MicrobesOnline Operon Predictions for Mesorhizobium sp. BNC1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1778910 1778911 Meso_0001 Meso_0002     TRUE 0.779 188.000 0.328 1.000 Y NA
 1778911 1778912 Meso_0002 Meso_0003     TRUE 0.998 -3.000 0.318 1.000 Y NA
 1778912 1778913 Meso_0003 Meso_0004     TRUE 0.428 47.000 0.019 1.000 N NA
 1778914 1778915 Meso_0005 Meso_0006     FALSE 0.372 36.000 0.000 NA   NA
 1778915 1778916 Meso_0006 Meso_0007     FALSE 0.079 190.000 0.000 NA   NA
 1778916 1778917 Meso_0007 Meso_0008     TRUE 0.978 -3.000 0.052 1.000 N NA
 1778917 1778918 Meso_0008 Meso_0009     TRUE 0.977 6.000 0.058 1.000 Y NA
 1778920 1778921 Meso_0011 Meso_0012     FALSE 0.118 121.000 0.000 NA N NA
 1778927 1778928 Meso_0018 Meso_0019     FALSE 0.176 98.000 0.000 1.000 N NA
 1778928 1778929 Meso_0019 Meso_0020     FALSE 0.295 49.000 0.000 NA   NA
 1778929 1778930 Meso_0020 Meso_0021     FALSE 0.362 60.000 0.025 NA   NA
 1778930 1778931 Meso_0021 Meso_0022     TRUE 0.989 19.000 0.562 1.000 Y NA
 1778931 1778932 Meso_0022 Meso_0023     TRUE 0.948 36.000 0.247 1.000 Y NA
 1778932 1778933 Meso_0023 Meso_0024     FALSE 0.085 197.000 0.000 1.000 N NA
 1778934 1778935 Meso_0025 Meso_0026     FALSE 0.119 206.000 0.019 1.000   NA
 1778935 1778936 Meso_0026 Meso_0027     TRUE 0.989 0.000 0.274 NA   NA
 1778937 1778938 Meso_0028 Meso_0029     TRUE 0.997 -3.000 0.460 1.000   NA
 1778938 1778939 Meso_0029 Meso_0030     FALSE 0.217 97.000 0.008 1.000   NA
 1778940 1778941 Meso_0031 Meso_0032     TRUE 0.997 0.000 0.751 1.000 N NA
 1778944 1778945 Meso_0035 Meso_0036     TRUE 0.971 2.000 0.115 1.000   NA
 1778945 1778946 Meso_0036 Meso_0037     TRUE 0.999 -7.000 0.870 0.085 Y NA
 1778946 1778947 Meso_0037 Meso_0038     TRUE 0.922 65.000 0.192 0.085 Y NA
 1778947 1778948 Meso_0038 Meso_0039     FALSE 0.151 543.000 0.000 1.000 Y NA
 1778948 1778949 Meso_0039 Meso_0040     TRUE 0.996 3.000 0.364 1.000 Y NA
 1778949 1778950 Meso_0040 Meso_0041     TRUE 0.998 2.000 0.455 0.085 Y NA
 1778950 1778951 Meso_0041 Meso_0042     TRUE 0.624 32.000 0.039 1.000   NA
 1778951 1778952 Meso_0042 Meso_0043     TRUE 0.977 -3.000 0.059 NA   NA
 1778953 1778954 Meso_0044 Meso_0045     FALSE 0.295 49.000 0.000 NA   NA
 1778955 1778956 Meso_0046 Meso_0047     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 1778956 1778957 Meso_0047 Meso_0048     FALSE 0.119 465.000 0.000 0.003   NA
 1778957 1778958 Meso_0048 Meso_0049     FALSE 0.038 430.000 0.000 1.000   NA
 1778958 1778959 Meso_0049 Meso_0050     FALSE 0.151 117.000 0.000 1.000 N NA
 1778959 1778960 Meso_0050 Meso_0051     FALSE 0.178 97.000 0.000 1.000 N NA
 1778961 1778962 Meso_0052 Meso_0053     TRUE 0.950 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1778962 1778963 Meso_0053 Meso_0054     TRUE 0.707 56.000 0.000 1.000 Y NA
 1778963 1778964 Meso_0054 Meso_0055     TRUE 0.950 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1778964 1778965 Meso_0055 Meso_0056     TRUE 0.950 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1778966 1778967 Meso_0057 Meso_0058     FALSE 0.150 118.000 0.000 1.000 N NA
 1778967 1778968 Meso_0058 Meso_0059     TRUE 0.742 138.000 0.025 0.001 Y NA
 1778968 1778969 Meso_0059 Meso_0060     TRUE 0.994 23.000 0.525 0.001 Y NA
