MicrobesOnline Operon Predictions for Onion yellows phytoplasma OY-M

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10141662 10141663 PAM_001 PAM_002 dnaA dnaN TRUE 0.917 307.000 0.005 1.000 Y NA
 10141663 10141664 PAM_002 PAM_003 dnaN   FALSE 0.186 1480.000 0.000 NA   NA
 10141664 10141665 PAM_003 PAM_004     TRUE 0.862 82.000 0.000 NA   NA
 10141666 10141667 PAM_005 PAM_006 pgpB   TRUE 0.577 209.000 0.000 NA   NA
 10141668 10141669 PAM_007 PAM_008 folC rfaG TRUE 0.221 1452.000 0.000 1.000 N NA
 10141669 10141670 PAM_008 PAM_009 rfaG rpsF FALSE 0.213 547.000 0.000 1.000 N NA
 10141670 10141671 PAM_009 PAM_010 rpsF ssb TRUE 0.936 15.000 0.003 1.000 N NA
 10141671 10141672 PAM_010 PAM_011 ssb rpsR TRUE 0.913 138.000 0.003 1.000 N NA
 10141672 10141673 PAM_011 PAM_012 rpsR   TRUE 0.961 71.000 0.016 0.074 N NA
 10141673 10141674 PAM_012 PAM_013   dnaB TRUE 0.973 -3.000 0.022 1.000 N NA
 10141674 10141675 PAM_013 PAM_014 dnaB prfA TRUE 0.928 71.000 0.003 1.000 N NA
 10141675 10141676 PAM_014 PAM_015 prfA sua5 TRUE 0.992 93.000 0.004 NA Y NA
 10141678 10141679 PAM_017 PAM_018 engB valS TRUE 0.419 806.000 0.013 1.000   NA
 10141679 10141680 PAM_018 PAM_019 valS   TRUE 0.785 186.000 0.002 NA   NA
 10141680 10141681 PAM_019 PAM_020   cbiO TRUE 0.971 58.000 0.435 NA   NA
 10141681 10141682 PAM_020 PAM_021 cbiO   FALSE 0.187 1565.000 0.000 NA   NA
 10141682 10141683 PAM_021 PAM_022   dppB FALSE 0.175 770.000 0.000 NA   NA
 10141683 10141684 PAM_022 PAM_023 dppB   TRUE 0.387 305.000 0.000 0.062   NA
 10141684 10141685 PAM_023 PAM_024     TRUE 0.438 262.000 0.000 1.000   NA
 10141685 10141686 PAM_024 PAM_025   dppD FALSE 0.199 521.000 0.000 1.000   NA
 10141686 10141687 PAM_025 PAM_026 dppD oppF TRUE 0.339 331.000 0.000 0.037   NA
 10141690 10141691 PAM_029 PAM_030   mgtA TRUE 0.571 210.000 0.000 NA   NA
 10141692 10141693 PAM_031 PAM_032     FALSE 0.183 1113.000 0.000 NA   NA
 10141693 10141694 PAM_032 PAM_033     TRUE 0.354 282.000 0.000 NA   NA
 10141694 10141695 PAM_033 PAM_034     TRUE 0.383 271.000 0.000 NA   NA
 10141695 10141696 PAM_034 PAM_035     FALSE 0.178 880.000 0.000 NA   NA
 10141696 10141697 PAM_035 PAM_036     TRUE 0.903 -24.000 0.000 NA   NA
 10141697 10141698 PAM_036 PAM_037   smc TRUE 0.907 -60.000 0.000 NA   NA
 10141698 10141699 PAM_037 PAM_038 smc   FALSE 0.207 429.000 0.000 NA   NA
 10141699 10141700 PAM_038 PAM_039     TRUE 0.221 416.000 0.000 NA   NA
 10141700 10141701 PAM_039 PAM_040   fliA TRUE 0.856 118.000 0.000 NA   NA
 10141701 10141702 PAM_040 PAM_041 fliA ssb TRUE 0.507 232.000 0.000 1.000   NA
 10141702 10141703 PAM_041 PAM_042 ssb dam TRUE 0.706 479.000 0.000 1.000 Y NA
 10141703 10141704 PAM_042 PAM_043 dam himA TRUE 0.983 109.000 0.000 NA Y NA
 10141704 10141705 PAM_043 PAM_044 himA   TRUE 0.256 362.000 0.000 NA   NA
 10141705 10141706 PAM_044 PAM_045     TRUE 0.846 58.000 0.000 NA   NA
 10141706 10141707 PAM_045 PAM_046     TRUE 0.230 407.000 0.000 NA   NA
 10141707 10141708 PAM_046 PAM_047     TRUE 0.908 -61.000 0.000 NA   NA
 10141708 10141709 PAM_047 PAM_048     TRUE 0.855 67.000 0.000 NA   NA
 10141709 10141710 PAM_048 PAM_049     TRUE 0.844 48.000 0.000 NA   NA
 10141710 10141711 PAM_049 PAM_050     FALSE 0.179 537.000 0.000 NA   NA
 10141711 10141712 PAM_050 PAM_051     TRUE 0.875 20.000 0.000 1.000   NA
 10141712 10141713 PAM_051 PAM_052     TRUE 0.228 408.000 0.000 NA   NA
 10141713 10141714 PAM_052 PAM_053     FALSE 0.177 577.000 0.000 NA   NA
 10141714 10141715 PAM_053 PAM_054   nrdA FALSE 0.180 990.000 0.000 NA   NA
 10141715 10141716 PAM_054 PAM_055 nrdA nrdF TRUE 0.945 386.000 0.250 0.004 Y NA
 10141716 10141717 PAM_055 PAM_056 nrdF   FALSE 0.192 2417.000 0.000 NA   NA
 10141717 10141718 PAM_056 PAM_057     TRUE 0.974 114.000 1.000 NA   NA
 10141718 10141719 PAM_057 PAM_058   mscL FALSE 0.176 824.000 0.000 NA   NA
 10141719 10141720 PAM_058 PAM_059 mscL mdlB TRUE 0.663 206.000 0.000 0.071 N NA
 10141720 10141721 PAM_059 PAM_060 mdlB   FALSE 0.193 2492.000 0.000 NA   NA
 10141721 10141722 PAM_060 PAM_061     TRUE 0.259 358.000 0.000 NA   NA
 10141722 10141723 PAM_061 PAM_062     FALSE 0.182 1049.000 0.000 NA   NA
 10141723 10141724 PAM_062 PAM_063   himA TRUE 0.361 279.000 0.000 NA   NA
 10141724 10141725 PAM_063 PAM_064 himA hflB FALSE 0.202 441.000 0.000 NA   NA
 10141725 10141726 PAM_064 PAM_065 hflB   TRUE 0.865 86.000 0.000 NA   NA
 10141726 10141727 PAM_065 PAM_066     TRUE 0.883 5.000 0.000 NA   NA
 10141727 10141728 PAM_066 PAM_067     FALSE 0.192 470.000 0.000 NA   NA
 10141728 10141729 PAM_067 PAM_068     TRUE 0.855 67.000 0.000 NA   NA
 10141729 10141730 PAM_068 PAM_069     TRUE 0.851 65.000 0.000 NA   NA
 10141730 10141731 PAM_069 PAM_070     TRUE 0.651 195.000 0.000 NA   NA
 10141731 10141732 PAM_070 PAM_071     FALSE 0.179 545.000 0.000 NA   NA
 10141732 10141733 PAM_071 PAM_072     TRUE 0.864 61.000 0.000 1.000   NA
 10141733 10141734 PAM_072 PAM_073     TRUE 0.465 237.000 0.000 NA   NA
 10141734 10141735 PAM_073 PAM_074   dnaB TRUE 0.863 19.000 0.000 NA   NA
 10141735 10141736 PAM_074 PAM_075 dnaB   TRUE 0.976 12.000 0.100 0.093   NA
 10141736 10141737 PAM_075 PAM_076     FALSE 0.212 3259.000 0.000 1.000   NA
 10141737 10141738 PAM_076 PAM_077   artM TRUE 0.915 -3.000 0.000 0.058   NA
 10141738 10141739 PAM_077 PAM_078 artM   TRUE 0.720 509.000 0.000 0.058 Y NA
 10141739 10141740 PAM_078 PAM_079   glnQ TRUE 0.888 250.000 0.000 1.000 Y NA
 10141740 10141741 PAM_079 PAM_080 glnQ   TRUE 0.753 178.000 0.000 1.000   NA
 10141741 10141742 PAM_080 PAM_081   rpsT FALSE 0.194 577.000 0.000 1.000   NA
 10141744 10141745 PAM_083 PAM_084 serS   TRUE 0.773 194.000 0.003 NA   NA
 10141745 10141746 PAM_084 PAM_085     TRUE 0.923 162.000 0.024 NA   NA
 10141746 10141747 PAM_085 PAM_086   rplU TRUE 0.852 182.000 0.004 NA   NA
 10141747 10141748 PAM_086 PAM_087 rplU   TRUE 0.997 6.000 0.208 NA Y NA
 10141748 10141749 PAM_087 PAM_088   rpmA TRUE 0.997 2.000 0.203 NA Y NA
 10141749 10141750 PAM_088 PAM_089 rpmA obgE TRUE 0.974 27.000 0.335 1.000   NA
 10141750 10141751 PAM_089 PAM_090 obgE gepA TRUE 0.272 343.000 0.000 NA   NA
 10141751 10141752 PAM_090 PAM_s01 gepA RNaseP TRUE 0.239 387.000 0.000 NA   NA
 10141754 10141755 PAM_092 PAM_093 znuA znuC TRUE 0.997 31.000 0.898 1.000 Y NA
 10141755 10141756 PAM_093 PAM_094 znuC znuB TRUE 0.997 101.000 0.432 1.000 Y NA
 10141756 10141757 PAM_094 PAM_095 znuB   FALSE 0.175 690.000 0.000 NA   NA
 10141757 10141758 PAM_095 PAM_096   phnL TRUE 0.967 137.000 1.000 NA   NA
 10141758 10141759 PAM_096 PAM_097 phnL nlpA TRUE 0.224 412.000 0.000 NA   NA
