 5471397   trd_0029     FALSE NA 4551.000 0.000 NA   NA
 11810096 5471397   trd_0029     FALSE NA 4551.000 0.000 NA   NA
 11525342 5471397   trd_0029     FALSE NA 4588.000 0.000 NA   NA
 11667705 5471397   trd_0029     FALSE NA 4588.000 0.000 NA   NA
 11810097 5471397   trd_0029     FALSE NA 4588.000 0.000 NA   NA
 11525343 5471397   trd_0029     FALSE NA 4618.000 0.000 NA   NA
 11667706 5471397   trd_0029     FALSE NA 4618.000 0.000 NA   NA
 11810098 5471397   trd_0029     FALSE NA 4618.000 0.000 NA   NA
 11525344 5471397   trd_0029     FALSE NA 4657.000 0.000 NA   NA
 11667707 5471397   trd_0029     FALSE NA 4657.000 0.000 NA   NA
 11810099 5471397   trd_0029     FALSE NA 4657.000 0.000 NA   NA
 11525345 5471397   trd_0029     FALSE NA 4687.000 0.000 NA   NA
 11667708 5471397   trd_0029     FALSE NA 4687.000 0.000 NA   NA
 11810100 5471397   trd_0029     FALSE NA 4687.000 0.000 NA   NA
 11525346 5471397   trd_0029     FALSE NA 4724.000 0.000 NA   NA
 11667709 5471397   trd_0029     FALSE NA 4724.000 0.000 NA   NA
 11810101 5471397   trd_0029     FALSE NA 4724.000 0.000 NA   NA
 11525347 5471397   trd_0029     FALSE NA 4754.000 0.000 NA   NA
 11667710 5471397   trd_0029     FALSE NA 4754.000 0.000 NA   NA
 11810102 5471397   trd_0029     FALSE NA 4754.000 0.000 NA   NA
 11525348 5471397   trd_0029     FALSE NA 4790.000 0.000 NA   NA
 11667711 5471397   trd_0029     FALSE NA 4790.000 0.000 NA   NA
 11810103 5471397   trd_0029     FALSE NA 4790.000 0.000 NA   NA
 11525349 5471397   trd_0029     FALSE NA 4820.000 0.000 NA   NA
 11667712 5471397   trd_0029     FALSE NA 4820.000 0.000 NA   NA
 11810104 5471397   trd_0029     FALSE NA 4820.000 0.000 NA   NA
 11525350 5471397   trd_0029     FALSE NA 4857.000 0.000 NA   NA
 11667713 5471397   trd_0029     FALSE NA 4857.000 0.000 NA   NA
 11810105 5471397   trd_0029     FALSE NA 4857.000 0.000 NA   NA
 11525351 5471397   trd_0029     FALSE NA 4887.000 0.000 NA   NA
 11667714 5471397   trd_0029     FALSE NA 4887.000 0.000 NA   NA
 11810106 5471397   trd_0029     FALSE NA 4887.000 0.000 NA   NA
 11525352 5471397   trd_0029     FALSE NA 4924.000 0.000 NA   NA
 11667715 5471397   trd_0029     FALSE NA 4924.000 0.000 NA   NA
 11810107 5471397   trd_0029     FALSE NA 4924.000 0.000 NA   NA
 11525353 5471397   trd_0029     FALSE NA 4954.000 0.000 NA   NA
 11667716 5471397   trd_0029     FALSE NA 4954.000 0.000 NA   NA
 11810108 5471397   trd_0029     FALSE NA 4954.000 0.000 NA   NA
 11525354 5471397   trd_0029     FALSE NA 4990.000 0.000 NA   NA
 11667717 5471397   trd_0029     FALSE NA 4990.000 0.000 NA   NA
 11810109 5471397   trd_0029     FALSE NA 4990.000 0.000 NA   NA
 11525355 5471397   trd_0029     FALSE NA 5020.000 0.000 NA   NA
 11667718 5471397   trd_0029     FALSE NA 5020.000 0.000 NA   NA
 11810110 5471397   trd_0029     FALSE NA 5020.000 0.000 NA   NA
 11525356 5471397   trd_0029     FALSE NA 5056.000 0.000 NA   NA
 11667719 5471397   trd_0029     FALSE NA 5056.000 0.000 NA   NA
 11810111 5471397   trd_0029     FALSE NA 5056.000 0.000 NA   NA
 11525357 5471397   trd_0029     FALSE NA 5086.000 0.000 NA   NA
 11667720 5471397   trd_0029     FALSE NA 5086.000 0.000 NA   NA
 11810112 5471397   trd_0029     FALSE NA 5086.000 0.000 NA   NA
 11525358 5471397   trd_0029     FALSE NA 5123.000 0.000 NA   NA
 11667721 5471397   trd_0029     FALSE NA 5123.000 0.000 NA   NA
 11810113 5471397   trd_0029     FALSE NA 5123.000 0.000 NA   NA
 11525359 5471397   trd_0029     FALSE NA 5153.000 0.000 NA   NA
 11667722 5471397   trd_0029     FALSE NA 5153.000 0.000 NA   NA
 11810114 5471397   trd_0029     FALSE NA 5153.000 0.000 NA   NA
 11525360 5471397   trd_0029     FALSE NA 5189.000 0.000 NA   NA
 11667723 5471397   trd_0029     FALSE NA 5189.000 0.000 NA   NA
 11810115 5471397   trd_0029     FALSE NA 5189.000 0.000 NA   NA
 11525361 5471397   trd_0029     FALSE NA 5219.000 0.000 NA   NA
 11667724 5471397   trd_0029     FALSE NA 5219.000 0.000 NA   NA
 11810116 5471397   trd_0029     FALSE NA 5219.000 0.000 NA   NA
 11525362 5471397   trd_0029     FALSE NA 5255.000 0.000 NA   NA
 11667725 5471397   trd_0029     FALSE NA 5255.000 0.000 NA   NA
 11810117 5471397   trd_0029     FALSE NA 5255.000 0.000 NA   NA
 11525363 5471397   trd_0029     FALSE NA 5285.000 0.000 NA   NA
 11667726 5471397   trd_0029     FALSE NA 5285.000 0.000 NA   NA
 11810118 5471397   trd_0029     FALSE NA 5285.000 0.000 NA   NA
 11525364 5471397   trd_0029     FALSE NA 5319.000 0.000 NA   NA
 11667727 5471397   trd_0029     FALSE NA 5319.000 0.000 NA   NA
 11810119 5471397   trd_0029     FALSE NA 5319.000 0.000 NA   NA
 11525365 5471397   trd_0029     FALSE NA 5349.000 0.000 NA   NA
 11667728 5471397   trd_0029     FALSE NA 5349.000 0.000 NA   NA
 11810120 5471397   trd_0029     FALSE NA 5349.000 0.000 NA   NA
 11525366 5471397   trd_0029     FALSE NA 5385.000 0.000 NA   NA
 11667729 5471397   trd_0029     FALSE NA 5385.000 0.000 NA   NA
 11810121 5471397   trd_0029     FALSE NA 5385.000 0.000 NA   NA
 5471398 5471399 trd_0031 trd_0032     TRUE 0.949 5.000 0.005 1.000 N NA
 5471399 5471400 trd_0032 trd_0033     TRUE 0.878 42.000 0.020 1.000   NA
 5471400 5471401 trd_0033 trd_0035     TRUE 0.949 7.000 0.005 1.000   NA
 5471405 5471406 trd_0038 trd_0039     FALSE 0.013 279.000 0.000 NA   NA
 5471406 5471407 trd_0039 trd_0040     TRUE 0.763 2.000 0.000 1.000   NA
 5471407 5471408 trd_0040 trd_0041     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471408 5471409 trd_0041 trd_0042     TRUE 0.965 34.000 0.333 1.000 N NA
 5471409 5471410 trd_0042 trd_0043     TRUE 0.990 19.000 0.074 0.013 Y NA
 5471410 5471411 trd_0043 trd_0044     TRUE 0.994 -3.000 0.029 0.010 Y NA
 5471411 5471412 trd_0044 trd_0045     FALSE 0.285 65.000 0.000 1.000   NA
 5471412 5471413 trd_0045 trd_0046     FALSE 0.018 232.000 0.000 NA   NA
 5471414 5471415 trd_0047 trd_0048     FALSE 0.077 154.000 0.000 1.000   NA
 5471416 5471417 trd_0049 trd_0050     FALSE 0.300 33.000 0.000 NA   NA
 5471417 5471418 trd_0050 trd_0051     FALSE 0.440 -28.000 0.000 NA   NA
 5471418 5471419 trd_0051 trd_0052     FALSE 0.004 642.000 0.000 NA   NA
 5471420 5471421 trd_0053 trd_0054     FALSE 0.051 134.000 0.000 NA   NA
 5471422 5471423 trd_0055 trd_0056 mraZ mraW TRUE 0.981 20.000 0.635 NA   NA
 5471423 5471424 trd_0056 trd_0057 mraW   TRUE 0.929 -10.000 0.003 1.000   NA
 5471424 5471425 trd_0057 trd_0058     TRUE 0.972 -3.000 0.020 1.000   NA
 5471425 5471426 trd_0058 trd_0059     TRUE 0.990 -3.000 0.052 1.000 Y NA
 5471426 5471427 trd_0059 trd_0060   mraY TRUE 0.992 -3.000 0.007 0.005 Y NA
 5471427 5471428 trd_0060 trd_0061 mraY murD TRUE 0.997 16.000 0.647 0.005 Y NA
 5471428 5471429 trd_0061 trd_0062 murD ftsW TRUE 0.982 0.000 0.003 0.003 N NA
 5471429 5471430 trd_0062 trd_0063 ftsW murC TRUE 0.979 -3.000 0.002 0.003 N NA
 5471430 5471431 trd_0063 trd_0064 murC murB TRUE 0.994 -22.000 0.136 0.005 Y NA
 5471431 5471432 trd_0064 trd_0065 murB   TRUE 0.993 4.000 0.020 0.005 Y NA
 5471432 5471433 trd_0065 trd_0066     TRUE 0.981 -3.000 0.013 NA Y NA
 5471433 5471434 trd_0066 trd_0067     FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5471434 5471435 trd_0067 trd_0068   ftsZ TRUE 0.576 6.000 0.000 NA   NA
 5471435 5471436 trd_0068 trd_0069 ftsZ nrdR TRUE 0.910 19.000 0.013 NA N NA
 5471436 5471437 trd_0069 trd_0070 nrdR   TRUE 0.856 -42.000 0.003 NA   NA
 5471439 5471440 trd_0072 trd_0073     TRUE 0.535 24.000 0.000 1.000   NA
 5471442 5471443 trd_0075 trd_0076     FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 5471443 5471444 trd_0076 trd_0077     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5471447 5471448 trd_0079 trd_0081     FALSE 0.357 50.000 0.000 1.000 N NA
 5471448 5471449 trd_0081 trd_0082     FALSE 0.011 503.000 0.000 1.000 N NA
 5471449 5471450 trd_0082 trd_0083     FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5471451 5471452 trd_0084 trd_0086 recG   FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5471453 5471454 trd_0085 trd_0087     TRUE 0.721 7.000 0.000 1.000   NA
 5471454 5471455 trd_0087 trd_0088     TRUE 0.944 -12.000 0.000 0.019 Y NA
 5471457 5471458 trd_0090 trd_0091   prfA TRUE 0.985 9.000 0.040 1.000 Y NA
 5471458 5471459 trd_0091 trd_0092 prfA   TRUE 0.921 -3.000 0.002 NA   NA
 5471459 5471460 trd_0092 trd_0093     TRUE 0.945 -3.000 0.005 NA   NA
 5471461 5471462 trd_0094 trd_0095     FALSE 0.214 52.000 0.000 NA   NA
 5471462 5471463 trd_0095 trd_0096     TRUE 0.931 13.000 0.006 1.000 N NA
 5471463 5471464 trd_0096 trd_0097   coaD TRUE 0.947 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5471464 5471465 trd_0097 trd_0098 coaD   TRUE 0.947 5.000 0.008 NA   NA
 5471466 5471467 trd_0099 trd_0100     TRUE 0.624 1.000 0.000 NA   NA
 5471467 5471468 trd_0100 trd_0101     FALSE 0.390 22.000 0.000 NA   NA
 5471469 5471470 trd_0102 trd_0103 trpE   TRUE 0.996 -3.000 0.032 0.001 Y NA
 5471470 5471471 trd_0103 trd_0104   trpD TRUE 0.984 -3.000 0.010 1.000 Y NA
 5471471 5471472 trd_0104 trd_0105 trpD trpC TRUE 0.994 -3.000 0.216 1.000 Y NA
 5471472 5471473 trd_0105 trd_0106 trpC trpF TRUE 0.991 -15.000 0.264 1.000 Y NA
 5471473 5471474 trd_0106 trd_0107 trpF trpB TRUE 0.992 -3.000 0.003 0.001 Y NA
 5471474 5471475 trd_0107 trd_0108 trpB trpA TRUE 0.994 0.000 0.011 0.001 Y NA
 5471475 5471476 trd_0108 trd_0109 trpA aroH TRUE 0.974 7.000 0.004 1.000 Y NA
 5471476 5471477 trd_0109 trd_0110 aroH aroF TRUE 0.989 -3.000 0.042 1.000 Y NA
 5471477 5471478 trd_0110 trd_0112 aroF   TRUE 0.966 9.000 0.002 1.000 Y NA
 5471479 5471480 trd_0111 trd_0113 rimM   TRUE 0.979 -37.000 0.324 1.000   NA
 5471480 5471481 trd_0113 trd_0114   rpsP TRUE 0.985 13.000 0.385 1.000   NA
 5471481 5471482 trd_0114 trd_0115 rpsP   FALSE 0.006 475.000 0.000 NA   NA
 5471482 5471483 trd_0115 trd_0116     FALSE 0.008 367.000 0.000 NA   NA
 5471483 5471484 trd_0116 trd_0117     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5471484 5471485 trd_0117 trd_0118     TRUE 0.593 18.000 0.000 1.000   NA
 5471485 5471486 trd_0118 trd_0119     FALSE 0.014 404.000 0.000 1.000   NA
 5471486 5471487 trd_0119 trd_0120     TRUE 0.716 39.000 0.000 1.000 Y NA
 5471487 5471488 trd_0120 trd_0121     TRUE 0.619 47.000 0.000 0.050 N NA
 5471488 5471489 trd_0121 trd_0122     FALSE 0.110 89.000 0.000 NA   NA
 5471489 5471490 trd_0122 trd_0123     FALSE 0.038 158.000 0.000 NA   NA
 5471490 5471491 trd_0123 trd_0124     FALSE 0.272 39.000 0.000 NA   NA
 5471492 5471493 trd_0125 trd_0126     FALSE 0.012 307.000 0.000 NA   NA
 5471496 5471497 trd_0129 trd_0130     FALSE 0.342 53.000 0.000 1.000   NA
 5471497 5471498 trd_0130 trd_0131     FALSE 0.268 40.000 0.000 NA   NA
 5471498 5471499 trd_0131 trd_0132     TRUE 0.991 0.000 0.541 NA   NA
 5471499 5471500 trd_0132 trd_0133     TRUE 0.763 2.000 0.000 1.000   NA
 5471500 5471501 trd_0133 trd_0134     TRUE 0.990 -3.000 0.433 NA   NA
