MicrobesOnline Operon Predictions for Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1080251 1080252 CHY_0001 CHY_0002 rpmH rnpA TRUE 0.958 67.000 0.787 1.000   NA
 1080252 1080253 CHY_0002 CHY_0003 rnpA   TRUE 0.993 -7.000 0.540 NA   NA
 1080253 1080254 CHY_0003 CHY_0004     TRUE 0.995 8.000 0.461 NA   NA
 1080254 1080255 CHY_0004 CHY_0005   jag TRUE 0.988 -13.000 0.254 1.000   NA
 1080255 1080256 CHY_0005 CHY_0006 jag trmE TRUE 0.908 77.000 0.116 1.000   NA
 1080256 1080257 CHY_0006 CHY_0007 trmE gidA1 TRUE 0.995 10.000 0.266 1.000   NA
 1080257 1080258 CHY_0007 CHY_0008 gidA1 gidB TRUE 0.992 -16.000 0.466 1.000 N NA
 1080258 1080259 CHY_0008 CHY_0009 gidB soj TRUE 0.876 143.000 0.339 1.000 N NA
 1080259 1080260 CHY_0009 CHY_0010 soj   TRUE 0.995 -10.000 0.827 1.000 N NA
 1080260 1080261 CHY_0010 CHY_0011     TRUE 0.912 30.000 0.006 1.000 N NA
 1080261 1080262 CHY_0011 CHY_0012     FALSE 0.038 193.000 0.000 1.000   NA
 1080262 1080263 CHY_0012 CHY_0013     TRUE 0.886 35.000 0.016 1.000   NA
 1080264 1080265 CHY_0014 CHY_0015     TRUE 0.656 2.000 0.000 NA   NA
 1080265 1080266 CHY_0015 CHY_0016     TRUE 0.996 1.000 0.210 1.000   NA
 1080267 1080268 CHY_0017 CHY_0018     TRUE 0.987 2.000 0.047 NA   NA
 1080268 1080269 CHY_0018 CHY_0019     TRUE 0.872 47.000 0.043 NA   NA
 1080271 1080272 CHY_0021 CHY_0022     TRUE 0.956 10.000 0.006 NA   NA
 1080272 1080273 CHY_0022 CHY_0023     TRUE 0.956 -9.000 0.010 1.000   NA
 1080273 1080274 CHY_0023 CHY_0024     FALSE 0.036 135.000 0.000 NA   NA
 1080275 1080276 CHY_0025 CHY_0026     TRUE 0.946 -13.000 0.000 0.001 Y NA
 1080276 1080277 CHY_0026 CHY_0027     TRUE 0.693 16.000 0.000 1.000   NA
 1080277 1080278 CHY_0027 CHY_0028     FALSE 0.106 67.000 0.000 NA   NA
 1080279 1080280 CHY_0029 CHY_0030     TRUE 0.996 2.000 0.844 NA   NA
 1080281 1080282 CHY_0031 CHY_0032 ychF   TRUE 0.849 70.000 0.064 NA   NA
 1080282 1080283 CHY_0032 CHY_0033     TRUE 0.987 -7.000 0.121 NA   NA
 1080283 1080284 CHY_0033 CHY_0034   cooSV FALSE 0.114 155.000 0.000 1.000 N NA
 1080285 1080286 CHY_0035 CHY_0036 rpsF   TRUE 0.975 19.000 0.023 1.000 N NA
 1080286 1080287 CHY_0036 CHY_0037   rpsR TRUE 0.976 19.000 0.024 1.000 N NA
 1080287 1080288 CHY_0037 CHY_0038 rpsR   TRUE 0.695 124.000 0.069 NA   NA
 1080288 1080289 CHY_0038 CHY_0039   rplI TRUE 0.935 -28.000 0.055 NA   NA
 1080289 1080290 CHY_0039 CHY_0040 rplI   TRUE 0.990 3.000 0.024 1.000 N NA
 1080290 1080291 CHY_0040 CHY_0041   dnaB TRUE 0.996 13.000 0.131 0.034 N NA
 1080291 1080292 CHY_0041 CHY_0042 dnaB   FALSE 0.022 169.000 0.000 NA   NA
 1080292 1080293 CHY_0042 CHY_0043     TRUE 0.951 55.000 0.455 NA   NA
 1080293 1080294 CHY_0043 CHY_0044     TRUE 0.999 14.000 0.846 0.004 Y NA
 1080294 1080295 CHY_0044 CHY_0045     TRUE 0.999 3.000 0.846 1.000 Y NA
 1080295 1080296 CHY_0045 CHY_0046     TRUE 0.986 16.000 0.081 1.000   NA
 1080298 1080299 CHY_0048 CHY_0049   cad FALSE 0.200 36.000 0.000 NA   NA
 1080299 1080300 CHY_0049 CHY_0050 cad tmk TRUE 0.982 0.000 0.005 1.000 N NA
 1080300 1080301 CHY_0050 CHY_0051 tmk   TRUE 0.993 -7.000 0.254 1.000   NA
 1080301 1080302 CHY_0051 CHY_0052     TRUE 0.946 56.000 0.372 NA   NA
 1080302 1080303 CHY_0052 CHY_0053     TRUE 0.962 -34.000 0.183 NA   NA
 1080303 1080304 CHY_0053 CHY_0054     TRUE 0.965 -31.000 0.193 NA   NA
 1080304 1080305 CHY_0054 CHY_0055     TRUE 0.996 0.000 0.078 0.009   NA
 1080305 1080306 CHY_0055 CHY_0056     FALSE 0.047 120.000 0.000 NA   NA
 1080306 1080307 CHY_0056 CHY_0057     FALSE 0.049 118.000 0.000 NA   NA
 1080307 1080308 CHY_0057 CHY_0058     TRUE 0.694 61.000 0.008 NA   NA
 1080310 1080311 CHY_0060 CHY_0061     FALSE 0.218 112.000 0.000 1.000 N NA
 1080311 1080312 CHY_0061 CHY_0062     TRUE 0.997 24.000 0.262 0.002 Y NA
 1080312 1080313 CHY_0062 CHY_0063   frdA TRUE 0.992 5.000 0.012 1.000 Y NA
 1080313 1080314 CHY_0063 CHY_0064 frdA frdB1 TRUE 0.999 1.000 0.279 0.003 Y NA
 1080314 1080315 CHY_0064 CHY_0065 frdB1   TRUE 0.906 126.000 0.175 NA Y NA
 1080315 1080316 CHY_0065 CHY_0066     FALSE 0.048 119.000 0.000 NA   NA
 1080316 1080317 CHY_0066 CHY_0067   dsdA FALSE 0.012 233.000 0.000 NA   NA
 1080317 1080318 CHY_0067 CHY_0068 dsdA   FALSE 0.148 102.000 0.000 1.000   NA
 1080318 1080319 CHY_0068 CHY_0069     FALSE 0.016 325.000 0.000 1.000   NA
 1080319 1080320 CHY_0069 CHY_0070     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1080320 1080321 CHY_0070 CHY_0071     FALSE 0.027 152.000 0.000 NA   NA
 1080321 1080322 CHY_0071 CHY_0072   glnB FALSE 0.386 -13.000 0.000 NA   NA
 1080322 1080323 CHY_0072 CHY_0073 glnB amt TRUE 0.879 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1080323 1080324 CHY_0073 CHY_0074 amt   FALSE 0.081 148.000 0.000 NA N NA
 1080326 1080327 CHY_0076 CHY_0077     TRUE 0.983 -3.000 0.023 NA N NA
 1080327 1080328 CHY_0077 CHY_0078     FALSE 0.095 80.000 0.000 NA   NA
 1080328 1080329 CHY_0078 CHY_0079     FALSE 0.361 22.000 0.000 NA   NA
 1080329 1080330 CHY_0079 CHY_0080     FALSE 0.219 66.000 0.000 1.000   NA
 1080330 1080331 CHY_0080 CHY_0081     FALSE 0.040 127.000 0.000 NA   NA
 1080331 1080332 CHY_0081 CHY_0082     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1080333 1080334 CHY_0083 CHY_0084     FALSE 0.010 258.000 0.000 NA   NA
 1080334 1080335 CHY_0084 CHY_0085   cooSII TRUE 0.561 -6.000 0.000 NA   NA
 1080335 1080336 CHY_0085 CHY_0086 cooSII cooF1 TRUE 0.898 19.000 0.000 1.000 Y NA
 1080336 1080337 CHY_0086 CHY_0087 cooF1   FALSE 0.024 159.000 0.000 NA   NA
 1080338 1080339 CHY_0088 CHY_0089     TRUE 0.997 -3.000 0.350 1.000 N NA
 1080339 1080340 CHY_0089 CHY_0090     TRUE 0.998 11.000 0.349 1.000 Y NA
 1080340 1080341 CHY_0090 CHY_0091     TRUE 0.901 15.000 0.000 0.083 N NA
 1080341 1080342 CHY_0091 CHY_0092     TRUE 0.998 -3.000 0.175 1.000 Y NA
 1080343 1080344 CHY_0093 CHY_0094     TRUE 0.996 7.000 0.549 1.000   NA
 1080344 1080345 CHY_0094 CHY_0095     FALSE 0.028 376.000 0.000 1.000 N NA
 1080345 1080346 CHY_0095 CHY_0096     FALSE 0.091 83.000 0.000 NA   NA
 1080347 1080348 CHY_0097 CHY_0098     FALSE 0.134 106.000 0.000 1.000   NA
 1080348 1080349 CHY_0098 CHY_0099     FALSE 0.396 -78.000 0.000 NA N NA
 1080349 1080350 CHY_0099 CHY_0100     FALSE 0.174 41.000 0.000 NA   NA
 1080350 1080351 CHY_0100 CHY_0101     FALSE 0.146 103.000 0.000 1.000   NA
 1080352 1080353 CHY_0102 CHY_0103     FALSE 0.211 72.000 0.000 1.000   NA
 1080353 1080354 CHY_0103 CHY_0104   asnB FALSE 0.026 239.000 0.000 1.000   NA
 1080357 1080358 CHY_0107 CHY_0108     FALSE 0.221 33.000 0.000 NA   NA
 1080358 1080359 CHY_0108 CHY_0109     FALSE 0.032 143.000 0.000 NA   NA
 1080361 1080362 CHY_0111 CHY_0112     FALSE 0.365 -15.000 0.000 NA   NA
 1080362 1080363 CHY_0112 CHY_0113     FALSE 0.507 -19.000 0.000 1.000   NA
 1080363 1080364 CHY_0113 CHY_0114     FALSE 0.019 294.000 0.000 1.000   NA
 1080364 1080365 CHY_0114 CHY_0115     TRUE 0.998 -3.000 0.894 1.000 N NA
 1080365 1080366 CHY_0115 CHY_0116     FALSE 0.218 112.000 0.000 1.000 N NA
 1080366 1080367 CHY_0116 CHY_0117     TRUE 0.879 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1080367 1080368 CHY_0117 CHY_0118     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1080368 1080369 CHY_0118 CHY_0119     FALSE 0.052 115.000 0.000 NA   NA
 1080369 1080370 CHY_0119 CHY_0120   paaK1 TRUE 0.984 24.000 0.121 1.000 N NA
 1080370 1080371 CHY_0120 CHY_0121 paaK1 iorA TRUE 0.997 4.000 0.234 1.000 N NA
 1080371 1080372 CHY_0121 CHY_0122 iorA iorB TRUE 0.999 -7.000 0.766 0.001 Y NA
 1080372 1080373 CHY_0122 CHY_0123 iorB   TRUE 0.688 72.000 0.011 NA   NA
 1080373 1080374 CHY_0123 CHY_0124   argS TRUE 0.990 3.000 0.079 NA   NA
 1080374 1080375 CHY_0124 CHY_0125 argS pyrG TRUE 0.817 77.000 0.013 1.000 N NA
 1080375 1080376 CHY_0125 CHY_0126 pyrG   FALSE 0.187 121.000 0.000 1.000 N NA
 1080376 1080377 CHY_0126 CHY_0127     FALSE 0.171 42.000 0.000 NA   NA
 1080377 1080378 CHY_0127 CHY_0128   fba TRUE 0.988 18.000 0.227 NA   NA
 1080378 1080379 CHY_0128 CHY_0129 fba   TRUE 0.995 12.000 0.057 1.000 Y NA
 1080379 1080380 CHY_0129 CHY_0130   rho TRUE 0.525 151.000 0.012 1.000 N NA
 1080380 1080381 CHY_0130 CHY_0131 rho   TRUE 0.979 -3.000 0.005 1.000 N NA
 1080382 1080383 CHY_0132 CHY_0133     TRUE 0.979 -3.000 0.032 NA   NA
 1080384 1080385 CHY_0134 CHY_0135     TRUE 0.815 2.000 0.000 1.000   NA
 1080385 1080386 CHY_0135 CHY_0136     FALSE 0.020 179.000 0.000 NA   NA
 1080386 1080387 CHY_0136 CHY_0137     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1080387 1080388 CHY_0137 CHY_0138   metK FALSE 0.190 120.000 0.000 1.000 N NA
 1080388 1080389 CHY_0138 CHY_0139 metK   FALSE 0.087 86.000 0.000 NA   NA
 1080389 1080390 CHY_0139 CHY_0140     TRUE 0.602 6.000 0.000 NA   NA
 1080390 1080391 CHY_0140 CHY_0141     FALSE 0.359 70.000 0.000 1.000 N NA
 1080391 1080392 CHY_0141 CHY_0142     FALSE 0.056 111.000 0.000 NA   NA
 1080392 1080393 CHY_0142 CHY_0143     FALSE 0.105 70.000 0.000 NA   NA
 1080393 1080394 CHY_0143 CHY_0144     TRUE 0.904 60.000 0.125 NA   NA
 1080394 1080395 CHY_0144 CHY_0145     TRUE 0.994 4.000 0.250 NA   NA
 1080395 1080396 CHY_0145 CHY_0146     TRUE 0.904 51.000 0.083 NA   NA
 1080397 1080398 CHY_0147 CHY_0148     TRUE 0.995 15.000 0.100 NA Y NA
 1080399 1080400 CHY_0149 CHY_0150     FALSE 0.170 -124.000 0.000 NA   NA
 1080400 1080401 CHY_0150 CHY_0151     TRUE 0.602 6.000 0.000 NA   NA
 1080401 1080402 CHY_0151 CHY_0152     TRUE 0.991 17.000 0.400 NA   NA
 1080402 1080403 CHY_0152 CHY_0153     FALSE 0.461 -9.000 0.000 NA   NA
 1080405 1080406 CHY_0155 CHY_0156 cspC1 yfiA TRUE 0.693 107.000 0.017 NA N NA
 1080406 1080407 CHY_0156 CHY_0157 yfiA cspC2 TRUE 0.769 85.000 0.017 NA N NA
 1080407 1080408 CHY_0157 CHY_0158 cspC2   FALSE 0.061 107.000 0.000 NA   NA
 1080408 1080409 CHY_0158 CHY_0159     FALSE 0.336 23.000 0.000 NA   NA
 1080409 1080410 CHY_0159 CHY_0160     FALSE 0.008 312.000 0.000 NA   NA
 1080410 1080411 CHY_0160 CHY_0161     FALSE 0.200 36.000 0.000 NA   NA
 1080411 1080412 CHY_0161 CHY_0162   secA FALSE 0.074 99.000 0.000 NA   NA
 1080412 1080413 CHY_0162 CHY_0163 secA prfB TRUE 0.987 16.000 0.048 1.000 N NA
 1080413 1080414 CHY_0163 CHY_0164 prfB   TRUE 0.964 -3.000 0.008 NA   NA
 1080414 1080415 CHY_0164 CHY_0165     TRUE 0.647 0.000 0.000 NA   NA
 1080415 1080416 CHY_0165 CHY_0166     TRUE 0.950 -12.000 0.000 0.001 Y NA
 1080416 1080417 CHY_0166 CHY_0167   ftsE FALSE 0.173 125.000 0.000 1.000 N NA
 1080417 1080418 CHY_0167 CHY_0168 ftsE ftsX TRUE 0.999 -3.000 0.431 1.000 Y NA
 1080418 1080419 CHY_0168 CHY_0169 ftsX   TRUE 0.996 11.000 0.064 1.000 Y NA
 1080419 1080420 CHY_0169 CHY_0170     TRUE 0.829 117.000 0.030 0.029 N NA
 1080420 1080421 CHY_0170 CHY_0171     TRUE 0.994 14.000 0.060 0.017 N NA
 1080421 1080422 CHY_0171 CHY_0172   acuA FALSE 0.196 80.000 0.000 1.000   NA
 1080422 1080423 CHY_0172 CHY_0173 acuA acuB TRUE 0.966 75.000 0.446 0.059   NA
 1080423 1080424 CHY_0173 CHY_0174 acuB acuC TRUE 0.997 5.000 0.271 1.000 N NA
 1080424 1080425 CHY_0174 CHY_0175 acuC   FALSE 0.461 -9.000 0.000 NA   NA
 1080427 1080428 CHY_0177 CHY_0178     FALSE 0.469 17.000 0.000 NA   NA
 1080428 1080429 CHY_0178 CHY_0179     TRUE 0.980 0.000 0.024 NA   NA
 1080430 1080431 CHY_0180 CHY_0181     FALSE 0.323 88.000 0.000 0.051   NA
 1080432 1080433 CHY_0182 CHY_0183     FALSE 0.190 -58.000 0.000 NA   NA
 1080433 1080434 CHY_0183 CHY_0184     TRUE 0.589 9.000 0.000 NA   NA
 1080434 1080435 CHY_0184 CHY_0185     TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1080435 1080436 CHY_0185 CHY_0186     TRUE 0.556 12.000 0.000 NA   NA
 1080438 1080439 CHY_0188 CHY_0189 ispE   TRUE 0.931 52.000 0.057 1.000 N NA
 1080439 1080440 CHY_0189 CHY_0190     TRUE 0.995 -7.000 0.288 1.000 N NA
 1080440 1080441 CHY_0190 CHY_0191   ilvA1 TRUE 0.897 34.000 0.006 1.000 N NA
 1080441 1080442 CHY_0191 CHY_0192 ilvA1 glmU TRUE 0.970 14.000 0.003 1.000 N NA
 1080442 1080443 CHY_0192 CHY_0193 glmU prs TRUE 0.862 107.000 0.069 1.000 N NA
 1080445 1080446 CHY_0195 CHY_0196 rplY pth TRUE 0.997 23.000 0.496 0.039 Y NA
 1080446 1080447 CHY_0196 CHY_0197 pth   TRUE 0.960 12.000 0.011 NA   NA
 1080449 1080450 CHY_0199 CHY_0200   mfd TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1080450 1080451 CHY_0200 CHY_0201 mfd   FALSE 0.394 59.000 0.000 1.000 N NA
 1080451 1080452 CHY_0201 CHY_0202   spoVT FALSE 0.241 78.000 0.000 NA N NA
 1080454 1080455 CHY_0204 CHY_0205   huP TRUE 0.553 108.000 0.004 1.000   NA
 1080455 1080456 CHY_0205 CHY_0206 huP   FALSE 0.280 98.000 0.000 1.000 N NA
 1080456 1080457 CHY_0206 CHY_0207     TRUE 0.888 69.000 0.113 NA   NA
 1080457 1080458 CHY_0207 CHY_0208     TRUE 0.984 -21.000 0.774 NA   NA
 1080458 1080459 CHY_0208 CHY_0209     FALSE 0.053 114.000 0.000 NA   NA
 1080459 1080460 CHY_0209 CHY_0210     TRUE 0.810 0.000 0.000 1.000   NA
 1080460 1080461 CHY_0210 CHY_0211     FALSE 0.341 -16.000 0.000 NA   NA
 1080461 1080462 CHY_0211 CHY_0212     TRUE 0.907 70.000 0.085 NA N NA
 1080462 1080463 CHY_0212 CHY_0213   tilS TRUE 0.968 -19.000 0.041 1.000 N NA
 1080463 1080464 CHY_0213 CHY_0214 tilS ftsH TRUE 0.917 58.000 0.051 1.000 N NA
 1080464 1080465 CHY_0214 CHY_0215 ftsH ndk TRUE 0.827 66.000 0.012 1.000 N NA
 1080465 1080466 CHY_0215 CHY_0216 ndk   FALSE 0.142 140.000 0.000 1.000 N NA
 1080466 1080467 CHY_0216 CHY_0217     TRUE 0.976 121.000 1.000 0.011 Y NA
 1080469 1080470 CHY_0219 CHY_0220     FALSE 0.016 383.000 0.000 NA N NA
 1080470 1080471 CHY_0220 CHY_0221     TRUE 0.721 17.000 0.000 NA N NA
 1080471 1080472 CHY_0221 CHY_0222     TRUE 0.734 13.000 0.000 1.000   NA
 1080472 1080473 CHY_0222 CHY_0223     FALSE 0.012 231.000 0.000 NA   NA
 1080473 1080474 CHY_0223 CHY_0224     FALSE 0.229 -33.000 0.000 NA   NA
 1080474 1080475 CHY_0224 CHY_0225     FALSE 0.253 29.000 0.000 NA   NA
 1080476 1080477 CHY_0226 CHY_0227     TRUE 0.727 14.000 0.000 1.000   NA
 1080478 1080479 CHY_0228 CHY_0229     FALSE 0.258 -27.000 0.000 NA   NA
 1080479 1080480 CHY_0229 CHY_0230     FALSE 0.015 203.000 0.000 NA   NA
 1080480 1080481 CHY_0230 CHY_0231     TRUE 0.982 1.000 0.026 NA   NA
 1080481 1080482 CHY_0231 CHY_0232     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1080482 1080483 CHY_0232 CHY_0233     FALSE 0.013 218.000 0.000 NA   NA
 1080483 1080484 CHY_0233 CHY_0234     FALSE 0.030 146.000 0.000 NA   NA
 1080485 1080486 CHY_0235 CHY_0236     FALSE 0.038 131.000 0.000 NA   NA
 1080486 1080487 CHY_0236 CHY_0237     FALSE 0.211 72.000 0.000 1.000   NA
 1080487 1080488 CHY_0237 CHY_0238     TRUE 0.824 16.000 0.000 1.000 N NA
 1080490 1080491 CHY_0240 CHY_0241     FALSE 0.263 28.000 0.000 NA   NA
 1080492 1080493 CHY_0242 CHY_0243   nrfA TRUE 0.988 23.000 0.058 0.002 N NA
 1080495 1080496 CHY_0245 CHY_0246     FALSE 0.043 124.000 0.000 NA   NA
