MicrobesOnline Operon Predictions for Silicibacter TM1040

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3412255 3412256 TM1040_0001 TM1040_0002 dnaA   FALSE 0.178 282.000 0.328 1.000 Y NA
 3412256 3412257 TM1040_0002 TM1040_0003   recF TRUE 0.862 90.000 0.318 1.000 Y NA
 3412257 3412258 TM1040_0003 TM1040_0004 recF   FALSE 0.520 -3.000 0.011 1.000 N NA
 3412260 3412261 TM1040_0006 TM1040_0007   gyrB FALSE 0.229 86.000 0.004 1.000   NA
 3412262 3412263 TM1040_0008 TM1040_0009 radC   FALSE 0.054 138.000 0.041 1.000 N NA
 3412263 3412264 TM1040_0009 TM1040_0010     TRUE 0.940 77.000 0.236 0.003 Y NA
 3412267 3412268 TM1040_0013 TM1040_0014     TRUE 0.740 1.000 0.052 1.000 N NA
 3412268 3412269 TM1040_0014 TM1040_0015     FALSE 0.288 151.000 0.016 1.000 Y NA
 3412269 3412270 TM1040_0015 TM1040_0016     TRUE 0.895 101.000 0.552 1.000 Y NA
 3412270 3412271 TM1040_0016 TM1040_0017     TRUE 0.948 17.000 0.393 NA   NA
 3412271 3412272 TM1040_0017 TM1040_0018     FALSE 0.490 139.000 0.435 NA   NA
 3412272 3412273 TM1040_0018 TM1040_0019     TRUE 0.992 -3.000 0.957 NA   NA
 3412273 3412274 TM1040_0019 TM1040_0020     TRUE 0.707 7.000 0.000 NA   NA
 3412275 3412276 TM1040_0021 TM1040_0022     TRUE 0.789 56.000 0.353 NA N NA
 3412278 3412279 TM1040_0024 TM1040_0025     TRUE 0.982 0.000 0.543 NA   NA
 3412279 3412280 TM1040_0025 TM1040_0026     FALSE 0.452 70.000 0.055 NA   NA
 3412280 3412281 TM1040_0026 TM1040_0027     FALSE 0.375 73.000 0.030 NA   NA
 3412282 3412283 TM1040_0028 TM1040_0029     TRUE 0.979 -3.000 0.094 1.000 Y NA
 3412283 3412284 TM1040_0029 TM1040_0030     TRUE 0.982 1.000 0.007 0.015 Y NA
 3412284 3412285 TM1040_0030 TM1040_0031     TRUE 0.780 0.000 0.064 1.000 N NA
 3412288 3412289 TM1040_0034 TM1040_0035     TRUE 0.997 -3.000 0.583 0.030 Y NA
 3412289 3412290 TM1040_0035 TM1040_0036     TRUE 0.997 -3.000 0.857 1.000 Y NA
 3412290 3412291 TM1040_0036 TM1040_0037     TRUE 0.998 -3.000 0.857 0.076 Y NA
 3412291 3412292 TM1040_0037 TM1040_0038     TRUE 0.998 2.000 1.000 0.076 Y NA
 3412292 3412293 TM1040_0038 TM1040_0039     TRUE 0.961 58.000 0.571 1.000 Y NA
 3412294 3412295 TM1040_0040 TM1040_0041     FALSE 0.142 105.000 0.000 NA   NA
 3412296 3412297 TM1040_0042 TM1040_0043     FALSE 0.095 76.000 0.015 1.000 N NA
 3412297 3412298 TM1040_0043 TM1040_0044     TRUE 0.927 -3.000 0.097 NA   NA
 3412298 3412299 TM1040_0044 TM1040_0045   leuS TRUE 0.931 -13.000 0.090 NA   NA
 3412299 3412300 TM1040_0045 TM1040_0046 leuS   FALSE 0.341 88.000 0.051 1.000   NA
 3412301 3412302 TM1040_0047 TM1040_0048     FALSE 0.149 119.000 0.013 NA   NA
 3412303 3412304 TM1040_0049 TM1040_0050     TRUE 0.731 42.000 0.116 NA   NA
 3412307 3412308 TM1040_0053 TM1040_0054     FALSE 0.026 225.000 0.117 1.000 N NA
 3412308 3412309 TM1040_0054 TM1040_0055     TRUE 0.871 28.000 0.222 1.000   NA
 3412309 3412310 TM1040_0055 TM1040_0056     TRUE 0.946 -3.000 0.148 NA   NA
 3412312 3412313 TM1040_0058 TM1040_0059     FALSE 0.222 109.000 0.110 1.000 N NA
 3412313 3412314 TM1040_0059 TM1040_0060     FALSE 0.241 120.000 0.157 1.000 N NA
 3412314 3412315 TM1040_0060 TM1040_0061     FALSE 0.225 68.000 0.043 1.000 N NA
 3412318 3412319 TM1040_0064 TM1040_0065     FALSE 0.000 308.000 0.000 NA N NA
 3412319 3412320 TM1040_0065 TM1040_0066     TRUE 0.909 34.000 0.071 NA Y NA
 3412321 3412322 TM1040_0067 TM1040_0068     FALSE 0.099 100.000 0.025 NA N NA
 3412322 3412323 TM1040_0068 TM1040_0069     FALSE 0.297 16.000 0.005 NA N NA
 3412323 3412324 TM1040_0069 TM1040_0070     TRUE 0.899 28.000 0.296 1.000   NA
 3412324 3412325 TM1040_0070 TM1040_0071     FALSE 0.047 152.000 0.000 NA   NA
 3412325 3412326 TM1040_0071 TM1040_0072     FALSE 0.237 74.000 0.000 NA   NA
 3412327 3412328 TM1040_0073 TM1040_0074     FALSE 0.004 142.000 0.000 1.000 N NA
 3412330 3412331 TM1040_0076 TM1040_0077     FALSE 0.250 71.000 0.000 NA   NA
 3412331 3412332 TM1040_0077 TM1040_0078     FALSE 0.149 102.000 0.000 NA   NA
 3412332 3412333 TM1040_0078 TM1040_0079     FALSE 0.019 194.000 0.000 NA   NA
 3412333 3412334 TM1040_0079 TM1040_0080     FALSE 0.233 75.000 0.000 NA   NA
 3412334 3412335 TM1040_0080 TM1040_0081   rpsO FALSE 0.035 164.000 0.000 NA   NA
 3412335 3412336 TM1040_0081 TM1040_0082 rpsO   FALSE 0.008 265.000 0.000 1.000   NA
 3412336 3412337 TM1040_0082 TM1040_0083     FALSE 0.213 104.000 0.018 NA   NA
 3412337 3412338 TM1040_0083 TM1040_0084   truB FALSE 0.021 229.000 0.024 NA   NA
 3412338 3412339 TM1040_0084 TM1040_0085 truB   FALSE 0.485 58.000 0.030 NA   NA
 3412339 3412340 TM1040_0085 TM1040_0086   rbfA TRUE 0.817 5.000 0.024 NA   NA
 3412343 3412344 TM1040_0089 TM1040_0090     FALSE 0.052 192.000 0.071 NA   NA
 3412344 3412345 TM1040_0090 TM1040_0091   purH TRUE 0.749 25.000 0.068 NA   NA
 3412345 3412346 TM1040_0091 TM1040_0092 purH   FALSE 0.422 20.000 0.027 1.000 N NA
 3412346 3412347 TM1040_0092 TM1040_0093     FALSE 0.467 153.000 0.588 NA   NA
 3412347 3412348 TM1040_0093 TM1040_0094     FALSE 0.295 134.000 0.173 NA   NA
 3412348 3412349 TM1040_0094 TM1040_0095     TRUE 0.994 -3.000 0.598 0.005   NA
 3412350 3412351 TM1040_0096 TM1040_0097     TRUE 0.918 11.000 0.277 1.000 N NA
 3412352 3412353 TM1040_0098 TM1040_0099     TRUE 0.996 0.000 0.898 1.000 Y NA
 3412353 3412354 TM1040_0099 TM1040_0100     TRUE 0.972 32.000 0.432 1.000 Y NA
 3412354 3412355 TM1040_0100 TM1040_0101     TRUE 0.996 1.000 0.443 0.007 Y NA
 3412355 3412356 TM1040_0101 TM1040_0102   mutL FALSE 0.040 91.000 0.005 1.000 N NA
 3412356 3412357 TM1040_0102 TM1040_0103 mutL   TRUE 0.803 11.000 0.031 NA   NA
 3412357 3412358 TM1040_0103 TM1040_0104     TRUE 0.841 -3.000 0.009 NA   NA
 3412358 3412359 TM1040_0104 TM1040_0105     FALSE 0.480 79.000 0.095 NA   NA
 3412360 3412361 TM1040_0106 TM1040_0107     TRUE 0.928 30.000 0.104 1.000 Y NA
 3412361 3412362 TM1040_0107 TM1040_0108     TRUE 0.837 12.000 0.146 1.000 N NA
 3412362 3412363 TM1040_0108 TM1040_0109     TRUE 0.761 21.000 0.139 NA N NA
 3412363 3412364 TM1040_0109 TM1040_0110     FALSE 0.117 114.000 0.000 NA   NA
 3412364 3412365 TM1040_0110 TM1040_0111     FALSE 0.406 89.000 0.083 NA   NA
 3412365 3412366 TM1040_0111 TM1040_0112     TRUE 0.999 -7.000 0.889 0.019 Y NA
 3412367 3412368 TM1040_0113 TM1040_0114     TRUE 0.709 85.000 0.474 1.000 N NA
 3412368 3412369 TM1040_0114 TM1040_0115     TRUE 0.965 39.000 0.421 1.000 Y NA
 3412371 3412372 TM1040_0117 TM1040_0118     TRUE 0.844 39.000 0.233 NA   NA
 3412372 3412373 TM1040_0118 TM1040_0119     TRUE 0.924 92.000 0.651 NA Y NA
 3412373 3412374 TM1040_0119 TM1040_0120     TRUE 0.827 119.000 0.464 NA Y NA
 3412374 3412375 TM1040_0120 TM1040_0121     TRUE 0.938 17.000 0.479 1.000 N NA
 3412375 3412376 TM1040_0121 TM1040_0122     FALSE 0.078 123.000 0.043 1.000 N NA
 3412377 3412378 TM1040_0123 TM1040_0124     FALSE 0.005 387.000 0.000 NA   NA
 3412378 3412379 TM1040_0124 TM1040_0125   rpmJ FALSE 0.005 361.000 0.000 1.000   NA
 3412379 3412380 TM1040_0125 TM1040_R0001 rpmJ   FALSE 0.210 82.000 0.000 NA   NA
 3412385 3412386 TM1040_0130 TM1040_0131     FALSE 0.003 190.000 0.003 1.000 N NA
 3412388 3412389 TM1040_0133 TM1040_0134     TRUE 0.993 0.000 0.790 0.065   NA
 3412389 3412390 TM1040_0134 TM1040_0135     FALSE 0.316 61.000 0.000 NA   NA
 3412390 3412391 TM1040_0135 TM1040_R0002     FALSE 0.005 350.000 0.000 NA   NA
 3412391 3412392 TM1040_R0002 TM1040_R0003     FALSE 0.066 140.000 0.000 NA   NA
 3412392 3412393 TM1040_R0003 TM1040_R0004     FALSE 0.279 66.000 0.000 NA   NA
 3412393 3412394 TM1040_R0004 TM1040_R0005     FALSE 0.003 545.000 0.000 NA   NA
 3412394 3412395 TM1040_R0005 TM1040_R0006     FALSE 0.011 238.000 0.000 NA   NA
 3412395 3412396 TM1040_R0006 TM1040_R0007     FALSE 0.367 52.000 0.000 NA   NA
 3412397 3412398 TM1040_0136 TM1040_0137     TRUE 0.966 -9.000 0.000 1.000 Y NA
 3412398 3412399 TM1040_0137 TM1040_0138     TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 3412399 3412400 TM1040_0138 TM1040_0139     TRUE 0.914 -15.000 0.058 NA   NA
 3412400 3412401 TM1040_0139 TM1040_0140     TRUE 0.975 -3.000 0.052 NA Y NA
 3412401 3412402 TM1040_0140 TM1040_0141     TRUE 0.972 3.000 0.082 NA Y NA
 3412402 3412403 TM1040_0141 TM1040_0142     FALSE 0.012 232.000 0.000 NA   NA
 3412403 3412404 TM1040_0142 TM1040_0143     FALSE 0.153 101.000 0.000 NA   NA
 3412406 3412407 TM1040_0145 TM1040_0146     FALSE 0.017 76.000 0.000 1.000 N NA
 3412408 3412409 TM1040_0147 TM1040_0148     TRUE 0.834 4.000 0.028 NA   NA
 3412412 3412413 TM1040_0151 TM1040_0152     TRUE 0.894 -3.000 0.048 NA   NA
 3412413 3412414 TM1040_0152 TM1040_0153     FALSE 0.169 95.000 0.000 NA   NA
 3412414 3412415 TM1040_0153 TM1040_0154     FALSE 0.027 175.000 0.000 NA   NA
 3412415 3412416 TM1040_0154 TM1040_0155     TRUE 0.867 12.000 0.096 1.000   NA
 3412416 3412417 TM1040_0155 TM1040_0156     FALSE 0.479 158.000 0.231 1.000 Y NA
 3412418 3412419 TM1040_0157 TM1040_0158     TRUE 0.992 -7.000 0.880 NA   NA
 3412421 3412422 TM1040_0160 TM1040_0161     TRUE 0.972 -3.000 0.310 1.000   NA
 3412422 3412423 TM1040_0161 TM1040_0162     FALSE 0.349 94.000 0.000 0.021 N NA
 3412424 3412425 TM1040_0163 TM1040_0164     FALSE 0.001 196.000 0.000 1.000 N NA
 3412425 3412426 TM1040_0164 TM1040_0165     FALSE 0.534 144.000 0.604 NA   NA
 3412426 3412427 TM1040_0165 TM1040_0166     TRUE 0.703 99.000 0.411 NA   NA
 3412432 3412433 TM1040_0170 TM1040_0171     FALSE 0.441 86.000 0.091 NA   NA
 3412433 3412434 TM1040_0171 TM1040_0172     FALSE 0.027 175.000 0.000 NA   NA
 3412434 3412435 TM1040_0172 TM1040_0173     FALSE 0.008 111.000 0.000 NA N NA
 3412435 3412436 TM1040_0173 TM1040_0174     TRUE 0.982 21.000 0.500 NA Y NA
 3412437 3412438 TM1040_0175 TM1040_0176     TRUE 0.974 0.000 0.085 1.000 Y NA
 3412438 3412439 TM1040_0176 TM1040_0177     FALSE 0.305 119.000 0.113 NA   NA
 3412439 3412440 TM1040_0177 TM1040_0178     FALSE 0.233 75.000 0.000 NA   NA
 3412440 3412441 TM1040_0178 TM1040_0179     TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 3412441 3412442 TM1040_0179 TM1040_0180     FALSE 0.061 140.000 0.000 1.000   NA
 3412442 3412443 TM1040_0180 TM1040_0181     TRUE 0.984 6.000 0.265 1.000 Y NA
 3412443 3412444 TM1040_0181 TM1040_0182     TRUE 0.909 83.000 0.451 1.000 Y NA
 3412447 3412448 TM1040_0185 TM1040_0186     FALSE 0.005 345.000 0.000 1.000   NA
 3412448 3412449 TM1040_0186 TM1040_0187     TRUE 0.672 12.000 0.000 NA   NA
 3412449 3412450 TM1040_0187 TM1040_0188     FALSE 0.014 216.000 0.000 NA   NA
 3412452 3412453 TM1040_0190 TM1040_0191     TRUE 0.889 23.000 0.222 NA   NA
 3412453 3412454 TM1040_0191 TM1040_0192     TRUE 0.961 -3.000 0.213 NA   NA
 3412454 3412455 TM1040_0192 TM1040_0193     FALSE 0.319 112.000 0.191 1.000 N NA
 3412455 3412456 TM1040_0193 TM1040_0194     FALSE 0.058 167.000 0.028 NA   NA
 3412456 3412457 TM1040_0194 TM1040_0195   trmB FALSE 0.109 132.000 0.012 NA   NA
 3412458 3412459 TM1040_0196 TM1040_0197     FALSE 0.003 193.000 0.002 1.000 N NA
 3412459 3412460 TM1040_0197 TM1040_0198     FALSE 0.304 60.000 0.000 1.000   NA
 3412460 3412461 TM1040_0198 TM1040_0199     TRUE 0.795 -7.000 0.000 1.000   NA
 3412464 3412465 TM1040_0202 TM1040_0203 ihfB   TRUE 0.908 1.000 0.095 NA   NA
 3412465 3412466 TM1040_0203 TM1040_0204     TRUE 0.855 2.000 0.036 NA   NA
 3412466 3412467 TM1040_0204 TM1040_0205     FALSE 0.000 274.000 0.000 1.000 N NA
 3412467 3412468 TM1040_0205 TM1040_0206     FALSE 0.001 214.000 0.000 1.000 N NA
 3412470 3412471 TM1040_0208 TM1040_0209     TRUE 0.799 -13.000 0.000 1.000   NA
 3412471 3412472 TM1040_0209 TM1040_0210     FALSE 0.131 5.000 0.000 1.000 N NA
 3412472 3412473 TM1040_0210 TM1040_0211     FALSE 0.002 163.000 0.000 1.000 N NA
 3412478 3412479 TM1040_0216 TM1040_0217     FALSE 0.209 93.000 0.002 NA   NA
 3412482 3412483 TM1040_0220 TM1040_0221     FALSE 0.018 196.000 0.000 NA   NA
 3412484 3412485 TM1040_0222 TM1040_0223 trpA   FALSE 0.233 99.000 0.019 NA   NA
 3412486 3412487 TM1040_0224 TM1040_0225     FALSE 0.011 154.000 0.003 NA N NA
 3412487 3412488 TM1040_0225 TM1040_0226   secE FALSE 0.001 186.000 0.000 NA N NA
 3412488 3412489 TM1040_0226 TM1040_0227 secE   FALSE 0.270 196.000 0.843 1.000 N NA
 3412489 3412490 TM1040_0227 TM1040_0228     FALSE 0.010 104.000 0.000 1.000 N NA
 3412490 3412491 TM1040_0228 TM1040_0229   rplK FALSE 0.002 161.000 0.000 1.000 N NA
 3412491 3412492 TM1040_0229 TM1040_0230 rplK rplA TRUE 0.998 2.000 0.838 0.020 Y NA
 3412492 3412493 TM1040_0230 TM1040_0231 rplA   FALSE 0.057 144.000 0.000 NA   NA
 3412493 3412494 TM1040_0231 TM1040_0232   rplJ FALSE 0.006 323.000 0.000 NA   NA
 3412494 3412495 TM1040_0232 TM1040_0233 rplJ rplL TRUE 0.979 81.000 0.884 0.015 Y NA
 3412495 3412496 TM1040_0233 TM1040_0234 rplL rpoB FALSE 0.044 295.000 0.223 1.000   NA
 3412496 3412497 TM1040_0234 TM1040_0235 rpoB   TRUE 0.976 54.000 0.851 0.001   NA
 3412497 3412498 TM1040_0235 TM1040_0236     FALSE 0.047 161.000 0.002 NA   NA
 3412498 3412499 TM1040_0236 TM1040_0237     TRUE 0.763 44.000 0.154 NA   NA
 3412501 3412502 TM1040_0239 TM1040_0240 rpsL   TRUE 0.994 19.000 0.620 0.003 Y NA
 3412502 3412503 TM1040_0240 TM1040_0241     TRUE 0.944 22.000 0.114 1.000 Y NA
 3412503 3412504 TM1040_0241 TM1040_0242     TRUE 0.939 63.000 0.102 0.001 Y NA
 3412504 3412505 TM1040_0242 TM1040_0243     FALSE 0.019 194.000 0.000 NA   NA
 3412505 3412506 TM1040_0243 TM1040_0244     FALSE 0.004 438.000 0.000 NA   NA
 3412506 3412507 TM1040_0244 TM1040_0245   rpsJ FALSE 0.014 220.000 0.000 NA   NA
 3412507 3412508 TM1040_0245 TM1040_0246 rpsJ rplC TRUE 0.988 19.000 0.307 0.020 Y NA
 3412508 3412509 TM1040_0246 TM1040_0247 rplC rplD TRUE 0.997 -3.000 0.486 0.015 Y NA
 3412509 3412510 TM1040_0247 TM1040_0248 rplD rplW TRUE 0.994 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 3412510 3412511 TM1040_0248 TM1040_0249 rplW   FALSE 0.007 284.000 0.000 NA   NA
 3412511 3412512 TM1040_0249 TM1040_0250     FALSE 0.272 67.000 0.000 NA   NA
 3412512 3412513 TM1040_0250 TM1040_0251     FALSE 0.017 201.000 0.000 NA   NA
 3412513 3412514 TM1040_0251 TM1040_0252   rplB FALSE 0.010 247.000 0.000 NA   NA
 3412514 3412515 TM1040_0252 TM1040_0253 rplB rpsS TRUE 0.998 4.000 0.820 0.020 Y NA
 3412515 3412516 TM1040_0253 TM1040_0254 rpsS rplV TRUE 0.988 4.000 0.119 0.020 Y NA
 3412516 3412517 TM1040_0254 TM1040_0255 rplV rpsC TRUE 0.989 0.000 0.109 0.020 Y NA
 3412517 3412518 TM1040_0255 TM1040_0256 rpsC rplP TRUE 0.997 13.000 0.828 0.020 Y NA
 3412518 3412519 TM1040_0256 TM1040_0257 rplP   FALSE 0.009 260.000 0.000 NA   NA
 3412519 3412520 TM1040_0257 TM1040_0258     FALSE 0.142 105.000 0.000 NA   NA
 3412520 3412521 TM1040_0258 TM1040_0259     FALSE 0.052 148.000 0.000 NA   NA
 3412521 3412522 TM1040_0259 TM1040_0260     FALSE 0.237 74.000 0.000 NA   NA
 3412524 3412525 TM1040_0262 TM1040_0263   rpsQ TRUE 0.997 13.000 0.828 0.015 Y NA
 3412525 3412526 TM1040_0263 TM1040_0264 rpsQ rplN TRUE 0.963 101.000 0.791 0.020 Y NA
 3412526 3412527 TM1040_0264 TM1040_0265 rplN rplX TRUE 0.998 0.000 0.810 0.020 Y NA
 3412527 3412528 TM1040_0265 TM1040_0266 rplX rplE TRUE 0.998 0.000 0.758 0.015 Y NA
 3412528 3412529 TM1040_0266 TM1040_0267 rplE rpsN TRUE 0.988 19.000 0.309 0.015 Y NA
 3412529 3412530 TM1040_0267 TM1040_0268 rpsN rpsH TRUE 0.991 13.000 0.295 0.015 Y NA
 3412530 3412531 TM1040_0268 TM1040_0269 rpsH rplF TRUE 0.996 16.000 0.808 0.015 Y NA