 5471501 5471502 trd_0134 trd_0135     FALSE 0.083 105.000 0.000 NA   NA
 5471502 5471503 trd_0135 trd_0136     TRUE 0.788 52.000 0.000 0.044 Y NA
 5471503 5471504 trd_0136 trd_0137     TRUE 0.957 2.000 0.000 0.044 Y NA
 5471504 5471505 trd_0137 trd_0138     FALSE 0.004 608.000 0.000 NA   NA
 5471505 5471506 trd_0138 trd_0139     FALSE 0.089 101.000 0.000 NA   NA
 5471506 5471507 trd_0139 trd_0140     FALSE 0.056 127.000 0.000 NA   NA
 5471507 5471508 trd_0140 trd_0141     TRUE 0.885 10.000 0.000 0.017   NA
 5471508 5471509 trd_0141 trd_0142     FALSE 0.030 253.000 0.000 1.000   NA
 5471509 5471510 trd_0142 trd_0143     TRUE 0.976 17.000 0.222 1.000 N NA
 5471510 5471511 trd_0143 trd_0144     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.002 Y NA
 5471511 5471512 trd_0144 trd_0145     TRUE 0.990 -7.000 0.750 NA   NA
 5471512 5471513 trd_0145 trd_0146     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471513 5471514 trd_0146 trd_0147     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471514 5471515 trd_0147 trd_0148     TRUE 0.993 5.000 0.171 1.000 Y NA
 5471515 5471516 trd_0148 trd_0149     TRUE 0.997 16.000 0.800 0.013 Y NA
 5471516 5471517 trd_0149 trd_0150     TRUE 0.994 -3.000 0.207 1.000 Y NA
 5471517 5471518 trd_0150 trd_0151     TRUE 0.979 13.000 0.200 1.000   NA
 5471518 5471519 trd_0151 trd_0152     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5471519 5471520 trd_0152 trd_0153     FALSE 0.204 54.000 0.000 NA   NA
 5471520 5471521 trd_0153 trd_0154     TRUE 0.996 11.000 0.567 0.001   NA
 5471521 5471522 trd_0154 trd_0155     TRUE 0.999 -3.000 0.526 0.001 Y NA
 5471522 5471523 trd_0155 trd_0156     TRUE 0.758 3.000 0.000 1.000   NA
 5471523 5471524 trd_0156 trd_0157     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471524 5471525 trd_0157 trd_0158     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471525 5471526 trd_0158 trd_0159     FALSE 0.390 22.000 0.000 NA   NA
 5471526 5471527 trd_0159 trd_0160     FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5471527 5471528 trd_0160 trd_0161     FALSE 0.013 281.000 0.000 NA   NA
 5471530 5471531 trd_0163 trd_0164     FALSE 0.337 54.000 0.000 1.000   NA
 5471532 5471533 trd_0165 trd_0166   argH TRUE 0.939 -3.000 0.003 NA   NA
 5471533 5471534 trd_0166 trd_0167 argH argA TRUE 0.945 -3.000 0.002 1.000   NA
 5471534 5471535 trd_0167 trd_0168 argA lipA TRUE 0.769 0.000 0.000 1.000   NA
 5471535 5471536 trd_0168 trd_0170 lipA lipB TRUE 0.998 6.000 0.319 0.001 Y NA
 5471538 5471539 trd_0171 trd_0172   thiL TRUE 0.951 -3.000 0.003 1.000 N NA
 5471539 5471540 trd_0172 trd_0173 thiL   FALSE 0.315 57.000 0.000 1.000 N NA
 5471540 5471541 trd_0173 trd_0174     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471541 5471542 trd_0174 trd_0175     TRUE 0.849 -37.000 0.002 NA   NA
 5471542 5471543 trd_0175 trd_0176     TRUE 0.973 -22.000 0.127 1.000   NA
 5471543 5471544 trd_0176 trd_0177     TRUE 0.983 -3.000 0.090 1.000   NA
 5471544 5471545 trd_0177 trd_0178     TRUE 0.935 4.000 0.002 1.000 N NA
 5471545 5471546 trd_0178 trd_0179     TRUE 0.619 -3.000 0.000 NA N NA
 5471546 5471547 trd_0179 trd_0180   hisH TRUE 0.961 15.000 0.100 NA N NA
 5471547 5471548 trd_0180 trd_0181 hisH hisA TRUE 0.969 -3.000 0.000 0.004 Y NA
 5471548 5471549 trd_0181 trd_0182 hisA   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471549 5471550 trd_0182 trd_0183   hisF TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471550 5471551 trd_0183 trd_0184 hisF   FALSE 0.018 226.000 0.000 NA N NA
 5471552 5471553 trd_0185 trd_0186     FALSE 0.027 190.000 0.000 NA   NA
 5471553 5471554 trd_0186 trd_0187     FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5471554 5471555 trd_0187 trd_0188   recA TRUE 0.615 45.000 0.000 0.095 N NA
 5471555 5471556 trd_0188 trd_0189 recA   FALSE 0.494 86.000 0.002 NA   NA
 5471556 5471557 trd_0189 trd_0190     TRUE 0.974 -3.000 0.054 NA   NA
 5471557 5471558 trd_0190 trd_0191     TRUE 0.993 -3.000 0.541 1.000   NA
 5471558 5471559 trd_0191 trd_0192     TRUE 0.983 -3.000 0.138 NA   NA
 5471559 5471560 trd_0192 trd_0193     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471560 5471561 trd_0193 trd_0194     FALSE 0.008 688.000 0.000 1.000   NA
 5471561 5471562 trd_0194 trd_0195     FALSE 0.086 140.000 0.000 1.000 N NA
 5471562 5471563 trd_0195 trd_0196   recO TRUE 0.588 -37.000 0.000 1.000 N NA
 5471563 5471564 trd_0196 trd_0197 recO   TRUE 0.946 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5471566 5471567 trd_0198 trd_0200     FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5471567 5471568 trd_0200 trd_0201   tmk TRUE 0.954 -3.000 0.008 NA   NA
 5471568 5471569 trd_0201 trd_0202 tmk   TRUE 0.971 -3.000 0.018 1.000   NA
 5471569 5471570 trd_0202 trd_0203     TRUE 0.761 59.000 0.012 NA   NA
 5471570 5471571 trd_0203 trd_0204   recR TRUE 0.774 31.000 0.002 NA   NA
 5471571 5471572 trd_0204 trd_0205 recR   TRUE 0.598 80.000 0.002 1.000 N NA
 5471572 5471573 trd_0205 trd_0206     FALSE 0.357 50.000 0.000 1.000 N NA
 5471573 5471574 trd_0206 trd_0207     TRUE 0.920 -163.000 0.000 0.005 Y NA
 5471574 5471575 trd_0207 trd_0208     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471577 5471578 trd_0209 trd_0211 pyrE   TRUE 0.932 -24.000 0.008 1.000 N NA
 5471578 5471579 trd_0211 trd_0212   carB TRUE 0.962 10.000 0.024 1.000 N NA
 5471579 5471580 trd_0212 trd_0213 carB carA TRUE 0.998 3.000 0.250 0.001 Y NA
 5471580 5471581 trd_0213 trd_0214 carA   TRUE 0.960 -91.000 0.009 1.000 Y NA
 5471581 5471582 trd_0214 trd_0215   maf FALSE 0.007 406.000 0.000 NA N NA
 5471582 5471583 trd_0215 trd_0216 maf rumA TRUE 0.951 -3.000 0.007 NA N NA
 5471584 5471585 trd_0217 trd_0218   speE TRUE 0.980 -7.000 0.017 1.000 Y NA
 5471586 5471587 trd_0219 trd_0220     FALSE 0.137 111.000 0.000 1.000   NA
 5471587 5471588 trd_0220 trd_0221     TRUE 0.988 -7.000 0.133 0.072 N NA
 5471589 5471590 trd_0222 trd_0223     FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5471591 5471592 trd_0224 trd_0225     TRUE 0.546 23.000 0.000 1.000   NA
 5471592 5471593 trd_0225 trd_0226   trmD TRUE 0.664 -13.000 0.000 1.000   NA
 5471593 5471594 trd_0226 trd_0227 trmD   TRUE 0.698 57.000 0.002 1.000   NA
 5471594 5471595 trd_0227 trd_0228     FALSE 0.028 189.000 0.000 NA   NA
 5471596 5471597 trd_0229 trd_0230 rfbB   TRUE 0.982 -3.000 0.065 1.000   NA
 5471597 5471598 trd_0230 trd_0231     FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5471598 5471599 trd_0231 trd_0232     FALSE 0.521 -10.000 0.000 NA   NA
 5471599 5471600 trd_0232 trd_0233     FALSE 0.495 27.000 0.000 1.000 N NA
 5471600 5471601 trd_0233 trd_0234   aroC TRUE 0.725 6.000 0.000 1.000 N NA
 5471602 5471603 trd_0235 trd_0236 aroA   TRUE 0.908 11.000 0.002 1.000 N NA
 5471603 5471604 trd_0236 trd_0237     TRUE 0.554 22.000 0.000 1.000 N NA
 5471605 5471606 trd_0238 trd_0239 smpB   FALSE 0.028 185.000 0.000 NA   NA
 5471607 5471608 trd_0240 trd_0241     FALSE 0.135 78.000 0.000 NA   NA
 5471608 5471609 trd_0241 trd_0242     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471609 5471610 trd_0242 trd_0243     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471610 5471611 trd_0243 trd_0244     FALSE 0.091 100.000 0.000 NA   NA
 5471611 5471612 trd_0244 trd_0245     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471612 5471613 trd_0245 trd_0246     TRUE 0.608 -28.000 0.000 1.000   NA
 5471613 5471614 trd_0246 trd_0247     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471614 5471615 trd_0247 trd_0248     FALSE 0.466 14.000 0.000 NA   NA
 5471615 5471616 trd_0248 trd_0249     TRUE 0.574 20.000 0.000 1.000 N NA
 5471616 5471617 trd_0249 trd_0250     TRUE 0.996 11.000 0.425 0.043 Y NA
 5471617 5471618 trd_0250 trd_0251     TRUE 0.992 23.000 0.250 0.043 Y NA
 5471618 5471619 trd_0251 trd_0252     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5471621 5471622 trd_0254 trd_0255     FALSE 0.004 616.000 0.000 NA   NA
 5471622 5471623 trd_0255 trd_0256     TRUE 0.567 7.000 0.000 NA   NA
 5471626 5471627 trd_0259 trd_0260     FALSE 0.009 356.000 0.000 NA   NA
 5471627 5471628 trd_0260 trd_0261     TRUE 0.992 10.000 0.027 0.010 Y NA
 5471628 5471629 trd_0261 trd_0262     TRUE 0.982 22.000 0.027 0.041 Y NA
 5471629 5471630 trd_0262 trd_0263     FALSE 0.419 40.000 0.000 1.000   NA
 5471630 5471631 trd_0263 trd_0264     TRUE 0.758 3.000 0.000 1.000   NA
 5471632 5471633 trd_0265 trd_0266     TRUE 0.903 17.000 0.008 NA   NA
 5471634 5471635 trd_0267 trd_0268     TRUE 0.771 100.000 0.077 1.000 N NA
 5471637 5471638 trd_0270 trd_0271     FALSE 0.048 137.000 0.000 NA   NA
 5471638 5471639 trd_0271 trd_0272     FALSE 0.250 44.000 0.000 NA   NA
 5471639 5471640 trd_0272 trd_0273     TRUE 0.990 7.000 0.095 1.000 Y NA
 5471640 5471641 trd_0273 trd_0274     TRUE 0.544 9.000 0.000 NA   NA
 5471641 5471642 trd_0274 trd_0275     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5471642 5471643 trd_0275 trd_0276     FALSE 0.137 77.000 0.000 NA   NA
 5471644 5471645 trd_0277 trd_0278     FALSE 0.152 70.000 0.000 NA   NA
 5471647 5471648 trd_0280 trd_0281     TRUE 0.769 0.000 0.000 1.000   NA
 5471648 5471649 trd_0281 trd_0282     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471654 5471655 trd_0287 trd_0288     FALSE 0.237 46.000 0.000 NA   NA
 5471655 5471656 trd_0288 trd_0289     FALSE 0.388 -213.000 0.000 NA   NA
 5471658 5471659 trd_0291 trd_0292     FALSE 0.112 88.000 0.000 NA   NA
 5471660 5471661 trd_0293 trd_0294     FALSE 0.139 76.000 0.000 NA   NA
 5471661 5471662 trd_0294 trd_0295     FALSE 0.120 83.000 0.000 NA   NA
 5471662 5471663 trd_0295 trd_0296     FALSE 0.447 -26.000 0.000 NA   NA
 5471663 5471664 trd_0296 trd_0297     FALSE 0.013 285.000 0.000 NA   NA
 5471664 5471665 trd_0297 trd_0298     TRUE 0.906 18.000 0.000 0.070 Y NA
 5471665 5471666 trd_0298 trd_0299     FALSE 0.008 386.000 0.000 NA   NA
 5471666 5471667 trd_0299 trd_0300     FALSE 0.461 -22.000 0.000 NA   NA
 5471667 5471668 trd_0300 trd_0301     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471668 5471669 trd_0301 trd_0302     FALSE 0.196 56.000 0.000 NA   NA
 5471669 5471670 trd_0302 trd_0303     TRUE 0.928 12.000 0.000 0.070 Y NA
 5471671 5471672 trd_0304 trd_0305     FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 5471672 5471673 trd_0305 trd_0306   ppdK TRUE 0.817 67.000 0.005 0.093 N NA
 5471673 5471674 trd_0306 trd_0307 ppdK   FALSE 0.016 238.000 0.000 NA N NA
 5471675 5471676 trd_0308 trd_0309     FALSE 0.031 247.000 0.000 1.000 N NA
 5471678 5471679 trd_0310 trd_0312     FALSE 0.059 124.000 0.000 NA   NA
 5471680 5471681 trd_0313 trd_0314     FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5471681 5471682 trd_0314 trd_0315     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5471682 5471683 trd_0315 trd_0316     FALSE 0.037 161.000 0.000 NA   NA
 5471683 5471684 trd_0316 trd_0317     FALSE 0.027 675.000 0.000 1.000 Y NA
