MicrobesOnline Operon Predictions for Pseudomonas syringae phaseolicola

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 876868 876869 PSPPH_0001 PSPPH_0002 dnaA dnaN TRUE 0.949 39.000 0.328 1.000 Y NA
 876869 876870 PSPPH_0002 PSPPH_0003 dnaN recF TRUE 0.973 23.000 0.318 1.000 Y NA
 876870 876871 PSPPH_0003 PSPPH_0004 recF gyrB TRUE 0.997 5.000 0.249 0.006 Y NA
 876871 876872 PSPPH_0004 PSPPH_0005 gyrB   FALSE 0.011 310.000 0.000 1.000 N NA
 876873 876874 PSPPH_0006 PSPPH_0007     FALSE 0.010 280.000 0.000 NA   NA
 876874 876875 PSPPH_0007 PSPPH_0008     FALSE 0.270 51.000 0.000 1.000   NA
 876875 876876 PSPPH_0008 PSPPH_0009   plsC FALSE 0.003 509.000 0.000 1.000   NA
 876876 876877 PSPPH_0009 PSPPH_0010 plsC   TRUE 0.809 66.000 0.310 1.000 N NA
 876877 876878 PSPPH_0010 PSPPH_0011   glyS TRUE 0.960 11.000 0.123 1.000 N NA
 876878 876879 PSPPH_0011 PSPPH_0012 glyS glyQ TRUE 0.999 -3.000 0.651 0.001 Y NA
 876880 876881 PSPPH_0013 PSPPH_0014 tag   TRUE 0.510 39.000 0.017 1.000 N NA
 876881 876882 PSPPH_0014 PSPPH_0015     FALSE 0.138 71.000 0.000 NA   NA
 876883 876884 PSPPH_0016 PSPPH_0017     FALSE 0.270 51.000 0.000 1.000   NA
 876884 876885 PSPPH_0017 PSPPH_0018   trkA FALSE 0.066 155.000 0.000 1.000   NA
 876885 876886 PSPPH_0018 PSPPH_0019 trkA sun TRUE 0.981 -3.000 0.122 1.000 N NA
 876886 876887 PSPPH_0019 PSPPH_0020 sun fmt TRUE 0.996 -3.000 0.305 1.000 Y NA
 876887 876888 PSPPH_0020 PSPPH_0021 fmt def1 TRUE 0.887 60.000 0.105 0.019 Y NA
 876889 876890 PSPPH_0022 PSPPH_0023   smf FALSE 0.192 124.000 0.033 1.000   NA
 876890 876891 PSPPH_0023 PSPPH_0024 smf   TRUE 0.503 39.000 0.023 NA N NA
 876893 876894 PSPPH_0026 PSPPH_0027 hemF aroE TRUE 0.982 0.000 0.093 1.000 N NA
 876895 876896 PSPPH_0028 PSPPH_0029     TRUE 0.541 177.000 0.259 0.088 N NA
 876896 876897 PSPPH_0029 PSPPH_0030   betC TRUE 0.856 38.000 0.218 1.000 N NA
 876898 876899 PSPPH_0031 PSPPH_0032     TRUE 0.711 37.000 0.079 NA N NA
 876899 876900 PSPPH_0032 PSPPH_0033     FALSE 0.023 214.000 0.000 NA   NA
 876901 876902 PSPPH_0034 PSPPH_0035   trpA FALSE 0.063 126.000 0.000 NA   NA
 876902 876903 PSPPH_0035 PSPPH_0036 trpA trpB TRUE 0.998 -3.000 0.344 0.001 Y NA
 876906 876907 PSPPH_0039 PSPPH_0040     FALSE 0.361 77.000 0.049 NA   NA
 876909 876910 PSPPH_0042 PSPPH_0043 osmC   FALSE 0.146 119.000 0.026 NA   NA
 876911 876912 PSPPH_0044 PSPPH_0045     TRUE 0.512 17.000 0.000 NA   NA
 876916 876917 PSPPH_0049 PSPPH_0050     FALSE 0.148 79.000 0.000 1.000   NA
 876918 876919 PSPPH_0051 PSPPH_0052 prlC   TRUE 0.983 -3.000 0.173 NA   NA
 876920 876921 PSPPH_0053 PSPPH_0054     FALSE 0.023 215.000 0.000 NA   NA
 876921 876922 PSPPH_0054 PSPPH_0055     FALSE 0.133 162.000 0.024 1.000 N NA
 876922 876923 PSPPH_0055 PSPPH_0056     TRUE 0.499 68.000 0.075 NA   NA
 876923 876924 PSPPH_0056 PSPPH_0057     TRUE 0.881 17.000 0.108 NA   NA
 876928 876929 PSPPH_0061 PSPPH_0062 algQ   TRUE 0.494 18.000 0.000 NA   NA
