MicrobesOnline Operon Predictions for Shigella sonnei Ss046

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1158718 1158719 SSO_0001 SSO_0002 thrL thrA FALSE 0.203 82.000 0.043 1.000   NA
 1158719 1158720 SSO_0002 SSO_0003 thrA thrB TRUE 0.994 2.000 0.133 1.000 Y NA
 1158720 1158721 SSO_0003 SSO_0004 thrB thrC TRUE 0.996 1.000 0.233 1.000 Y NA
 1158721 1158722 SSO_0004 SSO_0005 thrC   FALSE 0.035 214.000 0.003 NA   NA
 1158723 1158724 SSO_0006 SSON_0008 yaaA yaaJ FALSE 0.171 70.000 0.000 NA   NA
 1158725 1158726 SSO_0007 SSO_0009   talB FALSE 0.003 1065.000 0.000 NA N NA
 1158726 1158727 SSO_0009 SSO_0010 talB mog FALSE 0.227 115.000 0.042 1.000 N NA
 1158728 1158729 SSO_0011 SSO_0012 yaaH   FALSE 0.225 149.000 0.043 NA   NA
 1158729 1158730 SSO_0012 SSO_0013   yaaI TRUE 0.929 26.000 0.500 NA   NA
 1158731 1158732 SSO_0014 SSO_0015 dnaK dnaJ TRUE 0.898 89.000 0.236 0.004 Y NA
 1158733 1158734 SSO_0016 SSO_0017 gef   FALSE 0.006 641.000 0.000 NA   NA
 1158735 1158736 SSO_0018 SSO_0019     TRUE 0.990 0.000 0.000 1.000 Y NA
 1158738 1158739 SSO_0021 SSO_0022 nhaA nhaR TRUE 0.591 60.000 0.292 1.000 N NA
 1158740 1158741 SSO_0023 SSO_0024     FALSE 0.032 290.000 0.000 1.000   NA
 1158743 1158744 SSO_0026 SSO_0027     FALSE 0.010 441.000 0.000 NA   NA
 1158744 1158745 SSO_0027 SSO_0028   rpsT FALSE 0.005 784.000 0.000 NA   NA
 1158746 1158747 SSO_0029 SSO_0030   ribF TRUE 0.842 8.000 0.019 NA   NA
 1158747 1158748 SSO_0030 SSO_0031 ribF ileS TRUE 0.694 43.000 0.254 1.000 N NA
 1158748 1158749 SSO_0031 SSO_0032 ileS lspA TRUE 0.927 0.000 0.045 1.000 N NA
 1158749 1158750 SSO_0032 SSO_0033 lspA slpA TRUE 0.528 125.000 0.154 1.000 N NA
 1158750 1158751 SSO_0033 SSO_0034 slpA lytB TRUE 0.996 2.000 0.626 1.000 N NA
 1158751 1158752 SSO_0034 SSO_0035 lytB yaaF FALSE 0.093 66.000 0.028 1.000 N NA
 1158752 1158753 SSO_0035 SSO_0036 yaaF dapB FALSE 0.045 167.000 0.003 1.000 N NA
 1158753 1158754 SSO_0036 SSO_0037 dapB carA FALSE 0.048 456.000 0.034 1.000 Y NA
 1158754 1158755 SSO_0037 SSO_0038 carA carB TRUE 0.992 18.000 0.345 0.001 Y NA
 1158758 1158759 SSO_0041 SSO_0042 caiE caiD TRUE 0.751 -15.000 0.000 1.000   NA
 1158759 1158760 SSO_0042 SSO_0043 caiD caiC TRUE 0.994 1.000 0.000 0.023 Y NA
 1158761 1158762 SSO_0044 SSO_0045     TRUE 0.665 141.000 0.000 NA Y NA
 1158763 1158764 SSON_0046 SSO_0047 caiB caiA FALSE 0.304 129.000 0.000 NA   NA
 1158764 1158765 SSO_0047 SSO_0048 caiA caiT TRUE 0.604 31.000 0.118 1.000 N NA
 11420046 1158766   SSON_0049   fixA FALSE NA 149.000 0.000 NA   NA
 11562409 1158766   SSON_0049   fixA FALSE NA 149.000 0.000 NA   NA
 11704801 1158766   SSON_0049   fixA FALSE NA 149.000 0.000 NA   NA
 11420047 1158766   SSON_0049   fixA FALSE NA 107.000 0.000 NA   NA
 11562410 1158766   SSON_0049   fixA FALSE NA 107.000 0.000 NA   NA
 11704802 1158766   SSON_0049   fixA FALSE NA 107.000 0.000 NA   NA
 11420048 1158766   SSON_0049   fixA FALSE NA 90.000 0.000 NA   NA
 11562411 1158766   SSON_0049   fixA FALSE NA 90.000 0.000 NA   NA
 11704803 1158766   SSON_0049   fixA FALSE NA 90.000 0.000 NA   NA
 1158766 1158767 SSON_0049 SSO_0050 fixA fixB TRUE 0.989 15.000 0.231 0.018 Y NA
 1158767 1158768 SSO_0050 SSO_0051 fixB fixC TRUE 0.764 51.000 0.000 0.056 Y NA
 1158768 1158769 SSO_0051 SSO_0052 fixC fixX TRUE 0.995 -3.000 0.167 0.056 Y NA
 1158769 1158770 SSO_0052 SSON_0053 fixX yaaU FALSE 0.199 59.000 0.000 NA   NA
 1158770 1158771 SSON_0053 SSO_0054 yaaU yabF FALSE 0.274 108.000 0.000 NA   NA
 1158771 1158772 SSO_0054 SSO_0055 yabF kefC TRUE 0.987 -7.000 0.560 1.000   NA
 1158772 1158773 SSO_0055 SSO_0056 kefC folA FALSE 0.036 192.000 0.012 1.000 N NA
 1158774 1158775 SSO_0057 SSO_0058 apaH apaG TRUE 0.980 7.000 0.267 NA N NA
 1158775 1158776 SSO_0058 SSO_0059 apaG ksgA TRUE 0.942 3.000 0.078 NA N NA
 1158776 1158777 SSO_0059 SSO_0060 ksgA pdxA TRUE 0.976 -3.000 0.197 1.000 N NA
 1158777 1158778 SSO_0060 SSO_0061 pdxA surA TRUE 0.996 0.000 0.561 1.000 N NA
 1158778 1158779 SSO_0061 SSO_0062 surA imp TRUE 0.466 53.000 0.182 1.000 N NA
 1158781 1158782 SSO_0064 SSO_0065 yabO hepA TRUE 0.968 12.000 0.294 1.000 N NA
 1158782 1158783 SSO_0065 SSO_0066 hepA polB TRUE 0.657 164.000 0.098 1.000 Y NA
 1158783 1158784 SSO_0066 SSO_0067 polB araD FALSE 0.066 75.000 0.018 1.000 N NA
 1158784 1158785 SSO_0067 SSO_0068 araD araA TRUE 0.489 169.000 0.017 1.000 Y NA
 1158785 1158786 SSO_0068 SSO_0069 araA araB TRUE 0.931 11.000 0.138 1.000 N NA
 1158787 1158788 SSO_0070 SSO_0071 araC yabI FALSE 0.438 86.000 0.167 NA   NA
 1158789 1158790 SSO_0072 SSO_0073 yabJ yabK TRUE 0.981 -16.000 0.522 0.016 N NA
 1158790 1158791 SSO_0073 SSO_0074 yabK tbpA TRUE 0.983 -24.000 0.697 0.071 N NA
 1158791 1158792 SSO_0074 SSO_0075 tbpA yabN FALSE 0.310 164.000 0.010 0.071   NA
 1158793 1158794 SSO_0076 SSO_0077 yabM   FALSE 0.026 249.000 0.000 NA N NA
 1158795 1158796 SSO_0078 SSO_0079 leuD leuC TRUE 0.996 11.000 0.309 0.001 Y NA
 1158796 1158797 SSO_0079 SSON_0080 leuC leuB TRUE 0.998 3.000 0.275 0.001 Y NA
 1158797 1158798 SSON_0080 SSO_0081 leuB leuA TRUE 0.997 0.000 0.126 0.001 Y NA
 1158798 1158799 SSO_0081 SSO_0082 leuA leuL TRUE 0.480 93.000 0.010 0.001   NA
 1158800 1158801 SSON_0083 SSO_0084 leuO ilvI FALSE 0.016 318.000 0.000 1.000 N NA
 1158801 1158802 SSO_0084 SSO_0085 ilvI ilvH TRUE 0.999 3.000 0.371 0.002 Y NA
 1158802 1158803 SSO_0085 SSO_0086 ilvH fruL TRUE 0.834 12.000 0.000 NA   NA
