MicrobesOnline Operon Predictions for Prosthecochloris aestuarii DSM 271

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6847313 6847314 Paes_0001 Paes_0002 dnaA   TRUE 0.547 270.000 0.328 1.000 Y NA
 6847314 6847315 Paes_0002 Paes_0003     TRUE 0.982 17.000 0.318 1.000 Y NA
 6847315 6847316 Paes_0003 Paes_0004     TRUE 0.965 0.000 0.089 NA   NA
 6847317 6847318 Paes_0005 Paes_0006     FALSE 0.356 199.000 0.209 1.000 N NA
 6847318 6847319 Paes_0006 Paes_0007     FALSE 0.415 70.000 0.011 1.000 N NA
 6847320 6847321 Paes_0008 Paes_0009     TRUE 0.843 25.000 0.062 NA   NA
 6847321 6847322 Paes_0009 Paes_0010     TRUE 0.934 61.000 0.556 NA   NA
 6847322 6847323 Paes_0010 Paes_0011     TRUE 0.968 17.000 0.667 NA   NA
 6847323 6847324 Paes_0011 Paes_0012   secD FALSE 0.170 167.000 0.019 NA   NA
 6847324 6847325 Paes_0012 Paes_0013 secD secF TRUE 0.990 25.000 0.130 0.001 Y NA
 6847325 6847326 Paes_0013 Paes_0014 secF   FALSE 0.380 108.000 0.065 1.000 N NA
 6847327 6847328 Paes_0015 Paes_0016     TRUE 0.601 92.000 0.007 1.000 Y NA
 6847328 6847329 Paes_0016 Paes_0017     TRUE 0.970 15.000 0.111 1.000 Y NA
 6847330 6847331 Paes_0018 Paes_0019     TRUE 0.622 49.000 0.000 NA   NA
 6847331 6847332 Paes_0019 Paes_0020   dapD TRUE 0.804 15.000 0.026 1.000 N NA
 6847332 6847333 Paes_0020 Paes_0021 dapD   TRUE 0.653 60.000 0.026 1.000 N NA
 6847334 6847335 Paes_0022 Paes_0023     TRUE 0.967 1.000 0.108 NA   NA
 6847335 6847336 Paes_0023 Paes_0024     TRUE 0.607 63.000 0.021 1.000 N NA
 6847337 6847338 Paes_0025 Paes_0026     FALSE 0.474 83.000 0.052 NA N NA
 6847338 6847339 Paes_0026 Paes_0027     TRUE 0.670 68.000 0.060 1.000 N NA
 6847339 6847340 Paes_0027 Paes_0028     FALSE 0.017 397.000 0.000 NA N NA
 6847340 6847341 Paes_0028 Paes_0029     TRUE 0.808 55.000 0.083 NA N NA
 6847341 6847342 Paes_0029 Paes_0030     TRUE 0.992 73.000 0.879 0.001 Y NA
 6847342 6847343 Paes_0030 Paes_0031     TRUE 0.953 24.000 0.161 0.072 N NA
 6847343 6847344 Paes_0031 Paes_0032     TRUE 0.912 45.000 0.150 NA   NA
 6847344 6847345 Paes_0032 Paes_0033     TRUE 0.859 13.000 0.039 NA   NA
 6847345 6847346 Paes_0033 Paes_0034     TRUE 0.997 5.000 0.790 NA Y NA
 6847346 6847347 Paes_0034 Paes_0035     TRUE 0.992 43.000 0.804 NA Y NA
 6847347 6847348 Paes_0035 Paes_0036     TRUE 0.848 44.000 0.056 NA   NA
 6847348 6847349 Paes_0036 Paes_0037     TRUE 0.991 -3.000 0.500 NA   NA
 6847349 6847350 Paes_0037 Paes_0038     TRUE 0.997 3.000 0.766 1.000 Y NA
 6847350 6847351 Paes_0038 Paes_0039     TRUE 0.952 -10.000 0.038 NA   NA
