MicrobesOnline Operon Predictions for Shigella boydii Sb227

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

<
 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1149363 1149364 SBO_0001 SBO_0002 thrA thrB TRUE 0.973 2.000 0.133 1.000 Y NA
 1149364 1149365 SBO_0002 SBO_0003 thrB thrC TRUE 0.985 1.000 0.233 1.000 Y NA
 1149365 1149366 SBO_0003 SBO_0004 thrC   FALSE 0.017 214.000 0.003 NA   NA
 1149367 1149368 SBO_0005 SBO_0008 yaaA yaaJ FALSE 0.146 70.000 0.000 NA   NA
 1149368 1149369 SBO_0008 SBO_0006 yaaJ   FALSE 0.363 -342.000 0.000 NA   NA
 1149370 1149371 SBO_0007 SBO_0009 insB talB FALSE 0.002 1548.000 0.000 NA N NA
 1149371 1149372 SBO_0009 SBO_0010 talB mog FALSE 0.338 115.000 0.042 1.000 N NA
 1149373 1149374 SBO_0011 SBO_0012 yaaH   FALSE 0.143 149.000 0.043 NA   NA
 1149374 1149375 SBO_0012 SBO_0013   insB FALSE 0.021 225.000 0.000 NA   NA
 1149376 1149377 SBO_0014 SBO_0015   dnaK FALSE 0.093 146.000 0.000 NA   NA
 1149377 1149378 SBO_0015 SBO_0016 dnaK dnaJ TRUE 0.913 89.000 0.236 0.004 Y NA
 1149380 1149381 SBO_0018 SBO_0019 nhaA nhaR TRUE 0.764 60.000 0.292 1.000 N NA
 1149385 1149386 SBO_0023 SBO_0024   ribF FALSE 0.491 8.000 0.019 NA   NA
 1149386 1149387 SBO_0024 SBO_0025 ribF ileS TRUE 0.796 43.000 0.254 1.000 N NA
 1149387 1149388 SBO_0025 SBO_0026 ileS lspA TRUE 0.871 0.000 0.045 1.000 N NA
 1149388 1149389 SBO_0026 SBO_0027 lspA slpA TRUE 0.574 69.000 0.154 1.000 N NA
 1149389 1149390 SBO_0027 SBO_0028 slpA lytB TRUE 0.986 2.000 0.626 1.000 N NA
 1149390 1149391 SBO_0028 SBO_0029 lytB yaaF FALSE 0.319 66.000 0.028 1.000 N NA
 1149391 1149392 SBO_0029 SBO_0030 yaaF dapB FALSE 0.104 167.000 0.003 1.000 N NA
 1149392 1149393 SBO_0030 SBO_0031 dapB carA FALSE 0.039 455.000 0.034 1.000 Y NA
 1149393 1149394 SBO_0031 SBO_0032 carA carB TRUE 0.984 18.000 0.345 0.001 Y NA
 1149396 1149397 SBO_0034 SBO_0035 yaaU yabF FALSE 0.209 82.000 0.000 1.000   NA
 1149397 1149398 SBO_0035 SBO_0036 yabF kefC TRUE 0.981 -7.000 0.560 1.000   NA
 1149398 1149399 SBO_0036 SBO_0037 kefC folA FALSE 0.073 192.000 0.012 1.000 N NA
 1149400 1149401 SBO_0038 SBO_0039 apaH apaG TRUE 0.931 7.000 0.267 NA N NA
 1149401 1149402 SBO_0039 SBO_0040 apaG ksgA TRUE 0.840 3.000 0.078 NA N NA
 1149402 1149403 SBO_0040 SBO_0041 ksgA pdxA TRUE 0.958 -3.000 0.197 1.000 N NA
 1149403 1149404 SBO_0041 SBO_0042 pdxA surA TRUE 0.987 0.000 0.561 1.000 N NA
 1149404 1149405 SBO_0042 SBO_0043 surA imp TRUE 0.678 53.000 0.182 1.000 N NA
 1149407 1149408 SBO_0045 SBO_0046 yabO hepA TRUE 0.927 12.000 0.294 1.000 N NA
 1149408 1149409 SBO_0046 SBO_0047 hepA polB TRUE 0.579 164.000 0.098 1.000 Y NA
 1149409 1149410 SBO_0047 SBO_0048 polB araD FALSE 0.263 75.000 0.018 1.000 N NA
 1149410 1149411 SBO_0048 SBO_0049 araD araA FALSE 0.282 200.000 0.017 1.000 Y NA
