MicrobesOnline Operon Predictions for Yersinia pseudotuberculosis IP 32953

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 618601 618602 YPTB0001 YPTB0002   asnC TRUE 0.408 93.000 0.165 1.000 N NA
 618604 618605 YPTB0004 YPTB0005     TRUE 0.994 4.000 0.443 NA   NA
 618606 618607 YPTB0006 YPTB0007 kup   FALSE 0.007 205.000 0.010 1.000 N NA
 618607 618608 YPTB0007 YPTB0008     TRUE 0.759 51.000 0.010 1.000 Y NA
 618608 618609 YPTB0008 YPTB0009     TRUE 0.524 53.000 0.000 NA   NA
 618610 618611 YPTB0010 YPTB0011     TRUE 0.565 80.000 0.133 1.000   NA
 618612 618613 YPTB_RNA_93 YPTB_RNA_1   tRNA-Glu1 FALSE 0.290 134.000 0.000 NA   NA
 618613 10149668 YPTB_RNA_1 YPTB_RNA_94 tRNA-Glu1   FALSE 0.096 253.000 0.000 NA   NA
 10149668 618615 YPTB_RNA_94 YPTB_RNA_95     FALSE 0.313 109.000 0.000 NA   NA
 618615 618616 YPTB_RNA_95 YPTB0012     FALSE 0.012 566.000 0.000 NA   NA
 618617 618618 YPTB0013 YPTB0014 mobB mobA FALSE 0.111 244.000 0.000 NA   NA
 618619 618620 YPTB0015 YPTB0016     TRUE 0.489 91.000 0.106 NA   NA
 618620 618621 YPTB0016 YPTB0017   dsbA TRUE 0.825 28.000 0.111 NA   NA
 618621 618622 YPTB0017 YPTB0018 dsbA polA FALSE 0.015 491.000 0.000 1.000   NA
 618622 10149669 YPTB0018 YPTB_RNA_89 polA spf FALSE 0.272 159.000 0.000 NA   NA
 10149670 618626 YPTB_RNA_113 YPTB0020     FALSE 0.282 145.000 0.000 NA   NA
 618626 618627 YPTB0020 YPTB0021   hemN FALSE 0.336 187.000 0.107 NA   NA
 618628 618629 YPTB0022 YPTB0023 ntrC ntrB TRUE 0.999 8.000 0.587 0.080 Y NA
 618629 618630 YPTB0023 YPTB0024 ntrB glnA FALSE 0.011 253.000 0.053 1.000 N NA
 618631 618632 YPTB0025 YPTB0026 bipA   FALSE 0.024 322.000 0.007 1.000   NA
 618632 618633 YPTB0026 YPTB0027   rbn FALSE 0.236 97.000 0.031 1.000   NA
 618633 618634 YPTB0027 YPTB0028 rbn   TRUE 0.932 7.000 0.069 1.000   NA
 618634 618635 YPTB0028 YPTB0029     FALSE 0.222 186.000 0.065 1.000   NA
 618636 618637 YPTB0030 YPTB0031     TRUE 0.674 147.000 0.257 NA   NA
 618639 618640 YPTB0033 YPTB0034 recG trmH TRUE 0.874 1.000 0.076 1.000 N NA
 618640 618641 YPTB0034 YPTB0035 trmH spoT TRUE 0.878 6.000 0.095 1.000 N NA
 618641 618642 YPTB0035 YPTB0036 spoT rpoZ TRUE 0.984 20.000 0.291 1.000 Y NA
 618642 618643 YPTB0036 YPTB0037 rpoZ gmk TRUE 0.872 55.000 0.471 1.000 N NA
 618645 618646 YPTB0039 YPTB0040     FALSE 0.015 521.000 0.000 NA   NA
 618647 618648 YPTB0041 YPTB0042 rph pyrE FALSE 0.186 167.000 0.108 1.000 N NA
 618649 618650 YPTB0043 YPTB0044 ttk dut FALSE 0.074 122.000 0.060 1.000 N NA
 618650 618651 YPTB0044 YPTB0045 dut dfp TRUE 0.966 -19.000 0.201 1.000 N NA
 618652 618653 YPTB0046 YPTB0047 radC rpmB FALSE 0.003 263.000 0.002 1.000 N NA
 618653 618654 YPTB0047 YPTB0048 rpmB rpmG TRUE 0.997 12.000 0.332 0.016 Y NA
 618654 618655 YPTB0048 YPTB0049 rpmG mutM FALSE 0.017 83.000 0.034 1.000 N NA
 618656 618657 YPTB0050 YPTB0051 coaA kdtX TRUE 0.439 -3.000 0.023 NA N NA
 618657 618658 YPTB0051 YPTB0052 kdtX kdtA TRUE 0.990 1.000 0.083 NA Y NA
 618658 618659 YPTB0052 YPTB0053 kdtA rfaC FALSE 0.064 420.000 0.028 1.000 Y NA
 618659 618660 YPTB0053 YPTB0054 rfaC rfaF TRUE 0.999 0.000 0.205 0.001 Y NA
 618660 618661 YPTB0054 YPTB0055 rfaF rfaD TRUE 0.940 31.000 0.146 1.000 Y NA
 618662 618663 YPTB0056 YPTB0057 kbl tdh TRUE 0.989 10.000 0.547 1.000 N NA
 618664 618665 YPTB0058 YPTB0059 yibQ   TRUE 0.816 24.000 0.088 1.000   NA
 618665 618666 YPTB0059 YPTB0060     TRUE 0.937 10.000 0.170 1.000 N NA
 618667 618668 YPTB0061 YPTB0062   grxC FALSE 0.057 119.000 0.048 NA N NA
 618668 618669 YPTB0062 YPTB0063 grxC secB FALSE 0.016 88.000 0.038 1.000 N NA
 618669 618670 YPTB0063 YPTB0064 secB gpsA TRUE 0.978 0.000 0.206 1.000 N NA
 618670 618671 YPTB0064 YPTB0065 gpsA   TRUE 0.470 60.000 0.000 NA   NA
 618671 618672 YPTB0065 YPTB0066   cysE TRUE 0.425 66.000 0.000 NA   NA
 618675 618676 YPTB0069 YPTB0070 cpxA cpxR TRUE 0.999 -3.000 0.791 1.000 Y NA
 618677 618678 YPTB0071 YPTB0072 cpxP   FALSE 0.009 678.000 0.000 NA   NA
 618678 618679 YPTB0072 YPTB0073     FALSE 0.013 562.000 0.000 NA   NA
 618679 618680 YPTB0073 YPTB0074   pfkA FALSE 0.006 218.000 0.040 1.000 N NA
 618680 618681 YPTB0074 YPTB0075 pfkA sbp1 FALSE 0.014 221.000 0.049 1.000 N NA
 618682 618683 YPTB0076 YPTB0077     TRUE 0.762 118.000 0.000 0.072 Y NA
 618683 618684 YPTB0077 YPTB0078     FALSE 0.092 66.000 0.000 1.000 N NA
 618684 618685 YPTB0078 YPTB0079     TRUE 0.995 -3.000 0.353 NA   NA
 618687 618688 YPTB0081 YPTB0082 tpiA   FALSE 0.306 129.000 0.058 NA   NA
 618690 618691 YPTB0084 YPTB0085 fpr glpX FALSE 0.217 155.000 0.117 1.000 N NA
 618691 618692 YPTB0085 YPTB0086 glpX glpK FALSE 0.003 253.000 0.025 1.000 N NA
 618692 618693 YPTB0086 YPTB0087 glpK glpF FALSE 0.010 177.000 0.013 1.000 N NA
 618693 618694 YPTB0087 YPTB0088 glpF   TRUE 0.912 10.000 0.000 NA   NA
 618696 618697 YPTB0090 YPTB0091     TRUE 0.996 -7.000 0.250 1.000 Y NA
 618698 618699 YPTB0092 YPTB0093     FALSE 0.243 175.000 0.000 NA   NA
 618699 618700 YPTB0093 YPTB0094     FALSE 0.057 306.000 0.000 NA   NA
 618701 618702 YPTB0095 YPTB0096 menG menA TRUE 0.767 142.000 0.158 NA Y NA
 618702 618703 YPTB0096 YPTB0097 menA hslU FALSE 0.013 235.000 0.051 1.000 N NA
 618703 618704 YPTB0097 YPTB0098 hslU hslV TRUE 0.974 71.000 0.752 1.000 Y NA
 618704 618705 YPTB0098 YPTB0099 hslV ftsN FALSE 0.300 100.000 0.122 NA N NA
 618705 10149671 YPTB0099 YPTB0100 ftsN cytR TRUE 0.668 66.000 0.245 NA N NA
 10149671 618707 YPTB0100 YPTB0101 cytR priA FALSE 0.001 353.000 0.013 1.000 N NA
 618709 618710 YPTB0103 YPTB0104   metJ FALSE 0.038 349.000 0.000 NA   NA
 618711 618712 YPTB0105 YPTB0106 metB metM TRUE 0.998 3.000 0.428 1.000 Y NA
 618712 618713 YPTB0106 YPTB0107 metM metF FALSE 0.291 233.000 0.017 1.000 Y NA
 618714 618715 YPTB0108 YPTB0109 ppc argE FALSE 0.004 374.000 0.053 1.000 N NA
 618716 618717 YPTB0110 YPTB0111 argC argB TRUE 0.811 183.000 0.097 0.003 Y NA
 618717 618718 YPTB0111 YPTB0112 argB argH TRUE 0.491 167.000 0.017 1.000 Y NA
 618718 618719 YPTB0112 YPTB0113 argH   FALSE 0.002 599.000 0.000 1.000 N NA
 618719 618720 YPTB0113 YPTB0114   HasA FALSE 0.138 228.000 0.000 NA   NA
 618720 618721 YPTB0114 YPTB0115 HasA   FALSE 0.263 166.000 0.000 NA   NA
 618721 618722 YPTB0115 YPTB0116     TRUE 0.981 76.000 1.000 0.011   NA
 618722 618723 YPTB0116 YPTB0117     TRUE 0.954 65.000 0.667 0.011 N NA
 618724 618725 YPTB0118 YPTB0119     TRUE 0.756 94.000 0.204 0.006 N NA
 618728 618729 YPTB0122 YPTB0123 trmA yijD TRUE 0.990 13.000 0.508 NA   NA
 618731 618732 YPTB_RNA_114 YPTB0125   btuB TRUE 0.398 70.000 0.000 NA   NA
 618732 618733 YPTB0125 YPTB0126 btuB murI FALSE 0.294 -55.000 0.025 1.000 N NA
 618733 618734 YPTB0126 YPTB_RNA_96 murI   FALSE 0.019 457.000 0.000 NA   NA
 618734 618735 YPTB_RNA_96 YPTB_RNA_2   tRNA-Glu2 FALSE 0.290 134.000 0.000 NA   NA
 618735 618736 YPTB_RNA_2 YPTB_RNA_97 tRNA-Glu2   FALSE 0.096 253.000 0.000 NA   NA
 618736 618737 YPTB_RNA_97 YPTB_RNA_98     FALSE 0.313 109.000 0.000 NA   NA
 618737 618738 YPTB_RNA_98 YPTB_RNA_3   tRNA-Asp-1 FALSE 0.304 124.000 0.000 NA   NA
 618738 618739 YPTB_RNA_3 YPTB_RNA_4 tRNA-Asp-1 tRNA-Trp-1 TRUE 0.919 9.000 0.000 NA   NA
 618739 618740 YPTB_RNA_4 YPTB0127 tRNA-Trp-1   FALSE 0.007 983.000 0.000 NA   NA
 618740 618741 YPTB0127 YPTB0128     TRUE 0.973 86.000 0.804 NA Y NA
 618741 618742 YPTB0128 YPTB0129     TRUE 0.998 12.000 0.506 0.016 Y NA
 618742 618743 YPTB0129 YPTB0130     TRUE 1.000 0.000 0.865 0.016 Y NA
 618747 618748 YPTB0134 YPTB0135 ilvG ilvM TRUE 1.000 -3.000 0.943 0.002   NA
 618748 618749 YPTB0135 YPTB0136 ilvM ilvE TRUE 0.926 23.000 0.205 1.000   NA
 618749 618750 YPTB0136 YPTB0137 ilvE ilvD FALSE 0.199 311.000 0.075 1.000 Y NA
 618750 618751 YPTB0137 YPTB0138 ilvD ilvA TRUE 0.987 6.000 0.106 1.000 Y NA
 618752 618753 YPTB0139 YPTB0140     TRUE 0.819 18.000 0.000 NA   NA
 618753 618754 YPTB0140 YPTB0141     FALSE 0.368 80.000 0.000 NA   NA
 618754 618755 YPTB0141 YPTB0142     TRUE 0.997 -16.000 0.667 NA   NA
 618758 618759 YPTB0145 YPTB0146 ilvC   FALSE 0.012 577.000 0.000 NA   NA
 618759 618760 YPTB0146 YPTB0147     TRUE 0.959 0.000 0.000 NA   NA
 618760 618761 YPTB0147 YPTB0148     FALSE 0.060 301.000 0.000 NA   NA
 618761 618762 YPTB0148 YPTB0149     TRUE 0.919 9.000 0.000 NA   NA
 618762 618763 YPTB0149 YPTB0150   pys2 FALSE 0.255 153.000 0.000 1.000   NA
 618763 618764 YPTB0150 YPTB0151 pys2 imm2 TRUE 0.945 2.000 0.000 1.000   NA
 618764 618765 YPTB0151 YPTB0152 imm2 pys2 FALSE 0.255 153.000 0.000 1.000   NA
 618765 618766 YPTB0152 YPTB0153 pys2 imm TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000   NA
 618766 618767 YPTB0153 YPTB0154 imm   FALSE 0.012 558.000 0.000 1.000   NA
 618767 618768 YPTB0154 YPTB0155     FALSE 0.011 611.000 0.000 NA   NA
 618769 618770 YPTB0156 YPTB0157     TRUE 0.984 38.000 1.000 1.000   NA
 618770 618771 YPTB0157 YPTB0158     TRUE 0.983 17.000 0.500 1.000   NA
 618771 618772 YPTB0158 YPTB0159     TRUE 0.987 28.000 0.500 1.000 Y NA
 618772 618773 YPTB0159 YPTB0160     TRUE 0.986 64.000 1.000 1.000 Y NA
 618773 618774 YPTB0160 YPTB0161     FALSE 0.001 792.000 0.000 1.000 N NA
 618774 618775 YPTB0161 YPTB0162   ppiC FALSE 0.108 239.000 0.000 1.000   NA
 618777 618778 YPTB0164 YPTB0165   rhlB TRUE 0.988 4.000 0.406 1.000 N NA
 618779 618780 YPTB0166 YPTB0167 trxA rho FALSE 0.007 480.000 0.087 1.000 N NA
 618780 618781 YPTB0167 YPTB0168 rho rfe FALSE 0.002 534.000 0.000 1.000 N NA
 618781 618782 YPTB0168 YPTB0169 rfe wzzE TRUE 0.996 36.000 0.735 0.004 Y NA
 618782 618783 YPTB0169 YPTB0170 wzzE rffE TRUE 0.823 349.000 0.677 0.004 Y NA
 618783 618784 YPTB0170 YPTB0171 rffE rffD TRUE 0.998 -3.000 0.348 1.000 Y NA
 618784 618785 YPTB0171 YPTB0172 rffD rffG TRUE 0.997 -3.000 0.273 1.000 Y NA
 618785 618786 YPTB0172 YPTB0173 rffG rffH TRUE 0.906 295.000 0.739 0.003 Y NA
 618786 618787 YPTB0173 YPTB0174 rffH rffC TRUE 0.766 47.000 0.145 1.000   NA
 618787 618788 YPTB0174 YPTB0175 rffC rffA TRUE 0.989 2.000 0.248 1.000   NA
 618788 618789 YPTB0175 YPTB0176 rffA wzxE TRUE 0.987 2.000 0.218 1.000   NA
 618789 618790 YPTB0176 YPTB0177 wzxE   TRUE 0.982 23.000 0.605 1.000   NA
 618790 618791 YPTB0177 YPTB0178   wecF TRUE 0.998 -3.000 0.684 1.000   NA
 618791 618792 YPTB0178 YPTB0179 wecF wecG TRUE 0.959 9.000 0.126 1.000   NA
 618792 618793 YPTB0179 YPTB0180 wecG   FALSE 0.002 564.000 0.000 1.000 N NA
 618793 618794 YPTB0180 YPTB_RNA_5   tRNA-Arg1 FALSE 0.280 149.000 0.000 NA   NA
 618794 618795 YPTB_RNA_5 YPTB_RNA_6 tRNA-Arg1 tRNA-His1 FALSE 0.358 84.000 0.000 NA   NA
 618795 618796 YPTB_RNA_6 YPTB_RNA_7 tRNA-His1 tRNA-Leu1 TRUE 0.829 17.000 0.000 NA   NA
 618796 618623 YPTB_RNA_7 YPTB_RNA_8 tRNA-Leu1 tRNA-Pro1 TRUE 0.379 76.000 0.000 NA   NA
 618798 618799 YPTB0181 YPTB0182 hemY hemX TRUE 0.992 3.000 0.144 1.000 Y NA
 618799 618800 YPTB0182 YPTB0183 hemX hemD TRUE 0.988 31.000 0.600 1.000 Y NA
 618800 618801 YPTB0183 YPTB0184 hemD hemC TRUE 0.999 -3.000 0.205 0.002 Y NA
 618803 618804 YPTB0186 YPTB0187     TRUE 0.568 48.000 0.000 NA   NA
 618804 618805 YPTB0187 YPTB0188   cyaY FALSE 0.068 288.000 0.000 NA   NA
 618806 618807 YPTB0189 YPTB0190   dapF FALSE 0.011 168.000 0.021 NA N NA
 618807 618808 YPTB0190 YPTB0191 dapF   TRUE 0.714 65.000 0.175 NA   NA
 618808 618809 YPTB0191 YPTB0192   xerC TRUE 0.998 -3.000 0.714 NA   NA
 618809 618810 YPTB0192 YPTB0193 xerC   TRUE 0.995 0.000 0.367 1.000   NA
 618810 618811 YPTB0193 YPTB0194   uvrD TRUE 0.507 99.000 0.128 1.000   NA
 618813 618814 YPTB0196 YPTB0197     TRUE 0.842 14.000 0.042 NA   NA
 618814 618815 YPTB0197 YPTB0198   corA FALSE 0.009 650.000 0.000 1.000   NA
 618816 618817 YPTB0199 YPTB0200 rarD   TRUE 0.481 87.000 0.099 NA   NA
 618818 618819 YPTB0201 YPTB0202 pldA reqQ FALSE 0.084 77.000 0.057 1.000 N NA
 618819 618820 YPTB0202 YPTB0203 reqQ rhtC FALSE 0.017 107.000 0.043 1.000 N NA
 618822 618823 YPTB0205 YPTB0206 pldB   TRUE 0.960 35.000 0.524 1.000   NA
 618823 618824 YPTB0206 YPTB0207     FALSE 0.068 276.000 0.000 1.000   NA
 618826 618827 YPTB0209 YPTB0210 glpA glpB TRUE 0.998 -10.000 0.650 0.001 N NA
 618827 618828 YPTB0210 YPTB0211 glpB glpC TRUE 0.999 -3.000 0.547 0.001 N NA
 618829 618830 YPTB0212 YPTB0213 drcB yhhQ FALSE 0.327 130.000 0.066 NA   NA
 618832 618833 YPTB0215 YPTB0216 ATZN yhhN FALSE 0.222 414.000 0.325 0.094   NA
 618834 618835 YPTB0217 YPTB0218     FALSE 0.176 212.000 0.058 NA   NA
 618836 618837 YPTB0219 YPTB0220 yhhL   TRUE 0.953 -10.000 0.063 NA   NA
 618838 618839 YPTB0221 YPTB0222 ftsY ftsE TRUE 0.910 6.000 0.117 1.000 N NA
 618839 618840 YPTB0222 YPTB0223 ftsE ftsX TRUE 0.991 -10.000 0.121 1.000 Y NA
 618840 618841 YPTB0223 YPTB0224 ftsX rpoH FALSE 0.006 311.000 0.051 1.000 N NA
 618843 618844 YPTB0226 YPTB0227 livK livH TRUE 0.765 181.000 0.217 1.000 Y NA
 618844 618845 YPTB0227 YPTB0228 livH livM TRUE 0.999 -3.000 0.574 0.071 Y NA
 618845 618846 YPTB0228 YPTB0229 livM livG TRUE 0.999 -3.000 0.574 1.000 Y NA
 618846 618847 YPTB0229 YPTB0230 livG livF TRUE 0.996 45.000 0.967 0.023 Y NA
 618847 618848 YPTB0230 YPTB0231 livF   FALSE 0.138 228.000 0.000 NA   NA
 618849 618850 YPTB0232 YPTB0233     TRUE 0.872 225.000 1.000 NA   NA
 618850 618851 YPTB0233 YPTB0234     TRUE 0.934 62.000 0.600 NA   NA
 618851 618852 YPTB0234 YPTB0235     TRUE 0.996 -28.000 0.600 NA   NA
 618852 618853 YPTB0235 YPTB0236     TRUE 0.964 18.000 0.286 NA   NA
 618853 618854 YPTB0236 YPTB0237     FALSE 0.083 267.000 0.000 NA   NA
 618855 618856 YPTB0238 YPTB0239 ugpB ugpA TRUE 0.878 298.000 0.793 0.071 Y NA
 618856 618857 YPTB0239 YPTB0240 ugpA ugpE TRUE 0.998 0.000 0.306 0.071 Y NA
 618857 618858 YPTB0240 YPTB0241 ugpE ugpC TRUE 0.997 7.000 0.272 0.071 Y NA
 618858 618859 YPTB0241 YPTB0242 ugpC ugpQ TRUE 0.439 -3.000 0.024 1.000 N NA
 618859 618860 YPTB0242 YPTB0243 ugpQ   FALSE 0.209 101.000 0.023 1.000   NA
 618860 618861 YPTB0243 YPTB0244     FALSE 0.287 137.000 0.000 NA   NA
 618861 618862 YPTB0244 YPTB0245     TRUE 0.952 13.000 0.152 NA   NA
 618862 618863 YPTB0245 YPTB0246   MadN TRUE 0.443 207.000 0.000 1.000 Y NA
 618867 618868 YPTB0250 YPTB0251 udp   FALSE 0.013 121.000 0.030 1.000 N NA
 618868 618869 YPTB0251 YPTB0252     FALSE 0.135 341.000 0.000 1.000 Y NA
 618869 618870 YPTB0252 YPTB0253     FALSE 0.011 537.000 0.041 NA   NA
 618870 618871 YPTB0253 YPTB0254   rumC FALSE 0.321 208.000 0.125 NA   NA
 618871 618872 YPTB0254 YPTB0255 rumC ubiE FALSE 0.315 92.000 0.047 NA   NA
 618872 618873 YPTB0255 YPTB0256 ubiE   TRUE 0.834 32.000 0.145 1.000   NA
 618873 618874 YPTB0256 YPTB0257   aarF TRUE 0.996 0.000 0.432 1.000   NA
 618874 618875 YPTB0257 YPTB0258 aarF tatA FALSE 0.149 180.000 0.025 1.000   NA
 618875 618876 YPTB0258 YPTB0259 tatA tatB TRUE 0.991 4.000 0.130 1.000 Y NA
 618876 618877 YPTB0259 YPTB0260 tatB tatC TRUE 0.997 3.000 0.333 NA Y NA
