MicrobesOnline Operon Predictions for Yersinia pestis biovar Medievalis 91001

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 678007 678008 YP0001 YP0002 fldA1 asnC TRUE 0.553 93.000 0.165 1.000 N NA
 678010 678011 YP0004 YP0005     TRUE 0.992 4.000 0.443 NA   NA
 678012 678013 YP0006 YP0007 kup rbsD1 FALSE 0.033 205.000 0.010 1.000 N NA
 678013 678014 YP0007 YP0008 rbsD1 rbsK1 TRUE 0.821 51.000 0.010 1.000 Y NA
 678014 678015 YP0008 YP0009 rbsK1 purR1 TRUE 0.667 20.000 0.000 NA   NA
 678016 678017 YP0010 YP0011 proP1 fadR1 TRUE 0.631 80.000 0.133 1.000   NA
 5437983 678596 YP_r1 YP_t1     FALSE 0.198 164.000 0.000 NA   NA
 678596 678020 YP_t1 YP_r2     FALSE 0.070 253.000 0.000 NA   NA
 678020 678021 YP_r2 YP_r3     TRUE 0.932 0.000 0.000 NA   NA
 678021 678022 YP_r3 YP0012     FALSE 0.010 514.000 0.000 NA   NA
 678023 678024 YP0013 YP0014 mobB mobA TRUE 0.976 -27.000 0.064 0.003 Y NA
 678025 678026 YP0015 YP0016     TRUE 0.513 91.000 0.106 NA   NA
 678026 678027 YP0016 YP0017   dsbA TRUE 0.774 28.000 0.111 NA   NA
 678027 678028 YP0017 YP0018 dsbA polA FALSE 0.012 492.000 0.000 1.000   NA
 678028 678029 YP0018 YP_s1 polA spf FALSE 0.205 160.000 0.000 NA   NA
 678029 678030 YP_s1 YP0019 spf tnp_1 FALSE 0.293 95.000 0.000 NA   NA
 678032 678033 YP0021 YP_0022   hemN1 FALSE 0.336 183.000 0.107 NA   NA
 678034 678035 YP_0023 YP_0024 glnG glnL TRUE 0.998 8.000 0.587 0.089 Y NA
 678035 678036 YP_0024 YP0025 glnL glnA FALSE 0.052 253.000 0.053 1.000 N NA
 678036 678037 YP0025 YP0026 glnA   FALSE 0.110 186.000 0.003 NA   NA
 678038 678039 YP0027 YP0028 bipA   FALSE 0.026 322.000 0.007 1.000   NA
 678039 678040 YP0028 YP0029   rbn1 TRUE 0.521 37.000 0.031 1.000   NA
 678040 678041 YP0029 YP0030 rbn1 dtd TRUE 0.913 7.000 0.069 1.000   NA
 678042 678043 YP0031 YP0032 dnaC_1   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 678045 678046 YP0034 YP0035   uraA FALSE 0.070 502.000 0.257 NA   NA
 678048 678049 YP0037 YP0038 recG trmH TRUE 0.932 1.000 0.076 1.000 N NA
 678049 678050 YP0038 YP0039 trmH spoT TRUE 0.908 6.000 0.095 1.000 N NA
 678050 678051 YP0039 YP0040 spoT rpoZ TRUE 0.984 20.000 0.291 1.000 Y NA
 678051 678052 YP0040 YP0041 rpoZ gmk TRUE 0.894 55.000 0.471 1.000 N NA
 678054 678055 YP0043 YP0044     FALSE 0.017 403.000 0.000 NA   NA
 678056 678057 YP0045 YP0046 rph pyrE FALSE 0.287 167.000 0.108 1.000 N NA
 678058 678059 YP0047 YP0048 ttk dut FALSE 0.221 122.000 0.060 1.000 N NA
 678059 678060 YP0048 YP_0049 dut dfp TRUE 0.877 -34.000 0.201 1.000 N NA
 678061 678062 YP0050 YP0051 radC rpmB FALSE 0.011 263.000 0.002 1.000 N NA
 678062 678063 YP0051 YP0052 rpmB rpmG TRUE 0.995 12.000 0.332 0.016 Y NA
 678063 678064 YP0052 YP0053 rpmG mutM FALSE 0.182 83.000 0.034 1.000 N NA
 678065 678066 YP0054 YP0055 coaD kdtX TRUE 0.773 -3.000 0.023 NA N NA
 678066 678067 YP0055 YP0056 kdtX kdtA TRUE 0.991 1.000 0.083 NA Y NA
 678067 678068 YP0056 YP0057 kdtA rfaC FALSE 0.201 312.000 0.028 1.000 Y NA
 678068 678069 YP0057 YP_0058 rfaC rfaF TRUE 0.991 -24.000 0.205 0.001 Y NA
 678069 678070 YP_0058 YP_0059 rfaF rfaD TRUE 0.949 31.000 0.146 1.000 Y NA
 678071 678072 YP_0060 YP0061 kbl tdh1 TRUE 0.985 10.000 0.547 1.000 N NA
 2213959 678073 YP_0062 YP0063   nlpD1 TRUE 0.625 24.000 0.000 NA   NA
 678073 678074 YP0063 YP0064 nlpD1 gpmI TRUE 0.932 10.000 0.170 1.000 N NA
 678075 678076 YP0065 YP0066 pspE1 grxC FALSE 0.158 119.000 0.048 NA N NA
 678076 678077 YP0066 YP0067 grxC secB FALSE 0.189 88.000 0.038 1.000 N NA
 678077 678078 YP0067 YP0068 secB gpsA TRUE 0.982 0.000 0.206 1.000 N NA
 678078 678079 YP0068 YP0069 gpsA   FALSE 0.393 60.000 0.000 NA   NA
 678079 678080 YP0069 YP_0070   cysE FALSE 0.367 66.000 0.000 NA   NA
 678083 678084 YP0073 YP0074 cpxA cpxR1 TRUE 0.999 -3.000 0.791 1.000 Y NA
 678085 678086 YP0075 YP0076 cpxP   FALSE 0.013 457.000 0.000 NA   NA
 678086 678087 YP0076 YP0077     TRUE 0.465 45.000 0.000 NA   NA
 678089 678090 YP0079 YP0080 mMT11 pfkA FALSE 0.063 218.000 0.040 1.000 N NA
 678090 678091 YP0080 YP0081 pfkA sbp FALSE 0.114 188.000 0.049 1.000 N NA
 678092 678093 YP0082 YP0083 modA1 citT1 TRUE 0.847 76.000 0.000 0.068 Y NA
 678093 5437984 YP0083 YP_0084 citT1   FALSE 0.367 66.000 0.000 NA   NA
 5437984 678094 YP_0084 YP0085   dnaC_2 TRUE 0.475 -1076.000 0.000 NA   NA
 678094 678095 YP0085 YP0086 dnaC_2   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 678095 678096 YP0086 YP0087     FALSE 0.008 574.000 0.000 NA   NA
 678098 678099 YP0089 YP0090 tpiA   FALSE 0.311 129.000 0.058 NA   NA
 678101 678102 YP0092 YP_0093 fpr glpX FALSE 0.332 155.000 0.117 1.000 N NA
 678102 678103 YP_0093 YP0094 glpX glpK1 FALSE 0.034 237.000 0.025 1.000 N NA
 678103 678104 YP0094 YP0095 glpK1 glpF FALSE 0.051 177.000 0.013 1.000 N NA
 678104 678105 YP0095 YP0096 glpF   TRUE 0.815 10.000 0.000 NA   NA
 678109 678110 YP0100 YP0101 sunT acrA1 TRUE 0.995 -7.000 0.250 1.000 Y NA
 678111 678112 YP0102 YP0103     FALSE 0.181 175.000 0.000 NA   NA
 678112 678113 YP0103 YP0104     FALSE 0.040 303.000 0.000 NA   NA
 678114 678115 YP0105 YP0106 menG menA TRUE 0.823 142.000 0.158 NA Y NA
 678115 678116 YP0106 YP0107 menA hslU FALSE 0.071 224.000 0.051 1.000 N NA
 678116 678117 YP0107 YP0108 hslU hslV TRUE 0.982 71.000 0.752 1.000 Y NA
 678117 678118 YP0108 YP0109 hslV ftsN FALSE 0.412 100.000 0.122 NA N NA
 678118 678119 YP0109 YP0110 ftsN cytR1 TRUE 0.736 66.000 0.245 NA N NA
 678119 678120 YP0110 YP0111 cytR1 priA FALSE 0.006 353.000 0.013 1.000 N NA
 678124 678125 YP0115 YP0116   metJ TRUE 0.694 -28.000 0.000 NA   NA
 678126 678127 YP0117 YP0118 metC1 metL TRUE 0.998 3.000 0.428 1.000 Y NA
 678127 678128 YP0118 YP0119 metL metF1 FALSE 0.375 233.000 0.017 1.000 Y NA
 678129 678130 YP0120 YP0121 tra5A   TRUE 0.924 54.000 0.167 1.000 Y NA
 678130 678131 YP0121 YP0122   glpR1 FALSE 0.227 64.000 0.000 1.000 N NA
 678131 678132 YP0122 YP0123 glpR1 glpG TRUE 0.850 35.000 0.190 1.000   NA
 678132 678133 YP0123 YP_0124 glpG glpE TRUE 0.966 18.000 0.405 1.000   NA
 678133 678134 YP_0124 YP0125 glpE malT FALSE 0.010 375.000 0.000 1.000 N NA
 5437985 678135 YP_0126 YP0127 malP malQ TRUE 0.764 13.000 0.000 NA   NA
 678136 678137 YP0128 YP0129   comFC TRUE 0.527 60.000 0.066 1.000   NA
 678138 678139 YP0130 YP0131 bioH   FALSE 0.147 161.000 0.010 NA   NA
 678140 678141 YP0132 YP0133   feoB TRUE 0.939 36.000 0.455 NA   NA
 678141 678142 YP0133 YP0134 feoB feoA TRUE 0.886 92.000 0.177 1.000 Y NA
 678142 678143 YP0134 YP0135 feoA   FALSE 0.005 524.000 0.000 1.000 N NA
 678144 678145 YP0136 YP0137 greB ompR1 TRUE 0.803 136.000 0.067 0.088 Y NA
 678145 678146 YP0137 YP0138 ompR1 envZ TRUE 0.999 -3.000 0.584 1.000 Y NA
 678147 678148 YP0139 YP0140 pckA hslO FALSE 0.101 197.000 0.048 1.000 N NA
 678148 678149 YP0140 YP0141 hslO hslR FALSE 0.375 163.000 0.140 1.000 N NA
 678149 678150 YP0141 YP0142 hslR   TRUE 0.669 29.000 0.056 1.000   NA
 678150 678151 YP0142 YP0143     TRUE 0.476 144.000 0.122 1.000   NA
 678152 678153 YP0144 YP0145   mutT1 FALSE 0.263 113.000 0.000 NA   NA
 678155 678156 YP0147 YP0148 ftsA1   TRUE 0.989 18.000 0.870 NA   NA
 678156 678157 YP0148 YP0149     TRUE 0.851 -52.000 0.174 NA   NA
 678157 678158 YP0149 YP0150     TRUE 0.882 -34.000 0.167 NA   NA
 678160 678161 YP0152 YP0153 gspD1 aroK1 FALSE 0.210 349.000 0.319 1.000   NA
 678161 678162 YP0153 YP0154 aroK1 aroB TRUE 0.934 57.000 0.208 1.000 Y NA
 678162 678163 YP0154 YP0155 aroB damX FALSE 0.056 254.000 0.022 NA   NA
 678163 678164 YP0155 YP0156 damX dam TRUE 0.752 84.000 0.234 NA   NA
 678164 678165 YP0156 YP0157 dam rpe FALSE 0.034 291.000 0.053 1.000 N NA
 678165 678166 YP0157 YP_0158 rpe gph TRUE 0.909 -7.000 0.050 1.000   NA
 678166 678167 YP_0158 YP_0159 gph trpS TRUE 0.970 2.000 0.118 1.000   NA
 678168 678169 YP0160 YP0161 cysG1 nirC FALSE 0.297 88.000 0.065 1.000 N NA
 678169 678170 YP0161 YP0162 nirC nirD TRUE 0.861 179.000 0.283 1.000 Y NA
 678170 678171 YP0162 YP0163 nirD nirB TRUE 0.999 -3.000 0.829 0.001 N NA
 678175 5437986 YP0167 YP_0168 purR2   FALSE 0.074 249.000 0.000 NA   NA
 678176 678177 YP0169 YP0170 ppiA   FALSE 0.036 326.000 0.000 1.000   NA
 678177 678178 YP0170 YP0171   pabA FALSE 0.062 243.000 0.007 1.000   NA
 678178 678179 YP0171 YP0172 pabA argD TRUE 0.773 121.000 0.088 1.000 Y NA
 678180 678181 YP0173 YP0174   crp TRUE 0.540 86.000 0.111 NA   NA
 678182 678183 YP0175 YP0176   proP3 FALSE 0.348 72.000 0.000 NA   NA
 678184 678185 YP0177 YP0178 prk   TRUE 0.755 113.000 0.303 NA   NA
 678185 678186 YP0178 YP0179     TRUE 0.988 -3.000 0.222 NA   NA
 678187 678188 YP0180 YP0181 rhtB1 tauA1 FALSE 0.071 203.000 0.000 1.000 N NA
 678188 678189 YP0181 YP0182 tauA1 tauB1 TRUE 0.970 9.000 0.023 1.000 Y NA
 678189 678190 YP0182 YP0183 tauB1 tauC1 TRUE 0.999 -3.000 0.728 1.000 Y NA
 678190 678191 YP0183 YP_0184 tauC1 tauD TRUE 0.983 -3.000 0.214 1.000 N NA
 5437987 678192 YP_0185 YP0186   wcaA FALSE 0.298 93.000 0.000 NA   NA
 678192 678193 YP0186 YP0187 wcaA uup1 FALSE 0.194 135.000 0.020 NA   NA
 678194 678195 YP0188 YP0189 mdaB1 kefB TRUE 0.998 4.000 0.927 1.000   NA
 678195 678196 YP0189 YP0190 kefB   TRUE 0.969 16.000 0.400 1.000   NA
 678196 678197 YP0190 YP0191   slyD TRUE 0.499 62.000 0.060 1.000   NA
 678197 678198 YP0191 YP0192 slyD proP4 TRUE 0.806 -15.000 0.000 NA   NA
 678200 678201 YP0194 YP0195 fkpA   FALSE 0.443 242.000 0.310 NA   NA
 678201 678202 YP0195 YP0196   dsrE1 TRUE 0.988 0.000 0.220 NA   NA
 678202 678203 YP0196 YP0197 dsrE1 dsrF TRUE 0.999 0.000 0.790 NA Y NA
 678203 678204 YP0197 YP0198 dsrF dsrH TRUE 0.995 20.000 0.804 NA Y NA
 678204 678205 YP0198 YP0199 dsrH rpsL FALSE 0.182 138.000 0.058 NA N NA
 678205 678206 YP0199 YP0200 rpsL rpsG TRUE 0.982 97.000 0.620 0.003 Y NA
 678206 678207 YP0200 YP0201 rpsG fusA TRUE 0.967 94.000 0.579 1.000 Y NA
 678207 678208 YP0201 YP0202 fusA tufA1 TRUE 0.871 73.000 0.005 0.001 Y NA
 678208 678209 YP0202 YP0203 tufA1 tnp_3 FALSE 0.121 152.000 0.000 1.000 N NA
 678209 678210 YP0203 YP0204 tnp_3 bfd FALSE 0.070 188.000 0.000 NA N NA
 678210 678211 YP0204 YP0205 bfd bfr TRUE 0.740 79.000 0.013 NA Y NA
 678211 678212 YP0205 YP0206 bfr rpsJ FALSE 0.008 414.000 0.000 1.000 N NA
 678212 678213 YP0206 YP0207 rpsJ rplC TRUE 0.983 33.000 0.307 0.021 Y NA
 678213 678214 YP0207 YP0208 rplC rplD TRUE 0.995 17.000 0.486 0.016 Y NA
 678214 678215 YP0208 YP0209 rplD rplW TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.016 Y NA
 678215 678216 YP0209 YP0210 rplW rplB TRUE 0.998 17.000 0.849 0.018 Y NA
 678216 678217 YP0210 YP0211 rplB rpsS TRUE 0.998 15.000 0.820 0.021 Y NA
 678217 678218 YP0211 YP0212 rpsS rplV TRUE 0.998 15.000 0.769 0.021 Y NA
 678218 678219 YP0212 YP0213 rplV rpsC TRUE 0.997 18.000 0.719 0.021 Y NA
 678219 678220 YP0213 YP0214 rpsC rplP TRUE 0.998 13.000 0.828 0.021 Y NA
 678220 678221 YP0214 YP0215 rplP rpmC TRUE 1.000 0.000 0.802 0.016 Y NA
 678221 678222 YP0215 YP0216 rpmC rpsQ TRUE 1.000 0.000 0.828 0.016 Y NA
 678222 678223 YP0216 YP0217 rpsQ rplN TRUE 0.973 181.000 0.791 0.021 Y NA
 678223 678224 YP0217 YP0218 rplN rplX TRUE 0.999 11.000 0.810 0.021 Y NA
 678224 678225 YP0218 YP0219 rplX rplE TRUE 0.998 15.000 0.758 0.016 Y NA
 678225 678226 YP0219 YP0220 rplE rpsN TRUE 0.996 14.000 0.496 0.016 Y NA
 678226 678227 YP0220 YP0221 rpsN rpsH TRUE 0.990 34.000 0.473 0.016 Y NA
 678227 678228 YP0221 YP0222 rpsH rplF TRUE 0.998 15.000 0.808 0.016 Y NA
 678228 678229 YP0222 YP0223 rplF rplR TRUE 0.999 10.000 0.815 0.016 Y NA
 678229 678230 YP0223 YP0224 rplR rpsE TRUE 0.998 15.000 0.814 0.021 Y NA
 678230 678231 YP0224 YP0225 rpsE rpmD TRUE 0.999 3.000 0.789 0.021 Y NA
 678231 678232 YP0225 YP0226 rpmD rplO TRUE 0.999 4.000 0.653 0.002 Y NA
 678232 678233 YP0226 YP0227 rplO secY TRUE 0.992 8.000 0.730 1.000 N NA
 678233 678234 YP0227 YP0228 secY rpmJ1 FALSE 0.355 34.000 0.036 1.000 N NA
 678234 678235 YP0228 YP0229 rpmJ1 rpsM TRUE 0.833 148.000 0.086 0.016 Y NA
 678235 678236 YP0229 YP0230 rpsM rpsK TRUE 0.998 17.000 0.810 0.016 Y NA
 678236 678237 YP0230 YP0231 rpsK rpsD TRUE 0.991 31.000 0.509 0.021 Y NA
 678237 678238 YP0231 YP0232 rpsD rpoA TRUE 0.957 26.000 0.549 1.000 N NA
 678238 678239 YP0232 YP0233 rpoA rplQ TRUE 0.969 41.000 0.873 1.000 N NA
 678239 678240 YP0233 YP_0234 rplQ zntR FALSE 0.003 447.000 0.005 1.000 N NA
 678240 678241 YP_0234 YP0235 zntR   TRUE 0.723 88.000 0.219 NA   NA
 678242 678243 YP0236 YP0237 mscL trkA FALSE 0.060 130.000 0.007 1.000 N NA
 678243 678244 YP0237 YP_0238 trkA sun FALSE 0.123 56.000 0.007 1.000 N NA
 678244 678245 YP_0238 YP0239 sun fmt TRUE 0.929 94.000 0.305 1.000 Y NA
 678245 678246 YP0239 YP0240 fmt def TRUE 0.955 25.000 0.058 0.024 Y NA
 678247 678248 YP0241 YP0242 smf smg TRUE 0.867 -28.000 0.124 NA   NA
 678248 678249 YP0242 YP0243 smg topA1 TRUE 0.951 20.000 0.331 NA   NA
 678249 678250 YP0243 YP0244 topA1 sUA5A TRUE 0.961 2.000 0.137 NA N NA
 678250 678251 YP0244 YP0245 sUA5A aroE1 TRUE 0.856 9.000 0.087 NA N NA
 678253 678254 YP_r4 YP_t2     FALSE 0.240 130.000 0.000 NA   NA
 678254 678255 YP_t2 YP_t3     FALSE 0.430 52.000 0.000 NA   NA
 678255 678256 YP_t3 YP_r5     FALSE 0.110 219.000 0.000 NA   NA
 678256 678257 YP_r5 YP_r6     TRUE 0.932 0.000 0.000 NA   NA
 678257 678258 YP_r6 YP0247     FALSE 0.013 459.000 0.000 NA   NA
 678258 678259 YP0247 YP0248   tra5B TRUE 0.788 24.000 0.000 0.095   NA
 678260 678261 YP0249 YP0250 dnaC_3   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 678263 678264 YP0252 YP0253     TRUE 0.680 186.000 0.356 NA   NA
 678264 678265 YP0253 YP0254   coaE TRUE 0.972 -3.000 0.110 NA   NA
 678265 678266 YP0254 YP0255 coaE   TRUE 0.815 10.000 0.000 NA   NA
 678268 678269 YP0257 YP0258 hofC hofB TRUE 0.999 -3.000 0.571 1.000 Y NA
 678269 678270 YP0258 YP0259 hofB ppdD TRUE 0.994 -25.000 0.556 NA Y NA
 678270 678271 YP0259 YP_0260 ppdD nadC FALSE 0.026 203.000 0.015 NA N NA
 678272 678273 YP0261 YP0262 ampD1 ampE TRUE 0.600 273.000 0.249 1.000 Y NA
 678275 678276 YP_0264 YP0265 pdhR aceE TRUE 0.509 196.000 0.276 1.000 N NA
 678276 678277 YP0265 YP0266 aceE aceF TRUE 0.985 14.000 0.220 1.000 Y NA
 678277 678278 YP0266 YP0267 aceF   TRUE 0.688 18.000 0.000 NA   NA
 678278 678279 YP0267 YP0268   lpdA FALSE 0.246 124.000 0.000 NA   NA
 678279 678280 YP0268 YP0269 lpdA tnp_5 FALSE 0.083 192.000 0.000 1.000 N NA
 678280 678281 YP0269 YP0270 tnp_5 acnB FALSE 0.004 570.000 0.000 1.000 N NA