 1158803 1158804 SSO_0086 SSO_0087 fruL fruR FALSE 0.183 82.000 0.000 NA   NA
 1158804 1158805 SSO_0087 SSO_0088 fruR   FALSE 0.015 296.000 0.000 NA N NA
 1158805 1158806 SSO_0088 SSO_0089   yabB FALSE 0.007 580.000 0.000 NA   NA
 1158806 1158807 SSO_0089 SSO_0090 yabB yabC TRUE 0.996 2.000 0.635 NA   NA
 1158807 1158808 SSO_0090 SSO_0091 yabC ftsL TRUE 0.981 -3.000 0.227 1.000 N NA
 1158808 1158809 SSO_0091 SSO_0092 ftsL ftsI TRUE 0.848 16.000 0.124 1.000 N NA
 1158809 1158810 SSO_0092 SSO_0093 ftsI murE TRUE 0.949 -13.000 0.059 1.000 Y NA
 1158810 1158811 SSO_0093 SSO_0094 murE murF TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 1158811 1158812 SSO_0094 SSO_0095 murF mraY TRUE 0.996 -6.000 0.309 0.004 Y NA
 1158812 1158813 SSO_0095 SSO_0096 mraY murD TRUE 0.999 3.000 0.647 0.004 Y NA
 1158813 1158814 SSO_0096 SSO_0097 murD ftsW TRUE 0.995 0.000 0.297 0.003 N NA
 1158814 1158815 SSO_0097 SSO_0098 ftsW murG TRUE 0.995 -3.000 0.647 1.000 N NA
 1158815 1158816 SSO_0098 SSO_0099 murG murC TRUE 0.852 54.000 0.283 1.000 Y NA
 1158816 1158817 SSO_0099 SSO_0100 murC ddlB TRUE 0.990 -7.000 0.153 0.004 Y NA
 1158817 1158818 SSO_0100 SSO_0101 ddlB ftsQ TRUE 0.998 2.000 0.372 NA Y NA
 1158818 1158819 SSO_0101 SSO_0102 ftsQ ftsA TRUE 0.989 -3.000 0.389 NA N NA
 1158819 1158820 SSO_0102 SSO_0103 ftsA ftsZ TRUE 0.891 61.000 0.460 1.000 Y NA
 1158820 1158821 SSO_0103 SSO_0104 ftsZ lpxC FALSE 0.411 101.000 0.134 1.000 N NA
 1158821 1158822 SSO_0104 SSON_0105 lpxC yacA FALSE 0.063 231.000 0.000 1.000   NA
 1158822 1158823 SSON_0105 SSO_0106 yacA secA FALSE 0.271 62.000 0.065 1.000   NA
 1158823 1158824 SSO_0106 SSO_0107 secA mutT FALSE 0.398 60.000 0.168 1.000 N NA
 1158825 1158826 SSO_0108 SSO_0109   yacG TRUE 0.515 -49.000 0.000 NA   NA
 1158826 1158827 SSO_0109 SSO_0110 yacG yacF TRUE 0.985 10.000 0.356 NA   NA
 1158827 1158828 SSO_0110 SSO_0111 yacF yacE TRUE 0.974 0.000 0.110 NA   NA
 1158830 1158831 SSO_0113 SSO_0114   hofC TRUE 0.900 8.000 0.000 NA   NA
 1158831 1158832 SSO_0114 SSON_0115 hofC hofB TRUE 0.771 -10.000 0.000 NA   NA
 1158832 1158833 SSON_0115 SSO_0116 hofB ppdD TRUE 0.881 10.000 0.000 NA   NA
 1158833 1158834 SSO_0116 SSO_0117 ppdD nadC FALSE 0.019 203.000 0.015 NA N NA
 1158835 1158836 SSO_0118 SSO_0119 ampD ampE TRUE 0.995 -3.000 0.249 1.000 Y NA
 1158838 1158839 SSO_0121 SSO_0122 pdhR aceE TRUE 0.569 161.000 0.276 1.000 N NA
 1158839 1158840 SSO_0122 SSO_0123 aceE aceF TRUE 0.981 15.000 0.220 1.000 Y NA
 1158840 1158841 SSO_0123 SSO_0124 aceF lpdA FALSE 0.410 325.000 0.463 1.000 Y NA
 1158843 1158844 SSO_0126 SSO_0127 acnB yacL FALSE 0.210 175.000 0.068 NA   NA
 1158845 1158846 SSO_0128 SSO_0129 speD speE TRUE 0.970 16.000 0.162 1.000 Y NA
 1158846 1158847 SSO_0129 SSO_0130 speE yacC TRUE 0.757 106.000 0.354 NA   NA
 1158852 1158853 SSO_0135 SSO_0136 yadG yadH TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.098 Y NA
 1158853 1158854 SSO_0136 SSO_0137 yadH yadI FALSE 0.169 105.000 0.037 1.000 N NA
 1158854 1158855 SSO_0137 SSO_0138 yadI yadE TRUE 0.787 64.000 0.222 1.000 Y NA
 1158858 1158859 SSO_0141 SSO_0142 panC panB TRUE 0.997 12.000 0.395 0.001 Y NA
 1158860 1158861 SSO_0143 SSON_0144     FALSE 0.042 527.000 0.000 NA Y NA
 1158862 1158863 SSO_0145 SSO_0146 yadK yadL TRUE 0.966 27.000 0.571 0.008   NA
 1158863 1158864 SSO_0146 SSON_0147 yadL   FALSE 0.010 495.000 0.000 1.000   NA
 1158864 1158865 SSON_0147 SSON_0148     TRUE 0.874 -42.000 0.000 NA Y NA
 1158865 1158866 SSON_0148 SSO_0149     TRUE 0.647 50.000 0.000 NA Y NA
 1158866 1158867 SSO_0149 SSON_0151   htrE FALSE 0.028 288.000 0.000 NA   NA
 1158867 1158868 SSON_0151 SSO_0150 htrE   FALSE 0.370 -1524.000 0.000 NA   NA
 1158868 1158869 SSO_0150 SSO_0152   ecpD FALSE 0.002 1471.000 0.000 NA N NA
 1158869 1158870 SSO_0152 SSO_0153 ecpD yadN TRUE 0.928 105.000 0.500 1.000 Y NA
 1158870 1158871 SSO_0153 SSO_0154 yadN folK FALSE 0.011 370.000 0.000 1.000 N NA
 1158871 1158872 SSO_0154 SSON_0155 folK pcnB TRUE 0.981 -3.000 0.234 1.000 N NA
 1158872 1158873 SSON_0155 SSON_0156 pcnB yadB TRUE 0.846 39.000 0.131 1.000 Y NA
 1158873 1158874 SSON_0156 SSO_0157 yadB dksA TRUE 0.492 67.000 0.231 1.000 N NA
 1158874 1158875 SSO_0157 SSO_0158 dksA sfsA FALSE 0.332 178.000 0.151 NA   NA
 1158875 1158876 SSO_0158 SSO_0159 sfsA yadP TRUE 0.764 15.000 0.045 NA   NA
 1158877 1158878 SSO_0160 SSO_0161 hrpB mrcB FALSE 0.217 196.000 0.158 1.000 N NA
 1158878 1158879 SSO_0161 SSO_0162 mrcB fhuA FALSE 0.050 220.000 0.000 1.000 N NA
 1158879 1158880 SSO_0162 SSO_0163 fhuA fhuC TRUE 0.779 51.000 0.156 1.000 Y NA
 1158880 1158881 SSO_0163 SSO_0164 fhuC fhuD TRUE 0.989 0.000 0.031 1.000 Y NA
 1158881 1158882 SSO_0164 SSO_0165 fhuD fhuB TRUE 0.985 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 1158884 1158885 SSO_0167 SSO_0168 yadQ yadR FALSE 0.147 82.000 0.031 NA   NA
 1158886 1158887 SSO_0169 SSO_0170 yadS yadT TRUE 0.724 38.000 0.213 NA   NA
 1158887 1158888 SSO_0170 SSO_0171 yadT pfs TRUE 0.853 -7.000 0.073 1.000 N NA
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 1159054 1159055 SSO_0337 SSO_0338 yaiO   TRUE 0.940 2.000 0.000 NA   NA
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 1159056 1159057 SSON_0339 SSO_0340 yaiP yaiS TRUE 0.881 10.000 0.000 NA   NA
 1159057 1159058 SSO_0340 SSON_0341 yaiS   FALSE 0.009 500.000 0.000 NA   NA
 1159058 1159059 SSON_0341 SSO_0342     TRUE 0.874 -42.000 0.000 NA Y NA