 5471684 5471685 trd_0317 trd_0318     TRUE 0.996 -3.000 0.393 1.000 Y NA
 5471685 5471686 trd_0318 trd_0319     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471687 5471688 trd_0320 trd_0321     FALSE 0.008 370.000 0.000 NA   NA
 5471688 5471689 trd_0321 trd_0322     FALSE 0.052 132.000 0.000 NA   NA
 5471689 5471690 trd_0322 trd_0323     TRUE 0.674 157.000 0.200 1.000   NA
 5471690 5471691 trd_0323 trd_0324     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471691 5471692 trd_0324 trd_0325     FALSE 0.161 67.000 0.000 NA   NA
 5471692 5471693 trd_0325 trd_0326     FALSE 0.257 42.000 0.000 NA   NA
 5471693 5471694 trd_0326 trd_0327     FALSE 0.476 -18.000 0.000 NA   NA
 5471696 5471697 trd_0329 trd_0330     TRUE 0.899 13.000 0.004 NA   NA
 5471697 5471698 trd_0330 trd_0331   nadB TRUE 0.999 2.000 0.604 0.002 Y NA
 5471698 5471699 trd_0331 trd_0332 nadB   TRUE 0.999 4.000 0.705 0.002 Y NA
 5471699 5471700 trd_0332 trd_0333     TRUE 0.994 19.000 0.157 0.001 Y NA
 5471701 5471702 trd_0334 trd_0335     TRUE 0.880 27.000 0.006 1.000 N NA
 5471702 5471703 trd_0335 trd_0336   glpX TRUE 0.928 -19.000 0.006 1.000 N NA
 5471703 5471704 trd_0336 trd_0337 glpX rho FALSE 0.020 325.000 0.000 1.000 N NA
 5471704 5471705 trd_0337 trd_0338 rho   FALSE 0.268 40.000 0.000 NA   NA
 5471707 5471708 trd_0340 trd_0342     TRUE 0.897 24.000 0.017 NA   NA
 5471709 5471710 trd_0341 trd_0343   prmA TRUE 0.965 -3.000 0.021 NA   NA
 5471710 5471711 trd_0343 trd_0344 prmA   TRUE 0.973 5.000 0.003 1.000 Y NA
 5471711 5471712 trd_0344 trd_0345     FALSE 0.032 175.000 0.000 NA   NA
 5471713 5471714 trd_0346 trd_0347   coaBC TRUE 0.860 -22.000 0.002 NA   NA
 5471714 5471715 trd_0347 trd_0348 coaBC   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471715 5471716 trd_0348 trd_0349     FALSE 0.054 129.000 0.000 NA   NA
 5471716 5471717 trd_0349 trd_0350     FALSE 0.226 49.000 0.000 NA   NA
 5471717 5471718 trd_0350 trd_0351     TRUE 0.967 -3.000 0.026 NA N NA
 5471719 5471720 trd_0352 trd_0353     TRUE 0.920 11.000 0.006 NA   NA
 5471721 5471722 trd_0354 trd_0355 miaB   TRUE 0.525 25.000 0.000 1.000   NA
 5471723 5471724 trd_0356 trd_0357     TRUE 0.803 42.000 0.007 NA   NA
 5471724 5471725 trd_0357 trd_0358   ggt FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5471725 5471726 trd_0358 trd_0359 ggt   TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5471727 5471728 trd_0360 trd_0361     FALSE 0.012 291.000 0.000 NA   NA
 5471730 5471731 trd_0363 trd_0364     FALSE 0.062 121.000 0.000 NA   NA
 5471731 5471732 trd_0364 trd_0365     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5471735 5471736 trd_0368 trd_0369 metX   FALSE 0.035 231.000 0.000 1.000   NA
 5471736 5471737 trd_0369 trd_0370     TRUE 0.986 1.000 0.125 1.000   NA
 5471737 5471738 trd_0370 trd_0371     FALSE 0.248 74.000 0.000 1.000   NA
 5471740 5471741 trd_0373 trd_0374     FALSE 0.099 131.000 0.000 1.000 N NA
 5471743 5471744 trd_0376 trd_0377     TRUE 0.984 -3.000 0.152 NA   NA
 5471744 5471745 trd_0377 trd_0378     TRUE 0.971 23.000 0.249 1.000 N NA
 5471745 5471746 trd_0378 trd_0379   sufD TRUE 0.983 -3.000 0.081 1.000 N NA
 5471746 5471747 trd_0379 trd_0380 sufD sufB TRUE 0.986 56.000 0.266 0.002 Y NA
 5471747 5471748 trd_0380 trd_0381 sufB sufC TRUE 0.986 30.000 0.466 1.000 Y NA
 5471748 5471749 trd_0381 trd_0382 sufC   TRUE 0.654 73.000 0.003 1.000 N NA
 5471751 5471752 trd_0383 trd_0385     FALSE 0.175 63.000 0.000 NA   NA
 5471752 5471753 trd_0385 trd_0386     TRUE 0.622 15.000 0.000 1.000   NA
 5471753 5471754 trd_0386 trd_0387     TRUE 0.832 43.000 0.006 1.000   NA
 5471754 5471755 trd_0387 trd_0388     TRUE 0.808 25.000 0.000 0.006   NA
 5471757 5471758 trd_0390 trd_0391     TRUE 0.766 0.000 0.000 1.000 N NA
 5471758 5471759 trd_0391 trd_0392     FALSE 0.317 187.000 0.000 0.018 Y NA
 5471760 5471761 trd_0393 trd_0394     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5471761 5471762 trd_0394 trd_0395     TRUE 0.986 60.000 0.636 0.042 Y NA
 5471762 5471763 trd_0395 trd_0396     TRUE 0.997 14.000 1.000 0.042 Y NA
 5471765 5471766 trd_0398 trd_0399 thiD thiG TRUE 0.986 -7.000 0.003 0.005 Y NA
 5471766 5471767 trd_0399 trd_0400 thiG thiE TRUE 0.949 11.000 0.000 0.005 Y NA
 5471767 5471768 trd_0400 trd_0401 thiE thiE TRUE 0.992 4.000 0.006 0.001 Y NA
 5471768 5471769 trd_0401 trd_0402 thiE thiS TRUE 0.987 -3.000 0.020 1.000 Y NA
 5471770 5471771 trd_0403 trd_0404     TRUE 0.736 5.000 0.000 1.000   NA
 5471772 5471773 trd_0405 trd_0406 secA   FALSE 0.056 311.000 0.000 0.070 N NA
 5471774 5471775 trd_0407 trd_0408     FALSE 0.152 70.000 0.000 NA   NA
 5471775 5471776 trd_0408 trd_0409     TRUE 0.972 3.000 0.045 NA   NA
 5471776 5471777 trd_0409 trd_0410     TRUE 0.978 12.000 0.250 NA   NA
 5471777 5471778 trd_0410 trd_0411     FALSE 0.229 48.000 0.000 NA   NA
 5471778 5471779 trd_0411 trd_0412     FALSE 0.012 307.000 0.000 NA   NA
 5471779 5471780 trd_0412 trd_0413   dapB FALSE 0.065 116.000 0.000 NA N NA
 5471780 5471781 trd_0413 trd_0414 dapB dapA TRUE 0.919 0.000 0.000 1.000 Y NA
 5471783 5471784 trd_0415 trd_0417     FALSE 0.074 111.000 0.000 NA   NA
 5471784 5471785 trd_0417 trd_0418     FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5471785 5471786 trd_0418 trd_0419     FALSE 0.123 82.000 0.000 NA   NA
 5471787 5471788 trd_0420 trd_0422   selA FALSE 0.219 51.000 0.000 NA   NA
 5471789 5471790 trd_0421 trd_0423     TRUE 0.976 5.000 0.056 1.000 N NA
 5471790 5471791 trd_0423 trd_0424     FALSE 0.099 131.000 0.000 1.000 N NA
 5471792 5471793 trd_0425 trd_0426     FALSE 0.413 -42.000 0.000 NA   NA
 5471793 5471794 trd_0426 trd_0427   uvrC TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471794 5471795 trd_0427 trd_0428 uvrC   TRUE 0.937 -3.000 0.003 NA N NA
 5471795 5471796 trd_0428 trd_0429     FALSE 0.113 86.000 0.000 NA N NA
 5471796 5471797 trd_0429 trd_0430     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471797 5471798 trd_0430 trd_0431     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471798 5471799 trd_0431 trd_0432     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5471799 5471800 trd_0432 trd_0433   rph TRUE 0.947 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5471801 5471802 trd_0434 trd_0435 hisB hisC TRUE 0.994 24.000 0.341 0.004 Y NA
 5471803 5471804 trd_0436 trd_0437     TRUE 0.763 1.000 0.000 1.000 N NA
 5471804 5471805 trd_0437 trd_0438   cmk TRUE 0.946 -76.000 0.042 1.000 N NA
 5471805 5471806 trd_0438 trd_0439 cmk   TRUE 0.895 -43.000 0.004 1.000 N NA
 5471808 5471809 trd_0441 trd_0442     FALSE 0.282 65.000 0.000 1.000 N NA
 5471809 5471810 trd_0442 trd_0443     TRUE 0.901 51.000 0.010 0.039 N NA
 5471810 5471811 trd_0443 trd_0444     TRUE 0.637 63.000 0.003 NA   NA
 5471811 5471812 trd_0444 trd_0445     TRUE 0.906 18.000 0.009 NA   NA
 5471812 5471813 trd_0445 trd_0446     FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5471815 5471816 trd_0448 trd_0449   aroF FALSE 0.017 356.000 0.000 1.000 N NA
 5471819 5471820 trd_0451 trd_0453     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5471820 5471821 trd_0453 trd_0454     FALSE 0.440 -28.000 0.000 NA   NA
 5471822 5471823 trd_0455 trd_0456     FALSE 0.106 92.000 0.000 NA   NA
 5471823 5471824 trd_0456 trd_0458     FALSE 0.257 42.000 0.000 NA   NA
 5471825 5471826 trd_0457 trd_0459     FALSE 0.160 102.000 0.000 1.000   NA
 5471827 5471828 trd_0460 trd_0461 recN   FALSE 0.182 61.000 0.000 NA   NA
 5471828 5471829 trd_0461 trd_0462     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5471830 5471831 trd_0463 trd_0464     FALSE 0.017 357.000 0.000 1.000   NA
 5471831 5471832 trd_0464 trd_0465     TRUE 0.958 24.000 0.182 NA   NA
 5471832 5471833 trd_0465 trd_0466     TRUE 0.967 34.000 0.545 NA   NA
 5471833 5471834 trd_0466 trd_0467     TRUE 0.851 46.000 0.028 NA   NA
 5471834 5471835 trd_0467 trd_0468     TRUE 0.895 30.000 0.028 NA   NA
 5471835 5471836 trd_0468 trd_0469     TRUE 0.981 37.000 0.500 NA Y NA
 5471836 5471837 trd_0469 trd_0470     TRUE 0.911 41.000 0.051 1.000   NA
 5471837 5471838 trd_0470 trd_0471     TRUE 0.801 59.000 0.026 NA   NA
 5471840 5471841 trd_0473 trd_0474     FALSE 0.029 184.000 0.000 NA   NA
 5471841 5471842 trd_0474 trd_0475     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5471843 5471844 trd_0476 trd_0477     TRUE 0.996 -3.000 0.049 0.001 Y NA
 5471844 5471845 trd_0477 trd_0478   rpiA TRUE 0.977 3.000 0.003 1.000 Y NA
 5471845 5471846 trd_0478 trd_0480 rpiA   FALSE 0.025 288.000 0.000 1.000   NA
 5471848 5471849 trd_0481 trd_0482     FALSE 0.026 192.000 0.000 NA   NA
 5471849 5471850 trd_0482 trd_0483     TRUE 0.998 -3.000 0.829 0.001   NA
 5471850 5471851 trd_0483 trd_0484     TRUE 0.997 -3.000 0.321 0.001   NA
 5471853 5471854 trd_0486 trd_0487     FALSE 0.135 78.000 0.000 NA   NA
 5471854 5471855 trd_0487 trd_0488     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5471855 5471856 trd_0488 trd_0489     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5471856 5471857 trd_0489 trd_0490     FALSE 0.009 343.000 0.000 NA   NA
 5471857 5471858 trd_0490 trd_0491     TRUE 0.957 -3.000 0.010 NA   NA
 5471859 5471860 trd_0492 trd_0493     FALSE 0.036 229.000 0.000 1.000   NA
 5471862 5471863 trd_0495 trd_0496 aceB   TRUE 0.787 109.000 0.020 1.000 Y NA
 5471865 5471866 trd_0498 trd_0499     FALSE 0.390 22.000 0.000 NA   NA
 5471867 5471868 trd_0500 trd_0501     FALSE 0.409 20.000 0.000 NA   NA
 5471868 5471869 trd_0501 trd_0502   ribD FALSE 0.028 262.000 0.000 1.000 N NA
 5471869 5471870 trd_0502 trd_0503 ribD ribE TRUE 0.996 -3.000 0.456 1.000 Y NA
 5471870 5471871 trd_0503 trd_0504 ribE   TRUE 0.984 -3.000 0.011 1.000 Y NA
 5471871 5471872 trd_0504 trd_0505   ribH TRUE 0.994 -3.000 0.010 0.002 Y NA
 5471872 5471873 trd_0505 trd_0506 ribH   FALSE 0.009 607.000 0.000 1.000 N NA
 5471874 5471875 trd_0507 trd_0508   selB TRUE 0.909 -25.000 0.008 NA   NA
 5471878 5471879 trd_0511 trd_0512     FALSE 0.022 208.000 0.000 NA   NA
 5471879 5471880 trd_0512 trd_0513     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5471880 5471881 trd_0513 trd_0514     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471881 5471882 trd_0514 trd_0515     TRUE 0.961 -10.000 0.051 NA   NA
 5471882 5471883 trd_0515 trd_0517     TRUE 0.969 24.000 0.222 1.000   NA
 5471885 5471886 trd_0518 trd_0519     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5471887 5471888 trd_0520 trd_0521     TRUE 0.985 16.000 0.024 0.041 Y NA
 5471888 5471889 trd_0521 trd_0522     TRUE 0.993 -3.000 0.030 0.041 Y NA
 5471889 5471890 trd_0522 trd_0523     TRUE 0.991 19.000 0.467 1.000 Y NA
 5471890 5471891 trd_0523 trd_0524     TRUE 0.891 2.000 0.000 0.090 N NA
 5471892 5471893 trd_0525 trd_0526     FALSE 0.141 75.000 0.000 NA   NA
 5471893 5471894 trd_0526 trd_0527     FALSE 0.253 72.000 0.000 1.000 N NA
 5471894 5471895 trd_0527 trd_0528     TRUE 0.993 10.000 1.000 1.000 N NA
