MicrobesOnline Operon Predictions for Xanthomonas albilineans

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10136832 10136833 XALc_0001 XALc_0002 dnaA dnaN TRUE 0.753 263.000 0.328 1.000 Y NA
 10136833 10136834 XALc_0002 XALc_0003 dnaN recF TRUE 0.728 274.000 0.318 1.000 Y NA
 10136834 10136835 XALc_0003 XALc_0004 recF gyrB TRUE 0.974 114.000 0.249 0.005 Y NA
 10136835 10136836 XALc_0004 XALc_0005 gyrB   FALSE 0.433 85.000 0.005 NA   NA
 10136836 10136837 XALc_0005 XALc_0006     TRUE 0.689 68.000 0.079 NA   NA
 10136837 10136838 XALc_0006 XALc_0007     TRUE 0.451 159.000 0.063 1.000   NA
 10136838 10136839 XALc_0007 XALc_0008     FALSE 0.377 151.000 0.095 1.000 N NA
 10136839 10136840 XALc_0008 XALc_0009   exbB TRUE 0.966 100.000 0.600 0.018 N NA
 10136840 10136841 XALc_0009 XALc_0010 exbB exbD1 TRUE 0.990 43.000 0.600 0.050 Y NA
 10136841 10136842 XALc_0010 XALc_0011 exbD1 exbD2 TRUE 0.999 4.000 0.857 0.038 Y NA
 10136843 10136844 XALc_0012 XALc_0013   pdxJ FALSE 0.046 153.000 0.000 1.000 N NA
 10136844 10136845 XALc_0013 XALc_0014 pdxJ   TRUE 0.691 14.000 0.009 NA   NA
 10136845 10136846 XALc_0014 XALc_0015     TRUE 0.913 86.000 0.417 NA   NA
 10136848 10136849 XALc_0017 XALc_0018   tyrB FALSE 0.215 156.000 0.000 NA   NA
 10136849 10136850 XALc_0018 XALc_0019 tyrB lldD FALSE 0.018 252.000 0.000 1.000 N NA
 10136850 10136851 XALc_0019 XALc_0020 lldD   FALSE 0.297 129.000 0.036 1.000 N NA
 10136853 10136854 XALc_0022 XALc_0023     FALSE 0.063 329.000 0.000 NA   NA
 10136854 10136855 XALc_0023 XALc_0024   recD FALSE 0.395 65.000 0.000 NA   NA
 10136855 10136856 XALc_0024 XALc_0025 recD recB TRUE 1.000 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 10136856 10136857 XALc_0025 XALc_0026 recB recC TRUE 1.000 -3.000 0.542 0.001 Y NA
 10136858 10136859 XALc_0027 XALc_0028     TRUE 0.997 0.000 0.530 NA Y NA
 10136859 10136860 XALc_0028 XALc_0029     TRUE 0.936 70.000 0.562 NA   NA
 10136860 10136861 XALc_0029 XALc_0030     TRUE 0.953 -3.000 0.024 NA   NA
 10136861 10136862 XALc_0030 XALc_0031     TRUE 0.889 -10.000 0.041 NA   NA
 10136862 10136863 XALc_0031 XALc_0032     TRUE 0.913 4.000 0.035 NA   NA
 10136864 10136865 XALc_0033 XALc_0034     FALSE 0.088 268.000 0.000 NA   NA
 10136865 10136866 XALc_0034 XALc_0035   uxaC FALSE 0.207 159.000 0.000 NA   NA
 10136866 10136867 XALc_0035 XALc_0036 uxaC   TRUE 0.840 42.000 0.033 1.000 Y NA
 10136867 10136868 XALc_0036 XALc_0037     TRUE 0.937 100.000 0.286 NA Y NA
 10136869 10136870 XALc_0038 XALc_0039     TRUE 0.860 81.000 0.136 0.038 N NA
 10136870 10136871 XALc_0039 XALc_0040     TRUE 0.930 28.000 0.455 1.000   NA
 10136871 10136872 XALc_0040 XALc_0041     FALSE 0.402 80.000 0.000 NA   NA
 10136873 10136874 XALc_0042 XALc_0043 plsB   TRUE 0.946 0.000 0.043 NA   NA
 10136875 10136876 XALc_0044 XALc_0045     FALSE 0.097 96.000 0.000 1.000 N NA
 10136876 10136877 XALc_0045 XALc_0046     TRUE 0.923 116.000 0.600 NA   NA
 10136878 10136879 XALc_0047 XALc_0048 pyrF   TRUE 0.932 -3.000 0.008 1.000   NA
 10136882 10136883 XALc_0051 XALc_0052     TRUE 0.945 72.000 0.625 NA   NA
 10136883 10136884 XALc_0052 XALc_0053     TRUE 0.997 -3.000 0.740 NA   NA
 10136886 10136887 XALc_0055 XALc_0056     FALSE 0.374 100.000 0.000 NA   NA
 10136888 10136889 XALc_0057 XALc_0058     TRUE 0.958 46.000 0.364 1.000 Y NA
 10136889 10136890 XALc_0058 XALc_0059     TRUE 0.999 3.000 0.800 0.009 Y NA
 10136890 10136891 XALc_0059 XALc_0060   rspA TRUE 0.940 54.000 0.800 1.000 N NA
 10136891 10136892 XALc_0060 XALc_0061 rspA   TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000   NA
 10136892 10136893 XALc_0061 XALc_0062     TRUE 0.974 -3.000 0.082 1.000   NA
 10136896 10136897 XALc_0065 XALc_0066   rdgC FALSE 0.175 115.000 0.012 NA N NA
 10136897 10136898 XALc_0066 XALc_0067 rdgC   TRUE 0.745 76.000 0.121 NA   NA
 10136899 10136900 XALc_0068 XALc_0069   hemH TRUE 0.915 -3.000 0.037 NA N NA
 10136901 10136902 XALc_0070 XALc_0071   tatA TRUE 0.517 141.000 0.073 NA   NA
 10136902 10136903 XALc_0071 XALc_0072 tatA tatB TRUE 0.987 15.000 0.157 0.012 Y NA
 10136903 10136904 XALc_0072 XALc_0073 tatB tatC TRUE 0.997 -3.000 0.314 NA Y NA
 10136905 10136906 XALc_0074 XALc_0075     TRUE 0.676 76.000 0.070 NA   NA
 10136909 10136910 XALc_0078 XALc_0079 glyQ glyS TRUE 0.987 156.000 0.651 0.001 Y NA
 10136911 10136912 XALc_0080 XALc_0081     FALSE 0.076 289.000 0.000 NA   NA
 10136913 10136914 XALc_0082 XALc_0083     TRUE 0.997 -3.000 0.344 1.000 Y NA
 10136916 10136917 XALc_0085 XALc_0086     FALSE 0.063 129.000 0.000 1.000 N NA
 10136917 10136918 XALc_0086 XALc_0087     FALSE 0.023 226.000 0.000 1.000 N NA
 10136918 10136919 XALc_0087 XALc_0088     FALSE 0.396 97.000 0.000 1.000   NA
 10136920 10136921 XALc_0089 XALc_0090     FALSE 0.033 543.000 0.000 NA   NA
 10136921 10136922 XALc_0090 XALc_0091     FALSE 0.027 613.000 0.000 NA   NA
 10136922 10136923 XALc_0091 XALc_0092   acsA TRUE 0.824 105.000 0.357 1.000 N NA
 10136924 10136925 XALc_0093 XALc_0094   actP TRUE 0.997 -3.000 0.684 NA   NA
 10136925 10136926 XALc_0094 XALc_0095 actP   FALSE 0.318 121.000 0.000 1.000   NA
 10136926 10136927 XALc_0095 XALc_0096     FALSE 0.047 421.000 0.000 1.000   NA
 10136927 10136928 XALc_0096 XALc_0097     TRUE 0.634 101.000 0.053 1.000   NA
 10136928 10136929 XALc_0097 XALc_0098     TRUE 0.868 9.000 0.040 1.000   NA
 10136929 10136930 XALc_0098 XALc_0099     FALSE 0.416 79.000 0.000 1.000   NA
 10136934 10136935 XALc_0103 XALc_0104 gidB parA TRUE 0.840 88.000 0.339 1.000 N NA
 10136935 10136936 XALc_0104 XALc_0105 parA parB TRUE 0.994 0.000 0.827 1.000 N NA
 10136936 10136937 XALc_0105 XALc_0106 parB gla FALSE 0.104 104.000 0.002 1.000 N NA
 10136937 10136938 XALc_0106 XALc_0107 gla   TRUE 0.933 92.000 0.227 1.000 Y NA
 10136938 10136939 XALc_0107 XALc_0108     TRUE 0.981 2.000 0.273 1.000   NA
 10136939 10136940 XALc_0108 XALc_0109   rpmB FALSE 0.042 458.000 0.000 1.000   NA
 10136940 10136941 XALc_0109 XALc_0110 rpmB rpmG TRUE 0.993 14.000 0.332 0.019 Y NA
 10136941 10136942 XALc_0110 XALc_0111 rpmG   FALSE 0.050 162.000 0.002 1.000 N NA
 10136942 10136943 XALc_0111 XALc_0112     TRUE 0.851 103.000 0.300 NA   NA
 10136943 10136944 XALc_0112 XALc_0113   uvrD TRUE 0.475 115.000 0.022 NA   NA
 10136946 10136947 XALc_0115 XALc_0116     FALSE 0.031 557.000 0.000 NA   NA
 10136947 10136948 XALc_0116 XALc_0117     TRUE 0.969 57.000 1.000 NA   NA
 10136951 10136952 XALc_0120 XALc_0121 hemF   FALSE 0.285 139.000 0.006 NA   NA
 10136952 10136953 XALc_0121 XALc_0122     FALSE 0.113 233.000 0.000 NA   NA
 10136954 10136955 XALc_0123 XALc_0124     TRUE 0.989 0.000 0.000 0.049 Y NA
 10136955 10136956 XALc_0124 XALc_0125     FALSE 0.074 118.000 0.000 1.000 N NA
 10136957 10136958 XALc_0126 XALc_0127     TRUE 0.982 -3.000 0.143 NA   NA
 10136959 10136960 XALc_0128 XALc_0129     TRUE 0.761 23.000 0.083 NA   NA
 10136960 10136961 XALc_0129 XALc_0130     TRUE 0.710 -15.000 0.000 NA   NA
 10136961 10136962 XALc_0130 XALc_0131     TRUE 0.963 28.000 0.750 NA   NA
 10136962 10136963 XALc_0131 XALc_0132     TRUE 0.953 10.000 0.045 NA Y NA
 10136963 10136964 XALc_0132 XALc_0133     TRUE 0.990 -3.000 0.297 NA   NA
 10136964 10136965 XALc_0133 XALc_0134     TRUE 0.915 -76.000 0.196 NA   NA
 10136965 10136966 XALc_0134 XALc_0135     TRUE 0.963 26.000 0.727 NA   NA
 10136966 10136967 XALc_0135 XALc_0136     TRUE 0.931 -16.000 0.171 NA   NA
 10136967 10136968 XALc_0136 XALc_0137     TRUE 0.828 132.000 0.123 NA Y NA
 10136969 10136970 XALc_0138 XALc_0139     FALSE 0.154 191.000 0.000 NA   NA
 10136970 10136971 XALc_0139 XALc_0140     TRUE 0.942 -3.000 0.070 NA N NA
 10136971 10136972 XALc_0140 XALc_0141     TRUE 0.961 -3.000 0.037 NA   NA
 10136972 10136973 XALc_0141 XALc_0142   fabF TRUE 0.963 9.000 0.303 NA   NA
 10136974 10136975 XALc_0143 XALc_0144     TRUE 0.909 -7.000 0.040 NA   NA
 10136975 10136976 XALc_0144 XALc_0145     FALSE 0.184 171.000 0.000 NA   NA
 10136979 10136980 XALc_0148 XALc_0149   accC FALSE 0.404 82.000 0.000 NA   NA
 10136980 10136981 XALc_0149 XALc_0150 accC accD FALSE 0.272 793.000 0.158 1.000 Y NA
 10136981 10136982 XALc_0150 XALc_0151 accD   TRUE 0.949 57.000 0.316 1.000 Y NA
 10136983 10136984 XALc_0152 XALc_0153     FALSE 0.098 251.000 0.000 NA   NA
 10136984 10136985 XALc_0153 XALc_0154     TRUE 0.820 4.000 0.000 NA   NA
 10136987 10136988 XALc_0156 XALc_0157     FALSE 0.318 136.000 0.009 NA   NA
 10136988 10136989 XALc_0157 XALc_0158     TRUE 0.954 -3.000 0.026 NA   NA
 10136989 10136990 XALc_0158 XALc_0159   ohrR FALSE 0.086 271.000 0.000 NA   NA
 10136990 10136991 XALc_0159 XALc_0160 ohrR ohr TRUE 0.523 103.000 0.086 1.000 N NA
 10136991 10136992 XALc_0160 XALc_0161 ohr nrdA FALSE 0.004 695.000 0.000 1.000 N NA
 10136992 10136993 XALc_0161 XALc_0162 nrdA nrdB TRUE 0.959 114.000 0.079 0.001 Y NA
 10136993 10136994 XALc_0162 XALc_0163 nrdB   TRUE 0.773 57.000 0.250 1.000 N NA
 10136994 10136995 XALc_0163 XALc_0164     TRUE 0.925 79.000 0.484 1.000   NA
 10136995 10136996 XALc_0164 XALc_0165     FALSE 0.043 446.000 0.000 1.000   NA
 10136996 10136997 XALc_0165 XALc_0166     FALSE 0.296 121.000 0.031 1.000 N NA
 10136997 10136998 XALc_0166 XALc_0167     FALSE 0.433 62.000 0.040 1.000 N NA
 10136999 10137000 XALc_0168 XALc_0169   metE FALSE 0.116 230.000 0.000 NA   NA
 10137002 10137003 XALc_0171 XALc_0172     TRUE 0.726 -13.000 0.000 NA   NA
 10137003 10137004 XALc_0172 XALc_0173     FALSE 0.379 98.000 0.000 NA   NA
 10137004 10137005 XALc_0173 XALc_0174     FALSE 0.317 118.000 0.000 NA   NA
 10137005 10137006 XALc_0174 XALc_0175     TRUE 0.801 -7.000 0.000 NA   NA
 10137006 10137007 XALc_0175 XALc_0176     TRUE 0.793 5.000 0.000 NA   NA
 10137007 10137008 XALc_0176 XALc_0177     FALSE 0.033 539.000 0.000 NA   NA
 10137008 10137009 XALc_0177 XALc_0178     FALSE 0.128 215.000 0.000 NA   NA
 10137009 10137010 XALc_0178 XALc_0179     TRUE 0.561 17.000 0.000 NA   NA
 10137010 10137011 XALc_0179 XALc_0180     FALSE 0.264 135.000 0.000 NA   NA
 10137011 10137012 XALc_0180 XALc_0181     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137012 10137013 XALc_0181 XALc_0182     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137013 10137014 XALc_0182 XALc_0183     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137014 10137015 XALc_0183 XALc_0184     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 10137015 10137016 XALc_0184 XALc_0185     FALSE 0.395 45.000 0.000 NA   NA
 10137016 10137017 XALc_0185 XALc_0186     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137017 10137018 XALc_0186 XALc_0187     FALSE 0.182 173.000 0.000 NA   NA
 10137019 10137020 XALc_0188 XALc_0189     FALSE 0.404 82.000 0.000 NA   NA
 10137021 10137022 XALc_0190 XALc_0191     FALSE 0.417 35.000 0.000 NA   NA
 10137024 10137025 XALc_0193 XALc_0194     FALSE 0.123 223.000 0.000 NA   NA
 10137026 10137027 XALc_0195 XALc_0196     TRUE 0.850 2.000 0.000 NA   NA
 10137027 10137028 XALc_0196 XALc_0197     FALSE 0.232 147.000 0.000 NA   NA
 10137028 10137029 XALc_0197 XALc_0198     FALSE 0.108 237.000 0.000 NA   NA
 10137029 10137030 XALc_0198 XALc_0199     FALSE 0.054 357.000 0.000 NA   NA
 10137030 10137031 XALc_0199 XALc_0200     FALSE 0.074 296.000 0.000 NA   NA
 10137031 10137032 XALc_0200 XALc_0201     FALSE 0.389 51.000 0.000 NA   NA
 10137032 10137033 XALc_0201 XALc_0202     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137033 10137034 XALc_0202 XALc_0203     FALSE 0.374 299.000 0.000 0.003   NA
 10137034 10137035 XALc_0203 XALc_0204     FALSE 0.103 246.000 0.000 NA   NA
 10137035 10137036 XALc_0204 XALc_0205     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137036 10137037 XALc_0205 XALc_0206     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137037 10137038 XALc_0206 XALc_0207     TRUE 0.644 13.000 0.000 NA   NA
 10137038 10137039 XALc_0207 XALc_0208     FALSE 0.278 130.000 0.000 NA   NA
 10137039 10137040 XALc_0208 XALc_0209     TRUE 0.858 2.000 0.000 1.000   NA
 10137040 10137041 XALc_0209 XALc_0210     TRUE 0.985 -3.000 0.182 1.000   NA
 10137041 10137042 XALc_0210 XALc_0211     TRUE 0.706 10.000 0.000 NA   NA
 10137042 10137043 XALc_0211 XALc_0212     TRUE 0.538 18.000 0.000 NA   NA
 10137043 10137044 XALc_0212 XALc_0213     FALSE 0.393 71.000 0.000 NA   NA
 10137044 10137045 XALc_0213 XALc_0214     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137045 10137046 XALc_0214 XALc_0215     TRUE 0.640 -42.000 0.000 NA   NA
 10137046 10137047 XALc_0215 XALc_0216     FALSE 0.393 56.000 0.000 NA   NA
 10137047 10137048 XALc_0216 XALc_0217     TRUE 0.850 2.000 0.000 NA   NA
 10137048 10137049 XALc_0217 XALc_0218     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137049 10137050 XALc_0218 XALc_0219     TRUE 0.801 -7.000 0.000 NA   NA
 10137050 10137051 XALc_0219 XALc_0220     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137051 10137052 XALc_0220 XALc_0221     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137052 10137053 XALc_0221 XALc_0222     FALSE 0.405 41.000 0.000 NA   NA
 10137053 10137054 XALc_0222 XALc_0223     TRUE 0.820 4.000 0.000 NA   NA
 10137054 10137055 XALc_0223 XALc_0224     FALSE 0.286 128.000 0.000 NA   NA
 10137055 10137056 XALc_0224 XALc_0225     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 10137056 10137057 XALc_0225 XALc_0226     TRUE 0.996 0.000 0.857 NA   NA
 10137057 10137058 XALc_0226 XALc_0227     TRUE 0.995 -3.000 0.500 NA   NA
 10137058 10137059 XALc_0227 XALc_0228     TRUE 0.994 -3.000 0.435 NA   NA
 10137059 10137060 XALc_0228 XALc_0229     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 10137060 10137061 XALc_0229 XALc_0230     TRUE 0.837 3.000 0.000 NA   NA
 10137061 10137062 XALc_0230 XALc_0231     FALSE 0.395 58.000 0.000 NA   NA
 10137062 10137063 XALc_0231 XALc_0232     FALSE 0.144 199.000 0.000 NA   NA
 10137063 10137064 XALc_0232 XALc_0233     TRUE 0.801 -7.000 0.000 NA   NA
 10137064 10137065 XALc_0233 XALc_0234     FALSE 0.215 156.000 0.000 NA   NA
 10137065 10137066 XALc_0234 XALc_0235     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137066 10137067 XALc_0235 XALc_0236     FALSE 0.267 134.000 0.000 NA   NA
 10137067 10137068 XALc_0236 XALc_0237     FALSE 0.215 156.000 0.000 NA   NA
 10137068 10137069 XALc_0237 XALc_0238     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 10137069 10137070 XALc_0238 XALc_0239     FALSE 0.445 26.000 0.000 NA   NA
 10137070 10137071 XALc_0239 XALc_0240     FALSE 0.437 27.000 0.000 NA   NA
 10137071 10137072 XALc_0240 XALc_0241     FALSE 0.060 339.000 0.000 NA   NA
 10137074 10137075 XALc_0243 XALc_0244 dusA   FALSE 0.041 444.000 0.000 NA   NA
 10137075 10137076 XALc_0244 XALc_0245   phoP TRUE 0.771 75.000 0.143 NA   NA
 10137076 10137077 XALc_0245 XALc_0246 phoP phoQ TRUE 0.934 38.000 0.214 1.000 Y NA
 10137077 10137078 XALc_0246 XALc_0247 phoQ   TRUE 0.797 140.000 0.333 NA   NA
 10137078 10137079 XALc_0247 XALc_0248     TRUE 0.646 31.000 0.041 NA   NA
 10137080 10137081 XALc_0249 XALc_0250     TRUE 0.549 87.000 0.020 NA   NA
 10137082 10137083 XALc_0251 XALc_0252 birA   TRUE 0.970 -3.000 0.147 1.000 N NA
 10137083 10137084 XALc_0252 XALc_0253     TRUE 0.745 10.000 0.007 NA   NA
 10137084 10137085 XALc_0253 XALc_Yt01   tRNA-tRNA_Thr FALSE 0.396 75.000 0.000 NA   NA
 10137085 10137086 XALc_Yt01 XALc_0255 tRNA-tRNA_Thr   FALSE 0.021 2501.000 0.000 NA   NA
 10137086 10137087 XALc_0255 XALc_0256     TRUE 0.837 102.000 0.000 0.001   NA