 3412531 3412532 TM1040_0269 TM1040_0270 rplF rplR TRUE 0.997 12.000 0.815 0.015 Y NA
 3412532 3412533 TM1040_0270 TM1040_0271 rplR rpsE TRUE 0.827 168.000 0.814 0.020 Y NA
 3412533 3412534 TM1040_0271 TM1040_0272 rpsE rpmD TRUE 0.996 13.000 0.789 0.020 Y NA
 3412534 3412535 TM1040_0272 TM1040_0273 rpmD   FALSE 0.013 225.000 0.000 NA   NA
 3412535 3412536 TM1040_0273 TM1040_0274   rplO FALSE 0.003 557.000 0.000 NA   NA
 3412536 3412537 TM1040_0274 TM1040_0275 rplO secY TRUE 0.705 111.000 0.730 1.000 N NA
 3412537 3412538 TM1040_0275 TM1040_0276 secY   TRUE 0.669 -3.000 0.026 1.000 N NA
 3412538 3412539 TM1040_0276 TM1040_0277   rpsM FALSE 0.001 409.000 0.007 1.000 N NA
 3412539 3412540 TM1040_0277 TM1040_0278 rpsM   TRUE 0.996 17.000 0.810 0.015 Y NA
 3412540 3412541 TM1040_0278 TM1040_0279     FALSE 0.440 114.000 0.308 1.000 N NA
 3412541 3412542 TM1040_0279 TM1040_0280   rplQ FALSE 0.536 147.000 0.873 1.000 N NA
 3412542 3412543 TM1040_0280 TM1040_0281 rplQ   FALSE 0.093 121.000 0.000 1.000   NA
 3412544 3412545 TM1040_0282 TM1040_0283     FALSE 0.016 79.000 0.000 1.000 N NA
 3412548 3412549 TM1040_0286 TM1040_0287     FALSE 0.035 198.000 0.115 1.000 N NA
 3412549 3412550 TM1040_0287 TM1040_0288     FALSE 0.508 2.000 0.015 1.000 N NA
 3412552 3412553 TM1040_0290 TM1040_0291     TRUE 0.811 -3.000 0.059 NA N NA
 3412553 3412554 TM1040_0291 TM1040_0292     TRUE 0.977 -3.000 0.389 1.000   NA
 3412554 3412555 TM1040_0292 TM1040_0293     TRUE 0.744 68.000 0.269 NA   NA
 3412555 3412556 TM1040_0293 TM1040_0294     FALSE 0.006 313.000 0.048 NA N NA
 3412556 3412557 TM1040_0294 TM1040_0295     TRUE 0.693 142.000 0.202 0.074 Y NA
 3412557 3412558 TM1040_0295 TM1040_0296     TRUE 0.998 2.000 0.815 0.012 Y NA
 3412558 3412559 TM1040_0296 TM1040_0297     TRUE 0.992 13.000 0.734 1.000 Y NA
 3412560 3412561 TM1040_0298 TM1040_0299     FALSE 0.016 205.000 0.000 NA   NA
 3412561 3412562 TM1040_0299 TM1040_0300     TRUE 0.954 -3.000 0.183 NA   NA
 3412562 3412563 TM1040_0300 TM1040_0301     FALSE 0.137 129.000 0.023 NA   NA
 3412565 3412566 TM1040_0303 TM1040_0304     FALSE 0.439 69.000 0.048 NA   NA
 3412566 3412567 TM1040_0304 TM1040_0305     FALSE 0.515 35.000 0.002 NA   NA
 3412567 3412568 TM1040_0305 TM1040_0306     TRUE 0.840 0.000 0.025 1.000   NA
 3412568 3412569 TM1040_0306 TM1040_0307     TRUE 0.870 -3.000 0.030 1.000   NA
 3412569 3412570 TM1040_0307 TM1040_0308     FALSE 0.002 426.000 0.021 1.000 N NA
 3412570 3412571 TM1040_0308 TM1040_0309     FALSE 0.118 113.000 0.049 NA N NA
 3412573 3412574 TM1040_0311 TM1040_0312     FALSE 0.227 199.000 0.540 NA   NA
 3412574 3412575 TM1040_0312 TM1040_0313   rpmH TRUE 0.935 53.000 0.787 1.000   NA
 3412576 3412577 TM1040_0314 TM1040_0315     TRUE 0.963 4.000 0.320 NA   NA
 3412577 3412578 TM1040_0315 TM1040_0316     TRUE 0.888 18.000 0.287 1.000 N NA
 3412578 3412579 TM1040_0316 TM1040_R0009     FALSE 0.089 127.000 0.000 NA   NA
 3412579 3412580 TM1040_R0009 TM1040_0317     FALSE 0.003 692.000 0.000 NA   NA
 3412580 3412581 TM1040_0317 TM1040_0318     FALSE 0.029 172.000 0.000 NA   NA
 3412581 3412582 TM1040_0318 TM1040_0319     FALSE 0.017 199.000 0.000 NA   NA
 3412582 3412583 TM1040_0319 TM1040_0320     FALSE 0.072 137.000 0.000 NA   NA
 3412583 3412584 TM1040_0320 TM1040_0321     FALSE 0.237 74.000 0.000 NA   NA
 3412586 3412587 TM1040_0323 TM1040_0324     TRUE 0.946 88.000 0.500 0.074 Y NA
 3412587 3412588 TM1040_0324 TM1040_0325     TRUE 0.998 4.000 0.917 0.074 Y NA
 3412588 3412589 TM1040_0325 TM1040_0326     TRUE 0.997 -3.000 0.688 0.074 Y NA
 3412589 3412590 TM1040_0326 TM1040_0327     FALSE 0.182 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3412590 3412591 TM1040_0327 TM1040_0328     TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 3412591 3412592 TM1040_0328 TM1040_0329     TRUE 0.967 -13.000 0.222 NA   NA
 3412596 3412597 TM1040_0333 TM1040_0334     TRUE 0.904 -3.000 0.064 1.000   NA
 3412598 3412599 TM1040_0335 TM1040_0336     TRUE 0.747 2.000 0.000 NA   NA
 3412600 3412601 TM1040_0337 TM1040_0338     FALSE 0.000 285.000 0.000 1.000 N NA
 3412601 3412602 TM1040_0338 TM1040_0339     FALSE 0.020 192.000 0.000 NA   NA
 3412602 3412603 TM1040_0339 TM1040_0340     TRUE 0.642 124.000 0.556 NA   NA
 3412603 3412604 TM1040_0340 TM1040_0341     TRUE 0.998 12.000 1.000 0.002 Y NA
 3412604 3412605 TM1040_0341 TM1040_0342     FALSE 0.107 198.000 0.000 1.000 Y NA
 3412606 3412607 TM1040_0343 TM1040_0344     TRUE 0.984 -3.000 0.158 1.000 Y NA
 3412607 3412608 TM1040_0344 TM1040_0345     TRUE 0.995 4.000 0.852 1.000 Y NA
 3412608 3412609 TM1040_0345 TM1040_0346     TRUE 0.990 0.000 0.384 1.000 Y NA
 3412610 3412611 TM1040_0347 TM1040_0348     TRUE 0.826 20.000 0.107 NA   NA
 3412611 3412612 TM1040_0348 TM1040_0349     TRUE 0.985 -3.000 0.548 NA   NA
 3412612 3412613 TM1040_0349 TM1040_0350     TRUE 0.995 0.000 0.419 0.091 Y NA
 3412613 3412614 TM1040_0350 TM1040_0351     TRUE 0.988 4.000 0.562 0.074   NA
 3412614 3412615 TM1040_0351 TM1040_0352     TRUE 0.979 -3.000 0.409 1.000   NA
 3412616 3412617 TM1040_0353 TM1040_0354     TRUE 0.742 3.000 0.000 NA   NA
 3412618 3412619 TM1040_0355 TM1040_0356     TRUE 0.832 40.000 0.344 1.000 N NA
 3412619 3412620 TM1040_0356 TM1040_0357     FALSE 0.237 213.000 0.656 NA   NA
 3412620 3412621 TM1040_0357 TM1040_0358     TRUE 0.988 -3.000 0.688 NA   NA
 3412621 3412622 TM1040_0358 TM1040_0359     FALSE 0.000 424.000 0.000 1.000 N NA
 3412622 3412623 TM1040_0359 TM1040_0360     FALSE 0.001 181.000 0.000 1.000 N NA
 3412623 3412624 TM1040_0360 TM1040_0361     TRUE 0.956 22.000 0.179 1.000 Y NA
 3412624 3412625 TM1040_0361 TM1040_0362     FALSE 0.001 189.000 0.000 1.000 N NA
 3412625 3412626 TM1040_0362 TM1040_0363     FALSE 0.000 333.000 0.000 1.000 N NA
 3412626 3412627 TM1040_0363 TM1040_0364     FALSE 0.072 137.000 0.000 NA   NA
 3412628 3412629 TM1040_0365 TM1040_0366     TRUE 0.953 -9.000 0.160 1.000   NA
 3412629 3412630 TM1040_0366 TM1040_0367     FALSE 0.078 129.000 0.000 1.000   NA
 3412631 3412632 TM1040_0368 TM1040_0369     FALSE 0.564 188.000 0.676 NA Y NA
 3412632 3412633 TM1040_0369 TM1040_0370     TRUE 0.990 -3.000 0.797 1.000   NA
 3412633 3412634 TM1040_0370 TM1040_0371   frcK TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 3412634 3412635 TM1040_0371 TM1040_0372 frcK   FALSE 0.506 29.000 0.000 NA   NA
 3412636 3412637 TM1040_0373 TM1040_0374     FALSE 0.234 71.000 0.000 1.000   NA
 3412637 3412638 TM1040_0374 TM1040_0375     FALSE 0.182 141.000 0.000 0.086   NA
 3412638 3412639 TM1040_0375 TM1040_0376     TRUE 0.991 5.000 0.523 1.000 Y NA
 3412639 3412640 TM1040_0376 TM1040_0377     TRUE 0.888 33.000 0.029 1.000 Y NA
 3412640 3412641 TM1040_0377 TM1040_0378     TRUE 0.911 25.000 0.035 1.000 Y NA
 3412641 3412642 TM1040_0378 TM1040_0379     FALSE 0.144 104.000 0.000 NA   NA
 3412642 3412643 TM1040_0379 TM1040_0380     FALSE 0.195 87.000 0.000 NA   NA
 3412643 3412644 TM1040_0380 TM1040_0381     TRUE 0.996 -3.000 0.283 0.003 Y NA
 3412644 3412645 TM1040_0381 TM1040_0382     TRUE 0.997 -10.000 0.330 0.003 Y NA
 3412645 3412646 TM1040_0382 TM1040_0383     FALSE 0.375 50.000 0.000 NA   NA
 3412646 3412647 TM1040_0383 TM1040_0384     FALSE 0.068 139.000 0.000 NA   NA
 3412647 3412648 TM1040_0384 TM1040_0385   ureC FALSE 0.567 32.000 0.010 NA   NA
 3412648 3412649 TM1040_0385 TM1040_0386 ureC   TRUE 0.937 113.000 0.486 0.001 Y NA
 3412649 3412650 TM1040_0386 TM1040_0387     TRUE 0.730 190.000 0.595 0.001 Y NA
 3412650 3412651 TM1040_0387 TM1040_0388     TRUE 0.978 22.000 0.664 0.003 N NA
 3412655 3412656 TM1040_0392 TM1040_0393     FALSE 0.094 124.000 0.000 NA   NA
 3412656 3412657 TM1040_0393 TM1040_0394     TRUE 0.970 16.000 0.625 NA   NA
 3412657 3412658 TM1040_0394 TM1040_0395     TRUE 0.989 -3.000 0.952 NA N NA
 3412658 3412659 TM1040_0395 TM1040_0396     FALSE 0.189 96.000 0.068 1.000 N NA
 3412660 3412661 TM1040_0397 TM1040_0398     TRUE 0.992 -3.000 0.901 NA   NA
 3412661 3412662 TM1040_0398 TM1040_0399     TRUE 0.972 -3.000 0.305 NA   NA
 3412662 3412663 TM1040_0399 TM1040_0400     FALSE 0.251 107.000 0.042 NA   NA
 3412663 3412664 TM1040_0400 TM1040_0401     FALSE 0.397 114.000 0.160 NA   NA
 3412664 3412665 TM1040_0401 TM1040_0402     TRUE 0.992 14.000 0.317 0.002 Y NA
 3412665 3412666 TM1040_0402 TM1040_0403     TRUE 0.905 116.000 0.349 0.002 Y NA
 3412666 3412667 TM1040_0403 TM1040_0404     TRUE 0.941 5.000 0.060 0.063   NA
 3412667 3412668 TM1040_0404 TM1040_0405     FALSE 0.066 137.000 0.000 1.000   NA
 3412669 3412670 TM1040_0406 TM1040_0407     FALSE 0.144 100.000 0.000 1.000   NA
 3412670 3412671 TM1040_0407 TM1040_0408     TRUE 0.949 -3.000 0.012 0.046   NA
 3412671 3412672 TM1040_0408 TM1040_0409     TRUE 0.965 -3.000 0.240 NA   NA
 3412672 3412673 TM1040_0409 TM1040_0410     TRUE 0.974 -3.000 0.323 NA   NA
 3412673 3412674 TM1040_0410 TM1040_0411     TRUE 0.956 3.000 0.247 NA   NA
 3412674 3412675 TM1040_0411 TM1040_0412     TRUE 0.971 -10.000 0.258 NA   NA
 3412675 3412676 TM1040_0412 TM1040_0413     TRUE 0.953 0.000 0.213 NA   NA
 3412676 3412677 TM1040_0413 TM1040_0414     TRUE 0.989 -3.000 0.722 NA   NA
 3412678 3412679 TM1040_0415 TM1040_0416     TRUE 0.988 -3.000 0.898 NA N NA
 3412681 3412682 TM1040_0418 TM1040_0419     FALSE 0.023 182.000 0.000 NA   NA
 3412683 3412684 TM1040_0420 TM1040_0421     TRUE 0.974 -7.000 0.302 NA   NA
 3412685 3412686 TM1040_0422 TM1040_0423     FALSE 0.010 105.000 0.000 1.000 N NA
 3412686 3412687 TM1040_0423 TM1040_0424     FALSE 0.070 138.000 0.000 NA   NA
 3412687 3412688 TM1040_0424 TM1040_0425     FALSE 0.015 209.000 0.000 NA   NA
 3412689 3412690 TM1040_0426 TM1040_0427     TRUE 0.971 0.000 0.235 0.046 N NA
 3412690 3412691 TM1040_0427 TM1040_0428     TRUE 0.950 0.000 0.309 1.000 N NA
 3412691 3412692 TM1040_0428 TM1040_0429     TRUE 0.991 13.000 0.373 0.073 Y NA
 3412692 3412693 TM1040_0429 TM1040_0430     TRUE 0.996 16.000 0.918 0.073 Y NA
 3412693 3412694 TM1040_0430 TM1040_0431     TRUE 0.892 103.000 0.306 0.073 Y NA
 3412694 3412695 TM1040_0431 TM1040_0432     FALSE 0.353 132.000 0.333 1.000 N NA
 3412695 3412696 TM1040_0432 TM1040_0433     FALSE 0.001 199.000 0.000 1.000 N NA
 3412696 3412697 TM1040_0433 TM1040_0434     FALSE 0.000 725.000 0.000 1.000 N NA
 3412699 3412700 TM1040_R0010 TM1040_0436     FALSE 0.114 115.000 0.000 NA   NA
 3412700 3412701 TM1040_0436 TM1040_0437     FALSE 0.560 30.000 0.068 NA N NA
 3412702 3412703 TM1040_0438 TM1040_0439     TRUE 0.913 4.000 0.204 NA N NA
 3412703 3412704 TM1040_0439 TM1040_0440     FALSE 0.541 56.000 0.124 NA N NA
 3412704 3412705 TM1040_0440 TM1040_0441     TRUE 0.888 7.000 0.189 1.000 N NA
 3412705 3412706 TM1040_0441 TM1040_0442     FALSE 0.015 205.000 0.000 1.000   NA
 3412709 3412710 TM1040_0445 TM1040_0446     TRUE 0.914 -3.000 0.081 1.000   NA
 3412710 3412711 TM1040_0446 TM1040_0447     FALSE 0.150 107.000 0.059 NA N NA
 3412712 3412713 TM1040_0448 TM1040_0449     TRUE 0.923 6.000 0.165 1.000   NA
 3412713 3412714 TM1040_0449 TM1040_0450     FALSE 0.342 61.000 0.064 1.000 N NA
 3412714 3412715 TM1040_0450 TM1040_0451     TRUE 0.683 -3.000 0.028 1.000 N NA
 3412716 3412717 TM1040_0452 TM1040_0453     FALSE 0.558 111.000 0.029 1.000 Y NA
 3412717 3412718 TM1040_0453 TM1040_0454     FALSE 0.543 59.000 0.134 NA N NA
 3412718 3412719 TM1040_0454 TM1040_0455     TRUE 0.831 -3.000 0.069 NA N NA
 3412720 3412721 TM1040_0456 TM1040_0457 rpoH2   TRUE 0.922 -3.000 0.090 NA   NA
 3412721 3412722 TM1040_0457 TM1040_0458     FALSE 0.154 118.000 0.014 NA   NA
 3412722 3412723 TM1040_0458 TM1040_0459     FALSE 0.011 237.000 0.000 NA   NA
 3412723 3412724 TM1040_0459 TM1040_0460     FALSE 0.021 186.000 0.000 NA   NA
 3412724 3412725 TM1040_0460 TM1040_0461     FALSE 0.003 152.000 0.000 1.000 N NA
 3412725 3412726 TM1040_0461 TM1040_0462     TRUE 0.678 -3.000 0.027 1.000 N NA
 3412726 3412727 TM1040_0462 TM1040_0463     TRUE 0.910 3.000 0.200 1.000 N NA
 3412727 3412728 TM1040_0463 TM1040_0464     TRUE 0.965 74.000 0.609 0.090 Y NA
 3412728 3412729 TM1040_0464 TM1040_0465     TRUE 0.644 97.000 0.038 1.000 Y NA
 3412730 3412731 TM1040_0466 TM1040_0467     TRUE 0.914 -3.000 0.072 NA   NA
 3412733 3412734 TM1040_0469 TM1040_0470     TRUE 0.860 -3.000 0.094 1.000 N NA
 3412734 3412735 TM1040_0470 TM1040_0471     TRUE 0.976 -3.000 0.351 NA   NA
 3412735 3412736 TM1040_0471 TM1040_0472     TRUE 0.892 -7.000 0.034 NA   NA
 3412736 3412737 TM1040_0472 TM1040_0473     TRUE 0.889 56.000 0.689 1.000 N NA
 3412737 3412738 TM1040_0473 TM1040_0474     FALSE 0.017 200.000 0.000 NA   NA
 3412740 3412741 TM1040_0476 TM1040_0477     FALSE 0.001 220.000 0.000 1.000 N NA
 3412746 3412747 TM1040_0482 TM1040_0483     FALSE 0.010 257.000 0.062 1.000 N NA
 3412747 3412748 TM1040_0483 TM1040_0484     FALSE 0.153 101.000 0.000 NA   NA
 3412750 3412751 TM1040_0486 TM1040_0487     FALSE 0.002 164.000 0.000 1.000 N NA
 3412752 3412753 TM1040_0488 TM1040_0489     FALSE 0.139 106.000 0.000 NA   NA
 3412753 3412754 TM1040_0489 TM1040_0490     TRUE 0.866 0.000 0.038 NA   NA
 3412754 3412755 TM1040_0490 TM1040_0491     TRUE 0.961 -3.000 0.125 0.045 N NA
 3412757 3412758 TM1040_0493 TM1040_0494     FALSE 0.560 118.000 0.364 1.000   NA
 3412758 3412759 TM1040_0494 TM1040_0495     TRUE 0.984 0.000 0.346 0.073   NA
 3412759 3412760 TM1040_0495 TM1040_0496     FALSE 0.548 118.000 0.346 1.000   NA
 3412760 3412761 TM1040_0496 TM1040_0497     TRUE 0.974 -3.000 0.329 NA   NA
 3412761 3412762 TM1040_0497 TM1040_0498     TRUE 0.845 -10.000 0.068 NA N NA
 3412762 3412763 TM1040_0498 TM1040_0499     TRUE 0.993 -3.000 0.106 0.001 Y NA
 3412765 3412766 TM1040_0501 TM1040_0502     FALSE 0.094 124.000 0.000 NA   NA
 3412767 3412768 TM1040_0503 TM1040_0504 hisS hisZ TRUE 0.959 3.000 0.097 0.001 N NA
 3412768 3412769 TM1040_0504 TM1040_0505 hisZ hisG TRUE 0.988 -3.000 0.239 1.000 Y NA
 3412770 3412771 TM1040_0506 TM1040_0507     FALSE 0.044 154.000 0.000 NA   NA
 3412772 3412773 TM1040_0508 TM1040_0509     TRUE 0.702 33.000 0.065 NA   NA
 3412773 3412774 TM1040_0509 TM1040_0510     FALSE 0.005 131.000 0.000 1.000 N NA
 3412774 3412775 TM1040_0510 TM1040_0511     TRUE 0.986 -3.000 0.600 NA   NA
 3412775 3412776 TM1040_0511 TM1040_0512     TRUE 0.699 9.000 0.000 NA   NA
 3412776 3412777 TM1040_0512 TM1040_0513     TRUE 0.744 0.000 0.000 1.000   NA
 3412777 3412778 TM1040_0513 TM1040_0514     FALSE 0.503 124.000 0.476 1.000 N NA
 3412778 3412779 TM1040_0514 TM1040_0515     TRUE 0.985 -3.000 0.750 1.000 N NA
 3412779 3412780 TM1040_0515 TM1040_0516     FALSE 0.101 121.000 0.000 NA   NA
 3412780 3412781 TM1040_0516 TM1040_0517     TRUE 0.742 3.000 0.000 NA   NA
 3412782 3412783 TM1040_0518 TM1040_0519 nrdF   TRUE 0.939 62.000 0.095 0.001 Y NA
 3412783 3412784 TM1040_0519 TM1040_0520     TRUE 0.994 -18.000 0.444 NA Y NA
 3412784 3412785 TM1040_0520 TM1040_0521     TRUE 0.690 22.000 0.100 NA N NA
 3412785 3412786 TM1040_0521 TM1040_0522     FALSE 0.003 539.000 0.000 1.000   NA
 3412786 3412787 TM1040_0522 TM1040_0523     FALSE 0.495 27.000 0.000 1.000   NA
 3412787 3412788 TM1040_0523 TM1040_0524     TRUE 0.885 -3.000 0.037 NA   NA
 3412788 3412789 TM1040_0524 TM1040_0525     TRUE 0.988 -3.000 0.689 NA   NA
 3412789 3412790 TM1040_0525 TM1040_0526     TRUE 0.664 42.000 0.158 1.000 N NA
 3412792 3412793 TM1040_0528 TM1040_0529     TRUE 0.975 -3.000 0.231 0.052 N NA
