MicrobesOnline Operon Predictions for Silicibacter pomeroyi DSS-3

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 907135 907136 SPO0001 SPO0002 gidA gidB TRUE 0.982 -3.000 0.466 1.000 N 0.521
 907136 907137 SPO0002 SPO0003 gidB parA TRUE 0.964 -7.000 0.339 1.000 N 0.764
 907137 907138 SPO0003 SPO0004 parA parB TRUE 0.917 23.000 0.827 1.000 N 0.811
 907139 907140 SPO0005 SPO0006     TRUE 0.646 4.000 0.012 NA   -0.230
 907140 907141 SPO0006 SPO0007     TRUE 0.908 -10.000 0.218 1.000 N -0.029
 907141 907142 SPO0007 SPO0008   rph TRUE 0.806 -3.000 0.030 1.000 N -0.834
 907143 907144 SPO0009 SPO0010 hrcA grpE TRUE 0.785 11.000 0.120 NA N 0.780
 907146 907147 SPO0012 SPO0013 maeB rbsK TRUE 0.918 4.000 0.231 1.000 N 0.331
 907150 907151 SPO0016 SPO0017     TRUE 0.595 76.000 0.308 NA   -0.397
 907151 907152 SPO0017 SPO0018   argG TRUE 0.779 -3.000 0.005 NA   0.011
 907153 907154 SPO0019 SPO0020   ilvA FALSE 0.345 58.000 0.039 NA   0.549
 907158 907159 SPO0024 SPO0025 hslO   FALSE 0.553 17.000 0.046 1.000 N 0.546
 907159 907160 SPO0025 SPO0026     TRUE 0.942 -3.000 0.163 1.000   -0.143
 907160 907161 SPO0026 SPO0027     FALSE 0.024 192.000 0.034 1.000   -0.197
 907161 907162 SPO0027 SPO0028     TRUE 0.998 -3.000 0.704 0.007 Y 0.498
 907162 907163 SPO0028 SPO0029   rumA FALSE 0.290 19.000 0.038 NA N -0.351
 907163 907164 SPO0029 SPO0030 rumA   FALSE 0.350 18.000 0.018 NA   -0.334
 907164 907165 SPO0030 SPO0031     TRUE 0.949 -25.000 0.409 NA   -0.405
 907168 907169 SPO0034 SPO0035     TRUE 0.976 7.000 0.913 NA   0.423
 907169 907170 SPO0035 SPO0036     TRUE 0.950 18.000 0.957 NA   0.664
 907170 907171 SPO0036 SPO0037     FALSE 0.282 161.000 0.435 NA   0.462
 907171 907172 SPO0037 SPO0038   kdsB FALSE 0.414 14.000 0.000 NA   0.387
 907172 907173 SPO0038 SPO0039 kdsB cysQ TRUE 0.780 1.000 0.052 1.000 N 0.058
 907174 907175 SPO0040 SPO0041     TRUE 0.933 -3.000 0.061 NA   0.697
 907177 907178 SPO0043 SPO0044 dnaK dnaJ TRUE 0.900 76.000 0.236 0.003 Y 0.094
 907178 907179 SPO0044 SPO0045 dnaJ thiD FALSE 0.000 290.000 0.000 1.000 N -0.134
 907179 907180 SPO0045 SPO0046 thiD   TRUE 0.904 -3.000 0.117 1.000 N 0.030
 907180 907181 SPO0046 SPO0046.1   thiS TRUE 0.952 -16.000 0.351 1.000 N 0.466
 907181 907182 SPO0046.1 SPO0047 thiS thiG TRUE 0.961 4.000 0.095 1.000 Y 0.145
 907182 907183 SPO0047 SPO0048 thiG thiE TRUE 0.992 -3.000 0.118 0.005 Y 0.258
 907183 907184 SPO0048 SPO0049 thiE   TRUE 0.959 -21.000 0.098 1.000 Y -0.477