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 1159062 1159063 SSO_0345 SSO_0346 tauC tauD TRUE 0.979 -3.000 0.214 1.000 N NA
 1159064 1159065 SSO_0347 SSO_0348 hemB   FALSE 0.289 137.000 0.000 NA   NA
 1159066 1159067 SSO_0349 SSO_0350 yaiU yaiV TRUE 0.893 43.000 0.667 NA   NA
 1159069 1159070 SSO_0352 SSO_0353 sbmA yaiW TRUE 0.828 13.000 0.000 1.000   NA
 1159074 1159075 SSO_0357 SSO_0358 yaiB phoA FALSE 0.376 32.000 0.032 NA   NA
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 1159078 1159079 SSO_0361 SSO_0362   proC FALSE 0.010 351.000 0.000 NA N NA
 1159080 1159081 SSON_0363 SSO_0364 yaiI aroL FALSE 0.068 183.000 0.007 NA   NA
 1159081 1159082 SSO_0364 SSO_0365 aroL yaiA FALSE 0.251 50.000 0.044 NA   NA
 1159082 1159083 SSO_0365 SSO_0366 yaiA aroM FALSE 0.040 258.000 0.000 NA   NA
 1159083 1159084 SSO_0366 SSO_0367 aroM yaiE FALSE 0.181 72.000 0.049 NA   NA
 1159084 1159085 SSO_0367 SSO_0368 yaiE   FALSE 0.239 146.000 0.000 NA   NA
 1159085 1159086 SSO_0368 SSO_0369     FALSE 0.213 154.000 0.000 NA   NA
 1159086 1159087 SSO_0369 SSO_0370     TRUE 0.920 -3.000 0.000 NA   NA
 1159090 1159091 SSO_0373 SSO_0374 araJ sbcC FALSE 0.183 126.000 0.030 1.000 N NA
 1159091 1159092 SSO_0374 SSO_0375 sbcC sbcD TRUE 0.992 -3.000 0.021 0.001 Y NA
 1159093 1159094 SSO_0376 SSO_0377 phoB phoR TRUE 0.936 58.000 0.453 0.013 Y NA
 1159094 1159095 SSO_0377 SSO_0378 phoR brnQ FALSE 0.008 407.000 0.000 1.000 N NA
 1159095 1159096 SSO_0378 SSO_0379 brnQ proY TRUE 0.890 76.000 0.348 0.082 Y NA
 1159096 1159097 SSO_0379 SSO_0380 proY malZ FALSE 0.339 156.000 0.123 1.000 N NA
 1159099 1159100 SSO_0382 SSO_0383 queA tgt TRUE 0.936 56.000 0.360 0.001 Y NA
 1159100 1159101 SSO_0383 SSO_0384 tgt yajC TRUE 0.894 23.000 0.325 NA N NA
 1159101 1159102 SSO_0384 SSO_0385 yajC secD TRUE 0.836 28.000 0.045 NA Y NA
 1159102 1159103 SSO_0385 SSO_0386 secD secF TRUE 0.995 11.000 0.206 0.001 Y NA
 1159103 1159104 SSO_0386 SSO_0387 secF yajD FALSE 0.234 129.000 0.015 1.000   NA
 1159105 1159106 SSO_0388 SSON_0389 tsx yajI FALSE 0.025 299.000 0.000 NA   NA
 1159107 1159108 SSO_0390 SSO_0391 ybaD ribD TRUE 0.985 4.000 0.277 NA N NA
 1159108 1159109 SSO_0391 SSO_0392 ribD ribH TRUE 0.770 89.000 0.034 0.001 Y NA
 1159109 1159110 SSO_0392 SSO_0393 ribH nusB TRUE 0.931 20.000 0.347 1.000 N NA
 1159110 1159111 SSO_0393 SSO_0394 nusB thiL TRUE 0.475 78.000 0.225 1.000 N NA
 1159111 1159112 SSO_0394 SSO_0395 thiL pgpA TRUE 0.888 -22.000 0.206 1.000 N NA
 1159113 1159114 SSO_0396 SSO_0397 yajO dxs FALSE 0.070 55.000 0.009 1.000 N NA
 1159114 1159115 SSO_0397 SSO_0398 dxs ispA TRUE 0.884 25.000 0.060 1.000 Y NA
 1159115 1159116 SSO_0398 SSO_0399 ispA xseB TRUE 0.906 0.000 0.035 1.000 N NA
 1159118 1159119 SSO_0401 SSO_0402 thiJ apbA TRUE 0.772 -43.000 0.155 NA   NA
 1159122 1159123 SSO_0405 SSO_0406     FALSE 0.024 309.000 0.000 NA   NA
 1159126 1159127 SSO_0409 SSO_0410     TRUE 0.742 -16.000 0.000 1.000   NA
 1159127 1159128 SSO_0410 SSO_0411   cyoE FALSE 0.321 137.000 0.000 1.000   NA
 1159128 1159129 SSO_0411 SSO_0412 cyoE cyoD TRUE 0.950 12.000 0.118 0.082 N NA
 1159129 1159130 SSO_0412 SSO_0413 cyoD cyoC TRUE 0.999 0.000 0.485 0.054 Y NA
 1159130 1159131 SSO_0413 SSO_0414 cyoC cyoB TRUE 0.997 -10.000 0.697 0.054 Y NA
 1159131 1159132 SSO_0414 SSO_0415 cyoB cyoA TRUE 0.944 22.000 0.041 0.004 Y NA
 1159132 1159133 SSO_0415 SSO_0416 cyoA ampG FALSE 0.024 462.000 0.000 0.082   NA
 1159133 1159134 SSO_0416 SSON_0417 ampG yajG TRUE 0.715 44.000 0.256 NA   NA
 1159135 1159136 SSON_0418 SSO_0419 bolA tig FALSE 0.010 344.000 0.000 NA N NA
 1159136 1159137 SSO_0419 SSO_0420 tig clpP TRUE 0.562 246.000 0.351 1.000 Y NA
 1159137 1159138 SSO_0420 SSO_0421 clpP clpX TRUE 0.923 126.000 0.352 1.000 Y NA
 1159138 1159139 SSO_0421 SSO_0422 clpX lon TRUE 0.751 188.000 0.201 0.095 Y NA
 1159139 1159140 SSO_0422 SSO_0423 lon hupB FALSE 0.048 209.000 0.000 NA N NA
 1159140 1159141 SSO_0423 SSO_0424 hupB ybaU FALSE 0.067 192.000 0.000 NA N NA
 1159141 1159142 SSO_0424 SSO_0425 ybaU   FALSE 0.012 320.000 0.000 NA N NA
 1159142 1159143 SSO_0425 SSO_0426     TRUE 0.665 141.000 0.000 NA Y NA
 1159144 1159145 SSO_0427 SSO_0428     TRUE 0.990 0.000 0.000 1.000 Y NA
 1159146 1159147 SSO_0429 SSO_0430   ybaV TRUE 0.502 -94.000 0.000 1.000   NA
 1159147 1159148 SSO_0430 SSO_0431 ybaV ybaW FALSE 0.262 94.000 0.000 1.000   NA
 1159149 1159150 SSO_0432 SSO_0433 ybaX ybaE FALSE 0.141 65.000 0.019 1.000   NA
 1159151 1159152 SSO_0434 SSO_0435 cof ybaO FALSE 0.143 65.000 0.020 1.000   NA
 1159152 1159153 SSO_0435 SSO_0436 ybaO mdlA TRUE 0.713 30.000 0.179 1.000 N NA
 1159153 1159154 SSO_0436 SSO_0437 mdlA mdlB TRUE 0.998 -7.000 0.911 0.005 Y NA
 1159154 1159155 SSO_0437 SSO_0438 mdlB glnK FALSE 0.068 181.000 0.028 1.000 N NA
 1159155 1159156 SSO_0438 SSO_0439 glnK amtB TRUE 0.679 30.000 0.156 1.000 N NA
 1159161 1159162 SSO_0444 SSO_0445 ylaB ylaC FALSE 0.201 158.000 0.000 NA   NA
 1159162 1159163 SSO_0445 SSO_0446 ylaC ylaD FALSE 0.315 77.000 0.101 1.000   NA
 1159163 1159164 SSO_0446 SSO_0447 ylaD hha FALSE 0.235 171.000 0.076 NA   NA
 1159164 1159165 SSO_0447 SSO_0448 hha ybaJ TRUE 0.631 26.000 0.080 NA   NA
 1159165 1159166 SSO_0448 SSO_0449 ybaJ acrB FALSE 0.008 546.000 0.000 NA   NA
 1159166 1159167 SSO_0449 SSO_0450 acrB acrA TRUE 0.933 23.000 0.458 1.000 N NA
 1159168 1159169 SSO_0451 SSO_0452 acrR aefA FALSE 0.242 128.000 0.000 1.000 N NA