 3412793 3412794 TM1040_0529 TM1040_0530     TRUE 0.966 -3.000 0.200 0.089 N NA
 3412794 3412795 TM1040_0530 TM1040_0531     FALSE 0.268 109.000 0.057 NA   NA
 3412796 3412797 TM1040_0532 TM1040_0533     TRUE 0.968 19.000 0.683 NA   NA
 3412797 3412798 TM1040_0533 TM1040_0534     FALSE 0.355 54.000 0.000 NA   NA
 3412798 3412799 TM1040_0534 TM1040_0535     TRUE 0.984 6.000 0.761 NA   NA
 3412801 3412802 TM1040_0537 TM1040_0538     FALSE 0.003 801.000 0.000 1.000   NA
 3412802 3412803 TM1040_0538 TM1040_0539     TRUE 0.744 0.000 0.000 1.000   NA
 3412803 3412804 TM1040_0539 TM1040_R0011     FALSE 0.010 250.000 0.000 NA   NA
 3412805 3412806 TM1040_0540 TM1040_0541     TRUE 0.901 0.000 0.083 1.000   NA
 3412806 3412807 TM1040_0541 TM1040_0542     TRUE 0.931 10.000 0.207 1.000   NA
 3412807 3412808 TM1040_0542 TM1040_0543     TRUE 0.990 -12.000 0.590 0.072 N NA
 3412808 3412809 TM1040_0543 TM1040_0544     TRUE 0.997 -3.000 0.607 0.072 Y NA
 3412810 3412811 TM1040_0545 TM1040_0546     FALSE 0.020 190.000 0.000 NA   NA
 3412812 3412813 TM1040_0547 TM1040_0548     TRUE 0.937 -3.000 0.118 NA   NA
 3412816 3412817 TM1040_0551 TM1040_0552     TRUE 0.977 48.000 0.793 0.001   NA
 3412817 3412818 TM1040_0552 TM1040_0553   ectC TRUE 0.951 25.000 0.572 1.000   NA
 3412818 3412819 TM1040_0553 TM1040_0554 ectC   TRUE 0.829 26.000 0.149 1.000   NA
 3412820 3412821 TM1040_0555 TM1040_0556     TRUE 0.810 40.000 0.028 0.039   NA
 3412821 3412822 TM1040_0556 TM1040_0557     TRUE 0.854 10.000 0.071 1.000   NA
 3412822 3412823 TM1040_0557 TM1040_0558     TRUE 0.998 3.000 0.782 0.001 Y NA
 3412823 3412824 TM1040_0558 TM1040_0559     TRUE 0.886 -3.000 0.044 1.000   NA
 3412824 3412825 TM1040_0559 TM1040_0560     TRUE 0.972 -7.000 0.286 1.000   NA
 3412825 3412826 TM1040_0560 TM1040_0561     TRUE 0.882 0.000 0.059 1.000   NA
 3412827 3412828 TM1040_0562 TM1040_0563     FALSE 0.063 347.000 0.000 0.078 Y NA
 3412830 3412831 TM1040_0565 TM1040_0566     FALSE 0.122 133.000 0.027 1.000   NA
 3412832 3412833 TM1040_0567 TM1040_0568     TRUE 0.734 1.000 0.000 1.000   NA
 3412833 3412834 TM1040_0568 TM1040_0569     FALSE 0.214 76.000 0.000 1.000   NA
 3412834 3412835 TM1040_0569 TM1040_0570     FALSE 0.012 193.000 0.032 1.000 N NA
 3412835 3412836 TM1040_0570 TM1040_0571     TRUE 0.923 21.000 0.041 1.000 Y NA
 3412837 3412838 TM1040_0572 TM1040_0573     FALSE 0.184 86.000 0.000 1.000   NA
 3412838 3412839 TM1040_0573 TM1040_0574     TRUE 0.897 8.000 0.116 1.000   NA
 3412839 3412840 TM1040_0574 TM1040_0575     FALSE 0.248 68.000 0.050 1.000 N NA
 3412840 3412841 TM1040_0575 TM1040_0576     FALSE 0.000 278.000 0.000 1.000 N NA
 3412844 3412845 TM1040_0579 TM1040_0580     FALSE 0.173 158.000 0.160 NA   NA
 3412845 3412846 TM1040_0580 TM1040_0581     FALSE 0.567 64.000 0.091 NA   NA
 3412850 3412851 TM1040_0585 TM1040_0586     FALSE 0.258 151.000 0.229 NA   NA
 3412851 3412852 TM1040_0586 TM1040_0587     FALSE 0.158 99.000 0.000 NA   NA
 3412852 3412853 TM1040_0587 TM1040_0588     FALSE 0.128 110.000 0.000 NA   NA
 3412853 3412854 TM1040_0588 TM1040_0589     FALSE 0.122 203.000 0.216 0.084 N NA
 3412854 3412855 TM1040_0589 TM1040_0590     FALSE 0.003 152.000 0.000 1.000 N NA
 3412857 3412858 TM1040_0592 TM1040_0593     FALSE 0.073 136.000 0.000 NA   NA
 3412858 3412859 TM1040_0593 TM1040_0594     TRUE 0.961 -3.000 0.214 NA   NA
 3412860 3412861 TM1040_0595 TM1040_0596   groES FALSE 0.026 275.000 0.094 NA   NA
 3412861 3412862 TM1040_0596 TM1040_0597 groES groEL TRUE 0.955 61.000 0.209 0.006 Y NA
 3412862 3412863 TM1040_0597 TM1040_0598 groEL   FALSE 0.266 68.000 0.000 NA   NA
 3412863 3412864 TM1040_0598 TM1040_0599     FALSE 0.018 198.000 0.000 NA   NA
 3412864 3412865 TM1040_0599 TM1040_0600     FALSE 0.030 170.000 0.000 NA   NA
 3412865 3412866 TM1040_0600 TM1040_0601     TRUE 0.796 10.000 0.025 NA   NA
 3412866 3412867 TM1040_0601 TM1040_0602     TRUE 0.906 4.000 0.105 NA   NA
 3412868 3412869 TM1040_0603 TM1040_0604     TRUE 0.995 -7.000 0.201 0.001 Y NA
 3412870 3412871 TM1040_0605 TM1040_0606     FALSE 0.169 90.000 0.000 1.000   NA
 3412872 3412873 TM1040_0607 TM1040_0608     FALSE 0.134 104.000 0.000 1.000   NA
 3412873 3412874 TM1040_0608 TM1040_0609     FALSE 0.010 251.000 0.000 NA   NA
 3412874 3412875 TM1040_0609 TM1040_0610     TRUE 0.989 4.000 0.955 NA   NA
 3412877 3412878 TM1040_0612 TM1040_0613     FALSE 0.003 214.000 0.006 1.000 N NA
 3412878 3412879 TM1040_0613 TM1040_0614     FALSE 0.042 186.000 0.000 0.062 N NA
 3412883 3412884 TM1040_0618 TM1040_0619     TRUE 0.931 -3.000 0.107 NA   NA
 3412884 3412885 TM1040_0619 TM1040_0620     TRUE 0.951 -3.000 0.170 NA   NA
 3412886 3412887 TM1040_0621 TM1040_0622     FALSE 0.009 567.000 0.080 NA   NA
 3412887 3412888 TM1040_0622 TM1040_0623     TRUE 0.810 61.000 0.308 NA   NA
 3412888 3412889 TM1040_0623 TM1040_0624     TRUE 0.953 -7.000 0.163 1.000   NA
 3412889 3412890 TM1040_0624 TM1040_0625     TRUE 0.922 0.000 0.117 1.000   NA
 3412894 3412895 TM1040_0629 TM1040_0630     TRUE 0.945 -3.000 0.241 1.000 N NA
 3412895 3412896 TM1040_0630 TM1040_0631     TRUE 0.967 12.000 0.655 NA N NA
 3412898 3412899 TM1040_0633 TM1040_0634     TRUE 0.987 -3.000 0.219 1.000 Y NA
 3412899 3412900 TM1040_0634 TM1040_0635   aspS FALSE 0.006 166.000 0.003 1.000 N NA
 3412902 3412903 TM1040_0637 TM1040_0638     TRUE 0.639 70.000 0.172 NA   NA
 3412904 3412905 TM1040_0639 TM1040_0640     FALSE 0.003 557.000 0.000 NA   NA
 3412905 3412906 TM1040_0640 TM1040_0641     TRUE 0.693 62.000 0.168 NA   NA
 3412906 3412907 TM1040_0641 TM1040_0642     FALSE 0.008 391.000 0.107 1.000 N NA
 3412907 3412908 TM1040_0642 TM1040_0643     FALSE 0.589 160.000 0.433 0.001   NA
 3412908 3412909 TM1040_0643 TM1040_0644     FALSE 0.012 229.000 0.000 NA   NA
 3412909 3412910 TM1040_0644 TM1040_0645     FALSE 0.006 318.000 0.000 NA   NA
 3412912 3412913 TM1040_0647 TM1040_0648     FALSE 0.328 77.000 0.022 NA   NA
 3412913 3412914 TM1040_0648 TM1040_0649     FALSE 0.009 107.000 0.000 1.000 N NA
 3412915 3412916 TM1040_0650 TM1040_0651     FALSE 0.117 114.000 0.000 NA   NA
 3412917 3412918 TM1040_0652 TM1040_0653     FALSE 0.332 24.000 0.020 1.000 N NA
 3412918 3412919 TM1040_0653 TM1040_0654     TRUE 0.961 5.000 0.036 NA Y NA
 3412919 3412920 TM1040_0654 TM1040_0655     TRUE 0.974 -22.000 0.414 NA N NA
 3412921 3412922 TM1040_0656 TM1040_0657     TRUE 0.927 -7.000 0.085 NA   NA
 3412924 3412925 TM1040_0659 TM1040_0660     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3412925 3412926 TM1040_0660 TM1040_0661     FALSE 0.133 108.000 0.000 NA   NA
 3412930 3412931 TM1040_0665 TM1040_0666     TRUE 0.730 77.000 0.038 1.000 Y NA
 3412932 3412933 TM1040_0667 TM1040_0668     FALSE 0.326 122.000 0.149 1.000   NA
 3412933 3412934 TM1040_0668 TM1040_0669     FALSE 0.162 180.000 0.012 1.000 Y NA
 3412935 3412936 TM1040_0670 TM1040_0671   rpmB FALSE 0.002 302.000 0.008 1.000 N NA
 3412936 3412937 TM1040_0671 TM1040_0672 rpmB   FALSE 0.050 162.000 0.008 NA   NA
 3412937 3412938 TM1040_0672 TM1040_0673     TRUE 0.640 77.000 0.205 NA   NA
 3412941 3412942 TM1040_0676 TM1040_0677     FALSE 0.008 267.000 0.000 NA   NA
 3412943 3412944 TM1040_0678 TM1040_0679     FALSE 0.315 143.000 0.003 1.000 Y NA
 3412946 3412947 TM1040_0681 TM1040_0682   murG FALSE 0.363 47.000 0.050 1.000 N NA
 3412947 3412948 TM1040_0682 TM1040_0683 murG murC TRUE 0.987 -3.000 0.036 0.041 Y NA
 3412948 3412949 TM1040_0683 TM1040_0684 murC   FALSE 0.048 164.000 0.008 NA   NA
 3412949 3412950 TM1040_0684 TM1040_0685     FALSE 0.102 142.000 0.025 NA   NA
 3412950 3412951 TM1040_0685 TM1040_0686     FALSE 0.172 323.000 0.135 0.005 Y NA
 3412951 3412952 TM1040_0686 TM1040_0687     TRUE 0.993 -12.000 0.372 NA Y NA
 3412952 3412953 TM1040_0687 TM1040_0688     TRUE 0.915 -16.000 0.137 NA N NA
 3412953 3412954 TM1040_0688 TM1040_0689     FALSE 0.055 425.000 0.114 1.000 Y NA
 3412954 3412955 TM1040_0689 TM1040_0690   lpxC FALSE 0.039 199.000 0.134 1.000 N NA
 3412955 3412956 TM1040_0690 TM1040_0691 lpxC   FALSE 0.013 346.000 0.064 1.000   NA
 3412956 3412957 TM1040_0691 TM1040_0692     FALSE 0.519 77.000 0.117 1.000   NA
 3412957 3412958 TM1040_0692 TM1040_0693     FALSE 0.074 87.000 0.013 1.000 N NA
 3412959 3412960 TM1040_0694 TM1040_0695     TRUE 0.831 -3.000 0.075 1.000 N NA
 3412963 3412964 TM1040_0698 TM1040_0699     TRUE 0.793 11.000 0.027 NA   NA
 3412964 3412965 TM1040_0699 TM1040_0700     FALSE 0.225 96.000 0.012 NA   NA
 3412966 3412967 TM1040_0701 TM1040_0702 gatB   FALSE 0.002 160.000 0.000 1.000 N NA
 3412969 3412970 TM1040_0704 TM1040_0705     FALSE 0.135 186.000 0.235 NA   NA
 3412970 3412971 TM1040_0705 TM1040_0706     TRUE 0.874 -10.000 0.019 NA   NA
 3412971 3412972 TM1040_0706 TM1040_0707     FALSE 0.000 432.000 0.000 1.000 N NA
 3412972 3412973 TM1040_0707 TM1040_0708   pntA TRUE 0.997 14.000 0.745 0.001 Y NA
 3412975 3412976 TM1040_0710 TM1040_0711     FALSE 0.087 144.000 0.022 1.000   NA
 3412978 3412979 TM1040_0713 TM1040_0714     TRUE 0.998 -7.000 0.725 0.071 Y NA
 3412979 3412980 TM1040_0714 TM1040_0715     FALSE 0.328 197.000 0.125 0.071 Y NA
 3412981 3412982 TM1040_0716 TM1040_0717     TRUE 0.956 4.000 0.273 1.000   NA
 3412982 3412983 TM1040_0717 TM1040_0718     FALSE 0.112 203.000 0.045 0.006   NA
 3412983 3412984 TM1040_0718 TM1040_0719     TRUE 0.754 81.000 0.087 0.001   NA
 3412985 3412986 TM1040_0720 TM1040_0721     FALSE 0.007 285.000 0.000 NA   NA
 3412986 3412987 TM1040_0721 TM1040_0722     FALSE 0.009 254.000 0.000 NA   NA
 3412987 3412988 TM1040_0722 TM1040_0723     TRUE 0.987 11.000 0.164 0.017 Y NA
 3412988 3412989 TM1040_0723 TM1040_0724   moaA TRUE 0.948 12.000 0.444 1.000 N NA
 3412991 3412992 TM1040_0726 TM1040_0727     TRUE 0.872 -3.000 0.099 NA N NA
 3412992 3412993 TM1040_0727 TM1040_0728     TRUE 0.968 5.000 0.083 1.000 Y NA
 3412996 3412997 TM1040_0731 TM1040_0732     FALSE 0.015 167.000 0.021 1.000 N NA
 3412997 3412998 TM1040_0732 TM1040_0733     TRUE 0.789 8.000 0.018 NA   NA
 3413000 3413001 TM1040_0735 TM1040_0736     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413001 3413002 TM1040_0736 TM1040_0737     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413002 3413003 TM1040_0737 TM1040_0738     TRUE 0.817 81.000 0.158 1.000 Y NA
 3413003 3413004 TM1040_0738 TM1040_0739     TRUE 0.889 33.000 0.229 0.083 N NA
 3413004 3413005 TM1040_0739 TM1040_0740     TRUE 0.894 30.000 0.218 0.083 N NA
 3413005 3413006 TM1040_0740 TM1040_0741     FALSE 0.004 242.000 0.018 1.000 N NA
 3413006 3413007 TM1040_0741 TM1040_0742     TRUE 0.996 0.000 0.396 0.003 Y NA
 3413007 3413008 TM1040_0742 TM1040_0743     TRUE 0.989 16.000 0.262 0.003 Y NA
 3413008 3413009 TM1040_0743 TM1040_0744     TRUE 0.829 149.000 0.483 0.007 Y NA
 3413009 3413010 TM1040_0744 TM1040_0745     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413010 3413011 TM1040_0745 TM1040_0746     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413011 3413012 TM1040_0746 TM1040_0747     FALSE 0.416 59.000 0.012 NA   NA
 3413012 3413013 TM1040_0747 TM1040_0748     TRUE 0.854 7.000 0.056 NA   NA
 3413013 3413014 TM1040_0748 TM1040_0749     TRUE 0.806 9.000 0.027 NA   NA
 3413014 3413015 TM1040_0749 TM1040_0750     TRUE 0.790 99.000 0.636 NA   NA
 3413015 3413016 TM1040_0750 TM1040_0751     TRUE 0.865 4.000 0.051 NA   NA
 3413016 3413017 TM1040_0751 TM1040_0752     TRUE 0.911 -3.000 0.069 NA   NA
 3413017 3413018 TM1040_0752 TM1040_0753     TRUE 0.858 7.000 0.060 NA   NA
 3413018 3413019 TM1040_0753 TM1040_0754     TRUE 0.996 2.000 0.500 0.007 Y NA
 3413019 3413020 TM1040_0754 TM1040_0755     TRUE 0.653 33.000 0.046 1.000   NA
 3413020 3413021 TM1040_0755 TM1040_0756     TRUE 0.905 -3.000 0.066 1.000   NA
 3413021 3413022 TM1040_0756 TM1040_0757     TRUE 0.994 15.000 0.484 0.003 Y NA
 3413022 3413023 TM1040_0757 TM1040_0758     TRUE 0.995 6.000 0.451 0.007 Y NA
 3413023 3413024 TM1040_0758 TM1040_0759     TRUE 0.995 0.000 0.251 0.002 Y NA
 3413024 3413025 TM1040_0759 TM1040_0760     TRUE 0.995 13.000 0.453 0.002 Y NA
 3413025 3413026 TM1040_0760 TM1040_0761     FALSE 0.624 89.000 0.372 1.000 N NA
 3413026 3413027 TM1040_0761 TM1040_0762     TRUE 0.684 15.000 0.071 1.000 N NA
 3413027 3413028 TM1040_0762 TM1040_0763     TRUE 0.913 -3.000 0.080 1.000   NA
 3413029 3413030 TM1040_0764 TM1040_0765     FALSE 0.110 148.000 0.049 NA   NA
 3413030 3413031 TM1040_0765 TM1040_0766     FALSE 0.449 121.000 0.240 NA   NA
 3413031 3413032 TM1040_0766 TM1040_0767     FALSE 0.036 176.000 0.009 NA   NA
 3413032 3413033 TM1040_0767 TM1040_0768     TRUE 0.982 0.000 0.565 NA   NA
 3413033 3413034 TM1040_0768 TM1040_0769     FALSE 0.013 91.000 0.000 NA N NA
 3413036 3413037 TM1040_0771 TM1040_0772     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413038 3413039 TM1040_0773 TM1040_0774     FALSE 0.626 58.000 0.000 0.082   NA
 3413039 3413040 TM1040_0774 TM1040_0775     FALSE 0.006 314.000 0.000 1.000   NA
 3413040 3413041 TM1040_0775 TM1040_R0012     FALSE 0.004 428.000 0.000 NA   NA
 3413042 3413043 TM1040_0776 TM1040_0777     FALSE 0.006 310.000 0.000 NA   NA
 3413043 3413044 TM1040_0777 TM1040_0778     FALSE 0.142 105.000 0.000 NA   NA
 3413044 3413045 TM1040_0778 TM1040_0779     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413045 3413046 TM1040_0779 TM1040_0780     FALSE 0.053 146.000 0.000 NA   NA
 3413046 3413047 TM1040_0780 TM1040_0781     FALSE 0.551 22.000 0.000 NA   NA
 3413047 3413048 TM1040_0781 TM1040_0782     FALSE 0.260 69.000 0.000 NA   NA
 3413048 3413049 TM1040_0782 TM1040_0783     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413049 3413050 TM1040_0783 TM1040_0784     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413050 3413051 TM1040_0784 TM1040_0785     FALSE 0.130 109.000 0.000 NA   NA
 3413051 3413052 TM1040_0785 TM1040_0786     FALSE 0.015 214.000 0.000 NA   NA
 3413052 3413053 TM1040_0786 TM1040_0787     FALSE 0.006 308.000 0.000 NA   NA
 3413053 3413054 TM1040_0787 TM1040_0788     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413054 3413055 TM1040_0788 TM1040_0789     FALSE 0.537 24.000 0.000 NA   NA
 3413056 3413057 TM1040_0790 TM1040_0791     FALSE 0.011 238.000 0.000 NA   NA
 3413057 3413058 TM1040_0791 TM1040_0792     TRUE 0.742 3.000 0.000 NA   NA
 3413058 3413059 TM1040_0792 TM1040_0793     TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 3413059 3413060 TM1040_0793 TM1040_0794     TRUE 0.672 12.000 0.000 NA   NA
 3413060 3413061 TM1040_0794 TM1040_0795     TRUE 0.811 -10.000 0.000 NA   NA
 3413061 3413062 TM1040_0795 TM1040_0796     FALSE 0.014 215.000 0.000 NA   NA
 3413062 3413063 TM1040_0796 TM1040_0797     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413063 3413064 TM1040_0797 TM1040_0798     FALSE 0.544 23.000 0.000 NA   NA
 3413066 3413067 TM1040_0800 TM1040_0801     TRUE 0.814 -22.000 0.000 NA   NA
 3413067 3413068 TM1040_0801 TM1040_0802     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413068 3413069 TM1040_0802 TM1040_0803     TRUE 0.958 -13.000 0.176 NA   NA
 3413069 3413070 TM1040_0803 TM1040_0804     FALSE 0.012 230.000 0.000 NA   NA
 3413070 3413071 TM1040_0804 TM1040_0805     TRUE 0.657 13.000 0.000 NA   NA
 3413071 3413072 TM1040_0805 TM1040_0806     TRUE 0.843 64.000 0.429 NA   NA
 3413072 3413073 TM1040_0806 TM1040_0807     TRUE 0.984 2.000 0.667 NA   NA
