MicrobesOnline Operon Predictions for Haloferax volcanii DS2

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10158464 10158465 HVO_0003 HVO_0004 polD1   FALSE 0.130 143.000 0.000 1.000 N NA
 10158466 10158467 HVO_0005 HVO_0006 gufA1   FALSE 0.072 109.000 0.000 NA   NA
 10158471 10158472 HVO_0010 HVO_0011   purO FALSE 0.464 49.000 0.072 1.000   NA
 10158473 10158474 HVO_0013 HVO_0014 cgi hel308a TRUE 0.970 -3.000 0.089 NA   NA
 10158475 10158476 HVO_0015 HVO_0016     FALSE 0.018 254.000 0.000 NA   NA
 10158477 10158478 HVO_0017 HVO_0018     FALSE 0.356 94.000 0.231 NA   NA
 10158480 10158481 HVO_0020 HVO_0021 thiQ thiP FALSE 0.333 104.000 0.045 0.064 N NA
 10158481 10158482 HVO_0021 HVO_0022 thiP thiB TRUE 0.966 10.000 0.697 0.064 N NA
 10158489 10158490 HVO_0029 HVO_0030 uvrB mutT TRUE 0.647 7.000 0.000 1.000 N NA
 10158490 10158491 HVO_0030 HVO_0031 mutT   FALSE 0.025 224.000 0.000 NA   NA
 10158491 10158492 HVO_0031 HVO_0032     FALSE 0.400 15.000 0.000 NA   NA
 10158492 10158493 HVO_0032 HVO_0033   uspA1 FALSE 0.437 70.000 0.103 1.000   NA
 10158494 10158495 HVO_0034 HVO_0035 act1   FALSE 0.003 451.000 0.000 NA N NA
 10158496 10158497 HVO_0036 HVO_0037     FALSE 0.137 51.000 0.000 NA   NA
 10158498 10158499 HVO_0038 HVO_0039 cyc rad3b FALSE 0.384 82.000 0.136 1.000 N NA
 10158501 10158502 HVO_0041 HVO_0042 argF argE TRUE 0.644 84.000 0.015 1.000 Y NA
 10158502 10158503 HVO_0042 HVO_0043 argE argD TRUE 0.996 -3.000 0.243 1.000 Y NA
 10158503 10158504 HVO_0043 HVO_0044 argD argB TRUE 0.994 -3.000 0.039 1.000 Y NA
 10158504 10158505 HVO_0044 HVO_0045 argB argC TRUE 0.853 55.000 0.058 0.002 Y NA
 10158505 10158506 HVO_0045 HVO_0046 argC rimK1 TRUE 0.983 -3.000 0.209 1.000 N NA
 10158506 10158507 HVO_0046 HVO_0047 rimK1 lysW TRUE 0.990 2.000 0.667 1.000   NA
 10158507 10158508 HVO_0047 HVO_0048 lysW argH FALSE 0.041 321.000 0.042 1.000   NA
 10158508 10158509 HVO_0048 HVO_0049 argH argG TRUE 0.986 2.000 0.012 1.000 Y NA
 10158509 10158510 HVO_0049 HVO_0050 argG   FALSE 0.015 275.000 0.000 NA   NA
 10158510 10158511 HVO_0050 HVO_0051   kefB FALSE 0.076 94.000 0.000 NA   NA
 10158511 10158512 HVO_0051 HVO_0052 kefB   TRUE 0.998 0.000 0.714 1.000 Y NA
 10158512 10158513 HVO_0052 HVO_0053     TRUE 0.491 44.000 0.154 NA   NA
 10158513 10158514 HVO_0053 HVO_0054   glyS TRUE 0.705 7.000 0.013 NA   NA
 10158514 10158515 HVO_0054 HVO_0055 glyS   TRUE 0.938 -7.000 0.011 1.000   NA
 10158515 10158516 HVO_0055 HVO_0056     FALSE 0.093 133.000 0.000 NA   NA
 10158516 10158517 HVO_0056 HVO_0057     FALSE 0.111 62.000 0.000 NA   NA
 10158517 10158518 HVO_0057 HVO_0058   dppF1 TRUE 0.750 3.000 0.000 NA   NA
 10158518 10158519 HVO_0058 HVO_0059 dppF1 dppD1 TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.010 Y NA
 10158519 10158520 HVO_0059 HVO_0060 dppD1 dppC1 TRUE 0.971 -3.000 0.065 1.000 N NA
 10158520 10158521 HVO_0060 HVO_0061 dppC1 dppB1 TRUE 0.908 7.000 0.087 0.064 N NA
 10158521 10158522 HVO_0061 HVO_0062 dppB1 dppA1 TRUE 0.771 213.000 0.750 0.064 Y NA
 10158523 10158524 HVO_0063 HVO_0064     FALSE 0.136 106.000 0.017 NA   NA
 10158524 10158525 HVO_0064 HVO_0065   polD2 TRUE 0.926 3.000 0.101 NA   NA
 10158527 10158528 HVO_0067 HVO_0068   panE FALSE 0.300 71.000 0.011 1.000   NA
 10158529 10158530 HVO_0069 HVO_0070     TRUE 0.504 79.000 0.250 1.000 N NA
 10158530 10158531 HVO_0070 HVO_0071     TRUE 0.738 45.000 0.583 NA   NA
 10158531 10158532 HVO_0071 HVO_0072     FALSE 0.074 159.000 0.000 NA   NA
 10158534 10158535 HVO_0073 HVO_0075 recJ   FALSE 0.053 137.000 0.000 NA N NA
 10158535 10158536 HVO_0075 HVO_0076   hemD TRUE 0.702 2.000 0.000 NA N NA
 10158536 10158537 HVO_0076 HVO_0077 hemD hemX TRUE 0.998 -3.000 0.679 1.000 Y NA
 10158537 10158538 HVO_0077 HVO_0078 hemX hemC TRUE 0.937 2.000 0.018 1.000   NA
 10158539 10158540 HVO_0079 HVO_0080     FALSE 0.115 76.000 0.000 NA   NA
 10158541 10158542 HVO_0081 HVO_0082 hemL   FALSE 0.088 143.000 0.000 NA   NA
 10158542 10158543 HVO_0082 HVO_0083     FALSE 0.041 193.000 0.000 NA   NA
 10158543 10158544 HVO_0083 HVO_0084   amt1 TRUE 0.943 4.000 0.235 1.000 N NA
 10158544 10158545 HVO_0084 HVO_0085 amt1   FALSE 0.052 380.000 0.235 1.000 N NA
 10158545 10158546 HVO_0085 HVO_0086   amt2 TRUE 0.984 -3.000 0.235 1.000 N NA
 10158546 10158547 HVO_0086 HVO_0087 amt2 hemB FALSE 0.013 344.000 0.000 1.000 N NA
 10158548 10158549 HVO_0088 HVO_0089     FALSE 0.169 43.000 0.000 NA   NA
 10158550 10158551 HVO_0090 HVO_0091     TRUE 0.674 76.000 0.611 NA   NA
 10158555 10158556 HVO_0095 HVO_0096     FALSE 0.397 104.000 0.333 NA   NA
 10158556 10158557 HVO_0096 HVO_0097     FALSE 0.404 125.000 0.250 NA   NA
 10158558 10158559 HVO_0098 HVO_0099     FALSE 0.347 82.000 0.143 NA   NA
 10158559 10158560 HVO_0099 HVO_0099A     FALSE 0.006 405.000 0.000 NA   NA
 10158561 10158562 HVO_0100 HVO_0101     FALSE 0.198 78.000 0.012 NA   NA
 10158563 10158564 HVO_0102 HVO_0103 htpX   TRUE 0.827 7.000 0.093 NA   NA
 10158564 10158565 HVO_0103 HVO_0104   radA FALSE 0.017 259.000 0.000 NA   NA
 10158565 10158566 HVO_0104 HVO_0105 radA   FALSE 0.018 251.000 0.000 NA   NA
 10158566 10158567 HVO_0105 HVO_0106     TRUE 0.671 11.000 0.026 NA   NA
 10158568 10158569 HVO_0107 HVO_0108 sufA   FALSE 0.119 73.000 0.000 NA   NA
 10158569 10158570 HVO_0108 HVO_0109   sufS FALSE 0.118 74.000 0.000 NA   NA
 10158572 10158573 HVO_0111 HVO_0112     TRUE 0.953 1.000 0.085 NA   NA
 10158574 10158575 HVO_0113 HVO_0114     FALSE 0.374 27.000 0.000 1.000 N NA
 10158575 10158576 HVO_0114 HVO_0115   rpl39R FALSE 0.236 151.000 0.020 1.000   NA
 10158576 10158577 HVO_0115 HVO_0116 rpl39R rpl31R TRUE 0.981 4.000 0.434 0.020   NA
 10158577 10158578 HVO_0116 HVO_0117 rpl31R   TRUE 0.991 4.000 0.474 1.000 Y NA
 10158578 10158579 HVO_0117 HVO_0118   rplX TRUE 0.555 82.000 0.324 1.000   NA
 10158579 10158580 HVO_0118 HVO_0119 rplX pfdA TRUE 0.990 -3.000 0.348 1.000   NA
 10158580 10158581 HVO_0119 HVO_0120 pfdA ftsY TRUE 0.526 33.000 0.050 1.000 N NA
 10158582 10158583 HVO_0121 HVO_0122   serA1 TRUE 0.902 34.000 0.250 1.000 Y NA
 10158584 10158585 HVO_0123 HVO_0124 srp54   FALSE 0.153 110.000 0.004 1.000 N NA
 10158585 10158586 HVO_0124 HVO_0125     TRUE 0.997 1.000 0.204 0.003 Y NA
 10158586 10158587 HVO_0125 HVO_0126     FALSE 0.329 75.000 0.074 NA   NA
 10158588 10158589 HVO_0127 HVO_0128     TRUE 0.896 3.000 0.042 NA   NA
 10158590 10158591 HVO_0129 HVO_3016     FALSE 0.162 44.000 0.000 NA   NA
 10158591 10158592 HVO_3016 HVO_0131     FALSE 0.006 414.000 0.000 NA   NA
 10158592 10158593 HVO_0131 HVO_0131A     FALSE 0.118 74.000 0.000 NA   NA
 10158594 10158595 HVO_0132 HVO_0133   cct1 FALSE 0.011 306.000 0.000 NA   NA
 10158595 10158596 HVO_0133 HVO_0134 cct1   FALSE 0.078 223.000 0.012 1.000   NA
 10158596 10158597 HVO_0134 HVO_0135   rio1 FALSE 0.212 94.000 0.012 1.000   NA
 10158597 10158598 HVO_0135 HVO_0136 rio1 tif1A1 FALSE 0.099 102.000 0.000 1.000 N NA
 10158600 10158601 HVO_0137 HVO_0138   tyrS FALSE 0.116 93.000 0.000 1.000 N NA
 10158604 10158605 HVO_0141 HVO_0142     TRUE 0.853 9.000 0.200 NA   NA
 10158606 10158607 HVO_0143 HVO_0144 phzF rnz FALSE 0.293 55.000 0.004 1.000   NA
 10158608 10158609 HVO_0145 HVO_0146 rfcC   TRUE 0.943 0.000 0.010 1.000 N NA
 10158609 10158610 HVO_0146 HVO_0147   ureB FALSE 0.031 241.000 0.000 1.000 N NA
 10158610 10158611 HVO_0147 HVO_0148 ureB ureC TRUE 0.999 -3.000 0.750 0.002 Y NA
 10158611 10158612 HVO_0148 HVO_0149 ureC ureA TRUE 0.999 -3.000 0.750 0.001 Y NA
 10158612 10158613 HVO_0149 HVO_0150 ureA ureG TRUE 0.993 -3.000 0.273 0.003 N NA
 10158613 10158614 HVO_0150 HVO_0151 ureG ureD TRUE 0.997 0.000 0.118 0.003 Y NA
 10158614 10158615 HVO_0151 HVO_0152 ureD ureE TRUE 0.996 0.000 0.071 0.003 Y NA
 10158615 10158616 HVO_0152 HVO_0153 ureE   TRUE 0.997 -3.000 0.087 0.003 Y NA
 10158616 10158617 HVO_0153 HVO_0154     FALSE 0.082 90.000 0.000 NA   NA
 10158618 10158619 HVO_0155 HVO_0156   trmL FALSE 0.066 102.000 0.000 NA   NA
 10158620 10158621 HVO_0157 HVO_0158   tbp1 FALSE 0.429 59.000 0.182 NA   NA
 10158621 10158622 HVO_0158 HVO_0159 tbp1   TRUE 0.591 80.000 0.455 NA   NA
 10158622 10158623 HVO_0159 HVO_0160     FALSE 0.152 46.000 0.000 NA   NA
 10158626 10158627 HVO_0163 HVO_0164     TRUE 0.987 -3.000 0.333 NA   NA
 10158632 10158633 HVO_0169 HVO_0170   hjc FALSE 0.069 73.000 0.000 NA N NA
 10158640 10158641 HVO_0176 HVO_0178 cat1   TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158642 10158643 HVO_0179 HVO_0180 trh1 ftsJ FALSE 0.038 166.000 0.000 NA N NA
 10158643 10158644 HVO_0180 HVO_0181 ftsJ   FALSE 0.081 150.000 0.000 NA   NA
 10158645 10158646 HVO_0182 HVO_0183     FALSE 0.120 57.000 0.000 NA   NA
 10158646 10158647 HVO_0183 HVO_0184     TRUE 0.938 -7.000 0.053 NA   NA
 10158647 10158648 HVO_0184 HVO_0185   tatCt FALSE 0.452 120.000 0.353 NA   NA
 10158649 10158650 HVO_0186 HVO_0187 tatCo   FALSE 0.075 113.000 0.000 NA   NA
 10158654 10158655 HVO_0191 HVO_0193 mutS5a   FALSE 0.126 55.000 0.000 NA   NA
 10158657 10158658 HVO_0194 HVO_0195 orc9 rpiA FALSE 0.235 61.000 0.008 1.000 N NA
 10158660 10158661 HVO_0197 HVO_0197A     FALSE 0.083 148.000 0.000 NA   NA
 10158661 10158662 HVO_0197A HVO_0198     FALSE 0.074 95.000 0.000 NA   NA
 10158662 10158663 HVO_0198 HVO_0199   pmm FALSE 0.325 63.000 0.051 1.000 N NA
 10158664 10158665 HVO_0200 HVO_0201     FALSE 0.094 84.000 0.000 NA   NA
 10158665 10158666 HVO_0201 HVO_0202     TRUE 0.853 9.000 0.200 NA   NA
 10158668 10158669 HVO_0204 HVO_0205 kinA1 tspO TRUE 0.617 148.000 0.018 1.000 Y NA
 10158670 10158671 HVO_0206 HVO_0207 alaS1   FALSE 0.142 105.000 0.021 NA   NA
 10158671 10158672 HVO_0207 HVO_0208     FALSE 0.355 115.000 0.231 NA   NA
 10158672 10158673 HVO_0208 HVO_0209   acd1 FALSE 0.083 176.000 0.000 1.000 N NA
 10158673 10158674 HVO_0209 HVO_0210 acd1   FALSE 0.072 109.000 0.000 NA   NA
 10158674 10158675 HVO_0210 HVO_0211   ferB1 FALSE 0.037 203.000 0.000 NA   NA
 10158675 10158676 HVO_0211 HVO_0212 ferB1   FALSE 0.278 45.000 0.000 1.000   NA
 10158676 10158677 HVO_0212 HVO_0213     FALSE 0.158 123.000 0.000 1.000   NA
 10158677 10158678 HVO_0213 HVO_0214     FALSE 0.084 192.000 0.000 1.000   NA
 10158679 10158680 HVO_0215 HVO_0216   cbiQ1 FALSE 0.369 82.000 0.114 1.000 N NA
 10158680 10158681 HVO_0216 HVO_0217 cbiQ1 cbiO1 TRUE 0.991 -6.000 0.043 1.000 Y NA
 10158681 10158682 HVO_0217 HVO_0218 cbiO1 bioY TRUE 0.940 1.000 0.046 NA   NA
 10158683 10158684 HVO_0219 HVO_0220 cmi4 mcm FALSE 0.454 54.000 0.176 NA   NA
 10158684 10158685 HVO_0220 HVO_0221 mcm   FALSE 0.435 101.000 0.400 NA   NA
 10158685 10158686 HVO_0221 HVO_0222     TRUE 0.568 151.000 0.571 NA   NA
 10158686 10158687 HVO_0222 HVO_0223     TRUE 0.995 -3.000 0.875 NA   NA
 10158687 10158688 HVO_0223 HVO_0224     TRUE 0.697 52.000 0.556 NA   NA
 10158688 10158689 HVO_0224 HVO_0225   minD1 TRUE 0.995 -3.000 0.889 NA   NA
 10158692 10158693 HVO_0228 HVO_0229     FALSE 0.116 69.000 0.000 NA   NA
 10158693 10158694 HVO_0229 HVO_0230   hit1 FALSE 0.084 89.000 0.000 NA   NA
 10158694 10158695 HVO_0230 HVO_0231 hit1 ugd1 FALSE 0.019 289.000 0.010 NA N NA
 10158695 10158696 HVO_0231 HVO_0232 ugd1   TRUE 0.909 1.000 0.010 NA   NA
 10158696 10158697 HVO_0232 HVO_0233     FALSE 0.289 55.000 0.041 NA   NA
 10158697 10158698 HVO_0233 HVO_0234     FALSE 0.361 61.000 0.122 NA   NA
 10158698 10158699 HVO_0234 HVO_0235     FALSE 0.185 97.000 0.045 NA   NA
 10158700 10158701 HVO_0236 HVO_0237     FALSE 0.281 78.000 0.010 1.000   NA
 10158701 10158702 HVO_0237 HVO_0238     TRUE 0.899 2.000 0.000 1.000   NA
 10158705 10158706 HVO_0241 HVO_0242   pepB1 FALSE 0.010 316.000 0.000 NA   NA
 10158711 10158712 HVO_0247 HVO_0248     FALSE 0.169 43.000 0.000 NA   NA
 10158712 10158713 HVO_0248 HVO_0249     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158715 10158716 HVO_0251 HVO_0252   bcp2 TRUE 0.998 0.000 0.857 1.000 Y NA
 10158716 10158717 HVO_0252 HVO_0253 bcp2   FALSE 0.131 94.000 0.023 NA N NA
 10158719 10158720 HVO_0255 HVO_0256     TRUE 0.676 4.000 0.000 NA   NA
 10158721 10158722 HVO_0257 HVO_0258     FALSE 0.035 207.000 0.000 NA   NA
 10158722 10158723 HVO_0258 HVO_0259     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158724 10158725 HVO_0260 HVO_0261 phrH1   FALSE 0.436 12.000 0.000 NA   NA
 10158725 10158726 HVO_0261 HVO_0262     FALSE 0.076 117.000 0.000 NA   NA
 10158730 10158731 HVO_0265 HVO_0266     TRUE 0.987 2.000 0.667 NA   NA
 10158733 10158734 HVO_0268 HVO_0269     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158734 10158735 HVO_0269 HVO_0270     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158735 10158736 HVO_0270 HVO_0271     TRUE 0.540 7.000 0.000 NA   NA
 10158736 10158737 HVO_0271 HVO_0272     FALSE 0.216 34.000 0.000 NA   NA
 10158737 10158738 HVO_0272 HVO_0273     TRUE 0.842 -6.000 0.000 NA   NA
 10158738 10158739 HVO_0273 HVO_0274     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158739 10158740 HVO_0274 HVO_0275     FALSE 0.044 236.000 0.000 1.000   NA
 10158740 10158741 HVO_0275 HVO_0276     TRUE 0.635 103.000 0.000 0.015 Y NA
 10158741 10158742 HVO_0276 HVO_0277     FALSE 0.002 1060.000 0.000 NA   NA
 10158742 10158743 HVO_0277 HVO_0278     FALSE 0.010 327.000 0.000 NA   NA
 10158744 10158745 HVO_0279 HVO_0280     FALSE 0.084 124.000 0.000 NA   NA
 10158745 10158746 HVO_0280 HVO_0280A     TRUE 0.866 0.000 0.000 NA   NA
 10158746 10158747 HVO_0280A HVO_3017     FALSE 0.111 65.000 0.000 NA   NA
 10158747 10158748 HVO_3017 HVO_0282   arsB1 FALSE 0.139 50.000 0.000 NA   NA
 10158748 10158749 HVO_0282 HVO_0283 arsB1 ashA FALSE 0.219 72.000 0.000 1.000   NA
 10158749 10158750 HVO_0283 HVO_0284 ashA   FALSE 0.154 151.000 0.000 1.000   NA
 10158752 10158753 HVO_0286 HVO_0287     FALSE 0.059 173.000 0.000 NA   NA
 10158753 10702416 HVO_0287 HVO_3070     FALSE 0.023 232.000 0.000 NA   NA
 10158755 10158756 HVO_0290 HVO_0291   rpap3 FALSE 0.314 165.000 0.207 NA   NA
 10158756 10158757 HVO_0291 HVO_0292 rpap3 rpa3 TRUE 0.991 1.000 0.724 NA   NA
 10158758 10158759 HVO_0293 HVO_0294   manC FALSE 0.332 55.000 0.065 NA   NA
 10158759 10158760 HVO_0294 HVO_0295 manC   FALSE 0.175 42.000 0.000 NA   NA
 10158761 10158762 HVO_0296 HVO_0297     FALSE 0.286 112.000 0.065 1.000   NA
 10158762 10158763 HVO_0297 HVO_0298     FALSE 0.184 77.000 0.007 NA   NA
 10158766 10158767 HVO_0301 HVO_0302     FALSE 0.092 131.000 0.000 NA   NA
 10158768 10158769 HVO_0303 HVO_0304 fps etfA1 FALSE 0.018 304.000 0.000 1.000 N NA
 10158769 10158770 HVO_0304 HVO_0305 etfA1 etfB1 TRUE 0.999 -3.000 0.800 0.018 Y NA
 10158770 10158771 HVO_0305 HVO_0306 etfB1   FALSE 0.321 70.000 0.069 NA   NA
 10158772 10158773 HVO_0307 HVO_0308     TRUE 0.653 94.000 0.833 NA   NA
 10158775 10158776 HVO_0310 HVO_0311 atpH atpI TRUE 0.981 -13.000 0.132 0.004   NA
 10158776 10158777 HVO_0311 HVO_0312 atpI atpK TRUE 0.749 175.000 0.848 0.004   NA
 10158777 10158778 HVO_0312 HVO_0313 atpK atpE TRUE 0.940 22.000 0.489 0.004   NA
 10158778 10158779 HVO_0313 HVO_0314 atpE atpC TRUE 0.998 -3.000 0.236 0.004 Y NA
 10158779 10158780 HVO_0314 HVO_0315 atpC atpF TRUE 0.999 -3.000 0.462 0.004 Y NA