 10137087 10137088 XALc_0256 XALc_0257   trpS FALSE 0.153 197.000 0.000 1.000   NA
 10137088 10137089 XALc_0257 XALc_0258 trpS   FALSE 0.308 160.000 0.017 1.000   NA
 10137093 10137094 XALc_0262 XALc_0263     TRUE 0.980 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10137095 10137096 XALc_0264 XALc_0265     TRUE 0.998 -3.000 0.719 0.047 N NA
 10137096 10137097 XALc_0265 XALc_0266     FALSE 0.232 340.000 0.000 1.000 Y NA
 10137097 10137098 XALc_0266 XALc_0267     TRUE 0.999 -3.000 0.937 1.000 Y NA
 10137098 10137099 XALc_0267 XALc_0268     TRUE 1.000 -3.000 0.937 0.059 Y NA
 10137099 10137100 XALc_0268 XALc_0269     TRUE 0.998 2.000 0.944 1.000 Y NA
 10137100 10137101 XALc_0269 XALc_0270     TRUE 1.000 -3.000 0.976 0.008 Y NA
 10137101 10137102 XALc_0270 XALc_0271     TRUE 1.000 0.000 0.881 0.008 Y NA
 10137104 10137105 XALc_0273 XALc_0274   purC FALSE 0.067 315.000 0.000 NA   NA
 10137106 10137107 XALc_0275 XALc_0276   rpe TRUE 0.799 10.000 0.015 1.000   NA
 10137107 10137108 XALc_0276 XALc_0277 rpe   TRUE 0.941 2.000 0.050 1.000   NA
 10137108 10137109 XALc_0277 XALc_0278     FALSE 0.190 169.000 0.000 NA   NA
 10137109 10137110 XALc_0278 XALc_0279   trpE FALSE 0.051 368.000 0.000 NA   NA
 10137110 10137111 XALc_0279 XALc_0280 trpE pabA TRUE 0.672 839.000 0.230 0.001 Y NA
 10137111 10137112 XALc_0280 XALc_0281 pabA   TRUE 0.498 51.000 0.013 1.000   NA
 10137112 10137113 XALc_0281 XALc_0282   trpD FALSE 0.419 51.000 0.003 1.000   NA
 10137113 10137114 XALc_0282 XALc_0283 trpD trpC TRUE 0.858 170.000 0.293 1.000 Y NA
 10137114 10137115 XALc_0283 XALc_0284 trpC   TRUE 0.981 -3.000 0.005 NA Y NA
 10137116 10137117 XALc_0285 XALc_0286     FALSE 0.039 505.000 0.000 1.000   NA
 10137119 10137120 XALc_0288 XALc_0289     FALSE 0.156 194.000 0.000 1.000   NA
 10137121 10137122 XALc_0290 XALc_0291 rplM rpsI TRUE 0.999 4.000 0.601 0.018 Y NA
 10137123 10137124 XALc_Yt02 XALc_Yt03 tRNA-tRNA-Gln tRNA-tRNA-Met FALSE 0.403 42.000 0.000 NA   NA
 10137125 10137126 XALc_0294 XALc_0295 nudH   FALSE 0.256 80.000 0.015 NA N NA
 10137126 10137127 XALc_0295 XALc_0296   bfr TRUE 0.850 102.000 0.070 NA Y NA
 10137128 10137129 XALc_0297 XALc_0298     TRUE 0.998 4.000 0.556 0.027 Y NA
 10137130 10137131 XALc_0299 XALc_0300     TRUE 0.898 5.000 0.034 NA   NA
 10137131 10137132 XALc_0300 XALc_0301     TRUE 0.712 32.000 0.079 NA   NA
 10137132 10137133 XALc_0301 XALc_0302     FALSE 0.438 49.000 0.007 NA   NA
 10137133 10137134 XALc_0302 XALc_0303     FALSE 0.311 55.000 0.020 1.000 N NA
 10137135 10137136 XALc_0304 XALc_0305     FALSE 0.245 142.000 0.000 NA   NA
 10137136 10137137 XALc_0305 XALc_0306   purD FALSE 0.105 242.000 0.000 NA   NA
 10137137 10137138 XALc_0306 XALc_0307 purD purH TRUE 0.690 264.000 0.238 1.000 Y NA
 10137138 10137139 XALc_0307 XALc_0308 purH   FALSE 0.084 274.000 0.000 NA   NA
 10137139 10137140 XALc_0308 XALc_0309   fis FALSE 0.056 350.000 0.000 NA   NA
 10137140 10137141 XALc_0309 XALc_0310 fis   TRUE 0.546 113.000 0.037 NA   NA
 10137141 10137142 XALc_0310 XALc_0311   prmA FALSE 0.217 271.000 0.058 NA   NA
 10137142 10137143 XALc_0311 XALc_0312 prmA accC FALSE 0.301 225.000 0.152 1.000 N NA
 10137143 10137144 XALc_0312 XALc_0313 accC accB TRUE 0.975 129.000 0.275 0.001 Y NA
 10137144 10137145 XALc_0313 XALc_0314 accB   TRUE 0.774 53.000 0.254 1.000 N NA
 10137145 10137146 XALc_0314 XALc_0315     FALSE 0.161 202.000 0.041 1.000 N NA
 10137146 10137147 XALc_0315 XALc_0316     TRUE 0.988 -3.000 0.032 1.000 Y NA
 10137147 10137148 XALc_0316 XALc_0317     FALSE 0.363 20.000 0.014 1.000 N NA
 10137149 10137150 XALc_0318 XALc_0319 groS groL TRUE 0.925 112.000 0.269 1.000 Y NA
 10137150 10137151 XALc_0319 XALc_0320 groL   FALSE 0.029 606.000 0.000 1.000   NA
 10137151 10137152 XALc_0320 XALc_0321   aroG FALSE 0.051 387.000 0.000 1.000   NA
 10137152 10137153 XALc_0321 XALc_0322 aroG   FALSE 0.020 242.000 0.000 1.000 N NA
 10137155 10137156 XALc_0324 XALc_0325   glnE FALSE 0.034 532.000 0.000 NA   NA
 10137158 10137159 XALc_0327 XALc_0328     TRUE 0.745 126.000 0.000 0.004   NA
 10137161 10137162 XALc_0330 XALc_0331 rutE   TRUE 0.765 85.000 0.132 NA   NA
 10137163 10137164 XALc_0332 XALc_0333     FALSE 0.075 295.000 0.000 NA   NA
 10137164 10137165 XALc_0333 XALc_0334     FALSE 0.058 357.000 0.000 1.000   NA
 10137165 10137166 XALc_0334 XALc_0335     TRUE 0.993 -3.000 0.125 NA Y NA
 10137166 10137167 XALc_0335 XALc_0336     TRUE 0.899 84.000 0.125 NA Y NA
 10137168 10137169 XALc_0337 XALc_0338 aceE   FALSE 0.068 314.000 0.000 NA   NA
 10137169 10137170 XALc_0338 XALc_0339     FALSE 0.059 341.000 0.000 NA   NA
 10137172 10137173 XALc_0341 XALc_0342     FALSE 0.009 365.000 0.000 1.000 N NA
 10137173 10137174 XALc_0342 XALc_0343     TRUE 0.934 11.000 0.300 1.000 N NA
 10137174 10137175 XALc_0343 XALc_0344     TRUE 0.999 -3.000 0.900 0.036 N NA
 10137175 10137176 XALc_0344 XALc_0345     FALSE 0.022 227.000 0.000 1.000 N NA
 10137176 10137177 XALc_0345 XALc_0346     FALSE 0.017 265.000 0.000 1.000 N NA
 10137178 10137179 XALc_0347 XALc_0348 gidA   FALSE 0.027 616.000 0.000 NA   NA
 10137181 10137182 XALc_0350 XALc_0351 bioC   FALSE 0.080 146.000 0.006 1.000 N NA
 10137182 10137183 XALc_0351 XALc_0352   bioH TRUE 0.610 87.000 0.033 1.000   NA
 10137183 10137184 XALc_0352 XALc_0353 bioH bioF TRUE 0.645 261.000 0.096 0.003   NA
 10137184 10137185 XALc_0353 XALc_0354 bioF bioB TRUE 0.976 85.000 0.168 0.003 Y NA
 10137188 10137189 XALc_Yt04 XALc_0358 tRNA-tRNA-Arg   FALSE 0.058 344.000 0.000 NA   NA
 10137190 10137191 XALc_0359 XALc_0360     TRUE 0.856 13.000 0.074 NA   NA
 10137194 10137195 XALc_0363 XALc_0364 speA   FALSE 0.005 569.000 0.000 1.000 N NA
 10137195 10137196 XALc_0364 XALc_0365     TRUE 0.891 -7.000 0.091 1.000 N NA
 10137196 10137197 XALc_0365 XALc_0366     FALSE 0.040 456.000 0.000 NA   NA
 10137197 10137198 XALc_0366 XALc_0367     FALSE 0.165 185.000 0.000 NA   NA
 10137199 10137200 XALc_0368 XALc_0369     FALSE 0.037 528.000 0.000 1.000   NA
 10137200 10137201 XALc_0369 XALc_0370     FALSE 0.267 176.000 0.018 NA   NA
 10137201 10137202 XALc_0370 XALc_0371   argS TRUE 0.612 19.000 0.062 NA N NA
 10137202 10137203 XALc_0371 XALc_0372 argS radC FALSE 0.077 140.000 0.005 1.000 N NA
 10137204 10137205 XALc_0373 XALc_0374 coaBC dut TRUE 0.978 -3.000 0.201 1.000 N NA
 10137205 10137206 XALc_0374 XALc_0375 dut   FALSE 0.428 74.000 0.039 1.000 N NA
 10137207 10137208 XALc_0376 XALc_0377   pyrE TRUE 0.580 26.000 0.018 NA   NA
 10137209 10137210 XALc_0378 XALc_0379     TRUE 0.940 -3.000 0.013 NA   NA
 10137210 10137211 XALc_0379 XALc_0380     FALSE 0.205 160.000 0.000 NA   NA
 10137212 10137213 XALc_0381 XALc_0382     TRUE 0.686 99.000 0.184 NA N NA
 10137214 10137215 XALc_0383 XALc_Yr01 tyrS rRNA-rRNA-16S FALSE 0.027 619.000 0.000 NA   NA
 10137215 10137216 XALc_Yr01 XALc_Yt05 rRNA-rRNA-16S tRNA-tRNA-Ala FALSE 0.350 107.000 0.000 NA   NA
 10137216 10137217 XALc_Yt05 XALc_Yt06 tRNA-tRNA-Ala tRNA-tRNA_Ile TRUE 0.606 15.000 0.000 NA   NA
 10137217 10137218 XALc_Yt06 XALc_Yr02 tRNA-tRNA_Ile rRNA-rRNA-23S FALSE 0.123 223.000 0.000 NA   NA
 10137218 10137219 XALc_Yr02 XALc_Yr03 rRNA-rRNA-23S rRNA-rRNA-5S FALSE 0.126 218.000 0.000 NA   NA
 10137219 10137220 XALc_Yr03 XALc_0389 rRNA-rRNA-5S   FALSE 0.037 489.000 0.000 NA   NA
 10137221 10137222 XALc_0390 XALc_0391     FALSE 0.409 39.000 0.000 NA   NA
 10137223 10137224 XALc_0392 XALc_0393     TRUE 0.935 106.000 0.408 0.035 N NA
 10137225 10137226 XALc_0394 XALc_0395 serA   TRUE 0.908 5.000 0.043 NA   NA
 10137226 10137227 XALc_0395 XALc_0396     TRUE 0.832 17.000 0.096 NA   NA
 10137230 10137231 XALc_0399 XALc_0400     TRUE 0.714 21.000 0.042 NA   NA
 10137231 10137232 XALc_0400 XALc_0401     TRUE 0.996 32.000 0.741 0.001 Y NA
 10137232 10137233 XALc_0401 XALc_0402     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 10137233 10137234 XALc_0402 XALc_0403     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137234 10137235 XALc_0403 XALc_0404     TRUE 0.930 22.000 0.536 1.000 N NA
 10137237 10137238 XALc_0406 XALc_0407     FALSE 0.432 28.000 0.000 NA   NA
 10137238 10137239 XALc_0407 XALc_0408     TRUE 0.710 12.000 0.006 1.000   NA
 10137239 10137240 XALc_0408 XALc_0409     TRUE 0.997 -3.000 0.321 1.000 Y NA
 10137241 10137242 XALc_0410 XALc_0411     FALSE 0.385 180.000 0.056 1.000   NA
 10137244 10137245 XALc_0413 XALc_0414 dnaG   FALSE 0.443 64.000 0.006 1.000   NA
 10137245 10137246 XALc_0414 XALc_0415     FALSE 0.407 93.000 0.000 1.000   NA
 10137246 10137247 XALc_0415 XALc_0416   rpsU TRUE 0.770 91.000 0.000 0.027   NA
 10137248 10137249 XALc_0417 XALc_0418 gcp folB TRUE 0.683 -7.000 0.014 1.000 N NA
 10137249 10137250 XALc_0418 XALc_0419 folB bglX FALSE 0.007 448.000 0.000 1.000 N NA
 10137251 10137252 XALc_0420 XALc_0421     FALSE 0.024 220.000 0.000 1.000 N NA
 10137252 10137253 XALc_0421 XALc_0422     TRUE 0.968 -3.000 0.055 NA   NA
 10137254 10137255 XALc_0423 XALc_0424 ampD   FALSE 0.235 146.000 0.000 NA   NA
 10137255 10137256 XALc_0424 XALc_0425     FALSE 0.116 230.000 0.000 NA   NA
 10137256 10137257 XALc_0425 XALc_0426     FALSE 0.190 169.000 0.000 NA   NA
 10137257 10137258 XALc_0426 XALc_0427     TRUE 0.695 127.000 0.160 NA   NA
 10137259 10137260 XALc_0428 XALc_0429     TRUE 0.564 64.000 0.022 1.000   NA
 10137260 10137261 XALc_0429 XALc_0430     TRUE 0.502 100.000 0.018 NA   NA
 10137261 10137262 XALc_0430 XALc_0431     TRUE 0.915 95.000 0.455 NA   NA
 10137262 10137263 XALc_0431 XALc_0432     TRUE 0.997 0.000 1.000 NA   NA
 10137263 10137264 XALc_0432 XALc_0433     TRUE 0.993 6.000 0.857 NA   NA
 10137264 10137265 XALc_0433 XALc_0434     TRUE 0.619 163.000 0.192 NA   NA
 10137267 10137268 XALc_0436 XALc_0437     FALSE 0.036 529.000 0.000 1.000   NA
 10137268 10137269 XALc_0437 XALc_0438     FALSE 0.086 281.000 0.000 1.000   NA
 10137269 10137270 XALc_0438 XALc_0440     FALSE 0.156 190.000 0.000 NA   NA
 10137271 10137272 XALc_0441 XALc_0442 glpD glpF FALSE 0.383 170.000 0.129 1.000 N NA
 10137272 10137273 XALc_0442 XALc_0443 glpF glpK FALSE 0.183 94.000 0.008 1.000 N NA
 10137273 10137274 XALc_0443 XALc_0444 glpK   FALSE 0.266 306.000 0.000 1.000 Y NA
 10137274 10137275 XALc_0444 XALc_0445     TRUE 0.989 -9.000 0.600 1.000   NA
 10137275 10137276 XALc_0445 XALc_0446     TRUE 0.931 32.000 0.214 0.061   NA
 10137276 10137277 XALc_0446 XALc_0447     TRUE 0.974 26.000 0.214 0.061 Y NA
 10137277 10137278 XALc_0447 XALc_0448     FALSE 0.228 252.000 0.000 0.035 N NA
 10137279 10137280 XALc_0449 XALc_0450     TRUE 0.979 4.000 0.300 NA   NA
 10137282 10137283 XALc_0452 XALc_0453   glnS FALSE 0.181 180.000 0.000 1.000   NA
 10137284 10137285 XALc_0454 XALc_0455     FALSE 0.230 148.000 0.000 NA   NA
 10137285 10137286 XALc_0455 XALc_0456   msrA TRUE 0.496 62.000 0.013 NA   NA
 10137287 10137288 XALc_0457 XALc_0458 tal oxyR FALSE 0.015 283.000 0.000 1.000 N NA
 10137288 10137289 XALc_0458 XALc_0459 oxyR ahpF FALSE 0.446 88.000 0.041 1.000 N NA
 10137289 10137290 XALc_0459 XALc_0460 ahpF ahpC TRUE 0.922 177.000 0.551 1.000 Y NA
 10137291 10137292 XALc_0461 XALc_0462 hemK pip FALSE 0.379 128.000 0.012 1.000   NA
 10137293 10137294 XALc_0463 XALc_0464     TRUE 0.953 -7.000 0.135 1.000   NA
 10137294 10137295 XALc_0464 XALc_0465     TRUE 0.653 102.000 0.068 1.000   NA
 10137295 10137296 XALc_0465 XALc_0466     TRUE 0.851 -3.000 0.014 1.000 N NA
 10137297 10137298 XALc_0467 XALc_0468     FALSE 0.247 177.000 0.014 NA   NA
 10137299 10137300 XALc_0469 XALc_0470     TRUE 0.987 6.000 0.556 NA   NA
 10137300 10137301 XALc_0470 XALc_0471     TRUE 0.970 -3.000 0.065 NA   NA
 10137302 10137303 XALc_0472 XALc_0473     TRUE 0.943 131.000 0.321 0.003   NA
 10137305 10137306 XALc_0475 XALc_0476     FALSE 0.395 129.000 0.017 NA   NA
 10137307 10137308 XALc_0477 XALc_0478     TRUE 0.534 78.000 0.018 NA   NA
 10137308 10137309 XALc_0478 XALc_0479   wrbA TRUE 0.997 -3.000 0.657 NA   NA
 10137310 10137311 XALc_0480 XALc_0481     TRUE 0.951 -3.000 0.020 1.000   NA
 10137312 10137313 XALc_0482 XALc_0483   moaB TRUE 0.639 14.000 0.000 1.000   NA
 10137313 10137314 XALc_0483 XALc_0484 moaB   FALSE 0.012 311.000 0.000 1.000 N NA
 10137314 10137315 XALc_0484 XALc_0485     FALSE 0.004 839.000 0.000 1.000 N NA
 10137315 10137316 XALc_0485 XALc_0486   prfA FALSE 0.171 23.000 0.004 1.000 N NA
 10137316 10137317 XALc_0486 XALc_0487 prfA hemA TRUE 0.953 -22.000 0.171 0.042 N NA
 10137318 10137319 XALc_0488 XALc_0489   lolB TRUE 0.955 -3.000 0.024 1.000   NA
 10137319 10137320 XALc_0489 XALc_0490 lolB ispE TRUE 0.867 -21.000 0.157 1.000 N NA
 10137320 10137321 XALc_0490 XALc_Yt07 ispE tRNA-tRNA_Gln TRUE 0.644 13.000 0.000 NA   NA
 10137321 10137322 XALc_Yt07 XALc_0492 tRNA-tRNA_Gln prs FALSE 0.252 139.000 0.000 NA   NA
 10137322 10137323 XALc_0492 XALc_0493 prs   TRUE 0.565 112.000 0.122 1.000 N NA
 10137323 10137324 XALc_0493 XALc_0494   pth TRUE 0.988 58.000 0.496 0.027 Y NA
 10137324 10137325 XALc_0494 XALc_0495 pth   TRUE 0.921 78.000 0.184 1.000 Y NA
 10137325 10137326 XALc_0495 XALc_Yt08   tRNA-tRNA_Tyr FALSE 0.190 169.000 0.000 NA   NA
 10137326 10137327 XALc_Yt08 XALc_Yt09 tRNA-tRNA_Tyr tRNA-tRNA_Gly FALSE 0.419 33.000 0.000 NA   NA
 10137327 10137328 XALc_Yt09 XALc_Yt10 tRNA-tRNA_Gly tRNA-tRNA_Thr FALSE 0.409 39.000 0.000 NA   NA
 10137328 10137329 XALc_Yt10 XALc_0499 tRNA-tRNA_Thr tuf FALSE 0.389 48.000 0.000 NA   NA
 10137329 10137330 XALc_0499 XALc_Yt11 tuf tRNA-tRNA_Trp FALSE 0.197 166.000 0.000 NA   NA
 10137330 10137331 XALc_Yt11 XALc_0501 tRNA-tRNA_Trp   FALSE 0.389 51.000 0.000 NA   NA
 10137331 10137332 XALc_0501 XALc_0502   nusG TRUE 0.978 14.000 0.843 1.000 N NA
 10137332 10137333 XALc_0502 XALc_0503 nusG rplK TRUE 0.762 203.000 0.681 1.000 N NA
 10137333 10137334 XALc_0503 XALc_0504 rplK rplA TRUE 0.999 4.000 0.838 0.024 Y NA
 10137334 10137335 XALc_0504 XALc_0505 rplA rplJ TRUE 0.741 488.000 0.302 0.024 Y NA
 10137335 10137336 XALc_0505 XALc_0506 rplJ rplL TRUE 0.995 64.000 0.884 0.018 Y NA
 10137336 10137337 XALc_0506 XALc_0507 rplL rpoB FALSE 0.402 285.000 0.223 1.000   NA
 10137337 10137338 XALc_0507 XALc_0508 rpoB rpoC TRUE 0.979 156.000 0.851 0.001   NA
 10137338 10137339 XALc_0508 XALc_0509 rpoC rpsL FALSE 0.254 226.000 0.122 1.000 N NA
 10137339 10137340 XALc_0509 XALc_0510 rpsL rpsG TRUE 0.998 13.000 0.620 0.004 Y NA
 10137340 10137341 XALc_0510 XALc_0511 rpsG fusA TRUE 0.953 140.000 0.579 1.000 Y NA
 10137341 10137342 XALc_0511 XALc_0512 fusA tuf TRUE 0.991 88.000 0.400 0.001 Y NA
 10137342 10137343 XALc_0512 XALc_0513 tuf rpsJ TRUE 0.533 486.000 0.318 1.000 Y NA
 10137343 10137344 XALc_0513 XALc_0514 rpsJ rplC TRUE 0.993 12.000 0.307 0.024 Y NA
 10137344 10137345 XALc_0514 XALc_0515 rplC rplD TRUE 0.996 13.000 0.486 0.018 Y NA
 10137345 10137346 XALc_0515 XALc_0516 rplD rplW TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.018 Y NA
 10137346 10137347 XALc_0516 XALc_0517 rplW rplB TRUE 0.998 11.000 0.849 0.023 Y NA
 10137347 10137348 XALc_0517 XALc_0518 rplB rpsS TRUE 0.999 7.000 0.820 0.024 Y NA
 10137348 10137349 XALc_0518 XALc_0519 rpsS rplV TRUE 0.999 7.000 0.769 0.024 Y NA
 10137349 10137350 XALc_0519 XALc_0520 rplV rpsC TRUE 0.996 18.000 0.719 0.024 Y NA
 10137350 10137351 XALc_0520 XALc_0521 rpsC rplP TRUE 0.999 6.000 0.828 0.024 Y NA
 10137351 10137352 XALc_0521 XALc_0522 rplP rpmC TRUE 0.999 0.000 0.802 0.018 Y NA
 10137352 10137353 XALc_0522 XALc_0523 rpmC rpsQ TRUE 0.998 12.000 0.828 0.018 Y NA
 10137353 10137354 XALc_0523 XALc_0524 rpsQ rplN TRUE 0.997 15.000 0.791 0.024 Y NA