 3413073 3413074 TM1040_0807 TM1040_0808     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413074 3413075 TM1040_0808 TM1040_0809     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413075 3413076 TM1040_0809 TM1040_0810     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413076 3413077 TM1040_0810 TM1040_0811     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413077 3413078 TM1040_0811 TM1040_0812     FALSE 0.008 276.000 0.000 NA   NA
 3413078 3413079 TM1040_0812 TM1040_0813     FALSE 0.147 103.000 0.000 NA   NA
 3413079 3413080 TM1040_0813 TM1040_0814     FALSE 0.091 126.000 0.000 NA   NA
 3413081 3413082 TM1040_0815 TM1040_0816     TRUE 0.643 14.000 0.000 NA   NA
 3413082 3413083 TM1040_0816 TM1040_0817     FALSE 0.128 110.000 0.000 NA   NA
 3413083 3413084 TM1040_0817 TM1040_0818     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413085 3413086 TM1040_0819 TM1040_0820     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413086 3413087 TM1040_0820 TM1040_0821     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413087 3413088 TM1040_0821 TM1040_0822     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413088 3413089 TM1040_0822 TM1040_0823     TRUE 0.985 -28.000 0.500 NA   NA
 3413089 3413090 TM1040_0823 TM1040_0824     TRUE 0.707 7.000 0.000 NA   NA
 3413090 3413091 TM1040_0824 TM1040_0825     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413091 3413092 TM1040_0825 TM1040_0826     TRUE 0.747 2.000 0.000 NA   NA
 3413092 3413093 TM1040_0826 TM1040_0827     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413094 3413095 TM1040_0828 TM1040_0829     FALSE 0.331 170.000 0.000 0.017 Y NA
 3413095 3413096 TM1040_0829 TM1040_0830     TRUE 0.984 -3.000 0.000 0.020 Y NA
 3413096 3413097 TM1040_0830 TM1040_0831     FALSE 0.005 1170.000 0.000 0.098 N NA
 3413098 3413099 TM1040_0832 TM1040_0833     TRUE 0.977 15.000 0.750 NA   NA
 3413100 3413101 TM1040_0834 TM1040_0835     TRUE 0.659 78.000 0.231 1.000   NA
 3413101 3413102 TM1040_0835 TM1040_0836     TRUE 0.978 68.000 0.769 0.070 Y NA
 3413102 3413103 TM1040_0836 TM1040_0837     TRUE 0.998 -7.000 0.909 0.070 Y NA
 3413103 3413104 TM1040_0837 TM1040_0838     TRUE 0.990 5.000 0.455 1.000 Y NA
 3413107 3413108 TM1040_0841 TM1040_0842     FALSE 0.438 38.000 0.000 NA   NA
 3413108 3413109 TM1040_0842 TM1040_0843     TRUE 0.854 20.000 0.000 0.031   NA
 3413111 3413112 TM1040_0845 TM1040_0846     TRUE 0.935 -3.000 0.208 1.000 N NA
 3413112 3413113 TM1040_0846 TM1040_0847     TRUE 0.954 -3.000 0.125 0.081 N NA
 3413115 3413116 TM1040_0849 TM1040_0850     TRUE 0.964 92.000 0.793 0.070 Y NA
 3413116 3413117 TM1040_0850 TM1040_0851     TRUE 0.983 0.000 0.045 0.070 Y NA
 3413117 3413118 TM1040_0851 TM1040_0852     TRUE 0.977 9.000 0.040 0.070 Y NA
 3413118 3413119 TM1040_0852 TM1040_0853     TRUE 0.741 -3.000 0.040 1.000 N NA
 3413119 3413120 TM1040_0853 TM1040_0854     FALSE 0.139 4.000 0.000 1.000 N NA
 3413120 3413121 TM1040_0854 TM1040_0855     FALSE 0.028 59.000 0.000 1.000 N NA
 3413121 3413122 TM1040_0855 TM1040_0856     FALSE 0.018 73.000 0.000 1.000 N NA
 3413122 3413123 TM1040_0856 TM1040_R0013     FALSE 0.218 79.000 0.000 NA   NA
 3413125 3413126 TM1040_R0014 TM1040_R0015     FALSE 0.207 83.000 0.000 NA   NA
 3413126 3413127 TM1040_R0015 TM1040_R0016     FALSE 0.204 84.000 0.000 NA   NA
 3413127 3413128 TM1040_R0016 TM1040_0858     FALSE 0.052 148.000 0.000 NA   NA
 3413130 3413131 TM1040_0860 TM1040_0861     FALSE 0.184 129.000 0.057 NA   NA
 3413131 3413132 TM1040_0861 TM1040_0862   ispG FALSE 0.443 121.000 0.233 NA   NA
 3413133 3413134 TM1040_0863 TM1040_0864     TRUE 0.944 -3.000 0.149 1.000   NA
 3413135 3413136 TM1040_0865 TM1040_0866     TRUE 0.800 0.000 0.072 1.000 N NA
 3413136 3413137 TM1040_0866 TM1040_0867     FALSE 0.136 387.000 0.396 1.000 Y NA
 3413137 3413138 TM1040_0867 TM1040_0868     FALSE 0.094 114.000 0.041 1.000 N NA
 3413140 3413141 TM1040_0870 TM1040_0871     TRUE 0.773 55.000 0.212 NA   NA
 3413144 3413145 TM1040_0874 TM1040_0875 ilvH   TRUE 0.943 66.000 0.146 0.001 Y NA
 3413145 3413146 TM1040_0875 TM1040_0876     FALSE 0.000 600.000 0.000 1.000 N NA
 3413146 3413147 TM1040_0876 TM1040_0877     TRUE 0.987 21.000 0.312 0.019 Y NA
 3413148 3413149 TM1040_0878 TM1040_0879     TRUE 0.651 138.000 0.750 NA   NA
 3413149 3413150 TM1040_0879 TM1040_0880     TRUE 0.977 17.000 0.833 NA   NA
 3413151 3413152 TM1040_0881 TM1040_0882     FALSE 0.521 6.000 0.016 NA N NA
 3413152 3413153 TM1040_0882 TM1040_0883     FALSE 0.103 174.000 0.128 NA   NA
 3413153 3413154 TM1040_0883 TM1040_0884     TRUE 0.719 69.000 0.240 NA   NA
 3413155 3413156 TM1040_0885 TM1040_0886     FALSE 0.611 47.000 0.060 NA   NA
 3413156 3413157 TM1040_0886 TM1040_0887     FALSE 0.007 443.000 0.026 NA   NA
 3413157 3413158 TM1040_0887 TM1040_0888     TRUE 0.898 12.000 0.138 NA   NA
 3413159 3413160 TM1040_0889 TM1040_0890     FALSE 0.100 89.000 0.019 NA N NA
 3413160 3413161 TM1040_0890 TM1040_0891     FALSE 0.010 341.000 0.031 NA   NA
 3413161 3413162 TM1040_0891 TM1040_0892     TRUE 0.663 32.000 0.041 NA   NA
 3413162 3413163 TM1040_0892 TM1040_0893     FALSE 0.629 107.000 0.360 NA   NA
 3413163 3413164 TM1040_0893 TM1040_0894     FALSE 0.130 124.000 0.015 1.000   NA
 3413165 3413166 TM1040_0895 TM1040_0896     FALSE 0.321 93.000 0.131 1.000 N NA
 3413167 3413168 TM1040_0897 TM1040_0898     FALSE 0.005 343.000 0.000 NA   NA
 3413169 3413170 TM1040_0899 TM1040_0900     TRUE 0.987 -3.000 0.615 NA   NA
 3413172 3413173 TM1040_0902 TM1040_0903     FALSE 0.029 175.000 0.062 1.000 N NA
 3413173 3413174 TM1040_0903 TM1040_0904     FALSE 0.006 510.000 0.025 NA   NA
 3413174 3413175 TM1040_0904 TM1040_0905     TRUE 0.906 0.000 0.085 NA   NA
 3413175 3413176 TM1040_0905 TM1040_0906     TRUE 0.936 -7.000 0.103 NA   NA
 3413176 3413177 TM1040_0906 TM1040_0907     TRUE 0.982 0.000 0.570 NA   NA
 3413177 3413178 TM1040_0907 TM1040_0908     FALSE 0.040 168.000 0.003 NA   NA
 3413181 3413182 TM1040_0911 TM1040_R0017     FALSE 0.033 166.000 0.000 NA   NA
 3413182 3413183 TM1040_R0017 TM1040_0912     FALSE 0.149 102.000 0.000 NA   NA
 3413183 3413184 TM1040_0912 TM1040_0913     TRUE 0.842 60.000 0.535 1.000 N NA
 3413184 3413185 TM1040_0913 TM1040_0914     FALSE 0.468 88.000 0.207 1.000 N NA
 3413185 3413186 TM1040_0914 TM1040_0915     TRUE 0.992 16.000 0.380 0.005 Y NA
 3413186 3413187 TM1040_0915 TM1040_0916   rpmF TRUE 0.856 42.000 0.418 1.000 N NA
 3413187 3413188 TM1040_0916 TM1040_0917 rpmF   FALSE 0.118 291.000 0.599 NA   NA
 3413189 3413190 TM1040_0918 TM1040_0919     FALSE 0.151 158.000 0.141 1.000   NA
 3413190 3413191 TM1040_0919 TM1040_0920     FALSE 0.317 87.000 0.038 1.000   NA
 3413192 3413193 TM1040_0921 TM1040_0922     FALSE 0.186 152.000 0.156 1.000   NA
 3413193 3413194 TM1040_0922 TM1040_0923     FALSE 0.006 296.000 0.000 1.000   NA
 3413199 3413200 TM1040_0928 TM1040_0929     FALSE 0.099 160.000 0.071 NA   NA
 3413202 3413203 TM1040_0931 TM1040_0932     FALSE 0.110 126.000 0.006 1.000   NA
 3413204 3413205 TM1040_0933 TM1040_0934     TRUE 0.959 -3.000 0.210 1.000   NA
 3413208 3413209 TM1040_0937 TM1040_0938     TRUE 0.805 27.000 0.124 1.000   NA
 3413209 3413210 TM1040_0938 TM1040_0939     TRUE 0.991 -3.000 0.047 0.001 Y NA
 3413212 3413213 TM1040_0941 TM1040_0942     TRUE 0.988 -3.000 0.229 1.000 Y NA
 3413213 3413214 TM1040_0942 TM1040_0943     FALSE 0.059 162.000 0.021 NA   NA
 3413215 3413216 TM1040_0944 TM1040_0945 ksgA pdxA FALSE 0.024 150.000 0.023 1.000 N NA
 3413216 3413217 TM1040_0945 TM1040_0946 pdxA   TRUE 0.756 -3.000 0.044 1.000 N NA
 3413217 3413218 TM1040_0946 TM1040_0947     TRUE 0.932 -15.000 0.181 1.000 N NA
 3413218 3413219 TM1040_0947 TM1040_0948     TRUE 0.952 -16.000 0.153 1.000   NA
 3413219 3413220 TM1040_0948 TM1040_0949     TRUE 0.993 -3.000 0.631 0.049   NA
 3413221 3413222 TM1040_0950 TM1040_0951     TRUE 0.912 7.000 0.230 1.000 N NA
 3413223 3413224 TM1040_0952 TM1040_0953     TRUE 0.743 50.000 0.156 NA   NA
 3413224 3413225 TM1040_0953 TM1040_0954     TRUE 0.929 -3.000 0.102 NA   NA
 3413226 3413227 TM1040_0955 TM1040_0956     FALSE 0.082 130.000 0.000 NA   NA
 3413227 3413228 TM1040_0956 TM1040_0957     FALSE 0.009 149.000 0.003 1.000 N NA
 3413232 3413233 TM1040_0961 TM1040_0962     TRUE 0.940 46.000 0.750 1.000   NA
 3413233 3413234 TM1040_0962 TM1040_0963     FALSE 0.038 320.000 0.000 1.000 Y NA
 3413234 3413235 TM1040_0963 TM1040_0964     FALSE 0.000 310.000 0.000 1.000 N NA
 3413235 3413236 TM1040_0964 TM1040_0965     TRUE 0.781 6.000 0.011 NA   NA
 3413237 3413238 TM1040_0966 TM1040_0967     TRUE 0.844 4.000 0.035 NA   NA
 3413238 3413239 TM1040_0967 TM1040_0968     TRUE 0.719 -3.000 0.035 1.000 N NA
 3413240 3413241 TM1040_0969 TM1040_0970     TRUE 0.975 53.000 0.333 0.003 Y NA
 3413241 3413242 TM1040_0970 TM1040_0971     TRUE 0.983 75.000 0.889 0.003 Y NA
 3413242 3413243 TM1040_0971 TM1040_0972     TRUE 0.998 -7.000 0.778 0.004 Y NA
 3413243 3413244 TM1040_0972 TM1040_0973     FALSE 0.117 114.000 0.000 NA   NA
 3413244 3413245 TM1040_0973 TM1040_0974     FALSE 0.052 148.000 0.000 NA   NA
 3413245 3413246 TM1040_0974 TM1040_0975     FALSE 0.230 76.000 0.000 NA   NA
 3413246 3413247 TM1040_0975 TM1040_0976     FALSE 0.179 91.000 0.000 NA   NA
 3413247 3413248 TM1040_0976 TM1040_0977     FALSE 0.036 159.000 0.000 1.000   NA
 3413250 3413251 TM1040_0979 TM1040_0980     FALSE 0.561 108.000 0.290 1.000   NA
 3413251 3413252 TM1040_0980 TM1040_0981     FALSE 0.006 304.000 0.000 1.000   NA
 3413257 3413258 TM1040_0985 TM1040_0986     TRUE 0.814 -24.000 0.000 NA   NA
 3413258 3413259 TM1040_0986 TM1040_0987     FALSE 0.007 297.000 0.000 NA   NA
 3413259 3413260 TM1040_0987 TM1040_0988     TRUE 0.988 -3.000 0.875 NA N NA
 3413261 3413262 TM1040_0989 TM1040_0990     FALSE 0.626 69.000 0.154 NA   NA
 3413262 3413263 TM1040_0990 TM1040_0991   engA FALSE 0.034 314.000 0.203 1.000   NA
 3413263 3413264 TM1040_0991 TM1040_0992 engA   FALSE 0.011 250.000 0.002 1.000   NA
 3413264 3413265 TM1040_0992 TM1040_0993     FALSE 0.093 121.000 0.000 1.000   NA
 3413267 3413268 TM1040_0995 TM1040_0996   secD TRUE 0.917 35.000 0.099 NA Y NA
 3413268 3413269 TM1040_0996 TM1040_0997 secD secF TRUE 0.994 4.000 0.244 0.001 Y NA
 3413269 3413270 TM1040_0997 TM1040_0998 secF   FALSE 0.023 248.000 0.052 NA   NA
 3413270 3413271 TM1040_0998 TM1040_0999     FALSE 0.434 85.000 0.085 NA   NA
 3413271 3413272 TM1040_0999 TM1040_1000     TRUE 0.998 -3.000 0.503 0.002 Y NA
 3413272 3413273 TM1040_1000 TM1040_1001     TRUE 0.987 45.000 0.501 0.001 Y NA
 3413273 3413274 TM1040_1001 TM1040_1002     TRUE 0.985 -7.000 0.501 1.000   NA
 3413274 3413275 TM1040_1002 TM1040_1003     TRUE 0.936 -7.000 0.108 1.000   NA
 3413276 3413277 TM1040_1004 TM1040_1005     FALSE 0.022 185.000 0.000 NA   NA
 3413277 3413278 TM1040_1005 TM1040_1006     FALSE 0.064 141.000 0.000 NA   NA
 3413280 3413281 TM1040_1008 TM1040_1009     FALSE 0.154 154.000 0.214 1.000 N NA
 3413281 3413282 TM1040_1009 TM1040_1010     FALSE 0.203 79.000 0.000 1.000   NA
 3413282 3413283 TM1040_1010 TM1040_1011     FALSE 0.056 142.000 0.000 1.000   NA
 3413283 3413284 TM1040_1011 TM1040_1012     FALSE 0.114 115.000 0.000 NA   NA
 3413284 3413285 TM1040_1012 TM1040_1013     TRUE 0.737 13.000 0.012 NA   NA
 3413286 3413287 TM1040_1014 TM1040_1015     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413290 3413291 TM1040_1018 TM1040_1019     FALSE 0.448 67.000 0.044 NA   NA
 3413291 3413292 TM1040_1019 TM1040_1020     FALSE 0.088 88.000 0.014 NA N NA
 3413294 3413295 TM1040_1022 TM1040_1023     TRUE 0.784 88.000 0.145 1.000 Y NA
 3413298 3413299 TM1040_1026 TM1040_1027     FALSE 0.000 400.000 0.000 1.000 N NA
 3413299 3413300 TM1040_1027 TM1040_1028     FALSE 0.050 638.000 0.000 0.011 Y NA
 3413300 3413301 TM1040_1028 TM1040_1029     TRUE 0.977 5.000 0.000 0.019 Y NA
 3413301 3413302 TM1040_1029 TM1040_1030     TRUE 0.911 17.000 0.000 1.000 Y NA
 3413302 3413303 TM1040_1030 TM1040_1031     TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3413303 3413304 TM1040_1031 TM1040_1032     FALSE 0.004 461.000 0.000 1.000   NA
 3413304 3413305 TM1040_1032 TM1040_1033   tig FALSE 0.006 298.000 0.000 1.000   NA
 3413305 3413306 TM1040_1033 TM1040_1034 tig   FALSE 0.029 172.000 0.000 NA   NA
 3413306 3413307 TM1040_1034 TM1040_1035     FALSE 0.465 34.000 0.000 NA   NA
 3413308 3413309 TM1040_1036 TM1040_1037 cpdB   FALSE 0.022 281.000 0.078 NA   NA
 3413310 3413311 TM1040_1038 TM1040_1039     FALSE 0.098 330.000 0.000 0.002 Y NA
 3413311 3413312 TM1040_1039 TM1040_1040     FALSE 0.146 264.000 0.000 0.002 Y NA
 3413312 3413313 TM1040_1040 TM1040_1041     FALSE 0.006 311.000 0.000 NA   NA
 3413314 3413315 TM1040_1042 TM1040_1043   rplI FALSE 0.096 123.000 0.000 NA   NA
 3413315 3413316 TM1040_1043 TM1040_1044 rplI rpsR TRUE 0.994 14.000 0.499 0.014 Y NA
 3413316 3413317 TM1040_1044 TM1040_1045 rpsR rpsF TRUE 0.983 31.000 0.319 0.014 Y NA
 3413318 3413319 TM1040_1046 TM1040_1047     FALSE 0.030 271.000 0.111 NA   NA
 3413319 3413320 TM1040_1047 TM1040_1048     FALSE 0.011 236.000 0.000 NA   NA
 3413322 3413323 TM1040_1050 TM1040_1051     TRUE 0.991 21.000 0.432 0.005 Y NA
 3413323 3413324 TM1040_1051 TM1040_1052   acpP FALSE 0.232 385.000 0.321 0.005 Y NA
 3413324 3413325 TM1040_1052 TM1040_1053 acpP   FALSE 0.005 184.000 0.005 1.000 N NA
 3413325 3413326 TM1040_1053 TM1040_1054     FALSE 0.009 562.000 0.003 0.037 N NA
 3413326 3413327 TM1040_1054 TM1040_1055     TRUE 0.926 2.000 0.134 NA   NA
 3413327 3413328 TM1040_1055 TM1040_1056     FALSE 0.012 231.000 0.000 NA   NA
 3413328 3413329 TM1040_1056 TM1040_1057     TRUE 0.809 -7.000 0.000 NA   NA
 3413329 3413330 TM1040_1057 TM1040_1058     FALSE 0.067 250.000 0.242 NA   NA
 3413330 3413331 TM1040_1058 TM1040_1059     TRUE 0.969 -7.000 0.242 NA   NA
 3413331 3413332 TM1040_1059 TM1040_1060     TRUE 0.949 35.000 0.688 NA   NA
 3413332 3413333 TM1040_1060 TM1040_1061     TRUE 0.958 21.000 0.578 NA   NA
 3413333 3413334 TM1040_1061 TM1040_1062     FALSE 0.323 179.000 0.600 NA   NA
 3413334 3413335 TM1040_1062 TM1040_1063     TRUE 0.968 -3.000 0.267 NA   NA
 3413335 3413336 TM1040_1063 TM1040_1064     TRUE 0.970 -3.000 0.291 NA   NA
 3413336 3413337 TM1040_1064 TM1040_1065     TRUE 0.880 36.000 0.299 NA   NA
 3413337 3413338 TM1040_1065 TM1040_1066     TRUE 0.980 4.000 0.577 NA   NA
 3413338 3413339 TM1040_1066 TM1040_1067     TRUE 0.986 -3.000 0.578 NA   NA
 3413339 3413340 TM1040_1067 TM1040_1068     TRUE 0.987 4.000 0.800 NA   NA
 3413340 3413341 TM1040_1068 TM1040_1069     TRUE 0.975 14.000 0.678 NA   NA
 3413341 3413342 TM1040_1069 TM1040_1070     TRUE 0.979 0.000 0.475 NA   NA
 3413342 3413343 TM1040_1070 TM1040_1071     TRUE 0.992 -3.000 0.929 NA   NA
 3413343 3413344 TM1040_1071 TM1040_1072     TRUE 0.983 13.000 0.871 NA   NA
 3413344 3413345 TM1040_1072 TM1040_1073     TRUE 0.927 -3.000 0.097 NA   NA
 3413347 3413348 TM1040_1075 TM1040_1076     FALSE 0.030 170.000 0.000 NA   NA
 3413349 3413350 TM1040_1077 TM1040_1078     TRUE 0.980 12.000 0.254 1.000 Y NA
 3413350 3413351 TM1040_1078 TM1040_1079     TRUE 0.993 18.000 0.456 0.001 Y NA
 3413351 3413352 TM1040_1079 TM1040_1080     FALSE 0.408 43.000 0.000 NA   NA
 3413352 3413353 TM1040_1080 TM1040_1081     FALSE 0.059 143.000 0.000 NA   NA
 3413353 3413354 TM1040_1081 TM1040_1082     FALSE 0.011 232.000 0.000 1.000   NA