 10141759 10141760 PAM_097 PAM_098 nlpA   TRUE 0.847 124.000 0.000 NA   NA
 10141760 10141761 PAM_098 PAM_099     TRUE 0.905 -31.000 0.000 NA   NA
 10141761 10141762 PAM_099 PAM_100   iscU TRUE 0.810 143.000 0.000 NA   NA
 10141763 10141764 PAM_101 PAM_102   pcnB TRUE 0.478 411.000 0.014 NA   NA
 10141764 10141765 PAM_102 PAM_103 pcnB   TRUE 0.785 360.000 0.000 1.000 Y NA
 10141765 10141766 PAM_103 PAM_104   tdk TRUE 0.993 59.000 0.009 1.000 Y NA
 10141766 10141767 PAM_104 PAM_105 tdk rpmE TRUE 0.968 120.000 0.052 1.000 N NA
 10141767 10141768 PAM_105 PAM_106 rpmE rpmB TRUE 0.942 225.000 0.002 0.068 Y NA
 10141769 10141770 PAM_107 PAM_108     TRUE 0.768 162.000 0.000 NA   NA
 10141770 10141771 PAM_108 PAM_109     FALSE 0.185 1342.000 0.000 NA   NA
 10141771 10141772 PAM_109 PAM_110     TRUE 0.611 202.000 0.000 NA   NA
 10141772 10141773 PAM_110 PAM_111     TRUE 0.860 77.000 0.000 NA   NA
 10141773 10141774 PAM_111 PAM_112     TRUE 0.879 7.000 0.000 NA   NA
 10141774 10141775 PAM_112 PAM_113     TRUE 0.261 355.000 0.000 NA   NA
 10141777 10141778 PAM_115 PAM_116     TRUE 0.846 36.000 0.000 NA   NA
 10141778 10141779 PAM_116 PAM_117   hflB FALSE 0.187 477.000 0.000 NA   NA
 10141779 10141780 PAM_117 PAM_118 hflB   TRUE 0.889 2.000 0.000 NA   NA
 10141780 10141781 PAM_118 PAM_119     TRUE 0.611 202.000 0.000 NA   NA
 10141781 10141782 PAM_119 PAM_120   groES TRUE 0.391 268.000 0.000 NA   NA
 10141782 10141783 PAM_120 PAM_121 groES groEL TRUE 0.990 192.000 0.167 1.000 Y NA
 10141783 10141784 PAM_121 PAM_122 groEL amp TRUE 0.943 158.000 0.062 NA   NA
 10141784 10141785 PAM_122 PAM_123 amp   TRUE 0.232 406.000 0.000 NA   NA
 10141785 10141786 PAM_123 PAM_124   nadE TRUE 0.726 193.000 0.000 0.006   NA
 10141786 10141787 PAM_124 PAM_125 nadE mnmA TRUE 0.887 112.000 0.000 0.006   NA
 10141787 10141788 PAM_125 PAM_126 mnmA spoT TRUE 0.969 -85.000 0.006 1.000 N NA
 10141788 10141789 PAM_126 PAM_127 spoT hisS TRUE 0.366 311.000 0.000 1.000 N NA
 10141789 10141790 PAM_127 PAM_128 hisS aspS TRUE 0.997 4.000 0.161 0.059 Y NA
 10141790 10141791 PAM_128 PAM_129 aspS mesJ TRUE 0.953 10.000 0.004 0.059 N NA
 10141791 10141792 PAM_129 PAM_130 mesJ hflB TRUE 0.967 122.000 0.051 1.000 N NA
 10141792 10141793 PAM_130 PAM_131 hflB rluA TRUE 0.615 236.000 0.002 1.000 N NA
 10141793 10141794 PAM_131 PAM_132 rluA abc TRUE 0.718 202.000 0.002 1.000   NA
 10141794 10141795 PAM_132 PAM_133 abc nlpA TRUE 0.966 83.000 0.067 NA   NA
 10141795 10141796 PAM_133 PAM_134 nlpA   TRUE 0.997 13.000 1.000 NA Y NA
 10141796 10141797 PAM_134 PAM_135     TRUE 0.964 112.000 0.059 NA   NA
 10141797 10141798 PAM_135 PAM_136   rpsO TRUE 0.935 76.000 0.005 NA   NA
 10141798 10141799 PAM_136 PAM_137 rpsO   TRUE 0.876 154.000 0.003 NA   NA
 10141799 10141800 PAM_137 PAM_138   rplM TRUE 0.264 354.000 0.000 NA   NA
 10141800 10141801 PAM_138 PAM_139 rplM rpsI TRUE 0.998 5.000 0.601 0.066 Y NA
 10141801 10141802 PAM_139 PAM_140 rpsI gltX TRUE 0.993 100.000 0.006 1.000 Y NA
 10141802 10141803 PAM_140 PAM_141 gltX cysS TRUE 0.989 166.000 0.013 1.000 Y NA
 10141803 10141804 PAM_141 PAM_142 cysS rplM TRUE 0.845 172.000 0.002 1.000 N NA
 10141804 10141805 PAM_142 PAM_143 rplM udk TRUE 0.426 275.000 0.000 1.000 N NA
 10141805 10141806 PAM_143 PAM_144 udk spoU TRUE 0.696 245.000 0.005 1.000 N NA
 10141806 10141807 PAM_144 PAM_145 spoU ppa TRUE 0.950 94.000 0.005 1.000 N NA
 10141807 10141808 PAM_145 PAM_146 ppa smpB TRUE 0.585 248.000 0.002 1.000 N NA
 10141808 10141809 PAM_146 PAM_147 smpB   TRUE 0.583 208.000 0.000 NA   NA
 10141809 10141810 PAM_147 PAM_148   nusA TRUE 0.450 243.000 0.000 NA   NA
 10141810 10141811 PAM_148 PAM_149 nusA   TRUE 0.997 6.000 0.323 NA Y NA
 10141811 10141812 PAM_149 PAM_150   infB TRUE 0.953 160.000 0.171 NA N NA
 10141812 10141813 PAM_150 PAM_151 infB rbfA TRUE 0.998 4.000 0.530 1.000 Y NA
 10141813 10141814 PAM_151 PAM_152 rbfA pth TRUE 0.844 302.000 0.000 1.000 Y NA
 10141815 10141816 PAM_153 PAM_154   priA FALSE 0.206 476.000 0.000 1.000   NA
 10141816 10141817 PAM_154 PAM_155 priA   TRUE 0.293 347.000 0.000 1.000   NA
 10141817 10141818 PAM_155 PAM_156     FALSE 0.181 1031.000 0.000 NA   NA
 10141818 10141819 PAM_156 PAM_157     FALSE 0.178 887.000 0.000 NA   NA
 10141820 10141821 PAM_158 PAM_159   ackA TRUE 0.811 242.000 0.081 1.000   NA
 10141821 10141822 PAM_159 PAM_t01 ackA Ser-tRNA TRUE 0.844 47.000 0.000 NA   NA
 10141822 10141823 PAM_t01 PAM_t02 Ser-tRNA His-tRNA FALSE 0.200 444.000 0.000 NA   NA
 10141823 10141824 PAM_t02 PAM_t03 His-tRNA Gln-tRNA TRUE 0.867 89.000 0.000 NA   NA
 10141824 10141825 PAM_t03 PAM_t04 Gln-tRNA Leu-tRNA TRUE 0.844 54.000 0.000 NA   NA
 10141825 10141826 PAM_t04 PAM_t05 Leu-tRNA Trp-tRNA TRUE 0.855 24.000 0.000 NA   NA
 10141826 10141827 PAM_t05 PAM_160 Trp-tRNA   FALSE 0.206 432.000 0.000 NA   NA
 10141829 10141830 PAM_162 PAM_163   ung TRUE 0.963 82.000 0.044 NA   NA
 10141830 10141831 PAM_163 PAM_164 ung dut TRUE 0.859 184.000 0.004 1.000 N NA
 10141831 10141832 PAM_164 PAM_165 dut rpsB FALSE 0.209 603.000 0.000 1.000 N NA
 10141832 10141833 PAM_165 PAM_166 rpsB tsf TRUE 0.997 90.000 0.748 1.000 Y NA
 10141833 10141834 PAM_166 PAM_167 tsf pyrH TRUE 0.979 90.000 0.416 1.000 N NA
 10141834 10141835 PAM_167 PAM_168 pyrH frr TRUE 0.983 3.000 0.626 1.000 N NA
 10141835 10141836 PAM_168 PAM_169 frr cdsA TRUE 0.942 72.000 0.004 1.000 N NA
 10141836 10141837 PAM_169 PAM_170 cdsA tpiA TRUE 0.464 262.000 0.000 1.000 N NA
 10141837 10141838 PAM_170 PAM_171 tpiA cof TRUE 0.953 179.000 0.600 0.029   NA
 10141838 10141839 PAM_171 PAM_172 cof fba TRUE 0.438 262.000 0.000 1.000   NA
 10141839 10141840 PAM_172 PAM_173 fba   TRUE 0.861 107.000 0.000 NA   NA
 10141840 10141841 PAM_173 PAM_174   pgk TRUE 0.383 271.000 0.000 NA   NA
 10141841 10141842 PAM_174 PAM_175 pgk gapA TRUE 0.986 161.000 0.004 0.013 Y NA
 10141842 10141843 PAM_175 PAM_176 gapA   TRUE 0.244 382.000 0.000 NA   NA
 10141843 10141844 PAM_176 PAM_177     TRUE 0.567 625.000 0.500 NA   NA
 10141844 10141845 PAM_177 PAM_178     TRUE 0.947 143.000 0.043 NA   NA
 10141845 10141846 PAM_178 PAM_179   cbiO TRUE 0.857 200.000 0.011 1.000 N NA
 10141846 10141847 PAM_179 PAM_180 cbiO cbiQ TRUE 0.694 846.000 0.000 1.000 Y NA
 10141847 10141848 PAM_180 PAM_181 cbiQ glyA TRUE 0.967 94.000 0.028 1.000 N NA
 10141848 10141849 PAM_181 PAM_182 glyA   FALSE 0.205 477.000 0.000 1.000   NA
 10141849 10141850 PAM_182 PAM_183     TRUE 0.796 197.000 0.003 0.025   NA
 10141850 10141851 PAM_183 PAM_184   ileS TRUE 0.992 113.000 0.004 1.000 Y NA
 10141851 10141852 PAM_184 PAM_185 ileS   TRUE 0.918 17.000 0.003 NA   NA
