MicrobesOnline Operon Predictions for Enterococcus faecalis V583

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 354307 354308 EF0001 EF0002 dnaA dnaN TRUE 0.754 202.000 0.328 1.000 Y NA
 354308 354309 EF0002 EF0003 dnaN   FALSE 0.044 579.000 0.103 1.000   NA
 354309 354310 EF0003 EF0004   recF TRUE 0.987 -13.000 0.209 1.000   NA
 354310 354311 EF0004 EF0005 recF gyrB TRUE 0.993 18.000 0.249 0.007 Y NA
 354311 354312 EF0005 EF0006 gyrB gyrA TRUE 0.968 56.000 0.306 0.003 Y NA
 354312 354313 EF0006 EF0007 gyrA rpsF FALSE 0.127 175.000 0.003 1.000 N NA
 354313 354314 EF0007 EF0008 rpsF ssb-1 FALSE 0.562 45.000 0.002 1.000 N NA
 354314 354315 EF0008 EF0009 ssb-1 rpsR TRUE 0.774 26.000 0.002 1.000 N NA
 354315 354316 EF0009 EF0011 rpsR   FALSE 0.104 205.000 0.016 1.000 N NA
 354316 354317 EF0011 EF0012   rplI TRUE 0.947 6.000 0.119 1.000 N NA
 354317 354318 EF0012 EF0013 rplI dnaB FALSE 0.128 273.000 0.100 1.000 N NA
 354318 354319 EF0013 EF0014 dnaB purA FALSE 0.022 237.000 0.000 1.000 N NA
 354319 354320 EF0014 EF0016 purA   FALSE 0.219 125.000 0.000 NA   NA
 354322 354323 EF0018 EF0019     FALSE 0.254 202.000 0.080 0.052 N NA
 354323 354324 EF0019 EF0020     FALSE 0.291 235.000 0.029 0.029 Y NA
 354324 354325 EF0020 EF0021     TRUE 0.995 35.000 0.943 0.052 Y NA
 354325 354326 EF0021 EF0022     TRUE 0.997 23.000 0.812 0.052 Y NA
 354326 354327 EF0022 EF0024     TRUE 0.829 162.000 0.583 NA   NA
 354327 354328 EF0024 EF0025     FALSE 0.038 248.000 0.000 NA   NA
 354330 354331 EF0027 EF0028     FALSE 0.098 149.000 0.000 1.000 N NA
 354331 354332 EF0028 EF0029     TRUE 0.925 15.000 0.062 1.000 N NA
 354332 354333 EF0029 EF0030     FALSE 0.127 100.000 0.000 NA N NA
 354333 354334 EF0030 EF0031     FALSE 0.091 191.000 0.000 NA   NA
 354335 354336 EF0032 EF0033     FALSE 0.010 416.000 0.000 NA   NA
 354336 354337 EF0033 EF0034     TRUE 0.861 -21.000 0.000 NA   NA
 354337 354338 EF0034 EF0035     TRUE 0.766 8.000 0.000 NA   NA
 354340 354341 EF0037 EF0038 proA proB TRUE 0.996 -13.000 0.281 0.003 Y NA
 354342 354343 EF0039 EF0040   radA FALSE 0.418 79.000 0.028 1.000 N NA
 354343 354344 EF0040 EF0041 radA   FALSE 0.567 101.000 0.056 NA   NA
 354344 354345 EF0041 EF0042   ispF TRUE 0.829 19.000 0.000 NA   NA
 354345 354346 EF0042 EF0043 ispF gltX TRUE 0.771 53.000 0.076 1.000 N NA
 354346 354347 EF0043 EF0044 gltX cysE FALSE 0.041 270.000 0.008 1.000 N NA
 354347 354348 EF0044 EF0045 cysE cysS TRUE 0.943 -7.000 0.035 0.055 N NA
 354348 354349 EF0045 EF0046 cysS   TRUE 0.981 -3.000 0.129 1.000   NA
 354349 354350 EF0046 EF0047     TRUE 0.985 -10.000 0.150 0.005   NA
 354350 354351 EF0047 EF0048     TRUE 0.962 15.000 0.109 NA   NA
 354351 354352 EF0048 EF0049     FALSE 0.449 86.000 0.021 NA   NA
 354352 354353 EF0049 EF0050     FALSE 0.388 115.000 0.014 NA   NA
 354353 354354 EF0050 EF0051   ispE FALSE 0.302 181.000 0.046 NA   NA
 354355 354356 EF0052 EF0053   dnaQ TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354356 354357 EF0053 EF0054 dnaQ   TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354358 354359 EF0055 EF0056     TRUE 0.966 26.000 0.038 1.000 Y NA
 354359 354360 EF0056 EF0057     TRUE 0.926 162.000 0.673 1.000 Y NA
 354360 354361 EF0057 EF0058   purR FALSE 0.259 144.000 0.012 1.000 N NA
 354361 354362 EF0058 EF0059 purR glmU FALSE 0.100 211.000 0.021 1.000 N NA
 354362 354363 EF0059 EF0062 glmU   FALSE 0.005 442.000 0.000 1.000 N NA
 354363 354364 EF0062 EF0063     FALSE 0.118 136.000 0.000 1.000 N NA
 354365 354366 EF0064 EF0065     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 354367 354368 EF0066 EF0067 ruvA ruvB TRUE 0.956 13.000 0.014 0.003 Y NA
 354370 354371 EF0069 EF0071     FALSE 0.108 178.000 0.000 1.000   NA
 354371 354372 EF0071 EF0073     FALSE 0.007 547.000 0.000 1.000   NA
 354374 354375 EF0076 EF0077     TRUE 0.913 13.000 0.039 NA   NA
 354375 354376 EF0077 EF0078     TRUE 0.962 13.000 0.143 NA   NA
 354376 354377 EF0078 EF0079     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 354377 354378 EF0079 EF0080     FALSE 0.409 59.000 0.000 NA   NA
 354378 354379 EF0080 EF0081     TRUE 0.796 24.000 0.000 NA   NA
 354379 354380 EF0081 EF0082     FALSE 0.013 367.000 0.000 NA   NA
 354380 354381 EF0082 EF0083     TRUE 0.830 21.000 0.000 NA   NA
 354382 354383 EF0084 EF0085     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 354383 354384 EF0085 EF0086     TRUE 0.873 -6.000 0.000 NA   NA
 354385 354386 EF0089 EF0090     FALSE 0.005 419.000 0.000 1.000 N NA
 354386 354387 EF0090 EF0091     FALSE 0.259 82.000 0.000 NA   NA
 354387 354388 EF0091 EF0092     FALSE 0.017 336.000 0.000 NA   NA
 354388 354389 EF0092 EF0093     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 354389 354390 EF0093 EF0094     FALSE 0.132 168.000 0.000 1.000   NA
 354390 354391 EF0094 EF0095     FALSE 0.164 156.000 0.000 1.000   NA
 354393 354394 EF0097 EF0098   sdhB-1 TRUE 0.980 23.000 0.304 NA N NA
 354394 354395 EF0098 EF0099 sdhB-1 sdhA-1 TRUE 0.993 15.000 0.324 0.002 Y NA
 354395 354396 EF0099 EF0100 sdhA-1 serS-1 TRUE 0.583 27.000 0.000 1.000 N NA
 354397 354398 EF0101 EF0102     FALSE 0.068 167.000 0.000 NA N NA
 354399 354400 EF0103 EF0104   arcA FALSE 0.012 297.000 0.000 1.000 N NA
 354400 354401 EF0104 EF0105 arcA argF-1 TRUE 0.980 30.000 0.146 1.000 Y NA
 354401 354402 EF0105 EF0106 argF-1 arcC-1 TRUE 0.854 106.000 0.146 1.000 Y NA
 354402 354403 EF0106 EF0107 arcC-1   TRUE 0.937 25.000 0.088 1.000 N NA
 354403 354404 EF0107 EF0108     FALSE 0.521 48.000 0.000 1.000   NA
 354405 354406 EF0109 EF0110     TRUE 0.985 -3.000 0.172 NA   NA
 354407 354408 EF0111 EF0112     FALSE 0.221 123.000 0.000 1.000   NA
 354408 354409 EF0112 EF0113     TRUE 0.885 -7.000 0.000 0.085   NA
 354409 354410 EF0113 EF0114     FALSE 0.046 236.000 0.000 1.000   NA
 354410 354411 EF0114 EF0115     FALSE 0.025 285.000 0.000 NA   NA
 354412 354413 EF0116 EF0117     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 354414 354415 EF0118 EF0119     TRUE 0.966 2.000 0.083 1.000   NA
 354416 354417 EF0120 EF0121     TRUE 0.853 -75.000 0.000 NA   NA
 354417 354418 EF0121 EF0122     TRUE 0.796 24.000 0.000 NA   NA
 354418 354419 EF0122 EF0123     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 354419 354420 EF0123 EF0124     FALSE 0.231 103.000 0.000 NA   NA
 354421 354422 EF0125 EF0126     FALSE 0.216 120.000 0.000 NA   NA
 354422 354423 EF0126 EF0127     FALSE 0.007 598.000 0.000 NA   NA
 354424 354425 EF0128 EF0129     TRUE 0.771 7.000 0.000 1.000   NA
 354425 354426 EF0129 EF0130     FALSE 0.005 842.000 0.000 NA   NA
 354427 354428 EF0131 EF0132     FALSE 0.243 87.000 0.000 NA   NA
 354428 354429 EF0132 EF0133     TRUE 0.993 0.000 0.500 NA   NA
 354429 354430 EF0133 EF0134     FALSE 0.179 150.000 0.000 NA   NA
 354430 354431 EF0134 EF0135     TRUE 0.860 -22.000 0.000 NA   NA
 354431 354432 EF0135 EF0136     TRUE 0.864 -18.000 0.000 NA   NA
 354432 354433 EF0136 EF0137     FALSE 0.216 112.000 0.000 NA   NA
 354433 354434 EF0137 EF0138     TRUE 0.872 -10.000 0.000 NA   NA
 354434 354435 EF0138 EF0139     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 354435 354436 EF0139 EF0140     TRUE 0.609 40.000 0.000 NA   NA
 354436 354437 EF0140 EF0141     TRUE 0.830 21.000 0.000 NA   NA
 354437 354438 EF0141 EF0142     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 354438 354439 EF0142 EF0143     FALSE 0.048 231.000 0.000 NA   NA
 354439 354440 EF0143 EF0144     TRUE 0.820 18.000 0.000 NA   NA
 354440 354441 EF0144 EF0145     FALSE 0.234 98.000 0.000 NA   NA
 354441 354442 EF0145 EF0146     TRUE 0.760 11.000 0.000 1.000   NA
 354442 354443 EF0146 EF0147     FALSE 0.444 56.000 0.000 NA   NA
 354443 354444 EF0147 EF0149     FALSE 0.029 275.000 0.000 NA   NA
 354446 354447 EF0151 EF0152     TRUE 0.572 43.000 0.000 NA   NA
 354447 354448 EF0152 EF0153     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 354448 354449 EF0153 EF0154     TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   NA
 354449 354450 EF0154 EF0155     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354450 354451 EF0155 EF0156     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 354453 354454 EF0158 EF0159     TRUE 0.984 7.000 0.364 NA   NA
 354454 354455 EF0159 EF0160     TRUE 0.986 25.000 0.400 NA   NA
 354455 354456 EF0160 EF0161     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 354456 354457 EF0161 EF0162     TRUE 0.687 33.000 0.000 NA   NA
 354457 354458 EF0162 EF0163     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 354458 354459 EF0163 EF0164     FALSE 0.299 74.000 0.000 NA   NA
 354459 354460 EF0164 EF0165     FALSE 0.255 83.000 0.000 NA   NA
 354460 354461 EF0165 EF0166     TRUE 0.986 -7.000 0.176 NA   NA
 354462 354463 EF0167 EF0168 guaA   FALSE 0.026 312.000 0.006 1.000 N NA
 354464 354465 EF0169 EF0170     TRUE 0.642 15.000 0.000 1.000 N NA
 354467 354468 EF0172 EF0173   pyn TRUE 0.649 141.000 0.167 1.000 N NA
 354468 354469 EF0173 EF0174 pyn deoC TRUE 0.942 28.000 0.009 1.000 Y NA
 354469 354470 EF0174 EF0175 deoC cdd TRUE 0.946 38.000 0.051 1.000 Y NA
 354470 354471 EF0175 EF0176 cdd   FALSE 0.237 96.000 0.000 1.000   NA
 354471 354472 EF0176 EF0177     FALSE 0.506 54.000 0.000 0.001   NA
 354472 354473 EF0177 EF0178     FALSE 0.068 206.000 0.000 1.000   NA
 354473 354474 EF0178 EF0179     TRUE 0.993 -16.000 0.438 1.000   NA
 354474 354475 EF0179 EF0180     TRUE 0.996 0.000 0.720 0.053   NA
 354475 354476 EF0180 EF0183     FALSE 0.028 276.000 0.000 NA   NA
 354476 354477 EF0183 EF0184     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 354477 354478 EF0184 EF0185   deoB FALSE 0.023 302.000 0.000 NA   NA
 354478 354479 EF0185 EF0186 deoB deoD-1 TRUE 0.976 17.000 0.240 1.000 N NA
 354479 354480 EF0186 EF0187 deoD-1 deoD-2 TRUE 0.979 18.000 0.040 0.001 Y NA
 354482 354483 EF0191 EF0192     TRUE 0.998 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 354483 354484 EF0192 EF0193   fhuG TRUE 0.991 -3.000 0.095 0.053 Y NA
 354484 354485 EF0193 EF0194 fhuG   FALSE 0.121 129.000 0.000 1.000 N NA
 354486 354487 EF0195 EF0196 gpm   FALSE 0.140 175.000 0.006 1.000 N NA
 354487 354488 EF0196 EF0197   rpiA FALSE 0.407 42.000 0.000 1.000 N NA
 354489 354490 EF0198 EF0199 rpsL rpsG TRUE 0.960 56.000 0.224 0.004 Y NA
 354490 354491 EF0199 EF0200 rpsG fusA TRUE 0.954 84.000 0.579 1.000 Y NA
 354491 354492 EF0200 EF0201 fusA tuf TRUE 0.915 151.000 0.400 0.001 Y NA
 354492 354493 EF0201 EF0202 tuf   FALSE 0.052 182.000 0.000 1.000 N NA
 354493 354494 EF0202 EF0203   cfa FALSE 0.015 272.000 0.000 1.000 N NA
 354494 354495 EF0203 EF0205 cfa rpsJ FALSE 0.008 349.000 0.000 1.000 N NA
 354495 354496 EF0205 EF0206 rpsJ rplC TRUE 0.996 22.000 0.467 0.030 Y NA
 354496 354497 EF0206 EF0207 rplC rplD TRUE 0.995 26.000 0.544 0.023 Y NA
 354497 354498 EF0207 EF0208 rplD rplW TRUE 0.996 0.000 0.307 0.023 Y NA
 354498 354499 EF0208 EF0209 rplW rplB TRUE 0.994 40.000 0.849 0.023 Y NA
 354499 354500 EF0209 EF0210 rplB rpsS TRUE 0.992 43.000 0.820 0.030 Y NA
 354500 354501 EF0210 EF0211 rpsS rplV TRUE 0.998 22.000 0.769 0.030 Y NA
 354501 354502 EF0211 EF0212 rplV rpsC TRUE 0.978 67.000 0.719 0.030 Y NA
 354502 354503 EF0212 EF0213 rpsC rplP TRUE 0.998 3.000 0.828 0.030 Y NA
 354503 354504 EF0213 EF0214 rplP rpmC TRUE 0.998 -10.000 0.802 0.023 Y NA
 354504 354505 EF0214 EF0215 rpmC rpsQ TRUE 0.997 24.000 0.828 0.023 Y NA
 354505 354506 EF0215 EF0216 rpsQ rplN TRUE 0.985 58.000 0.791 0.030 Y NA
 354506 354507 EF0216 EF0217 rplN rplX TRUE 0.994 36.000 0.810 0.030 Y NA
 354507 354508 EF0217 EF0218 rplX rplE TRUE 0.996 26.000 0.758 0.023 Y NA
 354508 354509 EF0218 EF0219 rplE rpsN-1 TRUE 0.996 19.000 0.496 0.023 Y NA
 354509 354510 EF0219 EF0220 rpsN-1 rpsH TRUE 0.990 36.000 0.473 0.023 Y NA
 354510 354511 EF0220 EF0221 rpsH rplF TRUE 0.995 32.000 0.808 0.023 Y NA
 354511 354512 EF0221 EF0223 rplF rplR TRUE 0.942 161.000 0.815 0.023 Y NA
 354512 354513 EF0223 EF0224 rplR rpsE TRUE 0.998 21.000 0.814 0.030 Y NA
 354513 354514 EF0224 EF0225 rpsE rpmD TRUE 0.997 15.000 0.789 0.030 Y NA
 354514 354515 EF0225 EF0226 rpmD rplO TRUE 0.988 48.000 0.653 0.004 Y NA
 354515 354516 EF0226 EF0227 rplO SecY TRUE 0.993 1.000 0.730 1.000 N NA
 354516 354517 EF0227 EF0228 SecY adk TRUE 0.759 87.000 0.241 1.000 N NA
 354517 354518 EF0228 EF0229 adk infA FALSE 0.173 211.000 0.059 1.000 N NA
 354518 354519 EF0229 EF0230 infA rpmJ TRUE 0.964 33.000 0.067 1.000 Y NA
 354519 354520 EF0230 EF0231 rpmJ rpsM TRUE 0.987 20.000 0.086 0.023 Y NA
 354520 354521 EF0231 EF0232 rpsM rpsK TRUE 0.996 28.000 0.810 0.023 Y NA
 354521 354522 EF0232 EF0233 rpsK rpoA TRUE 0.810 81.000 0.308 1.000 N NA
 354522 354523 EF0233 EF0234 rpoA rplQ TRUE 0.936 74.000 0.873 1.000 N NA
 354523 354524 EF0234 EF0235 rplQ   FALSE 0.014 275.000 0.000 NA N NA
 354524 354525 EF0235 EF0236     FALSE 0.420 58.000 0.000 NA   NA
 354525 354526 EF0236 EF0237     FALSE 0.076 202.000 0.000 1.000   NA
 354526 354527 EF0237 EF0238     TRUE 0.998 -30.000 0.713 0.028 Y NA
 354527 354528 EF0238 EF0239     TRUE 0.992 -3.000 0.136 1.000 Y NA
 354529 354530 EF0241 EF0243   brnQ FALSE 0.218 133.000 0.000 NA   NA
 354530 354531 EF0243 EF0244 brnQ   FALSE 0.132 91.000 0.000 1.000 N NA
 354533 354534 EF0246 EF0247     TRUE 0.996 12.000 0.758 1.000 Y NA
 354534 354535 EF0247 EF0248     FALSE 0.007 559.000 0.000 NA   NA
 354536 354537 EF0249 EF0250     TRUE 0.785 5.000 0.000 1.000   NA
 354537 354538 EF0250 EF0251     TRUE 0.760 11.000 0.000 1.000   NA
 354538 354539 EF0251 EF0252     FALSE 0.049 231.000 0.000 1.000   NA
 354539 354540 EF0252 EF0253     FALSE 0.013 279.000 0.000 1.000 N NA
 354542 354543 EF0256 EF0257 pth mfd TRUE 0.976 -10.000 0.137 1.000 N NA
 354543 354544 EF0257 EF0258 mfd   TRUE 0.927 16.000 0.033 1.000   NA
 354544 354545 EF0258 EF0259     TRUE 0.922 15.000 0.034 1.000   NA
 354545 354546 EF0259 EF0260     TRUE 0.609 40.000 0.000 NA   NA