 876929 876930 PSPPH_0062 PSPPH_0063     TRUE 0.816 5.000 0.000 NA   NA
 876930 876931 PSPPH_0063 PSPPH_0064     FALSE 0.190 157.000 0.042 1.000 N NA
 876931 876932 PSPPH_0064 PSPPH_0065     TRUE 0.999 -3.000 0.765 1.000 Y NA
 876932 876933 PSPPH_0065 PSPPH_0066   hemD TRUE 0.976 36.000 0.600 1.000 Y NA
 876933 876934 PSPPH_0066 PSPPH_0067 hemD hemC TRUE 0.997 -3.000 0.205 0.001 Y NA
 876936 876937 PSPPH_0069 PSPPH_0070 algR fimS TRUE 0.999 -3.000 0.775 0.031 Y NA
 876938 876939 PSPPH_0071 PSPPH_0072 argH   FALSE 0.004 459.000 0.000 1.000   NA
 876940 876941 PSPPH_0073 PSPPH_0074     TRUE 0.566 67.000 0.109 NA   NA
 876941 876942 PSPPH_0074 PSPPH_0075     TRUE 0.914 58.000 0.600 1.000   NA
 876942 876943 PSPPH_0075 PSPPH_0076     FALSE 0.001 1272.000 0.000 1.000 N NA
 876943 876944 PSPPH_0076 PSPPH_0077     TRUE 0.573 185.000 0.500 1.000 N NA
 876947 876948 PSPPH_0080 PSPPH_0081 rep xpt FALSE 0.424 54.000 0.020 1.000 N NA
 876950 876951 PSPPH_0083 PSPPH_0084     TRUE 0.898 28.000 0.230 1.000   NA
 876951 876952 PSPPH_0084 PSPPH_0085     TRUE 0.952 -7.000 0.122 1.000   NA
 876953 876954 PSPPH_0086 PSPPH_0087   cysW TRUE 0.998 3.000 0.587 1.000 Y NA
 876954 876955 PSPPH_0087 PSPPH_0088 cysW cysT TRUE 0.997 14.000 0.935 0.001 N NA
 876955 876956 PSPPH_0088 PSPPH_0089 cysT sbp TRUE 0.590 95.000 0.066 0.002 N NA
 876956 876957 PSPPH_0089 PSPPH_0090 sbp   FALSE 0.382 151.000 0.188 NA   NA
 876957 876958 PSPPH_0090 PSPPH_0091     FALSE 0.124 197.000 0.062 NA   NA
 876959 876960 PSPPH_0092 PSPPH_0093     FALSE 0.456 178.000 0.294 1.000 N NA
 876961 876962 PSPPH_0094 PSPPH_0095   gabT1 FALSE 0.389 159.000 0.182 1.000 N NA
 876962 876963 PSPPH_0095 PSPPH_0096 gabT1 gabD1 FALSE 0.354 208.000 0.303 1.000 N NA
 876963 876964 PSPPH_0096 PSPPH_0097 gabD1   FALSE 0.017 456.000 0.000 1.000 Y NA
 876965 876966 PSPPH_0098 PSPPH_0099     FALSE 0.062 115.000 0.000 NA   NA
 876966 876967 PSPPH_0099 PSPPH_0100     FALSE 0.028 341.000 0.000 0.015   NA
 876967 876968 PSPPH_0100 PSPPH_0101     TRUE 0.998 -3.000 0.743 0.091 N NA
 876968 876969 PSPPH_0101 PSPPH_0102     TRUE 0.999 0.000 0.857 0.091   NA
 876969 876970 PSPPH_0102 PSPPH_0103     FALSE 0.001 1723.000 0.000 NA   NA
 876971 876972 PSPPH_0104 PSPPH_0105     FALSE 0.005 417.000 0.000 1.000 N NA
 876972 876973 PSPPH_0105 PSPPH_0106     TRUE 0.919 0.000 0.000 1.000 N NA
 876973 876974 PSPPH_0106 PSPPH_0107     TRUE 0.985 -13.000 0.194 0.091 Y NA
 876975 876976 PSPPH_0108 PSPPH_0109     FALSE 0.015 242.000 0.000 NA   NA
 876976 876977 PSPPH_0109 PSPPH_0110     FALSE 0.155 67.000 0.000 NA   NA
 876977 876978 PSPPH_0110 PSPPH_0111     TRUE 0.592 41.000 0.000 0.078   NA
 876978 876979 PSPPH_0111 PSPPH_0112     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 876982 876983 PSPPH_0115 PSPPH_0116     FALSE 0.312 98.000 0.000 0.014   NA
 876983 876984 PSPPH_0116 PSPPH_0117     TRUE 0.897 2.000 0.000 1.000   NA
 876984 876985 PSPPH_0117 PSPPH_0118     FALSE 0.215 51.000 0.000 NA   NA