 618877 618878 YPTB0260 YPTB0261 tatC   TRUE 0.475 56.000 0.121 NA N NA
 618878 618879 YPTB0261 YPTB0262   hemB FALSE 0.152 15.000 0.031 NA N NA
 618881 618882 YPTB0264 YPTB0265   fadI TRUE 0.834 55.000 0.090 1.000 Y NA
 618883 618884 YPTB0266 YPTB0267 fadA fadB TRUE 0.997 12.000 0.607 1.000 Y NA
 618885 618886 YPTB0268 YPTB0269 pepQ   TRUE 0.980 0.000 0.127 1.000   NA
 618886 618887 YPTB0269 YPTB0270   trkH TRUE 0.848 40.000 0.202 1.000   NA
 618887 618888 YPTB0270 YPTB0271 trkH hemG TRUE 0.956 22.000 0.455 1.000 N NA
 618888 618889 YPTB0271 YPTB_RNA_99 hemG   FALSE 0.018 475.000 0.000 NA   NA
 618889 618614 YPTB_RNA_99 YPTB_RNA_9   tRNA-Ile1 FALSE 0.322 100.000 0.000 NA   NA
 618614 618891 YPTB_RNA_9 YPTB_RNA_10 tRNA-Ile1 tRNA-Ala1 TRUE 0.531 52.000 0.000 NA   NA
 618891 618892 YPTB_RNA_10 YPTB_RNA_100 tRNA-Ala1   FALSE 0.158 219.000 0.000 NA   NA
 618892 618893 YPTB_RNA_100 YPTB_RNA_101     FALSE 0.313 109.000 0.000 NA   NA
 618893 618894 YPTB_RNA_101 YPTB0272   murB FALSE 0.019 462.000 0.000 NA   NA
 618894 618895 YPTB0272 YPTB0273 murB birA TRUE 0.981 -3.000 0.211 1.000 N NA
 618896 618897 YPTB0274 YPTB0275 coaA   FALSE 0.156 211.000 0.000 1.000   NA
 618625 618899 YPTB_RNA_11 YPTB_RNA_12 tRNA-Thr1 tRNA-Tyr1 TRUE 0.810 19.000 0.000 NA   NA
 618899 618900 YPTB_RNA_12 YPTB_RNA_13 tRNA-Tyr1 tRNA-Gly1 FALSE 0.279 150.000 0.000 NA   NA
 618900 618901 YPTB_RNA_13 YPTB_RNA_14 tRNA-Gly1 tRNA-Thr2 TRUE 0.927 7.000 0.000 NA   NA
 618901 618902 YPTB_RNA_14 YPTB0276 tRNA-Thr2 tufA FALSE 0.313 109.000 0.000 NA   NA
 618902 618903 YPTB0276 YPTB0277 tufA secB FALSE 0.003 251.000 0.009 1.000 N NA
 618903 618904 YPTB0277 YPTB0278 secB nusG TRUE 0.997 2.000 0.843 1.000 N NA
 618904 618905 YPTB0278 YPTB0279 nusG rplK TRUE 0.764 191.000 0.681 1.000 N NA
 618905 618906 YPTB0279 YPTB0280 rplK rplA TRUE 1.000 4.000 0.838 0.020 Y NA
 618906 618907 YPTB0280 YPTB0281 rplA rplJ TRUE 0.527 365.000 0.302 0.020 Y NA
 618907 618908 YPTB0281 YPTB0282 rplJ rplL TRUE 0.991 67.000 0.884 0.015 Y NA
 618908 618909 YPTB0282 YPTB0283 rplL rpoB FALSE 0.152 343.000 0.223 1.000   NA
 618909 618910 YPTB0283 YPTB0284 rpoB rpoC TRUE 0.974 129.000 0.851 0.001   NA
 618911 618912 YPTB0285 YPTB0286 thiH thiG TRUE 0.999 -7.000 0.277 0.003 Y NA
 618912 618913 YPTB0286 YPTB0287 thiG thiS TRUE 0.989 2.000 0.087 1.000 Y NA
 618913 618914 YPTB0287 YPTB0288 thiS thiF TRUE 0.999 -3.000 0.548 1.000 Y NA
 618914 618915 YPTB0288 YPTB0289 thiF thiE TRUE 0.996 -10.000 0.242 1.000 Y NA
 618915 618916 YPTB0289 YPTB0290 thiE thiC TRUE 0.987 14.000 0.063 0.003 Y NA
 618916 618917 YPTB0290 YPTB0291 thiC rsd FALSE 0.004 375.000 0.000 1.000 N NA
 618918 618919 YPTB0292 YPTB0293     FALSE 0.342 93.000 0.000 NA   NA
 618919 618920 YPTB0293 YPTB0294   hemE FALSE 0.307 119.000 0.000 NA   NA
 618920 618921 YPTB0294 YPTB0295 hemE nfi FALSE 0.022 66.000 0.028 1.000 N NA
 618921 618922 YPTB0295 YPTB0296 nfi   TRUE 0.671 46.000 0.086 NA   NA
 618922 618923 YPTB0296 YPTB0297   hupA TRUE 0.685 189.000 0.355 NA   NA
 618923 618924 YPTB0297 YPTB0298 hupA yjaH TRUE 0.994 2.000 0.375 NA   NA
 618925 618926 YPTB0299 YPTB0300 purD purH TRUE 0.916 60.000 0.238 1.000 Y NA
 618927 618928 YPTB_RNA_102 YPTB_RNA_15   tRNA-Glu3 FALSE 0.290 134.000 0.000 NA   NA
 618928 618929 YPTB_RNA_15 YPTB_RNA_103 tRNA-Glu3   FALSE 0.096 253.000 0.000 NA   NA
 618929 618930 YPTB_RNA_103 YPTB_RNA_104     FALSE 0.314 108.000 0.000 NA   NA
 618930 618931 YPTB_RNA_104 YPTB0301     FALSE 0.025 399.000 0.000 NA   NA
 618931 618932 YPTB0301 YPTB0302     TRUE 0.595 78.000 0.000 0.067   NA
 618933 618934 YPTB0303 YPTB0304     TRUE 0.988 0.000 0.000 1.000 Y NA
 618936 618937 YPTB0306 YPTB0307 PhaJ   TRUE 0.998 -3.000 0.733 NA   NA
 618937 618938 YPTB0307 YPTB0308   rcs TRUE 0.721 57.000 0.147 NA   NA
 618940 618941 YPTB0310 YPTB0311     TRUE 0.999 13.000 0.688 0.013 Y NA
 618942 618943 YPTB0312 YPTB0313     TRUE 0.991 2.000 0.268 NA   NA
 618943 618944 YPTB0313 YPTB0314     TRUE 0.919 19.000 0.146 NA   NA
 618944 618945 YPTB0314 YPTB0315     TRUE 0.618 35.000 0.000 1.000   NA
 618945 618946 YPTB0315 YPTB0316     TRUE 0.963 10.000 0.150 1.000   NA
 618946 618947 YPTB0316 YPTB0317     TRUE 0.998 -3.000 0.650 NA   NA
 618947 618948 YPTB0317 YPTB0318     TRUE 0.823 98.000 0.407 NA   NA
 618948 618949 YPTB0318 YPTB0319     TRUE 0.998 -3.000 0.407 0.016   NA
 618949 618950 YPTB0319 YPTB0320     TRUE 0.869 195.000 0.786 NA   NA
 618950 618951 YPTB0320 YPTB0321     TRUE 0.997 -3.000 0.538 NA   NA
 618951 618952 YPTB0321 YPTB0322     TRUE 0.953 -7.000 0.000 NA   NA
 618952 618953 YPTB0322 YPTB0323     TRUE 0.999 -13.000 0.647 0.011 Y NA
 618953 618954 YPTB0323 YPTB0324     TRUE 0.988 -3.000 0.176 NA   NA
 618954 618955 YPTB0324 YPTB0325     TRUE 0.936 164.000 1.000 NA   NA
 618955 618956 YPTB0325 YPTB0326     TRUE 0.950 20.000 0.231 NA   NA
 618956 618957 YPTB0326 YPTB0327     TRUE 0.844 67.000 0.154 1.000 Y NA
 618957 618958 YPTB0327 YPTB0328     TRUE 0.997 -3.000 0.136 0.016 Y NA
 618958 618959 YPTB0328 YPTB0329     TRUE 0.999 2.000 0.516 0.093 Y NA
 618959 618960 YPTB0329 YPTB0330     TRUE 0.999 -10.000 0.406 0.093 Y NA
 618960 618961 YPTB0330 YPTB0331     FALSE 0.025 383.000 0.045 NA   NA
 618961 618962 YPTB0331 YPTB0332     TRUE 0.999 -3.000 0.844 NA   NA
 618964 618965 YPTB0334 YPTB0335   metC TRUE 0.829 46.000 0.043 NA Y NA
 618966 618967 YPTB0336 YPTB0337 hmuV hmuU TRUE 0.996 -7.000 0.220 1.000 Y NA
 618967 618968 YPTB0337 YPTB0338 hmuU hmuT TRUE 0.999 -3.000 0.852 1.000 Y NA
 618968 618969 YPTB0338 YPTB0339 hmuT hmuS TRUE 0.998 -3.000 0.384 1.000 Y NA
 618969 618970 YPTB0339 YPTB0340 hmuS hmuR TRUE 0.634 119.000 0.064 1.000 Y NA
 618970 618971 YPTB0340 YPTB0341 hmuR   TRUE 0.561 131.000 0.023 NA Y NA
 618971 618972 YPTB0341 YPTB0342     FALSE 0.017 86.000 0.015 NA N NA
 618972 618973 YPTB0342 YPTB0343     FALSE 0.189 34.000 0.054 1.000 N NA
 618973 618974 YPTB0343 YPTB0344     TRUE 0.962 -3.000 0.135 1.000 N NA
 618974 618975 YPTB0344 YPTB0345     FALSE 0.006 341.000 0.000 1.000 N NA
 618975 618976 YPTB0345 YPTB0346     FALSE 0.052 315.000 0.000 NA   NA
 618976 618977 YPTB0346 YPTB0347     FALSE 0.026 397.000 0.000 NA   NA
 618977 618978 YPTB0347 YPTB0348     TRUE 0.996 0.000 0.420 NA   NA
 618978 618979 YPTB0348 YPTB0349     TRUE 0.992 -7.000 0.296 NA   NA
 618979 618980 YPTB0349 YPTB0350     TRUE 0.978 -7.000 0.126 NA   NA
 618980 618981 YPTB0350 YPTB0351     TRUE 0.970 12.000 0.217 1.000   NA
 618982 618983 YPTB0352 YPTB0353 terZ terA TRUE 0.989 0.000 0.054 0.004   NA
 618983 618984 YPTB0353 YPTB0354 terA terB TRUE 0.884 33.000 0.200 NA   NA
 618984 618985 YPTB0354 YPTB0355 terB terC TRUE 0.932 22.000 0.000 NA Y NA
 618985 618986 YPTB0355 YPTB0356 terC terD FALSE 0.098 64.000 0.000 1.000 N NA
 618986 618987 YPTB0356 YPTB0357 terD terE TRUE 0.921 184.000 0.310 0.004 Y NA
 618987 618988 YPTB0357 YPTB0358 terE   FALSE 0.009 713.000 0.000 NA   NA
 618988 618989 YPTB0358 YPTB0359     FALSE 0.099 251.000 0.000 NA   NA
 618989 618990 YPTB0359 YPTB0360     TRUE 0.961 72.000 0.571 NA Y NA
 618990 618991 YPTB0360 YPTB0361     TRUE 0.900 11.000 0.000 NA   NA
 618991 618992 YPTB0361 YPTB0362     FALSE 0.007 1165.000 0.000 NA   NA
 618996 618997 YPTB0366 YPTB0367 ubiC ubiA TRUE 0.826 166.000 0.248 NA Y NA
 618999 619000 YPTB0369 YPTB0370 dgkA lexA FALSE 0.314 125.000 0.141 1.000 N NA
 619002 619003 YPTB0372 YPTB0373     FALSE 0.019 516.000 0.070 NA   NA
 619005 619006 YPTB0375 YPTB0376 dnaB alr TRUE 0.642 97.000 0.317 1.000 N NA
 619006 619007 YPTB0376 YPTB0377 alr tyrB FALSE 0.306 186.000 0.181 1.000 N NA
 619007 619008 YPTB0377 YPTB0378 tyrB   FALSE 0.015 527.000 0.000 NA   NA
 619011 619012 YPTB0381 YPTB0382     TRUE 0.878 14.000 0.063 NA   NA
 619012 619013 YPTB0382 YPTB0383   rhaD TRUE 0.529 67.000 0.041 0.007 N NA
 619013 619014 YPTB0383 YPTB0384 rhaD rhaA TRUE 0.989 13.000 0.247 1.000 Y NA
 619014 619015 YPTB0384 YPTB0385 rhaA rhaB TRUE 0.998 -3.000 0.387 1.000 Y NA
 619016 619017 YPTB0386 YPTB0387 rhaS rhaR TRUE 0.981 133.000 0.800 0.022 Y NA
 619019 619020 YPTB0389 YPTB0390     TRUE 0.394 71.000 0.000 NA   NA
 619022 619023 YPTB0392 YPTB0393     TRUE 0.853 15.000 0.000 NA   NA
 619024 619025 YPTB0394 YPTB_RNA_85   tRNA-Phe2 FALSE 0.272 159.000 0.000 NA   NA
 619025 619026 YPTB_RNA_85 YPTB0395 tRNA-Phe2   FALSE 0.282 145.000 0.000 NA   NA
 619027 619028 YPTB0396 YPTB0397   hydN TRUE 0.952 23.000 0.222 0.014 N NA
 619028 619029 YPTB0397 YPTB0398 hydN fdhF TRUE 0.969 23.000 0.231 0.047   NA
 619030 619031 YPTB0399 YPTB0400 dsbD   TRUE 0.875 -24.000 0.092 1.000 N NA
 619031 619032 YPTB0400 YPTB0401   dcuA FALSE 0.120 185.000 0.007 1.000   NA
 619032 619033 YPTB0401 YPTB0402 dcuA aspA FALSE 0.197 120.000 0.023 1.000   NA
 619034 619035 YPTB0403 YPTB0404   groES FALSE 0.076 255.000 0.040 NA   NA
 619035 619036 YPTB0404 YPTB0405 groES groEL TRUE 0.993 47.000 0.631 0.008 Y NA
 619036 619037 YPTB0405 YPTB0406 groEL   FALSE 0.011 636.000 0.000 NA   NA
 619039 619040 YPTB0408 YPTB0409 efp sugE FALSE 0.016 247.000 0.000 1.000 N NA
 619041 619042 YPTB0410 YPTB0411 frdD frdC TRUE 0.999 17.000 0.787 0.003 Y NA
 619042 619043 YPTB0411 YPTB0412 frdC frdB TRUE 0.997 17.000 0.454 0.003 Y NA
 619043 619044 YPTB0412 YPTB0413 frdB frdA TRUE 0.999 -7.000 0.470 0.003 Y NA
 619046 619047 YPTB0415 YPTB0416 BspA psd TRUE 0.802 24.000 0.148 NA N NA
 619047 619048 YPTB0416 YPTB0417 psd   FALSE 0.068 325.000 0.095 1.000   NA
 619049 619050 YPTB0418 YPTB_RNA_16   tRNA-Gly2 FALSE 0.013 559.000 0.000 NA   NA
 619050 619051 YPTB_RNA_16 YPTB_RNA_17 tRNA-Gly2 tRNA-Gly3 FALSE 0.344 92.000 0.000 NA   NA
 619051 619052 YPTB_RNA_17 YPTB_RNA_18 tRNA-Gly3 tRNA-Gly4 TRUE 0.408 68.000 0.000 NA   NA
 619054 619055 YPTB0420 YPTB0421     TRUE 0.948 11.000 0.118 NA   NA
 619055 619056 YPTB0421 YPTB0422     TRUE 0.427 140.000 0.109 NA   NA
 619056 619057 YPTB0422 YPTB0423   mutL TRUE 0.716 16.000 0.092 1.000 N NA
 619057 619058 YPTB0423 YPTB0424 mutL miaA TRUE 0.972 -7.000 0.188 1.000 N NA
 619058 619059 YPTB0424 YPTB0425 miaA ymr TRUE 0.856 117.000 0.531 1.000   NA
 619059 619060 YPTB0425 YPTB0426 ymr hflX TRUE 0.529 99.000 0.141 1.000   NA
 619060 619061 YPTB0426 YPTB0427 hflX hflK TRUE 0.453 241.000 0.184 0.092   NA
 619061 619062 YPTB0427 YPTB0428 hflK hflC TRUE 1.000 4.000 0.947 0.016 Y NA
 619062 619063 YPTB0428 YPTB0429 hflC   TRUE 0.724 172.000 0.348 NA   NA
 619063 619064 YPTB0429 YPTB0430   purA FALSE 0.306 100.000 0.051 NA   NA
 619064 619065 YPTB0430 YPTB0431 purA   FALSE 0.001 389.000 0.010 NA N NA
 619065 619066 YPTB0431 YPTB0432   rnr FALSE 0.310 241.000 0.038 NA Y NA
 619066 619067 YPTB0432 YPTB0433 rnr   TRUE 0.604 119.000 0.147 0.018 N NA
 619067 619068 YPTB0433 YPTB0434   aidB FALSE 0.001 408.000 0.005 1.000 N NA
 619070 619071 YPTB0436 YPTB0437 rjfP   TRUE 0.381 75.000 0.000 NA   NA
 619071 619072 YPTB0437 YPTB0438   rpsF TRUE 0.866 14.000 0.000 NA   NA
 619072 619073 YPTB0438 YPTB0439 rpsF priB TRUE 0.917 6.000 0.122 1.000 N NA
 619073 619074 YPTB0439 YPTB0440 priB rpsR TRUE 0.930 5.000 0.128 1.000 N NA
 619074 619075 YPTB0440 YPTB0441 rpsR rplI TRUE 0.989 40.000 0.499 0.015 Y NA
 619076 619077 YPTB0442 YPTB0443     FALSE 0.258 140.000 0.047 NA   NA
 619079 619080 YPTB0445 YPTB0446   cpdB FALSE 0.013 129.000 0.030 NA N NA
 619084 619085 YPTB0450 YPTB0451   msrA FALSE 0.062 278.000 0.042 NA   NA
 619086 619087 YPTB0452 YPTB0453     TRUE 0.998 -3.000 0.575 NA   NA
 619087 619088 YPTB0453 YPTB0454     TRUE 0.982 3.000 0.167 NA   NA
 619089 619090 YPTB0455 YPTB0456 ppa fbp FALSE 0.009 200.000 0.043 1.000 N NA
 619092 619093 YPTB0458 YPTB0459   argR FALSE 0.027 389.000 0.000 NA   NA
 619098 619099 YPTB0464 YPTB0465 rplU rpmA TRUE 0.997 20.000 0.667 0.015 Y NA
 619099 619100 YPTB0465 YPTB0466 rpmA   FALSE 0.252 88.000 0.019 NA   NA
 619100 619101 YPTB0466 YPTB0467     TRUE 0.925 1.000 0.015 NA   NA
 619102 619103 YPTB0468 YPTB0469 basS basR TRUE 0.998 -3.000 0.381 1.000 Y NA
 619103 619104 YPTB0469 YPTB0470 basR dacB TRUE 0.887 6.000 0.101 1.000 N NA
 619107 619108 YPTB0473 YPTB0474 ftsJ ftsH TRUE 0.537 57.000 0.152 1.000 N NA
 619108 619109 YPTB0474 YPTB0475 ftsH folP TRUE 0.626 120.000 0.325 1.000 N NA
 619109 619110 YPTB0475 YPTB0476 folP mrsA TRUE 0.966 10.000 0.260 1.000 N NA
 619110 619111 YPTB0476 YPTB0477 mrsA secG FALSE 0.005 223.000 0.016 1.000 N NA
 619111 619112 YPTB0477 YPTB_RNA_19 secG tRNA-Leu2 FALSE 0.342 93.000 0.000 NA   NA
 619112 619113 YPTB_RNA_19 YPTB_RNA_20 tRNA-Leu2 tRNA-Met1 TRUE 0.463 61.000 0.000 NA   NA
 619113 619114 YPTB_RNA_20 YPTB0478 tRNA-Met1   FALSE 0.165 216.000 0.000 NA   NA
 619114 619115 YPTB0478 YPTB0479   nusA TRUE 0.989 22.000 0.759 NA   NA
 619115 619116 YPTB0479 YPTB0480 nusA infB TRUE 0.926 25.000 0.342 1.000 N NA
 619116 619117 YPTB0480 YPTB0481 infB rbfA TRUE 0.960 66.000 0.530 1.000 Y NA
 619117 619118 YPTB0481 YPTB0482 rbfA truB TRUE 0.997 0.000 0.318 1.000 Y NA
 619118 619119 YPTB0482 YPTB0483 truB rspO TRUE 0.822 122.000 0.211 1.000 Y NA
 619121 619122 YPTB0484 YPTB0485 pnp nlpI FALSE 0.325 125.000 0.071 1.000   NA
 619122 619123 YPTB0485 YPTB0486 nlpI deaD FALSE 0.187 187.000 0.053 1.000   NA
 619123 619124 YPTB0486 YPTB0487 deaD   TRUE 0.800 20.000 0.000 NA   NA
 619124 619125 YPTB0487 YPTB0488     TRUE 0.594 43.000 0.000 NA   NA
 619125 619126 YPTB0488 YPTB0489     TRUE 0.762 24.000 0.000 NA   NA
 619128 619129 YPTB0491 YPTB0492     TRUE 0.940 4.000 0.133 1.000 N NA
 619129 619130 YPTB0492 YPTB0493   ibeB TRUE 0.994 2.000 0.367 0.069 N NA
 619131 619132 YPTB0494 YPTB0495     TRUE 0.999 12.000 0.948 0.003 Y NA
 619133 619134 YPTB0496 YPTB0497     TRUE 0.992 -6.000 0.295 1.000   NA
 619135 619136 YPTB0498 YPTB0499     FALSE 0.124 228.000 0.000 1.000   NA
 619136 619137 YPTB0499 YPTB0500     TRUE 0.989 24.000 0.400 0.001   NA
 619138 619139 YPTB0501 YPTB0502     TRUE 0.999 8.000 0.611 0.069 Y NA
 619139 619140 YPTB0502 YPTB0503     TRUE 0.997 19.000 0.611 0.069 Y NA
 619140 619141 YPTB0503 YPTB0504     TRUE 0.997 12.000 0.364 0.069 Y NA
 619141 619142 YPTB0504 YPTB0505     TRUE 0.968 15.000 0.273 1.000   NA
 619142 619143 YPTB0505 YPTB0506     FALSE 0.210 129.000 0.032 1.000   NA
 619143 619144 YPTB0506 YPTB0507     FALSE 0.258 152.000 0.056 1.000   NA
 619145 619146 YPTB0508 YPTB0509 phnP phnN TRUE 0.987 -9.000 0.214 NA   NA
 619146 619147 YPTB0509 YPTB0510 phnN phnM TRUE 0.997 0.000 0.235 NA Y NA
 619147 619148 YPTB0510 YPTB0511 phnM phnL TRUE 0.998 -3.000 0.320 1.000 Y NA
 619148 619149 YPTB0511 YPTB0512 phnL phnK TRUE 0.797 389.000 0.859 0.023 Y NA
 619149 619150 YPTB0512 YPTB0513 phnK phnJ TRUE 0.999 0.000 0.883 1.000 Y NA
 619150 619151 YPTB0513 YPTB0514 phnJ phnI TRUE 0.999 -7.000 0.880 1.000 Y NA