 907184 907185 SPO0049 SPO0050     TRUE 0.714 -91.000 0.074 1.000 N 0.055
 907185 907186 SPO0050 SPO0051     FALSE 0.504 33.000 0.189 1.000 N -0.431
 907186 907187 SPO0051 SPO0052     TRUE 0.763 -66.000 0.100 1.000 N -0.631
 907187 907188 SPO0052 SPO0053     TRUE 0.990 -45.000 0.741 1.000 Y -0.375
 907188 907189 SPO0053 SPO0054   radC FALSE 0.014 118.000 0.000 1.000 N 0.133
 907193 907194 SPO0058 SPO0059   argJ TRUE 0.766 8.000 0.070 1.000 N 0.570
 907194 907195 SPO0059 SPO0060 argJ mutT TRUE 0.910 -3.000 0.046 1.000 N 0.714
 907196 907197 SPO0061 SPO0062 infB   TRUE 0.601 9.000 0.002 NA N 0.664
 907197 907198 SPO0062 SPO0063   nusA TRUE 0.804 25.000 0.002 NA Y 0.915
 907198 907199 SPO0063 SPO0064 nusA   TRUE 0.988 0.000 0.759 NA   0.692
 907199 907200 SPO0064 SPO0065     FALSE 0.023 157.000 0.003 NA   -0.320
 907200 907201 SPO0065 SPO0066   pip TRUE 0.942 -3.000 0.068 1.000   0.905
 907203 907204 SPO0068 SPO0069     TRUE 0.602 13.000 0.067 1.000   -0.119
 907204 907205 SPO0069 SPO0070     TRUE 0.929 -3.000 0.121 1.000   -0.001
 907205 907206 SPO0070 SPO0071     FALSE 0.242 93.000 0.061 1.000   0.066
 907207 907208 SPO0072 SPO0073   hemH FALSE 0.157 113.000 0.052 1.000   -0.830
 907209 907210 SPO0074 SPO0075     FALSE 0.050 142.000 0.000 NA   NA
 907212 907213 SPO0077 SPO0078 ptsN   TRUE 0.665 64.000 0.353 NA N 0.741
 907213 907214 SPO0078 SPO0079     FALSE 0.015 250.000 0.005 NA   0.455
 907214 907215 SPO0079 SPO0080     TRUE 0.870 0.000 0.015 NA   0.556
 907215 907216 SPO0080 SPO0081     TRUE 0.916 4.000 0.133 NA   0.775
 907216 907217 SPO0081 SPO0082   kdsD TRUE 0.905 4.000 0.122 NA   0.589
 907217 907218 SPO0082 SPO0083 kdsD   TRUE 0.848 -3.000 0.029 1.000   -0.208
 907218 907219 SPO0083 SPO0084   betB FALSE 0.004 267.000 0.000 1.000   -0.239
 907220 907221 SPO0085 SPO0086     FALSE 0.037 114.000 0.000 NA   -0.431
 907221 907222 SPO0086 SPO0087     FALSE 0.341 28.000 0.043 NA   -0.415
 907222 907223 SPO0087 SPO0088     TRUE 0.893 -3.000 0.034 1.000   0.322
 907223 907224 SPO0088 SPO0089     TRUE 0.980 2.000 0.713 NA   0.232
 907224 907225 SPO0089 SPO0090     TRUE 0.977 4.000 0.620 NA   0.848
 907226 907227 SPO0091 SPO0092     FALSE 0.205 77.000 0.023 NA   -0.778
 907228 907229 SPO0093 SPO0094 pncA   FALSE 0.124 79.000 0.000 1.000 N 0.432
 907229 907230 SPO0094 SPO0095   pncB FALSE 0.020 31.000 0.000 1.000 N -0.390
 907231 907232 SPO0096 SPO0097     FALSE 0.539 3.000 0.000 1.000   -0.235
 907232 907233 SPO0097 SPO0098     FALSE 0.032 465.000 0.286 1.000   0.119