 876985 876986 PSPPH_0118 PSPPH_0119     FALSE 0.005 346.000 0.000 NA   NA
 876986 876987 PSPPH_0119 PSPPH_0120     FALSE 0.016 241.000 0.000 NA   NA
 876987 876988 PSPPH_0120 PSPPH_0121     FALSE 0.038 178.000 0.000 NA   NA
 876988 876989 PSPPH_0121 PSPPH_0122     FALSE 0.227 87.000 0.029 NA   NA
 876989 876990 PSPPH_0122 PSPPH_0123     FALSE 0.210 156.000 0.067 NA   NA
 876990 876991 PSPPH_0123 PSPPH_0124     TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 876991 876992 PSPPH_0124 PSPPH_0125     TRUE 0.748 32.000 0.094 NA   NA
 876992 876993 PSPPH_0125 PSPPH_0126     TRUE 0.738 31.000 0.081 NA   NA
 876993 876994 PSPPH_0126 PSPPH_0127     TRUE 0.970 -3.000 0.081 NA   NA
 876994 876995 PSPPH_0127 PSPPH_0128     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 876995 876996 PSPPH_0128 PSPPH_0129   clpB1 TRUE 0.711 26.000 0.047 NA   NA
 876996 876997 PSPPH_0129 PSPPH_0130 clpB1   TRUE 0.973 -3.000 0.093 NA   NA
 876997 876998 PSPPH_0130 PSPPH_0131     TRUE 0.966 -36.000 0.412 NA   NA
 876998 876999 PSPPH_0131 PSPPH_0132     TRUE 0.982 0.000 0.117 NA   NA
 876999 877000 PSPPH_0132 PSPPH_0133     TRUE 0.725 26.000 0.050 NA   NA
 877000 877001 PSPPH_0133 PSPPH_0134     TRUE 0.991 15.000 0.920 NA   NA
 877001 877002 PSPPH_0134 PSPPH_0135     FALSE 0.452 69.000 0.060 NA   NA
 877002 877003 PSPPH_0135 PSPPH_0136     FALSE 0.001 1030.000 0.000 NA   NA
 877005 877006 PSPPH_0138 PSPPH_0139     FALSE 0.083 120.000 0.000 1.000   NA
 877006 877007 PSPPH_0139 PSPPH_0140   fdhD TRUE 0.999 -3.000 0.571 0.001 Y NA
 877007 877008 PSPPH_0140 PSPPH_0141 fdhD   TRUE 0.650 104.000 0.333 1.000 N NA
 877008 877009 PSPPH_0141 PSPPH_0142     FALSE 0.319 42.000 0.000 1.000   NA
 877010 877011 PSPPH_0143 PSPPH_0144   cysQ TRUE 0.993 -3.000 0.373 1.000   NA
 877012 877013 PSPPH_0145 PSPPH_0146     TRUE 0.829 -13.000 0.035 NA   NA
 877013 877014 PSPPH_0146 PSPPH_0147     TRUE 0.997 -3.000 0.375 1.000 Y NA
 877016 877017 PSPPH_0149 PSPPH_0150 rfbC rfbB1 FALSE 0.449 81.000 0.000 1.000 Y NA
 877018 877019 PSPPH_0151 PSPPH_0152     FALSE 0.003 424.000 0.000 NA   NA
 877019 877020 PSPPH_0152 PSPPH_0153     TRUE 0.964 6.000 0.084 1.000   NA
 877020 877021 PSPPH_0153 PSPPH_0154     FALSE 0.216 224.000 0.214 NA   NA
 877021 877022 PSPPH_0154 PSPPH_0155     FALSE 0.023 215.000 0.000 NA   NA
 877024 877025 PSPPH_0157 PSPPH_0158     FALSE 0.074 101.000 0.000 NA   NA
 877025 877026 PSPPH_0158 PSPPH_0159   relB FALSE 0.061 163.000 0.000 1.000   NA
 877026 877027 PSPPH_0159 PSPPH_0160 relB relE TRUE 0.988 -10.000 0.600 NA N NA
 877027 877028 PSPPH_0160 PSPPH_0161 relE   FALSE 0.062 117.000 0.000 NA   NA
 877029 877030 PSPPH_0162 PSPPH_0163     TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 877031 877032 PSPPH_0164 PSPPH_0165     TRUE 0.637 13.000 0.000 NA   NA
 877033 877034 PSPPH_0166 PSPPH_0167     FALSE 0.001 847.000 0.000 NA   NA
 877038 1765901 PSPPH_0171 PSPPH_5226 hopR1   FALSE 0.002 515.000 0.000 NA   NA