 10158780 10158781 HVO_0315 HVO_0316 atpF atpA TRUE 0.990 7.000 0.437 0.004 Y NA
 10158781 10158782 HVO_0316 HVO_0317 atpA atpB TRUE 0.994 5.000 0.632 0.004 Y NA
 10158782 10158783 HVO_0317 HVO_0318 atpB   FALSE 0.173 130.000 0.000 1.000   NA
 10158783 10158784 HVO_0318 HVO_0319   atpD1 FALSE 0.078 199.000 0.000 1.000   NA
 10158784 10158785 HVO_0319 HVO_0320 atpD1   FALSE 0.236 82.000 0.038 NA   NA
 10158787 10158788 HVO_0322 HVO_0323     FALSE 0.186 40.000 0.000 NA   NA
 10158790 10158791 HVO_0325 HVO_0326     FALSE 0.005 460.000 0.000 NA   NA
 10158791 10158792 HVO_0326 HVO_0327   ribB TRUE 0.999 -3.000 0.438 0.002 Y NA
 10158795 10158796 HVO_0330 HVO_0331     TRUE 0.711 80.000 0.750 NA   NA
 10158797 10158798 HVO_0332 HVO_0333   pyrE2 FALSE 0.193 67.000 0.024 NA N NA
 10158798 10158799 HVO_0333 HVO_0334 pyrE2   TRUE 0.808 75.000 0.016 0.005 Y NA
 10158799 10158800 HVO_0334 HVO_0335     FALSE 0.164 187.000 0.035 1.000   NA
 10158800 10158801 HVO_0335 HVO_0336     FALSE 0.062 253.000 0.071 NA   NA
 10158801 10158802 HVO_0336 HVO_0337   grx FALSE 0.066 103.000 0.000 NA   NA
 10158806 10158807 HVO_0341 HVO_0342   crcB1 TRUE 0.706 21.000 0.114 NA   NA
 10158807 10158808 HVO_0342 HVO_0343 crcB1 crcB2 TRUE 0.996 -3.000 0.360 NA Y NA
 10158809 10158810 HVO_3018 HVO_3019     FALSE 0.247 30.000 0.000 NA   NA
 10158811 10158812 HVO_0346 HVO_0347 rpoH rpoB2 TRUE 0.994 -3.000 0.292 0.005   NA
 10158812 10158813 HVO_0347 HVO_0348 rpoB2 rpoB1 TRUE 0.995 2.000 0.909 0.005   NA
 10158813 10158814 HVO_0348 HVO_0349 rpoB1 rpoA1 TRUE 0.964 7.000 0.333 0.005   NA
 10158814 10158815 HVO_0349 HVO_0350 rpoA1 rpoA2 TRUE 0.986 -7.000 0.172 0.005   NA
 10158815 10158816 HVO_0350 HVO_0351 rpoA2   TRUE 0.905 3.000 0.010 1.000   NA
 10158816 10158817 HVO_0351 HVO_0352     FALSE 0.126 55.000 0.000 NA   NA
 10158817 10158818 HVO_0352 HVO_0353   rps12 FALSE 0.024 228.000 0.000 NA   NA
 10158818 10158819 HVO_0353 HVO_0354 rps12 rps7 TRUE 0.996 3.000 0.410 0.003 Y NA
 10158821 10158822 HVO_0356 HVO_0357 tef2   FALSE 0.007 298.000 0.000 NA N NA
 10158822 10158823 HVO_0357 HVO_0358   hom1 TRUE 0.998 -3.000 0.615 NA Y NA
 10158823 10158824 HVO_0358 HVO_0359 hom1 tef1a1 FALSE 0.133 191.000 0.035 1.000 N NA
 10158824 10158825 HVO_0359 HVO_0360 tef1a1 rps10 TRUE 0.990 3.000 0.249 1.000 Y NA
 10158825 10158826 HVO_0360 HVO_3020 rps10   FALSE 0.017 255.000 0.000 NA   NA
 10158826 10158827 HVO_3020 HVO_0362     FALSE 0.015 275.000 0.000 NA   NA
 10158827 10158828 HVO_0362 HVO_0364     FALSE 0.041 194.000 0.000 NA   NA
 10158829 10158830 HVO_0363 HVO_0365     TRUE 0.797 -10.000 0.000 NA   NA
 10158830 10158831 HVO_0365 HVO_0366     TRUE 0.825 -7.000 0.000 NA   NA
 10158831 10158832 HVO_0366 HVO_0367     TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10158832 10158833 HVO_0367 HVO_0368     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158833 10158834 HVO_0368 HVO_0369     TRUE 0.866 0.000 0.000 NA   NA
 10158834 10158835 HVO_0369 HVO_0370     TRUE 0.866 0.000 0.000 NA   NA
 10158835 10158836 HVO_0370 HVO_0371     TRUE 0.866 0.000 0.000 NA   NA
 10158836 10158837 HVO_0371 HVO_0372     FALSE 0.454 11.000 0.000 NA   NA
 10158837 10158838 HVO_0372 HVO_0373     TRUE 0.676 4.000 0.000 NA   NA
 10158839 10158840 HVO_0374 HVO_0375     FALSE 0.078 120.000 0.000 NA   NA
 10158840 10158841 HVO_0375 HVO_0376     TRUE 0.825 -7.000 0.000 NA   NA
 10158841 10158842 HVO_0376 HVO_0377     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158842 10158843 HVO_0377 HVO_0378     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158843 10158844 HVO_0378 HVO_0379     FALSE 0.004 569.000 0.000 NA   NA
 10158846 10158847 HVO_0381 HVO_0382     FALSE 0.073 110.000 0.000 NA   NA
 10158847 10158848 HVO_0382 HVO_0383     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158848 10158849 HVO_0383 HVO_0384     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158849 10158850 HVO_0384 HVO_0385     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158850 10158851 HVO_0385 HVO_0386     FALSE 0.002 1065.000 0.000 NA   NA
 10158851 10158852 HVO_0386 HVO_0387     FALSE 0.070 97.000 0.000 NA   NA
 10158853 10158854 HVO_0388 HVO_0389 vacB   FALSE 0.264 121.000 0.098 NA   NA
 10158857 10158858 HVO_0392 HVO_0393   uvrA FALSE 0.121 120.000 0.002 NA   NA
 10158858 10158859 HVO_0393 HVO_0394 uvrA   FALSE 0.016 270.000 0.000 NA   NA
 10158859 10158860 HVO_0394 HVO_0395     FALSE 0.061 171.000 0.000 NA   NA
 10158860 10158861 HVO_0395 HVO_0396   bchP FALSE 0.212 76.000 0.000 1.000   NA
 10158862 10158863 HVO_0397 HVO_0398 ygfZ   FALSE 0.268 166.000 0.155 NA   NA
 10158864 10158865 HVO_0399 HVO_0400     TRUE 0.552 71.000 0.333 NA   NA
 10158865 10158866 HVO_0400 HVO_0401   uspA2 FALSE 0.041 193.000 0.000 NA   NA
 10158866 10158867 HVO_0401 HVO_0402 uspA2   FALSE 0.110 78.000 0.000 NA   NA
 10158867 10158868 HVO_0402 HVO_0403   glcK FALSE 0.091 85.000 0.000 NA   NA
 10158871 10158872 HVO_0406 HVO_0407     TRUE 0.973 -3.000 0.120 NA   NA
 10158874 10158875 HVO_0409 HVO_0410 ribE   FALSE 0.230 32.000 0.000 NA   NA
 10158875 10158876 HVO_0410 HVO_0411   arsB2b FALSE 0.037 201.000 0.000 NA   NA
 10158876 10158877 HVO_0411 HVO_0412 arsB2b arsB2a TRUE 0.982 -3.000 0.000 0.005   NA
 10158879 10158880 HVO_0414 HVO_0415   uvrD TRUE 0.849 7.000 0.088 1.000 N NA
 10158880 10158881 HVO_0415 HVO_0416 uvrD   FALSE 0.225 159.000 0.022 1.000   NA
 10158881 10158882 HVO_0416 HVO_0417   cxp FALSE 0.152 92.000 0.000 1.000   NA
 10158882 10158883 HVO_0417 HVO_0418 cxp   FALSE 0.080 195.000 0.000 1.000   NA
 10158883 10158884 HVO_0418 HVO_0419     FALSE 0.135 107.000 0.000 1.000   NA
 10158885 10158886 HVO_0420 HVO_0421 mpcT   FALSE 0.228 118.000 0.021 1.000   NA
 10158888 10158889 HVO_0423 HVO_0424     TRUE 0.963 3.000 0.328 NA   NA
 10158889 10158890 HVO_0424 HVO_0425     FALSE 0.093 137.000 0.000 NA   NA
 10158890 10158891 HVO_0425 HVO_0426     FALSE 0.126 55.000 0.000 NA   NA
 10158892 10158893 HVO_0427 HVO_0428 rtcA uspA3 TRUE 0.932 1.000 0.012 1.000 N NA
 10158893 10158894 HVO_0428 HVO_0429 uspA3   FALSE 0.310 82.000 0.034 1.000   NA
 10158895 10158896 HVO_0430 HVO_0431     TRUE 0.526 32.000 0.075 NA   NA
 10158896 10158897 HVO_0431 HVO_0432     FALSE 0.139 50.000 0.000 NA   NA
 10158897 10158898 HVO_0432 HVO_0433   npdG FALSE 0.079 92.000 0.000 NA   NA
 10158899 10158900 HVO_0434 HVO_0435     FALSE 0.034 235.000 0.000 1.000 N NA
 10158900 10158901 HVO_0435 HVO_0436   pdxT FALSE 0.149 79.000 0.012 NA N NA
 10158901 10158902 HVO_0436 HVO_0437 pdxT sec61b FALSE 0.189 56.000 0.019 NA N NA
 10158903 10158904 HVO_0438 HVO_0439 trxA1 rpl40R FALSE 0.230 114.000 0.022 1.000   NA
 10158905 10158906 HVO_0440 HVO_0441     TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10158907 10158908 HVO_0442 HVO_0443     TRUE 0.971 -3.000 0.106 NA   NA
 10158908 10158909 HVO_0443 HVO_0444   ugd3 TRUE 0.626 25.000 0.077 NA   NA
 10158910 10158911 HVO_0445 HVO_0446 phnE1 phnC1 TRUE 0.994 -10.000 0.107 0.002 Y NA
 10158911 10158912 HVO_0446 HVO_0447 phnC1 phnD1 TRUE 0.780 96.000 0.107 0.002 Y NA
 10158913 10158914 HVO_0448 HVO_0449 hisH pheA1 TRUE 0.707 55.000 0.010 1.000 Y NA
 10158914 10158915 HVO_0449 HVO_0450 pheA1 hsp20A FALSE 0.106 144.000 0.006 NA N NA
 10158915 10158916 HVO_0450 HVO_0451 hsp20A hsp20B FALSE 0.486 120.000 0.000 NA Y NA
 10158916 10158917 HVO_0451 HVO_0452 hsp20B leuS FALSE 0.016 215.000 0.000 NA N NA
 10158917 10158918 HVO_0452 HVO_0453 leuS   FALSE 0.084 124.000 0.000 NA   NA
 10158919 10158920 HVO_0454 HVO_0455 ocd1 cct2 FALSE 0.018 299.000 0.000 1.000 N NA
 10158920 10158921 HVO_0455 HVO_0456 cct2   FALSE 0.250 186.000 0.231 NA   NA
 10158921 10158922 HVO_0456 HVO_0457     FALSE 0.110 64.000 0.000 NA   NA
 10158922 10158923 HVO_0457 HVO_3021     FALSE 0.004 546.000 0.000 NA   NA
 10158923 10158924 HVO_3021 HVO_0459     FALSE 0.021 238.000 0.000 NA   NA
 10158924 10158925 HVO_0459 HVO_0460     FALSE 0.091 85.000 0.000 NA   NA
 10158925 10158926 HVO_0460 HVO_0461   cydB FALSE 0.186 40.000 0.000 NA   NA
 10158926 10158927 HVO_0461 HVO_0462 cydB cioA TRUE 0.997 -7.000 0.600 0.059 Y NA
 10158927 10158928 HVO_0462 HVO_0463 cioA   FALSE 0.110 63.000 0.000 NA   NA
 10158928 10158929 HVO_0463 HVO_0464   ilvA1 FALSE 0.024 225.000 0.000 NA   NA
 10158934 10158935 HVO_0469 HVO_0470   thrC1 FALSE 0.302 97.000 0.095 1.000   NA
 10158936 10158937 HVO_0471 HVO_0472     FALSE 0.087 126.000 0.000 NA   NA
 10158939 10158940 HVO_0474 HVO_0475 pimT1   TRUE 0.516 22.000 0.014 NA   NA
 10158940 10158941 HVO_0475 HVO_0476     FALSE 0.172 97.000 0.037 NA   NA
 10158941 10158942 HVO_0476 HVO_0477   ampS1 FALSE 0.290 139.000 0.093 NA   NA
 10158944 10158945 HVO_0479 HVO_0480   pgk FALSE 0.006 416.000 0.000 NA   NA
 10158945 10158946 HVO_0480 HVO_0481 pgk gap TRUE 0.822 76.000 0.035 0.003 Y NA
 10158948 10158949 HVO_0483 HVO_0484 rimK2 rpl10R TRUE 0.646 86.000 0.028 1.000 Y NA
 10158952 10158953 HVO_0487 HVO_0488     FALSE 0.090 129.000 0.000 NA   NA
 10158953 10158954 HVO_0488 HVO_0489     FALSE 0.118 71.000 0.000 NA   NA
 10158954 10158955 HVO_0489 HVO_0490     FALSE 0.086 125.000 0.000 NA   NA
 10158955 10158956 HVO_0490 HVO_0491     FALSE 0.457 118.000 0.375 NA   NA
 10158956 10158957 HVO_0491 HVO_0492   boa1 TRUE 0.588 103.000 0.625 1.000   NA
 10158957 10158958 HVO_0492 HVO_0493 boa1   TRUE 0.627 115.000 0.400 0.073   NA
 10158958 10158959 HVO_0493 HVO_0494     FALSE 0.076 118.000 0.000 NA   NA
 10158960 10158961 HVO_3022 HVO_0496     FALSE 0.139 50.000 0.000 NA   NA
 10158961 10158962 HVO_0496 HVO_0497   cspD1 FALSE 0.062 170.000 0.000 NA   NA
 10158962 10158963 HVO_0497 HVO_0498 cspD1 cspD2 TRUE 0.622 160.000 0.000 0.062 Y NA
 10158963 10158964 HVO_0498 HVO_3023 cspD2   FALSE 0.006 431.000 0.000 NA   NA
 10158964 10158965 HVO_3023 HVO_0500     FALSE 0.111 62.000 0.000 NA   NA
 10158965 10158966 HVO_0500 HVO_0501     FALSE 0.152 46.000 0.000 NA   NA
 10158969 10158970 HVO_0504 HVO_0505     FALSE 0.279 41.000 0.007 NA   NA
 10158970 10158971 HVO_0505 HVO_0506     FALSE 0.382 105.000 0.308 NA   NA
 10158971 10158972 HVO_0506 HVO_0507     TRUE 0.567 44.000 0.154 1.000   NA
 10158973 10158974 HVO_0508 HVO_0509     FALSE 0.084 89.000 0.000 NA   NA
 10158974 10158975 HVO_0509 HVO_0510     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10158980 10158981 HVO_0515 HVO_0516     FALSE 0.068 165.000 0.000 NA   NA
 10158982 10158983 HVO_0518 HVO_0519   rpa2 FALSE 0.045 189.000 0.000 NA   NA
 10158983 10158984 HVO_0519 HVO_0520 rpa2 hstA FALSE 0.175 193.000 0.093 1.000 N NA
 10158984 10158985 HVO_0520 HVO_0522 hstA hdal TRUE 0.997 0.000 0.600 NA Y NA
 10158987 10158988 HVO_3025 HVO_3026     FALSE 0.070 97.000 0.000 NA   NA
 10158988 10158989 HVO_3026 HVO_0525     FALSE 0.060 172.000 0.000 NA   NA
 10158989 10158990 HVO_0525 HVO_0526     FALSE 0.016 270.000 0.000 NA   NA
 10158991 10158992 HVO_0527 HVO_0528     FALSE 0.007 377.000 0.000 NA   NA
 10158993 10158994 HVO_0530 HVO_0531 tsgA1 tsgB1 TRUE 0.989 11.000 0.800 0.058 Y NA
 10158994 10158995 HVO_0531 HVO_0532 tsgB1 tsgC1 TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.058 Y NA
 10158995 10158996 HVO_0532 HVO_0534 tsgC1 tsgD1 TRUE 0.909 121.000 0.833 0.058 Y NA
 10158999 10159000 HVO_0537 HVO_0538   idr FALSE 0.072 109.000 0.000 NA   NA
 10159000 10159001 HVO_0538 HVO_0539 idr   TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159001 10159002 HVO_0539 HVO_0540     FALSE 0.039 198.000 0.000 NA   NA
 10159002 10159003 HVO_0540 HVO_0541   acnA FALSE 0.074 159.000 0.000 NA   NA
 10159003 10159004 HVO_0541 HVO_0542 acnA   FALSE 0.092 131.000 0.000 NA   NA
 10159004 10159005 HVO_0542 HVO_0543     FALSE 0.068 99.000 0.000 NA   NA
 10159006 10159007 HVO_0544 HVO_0545     FALSE 0.010 320.000 0.000 NA   NA
 10159007 10159008 HVO_0545 HVO_0546     FALSE 0.074 111.000 0.000 NA   NA
 10159009 10159010 HVO_0547 HVO_0548   nhaC1 FALSE 0.440 128.000 0.286 NA   NA
 10159010 10159011 HVO_0548 HVO_0549 nhaC1 kdgK FALSE 0.137 137.000 0.000 1.000 N NA
 10159011 10159012 HVO_0549 HVO_0550 kdgK   FALSE 0.084 89.000 0.000 NA   NA
 10159012 10159013 HVO_0550 HVO_0551   mutLb FALSE 0.148 47.000 0.000 NA   NA
 10159013 10159014 HVO_0551 HVO_0552 mutLb mutS1b TRUE 0.998 -3.000 0.220 0.002 Y NA
 10159015 10159016 HVO_0553 HVO_0554 basB basT TRUE 0.985 -3.000 0.333 NA N NA
 10159016 10159017 HVO_0554 HVO_0555 basT htr15a FALSE 0.482 207.000 0.000 0.006 Y NA
 10159017 10159018 HVO_0555 HVO_0556 htr15a   FALSE 0.012 297.000 0.000 NA   NA
 10159021 10159022 HVO_0560 HVO_0561   rpl15R FALSE 0.070 107.000 0.000 NA   NA
 10159022 10159023 HVO_0561 HVO_0562 rpl15R malG FALSE 0.036 229.000 0.000 1.000 N NA
 10159023 10159024 HVO_0562 HVO_0563 malG malF TRUE 0.998 -3.000 0.355 0.058 Y NA
 10159024 10159025 HVO_0563 HVO_0564 malF malE TRUE 0.994 6.000 0.885 0.058 Y NA
 10159028 10159029 HVO_0567 HVO_0568     TRUE 0.935 6.000 0.429 NA N NA
 10159030 10159031 HVO_0569 HVO_0570 rio2 kinA2 FALSE 0.055 536.000 0.000 1.000 Y NA
 10159031 10159032 HVO_0570 HVO_0571 kinA2   FALSE 0.070 97.000 0.000 NA   NA
 10159033 10159034 HVO_0572 HVO_0573 lpl apn1 FALSE 0.261 55.000 0.008 1.000 N NA
 10159034 10159035 HVO_0573 HVO_0574 apn1   FALSE 0.258 82.000 0.010 1.000   NA
 10159042 10159043 HVO_0581 HVO_0582 ftsZ2   TRUE 0.944 3.000 0.089 1.000   NA
 10159043 10159044 HVO_0582 HVO_0583     FALSE 0.132 213.000 0.000 0.061   NA
 10159045 10159046 HVO_3027 HVO_0585     FALSE 0.009 333.000 0.000 NA   NA
 10159046 10159047 HVO_0585 HVO_0586     FALSE 0.209 66.000 0.000 1.000   NA
 10159047 10159048 HVO_0586 HVO_0587   cobD TRUE 0.956 -9.000 0.076 1.000   NA
 10159048 10159049 HVO_0587 HVO_0588 cobD cobS TRUE 0.993 -9.000 0.046 0.014 Y NA
 10159049 10159050 HVO_0588 HVO_0589 cobS cobY TRUE 0.990 0.000 0.025 NA Y NA
 10159050 10159051 HVO_0589 HVO_0590 cobY   TRUE 0.985 -9.000 0.046 NA Y NA
 10159051 10159052 HVO_0590 HVO_0591   cobD1 TRUE 0.965 -10.000 0.015 0.014 N NA
 10159052 10159053 HVO_0591 HVO_0592 cobD1   TRUE 0.950 -7.000 0.033 1.000   NA
 10159053 10159054 HVO_0592 HVO_0593   cobD2 FALSE 0.315 100.000 0.136 1.000   NA
 10159056 10159057 HVO_0595 HVO_0596 minD2   TRUE 0.995 -3.000 0.875 NA   NA
 10159057 10159058 HVO_0596 HVO_0597     FALSE 0.111 65.000 0.000 NA   NA
 10159058 10159059 HVO_0597 HVO_0598     FALSE 0.071 108.000 0.000 NA   NA
 10159061 10159062 HVO_0600 HVO_0601   hom2 TRUE 0.998 -3.000 0.615 NA Y NA
 10159063 10159064 HVO_0602 HVO_0603   aroD FALSE 0.125 542.000 0.013 0.001 Y NA
 10159066 10159067 HVO_0605 HVO_0606 arcR1 menG FALSE 0.015 222.000 0.000 NA N NA
 10159067 10159068 HVO_0606 HVO_0607 menG   FALSE 0.035 205.000 0.000 NA   NA
 10159071 10159072 HVO_0610 HVO_0611     TRUE 0.987 0.000 0.444 NA   NA
 10159072 10159073 HVO_0611 HVO_0612   uspA4 FALSE 0.004 536.000 0.000 NA   NA
 10159073 10159074 HVO_0612 HVO_0613 uspA4   FALSE 0.176 135.000 0.000 1.000   NA
 10159075 10159076 HVO_0614 HVO_0615     TRUE 0.994 -3.000 0.714 NA   NA
 10159076 10159077 HVO_0615 HVO_0616     TRUE 0.991 -7.000 0.857 NA   NA
 10159077 10159078 HVO_0616 HVO_0617     TRUE 0.992 -7.000 1.000 NA   NA