 10141852 10141853 PAM_185 PAM_186   mgtA TRUE 0.949 155.000 0.100 NA   NA
 10141854 10141855 PAM_187 PAM_188     TRUE 0.963 95.000 0.039 NA   NA
 10141855 10141856 PAM_188 PAM_189   dppC TRUE 0.367 277.000 0.000 NA   NA
 10141856 10141857 PAM_189 PAM_190 dppC dppB TRUE 0.996 29.000 0.095 0.053 Y NA
 10141857 10141858 PAM_190 PAM_191 dppB oppA TRUE 0.736 3425.000 0.000 0.053 Y NA
 10141858 10141859 PAM_191 PAM_192 oppA dppD TRUE 0.938 206.000 0.000 1.000 Y NA
 10141859 10141860 PAM_192 PAM_193 dppD   TRUE 0.900 12.000 0.000 0.005   NA
 10141860 10141861 PAM_193 PAM_194     FALSE 0.175 754.000 0.000 NA   NA
 10141861 10141862 PAM_194 PAM_195     TRUE 0.335 305.000 0.000 NA   NA
 10141862 10141863 PAM_195 PAM_196     TRUE 0.435 248.000 0.000 NA   NA
 10141864 10141865 PAM_197 PAM_198   rpmF TRUE 0.302 319.000 0.000 NA   NA
 10141865 10141866 PAM_198 PAM_199 rpmF rpsJ TRUE 0.719 1349.000 0.000 0.090 Y NA
 10141866 10141867 PAM_199 PAM_200 rpsJ rplC TRUE 0.945 389.000 0.467 0.090 Y NA
 10141867 10141868 PAM_200 PAM_201 rplC rplD TRUE 0.998 -13.000 0.544 0.064 Y NA
 10141868 10141869 PAM_201 PAM_202 rplD rplW TRUE 0.998 0.000 0.307 1.000 Y NA
 10141869 10141870 PAM_202 PAM_203 rplW rplB TRUE 0.997 60.000 0.849 1.000 Y NA
 10141870 10141871 PAM_203 PAM_204 rplB rpsS TRUE 0.997 13.000 0.820 0.090 Y NA
 10141871 10141872 PAM_204 PAM_205 rpsS rplV TRUE 0.997 17.000 0.769 0.090 Y NA
 10141872 10141873 PAM_205 PAM_206 rplV rpsC TRUE 0.998 -16.000 0.719 0.090 Y NA
 10141873 10141874 PAM_206 PAM_207 rpsC rplP TRUE 0.998 -22.000 0.828 0.090 Y NA
 10141874 10141875 PAM_207 PAM_208 rplP rpmC TRUE 0.998 -3.000 0.802 0.064 Y NA
 10141875 10141876 PAM_208 PAM_209 rpmC rpsQ TRUE 0.998 0.000 0.828 0.064 Y NA
 10141876 10141877 PAM_209 PAM_210 rpsQ rplN TRUE 0.997 13.000 0.791 0.090 Y NA
 10141877 10141878 PAM_210 PAM_211 rplN rplX TRUE 0.977 122.000 0.810 0.090   NA
 10141878 10141879 PAM_211 PAM_212 rplX rplE TRUE 0.980 16.000 0.758 0.064   NA
 10141879 10141880 PAM_212 PAM_213 rplE rpsN TRUE 0.997 15.000 0.309 0.064 Y NA
 10141880 10141881 PAM_213 PAM_214 rpsN rpsH TRUE 0.997 22.000 0.295 0.064 Y NA
 10141881 10141882 PAM_214 PAM_215 rpsH rplF TRUE 0.997 47.000 0.808 0.064 Y NA
 10141882 10141883 PAM_215 PAM_216 rplF rplR TRUE 0.998 10.000 0.815 0.064 Y NA
 10141883 10141884 PAM_216 PAM_217 rplR rpsE TRUE 0.997 15.000 0.814 0.090 Y NA
 10141884 10141885 PAM_217 PAM_218 rpsE rpmD TRUE 0.998 -3.000 0.789 0.090 Y NA
 10141885 10141886 PAM_218 PAM_219 rpmD rplO TRUE 0.997 58.000 0.653 0.012 Y NA
 10141886 10141887 PAM_219 PAM_220 rplO secY TRUE 0.983 3.000 0.730 1.000 N NA
 10141887 10141888 PAM_220 PAM_221 secY adk TRUE 0.977 19.000 0.241 1.000 N NA
 10141888 10141889 PAM_221 PAM_222 adk map TRUE 0.983 -3.000 0.290 1.000 N NA
 10141889 10141890 PAM_222 PAM_223 map infA TRUE 0.996 76.000 0.160 1.000 Y NA
 10141890 10141891 PAM_223 PAM_224 infA rpmJ TRUE 0.972 13.000 0.078 1.000   NA
 10141891 10141892 PAM_224 PAM_225 rpmJ rpsM TRUE 0.974 13.000 0.067 0.064   NA
 10141892 10141893 PAM_225 PAM_226 rpsM rpsK TRUE 0.997 42.000 0.810 0.064 Y NA
 10141893 10141894 PAM_226 PAM_227 rpsK rpoA TRUE 0.975 31.000 0.308 1.000 N NA
 10141894 10141895 PAM_227 PAM_228 rpoA rplQ TRUE 0.796 294.000 0.873 1.000 N NA
 10141895 10141896 PAM_228 PAM_229 rplQ truA TRUE 0.981 172.000 0.003 1.000 Y NA
 10141896 10141897 PAM_229 PAM_230 truA tmk TRUE 0.943 48.000 0.006 1.000 N NA
 10141897 10141898 PAM_230 PAM_231 tmk holB TRUE 0.981 -3.000 0.254 1.000   NA
 10141898 10141899 PAM_231 PAM_232 holB   TRUE 0.957 84.000 0.016 1.000   NA
 10141899 10141900 PAM_232 PAM_233   metG TRUE 0.959 86.000 0.018 1.000   NA
 10141900 10141901 PAM_233 PAM_234 metG   TRUE 0.247 409.000 0.000 1.000   NA
 10141901 10141902 PAM_234 PAM_235     TRUE 0.891 7.000 0.000 1.000   NA
 10141902 10141903 PAM_235 PAM_236   trxA FALSE 0.216 458.000 0.000 1.000   NA
 10141903 10141904 PAM_236 PAM_237 trxA truB TRUE 0.944 34.000 0.007 1.000   NA
 10141904 10141905 PAM_237 PAM_238 truB rsuA TRUE 0.994 119.000 0.007 0.007 Y NA
 10141905 10141906 PAM_238 PAM_239 rsuA cmk TRUE 0.964 40.000 0.042 1.000 N NA
 10141906 10141907 PAM_239 PAM_240 cmk engA TRUE 0.975 1.000 0.060 1.000   NA
 10141907 10141908 PAM_240 PAM_241 engA gpsA TRUE 0.965 51.000 0.068 1.000   NA
 10141908 10141909 PAM_241 PAM_242 gpsA himA TRUE 0.908 175.000 0.014 NA N NA
 10141909 10141910 PAM_242 PAM_243 himA   FALSE 0.184 497.000 0.000 NA   NA
 10141910 10141911 PAM_243 PAM_244   rpmG TRUE 0.925 83.000 0.003 NA   NA
 10141911 10141912 PAM_244 PAM_245 rpmG pepP TRUE 0.444 268.000 0.000 1.000 N NA
 10141912 10141913 PAM_245 PAM_t06 pepP Cys-tRNA TRUE 0.846 36.000 0.000 NA   NA
 10141913 10141914 PAM_t06 PAM_t07 Cys-tRNA Ser-tRNA TRUE 0.781 159.000 0.000 NA   NA
 10141914 10141915 PAM_t07 PAM_246 Ser-tRNA proS TRUE 0.233 399.000 0.000 NA   NA
 10141915 10141916 PAM_246 PAM_247 proS rpmH TRUE 0.629 227.000 0.002 1.000   NA
 10141916 10141917 PAM_247 PAM_248 rpmH rnpA TRUE 0.978 104.000 0.787 1.000   NA
 10141917 10141918 PAM_248 PAM_249 rnpA yidC TRUE 0.963 19.000 0.021 1.000 N NA
 10141918 10141919 PAM_249 PAM_t08 yidC Tyr-tRNA TRUE 0.254 363.000 0.000 NA   NA
 10141919 10141920 PAM_t08 PAM_r01 Tyr-tRNA rrna TRUE 0.856 118.000 0.000 NA   NA
 10141920 10141921 PAM_r01 PAM_r02 rrna rrna TRUE 0.853 25.000 0.000 NA   NA
 10141921 10141922 PAM_r02 PAM_r03 rrna rrna TRUE 0.846 36.000 0.000 NA   NA
 10141922 10141923 PAM_r03 PAM_t10 rrna Val-tRNA TRUE 0.866 16.000 0.000 NA   NA
 10141923 10141924 PAM_t10 PAM_t11 Val-tRNA Asn-tRNA TRUE 0.877 10.000 0.000 NA   NA
 10141924 10141925 PAM_t11 PAM_251 Asn-tRNA pnp TRUE 0.351 284.000 0.000 NA   NA
 10141925 10141926 PAM_251 PAM_252 pnp mgtA TRUE 0.943 70.000 0.003 0.009 N NA
 10141926 10141927 PAM_252 PAM_253 mgtA rpmG TRUE 0.574 223.000 0.000 1.000 N NA
 10141927 10141928 PAM_253 PAM_254 rpmG secE TRUE 0.878 17.000 0.000 1.000   NA
 10141928 10141929 PAM_254 PAM_255 secE nusG TRUE 0.945 2.000 0.003 1.000   NA
 10141929 10141930 PAM_255 PAM_256 nusG rplK TRUE 0.928 198.000 0.681 1.000 N NA
 10141930 10141931 PAM_256 PAM_257 rplK rplA TRUE 0.997 94.000 0.838 0.089 Y NA
 10141931 10141932 PAM_257 PAM_258 rplA rplJ TRUE 0.996 40.000 0.302 1.000 Y NA
 10141932 10141933 PAM_258 PAM_259 rplJ rplL TRUE 0.997 12.000 0.884 1.000 Y NA
 10141933 10141934 PAM_259 PAM_260 rplL rpoB TRUE 0.952 172.000 0.223 1.000 N NA
 10141934 10141935 PAM_260 PAM_261 rpoB rpoC TRUE 0.998 3.000 0.851 0.005 Y NA
 10141935 10141936 PAM_261 PAM_262 rpoC rpsL TRUE 0.967 21.000 0.035 1.000 N NA
 10141936 10141937 PAM_262 PAM_263 rpsL rpsG TRUE 0.997 89.000 0.224 0.014 Y NA