 678281 678282 YP0270 YP0271 acnB   FALSE 0.067 299.000 0.068 NA   NA
 678283 678284 YP0272 YP0273 rhaT1 speD FALSE 0.014 438.000 0.000 NA   NA
 678284 678285 YP0273 YP_0274 speD speE TRUE 0.892 78.000 0.162 1.000 Y NA
 678285 678286 YP_0274 YP0275 speE   TRUE 0.786 117.000 0.354 NA   NA
 678287 678288 YP_0276 YP_0277 sufI1 hpt FALSE 0.027 220.000 0.010 1.000 N NA
 678290 678291 YP0279 YP0280 ccmA1   TRUE 0.999 -3.000 0.688 1.000 Y NA
 678291 5437988 YP0280 YP_0281     FALSE 0.126 207.000 0.000 NA   NA
 678292 678293 YP0282 YP0283 panD panC FALSE 0.378 411.000 0.342 1.000 Y NA
 678293 678294 YP0283 YP0284 panC panB TRUE 0.973 88.000 0.395 0.001 Y NA
 678294 678295 YP0284 YP0285 panB folK FALSE 0.428 269.000 0.117 1.000 Y NA
 678295 678296 YP0285 YP_0286 folK pcnB TRUE 0.963 8.000 0.234 1.000 N NA
 678296 678297 YP_0286 YP_0287 pcnB glnS1 TRUE 0.860 89.000 0.131 1.000 Y NA
 678297 678298 YP_0287 YP_0288 glnS1 dksA1 FALSE 0.208 280.000 0.231 1.000 N NA
 678298 678299 YP_0288 YP0289 dksA1 sfsA TRUE 0.461 170.000 0.151 NA   NA
 678299 678300 YP0289 YP0290 sfsA ligT TRUE 0.744 -25.000 0.045 NA   NA
 678301 678302 YP0291 YP0292 hrpB mrcB TRUE 0.711 88.000 0.158 0.016 N NA
 678302 678303 YP0292 YP0293 mrcB fhuC FALSE 0.017 322.000 0.000 1.000 N NA
 678303 678304 YP0293 YP_0294 fhuC fhuD TRUE 0.993 0.000 0.094 1.000 Y NA
 678304 678305 YP_0294 YP0295 fhuD fhuB TRUE 0.999 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 678307 678308 YP0297 YP0298 eriC1 iscA1 FALSE 0.234 121.000 0.031 NA   NA
 678309 678310 YP0299 YP0300   fecB1 TRUE 0.883 -48.000 0.213 NA   NA
 678310 678311 YP0300 YP0301 fecB1 mtn TRUE 0.937 0.000 0.073 1.000 N NA
 678312 678313 YP0302 YP0303 dgt gsrA FALSE 0.210 198.000 0.101 1.000 N NA
 678315 678316 YP0305 YP0306   relA FALSE 0.221 151.000 0.000 NA   NA
 678316 678317 YP0306 YP0307 relA   TRUE 0.511 37.000 0.000 NA   NA
 678317 678318 YP0307 YP0308   mazG TRUE 0.855 7.000 0.000 NA   NA
 678318 678319 YP0308 YP0309 mazG pyrG FALSE 0.116 212.000 0.025 1.000   NA
 678319 678320 YP0309 YP0310 pyrG eno FALSE 0.328 81.000 0.068 1.000 N NA
 678320 678321 YP0310 YP0311 eno sodC FALSE 0.011 372.000 0.000 1.000 N NA
 678321 678322 YP0311 YP0312 sodC nrdG1 FALSE 0.066 104.000 0.004 1.000 N NA
 678324 678325 YP_0314 YP0315 cysJ cysI TRUE 1.000 0.000 0.791 0.001 Y NA
 678325 5437989 YP0315 YP_0316 cysI cysH TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 678326 678327 YP0317 YP0318     TRUE 0.594 70.000 0.118 NA   NA
 678328 5437990 YP0319 YP_0320   cysG2 FALSE 0.041 301.000 0.000 NA   NA
 5437990 678329 YP_0320 YP0321 cysG2 cysD TRUE 0.794 11.000 0.000 NA   NA
 678329 678330 YP0321 YP0322 cysD cysN TRUE 0.991 12.000 0.574 0.001 N NA
 678330 678331 YP0322 YP0323 cysN cysC TRUE 0.976 -61.000 0.340 1.000 Y NA
 678331 678332 YP0323 YP0324 cysC   TRUE 0.530 173.000 0.198 NA   NA
 678332 678333 YP0324 YP0325     FALSE 0.031 314.000 0.028 NA   NA
 678333 678334 YP0325 YP0326   ispD TRUE 0.968 4.000 0.185 1.000 N NA
 678334 678335 YP0326 YP0327 ispD ispF TRUE 0.935 130.000 0.419 1.000 Y NA
 678335 678336 YP0327 YP0328 ispF   TRUE 0.946 11.000 0.173 1.000   NA
 678336 678337 YP0328 YP0329   surE TRUE 0.951 -22.000 0.235 1.000   NA
 678337 678338 YP0329 YP0330 surE pcm TRUE 0.989 -6.000 0.353 1.000   NA
 678338 678339 YP0330 YP0331 pcm nlpD2 FALSE 0.135 104.000 0.030 1.000 N NA
 678339 678340 YP0331 YP0332 nlpD2 rpoS TRUE 0.632 55.000 0.142 1.000 N NA
 678341 678342 YP0333 YP0334 mutS rpiB1 FALSE 0.003 775.000 0.000 1.000 N NA
 678343 678344 YP0335 YP0336 tdh2 fabG1 TRUE 0.501 64.000 0.000 0.028 N NA
 678344 678345 YP0336 YP0337 fabG1 dAK1_1 TRUE 0.919 0.000 0.058 1.000 N NA
 678345 678346 YP0337 YP0338 dAK1_1 dAK1_2 TRUE 0.996 7.000 0.211 0.001 Y NA
 678347 678348 YP0339 YP0340 deoR5 arsB FALSE 0.004 567.000 0.000 1.000 N NA
 678348 678349 YP0340 YP0341 arsB arsR1 FALSE 0.185 85.000 0.000 1.000 N NA
 678349 678350 YP0341 YP0342 arsR1   FALSE 0.084 247.000 0.000 1.000   NA
 678350 678351 YP0342 YP0343     FALSE 0.149 196.000 0.000 NA   NA
 678351 678352 YP0343 YP0344   artI1 FALSE 0.016 421.000 0.000 NA   NA
 678352 678353 YP0344 YP0345 artI1 mauG FALSE 0.224 65.000 0.000 1.000 N NA
 678353 678354 YP0345 YP0346 mauG   FALSE 0.087 237.000 0.000 NA   NA
 678355 678356 YP_0347 YP0348 cirA2   FALSE 0.015 433.000 0.000 NA   NA
 678356 678357 YP0348 YP0349   wbbJ FALSE 0.200 163.000 0.000 NA   NA
 678358 678359 YP0350 YP0351 map   TRUE 0.994 -3.000 0.410 NA   NA
 678359 678360 YP0351 YP0352   fumA FALSE 0.241 129.000 0.000 NA   NA
 678360 678361 YP0352 YP0353 fumA sgbK FALSE 0.009 398.000 0.000 1.000 N NA
 678361 678362 YP0353 YP0354 sgbK sgbU TRUE 0.999 11.000 1.000 0.020 Y NA
 678362 678363 YP0354 YP0355 sgbU araH1 TRUE 0.792 206.000 0.250 1.000 Y NA
 678363 678364 YP0355 YP0356 araH1 araH2 TRUE 0.999 13.000 0.938 0.014 Y NA
 678364 678365 YP0356 YP0357 araH2 mglA1 TRUE 0.999 -7.000 0.941 0.014 Y NA
 678365 678366 YP0357 YP0358 mglA1 rbsB1 TRUE 0.976 149.000 0.941 NA Y NA
 678366 678367 YP0358 YP0359 rbsB1 glpR2 TRUE 0.935 62.000 0.235 NA Y NA
 678368 678369 YP_0360 YP0361 araD dmsA1 FALSE 0.007 442.000 0.000 1.000 N NA
 678369 678370 YP0361 YP0362 dmsA1 dmsB1 TRUE 0.985 12.000 0.103 0.046 Y NA
 678370 678371 YP0362 YP0363 dmsB1 dmsC1 TRUE 0.952 -61.000 0.500 1.000   NA
 678371 678372 YP0363 YP0364 dmsC1 torD1 TRUE 0.483 146.000 0.125 1.000   NA
 678373 678374 YP_0365 YP0366 cybB1 cybC TRUE 0.770 148.000 0.000 0.046 Y NA
 678374 678375 YP0366 YP0367 cybC katG TRUE 0.510 77.000 0.000 0.006 N NA
 678376 678377 YP0368 YP0369 rbsB2   TRUE 0.767 93.000 0.280 NA   NA
 678377 678378 YP0369 YP0370   mglA2 TRUE 0.991 0.000 0.292 NA   NA
 678378 678379 YP0370 YP0371 mglA2 araH3 TRUE 1.000 -3.000 0.793 0.014 Y NA
 678379 678380 YP0371 YP0372 araH3 tktA1 FALSE 0.441 246.000 0.075 1.000 Y NA
 678380 678381 YP0372 YP0373 tktA1 tktA2 TRUE 0.999 -7.000 0.860 0.001 Y NA
 678381 678382 YP0373 YP0374 tktA2 glpK2 TRUE 0.994 3.000 0.596 1.000 N NA
 678382 678383 YP0374 YP0375 glpK2   TRUE 0.804 21.000 0.127 1.000 N NA
 678384 678385 YP0376 YP0377 deoR1 proP5 FALSE 0.083 248.000 0.000 1.000   NA
 678386 678387 YP0378 YP0379 cinA recA FALSE 0.400 115.000 0.082 NA   NA
 678387 678388 YP0379 YP0380 recA recX TRUE 0.733 138.000 0.296 1.000   NA
 678388 678389 YP0380 YP0381 recX alaS FALSE 0.395 140.000 0.085 1.000   NA
 678389 678390 YP0381 YP0382 alaS csrA FALSE 0.023 250.000 0.020 1.000 N NA
 678390 678391 YP0382 YP_t4 csrA   FALSE 0.024 363.000 0.000 NA   NA
 678391 678392 YP_t4 YP_t5     TRUE 0.833 9.000 0.000 NA   NA
 678392 678393 YP_t5 YP_t6     FALSE 0.332 80.000 0.000 NA   NA
 678393 678394 YP_t6 YP0383     FALSE 0.015 423.000 0.000 NA   NA
 678394 678395 YP0383 YP0384     TRUE 0.956 -3.000 0.067 NA   NA
 678395 678396 YP0384 YP0385   gshA TRUE 0.597 44.000 0.071 NA   NA
 678396 678397 YP0385 YP0386 gshA luxS FALSE 0.235 168.000 0.087 1.000 N NA
 678398 678399 YP_0387 YP0388   ccmC1 TRUE 0.727 162.000 0.349 NA   NA
 678402 678403 YP0391 YP_0392 rpsP rimM TRUE 0.991 22.000 0.342 0.016 Y NA
 678403 678404 YP_0392 YP0393 rimM trmD TRUE 0.997 -18.000 0.672 1.000 Y NA
 678404 678405 YP0393 YP0394 trmD rplS TRUE 0.971 81.000 0.567 1.000 Y NA
 678406 5437991 YP0395 YP_0396   dcuB FALSE 0.053 278.000 0.000 NA   NA
 5437991 678407 YP_0396 YP0397 dcuB lytT FALSE 0.015 429.000 0.000 NA   NA
 678408 678409 YP0398 YP0399 aroF tyrA TRUE 0.954 13.000 0.023 1.000 Y NA
 678410 678411 YP0400 YP0401 pheA1 dnaC_4 FALSE 0.028 272.000 0.000 1.000 N NA
 678411 678412 YP0401 YP0402 dnaC_4   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 678413 678414 YP0404 YP0405 putP1   TRUE 0.998 -3.000 0.733 NA   NA
 678414 678415 YP0405 YP_0406   acs TRUE 0.708 57.000 0.147 NA   NA
 678417 678418 YP0408 YP0409 citB1 baeS1 TRUE 0.998 13.000 0.688 0.012 Y NA
 678419 678420 YP0410 YP0411 gspD2   TRUE 0.972 -13.000 0.268 NA   NA
 678420 678421 YP0411 YP0412     TRUE 0.881 19.000 0.146 NA   NA
 678421 678422 YP0412 YP0413   araC1 FALSE 0.297 107.000 0.000 1.000   NA
 678422 678423 YP0413 YP0414 araC1   TRUE 0.945 10.000 0.150 1.000   NA
 678423 678424 YP0414 YP0415     TRUE 0.997 -3.000 0.650 NA   NA
 678424 678425 YP0415 YP0416     TRUE 0.834 98.000 0.407 NA   NA
 678425 678426 YP0416 YP0417   fliF1 TRUE 0.997 -3.000 0.407 0.015   NA
 678426 678427 YP0417 YP0418 fliF1   TRUE 0.881 172.000 0.786 NA   NA
 678427 678428 YP0418 YP0419     TRUE 0.898 84.000 0.538 NA   NA
 678428 678429 YP0419 YP0420   flhA1 TRUE 0.822 -13.000 0.000 NA   NA
 678429 678430 YP0420 YP0421 flhA1 fliI1 TRUE 0.998 -16.000 0.647 0.010 Y NA
 678430 678431 YP0421 YP0422 fliI1 sbcC TRUE 0.984 -3.000 0.176 NA   NA
 678431 678432 YP0422 YP0423 sbcC   TRUE 0.994 -19.000 1.000 NA   NA
 678432 678433 YP0423 YP0424   fliN1 TRUE 0.947 -22.000 0.231 NA   NA
 678433 678434 YP0424 YP_0425 fliN1 fliP1 TRUE 0.899 67.000 0.154 1.000 Y NA
 678434 678435 YP_0425 YP0426 fliP1 fliQ1 TRUE 0.997 -3.000 0.136 0.015 Y NA
 678435 678436 YP0426 YP0427 fliQ1 fliR1 TRUE 0.999 2.000 0.516 0.089 Y NA
 678436 678437 YP0427 YP0428 fliR1 flhB1 TRUE 0.996 -13.000 0.406 0.089 Y NA
 678437 678438 YP0428 YP0429 flhB1   FALSE 0.023 383.000 0.045 NA   NA
 678438 678439 YP0429 YP0430   sirA1 TRUE 0.998 -3.000 0.844 NA   NA
 678441 678442 YP0432 YP0433 sdaC1 metC2 TRUE 0.856 46.000 0.043 NA Y NA
 678443 678444 YP0434 YP0435 hmuV hmuU TRUE 0.994 -7.000 0.220 1.000 Y NA
 678444 678445 YP0435 YP0436 hmuU hmuT TRUE 0.999 -3.000 0.852 1.000 Y NA
 678445 678446 YP0436 YP0437 hmuT hmuS TRUE 0.998 -3.000 0.384 1.000 Y NA
 678446 678447 YP0437 YP0438 hmuS hmuR TRUE 0.746 119.000 0.064 1.000 Y NA
 678447 678448 YP0438 YP0439 hmuR   FALSE 0.205 130.000 0.023 NA   NA
 678448 678449 YP0439 YP0440     FALSE 0.248 86.000 0.015 NA   NA
 678449 678450 YP0440 YP0441     TRUE 0.461 34.000 0.054 1.000 N NA
 678450 5437993 YP0441 YP_0442     TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 5437993 678451 YP_0442 YP0443   dnaC_5 FALSE 0.455 -1814.000 0.000 NA   NA
 678451 678452 YP0443 YP0444 dnaC_5   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 678452 678453 YP0444 YP0445   metF2 FALSE 0.003 780.000 0.000 1.000 N NA
 678453 678454 YP0445 YP0446 metF2   FALSE 0.035 315.000 0.000 NA   NA
 678454 678455 YP0446 YP0447   citE1 FALSE 0.018 397.000 0.000 NA   NA
 678455 678456 YP0447 YP0448 citE1   TRUE 0.994 0.000 0.420 NA   NA
 678456 678457 YP0448 YP0449     TRUE 0.984 -7.000 0.296 NA   NA
 678457 678458 YP0449 YP0450     TRUE 0.932 -13.000 0.126 NA   NA
 678458 678459 YP0450 YP0451     TRUE 0.955 12.000 0.217 1.000   NA
 678460 678461 YP0452 YP0453 terZ terA TRUE 0.950 9.000 0.054 0.004   NA
 678461 678462 YP0453 YP0454 terA terB TRUE 0.857 33.000 0.200 NA   NA
 678462 678463 YP0454 YP0455 terB terC1 TRUE 0.923 22.000 0.000 NA Y NA
 678463 678464 YP0455 YP0456 terC1 terD FALSE 0.246 58.000 0.000 1.000 N NA
 678464 678465 YP0456 YP0457 terD terE TRUE 0.921 184.000 0.310 0.004 Y NA
 678465 678466 YP0457 YP0458 terE   FALSE 0.006 713.000 0.000 NA   NA
 678466 678467 YP0458 YP0459   fimD1 FALSE 0.072 251.000 0.000 NA   NA
 678467 678468 YP0459 YP0460 fimD1 fimC1 TRUE 0.972 72.000 0.571 NA Y NA
 678468 678469 YP0460 YP0461 fimC1 proP6 TRUE 0.843 8.000 0.000 NA   NA
 678469 678470 YP0461 YP0462 proP6   FALSE 0.005 1112.000 0.000 NA   NA
 678470 678471 YP0462 YP0463     FALSE 0.015 423.000 0.000 NA   NA
 678471 678472 YP0463 YP0464   glcD1 FALSE 0.031 332.000 0.000 NA   NA
 678474 678475 YP_0466 YP0467 ubiC ubiA TRUE 0.853 166.000 0.248 NA Y NA
 678477 678478 YP0469 YP0470 dgkA lexA1 FALSE 0.439 125.000 0.141 1.000 N NA
 678480 678481 YP0472 YP0473   malF1 FALSE 0.017 516.000 0.070 NA   NA
 678483 678484 YP0475 YP0476 dnaB alr TRUE 0.741 97.000 0.317 1.000 N NA
 678484 678485 YP0476 YP0477 alr tyrB FALSE 0.401 186.000 0.181 1.000 N NA
 678485 678486 YP0477 YP0478 tyrB mmcQ FALSE 0.010 527.000 0.000 NA   NA
 678489 678490 YP0481 YP0482   eutG TRUE 0.853 11.000 0.063 NA   NA
 678490 678491 YP0482 YP0483 eutG rhaD TRUE 0.545 67.000 0.041 0.007 N NA
 678491 678492 YP0483 YP0484 rhaD rhaA TRUE 0.988 13.000 0.247 1.000 Y NA
 678492 678493 YP0484 YP0485 rhaA rhaB TRUE 0.996 -9.000 0.387 1.000 Y NA
 678494 678495 YP0486 YP0487 purM rhaS FALSE 0.103 222.000 0.000 NA   NA
 678495 678496 YP0487 YP0488 rhaS rhaR TRUE 0.982 133.000 0.800 0.035 Y NA
 678500 678501 YP0492 YP0493     TRUE 0.731 15.000 0.000 NA   NA
 678502 678503 YP_t7 YP0494   acrR1 FALSE 0.230 145.000 0.000 NA   NA
 678504 678505 YP0495 YP0496   gltD1 FALSE 0.136 203.000 0.000 NA   NA
 678505 678506 YP0496 YP0497 gltD1 hydN TRUE 0.936 23.000 0.222 0.013 N NA
 678506 678507 YP0497 YP0498 hydN fdhF TRUE 0.950 23.000 0.231 0.046   NA
 678508 678509 YP0499 YP0500 dsbD cutA TRUE 0.787 -24.000 0.092 1.000 N NA
 678509 678510 YP0500 YP0501 cutA dcuA FALSE 0.133 185.000 0.007 1.000   NA
 678510 678511 YP0501 YP0502 dcuA aspA FALSE 0.236 120.000 0.023 1.000   NA
 678511 678512 YP0502 YP0503 aspA   FALSE 0.018 399.000 0.000 NA   NA
 678513 678514 YP_0504 YP0505 fxsA groES FALSE 0.072 255.000 0.040 NA   NA
 678514 678515 YP0505 YP0506 groES groEL TRUE 0.991 47.000 0.631 0.007 Y NA
 678515 678516 YP0506 YP0507 groEL   FALSE 0.263 113.000 0.000 NA   NA
 678516 678517 YP0507 YP0508     FALSE 0.054 275.000 0.000 NA   NA
 678519 678520 YP_0510 YP0511 efp1 sugE FALSE 0.161 100.000 0.000 1.000 N NA
 678521 678522 YP0512 YP0513 frdD frdC TRUE 0.998 17.000 0.787 0.003 Y NA
 678522 678523 YP0513 YP0514 frdC frdB TRUE 0.995 17.000 0.454 0.003 Y NA
 678523 678524 YP0514 YP0515 frdB frdA TRUE 0.999 -7.000 0.470 0.003 Y NA
 678525 678526 YP0516 YP0517     FALSE 0.205 160.000 0.000 NA   NA
 678527 678528 YP0518 YP0519   psd TRUE 0.799 24.000 0.148 NA N NA
 678528 678529 YP0519 YP0520 psd   FALSE 0.073 325.000 0.095 1.000   NA
 678534 678535 YP0524 YP0525     TRUE 0.913 11.000 0.118 NA   NA
 678535 678536 YP0525 YP0526   amiB TRUE 0.931 8.000 0.109 NA   NA
 678536 678537 YP0526 YP0527 amiB mutL1 TRUE 0.775 16.000 0.092 1.000 N NA
 678537 678538 YP0527 YP0528 mutL1 miaA TRUE 0.963 -7.000 0.188 1.000 N NA
 678538 678539 YP0528 YP0529 miaA ymr TRUE 0.869 116.000 0.531 1.000   NA
 678539 678540 YP0529 YP0530 ymr hflX TRUE 0.588 99.000 0.141 1.000   NA
 678540 678541 YP0530 YP0531 hflX hflK FALSE 0.412 241.000 0.184 0.088   NA
 678541 678542 YP0531 YP0532 hflK hflC1 TRUE 1.000 4.000 0.947 0.018 Y NA