 354546 354547 EF0260 EF0261     FALSE 0.518 48.000 0.000 NA   NA
 354547 354548 EF0261 EF0262     TRUE 0.873 45.000 0.134 1.000 N NA
 354548 354549 EF0262 EF0263     FALSE 0.400 86.000 0.031 1.000 N NA
 354549 354550 EF0263 EF0264   hpt TRUE 0.947 19.000 0.067 0.053 N NA
 354550 354551 EF0264 EF0265 hpt ftsH TRUE 0.709 94.000 0.192 1.000 N NA
 354551 354552 EF0265 EF0266 ftsH   TRUE 0.610 162.000 0.041 1.000 Y NA
 354552 354553 EF0266 EF0267     TRUE 0.870 12.000 0.034 1.000 N NA
 354553 354554 EF0267 EF0268   lysS TRUE 0.715 94.000 0.032 1.000 Y NA
 354554 2209669 EF0268 Ef16SA lysS   FALSE 0.006 661.000 0.000 NA   NA
 2209669 407335 Ef16SA Ef23SA   rrl FALSE 0.034 259.000 0.000 NA   NA
 407335 406677 Ef23SA Ef5SA rrl rrf FALSE 0.233 101.000 0.000 NA   NA
 406677 5437723 Ef5SA tRNA-Val-1 rrf   TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 5437723 5437724 tRNA-Val-1 tRNA-Lys-1     TRUE 0.769 7.000 0.000 NA   NA
 5437724 5437725 tRNA-Lys-1 tRNA-Leu-1     TRUE 0.809 17.000 0.000 NA   NA
 5437725 5437726 tRNA-Leu-1 tRNA-Thr-1     TRUE 0.769 7.000 0.000 NA   NA
 5437726 5437727 tRNA-Thr-1 tRNA-Gly-1     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 5437727 5437728 tRNA-Gly-1 tRNA-Leu-2     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 5437728 5437729 tRNA-Leu-2 tRNA-Arg-1     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 5437729 5437730 tRNA-Arg-1 tRNA-Pro-1     TRUE 0.754 12.000 0.000 NA   NA
 5437730 5437731 tRNA-Pro-1 tRNA-Ala-1     TRUE 0.762 14.000 0.000 NA   NA
 5437731 5437732 tRNA-Ala-1 tRNA-Met-1     TRUE 0.796 24.000 0.000 NA   NA
 5437732 5437733 tRNA-Met-1 tRNA-Met-2     TRUE 0.830 21.000 0.000 NA   NA
 5437733 5437734 tRNA-Met-2 tRNA-Ser-1     TRUE 0.673 34.000 0.000 NA   NA
 5437734 5437735 tRNA-Ser-1 tRNA-Met-3     TRUE 0.673 34.000 0.000 NA   NA
 5437735 5437736 tRNA-Met-3 tRNA-Asp-1     TRUE 0.621 39.000 0.000 NA   NA
 5437736 5437737 tRNA-Asp-1 tRNA-Gly-2     TRUE 0.834 2.000 0.000 NA   NA
 5437737 5437738 tRNA-Gly-2 tRNA-Ile-1     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 5437738 5437739 tRNA-Ile-1 tRNA-Glu-1     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 5437739 5437740 tRNA-Glu-1 tRNA-Ser-2     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 5437740 5437741 tRNA-Ser-2 tRNA-Met-4     TRUE 0.673 34.000 0.000 NA   NA
 5437741 5437742 tRNA-Met-4 tRNA-Asp-2     FALSE 0.507 49.000 0.000 NA   NA
 5437742 5437743 tRNA-Asp-2 tRNA-Phe-1     TRUE 0.773 6.000 0.000 NA   NA
 5437743 5437744 tRNA-Phe-1 tRNA-Gly-3     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 5437744 5437745 tRNA-Gly-3 tRNA-Ile-2     TRUE 0.762 14.000 0.000 NA   NA
 5437745 5437746 tRNA-Ile-2 tRNA-Ser-3     TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   NA
 5437746 5437747 tRNA-Ser-3 tRNA-Glu-2     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 5437747 10692250 tRNA-Glu-2 EF0269     FALSE 0.041 243.000 0.000 NA   NA
 10692250 354555 EF0269 EF0270     FALSE 0.299 74.000 0.000 NA   NA
 354555 354556 EF0270 EF0271     TRUE 0.935 24.000 0.000 1.000 Y NA
 354556 354557 EF0271 EF0272     FALSE 0.532 123.000 0.000 0.002 Y NA
 354557 354558 EF0272 EF0273     TRUE 0.947 21.000 0.000 1.000 Y NA
 354558 354559 EF0273 EF0274     FALSE 0.215 138.000 0.000 1.000   NA
 354561 354562 EF0277 EF0278 ogt tag-1 TRUE 0.917 13.000 0.000 1.000 Y NA
 354562 354563 EF0278 EF0279 tag-1   TRUE 0.753 13.000 0.000 1.000   NA
 354563 354564 EF0279 EF0280     FALSE 0.200 143.000 0.000 1.000   NA
 354564 354565 EF0280 EF0281     FALSE 0.543 45.000 0.000 NA   NA
 354567 354568 EF0283 EF0284 fabF-1 fabZ-1 TRUE 0.949 2.000 0.000 1.000 Y NA
 354568 354569 EF0284 EF0285 fabZ-1 pyrD-1 FALSE 0.064 178.000 0.000 0.052 N NA
 354571 354572 EF0287 EF0288 efp   FALSE 0.125 171.000 0.000 NA   NA
 354572 354573 EF0288 EF0289     FALSE 0.239 89.000 0.000 NA   NA
 354573 354574 EF0289 EF0290   metC TRUE 0.996 14.000 0.690 0.013 Y NA
 354575 354576 EF0291 EF0292     TRUE 0.914 27.000 0.000 1.000 Y NA
 354576 354577 EF0292 EF0293     FALSE 0.061 174.000 0.000 1.000 N NA
 354578 354579 EF0294 EF0295     FALSE 0.119 132.000 0.000 1.000 N NA
 354579 354580 EF0295 EF0296   napA TRUE 0.952 21.000 0.000 0.003 Y NA
 354580 354581 EF0296 EF0297 napA copY FALSE 0.121 127.000 0.000 1.000 N NA
 354581 354582 EF0297 EF0298 copY   TRUE 0.908 16.000 0.040 1.000 N NA
 354582 354583 EF0298 EF0299   copZ TRUE 0.971 22.000 0.024 1.000 Y NA
 354584 354585 EF0300 EF0301     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354587 354588 EF0303 EF0304     FALSE 0.163 156.000 0.000 NA   NA
 354588 354589 EF0304 EF0305     TRUE 0.649 36.000 0.000 NA   NA
 354589 354590 EF0305 EF0306     TRUE 0.835 20.000 0.000 1.000   NA
 354591 354592 EF0307 EF0308     FALSE 0.235 97.000 0.000 NA   NA
 354592 354593 EF0308 EF0309     TRUE 0.773 6.000 0.000 NA   NA
 354593 354594 EF0309 EF0310     TRUE 0.799 4.000 0.000 NA   NA
 354594 354595 EF0310 EF0311     FALSE 0.345 68.000 0.000 NA   NA
 354595 354596 EF0311 EF0312     TRUE 0.773 6.000 0.000 NA   NA
 354596 354597 EF0312 EF0313     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 354597 354598 EF0313 EF0314     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 354598 354599 EF0314 EF0315     FALSE 0.218 111.000 0.000 NA   NA
 354599 354600 EF0315 EF0316     TRUE 0.868 -13.000 0.000 NA   NA
 354600 354601 EF0316 EF0317     TRUE 0.858 -25.000 0.000 NA   NA
 354601 354602 EF0317 EF0318     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 354602 354603 EF0318 EF0319     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 354603 354604 EF0319 EF0320     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354604 354605 EF0320 EF0321     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 354605 354606 EF0321 EF0322     TRUE 0.742 27.000 0.000 NA   NA
 354606 354607 EF0322 EF0323     FALSE 0.471 53.000 0.000 NA   NA
 354607 354608 EF0323 EF0324     TRUE 0.868 -13.000 0.000 NA   NA
 354608 354609 EF0324 EF0325     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 354609 354610 EF0325 EF0326     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 354610 354611 EF0326 EF0327     TRUE 0.829 19.000 0.000 NA   NA
 354611 354612 EF0327 EF0328     FALSE 0.075 202.000 0.000 NA   NA
 354612 354613 EF0328 EF0329     FALSE 0.013 373.000 0.000 NA   NA
 354613 354614 EF0329 EF0330     TRUE 0.769 7.000 0.000 NA   NA
 354614 354615 EF0330 EF0331     FALSE 0.119 174.000 0.000 1.000   NA
 354615 354616 EF0331 EF0332     FALSE 0.238 91.000 0.000 NA   NA
 354616 354617 EF0332 EF0333     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 354617 354618 EF0333 EF0334     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 354618 354619 EF0334 EF0335     TRUE 0.853 -70.000 0.000 NA   NA
 354619 354620 EF0335 EF0336     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 354620 354621 EF0336 EF0337     FALSE 0.420 58.000 0.000 NA   NA
 354621 354622 EF0337 EF0338     FALSE 0.215 137.000 0.000 NA   NA
 354622 354623 EF0338 EF0339     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 354623 354624 EF0339 EF0340     FALSE 0.213 138.000 0.000 NA   NA
 354624 354625 EF0340 EF0341     TRUE 0.799 4.000 0.000 NA   NA
 354625 354626 EF0341 EF0342     TRUE 0.992 0.000 0.400 NA   NA
 354626 354627 EF0342 EF0343     TRUE 0.982 -13.000 0.143 NA   NA
 354627 354628 EF0343 EF0344     TRUE 0.979 4.000 0.214 NA   NA
 354628 354629 EF0344 EF0345     TRUE 0.991 -13.000 0.333 NA   NA
 354631 354632 EF0347 EF0348     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354632 354633 EF0348 EF0349     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 354633 354634 EF0349 EF0350     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354634 354635 EF0350 EF0351     TRUE 0.974 11.000 0.222 NA   NA
 354635 354636 EF0351 EF0352     TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   NA
 354636 354637 EF0352 EF0353     FALSE 0.285 76.000 0.000 NA   NA
 354637 354638 EF0353 EF0354     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 354638 354639 EF0354 EF0355     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 354639 5437748 EF0355 tRNA-Met-5     FALSE 0.292 75.000 0.000 NA   NA
 354640 354641 EF0356 EF0357     TRUE 0.860 -22.000 0.000 NA   NA
 354641 354642 EF0357 EF0358     TRUE 0.926 22.000 0.025 NA   NA
 354643 354644 EF0359 EF0360 sugE-1 sugE-2 TRUE 0.996 -3.000 0.320 0.094 Y NA
 354645 354646 EF0361 EF0362     TRUE 0.575 43.000 0.000 1.000   NA
 354647 354648 EF0363 EF0365     FALSE 0.040 200.000 0.000 1.000 N NA
 354648 354649 EF0365 EF0366     FALSE 0.489 51.000 0.000 NA   NA
 354649 354650 EF0366 EF0367     TRUE 0.809 17.000 0.000 NA   NA
 354652 354653 EF0369 EF0370     FALSE 0.097 186.000 0.000 1.000   NA
 354653 354654 EF0370 EF0371     TRUE 0.697 127.000 0.201 1.000 N NA
 354655 354656 EF0372 EF0373     TRUE 0.998 -3.000 0.725 1.000 Y NA
 354657 354658 EF0374 EF0375     FALSE 0.097 185.000 0.000 NA   NA
 354658 354659 EF0375 EF0376     FALSE 0.057 219.000 0.000 NA   NA
 354659 354660 EF0376 EF0377     FALSE 0.013 372.000 0.000 NA   NA
 354660 10692251 EF0377 EF0378     FALSE 0.483 52.000 0.000 NA   NA
 354661 354662 EF0379 EF0380     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 354662 354663 EF0380 EF0381     FALSE 0.233 101.000 0.000 NA   NA
 354663 354664 EF0381 EF0382     TRUE 0.856 -31.000 0.000 NA   NA
 354665 354666 EF0383 EF0384     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 354666 354667 EF0384 EF0385     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 354667 354668 EF0385 EF0386   arcC-2 FALSE 0.118 135.000 0.000 1.000 N NA
 354668 354669 EF0386 EF0387 arcC-2   TRUE 0.618 7.000 0.000 1.000 N NA
 354669 354670 EF0387 EF0388   allD FALSE 0.536 90.000 0.000 1.000 Y NA
 354670 354671 EF0388 EF0389 allD   FALSE 0.365 66.000 0.000 1.000   NA
 354671 354672 EF0389 EF0390     TRUE 0.942 16.000 0.050 1.000   NA
 354672 354673 EF0390 EF0392     FALSE 0.012 392.000 0.000 NA   NA
 354675 354676 EF0394 EF0395     FALSE 0.011 408.000 0.000 1.000   NA
 354677 354678 EF0396 EF0397     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 354679 354680 EF0398 EF0399     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 354680 354681 EF0399 EF0400     TRUE 0.997 -3.000 0.939 NA   NA
 354681 354682 EF0400 EF0401   pcp TRUE 0.984 16.000 0.300 NA   NA
 354682 354683 EF0401 EF0402 pcp nhaC-1 FALSE 0.003 590.000 0.000 1.000 N NA
 354683 354684 EF0402 EF0403 nhaC-1   FALSE 0.092 152.000 0.000 1.000 N NA
 354684 354685 EF0403 EF0404     TRUE 0.960 5.000 0.154 1.000 N NA
 354687 354688 EF0406 EF0407     TRUE 0.942 -9.000 0.033 0.020 N NA
 354688 354689 EF0407 EF0408     TRUE 0.950 11.000 0.131 0.020 N NA
 354691 354692 EF0411 EF0412   mltF TRUE 0.970 15.000 0.033 0.020 Y NA
 354692 354693 EF0412 EF0413 mltF mtlD TRUE 0.977 15.000 0.062 1.000 Y NA
 354694 354695 EF0414 EF0415     FALSE 0.150 79.000 0.000 1.000 N NA
 354696 10692252 EF0417 EF0418     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 354697 354698 EF0419 EF0420     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354699 354700 EF0421 EF0422     FALSE 0.238 131.000 0.000 0.085   NA
 354700 354701 EF0422 EF0423   eda-1 TRUE 0.656 161.000 0.286 1.000 N NA
 354701 354702 EF0423 EF0424 eda-1   TRUE 0.996 5.000 0.667 1.000 Y NA
 354702 354703 EF0424 EF0425   kduI-1 TRUE 0.984 22.000 0.083 1.000 Y NA
 354703 354704 EF0425 EF0426 kduI-1   TRUE 0.690 22.000 0.000 1.000 N NA
 354704 354705 EF0426 EF0428     FALSE 0.054 224.000 0.000 1.000   NA
 354705 354706 EF0428 EF0429     TRUE 0.992 21.000 0.500 1.000   NA
 354706 354707 EF0429 EF0430     TRUE 0.996 15.000 0.600 NA Y NA
 354707 354708 EF0430 EF0431     TRUE 0.988 36.000 0.400 NA Y NA
 354710 354711 EF0433 EF0434   rhaA TRUE 0.997 -3.000 0.387 1.000 Y NA
 354711 354712 EF0434 EF0435 rhaA rhaD TRUE 0.981 37.000 0.247 1.000 Y NA
 354712 354713 EF0435 EF0436 rhaD   TRUE 0.979 -3.000 0.112 NA   NA
 354713 354714 EF0436 EF0437     FALSE 0.063 210.000 0.000 NA   NA
 354714 354715 EF0437 EF0438     TRUE 0.968 -7.000 0.091 NA N NA
 354716 354717 EF0439 EF0440     FALSE 0.227 106.000 0.000 NA   NA
 354717 354718 EF0440 EF0441     FALSE 0.075 202.000 0.000 NA   NA
 354719 354720 EF0442 EF0443     FALSE 0.027 279.000 0.000 NA   NA
 354721 354722 EF0445 EF0446 menB   TRUE 0.969 5.000 0.193 0.001 N NA
 354722 354723 EF0446 EF0447     TRUE 0.961 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 354723 354724 EF0447 EF0448   menD TRUE 0.991 0.000 0.142 1.000 Y NA
 354724 354725 EF0448 EF0449 menD   TRUE 0.978 9.000 0.355 1.000 N NA
 354725 354726 EF0449 EF0450     TRUE 0.727 1.000 0.000 1.000 N NA
 354727 354728 EF0451 EF0452     FALSE 0.018 252.000 0.000 1.000 N NA
 354731 354732 EF0455 EF0456     TRUE 0.998 -7.000 0.667 0.048 Y NA
 354732 354733 EF0456 EF0457     TRUE 0.994 31.000 0.667 0.048 Y NA
 354733 354734 EF0457 EF0458     TRUE 0.991 17.000 0.667 1.000 N NA
 354734 354735 EF0458 EF0459     TRUE 0.991 3.000 0.444 0.009   NA
 354735 354736 EF0459 EF0460     TRUE 0.985 13.000 0.444 1.000   NA
 354736 354737 EF0460 EF0461     TRUE 0.607 10.000 0.000 1.000 N NA
 354739 354740 EF0463 EF0464 sodA dapF FALSE 0.098 149.000 0.000 1.000 N NA
 354740 354741 EF0464 EF0465 dapF   FALSE 0.094 150.000 0.000 NA N NA
 354741 354742 EF0465 EF0466   nagB FALSE 0.118 131.000 0.000 NA N NA
 354742 354743 EF0466 EF0467 nagB   FALSE 0.237 96.000 0.000 1.000   NA
 354743 354744 EF0467 EF0468     FALSE 0.154 159.000 0.000 NA   NA
 354744 354745 EF0468 EF0469     TRUE 0.942 45.000 0.257 NA   NA
 354746 354747 EF0470 EF0471 nrdF nrdE TRUE 0.834 201.000 0.500 0.001 Y NA
 354747 354748 EF0471 EF0472 nrdE nrdI TRUE 0.991 -19.000 0.125 NA Y NA
 354748 354749 EF0472 EF0473 nrdI nrdH TRUE 0.967 2.000 0.136 NA N NA
 354750 354751 EF0475 EF0476 feoA feoB TRUE 0.998 -3.000 0.871 1.000 Y NA
 354751 354752 EF0476 EF0477 feoB   TRUE 0.769 7.000 0.000 NA   NA