 1765901 877039 PSPPH_5226 PSPPH_0172     FALSE 0.001 1078.000 0.000 NA   NA
 877040 877041 PSPPH_0173 PSPPH_0174     FALSE 0.073 102.000 0.000 NA   NA
 877041 877042 PSPPH_0174 PSPPH_0175     FALSE 0.006 324.000 0.000 NA   NA
 877042 877043 PSPPH_0175 PSPPH_0176     FALSE 0.111 208.000 0.000 0.035   NA
 877043 877044 PSPPH_0176 PSPPH_0177     FALSE 0.301 41.000 0.000 NA N NA
 877044 877045 PSPPH_0177 PSPPH_0178     FALSE 0.005 346.000 0.000 NA   NA
 877045 877046 PSPPH_0178 PSPPH_0179     FALSE 0.070 247.000 0.000 0.020   NA
 877046 877047 PSPPH_0179 PSPPH_0180     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 877047 877048 PSPPH_0180 PSPPH_0181     FALSE 0.002 510.000 0.000 NA   NA
 877049 877050 PSPPH_0182 PSPPH_0183     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 877050 877051 PSPPH_0183 PSPPH_0184     FALSE 0.004 381.000 0.000 NA   NA
 877055 877056 PSPPH_0188 PSPPH_0189   recG FALSE 0.282 87.000 0.038 NA N NA
 877056 877057 PSPPH_0189 PSPPH_0190 recG oxyR TRUE 0.977 12.000 0.117 1.000 Y NA
 877057 877058 PSPPH_0190 PSPPH_0191 oxyR tonB1 FALSE 0.224 93.000 0.023 1.000 N NA
 877058 877059 PSPPH_0191 PSPPH_0192 tonB1 exbD1 TRUE 0.983 -3.000 0.143 1.000 N NA
 877059 877060 PSPPH_0192 PSPPH_0193 exbD1 exbB1 TRUE 0.999 4.000 0.810 1.000 Y NA
 877062 877063 PSPPH_0195 PSPPH_0196     TRUE 0.527 55.000 0.056 NA   NA
 877063 877064 PSPPH_0196 PSPPH_0197   spoT TRUE 0.903 25.000 0.215 NA N NA
 877064 877065 PSPPH_0197 PSPPH_0198 spoT rpoZ TRUE 0.903 61.000 0.291 1.000 Y NA
 877065 877066 PSPPH_0198 PSPPH_0199 rpoZ gmk TRUE 0.860 70.000 0.471 1.000 N NA
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 878032 878033 PSPPH_1165 PSPPH_1166     FALSE 0.013 282.000 0.000 1.000   NA
 878033 878034 PSPPH_1166 PSPPH_1167     TRUE 0.998 10.000 0.667 0.023 Y NA
 878034 878035 PSPPH_1167 PSPPH_1168     TRUE 0.996 -15.000 0.667 0.028 Y NA
 878035 878036 PSPPH_1168 PSPPH_1169     FALSE 0.063 172.000 0.000 1.000 N NA
 878036 878037 PSPPH_1169 PSPPH_1170     FALSE 0.016 666.000 0.200 NA   NA
 878037 878038 PSPPH_1170 PSPPH_1171     FALSE 0.077 99.000 0.000 NA   NA
 878038 878039 PSPPH_1171 PSPPH_1172     TRUE 0.979 -3.000 0.132 NA   NA
 878039 878040 PSPPH_1172 PSPPH_1173     TRUE 0.497 118.000 0.074 NA Y NA
 878040 878041 PSPPH_1173 PSPPH_1174     TRUE 0.564 122.000 0.122 NA Y NA
 878041 878042 PSPPH_1174 PSPPH_1175     TRUE 0.956 60.000 1.000 NA N NA
 878042 878043 PSPPH_1175 PSPPH_1176   gap1 FALSE 0.304 84.000 0.033 1.000 N NA
 878044 878045 PSPPH_1177 PSPPH_1178 edd glk TRUE 0.984 -3.000 0.033 1.000 Y NA
 878045 878046 PSPPH_1178 PSPPH_1179 glk gltR TRUE 0.882 51.000 0.364 1.000 N NA
 878046 878047 PSPPH_1179 PSPPH_1180 gltR   TRUE 0.999 8.000 0.909 1.000 Y NA
 878047 878048 PSPPH_1180 PSPPH_1181     TRUE 0.549 170.000 0.367 1.000 N NA
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 878049 878050 PSPPH_1182 PSPPH_1183     TRUE 0.998 -7.000 0.816 0.080 Y NA
 878050 878051 PSPPH_1183 PSPPH_1184   gltK TRUE 0.999 3.000 0.723 0.080 Y NA