 678542 678543 YP0532 YP0533 hflC1   TRUE 0.862 64.000 0.348 NA   NA
 678543 678544 YP0533 YP0534   purA FALSE 0.362 88.000 0.051 NA   NA
 678544 678545 YP0534 YP_0535 purA   FALSE 0.003 369.000 0.010 NA N NA
 678545 678546 YP_0535 YP0536   rnr FALSE 0.380 241.000 0.038 NA Y NA
 678546 678547 YP0536 YP0537 rnr spoU TRUE 0.629 119.000 0.147 0.018 N NA
 678547 678548 YP0537 YP_0538 spoU aidB FALSE 0.003 408.000 0.005 1.000 N NA
 678550 678551 YP0540 YP0541     FALSE 0.342 75.000 0.000 NA   NA
 678551 678552 YP0541 YP0542   rpsF TRUE 0.747 14.000 0.000 NA   NA
 678552 678553 YP0542 YP0543 rpsF priB TRUE 0.929 6.000 0.122 1.000 N NA
 678553 678554 YP0543 YP0544 priB rpsR TRUE 0.942 5.000 0.128 1.000 N NA
 678554 678555 YP0544 YP0545 rpsR rplI TRUE 0.988 40.000 0.499 0.016 Y NA
 678555 678556 YP0545 YP0546 rplI   FALSE 0.020 304.000 0.000 1.000 N NA
 678556 678557 YP0546 YP0547   dnaC_6 TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 678557 678558 YP0547 YP0548 dnaC_6 tnp TRUE 0.686 131.000 0.000 1.000 Y NA
 678559 678560 YP0549 YP0550   oapA FALSE 0.265 140.000 0.047 NA   NA
 678562 678563 YP0552 YP0553   cpdB FALSE 0.079 155.000 0.030 NA N NA
 678567 678568 YP0557 YP0558   msrA FALSE 0.057 278.000 0.042 NA   NA
 678569 5437994 YP0559 YP_0560     TRUE 0.996 -3.000 0.575 NA   NA
 5437994 10140402 YP_0560 YP_0561     TRUE 0.977 3.000 0.167 NA   NA
 678572 678573 YP0562 YP0563 ppa fbp FALSE 0.088 200.000 0.043 1.000 N NA
 678575 678576 YP0565 YP0566   argR FALSE 0.019 389.000 0.000 NA   NA
 678581 10140403 YP_0571 YP_0572 rplU rpmA TRUE 0.996 20.000 0.667 0.016 Y NA
 10140403 678583 YP_0572 YP0573 rpmA rhaT3 FALSE 0.256 88.000 0.019 NA   NA
 678583 678584 YP0573 YP0574 rhaT3 obg TRUE 0.896 1.000 0.015 NA   NA
 678585 678586 YP0575 YP0576 basS basR TRUE 0.998 -3.000 0.381 1.000 Y NA
 678586 678587 YP0576 YP0577 basR dacB TRUE 0.913 6.000 0.101 1.000 N NA
 678590 10140404 YP_0580 YP_0581 rrmJ hflB TRUE 0.689 48.000 0.152 1.000 N NA
 10140404 678592 YP_0581 YP0582 hflB folP TRUE 0.713 120.000 0.325 1.000 N NA
 678592 678593 YP0582 YP0583 folP mrsA TRUE 0.961 10.000 0.260 1.000 N NA
 678593 678594 YP0583 YP0584 mrsA secG FALSE 0.029 223.000 0.016 1.000 N NA
 678594 678595 YP0584 YP_t9 secG   FALSE 0.298 93.000 0.000 NA   NA
 678595 10140405 YP_t9 YP_t11     FALSE 0.389 61.000 0.000 NA   NA
 10140405 678597 YP_t11 YP_0585     FALSE 0.115 216.000 0.000 NA   NA
 678597 678598 YP_0585 YP0586   nusA TRUE 0.996 4.000 0.759 NA   NA
 678598 678599 YP0586 YP0587 nusA infB TRUE 0.926 25.000 0.342 1.000 N NA
 678599 678600 YP0587 YP_0588 infB rbfA TRUE 0.973 66.000 0.530 1.000 Y NA
 678600 678601 YP_0588 YP0589 rbfA truB TRUE 0.998 0.000 0.318 1.000 Y NA
 678601 5437996 YP0589 YP_0590 truB rpsO TRUE 0.875 122.000 0.211 1.000 Y NA
 5437996 10140406 YP_0590 YP_0591 rpsO   FALSE 0.221 66.000 0.000 1.000 N NA
 10140406 678604 YP_0591 YP0592   tra5C TRUE 0.924 54.000 0.167 1.000 Y NA
 678604 678605 YP0592 YP0593 tra5C pnp FALSE 0.101 171.000 0.000 1.000 N NA
 678605 678606 YP0593 YP0594 pnp nlpI FALSE 0.371 125.000 0.071 1.000   NA
 678606 678607 YP0594 YP_0595 nlpI deaD FALSE 0.216 187.000 0.053 1.000   NA
 678607 678608 YP_0595 YP0596 deaD   TRUE 0.667 20.000 0.000 NA   NA
 678608 678609 YP0596 YP0597     TRUE 0.476 43.000 0.000 NA   NA
 678609 678610 YP0597 YP0598   hipB1 TRUE 0.625 24.000 0.000 NA   NA
 678612 678613 YP0600 YP0601 acrA2 acrB1 TRUE 0.953 4.000 0.133 1.000 N NA
 678613 678614 YP0601 YP0602 acrB1 ibeB TRUE 0.993 2.000 0.367 0.065 N NA
 678615 678616 YP0603 YP0604     TRUE 0.999 -9.000 0.948 0.003 Y NA
 678616 678617 YP0604 YP0605     FALSE 0.269 110.000 0.000 NA   NA
 678618 678619 YP0606 YP0607     TRUE 0.987 -6.000 0.295 1.000   NA
 678620 678621 YP0608 YP0609     FALSE 0.102 231.000 0.000 1.000   NA
 678621 678622 YP0609 YP0610     TRUE 0.977 24.000 0.400 0.001   NA
 678623 678624 YP0611 YP0612 ugpB1 malF2 TRUE 0.998 8.000 0.611 0.065 Y NA
 678624 678625 YP0612 YP0613 malF2 malG1 TRUE 0.996 19.000 0.611 0.065 Y NA
 678625 5437997 YP0613 YP_0614 malG1   TRUE 0.780 12.000 0.000 NA   NA
 5437997 678626 YP_0614 YP0615     TRUE 0.731 15.000 0.000 NA   NA
 678626 678627 YP0615 YP0616     FALSE 0.267 117.000 0.032 1.000   NA
 678627 678628 YP0616 YP0617     FALSE 0.299 152.000 0.056 1.000   NA
 678629 678630 YP0618 YP0619 phnP phnN TRUE 0.972 -9.000 0.214 NA   NA
 678630 678631 YP0619 YP0620 phnN phnM TRUE 0.997 0.000 0.235 NA Y NA
 678631 678632 YP0620 YP0621 phnM phnL1 TRUE 0.998 -3.000 0.320 1.000 Y NA
 678634 678635 YP_0623 YP0624 phnK phnJ TRUE 0.999 0.000 0.883 1.000 Y NA
 678635 678636 YP0624 YP0625 phnJ phnI TRUE 0.999 -7.000 0.880 1.000 Y NA
 678636 678637 YP0625 YP0626 phnI phnH TRUE 1.000 0.000 0.960 0.002 Y NA
 678637 678638 YP0626 YP0627 phnH phnG TRUE 1.000 -3.000 0.967 0.002 Y NA
 678638 678639 YP0627 YP0628 phnG phnF1 TRUE 0.996 1.000 0.691 1.000 N NA
 678639 678640 YP0628 YP0629 phnF1   TRUE 0.610 25.000 0.000 NA   NA
 678640 678641 YP0629 YP0630   nrdG2 FALSE 0.243 127.000 0.000 NA   NA
 678641 678642 YP0630 YP0631 nrdG2 nrdD TRUE 0.629 207.000 0.464 1.000 N NA
 678642 678643 YP0631 YP0632 nrdD oppF1 FALSE 0.007 434.000 0.000 1.000 N NA
 678643 678644 YP0632 YP0633 oppF1 dppD1 TRUE 0.998 -13.000 0.550 0.023 Y NA
 678644 678645 YP0633 YP0634 dppD1 dppC1 TRUE 0.983 -37.000 0.324 1.000 Y NA
 678645 678646 YP0634 YP0635 dppC1 dppB1 TRUE 0.993 19.000 0.441 0.065 Y NA
 678646 5437998 YP0635 YP_0636 dppB1 ddpA FALSE 0.291 96.000 0.000 NA   NA
 678650 678651 YP0640 YP0641 wecD2 valS TRUE 0.640 143.000 0.008 1.000 Y NA
 678651 678652 YP0641 YP0642 valS holC TRUE 0.814 13.000 0.089 1.000 N NA
 678652 678653 YP0642 YP0643 holC pepA TRUE 0.780 151.000 0.494 1.000 N NA
 678654 678655 YP0644 YP0645     TRUE 0.998 0.000 0.631 0.087   NA
 678655 678656 YP0645 YP_t12     FALSE 0.275 105.000 0.000 NA   NA
 678656 678657 YP_t12 YP0646   intB FALSE 0.200 163.000 0.000 NA   NA
 678657 678658 YP0646 YP0647 intB   FALSE 0.430 52.000 0.000 NA   NA
 678658 5437999 YP0647 YP_0648     TRUE 0.766 -19.000 0.000 NA   NA
 678659 678660 YP0649 YP0650 dnaC_7   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 678662 678663 YP0652 YP0653   nrfG1 FALSE 0.045 253.000 0.004 NA   NA
 678664 678665 YP0654 YP0655 rluD   TRUE 0.979 2.000 0.168 NA   NA
 678665 678666 YP0655 YP0656   clpB1 TRUE 0.479 109.000 0.108 NA   NA
 678666 678667 YP0656 YP_r7 clpB1   FALSE 0.009 544.000 0.000 NA   NA
 678667 678668 YP_r7 YP_t13     FALSE 0.240 130.000 0.000 NA   NA
 678668 678669 YP_t13 YP_t14     FALSE 0.430 52.000 0.000 NA   NA
 678669 678670 YP_t14 YP_r8     FALSE 0.110 219.000 0.000 NA   NA
 678670 678671 YP_r8 YP_r9     TRUE 0.932 0.000 0.000 NA   NA
 678672 678673 YP0657 YP0658   pssA TRUE 0.565 62.000 0.089 NA   NA
 678673 678674 YP0658 YP0659 pssA   FALSE 0.457 173.000 0.121 0.050 N NA
 678674 678675 YP0659 YP0660     TRUE 0.844 43.000 0.222 NA   NA
 678675 678676 YP0660 YP0661   trxC FALSE 0.312 170.000 0.084 NA   NA
 678678 678679 YP0663 YP0664 emrB emrA TRUE 0.970 39.000 0.875 1.000 N NA
 678681 678682 YP0666 YP0667 emrR   FALSE 0.315 148.000 0.065 NA   NA
 678682 678683 YP0667 YP0668   azlC TRUE 0.998 -3.000 0.915 NA   NA
 678683 678684 YP0668 YP0669 azlC proP7 FALSE 0.162 160.000 0.060 NA N NA
 678684 678685 YP0669 YP0670 proP7   FALSE 0.095 228.000 0.000 NA   NA
 678685 678686 YP0670 YP0671   gatA TRUE 0.874 29.000 0.203 NA   NA
 678686 678687 YP0671 YP0672 gatA   TRUE 0.975 -3.000 0.122 NA   NA
 678688 678689 YP0673 YP0674   rpiR1 FALSE 0.187 171.000 0.000 NA   NA
 678689 678690 YP0674 YP0675 rpiR1   TRUE 0.919 2.000 0.000 NA   NA
 678690 678691 YP0675 YP0676   artI2 FALSE 0.268 111.000 0.000 NA   NA
 678691 678692 YP0676 YP0677 artI2 artM1 TRUE 0.998 13.000 0.765 0.065 Y NA
 678692 678693 YP0677 YP0678 artM1 artM2 TRUE 0.999 -3.000 0.433 0.020 Y NA
 678693 678694 YP0678 YP0679 artM2 glnQ1 TRUE 0.995 -19.000 0.532 1.000 Y NA
 678694 5438000 YP0679 YP_0680 glnQ1   TRUE 0.548 32.000 0.000 NA   NA
 678695 678696 YP0681 YP0682 dnaC_8   TRUE 0.999 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 678697 678698 YP0683 YP0684 argE1 hxuB FALSE 0.002 1089.000 0.000 NA N NA
 678698 678699 YP0684 YP0685 hxuB hmwA TRUE 0.819 41.000 0.188 NA   NA
 678699 678700 YP0685 YP0686 hmwA hmwC TRUE 0.461 155.000 0.125 1.000   NA
 678700 678701 YP0686 YP0687 hmwC   TRUE 0.927 2.000 0.000 1.000   NA
 678703 678704 YP0689 YP0690 lpcA   TRUE 0.531 197.000 0.229 1.000   NA
 678705 678706 YP0691 YP0692     FALSE 0.136 203.000 0.000 NA   NA
 678707 678708 YP0693 YP0694 nqrA1 nqrB1 TRUE 1.000 4.000 0.854 0.002 Y NA
 678708 678709 YP0694 YP0695 nqrB1 nqrC1 TRUE 0.993 -67.000 0.603 0.002 Y NA
 678709 678710 YP0695 YP0696 nqrC1 nqrD1 TRUE 0.998 -7.000 0.312 0.002 Y NA
 678710 678711 YP0696 YP0697 nqrD1 nqrE1 TRUE 0.998 1.000 0.188 0.002 Y NA
 678711 678712 YP0697 YP0698 nqrE1 nqrF TRUE 0.997 16.000 0.551 0.002 Y NA
 678712 678713 YP0698 YP0699 nqrF apbE TRUE 0.979 -19.000 0.519 1.000 N NA
 678713 678714 YP0699 YP0700 apbE   TRUE 0.980 13.000 0.481 NA   NA
 678718 678719 YP0704 YP0705   lysR3 FALSE 0.006 722.000 0.000 NA   NA
 678720 678721 YP0706 YP0707   proP8 FALSE 0.147 197.000 0.000 NA   NA
 678722 678723 YP0708 YP_0709 gpt frsA TRUE 0.469 127.000 0.120 NA   NA
 678723 678724 YP_0709 YP0710 frsA crl TRUE 0.587 60.000 0.095 NA   NA
 678724 678725 YP0710 YP0711 crl proB TRUE 0.614 177.000 0.262 NA   NA
 678725 678726 YP0711 YP0712 proB proA TRUE 0.984 10.000 0.026 0.001 Y NA
 678726 678727 YP0712 YP0713 proA   FALSE 0.285 99.000 0.000 NA   NA
 678727 678728 YP0713 YP0714     FALSE 0.357 68.000 0.000 NA   NA
 678728 678729 YP0714 YP0715     FALSE 0.210 183.000 0.053 NA   NA
 678729 678730 YP0715 YP0716     TRUE 0.740 -22.000 0.000 NA   NA
 678730 678731 YP0716 YP0717   smtA1 FALSE 0.372 65.000 0.000 NA   NA
 678733 678734 YP0719 YP0720 ksgA1 aroK2 FALSE 0.038 247.000 0.000 1.000 N NA
 678734 678735 YP0720 YP0721 aroK2   FALSE 0.067 256.000 0.000 NA   NA
 678735 678736 YP0721 YP0722     FALSE 0.376 64.000 0.000 NA   NA
 678739 678740 YP0725 YP0726 sbcC2 sbcD TRUE 1.000 -3.000 0.669 0.002 Y NA
 678741 678742 YP0727 YP0728 phoB phoR TRUE 0.991 25.000 0.453 0.083 Y NA
 678742 678743 YP0728 YP0729 phoR pstS1 TRUE 0.849 22.000 0.168 1.000 N NA
 678743 678744 YP0729 YP0730 pstS1 brnQ FALSE 0.006 474.000 0.000 1.000 N NA
 678744 678745 YP0730 YP0731 brnQ ansP1 TRUE 0.952 76.000 0.261 0.086 Y NA
 678745 678746 YP0731 YP0732 ansP1 malZ FALSE 0.017 561.000 0.123 1.000 N NA
 678746 678747 YP0732 YP0733 malZ fabG2 FALSE 0.220 155.000 0.031 1.000   NA
 678748 678749 YP0735 YP0736     TRUE 0.596 26.000 0.000 NA   NA
 678750 678751 YP0737 YP0738 ahpC   FALSE 0.028 319.000 0.014 1.000   NA
 678752 678753 YP0739 YP0740 queA tgt TRUE 0.970 93.000 0.360 0.001 Y NA
 678753 678754 YP0740 YP_0741 tgt yajC TRUE 0.716 112.000 0.325 NA N NA
 678754 678755 YP_0741 YP0742 yajC secD1 TRUE 0.905 28.000 0.045 NA Y NA
 678755 678756 YP0742 YP_0743 secD1 secF TRUE 0.994 11.000 0.206 0.001 Y NA
 678756 678757 YP_0743 YP0744 secF v1 FALSE 0.116 156.000 0.000 1.000 N NA
 678757 678758 YP0744 YP0745 v1   FALSE 0.043 298.000 0.000 NA   NA
 678758 678759 YP0745 YP0746     TRUE 0.540 33.000 0.000 NA   NA
 678759 678760 YP0746 YP0747     FALSE 0.350 71.000 0.000 NA   NA
 678760 678761 YP0747 YP0748   ribD TRUE 0.618 150.000 0.277 NA N NA
 678761 678762 YP0748 YP_0749 ribD ribH TRUE 0.815 136.000 0.034 0.002 Y NA
 678762 678763 YP_0749 YP0750 ribH nusB TRUE 0.940 21.000 0.347 1.000 N NA
 678763 678764 YP0750 YP0751 nusB thiL FALSE 0.297 241.000 0.225 1.000 N NA
 678764 678765 YP0751 YP0752 thiL pgpA TRUE 0.967 -7.000 0.206 1.000 N NA
 678765 678766 YP0752 YP0753 pgpA tnp_7 FALSE 0.109 163.000 0.000 1.000 N NA
 678767 678768 YP0754 YP0755 dxs ispA TRUE 0.693 156.000 0.060 1.000 Y NA
 678768 678769 YP0755 YP_0756 ispA xseB TRUE 0.779 5.000 0.035 1.000 N NA
 678770 678771 YP0757 YP0758   thiI FALSE 0.287 98.000 0.000 NA   NA
 678772 678773 YP0759 YP0760 thiJ1 apbA TRUE 0.851 -43.000 0.155 NA   NA
 678775 678776 YP0762 YP0763 proP9 cyoE FALSE 0.022 478.000 0.061 0.086 N NA
 678776 678777 YP0763 YP0764 cyoE cyoD TRUE 0.960 -7.000 0.118 0.086 N NA
 678777 678778 YP0764 YP0765 cyoD cyoC TRUE 0.999 0.000 0.485 0.044 Y NA
 678778 678779 YP0765 YP0766 cyoC cyoB TRUE 0.999 -10.000 0.697 0.044 Y NA
 678779 678780 YP0766 YP0767 cyoB cyoA TRUE 0.996 5.000 0.204 0.006 Y NA
 678780 678781 YP0767 YP_0768 cyoA   FALSE 0.022 370.000 0.000 NA   NA
 678781 678782 YP_0768 YP_0769   ampG FALSE 0.046 292.000 0.000 NA   NA
 678782 678783 YP_0769 YP_0770 ampG   TRUE 0.638 118.000 0.256 NA N NA
 678784 678785 YP0771 YP0772 bolA1   FALSE 0.173 141.000 0.011 NA   NA
 678785 678786 YP0772 YP0773   tig FALSE 0.244 73.000 0.002 NA   NA
 678786 678787 YP0773 YP0774 tig clpP FALSE 0.316 462.000 0.351 1.000 Y NA
 678787 678788 YP0774 YP0775 clpP clpX TRUE 0.846 206.000 0.352 1.000 Y NA
 678788 678789 YP0775 YP0776 clpX lon TRUE 0.861 141.000 0.201 1.000 Y NA
 678789 678790 YP0776 YP0777 lon hupB FALSE 0.024 218.000 0.005 1.000 N NA
 678790 678791 YP0777 YP0778 hupB ppiD FALSE 0.026 301.000 0.046 1.000 N NA
 678791 678792 YP0778 YP0779 ppiD comEA FALSE 0.130 140.000 0.000 1.000 N NA
 678792 678793 YP0779 YP0780 comEA fcbC1 FALSE 0.033 336.000 0.000 1.000   NA
 678794 678795 YP0781 YP0782   oppA1 FALSE 0.053 265.000 0.019 1.000   NA
 678798 678799 YP0785 YP0786 lrp1 mdlA TRUE 0.563 102.000 0.179 1.000 N NA
 678799 678800 YP0786 YP_0787 mdlA mdlB1 TRUE 0.999 -7.000 0.911 0.007 Y NA
 678800 678801 YP_0787 YP0788 mdlB1 glnK FALSE 0.010 353.000 0.028 1.000 N NA
 678801 678802 YP0788 YP0789 glnK amtB TRUE 0.575 82.000 0.156 1.000 N NA
 678805 678806 YP0792 YP_s2   ffs FALSE 0.334 79.000 0.000 NA   NA
 678806 678807 YP_s2 YP0793 ffs ymoA FALSE 0.009 534.000 0.000 NA   NA
 678807 678808 YP0793 YP0794 ymoA   TRUE 0.599 49.000 0.080 NA   NA
 678808 678809 YP0794 YP0795     TRUE 0.759 159.000 0.400 NA   NA
 678809 678810 YP0795 YP0796   rpmJ2 FALSE 0.006 874.000 0.000 1.000   NA
 678810 678811 YP0796 YP_0797 rpmJ2 rpmE2 TRUE 0.915 16.000 0.083 0.015   NA
 678811 678812 YP_0797 YP0798 rpmE2 acrB2 FALSE 0.041 186.000 0.008 1.000 N NA
 678812 678813 YP0798 YP0799 acrB2 acrA3 TRUE 0.968 17.000 0.500 1.000 N NA
 678814 678815 YP0800 YP0801 acrR2 dsrE2 TRUE 0.765 13.000 0.075 NA N NA
 678815 678816 YP0801 YP_0802 dsrE2 aefA FALSE 0.057 239.000 0.054 NA N NA
