MicrobesOnline Operon Predictions for Brucella abortus biovar 1 str. 9-941

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 830095 830096 BruAb1_0001 BruAb1_0002 dnaA dnaN TRUE 0.722 229.000 0.328 1.000 Y NA
 830096 830097 BruAb1_0002 BruAb1_0003 dnaN recF TRUE 0.823 182.000 0.318 1.000 Y NA
 830097 830098 BruAb1_0003 BruAb1_0004 recF moeB TRUE 0.505 38.000 0.019 1.000 N NA
 830099 830100 BruAb1_0005 BruAb1_0006     TRUE 0.954 -3.000 0.179 1.000   NA
 830100 830101 BruAb1_0006 BruAb1_0007     TRUE 0.990 -3.000 0.744 1.000   NA
 830101 830102 BruAb1_0007 BruAb1_0008     TRUE 0.995 0.000 0.882 0.074   NA
 830102 830103 BruAb1_0008 BruAb1_0009     TRUE 0.924 112.000 0.711 0.074   NA
 830103 830104 BruAb1_0009 BruAb1_0010     TRUE 0.988 14.000 0.391 0.074 Y NA
 830104 830105 BruAb1_0010 BruAb1_0011     FALSE 0.047 231.000 0.000 NA   NA
 830105 830106 BruAb1_0011 BruAb1_0012     FALSE 0.255 46.000 0.000 NA   NA
 830106 830107 BruAb1_0012 BruAb1_0013     FALSE 0.274 40.000 0.000 NA   NA
 830107 830108 BruAb1_0013 BruAb1_0014     FALSE 0.033 265.000 0.000 NA   NA
 830110 830111 BruAb1_0016 BruAb1_0017   mvaB TRUE 0.976 -3.000 0.218 0.078 N NA
 830111 830112 BruAb1_0017 BruAb1_0018 mvaB   TRUE 0.964 -7.000 0.229 0.078 N NA
 830112 830113 BruAb1_0018 BruAb1_0019     TRUE 0.971 12.000 0.158 1.000 Y NA
 830113 830114 BruAb1_0019 BruAb1_0020   ivd TRUE 0.991 0.000 0.316 1.000 Y NA
 830114 830115 BruAb1_0020 BruAb1_0021 ivd   FALSE 0.123 147.000 0.000 NA   NA
 830115 830116 BruAb1_0021 BruAb1_0022     FALSE 0.082 185.000 0.000 NA   NA
 830116 830117 BruAb1_0022 BruAb1_0023     FALSE 0.092 177.000 0.000 NA   NA
 830117 830118 BruAb1_0023 BruAb1_trna_0001     FALSE 0.054 222.000 0.000 NA   NA
 830118 830119 BruAb1_trna_0001 BruAb1_0024     FALSE 0.051 226.000 0.000 NA   NA
 830120 830121 BruAb1_0025 BruAb1_0026 aroA cmk TRUE 0.967 -3.000 0.209 1.000 N NA
 830121 830122 BruAb1_0026 BruAb1_0027 cmk rpsA TRUE 0.566 216.000 0.281 1.000 N NA
 830125 830126 BruAb1_0030 BruAb1_0031     FALSE 0.294 36.000 0.000 NA   NA
 830126 830127 BruAb1_0031 BruAb1_0032   recR TRUE 0.667 16.000 0.014 1.000 N NA
 830127 830128 BruAb1_0032 BruAb1_0033 recR   TRUE 0.858 131.000 0.604 NA   NA
 830128 830129 BruAb1_0033 BruAb1_0034   dnaX TRUE 0.933 25.000 0.411 NA   NA
 830130 830131 BruAb1_0035 BruAb1_0036     TRUE 0.802 29.000 0.108 1.000 N NA
 830132 830133 BruAb1_0037 BruAb1_0038 pheA kdsB TRUE 0.621 89.000 0.083 1.000 N NA
 830136 830137 BruAb1_0041 BruAb1_0042   cyoA FALSE 0.095 175.000 0.000 NA   NA
 830137 830138 BruAb1_0042 BruAb1_0043 cyoA qoxB FALSE 0.210 80.000 0.000 NA   NA