 3413354 3413355 TM1040_1082 TM1040_1083     FALSE 0.131 105.000 0.000 1.000   NA
 3413355 3413356 TM1040_1083 TM1040_1084   pgk FALSE 0.000 305.000 0.000 1.000 N NA
 3413357 3413358 TM1040_1085 TM1040_1086     TRUE 0.998 -7.000 0.551 0.002 Y NA
 3413359 3413360 TM1040_1087 TM1040_1088     FALSE 0.004 433.000 0.000 NA   NA
 3413360 3413361 TM1040_1088 TM1040_1089     TRUE 0.978 -10.000 0.484 NA N NA
 3413361 3413362 TM1040_1089 TM1040_1090     FALSE 0.036 228.000 0.086 1.000   NA
 3413362 3413363 TM1040_1090 TM1040_1091     FALSE 0.024 525.000 0.052 0.042   NA
 3413364 3413365 TM1040_1092 TM1040_1093     FALSE 0.021 226.000 0.021 NA   NA
 3413365 3413366 TM1040_1093 TM1040_1094     FALSE 0.003 271.000 0.017 1.000 N NA
 3413366 3413367 TM1040_1094 TM1040_1095     FALSE 0.138 150.000 0.094 1.000   NA
 3413367 3413368 TM1040_1095 TM1040_1096     FALSE 0.021 275.000 0.070 1.000   NA
 3413368 3413369 TM1040_1096 TM1040_1097     FALSE 0.016 158.000 0.017 1.000 N NA
 3413369 3413370 TM1040_1097 TM1040_1098   uvrA FALSE 0.044 104.000 0.010 1.000 N NA
 3413373 3413374 TM1040_1101 TM1040_1102     TRUE 0.987 2.000 0.287 1.000 Y NA
 3413374 3413375 TM1040_1102 TM1040_1103     TRUE 0.969 25.000 0.318 1.000 Y NA
 3413377 3413378 TM1040_1105 TM1040_1106     FALSE 0.018 198.000 0.000 NA   NA
 3413379 3413380 TM1040_1107 TM1040_1108     TRUE 0.778 56.000 0.229 1.000   NA
 3413380 3413381 TM1040_1108 TM1040_1109     FALSE 0.275 126.000 0.121 1.000   NA
 3413382 3413383 TM1040_1110 TM1040_1111     TRUE 0.728 79.000 0.320 NA   NA
 3413386 3413387 TM1040_1114 TM1040_1115     TRUE 0.831 0.000 0.017 NA   NA
 3413388 3413389 TM1040_1116 TM1040_1117     FALSE 0.019 368.000 0.216 NA N NA
 3413389 3413390 TM1040_1117 TM1040_1118     FALSE 0.013 279.000 0.093 NA N NA
 3413390 3413391 TM1040_1118 TM1040_1119     FALSE 0.000 450.000 0.000 1.000 N NA
 3413392 3413393 TM1040_1120 TM1040_1121     FALSE 0.458 138.000 0.389 1.000   NA
 3413393 3413394 TM1040_1121 TM1040_1122     FALSE 0.604 32.000 0.025 1.000   NA
 3413394 3413395 TM1040_1122 TM1040_1123   argC FALSE 0.112 85.000 0.025 1.000 N NA
 3413395 3413396 TM1040_1123 TM1040_1124 argC   FALSE 0.493 17.000 0.032 1.000 N NA
 3413396 3413397 TM1040_1124 TM1040_1125     FALSE 0.054 143.000 0.000 1.000   NA
 3413397 3413398 TM1040_1125 TM1040_1126     TRUE 0.692 10.000 0.000 NA   NA
 3413398 3413399 TM1040_1126 TM1040_1127     TRUE 0.754 78.000 0.361 NA   NA
 3413399 3413400 TM1040_1127 TM1040_1128     TRUE 0.997 -3.000 0.963 NA Y NA
 3413400 3413401 TM1040_1128 TM1040_1129     FALSE 0.013 228.000 0.000 NA   NA
 3413401 3413402 TM1040_1129 TM1040_1130     FALSE 0.210 82.000 0.000 NA   NA
 3413403 3413404 TM1040_1131 TM1040_1132     FALSE 0.007 288.000 0.000 1.000   NA
 3413404 3413405 TM1040_1132 TM1040_1133     FALSE 0.134 140.000 0.127 1.000 N NA
 3413407 3413408 TM1040_1135 TM1040_1136     FALSE 0.298 127.000 0.232 1.000 N NA
 3413408 3413409 TM1040_1136 TM1040_1137   moaC TRUE 0.988 4.000 0.093 0.004 Y NA
 3413409 3413410 TM1040_1137 TM1040_1138 moaC   FALSE 0.552 47.000 0.113 1.000 N NA
 3413410 3413411 TM1040_1138 TM1040_1139     TRUE 0.804 -7.000 0.054 1.000 N NA
 3413411 3413412 TM1040_1139 TM1040_1140     FALSE 0.524 0.000 0.015 1.000 N NA
 3413412 3413413 TM1040_1140 TM1040_1141     TRUE 0.977 -3.000 0.070 1.000 Y NA
 3413415 3413416 TM1040_1143 TM1040_1144     TRUE 0.797 24.000 0.106 1.000   NA
 3413416 3413417 TM1040_1144 TM1040_1145     FALSE 0.080 164.000 0.060 1.000   NA
 3413417 3413418 TM1040_1145 TM1040_1146     FALSE 0.060 152.000 0.076 1.000 N NA
 3413418 3413419 TM1040_1146 TM1040_1147     TRUE 0.719 7.000 0.060 1.000 N NA
 3413420 3413421 TM1040_1148 TM1040_1149     FALSE 0.075 128.000 0.046 1.000 N NA
 3413421 3413422 TM1040_1149 TM1040_1150     TRUE 0.956 0.000 0.226 NA   NA
 3413422 3413423 TM1040_1150 TM1040_R0019     FALSE 0.404 44.000 0.000 NA   NA
 3413423 3413424 TM1040_R0019 TM1040_1151     FALSE 0.003 795.000 0.000 NA   NA
 3413424 3413425 TM1040_1151 TM1040_1152     FALSE 0.004 487.000 0.000 NA   NA
 3413425 3413426 TM1040_1152 TM1040_1153     FALSE 0.003 536.000 0.000 NA   NA
 3413426 3413427 TM1040_1153 TM1040_1154     FALSE 0.629 -3.000 0.021 1.000 N NA
 3413427 3413428 TM1040_1154 TM1040_1155     TRUE 0.905 -10.000 0.051 1.000   NA
 3413430 3413431 TM1040_1157 TM1040_1158     TRUE 0.911 -3.000 0.069 NA   NA
 3413436 3413437 TM1040_1163 TM1040_1164     TRUE 0.948 -3.000 0.155 NA   NA
 3413437 3413438 TM1040_1164 TM1040_1165     TRUE 0.881 -3.000 0.034 NA   NA
 3413440 3413441 TM1040_1167 TM1040_1168     TRUE 0.978 -3.000 0.385 NA   NA
 3413443 3413444 TM1040_1169 TM1040_1170     FALSE 0.000 452.000 0.000 1.000 N NA
 3413444 3413445 TM1040_1170 TM1040_1171     TRUE 0.982 5.000 0.072 0.078 Y NA
 3413445 3413446 TM1040_1171 TM1040_1172     TRUE 0.732 11.000 0.072 1.000 N NA
 3413446 3413447 TM1040_1172 TM1040_1173     TRUE 0.878 23.000 0.312 1.000 N NA
 3413447 3413448 TM1040_1173 TM1040_1174     FALSE 0.395 160.000 0.714 1.000 N NA
 3413450 3413451 TM1040_1176 TM1040_1177     FALSE 0.225 77.000 0.000 NA   NA
 3413451 3413452 TM1040_1177 TM1040_1178     FALSE 0.182 -3.000 0.000 NA N NA
 3413453 3413454 TM1040_1179 TM1040_1180     FALSE 0.491 31.000 0.000 NA   NA
 3413454 3413455 TM1040_1180 TM1040_1181     FALSE 0.185 89.000 0.000 NA   NA
 3413456 3413457 TM1040_1182 TM1040_1183     FALSE 0.613 85.000 0.316 NA N NA
 3413458 3413459 TM1040_1184 TM1040_1185     TRUE 0.921 30.000 0.391 NA   NA
 3413459 3413460 TM1040_1185 TM1040_1186     TRUE 0.934 4.000 0.179 1.000   NA
 3413460 3413461 TM1040_1186 TM1040_1187     FALSE 0.006 328.000 0.000 NA   NA
 3413461 3413462 TM1040_1187 TM1040_1188     TRUE 0.859 82.000 0.239 NA Y NA
 3413462 3413463 TM1040_1188 TM1040_1189     TRUE 0.992 12.000 0.727 1.000 Y NA
 3413463 3413464 TM1040_1189 TM1040_1190     TRUE 0.932 8.000 0.303 1.000 N NA
 3413464 3413465 TM1040_1190 TM1040_1191     TRUE 0.968 -10.000 0.364 1.000 N NA
 3413465 3413466 TM1040_1191 TM1040_1192     TRUE 0.913 73.000 0.385 1.000 Y NA
 3413466 3413467 TM1040_1192 TM1040_1193     TRUE 0.979 -3.000 0.588 1.000 N NA
 3413467 3413468 TM1040_1193 TM1040_1194     TRUE 0.971 17.000 0.231 1.000 Y NA
 3413468 3413469 TM1040_1194 TM1040_1195     FALSE 0.636 13.000 0.000 1.000   NA
 3413469 3413470 TM1040_1195 TM1040_1196     FALSE 0.009 244.000 0.000 1.000   NA
 3413470 3413471 TM1040_1196 TM1040_1197     FALSE 0.009 265.000 0.000 NA   NA
 3413471 3413472 TM1040_1197 TM1040_1198     FALSE 0.005 362.000 0.000 NA   NA
 3413474 3413475 TM1040_1199 TM1040_1200     FALSE 0.009 253.000 0.000 NA   NA
 3413475 3413476 TM1040_1200 TM1040_1201   rpmA TRUE 0.922 13.000 0.025 0.014   NA
 3413476 3413477 TM1040_1201 TM1040_1202 rpmA   FALSE 0.097 223.000 0.014 1.000 Y NA
 3413477 3413478 TM1040_1202 TM1040_1203   obgE FALSE 0.040 175.000 0.019 1.000   NA
 3413478 3413479 TM1040_1203 TM1040_1204 obgE   TRUE 0.927 -12.000 0.087 1.000   NA
 3413479 3413480 TM1040_1204 TM1040_1205     TRUE 0.943 53.000 0.065 0.002 Y NA
 3413482 3413483 TM1040_1207 TM1040_1208     FALSE 0.577 108.000 0.299 NA   NA
 3413483 3413484 TM1040_1208 TM1040_1209     TRUE 0.946 -3.000 0.150 NA   NA
 3413484 3413485 TM1040_1209 TM1040_1210   rpsB FALSE 0.006 170.000 0.005 1.000 N NA
 3413485 3413486 TM1040_1210 TM1040_1211 rpsB tsf TRUE 0.947 81.000 0.748 1.000 Y NA
 3413487 3413488 TM1040_1212 TM1040_1213     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413490 3413491 TM1040_1215 TM1040_1216     TRUE 0.982 -10.000 0.000 0.094 Y NA
 3413491 3413492 TM1040_1216 TM1040_R0022     FALSE 0.007 299.000 0.000 NA   NA
 3413492 3413493 TM1040_R0022 TM1040_1217     FALSE 0.011 240.000 0.000 NA   NA
 3413494 3413495 TM1040_1218 TM1040_1219     TRUE 0.644 38.000 0.057 1.000   NA
 3413495 3413496 TM1040_1219 TM1040_1220     FALSE 0.532 52.000 0.039 1.000   NA
 3413496 3413497 TM1040_1220 TM1040_1221     TRUE 0.921 35.000 0.469 1.000   NA
 3413501 3413502 TM1040_1225 TM1040_1226     FALSE 0.533 83.000 0.146 1.000   NA
 3413502 3413503 TM1040_1226 TM1040_1227     FALSE 0.096 123.000 0.000 NA   NA
 3413503 3413504 TM1040_1227 TM1040_1228     FALSE 0.149 97.000 0.045 NA N NA
 3413506 3413507 TM1040_1230 TM1040_1231 recA   TRUE 0.742 3.000 0.000 NA   NA
 3413507 3413508 TM1040_1231 TM1040_1232   alaS FALSE 0.307 62.000 0.000 NA   NA
 3413508 3413509 TM1040_1232 TM1040_1233 alaS   TRUE 0.806 7.000 0.024 NA   NA
 3413509 3413510 TM1040_1233 TM1040_1234     FALSE 0.223 120.000 0.060 NA   NA
 3413511 3413512 TM1040_1235 TM1040_1236     FALSE 0.029 127.000 0.012 1.000 N NA
 3413512 3413513 TM1040_1236 TM1040_1237     FALSE 0.091 141.000 0.017 1.000   NA
 3413513 3413514 TM1040_1237 TM1040_1238     TRUE 0.934 -3.000 0.112 NA   NA
 3413514 3413515 TM1040_1238 TM1040_1239     TRUE 0.916 0.000 0.100 NA   NA
 3413516 3413517 TM1040_1240 TM1040_1241     FALSE 0.554 67.000 0.183 NA N NA
 3413517 3413518 TM1040_1241 TM1040_1242     TRUE 0.755 16.000 0.109 1.000 N NA
 3413518 3413519 TM1040_1242 TM1040_1243     FALSE 0.517 39.000 0.009 NA   NA
 3413519 3413520 TM1040_1243 TM1040_1244     TRUE 0.657 13.000 0.000 NA   NA
 3413520 3413521 TM1040_1244 TM1040_1245     FALSE 0.301 63.000 0.000 NA   NA
 3413521 3413522 TM1040_1245 TM1040_1246     TRUE 0.992 0.000 0.482 1.000 Y NA
 3413522 3413523 TM1040_1246 TM1040_1247     TRUE 0.840 9.000 0.049 NA   NA
 3413523 3413524 TM1040_1247 TM1040_1248     TRUE 0.991 0.000 0.964 NA   NA
 3413524 3413525 TM1040_1248 TM1040_1249     TRUE 0.957 -7.000 0.176 NA   NA
 3413526 3413527 TM1040_1250 TM1040_1251     TRUE 0.948 0.000 0.195 NA   NA
 3413527 3413528 TM1040_1251 TM1040_1252     FALSE 0.353 106.000 0.098 NA   NA
 3413528 3413529 TM1040_1252 TM1040_1253     FALSE 0.560 95.000 0.214 1.000   NA
 3413533 3413534 TM1040_1257 TM1040_1258     TRUE 0.829 4.000 0.096 NA N NA
 3413534 3413535 TM1040_1258 TM1040_1259     TRUE 0.971 17.000 0.222 NA Y NA
 3413535 3413536 TM1040_1259 TM1040_1260     TRUE 0.994 13.000 0.402 0.002 Y NA
 3413536 3413537 TM1040_1260 TM1040_1261     TRUE 0.997 0.000 0.485 0.002 Y NA
 3413537 3413538 TM1040_1261 TM1040_1262     TRUE 0.665 110.000 0.107 NA Y NA
 3413538 3413539 TM1040_1262 TM1040_1263     FALSE 0.007 302.000 0.052 NA N NA
 3413539 3413540 TM1040_1263 TM1040_1264     FALSE 0.258 54.000 0.032 1.000 N NA
 3413540 3413541 TM1040_1264 TM1040_1265     TRUE 0.725 3.000 0.000 1.000   NA
 3413541 3413542 TM1040_1265 TM1040_1266     TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 3413542 3413543 TM1040_1266 TM1040_1267     TRUE 0.931 16.000 0.276 NA   NA
 3413548 3413549 TM1040_1272 TM1040_1273     TRUE 0.823 107.000 0.333 1.000 Y NA
 3413549 3413550 TM1040_1273 TM1040_1274     TRUE 0.997 -3.000 0.582 0.026 Y NA
 3413550 3413551 TM1040_1274 TM1040_1275     TRUE 0.980 4.000 0.190 1.000 Y NA
 3413551 3413552 TM1040_1275 TM1040_1276     TRUE 0.998 -3.000 0.775 0.066 Y NA
 3413553 3413554 TM1040_1277 TM1040_1278     FALSE 0.004 399.000 0.000 NA   NA
 3413554 3413555 TM1040_1278 TM1040_1279     TRUE 0.975 0.000 0.400 NA   NA
 3413555 3413556 TM1040_1279 TM1040_1280     TRUE 0.982 -28.000 0.400 NA   NA
 3413556 3413557 TM1040_1280 TM1040_1281     TRUE 0.883 0.000 0.054 NA   NA
 3413557 3413558 TM1040_1281 TM1040_1282     FALSE 0.199 124.000 0.054 NA   NA
 3413558 3413559 TM1040_1282 TM1040_1283     TRUE 0.914 10.000 0.154 NA   NA
 3413559 3413560 TM1040_1283 TM1040_1284     TRUE 0.967 0.000 0.308 NA   NA
 3413560 3413561 TM1040_1284 TM1040_1285     FALSE 0.117 114.000 0.000 NA   NA
 3413561 3413562 TM1040_1285 TM1040_1286     TRUE 0.751 1.000 0.000 NA   NA
 3413562 3413563 TM1040_1286 TM1040_1287     TRUE 0.747 2.000 0.000 NA   NA
 3413563 3413564 TM1040_1287 TM1040_1288     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413564 3413565 TM1040_1288 TM1040_1289     FALSE 0.458 35.000 0.000 NA   NA
 3413565 3413566 TM1040_1289 TM1040_1290     TRUE 0.866 11.000 0.083 NA   NA
 3413566 3413567 TM1040_1290 TM1040_1291     TRUE 0.957 -19.000 0.167 NA   NA
 3413567 3413568 TM1040_1291 TM1040_1292     TRUE 0.960 0.000 0.250 NA   NA
 3413568 3413569 TM1040_1292 TM1040_1293     TRUE 0.821 49.000 0.250 NA   NA
 3413569 3413570 TM1040_1293 TM1040_1294     TRUE 0.949 0.000 0.200 NA   NA
 3413570 3413571 TM1040_1294 TM1040_1295     TRUE 0.957 -3.000 0.200 NA   NA
 3413571 3413572 TM1040_1295 TM1040_1296     TRUE 0.975 0.000 0.400 NA   NA
 3413572 3413573 TM1040_1296 TM1040_1297     TRUE 0.920 5.000 0.143 NA   NA
 3413573 3413574 TM1040_1297 TM1040_1298     TRUE 0.898 0.000 0.071 NA   NA
 3413574 3413575 TM1040_1298 TM1040_1299     FALSE 0.437 67.000 0.040 NA   NA
 3413575 3413576 TM1040_1299 TM1040_1300     TRUE 0.888 17.000 0.180 1.000   NA
 3413576 3413577 TM1040_1300 TM1040_1301     TRUE 0.974 -3.000 0.333 NA   NA
 3413577 3413578 TM1040_1301 TM1040_1302     TRUE 0.768 47.000 0.176 NA   NA
 3413578 3413579 TM1040_1302 TM1040_1303     TRUE 0.952 -3.000 0.176 NA   NA
 3413579 3413580 TM1040_1303 TM1040_1304     FALSE 0.259 173.000 0.400 NA   NA
 3413580 3413581 TM1040_1304 TM1040_1305     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413581 3413582 TM1040_1305 TM1040_1306     FALSE 0.005 361.000 0.000 NA   NA
 3413583 3413584 TM1040_1307 TM1040_1308     FALSE 0.399 45.000 0.000 NA   NA
 3413585 3413586 TM1040_1309 TM1040_1310     FALSE 0.023 183.000 0.000 NA   NA
 3413586 3413587 TM1040_1310 TM1040_1311     TRUE 0.886 4.000 0.074 NA   NA
 3413587 3413588 TM1040_1311 TM1040_1312     TRUE 0.699 9.000 0.000 NA   NA
 3413588 3413589 TM1040_1312 TM1040_1313     TRUE 0.713 6.000 0.000 NA   NA
 3413589 3413590 TM1040_1313 TM1040_1314     FALSE 0.010 251.000 0.000 NA   NA
 3413590 3413591 TM1040_1314 TM1040_1315     TRUE 0.988 -3.000 0.667 NA   NA
 3413591 3413592 TM1040_1315 TM1040_1316     FALSE 0.016 203.000 0.000 NA   NA
 3413592 3413593 TM1040_1316 TM1040_1317     TRUE 0.809 -7.000 0.000 NA   NA
 3413597 3413598 TM1040_1321 TM1040_1322     TRUE 0.707 7.000 0.000 NA   NA
 3413598 3413599 TM1040_1322 TM1040_1323     FALSE 0.004 439.000 0.000 NA   NA
 3413599 3413600 TM1040_1323 TM1040_1324     FALSE 0.004 398.000 0.000 NA   NA
 3413601 3413602 TM1040_1325 TM1040_1326     FALSE 0.190 88.000 0.000 NA   NA
 3413602 3413603 TM1040_1326 TM1040_1327     FALSE 0.059 143.000 0.000 NA   NA
 3413603 3413604 TM1040_1327 TM1040_1328     FALSE 0.004 451.000 0.000 NA   NA
 3413606 3413607 TM1040_R0024 TM1040_1329     FALSE 0.204 84.000 0.000 NA   NA
 3413608 3413609 TM1040_1330 TM1040_1331     FALSE 0.010 101.000 0.000 NA N NA
 3413610 3413611 TM1040_1332 TM1040_1333     FALSE 0.100 131.000 0.004 NA   NA
 3413612 3413613 TM1040_1334 TM1040_1335     TRUE 0.840 5.000 0.117 1.000 N NA
 3413613 3413614 TM1040_1335 TM1040_1336     FALSE 0.265 64.000 0.048 1.000 N NA
 3413615 3413616 TM1040_1337 TM1040_1338     FALSE 0.004 140.000 0.000 NA N NA
 3413616 3413617 TM1040_1338 TM1040_1339     TRUE 0.900 -3.000 0.131 NA N NA
 3413617 3413618 TM1040_1339 TM1040_1340     FALSE 0.403 88.000 0.077 NA   NA
 3413619 3413620 TM1040_1341 TM1040_1342     TRUE 0.729 95.000 0.452 1.000   NA
 3413621 3413622 TM1040_1343 TM1040_1344     FALSE 0.072 164.000 0.042 NA   NA
 3413624 3413625 TM1040_1346 TM1040_1347     TRUE 0.981 4.000 0.196 1.000 Y NA
 3413625 3413626 TM1040_1347 TM1040_1348     FALSE 0.049 191.000 0.147 1.000 N NA
 3413627 3413628 TM1040_1349 TM1040_1350     FALSE 0.632 31.000 0.026 NA   NA
 3413629 3413630 TM1040_1351 TM1040_1352     FALSE 0.115 130.000 0.012 NA   NA