 10137354 10137355 XALc_0524 XALc_0525 rplN rplX TRUE 0.997 16.000 0.810 0.024 Y NA
 10137355 10137356 XALc_0525 XALc_0526 rplX rplE TRUE 0.998 12.000 0.758 0.018 Y NA
 10137356 10137357 XALc_0526 XALc_0527 rplE rpsN TRUE 0.981 66.000 0.309 0.018 Y NA
 10137357 10137358 XALc_0527 XALc_0528 rpsN rpsH TRUE 0.879 268.000 0.295 0.018 Y NA
 10137358 10137359 XALc_0528 XALc_0529 rpsH rplF TRUE 0.997 17.000 0.808 0.018 Y NA
 10137359 10137360 XALc_0529 XALc_0530 rplF rplR TRUE 0.994 96.000 0.815 0.018 Y NA
 10137360 10137361 XALc_0530 XALc_0531 rplR rpsE TRUE 0.986 155.000 0.814 0.024 Y NA
 10137361 10137362 XALc_0531 XALc_0532 rpsE rpmD TRUE 0.999 -7.000 0.789 0.024 Y NA
 10137362 10137363 XALc_0532 XALc_0533 rpmD rplO TRUE 0.999 7.000 0.653 0.003 Y NA
 10137363 10137364 XALc_0533 XALc_0534 rplO secY TRUE 0.984 8.000 0.730 1.000 N NA
 10137364 10137365 XALc_0534 XALc_0535 secY rpsM FALSE 0.029 340.000 0.011 1.000 N NA
 10137365 10137366 XALc_0535 XALc_0536 rpsM rpsK TRUE 0.998 10.000 0.810 0.018 Y NA
 10137366 10137367 XALc_0536 XALc_0537 rpsK rpsD TRUE 0.995 15.000 0.509 0.024 Y NA
 10137367 10137368 XALc_0537 XALc_0538 rpsD rpoA TRUE 0.900 50.000 0.549 1.000 N NA
 10137368 10137369 XALc_0538 XALc_0539 rpoA rplQ TRUE 0.695 293.000 0.873 1.000 N NA
 10137369 10137370 XALc_0539 XALc_0540 rplQ dsbB FALSE 0.011 329.000 0.000 1.000 N NA
 10137373 10137374 XALc_0543 XALc_0544   typA TRUE 0.657 14.000 0.006 NA   NA
 10137375 10137376 XALc_0545 XALc_0546   mdh FALSE 0.023 522.000 0.018 1.000 N NA
 10137376 10137377 XALc_0546 XALc_0547 mdh   FALSE 0.100 67.000 0.000 1.000 N NA
 10137378 10137379 XALc_0548 XALc_0549 gst   TRUE 0.634 128.000 0.111 1.000   NA
 10137379 10137380 XALc_0549 XALc_0550     FALSE 0.072 301.000 0.000 NA   NA
 10137380 10137381 XALc_0550 XALc_0551     FALSE 0.385 96.000 0.000 NA   NA
 10137381 10137382 XALc_0551 XALc_0552     FALSE 0.209 556.000 0.000 0.002   NA
 10137382 10137383 XALc_0552 XALc_0553     TRUE 0.990 3.000 0.500 1.000   NA
 10137385 10137386 XALc_0555 XALc_0556 fadH   TRUE 0.557 185.000 0.017 1.000 Y NA
 10137387 10137388 XALc_0557 XALc_0558     FALSE 0.091 265.000 0.000 NA   NA
 10137388 10137389 XALc_0558 XALc_0559   rluB TRUE 0.835 46.000 0.227 NA   NA
 10137390 10137391 XALc_0560 XALc_0561 kbl tdh TRUE 0.724 190.000 0.547 1.000 N NA
 10137392 10137393 XALc_0562 XALc_0563     TRUE 0.587 157.000 0.143 1.000   NA
 10137393 10137394 XALc_0563 XALc_0564   folC FALSE 0.127 115.000 0.006 1.000 N NA
 10137394 10137395 XALc_0564 XALc_0565 folC   TRUE 0.492 70.000 0.013 NA   NA
 10137395 10137396 XALc_0565 XALc_0566   cvpA FALSE 0.433 97.000 0.007 NA   NA
 10137396 10137397 XALc_0566 XALc_0567 cvpA purF TRUE 0.871 29.000 0.262 1.000   NA
 10137397 10137398 XALc_0567 XALc_0568 purF   TRUE 0.524 35.000 0.012 1.000   NA
 10137399 10137400 XALc_0569 XALc_0570 lpxH   FALSE 0.226 174.000 0.008 1.000   NA
 10137400 10137401 XALc_0570 XALc_0571     TRUE 0.916 -16.000 0.125 1.000   NA
 10137401 10137402 XALc_0571 XALc_0572   ppx FALSE 0.097 200.000 0.018 1.000 N NA
 10137402 10137403 XALc_0572 XALc_0573 ppx ppk TRUE 0.872 55.000 0.076 1.000 Y NA
 10137403 10137404 XALc_0573 XALc_0574 ppk phoR TRUE 0.717 12.000 0.045 1.000 N NA
 10137404 10137405 XALc_0574 XALc_0575 phoR phoB TRUE 0.966 67.000 0.453 1.000 Y NA
 10137405 10137406 XALc_0575 XALc_0576 phoB   TRUE 0.536 84.000 0.016 1.000   NA
 10137407 10137408 XALc_0577 XALc_0578     TRUE 0.964 -3.000 0.045 NA   NA
 10137408 10137409 XALc_0578 XALc_0579     FALSE 0.307 171.000 0.025 NA   NA
 10137411 10137412 XALc_Yt12 XALc_Yt13 tRNA-tRNA_Pro tRNA-tRNA_Arg FALSE 0.398 44.000 0.000 NA   NA
 10137412 10137413 XALc_Yt13 XALc_Yt14 tRNA-tRNA_Arg tRNA-tRNA_His FALSE 0.416 36.000 0.000 NA   NA
 10137413 10137414 XALc_Yt14 XALc_Yt15 tRNA-tRNA_His tRNA-tRNA_Lys FALSE 0.399 77.000 0.000 NA   NA
 10137414 10137415 XALc_Yt15 XALc_Yt16 tRNA-tRNA_Lys tRNA-tRNA_Leu FALSE 0.392 93.000 0.000 NA   NA
 10137415 10137416 XALc_Yt16 XALc_0586 tRNA-tRNA_Leu tig FALSE 0.140 202.000 0.000 NA   NA
 10137416 10137417 XALc_0586 XALc_0587 tig clpP TRUE 0.923 136.000 0.351 1.000 Y NA
 10137417 10137418 XALc_0587 XALc_0588 clpP clpX TRUE 0.929 130.000 0.352 1.000 Y NA
 10137418 10137419 XALc_0588 XALc_0589 clpX lon TRUE 0.813 171.000 0.201 1.000 Y NA
 10137419 10137420 XALc_0589 XALc_0590 lon hupB FALSE 0.045 226.000 0.008 1.000 N NA
 10137420 10137421 XALc_0590 XALc_Yt17 hupB tRNA-tRNA_Val TRUE 0.668 12.000 0.000 NA   NA
 10137421 10137422 XALc_Yt17 XALc_Yt18 tRNA-tRNA_Val tRNA-tRNA_Asp FALSE 0.432 28.000 0.000 NA   NA
 10137422 10137423 XALc_Yt18 XALc_Yt19 tRNA-tRNA_Asp tRNA-tRNA_Asp FALSE 0.304 121.000 0.000 NA   NA
 10137423 10137424 XALc_Yt19 XALc_0594 tRNA-tRNA_Asp ppiD FALSE 0.163 186.000 0.000 NA   NA
 10137425 10137426 XALc_0595 XALc_0596 mltD gloB TRUE 0.735 12.000 0.008 1.000   NA
 10137427 10137428 XALc_0597 XALc_0598   rnhA TRUE 0.554 18.000 0.000 1.000   NA
 10137428 10137429 XALc_0598 XALc_0599 rnhA dnaQ TRUE 0.944 29.000 0.248 1.000 Y NA
 10137431 10137432 XALc_Yt20 XALc_0602 tRNA-tRNA_Ser   FALSE 0.312 119.000 0.000 NA   NA
 10137434 10137435 XALc_0604 XALc_0605 kdkA   TRUE 0.939 0.000 0.032 1.000   NA
 10137435 10137436 XALc_0605 XALc_0606   moaA TRUE 0.978 -3.000 0.108 1.000   NA
 10137436 10137437 XALc_0606 XALc_0607 moaA   TRUE 0.915 4.000 0.037 NA   NA
 10137437 10137438 XALc_0607 XALc_0608   moaC FALSE 0.446 32.000 0.004 NA   NA
 10137438 10137439 XALc_0608 XALc_0609 moaC moaD TRUE 0.994 -3.000 0.175 1.000 Y NA
 10137439 10137440 XALc_0609 XALc_0610 moaD moaE TRUE 0.996 4.000 0.501 1.000 Y NA
 10137442 10137443 XALc_0612 XALc_0613 dnaX   TRUE 0.979 7.000 0.411 NA   NA
 10137443 10137444 XALc_0613 XALc_0614   recR TRUE 0.703 274.000 0.604 NA   NA
 10137444 10137445 XALc_0614 XALc_0615 recR   FALSE 0.251 83.000 0.013 1.000 N NA
 10137446 10137447 XALc_0616 XALc_0617     TRUE 0.889 -3.000 0.025 NA N NA
 10137447 10137448 XALc_0617 XALc_0618     TRUE 0.992 -7.000 0.727 NA   NA
 10137448 10137449 XALc_0618 XALc_0619     TRUE 0.991 6.000 0.739 NA   NA
 10137452 10137453 XALc_0622 XALc_0623   rpmF TRUE 0.934 102.000 0.599 NA   NA
 10137453 10137454 XALc_0623 XALc_0624 rpmF fabH FALSE 0.256 97.000 0.014 1.000 N NA
 10137454 10137455 XALc_0624 XALc_0625 fabH fabD TRUE 0.891 226.000 0.182 0.004 Y NA
 10137455 10137456 XALc_0625 XALc_0626 fabD fabG TRUE 0.989 91.000 0.432 0.004 Y NA
 10137456 10137457 XALc_0626 XALc_0627 fabG acpP TRUE 0.965 155.000 0.321 0.004 Y NA
 10137457 10137458 XALc_0627 XALc_0628 acpP fabF TRUE 0.926 132.000 0.346 1.000 Y NA
 10137458 10137459 XALc_0628 XALc_0629 fabF   TRUE 0.567 167.000 0.030 0.017 N NA
 10137459 10137460 XALc_0629 XALc_0630     FALSE 0.436 104.000 0.010 NA   NA
 10137460 10137461 XALc_0630 XALc_0631   tmk TRUE 0.987 -3.000 0.209 NA   NA
 10137461 10137462 XALc_0631 XALc_0632 tmk holB TRUE 0.979 -3.000 0.211 1.000 N NA
 10137462 10137463 XALc_0632 XALc_0633 holB   TRUE 0.989 -3.000 0.382 NA N NA
 10137463 10137464 XALc_0633 XALc_Yt22   tRNA-tRNA_Val FALSE 0.398 76.000 0.000 NA   NA
 10137466 10137467 XALc_0636 XALc_0637     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137467 10137468 XALc_0637 XALc_0638   prpB FALSE 0.385 96.000 0.000 NA   NA
 10137468 10137469 XALc_0638 XALc_0639 prpB   FALSE 0.411 38.000 0.000 NA   NA
 10137469 10137470 XALc_0639 XALc_0640   prpC FALSE 0.398 44.000 0.000 NA   NA
 10137470 10137471 XALc_0640 XALc_0641 prpC   TRUE 0.876 156.000 0.289 1.000 Y NA
 10137471 10137472 XALc_0641 XALc_0642     TRUE 0.935 121.000 0.733 NA   NA
 10137472 10137473 XALc_0642 XALc_0643     FALSE 0.049 384.000 0.000 NA   NA
 10137473 10137474 XALc_0643 XALc_0644     TRUE 0.737 69.000 0.214 NA N NA
 10137474 10137475 XALc_0644 XALc_0645     FALSE 0.394 57.000 0.000 NA   NA
 10137475 10137476 XALc_0645 XALc_0646     FALSE 0.186 176.000 0.000 1.000   NA
 10137476 10137477 XALc_0646 XALc_0647     TRUE 0.939 20.000 0.400 1.000   NA
 10137477 10137478 XALc_0647 XALc_0648     FALSE 0.030 591.000 0.000 1.000   NA
 10137478 10137479 XALc_0648 XALc_0649     FALSE 0.065 332.000 0.000 1.000   NA
 10137481 10137482 XALc_0651 XALc_0652   cbpA TRUE 0.826 137.000 0.133 NA Y NA
 10137483 10137484 XALc_0653 XALc_0654     TRUE 0.673 78.000 0.150 1.000 N NA
 10137485 10137486 XALc_0655 XALc_0656 hflK hflC TRUE 1.000 -3.000 0.947 0.010 Y NA
 10137486 10137487 XALc_0656 XALc_0657 hflC purA FALSE 0.048 307.000 0.019 1.000 N NA
 10137487 10137488 XALc_0657 XALc_0658 purA   FALSE 0.015 283.000 0.000 1.000 N NA
 10137490 10137491 XALc_0660 XALc_0661 rimK   FALSE 0.004 705.000 0.000 1.000 N NA
 10137491 10137492 XALc_0661 XALc_0662     TRUE 0.595 496.000 0.400 1.000 Y NA
 10137493 10137494 XALc_0663 XALc_0664 coaE pilD TRUE 0.821 13.000 0.122 1.000 N NA
 10137494 10137495 XALc_0664 XALc_0665 pilD pilC TRUE 0.993 7.000 0.454 1.000 Y NA
 10137496 10137497 XALc_0666 XALc_0667 pilA pilB TRUE 0.582 150.000 0.000 1.000 Y NA
 10137498 10137499 XALc_0668 XALc_0669 pilR pilS TRUE 0.974 88.000 0.556 1.000 Y NA
 10137500 10137501 XALc_0670 XALc_0671 sucC sucD TRUE 0.997 27.000 0.806 0.001 Y NA
 10137501 10137502 XALc_0671 XALc_0672 sucD   FALSE 0.053 359.000 0.000 NA   NA
 10137502 10137503 XALc_0672 XALc_0673     TRUE 0.647 -34.000 0.000 NA   NA
 10137503 10137504 XALc_0673 XALc_0674     FALSE 0.399 77.000 0.000 NA   NA
 10137504 10137505 XALc_0674 XALc_0675     TRUE 0.601 -394.000 0.000 1.000   NA
 10137506 10137507 XALc_0676 XALc_0677     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137509 10137510 XALc_0679 XALc_0680     FALSE 0.235 146.000 0.000 NA   NA
 10137510 10137511 XALc_0680 XALc_0681     FALSE 0.240 145.000 0.000 NA   NA
 10137512 10137513 XALc_0682 XALc_0683     FALSE 0.416 36.000 0.000 NA   NA
 10137513 10137514 XALc_0683 XALc_0684     FALSE 0.062 330.000 0.000 NA   NA
 10137514 10137515 XALc_0684 XALc_0685     FALSE 0.445 26.000 0.000 NA   NA
 10137515 10137516 XALc_0685 XALc_0686     FALSE 0.049 381.000 0.000 NA   NA
 10137516 10137517 XALc_0686 XALc_0687     TRUE 0.830 46.000 0.000 0.003   NA
 10137517 10137518 XALc_0687 XALc_0688     FALSE 0.155 195.000 0.000 1.000   NA
 10137519 10137520 XALc_0689 XALc_0690     TRUE 0.993 -3.000 0.354 NA   NA
 10137522 10137523 XALc_0692 XALc_0693     TRUE 0.973 -3.000 0.171 1.000 N NA
 10137523 10137524 XALc_0693 XALc_0694     FALSE 0.160 192.000 0.000 1.000   NA
 10137525 10137526 XALc_0695 XALc_0696 rluD   TRUE 0.790 45.000 0.168 NA   NA
 10137527 10137528 XALc_0697 XALc_0698 otsA   TRUE 0.990 -3.000 0.057 1.000 Y NA
 10137528 10137529 XALc_0698 XALc_0699     TRUE 0.920 85.000 0.174 1.000 Y NA
 10137529 10137530 XALc_0699 XALc_0700     FALSE 0.021 236.000 0.000 1.000 N NA
 10137531 10137532 XALc_0701 XALc_0702     TRUE 0.981 0.000 0.222 NA   NA
 10137532 10137533 XALc_0702 XALc_0703     TRUE 0.819 -6.000 0.000 NA   NA
 10137533 10137534 XALc_0703 XALc_0704     TRUE 0.571 -3.000 0.000 NA N NA
 10137534 10137535 XALc_0704 XALc_0705     FALSE 0.003 1310.000 0.000 NA N NA
 10137535 10137536 XALc_0705 XALc_0706     TRUE 0.834 182.000 0.810 1.000 N NA
 10137536 10137537 XALc_0706 XALc_0707     TRUE 0.993 16.000 0.839 NA Y NA
 10137537 10137538 XALc_0707 XALc_0708     TRUE 0.978 13.000 0.820 NA N NA
 10137538 10137539 XALc_0708 XALc_0709     FALSE 0.053 359.000 0.000 NA   NA
 10137539 10137540 XALc_0709 XALc_0710     FALSE 0.335 113.000 0.000 NA   NA
 10137540 10137541 XALc_0710 XALc_0711     FALSE 0.388 168.000 0.047 NA   NA
 10137541 10137542 XALc_0711 XALc_0712   clpB FALSE 0.094 260.000 0.000 NA   NA
 10137542 10137543 XALc_0712 XALc_0713 clpB   FALSE 0.009 363.000 0.000 1.000 N NA
 10137543 10137544 XALc_0713 XALc_0714     FALSE 0.090 267.000 0.000 NA   NA
 10137544 10137545 XALc_0714 XALc_0715     TRUE 0.726 -13.000 0.000 NA   NA
 10137545 10137546 XALc_0715 XALc_0716     FALSE 0.407 40.000 0.000 NA   NA
 10137546 10137547 XALc_0716 XALc_0717     FALSE 0.429 29.000 0.000 NA   NA
 10137548 10137549 XALc_0718 XALc_0719     TRUE 0.980 -3.000 0.222 1.000 N NA
 10137549 10137550 XALc_0719 XALc_0720     TRUE 0.952 -22.000 0.433 NA N NA
 10137550 10137551 XALc_0720 XALc_0721     TRUE 0.991 -3.000 0.463 NA N NA
 10137551 10137552 XALc_0721 XALc_0722     TRUE 0.996 -3.000 0.561 1.000   NA
 10137552 10137553 XALc_0722 XALc_0723     FALSE 0.430 247.000 0.194 1.000   NA
 10137553 10137554 XALc_0723 XALc_0724     TRUE 0.780 23.000 0.194 1.000 N NA
 10137554 10137555 XALc_0724 XALc_0725     FALSE 0.020 242.000 0.000 1.000 N NA
 10137558 10137559 XALc_0728 XALc_0729     FALSE 0.146 203.000 0.000 1.000   NA
 10137560 10137561 XALc_0730 XALc_0731 suxB suxA TRUE 0.467 48.000 0.052 1.000 N NA
 10137563 10137564 XALc_0733 XALc_0734 suxR   FALSE 0.031 189.000 0.000 1.000 N NA
 10137566 10137567 XALc_0736 XALc_0737   oprO TRUE 0.512 128.000 0.130 NA N NA
 10137568 10137569 XALc_0738 XALc_0739 dctA maeB TRUE 0.462 276.000 0.058 1.000 Y NA
 10137569 10137570 XALc_0739 XALc_0740 maeB   FALSE 0.230 148.000 0.000 NA   NA
 10137572 10137573 XALc_0742 XALc_0743   waaG TRUE 0.855 12.000 0.058 NA   NA
 10137573 10137574 XALc_0743 XALc_0744 waaG waaL TRUE 0.949 -19.000 0.050 NA Y NA
 10137577 10137578 XALc_0747 XALc_0748 tolC   TRUE 0.489 19.000 0.028 1.000 N NA
 10137578 10137579 XALc_0748 XALc_0749     FALSE 0.221 136.000 0.023 1.000 N NA
 10137581 10137582 XALc_0751 XALc_0752 leuB leuD TRUE 0.993 -10.000 0.074 0.002 Y NA
 10137582 10137583 XALc_0752 XALc_0753 leuD leuC TRUE 0.974 176.000 0.449 0.001 Y NA
 10137583 10137584 XALc_0753 XALc_0754 leuC   TRUE 0.543 37.000 0.015 1.000   NA
 10137584 10137585 XALc_0754 XALc_0755   leuA TRUE 0.792 6.000 0.003 1.000   NA
 10137585 10137586 XALc_0755 XALc_0756 leuA tdcB TRUE 0.984 -3.000 0.013 1.000 Y NA
 10137586 10137587 XALc_0756 XALc_0757 tdcB   FALSE 0.231 196.000 0.017 1.000   NA
 10137587 10137588 XALc_0757 XALc_0758   ilvG TRUE 0.998 -16.000 0.943 0.001   NA
 10137588 10137589 XALc_0758 XALc_0759 ilvG ilvC TRUE 0.951 40.000 0.012 0.001 Y NA
 10137590 10137591 XALc_0760 XALc_0761   thiC FALSE 0.008 426.000 0.000 1.000 N NA
 10137592 10137593 XALc_0762 XALc_0763   ppa FALSE 0.093 159.000 0.009 1.000 N NA
 10137598 10137599 XALc_0768 XALc_0769 adk   FALSE 0.021 233.000 0.000 1.000 N NA
 10137599 10137600 XALc_0769 XALc_0770     TRUE 0.601 23.000 0.015 1.000   NA
 10137600 10137601 XALc_0770 XALc_0771     FALSE 0.079 284.000 0.000 NA   NA
 10137601 10137602 XALc_0771 XALc_0772     FALSE 0.022 990.000 0.000 NA   NA
 10137604 10137605 XALc_0774 XALc_0775   gloA FALSE 0.222 152.000 0.000 NA   NA
 10137605 10137606 XALc_0775 XALc_0776 gloA argD TRUE 0.764 83.000 0.000 1.000 Y NA
 10137607 10137608 XALc_0777 XALc_0778 hemL thiE TRUE 0.751 192.000 0.173 1.000 Y NA
 10137610 10137611 XALc_0780 XALc_0781     TRUE 0.563 32.000 0.020 NA   NA
 10137611 10137612 XALc_0781 XALc_0782   rpiA FALSE 0.156 206.000 0.006 NA   NA
 10137612 10137613 XALc_0782 XALc_0783 rpiA   TRUE 0.470 51.000 0.011 NA   NA
 10137613 10137614 XALc_0783 XALc_0784     TRUE 0.936 -3.000 0.011 NA   NA
 10137614 10137615 XALc_0784 XALc_0785     FALSE 0.063 581.000 0.034 NA   NA
 10137615 10137616 XALc_0785 XALc_0786     TRUE 0.935 -3.000 0.010 NA   NA
 10137616 10137617 XALc_0786 XALc_0787     FALSE 0.393 68.000 0.000 NA   NA
 10137618 10137619 XALc_0788 XALc_0789   pepP TRUE 0.987 0.000 0.329 NA   NA
 10137620 10137621 XALc_0790 XALc_0791 pepQ   TRUE 0.476 155.000 0.072 NA   NA
 10137621 10137622 XALc_0791 XALc_0792     TRUE 0.997 -3.000 0.667 NA   NA
 10137622 10137623 XALc_0792 XALc_0793     TRUE 0.599 17.000 0.006 NA   NA