 5471895 5471896 trd_0528 trd_0529     TRUE 0.846 56.000 0.000 0.001 Y NA
 5471896 5471897 trd_0529 trd_0530     TRUE 0.950 -25.000 0.056 NA   NA
 5471898 5471899 trd_0531 trd_0532   ureB TRUE 0.964 9.000 0.000 0.001 Y NA
 5471899 5471900 trd_0532 trd_0533 ureB ureA TRUE 0.974 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 5471900 5471901 trd_0533 trd_0534 ureA   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471901 5471902 trd_0534 trd_0535     FALSE 0.244 45.000 0.000 NA   NA
 5471903 5471904 trd_0536 trd_0537   rpsU FALSE 0.067 116.000 0.000 NA   NA
 5471904 5471905 trd_0537 trd_0538 rpsU   TRUE 0.760 63.000 0.016 NA   NA
 5471906 5471907 trd_0539 trd_0540     TRUE 0.792 16.000 0.000 NA Y NA
 5471908 5471909 trd_0541 trd_0542     FALSE 0.047 138.000 0.000 NA   NA
 5471909 5471910 trd_0542 trd_0543   argS TRUE 0.899 13.000 0.002 1.000 N NA
 5471911 5471912 trd_0544 trd_0545     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5471914 5471915 trd_0547 trd_0548     TRUE 0.764 22.000 0.000 0.089   NA
 5471915 5471916 trd_0548 trd_0549     FALSE 0.390 22.000 0.000 NA   NA
 5471916 5471917 trd_0549 trd_0550     FALSE 0.004 769.000 0.000 NA   NA
 5471917 5471918 trd_0550 trd_0551     FALSE 0.172 64.000 0.000 NA   NA
 5471918 5471919 trd_0551 trd_0552     FALSE 0.226 49.000 0.000 NA   NA
 5471919 5471920 trd_0552 trd_0553     FALSE 0.014 272.000 0.000 NA   NA
 5471920 5471921 trd_0553 trd_0554     FALSE 0.183 93.000 0.000 1.000 N NA
 5471922 5471923 trd_0555 trd_0556     FALSE 0.440 -28.000 0.000 NA   NA
 5471923 5471924 trd_0556 trd_0557     TRUE 0.978 4.000 0.100 NA   NA
 5471924 5471925 trd_0557 trd_0558     TRUE 0.995 -3.000 0.250 0.004   NA
 5471926 5471927 trd_0559 trd_0560     FALSE 0.020 223.000 0.000 NA   NA
 5471927 5471928 trd_0560 trd_0561   sucB TRUE 0.927 6.000 0.004 NA   NA
 5471928 5471929 trd_0561 trd_0562 sucB sucA TRUE 0.992 21.000 0.667 1.000 Y NA
 5471929 5471930 trd_0562 trd_0563 sucA   TRUE 0.521 76.000 0.000 1.000 Y NA
 5471931 5471932 trd_0564 trd_0565 mgtE   FALSE 0.325 56.000 0.000 1.000   NA
 5471932 5471933 trd_0565 trd_0566     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471933 5471934 trd_0566 trd_0568     FALSE 0.262 41.000 0.000 NA   NA
 5471935 5471936 trd_0567 trd_0569     TRUE 0.729 6.000 0.000 1.000   NA
 5471936 5471937 trd_0569 trd_0570     FALSE 0.010 339.000 0.000 NA   NA
 5471937 5471938 trd_0570 trd_0571   arcC FALSE 0.051 134.000 0.000 NA   NA
 5471938 5471939 trd_0571 trd_0572 arcC   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471939 5471940 trd_0572 trd_0573     TRUE 0.962 23.000 0.206 NA   NA
 5471940 5471941 trd_0573 trd_0575     FALSE 0.218 408.000 0.188 NA   NA
 5471942 5471943 trd_0576 trd_0577     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5471943 5471944 trd_0577 trd_0578     TRUE 0.968 -3.000 0.000 0.005 Y NA
 5471944 5471945 trd_0578 trd_0579     TRUE 0.904 20.000 0.000 0.046 Y NA
 5471945 5471946 trd_0579 trd_0580     FALSE 0.076 110.000 0.000 NA   NA
 5471946 5471947 trd_0580 trd_0581     FALSE 0.208 53.000 0.000 NA   NA
 5471947 5471948 trd_0581 trd_0582     TRUE 0.613 3.000 0.000 NA   NA
 5471949 5471950 trd_0583 trd_0584     FALSE 0.013 289.000 0.000 NA   NA
 5471950 5471951 trd_0584 trd_0585     FALSE 0.066 117.000 0.000 NA   NA
 5471952 5471953 trd_0586 trd_0587     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5471954 5471955 trd_0588 trd_0589     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5471955 5471956 trd_0589 trd_0590     FALSE 0.004 606.000 0.000 NA   NA
 5471956 5471957 trd_0590 trd_0591     FALSE 0.011 310.000 0.000 NA   NA
 5471958 5471959 trd_0592 trd_0594     FALSE 0.179 62.000 0.000 NA   NA
 5471959 5471960 trd_0594 trd_0595   nadC FALSE 0.013 424.000 0.000 1.000 N NA
 5471960 5471961 trd_0595 trd_0596 nadC nadA TRUE 0.994 20.000 0.198 0.003 Y NA
 5471962 5471963 trd_0597 trd_0598     TRUE 0.984 14.000 0.135 NA Y NA
 5471963 5471964 trd_0598 trd_0599     TRUE 0.980 -10.000 0.022 1.000 Y NA
 5471965 5471966 trd_0600 trd_0601     FALSE 0.005 509.000 0.000 NA   NA
 5471967 5471968 trd_0602 trd_0603     FALSE 0.008 386.000 0.000 NA   NA
 5471972 5471973 trd_0606 trd_0608     TRUE 0.968 5.000 0.021 1.000 N NA
 5471975 5471976 trd_0610 trd_0611     FALSE 0.016 243.000 0.000 NA   NA
 5471976 5471977 trd_0611 trd_0612     FALSE 0.276 38.000 0.000 NA   NA
 5471977 5471978 trd_0612 trd_0613   rpe FALSE 0.017 236.000 0.000 NA   NA
 5471979 5471980 trd_0614 trd_0615     FALSE 0.276 38.000 0.000 NA   NA
 5471980 5471981 trd_0615 trd_0616     TRUE 0.980 10.000 0.042 NA Y NA
 5471981 5471982 trd_0616 trd_0617     FALSE 0.021 215.000 0.000 NA   NA
 5471982 5471983 trd_0617 trd_0619     TRUE 0.972 -3.000 0.043 NA   NA
 5471984 5471985 trd_0618 trd_0620     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471987 5471988 trd_0623 trd_0624   rpsO TRUE 0.783 192.000 0.335 1.000 Y NA
 5471988 5471989 trd_0624 trd_0625 rpsO ilvC FALSE 0.309 144.000 0.002 1.000 N NA
 5471989 5471990 trd_0625 trd_0626 ilvC ilvN TRUE 0.985 46.000 0.130 0.002 Y NA
 5471990 5471991 trd_0626 trd_0627 ilvN ilvB TRUE 0.997 -6.000 0.207 0.002 Y NA
 5471994 5471995 trd_0630 trd_0632     FALSE 0.088 102.000 0.000 NA   NA
 5471996 5471997 trd_0631 trd_0633     FALSE 0.004 664.000 0.000 NA   NA
 5471998 5471999 trd_0634 trd_0635     TRUE 0.979 -3.000 0.050 1.000   NA
 5471999 5472000 trd_0635 trd_0636   ruvA TRUE 0.946 -3.000 0.002 1.000   NA
 5472001 5472002 trd_0637 trd_0638 hisD hisG TRUE 0.992 -3.000 0.007 0.004 Y NA
 5472002 5472003 trd_0638 trd_0639 hisG   TRUE 0.951 5.000 0.005 1.000 N NA
 5472003 5472004 trd_0639 trd_0640   pheT TRUE 0.955 -3.000 0.000 0.088 Y NA
 5472004 5472005 trd_0640 trd_0641 pheT pheS TRUE 0.995 33.000 0.574 0.001 Y NA
 5472009 5472010 trd_0645 trd_0646 purK purE TRUE 0.996 12.000 0.136 0.001 Y NA
 5472010 5472011 trd_0646 trd_0647 purE   TRUE 0.886 16.000 0.002 1.000 N NA
 5472011 5472012 trd_0647 trd_0648     FALSE 0.146 106.000 0.000 1.000 N NA
 5472012 5472013 trd_0648 trd_0649   secF TRUE 0.946 11.000 0.009 1.000 N NA
 5472013 5472014 trd_0649 trd_0650 secF secD TRUE 0.998 13.000 0.516 0.001 Y NA
 5472014 5472015 trd_0650 trd_0651 secD nadD FALSE 0.393 44.000 0.000 1.000 N NA
 5472015 5472016 trd_0651 trd_0652 nadD gyrA FALSE 0.007 876.000 0.000 1.000 N NA
 5472016 5472017 trd_0652 trd_0653 gyrA   FALSE 0.094 134.000 0.000 1.000 N NA
 5472017 5472018 trd_0653 trd_0654     TRUE 0.969 -3.000 0.029 NA   NA
 5472018 5472019 trd_0654 trd_0655     TRUE 0.796 56.000 0.019 NA   NA
 5472019 5472020 trd_0655 trd_0656     FALSE 0.095 98.000 0.000 NA   NA
 5472020 5472021 trd_0656 trd_0657     FALSE 0.022 206.000 0.000 NA   NA
 5472021 5472022 trd_0657 trd_0658     TRUE 0.995 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 5472022 5472023 trd_0658 trd_0659     TRUE 0.995 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 5472023 5472024 trd_0659 trd_0660     TRUE 0.985 -3.000 0.013 1.000 Y NA
 5472024 5472025 trd_0660 trd_0661   fabZ TRUE 0.950 4.000 0.004 1.000 N NA
 5472025 5472026 trd_0661 trd_0662 fabZ purA TRUE 0.565 21.000 0.000 1.000 N NA
 5472026 5472027 trd_0662 trd_0663 purA   FALSE 0.253 72.000 0.000 1.000 N NA
 5472027 5472028 trd_0663 trd_0664     FALSE 0.074 111.000 0.000 NA   NA
 5472028 5472029 trd_0664 trd_0665     FALSE 0.045 141.000 0.000 NA   NA
 5472029 5472030 trd_0665 trd_0666   lexA FALSE 0.011 324.000 0.000 NA   NA
 5472031 5472032 trd_0667 trd_0668     FALSE 0.521 -10.000 0.000 NA   NA
 5472032 5472033 trd_0668 trd_0669     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5472035 5472036 trd_0671 trd_0672     TRUE 0.982 -3.000 0.130 NA   NA
 5472036 5472037 trd_0672 trd_0674     FALSE 0.310 31.000 0.000 NA   NA
 5472037 5472038 trd_0674 trd_0675     FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5472038 5472039 trd_0675 trd_0676   tuf FALSE 0.110 89.000 0.000 NA   NA
 5472039 5472040 trd_0676 trd_0677 tuf rpmG TRUE 0.920 40.000 0.006 1.000 Y NA
 5472040 5472041 trd_0677 trd_0678 rpmG   FALSE 0.368 24.000 0.000 NA   NA
 5472041 5472042 trd_0678 trd_0679     FALSE 0.063 119.000 0.000 NA   NA
 5472042 5472043 trd_0679 trd_0680   nusG TRUE 0.995 -3.000 0.843 1.000 N NA
 5472043 5472044 trd_0680 trd_0681 nusG rplK TRUE 0.951 67.000 0.681 1.000 N NA
 5472044 5472045 trd_0681 trd_0682 rplK rplA TRUE 0.992 53.000 0.838 0.022 Y NA
 5472045 5472046 trd_0682 trd_0683 rplA   TRUE 0.905 159.000 0.302 0.022 Y NA
 5472046 5472047 trd_0683 trd_0684   rplL TRUE 0.994 40.000 0.884 0.016 Y NA
 5472047 5472048 trd_0684 trd_0685 rplL   FALSE 0.164 66.000 0.000 NA   NA
 5472048 5472049 trd_0685 trd_0686     FALSE 0.226 49.000 0.000 NA   NA
 5472050 5472051 trd_0687 trd_0688     TRUE 0.991 2.000 0.502 NA   NA
 5472051 5472052 trd_0688 trd_0689     FALSE 0.067 116.000 0.000 NA   NA
 5472052 5472053 trd_0689 trd_0690     FALSE 0.262 70.000 0.000 1.000   NA
 5472053 5472054 trd_0690 trd_0691     FALSE 0.137 77.000 0.000 NA   NA
 5472054 5472055 trd_0691 trd_0692   dnaB TRUE 0.938 14.000 0.023 NA   NA
 5472055 5472056 trd_0692 trd_0693 dnaB rplI TRUE 0.960 14.000 0.048 1.000 N NA
 5472056 5472057 trd_0693 trd_0694 rplI   FALSE 0.161 67.000 0.000 NA   NA
 5472059 5472060 trd_0696 trd_0697   cysS TRUE 0.978 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 5472060 5472061 trd_0697 trd_0698 cysS   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472061 5472062 trd_0698 trd_0699     TRUE 0.542 -7.000 0.000 NA   NA
 5472062 5472063 trd_0699 trd_0700     FALSE 0.512 81.000 0.002 NA   NA
 5472064 5472065 trd_0701 trd_0702     TRUE 0.979 0.000 0.089 NA   NA
 5472065 5472066 trd_0702 trd_0703     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5472066 5472067 trd_0703 trd_0704     FALSE 0.398 -85.000 0.000 NA   NA
 5472068 5472069 trd_0705 trd_0706     FALSE 0.042 149.000 0.000 NA   NA
 5472069 5472070 trd_0706 trd_0707     FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5472070 5472071 trd_0707 trd_0708     TRUE 0.985 79.000 0.667 0.004 Y NA
 5472071 5472072 trd_0708 trd_0709     TRUE 0.908 136.000 0.122 0.004 Y NA
 5472072 5472073 trd_0709 trd_0710     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5472074 5472075 trd_0711 trd_0712 acsA   FALSE 0.512 78.000 0.000 1.000 Y NA
 5472076 5472077 trd_0713 trd_0714   dnaN TRUE 0.955 74.000 0.318 1.000 Y NA
 5472078 5472079 trd_0715 trd_0717     FALSE 0.112 88.000 0.000 NA   NA
 5472080 5472081 trd_0716 trd_0718 queA ruvB TRUE 0.975 -7.000 0.069 1.000 N NA
 5472081 5472082 trd_0718 trd_0719 ruvB   TRUE 0.670 52.000 0.002 NA   NA
 5472082 5472083 trd_0719 trd_0720     FALSE 0.012 296.000 0.000 NA   NA
 5472083 5472084 trd_0720 trd_0721     FALSE 0.172 64.000 0.000 NA   NA
 5472084 5472085 trd_0721 trd_0722     FALSE 0.007 400.000 0.000 NA   NA
 5472085 5472086 trd_0722 trd_0723     FALSE 0.008 376.000 0.000 NA   NA
 5472086 5472087 trd_0723 trd_0724     FALSE 0.060 123.000 0.000 NA   NA