 3413633 3413634 TM1040_1355 TM1040_1356   hfq TRUE 0.920 0.000 0.115 1.000   NA
 3413634 3413635 TM1040_1356 TM1040_1357 hfq   FALSE 0.376 133.000 0.252 1.000   NA
 3413635 3413636 TM1040_1357 TM1040_1358   trkA TRUE 0.989 2.000 0.089 0.003 Y NA
 3413636 3413637 TM1040_1358 TM1040_1359 trkA   FALSE 0.210 100.000 0.085 1.000 N NA
 3413637 3413638 TM1040_1359 TM1040_1360     TRUE 0.997 -3.000 0.533 0.092 Y NA
 3413638 3413639 TM1040_1360 TM1040_1361     TRUE 0.861 100.000 0.205 0.092 Y NA
 3413639 3413640 TM1040_1361 TM1040_1362     TRUE 0.985 18.000 0.297 0.095 Y NA
 3413640 3413641 TM1040_1362 TM1040_1363     TRUE 0.859 -3.000 0.094 1.000 N NA
 3413642 3413643 TM1040_1364 TM1040_1365     TRUE 0.972 -3.000 0.033 1.000 Y NA
 3413643 3413644 TM1040_1365 TM1040_1366     TRUE 0.924 -3.000 0.091 NA   NA
 3413646 3413647 TM1040_1368 TM1040_1369     FALSE 0.091 126.000 0.000 NA   NA
 3413648 3413649 TM1040_1370 TM1040_1371     TRUE 0.823 -3.000 0.005 1.000   NA
 3413649 3413650 TM1040_1371 TM1040_1372     FALSE 0.066 150.000 0.008 NA   NA
 3413653 3413654 TM1040_1375 TM1040_1376 guaA   FALSE 0.032 176.000 0.005 1.000   NA
 3413654 3413655 TM1040_1376 TM1040_1377     FALSE 0.616 133.000 0.381 0.098   NA
 3413655 3413656 TM1040_1377 TM1040_1378     FALSE 0.013 223.000 0.000 NA   NA
 3413656 3413657 TM1040_1378 TM1040_1379     FALSE 0.393 46.000 0.000 NA   NA
 3413657 3413658 TM1040_1379 TM1040_1380     TRUE 0.838 10.000 0.056 1.000   NA
 3413658 3413659 TM1040_1380 TM1040_1381     TRUE 0.852 62.000 0.444 1.000   NA
 3413659 3413660 TM1040_1381 TM1040_1382     TRUE 0.978 -7.000 0.356 1.000   NA
 3413660 3413661 TM1040_1382 TM1040_1383     FALSE 0.003 156.000 0.000 1.000 N NA
 3413662 3413663 TM1040_1384 TM1040_1385 rpsI rplM TRUE 0.992 6.000 0.231 0.013 Y NA
 3413663 3413664 TM1040_1385 TM1040_1386 rplM   FALSE 0.006 184.000 0.009 1.000 N NA
 3413664 3413665 TM1040_1386 TM1040_1387     FALSE 0.260 69.000 0.000 NA   NA
 3413666 3413667 TM1040_1388 TM1040_1389     TRUE 0.985 -3.000 0.162 1.000 Y NA
 3413669 3413670 TM1040_1391 TM1040_1392     FALSE 0.241 37.000 0.018 1.000 N NA
 3413670 3413671 TM1040_1392 TM1040_1393     TRUE 0.858 -3.000 0.022 1.000   NA
 3413673 3413674 TM1040_1395 TM1040_1396     FALSE 0.085 129.000 0.000 NA   NA
 3413675 3413676 TM1040_1397 TM1040_1398     TRUE 0.981 8.000 0.029 0.010 Y NA
 3413676 3413677 TM1040_1398 TM1040_1399     FALSE 0.012 178.000 0.022 1.000 N NA
 3413677 3413678 TM1040_1399 TM1040_1400     FALSE 0.381 126.000 0.213 1.000   NA
 3413680 3413681 TM1040_1402 TM1040_1403     TRUE 0.934 4.000 0.173 NA   NA
 3413681 3413682 TM1040_1403 TM1040_1404     TRUE 0.969 14.000 0.552 NA   NA
 3413682 3413683 TM1040_1404 TM1040_1405     TRUE 0.940 0.000 0.264 1.000 N NA
 3413683 3413684 TM1040_1405 TM1040_1406     FALSE 0.577 64.000 0.102 1.000   NA
 3413684 3413685 TM1040_1406 TM1040_1407     FALSE 0.585 96.000 0.241 1.000   NA
 3413685 3413686 TM1040_1407 TM1040_1408     FALSE 0.207 156.000 0.200 NA   NA
 3413686 3413687 TM1040_1408 TM1040_1409     FALSE 0.095 140.000 0.012 NA   NA
 3413687 3413688 TM1040_1409 TM1040_1410     TRUE 0.969 5.000 0.568 1.000 N NA
 3413688 3413689 TM1040_1410 TM1040_1411     TRUE 0.968 32.000 0.372 1.000 Y NA
 3413689 3413690 TM1040_1411 TM1040_1412     TRUE 0.993 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 3413690 3413691 TM1040_1412 TM1040_1413     TRUE 0.949 10.000 0.409 1.000 N NA
 3413691 3413692 TM1040_1413 TM1040_1414     FALSE 0.260 177.000 0.626 1.000 N NA
 3413693 3413694 TM1040_1415 TM1040_1416     FALSE 0.037 194.000 0.115 1.000 N NA
 3413694 3413695 TM1040_1416 TM1040_1417     FALSE 0.001 260.000 0.000 1.000 N NA
 3413695 3413696 TM1040_1417 TM1040_1418     FALSE 0.502 169.000 0.174 0.065 Y NA
 3413696 3413697 TM1040_1418 TM1040_1419     TRUE 0.973 16.000 0.391 0.065   NA
 3413697 3413698 TM1040_1419 TM1040_1420     FALSE 0.267 96.000 0.033 1.000   NA
 3413699 3413700 TM1040_1421 TM1040_1422     FALSE 0.078 129.000 0.000 1.000   NA
 3413700 3413701 TM1040_1422 TM1040_1423     FALSE 0.332 132.000 0.200 NA   NA
 3413701 3413702 TM1040_1423 TM1040_1424     FALSE 0.081 166.000 0.062 NA   NA
 3413704 3413705 TM1040_1426 TM1040_1427     FALSE 0.001 207.000 0.000 1.000 N NA
 3413705 3413706 TM1040_1427 TM1040_1428     FALSE 0.123 80.000 0.025 1.000 N NA
 3413706 3413707 TM1040_1428 TM1040_1429     TRUE 0.848 4.000 0.038 NA   NA
 3413707 3413708 TM1040_1429 TM1040_1430     TRUE 0.988 -10.000 0.593 NA   NA
 3413709 3413710 TM1040_1431 TM1040_1432     TRUE 0.980 0.000 0.147 1.000 Y NA
 3413710 3413711 TM1040_1432 TM1040_1433     FALSE 0.596 18.000 0.000 NA   NA
 3413712 3413713 TM1040_1434 TM1040_1435     FALSE 0.017 202.000 0.000 NA   NA
 3413713 3413714 TM1040_1435 TM1040_1436     FALSE 0.250 71.000 0.000 NA   NA
 3413714 3413715 TM1040_1436 TM1040_1437     FALSE 0.024 64.000 0.000 1.000 N NA
 3413715 3413716 TM1040_1437 TM1040_R0025     FALSE 0.014 221.000 0.000 NA   NA
 3413716 3413717 TM1040_R0025 TM1040_1438     FALSE 0.010 245.000 0.000 NA   NA
 3413717 3413718 TM1040_1438 TM1040_1439     TRUE 0.830 6.000 0.114 1.000 N NA
 3413718 3413719 TM1040_1439 TM1040_1440     FALSE 0.147 120.000 0.014 NA   NA
 3413719 3413720 TM1040_1440 TM1040_1441     TRUE 0.675 18.000 0.010 NA   NA
 3413720 3413721 TM1040_1441 TM1040_1442     FALSE 0.360 31.000 0.029 1.000 N NA
 3413721 3413722 TM1040_1442 TM1040_1443     FALSE 0.103 109.000 0.041 1.000 N NA
 3413722 3413723 TM1040_1443 TM1040_1444   dmdA TRUE 0.939 15.000 0.441 1.000 N NA
 3413723 3413724 TM1040_1444 TM1040_1445 dmdA   TRUE 0.648 40.000 0.060 NA   NA
 3413724 3413725 TM1040_1445 TM1040_1446     TRUE 0.921 19.000 0.280 NA   NA
 3413726 3413727 TM1040_1447 TM1040_R0026   ssrA FALSE 0.153 101.000 0.000 NA   NA
 3413727 3413728 TM1040_R0026 TM1040_1448 ssrA   FALSE 0.010 243.000 0.000 NA   NA
 3413728 3413729 TM1040_1448 TM1040_1449     FALSE 0.189 111.000 0.019 NA   NA
 3413729 3413730 TM1040_1449 TM1040_1450     FALSE 0.393 115.000 0.165 NA   NA
 3413732 3413733 TM1040_1452 TM1040_1453 fumC   FALSE 0.007 281.000 0.000 1.000   NA
 3413733 3413734 TM1040_1453 TM1040_1454     TRUE 0.721 5.000 0.000 NA   NA
 3413735 3413736 TM1040_1455 TM1040_1456     TRUE 0.979 -3.000 0.421 1.000   NA
 3413736 3413737 TM1040_1456 TM1040_1457     TRUE 0.651 114.000 0.474 1.000   NA
 3413739 3413740 TM1040_1459 TM1040_1460     FALSE 0.003 594.000 0.000 1.000   NA
 3413740 3413741 TM1040_1460 TM1040_1461     TRUE 0.744 0.000 0.000 1.000   NA
 3413741 3413742 TM1040_1461 TM1040_1462     TRUE 0.994 25.000 0.964 0.095 Y NA
 3413742 3413743 TM1040_1462 TM1040_1463     FALSE 0.390 37.000 0.043 1.000 N NA
 3413743 3413744 TM1040_1463 TM1040_1464     TRUE 0.998 0.000 0.656 0.001 Y NA
 3413744 3413745 TM1040_1464 TM1040_1465     TRUE 0.861 107.000 0.460 1.000 Y NA
 3413746 3413747 TM1040_1466 TM1040_1467     FALSE 0.327 112.000 0.103 NA   NA
 3413747 3413748 TM1040_1467 TM1040_1468     TRUE 0.746 63.000 0.226 NA   NA
 3413750 3413751 TM1040_1470 TM1040_1471     TRUE 0.975 2.000 0.436 NA   NA
 3413754 3413755 TM1040_1474 TM1040_1475     FALSE 0.164 91.000 0.049 1.000 N NA
 3413755 3413756 TM1040_1475 TM1040_1476     TRUE 0.971 48.000 0.230 0.002 Y NA
 3413756 3413757 TM1040_1476 TM1040_1477     FALSE 0.028 183.000 0.006 1.000   NA
 3413758 3413759 TM1040_1478 TM1040_R0027     FALSE 0.039 160.000 0.000 NA   NA
 3413761 3413762 TM1040_1480 TM1040_R0028     FALSE 0.250 71.000 0.000 NA   NA
 3413763 3413764 TM1040_1481 TM1040_1482     TRUE 0.982 9.000 0.031 0.003 Y NA
 3413764 3413765 TM1040_1482 TM1040_1483     TRUE 0.770 64.000 0.018 1.000 Y NA
 3413765 3413766 TM1040_1483 TM1040_1484     TRUE 0.963 -3.000 0.000 NA Y NA
 3413766 3413767 TM1040_1484 TM1040_1485     TRUE 0.967 -7.000 0.000 NA Y NA
 3413767 3413768 TM1040_1485 TM1040_1486     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413769 3413770 TM1040_1487 TM1040_1488     FALSE 0.000 798.000 0.000 1.000 N NA
 3413770 3413771 TM1040_1488 TM1040_1489     FALSE 0.000 353.000 0.000 1.000 N NA
 3413771 3413772 TM1040_1489 TM1040_1490     TRUE 0.882 7.000 0.179 1.000 N NA
 3413772 3413773 TM1040_1490 TM1040_1491     FALSE 0.033 163.000 0.000 1.000   NA
 3413774 3413775 TM1040_1492 TM1040_1493     FALSE 0.149 102.000 0.000 NA   NA
 3413775 3413776 TM1040_1493 TM1040_1494     FALSE 0.440 203.000 0.539 NA Y NA
 3413776 3413777 TM1040_1494 TM1040_1495     TRUE 0.987 53.000 0.855 0.065 Y NA
 3413777 3413778 TM1040_1495 TM1040_1496     TRUE 0.984 25.000 0.661 1.000 Y NA
 3413778 3413779 TM1040_1496 TM1040_1497     FALSE 0.257 114.000 0.149 1.000 N NA
 3413779 3413780 TM1040_1497 TM1040_1498     FALSE 0.173 130.000 0.137 1.000 N NA
 3413782 3413783 TM1040_1500 TM1040_1501     TRUE 0.855 65.000 0.301 0.012 N NA
 3413783 3413784 TM1040_1501 TM1040_1502     FALSE 0.007 293.000 0.000 NA   NA
 3413788 3413789 TM1040_1506 TM1040_1507     TRUE 0.739 77.000 0.328 NA   NA
 3413789 3413790 TM1040_1507 TM1040_1508     TRUE 0.979 -3.000 0.406 NA   NA
 3413790 3413791 TM1040_1508 TM1040_1509     TRUE 0.965 11.000 0.429 NA   NA
 3413791 3413792 TM1040_1509 TM1040_1510     TRUE 0.686 99.000 0.397 1.000   NA
 3413793 3413794 TM1040_1511 TM1040_1512     FALSE 0.363 200.000 0.377 NA Y NA
 3413794 3413795 TM1040_1512 TM1040_1513     TRUE 0.993 5.000 0.377 0.064 Y NA
 3413795 3413796 TM1040_1513 TM1040_1514     TRUE 0.990 11.000 0.558 1.000 Y NA
 3413796 3413797 TM1040_1514 TM1040_1515     TRUE 0.993 19.000 0.628 0.025 Y NA
 3413797 3413798 TM1040_1515 TM1040_1516     FALSE 0.001 212.000 0.000 1.000 N NA
 3413798 3413799 TM1040_1516 TM1040_1517     FALSE 0.006 174.000 0.006 1.000 N NA
 3413799 3413800 TM1040_1517 TM1040_1518     TRUE 0.989 10.000 0.153 0.002 Y NA
 3413800 3413801 TM1040_1518 TM1040_1519   aat FALSE 0.431 66.000 0.114 1.000 N NA
 3413802 3413803 TM1040_1520 TM1040_1521     TRUE 0.920 0.000 0.108 NA   NA
 3413803 3413804 TM1040_1521 TM1040_1522     TRUE 0.660 71.000 0.199 NA   NA
 3413804 3413805 TM1040_1522 TM1040_1523     FALSE 0.138 121.000 0.011 NA   NA
 3413805 3413806 TM1040_1523 TM1040_1524     TRUE 0.814 12.000 0.042 NA   NA
 3413806 3413807 TM1040_1524 TM1040_1525     FALSE 0.012 92.000 0.000 NA N NA
 3413807 3413808 TM1040_1525 TM1040_1526   clpX FALSE 0.010 105.000 0.000 1.000 N NA
 3413808 3413809 TM1040_1526 TM1040_1527 clpX   FALSE 0.602 152.000 0.352 1.000 Y NA
 3413810 3413811 TM1040_1528 TM1040_1529     FALSE 0.094 124.000 0.000 NA   NA
 3413811 3413812 TM1040_1529 TM1040_1530     TRUE 0.895 32.000 0.308 NA   NA
 3413812 3413813 TM1040_1530 TM1040_1531     TRUE 0.984 -16.000 0.647 1.000 N NA
 3413813 3413814 TM1040_1531 TM1040_1532     FALSE 0.008 264.000 0.000 1.000   NA
 3413814 3413815 TM1040_1532 TM1040_1533     TRUE 0.850 23.000 0.154 NA   NA
 3413815 3413816 TM1040_1533 TM1040_1534   mdoG TRUE 0.990 -3.000 0.769 NA   NA
 3413816 3413817 TM1040_1534 TM1040_1535 mdoG   TRUE 0.903 1.000 0.169 NA N NA
 3413818 3413819 TM1040_1536 TM1040_1537     TRUE 0.985 -3.000 0.750 NA N NA
 3413820 3413821 TM1040_1538 TM1040_1539     TRUE 0.998 5.000 0.881 0.007 Y NA
 3413821 3413822 TM1040_1539 TM1040_1540     TRUE 0.999 -3.000 0.976 0.007 Y NA
 3413822 3413823 TM1040_1540 TM1040_1541     TRUE 0.996 0.000 0.944 1.000 Y NA
 3413823 3413824 TM1040_1541 TM1040_1542     TRUE 0.998 -3.000 0.937 0.046 Y NA
 3413824 3413825 TM1040_1542 TM1040_1543     TRUE 0.995 11.000 0.937 1.000 Y NA
 3413825 3413826 TM1040_1543 TM1040_1544     FALSE 0.366 39.000 0.040 1.000 N NA
 3413829 3413830 TM1040_1547 TM1040_1548     FALSE 0.042 178.000 0.022 NA   NA
 3413831 3413832 TM1040_1549 TM1040_1550     FALSE 0.597 64.000 0.108 NA   NA
 3413833 3413834 TM1040_1551 TM1040_1552     TRUE 0.677 19.000 0.082 NA N NA
 3413834 3413835 TM1040_1552 TM1040_1553     TRUE 0.997 -3.000 0.845 NA Y NA
 3413836 3413837 TM1040_1554 TM1040_1555     TRUE 0.657 13.000 0.000 NA   NA
 3413837 3413838 TM1040_1555 TM1040_1556     FALSE 0.010 249.000 0.000 NA   NA
 3413838 3413839 TM1040_1556 TM1040_1557     TRUE 0.682 65.000 0.287 1.000 N NA
 3413839 3413840 TM1040_1557 TM1040_1558     FALSE 0.547 93.000 0.195 NA   NA
 3413840 3413841 TM1040_1558 TM1040_1559     TRUE 0.891 40.000 0.368 NA   NA
 3413841 3413842 TM1040_1559 TM1040_1560     FALSE 0.014 286.000 0.114 1.000 N NA
 3413842 3413843 TM1040_1560 TM1040_1561     TRUE 0.909 11.000 0.247 1.000 N NA
 3413843 3413844 TM1040_1561 TM1040_1562     TRUE 0.973 40.000 0.562 1.000 Y NA
 3413845 3413846 TM1040_1563 TM1040_1564     FALSE 0.397 128.000 0.229 NA   NA
 3413850 3413851 TM1040_1568 TM1040_1569     FALSE 0.038 182.000 0.021 NA   NA
 3413851 3413852 TM1040_1569 TM1040_1570     FALSE 0.070 85.000 0.012 1.000 N NA
 3413852 3413853 TM1040_1570 TM1040_1571   deoA TRUE 0.985 0.000 0.875 1.000 N NA
 3413853 3413854 TM1040_1571 TM1040_1572 deoA   TRUE 0.983 5.000 0.242 1.000 Y NA
 3413855 3413856 TM1040_1573 TM1040_1574     FALSE 0.014 337.000 0.018 0.074 N NA
 3413857 3413858 TM1040_1575 TM1040_1576     FALSE 0.098 122.000 0.000 NA   NA
 3413861 3413862 TM1040_1579 TM1040_1580     FALSE 0.110 117.000 0.000 NA   NA
 3413863 3413864 TM1040_1581 TM1040_1582     TRUE 0.720 87.000 0.355 NA   NA
 3413864 3413865 TM1040_1582 TM1040_1583     FALSE 0.632 77.000 0.200 NA   NA
 3413869 3413870 TM1040_1587 TM1040_1588     FALSE 0.059 141.000 0.000 1.000   NA
 3413870 3413871 TM1040_1588 TM1040_1589     FALSE 0.004 422.000 0.000 1.000   NA
 3413871 3413872 TM1040_1589 TM1040_1590     TRUE 0.997 -3.000 0.875 NA Y NA
 3413872 3413873 TM1040_1590 TM1040_1591     TRUE 0.948 64.000 0.500 NA Y NA
 3413873 3413874 TM1040_1591 TM1040_1592     FALSE 0.573 36.000 0.025 1.000   NA
 3413874 3413875 TM1040_1592 TM1040_1593     FALSE 0.076 130.000 0.000 1.000   NA
 3413875 3413876 TM1040_1593 TM1040_1594     TRUE 0.672 10.000 0.000 1.000   NA
 3413877 3413878 TM1040_1595 TM1040_1596     TRUE 0.787 10.000 0.025 1.000   NA
 3413878 3413879 TM1040_1596 TM1040_1597     FALSE 0.037 46.000 0.000 1.000 N NA
 3413880 3413881 TM1040_1598 TM1040_1599     FALSE 0.003 531.000 0.000 1.000   NA
 3413883 3413884 TM1040_1601 TM1040_1602     FALSE 0.596 18.000 0.000 NA   NA
 3413884 3413885 TM1040_1602 TM1040_1603     FALSE 0.012 235.000 0.000 NA   NA
 3413885 3413886 TM1040_1603 TM1040_1604     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413886 3413887 TM1040_1604 TM1040_1605     TRUE 0.747 2.000 0.000 NA   NA
 3413887 3413888 TM1040_1605 TM1040_1606     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413888 3413889 TM1040_1606 TM1040_1607     TRUE 0.707 7.000 0.000 NA   NA
 3413889 3413890 TM1040_1607 TM1040_1608     TRUE 0.985 -22.000 0.500 NA   NA
 3413890 3413891 TM1040_1608 TM1040_1609     TRUE 0.742 3.000 0.000 NA   NA
 3413891 3413892 TM1040_1609 TM1040_1610     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413892 3413893 TM1040_1610 TM1040_1611     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413893 3413894 TM1040_1611 TM1040_1612     FALSE 0.004 435.000 0.000 NA   NA
 3413894 3413895 TM1040_1612 TM1040_1613     TRUE 0.799 99.000 0.667 NA   NA
 3413895 3413896 TM1040_1613 TM1040_1614     TRUE 0.799 99.000 0.667 NA   NA
 3413896 3413897 TM1040_1614 TM1040_1615     TRUE 0.942 61.000 1.000 NA   NA
 3413897 3413898 TM1040_1615 TM1040_1616     TRUE 0.961 42.000 1.000 NA   NA
 3413898 3413899 TM1040_1616 TM1040_1617     TRUE 0.975 0.000 0.400 NA   NA