 830138 830139 BruAb1_0043 BruAb1_0044 qoxB   TRUE 0.652 4.000 0.000 NA   NA
 830139 830140 BruAb1_0044 BruAb1_0045   qoxD TRUE 0.969 0.000 0.038 0.060 Y NA
 830142 830143 BruAb1_0047 BruAb1_0048     FALSE 0.008 584.000 0.000 NA   NA
 830143 830144 BruAb1_0048 BruAb1_0049     TRUE 0.957 -3.000 0.212 NA   NA
 830144 830145 BruAb1_0049 BruAb1_0050     FALSE 0.126 145.000 0.000 NA   NA
 830146 830147 BruAb1_0051 BruAb1_0052     TRUE 0.844 70.000 0.333 NA   NA
 830147 830148 BruAb1_0052 BruAb1_0053     FALSE 0.016 338.000 0.000 NA   NA
 830148 830149 BruAb1_0053 BruAb1_0054     TRUE 0.578 11.000 0.000 NA   NA
 830149 830150 BruAb1_0054 BruAb1_0055     TRUE 0.824 135.000 0.500 NA   NA
 830150 830151 BruAb1_0055 BruAb1_0056     FALSE 0.055 221.000 0.000 NA   NA
 830153 830154 BruAb1_0058 BruAb1_0059 pgm   FALSE 0.230 56.000 0.000 NA   NA
 830154 830155 BruAb1_0059 BruAb1_0060     FALSE 0.441 -25.000 0.000 NA   NA
 830156 830157 BruAb1_0061 BruAb1_0062     FALSE 0.205 115.000 0.000 1.000   NA
 830157 830158 BruAb1_0062 BruAb1_0063     TRUE 0.546 100.000 0.065 1.000 N NA
 830158 830159 BruAb1_0063 BruAb1_0064     TRUE 0.731 20.000 0.065 NA   NA
 830159 830160 BruAb1_0064 BruAb1_0065     TRUE 0.896 62.000 0.500 NA   NA
 830160 830161 BruAb1_0065 BruAb1_0066     FALSE 0.103 166.000 0.000 NA   NA
 830161 830162 BruAb1_0066 BruAb1_0067     TRUE 0.493 15.000 0.000 NA   NA
 830162 830163 BruAb1_0067 BruAb1_0068     FALSE 0.183 182.000 0.039 NA   NA
 830164 830165 BruAb1_0069 BruAb1_0070 dnaE-1   TRUE 0.992 0.000 0.366 1.000 Y NA
 830165 830166 BruAb1_0070 BruAb1_0071     TRUE 0.960 20.000 0.514 NA   NA
 830167 830168 BruAb1_0072 BruAb1_0073     TRUE 0.757 209.000 0.750 NA   NA
 830171 830172 BruAb1_0076 BruAb1_0077     FALSE 0.288 34.000 0.008 NA   NA
 830172 830173 BruAb1_0077 BruAb1_0078     FALSE 0.028 260.000 0.006 NA   NA
 830173 830174 BruAb1_0078 BruAb1_0079     FALSE 0.011 440.000 0.000 NA   NA
 830174 830175 BruAb1_0079 BruAb1_0080   phhB TRUE 0.569 88.000 0.094 NA   NA
 830177 830178 BruAb1_0082 BruAb1_0083     FALSE 0.365 181.000 0.077 1.000 N NA
 830179 830180 BruAb1_0084 BruAb1_0085     TRUE 0.994 -3.000 0.626 NA Y NA
 830180 830181 BruAb1_0085 BruAb1_0086     FALSE 0.210 234.000 0.101 NA   NA
 830181 830182 BruAb1_0086 BruAb1_0087   pat FALSE 0.156 115.000 0.000 NA   NA
 830183 830184 BruAb1_0088 BruAb1_0089     FALSE 0.008 550.000 0.000 NA   NA
 830184 830185 BruAb1_0089 BruAb1_0090   acnA FALSE 0.062 277.000 0.038 NA   NA
 830186 830187 BruAb1_0091 BruAb1_0092 ccmA ccmB TRUE 0.996 0.000 0.503 0.003 Y NA