 1159170 1159171 SSO_0453 SSO_0454 ybaM priC TRUE 0.977 14.000 0.474 NA   NA
 1159172 1159173 SSO_0455 SSO_0456 ybaN apt FALSE 0.211 153.000 0.043 NA   NA
 1159173 1159174 SSO_0456 SSO_0457 apt dnaX FALSE 0.390 129.000 0.088 1.000 N NA
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 1159176 1159177 SSO_0459 SSO_0460 recR htpG FALSE 0.156 110.000 0.028 1.000 N NA
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 1159178 1159179 SSO_0461 SSO_0462 adk hemH FALSE 0.116 132.000 0.013 1.000 N NA
 1159182 1159183 SSO_0465 SSO_0466 ybaL   FALSE 0.010 375.000 0.000 1.000 N NA
 1159183 1159184 SSO_0466 SSO_0467     TRUE 0.816 141.000 0.182 NA Y NA
 1159184 1159185 SSO_0467 SSO_0468   fsr FALSE 0.150 52.000 0.000 NA N NA
 1159187 1159188 SSO_0470 SSO_0471 ybaK ybaP FALSE 0.056 204.000 0.022 NA   NA
 1159191 1159192 SSO_0474 SSO_0475 ybaS ybaT TRUE 0.987 3.000 0.028 1.000 Y NA
 1159192 1159193 SSO_0475 SSO_0476 ybaT ybbI FALSE 0.248 125.000 0.000 1.000 N NA
 1159194 1159195 SSO_0477 SSO_0478 ybbJ ybbK TRUE 0.997 0.000 0.313 NA Y NA
 1159196 1159197 SSO_0479 SSO_0480 ybbL ybbM TRUE 0.775 -40.000 0.127 NA   NA
 1159198 1159199 SSO_0481 SSO_0482 ybbN ybbO TRUE 0.741 25.000 0.118 1.000   NA
 1159199 1159200 SSO_0482 SSO_0484 ybbO tesA TRUE 0.854 -10.000 0.072 1.000   NA
 1159201 1159202 SSO_0483 SSO_0485 ybbA ybbP TRUE 0.998 -3.000 0.535 1.000 Y NA
 1159203 1159204 SSO_0486 SSON_0487 ybbB ybbS FALSE 0.173 69.000 0.000 NA   NA
 1159204 1159205 SSON_0487 SSO_0488 ybbS   FALSE 0.140 180.000 0.000 NA   NA
 1159206 1159207 SSO_0489 SSON_0490 folD ybcJ TRUE 0.956 2.000 0.055 1.000   NA
 1159207 1159208 SSON_0490 SSO_0491 ybcJ ybcI FALSE 0.040 213.000 0.011 NA   NA
 1159210 1159211 SSO_0493 SSO_0494 ppiB ybbF TRUE 0.988 3.000 0.237 1.000   NA
 1159211 1159212 SSO_0494 SSO_0495 ybbF purE FALSE 0.243 118.000 0.016 1.000   NA
 1159212 1159213 SSO_0495 SSO_0496 purE purK TRUE 0.996 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 1159214 1159215 SSO_0497 SSO_0498 arcC ylbF TRUE 0.991 -3.000 0.375 NA   NA
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 1159216 1159217 SSO_0499 SSO_0500 ylbE   FALSE 0.023 312.000 0.000 NA   NA
 1159217 1159218 SSO_0500 SSON_0501   ybbY FALSE 0.063 223.000 0.000 NA   NA
 1159218 1159219 SSON_0501 SSON_0502 ybbY ybbX FALSE 0.208 57.000 0.000 NA   NA
 1159219 1159220 SSON_0502 SSO_0503 ybbX gip TRUE 0.920 -3.000 0.000 NA   NA
 1159221 1159222 SSO_0504 SSON_0505   sfmD FALSE 0.268 48.000 0.000 NA   NA
 1159222 1159223 SSON_0505 SSO_0506 sfmD sfmH FALSE 0.311 43.000 0.000 NA   NA
 1159223 1159224 SSO_0506 SSO_0507 sfmH sfmF TRUE 0.999 11.000 0.875 0.007 Y NA
 1159229 1159230 SSO_0512 SSO_0513 envY ybcH FALSE 0.131 183.000 0.000 NA   NA
 1159230 1159231 SSO_0513 SSO_0514 ybcH nfrA TRUE 0.995 1.000 0.500 NA   NA
 1159231 1159232 SSO_0514 SSON_0515 nfrA nfrB TRUE 0.734 -13.000 0.000 NA   NA
 1159232 1159233 SSON_0515 SSO_0516 nfrB   FALSE 0.169 73.000 0.000 NA   NA
 1159233 1159234 SSO_0516 SSO_0517     FALSE 0.034 228.000 0.000 NA N NA
 1159234 1159235 SSO_0517 SSO_0518     TRUE 0.646 -27.000 0.000 NA   NA
 1159235 1159236 SSO_0518 SSO_0519     FALSE 0.168 74.000 0.000 NA   NA
 1159236 1159237 SSO_0519 SSO_0520     TRUE 0.838 28.000 0.250 NA   NA
 1159237 1159238 SSO_0520 SSO_0521   ybcZ FALSE 0.005 737.000 0.000 NA   NA
 1159238 1159239 SSO_0521 SSO_0522 ybcZ ylcA TRUE 0.997 -10.000 0.600 0.001 Y NA
 1159240 1159241 SSO_0523 SSO_0524 ylcB ylcC TRUE 0.941 24.000 0.500 NA   NA
 1159241 1159242 SSO_0524 SSO_0525 ylcC ylcD TRUE 0.737 16.000 0.000 NA   NA
 1159242 1159243 SSO_0525 SSO_0526 ylcD ybdE TRUE 0.983 12.000 0.500 1.000 N NA
 1159243 1159244 SSO_0526 SSO_0527 ybdE pheP FALSE 0.403 102.000 0.000 0.081 N NA
 1159245 1159246 SSO_0528 SSO_0529 ybdG nfnB FALSE 0.099 108.000 0.012 1.000 N NA
 1159246 1159247 SSO_0529 SSO_0530 nfnB ybdF TRUE 0.795 94.000 0.500 NA   NA
 1159247 1159248 SSO_0530 SSON_0531 ybdF ybdJ FALSE 0.180 65.000 0.000 NA   NA
 1159248 1159249 SSON_0531 SSO_0532 ybdJ ybdK FALSE 0.178 66.000 0.000 NA   NA
 1159249 1159250 SSO_0532 SSO_0533 ybdK entD FALSE 0.005 1217.000 0.000 1.000   NA
 1159250 1159251 SSO_0533 SSO_0534 entD fepA TRUE 0.789 166.000 0.700 1.000 N NA
 1159252 1159253 SSO_0535 SSO_0536 fes ybdZ TRUE 0.991 3.000 0.320 NA   NA
 1159253 1159254 SSO_0536 SSO_0537 ybdZ entF TRUE 0.950 -3.000 0.080 NA   NA
 1159254 1159255 SSO_0537 SSO_0538 entF fepE FALSE 0.052 216.000 0.000 1.000 N NA
 1159256 1159257 SSO_0539 SSO_0540 fepC fepG TRUE 0.985 -3.000 0.038 1.000 Y NA
 1159257 1159258 SSO_0540 SSO_0541 fepG fepD TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.054 Y NA
 1159261 1159262 SSO_0544 SSO_0545 entC entE TRUE 0.997 10.000 0.667 1.000 Y NA
 1159262 1159263 SSO_0545 SSO_0546 entE entB TRUE 0.995 14.000 0.667 1.000 Y NA
 1159263 1159264 SSO_0546 SSO_0547 entB entA TRUE 0.988 0.000 0.024 1.000 Y NA
 1159264 1159265 SSO_0547 SSO_0548 entA ybdB TRUE 0.990 3.000 0.065 NA Y NA
 1159265 1159266 SSO_0548 SSO_0549 ybdB cstA FALSE 0.385 181.000 0.222 NA N NA
 1159266 1159267 SSO_0549 SSO_0550 cstA ybdD TRUE 0.552 182.000 0.333 NA   NA
 1159270 1159271 SSO_0553 SSON_0554 ybdM ybdN TRUE 0.646 -27.000 0.000 NA   NA
 1159274 1159275 SSO_0557 SSO_0558 ahpC ahpF TRUE 0.938 141.000 0.551 1.000 Y NA
 1159277 1159278 SSO_0560 SSO_0561 ybdR   FALSE 0.179 81.000 0.000 NA   NA
 1159279 1159280 SSO_0562 SSO_0563 rnk rna FALSE 0.020 230.000 0.018 1.000 N NA
 1159280 1159281 SSO_0563 SSO_0564 rna ybdS FALSE 0.149 114.000 0.024 1.000 N NA