 3413901 3413902 TM1040_1619 TM1040_1620     TRUE 0.983 4.000 0.667 NA   NA
 3413902 3413903 TM1040_1620 TM1040_1621     TRUE 0.979 -3.000 0.400 NA   NA
 3413903 3413904 TM1040_1621 TM1040_1622     FALSE 0.292 64.000 0.000 NA   NA
 3413904 3413905 TM1040_1622 TM1040_1623     TRUE 0.742 3.000 0.000 NA   NA
 3413905 3413906 TM1040_1623 TM1040_1624     TRUE 0.969 -3.000 0.273 NA   NA
 3413906 3413907 TM1040_1624 TM1040_1625     TRUE 0.901 3.000 0.091 NA   NA
 3413907 3413908 TM1040_1625 TM1040_1626     TRUE 0.946 11.000 0.273 NA   NA
 3413909 3413910 TM1040_1627 TM1040_1628     FALSE 0.007 291.000 0.000 NA   NA
 3413911 3413912 TM1040_1629 TM1040_1630     FALSE 0.500 30.000 0.000 NA   NA
 3413912 3413913 TM1040_1630 TM1040_1631     TRUE 0.733 4.000 0.000 NA   NA
 3413913 3413914 TM1040_1631 TM1040_1632     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413914 3413915 TM1040_1632 TM1040_1633     TRUE 0.811 -10.000 0.000 NA   NA
 3413915 3413916 TM1040_1633 TM1040_1634     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413916 3413917 TM1040_1634 TM1040_1635     FALSE 0.032 167.000 0.000 NA   NA
 3413918 3413919 TM1040_1636 TM1040_1637     FALSE 0.031 166.000 0.000 1.000   NA
 3413921 3413922 TM1040_1639 TM1040_1640     FALSE 0.006 309.000 0.000 NA   NA
 3413922 3413923 TM1040_1640 TM1040_1641     FALSE 0.020 192.000 0.000 NA   NA
 3413923 3413924 TM1040_1641 TM1040_1642     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413924 3413925 TM1040_1642 TM1040_1643     FALSE 0.005 358.000 0.000 NA   NA
 3413925 3413926 TM1040_1643 TM1040_1644     TRUE 0.811 -10.000 0.000 NA   NA
 3413929 3413930 TM1040_1647 TM1040_1648     FALSE 0.260 69.000 0.000 NA   NA
 3413930 3413931 TM1040_1648 TM1040_1649     FALSE 0.210 82.000 0.000 NA   NA
 3413931 3413932 TM1040_1649 TM1040_1650     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413932 3413933 TM1040_1650 TM1040_1651     TRUE 0.747 2.000 0.000 NA   NA
 3413933 3413934 TM1040_1651 TM1040_1652     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413934 3413935 TM1040_1652 TM1040_1653     FALSE 0.393 46.000 0.000 NA   NA
 3413935 3413936 TM1040_1653 TM1040_1654     TRUE 0.985 -22.000 0.500 NA   NA
 3413936 3413937 TM1040_1654 TM1040_1655     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413937 3413938 TM1040_1655 TM1040_1656     FALSE 0.004 519.000 0.000 NA   NA
 3413938 3413939 TM1040_1656 TM1040_1657     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413941 3413942 TM1040_1659 TM1040_1660     FALSE 0.009 263.000 0.000 NA   NA
 3413942 3413943 TM1040_1660 TM1040_1661     TRUE 0.799 99.000 0.667 NA   NA
 3413943 3413944 TM1040_1661 TM1040_1662     TRUE 0.799 99.000 0.667 NA   NA
 3413944 3413945 TM1040_1662 TM1040_1663     TRUE 0.942 61.000 1.000 NA   NA
 3413945 3413946 TM1040_1663 TM1040_1664     TRUE 0.961 42.000 1.000 NA   NA
 3413946 3413947 TM1040_1664 TM1040_1665     TRUE 0.882 48.000 0.400 NA   NA
 3413947 3413948 TM1040_1665 TM1040_1666     TRUE 0.979 -3.000 0.400 NA   NA
 3413948 3413949 TM1040_1666 TM1040_1667     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413949 3413950 TM1040_1667 TM1040_1668     FALSE 0.010 242.000 0.000 NA   NA
 3413950 3413951 TM1040_1668 TM1040_1669     TRUE 0.861 25.000 0.185 NA   NA
 3413951 3413952 TM1040_1669 TM1040_1670     TRUE 0.964 -16.000 0.207 NA   NA
 3413952 3413953 TM1040_1670 TM1040_1671     TRUE 0.957 1.000 0.241 NA   NA
 3413953 3413954 TM1040_1671 TM1040_1672     TRUE 0.928 -22.000 0.080 NA   NA
 3413956 3413957 TM1040_1674 TM1040_1675     FALSE 0.544 23.000 0.000 NA   NA
 3413957 3413958 TM1040_1675 TM1040_1676     TRUE 0.713 6.000 0.000 NA   NA
 3413958 3413959 TM1040_1676 TM1040_1677     FALSE 0.014 218.000 0.000 NA   NA
 3413959 3413960 TM1040_1677 TM1040_1678     FALSE 0.004 535.000 0.000 NA   NA
 3413960 3413961 TM1040_1678 TM1040_1679     TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 3413961 3413962 TM1040_1679 TM1040_1680     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3413962 3413963 TM1040_1680 TM1040_1681     FALSE 0.011 238.000 0.000 NA   NA
 3413964 3413965 TM1040_1682 TM1040_1683     FALSE 0.544 23.000 0.000 NA   NA
 3413965 3413966 TM1040_1683 TM1040_1684     TRUE 0.809 -7.000 0.000 NA   NA
 3413966 3413967 TM1040_1684 TM1040_1685     FALSE 0.007 299.000 0.000 NA   NA
 3413967 3413968 TM1040_1685 TM1040_1686     FALSE 0.015 214.000 0.000 NA   NA
 3413968 3413969 TM1040_1686 TM1040_1687     FALSE 0.130 109.000 0.000 NA   NA
 3413969 3413970 TM1040_1687 TM1040_1688     FALSE 0.560 21.000 0.000 NA   NA
 3413970 3413971 TM1040_1688 TM1040_1689     FALSE 0.028 173.000 0.000 NA   NA
 3413971 3413972 TM1040_1689 TM1040_1690     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3413972 3413973 TM1040_1690 TM1040_1691     FALSE 0.094 124.000 0.000 NA   NA
 3413973 3413974 TM1040_1691 TM1040_1692     FALSE 0.020 358.000 0.000 0.041   NA
 3413975 3413976 TM1040_R0029 TM1040_1693     FALSE 0.190 88.000 0.000 NA   NA
 3413976 3413977 TM1040_1693 TM1040_1694     TRUE 0.874 10.000 0.092 1.000   NA
 3413978 3413979 TM1040_1695 TM1040_1696     TRUE 0.704 102.000 0.459 1.000   NA
 3413979 3413980 TM1040_1696 TM1040_1697     TRUE 0.831 26.000 0.151 1.000   NA
 3413981 3413982 TM1040_1698 TM1040_1699     FALSE 0.008 181.000 0.013 1.000 N NA
 3413983 3413984 TM1040_1700 TM1040_1701     FALSE 0.330 59.000 0.051 NA N NA
 3413987 3413988 TM1040_1704 TM1040_1705     TRUE 0.978 -22.000 0.350 1.000   NA
 3413989 3413990 TM1040_1706 TM1040_1707 valS   FALSE 0.019 211.000 0.002 NA   NA
 3413990 3413991 TM1040_1707 TM1040_1708     TRUE 0.841 23.000 0.143 NA   NA
 3413991 3413992 TM1040_1708 TM1040_1709     TRUE 0.975 9.000 0.536 NA   NA
 3413992 3413993 TM1040_1709 TM1040_1710     TRUE 0.971 -3.000 0.294 NA   NA
 3413993 3413994 TM1040_1710 TM1040_1711     FALSE 0.115 181.000 0.275 NA N NA
 3413994 3413995 TM1040_1711 TM1040_1712     TRUE 0.981 40.000 0.774 1.000 Y NA
 3413995 3413996 TM1040_1712 TM1040_1713     TRUE 0.959 94.000 0.724 0.062 Y NA
 3413996 3413997 TM1040_1713 TM1040_1714     TRUE 0.998 -3.000 1.000 0.062 Y NA
 3413999 3414000 TM1040_1716 TM1040_1717     TRUE 0.931 12.000 0.219 NA   NA
 3414001 3414002 TM1040_1718 TM1040_1719     FALSE 0.015 212.000 0.000 NA   NA
 3414002 3414003 TM1040_1719 TM1040_1720     FALSE 0.174 93.000 0.000 NA   NA
 3414004 3414005 TM1040_1721 TM1040_1722     FALSE 0.014 221.000 0.000 NA   NA
 3414005 3414006 TM1040_1722 TM1040_1723     FALSE 0.166 131.000 0.050 NA   NA
 3414006 3414007 TM1040_1723 TM1040_1724     TRUE 0.977 0.000 0.450 NA   NA
 3414007 3414008 TM1040_1724 TM1040_1725     TRUE 0.927 9.000 0.184 NA   NA
 3414011 3414012 TM1040_1728 TM1040_1729     TRUE 0.854 28.000 0.295 1.000 N NA
 3414014 3414015 TM1040_1731 TM1040_1732     FALSE 0.410 80.000 0.061 NA   NA
 3414015 3414016 TM1040_1732 TM1040_1733     TRUE 0.900 -3.000 0.053 NA   NA
 3414017 3414018 TM1040_1734 TM1040_1735     FALSE 0.035 274.000 0.143 NA   NA
 3414019 3414020 TM1040_1736 TM1040_1737     FALSE 0.085 162.000 0.062 1.000   NA
 3414020 3414021 TM1040_1737 TM1040_1738     TRUE 0.970 5.000 0.420 NA   NA
 3414021 3414022 TM1040_1738 TM1040_1739     FALSE 0.163 97.000 0.000 NA   NA
 3414024 3414025 TM1040_1741 TM1040_1742     FALSE 0.004 142.000 0.000 1.000 N NA
 3414025 3414026 TM1040_1742 TM1040_1743     TRUE 0.976 3.000 0.481 1.000   NA
 3414026 3414027 TM1040_1743 TM1040_1744     TRUE 0.908 3.000 0.107 1.000   NA
 3414027 3414028 TM1040_1744 TM1040_1745     FALSE 0.334 58.000 0.000 NA   NA
 3414028 3414029 TM1040_1745 TM1040_1746     FALSE 0.070 138.000 0.000 NA   NA
 3414034 3414035 TM1040_1751 TM1040_1752     FALSE 0.050 435.000 0.000 0.087 Y NA
 3414035 3414036 TM1040_1752 TM1040_1753     TRUE 0.985 -7.000 0.500 NA   NA
 3414036 3414037 TM1040_1753 TM1040_1754     FALSE 0.005 366.000 0.000 NA   NA
 3414038 3414039 TM1040_R0030 TM1040_1755     FALSE 0.026 177.000 0.000 NA   NA
 3414040 3414041 TM1040_1756 TM1040_1757     TRUE 0.964 0.000 0.282 NA   NA
 3414041 3414042 TM1040_1757 TM1040_1758     TRUE 0.993 -7.000 0.919 NA   NA
 3414042 3414043 TM1040_1758 TM1040_1759     TRUE 0.738 4.000 0.059 1.000 N NA
 3414043 3414044 TM1040_1759 TM1040_1760     TRUE 0.915 6.000 0.139 NA   NA
 3414044 3414045 TM1040_1760 TM1040_1761     FALSE 0.131 167.000 0.144 NA   NA
 3414048 3414049 TM1040_1764 TM1040_1765     TRUE 0.962 91.000 0.525 0.001 Y NA
 3414049 3414050 TM1040_1765 TM1040_1766     TRUE 0.838 155.000 0.512 0.001 Y NA
 3414050 3414051 TM1040_1766 TM1040_1767     TRUE 0.649 45.000 0.158 1.000 N NA
 3414051 3414052 TM1040_1767 TM1040_1768     TRUE 0.955 -3.000 0.289 NA N NA
 3414052 3414053 TM1040_1768 TM1040_1769     FALSE 0.573 116.000 0.355 NA   NA
 3414053 3414054 TM1040_1769 TM1040_1770     TRUE 0.894 64.000 0.645 NA   NA
 3414055 3414056 TM1040_1771 TM1040_1772     TRUE 0.987 11.000 1.000 NA   NA
 3414056 3414057 TM1040_1772 TM1040_1773     TRUE 0.981 0.000 0.529 NA   NA
 3414057 3414058 TM1040_1773 TM1040_1774     TRUE 0.742 3.000 0.000 NA   NA
 3414058 3414059 TM1040_1774 TM1040_1775     FALSE 0.426 150.000 0.474 NA   NA
 3414059 3414060 TM1040_1775 TM1040_1776     FALSE 0.543 43.000 0.024 NA   NA
 3414060 3414061 TM1040_1776 TM1040_1777   pyrE TRUE 0.765 77.000 0.072 1.000 Y NA
 3414061 3414062 TM1040_1777 TM1040_1778 pyrE   FALSE 0.006 253.000 0.031 1.000 N NA
 3414062 3414063 TM1040_1778 TM1040_1779     FALSE 0.014 185.000 0.034 1.000 N NA
 3414063 3414064 TM1040_1779 TM1040_1780     TRUE 0.843 -3.000 0.077 NA N NA
 3414064 3414065 TM1040_1780 TM1040_1781     TRUE 0.986 -3.000 0.178 NA Y NA
 3414065 3414066 TM1040_1781 TM1040_1782     FALSE 0.292 64.000 0.000 NA   NA
 3414066 3414067 TM1040_1782 TM1040_1783     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3414067 3414068 TM1040_1783 TM1040_1784     FALSE 0.008 322.000 0.010 NA   NA
 3414068 3414069 TM1040_1784 TM1040_1785     TRUE 0.932 -25.000 0.094 1.000   NA
 3414069 3414070 TM1040_1785 TM1040_1786     FALSE 0.004 409.000 0.000 NA   NA
 3414070 3414071 TM1040_1786 TM1040_1787     FALSE 0.004 462.000 0.000 NA   NA
 3414071 3414072 TM1040_1787 TM1040_1788     FALSE 0.018 197.000 0.000 NA   NA
 3414072 3414073 TM1040_1788 TM1040_1789     FALSE 0.009 255.000 0.000 NA   NA
 3414073 3414074 TM1040_1789 TM1040_1790     FALSE 0.257 84.000 0.006 NA   NA
 3414074 3414075 TM1040_1790 TM1040_1791     FALSE 0.017 276.000 0.051 1.000   NA
 3414075 3414076 TM1040_1791 TM1040_1792     TRUE 0.943 -3.000 0.147 1.000   NA
 3414076 3414077 TM1040_1792 TM1040_1793     FALSE 0.086 129.000 0.057 1.000 N NA
 3414078 3414079 TM1040_1794 TM1040_1795     FALSE 0.115 155.000 0.078 NA   NA
 3414079 3414080 TM1040_1795 TM1040_1796     TRUE 0.994 -3.000 0.535 NA Y NA
 3414080 3414081 TM1040_1796 TM1040_1797     TRUE 0.994 8.000 0.353 0.006 Y NA
 3414082 3414083 TM1040_1798 TM1040_1799     TRUE 0.802 34.000 0.150 NA   NA
 3414084 3414085 TM1040_1800 TM1040_1801     FALSE 0.636 13.000 0.000 1.000   NA
 3414085 3414086 TM1040_1801 TM1040_1802     FALSE 0.208 68.000 0.033 NA N NA
 3414086 3414087 TM1040_1802 TM1040_1803     TRUE 0.822 5.000 0.099 NA N NA
 3414089 3414090 TM1040_1805 TM1040_1806     TRUE 0.721 5.000 0.000 NA   NA
 3414091 3414092 TM1040_1807 TM1040_1808     FALSE 0.294 73.000 0.005 NA   NA
 3414092 3414093 TM1040_1808 TM1040_1809     FALSE 0.071 195.000 0.125 NA   NA
 3414094 3414095 TM1040_1810 TM1040_1811     FALSE 0.026 176.000 0.000 NA   NA
 3414095 3414096 TM1040_1811 TM1040_1812     TRUE 0.996 0.000 0.882 NA Y NA
 3414096 3414097 TM1040_1812 TM1040_1813     TRUE 0.725 130.000 0.328 NA Y NA
 3414097 3414098 TM1040_1813 TM1040_1814     FALSE 0.001 247.000 0.000 1.000 N NA
 3414098 3414099 TM1040_1814 TM1040_1815     TRUE 0.997 -3.000 0.579 0.090 Y NA
 3414100 3414101 TM1040_1816 TM1040_1817     FALSE 0.025 178.000 0.000 NA   NA
 3414101 3414102 TM1040_1817 TM1040_1818     FALSE 0.125 174.000 0.167 NA   NA
 3414102 3414103 TM1040_1818 TM1040_1819     FALSE 0.010 277.000 0.004 NA   NA
 3414103 3414104 TM1040_1819 TM1040_1820     FALSE 0.001 189.000 0.000 1.000 N NA
 3414104 3414105 TM1040_1820 TM1040_1821     TRUE 0.976 2.000 0.000 0.061 Y NA
 3414105 3414106 TM1040_1821 TM1040_1822     TRUE 0.996 -3.000 0.409 0.061 Y NA
 3414106 3414107 TM1040_1822 TM1040_1823     TRUE 0.992 -3.000 1.000 1.000   NA
 3414107 3414108 TM1040_1823 TM1040_1824     FALSE 0.064 183.000 0.087 1.000   NA
 3414108 3414109 TM1040_1824 TM1040_1825     TRUE 0.710 44.000 0.109 NA   NA
 3414110 3414111 TM1040_1826 TM1040_1827     TRUE 0.740 119.000 0.105 0.071 Y NA
 3414111 3414112 TM1040_1827 TM1040_1828     FALSE 0.007 310.000 0.060 1.000 N NA
 3414113 3414114 TM1040_1829 TM1040_1830     FALSE 0.012 230.000 0.000 NA   NA
 3414120 3414121 TM1040_1835 TM1040_1836     FALSE 0.095 120.000 0.000 1.000   NA
 3414121 3414122 TM1040_1836 TM1040_1837     TRUE 0.732 56.000 0.278 1.000 N NA
 3414122 3414123 TM1040_1837 TM1040_1838     TRUE 0.953 0.000 0.329 1.000 N NA
 3414123 3414124 TM1040_1838 TM1040_1839     TRUE 0.900 111.000 0.706 1.000 Y NA
 3414124 3414125 TM1040_1839 TM1040_1840     FALSE 0.015 341.000 0.162 1.000 N NA
 3414126 3414127 TM1040_1841 TM1040_1842     FALSE 0.013 328.000 0.052 NA   NA
 3414128 3414129 TM1040_1843 TM1040_1844     FALSE 0.166 96.000 0.000 NA   NA
 3414130 3414131 TM1040_1845 TM1040_1846     TRUE 0.982 -7.000 0.620 1.000 N NA
 3414131 3414132 TM1040_1846 TM1040_1847     FALSE 0.280 89.000 0.023 NA   NA
 3414132 3414133 TM1040_1847 TM1040_1848     FALSE 0.007 289.000 0.000 NA   NA
 3414133 3414134 TM1040_1848 TM1040_1849     FALSE 0.517 27.000 0.000 NA   NA
 3414134 3414135 TM1040_1849 TM1040_1850     FALSE 0.015 205.000 0.000 1.000   NA
 3414135 3414136 TM1040_1850 TM1040_1851     FALSE 0.003 654.000 0.000 NA   NA
 3414136 3414137 TM1040_1851 TM1040_1852     FALSE 0.114 115.000 0.000 NA   NA
 3414137 3414138 TM1040_1852 TM1040_1853     FALSE 0.019 193.000 0.000 NA   NA
 3414139 3414140 TM1040_1854 TM1040_1855     FALSE 0.158 99.000 0.000 NA   NA
 3414140 3414141 TM1040_1855 TM1040_1856     TRUE 0.856 54.000 0.362 NA   NA
 3414141 3414142 TM1040_1856 TM1040_1857     FALSE 0.050 176.000 0.038 1.000   NA
 3414143 3414144 TM1040_1858 TM1040_1859     TRUE 0.963 24.000 0.692 NA   NA
 3414144 3414145 TM1040_1859 TM1040_1860     TRUE 0.927 -19.000 0.080 NA   NA
 3414145 3414146 TM1040_1860 TM1040_1861     TRUE 0.741 10.000 0.073 1.000 N NA
 3414146 3414147 TM1040_1861 TM1040_1862     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3414149 3414150 TM1040_1864 TM1040_1865     FALSE 0.621 16.000 0.000 NA   NA
 3414150 3414151 TM1040_1865 TM1040_1866     FALSE 0.288 107.000 0.063 NA   NA
 3414153 3414154 TM1040_1868 TM1040_1869     FALSE 0.086 159.000 0.050 NA   NA
 3414154 3414155 TM1040_1869 TM1040_1870     FALSE 0.083 144.000 0.014 NA   NA
 3414155 3414156 TM1040_1870 TM1040_1871     TRUE 0.809 -7.000 0.000 NA   NA
 3414156 3414157 TM1040_1871 TM1040_1872     FALSE 0.007 287.000 0.000 NA   NA
 3414157 3414158 TM1040_1872 TM1040_1873     FALSE 0.255 70.000 0.000 NA   NA
 3414158 3414159 TM1040_1873 TM1040_1874     FALSE 0.014 215.000 0.000 NA   NA
 3414159 3414160 TM1040_1874 TM1040_1875     FALSE 0.036 609.000 0.391 NA   NA
 3414160 3414161 TM1040_1875 TM1040_1876     FALSE 0.185 89.000 0.000 NA   NA
 3414161 3414162 TM1040_1876 TM1040_1877     FALSE 0.387 47.000 0.000 NA   NA
 3414163 3414164 TM1040_1878 TM1040_1879     FALSE 0.213 180.000 0.377 1.000   NA