 5472087 5472088 trd_0724 trd_0725     FALSE 0.135 78.000 0.000 NA   NA
 5472089 5472090 trd_0726 trd_0727 alaS   FALSE 0.424 -37.000 0.000 NA   NA
 5472090 5472091 trd_0727 trd_0728     FALSE 0.044 146.000 0.000 NA   NA
 5472091 5472092 trd_0728 trd_0729     TRUE 0.933 -7.000 0.007 NA   NA
 5472092 5472093 trd_0729 trd_0731     FALSE 0.461 -22.000 0.000 NA   NA
 5472096 5472097 trd_0733 trd_0735     TRUE 0.794 81.000 0.043 1.000 N NA
 5472098 5472099 trd_0736 trd_0737     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472099 5472100 trd_0737 trd_0738     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5472101 5472102 trd_0739 trd_0740     TRUE 0.567 67.000 0.000 0.017   NA
 5472102 5472103 trd_0740 trd_0741   rdgB TRUE 0.558 22.000 0.000 1.000   NA
 5472103 5472104 trd_0741 trd_0742 rdgB   TRUE 0.880 16.000 0.002 1.000 N NA
 5472104 5472105 trd_0742 trd_0743   glmS TRUE 0.933 8.000 0.003 1.000 N NA
 5472106 5472107 trd_0744 trd_0745   purB FALSE 0.029 184.000 0.000 NA   NA
 5472107 5472108 trd_0745 trd_0746 purB purC TRUE 0.987 -3.000 0.022 1.000 Y NA
 5472108 5472109 trd_0746 trd_0747 purC purS TRUE 0.990 1.000 0.049 1.000 Y NA
 5472109 5472110 trd_0747 trd_0748 purS purQ TRUE 0.997 19.000 0.656 0.001 Y NA
 5472110 5472111 trd_0748 trd_0749 purQ purL TRUE 0.993 34.000 0.346 0.001 Y NA
 5472111 5472112 trd_0749 trd_0750 purL purF TRUE 0.960 62.000 0.223 1.000 Y NA
 5472112 5472113 trd_0750 trd_0751 purF gcvT FALSE 0.305 165.000 0.003 1.000 N NA
 5472113 5472114 trd_0751 trd_0752 gcvT gcvH TRUE 0.992 22.000 0.103 0.003 Y NA
 5472114 5472115 trd_0752 trd_0753 gcvH   TRUE 0.963 32.000 0.054 1.000 Y NA
 5472115 5472116 trd_0753 trd_0754   engA TRUE 0.567 86.000 0.002 1.000   NA
 5472116 5472117 trd_0754 trd_0755 engA glyA TRUE 0.840 26.000 0.002 1.000   NA
 5472117 5472118 trd_0755 trd_0756 glyA   TRUE 0.969 -3.000 0.013 1.000 N NA
 5472118 5472119 trd_0756 trd_0758     TRUE 0.850 37.000 0.013 NA   NA
 5472120 5472121 trd_0757 trd_0759 ubiB   FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5472122 5472123 trd_0760 trd_0762     TRUE 0.984 -3.000 0.163 NA   NA
 5472124 5472125 trd_0761 trd_0763     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472126 5472127 trd_0764 trd_0765     FALSE 0.044 146.000 0.000 NA   NA
 5472127 5472128 trd_0765 trd_0766     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5472128 5472129 trd_0766 trd_0767     FALSE 0.006 484.000 0.000 NA   NA
 5472130 5472131 trd_0768 trd_0769 tyrS ribF TRUE 0.939 -16.000 0.008 1.000 N NA
 5472131 5472132 trd_0769 trd_0770 ribF   TRUE 0.977 8.000 0.083 1.000 N NA
 5472132 5472133 trd_0770 trd_0771     TRUE 0.979 7.000 0.094 1.000   NA
 5472133 5472134 trd_0771 trd_0772   rbfA TRUE 0.955 32.000 0.173 1.000   NA
 5472134 5472135 trd_0772 trd_0773 rbfA infB TRUE 0.984 41.000 0.530 1.000 Y NA
 5472135 5472136 trd_0773 trd_0774 infB   TRUE 0.984 -3.000 0.171 NA N NA
 5472136 5472137 trd_0774 trd_0775   nusA TRUE 0.994 -3.000 0.323 NA Y NA
 5472138 5472139 trd_0776 trd_0777     FALSE 0.143 74.000 0.000 NA   NA
 5472139 5472140 trd_0777 trd_0778   gap TRUE 0.802 35.000 0.004 NA   NA
 5472140 5472141 trd_0778 trd_0779 gap pgk TRUE 0.983 36.000 0.063 0.004 Y NA
 5472141 5472142 trd_0779 trd_0780 pgk tpiA TRUE 0.987 10.000 0.075 1.000 Y NA
 5472142 5472143 trd_0780 trd_0781 tpiA secG TRUE 0.977 6.000 0.064 1.000   NA
 5472143 5472144 trd_0781 trd_0782 secG   TRUE 0.888 27.000 0.007 1.000   NA
 5472144 5472145 trd_0782 trd_0783     TRUE 0.914 66.000 0.222 1.000   NA
 5472149 5472150 trd_0787 trd_0788   lepB FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5472150 5472151 trd_0788 trd_0789 lepB   FALSE 0.478 107.000 0.005 NA   NA
 5472151 5472152 trd_0789 trd_0790     TRUE 0.555 8.000 0.000 NA   NA
 5472154 5472155 trd_0792 trd_0793     TRUE 0.990 -16.000 0.029 0.007 Y NA
 5472157 5472158 trd_0795 trd_0796     FALSE 0.026 192.000 0.000 NA   NA
 5472158 5472159 trd_0796 trd_0797     TRUE 0.956 2.000 0.005 1.000 N NA
 5472159 5472160 trd_0797 trd_0798     FALSE 0.219 51.000 0.000 NA   NA
 5472162 5472163 trd_0800 trd_0801   ruvC FALSE 0.510 -12.000 0.000 NA   NA
 5472163 5472164 trd_0801 trd_0802 ruvC   TRUE 0.937 9.000 0.004 1.000 N NA
 5472165 5472166 trd_0803 trd_0804     TRUE 0.960 7.000 0.013 1.000 N NA
 5472166 5472167 trd_0804 trd_0805     TRUE 0.629 14.000 0.000 1.000 N NA
 5472167 5472168 trd_0805 trd_0806     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5472168 5472169 trd_0806 trd_0807   pth FALSE 0.268 40.000 0.000 NA   NA
 5472169 5472170 trd_0807 trd_0808 pth   TRUE 0.859 -121.000 0.002 1.000 N NA
 5472173 5472174 trd_0811 trd_0812 tgt   TRUE 0.985 8.000 0.200 1.000 N NA
 5472174 5472175 trd_0812 trd_0813     TRUE 0.589 18.000 0.000 1.000 N NA
 5472175 5472176 trd_0813 trd_0814   acpS TRUE 0.945 -28.000 0.022 1.000 N NA
 5472176 5472177 trd_0814 trd_0815 acpS   FALSE 0.448 15.000 0.000 NA N NA
 5472177 5472178 trd_0815 trd_0816     FALSE 0.145 72.000 0.000 NA N NA
 5472179 5472180 trd_0817 trd_0818     FALSE 0.071 161.000 0.000 1.000   NA
 5472180 5472181 trd_0818 trd_0819     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5472181 5472182 trd_0819 trd_0820     TRUE 0.842 25.000 0.004 NA   NA
 5472182 5472183 trd_0820 trd_0821     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472183 5472184 trd_0821 trd_0822     FALSE 0.022 210.000 0.000 NA   NA
 5472184 5472185 trd_0822 trd_0823     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472185 5472186 trd_0823 trd_0824   fmt TRUE 0.863 21.000 0.002 1.000 N NA
 5472187 5472188 trd_0825 trd_0826     TRUE 0.983 10.000 0.316 NA   NA
 5472188 5472189 trd_0826 trd_0827   infC FALSE 0.014 276.000 0.000 NA   NA
 5472189 5472190 trd_0827 trd_0828 infC rpmI TRUE 0.996 5.000 0.652 1.000 Y NA
 5472190 5472191 trd_0828 trd_0829 rpmI rplT TRUE 0.997 17.000 0.928 0.016 Y NA
 5472191 5472192 trd_0829 trd_0830 rplT   TRUE 0.993 -3.000 0.013 0.014 Y NA
 5472192 5472193 trd_0830 trd_0831     TRUE 0.659 95.000 0.011 1.000 N NA
 5472194 5472195 trd_0832 trd_0833 gyrB   TRUE 0.948 -3.000 0.006 NA   NA
 5472195 5472196 trd_0833 trd_0834     TRUE 0.959 4.000 0.019 NA   NA
 5472196 5472197 trd_0834 trd_0835     TRUE 0.781 59.000 0.019 NA   NA
 5472197 5472198 trd_0835 trd_0836     TRUE 0.967 4.000 0.017 1.000 N NA
 5472198 5472199 trd_0836 trd_0837   mtaP TRUE 0.953 4.000 0.005 1.000 N NA
 5472200 5472201 trd_0838 trd_0839     TRUE 0.990 -13.000 1.000 NA   NA
 5472201 5472202 trd_0839 trd_0840     TRUE 0.988 16.000 0.333 NA Y NA
 5472202 5472203 trd_0840 trd_0841     TRUE 0.988 2.000 0.333 NA   NA
 5472203 5472204 trd_0841 trd_0842     TRUE 0.945 15.000 0.042 NA   NA
 5472204 5472205 trd_0842 trd_0843     TRUE 0.982 -3.000 0.125 NA   NA
 5472205 5472206 trd_0843 trd_0845     FALSE 0.325 56.000 0.000 1.000   NA
 5472207 5472208 trd_0844 trd_0846     TRUE 0.555 8.000 0.000 NA   NA
 5472210 5472211 trd_0848 trd_0849     FALSE 0.395 -109.000 0.000 NA   NA
 5472212 5472213 trd_0850 trd_0851 mviN lepA TRUE 0.809 31.000 0.002 1.000   NA
 5472213 5472214 trd_0851 trd_0852 lepA   TRUE 0.934 8.000 0.003 1.000   NA
 5472214 5472215 trd_0852 trd_0853   aspS TRUE 0.820 36.000 0.003 1.000   NA
 5472216 5472217 trd_0854 trd_0855     FALSE 0.004 625.000 0.000 NA   NA
 5472218 5472219 trd_0856 trd_0857     TRUE 0.567 7.000 0.000 NA   NA
 5472219 5472220 trd_0857 trd_0858     FALSE 0.409 20.000 0.000 NA   NA
 5472222 5472223 trd_0860 trd_0861     FALSE 0.047 138.000 0.000 NA   NA
 5472223 5472224 trd_0861 trd_0862     FALSE 0.100 94.000 0.000 NA   NA
 5472224 5472225 trd_0862 trd_0863   purM TRUE 0.865 14.000 0.002 NA   NA
 5472225 5472226 trd_0863 trd_0864 purM   TRUE 0.526 68.000 0.000 0.036   NA
 5472226 5472227 trd_0864 trd_0865     FALSE 0.244 45.000 0.000 NA   NA
 5472227 5472228 trd_0865 trd_0867   purH FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5472229 5472230 trd_0866 trd_0868     TRUE 0.983 -7.000 0.297 NA   NA
 5472230 5472231 trd_0868 trd_0869     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472231 5472232 trd_0869 trd_0870     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5472233 5472234 trd_0871 trd_0872     FALSE 0.214 52.000 0.000 NA   NA
 5472234 5472235 trd_0872 trd_0873     FALSE 0.027 190.000 0.000 NA   NA
 5472235 5472236 trd_0873 trd_0874   lysS TRUE 0.794 80.000 0.042 1.000 N NA
 5472237 5472238 trd_0875 trd_0876     TRUE 0.999 0.000 1.000 0.039 Y NA
 5472238 5472239 trd_0876 trd_0878     TRUE 0.967 121.000 1.000 0.039 Y NA
 5472239 5472240 trd_0878 trd_0879     FALSE 0.356 51.000 0.000 1.000   NA
 5472240 5472241 trd_0879 trd_0880     FALSE 0.401 43.000 0.000 1.000   NA
 5472241 5472242 trd_0880 trd_0881     TRUE 0.855 14.000 0.000 1.000 Y NA
 5472242 5472243 trd_0881 trd_0882     FALSE 0.045 200.000 0.000 1.000 N NA
 5472244 5472245 trd_0883 trd_0885     FALSE 0.219 51.000 0.000 NA   NA
 5472248 5472249 trd_0887 trd_0888     TRUE 0.659 12.000 0.000 1.000   NA
 5472250 5472251 trd_0889 trd_0890     TRUE 0.865 27.000 0.008 NA   NA
 5472252 5472253 trd_0891 trd_0892     FALSE 0.056 127.000 0.000 NA   NA
 5472253 5472254 trd_0892 trd_0893     FALSE 0.005 587.000 0.000 NA   NA
 5472255 5472256 trd_0894 trd_0895     TRUE 0.947 21.000 0.080 NA   NA
 5472258 5472259 trd_0897 trd_0898     FALSE 0.009 361.000 0.000 NA   NA
 5472259 5472260 trd_0898 trd_0899     FALSE 0.013 290.000 0.000 NA   NA
 5472260 5472261 trd_0899 trd_0900   fhs TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5472261 5472262 trd_0900 trd_0901 fhs   FALSE 0.338 53.000 0.000 1.000 N NA
 5472262 5472263 trd_0901 trd_0902     FALSE 0.004 587.000 0.000 NA N NA
 5472263 5472264 trd_0902 trd_0903     FALSE 0.031 178.000 0.000 NA   NA
 5472264 5472265 trd_0903 trd_0904     TRUE 0.979 -3.000 0.094 NA   NA
 5472265 5472266 trd_0904 trd_0905     TRUE 0.974 20.000 0.353 NA   NA
 5472266 5472267 trd_0905 trd_0906     TRUE 0.942 17.000 0.044 NA   NA
 5472267 5472268 trd_0906 trd_0907     FALSE 0.005 519.000 0.000 NA   NA
 5472268 5472269 trd_0907 trd_0908     FALSE 0.018 230.000 0.000 NA   NA
 5472270 5472271 trd_0909 trd_0910     FALSE 0.034 168.000 0.000 NA   NA
 5472272 5472273 trd_0911 trd_0912     FALSE 0.029 257.000 0.000 1.000 N NA
 5472273 5472274 trd_0912 trd_0913     FALSE 0.062 170.000 0.000 1.000 N NA
 5472277 5472278 trd_0916 trd_0917   metK TRUE 0.886 20.000 0.003 1.000 N NA
 5472278 5472279 trd_0917 trd_0918 metK ahcY TRUE 0.986 46.000 0.114 0.001 Y NA
 5472279 5472280 trd_0918 trd_0919 ahcY   TRUE 0.971 -3.000 0.019 1.000 N NA
 5472280 5472281 trd_0919 trd_0920     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5472282 5472283 trd_0921 trd_0923 mdh   TRUE 0.866 29.000 0.005 1.000 N NA
 5472285 5472286 trd_0924 trd_0925     FALSE 0.116 86.000 0.000 NA   NA
 5472286 5472287 trd_0925 trd_0926     FALSE 0.012 297.000 0.000 NA   NA