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 1159282 1159283 SSO_0565 SSO_0566 citG ybdU TRUE 0.983 -25.000 0.400 1.000 Y NA
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 1159637 1159638 SSO_0920 SSO_0921 kdsB   FALSE 0.148 154.000 0.023 NA   NA
 1159640 1159641 SSO_0923 SSO_0924 smtA mukF TRUE 0.986 -3.000 0.325 NA N NA
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 1159642 1159643 SSO_0925 SSO_0926 mukE mukB TRUE 0.996 0.000 0.000 0.001 Y NA
 1159643 1159644 SSO_0926 SSO_0927 mukB   FALSE 0.156 145.000 0.000 NA N NA
 1159644 1159645 SSO_0927 SSO_0928   ycbB FALSE 0.080 208.000 0.000 NA   NA
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 1159650 1159651 SSO_0933 SSO_0934 asnS pncB FALSE 0.095 172.000 0.034 1.000 N NA
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 1159840 1159841 SSO_1123 SSO_1124 ycfF ycfL TRUE 0.944 3.000 0.051 NA   NA
 1159841 1159842 SSO_1124 SSO_1125 ycfL ycfM TRUE 0.980 14.000 0.516 NA   NA
 1159842 1159843 SSO_1125 SSO_1126 ycfM ycfN TRUE 0.940 -19.000 0.310 NA   NA
 1159843 1159844 SSO_1126 SSO_1127 ycfN ycfO TRUE 0.877 11.000 0.069 1.000 N NA
 1159844 1159845 SSO_1127 SSON_1128 ycfO ycfP TRUE 0.715 23.000 0.091 NA   NA
 1159845 1159846 SSON_1128 SSO_1129 ycfP ndh FALSE 0.014 408.000 0.057 NA   NA
 1159846 1159847 SSO_1129 SSO_1130 ndh ycfJ FALSE 0.099 227.000 0.071 1.000   NA
 1159850 1159851 SSO_1133 SSO_1134 ycfS mfd FALSE 0.019 282.000 0.006 1.000   NA
 1159851 1159852 SSO_1134 SSO_1135 mfd ycfT FALSE 0.206 128.000 0.003 1.000   NA
 1159853 1159854 SSO_1136 SSON_1137 ycfU lolD TRUE 0.963 -7.000 0.175 0.065 N NA
 1159854 1159855 SSON_1137 SSO_1138 lolD ycfW TRUE 0.986 0.000 0.125 0.065 N NA
 1159855 1159856 SSO_1138 SSO_1139 ycfW ycfX TRUE 0.792 29.000 0.225 1.000 N NA
 1159856 1159857 SSO_1139 SSO_1140 ycfX cobB TRUE 0.963 16.000 0.119 1.000 Y NA
 1159858 1159859 SSO_1141 SSO_1142 potD potC TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.052 Y NA
 1159859 1159860 SSO_1142 SSON_1143 potC potB TRUE 0.997 -3.000 0.286 0.052 Y NA
 1159860 1159861 SSON_1143 SSO_1144 potB potA TRUE 0.994 -16.000 0.789 1.000 Y NA
 1159863 1159864 SSO_1146 SSO_1147 ycfD phoQ TRUE 0.685 67.000 0.408 NA   NA
 1159864 1159865 SSO_1147 SSO_1148 phoQ phoP TRUE 0.999 0.000 0.940 1.000 Y NA
 1159865 1159866 SSO_1148 SSO_1149 phoP purB FALSE 0.055 168.000 0.011 1.000 N NA
 1159866 1159867 SSO_1149 SSO_1150 purB ycfC TRUE 0.962 4.000 0.093 NA   NA
 1159867 1159868 SSO_1150 SSON_1151 ycfC trmU TRUE 0.690 36.000 0.180 NA   NA
 1159868 1159869 SSON_1151 SSO_1152 trmU   FALSE 0.419 54.000 0.158 1.000 N NA
 1159869 1159870 SSO_1152 SSO_1153   ymfC TRUE 0.961 10.000 0.182 1.000 N NA
 1159872 1159873 SSO_1155 SSO_1156 ycgW ycgX FALSE 0.006 696.000 0.000 NA   NA
 1159873 1159874 SSO_1156 SSO_1157 ycgX ycgE FALSE 0.066 221.000 0.000 NA   NA
 1159874 1159875 SSO_1157 SSON_1158 ycgE   FALSE 0.084 205.000 0.000 NA   NA
 1159876 1159877 SSO_1159 SSON_1160     FALSE 0.031 742.000 0.000 1.000 Y NA
 1159878 1159879 SSO_1161 SSO_1162     TRUE 0.929 4.000 0.000 NA   NA
 1159879 1159880 SSO_1162 SSO_1163   minE FALSE 0.004 1080.000 0.000 NA   NA
 1159880 1159881 SSO_1163 SSO_1164 minE minD TRUE 0.998 4.000 0.618 NA Y NA
 1159881 1159882 SSO_1164 SSO_1165 minD minC TRUE 0.977 24.000 0.466 1.000 Y NA
 1159885 1159886 SSO_1168 SSO_1169 ycgL ycgM FALSE 0.203 72.000 0.056 NA   NA
 1159886 1159887 SSO_1169 SSON_1170 ycgM ycgN FALSE 0.345 92.000 0.088 NA   NA
 1159888 1159889 SSON_1173 SSO_1171 hlyE   FALSE 0.403 -1085.000 0.000 NA   NA
 1159889 1159890 SSO_1171 SSO_1172     FALSE 0.067 547.000 0.000 0.098 Y NA
 1159891 1159892 SSO_1174 SSON_1175 umuD umuC TRUE 0.945 0.000 0.000 NA   NA
 1159893 1159894 SSO_1176 SSO_1177   dsbB FALSE 0.005 1058.000 0.000 1.000   NA
 1159894 1159895 SSO_1177 SSO_1178 dsbB nhaB TRUE 0.852 146.000 0.723 1.000 N NA
 1159898 1159899 SSO_1181 SSO_1182 dadA dadX TRUE 0.953 10.000 0.168 1.000 N NA
 1159900 1159901 SSON_1183 SSO_1185 ycgO   FALSE 0.316 95.000 0.103 NA N NA
 1159904 1159905 SSO_1187 SSO_1188 ymgE   FALSE 0.261 52.000 0.000 1.000   NA
 1159905 1159906 SSO_1188 SSO_1189     TRUE 0.825 141.000 0.182 1.000 Y NA
 1159906 1159907 SSO_1189 SSON_1190   fliD FALSE 0.037 263.000 0.000 NA   NA
 1159908 1159909 SSO_1191 SSO_1192     TRUE 0.825 141.000 0.182 1.000 Y NA
 1159910 1159911 SSO_1193 SSO_1194 fliC fliA FALSE 0.135 165.000 0.000 1.000 N NA
 1159911 1159912 SSO_1194 SSON_1195 fliA fliZ TRUE 0.881 10.000 0.000 NA   NA
 1159912 1159913 SSON_1195 SSO_1196 fliZ   TRUE 0.444 -754.000 0.000 NA   NA
 1159913 1159914 SSO_1196 SSO_1197   fliY FALSE 0.013 339.000 0.000 1.000 N NA
 1159916 1159917 SSO_1199 SSO_1200 yedO yecS TRUE 0.952 15.000 0.050 1.000 Y NA
 1159917 1159918 SSO_1200 SSO_1201 yecS yecC TRUE 0.992 -3.000 0.150 1.000 Y NA
 1159918 1159919 SSO_1201 SSO_1202 yecC sdiA FALSE 0.066 230.000 0.071 1.000 N NA
 1159921 1159922 SSO_1204 SSON_1205 uvrY uvrC TRUE 0.976 -3.000 0.086 0.019 N NA
 1159922 1159923 SSON_1205 SSO_1206 uvrC pgsA TRUE 0.536 57.000 0.227 1.000 N NA
 1159923 1159924 SSO_1206 SSON_1207 pgsA   FALSE 0.220 152.000 0.000 NA   NA
 1159924 1159925 SSON_1207 SSON_1208     FALSE 0.216 55.000 0.000 NA   NA
 1159925 1159926 SSON_1208 SSON_1209     TRUE 0.805 13.000 0.000 NA   NA
 1159926 1159927 SSON_1209 SSO_1210   yecA FALSE 0.099 196.000 0.000 NA   NA
 1159930 1159931 SSO_1213 SSO_1214 ftn   FALSE 0.162 171.000 0.000 NA   NA