 678817 678818 YP0803 YP0804   priC TRUE 0.800 159.000 0.474 NA   NA
 678819 678820 YP0805 YP0806   apt1 FALSE 0.094 239.000 0.043 NA   NA
 678820 678821 YP0806 YP0807 apt1 dnaX FALSE 0.009 656.000 0.088 1.000 N NA
 678821 678822 YP0807 YP0808 dnaX   TRUE 0.898 56.000 0.411 NA   NA
 678822 678823 YP0808 YP0809   recR TRUE 0.997 0.000 0.604 NA   NA
 678823 678824 YP0809 YP0810 recR   TRUE 0.731 15.000 0.000 NA   NA
 678824 678825 YP0810 YP0811   htpG TRUE 0.676 19.000 0.000 NA   NA
 678825 678826 YP0811 YP0812 htpG adk FALSE 0.049 227.000 0.035 1.000 N NA
 678826 678827 YP0812 YP0813 adk hemH FALSE 0.087 90.000 0.008 1.000 N NA
 678827 678828 YP0813 YP0814 hemH ddhD FALSE 0.004 598.000 0.000 1.000 N NA
 678828 678829 YP0814 YP0815 ddhD ddhA FALSE 0.428 26.000 0.038 1.000 N NA
 678829 678830 YP0815 YP0816 ddhA wcaG1 TRUE 0.988 -64.000 0.624 1.000 Y NA
 678830 678831 YP0816 YP0817 wcaG1 ddhC TRUE 0.982 18.000 0.247 1.000 Y NA
 678831 678832 YP0817 YP0818 ddhC prt TRUE 0.826 97.000 0.000 0.022 Y NA
 678832 678833 YP0818 YP0819 prt hemY TRUE 0.826 1.000 0.000 NA N NA
 678833 5438002 YP0819 YP_0820 hemY   FALSE 0.384 62.000 0.000 NA   NA
 5438002 5438003 YP_0820 YP_0821   wbyI TRUE 0.794 11.000 0.000 NA   NA
 5438003 678834 YP_0821 YP0822 wbyI wbyJ FALSE 0.186 172.000 0.000 NA   NA
 678834 5438004 YP0822 YP_0823 wbyJ wzy TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 5438004 678835 YP_0823 YP0824 wzy wbyK FALSE 0.119 213.000 0.000 NA   NA
 678835 5438005 YP0824 YP_0825 wbyK   TRUE 0.712 16.000 0.000 NA   NA
 5438005 678836 YP_0825 YP0826   wcaG2 TRUE 0.870 6.000 0.000 NA   NA
 678836 2213979 YP0826 YP_0827 wcaG2 manC FALSE 0.161 188.000 0.000 NA   NA
 2213979 678837 YP_0827 YP0828 manC wbyL TRUE 0.911 3.000 0.000 NA   NA
 678837 678838 YP0828 YP0829 wbyL manB1 TRUE 0.808 5.000 0.049 NA N NA
 678838 678839 YP0829 YP0830 manB1 wzz FALSE 0.288 48.000 0.000 1.000 N NA
 678839 678840 YP0830 YP0831 wzz gsk FALSE 0.069 204.000 0.000 1.000 N NA
 678841 678842 YP0832 YP0833 rosB rosA TRUE 0.506 235.000 0.000 0.086 Y NA
 678843 678844 YP0835 YP0836   ebsC FALSE 0.046 292.000 0.000 NA   NA
 678844 678845 YP0836 YP0837 ebsC   FALSE 0.055 255.000 0.022 NA   NA
 678845 678846 YP0837 YP0838   zntA1 FALSE 0.007 521.000 0.018 NA   NA
 678848 678849 YP0840 YP0841   hflC2 TRUE 0.997 3.000 0.313 NA Y NA
 678849 678850 YP0841 YP0842 hflC2   TRUE 0.617 195.000 0.075 NA Y NA
 678850 678851 YP0842 YP0843   fabG3 TRUE 0.598 77.000 0.118 1.000   NA
 678851 678852 YP0843 YP0844 fabG3 tesA FALSE 0.036 387.000 0.072 1.000   NA
 678853 678854 YP0845 YP0846 phnL2   TRUE 0.996 -15.000 0.535 NA Y NA
 678855 678856 YP0847 YP0848 purK purE TRUE 0.998 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 678858 678859 YP0850 YP0851   ppiB TRUE 0.964 11.000 0.237 1.000   NA
 678860 678861 YP0852 YP0853 cysS tnp_8 FALSE 0.022 296.000 0.000 1.000 N NA
 678862 678863 YP0854 YP0855   folD TRUE 0.802 15.000 0.055 1.000   NA
 678866 678867 YP0857 YP0858     FALSE 0.064 259.000 0.000 NA   NA
 678867 678868 YP0858 YP0859     FALSE 0.261 114.000 0.000 NA   NA
 678868 678869 YP0859 YP0860     TRUE 0.806 -15.000 0.000 NA   NA
 678869 10692437 YP0860 YP_0861     FALSE 0.325 83.000 0.000 NA   NA
 678870 678871 YP0862 YP0863     TRUE 0.541 -60.000 0.000 NA   NA
 678871 678872 YP0863 YP0864   pgsA1 FALSE 0.097 227.000 0.000 NA   NA
 678872 678873 YP0864 YP0865 pgsA1 cdsA1 TRUE 0.986 -7.000 0.179 0.003   NA
 678873 678874 YP0865 YP0866 cdsA1 plsC1 TRUE 0.968 10.000 0.238 1.000   NA
 678874 678875 YP0866 YP0867 plsC1 pldB1 TRUE 0.991 -3.000 0.054 NA Y NA
 678875 678876 YP0867 YP0868 pldB1 pgpB1 TRUE 0.995 -7.000 0.285 NA Y NA
 678876 678877 YP0868 YP0869 pgpB1   TRUE 0.844 -18.000 0.063 NA   NA
 678877 678878 YP0869 YP0870     FALSE 0.289 97.000 0.000 NA   NA
 678879 678880 YP0871 YP0872 dnaC_9   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 678880 5438007 YP0872 YP_0873   fabF1 FALSE 0.314 87.000 0.000 NA   NA
 678882 678883 YP_0875 YP0876 fabA lonB TRUE 0.777 69.000 0.290 1.000 N NA
 678885 678886 YP0878 YP0879 tnp_9   FALSE 0.223 150.000 0.000 NA   NA
 678887 678888 YP_0880 YP0881     TRUE 0.591 28.000 0.040 NA   NA
 678888 678889 YP0881 YP_t16     FALSE 0.275 105.000 0.000 NA   NA
 678889 5438008 YP_t16 YP_0882     FALSE 0.440 50.000 0.000 NA   NA
 5438008 678890 YP_0882 YP0883     FALSE 0.025 357.000 0.000 NA   NA
 678890 678891 YP0883 YP0884     TRUE 0.897 4.000 0.000 NA   NA
 678891 678892 YP0884 YP0885     FALSE 0.008 613.000 0.000 NA   NA
 678893 678894 YP0886 YP0887 bglA rpiR2 FALSE 0.100 264.000 0.000 0.019 N NA
 678894 678895 YP0887 YP0888 rpiR2 stf FALSE 0.043 298.000 0.000 NA   NA
 678895 678896 YP0888 YP0889 stf   FALSE 0.289 97.000 0.000 NA   NA
 678896 678897 YP0889 YP0890     TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 678897 678898 YP0890 YP0891   xkdT TRUE 0.996 -3.000 0.500 NA   NA
 678898 678899 YP0891 YP0892 xkdT   TRUE 0.998 4.000 1.000 NA   NA
 678899 678900 YP0892 YP0893     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 678900 678901 YP0893 YP0894     TRUE 0.992 16.000 1.000 NA   NA
 678901 678902 YP0894 YP0895     TRUE 0.961 -3.000 0.074 NA   NA
 678902 678903 YP0895 YP0896     FALSE 0.098 267.000 0.074 NA   NA
 678903 678904 YP0896 YP0897     TRUE 0.894 121.000 0.667 NA   NA
 678904 678905 YP0897 YP0898     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 678905 678906 YP0898 YP0899     TRUE 0.989 22.000 1.000 NA   NA
 678906 678907 YP0899 YP0900     TRUE 0.996 -3.000 0.500 NA   NA
 678907 678908 YP0900 YP0901     TRUE 0.992 5.000 0.500 NA   NA
 678908 678909 YP0901 YP0902     TRUE 0.712 16.000 0.000 NA   NA
 678909 678910 YP0902 YP0903   hfi1 FALSE 0.007 614.000 0.000 NA   NA
 678910 678911 YP0903 YP0904 hfi1 glpR3 TRUE 0.991 -24.000 0.400 1.000 Y NA
 678911 678912 YP0904 YP0905 glpR3 araD2 TRUE 0.750 80.000 0.015 1.000 Y NA
 678912 678913 YP0905 YP0906 araD2   TRUE 0.940 -3.000 0.044 NA   NA
 678913 678914 YP0906 YP0907     FALSE 0.139 202.000 0.000 NA   NA
 678915 678916 YP0908 YP0909 lexA2 msgA FALSE 0.142 206.000 0.000 1.000   NA
 678916 678917 YP0909 YP0910 msgA pla2 FALSE 0.204 172.000 0.000 1.000   NA
 678917 678918 YP0910 YP0911 pla2 tar1 FALSE 0.010 380.000 0.000 1.000 N NA
 678920 678921 YP0913 YP0914 melB1   TRUE 0.747 14.000 0.000 NA   NA
 678921 678922 YP0914 YP0915   ampH FALSE 0.310 88.000 0.000 NA   NA
 678923 678924 YP_t17 YP_t18     TRUE 0.870 6.000 0.000 NA   NA
 678924 678925 YP_t18 YP0916   ompC1 FALSE 0.020 384.000 0.000 NA   NA
 678925 678926 YP0916 YP_s3 ompC1 micF FALSE 0.069 254.000 0.000 NA   NA
 678927 5438009 YP0917 YP_0918 proP10   TRUE 0.625 24.000 0.000 NA   NA
 5438009 678928 YP_0918 YP0919   rcsB TRUE 0.911 3.000 0.000 NA   NA
 678929 678930 YP0920 YP0921 rcsC gyrA FALSE 0.044 188.000 0.013 1.000 N NA
 678931 678932 YP0922 YP0923 ubiG nrdA FALSE 0.005 494.000 0.000 1.000 N NA
 678932 678933 YP0923 YP_0924 nrdA nrdB TRUE 0.987 163.000 1.000 0.002 Y NA
 678933 678934 YP_0924 YP0925 nrdB fdx1 TRUE 0.802 4.000 0.034 1.000 N NA
 678934 678935 YP0925 YP0926 fdx1 eco TRUE 0.473 35.000 0.023 NA   NA
 678937 678938 YP0928 YP0929   tyrP FALSE 0.055 274.000 0.000 NA   NA
 678942 678943 YP0933 YP0934 ompC_1 rhaT4 FALSE 0.016 412.000 0.000 NA   NA
 678943 678944 YP0934 YP0935 rhaT4   TRUE 0.466 110.000 0.103 NA   NA
 678945 678946 YP0936 YP0937 adiA potE1 TRUE 0.941 70.000 0.286 1.000 Y NA
 678946 678947 YP0937 YP0938 potE1 proW1 FALSE 0.073 484.000 0.000 1.000 Y NA
 678947 678948 YP0938 YP0939 proW1 proV1 TRUE 0.999 -3.000 0.542 1.000 Y NA
 678948 678949 YP0939 YP0940 proV1 proW2 TRUE 0.999 -3.000 0.489 1.000 Y NA
 678949 5438010 YP0940 YP_0941 proW2   FALSE 0.063 261.000 0.000 NA   NA
 678951 678952 YP0943 YP0944 dcd1   TRUE 0.625 24.000 0.000 NA   NA
 678952 678953 YP0944 YP0945   livF1 FALSE 0.260 115.000 0.000 NA   NA
 678953 678954 YP0945 YP0946 livF1 livG1 TRUE 0.984 31.000 0.731 0.022   NA
 678954 678955 YP0946 YP0947 livG1 livM1 TRUE 0.998 -3.000 0.823 1.000   NA
 678955 678956 YP0947 YP0948 livM1 livM2 TRUE 1.000 0.000 0.758 0.063 Y NA
 678956 678957 YP0948 YP0949 livM2 livK1 TRUE 0.968 109.000 0.654 1.000 Y NA
 678957 678958 YP0949 YP0950 livK1   FALSE 0.017 405.000 0.000 NA   NA
 678958 678959 YP0950 YP0951     FALSE 0.077 246.000 0.000 NA   NA
 678959 678960 YP0951 YP0952     TRUE 0.999 -3.000 0.491 0.001 Y NA
 678960 678961 YP0952 YP0953   phnD TRUE 0.981 103.000 0.568 0.001 Y NA
 678961 678962 YP0953 YP0954 phnD phnC TRUE 0.993 37.000 0.589 0.002 Y NA
 678962 678963 YP0954 YP0955 phnC   FALSE 0.192 172.000 0.032 1.000   NA
 678963 678964 YP0955 YP0956     TRUE 0.519 110.000 0.125 NA   NA
 678964 678965 YP0956 YP0957     FALSE 0.233 142.000 0.000 NA   NA
 678971 678972 YP0963 YP0964     FALSE 0.045 294.000 0.000 NA   NA
 678972 678973 YP0964 YP0965   tnp_10 FALSE 0.017 410.000 0.000 NA   NA
 678973 5438011 YP0965 YP_0966 tnp_10 rhlE FALSE 0.205 160.000 0.000 NA   NA
 5438011 5438012 YP_0966 YP_0967 rhlE   TRUE 0.919 2.000 0.000 NA   NA
 5438012 678974 YP_0967 YP0968     FALSE 0.301 92.000 0.000 NA   NA
 678974 678975 YP0968 YP0969     FALSE 0.122 211.000 0.000 NA   NA
 678975 678976 YP0969 YP0970   dnaJ1 TRUE 0.657 21.000 0.000 NA   NA
 678976 678977 YP0970 YP0971 dnaJ1   FALSE 0.225 149.000 0.000 NA   NA
 678977 678978 YP0971 YP0972     FALSE 0.010 529.000 0.000 NA   NA
 678978 678979 YP0972 YP0973   srmB1 FALSE 0.013 452.000 0.000 NA   NA
 678980 678981 YP0974 YP0975 acrR3 acrA4 TRUE 0.789 52.000 0.236 1.000 N NA
 678981 678982 YP0975 YP0976 acrA4 ccmA2 TRUE 0.983 14.000 0.545 1.000   NA
 678982 678983 YP0976 YP0977 ccmA2   TRUE 0.951 -88.000 0.547 1.000   NA
 678983 678984 YP0977 YP0978     TRUE 0.990 13.000 0.609 0.007 N NA
 678985 678986 YP0979 YP0980     TRUE 0.843 8.000 0.000 NA   NA
 678988 678989 YP0982 YP0983 nemA1 atoC1 FALSE 0.013 348.000 0.000 1.000 N NA
 678989 678990 YP0983 YP0984 atoC1 baeS2 TRUE 0.889 59.000 0.000 0.014 Y NA
 5438013 678992 YP_0986 YP0987 xapB tnp_11 TRUE 0.473 -1176.000 0.000 NA   NA
 678992 678993 YP0987 YP0988 tnp_11 xapA FALSE 0.003 929.000 0.000 1.000 N NA
 678995 678996 YP0990 YP0991 lysR5 betT1 FALSE 0.046 232.000 0.000 1.000 N NA
 678997 678998 YP0992 YP0993 betI betB TRUE 0.886 58.000 0.459 1.000 N NA
 678998 678999 YP0993 YP0994 betB betA TRUE 0.970 23.000 0.634 1.000 N NA
 679000 679001 YP0995 YP0996 tnp_12   FALSE 0.169 184.000 0.000 NA   NA
 679001 679002 YP0996 YP0997   moaE FALSE 0.204 143.000 0.025 NA   NA
 679002 679003 YP0997 YP0998 moaE moaD TRUE 0.999 -3.000 0.501 0.003 Y NA
 679003 679004 YP0998 YP0999 moaD moaC TRUE 0.998 -3.000 0.175 0.003 Y NA
 679004 679005 YP0999 YP1000 moaC moaA TRUE 0.627 220.000 0.039 0.003 Y NA
 679007 679008 YP1002 YP1003   uvrB FALSE 0.029 292.000 0.003 NA   NA
 679009 679010 YP1004 YP1005   livF2 FALSE 0.005 910.000 0.000 NA   NA
 679011 679012 YP1006 YP1007 bioD1 bioC TRUE 0.978 -22.000 0.054 0.003 Y NA
 679012 679013 YP1007 YP1008 bioC bioF TRUE 0.990 -16.000 0.133 0.003 Y NA
 679013 679014 YP1008 YP1009 bioF bioB TRUE 0.998 0.000 0.168 0.003 Y NA
 679018 679019 YP1013 YP1014 modC modB TRUE 0.999 -6.000 0.537 0.001 Y NA
 679019 679020 YP1014 YP1015 modB modA2 TRUE 1.000 0.000 0.627 0.001 Y NA
 679020 679021 YP1015 YP1016 modA2   FALSE 0.162 223.000 0.072 NA   NA
 679022 679023 YP1017 YP_1018 modE modF FALSE 0.267 110.000 0.028 1.000   NA
 679023 679024 YP_1018 YP1019 modF   FALSE 0.080 217.000 0.009 NA   NA
 679024 679025 YP1019 YP1020   galE FALSE 0.024 360.000 0.000 NA   NA
 679025 679026 YP1020 YP1021 galE galT TRUE 0.930 10.000 0.053 0.001 N NA
 679026 679027 YP1021 YP1022 galT galK TRUE 0.996 -3.000 0.370 0.001 N NA
 679027 5438014 YP1022 YP_1023 galK galM TRUE 0.894 -6.000 0.000 NA   NA
 5438014 679028 YP_1023 YP1024 galM psiF FALSE 0.045 293.000 0.000 NA   NA
 679028 679029 YP1024 YP1025 psiF gpmA FALSE 0.062 263.000 0.000 NA   NA
 679032 679033 YP1028 YP1029 pnuC nadA TRUE 0.677 122.000 0.023 1.000 Y NA
 679033 679034 YP1029 YP_t19 nadA   FALSE 0.023 369.000 0.000 NA   NA
 679034 679035 YP_t19 YP_t20     TRUE 0.570 29.000 0.000 NA   NA
 679035 679036 YP_t20 YP_t21     TRUE 0.577 28.000 0.000 NA   NA
 679036 679037 YP_t21 YP1030     FALSE 0.158 191.000 0.000 NA   NA
 679037 679038 YP1030 YP1031   pal TRUE 0.907 10.000 0.088 1.000   NA
 679038 679039 YP1031 YP1032 pal tolB TRUE 0.928 51.000 0.592 1.000 N NA
 679039 679040 YP1032 YP_1033 tolB tolA FALSE 0.165 120.000 0.051 NA N NA
 679040 679041 YP_1033 YP1034 tolA tolR FALSE 0.372 112.000 0.114 NA N NA
 679041 679042 YP1034 YP1035 tolR tolQ TRUE 0.997 13.000 0.556 0.087 Y NA
 679042 679043 YP1035 YP1036 tolQ fcbC2 TRUE 0.997 0.000 0.593 1.000   NA
 679043 679044 YP1036 YP1037 fcbC2   FALSE 0.406 132.000 0.095 NA   NA
 679044 679045 YP1037 YP1038   cydB FALSE 0.362 164.000 0.100 NA   NA
 679045 679046 YP1038 YP1039 cydB cydA TRUE 0.994 15.000 0.348 0.043 Y NA
 679046 679047 YP1039 YP1040 cydA sucD FALSE 0.040 767.000 0.000 1.000 Y NA
 679047 679048 YP1040 YP1041 sucD sucC TRUE 1.000 0.000 0.806 0.001 Y NA
 679048 679049 YP1041 YP1042 sucC sucB TRUE 0.837 113.000 0.136 1.000 Y NA
 679049 679050 YP1042 YP1043 sucB sucA TRUE 0.991 30.000 0.667 1.000 Y NA
 679050 679051 YP1043 YP1044 sucA sdhB FALSE 0.187 356.000 0.067 1.000 Y NA
 679051 679052 YP1044 YP1045 sdhB sdhA TRUE 0.990 50.000 0.604 0.003 Y NA
 679052 679053 YP1045 YP1046 sdhA sdhD TRUE 1.000 1.000 0.705 0.003 Y NA
 679053 679054 YP1046 YP1047 sdhD sdhC TRUE 0.999 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 679057 679058 YP_1050 YP1051 ppnK recN TRUE 0.904 -21.000 0.170 1.000 N NA
 679058 679059 YP1051 YP_1052 recN smpA FALSE 0.191 114.000 0.049 1.000 N NA
 679060 679061 YP1053 YP1054     TRUE 0.954 -7.000 0.124 NA   NA
 679064 679065 YP1056 YP1057 tnp_13 intA1 TRUE 0.663 191.000 0.000 0.088 Y NA
 679065 679066 YP1057 YP1058 intA1   FALSE 0.334 79.000 0.000 NA   NA
 679066 679067 YP1058 YP1059   smc1 TRUE 0.842 51.000 0.250 NA   NA
 679069 679070 YP1061 YP1062     FALSE 0.301 92.000 0.000 NA   NA
 679070 679071 YP1062 YP1063   xerC1 TRUE 0.970 13.000 0.333 NA   NA
 679071 679072 YP1063 YP1064 xerC1 alpA1 TRUE 0.995 -7.000 0.667 NA   NA
 679072 679073 YP1064 YP1065 alpA1   TRUE 0.998 0.000 0.750 NA   NA
 679073 679074 YP1065 YP1066     TRUE 0.965 -37.000 0.500 NA   NA