 5472287 5472288 trd_0926 trd_0927     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5472288 5472289 trd_0927 trd_0928     TRUE 0.987 6.000 0.375 NA   NA
 5472289 5472290 trd_0928 trd_0929     TRUE 0.710 -6.000 0.000 1.000   NA
 5472290 5472291 trd_0929 trd_0930     TRUE 0.987 5.000 0.023 0.004 N NA
 5472291 5472292 trd_0930 trd_0931     TRUE 0.535 24.000 0.000 1.000   NA
 5472292 5472293 trd_0931 trd_0932     FALSE 0.466 14.000 0.000 NA   NA
 5472293 5472294 trd_0932 trd_0933     FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 5472295 5472296 trd_0935 trd_0936     FALSE 0.020 221.000 0.000 NA   NA
 5472296 5472297 trd_0936 trd_0937     FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 5472297 5472298 trd_0937 trd_0938     FALSE 0.066 117.000 0.000 NA   NA
 5472301 5472302 trd_0941 trd_0942     FALSE 0.289 35.000 0.000 NA   NA
 5472303 5472304 trd_0943 trd_0944     TRUE 0.708 8.000 0.000 1.000 N NA
 5472304 5472305 trd_0944 trd_0945   pncB TRUE 0.606 16.000 0.000 1.000 N NA
 5472305 5472306 trd_0945 trd_0946 pncB   FALSE 0.520 25.000 0.000 1.000 N NA
 5472306 5472307 trd_0946 trd_0947     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472310 5472311 trd_0950 trd_0951     TRUE 0.955 -3.000 0.009 NA   NA
 5472311 5472312 trd_0951 trd_0952     TRUE 0.665 78.000 0.009 NA N NA
 5472313 5472314 trd_0953 trd_0954 rpsI rplM TRUE 0.994 28.000 0.601 0.016 Y NA
 5472314 5472315 trd_0954 trd_0955 rplM truA TRUE 0.970 26.000 0.058 1.000 Y NA
 5472315 5472316 trd_0955 trd_0956 truA rplQ TRUE 0.982 20.000 0.102 1.000 Y NA
 5472316 5472317 trd_0956 trd_0957 rplQ rpoA TRUE 0.995 3.000 0.873 1.000 N NA
 5472317 5472318 trd_0957 trd_0958 rpoA rpsD TRUE 0.971 38.000 0.549 1.000 N NA
 5472318 5472319 trd_0958 trd_0959 rpsD rpsK TRUE 0.994 30.000 0.509 0.021 Y NA
 5472319 5472320 trd_0959 trd_0960 rpsK rpsM TRUE 0.995 31.000 0.810 0.016 Y NA
 5472320 5472321 trd_0960 trd_0961 rpsM rpmJ TRUE 0.987 10.000 0.067 0.016   NA
 5472321 5472322 trd_0961 trd_0962 rpmJ infA TRUE 0.959 20.000 0.078 1.000   NA
 5472322 5472323 trd_0962 trd_0963 infA map TRUE 0.834 64.000 0.002 1.000 Y NA
 5472323 5472324 trd_0963 trd_0964 map   TRUE 0.978 -15.000 0.167 1.000 N NA
 5472324 5472325 trd_0964 trd_0965     TRUE 0.952 10.000 0.011 1.000 N NA
 5472325 5472326 trd_0965 trd_0966   rplO TRUE 0.994 0.000 0.730 1.000 N NA
 5472326 5472327 trd_0966 trd_0967 rplO rpmD TRUE 0.997 14.000 0.653 0.003 Y NA
 5472327 5472328 trd_0967 trd_0968 rpmD rpsE TRUE 0.997 -37.000 0.789 0.021 Y NA
 5472328 5472329 trd_0968 trd_0969 rpsE rplR TRUE 0.996 26.000 0.814 0.021 Y NA
 5472329 5472330 trd_0969 trd_0970 rplR   TRUE 0.986 78.000 0.815 0.016 Y NA
 5472330 5472331 trd_0970 trd_0971   rpsH TRUE 0.997 16.000 0.808 0.016 Y NA
 5472331 5472332 trd_0971 trd_0972 rpsH   TRUE 0.701 231.000 0.059 0.016 Y NA
 5472332 5472333 trd_0972 trd_0973   rplX TRUE 0.997 14.000 0.758 0.016 Y NA
 5472333 5472334 trd_0973 trd_0974 rplX rplN TRUE 0.998 13.000 0.810 0.021 Y NA
 5472334 5472335 trd_0974 trd_0975 rplN   TRUE 0.999 -3.000 0.791 0.021 Y NA
 5472335 5472336 trd_0975 trd_0976     TRUE 0.998 7.000 0.828 0.016 Y NA
 5472336 5472337 trd_0976 trd_0977   rplP TRUE 0.999 -3.000 0.802 0.016 Y NA
 5472337 5472338 trd_0977 trd_0978 rplP rpsC TRUE 0.997 18.000 0.828 0.021 Y NA
 5472338 5472339 trd_0978 trd_0979 rpsC rplV TRUE 0.998 -7.000 0.719 0.021 Y NA
 5472339 5472340 trd_0979 trd_0980 rplV rpsS TRUE 0.997 19.000 0.769 0.021 Y NA
 5472340 5472341 trd_0980 trd_0981 rpsS rplB TRUE 0.997 20.000 0.820 0.021 Y NA
 5472341 5472342 trd_0981 trd_0982 rplB rplW TRUE 0.997 19.000 0.849 0.014 Y NA
 5472342 5472343 trd_0982 trd_0983 rplW rplD TRUE 0.998 -3.000 0.307 0.016 Y NA
 5472343 5472344 trd_0983 trd_0984 rplD rplC TRUE 0.997 15.000 0.544 0.016 Y NA
 5472344 5472345 trd_0984 trd_0985 rplC rpsJ TRUE 0.974 90.000 0.467 0.021 Y NA
 5472345 5472346 trd_0985 trd_0986 rpsJ tuf TRUE 0.991 14.000 0.318 1.000 Y NA
 5472346 5472347 trd_0986 trd_0987 tuf fusA TRUE 0.989 53.000 0.400 0.002 Y NA
 5472347 5472348 trd_0987 trd_0988 fusA rpsG TRUE 0.985 41.000 0.579 1.000 Y NA
 5472348 5472349 trd_0988 trd_0989 rpsG rpsL TRUE 0.957 135.000 0.620 0.003 Y NA
 5472349 5472350 trd_0989 trd_0990 rpsL rpoC TRUE 0.714 126.000 0.122 1.000 N NA
 5472350 5472351 trd_0990 trd_0991 rpoC rpoB TRUE 0.998 19.000 0.851 0.001 Y NA
 5472352 5472353 trd_0992 trd_0993     FALSE 0.036 163.000 0.000 NA   NA
 5472355 5472356 trd_0995 trd_0996     TRUE 0.996 -3.000 0.667 NA Y NA
 5472356 5472357 trd_0996 trd_0997     TRUE 0.924 78.000 0.667 NA   NA
 5472357 5472358 trd_0997 trd_0998   rpsB FALSE 0.036 163.000 0.000 NA   NA
 5472358 5472359 trd_0998 trd_0999 rpsB tsf TRUE 0.971 46.000 0.748 1.000   NA
 5472359 5472360 trd_0999 trd_1000 tsf pyrH TRUE 0.992 -3.000 0.416 1.000   NA
 5472360 5472361 trd_1000 trd_1001 pyrH frr TRUE 0.974 35.000 0.626 1.000 N NA
 5472361 5472362 trd_1001 trd_1002 frr uppS TRUE 0.979 -205.000 0.409 1.000 N NA
 5472362 5472363 trd_1002 trd_1003 uppS cdsA TRUE 0.992 -18.000 0.400 1.000 Y NA
 5472363 5472364 trd_1003 trd_1005 cdsA dxr TRUE 0.996 -3.000 0.372 1.000 Y NA
 5472367 5472368 trd_1009 trd_1010     TRUE 0.979 24.000 0.190 NA Y NA
 5472368 5472369 trd_1010 trd_1011     TRUE 0.991 4.000 0.167 NA Y NA
 5472369 5472370 trd_1011 trd_1012     TRUE 0.997 6.000 1.000 1.000 Y NA
 5472370 5472371 trd_1012 trd_1013     TRUE 0.953 15.000 0.062 NA   NA
 5472371 5472372 trd_1013 trd_1014     FALSE 0.056 127.000 0.000 NA   NA
 5472372 5472373 trd_1014 trd_1016   rrfG FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5472373 5472374 trd_1016 trd_1017 rrfG rrlG FALSE 0.083 105.000 0.000 NA   NA
 5472374 5472375 trd_1017 trd_1018 rrlG   FALSE 0.051 134.000 0.000 NA   NA
 5472375 5472376 trd_1018 trd_1019     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5472376 5472377 trd_1019 trd_1020   rrsG FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 5472377 5472378 trd_1020 trd_1021 rrsG   FALSE 0.009 345.000 0.000 NA   NA
 5472380 5472381 trd_1023 trd_1024 lon   TRUE 0.972 18.000 0.051 NA Y NA
 5472381 5472382 trd_1024 trd_1025     FALSE 0.049 134.000 0.000 NA N NA
 5472382 5472383 trd_1025 trd_1026     TRUE 0.954 -7.000 0.010 1.000   NA
 5472385 5472386 trd_1028 trd_1029     TRUE 0.778 81.000 0.062 NA   NA
 5472388 5472389 trd_1031 trd_1032     TRUE 0.895 -18.000 0.002 1.000 N NA
 5472389 5472390 trd_1032 trd_1033   lspA TRUE 0.950 -3.000 0.003 1.000 N NA
 5472390 5472391 trd_1033 trd_1034 lspA radA FALSE 0.020 1245.000 0.000 0.025 N NA
 5472391 5472392 trd_1034 trd_1035 radA   TRUE 0.925 104.000 0.062 0.011 Y NA
 5472392 5472393 trd_1035 trd_1036     FALSE 0.247 262.000 0.025 1.000 N NA
 5472393 5472394 trd_1036 trd_1037     TRUE 0.697 156.000 0.250 1.000 N NA
 5472394 5472395 trd_1037 trd_1038     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472396 5472397 trd_1039 trd_1040     FALSE 0.036 225.000 0.000 1.000 N NA
 5472398 5472399 trd_1041 trd_1042 moaA   FALSE 0.468 122.000 0.011 NA   NA
 5472399 5472400 trd_1042 trd_1043   hisS FALSE 0.500 -13.000 0.000 NA   NA
 5472400 5472401 trd_1043 trd_1044 hisS   TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5472401 5472402 trd_1044 trd_1045     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5472402 5472403 trd_1045 trd_1046     TRUE 0.697 -7.000 0.000 1.000 N NA
 5472403 5472404 trd_1046 trd_1047   rnhB TRUE 0.992 4.000 0.111 1.000 Y NA
 5472404 5472405 trd_1047 trd_1048 rnhB rplS TRUE 0.969 12.000 0.066 1.000 N NA
 5472405 5472406 trd_1048 trd_1049 rplS   FALSE 0.163 100.000 0.000 1.000 N NA
 5472407 5472408 trd_1050 trd_1051     TRUE 0.997 0.000 1.000 NA Y NA
 5472411 5472412 trd_1053 trd_1055 glyS   TRUE 0.658 73.000 0.003 1.000 N NA
 5472412 5472413 trd_1055 trd_1056   ald TRUE 0.582 19.000 0.000 1.000 N NA
 5472414 5472415 trd_1057 trd_1058   ispG TRUE 0.752 107.000 0.092 1.000 N NA
 5472415 5472416 trd_1058 trd_1059 ispG   TRUE 0.565 21.000 0.000 1.000 N NA
 5472416 5472417 trd_1059 trd_1061     TRUE 0.939 -13.000 0.007 1.000 N NA
 5472421 5472422 trd_1064 trd_1065 fusA   TRUE 0.763 78.000 0.020 1.000 N NA
 5472422 5472423 trd_1065 trd_1066     FALSE 0.016 246.000 0.000 NA   NA
 5472423 5472424 trd_1066 trd_1067   thrS FALSE 0.007 429.000 0.000 NA   NA
 5472425 5472426 trd_1068 trd_1069     TRUE 0.672 11.000 0.000 1.000   NA
 5472426 5472427 trd_1069 trd_1070     TRUE 0.979 -6.000 0.021 0.062   NA
 5472429 5472430 trd_1072 trd_1073     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5472430 5472431 trd_1073 trd_1074     FALSE 0.026 193.000 0.000 NA   NA
 5472431 5472432 trd_1074 trd_1075     TRUE 0.992 -43.000 0.200 0.083 Y NA
 5472432 5472433 trd_1075 trd_1076     TRUE 0.660 -13.000 0.000 1.000 N NA
 5472434 5472435 trd_1077 trd_1079     FALSE 0.058 125.000 0.000 NA   NA
 5472436 5472437 trd_1078 trd_1080 moaC   FALSE 0.052 370.000 0.000 1.000 Y NA
 5472438 5472439 trd_1081 trd_1082     TRUE 0.919 14.000 0.009 NA   NA
 5472440 5472441 trd_1083 trd_1084     TRUE 0.854 37.000 0.016 NA   NA
 5472441 5472442 trd_1084 trd_1085     TRUE 0.952 43.000 0.254 1.000   NA
 5472442 5472443 trd_1085 trd_1086     TRUE 0.951 45.000 0.461 NA   NA
 5472443 5472444 trd_1086 trd_1087   rnpA TRUE 0.991 -3.000 0.540 NA   NA
 5472444 5472445 trd_1087 trd_1088 rnpA rpmH TRUE 0.993 8.000 0.787 1.000   NA
 5472445 5472446 trd_1088 trd_1089 rpmH   FALSE 0.185 93.000 0.000 1.000   NA
 5472447 5472448 trd_1090 trd_1091     TRUE 0.766 1.000 0.000 1.000   NA
 5472450 5472451 trd_1093 trd_1094 ileS   TRUE 0.890 -3.000 0.000 NA Y NA
 5472451 5472452 trd_1094 trd_1095     FALSE 0.030 182.000 0.000 NA   NA
 5472452 5472453 trd_1095 trd_1096     TRUE 0.758 3.000 0.000 1.000   NA
 5472455 5472456 trd_1098 trd_1099 murI   FALSE 0.006 497.000 0.000 NA   NA
 5472456 5472457 trd_1099 trd_1100     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5472457 5472458 trd_1100 trd_1101     TRUE 0.945 14.000 0.033 NA   NA
 5472458 5472459 trd_1101 trd_1102     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472461 5472462 trd_1104 trd_1105     FALSE 0.036 162.000 0.000 NA   NA
 5472463 5472464 trd_1106 trd_1107   amt TRUE 0.990 -3.000 0.267 1.000 N NA
 5472464 5472465 trd_1107 trd_1108 amt   FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5472468 5472469 trd_1111 trd_1112     FALSE 0.009 362.000 0.000 NA   NA
 5472469 5472470 trd_1112 trd_1113     TRUE 0.992 8.000 0.916 NA   NA
 5472470 5472471 trd_1113 trd_1115     FALSE 0.406 87.000 0.000 0.063   NA
 5472472 5472473 trd_1114 trd_1116     TRUE 0.977 -3.000 0.036 1.000 N NA
 5472474 5472475 trd_1117 trd_1118     TRUE 0.637 -19.000 0.000 1.000   NA
 5472475 5472476 trd_1118 trd_1119     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5472477 5472478 trd_1120 trd_1121     TRUE 0.949 20.000 0.081 NA   NA
 5472478 5472479 trd_1121 trd_1122   hemA FALSE 0.087 138.000 0.000 1.000 N NA
 5472479 5472480 trd_1122 trd_1123 hemA hemL TRUE 0.991 -3.000 0.003 0.002 Y NA