 1080496 1080497 CHY_0246 CHY_0247     TRUE 0.997 0.000 0.796 1.000   NA
 1080497 1080498 CHY_0247 CHY_0248     FALSE 0.386 21.000 0.000 NA   NA
 1080498 1080499 CHY_0248 CHY_0249   acsA FALSE 0.111 64.000 0.000 NA   NA
 1080499 1080500 CHY_0249 CHY_0250 acsA   FALSE 0.127 56.000 0.000 NA   NA
 1080500 1080501 CHY_0250 CHY_0251     FALSE 0.430 19.000 0.000 NA   NA
 1080501 1080502 CHY_0251 CHY_0252     FALSE 0.386 -13.000 0.000 NA   NA
 1080502 1080503 CHY_0252 CHY_0253     FALSE 0.179 40.000 0.000 NA   NA
 1080507 1080508 CHY_0257 CHY_0258   uvrB TRUE 0.575 53.000 0.000 0.059 N NA
 1080508 1080509 CHY_0258 CHY_0259 uvrB uvrA TRUE 0.997 22.000 0.154 0.002 Y NA
 1080510 1080511 CHY_0260 CHY_0261     FALSE 0.025 158.000 0.000 NA   NA
 1080512 1080513 CHY_0262 CHY_0263     TRUE 0.997 -7.000 0.255 NA Y NA
 1080513 1080514 CHY_0263 CHY_0264     FALSE 0.097 136.000 0.000 NA N NA
 1080514 1080515 CHY_0264 CHY_0265     FALSE 0.076 97.000 0.000 NA   NA
 1080515 1080516 CHY_0265 CHY_0266     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1080516 1080517 CHY_0266 CHY_0267   uvrC TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1080517 1080518 CHY_0267 CHY_0268 uvrC   TRUE 0.968 5.000 0.004 1.000   NA
 1080518 1080519 CHY_0268 CHY_0269     TRUE 0.636 19.000 0.000 1.000   NA
 1080519 1080520 CHY_0269 CHY_0270   glcK TRUE 0.902 2.000 0.000 1.000 N NA
 1080520 1080521 CHY_0270 CHY_0271 glcK   TRUE 0.847 14.000 0.000 1.000 N NA
 1080521 1080522 CHY_0271 CHY_0272     TRUE 0.965 16.000 0.026 NA   NA
 1080522 1080523 CHY_0272 CHY_0273     TRUE 0.994 5.000 0.259 NA   NA
 1080523 1080524 CHY_0273 CHY_0274     TRUE 0.917 19.000 0.004 NA   NA
 1080524 1080525 CHY_0274 CHY_0275     TRUE 0.924 19.000 0.006 NA   NA
 1080525 1080526 CHY_0275 CHY_0276     TRUE 0.971 0.000 0.009 NA   NA
 1080526 1080527 CHY_0276 CHY_0277     TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 1080527 1080528 CHY_0277 CHY_0278     TRUE 0.978 -7.000 0.052 NA   NA
 1080528 1080529 CHY_0278 CHY_0279   rpoN TRUE 0.768 71.000 0.026 NA   NA
 1080529 1080530 CHY_0279 CHY_0280 rpoN gap FALSE 0.034 320.000 0.000 1.000 N NA
 1080530 1080531 CHY_0280 CHY_0281 gap pgk TRUE 0.938 53.000 0.003 0.005 Y NA
 1080531 1080532 CHY_0281 CHY_0282 pgk tpiA TRUE 0.989 17.000 0.024 1.000 Y NA
 1080532 1080533 CHY_0282 CHY_0283 tpiA gpmI TRUE 0.989 13.000 0.012 1.000 Y NA
 1080533 1080534 CHY_0283 CHY_0284 gpmI eno TRUE 0.991 25.000 0.136 1.000 Y NA
 1080534 1080535 CHY_0284 CHY_0285 eno secG TRUE 0.524 155.000 0.032 1.000   NA
 1080535 1080536 CHY_0285 CHY_0286 secG   TRUE 0.878 40.000 0.019 1.000   NA
 1080536 1080537 CHY_0286 CHY_0287     TRUE 0.704 114.000 0.027 NA N NA
 1080537 1080538 CHY_0287 CHY_0288     TRUE 0.986 0.000 0.045 NA   NA
 1080538 1080539 CHY_0288 CHY_0289   rnr TRUE 0.754 90.000 0.020 1.000   NA
 1080539 1080540 CHY_0289 CHY_0290 rnr smpB TRUE 0.956 85.000 0.143 0.031 N NA
 1080540 1080541 CHY_0290 CHY_ChtmRNA1 smpB   TRUE 0.625 4.000 0.000 NA   NA
 1080542 1080543 CHY_0292 CHY_0293     FALSE 0.081 92.000 0.000 NA   NA
 1080543 1080544 CHY_0293 CHY_0294     TRUE 0.995 -3.000 0.726 NA   NA
 1080544 1080545 CHY_0294 CHY_0295     FALSE 0.072 142.000 0.000 1.000   NA
 1080545 1080546 CHY_0295 CHY_0296     FALSE 0.161 45.000 0.000 NA   NA
 1080546 1080547 CHY_0296 CHY_0297     TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1080547 1080548 CHY_0297 CHY_0298     FALSE 0.010 254.000 0.000 NA   NA
 1080549 1080550 CHY_0299 CHY_0300   dut FALSE 0.077 96.000 0.000 NA   NA
 1080550 1080551 CHY_0300 CHY_tRNA-Arg-1 dut   FALSE 0.089 84.000 0.000 NA   NA
 1080551 1080552 CHY_tRNA-Arg-1 CHY_0302     FALSE 0.044 123.000 0.000 NA   NA
 1080552 1080553 CHY_0302 CHY_0303     FALSE 0.031 144.000 0.000 NA   NA
 1080555 1080556 CHY_0305 CHY_0306   murI FALSE 0.014 209.000 0.000 NA   NA
 1080556 1080557 CHY_0306 CHY_0307 murI mamA TRUE 0.976 -3.000 0.002 1.000 N NA
 1080557 1080558 CHY_0307 CHY_0308 mamA   TRUE 0.993 13.000 0.367 NA   NA
 1080558 1080559 CHY_0308 CHY_0309   mutE TRUE 0.986 22.000 0.429 NA   NA
 1080559 1080560 CHY_0309 CHY_0310 mutE   TRUE 0.922 9.000 0.000 NA Y NA
 1080560 1080561 CHY_0310 CHY_0311     TRUE 0.997 7.000 0.722 NA N NA
 1080561 1080562 CHY_0311 CHY_0312     TRUE 0.987 0.000 0.050 NA   NA
 1080562 1080563 CHY_0312 CHY_0313     TRUE 0.986 -3.000 0.037 1.000   NA
 1080563 1080564 CHY_0313 CHY_0314   rph TRUE 0.810 0.000 0.000 1.000   NA
 1080564 1080565 CHY_0314 CHY_0315 rph   TRUE 0.917 -25.000 0.005 1.000 N NA
 1080565 1080566 CHY_0315 CHY_0316     TRUE 0.570 -15.000 0.000 1.000   NA
 1080566 1080567 CHY_0316 CHY_tRNA-Gly-1     FALSE 0.095 80.000 0.000 NA   NA
 1080567 1080568 CHY_tRNA-Gly-1 CHY_tRNA-Arg-2     TRUE 0.556 12.000 0.000 NA   NA
 1080568 1080569 CHY_tRNA-Arg-2 CHY_tRNA-His-1     FALSE 0.058 109.000 0.000 NA   NA
 1080569 1080570 CHY_tRNA-His-1 CHY_tRNA-Gln-1     FALSE 0.451 18.000 0.000 NA   NA
 1080570 1080571 CHY_tRNA-Gln-1 CHY_tRNA-Lys-1     FALSE 0.164 44.000 0.000 NA   NA
 1080571 1080572 CHY_tRNA-Lys-1 CHY_tRNA-Leu-1     FALSE 0.139 52.000 0.000 NA   NA
 1080572 1080573 CHY_tRNA-Leu-1 CHY_tRNA-Gly-2     TRUE 0.519 15.000 0.000 NA   NA
 1080573 1080574 CHY_tRNA-Gly-2 CHY_0324   tig FALSE 0.016 198.000 0.000 NA   NA
 1080574 1080575 CHY_0324 CHY_0325 tig clpP TRUE 0.994 25.000 0.351 1.000 Y NA
 1080575 1080576 CHY_0325 CHY_0326 clpP clpX TRUE 0.997 17.000 0.352 1.000 Y NA
 1080576 1080577 CHY_0326 CHY_0327 clpX   FALSE 0.048 119.000 0.000 NA   NA
 1080577 1080578 CHY_0327 CHY_0328     FALSE 0.147 49.000 0.000 NA   NA
 1080578 1080579 CHY_0328 CHY_0329     FALSE 0.161 45.000 0.000 NA   NA
 1080579 1080580 CHY_0329 CHY_0330   lon TRUE 0.991 62.000 0.435 0.003 Y NA
 1080582 1080583 CHY_0332 CHY_0333     FALSE 0.079 95.000 0.000 NA   NA
 1080583 1080584 CHY_0333 CHY_0334   valS FALSE 0.243 30.000 0.000 NA   NA
 1080584 1080585 CHY_0334 CHY_0335 valS folC TRUE 0.970 -10.000 0.015 1.000 N NA
 1080585 1080586 CHY_0335 CHY_0336 folC gerKA FALSE 0.072 142.000 0.000 1.000   NA
 1080586 1080587 CHY_0336 CHY_0337 gerKA   TRUE 0.914 -3.000 0.000 0.004   NA
 1080587 1080588 CHY_0337 CHY_0338     TRUE 0.656 2.000 0.000 NA   NA
 1080588 1080589 CHY_0338 CHY_0339     FALSE 0.023 164.000 0.000 NA   NA
 1080589 1080590 CHY_0339 CHY_0340   maf FALSE 0.077 96.000 0.000 NA   NA
 1080590 1080591 CHY_0340 CHY_0341 maf radC TRUE 0.978 0.000 0.006 NA N NA
 1080591 1080592 CHY_0341 CHY_0342 radC mreB TRUE 0.967 16.000 0.005 1.000 N NA
 1080592 1080593 CHY_0342 CHY_0343 mreB mreC TRUE 0.998 6.000 0.689 1.000 N NA
 1080593 1080594 CHY_0343 CHY_0344 mreC mreD TRUE 0.996 18.000 0.550 0.004   NA
 1080594 1080595 CHY_0344 CHY_0345 mreD   TRUE 0.969 30.000 0.133 1.000   NA
 1080595 1080596 CHY_0345 CHY_0346     FALSE 0.341 -16.000 0.000 NA   NA
 1080596 1080597 CHY_0346 CHY_0347     FALSE 0.386 -13.000 0.000 NA   NA
 1080597 1080598 CHY_0347 CHY_0348   minD TRUE 0.994 14.000 0.368 1.000   NA
 1080598 1080599 CHY_0348 CHY_0349 minD minE TRUE 0.990 31.000 0.347 NA Y NA
 1080601 1080602 CHY_0351 CHY_0352     FALSE 0.206 35.000 0.000 NA   NA
 1080602 1080603 CHY_0352 CHY_0353     TRUE 0.543 13.000 0.000 NA   NA
 1080603 1080604 CHY_0353 CHY_0354     FALSE 0.430 19.000 0.000 NA   NA
 1080604 1080605 CHY_0354 CHY_0355     FALSE 0.432 -10.000 0.000 NA   NA
 1080605 1080606 CHY_0355 CHY_0356     TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1080606 1080607 CHY_0356 CHY_0357     FALSE 0.406 20.000 0.000 NA   NA
 1080607 1080608 CHY_0357 CHY_0358     FALSE 0.091 83.000 0.000 NA   NA
 1080608 1080609 CHY_0358 CHY_0359     FALSE 0.123 110.000 0.000 1.000   NA
 1080609 1080610 CHY_0359 CHY_0360     FALSE 0.223 64.000 0.000 1.000   NA
 1080610 1080611 CHY_0360 CHY_0361     TRUE 0.928 1.000 0.000 0.006   NA
 1080611 1080612 CHY_0361 CHY_0362     FALSE 0.216 67.000 0.000 1.000   NA
 1080612 1080613 CHY_0362 CHY_0363     TRUE 0.985 -16.000 0.420 NA   NA
 1080613 1080614 CHY_0363 CHY_0364     TRUE 0.991 12.000 0.180 NA   NA
 1080614 1080615 CHY_0364 CHY_0365     FALSE 0.015 205.000 0.000 NA   NA
 1080617 1080618 CHY_0367 CHY_0368 rplU rpmA TRUE 0.998 19.000 0.667 0.024 Y NA
 1080618 1080619 CHY_0368 CHY_0369 rpmA   TRUE 0.635 61.000 0.003 NA   NA
 1080619 1080620 CHY_0369 CHY_0370   obg TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1080620 1080621 CHY_0370 CHY_0371 obg   FALSE 0.124 57.000 0.000 NA   NA
 1080621 1080622 CHY_0371 CHY_0372     FALSE 0.089 84.000 0.000 NA   NA
 1080624 1080625 CHY_0374 CHY_0375     FALSE 0.378 108.000 0.000 0.023 N NA
 1080625 1080626 CHY_0375 CHY_0376     TRUE 0.997 10.000 0.048 0.023 Y NA
 1080626 1080627 CHY_0376 CHY_0377     TRUE 0.995 3.000 0.082 1.000 N NA
 1080627 1080628 CHY_0377 CHY_0378     TRUE 0.778 6.000 0.000 1.000   NA
 1080628 1080629 CHY_0378 CHY_0379     FALSE 0.124 57.000 0.000 NA   NA
 1080629 1080630 CHY_0379 CHY_0380   proB TRUE 0.593 8.000 0.000 NA   NA
 1080630 1080631 CHY_0380 CHY_0381 proB   FALSE 0.103 72.000 0.000 NA   NA
 1080631 1080632 CHY_0381 CHY_0382     FALSE 0.267 -25.000 0.000 NA   NA
 1080632 1080633 CHY_0382 CHY_0383   proA FALSE 0.008 306.000 0.000 NA   NA
 1080633 1080634 CHY_0383 CHY_0384 proA   FALSE 0.014 367.000 0.000 1.000   NA
 1080634 1080635 CHY_0384 CHY_0385     TRUE 0.968 -13.000 0.041 1.000   NA
 1080637 1080638 CHY_0387 CHY_0388   nadD FALSE 0.320 -18.000 0.000 NA   NA
 1080638 1080639 CHY_0388 CHY_0389 nadD   TRUE 0.768 68.000 0.014 1.000   NA
 1080639 1080640 CHY_0389 CHY_0390     TRUE 0.880 46.000 0.028 1.000   NA
 1080640 1080641 CHY_0390 CHY_0391     TRUE 0.951 37.000 0.149 NA   NA
 1080641 1080642 CHY_0391 CHY_tRNA-Ala-1     FALSE 0.016 200.000 0.000 NA   NA
 1080642 1080643 CHY_tRNA-Ala-1 CHY_0393   leuS FALSE 0.061 107.000 0.000 NA   NA
 1080643 1080644 CHY_0393 CHY_0394 leuS   TRUE 0.897 3.000 0.000 1.000 N NA
 1080644 1080645 CHY_0394 CHY_0395     FALSE 0.093 81.000 0.000 NA   NA
 1080645 1080646 CHY_0395 CHY_0396     FALSE 0.237 -31.000 0.000 NA   NA
 1080646 1080647 CHY_0396 CHY_0397     TRUE 0.543 13.000 0.000 NA   NA
 1080647 1080648 CHY_0397 CHY_0398     TRUE 0.944 9.000 0.000 1.000 Y NA
 1080648 1080649 CHY_0398 CHY_0399     TRUE 0.926 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 1080649 1080650 CHY_0399 CHY_0400     FALSE 0.207 75.000 0.000 1.000   NA
 1080650 1080651 CHY_0400 CHY_0401     FALSE 0.013 218.000 0.000 NA   NA
 1080651 1080652 CHY_0401 CHY_0402   comEA TRUE 0.830 4.000 0.000 NA N NA
 1080652 1080653 CHY_0402 CHY_0403 comEA   TRUE 0.993 9.000 0.130 1.000   NA
 1080653 1080654 CHY_0403 CHY_0404     FALSE 0.174 41.000 0.000 NA   NA
 1080654 1080655 CHY_0404 CHY_0405     TRUE 0.537 -22.000 0.000 NA N NA
 1080657 1080658 CHY_0407 CHY_0408     TRUE 0.908 67.000 0.167 NA   NA
 1080658 1080659 CHY_0408 CHY_0409   mviN1 TRUE 0.907 100.000 0.222 1.000   NA
 1080659 1080660 CHY_0409 CHY_0410 mviN1 lepA TRUE 0.956 13.000 0.003 1.000   NA
 1080660 1080661 CHY_0410 CHY_0411 lepA   TRUE 0.934 -16.000 0.003 1.000 N NA
 1080661 1080662 CHY_0411 CHY_0412   hrcA TRUE 0.730 89.000 0.004 1.000 N NA
 1080662 1080663 CHY_0412 CHY_0413 hrcA   TRUE 0.978 16.000 0.016 1.000 N NA
 1080663 1080664 CHY_0413 CHY_0414   grpE TRUE 0.989 -16.000 0.026 0.007 Y NA
 1080664 1080665 CHY_0414 CHY_0415 grpE dnaK TRUE 0.998 20.000 0.224 0.007 Y NA
 1080665 1080666 CHY_0415 CHY_0416 dnaK   TRUE 0.996 26.000 0.196 0.003 Y NA
 1080666 1080667 CHY_0416 CHY_0417   prmA TRUE 0.981 27.000 0.133 1.000 N NA
 1080667 1080668 CHY_0417 CHY_0418 prmA   TRUE 0.993 8.000 0.227 NA   NA
 1080668 1080669 CHY_0418 CHY_0419     TRUE 0.992 -3.000 0.163 NA   NA
 1080669 1080670 CHY_0419 CHY_0420     TRUE 0.907 97.000 0.051 0.054 N NA
 1080670 1080671 CHY_0420 CHY_0421   rpsU TRUE 0.933 42.000 0.071 1.000   NA
 1080671 1080672 CHY_0421 CHY_0422 rpsU   TRUE 0.995 10.000 0.150 0.037   NA
 1080672 1080673 CHY_0422 CHY_0423     TRUE 0.834 50.000 0.029 NA   NA
 1080673 1080674 CHY_0423 CHY_0424     TRUE 0.996 6.000 0.851 NA   NA
 1080674 1080675 CHY_0424 CHY_0425     TRUE 0.992 3.000 0.114 NA   NA
 1080675 1080676 CHY_0425 CHY_0426     TRUE 0.987 20.000 0.172 1.000   NA
 1080676 1080677 CHY_0426 CHY_0427     TRUE 0.992 -3.000 0.182 NA   NA
 1080677 1080678 CHY_0427 CHY_0428   dgkA TRUE 0.993 2.000 0.123 NA   NA
 1080678 1080679 CHY_0428 CHY_0429 dgkA   TRUE 0.905 -34.000 0.020 1.000   NA
 1080679 1080680 CHY_0429 CHY_0430   era TRUE 0.950 -10.000 0.009 1.000   NA
 1080680 1080681 CHY_0430 CHY_0431 era   FALSE 0.036 327.000 0.000 0.046   NA
 1080681 1080682 CHY_0431 CHY_0432     TRUE 0.952 46.000 0.027 1.000 Y NA
 1080682 1080683 CHY_0432 CHY_0433     TRUE 0.997 13.000 0.192 1.000 Y NA
 1080683 1080684 CHY_0433 CHY_0434     FALSE 0.349 76.000 0.000 1.000 N NA
 1080684 1080685 CHY_0434 CHY_0435     FALSE 0.174 89.000 0.000 1.000   NA
 1080685 1080686 CHY_0435 CHY_0436     TRUE 0.935 0.000 0.000 0.002   NA
 1080688 1080689 CHY_0438 CHY_0439   glyQ FALSE 0.287 363.000 0.036 1.000 N NA
 1080689 1080690 CHY_0439 CHY_0440 glyQ glyS TRUE 0.999 18.000 0.651 0.001 Y NA
 1080690 1080691 CHY_0440 CHY_0441 glyS   TRUE 0.730 104.000 0.027 1.000   NA
 1080691 1080692 CHY_0441 CHY_0442     TRUE 0.992 10.000 0.207 NA   NA
 1080692 1080693 CHY_0442 CHY_0443   ppdK TRUE 0.984 0.000 0.035 NA   NA
 1080695 1080696 CHY_0445 CHY_0446     TRUE 0.995 9.000 0.700 NA   NA
 1080696 1080697 CHY_0446 CHY_0447     TRUE 0.983 -22.000 0.909 NA   NA
 1080697 1080698 CHY_0447 CHY_0448     TRUE 0.996 1.000 0.818 NA   NA
 1080700 1080701 CHY_0450 CHY_0451     TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1080701 1080702 CHY_0451 CHY_0452     TRUE 0.616 79.000 0.005 NA   NA
 1080702 1080703 CHY_0452 CHY_0453     TRUE 0.983 15.000 0.077 NA   NA
 1080703 1080704 CHY_0453 CHY_0454   dnaG TRUE 0.904 75.000 0.056 1.000 N NA
 1080704 1080705 CHY_0454 CHY_0455 dnaG rpoD TRUE 0.989 23.000 0.209 1.000 N NA
 1080705 1080706 CHY_0455 CHY_tRNA-Met-1 rpoD   FALSE 0.077 96.000 0.000 NA   NA
 1080706 1080707 CHY_tRNA-Met-1 CHY_tRNA-Glu-1     FALSE 0.200 36.000 0.000 NA   NA
 1080707 1080708 CHY_tRNA-Glu-1 CHY_tRNA-Val-1     TRUE 0.656 2.000 0.000 NA   NA
 1080708 1080709 CHY_tRNA-Val-1 CHY_0459     FALSE 0.041 126.000 0.000 NA   NA
 1080709 1080710 CHY_0459 CHY_0460     TRUE 0.979 -21.000 0.283 NA   NA
 1080710 1080711 CHY_0460 CHY_0461     TRUE 0.968 35.000 0.342 NA   NA
 1080712 1080713 CHY_0462 CHY_0463     FALSE 0.018 185.000 0.000 NA   NA
 1080713 1080714 CHY_0463 CHY_0464     FALSE 0.341 -16.000 0.000 NA   NA
 1080714 1080715 CHY_0464 CHY_0465     FALSE 0.027 153.000 0.000 NA   NA
 1080715 1080716 CHY_0465 CHY_0466     FALSE 0.024 159.000 0.000 NA   NA
 1080717 1080718 CHY_0467 CHY_0468     FALSE 0.180 -90.000 0.000 NA   NA
 1080718 1080719 CHY_0468 CHY_0469     FALSE 0.263 28.000 0.000 NA   NA
 1080719 1080720 CHY_0469 CHY_0470   mgsA TRUE 0.942 10.000 0.000 1.000 Y NA