 10141937 10141938 PAM_263 PAM_264 rpsG fusA TRUE 0.997 25.000 0.579 1.000 Y NA
 10141938 10141939 PAM_264 PAM_265 fusA tufB TRUE 0.997 131.000 0.400 0.003 Y NA
 10141939 10141940 PAM_265 PAM_266 tufB   FALSE 0.178 572.000 0.000 NA   NA
 10141941 10141942 PAM_267 PAM_268 gidB gidA TRUE 0.985 -13.000 0.466 1.000 N NA
 10141942 10141943 PAM_268 PAM_269 gidA   TRUE 0.927 57.000 0.004 NA   NA
 10141944 10141945 PAM_t12 PAM_270 Arg-tRNA   TRUE 0.325 308.000 0.000 NA   NA
 10141945 10141946 PAM_270 PAM_271     TRUE 0.302 319.000 0.000 NA   NA
 10141946 10141947 PAM_271 PAM_272     FALSE 0.183 506.000 0.000 NA   NA
 10141947 10141948 PAM_272 PAM_273     TRUE 0.970 25.000 0.245 NA   NA
 10141948 10141949 PAM_273 PAM_274     TRUE 0.959 -25.000 0.005 NA   NA
 10141949 10141950 PAM_274 PAM_275   miaA TRUE 0.482 372.000 0.008 NA   NA
 10141950 10141951 PAM_275 PAM_276 miaA efp TRUE 0.991 59.000 0.004 1.000 Y NA
 10141951 10141952 PAM_276 PAM_277 efp   TRUE 0.553 217.000 0.000 NA   NA
 10141952 10141953 PAM_277 PAM_278     TRUE 0.938 30.000 0.007 NA   NA
 10141953 10141954 PAM_278 PAM_279   topA TRUE 0.944 91.000 0.004 1.000   NA
 10141956 10141957 PAM_281 PAM_282 pfkA   TRUE 0.932 145.000 0.008 1.000 N NA
 10141957 10141958 PAM_282 PAM_283   pgi TRUE 0.948 123.000 0.007 1.000 N NA
 10141958 10141959 PAM_283 PAM_284 pgi eno TRUE 0.985 169.000 0.003 0.012 Y NA
 10141959 10141960 PAM_284 PAM_285 eno gpmI TRUE 0.996 122.000 0.136 1.000 Y NA
 10141960 10141961 PAM_285 PAM_286 gpmI citS TRUE 0.251 425.000 0.000 1.000 N NA
 10141961 10141962 PAM_286 PAM_287 citS pykF TRUE 0.961 69.000 0.021 1.000 N NA
 10141963 10141964 PAM_288 PAM_289     TRUE 0.976 93.000 1.000 NA   NA
 10141965 10141966 PAM_290 PAM_291 argE   TRUE 0.877 34.000 0.000 0.010   NA
 10141966 10141967 PAM_291 PAM_292   argE TRUE 0.869 131.000 0.000 0.010   NA
 10141967 10141968 PAM_292 PAM_293 argE thyA TRUE 0.859 45.000 0.000 1.000   NA
 10141968 10141969 PAM_293 PAM_294 thyA folA TRUE 0.983 -3.000 0.295 1.000 N NA
 10141969 10141970 PAM_294 PAM_295 folA plsC TRUE 0.974 -6.000 0.022 1.000 N NA
 10141970 10141971 PAM_295 PAM_296 plsC   TRUE 0.969 101.000 0.043 1.000 N NA
 10141972 10141973 PAM_297 PAM_298     TRUE 0.968 5.000 0.034 NA   NA
 10141973 10141974 PAM_298 PAM_299     TRUE 0.940 54.000 0.006 1.000   NA
 10141974 10141975 PAM_299 PAM_300     TRUE 0.947 -3.000 0.003 1.000 N NA
 10141975 10141976 PAM_300 PAM_301     TRUE 0.911 -13.000 0.000 1.000   NA
 10141976 10141977 PAM_301 PAM_302   greA TRUE 0.974 -10.000 0.031 1.000   NA
 10141977 10141978 PAM_302 PAM_303 greA smtA TRUE 0.959 11.000 0.012 1.000   NA
 10141978 10141979 PAM_303 PAM_304 smtA   TRUE 0.964 2.000 0.012 1.000   NA
 10141979 10141980 PAM_304 PAM_305   alaS TRUE 0.462 347.000 0.003 1.000 N NA
 10141982 10141983 PAM_307 PAM_308 hflB   TRUE 0.970 131.000 0.667 NA   NA
 10141983 10141984 PAM_308 PAM_309   lplA TRUE 0.970 126.000 0.375 NA   NA
 10141985 10141986 PAM_310 PAM_311     FALSE 0.179 918.000 0.000 NA   NA
 10141986 10141987 PAM_311 PAM_312     TRUE 0.651 195.000 0.000 NA   NA
 10141987 10141988 PAM_312 PAM_313     TRUE 0.906 -37.000 0.000 NA   NA
 10141988 10141989 PAM_313 PAM_314     TRUE 0.848 32.000 0.000 NA   NA
 10141989 10141990 PAM_314 PAM_315   uvrD TRUE 0.611 202.000 0.000 NA   NA
 10141991 10141992 PAM_316 PAM_317 hflB himA TRUE 0.845 43.000 0.000 NA   NA
 10141992 10141993 PAM_317 PAM_318 himA   FALSE 0.194 461.000 0.000 NA   NA
 10141993 10141994 PAM_318 PAM_319   ssb TRUE 0.346 309.000 0.000 1.000   NA
 10141994 10141995 PAM_319 PAM_320 ssb fliA TRUE 0.587 215.000 0.000 1.000   NA
 10141996 10141997 PAM_321 PAM_322     TRUE 0.868 15.000 0.000 NA   NA
 10141997 10141998 PAM_322 PAM_323   fliA TRUE 0.827 137.000 0.000 NA   NA
 10141998 10141999 PAM_323 PAM_324 fliA ssb TRUE 0.904 5.000 0.000 1.000 N NA
 10141999 10142000 PAM_324 PAM_325 ssb himA TRUE 0.981 54.000 0.000 NA Y NA
 10142000 10142001 PAM_325 PAM_326 himA hflB TRUE 0.845 43.000 0.000 NA   NA
 10142001 10142002 PAM_326 PAM_327 hflB   FALSE 0.177 828.000 0.000 NA   NA
 10142002 10142003 PAM_327 PAM_328     TRUE 0.984 -37.000 1.000 NA   NA
 10142003 10142004 PAM_328 PAM_329     FALSE 0.176 814.000 0.000 NA   NA
 10142004 10142005 PAM_329 PAM_330     FALSE 0.210 427.000 0.000 NA   NA
 10142005 10142006 PAM_330 PAM_331     TRUE 0.810 143.000 0.000 NA   NA
 10142006 10142007 PAM_331 PAM_332     TRUE 0.845 56.000 0.000 NA   NA
 10142007 10142008 PAM_332 PAM_333     FALSE 0.175 656.000 0.000 NA   NA
 10142008 10142009 PAM_333 PAM_334     FALSE 0.210 2135.000 0.000 1.000   NA
 10142009 10142010 PAM_334 PAM_335     TRUE 0.845 125.000 0.000 NA   NA
 10142010 10142011 PAM_335 PAM_336     TRUE 0.852 26.000 0.000 NA   NA
 10142012 10142013 PAM_337 PAM_338 tra5   FALSE 0.220 418.000 0.000 NA   NA
 10142013 10142014 PAM_338 PAM_339     TRUE 0.982 -3.000 0.667 NA   NA
 10142014 10142015 PAM_339 PAM_340     FALSE 0.179 959.000 0.000 NA   NA
 10142015 10142016 PAM_340 PAM_341     TRUE 0.231 459.000 0.000 0.080   NA
 10142016 10142017 PAM_341 PAM_342     FALSE 0.193 589.000 0.000 1.000   NA
 10142017 10142018 PAM_342 PAM_343     FALSE 0.175 648.000 0.000 NA   NA
 10142018 10142019 PAM_343 PAM_344   tmk TRUE 0.785 190.000 0.002 NA   NA
 10142019 10142020 PAM_344 PAM_345 tmk   TRUE 0.917 74.000 0.002 1.000   NA
 10142020 10142021 PAM_345 PAM_346     FALSE 0.180 532.000 0.000 NA   NA
 10142021 10142022 PAM_346 PAM_347     TRUE 0.850 29.000 0.000 NA   NA
 10142022 10142023 PAM_347 PAM_348   smc TRUE 0.855 67.000 0.000 NA   NA
 10142023 10142024 PAM_348 PAM_349 smc   FALSE 0.189 473.000 0.000 NA   NA
 10142024 10142025 PAM_349 PAM_350     TRUE 0.847 33.000 0.000 NA   NA
 10142026 10142027 PAM_351 PAM_352     TRUE 0.651 195.000 0.000 NA   NA
 10142027 10142028 PAM_352 PAM_353     TRUE 0.906 -37.000 0.000 NA   NA
 10142028 10142029 PAM_353 PAM_354     TRUE 0.972 32.000 1.000 NA   NA
 10142029 10142030 PAM_354 PAM_355   uvrD TRUE 0.531 222.000 0.000 NA   NA
 10142031 10142032 PAM_356 PAM_357 hflB himA TRUE 0.858 43.000 0.000 NA N NA
 10142032 10142033 PAM_357 PAM_358 himA   FALSE 0.194 461.000 0.000 NA   NA
 10142033 10142034 PAM_358 PAM_359   ssb TRUE 0.346 309.000 0.000 1.000   NA
 10142034 10142035 PAM_359 PAM_360 ssb fliA TRUE 0.587 215.000 0.000 1.000   NA
 10142036 10142037 PAM_361 PAM_362     TRUE 0.868 15.000 0.000 NA   NA
 10142037 10142038 PAM_362 PAM_363   fliA TRUE 0.827 137.000 0.000 NA   NA
 10142038 10142039 PAM_363 PAM_364 fliA ssb TRUE 0.904 5.000 0.000 1.000 N NA
 10142039 10142040 PAM_364 PAM_365 ssb himA TRUE 0.981 54.000 0.000 NA Y NA
 10142040 10142041 PAM_365 PAM_366 himA hflB TRUE 0.845 43.000 0.000 NA   NA