 619151 619152 YPTB0514 YPTB0515 phnI phnH TRUE 1.000 0.000 0.960 0.002 Y NA
 619152 619153 YPTB0515 YPTB0516 phnH phnG TRUE 1.000 0.000 0.967 0.002 Y NA
 619153 619154 YPTB0516 YPTB0517 phnG phnF TRUE 0.996 1.000 0.691 1.000 N NA
 619154 619155 YPTB0517 YPTB0518 phnF nrdG FALSE 0.007 328.000 0.000 1.000 N NA
 619155 619156 YPTB0518 YPTB0519 nrdG nrdD TRUE 0.583 207.000 0.464 1.000 N NA
 619156 619157 YPTB0519 YPTB0520 nrdD   FALSE 0.003 434.000 0.000 1.000 N NA
 619157 619158 YPTB0520 YPTB0521     TRUE 0.999 2.000 0.550 0.023 Y NA
 619158 619159 YPTB0521 YPTB0522     TRUE 0.997 -7.000 0.324 1.000 Y NA
 619159 619160 YPTB0522 YPTB0523     TRUE 0.995 19.000 0.441 0.069 Y NA
 619160 619161 YPTB0523 YPTB0524     TRUE 0.952 96.000 0.400 0.069 Y NA
 619165 619166 YPTB0528 YPTB0529 yjgM valS TRUE 0.513 143.000 0.008 1.000 Y NA
 619166 619167 YPTB0529 YPTB0530 valS holC TRUE 0.768 13.000 0.089 1.000 N NA
 619167 619168 YPTB0530 YPTB0531 holC pepA TRUE 0.725 151.000 0.494 1.000 N NA
 619169 619170 YPTB0532 YPTB0533 yjgP yjgQ TRUE 0.999 0.000 0.631 0.092   NA
 619170 619171 YPTB0533 YPTB_RNA_21 yjgQ tRNA-Leu3 FALSE 0.316 105.000 0.000 NA   NA
 619171 619172 YPTB_RNA_21 YPTB0534 tRNA-Leu3   FALSE 0.196 199.000 0.000 NA   NA
 619173 619174 YPTB0535 YPTB0536     TRUE 0.994 10.000 0.088 0.001 Y NA
 619174 619175 YPTB0536 YPTB0537     TRUE 0.994 2.000 0.072 0.065 Y NA
 619175 619176 YPTB0537 YPTB0538     FALSE 0.006 343.000 0.000 1.000 N NA
 619176 619177 YPTB0538 YPTB0539     TRUE 0.962 47.000 0.637 NA   NA
 619178 619179 YPTB0540 YPTB0541     TRUE 0.945 2.000 0.000 1.000   NA
 619180 619181 YPTB0542 YPTB0543 frwD frwB TRUE 0.837 93.000 0.000 0.007 Y NA
 619181 619182 YPTB0543 YPTB0544 frwB frwC TRUE 0.958 123.000 0.400 0.007 Y NA
 619184 619185 YPTB0546 YPTB0547   yneC FALSE 0.049 323.000 0.000 NA   NA
 619185 619186 YPTB0547 YPTB0548 yneC yneB FALSE 0.323 64.000 0.028 1.000   NA
 619186 619187 YPTB0548 YPTB0549 yneB   TRUE 0.806 56.000 0.062 NA Y NA
 619187 619188 YPTB0549 YPTB0550   ydeZ TRUE 0.990 45.000 0.844 NA Y NA
 619188 619189 YPTB0550 YPTB0551 ydeZ ydeY TRUE 1.000 -3.000 0.788 0.015 Y NA
 619189 619190 YPTB0551 YPTB0552 ydeY ego TRUE 0.999 -6.000 0.818 1.000 Y NA
 619191 619192 YPTB0553 YPTB0554 ydeW ydeV TRUE 0.381 171.000 0.200 1.000 N NA
 619192 619193 YPTB0554 YPTB0555 ydeV   FALSE 0.003 469.000 0.000 1.000 N NA
 619193 619194 YPTB0555 YPTB0556     TRUE 0.883 48.000 0.105 NA Y NA
 619194 619195 YPTB0556 YPTB0557     FALSE 0.007 366.000 0.000 NA N NA
 619195 619196 YPTB0557 YPTB0558     FALSE 0.156 47.000 0.000 1.000 N NA
 619196 619197 YPTB0558 YPTB0559     TRUE 0.946 2.000 0.056 1.000   NA
 619197 619198 YPTB0559 YPTB0560     TRUE 0.951 2.000 0.000 NA   NA
 619198 619199 YPTB0560 YPTB0561     TRUE 0.666 33.000 0.000 NA   NA
 619201 619202 YPTB0563 YPTB0564     TRUE 0.725 27.000 0.000 NA   NA
 619202 619203 YPTB0564 YPTB0565     TRUE 0.531 52.000 0.000 NA   NA
 619203 619204 YPTB0565 YPTB0566     TRUE 0.977 0.000 0.185 NA N NA
 619205 619206 YPTB0567 YPTB0568     TRUE 0.800 147.000 0.429 NA   NA
 619210 619211 YPTB_RNA_84 YPTB_RNA_83 tRNA-Leu8 tRNA-Leu7 FALSE 0.334 96.000 0.000 NA   NA
 619211 619212 YPTB_RNA_83 YPTB_RNA_82 tRNA-Leu7 tRNA-Leu6 FALSE 0.331 97.000 0.000 NA   NA
 619212 619213 YPTB_RNA_82 YPTB0572 tRNA-Leu6 rsmC FALSE 0.092 257.000 0.000 NA   NA
 619214 619215 YPTB0573 YPTB0574 holD rimI TRUE 0.963 -55.000 0.121 1.000   NA
 619215 619216 YPTB0574 YPTB0575 rimI prfC FALSE 0.155 178.000 0.026 1.000   NA
 619216 619217 YPTB0575 YPTB0576 prfC osmY FALSE 0.046 328.000 0.000 NA   NA
 619217 619218 YPTB0576 YPTB0577 osmY   TRUE 0.470 167.000 0.140 NA   NA
 619218 619219 YPTB0577 YPTB0578   yjjU TRUE 0.717 74.000 0.211 NA   NA
 619219 619220 YPTB0578 YPTB0579 yjjU yjjV TRUE 0.633 37.000 0.057 NA   NA
 619220 619221 YPTB0579 YPTB0580 yjjV   FALSE 0.000 535.000 0.027 NA N NA
 619221 619222 YPTB0580 YPTB0581   deoC FALSE 0.037 629.000 0.000 1.000 Y NA
 619222 619223 YPTB0581 YPTB0582 deoC deoA TRUE 0.866 121.000 0.286 1.000 Y NA
 619223 619224 YPTB0582 YPTB0583 deoA deoB TRUE 0.670 132.000 0.398 1.000 N NA
 619224 619225 YPTB0583 YPTB0584 deoB deoD TRUE 0.699 125.000 0.414 1.000 N NA
 619227 619228 YPTB0586 YPTB0587 serB radA FALSE 0.014 119.000 0.024 1.000 N NA
 619228 619229 YPTB0587 YPTB0588 radA nadR FALSE 0.011 159.000 0.021 1.000 N NA
 619229 619230 YPTB0588 YPTB0589 nadR   FALSE 0.251 157.000 0.000 1.000   NA
 619231 619232 YPTB0590 YPTB0591 yjjK   FALSE 0.122 183.000 0.005 1.000   NA
 619232 619233 YPTB0591 YPTB0592     TRUE 0.978 6.000 0.290 1.000 N NA
 619233 619234 YPTB0592 YPTB0593     TRUE 0.952 21.000 0.259 NA   NA
 619234 619235 YPTB0593 YPTB0594     FALSE 0.030 375.000 0.000 NA   NA
 619236 619237 YPTB0595 YPTB0596 slt trpR FALSE 0.107 271.000 0.167 1.000 N NA
 619243 619244 YPTB0602 YPTB0603 thrA thrB TRUE 0.992 3.000 0.133 1.000 Y NA
 619244 619245 YPTB0603 YPTB0604 thrB thrC TRUE 0.995 4.000 0.233 1.000 Y NA
 619247 619248 YPTB0606 YPTB0607 talB mog FALSE 0.002 288.000 0.042 1.000 N NA
 619248 619249 YPTB0607 YPTB0608 mog   FALSE 0.013 128.000 0.039 1.000 N NA
 619250 619251 YPTB0609 YPTB0610   yaaH FALSE 0.066 291.000 0.000 NA   NA
 619252 619253 YPTB0611 YPTB0612 dnaK dnaJ TRUE 0.936 112.000 0.236 0.003 Y NA
 619253 619254 YPTB0612 YPTB0613 dnaJ nhaA FALSE 0.004 243.000 0.022 1.000 N NA
 619254 619255 YPTB0613 YPTB0614 nhaA nhaR TRUE 0.578 130.000 0.292 1.000 N NA
 619257 619258 YPTB0616 YPTB0617 ribF ileS TRUE 0.848 32.000 0.254 1.000 N NA
 619258 619259 YPTB0617 YPTB0618 ileS lspA TRUE 0.530 0.000 0.045 1.000 N NA
 619259 619260 YPTB0618 YPTB0619 lspA fkpB TRUE 0.458 68.000 0.154 1.000 N NA
 619260 619261 YPTB0619 YPTB0620 fkpB lytB TRUE 0.994 -19.000 0.626 1.000 N NA
 619261 619262 YPTB0620 YPTB0621 lytB tnp FALSE 0.021 230.000 0.000 1.000 N NA
 619262 619263 YPTB0621 YPTB0622 tnp dapB FALSE 0.002 491.000 0.000 1.000 N NA
 619263 619264 YPTB0622 YPTB0623 dapB carA FALSE 0.052 473.000 0.034 1.000 Y NA
 619264 619265 YPTB0623 YPTB0624 carA carB TRUE 0.997 16.000 0.345 0.001 Y NA
 619267 619268 YPTB0626 YPTB0627 yjjP   TRUE 0.998 -9.000 0.704 NA   NA
 619268 619269 YPTB0627 YPTB0628   folA TRUE 0.408 150.000 0.104 NA   NA
 619269 619270 YPTB0628 YPTB0629 folA   FALSE 0.016 491.000 0.000 NA   NA
 619270 619271 YPTB0629 YPTB0630     TRUE 0.386 73.000 0.000 NA   NA
 619272 619273 YPTB0631 YPTB0632 apaH apaG TRUE 0.937 17.000 0.267 NA N NA
 619273 619274 YPTB0632 YPTB0633 apaG ksgA TRUE 0.735 14.000 0.078 NA N NA
 619274 619275 YPTB0633 YPTB0634 ksgA pdxA TRUE 0.973 -7.000 0.197 1.000 N NA
 619275 619276 YPTB0634 YPTB0635 pdxA surA TRUE 0.993 -16.000 0.561 1.000 N NA
 619276 619277 YPTB0635 YPTB0636 surA imp TRUE 0.522 68.000 0.182 1.000 N NA
 619279 619280 YPTB0638 YPTB0639 rluA   FALSE 0.007 1223.000 0.000 NA   NA
 619281 619282 YPTB0640 YPTB0641     TRUE 0.997 11.000 1.000 NA   NA
 619282 619283 YPTB0641 YPTB0642     TRUE 0.998 0.000 0.700 NA   NA
 619283 619284 YPTB0642 YPTB0643     TRUE 0.823 163.000 0.500 NA   NA
 619284 619285 YPTB0643 YPTB0644     TRUE 0.934 74.000 0.714 NA   NA
 619285 619286 YPTB0644 YPTB0645     TRUE 0.966 33.000 0.533 NA   NA
 619286 619287 YPTB0645 YPTB0646     TRUE 0.997 -7.000 0.533 NA   NA
 619287 619288 YPTB0646 YPTB0647   clpB TRUE 0.994 3.000 0.400 NA   NA
 619288 619289 YPTB0647 YPTB0648 clpB   FALSE 0.317 104.000 0.000 NA   NA
 619289 619290 YPTB0648 YPTB0649     TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   NA
 619290 619291 YPTB0649 YPTB0650     TRUE 0.736 26.000 0.000 NA   NA
 619291 619292 YPTB0650 YPTB0651     TRUE 0.953 -7.000 0.000 NA   NA
 619292 619293 YPTB0651 YPTB0652     TRUE 0.932 6.000 0.000 NA   NA
 619293 619294 YPTB0652 YPTB0653     TRUE 0.998 -7.000 0.667 NA   NA
 619294 619295 YPTB0653 YPTB0654     FALSE 0.307 120.000 0.000 NA   NA
 619295 619296 YPTB0654 YPTB0655     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 619296 619297 YPTB0655 YPTB0656     TRUE 0.995 9.000 0.615 NA   NA
 619297 619298 YPTB0656 YPTB0657     TRUE 0.993 22.000 1.000 NA   NA
 619299 619300 YPTB0658 YPTB0659 rapA polB FALSE 0.163 461.000 0.098 0.064 Y NA
 619302 619303 YPTB0661 YPTB0662 thiQ thiP TRUE 0.996 -13.000 0.522 0.020 N NA
 619303 619304 YPTB0662 YPTB0663 thiP tbpA TRUE 0.997 -24.000 0.697 0.094 N NA
 619306 619307 YPTB0665 YPTB0666     TRUE 0.725 27.000 0.000 NA   NA
 619307 619308 YPTB0666 YPTB0667   yabN FALSE 0.260 143.000 0.000 1.000   NA
 619310 619311 YPTB0669 YPTB0670 leuD leuC TRUE 0.996 15.000 0.309 0.001 Y NA
 619311 619312 YPTB0670 YPTB0671 leuC leuB TRUE 0.999 2.000 0.275 0.001 Y NA
 619312 619313 YPTB0671 YPTB0672 leuB leuA TRUE 0.997 3.000 0.126 0.001 Y NA
 619314 619315 YPTB0673 YPTB0674 leuO   FALSE 0.001 553.000 0.050 1.000 N NA
 619315 619316 YPTB0674 YPTB0675   ilvI FALSE 0.003 460.000 0.000 1.000 N NA
 619316 619317 YPTB0675 YPTB0676 ilvI ilvH TRUE 0.999 3.000 0.371 0.002 Y NA
 619317 619318 YPTB0676 YPTB0677 ilvH fruR FALSE 0.004 468.000 0.063 1.000 N NA
 619320 619321 YPTB0679 YPTB0680 mraZ mraW TRUE 0.997 3.000 0.635 NA   NA
 619321 619322 YPTB0680 YPTB0681 mraW ftsL TRUE 0.983 -3.000 0.227 1.000 N NA
 619322 619323 YPTB0681 YPTB0682 ftsL ftsI TRUE 0.381 66.000 0.124 1.000 N NA
 619323 619324 YPTB0682 YPTB0683 ftsI murE TRUE 0.986 2.000 0.059 1.000 Y NA
 619324 619325 YPTB0683 YPTB0684 murE murF TRUE 1.000 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 619325 619326 YPTB0684 YPTB0685 murF mraY TRUE 0.999 -6.000 0.309 0.004 Y NA
 619326 619327 YPTB0685 YPTB0686 mraY murD TRUE 0.999 3.000 0.647 0.004 Y NA
 619327 619328 YPTB0686 YPTB0687 murD ftsW TRUE 0.996 0.000 0.297 0.003 N NA
 619328 619329 YPTB0687 YPTB0688 ftsW murG TRUE 0.996 -3.000 0.647 1.000 N NA
 619329 619330 YPTB0688 YPTB0689 murG murC TRUE 0.852 138.000 0.283 1.000 Y NA
 619330 619331 YPTB0689 YPTB0690 murC ddlB TRUE 0.998 -7.000 0.153 0.004 Y NA
 619331 619332 YPTB0690 YPTB0691 ddlB ftsQ TRUE 0.998 2.000 0.372 NA Y NA
 619332 619333 YPTB0691 YPTB0692 ftsQ ftsA TRUE 0.932 27.000 0.389 NA N NA
 619333 619334 YPTB0692 YPTB0693 ftsA ftsZ TRUE 0.943 73.000 0.460 1.000 Y NA
 619334 619335 YPTB0693 YPTB0694 ftsZ lpxC FALSE 0.330 97.000 0.134 1.000 N NA
 619337 619338 YPTB0696 YPTB0697 secM secA TRUE 0.381 78.000 0.065 1.000   NA
 619338 619339 YPTB0697 YPTB0698 secA mutT FALSE 0.002 295.000 0.003 1.000 N NA
 619339 619340 YPTB0698 YPTB0699 mutT tnpA FALSE 0.027 215.000 0.000 1.000 N NA
 619341 619342 YPTB0700 YPTB0701 yacG yacF TRUE 0.636 208.000 0.356 NA   NA
 619342 619343 YPTB0701 YPTB0702 yacF coaE TRUE 0.979 -3.000 0.110 NA   NA
 619344 619345 YPTB0703 YPTB0704 guaC   FALSE 0.034 194.000 0.000 1.000 N NA
 619346 619347 YPTB0705 YPTB0706 hofC hofB TRUE 0.999 -3.000 0.571 1.000 Y NA
 619347 619348 YPTB0706 YPTB0707 hofB ppdD TRUE 0.999 -7.000 0.556 NA Y NA
 619348 619349 YPTB0707 YPTB0708 ppdD nadC FALSE 0.007 203.000 0.015 NA N NA
 619350 619351 YPTB0709 YPTB0710 ampD ampE TRUE 0.515 273.000 0.249 1.000 Y NA
 619353 619354 YPTB0712 YPTB0713 pdhR aceE TRUE 0.426 196.000 0.276 1.000 N NA
 619354 619355 YPTB0713 YPTB0714 aceE aceF TRUE 0.986 14.000 0.220 1.000 Y NA
 619355 619356 YPTB0714 YPTB0715 aceF lpdA TRUE 0.623 303.000 0.463 1.000 Y NA
 619356 619357 YPTB0715 YPTB0716 lpdA acnB FALSE 0.045 560.000 0.000 1.000 Y NA
 619357 619358 YPTB0716 YPTB0717 acnB   FALSE 0.073 299.000 0.068 NA   NA
 619359 619360 YPTB0718 YPTB0719 yddG speD FALSE 0.022 438.000 0.000 NA   NA
 619360 619361 YPTB0719 YPTB0720 speD speE TRUE 0.825 78.000 0.162 1.000 Y NA
 619361 619362 YPTB0720 YPTB0721 speE yacC TRUE 0.782 117.000 0.354 NA   NA
 619363 619364 YPTB0722 YPTB0723 yacK hpt FALSE 0.006 220.000 0.010 1.000 N NA
 619366 619367 YPTB0725 YPTB0726 yadG yadH TRUE 0.999 -3.000 0.688 1.000 Y NA
 619367 619368 YPTB0726 YPTB0727 yadH yadE FALSE 0.007 322.000 0.000 1.000 N NA
 619369 619370 YPTB0728 YPTB0729 panD panC FALSE 0.310 411.000 0.342 1.000 Y NA
 619370 619371 YPTB0729 YPTB0730 panC panB TRUE 0.972 88.000 0.395 0.001 Y NA
 619371 619372 YPTB0730 YPTB0731 panB folK FALSE 0.346 266.000 0.117 1.000 Y NA
 619372 619373 YPTB0731 YPTB0732 folK pcnB TRUE 0.966 8.000 0.234 1.000 N NA
 619373 619374 YPTB0732 YPTB0733 pcnB yadB TRUE 0.780 89.000 0.131 1.000 Y NA
 619374 619375 YPTB0733 YPTB0734 yadB dksA FALSE 0.158 280.000 0.231 1.000 N NA
 619375 619376 YPTB0734 YPTB0735 dksA sfsA TRUE 0.485 170.000 0.151 NA   NA
 619376 619377 YPTB0735 YPTB0736 sfsA ligT FALSE 0.276 113.000 0.045 NA   NA
 619378 619379 YPTB0737 YPTB0738 hrp mrcB TRUE 0.632 109.000 0.158 0.016 N NA
 619379 619380 YPTB0738 YPTB0739 mrcB fhuC FALSE 0.007 322.000 0.000 1.000 N NA
 619380 619381 YPTB0739 YPTB0740 fhuC fhuD TRUE 0.991 0.000 0.094 1.000 Y NA
 619381 619382 YPTB0740 YPTB0741 fhuD fhuB TRUE 0.999 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 619384 619385 YPTB0743 YPTB0744 yadQ yadR FALSE 0.225 136.000 0.031 NA   NA
 619386 619387 YPTB0745 YPTB0746 yadS yadT TRUE 0.990 0.000 0.213 NA   NA
 619387 619388 YPTB0746 YPTB0747 yadT mtn TRUE 0.875 0.000 0.073 1.000 N NA
 619389 619390 YPTB0748 YPTB0749 dgt htrA FALSE 0.123 198.000 0.101 1.000 N NA
 619392 619393 YPTB0751 YPTB0752 relA   TRUE 0.546 50.000 0.000 NA   NA
 619393 619394 YPTB0752 YPTB0753   mazG TRUE 0.927 7.000 0.000 NA   NA
 619394 619395 YPTB0753 YPTB0754 mazG pyrG FALSE 0.106 212.000 0.025 1.000   NA
 619395 619396 YPTB0754 YPTB0755 pyrG eno FALSE 0.127 81.000 0.068 1.000 N NA
 619396 619397 YPTB0755 YPTB0756 eno sodC FALSE 0.004 372.000 0.000 1.000 N NA
 619397 619398 YPTB0756 YPTB0757 sodC ygcF FALSE 0.014 104.000 0.004 1.000 N NA
 619400 619401 YPTB0759 YPTB0760 cysJ cysI TRUE 1.000 0.000 0.791 0.001 Y NA
 619401 619402 YPTB0760 YPTB0761 cysI cysH TRUE 0.948 -3.000 0.116 1.000 N NA
 619403 619404 YPTB0762 YPTB0763     TRUE 0.393 175.000 0.118 NA   NA
 619405 619406 YPTB0764 YPTB0765 cysG cysD TRUE 0.995 11.000 0.417 1.000 Y NA
 619406 619407 YPTB0765 YPTB0766 cysD cysN TRUE 0.937 93.000 0.574 0.001 N NA
 619407 619408 YPTB0766 YPTB0767 cysN cysC TRUE 0.997 2.000 0.340 1.000 Y NA
 619408 619409 YPTB0767 YPTB0768 cysC ygbE TRUE 0.496 191.000 0.198 NA   NA
 619409 619410 YPTB0768 YPTB0769 ygbE ygbQ FALSE 0.036 317.000 0.028 NA   NA
 619410 619411 YPTB0769 YPTB0770 ygbQ ispD TRUE 0.963 4.000 0.185 1.000 N NA
 619411 619412 YPTB0770 YPTB0771 ispD ispF TRUE 0.903 139.000 0.419 1.000 Y NA
 619412 619413 YPTB0771 YPTB0772 ispF ygbO TRUE 0.964 11.000 0.173 1.000   NA
 619413 619414 YPTB0772 YPTB0773 ygbO surE TRUE 0.985 -22.000 0.235 1.000   NA
 619414 619415 YPTB0773 YPTB0774 surE pcm TRUE 0.994 -6.000 0.353 1.000   NA
 619415 619416 YPTB0774 YPTB0775 pcm nlpD FALSE 0.014 104.000 0.030 1.000 N NA
 619416 619417 YPTB0775 YPTB0776 nlpD rpoS TRUE 0.526 55.000 0.142 1.000 N NA