 1080720 1080721 CHY_0470 CHY_0471 mgsA   TRUE 0.983 14.000 0.023 1.000 N NA
 1080721 1080722 CHY_0471 CHY_0472     FALSE 0.023 163.000 0.000 NA   NA
 1080723 1080724 CHY_0473 CHY_0474 aroH1 tyrA TRUE 0.949 5.000 0.000 1.000 Y NA
 1080724 1080725 CHY_0474 CHY_0475 tyrA aroF1 TRUE 0.956 0.000 0.000 1.000 Y NA
 1080726 1080727 CHY_0476 CHY_0477     TRUE 0.999 12.000 0.769 0.092 Y NA
 1080727 1080728 CHY_0477 CHY_0478     TRUE 0.996 14.000 0.615 NA N NA
 1080728 1080729 CHY_0478 CHY_0479     FALSE 0.104 71.000 0.000 NA   NA
 1080729 1080730 CHY_0479 CHY_0480   cobT FALSE 0.101 75.000 0.000 NA   NA
 1080731 1080732 CHY_0481 CHY_0482 hemG hemH TRUE 0.991 3.000 0.005 1.000 Y NA
 1080732 1080733 CHY_0482 CHY_0483 hemH hemE TRUE 0.998 4.000 0.131 1.000 Y NA
 1080734 1080735 CHY_0484 CHY_0485     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1080737 1080738 CHY_0487 CHY_0488     TRUE 0.993 0.000 0.078 NA N NA
 1080738 1080739 CHY_0488 CHY_0489   gcvT FALSE 0.017 370.000 0.000 NA N NA
 1080739 1080740 CHY_0489 CHY_0490 gcvT gcvH TRUE 0.999 3.000 0.103 0.002 Y NA
 1080740 1080741 CHY_0490 CHY_0491 gcvH gcvPA TRUE 0.997 2.000 0.054 1.000 Y NA
 1080741 1080742 CHY_0491 CHY_0492 gcvPA gcvPB TRUE 0.999 0.000 0.316 0.001 Y NA
 1080742 1080743 CHY_0492 CHY_0493 gcvPB   TRUE 0.929 -12.000 0.004 1.000   NA
 1080743 1080744 CHY_0493 CHY_0494     TRUE 0.997 -3.000 0.386 0.054   NA
 1080744 1080745 CHY_0494 CHY_0495     TRUE 0.989 2.000 0.017 0.054   NA
 1080749 1080750 CHY_0499 CHY_0500     FALSE 0.041 126.000 0.000 NA   NA
 1080750 1080751 CHY_0500 CHY_0501     TRUE 0.657 1.000 0.000 NA   NA
 1080751 1080752 CHY_0501 CHY_0502     FALSE 0.163 128.000 0.000 1.000 N NA
 1080754 1080755 CHY_0504 CHY_0505     TRUE 0.998 15.000 0.130 0.030 Y NA
 1080755 1080756 CHY_0505 CHY_0506   glnQ TRUE 0.996 -13.000 0.275 1.000 Y NA
 1080756 1080757 CHY_0506 CHY_0507 glnQ   FALSE 0.296 93.000 0.000 1.000 N NA
 1080757 1080758 CHY_0507 CHY_0508     TRUE 0.714 15.000 0.000 1.000   NA
 1080758 1080759 CHY_0508 CHY_0509     FALSE 0.102 74.000 0.000 NA   NA
 1080759 1080760 CHY_0509 CHY_0510     FALSE 0.026 155.000 0.000 NA   NA
 1080760 1080761 CHY_0510 CHY_0511     FALSE 0.203 -46.000 0.000 NA   NA
 1080761 1080762 CHY_0511 CHY_0512     FALSE 0.469 17.000 0.000 NA   NA
 1080762 1080763 CHY_0512 CHY_0513     FALSE 0.112 63.000 0.000 NA   NA
 1080763 1080764 CHY_0513 CHY_0514     FALSE 0.170 -124.000 0.000 NA   NA
 1080764 1080765 CHY_0514 CHY_0515   ilvE FALSE 0.020 179.000 0.000 NA   NA
 1080765 1080766 CHY_0515 CHY_0516 ilvE ilvD TRUE 0.991 13.000 0.017 1.000 Y NA
 1080766 1080767 CHY_0516 CHY_0517 ilvD ilvB1 TRUE 0.998 12.000 0.089 0.003 Y NA
 1080767 1080768 CHY_0517 CHY_0518 ilvB1 ilvN1 TRUE 0.999 13.000 0.249 0.002 Y NA
 1080768 1080769 CHY_0518 CHY_0519 ilvN1 ilvC TRUE 0.995 3.000 0.006 0.003 Y NA
 1080769 1080770 CHY_0519 CHY_0520 ilvC ilvB2 TRUE 0.967 13.000 0.000 0.003 Y NA
 1080770 1080771 CHY_0520 CHY_0521 ilvB2 leuA TRUE 0.895 71.000 0.011 1.000 Y NA
 1080771 1080772 CHY_0521 CHY_0522 leuA leuC TRUE 0.999 0.000 0.086 0.003 Y NA
 1080772 1080773 CHY_0522 CHY_0523 leuC leuD TRUE 0.999 1.000 0.615 0.002 Y NA
 1080773 1080774 CHY_0523 CHY_0524 leuD leuB TRUE 0.988 -31.000 0.051 0.003 Y NA
 1080774 1080775 CHY_0524 CHY_0525 leuB   TRUE 0.974 -19.000 0.016 1.000 Y NA
 1080776 1080777 CHY_0526 CHY_0527     FALSE 0.249 -28.000 0.000 NA   NA
 1080777 1080778 CHY_0527 CHY_0528     FALSE 0.031 145.000 0.000 NA   NA
 1080778 1080779 CHY_0528 CHY_0529     FALSE 0.361 22.000 0.000 NA   NA
 1080779 1080780 CHY_0529 CHY_0530     FALSE 0.077 96.000 0.000 NA   NA
 1080783 1080784 CHY_0533 CHY_0534   ileS FALSE 0.049 118.000 0.000 NA   NA
 1080784 1080785 CHY_0534 CHY_0535 ileS   FALSE 0.088 85.000 0.000 NA   NA
 1080785 1080786 CHY_0535 CHY_0536     FALSE 0.316 24.000 0.000 NA   NA
 1080786 1080787 CHY_0536 CHY_0537     TRUE 0.589 9.000 0.000 NA   NA
 1080787 1080788 CHY_0537 CHY_0538   alaS TRUE 0.835 39.000 0.015 NA   NA
 1080788 1080789 CHY_0538 CHY_0539 alaS   FALSE 0.117 60.000 0.000 NA   NA
 1080789 1080790 CHY_0539 CHY_0540     FALSE 0.085 88.000 0.000 NA   NA
 1080790 1080791 CHY_0540 CHY_0541     TRUE 0.987 4.000 0.059 NA   NA
 1080791 1080792 CHY_0541 CHY_0542     TRUE 0.992 17.000 0.143 1.000 N NA
 1080792 1080793 CHY_0542 CHY_0543     TRUE 0.982 16.000 0.078 NA   NA
 1080793 1080794 CHY_0543 CHY_0544     TRUE 0.816 104.000 0.098 NA   NA
 1080794 1080795 CHY_0544 CHY_0545   galE TRUE 0.751 21.000 0.000 1.000 N NA
 1080795 1080796 CHY_0545 CHY_0546 galE mviN2 TRUE 0.816 1.000 0.000 1.000   NA
 1080796 1080797 CHY_0546 CHY_0547 mviN2   FALSE 0.047 173.000 0.000 1.000   NA
 1080797 1080798 CHY_0547 CHY_0548     TRUE 0.743 12.000 0.000 1.000   NA
 1080798 1080799 CHY_0548 CHY_0549     TRUE 0.942 -7.000 0.005 NA   NA
 1080799 1080800 CHY_0549 CHY_0550     FALSE 0.050 117.000 0.000 NA   NA
 1080800 1080801 CHY_0550 CHY_0551     FALSE 0.209 73.000 0.000 1.000   NA
 1080801 1080802 CHY_0551 CHY_0552     FALSE 0.038 193.000 0.000 1.000   NA
 1080802 1080803 CHY_0552 CHY_0553   trx1 TRUE 0.693 16.000 0.000 1.000   NA
 1080803 1080804 CHY_0553 CHY_0554 trx1   TRUE 0.562 37.000 0.000 0.047   NA
 1080804 1080805 CHY_0554 CHY_0555     TRUE 0.762 10.000 0.000 1.000   NA
 1080805 1080806 CHY_0555 CHY_0556     TRUE 0.855 137.000 0.400 1.000   NA
 1080806 1080807 CHY_0556 CHY_0557     TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1080807 1080808 CHY_0557 CHY_0558     FALSE 0.218 -36.000 0.000 NA   NA
 1080808 1080809 CHY_0558 CHY_0559     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1080809 1080810 CHY_0559 CHY_0560     FALSE 0.263 28.000 0.000 NA   NA
 1080810 1080811 CHY_0560 CHY_0561     FALSE 0.035 138.000 0.000 NA   NA
 1080811 1080812 CHY_0561 CHY_0562     FALSE 0.493 16.000 0.000 NA   NA
 1080812 1080813 CHY_0562 CHY_0563     FALSE 0.336 23.000 0.000 NA   NA
 1080813 1080814 CHY_0563 CHY_0564   lgt TRUE 0.537 26.000 0.000 NA N NA
 1080814 1080815 CHY_0564 CHY_0565 lgt   TRUE 0.718 -16.000 0.000 0.074   NA
 1080815 1080816 CHY_0565 CHY_0566     TRUE 0.519 15.000 0.000 NA   NA
 1080818 1080819 CHY_0568 CHY_0569     FALSE 0.121 111.000 0.000 1.000   NA
 1080819 1080820 CHY_0569 CHY_0570     FALSE 0.118 112.000 0.000 1.000   NA
 1080820 1080821 CHY_0570 CHY_0571     TRUE 0.898 0.000 0.000 1.000 N NA
 1080821 1080822 CHY_0571 CHY_0572     FALSE 0.173 125.000 0.000 1.000 N NA
 1080822 1080823 CHY_0572 CHY_0573     FALSE 0.263 28.000 0.000 NA   NA
 1080824 1080825 CHY_0575 CHY_0576     TRUE 0.999 2.000 0.797 1.000 Y NA
 1080825 1080826 CHY_0576 CHY_0577     TRUE 0.999 0.000 0.822 0.006 Y NA
 1080826 1080827 CHY_0577 CHY_0578     TRUE 0.997 1.000 0.034 0.091 Y NA
 1080827 1080828 CHY_0578 CHY_0579   ldh TRUE 0.902 2.000 0.000 1.000 N NA
 1080831 1080832 CHY_0582 CHY_0583     TRUE 0.995 1.000 0.333 NA   NA
 1080832 1080833 CHY_0583 CHY_0584     TRUE 0.987 -16.000 0.689 NA   NA
 1080833 1080834 CHY_0584 CHY_0585   tdk TRUE 0.543 13.000 0.000 NA   NA
 1080834 1080835 CHY_0585 CHY_0586 tdk   FALSE 0.033 141.000 0.000 NA   NA
 1080835 1080836 CHY_0586 CHY_0587     FALSE 0.451 18.000 0.000 NA   NA
 1080836 1080837 CHY_0587 CHY_0588     TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1080837 1080838 CHY_0588 CHY_0589     TRUE 0.809 17.000 0.000 1.000 N NA
 1080838 1080839 CHY_0589 CHY_0590     FALSE 0.176 88.000 0.000 1.000   NA
 1080839 1080840 CHY_0590 CHY_0591     TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 1080842 1080843 CHY_0593 CHY_0594 alkK   FALSE 0.020 175.000 0.000 NA   NA
 1080843 1080844 CHY_0594 CHY_0595     FALSE 0.469 17.000 0.000 NA   NA
 1080845 1080846 CHY_0596 CHY_0597     TRUE 0.996 -7.000 0.222 NA Y NA
 1080847 1080848 CHY_0598 CHY_0599     FALSE 0.205 -43.000 0.000 NA   NA
 1080848 1080849 CHY_0599 CHY_0600     FALSE 0.206 35.000 0.000 NA   NA
 1080849 1080850 CHY_0600 CHY_0601   napA FALSE 0.044 179.000 0.000 1.000   NA
 1080850 1080851 CHY_0601 CHY_0602 napA   TRUE 0.946 7.000 0.000 1.000 Y NA
 1080851 1080852 CHY_0602 CHY_0603     TRUE 0.868 12.000 0.000 0.047   NA
 1080852 1080853 CHY_0603 CHY_0604     FALSE 0.406 20.000 0.000 NA   NA
 1080853 1080854 CHY_0604 CHY_0605     FALSE 0.189 99.000 0.000 NA N NA
 1080854 1080855 CHY_0605 CHY_0606     TRUE 0.998 -7.000 0.667 1.000 Y NA
 1080855 1080856 CHY_0606 CHY_0607     TRUE 0.740 16.000 0.000 NA N NA
 1080858 1080859 CHY_0609 CHY_0610     FALSE 0.493 16.000 0.000 NA   NA
 1080859 1080860 CHY_0610 CHY_0611     FALSE 0.273 27.000 0.000 NA   NA
 1080860 1080861 CHY_0611 CHY_0612     FALSE 0.112 63.000 0.000 NA   NA
 1080861 1080862 CHY_0612 CHY_0613     FALSE 0.253 29.000 0.000 NA   NA
 1080862 1080863 CHY_0613 CHY_0614     FALSE 0.007 317.000 0.000 NA   NA
 1080863 1080864 CHY_0614 CHY_0615     FALSE 0.336 23.000 0.000 NA   NA
 1080868 1080869 CHY_0619 CHY_0620     TRUE 0.784 5.000 0.000 1.000   NA
 1080869 1080870 CHY_0620 CHY_0621     TRUE 0.857 12.000 0.000 1.000 N NA
 1080870 1080871 CHY_0621 CHY_0622     TRUE 0.754 11.000 0.000 1.000   NA
 1080871 1080872 CHY_0622 CHY_0623   aroE TRUE 0.975 -16.000 0.088 1.000   NA
 1080872 1080873 CHY_0623 CHY_0624 aroE aroC TRUE 0.640 54.000 0.000 1.000 Y NA
 1080873 1080874 CHY_0624 CHY_0625 aroC   FALSE 0.266 53.000 0.000 1.000   NA
 1080874 1080875 CHY_0625 CHY_0626     FALSE 0.493 16.000 0.000 NA   NA
 1080875 1080876 CHY_0626 CHY_0627     FALSE 0.117 60.000 0.000 NA   NA
 1080878 1080879 CHY_0629 CHY_0630 aroKB pilB TRUE 0.846 63.000 0.002 0.030 N NA
 1080879 1080880 CHY_0630 CHY_0631 pilB pilT TRUE 0.919 22.000 0.000 0.030 Y NA
 1080880 1080881 CHY_0631 CHY_0632 pilT pilC TRUE 0.974 98.000 0.493 1.000 Y NA
 1080881 1080882 CHY_0632 CHY_0633 pilC gspG TRUE 0.963 86.000 0.047 0.002 Y NA
 1080882 1080883 CHY_0633 CHY_0634 gspG pilD TRUE 0.885 63.000 0.005 1.000 Y NA
 1080883 1080884 CHY_0634 CHY_0635 pilD pilA TRUE 0.878 -27.000 0.014 NA   NA
 1080884 1080885 CHY_0635 CHY_0636 pilA   TRUE 0.556 12.000 0.000 NA   NA
 1080885 1080886 CHY_0636 CHY_0637     TRUE 0.611 5.000 0.000 NA   NA
 1080886 1080887 CHY_0637 CHY_0638     TRUE 0.556 12.000 0.000 NA   NA
 1080887 1080888 CHY_0638 CHY_0639   pilM FALSE 0.055 112.000 0.000 NA   NA
 1080888 1080889 CHY_0639 CHY_0640 pilM pilN TRUE 0.899 -7.000 0.000 NA Y NA
 1080889 1080890 CHY_0640 CHY_0641 pilN   TRUE 0.908 13.000 0.000 NA Y NA
 1080890 1080891 CHY_0641 CHY_0642   tldD FALSE 0.503 110.000 0.007 NA   NA
 1080891 1080892 CHY_0642 CHY_0643 tldD   FALSE 0.013 218.000 0.000 NA   NA
 1080892 1080893 CHY_0643 CHY_0644     FALSE 0.048 119.000 0.000 NA   NA
 1080895 1080896 CHY_0646 CHY_0647     FALSE 0.451 18.000 0.000 NA   NA
 1080898 1080899 CHY_0649 CHY_0650     FALSE 0.336 23.000 0.000 NA   NA
 1080899 1080900 CHY_0650 CHY_0651     FALSE 0.119 59.000 0.000 NA   NA
 1080900 1080901 CHY_0651 CHY_0652     TRUE 0.947 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 1080901 1080902 CHY_0652 CHY_0653     TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1080902 1080903 CHY_0653 CHY_0654     FALSE 0.267 -25.000 0.000 NA   NA
 1080903 1080904 CHY_0654 CHY_0655   htrA TRUE 0.902 2.000 0.000 1.000 N NA
 1080904 1080905 CHY_0655 CHY_0656 htrA   FALSE 0.143 50.000 0.000 NA   NA
 1080905 1080906 CHY_0656 CHY_0657     FALSE 0.021 172.000 0.000 NA   NA
 1080906 1080907 CHY_0657 CHY_0658     TRUE 0.998 -10.000 0.778 0.017 Y NA
 1080907 1080908 CHY_0658 CHY_0659   acoE FALSE 0.195 119.000 0.000 1.000 N NA
 1080910 1080911 CHY_0661 CHY_0662     FALSE 0.341 -16.000 0.000 NA   NA
 1080911 1080912 CHY_0662 CHY_0663     FALSE 0.432 -10.000 0.000 NA   NA
 1080912 1080913 CHY_0663 CHY_0664   acpS FALSE 0.046 121.000 0.000 NA   NA
 1080913 1080914 CHY_0664 CHY_0665 acpS   TRUE 0.988 2.000 0.028 NA N NA
 1080914 1080915 CHY_0665 CHY_0666   ald FALSE 0.048 192.000 0.000 NA N NA
 1080915 1080916 CHY_0666 CHY_0667 ald alr FALSE 0.331 81.000 0.000 1.000 N NA
 1080916 1080917 CHY_0667 CHY_0668 alr   FALSE 0.153 203.000 0.000 1.000 Y NA
 1080917 1080918 CHY_0668 CHY_0669     TRUE 0.991 21.000 0.206 1.000 N NA
 1080918 1080919 CHY_0669 CHY_0670   otsA TRUE 0.996 12.000 0.088 1.000 Y NA
 1080919 1080920 CHY_0670 CHY_0671 otsA otsB TRUE 0.999 -7.000 0.276 0.001 Y NA
 1080924 1080925 CHY_0675 CHY_0676   nrdJ FALSE 0.105 69.000 0.000 NA   NA
 1080925 1080926 CHY_0676 CHY_0677 nrdJ   FALSE 0.063 352.000 0.000 0.011 N NA
 1080926 1080927 CHY_0677 CHY_0678   allB FALSE 0.394 59.000 0.000 1.000 N NA
 1080927 1080928 CHY_0678 CHY_0679 allB   TRUE 0.960 52.000 0.154 1.000 N NA
 1080928 1080929 CHY_0679 CHY_0680     TRUE 0.956 68.000 0.231 1.000 N NA
 1080929 1080930 CHY_0680 CHY_0681     TRUE 0.980 22.000 0.031 NA Y NA
 1080930 1080931 CHY_0681 CHY_0682   pduA TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1080931 1080932 CHY_0682 CHY_0683 pduA   FALSE 0.186 39.000 0.000 NA   NA
 1080932 1080933 CHY_0683 CHY_0684     TRUE 0.981 15.000 0.033 NA N NA
 1080933 1080934 CHY_0684 CHY_0685     TRUE 0.982 25.000 0.429 NA   NA
 1080934 1080935 CHY_0685 CHY_0686   eutJ FALSE 0.147 49.000 0.000 NA   NA
 1080935 1080936 CHY_0686 CHY_0687 eutJ   TRUE 0.754 11.000 0.000 1.000   NA
 1080936 1080937 CHY_0687 CHY_0688   eutN TRUE 0.990 12.000 0.167 NA   NA
 1080937 1080938 CHY_0688 CHY_0689 eutN ade1 TRUE 0.971 15.000 0.013 NA N NA
 1080938 1080939 CHY_0689 CHY_0690 ade1 coxM TRUE 0.838 15.000 0.000 1.000 N NA
 1080939 1080940 CHY_0690 CHY_0691 coxM   TRUE 0.958 12.000 0.000 0.089 Y NA
 1080940 1080941 CHY_0691 CHY_0692     TRUE 0.657 1.000 0.000 NA   NA
 1080941 1080942 CHY_0692 CHY_0693     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1080942 1080943 CHY_0693 CHY_0694     TRUE 0.960 0.000 0.002 NA   NA
 1080943 1080944 CHY_0694 CHY_0695   ftcD FALSE 0.253 29.000 0.000 NA   NA
 1080944 1080945 CHY_0695 CHY_0696 ftcD fchA1 TRUE 0.966 57.000 0.083 1.000 Y NA
 1080945 1080946 CHY_0696 CHY_0697 fchA1   FALSE 0.021 275.000 0.000 1.000   NA
 1080946 1080947 CHY_0697 CHY_0698     FALSE 0.096 123.000 0.000 1.000   NA
 1080947 1080948 CHY_0698 CHY_0699   ade2 TRUE 0.942 10.000 0.000 1.000 Y NA
 1080948 1080949 CHY_0699 CHY_0700 ade2 sdhB1 TRUE 0.783 19.000 0.000 1.000 N NA
 1080949 1080950 CHY_0700 CHY_0701 sdhB1 sdhA1 TRUE 0.998 12.000 0.143 0.002 Y NA
 1080950 1080951 CHY_0701 CHY_0702 sdhA1   FALSE 0.341 -16.000 0.000 NA   NA
 1080951 1080952 CHY_0702 CHY_0703     FALSE 0.021 171.000 0.000 NA   NA
 1080952 1080953 CHY_0703 CHY_0704   glnA1 TRUE 0.997 14.000 0.556 1.000 N NA
 1080953 1080954 CHY_0704 CHY_0705 glnA1   FALSE 0.280 98.000 0.000 1.000 N NA
 1080954 1080955 CHY_0705 CHY_0706     FALSE 0.075 195.000 0.000 1.000 N NA
 1080955 1080956 CHY_0706 CHY_0707     TRUE 0.999 2.000 0.588 1.000 Y NA
 1080956 1080957 CHY_0707 CHY_0708     TRUE 0.998 11.000 0.381 1.000 Y NA