 10159078 10159079 HVO_0617 HVO_0618     TRUE 0.825 -7.000 0.000 NA   NA
 10159079 10159080 HVO_0618 HVO_0619   pilC1 TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159080 10159081 HVO_0619 HVO_0620 pilC1 pilB1 TRUE 0.994 -3.000 0.167 NA Y NA
 10159081 10159082 HVO_0620 HVO_0621 pilB1   FALSE 0.040 222.000 0.000 1.000 N NA
 10159082 10159083 HVO_0621 HVO_0622     FALSE 0.071 205.000 0.000 1.000   NA
 10159084 10159085 HVO_0623 HVO_0624     FALSE 0.068 98.000 0.000 NA   NA
 10159086 10159087 HVO_0625 HVO_0626     FALSE 0.072 109.000 0.000 NA   NA
 10159088 10159089 HVO_0627 HVO_0628 dppDF2 dppA2 TRUE 0.560 148.000 0.000 1.000 Y NA
 10159089 10159090 HVO_0628 HVO_0629 dppA2 dppB2 TRUE 0.973 26.000 0.636 0.058 Y NA
 10159090 10159091 HVO_0629 HVO_0630 dppB2 dppC2 TRUE 0.998 -3.000 0.583 0.058 Y NA
 10159091 10159092 HVO_0630 HVO_0631 dppC2   TRUE 0.941 7.000 0.500 NA   NA
 10159093 10159094 HVO_0632 HVO_0633 fixL cirC TRUE 0.991 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10159094 10159095 HVO_0633 HVO_0634 cirC orc2 FALSE 0.309 153.000 0.000 0.015 N NA
 10159096 10159097 HVO_0635 HVO_0636     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159097 10159098 HVO_0636 HVO_0637     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159098 10159099 HVO_0637 HVO_0638     TRUE 0.981 -12.000 0.500 NA   NA
 10159103 10159104 HVO_0642 HVO_0643     FALSE 0.092 138.000 0.000 NA   NA
 10159105 10159106 HVO_0644 HVO_0645 leuA1   FALSE 0.096 208.000 0.046 NA   NA
 10159107 10159108 HVO_0646 HVO_0647   guaAa FALSE 0.066 101.000 0.000 NA   NA
 10159108 10159109 HVO_0647 HVO_0648 guaAa   FALSE 0.091 177.000 0.006 NA   NA
 10159110 10159111 HVO_0649 HVO_0650     FALSE 0.051 181.000 0.000 NA   NA
 10159111 10159112 HVO_0650 HVO_0651     TRUE 0.928 1.000 0.026 NA   NA
 10159112 10159113 HVO_0651 HVO_0652   pcc FALSE 0.162 44.000 0.000 NA   NA
 10159113 10159114 HVO_0652 HVO_0653 pcc rpoP TRUE 0.944 2.000 0.088 NA   NA
 10159114 10159115 HVO_0653 HVO_0654 rpoP rpl37aR TRUE 0.677 35.000 0.234 1.000 N NA
 10159119 10159120 HVO_0658 HVO_0659     TRUE 0.972 0.000 0.078 1.000   NA
 10159121 10159122 HVO_0660 HVO_0661   dcd FALSE 0.153 130.000 0.007 NA   NA
 10159122 10159123 HVO_0661 HVO_0662 dcd   TRUE 0.967 -3.000 0.022 1.000   NA
 10159123 10159124 HVO_0662 HVO_0663     TRUE 0.603 13.000 0.000 1.000   NA
 10159124 10159125 HVO_0663 HVO_0664     FALSE 0.114 67.000 0.000 NA   NA
 10159128 10159129 HVO_0667 HVO_0668   oadhB3 TRUE 0.974 1.000 0.031 0.081   NA
 10159129 10159130 HVO_0668 HVO_0669 oadhB3 oadhA3 TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 10159131 10159132 HVO_0670 HVO_0671     FALSE 0.291 97.000 0.080 1.000   NA
 10159133 10159134 HVO_0672 HVO_0673     FALSE 0.111 62.000 0.000 NA   NA
 10159134 10159135 HVO_0673 HVO_0674     FALSE 0.148 47.000 0.000 NA   NA
 10159135 10159136 HVO_0674 HVO_0675     TRUE 0.548 56.000 0.320 NA   NA
 10159136 10159137 HVO_0675 HVO_0676     FALSE 0.126 55.000 0.000 NA   NA
 10159137 10159138 HVO_0676 HVO_0677   aspS FALSE 0.008 352.000 0.000 NA   NA
 10159139 10159140 HVO_0678 HVO_0679     FALSE 0.148 47.000 0.000 NA   NA
 10159146 10159147 HVO_0685 HVO_0686     TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10159147 10159148 HVO_0686 HVO_0687   amiB FALSE 0.148 47.000 0.000 NA   NA
 10159148 10159149 HVO_0687 HVO_0688 amiB   FALSE 0.068 106.000 0.000 NA   NA
 10159149 10159150 HVO_0688 HVO_0689   smc FALSE 0.184 84.000 0.018 NA   NA
 10159150 10159151 HVO_0689 HVO_0690 smc   TRUE 0.939 -7.000 0.056 NA   NA
 10159151 10159152 HVO_0690 HVO_0691     FALSE 0.319 33.000 0.003 NA   NA
 10159153 10159154 HVO_0692 HVO_0693 mtaP   FALSE 0.346 46.000 0.005 1.000   NA
 10159154 10159155 HVO_0693 HVO_0694   gptA FALSE 0.252 163.000 0.046 1.000   NA
 10159156 10159157 HVO_0695 HVO_0696     FALSE 0.071 108.000 0.000 NA   NA
 10159158 10159159 HVO_0697 HVO_0698     TRUE 0.549 55.000 0.305 NA   NA
 10159159 10159160 HVO_0698 HVO_0699   tif2a TRUE 0.986 5.000 0.519 NA Y NA
 10159160 10159161 HVO_0699 HVO_0700 tif2a rps27R TRUE 0.976 19.000 0.386 0.025 Y NA
 10159161 10159162 HVO_0700 HVO_0701 rps27R rpl36aR TRUE 0.994 4.000 0.436 0.018 Y NA
 10159165 10159166 HVO_0704 HVO_0705 dgs   TRUE 0.975 -7.000 0.300 NA   NA
 10159166 10159167 HVO_0705 HVO_3029     FALSE 0.112 61.000 0.000 NA   NA
 10159167 10159168 HVO_3029 HVO_0707     FALSE 0.032 212.000 0.000 NA   NA
 10159169 10159170 HVO_0708 HVO_0709 pabC pabA TRUE 0.994 -3.000 0.074 1.000 Y NA
 10159170 10159171 HVO_0709 HVO_0710 pabA pabB TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.002 Y NA
 10159171 10159172 HVO_0710 HVO_0711 pabB   FALSE 0.146 115.000 0.000 1.000   NA
 10159172 10159173 HVO_0711 HVO_0712   aroE2 FALSE 0.286 44.000 0.000 1.000   NA
 10159173 10159174 HVO_0712 HVO_0713 aroE2 aroE1 TRUE 0.964 -27.000 0.000 0.001   NA
 10159175 10159176 HVO_0714 HVO_0715 nce1   TRUE 0.602 134.000 0.022 NA Y NA
 10159176 10159177 HVO_0715 HVO_0716     FALSE 0.301 58.000 0.053 NA   NA
 10159177 10159178 HVO_0716 HVO_0717   ftsZ1 FALSE 0.361 158.000 0.245 NA   NA
 10159178 10159179 HVO_0717 HVO_0718 ftsZ1 sec61c FALSE 0.321 181.000 0.272 1.000 N NA
 10159179 10159180 HVO_0718 HVO_0719 sec61c nusG TRUE 0.985 2.000 0.506 1.000 N NA
 10159183 10159184 HVO_0722 HVO_0723   cinA FALSE 0.470 71.000 0.229 NA   NA
 10159186 10159187 HVO_0725 HVO_0726   endV FALSE 0.263 88.000 0.026 1.000   NA
 10159187 10159188 HVO_0726 HVO_0727 endV   TRUE 0.949 2.000 0.045 1.000   NA
 10159188 10159189 HVO_0727 HVO_0728     FALSE 0.038 200.000 0.000 NA   NA
 10159189 10159190 HVO_0728 HVO_0729   ppa FALSE 0.037 202.000 0.000 NA   NA
 10159192 10159193 HVO_0731 HVO_0732     TRUE 0.964 -7.000 0.182 NA   NA
 10159194 10159195 HVO_0733 HVO_0734 tfb4   FALSE 0.226 85.000 0.043 NA   NA
 10159195 10159196 HVO_0734 HVO_0735     FALSE 0.205 36.000 0.000 NA   NA
 10159197 10159198 HVO_0736 HVO_0737     FALSE 0.478 80.000 0.278 NA   NA
 10159198 10159199 HVO_0737 HVO_0738     TRUE 0.959 3.000 0.278 NA   NA
 10159201 10159202 HVO_0740 HVO_0741   polX TRUE 0.958 -3.000 0.041 NA   NA
 10159202 10159203 HVO_0741 HVO_0742 polX   TRUE 0.959 -3.000 0.044 NA   NA
 10159205 10159206 HVO_0744 HVO_0745   ftsZ3 FALSE 0.070 206.000 0.000 1.000   NA
 10159207 10159208 HVO_0746 HVO_0747     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159208 10159209 HVO_0747 HVO_0748   pilB2 FALSE 0.222 33.000 0.000 NA   NA
 10159209 10159210 HVO_0748 HVO_0749 pilB2 pilC2 TRUE 0.992 -6.000 0.842 NA   NA
 10159210 10159211 HVO_0749 HVO_0750 pilC2   TRUE 0.602 55.000 0.389 NA   NA
 10159211 10159212 HVO_0750 HVO_0751     TRUE 0.970 -22.000 0.333 NA   NA
 10159212 10159213 HVO_0751 HVO_0752     TRUE 0.988 -3.000 0.375 NA   NA
 10159213 10159214 HVO_0752 HVO_0753     TRUE 0.994 -3.000 0.778 NA   NA
 10159214 10159215 HVO_0753 HVO_0754     TRUE 0.656 59.000 0.538 NA   NA
 10159215 10159216 HVO_0754 HVO_0755     TRUE 0.947 -3.000 0.020 NA   NA
 10159216 10159217 HVO_0755 HVO_0756     FALSE 0.193 102.000 0.015 1.000   NA
 10159217 10159218 HVO_0756 HVO_0757     FALSE 0.334 92.000 0.103 1.000   NA
 10159220 10159221 HVO_0759 HVO_0760   wcaA FALSE 0.218 83.000 0.032 NA   NA
 10159221 10159222 HVO_0760 HVO_0761 wcaA   TRUE 0.947 -3.000 0.019 NA   NA
 10159222 10159223 HVO_0761 HVO_0762     TRUE 0.505 30.000 0.049 NA   NA
 10159225 10159226 HVO_0764 HVO_0765   soxB1 FALSE 0.082 283.000 0.217 NA   NA
 10159227 10159228 HVO_0766 HVO_0767 hsp20D   TRUE 0.976 -3.000 0.154 NA   NA
 10159230 10159231 HVO_0769 HVO_0770     FALSE 0.424 65.000 0.190 NA   NA
 10159231 10159232 HVO_0770 HVO_0771     FALSE 0.308 97.000 0.190 NA   NA
 10159232 10159233 HVO_0771 HVO_0772     FALSE 0.472 115.000 0.400 NA   NA
 10159234 10159235 HVO_0773 HVO_0774 pnm   FALSE 0.341 71.000 0.127 NA N NA
 10159237 10159238 HVO_0776 HVO_0777     FALSE 0.126 55.000 0.000 NA   NA
 10159238 10159239 HVO_0777 HVO_0778   cct3 FALSE 0.070 163.000 0.000 NA   NA
 10159239 10159240 HVO_0778 HVO_0779 cct3   FALSE 0.069 188.000 0.000 1.000 N NA
 10159241 10159242 HVO_0780 HVO_0781     TRUE 0.920 0.000 0.007 NA   NA
 10159242 10159243 HVO_0781 HVO_0782     TRUE 0.944 2.000 0.088 NA   NA
 10159244 10159245 HVO_0783 HVO_0784     TRUE 0.850 7.000 0.147 NA   NA
 10159245 10159246 HVO_0784 HVO_0785     FALSE 0.066 103.000 0.000 NA   NA
 10159248 10159249 HVO_0787 HVO_0788 trpC trpB TRUE 0.996 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 10159249 10159250 HVO_0788 HVO_0789 trpB trpA TRUE 0.996 0.000 0.026 0.001 Y NA
 10159250 10159251 HVO_0789 HVO_0790 trpA   TRUE 0.578 25.000 0.024 1.000 N NA
 10159251 10159252 HVO_0790 HVO_0791   ogt FALSE 0.116 93.000 0.000 1.000 N NA
 10159252 10159253 HVO_0791 HVO_0792 ogt   FALSE 0.004 751.000 0.000 1.000 N NA
 10159254 10159255 HVO_0793 HVO_0794   zim FALSE 0.076 116.000 0.000 NA   NA
 10159255 10159256 HVO_0794 HVO_0795 zim tfb6 FALSE 0.162 64.000 0.000 1.000 N NA
 10159257 10159258 HVO_0796 HVO_0797     TRUE 0.542 21.000 0.017 NA   NA
 10159261 10159262 HVO_0800 HVO_0801     TRUE 0.525 83.000 0.385 NA   NA
 10159262 10159263 HVO_0801 HVO_0802     TRUE 0.567 140.000 0.006 NA Y NA
 10159263 10159264 HVO_0802 HVO_0803     FALSE 0.167 80.000 0.004 NA   NA
 10159264 10159265 HVO_0803 HVO_0804     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159265 10159266 HVO_0804 HVO_0805     FALSE 0.016 266.000 0.000 NA   NA
 10159266 10159267 HVO_0805 HVO_0806   pyk FALSE 0.481 45.000 0.154 NA   NA
 10159267 10159268 HVO_0806 HVO_0807 pyk   FALSE 0.076 115.000 0.000 NA   NA
 10159268 10159269 HVO_0807 HVO_0808     FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 10159269 10159270 HVO_0808 HVO_0809   metS FALSE 0.092 131.000 0.000 NA   NA
 10159270 10159271 HVO_0809 HVO_0810 metS   FALSE 0.013 291.000 0.000 NA   NA
 10159271 10159272 HVO_0810 HVO_0811   mfnA FALSE 0.296 49.000 0.029 NA   NA
 10159272 10159273 HVO_0811 HVO_0812 mfnA ppsA FALSE 0.387 130.000 0.167 1.000 N NA
 10159273 10159274 HVO_0812 HVO_0813 ppsA   FALSE 0.076 118.000 0.000 NA   NA
 10159279 10159280 HVO_0818 HVO_0819 thrC2 sirR FALSE 0.205 87.000 0.014 1.000 N NA
 10159280 10159281 HVO_0819 HVO_0820 sirR   TRUE 0.990 -3.000 0.375 1.000   NA
 10159281 10159282 HVO_0820 HVO_0821     FALSE 0.443 87.000 0.061 0.093   NA
 10159282 10159283 HVO_0821 HVO_0822     FALSE 0.233 136.000 0.021 1.000 N NA
 10159283 10159284 HVO_0822 HVO_0823     FALSE 0.032 270.000 0.014 NA   NA
 10159284 10159285 HVO_0823 HVO_0824   rfbU FALSE 0.068 106.000 0.000 NA   NA
 10159286 10159287 HVO_0825 HVO_0826 hcpA   FALSE 0.100 166.000 0.000 1.000 N NA
 10159288 10159289 HVO_0827 HVO_0828     FALSE 0.408 14.000 0.000 NA   NA
 10159289 10159290 HVO_0828 HVO_0829     FALSE 0.186 40.000 0.000 NA   NA
 10159290 10159291 HVO_0829 HVO_0830     FALSE 0.173 58.000 0.000 1.000 N NA
 10159291 10159292 HVO_0830 HVO_0831   argK TRUE 0.958 -3.000 0.019 1.000 N NA
 10159292 10159293 HVO_0831 HVO_0832 argK   FALSE 0.242 88.000 0.062 NA   NA
 10159293 10159294 HVO_0832 HVO_0833     FALSE 0.230 32.000 0.000 NA   NA
 10159295 10159296 HVO_0834 HVO_0835   acaB1 TRUE 0.992 -3.000 0.583 NA   NA
 10159297 10159298 HVO_0836 HVO_0837     FALSE 0.339 144.000 0.079 1.000   NA
 10159299 10159300 HVO_0838 HVO_0839     FALSE 0.483 138.000 0.333 NA   NA
 10159300 10159301 HVO_0839 HVO_0840     TRUE 0.991 -7.000 0.889 NA   NA
 10159301 10159302 HVO_0840 HVO_0841   petD TRUE 0.511 40.000 0.127 NA   NA
 10159302 10159303 HVO_0841 HVO_0842 petD petB TRUE 0.905 11.000 0.145 0.043   NA
 10159303 10159304 HVO_0842 HVO_0843 petB   TRUE 0.962 4.000 0.444 NA   NA
 10159304 10159305 HVO_0843 HVO_0844   hcpB TRUE 0.866 0.000 0.000 NA   NA
 10159305 10159306 HVO_0844 HVO_0845 hcpB   FALSE 0.089 86.000 0.000 NA   NA
 10159307 10159308 HVO_0846 HVO_0847     FALSE 0.112 61.000 0.000 NA   NA
 10159314 10159315 HVO_0853 HVO_0854 mre11 rad50 TRUE 0.997 -3.000 0.157 0.002 Y NA
 10159316 10159317 HVO_0855 HVO_0856     TRUE 0.721 28.000 0.250 NA   NA
 10159317 10159318 HVO_0856 HVO_0857     TRUE 0.644 49.000 0.400 NA   NA
 10159319 10159320 HVO_0858 HVO_0859 polB1 sufC FALSE 0.064 219.000 0.007 1.000 N NA
 10159320 10159321 HVO_0859 HVO_0860 sufC sufB TRUE 0.973 13.000 0.466 1.000 Y NA
 10159321 10159322 HVO_0860 HVO_0861 sufB sufD TRUE 0.986 4.000 0.018 0.002 Y NA
 10159322 10159323 HVO_0861 HVO_0862 sufD   FALSE 0.288 144.000 0.041 1.000   NA
 10159323 10159324 HVO_0862 HVO_0863   troR TRUE 0.975 5.000 0.733 1.000   NA
 10159326 10702418 HVO_0864A HVO_t3070     FALSE 0.199 37.000 0.000 NA   NA
 10702418 10159327 HVO_t3070 HVO_0865     FALSE 0.067 104.000 0.000 NA   NA
 10159330 10159331 HVO_0868 HVO_0869     FALSE 0.176 109.000 0.015 1.000 N NA
 10159331 10159332 HVO_0869 HVO_0870   proS FALSE 0.168 158.000 0.009 1.000 N NA
 10159333 10159334 HVO_0871 HVO_0872     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159336 10159337 HVO_0874 HVO_0875 epf1   FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 10159337 10159338 HVO_0875 HVO_0876   mgsA FALSE 0.110 64.000 0.000 NA   NA
 10159338 10159339 HVO_0876 HVO_0877 mgsA   FALSE 0.120 164.000 0.009 NA   NA
 10159340 10159341 HVO_0878 HVO_0879 nthB   FALSE 0.316 70.000 0.065 NA   NA
 10159342 10159343 HVO_0880 HVO_0881   sppA FALSE 0.204 91.000 0.004 1.000   NA
 10159343 10159344 HVO_0881 HVO_0882 sppA   FALSE 0.271 44.000 0.011 NA   NA
 10159345 10159346 HVO_0883 HVO_0884     FALSE 0.344 89.000 0.182 NA   NA
 10159347 10159348 HVO_0885 HVO_0886     FALSE 0.332 23.000 0.000 NA   NA
 10159349 10159350 HVO_0887 HVO_0888 korB korA TRUE 0.997 -3.000 0.138 0.002 Y NA
 10159352 10159353 HVO_0890 HVO_0891 nosY nosF TRUE 0.958 -3.000 0.041 NA   NA
 10159353 10159354 HVO_0891 HVO_0892 nosF nosD TRUE 0.925 -7.000 0.055 NA N NA
 10159355 10159356 HVO_0893 HVO_0894 mcmA1 acs1 TRUE 0.567 187.000 0.026 0.078 Y NA
 10159359 10159360 HVO_0897 HVO_0898     FALSE 0.148 47.000 0.000 NA   NA
 10159361 10159362 HVO_0899 HVO_0900 livJ1 livH1 TRUE 0.586 124.000 0.033 NA Y NA
 10159362 10159363 HVO_0900 HVO_0901 livH1 livM1 TRUE 0.996 -3.000 0.049 0.055 Y NA
 10159363 10159364 HVO_0901 HVO_0902 livM1 livG1 TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 10159364 10159365 HVO_0902 HVO_0903 livG1 livF1 TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.031 Y NA
 10159365 10159366 HVO_0903 HVO_0905 livF1   TRUE 0.985 3.000 0.667 1.000   NA
 10159367 10159368 HVO_0904 HVO_0906 uspA5   TRUE 0.625 55.000 0.429 NA   NA
 10159368 10159369 HVO_0906 HVO_0907   coxA1 FALSE 0.006 414.000 0.000 NA   NA
 10159369 10159370 HVO_0907 HVO_0908 coxA1   FALSE 0.431 63.000 0.200 NA   NA
 10159370 10159371 HVO_0908 HVO_0909     TRUE 0.489 103.000 0.500 NA   NA
 10159371 10159372 HVO_0909 HVO_0910     TRUE 0.507 46.000 0.182 NA   NA
 10159373 10159374 HVO_0911 HVO_0912 gbp1   TRUE 0.963 -3.000 0.058 NA   NA
 10159376 10159377 HVO_0914 HVO_0915   cyo FALSE 0.208 155.000 0.050 NA   NA
 10159379 10159380 HVO_0917 HVO_0918     FALSE 0.086 88.000 0.000 NA   NA
 10159380 10159381 HVO_0918 HVO_0919     FALSE 0.066 103.000 0.000 NA   NA
 10159381 10159382 HVO_0919 HVO_0920     FALSE 0.081 91.000 0.000 NA   NA