 5472480 5472481 trd_1123 trd_1124 hemL hemB TRUE 0.993 8.000 0.019 0.002 Y NA
 5472481 5472482 trd_1124 trd_1125 hemB hemD TRUE 0.995 -3.000 0.020 0.002 Y NA
 5472484 5472485 trd_1127 trd_1128 folE   FALSE 0.008 647.000 0.000 1.000   NA
 5472485 5472486 trd_1128 trd_1129     TRUE 0.682 -10.000 0.000 1.000   NA
 5472486 5472487 trd_1129 trd_1130     FALSE 0.424 18.000 0.000 NA   NA
 5472488 5472489 trd_1131 trd_1132     FALSE 0.019 229.000 0.000 NA   NA
 5472489 5472490 trd_1132 trd_1133     FALSE 0.031 177.000 0.000 NA   NA
 5472490 5472491 trd_1133 trd_1134     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472492 5472493 trd_1135 trd_1136     TRUE 0.632 91.000 0.000 0.038 Y NA
 5472493 5472494 trd_1136 trd_1137     TRUE 0.999 2.000 0.917 0.038 Y NA
 5472494 5472495 trd_1137 trd_1138     TRUE 0.665 82.000 0.000 0.038 Y NA
 5472496 5472497 trd_1139 trd_1140     TRUE 0.969 -3.000 0.030 NA   NA
 5472497 5472498 trd_1140 trd_1141     FALSE 0.071 114.000 0.000 NA   NA
 5472498 5472499 trd_1141 trd_1142   gnd TRUE 0.922 23.000 0.000 0.003 Y NA
 5472499 5472500 trd_1142 trd_1143 gnd zwf TRUE 0.989 -3.000 0.037 1.000 Y NA
 5472500 5472501 trd_1143 trd_1144 zwf   TRUE 0.987 26.000 0.583 NA Y NA
 5472501 5472502 trd_1144 trd_1146   pgl TRUE 0.983 13.000 0.102 NA Y NA
 5472504 5472505 trd_1147 trd_1148     TRUE 0.711 8.000 0.000 1.000   NA
 5472505 5472506 trd_1148 trd_1149     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5472506 5472507 trd_1149 trd_1150     TRUE 0.998 8.000 0.743 0.063 Y NA
 5472508 5472509 trd_1151 trd_1152     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5472509 5472510 trd_1152 trd_1153     TRUE 0.989 -3.000 0.333 NA   NA
 5472511 5472512 trd_1154 trd_1155     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472513 5472514 trd_1156 trd_1157     FALSE 0.004 762.000 0.000 NA N NA
 5472515 5472516 trd_1158 trd_1159     FALSE 0.011 485.000 0.000 1.000 N NA
 5472516 5472517 trd_1159 trd_1160     TRUE 0.623 -24.000 0.000 1.000   NA
 5472517 5472518 trd_1160 trd_1161     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472518 5472519 trd_1161 trd_1162     TRUE 0.962 -34.000 0.133 NA   NA
 5472519 5472520 trd_1162 trd_1163     TRUE 0.766 1.000 0.000 1.000   NA
 5472520 5472521 trd_1163 trd_1164   ispH TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5472521 5472522 trd_1164 trd_1165 ispH   FALSE 0.245 74.000 0.000 1.000 N NA
 5472522 5472523 trd_1165 trd_1167     FALSE 0.272 39.000 0.000 NA   NA
 5472525 5472526 trd_1168 trd_1169     FALSE 0.168 65.000 0.000 NA   NA
 5472526 5472527 trd_1169 trd_1170     TRUE 0.984 -3.000 0.100 1.000 N NA
 5472527 5472528 trd_1170 trd_1171     FALSE 0.011 483.000 0.000 1.000 N NA
 5472528 5472529 trd_1171 trd_1172     FALSE 0.311 58.000 0.000 1.000 N NA
 5472529 5472530 trd_1172 trd_1173     TRUE 0.695 91.000 0.015 1.000 N NA
 5472530 5472531 trd_1173 trd_1174     FALSE 0.389 45.000 0.000 1.000   NA
 5472531 5472532 trd_1174 trd_1175     TRUE 0.893 79.000 0.386 NA   NA
 5472534 5472535 trd_1177 trd_1178   glmM FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5472535 5472536 trd_1178 trd_1179 glmM   TRUE 0.555 8.000 0.000 NA   NA
 5472536 5472537 trd_1179 trd_1180     FALSE 0.120 83.000 0.000 NA   NA
 5472537 5472538 trd_1180 trd_1181     FALSE 0.281 37.000 0.000 NA   NA
 5472539 5472540 trd_1182 trd_1183   purN FALSE 0.473 13.000 0.000 NA N NA
 5472541 5472542 trd_1184 trd_1186   purD TRUE 0.987 4.000 0.005 0.082 Y NA
 5472543 5472544 trd_1185 trd_1187     FALSE 0.170 99.000 0.000 1.000   NA
 5472544 5472545 trd_1187 trd_1188     FALSE 0.007 389.000 0.000 NA   NA
 5472545 5472546 trd_1188 trd_1189     FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 5472546 5472547 trd_1189 trd_1190   ade FALSE 0.045 144.000 0.000 NA   NA
 5472547 5472548 trd_1190 trd_1191 ade   TRUE 0.905 18.000 0.009 NA   NA
 5472548 5472549 trd_1191 trd_1192     TRUE 0.984 23.000 1.000 NA   NA
 5472551 5472552 trd_1194 trd_1195 recJ   TRUE 0.522 100.000 0.002 1.000 N NA
 5472553 5472554 trd_1196 trd_1198     TRUE 0.973 -3.000 0.045 NA   NA
 5472556 5472557 trd_1199 trd_1200     FALSE 0.034 167.000 0.000 NA   NA
 5472558 5472559 trd_1201 trd_1202 clpX clpP TRUE 0.953 27.000 0.015 1.000 Y NA
 5472559 5472560 trd_1202 trd_1203 clpP tig TRUE 0.955 21.000 0.006 1.000 Y NA
 5472561 5472562 trd_1204 trd_1205     FALSE 0.009 360.000 0.000 NA   NA
 5472562 5472563 trd_1205 trd_1206     TRUE 0.947 44.000 0.360 NA   NA
 5472563 5472564 trd_1206 trd_1207     TRUE 0.977 57.000 0.188 0.042 Y NA
 5472564 5472565 trd_1207 trd_1208     TRUE 0.978 51.000 0.138 0.042 Y NA
 5472565 5472566 trd_1208 trd_1209     FALSE 0.116 121.000 0.000 1.000   NA
 5472566 5472567 trd_1209 trd_1210     TRUE 0.964 45.000 0.727 NA   NA
 5472567 5472568 trd_1210 trd_1211     TRUE 0.969 16.000 0.182 NA   NA
 5472568 5472569 trd_1211 trd_1212     TRUE 0.993 -3.000 0.750 NA   NA
 5472569 5472570 trd_1212 trd_1213     TRUE 0.968 22.000 0.286 NA   NA
 5472570 5472571 trd_1213 trd_1214     TRUE 0.969 -3.000 0.013 1.000   NA
 5472571 5472572 trd_1214 trd_1215     TRUE 0.609 -27.000 0.000 1.000 N NA
 5472573 5472574 trd_1216 trd_1217     TRUE 0.853 25.000 0.005 NA   NA
 5472574 5472575 trd_1217 trd_1218     TRUE 0.994 35.000 0.501 0.001 Y NA
 5472575 5472576 trd_1218 trd_1219   ccmA TRUE 0.995 -3.000 0.196 0.003 N NA
 5472576 5472577 trd_1219 trd_1220 ccmA   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472577 5472578 trd_1220 trd_1221     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5472578 5472579 trd_1221 trd_1222     TRUE 0.953 44.000 0.098 NA Y NA
 5472579 5472580 trd_1222 trd_1223     TRUE 0.992 17.000 0.086 0.003 Y NA
 5472580 5472581 trd_1223 trd_1224     TRUE 0.819 33.000 0.005 NA   NA
 5472581 5472582 trd_1224 trd_1225     TRUE 0.986 13.000 0.667 NA   NA
 5472582 5472583 trd_1225 trd_1226   murA FALSE 0.460 32.000 0.000 1.000 N NA
 5472583 5472584 trd_1226 trd_1227 murA atpC TRUE 0.907 12.000 0.002 1.000 N NA
 5472584 5472585 trd_1227 trd_1228 atpC atpD TRUE 0.998 14.000 0.837 0.003 Y NA
 5472585 5472586 trd_1228 trd_1229 atpD atpG TRUE 0.997 23.000 0.724 0.003 Y NA
 5472586 5472587 trd_1229 trd_1230 atpG atpA TRUE 0.997 23.000 0.846 0.003 Y NA
 5472587 5472588 trd_1230 trd_1231 atpA atpH TRUE 0.998 19.000 0.864 0.003 Y NA
 5472588 5472589 trd_1231 trd_1232 atpH atpF TRUE 0.996 12.000 0.242 0.003 Y NA
 5472589 5472590 trd_1232 trd_1233 atpF atpE TRUE 0.800 121.000 0.031 0.003   NA
 5472590 5472591 trd_1233 trd_1234 atpE atpB TRUE 0.950 65.000 0.119 0.004   NA
 5472591 5472592 trd_1234 trd_1235 atpB   TRUE 0.937 4.000 0.004 NA   NA
 5472592 5472593 trd_1235 trd_1236   pyrG TRUE 0.690 45.000 0.002 NA   NA
 5472593 5472594 trd_1236 trd_1237 pyrG   TRUE 0.813 32.000 0.004 NA   NA
 5472594 5472595 trd_1237 trd_1238     FALSE 0.397 120.000 0.004 NA   NA
 5472597 5472598 trd_1240 trd_1241 leuS   FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 5472598 5472599 trd_1241 trd_1242     TRUE 0.613 3.000 0.000 NA   NA
 5472601 5472602 trd_1244 trd_1245     FALSE 0.368 24.000 0.000 NA   NA
 5472602 5472603 trd_1245 trd_1246     FALSE 0.182 61.000 0.000 NA   NA
 5472603 5472604 trd_1246 trd_1247     TRUE 0.682 62.000 0.002 1.000   NA
 5472604 5472605 trd_1247 trd_1248     TRUE 0.868 25.000 0.003 1.000 N NA
 5472605 5472606 trd_1248 trd_1249   rpsF TRUE 0.821 36.000 0.003 1.000 N NA
 5472606 5472607 trd_1249 trd_1250 rpsF   FALSE 0.025 195.000 0.000 NA   NA
 5472607 5472608 trd_1250 trd_1251   thrB FALSE 0.017 233.000 0.000 NA   NA
 5472608 5472609 trd_1251 trd_1252 thrB thrC TRUE 0.992 -10.000 0.221 1.000 Y NA
 5472609 5472610 trd_1252 trd_1253 thrC   TRUE 0.899 48.000 0.005 1.000 Y NA
 5472610 5472611 trd_1253 trd_1254     TRUE 0.995 26.000 0.725 0.037 Y NA
 5472611 5472612 trd_1254 trd_1255     TRUE 0.724 69.000 0.000 0.037 Y NA
 5472612 5472613 trd_1255 trd_1256     FALSE 0.096 97.000 0.000 NA   NA
 5472613 5472614 trd_1256 trd_1257     FALSE 0.024 198.000 0.000 NA   NA
 5472614 5472615 trd_1257 trd_1258     TRUE 0.593 18.000 0.000 1.000   NA
 5472615 5472616 trd_1258 trd_1259   glgC TRUE 0.824 20.000 0.000 1.000 Y NA
 5472617 5472618 trd_1260 trd_1261 accD accA TRUE 0.998 -3.000 0.234 0.002 Y NA
 5472619 5472620 trd_1262 trd_1263     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5472623 5472624 trd_1266 trd_1267     FALSE 0.087 101.000 0.000 NA N NA
 5472624 5472625 trd_1267 trd_1268     TRUE 0.980 29.000 0.330 NA Y NA
 5472626 5472627 trd_1269 trd_1270     FALSE 0.295 34.000 0.000 NA   NA
 5472628 5472629 trd_1271 trd_1272     TRUE 0.890 -3.000 0.000 NA Y NA
 5472629 5472630 trd_1272 trd_1273     TRUE 0.548 8.000 0.000 NA N NA
 5472630 5472631 trd_1273 trd_1274     FALSE 0.444 92.000 0.000 1.000 Y NA
 5472631 5472632 trd_1274 trd_1275     TRUE 0.633 14.000 0.000 1.000   NA
 5472632 5472633 trd_1275 trd_1276   dxs FALSE 0.059 177.000 0.000 1.000   NA
 5472633 5472634 trd_1276 trd_1277 dxs gidB TRUE 0.944 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5472634 5472635 trd_1277 trd_1278 gidB   TRUE 0.733 5.000 0.000 1.000 N NA
 5472635 5472636 trd_1278 trd_1279     FALSE 0.017 361.000 0.000 1.000 N NA
 5472636 5472637 trd_1279 trd_1280     TRUE 0.998 2.000 0.667 0.037 Y NA
 5472637 5472638 trd_1280 trd_1281     TRUE 0.989 21.000 0.091 0.037 Y NA
 5472638 5472639 trd_1281 trd_1282     FALSE 0.504 79.000 0.000 1.000 Y NA
 5472639 5472640 trd_1282 trd_1284     TRUE 0.542 23.000 0.000 1.000 N NA
 5472642 5472643 trd_1285 trd_1286     TRUE 0.536 -7.000 0.000 NA N NA
 5472643 5472644 trd_1286 trd_1287     FALSE 0.048 137.000 0.000 NA   NA
 5472644 5472645 trd_1287 trd_1288     FALSE 0.161 67.000 0.000 NA   NA
 5472646 5472647 trd_1289 trd_1290     TRUE 0.985 -3.000 0.182 NA   NA
 5472647 5472648 trd_1290 trd_1291     TRUE 0.860 41.000 0.010 1.000   NA
 5472649 5472650 trd_1292 trd_1293     TRUE 0.567 7.000 0.000 NA   NA
 5472651 5472652 trd_1294 trd_1295     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5472652 5472653 trd_1295 trd_1296     TRUE 0.888 -25.000 0.004 NA   NA
 5472653 5472654 trd_1296 trd_1297     TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 5472654 5472655 trd_1297 trd_1298     TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 5472655 5472656 trd_1298 trd_1299     TRUE 0.980 -3.000 0.100 NA   NA
 5472656 5472657 trd_1299 trd_1300   groL FALSE 0.066 164.000 0.000 1.000 N NA
 5472657 5472658 trd_1300 trd_1301 groL groS TRUE 0.977 31.000 0.043 0.081 Y NA
 5472660 5472661 trd_1302 trd_1304     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472662 5472663 trd_1305 trd_1306 selD ksgA TRUE 0.865 -43.000 0.002 1.000 N NA
 5472663 5472664 trd_1306 trd_1307 ksgA ispE TRUE 0.982 -3.000 0.068 1.000 N NA
 5472667 5472668 trd_1310 trd_1311     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472668 5472669 trd_1311 trd_1312     TRUE 0.905 38.000 0.033 1.000 N NA