 354752 354753 EF0477 EF0478     FALSE 0.090 192.000 0.000 NA   NA
 354754 354755 EF0479 EF0480     TRUE 0.583 44.000 0.000 0.079   NA
 354756 354757 EF0481 EF0482     TRUE 0.992 -6.000 0.333 NA   NA
 354758 354759 EF0485 EF0486     FALSE 0.390 62.000 0.000 NA   NA
 354759 354760 EF0486 EF0487     TRUE 0.820 22.000 0.000 NA   NA
 354760 354761 EF0487 EF0488     FALSE 0.189 146.000 0.000 NA   NA
 354761 354762 EF0488 EF0489     TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   NA
 354762 354763 EF0489 EF0490     TRUE 0.833 20.000 0.000 NA   NA
 354763 354764 EF0490 EF0491     TRUE 0.761 26.000 0.000 1.000   NA
 354764 354765 EF0491 EF0492     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 354765 354766 EF0492 EF0493     TRUE 0.698 32.000 0.000 NA   NA
 354766 354767 EF0493 EF0494     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354767 354768 EF0494 EF0495     FALSE 0.471 53.000 0.000 NA   NA
 354768 354769 EF0495 EF0496     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 354769 354770 EF0496 EF0497     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 354770 354771 EF0497 EF0498     TRUE 0.698 32.000 0.000 NA   NA
 354771 354772 EF0498 EF0499   ssb-2 FALSE 0.236 95.000 0.000 NA   NA
 354772 354773 EF0499 EF0500 ssb-2   FALSE 0.231 105.000 0.000 1.000   NA
 354773 354774 EF0500 EF0501     TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   NA
 354774 354775 EF0501 EF0502     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 354775 354776 EF0502 EF0503     TRUE 0.868 -13.000 0.000 NA   NA
 354778 354779 EF0505 EF0506     TRUE 0.773 6.000 0.000 NA   NA
 354779 354780 EF0506 EF0507     FALSE 0.007 592.000 0.000 NA   NA
 354780 354781 EF0507 EF0508     TRUE 0.687 33.000 0.000 NA   NA
 354781 354782 EF0508 EF0509     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 354782 354783 EF0509 EF0510   ssb-3 FALSE 0.285 76.000 0.000 NA   NA
 354783 354784 EF0510 EF0511 ssb-3 nuc-1 TRUE 0.935 24.000 0.000 1.000 Y NA
 354784 354785 EF0511 EF0512 nuc-1   FALSE 0.505 111.000 0.000 NA Y NA
 354785 354786 EF0512 EF0513     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 10692254 354787 EF0514 EF0516     FALSE 0.005 1320.000 0.000 NA   NA
 354787 354788 EF0516 EF0517     TRUE 0.987 26.000 0.500 NA   NA
 354788 354789 EF0517 EF0518     FALSE 0.222 128.000 0.000 1.000   NA
 354790 10692255 EF0519 EF0520     TRUE 0.698 32.000 0.000 NA   NA
 10692256 354792 EF0522 EF0523     FALSE 0.345 68.000 0.000 NA   NA
 354794 354795 EF0525 EF0526     TRUE 0.981 34.000 0.500 NA   NA
 354795 354796 EF0526 EF0527   cylM TRUE 0.901 61.000 0.273 NA   NA
 354796 10692257 EF0527 EF0528 cylM   TRUE 0.754 12.000 0.000 NA   NA
 10692257 354797 EF0528 EF0529     FALSE 0.245 86.000 0.000 NA   NA
 354797 354798 EF0529 EF0530     FALSE 0.319 55.000 0.000 0.077 N NA
 354798 354799 EF0530 EF0531     FALSE 0.220 130.000 0.000 NA   NA
 354799 354800 EF0531 EF0532     TRUE 0.711 30.000 0.000 NA   NA
 354800 354801 EF0532 EF0533     FALSE 0.192 145.000 0.000 NA   NA
 354804 10692259 EF0540 EF0541     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 354805 354806 EF0542 EF0543     TRUE 0.997 -3.000 0.957 NA   NA
 354807 354808 EF0544 EF0545 rpmF-1   TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 354808 354809 EF0545 EF0546     FALSE 0.483 52.000 0.000 NA   NA
 354809 354810 EF0546 EF0547     FALSE 0.086 194.000 0.000 NA   NA
 354810 354811 EF0547 EF0548     TRUE 0.574 103.000 0.060 1.000   NA
 10692260 354812 EF0549 EF0550     FALSE 0.007 544.000 0.000 NA   NA
 354813 354814 EF0551 EF0552     TRUE 0.994 0.000 0.222 1.000 Y NA
 354814 354815 EF0552 EF0553     TRUE 0.999 -7.000 1.000 0.047 Y NA
 354815 354816 EF0553 EF0554     TRUE 0.998 25.000 1.000 0.047 Y NA
 354816 354817 EF0554 EF0555     TRUE 0.993 12.000 0.400 0.026 Y NA
 354817 354818 EF0555 EF0556   xylA FALSE 0.523 105.000 0.000 1.000 Y NA
 354818 354819 EF0556 EF0557 xylA xylB TRUE 0.902 62.000 0.091 1.000 Y NA
 10692261 354821 EF0561 EF0562     FALSE 0.006 694.000 0.000 NA   NA
 354821 354822 EF0562 EF0563     FALSE 0.009 467.000 0.000 NA   NA
 354822 354823 EF0563 EF0564     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 354823 354824 EF0564 EF0566     FALSE 0.134 167.000 0.000 NA   NA
 354824 354825 EF0566 EF0567   kdpA FALSE 0.009 486.000 0.000 NA   NA
 354825 354826 EF0567 EF0568 kdpA kdpB TRUE 0.986 16.000 0.112 0.001 Y NA
 354826 354827 EF0568 EF0569 kdpB kdpC TRUE 0.997 14.000 0.877 0.001 Y NA
 354827 354828 EF0569 EF0570 kdpC kdpD FALSE 0.153 87.000 0.000 0.079 N NA
 354828 354829 EF0570 EF0571 kdpD   TRUE 0.919 12.000 0.000 1.000 Y NA
 354829 5437750 EF0571 tRNA-Met-6     FALSE 0.004 1632.000 0.000 NA   NA
 5437750 401993 tRNA-Met-6 tRNA-Pseudo-1   pseudo-tRNA FALSE 0.006 683.000 0.000 NA   NA
 401993 354830 tRNA-Pseudo-1 EF0573 pseudo-tRNA   FALSE 0.004 2626.000 0.000 NA   NA
 354830 354831 EF0573 EF0574     FALSE 0.255 83.000 0.000 NA   NA
 354831 354832 EF0574 EF0575     FALSE 0.010 414.000 0.000 1.000   NA
 354832 354833 EF0575 EF0576     TRUE 0.979 2.000 0.043 1.000 Y NA
 354833 354834 EF0576 EF0577     TRUE 0.984 -3.000 0.038 1.000 Y NA
 354834 354835 EF0577 EF0578     TRUE 0.788 15.000 0.000 1.000   NA
 354835 354836 EF0578 EF0579     FALSE 0.013 397.000 0.000 0.061   NA
 354836 354837 EF0579 EF0580     FALSE 0.222 130.000 0.000 1.000   NA
 354837 354838 EF0580 EF0581     TRUE 0.992 2.000 0.500 1.000   NA
 354838 354839 EF0581 EF0582     TRUE 0.991 18.000 0.500 NA   NA
 354839 354840 EF0582 EF0583     FALSE 0.220 110.000 0.000 NA   NA
 354840 354841 EF0583 EF0584     TRUE 0.996 -16.000 0.294 0.013 Y NA
 354841 354842 EF0584 EF0585   rpsN-2 FALSE 0.004 523.000 0.000 1.000 N NA
 354842 354843 EF0585 EF0586 rpsN-2 rpmF-2 TRUE 0.955 15.000 0.002 0.028 Y NA
 354843 354844 EF0586 EF0587 rpmF-2   TRUE 0.698 32.000 0.000 NA   NA
 354844 354845 EF0587 EF0588   rpmG-1 TRUE 0.830 21.000 0.000 NA   NA
 354845 354846 EF0588 EF0589 rpmG-1   TRUE 0.796 24.000 0.000 NA   NA
 354846 354847 EF0589 EF0590     FALSE 0.017 339.000 0.000 NA   NA
 354847 10692262 EF0590 EF0592     FALSE 0.014 365.000 0.000 NA   NA
 10692262 354848 EF0592 EF0594     FALSE 0.005 804.000 0.000 NA   NA
 10692263 354850 EF0598 EF0599     FALSE 0.044 239.000 0.000 NA   NA
 354851 354852 EF0600 EF0601     TRUE 0.794 8.000 0.000 0.005   NA
 354852 10692264 EF0601 EF0602     FALSE 0.008 528.000 0.000 NA   NA
 10692264 354853 EF0602 EF0603     FALSE 0.042 242.000 0.000 NA   NA
 354853 354854 EF0603 EF0604     FALSE 0.012 379.000 0.000 NA   NA
 354854 354855 EF0604 EF0605     FALSE 0.039 247.000 0.000 NA   NA
 354855 354856 EF0605 EF0606     FALSE 0.005 718.000 0.000 NA   NA
 354856 354857 EF0606 EF0607     FALSE 0.118 135.000 0.000 1.000 N NA
 354857 354858 EF0607 EF0608     TRUE 0.868 -13.000 0.000 NA   NA
 354858 354859 EF0608 EF0609     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 354859 354860 EF0609 EF0610     FALSE 0.006 643.000 0.000 NA   NA
 354860 354861 EF0610 EF0611     FALSE 0.060 214.000 0.000 NA   NA
 354861 354862 EF0611 EF0612     FALSE 0.029 275.000 0.000 NA   NA
 354862 354863 EF0612 EF0613     FALSE 0.086 194.000 0.000 NA   NA
 354865 354866 EF0616 EF0617     TRUE 0.942 13.000 0.078 1.000   NA
 354866 354867 EF0617 EF0618     TRUE 0.979 15.000 0.235 NA   NA
 354867 354868 EF0618 EF0619     FALSE 0.018 328.000 0.000 NA   NA
 354869 354870 EF0621 EF0622     FALSE 0.409 59.000 0.000 NA   NA
 354870 10692265 EF0622 EF0623     TRUE 0.858 -25.000 0.000 NA   NA
 10692265 354871 EF0623 EF0624     FALSE 0.307 73.000 0.000 NA   NA
 354871 354872 EF0624 EF0625     FALSE 0.017 342.000 0.000 NA   NA
 354872 354873 EF0625 EF0626     FALSE 0.382 63.000 0.000 NA   NA
 354873 354874 EF0626 EF0627     FALSE 0.250 84.000 0.000 NA   NA
 354874 354875 EF0627 EF0628     FALSE 0.557 44.000 0.000 NA   NA
 354875 354876 EF0628 EF0629     FALSE 0.005 997.000 0.000 1.000   NA
 354876 354877 EF0629 EF0630     TRUE 0.975 23.000 0.154 NA   NA
 354877 354878 EF0630 EF0631     FALSE 0.070 166.000 0.000 NA N NA
 354878 354879 EF0631 EF0633   tryS-1 FALSE 0.003 698.000 0.000 1.000 N NA
 354879 354880 EF0633 EF0634 tryS-1   FALSE 0.018 251.000 0.000 1.000 N NA
 354880 354881 EF0634 EF0635     FALSE 0.225 203.000 0.000 1.000 Y NA
 354881 354882 EF0635 EF0636   nhaC-2 TRUE 0.765 125.000 0.300 1.000 N NA
 354882 354883 EF0636 EF0637 nhaC-2   FALSE 0.015 357.000 0.000 NA   NA
 354884 354885 EF0638 EF0639     FALSE 0.210 139.000 0.000 NA   NA
 354888 354889 EF0642 EF0643     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 354891 354892 EF0645 EF0646     TRUE 0.655 24.000 0.000 1.000 N NA
 354894 354895 EF0648 EF0650   lplA-1 FALSE 0.048 188.000 0.000 1.000 N NA
 10692266 354896 EF0651 EF0652     FALSE 0.093 189.000 0.000 NA   NA
 354897 354898 EF0653 EF0654     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 354898 354899 EF0654 EF0655     FALSE 0.124 172.000 0.000 1.000   NA
 354899 354900 EF0655 EF0656     TRUE 0.894 43.000 0.095 1.000   NA
 354900 354901 EF0656 EF0657     FALSE 0.222 130.000 0.000 1.000   NA
 354901 354902 EF0657 EF0658     TRUE 0.894 13.000 0.049 1.000 N NA
 354902 354903 EF0658 EF0659     FALSE 0.134 88.000 0.000 1.000 N NA
 354903 354904 EF0659 EF0660     FALSE 0.059 175.000 0.000 1.000 N NA
 354906 354907 EF0662 EF0663     FALSE 0.390 131.000 0.013 NA   NA
 354907 354908 EF0663 EF0664     FALSE 0.471 53.000 0.000 NA   NA
 354909 354910 EF0665 EF0666     FALSE 0.215 113.000 0.000 NA   NA
 354913 10692267 EF0669 EF0670     FALSE 0.222 109.000 0.000 NA   NA
 10692267 354914 EF0670 EF0671     FALSE 0.217 134.000 0.000 NA   NA
 354914 354915 EF0671 EF0672     FALSE 0.192 145.000 0.000 NA   NA
 354917 354918 EF0674 EF0675     TRUE 0.988 1.000 0.382 1.000 N NA
 354918 354919 EF0675 EF0676   argR FALSE 0.110 142.000 0.000 1.000 N NA
 354919 354920 EF0676 EF0677 argR   TRUE 0.784 34.000 0.023 1.000 N NA
 354920 354921 EF0677 EF0678     TRUE 0.655 24.000 0.000 1.000 N NA
 354922 354923 EF0680 EF0681     TRUE 0.858 63.000 0.168 NA   NA
 354923 354924 EF0681 EF0682     FALSE 0.543 156.000 0.093 NA   NA
 354924 354925 EF0682 EF0683     TRUE 0.991 -3.000 0.330 NA   NA
 354925 354926 EF0683 EF0684     TRUE 0.990 -3.000 0.291 NA   NA
 354927 354928 EF0685 EF0686     FALSE 0.140 164.000 0.000 NA   NA
 354928 354929 EF0686 EF0687     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 354930 354931 EF0688 EF0689     TRUE 0.967 2.000 0.135 NA N NA
 354931 354932 EF0689 EF0690     FALSE 0.436 129.000 0.049 NA N NA
 354932 354933 EF0690 EF0691     TRUE 0.800 73.000 0.154 NA   NA
 354935 354936 EF0693 EF0694 fruK-1   TRUE 0.981 5.000 0.087 1.000 Y NA
 354936 354937 EF0694 EF0695     TRUE 0.988 27.000 0.217 0.019 Y NA
 354937 354938 EF0695 EF0696   lacD-1 TRUE 0.961 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 354938 354939 EF0696 EF0697 lacD-1   FALSE 0.047 189.000 0.000 NA N NA
 354941 354942 EF0699 EF0700     FALSE 0.453 175.000 0.098 NA   NA
 354942 354943 EF0700 EF0701   prfC FALSE 0.240 174.000 0.015 NA   NA
 354943 354944 EF0701 EF0702 prfC   FALSE 0.111 176.000 0.000 NA   NA
 354944 354945 EF0702 EF0703     TRUE 0.967 16.000 0.125 NA   NA
 354945 354946 EF0703 EF0704     FALSE 0.354 67.000 0.000 NA   NA
 354947 354948 EF0705 EF0706   clpE FALSE 0.437 194.000 0.141 NA   NA
 354948 354949 EF0706 EF0707 clpE   FALSE 0.215 114.000 0.000 NA   NA
 354950 354951 EF0708 EF0709   ptsH FALSE 0.353 171.000 0.047 NA   NA
 354951 354952 EF0709 EF0710 ptsH ptsI TRUE 0.995 0.000 0.240 0.019 Y NA
 354953 354954 EF0711 EF0713     FALSE 0.125 171.000 0.000 NA   NA
 354954 354955 EF0713 EF0714     FALSE 0.454 55.000 0.000 NA   NA
 354956 354957 EF0715 EF0716 tig   FALSE 0.218 111.000 0.000 NA   NA
 354958 354959 EF0717 EF0718   fruK-2 TRUE 0.997 24.000 0.816 1.000 Y NA
 354959 354960 EF0718 EF0719 fruK-2   TRUE 0.998 -3.000 0.721 1.000 Y NA
 354960 354961 EF0719 EF0720     FALSE 0.115 139.000 0.000 1.000 N NA
 354962 354963 EF0721 EF0722 pcrA ligA TRUE 0.827 126.000 0.103 0.016 Y NA
 354963 354964 EF0722 EF0723 ligA   FALSE 0.185 148.000 0.000 NA   NA
 354964 354965 EF0723 EF0724   gatC FALSE 0.020 318.000 0.000 NA   NA
 354965 354966 EF0724 EF0725 gatC gatA TRUE 0.998 0.000 0.643 0.001 Y NA
 354966 354967 EF0725 EF0726 gatA gatB TRUE 0.997 0.000 0.492 0.001 Y NA
 354967 354968 EF0726 EF0727 gatB   TRUE 0.914 19.000 0.034 1.000 N NA
 354968 354969 EF0727 EF0728     FALSE 0.496 200.000 0.299 1.000 N NA
 354969 354970 EF0728 EF0730     FALSE 0.032 269.000 0.000 1.000   NA
 354972 354973 EF0732 EF0733 argF-2   TRUE 0.811 67.000 0.028 1.000 Y NA
 354973 354974 EF0733 EF0734     TRUE 0.993 -7.000 0.147 1.000 Y NA
 354974 354975 EF0734 EF0735   arcC-3 TRUE 0.982 12.000 0.125 1.000 Y NA
 354975 354976 EF0735 EF0737 arcC-3   FALSE 0.042 197.000 0.000 1.000 N NA
 354978 354979 EF0739 EF0740     TRUE 0.611 9.000 0.000 1.000 N NA
 354979 354980 EF0740 EF0741     FALSE 0.015 350.000 0.000 NA   NA
 354980 354981 EF0741 EF0742     FALSE 0.215 113.000 0.000 NA   NA
 354983 354984 EF0744 EF0745     FALSE 0.218 133.000 0.000 NA   NA
 354984 354985 EF0745 EF0746     FALSE 0.170 153.000 0.000 NA   NA
 354985 354986 EF0746 EF0747     FALSE 0.233 100.000 0.000 NA   NA
 354986 354987 EF0747 EF0748     FALSE 0.007 589.000 0.000 NA   NA
 354987 354988 EF0748 EF0750     FALSE 0.053 224.000 0.000 NA   NA
 354988 354989 EF0750 EF0751     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 354989 354990 EF0751 EF0752     TRUE 0.809 17.000 0.000 NA   NA
 354990 354991 EF0752 EF0753     TRUE 0.833 20.000 0.000 NA   NA
 354991 354992 EF0753 EF0754     TRUE 0.811 23.000 0.000 NA   NA
 354992 354993 EF0754 EF0755     TRUE 0.890 76.000 0.400 NA   NA
 354993 354994 EF0755 EF0756     FALSE 0.075 202.000 0.000 NA   NA
 354994 354995 EF0756 EF0757     TRUE 0.799 4.000 0.000 NA   NA
 354995 354996 EF0757 EF0758     FALSE 0.220 110.000 0.000 NA   NA