 10159384 10159385 HVO_0922 HVO_0924     FALSE 0.070 97.000 0.000 NA   NA
 10159385 10159386 HVO_0924 HVO_0925     FALSE 0.007 400.000 0.000 NA   NA
 10159389 10159390 HVO_3030 HVO_0929   trmM FALSE 0.078 93.000 0.000 NA   NA
 10159390 10159391 HVO_0929 HVO_0930 trmM   FALSE 0.009 341.000 0.000 NA   NA
 10159396 10159397 HVO_0935 HVO_0936 fdhA   TRUE 0.825 -7.000 0.000 NA   NA
 10159398 10159399 HVO_0937 HVO_0938   uspA8 FALSE 0.218 74.000 0.000 1.000   NA
 10159399 10159400 HVO_0938 HVO_0939 uspA8   FALSE 0.238 31.000 0.000 NA   NA
 10159400 10159401 HVO_0939 HVO_0940   cpx TRUE 0.508 67.000 0.286 NA   NA
 10159401 10159402 HVO_0940 HVO_0941 cpx   TRUE 0.964 -3.000 0.014 1.000   NA
 10159402 10159403 HVO_0941 HVO_0942   cbaE TRUE 0.884 2.000 0.007 NA   NA
 10159404 10159405 HVO_0943 HVO_0944 cbaD cbaB TRUE 0.990 1.000 0.667 NA   NA
 10159405 10159406 HVO_0944 HVO_0945 cbaB cbaA TRUE 0.994 0.000 0.000 0.003 Y NA
 10159406 10159407 HVO_0945 HVO_0946 cbaA cbaC TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 10159407 10159408 HVO_0946 HVO_0947 cbaC   FALSE 0.050 182.000 0.000 NA   NA
 10159408 10159409 HVO_0947 HVO_0948   uspA9 FALSE 0.093 135.000 0.000 NA   NA
 10159412 10159413 HVO_0951 HVO_0952     FALSE 0.045 189.000 0.000 NA   NA
 10159413 10159414 HVO_0952 HVO_0953     FALSE 0.332 23.000 0.000 NA   NA
 10159414 10159415 HVO_0953 HVO_0954     TRUE 0.992 -3.000 0.625 NA   NA
 10159415 10159416 HVO_0954 HVO_0955     TRUE 0.593 51.000 0.333 NA   NA
 10159416 10159417 HVO_0955 HVO_0956     TRUE 0.982 -9.000 0.500 NA   NA
 10159417 10159418 HVO_0956 HVO_0957     TRUE 0.991 -3.000 0.500 NA   NA
 10159418 10159419 HVO_0957 HVO_0958     TRUE 0.575 107.000 0.667 NA   NA
 10159419 10159420 HVO_0958 HVO_0959     FALSE 0.304 114.000 0.167 NA   NA
 10159421 10159422 HVO_0960 HVO_0961   lppD TRUE 0.899 2.000 0.000 1.000   NA
 10159422 10159423 HVO_0961 HVO_0962 lppD   FALSE 0.445 27.000 0.000 1.000   NA
 10159423 10159424 HVO_0962 HVO_0963     TRUE 0.992 0.000 0.667 NA   NA
 10159424 10159425 HVO_0963 HVO_0964   trxC FALSE 0.029 215.000 0.000 NA   NA
 10159425 10159426 HVO_0964 HVO_0965 trxC   FALSE 0.305 61.000 0.037 1.000 N NA
 10159426 10159427 HVO_0965 HVO_0966     FALSE 0.422 50.000 0.074 1.000 N NA
 10159430 10159431 HVO_0969 HVO_0970 htr39 rbcL FALSE 0.022 283.000 0.000 1.000 N NA
 10159431 10159432 HVO_0970 HVO_0971 rbcL hel308b FALSE 0.171 129.000 0.000 1.000   NA
 10159432 10159433 HVO_0971 HVO_0972 hel308b   FALSE 0.048 229.000 0.000 1.000   NA
 10159433 10159434 HVO_0972 HVO_0973   aspC3 FALSE 0.058 216.000 0.000 1.000   NA
 10159434 10159435 HVO_0973 HVO_0974 aspC3 ribH TRUE 0.963 -3.000 0.029 1.000 N NA
 10159436 10159437 HVO_0975 HVO_0976   purK FALSE 0.083 172.000 0.011 NA N NA
 10159437 10159438 HVO_0976 HVO_0977 purK purE TRUE 0.983 7.000 0.141 0.001 Y NA
 10159438 10159439 HVO_0977 HVO_0978 purE nuoA FALSE 0.089 200.000 0.008 1.000 N NA
 10159439 10159440 HVO_0978 HVO_0979 nuoA nuoB TRUE 0.998 -3.000 0.168 0.003 Y NA
 10159440 10159441 HVO_0979 HVO_0980 nuoB nuoCD TRUE 0.998 -3.000 0.279 0.003 Y NA
 10159441 10159442 HVO_0980 HVO_0981 nuoCD nuoH TRUE 0.998 0.000 0.600 0.007 Y NA
 10159442 10159443 HVO_0981 HVO_0982 nuoH nuoI TRUE 0.999 -3.000 0.600 0.007 Y NA
 10159443 10159444 HVO_0982 HVO_0983 nuoI nuoJ1 FALSE 0.415 106.000 0.035 0.007   NA
 10159444 10159445 HVO_0983 HVO_0984 nuoJ1 nuoJ2 TRUE 0.989 -3.000 0.061 0.007   NA
 10159445 10159446 HVO_0984 HVO_0985 nuoJ2 nuoK TRUE 0.985 0.000 0.039 0.007   NA
 10159446 10159447 HVO_0985 HVO_0986 nuoK nuoL TRUE 0.992 4.000 0.253 0.007 Y NA
 10159447 10159448 HVO_0986 HVO_0987 nuoL nuoM TRUE 0.997 -3.000 0.050 0.002 Y NA
 10159448 10159449 HVO_0987 HVO_0988 nuoM nuoN TRUE 0.998 1.000 0.462 0.002 Y NA
 10159451 10159452 HVO_0990 HVO_0991     TRUE 0.616 44.000 0.209 1.000   NA
 10159453 10159454 HVO_0992 HVO_0993     FALSE 0.238 31.000 0.000 NA   NA
 10159457 10159458 HVO_0996 HVO_0997     FALSE 0.073 96.000 0.000 NA   NA
 10159458 10159459 HVO_0997 HVO_0998     FALSE 0.118 58.000 0.000 NA   NA
 10159460 10159461 HVO_0999 HVO_1000     TRUE 0.743 27.000 0.177 1.000   NA
 10159462 10159463 HVO_1001 HVO_1002     FALSE 0.032 211.000 0.000 NA   NA
 10159463 10159464 HVO_1002 HVO_1003   gufA2 FALSE 0.069 164.000 0.000 NA   NA
 10159465 10159466 HVO_1004 HVO_1005     FALSE 0.093 134.000 0.000 NA   NA
 10159466 10159467 HVO_1005 HVO_1006     TRUE 0.998 -3.000 0.833 1.000 Y NA
 10159471 10159472 HVO_1010 HVO_1011     TRUE 0.583 13.000 0.011 NA   NA
 10159472 10159473 HVO_1011 HVO_1012     FALSE 0.215 67.000 0.016 NA   NA
 10159473 10159474 HVO_1012 HVO_1013   ctaB TRUE 0.828 28.000 0.500 NA   NA
 10159476 10159477 HVO_1015 HVO_1016 taqD   TRUE 0.982 -3.000 0.246 NA   NA
 10159478 10159479 HVO_1017 HVO_1018     FALSE 0.183 107.000 0.071 NA N NA
 10159480 10159481 HVO_1019 HVO_1020     FALSE 0.320 127.000 0.062 1.000   NA
 10159482 10159483 HVO_1021 HVO_1022     FALSE 0.205 64.000 0.000 1.000   NA
 10159483 10159484 HVO_1022 HVO_1023     FALSE 0.274 102.000 0.167 NA   NA
 10159485 10159486 HVO_1024 HVO_1025   acaB2 TRUE 0.990 0.000 0.556 NA   NA
 10159488 10159489 HVO_1027 HVO_1028 tatAo   FALSE 0.095 169.000 0.000 1.000 N NA
 10159489 10159490 HVO_1028 HVO_3031     FALSE 0.076 114.000 0.000 NA   NA
 10159490 10159491 HVO_3031 HVO_1030     FALSE 0.053 178.000 0.000 NA   NA
 10159491 10159492 HVO_1030 HVO_1031   trxB1 FALSE 0.094 84.000 0.000 NA   NA
 10159492 10159493 HVO_1031 HVO_1032 trxB1   FALSE 0.224 120.000 0.015 1.000   NA
 10159493 10159494 HVO_1032 HVO_1033   pilC3 FALSE 0.218 85.000 0.039 NA   NA
 10159494 10159495 HVO_1033 HVO_1034 pilC3 pilB3 TRUE 0.996 2.000 0.643 NA Y NA
 10159495 10159496 HVO_1034 HVO_1035 pilB3   TRUE 0.553 133.000 0.444 NA   NA
 10159496 10159497 HVO_1035 HVO_1036     FALSE 0.074 95.000 0.000 NA   NA
 10159498 10159499 HVO_1037 HVO_1038   ugd4 FALSE 0.334 130.000 0.154 NA   NA
 10159500 10159501 HVO_1039 HVO_1040     FALSE 0.291 145.000 0.044 1.000   NA
 10159502 10159503 HVO_1041 HVO_1042   rpoL TRUE 0.600 27.000 0.030 1.000   NA
 10159504 10159505 HVO_1043 HVO_1044   hisF FALSE 0.140 140.000 0.002 NA   NA
 10159506 10159507 HVO_1045 HVO_1046     FALSE 0.073 110.000 0.000 NA   NA
 10159507 10159508 HVO_1046 HVO_1047   qor2 FALSE 0.073 96.000 0.000 NA   NA
 10159510 10159511 HVO_1049 HVO_1050   asnA TRUE 0.973 0.000 0.086 1.000   NA
 10159512 10159513 HVO_1051 HVO_1052 nudH tfb1 FALSE 0.277 102.000 0.125 1.000 N NA
 10159514 10159515 HVO_1053 HVO_1054 aatC aatA TRUE 0.998 1.000 0.643 0.001 Y NA
 10159515 10159516 HVO_1054 HVO_1055 aatA trkA1 FALSE 0.135 130.000 0.000 1.000 N NA
 10159516 10159517 HVO_1055 HVO_1056 trkA1 trkH1 TRUE 0.998 0.000 0.429 0.008 Y NA
 10159518 10159519 HVO_1057 HVO_1058 trkH2 trkA2 TRUE 0.678 118.000 0.000 0.008 Y NA
 10159519 10159520 HVO_1058 HVO_1059 trkA2   FALSE 0.089 86.000 0.000 NA   NA
 10159521 10159522 HVO_1060 HVO_1061   trxB2 FALSE 0.104 81.000 0.000 NA   NA
 10159522 10159523 HVO_1061 HVO_1062 trxB2 coaBC FALSE 0.143 95.000 0.000 1.000   NA
 10159524 10159525 HVO_1063 HVO_1064     TRUE 0.998 -3.000 0.769 1.000 Y NA
 10159525 10159526 HVO_1064 HVO_1065   mrpE TRUE 0.998 -7.000 0.769 0.029 Y NA
 10159526 10159527 HVO_1065 HVO_1066 mrpE   TRUE 0.997 0.000 0.455 1.000 Y NA
 10159527 10159528 HVO_1066 HVO_1067     TRUE 0.998 -3.000 0.455 0.007 Y NA
 10159528 10159529 HVO_1067 HVO_1068   phaA2 TRUE 0.997 -3.000 0.833 0.007   NA
 10159529 10159530 HVO_1068 HVO_1069 phaA2 mrpA TRUE 0.997 -3.000 0.833 0.007   NA
 10159531 10159532 HVO_1070 HVO_1071     FALSE 0.017 255.000 0.000 NA   NA
 10159532 10159533 HVO_1071 HVO_1072     FALSE 0.299 159.000 0.167 NA   NA
 10159533 10159534 HVO_1072 HVO_1073     FALSE 0.275 101.000 0.167 NA   NA
 10159534 10159535 HVO_1073 HVO_1074     FALSE 0.100 82.000 0.000 NA   NA
 10159538 10159539 HVO_1077 HVO_1078   cysD2 FALSE 0.117 75.000 0.000 NA   NA
 10159539 10159540 HVO_1078 HVO_1079 cysD2 cysD1 FALSE 0.086 125.000 0.000 NA   NA
 10159540 10159541 HVO_1079 HVO_1080 cysD1   FALSE 0.306 138.000 0.111 NA   NA
 10159541 10159542 HVO_1080 HVO_1081     FALSE 0.171 168.000 0.045 NA   NA
 10159542 10159543 HVO_1081 HVO_1082   pyrE1 FALSE 0.251 84.000 0.030 1.000 N NA
 10159543 10159544 HVO_1082 HVO_1083 pyrE1   TRUE 0.991 -3.000 0.455 1.000 N NA
 10159544 10159545 HVO_1083 HVO_1084   purB FALSE 0.014 330.000 0.000 1.000 N NA
 10159546 10159547 HVO_1085 HVO_1086 purH   FALSE 0.076 114.000 0.000 NA   NA
 10159547 10159548 HVO_1086 HVO_1087   uspA10 FALSE 0.152 46.000 0.000 NA   NA
 10159548 10159549 HVO_1087 HVO_1088 uspA10 folCP FALSE 0.443 126.000 0.250 1.000 N NA
 10159549 10159550 HVO_1088 HVO_1089 folCP   FALSE 0.192 67.000 0.009 NA   NA
 10159550 10159551 HVO_1089 HVO_1090   cinR TRUE 0.526 26.000 0.035 NA   NA
 10159552 10159553 HVO_1091 HVO_1092 psmA1 rnp2 TRUE 0.837 7.000 0.069 1.000 N NA
 10159553 10159554 HVO_1092 HVO_1093 rnp2   TRUE 0.870 10.000 0.172 1.000   NA
 10159554 10159555 HVO_1093 HVO_1094   rnp3 TRUE 0.971 -16.000 0.250 1.000   NA
 10159555 10159556 HVO_1094 HVO_1095 rnp3   FALSE 0.092 139.000 0.000 NA   NA
 10159556 10159557 HVO_1095 HVO_1096     FALSE 0.137 51.000 0.000 NA   NA
 10159557 10159558 HVO_1096 HVO_1097   dapF TRUE 0.992 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 10159558 10159559 HVO_1097 HVO_1098 dapF lysA TRUE 0.963 21.000 0.104 0.001 Y NA
 10159559 10159560 HVO_1098 HVO_1099 lysA dapD TRUE 0.992 -3.000 0.005 1.000 Y NA
 10159560 10159561 HVO_1099 HVO_1100 dapD dapB TRUE 0.992 -3.000 0.009 1.000 Y NA
 10159561 10159562 HVO_1100 HVO_1101 dapB dapA TRUE 0.994 -3.000 0.062 1.000 Y NA
 10159564 10159565 HVO_1103 HVO_1104     FALSE 0.086 88.000 0.000 NA   NA
 10159567 10159568 HVO_1106 HVO_1107     FALSE 0.007 644.000 0.000 1.000   NA
 10159568 10159569 HVO_1107 HVO_1108   gar1 TRUE 0.641 49.000 0.294 1.000   NA
 10159569 10159570 HVO_1108 HVO_1109 gar1   TRUE 0.970 0.000 0.098 1.000 N NA
 10159570 10159571 HVO_1109 HVO_1110     FALSE 0.245 97.000 0.066 1.000 N NA
 10159572 10159573 HVO_1111 HVO_1112     TRUE 0.966 -3.000 0.041 1.000 N NA
 10159573 10159574 HVO_1112 HVO_1113   ftsZ5 FALSE 0.135 85.000 0.000 1.000 N NA
 10159574 10159575 HVO_1113 HVO_1114 ftsZ5   FALSE 0.087 87.000 0.000 NA   NA
 10159576 10159577 HVO_1115 HVO_1116     TRUE 0.866 0.000 0.000 NA   NA
 10159578 10159579 HVO_1117 HVO_1118 boa2   FALSE 0.074 95.000 0.000 NA   NA
 10159581 10159582 HVO_1120 HVO_1121   pqqE1 TRUE 0.975 -3.000 0.151 NA   NA
 10159582 10159583 HVO_1121 HVO_1122 pqqE1   FALSE 0.106 80.000 0.000 NA   NA
 10159586 10159587 HVO_1125 HVO_1126 cysS hemAT2 FALSE 0.113 117.000 0.000 1.000 N NA
 10159587 10159588 HVO_1126 HVO_1127 hemAT2   FALSE 0.114 67.000 0.000 NA   NA
 10159589 10159590 HVO_1128 HVO_1129     TRUE 0.983 0.000 0.320 NA   NA
 10159591 10159592 HVO_1130 HVO_1131     FALSE 0.218 56.000 0.013 NA   NA
 10159592 10159593 HVO_1131 HVO_1132   purA FALSE 0.130 109.000 0.011 NA   NA
 10159599 10159600 HVO_1138 HVO_1139 coxC fdfT FALSE 0.149 221.000 0.167 1.000 N NA
 10159606 10159607 HVO_1145 HVO_1146 rps3aR   TRUE 0.940 -7.000 0.059 NA   NA
 10159607 10159608 HVO_1146 HVO_1147     TRUE 0.994 -3.000 0.769 NA   NA
 10159608 10159609 HVO_1147 HVO_1148   rps15 TRUE 0.853 5.000 0.073 NA   NA
 10159610 10159611 HVO_3032 HVO_1150     FALSE 0.004 560.000 0.000 NA   NA
 10159611 10159612 HVO_1150 HVO_1151     TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10159612 10159613 HVO_1151 HVO_1153     FALSE 0.036 204.000 0.000 NA   NA
 10159614 10159615 HVO_1154 HVO_1155     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159615 10159616 HVO_1155 HVO_1156     TRUE 0.577 54.000 0.333 NA   NA
 10159616 10159617 HVO_1156 HVO_1157     TRUE 0.993 -3.000 0.667 NA   NA
 10159617 10159618 HVO_1157 HVO_1158     TRUE 0.989 -3.000 0.400 NA   NA
 10159618 10159619 HVO_1158 HVO_1159   pilC4 TRUE 0.985 0.000 0.364 NA   NA
 10159619 10159620 HVO_1159 HVO_1160 pilC4 pilB4 TRUE 0.996 1.000 0.636 NA Y NA
 10159620 10159621 HVO_1160 HVO_3033 pilB4   FALSE 0.022 234.000 0.000 NA   NA
 10159621 10159622 HVO_3033 HVO_1162   tatAt FALSE 0.108 79.000 0.000 NA   NA
 10159623 10159624 HVO_1163 HVO_1164 bcp3   FALSE 0.330 82.000 0.045 1.000   NA
 10159625 10159626 HVO_1165 HVO_1166     TRUE 0.933 -3.000 0.021 NA N NA
 10159626 10159627 HVO_1166 HVO_1167   rnp4 TRUE 0.593 112.000 0.070 NA Y NA
 10159628 10159629 HVO_1168 HVO_1169   sqdX TRUE 0.717 100.000 0.056 0.014 Y NA
 10159630 10159631 HVO_1170 HVO_1171     FALSE 0.231 61.000 0.023 NA   NA
 10159631 10159632 HVO_1171 HVO_1172   galE2 FALSE 0.164 125.000 0.015 NA   NA
 10159633 10159634 HVO_1173 HVO_1174     FALSE 0.311 85.000 0.124 NA   NA
 10159634 10159635 HVO_1174 HVO_1175     TRUE 0.960 1.000 0.131 NA   NA
 10159635 10159636 HVO_1175 HVO_1176     TRUE 0.939 5.000 0.353 NA   NA
 10159636 10159637 HVO_1176 HVO_1177     FALSE 0.182 88.000 0.023 NA   NA
 10159641 10159642 HVO_1181 HVO_1182 phoU1   FALSE 0.078 120.000 0.000 NA   NA
 10159643 10159644 HVO_1183 HVO_1184     FALSE 0.359 174.000 0.333 NA   NA
 10159645 10159646 HVO_1185 HVO_1186     FALSE 0.485 68.000 0.250 NA   NA
 10159646 10159647 HVO_1186 HVO_1187     TRUE 0.764 44.000 0.647 NA   NA
 10159647 10159648 HVO_1187 HVO_1188     FALSE 0.006 443.000 0.000 NA   NA
 10159652 10159653 HVO_1192 HVO_1193 livJ2 livH2 TRUE 0.799 53.000 1.000 NA   NA
 10159653 10159654 HVO_1193 HVO_1194 livH2 livM2 TRUE 0.988 -3.000 0.100 0.052   NA
 10159654 10159655 HVO_1194 HVO_1195 livM2 livG2 TRUE 0.995 -3.000 0.100 1.000 Y NA
 10159655 10159656 HVO_1195 HVO_1196 livG2 livF2 TRUE 0.999 -3.000 0.800 0.030 Y NA
 10159657 10159658 HVO_1197 HVO_1198   uspA11 FALSE 0.417 40.000 0.050 NA   NA
 10159662 10159663 HVO_1202 HVO_1203   flaD1 TRUE 0.514 103.000 0.556 NA   NA
 10159663 10159664 HVO_1203 HVO_1204 flaD1   FALSE 0.421 13.000 0.000 NA   NA
 10159664 10159665 HVO_1204 HVO_1205   cheD FALSE 0.079 92.000 0.000 NA   NA
 10159665 10159666 HVO_1205 HVO_1206 cheD cheC TRUE 0.879 22.000 0.014 NA Y NA
 10159666 10159667 HVO_1206 HVO_1207 cheC cheY TRUE 0.996 -3.000 0.286 NA Y NA
 10159667 10159668 HVO_1207 HVO_1208 cheY   FALSE 0.339 149.000 0.182 NA   NA
 10159669 10159670 HVO_1209 HVO_1210   flgA1 FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 10159670 10159671 HVO_1210 HVO_1211 flgA1 flgA2 TRUE 0.993 11.000 1.000 0.001 Y NA
 10159673 10159674 HVO_1213 HVO_1214 flaCE flaF TRUE 0.976 -16.000 0.000 NA Y NA
 10159674 10159675 HVO_1214 HVO_1215 flaF flaG TRUE 0.995 1.000 0.409 NA Y NA
 10159675 10159676 HVO_1215 HVO_1216 flaG flaH TRUE 0.996 -3.000 0.243 1.000 Y NA
 10159676 10159677 HVO_1216 HVO_1217 flaH flaI TRUE 0.997 1.000 0.547 1.000 Y NA
 10159677 10159678 HVO_1217 HVO_1218 flaI flaJ TRUE 0.987 5.000 0.578 NA Y NA
 10159678 10159679 HVO_1218 HVO_1219 flaJ cheF2 TRUE 0.962 -3.000 0.053 NA   NA
 10159679 10159680 HVO_1219 HVO_1220 cheF2   FALSE 0.115 76.000 0.000 NA   NA
 10159681 10159682 HVO_1221 HVO_1222 cheF1 cheR TRUE 0.982 4.000 1.000 NA   NA
 10159682 10159683 HVO_1222 HVO_1223 cheR cheA TRUE 0.995 0.000 0.222 1.000 Y NA
 10159683 10159684 HVO_1223 HVO_1224 cheA cheB TRUE 0.998 3.000 1.000 0.006 Y NA