 907233 907234 SPO0098 SPO0099     TRUE 0.954 -3.000 0.207 1.000   -0.061
 907234 907235 SPO0099 SPO0100     TRUE 0.998 -3.000 0.829 0.069 Y -0.003
 907235 907236 SPO0100 SPO0101     TRUE 0.743 109.000 0.101 0.069 Y 0.619
 907237 907238 SPO0102 SPO0103 panB panC TRUE 0.996 -3.000 0.395 0.001 Y -0.651
 907238 907239 SPO0103 SPO0104 panC glpK FALSE 0.088 71.000 0.006 1.000 N -0.444
 907240 907241 SPO0105 SPO0106     FALSE 0.072 62.000 0.000 NA   -0.088
 907241 907242 SPO0106 SPO0107   recQ FALSE 0.297 34.000 0.048 NA   -0.336
 907242 907243 SPO0107 SPO0108 recQ   FALSE 0.016 397.000 0.000 0.010   -0.265
 907243 907244 SPO0108 SPO0109     FALSE 0.027 187.000 0.000 1.000   0.544
 907244 907245 SPO0109 SPO0110     TRUE 0.984 2.000 0.292 0.007   0.910
 907245 907246 SPO0110 SPO0111     TRUE 0.979 -3.000 0.464 1.000   -0.497
 907247 907248 SPO0112 SPO0113   fabI-1 TRUE 0.722 31.000 0.018 1.000 Y 0.132
 907248 907249 SPO0113 SPO0114 fabI-1   FALSE 0.454 18.000 0.000 NA   0.733
 907249 907250 SPO0114 SPO0115     FALSE 0.165 33.000 0.000 NA   0.273
 907250 907251 SPO0115 SPO0116   ackA TRUE 0.991 -3.000 0.214 1.000 Y 0.764
 907251 907252 SPO0116 SPO0117 ackA   FALSE 0.004 690.000 0.000 NA   NA
 907252 907253 SPO0117 SPO0118     FALSE 0.008 280.000 0.000 NA   NA
 907256 907257 SPO0121 SPO0122     FALSE 0.048 143.000 0.000 NA   NA
 907258 907259 SPO0123 SPO0124   mepA TRUE 0.878 0.000 0.079 NA   -0.800
 907259 907260 SPO0124 SPO0125 mepA   TRUE 0.926 -27.000 0.175 NA   0.758
 907260 907261 SPO0125 SPO0126     TRUE 0.738 10.000 0.105 NA   -0.729
 907261 907262 SPO0126 SPO0127     FALSE 0.018 259.000 0.005 NA   0.737
 907262 907263 SPO0127 SPO0128     FALSE 0.198 45.000 0.009 1.000   -0.859
 907263 907264 SPO0128 SPO0129     TRUE 0.751 28.000 0.031 NA Y 0.157
 907264 907265 SPO0129 SPO0130     FALSE 0.039 123.000 0.022 NA N -0.122
 907265 907266 SPO0130 SPO0131     FALSE 0.018 174.000 0.025 1.000 N -0.508
 907268 907269 SPO0133 SPO0134     TRUE 0.916 -3.000 0.042 NA   0.493
 907269 907270 SPO0134 SPO0135   pbpC TRUE 0.770 -10.000 0.027 NA   0.203
 907271 907272 SPO0136 SPO0137     TRUE 0.990 -3.000 0.876 NA   -0.128
 907272 907273 SPO0137 SPO0138     TRUE 0.989 -3.000 0.816 NA   -0.560
 907273 907274 SPO0138 SPO0139     TRUE 0.989 -3.000 0.697 NA   0.502
 907278 907279 SPO0143 SPO0144   ubiB FALSE 0.121 39.000 0.000 1.000   -0.592
 907279 907280 SPO0144 SPO0145 ubiB ubiE TRUE 0.854 4.000 0.115 1.000   -0.233
 907281 907282 SPO0146 SPO0147 mutM   FALSE 0.177 67.000 0.040 1.000 N -0.588