 619418 619419 YPTB0777 YPTB0778 tnpA mutS FALSE 0.151 326.000 0.000 1.000 Y NA
 619419 619420 YPTB0778 YPTB0779 mutS rpiB FALSE 0.001 843.000 0.000 1.000 N NA
 619421 619422 YPTB0780 YPTB0781 ydjJ   TRUE 0.524 64.000 0.000 0.027 N NA
 619422 619423 YPTB0781 YPTB0782     FALSE 0.080 87.000 0.058 1.000 N NA
 619423 619424 YPTB0782 YPTB0783     TRUE 0.998 7.000 0.211 0.001 Y NA
 619425 619426 YPTB0784 YPTB0785   arsB FALSE 0.002 567.000 0.000 1.000 N NA
 619426 619427 YPTB0785 YPTB0786 arsB arsR FALSE 0.070 85.000 0.000 1.000 N NA
 619427 619428 YPTB0786 YPTB0787 arsR   FALSE 0.094 247.000 0.000 1.000   NA
 619428 619429 YPTB0787 YPTB0788     FALSE 0.200 196.000 0.000 NA   NA
 619429 619430 YPTB0788 YPTB0789     FALSE 0.023 421.000 0.000 NA   NA
 619430 619431 YPTB0789 YPTB0790   yhjA FALSE 0.095 65.000 0.000 1.000 N NA
 619431 619432 YPTB0790 YPTB0791 yhjA   FALSE 0.123 237.000 0.000 NA   NA
 619433 619434 YPTB0792 YPTB0793     FALSE 0.021 442.000 0.000 NA   NA
 619435 619436 YPTB0794 YPTB0795 map   TRUE 0.996 -3.000 0.410 NA   NA
 619436 619437 YPTB0795 YPTB0796   fumA FALSE 0.295 130.000 0.000 NA   NA
 619437 619438 YPTB0796 YPTB0797 fumA sgbK FALSE 0.004 398.000 0.000 1.000 N NA
 619438 619439 YPTB0797 YPTB0798 sgbK sgbU TRUE 0.999 11.000 1.000 0.023 Y NA
 619439 619440 YPTB0798 YPTB0799 sgbU   TRUE 0.794 181.000 0.250 1.000 Y NA
 619440 619441 YPTB0799 YPTB0800     TRUE 0.999 13.000 0.938 0.093 Y NA
 619441 619442 YPTB0800 YPTB0801     TRUE 0.999 -7.000 0.941 1.000 Y NA
 619442 619443 YPTB0801 YPTB0802     TRUE 0.971 149.000 0.941 NA Y NA
 619443 619444 YPTB0802 YPTB0803     TRUE 0.828 158.000 0.235 NA Y NA
 619445 619446 YPTB0804 YPTB0805 araD dmsA FALSE 0.003 450.000 0.000 1.000 N NA
 619446 619447 YPTB0805 YPTB0806 dmsA dmsB TRUE 0.989 12.000 0.103 0.045 Y NA
 619447 619448 YPTB0806 YPTB0807 dmsB dmsC TRUE 0.996 2.000 0.500 1.000   NA
 619448 619449 YPTB0807 YPTB0808 dmsC   TRUE 0.442 146.000 0.125 1.000   NA
 619450 619451 YPTB0809 YPTB0810 cybB cybC TRUE 0.758 147.000 0.000 0.045 Y NA
 619451 619452 YPTB0810 YPTB0811 cybC katY TRUE 0.536 76.000 0.000 0.006 N NA
 619453 619454 YPTB0812 YPTB0813     TRUE 0.749 93.000 0.280 NA   NA
 619454 619455 YPTB0813 YPTB0814     TRUE 0.993 0.000 0.292 NA   NA
 619455 619456 YPTB0814 YPTB0815     TRUE 1.000 -3.000 0.793 0.015 Y NA
 619456 619457 YPTB0815 YPTB0816     TRUE 0.449 219.000 0.075 1.000 Y NA
 619457 619458 YPTB0816 YPTB0817     TRUE 1.000 -7.000 0.860 0.001 Y NA
 619458 619459 YPTB0817 YPTB0818     TRUE 0.994 3.000 0.596 1.000 N NA
 619459 619460 YPTB0818 YPTB0819     TRUE 0.771 21.000 0.127 1.000 N NA
 619461 619462 YPTB0820 YPTB0821     FALSE 0.093 248.000 0.000 1.000   NA
 619463 619464 YPTB0822 YPTB0823 ygaD recA TRUE 0.386 115.000 0.082 NA   NA
 619464 619465 YPTB0823 YPTB0824 recA recX FALSE 0.144 386.000 0.296 1.000   NA
 619465 619466 YPTB0824 YPTB0825 recX alaS FALSE 0.345 140.000 0.085 1.000   NA
 619466 619467 YPTB0825 YPTB0826 alaS csrA FALSE 0.003 250.000 0.020 1.000 N NA
 619467 619468 YPTB0826 YPTB_RNA_22 csrA tRNA-Ser1 FALSE 0.034 363.000 0.000 NA   NA
 619468 619469 YPTB_RNA_22 YPTB_RNA_23 tRNA-Ser1 tRNA-Arg2 TRUE 0.919 9.000 0.000 NA   NA
 619469 619470 YPTB_RNA_23 YPTB_RNA_24 tRNA-Arg2 tRNA-Arg3 TRUE 0.484 58.000 0.000 NA   NA
 619470 619471 YPTB_RNA_24 YPTB_RNA_25 tRNA-Arg3 tRNA-Arg4 FALSE 0.368 80.000 0.000 NA   NA
 619471 619472 YPTB_RNA_25 YPTB_RNA_26 tRNA-Arg4 tRNA-Pseudo1 FALSE 0.368 80.000 0.000 NA   NA
 619472 619473 YPTB_RNA_26 YPTB0827 tRNA-Pseudo1 yqaB FALSE 0.051 319.000 0.000 NA   NA
 619473 619474 YPTB0827 YPTB0828 yqaB yqaA TRUE 0.967 -3.000 0.067 NA   NA
 619474 619475 YPTB0828 YPTB0829 yqaA gshA TRUE 0.410 83.000 0.071 NA   NA
 619475 619476 YPTB0829 YPTB0830 gshA luxS FALSE 0.129 168.000 0.087 1.000 N NA
 619477 619478 YPTB0831 YPTB0832 yfjD ypjD TRUE 0.745 162.000 0.349 NA   NA
 619479 619480 YPTB0833 YPTB0834 ffh rpsP TRUE 0.417 228.000 0.361 1.000 N NA
 619480 619481 YPTB0834 YPTB0835 rpsP rimM TRUE 0.993 22.000 0.342 0.015 Y NA
 619481 619482 YPTB0835 YPTB0836 rimM trmD TRUE 0.987 39.000 0.672 1.000 Y NA
 619482 619483 YPTB0836 YPTB0837 trmD rplS TRUE 0.954 81.000 0.567 1.000 Y NA
 619484 619485 YPTB0838 YPTB0839 ydiY dcuB FALSE 0.049 323.000 0.000 NA   NA
 619485 619486 YPTB0839 YPTB0840 dcuB   FALSE 0.020 433.000 0.000 1.000   NA
 619487 619488 YPTB0841 YPTB0842 aroF tyrA TRUE 0.954 13.000 0.023 1.000 Y NA
 619489 619490 YPTB0843 YPTB0844 pheA yfiA FALSE 0.001 362.000 0.015 NA N NA
 619490 619491 YPTB0844 YPTB0845 yfiA yfiO FALSE 0.021 355.000 0.004 NA   NA
 619492 619493 YPTB0846 YPTB0847 rluD yfiH TRUE 0.984 2.000 0.168 NA   NA
 619493 619494 YPTB0847 YPTB0848 yfiH clpB TRUE 0.436 130.000 0.108 NA   NA
 619494 619495 YPTB0848 YPTB_RNA_105 clpB   FALSE 0.015 517.000 0.000 NA   NA
 619495 619496 YPTB_RNA_105 YPTB_RNA_27   tRNA-Ile2 FALSE 0.322 100.000 0.000 NA   NA
 619496 619497 YPTB_RNA_27 YPTB_RNA_28 tRNA-Ile2 tRNA-Ala2 TRUE 0.531 52.000 0.000 NA   NA
 619497 619498 YPTB_RNA_28 YPTB_RNA_106 tRNA-Ala2   FALSE 0.158 219.000 0.000 NA   NA
 619498 619499 YPTB_RNA_106 YPTB_RNA_107     FALSE 0.313 109.000 0.000 NA   NA
 619500 619501 YPTB0849 YPTB0850 yfiM pssA TRUE 0.565 62.000 0.089 NA   NA
 619501 619502 YPTB0850 YPTB0851 pssA yfiQ TRUE 0.444 173.000 0.121 0.053 N NA
 619502 619503 YPTB0851 YPTB0852 yfiQ yfiP TRUE 0.867 43.000 0.222 NA   NA
 619503 619504 YPTB0852 YPTB0853 yfiP trxC FALSE 0.328 171.000 0.084 NA   NA
 619506 619507 YPTB0855 YPTB0856 emrB emrA TRUE 0.968 39.000 0.875 1.000 N NA
 619507 619508 YPTB0856 YPTB0857 emrA emrR FALSE 0.018 384.000 0.107 1.000 N NA
 619508 619509 YPTB0857 YPTB0858 emrR ygaH FALSE 0.278 172.000 0.065 NA   NA
 619509 619510 YPTB0858 YPTB0859 ygaH ygaZ TRUE 0.999 -3.000 0.915 NA   NA
 619510 619511 YPTB0859 YPTB0860 ygaZ   FALSE 0.085 160.000 0.060 NA N NA
 619511 619512 YPTB0860 YPTB0861     FALSE 0.147 224.000 0.000 NA   NA
 619512 619513 YPTB0861 YPTB0862     TRUE 0.902 29.000 0.203 NA   NA
 619513 619514 YPTB0862 YPTB0863     TRUE 0.982 -3.000 0.122 NA   NA
 619515 619516 YPTB0864 YPTB0865     TRUE 0.951 2.000 0.000 NA   NA
 619516 619517 YPTB0865 YPTB0866     FALSE 0.312 111.000 0.000 NA   NA
 619517 619518 YPTB0866 YPTB0867     TRUE 0.999 13.000 0.765 0.067 Y NA
 619518 619519 YPTB0867 YPTB0868     TRUE 0.999 -3.000 0.433 0.020 Y NA
 619519 619520 YPTB0868 YPTB0869     TRUE 0.998 -19.000 0.532 1.000 Y NA
 619520 619521 YPTB0869 YPTB0870     TRUE 0.882 32.000 0.054 1.000 Y NA
 619521 619522 YPTB0870 YPTB0871     TRUE 0.992 0.000 0.108 1.000 Y NA
 619523 619524 YPTB0872 YPTB0873 yafV ybdL TRUE 0.938 -12.000 0.055 1.000   NA
 619525 619526 YPTB0874 YPTB0875     TRUE 0.974 -3.000 0.174 1.000 N NA
 619526 619527 YPTB0875 YPTB0876     TRUE 0.680 99.000 0.231 1.000   NA
 619529 619530 YPTB0878 YPTB0879   rscB FALSE 0.007 1203.000 0.000 NA   NA
 619530 619531 YPTB0879 YPTB0880 rscB rscA TRUE 0.843 41.000 0.188 NA   NA
 619531 619532 YPTB0880 YPTB0881 rscA rcsC TRUE 0.436 155.000 0.125 1.000   NA
 619532 619533 YPTB0881 YPTB0882 rcsC   TRUE 0.945 2.000 0.000 1.000   NA
 619535 619536 YPTB0884 YPTB0885 lpcA yafJ TRUE 0.504 203.000 0.229 1.000   NA
 619538 619539 YPTB0887 YPTB0888 nqrA nqrB TRUE 1.000 4.000 0.854 0.002 Y NA
 619539 619540 YPTB0888 YPTB0889 nqrB nqrC TRUE 0.999 -10.000 0.603 0.002 Y NA
 619540 619541 YPTB0889 YPTB0890 nqrC nqrD TRUE 0.999 -7.000 0.312 0.002 Y NA
 619541 619542 YPTB0890 YPTB0891 nqrD nqrE TRUE 0.997 7.000 0.188 0.002 Y NA
 619542 619543 YPTB0891 YPTB0892 nqrE nqrF TRUE 0.998 16.000 0.551 0.002 Y NA
 619543 619544 YPTB0892 YPTB0893 nqrF apbE TRUE 0.921 41.000 0.519 1.000 N NA
 619544 619545 YPTB0893 YPTB0894 apbE   TRUE 0.988 13.000 0.481 NA   NA
 619550 619551 YPTB0899 YPTB0900     FALSE 0.199 197.000 0.000 NA   NA
 619552 619553 YPTB0901 YPTB0902 gpt yafA TRUE 0.470 127.000 0.120 NA   NA
 619553 619554 YPTB0902 YPTB0903 yafA crl TRUE 0.593 60.000 0.095 NA   NA
 619554 619555 YPTB0903 YPTB0904 crl proB TRUE 0.632 177.000 0.262 NA   NA
 619555 619556 YPTB0904 YPTB0905 proB proA TRUE 0.991 10.000 0.026 0.001 Y NA
 619556 619557 YPTB0905 YPTB0906 proA   FALSE 0.010 328.000 0.000 NA N NA
 619557 619558 YPTB0906 YPTB0907     FALSE 0.217 183.000 0.053 NA   NA
 619558 619559 YPTB0907 YPTB0908   yafE FALSE 0.107 246.000 0.000 NA   NA
 619561 619562 YPTB0910 YPTB0911   aroL FALSE 0.016 247.000 0.000 1.000 N NA
 619562 619563 YPTB0911 YPTB0912 aroL yaiE FALSE 0.010 497.000 0.016 NA   NA
 619566 619567 YPTB0915 YPTB0916 sbcC sbcD TRUE 0.999 -3.000 0.669 0.001 N NA
 619568 619569 YPTB0917 YPTB0918 phoB phoR TRUE 0.993 25.000 0.453 0.074 Y NA
 619569 619570 YPTB0918 YPTB0919 phoR pstS TRUE 0.831 22.000 0.168 1.000 N NA
 619570 619571 YPTB0919 YPTB0920 pstS brnQ FALSE 0.002 474.000 0.000 1.000 N NA
 619571 619572 YPTB0920 YPTB0921 brnQ proY TRUE 0.934 76.000 0.261 0.089 Y NA
 619572 619573 YPTB0921 YPTB0922 proY malZ FALSE 0.009 595.000 0.123 1.000 N NA
 619573 619574 YPTB0922 YPTB0923 malZ   FALSE 0.191 155.000 0.031 1.000   NA
 619575 619576 YPTB0924 YPTB0925 ggt ahpC FALSE 0.004 390.000 0.000 1.000 N NA
 619576 619577 YPTB0925 YPTB0926 ahpC yajB FALSE 0.022 339.000 0.014 1.000   NA
 619578 619579 YPTB0927 YPTB0928 queA tgt TRUE 0.968 93.000 0.360 0.001 Y NA
 619579 619580 YPTB0928 YPTB0929 tgt yajC TRUE 0.645 112.000 0.325 NA N NA
 619580 619581 YPTB0929 YPTB0930 yajC secD TRUE 0.898 28.000 0.045 NA Y NA
 619581 619582 YPTB0930 YPTB0931 secD secF TRUE 0.997 11.000 0.206 0.001 Y NA
 619582 619583 YPTB0931 YPTB0932 secF   FALSE 0.098 252.000 0.000 NA   NA
 619583 619584 YPTB0932 YPTB0933   ybaD TRUE 0.394 71.000 0.000 NA   NA
 619584 619585 YPTB0933 YPTB0934 ybaD ribD TRUE 0.554 150.000 0.277 NA N NA
 619585 619586 YPTB0934 YPTB0935 ribD ribH TRUE 0.805 136.000 0.034 0.002 Y NA
 619586 619587 YPTB0935 YPTB0936 ribH nusB TRUE 0.941 21.000 0.347 1.000 N NA
 619587 619588 YPTB0936 YPTB0937 nusB thiL FALSE 0.230 241.000 0.225 1.000 N NA
 619588 619589 YPTB0937 YPTB0938 thiL pgpA TRUE 0.975 -7.000 0.206 1.000 N NA
 619590 619591 YPTB0939 YPTB0940 dxs ispA TRUE 0.588 156.000 0.060 1.000 Y NA
 619591 619592 YPTB0940 YPTB0941 ispA xseB FALSE 0.311 5.000 0.035 1.000 N NA
 619593 619594 YPTB0942 YPTB0943   thiI FALSE 0.328 98.000 0.000 NA   NA
 619595 619596 YPTB0944 YPTB0945 thiJ panE TRUE 0.975 -37.000 0.155 NA   NA
 619598 619599 YPTB0947 YPTB0948 yajR cyoE FALSE 0.019 478.000 0.061 0.089 N NA
 619599 619600 YPTB0948 YPTB0949 cyoE cyoD TRUE 0.950 11.000 0.118 0.089 N NA
 619600 619601 YPTB0949 YPTB0950 cyoD cyoC TRUE 0.999 0.000 0.485 0.045 Y NA
 619601 619602 YPTB0950 YPTB0951 cyoC cyoB TRUE 0.999 -10.000 0.697 0.045 Y NA
 619602 619603 YPTB0951 YPTB0952 cyoB cyoA TRUE 0.997 5.000 0.204 0.006 Y NA
 619603 619604 YPTB0952 YPTB0953 cyoA yfeN FALSE 0.032 370.000 0.000 NA   NA
 619604 619605 YPTB0953 YPTB0954 yfeN ampG FALSE 0.066 292.000 0.000 NA   NA
 619605 619606 YPTB0954 YPTB0955 ampG yajG TRUE 0.565 117.000 0.256 NA N NA
 619607 619608 YPTB0956 YPTB0957 bolA   FALSE 0.188 141.000 0.011 NA   NA
 619608 619609 YPTB0957 YPTB0958   tig FALSE 0.258 73.000 0.002 NA   NA
 619609 619610 YPTB0958 YPTB0959 tig clpP FALSE 0.267 462.000 0.351 1.000 Y NA
 619610 619611 YPTB0959 YPTB0960 clpP clpX TRUE 0.809 206.000 0.352 1.000 Y NA
 619611 619612 YPTB0960 YPTB0961 clpX lon TRUE 0.716 195.000 0.201 1.000 Y NA
 619612 619613 YPTB0961 YPTB0962 lon hupB FALSE 0.006 218.000 0.005 1.000 N NA
 619613 619614 YPTB0962 YPTB0963 hupB ppiD FALSE 0.004 301.000 0.046 1.000 N NA
 619614 619615 YPTB0963 YPTB0964 ppiD   FALSE 0.052 140.000 0.000 1.000 N NA
 619615 619616 YPTB0964 YPTB0965   ybaW FALSE 0.033 354.000 0.000 1.000   NA
 619617 619618 YPTB0966 YPTB0967 ybaX   FALSE 0.029 313.000 0.019 1.000   NA
 619621 619622 YPTB0970 YPTB0971 ybaO mdlA TRUE 0.420 102.000 0.179 1.000 N NA
 619622 619623 YPTB0971 YPTB0972 mdlA mdlB TRUE 1.000 -7.000 0.911 0.007 Y NA
 619623 619624 YPTB0972 YPTB0973 mdlB glnK FALSE 0.001 452.000 0.028 1.000 N NA
 619624 619625 YPTB0973 YPTB0974 glnK amtB TRUE 0.705 34.000 0.156 1.000 N NA
 619630 619631 YPTB0978 YPTB0979 ymoA   TRUE 0.632 49.000 0.080 NA   NA
 619631 619632 YPTB0979 YPTB0980     TRUE 0.774 159.000 0.400 NA   NA
 619632 619633 YPTB0980 YPTB0981     FALSE 0.007 864.000 0.000 1.000   NA
 619633 619634 YPTB0981 YPTB0982   ykgM TRUE 0.954 16.000 0.083 0.014   NA
 619634 619635 YPTB0982 YPTB0983 ykgM acrB FALSE 0.009 186.000 0.008 1.000 N NA
 619635 619636 YPTB0983 YPTB0984 acrB acrA TRUE 0.972 17.000 0.500 1.000 N NA
 619637 619638 YPTB0985 YPTB0986 acrR ychN TRUE 0.747 13.000 0.075 NA N NA
 619638 619639 YPTB0986 YPTB0987 ychN kefA FALSE 0.025 239.000 0.054 NA N NA
 619640 619641 YPTB0988 YPTB0989 ybaM   TRUE 0.799 171.000 0.474 NA   NA
 619642 619643 YPTB0990 YPTB0991 ybaN apt FALSE 0.101 239.000 0.043 NA   NA
 619643 619644 YPTB0991 YPTB0992 apt dnaX FALSE 0.004 656.000 0.088 1.000 N NA
 619644 619645 YPTB0992 YPTB0993 dnaX ybaB TRUE 0.907 56.000 0.411 NA   NA
 619645 619646 YPTB0993 YPTB0994 ybaB recR TRUE 0.998 0.000 0.604 NA   NA
 619646 619647 YPTB0994 YPTB0995 recR htpG FALSE 0.008 192.000 0.028 1.000 N NA
 619647 619648 YPTB0995 YPTB0996 htpG adk FALSE 0.005 227.000 0.035 1.000 N NA
 619648 619649 YPTB0996 YPTB0997 adk hemH FALSE 0.016 90.000 0.008 1.000 N NA
 619649 619650 YPTB0997 YPTB0998 hemH ddhD FALSE 0.002 598.000 0.000 1.000 N NA
 619650 619651 YPTB0998 YPTB0999 ddhD ddhA FALSE 0.079 26.000 0.038 1.000 N NA
 619651 619652 YPTB0999 YPTB1000 ddhA ddhB TRUE 0.998 5.000 0.624 1.000 Y NA
 619652 619653 YPTB1000 YPTB1001 ddhB ddhC TRUE 0.983 18.000 0.247 1.000 Y NA
 619653 619654 YPTB1001 YPTB1002 ddhC prt TRUE 0.933 37.000 0.000 0.024 Y NA
 619654 619655 YPTB1002 YPTB1003 prt wbyH TRUE 0.811 1.000 0.000 NA N NA
 619655 619656 YPTB1003 YPTB1004 wbyH wzx FALSE 0.349 89.000 0.000 NA   NA
 619656 619657 YPTB1004 YPTB1005 wzx   TRUE 0.900 11.000 0.000 NA   NA
 619657 619658 YPTB1005 YPTB1006   wbyJ FALSE 0.250 172.000 0.000 NA   NA
 619658 619659 YPTB1006 YPTB1007 wbyJ   TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 619659 619660 YPTB1007 YPTB1008   wbyK FALSE 0.101 249.000 0.000 NA   NA
 619660 619661 YPTB1008 YPTB1009 wbyK gmd TRUE 0.950 16.000 0.000 1.000 Y NA
 619661 619662 YPTB1009 YPTB1010 gmd fcl TRUE 0.998 6.000 0.254 0.009 Y NA
 619662 619663 YPTB1010 YPTB1011 fcl manC TRUE 0.511 166.000 0.028 1.000 Y NA
 619663 619664 YPTB1011 YPTB1012 manC wbyL TRUE 0.988 3.000 0.073 NA Y NA
 619664 619665 YPTB1012 YPTB1013 wbyL manB TRUE 0.677 5.000 0.049 NA N NA
 619665 619666 YPTB1013 YPTB1014 manB wzz FALSE 0.152 48.000 0.000 1.000 N NA
 619666 619667 YPTB1014 YPTB1015 wzz gsk FALSE 0.031 204.000 0.000 1.000 N NA
 619668 619669 YPTB1016 YPTB1017 rosB rosA TRUE 0.505 235.000 0.000 0.088 Y NA