 10159687 10159688 HVO_1227 HVO_1228   hcpE FALSE 0.328 73.000 0.043 1.000 N NA
 10159689 10159690 HVO_1229 HVO_1230     FALSE 0.278 81.000 0.059 NA   NA
 10159691 10159692 HVO_1231 HVO_1232     FALSE 0.068 99.000 0.000 NA   NA
 10159692 10159693 HVO_1232 HVO_1233   cspD3 FALSE 0.089 86.000 0.000 NA   NA
 10159694 10159695 HVO_1234 HVO_1235 phr3   FALSE 0.252 50.000 0.000 1.000   NA
 10159695 10159696 HVO_1235 HVO_1236   acs3 TRUE 0.489 70.000 0.167 1.000   NA
 10159696 10159697 HVO_1236 HVO_1237 acs3   FALSE 0.110 64.000 0.000 NA   NA
 10159699 10159700 HVO_1239 HVO_1240     FALSE 0.120 57.000 0.000 NA   NA
 10159700 10159701 HVO_1240 HVO_1241   prrC TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159703 10159704 HVO_1243 HVO_1244     TRUE 0.989 0.000 0.429 1.000   NA
 10159704 10159705 HVO_1244 HVO_1245     FALSE 0.358 148.000 0.200 NA   NA
 10159708 10159709 HVO_1248 HVO_1249     TRUE 0.666 37.000 0.286 NA   NA
 10159710 10159711 HVO_1250 HVO_1251     FALSE 0.275 82.000 0.016 1.000   NA
 10159715 10159716 HVO_1255 HVO_1256     FALSE 0.096 83.000 0.000 NA   NA
 10159716 10159717 HVO_1256 HVO_1257   moxR2 TRUE 0.964 8.000 1.000 NA   NA
 10159717 10159718 HVO_1257 HVO_1258 moxR2   TRUE 0.991 -7.000 0.800 NA   NA
 10159718 10159719 HVO_1258 HVO_1259     TRUE 0.825 -7.000 0.000 NA   NA
 10159719 10159720 HVO_1259 HVO_1260     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159720 10159721 HVO_1260 HVO_1261     TRUE 0.994 0.000 1.000 NA   NA
 10159723 10159724 HVO_1263 HVO_1264     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159725 10159726 HVO_1265 HVO_1266 lrp aspC2 TRUE 0.995 -3.000 0.894 1.000 N NA
 10159726 10159727 HVO_1266 HVO_1267 aspC2 uspA12 FALSE 0.104 107.000 0.000 1.000 N NA
 10159727 10159728 HVO_1267 HVO_1268 uspA12   FALSE 0.075 158.000 0.000 NA   NA
 10159728 10159729 HVO_1268 HVO_1269     FALSE 0.003 922.000 0.000 NA   NA
 10159730 10159731 HVO_1270 HVO_1271     FALSE 0.026 222.000 0.000 NA   NA
 10159731 10159732 HVO_1271 HVO_1272     FALSE 0.485 154.000 0.000 NA Y NA
 10159732 10159733 HVO_1272 HVO_1273   guaB1 FALSE 0.051 142.000 0.000 NA N NA
 10159734 10159735 HVO_1273A HVO_1274     TRUE 0.887 7.000 0.231 NA   NA
 10159735 10159736 HVO_1274 HVO_1275     FALSE 0.169 43.000 0.000 NA   NA
 10159736 10159737 HVO_1275 HVO_1276     FALSE 0.073 96.000 0.000 NA   NA
 10159737 10702419 HVO_1276 HVO_t3075     FALSE 0.118 58.000 0.000 NA   NA
 10159739 10159740 HVO_1278 HVO_1279   hdrA FALSE 0.072 109.000 0.000 NA   NA
 10159740 10159741 HVO_1279 HVO_1280 hdrA   FALSE 0.114 94.000 0.000 1.000 N NA
 10159742 10159743 HVO_1281 HVO_1282     TRUE 0.987 2.000 0.591 1.000 N NA
 10159743 10159744 HVO_1282 HVO_1283     TRUE 0.944 7.000 0.489 1.000 N NA
 10159744 10159745 HVO_1283 HVO_1284   gch TRUE 0.894 4.000 0.034 1.000   NA
 10159745 10159746 HVO_1284 HVO_1285 gch   FALSE 0.269 71.000 0.037 NA   NA
 10159747 10159748 HVO_1286 HVO_1287 pho   FALSE 0.200 106.000 0.016 1.000   NA
 10159748 10159749 HVO_1287 HVO_1288     FALSE 0.108 79.000 0.000 NA   NA
 10159750 10159751 HVO_1289 HVO_1290     FALSE 0.183 99.000 0.009 1.000   NA
 10159752 10159753 HVO_1291 HVO_1292 hpcE   TRUE 0.547 49.000 0.250 NA   NA
 10159753 10159754 HVO_1292 HVO_1293     TRUE 0.698 42.000 0.400 NA   NA
 10159754 10159755 HVO_1293 HVO_1294     TRUE 0.983 -7.000 0.444 NA   NA
 10159755 10159756 HVO_1294 HVO_1295   hisC TRUE 0.528 95.000 0.000 1.000 Y NA
 10159756 10159757 HVO_1295 HVO_1296 hisC   TRUE 0.915 -3.000 0.009 NA N NA
 10159757 10159758 HVO_1296 HVO_1297   pgsA TRUE 0.929 -3.000 0.018 NA N NA
 10159758 10159759 HVO_1297 HVO_1298 pgsA   FALSE 0.007 523.000 0.000 1.000 N NA
 10159759 10159760 HVO_1298 HVO_1299     FALSE 0.173 71.000 0.000 1.000 N NA
 10159760 10159761 HVO_1299 HVO_1300   tpiA1 FALSE 0.289 151.000 0.079 1.000 N NA
 10159762 10159763 HVO_1301 HVO_1302   polY FALSE 0.451 64.000 0.150 1.000   NA
 10159763 10159764 HVO_1302 HVO_1303 polY   FALSE 0.244 123.000 0.042 1.000 N NA
 10159764 10159765 HVO_1303 HVO_1304   porB FALSE 0.343 118.000 0.167 1.000 N NA
 10159765 10159766 HVO_1304 HVO_1305 porB porA TRUE 0.997 4.000 0.923 0.001 Y NA
 10159766 10159767 HVO_1305 HVO_1306 porA aroC FALSE 0.058 200.000 0.000 1.000 N NA
 10159771 10159772 HVO_1310 HVO_1311     FALSE 0.065 167.000 0.000 NA   NA
 10159773 10159774 HVO_1312 HVO_1313     FALSE 0.147 88.000 0.008 NA   NA
 10159774 10159775 HVO_1313 HVO_1314   surE1 FALSE 0.152 105.000 0.027 NA   NA
 10159775 10159776 HVO_1314 HVO_1316 surE1   FALSE 0.011 311.000 0.000 NA   NA
 10159779 10159780 HVO_1319 HVO_1320 osmC   FALSE 0.136 97.000 0.000 1.000   NA
 10159782 10159783 HVO_1322 HVO_1323 pheA2   TRUE 0.998 -3.000 0.214 0.002 Y NA
 10159784 10159785 HVO_1324 HVO_1325     TRUE 0.989 0.000 0.538 NA   NA
 10159787 10159788 HVO_1327 HVO_1328 cdc48c   FALSE 0.066 101.000 0.000 NA   NA
 10159789 10159790 HVO_1329 HVO_1330     FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 10159791 10159792 HVO_1331 HVO_1332     FALSE 0.079 92.000 0.000 NA   NA
 10159794 10159795 HVO_1334 HVO_1335     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159796 10159797 HVO_1336 HVO_1337 rpe rpap1 TRUE 0.843 5.000 0.064 NA   NA
 10159797 10159798 HVO_1337 HVO_1338 rpap1 rpa1 TRUE 0.972 -3.000 0.111 NA   NA
 10159801 10159802 HVO_1341 HVO_1342   trxA2 FALSE 0.297 135.000 0.059 1.000 N NA
 10159807 10159808 HVO_1347 HVO_1348 moaC   TRUE 0.932 -3.000 0.021 NA N NA
 10159809 10159810 HVO_1349 HVO_1350     TRUE 0.777 44.000 0.667 NA   NA
 10159810 10159811 HVO_1350 HVO_1351   rad3a FALSE 0.164 88.000 0.000 1.000   NA
 10159814 10159815 HVO_1354 HVO_1355 mutS5b   FALSE 0.428 84.000 0.250 NA   NA
 10159816 10159817 HVO_1356 HVO_1357     TRUE 0.865 142.000 0.333 0.011 Y NA
 10159818 10159819 HVO_1358 HVO_1359     FALSE 0.074 95.000 0.000 NA   NA
 10159819 10159820 HVO_1359 HVO_1360     FALSE 0.237 110.000 0.087 NA   NA
 10159820 10159821 HVO_1360 HVO_1361     FALSE 0.360 132.000 0.087 1.000   NA
 10159821 10159822 HVO_1361 HVO_1362     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159822 10159823 HVO_1362 HVO_1363     FALSE 0.005 496.000 0.000 NA   NA
 10159823 10159824 HVO_1363 HVO_1364     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159824 10159825 HVO_1364 HVO_1365     TRUE 0.840 1.000 0.000 NA   NA
 10159826 10159827 HVO_1366 HVO_1367     TRUE 0.976 -3.000 0.159 NA   NA
 10159828 10159829 HVO_1368 HVO_1369     FALSE 0.072 160.000 0.000 NA   NA
 10159829 10159830 HVO_1369 HVO_1370   proA FALSE 0.068 106.000 0.000 NA   NA
 10159830 10159831 HVO_1370 HVO_1371 proA proB TRUE 0.997 -7.000 0.281 0.001 Y NA
 10159831 10159832 HVO_1371 HVO_1372 proB proC TRUE 0.994 -7.000 0.014 0.001 Y NA
 10159832 10159833 HVO_1372 HVO_1373 proC acd4 FALSE 0.237 106.000 0.000 0.051 N NA
 10159833 10159834 HVO_1373 HVO_1374 acd4 acs4 TRUE 0.717 91.000 0.182 1.000 Y NA
 10159834 10159835 HVO_1374 HVO_1375 acs4 menE TRUE 0.578 93.000 0.005 1.000 Y NA
 10159835 10159836 HVO_1375 HVO_1376 menE gloA FALSE 0.130 100.000 0.000 1.000   NA
 10159837 10159838 HVO_1377 HVO_1378     TRUE 0.690 8.000 0.019 NA   NA
 10159839 10159840 HVO_1379 HVO_1380   mcmA2 FALSE 0.011 308.000 0.000 NA   NA
 10159841 10159842 HVO_1381 HVO_1382 mdmC   FALSE 0.163 83.000 0.008 NA   NA
 10159842 10159843 HVO_1382 HVO_1383   pimT2 TRUE 0.815 -3.000 0.000 NA N NA
 10159844 10159845 HVO_1384 HVO_1385   rpoM1 TRUE 0.595 41.000 0.231 NA   NA
 10159845 10159846 HVO_1385 HVO_1386 rpoM1   FALSE 0.414 94.000 0.308 NA   NA
 10159846 10159847 HVO_1386 HVO_1387   fadA1 FALSE 0.077 119.000 0.000 NA   NA
 10159849 10159850 HVO_1389 HVO_1390     FALSE 0.291 26.000 0.000 NA   NA
 10159850 10159851 HVO_1390 HVO_1391   apa FALSE 0.436 173.000 0.462 NA   NA
 10159853 10159854 HVO_1393 HVO_1394   nhaC3 TRUE 0.974 -3.000 0.136 NA   NA
 10159855 10159856 HVO_1395 HVO_1397     FALSE 0.173 130.000 0.000 1.000   NA
 10159857 10159858 HVO_1396 HVO_1398   tsgC11 FALSE 0.172 140.000 0.000 1.000   NA
 10159858 10159859 HVO_1398 HVO_1399 tsgC11 tsgB11 TRUE 0.982 -3.000 0.020 0.051   NA
 10159859 10159860 HVO_1399 HVO_1400 tsgB11 tsgD11 TRUE 0.961 -3.000 0.009 1.000   NA
 10159860 10159861 HVO_1400 HVO_1401 tsgD11 tsgA11 FALSE 0.050 224.000 0.000 1.000   NA
 10159861 10159862 HVO_1401 HVO_1402 tsgA11 pmu1 FALSE 0.241 185.000 0.130 1.000   NA
 10159863 10159864 HVO_1403 HVO_1404     FALSE 0.174 80.000 0.007 NA   NA
 10159865 10159866 HVO_1405 HVO_1406     FALSE 0.008 346.000 0.000 NA   NA
 10159866 10159867 HVO_1406 HVO_1407     FALSE 0.180 41.000 0.000 NA   NA
 10159868 10159869 HVO_1408 HVO_1409     FALSE 0.085 146.000 0.000 NA   NA
 10159869 10159870 HVO_1409 HVO_1410     FALSE 0.074 111.000 0.000 NA   NA
 10159872 10159873 HVO_1412 HVO_1413 dmd   FALSE 0.268 76.000 0.017 1.000 N NA
 10159873 10159874 HVO_1413 HVO_1414   kinA3 FALSE 0.100 166.000 0.000 1.000 N NA
 10159874 10159875 HVO_1414 HVO_1415 kinA3   FALSE 0.164 88.000 0.000 1.000   NA
 10159875 10159876 HVO_1415 HVO_1416     FALSE 0.079 92.000 0.000 NA   NA
 10159876 10159877 HVO_1416 HVO_1418   mc1A FALSE 0.071 108.000 0.000 NA   NA
 10159879 10159880 HVO_1419 HVO_1420     FALSE 0.160 124.000 0.000 1.000   NA
 10159880 10159881 HVO_1420 HVO_1421     FALSE 0.326 118.000 0.000 0.022   NA
 10159883 10159884 HVO_1423 HVO_1424 phrH2   FALSE 0.080 151.000 0.000 NA   NA
 10159885 10159886 HVO_1425 HVO_1426     FALSE 0.014 282.000 0.000 NA   NA
 10159886 10159887 HVO_1426 HVO_1427     FALSE 0.081 122.000 0.000 NA   NA
 10159887 10159888 HVO_1427 HVO_1428     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159888 10159889 HVO_1428 HVO_1429     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 10159889 10159890 HVO_1429 HVO_1430     FALSE 0.210 35.000 0.000 NA   NA
 10159890 10159891 HVO_1430 HVO_1431     TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10159891 10159892 HVO_1431 HVO_1432     FALSE 0.046 187.000 0.000 NA   NA
 10159892 10159893 HVO_1432 HVO_1433     TRUE 0.866 0.000 0.000 NA   NA
 10159893 10159894 HVO_1433 HVO_1434     FALSE 0.066 102.000 0.000 NA   NA
 10159894 10159895 HVO_1434 HVO_3034     FALSE 0.003 638.000 0.000 NA   NA
 10159896 10159897 HVO_1436 HVO_1437 hhoA   FALSE 0.109 188.000 0.053 NA N NA
 10159897 10159898 HVO_1437 HVO_1438     FALSE 0.125 102.000 0.013 NA   NA
 10159899 10159900 HVO_1439 HVO_1440 cysK1   FALSE 0.116 187.000 0.036 NA   NA
 10159900 10159901 HVO_1440 HVO_1441     FALSE 0.249 96.000 0.105 NA   NA
 10159901 10159902 HVO_1441 HVO_1442     TRUE 0.992 -7.000 0.950 NA   NA
 10159902 10159903 HVO_1442 HVO_1443     TRUE 0.995 -3.000 0.864 NA   NA
 10159903 10159904 HVO_1443 HVO_1444   hbd3 FALSE 0.124 148.000 0.000 1.000 N NA
 10159905 10159906 HVO_1445 HVO_1446   fbp1 FALSE 0.026 295.000 0.000 1.000   NA
 10159906 10159907 HVO_1446 HVO_1447 fbp1   FALSE 0.344 160.000 0.182 1.000 N NA
 10159907 10159908 HVO_1447 HVO_1449     FALSE 0.318 189.000 0.364 NA   NA
 10159909 10159910 HVO_1448 HVO_1450   maoC FALSE 0.150 97.000 0.022 NA   NA
 10159911 10159912 HVO_1451 HVO_1452     FALSE 0.194 52.000 0.000 1.000 N NA
 10159912 10159913 HVO_1452 HVO_1453   gdhA FALSE 0.105 163.000 0.000 1.000 N NA
 10159913 10159914 HVO_1453 HVO_1454 gdhA pyrB FALSE 0.087 264.000 0.000 0.006 N NA
 10159914 10159915 HVO_1454 HVO_1455 pyrB pyrI TRUE 0.998 -3.000 0.197 0.001 Y NA
 10159918 10159919 HVO_1458 HVO_1459     FALSE 0.117 75.000 0.000 NA   NA
 10159919 10159920 HVO_1459 HVO_1460   fadA2 FALSE 0.065 77.000 0.000 NA N NA
 10159920 10159921 HVO_1460 HVO_1461 fadA2   FALSE 0.333 66.000 0.000 0.071 N NA
 10159921 10159922 HVO_1461 HVO_1462   menA TRUE 0.967 3.000 0.037 0.002 N NA
 10159922 10159923 HVO_1462 HVO_1463 menA trxB4 FALSE 0.107 177.000 0.000 1.000   NA
 10159923 10159924 HVO_1463 HVO_1464 trxB4   TRUE 0.899 2.000 0.000 1.000   NA
 10159924 10159925 HVO_1464 HVO_1465   menB FALSE 0.127 145.000 0.000 1.000 N NA
 10159926 10159927 HVO_1466 HVO_1467     TRUE 0.990 -7.000 0.750 NA   NA
 10159928 10159929 HVO_1468 HVO_1469   menD FALSE 0.106 80.000 0.000 NA   NA
 10159929 10159930 HVO_1469 HVO_1470 menD menF TRUE 0.642 88.000 0.033 1.000 Y NA
 10159930 10159931 HVO_1470 HVO_1471 menF   FALSE 0.271 176.000 0.135 1.000   NA
 10159932 10159933 HVO_1472 HVO_1473     TRUE 0.564 59.000 0.360 NA   NA
 10159933 10159934 HVO_1473 HVO_1474     FALSE 0.339 141.000 0.160 NA   NA
 10159935 10159936 HVO_1475 HVO_1476     TRUE 0.955 0.000 0.055 NA   NA
 10159936 10159937 HVO_1476 HVO_1477   comA FALSE 0.022 236.000 0.000 NA   NA
 10159940 10159941 HVO_1480 HVO_1481   uspA13 TRUE 0.828 35.000 0.667 NA   NA
 10159941 10159942 HVO_1481 HVO_1482 uspA13   FALSE 0.106 108.000 0.000 1.000 N NA
 10159943 10159944 HVO_1483 HVO_1484   hemAT1 FALSE 0.163 65.000 0.000 1.000 N NA
 10159945 10159946 HVO_1485 HVO_1486     FALSE 0.200 101.000 0.019 1.000   NA
 10159946 10159947 HVO_1486 HVO_1487   galK TRUE 0.943 -3.000 0.000 1.000   NA
 10159948 10159949 HVO_1488 HVO_1489     FALSE 0.091 85.000 0.000 NA   NA
 10159953 10159954 HVO_1493 HVO_1494   fba FALSE 0.037 201.000 0.000 NA   NA
 10159954 10159955 HVO_1494 HVO_1495 fba fruA1 TRUE 0.499 166.000 0.000 1.000 Y NA
 10159955 10159956 HVO_1495 HVO_1496 fruA1 ptsI TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.003 Y NA
 10159956 10159957 HVO_1496 HVO_1497 ptsI ptsH1 TRUE 0.994 4.000 0.417 0.003 Y NA
 10159957 10159958 HVO_1497 HVO_1498 ptsH1 fruA2 TRUE 0.998 0.000 0.500 0.003 Y NA
 10159958 10159959 HVO_1498 HVO_1499 fruA2   TRUE 0.952 45.000 0.600 0.002 Y NA
 10159959 10159960 HVO_1499 HVO_1500   pfkA TRUE 0.506 106.000 0.000 1.000 Y NA
 10159960 10159961 HVO_1500 HVO_1501 pfkA glpR TRUE 0.991 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10159961 10159962 HVO_1501 HVO_1502 glpR leuB FALSE 0.055 204.000 0.000 1.000 N NA
 10159962 10159963 HVO_1502 HVO_1503 leuB leuD TRUE 0.990 -7.000 0.064 1.000 Y NA
 10159963 10159964 HVO_1503 HVO_1504 leuD leuC TRUE 0.998 -3.000 0.268 0.001 Y NA
 10159964 10159965 HVO_1504 HVO_1505 leuC   TRUE 0.930 -7.000 0.040 NA   NA
 10159965 10159966 HVO_1505 HVO_1506   ilvC TRUE 0.586 12.000 0.008 NA   NA
 10159966 10159967 HVO_1506 HVO_1507 ilvC ilvN TRUE 0.996 -3.000 0.011 0.001 Y NA
 10159967 10159968 HVO_1507 HVO_1508 ilvN ilvB1 TRUE 0.997 -3.000 0.054 0.001 Y NA
 10159968 10159969 HVO_1508 HVO_1509 ilvB1   FALSE 0.088 143.000 0.000 NA   NA
 10159969 10159970 HVO_1509 HVO_1510   leuA2 FALSE 0.072 109.000 0.000 NA   NA
 10159970 10159971 HVO_1510 HVO_1511 leuA2   FALSE 0.343 22.000 0.000 NA   NA
 10159972 10159973 HVO_1512 HVO_1513     FALSE 0.291 116.000 0.154 NA   NA
 10159973 10159974 HVO_1513 HVO_1514     TRUE 0.982 0.000 0.308 NA   NA
 10159978 10159979 HVO_1518 HVO_1519     TRUE 0.774 -1490.000 0.000 NA   NA
 10159980 10159981 HVO_1522 HVO_1523 aglP aglQ FALSE 0.066 103.000 0.000 NA   NA
 10159981 10159982 HVO_1523 HVO_1523A aglQ aglE TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10159982 10159983 HVO_1523A HVO_1524 aglE aglR FALSE 0.131 53.000 0.000 NA   NA
 10159983 10159984 HVO_1524 HVO_1525 aglR   FALSE 0.028 218.000 0.000 NA   NA
 10159985 10159986 HVO_1526 HVO_1527   aglF FALSE 0.063 169.000 0.000 NA   NA