 679074 679075 YP1066 YP1067     TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 679076 679077 YP1068 YP1069     FALSE 0.273 108.000 0.000 NA   NA
 679077 679078 YP1069 YP1070     TRUE 0.932 0.000 0.000 NA   NA
 5438015 679079 YP_1071 YP1072 intA2   TRUE 0.470 -1212.000 0.000 NA   NA
 679079 679080 YP1072 YP1073     TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 679080 679081 YP1073 YP1074   trp1400A FALSE 0.010 547.000 0.000 1.000   NA
 679081 5438016 YP1074 YP_1075 trp1400A   FALSE 0.325 83.000 0.000 NA   NA
 679083 679084 YP1077 YP1078 mhpC1   FALSE 0.205 332.000 0.276 1.000   NA
 679084 679085 YP1078 YP1079     FALSE 0.291 96.000 0.000 NA   NA
 679085 679086 YP1079 YP1080   fldA2 FALSE 0.346 73.000 0.000 NA   NA
 679086 679087 YP1080 YP1081 fldA2 fur2 FALSE 0.061 368.000 0.156 1.000 N NA
 5438017 679088 YP_1082 YP1083 chb   FALSE 0.035 316.000 0.000 NA   NA
 679088 679089 YP1083 YP_1084   glnS2 FALSE 0.007 706.000 0.000 1.000   NA
 679089 679090 YP_1084 YP1085 glnS2 nagE FALSE 0.035 215.000 0.018 1.000 N NA
 679091 679092 YP1086 YP1087 nagB nagA1 TRUE 0.996 20.000 0.557 0.001 Y NA
 679092 679093 YP1087 YP1088 nagA1 nagC2 TRUE 0.995 -22.000 0.571 1.000 Y NA
 679093 5438018 YP1088 YP_1089 nagC2   FALSE 0.346 73.000 0.000 NA   NA
 5438018 679094 YP_1089 YP1090   asnB FALSE 0.025 355.000 0.000 NA   NA
 679096 679097 YP_t22 YP_t23     TRUE 0.843 8.000 0.000 NA   NA
 679097 679098 YP_t23 YP_t24     TRUE 0.563 30.000 0.000 NA   NA
 679098 679099 YP_t24 YP_t25     FALSE 0.321 84.000 0.000 NA   NA
 679099 679100 YP_t25 YP_t26     TRUE 0.540 33.000 0.000 NA   NA
 679100 679101 YP_t26 YP_t27     TRUE 0.870 6.000 0.000 NA   NA
 679103 679104 YP1093 YP1094 miaB phoH1 FALSE 0.182 288.000 0.220 1.000 N NA
 679104 679105 YP1094 YP1095 phoH1   TRUE 0.995 -3.000 0.457 NA   NA
 679105 679106 YP1095 YP1096   corC TRUE 0.553 118.000 0.150 NA   NA
 679106 679107 YP1096 YP1097 corC lnt TRUE 0.969 -31.000 0.557 1.000 N NA
 679107 679108 YP1097 YP1098 lnt glnH1 FALSE 0.003 765.000 0.000 1.000 N NA
 679108 679109 YP1098 YP1099 glnH1 gltJ1 TRUE 0.884 123.000 0.150 0.062 Y NA
 679109 679110 YP1099 YP1100 gltJ1 gltK TRUE 1.000 0.000 0.933 0.019 Y NA
 679110 679111 YP1100 YP1101 gltK gltL TRUE 0.998 -3.000 0.379 1.000 Y NA
 679113 679114 YP1103 YP1104 leuS rlpB TRUE 0.897 15.000 0.182 NA N NA
 679114 679115 YP1104 YP1105 rlpB holA TRUE 0.980 -3.000 0.199 NA N NA
 679115 679116 YP1105 YP1106 holA nadD TRUE 0.487 -40.000 0.045 1.000 N NA
 679116 679117 YP1106 YP1107 nadD   FALSE 0.093 224.000 0.032 NA   NA
 679117 679118 YP1107 YP1108     TRUE 0.987 4.000 0.307 NA   NA
 679118 679119 YP1108 YP1109   pbpA FALSE 0.308 82.000 0.031 NA   NA
 679119 679120 YP1109 YP1110 pbpA ftsW1 FALSE 0.126 171.000 0.046 1.000 N NA
 679120 679121 YP1110 YP1111 ftsW1 rlpA TRUE 0.628 10.000 0.035 NA N NA
 679121 679122 YP1111 YP1112 rlpA dacA TRUE 0.467 403.000 0.475 NA Y NA
 679122 679123 YP1112 YP1113 dacA   FALSE 0.242 198.000 0.081 NA   NA
 679123 679124 YP1113 YP_1114   lipB FALSE 0.391 224.000 0.219 NA   NA
 679124 679125 YP_1114 YP1115 lipB lipA TRUE 0.901 211.000 0.319 0.001 Y NA
 679125 679126 YP1115 YP1116 lipA   TRUE 0.610 25.000 0.000 NA   NA
 679128 679129 YP1118 YP1119 crcB1   FALSE 0.016 414.000 0.000 NA   NA
 679133 679134 YP1123 YP1124     FALSE 0.173 182.000 0.000 NA   NA
 679137 679138 YP1127 YP1128 mdlB2   FALSE 0.006 465.000 0.000 1.000 N NA
 679138 679139 YP1128 YP1129   iolE TRUE 0.989 10.000 0.199 1.000 Y NA
 679139 679140 YP1129 YP1130 iolE rbsK2 TRUE 0.965 15.000 0.086 1.000 Y NA
 679140 679141 YP1130 YP1131 rbsK2 mviM1 FALSE 0.352 125.000 0.064 1.000   NA
 679141 679142 YP1131 YP1132 mviM1 araH4 TRUE 0.900 21.000 0.176 1.000   NA
 679142 679143 YP1132 YP1133 araH4 rbsA1 TRUE 0.996 12.000 0.444 0.013 Y NA
 679143 679144 YP1133 YP1134 rbsA1 rbsB3 TRUE 0.991 49.000 0.667 0.013 Y NA
 679144 5438019 YP1134 YP_1135 rbsB3   FALSE 0.243 126.000 0.000 NA   NA
 5438019 679145 YP_1135 YP1136   ilvB1 FALSE 0.045 294.000 0.000 NA   NA
 679145 679146 YP1136 YP1137 ilvB1 putA1 TRUE 0.690 -40.000 0.093 1.000 N NA
 679149 679150 YP1140 YP1141     FALSE 0.022 371.000 0.000 NA   NA
 679150 679151 YP1141 YP1142   mrcA2 TRUE 0.658 57.000 0.116 1.000   NA
 679152 679153 YP1143 YP1144 nlp-2   FALSE 0.019 388.000 0.000 NA   NA
 679154 679155 YP1145 YP1146     FALSE 0.348 72.000 0.000 NA   NA
 679155 679156 YP1146 YP1147     TRUE 0.585 -46.000 0.000 NA   NA
 679156 679157 YP1147 YP1148     TRUE 0.499 39.000 0.000 NA   NA
 679157 679158 YP1148 YP1149     TRUE 0.878 -7.000 0.000 NA   NA
 679159 679160 YP1150 YP1151 hcp1   TRUE 0.625 24.000 0.000 NA   NA
 679160 679161 YP1151 YP1152     TRUE 0.499 39.000 0.000 NA   NA
 679162 679163 YP1153 YP1154 yapC   FALSE 0.009 535.000 0.000 NA   NA
 5438020 679164 YP_1155 YP1156     FALSE 0.334 79.000 0.000 NA   NA
 679165 679166 YP1157 YP1158   proP11 TRUE 0.518 36.000 0.000 NA   NA
 679166 679167 YP1158 YP1159 proP11   TRUE 0.922 -7.000 0.068 NA   NA
 679167 679168 YP1159 YP1160   bglB FALSE 0.208 159.000 0.000 NA   NA
 679170 679171 YP1162 YP1163 aRA11 tas1 TRUE 0.962 23.000 0.438 1.000   NA
 679173 679174 YP1165 YP1166   dnaC_10 TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 679174 5438021 YP1166 YP_1167 dnaC_10 fabF2 TRUE 0.712 16.000 0.000 NA   NA
 679175 679176 YP1168 YP1169 tnp_14 rmf FALSE 0.105 147.000 0.000 NA N NA
 679176 679177 YP1169 YP1170 rmf   FALSE 0.330 81.000 0.000 NA   NA
 679177 679178 YP1170 YP1171     FALSE 0.447 49.000 0.000 NA   NA
 679178 679179 YP1171 YP1172   pqiB1 TRUE 0.996 -3.000 0.531 NA   NA
 679179 679180 YP1172 YP1173 pqiB1 pqiA1 TRUE 0.983 -40.000 0.819 NA   NA
 679180 679181 YP1173 YP1174 pqiA1 uup2 FALSE 0.299 129.000 0.054 NA   NA
 679181 679182 YP1174 YP1175 uup2   TRUE 0.915 6.000 0.061 1.000   NA
 679184 679185 YP1177 YP1178   pyrD FALSE 0.280 183.000 0.081 NA   NA
 679185 679186 YP1178 YP1179 pyrD pepN FALSE 0.002 669.000 0.014 1.000 N NA
 679187 679188 YP1180 YP1181 pncB asnS FALSE 0.005 514.000 0.034 1.000 N NA
 679188 679189 YP1181 YP1182 asnS ompC2 FALSE 0.025 283.000 0.000 1.000 N NA
 679189 679190 YP1182 YP_1183 ompC2 aspC FALSE 0.033 257.000 0.000 1.000 N NA
 679191 679192 YP1184 YP1185 gloB1   TRUE 0.570 61.000 0.089 NA   NA
 679192 679193 YP1185 YP1186     TRUE 0.550 224.000 0.372 NA   NA
 679193 679194 YP1186 YP1187   tnp_15 FALSE 0.055 284.000 0.000 1.000   NA
 679194 679195 YP1187 YP1188 tnp_15 mukB1 FALSE 0.255 165.000 0.000 0.085 N NA
 679195 679196 YP1188 YP1189 mukB1 mukE TRUE 1.000 -3.000 0.786 0.001 Y NA
 679196 679197 YP1189 YP1190 mukE mukF TRUE 0.990 8.000 0.196 NA Y NA
 679197 679198 YP1190 YP1191 mukF smtA2 TRUE 0.990 -3.000 0.325 NA N NA
 679198 679199 YP1191 YP1192 smtA2   FALSE 0.006 767.000 0.000 NA   NA
 679199 679200 YP1192 YP1193   kdsB FALSE 0.027 324.000 0.023 NA   NA
 679200 679201 YP1193 YP1194 kdsB   TRUE 0.990 -3.000 0.265 NA   NA
 679201 679202 YP1194 YP1195   cspE2 FALSE 0.007 497.000 0.004 NA   NA
 679204 679205 YP1197 YP1198 lpxK msbA TRUE 0.982 -3.000 0.205 1.000 N NA
 679205 679206 YP1198 YP1199 msbA comEC TRUE 0.459 165.000 0.075 0.081   NA
 679206 679207 YP1199 YP1200 comEC ihfB FALSE 0.006 547.000 0.003 1.000   NA
 679207 679208 YP1200 YP1201 ihfB rpsA TRUE 0.803 61.000 0.292 1.000 N NA
 679208 679209 YP1201 YP1202 rpsA cmk TRUE 0.572 174.000 0.281 1.000 N NA
 679209 679210 YP1202 YP1203 cmk aroA FALSE 0.133 313.000 0.209 1.000 N NA
 679210 679211 YP1203 YP_1204 aroA serC TRUE 0.625 164.000 0.033 1.000 Y NA
 679211 679212 YP_1204 YP1205 serC   FALSE 0.023 367.000 0.000 NA   NA
 679212 679213 YP1205 YP1206     TRUE 0.932 0.000 0.000 NA   NA
 679213 679214 YP1206 YP1207   ansB FALSE 0.064 269.000 0.000 1.000   NA
 679215 679216 YP1208 YP1209   focA FALSE 0.006 696.000 0.000 NA   NA
 679216 679217 YP1209 YP1210 focA pflB TRUE 0.924 -16.000 0.172 1.000 N NA
 679220 679221 YP1213 YP1214 proP12 serS FALSE 0.038 247.000 0.000 1.000 N NA
 679221 679222 YP1214 YP1215 serS   FALSE 0.094 242.000 0.078 1.000 N NA
 679222 679223 YP1215 YP_1216   lolA TRUE 0.922 11.000 0.167 1.000 N NA
 679223 679224 YP_1216 YP1217 lolA ftsK TRUE 0.551 193.000 0.305 1.000 N NA
 679224 679225 YP1217 YP1218 ftsK lrp2 TRUE 0.726 123.000 0.345 1.000 N NA
 679226 679227 YP1219 YP1220 trxB cydD FALSE 0.098 441.000 0.049 1.000 Y NA
 679227 679228 YP1220 YP1221 cydD cydC TRUE 0.999 3.000 0.631 0.007 Y NA
 679228 679229 YP1221 YP1222 cydC aat1 TRUE 0.579 195.000 0.049 1.000 Y NA
 679229 679230 YP1222 YP1223 aat1 infA FALSE 0.068 166.000 0.020 1.000 N NA
 679231 679232 YP1224 YP1225 tnp_16 clpA1 FALSE 0.050 227.000 0.000 1.000 N NA
 679232 679233 YP1225 YP1226 clpA1   TRUE 0.977 20.000 0.596 NA   NA
 679233 679234 YP1226 YP1227     TRUE 0.669 -31.000 0.000 NA   NA
 679236 679237 YP1229 YP_1230   acrA5 TRUE 0.997 0.000 0.789 1.000 N NA
 679238 679239 YP1231 YP1232   virK TRUE 0.577 28.000 0.000 NA   NA
 679241 679242 YP1234 YP1235   hcp2 FALSE 0.122 203.000 0.028 NA   NA
 679242 679243 YP1235 YP1236 hcp2 hcr TRUE 0.909 66.000 0.085 0.012 Y NA
 679243 679244 YP1236 YP1237 hcr poxB FALSE 0.075 144.000 0.017 1.000 N NA
 679244 679245 YP1237 YP1238 poxB   FALSE 0.273 107.000 0.000 NA   NA
 679245 679246 YP1238 YP1239   ltaA TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 679246 679247 YP1239 YP1240 ltaA   TRUE 0.938 -3.000 0.074 1.000 N NA
 679247 679248 YP1240 YP1241   wcaG3 TRUE 0.828 100.000 0.022 0.004 Y NA
 679248 679249 YP1241 YP1242 wcaG3   TRUE 0.623 97.000 0.167 NA   NA
 679249 679250 YP1242 YP1243   pheA2 FALSE 0.148 170.000 0.018 NA   NA
 679250 679251 YP1243 YP1244 pheA2 artP FALSE 0.242 295.000 0.000 1.000 Y NA
 679251 679252 YP1244 YP1245 artP artI3 TRUE 0.998 -3.000 0.323 1.000 Y NA
 679252 679253 YP1245 YP1246 artI3 artQ TRUE 0.993 12.000 0.260 0.085 Y NA
 679253 679254 YP1246 YP1247 artQ artM3 TRUE 1.000 0.000 0.714 0.018 Y NA
 679255 679256 YP1248 YP1249 rhaT6   TRUE 0.912 -18.000 0.125 NA   NA
 679256 679257 YP1249 YP1250   smtA3 TRUE 0.937 -37.000 0.312 NA   NA
 679257 679258 YP1250 YP1251 smtA3 fepC TRUE 0.851 -12.000 0.000 1.000   NA
 679258 679259 YP1251 YP1252 fepC btuC1 TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 679259 679260 YP1252 YP1253 btuC1 fecB2 TRUE 0.481 214.000 0.000 1.000 Y NA
 679260 679261 YP1253 YP1254 fecB2 hflC3 FALSE 0.009 367.000 0.000 NA N NA
 679261 679262 YP1254 YP1255 hflC3   FALSE 0.028 341.000 0.000 NA   NA
 679264 679265 YP1257 YP1258 trmA1   TRUE 0.563 84.000 0.119 NA   NA
 679265 679266 YP1258 YP1259   potI TRUE 0.704 125.000 0.264 NA   NA
 679266 679267 YP1259 YP1260 potI potH TRUE 0.999 -3.000 0.528 0.060 Y NA
 679267 679268 YP1260 YP1261 potH potG TRUE 0.995 25.000 0.857 1.000 Y NA
 679268 679269 YP1261 YP1262 potG potF TRUE 0.954 171.000 0.679 1.000 Y NA
 679269 679270 YP1262 YP1263 potF   FALSE 0.018 401.000 0.000 NA   NA
 679270 679271 YP1263 YP1264     TRUE 0.600 142.000 0.194 NA   NA
 679272 679273 YP1265 YP1266 grxA   FALSE 0.019 410.000 0.000 1.000   NA
 679273 679274 YP1266 YP1267   pgpB2 FALSE 0.034 333.000 0.000 1.000   NA
 679274 679275 YP1267 YP1268 pgpB2 pgpB3 TRUE 0.973 0.000 0.106 1.000   NA
 679275 679276 YP1268 YP1269 pgpB3 deoC1 FALSE 0.072 258.000 0.000 1.000   NA
 679276 679277 YP1269 YP1270 deoC1 deoR3 FALSE 0.010 335.000 0.030 NA N NA
 679277 679278 YP1270 YP1271 deoR3 sdaC2 FALSE 0.002 1078.000 0.000 NA N NA
 679279 679280 YP1272 YP1273 dacC   FALSE 0.042 242.000 0.000 1.000 N NA
 679280 679281 YP1273 YP1274   abc1 TRUE 0.993 -3.000 0.096 1.000 Y NA
 679281 679282 YP1274 YP1275 abc1 nlpA1 TRUE 0.998 -3.000 0.323 NA Y NA
 679282 679283 YP1275 YP1276 nlpA1 pcbC FALSE 0.313 228.000 0.174 NA   NA
 679284 679285 YP1277 YP1278 serB1 gst1 FALSE 0.236 100.000 0.056 1.000 N NA
 679286 679287 YP1279 YP1280 yiuR yiuC FALSE 0.320 260.000 0.000 1.000 Y NA
 679287 679288 YP1280 YP1281 yiuC yiuB TRUE 0.999 -3.000 0.833 1.000 Y NA
 679288 679289 YP1281 YP1282 yiuB yiuA TRUE 0.761 195.000 0.175 1.000 Y NA
 679289 679290 YP1282 YP1283 yiuA lysP FALSE 0.019 307.000 0.000 1.000 N NA
 679290 679291 YP1283 YP1284 lysP lysR6 FALSE 0.238 258.000 0.222 1.000 N NA
 679292 679293 YP1285 YP1286   nfo FALSE 0.248 137.000 0.040 NA   NA
 679294 679295 YP1287 YP1288 psaC psaB TRUE 0.865 42.000 0.000 1.000 Y NA
 679295 679296 YP1288 YP1289 psaB psaA TRUE 0.794 127.000 0.400 NA   NA
 679296 679297 YP1289 YP1290 psaA psaF FALSE 0.010 530.000 0.000 NA   NA
 679297 679298 YP1290 YP1291 psaF psaE TRUE 0.995 -15.000 1.000 NA   NA
 679298 679299 YP1291 YP1292 psaE fruA FALSE 0.016 325.000 0.000 1.000 N NA
 679299 679300 YP1292 YP1293 fruA fruK TRUE 0.995 15.000 0.562 1.000 Y NA
 679300 679301 YP1293 YP1294 fruK fruB TRUE 0.994 -3.000 0.112 1.000 Y NA
 679303 679304 YP1296 YP1297 araH5 mglA3 TRUE 0.986 36.000 0.375 0.013 Y NA
 679304 679305 YP1297 YP1298 mglA3 rbsB4 TRUE 0.934 109.000 0.375 NA Y NA
 679305 679306 YP1298 YP1299 rbsB4 rpiA1 TRUE 0.669 140.000 0.000 NA Y NA
 679306 679307 YP1299 YP1300 rpiA1 xylB1 TRUE 0.952 -22.000 0.000 1.000 Y NA
 679307 679308 YP1300 YP1301 xylB1 gabD1 TRUE 0.891 4.000 0.065 1.000 N NA
 679309 679310 YP1302 YP1303 mhpD1 serA1 TRUE 0.967 -3.000 0.017 0.047   NA
 679310 679311 YP1303 YP1304 serA1 fabG4 TRUE 0.861 11.000 0.000 0.047 N NA
 679311 679312 YP1304 YP1305 fabG4   TRUE 0.740 -22.000 0.000 NA   NA
 679312 679313 YP1305 YP1306   mtr FALSE 0.032 328.000 0.000 NA   NA
 679313 679314 YP1306 YP_1307 mtr efp2 TRUE 0.507 104.000 0.153 1.000 N NA
 679317 679318 YP1310 YP1311 uxuR   TRUE 0.600 148.000 0.200 NA   NA
 679319 679320 YP1312 YP1313   pgpB4 TRUE 0.834 59.000 0.275 NA   NA
 679320 679321 YP1313 YP1314 pgpB4 spr1 FALSE 0.014 442.000 0.000 NA   NA
 679321 679322 YP1314 YP1315 spr1 rtn1 FALSE 0.026 696.000 0.219 NA N NA
 679322 679323 YP1315 YP1316 rtn1 oppA2 TRUE 0.809 82.000 0.394 NA N NA
 679323 679324 YP1316 YP1317 oppA2 dppB2 TRUE 0.996 10.000 0.848 0.060   NA
 679324 679325 YP1317 YP1318 dppB2 dppC2 TRUE 0.997 6.000 0.833 0.060   NA
 679325 679326 YP1318 YP1319 dppC2   TRUE 0.985 -31.000 0.758 1.000   NA
 679327 679328 YP1320 YP1321   bcr FALSE 0.005 985.000 0.000 NA   NA
 679328 679329 YP1321 YP1322 bcr rsuA1 TRUE 0.462 119.000 0.145 1.000 N NA
 679330 679331 YP1323 YP1324 sSL2 rplY FALSE 0.288 162.000 0.024 0.014 N NA
 679332 679333 YP1325 YP1326 tnp_17 ompA1 FALSE 0.131 139.000 0.000 1.000 N NA
 679333 679334 YP1326 YP1327 ompA1 sulA FALSE 0.016 328.000 0.000 1.000 N NA
 679336 679337 YP1329 YP1330     TRUE 0.729 30.000 0.090 NA   NA