 10137623 10137624 XALc_0793 XALc_0794     TRUE 0.743 96.000 0.218 1.000 N NA
 10137624 10137625 XALc_0794 XALc_0795     TRUE 0.787 86.000 0.262 1.000 N NA
 10137626 10137627 XALc_0796 XALc_0797   gmk TRUE 0.775 131.000 0.276 NA   NA
 10137627 10137628 XALc_0797 XALc_0798 gmk rpoZ TRUE 0.852 113.000 0.471 1.000 N NA
 10137628 10137629 XALc_0798 XALc_0799 rpoZ spoT TRUE 0.938 102.000 0.291 1.000 Y NA
 10137629 10137630 XALc_0799 XALc_0800 spoT   TRUE 0.682 115.000 0.215 NA N NA
 10137630 10137631 XALc_0800 XALc_0801   recG TRUE 0.802 10.000 0.076 NA N NA
 10137635 10137636 XALc_0805 XALc_0806 mreB mreC TRUE 0.797 187.000 0.689 1.000 N NA
 10137636 10137637 XALc_0806 XALc_0807 mreC mreD TRUE 1.000 -3.000 0.550 0.003 Y NA
 10137637 10137638 XALc_0807 XALc_0808 mreD mrdA TRUE 0.971 2.000 0.013 1.000 Y NA
 10137638 10137639 XALc_0808 XALc_0809 mrdA mrdB TRUE 0.840 -3.000 0.013 1.000 N NA
 10137639 10137640 XALc_0809 XALc_0810 mrdB   FALSE 0.008 334.000 0.000 NA N NA
 10137640 10137641 XALc_0810 XALc_0811   pglA FALSE 0.420 2.000 0.000 NA N NA
 10137641 10137642 XALc_0811 XALc_0812 pglA mltB FALSE 0.169 436.000 0.000 NA Y NA
 10137642 10137643 XALc_0812 XALc_0813 mltB   TRUE 0.991 -3.000 0.298 NA   NA
 10137643 10137644 XALc_0813 XALc_0814   dacC TRUE 0.491 154.000 0.080 NA   NA
 10137644 10137645 XALc_0814 XALc_0815 dacC   FALSE 0.234 163.000 0.007 NA   NA
 10137645 10137646 XALc_0815 XALc_0816   lipB TRUE 0.956 -12.000 0.219 NA   NA
 10137646 10137647 XALc_0816 XALc_0817 lipB lipA TRUE 0.991 23.000 0.319 0.001 Y NA
 10137647 10137648 XALc_0817 XALc_0818 lipA prc FALSE 0.019 246.000 0.000 1.000 N NA
 10137650 10137651 XALc_0820 XALc_0821     FALSE 0.340 62.000 0.022 1.000 N NA
 10137651 10137652 XALc_0821 XALc_0822     FALSE 0.194 167.000 0.000 NA   NA
 10137652 10137653 XALc_0822 XALc_0823     TRUE 0.452 149.000 0.053 NA   NA
 10137655 10137656 XALc_0825 XALc_0826   gnd TRUE 0.511 126.000 0.042 NA   NA
 10137656 10137657 XALc_0826 XALc_0827 gnd   FALSE 0.044 431.000 0.000 NA   NA
 10137657 10137658 XALc_0827 XALc_0828     FALSE 0.158 189.000 0.000 NA   NA
 10137658 10137659 XALc_0828 XALc_0829     FALSE 0.127 217.000 0.000 NA   NA
 10137659 10137660 XALc_0829 XALc_0830     TRUE 0.997 -3.000 0.093 0.030 Y NA
 10137660 10137661 XALc_0830 XALc_0831     TRUE 0.991 7.000 0.116 0.025 Y NA
 10137661 10137662 XALc_0831 XALc_0832   folK FALSE 0.022 524.000 0.017 1.000 N NA
 10137664 10137665 XALc_0834 XALc_0835     TRUE 0.807 -12.000 0.012 NA   NA
 10137665 10137666 XALc_0835 XALc_0836     FALSE 0.047 398.000 0.000 NA   NA
 10137666 10137667 XALc_0836 XALc_0837   nagQ FALSE 0.006 406.000 0.000 NA N NA
 10137667 10137668 XALc_0837 XALc_0838 nagQ nagP TRUE 0.595 36.000 0.093 1.000 N NA
 10137668 10137669 XALc_0838 XALc_0839 nagP nagR TRUE 0.683 30.000 0.140 1.000 N NA
 10137669 10137670 XALc_0839 XALc_0840 nagR nagB-II TRUE 0.707 9.000 0.030 1.000 N NA
 10137670 10137671 XALc_0840 XALc_0841 nagB-II nagA TRUE 0.864 0.000 0.030 1.000 N NA
 10137672 10137673 XALc_0842 XALc_0843 cca slt FALSE 0.406 89.000 0.034 1.000 N NA
 10137673 10137674 XALc_0843 XALc_0844 slt   FALSE 0.286 128.000 0.000 NA   NA
 10137674 10137675 XALc_0844 XALc_0845     TRUE 0.949 5.000 0.132 NA   NA
 10137675 10137676 XALc_0845 XALc_0846     TRUE 0.508 27.000 0.008 1.000   NA
 10137676 10137677 XALc_0846 XALc_0847     TRUE 0.744 -16.000 0.008 NA   NA
 10137677 10137678 XALc_0847 XALc_0848     TRUE 0.749 49.000 0.129 NA   NA
 10137680 10137681 XALc_0850 XALc_0851     TRUE 0.724 26.000 0.074 NA   NA
 10137681 10137682 XALc_0851 XALc_0852     TRUE 0.983 107.000 0.714 0.006   NA
 10137682 10137683 XALc_0852 XALc_0853     TRUE 0.941 86.000 0.571 1.000   NA
 10137689 10137690 XALc_0859 XALc_0860 envZ ompR TRUE 0.994 -3.000 0.154 1.000 Y NA
 10137691 10137692 XALc_0861 XALc_0862     TRUE 0.870 144.000 0.531 NA   NA
 10137692 10137693 XALc_0862 XALc_0863     TRUE 0.888 83.000 0.327 1.000   NA
 10137700 10137701 XALc_0870 XALc_0871     TRUE 0.813 32.000 0.013 1.000 Y NA
 10137702 10137703 XALc_0872 XALc_0873 engC   TRUE 0.749 19.000 0.052 NA   NA
 10137704 10137705 XALc_0874 XALc_0875     FALSE 0.056 359.000 0.000 1.000   NA
 10137705 10137706 XALc_0875 XALc_0876     TRUE 0.793 5.000 0.000 NA   NA
 10137706 10137707 XALc_0876 XALc_0877     TRUE 0.646 54.000 0.054 NA   NA
 10137708 10137709 XALc_0878 XALc_0879 gcvP   FALSE 0.026 663.000 0.000 NA   NA
 10137709 10137710 XALc_0879 XALc_0880     FALSE 0.152 192.000 0.000 NA   NA
 10137710 10137711 XALc_0880 XALc_0881     FALSE 0.180 174.000 0.000 NA   NA
 10137711 10137712 XALc_0881 XALc_0882     TRUE 0.650 -31.000 0.000 NA   NA
 10137713 10137714 XALc_0883 XALc_0884     FALSE 0.264 135.000 0.000 NA   NA
 10137715 10137716 XALc_0885 XALc_0886     FALSE 0.179 175.000 0.000 NA   NA
 10137717 10137718 XALc_0887 XALc_0888     TRUE 0.452 149.000 0.049 1.000   NA
 10137718 10137719 XALc_0888 XALc_0889     TRUE 0.983 -3.000 0.152 1.000   NA
 10137720 10137721 XALc_0890 XALc_0891     TRUE 0.996 -16.000 0.833 1.000 Y NA
 10137722 10137723 XALc_0892 XALc_0893   minE FALSE 0.368 134.000 0.015 NA   NA
 10137723 10137724 XALc_0893 XALc_0894 minE minD TRUE 0.997 3.000 0.618 NA Y NA
 10137724 10137725 XALc_0894 XALc_0895 minD minC TRUE 0.970 37.000 0.466 1.000 Y NA
 10137725 10137726 XALc_0895 XALc_0896 minC   TRUE 0.891 3.000 0.013 1.000   NA
 10137727 10137728 XALc_0897 XALc_0898     TRUE 0.999 0.000 0.900 0.029 Y NA
 10137728 10137729 XALc_0898 XALc_0899     FALSE 0.048 393.000 0.000 NA   NA
 10137729 10137730 XALc_0899 XALc_0900     TRUE 0.452 106.000 0.013 NA   NA
 10137731 10137732 XALc_0901 XALc_0902     TRUE 0.720 96.000 0.107 NA   NA
 10137732 10137733 XALc_0902 XALc_0903     FALSE 0.260 136.000 0.000 NA   NA
 10137733 10137734 XALc_0903 XALc_0904     FALSE 0.160 188.000 0.000 NA   NA
 10137734 10137735 XALc_0904 XALc_0905     TRUE 0.798 -10.000 0.007 NA   NA
 10137737 10137738 XALc_0907 XALc_0908   ate TRUE 0.786 10.000 0.014 NA   NA
 10137740 10137741 XALc_0910 XALc_0911   tesB TRUE 0.816 11.000 0.026 NA   NA
 10137741 10137742 XALc_0911 XALc_0912 tesB   TRUE 0.814 70.000 0.021 1.000 Y NA
 10137744 10137745 XALc_0914 XALc_0915   uvrA TRUE 0.925 -3.000 0.005 1.000   NA
 10137746 10137747 XALc_0916 XALc_0917 rplU rpmA TRUE 0.997 13.000 0.667 0.017 Y NA
 10137747 10137748 XALc_0917 XALc_0918 rpmA   TRUE 0.454 330.000 0.335 1.000   NA
 10137750 10137751 XALc_0920 XALc_0921 mviN ribF FALSE 0.367 268.000 0.169 1.000   NA
 10137751 10137752 XALc_0921 XALc_0922 ribF ileS TRUE 0.942 7.000 0.254 1.000 N NA
 10137752 10137753 XALc_0922 XALc_0923 ileS lspA TRUE 0.671 89.000 0.147 1.000 N NA
 10137753 10137754 XALc_0923 XALc_0924 lspA ispH TRUE 0.884 58.000 0.095 1.000 Y NA
 10137754 10137755 XALc_0924 XALc_Yt23 ispH tRNA-tRNA_Thr FALSE 0.416 36.000 0.000 NA   NA
 10137757 10137758 XALc_0927 XALc_0928     FALSE 0.377 99.000 0.000 NA   NA
 10137758 10137759 XALc_0928 XALc_0929   cyoA FALSE 0.092 262.000 0.000 NA   NA
 10137759 10137760 XALc_0929 XALc_0930 cyoA cyoB TRUE 0.996 -21.000 0.385 0.009 Y NA
 10137760 10137761 XALc_0930 XALc_0931 cyoB cyoC TRUE 0.998 4.000 0.385 0.043 Y NA
 10137761 10137762 XALc_0931 XALc_0932 cyoC cyoD TRUE 0.999 0.000 0.917 0.043 Y NA
 10137762 10137763 XALc_0932 XALc_0933 cyoD   FALSE 0.389 252.000 0.167 1.000   NA
 10137763 10137764 XALc_0933 XALc_0934     FALSE 0.039 494.000 0.000 1.000   NA
 10137764 10137765 XALc_0934 XALc_0935   radA FALSE 0.104 86.000 0.000 1.000 N NA
 10137765 10137766 XALc_0935 XALc_0936 radA   FALSE 0.274 131.000 0.000 NA   NA
 10137770 10137771 XALc_0940 XALc_0941     FALSE 0.374 100.000 0.000 NA   NA
 10137771 10137772 XALc_0941 XALc_0942     TRUE 0.987 12.000 0.400 NA Y NA
 10137772 10137773 XALc_0942 XALc_0943     TRUE 0.988 -3.000 0.036 1.000 Y NA
 10137773 10137774 XALc_0943 XALc_0944     TRUE 1.000 -3.000 0.865 0.033 Y NA
 10137775 10137776 XALc_0945 XALc_0946   abfA FALSE 0.021 236.000 0.000 1.000 N NA
 10137779 10137780 XALc_0949 XALc_0950 ffh   FALSE 0.213 167.000 0.003 1.000   NA
 10137780 10137781 XALc_0950 XALc_0951     TRUE 0.966 -3.000 0.045 1.000   NA
 10137781 10137782 XALc_0951 XALc_0952   rpsP FALSE 0.128 94.000 0.004 1.000 N NA
 10137782 10137783 XALc_0952 XALc_0953 rpsP rimM TRUE 0.984 46.000 0.342 0.017 Y NA
 10137783 10137784 XALc_0953 XALc_0954 rimM trmD TRUE 0.981 83.000 0.672 1.000 Y NA
 10137784 10137785 XALc_0954 XALc_0955 trmD rplS TRUE 0.955 133.000 0.567 1.000 Y NA
 10137787 10137788 XALc_0957 XALc_0958   hslR TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137789 10137790 XALc_0959 XALc_0960 katG   FALSE 0.036 506.000 0.000 NA   NA
 10137790 10137791 XALc_0960 XALc_0961     TRUE 0.857 1.000 0.000 NA   NA
 10137791 10137792 XALc_0961 XALc_0962     FALSE 0.312 119.000 0.000 NA   NA
 10137792 10137793 XALc_0962 XALc_0963     FALSE 0.042 440.000 0.000 NA   NA
 10137793 10137794 XALc_0963 XALc_0964     TRUE 0.475 23.000 0.000 NA   NA
 10137794 10137795 XALc_0964 XALc_0965     TRUE 0.963 183.000 0.333 0.001 Y NA
 10137798 10137799 XALc_0968 XALc_0969   dcd TRUE 0.481 129.000 0.112 1.000 N NA
 10137800 10137801 XALc_0970 XALc_0971     TRUE 0.557 29.000 0.017 NA   NA
 10137801 10137802 XALc_0971 XALc_0972     TRUE 0.603 10.000 0.017 1.000 N NA
 10137806 10137807 XALc_0976 XALc_0977 psd   TRUE 0.967 -3.000 0.051 1.000   NA
 10137808 10137809 XALc_0978 XALc_0979     TRUE 0.803 11.000 0.081 1.000 N NA
 10137809 10137810 XALc_0979 XALc_0980     TRUE 0.498 -7.000 0.005 1.000 N NA
 10137810 10137811 XALc_0980 XALc_0981   asd TRUE 0.715 103.000 0.008 0.007 N NA
 10137811 10137812 XALc_0981 XALc_0982 asd   FALSE 0.063 176.000 0.008 NA N NA
 10137812 10137813 XALc_0982 XALc_0983   truA FALSE 0.044 218.000 0.008 NA N NA
 10137813 10137814 XALc_0983 XALc_0984 truA trpF TRUE 0.968 -3.000 0.139 1.000 N NA
 10137816 10137817 XALc_0986 XALc_0987 trpB trpA TRUE 0.978 143.000 0.344 0.001 Y NA
 10137817 10137818 XALc_0987 XALc_0988 trpA accD TRUE 0.669 126.000 0.232 1.000 N NA
 10137818 10137819 XALc_0988 XALc_0989 accD glmM FALSE 0.100 146.000 0.008 1.000 N NA
 10137819 10137820 XALc_0989 XALc_0990 glmM   FALSE 0.340 123.000 0.005 1.000   NA
 10137820 10137821 XALc_0990 XALc_0991     FALSE 0.341 157.000 0.023 NA   NA
 10137821 10137822 XALc_0991 XALc_0992     TRUE 0.982 -3.000 0.143 NA   NA
 10137822 10137823 XALc_0992 XALc_0993     TRUE 0.970 -3.000 0.070 NA   NA
 10137823 10137824 XALc_0993 XALc_0994     TRUE 0.993 2.000 0.619 NA   NA
 10137826 10137827 XALc_0996 XALc_0997 tpiA secG TRUE 0.711 63.000 0.184 1.000 N NA
 10137827 10137828 XALc_0997 XALc_Yt24 secG tRNA-tRNA_Leu FALSE 0.389 50.000 0.000 NA   NA
 10137828 10137829 XALc_Yt24 XALc_0999 tRNA-tRNA_Leu nuoA FALSE 0.340 111.000 0.000 NA   NA
 10137829 10137830 XALc_0999 XALc_1000 nuoA nuoB TRUE 0.998 -9.000 0.507 0.003 Y NA
 10137830 10137831 XALc_1000 XALc_1001 nuoB nuoC TRUE 0.985 100.000 0.328 0.003 Y NA
 10137831 10137832 XALc_1001 XALc_1002 nuoC nuoD TRUE 0.999 -3.000 0.483 0.007 Y NA
 10137832 10137833 XALc_1002 XALc_1003 nuoD nuoE TRUE 0.967 158.000 0.355 0.007 Y NA
 10137833 10137834 XALc_1003 XALc_1004 nuoE nuoF TRUE 0.997 6.000 0.343 0.007 Y NA
 10137834 10137835 XALc_1004 XALc_1005 nuoF nuoG TRUE 0.999 -3.000 0.395 0.007 Y NA
 10137835 10137836 XALc_1005 XALc_1006 nuoG nuoH TRUE 0.999 -3.000 0.515 0.007 Y NA
 10137836 10137837 XALc_1006 XALc_1007 nuoH nuoI TRUE 0.999 4.000 0.500 0.007 Y NA
 10137837 10137838 XALc_1007 XALc_1008 nuoI nuoJ TRUE 0.997 10.000 0.442 0.007 Y NA
 10137838 10137839 XALc_1008 XALc_1009 nuoJ nuoK TRUE 0.999 -3.000 0.484 0.003 Y NA
 10137839 10137840 XALc_1009 XALc_1010 nuoK nuoL TRUE 0.997 8.000 0.451 0.007 Y NA
 10137840 10137841 XALc_1010 XALc_1011 nuoL nuoM TRUE 0.985 21.000 0.175 0.002 Y NA
 10137841 10137842 XALc_1011 XALc_1012 nuoM nuoN TRUE 0.989 34.000 0.340 0.002 Y NA
 10137842 10137843 XALc_1012 XALc_Yt25 nuoN tRNA-tRNA_Met FALSE 0.130 212.000 0.000 NA   NA
 10137843 10137844 XALc_Yt25 XALc_1014 tRNA-tRNA_Met   FALSE 0.136 206.000 0.000 NA   NA
 10137844 10137845 XALc_1014 XALc_1015   nusA TRUE 0.997 -3.000 0.759 NA   NA
 10137845 10137846 XALc_1015 XALc_1016 nusA infB TRUE 0.834 96.000 0.342 1.000 N NA
 10137846 10137847 XALc_1016 XALc_1017 infB rbfA TRUE 0.958 123.000 0.530 1.000 Y NA
 10137847 10137848 XALc_1017 XALc_1018 rbfA truB TRUE 0.885 158.000 0.318 1.000 Y NA
 10137848 10137849 XALc_1018 XALc_1019 truB rpsO TRUE 0.778 194.000 0.211 1.000 Y NA
 10137849 10137850 XALc_1019 XALc_1020 rpsO pnp TRUE 0.888 166.000 0.335 1.000 Y NA
 10137851 10137852 XALc_1021 XALc_1022     FALSE 0.183 172.000 0.000 NA   NA
 10137854 10137855 XALc_1024 XALc_1025   hcaC FALSE 0.398 44.000 0.000 NA   NA
 10137855 10137856 XALc_1025 XALc_1026 hcaC   TRUE 0.987 -3.000 0.217 NA   NA
 10137856 10137857 XALc_1026 XALc_1027   sufS TRUE 0.593 119.000 0.066 1.000   NA
 10137857 10137858 XALc_1027 XALc_1028 sufS sufD TRUE 0.926 -3.000 0.041 1.000 N NA
 10137858 10137859 XALc_1028 XALc_1029 sufD sufC TRUE 0.998 -3.000 0.482 1.000 Y NA
 10137859 10137860 XALc_1029 XALc_1030 sufC   FALSE 0.390 47.000 0.000 NA   NA
 10137860 10137861 XALc_1030 XALc_1031   sufB TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137861 10137862 XALc_1031 XALc_1032 sufB   TRUE 0.697 17.000 0.078 1.000 N NA
 10137864 10137865 XALc_1034 XALc_1035     FALSE 0.079 284.000 0.000 NA   NA
 10137868 10137869 XALc_1038 XALc_1039     FALSE 0.398 145.000 0.029 NA   NA
 10137869 10137870 XALc_1039 XALc_1040   murD TRUE 0.787 -19.000 0.019 NA   NA
 10137873 10137874 XALc_1043 XALc_1044     TRUE 0.644 -37.000 0.000 NA   NA
 10137875 10137876 XALc_1045 XALc_1046 pntA-1 pntA-2 TRUE 0.995 17.000 0.829 0.002   NA
 10137876 10137877 XALc_1046 XALc_1047 pntA-2 pntB TRUE 0.994 5.000 0.321 0.002   NA
 10137877 10137878 XALc_1047 XALc_1048 pntB   TRUE 0.762 88.000 0.000 1.000 Y NA
 10137878 10137879 XALc_1048 XALc_1049     FALSE 0.226 156.000 0.000 1.000   NA
 10137880 10137881 XALc_1050 XALc_1051     TRUE 0.587 16.000 0.000 NA   NA
 10137881 10137882 XALc_1051 XALc_1052     FALSE 0.024 767.000 0.000 NA   NA
 10137882 10137883 XALc_1052 XALc_1053     FALSE 0.032 550.000 0.000 NA   NA
 10137885 10137886 XALc_1055 XALc_1056     FALSE 0.412 216.000 0.000 1.000 Y NA
 10137886 10137887 XALc_1056 XALc_1057     TRUE 0.991 81.000 0.500 0.005 Y NA
 10137887 10137888 XALc_1057 XALc_1058     TRUE 0.986 119.000 0.500 0.005 Y NA
 10137889 10137890 XALc_1059 XALc_1060     TRUE 0.595 40.000 0.028 1.000   NA
 10137890 10137891 XALc_1060 XALc_1061     TRUE 0.965 -3.000 0.042 1.000   NA
 10137891 10137892 XALc_1061 XALc_1062     TRUE 0.640 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10137892 10137893 XALc_1062 XALc_1063     TRUE 0.640 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10137893 10137894 XALc_1063 XALc_1064     FALSE 0.102 77.000 0.000 1.000 N NA
 10137894 10137895 XALc_1064 XALc_1065     FALSE 0.366 102.000 0.000 NA   NA
 10137896 10137897 XALc_1066 XALc_Yp01   XALc FALSE 0.268 137.000 0.000 1.000   NA
 10137898 10137899 XALc_1067 XALc_1068     FALSE 0.208 261.000 0.043 NA   NA
 10137899 10137900 XALc_1068 XALc_1069     FALSE 0.027 628.000 0.000 NA   NA
 10137900 10137901 XALc_1069 XALc_1070     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137901 10137902 XALc_1070 XALc_1071   thrS FALSE 0.030 586.000 0.000 1.000   NA
 10137902 10137903 XALc_1071 XALc_1072 thrS infC TRUE 0.879 127.000 0.186 1.000 Y NA
 10137903 10137904 XALc_1072 XALc_1073 infC rpmI TRUE 0.822 332.000 0.652 1.000 Y NA