 10159986 10159987 HVO_1527 HVO_1528 aglF aglI FALSE 0.143 49.000 0.000 NA   NA
 10159992 10159993 HVO_1533 HVO_1534     FALSE 0.065 168.000 0.000 NA   NA
 10159995 10159996 HVO_1536 HVO_1537   orc15 FALSE 0.133 109.000 0.012 NA   NA
 10159997 10159998 HVO_1538 HVO_1539 gpdA1 gpdB1 TRUE 0.993 -13.000 0.650 0.002 N NA
 10159998 10159999 HVO_1539 HVO_1540 gpdB1 gpdC1 TRUE 0.996 -3.000 0.547 0.002 N NA
 10159999 10160000 HVO_1540 HVO_1541 gpdC1 glpK FALSE 0.096 364.000 0.000 1.000 Y NA
 10160000 10160001 HVO_1541 HVO_1542 glpK   TRUE 0.808 4.000 0.013 NA   NA
 10160001 10160002 HVO_1542 HVO_1543   ptsH2 FALSE 0.068 98.000 0.000 NA   NA
 10160003 10160004 HVO_1544 HVO_1545     TRUE 0.985 -3.000 0.221 1.000   NA
 10160004 10160005 HVO_1545 HVO_1546   dhaK TRUE 0.846 124.000 0.226 0.001 Y NA
 10160005 10160006 HVO_1546 HVO_1547 dhaK ileS FALSE 0.141 166.000 0.004 1.000 N NA
 10160006 10160007 HVO_1547 HVO_1548 ileS   FALSE 0.007 381.000 0.000 NA   NA
 10160007 10160008 HVO_1548 HVO_1549     FALSE 0.451 58.000 0.200 NA   NA
 10160008 10160009 HVO_1549 HVO_1550   act2 FALSE 0.110 64.000 0.000 NA   NA
 10160009 10160010 HVO_1550 HVO_1551 act2   FALSE 0.180 61.000 0.005 NA   NA
 10160010 10160011 HVO_1551 HVO_1552     FALSE 0.070 97.000 0.000 NA   NA
 10160011 10160012 HVO_1552 HVO_1553   ttuD FALSE 0.205 64.000 0.000 1.000   NA
 10160013 10160014 HVO_1554 HVO_1555 traB   TRUE 0.949 -3.000 0.022 NA   NA
 10160016 10160017 HVO_1557 HVO_1558 purM   FALSE 0.232 73.000 0.002 1.000 N NA
 10160018 10160019 HVO_1559 HVO_1560     FALSE 0.437 68.000 0.196 NA   NA
 10160020 10160021 HVO_1561 HVO_1562   psmB FALSE 0.368 149.000 0.222 NA   NA
 10160022 10160023 HVO_1563 HVO_1564     FALSE 0.075 112.000 0.000 NA   NA
 10160024 10160025 HVO_1565 HVO_1566 ligA   FALSE 0.085 146.000 0.000 NA   NA
 10160025 10160026 HVO_1566 HVO_1567     FALSE 0.090 129.000 0.000 NA   NA
 10160026 10160027 HVO_1567 HVO_1568     FALSE 0.235 102.000 0.111 NA   NA
 10160027 10160028 HVO_1568 HVO_1569     FALSE 0.082 90.000 0.000 NA   NA
 10160029 10160030 HVO_1570 HVO_1571 top6A top6B TRUE 0.994 0.000 0.328 0.001   NA
 10160031 10160032 HVO_1572 HVO_1573 gyrB gyrA TRUE 0.997 2.000 0.306 0.001 Y NA
 10160033 10160034 HVO_1574 HVO_1575   rocF TRUE 0.910 0.000 0.000 1.000 N NA
 10160034 10160035 HVO_1575 HVO_1576 rocF galE3 FALSE 0.101 105.000 0.000 1.000 N NA
 10160037 10160038 HVO_1578 HVO_1579   udp1 FALSE 0.184 115.000 0.015 1.000 N NA
 10160038 10160039 HVO_1579 HVO_1580 udp1   TRUE 0.612 5.000 0.000 NA   NA
 10160039 10160040 HVO_1580 HVO_1581   cdd TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10160041 10160042 HVO_1582 HVO_1583     FALSE 0.410 97.000 0.333 NA   NA
 10160045 10160046 HVO_1586 HVO_1587 gltP1   FALSE 0.087 144.000 0.000 NA   NA
 10160046 10160047 HVO_1587 HVO_1588     FALSE 0.072 109.000 0.000 NA   NA
 10160047 10160048 HVO_1588 HVO_1589   dnaJ FALSE 0.131 53.000 0.000 NA   NA
 10160048 10160049 HVO_1589 HVO_1590 dnaJ dnaK TRUE 0.832 145.000 0.196 0.003 Y NA
 10160049 10160050 HVO_1590 HVO_1591 dnaK   FALSE 0.042 222.000 0.002 NA   NA
 10160050 10160051 HVO_1591 HVO_1592   grpE FALSE 0.195 94.000 0.044 NA   NA
 10160051 10160052 HVO_1592 HVO_1593 grpE ppd FALSE 0.392 127.000 0.231 NA   NA
 10160053 10160054 HVO_1594 HVO_1595 cna   TRUE 0.993 -3.000 0.667 NA   NA
 10160059 10160060 HVO_1600 HVO_1601   ssuB FALSE 0.210 35.000 0.000 NA   NA
 10160060 10160061 HVO_1601 HVO_1602 ssuB ssuC TRUE 0.997 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 10160061 10160062 HVO_1602 HVO_1603 ssuC ssuA TRUE 0.997 -3.000 0.500 NA Y NA
 10160063 10160064 HVO_1604 HVO_1605 aspC1   FALSE 0.053 131.000 0.000 NA N NA
 10160067 10160068 HVO_1608 HVO_1609 gbp2   FALSE 0.183 83.000 0.015 NA   NA
 10160068 10160069 HVO_1609 HVO_1610     FALSE 0.159 123.000 0.015 NA   NA
 10160071 10160072 HVO_1612 HVO_1613   gst FALSE 0.078 120.000 0.000 NA   NA
 10160072 10160073 HVO_1613 HVO_1614 gst   FALSE 0.442 76.000 0.200 NA   NA
 10160073 10160074 HVO_1614 HVO_1615     FALSE 0.133 103.000 0.017 NA   NA
 10160075 10160076 HVO_1616 HVO_1617     TRUE 0.540 7.000 0.000 NA   NA
 10160076 10160077 HVO_1617 HVO_1618     FALSE 0.088 143.000 0.000 NA   NA
 10160077 10160078 HVO_1618 HVO_1619     FALSE 0.003 825.000 0.000 NA   NA
 10160078 10160079 HVO_1619 HVO_1620     TRUE 0.988 -10.000 0.769 NA   NA
 10160081 10160082 HVO_1622 HVO_1624     TRUE 0.761 43.000 0.600 NA   NA
 10160083 10160084 HVO_1623 HVO_1625     FALSE 0.119 73.000 0.000 NA   NA
 10160084 10160085 HVO_1625 HVO_1626     FALSE 0.078 154.000 0.000 NA   NA
 10160086 10160087 HVO_1627 HVO_1628     FALSE 0.078 154.000 0.000 NA   NA
 10160088 10160089 HVO_1629 HVO_1630     FALSE 0.106 80.000 0.000 NA   NA
 10160089 10160090 HVO_1630 HVO_1631   dph FALSE 0.069 164.000 0.000 NA   NA
 10160091 10160092 HVO_1632 HVO_1633     FALSE 0.188 82.000 0.000 1.000   NA
 10160092 10160093 HVO_1633 HVO_1634   minD3 TRUE 0.491 74.000 0.167 1.000   NA
 10160093 10160094 HVO_1634 HVO_1635 minD3   TRUE 0.731 27.000 0.286 NA N NA
 10160095 10160096 HVO_1636 HVO_1637   slyD FALSE 0.235 74.000 0.021 NA   NA
 10160097 10160098 HVO_1638 HVO_1639     TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10160098 10160099 HVO_1639 HVO_1640     FALSE 0.081 122.000 0.000 NA   NA
 10160100 10160101 HVO_1641 HVO_1642     FALSE 0.042 192.000 0.000 NA   NA
 10160101 10160102 HVO_1642 HVO_1643     FALSE 0.028 217.000 0.000 NA   NA
 10160102 10160103 HVO_1643 HVO_1644     TRUE 0.985 -3.000 0.286 NA   NA
 10160103 10160104 HVO_1644 HVO_1645   coxAC2 TRUE 0.906 11.000 0.429 NA   NA
 10160104 10160105 HVO_1645 HVO_1646 coxAC2 coxB2 TRUE 0.998 -3.000 0.375 0.002 Y NA
 10160105 10160106 HVO_1646 HVO_1647 coxB2   FALSE 0.032 211.000 0.000 NA   NA
 10160107 10160108 HVO_1648 HVO_1649     FALSE 0.323 128.000 0.093 1.000 N NA
 10160110 10160111 HVO_1651 HVO_1652 thiI   FALSE 0.066 197.000 0.005 NA   NA
 10160111 10160112 HVO_1652 HVO_1653     TRUE 0.522 43.000 0.167 NA   NA
 10160116 10160117 HVO_1657 HVO_1658 purD   FALSE 0.200 91.000 0.003 1.000   NA
 10160118 10160119 HVO_1659 HVO_1660     TRUE 0.920 2.000 0.036 NA   NA
 10160119 10160120 HVO_1660 HVO_1661   glbN FALSE 0.076 117.000 0.000 NA   NA
 10160124 10160125 HVO_1665 HVO_1666   coaD FALSE 0.247 30.000 0.000 NA   NA
 10160125 10160126 HVO_1666 HVO_1667 coaD   FALSE 0.076 118.000 0.000 NA   NA
 10160126 10160127 HVO_1667 HVO_1668     TRUE 0.654 68.000 0.538 NA   NA
 10160127 10160128 HVO_1668 HVO_1669   fib FALSE 0.140 202.000 0.040 1.000   NA
 10160128 10160129 HVO_1669 HVO_1670 fib nop56 TRUE 0.998 -3.000 0.720 NA Y NA
 10160130 10160131 HVO_1671 HVO_1672     TRUE 0.574 39.000 0.182 NA   NA
 10160131 10160132 HVO_1672 HVO_1673     FALSE 0.397 104.000 0.333 NA   NA
 10160132 10160133 HVO_1673 HVO_1674     TRUE 0.537 61.000 0.333 NA   NA
 10160133 10160134 HVO_1674 HVO_1675   corA TRUE 0.937 -3.000 0.010 NA   NA
 10160134 10160135 HVO_1675 HVO_1676 corA tfb2 FALSE 0.040 222.000 0.000 1.000 N NA
 10160135 10160136 HVO_1676 HVO_1677 tfb2   TRUE 0.494 99.000 0.500 NA   NA
 10160139 10160140 HVO_1680 HVO_1681   ogg FALSE 0.286 62.000 0.054 NA   NA
 10160140 10160141 HVO_1681 HVO_1682 ogg   FALSE 0.113 114.000 0.000 1.000 N NA
 10160141 10160142 HVO_1682 HVO_1683   malQ FALSE 0.167 67.000 0.000 1.000 N NA
 10160144 10160145 HVO_1685 HVO_1686     FALSE 0.084 124.000 0.000 NA   NA
 10160147 10160148 HVO_1688 HVO_3036     FALSE 0.076 117.000 0.000 NA   NA
 10160150 10160151 HVO_1691 HVO_1692     FALSE 0.117 183.000 0.031 NA   NA
 10160151 10160152 HVO_1692 HVO_1693     TRUE 0.983 -7.000 0.046 0.001   NA
 10160152 10160153 HVO_1693 HVO_1694     FALSE 0.238 79.000 0.031 NA   NA
 10160153 10160154 HVO_1694 HVO_1695     TRUE 0.547 123.000 0.500 NA   NA
 10160155 10160156 HVO_1696 HVO_1697     FALSE 0.263 224.000 0.000 1.000 Y NA
 10160156 10160157 HVO_1697 HVO_1698     FALSE 0.172 140.000 0.000 1.000   NA
 10160158 10160159 HVO_1699 HVO_1700     FALSE 0.218 71.000 0.000 1.000   NA
 10160159 10160160 HVO_1700 HVO_1701     FALSE 0.025 223.000 0.000 NA   NA
 10160160 10160161 HVO_1701 HVO_1702     TRUE 0.549 23.000 0.026 NA   NA
 10160162 10160163 HVO_1703 HVO_1704 hel2   FALSE 0.169 128.000 0.000 1.000   NA
 10160163 10160164 HVO_1704 HVO_1705     TRUE 0.625 123.000 0.571 1.000   NA
 10160164 10160165 HVO_1705 HVO_1706     TRUE 0.978 13.000 0.357 0.048 Y NA
 10160165 10160166 HVO_1706 HVO_1707     TRUE 0.963 -10.000 0.028 0.048 N NA
 10160166 10160167 HVO_1707 HVO_1708     TRUE 0.907 3.000 0.055 NA   NA
 10160168 10160169 HVO_1709 HVO_1710     FALSE 0.002 637.000 0.000 NA N NA
 10160170 10160171 HVO_1711 HVO_1712     FALSE 0.360 130.000 0.176 NA   NA
 10160172 10160173 HVO_1713 HVO_1714     TRUE 0.525 139.000 0.154 0.081   NA
 10160173 10160174 HVO_1714 HVO_1715     FALSE 0.202 79.000 0.000 1.000   NA
 10160174 10160175 HVO_1715 HVO_1716     FALSE 0.090 129.000 0.000 NA   NA
 10160175 10160176 HVO_1716 HVO_1717     FALSE 0.352 103.000 0.270 NA   NA
 10160176 10160177 HVO_1717 HVO_1718     TRUE 0.973 0.000 0.139 1.000 N NA
 10160177 10160178 HVO_1718 HVO_1719     FALSE 0.200 116.000 0.008 1.000   NA
 10160178 10160179 HVO_1719 HVO_1720     FALSE 0.076 118.000 0.000 NA   NA
 10160181 10160182 HVO_3037 HVO_1723   rad25d FALSE 0.118 74.000 0.000 NA   NA
 10160182 10160183 HVO_1723 HVO_1724 rad25d   FALSE 0.023 230.000 0.000 NA   NA
 10160185 10160186 HVO_1726 HVO_1727   tbp2 TRUE 0.730 86.000 0.250 NA Y NA
 10160187 10160188 HVO_3038 HVO_3039     FALSE 0.068 98.000 0.000 NA   NA
 10160188 10160189 HVO_3039 HVO_3040     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 10160189 10160190 HVO_3040 HVO_3041     FALSE 0.076 114.000 0.000 NA   NA
 10160190 10160191 HVO_3041 HVO_3042     FALSE 0.046 187.000 0.000 NA   NA
 10160191 10160192 HVO_3042 HVO_1733     FALSE 0.053 178.000 0.000 NA   NA
 10160192 10160193 HVO_1733 HVO_1734     TRUE 0.988 -3.000 0.375 NA   NA
 10160195 10160196 HVO_1736 HVO_1737 rad25b   TRUE 0.788 -13.000 0.000 NA   NA
 10160197 10160198 HVO_1738 HVO_1739     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160198 10160199 HVO_1739 HVO_1740     TRUE 0.540 7.000 0.000 NA   NA
 10160199 10160200 HVO_1740 HVO_1741     FALSE 0.114 60.000 0.000 NA   NA
 10160200 10160201 HVO_1741 HVO_1742     FALSE 0.115 76.000 0.000 NA   NA
 10160201 10160202 HVO_1742 HVO_1743     FALSE 0.100 82.000 0.000 NA   NA
 10160202 10160203 HVO_1743 HVO_1744   hel1 FALSE 0.373 33.000 0.000 1.000   NA
 10160204 10160205 HVO_1745 HVO_1746     FALSE 0.143 49.000 0.000 NA   NA
 10160205 10160206 HVO_1746 HVO_1747     FALSE 0.057 174.000 0.000 NA   NA
 10160209 10160210 HVO_1750 HVO_1751   copA FALSE 0.093 133.000 0.000 NA   NA
 10160210 10160211 HVO_1751 HVO_1752 copA   FALSE 0.298 142.000 0.068 1.000 N NA
 10160212 10160213 HVO_1753 HVO_1754     FALSE 0.082 123.000 0.000 NA   NA
 10160213 10160214 HVO_1754 HVO_1755     FALSE 0.072 109.000 0.000 NA   NA
 10160216 10160217 HVO_1757 HVO_1758   trxB5 FALSE 0.024 227.000 0.000 NA   NA
 10160217 10160218 HVO_1758 HVO_1759 trxB5   TRUE 0.943 -3.000 0.000 1.000   NA
 10160218 10160219 HVO_1759 HVO_1760     TRUE 0.995 0.000 0.192 1.000 Y NA
 10160220 10160221 HVO_1761 HVO_1762   cbpA FALSE 0.162 64.000 0.000 1.000 N NA
 10160223 10160224 HVO_1764 HVO_1765     FALSE 0.011 310.000 0.000 NA   NA
 10160225 10160226 HVO_1766 HVO_1767   dppB3 FALSE 0.365 34.000 0.000 1.000   NA
 10160226 10160227 HVO_1767 HVO_1768 dppB3 dppD3 TRUE 0.977 3.000 0.000 1.000 Y NA
 10160227 10160228 HVO_1768 HVO_1769 dppD3 dppF3 TRUE 0.997 -3.000 0.167 0.008 Y NA
 10160228 10160229 HVO_1769 HVO_1770 dppF3   TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160229 10160230 HVO_1770 HVO_1771     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160230 10160231 HVO_1771 HVO_1772     FALSE 0.488 9.000 0.000 NA   NA
 10160231 10160232 HVO_1772 HVO_1773     TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10160232 10160233 HVO_1773 HVO_1774   ampS2 TRUE 0.969 1.000 0.194 NA   NA
 10160233 10160234 HVO_1774 HVO_1775 ampS2   TRUE 0.925 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10160234 10160235 HVO_1775 HVO_1776     TRUE 0.781 0.000 0.000 NA N NA
 10160235 10160236 HVO_1776 HVO_1778   katG FALSE 0.006 311.000 0.000 NA N NA
 10160238 10160239 HVO_1780 HVO_1781     TRUE 0.612 5.000 0.000 NA   NA
 10160242 10160243 HVO_1783 HVO_1785     FALSE 0.368 97.000 0.273 NA   NA
 10160243 10160244 HVO_1785 HVO_1786     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160245 10160246 HVO_1787 HVO_1788   nirA1 TRUE 0.692 89.000 0.917 NA   NA
 10160246 10160247 HVO_1788 HVO_1789 nirA1   FALSE 0.482 67.000 0.250 NA   NA
 10160247 10160248 HVO_1789 HVO_1790     FALSE 0.010 319.000 0.000 NA   NA
 10160251 10160252 HVO_1793 HVO_1794 kinA4   FALSE 0.016 359.000 0.000 1.000   NA
 10160253 10160254 HVO_1795 HVO_1796     FALSE 0.081 150.000 0.000 NA   NA
 10160257 10160258 HVO_1799 HVO_1800     FALSE 0.191 39.000 0.000 NA   NA
 10160258 10160259 HVO_1800 HVO_1801     FALSE 0.114 60.000 0.000 NA   NA
 10160259 10160260 HVO_1801 HVO_1802     FALSE 0.091 85.000 0.000 NA   NA
 10160262 10160263 HVO_1804 HVO_1805 pncB   FALSE 0.110 78.000 0.000 NA   NA
 10160263 10160264 HVO_1805 HVO_1806     FALSE 0.194 38.000 0.000 NA   NA
 10160264 10160265 HVO_1806 HVO_1807     TRUE 0.830 45.000 1.000 NA   NA
 10160265 10160266 HVO_1807 HVO_1808     FALSE 0.070 97.000 0.000 NA   NA
 10160269 10160270 HVO_1811 HVO_1812 ark1   FALSE 0.112 61.000 0.000 NA   NA
 10160271 10160272 HVO_1813 HVO_1814     FALSE 0.025 223.000 0.000 NA   NA
 10160273 10160274 HVO_1815 HVO_1816   pyrC FALSE 0.266 65.000 0.019 1.000 N NA
 10160278 10160279 HVO_1820 HVO_1821 uspA14 pat2 TRUE 0.993 -3.000 0.583 1.000   NA
 10160281 10160282 HVO_1823 HVO_1824 uspA16   FALSE 0.460 104.000 0.438 NA   NA
 10160283 10160284 HVO_1825 HVO_1826     FALSE 0.419 55.000 0.154 NA   NA
 10160284 10160285 HVO_1826 HVO_1827   rps6R TRUE 0.578 25.000 0.048 NA   NA
 10160288 10160289 HVO_1830 HVO_1831 gndA   FALSE 0.171 181.000 0.048 1.000 N NA
 10160289 10160290 HVO_1831 HVO_1832     FALSE 0.277 190.000 0.250 1.000 N NA
 10160290 10160291 HVO_1832 HVO_3043     FALSE 0.110 63.000 0.000 NA   NA
 10160291 10160292 HVO_3043 HVO_1835     FALSE 0.002 1621.000 0.000 NA   NA
 10160293 10160294 HVO_1834 HVO_1837     FALSE 0.004 615.000 0.000 NA   NA
 10160297 10160298 HVO_1840 HVO_1841     FALSE 0.084 89.000 0.000 NA   NA
 10160302 10160303 HVO_1845 HVO_3044     FALSE 0.015 273.000 0.000 NA   NA
 10160304 10160305 HVO_1847 HVO_1848A pepF   FALSE 0.096 83.000 0.000 NA   NA
 10160307 10160308 HVO_1850 HVO_1851     FALSE 0.078 120.000 0.000 NA   NA
 10160308 10160309 HVO_1851 HVO_1852     FALSE 0.238 88.000 0.014 1.000   NA
 10160309 10160310 HVO_1852 HVO_1853   uspA17 FALSE 0.173 72.000 0.000 1.000 N NA
 10160310 10160311 HVO_1853 HVO_1854 uspA17 hisS FALSE 0.123 123.000 0.000 1.000 N NA
 10160311 10160312 HVO_1854 HVO_1855 hisS   FALSE 0.231 55.000 0.000 1.000   NA
 10160312 10160313 HVO_1855 HVO_1856     FALSE 0.167 103.000 0.040 NA   NA
 10160313 10160314 HVO_1856 HVO_1857     TRUE 0.941 4.000 0.262 NA   NA