 679339 679340 YP1332 YP1333 mgsA   FALSE 0.224 179.000 0.055 NA   NA
 679342 679343 YP1335 YP1336     TRUE 0.693 37.000 0.094 NA   NA
 679346 679347 YP_t28 YP1339     FALSE 0.017 402.000 0.000 NA   NA
 679347 2213996 YP1339 YP_1340     FALSE 0.024 364.000 0.000 NA   NA
 2213996 679348 YP_1340 YP1341     FALSE 0.448 -2318.000 0.000 NA   NA
 679348 679349 YP1341 YP1342   dnaC_11 TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 679350 679351 YP1343 YP1344 glcD2 fabG5 FALSE 0.336 142.000 0.000 0.025 N NA
 679352 679353 YP1345 YP1346   fabZ1 FALSE 0.060 264.000 0.000 NA   NA
 679353 679354 YP1346 YP1347 fabZ1 fabF3 TRUE 0.981 -10.000 0.083 NA Y NA
 679354 679355 YP1347 YP1348 fabF3 fabG6 TRUE 0.914 -52.000 0.056 1.000 Y NA
 679355 679356 YP1348 YP1349 fabG6 pksG TRUE 0.989 16.000 0.333 1.000 Y NA
 679356 679357 YP1349 YP1350 pksG caiD1 TRUE 0.938 -58.000 0.120 1.000 Y NA
 679357 679358 YP1350 YP1351 caiD1 caiD2 TRUE 0.983 -22.000 0.120 0.021 Y NA
 679358 679359 YP1351 YP1352 caiD2 fabG7 TRUE 0.992 3.000 0.051 0.046 Y NA
 679359 679360 YP1352 YP1353 fabG7   TRUE 0.499 39.000 0.000 NA   NA
 679360 679361 YP1353 YP1354   acpP1 TRUE 0.505 38.000 0.000 NA   NA
 679361 679362 YP1354 YP1355 acpP1 fabD1 FALSE 0.309 99.000 0.000 1.000   NA
 679362 679363 YP1355 YP1356 fabD1   FALSE 0.005 986.000 0.000 NA   NA
 679363 679364 YP1356 YP1357     TRUE 0.476 43.000 0.000 NA   NA
 679364 679365 YP1357 YP1358     TRUE 0.780 12.000 0.000 NA   NA
 679365 679366 YP1358 YP1359     TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 679366 679367 YP1359 YP1360   ompA2 TRUE 0.932 0.000 0.000 NA   NA
 679367 679368 YP1360 YP1361 ompA2 hcp3 TRUE 0.897 4.000 0.000 NA   NA
 679368 679369 YP1361 YP1362 hcp3 clpA2 FALSE 0.037 388.000 0.083 NA   NA
 679369 679370 YP1362 YP1363 clpA2 vgrG1 TRUE 0.968 3.000 0.125 NA   NA
 679370 679371 YP1363 YP1364 vgrG1   TRUE 0.968 16.000 0.400 NA   NA
 679371 679372 YP1364 YP1365   uvrA2 TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 679372 679373 YP1365 YP1366 uvrA2 mdlB3 FALSE 0.217 154.000 0.000 NA   NA
 679373 679374 YP1366 YP1367 mdlB3   TRUE 0.712 16.000 0.000 NA   NA
 679374 679375 YP1367 YP1368     TRUE 0.787 173.000 0.500 NA   NA
 679377 679378 YP1370 YP1371   icmF1 TRUE 0.997 -3.000 0.625 NA   NA
 679378 5438022 YP1371 YP_1372 icmF1   TRUE 0.470 44.000 0.000 NA   NA
 5438022 679379 YP_1372 YP1373     TRUE 0.861 -9.000 0.000 NA   NA
 679379 679380 YP1373 YP1374     TRUE 0.991 0.000 0.286 NA   NA
 679380 679381 YP1374 YP1375     FALSE 0.105 221.000 0.000 NA   NA
 679381 679382 YP1375 YP1376     TRUE 0.982 -36.000 0.750 NA   NA
 679382 679383 YP1376 YP1377     TRUE 0.988 -25.000 0.750 NA   NA
 679383 679384 YP1377 YP1378     TRUE 0.932 0.000 0.000 NA   NA
 679384 679385 YP1378 YP1379     TRUE 0.610 25.000 0.000 NA   NA
 679387 679388 YP1381 YP1382 uup3   FALSE 0.095 228.000 0.000 NA   NA
 679389 679390 YP1383 YP1384   moeB FALSE 0.104 167.000 0.000 1.000 N NA
 679390 679391 YP1384 YP1385 moeB moeA TRUE 0.993 -28.000 0.323 0.003 Y NA
 679391 679392 YP1385 YP1386 moeA aslB1 FALSE 0.010 535.000 0.000 1.000   NA
 679392 679393 YP1386 YP1387 aslB1 phnL3 TRUE 0.911 10.000 0.094 1.000   NA
 679393 679394 YP1387 YP1388 phnL3 acrA6 TRUE 0.941 2.000 0.094 1.000 N NA
 679394 679395 YP1388 YP1389 acrA6   TRUE 0.995 2.000 0.500 NA   NA
 679395 679396 YP1389 YP1390     FALSE 0.321 84.000 0.000 NA   NA
 679396 679397 YP1390 YP1391     FALSE 0.066 257.000 0.000 NA   NA
 679397 679398 YP1391 YP1392   adhC TRUE 0.939 21.000 0.273 1.000   NA
 679398 679399 YP1392 YP1393 adhC lysR7 TRUE 0.523 274.000 0.636 1.000 N NA
 679400 679401 YP1394 YP1395 proP13 folE TRUE 0.686 130.000 0.250 NA   NA
 679401 679402 YP1395 YP1396 folE   TRUE 0.954 55.000 0.719 NA   NA
 679402 679403 YP1396 YP1397   mglB FALSE 0.007 637.000 0.000 NA   NA
 679403 679404 YP1397 YP1398 mglB mglA4 TRUE 0.717 230.000 0.250 NA Y NA
 679404 679405 YP1398 YP1399 mglA4 mglC TRUE 0.998 21.000 0.905 0.013 Y NA
 679406 679407 YP1400 YP1401 sanA sfcA1 FALSE 0.058 281.000 0.045 NA   NA
 679407 679408 YP1401 YP1402 sfcA1 cdd FALSE 0.008 356.000 0.022 1.000 N NA
 679408 679409 YP1402 YP1403 cdd lrgB FALSE 0.105 326.000 0.198 NA N NA
 679409 679410 YP1403 YP1404 lrgB   TRUE 0.993 -3.000 0.340 NA   NA
 679410 679411 YP1404 YP1405   ydeF FALSE 0.239 203.000 0.021 0.079   NA
 679411 679412 YP1405 YP1406 ydeF   FALSE 0.036 314.000 0.000 NA   NA
 679412 679413 YP1406 YP1407   rbsB5 TRUE 0.924 15.000 0.177 NA   NA
 679414 679415 YP1408 YP1409     TRUE 0.493 40.000 0.000 NA   NA
 679415 679416 YP1409 YP1410   tnp_18 TRUE 0.849 -10.000 0.000 NA   NA
 679418 679419 YP1412 YP_1413 mrp udk FALSE 0.085 245.000 0.073 1.000 N NA
 679419 679420 YP_1413 YP_1414 udk dcd TRUE 0.806 105.000 0.098 1.000 Y NA
 679420 679421 YP_1414 YP1415 dcd asmA1 FALSE 0.034 289.000 0.057 NA N NA
 679423 679424 YP1417 YP1418 ysuF ysuJ FALSE 0.220 152.000 0.000 NA   NA
 679424 679425 YP1418 YP1419 ysuJ alcA TRUE 0.957 35.000 0.667 1.000 N NA
 679425 679426 YP1419 YP1420 alcA alcB FALSE 0.316 33.000 0.000 NA N NA
 679426 679427 YP1420 YP1421 alcB ysuG FALSE 0.349 -48.000 0.000 NA N NA
 679428 679429 YP1422 YP1423 ysuD ysuC TRUE 0.999 -3.000 0.583 1.000 Y NA
 679429 679430 YP1423 YP1424 ysuC ysuB TRUE 0.999 -13.000 0.818 0.059 Y NA
 679430 679431 YP1424 YP1425 ysuB ysuA TRUE 0.999 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 679431 679432 YP1425 YP1426 ysuA ysuR TRUE 0.968 51.000 0.364 1.000 Y NA
 679432 679433 YP1426 YP1427 ysuR   TRUE 0.753 213.000 0.455 0.002 N NA
 679434 679435 YP1428 YP1429 galU1 galF TRUE 0.921 84.000 0.111 0.001 Y NA
 679435 679436 YP1429 YP1430 galF gnd FALSE 0.015 335.000 0.000 1.000 N NA
 679437 679438 YP1431 YP1432 hisI hisF TRUE 0.999 -6.000 0.430 0.003 Y NA
 679438 679439 YP1432 YP1433 hisF hisA TRUE 0.997 -18.000 0.433 0.003 Y NA
 679439 679440 YP1433 YP1434 hisA hisH TRUE 0.996 6.000 0.210 0.003 Y NA
 679440 679441 YP1434 YP1435 hisH hisB1 TRUE 0.997 0.000 0.128 0.003 Y NA
 679441 679442 YP1435 YP1436 hisB1 hisC TRUE 0.999 -3.000 0.341 0.003 Y NA
 679442 679443 YP1436 YP1437 hisC hisD TRUE 0.998 3.000 0.294 0.003 Y NA
 679443 679444 YP1437 YP1438 hisD hisG TRUE 0.996 4.000 0.171 0.003 Y NA
 679445 679446 YP1439 YP1440   wcaG4 FALSE 0.018 392.000 0.000 NA   NA
 679447 679448 YP1441 YP1442   araH6 FALSE 0.078 245.000 0.000 NA   NA
 679448 5438023 YP1442 YP_1443 araH6   TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 679449 679450 YP1444 YP1445 gldA potE2 FALSE 0.006 460.000 0.000 1.000 N NA
 679452 679453 YP1447 YP1448 wcaG5   FALSE 0.015 434.000 0.000 NA   NA
 2213999 679454 YP_1449 YP1450     FALSE 0.007 670.000 0.000 NA   NA
 679457 679458 YP1453 YP1454 ucpA mhpD2 TRUE 0.978 48.000 0.333 0.046 Y NA
 679458 679459 YP1454 YP1455 mhpD2 dgoA1 TRUE 0.929 32.000 0.290 0.020 N NA
 679459 679460 YP1455 YP1456 dgoA1   FALSE 0.334 79.000 0.000 NA   NA
 679460 679461 YP1456 YP1457   lldD TRUE 0.465 45.000 0.000 NA   NA
 679464 679465 YP1460 YP1461 proP15 cDA11 TRUE 0.970 -3.000 0.136 1.000 N NA
 679466 679467 YP1462 YP_1463     FALSE 0.305 90.000 0.000 NA   NA
 679468 679469 YP_t29 YP1464   uhpA1 FALSE 0.014 446.000 0.000 NA   NA
 679469 679470 YP1464 YP1465 uhpA1   FALSE 0.033 257.000 0.000 1.000 N NA
 679470 679471 YP1465 YP1466     TRUE 0.996 20.000 0.905 NA Y NA
 679471 679472 YP1466 YP1467   dctP TRUE 0.979 124.000 0.947 NA Y NA
 679474 679475 YP1469 YP1470 galA lacY TRUE 0.651 24.000 0.000 1.000   NA
 679477 679478 YP_t30 YP1472     FALSE 0.178 178.000 0.000 NA   NA
 679478 679479 YP1472 YP1473     FALSE 0.019 390.000 0.000 NA   NA
 679479 679480 YP1473 YP1474   rIO1 FALSE 0.103 222.000 0.000 NA   NA
 679480 679481 YP1474 YP1475 rIO1 mdlB4 FALSE 0.108 103.000 0.021 1.000 N NA
 679482 679483 YP1476 YP1477     TRUE 0.586 27.000 0.000 NA   NA
 679487 679488 YP1481 YP1482     FALSE 0.161 263.000 0.125 NA   NA
 679488 679489 YP1482 YP1483     TRUE 0.924 43.000 0.429 NA   NA
 679489 679490 YP1483 YP1484   aroP2 TRUE 0.827 113.000 0.429 NA   NA
 679495 679496 YP1489 YP1490   atoS1 FALSE 0.103 222.000 0.000 NA   NA
 679497 679498 YP1491 YP1492 dnaC_12   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 679499 679500 YP1493 YP1494     FALSE 0.153 194.000 0.000 NA   NA
 679500 679501 YP1494 YP1495     TRUE 0.712 16.000 0.000 NA   NA
 679502 679503 YP1496 YP1497   malK1 TRUE 0.509 -114.000 0.000 1.000   NA
 679503 679504 YP1497 YP1498 malK1 malG2 TRUE 0.916 25.000 0.000 1.000 Y NA
 679504 679505 YP1498 YP1499 malG2 malF3 TRUE 0.988 -7.000 0.000 0.059 Y NA
 679505 679506 YP1499 YP1500 malF3 ugpB2 TRUE 0.862 67.000 0.000 0.059 Y NA
 679506 679507 YP1500 YP1501 ugpB2 mviM2 TRUE 0.591 30.000 0.000 1.000   NA
 679508 679509 YP1502 YP1503   nagC3 FALSE 0.420 54.000 0.000 NA   NA
 679511 679512 YP1505 YP1506     TRUE 0.780 12.000 0.000 NA   NA
 5438024 5438025 YP_1507 YP_1508 tnpA_1   FALSE 0.453 48.000 0.000 NA   NA
 5438025 679513 YP_1508 YP1509     FALSE 0.367 66.000 0.000 NA   NA
 679513 679514 YP1509 YP1510     TRUE 0.944 -19.000 0.200 NA   NA
 679515 679516 YP1511 YP1512     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 679516 679517 YP1512 YP1513     TRUE 0.698 17.000 0.000 NA   NA
 679517 679518 YP1513 YP1514     FALSE 0.015 435.000 0.000 NA   NA
 679518 679519 YP1514 YP1515     TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 679519 679520 YP1515 YP1516     TRUE 0.882 5.000 0.000 NA   NA
 679520 5438026 YP1516 YP_1517     FALSE 0.196 165.000 0.000 NA   NA
 5438026 679521 YP_1517 YP1518     FALSE 0.321 84.000 0.000 NA   NA
 679521 679522 YP1518 YP1519   tnpA_2 TRUE 0.935 72.000 0.521 0.082   NA
 679522 679523 YP1519 YP1520 tnpA_2 hcp4 FALSE 0.107 220.000 0.000 NA   NA
 679523 679524 YP1520 YP1521 hcp4   TRUE 0.596 26.000 0.000 NA   NA
 679525 679526 YP1522 YP1523     FALSE 0.078 245.000 0.000 NA   NA
 679526 5438027 YP1523 YP_1524     FALSE 0.023 369.000 0.000 NA   NA
 679528 679529 YP_t31 YP_t32     TRUE 0.794 11.000 0.000 NA   NA
 679529 679530 YP_t32 YP_t33     FALSE 0.425 53.000 0.000 NA   NA
 679530 679531 YP_t33 YP1526   pgsA2 FALSE 0.230 145.000 0.000 NA   NA
 679531 679532 YP1526 YP1527 pgsA2 uvrC TRUE 0.755 59.000 0.227 1.000 N NA
 679532 679533 YP1527 YP1528 uvrC uvrY TRUE 0.868 -28.000 0.086 0.031 N NA
 679534 679535 YP1529 YP1530   glpM FALSE 0.388 125.000 0.085 NA   NA
 679538 679539 YP1533 YP_t34     FALSE 0.007 687.000 0.000 NA   NA
 679543 679544 YP1537 YP1538     TRUE 0.993 11.000 0.378 NA Y NA
 679544 679545 YP1538 YP1539   fTR11 TRUE 0.996 6.000 0.356 NA Y NA
 679545 679546 YP1539 YP1540 fTR11 putP2 FALSE 0.016 324.000 0.000 1.000 N NA
 679546 679547 YP1540 YP1541 putP2   TRUE 0.563 30.000 0.000 NA   NA
 679548 679549 YP_1542 YP1543 putA   FALSE 0.012 464.000 0.000 NA   NA
 679549 679550 YP1543 YP1544   arsR2 TRUE 0.796 -24.000 0.061 NA   NA
 679551 679552 YP1545 YP1546 glnQ2 artM4 TRUE 0.994 3.000 0.150 1.000 Y NA
 679552 679553 YP1546 YP1547 artM4 fliY TRUE 0.996 0.000 0.100 0.082 Y NA
 679553 679554 YP1547 YP1548 fliY Acd TRUE 0.944 124.000 0.469 1.000 Y NA
 679554 679555 YP1548 YP1549 Acd fliZ FALSE 0.075 289.000 0.062 1.000   NA
 679555 679556 YP1549 YP1550 fliZ fliA1 FALSE 0.236 222.000 0.108 1.000   NA
 679556 679557 YP1550 YP1551 fliA1 fliC FALSE 0.013 347.000 0.000 1.000 N NA
 679558 679559 YP1552 YP1553 fliD1 fliS1 TRUE 0.995 11.000 0.284 0.004 Y NA
 679559 679560 YP1553 YP1554 fliS1 fliT TRUE 0.940 -40.000 0.324 1.000   NA
 679560 679561 YP1554 YP1555 fliT   FALSE 0.413 55.000 0.000 NA   NA
 679561 679562 YP1555 YP1556   araC3 TRUE 0.897 4.000 0.000 NA   NA
 679562 5438028 YP1556 YP_1557 araC3   FALSE 0.026 354.000 0.000 NA   NA
 5438028 679563 YP_1557 YP1558   alkA FALSE 0.204 161.000 0.000 NA   NA
 679564 679565 YP1559 YP1560 Doc   TRUE 0.729 11.000 0.013 NA   NA
 679565 679566 YP1560 YP_1561   fliE FALSE 0.045 294.000 0.000 NA   NA
 679567 679568 YP1562 YP1563 fliF2 fliG1 TRUE 0.998 -3.000 0.220 0.011 Y NA
 679568 679569 YP1563 YP_1564 fliG1 fliH TRUE 0.988 -7.000 0.007 0.006 Y NA
 679569 679570 YP_1564 YP1565 fliH fliI2 TRUE 0.961 -61.000 0.115 0.006 Y NA
 679570 679571 YP1565 YP1566 fliI2 fliJ TRUE 0.864 100.000 0.073 0.012 Y NA
 679571 679572 YP1566 YP1567 fliJ fliK1 TRUE 0.999 -3.000 0.317 0.011 Y NA
 679572 679573 YP1567 YP1568 fliK1 fliL FALSE 0.437 267.000 0.119 1.000 Y NA
 679573 679574 YP1568 YP1569 fliL fliM1 TRUE 0.999 6.000 0.957 0.002 Y NA
 679574 679575 YP1569 YP1570 fliM1 fliN TRUE 0.997 -3.000 0.137 0.002 Y NA
 679575 679576 YP1570 YP1571 fliN fliO TRUE 0.998 0.000 0.443 1.000 Y NA
 679576 679577 YP1571 YP_1572 fliO fliP TRUE 0.909 81.000 0.203 1.000 Y NA
 679577 679578 YP_1572 YP1573 fliP fliQ2 TRUE 0.987 106.000 0.827 0.013 Y NA
 679578 679579 YP1573 YP1574 fliQ2 fliR2 TRUE 0.994 3.000 0.069 0.004 Y NA
 679579 679580 YP1574 YP1575 fliR2   TRUE 0.927 21.000 0.000 NA Y NA
 679580 679581 YP1575 YP1576     TRUE 0.465 45.000 0.000 NA   NA
 679582 679583 YP1577 YP1578 rbsK3 araH7 TRUE 0.842 49.000 0.000 NA Y NA
 679583 679584 YP1578 YP1579 araH7 mglA5 TRUE 0.998 3.000 0.286 0.012 Y NA
 679584 679585 YP1579 YP1580 mglA5 rbsB6 TRUE 0.989 0.000 0.000 NA Y NA
 679585 679586 YP1580 YP1581 rbsB6 araH8 TRUE 0.993 43.000 1.000 NA Y NA
 679586 679587 YP1581 YP1582 araH8   FALSE 0.289 112.000 0.000 1.000   NA
 679589 679590 YP1584 YP1585 flgL flgK1 TRUE 0.915 106.000 0.142 0.002 Y NA
 679590 679591 YP1585 YP1586 flgK1 flgJ1 TRUE 0.565 585.000 0.705 0.004 Y NA
 679591 679592 YP1586 YP1587 flgJ1 flgI1 TRUE 0.995 0.000 0.048 0.012 Y NA
 679592 679593 YP1587 YP1588 flgI1 flgH1 TRUE 0.979 15.000 0.085 0.012 Y NA
 679593 679594 YP1588 YP1589 flgH1 flgG1 TRUE 0.915 102.000 0.268 1.000 Y NA
 679594 679595 YP1589 YP1590 flgG1 flgF1 TRUE 0.997 -19.000 0.420 0.001 Y NA
 679595 679596 YP1590 YP1591 flgF1 flgE1 TRUE 0.973 22.000 0.095 0.006 Y NA
 679596 679597 YP1591 YP1592 flgE1 flgD1 TRUE 0.529 202.000 0.000 1.000 Y NA
 679597 679598 YP1592 YP1593 flgD1 flgC1 TRUE 0.981 15.000 0.186 1.000 Y NA
 679598 679599 YP1593 YP1594 flgC1 flgB1 TRUE 0.999 6.000 0.824 0.006 Y NA
 679600 679601 YP1595 YP1596 flgA flgM TRUE 0.903 151.000 0.330 NA Y NA
 679601 679602 YP1596 YP1597 flgM flgN1 TRUE 0.994 16.000 0.361 0.004 Y NA
 5438029 679603 YP_1598 YP1599 inv tnp_19 TRUE 0.463 -1506.000 0.000 NA   NA
 679603 679604 YP1599 YP1600 tnp_19 flhE FALSE 0.005 1658.000 0.000 1.000   NA