 1159931 1159933 SSO_1214 SSO_1216   yecI FALSE 0.005 794.000 0.000 NA   NA
 1159934 1159935 SSO_1217 SSO_1218 araF araG TRUE 0.967 70.000 0.917 0.002 Y NA
 1159935 1159936 SSO_1218 SSO_1219 araG araH TRUE 0.997 12.000 0.451 0.002 Y NA
 1159936 1159937 SSO_1219 SSO_1220 araH otsB TRUE 0.533 167.000 0.037 1.000 Y NA
 1159937 1159938 SSO_1220 SSO_1221 otsB otsA TRUE 0.969 -25.000 0.068 0.001 Y NA
 1159939 1159940 SSO_1222 SSO_1223 yecG   FALSE 0.004 799.000 0.000 1.000 N NA
 1159940 1159941 SSO_1223 SSO_1224     TRUE 0.825 141.000 0.182 1.000 Y NA
 1159942 1159943 SSO_1225 SSO_1226 flhD flhC TRUE 0.984 3.000 0.000 0.001   NA
 1159943 1159944 SSO_1226 SSO_1227 flhC motA TRUE 0.830 126.000 0.408 1.000   NA
 1159944 1159945 SSO_1227 SSO_1228 motA motB TRUE 0.997 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 1159945 1159946 SSO_1228 SSO_1229 motB cheA TRUE 0.999 5.000 0.913 1.000 Y NA
 1159946 1159947 SSO_1229 SSO_1230 cheA cheW TRUE 0.990 21.000 0.447 0.003 Y NA
 1159947 1159948 SSO_1230 SSO_1231 cheW tar TRUE 0.794 145.000 0.043 0.003 Y NA
 1159948 1159949 SSO_1231 SSO_1232 tar tap TRUE 0.936 46.000 0.235 0.001 Y NA
 1159949 1159950 SSO_1232 SSO_1233 tap cheR TRUE 0.965 19.000 0.188 1.000 Y NA
 1159950 1159951 SSO_1233 SSO_1234 cheR cheB TRUE 0.989 3.000 0.000 1.000 Y NA
 1159951 1159952 SSO_1234 SSO_1235 cheB cheY TRUE 0.973 15.000 0.000 0.010 Y NA
 1159952 1159953 SSO_1235 SSO_1236 cheY cheZ TRUE 0.973 11.000 0.000 1.000 Y NA
 1159957 1159958 SSO_1240 SSON_1241 flhB flhA TRUE 0.477 -82.000 0.000 NA   NA
 1159960 1159961 SSO_1243 SSO_1244 yecM cutC TRUE 0.820 14.000 0.057 NA   NA
 1159961 1159962 SSO_1244 SSO_1245 cutC yecK FALSE 0.009 388.000 0.000 1.000 N NA
 1159962 1159963 SSO_1245 SSO_1246 yecK   FALSE 0.084 191.000 0.000 1.000 N NA
 1159963 1159964 SSO_1246 SSO_1247     TRUE 0.681 141.000 0.000 1.000 Y NA
 1159964 1159965 SSO_1247 SSO_1248   bisZ FALSE 0.142 83.000 0.000 1.000 N NA
 1159966 1159967 SSO_1249 SSO_1250 yecP yecO TRUE 0.988 -3.000 0.315 NA   NA
 1159967 1159968 SSO_1250 SSON_1251 yecO yecN TRUE 0.479 41.000 0.089 NA   NA
 1159968 1159969 SSON_1251 SSON_1252 yecN yecE FALSE 0.226 53.000 0.000 NA   NA
 1159970 1159971 SSO_1253 SSO_1254     FALSE 0.004 1910.000 0.000 NA   NA
 1159971 1159972 SSO_1254 SSO_1255     FALSE 0.004 2904.000 0.000 NA   NA
 1159972 1159973 SSO_1255 SSO_1256     TRUE 0.825 141.000 0.182 1.000 Y NA
 1159974 1159975 SSO_1257 SSON_1258     FALSE 0.004 1493.000 0.000 NA   NA
 1159975 1159976 SSON_1258 SSON_1259     FALSE 0.244 101.000 0.000 NA   NA
 1159976 1159977 SSON_1259 SSO_1260     FALSE 0.250 103.000 0.000 NA   NA
 1159977 1159978 SSO_1260 SSO_1261     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000   NA
 1159978 1159979 SSO_1261 SSO_1262     TRUE 0.945 0.000 0.000 NA   NA
 1159979 1159980 SSO_1262 SSO_1263     FALSE 0.018 335.000 0.000 NA   NA
 1159980 1159981 SSO_1263 SSO_1264     TRUE 0.990 0.000 0.000 1.000 Y NA
 1159982 1159983 SSO_1265 SSON_1266     TRUE 0.596 -42.000 0.000 1.000   NA
 1159983 1159984 SSON_1266 SSO_1267     TRUE 0.723 117.000 0.000 1.000 Y NA
 1159986 1159987 SSO_1269 SSO_1270     TRUE 0.479 28.000 0.000 NA   NA
 1159987 1159988 SSO_1270 SSO_1271     TRUE 0.515 -49.000 0.000 NA   NA
 1159989 1159990 SSO_1272 SSO_1273 ipaH_2   FALSE 0.007 601.000 0.000 NA   NA
 1159990 1159991 SSO_1273 SSON_1274   yecD FALSE 0.016 355.000 0.000 NA   NA
 1159992 1159993 SSO_1275 SSO_1276 aspS ntpA FALSE 0.272 118.000 0.050 1.000 N NA
 1159993 1159994 SSO_1276 SSO_1277 ntpA yebC FALSE 0.417 29.000 0.035 NA   NA
 1159994 1159995 SSO_1277 SSO_1278 yebC ruvC TRUE 0.810 35.000 0.277 NA   NA
 1159997 1159998 SSO_1280 SSO_1281 ruvA ruvB TRUE 0.999 9.000 0.549 0.001 Y NA
 1159999 1160000 SSO_1282 SSO_1283 yebI yebM TRUE 0.999 -3.000 0.755 0.089 Y NA
 1160001 1160002 SSON_1284 SSON_1285 znuA yebA TRUE 0.855 16.000 0.131 1.000 N NA
 1160002 1160003 SSON_1285 SSO_1286 yebA msbB TRUE 0.908 120.000 0.299 1.000 Y NA
 1160004 1160005 SSO_1287 SSO_1288     FALSE 0.321 46.000 0.000 1.000   NA
 1160005 1160006 SSO_1288 SSO_1289     FALSE 0.073 223.000 0.000 1.000   NA
 1160006 1160007 SSO_1289 SSO_1290     FALSE 0.412 37.000 0.000 1.000   NA
 1160007 1160008 SSO_1290 SSO_1291     FALSE 0.212 89.000 0.000 NA   NA
 1160009 1160010 SSO_1292 SSO_1293     FALSE 0.313 121.000 0.000 NA   NA
 1160011 1160012 SSO_1294 SSO_1295 pykA yebK FALSE 0.345 128.000 0.071 1.000 N NA
 1160013 1160014 SSO_1296 SSO_1297 zwf edd FALSE 0.240 235.000 0.041 1.000 Y NA
 1160014 1160015 SSO_1297 SSO_1298 edd eda TRUE 0.960 37.000 0.523 1.000 Y NA
 1160017 1160018 SSO_1300 SSO_1301 yebG yebF FALSE 0.161 55.000 0.027 NA   NA
 1160018 1160019 SSO_1301 SSO_1302 yebF yebE FALSE 0.014 327.000 0.028 NA   NA
 1160019 1160020 SSO_1302 SSO_1303 yebE ptrB FALSE 0.142 208.000 0.092 NA   NA
 1160021 1160022 SSO_1304 SSO_1305     TRUE 0.944 24.000 0.500 1.000   NA
 1160022 1160023 SSO_1305 SSO_1306   holE TRUE 0.637 102.000 0.222 1.000   NA
 1160024 1160025 SSO_1307 SSO_1308     TRUE 0.996 4.000 0.613 1.000   NA
 1160025 1160026 SSO_1308 SSO_1309     TRUE 0.988 13.000 0.704 NA   NA
 1160027 1160028 SSO_1310 SSO_1311     FALSE 0.412 37.000 0.000 1.000   NA
 1160028 1160029 SSO_1311 SSON_1312     TRUE 0.973 11.000 0.000 1.000 Y NA
 1160029 1160030 SSON_1312 SSO_1313     TRUE 0.882 -42.000 0.000 1.000 Y NA
 1160030 1160031 SSO_1313 SSO_1314     FALSE 0.412 89.000 0.000 0.097   NA