 10160314 10160315 HVO_1857 HVO_1858   rps19R TRUE 0.494 106.000 0.399 1.000   NA
 10160315 10160316 HVO_1858 HVO_1859 rps19R   FALSE 0.182 115.000 0.036 NA   NA
 10160316 10160317 HVO_1859 HVO_1860     FALSE 0.222 33.000 0.000 NA   NA
 10160319 10160320 HVO_1862 HVO_1863     FALSE 0.014 450.000 0.035 NA   NA
 10160320 10160321 HVO_1863 HVO_1864   moaE FALSE 0.011 307.000 0.000 NA   NA
 10160321 10160322 HVO_1864 HVO_1865 moaE   FALSE 0.308 25.000 0.000 NA   NA
 10160323 10160324 HVO_1866 HVO_1867   lysS TRUE 0.918 2.000 0.012 1.000 N NA
 10160326 10160327 HVO_1869 HVO_1870     FALSE 0.082 149.000 0.000 NA   NA
 10160327 10160328 HVO_1870 HVO_1871   pitA FALSE 0.188 107.000 0.009 1.000   NA
 10160329 10160330 HVO_1872 HVO_1873     FALSE 0.037 203.000 0.000 NA   NA
 10160330 10160331 HVO_1873 HVO_1874     TRUE 0.952 0.000 0.048 NA   NA
 10160332 10160333 HVO_1875 HVO_1876     FALSE 0.075 112.000 0.000 NA   NA
 10160337 10160338 HVO_1880 HVO_3046     FALSE 0.108 79.000 0.000 NA   NA
 10160339 10160340 HVO_1882 HVO_1883     FALSE 0.020 242.000 0.000 NA   NA
 10160341 10160342 HVO_1884 HVO_1885   trkA3 TRUE 0.587 41.000 0.222 NA   NA
 10160343 10160344 HVO_1886 HVO_1887     TRUE 0.953 -3.000 0.010 1.000 N NA
 10160344 10160345 HVO_1887 HVO_1888     TRUE 0.954 25.000 0.524 NA Y NA
 10160347 10160348 HVO_1890 HVO_1891     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160348 10160349 HVO_1891 HVO_1892     FALSE 0.118 58.000 0.000 NA   NA
 10160349 10160350 HVO_1892 HVO_1893     FALSE 0.071 161.000 0.000 NA   NA
 10160350 10160351 HVO_1893 HVO_1894     FALSE 0.202 55.000 0.006 NA   NA
 10160351 10160352 HVO_1894 HVO_1895   hkb FALSE 0.111 65.000 0.000 NA   NA
 10160352 10160353 HVO_1895 HVO_1896 hkb rps24R FALSE 0.300 34.000 0.000 1.000 N NA
 10160353 10160354 HVO_1896 HVO_1897 rps24R   TRUE 0.566 69.000 0.362 NA   NA
 10160354 10160355 HVO_1897 HVO_1898   rpoE2 TRUE 0.931 14.000 0.695 NA   NA
 10160355 10160356 HVO_1898 HVO_1899 rpoE2 rpoE1 TRUE 0.998 0.000 0.429 0.005 Y NA
 10160356 10160357 HVO_1899 HVO_1900 rpoE1   TRUE 0.865 8.000 0.221 NA   NA
 10160357 10160358 HVO_1900 HVO_1901   tif2g TRUE 0.984 2.000 0.511 NA   NA
 10160358 10160359 HVO_1901 HVO_1902 tif2g   FALSE 0.020 239.000 0.000 NA   NA
 10160361 10160362 HVO_1904 HVO_1905   phnP TRUE 0.932 -3.000 0.005 NA   NA
 10160365 10160366 HVO_1908 HVO_1909 napA mobA3 FALSE 0.116 59.000 0.000 NA   NA
 10160366 10160367 HVO_1909 HVO_1911 mobA3 nirA2 FALSE 0.017 263.000 0.000 NA   NA
 10160367 10160368 HVO_1911 HVO_1913 nirA2   TRUE 0.750 3.000 0.000 NA   NA
 10160368 10160369 HVO_1913 HVO_1914   acaB3 FALSE 0.089 128.000 0.000 NA   NA
 10160369 10160370 HVO_1914 HVO_1915 acaB3   FALSE 0.089 128.000 0.000 NA   NA
 10160371 10160372 HVO_1916 HVO_1917   acs6 FALSE 0.215 130.000 0.015 1.000 N NA
 10160372 10160373 HVO_1917 HVO_1918 acs6   FALSE 0.209 98.000 0.021 1.000   NA
 10160374 10160375 HVO_1919 HVO_1920   trnS TRUE 0.887 32.000 1.000 NA   NA
 10160375 10160376 HVO_1920 HVO_1921 trnS serS FALSE 0.080 178.000 0.000 1.000 N NA
 10160381 10160382 HVO_1926 HVO_1927     FALSE 0.154 91.000 0.015 NA   NA
 10160382 10160383 HVO_1927 HVO_1928     FALSE 0.169 43.000 0.000 NA   NA
 10160383 10160384 HVO_1928 HVO_1929     FALSE 0.079 92.000 0.000 NA   NA
 10160385 10160386 HVO_1930A HVO_1931   engB FALSE 0.092 139.000 0.000 NA   NA
 10160387 10160388 HVO_1932 HVO_1933 ddh   FALSE 0.354 21.000 0.000 NA   NA
 10160388 10160389 HVO_1933 HVO_1934   tif2Ba FALSE 0.007 375.000 0.000 NA   NA
 10160390 10160391 HVO_1935 HVO_1936   cofE FALSE 0.076 118.000 0.000 NA   NA
 10160391 10160392 HVO_1936 HVO_1937 cofE mer FALSE 0.437 53.000 0.158 NA   NA
 10160392 10160393 HVO_1937 HVO_1938 mer   FALSE 0.008 344.000 0.000 NA   NA
 10160394 10160395 HVO_1939 HVO_1940 mutLa mutS1a TRUE 0.993 -3.000 0.220 0.002   NA
 10160396 10160397 HVO_1941 HVO_1942     TRUE 0.962 6.000 0.667 NA   NA
 10160397 10160398 HVO_1942 HVO_1943     TRUE 0.994 -3.000 0.750 NA   NA
 10160398 10160399 HVO_1943 HVO_1944     FALSE 0.111 62.000 0.000 NA   NA
 10160399 10160400 HVO_1944 HVO_1945     FALSE 0.067 166.000 0.000 NA   NA
 10160400 10160401 HVO_1945 HVO_1946   tif1 FALSE 0.114 67.000 0.000 NA   NA
 10160402 10160403 HVO_1947 HVO_1948     TRUE 0.908 1.000 0.010 NA   NA
 10160403 10160404 HVO_1948 HVO_1949     TRUE 0.951 -3.000 0.025 NA   NA
 10160404 10160405 HVO_1949 HVO_1950     TRUE 0.910 25.000 0.833 NA   NA
 10160405 10160406 HVO_1950 HVO_1951     FALSE 0.016 267.000 0.000 NA   NA
 10160406 10160407 HVO_1951 HVO_1952     FALSE 0.056 175.000 0.000 NA   NA
 10160407 10160408 HVO_1952 HVO_1953     TRUE 0.676 4.000 0.000 NA   NA
 10160408 10160409 HVO_1953 HVO_1954   rimI FALSE 0.400 83.000 0.125 1.000   NA
 10160409 10160410 HVO_1954 HVO_1955 rimI   FALSE 0.245 154.000 0.027 1.000   NA
 10160411 10160412 HVO_1956 HVO_1957   panB FALSE 0.010 403.000 0.000 1.000 N NA
 10160412 10160413 HVO_1957 HVO_1958 panB   TRUE 0.575 112.000 0.500 1.000   NA
 10160413 10160414 HVO_1958 HVO_1959     FALSE 0.155 91.000 0.000 1.000   NA
 10160414 10160415 HVO_1959 HVO_1960     FALSE 0.093 132.000 0.000 NA   NA
 10160415 10160416 HVO_1960 HVO_1961     FALSE 0.057 174.000 0.000 NA   NA
 10160417 10160418 HVO_1962 HVO_1963   tif5B FALSE 0.076 118.000 0.000 NA   NA
 10160419 10160420 HVO_1964 HVO_1965     TRUE 0.729 19.000 0.124 NA   NA
 10160421 10160422 HVO_1966 HVO_1967   pgi FALSE 0.079 187.000 0.007 NA   NA
 10160424 10160425 HVO_1969 HVO_1970     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160425 10160426 HVO_1970 HVO_1971     TRUE 0.962 -3.000 0.011 1.000   NA
 10160426 10160427 HVO_1971 HVO_1972     FALSE 0.236 128.000 0.011 1.000   NA
 10160430 10160431 HVO_1975 HVO_1976 secF secD TRUE 0.999 -3.000 0.860 0.001 Y NA
 10160431 10160432 HVO_1976 HVO_1977 secD   FALSE 0.014 282.000 0.000 NA   NA
 10160433 10160434 HVO_1978 HVO_1979 rnhB   FALSE 0.260 89.000 0.048 1.000 N NA
 10160436 10160437 HVO_1981 HVO_1982     FALSE 0.066 101.000 0.000 NA   NA
 10160437 10160438 HVO_1982 HVO_1983   aceB1 FALSE 0.004 517.000 0.000 NA   NA
 10160438 10160439 HVO_1983 HVO_1984 aceB1 aceA TRUE 0.995 -7.000 0.429 1.000 Y NA
 10160440 10160441 HVO_1985 HVO_1986     TRUE 0.999 -3.000 0.636 0.088 Y NA
 10160441 10160442 HVO_1986 HVO_1987   edp FALSE 0.126 146.000 0.000 1.000 N NA
 10160442 10160443 HVO_1987 HVO_1988 edp   TRUE 0.974 -13.000 0.375 NA   NA
 10160443 10160444 HVO_1988 HVO_1989     FALSE 0.029 215.000 0.000 NA   NA
 10160444 10702420 HVO_1989 HVO_3067     FALSE 0.089 86.000 0.000 NA   NA
 10702420 10160445 HVO_3067 HVO_1991     FALSE 0.004 546.000 0.000 NA   NA
 10160449 10160450 HVO_1995 HVO_1996     FALSE 0.152 46.000 0.000 NA   NA
 10160450 10160451 HVO_1996 HVO_1997     FALSE 0.079 92.000 0.000 NA   NA
 10160451 10160452 HVO_1997 HVO_1998   arsB3 FALSE 0.143 49.000 0.000 NA   NA
 10160453 10160454 HVO_1999 HVO_2000 htr7   TRUE 0.994 -3.000 0.750 NA   NA
 10160455 10160456 HVO_2001 HVO_2002 tgtA1   FALSE 0.219 73.000 0.000 1.000   NA
 10160456 10160457 HVO_2002 HVO_2003     TRUE 0.662 92.000 0.833 NA   NA
 10160458 10160459 HVO_2004 HVO_2005     FALSE 0.169 43.000 0.000 NA   NA
 10160462 10160463 HVO_2008 HVO_2009 tgtA2   FALSE 0.021 238.000 0.000 NA   NA
 10160463 10160464 HVO_2009 HVO_2010     FALSE 0.066 103.000 0.000 NA   NA
 10160464 10160465 HVO_2010 HVO_2011     FALSE 0.048 185.000 0.000 NA   NA
 10160466 10160467 HVO_2012 HVO_2013   ftsZ7 FALSE 0.169 128.000 0.000 1.000   NA
 10160469 10160470 HVO_2015 HVO_2016     FALSE 0.092 139.000 0.000 NA   NA
 10160470 10160471 HVO_2016 HVO_2017     FALSE 0.071 108.000 0.000 NA   NA
 10160471 10160472 HVO_2017 HVO_2018     FALSE 0.067 100.000 0.000 NA   NA
 10160472 10160473 HVO_2018 HVO_2019     FALSE 0.016 271.000 0.000 NA   NA
 10160473 10160474 HVO_2019 HVO_2020     FALSE 0.004 583.000 0.000 NA   NA
 10160474 10160475 HVO_2020 HVO_2021     FALSE 0.017 263.000 0.000 NA   NA
 10160475 10160476 HVO_2021 HVO_2022     FALSE 0.016 271.000 0.000 NA   NA
 10160476 10160477 HVO_2022 HVO_2023     FALSE 0.111 65.000 0.000 NA   NA
 10160477 10160478 HVO_2023 HVO_2024     FALSE 0.003 660.000 0.000 NA   NA
 10160479 10160480 HVO_2025 HVO_2026     FALSE 0.066 103.000 0.000 NA   NA
 10160482 10160483 HVO_2028 HVO_2030     FALSE 0.263 28.000 0.000 NA   NA
 10160485 10160486 HVO_2031 HVO_2032 tsgA12 tsgD12 TRUE 0.811 58.000 1.000 1.000   NA
 10160486 10160487 HVO_2032 HVO_2033 tsgD12 tsgB12 TRUE 0.959 -3.000 0.006 1.000   NA
 10160487 10160488 HVO_2033 HVO_2034 tsgB12 tsgC12 TRUE 0.980 -3.000 0.006 0.046   NA
 10160488 10160489 HVO_2034 HVO_2035 tsgC12   FALSE 0.076 116.000 0.000 NA   NA
 10160489 10160490 HVO_2035 HVO_2036     FALSE 0.115 68.000 0.000 NA   NA
 10160491 10160492 HVO_2037 HVO_2037A     FALSE 0.005 483.000 0.000 NA   NA
 10160492 10160493 HVO_2037A HVO_2038     FALSE 0.075 112.000 0.000 NA   NA
 10160493 10160494 HVO_2038 HVO_2039     FALSE 0.011 309.000 0.000 NA   NA
 10160495 10160496 HVO_2040 HVO_2041 galE4   FALSE 0.010 314.000 0.000 NA   NA
 10160496 10160497 HVO_2041 HVO_2042   orc4 FALSE 0.002 1347.000 0.000 NA   NA
 10160498 10160499 HVO_2043 HVO_2044     FALSE 0.212 60.000 0.000 1.000   NA
 10160502 10160503 HVO_2047 HVO_2048     TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10160503 10160504 HVO_2048 HVO_2049   rfbF FALSE 0.162 44.000 0.000 NA   NA
 10160506 10160507 HVO_2051 HVO_2052     FALSE 0.110 78.000 0.000 NA   NA
 10160507 10160508 HVO_2052 HVO_2053     FALSE 0.088 143.000 0.000 NA   NA
 10160509 10160510 HVO_2054 HVO_2055     FALSE 0.137 51.000 0.000 NA   NA
 10160511 10160512 HVO_2056 HVO_2057 spsK graD2 TRUE 0.719 63.000 0.051 1.000 Y NA
 10160514 10160515 HVO_2059 HVO_2060 galE5   TRUE 0.956 1.000 0.036 1.000   NA
 10160516 10160517 HVO_2061 HVO_2062 dpm   FALSE 0.005 487.000 0.000 NA   NA
 10160517 10160518 HVO_2062 HVO_2063     FALSE 0.003 686.000 0.000 NA   NA
 10160518 10160519 HVO_2063 HVO_2064     FALSE 0.014 283.000 0.000 NA   NA
 10160520 10160521 HVO_2065 HVO_2066     FALSE 0.071 161.000 0.000 NA   NA
 10160522 10160523 HVO_2067 HVO_2068 acrR ftsZ8 FALSE 0.079 179.000 0.000 1.000 N NA
 10160523 10160524 HVO_2068 HVO_2069 ftsZ8   FALSE 0.154 121.000 0.000 1.000   NA
 10160524 10160525 HVO_2069 HVO_2070     TRUE 0.978 4.000 0.750 NA   NA
 10160526 10160527 HVO_2071 HVO_2072   csg FALSE 0.005 451.000 0.000 NA   NA
 10160529 10160530 HVO_2074 HVO_2076     FALSE 0.004 579.000 0.000 NA   NA
 10160532 10160533 HVO_2077 HVO_2078     FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 10160534 10160535 HVO_2079 HVO_2080     TRUE 0.884 29.000 0.800 NA   NA
 10160536 10160537 HVO_2081 HVO_2082     FALSE 0.017 258.000 0.000 NA   NA
 10160537 10160538 HVO_2082 HVO_2083     TRUE 0.983 2.000 0.400 1.000   NA
 10160538 10160539 HVO_2083 HVO_2084     TRUE 0.998 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 10160542 10160543 HVO_2087 HVO_2088   xloA FALSE 0.153 411.000 0.000 0.001 Y NA
 10160547 10160548 HVO_2091 HVO_2092 gabT2 arcR2 FALSE 0.030 247.000 0.000 1.000 N NA
 10160550 10160551 HVO_2094 HVO_2095     FALSE 0.165 126.000 0.000 1.000   NA
 10160552 10160553 HVO_2096 HVO_2097     TRUE 0.535 84.000 0.000 NA Y NA
 10160553 10160554 HVO_2097 HVO_2098     FALSE 0.073 110.000 0.000 NA   NA
 10160554 10160555 HVO_2098 HVO_2099     FALSE 0.011 308.000 0.000 NA   NA
 10160556 10160557 HVO_2100 HVO_2101   ptsH3 FALSE 0.388 17.000 0.000 NA   NA
 10160557 10160558 HVO_2101 HVO_2102 ptsH3   FALSE 0.383 233.000 0.000 0.003 Y NA
 10160558 10160559 HVO_2102 HVO_2103     TRUE 0.689 116.000 0.000 0.003 Y NA
 10160559 10160560 HVO_2103 HVO_2104     TRUE 0.836 124.000 0.222 0.003 Y NA
 10160560 10160561 HVO_2104 HVO_2105   tpiA2 TRUE 0.511 107.000 0.000 1.000 Y NA
 10160561 10160562 HVO_2105 HVO_2106 tpiA2 fbaB TRUE 0.878 29.000 0.000 0.064 Y NA
 10160562 10160563 HVO_2106 HVO_2107 fbaB   TRUE 0.750 3.000 0.000 NA   NA
 10160564 10160565 HVO_2108 HVO_2109 arcR3   FALSE 0.013 348.000 0.000 1.000 N NA
 10160565 10160566 HVO_2109 HVO_2110   arcR4 FALSE 0.005 721.000 0.000 1.000 N NA
 10160567 10160568 HVO_2111 HVO_2112 pdxA   TRUE 0.957 -3.000 0.039 NA   NA
 10160569 10160570 HVO_2113 HVO_2114 tsgA2   FALSE 0.138 134.000 0.000 1.000 N NA
 10160572 10160573 HVO_2116 HVO_2117 tsgB2 tsgC2 TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.045 Y NA
 10160573 10160574 HVO_2117 HVO_2118 tsgC2 tsgD2 TRUE 0.673 121.000 0.500 0.045 N NA
 10160574 10160575 HVO_2118 HVO_2119 tsgD2   FALSE 0.436 12.000 0.000 NA   NA
 10160575 10160576 HVO_2119 HVO_2120     FALSE 0.110 64.000 0.000 NA   NA
 10160577 10160578 HVO_2121 HVO_2122   dppF4 TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160578 10160579 HVO_2122 HVO_2123 dppF4 dppD4 TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.007 Y NA
 10160579 10160580 HVO_2123 HVO_2124 dppD4 dppC4 TRUE 0.991 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10160580 10160581 HVO_2124 HVO_2125 dppC4 dppB4 TRUE 0.989 2.000 0.000 0.045 Y NA
 10160581 10160582 HVO_2125 HVO_2126 dppB4 dppA4 TRUE 0.739 76.000 0.000 0.045 Y NA
 10160583 10160584 HVO_2127 HVO_2128   amaB1 FALSE 0.401 130.000 0.000 0.005   NA
 10160584 10160585 HVO_2128 HVO_2129 amaB1   TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160585 10160586 HVO_2129 HVO_2130   arcR5 FALSE 0.324 24.000 0.000 NA   NA
 10160587 10160588 HVO_2131 HVO_2132 fbp2   FALSE 0.010 313.000 0.000 NA   NA
 10160588 10160589 HVO_2132 HVO_2133   orc16 FALSE 0.072 160.000 0.000 NA   NA
 10160590 10160591 HVO_2134 HVO_2135     FALSE 0.093 133.000 0.000 NA   NA
 10160594 10160595 HVO_2138 HVO_2139     FALSE 0.020 242.000 0.000 NA   NA
 10160597 10160598 HVO_2141 HVO_2142 nirK   FALSE 0.062 170.000 0.000 NA   NA
 10160598 10160599 HVO_2142 HVO_2143     FALSE 0.247 30.000 0.000 NA   NA
 10160600 10160601 HVO_2144 HVO_2145 pqqE2 hcpF FALSE 0.169 86.000 0.000 1.000   NA
 10160601 10160602 HVO_2145 HVO_2146 hcpF   FALSE 0.070 97.000 0.000 NA   NA
 10160610 10160611 HVO_2153 HVO_2154 mcoA thiC FALSE 0.113 114.000 0.000 1.000 N NA
 10160611 10160612 HVO_2154 HVO_2155 thiC nce2 FALSE 0.114 118.000 0.000 1.000 N NA
 10160613 10160614 HVO_2156 HVO_2157 uspA18   FALSE 0.084 89.000 0.000 NA   NA
 10160614 10160615 HVO_2157 HVO_2158   mdh FALSE 0.078 120.000 0.000 NA   NA
 10160615 10160616 HVO_2158 HVO_2159 mdh   FALSE 0.054 177.000 0.000 NA   NA
 10160617 10160618 HVO_2160 HVO_2161     FALSE 0.076 118.000 0.000 NA   NA
 10160620 10160621 HVO_2163 HVO_2164 lolD lolC TRUE 0.998 -7.000 1.000 1.000 Y NA
 10160621 10160622 HVO_2164 HVO_2165 lolC lolE TRUE 0.990 -7.000 0.000 0.076 Y NA
 10160622 10160623 HVO_2165 HVO_2166 lolE   FALSE 0.117 75.000 0.000 NA   NA
 10160623 10160624 HVO_2166 HVO_2167     TRUE 0.840 1.000 0.000 NA   NA
 10160624 10160625 HVO_2167 HVO_2168   moxR3 FALSE 0.068 99.000 0.000 NA   NA
 10160626 10160627 HVO_2169 HVO_2170     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160627 10160628 HVO_2170 HVO_2171     FALSE 0.374 19.000 0.000 NA   NA
 10160629 10160630 HVO_2172 HVO_2173     FALSE 0.474 62.000 0.250 NA   NA
 10160630 10160631 HVO_2173 HVO_2174     FALSE 0.042 192.000 0.000 NA   NA