 1080957 1080958 CHY_0708 CHY_0709     FALSE 0.354 74.000 0.000 1.000 N NA
 1080958 1080959 CHY_0709 CHY_0710     FALSE 0.181 123.000 0.000 1.000 N NA
 1080959 1080960 CHY_0710 CHY_0711     TRUE 0.966 39.000 0.037 1.000 Y NA
 1080960 1080961 CHY_0711 CHY_0712   glnA2 FALSE 0.223 160.000 0.000 1.000 Y NA
 1080961 1080962 CHY_0712 CHY_0713 glnA2 lpdA FALSE 0.233 139.000 0.000 0.055 N NA
 1080962 1080963 CHY_0713 CHY_0714 lpdA   TRUE 0.920 21.000 0.000 0.088 Y NA
 1080963 1080964 CHY_0714 CHY_0715     FALSE 0.211 72.000 0.000 1.000   NA
 1080964 1080965 CHY_0715 CHY_0716     TRUE 0.997 0.000 0.221 0.054   NA
 1080965 1080966 CHY_0716 CHY_0717     TRUE 0.856 40.000 0.013 1.000   NA
 1080966 1080967 CHY_0717 CHY_0718     TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 1080967 1080968 CHY_0718 CHY_0719     FALSE 0.229 109.000 0.000 1.000 N NA
 1080968 1080969 CHY_0719 CHY_0720     FALSE 0.143 50.000 0.000 NA   NA
 1080969 1080970 CHY_0720 CHY_0721     FALSE 0.177 -103.000 0.000 NA   NA
 1080970 1080971 CHY_0721 CHY_0722     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1080971 1080972 CHY_0722 CHY_0723     TRUE 0.988 -9.000 0.217 NA   NA
 1080972 1080973 CHY_0723 CHY_0724   rimI TRUE 0.977 24.000 0.127 1.000   NA
 1080973 1080974 CHY_0724 CHY_0725 rimI gcp TRUE 0.993 1.000 0.090 1.000   NA
 1080976 1080977 CHY_0727 CHY_0728   paaK2 FALSE 0.180 86.000 0.000 1.000   NA
 1080977 1080978 CHY_0728 CHY_0729 paaK2   TRUE 0.994 15.000 0.147 0.053   NA
 1080978 1080979 CHY_0729 CHY_0730     FALSE 0.419 135.000 0.004 1.000   NA
 1080979 1080980 CHY_0730 CHY_0731   hydC FALSE 0.378 174.000 0.004 1.000 N NA
 1080980 1080981 CHY_0731 CHY_0732 hydC hydB TRUE 0.999 11.000 0.368 0.008 Y NA
 1080981 1080982 CHY_0732 CHY_0733 hydB fdhA TRUE 0.996 14.000 0.167 0.005   NA
 1080982 1080983 CHY_0733 CHY_0734 fdhA   FALSE 0.188 83.000 0.000 1.000   NA
 1080983 1080984 CHY_0734 CHY_0735   cooF2 FALSE 0.082 132.000 0.000 1.000   NA
 1080984 1080985 CHY_0735 CHY_0736 cooF2 cooSIV TRUE 0.999 5.000 0.222 0.088 Y NA
 1080985 1080986 CHY_0736 CHY_0737 cooSIV   TRUE 0.996 14.000 0.333 0.088   NA
 1080986 1080987 CHY_0737 CHY_0738     FALSE 0.465 52.000 0.000 0.037   NA
 1080987 1080988 CHY_0738 CHY_0739     TRUE 0.602 6.000 0.000 NA   NA
 1080988 1080989 CHY_0739 CHY_0740     FALSE 0.087 86.000 0.000 NA   NA
 1080989 1080990 CHY_0740 CHY_0741     FALSE 0.176 88.000 0.000 1.000   NA
 1080990 1080991 CHY_0741 CHY_0742     FALSE 0.041 126.000 0.000 NA   NA
 1080991 1080992 CHY_0742 CHY_0743     TRUE 0.570 11.000 0.000 NA   NA
 1080992 1080993 CHY_0743 CHY_0744     FALSE 0.243 30.000 0.000 NA   NA
 1080995 1080996 CHY_0746 CHY_0747   thiC TRUE 0.994 7.000 0.003 0.002 Y NA
 1080996 1080997 CHY_0747 CHY_0748 thiC thiM TRUE 0.994 -7.000 0.022 0.007 Y NA
 1080997 1080998 CHY_0748 CHY_0749 thiM thiL TRUE 0.994 5.000 0.004 0.007 Y NA
 1080998 1080999 CHY_0749 CHY_0750 thiL   TRUE 0.783 19.000 0.000 1.000 N NA
 1081001 1081002 CHY_0752 CHY_0753     FALSE 0.105 70.000 0.000 NA   NA
 1081002 1081003 CHY_0753 CHY_0754     TRUE 0.543 13.000 0.000 NA   NA
 1081003 1081004 CHY_0754 CHY_0755   cbiM FALSE 0.025 410.000 0.000 1.000 N NA
 1081004 1081005 CHY_0755 CHY_0756 cbiM   TRUE 0.999 0.000 0.861 0.017 Y NA
 1081005 1081006 CHY_0756 CHY_0757     TRUE 0.996 -46.000 0.804 0.003 Y NA
 1081006 1081007 CHY_0757 CHY_0758     TRUE 0.968 -15.000 0.005 0.017 N NA
 1081007 1081008 CHY_0758 CHY_0759     TRUE 0.986 -18.000 0.019 0.017 Y NA
 1081008 1081009 CHY_0759 CHY_0760   cbiT TRUE 0.993 -13.000 0.030 0.001 Y NA
 1081009 1081010 CHY_0760 CHY_0761 cbiT   TRUE 0.998 -7.000 0.128 0.017 Y NA
 1081010 1081011 CHY_0761 CHY_0762   cobM TRUE 0.999 3.000 0.291 0.017 Y NA
 1081011 1081012 CHY_0762 CHY_0763 cobM cbiG TRUE 0.999 -7.000 0.397 0.017 Y NA
 1081012 1081013 CHY_0763 CHY_0764 cbiG cobJ TRUE 0.998 -12.000 0.352 0.017 Y NA
 1081013 1081014 CHY_0764 CHY_0765 cobJ cobK TRUE 0.999 -3.000 0.423 0.017 Y NA
 1081014 1081015 CHY_0765 CHY_0766 cobK   TRUE 0.973 -15.000 0.026 0.017   NA
 1081015 1081016 CHY_0766 CHY_0767   cobH TRUE 0.990 -10.000 0.090 0.017   NA
 1081016 1081017 CHY_0767 CHY_0768 cobH cobP TRUE 0.957 2.000 0.000 1.000 Y NA
 1081017 1081018 CHY_0768 CHY_0769 cobP cobQ TRUE 0.990 0.000 0.003 1.000 Y NA
 1081018 1081019 CHY_0769 CHY_0770 cobQ cobD TRUE 0.998 2.000 0.092 0.017 Y NA
 1081019 1081020 CHY_0770 CHY_0771 cobD cobB1 TRUE 0.996 0.000 0.017 0.017 Y NA
 1081020 1081021 CHY_0771 CHY_0772 cobB1   TRUE 0.879 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1081021 1081022 CHY_0772 CHY_0773     TRUE 0.837 -7.000 0.000 1.000 N NA
 1081024 1081025 CHY_0775 CHY_0776     TRUE 0.996 3.000 0.639 NA   NA
 1081025 1081026 CHY_0776 CHY_0777     FALSE 0.070 102.000 0.000 NA   NA
 1081026 1081027 CHY_0777 CHY_0778   cobA FALSE 0.035 138.000 0.000 NA   NA
 1081027 1081028 CHY_0778 CHY_0779 cobA   TRUE 0.945 8.000 0.000 1.000 Y NA
 1081029 1081030 CHY_0780 CHY_0781     FALSE 0.221 65.000 0.000 1.000   NA
 1081030 1081031 CHY_0781 CHY_0782     FALSE 0.089 84.000 0.000 NA   NA
 1081031 1081032 CHY_0782 CHY_0783     FALSE 0.008 294.000 0.000 NA   NA
 1081032 1081033 CHY_0783 CHY_0784     TRUE 0.999 -3.000 0.907 0.002 Y NA
 1081033 1081034 CHY_0784 CHY_0785     TRUE 0.968 33.000 0.028 1.000 Y NA
 1081035 1081036 CHY_0786 CHY_0787 cotJC1 glpX FALSE 0.046 257.000 0.000 1.000 N NA
 1081036 1081037 CHY_0787 CHY_0788 glpX   FALSE 0.111 157.000 0.000 1.000 N NA
 1081037 1081038 CHY_0788 CHY_0789   aor1 FALSE 0.038 298.000 0.000 1.000 N NA
 1081038 1081039 CHY_0789 CHY_0790 aor1   TRUE 0.898 68.000 0.043 0.052   NA
 1081039 1081040 CHY_0790 CHY_0791   moaD TRUE 0.985 17.000 0.080 1.000   NA
 1081040 1081041 CHY_0791 CHY_0792 moaD moaE FALSE 0.251 151.000 0.000 1.000 Y NA
 1081041 1081042 CHY_0792 CHY_0793 moaE fdoG FALSE 0.029 368.000 0.000 1.000 N NA
 1081042 1081043 CHY_0793 CHY_0794 fdoG fdoH TRUE 0.999 0.000 0.500 0.003 Y NA
 1081043 1081044 CHY_0794 CHY_0795 fdoH fdoI TRUE 0.999 -7.000 0.400 0.003 Y NA
 1081044 1081045 CHY_0795 CHY_0796 fdoI   FALSE 0.122 58.000 0.000 NA   NA
 1081045 1081046 CHY_0796 CHY_0797     FALSE 0.147 49.000 0.000 NA   NA
 1081046 1081047 CHY_0797 CHY_0798     TRUE 0.976 14.000 0.039 NA   NA
 1081047 1081048 CHY_0798 CHY_0799     TRUE 0.998 15.000 0.130 0.006 Y NA
 1081048 1081049 CHY_0799 CHY_0800   fdhD TRUE 0.883 5.000 0.000 1.000 N NA
 1081049 1081050 CHY_0800 CHY_0801 fdhD   TRUE 0.556 12.000 0.000 NA   NA
 1081050 1081051 CHY_0801 CHY_0802   moaA FALSE 0.258 -27.000 0.000 NA   NA
 1081051 1081052 CHY_0802 CHY_0803 moaA moaC TRUE 0.998 5.000 0.071 0.006 Y NA
 1081052 1081053 CHY_0803 CHY_0804 moaC   TRUE 0.979 3.000 0.012 1.000   NA
 1081053 1081054 CHY_0804 CHY_0805     TRUE 0.975 -7.000 0.025 1.000   NA
 1081054 1081055 CHY_0805 CHY_0806   groES FALSE 0.028 376.000 0.000 1.000 N NA
 1081055 1081056 CHY_0806 CHY_0807 groES   TRUE 0.997 27.000 0.674 0.006 Y NA
 1081056 1081057 CHY_0807 CHY_0808   cysK FALSE 0.177 124.000 0.000 1.000 N NA
 1081057 1081058 CHY_0808 CHY_0809 cysK ogt TRUE 0.595 31.000 0.000 1.000 N NA
 1081060 1081061 CHY_0811 CHY_0812     FALSE 0.024 159.000 0.000 NA   NA
 1081061 1081062 CHY_0812 CHY_0813     FALSE 0.064 105.000 0.000 NA   NA
 1081062 1081063 CHY_0813 CHY_0814     TRUE 0.995 2.000 0.095 1.000 N NA
 1081063 1081064 CHY_0814 CHY_0815     TRUE 0.768 52.000 0.000 0.021 Y NA
 1081064 1081065 CHY_0815 CHY_0816     FALSE 0.465 47.000 0.000 1.000 N NA
 1081067 1081068 CHY_0818 CHY_0819     FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 1081068 1081069 CHY_0819 CHY_0820     FALSE 0.084 89.000 0.000 NA   NA
 1081069 1081070 CHY_0820 CHY_0821     FALSE 0.009 288.000 0.000 NA   NA
 1081070 1081071 CHY_0821 CHY_0822     FALSE 0.022 168.000 0.000 NA   NA
 1081072 1081073 CHY_0823 CHY_0825     FALSE 0.006 345.000 0.000 NA   NA
 1081073 1081074 CHY_0825 CHY_0824     FALSE 0.168 -133.000 0.000 NA   NA
 1081075 1081076 CHY_0826 CHY_0827     FALSE 0.039 128.000 0.000 NA   NA
 1081078 1081079 CHY_0829 CHY_0830   hsdM FALSE 0.366 75.000 0.000 0.053   NA
 1081079 1081080 CHY_0830 CHY_0831 hsdM   TRUE 0.998 -7.000 0.135 0.053 Y NA
 1081080 1081081 CHY_0831 CHY_0832   hsdR TRUE 0.995 27.000 0.126 0.001 Y NA
 1081081 1081082 CHY_0832 CHY_0833 hsdR   TRUE 0.990 6.000 0.114 NA   NA
 1081083 1081084 CHY_0834 CHY_tRNA-Pseudo-1     FALSE 0.035 138.000 0.000 NA   NA
 1081084 1081086 CHY_tRNA-Pseudo-1 CHY_0836     FALSE 0.052 115.000 0.000 NA   NA
 1081087 1081088 CHY_0837 CHY_0838     FALSE 0.005 446.000 0.000 NA   NA
 1081088 1081089 CHY_0838 CHY_0839     FALSE 0.006 387.000 0.000 NA   NA
 1081092 1081093 CHY_0842 CHY_0843     TRUE 0.647 0.000 0.000 NA   NA
 1081093 1081094 CHY_0843 CHY_tRNA-Thr-1     FALSE 0.103 73.000 0.000 NA   NA
 1081095 1081096 CHY_0845 CHY_0846 fadD2 hgdB TRUE 0.997 -3.000 0.500 NA N NA
 1081096 1081097 CHY_0846 CHY_0847 hgdB hgdA TRUE 0.999 0.000 0.800 NA Y NA
 1081097 1081098 CHY_0847 CHY_0848 hgdA hgdC TRUE 0.990 22.000 0.400 NA N NA
 1081098 1081099 CHY_0848 CHY_0849 hgdC   FALSE 0.127 56.000 0.000 NA   NA
 1081099 1081100 CHY_0849 CHY_0850   norV FALSE 0.074 99.000 0.000 NA   NA
 1081100 1081101 CHY_0850 CHY_0851 norV   FALSE 0.012 228.000 0.000 NA   NA
 1081101 1081102 CHY_0851 CHY_0852   rnhA TRUE 0.656 2.000 0.000 NA   NA
 1081102 1081103 CHY_0852 CHY_0853 rnhA   FALSE 0.308 45.000 0.000 1.000   NA
 1081103 1081104 CHY_0853 CHY_0854     FALSE 0.074 99.000 0.000 NA   NA
 1081104 1081105 CHY_0854 CHY_0855     FALSE 0.028 151.000 0.000 NA   NA
 1081105 1081106 CHY_0855 CHY_0856     FALSE 0.172 90.000 0.000 1.000   NA
 1081106 1081107 CHY_0856 CHY_0857     TRUE 0.971 25.000 0.014 1.000 Y NA
 1081109 1081110 CHY_0859 CHY_0860     TRUE 0.851 13.000 0.000 1.000 N NA
 1081114 1081115 CHY_0864 CHY_0865     FALSE 0.504 41.000 0.000 1.000 N NA
 1081115 1081116 CHY_0865 CHY_0866   mobA TRUE 0.902 1.000 0.000 1.000 N NA
 1081116 1081117 CHY_0866 CHY_0867 mobA   TRUE 0.973 5.000 0.000 0.006 Y NA
 1081117 1081118 CHY_0867 CHY_0868   mobB TRUE 0.870 -34.000 0.000 0.006 Y NA
 1081118 1081119 CHY_0868 CHY_0869 mobB   TRUE 0.777 -3.000 0.000 1.000   NA
 1081119 1081120 CHY_0869 CHY_0870     TRUE 0.778 6.000 0.000 1.000   NA
 1081121 1081122 CHY_0871 CHY_0872     TRUE 0.986 -3.000 0.017 1.000 N NA
 1081122 1081123 CHY_0872 CHY_0873     TRUE 0.727 14.000 0.000 1.000   NA
 1081124 1081125 CHY_0874 CHY_0875     FALSE 0.062 106.000 0.000 NA   NA
 1081125 1081126 CHY_0875 CHY_0876     FALSE 0.206 35.000 0.000 NA   NA
 1081126 1081127 CHY_0876 CHY_0877     TRUE 0.990 -19.000 0.810 NA N NA
 1081129 1081130 CHY_0879 CHY_0880     FALSE 0.009 286.000 0.000 NA   NA
 1081130 1081131 CHY_0880 CHY_0881     FALSE 0.025 243.000 0.000 1.000   NA
 1081131 1081132 CHY_0881 CHY_0882     FALSE 0.283 26.000 0.000 NA   NA
 1081132 1081133 CHY_0882 CHY_0883     FALSE 0.026 155.000 0.000 NA   NA
 1081133 1081134 CHY_0883 CHY_0884     FALSE 0.047 120.000 0.000 NA   NA
 1081134 1081135 CHY_0884 CHY_0885     TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1081135 1081136 CHY_0885 CHY_0886     FALSE 0.010 651.000 0.000 1.000   NA
 1081136 1081137 CHY_0886 CHY_0887     FALSE 0.295 47.000 0.000 1.000   NA
 1081137 1081138 CHY_0887 CHY_0888     FALSE 0.196 37.000 0.000 NA   NA
 1081138 1081139 CHY_0888 CHY_0889   bioB FALSE 0.108 66.000 0.000 NA   NA
 1081139 1081140 CHY_0889 CHY_0890 bioB   FALSE 0.119 123.000 0.000 NA N NA
 1081142 1081143 CHY_0892 CHY_0893     FALSE 0.127 56.000 0.000 NA   NA
 1081143 1081144 CHY_0893 CHY_0894     FALSE 0.406 20.000 0.000 NA   NA
 1081144 1081145 CHY_0894 CHY_0895     FALSE 0.413 148.000 0.008 1.000   NA
 1081145 1081146 CHY_0895 CHY_0896     FALSE 0.025 244.000 0.000 1.000   NA
 1081148 1081149 CHY_0898 CHY_0899     TRUE 0.938 -25.000 0.051 NA   NA
 1081149 1081150 CHY_0899 CHY_0900     FALSE 0.451 18.000 0.000 NA   NA
 1081150 1081151 CHY_0900 CHY_0901     TRUE 0.997 0.000 0.185 1.000 N NA
 1081151 1081152 CHY_0901 CHY_0902     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 1081152 1081153 CHY_0902 CHY_0903     FALSE 0.105 70.000 0.000 NA   NA
 1081153 1081154 CHY_0903 CHY_0904   ltaE TRUE 0.671 17.000 0.000 1.000   NA
 1081154 1081155 CHY_0904 CHY_0905 ltaE   TRUE 0.879 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1081155 1081156 CHY_0905 CHY_0906   trxB1 FALSE 0.346 77.000 0.000 1.000 N NA
 1081156 1081157 CHY_0906 CHY_0907 trxB1   TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1081157 1081158 CHY_0907 CHY_0908     FALSE 0.011 239.000 0.000 NA   NA
 1081158 1081159 CHY_0908 CHY_0909     FALSE 0.108 66.000 0.000 NA   NA
 1081159 1081160 CHY_0909 CHY_0910     FALSE 0.044 123.000 0.000 NA   NA
 1081160 1081161 CHY_0910 CHY_0911     FALSE 0.097 79.000 0.000 NA   NA
 1081161 1081162 CHY_0911 CHY_0912   sucC FALSE 0.024 160.000 0.000 NA   NA
 1081162 1081163 CHY_0912 CHY_0913 sucC sucD TRUE 0.999 0.000 0.537 0.001 Y NA
 1081163 1081164 CHY_0913 CHY_0914 sucD   TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1081164 1081165 CHY_0914 CHY_0916     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1081165 1081166 CHY_0916 CHY_0917   pccB TRUE 0.985 -10.000 0.108 1.000   NA
 1081166 1081167 CHY_0917 CHY_0918 pccB accC1 TRUE 0.920 24.000 0.000 0.003 Y NA
 1081167 1081168 CHY_0918 CHY_0919 accC1   TRUE 0.992 2.000 0.016 NA Y NA
 1081168 1081169 CHY_0919 CHY_0920     FALSE 0.070 102.000 0.000 NA   NA
 1081169 1081170 CHY_0920 CHY_0921   psd FALSE 0.289 48.000 0.000 1.000   NA
 1081170 1081171 CHY_0921 CHY_0922 psd pssA TRUE 0.999 -3.000 0.466 1.000 Y NA
 1081171 1081172 CHY_0922 CHY_0923 pssA   FALSE 0.124 57.000 0.000 NA   NA
 1081174 1081175 CHY_0925 CHY_0926     FALSE 0.048 119.000 0.000 NA   NA
 1081175 1081176 CHY_0926 CHY_0927     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1081176 1081177 CHY_0927 CHY_0928     FALSE 0.131 54.000 0.000 NA   NA
 1081177 1081178 CHY_0928 CHY_0929     FALSE 0.026 155.000 0.000 NA   NA
 1081178 1081179 CHY_0929 CHY_0930     TRUE 0.977 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 1081179 1081180 CHY_0930 CHY_0931     TRUE 0.909 -9.000 0.000 1.000 Y NA
 1081180 1081181 CHY_0931 CHY_0932     TRUE 0.747 -6.000 0.000 1.000   NA
 1081181 1081182 CHY_0932 CHY_0933     TRUE 0.990 25.000 0.333 0.036   NA
 1081182 1081183 CHY_0933 CHY_0934     TRUE 0.997 0.000 0.167 0.036   NA
 1081183 1081184 CHY_0934 CHY_0935     FALSE 0.123 150.000 0.000 1.000 N NA
 1081186 1081187 CHY_0937 CHY_0938     FALSE 0.082 91.000 0.000 NA   NA
 1081187 1081188 CHY_0938 CHY_0939     TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1081188 1081189 CHY_0939 CHY_0940     TRUE 0.617 109.000 0.000 0.002 Y NA
 1081189 1081190 CHY_0940 CHY_0941     TRUE 0.657 1.000 0.000 NA   NA
 1081192 1081193 CHY_0943 CHY_0944     TRUE 0.989 17.000 0.257 NA   NA
 1081193 1081194 CHY_0944 CHY_0945     TRUE 0.990 6.000 0.073 1.000   NA