 10142041 10142042 PAM_366 PAM_367 hflB   FALSE 0.177 828.000 0.000 NA   NA
 10142042 10142043 PAM_367 PAM_368     TRUE 0.984 -37.000 1.000 NA   NA
 10142043 10142044 PAM_368 PAM_369     FALSE 0.176 814.000 0.000 NA   NA
 10142044 10142045 PAM_369 PAM_370     FALSE 0.210 427.000 0.000 NA   NA
 10142045 10142046 PAM_370 PAM_371     TRUE 0.810 143.000 0.000 NA   NA
 10142046 10142047 PAM_371 PAM_372     TRUE 0.845 56.000 0.000 NA   NA
 10142047 10142048 PAM_372 PAM_373     FALSE 0.175 656.000 0.000 NA   NA
 10142048 10142049 PAM_373 PAM_374   tmk TRUE 0.917 112.000 0.002 1.000   NA
 10142049 10142050 PAM_374 PAM_375 tmk   FALSE 0.206 1582.000 0.000 1.000   NA
 10142050 10142051 PAM_375 PAM_376     FALSE 0.218 494.000 0.000 0.078   NA
 10142051 10142052 PAM_376 PAM_377     TRUE 0.867 93.000 0.000 NA   NA
 10142052 10142053 PAM_377 PAM_378     TRUE 0.855 67.000 0.000 NA   NA
 10142053 10142054 PAM_378 PAM_379     FALSE 0.175 757.000 0.000 NA   NA
 10142054 10142055 PAM_379 PAM_380   smc FALSE 0.192 470.000 0.000 NA   NA
 10142055 10142056 PAM_380 PAM_381 smc   TRUE 0.867 93.000 0.000 NA   NA
 10142056 10142057 PAM_381 PAM_382     FALSE 0.213 424.000 0.000 NA   NA
 10142057 10142058 PAM_382 PAM_383     TRUE 0.290 327.000 0.000 NA   NA
 10142059 10142060 PAM_384 PAM_385     TRUE 0.902 -16.000 0.000 NA   NA
 10142060 10142061 PAM_385 PAM_386     FALSE 0.176 582.000 0.000 NA   NA
 10142061 10142062 PAM_386 PAM_387     FALSE 0.176 590.000 0.000 NA   NA
 10142062 10142063 PAM_387 PAM_388   dnaB TRUE 0.976 12.000 0.100 0.077   NA
 10142063 10142064 PAM_388 PAM_389 dnaB   TRUE 0.977 2.000 0.150 NA   NA
 10142064 10142065 PAM_389 PAM_390     TRUE 0.312 420.000 0.002 NA   NA
 10142065 10142066 PAM_390 PAM_391     TRUE 0.871 71.000 0.000 1.000   NA
 10142066 10142067 PAM_391 PAM_392     FALSE 0.176 595.000 0.000 NA   NA
 10142067 10142068 PAM_392 PAM_393   hflB TRUE 0.867 92.000 0.000 NA   NA
 10142068 10142069 PAM_393 PAM_394 hflB himA TRUE 0.845 43.000 0.000 NA   NA
 10142069 10142070 PAM_394 PAM_395 himA dam TRUE 0.983 109.000 0.000 NA Y NA
 10142070 10142071 PAM_395 PAM_396 dam ssb TRUE 0.706 478.000 0.000 1.000 Y NA
 10142071 10142072 PAM_396 PAM_397 ssb   FALSE 0.207 475.000 0.000 1.000   NA
 10142073 10142074 PAM_398 PAM_399     FALSE 0.177 581.000 0.000 NA   NA
 10142074 10142075 PAM_399 PAM_400     TRUE 0.853 25.000 0.000 NA   NA
 10142075 10142076 PAM_400 PAM_401     TRUE 0.850 28.000 0.000 NA   NA
 10142076 10142077 PAM_401 PAM_402   himA TRUE 0.895 -3.000 0.000 NA   NA
 10142077 10142078 PAM_402 PAM_403 himA hflB TRUE 0.858 43.000 0.000 NA N NA
 10142078 10142079 PAM_403 PAM_404 hflB   TRUE 0.866 16.000 0.000 NA   NA
 10142079 10142080 PAM_404 PAM_405     TRUE 0.290 327.000 0.000 NA   NA
 10142081 10142082 PAM_406 PAM_407 tra5   FALSE 0.200 444.000 0.000 NA   NA
 10142083 10142084 PAM_408 PAM_409 rpoD dam TRUE 0.734 184.000 0.000 1.000   NA
 10142084 10142085 PAM_409 PAM_410 dam ssb TRUE 0.994 172.000 1.000 1.000 Y NA
 10142086 10142087 PAM_411 PAM_412     TRUE 0.872 13.000 0.000 NA   NA
 10142087 10142088 PAM_412 PAM_413   uvrD FALSE 0.183 498.000 0.000 NA   NA
 10142088 10142089 PAM_413 PAM_414 uvrD   FALSE 0.178 888.000 0.000 NA   NA
 10142089 10142090 PAM_414 PAM_415     TRUE 0.848 32.000 0.000 NA   NA
 10142090 10142091 PAM_415 PAM_416     TRUE 0.358 280.000 0.000 NA   NA
 10142091 10142092 PAM_416 PAM_417     TRUE 0.504 225.000 0.000 NA   NA
 10142092 10142093 PAM_417 PAM_418     FALSE 0.198 451.000 0.000 NA   NA
 10142093 10142094 PAM_418 PAM_419     TRUE 0.979 6.000 1.000 NA   NA
 10142094 10142095 PAM_419 PAM_755     TRUE 0.976 97.000 0.667 NA   NA
 10142095 10142096 PAM_755 PAM_756     TRUE 0.975 82.000 0.667 NA   NA
 10142096 10142097 PAM_756 PAM_757     TRUE 0.846 39.000 0.000 NA   NA
 10142097 10142098 PAM_757 PAM_758   himA TRUE 0.870 14.000 0.000 NA   NA
 10142098 10142099 PAM_758 PAM_759 himA   TRUE 0.996 59.000 1.000 NA Y NA
 10142099 10142100 PAM_759 PAM_760   rpoD TRUE 0.909 2.000 0.000 1.000 N NA
 10142101 10142102 PAM_761 PAM_762   hflB TRUE 0.881 6.000 0.000 NA   NA
 10142103 10142104 PAM_763 PAM_433 uvrB uvrC TRUE 0.918 368.000 0.020 0.005 Y NA
 10142107 10142108 PAM_436 PAM_437     TRUE 0.881 6.000 0.000 NA   NA
 10142108 10142109 PAM_437 PAM_438   lig TRUE 0.822 138.000 0.000 NA   NA
 10142109 10142110 PAM_438 PAM_439 lig   TRUE 0.922 75.000 0.003 NA   NA
 10142110 10142111 PAM_439 PAM_440   acpS TRUE 0.958 -28.000 0.005 NA   NA
 10142111 10142112 PAM_440 PAM_441 acpS hcaD TRUE 0.915 145.000 0.005 1.000   NA
 10142112 10142113 PAM_441 PAM_442 hcaD sodA TRUE 0.929 191.000 0.250 1.000   NA
 10142113 10142114 PAM_442 PAM_443 sodA nusB TRUE 0.974 7.000 0.055 1.000 N NA
 10142114 10142115 PAM_443 PAM_444 nusB   FALSE 0.201 442.000 0.000 NA   NA
 10142115 10142116 PAM_444 PAM_445   lepA FALSE 0.180 532.000 0.000 NA   NA
 10142118 10142119 PAM_447 PAM_764 tldD   TRUE 0.978 -3.000 0.114 NA   NA
 10142120 10142121 PAM_448 PAM_449 lon tig TRUE 0.997 87.000 0.161 1.000 Y NA
 10142121 10142122 PAM_449 PAM_450 tig uvrA FALSE 0.208 671.000 0.000 1.000 N NA
 10142123 10142124 PAM_451 PAM_452     TRUE 0.879 7.000 0.000 NA   NA
 10142124 10142125 PAM_452 PAM_453   srmB FALSE 0.181 526.000 0.000 NA   NA
 10142125 10142126 PAM_453 PAM_454 srmB nfo TRUE 0.905 523.000 0.104 1.000 Y NA
 10142126 10142127 PAM_454 PAM_455 nfo argS FALSE 0.213 894.000 0.000 1.000 N NA
 10142127 10142128 PAM_455 PAM_456 argS artM TRUE 0.464 262.000 0.000 1.000 N NA
 10142128 10142129 PAM_456 PAM_457 artM artI TRUE 0.997 23.000 1.000 0.017 Y NA
 10142130 10142131 PAM_458 PAM_459     TRUE 0.891 0.000 0.000 NA   NA
 10142131 10142132 PAM_459 PAM_460     TRUE 0.689 190.000 0.000 NA   NA
 10142132 10142133 PAM_460 PAM_461     FALSE 0.214 421.000 0.000 NA   NA
 10142133 10142134 PAM_461 PAM_462     TRUE 0.920 195.000 1.000 NA   NA
 10142135 10142136 PAM_463 PAM_464   artM TRUE 0.886 3.000 0.000 NA   NA
 10142136 10142137 PAM_464 PAM_t13 artM Leu-tRNA TRUE 0.230 407.000 0.000 NA   NA
 10142137 10142138 PAM_t13 PAM_465 Leu-tRNA polC TRUE 0.786 158.000 0.000 NA   NA
 10142138 10142139 PAM_465 PAM_466 polC trpS TRUE 0.954 79.000 0.005 0.048 N NA
 10142140 10142141 PAM_467 PAM_468 iscU csdB TRUE 0.972 15.000 0.053 1.000 N NA
 10142141 10142142 PAM_468 PAM_469 csdB tyrS TRUE 0.955 77.000 0.008 1.000 N NA
 10142142 10142143 PAM_469 PAM_470 tyrS rplS TRUE 0.977 185.000 0.003 1.000 Y NA
 10142143 10142144 PAM_470 PAM_471 rplS trmD TRUE 0.997 42.000 0.567 1.000 Y NA
 10142144 10142145 PAM_471 PAM_472 trmD rpsP TRUE 0.995 60.000 0.033 1.000 Y NA