 1160032 1160033 SSO_1315 SSO_1316     TRUE 0.825 141.000 0.182 1.000 Y NA
 1160034 1160035 SSO_1317 SSO_1318 ipaH_3   FALSE 0.104 202.000 0.000 1.000   NA
 1160035 1160036 SSO_1318 SSO_1319     TRUE 0.681 141.000 0.000 1.000 Y NA
 1160036 1160037 SSO_1319 SSO_1320     FALSE 0.045 838.000 0.000 0.097 Y NA
 1160038 1160039 SSON_1321 SSO_1322 pphA   FALSE 0.423 -878.000 0.000 NA   NA
 1160039 1160040 SSO_1322 SSO_1323     TRUE 0.825 141.000 0.182 1.000 Y NA
 1160043 1160044 SSO_1326 SSO_1327 yebU   TRUE 0.679 75.000 0.420 NA   NA
 1160044 1160045 SSO_1327 SSO_1328     TRUE 0.973 -37.000 0.840 NA   NA
 1160046 1160047 SSO_1329 SSO_1330   proQ TRUE 0.693 97.000 0.081 NA Y NA
 1160047 1160048 SSO_1330 SSO_1331 proQ prc TRUE 0.911 20.000 0.304 NA N NA
 1160048 1160049 SSO_1331 SSO_1332 prc htpX FALSE 0.223 192.000 0.042 0.021 N NA
 1160051 1160052 SSO_1334 SSO_1335     FALSE 0.008 541.000 0.000 NA   NA
 1160052 1160053 SSO_1335 SSO_1336     TRUE 0.720 75.000 0.500 NA   NA
 1160053 1160054 SSO_1336 SSO_1337   cspC FALSE 0.005 827.000 0.000 NA   NA
 1160054 1160055 SSO_1337 SSO_1338 cspC yebH FALSE 0.178 166.000 0.038 1.000   NA
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 1160058 1160059 SSO_1341 SSO_1342 manZ manY TRUE 0.999 4.000 0.939 0.010 Y NA
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 1160063 1160064 SSO_1346 SSO_1347 sdaA yeaB TRUE 0.615 184.000 0.409 1.000   NA
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 1160104 1160105 SSON_1387 SSO_1388 ydjB ansA TRUE 0.795 11.000 0.040 1.000 N NA
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 1160108 1160109 SSO_1391 SSO_1392 selD topB TRUE 0.883 5.000 0.041 1.000 N NA
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 1160121 1160122 SSO_1404 SSO_1405 ynjA ydjZ TRUE 0.969 0.000 0.087 NA   NA
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 1160124 1160125 SSO_1407 SSO_1408 ydjX xthA FALSE 0.205 119.000 0.016 NA   NA
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 1160129 1160130 SSO_1412 SSO_1413   ydjS TRUE 0.979 -7.000 0.126 1.000 Y NA
 1160130 1160131 SSO_1413 SSO_1414 ydjS spy FALSE 0.011 330.000 0.000 NA N NA
 1160131 1160132 SSO_1414 SSO_1415 spy   FALSE 0.028 245.000 0.000 NA N NA
 1160132 1160133 SSO_1415 SSO_1416     FALSE 0.107 193.000 0.000 NA   NA
 1160134 1160135 SSO_1417 SSO_1418   nadE FALSE 0.016 230.000 0.010 1.000 N NA
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 1160150 1160151 SSO_1433 SSO_1434   pfkB FALSE 0.244 101.000 0.000 NA   NA
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 1160166 1160167 SSO_1449 SSO_1450 btuD nlpC FALSE 0.108 78.000 0.000 NA N NA
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 1160240 1160241 SSO_1522 SSO_1524   ydgR FALSE 0.027 292.000 0.000 NA   NA
 1160241 1160242 SSO_1524 SSO_1525 ydgR nth FALSE 0.005 611.000 0.000 1.000 N NA
 1160242 1160243 SSO_1525 SSO_1526 nth ydgQ TRUE 0.968 0.000 0.109 1.000 N NA
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 1160245 1160246 SSO_1528 SSO_1529 ydgO   TRUE 0.999 1.000 0.814 0.050 Y NA
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 1160247 1160248 SSO_1530 SSO_1531     TRUE 0.999 0.000 0.564 0.050 Y NA
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 1160449 1160450 SSO_1732 SSO_1733 ydcF hrpA FALSE 0.034 272.000 0.000 NA   NA
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 1160454 1160455 SSON_1737 SSO_1738     FALSE 0.008 527.000 0.000 NA   NA
 1160455 1160456 SSO_1738 SSO_1739     TRUE 0.825 141.000 0.182 1.000 Y NA
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 1160459 1160460 SSO_1742 SSO_1743 ynbE ydbH TRUE 0.920 -3.000 0.000 NA   NA
 1160461 1160462 SSO_1744 SSO_1745 ldhA hslJ FALSE 0.190 111.000 0.000 NA N NA
 1160464 1160465 SSO_1747 SSO_1748 ydbK   FALSE 0.011 366.000 0.000 1.000 N NA
 1160465 1160466 SSO_1748 SSO_1749   ynaF FALSE 0.131 69.000 0.000 1.000 N NA
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 1160503 1160504 SSON_1786 SSO_1787   ydaO FALSE 0.233 52.000 0.000 NA   NA
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 1160645 1160646 SSO_1928 SSO_1929     TRUE 0.825 141.000 0.182 1.000 Y NA
 1160647 1160648 SSO_1930 SSO_1931 kch cls FALSE 0.010 371.000 0.000 1.000 N NA
 1160648 1160649 SSO_1931 SSON_1932 cls   TRUE 0.778 35.000 0.231 NA   NA
 1160650 1160651 SSO_1933 SSO_1934 oppF oppD TRUE 0.999 -3.000 0.420 0.002 Y NA
 1160651 1160652 SSO_1934 SSO_1935 oppD oppC TRUE 0.995 12.000 0.554 1.000 Y NA
 1160652 1160653 SSO_1935 SSO_1936 oppC oppB TRUE 0.997 15.000 0.870 0.048 Y NA
 1160653 1160654 SSO_1936 SSO_1937 oppB oppA TRUE 0.820 86.000 0.151 0.048 Y NA
 1160654 1160655 SSO_1937 SSO_1938 oppA ychE FALSE 0.003 738.000 0.000 NA N NA
 1160657 1160658 SSO_1940 SSO_1941   tdk FALSE 0.013 339.000 0.000 1.000 N NA
 1160660 1160661 SSO_1943 SSO_1944 galU hnr FALSE 0.316 202.000 0.235 1.000 N NA
 1160661 1160662 SSO_1944 SSO_1945 hnr ychK FALSE 0.263 92.000 0.048 1.000   NA
 1160663 1160664 SSO_1946 SSO_1947 ychJ purU TRUE 0.586 50.000 0.200 NA   NA
 1160664 1160665 SSO_1947 SSON_1948 purU   FALSE 0.196 160.000 0.000 NA   NA
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 1160667 1160668 SSO_1950 SSO_1951 narJ narH TRUE 0.999 -3.000 0.588 0.004 Y NA
 1160668 1160669 SSO_1951 SSO_1952 narH narG TRUE 0.999 -3.000 0.471 0.001 Y NA
 1160669 1160670 SSO_1952 SSO_1953 narG narK FALSE 0.009 393.000 0.000 1.000 N NA