 830187 830188 BruAb1_0092 BruAb1_0093 ccmB ccmC TRUE 0.975 58.000 0.501 0.001 Y NA
 830188 830189 BruAb1_0093 BruAb1_0094 ccmC   TRUE 0.985 -3.000 0.501 1.000   NA
 830189 830190 BruAb1_0094 BruAb1_0095   cycY TRUE 0.952 -3.000 0.172 1.000   NA
 830193 830194 BruAb1_0098 BruAb1_0099     TRUE 0.688 0.000 0.000 NA   NA
 830194 830195 BruAb1_0099 BruAb1_0100     FALSE 0.216 175.000 0.000 0.090   NA
 830198 830199 BruAb1_0103 BruAb1_0104     FALSE 0.027 279.000 0.000 NA   NA
 830199 830200 BruAb1_0104 BruAb1_0105     TRUE 0.582 95.000 0.020 0.003 N NA
 830200 830201 BruAb1_0105 BruAb1_0106   cysW-1 TRUE 0.992 -10.000 0.935 0.002 N NA
 830201 830202 BruAb1_0106 BruAb1_0107 cysW-1   TRUE 0.642 98.000 0.015 1.000 Y NA
 830202 830203 BruAb1_0107 BruAb1_0108     FALSE 0.026 386.000 0.000 1.000 N NA
 830203 830204 BruAb1_0108 BruAb1_0109   pncB FALSE 0.423 90.000 0.025 1.000 N NA
 830205 830206 BruAb1_0110 BruAb1_0111     FALSE 0.260 110.000 0.017 1.000   NA
 830206 830207 BruAb1_0111 BruAb1_0112   cscK FALSE 0.481 23.000 0.000 1.000   NA
 830207 830208 BruAb1_0112 BruAb1_0113 cscK   TRUE 0.576 91.000 0.067 1.000 N NA
 830208 830209 BruAb1_0113 BruAb1_0114     FALSE 0.385 121.000 0.036 1.000 N NA
 830209 830210 BruAb1_0114 BruAb1_0115     FALSE 0.329 206.000 0.000 1.000 Y NA
 830210 830211 BruAb1_0115 BruAb1_0116     FALSE 0.285 267.000 0.000 0.003 Y NA
 830211 830212 BruAb1_0116 BruAb1_0117     FALSE 0.064 232.000 0.000 1.000   NA
 830212 830213 BruAb1_0117 BruAb1_0118     TRUE 0.581 39.000 0.054 1.000   NA
 830214 830215 BruAb1_0119 BruAb1_0120   polA FALSE 0.208 82.000 0.000 NA   NA
 830215 830216 BruAb1_0120 BruAb1_0121 polA   TRUE 0.511 142.000 0.000 1.000 Y NA
 830217 830218 BruAb1_0122 BruAb1_0123 gyrB   FALSE 0.226 60.000 0.000 NA   NA
 830218 830219 BruAb1_0123 BruAb1_0124     FALSE 0.185 101.000 0.000 NA   NA
 830219 830220 BruAb1_0124 BruAb1_0125     TRUE 0.612 8.000 0.000 NA   NA
 830220 830221 BruAb1_0125 BruAb1_0126     TRUE 0.688 0.000 0.000 NA   NA
 830221 830222 BruAb1_0126 BruAb1_0127     TRUE 0.813 0.000 0.022 1.000   NA
 830222 830223 BruAb1_0127 BruAb1_0128     FALSE 0.304 34.000 0.000 NA   NA
 830224 830225 BruAb1_0129 BruAb1_0130     FALSE 0.197 95.000 0.000 NA   NA
 830225 830226 BruAb1_0130 BruAb1_0131     FALSE 0.201 92.000 0.000 NA   NA
 830226 830227 BruAb1_0131 BruAb1_0132     TRUE 0.501 -13.000 0.000 NA   NA
 830227 830228 BruAb1_0132 BruAb1_0133     FALSE 0.076 192.000 0.000 NA   NA
 830228 830229 BruAb1_0133 BruAb1_0134     FALSE 0.112 196.000 0.024 NA   NA