 679604 679605 YP1600 YP1601 flhE flhA2 TRUE 0.981 0.000 0.053 0.004   NA
 679605 679606 YP1601 YP1602 flhA2 flhB2 TRUE 0.999 0.000 0.287 0.013 Y NA
 679607 679608 YP1603 YP1604   acpP2 TRUE 0.997 -6.000 0.800 NA   NA
 679609 679610 YP1605 YP1606     FALSE 0.052 280.000 0.000 NA   NA
 679610 679611 YP1606 YP1607   pcoD TRUE 0.932 82.000 0.704 NA   NA
 679611 679612 YP1607 YP1608 pcoD copC TRUE 0.996 3.000 0.613 1.000   NA
 679616 679617 YP1612 YP1613 pip ptrB FALSE 0.016 722.000 0.000 0.024   NA
 679617 679618 YP1613 YP1614 ptrB   FALSE 0.038 310.000 0.000 NA   NA
 679618 679619 YP1614 YP1615     FALSE 0.342 92.000 0.048 NA   NA
 679619 679620 YP1615 YP1616     TRUE 0.706 22.000 0.053 NA   NA
 679620 679621 YP1616 YP1617   dbpA FALSE 0.229 94.000 0.014 NA   NA
 679624 679625 YP1620 YP1621 pabB mutT2 TRUE 0.975 -3.000 0.116 1.000   NA
 679625 679626 YP1621 YP1622 mutT2 sdaA FALSE 0.080 688.000 0.409 1.000   NA
 679627 679628 YP1623 YP1624 hpaC hpaB TRUE 0.964 21.000 0.226 0.001   NA
 679628 679629 YP1624 YP1625 hpaB hpaX FALSE 0.213 68.000 0.000 1.000 N NA
 679629 679630 YP1625 YP1626 hpaX hpaI TRUE 0.963 26.000 0.175 1.000 Y NA
 679630 679631 YP1626 YP1627 hpaI hpaH TRUE 0.987 -7.000 0.439 1.000 N NA
 679631 679632 YP1627 YP1628 hpaH hpaF TRUE 0.981 -6.000 0.282 1.000 N NA
 679632 679633 YP1628 YP1629 hpaF hpaD TRUE 0.940 25.000 0.330 1.000   NA
 679633 679634 YP1629 YP1630 hpaD hpaE TRUE 0.803 119.000 0.378 1.000   NA
 679634 5438030 YP1630 YP_1631 hpaE   TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 679637 679638 YP_1634 YP1635 manX1 manY TRUE 0.925 50.000 0.064 0.009 Y NA
 679638 679639 YP1635 YP1636 manY manZ TRUE 0.999 7.000 0.939 0.009 Y NA
 679639 679640 YP1636 YP1637 manZ   TRUE 0.840 200.000 0.755 NA   NA
 679640 679641 YP1637 YP1638     FALSE 0.015 429.000 0.000 NA   NA
 679641 2214000 YP1638 YP_1639   fcuA FALSE 0.204 161.000 0.000 NA   NA
 2214000 679642 YP_1639 YP1641 fcuA   FALSE 0.314 87.000 0.000 NA   NA
 679642 679643 YP1641 YP1642   dnaC_13 TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 679644 679645 YP1643 YP1644 dksA2   TRUE 0.801 -10.000 0.002 1.000   NA
 679645 679646 YP1644 YP1645     TRUE 0.991 6.000 0.500 NA   NA
 679646 679647 YP1645 YP1646   alpA2 TRUE 0.676 19.000 0.000 NA   NA
 679647 679648 YP1646 YP1647 alpA2   TRUE 0.470 44.000 0.000 NA   NA
 679648 679649 YP1647 YP1648     TRUE 0.843 8.000 0.000 NA   NA
 679649 679650 YP1648 YP1649   fyuA FALSE 0.006 816.000 0.000 NA   NA
 679650 679651 YP1649 YP1650 fyuA ybtE FALSE 0.392 131.000 0.125 1.000 N NA
 679651 679652 YP1650 YP1651 ybtE ybtT TRUE 0.989 4.000 0.094 1.000 Y NA
 679652 679653 YP1651 YP_1652 ybtT ybtU TRUE 0.998 -3.000 0.406 1.000 Y NA
 679653 679654 YP_1652 YP1653 ybtU irp1 TRUE 0.999 -3.000 0.333 0.024 Y NA
 679654 679655 YP1653 YP1654 irp1 irp2 TRUE 0.934 88.000 0.158 0.002 Y NA
 679655 679656 YP1654 YP1655 irp2 ybtA TRUE 0.633 173.000 0.333 1.000 N NA
 679657 679658 YP1656 YP1657 ybtP ybtQ TRUE 0.999 -13.000 0.913 0.006 Y NA
 679658 679659 YP1657 YP1658 ybtQ ybtX TRUE 0.653 -130.000 0.130 NA N NA
 679659 679660 YP1658 YP1659 ybtX ybtS TRUE 0.807 28.000 0.176 NA N NA
 679661 679662 YP1660 YP_t35 int2   FALSE 0.202 162.000 0.000 NA   NA
 679662 679663 YP_t35 YP1661   fimC2 FALSE 0.040 303.000 0.000 NA   NA
 679663 679664 YP1661 YP1662 fimC2   TRUE 0.993 -3.000 0.333 NA   NA
 679664 679665 YP1662 YP1663   fimD2 TRUE 0.984 16.000 0.667 NA   NA
 679665 679666 YP1663 YP1664 fimD2 fimC3 TRUE 0.978 49.000 0.500 1.000 Y NA
 679666 679667 YP1664 YP1665 fimC3 fimA1 TRUE 0.870 93.000 0.154 1.000 Y NA
 679667 679668 YP1665 YP1666 fimA1 baeS3 FALSE 0.005 513.000 0.000 1.000 N NA
 679668 679669 YP1666 YP1667 baeS3 fimZ TRUE 0.970 -25.000 0.037 0.011 Y NA
 679669 679670 YP1667 YP1668 fimZ aCH1 FALSE 0.003 826.000 0.000 1.000 N NA
 679670 679671 YP1668 YP1669 aCH1 maoC TRUE 0.947 23.000 0.417 1.000 N NA
 679671 679672 YP1669 YP1670 maoC citE2 TRUE 0.953 -58.000 0.600 1.000 N NA
 679674 679675 YP1672 YP1673     TRUE 0.610 25.000 0.000 NA   NA
 679675 679676 YP1673 YP1674   proP16 FALSE 0.107 220.000 0.000 NA   NA
 679676 679677 YP1674 YP1675 proP16   TRUE 0.967 18.000 0.417 1.000   NA
 679681 679682 YP1679 YP1680 ansP2 glpR4 FALSE 0.003 722.000 0.000 1.000 N NA
 679683 679684 YP1681 YP1682 hfi2 glsA1 FALSE 0.014 437.000 0.000 NA   NA
 679684 679685 YP1682 YP1683 glsA1 proP17 FALSE 0.125 111.000 0.028 1.000 N NA
 679685 679686 YP1683 YP1684 proP17   FALSE 0.092 231.000 0.000 NA   NA
 679686 679687 YP1684 YP1685   fTR12 TRUE 0.492 -94.000 0.000 NA   NA
 679687 679688 YP1685 YP1686 fTR12   TRUE 0.670 204.000 0.133 NA Y NA
 679688 679689 YP1686 YP1687     FALSE 0.457 256.000 0.386 NA   NA
 679689 679690 YP1687 YP1688     TRUE 0.996 3.000 0.625 NA   NA
 679690 679691 YP1688 YP1689     TRUE 0.993 -67.000 0.878 NA Y NA
 679691 679692 YP1689 YP1690   phnL4 TRUE 0.993 4.000 0.175 NA Y NA
 679692 679693 YP1690 YP1691 phnL4 trxA1 TRUE 0.635 -43.000 0.078 1.000 N NA
 679693 679694 YP1691 YP1692 trxA1   TRUE 0.989 -3.000 0.176 0.012 N NA
 679694 679695 YP1692 YP1693   tehB FALSE 0.190 173.000 0.071 1.000 N NA
 679695 679696 YP1693 YP1694 tehB pepP1 FALSE 0.242 141.000 0.071 1.000 N NA
 679696 679697 YP1694 YP_1695 pepP1 hmsH FALSE 0.008 669.000 0.000 1.000   NA
 679697 679698 YP_1695 YP1696 hmsH hmsF TRUE 0.989 13.000 0.696 1.000   NA
 679698 679699 YP1696 YP_1697 hmsF   TRUE 0.880 -10.000 0.087 1.000 N NA
 679699 679700 YP_1697 YP1698   hmsS TRUE 0.981 -3.000 0.154 NA   NA
 679700 679701 YP1698 YP1699 hmsS rimL FALSE 0.030 334.000 0.000 NA   NA
 679701 5438031 YP1699 YP_1700 rimL   FALSE 0.014 439.000 0.000 NA   NA
 679704 679705 YP1703 YP1704 chaA narX FALSE 0.012 549.000 0.000 0.077 N NA
 679706 679707 YP1705 YP1706 aRO82   FALSE 0.082 242.000 0.000 NA   NA
 679707 679708 YP1706 YP_1707   argD FALSE 0.146 198.000 0.000 NA   NA
 679708 679709 YP_1707 YP1708 argD astA TRUE 0.982 30.000 0.400 1.000 Y NA
 679709 679710 YP1708 YP1709 astA astD TRUE 0.907 -3.000 0.051 1.000 N NA
 679710 679711 YP1709 YP_1710 astD astB TRUE 0.918 24.000 0.306 1.000 N NA
 679711 679712 YP_1710 YP1711 astB   TRUE 0.852 58.000 0.063 1.000 Y NA
 679712 679713 YP1711 YP1712   ompC3 FALSE 0.003 728.000 0.000 1.000 N NA
 679714 679715 YP1713 YP1714 hutG hutI FALSE 0.291 -90.000 0.031 1.000 N NA
 679715 5438032 YP1714 YP_1715 hutI hutC1 FALSE 0.133 204.000 0.000 NA   NA
 5438032 679716 YP_1715 YP1716 hutC1 dnaC_14 FALSE 0.352 70.000 0.000 NA   NA
 679716 679717 YP1716 YP1717 dnaC_14   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 679719 679720 YP1719 YP1720     FALSE 0.125 208.000 0.000 NA   NA
 679720 679721 YP1720 YP1721   fimD3 TRUE 0.850 206.000 0.848 NA   NA
 679721 679722 YP1721 YP1722 fimD3 fimC4 TRUE 0.973 154.000 0.879 NA Y NA
 679722 679723 YP1722 YP1723 fimC4   TRUE 0.878 31.000 0.219 NA   NA
 679723 679724 YP1723 YP1724     TRUE 0.996 -6.000 0.714 NA   NA
 679724 679725 YP1724 YP1725     TRUE 0.976 -6.000 0.192 NA   NA
 679725 679726 YP1725 YP1726   pqiB2 FALSE 0.011 480.000 0.000 NA   NA
 679726 679727 YP1726 YP1727 pqiB2 pqiA2 TRUE 0.984 -37.000 0.840 NA   NA
 679728 679729 YP1728 YP1729   proQ TRUE 0.791 96.000 0.081 NA Y NA
 679729 679730 YP1729 YP_1730 proQ prc TRUE 0.927 20.000 0.304 NA N NA
 679730 679731 YP_1730 YP1731 prc htpX1 FALSE 0.023 455.000 0.042 0.024 N NA
 679731 679732 YP1731 YP1732 htpX1 fimA2 FALSE 0.003 658.000 0.000 1.000 N NA
 679732 679733 YP1732 YP1733 fimA2 ecpD1 TRUE 0.966 153.000 0.750 1.000 Y NA
 679733 679734 YP1733 YP1734 ecpD1 fimD4 TRUE 0.980 82.000 0.750 1.000 Y NA
 679734 679735 YP1734 YP1735 fimD4 fimA3 TRUE 0.990 -9.000 0.167 1.000 Y NA
 679735 679736 YP1735 YP1736 fimA3 fimC5 TRUE 0.996 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 679738 679739 YP1738 YP1739 ogl kdgR FALSE 0.141 187.000 0.059 1.000 N NA
 679739 679740 YP1739 YP1740 kdgR ampD2 FALSE 0.010 385.000 0.000 1.000 N NA
 679741 679742 YP1741 YP1742     FALSE 0.285 198.000 0.102 NA   NA
 679742 679743 YP1742 YP1743     FALSE 0.011 480.000 0.000 NA   NA
 679743 679744 YP1743 YP1744   togB FALSE 0.099 298.000 0.000 0.057   NA
 679744 679745 YP1744 YP1745 togB togA TRUE 0.977 16.000 0.101 0.057 Y NA
 679745 679746 YP1745 YP1746 togA malG3 TRUE 0.984 14.000 0.131 0.057 Y NA
 679746 679747 YP1746 YP1747 malG3 togM TRUE 0.999 -7.000 0.917 0.057 Y NA
 679747 679748 YP1747 YP1748 togM pelW TRUE 0.850 41.000 0.217 1.000   NA
 679748 679749 YP1748 YP1749 pelW kduD FALSE 0.033 336.000 0.000 1.000   NA
 679749 679750 YP1749 YP1750 kduD kduI TRUE 0.756 47.000 0.192 1.000 N NA
 5438033 679751 YP_1751 YP1752 kdgF   FALSE 0.453 48.000 0.000 NA   NA
 679751 679752 YP1752 YP1753     FALSE 0.045 303.000 0.000 1.000   NA
 679754 679755 YP1755 YP1756   phnL5 TRUE 0.987 -3.000 0.175 0.080 N NA
 679755 679756 YP1756 YP1757 phnL5   TRUE 0.981 -3.000 0.125 0.080 N NA
 679756 679757 YP1757 YP_1758   nagC4 TRUE 0.906 19.000 0.225 1.000 N NA
 679757 679758 YP_1758 YP1759 nagC4 nagC5 TRUE 0.714 -22.000 0.028 NA   NA
 679758 679759 YP1759 YP1760 nagC5 cobB TRUE 0.688 49.000 0.119 NA   NA
 679759 679760 YP1760 YP1761 cobB pepT FALSE 0.013 300.000 0.019 1.000 N NA
 679761 679762 YP1762 YP1763   phoQ TRUE 0.942 30.000 0.408 NA   NA
 679762 679763 YP1763 YP1764 phoQ phoP TRUE 0.999 6.000 0.940 1.000 Y NA
 679763 679764 YP1764 YP1765 phoP   FALSE 0.134 211.000 0.000 1.000   NA
 679764 679765 YP1765 YP1766   purB FALSE 0.121 188.000 0.002 1.000   NA
 679765 679766 YP1766 YP1767 purB   TRUE 0.617 52.000 0.093 NA   NA
 679766 679767 YP1767 YP1768   trmU TRUE 0.751 58.000 0.180 NA   NA
 679767 679768 YP1768 YP1769 trmU mutT3 FALSE 0.356 187.000 0.158 1.000 N NA
 679768 679769 YP1769 YP1770 mutT3 rsuA2 TRUE 0.961 -7.000 0.182 1.000 N NA
 679771 679772 YP1772 YP1773 purR4   FALSE 0.054 276.000 0.000 NA   NA
 679772 679773 YP1773 YP1774   aer TRUE 0.496 120.000 0.125 NA   NA
 679773 679774 YP1774 YP1775 aer   FALSE 0.003 863.000 0.000 1.000 N NA
 679775 679776 YP1776 YP1777     FALSE 0.401 58.000 0.000 NA   NA
 679776 679777 YP1777 YP1778   appA FALSE 0.041 301.000 0.000 NA   NA
 679778 679779 YP1779 YP1780     FALSE 0.046 291.000 0.000 NA   NA
 679779 679780 YP1780 YP1781   lrp3 FALSE 0.391 68.000 0.045 NA   NA
 679780 679781 YP1781 YP1782 lrp3   FALSE 0.056 273.000 0.000 NA   NA
 679781 679782 YP1782 YP1783     FALSE 0.310 88.000 0.000 NA   NA
 679782 679783 YP1783 YP1784   qor2 FALSE 0.050 283.000 0.000 NA   NA
 679783 679784 YP1784 YP1785 qor2 lacZ FALSE 0.011 371.000 0.000 1.000 N NA
 679785 679786 YP1786 YP_1787 cspC3 dsrB FALSE 0.240 215.000 0.105 NA   NA
 679787 679788 YP1789 YP1790   mgtC FALSE 0.029 340.000 0.000 NA   NA
 679788 679789 YP1790 YP1791 mgtC mgtB FALSE 0.027 401.000 0.065 NA   NA
 679789 5438035 YP1791 YP_1792 mgtB flhD FALSE 0.005 1179.000 0.000 NA   NA
 5438035 679790 YP_1792 YP1793 flhD flhC TRUE 0.923 1.000 0.000 NA   NA
 679790 679791 YP1793 YP1794 flhC motA1 TRUE 0.665 205.000 0.408 1.000   NA
 679791 679792 YP1794 YP1795 motA1 motB1 TRUE 0.998 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 679792 679793 YP1795 YP1796 motB1 cheA TRUE 0.998 11.000 0.913 1.000 Y NA
 679793 679794 YP1796 YP1797 cheA cheW TRUE 0.957 163.000 0.447 0.003 Y NA
 679795 679796 YP1798 YP1799 proP19 tdcF1 TRUE 0.967 13.000 0.400 NA N NA
 679796 679797 YP1799 YP1800 tdcF1 sgaU TRUE 0.945 -33.000 0.400 NA N NA
 679798 679799 YP1801 YP1802     FALSE 0.141 201.000 0.000 NA   NA
 679799 679800 YP1802 YP1803     FALSE 0.009 389.000 0.000 1.000 N NA
 679800 679801 YP1803 YP1804     FALSE 0.010 528.000 0.000 NA   NA
 679801 679802 YP1804 YP_1805     FALSE 0.305 90.000 0.000 NA   NA
 679802 679803 YP_1805 YP1806   cheD1 FALSE 0.084 241.000 0.000 NA   NA
 679803 679804 YP1806 YP1807 cheD1 tap TRUE 0.949 184.000 0.429 0.001 Y NA
 679804 679805 YP1807 YP1808 tap cheR TRUE 0.834 158.000 0.188 1.000 Y NA
 679805 679806 YP1808 YP1809 cheR cheB TRUE 0.993 -3.000 0.087 1.000 Y NA
 679806 679807 YP1809 YP1810 cheB cheY TRUE 0.954 95.000 0.286 0.010 Y NA
 679807 679808 YP1810 YP1811 cheY cheZ TRUE 0.994 10.000 0.333 1.000 Y NA
 679808 679809 YP1811 YP1812 cheZ ampD3 FALSE 0.004 571.000 0.000 1.000 N NA
 679809 5438036 YP1812 YP_1813 ampD3   FALSE 0.025 357.000 0.000 NA   NA
 5438036 679810 YP_1813 YP1814     FALSE 0.282 100.000 0.000 NA   NA
 679811 5438037 YP1815 YP_1816     TRUE 0.531 34.000 0.000 NA   NA
 5438037 679812 YP_1816 YP1817     FALSE 0.019 391.000 0.000 NA   NA
 679813 679814 YP1818 YP1819   rssA1 FALSE 0.018 393.000 0.000 NA   NA
 679814 679815 YP1819 YP1820 rssA1   FALSE 0.214 155.000 0.000 NA   NA
 679816 679817 YP1821 YP1822 dnaC_15   TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 679817 5438038 YP1822 YP_1823   hutC2 FALSE 0.307 89.000 0.000 NA   NA
 679818 679819 YP1824 YP1825 ssnA   TRUE 0.956 0.000 0.067 NA   NA
 5438039 679821 YP_1827 YP1828 fabH1 wcaG6 TRUE 0.747 14.000 0.000 NA   NA
 679821 679822 YP1828 YP1829 wcaG6 gloB2 TRUE 0.819 -52.000 0.133 1.000   NA
 679822 679823 YP1829 YP1830 gloB2 paaK TRUE 0.996 -3.000 0.550 NA   NA
 679823 679824 YP1830 YP1831 paaK wcaG7 FALSE 0.169 134.000 0.054 NA N NA
 679824 679825 YP1831 YP1832 wcaG7   TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 679825 5438040 YP1832 YP_1833     TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 679829 679830 YP1837 YP1838   rpiB2 FALSE 0.084 247.000 0.000 1.000   NA
 679831 679832 YP1839 YP1840 smtA4 fabG8 TRUE 0.496 105.000 0.000 0.044   NA
 679832 679833 YP1840 YP1841 fabG8   FALSE 0.028 341.000 0.000 NA   NA
 679833 679834 YP1841 YP1842     TRUE 0.822 -13.000 0.000 NA   NA
 679834 679835 YP1842 YP1843     TRUE 0.870 6.000 0.000 NA   NA
 679835 679836 YP1843 YP1844   mhpC2 FALSE 0.006 791.000 0.000 NA   NA
 679836 679837 YP1844 YP1845 mhpC2   FALSE 0.119 213.000 0.000 NA   NA
 679837 679838 YP1845 YP1846     TRUE 0.738 55.000 0.154 1.000   NA
 679838 679839 YP1846 YP1847   baeS4 FALSE 0.060 277.000 0.000 1.000   NA
 679839 679840 YP1847 YP1848 baeS4 copR TRUE 0.999 6.000 0.793 0.001 Y NA
 679841 679842 YP1849 YP1850   mdaB2 FALSE 0.225 149.000 0.000 NA   NA
 679842 679843 YP1850 YP1851 mdaB2   TRUE 0.898 15.000 0.133 NA   NA
 679845 679846 YP1853 YP1854   aes1 TRUE 0.976 -3.000 0.125 NA   NA
 679846 679847 YP1854 YP1855 aes1 pspE2 FALSE 0.340 -46.000 0.034 NA N NA
 679848 679849 YP1856 YP1857 tra5D   TRUE 0.949 18.000 0.286 1.000   NA