 354996 354997 EF0758 EF0759     TRUE 0.651 36.000 0.000 1.000   NA
 354998 354999 EF0760 EF0761     TRUE 0.980 2.000 0.047 1.000 Y NA
 355000 355001 EF0762 EF0763 uvrB uvrA TRUE 0.862 118.000 0.154 0.001 Y NA
 355001 355002 EF0763 EF0764 uvrA   FALSE 0.125 171.000 0.000 NA   NA
 355002 355003 EF0764 EF0765     FALSE 0.307 73.000 0.000 NA   NA
 355003 355004 EF0765 EF0766     FALSE 0.136 166.000 0.000 NA   NA
 355004 355005 EF0766 EF0767     TRUE 0.986 0.000 0.214 NA   NA
 355005 355006 EF0767 EF0768     TRUE 0.980 34.000 0.470 NA   NA
 355006 355007 EF0768 EF0769     FALSE 0.048 234.000 0.000 NA   NA
 355007 355008 EF0769 EF0770     FALSE 0.215 113.000 0.000 NA   NA
 355012 355013 EF0775 EF0776     TRUE 0.776 25.000 0.000 NA   NA
 355013 355014 EF0776 EF0778     FALSE 0.118 174.000 0.000 NA   NA
 355014 355015 EF0778 EF0779     TRUE 0.711 30.000 0.000 NA   NA
 355015 355016 EF0779 EF0780     TRUE 0.604 26.000 0.000 1.000 N NA
 355016 355017 EF0780 EF0781     FALSE 0.024 234.000 0.000 1.000 N NA
 355018 355019 EF0782 EF0783 rpoN   FALSE 0.039 201.000 0.000 1.000 N NA
 355019 355020 EF0783 EF0784   metK FALSE 0.029 216.000 0.000 1.000 N NA
 355020 355021 EF0784 EF0785 metK   FALSE 0.329 173.000 0.069 1.000 N NA
 355021 355022 EF0785 EF0786     TRUE 0.621 39.000 0.000 NA   NA
 355024 355025 EF0789 EF0790     TRUE 0.998 0.000 0.720 0.012 Y NA
 355025 355026 EF0790 EF0791     FALSE 0.005 411.000 0.000 1.000 N NA
 355026 355027 EF0791 EF0792     FALSE 0.116 138.000 0.000 1.000 N NA
 355027 355028 EF0792 EF0793     TRUE 0.636 5.000 0.000 1.000 N NA
 355029 355030 EF0794 EF0795     TRUE 0.992 0.000 0.408 NA   NA
 355030 355031 EF0795 EF0796     TRUE 0.942 16.000 0.050 1.000   NA
 355031 355032 EF0796 EF0797     FALSE 0.123 172.000 0.000 NA   NA
 355032 355033 EF0797 EF0798     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 355034 355035 EF0799 EF0801   leuS FALSE 0.005 404.000 0.000 1.000 N NA
 355036 355037 EF0802 EF0803     TRUE 0.704 31.000 0.000 NA   NA
 355037 355038 EF0803 EF0804     FALSE 0.111 176.000 0.000 NA   NA
 355038 355039 EF0804 EF0805     TRUE 0.983 14.000 0.131 1.000 Y NA
 355039 355040 EF0805 EF0806     TRUE 0.983 13.000 0.136 1.000 Y NA
 355041 355042 EF0807 EF0808     TRUE 0.834 2.000 0.000 NA   NA
 355042 355043 EF0808 EF0809     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 355043 355044 EF0809 EF0810     FALSE 0.012 393.000 0.000 NA   NA
 355044 355045 EF0810 EF0811     TRUE 0.799 4.000 0.000 NA   NA
 355045 355046 EF0811 EF0812     FALSE 0.012 383.000 0.000 NA   NA
 355046 355047 EF0812 EF0813     TRUE 0.753 13.000 0.000 1.000   NA
 355049 355050 EF0815 EF0816     TRUE 0.802 49.000 0.000 0.045 Y NA
 355050 355051 EF0816 EF0817     TRUE 0.962 -16.000 0.000 0.045 Y NA
 355051 355052 EF0817 EF0818     FALSE 0.217 115.000 0.000 1.000   NA
 355053 355054 EF0819 EF0820   rplY FALSE 0.036 252.000 0.000 NA   NA
 10692269 355055 EF0821 EF0822     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355056 355057 EF0823 EF0824     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 355058 355059 EF0825 EF0826 udk   FALSE 0.067 169.000 0.000 1.000 N NA
 355059 355060 EF0826 EF0827     FALSE 0.234 102.000 0.000 1.000   NA
 355060 355061 EF0827 EF0828     FALSE 0.013 371.000 0.000 1.000   NA
 355061 355062 EF0828 EF0829     TRUE 0.977 -46.000 0.115 0.079   NA
 355062 355063 EF0829 EF0830     TRUE 0.993 15.000 0.821 NA   NA
 355063 355064 EF0830 EF0831     TRUE 0.991 31.000 0.893 NA   NA
 355064 355065 EF0831 EF0832     TRUE 0.995 16.000 0.897 NA   NA
 355065 355066 EF0832 EF0833     TRUE 0.996 20.000 0.966 NA   NA
 355066 355067 EF0833 EF0834     FALSE 0.219 131.000 0.000 NA   NA
 355067 355068 EF0834 EF0835     FALSE 0.278 77.000 0.000 NA   NA
 355068 355069 EF0835 EF0836     TRUE 0.764 9.000 0.000 NA   NA
 355069 355070 EF0836 EF0837     TRUE 0.929 9.000 0.050 1.000   NA
 355070 355071 EF0837 EF0838     TRUE 0.996 -10.000 0.750 1.000   NA
 355071 355072 EF0838 EF0839     TRUE 0.993 4.000 0.679 NA   NA
 355072 355073 EF0839 EF0840     TRUE 0.979 10.000 0.283 NA   NA
 355073 355074 EF0840 EF0841     FALSE 0.239 94.000 0.000 1.000   NA
 355074 355075 EF0841 EF0842     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355075 355076 EF0842 EF0843     FALSE 0.205 141.000 0.000 NA   NA
 355078 355079 EF0845 EF0846 murF   FALSE 0.070 240.000 0.021 1.000 N NA
 355081 355082 EF0848 EF0849 acpS alr TRUE 0.916 30.000 0.093 1.000 N NA
 355082 355083 EF0849 EF0850 alr   TRUE 0.921 16.000 0.052 1.000 N NA
 355083 355084 EF0850 EF0851     FALSE 0.019 320.000 0.000 NA   NA
 355084 355085 EF0851 EF0852     TRUE 0.776 25.000 0.000 NA   NA
 355085 355086 EF0852 EF0853     TRUE 0.863 -19.000 0.000 NA   NA
 355086 355087 EF0853 EF0854     FALSE 0.261 82.000 0.000 1.000   NA
 355089 355090 EF0856 EF0857     FALSE 0.267 79.000 0.000 NA   NA
 355090 355091 EF0857 EF0858   pip FALSE 0.217 121.000 0.000 NA   NA
 355091 355092 EF0858 EF0859 pip   FALSE 0.055 221.000 0.000 NA   NA
 355092 355093 EF0859 EF0860     FALSE 0.013 298.000 0.000 0.075 N NA
 355094 355095 EF0861 EF0862     FALSE 0.319 72.000 0.000 1.000   NA
 355095 355096 EF0862 EF0863     TRUE 0.990 4.000 0.619 0.047 N NA
 355096 355097 EF0863 EF0864     TRUE 0.993 0.000 0.650 0.047 N NA
 355097 355098 EF0864 EF0865     TRUE 0.995 4.000 0.450 0.075 Y NA
 355098 355099 EF0865 EF0867     FALSE 0.006 627.000 0.000 NA   NA
 355102 355103 EF0871 EF0872     FALSE 0.066 334.000 0.000 0.075 Y NA
 355105 355106 EF0875 EF0876     FALSE 0.219 124.000 0.000 NA   NA
 355106 355107 EF0876 EF0877     FALSE 0.337 69.000 0.000 NA   NA
 355107 355108 EF0877 EF0878   polA FALSE 0.096 188.000 0.000 1.000   NA
 355108 355109 EF0878 EF0879 polA fpg TRUE 0.828 100.000 0.101 1.000 Y NA
 355109 355110 EF0879 EF0880 fpg   TRUE 0.959 -3.000 0.066 1.000 N NA
 355110 355111 EF0880 EF0881     FALSE 0.175 180.000 0.024 NA N NA
 355111 355112 EF0881 EF0882     TRUE 0.952 16.000 0.109 NA N NA
 355112 355113 EF0882 EF0883   dnaI TRUE 0.998 -3.000 0.817 NA Y NA
 355113 355114 EF0883 EF0884 dnaI   FALSE 0.059 217.000 0.000 1.000   NA
 355114 355115 EF0884 EF0885     TRUE 0.955 14.000 0.100 NA   NA
 355115 355116 EF0885 EF0886     TRUE 0.970 -10.000 0.062 NA   NA
 355116 355117 EF0886 EF0887     TRUE 0.986 -3.000 0.180 NA   NA
 355117 355118 EF0887 EF0888     TRUE 0.979 15.000 0.230 NA   NA
 355118 355119 EF0888 EF0889     TRUE 0.989 2.000 0.333 NA   NA
 355119 355120 EF0889 EF0890     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 355121 355122 EF0891 EF0892     TRUE 0.983 16.000 0.088 1.000 Y NA
 355122 355123 EF0892 EF0893     TRUE 0.993 -7.000 0.154 1.000 Y NA
 355124 355125 EF0895 EF0896   tgt FALSE 0.081 159.000 0.000 1.000 N NA
 355125 355126 EF0896 EF0897 tgt   TRUE 0.813 82.000 0.325 NA N NA
 355128 355129 EF0899 EF0900   adhE FALSE 0.065 208.000 0.000 NA   NA
 355130 355131 EF0901 EF0902     TRUE 0.970 -16.000 0.097 0.004 N NA
 355131 355132 EF0902 EF0903   mvaD TRUE 0.994 3.000 0.312 0.004 Y NA
 355132 355133 EF0903 EF0904 mvaD mvk TRUE 0.995 0.000 0.281 0.004 Y NA
 355133 355134 EF0904 EF0905 mvk   FALSE 0.031 270.000 0.000 NA   NA
 355134 355135 EF0905 EF0906     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355138 355139 EF0909 EF0910     TRUE 0.995 0.000 0.299 0.046 Y NA
 355139 355140 EF0910 EF0911     TRUE 0.995 10.000 0.595 1.000 Y NA
 355140 355141 EF0911 EF0912     TRUE 0.998 0.000 0.619 0.002 Y NA
 355141 355142 EF0912 EF0913     FALSE 0.413 41.000 0.000 NA N NA
 355142 355143 EF0913 EF0914   infC FALSE 0.005 400.000 0.000 NA N NA
 355143 355144 EF0914 EF0915 infC rpmI TRUE 0.950 114.000 0.652 1.000 Y NA
 355144 355145 EF0915 EF0916 rpmI rplT TRUE 0.986 61.000 0.928 0.020 Y NA
 355147 355148 EF0918 EF0919     FALSE 0.220 128.000 0.000 NA   NA
 355148 355149 EF0919 EF0920     TRUE 0.820 18.000 0.000 NA   NA
 355150 355151 EF0921 EF0922     FALSE 0.049 230.000 0.000 NA   NA
 355152 355153 EF0923 EF0924     FALSE 0.369 65.000 0.000 NA   NA
 355153 355154 EF0924 EF0925     FALSE 0.029 274.000 0.000 NA   NA
 355154 355155 EF0925 EF0926     FALSE 0.239 89.000 0.000 NA   NA
 355155 355156 EF0926 EF0927     TRUE 0.993 14.000 0.375 1.000 Y NA
 355156 355157 EF0927 EF0928     FALSE 0.099 148.000 0.000 1.000 N NA
 355157 355158 EF0928 EF0929     FALSE 0.417 41.000 0.000 1.000 N NA
 355158 355159 EF0929 EF0930   metG FALSE 0.048 188.000 0.000 1.000 N NA
 355159 355160 EF0930 EF0931 metG   FALSE 0.233 100.000 0.000 NA   NA
 355161 355162 EF0932 EF0933     FALSE 0.217 121.000 0.000 NA   NA
 355163 355164 EF0934 EF0935     TRUE 0.972 9.000 0.058 NA Y NA
 355164 355165 EF0935 EF0936   ksgA TRUE 0.853 19.000 0.005 1.000 N NA
 355165 355166 EF0936 EF0937 ksgA   FALSE 0.220 128.000 0.000 NA   NA
 355168 355169 EF0939 EF0940 mgsA   FALSE 0.029 274.000 0.000 NA   NA
 355170 355171 EF0941 EF0942     TRUE 0.999 -10.000 0.895 0.012 Y NA
 355172 355173 EF0943 EF0944     FALSE 0.033 261.000 0.000 NA   NA
 355173 355174 EF0944 EF0945     FALSE 0.237 97.000 0.000 1.000   NA
 355175 355176 EF0946 EF0947     TRUE 0.906 52.000 0.182 NA   NA
 355177 355178 EF0948 EF0949 ung pta FALSE 0.461 156.000 0.092 1.000 N NA
 355178 355179 EF0949 EF0950 pta   FALSE 0.334 157.000 0.023 NA   NA
 355179 355180 EF0950 EF0951     TRUE 0.956 -7.000 0.033 NA   NA
 355180 355181 EF0951 EF0953     FALSE 0.127 170.000 0.000 NA   NA
 355182 355183 EF0954 EF0955     TRUE 0.963 24.000 0.154 1.000 N NA
 355183 355184 EF0955 EF0956   pgmB TRUE 0.973 -10.000 0.077 1.000   NA
 355184 355185 EF0956 EF0957 pgmB   TRUE 0.986 -7.000 0.179 1.000   NA
 355186 355187 EF0958 EF0959     FALSE 0.363 66.000 0.000 NA   NA
 355187 355188 EF0959 EF0960     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 355190 355191 EF0962 EF0963     TRUE 0.863 -19.000 0.000 NA   NA
 355191 355192 EF0963 EF0964     TRUE 0.809 17.000 0.000 NA   NA
 355194 355195 EF0966 EF0967     FALSE 0.043 241.000 0.000 NA   NA
 355196 355197 EF0968 EF0969 rplU   TRUE 0.983 33.000 0.208 NA Y NA
 355197 355198 EF0969 EF0970   rpmA TRUE 0.987 13.000 0.203 NA Y NA
 355198 355199 EF0970 EF0971 rpmA   FALSE 0.080 200.000 0.000 1.000   NA
 355201 355202 EF0973 EF0974 pepQ-1   TRUE 0.762 14.000 0.000 NA   NA
 355202 355203 EF0974 EF0976     FALSE 0.018 333.000 0.000 NA   NA
 355203 355204 EF0976 EF0977   nusB TRUE 0.989 -19.000 0.265 NA   NA
 355204 355205 EF0977 EF0978 nusB folD FALSE 0.544 104.000 0.082 1.000 N NA
 355205 355206 EF0978 EF0979 folD xseA TRUE 0.893 10.000 0.045 1.000 N NA
 355206 355207 EF0979 EF0980 xseA xseB TRUE 0.996 2.000 0.412 0.001 Y NA
 355207 355208 EF0980 EF0981 xseB ispA TRUE 0.966 0.000 0.100 1.000 N NA
 355208 355209 EF0981 EF0982 ispA tlyA TRUE 0.909 14.000 0.058 1.000 N NA
 355209 355210 EF0982 EF0983 tlyA   FALSE 0.423 139.000 0.048 1.000 N NA
 355210 355211 EF0983 EF0984   recN TRUE 0.914 18.000 0.037 1.000 N NA
 355212 355213 EF0985 EF0986     TRUE 0.766 8.000 0.000 NA   NA
 355214 355215 EF0987 EF0988     FALSE 0.051 288.000 0.008 NA   NA
 355215 355216 EF0988 EF0989     TRUE 0.989 12.000 0.635 NA   NA
 355216 355217 EF0989 EF0990     TRUE 0.941 17.000 0.077 1.000 N NA
 355217 355218 EF0990 EF0991   pbpC TRUE 0.990 0.000 0.456 1.000 N NA
 355218 355219 EF0991 EF0992 pbpC mraY TRUE 0.963 27.000 0.038 1.000 Y NA
 355219 355220 EF0992 EF0993 mraY murD TRUE 0.997 23.000 0.647 0.007 Y NA
 355220 355221 EF0993 EF0994 murD murG TRUE 0.976 5.000 0.060 1.000 Y NA
 355221 355222 EF0994 EF0995 murG ftsQ TRUE 0.976 9.000 0.072 NA Y NA
 355222 355223 EF0995 EF0996 ftsQ ftsA TRUE 0.668 174.000 0.389 NA N NA
 355223 355224 EF0996 EF0997 ftsA ftsZ TRUE 0.993 27.000 0.460 1.000 Y NA
 355224 355225 EF0997 EF0998 ftsZ   TRUE 0.926 17.000 0.030 NA   NA
 355225 355226 EF0998 EF0999     TRUE 0.971 14.000 0.194 NA   NA
 355226 355227 EF0999 EF1000     TRUE 0.878 77.000 0.370 NA   NA
 355227 355228 EF1000 EF1001     TRUE 0.977 27.000 0.287 1.000   NA
 355228 355229 EF1001 EF1002   divIVA TRUE 0.856 152.000 0.579 NA   NA
 355229 355230 EF1002 EF1003 divIVA ileS FALSE 0.030 311.000 0.012 NA N NA
 355231 355232 EF1004 EF1005 zwf   TRUE 0.946 0.000 0.053 1.000 N NA
 355232 355233 EF1005 EF1006     FALSE 0.358 172.000 0.049 1.000   NA
 10692270 355234 EF1007 EF1008     FALSE 0.227 106.000 0.000 NA   NA
 355234 355235 EF1008 EF1009     TRUE 0.969 27.000 0.200 1.000   NA
 355235 355236 EF1009 EF1010     TRUE 0.897 45.000 0.017 0.006 Y NA
 355236 355237 EF1010 EF1012     FALSE 0.029 230.000 0.000 0.044 N NA
 355237 355238 EF1012 EF1013     FALSE 0.503 142.000 0.000 0.018 Y NA
 355238 355239 EF1013 EF1014     TRUE 0.926 44.000 0.176 NA   NA
 355239 355240 EF1014 EF1015     TRUE 0.969 20.000 0.095 NA   NA
 355240 355241 EF1015 EF1016     TRUE 0.974 0.000 0.095 NA   NA
 355241 355242 EF1016 EF1017     FALSE 0.028 276.000 0.000 NA   NA
 355242 355243 EF1017 EF1018     TRUE 0.993 23.000 0.286 0.018 Y NA
 355243 355244 EF1018 EF1019     TRUE 0.695 66.000 0.000 0.018 Y NA
 355244 355245 EF1019 EF1020     FALSE 0.552 84.000 0.000 1.000 Y NA
 355245 355246 EF1020 EF1021     FALSE 0.423 58.000 0.000 1.000   NA
 355246 355247 EF1021 EF1022     FALSE 0.255 83.000 0.000 NA   NA
 355247 5437753 EF1022 tRNA-Arg-4     FALSE 0.216 119.000 0.000 NA   NA
 5437753 355248 tRNA-Arg-4 EF1023     TRUE 0.673 34.000 0.000 NA   NA
 355250 355251 EF1025 EF1026     TRUE 0.910 13.000 0.036 NA   NA
 10692271 355252 EF1027 EF1028     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355253 355254 EF1029 EF1030     TRUE 0.811 23.000 0.000 NA   NA
 355254 355255 EF1030 EF1031     TRUE 0.809 17.000 0.000 NA   NA
 355257 355258 EF1033 EF1034     FALSE 0.236 95.000 0.000 NA   NA
 355258 355259 EF1034 EF1035     TRUE 0.572 43.000 0.000 NA   NA
 355259 355260 EF1035 EF1036     FALSE 0.216 119.000 0.000 NA   NA
 355260 355261 EF1036 EF1037     FALSE 0.152 160.000 0.000 1.000   NA
 355261 355262 EF1037 EF1038     FALSE 0.200 143.000 0.000 1.000   NA