 830232 830233 BruAb1_0137 BruAb1_0138     TRUE 0.656 109.000 0.151 1.000   NA
 830233 830234 BruAb1_0138 BruAb1_0139   trpS FALSE 0.473 58.000 0.042 1.000   NA
 830234 830235 BruAb1_0139 BruAb1_0140 trpS mviN TRUE 0.540 97.000 0.078 1.000   NA
 830235 830236 BruAb1_0140 BruAb1_0141 mviN   TRUE 0.842 14.000 0.081 1.000   NA
 830236 830237 BruAb1_0141 BruAb1_0142     FALSE 0.128 143.000 0.000 NA   NA
 830239 830240 BruAb1_0144 BruAb1_0145   lspA FALSE 0.019 323.000 0.000 NA   NA
 830240 830241 BruAb1_0145 BruAb1_0146 lspA   TRUE 0.810 2.000 0.000 1.000 N NA
 830241 830242 BruAb1_0146 BruAb1_0147     TRUE 0.957 -3.000 0.213 NA   NA
 830242 830243 BruAb1_0147 BruAb1_0148     FALSE 0.178 113.000 0.014 NA   NA
 830243 830244 BruAb1_0148 BruAb1_0149   ihfB TRUE 0.880 10.000 0.095 NA   NA
 830244 830245 BruAb1_0149 BruAb1_0150 ihfB sppA TRUE 0.781 47.000 0.142 1.000 N NA
 830246 830247 BruAb1_0151 BruAb1_0152     FALSE 0.130 324.000 0.144 NA   NA
 830247 830248 BruAb1_0152 BruAb1_0153     TRUE 0.977 12.000 0.543 NA   NA
 830248 830249 BruAb1_0153 BruAb1_0154   rpoN FALSE 0.024 296.000 0.003 1.000   NA
 830251 830252 BruAb1_0156 BruAb1_0157 yfiA ptsN TRUE 0.841 103.000 0.353 NA N NA
 830253 830254 BruAb1_0158 BruAb1_0159     TRUE 0.928 106.000 0.955 NA   NA
 830254 830255 BruAb1_0159 BruAb1_0160     FALSE 0.202 91.000 0.000 NA   NA
 830255 830256 BruAb1_0160 BruAb1_0161     FALSE 0.464 -19.000 0.000 NA   NA
 830258 830259 BruAb1_0163 BruAb1_0164     TRUE 0.662 -3.000 0.000 NA   NA
 830261 830262 BruAb1_0166 BruAb1_0167   grpE FALSE 0.165 133.000 0.016 NA   NA
 830262 830263 BruAb1_0167 BruAb1_0168 grpE hrcA TRUE 0.662 106.000 0.120 1.000 N NA
 830264 830265 BruAb1_0169 BruAb1_0170 rph   FALSE 0.096 174.000 0.000 NA   NA
 830265 830266 BruAb1_0170 BruAb1_0171     TRUE 0.663 3.000 0.000 NA   NA
 830266 830267 BruAb1_0171 BruAb1_0172     TRUE 0.968 -3.000 0.218 1.000 N NA
 830267 830268 BruAb1_0172 BruAb1_0173     TRUE 0.609 12.000 0.006 1.000   NA
 830268 830269 BruAb1_0173 BruAb1_0174     TRUE 0.951 -3.000 0.165 1.000   NA
 830269 830270 BruAb1_0174 BruAb1_0175   cysG FALSE 0.109 220.000 0.000 1.000 N NA
 830270 830271 BruAb1_0175 BruAb1_0176 cysG   TRUE 0.891 18.000 0.188 NA   NA
 830271 830272 BruAb1_0176 BruAb1_0177   cysI TRUE 0.977 21.000 0.919 NA   NA
 830272 830273 BruAb1_0177 BruAb1_0178 cysI cysH TRUE 0.839 -10.000 0.059 1.000 N NA
 830273 830274 BruAb1_0178 BruAb1_0179 cysH   TRUE 0.706 53.000 0.139 NA   NA
 830274 830275 BruAb1_0179 BruAb1_0180     FALSE 0.229 68.000 0.011 NA   NA
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