 6847351 6847352 Paes_0039 Paes_0040     TRUE 0.950 -3.000 0.032 NA   NA
 6847352 6847353 Paes_0040 Paes_0041     TRUE 0.994 10.000 0.613 NA Y NA
 6847353 6847354 Paes_0041 Paes_0042     FALSE 0.313 117.000 0.050 NA N NA
 6847354 6847355 Paes_0042 Paes_0043     TRUE 0.891 102.000 0.086 0.004 Y NA
 6847355 6847356 Paes_0043 Paes_0044     FALSE 0.020 373.000 0.000 NA   NA
 6847359 6847360 Paes_0047 Paes_0048     TRUE 0.873 82.000 0.692 NA   NA
 6847360 6847361 Paes_0048 Paes_0049     FALSE 0.168 128.000 0.012 NA N NA
 6847361 6847362 Paes_0049 Paes_0050     TRUE 0.997 16.000 0.837 0.009 Y NA
 6847362 6847363 Paes_0050 Paes_R0001     FALSE 0.198 96.000 0.000 NA   NA
 6847364 6847365 Paes_0051 Paes_0052     TRUE 0.570 73.000 0.043 1.000 N NA
 6847365 6847366 Paes_0052 Paes_0053     FALSE 0.032 284.000 0.000 1.000 N NA
 6847368 6847369 Paes_0055 Paes_0056     TRUE 0.981 13.000 0.784 1.000 N NA
 6847369 6847370 Paes_0056 Paes_0057     TRUE 0.722 74.000 0.125 1.000   NA
 6847370 6847371 Paes_0057 Paes_0058     TRUE 0.993 4.000 0.957 NA   NA
 6847371 6847372 Paes_0058 Paes_0059     FALSE 0.381 206.000 0.261 NA   NA
 6847374 6847375 Paes_0061 Paes_0062     FALSE 0.121 151.000 0.000 NA   NA
 6847375 6847376 Paes_0062 Paes_0063     FALSE 0.030 297.000 0.000 NA   NA
 6847376 6847377 Paes_0063 Paes_0064     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 6847377 6847378 Paes_0064 Paes_0065     TRUE 0.984 1.000 0.286 NA   NA
 6847378 6847379 Paes_0065 Paes_0066     FALSE 0.344 73.000 0.000 NA   NA
 6847379 6847380 Paes_0066 Paes_0067     FALSE 0.052 232.000 0.000 NA   NA
 6847382 6847383 Paes_0069 Paes_0070     TRUE 0.853 3.000 0.000 NA   NA
 6847384 6847385 Paes_0071 Paes_0072     TRUE 0.682 14.000 0.000 NA   NA
 6847385 6847386 Paes_0072 Paes_0073     FALSE 0.078 192.000 0.000 NA   NA
 6847386 6847387 Paes_0073 Paes_0074     TRUE 0.974 36.000 0.667 NA   NA
 6847387 6847388 Paes_0074 Paes_0075     FALSE 0.055 226.000 0.000 NA   NA
 6847388 6847389 Paes_0075 Paes_0076     FALSE 0.155 111.000 0.000 NA   NA
 6847389 6847390 Paes_0076 Paes_0077     TRUE 0.757 10.000 0.000 NA   NA
 6847390 6847391 Paes_0077 Paes_0078     TRUE 0.986 -3.000 0.273 NA   NA
 6847391 6847392 Paes_0078 Paes_0079     FALSE 0.383 139.000 0.000 0.015   NA
 6847392 6847393 Paes_0079 Paes_0080     FALSE 0.027 316.000 0.000 NA   NA
 6847393 6847394 Paes_0080 Paes_0081     FALSE 0.128 140.000 0.000 NA   NA
 6847394 6847395 Paes_0081 Paes_0082     FALSE 0.026 320.000 0.000 NA   NA