 1778969 1778970 Meso_0060 Meso_0061     FALSE 0.082 186.000 0.000 NA   NA
 1778971 1778972 Meso_0062 Meso_0063     FALSE 0.145 132.000 0.000 1.000   NA
 1778972 1778973 Meso_0063 Meso_0064     TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.012   NA
 1778973 1778974 Meso_0064 Meso_0065     TRUE 0.998 3.000 0.560 1.000 Y NA
 1778974 1778975 Meso_0065 Meso_0066     TRUE 0.999 0.000 0.779 0.084 Y NA
 1778975 1778976 Meso_0066 Meso_0067     TRUE 0.790 117.000 0.097 0.084 Y NA
 1778977 1778978 Meso_0068 Meso_0069     FALSE 0.040 385.000 0.000 1.000   NA
 1778982 1778983 Meso_0073 Meso_0074     FALSE 0.075 217.000 0.000 1.000 N NA
 1778983 1778984 Meso_0074 Meso_0075     TRUE 0.999 4.000 0.667 0.084 Y NA
 1778984 1778985 Meso_0075 Meso_0076     TRUE 0.950 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1778985 1778986 Meso_0076 Meso_0077     TRUE 0.985 -3.000 0.000 0.007 N NA
 1778986 1778987 Meso_0077 Meso_0078     TRUE 0.979 -3.000 0.067 NA   NA
 1778987 1778988 Meso_0078 Meso_0079     TRUE 0.452 26.000 0.000 NA   NA
 1778989 1778990 Meso_0080 Meso_0081     FALSE 0.022 1116.000 0.000 NA   NA
 1778990 1778991 Meso_0081 Meso_0082     FALSE 0.024 623.000 0.000 NA   NA
 1778991 1778992 Meso_0082 Meso_0083     FALSE 0.126 124.000 0.000 NA   NA
 1778992 1778993 Meso_0083 Meso_0084     FALSE 0.113 141.000 0.000 NA   NA
 1778994 1778995 Meso_0085 Meso_0086     TRUE 0.838 -21.000 0.000 NA   NA
 1778996 1778997 Meso_0087 Meso_0088     FALSE 0.113 141.000 0.000 NA   NA
 1779000 1779001 Meso_0091 Meso_0092     TRUE 0.688 111.000 0.367 NA   NA
 1779002 1779003 Meso_0093 Meso_0094     TRUE 0.985 -3.000 0.108 NA   NA
 1501850 1779006 Meso_R0003 Meso_0097     FALSE 0.137 113.000 0.000 NA   NA
 1779007 1779008 Meso_0098 Meso_0099     FALSE 0.055 289.000 0.000 1.000   NA
 1779008 1779009 Meso_0099 Meso_0100     FALSE 0.079 190.000 0.000 NA   NA
 1779009 1779010 Meso_0100 Meso_0101     FALSE 0.170 91.000 0.000 NA   NA
 1779010 1779011 Meso_0101 Meso_0102     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 1779011 1779012 Meso_0102 Meso_0103     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 1779012 1779013 Meso_0103 Meso_0104     TRUE 0.907 0.000 0.000 NA   NA
 1779013 1779014 Meso_0104 Meso_0105     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 1779014 1779015 Meso_0105 Meso_0106     TRUE 0.808 5.000 0.000 NA   NA
 1779015 1779016 Meso_0106 Meso_0107     TRUE 0.983 0.000 0.000 NA Y NA
 1779016 1779017 Meso_0107 Meso_0108     TRUE 0.898 -7.000 0.000 NA   NA
 1779017 1779018 Meso_0108 Meso_0109     TRUE 0.852 3.000 0.000 NA   NA
 1779018 1779019 Meso_0109 Meso_0110     TRUE 0.885 -13.000 0.000 1.000   NA
 1779019 1779020 Meso_0110 Meso_0111     TRUE 0.822 64.000 0.000 0.010 Y NA
 1779020 1779021 Meso_0111 Meso_0112     TRUE 0.974 3.000 0.000 1.000 Y NA
 1779021 1779022 Meso_0112 Meso_0113     TRUE 0.991 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 1779022 1779023 Meso_0113 Meso_0114     FALSE 0.219 306.000 0.000 1.000 Y NA
 1779023 1779024 Meso_0114 Meso_0115     TRUE 0.414 101.000 0.000 0.012   NA
 1779024 1779025 Meso_0115 Meso_0116     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 1779025 1779026 Meso_0116 Meso_0117     TRUE 0.417 31.000 0.000 NA   NA