 619671 619672 YPTB1019 YPTB1020     FALSE 0.043 337.000 0.000 NA   NA
 619672 619673 YPTB1020 YPTB1021     FALSE 0.055 264.000 0.022 NA   NA
 619673 619674 YPTB1021 YPTB1022   ATCU FALSE 0.016 397.000 0.018 NA   NA
 619676 619677 YPTB1024 YPTB1025     TRUE 0.997 3.000 0.313 NA Y NA
 619677 619678 YPTB1025 YPTB1026     TRUE 0.540 195.000 0.075 NA Y NA
 619678 619679 YPTB1026 YPTB1027     TRUE 0.529 77.000 0.118 1.000   NA
 619679 619680 YPTB1027 YPTB1028   tesA FALSE 0.031 387.000 0.072 1.000   NA
 619681 619682 YPTB1029 YPTB1030 ybbA   TRUE 0.999 -3.000 0.535 NA Y NA
 619683 619684 YPTB1031 YPTB1032 purK purE TRUE 0.998 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 619684 619685 YPTB1032 YPTB1033 purE   FALSE 0.027 316.000 0.016 1.000   NA
 619685 619686 YPTB1033 YPTB1034   ppiB TRUE 0.976 11.000 0.237 1.000   NA
 619688 619689 YPTB1036 YPTB1037   folD TRUE 0.836 15.000 0.055 1.000   NA
 619691 619692 YPTB1038 YPTB1039     FALSE 0.089 259.000 0.000 NA   NA
 619692 619693 YPTB1039 YPTB1040     FALSE 0.310 114.000 0.000 NA   NA
 619693 619694 YPTB1040 YPTB1041     TRUE 0.941 -15.000 0.000 NA   NA
 619694 619695 YPTB1041 YPTB1042     FALSE 0.361 83.000 0.000 NA   NA
 619696 619697 YPTB1043 YPTB1044     FALSE 0.025 400.000 0.000 NA   NA
 619697 619698 YPTB1044 YPTB1045     TRUE 0.995 -7.000 0.179 0.003   NA
 619698 619699 YPTB1045 YPTB1046     TRUE 0.979 10.000 0.238 1.000   NA
 619699 619700 YPTB1046 YPTB1047     TRUE 0.990 -3.000 0.054 NA Y NA
 619700 619701 YPTB1047 YPTB1048     TRUE 0.997 -7.000 0.285 NA Y NA
 619701 619702 YPTB1048 YPTB1049     TRUE 0.900 12.000 0.063 NA   NA
 619702 619703 YPTB1049 YPTB1050     FALSE 0.331 97.000 0.000 NA   NA
 619703 619704 YPTB1050 YPTB1051     FALSE 0.059 303.000 0.000 NA   NA
 619705 619706 YPTB1052 YPTB1053     TRUE 0.965 26.000 0.438 1.000   NA
 619708 619709 YPTB1055 YPTB1056 bglB   FALSE 0.275 156.000 0.000 NA   NA
 619709 619710 YPTB1056 YPTB1057     TRUE 0.960 -7.000 0.068 NA   NA
 619711 619712 YPTB1058 YPTB1059     FALSE 0.162 218.000 0.000 NA   NA
 619713 619714 YPTB1060 YPTB1061     FALSE 0.014 535.000 0.000 NA   NA
 619715 619716 YPTB1062 YPTB1063     TRUE 0.612 39.000 0.000 NA   NA
 619716 619717 YPTB1063 YPTB1064     TRUE 0.762 24.000 0.000 NA   NA
 619718 619719 YPTB1065 YPTB1066     FALSE 0.011 626.000 0.000 NA   NA
 619721 619722 YPTB1068 YPTB1069 ponC   TRUE 0.638 57.000 0.116 1.000   NA
 619722 619723 YPTB1069 YPTB1070     FALSE 0.009 662.000 0.000 1.000   NA
 619724 619725 YPTB1071 YPTB1072     TRUE 0.760 14.000 0.093 1.000 N NA
 619725 619726 YPTB1072 YPTB1073     FALSE 0.058 294.000 0.000 1.000   NA
 619726 619727 YPTB1073 YPTB1074     TRUE 0.838 126.000 0.500 1.000   NA
 619727 619728 YPTB1074 YPTB1075     TRUE 0.992 49.000 0.667 0.014 Y NA
 619728 619729 YPTB1075 YPTB1076     TRUE 0.998 12.000 0.444 0.014 Y NA
 619729 619730 YPTB1076 YPTB1077     TRUE 0.908 24.000 0.176 1.000   NA
 619730 619731 YPTB1077 YPTB1078     TRUE 0.560 49.000 0.064 1.000   NA
 619731 619732 YPTB1078 YPTB1079     TRUE 0.505 207.000 0.086 1.000 Y NA
 619732 619733 YPTB1079 YPTB1080     TRUE 0.990 10.000 0.199 1.000 Y NA
 619736 619737 YPTB1083 YPTB1084     FALSE 0.010 655.000 0.000 NA   NA
 619737 619738 YPTB1084 YPTB1085     FALSE 0.229 182.000 0.000 NA   NA
 619744 619745 YPTB1091 YPTB1092 lipA lipB TRUE 0.929 193.000 0.319 0.001 Y NA
 619745 619746 YPTB1092 YPTB1093 lipB   TRUE 0.428 224.000 0.219 NA   NA
 619746 619747 YPTB1093 YPTB1094   dacA FALSE 0.255 198.000 0.081 NA   NA
 619747 619748 YPTB1094 YPTB1095 dacA rlpA TRUE 0.424 403.000 0.475 NA Y NA
 619748 619749 YPTB1095 YPTB1096 rlpA rodA FALSE 0.351 10.000 0.035 NA N NA
 619749 619750 YPTB1096 YPTB1097 rodA pbpA FALSE 0.016 186.000 0.046 1.000 N NA
 619750 619751 YPTB1097 YPTB1098 pbpA   FALSE 0.290 82.000 0.031 NA   NA
 619751 619752 YPTB1098 YPTB1099     TRUE 0.991 4.000 0.307 NA   NA
 619752 619753 YPTB1099 YPTB1100   nadD FALSE 0.113 223.000 0.032 NA   NA
 619753 619754 YPTB1100 YPTB1101 nadD holA TRUE 0.455 -10.000 0.045 1.000 N NA
 619754 619755 YPTB1101 YPTB1102 holA rlpB TRUE 0.980 -3.000 0.199 NA N NA
 619755 619756 YPTB1102 YPTB1103 rlpB leuS TRUE 0.910 15.000 0.182 NA N NA
 619758 619759 YPTB1105 YPTB1106 gltL gltK TRUE 0.998 0.000 0.379 1.000 Y NA
 619759 619760 YPTB1106 YPTB1107 gltK gltJ TRUE 1.000 0.000 0.933 0.020 Y NA
 619760 619761 YPTB1107 YPTB1108 gltJ ybeJ TRUE 0.820 174.000 0.150 0.065 Y NA
 619761 619762 YPTB1108 YPTB1109 ybeJ cutE FALSE 0.001 749.000 0.000 1.000 N NA
 619762 619763 YPTB1109 YPTB1110 cutE CorC TRUE 0.991 8.000 0.557 1.000 N NA
 619763 619764 YPTB1110 YPTB1111 CorC   TRUE 0.545 118.000 0.150 NA   NA
 619764 619765 YPTB1111 YPTB1112     TRUE 0.996 -3.000 0.457 NA   NA
 619765 619766 YPTB1112 YPTB1113   miaB FALSE 0.136 288.000 0.220 1.000 N NA
 619768 619769 YPTB_RNA_81 YPTB_RNA_80 tRNA-Gln3 tRNA-Met7 TRUE 0.932 6.000 0.000 NA   NA
 619769 619770 YPTB_RNA_80 YPTB_RNA_79 tRNA-Met7 tRNA-Gln2 TRUE 0.666 33.000 0.000 NA   NA
 619770 619771 YPTB_RNA_79 YPTB_RNA_78 tRNA-Gln2 tRNA-Gln1 FALSE 0.358 84.000 0.000 NA   NA
 619771 619772 YPTB_RNA_78 YPTB_RNA_77 tRNA-Gln1 tRNA-Leu5 TRUE 0.694 30.000 0.000 NA   NA
 619772 619773 YPTB_RNA_77 YPTB_RNA_76 tRNA-Leu5 tRNA-Met6 TRUE 0.923 8.000 0.000 NA   NA
 619773 619774 YPTB_RNA_76 YPTB1115 tRNA-Met6 asnB FALSE 0.019 458.000 0.000 NA   NA
 619774 619775 YPTB1115 YPTB1116 asnB nagD FALSE 0.005 355.000 0.000 1.000 N NA
 619775 619776 YPTB1116 YPTB1117 nagD nagC TRUE 0.721 73.000 0.070 1.000 Y NA
 619776 619777 YPTB1117 YPTB1118 nagC nagA TRUE 0.994 17.000 0.571 1.000 Y NA
 619777 619778 YPTB1118 YPTB1119 nagA nagB TRUE 0.998 20.000 0.557 0.001 Y NA
 619779 619780 YPTB1120 YPTB1121 nagE glnS FALSE 0.006 215.000 0.018 1.000 N NA
 619780 619781 YPTB1121 YPTB1122 glnS   FALSE 0.008 706.000 0.000 1.000   NA
 619781 619782 YPTB1122 YPTB1123     FALSE 0.041 328.000 0.000 1.000   NA
 619783 619784 YPTB1124 YPTB1125 fur fldA FALSE 0.041 367.000 0.156 1.000 N NA
 619784 619785 YPTB1125 YPTB1126 fldA   TRUE 0.386 73.000 0.000 NA   NA
 619785 619786 YPTB1126 YPTB1127     FALSE 0.309 116.000 0.000 NA   NA
 619786 619787 YPTB1127 YPTB1128     FALSE 0.200 332.000 0.276 1.000   NA
 619787 619788 YPTB1128 YPTB1129     FALSE 0.007 1125.000 0.000 NA   NA
 619788 619789 YPTB1129 YPTB1130   trp1400A FALSE 0.361 83.000 0.000 NA   NA
 619789 619790 YPTB1130 YPTB1131 trp1400A intA TRUE 0.557 49.000 0.000 NA   NA
 619791 619792 YPTB1132 YPTB1133     TRUE 0.988 0.000 0.000 1.000 Y NA
 619793 619794 YPTB1134 YPTB_RNA_88   ssrA FALSE 0.203 195.000 0.000 NA   NA
 619794 619795 YPTB_RNA_88 YPTB1135 ssrA smpB TRUE 0.557 49.000 0.000 NA   NA
 619796 619797 YPTB1136 YPTB1137     TRUE 0.978 -7.000 0.124 NA   NA
 619798 619799 YPTB1138 YPTB1139   RecN FALSE 0.034 114.000 0.049 1.000 N NA
 619799 619800 YPTB1139 YPTB1140 RecN   TRUE 0.489 69.000 0.170 1.000 N NA
 619803 619804 YPTB1143 YPTB1144 sdhC sdhD TRUE 0.999 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 619804 619805 YPTB1144 YPTB1145 sdhD sdhA TRUE 1.000 1.000 0.705 0.003 Y NA
 619805 619806 YPTB1145 YPTB1146 sdhA sdhB TRUE 0.992 50.000 0.604 0.003 Y NA
 619806 619807 YPTB1146 YPTB1147 sdhB sucA FALSE 0.130 356.000 0.067 1.000 Y NA
 619807 619808 YPTB1147 YPTB1148 sucA sucB TRUE 0.991 30.000 0.667 1.000 Y NA
 619808 619809 YPTB1148 YPTB1149 sucB sucC TRUE 0.756 113.000 0.136 1.000 Y NA
 619809 619810 YPTB1149 YPTB1150 sucC sucD TRUE 1.000 0.000 0.806 0.001 Y NA
 619810 619811 YPTB1150 YPTB1151 sucD cydA FALSE 0.029 768.000 0.000 1.000 Y NA
 619811 619812 YPTB1151 YPTB1152 cydA cydB TRUE 0.995 15.000 0.348 0.044 Y NA
 619812 619813 YPTB1152 YPTB1153 cydB   TRUE 0.951 13.000 0.149 NA   NA
 619813 619814 YPTB1153 YPTB1154     TRUE 0.992 -10.000 0.310 NA   NA
 619814 619815 YPTB1154 YPTB1155     TRUE 0.402 132.000 0.095 NA   NA
 619815 619816 YPTB1155 YPTB1156   tolQ TRUE 0.997 0.000 0.593 1.000   NA
 619816 619817 YPTB1156 YPTB1157 tolQ tolR TRUE 0.998 13.000 0.556 0.090 Y NA
 619817 619818 YPTB1157 YPTB1158 tolR tolA FALSE 0.266 112.000 0.114 NA N NA
 619818 619819 YPTB1158 YPTB1159 tolA tolB FALSE 0.065 120.000 0.051 NA N NA
 619819 619820 YPTB1159 YPTB1160 tolB pal TRUE 0.917 51.000 0.592 1.000 N NA
 619820 619821 YPTB1160 YPTB1161 pal   TRUE 0.935 10.000 0.088 1.000   NA
 619821 619822 YPTB1161 YPTB_RNA_30   tRNA-Lys1 FALSE 0.209 191.000 0.000 NA   NA
 619822 619823 YPTB_RNA_30 YPTB_RNA_31 tRNA-Lys1 tRNA-Lys2 TRUE 0.714 28.000 0.000 NA   NA
 619823 619824 YPTB_RNA_31 YPTB_RNA_32 tRNA-Lys2 tRNA-Lys3 TRUE 0.714 28.000 0.000 NA   NA
 619824 619825 YPTB_RNA_32 YPTB_RNA_33 tRNA-Lys3 tRNA-Lys4 TRUE 0.714 28.000 0.000 NA   NA
 619825 619826 YPTB_RNA_33 YPTB_RNA_34 tRNA-Lys4 tRNA-Lys5 TRUE 0.703 29.000 0.000 NA   NA
 619826 619827 YPTB_RNA_34 YPTB_RNA_35 tRNA-Lys5 tRNA-Pseudo2 FALSE 0.328 98.000 0.000 NA   NA
 619827 619828 YPTB_RNA_35 YPTB_RNA_36 tRNA-Pseudo2 tRNA-Lys6 FALSE 0.328 98.000 0.000 NA   NA
 619828 619829 YPTB_RNA_36 YPTB1162 tRNA-Lys6 nadA FALSE 0.032 369.000 0.000 NA   NA
 619829 619830 YPTB1162 YPTB1163 nadA pnuC TRUE 0.556 122.000 0.023 1.000 Y NA
 619833 619834 YPTB1166 YPTB1167 gpmA psiF FALSE 0.039 347.000 0.000 NA   NA
 619834 619835 YPTB1167 YPTB1168 psiF galM FALSE 0.066 293.000 0.000 NA   NA
 619835 619836 YPTB1168 YPTB1169 galM galK TRUE 0.997 -6.000 0.083 0.001 Y NA
 619836 619837 YPTB1169 YPTB1170 galK galT TRUE 0.997 -3.000 0.370 0.001 N NA
 619837 619838 YPTB1170 YPTB1171 galT galE TRUE 0.963 10.000 0.053 0.001 N NA
 619838 619839 YPTB1171 YPTB1172 galE   FALSE 0.035 360.000 0.000 NA   NA
 619839 619840 YPTB1172 YPTB1173   modF FALSE 0.102 217.000 0.009 NA   NA
 619840 619841 YPTB1173 YPTB1174 modF modE FALSE 0.212 110.000 0.028 1.000   NA
 619842 619843 YPTB1175 YPTB1176   modA FALSE 0.154 235.000 0.072 NA   NA
 619843 619844 YPTB1176 YPTB1177 modA modB TRUE 1.000 0.000 0.627 0.001 Y NA
 619844 619845 YPTB1177 YPTB1178 modB modC TRUE 1.000 -6.000 0.537 0.001 Y NA
 619849 619850 YPTB1182 YPTB1183 bioB bioF TRUE 0.998 0.000 0.168 0.003 Y NA
 619850 619851 YPTB1183 YPTB1184 bioF bioC TRUE 0.997 -16.000 0.133 0.003 Y NA
 619851 619852 YPTB1184 YPTB1185 bioC bioD TRUE 0.995 -7.000 0.054 0.003 Y NA
 619854 619855 YPTB1187 YPTB1188 uvrB   FALSE 0.031 311.000 0.003 NA   NA
 619857 619858 YPTB1190 YPTB1191 moaA moaC TRUE 0.633 223.000 0.039 0.003 Y NA
 619858 619859 YPTB1191 YPTB1192 moaC moaD TRUE 0.998 -3.000 0.175 0.003 Y NA
 619859 619860 YPTB1192 YPTB1193 moaD moaE TRUE 0.999 0.000 0.501 0.003 Y NA
 619860 619861 YPTB1193 YPTB1194 moaE   FALSE 0.210 143.000 0.025 NA   NA
 619862 619863 YPTB1195 YPTB1196 betA betB TRUE 0.973 23.000 0.634 1.000 N NA
 619863 619864 YPTB1196 YPTB1197 betB betI TRUE 0.855 58.000 0.459 1.000 N NA
 619865 619866 YPTB1198 YPTB1199 betT   FALSE 0.018 241.000 0.000 1.000 N NA
 619868 619869 YPTB1201 YPTB1202 xapA xapB TRUE 0.411 139.000 0.111 1.000   NA
 619871 619872 YPTB1204 YPTB1205   hydG TRUE 0.993 -13.000 0.000 0.014 Y NA
 619872 619873 YPTB1205 YPTB1206 hydG morB FALSE 0.005 348.000 0.000 1.000 N NA
 619876 619877 YPTB1209 YPTB1210     TRUE 0.994 13.000 0.609 0.007 N NA
 619877 619878 YPTB1210 YPTB1211     TRUE 0.995 5.000 0.547 1.000   NA
 619878 619879 YPTB1211 YPTB1212     TRUE 0.989 14.000 0.545 1.000   NA
 619879 619880 YPTB1212 YPTB1213     TRUE 0.735 52.000 0.236 1.000 N NA
 619881 619882 YPTB1214 YPTB1215 rhlE   FALSE 0.031 373.000 0.000 NA   NA
 619882 619883 YPTB1215 YPTB1216     FALSE 0.065 294.000 0.000 NA   NA
 619883 619884 YPTB1216 YPTB1217   pbpG FALSE 0.002 593.000 0.000 1.000 N NA
 619888 619889 YPTB1221 YPTB1222     TRUE 0.384 185.000 0.125 NA   NA
 619889 619890 YPTB1222 YPTB1223   phnC FALSE 0.119 208.000 0.032 1.000   NA
 619890 619891 YPTB1223 YPTB1224 phnC phnD TRUE 0.994 37.000 0.589 0.002 Y NA
 619891 619892 YPTB1224 YPTB1225 phnD phnE1 TRUE 0.975 164.000 0.568 0.001 Y NA
 619892 619893 YPTB1225 YPTB1226 phnE1 phnE2 TRUE 1.000 -3.000 0.491 0.001 Y NA
 619893 619894 YPTB1226 YPTB1227 phnE2   FALSE 0.109 245.000 0.000 NA   NA
 619894 619895 YPTB1227 YPTB1228     FALSE 0.020 449.000 0.000 NA   NA
 619895 619896 YPTB1228 YPTB1229     TRUE 0.951 124.000 0.654 1.000 Y NA
 619896 619897 YPTB1229 YPTB1230     TRUE 1.000 0.000 0.758 0.065 Y NA
 619897 619898 YPTB1230 YPTB1231     TRUE 0.999 -3.000 0.823 1.000   NA
 619898 619899 YPTB1231 YPTB1232     TRUE 0.959 94.000 0.731 0.021   NA
 619899 619900 YPTB1232 YPTB1233     FALSE 0.310 115.000 0.000 NA   NA
 619900 619901 YPTB1233 YPTB1234     TRUE 0.762 24.000 0.000 NA   NA
 619903 619904 YPTB1236 YPTB1237     TRUE 0.426 261.000 0.521 1.000 N NA
 619904 619905 YPTB1237 YPTB1238     TRUE 0.999 -3.000 0.489 1.000 Y NA
 619905 619906 YPTB1238 YPTB1239     TRUE 0.999 -3.000 0.542 1.000 Y NA
 619906 619907 YPTB1239 YPTB1240     FALSE 0.068 454.000 0.000 1.000 Y NA
 619907 619908 YPTB1240 YPTB1241     TRUE 0.907 70.000 0.286 1.000 Y NA
 619909 619910 YPTB1242 YPTB1243     TRUE 0.432 125.000 0.103 NA   NA
 619910 619911 YPTB1243 YPTB1244     FALSE 0.024 412.000 0.000 NA   NA
 619915 619916 YPTB1248 YPTB1249 tyrP   FALSE 0.077 274.000 0.000 NA   NA
 619918 619919 YPTB1251 YPTB1252 eco   TRUE 0.543 35.000 0.023 NA   NA
 619919 619920 YPTB1252 YPTB1253   nrdB FALSE 0.330 4.000 0.034 1.000 N NA
 619920 619921 YPTB1253 YPTB1254 nrdB nrdA TRUE 0.989 162.000 1.000 0.002 Y NA
 619921 619922 YPTB1254 YPTB1255 nrdA ubiG FALSE 0.002 494.000 0.000 1.000 N NA
 619923 619924 YPTB1256 YPTB1257 gyrA rcsC FALSE 0.008 188.000 0.013 1.000 N NA
 619925 619926 YPTB1258 YPTB1259 rcsB   TRUE 0.987 3.000 0.080 1.000 Y NA
 619926 619927 YPTB1259 YPTB1260     FALSE 0.305 24.000 0.000 1.000 N NA
 619927 619928 YPTB1260 YPTB_RNA_91   micF FALSE 0.009 699.000 0.000 NA   NA
 619929 619930 YPTB1261 YPTB_RNA_37   tRNA-Ser2 FALSE 0.028 384.000 0.000 NA   NA
 619930 619931 YPTB_RNA_37 YPTB_RNA_38 tRNA-Ser2 tRNA-Thr3 TRUE 0.932 6.000 0.000 NA   NA
 619932 619933 YPTB1262 YPTB1263 ampH   FALSE 0.017 275.000 0.000 NA N NA
 619935 619936 YPTB1265 YPTB1266 tsr2 pla2 FALSE 0.003 407.000 0.000 1.000 N NA
 619936 619937 YPTB1266 YPTB1267 pla2 msgA FALSE 0.229 172.000 0.000 1.000   NA
 619937 619938 YPTB1267 YPTB1268 msgA   FALSE 0.166 206.000 0.000 1.000   NA
 619939 619940 YPTB1269 YPTB1270     FALSE 0.192 202.000 0.000 NA   NA
 619940 619941 YPTB1270 YPTB1271     FALSE 0.281 147.000 0.000 NA   NA
 619941 619942 YPTB1271 YPTB1272     TRUE 0.959 0.000 0.000 NA   NA
 619942 619943 YPTB1272 YPTB1273     TRUE 0.997 -24.000 0.400 1.000 Y NA
 619943 619944 YPTB1273 YPTB1274     FALSE 0.011 596.000 0.000 NA   NA
 619944 619945 YPTB1274 YPTB1275     TRUE 0.840 16.000 0.000 NA   NA
 619945 619946 YPTB1275 YPTB1276     TRUE 0.995 5.000 0.500 NA   NA