 6847396 6847397 Paes_0083 Paes_0084     TRUE 0.606 19.000 0.000 NA   NA
 6847397 6847398 Paes_0084 Paes_0085     FALSE 0.310 76.000 0.000 NA   NA
 6847398 6847399 Paes_0085 Paes_0086     FALSE 0.131 137.000 0.000 NA   NA
 6847399 6847400 Paes_0086 Paes_0087     TRUE 0.784 8.000 0.000 NA   NA
 6847400 6847401 Paes_0087 Paes_0088     FALSE 0.123 149.000 0.000 NA   NA
 6847401 6847402 Paes_0088 Paes_0089     FALSE 0.085 184.000 0.000 NA   NA
 6847404 6847405 Paes_0091 Paes_0092     TRUE 0.519 136.000 0.214 NA N NA
 6847407 6847408 Paes_0094 Paes_0095     TRUE 0.988 3.000 0.493 NA   NA
 6847408 6847409 Paes_0095 Paes_0096     TRUE 0.991 -3.000 0.500 NA   NA
 6847409 6847410 Paes_0096 Paes_0097     TRUE 0.999 -3.000 0.896 0.010 Y NA
 6847410 6847411 Paes_0097 Paes_0098     TRUE 0.998 -3.000 0.810 1.000 Y NA
 6847411 6847412 Paes_0098 Paes_0099     TRUE 0.999 -3.000 0.644 0.061 Y NA
 6847412 6847413 Paes_0099 Paes_0100     TRUE 0.998 -3.000 0.614 1.000 Y NA
 6847414 6847415 Paes_0101 Paes_0102     TRUE 0.654 82.000 0.150 NA N NA
 6847418 6847419 Paes_0105 Paes_0106     TRUE 0.848 19.000 0.074 NA   NA
 6847420 6847421 Paes_0107 Paes_0108   trkA TRUE 0.989 28.000 0.163 0.006 Y NA
 6847421 6847422 Paes_0108 Paes_0109 trkA   FALSE 0.150 118.000 0.000 NA   NA
 6847423 6847424 Paes_0110 Paes_0111     TRUE 0.870 2.000 0.000 1.000   NA
 6847425 6847426 Paes_0112 Paes_0113     TRUE 0.991 -3.000 0.471 1.000 N NA
 6847426 6847427 Paes_0113 Paes_0114     TRUE 0.992 -3.000 0.514 1.000 N NA
 6847427 6847428 Paes_0114 Paes_0115     FALSE 0.031 286.000 0.000 1.000 N NA
 6847428 6847429 Paes_0115 Paes_0116     FALSE 0.112 156.000 0.000 1.000 N NA
 6847429 6847430 Paes_0116 Paes_0117     TRUE 0.951 45.000 0.333 1.000 N NA
 6847430 6847431 Paes_0117 Paes_0118     TRUE 0.937 47.000 0.250 NA   NA
 6847431 6847432 Paes_0118 Paes_0119   prfA FALSE 0.106 178.000 0.010 NA   NA
 6847432 6847433 Paes_0119 Paes_0120 prfA   TRUE 0.674 28.000 0.010 1.000 N NA
 6847433 6847434 Paes_0120 Paes_0121     TRUE 0.762 104.000 0.568 1.000 N NA
 6847436 6847437 Paes_0122 Paes_0123     TRUE 0.858 14.000 0.054 1.000 N NA
 6847438 6847439 Paes_0124 Paes_0125     FALSE 0.256 102.000 0.017 1.000 N NA
 6847439 6847440 Paes_0125 Paes_0126     FALSE 0.104 173.000 0.006 1.000   NA
 6847442 6847443 Paes_0128 Paes_0129     TRUE 0.954 16.000 0.364 1.000 N NA
 6847443 6847444 Paes_0129 Paes_0130     FALSE 0.285 182.000 0.100 1.000 N NA
 6847446 6847447 Paes_0132 Paes_0133     FALSE 0.176 116.000 0.010 NA   NA
 6847447 6847448 Paes_0133 Paes_0134     FALSE 0.100 180.000 0.010 NA   NA