 10137904 10137905 XALc_1073 XALc_Yp02 rpmI rplT TRUE 0.999 11.000 0.928 0.017 Y NA
 10137905 10137906 XALc_Yp02 XALc_1074 rplT pheS TRUE 0.752 207.000 0.202 1.000 Y NA
 10137906 10137907 XALc_1074 XALc_1075 pheS pheT TRUE 0.992 109.000 0.574 0.001 Y NA
 10137907 10137908 XALc_1075 XALc_1076 pheT ihfA TRUE 0.788 24.000 0.208 1.000 N NA
 10137908 10137909 XALc_1076 XALc_1077 ihfA   TRUE 0.967 -19.000 0.535 1.000 N NA
 10137909 10137910 XALc_1077 XALc_Yt26   tRNA-tRNA_Pro FALSE 0.398 76.000 0.000 NA   NA
 10137910 10137911 XALc_Yt26 XALc_1079 tRNA-tRNA_Pro   FALSE 0.032 549.000 0.000 NA   NA
 10137911 10137912 XALc_1079 XALc_1080     FALSE 0.150 193.000 0.000 NA   NA
 10137912 10137913 XALc_1080 XALc_1081     FALSE 0.030 569.000 0.000 NA   NA
 10137914 10137915 XALc_1082 XALc_1083 dxs   FALSE 0.088 152.000 0.007 1.000 N NA
 10137915 10137916 XALc_1083 XALc_1084     FALSE 0.064 128.000 0.000 1.000 N NA
 10137916 10137917 XALc_1084 XALc_1085     TRUE 0.574 249.000 0.333 1.000   NA
 10137918 10137919 XALc_Yt27 XALc_1087 tRNA-tRNA_Phe   FALSE 0.060 336.000 0.000 NA   NA
 10137920 10137921 XALc_1089 XALc_1090   xseA TRUE 0.801 -7.000 0.000 NA   NA
 10137922 10137923 XALc_1091 XALc_1092     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137923 10137924 XALc_1092 XALc_1093   amiC FALSE 0.124 220.000 0.000 NA   NA
 10137924 10137925 XALc_1093 XALc_1094 amiC mutL FALSE 0.167 140.000 0.016 1.000 N NA
 10137925 10137926 XALc_1094 XALc_1095 mutL   TRUE 0.894 0.000 0.007 NA   NA
 10137926 10137927 XALc_1095 XALc_1096     TRUE 0.977 -100.000 0.625 NA   NA
 10137928 10137929 XALc_1097 XALc_1098   phbB FALSE 0.267 199.000 0.031 NA   NA
 10137929 10137930 XALc_1098 XALc_1099 phbB gluQ TRUE 0.801 64.000 0.014 0.039   NA
 10137932 10137933 XALc_1101 XALc_1102     FALSE 0.040 553.000 0.007 1.000   NA
 10137933 10137934 XALc_1102 XALc_1103     TRUE 0.939 -3.000 0.011 1.000   NA
 10137935 10137936 XALc_1104 XALc_1105 cspA2   FALSE 0.176 193.000 0.046 NA N NA
 10137940 10137941 XALc_1109 XALc_1110     TRUE 0.869 7.000 0.100 1.000 N NA
 10137944 10137945 XALc_1113 XALc_1114     TRUE 0.957 -3.000 0.031 NA   NA
 10137947 10137948 XALc_1116 XALc_1117     FALSE 0.274 131.000 0.000 NA   NA
 10137951 10137952 XALc_1120 XALc_1121     TRUE 0.801 179.000 0.500 NA   NA
 10137952 10137953 XALc_1121 XALc_1122     TRUE 0.751 188.000 0.429 NA   NA
 10137953 10137954 XALc_1122 XALc_1123     FALSE 0.040 454.000 0.000 NA   NA
 10137954 10137955 XALc_1123 XALc_1124     FALSE 0.105 242.000 0.000 NA   NA
 10137956 10137957 XALc_1125 XALc_1126 fpr   FALSE 0.250 140.000 0.000 NA   NA
 10137957 10137958 XALc_1126 XALc_1127     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137960 10137961 XALc_1129 XALc_1130 pldA   TRUE 0.468 116.000 0.021 NA   NA
 10137963 10137964 XALc_1132 XALc_1133     TRUE 0.874 146.000 0.556 1.000   NA
 10137967 10137968 XALc_1136 XALc_1137     FALSE 0.417 35.000 0.000 NA   NA
 10137968 10137969 XALc_1137 XALc_1138   dnaB FALSE 0.393 67.000 0.000 NA   NA
 10137969 10137970 XALc_1138 XALc_1139 dnaB phrB TRUE 0.770 69.000 0.006 1.000 Y NA
 10137970 10137971 XALc_1139 XALc_1140 phrB   FALSE 0.403 87.000 0.000 NA   NA
 10137971 10137972 XALc_1140 XALc_1141     FALSE 0.385 96.000 0.000 NA   NA
 10137973 10137974 XALc_1142 XALc_1143     FALSE 0.006 532.000 0.000 1.000 N NA
 10137974 10137975 XALc_1143 XALc_1144     FALSE 0.063 129.000 0.000 1.000 N NA
 10137975 10137976 XALc_1144 XALc_1145     FALSE 0.408 -7.000 0.000 1.000 N NA
 10137976 10137977 XALc_1145 XALc_1146     FALSE 0.049 380.000 0.000 NA   NA
 10137977 10137978 XALc_1146 XALc_1147   parE FALSE 0.032 548.000 0.000 NA   NA
 10137979 10137980 XALc_1148 XALc_1149   pyrG FALSE 0.256 137.000 0.000 NA   NA
 10137980 10137981 XALc_1149 XALc_1150 pyrG kdsA FALSE 0.299 212.000 0.138 1.000 N NA
 10137981 10137982 XALc_1150 XALc_1151 kdsA eno FALSE 0.407 159.000 0.125 1.000 N NA
 10137982 10137983 XALc_1151 XALc_1152 eno ftsB TRUE 0.963 3.000 0.241 1.000 N NA
 10137983 10137984 XALc_1152 XALc_1153 ftsB ispD TRUE 0.962 0.000 0.185 1.000 N NA
 10137984 10137985 XALc_1153 XALc_1154 ispD ispF TRUE 0.965 82.000 0.419 1.000 Y NA
 10137985 10137986 XALc_1154 XALc_1155 ispF truD TRUE 0.984 -3.000 0.173 1.000   NA
 10137988 10137989 XALc_1157 XALc_1158 surE pcm TRUE 0.993 -3.000 0.353 1.000   NA
 10137989 10137990 XALc_1158 XALc_1159 pcm   TRUE 0.504 20.000 0.000 NA   NA
 10137990 10137991 XALc_1159 XALc_1160     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10137992 10137993 XALc_1161 XALc_1162     TRUE 0.630 19.000 0.014 NA   NA
 10137994 10137995 XALc_1163 XALc_1164 ftsJ ftsH TRUE 0.501 60.000 0.066 NA N NA
 10137995 10137996 XALc_1164 XALc_1165 ftsH folP FALSE 0.396 275.000 0.325 1.000 N NA
 10137996 10137997 XALc_1165 XALc_1166 folP miaA TRUE 0.739 0.000 0.009 1.000 N NA
 10137997 10137998 XALc_1166 XALc_1167 miaA hfq TRUE 0.904 121.000 0.531 1.000   NA
 10137998 10137999 XALc_1167 XALc_1168 hfq hflX TRUE 0.801 27.000 0.141 1.000   NA
 10137999 10138000 XALc_1168 XALc_1169 hflX   FALSE 0.178 181.000 0.002 NA   NA
 10138000 10138001 XALc_1169 XALc_1170   lexA FALSE 0.042 436.000 0.000 NA   NA
 10138001 10138002 XALc_1170 XALc_1171 lexA recA FALSE 0.308 193.000 0.005 0.057 N NA
 10138002 10138003 XALc_1171 XALc_1172 recA recX TRUE 0.835 114.000 0.296 1.000   NA
 10138003 10138004 XALc_1172 XALc_1173 recX alaS TRUE 0.669 106.000 0.085 1.000   NA
 10138004 10138005 XALc_1173 XALc_1174 alaS csrA FALSE 0.209 130.000 0.020 1.000 N NA
 10138005 10138006 XALc_1174 XALc_Yt28 csrA tRNA-tRNA_Ser FALSE 0.404 82.000 0.000 NA   NA
 10138006 10138007 XALc_Yt28 XALc_1176 tRNA-tRNA_Ser   FALSE 0.023 784.000 0.000 NA   NA
 10138008 10138009 XALc_Yt29 XALc_1178 tRNA-tRNA_Arg thiD FALSE 0.140 202.000 0.000 NA   NA
 10138009 10138010 XALc_1178 XALc_1179 thiD   TRUE 0.482 147.000 0.065 NA   NA
 10138010 10138011 XALc_1179 XALc_1180     TRUE 0.663 52.000 0.065 NA   NA
 10138011 10138012 XALc_1180 XALc_1181     TRUE 0.955 -3.000 0.027 NA   NA
 10138012 10138013 XALc_1181 XALc_1182     TRUE 0.475 83.000 0.050 1.000 N NA
 10138013 10138014 XALc_1182 XALc_1183   gcvR TRUE 0.592 62.000 0.102 1.000 N NA
 10138015 10138016 XALc_1184 XALc_1185 dapA   TRUE 0.704 18.000 0.028 NA   NA
 10138017 10138018 XALc_1186 XALc_1187   dgoK TRUE 0.890 93.000 0.500 1.000 N NA
 10138018 10138019 XALc_1187 XALc_1188 dgoK   TRUE 0.989 -3.000 0.053 NA Y NA
 10138019 10138020 XALc_1188 XALc_1189   dgoD TRUE 0.835 5.000 0.053 NA N NA
 10138020 10138021 XALc_1189 XALc_1190 dgoD dgoA TRUE 0.991 -3.000 0.192 0.056 N NA
 10138022 10138023 XALc_1191 XALc_1192     FALSE 0.268 344.000 0.286 1.000 N NA
 10138023 10138024 XALc_1192 XALc_1193     FALSE 0.160 192.000 0.000 1.000   NA
 10138024 10138025 XALc_1193 XALc_1194     FALSE 0.392 99.000 0.000 1.000   NA
 10138025 10138026 XALc_1194 XALc_1195   xylB FALSE 0.312 271.000 0.000 1.000 Y NA
 10138026 10138027 XALc_1195 XALc_1196 xylB xylA1 TRUE 0.890 37.000 0.091 1.000 Y NA
 10138027 10138028 XALc_1196 XALc_1197 xylA1 glcP TRUE 0.506 94.000 0.013 1.000   NA
 10138030 10138031 XALc_1199 XALc_1200 amiC   TRUE 0.573 52.000 0.026 1.000   NA
 10138033 10138034 XALc_1203 XALc_1204 pcnB folK TRUE 0.761 93.000 0.234 1.000 N NA
 10138034 10138035 XALc_1204 XALc_1205 folK panB TRUE 0.904 32.000 0.117 1.000 Y NA
 10138035 10138036 XALc_1205 XALc_1206 panB panC TRUE 0.999 -3.000 0.395 0.001 Y NA
 10138036 10138037 XALc_1206 XALc_1207 panC panD TRUE 0.954 96.000 0.342 1.000 Y NA
 10138037 10138038 XALc_1207 XALc_1208 panD pgi TRUE 0.821 -3.000 0.011 1.000 N NA
 10138038 10138039 XALc_1208 XALc_1209 pgi   FALSE 0.176 434.000 0.000 1.000 Y NA
 10138039 10138040 XALc_1209 XALc_1210     FALSE 0.379 191.000 0.071 1.000   NA
 10138041 10138042 XALc_1211 XALc_1212     TRUE 0.730 103.000 0.000 1.000 Y NA
 10138042 10138043 XALc_1212 XALc_1213     TRUE 0.995 -3.000 0.197 1.000 Y NA
 10138045 10138046 XALc_1215 XALc_1216     FALSE 0.338 112.000 0.000 NA   NA
 10138046 10138047 XALc_1216 XALc_1217   murB TRUE 0.856 -6.000 0.008 NA   NA
 10138047 10138048 XALc_1217 XALc_1218 murB   TRUE 0.810 -3.000 0.009 1.000 N NA
 10138048 10138049 XALc_1218 XALc_1219     TRUE 0.715 12.000 0.006 1.000   NA
 10138049 10138050 XALc_1219 XALc_1220     TRUE 0.981 -3.000 0.138 NA   NA
 10138050 10138051 XALc_1220 XALc_1221     TRUE 0.588 72.000 0.032 NA   NA
 10138052 10138053 XALc_1222 XALc_1223     FALSE 0.048 388.000 0.000 NA   NA
 10138053 10138054 XALc_1223 XALc_1224     FALSE 0.404 48.000 0.000 1.000   NA
 10138054 10138055 XALc_1224 XALc_1225     TRUE 0.978 -3.000 0.000 0.057   NA
 10138055 10138056 XALc_1225 XALc_1226     FALSE 0.390 52.000 0.000 NA   NA
 10138056 10138057 XALc_1226 XALc_1227     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138057 10138058 XALc_1227 XALc_1228     FALSE 0.394 73.000 0.000 NA   NA
 10138058 10138059 XALc_1228 XALc_1229     TRUE 0.997 -3.000 0.667 NA   NA
 10138059 10138060 XALc_1229 XALc_1230     TRUE 0.784 -25.000 0.022 NA   NA
 10138060 10138061 XALc_1230 XALc_1231     TRUE 0.919 1.000 0.022 NA   NA
 10138061 10138062 XALc_1231 XALc_1232     TRUE 0.988 -3.000 0.034 NA Y NA
 10138065 10138066 XALc_1235 XALc_1236     TRUE 0.987 -3.000 0.211 NA   NA
 10138068 10138069 XALc_1238 XALc_1239     TRUE 0.462 24.000 0.000 NA   NA
 10138070 10138071 XALc_1240 XALc_1241 thrA thrB TRUE 0.983 -3.000 0.009 1.000 Y NA
 10138071 10138072 XALc_1241 XALc_1242 thrB   FALSE 0.071 304.000 0.000 NA   NA
 10138073 10138074 XALc_1243 XALc_1244     TRUE 0.462 24.000 0.000 NA   NA
 10138075 10138076 XALc_1245 XALc_1246   thrC FALSE 0.028 592.000 0.000 NA   NA
 10138076 10138077 XALc_1246 XALc_1247 thrC   FALSE 0.411 38.000 0.000 NA   NA
 10138077 10138078 XALc_1247 XALc_1248     FALSE 0.122 224.000 0.000 NA   NA
 10138082 10138083 XALc_1252 XALc_1253   hisG TRUE 0.531 37.000 0.013 1.000   NA
 10138083 10138084 XALc_1253 XALc_1254 hisG hisD TRUE 0.998 -3.000 0.171 0.003 Y NA
 10138084 10138085 XALc_1254 XALc_1255 hisD hisC TRUE 0.999 -3.000 0.294 0.003 Y NA
 10138085 10138086 XALc_1255 XALc_1256 hisC hisB TRUE 0.999 -3.000 0.341 0.003 Y NA
 10138086 10138087 XALc_1256 XALc_1257 hisB hisH TRUE 0.970 47.000 0.128 0.003 Y NA
 10138087 10138088 XALc_1257 XALc_1258 hisH hisA TRUE 0.999 -3.000 0.210 0.003 Y NA
 10138088 10138089 XALc_1258 XALc_1259 hisA hisF TRUE 0.999 -6.000 0.433 0.003 Y NA
 10138089 10138090 XALc_1259 XALc_1260 hisF hisI TRUE 0.998 -10.000 0.430 0.003 Y NA
 10138091 10138092 XALc_1261 XALc_1262     TRUE 0.757 88.000 0.220 1.000 N NA
 10138093 10138094 XALc_1263 XALc_1264     FALSE 0.221 148.000 0.033 NA N NA
 10138094 10138095 XALc_1264 XALc_1265     TRUE 0.998 4.000 0.233 0.001 Y NA
 10138095 10138096 XALc_1265 XALc_1266     TRUE 0.999 -7.000 0.630 0.001 Y NA
 10138096 10138097 XALc_1266 XALc_1267   sspA TRUE 0.660 171.000 0.370 NA N NA
 10138097 10138098 XALc_1267 XALc_1268 sspA sspB TRUE 0.962 74.000 0.831 NA   NA
 10138099 10138100 XALc_1269 XALc_1270   nadC FALSE 0.278 130.000 0.000 NA   NA
 10138100 10138101 XALc_1270 XALc_1271 nadC   TRUE 0.925 -3.000 0.006 NA   NA
 10138102 10138103 XALc_1272 XALc_1273 purE purK TRUE 0.998 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 10138105 10138106 XALc_1275 XALc_1276     TRUE 0.920 0.000 0.016 1.000   NA
 10138106 10138107 XALc_1276 XALc_1277     TRUE 0.939 -3.000 0.013 NA   NA
 10138107 10138108 XALc_1277 XALc_1278     FALSE 0.047 400.000 0.000 NA   NA
 10138108 10138109 XALc_1278 XALc_1279     FALSE 0.313 149.000 0.014 NA   NA
 10138111 10138112 XALc_1281 XALc_1282   pilV TRUE 0.919 26.000 0.139 NA Y NA
 10138112 10138113 XALc_1282 XALc_1283 pilV pilW TRUE 0.999 -3.000 0.667 NA Y NA
 10138113 10138114 XALc_1283 XALc_1284 pilW pilX TRUE 0.998 -3.000 0.615 NA Y NA
 10138114 10138115 XALc_1284 XALc_1285 pilX pilY TRUE 0.956 59.000 0.346 NA Y NA
 10138115 10138116 XALc_1285 XALc_1286 pilY pilE TRUE 0.996 0.000 0.346 NA Y NA
 10138116 10138117 XALc_1286 XALc_Yt32 pilE tRNA-tRNA_Asn FALSE 0.395 74.000 0.000 NA   NA
 10138118 10138119 XALc_Yt33 XALc_1289 tRNA-tRNA_Pro metX FALSE 0.057 346.000 0.000 NA   NA
 10138119 10138120 XALc_1289 XALc_1290 metX   FALSE 0.129 232.000 0.039 1.000 N NA
 10138120 10138121 XALc_1290 XALc_1291   ccmH2 TRUE 0.998 5.000 1.000 NA Y NA
 10138121 10138122 XALc_1291 XALc_1292 ccmH2 ccmG2 TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 10138122 10138123 XALc_1292 XALc_1293 ccmG2 ccmF2 TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.004 Y NA
 10138123 10138124 XALc_1293 XALc_1294 ccmF2   TRUE 0.628 190.000 0.016 0.004   NA
 10138124 10138125 XALc_1294 XALc_1295   ccmD2 TRUE 0.944 -3.000 0.016 NA   NA
 10138125 10138126 XALc_1295 XALc_1296 ccmD2 ccmC2 TRUE 0.944 -3.000 0.015 NA   NA
 10138126 10138127 XALc_1296 XALc_1297 ccmC2 ccmB TRUE 0.947 116.000 0.051 0.002 Y NA
 10138127 10138128 XALc_1297 XALc_1298 ccmB ccmA TRUE 0.997 -3.000 0.074 0.004 Y NA
 10138129 10138130 XALc_1299 XALc_1300     TRUE 0.701 102.000 0.099 1.000   NA
 10138130 10138131 XALc_1300 XALc_1301     TRUE 0.551 91.000 0.022 NA   NA
 10138135 10138136 XALc_1305 XALc_1306   cdh FALSE 0.051 145.000 0.000 1.000 N NA
 10138136 10138137 XALc_1306 XALc_1307 cdh   FALSE 0.127 217.000 0.000 NA   NA
 10138137 10138138 XALc_1307 XALc_1308     TRUE 0.752 7.000 0.000 NA   NA
 10138139 10138140 XALc_1309 XALc_1310 rluB   TRUE 0.945 -7.000 0.210 NA N NA
 10138140 10138141 XALc_1310 XALc_1311     TRUE 0.750 24.000 0.083 NA   NA
 10138142 10138143 XALc_1312 XALc_1313     TRUE 0.977 -3.000 0.103 NA   NA
 10138143 10138144 XALc_1313 XALc_1314     FALSE 0.066 320.000 0.000 NA   NA
 10138144 10138145 XALc_1314 XALc_1315     TRUE 0.983 -3.000 0.156 NA   NA
 10138145 10138146 XALc_1315 XALc_1316     TRUE 0.999 -3.000 0.660 0.032 Y NA
 10138146 10138147 XALc_1316 XALc_1317     TRUE 0.998 -3.000 0.160 0.032 Y NA
 10138147 10138148 XALc_1317 XALc_1318     TRUE 0.802 181.000 0.500 1.000   NA
 10138149 10138150 XALc_1319 XALc_1320     TRUE 0.940 -3.000 0.012 1.000   NA
 10138150 10138151 XALc_1320 XALc_1321     TRUE 0.974 4.000 0.231 1.000   NA
 10138151 10138152 XALc_1321 XALc_1322     TRUE 0.774 96.000 0.148 1.000   NA
 10138152 10138153 XALc_1322 XALc_1323     FALSE 0.353 118.000 0.041 1.000 N NA
 10138153 10138154 XALc_1323 XALc_1324     TRUE 0.996 85.000 0.833 0.003 Y NA
 10138157 10138158 XALc_1327 XALc_1328     TRUE 0.667 116.000 0.111 NA   NA
 10138158 10138159 XALc_1328 XALc_1329     TRUE 0.990 -3.000 0.294 NA   NA
 10138160 10138161 XALc_1330 XALc_1331     TRUE 0.553 71.000 0.085 1.000 N NA
 10138161 10138162 XALc_1331 XALc_1332   mvaB TRUE 0.841 82.000 0.125 0.055 N NA
 10138162 10138163 XALc_1332 XALc_1333 mvaB   TRUE 0.560 166.000 0.054 0.055 N NA
 10138164 10138165 XALc_1334 XALc_1335 feoA feoB TRUE 0.989 3.000 0.178 1.000 Y NA
 10138165 10138166 XALc_1335 XALc_1336 feoB   TRUE 0.907 2.000 0.019 NA   NA
 10138166 10138167 XALc_1336 XALc_1337   dapB FALSE 0.199 164.000 0.000 NA   NA
 10138167 10138168 XALc_1337 XALc_1338 dapB carA TRUE 0.539 166.000 0.000 1.000 Y NA
 10138168 10138169 XALc_1338 XALc_1339 carA carB TRUE 0.987 104.000 0.345 0.001 Y NA
 10138169 10138170 XALc_1339 XALc_1340 carB greA TRUE 0.981 -3.000 0.241 1.000 N NA
 10138170 10138171 XALc_1340 XALc_1341 greA rpfE TRUE 0.706 -55.000 0.011 NA   NA
 10138171 10138172 XALc_1341 XALc_1342 rpfE recJ TRUE 0.934 -3.000 0.010 NA   NA
 10138172 10138173 XALc_1342 XALc_1343 recJ prfB FALSE 0.179 165.000 0.028 1.000 N NA
 10138173 10138174 XALc_1343 XALc_1344 prfB lysS TRUE 0.962 97.000 0.162 0.038 Y NA