 619946 619947 YPTB1276 YPTB1277     TRUE 0.997 -3.000 0.500 NA   NA
 619947 619948 YPTB1277 YPTB1278     TRUE 0.993 22.000 1.000 NA   NA
 619948 619949 YPTB1278 YPTB1279     TRUE 0.999 2.000 1.000 NA   NA
 619949 619950 YPTB1279 YPTB1280     TRUE 0.899 121.000 0.667 NA   NA
 619950 619951 YPTB1280 YPTB1281     FALSE 0.105 267.000 0.074 NA   NA
 619951 619952 YPTB1281 YPTB1282     TRUE 0.971 -3.000 0.074 NA   NA
 619952 619953 YPTB1282 YPTB1283     TRUE 0.995 16.000 1.000 NA   NA
 619953 619954 YPTB1283 YPTB1284     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 619954 619955 YPTB1284 YPTB1285     TRUE 0.998 4.000 1.000 NA   NA
 619955 619956 YPTB1285 YPTB1286     TRUE 0.997 -3.000 0.500 NA   NA
 619956 619957 YPTB1286 YPTB1287     FALSE 0.331 97.000 0.000 NA   NA
 619957 619958 YPTB1287 YPTB1288     TRUE 0.951 2.000 0.000 NA   NA
 619958 619959 YPTB1288 YPTB1289     FALSE 0.021 440.000 0.000 NA   NA
 619959 619960 YPTB1289 YPTB1290   bglA FALSE 0.091 291.000 0.000 0.022 N NA
 619961 619962 YPTB1291 YPTB1292     FALSE 0.012 586.000 0.000 NA   NA
 619962 619963 YPTB1292 YPTB1293     TRUE 0.703 29.000 0.000 NA   NA
 619963 619964 YPTB1293 YPTB1294     TRUE 0.951 2.000 0.000 NA   NA
 619964 619965 YPTB1294 YPTB1295     FALSE 0.013 558.000 0.000 NA   NA
 619965 619966 YPTB1295 YPTB_RNA_75   tRNA-Pro3 TRUE 0.546 50.000 0.000 NA   NA
 619966 619967 YPTB_RNA_75 YPTB1296 tRNA-Pro3   FALSE 0.316 105.000 0.000 NA   NA
 619967 619968 YPTB1296 YPTB1297     TRUE 0.667 28.000 0.040 NA   NA
 619970 619971 YPTB1299 YPTB1300 rplY   FALSE 0.291 162.000 0.024 0.014 N NA
 619972 619973 YPTB1301 YPTB1302 rsuA bcr FALSE 0.256 179.000 0.145 1.000 N NA
 619973 619974 YPTB1302 YPTB1303 bcr   FALSE 0.007 1003.000 0.000 NA   NA
 619975 619976 YPTB1304 YPTB1305 yejF yejE TRUE 0.998 2.000 0.758 1.000   NA
 619976 619977 YPTB1305 YPTB1306 yejE yejB TRUE 0.999 0.000 0.833 0.064   NA
 619977 619978 YPTB1306 YPTB1307 yejB yejA TRUE 0.998 10.000 0.848 0.064   NA
 619978 619979 YPTB1307 YPTB1308 yejA   TRUE 0.749 82.000 0.394 NA N NA
 619979 619980 YPTB1308 YPTB1309   spr FALSE 0.027 586.000 0.219 NA N NA
 619980 619981 YPTB1309 YPTB1310 spr   FALSE 0.021 442.000 0.000 NA   NA
 619981 619982 YPTB1310 YPTB1311     TRUE 0.838 59.000 0.275 NA   NA
 619983 619984 YPTB1312 YPTB1313     TRUE 0.634 109.000 0.200 NA   NA
 619987 619988 YPTB1316 YPTB1317   mtr FALSE 0.358 104.000 0.153 1.000 N NA
 619990 619991 YPTB1319 YPTB1320     TRUE 0.919 11.000 0.000 0.050 N NA
 619991 619992 YPTB1320 YPTB1321     TRUE 0.980 -3.000 0.017 0.050   NA
 619993 619994 YPTB1322 YPTB1323     TRUE 0.783 4.000 0.065 1.000 N NA
 619994 619995 YPTB1323 YPTB1324   rpiA TRUE 0.935 20.000 0.000 1.000 Y NA
 619995 619996 YPTB1324 YPTB1325 rpiA   TRUE 0.634 116.000 0.000 NA Y NA
 619996 619997 YPTB1325 YPTB1326     TRUE 0.907 109.000 0.375 NA Y NA
 619997 619998 YPTB1326 YPTB1327     TRUE 0.987 36.000 0.375 0.014 Y NA
 620000 620001 YPTB1329 YPTB1330 fruB fruK TRUE 0.993 -3.000 0.112 1.000 Y NA
 620001 620002 YPTB1330 YPTB1331 fruK fruA TRUE 0.995 15.000 0.562 1.000 Y NA
 620002 620003 YPTB1331 YPTB1332 fruA psaE FALSE 0.007 325.000 0.000 1.000 N NA
 620003 620004 YPTB1332 YPTB1333 psaE psaF TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 620004 620005 YPTB1333 YPTB1334 psaF psaA FALSE 0.014 545.000 0.000 NA   NA
 620005 620006 YPTB1334 YPTB1335 psaA psaB TRUE 0.797 127.000 0.400 NA   NA
 620006 620007 YPTB1335 YPTB1336 psaB psaC TRUE 0.669 84.000 0.000 1.000 Y NA
 620008 620009 YPTB1337 YPTB1338 nfo   FALSE 0.226 164.000 0.040 NA   NA
 620010 620011 YPTB1339 YPTB1340   lysP FALSE 0.181 258.000 0.222 1.000 N NA
 620011 620012 YPTB1340 YPTB1341 lysP   FALSE 0.010 286.000 0.000 1.000 N NA
 620012 620013 YPTB1341 YPTB1342     TRUE 0.678 199.000 0.175 1.000 Y NA
 620013 620014 YPTB1342 YPTB1343     TRUE 0.999 -3.000 0.833 1.000 Y NA
 620014 620015 YPTB1343 YPTB1344     FALSE 0.259 260.000 0.000 1.000 Y NA
 620016 620017 YPTB1345 YPTB1346     FALSE 0.031 205.000 0.056 1.000 N NA
 620018 620019 YPTB1347 YPTB1348     FALSE 0.340 228.000 0.174 NA   NA
 620019 620020 YPTB1348 YPTB1349     TRUE 0.998 -3.000 0.323 NA Y NA
 620020 620021 YPTB1349 YPTB1350     TRUE 0.992 -3.000 0.096 1.000 Y NA
 620021 620022 YPTB1350 YPTB1351   dacC FALSE 0.006 335.000 0.000 1.000 N NA
 620023 620024 YPTB1352 YPTB1353 sdaC deoR FALSE 0.001 1101.000 0.000 1.000 N NA
 620024 620025 YPTB1353 YPTB1354 deoR deoC FALSE 0.005 231.000 0.030 1.000 N NA
 620025 620026 YPTB1354 YPTB1355 deoC   FALSE 0.081 258.000 0.000 1.000   NA
 620026 620027 YPTB1355 YPTB1356     TRUE 0.975 0.000 0.106 1.000   NA
 620027 620028 YPTB1356 YPTB1357     FALSE 0.040 333.000 0.000 1.000   NA
 620028 620029 YPTB1357 YPTB1358   grxA FALSE 0.021 410.000 0.000 1.000   NA
 620030 620031 YPTB1359 YPTB1360     TRUE 0.593 142.000 0.194 NA   NA
 620031 620032 YPTB1360 YPTB1361   potF FALSE 0.013 553.000 0.000 NA   NA
 620032 620033 YPTB1361 YPTB1362 potF potG TRUE 0.942 171.000 0.679 1.000 Y NA
 620033 620034 YPTB1362 YPTB1363 potG potH TRUE 0.995 25.000 0.857 1.000 Y NA
 620034 620035 YPTB1363 YPTB1364 potH potI TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620035 620036 YPTB1364 YPTB1365 potI   FALSE 0.302 125.000 0.000 NA   NA
 620036 620037 YPTB1365 YPTB1366     TRUE 0.533 84.000 0.119 NA   NA
 620039 620040 YPTB1368 YPTB1369     FALSE 0.007 369.000 0.000 NA N NA
 620040 620041 YPTB1369 YPTB1370     TRUE 0.988 0.000 0.000 1.000 Y NA
 620041 620042 YPTB1370 YPTB1371     TRUE 0.989 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 620042 620043 YPTB1371 YPTB1372     TRUE 0.957 -3.000 0.000 1.000   NA
 620043 620044 YPTB1372 YPTB1373     TRUE 0.993 -7.000 0.312 NA   NA
 620044 620045 YPTB1373 YPTB1374     TRUE 0.982 -3.000 0.125 NA   NA
 620046 620047 YPTB1375 YPTB1376 artM artQ TRUE 1.000 0.000 0.714 0.019 Y NA
 620047 620048 YPTB1376 YPTB1377 artQ artI TRUE 0.995 12.000 0.260 0.088 Y NA
 620048 620049 YPTB1377 YPTB1378 artI artP TRUE 0.984 21.000 0.323 1.000 Y NA
 620049 620050 YPTB1378 YPTB1379 artP   FALSE 0.198 295.000 0.000 1.000 Y NA
 620050 620051 YPTB1379 YPTB1380     FALSE 0.174 170.000 0.018 NA   NA
 620051 620052 YPTB1380 YPTB1381     TRUE 0.600 97.000 0.167 NA   NA
 620052 620053 YPTB1381 YPTB1382     TRUE 0.801 100.000 0.022 0.004 Y NA
 620053 620054 YPTB1382 YPTB1383   ltaA TRUE 0.887 -3.000 0.074 1.000 N NA
 620054 620055 YPTB1383 YPTB1384 ltaA poxB FALSE 0.106 349.000 0.031 1.000 Y NA
 620055 620056 YPTB1384 YPTB1385 poxB hcr FALSE 0.012 144.000 0.017 1.000 N NA
 620056 620057 YPTB1385 YPTB1386 hcr hcp TRUE 0.833 114.000 0.085 0.013 Y NA
 620057 620058 YPTB1386 YPTB1387 hcp   FALSE 0.142 202.000 0.028 NA   NA
 620061 620062 YPTB1390 YPTB1391     TRUE 0.997 0.000 0.789 1.000 N NA
 620064 620065 YPTB1393 YPTB1394   clpA TRUE 0.979 26.000 0.596 NA   NA
 620066 620067 YPTB1395 YPTB1396 infA aat FALSE 0.011 166.000 0.020 1.000 N NA
 620067 620068 YPTB1396 YPTB1397 aat cydC TRUE 0.391 219.000 0.049 1.000 Y NA
 620068 620069 YPTB1397 YPTB1398 cydC cydD TRUE 0.999 3.000 0.631 0.007 Y NA
 620069 620070 YPTB1398 YPTB1399 cydD trxB FALSE 0.069 441.000 0.049 1.000 Y NA
 620071 620072 YPTB1400 YPTB1401 lrp ftsK TRUE 0.649 123.000 0.345 1.000 N NA
 620072 620073 YPTB1401 YPTB1402 ftsK lolA TRUE 0.472 192.000 0.305 1.000 N NA
 620073 620074 YPTB1402 YPTB1403 lolA   TRUE 0.926 11.000 0.167 1.000 N NA
 620074 620075 YPTB1403 YPTB1404   serS FALSE 0.043 242.000 0.078 1.000 N NA
 620075 620076 YPTB1404 YPTB1405 serS   FALSE 0.009 295.000 0.000 1.000 N NA
 620079 620080 YPTB1408 YPTB1409 pflB focA TRUE 0.594 56.000 0.172 1.000 N NA
 620080 620081 YPTB1409 YPTB1410 focA   FALSE 0.009 697.000 0.000 NA   NA
 620082 620083 YPTB1411 YPTB1412 ansB   FALSE 0.045 319.000 0.000 1.000   NA
 620083 620084 YPTB1412 YPTB1413     TRUE 0.959 0.000 0.000 NA   NA
 620084 620085 YPTB1413 YPTB1414   serC FALSE 0.033 367.000 0.000 NA   NA
 620085 620086 YPTB1414 YPTB1415 serC aroA TRUE 0.487 178.000 0.033 1.000 Y NA
 620086 620087 YPTB1415 YPTB1416 aroA cmkA FALSE 0.098 314.000 0.209 1.000 N NA
 620087 620088 YPTB1416 YPTB1417 cmkA rpsA TRUE 0.494 174.000 0.281 1.000 N NA
 620088 620089 YPTB1417 YPTB1418 rpsA ihfB TRUE 0.736 61.000 0.292 1.000 N NA
 620089 620090 YPTB1418 YPTB1419 ihfB   FALSE 0.007 533.000 0.003 1.000   NA
 620090 620091 YPTB1419 YPTB1420   msbA TRUE 0.833 36.000 0.075 0.085   NA
 620091 620092 YPTB1420 YPTB1421 msbA lpxK TRUE 0.980 -3.000 0.205 1.000 N NA
 620094 620095 YPTB1423 YPTB1424 cspB   FALSE 0.008 548.000 0.004 NA   NA
 620095 620096 YPTB1424 YPTB1425   kdsB TRUE 0.993 -3.000 0.265 NA   NA
 620096 620097 YPTB1425 YPTB1426 kdsB   FALSE 0.022 363.000 0.023 NA   NA
 620097 620098 YPTB1426 YPTB1427   smtA FALSE 0.008 828.000 0.000 NA   NA
 620098 620099 YPTB1427 YPTB1428 smtA mukF TRUE 0.990 -3.000 0.325 NA N NA
 620099 620100 YPTB1428 YPTB1429 mukF mukE TRUE 0.992 8.000 0.196 NA Y NA
 620100 620101 YPTB1429 YPTB1430 mukE mukB TRUE 1.000 -3.000 0.786 0.001 Y NA
 620101 620102 YPTB1430 YPTB1431 mukB   FALSE 0.093 248.000 0.000 1.000   NA
 620102 620103 YPTB1431 YPTB1432     TRUE 0.593 224.000 0.372 NA   NA
 620103 620104 YPTB1432 YPTB1433     TRUE 0.571 61.000 0.089 NA   NA
 620105 620106 YPTB1434 YPTB1435 aspC   FALSE 0.014 257.000 0.000 1.000 N NA
 620106 620107 YPTB1435 YPTB1436   asnS FALSE 0.009 298.000 0.000 1.000 N NA
 620107 620108 YPTB1436 YPTB1437 asnS pncB FALSE 0.000 514.000 0.034 1.000 N NA
 620109 620110 YPTB1438 YPTB1439 pepN pyrD FALSE 0.000 645.000 0.014 1.000 N NA
 620110 620111 YPTB1439 YPTB1440 pyrD   FALSE 0.290 183.000 0.081 NA   NA
 620113 620114 YPTB1442 YPTB1443   uup TRUE 0.930 6.000 0.061 1.000   NA
 620114 620115 YPTB1443 YPTB1444 uup pqiA FALSE 0.294 129.000 0.054 NA   NA
 620115 620116 YPTB1444 YPTB1445 pqiA pqiB TRUE 0.995 14.000 0.819 NA   NA
 620116 620117 YPTB1445 YPTB1446 pqiB   TRUE 0.997 -3.000 0.531 NA   NA
 620117 620118 YPTB1446 YPTB1447     TRUE 0.557 49.000 0.000 NA   NA
 620118 620119 YPTB1447 YPTB1448   rmf FALSE 0.366 81.000 0.000 NA   NA
 620120 620121 YPTB1449 YPTB1450 fabF2 fabA FALSE 0.032 700.000 0.000 1.000 Y NA
 620121 620122 YPTB1450 YPTB1451 fabA   TRUE 0.684 69.000 0.290 1.000 N NA
 620124 620125 YPTB1453 YPTB1454 ompA sulA FALSE 0.005 358.000 0.000 1.000 N NA
 620127 620128 YPTB1456 YPTB1457     TRUE 0.779 30.000 0.090 NA   NA
 620130 620131 YPTB1459 YPTB1460 mgsA   FALSE 0.234 179.000 0.055 NA   NA
 620133 620134 YPTB1462 YPTB1463     TRUE 0.730 37.000 0.094 NA   NA
 620137 620138 YPTB_RNA_39 YPTB1466 tRNA-Ser3   FALSE 0.234 180.000 0.000 NA   NA
 620138 620139 YPTB1466 YPTB1468     FALSE 0.032 370.000 0.000 NA   NA
 620140 620141 YPTB1469 YPTB1470     FALSE 0.347 154.000 0.000 0.025 N NA
 620142 620143 YPTB1471 YPTB1472     FALSE 0.045 330.000 0.000 NA   NA
 620143 620144 YPTB1472 YPTB1473     TRUE 0.989 -10.000 0.083 NA Y NA
 620144 620145 YPTB1473 YPTB1474     TRUE 0.987 -7.000 0.056 1.000 Y NA
 620145 620146 YPTB1474 YPTB1475     TRUE 0.989 16.000 0.333 1.000 Y NA
 620146 620147 YPTB1475 YPTB1476     TRUE 0.992 -7.000 0.120 1.000 Y NA
 620147 620148 YPTB1476 YPTB1477     TRUE 0.996 -7.000 0.120 0.023 Y NA
 620148 620149 YPTB1477 YPTB1478     TRUE 0.992 3.000 0.051 0.050 Y NA
 620149 620150 YPTB1478 YPTB1479     FALSE 0.353 87.000 0.000 NA   NA
 620150 620151 YPTB1479 YPTB1480     TRUE 0.618 38.000 0.000 NA   NA
 620151 620152 YPTB1480 YPTB1481     FALSE 0.300 99.000 0.000 1.000   NA
 620152 620153 YPTB1481 YPTB1482     FALSE 0.274 157.000 0.000 NA   NA
 620153 620154 YPTB1482 YPTB1483     FALSE 0.010 665.000 0.000 NA   NA
 620154 620155 YPTB1483 YPTB1484     TRUE 0.594 43.000 0.000 NA   NA
 620155 620156 YPTB1484 YPTB1485     TRUE 0.889 12.000 0.000 NA   NA
 620156 620157 YPTB1485 YPTB1486     TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 620157 620158 YPTB1486 YPTB1487     TRUE 0.959 0.000 0.000 NA   NA
 620158 620159 YPTB1487 YPTB1488     TRUE 0.941 4.000 0.000 NA   NA
 620159 620160 YPTB1488 YPTB1489   clpB3 FALSE 0.038 388.000 0.083 NA   NA
 620160 620161 YPTB1489 YPTB1490 clpB3   TRUE 0.982 -3.000 0.125 NA   NA
 620161 620162 YPTB1490 YPTB1491     FALSE 0.308 118.000 0.000 NA   NA
 620162 620163 YPTB1491 YPTB1492     TRUE 0.927 7.000 0.000 NA   NA
 620163 620164 YPTB1492 YPTB1493     FALSE 0.052 316.000 0.000 NA   NA
 620164 620165 YPTB1493 YPTB1494     TRUE 0.984 3.000 0.182 NA   NA
 620165 620166 YPTB1494 YPTB1495     TRUE 0.919 9.000 0.000 NA   NA
 620166 620167 YPTB1495 YPTB1496     TRUE 0.936 5.000 0.000 NA   NA
 620167 620168 YPTB1496 YPTB1497     FALSE 0.007 954.000 0.000 NA   NA
 620168 620169 YPTB1497 YPTB1498     TRUE 0.998 -3.000 0.625 NA   NA
 620169 620170 YPTB1498 YPTB1499     TRUE 0.749 44.000 0.120 NA   NA
 620170 620171 YPTB1499 YPTB1500     TRUE 0.784 18.000 0.040 NA   NA
 620171 620172 YPTB1500 YPTB1501     TRUE 0.993 0.000 0.286 NA   NA
 620172 620173 YPTB1501 YPTB1502     FALSE 0.153 221.000 0.000 NA   NA
 620173 620174 YPTB1502 YPTB1503     TRUE 0.997 -36.000 0.750 NA   NA
 620174 620175 YPTB1503 YPTB1504     TRUE 0.997 -124.000 0.750 NA   NA
 620175 620176 YPTB1504 YPTB1505     TRUE 0.959 0.000 0.000 NA   NA
 620176 620177 YPTB1505 YPTB1506     TRUE 0.750 25.000 0.000 NA   NA
 620179 620180 YPTB1508 YPTB1509 ybiT   FALSE 0.138 228.000 0.000 NA   NA
 620181 620182 YPTB1510 YPTB1511 moeB cspD TRUE 0.999 2.000 0.323 0.003 Y NA
 620182 620183 YPTB1511 YPTB1512 cspD   FALSE 0.013 535.000 0.000 1.000   NA
 620183 620184 YPTB1512 YPTB1513     TRUE 0.938 10.000 0.094 1.000   NA
 620184 620185 YPTB1513 YPTB1514     TRUE 0.906 2.000 0.094 1.000 N NA
 620185 620186 YPTB1514 YPTB1515     TRUE 0.996 2.000 0.500 NA   NA
 620186 620187 YPTB1515 YPTB1516     FALSE 0.013 553.000 0.000 NA   NA
 620187 620188 YPTB1516 YPTB1517     TRUE 0.952 21.000 0.273 1.000   NA
 620188 620189 YPTB1517 YPTB1518     TRUE 0.477 273.000 0.636 1.000 N NA
 620190 620191 YPTB1519 YPTB1520   folE TRUE 0.670 142.000 0.250 NA   NA
 620191 620192 YPTB1520 YPTB1521 folE yeiB TRUE 0.970 46.000 0.719 NA   NA
 620192 620193 YPTB1521 YPTB1522 yeiB mglB FALSE 0.008 748.000 0.000 NA   NA
 620193 620194 YPTB1522 YPTB1523 mglB mglA TRUE 0.677 230.000 0.250 NA Y NA
 620194 620195 YPTB1523 YPTB1524 mglA mglC TRUE 0.998 21.000 0.905 0.014 Y NA
 620196 620197 YPTB1525 YPTB1526 sanA sfcA FALSE 0.063 281.000 0.045 NA   NA
 620197 620198 YPTB1526 YPTB1527 sfcA cdd FALSE 0.001 356.000 0.022 1.000 N NA
 620198 620199 YPTB1527 YPTB1528 cdd yohK FALSE 0.087 326.000 0.198 NA N NA
 620199 620200 YPTB1528 YPTB1529 yohK yohJ TRUE 0.995 -3.000 0.340 NA   NA
 620200 620201 YPTB1529 YPTB1530 yohJ   FALSE 0.186 242.000 0.021 0.083   NA
 620201 620202 YPTB1530 YPTB1531     FALSE 0.037 351.000 0.000 NA   NA