 1081194 1081195 CHY_0945 CHY_0946     TRUE 0.990 -10.000 0.244 1.000   NA
 1081195 1081196 CHY_0946 CHY_0947     TRUE 0.994 -3.000 0.259 NA   NA
 1081196 1081197 CHY_0947 CHY_0948     TRUE 0.994 -3.000 0.300 NA   NA
 1081199 1081200 CHY_0950 CHY_0951     TRUE 0.647 0.000 0.000 NA   NA
 1081200 1081201 CHY_0951 CHY_0952     TRUE 0.611 5.000 0.000 NA   NA
 1081201 1081202 CHY_0952 CHY_0953     TRUE 0.981 1.000 0.023 NA   NA
 1081202 1081203 CHY_0953 CHY_0954     TRUE 0.971 28.000 0.207 NA   NA
 1081203 1081204 CHY_0954 CHY_0955   folE TRUE 0.979 19.000 0.033 1.000 N NA
 1081204 1081205 CHY_0955 CHY_0956 folE   TRUE 0.968 21.000 0.065 NA   NA
 1081205 1081206 CHY_0956 CHY_0957   surE TRUE 0.981 10.000 0.043 NA   NA
 1081210 1081211 CHY_0961 CHY_0962 fusA1   FALSE 0.032 332.000 0.000 1.000 N NA
 1081211 1081212 CHY_0962 CHY_0963   motA FALSE 0.331 81.000 0.000 1.000 N NA
 1081212 1081213 CHY_0963 CHY_0964 motA   TRUE 0.992 -19.000 0.144 1.000 Y NA
 1081213 1081214 CHY_0964 CHY_0965     TRUE 0.931 14.000 0.000 1.000 Y NA
 1081214 1081215 CHY_0965 CHY_0966   cheW1 TRUE 0.912 24.000 0.000 0.009 Y NA
 1081215 1081216 CHY_0966 CHY_0967 cheW1 cheA1 TRUE 0.999 18.000 0.667 0.011 Y NA
 1081216 1081217 CHY_0967 CHY_0968 cheA1 cheB1 TRUE 0.993 -13.000 0.047 0.011 Y NA
 1081217 1081218 CHY_0968 CHY_0969 cheB1 flgM TRUE 0.858 59.000 0.037 1.000   NA
 1081218 1081219 CHY_0969 CHY_0970 flgM   TRUE 0.998 1.000 0.421 0.003   NA
 1081219 1081220 CHY_0970 CHY_0971   flgK TRUE 0.988 12.000 0.019 0.003   NA
 1081220 1081221 CHY_0971 CHY_0972 flgK flgL TRUE 0.997 15.000 0.057 0.001 Y NA
 1081221 1081222 CHY_0972 CHY_0973 flgL   TRUE 0.981 22.000 0.207 NA   NA
 1081222 1081223 CHY_0973 CHY_0974     TRUE 0.986 14.000 0.096 NA   NA
 1081223 1081224 CHY_0974 CHY_0975   csrA FALSE 0.341 -16.000 0.000 NA   NA
 1081224 1081225 CHY_0975 CHY_0976 csrA   TRUE 0.851 13.000 0.000 1.000 N NA
 1081225 1081226 CHY_0976 CHY_0977   rfbC TRUE 0.996 0.000 0.038 1.000 Y NA
 1081226 1081227 CHY_0977 CHY_0978 rfbC rfbD TRUE 0.729 39.000 0.000 1.000 Y NA
 1081227 1081228 CHY_0978 CHY_0979 rfbD rfbB TRUE 0.994 40.000 0.238 0.001 Y NA
 1081228 1081229 CHY_0979 CHY_0980 rfbB   FALSE 0.212 71.000 0.000 1.000   NA
 1081229 1081230 CHY_0980 CHY_0981   hag FALSE 0.092 125.000 0.000 1.000   NA
 1081230 1081231 CHY_0981 CHY_0982 hag   FALSE 0.349 76.000 0.000 1.000 N NA
 1081231 1081232 CHY_0982 CHY_0983     TRUE 0.739 25.000 0.000 0.006   NA
 1081232 1081233 CHY_0983 CHY_0984     FALSE 0.430 19.000 0.000 NA   NA
 1081233 1081234 CHY_0984 CHY_0985   fliD TRUE 0.997 13.000 0.298 NA Y NA
 1081234 1081235 CHY_0985 CHY_0986 fliD fliS TRUE 0.999 17.000 0.370 0.003 Y NA
 1081235 1081236 CHY_0986 CHY_0987 fliS   TRUE 0.580 10.000 0.000 NA   NA
 1081236 1081237 CHY_0987 CHY_0988     FALSE 0.273 27.000 0.000 NA   NA
 1081237 1081238 CHY_0988 CHY_0989     FALSE 0.253 29.000 0.000 NA   NA
 1081238 1081239 CHY_0989 CHY_0990   flgB FALSE 0.069 103.000 0.000 NA   NA
 1081239 1081240 CHY_0990 CHY_0991 flgB flgC TRUE 0.999 7.000 0.804 0.003 Y NA
 1081240 1081241 CHY_0991 CHY_0992 flgC fliE TRUE 0.998 12.000 0.095 0.004 Y NA
 1081241 1081242 CHY_0992 CHY_0993 fliE fliF TRUE 0.994 27.000 0.112 0.006 Y NA
 1081242 1081243 CHY_0993 CHY_0994 fliF fliG TRUE 0.998 22.000 0.477 0.006 Y NA
 1081243 1081244 CHY_0994 CHY_0995 fliG   TRUE 0.545 -16.000 0.000 1.000   NA
 1081244 1081245 CHY_0995 CHY_0996   fliI TRUE 0.712 -7.000 0.000 1.000   NA
 1081245 1081246 CHY_0996 CHY_0997 fliI   TRUE 0.997 4.000 0.129 0.005   NA
 1081246 1081247 CHY_0997 CHY_0998     TRUE 0.847 18.000 0.000 0.006   NA
 1081247 1081248 CHY_0998 CHY_0999     TRUE 0.959 13.000 0.012 NA   NA
 1081248 1081249 CHY_0999 CHY_1000     TRUE 0.992 2.000 0.105 NA   NA
 1081249 1081250 CHY_1000 CHY_1001   flgG TRUE 0.846 81.000 0.074 NA   NA
 1081250 1081251 CHY_1001 CHY_1002 flgG   TRUE 0.934 21.000 0.000 0.008 Y NA
 1081251 1081252 CHY_1002 CHY_1003     TRUE 0.994 17.000 0.024 0.002 Y NA
 1081252 1081253 CHY_1003 CHY_1004     FALSE 0.388 -37.000 0.000 1.000   NA
 1081253 1081254 CHY_1004 CHY_1005     TRUE 0.988 -16.000 0.386 1.000   NA
 1081254 1081255 CHY_1005 CHY_1006   fliQ TRUE 0.991 21.000 0.024 0.007 Y NA
 1081255 1081256 CHY_1006 CHY_1007 fliQ fliR TRUE 0.992 15.000 0.033 1.000 Y NA
 1081256 1081257 CHY_1007 CHY_1008 fliR flhB TRUE 0.993 -10.000 0.038 0.069 Y NA
 1081257 1081258 CHY_1008 CHY_1009 flhB flhA TRUE 0.998 13.000 0.171 0.007 Y NA
 1081258 1081259 CHY_1009 CHY_1010 flhA flhF TRUE 0.999 3.000 0.440 1.000 Y NA
 1081259 1081260 CHY_1010 CHY_1011 flhF   TRUE 0.998 4.000 0.382 0.029 N NA
 1081260 1081261 CHY_1011 CHY_1012     TRUE 0.992 8.000 0.094 NA N NA
 1081261 1081262 CHY_1012 CHY_1013   fliA TRUE 0.981 -10.000 0.062 NA N NA
 1081262 1081263 CHY_1013 CHY_1014 fliA   TRUE 0.988 0.000 0.017 1.000 N NA
 1081263 1081264 CHY_1014 CHY_1015   cheD TRUE 0.991 15.000 0.028 1.000 Y NA
 1081264 1081265 CHY_1015 CHY_1016 cheD cheR1 TRUE 0.996 0.000 0.049 1.000 Y NA
 1081265 1081266 CHY_1016 CHY_1017 cheR1   TRUE 0.989 20.000 0.069 NA Y NA
 1081266 1081267 CHY_1017 CHY_1018     TRUE 0.972 31.000 0.049 NA Y NA
 1081267 1081268 CHY_1018 CHY_1019   fliM TRUE 0.971 21.000 0.024 1.000 N NA
 1081268 1081269 CHY_1019 CHY_1020 fliM   TRUE 0.999 -7.000 0.508 0.002 Y NA
 1081269 1081270 CHY_1020 CHY_1021     FALSE 0.028 150.000 0.000 NA   NA
 1081270 1081271 CHY_1021 CHY_1022     TRUE 0.580 10.000 0.000 NA   NA
 1081271 1081272 CHY_1022 CHY_1023     TRUE 0.693 16.000 0.000 1.000   NA
 1081272 1081273 CHY_1023 CHY_1024     FALSE 0.005 524.000 0.000 NA   NA
 1081273 1081274 CHY_1024 CHY_1025     FALSE 0.014 211.000 0.000 NA   NA
 1081274 1081275 CHY_1025 CHY_1026   cheY1 TRUE 0.931 14.000 0.000 1.000 Y NA
 1081275 1081276 CHY_1026 CHY_1027 cheY1   FALSE 0.037 196.000 0.000 1.000   NA
 1081276 1081277 CHY_1027 CHY_1028   cheR2 TRUE 0.991 -3.000 0.074 1.000   NA
 1081277 1081278 CHY_1028 CHY_1029 cheR2   TRUE 0.687 46.000 0.000 1.000 Y NA
 1081278 1081279 CHY_1029 CHY_1030   cheW2 TRUE 0.994 25.000 0.123 0.009 Y NA
 1081279 1081280 CHY_1030 CHY_1031 cheW2 cheB2 TRUE 0.998 -13.000 0.316 0.011 Y NA
 1081280 1081281 CHY_1031 CHY_1032 cheB2 cheY2 TRUE 0.962 14.000 0.000 0.011 Y NA
 1081281 1081282 CHY_1032 CHY_1033 cheY2 cheA2 TRUE 0.998 1.000 0.182 1.000 Y NA
 1081282 1081283 CHY_1033 CHY_1034 cheA2   TRUE 0.647 0.000 0.000 NA   NA
 1081284 1081285 CHY_tRNA-Ala-2 CHY_1036     FALSE 0.235 31.000 0.000 NA   NA
 1081286 1081287 CHY_1037 CHY_1038 aroF2   TRUE 0.990 6.000 0.006 1.000 Y NA
 1081287 1081288 CHY_1038 CHY_1039     FALSE 0.204 93.000 0.000 NA N NA
 1081288 1081289 CHY_1039 CHY_1040     FALSE 0.023 161.000 0.000 NA   NA
 1081290 1081291 CHY_1041 CHY_1042     TRUE 0.636 -25.000 0.000 1.000 N NA
 1081292 1081293 CHY_1043 CHY_1044     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1081293 1081294 CHY_1044 CHY_1045     FALSE 0.011 240.000 0.000 NA   NA
 1081296 1081297 CHY_1047 CHY_1048     FALSE 0.296 -21.000 0.000 NA   NA
 1081297 1081298 CHY_1048 CHY_1049     TRUE 0.519 15.000 0.000 NA   NA
 1081298 1081299 CHY_1049 CHY_1050     TRUE 0.900 15.000 0.000 NA Y NA
 1081299 1081300 CHY_1050 CHY_1051     FALSE 0.192 -57.000 0.000 NA   NA
 1081300 1081301 CHY_1051 CHY_1052     TRUE 0.612 20.000 0.000 1.000   NA
 1081301 1081302 CHY_1052 CHY_1053     FALSE 0.031 245.000 0.000 NA N NA
 1081302 1081303 CHY_1053 CHY_1054     TRUE 0.601 47.000 0.000 NA Y NA
 1081303 1081304 CHY_1054 CHY_1055     TRUE 0.975 0.000 0.000 0.014 Y NA
 1081306 1081307 CHY_1057 CHY_1058     TRUE 0.790 30.000 0.000 1.000 Y NA
 1081307 1081308 CHY_1058 CHY_1059     TRUE 0.988 -7.000 0.023 NA Y NA
 1081308 1081309 CHY_1059 CHY_1060     FALSE 0.172 104.000 0.000 NA N NA
 1081309 1081310 CHY_1060 CHY_1061     FALSE 0.029 147.000 0.000 NA   NA
 1081310 1081311 CHY_1061 CHY_1062     FALSE 0.432 -10.000 0.000 NA   NA
 1081312 1081313 CHY_1063 CHY_1064     TRUE 0.783 49.000 0.014 NA   NA
 1081313 1081314 CHY_1064 CHY_1065     TRUE 0.580 10.000 0.000 NA   NA
 1081315 1081316 CHY_1066 CHY_1067   hpt TRUE 0.658 91.000 0.015 NA   NA
 1081316 1081317 CHY_1067 CHY_1068 hpt guaA TRUE 0.940 58.000 0.013 0.053 Y NA
 1081317 1081318 CHY_1068 CHY_1069 guaA purE TRUE 0.919 42.000 0.004 1.000 Y NA
 1081318 1081319 CHY_1069 CHY_1070 purE purB TRUE 0.981 22.000 0.018 1.000 Y NA
 1081319 1081320 CHY_1070 CHY_1071 purB purC TRUE 0.995 14.000 0.072 1.000 Y NA
 1081320 1081321 CHY_1071 CHY_1072 purC purS TRUE 0.998 11.000 0.460 1.000 Y NA
 1081321 1081322 CHY_1072 CHY_1073 purS purQ TRUE 0.999 2.000 0.656 1.000 Y NA
 1081322 1081323 CHY_1073 CHY_1074 purQ purL TRUE 0.999 -7.000 0.346 0.001 Y NA
 1081323 1081324 CHY_1074 CHY_1075 purL purF TRUE 0.995 -15.000 0.223 1.000 Y NA
 1081324 1081325 CHY_1075 CHY_1076 purF purM TRUE 0.997 17.000 0.248 1.000 Y NA
 1081325 1081326 CHY_1076 CHY_1077 purM purN TRUE 0.999 12.000 0.238 0.003 Y NA
 1081326 1081327 CHY_1077 CHY_1078 purN purH TRUE 0.996 -10.000 0.225 1.000 Y NA
 1081327 1081328 CHY_1078 CHY_1079 purH purD TRUE 0.998 13.000 0.238 1.000 Y NA
 1081329 1081330 CHY_1080 CHY_1081     TRUE 0.931 94.000 0.014 0.002 Y NA
 1081331 1081332 CHY_1082 CHY_1083     TRUE 0.981 -3.000 0.020 1.000   NA
 1081332 1081333 CHY_1083 CHY_1084   hisG TRUE 0.986 71.000 0.239 0.006 Y NA
 1081333 1081334 CHY_1084 CHY_1085 hisG hisD TRUE 0.996 -19.000 0.254 0.006 Y NA
 1081334 1081335 CHY_1085 CHY_1086 hisD hisC1 TRUE 0.998 -7.000 0.165 0.006 Y NA
 1081335 1081336 CHY_1086 CHY_1087 hisC1 hisB TRUE 0.999 -3.000 0.341 0.006 Y NA
 1081336 1081337 CHY_1087 CHY_1088 hisB hisH TRUE 0.999 4.000 0.125 0.006 Y NA
 1081337 1081338 CHY_1088 CHY_1089 hisH hisA TRUE 0.998 -3.000 0.124 0.006 Y NA
 1081338 1081339 CHY_1089 CHY_1090 hisA hisF TRUE 0.999 0.000 0.433 0.006 Y NA
 1081339 1081340 CHY_1090 CHY_1091 hisF hisIE TRUE 0.998 -10.000 0.430 0.006 Y NA
 1081340 1081341 CHY_1091 CHY_1092 hisIE   FALSE 0.103 161.000 0.000 1.000 N NA
 1081341 1081342 CHY_1092 CHY_1093     TRUE 0.879 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1081342 1081343 CHY_1093 CHY_1094     FALSE 0.087 86.000 0.000 NA   NA
 1081343 1081344 CHY_1094 CHY_1095     FALSE 0.086 87.000 0.000 NA   NA
 1081345 1081346 CHY_1096 CHY_1097     TRUE 0.957 29.000 0.107 NA   NA
 1081346 1081347 CHY_1097 CHY_1098     TRUE 0.976 -7.000 0.045 NA   NA
 1081348 1081349 CHY_1099 CHY_1100 pcrA ligA TRUE 0.998 13.000 0.103 0.017 Y NA
 1081349 1081350 CHY_1100 CHY_1101 ligA gatC TRUE 0.848 80.000 0.024 1.000 N NA
 1081350 1081351 CHY_1101 CHY_1102 gatC gatA TRUE 0.999 15.000 0.643 0.001 Y NA
 1081351 1081352 CHY_1102 CHY_1103 gatA gatB TRUE 0.999 11.000 0.492 0.001 Y NA
 1081352 1081353 CHY_1103 CHY_1104 gatB nifV FALSE 0.379 181.000 0.005 1.000 N NA
 1081353 1081354 CHY_1104 CHY_1105 nifV   TRUE 0.999 3.000 0.310 1.000 Y NA
 1081354 1081355 CHY_1105 CHY_1106     TRUE 0.999 18.000 0.579 0.002 Y NA
 1081355 1081356 CHY_1106 CHY_1107     TRUE 0.997 12.000 0.182 1.000 Y NA
 1081356 1081357 CHY_1107 CHY_1108     FALSE 0.095 80.000 0.000 NA   NA
 1081359 1081360 CHY_1110 CHY_1111     TRUE 0.996 -3.000 0.600 1.000   NA
 1081360 1081361 CHY_1111 CHY_1112   rumA TRUE 0.540 23.000 0.000 1.000   NA
 1081362 1081363 CHY_1113 CHY_1114     TRUE 0.519 15.000 0.000 NA   NA
 1081363 1081364 CHY_1114 CHY_1115     TRUE 0.837 -7.000 0.000 1.000 N NA
 1081364 1081365 CHY_1115 CHY_1116     FALSE 0.147 138.000 0.000 1.000 N NA
 1081365 1081366 CHY_1116 CHY_1117     TRUE 0.947 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 1081369 1081370 CHY_1120 CHY_1121   nth FALSE 0.044 263.000 0.000 1.000 N NA
 1081370 1081371 CHY_1121 CHY_1122 nth   TRUE 0.971 -7.000 0.005 1.000 N NA
 1081371 1081372 CHY_1122 CHY_1123     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1081372 1081373 CHY_1123 CHY_1124     TRUE 0.570 11.000 0.000 NA   NA
 1081373 1081374 CHY_1124 CHY_1125     TRUE 0.839 -19.000 0.000 1.000 Y NA
 1081374 1081375 CHY_1125 CHY_1126     FALSE 0.134 144.000 0.000 1.000 N NA
 1081375 1081376 CHY_1126 CHY_1127     TRUE 0.920 -19.000 0.000 0.002 Y NA
 1081376 1081377 CHY_1127 CHY_1128     TRUE 0.594 64.000 0.000 1.000 Y NA
 1081377 1081378 CHY_1128 CHY_1129     TRUE 0.951 62.000 0.021 0.020 Y NA
 1081378 1081379 CHY_1129 CHY_1130     TRUE 0.999 14.000 0.779 0.020 Y NA
 1081379 1081380 CHY_1130 CHY_1131     FALSE 0.203 77.000 0.000 1.000   NA
 1081380 1081381 CHY_1131 CHY_1132     TRUE 0.994 14.000 0.857 NA   NA
 1081381 1081382 CHY_1132 CHY_1133     TRUE 0.979 14.000 0.050 NA   NA
 1081382 1081383 CHY_1133 CHY_1134     TRUE 0.993 9.000 0.210 NA   NA
 1081383 1081384 CHY_1134 CHY_1135     TRUE 0.877 46.000 0.011 1.000 N NA
 1081384 1081385 CHY_1135 CHY_1136     TRUE 0.946 1.000 0.000 0.038 N NA
 1081385 1081386 CHY_1136 CHY_1137   dnaE2 TRUE 0.865 48.000 0.009 1.000 N NA
 1081386 1081387 CHY_1137 CHY_1138 dnaE2   FALSE 0.167 43.000 0.000 NA   NA
 1081387 1081388 CHY_1138 CHY_1139   mtrB FALSE 0.034 139.000 0.000 NA   NA
 1081388 1081389 CHY_1139 CHY_1140 mtrB   TRUE 0.988 19.000 0.264 NA   NA
 1081389 1081390 CHY_1140 CHY_1141   accD TRUE 0.969 13.000 0.022 NA   NA
 1081390 1081391 CHY_1141 CHY_1142 accD accA TRUE 0.999 15.000 0.234 0.002 Y NA
 1081391 1081392 CHY_1142 CHY_1143 accA pfkA TRUE 0.993 0.000 0.047 1.000 N NA
 1081392 1081393 CHY_1143 CHY_1144 pfkA pyk TRUE 0.988 20.000 0.008 0.004 Y NA
 1081393 1081394 CHY_1144 CHY_1145 pyk   FALSE 0.283 26.000 0.000 NA   NA
 1081394 1081395 CHY_1145 CHY_1146     FALSE 0.106 67.000 0.000 NA   NA
 1081395 1081396 CHY_1146 CHY_1147     FALSE 0.490 43.000 0.000 1.000 N NA
 1081396 1081397 CHY_1147 CHY_1148     TRUE 0.870 13.000 0.000 0.024   NA
 1081397 1081398 CHY_1148 CHY_1149     TRUE 0.705 56.000 0.007 NA   NA
 1081398 1081399 CHY_1149 CHY_1150     TRUE 0.960 -37.000 0.185 NA   NA
 1081399 1081400 CHY_1150 CHY_1151   dapB TRUE 0.546 92.000 0.003 NA   NA
 1081400 1081401 CHY_1151 CHY_1152 dapB spoVFA TRUE 0.808 75.000 0.009 0.052   NA
 1081401 1081402 CHY_1152 CHY_1153 spoVFA spoVFB TRUE 0.996 -3.000 0.373 1.000   NA
 1081402 1081403 CHY_1153 CHY_1154 spoVFB asd TRUE 0.965 24.000 0.031 1.000 N NA
 1081403 1081404 CHY_1154 CHY_1155 asd   TRUE 0.995 -7.000 0.065 1.000 Y NA
 1081404 1081405 CHY_1155 CHY_1156   dapA1 TRUE 0.993 23.000 0.182 1.000 Y NA
 1081405 1081406 CHY_1156 CHY_1157 dapA1   TRUE 0.734 130.000 0.074 1.000   NA
 1081406 1081407 CHY_1157 CHY_1158     TRUE 0.714 15.000 0.000 1.000   NA
 1081407 1081408 CHY_1158 CHY_1159     TRUE 0.949 25.000 0.016 1.000 N NA
 1081408 1081409 CHY_1159 CHY_1160     FALSE 0.196 80.000 0.000 1.000   NA
 1081409 1081410 CHY_1160 CHY_1161     TRUE 0.611 5.000 0.000 NA   NA
 1081410 1081411 CHY_1161 CHY_1162     FALSE 0.076 97.000 0.000 NA   NA
 1081411 1081412 CHY_1162 CHY_1163     TRUE 0.981 -3.000 0.020 1.000   NA