 10138174 10138175 XALc_1344 XALc_1345 lysS rpfG FALSE 0.040 208.000 0.005 1.000 N NA
 10138175 10138176 XALc_1345 XALc_1346 rpfG rpfC TRUE 0.998 5.000 0.450 0.023 Y NA
 10138177 10138178 XALc_1347 XALc_1348 rpfF rpfB TRUE 0.913 136.000 0.108 0.055 Y NA
 10138178 10138179 XALc_1348 XALc_1349 rpfB acnA FALSE 0.162 292.000 0.000 0.055 N NA
 10138180 10138181 XALc_1350 XALc_1351     TRUE 0.984 -3.000 0.177 NA   NA
 10138181 10138182 XALc_1351 XALc_1352   acnB TRUE 0.551 51.000 0.023 NA   NA
 10138183 10138184 XALc_1353 XALc_1354   cheB TRUE 0.989 5.000 0.045 0.028 Y NA
 10138184 10138185 XALc_1354 XALc_1355 cheB cheD TRUE 0.996 -3.000 0.267 1.000 Y NA
 10138185 10138186 XALc_1355 XALc_1356 cheD cheR TRUE 0.990 -3.000 0.056 1.000 Y NA
 10138186 10138187 XALc_1356 XALc_1357 cheR   FALSE 0.204 369.000 0.000 1.000 Y NA
 10138187 10138188 XALc_1357 XALc_1358     TRUE 0.822 99.000 0.222 NA   NA
 10138188 10138189 XALc_1358 XALc_1359   cheW TRUE 0.697 186.000 0.333 NA   NA
 10138189 10138190 XALc_1359 XALc_1360 cheW   TRUE 0.676 109.000 0.200 NA N NA
 10138190 10138191 XALc_1360 XALc_1361     FALSE 0.005 477.000 0.000 NA N NA
 10138191 10138192 XALc_1361 XALc_1362     FALSE 0.342 575.000 0.000 0.010 Y NA
 10138192 10138193 XALc_1362 XALc_1363     FALSE 0.050 378.000 0.000 NA   NA
 10138193 10138194 XALc_1363 XALc_1364     FALSE 0.069 310.000 0.000 NA   NA
 10138194 10138195 XALc_1364 XALc_1365     FALSE 0.410 462.000 0.000 0.010 Y NA
 10138199 10138200 XALc_1369 XALc_1370 cheA1 cheY1 TRUE 0.913 31.000 0.135 1.000 Y NA
 10138200 10138201 XALc_1370 XALc_1371 cheY1   TRUE 0.995 -3.000 0.514 NA   NA
 10138201 10138202 XALc_1371 XALc_1372     TRUE 0.770 110.000 0.190 NA   NA
 10138202 10138203 XALc_1372 XALc_1373     TRUE 0.903 -3.000 0.028 1.000 N NA
 10138203 10138204 XALc_1373 XALc_1374   motB1 TRUE 0.965 0.000 0.199 1.000 N NA
 10138204 10138205 XALc_1374 XALc_1375 motB1 motA1 TRUE 0.984 8.000 0.248 1.000 Y NA
 10138205 10138206 XALc_1375 XALc_1376 motA1 cheA2 FALSE 0.167 223.000 0.009 1.000   NA
 10138206 10138207 XALc_1376 XALc_1377 cheA2 cheZ TRUE 0.980 5.000 0.341 1.000   NA
 10138207 10138208 XALc_1377 XALc_1378 cheZ cheY2 TRUE 0.997 0.000 0.516 1.000 Y NA
 10138208 10138209 XALc_1378 XALc_1379 cheY2 fliA TRUE 0.943 19.000 0.283 0.054 N NA
 10138209 10138210 XALc_1379 XALc_1380 fliA fleN TRUE 0.992 -3.000 0.482 1.000 N NA
 10138210 10138211 XALc_1380 XALc_1381 fleN flhF TRUE 0.971 -13.000 0.241 0.095 N NA
 10138211 10138212 XALc_1381 XALc_1382 flhF flhA TRUE 0.559 169.000 0.008 1.000 Y NA
 10138212 10138213 XALc_1382 XALc_1383 flhA flhB TRUE 0.996 -3.000 0.029 0.013 Y NA
 10138213 10138214 XALc_1383 XALc_1384 flhB fliR TRUE 0.682 140.000 0.018 1.000 Y NA
 10138214 10138215 XALc_1384 XALc_1385 fliR fliQ TRUE 0.972 14.000 0.215 1.000 Y NA
 10138215 10138216 XALc_1385 XALc_1386 fliQ fliP TRUE 0.995 5.000 0.177 0.013 Y NA
 10138216 10138217 XALc_1386 XALc_1387 fliP fliO TRUE 0.975 3.000 0.029 1.000 Y NA
 10138217 10138218 XALc_1387 XALc_1388 fliO fliN TRUE 0.992 -3.000 0.090 1.000 Y NA
 10138218 10138219 XALc_1388 XALc_1389 fliN fliM TRUE 0.997 -3.000 0.026 0.001 Y NA
 10138219 10138220 XALc_1389 XALc_1390 fliM fliL TRUE 0.980 16.000 0.029 0.001 Y NA
 10138220 10138221 XALc_1390 XALc_1391 fliL   TRUE 0.570 190.000 0.025 1.000 Y NA
 10138221 10138222 XALc_1391 XALc_1392   fliJ TRUE 0.997 -3.000 0.317 0.007   NA
 10138222 10138223 XALc_1392 XALc_1393 fliJ fliI TRUE 0.925 4.000 0.044 1.000   NA
 10138223 10138224 XALc_1393 XALc_1394 fliI fliH TRUE 0.991 -3.000 0.085 NA Y NA
 10138224 10138225 XALc_1394 XALc_1395 fliH fliG TRUE 0.997 -3.000 0.320 NA Y NA
 10138225 10138226 XALc_1395 XALc_1396 fliG fliF TRUE 0.992 11.000 0.189 0.007 Y NA
 10138226 10138227 XALc_1396 XALc_1397 fliF fliE TRUE 0.999 12.000 0.910 0.007 Y NA
 10138227 10138228 XALc_1397 XALc_1398 fliE   FALSE 0.105 242.000 0.000 NA   NA
 10138229 10138230 XALc_1399 XALc_1400     FALSE 0.347 108.000 0.000 NA   NA
 10138231 10138232 XALc_1401 XALc_1402     TRUE 0.917 -3.000 0.000 1.000   NA
 10138232 10138233 XALc_1402 XALc_1403     FALSE 0.420 25.000 0.027 1.000 N NA
 10138233 10138234 XALc_1403 XALc_1404     TRUE 0.937 -3.000 0.054 1.000 N NA
 10138234 10138235 XALc_1404 XALc_1405     TRUE 0.994 15.000 0.400 0.027 Y NA
 10138235 10138236 XALc_1405 XALc_1406   fabH TRUE 0.993 3.000 0.308 1.000 Y NA
 10138236 10138237 XALc_1406 XALc_1407 fabH   TRUE 0.972 4.000 0.219 NA   NA
 10138237 10138238 XALc_1407 XALc_1408     TRUE 0.963 -3.000 0.041 NA   NA
 10138238 10138239 XALc_1408 XALc_1409   fleQ FALSE 0.042 290.000 0.014 1.000 N NA
 10138239 10138240 XALc_1409 XALc_1410 fleQ   TRUE 0.996 -3.000 0.050 0.054 Y NA
 10138240 10138241 XALc_1410 XALc_1411   rpoN1 TRUE 0.886 15.000 0.050 0.054 N NA
 10138241 10138242 XALc_1411 XALc_1412 rpoN1   TRUE 0.638 271.000 0.000 0.005 Y NA
 10138242 10138243 XALc_1412 XALc_1413     TRUE 0.840 92.000 0.238 NA   NA
 10138243 10138244 XALc_1413 XALc_1414     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138244 10138245 XALc_1414 XALc_1415   fliS TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138245 10138246 XALc_1415 XALc_1416 fliS fliD TRUE 0.980 158.000 0.500 0.002 Y NA
 10138246 10138247 XALc_1416 XALc_1417 fliD fliC FALSE 0.443 200.000 0.000 1.000 Y NA
 10138247 10138248 XALc_1417 XALc_1418 fliC flgL FALSE 0.371 736.000 0.000 0.001 Y NA
 10138248 10138249 XALc_1418 XALc_1419 flgL flgK TRUE 0.998 -3.000 0.108 0.001 Y NA
 10138249 10138250 XALc_1419 XALc_1420 flgK flgJ TRUE 0.985 12.000 0.034 0.002 Y NA
 10138250 10138251 XALc_1420 XALc_1421 flgJ flgI TRUE 0.995 2.000 0.064 0.008 Y NA
 10138251 10138252 XALc_1421 XALc_1422 flgI flgH TRUE 0.990 9.000 0.106 0.008 Y NA
 10138252 10138253 XALc_1422 XALc_1423 flgH flgG TRUE 0.974 24.000 0.120 0.007 Y NA
 10138253 10138254 XALc_1423 XALc_1424 flgG flgF TRUE 0.978 95.000 0.174 0.001 Y NA
 10138254 10138255 XALc_1424 XALc_1425 flgF flgE TRUE 0.978 176.000 0.594 0.004 Y NA
 10138255 10138256 XALc_1425 XALc_1426 flgE flgD TRUE 0.988 26.000 0.875 1.000 Y NA
 10138256 10138257 XALc_1426 XALc_1427 flgD   TRUE 0.763 42.000 0.000 1.000 Y NA
 10138257 10138258 XALc_1427 XALc_1428   flgB TRUE 0.989 4.000 0.000 0.004 Y NA
 10138258 10138259 XALc_1428 XALc_1429 flgB   TRUE 0.881 146.000 0.267 1.000 Y NA
 10138260 10138261 XALc_1430 XALc_1431 flgA flgM TRUE 0.899 67.000 0.371 NA   NA
 10138261 10138262 XALc_1431 XALc_1432 flgM   TRUE 0.993 -3.000 0.052 0.002   NA
 10138262 10138263 XALc_1432 XALc_1433     TRUE 0.902 89.000 0.364 1.000   NA
 10138264 10138265 XALc_1434 XALc_1435     TRUE 0.995 5.000 0.200 0.028 Y NA
 10138266 10138267 XALc_1436 XALc_1437     FALSE 0.005 580.000 0.000 1.000 N NA
 10138267 10138268 XALc_1437 XALc_1438     TRUE 0.989 17.000 0.667 1.000 Y NA
 10138269 10138270 XALc_1439 XALc_1440     FALSE 0.299 124.000 0.000 NA   NA
 10138270 10138271 XALc_1440 XALc_1441     FALSE 0.440 139.000 0.036 NA   NA
 10138271 10138272 XALc_1441 XALc_1442   trmU TRUE 0.984 -3.000 0.180 NA   NA
 10138272 10138273 XALc_1442 XALc_1443 trmU   TRUE 0.972 -3.000 0.158 1.000 N NA
 10138274 10138275 XALc_1444 XALc_1445 clpS clpA TRUE 0.906 128.000 0.596 NA   NA
 10138276 10138277 XALc_1446 XALc_1447 infA aat FALSE 0.312 94.000 0.020 1.000 N NA
 10138277 10138278 XALc_1447 XALc_1448 aat   TRUE 0.632 19.000 0.015 NA   NA
 10138278 10138279 XALc_1448 XALc_1449   trxB FALSE 0.428 106.000 0.010 NA   NA
 10138280 10138281 XALc_1450 XALc_1451 ftsK   TRUE 0.598 78.000 0.033 NA   NA
 10138281 10138282 XALc_1451 XALc_1452   lolA TRUE 0.479 59.000 0.011 NA   NA
 10138284 10138285 XALc_1454 XALc_1455     FALSE 0.020 242.000 0.000 1.000 N NA
 10138286 10138287 XALc_1456 XALc_1457   ccmH1 TRUE 0.980 -3.000 0.000 NA Y NA
 10138287 10138288 XALc_1457 XALc_1458 ccmH1 ccmG1 TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 10138288 10138289 XALc_1458 XALc_1459 ccmG1 ccmF1 TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.004 Y NA
 10138289 10138290 XALc_1459 XALc_1460 ccmF1 ccmE TRUE 0.932 50.000 0.008 0.004 Y NA
 10138290 10138291 XALc_1460 XALc_1461 ccmE ccmD1 TRUE 0.949 -16.000 0.344 1.000 N NA
 10138291 10138292 XALc_1461 XALc_1462 ccmD1 ccmC1 TRUE 0.993 -3.000 0.501 1.000 N NA
 10138292 10138293 XALc_1462 XALc_1463 ccmC1   TRUE 0.750 11.000 0.008 1.000   NA
 10138293 10138294 XALc_1463 XALc_1464     TRUE 0.931 138.000 0.833 NA   NA
 10138294 10138295 XALc_1464 XALc_1465   rpoE3 TRUE 0.998 -3.000 0.833 NA   NA
 10138295 10138296 XALc_1465 XALc_1466 rpoE3   TRUE 0.950 64.000 0.667 NA   NA
 10138296 10138297 XALc_1466 XALc_1467     TRUE 0.660 181.000 0.286 NA   NA
 10138297 10138298 XALc_1467 XALc_1468     TRUE 0.982 30.000 0.571 0.008   NA
 10138298 10138299 XALc_1468 XALc_1469     TRUE 0.970 66.000 0.500 0.041   NA
 10138300 10138301 XALc_1470 XALc_1471     TRUE 0.810 192.000 0.286 0.055   NA
 10138303 10138304 XALc_1473 XALc_1474     TRUE 0.979 -3.000 0.000 0.055   NA
 10138305 10138306 XALc_1475 XALc_1476     FALSE 0.395 45.000 0.000 NA   NA
 10138307 10138308 XALc_1477 XALc_1478 xipD xapA FALSE 0.074 296.000 0.000 NA   NA
 10138308 10138309 XALc_1478 XALc_1479 xapA xapB TRUE 0.650 -31.000 0.000 NA   NA
 10138312 10138313 XALc_1482 XALc_1483 xapC   FALSE 0.323 116.000 0.000 NA   NA
 10138313 10138314 XALc_1483 XALc_1484   orgB TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138314 10138315 XALc_1484 XALc_1485 orgB orgA TRUE 0.698 -16.000 0.000 NA   NA
 10138315 10138316 XALc_1485 XALc_1486 orgA xsaJ TRUE 0.989 -3.000 0.238 1.000   NA
 10138316 10138317 XALc_1486 XALc_1487 xsaJ xsaK TRUE 0.986 7.000 0.571 1.000   NA
 10138317 10138318 XALc_1487 XALc_1488 xsaK xsaL TRUE 0.936 88.000 0.154 0.004   NA
 10138318 10138319 XALc_1488 XALc_1489 xsaL xsaM TRUE 0.850 2.000 0.000 NA   NA
 10138320 10138321 XALc_1490 XALc_1491 xsaN xsaO TRUE 0.640 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10138321 10138322 XALc_1491 XALc_1492 xsaO xsaP TRUE 0.991 -13.000 0.360 0.013   NA
 10138322 10138323 XALc_1492 XALc_1493 xsaP xsaQ TRUE 0.857 196.000 0.320 0.013   NA
 10138323 10138324 XALc_1493 XALc_1494 xsaQ xsaR TRUE 0.939 12.000 0.222 NA   NA
 10138324 10138325 XALc_1494 XALc_1495 xsaR xsaS TRUE 0.979 3.000 0.278 NA   NA
 10138325 10138326 XALc_1495 XALc_1496 xsaS xapF TRUE 0.726 -13.000 0.000 NA   NA
 10138326 10138327 XALc_1496 XALc_1497 xapF xapG TRUE 0.763 -10.000 0.000 NA   NA
 10138327 10138328 XALc_1497 XALc_1498 xapG xsaV TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138328 10138329 XALc_1498 XALc_1499 xsaV xsaW TRUE 0.999 -3.000 0.625 NA Y NA
 10138329 10138330 XALc_1499 XALc_1500 xsaW xsaX TRUE 0.999 3.000 0.833 0.013 Y NA
 10138330 10138331 XALc_1500 XALc_1501 xsaX xsaY TRUE 0.999 0.000 1.000 0.051 Y NA
 10138331 10138332 XALc_1501 XALc_1502 xsaY xsaZ TRUE 0.999 -3.000 0.682 1.000 Y NA
 10138332 10138333 XALc_1502 XALc_1503 xsaZ xicA FALSE 0.179 181.000 0.000 1.000   NA
 10138333 10138334 XALc_1503 XALc_1504 xicA xipB FALSE 0.094 268.000 0.000 1.000   NA
 10138334 10138335 XALc_1504 XALc_1505 xipB xipC TRUE 0.469 234.000 0.000 0.004   NA
 10138335 10138336 XALc_1505 XALc_1506 xipC xapH FALSE 0.350 107.000 0.000 NA   NA
 10138336 10138337 XALc_1506 XALc_1507 xapH xapI FALSE 0.104 244.000 0.000 NA   NA
 10138337 10138338 XALc_1507 XALc_1508 xapI xapJ TRUE 0.993 -3.000 0.360 NA   NA
 10138338 10138339 XALc_1508 XALc_1509 xapJ xapK FALSE 0.099 250.000 0.000 NA   NA
 10138339 10138340 XALc_1509 XALc_1510 xapK xapL FALSE 0.418 34.000 0.000 NA   NA
 10138340 10138341 XALc_1510 XALc_1511 xapL xapM FALSE 0.057 347.000 0.000 NA   NA
 10138342 10138343 XALc_1513 XALc_1514 albXVI albXV FALSE 0.140 209.000 0.000 1.000   NA
 10138343 10138344 XALc_1514 XALc_1515 albXV albXIV FALSE 0.418 42.000 0.000 1.000   NA
 10138344 10138345 XALc_1515 XALc_1516 albXIV albXIII TRUE 0.658 13.000 0.000 1.000   NA
 10138345 10138346 XALc_1516 XALc_1517 albXIII albXII FALSE 0.429 37.000 0.000 1.000   NA
 10138346 10138347 XALc_1517 XALc_1518 albXII albXI TRUE 0.770 6.000 0.000 NA   NA
 10138348 10138349 XALc_1519 XALc_1520 albXVII albXVIII FALSE 0.071 317.000 0.000 1.000   NA
 10138349 10138350 XALc_1520 XALc_1521 albXVIII albXIX TRUE 0.680 -19.000 0.000 NA   NA
 10138350 10138351 XALc_1521 XALc_1522 albXIX albXX TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138352 10138353 XALc_1523 XALc_1524 albIX albVIII TRUE 0.510 21.000 0.000 1.000   NA
 10138353 10138354 XALc_1524 XALc_1525 albVIII albVII TRUE 0.746 8.000 0.000 1.000   NA
 10138354 10138355 XALc_1525 XALc_1526 albVII albVI TRUE 0.598 143.000 0.000 NA Y NA
 10138355 10138356 XALc_1526 XALc_1528 albVI albV FALSE 0.021 196.000 0.000 NA N NA
 10138357 10138358 XALc_1529 XALc_1530 albI albII FALSE 0.099 46.000 0.000 1.000 N NA
 10138358 10138359 XALc_1530 XALc_1531 albII albIII TRUE 0.465 0.000 0.000 NA N NA
 10138359 10138360 XALc_1531 XALc_1532 albIII albIV TRUE 0.980 -3.000 0.000 NA Y NA
 10138360 10138361 XALc_1532 XALc_1533 albIV   FALSE 0.394 66.000 0.000 NA   NA
 10138361 10138362 XALc_1533 XALc_1534     FALSE 0.397 90.000 0.000 NA   NA
 10138362 10138363 XALc_1534 XALc_1535     FALSE 0.366 102.000 0.000 NA   NA
 10138364 10138365 XALc_1536 XALc_1537     TRUE 0.994 -3.000 0.400 NA   NA
 10138365 10138366 XALc_1537 XALc_1538     TRUE 0.997 0.000 1.000 NA   NA
 10138366 10138367 XALc_1538 XALc_1539     TRUE 0.997 0.000 1.000 NA   NA
 10138367 10138368 XALc_1539 XALc_1540     FALSE 0.043 432.000 0.000 NA   NA
 10138368 10138369 XALc_1540 XALc_1541     FALSE 0.146 196.000 0.000 NA   NA
 10138369 10138370 XALc_1541 XALc_1542     TRUE 0.977 11.000 0.500 NA   NA
 10138370 10138371 XALc_1542 XALc_1543     TRUE 0.961 17.000 0.500 NA   NA
 10138371 10138372 XALc_1543 XALc_1544     TRUE 0.990 -12.000 0.750 1.000   NA
 10138372 10138373 XALc_1544 XALc_1545     FALSE 0.032 556.000 0.000 NA   NA
 10138373 10138374 XALc_1545 XALc_1546     FALSE 0.432 28.000 0.000 NA   NA
 10138376 10138377 XALc_1548 XALc_1549     FALSE 0.033 543.000 0.000 NA   NA
 10138377 10138378 XALc_1549 XALc_1550     FALSE 0.094 260.000 0.000 NA   NA
 10138378 10138379 XALc_1550 XALc_1551     TRUE 1.000 -3.000 0.667 0.004 Y NA
 10138379 10138380 XALc_1551 XALc_1552     FALSE 0.067 315.000 0.000 NA   NA
 10138380 10138381 XALc_1552 XALc_1553   baeS FALSE 0.024 762.000 0.000 NA   NA
 10138381 10138382 XALc_1553 XALc_1554 baeS   TRUE 0.985 60.000 0.833 1.000 Y NA
 10138383 10138384 XALc_1555 XALc_1556     TRUE 0.913 31.000 0.000 0.031 Y NA
 10138384 10138385 XALc_1556 XALc_1557     TRUE 0.804 24.000 0.000 1.000 Y NA
 10138385 10138386 XALc_1557 XALc_1558     TRUE 0.996 -3.000 0.833 NA N NA
 10138387 10138388 XALc_Yt34 XALc_Yt35 tRNA-tRNA_Glu tRNA-tRNA_Ala FALSE 0.395 45.000 0.000 NA   NA
 10138388 10138389 XALc_Yt35 XALc_Yt36 tRNA-tRNA_Ala tRNA-tRNA_Glu FALSE 0.355 105.000 0.000 NA   NA
 10138389 10138390 XALc_Yt36 XALc_Yt37 tRNA-tRNA_Glu tRNA-tRNA_Ala FALSE 0.395 45.000 0.000 NA   NA
 10138390 10138391 XALc_Yt37 XALc_1563 tRNA-tRNA_Ala   FALSE 0.107 239.000 0.000 NA   NA
 10138391 10138392 XALc_1563 XALc_1564     TRUE 0.462 24.000 0.000 NA   NA
 10138392 10138393 XALc_1564 XALc_1565     TRUE 0.970 -18.000 0.400 NA   NA
 10138393 10138394 XALc_1565 XALc_1566     FALSE 0.154 191.000 0.000 NA   NA
 10138394 10138395 XALc_1566 XALc_1567     FALSE 0.022 855.000 0.000 NA   NA
 10138395 10138396 XALc_1567 XALc_1568     TRUE 0.845 72.000 0.250 NA   NA
 10138396 10138397 XALc_1568 XALc_1569     TRUE 0.769 214.000 0.250 NA Y NA
 10138397 10138398 XALc_1569 XALc_1570   traK FALSE 0.031 557.000 0.000 NA   NA