 878051 878052 PSPPH_1184 PSPPH_1185 gltK oprB TRUE 0.530 127.000 0.135 0.080 N NA
 878052 878053 PSPPH_1185 PSPPH_1186 oprB   FALSE 0.172 110.000 0.021 1.000 N NA
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 878056 878057 PSPPH_1189 PSPPH_1190 pgl eda1 TRUE 0.936 18.000 0.064 1.000 Y NA
 878060 878061 PSPPH_1193 PSPPH_1194     FALSE 0.140 209.000 0.000 1.000 Y NA
 878061 878062 PSPPH_1194 PSPPH_1195     TRUE 0.998 -10.000 0.793 0.002 Y NA
 878062 878063 PSPPH_1195 PSPPH_1196     TRUE 0.978 11.000 0.240 1.000 N NA
 878063 878064 PSPPH_1196 PSPPH_1197     TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000 N NA
 878065 878066 PSPPH_1198 PSPPH_1199     FALSE 0.007 308.000 0.000 NA   NA
 878066 878067 PSPPH_1199 PSPPH_1200     TRUE 0.976 64.000 1.000 1.000 Y NA
 878067 878068 PSPPH_1200 PSPPH_1201     TRUE 0.921 119.000 0.875 1.000 Y NA
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 878069 878070 PSPPH_1202 PSPPH_1203     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 878070 878071 PSPPH_1203 PSPPH_1204     FALSE 0.285 37.000 0.000 NA   NA
 878072 878073 PSPPH_1205 PSPPH_1206     TRUE 0.803 66.000 0.333 NA   NA
 878073 878074 PSPPH_1206 PSPPH_1207     TRUE 0.877 66.000 0.500 1.000   NA
 878074 878075 PSPPH_1207 PSPPH_1208     FALSE 0.004 367.000 0.000 NA   NA
 878076 878077 PSPPH_1209 PSPPH_1210 dsbB cyoA FALSE 0.013 465.000 0.000 0.044 N NA
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 878084 878085 PSPPH_1217 PSPPH_1218   ilvE FALSE 0.295 35.000 0.000 NA   NA
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 878087 878088 PSPPH_1220 PSPPH_1221     FALSE 0.306 121.000 0.000 1.000 Y NA
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 878090 878091 PSPPH_1223 PSPPH_1224   sodC FALSE 0.027 235.000 0.000 1.000 N NA
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 878094 878095 PSPPH_1227 PSPPH_1228     FALSE 0.077 99.000 0.000 NA   NA
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 878100 878101 PSPPH_1233 PSPPH_1234     TRUE 0.980 -3.000 0.150 NA   NA
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 878104 878105 PSPPH_1237 PSPPH_1238     FALSE 0.472 -85.000 0.000 NA   NA
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 878119 878120 PSPPH_1252 PSPPH_1253     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
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 878137 878138 PSPPH_1270 PSPPH_1271 hrpR hrpS TRUE 0.812 51.000 0.000 0.005 Y NA
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 878186 878187 PSPPH_1319 PSPPH_1320   ispG TRUE 0.988 4.000 0.233 1.000   NA
 878187 878188 PSPPH_1320 PSPPH_1321 ispG hisS TRUE 0.915 23.000 0.207 1.000 N NA
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 878199 878200 PSPPH_1332 PSPPH_1333   guaB FALSE 0.124 95.000 0.008 NA   NA
 878200 878201 PSPPH_1333 PSPPH_1334 guaB guaA TRUE 0.828 106.000 0.190 0.000 Y NA
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