 620202 620203 YPTB1531 YPTB1532     TRUE 0.938 18.000 0.177 NA   NA
 620206 620207 YPTB1535 YPTB1536   udk FALSE 0.036 245.000 0.073 1.000 N NA
 620207 620208 YPTB1536 YPTB1537 udk dcd TRUE 0.703 105.000 0.098 1.000 Y NA
 620208 620209 YPTB1537 YPTB1538 dcd   FALSE 0.060 187.000 0.057 NA N NA
 620211 620212 YPTB1540 YPTB1541     FALSE 0.279 151.000 0.000 NA   NA
 620212 620213 YPTB1541 YPTB1542   alcA TRUE 0.955 35.000 0.667 1.000 N NA
 620213 620214 YPTB1542 YPTB1543 alcA alcB TRUE 0.828 0.000 0.000 NA N NA
 620214 620215 YPTB1543 YPTB1544 alcB alcC TRUE 0.840 -3.000 0.000 NA N NA
 620216 620217 YPTB1545 YPTB1546     TRUE 0.999 -3.000 0.583 1.000 Y NA
 620217 620218 YPTB1546 YPTB1547     TRUE 0.999 -13.000 0.818 0.063 Y NA
 620218 620219 YPTB1547 YPTB1548     TRUE 0.998 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 620219 620220 YPTB1548 YPTB1549     TRUE 0.913 90.000 0.364 1.000 Y NA
 620220 620221 YPTB1549 YPTB1550     TRUE 0.730 230.000 0.455 0.003 N NA
 620222 620223 YPTB1551 YPTB1552 galU galF TRUE 0.912 84.000 0.111 0.001 Y NA
 620223 620224 YPTB1552 YPTB1553 galF gnd FALSE 0.004 386.000 0.000 1.000 N NA
 620224 620225 YPTB1553 YPTB1554 gnd tnp FALSE 0.007 321.000 0.000 1.000 N NA
 620226 620227 YPTB1555 YPTB1556 hisI hisF TRUE 0.999 -6.000 0.430 0.003 Y NA
 620227 620228 YPTB1556 YPTB1557 hisF hisA TRUE 0.999 -18.000 0.433 0.003 Y NA
 620228 620229 YPTB1557 YPTB1558 hisA hisH TRUE 0.997 6.000 0.210 0.003 Y NA
 620229 620230 YPTB1558 YPTB1559 hisH hisB TRUE 0.998 0.000 0.128 0.003 Y NA
 620230 620231 YPTB1559 YPTB1560 hisB hisC TRUE 0.999 -3.000 0.341 0.003 Y NA
 620231 620232 YPTB1560 YPTB1561 hisC hisD TRUE 0.999 3.000 0.294 0.003 Y NA
 620232 620233 YPTB1561 YPTB1562 hisD hisG TRUE 0.997 4.000 0.171 0.003 Y NA
 620235 620236 YPTB1564 YPTB1565     FALSE 0.007 1109.000 0.000 NA   NA
 620236 620237 YPTB1565 YPTB1566     TRUE 1.000 -3.000 0.952 0.014 Y NA
 620238 620239 YPTB1567 YPTB1568   yeeF FALSE 0.003 460.000 0.000 1.000 N NA
 620241 620242 YPTB1570 YPTB1571     FALSE 0.022 434.000 0.000 NA   NA
 620246 620247 YPTB1575 YPTB1576     TRUE 0.978 48.000 0.333 0.049 Y NA
 620247 620248 YPTB1576 YPTB1577     TRUE 0.940 32.000 0.290 0.022 N NA
 620248 620249 YPTB1577 YPTB1578   lldD FALSE 0.011 278.000 0.000 1.000 N NA
 620252 620253 YPTB1581 YPTB1582     TRUE 0.639 36.000 0.136 1.000 N NA
 620254 620255 YPTB1583 YPTB1584     FALSE 0.347 90.000 0.000 NA   NA
 620255 620256 YPTB1584 YPTB1585     FALSE 0.009 713.000 0.000 NA   NA
 620256 620257 YPTB1585 YPTB1586     TRUE 0.988 0.000 0.000 1.000 Y NA
 620258 620259 YPTB1587 YPTB1588     TRUE 0.893 -10.000 0.002 1.000   NA
 620259 620260 YPTB1588 YPTB1589     TRUE 0.904 66.000 0.500 NA   NA
 620260 620261 YPTB1589 YPTB1590     FALSE 0.040 344.000 0.000 NA   NA
 620261 620262 YPTB1590 YPTB1591   fyuA FALSE 0.008 873.000 0.000 NA   NA
 620262 620263 YPTB1591 YPTB1592 fyuA ybtE FALSE 0.262 131.000 0.125 1.000 N NA
 620263 620264 YPTB1592 YPTB1593 ybtE ybtT TRUE 0.987 4.000 0.094 1.000 Y NA
 620264 620265 YPTB1593 YPTB1594 ybtT ybtU TRUE 0.994 12.000 0.406 1.000 Y NA
 620265 620266 YPTB1594 YPTB1595 ybtU irp1 TRUE 0.999 -3.000 0.333 0.025 Y NA
 620266 620267 YPTB1595 YPTB1596 irp1 irp2 TRUE 0.926 88.000 0.158 0.002 Y NA
 620267 620268 YPTB1596 YPTB1597 irp2 ybtA TRUE 0.512 191.000 0.333 1.000 N NA
 620269 620270 YPTB1598 YPTB1599 ybtP ybtQ TRUE 1.000 -13.000 0.913 0.007 Y NA
 620270 620271 YPTB1599 YPTB1600 ybtQ ybtX TRUE 0.956 -7.000 0.130 NA N NA
 620271 620272 YPTB1600 YPTB1601 ybtX ybtS TRUE 0.805 28.000 0.176 NA N NA
 620273 620274 YPTB1602 YPTB_RNA_74   tRNA-Asn3 FALSE 0.269 162.000 0.000 NA   NA
 620274 620275 YPTB_RNA_74 YPTB1603 tRNA-Asn3   FALSE 0.021 446.000 0.000 NA   NA
 620275 620276 YPTB1603 YPTB1604     FALSE 0.013 258.000 0.000 1.000 N NA
 620276 620277 YPTB1604 YPTB1605     TRUE 0.997 20.000 0.905 NA Y NA
 620277 620278 YPTB1605 YPTB1606     TRUE 0.974 124.000 0.947 NA Y NA
 620280 620281 YPTB1608 YPTB1609 rafA lacY FALSE 0.346 78.000 0.000 1.000   NA
 620283 620284 YPTB_RNA_73 YPTB1611 tRNA-Asn2   FALSE 0.240 178.000 0.000 NA   NA
 620284 620285 YPTB1611 YPTB1612     FALSE 0.026 390.000 0.000 NA   NA
 620285 620286 YPTB1612 YPTB1613     FALSE 0.123 237.000 0.000 NA   NA
 620286 620287 YPTB1613 YPTB1614     FALSE 0.014 103.000 0.021 1.000 N NA
 620287 620288 YPTB1614 YPTB1615     FALSE 0.001 902.000 0.000 1.000 N NA
 620291 620292 YPTB1618 YPTB1619     FALSE 0.170 263.000 0.125 NA   NA
 620292 620293 YPTB1619 YPTB1620     TRUE 0.937 43.000 0.429 NA   NA
 620293 620294 YPTB1620 YPTB1621   aroP TRUE 0.589 237.000 0.429 NA   NA
 620296 620297 YPTB1623 YPTB1624   cspC TRUE 0.898 43.000 0.286 NA   NA
 620300 620301 YPTB1627 YPTB1628     FALSE 0.152 222.000 0.000 NA   NA
 620303 620304 YPTB1630 YPTB1631 yebN yobD FALSE 0.022 429.000 0.000 NA   NA
 620304 620305 YPTB1631 YPTB1632 yobD manZ TRUE 0.859 200.000 0.755 NA   NA
 620305 620306 YPTB1632 YPTB1633 manZ manY TRUE 1.000 7.000 0.939 0.009 Y NA
 620306 620307 YPTB1633 YPTB1634 manY manX TRUE 0.844 92.000 0.064 0.009 Y NA
 620310 620311 YPTB1637 YPTB1638 hpaG   TRUE 1.000 -3.000 0.618 0.001 Y NA
 620311 620312 YPTB1638 YPTB1639   hpaE TRUE 0.997 -3.000 0.510 0.048 N NA
 620312 620313 YPTB1639 YPTB1640 hpaE hpaD TRUE 0.783 119.000 0.378 1.000   NA
 620313 620314 YPTB1640 YPTB1641 hpaD hpaF TRUE 0.953 25.000 0.330 1.000   NA
 620314 620315 YPTB1641 YPTB1642 hpaF hpaH TRUE 0.985 -6.000 0.282 1.000 N NA
 620315 620316 YPTB1642 YPTB1643 hpaH hpaI TRUE 0.981 11.000 0.439 1.000 N NA
 620316 620317 YPTB1643 YPTB1644 hpaI hpaX TRUE 0.960 26.000 0.175 1.000 Y NA
 620317 620318 YPTB1644 YPTB1645 hpaX hpaB FALSE 0.086 68.000 0.000 1.000 N NA
 620318 620319 YPTB1645 YPTB1646 hpaB hpaC TRUE 0.982 21.000 0.226 0.001   NA
 620320 620321 YPTB1647 YPTB1648 sdaA   FALSE 0.075 708.000 0.409 1.000   NA
 620321 620322 YPTB1648 YPTB1649   pabB TRUE 0.979 -3.000 0.116 1.000   NA
 620325 620326 YPTB1652 YPTB1653 dbpA   FALSE 0.233 94.000 0.014 NA   NA
 620326 620327 YPTB1653 YPTB1654     TRUE 0.598 40.000 0.053 NA   NA
 620327 620328 YPTB1654 YPTB1655     FALSE 0.291 107.000 0.048 NA   NA
 620328 620329 YPTB1655 YPTB1656   ptrB FALSE 0.055 310.000 0.000 NA   NA
 620329 620330 YPTB1656 YPTB1657 ptrB pip FALSE 0.025 722.000 0.000 0.025   NA
 620332 620333 YPTB1659 YPTB1660 ftnA   FALSE 0.018 379.000 0.029 1.000   NA
 620333 620334 YPTB1660 YPTB1661     TRUE 0.997 3.000 0.613 1.000   NA
 620334 620335 YPTB1661 YPTB1662   yebY TRUE 0.927 82.000 0.704 NA   NA
 620338 620339 YPTB1663 YPTB1664     TRUE 0.998 -6.000 0.800 NA   NA
 620340 620341 YPTB1665 YPTB1666 flhB flhA TRUE 0.999 0.000 0.287 0.014 Y NA
 620341 620342 YPTB1666 YPTB1667 flhA flhE TRUE 0.988 0.000 0.053 0.004   NA
 620342 620343 YPTB1667 YPTB1668 flhE   FALSE 0.010 610.000 0.000 1.000   NA
 620344 620345 YPTB1669 YPTB1670 flgN flgM TRUE 0.995 19.000 0.361 0.004 Y NA
 620345 620346 YPTB1670 YPTB1671 flgM flgA TRUE 0.876 151.000 0.330 NA Y NA
 620347 620348 YPTB1672 YPTB1673 flgB flgC TRUE 1.000 6.000 0.824 0.006 Y NA
 620348 620349 YPTB1673 YPTB1674 flgC flgD TRUE 0.983 15.000 0.186 NA Y NA
 620349 620350 YPTB1674 YPTB1675 flgD flgE TRUE 0.479 202.000 0.000 NA Y NA
 620350 620351 YPTB1675 YPTB1676 flgE flgF TRUE 0.979 22.000 0.095 0.007 Y NA
 620351 620352 YPTB1676 YPTB1677 flgF flgG TRUE 0.995 26.000 0.420 0.001 Y NA
 620352 620353 YPTB1677 YPTB1678 flgG flgH TRUE 0.925 144.000 0.268 0.011 Y NA
 620353 620354 YPTB1678 YPTB1679 flgH flgI TRUE 0.985 15.000 0.085 0.013 Y NA
 620354 620355 YPTB1679 YPTB1680 flgI flgJ TRUE 0.995 0.000 0.048 0.013 Y NA
 620355 620356 YPTB1680 YPTB1681 flgJ flgK TRUE 0.518 728.000 0.705 0.004 Y NA
 620356 620357 YPTB1681 YPTB1682 flgK flgL TRUE 0.907 106.000 0.142 0.002 Y NA
 620359 620360 YPTB1684 YPTB1685     FALSE 0.257 148.000 0.000 1.000   NA
 620360 620361 YPTB1685 YPTB1686     TRUE 0.993 43.000 1.000 NA Y NA
 620361 620362 YPTB1686 YPTB1687     TRUE 0.741 66.000 0.000 NA Y NA
 620362 620363 YPTB1687 YPTB1688     TRUE 0.998 3.000 0.286 0.013 Y NA
 620363 620364 YPTB1688 YPTB1689     TRUE 0.830 49.000 0.000 NA Y NA
 620365 620366 YPTB1690 YPTB1691   fliR FALSE 0.018 473.000 0.000 NA   NA
 620366 620367 YPTB1691 YPTB1692 fliR fliQ TRUE 0.995 3.000 0.069 0.004 Y NA
 620367 620368 YPTB1692 YPTB1693 fliQ fliP TRUE 0.985 106.000 0.827 0.014 Y NA
 620368 620369 YPTB1693 YPTB1694 fliP fliO TRUE 0.853 81.000 0.203 1.000 Y NA
 620369 620370 YPTB1694 YPTB1695 fliO fliN TRUE 0.800 228.000 0.443 1.000 Y NA
 620370 620371 YPTB1695 YPTB1696 fliN fliM TRUE 0.998 -3.000 0.137 0.002 Y NA
 620371 620372 YPTB1696 YPTB1697 fliM fliL TRUE 1.000 6.000 0.957 0.002 Y NA
 620372 620373 YPTB1697 YPTB1698 fliL fliK FALSE 0.306 286.000 0.119 1.000 Y NA
 620373 620374 YPTB1698 YPTB1699 fliK fliJ TRUE 0.999 -3.000 0.317 0.011 Y NA
 620374 620375 YPTB1699 YPTB1700 fliJ fliI TRUE 0.720 76.000 0.073 1.000 Y NA
 620375 620376 YPTB1700 YPTB1701 fliI fliH TRUE 0.993 0.000 0.115 1.000 Y NA
 620376 620377 YPTB1701 YPTB1702 fliH fliG TRUE 0.994 -7.000 0.007 0.006 Y NA
 620377 620378 YPTB1702 YPTB1703 fliG fliF TRUE 0.998 -3.000 0.220 0.011 Y NA
 620379 620380 YPTB1704 YPTB1705 fliE   FALSE 0.263 166.000 0.000 NA   NA
 620380 620381 YPTB1705 YPTB1706     TRUE 0.750 25.000 0.000 NA   NA
 620381 620382 YPTB1706 YPTB1707     TRUE 0.900 11.000 0.000 NA   NA
 620383 620384 YPTB1708 YPTB1709     FALSE 0.011 161.000 0.006 1.000 N NA
 620384 620385 YPTB1709 YPTB1710     FALSE 0.005 354.000 0.000 1.000 N NA
 620385 620386 YPTB1710 YPTB1711   fliT FALSE 0.054 301.000 0.000 1.000   NA
 620386 620387 YPTB1711 YPTB1712 fliT fliS TRUE 0.983 11.000 0.324 1.000   NA
 620387 620388 YPTB1712 YPTB1713 fliS fliD TRUE 0.997 11.000 0.284 0.004 Y NA
 620389 620390 YPTB1714 YPTB1715 fliC fliA FALSE 0.006 347.000 0.000 1.000 N NA
 620390 620391 YPTB1715 YPTB1716 fliA fliZ FALSE 0.199 235.000 0.108 1.000   NA
 620391 620392 YPTB1716 YPTB1717 fliZ YedO FALSE 0.066 289.000 0.062 1.000   NA
 620392 620393 YPTB1717 YPTB1718 YedO fliY TRUE 0.922 124.000 0.469 1.000 Y NA
 620393 620394 YPTB1718 YPTB1719 fliY yecS TRUE 0.996 0.000 0.100 0.085 Y NA
 620394 620395 YPTB1719 YPTB1720 yecS yecC TRUE 0.992 3.000 0.150 1.000 Y NA
 620396 620397 YPTB1721 YPTB1722     TRUE 0.962 0.000 0.061 NA   NA
 620397 620398 YPTB1722 YPTB1723   putA FALSE 0.016 496.000 0.000 NA   NA
 620399 620400 YPTB1724 YPTB1725 putP   FALSE 0.007 324.000 0.000 1.000 N NA
 620400 620401 YPTB1725 YPTB1726     TRUE 0.979 30.000 0.356 NA Y NA
 620401 620402 YPTB1726 YPTB1727     TRUE 0.995 11.000 0.378 NA Y NA
 620406 620407 YPTB_RNA_40 YPTB1731 tRNA-Lys7 ail FALSE 0.009 687.000 0.000 NA   NA
 620407 620408 YPTB1731 YPTB1732 ail   FALSE 0.042 340.000 0.000 NA   NA
 620409 620410 YPTB1733 YPTB1734 ydgC   TRUE 0.386 125.000 0.085 NA   NA
 620411 620412 YPTB1735 YPTB1736 uvrY uvrC TRUE 0.966 -28.000 0.086 0.020 N NA
 620412 620413 YPTB1736 YPTB1737 uvrC pgsA TRUE 0.677 59.000 0.227 1.000 N NA
 620413 620414 YPTB1737 YPTB_RNA_41 pgsA tRNA-Gly5 FALSE 0.282 145.000 0.000 NA   NA
 620414 620415 YPTB_RNA_41 YPTB_RNA_42 tRNA-Gly5 tRNA-Cys1 TRUE 0.524 53.000 0.000 NA   NA
 620415 620416 YPTB_RNA_42 YPTB_RNA_43 tRNA-Cys1 tRNA-Leu4 TRUE 0.900 11.000 0.000 NA   NA
 620417 620418 YPTB1738 YPTB1739 ogrK   FALSE 0.344 92.000 0.000 NA   NA
 620418 620419 YPTB1739 YPTB1740     TRUE 0.998 -3.000 0.600 NA   NA
 620419 620420 YPTB1740 YPTB1741     TRUE 0.992 0.000 0.250 NA   NA
 620420 620421 YPTB1741 YPTB1742     TRUE 0.997 -7.000 0.545 NA   NA
 620421 620422 YPTB1742 YPTB1743     TRUE 0.981 33.000 0.786 NA   NA
 620422 620423 YPTB1743 YPTB1744     TRUE 0.751 51.000 0.143 NA   NA
 620423 620424 YPTB1744 YPTB1745     TRUE 0.992 14.000 0.667 NA   NA
 620424 620425 YPTB1745 YPTB1746     FALSE 0.299 128.000 0.000 NA   NA
 620425 620426 YPTB1746 YPTB1747     TRUE 0.889 12.000 0.000 NA   NA
 620426 620427 YPTB1747 YPTB1748     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620427 620428 YPTB1748 YPTB1749     TRUE 0.998 -7.000 0.667 NA   NA
 620428 620429 YPTB1749 YPTB1750     TRUE 0.995 5.000 0.500 NA   NA
 620429 620430 YPTB1750 YPTB1751     TRUE 0.995 -3.000 0.333 NA   NA
 620430 620431 YPTB1751 YPTB1752     TRUE 0.383 74.000 0.000 NA   NA
 620431 620432 YPTB1752 YPTB1753     TRUE 0.991 -3.000 0.222 NA   NA
 620432 620433 YPTB1753 YPTB1754     TRUE 0.656 96.000 0.200 NA   NA
 620433 620434 YPTB1754 YPTB1755     TRUE 0.992 2.000 0.300 NA   NA
 620434 620435 YPTB1755 YPTB1756     TRUE 0.995 -16.000 0.500 NA   NA
 620435 620436 YPTB1756 YPTB1757     TRUE 0.991 -9.000 0.286 NA   NA
 620436 620437 YPTB1757 YPTB1758     TRUE 0.990 0.000 0.222 NA   NA
 620437 620438 YPTB1758 YPTB1759     TRUE 0.978 100.000 1.000 0.004   NA
 620438 620439 YPTB1759 YPTB1760     TRUE 0.997 4.000 0.667 1.000   NA
 620439 620440 YPTB1760 YPTB1761     FALSE 0.348 77.000 0.000 1.000   NA
 620441 620442 YPTB1762 YPTB1763     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620442 620443 YPTB1763 YPTB1764     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620444 620445 YPTB1765 YPTB1766     TRUE 0.772 23.000 0.000 NA   NA
 620445 620446 YPTB1766 YPTB1767     TRUE 0.997 -13.000 0.667 NA   NA
 620446 620447 YPTB1767 YPTB1768     TRUE 0.425 66.000 0.000 NA   NA
 620447 620448 YPTB1768 YPTB1769     FALSE 0.180 207.000 0.000 NA   NA
 620448 620449 YPTB1769 YPTB1770     TRUE 0.510 55.000 0.000 NA   NA
 620450 620451 YPTB1771 YPTB1772     TRUE 0.689 28.000 0.000 1.000   NA
 620451 620452 YPTB1772 YPTB1773     TRUE 0.995 0.000 0.400 NA   NA
 620452 620453 YPTB1773 YPTB1774     FALSE 0.307 120.000 0.000 NA   NA
 620453 620454 YPTB1774 YPTB1775     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620455 620456 YPTB1776 YPTB1777     FALSE 0.050 320.000 0.000 NA   NA
 620456 620457 YPTB1777 YPTB1778     TRUE 0.954 94.000 1.000 NA   NA
 620457 620458 YPTB1778 YPTB1779     FALSE 0.293 132.000 0.000 NA   NA
 620458 620459 YPTB1779 YPTB1780     FALSE 0.035 359.000 0.000 NA   NA
 620459 620460 YPTB1780 YPTB1781     FALSE 0.123 237.000 0.000 NA   NA
 620460 620461 YPTB1781 YPTB1782     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620461 620462 YPTB1782 YPTB1783     TRUE 0.586 45.000 0.000 NA   NA
 620462 620463 YPTB1783 YPTB1784     TRUE 0.982 -13.000 0.080 0.057   NA
 620463 620464 YPTB1784 YPTB1785     FALSE 0.060 301.000 0.000 NA   NA
 620464 620465 YPTB1785 YPTB1786     TRUE 0.941 4.000 0.000 NA   NA
 620465 620466 YPTB1786 YPTB1787     FALSE 0.008 865.000 0.000 NA   NA
 620466 620467 YPTB1787 YPTB1788     FALSE 0.356 85.000 0.000 NA   NA
 620467 620468 YPTB1788 YPTB1789     FALSE 0.075 278.000 0.000 NA   NA
 620468 620469 YPTB1789 YPTB1790     TRUE 0.900 11.000 0.000 NA   NA
 620470 620471 YPTB1791 YPTB1792     TRUE 0.819 18.000 0.000 NA   NA