 355264 355265 EF1040 EF1041     FALSE 0.377 152.000 0.028 NA   NA
 355265 355266 EF1041 EF1042     FALSE 0.064 209.000 0.000 1.000   NA
 355268 355269 EF1044 EF1045 dnaE pfk FALSE 0.392 173.000 0.098 1.000 N NA
 355269 355270 EF1045 EF1046 pfk pyk TRUE 0.951 65.000 0.261 0.005 Y NA
 355270 355271 EF1046 EF1047 pyk   FALSE 0.013 374.000 0.000 NA   NA
 355271 355272 EF1047 EF1048   rpmF-3 FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 355272 355273 EF1048 EF1049 rpmF-3 gnd FALSE 0.035 205.000 0.000 1.000 N NA
 355273 355274 EF1049 EF1050 gnd   FALSE 0.257 158.000 0.025 1.000 N NA
 355274 355275 EF1050 EF1051     TRUE 0.994 11.000 0.438 0.073 Y NA
 2209670 5437754 Ef16SB tRNA-Ala-2     FALSE 0.216 112.000 0.000 NA   NA
 5437754 407336 tRNA-Ala-2 Ef23SB   rrl FALSE 0.108 177.000 0.000 NA   NA
 407336 406678 Ef23SB Ef5SB rrl rrf FALSE 0.233 101.000 0.000 NA   NA
 406678 5437755 Ef5SB tRNA-Asn-1 rrf   TRUE 0.769 7.000 0.000 NA   NA
 5437755 5437756 tRNA-Asn-1 tRNA-Ser-4     FALSE 0.557 44.000 0.000 NA   NA
 5437756 5437757 tRNA-Ser-4 tRNA-Glu-3     TRUE 0.820 18.000 0.000 NA   NA
 5437757 5437758 tRNA-Glu-3 tRNA-Val-2     TRUE 0.728 28.000 0.000 NA   NA
 5437758 5437759 tRNA-Val-2 tRNA-Asp-3     TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   NA
 5437759 5437760 tRNA-Asp-3 tRNA-Phe-2     FALSE 0.532 46.000 0.000 NA   NA
 5437760 5437761 tRNA-Phe-2 tRNA-Tyr-1     TRUE 0.773 6.000 0.000 NA   NA
 5437761 5437762 tRNA-Tyr-1 tRNA-Trp-1     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 5437762 5437763 tRNA-Trp-1 tRNA-His-1     TRUE 0.637 37.000 0.000 NA   NA
 5437763 5437764 tRNA-His-1 tRNA-Gln-1     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 5437764 5437765 tRNA-Gln-1 tRNA-Cys-1     TRUE 0.758 26.000 0.000 NA   NA
 5437765 5437766 tRNA-Cys-1 tRNA-Leu-3     TRUE 0.762 14.000 0.000 NA   NA
 355277 355278 EF1053 EF1054     TRUE 0.955 59.000 0.250 1.000 Y NA
 355281 355282 EF1057 EF1058     TRUE 0.744 0.000 0.000 1.000 N NA
 355284 355285 EF1060 EF1061     FALSE 0.565 28.000 0.000 1.000 N NA
 355285 355286 EF1061 EF1062     TRUE 0.964 -3.000 0.000 0.005 Y NA
 355286 355287 EF1062 EF1063     FALSE 0.023 235.000 0.000 NA N NA
 355287 10692272 EF1063 EF1064     FALSE 0.354 67.000 0.000 NA   NA
 10692272 355288 EF1064 EF1065     TRUE 0.855 -40.000 0.000 NA   NA
 355289 355290 EF1066 EF1067     FALSE 0.217 121.000 0.000 NA   NA
 355290 355291 EF1067 EF1068   galM FALSE 0.299 74.000 0.000 NA   NA
 355292 355293 EF1069 EF1070 galK galE-1 TRUE 0.928 16.000 0.051 0.003 N NA
 355293 355294 EF1070 EF1071 galE-1 galT TRUE 0.965 12.000 0.204 0.003 N NA
 355294 355295 EF1071 EF1072 galT galR TRUE 0.856 7.000 0.024 1.000 N NA
 355295 355296 EF1072 EF1073 galR   FALSE 0.261 82.000 0.000 1.000   NA
 355296 355297 EF1073 EF1074     FALSE 0.374 64.000 0.000 NA   NA
 355297 355298 EF1074 EF1075     FALSE 0.382 63.000 0.000 NA   NA
 355298 355299 EF1075 EF1076     TRUE 0.801 4.000 0.000 1.000   NA
 355299 355300 EF1076 EF1077     TRUE 0.788 15.000 0.000 1.000   NA
 355300 355301 EF1077 EF1078     FALSE 0.045 193.000 0.000 1.000 N NA
 355301 355302 EF1078 EF1080     FALSE 0.002 774.000 0.000 1.000 N NA
 355302 355303 EF1080 EF1081     TRUE 0.994 5.000 1.000 NA   NA
 355303 355304 EF1081 EF1082     FALSE 0.243 87.000 0.000 NA   NA
 355304 355305 EF1082 EF1083     TRUE 0.820 18.000 0.000 NA   NA
 355305 355306 EF1083 EF1084     FALSE 0.471 53.000 0.000 NA   NA
 355306 355307 EF1084 EF1085     FALSE 0.326 71.000 0.000 NA   NA
 355307 355308 EF1085 EF1086     FALSE 0.013 370.000 0.000 NA   NA
 355308 355309 EF1086 EF1088     FALSE 0.113 140.000 0.000 1.000 N NA
 355309 355310 EF1088 EF1089     FALSE 0.328 71.000 0.000 1.000   NA
 355312 355313 EF1091 EF1092     TRUE 0.822 4.000 0.000 0.010   NA
 355313 355314 EF1092 EF1093     TRUE 0.887 -3.000 0.000 0.010   NA
 355314 355315 EF1093 EF1094     FALSE 0.236 94.000 0.000 NA   NA
 355317 355318 EF1096 EF1097     FALSE 0.015 360.000 0.000 NA   NA
 355320 355321 EF1099 EF1100     FALSE 0.222 125.000 0.000 1.000   NA
 355321 355322 EF1100 EF1101     FALSE 0.334 70.000 0.000 1.000   NA
 355323 355324 EF1102 EF1103     FALSE 0.218 111.000 0.000 NA   NA
 355324 355325 EF1103 EF1104     FALSE 0.123 172.000 0.000 NA   NA
 355325 355326 EF1104 EF1105     FALSE 0.009 486.000 0.000 NA   NA
 355327 355328 EF1106 EF1107     FALSE 0.151 160.000 0.000 NA   NA
 355328 355329 EF1107 EF1108     TRUE 0.852 -94.000 0.000 NA   NA
 355329 355330 EF1108 EF1109     TRUE 0.997 13.000 0.947 NA Y NA
 355330 355331 EF1109 EF1110     TRUE 0.995 -7.000 0.500 0.001   NA
 355331 355332 EF1110 EF1111     FALSE 0.056 221.000 0.000 1.000   NA
 355332 355333 EF1111 EF1112   rexB FALSE 0.117 111.000 0.000 NA N NA
 355333 355334 EF1112 EF1113 rexB rexA TRUE 0.995 -7.000 0.276 NA Y NA
 355334 355335 EF1113 EF1114 rexA   FALSE 0.407 70.000 0.010 NA N NA
 355335 355336 EF1114 EF1115   pheS FALSE 0.009 321.000 0.000 NA N NA
 355336 355337 EF1115 EF1116 pheS pheT TRUE 0.995 8.000 0.574 0.001 Y NA
 355338 355339 EF1117 EF1118     TRUE 0.997 12.000 0.947 0.008 Y NA
 355339 355340 EF1118 EF1119     TRUE 0.982 46.000 0.400 0.045 Y NA
 355340 355341 EF1119 EF1120     TRUE 0.992 35.000 0.594 1.000 Y NA
 355342 355343 EF1121 EF1122 murI rph TRUE 0.889 -7.000 0.004 1.000 N NA
 355343 355344 EF1122 EF1123 rph   TRUE 0.753 13.000 0.000 1.000   NA
 355346 355347 EF1125 EF1126     TRUE 0.981 18.000 0.214 1.000   NA
 355347 355348 EF1126 EF1127   sgaT TRUE 0.976 13.000 0.235 0.043   NA
 355348 355349 EF1127 EF1128 sgaT sgaB TRUE 0.969 15.000 0.137 0.043   NA
 355349 355350 EF1128 EF1129 sgaB   TRUE 0.984 14.000 0.143 1.000 Y NA
 355350 355351 EF1129 EF1130     TRUE 0.995 5.000 0.536 1.000 Y NA
 355351 355352 EF1130 EF1131   araD TRUE 0.998 -10.000 0.700 1.000 Y NA
 355352 355353 EF1131 EF1132 araD   FALSE 0.017 257.000 0.000 1.000 N NA
 355353 355354 EF1132 EF1133   dapD FALSE 0.396 81.000 0.025 1.000 N NA
 355354 355355 EF1133 EF1134 dapD   TRUE 0.971 37.000 0.372 1.000   NA
 355356 355357 EF1135 EF1136     FALSE 0.207 140.000 0.000 NA   NA
 355358 355359 EF1137 EF1138     FALSE 0.278 77.000 0.000 NA   NA
 355360 355361 EF1139 EF1140   gloA FALSE 0.200 143.000 0.000 1.000   NA
 355363 355364 EF1142 EF1143     TRUE 0.942 19.000 0.035 1.000   NA
 355364 355365 EF1143 EF1144     TRUE 0.976 -3.000 0.082 0.030   NA
 355366 355367 EF1145 EF1146     TRUE 0.792 68.000 0.122 NA   NA
 355367 355368 EF1146 EF1147   pyrG FALSE 0.042 308.000 0.029 1.000 N NA
 355369 355370 EF1148 EF1149   recU TRUE 0.958 42.000 0.319 1.000   NA
 355371 355372 EF1150 EF1151     TRUE 0.897 94.000 0.579 NA   NA
 355372 355373 EF1151 EF1152     FALSE 0.005 714.000 0.000 NA   NA
 355373 355374 EF1152 EF1153     TRUE 0.889 19.000 0.020 1.000 N NA
 355374 355375 EF1153 EF1154     FALSE 0.512 33.000 0.000 NA N NA
 355375 355376 EF1154 EF1155   nth TRUE 0.979 15.000 0.075 NA Y NA
 355376 355377 EF1155 EF1156 nth   FALSE 0.071 174.000 0.000 0.044 N NA
 355377 355378 EF1156 EF1157     TRUE 0.947 -3.000 0.047 1.000 N NA
 355378 355379 EF1157 EF1158     TRUE 0.618 200.000 0.137 1.000 Y NA
 355379 355380 EF1158 EF1159     TRUE 0.894 20.000 0.021 1.000 N NA
 355380 355381 EF1159 EF1160     TRUE 0.993 19.000 0.214 0.017 Y NA
 355381 355382 EF1160 EF1161     TRUE 0.978 18.000 0.167 1.000   NA
 355382 355383 EF1161 EF1162     FALSE 0.218 118.000 0.000 1.000   NA
 355383 355384 EF1162 EF1163     TRUE 0.765 -3.000 0.000 1.000 N NA
 355384 355385 EF1163 EF1164     TRUE 0.822 22.000 0.000 1.000   NA
 355387 355388 EF1166 EF1167   fba FALSE 0.073 203.000 0.000 NA   NA
 355388 355389 EF1167 EF1168 fba   TRUE 0.856 -31.000 0.000 NA   NA
 355389 355390 EF1168 EF1169   murAB FALSE 0.496 50.000 0.000 NA   NA
 355390 355391 EF1169 EF1170 murAB rho TRUE 0.920 -3.000 0.022 1.000 N NA
 355391 355392 EF1170 EF1171 rho rpmE FALSE 0.458 100.000 0.049 1.000 N NA
 355392 355393 EF1171 EF1172 rpmE   FALSE 0.010 317.000 0.000 1.000 N NA
 355393 355394 EF1172 EF1173     TRUE 0.982 -10.000 0.024 0.072 Y NA
 355394 355395 EF1173 EF1174     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 355395 355396 EF1174 EF1175   gct FALSE 0.363 66.000 0.000 NA   NA
 355396 355397 EF1175 EF1176 gct   FALSE 0.210 139.000 0.000 NA   NA
 355397 355398 EF1176 EF1177     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 355398 355399 EF1177 EF1179   cscK FALSE 0.052 226.000 0.000 NA   NA
 355399 355400 EF1179 EF1180 cscK   FALSE 0.238 91.000 0.000 NA   NA
 355401 355402 EF1181 EF1182   luxS FALSE 0.140 84.000 0.000 1.000 N NA
 355403 355404 EF1183 EF1184 asd dapA TRUE 0.960 34.000 0.063 1.000 Y NA
 355404 355405 EF1184 EF1185 dapA   TRUE 0.888 31.000 0.035 1.000   NA
 355405 355406 EF1185 EF1186     FALSE 0.245 125.000 0.000 0.020   NA
 355406 355407 EF1186 EF1187     TRUE 0.972 35.000 0.347 NA   NA
 355407 355408 EF1187 EF1188     TRUE 0.982 6.000 0.320 NA   NA
 355408 355409 EF1188 EF1189     TRUE 0.991 -12.000 0.330 NA   NA
 355409 355410 EF1189 EF1190     FALSE 0.220 127.000 0.000 NA   NA
 355410 355411 EF1190 EF1191     TRUE 0.969 -7.000 0.061 NA   NA
 355411 355412 EF1191 EF1192     FALSE 0.169 154.000 0.000 NA   NA
 355412 355413 EF1192 EF1193   vicR FALSE 0.061 174.000 0.000 1.000 N NA
 355413 355414 EF1193 EF1194 vicR vicK TRUE 0.996 7.000 0.597 0.012 Y NA
 355414 355415 EF1194 EF1195 vicK   TRUE 0.995 -3.000 0.575 NA   NA
 355415 355416 EF1195 EF1196     TRUE 0.996 0.000 0.890 NA   NA
 355416 355417 EF1196 EF1197     TRUE 0.883 57.000 0.176 NA   NA
 355417 355418 EF1197 EF1198     FALSE 0.062 211.000 0.000 NA   NA
 355418 355419 EF1198 EF1199     TRUE 0.995 19.000 0.841 NA   NA
 355420 355421 EF1200 EF1201     TRUE 0.988 15.000 0.433 NA   NA
 355422 355423 EF1202 EF1203     TRUE 0.994 -3.000 0.537 NA   NA
 355423 355424 EF1203 EF1204     TRUE 0.981 38.000 0.651 NA   NA
 355424 10692273 EF1204 EF1205     FALSE 0.008 501.000 0.000 NA   NA
 355425 355426 EF1206 EF1207     TRUE 0.991 32.000 0.432 1.000 Y NA
 355427 355428 EF1209 EF1210     TRUE 0.994 -19.000 0.231 1.000 Y NA
 355428 355429 EF1210 EF1211   npr FALSE 0.097 186.000 0.000 1.000   NA
 355431 355432 EF1213 EF1214   budA TRUE 0.974 12.000 0.323 1.000 N NA
 355432 355433 EF1214 EF1215 budA   FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 355435 355436 EF1217 EF1218     FALSE 0.065 208.000 0.000 NA   NA
 355436 355437 EF1218 EF1219     TRUE 0.993 -7.000 0.150 0.044 Y NA
 355437 355438 EF1219 EF1220     TRUE 0.974 39.000 0.158 0.044 Y NA
 355438 355439 EF1220 EF1221     TRUE 0.990 27.000 0.273 0.044 Y NA
 355439 355440 EF1221 EF1222   ade TRUE 0.983 21.000 0.318 1.000 N NA
 355440 355441 EF1222 EF1223 ade   TRUE 0.996 -16.000 0.357 1.000 Y NA
 355441 355442 EF1223 EF1224     FALSE 0.092 191.000 0.000 1.000   NA
 355442 355443 EF1224 EF1225     FALSE 0.057 220.000 0.000 1.000   NA
 355443 355444 EF1225 EF1226     TRUE 0.974 27.000 0.243 NA   NA
 355444 355445 EF1226 EF1227     TRUE 0.976 19.000 0.143 NA   NA
 355445 355446 EF1227 EF1228     FALSE 0.010 412.000 0.000 NA   NA
 355446 355447 EF1228 EF1229     TRUE 0.853 -58.000 0.000 NA   NA
 355447 355448 EF1229 EF1230     TRUE 0.754 12.000 0.000 NA   NA
 355448 355449 EF1230 EF1231     FALSE 0.065 208.000 0.000 NA   NA
 355449 355450 EF1231 EF1232     FALSE 0.025 292.000 0.000 1.000   NA
 355450 355451 EF1232 EF1233     TRUE 0.997 15.000 0.750 0.044 Y NA
 355451 355452 EF1233 EF1234     TRUE 0.998 18.000 1.000 0.044 Y NA
 355452 355453 EF1234 EF1235     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 355453 355454 EF1235 EF1236     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 355454 355455 EF1236 EF1237     TRUE 0.863 -19.000 0.000 NA   NA
 355455 355456 EF1237 EF1238     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 355456 355457 EF1238 EF1239     TRUE 0.993 18.000 0.293 1.000 Y NA
 355457 355458 EF1239 EF1240     TRUE 0.978 16.000 0.293 1.000 N NA
 355459 355460 EF1241 EF1242     FALSE 0.031 271.000 0.000 NA   NA
 355461 355462 EF1243 EF1244     TRUE 0.778 25.000 0.000 1.000   NA
 355462 355463 EF1244 EF1246     FALSE 0.009 474.000 0.000 NA   NA
 355464 355465 EF1247 EF1248     FALSE 0.299 74.000 0.000 NA   NA
 355465 355466 EF1248 EF1249     FALSE 0.163 156.000 0.000 NA   NA
 355467 355468 EF1250 EF1251     FALSE 0.374 64.000 0.000 NA   NA
 355468 355469 EF1251 EF1253     FALSE 0.005 869.000 0.000 NA   NA
 355469 355470 EF1253 EF1254     TRUE 0.985 25.000 0.368 NA   NA
 355470 355471 EF1254 EF1255     TRUE 0.997 -3.000 0.895 1.000   NA
 355474 355475 EF1260 EF1261     TRUE 0.997 0.000 0.586 1.000 Y NA
 355476 355477 EF1262 EF1263     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 355477 355478 EF1263 EF1264     FALSE 0.227 106.000 0.000 NA   NA
 355479 355480 EF1265 EF1266     TRUE 0.872 -10.000 0.000 NA   NA
 355482 355483 EF1268 EF1269     FALSE 0.204 142.000 0.000 1.000   NA
 355483 355484 EF1269 EF1270     FALSE 0.068 206.000 0.000 NA   NA
 355484 355485 EF1270 EF1271   nusA TRUE 0.901 144.000 0.759 NA   NA
 355485 355486 EF1271 EF1272 nusA   TRUE 0.994 21.000 0.323 NA Y NA
 355486 355487 EF1272 EF1273     TRUE 0.991 -10.000 0.408 NA N NA
 355487 355488 EF1273 EF1274   infB TRUE 0.988 13.000 0.223 NA Y NA
 355488 355489 EF1274 EF1275 infB rbfA TRUE 0.995 25.000 0.530 1.000 Y NA
 355490 355491 EF1276 EF1277     FALSE 0.525 47.000 0.000 NA   NA
 355492 355493 EF1278 EF1279     TRUE 0.704 31.000 0.000 NA   NA
 355493 355494 EF1279 EF1280     TRUE 0.829 19.000 0.000 NA   NA
 355494 355495 EF1280 EF1281     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 355495 355496 EF1281 EF1282     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 355496 355497 EF1282 EF1283     TRUE 0.833 20.000 0.000 NA   NA
 355497 355498 EF1283 EF1284     FALSE 0.039 246.000 0.000 NA   NA
 355498 355499 EF1284 EF1285     TRUE 0.933 13.000 0.062 NA   NA
 355499 355500 EF1285 EF1286     TRUE 0.930 33.000 0.093 NA   NA
 355500 355501 EF1286 EF1287     TRUE 0.992 18.000 0.562 NA   NA