 10142145 10142146 PAM_472 PAM_473 rpsP prfB TRUE 0.722 451.000 0.000 1.000 Y NA
 10142146 10142147 PAM_473 PAM_474 prfB secA TRUE 0.975 4.000 0.052 1.000 N NA
 10142149 10142150 PAM_476 PAM_477 mutT   FALSE 0.192 754.000 0.000 1.000   NA
 10142150 10142151 PAM_477 PAM_478     FALSE 0.187 1486.000 0.000 NA   NA
 10142151 10142152 PAM_478 PAM_479     TRUE 0.857 23.000 0.000 NA   NA
 10142152 10142153 PAM_479 PAM_480   hflB TRUE 0.742 175.000 0.000 NA   NA
 10142153 10142154 PAM_480 PAM_481 hflB   FALSE 0.184 1326.000 0.000 NA   NA
 10142154 10142155 PAM_481 PAM_482     TRUE 0.583 208.000 0.000 NA   NA
 10142155 10142156 PAM_482 PAM_483     TRUE 0.846 39.000 0.000 NA   NA
 10142158 10142159 PAM_485 PAM_765     FALSE 0.177 865.000 0.000 NA   NA
 10142160 10142161 PAM_486 PAM_487   artM TRUE 0.235 394.000 0.000 NA   NA
 10142161 10142162 PAM_487 PAM_488 artM glnQ TRUE 0.998 -7.000 1.000 1.000 Y NA
 10142162 10142163 PAM_488 PAM_489 glnQ artI TRUE 0.940 204.000 0.000 1.000 Y NA
 10142163 10142164 PAM_489 PAM_490 artI artM TRUE 0.998 3.000 1.000 0.045 Y NA
 10142164 10142165 PAM_490 PAM_491 artM   TRUE 0.375 287.000 0.000 1.000   NA
 10142166 10142167 PAM_t14 PAM_t15 Phe-tRNA Asp-tRNA TRUE 0.881 6.000 0.000 NA   NA
 10142167 10142168 PAM_t15 PAM_t16 Asp-tRNA Met-tRNA TRUE 0.878 9.000 0.000 NA   NA
 10142168 10142169 PAM_t16 PAM_t17 Met-tRNA Ser-tRNA TRUE 0.860 21.000 0.000 NA   NA
 10142169 10142170 PAM_t17 PAM_t18 Ser-tRNA Met-tRNA TRUE 0.876 11.000 0.000 NA   NA
 10142170 10142171 PAM_t18 PAM_t19 Met-tRNA Met-tRNA TRUE 0.883 5.000 0.000 NA   NA
 10142171 10142172 PAM_t19 PAM_t20 Met-tRNA Ala-tRNA TRUE 0.845 42.000 0.000 NA   NA
 10142172 10142173 PAM_t20 PAM_t21 Ala-tRNA Leu-tRNA TRUE 0.878 8.000 0.000 NA   NA
 10142173 10142174 PAM_t21 PAM_t22 Leu-tRNA Lys-tRNA TRUE 0.857 70.000 0.000 NA   NA
 10142174 10142175 PAM_t22 PAM_t23 Lys-tRNA Thr-tRNA TRUE 0.876 11.000 0.000 NA   NA
 10142175 10142176 PAM_t23 PAM_t24 Thr-tRNA Val-tRNA TRUE 0.845 56.000 0.000 NA   NA
 10142176 10142177 PAM_t24 PAM_r04 Val-tRNA rrna TRUE 0.852 26.000 0.000 NA   NA
 10142177 10142178 PAM_r04 PAM_r05 rrna rrna TRUE 0.846 36.000 0.000 NA   NA
 10142178 10142179 PAM_r05 PAM_t25 rrna Ile-tRNA TRUE 0.909 -152.000 0.000 NA   NA
 10142179 10142180 PAM_t25 PAM_r06 Ile-tRNA rrna TRUE 0.862 104.000 0.000 NA   NA
 10142180 10142181 PAM_r06 PAM_493 rrna   FALSE 0.175 734.000 0.000 NA   NA
 10142181 10142182 PAM_493 PAM_494   artM TRUE 0.283 337.000 0.000 NA   NA
 10142182 10142183 PAM_494 PAM_495 artM artI TRUE 0.891 89.000 0.000 0.044   NA
 10142183 10142184 PAM_495 PAM_496 artI   TRUE 0.345 289.000 0.000 NA   NA
 10142185 10142186 PAM_497 PAM_498   gyrB FALSE 0.190 471.000 0.000 NA   NA
 10142186 10142187 PAM_498 PAM_499 gyrB gyrA TRUE 0.993 85.000 0.004 0.003 Y NA
 10142187 10142188 PAM_499 PAM_500 gyrA   TRUE 0.922 95.000 0.003 NA   NA
 10142188 10142189 PAM_500 PAM_501     TRUE 0.979 -3.000 0.217 NA   NA
 10142189 10142190 PAM_501 PAM_502     TRUE 0.264 354.000 0.000 NA   NA
 10142190 10142191 PAM_502 PAM_503     TRUE 0.781 159.000 0.000 NA   NA
 10142192 10142193 PAM_504 PAM_505   uvrD TRUE 0.844 45.000 0.000 NA   NA
 10142193 10142194 PAM_505 PAM_506 uvrD   TRUE 0.722 181.000 0.000 NA   NA
 10142194 10142195 PAM_506 PAM_507     TRUE 0.900 -10.000 0.000 NA   NA
 10142195 10142196 PAM_507 PAM_508     TRUE 0.848 32.000 0.000 NA   NA
 10142196 10142197 PAM_508 PAM_509     TRUE 0.377 274.000 0.000 NA   NA
 10142197 10142198 PAM_509 PAM_510     TRUE 0.651 195.000 0.000 NA   NA
 10142199 10142200 PAM_511 PAM_512 fliA ssb TRUE 0.507 232.000 0.000 1.000   NA
 10142200 10142201 PAM_512 PAM_513 ssb himA TRUE 0.981 37.000 0.000 NA Y NA
 10142201 10142202 PAM_513 PAM_514 himA   TRUE 0.845 43.000 0.000 NA   NA
 10142202 10142203 PAM_514 PAM_515     FALSE 0.182 1035.000 0.000 NA   NA
 10142203 10142204 PAM_515 PAM_516   smc FALSE 0.175 755.000 0.000 NA   NA
 10142204 10142205 PAM_516 PAM_517 smc   TRUE 0.852 66.000 0.000 NA   NA
 10142205 10142206 PAM_517 PAM_518     TRUE 0.844 50.000 0.000 NA   NA
 10142206 10142207 PAM_518 PAM_519     TRUE 0.847 34.000 0.000 NA   NA
 10142207 10142208 PAM_519 PAM_520     FALSE 0.179 545.000 0.000 NA   NA
 10142208 10142209 PAM_520 PAM_521   tmk TRUE 0.873 76.000 0.000 1.000   NA
 10142209 10142210 PAM_521 PAM_522 tmk   TRUE 0.830 136.000 0.000 NA   NA
 10142210 10142211 PAM_522 PAM_523   dnaB TRUE 0.883 5.000 0.000 NA   NA
 10142211 10142212 PAM_523 PAM_524 dnaB dnaG TRUE 0.897 11.000 0.000 0.068   NA
 10142212 10142213 PAM_524 PAM_525 dnaG   TRUE 0.862 20.000 0.000 NA   NA
 10142213 10142214 PAM_525 PAM_526     FALSE 0.177 574.000 0.000 NA   NA
 10142215 10142216 PAM_527 PAM_528 uvrD   FALSE 0.205 436.000 0.000 NA   NA
 10142216 10142217 PAM_528 PAM_529     TRUE 0.848 32.000 0.000 NA   NA
 10142217 10142218 PAM_529 PAM_530     TRUE 0.900 -10.000 0.000 NA   NA
 10142218 10142219 PAM_530 PAM_531     FALSE 0.175 641.000 0.000 NA   NA
 10142219 10142220 PAM_531 PAM_532     FALSE 0.190 472.000 0.000 NA   NA
 10142220 10142221 PAM_532 PAM_533     FALSE 0.220 418.000 0.000 NA   NA
 10142221 10142222 PAM_533 PAM_534   himA TRUE 0.313 312.000 0.000 NA   NA
 10142222 10142223 PAM_534 PAM_535 himA ssb TRUE 0.997 73.000 1.000 NA Y NA
 10142223 10142224 PAM_535 PAM_536 ssb fliA TRUE 0.881 15.000 0.000 1.000   NA
 10142225 10142226 PAM_537 PAM_538     TRUE 0.493 227.000 0.000 NA   NA
 10142226 10142227 PAM_538 PAM_539     TRUE 0.855 67.000 0.000 NA   NA
 10142227 10142228 PAM_539 PAM_540     TRUE 0.852 66.000 0.000 NA   NA
 10142228 10142229 PAM_540 PAM_541     TRUE 0.860 21.000 0.000 NA   NA
 10142229 10142230 PAM_541 PAM_542     TRUE 0.441 247.000 0.000 NA   NA
 10142230 10142231 PAM_542 PAM_543     FALSE 0.180 533.000 0.000 NA   NA
 10142231 10142232 PAM_543 PAM_544     TRUE 0.917 75.000 0.002 1.000   NA
 10142232 10142233 PAM_544 PAM_545     FALSE 0.206 1582.000 0.000 1.000   NA
 10142233 10142234 PAM_545 PAM_546     FALSE 0.218 497.000 0.000 0.067   NA
 10142235 10142236 PAM_547 PAM_548 tra5   FALSE 0.175 719.000 0.000 NA   NA
 10142236 10142237 PAM_548 PAM_549   dnaG TRUE 0.891 0.000 0.000 NA   NA
 10142237 10142238 PAM_549 PAM_550 dnaG dnaB TRUE 0.971 25.000 0.100 0.067   NA
 10142238 10142239 PAM_550 PAM_551 dnaB   TRUE 0.970 21.000 0.150 NA   NA
 10142239 10142240 PAM_551 PAM_552     TRUE 0.338 390.000 0.002 NA   NA
 10142240 10142241 PAM_552 PAM_553     TRUE 0.872 75.000 0.000 1.000   NA
 10142241 10142242 PAM_553 PAM_554     FALSE 0.180 994.000 0.000 NA   NA
 10142243 10142244 PAM_555 PAM_556     TRUE 0.651 195.000 0.000 NA   NA
 10142244 10142245 PAM_556 PAM_557     TRUE 0.906 -37.000 0.000 NA   NA