 620471 620472 YPTB1792 YPTB1793     FALSE 0.221 185.000 0.000 NA   NA
 620472 620473 YPTB1793 YPTB1794     TRUE 0.941 4.000 0.000 NA   NA
 620473 620474 YPTB1794 YPTB1795   rdgC TRUE 0.941 4.000 0.000 NA   NA
 620474 620475 YPTB1795 YPTB1796 rdgC   TRUE 0.959 0.000 0.000 NA   NA
 620475 620476 YPTB1796 YPTB1797     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620476 620477 YPTB1797 YPTB1798   yfdM TRUE 0.991 -3.000 0.000 0.002   NA
 620477 620478 YPTB1798 YPTB1799 yfdM   TRUE 0.989 -3.000 0.033 0.002   NA
 620478 620479 YPTB1799 YPTB1800     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620479 620480 YPTB1800 YPTB1801     FALSE 0.026 394.000 0.000 NA   NA
 620480 620481 YPTB1801 YPTB1802     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620481 620482 YPTB1802 YPTB1803     FALSE 0.054 312.000 0.000 NA   NA
 620482 620483 YPTB1803 YPTB1804     FALSE 0.247 173.000 0.000 NA   NA
 620483 620484 YPTB1804 YPTB1805     TRUE 0.992 0.000 0.250 NA   NA
 620484 620485 YPTB1805 YPTB1806     FALSE 0.293 132.000 0.000 NA   NA
 620485 620486 YPTB1806 YPTB1807     FALSE 0.162 218.000 0.000 NA   NA
 620486 620487 YPTB1807 YPTB1808     FALSE 0.315 107.000 0.000 NA   NA
 620487 620488 YPTB1808 YPTB1809     TRUE 0.988 0.000 0.000 1.000 Y NA
 620488 620489 YPTB1809 YPTB1810     FALSE 0.308 118.000 0.000 NA   NA
 620489 620490 YPTB1810 YPTB1811     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620490 620491 YPTB1811 YPTB1812     TRUE 0.989 0.000 0.208 NA   NA
 620491 620492 YPTB1812 YPTB1813     FALSE 0.093 270.000 0.067 NA   NA
 620492 620493 YPTB1813 YPTB1814     TRUE 0.944 60.000 0.643 NA   NA
 620493 620494 YPTB1814 YPTB1815     TRUE 0.918 78.000 0.643 NA   NA
 620494 620495 YPTB1815 YPTB1816     TRUE 0.967 66.000 1.000 NA   NA
 620495 620496 YPTB1816 YPTB1817     TRUE 0.999 3.000 1.000 NA   NA
 620496 620497 YPTB1817 YPTB1818     TRUE 0.997 0.000 0.600 NA   NA
 620497 620498 YPTB1818 YPTB1819     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620498 620499 YPTB1819 YPTB1820     TRUE 0.900 11.000 0.000 NA   NA
 620500 620501 YPTB1821 YPTB1822     TRUE 0.956 -6.000 0.000 NA   NA
 620502 620503 YPTB1823 YPTB1824     TRUE 0.995 -3.000 0.333 NA   NA
 620503 620504 YPTB1824 YPTB1825     TRUE 0.840 67.000 0.333 NA   NA
 620504 620505 YPTB1825 YPTB1826     TRUE 0.935 -25.000 0.000 NA   NA
 620505 620506 YPTB1826 YPTB1827     TRUE 0.991 8.000 0.400 NA   NA
 620506 620507 YPTB1827 YPTB1828     TRUE 0.995 16.000 1.000 NA   NA
 620507 620508 YPTB1828 YPTB1829     TRUE 0.998 0.000 0.700 NA   NA
 620508 620509 YPTB1829 YPTB1830     TRUE 0.997 11.000 0.875 NA   NA
 620509 620510 YPTB1830 YPTB1831     FALSE 0.044 334.000 0.000 NA   NA
 620510 620511 YPTB1831 YPTB1832     TRUE 0.931 -46.000 0.000 NA   NA
 620512 620513 YPTB1833 YPTB1834   ogrK FALSE 0.008 879.000 0.000 NA   NA
 620513 620514 YPTB1834 YPTB1835 ogrK   TRUE 0.381 75.000 0.000 NA   NA
 620514 620515 YPTB1835 YPTB1836     TRUE 0.992 -3.000 0.250 NA   NA
 620515 620516 YPTB1836 YPTB1837     TRUE 0.994 12.000 0.667 NA   NA
 620516 620517 YPTB1837 YPTB1838     TRUE 0.953 -7.000 0.000 NA   NA
 620517 620518 YPTB1838 YPTB1839     TRUE 0.889 12.000 0.000 NA   NA
 620518 620519 YPTB1839 YPTB1840     TRUE 0.977 54.000 1.000 NA   NA
 620519 620520 YPTB1840 YPTB1841     TRUE 0.997 12.000 1.000 NA   NA
 620520 620521 YPTB1841 YPTB1842     FALSE 0.290 134.000 0.000 NA   NA
 620521 620522 YPTB1842 YPTB1843     TRUE 0.889 12.000 0.000 NA   NA
 620522 620523 YPTB1843 YPTB1844     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620523 620524 YPTB1844 YPTB1845     TRUE 0.999 -7.000 1.000 NA   NA
 620524 620525 YPTB1845 YPTB1846     TRUE 0.999 3.000 1.000 NA   NA
 620525 620526 YPTB1846 YPTB1847     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 620526 620527 YPTB1847 YPTB1848     FALSE 0.045 331.000 0.000 NA   NA
 620527 620528 YPTB1848 YPTB1849     FALSE 0.051 317.000 0.000 NA   NA
 620528 620529 YPTB1849 YPTB1850     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 620529 620530 YPTB1850 YPTB1851     TRUE 0.907 99.000 0.667 NA   NA
 620530 620531 YPTB1851 YPTB1852     TRUE 0.993 5.000 0.400 NA   NA
 620531 620532 YPTB1852 YPTB1853     TRUE 0.994 -13.000 0.400 NA   NA
 620532 620533 YPTB1853 YPTB1854     TRUE 0.966 30.000 0.500 NA   NA
 620533 620534 YPTB1854 YPTB1855     TRUE 0.999 0.000 1.000 NA   NA
 620534 620535 YPTB1855 YPTB1856     FALSE 0.373 234.000 0.000 0.003   NA
 620535 620536 YPTB1856 YPTB1857     TRUE 0.993 7.000 0.500 1.000   NA
 620536 620537 YPTB1857 YPTB1858     TRUE 0.953 37.000 0.500 1.000   NA
 620538 620539 YPTB1859 YPTB1860     TRUE 0.568 48.000 0.000 NA   NA
 620540 620541 YPTB1861 YPTB1862     FALSE 0.177 208.000 0.000 NA   NA
 620541 620542 YPTB1862 YPTB1863   dam FALSE 0.349 89.000 0.000 NA   NA
 620542 620543 YPTB1863 YPTB1864 dam   TRUE 0.996 -3.000 0.000 0.014 Y NA
 620543 620544 YPTB1864 YPTB1865     TRUE 0.493 57.000 0.000 NA   NA
 620544 620545 YPTB1865 YPTB1866     FALSE 0.361 83.000 0.000 NA   NA
 620545 620546 YPTB1866 YPTB1867     TRUE 0.714 28.000 0.000 NA   NA
 620546 620547 YPTB1867 YPTB1868     FALSE 0.284 142.000 0.000 NA   NA
 620547 620548 YPTB1868 YPTB1869     FALSE 0.167 215.000 0.000 NA   NA
 620549 620550 YPTB1870 YPTB1871   USO1 TRUE 0.790 21.000 0.000 NA   NA
 620550 620551 YPTB1871 YPTB1872 USO1   TRUE 0.790 21.000 0.000 NA   NA
 620551 620552 YPTB1872 YPTB1873     TRUE 0.403 69.000 0.000 NA   NA
 620552 620553 YPTB1873 YPTB1874     TRUE 0.959 0.000 0.000 NA   NA
 620553 620554 YPTB1874 YPTB1875     FALSE 0.065 294.000 0.000 NA   NA
 620556 620557 YPTB1878 YPTB1879     FALSE 0.032 370.000 0.000 NA   NA
 620558 620559 YPTB1880 YPTB1881     TRUE 0.736 26.000 0.000 NA   NA
 620559 620560 YPTB1881 YPTB1882   tnpA FALSE 0.155 220.000 0.000 NA   NA
 620560 620561 YPTB1882 YPTB1883 tnpA   TRUE 0.940 72.000 0.521 0.056   NA
 620562 620563 YPTB1884 YPTB1885     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620563 620564 YPTB1885 YPTB1886     TRUE 0.995 -10.000 0.000 0.006 Y NA
 620564 620565 YPTB1886 YPTB1887     TRUE 0.945 -12.000 0.000 NA   NA
 620565 620566 YPTB1887 YPTB1888     TRUE 0.941 -15.000 0.000 NA   NA
 620566 620567 YPTB1888 YPTB1889   lysA TRUE 0.628 -3.000 0.048 1.000 N NA
 620567 620568 YPTB1889 YPTB1890 lysA yjcK TRUE 0.663 -25.000 0.000 1.000 N NA
 620569 620570 YPTB1891 YPTB1892   tnpA FALSE 0.103 338.000 0.000 0.056   NA
 620570 620571 YPTB1892 YPTB1893 tnpA   FALSE 0.142 226.000 0.000 NA   NA
 620571 620572 YPTB1893 YPTB1894     FALSE 0.358 84.000 0.000 NA   NA
 620572 620573 YPTB1894 YPTB1895     FALSE 0.282 146.000 0.000 NA   NA
 620573 620574 YPTB1895 YPTB1896     TRUE 0.936 5.000 0.000 NA   NA
 620574 620575 YPTB1896 YPTB1897     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620575 620576 YPTB1897 YPTB1898     FALSE 0.022 435.000 0.000 NA   NA
 620576 620577 YPTB1898 YPTB1899     TRUE 0.829 17.000 0.000 NA   NA
 620577 620578 YPTB1899 YPTB1900     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 620579 620580 YPTB1901 YPTB1902     TRUE 0.979 8.000 0.200 NA   NA
 620580 620581 YPTB1902 YPTB1903     TRUE 0.425 66.000 0.000 NA   NA
 620581 620582 YPTB1903 YPTB1904     TRUE 0.568 48.000 0.000 NA   NA
 620582 620583 YPTB1904 YPTB1905     TRUE 0.959 0.000 0.000 NA   NA
 620584 620585 YPTB1906 YPTB1907     TRUE 0.889 12.000 0.000 NA   NA
 620586 620587 YPTB1908 YPTB1909     TRUE 0.725 27.000 0.000 NA   NA
 620587 620588 YPTB1909 YPTB1910     FALSE 0.216 187.000 0.000 NA   NA
 620590 620591 YPTB1912 YPTB1913     TRUE 0.668 30.000 0.000 1.000   NA
 620591 620592 YPTB1913 YPTB1914     TRUE 0.841 67.000 0.000 0.059 Y NA
 620592 620593 YPTB1914 YPTB1915     TRUE 0.993 -7.000 0.000 0.059 Y NA
 620593 620594 YPTB1915 YPTB1916     TRUE 0.957 25.000 0.000 0.059 Y NA
 620595 620596 YPTB_RNA_72 YPTB1917 tRNA-Asn1   FALSE 0.059 303.000 0.000 NA   NA
 620596 620597 YPTB1917 YPTB1918     TRUE 0.995 -3.000 0.333 NA   NA
 620597 620598 YPTB1918 YPTB1919     TRUE 0.991 16.000 0.667 NA   NA
 620598 620599 YPTB1919 YPTB1920     TRUE 0.974 49.000 0.500 1.000 Y NA
 620599 620600 YPTB1920 YPTB1921     TRUE 0.798 93.000 0.154 1.000 Y NA
 620600 620601 YPTB1921 YPTB1922     FALSE 0.004 381.000 0.000 1.000 N NA
 620601 620602 YPTB1922 YPTB1923     TRUE 0.992 -25.000 0.037 0.011 Y NA
 620602 620603 YPTB1923 YPTB1924     FALSE 0.001 827.000 0.000 1.000 N NA
 620603 620604 YPTB1924 YPTB1925     TRUE 0.948 23.000 0.417 1.000 N NA
 620604 620605 YPTB1925 YPTB1926     TRUE 0.921 50.000 0.600 1.000 N NA
 620607 620608 YPTB1928 YPTB1929     TRUE 0.750 25.000 0.000 NA   NA
 620608 620609 YPTB1929 YPTB1930     FALSE 0.155 220.000 0.000 NA   NA
 620609 620610 YPTB1930 YPTB1931     TRUE 0.872 66.000 0.417 1.000   NA
 620614 620615 YPTB1935 YPTB1936 ansP   FALSE 0.001 765.000 0.000 1.000 N NA
 620616 620617 YPTB1937 YPTB1938     FALSE 0.014 111.000 0.028 1.000 N NA
 620617 620618 YPTB1938 YPTB1939     FALSE 0.002 600.000 0.000 NA N NA
 620618 620619 YPTB1939 YPTB1940     TRUE 0.621 204.000 0.133 NA Y NA
 620619 620620 YPTB1940 YPTB1941     FALSE 0.362 301.000 0.386 NA   NA
 620620 620621 YPTB1941 YPTB1942     TRUE 0.997 3.000 0.625 NA   NA
 620621 620622 YPTB1942 YPTB1943     TRUE 0.997 -10.000 0.878 NA N NA
 620622 620623 YPTB1943 YPTB1944     TRUE 0.963 4.000 0.175 NA N NA
 620623 620624 YPTB1944 YPTB1945     TRUE 0.826 -43.000 0.078 1.000 N NA
 620624 620625 YPTB1945 YPTB1946     TRUE 0.991 -3.000 0.176 0.012 N NA
 620625 620626 YPTB1946 YPTB1947   tehB FALSE 0.085 173.000 0.071 1.000 N NA
 620626 620627 YPTB1947 YPTB1948 tehB   FALSE 0.100 141.000 0.071 1.000 N NA
 620627 620628 YPTB1948 YPTB1949   hmsH FALSE 0.008 669.000 0.000 1.000   NA
 620628 620629 YPTB1949 YPTB1950 hmsH hmsF TRUE 0.993 13.000 0.696 1.000   NA
 620629 620630 YPTB1950 YPTB1951 hmsF hmsR TRUE 0.885 -10.000 0.087 1.000 N NA
 620630 620631 YPTB1951 YPTB1952 hmsR hmsS TRUE 0.986 -3.000 0.154 NA   NA
 620631 620632 YPTB1952 YPTB1953 hmsS   FALSE 0.038 349.000 0.000 NA   NA
 620632 620633 YPTB1953 YPTB1954     FALSE 0.021 439.000 0.000 NA   NA
 620633 620634 YPTB1954 YPTB1955   phoH TRUE 0.502 60.000 0.065 NA   NA
 620635 620636 YPTB1956 YPTB1957 chaA narX FALSE 0.013 567.000 0.000 0.078 N NA
 620637 620638 YPTB1958 YPTB1959   astC FALSE 0.078 661.000 0.000 0.015 Y NA
 620638 620639 YPTB1959 YPTB1960 astC astA TRUE 0.980 30.000 0.400 1.000 Y NA
 620639 620640 YPTB1960 YPTB1961 astA astD TRUE 0.706 -3.000 0.051 1.000 N NA
 620640 620641 YPTB1961 YPTB1962 astD astB TRUE 0.917 24.000 0.306 1.000 N NA
 620641 620642 YPTB1962 YPTB1963 astB astE TRUE 0.784 58.000 0.063 1.000 Y NA
 620642 620643 YPTB1963 YPTB1964 astE ompC2 FALSE 0.001 727.000 0.000 1.000 N NA
 620644 620645 YPTB1965 YPTB1966 hutG hutI TRUE 0.439 -3.000 0.031 1.000 N NA
 620645 620646 YPTB1966 YPTB1967 hutI hutC FALSE 0.007 204.000 0.010 1.000 N NA
 620647 620648 YPTB1968 YPTB1969     TRUE 0.965 0.000 0.067 NA   NA
 620650 620651 YPTB1971 YPTB1972     TRUE 0.922 14.000 0.200 1.000 N NA
 620651 620652 YPTB1972 YPTB1973     TRUE 0.978 -7.000 0.133 1.000   NA
 620652 620653 YPTB1973 YPTB1974     TRUE 0.997 -3.000 0.550 NA   NA
 620653 620654 YPTB1974 YPTB1975     FALSE 0.052 185.000 0.054 NA N NA
 620654 620655 YPTB1975 YPTB1976     TRUE 0.954 0.000 0.000 1.000   NA
 620655 620656 YPTB1976 YPTB1977     TRUE 0.962 -3.000 0.000 NA   NA
 620656 620657 YPTB1977 YPTB1978     TRUE 0.987 -3.000 0.167 NA   NA
 620658 620659 YPTB1979 YPTB1980     FALSE 0.256 170.000 0.000 NA   NA
 620659 620660 YPTB1980 YPTB1981     TRUE 0.718 64.000 0.000 0.013   NA
 620661 620662 YPTB1982 YPTB1983     FALSE 0.094 247.000 0.000 1.000   NA
 620663 620664 YPTB1984 YPTB1985     TRUE 0.558 105.000 0.000 0.046   NA
 620664 620665 YPTB1985 YPTB1986     FALSE 0.041 341.000 0.000 NA   NA
 620665 620666 YPTB1986 YPTB1987     TRUE 0.944 -13.000 0.000 NA   NA
 620666 620667 YPTB1987 YPTB1988     TRUE 0.932 6.000 0.000 NA   NA
 620667 620668 YPTB1988 YPTB1989     FALSE 0.008 780.000 0.000 NA   NA
 620668 620669 YPTB1989 YPTB1990     FALSE 0.170 213.000 0.000 NA   NA
 620669 620670 YPTB1990 YPTB1991     TRUE 0.731 55.000 0.154 1.000   NA
 620670 620671 YPTB1991 YPTB1992     FALSE 0.068 277.000 0.000 1.000   NA
 620671 620672 YPTB1992 YPTB1993   copR TRUE 1.000 6.000 0.793 0.001 Y NA
 620673 620674 YPTB1994 YPTB1995     FALSE 0.209 191.000 0.000 NA   NA
 620674 620675 YPTB1995 YPTB1996     TRUE 0.933 15.000 0.133 NA   NA
 620676 620677 YPTB1997 YPTB1998   ychF FALSE 0.315 107.000 0.000 NA   NA
 620677 620678 YPTB1998 YPTB1999 ychF pth TRUE 0.766 165.000 0.184 1.000 Y NA
 620680 620681 YPTB2001 YPTB2002 prsA ipk FALSE 0.005 341.000 0.053 1.000 N NA
 620681 620682 YPTB2002 YPTB2003 ipk   TRUE 0.961 2.000 0.157 1.000 N NA
 620683 620684 YPTB2004 YPTB2005 hemA prfA TRUE 0.884 33.000 0.171 0.045 N NA
 620684 620685 YPTB2005 YPTB2006 prfA   TRUE 0.998 0.000 0.229 0.045 Y NA
 620685 620686 YPTB2006 YPTB2007     TRUE 0.599 64.000 0.109 NA   NA
 620686 620687 YPTB2007 YPTB2008     TRUE 0.989 -3.000 0.195 NA   NA
 620687 620688 YPTB2008 YPTB2009   kdsA TRUE 0.413 96.000 0.089 1.000   NA
 620688 620689 YPTB2009 YPTB2010 kdsA tnp FALSE 0.002 498.000 0.000 1.000 N NA
 620690 620691 YPTB2011 YPTB_RNA_71 ychM tRNA-Ser5 FALSE 0.008 828.000 0.000 NA   NA
 620691 620692 YPTB_RNA_71 YPTB2012 tRNA-Ser5   FALSE 0.284 142.000 0.000 NA   NA
 620692 620693 YPTB2012 YPTB2013     FALSE 0.054 301.000 0.000 1.000   NA
 620693 620694 YPTB2013 YPTB2014     TRUE 0.988 20.000 0.480 0.059   NA
 620694 620695 YPTB2014 YPTB2015     TRUE 0.999 -3.000 0.440 0.059 Y NA
 620695 620696 YPTB2015 YPTB2016     TRUE 0.999 -3.000 0.400 0.059 Y NA
 620697 620698 YPTB2017 YPTB2018     TRUE 0.986 -28.000 0.375 NA N NA
 620700 620701 YPTB2019 YPTB2020     TRUE 0.939 37.000 0.417 1.000   NA
 620702 620703 YPTB2021 YPTB2022   yceL FALSE 0.079 425.000 0.196 NA   NA
 620704 620705 YPTB2023 YPTB2024 rimJ   TRUE 0.960 8.000 0.116 NA   NA
 620705 620706 YPTB2024 YPTB2025     TRUE 0.940 11.000 0.103 NA   NA
 620706 620707 YPTB2025 YPTB2026   mviN FALSE 0.047 267.000 0.022 1.000   NA
 620707 620708 YPTB2026 YPTB2027 mviN HlyB FALSE 0.020 447.000 0.000 NA   NA
 620708 620709 YPTB2027 YPTB2028 HlyB HlyA TRUE 0.995 30.000 1.000 NA Y NA
 620711 620712 YPTB2030 YPTB2031   cutC FALSE 0.134 232.000 0.057 NA   NA
 620713 620714 YPTB2032 YPTB2033     TRUE 0.994 -3.000 0.315 NA   NA
 620714 620715 YPTB2033 YPTB2034     FALSE 0.288 191.000 0.089 NA   NA
 620715 620716 YPTB2034 YPTB2035     TRUE 0.407 180.000 0.126 NA   NA
 620717 620718 YPTB2036 YPTB2037 aspS nudB TRUE 0.671 0.000 0.050 1.000 N NA
 620718 620719 YPTB2037 YPTB2038 nudB   TRUE 0.413 58.000 0.035 NA   NA
 620719 620720 YPTB2038 YPTB2039   ruvC