 355501 355502 EF1287 EF1288     TRUE 0.872 -10.000 0.000 NA   NA
 355502 355503 EF1288 EF1289     TRUE 0.834 2.000 0.000 NA   NA
 355503 355504 EF1289 EF1290     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 355504 355505 EF1290 EF1291     TRUE 0.687 33.000 0.000 NA   NA
 355505 355506 EF1291 EF1292     TRUE 0.796 24.000 0.000 NA   NA
 355506 355507 EF1292 EF1293   ply-1 FALSE 0.189 146.000 0.000 NA   NA
 355507 355508 EF1293 EF1295 ply-1 ribF FALSE 0.005 1094.000 0.000 1.000   NA
 355508 355509 EF1295 EF1296 ribF   TRUE 0.858 0.000 0.000 1.000   NA
 355509 355510 EF1296 EF1297     FALSE 0.179 150.000 0.000 NA   NA
 355510 355511 EF1297 EF1298     TRUE 0.992 -13.000 0.342 NA   NA
 355511 355512 EF1298 EF1299     TRUE 0.758 26.000 0.000 NA   NA
 355512 355513 EF1299 EF1300     FALSE 0.154 159.000 0.000 NA   NA
 355513 355514 EF1300 EF1301     TRUE 0.960 -34.000 0.000 0.006 Y NA
 355515 355516 EF1302 EF1303     TRUE 0.939 24.000 0.000 0.054 Y NA
 355517 355518 EF1304 EF1305     FALSE 0.033 208.000 0.000 1.000 N NA
 355518 355519 EF1305 EF1306   hrcA FALSE 0.180 226.000 0.082 1.000 N NA
 355519 355520 EF1306 EF1307 hrcA grpE TRUE 0.704 55.000 0.051 1.000 N NA
 355520 355521 EF1307 EF1308 grpE dnaK TRUE 0.847 60.000 0.026 0.006 Y NA
 355521 355522 EF1308 EF1309 dnaK   FALSE 0.215 115.000 0.000 NA   NA
 355522 355523 EF1309 EF1310   dnaJ FALSE 0.454 55.000 0.000 NA   NA
 355523 355524 EF1310 EF1311 dnaJ   FALSE 0.044 239.000 0.000 1.000   NA
 355524 355525 EF1311 EF1312     FALSE 0.394 98.000 0.009 1.000   NA
 355525 355526 EF1312 EF1313     TRUE 0.971 27.000 0.215 NA   NA
 355526 5437767 EF1313 tRNA-Leu-4     FALSE 0.337 69.000 0.000 NA   NA
 5437767 355527 tRNA-Leu-4 EF1314     FALSE 0.041 244.000 0.000 NA   NA
 355529 355530 EF1316 EF1317   nagA-1 FALSE 0.235 101.000 0.000 1.000   NA
 355531 355532 EF1318 EF1319     TRUE 0.762 14.000 0.000 NA   NA
 355533 355534 EF1320 EF1321     TRUE 0.945 10.000 0.125 1.000 N NA
 355534 355535 EF1321 EF1322     FALSE 0.088 193.000 0.000 NA   NA
 355535 10692275 EF1322 EF1323     TRUE 0.809 17.000 0.000 NA   NA
 10692275 355536 EF1323 EF1324     FALSE 0.187 147.000 0.000 NA   NA
 355536 5437768 EF1324 tRNA-Tyr-2     FALSE 0.235 97.000 0.000 NA   NA
 5437768 5437769 tRNA-Tyr-2 tRNA-Gln-2     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 5437769 355537 tRNA-Gln-2 EF1325     FALSE 0.167 155.000 0.000 NA   NA
 355539 355540 EF1327 EF1328     FALSE 0.067 207.000 0.000 NA   NA
 355540 355541 EF1328 EF1329     FALSE 0.003 663.000 0.000 1.000 N NA
 355541 355542 EF1329 EF1330     TRUE 0.857 -36.000 0.000 1.000   NA
 355542 355543 EF1330 EF1331     TRUE 0.813 23.000 0.000 1.000   NA
 355543 355544 EF1331 EF1332     TRUE 0.699 144.000 0.167 NA   NA
 355544 355545 EF1332 EF1333     TRUE 0.979 9.000 0.286 NA   NA
 355545 355546 EF1333 EF1334     TRUE 0.858 -25.000 0.000 NA   NA
 355547 355548 EF1335 EF1336     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 355549 355550 EF1337 EF1338   trxB FALSE 0.129 169.000 0.000 NA   NA
 355551 355552 EF1339 EF1340     FALSE 0.083 197.000 0.000 NA   NA
 355552 355553 EF1340 EF1341     FALSE 0.218 119.000 0.000 1.000   NA
 355555 355556 EF1343 EF1344     TRUE 0.997 4.000 0.793 0.043 Y NA
 355556 355557 EF1344 EF1345     TRUE 0.962 86.000 0.690 0.043 Y NA
 355558 355559 EF1346 EF1347     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 355559 355560 EF1347 EF1348     TRUE 0.915 28.000 0.000 0.010 Y NA
 355560 355561 EF1348 EF1349     TRUE 0.953 2.000 0.000 0.010 Y NA
 355561 355562 EF1349 EF1350     FALSE 0.125 171.000 0.000 NA   NA
 355562 355563 EF1350 EF1351     FALSE 0.015 357.000 0.000 NA   NA
 355563 355564 EF1351 EF1352     TRUE 0.796 24.000 0.000 NA   NA
 355564 355565 EF1352 EF1353   pdhA FALSE 0.004 599.000 0.000 0.053 N NA
 355565 355566 EF1353 EF1354 pdhA pdhB TRUE 0.996 3.000 0.484 0.001 Y NA
 355566 355567 EF1354 EF1355 pdhB aceF TRUE 0.962 143.000 0.883 0.053 Y NA
 355567 355568 EF1355 EF1356 aceF lpdA TRUE 0.997 8.000 0.948 1.000 Y NA
 355570 355571 EF1358 EF1359     TRUE 0.753 13.000 0.000 1.000   NA
 355571 355572 EF1359 EF1360     TRUE 0.924 1.000 0.011 1.000   NA
 355572 355573 EF1360 EF1361     TRUE 0.992 13.000 0.316 0.001 Y NA
 355573 355574 EF1361 EF1362     FALSE 0.210 139.000 0.000 NA   NA
 355577 355578 EF1365 EF1366     TRUE 0.809 17.000 0.000 NA   NA
 355578 355579 EF1366 EF1367     FALSE 0.026 282.000 0.000 NA   NA
 355579 355580 EF1367 EF1368     FALSE 0.024 298.000 0.000 NA   NA
 355580 355581 EF1368 EF1369     FALSE 0.017 339.000 0.000 NA   NA
 355582 355583 EF1370 EF1371     FALSE 0.070 205.000 0.000 1.000   NA
 355583 355584 EF1371 EF1372     TRUE 0.872 10.000 0.009 1.000   NA
 355584 355585 EF1372 EF1373     TRUE 0.961 14.000 0.132 1.000   NA
 355585 355586 EF1373 EF1374   phnA FALSE 0.344 114.000 0.004 1.000   NA
 355588 355589 EF1376 EF1377     FALSE 0.228 63.000 0.000 NA N NA
 355589 355590 EF1377 EF1378     FALSE 0.026 547.000 0.000 1.000 Y NA
 355590 355591 EF1378 EF1379   alaS FALSE 0.008 346.000 0.000 1.000 N NA
 355591 355592 EF1379 EF1380 alaS   FALSE 0.073 203.000 0.000 NA   NA
 355592 355593 EF1380 EF1381     TRUE 0.989 -16.000 0.283 NA   NA
 355593 355594 EF1381 EF1382   pepT-1 TRUE 0.908 30.000 0.051 NA   NA
 355594 355595 EF1382 EF1383 pepT-1   FALSE 0.325 146.000 0.007 NA   NA
 355595 355596 EF1383 EF1384     TRUE 0.911 20.000 0.007 NA   NA
 355596 355597 EF1384 EF1385     FALSE 0.127 171.000 0.000 1.000   NA
 355597 355598 EF1385 EF1386     TRUE 0.662 16.000 0.000 1.000 N NA
 355598 355599 EF1386 EF1387     TRUE 0.874 -10.000 0.000 1.000   NA
 355599 355600 EF1387 EF1388     TRUE 0.872 -12.000 0.000 1.000   NA
 355600 355601 EF1388 EF1389     TRUE 0.982 57.000 0.606 0.001 Y NA
 355601 355602 EF1389 EF1390   fdhA TRUE 0.819 3.000 0.000 1.000   NA
 355602 355603 EF1390 EF1391 fdhA   FALSE 0.521 48.000 0.000 1.000   NA
 355603 355604 EF1391 EF1392   moaC FALSE 0.020 833.000 0.000 0.003 Y NA
 355604 355605 EF1392 EF1393 moaC   TRUE 0.965 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 355605 355606 EF1393 EF1394     TRUE 0.946 3.000 0.042 0.029   NA
 355606 355607 EF1394 EF1395     TRUE 0.939 -7.000 0.011 1.000   NA
 355607 355608 EF1395 EF1396     TRUE 0.899 4.000 0.006 0.003   NA
 355608 355609 EF1396 EF1397     TRUE 0.831 19.000 0.000 1.000   NA
 355609 355610 EF1397 EF1398     TRUE 0.930 9.000 0.000 0.001 Y NA
 355610 355611 EF1398 EF1399     TRUE 0.996 -3.000 0.342 1.000 Y NA
 355611 355612 EF1399 EF1400     FALSE 0.507 122.000 0.000 1.000 Y NA
 355614 355615 EF1402 EF1403     TRUE 0.968 20.000 0.091 1.000   NA
 355615 355616 EF1403 EF1404     TRUE 0.585 111.000 0.070 1.000   NA
 355616 355617 EF1404 EF1405   trx FALSE 0.271 98.000 0.005 1.000 N NA
 355617 355618 EF1405 EF1406 trx uvrC FALSE 0.148 165.000 0.002 1.000 N NA
 355618 355619 EF1406 EF1407 uvrC   FALSE 0.173 152.000 0.000 NA   NA
 355619 355620 EF1407 EF1408     FALSE 0.229 105.000 0.000 NA   NA
 355620 355621 EF1408 EF1409     TRUE 0.963 -7.000 0.044 NA   NA
 355627 355628 EF1415 EF1416 gdhA pgi FALSE 0.118 182.000 0.005 1.000 N NA
 355629 355630 EF1417 EF1418     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 355630 355631 EF1418 EF1419     FALSE 0.163 156.000 0.000 NA   NA
 355631 355632 EF1419 EF1420     FALSE 0.409 59.000 0.000 NA   NA
 355632 355633 EF1420 EF1421     TRUE 0.820 18.000 0.000 NA   NA
 355633 355634 EF1421 EF1422     TRUE 0.830 21.000 0.000 NA   NA
 355635 355636 EF1423 EF1424     FALSE 0.532 46.000 0.000 NA   NA
 355636 355637 EF1424 EF1425     FALSE 0.382 63.000 0.000 NA   NA
 355637 355638 EF1425 EF1426     TRUE 0.863 -19.000 0.000 NA   NA
 355638 355639 EF1426 EF1427     TRUE 0.754 12.000 0.000 NA   NA
 355639 355640 EF1427 EF1428     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 355640 355641 EF1428 EF1429     FALSE 0.444 56.000 0.000 NA   NA
 355641 355642 EF1429 EF1430     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 355642 355643 EF1430 EF1431     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 355643 355644 EF1431 EF1432     TRUE 0.872 -10.000 0.000 NA   NA
 355644 355645 EF1432 EF1433     TRUE 0.922 0.000 0.005 NA   NA
 355645 355646 EF1433 EF1434     TRUE 0.754 12.000 0.000 NA   NA
 355646 355647 EF1434 EF1435     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 355647 355648 EF1435 EF1436     TRUE 0.830 21.000 0.000 NA   NA
 355648 355649 EF1436 EF1437     FALSE 0.250 84.000 0.000 NA   NA
 355649 355650 EF1437 EF1438     TRUE 0.776 25.000 0.000 NA   NA
 355650 355651 EF1438 EF1439     TRUE 0.830 21.000 0.000 NA   NA
 355651 355652 EF1439 EF1440     FALSE 0.010 415.000 0.000 NA   NA
 355652 355653 EF1440 EF1441     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 355653 355654 EF1441 EF1442     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355654 355655 EF1442 EF1443     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355655 355656 EF1443 EF1444     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355656 355657 EF1444 EF1445     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 355657 355658 EF1445 EF1446     TRUE 0.873 -6.000 0.000 NA   NA
 355658 355659 EF1446 EF1447     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 355659 355660 EF1447 EF1448     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 355660 355661 EF1448 EF1449     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 355661 355662 EF1449 EF1450     FALSE 0.233 101.000 0.000 NA   NA
 355662 5437770 EF1450 tRNA-Lys-3     FALSE 0.151 160.000 0.000 NA   NA
 5437770 355663 tRNA-Lys-3 EF1451     FALSE 0.008 496.000 0.000 NA   NA
 355663 355664 EF1451 EF1452     FALSE 0.543 45.000 0.000 NA   NA
 355664 355665 EF1452 EF1453     FALSE 0.220 126.000 0.000 NA   NA
 355665 355666 EF1453 EF1454     TRUE 0.786 15.000 0.000 NA   NA
 355666 355667 EF1454 EF1455     TRUE 0.946 -19.000 0.026 NA   NA
 355667 355668 EF1455 EF1456     TRUE 0.991 23.000 0.500 NA   NA
 355668 355669 EF1456 EF1457     TRUE 0.992 -10.000 0.333 NA   NA
 355669 355670 EF1457 EF1458     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 355670 355671 EF1458 EF1459     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 355671 355672 EF1459 EF1460     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 355672 355673 EF1460 EF1461     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 355673 355674 EF1461 EF1462     TRUE 0.963 3.000 0.087 NA   NA
 355674 355675 EF1462 EF1463     TRUE 0.967 21.000 0.091 NA   NA
 355675 355676 EF1463 EF1464     TRUE 0.975 20.000 0.136 NA   NA
 355676 355677 EF1464 EF1465     TRUE 0.991 12.000 0.750 NA   NA
 355677 355678 EF1465 EF1466     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 355678 355679 EF1466 EF1467     TRUE 0.995 0.000 0.667 NA   NA
 355679 355680 EF1467 EF1468     TRUE 0.995 -13.000 0.600 NA   NA
 355680 355681 EF1468 EF1469     TRUE 0.989 -3.000 0.250 NA   NA
 355681 355682 EF1469 EF1470     TRUE 0.986 16.000 0.333 NA   NA
 355682 355683 EF1470 EF1471     TRUE 0.978 53.000 1.000 NA   NA
 355683 355684 EF1471 EF1472     TRUE 0.994 -19.000 0.500 NA   NA
 355684 355685 EF1472 EF1473     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 355685 355686 EF1473 EF1474     TRUE 0.858 0.000 0.000 1.000   NA
 355686 355687 EF1474 EF1475     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 355687 355688 EF1475 EF1476     TRUE 0.994 1.000 0.600 NA   NA
 355688 355689 EF1476 EF1477     TRUE 0.989 0.000 0.300 NA   NA
 355689 355690 EF1477 EF1478     TRUE 0.970 0.000 0.080 NA   NA
 355690 355691 EF1478 EF1479     TRUE 0.980 -7.000 0.120 NA   NA
 355691 355692 EF1479 EF1480     TRUE 0.993 -16.000 0.444 NA   NA
 355692 355693 EF1480 EF1481     TRUE 0.829 19.000 0.000 NA   NA
 355693 355694 EF1481 EF1482     TRUE 0.820 22.000 0.000 NA   NA
 355694 355695 EF1482 EF1483     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 355695 355696 EF1483 EF1484     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 355696 355697 EF1484 EF1485     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355697 355698 EF1485 EF1486   ply-2 FALSE 0.409 59.000 0.000 NA   NA
 355698 5437771 EF1486 tRNA-Met-7 ply-2   FALSE 0.236 94.000 0.000 NA   NA
 5437771 355699 tRNA-Met-7 EF1487     FALSE 0.215 136.000 0.000 NA   NA
 355699 355700 EF1487 EF1488     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 355701 355702 EF1489 EF1490     FALSE 0.014 366.000 0.000 NA   NA
 355702 355703 EF1490 EF1491     FALSE 0.409 59.000 0.000 NA   NA
 355704 355705 EF1492 EF1493     TRUE 0.937 -10.000 0.010 NA   NA
 355705 355706 EF1493 EF1494     TRUE 0.992 28.000 0.848 0.005   NA
 355706 355707 EF1494 EF1495     TRUE 0.946 17.000 0.045 0.006   NA
 355707 355708 EF1495 EF1496     TRUE 0.967 17.000 0.097 0.006   NA
 355708 355709 EF1496 EF1497     TRUE 0.997 -10.000 0.487 0.005 Y NA
 355709 355710 EF1497 EF1498     TRUE 0.994 12.000 0.462 0.005 Y NA
 355710 355711 EF1498 EF1499     TRUE 0.998 -7.000 0.776 0.005 Y NA
 355711 355712 EF1499 EF1500     TRUE 0.991 5.000 0.238 0.005 Y NA
 355712 355713 EF1500 EF1501     FALSE 0.292 75.000 0.000 NA   NA
 355714 355715 EF1502 EF1503     FALSE 0.128 95.000 0.000 NA N NA
 355716 355717 EF1504 EF1505 lysA   FALSE 0.207 140.000 0.000 NA   NA
 355719 355720 EF1507 EF1508     TRUE 0.856 -31.000 0.000 NA   NA
 355720 355721 EF1508 EF1509     FALSE 0.060 213.000 0.000 NA   NA
 355723 355724 EF1511 EF1512     TRUE 0.949 17.000 0.092 1.000 N NA
 355724 355725 EF1512 EF1513     TRUE 0.944 18.000 0.000 1.000 Y NA
 355725 355726 EF1513 EF1515     FALSE 0.021 310.000 0.000 1.000   NA
 355726 355727 EF1515 EF1516     TRUE 0.832 37.000 0.026 1.000   NA
 355727 355728 EF1516 EF1517     FALSE 0.237 93.000 0.000 NA   NA
 355728 355729 EF1517 EF1518     TRUE 0.859 -24.000 0.000 NA   NA
 355729 355730 EF1518 EF1519     FALSE 0.220 129.000 0.000 NA   NA
 355730 355731 EF1519 EF1521   dnaG FALSE 0.010 317.000 0.000 1.000 N NA