 1081412 1081413 CHY_1163 CHY_1164     TRUE 0.944 20.000 0.009 1.000   NA
 1081413 1081414 CHY_1164 CHY_1165     TRUE 0.958 -7.000 0.014 NA   NA
 1081414 1081415 CHY_1165 CHY_1166   recA TRUE 0.896 54.000 0.083 NA   NA
 1081415 1081416 CHY_1166 CHY_1167 recA recX TRUE 0.996 3.000 0.296 1.000   NA
 1081416 1081417 CHY_1167 CHY_1168 recX   TRUE 0.718 132.000 0.067 1.000   NA
 1081417 1081418 CHY_1168 CHY_1169     TRUE 0.700 90.000 0.022 NA   NA
 1081418 1081419 CHY_1169 CHY_1170     TRUE 0.975 12.000 0.031 NA   NA
 1081419 1081420 CHY_1170 CHY_1171   spoVS TRUE 0.802 116.000 0.139 NA   NA
 1081420 1081421 CHY_1171 CHY_1172 spoVS   TRUE 0.873 77.000 0.098 NA   NA
 1081421 1081422 CHY_1172 CHY_1173     TRUE 0.979 28.000 0.040 1.000 Y NA
 1081422 1081423 CHY_1173 CHY_1174     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1081427 1081428 CHY_1178 CHY_1179     FALSE 0.053 114.000 0.000 NA   NA
 1081428 1081429 CHY_1179 CHY_1180     FALSE 0.229 -33.000 0.000 NA   NA
 1081429 1081430 CHY_1180 CHY_1181     FALSE 0.036 135.000 0.000 NA   NA
 1081432 1081433 CHY_1183 CHY_1184     FALSE 0.149 48.000 0.000 NA   NA
 1081433 1081434 CHY_1184 CHY_1185     TRUE 0.999 3.000 0.759 NA Y NA
 1081434 1081435 CHY_1185 CHY_1186     FALSE 0.159 131.000 0.000 1.000 N NA
 1081437 1081438 CHY_1188 CHY_1189     FALSE 0.009 271.000 0.000 NA   NA
 1081440 1081441 CHY_1191 CHY_1192     FALSE 0.011 246.000 0.000 NA   NA
 1081441 1081442 CHY_1192 CHY_1193     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1081442 1081443 CHY_1193 CHY_1194     TRUE 0.993 -7.000 0.425 NA   NA
 1081445 1081446 CHY_1196 CHY_1197     FALSE 0.153 47.000 0.000 NA   NA
 1081446 1081447 CHY_1197 CHY_1198     FALSE 0.143 50.000 0.000 NA   NA
 1081447 1081448 CHY_1198 CHY_1199     TRUE 0.580 10.000 0.000 NA   NA
 1081448 1081449 CHY_1199 CHY_1200   prkA FALSE 0.406 -12.000 0.000 NA   NA
 1081449 1081450 CHY_1200 CHY_1201 prkA   TRUE 0.977 11.000 0.033 NA   NA
 1081450 1081451 CHY_1201 CHY_1202   spoVR TRUE 0.992 17.000 0.761 NA   NA
 1081451 1081452 CHY_1202 CHY_1203 spoVR   FALSE 0.284 -22.000 0.000 NA   NA
 1081454 1081455 CHY_1205 CHY_1206   hepT FALSE 0.043 124.000 0.000 NA   NA
 1081455 1081456 CHY_1206 CHY_1207 hepT hemA TRUE 0.540 83.000 0.000 1.000 Y NA
 1081456 1081457 CHY_1207 CHY_1208 hemA hemC TRUE 0.994 -34.000 0.178 0.002 Y NA
 1081457 1081458 CHY_1208 CHY_1209 hemC hemD TRUE 0.991 -7.000 0.003 0.002 Y NA
 1081458 1081459 CHY_1209 CHY_1210 hemD hemB TRUE 0.995 9.000 0.007 0.002 Y NA
 1081459 1081460 CHY_1210 CHY_1211 hemB   TRUE 0.992 1.000 0.070 1.000   NA
 1081460 1081461 CHY_1211 CHY_1212   hemL TRUE 0.975 18.000 0.041 1.000   NA
 1081462 1081463 CHY_tRNA-Leu-2 CHY_tRNA-Gln-2     TRUE 0.556 12.000 0.000 NA   NA
 1081463 1081464 CHY_tRNA-Gln-2 CHY_tRNA-Tyr-1     FALSE 0.111 64.000 0.000 NA   NA
 1081464 1081465 CHY_tRNA-Tyr-1 CHY_tRNA-Pro-1     FALSE 0.186 39.000 0.000 NA   NA
 1081466 1081467 CHY_1217 CHY_1218     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 1081467 1081468 CHY_1218 CHY_1219     FALSE 0.114 62.000 0.000 NA   NA
 1081468 1081469 CHY_1219 CHY_1220   cooC1 FALSE 0.016 199.000 0.000 NA   NA
 1081469 1081470 CHY_1220 CHY_1221 cooC1 cooSIII FALSE 0.114 62.000 0.000 NA   NA
 1081470 1081471 CHY_1221 CHY_1222 cooSIII acsB FALSE 0.451 18.000 0.000 NA   NA
 1081471 1081472 CHY_1222 CHY_1223 acsB acsC TRUE 0.986 89.000 0.421 0.004 Y NA
 1081472 1081473 CHY_1223 CHY_1224 acsC   TRUE 0.988 33.000 0.800 0.048   NA
 1081473 1081474 CHY_1224 CHY_1225   cooC2 TRUE 0.981 22.000 0.121 1.000   NA
 1081474 1081475 CHY_1225 CHY_1226 cooC2 acsD TRUE 0.980 29.000 0.138 1.000 N NA
 1081475 1081476 CHY_1226 CHY_1227 acsD acsE TRUE 0.994 22.000 0.259 0.001   NA
 1081476 1081477 CHY_1227 CHY_1228 acsE   TRUE 0.939 65.000 0.222 1.000   NA
 1081477 1081478 CHY_1228 CHY_1229     TRUE 0.998 0.000 0.500 NA Y NA
 1081478 1081479 CHY_1229 CHY_1230     FALSE 0.361 22.000 0.000 NA   NA
 1081479 1081480 CHY_1230 CHY_1231     TRUE 0.810 0.000 0.000 1.000   NA
 1081480 1081481 CHY_1231 CHY_1232     FALSE 0.273 27.000 0.000 NA   NA
 1081481 1081482 CHY_1232 CHY_1233     TRUE 0.957 45.000 0.333 NA   NA
 1081482 1081483 CHY_1233 CHY_1234     TRUE 0.575 72.000 0.000 1.000 Y NA
 1081483 1081484 CHY_1234 CHY_1235     TRUE 0.843 0.000 0.000 NA N NA
 1081484 1081485 CHY_1235 CHY_1236     TRUE 0.995 10.000 0.081 NA Y NA
 1081485 1081486 CHY_1236 CHY_1237     FALSE 0.129 55.000 0.000 NA   NA
 1081486 1081487 CHY_1237 CHY_1238     FALSE 0.469 17.000 0.000 NA   NA
 1081489 1081490 CHY_1240 CHY_1241 speE1   FALSE 0.101 75.000 0.000 NA   NA
 1081490 1081491 CHY_1241 CHY_1242     TRUE 0.625 4.000 0.000 NA   NA
 1081491 1081492 CHY_1242 CHY_1243     TRUE 0.597 7.000 0.000 NA   NA
 1081492 1081493 CHY_1243 CHY_1244     FALSE 0.195 -52.000 0.000 NA   NA
 1081493 1081494 CHY_1244 CHY_1245     TRUE 0.556 12.000 0.000 NA   NA
 1081494 1081495 CHY_1245 CHY_tRNA-Pro-2     FALSE 0.206 35.000 0.000 NA   NA
 1081497 1081498 CHY_1248 CHY_1249     FALSE 0.064 105.000 0.000 NA   NA
 1081498 1081499 CHY_1249 CHY_2641     FALSE 0.122 58.000 0.000 NA   NA
 1081499 1081500 CHY_2641 CHY_2642     TRUE 0.921 80.000 0.300 NA   NA
 1081500 1081501 CHY_2642 CHY_2643     TRUE 0.997 3.000 0.375 1.000   NA
 1081501 1081502 CHY_2643 CHY_1253     FALSE 0.089 84.000 0.000 NA   NA
 1081502 1081503 CHY_1253 CHY_1254     FALSE 0.004 658.000 0.000 NA   NA
 1081503 1081504 CHY_1254 CHY_1255     FALSE 0.025 158.000 0.000 NA   NA
 1081504 1081505 CHY_1255 CHY_1256     TRUE 0.995 -3.000 0.409 NA   NA
 1081505 1081506 CHY_1256 CHY_1257     FALSE 0.026 239.000 0.000 1.000   NA
 1081506 1081507 CHY_1257 CHY_1258     FALSE 0.014 207.000 0.000 NA   NA
 1081507 1081508 CHY_1258 CHY_1259   pdxA TRUE 0.995 2.000 0.300 NA   NA
 1081508 1081509 CHY_1259 CHY_1260 pdxA   FALSE 0.010 261.000 0.000 NA   NA
 1081509 1081510 CHY_1260 CHY_1261   thiS1 FALSE 0.097 79.000 0.000 NA   NA
 1081510 1081511 CHY_1261 CHY_1262 thiS1 thiG TRUE 0.769 33.000 0.000 1.000 Y NA
 1081511 1081512 CHY_1262 CHY_1263 thiG thiH TRUE 0.994 36.000 0.277 0.007 Y NA
 1081512 1081513 CHY_1263 CHY_1264 thiH moeB TRUE 0.992 -13.000 0.083 1.000 Y NA
 1081513 1081514 CHY_1264 CHY_1265 moeB thiE TRUE 0.993 20.000 0.102 1.000 Y NA
 1081514 1081515 CHY_1265 CHY_1266 thiE   FALSE 0.014 209.000 0.000 NA   NA
 1081515 1081516 CHY_1266 CHY_1267     TRUE 0.947 34.000 0.105 NA   NA
 1081516 1081517 CHY_1267 CHY_1268   garK FALSE 0.015 204.000 0.000 NA   NA
 1081517 1081518 CHY_1268 CHY_1269 garK   FALSE 0.033 141.000 0.000 NA   NA
 1081518 1081519 CHY_1269 CHY_1270     FALSE 0.029 149.000 0.000 NA   NA
 1081519 1081520 CHY_1270 CHY_1271     FALSE 0.135 53.000 0.000 NA   NA
 1081520 1081521 CHY_1271 CHY_1272     TRUE 0.909 110.000 0.188 1.000 N NA
 1081521 1081522 CHY_1272 CHY_1273     FALSE 0.132 145.000 0.000 1.000 N NA
 1081522 1081523 CHY_1273 CHY_1274     TRUE 0.720 187.000 0.143 1.000 N NA
 1081523 1081524 CHY_1274 CHY_1275     TRUE 0.995 1.000 0.214 NA   NA
 1081524 1081525 CHY_1275 CHY_1276     FALSE 0.466 136.000 0.017 NA   NA
 1081525 1081526 CHY_1276 CHY_1277     TRUE 0.960 -10.000 0.017 1.000   NA
 1081526 1081527 CHY_1277 CHY_1278     TRUE 0.974 24.000 0.097 1.000   NA
 1081527 1081528 CHY_1278 CHY_1279   mhpF TRUE 0.992 36.000 0.542 1.000 Y NA
 1081528 1081529 CHY_1279 CHY_1280 mhpF mhpE TRUE 0.995 -7.000 0.208 1.000 N NA
 1081529 1081530 CHY_1280 CHY_1281 mhpE   FALSE 0.028 224.000 0.000 1.000   NA
 1081530 1081531 CHY_1281 CHY_1282     TRUE 0.992 -7.000 0.210 1.000   NA
 1081531 1081532 CHY_1282 CHY_1283     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1081532 1081533 CHY_1283 CHY_1284     FALSE 0.164 44.000 0.000 NA   NA
 1081533 1081534 CHY_1284 CHY_1285     FALSE 0.173 -113.000 0.000 NA   NA
 1081536 1081537 CHY_1287 CHY_1288     FALSE 0.079 95.000 0.000 NA   NA
 1081537 1081538 CHY_1288 CHY_1289     FALSE 0.243 30.000 0.000 NA   NA
 1081538 1081539 CHY_1289 CHY_1290     FALSE 0.316 24.000 0.000 NA   NA
 1081541 1081542 CHY_1292 CHY_1293 hbd1 crt1 FALSE 0.455 104.000 0.000 1.000 Y NA
 1081542 1081543 CHY_1293 CHY_1294 crt1   FALSE 0.006 385.000 0.000 NA   NA
 1081543 1081544 CHY_1294 CHY_1295     FALSE 0.105 70.000 0.000 NA   NA
 1081544 1081545 CHY_1295 CHY_1296     FALSE 0.099 77.000 0.000 NA   NA
 1081545 1081546 CHY_1296 CHY_1297   glcD FALSE 0.022 554.000 0.000 1.000 N NA
 1081546 1081547 CHY_1297 CHY_1298 glcD glcE TRUE 0.998 8.000 0.667 0.014   NA
 1081547 1081548 CHY_1298 CHY_1299 glcE glcF TRUE 0.997 10.000 0.429 0.034   NA
 1081550 1081551 CHY_1301 CHY_1302     TRUE 0.936 132.000 0.667 NA Y NA
 1081551 1081552 CHY_1302 CHY_1303     TRUE 0.994 24.000 0.667 NA Y NA
 1081552 1081553 CHY_1303 CHY_1304     FALSE 0.041 185.000 0.000 1.000   NA
 1081553 1081554 CHY_1304 CHY_1305     TRUE 0.611 5.000 0.000 NA   NA
 1081554 1081555 CHY_1305 CHY_1306     FALSE 0.406 20.000 0.000 NA   NA
 1081555 1081556 CHY_1306 CHY_1307   gutB TRUE 0.944 0.000 0.000 0.034 N NA
 1081556 1081557 CHY_1307 CHY_1308 gutB   FALSE 0.430 19.000 0.000 NA   NA
 1081557 1081558 CHY_1308 CHY_1309     FALSE 0.316 24.000 0.000 NA   NA
 1081558 1081559 CHY_1309 CHY_1310     TRUE 0.693 16.000 0.000 1.000   NA
 1081559 1081560 CHY_1310 CHY_1311     TRUE 0.952 -7.000 0.000 0.080 Y NA
 1081560 1081561 CHY_1311 CHY_1312     TRUE 0.997 -10.000 0.822 1.000 Y NA
 1081561 1081562 CHY_1312 CHY_1313     TRUE 0.999 6.000 0.797 1.000 Y NA
 1081562 1081563 CHY_1313 CHY_1314   abfD TRUE 0.713 32.000 0.000 0.080 N NA
 1081563 1081564 CHY_1314 CHY_1315 abfD   TRUE 0.593 8.000 0.000 NA   NA
 1081564 1081565 CHY_1315 CHY_1316     FALSE 0.198 -51.000 0.000 NA   NA
 1081565 1081566 CHY_1316 CHY_1317     FALSE 0.174 41.000 0.000 NA   NA
 1081566 1081567 CHY_1317 CHY_1318     FALSE 0.341 -16.000 0.000 NA   NA
 1081567 1081568 CHY_1318 CHY_1319     FALSE 0.036 309.000 0.000 1.000 N NA
 1081568 1081569 CHY_1319 CHY_1320   dapA2 FALSE 0.291 95.000 0.000 1.000 N NA
 1081569 1081570 CHY_1320 CHY_1321 dapA2   FALSE 0.160 130.000 0.000 1.000 N NA
 1081570 1081571 CHY_1321 CHY_1322     FALSE 0.255 104.000 0.000 1.000 N NA
 1081571 1081572 CHY_1322 CHY_1323   bcd1 FALSE 0.042 275.000 0.000 1.000 N NA
 1081572 1081573 CHY_1323 CHY_1324 bcd1 cat1 TRUE 0.751 21.000 0.000 1.000 N NA
 1081573 1081574 CHY_1324 CHY_1325 cat1 etfB1 TRUE 0.869 22.000 0.000 1.000 Y NA
 1081574 1081575 CHY_1325 CHY_1326 etfB1 etfA1 TRUE 0.999 13.000 0.373 0.042 Y NA
 1081575 1081576 CHY_1326 CHY_1327 etfA1   TRUE 0.963 76.000 0.055 0.042 Y NA
 1081576 1081577 CHY_1327 CHY_1328     FALSE 0.043 273.000 0.000 1.000 N NA
 1081577 1081578 CHY_1328 CHY_1329   aor2 FALSE 0.024 488.000 0.000 1.000 N NA
 1081581 1081582 CHY_1332 CHY_1333     TRUE 0.995 9.000 0.500 NA   NA
 1081582 1081583 CHY_1333 CHY_1334     FALSE 0.086 87.000 0.000 NA   NA
 1081584 1081585 CHY_1335 CHY_1336     TRUE 0.993 4.000 0.192 NA   NA
 1081585 1081586 CHY_1336 CHY_1337     TRUE 0.991 16.000 0.346 NA   NA
 1081586 1081587 CHY_1337 CHY_1338   hyuE TRUE 0.823 26.000 0.000 1.000 Y NA
 1081587 1081588 CHY_1338 CHY_1339 hyuE mutT FALSE 0.090 176.000 0.000 1.000 N NA
 1081588 1081589 CHY_1339 CHY_1340 mutT adk FALSE 0.163 128.000 0.000 1.000 N NA
 1081589 1081590 CHY_1340 CHY_1341 adk   TRUE 0.804 43.000 0.005 1.000   NA
 1081590 1081591 CHY_1341 CHY_1342     TRUE 0.638 -10.000 0.000 1.000   NA
 1081591 1081592 CHY_1342 CHY_1343     FALSE 0.283 97.000 0.000 1.000 N NA
 1081592 1081593 CHY_1343 CHY_1344     FALSE 0.308 -19.000 0.000 NA   NA
 1081595 1081596 CHY_1346 CHY_1347 ddl   TRUE 0.593 8.000 0.000 NA   NA
 1081596 1081597 CHY_1347 CHY_1348     TRUE 0.519 15.000 0.000 NA   NA
 1081597 1081598 CHY_1348 CHY_1349     FALSE 0.316 24.000 0.000 NA   NA
 1081598 1081599 CHY_1349 CHY_1350   bcd2 FALSE 0.112 156.000 0.000 1.000 N NA
 1081599 1081600 CHY_1350 CHY_1351 bcd2 cat2 FALSE 0.473 46.000 0.000 1.000 N NA
 1081600 1081601 CHY_1351 CHY_1352 cat2 etfB2 TRUE 0.790 30.000 0.000 1.000 Y NA
 1081601 1081602 CHY_1352 CHY_1353 etfB2 etfA2 TRUE 0.999 13.000 0.373 0.041 Y NA
 1081602 1081603 CHY_1353 CHY_1354 etfA2   TRUE 0.556 12.000 0.000 NA   NA
 1081603 1081604 CHY_1354 CHY_1355   atoB FALSE 0.365 -15.000 0.000 NA   NA
 1081604 1081605 CHY_1355 CHY_1356 atoB   FALSE 0.196 37.000 0.000 NA   NA
 1081605 1081606 CHY_1356 CHY_1357     FALSE 0.210 -40.000 0.000 NA   NA
 1081606 1081607 CHY_1357 CHY_1358     TRUE 0.850 15.000 0.000 0.048   NA
 1081607 1081608 CHY_1358 CHY_1359     TRUE 0.794 4.000 0.000 1.000   NA
 1081608 1081609 CHY_1359 CHY_1360   lepB TRUE 0.619 29.000 0.000 1.000 N NA
 1081610 1081611 CHY_1361 CHY_1362     FALSE 0.241 78.000 0.000 NA N NA
 1081611 1081612 CHY_1362 CHY_1363     FALSE 0.374 64.000 0.000 1.000 N NA
 1081612 1081613 CHY_1363 CHY_1364     TRUE 0.540 83.000 0.000 1.000 Y NA
 1081613 1081614 CHY_1364 CHY_1365     TRUE 0.994 2.000 0.034 NA Y NA
 1081614 1081615 CHY_1365 CHY_1366     TRUE 0.989 16.000 0.034 NA Y NA
 1081615 1081616 CHY_1366 CHY_1367     FALSE 0.276 99.000 0.000 1.000 N NA
 1081616 1081617 CHY_1367 CHY_1368     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1081617 1081618 CHY_1368 CHY_1369     FALSE 0.057 110.000 0.000 NA   NA
 1081618 1081619 CHY_1369 CHY_1370   frdB2 TRUE 0.844 24.000 0.000 1.000 Y NA
 1081619 1081620 CHY_1370 CHY_1371 frdB2   TRUE 0.993 7.000 0.038 0.002   NA
 1081620 1081621 CHY_1371 CHY_1372     TRUE 0.992 16.000 0.062 0.001   NA
 1081621 1081622 CHY_1372 CHY_1373     TRUE 0.993 17.000 0.034 0.080 Y NA
 1081622 1081623 CHY_1373 CHY_1374     TRUE 0.869 22.000 0.000 1.000 Y NA
 1081623 1081624 CHY_1374 CHY_1375     TRUE 0.999 13.000 0.262 0.002 Y NA
 1081624 1081625 CHY_1375 CHY_1376     FALSE 0.190 120.000 0.000 1.000 N NA
 1081625 1081626 CHY_1376 CHY_1377     FALSE 0.249 -28.000 0.000 NA   NA
 1081628 1081629 CHY_1379 CHY_1380     FALSE 0.106 67.000 0.000 NA   NA
 1081629 1081630 CHY_1380 CHY_1381     TRUE 0.625 4.000 0.000 NA   NA
 1081630 1081631 CHY_1381 CHY_1382     TRUE 0.543 13.000 0.000 NA   NA
 1081631 1081632 CHY_1382 CHY_1383     TRUE 0.995 40.000 0.501 0.001 Y NA
 1081632 1081633 CHY_1383 CHY_1384     TRUE 0.996 -3.000 0.196 1.000 N NA
 1081633 1081634 CHY_1384 CHY_1385     TRUE 0.970 10.000 0.017 NA   NA
 1081634 1081635 CHY_1385 CHY_1386     TRUE 0.996 1.000 0.500 NA   NA
 1081635 1081636 CHY_1386 CHY_1387     TRUE 0.647 0.000 0.000 NA   NA
 1081636 1081637 CHY_1387 CHY_1388     TRUE 0.997 19.000 0.086 0.002 Y NA
 1081637 1081638 CHY_1388 CHY_1389     TRUE 0.611 5.000 0.000 NA   NA
 1081638 1081639 CHY_1389 CHY_1390     FALSE 0.072 100.000 0.000 NA   NA
 1081639 1081640 CHY_1390 CHY_1391   spoVK TRUE 0.946 21.000 0.014 1.000   NA
 1081642 1081643 CHY_1393 CHY_1394 hfq miaA TRUE 0.964 39.000 0.192 1.000   NA
 1081643 1081644 CHY_1394 CHY_1395 miaA   TRUE 0.986 -3.000 0.060 NA   NA