 5472670 5472671 trd_1313 trd_1314     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472671 5472672 trd_1314 trd_1315     FALSE 0.004 693.000 0.000 NA   NA
 5472673 5472674 trd_1316 trd_1317     TRUE 0.930 22.000 0.000 0.002 Y NA
 5472674 5472675 trd_1317 trd_1318     TRUE 0.982 15.000 0.500 NA   NA
 5472675 5472676 trd_1318 trd_1319     TRUE 0.991 -3.000 0.500 NA   NA
 5472676 5472677 trd_1319 trd_1320     TRUE 0.957 29.000 0.278 NA   NA
 5472679 5472680 trd_1321 trd_1323     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5472680 5472681 trd_1323 trd_1324   folK TRUE 0.766 0.000 0.000 1.000 N NA
 5472681 5472682 trd_1324 trd_1325 folK folP TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 5472682 5472683 trd_1325 trd_1326 folP folB TRUE 0.804 23.000 0.000 1.000 Y NA
 5472683 5472684 trd_1326 trd_1327 folB   TRUE 0.618 1.000 0.000 NA N NA
 5472685 5472686 trd_1328 trd_1330     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5472688 5472689 trd_1331 trd_1332 ggt   FALSE 0.193 91.000 0.000 1.000   NA
 5472689 5472690 trd_1332 trd_1333     TRUE 0.976 2.000 0.065 NA   NA
 5472690 5472691 trd_1333 trd_1334     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472691 5472692 trd_1334 trd_1335     TRUE 0.981 2.000 0.120 NA   NA
 5472692 5472693 trd_1335 trd_1337     FALSE 0.193 91.000 0.000 1.000   NA
 5472696 5472697 trd_1339 trd_1340     FALSE 0.075 154.000 0.000 1.000 N NA
 5472698 5472699 trd_1341 trd_1342     FALSE 0.100 94.000 0.000 NA   NA
 5472699 5472700 trd_1342 trd_1343     TRUE 0.846 11.000 0.000 0.060 N NA
 5472700 5472701 trd_1343 trd_1344     FALSE 0.214 52.000 0.000 NA   NA
 5472704 5472705 trd_1347 trd_1348     FALSE 0.006 484.000 0.000 NA   NA
 5472705 5472706 trd_1348 trd_1349   metE FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5472706 5472707 trd_1349 trd_1350 metE   FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5472707 5472708 trd_1350 trd_1351     FALSE 0.500 -13.000 0.000 NA   NA
 5472708 5472709 trd_1351 trd_1352     FALSE 0.123 82.000 0.000 NA   NA
 5472710 5472711 trd_1353 trd_1354     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5472712 5472713 trd_1355 trd_1356     FALSE 0.086 103.000 0.000 NA   NA
 5472713 5472714 trd_1356 trd_1357     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472714 5472715 trd_1357 trd_1358     FALSE 0.004 766.000 0.000 NA   NA
 5472715 5472716 trd_1358 trd_1359     FALSE 0.204 54.000 0.000 NA   NA
 5472716 5472717 trd_1359 trd_1360     FALSE 0.131 79.000 0.000 NA   NA
 5472717 5472718 trd_1360 trd_1361     FALSE 0.066 117.000 0.000 NA   NA
 5472719 5472720 trd_1362 trd_1363     TRUE 0.582 19.000 0.000 1.000 N NA
 5472720 5472721 trd_1363 trd_1365     TRUE 0.933 15.000 0.021 NA   NA
 5472722 5472723 trd_1364 trd_1366     FALSE 0.362 49.000 0.000 1.000 N NA
 5472726 5472727 trd_1369 trd_1370     TRUE 0.555 8.000 0.000 NA   NA
 5472727 5472728 trd_1370 trd_1371     FALSE 0.098 95.000 0.000 NA   NA
 5472728 5472729 trd_1371 trd_1372     FALSE 0.023 202.000 0.000 NA   NA
 5472729 5472730 trd_1372 trd_1374     TRUE 0.929 13.000 0.006 1.000 N NA
 5472731 5472732 trd_1373 trd_1375     FALSE 0.152 104.000 0.000 1.000 N NA
 5472732 5472733 trd_1375 trd_1376   rnc TRUE 0.936 5.000 0.002 1.000 N NA
 5472733 5472734 trd_1376 trd_1377 rnc   TRUE 0.921 4.000 0.002 NA   NA
 5472734 5472735 trd_1377 trd_1378     FALSE 0.100 94.000 0.000 NA   NA
 5472735 5472736 trd_1378 trd_1379   crcB FALSE 0.509 11.000 0.000 NA   NA
 5472736 5472737 trd_1379 trd_1380 crcB   FALSE 0.094 134.000 0.000 1.000 N NA
 5472739 5472740 trd_1381 trd_1383 hemG hemH TRUE 0.953 18.000 0.004 1.000 Y NA
 5472740 5472741 trd_1383 trd_1384 hemH hemE TRUE 0.982 22.000 0.131 1.000 Y NA
 5472742 5472743 trd_1385 trd_1386     FALSE 0.123 82.000 0.000 NA   NA
 5472744 5472745 trd_1387 trd_1388     TRUE 0.957 2.000 0.000 0.043 Y NA
 5472745 5472746 trd_1388 trd_1389     TRUE 0.974 17.000 0.188 1.000   NA
 5472746 5472747 trd_1389 trd_1390     TRUE 0.978 14.000 0.333 NA   NA
 5472747 5472748 trd_1390 trd_1391     TRUE 0.964 30.000 0.400 NA   NA
 5472748 5472749 trd_1391 trd_1392     TRUE 0.987 14.000 0.571 1.000   NA
 5472749 5472750 trd_1392 trd_1393     TRUE 0.990 -3.000 0.292 1.000 N NA
 5472750 5472751 trd_1393 trd_1394     TRUE 0.974 -231.000 0.292 1.000 N NA
 5472752 5472753 trd_1395 trd_1396     FALSE 0.442 35.000 0.000 1.000 N NA
 5472753 5472754 trd_1396 trd_1397     TRUE 0.685 31.000 0.000 NA Y NA
 5472754 5472755 trd_1397 trd_1398     TRUE 0.871 150.000 0.667 NA Y NA
 5472755 5472756 trd_1398 trd_1399     TRUE 0.997 13.000 0.750 0.037 Y NA
 5472756 5472757 trd_1399 trd_1400     TRUE 0.997 3.000 0.750 1.000 Y NA
 5472757 5472758 trd_1400 trd_1401     TRUE 0.997 -16.000 0.750 0.018 Y NA
 5472758 5472759 trd_1401 trd_1402     TRUE 0.670 180.000 0.333 1.000   NA
 5472759 5472760 trd_1402 trd_1403     FALSE 0.013 279.000 0.000 NA   NA
 5472760 5472761 trd_1403 trd_1404     FALSE 0.500 362.000 0.403 NA Y NA
 5472761 5472762 trd_1404 trd_1405     TRUE 0.906 -3.000 0.000 0.037 N NA
 5472762 5472763 trd_1405 trd_1406     TRUE 0.888 -7.000 0.000 0.018 N NA
 5472763 5472764 trd_1406 trd_1407     FALSE 0.061 280.000 0.000 NA Y NA
 5472765 5472766 trd_1408 trd_1409     TRUE 0.992 20.000 0.064 0.001 Y NA
 5472766 5472767 trd_1409 trd_1410     FALSE 0.007 421.000 0.000 NA   NA
 5472768 5472769 trd_1411 trd_1412     FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5472769 5472770 trd_1412 trd_1413     TRUE 0.985 -3.000 0.174 NA   NA
 5472771 5472772 trd_1414 trd_1415     TRUE 0.979 19.000 0.500 NA   NA
 5472774 5472775 trd_1417 trd_1418     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5472775 5472776 trd_1418 trd_1419     TRUE 0.918 28.000 0.055 NA   NA
 5472777 5472778 trd_1420 trd_1421     FALSE 0.022 205.000 0.000 NA N NA
 5472779 5472780 trd_1422 trd_1423     FALSE 0.044 145.000 0.000 NA   NA
 5472780 5472781 trd_1423 trd_1424     FALSE 0.069 115.000 0.000 NA   NA
 5472781 5472782 trd_1424 trd_1425   rpmA TRUE 0.993 -3.000 0.011 0.015 Y NA
 5472782 5472783 trd_1425 trd_1426 rpmA rplU TRUE 0.996 25.000 0.667 0.015 Y NA
 5472783 5472784 trd_1426 trd_1427 rplU   FALSE 0.006 441.000 0.000 NA   NA
 5472784 5472785 trd_1427 trd_1428     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472786 5472787 trd_1429 trd_1430 argF   FALSE 0.161 67.000 0.000 NA   NA
 5472791 5472792 trd_1435 trd_1436     FALSE 0.499 115.000 0.005 1.000 N NA
 5472792 5472793 trd_1436 trd_1437     FALSE 0.449 34.000 0.000 1.000 N NA
 5472793 5472794 trd_1437 trd_1438   guaB TRUE 0.931 7.000 0.002 1.000 N NA
 5472796 5472797 trd_1440 trd_1441     FALSE 0.172 64.000 0.000 NA   NA
 5472797 5472798 trd_1441 trd_1442     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472798 5472799 trd_1442 trd_1443     FALSE 0.300 33.000 0.000 NA   NA
 5472799 5472800 trd_1443 trd_1444     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5472800 5472801 trd_1444 trd_1446     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5472803 5472804 trd_1447 trd_1448     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472804 5472805 trd_1448 trd_1449     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472805 5472806 trd_1449 trd_1451     FALSE 0.394 88.000 0.000 0.079   NA
 5472808 5472809 trd_1452 trd_1453   dnaJ FALSE 0.006 451.000 0.000 NA   NA
 5472810 5472811 trd_1454 trd_1455     FALSE 0.244 45.000 0.000 NA   NA
 5472811 5472812 trd_1455 trd_1456     FALSE 0.014 274.000 0.000 NA   NA
 5472812 5472813 trd_1456 trd_1457     FALSE 0.185 59.000 0.000 NA   NA
 5472813 5472814 trd_1457 trd_1458     FALSE 0.057 126.000 0.000 NA   NA
 5472814 5472815 trd_1458 trd_1459     TRUE 0.974 45.000 0.250 1.000 Y NA
 5472815 5472816 trd_1459 trd_1460     TRUE 0.931 -19.000 0.017 NA   NA
 5472816 5472817 trd_1460 trd_1461   dapB FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 5472817 5472818 trd_1461 trd_1462 dapB   FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5472819 5472820 trd_1463 trd_1464     TRUE 0.993 5.000 1.000 NA   NA
 5472821 5472822 trd_1465 trd_1466     TRUE 0.637 127.000 0.100 NA   NA
 5472822 5472823 trd_1466 trd_1467     FALSE 0.016 246.000 0.000 NA   NA
 5472823 5472824 trd_1467 trd_1468     FALSE 0.011 320.000 0.000 NA   NA
 5472824 5472825 trd_1468 trd_1469     FALSE 0.126 115.000 0.000 1.000 N NA
 5472825 5472826 trd_1469 trd_1470     TRUE 0.574 20.000 0.000 1.000 N NA
 5472826 5472827 trd_1470 trd_1471     TRUE 0.950 -181.000 0.004 0.012   NA
 5472827 5472828 trd_1471 trd_1472     FALSE 0.150 71.000 0.000 NA   NA
 5472829 5472830 trd_1473 trd_1474     FALSE 0.404 -48.000 0.000 NA   NA
 5472830 5472831 trd_1474 trd_1475     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472831 5472832 trd_1475 trd_1476     TRUE 0.554 -6.000 0.000 NA   NA
 5472833 5472834 trd_1477 trd_1478     FALSE 0.066 167.000 0.000 1.000   NA
 5472834 5472835 trd_1478 trd_1479     TRUE 0.992 35.000 0.221 0.001 Y NA
 5472835 5472836 trd_1479 trd_1480     TRUE 0.983 -3.000 0.088 1.000 N NA
 5472836 5472837 trd_1480 trd_1481     TRUE 0.913 53.000 0.111 1.000   NA
 5472838 5472839 trd_1482 trd_1483     FALSE 0.091 100.000 0.000 NA   NA
 5472839 5472840 trd_1483 trd_1484     FALSE 0.032 172.000 0.000 NA   NA
 5472840 5472841 trd_1484 trd_1485     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5472841 5472842 trd_1485 trd_1486     TRUE 0.542 -7.000 0.000 NA   NA
 5472842 5472843 trd_1486 trd_1488     FALSE 0.304 32.000 0.000 NA   NA
 5472847 5472848 trd_1491 trd_1492     FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5472848 5472849 trd_1492 trd_1493     TRUE 0.618 15.000 0.000 1.000 N NA
 5472849 5472850 trd_1493 trd_1494     TRUE 0.998 18.000 0.804 0.002 Y NA
 5472850 5472851 trd_1494 trd_1495     TRUE 0.990 -3.000 0.090 0.059   NA
 5472852 5472853 trd_1496 trd_1497     FALSE 0.015 261.000 0.000 NA   NA
 5472853 5472854 trd_1497 trd_1498     TRUE 0.985 4.000 0.250 NA   NA
 5472854 5472855 trd_1498 trd_1499     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5472855 5472856 trd_1499 trd_1500     FALSE 0.016 250.000 0.000 NA   NA
 5472857 5472858 trd_1501 trd_1502     TRUE 0.991 -3.000 0.529 NA   NA
 5472858 5472859 trd_1502 trd_1503     TRUE 0.908 71.000 0.386 NA   NA
 5472859 5472860 trd_1503 trd_1504     TRUE 0.991 -3.000 0.523 NA   NA
 5472860 5472861 trd_1504 trd_1506     TRUE 0.778 78.000 0.051 NA   NA
 5472862 5472863 trd_1505 trd_1507     TRUE 0.910 14.000 0.007 NA   NA
 5472863 5472864 trd_1507 trd_1508     FALSE 0.281 37.000 0.000 NA   NA
 5472864 5472865 trd_1508 trd_1509     FALSE 0.079 107.000 0.000 NA   NA
 5472865 5472866 trd_1509 trd_1510     TRUE 0.991 2.000 0.500 NA   NA
 5472866 5472867 trd_1510 trd_1511     FALSE 0.168 65.000 0.000 NA   NA
 5472867 5472868 trd_1511 trd_1512   valS FALSE 0.261 196.000 0.005 1.000 N NA
 5472870 5472871 trd_1514 trd_1515     FALSE 0.466 14.000 0.000 NA   NA
 5472871 5472872 trd_1515 trd_1516   argB TRUE 0.989 -3.000 0.039 1.000 Y NA