 355731 355732 EF1521 EF1522 dnaG sigA TRUE 0.707 109.000 0.209 1.000 N NA
 355732 355733 EF1522 EF1523 sigA   FALSE 0.175 152.000 0.000 1.000   NA
 355733 355734 EF1523 EF1524     FALSE 0.463 74.000 0.006 1.000   NA
 355734 355735 EF1524 EF1525     FALSE 0.357 116.000 0.006 1.000   NA
 355737 355738 EF1527 EF1528 obgE   FALSE 0.210 139.000 0.000 NA   NA
 355738 355739 EF1528 EF1529     TRUE 0.937 27.000 0.074 NA   NA
 355739 355740 EF1529 EF1531     FALSE 0.053 225.000 0.000 1.000   NA
 355740 355741 EF1531 EF1532     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 355741 355742 EF1532 EF1533     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355744 355745 EF1535 EF1536     FALSE 0.471 195.000 0.167 1.000   NA
 355745 355746 EF1536 EF1537     FALSE 0.067 169.000 0.000 1.000 N NA
 355746 355747 EF1537 EF1538     FALSE 0.369 65.000 0.000 NA   NA
 355747 355748 EF1538 EF1539     TRUE 0.995 -3.000 0.570 NA   NA
 355748 10692276 EF1539 EF1540     TRUE 0.799 4.000 0.000 NA   NA
 10692276 355749 EF1540 EF1541     FALSE 0.011 403.000 0.000 NA   NA
 355749 355750 EF1541 EF1542     FALSE 0.103 181.000 0.000 NA   NA
 355752 355753 EF1544 EF1545   recQ-1 TRUE 0.944 1.000 0.032 1.000   NA
 355753 355754 EF1545 EF1546 recQ-1   FALSE 0.552 76.000 0.032 1.000   NA
 355754 355755 EF1546 EF1547   cmk FALSE 0.079 237.000 0.002 1.000   NA
 355755 355756 EF1547 EF1548 cmk   FALSE 0.425 114.000 0.047 1.000 N NA
 355756 355757 EF1548 EF1549     FALSE 0.294 174.000 0.032 1.000   NA
 355757 355758 EF1549 EF1550   hup FALSE 0.077 248.000 0.008 1.000   NA
 355758 355759 EF1550 EF1551 hup   FALSE 0.215 115.000 0.000 NA   NA
 355759 355760 EF1551 EF1552     FALSE 0.259 82.000 0.000 NA   NA
 355760 355761 EF1552 EF1553     FALSE 0.307 73.000 0.000 NA   NA
 355761 355762 EF1553 EF1554     TRUE 0.984 10.000 0.375 NA   NA
 355764 355765 EF1556 EF1557   dapB TRUE 0.962 -7.000 0.044 NA   NA
 355765 355766 EF1557 EF1558 dapB papS TRUE 0.911 -3.000 0.015 1.000 N NA
 355766 355767 EF1558 EF1559 papS   TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 355767 355768 EF1559 EF1560     FALSE 0.238 90.000 0.000 NA   NA
 355768 355769 EF1560 EF1561   aroE FALSE 0.008 489.000 0.000 NA   NA
 355769 355770 EF1561 EF1562 aroE   TRUE 0.866 37.000 0.000 1.000 Y NA
 355770 355771 EF1562 EF1563   aroB TRUE 0.965 23.000 0.007 0.002 Y NA
 355771 355772 EF1563 EF1564 aroB aroC TRUE 0.989 2.000 0.110 0.002 Y NA
 355772 355773 EF1564 EF1565 aroC   TRUE 0.928 34.000 0.010 1.000 Y NA
 355773 355774 EF1565 EF1566   aroA TRUE 0.976 7.000 0.069 1.000 Y NA
 355774 355775 EF1566 EF1567 aroA aroK TRUE 0.948 20.000 0.000 1.000 Y NA
 355775 355776 EF1567 EF1568 aroK   TRUE 0.924 8.000 0.000 1.000 Y NA
 355776 355777 EF1568 EF1569   psr FALSE 0.103 144.000 0.000 NA N NA
 355777 355778 EF1569 EF1570 psr   FALSE 0.285 76.000 0.000 NA   NA
 355778 355779 EF1570 EF1571     FALSE 0.086 194.000 0.000 NA   NA
 355779 355780 EF1571 EF1572     TRUE 0.754 12.000 0.000 NA   NA
 355780 355781 EF1572 EF1573     FALSE 0.272 78.000 0.000 NA   NA
 355781 355782 EF1573 EF1574     TRUE 0.649 36.000 0.000 NA   NA
 355782 355783 EF1574 EF1575     FALSE 0.371 105.000 0.006 1.000   NA
 355783 355784 EF1575 EF1576   thyA TRUE 0.939 18.000 0.036 1.000   NA
 355784 355785 EF1576 EF1577 thyA folA TRUE 0.981 18.000 0.295 1.000 N NA
 355785 355786 EF1577 EF1578 folA   TRUE 0.655 24.000 0.000 1.000 N NA
 355788 10692277 EF1580 EF1581     FALSE 0.382 63.000 0.000 NA   NA
 355790 355791 EF1583 EF1584   cysK FALSE 0.025 229.000 0.000 1.000 N NA
 355791 355792 EF1584 EF1585 cysK   FALSE 0.115 139.000 0.000 1.000 N NA
 355792 355793 EF1585 EF1586   nox FALSE 0.024 298.000 0.000 1.000   NA
 355795 355796 EF1589 EF1590     TRUE 0.853 20.000 0.000 0.010   NA
 355798 355799 EF1592 EF1593     TRUE 0.999 -7.000 0.941 0.011 Y NA
 355799 355800 EF1593 EF1594     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 355800 355801 EF1594 EF1595     TRUE 0.865 -16.000 0.000 NA   NA
 355801 355802 EF1595 EF1596     FALSE 0.207 140.000 0.000 NA   NA
 355802 355803 EF1596 EF1597   katA FALSE 0.022 303.000 0.000 NA   NA
 355804 355805 EF1598 EF1599 phrB   FALSE 0.220 133.000 0.000 1.000   NA
 355805 355806 EF1599 EF1601     FALSE 0.021 309.000 0.000 1.000   NA
 355806 355807 EF1601 EF1602     TRUE 0.987 17.000 0.125 1.000 Y NA
 355808 355809 EF1603 EF1604 scrB-1 scrR-1 TRUE 0.990 19.000 0.571 1.000 N NA
 355810 355811 EF1605 EF1606     FALSE 0.220 110.000 0.000 NA   NA
 355811 10692278 EF1606 EF1607     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 10692278 355812 EF1607 EF1608     FALSE 0.026 283.000 0.000 NA   NA
 355814 355815 EF1610 EF1611   ppaC FALSE 0.473 72.000 0.005 NA   NA
 355815 355816 EF1611 EF1612 ppaC pflA FALSE 0.350 96.000 0.023 1.000 N NA
 355816 355817 EF1612 EF1613 pflA pflB TRUE 0.606 77.000 0.082 1.000 N NA
 355817 355818 EF1613 EF1614 pflB parC FALSE 0.012 290.000 0.000 1.000 N NA
 355818 355819 EF1614 EF1615 parC parE TRUE 0.995 13.000 0.552 0.002 Y NA
 355819 355820 EF1615 EF1616 parE   FALSE 0.182 205.000 0.030 NA   NA
 355820 355821 EF1616 EF1617     FALSE 0.241 88.000 0.000 NA   NA
 355821 355822 EF1617 EF1618   eutH TRUE 0.996 13.000 0.759 NA Y NA
 355822 355823 EF1618 EF1619 eutH   TRUE 0.935 13.000 0.103 NA N NA
 355823 355824 EF1619 EF1620     TRUE 0.986 13.000 0.487 NA   NA
 355824 355825 EF1620 EF1621     TRUE 0.988 15.000 0.459 NA   NA
 355825 355826 EF1621 EF1622     TRUE 0.944 4.000 0.054 NA   NA
 355826 355827 EF1622 EF1623     FALSE 0.239 89.000 0.000 NA   NA
 355827 355828 EF1623 EF1624     TRUE 0.836 124.000 0.349 NA   NA
 355828 355829 EF1624 EF1625     TRUE 0.997 -9.000 0.442 NA Y NA
 355829 355830 EF1625 EF1626   eutL TRUE 0.983 14.000 0.468 NA N NA
 355830 355831 EF1626 EF1627 eutL eutC TRUE 0.995 14.000 0.617 1.000 Y NA
 355831 355832 EF1627 EF1629 eutC eutB TRUE 0.980 18.000 0.048 0.001 Y NA
 355832 10692279 EF1629 EF1630 eutB   TRUE 0.820 18.000 0.000 NA   NA
 10692279 355833 EF1630 EF1632     FALSE 0.238 91.000 0.000 NA   NA
 355833 355834 EF1632 EF1633     TRUE 0.985 1.000 0.069 1.000 Y NA
 355834 355835 EF1633 EF1634     FALSE 0.565 28.000 0.000 1.000 N NA
 355835 355836 EF1634 EF1635     FALSE 0.080 160.000 0.000 1.000 N NA
 355836 355837 EF1635 EF1637     FALSE 0.009 487.000 0.000 1.000   NA
 355837 355838 EF1637 EF1638     TRUE 0.872 -3.000 0.000 1.000   NA
 355838 355839 EF1638 EF1639     FALSE 0.110 142.000 0.000 1.000 N NA
 355839 355840 EF1639 EF1640     TRUE 0.991 -3.000 0.119 1.000 Y NA
 355840 355841 EF1640 EF1641     TRUE 0.987 -7.000 0.061 1.000 Y NA
 355843 355844 EF1644 EF1645   codY TRUE 0.757 34.000 0.014 1.000 N NA
 355844 355845 EF1645 EF1646 codY hslU TRUE 0.965 21.000 0.131 1.000 N NA
 355845 355846 EF1646 EF1647 hslU hslV TRUE 0.997 15.000 0.752 1.000 Y NA
 355846 355847 EF1647 EF1648 hslV   TRUE 0.928 29.000 0.113 1.000 N NA
 355847 355848 EF1648 EF1649   gid FALSE 0.243 212.000 0.105 1.000 N NA
 355848 355849 EF1649 EF1650 gid topA TRUE 0.633 108.000 0.137 1.000 N NA
 355849 355850 EF1650 EF1651 topA   FALSE 0.097 185.000 0.000 NA   NA
 355850 355851 EF1651 EF1652     FALSE 0.238 91.000 0.000 NA   NA
 355851 355852 EF1652 EF1653   rnhB TRUE 0.853 61.000 0.037 1.000 Y NA
 355852 355853 EF1653 EF1654 rnhB   TRUE 0.978 2.000 0.148 1.000   NA
 355853 355854 EF1654 EF1655     FALSE 0.028 276.000 0.000 1.000   NA
 355856 355857 EF1657 EF1658   bkdC FALSE 0.197 144.000 0.000 1.000   NA
 355857 355858 EF1658 EF1659 bkdC bkdB TRUE 0.998 24.000 0.882 0.051 Y NA
 355858 355859 EF1659 EF1660 bkdB bkdA TRUE 0.975 22.000 0.029 0.001 Y NA
 355859 355860 EF1660 EF1661 bkdA bkdD TRUE 0.955 11.000 0.017 1.000 Y NA
 355860 355861 EF1661 EF1662 bkdD buk TRUE 0.965 6.000 0.026 0.041 Y NA
 355861 355862 EF1662 EF1663 buk ptb TRUE 0.988 19.000 0.125 1.000 Y NA
 355864 355865 EF1665 EF1666     FALSE 0.229 105.000 0.000 NA   NA
 355866 355867 EF1667 EF1668     FALSE 0.121 129.000 0.000 1.000 N NA
 355867 355868 EF1668 EF1669     TRUE 0.974 11.000 0.312 NA N NA
 355868 355869 EF1669 EF1670     TRUE 0.981 13.000 0.333 NA   NA
 355870 355871 EF1671 EF1672     FALSE 0.118 118.000 0.000 1.000 N NA
 355871 355872 EF1672 EF1673     TRUE 0.998 1.000 0.800 1.000 Y NA
 355872 355873 EF1673 EF1674     FALSE 0.088 193.000 0.000 NA   NA
 355873 355874 EF1674 EF1675     TRUE 0.834 2.000 0.000 NA   NA
 355874 355875 EF1675 EF1676     TRUE 0.765 -3.000 0.000 1.000 N NA
 355875 355876 EF1676 EF1677     FALSE 0.182 149.000 0.000 NA   NA
 355876 355877 EF1677 EF1678     FALSE 0.217 121.000 0.000 NA   NA
 355877 355878 EF1678 EF1679     TRUE 0.728 18.000 0.000 0.027 N NA
 355878 355879 EF1679 EF1680     TRUE 0.624 97.000 0.080 NA   NA
 355879 355880 EF1680 EF1681   msrA TRUE 0.773 6.000 0.000 NA   NA
 355880 355881 EF1681 EF1682 msrA   TRUE 0.809 17.000 0.000 NA   NA
 355881 355882 EF1682 EF1683     TRUE 0.995 2.000 0.828 NA   NA
 355882 355883 EF1683 EF1684     TRUE 0.577 176.000 0.203 NA   NA
 355884 355885 EF1685 EF1686 hlyIII   FALSE 0.086 194.000 0.000 NA   NA
 355886 355887 EF1687 EF1688 apt recJ TRUE 0.961 3.000 0.128 1.000 N NA
 355887 355888 EF1688 EF1689 recJ   FALSE 0.360 155.000 0.026 NA   NA
 355888 355889 EF1689 EF1690     TRUE 0.942 17.000 0.048 NA   NA
 355889 355890 EF1690 EF1691     TRUE 0.966 1.000 0.074 1.000   NA
 355890 355891 EF1691 EF1692     FALSE 0.059 215.000 0.000 NA   NA
 355891 355892 EF1692 EF1693     FALSE 0.217 121.000 0.000 NA   NA
 355892 355893 EF1693 EF1694   rpsP TRUE 0.990 21.000 0.385 1.000   NA
 355893 355894 EF1694 EF1695 rpsP   FALSE 0.189 147.000 0.000 1.000   NA
 355895 355896 EF1698 EF1699     FALSE 0.217 121.000 0.000 NA   NA
 355897 355898 EF1700 EF1701 ffh   TRUE 0.970 5.000 0.151 1.000   NA
 355898 355899 EF1701 EF1702     FALSE 0.415 84.000 0.009 NA   NA
 355900 355901 EF1703 EF1704 phoP   TRUE 0.994 -3.000 0.164 0.069 Y NA
 355902 355903 EF1705 EF1706     FALSE 0.119 111.000 0.000 1.000 N NA
 355903 355904 EF1706 EF1707     FALSE 0.076 162.000 0.000 1.000 N NA
 355904 355905 EF1707 EF1708     TRUE 0.971 12.000 0.194 1.000   NA
 355907 355908 EF1710 EF1711     TRUE 0.963 19.000 0.125 1.000 N NA
 355908 355909 EF1711 EF1712   pyrE FALSE 0.041 198.000 0.000 1.000 N NA
 355909 355910 EF1712 EF1713 pyrE pyrF TRUE 0.989 2.000 0.133 1.000 Y NA
 355910 355911 EF1713 EF1714 pyrF pyrD-2 TRUE 0.994 -10.000 0.154 0.003 Y NA
 355911 355912 EF1714 EF1715 pyrD-2 pyrDII TRUE 0.993 -3.000 0.592 1.000 N NA
 355912 355913 EF1715 EF1716 pyrDII pyraB TRUE 0.647 108.000 0.147 1.000 N NA
 355913 355914 EF1716 EF1717 pyraB pyraA TRUE 0.991 0.000 0.117 0.001 Y NA
 355914 355915 EF1717 EF1718 pyraA pyrC TRUE 0.990 3.000 0.155 1.000 Y NA
 355915 355916 EF1718 EF1719 pyrC pyrB TRUE 0.994 9.000 0.452 1.000 Y NA
 355916 355917 EF1719 EF1720 pyrB   TRUE 0.974 14.000 0.064 1.000 Y NA
 355917 355918 EF1720 EF1721   pyrR TRUE 0.988 17.000 0.140 1.000 Y NA
 355918 10692280 EF1721 EF1722 pyrR   FALSE 0.017 342.000 0.000 NA   NA
 10692280 355919 EF1722 EF1723   lspA TRUE 0.868 -13.000 0.000 NA   NA
 355919 355920 EF1723 EF1724 lspA   TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 355920 355921 EF1724 EF1725   fhs FALSE 0.229 105.000 0.000 NA   NA
 355925 355926 EF1730 EF1731   aroD TRUE 0.822 18.000 0.000 1.000   NA
 355926 355927 EF1731 EF1732 aroD   FALSE 0.086 156.000 0.000 1.000 N NA
 355927 355928 EF1732 EF1733     TRUE 0.998 0.000 0.911 0.011 Y NA
 355928 355929 EF1733 EF1734     FALSE 0.503 198.000 0.214 1.000   NA
 355929 355930 EF1734 EF1735     FALSE 0.507 49.000 0.000 NA   NA
 355930 355931 EF1735 EF1736   nfo FALSE 0.496 50.000 0.000 NA   NA
 355931 355932 EF1736 EF1737 nfo   TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   NA
 355932 355933 EF1737 EF1738     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 355933 355934 EF1738 EF1739   tryS-2 FALSE 0.103 181.000 0.000 NA   NA
 355938 355939 EF1744 EF1745     TRUE 0.956 16.000 0.079 NA   NA
 355939 355940 EF1745 EF1746   galU FALSE 0.268 178.000 0.032 NA   NA
 355940 355941 EF1746 EF1747 galU gpsA TRUE 0.800 12.000 0.007 1.000 N NA
 355941 355942 EF1747 EF1748 gpsA lgt TRUE 0.637 69.000 0.067 1.000 N NA
 355942 355943 EF1748 EF1749 lgt hprK TRUE 0.985 15.000 0.494 1.000 N NA
 355945 355946 EF1751 EF1752     TRUE 0.951 0.000 0.034 NA   NA
 355946 355947 EF1752 EF1753     FALSE 0.292 75.000 0.000 NA   NA
 355947 355948 EF1753 EF1754     FALSE 0.063 210.000 0.000 NA   NA
 355948 355949 EF1754 EF1755     TRUE 0.994 15.000 0.413 NA Y NA
 355949 355950 EF1755 EF1756     TRUE 0.995 11.000 0.542 0.001 Y NA
 355950 355951 EF1756 EF1757     TRUE 0.996 17.000 0.490 0.003 Y NA
 355951 355952 EF1757 EF1758     TRUE 0.998 0.000 0.907 0.003 Y NA
 355952 355953 EF1758 EF1759     TRUE 0.878 123.000 0.206 1.000 Y NA
 355953 355954 EF1759 EF1760     FALSE 0.057 176.000 0.000 1.000 N NA
 355954 355955 EF1760 EF1761   ftsE TRUE 0.997 -7.000 0.431 1.000 Y NA
 355955 10692281 EF1761 EF1762 ftsE   FALSE 0.227 106.000 0.000 NA   NA
 10692281 355956 EF1762 EF1763   secA FALSE 0.278 77.000 0.000 NA   NA
 355956 355957 EF1763 EF1764 secA yfiA FALSE 0.082 256.000 0.041 NA N NA
 355957 355958 EF1764 EF1765 yfiA comFC TRUE 0.591 139.000 0.080 NA   NA
 355958 355959 EF1765 EF1767 comFC comFA TRUE 0.981 -10.000 0.130 1.000   NA
 355961 355962 EF1769 EF1770     FALSE 0.217 121.000 0.000 NA   NA
 355963 355964 EF1771 EF1772     TRUE 0.872 -10.000 0.000 NA   NA
 355964 355965 EF1772 EF1773     TRUE 0.919 85.000 0.710 NA   NA
 355965 355966 EF1773 EF1774     TRUE 0.716 146.000 0.200 NA   NA
 355967 355968 EF1775 EF1776     TRUE 0.830 21.000 0.000 NA   NA
 355968 355969 EF1776 EF1777   purD FALSE 0.220 129.000 0.000 NA   NA
 355969 355970 EF1777 EF1778 purD purH TRUE 0.993 19.000 0.238 1.000 Y NA
 355970 355971 EF1778 EF1779 purH purN TRUE 0.995 -3.000 0.225 1.000 Y NA
 355971 355972 EF1779 EF1780 purN purM TRUE 0.995 -3.000 0.238 0.003 Y NA