 907282 907283 SPO0147 SPO0148   rpsT FALSE 0.008 220.000 0.016 1.000 N 0.173
 907283 907284 SPO0148 SPO0149 rpsT dnaA FALSE 0.004 550.000 0.000 1.000 N 0.608
 907284 907285 SPO0149 SPO0150 dnaA dnaN FALSE 0.224 262.000 0.328 1.000 Y 0.537
 907285 907286 SPO0150 SPO0151 dnaN recF TRUE 0.833 60.000 0.318 1.000 Y -0.295
 907286 907287 SPO0151 SPO0152 recF   TRUE 0.700 -3.000 0.011 1.000 N -0.540
 907289 907290 SPO0154 SPO0155   gyrB FALSE 0.138 85.000 0.004 1.000   -0.332
 907292 907293 SPO0157 SPO_tRNA-Gln-1     FALSE 0.015 205.000 0.000 NA   NA
 907293 907294 SPO_tRNA-Gln-1 SPO_tRNA-Pro-2     TRUE 0.631 6.000 0.000 NA   NA
 907294 907295 SPO_tRNA-Pro-2 SPO0160     FALSE 0.004 618.000 0.000 NA   NA
 907297 907298 SPO0162 SPO0163     TRUE 0.839 56.000 0.750 1.000   0.608
 907299 907300 SPO0164 SPO0165     TRUE 0.971 -3.000 0.107 0.086   0.567
 907300 907301 SPO0165 SPO0166     TRUE 0.925 2.000 0.073 0.086   -0.125
 907301 907302 SPO0166 SPO0167     TRUE 0.743 10.000 0.146 1.000 N -0.026
 907303 907304 SPO0168 SPO0169     FALSE 0.212 54.000 0.000 NA   0.546
 907304 907305 SPO0169 SPO0170   flhA TRUE 0.885 10.000 0.209 NA   0.646
 907305 907306 SPO0170 SPO0171 flhA fliR TRUE 0.994 -3.000 0.395 1.000 Y 0.860
 907306 907307 SPO0171 SPO0172 fliR flhB TRUE 0.998 -3.000 0.952 1.000 Y 0.613
 907307 907308 SPO0172 SPO0173 flhB   TRUE 0.947 -6.000 0.286 NA   -0.190
 907309 907310 SPO0174 SPO0175   flgH TRUE 0.966 9.000 0.333 0.006   0.644
 907310 907311 SPO0175 SPO0176 flgH flgA TRUE 0.997 -3.000 0.810 NA Y 0.592
 907311 907312 SPO0176 SPO0177 flgA flgG TRUE 0.996 0.000 1.000 NA Y -0.300
 907312 907313 SPO0177 SPO0178 flgG flgF TRUE 0.970 24.000 1.000 1.000 Y -0.250
 907313 907314 SPO0178 SPO0179 flgF fliQ TRUE 0.951 64.000 0.905 1.000 Y 0.807
 907314 907315 SPO0179 SPO0180 fliQ   TRUE 0.989 4.000 0.404 1.000 Y 0.772
 907315 907316 SPO0180 SPO0181   flgC TRUE 0.970 13.000 0.154 0.003 Y 0.612
 907316 907317 SPO0181 SPO0182 flgC flgB TRUE 0.987 -3.000 0.027 0.003 Y -0.069
 907319 907320 SPO0184 SPO0185     TRUE 0.988 2.000 0.844 NA   0.818
 907320 907321 SPO0185 SPO0186     FALSE 0.398 165.000 0.690 NA   0.906
 907322 907323 SPO0187 SPO0188     TRUE 0.995 -3.000 0.515 1.000 Y 0.580
 907323 907324 SPO0188 SPO0189     TRUE 0.962 -30.000 0.667 NA N -0.420
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 907325 907326 SPO0190 SPO0191   motB FALSE 0.152 63.000 0.000 1.000 N 0.573
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