 10160631 10160632 HVO_2174 HVO_2175   sph3 FALSE 0.205 36.000 0.000 NA   NA
 10160632 10160633 HVO_2175 HVO_2176 sph3   FALSE 0.006 435.000 0.000 NA   NA
 10160633 10160634 HVO_2176 HVO_2177     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 10160634 10160635 HVO_2177 HVO_2178     TRUE 0.977 2.000 0.364 NA   NA
 10160635 10160636 HVO_2178 HVO_2179     TRUE 0.994 -3.000 0.727 NA   NA
 10160636 10160637 HVO_2179 HVO_2180     FALSE 0.199 37.000 0.000 NA   NA
 10160637 10160638 HVO_2180 HVO_2181     TRUE 0.985 1.000 0.482 NA   NA
 10160638 10160639 HVO_2181 HVO_2182     FALSE 0.112 77.000 0.000 NA   NA
 10160640 10160641 HVO_2183 HVO_2184 aor4   FALSE 0.088 127.000 0.000 NA   NA
 10160641 10160642 HVO_2184 HVO_2185     TRUE 0.581 6.000 0.000 NA   NA
 10160643 10160644 HVO_2186 HVO_2187     FALSE 0.108 79.000 0.000 NA   NA
 10160645 10160646 HVO_2188 HVO_2189 purQ purS TRUE 0.998 2.000 0.656 0.001 Y NA
 10160647 10160648 HVO_2190 HVO_2191 idnT purU FALSE 0.126 146.000 0.000 1.000 N NA
 10160648 10160649 HVO_2191 HVO_2192 purU   FALSE 0.112 77.000 0.000 NA   NA
 10160651 10160652 HVO_2194 HVO_2195 sir2 ark2 TRUE 0.651 10.000 0.000 1.000   NA
 10160652 10160653 HVO_2195 HVO_2196 ark2   TRUE 0.931 0.000 0.000 1.000   NA
 10160655 10160656 HVO_2198 HVO_2199 fbiC   TRUE 0.883 5.000 0.143 NA   NA
 10160656 10160657 HVO_2199 HVO_2200     TRUE 0.525 157.000 0.500 NA   NA
 10160658 10160659 HVO_2201 HVO_2202     FALSE 0.038 316.000 0.077 NA   NA
 10160659 10160660 HVO_2202 HVO_2203     TRUE 0.800 7.000 0.064 NA   NA
 10160660 10160661 HVO_2203 HVO_2204   ftsZ4 TRUE 0.517 56.000 0.273 NA   NA
 10160661 10160662 HVO_2204 HVO_2205 ftsZ4 nolA FALSE 0.083 212.000 0.016 1.000 N NA
 10160662 10160663 HVO_2205 HVO_2206 nolA   FALSE 0.084 147.000 0.000 NA   NA
 10160668 10160669 HVO_2211 HVO_2212 trkA4   TRUE 0.980 -3.000 0.200 NA   NA
 10160670 10160671 HVO_2213 HVO_2214   htr36 FALSE 0.009 331.000 0.000 NA   NA
 10160671 10160672 HVO_2214 HVO_2215 htr36   FALSE 0.076 114.000 0.000 NA   NA
 10160672 10160673 HVO_2215 HVO_2216     FALSE 0.247 30.000 0.000 NA   NA
 10160673 10160674 HVO_2216 HVO_3047     FALSE 0.076 115.000 0.000 NA   NA
 10160674 10160675 HVO_3047 HVO_2218     FALSE 0.175 42.000 0.000 NA   NA
 10160675 10160676 HVO_2218 HVO_2219     FALSE 0.472 10.000 0.000 NA   NA
 10160677 10160678 HVO_2220 HVO_2221 htr38   FALSE 0.076 115.000 0.000 NA   NA
 10160680 10160681 HVO_2223 HVO_2224     FALSE 0.081 91.000 0.000 NA   NA
 10160681 10160682 HVO_2224 HVO_2225     FALSE 0.087 87.000 0.000 NA   NA
 10160685 10160686 HVO_2228 HVO_2229     TRUE 0.545 137.000 0.333 1.000   NA
 10160687 10160688 HVO_2230 HVO_2231     TRUE 0.989 -3.000 0.333 1.000   NA
 10160688 10160689 HVO_2231 HVO_2232   cirD FALSE 0.166 87.000 0.000 1.000   NA
 10160689 10160690 HVO_2232 HVO_2233 cirD   TRUE 0.931 11.000 0.615 NA   NA
 10160690 10160691 HVO_2233 HVO_2234   msrB FALSE 0.229 64.000 0.024 NA   NA
 10160692 10160693 HVO_2235 HVO_2236     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 10160693 10160694 HVO_2236 HVO_2237     FALSE 0.035 207.000 0.000 NA   NA
 10160696 10160697 HVO_2239 HVO_2240 uspA19   FALSE 0.154 121.000 0.000 1.000   NA
 10160701 10160702 HVO_2244 HVO_2245 mhpD   FALSE 0.082 90.000 0.000 NA   NA
 10160702 10160703 HVO_2245 HVO_2246     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160703 10160704 HVO_2246 HVO_2247     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160704 10160705 HVO_2247 HVO_2248     FALSE 0.096 83.000 0.000 NA   NA
 10160705 10160706 HVO_2248 HVO_2249     FALSE 0.062 170.000 0.000 NA   NA
 10160706 10160707 HVO_2249 HVO_2250   hpt TRUE 0.736 175.000 0.429 1.000 Y NA
 10160707 10160708 HVO_2250 HVO_2251 hpt   FALSE 0.171 70.000 0.000 1.000 N NA
 10160708 10160709 HVO_2251 HVO_2252     FALSE 0.002 586.000 0.000 NA N NA
 10160709 10160710 HVO_2252 HVO_2253     FALSE 0.002 1240.000 0.000 NA   NA
 10160710 10160711 HVO_2253 HVO_2254     FALSE 0.116 69.000 0.000 NA   NA
 10160712 10160713 HVO_2255 HVO_2256     FALSE 0.110 63.000 0.000 NA   NA
 10160713 10160714 HVO_2256 HVO_2257     FALSE 0.084 89.000 0.000 NA   NA
 10160714 10160715 HVO_2257 HVO_2258     FALSE 0.072 109.000 0.000 NA   NA
 10160715 10160716 HVO_2258 HVO_2259     TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10160716 10160717 HVO_2259 HVO_2260     FALSE 0.408 14.000 0.000 NA   NA
 10160717 10160718 HVO_2260 HVO_2261     FALSE 0.007 372.000 0.000 NA   NA
 10160718 10160719 HVO_2261 HVO_2262     TRUE 0.676 4.000 0.000 NA   NA
 10160719 10160720 HVO_2262 HVO_2263     FALSE 0.078 154.000 0.000 NA   NA
 10160722 10160723 HVO_2265 HVO_2266     TRUE 0.825 -7.000 0.000 NA   NA
 10160723 10160724 HVO_2266 HVO_2267     TRUE 0.782 -16.000 0.000 NA   NA
 10160726 10160727 HVO_2269 HVO_2270 rmeR rmeM TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.046 Y NA
 10160727 10160728 HVO_2270 HVO_2271 rmeM rmeS TRUE 0.993 0.000 0.000 0.046 Y NA
 10160728 10160729 HVO_2271 HVO_2272 rmeS   FALSE 0.023 230.000 0.000 NA   NA
 10160729 10160730 HVO_2272 HVO_2273     TRUE 0.992 0.000 0.667 NA   NA
 10160730 10160731 HVO_2273 HVO_2274     FALSE 0.436 12.000 0.000 NA   NA
 10160731 10160732 HVO_2274 HVO_2275     FALSE 0.003 670.000 0.000 NA   NA
 10160732 10160733 HVO_2275 HVO_2276     FALSE 0.075 112.000 0.000 NA   NA
 10160734 10160735 HVO_2277 HVO_2278     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160735 10160736 HVO_2278 HVO_2279     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160736 10160737 HVO_2279 HVO_2280     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160737 10160738 HVO_2280 HVO_2281     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160738 10160739 HVO_2281 HVO_2282     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160739 10160740 HVO_2282 HVO_2283     TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   NA
 10160740 10160741 HVO_2283 HVO_2284     TRUE 0.955 7.000 0.667 NA   NA
 10160741 10160742 HVO_2284 HVO_2285     FALSE 0.002 1265.000 0.000 NA   NA
 10160742 10160743 HVO_2285 HVO_2286     FALSE 0.006 405.000 0.000 NA   NA
 10160744 10160745 HVO_2287 HVO_2288     FALSE 0.003 933.000 0.000 NA   NA
 10160745 10160746 HVO_2288 HVO_2289     FALSE 0.112 77.000 0.000 NA   NA
 10160746 10160747 HVO_2289 HVO_2290     FALSE 0.004 543.000 0.000 NA   NA
 10160747 10160748 HVO_2290 HVO_2291     FALSE 0.011 448.000 0.000 1.000   NA
 10160748 10160749 HVO_2291 HVO_2291A     FALSE 0.019 245.000 0.000 NA   NA
 10160752 10160753 HVO_2294 HVO_2295     FALSE 0.076 94.000 0.000 NA   NA
 10160753 10160754 HVO_2295 HVO_2296     FALSE 0.066 102.000 0.000 NA   NA
 10160754 10160755 HVO_2296 HVO_2297     FALSE 0.091 130.000 0.000 NA   NA
 10160755 10160756 HVO_2297 HVO_2298     FALSE 0.250 82.000 0.007 1.000   NA
 10160756 10160757 HVO_2298 HVO_2299     FALSE 0.234 142.000 0.010 1.000   NA
 10160757 10160758 HVO_2299 HVO_2300   tif5A TRUE 0.688 16.000 0.035 1.000 N NA
 10160758 10160759 HVO_2300 HVO_2301 tif5A   FALSE 0.074 95.000 0.000 NA   NA
 10160759 10160760 HVO_2301 HVO_2302     FALSE 0.402 58.000 0.154 NA   NA
 10160760 10160761 HVO_2302 HVO_2303   hsp20E TRUE 0.957 9.000 0.846 NA   NA
 10160762 10160763 HVO_2304 HVO_2305 moeA1 moeA2 TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.003 Y NA
 10160763 10160764 HVO_2305 HVO_2306 moeA2   FALSE 0.174 101.000 0.021 1.000 N NA
 10160765 10160766 HVO_2307 HVO_2308 pgp   TRUE 0.583 47.000 0.286 NA   NA
 10160766 10160767 HVO_2308 HVO_2309     TRUE 0.948 -3.000 0.021 NA   NA
 10160767 10160768 HVO_2309 HVO_2310     FALSE 0.152 46.000 0.000 NA   NA
 10160768 10160769 HVO_2310 HVO_2311   hemA FALSE 0.074 95.000 0.000 NA   NA
 10160769 10160770 HVO_2311 HVO_2312 hemA   TRUE 0.994 -3.000 0.041 1.000 Y NA
 10160770 10160771 HVO_2312 HVO_2313   nirGH TRUE 0.942 2.000 0.125 NA N NA
 10160771 10160772 HVO_2313 HVO_2314 nirGH   FALSE 0.239 181.000 0.188 NA   NA
 10160774 10160775 HVO_2316 HVO_2317     FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 10160775 10160776 HVO_2317 HVO_2318   uppS2 FALSE 0.090 141.000 0.000 NA   NA
 10160777 10160778 HVO_2319 HVO_2320     TRUE 0.951 -3.000 0.024 NA   NA
 10160779 10160780 HVO_2321 HVO_2322 dnaG   FALSE 0.014 224.000 0.000 NA N NA
 10160781 10160782 HVO_2323 HVO_2324   panF TRUE 0.989 0.000 0.522 NA   NA
 10160782 10160783 HVO_2324 HVO_2325 panF   FALSE 0.117 70.000 0.000 NA   NA
 10160783 10160784 HVO_2325 HVO_2326   pai1 FALSE 0.115 76.000 0.000 NA   NA
 10160784 10160785 HVO_2326 HVO_2327 pai1   FALSE 0.076 117.000 0.000 NA   NA
 10160785 10160786 HVO_2327 HVO_2328     TRUE 0.767 29.000 0.345 NA   NA
 10160786 10160787 HVO_2328 HVO_2329     FALSE 0.115 76.000 0.000 NA   NA
 10160787 10160788 HVO_2329 HVO_2330     FALSE 0.078 120.000 0.000 NA   NA
 10160788 10160789 HVO_2330 HVO_2331     FALSE 0.040 108.000 0.000 NA N NA
 10160789 10160790 HVO_2331 HVO_2332     FALSE 0.003 630.000 0.000 NA   NA
 10160790 10160791 HVO_2332 HVO_2333     FALSE 0.093 133.000 0.000 NA   NA
 10160792 10160793 HVO_2334 HVO_2335     FALSE 0.450 44.000 0.105 NA   NA
 10160795 10160796 HVO_2337 HVO_2338 uspA20 thrB FALSE 0.190 134.000 0.003 1.000 N NA
 10160796 10160797 HVO_2338 HVO_2339 thrB afsQ FALSE 0.333 67.000 0.000 0.083 N NA
 10160798 10160799 HVO_2340 HVO_2341     FALSE 0.302 148.000 0.087 1.000 N NA
 10160799 10160800 HVO_2341 HVO_2342     TRUE 0.996 -3.000 1.000 1.000 N NA
 10160802 10160803 HVO_2344 HVO_2345   noxA FALSE 0.013 292.000 0.000 NA   NA
 10160803 10160804 HVO_2345 HVO_2346 noxA   FALSE 0.038 200.000 0.000 NA   NA
 10160804 10160805 HVO_2346 HVO_2347     FALSE 0.339 127.000 0.167 NA   NA
 10160805 10160806 HVO_2347 HVO_2348     FALSE 0.174 82.000 0.010 NA   NA
 10160807 10160808 HVO_2349 HVO_2350     TRUE 0.730 75.000 0.818 NA N NA
 10160809 10160810 HVO_2351 HVO_3048 fxsA   FALSE 0.051 181.000 0.000 NA   NA
 10160810 10160811 HVO_3048 HVO_2353     FALSE 0.010 324.000 0.000 NA   NA
 10160811 10160812 HVO_2353 HVO_2354     FALSE 0.059 173.000 0.000 NA   NA
 10160813 10160814 HVO_2355 HVO_2356 nce3   FALSE 0.453 70.000 0.125 1.000   NA
 10160815 10160816 HVO_2357 HVO_2358     TRUE 0.521 165.000 0.556 NA   NA
 10160816 10160817 HVO_2358 HVO_2359     FALSE 0.370 158.000 0.250 NA   NA
 10160819 10160820 HVO_2361 HVO_2362 carB   FALSE 0.118 153.000 0.000 1.000 N NA
 10160823 10160824 HVO_2365 HVO_2366 noxC uspA21 FALSE 0.242 163.000 0.065 1.000 N NA
 10160824 10160825 HVO_2366 HVO_2367 uspA21   TRUE 0.576 59.000 0.286 1.000   NA
 10160829 10160830 HVO_2371 HVO_2372     FALSE 0.466 75.000 0.229 NA   NA
 10160833 10160834 HVO_2375 HVO_2376 pstS1 pstC1 TRUE 0.674 64.000 0.009 1.000 Y NA
 10160834 10160835 HVO_2376 HVO_2377 pstC1 pstA1 TRUE 0.992 2.000 0.000 0.002 Y NA
 10160835 10160836 HVO_2377 HVO_2378 pstA1 pstB1 TRUE 0.811 52.000 0.000 0.002 Y NA
 10160836 10160837 HVO_2378 HVO_2379 pstB1 phoU3 FALSE 0.337 190.000 0.000 NA Y NA
 10160843 10160844 HVO_2385 HVO_2386 pilB5 pilC5 TRUE 0.978 -10.000 0.000 NA Y NA
 10160844 10160845 HVO_2386 HVO_2387 pilC5   TRUE 0.612 5.000 0.000 NA   NA
 10160845 10160846 HVO_2387 HVO_2388     TRUE 0.676 4.000 0.000 NA   NA
 10160846 10160847 HVO_2388 HVO_2389   dehII FALSE 0.078 120.000 0.000 NA   NA
 10160847 10160848 HVO_2389 HVO_2390 dehII   FALSE 0.100 82.000 0.000 NA   NA
 10160851 10160852 HVO_3049 HVO_2394     FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 10160852 10160853 HVO_2394 HVO_2395     FALSE 0.030 260.000 0.008 NA   NA
 10160853 10160854 HVO_2395 HVO_2396     TRUE 0.962 -3.000 0.010 1.000   NA
 10160855 10160856 HVO_2397 HVO_2398 znuA1 znuC1 TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 10160856 10160857 HVO_2398 HVO_2399 znuC1 znuB1 TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.083 Y NA
 10160857 10160858 HVO_2399 HVO_2400 znuB1   FALSE 0.108 176.000 0.000 1.000   NA
 10160859 10160860 HVO_2401 HVO_2402   gcvP TRUE 0.998 0.000 0.316 0.001 Y NA
 10160860 10160861 HVO_2402 HVO_2403 gcvP gcvH TRUE 0.989 2.000 0.054 1.000 Y NA
 10160861 10160862 HVO_2403 HVO_2404 gcvH gcvT TRUE 0.991 3.000 0.017 0.001 Y NA
 10160862 10160863 HVO_2404 HVO_2405 gcvT cbiO2 FALSE 0.035 231.000 0.000 1.000 N NA
 10160863 10160864 HVO_2405 HVO_2406 cbiO2 cbiQ2 TRUE 0.996 -12.000 0.682 1.000 Y NA
 10160864 10160865 HVO_2406 HVO_2407 cbiQ2 cbiM2 TRUE 0.975 -3.000 0.145 NA   NA
 10160865 10160866 HVO_2407 HVO_2408 cbiM2 cbiM1 TRUE 0.963 -3.000 0.058 NA   NA
 10160868 10160869 HVO_2410 HVO_2411   phaA TRUE 0.964 -10.000 0.235 NA   NA
 10160869 10160870 HVO_2411 HVO_2412 phaA trh6 FALSE 0.014 378.000 0.000 1.000   NA
 10160873 10160874 HVO_2415 HVO_2416     FALSE 0.070 107.000 0.000 NA   NA
 10160874 10160875 HVO_2416 HVO_2417     FALSE 0.260 153.000 0.095 NA   NA
 10160875 10160876 HVO_2417 HVO_2418     FALSE 0.306 58.000 0.057 NA   NA
 10160876 10160877 HVO_2418 HVO_2419   mvaB FALSE 0.110 63.000 0.000 NA   NA
 10160878 10160879 HVO_2420 HVO_2421     FALSE 0.091 140.000 0.000 NA   NA
 10160880 10160881 HVO_2422 HVO_2423     TRUE 0.553 89.000 0.500 NA   NA
 10160882 10160883 HVO_2424 HVO_2425     FALSE 0.048 185.000 0.000 NA   NA
 10160884 10160885 HVO_2426 HVO_2427   rfcB FALSE 0.092 139.000 0.000 NA   NA
 10160885 10160886 HVO_2427 HVO_2428 rfcB adh1 FALSE 0.160 89.000 0.000 1.000   NA
 10160887 10160888 HVO_2429 HVO_2430   glnQ FALSE 0.118 71.000 0.000 NA   NA
 10160888 10160889 HVO_2430 HVO_2431 glnQ glnP TRUE 0.996 -3.000 0.200 1.000 Y NA
 10160889 10160890 HVO_2431 HVO_2432 glnP glnH TRUE 0.891 44.000 0.176 0.043 Y NA
 10160890 10160891 HVO_2432 HVO_2433 glnH ccp FALSE 0.021 289.000 0.000 1.000 N NA
 10160892 10160893 HVO_2434 HVO_2435     FALSE 0.046 121.000 0.000 NA N NA
 10160893 10160894 HVO_2435 HVO_2436   tme FALSE 0.137 132.000 0.000 1.000 N NA
 10160895 10160896 HVO_2437 HVO_2438   rnhA FALSE 0.053 178.000 0.000 NA   NA
 10160897 10160898 HVO_2440 HVO_2441 dppA5 dppB5 FALSE 0.180 41.000 0.000 NA   NA
 10160898 10160899 HVO_2441 HVO_2442 dppB5 dppC5 TRUE 0.540 7.000 0.000 NA   NA
 10160899 10160900 HVO_2442 HVO_2443 dppC5 dppD5 TRUE 0.810 2.000 0.000 NA   NA
 10160900 10160901 HVO_2443 HVO_2444 dppD5 dppF5 TRUE 0.996 -7.000 1.000 0.007   NA
 10160901 10160902 HVO_2444 HVO_2445 dppF5   TRUE 0.866 0.000 0.000 NA   NA
 10160902 10160903 HVO_2445 HVO_2446     FALSE 0.074 111.000 0.000 NA   NA
 10160905 10160906 HVO_2448 HVO_2449 aad2   FALSE 0.420 61.000 0.182 NA   NA
 10160906 10160907 HVO_2449 HVO_2449A     TRUE 0.533 54.000 0.273 NA   NA
 10160908 10160909 HVO_2450 HVO_2451     TRUE 0.973 1.000 0.000 0.003   NA
 10160909 10160910 HVO_2451 HVO_2452     FALSE 0.011 454.000 0.000 1.000   NA
 10160910 10160911 HVO_2452 HVO_2453   trpG FALSE 0.004 841.000 0.000 1.000 N NA
 10160911 10160912 HVO_2453 HVO_2454 trpG trpE TRUE 0.998 -3.000 0.200 0.001 Y NA
 10160912 10160913 HVO_2454 HVO_2455 trpE trpF TRUE 0.991 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10160913 10160914 HVO_2455 HVO_2456 trpF trpD1 TRUE 0.986 2.000 0.002 1.000 Y NA
 10160915 10160916 HVO_3050 HVO_3051     FALSE 0.152 46.000 0.000 NA   NA
 10160916 10160917 HVO_3051 HVO_2459     FALSE 0.025 224.000 0.000 NA   NA