 355972 355973 EF1780 EF1781 purM purF TRUE 0.993 2.000 0.248 1.000 Y NA
 355973 355974 EF1781 EF1782 purF purL TRUE 0.994 -24.000 0.223 1.000 Y NA
 355974 355975 EF1782 EF1783 purL purQ TRUE 0.997 -3.000 0.346 0.001 Y NA
 355975 355976 EF1783 EF1784 purQ purS TRUE 0.998 1.000 0.656 0.001 Y NA
 355976 355977 EF1784 EF1785 purS purC TRUE 0.994 14.000 0.460 1.000 Y NA
 355977 355978 EF1785 EF1786 purC purK-1 FALSE 0.435 152.000 0.000 1.000 Y NA
 355978 355979 EF1786 EF1787 purK-1 purE TRUE 0.976 -7.000 0.002 0.001 Y NA
 355979 355980 EF1787 EF1789 purE   FALSE 0.062 173.000 0.000 1.000 N NA
 355982 355983 EF1791 EF1792     FALSE 0.382 63.000 0.000 NA   NA
 355983 355984 EF1792 EF1793   ilvE FALSE 0.061 212.000 0.000 NA   NA
 355984 355985 EF1793 EF1794 ilvE   FALSE 0.091 191.000 0.000 NA   NA
 355987 355988 EF1797 EF1798     FALSE 0.217 121.000 0.000 NA   NA
 355988 355989 EF1798 EF1800     FALSE 0.043 241.000 0.000 NA   NA
 355989 355990 EF1800 EF1801     FALSE 0.179 150.000 0.000 NA   NA
 355990 355991 EF1801 EF1802     TRUE 0.994 20.000 0.273 0.039 Y NA
 355991 355992 EF1802 EF1803     TRUE 0.997 -13.000 0.353 0.039 Y NA
 355992 355993 EF1803 EF1804     TRUE 0.997 14.000 0.810 0.039 Y NA
 355993 355994 EF1804 EF1805     TRUE 0.990 -3.000 0.095 1.000 Y NA
 355994 355995 EF1805 EF1806   lacC TRUE 0.695 63.000 0.000 1.000 Y NA
 355995 355996 EF1806 EF1807 lacC lacD-2 TRUE 0.943 16.000 0.000 0.001 Y NA
 355996 355997 EF1807 EF1808 lacD-2   TRUE 0.903 23.000 0.033 1.000 N NA
 355997 355998 EF1808 EF1809     TRUE 0.958 12.000 0.178 1.000 N NA
 355998 355999 EF1809 EF1810   gspA-1 FALSE 0.006 386.000 0.000 1.000 N NA
 355999 356000 EF1810 EF1811 gspA-1 gspA-2 TRUE 0.997 -10.000 0.333 0.001 Y NA
 356000 356001 EF1811 EF1812 gspA-2   FALSE 0.022 305.000 0.000 NA   NA
 356001 356002 EF1812 EF1813     TRUE 0.854 -43.000 0.000 NA   NA
 356002 356003 EF1813 EF1814     FALSE 0.407 42.000 0.000 1.000 N NA
 356003 356004 EF1814 EF1815     FALSE 0.007 361.000 0.000 1.000 N NA
 356006 356007 EF1817 EF1818     TRUE 0.803 49.000 0.000 0.026 Y NA
 356007 356008 EF1818 EF1820     FALSE 0.023 235.000 0.000 1.000 N NA
 356008 356009 EF1820 EF1821   agrBfs TRUE 0.961 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 356009 356010 EF1821 EF1822 agrBfs   FALSE 0.537 89.000 0.000 1.000 Y NA
 356010 356011 EF1822 EF1823     FALSE 0.005 419.000 0.000 1.000 N NA
 356011 356012 EF1823 EF1824     FALSE 0.145 82.000 0.000 1.000 N NA
 356012 356013 EF1824 EF1825     FALSE 0.008 531.000 0.000 NA   NA
 356013 356014 EF1825 EF1826     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 356015 356016 EF1827 EF1828     TRUE 0.913 15.000 0.026 NA   NA
 356017 356018 EF1829 EF1830     TRUE 0.998 2.000 0.905 0.039 Y NA
 356018 10692282 EF1830 EF1831     TRUE 0.673 34.000 0.000 NA   NA
 356020 356021 EF1834 EF1835 lacB lacA TRUE 0.928 26.000 0.000 0.001 Y NA
 356022 356023 EF1836 EF1837     TRUE 0.991 2.000 0.143 0.016 Y NA
 356023 356024 EF1837 EF1838     TRUE 0.931 95.000 0.357 0.039 Y NA
 356025 10692283 EF1839 EF1840 lacR   FALSE 0.017 336.000 0.000 NA   NA
 10692283 356026 EF1840 EF1841     FALSE 0.238 91.000 0.000 NA   NA
 356030 356031 EF1847 EF1848     TRUE 0.906 103.000 0.667 NA   NA
 356031 356032 EF1848 EF1849     FALSE 0.016 349.000 0.000 NA   NA
 356032 356033 EF1849 EF1850     TRUE 0.992 -6.000 0.333 NA   NA
 356033 356034 EF1850 EF1851     FALSE 0.007 568.000 0.000 1.000   NA
 356034 10692284 EF1851 EF1852     FALSE 0.272 78.000 0.000 NA   NA
 356037 356038 EF1858 EF1859 panD panC TRUE 0.992 13.000 0.342 1.000 Y NA
 356038 356039 EF1859 EF1860 panC panB TRUE 0.994 15.000 0.395 0.001 Y NA
 356039 356040 EF1860 EF1861 panB   TRUE 0.929 12.000 0.055 1.000   NA
 356041 356042 EF1863 EF1864     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 356043 356044 EF1867 EF1868     TRUE 0.992 0.000 0.542 1.000 N NA
 356044 356045 EF1868 EF1869     TRUE 0.991 10.000 0.917 1.000 N NA
 356045 10692288 EF1869 EF1870     TRUE 0.829 19.000 0.000 NA   NA
 10692288 356046 EF1870 EF1871     FALSE 0.022 304.000 0.000 NA   NA
 356046 356047 EF1871 EF1872     FALSE 0.164 156.000 0.000 1.000   NA
 10692289 356048 EF1873 EF1874     FALSE 0.023 299.000 0.000 NA   NA
 356049 356050 EF1875 EF1876     TRUE 0.829 19.000 0.000 NA   NA
 356050 356051 EF1876 EF1877     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 356051 356052 EF1877 EF1878     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 356052 356053 EF1878 EF1879     TRUE 0.995 -13.000 0.667 NA   NA
 356055 356056 EF1881 EF1882     FALSE 0.299 74.000 0.000 NA   NA
 356056 356057 EF1882 EF1883     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 356059 356060 EF1885 EF1886     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 356060 356061 EF1886 EF1887     FALSE 0.016 349.000 0.000 NA   NA
 356061 356062 EF1887 EF1888     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 356062 356063 EF1888 EF1889     FALSE 0.230 104.000 0.000 NA   NA
 356063 356064 EF1889 EF1890     FALSE 0.243 87.000 0.000 NA   NA
 356064 10692290 EF1890 EF1891     FALSE 0.232 102.000 0.000 NA   NA
 10692290 356065 EF1891 EF1892     FALSE 0.006 651.000 0.000 NA   NA
 356065 356066 EF1892 EF1893     TRUE 0.961 70.000 1.000 NA   NA
 356066 356067 EF1893 EF1894     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 356067 356068 EF1894 EF1895     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   NA
 356068 356069 EF1895 EF1896     TRUE 0.932 113.000 1.000 NA   NA
 356069 356070 EF1896 EF1897     TRUE 0.920 80.000 0.667 NA   NA
 356070 356071 EF1897 EF1898   rplS FALSE 0.013 371.000 0.000 NA   NA
 356071 356072 EF1898 EF1899 rplS trmD TRUE 0.936 144.000 0.567 1.000 Y NA
 356072 356073 EF1899 EF1900 trmD rimM TRUE 0.998 -10.000 0.672 1.000 Y NA
 356073 356074 EF1900 EF1901 rimM   FALSE 0.123 108.000 0.000 1.000 N NA
 356075 356076 EF1902 EF1903     FALSE 0.054 222.000 0.000 NA   NA
 356076 356077 EF1903 EF1904     TRUE 0.637 101.000 0.087 NA   NA
 356078 356079 EF1905 EF1906     FALSE 0.354 67.000 0.000 NA   NA
 356079 356080 EF1906 EF1907     TRUE 0.875 -7.000 0.000 1.000   NA
 356080 356081 EF1907 EF1908   murC FALSE 0.089 198.000 0.002 1.000 N NA
 356081 356082 EF1908 EF1909 murC   FALSE 0.167 155.000 0.000 NA   NA
 356082 356083 EF1909 EF1910     FALSE 0.220 127.000 0.000 NA   NA
 356085 356086 EF1912 EF1913     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 356087 356088 EF1914 EF1915     TRUE 0.865 -16.000 0.000 NA   NA
 356089 356090 EF1916 EF1917   clpX FALSE 0.529 98.000 0.043 1.000   NA
 356092 356093 EF1919 EF1920     TRUE 0.756 12.000 0.000 1.000   NA
 356093 356094 EF1920 EF1921     TRUE 0.673 17.000 0.000 1.000 N NA
 356095 356096 EF1922 EF1923     FALSE 0.098 184.000 0.000 NA   NA
 356097 356098 EF1925 EF1926     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 356098 356099 EF1926 EF1927   glpF FALSE 0.029 275.000 0.000 NA   NA
 356099 356100 EF1927 EF1928 glpF   TRUE 0.983 23.000 0.350 1.000 N NA
 356100 356101 EF1928 EF1929   glpK TRUE 0.971 21.000 0.010 0.001 Y NA
 356101 356102 EF1929 EF1931 glpK   FALSE 0.027 277.000 0.000 NA   NA
 356102 356103 EF1931 EF1932     TRUE 0.988 -10.000 0.222 NA   NA
 356104 356105 EF1933 EF1934     TRUE 0.673 34.000 0.000 NA   NA
 356105 356106 EF1934 EF1935     TRUE 0.856 -31.000 0.000 NA   NA
 356107 356108 EF1936 EF1937     FALSE 0.285 76.000 0.000 NA   NA
 356108 356109 EF1937 EF1938     FALSE 0.191 70.000 0.000 NA N NA
 356109 356110 EF1938 EF1939     FALSE 0.020 318.000 0.000 NA   NA
 356111 356112 EF1940 EF1941     FALSE 0.316 72.000 0.000 NA   NA
 356112 356113 EF1941 EF1943     FALSE 0.220 110.000 0.000 NA   NA
 356113 356114 EF1943 EF1944     FALSE 0.395 61.000 0.000 NA   NA
 356116 356117 EF1946 EF1947     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 356117 356118 EF1947 EF1948     FALSE 0.176 151.000 0.000 NA   NA
 356119 356120 EF1949 EF1950     FALSE 0.299 74.000 0.000 NA   NA
 356120 356121 EF1950 EF1951     TRUE 0.986 -6.000 0.167 0.007   NA
 356121 356122 EF1951 EF1952     TRUE 0.954 11.000 0.100 1.000   NA
 356122 356123 EF1952 EF1953     TRUE 0.988 -16.000 0.069 0.038 Y NA
 356123 10692291 EF1953 EF1954     TRUE 0.801 16.000 0.000 NA   NA
 10692291 356124 EF1954 EF1955     FALSE 0.316 72.000 0.000 NA   NA
 356124 356125 EF1955 EF1956     FALSE 0.195 144.000 0.000 NA   NA
 356125 356126 EF1956 EF1958     FALSE 0.061 212.000 0.000 NA   NA
 356126 356127 EF1958 EF1959     TRUE 0.811 17.000 0.000 1.000   NA
 356127 356128 EF1959 EF1961   eno FALSE 0.015 353.000 0.000 1.000   NA
 356128 356129 EF1961 EF1962 eno tpiA TRUE 0.657 132.000 0.018 1.000 Y NA
 356129 356130 EF1962 EF1963 tpiA pgk TRUE 0.952 49.000 0.141 1.000 Y NA
 356130 356131 EF1963 EF1964 pgk gap-2 TRUE 0.725 127.000 0.035 0.004 Y NA
 356131 356132 EF1964 EF1965 gap-2   TRUE 0.743 40.000 0.025 1.000 N NA
 356132 356133 EF1965 EF1966     FALSE 0.010 420.000 0.000 NA   NA
 356133 356134 EF1966 EF1967     FALSE 0.198 143.000 0.000 NA   NA
 356134 356135 EF1967 EF1968     TRUE 0.983 -3.000 0.149 NA   NA
 356135 356136 EF1968 EF1969     TRUE 0.988 -28.000 0.276 NA   NA
 356136 356137 EF1969 EF1970   aspS FALSE 0.059 175.000 0.000 1.000 N NA
 356137 356138 EF1970 EF1971 aspS hisS TRUE 0.990 18.000 0.161 0.039 Y NA
 356138 356139 EF1971 EF1972 hisS   TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 356139 356140 EF1972 EF1973     FALSE 0.215 113.000 0.000 NA   NA
 356140 356141 EF1973 EF1974   relA TRUE 0.967 24.000 0.177 1.000 N NA
 356141 356142 EF1974 EF1975 relA   FALSE 0.106 215.000 0.004 NA   NA
 356142 356143 EF1975 EF1976   prmA TRUE 0.984 2.000 0.227 NA   NA
 356143 356144 EF1976 EF1977 prmA   TRUE 0.902 16.000 0.013 NA   NA
 356144 356145 EF1977 EF1978     TRUE 0.931 -43.000 0.013 NA   NA
 356146 356147 EF1979 EF1980     FALSE 0.029 274.000 0.000 NA   NA
 356147 356148 EF1980 EF1981     FALSE 0.326 71.000 0.000 NA   NA
 356148 356149 EF1981 EF1982     TRUE 0.854 -46.000 0.000 NA   NA
 356150 10692292 EF1983 EF1984 ackA   TRUE 0.776 25.000 0.000 NA   NA
 10692292 356151 EF1984 EF1985     FALSE 0.220 129.000 0.000 NA   NA
 356151 356152 EF1985 EF1986   comG6 TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 356152 356153 EF1986 EF1987 comG6   TRUE 0.872 -10.000 0.000 NA   NA
 356155 5437772 EF1989 tRNA-Met-8 hemH   TRUE 0.711 30.000 0.000 NA   NA
 5437772 356156 tRNA-Met-8 EF1990     FALSE 0.006 637.000 0.000 NA   NA
 356156 356157 EF1990 EF1991   cspC FALSE 0.234 99.000 0.000 NA   NA
 356157 356158 EF1991 EF1992 cspC   FALSE 0.005 837.000 0.000 1.000   NA
 356158 356159 EF1992 EF1993     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 356159 356160 EF1993 EF1994     FALSE 0.037 249.000 0.000 NA   NA
 356160 356161 EF1994 EF1995     TRUE 0.834 2.000 0.000 NA   NA
 356161 10692293 EF1995 EF1996     TRUE 0.762 14.000 0.000 NA   NA
 10692293 10692294 EF1996 EF2000     FALSE 0.005 873.000 0.000 NA   NA
 10692294 356162 EF2000 EF2001     TRUE 0.829 19.000 0.000 NA   NA
 356162 356163 EF2001 EF2002     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 356163 356164 EF2002 EF2003     TRUE 0.872 -10.000 0.000 NA   NA
 356164 356165 EF2003 EF2004     FALSE 0.055 221.000 0.000 NA   NA
 356165 356166 EF2004 EF2005     FALSE 0.471 53.000 0.000 NA   NA
 356166 356167 EF2005 EF2006     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 356167 356168 EF2006 EF2007     TRUE 0.817 3.000 0.000 NA   NA
 356168 356169 EF2007 EF2008     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 356169 10692295 EF2008 EF2009     FALSE 0.316 72.000 0.000 NA   NA
 10692295 356170 EF2009 EF2010     TRUE 0.853 -76.000 0.000 NA   NA
 356170 356171 EF2010 EF2011     TRUE 0.718 29.000 0.000 NA   NA
 356171 356172 EF2011 EF2012     TRUE 0.969 14.000 0.167 NA   NA
 356172 356173 EF2012 EF2013     FALSE 0.057 219.000 0.000 NA   NA
 356173 356174 EF2013 EF2014     FALSE 0.433 57.000 0.000 NA   NA
 356174 356175 EF2014 EF2015     TRUE 0.846 1.000 0.000 NA   NA
 356175 356176 EF2015 EF2016     TRUE 0.858 -25.000 0.000 NA   NA
 356176 356177 EF2016 EF2017     TRUE 0.754 12.000 0.000 NA   NA
 356177 356178 EF2017 EF2018     TRUE 0.872 -10.000 0.000 NA   NA
 356178 356179 EF2018 EF2019     FALSE 0.285 76.000 0.000 NA   NA
 356179 356180 EF2019 EF2020     FALSE 0.136 166.000 0.000 NA   NA
 356180 356181 EF2020 EF2021     FALSE 0.216 112.000 0.000 NA   NA
 356181 356182 EF2021 EF2022     FALSE 0.005 1144.000 0.000 NA   NA
 356182 5437773 EF2022 tRNA-Trp-2     FALSE 0.032 267.000 0.000 NA   NA
 5437773 356183 tRNA-Trp-2 EF2023     FALSE 0.250 84.000 0.000 NA   NA
 356183 356184 EF2023 EF2024     TRUE 0.773 6.000 0.000 NA   NA
 356184 356185 EF2024 EF2025     FALSE 0.013 368.000 0.000 NA   NA
 356185 10692296 EF2025 EF2026     FALSE 0.026 280.000 0.000 NA   NA
 10692296 356186 EF2026 EF2027     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 356186 356187 EF2027 EF2028     TRUE 0.857 0.000 0.000 NA   NA
 356187 10692297 EF2028 EF2029     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 10692297 356188 EF2029 EF2031     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 356188 356189 EF2031 EF2032     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 356189 356190 EF2032 EF2033     FALSE 0.245 86.000 0.000 NA   NA
 356190 356191 EF2033 EF2034     TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   NA
 356193 356194 EF2037 EF2038     TRUE 0.811 23.000 0.000 NA   NA
 356194 356195 EF2038 EF2039     TRUE 0.754 12.000 0.000 NA   NA
 356196 356197 EF2040 EF2041     TRUE 0.782 5.000 0.000 NA   NA
 356197 356198 EF2041 EF2042     FALSE 0.218 111.000 0.000 NA   NA
 356198 356199 EF2042 EF2043     FALSE 0.227 106.000 0.000 NA   NA
 356200 356201 EF2044 EF2045 comG3 comG2 TRUE 0.998 0.000 0.861 1.000 Y NA
 356201 356202 EF2045 EF2046 comG2 comG1 TRUE 0.994 -43.000 0.639 1.000   NA
 356202 356203 EF2046 EF2047 comG1   FALSE 0.043 241.000