 1149411 1149412 SBO_0049 SBO_0050 araA araB TRUE 0.850 11.000 0.138 1.000 N NA
 1149413 1149414 SBO_0051 SBO_0052 araC yabI FALSE 0.502 86.000 0.167 NA   NA
 1149415 1149416 SBO_0053 SBO_0054 yabJ yabK TRUE 0.983 -16.000 0.522 0.017 N NA
 1149416 1149417 SBO_0054 SBO_0055 yabK tbpA TRUE 0.986 -24.000 0.697 0.062 N NA
 1149417 1149418 SBO_0055 SBO_0056 tbpA yabN FALSE 0.213 164.000 0.010 0.062   NA
 1149420 1149421 SBO_0058 SBO_0059 leuD leuC TRUE 0.986 11.000 0.309 0.001 Y NA
 1149421 1149422 SBO_0059 SBO_0060 leuC leuB TRUE 0.991 3.000 0.275 0.002 Y NA
 1149422 1149423 SBO_0060 SBO_0061 leuB leuA TRUE 0.988 0.000 0.126 0.002 Y NA
 1149423 1149424 SBO_0061 SBO_0062 leuA leuL FALSE 0.473 93.000 0.010 0.002   NA
 1149425 1149426 SBO_0063 SBO_0064 insB leuO FALSE 0.409 15.000 0.000 NA   NA
 1149426 1149427 SBO_0064 SBO_0065 leuO ilvI FALSE 0.007 318.000 0.000 NA   NA
 1149427 1149428 SBO_0065 SBO_0066 ilvI ilvH TRUE 0.993 3.000 0.371 0.002 Y NA
 1149428 1149429 SBO_0066 SBO_0067 ilvH fruL FALSE 0.436 12.000 0.000 NA   NA
 1149429 1149430 SBO_0067 SBO_0068 fruL fruR FALSE 0.141 82.000 0.000 NA   NA
 1149430 1149431 SBO_0068 SBO_0069 fruR yabB FALSE 0.002 602.000 0.000 NA   NA
 1149431 1149432 SBO_0069 SBO_0070 yabB yabC TRUE 0.983 2.000 0.635 NA   NA
 1149432 1149433 SBO_0070 SBO_0071 yabC ftsL TRUE 0.965 -3.000 0.227 1.000 N NA
 1149433 1149434 SBO_0071 SBO_0072 ftsL ftsI TRUE 0.809 16.000 0.124 1.000 N NA
 1149434 1149435 SBO_0072 SBO_0073 ftsI murE TRUE 0.950 -13.000 0.059 1.000 Y NA
 1149435 1149436 SBO_0073 SBO_0074 murE murF TRUE 0.997 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 1149436 1149437 SBO_0074 SBO_0075 murF mraY TRUE 0.993 -6.000 0.309 0.004 Y NA
 1149437 1149438 SBO_0075 SBO_0076 mraY murD TRUE 0.996 3.000 0.647 0.004 Y NA
 1149438 1149439 SBO_0076 SBO_0077 murD ftsW TRUE 0.984 0.000 0.297 0.003 N NA
 1149439 1149440 SBO_0077 SBO_0078 ftsW murG TRUE 0.990 -3.000 0.647 1.000 N NA
 1149440 1149441 SBO_0078 SBO_0079 murG murC TRUE 0.907 54.000 0.283 1.000 Y NA
 1149441 1149442 SBO_0079 SBO_0080 murC ddlB TRUE 0.985 -7.000 0.153 0.004 Y NA
 1149442 1149443 SBO_0080 SBO_0081 ddlB ftsQ TRUE 0.988 2.000 0.372 NA Y NA
 1149443 1149444 SBO_0081 SBO_0082 ftsQ ftsA TRUE 0.979 -3.000 0.389 NA N NA
 1149446 1149447 SBO_0083 SBO_0085 lpxC yacA FALSE 0.031 231.000 0.000 1.000   NA
 1149447 1149448 SBO_0085 SBO_0086 yacA secA FALSE 0.387 62.000 0.065 1.000   NA
 1149448 1149449 SBO_0086 SBO_0087 secA mutT TRUE 0.629 60.000 0.168 1.000 N NA
 1149450 1149451 SBO_0088 SBO_0089   yacG FALSE 0.390 -49.000 0.000 NA   NA
 1149451 1149452 SBO_0089 SBO_0090 yacG yacF TRUE 0.937 10.000 0.356 NA   NA
 1149452 1149453 SBO_0090 SBO_0091 yacF yacE TRUE 0.892 0.000 0.110 NA   NA