 6847448 6847449 Paes_0134 Paes_0135     TRUE 0.935 44.000 0.217 NA   NA
 6847449 6847450 Paes_0135 Paes_0136     FALSE 0.180 104.000 0.008 NA   NA
 6847450 6847451 Paes_0136 Paes_0137     FALSE 0.208 96.000 0.008 NA   NA
 6847451 6847452 Paes_0137 Paes_0138     FALSE 0.471 61.000 0.000 NA   NA
 6847452 6847453 Paes_0138 Paes_0139   pyrG FALSE 0.389 69.000 0.000 NA   NA
 6847453 6847454 Paes_0139 Paes_0140 pyrG   FALSE 0.055 226.000 0.000 NA   NA
 6847454 6847455 Paes_0140 Paes_R0003     FALSE 0.124 148.000 0.000 NA   NA
 6847455 6847456 Paes_R0003 Paes_R0004     FALSE 0.105 167.000 0.000 NA   NA
 6847456 6847457 Paes_R0004 Paes_R0005     TRUE 0.657 43.000 0.000 NA   NA
 6847457 6847458 Paes_R0005 Paes_R0006     FALSE 0.120 153.000 0.000 NA   NA
 6847458 6847459 Paes_R0006 Paes_R0007     FALSE 0.162 107.000 0.000 NA   NA
 6847459 6847460 Paes_R0007 Paes_0141     FALSE 0.110 164.000 0.000 NA   NA
 6847464 6847465 Paes_0145 Paes_0146     FALSE 0.148 121.000 0.000 NA   NA
 6847466 6847467 Paes_0147 Paes_0148     FALSE 0.055 226.000 0.000 NA   NA
 6847467 6847468 Paes_0148 Paes_0149     TRUE 0.501 153.000 0.018 1.000 Y NA
 6847471 6847472 Paes_0152 Paes_0153     TRUE 0.740 11.000 0.000 NA   NA
 6847472 6847473 Paes_0153 Paes_0154     FALSE 0.047 240.000 0.000 NA   NA
 6847473 6847474 Paes_0154 Paes_0155     TRUE 0.608 71.000 0.048 NA   NA
 6847474 6847475 Paes_0155 Paes_0156     TRUE 0.939 5.000 0.057 1.000   NA
 6847475 6847476 Paes_0156 Paes_0157     TRUE 0.964 -3.000 0.067 1.000 N NA
 6847476 6847477 Paes_0157 Paes_0158   rpsF FALSE 0.069 194.000 0.004 1.000 N NA
 6847477 6847478 Paes_0158 Paes_0159 rpsF   TRUE 0.514 64.000 0.013 1.000 N NA
 6847478 6847479 Paes_0159 Paes_0160   rpsR TRUE 0.532 63.000 0.013 1.000 N NA
 6847479 6847480 Paes_0160 Paes_0161 rpsR rplI TRUE 0.993 49.000 0.499 0.024 Y NA
 6847480 6847481 Paes_0161 Paes_0162 rplI   FALSE 0.073 196.000 0.005 NA   NA
 6847482 6847483 Paes_0163 Paes_0164   rplT TRUE 0.976 24.000 0.202 1.000 Y NA
 6847483 6847484 Paes_0164 Paes_0165 rplT rpmI TRUE 0.997 31.000 0.928 0.024 Y NA
 6847484 6847485 Paes_0165 Paes_0166 rpmI infC TRUE 0.991 32.000 0.652 1.000 Y NA
 6847485 6847486 Paes_0166 Paes_0167 infC   TRUE 0.949 52.000 0.080 1.000 Y NA
 6847486 6847487 Paes_0167 Paes_0168     FALSE 0.051 315.000 0.023 1.000 N NA
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 6849084 6849085 Paes_1726 Paes_1727     FALSE 0.339 182.000 0.000 1.000 Y NA
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