 1779026 1779027 Meso_0117 Meso_0118     FALSE 0.360 129.000 0.000 0.010   NA
 1779027 1779028 Meso_0118 Meso_0119     TRUE 0.809 21.000 0.000 0.010   NA
 1779028 1779029 Meso_0119 Meso_0120     FALSE 0.041 306.000 0.000 NA   NA
 1779029 1779030 Meso_0120 Meso_0121     FALSE 0.142 109.000 0.000 NA   NA
 1779031 1779032 Meso_0122 Meso_0123     FALSE 0.295 49.000 0.000 NA   NA
 1779032 1779033 Meso_0123 Meso_0124     FALSE 0.092 168.000 0.000 NA   NA
 1779033 1779034 Meso_0124 Meso_0125     TRUE 0.594 14.000 0.000 NA   NA
 1779034 1779035 Meso_0125 Meso_0126     FALSE 0.100 176.000 0.000 1.000 N NA
 1779035 1779036 Meso_0126 Meso_0127     TRUE 0.991 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 1779037 1779038 Meso_0128 Meso_0129     TRUE 0.985 -10.000 0.236 1.000 N NA
 1779038 1779039 Meso_0129 Meso_0130     TRUE 0.981 11.000 0.545 1.000   NA
 1779039 1779040 Meso_0130 Meso_0131     TRUE 0.998 -3.000 0.547 1.000   NA
 1779040 1779041 Meso_0131 Meso_0132     TRUE 0.972 2.000 0.019 0.007 N NA
 1779043 1779044 Meso_0134 Meso_0135     TRUE 0.997 -3.000 0.091 0.084 Y NA
 1779044 1779045 Meso_0135 Meso_0136     TRUE 0.990 -7.000 0.052 1.000 Y NA
 1779045 1779046 Meso_0136 Meso_0137     FALSE 0.028 765.000 0.000 1.000   NA
 1779048 1779049 Meso_0139 Meso_0140     TRUE 0.594 18.000 0.000 1.000   NA
 1779050 1779051 Meso_0141 Meso_0142     FALSE 0.108 176.000 0.000 1.000   NA
 1779051 1779052 Meso_0142 Meso_0143     TRUE 0.643 12.000 0.000 NA   NA
 1779052 1779053 Meso_0143 Meso_0144     FALSE 0.024 542.000 0.000 NA N NA
 1779053 1779054 Meso_0144 Meso_0145     TRUE 0.884 9.000 0.071 NA N NA
 1779054 1779055 Meso_0145 Meso_0146     TRUE 0.999 -3.000 0.500 NA Y NA
 1779055 1779056 Meso_0146 Meso_0147     TRUE 0.987 4.000 0.400 NA   NA
 1779056 1779057 Meso_0147 Meso_0148     FALSE 0.267 106.000 0.043 NA   NA
 1779059 1779060 Meso_0150 Meso_0151     TRUE 0.546 21.000 0.000 1.000 N NA
 1779062 1779063 Meso_0153 Meso_0154     FALSE 0.175 106.000 0.000 1.000   NA
 1779064 1779065 Meso_0155 Meso_0156     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
 1779066 1779067 Meso_0157 Meso_0158     TRUE 0.896 61.000 0.202 1.000 Y NA
 1779067 1779068 Meso_0158 Meso_0159     TRUE 0.989 0.000 0.032 1.000 Y NA
 1779068 1779069 Meso_0159 Meso_0160     FALSE 0.230 182.000 0.074 1.000 N NA
 1779069 1779070 Meso_0160 Meso_0161     TRUE 0.948 101.000 0.706 1.000 Y NA
 1779070 1779071 Meso_0161 Meso_0162     FALSE 0.164 115.000 0.000 1.000   NA
 1779072 1779073 Meso_0163 Meso_0164     TRUE 0.957 67.000 0.541 1.000 Y NA
 1779073 1779074 Meso_0164 Meso_0165     TRUE 0.998 3.000 0.545 1.000 Y NA
 1779074 1779075 Meso_0165 Meso_0166     TRUE 0.999 3.000 0.758 0.084 Y NA
 1779078 1779079 Meso_0169 Meso_0170     TRUE 0.788 61.000 0.000 0.084 Y NA
 1779079 1779080 Meso_0170 Meso_0171     FALSE 0.136 174.000 0.017 1.000 N NA
 1779081 1501927 Meso_0172 Meso_R0004     FALSE 0.065 220.000 0.000 NA   NA
 1501927 1779082 Meso_R0004 Meso_0173     FALSE 0.030 424.000 0.000 NA   NA
 1779084 1779085 Meso_0175 Meso_0176     TRUE 0.994 -3.000 0.268 1.000 N NA
 1779085 1779086 Meso_0176 Meso_0177     FALSE 0.121 256.000 0.056 NA   NA