 10142245 10142246 PAM_557 PAM_558     TRUE 0.848 32.000 0.000 NA   NA
 10142246 10142247 PAM_558 PAM_559   uvrD TRUE 0.504 225.000 0.000 NA   NA
 10142247 10142248 PAM_559 PAM_560 uvrD   TRUE 0.850 123.000 0.000 NA   NA
 10142249 10142250 PAM_561 PAM_562 hflB   TRUE 0.832 135.000 0.000 NA   NA
 10142250 10142251 PAM_562 PAM_563   himA TRUE 0.307 313.000 0.000 NA   NA
 10142251 10142252 PAM_563 PAM_564 himA ssb TRUE 0.992 181.000 1.000 NA Y NA
 10142252 10142253 PAM_564 PAM_565 ssb dam TRUE 0.994 172.000 1.000 1.000 Y NA
 10142253 10142254 PAM_565 PAM_566 dam   TRUE 0.319 324.000 0.000 1.000   NA
 10142254 10142255 PAM_566 PAM_567   tra5 FALSE 0.208 1668.000 0.000 1.000   NA
 10142255 10142256 PAM_567 PAM_568 tra5   FALSE 0.175 632.000 0.000 NA   NA
 10142256 10142257 PAM_568 PAM_569   dnaG TRUE 0.891 0.000 0.000 NA   NA
 10142257 10142258 PAM_569 PAM_570 dnaG dnaB TRUE 0.971 25.000 0.100 0.066   NA
 10142259 10142260 PAM_571 PAM_572   dnaG TRUE 0.976 12.000 0.100 0.066   NA
 10142260 10142261 PAM_572 PAM_573 dnaG   TRUE 0.815 141.000 0.000 NA   NA
 10142261 10142262 PAM_573 PAM_574   tra5 FALSE 0.203 440.000 0.000 NA   NA
 10142262 10142263 PAM_574 PAM_575 tra5   FALSE 0.175 758.000 0.000 NA   NA
 10142263 10142264 PAM_575 PAM_576     TRUE 0.852 66.000 0.000 NA   NA
 10142264 10142265 PAM_576 PAM_577     TRUE 0.818 139.000 0.000 NA   NA
 10142265 10142266 PAM_577 PAM_578     FALSE 0.176 793.000 0.000 NA   NA
 10142267 10142268 PAM_579 PAM_580 QRI7 folK TRUE 0.922 88.000 0.002 1.000 N NA
 10142268 10142269 PAM_580 PAM_581 folK folP TRUE 0.940 210.000 0.000 0.004 Y NA
 10142269 10142270 PAM_581 PAM_582 folP   TRUE 0.249 371.000 0.000 NA   NA
 10142270 10142271 PAM_582 PAM_583   degV TRUE 0.546 219.000 0.000 NA   NA
 10142271 10142272 PAM_583 PAM_584 degV   TRUE 0.971 129.000 0.600 NA   NA
 10142272 10142273 PAM_584 PAM_585   mgtA TRUE 0.932 190.000 1.000 NA   NA
 10142273 10142274 PAM_585 PAM_586 mgtA rpsD TRUE 0.288 373.000 0.000 1.000 N NA
 10142277 10142278 PAM_589 PAM_590 lysU   FALSE 0.210 427.000 0.000 NA   NA
 10142278 10142279 PAM_590 PAM_591   dnaE TRUE 0.862 104.000 0.000 NA   NA
 10142279 10142280 PAM_591 PAM_592 dnaE   FALSE 0.184 1256.000 0.000 NA   NA
 10142280 10142281 PAM_592 PAM_593     TRUE 0.857 114.000 0.000 NA   NA
 10142281 10142282 PAM_593 PAM_594   asnB TRUE 0.862 59.000 0.000 1.000   NA
 10142282 10142283 PAM_594 PAM_595 asnB   TRUE 0.598 204.000 0.000 NA   NA
 10142283 10142284 PAM_595 PAM_596   pheS TRUE 0.892 66.000 0.002 NA   NA
 10142284 10142285 PAM_596 PAM_597 pheS   TRUE 0.946 -34.000 0.002 0.004   NA
 10142285 10142286 PAM_597 PAM_598   pheT TRUE 0.920 -7.000 0.000 0.003   NA
 10142286 10142287 PAM_598 PAM_599 pheT phnL TRUE 0.741 189.000 0.000 1.000 N NA
 10142287 10142288 PAM_599 PAM_600 phnL acoA TRUE 0.567 224.000 0.000 1.000 N NA
 10142288 10142289 PAM_600 PAM_601 acoA acoB TRUE 0.998 3.000 0.458 0.003 Y NA
 10142289 10142290 PAM_601 PAM_602 acoB aceF TRUE 0.949 324.000 0.069 0.022 Y NA
 10142290 10142291 PAM_602 PAM_603 aceF lpd TRUE 0.997 22.000 0.857 1.000 Y NA
 10142291 10142292 PAM_603 PAM_604 lpd   TRUE 0.250 369.000 0.000 NA   NA
 10142292 10142293 PAM_604 PAM_605   tatD TRUE 0.279 338.000 0.000 NA   NA
 10142295 10142296 PAM_607 PAM_608 plsX rnc TRUE 0.975 -3.000 0.029 1.000 N NA
 10142296 10142297 PAM_608 PAM_609 rnc   TRUE 0.964 -58.000 0.005 NA N NA
 10142297 10142298 PAM_609 PAM_610     TRUE 0.953 127.000 0.027 NA   NA
 10142299 10142300 PAM_611 PAM_612 pyrG psd TRUE 0.957 -7.000 0.004 1.000 N NA
 10142300 10142301 PAM_612 PAM_613 psd pssA TRUE 0.997 13.000 0.130 0.005 Y NA
 10142301 10142302 PAM_613 PAM_614 pssA   TRUE 0.915 176.000 0.022 1.000   NA
 10142302 10142303 PAM_614 PAM_615     TRUE 0.724 201.000 0.002 NA   NA
 10142303 10142304 PAM_615 PAM_616     TRUE 0.872 13.000 0.000 NA   NA
 10142304 10142305 PAM_616 PAM_617   dnaX TRUE 0.895 -3.000 0.000 NA   NA
 10142306 10142307 PAM_618 PAM_619 hsdR hsdM TRUE 0.549 2011.000 0.083 1.000   NA
 10142307 10142308 PAM_619 PAM_620 hsdM glnS FALSE 0.207 1653.000 0.000 1.000   NA
 10142308 10142309 PAM_620 PAM_621 glnS uvrD TRUE 0.953 120.000 0.008 1.000 N NA
 10142309 10142310 PAM_621 PAM_622 uvrD   TRUE 0.298 342.000 0.000 1.000   NA
 10142310 10142311 PAM_622 PAM_623   rpsU TRUE 0.514 229.000 0.000 1.000   NA
 10142311 10142312 PAM_623 PAM_624 rpsU   TRUE 0.682 222.000 0.003 NA   NA
 10142312 10142313 PAM_624 PAM_625   era TRUE 0.954 124.000 0.026 NA   NA
 10142313 10142314 PAM_625 PAM_626 era GRS1 TRUE 0.939 100.000 0.004 1.000   NA
 10142314 10142315 PAM_626 PAM_627 GRS1 dnaG TRUE 0.962 10.000 0.010 1.000 N NA
 10142315 10142316 PAM_627 PAM_628 dnaG rpoD TRUE 0.975 83.000 0.114 1.000 N NA
 10142316 10142317 PAM_628 PAM_629 rpoD   TRUE 0.972 2.000 0.053 NA   NA
 10142318 10142319 PAM_630 PAM_631 hit   TRUE 0.959 22.000 0.017 1.000 N NA
 10142319 10142320 PAM_631 PAM_632     FALSE 0.212 552.000 0.000 1.000 N NA
 10142320 10142321 PAM_632 PAM_633     FALSE 0.192 639.000 0.000 1.000   NA
 10142323 10142324 PAM_635 PAM_t26   Gly-tRNA TRUE 0.909 -91.000 0.000 NA   NA
 10142324 10142325 PAM_t26 PAM_t27 Gly-tRNA Pro-tRNA TRUE 0.855 24.000 0.000 NA   NA
 10142325 10142326 PAM_t27 PAM_t28 Pro-tRNA Arg-tRNA TRUE 0.850 28.000 0.000 NA   NA
 10142326 10142327 PAM_t28 PAM_t29 Arg-tRNA Glu-tRNA TRUE 0.865 17.000 0.000 NA   NA
 10142327 10142328 PAM_t29 PAM_636 Glu-tRNA degV TRUE 0.299 323.000 0.000 NA   NA
 10142328 10142329 PAM_636 PAM_637 degV   TRUE 0.285 336.000 0.000 NA   NA
 10142331 10142332 PAM_639 PAM_640 artM   TRUE 0.360 313.000 0.000 0.040   NA
 10142332 10142333 PAM_640 PAM_641   mdoB TRUE 0.924 -28.000 0.000 0.015   NA
 10142333 10142334 PAM_641 PAM_642 mdoB tra5 TRUE 0.264 383.000 0.000 1.000   NA
 10142334 10142335 PAM_642 PAM_643 tra5   TRUE 0.223 415.000 0.000 NA   NA
 10142335 10142336 PAM_643 PAM_644   dnaG FALSE 0.210 427.000 0.000 NA   NA
 10142336 10142337 PAM_644 PAM_645 dnaG dnaB TRUE 0.976 13.000 0.100 0.064   NA
 10142337 10142338 PAM_645 PAM_646 dnaB   TRUE 0.977 2.000 0.150 NA   NA
 10142338 10142339 PAM_646 PAM_647     TRUE 0.312 420.000 0.002 NA   NA
 10142339 10142340 PAM_647 PAM_648     TRUE 0.871 71.000 0.000 1.000   NA
 10142340 10142341 PAM_648 PAM_649     FALSE 0.175 774.000 0.000 NA   NA
 10142341 10142342 PAM_649 PAM_650     TRUE 0.867 92.000 0.000 NA   NA
 10142342 10142343 PAM_650 PAM_651     TRUE 0.855 67.000 0.000 NA   NA
 10142343 10142344 PAM_651 PAM_652     FALSE 0.192 470.000 0.000 NA   NA
 10142344 10142345 PAM_652 PAM_653     FALSE 0.175 780.000 0.000 NA   NA