 10138398 10138399 XALc_1570 XALc_1571 traK   FALSE 0.158 189.000 0.000 NA   NA
 10138401 10138402 XALc_1573 XALc_1574 repC   TRUE 0.968 -28.000 0.429 NA   NA
 10138402 10138403 XALc_1574 XALc_1575     TRUE 0.931 16.000 0.286 NA   NA
 10138404 10138405 XALc_1576 XALc_1577     TRUE 0.684 79.000 0.067 1.000   NA
 10138406 10138407 XALc_1578 XALc_1579   guaA FALSE 0.015 307.000 0.002 1.000 N NA
 10138407 10138408 XALc_1579 XALc_1580 guaA guaB TRUE 0.901 149.000 0.190 0.001   NA
 10138408 10138409 XALc_1580 XALc_1581 guaB folD FALSE 0.306 131.000 0.004 1.000   NA
 10138411 10138412 XALc_1583 XALc_1584 moeB moeA TRUE 0.814 51.000 0.022 1.000 Y NA
 10138412 10138413 XALc_1584 XALc_1585 moeA mobA TRUE 0.996 -3.000 0.005 0.002 Y NA
 10138413 10138414 XALc_1585 XALc_1586 mobA engA TRUE 0.754 8.000 0.002 1.000   NA
 10138414 10138415 XALc_1586 XALc_1587 engA   TRUE 0.886 19.000 0.203 1.000   NA
 10138415 10138416 XALc_1587 XALc_1588     TRUE 0.974 12.000 0.492 1.000   NA
 10138416 10138417 XALc_1588 XALc_1589     TRUE 0.508 66.000 0.015 NA   NA
 10138417 10138418 XALc_1589 XALc_1590     TRUE 0.986 -3.000 0.204 NA   NA
 10138418 10138419 XALc_1590 XALc_1591     TRUE 0.908 -13.000 0.086 1.000   NA
 10138419 10138420 XALc_1591 XALc_1592   ndk TRUE 0.904 14.000 0.156 1.000   NA
 10138421 10138422 XALc_1593 XALc_1594   fadB FALSE 0.326 36.000 0.019 1.000 N NA
 10138422 10138423 XALc_1594 XALc_1595 fadB fadA TRUE 0.976 58.000 0.588 1.000 Y NA
 10138424 10138425 XALc_1596 XALc_1597 galU   TRUE 0.996 0.000 0.350 1.000 Y NA
 10138425 10138426 XALc_1597 XALc_1598     TRUE 0.897 21.000 0.048 1.000 Y NA
 10138426 10138427 XALc_1598 XALc_1599     TRUE 0.871 1.000 0.038 1.000 N NA
 10138427 10138428 XALc_1599 XALc_1600     TRUE 0.986 7.000 0.576 NA   NA
 10138428 10138429 XALc_1600 XALc_1601   ihfB TRUE 0.822 74.000 0.208 NA   NA
 10138429 10138430 XALc_1601 XALc_1602 ihfB rpsA TRUE 0.803 79.000 0.292 1.000 N NA
 10138430 10138431 XALc_1602 XALc_1603 rpsA cmk FALSE 0.416 236.000 0.281 1.000 N NA
 10138432 10138433 XALc_1604 XALc_1605 rpmJ   FALSE 0.395 125.000 0.014 NA   NA
 10138433 10138434 XALc_1605 XALc_1606     FALSE 0.450 191.000 0.123 NA   NA
 10138434 10138435 XALc_1606 XALc_1607     TRUE 0.901 80.000 0.364 NA   NA
 10138435 10138436 XALc_1607 XALc_1608     FALSE 0.340 145.000 0.016 NA   NA
 10138436 10138437 XALc_1608 XALc_1609     FALSE 0.046 405.000 0.000 NA   NA
 10138437 10138438 XALc_1609 XALc_1610     TRUE 0.998 9.000 0.688 0.008 Y NA
 10138439 10138440 XALc_1611 XALc_1612   gntY TRUE 0.781 14.000 0.030 NA   NA
 10138441 10138442 XALc_1613 XALc_1614 phhB tonB TRUE 0.873 6.000 0.025 1.000   NA
 10138442 10138443 XALc_1614 XALc_1615 tonB   FALSE 0.085 272.000 0.000 NA   NA
 10138447 10138448 XALc_1619 XALc_1620   virB6-2 FALSE 0.023 784.000 0.000 NA   NA
 10138448 10138449 XALc_1620 XALc_1621 virB6-2   FALSE 0.026 630.000 0.000 NA   NA
 10138449 10138450 XALc_1621 XALc_1622     FALSE 0.220 153.000 0.000 NA   NA
 10138450 10138451 XALc_1622 XALc_1623     TRUE 0.614 -100.000 0.000 NA   NA
 10138451 10138452 XALc_1623 XALc_1624     TRUE 0.979 -3.000 0.000 0.054   NA
 10138452 10138453 XALc_1624 XALc_1625     FALSE 0.025 684.000 0.000 NA   NA
 10138454 10138455 XALc_1626 XALc_1627     FALSE 0.432 28.000 0.000 NA   NA
 10138455 10138456 XALc_1627 XALc_1628     FALSE 0.445 26.000 0.000 NA   NA
 10138456 10138457 XALc_1628 XALc_1629     FALSE 0.039 472.000 0.000 NA   NA
 10138457 10138458 XALc_1629 XALc_1630     TRUE 0.917 -3.000 0.000 1.000   NA
 10138458 10138459 XALc_1630 XALc_1631     FALSE 0.054 358.000 0.000 NA   NA
 10138459 10138460 XALc_1631 XALc_1632     FALSE 0.374 100.000 0.000 NA   NA
 10138460 10138461 XALc_1632 XALc_Yt38   tRNA-tRNA_Leu FALSE 0.084 274.000 0.000 NA   NA
 10138462 10138463 XALc_1634 XALc_1635     TRUE 0.984 32.000 0.333 0.023 Y NA
 10138464 10138465 XALc_1636 XALc_1637 tex   FALSE 0.090 102.000 0.000 1.000 N NA
 10138465 10138466 XALc_1637 XALc_1638   phbC FALSE 0.005 604.000 0.000 1.000 N NA
 10138466 10138467 XALc_1638 XALc_1639 phbC   TRUE 0.987 -3.000 0.210 NA   NA
 10138467 10138468 XALc_1639 XALc_1640   pssA TRUE 0.543 47.000 0.022 NA   NA
 10138470 10138471 XALc_1642 XALc_1643     TRUE 0.610 51.000 0.040 NA   NA
 10138471 10138472 XALc_1643 XALc_1644     FALSE 0.436 147.000 0.043 NA   NA
 10138473 10138474 XALc_1645 XALc_1646 ppsA mscS TRUE 0.699 5.000 0.018 NA N NA
 10138475 10138476 XALc_1647 XALc_1648 orn   FALSE 0.199 103.000 0.011 1.000 N NA
 10138476 10138477 XALc_1648 XALc_1649   mntR TRUE 0.863 -3.000 0.016 1.000 N NA
 10138478 10138479 XALc_1650 XALc_1651 mntH sodA FALSE 0.209 360.000 0.000 1.000 Y NA
 10138480 10138481 XALc_1652 XALc_1653     TRUE 0.593 29.000 0.024 NA   NA
 10138481 10138482 XALc_1653 XALc_1655   ugd TRUE 0.852 -10.000 0.020 NA   NA
 10138482 10138483 XALc_1655 XALc_1656 ugd fkpA TRUE 0.924 16.000 0.357 1.000 N NA
 10138483 10138484 XALc_1656 XALc_1657 fkpA   TRUE 0.850 89.000 0.042 1.000 Y NA
 10138485 10138486 XALc_1658 XALc_1659     TRUE 0.992 -3.000 0.500 1.000 N NA
 10138486 10138487 XALc_1659 XALc_1660     TRUE 0.997 -3.000 0.667 NA   NA
 10138487 10138488 XALc_1660 XALc_1661     TRUE 0.765 50.000 0.143 NA   NA
 10138488 10138489 XALc_1661 XALc_1662     TRUE 0.765 48.000 0.143 NA   NA
 10138489 10138490 XALc_1662 XALc_1663     TRUE 0.809 151.000 0.400 NA   NA
 10138492 10138493 XALc_1665 XALc_1666 purB   FALSE 0.134 310.000 0.029 NA   NA
 10138493 10138494 XALc_1666 XALc_1667     TRUE 0.734 8.000 0.000 NA   NA
 10138494 10138495 XALc_1667 XALc_1668   sucA FALSE 0.173 185.000 0.000 1.000   NA
 10138495 10138496 XALc_1668 XALc_1669 sucA sucB TRUE 0.979 47.000 0.667 1.000 Y NA
 10138496 10138497 XALc_1669 XALc_1670 sucB lpd TRUE 0.906 126.000 0.253 1.000 Y NA
 10138497 10138498 XALc_1670 XALc_1671 lpd   FALSE 0.244 162.000 0.008 NA   NA
 10138500 10138501 XALc_1673 XALc_1674   msbA TRUE 0.938 -3.000 0.012 NA   NA
 10138502 10138503 XALc_1675 XALc_1676   dnaJ FALSE 0.009 387.000 0.000 1.000 N NA
 10138503 10138504 XALc_1676 XALc_1677 dnaJ dnaK TRUE 0.959 150.000 0.236 0.003 Y NA
 10138504 10138505 XALc_1677 XALc_1678 dnaK grpE TRUE 0.900 150.000 0.049 0.007 Y NA
 10138505 10138506 XALc_1678 XALc_1679 grpE hrcA FALSE 0.163 169.000 0.025 1.000 N NA
 10138510 10138511 XALc_1683 XALc_1684     TRUE 0.910 6.000 0.063 NA   NA
 10138517 10138518 XALc_1689 XALc_1690     TRUE 0.543 30.000 0.015 NA   NA
 10138519 10138520 XALc_1691 XALc_1692 fkpA   TRUE 0.776 14.000 0.028 NA   NA
 10138521 10138522 XALc_1693 XALc_1694   gltB FALSE 0.026 205.000 0.000 1.000 N NA
 10138522 10138523 XALc_1694 XALc_1695 gltB   FALSE 0.151 131.000 0.012 1.000 N NA
 10138523 10138524 XALc_1695 XALc_1696     FALSE 0.079 284.000 0.000 NA   NA
 10138524 10138525 XALc_1696 XALc_1697     FALSE 0.296 125.000 0.000 NA   NA
 10138525 10138526 XALc_1697 XALc_Yt39   tRNA-tRNA_Ser FALSE 0.071 305.000 0.000 NA   NA
 10138526 10138527 XALc_Yt39 XALc_1699 tRNA-tRNA_Ser   FALSE 0.148 194.000 0.000 NA   NA
 10138527 10138528 XALc_1699 XALc_1700   serS FALSE 0.017 263.000 0.000 1.000 N NA
 10138530 10138531 XALc_1702 XALc_1703 aroA pheA TRUE 0.843 87.000 0.035 1.000 Y NA
 10138531 10138532 XALc_1703 XALc_1704 pheA serC TRUE 0.898 79.000 0.121 1.000 Y NA
 10138533 10138534 XALc_1705 XALc_1706     TRUE 0.984 77.000 0.790 0.040   NA
 10138538 10138539 XALc_1710 XALc_1711     TRUE 0.743 115.000 0.174 NA   NA
 10138539 10138540 XALc_1711 XALc_1712     FALSE 0.410 188.000 0.087 NA   NA
 10138541 10138542 XALc_1713 XALc_1714   hutC FALSE 0.057 136.000 0.000 1.000 N NA
 10138542 10138543 XALc_1714 XALc_1715 hutC   TRUE 0.776 -7.000 0.027 1.000 N NA
 10138544 10138545 XALc_1716 XALc_1717 hutI hutH TRUE 0.992 -3.000 0.192 0.036 N NA
 10138545 10138546 XALc_1717 XALc_1718 hutH hutG TRUE 0.849 83.000 0.039 1.000 Y NA
 10138546 10138547 XALc_1718 XALc_1719 hutG hutU TRUE 0.965 -12.000 0.061 1.000 Y NA
 10138547 10138548 XALc_1719 XALc_1720 hutU   FALSE 0.367 120.000 0.008 NA   NA
 10138548 10138549 XALc_1720 XALc_1721     FALSE 0.296 125.000 0.000 NA   NA
 10138549 10138550 XALc_1721 XALc_1722     TRUE 0.800 0.000 0.015 1.000 N NA
 10138553 10138554 XALc_1725 XALc_1726 gyrA gcn3 FALSE 0.046 209.000 0.007 1.000 N NA
 10138554 10138555 XALc_1726 XALc_1727 gcn3   TRUE 0.470 58.000 0.009 NA   NA
 10138555 10138556 XALc_1727 XALc_1728   lysS FALSE 0.401 139.000 0.026 NA   NA
 10138556 10138557 XALc_1728 XALc_1729 lysS ligA TRUE 0.714 -3.000 0.004 1.000 N NA
 10138559 10138560 XALc_1731 XALc_1732   smc TRUE 0.964 58.000 0.115 0.009 Y NA
 10138560 10138561 XALc_1732 XALc_1733 smc rplI FALSE 0.015 278.000 0.000 1.000 N NA
 10138561 10138562 XALc_1733 XALc_1734 rplI rpsR TRUE 0.971 166.000 0.499 0.015 Y NA
 10138562 10138563 XALc_1734 XALc_1735 rpsR rpsF TRUE 0.994 12.000 0.319 0.015 Y NA
 10138566 10138567 XALc_1738 XALc_1739 asnS   TRUE 0.548 23.000 0.009 NA   NA
 10138567 10138568 XALc_1739 XALc_1740     TRUE 0.998 -3.000 0.833 NA   NA
 10138568 10138569 XALc_1740 XALc_1741     TRUE 0.912 10.000 0.116 NA   NA
 10138570 10138571 XALc_1742 XALc_1743     FALSE 0.064 327.000 0.000 NA   NA
 10138571 10138572 XALc_1743 XALc_1744     TRUE 0.816 61.000 0.200 NA   NA
 10138572 10138573 XALc_1744 XALc_1745     FALSE 0.388 49.000 0.000 NA   NA
 10138573 10138574 XALc_1745 XALc_1746     TRUE 0.801 -7.000 0.000 NA   NA
 10138574 10138575 XALc_1746 XALc_1747     TRUE 0.990 -3.000 0.286 NA   NA
 10138575 10138576 XALc_1747 XALc_1748     TRUE 0.956 47.000 0.750 NA   NA
 10138576 10138577 XALc_1748 XALc_1749     TRUE 0.972 13.000 0.500 NA   NA
 10138577 10138578 XALc_1749 XALc_1750     TRUE 0.860 110.000 0.333 NA   NA
 10138579 10138580 XALc_1751 XALc_1752     TRUE 0.600 37.000 0.027 1.000   NA
 10138580 10138581 XALc_1752 XALc_1753     TRUE 0.564 29.000 0.019 NA   NA
 10138581 10138582 XALc_1753 XALc_1754     TRUE 0.684 32.000 0.060 NA   NA
 10138582 10138583 XALc_1754 XALc_1755     TRUE 0.581 50.000 0.100 1.000 N NA
 10138583 10138584 XALc_1755 XALc_1756     FALSE 0.187 133.000 0.017 1.000 N NA
 10138584 10138585 XALc_1756 XALc_1757     TRUE 0.959 -3.000 0.034 NA   NA
 10138585 10138586 XALc_1757 XALc_1758     TRUE 0.767 44.000 0.139 NA   NA
 10138587 10138588 XALc_1759 XALc_1760   ppnK TRUE 0.514 122.000 0.036 1.000   NA
 10138588 10138589 XALc_1760 XALc_1761 ppnK   FALSE 0.054 309.000 0.022 1.000 N NA
 10138590 10138591 XALc_1762 XALc_1763     TRUE 0.983 13.000 1.000 1.000 N NA
 10138593 10138594 XALc_1765 XALc_1766     TRUE 0.864 -3.000 0.017 1.000 N NA
 10138594 10138595 XALc_1766 XALc_1767     TRUE 0.933 111.000 0.009 0.001 Y NA
 10138595 10138596 XALc_1767 XALc_1768     FALSE 0.008 435.000 0.000 1.000 N NA
 10138596 10138597 XALc_1768 XALc_1769     TRUE 0.991 -3.000 0.083 1.000 Y NA
 10138597 10138598 XALc_1769 XALc_1770     TRUE 0.640 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10138598 10138599 XALc_1770 XALc_1771     TRUE 0.995 0.000 0.333 NA Y NA
 10138599 10138600 XALc_1771 XALc_1772     TRUE 0.934 -93.000 0.375 NA N NA
 10138600 10138601 XALc_1772 XALc_1775     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 10138601 10138602 XALc_1775 XALc_1776     FALSE 0.140 209.000 0.000 1.000   NA
 10138602 10138603 XALc_1776 XALc_1777     TRUE 0.982 0.000 0.241 NA   NA
 10138603 10138604 XALc_1777 XALc_1778     TRUE 0.996 -3.000 0.583 NA   NA
 10138604 10138605 XALc_1778 XALc_1779     TRUE 0.974 -10.000 0.333 NA   NA
 10138606 10138607 XALc_1780 XALc_1781     TRUE 0.954 2.000 0.086 NA   NA
 10138608 10138609 XALc_1782 XALc_1783     TRUE 0.703 11.000 0.000 1.000   NA
 10138610 10138611 XALc_1784 XALc_1785     TRUE 0.981 6.000 0.152 1.000 Y NA
 10138613 10138614 XALc_1787 XALc_1788     FALSE 0.393 69.000 0.000 NA   NA
 10138614 10138615 XALc_1788 XALc_1789     FALSE 0.411 38.000 0.000 NA   NA
 10138615 10138616 XALc_1789 XALc_1790     FALSE 0.395 74.000 0.000 NA   NA
 10138616 10138617 XALc_1790 XALc_1791   raxB1 FALSE 0.393 71.000 0.000 NA   NA
 10138617 10138618 XALc_1791 XALc_1792 raxB1 raxA1 TRUE 0.714 110.000 0.000 1.000 Y NA
 10138621 10138622 XALc_1795 XALc_1796     FALSE 0.396 64.000 0.000 NA   NA
 10138623 10138624 XALc_1797 XALc_1798     FALSE 0.432 28.000 0.000 NA   NA
 10138624 10138625 XALc_1798 XALc_1799     FALSE 0.445 26.000 0.000 NA   NA
 10138625 10138626 XALc_1799 XALc_1800     FALSE 0.039 475.000 0.000 NA   NA
 10138626 10138627 XALc_1800 XALc_1801     TRUE 0.917 -3.000 0.000 1.000   NA
 10138627 10138628 XALc_1801 XALc_1802     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138628 10138629 XALc_1802 XALc_1803     FALSE 0.366 102.000 0.000 NA   NA
 10138629 10138630 XALc_1803 XALc_1804     TRUE 0.969 65.000 1.000 NA   NA
 10138630 10138631 XALc_1804 XALc_1805     FALSE 0.024 750.000 0.000 NA   NA
 10138633 10138634 XALc_Yt41 XALc_Yt42 tRNA-tRNA_Cys tRNA-tRNA_Gly FALSE 0.026 635.000 0.000 NA   NA
 10138634 10138635 XALc_Yt42 XALc_1809 tRNA-tRNA_Gly pgsA FALSE 0.414 37.000 0.000 NA   NA
 10138635 10138636 XALc_1809 XALc_1810 pgsA uvrC TRUE 0.920 10.000 0.227 1.000 N NA
 10138636 10138637 XALc_1810 XALc_1811 uvrC   TRUE 0.919 -3.000 0.004 NA   NA
 10138637 10138638 XALc_1811 XALc_1812   etp TRUE 0.926 -3.000 0.006 NA   NA
 10138638 10138639 XALc_1812 XALc_1813 etp kdsB TRUE 0.934 -3.000 0.050 1.000 N NA
 10138639 10138640 XALc_1813 XALc_1814 kdsB lpxK TRUE 0.456 276.000 0.054 1.000 Y NA
 10138640 10138641 XALc_1814 XALc_1815 lpxK   TRUE 0.978 -3.000 0.205 1.000 N NA
 10138641 10138642 XALc_1815 XALc_1816   exbD3 TRUE 0.629 84.000 0.120 1.000 N NA
 10138642 10138643 XALc_1816 XALc_1817 exbD3 exbB TRUE 0.999 5.000 0.746 0.039 Y NA
 10138643 10138644 XALc_1817 XALc_1818 exbB   TRUE 0.799 -184.000 0.045 1.000   NA
 10138644 10138645 XALc_1818 XALc_1819   lolD FALSE 0.131 258.000 0.010 1.000   NA
 10138645 10138646 XALc_1819 XALc_1820 lolD lolC TRUE 0.994 -7.000 0.620 0.039 N NA
 10138646 10138647 XALc_1820 XALc_1821 lolC   TRUE 0.597 25.000 0.020 NA   NA
 10138647 10138648 XALc_1821 XALc_1822     TRUE 0.741 -49.000 0.016 NA   NA
 10138648 10138649 XALc_1822 XALc_1823   sdhB TRUE 0.660 134.000 0.151 NA   NA
 10138649 10138650 XALc_1823 XALc_1824 sdhB sdhA TRUE 0.970 234.000 0.604 0.001 Y NA
 10138650 10138651 XALc_1824 XALc_1825 sdhA   TRUE 0.996 30.000 0.705 0.001 Y NA
 10138651 10138652 XALc_1825 XALc_1826     TRUE 0.999 -3.000 0.291 0.001 Y NA
 10138652 10138653 XALc_1826 XALc_1827     TRUE 0.636 61.000 0.047 NA   NA
 10138656 10138657 XALc_1830 XALc_1831 zwf glk1 TRUE 0.990 -3.000 0.055 1.000 Y NA
 10138657 10138658 XALc_1831 XALc_1832 glk1 pgl TRUE 0.986 -3.000 0.021 1.000 Y NA
 10138658 10138659 XALc_1832 XALc_1833 pgl edd TRUE 0.909 111.000 0.202 1.000 Y NA
 10138659 10138660 XALc_1833 XALc_1834 edd alkH TRUE 0.790 82.000 0.008 1.000 Y NA
 10138661 10138662 XALc_1835 XALc_1836 virB4 virB3 TRUE 0.806 169.000 0.192 NA Y NA
 10138662 10138663 XALc_1836 XALc_1837 virB3 virB2 TRUE 0.995 -7.000 1.000 NA   NA
 10138663 10138664 XALc_1837 XALc_1838 virB2 virB1 TRUE 0.884 71.000 0.333 NA   NA
 10138664 10138665 XALc_1838 XALc_1839 virB1 virB11 TRUE 0.890 112.000 0.429 NA   NA
 10138665 10138666 XALc_1839 XALc_1840 virB11 virB10 TRUE 0.988 19.000 0.714 1.000 Y NA
 10138666 10138667 XALc_1840 XALc_1841 virB10 virB9 TRUE 0.996 9.000 0.800 NA Y NA
 10138667 10138668 XALc_1841 XALc_1842 virB9 virB8 TRUE 0.997 -3.000 0.400 NA Y NA
 10138668 10138669 XALc_1842 XALc_1843 virB8   TRUE 0.906 59.000 0.400 NA   NA
 10138669 10138670 XALc_1843 XALc_1844     FALSE 0.026 632.000 0.000 NA   NA