 1160670 1160671 SSO_1953 SSO_1954 narK   FALSE 0.236 95.000 0.000 NA   NA
 1160672 1160673 SSO_1955 SSO_1956 narX narL TRUE 0.997 -7.000 0.521 0.012 Y NA
 1160676 1160677 SSO_1959 SSO_1960 chaC chaB TRUE 0.518 137.000 0.140 NA   NA
 1160678 1160679 SSO_1961 SSO_1962 chaA   FALSE 0.004 1447.000 0.000 NA   NA
 1160680 1160681 SSO_1963 SSON_1964 kdsA ychA FALSE 0.391 36.000 0.000 NA   NA
 1160681 1160682 SSON_1964 SSO_1965 ychA   TRUE 0.929 4.000 0.000 NA   NA
 1160682 1160683 SSO_1965 SSO_1966   hemK TRUE 0.961 -3.000 0.109 NA   NA
 1160683 1160684 SSO_1966 SSO_1967 hemK prfA TRUE 0.998 0.000 0.229 0.038 Y NA
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 1160687 1160688 SSO_1970 SSO_1971 ychB prsA FALSE 0.200 151.000 0.053 1.000 N NA
 1160688 1160689 SSO_1971 SSO_1972 prsA ychM FALSE 0.115 151.000 0.027 1.000 N NA
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 1160695 1160696 SSO_1978 SSO_1979     TRUE 0.825 141.000 0.182 1.000 Y NA
 1160697 1160698 SSO_1980 SSO_1981   fliS TRUE 0.978 15.000 0.284 0.003   NA
 1160698 1160699 SSO_1981 SSO_1982 fliS fliT TRUE 0.993 0.000 0.324 1.000   NA
 1160699 1160700 SSO_1982 SSO_1983 fliT amyA FALSE 0.340 78.000 0.115 1.000   NA
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 1160703 1160704 SSO_1986 SSO_1987 yedF yedK FALSE 0.268 107.000 0.000 NA   NA
 1160705 1160706 SSO_1988 SSO_1989     FALSE 0.026 919.000 0.000 NA Y NA
 1160707 1160708 SSO_1990 SSON_1991     TRUE 0.882 -42.000 0.000 1.000 Y NA
 1160709 1160710 SSO_1992 SSO_1993 ybcM ybcL TRUE 0.992 10.000 0.625 NA   NA
 1160710 1160711 SSO_1993 SSO_1994 ybcL emrE FALSE 0.167 169.000 0.000 NA   NA
 1160711 1160712 SSO_1994 SSO_1995 emrE fliE FALSE 0.013 334.000 0.000 1.000 N NA
 1160713 1160714 SSO_1996 SSO_1997 fliF fliG TRUE 0.993 -7.000 0.220 0.004 Y NA
 1160714 1160715 SSO_1997 SSON_1998 fliG fliH TRUE 0.983 -7.000 0.000 0.003 Y NA
 1160715 1160716 SSON_1998 SSO_1999 fliH fliI TRUE 0.995 0.000 0.000 0.003 Y NA
 1160716 1160717 SSO_1999 SSO_2000 fliI fliJ TRUE 0.949 19.000 0.006 0.005 Y NA
 1160717 1160718 SSO_2000 SSO_2001 fliJ fliK TRUE 0.998 -3.000 0.317 0.004 Y NA
 1160718 1160719 SSO_2001 SSO_2002 fliK fliL TRUE 0.765 105.000 0.119 1.000 Y NA
 1160719 1160720 SSO_2002 SSO_2003 fliL fliM TRUE 0.999 5.000 0.957 0.001 Y NA
 1160720 1160721 SSO_2003 SSO_2004 fliM fliN TRUE 0.996 -3.000 0.137 0.001 Y NA
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 1160725 1160726 SSO_2008 SSO_2009 fliR rcsA FALSE 0.022 285.000 0.000 1.000 N NA
 1160728 1160729 SSO_2011 SSO_2012     FALSE 0.026 298.000 0.000 NA   NA
 1160730 1160731 SSO_2013 SSO_2014     TRUE 0.536 156.000 0.208 NA   NA
 1160731 1160732 SSO_2014 SSO_2015   yedI FALSE 0.125 79.000 0.025 NA   NA
 1160734 1160735 SSO_2017 SSO_2018 vsr dcm TRUE 0.930 -19.000 0.048 1.000 Y NA
 1160735 1160736 SSO_2018 SSO_2019 dcm yedJ FALSE 0.275 67.000 0.074 1.000   NA
 1160736 1160737 SSO_2019 SSO_2020 yedJ   FALSE 0.415 40.000 0.062 NA   NA
 1160738 1160739 SSON_2021 SSO_2022 ompS   FALSE 0.421 -890.000 0.000 NA   NA
 1160739 1160740 SSO_2022 SSO_2023   yedU FALSE 0.005 978.000 0.000 NA   NA
 1160740 1160741 SSO_2023 SSO_2024 yedU   TRUE 0.737 16.000 0.000 NA   NA
 1160741 1160742 SSO_2024 SSON_2025     TRUE 0.596 -42.000 0.000 1.000   NA
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 1160745 1160746 SSON_2028 SSO_2029   yedX FALSE 0.329 113.000 0.000 1.000   NA
 1160746 1160747 SSO_2029 SSO_2030 yedX   FALSE 0.309 109.000 0.000 1.000   NA
 1160747 1160748 SSO_2030 SSO_2031     TRUE 0.998 1.000 0.790 0.048   NA
 1160748 1160749 SSO_2031 SSO_2032     FALSE 0.047 257.000 0.000 1.000   NA
 1160749 1160750 SSO_2032 SSON_2033   yodB FALSE 0.023 313.000 0.000 NA   NA
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 1160753 1160754 SSON_2036 SSON_2037     FALSE 0.029 287.000 0.000 NA   NA
 1160758 1160759 SSO_2041 SSO_2042   cbl FALSE 0.229 135.000 0.000 1.000 N NA
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 1160764 1160765 SSO_2047 SSO_2048 amn   FALSE 0.007 432.000 0.000 1.000 N NA
 1160765 1160766 SSO_2048 SSO_2049   nac FALSE 0.046 223.000 0.000 1.000 N NA
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 1160790 1160791 SSO_2073 SSO_2074 pduS pduT FALSE 0.165 446.000 0.714 NA   NA
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 1160809 1160810 SSO_2092 SSON_2093 hisC hisB TRUE 0.999 0.000 0.341 0.002 Y NA
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 1160816 1160817 SSO_2099 SSO_2100 ugd gnd FALSE 0.032 250.000 0.000 1.000 N NA
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 1160820 1160821 SSO_2103 SSO_2104 wcaI wcaH TRUE 0.952 -3.000 0.108 1.000 N NA
 1160821 1160822 SSO_2104 SSO_2105 wcaH wcaG TRUE 0.986 0.000 0.217 1.000 N NA
 1160822 1160823 SSO_2105 SSO_2106 wcaG gmd TRUE 0.994 3.000 0.000 0.006 Y NA
 1160823 1160824 SSO_2106 SSO_2107 gmd wcaF TRUE 0.447 26.000 0.022 1.000   NA
 1160824 1160825 SSO_2107 SSO_2108 wcaF wcaE TRUE 0.818 16.000 0.077 NA   NA
 1160825 1160826 SSO_2108 SSO_2109 wcaE wcaD TRUE 0.980 11.000 0.333 NA   NA
 1160826 1160827 SSO_2109 SSO_2110 wcaD wcaC TRUE 0.951 -25.000 0.400 NA   NA
 1160827 1160828 SSO_2110 SSO_2111 wcaC wcaB TRUE 0.983 -3.000 0.259 1.000 N NA
 1160828 1160829 SSO_2111 SSO_2112 wcaB wcaA TRUE 0.986 3.000 0.259 NA N NA
 1160829 1160830 SSO_2112 SSON_2113 wcaA   TRUE 0.620 93.000 0.000 NA Y NA
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 1160944 1160945