 679849 679850 YP1857 YP1858     FALSE 0.135 210.000 0.000 1.000   NA
 679850 679851 YP1858 YP1859   pth TRUE 0.821 164.000 0.184 1.000 Y NA
 679853 679854 YP1861 YP1862 prsA ipk FALSE 0.024 323.000 0.053 1.000 N NA
 679854 679855 YP1862 YP1863 ipk lolB TRUE 0.969 2.000 0.157 1.000 N NA
 679856 679857 YP_1864 YP1865 hemA prfA TRUE 0.908 23.000 0.171 0.044 N NA
 679857 679858 YP1865 YP1866 prfA hemK1 TRUE 0.998 0.000 0.229 0.044 Y NA
 679858 679859 YP1866 YP1867 hemK1   TRUE 0.601 64.000 0.109 NA   NA
 679859 679860 YP1867 YP1868     TRUE 0.986 -3.000 0.195 NA   NA
 679860 679861 YP1868 YP1869   kdsA TRUE 0.479 96.000 0.089 1.000   NA
 679862 679863 YP1870 YP1871 sUL1   FALSE 0.086 239.000 0.000 NA   NA
 679863 679864 YP1871 YP_t36     FALSE 0.038 309.000 0.000 NA   NA
 679864 679865 YP_t36 YP1872   ugpQ2 FALSE 0.233 142.000 0.000 NA   NA
 679865 679866 YP1872 YP1873 ugpQ2 tbpA1 FALSE 0.045 301.000 0.000 1.000   NA
 679866 679867 YP1873 YP1874 tbpA1 potC1 TRUE 0.980 20.000 0.480 0.057   NA
 679867 679868 YP1874 YP1875 potC1 potB1 TRUE 0.999 -3.000 0.440 0.057 Y NA
 679868 5438041 YP1875 YP_1876 potB1   TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 679869 679870 YP1877 YP1878   ugpQ3 FALSE 0.003 708.000 0.000 1.000 N NA
 679870 679871 YP1878 YP1879 ugpQ3 nagC6 TRUE 0.950 -28.000 0.375 NA N NA
 679873 679874 YP1880 YP1881 hIS2 torD2 TRUE 0.934 37.000 0.417 1.000   NA
 679875 679876 YP1882 YP1883   proP20 FALSE 0.107 365.000 0.196 NA   NA
 679877 679878 YP1884 YP1885 rimJ mviM3 TRUE 0.858 8.000 0.000 1.000   NA
 679878 679879 YP1885 YP1886 mviM3 mviN FALSE 0.054 267.000 0.022 1.000   NA
 679879 679880 YP1886 YP1887 mviN fhaC1 FALSE 0.013 448.000 0.000 NA   NA
 679880 2214020 YP1887 YP_1888 fhaC1   TRUE 0.563 30.000 0.000 NA   NA
 679882 679883 YP1890 YP_1891   cutC FALSE 0.122 232.000 0.057 NA   NA
 679884 679885 YP1892 YP1893 smtA5 smtA6 TRUE 0.992 -3.000 0.315 NA   NA
 679885 679886 YP1893 YP1894 smtA6   FALSE 0.278 191.000 0.089 NA   NA
 679886 679887 YP1894 YP1895     FALSE 0.389 180.000 0.126 NA   NA
 679888 679889 YP1896 YP1897 aspS nudB TRUE 0.905 0.000 0.050 1.000 N NA
 679889 679890 YP1897 YP_1898 nudB   FALSE 0.395 58.000 0.035 NA   NA
 679890 679891 YP_1898 YP1899   ruvC TRUE 0.521 209.000 0.277 NA   NA
 679891 679892 YP1899 YP_1900 ruvC ruvA TRUE 0.811 283.000 0.451 0.011 Y NA
 679892 679893 YP_1900 YP1901 ruvA ruvB TRUE 0.970 162.000 0.549 0.001 Y NA
 679894 679895 YP1902 YP_1903 znuB znuC TRUE 0.999 -3.000 0.755 1.000 Y NA
 679896 679897 YP1904 YP1905 znuA nlpD3 TRUE 0.811 21.000 0.131 1.000 N NA
 679897 679898 YP1905 YP1906 nlpD3 msbB FALSE 0.291 267.000 0.299 1.000 N NA
 679899 679900 YP1907 YP_1908 pykA rpiR4 FALSE 0.015 330.000 0.000 1.000 N NA
 679901 679902 YP_1909 YP1910 zwf eda FALSE 0.379 242.000 0.034 1.000 Y NA
 679902 679903 YP1910 YP1911 eda emrE1 FALSE 0.003 829.000 0.000 1.000 N NA
 679903 679904 YP1911 YP1912 emrE1 emrE2 TRUE 0.997 -31.000 0.869 0.076 Y NA
 679906 679907 YP1914 YP1915 dinG2   TRUE 0.819 18.000 0.082 1.000   NA
 679907 679908 YP1915 YP1916   slp FALSE 0.098 137.000 0.024 1.000 N NA
 679908 679909 YP1916 YP1917 slp fadD FALSE 0.024 592.000 0.169 1.000 N NA
 679909 679910 YP1917 YP1918 fadD rnd FALSE 0.375 121.000 0.115 1.000 N NA
 679911 679912 YP1919 YP1920 minE minD TRUE 0.998 4.000 0.618 NA Y NA
 679912 679913 YP1920 YP1921 minD minC TRUE 0.988 25.000 0.466 1.000 Y NA
 679913 679914 YP1921 YP1922 minC   FALSE 0.016 422.000 0.000 NA   NA
 679915 679916 YP1923 YP1924   mltB1 TRUE 0.769 141.000 0.363 NA   NA
 679916 679917 YP1924 YP_1925 mltB1 mhpD3 FALSE 0.219 71.000 0.046 NA N NA
 679917 679918 YP_1925 YP1926 mhpD3   FALSE 0.440 103.000 0.088 NA   NA
 679919 679920 YP1928 YP1929   dnaC_16 TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 679921 679922 YP1930 YP1931     FALSE 0.336 78.000 0.000 NA   NA
 679922 679923 YP1931 YP1932     TRUE 0.676 19.000 0.000 NA   NA
 679924 679925 YP1933 YP1934     FALSE 0.343 74.000 0.000 NA   NA
 679925 679926 YP1934 YP1935     TRUE 0.923 1.000 0.000 NA   NA
 679926 679927 YP1935 YP1936     TRUE 0.897 4.000 0.000 NA   NA
 679927 679928 YP1936 YP1937     FALSE 0.447 49.000 0.000 NA   NA
 679929 679930 YP1938 YP1939     FALSE 0.029 337.000 0.000 NA   NA
 679930 679931 YP1939 YP1940   proP21 FALSE 0.039 305.000 0.000 NA   NA
 679931 679932 YP1940 YP1941 proP21 nifS TRUE 0.869 4.000 0.019 NA   NA
 679932 679933 YP1941 YP1942 nifS   TRUE 0.638 17.000 0.019 NA   NA
 679935 679936 YP_1944 YP1945 dsbB nhaB TRUE 0.694 236.000 0.723 1.000 N NA
 679940 679941 YP1949 YP1950 proP22   FALSE 0.060 265.000 0.000 NA   NA
 679943 679944 YP1952 YP1953 rhaT7   FALSE 0.200 105.000 0.007 NA   NA
 679944 679945 YP1953 YP1954   prkA TRUE 0.911 105.000 0.683 NA   NA
 679947 679948 YP1956 YP1957   gapA FALSE 0.370 314.000 0.154 1.000 Y NA
 679949 679950 YP1958 YP1959     TRUE 0.912 -34.000 0.216 NA   NA
 679951 679952 YP1960 YP1961 pncA ansA TRUE 0.593 15.000 0.040 1.000 N NA
 679952 679953 YP1961 YP1962 ansA sppA FALSE 0.380 117.000 0.113 1.000 N NA
 679954 679955 YP1963 YP1964 nfnB selD FALSE 0.046 225.000 0.033 1.000 N NA
 679955 679956 YP1964 YP1965 selD topB FALSE 0.224 74.000 0.041 1.000 N NA
 679956 679957 YP1965 YP1966 topB   TRUE 0.975 -3.000 0.123 NA   NA
 679958 679959 YP1967 YP_1968 nudG xthA FALSE 0.242 98.000 0.056 1.000 N NA
 679961 679962 YP_t38 YP1970   purU FALSE 0.225 149.000 0.000 NA   NA
 679962 679963 YP1970 YP1971 purU   TRUE 0.707 84.000 0.200 NA   NA
 679964 679965 YP1972 YP1973 hnr ugd FALSE 0.026 280.000 0.000 1.000 N NA
 679969 679970 YP1977 YP1978   marC1 FALSE 0.020 384.000 0.000 NA   NA
 679970 679971 YP1978 YP1979 marC1 oppA3 FALSE 0.002 838.000 0.000 NA N NA
 679971 679972 YP1979 YP1980 oppA3 oppB TRUE 0.915 87.000 0.151 0.056 Y NA
 679972 679973 YP1980 YP1981 oppB oppC TRUE 0.998 19.000 0.870 0.056 Y NA
 679973 679974 YP1981 YP1982 oppC oppD TRUE 0.996 12.000 0.554 1.000 Y NA
 679974 679975 YP1982 YP1983 oppD oppF2 TRUE 0.999 -3.000 0.420 0.001 Y NA
 679975 679976 YP1983 YP1984 oppF2   FALSE 0.008 561.000 0.000 NA   NA
 679977 679978 YP_1985 YP1986   cls TRUE 0.605 165.000 0.231 NA   NA
 679978 679979 YP1986 YP1987 cls   FALSE 0.453 48.000 0.000 NA   NA
 679980 679981 YP1988 YP1989 ail1   FALSE 0.105 221.000 0.000 NA   NA
 679982 679983 YP1990 YP1991     FALSE 0.117 214.000 0.000 NA   NA
 679985 679986 YP1993 YP1994     FALSE 0.104 148.000 0.000 NA N NA
 679986 679987 YP1994 YP1995   ispZ TRUE 0.581 80.000 0.167 NA N NA
 679989 679990 YP1998 YP1999   ompW FALSE 0.289 97.000 0.000 NA   NA
 679991 679992 YP2000 YP2001 osmY1 trpA FALSE 0.021 343.000 0.018 NA   NA
 679992 679993 YP2001 YP_2002 trpA trpB TRUE 1.000 0.000 0.947 0.001 Y NA
 679993 679994 YP_2002 YP2003 trpB trpC TRUE 0.923 157.000 0.221 0.001 Y NA
 679994 679995 YP2003 YP_2004 trpC trpD TRUE 0.996 4.000 0.293 1.000 Y NA
 679995 679996 YP_2004 YP2005 trpD trpG TRUE 0.964 15.000 0.083 1.000 Y NA
 679996 679997 YP2005 YP2006 trpG trpE2 TRUE 1.000 0.000 0.703 0.001 Y NA
 679997 679998 YP2006 YP2007 trpE2   FALSE 0.223 116.000 0.023 NA   NA
 679999 680000 YP2008 YP2009 trpH sUA5B TRUE 0.947 17.000 0.281 NA   NA
 680000 680001 YP2009 YP2010 sUA5B rsuA3 FALSE 0.224 330.000 0.075 NA Y NA
 680002 680003 YP2011 YP2012 btuR fabG9 TRUE 0.612 17.000 0.050 1.000 N NA
 680006 680007 YP2015 YP2016   topA2 TRUE 0.586 27.000 0.000 NA   NA
 680007 680008 YP2016 YP2017 topA2 cysB FALSE 0.004 397.000 0.008 1.000 N NA
 680008 680009 YP2017 YP2018 cysB   FALSE 0.030 336.000 0.000 NA   NA
 680009 680010 YP2018 YP2019   acnA FALSE 0.024 364.000 0.000 NA   NA
 680012 680013 YP2021 YP2022   pgpB5 FALSE 0.239 131.000 0.000 NA   NA
 680013 680014 YP2022 YP2023 pgpB5   TRUE 0.494 157.000 0.143 1.000   NA
 680014 680015 YP2023 YP2024     TRUE 0.992 7.000 0.576 1.000   NA
 680017 680018 YP2026 YP2027 pyrF sUI1 TRUE 0.893 0.000 0.045 1.000 N NA
 680023 680024 YP2032 YP2033   cstA1 TRUE 0.874 -31.000 0.143 NA   NA
 680024 680025 YP2033 YP2034 cstA1 rnb FALSE 0.013 350.000 0.000 1.000 N NA
 680026 680027 YP2035 YP2036 proP23 wcaG8 TRUE 0.925 35.000 0.103 1.000 Y NA
 680028 680029 YP2037 YP2038 nth nqrD2 TRUE 0.960 -3.000 0.109 1.000 N NA
 680029 680030 YP2038 YP2039 nqrD2 nqrC2 TRUE 1.000 -3.000 0.908 0.038 Y NA
 680030 680031 YP2039 YP2040 nqrC2 nqrB2 TRUE 0.999 10.000 0.924 0.038 Y NA
 680033 680034 YP2042 YP2043 nqrA2   TRUE 0.988 50.000 0.537 0.012 Y NA
 680034 680035 YP2043 YP_2044   nqrE3 TRUE 0.999 0.000 0.564 0.038 Y NA
 680035 680036 YP_2044 YP2045 nqrE3   TRUE 0.534 128.000 0.148 NA   NA
 5438044 5438045 YP_2046 YP_2047     TRUE 0.610 25.000 0.000 NA   NA
 5438045 680037 YP_2047 YP2048   sunT-2 TRUE 0.919 2.000 0.000 NA   NA
 680038 680039 YP2049 YP2050 araA araB1 FALSE 0.227 84.000 0.046 1.000 N NA
 680040 680041 YP2051 YP2052 araF araG TRUE 0.989 98.000 0.917 0.012 Y NA
 680041 680042 YP2052 YP_2053 araG araH TRUE 0.994 18.000 0.451 0.012 Y NA
 680042 5438046 YP_2053 YP_2054 araH   FALSE 0.139 202.000 0.000 NA   NA
 5438046 680043 YP_2054 YP2055   mviM4 FALSE 0.242 128.000 0.000 NA   NA
 680043 680044 YP2055 YP2056 mviM4   FALSE 0.169 194.000 0.000 1.000   NA
 680044 680045 YP2056 YP2057     TRUE 0.766 -19.000 0.000 NA   NA
 680045 680046 YP2057 YP2058     FALSE 0.361 67.000 0.000 NA   NA
 680047 680048 YP2059 YP2060   manA TRUE 0.887 165.000 0.778 NA   NA
 680050 5438047 YP2062 YP_2063 tus   FALSE 0.027 346.000 0.000 NA   NA
 680051 680052 YP2064 YP2065 mlc bioD2 TRUE 0.645 200.000 0.455 NA N NA
 680053 680054 YP_2066 YP2067 eriC2 galR1 FALSE 0.004 636.000 0.000 1.000 N NA
 680054 680055 YP2067 YP2068 galR1   FALSE 0.376 64.000 0.000 NA   NA
 680055 5438048 YP2068 YP_2069     FALSE 0.234 141.000 0.000 NA   NA
 680056 680057 YP2070 YP2071   tauA2 FALSE 0.261 114.000 0.000 NA   NA
 680057 680058 YP2071 YP2072 tauA2 tauC2 TRUE 0.999 4.000 0.520 0.055 Y NA
 680058 680059 YP2072 YP2073 tauC2 tauB2 TRUE 0.996 10.000 0.520 1.000 Y NA
 680061 680062 YP2075 YP2076     TRUE 0.921 -13.000 0.111 NA   NA
 680062 680063 YP2076 YP2077     TRUE 0.993 -3.000 0.333 NA   NA
 680065 680066 YP2079 YP2080 ilvB2 ilvN TRUE 0.995 -13.000 0.649 0.002   NA
 680067 680068 YP2081 YP2082     FALSE 0.230 131.000 0.033 NA   NA
 680068 680069 YP2082 YP2083   phoA FALSE 0.009 546.000 0.000 NA   NA
 680070 680071 YP2084 YP2085 ada2 fnr FALSE 0.213 73.000 0.038 1.000 N NA
 680071 680072 YP2085 YP2086 fnr uspA1 TRUE 0.953 155.000 0.619 1.000 Y NA
 680073 680074 YP2087 YP2088 pntB pntA TRUE 0.990 73.000 0.745 0.001 Y NA
 680074 680075 YP2088 YP2089 pntA   FALSE 0.184 121.000 0.010 NA   NA
 680076 680077 YP2090 YP2091   potE3 FALSE 0.172 270.000 0.143 NA   NA
 680079 5438049 YP2093 YP_2094 rstA   TRUE 0.577 28.000 0.000 NA   NA
 5438049 680080 YP_2094 YP2095     FALSE 0.453 -1907.000 0.000 NA   NA
 680080 680081 YP2095 YP2096   dnaC_17 TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 680081 680082 YP2096 YP2097 dnaC_17   FALSE 0.003 645.000 0.000 1.000 N NA
 680084 680085 YP2099 YP2100 rhsA1 gyrB1 TRUE 0.911 3.000 0.000 NA   NA
 5438050 680086 YP_2101 YP2102     FALSE 0.008 565.000 0.000 NA   NA
 680086 680087 YP2102 YP2103   cybB2 TRUE 0.975 26.000 0.676 NA   NA
 680088 680089 YP2104 YP2105   asr1 TRUE 0.933 -3.000 0.000 NA   NA
 680089 680090 YP2105 YP2106 asr1   FALSE 0.030 334.000 0.000 NA   NA
 680091 680092 YP2107 YP2108 hipB2   TRUE 0.962 -3.000 0.077 NA   NA
 680092 680093 YP2108 YP_2109   hrpA FALSE 0.043 297.000 0.000 NA   NA
 680097 680098 YP2113 YP2114     FALSE 0.141 201.000 0.000 NA   NA
 680099 680100 YP2115 YP2116 ldhA1 hslJ FALSE 0.127 70.000 0.024 NA N NA
 680104 680105 YP2120 YP2121 nifJ mesJ1 FALSE 0.022 275.000 0.000 NA N NA
 680105 680106 YP2121 YP2122 mesJ1 aes2 FALSE 0.012 340.000 0.000 NA N NA
 680106 680107 YP2122 YP2123 aes2 soxR2 FALSE 0.018 312.000 0.000 1.000 N NA
 680108 680109 YP2124 YP_2125   zntB FALSE 0.260 115.000 0.000 NA   NA
 680109 680110 YP_2125 YP2126 zntB mppA FALSE 0.025 243.000 0.019 1.000 N NA
 680113 680114 YP_2129 YP2130 tpx tnp_21 FALSE 0.073 202.000 0.000 1.000 N NA
 680116 680117 YP2132 YP2133     TRUE 0.888 62.000 0.412 NA   NA
 680118 680119 YP2134 YP2135     TRUE 0.998 -3.000 0.791 NA   NA
 680119 680120 YP2135 YP2136   pspD TRUE 0.807 -19.000 0.052 NA   NA
 680120 680121 YP2136 YP2137 pspD pspC TRUE 0.655 85.000 0.167 NA   NA
 680121 680122 YP2137 YP2138 pspC pspB TRUE 0.998 0.000 0.913 NA   NA
 680122 680123 YP2138 YP2139 pspB pspA TRUE 0.885 162.000 0.739 NA   NA
 5438051 680126 YP_2142 YP2143     FALSE 0.379 63.000 0.000 NA   NA
 680126 680127 YP2143 YP2144   sapA FALSE 0.237 136.000 0.000 NA   NA
 680127 680128 YP2144 YP2145 sapA sapB2 TRUE 0.992 -3.000 0.264 0.055 N NA
 680128 680129 YP2145 YP2146 sapB2 sapC TRUE 0.995 -13.000 0.284 0.055 Y NA
 680129 680130 YP2146 YP2147 sapC sapD TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 680130 680131 YP2147 YP2148 sapD sapF TRUE 0.999 0.000 0.684 0.020 Y NA
 680131 680132 YP2148 YP2149 sapF   FALSE 0.019 390.000 0.000 NA   NA
 680132 680133 YP2149 YP_2150   tppB FALSE 0.007 643.000 0.000 NA   NA
 680133 680134 YP_2150 YP2151 tppB   FALSE 0.068 255.000 0.000 NA   NA
 680134 680135 YP2151 YP2152     FALSE 0.077 246.000 0.000 NA   NA
 680135 680136 YP2152 YP2153   gst2 FALSE 0.118 242.000 0.062 NA   NA
 680137 680138 YP2154 YP2155 pdxY tyrS FALSE 0.132 155.000 0.041 1.000 N NA
 680138 680139 YP2155 YP2156 tyrS pdxH FALSE 0.149 170.000 0.054 1.000 N NA
 680139 680140 YP2156 YP2157 pdxH   FALSE 0.293 91.000 0.034 NA   NA
 680140 680141 YP2157 YP_2158   anmK FALSE 0.243 121.000 0.034 NA   NA
 680143 680144 YP2160 YP2161 slyA aRA12 FALSE 0.006 798.000 0.000 1.000   NA
 680144 680145 YP2161 YP2162 aRA12   FALSE 0.264 132.000 0.045 NA   NA
 680146 680147 YP2163 YP2164   acrR4 FALSE 0.269 223.000 0.128 1.000   NA
 680147 680148 YP2164 YP2165 acrR4 nemA2 TRUE 0.793 88.000 0.362 1.000 N NA
 680150 680151 YP2167 YP2168 gloA1 rnt TRUE 0.458 112.000 0.136 1.000 N NA
 680152 680153 YP2169 YP2170     FALSE 0.318 85.000 0.000 NA   NA
 680154 680155 YP2171 YP2172 spr2 sodB FALSE 0.005 336.000 0.015 NA N NA
 680155 680156 YP2172 YP2173 sodB purR5 FALSE 0.005 527.000 0.000 1.000 N NA
 680158 680159 YP2175 YP2176 proP24 cfa FALSE 0.006 480.000 0.000 1.000 N NA
 680161 680162 YP2178 YP2179   norM2 TRUE 0.764 13.000 0.000 NA   NA
 680162 680163 YP2179 YP_t39 norM2   FALSE 0.080 243.000 0.000 NA   NA
 680163 680164 YP_t39 YP_t40     FA