 1149455 1149456 SBO_0093 SBO_0094   hofC FALSE 0.500 8.000 0.000 NA   NA
 1149456 1149457 SBO_0094 SBO_0095 hofC hofB TRUE 0.569 -10.000 0.000 NA   NA
 1149457 1149458 SBO_0095 SBO_0097 hofB ppdD FALSE 0.471 10.000 0.000 NA   NA
 1149461 1149462 SBO_0099 SBO_0100 ampD ampE TRUE 0.989 -3.000 0.249 1.000 Y NA
 1149464 1149465 SBO_0102 SBO_0103 pdhR aceE TRUE 0.527 161.000 0.276 1.000 N NA
 1149465 1149466 SBO_0103 SBO_0104 aceE aceF TRUE 0.961 15.000 0.220 1.000 Y NA
 1149466 1149467 SBO_0104 SBO_0105 aceF lpdA FALSE 0.339 325.000 0.463 1.000 Y NA
 1149469 1149470 SBO_0107 SBO_0108 acnB yacL FALSE 0.129 175.000 0.068 NA   NA
 1149471 1149472 SBO_0109 SBO_0110 speD speE TRUE 0.946 16.000 0.162 1.000 Y NA
 1149472 1149473 SBO_0110 SBO_0111 speE yacC TRUE 0.732 106.000 0.354 NA   NA
 1149478 1149479 SBO_0116 SBO_0117 yadG yadH TRUE 0.997 -3.000 0.688 0.092 Y NA
 1149479 1149480 SBO_0117 SBO_0118 yadH yadI FALSE 0.320 105.000 0.037 1.000 N NA
 1149480 1149481 SBO_0118 SBO_0119 yadI yadE FALSE 0.140 95.000 0.000 NA   NA
 1149484 1149485 SBO_0122 SBO_0123 panC panB TRUE 0.989 12.000 0.395 0.001 Y NA
 1149485 1149486 SBO_0123 SBO_0124 panB   FALSE 0.064 207.000 0.000 1.000 N NA
 1149486 1149487 SBO_0124 SBO_0125   htrE FALSE 0.004 400.000 0.000 NA   NA
 1149487 1149488 SBO_0125 SBO_0126 htrE ecpD FALSE 0.257 35.000 0.000 NA   NA
 1149488 1149489 SBO_0126 SBO_0127 ecpD insB FALSE 0.207 87.000 0.000 NA N NA
 1149489 1149490 SBO_0127 SBO_0128 insB yadN FALSE 0.016 246.000 0.000 NA   NA
 1149490 1149491 SBO_0128 SBO_0129 yadN   FALSE 0.027 213.000 0.000 NA   NA
 1149493 1149494 SBO_0131 SBO_0132 folK pcnB TRUE 0.966 -3.000 0.234 1.000 N NA
 1149494 1149495 SBO_0132 SBO_0133 pcnB yadB TRUE 0.875 39.000 0.131 1.000 Y NA
 1149495 1149496 SBO_0133 SBO_0134 yadB dksA TRUE 0.696 67.000 0.231 1.000 N NA
 1149496 1149497 SBO_0134 SBO_0135 dksA sfsA FALSE 0.226 178.000 0.151 NA   NA
 1149497 1149498 SBO_0135 SBO_0136 sfsA yadP TRUE 0.554 15.000 0.045 NA   NA
 1149499 1149500 SBO_0137 SBO_0138 hrpB mrcB FALSE 0.220 196.000 0.158 1.000 N NA
 1149500 1149501 SBO_0138 SBO_0139 mrcB fhuA FALSE 0.052 220.000 0.000 1.000 N NA
 1149501 1149502 SBO_0139 SBO_0140 fhuA fhuC TRUE 0.858 51.000 0.156 1.000 Y NA
 1149502 1149503 SBO_0140 SBO_0141 fhuC fhuD TRUE 0.965 0.000 0.031 1.000 Y NA
 1149503 1149504 SBO_0141 SBO_0142 fhuD fhuB TRUE 0.964 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 1149506 1149507 SBO_0144 SBO_0145 yadQ yadR FALSE 0.183 82.000 0.031 NA   NA
 1149508 1149509 SBO_0146 SBO_0147 yadS yadT TRUE 0.704 43.000 0.213 NA   NA
 1149509 1149510 SBO_0147 SBO_0148 yadT pfs TRUE 0.870 -7.000 0.073 1.000 N NA
 1149511 1149512 SBO_0149 SBO_0150 dgt htrA FALSE 0.428 130.000 0.101 1.000 N NA
 1149512 1149513 SBO_0150 SBO_0151 htrA yaeG FALSE 0.235 155.000 0.080 NA N NA