 10142345 10142346 PAM_653 PAM_654   himA TRUE 0.858 72.000 0.000 NA   NA
 10142346 10142347 PAM_654 PAM_655 himA ssb TRUE 0.981 130.000 0.000 NA Y NA
 10142347 10142348 PAM_655 PAM_656 ssb fliA TRUE 0.427 263.000 0.000 1.000   NA
 10142348 10142349 PAM_656 PAM_657 fliA   TRUE 0.867 91.000 0.000 NA   NA
 10142349 10142350 PAM_657 PAM_658   hflB FALSE 0.181 1029.000 0.000 NA   NA
 10142351 10142352 PAM_659 PAM_660 potA potB TRUE 0.998 -6.000 0.928 0.040 Y NA
 10142352 10142353 PAM_660 PAM_661 potB potC TRUE 0.998 -10.000 0.492 0.040 Y NA
 10142353 10142354 PAM_661 PAM_662 potC potD TRUE 0.996 -3.000 0.017 0.040 Y NA
 10142355 10142356 PAM_663 PAM_664   rpt1 FALSE 0.196 460.000 0.000 NA   NA
 10142357 10142358 PAM_665 PAM_t30   Leu-tRNA TRUE 0.850 29.000 0.000 NA   NA
 10142360 10142361 PAM_667 PAM_668 clpX   TRUE 0.855 24.000 0.000 NA   NA
 10142362 10142363 PAM_669 PAM_670     TRUE 0.850 64.000 0.000 NA   NA
 10142363 10142364 PAM_670 PAM_t31   Gly-tRNA FALSE 0.175 784.000 0.000 NA   NA
 10142364 10142365 PAM_t31 PAM_t32 Gly-tRNA Thr-tRNA TRUE 0.857 23.000 0.000 NA   NA
 10142367 10142368 PAM_672 PAM_673 dnaC dnaB TRUE 0.976 83.000 0.817 NA   NA
 10142368 10142369 PAM_673 PAM_674 dnaB nei TRUE 0.993 54.000 0.012 NA Y NA
 10142369 10142370 PAM_674 PAM_675 nei polA TRUE 0.808 156.000 0.000 1.000   NA
 10142370 10142371 PAM_675 PAM_676 polA exo TRUE 0.782 176.000 0.000 0.010   NA
 10142371 10142372 PAM_676 PAM_677 exo   TRUE 0.873 108.000 0.000 1.000   NA
 10142372 10142373 PAM_677 PAM_678   ffh TRUE 0.526 237.000 0.000 0.034   NA
 10142373 10142374 PAM_678 PAM_679 ffh ftsY TRUE 0.962 262.000 0.024 0.003 Y NA
 10142374 10142375 PAM_679 PAM_680 ftsY gmk TRUE 0.276 339.000 0.000 NA   NA
 10142375 10142376 PAM_680 PAM_681 gmk   TRUE 0.279 338.000 0.000 NA   NA
 10142376 10142377 PAM_681 PAM_682     FALSE 0.175 719.000 0.000 NA   NA
 10142379 10142380 PAM_684 PAM_685   dnaG TRUE 0.776 160.000 0.000 NA   NA
 10142380 10142381 PAM_685 PAM_686 dnaG dnaB TRUE 0.971 27.000 0.100 0.063   NA
 10142381 10142382 PAM_686 PAM_687 dnaB   TRUE 0.969 18.000 0.100 NA   NA
 10142382 10142383 PAM_687 PAM_688   tmk TRUE 0.953 165.000 0.667 NA   NA
 10142383 10142384 PAM_688 PAM_689 tmk   TRUE 0.974 45.000 0.667 1.000   NA
 10142384 10142385 PAM_689 PAM_690     FALSE 0.204 439.000 0.000 NA   NA
 10142385 10142386 PAM_690 PAM_691     TRUE 0.973 30.000 0.667 NA   NA
 10142386 10142387 PAM_691 PAM_692     TRUE 0.975 81.000 0.667 NA   NA
 10142387 10142388 PAM_692 PAM_693   smc TRUE 0.904 -28.000 0.000 NA   NA
 10142388 10142389 PAM_693 PAM_694 smc   TRUE 0.908 -67.000 0.000 NA   NA
 10142389 10142390 PAM_694 PAM_695   hflB TRUE 0.860 21.000 0.000 NA   NA
 10142390 10142391 PAM_695 PAM_696 hflB   TRUE 0.459 241.000 0.000 NA   NA
 10142391 10142392 PAM_696 PAM_697     TRUE 0.267 349.000 0.000 NA   NA
 10142392 10142393 PAM_697 PAM_698   himA TRUE 0.313 312.000 0.000 NA   NA
 10142393 10142394 PAM_698 PAM_699 himA ssb TRUE 0.997 73.000 1.000 NA Y NA
 10142394 10142395 PAM_699 PAM_700 ssb fliA TRUE 0.881 15.000 0.000 1.000   NA
 10142395 10142396 PAM_700 PAM_701 fliA   TRUE 0.593 211.000 0.000 1.000   NA
 10142396 10142397 PAM_701 PAM_702   rpoD TRUE 0.900 2.000 0.000 1.000   NA
 10142397 10142398 PAM_702 PAM_703 rpoD dnaJ FALSE 0.218 1211.000 0.000 1.000 N NA
 10142398 10142399 PAM_703 PAM_704 dnaJ dnaK TRUE 0.991 152.000 0.008 0.003 Y NA
 10142399 10142400 PAM_704 PAM_705 dnaK grpE TRUE 0.997 -34.000 0.019 0.006 Y NA
 10142400 10142401 PAM_705 PAM_706 grpE hrcA TRUE 0.833 222.000 0.025 1.000 N NA
 10142402 10142403 PAM_707 PAM_708     TRUE 0.364 278.000 0.000 NA   NA
 10142403 10142404 PAM_708 PAM_709     FALSE 0.175 640.000 0.000 NA   NA
 10142404 10142405 PAM_709 PAM_710     TRUE 0.858 74.000 0.000 NA   NA
 10142405 10142406 PAM_710 PAM_711     TRUE 0.396 267.000 0.000 NA   NA
 10142406 10142407 PAM_711 PAM_712     TRUE 0.864 84.000 0.000 NA   NA
 10142407 10142408 PAM_712 PAM_713   hflB TRUE 0.520 223.000 0.000 NA   NA
 10142408 10142409 PAM_713 PAM_714 hflB srmB FALSE 0.208 667.000 0.000 1.000 N NA
 10142410 10142411 PAM_715 PAM_716     TRUE 0.938 124.000 0.007 NA   NA
 10142411 10142412 PAM_716 PAM_717     TRUE 0.941 67.000 0.007 NA   NA
 10142412 10142413 PAM_717 PAM_718     TRUE 0.720 255.000 0.022 NA   NA
 10142413 10142414 PAM_718 PAM_719     TRUE 0.903 -19.000 0.000 NA   NA
 10142414 10142415 PAM_719 PAM_720   citS FALSE 0.185 482.000 0.000 NA   NA
 10142415 10142416 PAM_720 PAM_721 citS sfcA TRUE 0.931 419.000 0.286 1.000 Y NA
 10142418 10142419 PAM_723 PAM_724     TRUE 0.860 21.000 0.000 NA   NA
 10142419 10142420 PAM_724 PAM_725     FALSE 0.175 647.000 0.000 NA   NA
 10142421 10142422 PAM_726 PAM_727 ssb hflB FALSE 0.212 469.000 0.000 1.000   NA
 10142424 10142425 PAM_729 PAM_730     TRUE 0.572 307.000 0.007 NA   NA
 10142425 10142426 PAM_730 PAM_731   ksgA TRUE 0.932 107.000 0.003 1.000   NA
 10142426 10142427 PAM_731 PAM_732 ksgA   TRUE 0.503 276.000 0.002 1.000 N NA
 10142427 10142428 PAM_732 PAM_733   zntA TRUE 0.840 220.000 0.027 1.000 N NA
 10142429 10142430 PAM_734 PAM_735 norM mraW TRUE 0.913 123.000 0.002 1.000 N NA
 10142430 10142431 PAM_735 PAM_736 mraW rpoZ TRUE 0.939 105.000 0.004 1.000   NA
 10142431 10142432 PAM_736 PAM_737 rpoZ gmk TRUE 0.984 -19.000 0.471 1.000   NA
 10142432 10142433 PAM_737 PAM_738 gmk leuS TRUE 0.910 151.000 0.004 1.000 N NA
 10142433 10142434 PAM_738 PAM_739 leuS acpP TRUE 0.941 104.000 0.004 1.000 N NA
 10142434 10142435 PAM_739 PAM_740 acpP frvX TRUE 0.436 271.000 0.000 1.000 N NA
 10142435 10142436 PAM_740 PAM_741 frvX   TRUE 0.980 -13.000 0.167 NA   NA
 10142436 10142437 PAM_741 PAM_742   rplT TRUE 0.874 139.000 0.002 NA   NA
 10142437 10142438 PAM_742 PAM_743 rplT rpmI TRUE 0.980 15.000 0.928 0.046   NA
 10142438 10142439 PAM_743 PAM_744 rpmI infC TRUE 0.972 133.000 0.652 1.000   NA
 10142439 10142440 PAM_744 PAM_745 infC thrS FALSE 0.192 731.000 0.000 1.000   NA
 10142440 10142441 PAM_745 PAM_746 thrS   FALSE 0.198 1004.000 0.000 1.000   NA
 10142441 10142442 PAM_746 PAM_747   trmE TRUE 0.945 99.000 0.005 1.000   NA
 10142442 10142443 PAM_747 PAM_748 trmE   TRUE 0.575 219.000 0.000 1.000   NA
 10142443 10142444 PAM_748 PAM_749   ugpB TRUE 0.973 35.000 0.429 1.000   NA
 10142444 10142445 PAM_749 PAM_750 ugpB ugpE TRUE 0.998 -16.000 0.353 0.038 Y NA
 10142445 10142446 PAM_750 PAM_751 ugpE ugpA TRUE 0.997 129.000 0.296 0.038 Y NA
 10142446 10142447 PAM_751 PAM_752 ugpA malK TRUE 0.997 64.000 0.611 1.000 Y NA
 10142447 10142448 PAM_752 PAM_753 malK   TRUE 0.425 251.000 0.000 NA   NA
 10142448 10142449 PAM_753 PAM_754   asnC TRUE 0.856 117.000 0.000 NA   NA