 1081644 1081645 CHY_1395 CHY_1396   hexB TRUE 0.954 20.000 0.031 NA   NA
 1081645 1081646 CHY_1396 CHY_1397 hexB hexA TRUE 0.999 2.000 0.220 0.002 Y NA
 1081646 1081647 CHY_1397 CHY_1398 hexA miaB TRUE 0.993 2.000 0.041 1.000 N NA
 1081648 1081649 CHY_1399 CHY_1400     FALSE 0.461 -9.000 0.000 NA   NA
 1081651 1081652 CHY_1402 CHY_1403     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1081655 1081656 CHY_1406 CHY_1407     TRUE 0.543 13.000 0.000 NA   NA
 1081656 1081657 CHY_1407 CHY_1408     FALSE 0.117 60.000 0.000 NA   NA
 1081658 1081659 CHY_1409 CHY_1410     TRUE 0.995 12.000 0.800 NA   NA
 1081659 1081660 CHY_1410 CHY_1411     TRUE 0.519 15.000 0.000 NA   NA
 1081661 1081662 CHY_1412 CHY_1413     TRUE 0.926 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 1081662 1081663 CHY_1413 CHY_1414     TRUE 0.728 108.000 0.003 0.048 N NA
 1081663 1081664 CHY_1414 CHY_1415     TRUE 0.864 45.000 0.006 1.000 N NA
 1081664 1081665 CHY_1415 CHY_1416     TRUE 0.999 1.000 0.456 0.002 Y NA
 1081665 1081666 CHY_1416 CHY_1417     TRUE 0.999 0.000 0.151 0.002 Y NA
 1081666 1081667 CHY_1417 CHY_1418     TRUE 0.997 23.000 0.253 0.008 Y NA
 1081667 1081668 CHY_1418 CHY_1419     TRUE 0.999 -3.000 0.506 0.005 Y NA
 1081668 1081669 CHY_1419 CHY_1420     TRUE 0.997 -7.000 0.223 1.000 Y NA
 1081669 1081670 CHY_1420 CHY_1421     TRUE 0.998 6.000 0.166 0.079 Y NA
 1081670 1081671 CHY_1421 CHY_1422     TRUE 0.993 24.000 0.072 0.008 Y NA
 1081671 1081672 CHY_1422 CHY_1423     TRUE 0.996 13.000 0.038 0.008 Y NA
 1081672 1081673 CHY_1423 CHY_1424     TRUE 0.997 0.000 0.029 0.005 Y NA
 1081673 1081674 CHY_1424 CHY_1425     TRUE 0.999 -9.000 0.428 0.005 Y NA
 1081674 1081675 CHY_1425 CHY_1426   rnhB TRUE 0.752 81.000 0.004 1.000 N NA
 1081675 1081676 CHY_1426 CHY_1427 rnhB   TRUE 0.950 46.000 0.148 1.000   NA
 1081676 1081677 CHY_1427 CHY_1428   rplS TRUE 0.812 75.000 0.027 1.000   NA
 1081677 1081678 CHY_1428 CHY_1429 rplS   TRUE 0.718 102.000 0.037 NA   NA
 1081678 1081679 CHY_1429 CHY_1430   trmD TRUE 0.985 3.000 0.041 NA   NA
 1081679 1081680 CHY_1430 CHY_1431 trmD rimM TRUE 0.999 0.000 0.672 1.000 Y NA
 1081680 1081681 CHY_1431 CHY_1432 rimM   TRUE 0.968 42.000 0.324 1.000   NA
 1081681 1081682 CHY_1432 CHY_1433   rpsP TRUE 0.992 19.000 0.385 1.000   NA
 1081682 1081683 CHY_1433 CHY_1434 rpsP ffh TRUE 0.982 37.000 0.361 1.000 N NA
 1081683 1081684 CHY_1434 CHY_1435 ffh   TRUE 0.714 15.000 0.000 1.000   NA
 1081686 1081687 CHY_1437 CHY_1438     TRUE 0.978 6.000 0.015 1.000   NA
 1081687 1081688 CHY_1438 CHY_1439   fucA1 TRUE 0.877 7.000 0.000 1.000 N NA
 1081688 1081689 CHY_1439 CHY_1440 fucA1 ahcY TRUE 0.824 16.000 0.000 1.000 N NA
 1081689 1081690 CHY_1440 CHY_1441 ahcY mtaP TRUE 0.930 26.000 0.007 1.000 N NA
 1081690 1081691 CHY_1441 CHY_1442 mtaP ftsY TRUE 0.919 27.000 0.005 1.000 N NA
 1081691 1081692 CHY_1442 CHY_1443 ftsY smc TRUE 0.985 34.000 0.165 0.027 N NA
 1081692 1081693 CHY_1443 CHY_1444 smc rnc TRUE 0.996 2.000 0.120 1.000 N NA
 1081693 1081694 CHY_1444 CHY_1445 rnc fabF TRUE 0.992 5.000 0.054 1.000 N NA
 1081694 1081695 CHY_1445 CHY_1446 fabF acpP TRUE 0.984 54.000 0.346 1.000 Y NA
 1081695 1081696 CHY_1446 CHY_1447 acpP fabG TRUE 0.997 16.000 0.100 0.006 Y NA
 1081696 1081697 CHY_1447 CHY_1448 fabG fabD TRUE 0.999 2.000 0.149 0.006 Y NA
 1081697 1081698 CHY_1448 CHY_1449 fabD fabK TRUE 0.989 -7.000 0.099 1.000   NA
 1081698 1081699 CHY_1449 CHY_1450 fabK fabH TRUE 0.986 14.000 0.062 1.000   NA
 1081699 1081700 CHY_1450 CHY_1451 fabH plsX TRUE 0.923 -16.000 0.000 0.006 Y NA
 1081700 1081701 CHY_1451 CHY_1452 plsX   TRUE 0.807 3.000 0.000 1.000   NA
 1081701 1081702 CHY_1452 CHY_1453   rpmF FALSE 0.146 103.000 0.000 1.000   NA
 1081702 1081703 CHY_1453 CHY_1454 rpmF   TRUE 0.996 4.000 0.599 NA   NA
 1081703 1081704 CHY_1454 CHY_1455   ackA TRUE 0.858 61.000 0.061 NA   NA
 1081704 1081705 CHY_1455 CHY_1456 ackA pta TRUE 0.972 46.000 0.074 1.000 Y NA
 1081707 1081708 CHY_1458 CHY_1459   coaD TRUE 0.981 4.000 0.030 NA   NA
 1081708 1081709 CHY_1459 CHY_1460 coaD   TRUE 0.992 2.000 0.034 1.000 N NA
 1081709 1081710 CHY_1460 CHY_1461     FALSE 0.031 145.000 0.000 NA   NA
 1081712 1081713 CHY_1463 CHY_1464     TRUE 0.873 17.000 0.000 0.002   NA
 1081713 1081714 CHY_1464 CHY_1465     FALSE 0.105 70.000 0.000 NA   NA
 1081715 1081716 CHY_1466 CHY_1467     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1081719 1081720 CHY_1470 CHY_1471     TRUE 0.971 6.000 0.007 1.000   NA
 1081720 1081721 CHY_1471 CHY_1472   ribH TRUE 0.950 16.000 0.004 1.000   NA
 1081721 1081722 CHY_1472 CHY_1473 ribH ribBA TRUE 0.993 19.000 0.019 0.002 Y NA
 1081722 1081723 CHY_1473 CHY_1474 ribBA ribE TRUE 0.985 20.000 0.022 1.000 Y NA
 1081723 1081724 CHY_1474 CHY_1475 ribE ribD TRUE 0.999 2.000 0.456 1.000 Y NA
 1081724 1081725 CHY_1475 CHY_1476 ribD rpe FALSE 0.047 255.000 0.000 1.000 N NA
 1081725 1081726 CHY_1476 CHY_1477 rpe   TRUE 0.996 2.000 0.213 1.000   NA
 1081726 1081727 CHY_1477 CHY_1478     TRUE 0.995 5.000 0.196 1.000   NA
 1081727 1081728 CHY_1478 CHY_1479     TRUE 0.974 -3.000 0.010 1.000   NA
 1081728 1081729 CHY_1479 CHY_1480     TRUE 0.970 3.000 0.002 1.000   NA
 1081729 1081730 CHY_1480 CHY_1481   sun TRUE 0.991 15.000 0.135 1.000   NA
 1081730 1081731 CHY_1481 CHY_1482 sun   TRUE 0.977 10.000 0.031 NA   NA
 1081731 1081732 CHY_1482 CHY_1483   fmt TRUE 0.981 -6.000 0.048 NA   NA
 1081732 1081733 CHY_1483 CHY_1484 fmt def TRUE 0.996 5.000 0.025 0.031 Y NA
 1081733 1081734 CHY_1484 CHY_1485 def priA TRUE 0.986 13.000 0.029 1.000 N NA
 1081734 1081735 CHY_1485 CHY_1486 priA coaBC TRUE 0.966 38.000 0.099 1.000 N NA
 1081735 1081736 CHY_1486 CHY_1487 coaBC rpoZ TRUE 0.993 17.000 0.192 1.000 N NA
 1081736 1081737 CHY_1487 CHY_1488 rpoZ gmk TRUE 0.997 -3.000 0.471 1.000 N NA
 1081737 1081738 CHY_1488 CHY_1489 gmk   TRUE 0.986 17.000 0.143 NA   NA
 1081738 1081739 CHY_1489 CHY_1490     TRUE 0.990 14.000 0.189 NA   NA
 1081739 1081740 CHY_1490 CHY_1491   aspC TRUE 0.959 14.000 0.005 1.000   NA
 1081740 1081741 CHY_1491 CHY_1492 aspC   TRUE 0.969 69.000 0.060 0.013 Y NA
 1081741 1081742 CHY_1492 CHY_1493   dapF TRUE 0.958 34.000 0.016 1.000 Y NA
 1081744 1081745 CHY_1495 CHY_1496 pyrE pyrF TRUE 0.984 -22.000 0.054 1.000 Y NA
 1081745 1081746 CHY_1496 CHY_1497 pyrF pyrD TRUE 0.998 -7.000 0.154 0.001 Y NA
 1081746 1081747 CHY_1497 CHY_1498 pyrD pyrK TRUE 0.997 -3.000 0.592 1.000 N NA
 1081747 1081748 CHY_1498 CHY_1499 pyrK carB TRUE 0.991 12.000 0.057 1.000 N NA
 1081748 1081749 CHY_1499 CHY_1500 carB carA TRUE 0.967 -7.000 0.000 0.001 Y NA
 1081749 1081750 CHY_1500 CHY_1501 carA pyrC TRUE 0.991 2.000 0.005 1.000 Y NA
 1081750 1081751 CHY_1501 CHY_1502 pyrC pyrB TRUE 0.996 -16.000 0.452 1.000 Y NA
 1081751 1081752 CHY_1502 CHY_1503 pyrB pyrR TRUE 0.964 100.000 0.247 1.000 Y NA
 1081754 1081755 CHY_1505 CHY_1506   lspA TRUE 0.988 6.000 0.026 1.000 N NA
 1081755 1081756 CHY_1506 CHY_1507 lspA   TRUE 0.991 18.000 0.127 1.000 N NA
 1081756 1081757 CHY_1507 CHY_1508     TRUE 0.981 24.000 0.314 NA   NA
 1081757 1081758 CHY_1508 CHY_1509     FALSE 0.192 38.000 0.000 NA   NA
 1081758 1081759 CHY_1509 CHY_1510     TRUE 0.970 12.000 0.020 NA   NA
 1081759 1081760 CHY_1510 CHY_1511   secF TRUE 0.801 85.000 0.014 1.000 N NA
 1081760 1081761 CHY_1511 CHY_1512 secF secD TRUE 0.999 13.000 0.516 0.001 Y NA
 1081761 1081762 CHY_1512 CHY_1513 secD   TRUE 0.888 70.000 0.071 1.000   NA
 1081762 1081763 CHY_1513 CHY_1514   yajC TRUE 0.912 22.000 0.009 NA   NA
 1081763 1081764 CHY_1514 CHY_1515 yajC tgt TRUE 0.961 54.000 0.325 NA N NA
 1081764 1081765 CHY_1515 CHY_1516 tgt queA TRUE 0.999 12.000 0.360 0.001 Y NA
 1081765 1081766 CHY_1516 CHY_1517 queA   TRUE 0.984 10.000 0.016 1.000 N NA
 1081766 1081767 CHY_1517 CHY_1518     FALSE 0.195 -52.000 0.000 NA   NA
 1081767 1081768 CHY_1518 CHY_1519     TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1081768 1081769 CHY_1519 CHY_1520     FALSE 0.140 51.000 0.000 NA   NA
 1081769 1081770 CHY_1520 CHY_1521     TRUE 0.988 4.000 0.069 NA   NA
 1081770 1081771 CHY_1521 CHY_1522   ruvB TRUE 0.973 11.000 0.024 NA   NA
 1081771 1081772 CHY_1522 CHY_1523 ruvB ruvA TRUE 0.998 22.000 0.549 0.004 Y NA
 1081772 1081773 CHY_1523 CHY_1524 ruvA ruvC TRUE 0.999 -3.000 0.451 0.012 Y NA
 1081773 1081774 CHY_1524 CHY_1525 ruvC   TRUE 0.954 45.000 0.277 NA   NA
 1081774 1081775 CHY_1525 CHY_1526   nadE TRUE 0.897 24.000 0.010 NA   NA
 1081775 1081776 CHY_1526 CHY_1527 nadE   TRUE 0.898 0.000 0.000 1.000 N NA
 1081776 1081777 CHY_1527 CHY_1528     TRUE 0.743 12.000 0.000 1.000   NA
 1081777 1081778 CHY_1528 CHY_1529     TRUE 0.625 4.000 0.000 NA   NA
 1081780 1081781 CHY_1531 CHY_1532 rsuA   FALSE 0.432 -10.000 0.000 NA   NA
 1081781 1081782 CHY_1532 CHY_1533     FALSE 0.076 97.000 0.000 NA   NA
 1081782 1081783 CHY_1533 CHY_1534     TRUE 0.998 3.000 0.720 0.019   NA
 1081783 1081784 CHY_1534 CHY_1535     TRUE 0.991 0.000 0.058 1.000   NA
 1081784 1081785 CHY_1535 CHY_1536     TRUE 0.823 139.000 0.250 1.000   NA
 1081785 1081786 CHY_1536 CHY_1537   hypE FALSE 0.043 181.000 0.000 1.000   NA
 1081786 1081787 CHY_1537 CHY_1538 hypE hypD TRUE 0.998 11.000 0.353 1.000 Y NA
 1081787 1081788 CHY_1538 CHY_1539 hypD hypC TRUE 0.996 -9.000 0.363 NA Y NA
 1081788 1081789 CHY_1539 CHY_1540 hypC hypF TRUE 0.997 7.000 0.181 NA Y NA
 1081789 1081790 CHY_1540 CHY_1541 hypF hypB TRUE 0.996 1.000 0.043 1.000 Y NA
 1081790 1081791 CHY_1541 CHY_1542 hypB hypA1 TRUE 0.998 3.000 0.215 0.004   NA
 1081791 1081792 CHY_1542 CHY_1543 hypA1 hybD FALSE 0.346 39.000 0.000 1.000   NA
 1081792 1081793 CHY_1543 CHY_1544 hybD   TRUE 0.957 1.000 0.000 1.000 Y NA
 1081793 1081794 CHY_1544 CHY_1545     TRUE 0.959 12.000 0.000 0.079 Y NA
 1081794 1081795 CHY_1545 CHY_1546     TRUE 0.999 0.000 0.286 0.001 Y NA
 1081795 1081796 CHY_1546 CHY_1547     FALSE 0.067 305.000 0.000 0.046 N NA
 1081796 1081797 CHY_1547 CHY_1548     TRUE 0.854 -7.000 0.000 0.033   NA
 1081797 1081798 CHY_1548 CHY_1549     TRUE 0.995 10.000 0.260 1.000   NA
 1081798 1081799 CHY_1549 CHY_1550     FALSE 0.210 -40.000 0.000 NA   NA
 1081799 1081800 CHY_1550 CHY_1551     FALSE 0.014 207.000 0.000 NA   NA
 1081800 1081801 CHY_1551 CHY_1552   deoC FALSE 0.104 71.000 0.000 NA   NA
 1081801 1081802 CHY_1552 CHY_1553 deoC cdd TRUE 0.956 0.000 0.000 1.000 Y NA
 1081802 1081803 CHY_1553 CHY_1554 cdd pdp TRUE 0.926 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 1081803 1081804 CHY_1554 CHY_1555 pdp fucA2 TRUE 0.869 10.000 0.000 1.000 N NA
 1081804 1081805 CHY_1555 CHY_1556 fucA2   TRUE 0.987 2.000 0.013 1.000 N NA
 1081805 1081806 CHY_1556 CHY_Ch5SA   rrfA FALSE 0.029 149.000 0.000 NA   NA
 1081806 1081807 CHY_Ch5SA CHY_Ch23SA rrfA rrlA FALSE 0.020 176.000 0.000 NA   NA
 1081807 1081808 CHY_Ch23SA CHY_Ch16SA rrlA rrsA FALSE 0.009 277.000 0.000 NA   NA
 1081808 1081809 CHY_Ch16SA CHY_1560 rrsA   FALSE 0.005 459.000 0.000 NA   NA
 1081809 1081810 CHY_1560 CHY_1561   tyrS TRUE 0.843 42.000 0.022 NA   NA
 1081810 1081811 CHY_1561 CHY_1562 tyrS   FALSE 0.179 40.000 0.000 NA   NA
 1081813 1081814 CHY_1564 CHY_1565 mutS2   TRUE 0.994 4.000 0.078 1.000 N NA
 1081814 1081815 CHY_1565 CHY_1566     TRUE 0.881 46.000 0.048 NA   NA
 1081815 1081816 CHY_1566 CHY_1567     FALSE 0.493 16.000 0.000 NA   NA
 1081816 1081817 CHY_1567 CHY_1568     TRUE 0.918 50.000 0.008 1.000 Y NA
 1081817 1081818 CHY_1568 CHY_1569     TRUE 0.970 -3.000 0.015 NA   NA
 1081818 1081819 CHY_1569 CHY_1570   pheT TRUE 0.813 63.000 0.038 NA   NA
 1081819 1081820 CHY_1570 CHY_1571 pheT pheS TRUE 0.999 14.000 0.574 0.001 Y NA
 1081820 1081821 CHY_1571 CHY_1572 pheS   FALSE 0.010 261.000 0.000 NA   NA
 1081821 1081822 CHY_1572 CHY_1573     FALSE 0.164 44.000 0.000 NA   NA
 1081822 1081823 CHY_1573 CHY_1574   ktrA TRUE 0.837 -7.000 0.000 1.000 N NA
 1081823 1081824 CHY_1574 CHY_1575 ktrA ktrB TRUE 0.969 13.000 0.000 0.002 Y NA
 1081824 1081825 CHY_1575 CHY_1576 ktrB rplT TRUE 0.928 24.000 0.003 1.000 N NA
 1081825 1081826 CHY_1576 CHY_1577 rplT rpmI TRUE 0.994 42.000 0.928 0.020 Y NA
 1081826 1081827 CHY_1577 CHY_1578 rpmI infC TRUE 0.998 16.000 0.652 1.000 Y NA
 1081827 1081828 CHY_1578 CHY_1579 infC thrS FALSE 0.506 200.000 0.007 1.000 Y NA
 1081828 1081829 CHY_1579 CHY_1580 thrS   FALSE 0.493 16.000 0.000 NA   NA
 1081829 1081830 CHY_1580 CHY_1581   trpA FALSE 0.036 135.000 0.000 NA   NA
 1081830 1081831 CHY_1581 CHY_1582 trpA trpB TRUE 0.995 -7.000 0.015 0.001 Y NA
 1081831 1081832 CHY_1582 CHY_1583 trpB trpF TRUE 0.997 -19.000 0.375 0.002 Y NA
 1081832 1081833 CHY_1583 CHY_1584 trpF trpC TRUE 0.995 -3.000 0.007 0.002 Y NA
 1081833 1081834 CHY_1584 CHY_1585 trpC trpD TRUE 0.992 0.000 0.007 1.000 Y NA
 1081834 1081835 CHY_1585 CHY_1586 trpD trpG TRUE 0.977 22.000 0.012 1.000 Y NA
 1081835 1081836 CHY_1586 CHY_1587 trpG trpE TRUE 0.998 -3.000 0.081 0.001 Y NA
 1081836 1081837 CHY_1587 CHY_1588 trpE aroF3 TRUE 0.869 22.000 0.000 1.000 Y NA
 1081837 1081838 CHY_1588 CHY_1589 aroF3   FALSE 0.020 179.000 0.000 NA   NA
 1081838 1081839 CHY_1589 CHY_tRNA-Val-3     FALSE 0.045 122.000 0.000 NA   NA
 1081841 1081842 CHY_1592 CHY_1593     FALSE 0.080 94.000 0.000 NA   NA
 1081842 1081843 CHY_1593 CHY_1594   ilvN2 FALSE 0.124 57.000 0.000 NA   NA
 1081845 1081846 CHY_1596 CHY_1597     FALSE 0.235 31.000 0.000 NA   NA
 1081846 1081847 CHY_1597 CHY_1598     TRUE 0.727 14.000 0.000 1.000   NA
 1081847 1081848 CHY_1598 CHY_1599   etfA3 TRUE 0.963 76.000 0.055 0.040 Y NA
 1081848 1081849 CHY_1599 CHY_1600 etfA3 etfB3 TRUE 0.999 13.000 0.373 0.040 Y NA
 1081849 1081850 CHY_1600 CHY_1601 etfB3 crt2 TRUE 0.987 14.000 0.040 1.000 N NA
 1081850 1081851 CHY_1601 CHY_1602 crt2 bcd3 TRUE 0.986 19.000 0.020 1.000 Y NA
 1081851 1081852 CHY_1602 CHY_1603 bcd3 hbd2 TRUE 0.984 34.000 0.110 1.000 Y NA
 1081852 1081853 CHY_1603 CHY_1604 hbd2   TRUE 0.997 12.000 0.118 1.000 Y NA
 1081853 1081854 CHY_1604 CHY_1605     FALSE 0.074 197.000 0.000 1.000 N NA
 1081854 1081855 CHY_1605 CHY_1606     FALSE 0.060 108.000 0.000 NA   NA
 1081855 1081856 CHY_1606 CHY_1607     FALSE 0.140 51.000 0.000 NA   NA
 1081856 1081857 CHY_1607 CHY_1608     TRUE 0.869 22.000 0.000 1.000 Y NA
 1081857 1081858 CHY_1608 CHY_1609     TRUE 0.998 12.000 0.588 1.000 Y NA
 1081858 1081859 CHY_1609 CHY_1610     FALSE 0.048 119.000 0.000 NA   NA
 1081859 1081860 CHY_1610 CHY_1611     FALSE 0.108 66.000 0.000 NA   NA
 1081860 1081861 CHY_1611 CHY_1612     FALSE 0.031 144.000 0.000 NA   NA
 1081861 1081862 CHY_1612 CHY_1613     FALSE 0.451 18.000 0.000 NA   NA
 1081862 1081863 CHY_1613 CHY_1614     TRUE 0.669 25.000 0.000 1.000 N NA
 1081863 1081864 CHY_1614 CHY_tRNA-Leu-3     FALSE 0.037 134.000 0.000 NA   NA
 1081864 1081865 CHY_tRNA-Leu-3 CHY_tRNA-Cys-1     FALSE 0.206 35.000 0.000 NA   NA
 1081865 1081866 CHY_tRNA-Cys-1 CHY_tRNA-Gly-3     FALSE 0.493 16.000 0.000 NA   NA