 1779086 1779087 Meso_0177 Meso_0178     FALSE 0.333 133.000 0.098 NA   NA
 1779087 1779088 Meso_0178 Meso_0179     TRUE 0.942 10.000 0.195 NA   NA
 1779088 1779089 Meso_0179 Meso_0180     TRUE 0.440 150.000 0.000 1.000 Y NA
 1779090 1779091 Meso_0181 Meso_0182     FALSE 0.138 112.000 0.000 NA   NA
 1779091 1779092 Meso_0182 Meso_0183     FALSE 0.171 113.000 0.005 1.000 N NA
 1779094 1779095 Meso_0185 Meso_0186     TRUE 0.949 4.000 0.102 NA   NA
 1779095 1779096 Meso_0186 Meso_0187     TRUE 0.878 21.000 0.207 NA N NA
 1779096 1779097 Meso_0187 Meso_0188     TRUE 0.595 134.000 0.293 1.000 N NA
 1779097 1779098 Meso_0188 Meso_0189     TRUE 0.998 -3.000 0.768 NA   NA
 1779098 1779099 Meso_0189 Meso_0190     TRUE 0.857 20.000 0.157 NA   NA
 1779099 1779100 Meso_0190 Meso_0191     TRUE 0.885 11.000 0.096 NA   NA
 1779100 1779101 Meso_0191 Meso_0192     TRUE 0.707 43.000 0.138 NA   NA
 1779101 1779102 Meso_0192 Meso_0193     FALSE 0.206 121.000 0.028 NA   NA
 1779102 1779103 Meso_0193 Meso_0194     FALSE 0.082 186.000 0.000 NA   NA
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 1780810 1780811 Meso_1913 Meso_1914     TRUE 0.546 30.000 0.024 NA   NA
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 1780819 1780820 Meso_1922 Meso_1923     TRUE 0.929 41.000 0.202 1.000 Y NA
 1780820 1780821 Meso_1923 Meso_1924     FALSE 0.220 70.000 0.000 NA   NA
 1780822 1780823 Meso_1925 Meso_1926     FALSE 0.119 184.000 0.019 NA   NA
 1780823 1503713 Meso_1926 Meso_R0034     FALSE 0.094 165.000 0.000 NA   NA
 1503713 1780824 Meso_R0034 Meso_1927     FALSE 0.026 534.000 0.000 NA   NA
 1780825 1780826 Meso_1928 Meso_1929     FALSE 0.204 86.000 0.000 1.000 N NA
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 1780827 1780828 Meso_1930 Meso_1931     TRUE 0.942 -3.000 0.000 NA   NA
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 1780838 1780839 Meso_1941 Meso_1942     FALSE 0.028 484.000 0.000 NA   NA
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 1780879 1780880 Meso_1982 Meso_1983     FALSE 0.076 195.000 0.000 NA   NA
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 1780887 1780888 Meso_1990 Meso_1991     FALSE 0.201 78.000 0.000 NA   NA
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 1781005 1781006 Meso_2109 Meso_2110     FALSE 0.113 160.000 0.000 1.000 N NA
 1781007 1781008 Meso_2111 Meso_2112     TRUE 0.593 44.000 0.065 1.000 N NA
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 1781012 1781013 Meso_2116 Meso_2117     TRUE 0.993 -3.000 0.027 1.000 Y NA
 1781013 1781014 Meso_2117 Meso_2118     TRUE 0.795 12.000 0.036 1.000 N NA
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 1781016 1781017 Meso_2120 Meso_2121     FALSE 0.148 103.000 0.000 NA   NA
 1781017 1781018 Meso_2121 Meso_2122     FALSE 0.206 76.000 0.000 NA   NA
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 1781022 1781023 Meso_2126 Meso_2127     TRUE 0.999 -3.000 0.696 1.000 Y NA
 1781023 1781024 Meso_2127 Meso_2128     TRUE 0.875 42.000 0.086 1.000 Y NA
 1781025 1781026 Meso_2129 Meso_2130     FALSE 0.056 247.000 0.000 NA   NA
 1781027 1781028 Meso_2131 Meso_2132     FALSE 0.063 223.000 0.000 NA   NA
 1781028 1781029 Meso_2132 Meso_2133     FALSE 0.153 99.000 0.000 NA   NA