 3414167 3414168 TM1040_1882 TM1040_1883     FALSE 0.371 157.000 0.634 1.000 N NA
 3414168 3414169 TM1040_1883 TM1040_1884     FALSE 0.001 204.000 0.000 1.000 N NA
 3414171 3414172 TM1040_1886 TM1040_1887     FALSE 0.379 118.000 0.167 NA   NA
 3414174 3414175 TM1040_1889 TM1040_1890     FALSE 0.174 93.000 0.000 NA   NA
 3414176 3414177 TM1040_1891 TM1040_1892     TRUE 0.691 21.000 0.025 NA   NA
 3414178 3414179 TM1040_1893 TM1040_1894     TRUE 0.815 -40.000 0.000 NA   NA
 3414180 3414181 TM1040_1895 TM1040_1896     FALSE 0.026 205.000 0.024 1.000   NA
 3414181 3414182 TM1040_1896 TM1040_1897     FALSE 0.482 32.000 0.000 NA   NA
 3414183 3414184 TM1040_1898 TM1040_1899     FALSE 0.007 118.000 0.000 NA N NA
 3414188 3414189 TM1040_1903 TM1040_1904     FALSE 0.387 23.000 0.026 1.000 N NA
 3414191 3414192 TM1040_1906 TM1040_1907     FALSE 0.037 211.000 0.143 1.000 N NA
 3414192 3414193 TM1040_1907 TM1040_1908     TRUE 0.814 -25.000 0.000 NA   NA
 3414193 3414194 TM1040_1908 TM1040_1909     FALSE 0.544 23.000 0.000 NA   NA
 3414197 3414198 TM1040_1912 TM1040_1913     FALSE 0.012 229.000 0.000 NA   NA
 3414198 3414199 TM1040_1913 TM1040_1914     FALSE 0.249 104.000 0.034 NA   NA
 3414200 3414201 TM1040_1915 TM1040_R0032 rpmG rnpB FALSE 0.005 334.000 0.000 NA   NA
 3414201 3414202 TM1040_R0032 TM1040_1916 rnpB   FALSE 0.042 156.000 0.000 NA   NA
 3414202 3414203 TM1040_1916 TM1040_1917     TRUE 0.939 10.000 0.226 NA   NA
 3414203 3414204 TM1040_1917 TM1040_1918   gatA FALSE 0.568 41.000 0.027 NA   NA
 3414204 3414205 TM1040_1918 TM1040_1919 gatA   TRUE 0.997 4.000 0.643 0.001 Y NA
 3414206 3414207 TM1040_1920 TM1040_1921     TRUE 0.744 0.000 0.000 1.000   NA
 3414208 3414209 TM1040_1922 TM1040_1923     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3414209 3414210 TM1040_1923 TM1040_1924     FALSE 0.482 32.000 0.000 NA   NA
 3414210 3414211 TM1040_1924 TM1040_1925     FALSE 0.018 198.000 0.000 NA   NA
 3414211 3414212 TM1040_1925 TM1040_1926     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3414213 3414214 TM1040_1927 TM1040_1928     FALSE 0.076 167.000 0.059 NA   NA
 3414214 3414215 TM1040_1928 TM1040_1929     TRUE 0.874 23.000 0.198 NA   NA
 3414215 3414216 TM1040_1929 TM1040_1930     TRUE 0.933 11.000 0.214 NA   NA
 3414217 3414218 TM1040_1931 TM1040_1932     FALSE 0.034 50.000 0.000 1.000 N NA
 3414218 3414219 TM1040_1932 TM1040_1933     FALSE 0.000 572.000 0.000 1.000 N NA
 3414219 3414220 TM1040_1933 TM1040_1934     FALSE 0.006 346.000 0.069 1.000 N NA
 3414220 3414221 TM1040_1934 TM1040_1935     FALSE 0.015 135.000 0.005 1.000 N NA
 3414221 3414222 TM1040_1935 TM1040_1936     FALSE 0.382 48.000 0.000 NA   NA
 3414222 3414223 TM1040_1936 TM1040_1937     FALSE 0.013 226.000 0.000 NA   NA
 3414223 3414224 TM1040_1937 TM1040_1938     FALSE 0.040 202.000 0.065 1.000   NA
 3414226 3414227 TM1040_1940 TM1040_1941     TRUE 0.653 45.000 0.082 1.000   NA
 3414227 3414228 TM1040_1941 TM1040_1942     TRUE 0.660 59.000 0.013 0.091   NA
 3414228 3414229 TM1040_1942 TM1040_1943     FALSE 0.273 74.000 0.005 1.000   NA
 3414232 3414233 TM1040_1946 TM1040_1947     TRUE 0.703 8.000 0.000 NA   NA
 3414234 3414235 TM1040_1948 TM1040_1949     TRUE 0.985 0.000 0.647 NA   NA
 3414236 3414237 TM1040_1950 TM1040_1951     FALSE 0.228 129.000 0.095 1.000   NA
 3414237 3414238 TM1040_1951 TM1040_1952     FALSE 0.003 575.000 0.000 1.000   NA
 3414241 3414242 TM1040_1955 TM1040_1956     TRUE 0.998 0.000 0.947 0.008 Y NA
 3414242 3414243 TM1040_1956 TM1040_1957     FALSE 0.086 109.000 0.032 1.000 N NA
 3414243 3414244 TM1040_1957 TM1040_1958     FALSE 0.050 149.000 0.000 NA   NA
 3414247 3414248 TM1040_1961 TM1040_1962     TRUE 0.953 1.000 0.342 1.000 N NA
 3414250 3414251 TM1040_1964 TM1040_1965     FALSE 0.196 82.000 0.000 1.000   NA
 3414254 3414255 TM1040_1968 TM1040_1969     TRUE 0.855 0.000 0.030 NA   NA
 3414255 3414256 TM1040_1969 TM1040_1970     FALSE 0.010 270.000 0.003 1.000   NA
 3414256 3414257 TM1040_1970 TM1040_1971     TRUE 0.996 -3.000 0.761 0.001   NA
 3414257 3414258 TM1040_1971 TM1040_1972     TRUE 0.996 -3.000 0.761 0.001   NA
 3414259 3414260 TM1040_1973 TM1040_1974     FALSE 0.061 142.000 0.000 NA   NA
 3414260 3414261 TM1040_1974 TM1040_1975     FALSE 0.237 74.000 0.000 NA   NA
 3414261 3414262 TM1040_1975 TM1040_1976     FALSE 0.163 113.000 0.010 NA   NA
 3414265 3414266 TM1040_1979 TM1040_1980     FALSE 0.367 52.000 0.000 NA   NA
 3414267 3414268 TM1040_1981 TM1040_1982     FALSE 0.269 106.000 0.049 NA   NA
 3414270 3414271 TM1040_1984 TM1040_1985     FALSE 0.183 108.000 0.017 1.000   NA
 3414271 3414272 TM1040_1985 TM1040_1986     FALSE 0.159 113.000 0.007 NA   NA
 3414274 3414275 TM1040_1988 TM1040_1989     FALSE 0.020 220.000 0.012 NA   NA
 3414276 3414277 TM1040_1990 TM1040_1991     TRUE 0.894 77.000 0.852 NA   NA
 3414277 3414278 TM1040_1991 TM1040_1992     FALSE 0.108 145.000 0.121 1.000 N NA
 3414278 3414279 TM1040_1992 TM1040_1993     FALSE 0.003 526.000 0.000 1.000   NA
 3414281 3414282 TM1040_1995 TM1040_1996     FALSE 0.057 144.000 0.000 NA   NA
 3414283 3414284 TM1040_1997 TM1040_1998     TRUE 0.952 2.000 0.000 1.000 Y NA
 3414284 3414285 TM1040_1998 TM1040_1999     FALSE 0.070 138.000 0.000 NA   NA
 3414287 3414288 TM1040_2001 TM1040_2002     TRUE 0.988 -12.000 0.600 NA   NA
 3414288 3414289 TM1040_2002 TM1040_2003     FALSE 0.000 324.000 0.000 1.000 N NA
 3414289 3414290 TM1040_2003 TM1040_2004     FALSE 0.001 224.000 0.000 1.000 N NA
 3414292 3414293 TM1040_2006 TM1040_2007     TRUE 0.867 -3.000 0.100 1.000 N NA
 3414297 3414298 TM1040_2011 TM1040_2012     FALSE 0.517 27.000 0.000 NA   NA
 3414300 3414301 TM1040_2014 TM1040_2015     TRUE 0.982 4.000 0.635 NA   NA
 3414301 3414302 TM1040_2015 TM1040_2016     TRUE 0.908 0.000 0.089 NA   NA
 3414302 3414303 TM1040_2016 TM1040_2017     TRUE 0.973 -3.000 0.315 NA   NA
 3414303 3414304 TM1040_2017 TM1040_2018   murE TRUE 0.954 15.000 0.091 1.000 Y NA
 3414304 3414305 TM1040_2018 TM1040_2019 murE   TRUE 0.998 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 3414305 3414306 TM1040_2019 TM1040_2020     TRUE 0.978 42.000 0.309 0.004 Y NA
 3414307 3414308 TM1040_2021 TM1040_2022     FALSE 0.549 20.000 0.000 1.000   NA
 3414311 3414312 TM1040_2025 TM1040_2026     FALSE 0.024 176.000 0.000 1.000   NA
 3414314 3414315 TM1040_2028 TM1040_2029     FALSE 0.246 72.000 0.000 NA   NA
 3414317 3414318 TM1040_R0033 TM1040_R0034     FALSE 0.020 192.000 0.000 NA   NA
 3414318 3414319 TM1040_R0034 TM1040_R0035     FALSE 0.025 179.000 0.000 NA   NA
 3414319 3414320 TM1040_R0035 TM1040_2031     FALSE 0.036 163.000 0.000 NA   NA
 3414322 3414323 TM1040_2033 TM1040_2034 hisB hisH TRUE 0.803 107.000 0.049 0.003 Y NA
 3414325 3414326 TM1040_2036 TM1040_2037     FALSE 0.107 118.000 0.000 NA   NA
 3414328 3414329 TM1040_2039 TM1040_2040     FALSE 0.008 316.000 0.007 NA   NA
 3414329 3414330 TM1040_2040 TM1040_2041     FALSE 0.075 143.000 0.004 NA   NA
 3414330 3414331 TM1040_2041 TM1040_2042   hisE TRUE 0.992 -3.000 0.105 0.003 Y NA
 3414332 3414333 TM1040_2043 TM1040_2044     FALSE 0.057 144.000 0.000 NA   NA
 3414333 3414334 TM1040_2044 TM1040_2045     TRUE 0.836 17.000 0.101 1.000   NA
 3414334 3414335 TM1040_2045 TM1040_2046     TRUE 0.928 -3.000 0.195 1.000 N NA
 3414335 3414336 TM1040_2046 TM1040_2047     TRUE 0.884 0.000 0.055 NA   NA
 3414340 3414341 TM1040_2049 TM1040_2050     FALSE 0.285 73.000 0.002 NA   NA
 3414341 3414342 TM1040_2050 TM1040_2051     FALSE 0.084 173.000 0.091 NA   NA
 3414342 3414343 TM1040_2051 TM1040_2052     FALSE 0.007 328.000 0.004 NA   NA
 3414345 3414346 TM1040_R0037 TM1040_2054     FALSE 0.101 121.000 0.000 NA   NA
 3414347 3414348 TM1040_2055 TM1040_2056     TRUE 0.650 42.000 0.065 NA   NA
 3414348 3414349 TM1040_2056 TM1040_2057     TRUE 0.975 -3.000 0.054 NA Y NA
 3414350 3414351 TM1040_2058 TM1040_2059     FALSE 0.219 94.000 0.080 1.000 N NA
 3414351 3414352 TM1040_2059 TM1040_2060     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3414354 3414355 TM1040_2062 TM1040_2063     FALSE 0.077 132.000 0.000 NA   NA
 3414356 3414357 TM1040_2064 TM1040_2065     FALSE 0.010 103.000 0.000 NA N NA
 3414357 3414358 TM1040_2065 TM1040_2066     FALSE 0.046 36.000 0.000 NA N NA
 3414358 3414359 TM1040_2066 TM1040_2067     FALSE 0.072 20.000 0.000 NA N NA
 3414359 3414360 TM1040_2067 TM1040_2068     TRUE 0.947 5.000 0.000 NA Y NA
 3414360 3414361 TM1040_2068 TM1040_2069     FALSE 0.618 88.000 0.000 NA Y NA
 3414362 3414363 TM1040_2070 TM1040_2071     FALSE 0.007 116.000 0.000 1.000 N NA
 3414363 3414364 TM1040_2071 TM1040_2072     TRUE 0.829 10.000 0.044 NA   NA
 3414365 3414366 TM1040_2073 TM1040_2074     TRUE 0.976 -3.000 0.370 1.000   NA
 3414367 3414368 TM1040_2075 TM1040_2076     FALSE 0.000 390.000 0.000 1.000 N NA
 3414368 3414369 TM1040_2076 TM1040_2077     TRUE 0.990 -3.000 0.800 NA   NA
 3414369 3414370 TM1040_2077 TM1040_2078     FALSE 0.195 87.000 0.000 NA   NA
 3414371 3414372 TM1040_2079 TM1040_2080     FALSE 0.068 139.000 0.000 NA   NA
 3414372 3414373 TM1040_2080 TM1040_2081     FALSE 0.002 165.000 0.000 1.000 N NA
 3414375 3414376 TM1040_2083 TM1040_2084     TRUE 0.692 10.000 0.000 NA   NA
 3414376 3414377 TM1040_2084 TM1040_2085     FALSE 0.136 125.000 0.016 NA   NA
 3414377 3414378 TM1040_2085 TM1040_2086     TRUE 0.997 12.000 0.837 0.003 Y NA
 3414378 3414379 TM1040_2086 TM1040_2087     TRUE 0.995 21.000 0.724 0.003 Y NA
 3414379 3414380 TM1040_2087 TM1040_2088     TRUE 0.997 16.000 0.846 0.003 Y NA
 3414380 3414381 TM1040_2088 TM1040_2089     TRUE 0.998 1.000 0.864 0.003 Y NA
 3414381 3414382 TM1040_2089 TM1040_2090     FALSE 0.005 323.000 0.000 1.000   NA
 3414383 3414384 TM1040_2091 TM1040_2092     FALSE 0.075 160.000 0.041 1.000   NA
 3414385 3414386 TM1040_2093 TM1040_2094     FALSE 0.486 121.000 0.286 NA   NA
 3414386 3414387 TM1040_2094 TM1040_2095     FALSE 0.012 234.000 0.000 NA   NA
 3414387 3414388 TM1040_2095 TM1040_2096     TRUE 0.733 4.000 0.000 NA   NA
 3414388 3414389 TM1040_2096 TM1040_2097     TRUE 0.684 79.000 0.259 NA   NA
 3414391 3414392 TM1040_2099 TM1040_2100     TRUE 0.885 -3.000 0.038 NA   NA
 3414392 3414393 TM1040_2100 TM1040_2101     TRUE 0.986 -3.000 0.198 1.000 Y NA
 3414393 3414394 TM1040_2101 TM1040_2102     TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   NA
 3414394 3414395 TM1040_2102 TM1040_2103     FALSE 0.026 177.000 0.000 NA   NA
 3414397 3414398 TM1040_2105 TM1040_2106     FALSE 0.246 72.000 0.000 NA   NA
 3414398 3414399 TM1040_2106 TM1040_2107   rpsD FALSE 0.018 196.000 0.000 NA   NA
 3414399 3414400 TM1040_2107 TM1040_2108 rpsD   FALSE 0.005 445.000 0.003 1.000   NA
 3414400 3414401 TM1040_2108 TM1040_2109     FALSE 0.598 133.000 0.579 NA   NA
 3414401 3414402 TM1040_2109 TM1040_2110     FALSE 0.027 175.000 0.000 NA   NA
 3414405 3414406 TM1040_2113 TM1040_2114     FALSE 0.006 329.000 0.000 NA   NA
 3414406 3414407 TM1040_2114 TM1040_2115     TRUE 0.986 5.000 0.805 NA   NA
 3414407 3414408 TM1040_2115 TM1040_2116     TRUE 0.968 4.000 0.365 NA   NA
 3414408 3414409 TM1040_2116 TM1040_2117     TRUE 0.948 8.000 0.383 NA N NA
 3414413 3414414 TM1040_2120 TM1040_2121     FALSE 0.009 255.000 0.000 NA   NA
 3414415 3414416 TM1040_2122 TM1040_2123     FALSE 0.004 486.000 0.000 NA   NA
 3414418 3414419 TM1040_2125 TM1040_2126     TRUE 0.811 42.000 0.208 1.000   NA
 3414419 3414420 TM1040_2126 TM1040_2127     FALSE 0.008 254.000 0.000 1.000   NA
 3414420 3414421 TM1040_2127 TM1040_2128     TRUE 0.887 24.000 0.347 1.000 N NA
 3414421 3414422 TM1040_2128 TM1040_2129     TRUE 0.976 15.000 0.022 0.002 Y NA
 3414422 3414423 TM1040_2129 TM1040_2130     FALSE 0.017 294.000 0.059 NA   NA
 3414423 3414424 TM1040_2130 TM1040_2131     TRUE 0.815 0.000 0.009 NA   NA
 3414425 3414426 TM1040_2132 TM1040_2133     TRUE 0.888 106.000 0.185 0.001 Y NA
 3414426 3414427 TM1040_2133 TM1040_2134     TRUE 0.992 7.000 0.213 0.001 Y NA
 3414428 3414429 TM1040_2135 TM1040_2136     FALSE 0.616 76.000 0.277 NA N NA
 3414429 3414430 TM1040_2136 TM1040_2137     FALSE 0.081 146.000 0.017 NA   NA
 3414430 3414431 TM1040_2137 TM1040_2138     TRUE 0.721 5.000 0.000 NA   NA
 3414431 3414432 TM1040_2138 TM1040_2139     FALSE 0.079 131.000 0.000 NA   NA
 3414432 3414433 TM1040_2139 TM1040_2140     FALSE 0.014 216.000 0.000 NA   NA
 3414433 3414434 TM1040_2140 TM1040_2141     FALSE 0.007 285.000 0.000 NA   NA
 3414434 3414435 TM1040_2141 TM1040_2142   dnaG FALSE 0.165 166.000 0.299 1.000 N NA
 3414435 3414436 TM1040_2142 TM1040_2143 dnaG   FALSE 0.353 66.000 0.010 NA   NA
 3414436 3414437 TM1040_2143 TM1040_2144     TRUE 0.917 39.000 0.471 NA   NA
 3414437 3414438 TM1040_2144 TM1040_2145     TRUE 0.997 -7.000 0.944 0.003   NA
 3414438 3414439 TM1040_2145 TM1040_2146     TRUE 0.997 -3.000 0.944 0.003   NA
 3414439 3414440 TM1040_2146 TM1040_2147     TRUE 0.986 67.000 0.882 0.003 Y NA
 3414441 3414442 TM1040_2148 TM1040_2149     TRUE 0.760 0.000 0.000 NA   NA
 3414444 3414445 TM1040_2151 TM1040_2152     TRUE 0.988 -3.000 0.667 NA   NA
 3414445 3414446 TM1040_2152 TM1040_2153     TRUE 0.962 4.000 0.306 NA   NA
 3414447 3414448 TM1040_2154 TM1040_2155     TRUE 0.973 -3.000 0.312 NA   NA
 3414450 3414451 TM1040_2157 TM1040_2158     FALSE 0.207 83.000 0.000 NA   NA
 3414452 3414453 TM1040_2159 TM1040_2160     FALSE 0.059 143.000 0.000 NA   NA
 3414454 3414455 TM1040_2161 TM1040_2162     TRUE 0.681 5.000 0.045 1.000 N NA
 3414456 3414457 TM1040_2163 TM1040_2164     FALSE 0.209 96.000 0.006 NA   NA
 3414457 3414458 TM1040_2164 TM1040_2165   glpX FALSE 0.048 177.000 0.112 1.000 N NA
 3414458 3414459 TM1040_2165 TM1040_2166 glpX   FALSE 0.379 48.000 0.055 1.000 N NA
 3414459 3414460 TM1040_2166 TM1040_R0039     FALSE 0.114 115.000 0.000 NA   NA
 3414460 3414461 TM1040_R0039 TM1040_R0040     FALSE 0.014 215.000 0.000 NA   NA
 3414462 3414463 TM1040_2167 TM1040_2168     FALSE 0.009 108.000 0.000 1.000 N NA
 3414463 3414464 TM1040_2168 TM1040_2169     FALSE 0.001 195.000 0.000 1.000 N NA
 3414464 3414465 TM1040_2169 TM1040_2170     TRUE 0.853 -3.000 0.019 1.000   NA
 3414465 3414466 TM1040_2170 TM1040_2171     FALSE 0.009 416.000 0.048 1.000   NA
 3414466 3414467 TM1040_2171 TM1040_2172     FALSE 0.164 130.000 0.051 1.000   NA
 3414467 3414468 TM1040_2172 TM1040_2173     TRUE 0.757 37.000 0.118 NA   NA
 3414470 3414471 TM1040_2175 TM1040_2176     TRUE 0.971 -3.000 0.292 NA   NA
 3414471 3414472 TM1040_2176 TM1040_2177     TRUE 0.939 -7.000 0.109 NA   NA
 3414472 3414473 TM1040_2177 TM1040_2178     FALSE 0.609 71.000 0.156 1.000   NA
 3414474 3414475 TM1040_2179 TM1040_2180     TRUE 0.712 89.000 0.362 NA   NA
 3414476 3414477 TM1040_2181 TM1040_2182     TRUE 0.699 46.000 0.112 1.000   NA
 3414477 3414478 TM1040_2182 TM1040_2183     TRUE 0.708 62.000 0.184 NA   NA
 3414480 3414481 TM1040_2185 TM1040_2186 fabG   TRUE 0.991 0.000 0.149 0.008 Y NA
 3414481 3414482 TM1040_2186 TM1040_2187     FALSE 0.101 13.000 0.000 1.000 N NA
 3414482 3414483 TM1040_2187 TM1040_2188     FALSE 0.261 66.000 0.000 1.000   NA
 3414488 3414489 TM1040_2193 TM1040_2194     TRUE 0.944 -10.000 0.119 NA   NA
 3414490 3414491 TM1040_2195 TM1040_2196     TRUE 0.681 56.000 0.128 NA   NA
 3414492 3414493 TM1040_2197 TM1040_2198     FALSE 0.005 387.000 0.000 NA   NA
 3414493 3414494 TM1040_2198 TM1040_2199     FALSE 0.554 52.000 0.043 NA   NA
 3414494 3414495