 1081866 1081867 CHY_tRNA-Gly-3 CHY_tRNA-Phe-1     TRUE 0.556 12.000 0.000 NA   NA
 1081867 1081868 CHY_tRNA-Phe-1 CHY_tRNA-Asp-1     TRUE 0.589 9.000 0.000 NA   NA
 1081868 1081869 CHY_tRNA-Asp-1 CHY_1620     FALSE 0.060 108.000 0.000 NA   NA
 1081869 1081870 CHY_1620 CHY_1621   speE2 TRUE 0.997 12.000 0.141 1.000 Y NA
 1081870 1081871 CHY_1621 CHY_1622 speE2   TRUE 0.982 16.000 0.056 1.000   NA
 1081871 1081872 CHY_1622 CHY_1623     FALSE 0.235 31.000 0.000 NA   NA
 1081872 1081873 CHY_1623 CHY_1624     FALSE 0.088 85.000 0.000 NA   NA
 1081873 1081874 CHY_1624 CHY_1625     TRUE 0.598 -31.000 0.000 1.000 N NA
 1081874 1081875 CHY_1625 CHY_1626     FALSE 0.284 -22.000 0.000 NA   NA
 1081875 1081876 CHY_1626 CHY_1627     FALSE 0.055 112.000 0.000 NA   NA
 1081876 1081877 CHY_1627 CHY_1628     FALSE 0.266 53.000 0.000 1.000   NA
 1081877 1081878 CHY_1628 CHY_1629     FALSE 0.349 76.000 0.000 1.000 N NA
 1081878 1081879 CHY_1629 CHY_1630     FALSE 0.173 125.000 0.000 1.000 N NA
 1081879 1081880 CHY_1630 CHY_1631     TRUE 0.999 -3.000 0.489 0.003 Y NA
 1081880 1081881 CHY_1631 CHY_1632     TRUE 0.701 104.000 0.034 NA   NA
 1081881 1081882 CHY_1632 CHY_1633     TRUE 0.962 -10.000 0.037 NA   NA
 1081882 1081883 CHY_1633 CHY_1634     FALSE 0.013 212.000 0.000 NA   NA
 1081883 1081884 CHY_1634 CHY_1635     FALSE 0.087 86.000 0.000 NA   NA
 1081884 1081885 CHY_1635 CHY_1636     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1081887 1081888 CHY_1638 CHY_1639     FALSE 0.030 146.000 0.000 NA   NA
 1081891 1081892 CHY_1642 CHY_1643     TRUE 0.983 -7.000 0.074 NA   NA
 1081893 1081894 CHY_1644 CHY_1645 nucH1   FALSE 0.308 -19.000 0.000 NA   NA
 1081894 1081895 CHY_1645 CHY_1646     TRUE 0.597 7.000 0.000 NA   NA
 1081895 1081896 CHY_1646 CHY_1647   coaE TRUE 0.935 -30.000 0.058 NA   NA
 1081896 1081897 CHY_1647 CHY_1648 coaE   TRUE 0.981 8.000 0.038 NA   NA
 1081897 1081898 CHY_1648 CHY_1649   mutM TRUE 0.835 65.000 0.050 NA   NA
 1081898 1081899 CHY_1649 CHY_1650 mutM polA TRUE 0.996 13.000 0.101 1.000 Y NA
 1081899 1081900 CHY_1650 CHY_1651 polA dinB FALSE 0.284 198.000 0.000 0.004 Y NA
 1081902 1081903 CHY_1653 CHY_1654     FALSE 0.432 -10.000 0.000 NA   NA
 1081903 1081904 CHY_1654 CHY_1655     FALSE 0.179 -91.000 0.000 NA   NA
 1081904 1081905 CHY_1655 CHY_1656     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1081905 1081906 CHY_1656 CHY_1657     FALSE 0.179 40.000 0.000 NA   NA
 1081906 1081907 CHY_1657 CHY_1658     TRUE 0.657 1.000 0.000 NA   NA
 1081907 1081908 CHY_1658 CHY_1659     TRUE 0.657 1.000 0.000 NA   NA
 1081908 1081909 CHY_1659 CHY_1660     TRUE 0.625 4.000 0.000 NA   NA
 1081909 1081910 CHY_1660 CHY_1661     TRUE 0.543 13.000 0.000 NA   NA
 1081910 1081911 CHY_1661 CHY_1662     FALSE 0.432 -10.000 0.000 NA   NA
 1081911 1081912 CHY_1662 CHY_1663     TRUE 0.657 1.000 0.000 NA   NA
 1081912 1081913 CHY_1663 CHY_1664     TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1081913 1081914 CHY_1664 CHY_1665     FALSE 0.493 16.000 0.000 NA   NA
 1081914 1081915 CHY_1665 CHY_1666     TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1081915 1081916 CHY_1666 CHY_1667     TRUE 0.656 2.000 0.000 NA   NA
 1081916 1081917 CHY_1667 CHY_1668     TRUE 0.647 0.000 0.000 NA   NA
 1081917 1081918 CHY_1668 CHY_1669     TRUE 0.601 -3.000 0.000 NA   NA
 1081918 1081919 CHY_1669 CHY_1670     TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1081919 1081920 CHY_1670 CHY_1671     FALSE 0.143 50.000 0.000 NA   NA
 1081920 1081921 CHY_1671 CHY_1672     FALSE 0.361 22.000 0.000 NA   NA
 1081921 1081922 CHY_1672 CHY_1673     FALSE 0.092 82.000 0.000 NA   NA
 1081922 1081923 CHY_1673 CHY_1674     FALSE 0.021 173.000 0.000 NA   NA
 1081923 1081924 CHY_1674 CHY_1675     FALSE 0.129 55.000 0.000 NA   NA
 1081924 1081925 CHY_1675 CHY_1676     TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1081925 1081926 CHY_1676 CHY_1677     FALSE 0.005 587.000 0.000 NA   NA
 1081926 1081927 CHY_1677 CHY_1678     FALSE 0.432 -10.000 0.000 NA   NA
 1081927 1081928 CHY_1678 CHY_1679     TRUE 0.996 0.000 0.556 NA   NA
 1081928 1081929 CHY_1679 CHY_1680     TRUE 0.647 0.000 0.000 NA   NA
 1081929 1081930 CHY_1680 CHY_1681     TRUE 0.995 -13.000 0.294 0.001   NA
 1081930 1081931 CHY_1681 CHY_1682     FALSE 0.174 41.000 0.000 NA   NA
 1081931 1081932 CHY_1682 CHY_1683     FALSE 0.005 412.000 0.000 NA   NA
 1081932 1081933 CHY_1683 CHY_1684   recU FALSE 0.032 143.000 0.000 NA   NA
 1081933 1081934 CHY_1684 CHY_1685 recU   TRUE 0.727 14.000 0.000 1.000   NA
 1081934 1081935 CHY_1685 CHY_1686     TRUE 0.807 3.000 0.000 1.000   NA
 1081935 1081936 CHY_1686 CHY_1687     FALSE 0.345 -73.000 0.000 1.000   NA
 1081936 1081937 CHY_1687 CHY_1688     FALSE 0.263 28.000 0.000 NA   NA
 1081937 1081938 CHY_1688 CHY_1689   bet FALSE 0.084 89.000 0.000 NA   NA
 1081938 1081939 CHY_1689 CHY_1690 bet   TRUE 0.519 15.000 0.000 NA   NA
 1081939 1081940 CHY_1690 CHY_1691     FALSE 0.011 235.000 0.000 NA   NA
 1081940 1081941 CHY_1691 CHY_1692     TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1081941 1081942 CHY_1692 CHY_1693     FALSE 0.093 81.000 0.000 NA   NA
 1081942 1081943 CHY_1693 CHY_1694     FALSE 0.451 18.000 0.000 NA   NA
 1081943 1081944 CHY_1694 CHY_1695     FALSE 0.071 101.000 0.000 NA   NA
 1081944 1081945 CHY_1695 CHY_1696     TRUE 0.519 15.000 0.000 NA   NA
 1081946 1081947 CHY_1697 CHY_1698     TRUE 0.689 24.000 0.000 1.000 N NA
 1081947 1081948 CHY_1698 CHY_1699   nucH2 TRUE 0.875 31.000 0.000 0.007 Y NA
 1081948 1081949 CHY_1699 CHY_1700 nucH2   TRUE 0.852 74.000 0.018 0.046   NA
 1081949 1081950 CHY_1700 CHY_1701     FALSE 0.010 256.000 0.000 NA   NA
 1081950 1081951 CHY_1701 CHY_1702     FALSE 0.010 257.000 0.000 NA   NA
 1081952 1081953 CHY_1703 CHY_1704     FALSE 0.143 50.000 0.000 NA   NA
 1081953 1081954 CHY_1704 CHY_1705     TRUE 0.570 11.000 0.000 NA   NA
 1081954 1081955 CHY_1705 CHY_1706     FALSE 0.022 166.000 0.000 NA   NA
 1081955 1081956 CHY_1706 CHY_1707     TRUE 0.793 105.000 0.044 NA N NA
 1081956 1081957 CHY_1707 CHY_1708   bdhA TRUE 0.714 184.000 0.067 NA Y NA
 1081958 1081959 CHY_1709 CHY_1710 sigZ   TRUE 0.827 85.000 0.067 NA   NA
 1081960 1081961 CHY_1711 CHY_1712   aor3 FALSE 0.018 302.000 0.000 1.000   NA
 1081961 1081962 CHY_1712 CHY_1713 aor3   TRUE 0.998 13.000 0.200 0.044 Y NA
 1081962 1081963 CHY_1713 CHY_1714     FALSE 0.011 240.000 0.000 NA   NA
 1081963 1081964 CHY_1714 CHY_1715     FALSE 0.079 95.000 0.000 NA   NA
 1081964 1081965 CHY_1715 CHY_1716     FALSE 0.215 34.000 0.000 NA   NA
 1081965 1081966 CHY_1716 CHY_1717     FALSE 0.215 68.000 0.000 1.000   NA
 1081966 1081967 CHY_1717 CHY_1718     TRUE 0.815 110.000 0.044 0.091   NA
 1081967 1081968 CHY_1718 CHY_1719     TRUE 0.991 -10.000 0.871 NA   NA
 1081968 1081969 CHY_1719 CHY_1720     TRUE 0.975 -37.000 0.613 NA   NA
 1081970 1081971 CHY_1721 CHY_1722     TRUE 0.985 -16.000 0.455 NA   NA
 1081972 1081973 CHY_1723 CHY_1724     FALSE 0.147 49.000 0.000 NA   NA
 1081973 1081974 CHY_1724 CHY_1725     FALSE 0.008 290.000 0.000 NA   NA
 1081974 1081975 CHY_1725 CHY_1726     FALSE 0.089 84.000 0.000 NA   NA
 1081975 1081976 CHY_1726 CHY_1727     FALSE 0.267 -25.000 0.000 NA   NA
 1081976 1081977 CHY_1727 CHY_1728     FALSE 0.004 986.000 0.000 NA   NA
 1081977 1081978 CHY_1728 CHY_1729     FALSE 0.028 151.000 0.000 NA   NA
 1081978 1081979 CHY_1729 CHY_1730     TRUE 0.655 18.000 0.000 1.000   NA
 1081979 1081980 CHY_1730 CHY_1731   fadD3 TRUE 0.577 71.000 0.000 1.000 Y NA
 1081980 1081981 CHY_1731 CHY_1732 fadD3   TRUE 0.580 69.000 0.000 1.000 Y NA
 1081981 1081982 CHY_1732 CHY_1733     TRUE 0.517 -7.000 0.000 NA   NA
 1081982 1081983 CHY_1733 CHY_1734     TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1081983 1081984 CHY_1734 CHY_1735   fadD4 TRUE 0.589 9.000 0.000 NA   NA
 1081984 1081985 CHY_1735 CHY_1736 fadD4   FALSE 0.483 121.000 0.000 0.045 Y NA
 1081985 1081986 CHY_1736 CHY_1737     TRUE 0.869 22.000 0.000 1.000 Y NA
 1081986 1081987 CHY_1737 CHY_1738     TRUE 0.587 66.000 0.000 1.000 Y NA
 1081987 1081988 CHY_1738 CHY_1739     TRUE 0.920 16.000 0.000 1.000 Y NA
 1081988 1081989 CHY_1739 CHY_1740   hbd3 TRUE 0.898 19.000 0.000 1.000 Y NA
 1081989 1081990 CHY_1740 CHY_1741 hbd3   FALSE 0.135 53.000 0.000 NA   NA
 1081990 1081991 CHY_1741 CHY_1742     TRUE 0.986 12.000 0.081 NA   NA
 1081991 1081992 CHY_1742 CHY_1743     TRUE 0.938 3.000 0.000 NA Y NA
 1081992 1081993 CHY_1743 CHY_1744     TRUE 0.912 17.000 0.000 1.000 Y NA
 1081995 1081996 CHY_1746 CHY_1747 thiS2 aor4 TRUE 0.712 -7.000 0.000 1.000   NA
 1081996 1081997 CHY_1747 CHY_1748 aor4 adh1 TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 1081997 1081998 CHY_1748 CHY_1749 adh1   FALSE 0.106 67.000 0.000 NA   NA
 1081998 1081999 CHY_1749 CHY_1750     FALSE 0.012 231.000 0.000 NA   NA
 1082001 1082002 CHY_1752 CHY_1753     TRUE 0.535 14.000 0.000 NA   NA
 1082002 1082003 CHY_1753 CHY_1754     FALSE 0.070 102.000 0.000 NA   NA
 1082003 1082004 CHY_1754 CHY_1755     FALSE 0.099 77.000 0.000 NA   NA
 1082004 1082005 CHY_1755 CHY_1756     FALSE 0.146 103.000 0.000 1.000   NA
 1082005 1082006 CHY_1756 CHY_1757   nfo FALSE 0.030 217.000 0.000 1.000   NA
 1082006 1082007 CHY_1757 CHY_1758 nfo pnpA TRUE 0.985 1.000 0.007 1.000 N NA
 1082007 1082008 CHY_1758 CHY_1759 pnpA   FALSE 0.185 -73.000 0.000 NA   NA
 1082008 1082009 CHY_1759 CHY_1760   rpsO FALSE 0.119 59.000 0.000 NA   NA
 1082009 1082010 CHY_1760 CHY_1761 rpsO   FALSE 0.109 65.000 0.000 NA   NA
 1082010 1082011 CHY_1761 CHY_1762   ribF FALSE 0.167 43.000 0.000 NA   NA
 1082011 1082012 CHY_1762 CHY_1763 ribF truB TRUE 0.997 8.000 0.308 1.000 N NA
 1082012 1082013 CHY_1763 CHY_1764 truB   TRUE 0.996 3.000 0.221 1.000   NA
 1082013 1082014 CHY_1764 CHY_1765   rbfA TRUE 0.988 -10.000 0.173 1.000   NA
 1082014 1082015 CHY_1765 CHY_1766 rbfA infB TRUE 0.999 7.000 0.530 1.000 Y NA
 1082015 1082016 CHY_1766 CHY_1767 infB   TRUE 0.994 0.000 0.223 NA   NA
 1082016 1082017 CHY_1767 CHY_1768     TRUE 0.988 -13.000 0.408 NA   NA
 1082017 1082018 CHY_1768 CHY_1769   nusA TRUE 0.998 0.000 0.323 NA Y NA
 1082018 1082019 CHY_1769 CHY_1770 nusA   TRUE 0.992 18.000 0.759 NA   NA
 1082019 1082020 CHY_1770 CHY_1771     FALSE 0.273 27.000 0.000 NA   NA
 1082020 1082021 CHY_1771 CHY_1772   polC FALSE 0.171 42.000 0.000 NA   NA
 1082021 1082022 CHY_1772 CHY_1773 polC   TRUE 0.982 7.000 0.026 1.000   NA
 1082022 1082023 CHY_1773 CHY_1774     FALSE 0.430 19.000 0.000 NA   NA
 1082023 1082024 CHY_1774 CHY_1775   proS TRUE 0.543 13.000 0.000 NA   NA
 1082024 1082025 CHY_1775 CHY_1776 proS ispG TRUE 0.994 0.000 0.066 1.000 N NA
 1082025 1082026 CHY_1776 CHY_1777 ispG   TRUE 0.995 2.000 0.092 1.000 N NA
 1082026 1082027 CHY_1777 CHY_1778   dxr TRUE 0.997 -3.000 0.568 1.000 N NA
 1082027 1082028 CHY_1778 CHY_1779 dxr   TRUE 0.962 16.000 0.023 NA   NA
 1082028 1082029 CHY_1779 CHY_1780   cdsA TRUE 0.968 10.000 0.015 NA   NA
 1082029 1082030 CHY_1780 CHY_1781 cdsA uppS TRUE 0.998 15.000 0.400 1.000 Y NA
 1082030 1082031 CHY_1781 CHY_1782 uppS   FALSE 0.344 155.000 0.004 1.000   NA
 1082031 1082032 CHY_1782 CHY_1783     FALSE 0.432 -10.000 0.000 NA   NA
 1082032 1082033 CHY_1783 CHY_1784   frr TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1082033 1082034 CHY_1784 CHY_1785 frr pyrH TRUE 0.997 -3.000 0.626 1.000 N NA
 1082034 1082035 CHY_1785 CHY_1786 pyrH tsf TRUE 0.944 81.000 0.416 1.000   NA
 1082035 1082036 CHY_1786 CHY_1787 tsf rpsB TRUE 0.918 111.000 0.748 1.000   NA
 1082038 1082039 CHY_1789 CHY_1790 codY hslU TRUE 0.971 37.000 0.131 1.000 N NA
 1082039 1082040 CHY_1790 CHY_1791 hslU hslV TRUE 0.999 2.000 0.752 1.000 Y NA
 1082040 1082041 CHY_1791 CHY_1792 hslV xerC TRUE 0.837 -7.000 0.000 1.000 N NA
 1082041 1082042 CHY_1792 CHY_1793 xerC gidA2 TRUE 0.967 -7.000 0.003 1.000 N NA
 1082042 1082043 CHY_1793 CHY_1794 gidA2 topA TRUE 0.995 -3.000 0.137 1.000 N NA
 1082043 1082044 CHY_1794 CHY_1795 topA   TRUE 0.998 13.000 0.238 1.000 Y NA
 1082046 1082047 CHY_1797 CHY_1798     FALSE 0.291 95.000 0.000 1.000 N NA
 1082047 1082048 CHY_1798 CHY_1799     FALSE 0.192 38.000 0.000 NA   NA
 1082048 1082049 CHY_1799 CHY_1800     TRUE 0.657 1.000 0.000 NA   NA
 1082049 1082050 CHY_1800 CHY_1801     FALSE 0.284 -22.000 0.000 NA   NA
 1082050 1082051 CHY_1801 CHY_1802   selB TRUE 0.644 3.000 0.000 NA   NA
 1082051 1082052 CHY_1802 CHY_1803 selB selA TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.001 N NA
 1082052 1082053 CHY_1803 CHY_1804 selA   TRUE 0.982 5.000 0.008 1.000 N NA
 1082053 1082054 CHY_1804 CHY_1805     TRUE 0.986 -9.000 0.170 NA   NA
 1082054 1082055 CHY_1805 CHY_1806     TRUE 0.993 -3.000 0.205 NA   NA
 1082055 1082056 CHY_1806 CHY_1807     TRUE 0.994 16.000 0.062 1.000 Y NA
 1082056 1082057 CHY_1807 CHY_1808   ubiD TRUE 0.996 -7.000 0.177 NA Y NA
 1082057 1082058 CHY_1808 CHY_1809 ubiD menG TRUE 0.979 19.000 0.015 NA Y NA
 1082058 1082059 CHY_1809 CHY_1810 menG   FALSE 0.406 20.000 0.000 NA   NA
 1082059 1082060 CHY_1810 CHY_1811   speD FALSE 0.018 183.000 0.000 NA   NA
 1082060 1082061 CHY_1811 CHY_1812 speD   FALSE 0.388 199.000 0.012 1.000 N NA
 1082061 1082062 CHY_1812 CHY_1813     TRUE 0.972 -3.000 0.008 1.000   NA
 1082062 1082063 CHY_1813 CHY_1814     TRUE 0.994 -3.000 0.154 1.000   NA
 1082063 1082064 CHY_1814 CHY_1815     TRUE 0.636 -25.000 0.000 1.000 N NA
 1082064 1082065 CHY_1815 CHY_1816     FALSE 0.302 90.000 0.000 1.000 N NA
 1082067 1082068 CHY_1818 CHY_1819     TRUE 0.532 38.000 0.000 1.000 N NA
 1082070 1082071 CHY_1821 CHY_1822     FALSE 0.320 -18.000 0.000 NA   NA
 1082073 1082074 CHY_1824 CHY_1825 cooSI cooF3 TRUE 0.996 27.000 0.389 0.074 Y NA
 1082074 1082075 CHY_1825 CHY_1826 cooF3 hypA2 TRUE 0.895 116.000 0.389 1.000   NA
 1082075 1082076 CHY_1826 CHY_1827 hypA2 cooH TRUE 0.994 22.000 0.438 0.004   NA
 1082076 1082077 CHY_1827 CHY_1828 cooH cooU TRUE 0.997 -3.000 0.765 1.000   NA
 1082077 1082078 CHY_1828 CHY_1829 cooU cooX TRUE 0.993 18.000 0.647 1.000   NA
 1082078 1082079 CHY_1829 CHY_1830 cooX cooL TRUE 0.998 14.000 0.400 1.000 Y NA
 1082079 1082080 CHY_1830 CHY_1831 cooL cooK TRUE 0.998 13.000 0.520 1.000 Y NA
 1082080 1082081 CHY_1831 CHY_1832 cooK cooM TRUE 0.999 3.000 0.312 1.000 Y NA
 1082081 1082082 CHY_1832 CHY_1833 cooM   FALSE 0.284 -22.000 0.000 NA   NA
 1082082 1082083 CHY_1833 CHY_1834   cooC3 FALSE 0.105 69.000 0.000 NA   NA
 1082083 1082084 CHY_1834 CHY_1835 cooC3 cooA-1 TRUE 0.687 159.000 0.061 1.000 N NA
 1082084 1082085 CHY_1835 CHY_1836 cooA-1 glpC FALSE 0.038 298.000 0.000 1.000 N NA
 1082085 1082086 CHY_1836 CHY_1837 glpC glpB TRUE 0.998 -7.000 0.547 0.001 N NA
 1082086 1082087 CHY_1837 CHY_1838 glpB glpA TRUE 0.998 -7.000 0.650 0.001 N NA