 1149514 1149515 SBO_0152 SBO_0153 yaeH yaeI FALSE 0.068 162.000 0.000 NA   NA
 1149515 1149516 SBO_0153 SBO_0154 yaeI dapD FALSE 0.208 76.000 0.000 1.000   NA
 1149516 1149517 SBO_0154 SBO_0155 dapD glnD TRUE 0.670 31.000 0.097 1.000 N NA
 1149517 1149518 SBO_0155 SBO_0156 glnD map TRUE 0.720 62.000 0.243 1.000 N NA
 1149519 1149520 SBO_0157 SBO_0158 rpsB tsf TRUE 0.645 258.000 0.748 1.000 Y NA
 1149520 1149521 SBO_0158 SBO_0159 tsf pyrH TRUE 0.714 147.000 0.416 1.000 N NA
 1149521 1149522 SBO_0159 SBO_0160 pyrH frr FALSE 0.287 292.000 0.626 1.000 N NA
 1149522 1149523 SBO_0160 SBO_0161 frr yaeM FALSE 0.307 92.000 0.032 1.000 N NA
 1149523 1149524 SBO_0161 SBO_0162 yaeM yaeS FALSE 0.357 185.000 0.025 1.000 Y NA
 1149524 1149525 SBO_0162 SBO_0163 yaeS cdsA TRUE 0.980 13.000 0.400 1.000 Y NA
 1149525 1149526 SBO_0163 SBO_0164 cdsA yaeL TRUE 0.779 12.000 0.080 1.000 N NA
 1149526 1149527 SBO_0164 SBO_0165 yaeL yaeT TRUE 0.927 30.000 0.204 1.000 Y NA
 1149527 1149528 SBO_0165 SBO_0166 yaeT hlpA TRUE 0.898 122.000 0.354 1.000 Y NA
 1149528 1149529 SBO_0166 SBO_0167 hlpA lpxD TRUE 0.995 4.000 0.814 1.000 Y NA
 1149529 1149530 SBO_0167 SBO_0168 lpxD fabZ TRUE 0.902 105.000 0.796 1.000 N NA
 1149530 1149531 SBO_0168 SBO_0169 fabZ lpxA TRUE 0.988 4.000 0.850 1.000 N NA
 1149531 1149532 SBO_0169 SBO_0170 lpxA lpxB TRUE 0.990 0.000 0.289 1.000 Y NA
 1149532 1149533 SBO_0170 SBO_0171 lpxB rnhB TRUE 0.957 -3.000 0.186 1.000 N NA
 1149533 1149534 SBO_0171 SBO_0172 rnhB dnaE TRUE 0.867 37.000 0.104 1.000 Y NA
 1149534 1149535 SBO_0172 SBO_0173 dnaE accA TRUE 0.533 66.000 0.122 1.000 N NA
 1149535 1149536 SBO_0173 SBO_0174 accA ldcC FALSE 0.138 99.000 0.000 NA   NA
 1149536 1149537 SBO_0174 SBO_0175 ldcC yaeR FALSE 0.173 57.000 0.000 NA   NA
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 1150146 1150147 SBO_0784 SBO_0785 ybjC mdaA TRUE 0.865 -16.000 0.159 NA   NA
 1150147 1150148 SBO_0785 SBO_0786 mdaA rimK FALSE 0.305 61.000 0.000 1.000 N NA
 1150148 1150149 SBO_0786 SBO_0787 rimK ybjN FALSE 0.292 88.000 0.065 NA   NA
 1150149 1150150 SBO_0787 SBO_0788 ybjN potF FALSE 0.006 351.000 0.000 NA   NA
 1150150 1150151 SBO_0788 SBO_0789 potF potG TRUE 0.952 95.000 0.679 1.000 Y NA
 1150151 1150152 SBO_0789 SBO_0790 potG potH TRUE 0.993 10.000 0.857 1.000 Y NA
 1150152 1150153 SBO_0790 SBO_0791 potH potI TRUE 0.996 -3.000 0.528 0.047 Y NA
 1150153 1150154 SBO_0791 SBO_0792 potI ybjO TRUE 0.688 60.000 0.264 NA   NA
 1150154 1150155 SBO_0792 SBO_0793 ybjO ybjF TRUE 0.733 41.000 0.226 NA   NA
 1150156 1150157 SBO_0794 SBO_0795 artJ artM FALSE 0.256 291.000 0.143 0.058 Y NA
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 1150166 1150167 SBO_0804 SBO_0805 poxB   FALSE 0.242 133.000 0.025 1.000 N NA