 10138670 10138671 XALc_1844 XALc_1845     TRUE 0.597 -163.000 0.000 NA   NA
 10138671 10138672 XALc_1845 XALc_1846     FALSE 0.397 61.000 0.000 NA   NA
 10138672 10138673 XALc_1846 XALc_1847     TRUE 0.519 19.000 0.000 NA   NA
 10138673 10138674 XALc_1847 XALc_1848     FALSE 0.278 130.000 0.000 NA   NA
 10138674 10138675 XALc_1848 XALc_1849     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138675 10138676 XALc_1849 XALc_1850     TRUE 0.538 18.000 0.000 NA   NA
 10138676 10138677 XALc_1850 XALc_1851     FALSE 0.389 51.000 0.000 NA   NA
 10138678 10138679 XALc_1852 XALc_1853     FALSE 0.308 120.000 0.000 NA   NA
 10138679 10138680 XALc_1853 XALc_1854     TRUE 0.754 145.000 0.071 0.052   NA
 10138680 10138681 XALc_1854 XALc_1855     TRUE 0.905 -111.000 0.000 0.010   NA
 10138681 10138682 XALc_1855 XALc_1856     FALSE 0.147 613.000 0.000 0.010   NA
 10138682 10138683 XALc_1856 XALc_1857     FALSE 0.051 367.000 0.000 NA   NA
 10138683 10138684 XALc_1857 XALc_1858     FALSE 0.199 164.000 0.000 NA   NA
 10138684 10138685 XALc_1858 XALc_1859     TRUE 0.837 3.000 0.000 NA   NA
 10138685 10138686 XALc_1859 XALc_1860     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138686 10138687 XALc_1860 XALc_1861     FALSE 0.225 150.000 0.000 NA   NA
 10138687 10138688 XALc_1861 XALc_1862     FALSE 0.023 806.000 0.000 NA   NA
 10138688 10138689 XALc_1862 XALc_1863     FALSE 0.445 26.000 0.000 NA   NA
 10138689 10138690 XALc_1863 XALc_1864     FALSE 0.432 28.000 0.000 NA   NA
 10138691 10138692 XALc_1865 XALc_1866     FALSE 0.396 75.000 0.000 NA   NA
 10138692 10138693 XALc_1866 XALc_1867   virB6-1 FALSE 0.398 44.000 0.000 NA   NA
 10138695 10138696 XALc_Yt43 XALc_1870 tRNA-tRNA_Val uvrB FALSE 0.381 97.000 0.000 NA   NA
 10138697 10138698 XALc_1871 XALc_1872     FALSE 0.033 545.000 0.000 NA   NA
 10138698 10138699 XALc_1872 XALc_1873     TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.052   NA
 10138700 10138701 XALc_1874 XALc_1875     TRUE 0.925 25.000 0.100 0.012   NA
 10138703 10138704 XALc_1877 XALc_1878     FALSE 0.264 135.000 0.000 NA   NA
 10138704 10138705 XALc_1878 XALc_1879     FALSE 0.100 45.000 0.000 1.000 N NA
 10138705 10138706 XALc_1879 XALc_1880     TRUE 0.979 -3.000 0.000 0.052   NA
 10138708 10138709 XALc_1882 XALc_1883     FALSE 0.394 98.000 0.000 1.000   NA
 10138709 10138710 XALc_1883 XALc_1884     FALSE 0.222 157.000 0.000 1.000   NA
 10138710 10138711 XALc_1884 XALc_1885     FALSE 0.023 1441.000 0.000 1.000   NA
 10138711 10138712 XALc_1885 XALc_1886   proA FALSE 0.065 334.000 0.000 1.000   NA
 10138712 10138713 XALc_1886 XALc_1887 proA proB TRUE 0.853 171.000 0.007 0.001 Y NA
 10138713 10138714 XALc_1887 XALc_1888 proB   TRUE 0.826 17.000 0.091 NA   NA
 10138714 10138715 XALc_1888 XALc_1889   argH FALSE 0.418 58.000 0.004 NA   NA
 10138715 10138716 XALc_1889 XALc_1890 argH argC TRUE 0.810 49.000 0.020 1.000 Y NA
 10138716 10138717 XALc_1890 XALc_1891 argC   TRUE 0.796 -3.000 0.008 1.000 N NA
 10138717 10138718 XALc_1891 XALc_1892   argB FALSE 0.321 15.000 0.006 1.000 N NA
 10138718 10138719 XALc_1892 XALc_1893 argB argE TRUE 0.785 57.000 0.009 1.000 Y NA
 10138719 10138720 XALc_1893 XALc_1894 argE   TRUE 0.874 7.000 0.032 1.000   NA
 10138720 10138721 XALc_1894 XALc_1895   argG FALSE 0.285 135.000 0.002 1.000   NA
 10138721 10138722 XALc_1895 XALc_1896 argG argF TRUE 0.775 67.000 0.007 1.000 Y NA
 10138722 10138723 XALc_1896 XALc_1897 argF   FALSE 0.073 300.000 0.000 NA   NA
 10138724 10138725 XALc_1898 XALc_1899 cysS   TRUE 0.823 -7.000 0.006 NA   NA
 10138725 10138726 XALc_1899 XALc_1900     TRUE 0.960 -3.000 0.034 NA   NA
 10138728 10138729 XALc_1902 XALc_1904 raxA3   TRUE 0.917 -3.000 0.000 1.000   NA
 10138729 10138730 XALc_1904 XALc_1903     TRUE 0.911 -315.000 0.000 0.004   NA
 10138730 10138731 XALc_1903 XALc_1906     FALSE 0.397 61.000 0.000 NA   NA
 10138731 10138732 XALc_1906 XALc_1907     FALSE 0.421 32.000 0.000 NA   NA
 10138732 10138733 XALc_1907 XALc_1908     FALSE 0.403 42.000 0.000 NA   NA
 10138733 10138734 XALc_1908 XALc_1909     FALSE 0.320 117.000 0.000 NA   NA
 10138734 10138735 XALc_1909 XALc_1910     FALSE 0.396 75.000 0.000 NA   NA
 10138737 10138738 XALc_1912 XALc_1913   pyrC TRUE 0.902 0.000 0.010 NA   NA
 10138738 10138739 XALc_1913 XALc_1914 pyrC   FALSE 0.342 60.000 0.023 1.000 N NA
 10138739 10138740 XALc_1914 XALc_1915     FALSE 0.005 600.000 0.000 1.000 N NA
 10138740 10138741 XALc_1915 XALc_1916     FALSE 0.045 156.000 0.000 1.000 N NA
 10138742 10138743 XALc_1917 XALc_1918   gph TRUE 0.649 21.000 0.022 NA   NA
 10138743 10138744 XALc_1918 XALc_1919 gph ubiG TRUE 0.960 -13.000 0.259 1.000   NA
 10138744 10138745 XALc_1919 XALc_1920 ubiG   TRUE 0.589 49.000 0.104 1.000 N NA
 10138745 10138746 XALc_1920 XALc_1921   efp FALSE 0.017 282.000 0.002 1.000 N NA
 10138748 10138749 XALc_1923 XALc_1924     FALSE 0.007 482.000 0.000 1.000 N NA
 10138750 10138751 XALc_1925 XALc_1926 suhB   FALSE 0.006 513.000 0.000 1.000 N NA
 10138752 10138753 XALc_1927 XALc_1928 secF secD TRUE 0.969 74.000 0.084 0.001 Y NA
 10138753 10138754 XALc_1928 XALc_1929 secD   TRUE 0.873 57.000 0.083 NA Y NA
 10138754 10138755 XALc_1929 XALc_1930   tgt FALSE 0.443 246.000 0.325 NA N NA
 10138755 10138756 XALc_1930 XALc_1931 tgt queA TRUE 0.991 26.000 0.360 0.001 Y NA
 10138756 10138757 XALc_1931 XALc_1932 queA   FALSE 0.124 54.000 0.004 1.000 N NA
 10138759 10138760 XALc_1934 XALc_1935     TRUE 0.519 72.000 0.015 1.000   NA
 10138761 10138762 XALc_1937 XALc_1938     TRUE 0.955 10.000 0.267 NA   NA
 10138762 10138763 XALc_1938 XALc_1939     TRUE 0.982 4.000 0.333 NA   NA
 10138764 10138765 XALc_1940 XALc_1941 ggt   TRUE 0.914 -10.000 0.076 NA   NA
 10138765 10138766 XALc_1941 XALc_1942     FALSE 0.186 233.000 0.020 NA   NA
 10138766 10138767 XALc_1942 XALc_1943   coaD TRUE 0.457 41.000 0.007 NA   NA
 10138767 10138768 XALc_1943 XALc_1944 coaD   TRUE 0.989 -3.000 0.367 1.000 N NA
 10138770 10138771 XALc_1946 XALc_1947     FALSE 0.035 542.000 0.000 1.000   NA
 10138771 10138772 XALc_1947 XALc_1948     FALSE 0.418 42.000 0.000 1.000   NA
 10138772 10138773 XALc_1948 XALc_1949     FALSE 0.044 445.000 0.000 1.000   NA
 10138773 10138774 XALc_1949 XALc_1950     FALSE 0.243 297.000 0.000 0.098   NA
 10138774 10138775 XALc_1950 XALc_1951     TRUE 0.662 81.000 0.053 1.000   NA
 10138775 10138776 XALc_1951 XALc_1952     TRUE 0.995 -3.000 0.462 1.000   NA
 10138776 10138777 XALc_1952 XALc_1953     FALSE 0.407 54.000 0.000 1.000   NA
 10138777 10138778 XALc_1953 XALc_1954     FALSE 0.068 327.000 0.000 1.000   NA
 10138778 10138779 XALc_1954 XALc_1955     FALSE 0.226 156.000 0.000 1.000   NA
 10138781 10138782 XALc_1957 XALc_1958     TRUE 0.923 112.000 0.071 0.098 Y NA
 10138782 10138783 XALc_1958 XALc_1959     TRUE 0.634 107.000 0.071 NA   NA
 10138783 10138784 XALc_1959 XALc_1960     FALSE 0.256 137.000 0.000 NA   NA
 10138784 10138785 XALc_1960 XALc_1961     TRUE 0.949 -3.000 0.077 1.000 N NA
 10138785 10138786 XALc_1961 XALc_1962   dapA2 TRUE 0.966 2.000 0.044 0.051 N NA
 10138786 10138787 XALc_1962 XALc_1963 dapA2   TRUE 0.981 -3.000 0.133 1.000   NA
 10138787 10138788 XALc_1963 XALc_1964     TRUE 0.996 -7.000 0.600 0.038   NA
 10138788 10138789 XALc_1964 XALc_1965     TRUE 0.982 -3.000 0.143 1.000   NA
 10138789 10138790 XALc_1965 XALc_1966     TRUE 0.990 -3.000 0.062 1.000 Y NA
 10138792 10138793 XALc_1968 XALc_1969     FALSE 0.371 101.000 0.000 NA   NA
 10138793 10138794 XALc_1969 XALc_1970     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138795 10138796 XALc_1971 XALc_1972     FALSE 0.208 61.000 0.009 1.000 N NA
 10138796 10138797 XALc_1972 XALc_1973     FALSE 0.117 235.000 0.000 1.000   NA
 10138797 10138798 XALc_1973 XALc_1974     FALSE 0.252 178.000 0.013 1.000   NA
 10138798 10138799 XALc_1974 XALc_1975     TRUE 0.957 46.000 0.100 0.022 Y NA
 10138800 10138801 XALc_1976 XALc_1977     FALSE 0.046 431.000 0.000 1.000   NA
 10138801 10138802 XALc_1977 XALc_1978     TRUE 0.962 -3.000 0.040 NA   NA
 10138802 10138803 XALc_1978 XALc_1979     TRUE 0.956 -3.000 0.029 NA   NA
 10138805 10138806 XALc_1981 XALc_1982   sseA FALSE 0.322 143.000 0.012 NA   NA
 10138806 10138807 XALc_1982 XALc_1983 sseA   TRUE 0.883 -3.000 0.021 1.000 N NA
 10138807 10138808 XALc_1983 XALc_1984     FALSE 0.303 115.000 0.028 1.000 N NA
 10138809 10138810 XALc_1985 XALc_1986     TRUE 0.903 14.000 0.160 NA   NA
 10138810 10138811 XALc_1986 XALc_1987   nth TRUE 0.922 -3.000 0.005 NA   NA
 10138813 10138814 XALc_1989 XALc_1990 pstS2 pstS1 TRUE 0.703 250.000 0.000 0.002 Y NA
 10138814 10138815 XALc_1990 XALc_1991 pstS1 pstC TRUE 0.805 233.000 0.033 0.002 Y NA
 10138815 10138816 XALc_1991 XALc_1992 pstC pstA TRUE 0.999 2.000 0.537 0.002 Y NA
 10138816 10138817 XALc_1992 XALc_1993 pstA pstB TRUE 0.998 8.000 0.526 0.002 Y NA
 10138817 10138818 XALc_1993 XALc_1994 pstB phoU TRUE 0.764 125.000 0.034 NA Y NA
 10138818 10138819 XALc_1994 XALc_1995 phoU   FALSE 0.170 181.000 0.000 NA   NA
 10138819 10138820 XALc_1995 XALc_1996     TRUE 0.889 5.000 0.029 NA   NA
 10138820 10138821 XALc_1996 XALc_1997     TRUE 0.994 -7.000 0.914 NA   NA
 10138821 10138822 XALc_1997 XALc_1998   rnt TRUE 0.470 75.000 0.009 NA   NA
 10138823 10138824 XALc_1999 XALc_2000 rlmB rnr TRUE 0.670 189.000 0.147 0.019 N NA
 10138824 10138825 XALc_2000 XALc_Yt44 rnr tRNA-tRNA_Leu FALSE 0.264 135.000 0.000 NA   NA
 10138826 10138827 XALc_2002 XALc_Yt45   tRNA-tRNA_Leu FALSE 0.397 90.000 0.000 NA   NA
 10138830 10138831 XALc_2006 XALc_2007   emrB FALSE 0.142 208.000 0.000 1.000   NA
 10138831 10138832 XALc_2007 XALc_2008 emrB emrA TRUE 0.992 8.000 0.900 1.000   NA
 10138832 10138833 XALc_2008 XALc_2009 emrA   TRUE 0.969 11.000 0.278 0.098 N NA
 10138833 10138834 XALc_2009 XALc_2010     TRUE 0.828 48.000 0.333 1.000 N NA
 10138835 10138836 XALc_2011 XALc_2012 pac parC FALSE 0.067 329.000 0.000 1.000   NA
 10138839 10138840 XALc_2015 XALc_2016 asnB   FALSE 0.297 280.000 0.000 1.000 Y NA
 10138840 10138841 XALc_2016 XALc_2017     TRUE 0.574 174.000 0.292 1.000 N NA
 10138841 10138842 XALc_2017 XALc_2018   dapD FALSE 0.337 140.000 0.061 1.000 N NA
 10138842 10138843 XALc_2018 XALc_2019 dapD glnD FALSE 0.103 168.000 0.012 1.000 N NA
 10138843 10138844 XALc_2019 XALc_2020 glnD map TRUE 0.899 6.000 0.128 1.000 N NA
 10138845 10138846 XALc_2021 XALc_2022     FALSE 0.024 757.000 0.000 NA   NA
 10138846 10138847 XALc_2022 XALc_2023     TRUE 0.994 -3.000 0.444 NA   NA
 10138847 10138848 XALc_2023 XALc_2024     TRUE 0.734 8.000 0.000 NA   NA
 10138848 10138849 XALc_2024 XALc_2025     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 10138849 10138850 XALc_2025 XALc_2026   rpsB FALSE 0.011 286.000 0.000 NA N NA
 10138850 10138851 XALc_2026 XALc_2027 rpsB tsf TRUE 0.962 148.000 0.748 1.000 Y NA
 10138851 10138852 XALc_2027 XALc_2028 tsf pyrH FALSE 0.260 529.000 0.416 1.000 N NA
 10138852 10138853 XALc_2028 XALc_2029 pyrH frr TRUE 0.767 190.000 0.626 1.000 N NA
 10138853 10138854 XALc_2029 XALc_2030 frr uppS TRUE 0.914 19.000 0.409 1.000 N NA
 10138854 10138855 XALc_2030 XALc_2031 uppS cdsA TRUE 0.998 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 10138855 10138856 XALc_2031 XALc_2032 cdsA dxr TRUE 0.995 2.000 0.372 1.000 Y NA
 10138856 10138857 XALc_2032 XALc_2033 dxr   TRUE 0.921 27.000 0.568 1.000 N NA
 10138857 10138858 XALc_2033 XALc_2034     TRUE 0.785 83.000 0.007 1.000 Y NA
 10138858 10138859 XALc_2034 XALc_2035   lpxD FALSE 0.350 247.000 0.000 1.000 Y NA
 10138859 10138860 XALc_2035 XALc_2036 lpxD fabZ TRUE 0.877 -3.000 0.019 1.000 N NA
 10138860 10138861 XALc_2036 XALc_2037 fabZ lpxA FALSE 0.405 23.000 0.022 1.000 N NA
 10138861 10138862 XALc_2037 XALc_2038 lpxA lpxB TRUE 0.943 48.000 0.289 1.000 Y NA
 10138862 10138863 XALc_2038 XALc_2039 lpxB rnhB TRUE 0.975 -3.000 0.186 1.000 N NA
 10138863 10138864 XALc_2039 XALc_2040 rnhB dnaE TRUE 0.742 169.000 0.104 1.000 Y NA
 10138864 10138865 XALc_2040 XALc_2041 dnaE accA FALSE 0.414 155.000 0.122 1.000 N NA
 10138867 10138868 XALc_2043 XALc_2044   phaZ TRUE 0.626 31.000 0.034 NA   NA
 10138868 10138869 XALc_2044 XALc_2045 phaZ   FALSE 0.056 118.000 0.000 NA N NA
 10138869 10138870 XALc_2045 XALc_2046     FALSE 0.037 496.000 0.000 NA   NA
 10138872 10138873 XALc_2048 XALc_2049 kdgT   FALSE 0.407 54.000 0.000 1.000   NA
 10138874 10138875 XALc_2050 XALc_2051   rluF TRUE 0.574 27.000 0.074 1.000 N NA
 10138875 10138876 XALc_2051 XALc_2052 rluF deaD TRUE 0.755 93.000 0.000 1.000 Y NA
 10138878 10138879 XALc_2054 XALc_2055     TRUE 0.778 37.000 0.138 NA   NA
 10138879 10138880 XALc_2055 XALc_2056     FALSE 0.389 48.000 0.000 NA   NA
 10138881 10138882 XALc_2057 XALc_2058 ogt clcA FALSE 0.025 210.000 0.000 1.000 N NA
 10138883 10138884 XALc_2059 XALc_2060     TRUE 0.960 113.000 1.000 NA   NA
 10138884 10138885 XALc_2060 XALc_2061   zur FALSE 0.346 109.000 0.000 NA   NA
 10138885 10138886 XALc_2061 XALc_2062 zur gltX FALSE 0.378 17.000 0.012 1.000 N NA
 10138887 10138888 XALc_2063 XALc_2064     FALSE 0.252 139.000 0.000 NA   NA
 10138888 10138889 XALc_2064 XALc_2065     FALSE 0.096 256.000 0.000 NA   NA
 10138889 10138890 XALc_2065 XALc_2066   mfd FALSE 0.281 136.000 0.002 1.000   NA
 10138892 10138893 XALc_2068 XALc_2069 nfi   FALSE 0.109 236.000 0.000 NA   NA
 10138895 10138896 XALc_2071 XALc_2072 cstA   TRUE 0.974 0.000 0.156 NA   NA
 10138896 10138897 XALc_2072 XALc_2073     FALSE 0.103 246.000 0.000 NA   NA
 10138897 10138898 XALc_2073 XALc_2074     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138898 10138899 XALc_2074 XALc_2075     TRUE 0.912 -3.000 0.000 NA   NA
 10138899 10138900 XALc_2075 XALc_2076     FALSE 0.132 209.000 0.000 NA   NA
 10138900 10138901 XALc_2076 XALc_2077   mutY FALSE 0.065 146.000 0.004 1.000 N NA
 10138901 10138902 XALc_2077 XALc_2078 mutY   TRUE 0.658 54.000 0.150 NA N NA
 10138903 10138904 XALc_2079 XALc_2080     FALSE 0.396 64.000 0.000 NA   NA
 10138907 10138908 XALc_Yt46 XALc_2084 tRNA-tRNA_Ala   FALSE 0.049 383.000 0.000 NA   NA
 10138908 10138909 XALc_2084 XALc_2085     FALSE 0.181 186.000 0.005 NA   NA
 10138909 10138910 XALc_2085 XALc_2086   corC TRUE 0.494 113.000 0.024 NA   NA
 10138910 10138911 XALc_2086 XALc_2087 corC   TRUE 0.956 -3.000 0.029 NA   NA
 10138911 10138912 XALc_2087 XALc_2088   corA TRUE 0.729 38.000 0.095 NA   NA
 10138913 10138914 XALc_2089 XALc_2090   potI FALSE 0.269 141.000 0.038 1.000 N NA
 10138914 10138915 XALc_2090 XALc_2091 potI potH TRUE 0.997 -3.000 0.094 0.029 Y NA
 10138915 10138916 XALc_2091 XALc_2092 potH potG TRUE 0.997 -3.000 0.385 1.000 Y NA
 10138916 10138917 XALc_2092 XALc_2093 potG potF FALSE 0.204 369.000 0.000 1.000 Y NA
 10138917 10138918 XALc_2093 XALc_2094 potF   FALSE 0.301 276.000 0.000 1.000 Y NA
 10138918 10138919 XALc_2094 XALc_2095     TRUE 0.943 5.000 0.111 1.000   NA
 10138920 10138921 XALc_2096 XALc_2097     TRUE 0.982 95.000 0.750 1.000 Y NA
 10138921 10138922 XALc_2097 XALc_2098     FALSE 0.404 307.000 0.375 1.000 N NA
 10138923 10138924 XALc_2099 XALc_2100     FALSE 0.100 92.000 0.000 1.000 N NA
 10138924 10138925 XALc_2100 XALc_2101     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.021 Y NA
 10138925 10138926 XALc_2101 XALc_2102     FALSE 0.077 287.000 0.000 NA   NA
 10138926 10138927 XALc_2102 XALc_2103     TRUE 0.932 -10.000 0.114 NA   NA
 10138927 10138928 XALc_2103 XALc_2104   FdhD TRUE 0.998 -3.000 0.086 0.001 Y NA
 10138928 10138929 XALc_2104 XALc_2105 FdhD   FALSE 0.189 403.000 0.000 1.000 Y NA
 10138929