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 1150169 1150170 SBO_0807 SBO_0808 ybjE aqpZ FALSE 0.006 446.000 0.025 1.000   NA
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 1151146 1151147 SBO_1784 SBO_1785 yciM yciS TRUE 0.970 7.000 0.576 NA   NA
 1151147 1151148 SBO_1785 SBO_1786 yciS pgpB FALSE 0.328 149.000 0.143 NA   NA
 1151150 1151151 SBO_1788 SBO_1789 acnA cysB FALSE 0.001 1002.000 0.000 NA   NA
 1151151 1151152 SBO_1789 SBO_1790 cysB   FALSE 0.164 61.000 0.000 NA   NA
 1151157 1151158 SBO_1795 SBO_1796 yciK btuR FALSE 0.457 49.000 0.050 1.000 N NA
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 1151160 1151161 SBO_1798 SBO_1799 yciQ yciO FALSE 0.289 28.000 0.000 NA   NA
 1151161 1151162 SBO_1799 SBO_1800 yciO yciV TRUE 0.902 -39.000 0.281 NA   NA
 1151163 1151164 SBO_1801 SBO_1802 trpL trpE FALSE 0.156 92.000 0.023 NA   NA
 1151164 1151165 SBO_1802 SBO_1803 trpE trpD TRUE 0.980 0.000 0.010 0.001 Y NA
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 1151166 1151167 SBO_1804 SBO_1805 trpC trpB TRUE 0.980 12.000 0.221 0.001 Y NA
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 1151173 1151174 SBO_1811 SBO_1812 yciB yciA TRUE 0.539 105.000 0.167 NA N NA
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 1151179 1151180 SBO_1817 SBO_1818 kch cls FALSE 0.011 371.000 0.000 1.000 N NA
 1151180 1151181 SBO_1818 SBO_1819 cls   TRUE 0.769 35.000 0.231 NA   NA
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 1151204 1151205 SBO_1842 SBO_1843 narG narK FALSE 0.006 516.000 0.000 1.000 N NA
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 1151212 1151213 SBO_1850 SBO_1851 chaA   FALSE 0.002 773.000 0.000 NA   NA
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 1151357 1151358 SBO_1995 SBO_1996 mviN mviM FALSE 0.098 167.000 0.022 1.000   NA
 1151358 1151359 SBO_1996 SBO_1997 mviM yceH TRUE 0.856 2.000 0.103 NA   NA
 1151359 1151360 SBO_1997 SBO_1998 yceH rimJ TRUE 0.771 11.000 0.116 NA   NA
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 1151551 1151552 SBO_2189 SBO_2190 pflB focA TRUE 0.815 55.000 0.345 1.000 N NA
 1151552 1151553 SBO_2190 SBO_2191 focA ycaO FALSE 0.004 406.000 0.000 NA   NA
 1151554 1151555 SBO_2192 SBO_2193 ycaP serC FALSE 0.028 199.000 0.014 NA   NA
 1151555 1151556 SBO_2193 SBO_2194 serC aroA TRUE 0.691 71.000 0.033 1.000 Y NA
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 1151559 1151560 SBO_2197 SBO_2198 ycaL cmk FALSE 0.009 302.000 0.000 NA   NA
 1151560 1151561 SBO_2198 SBO_2199 cmk rpsA TRUE 0.719 111.000 0.281 1.000 N NA
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 1151562 1151563 SBO_2200 SBO_2201 himD ycaI FALSE 0.036 207.000 0.003 1.000   NA
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