MicrobesOnline Operon Predictions for Pseudomonas syringae

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 333042 333043 PSPTO0001 PSPTO0002 dnaA dnaN TRUE 0.939 39.000 0.328 1.000 Y NA
 333043 333044 PSPTO0002 PSPTO0003 dnaN recF TRUE 0.965 23.000 0.318 1.000 Y NA
 333044 333045 PSPTO0003 PSPTO0004 recF gyrB TRUE 0.997 5.000 0.249 0.004 Y NA
 333045 333046 PSPTO0004 PSPTO0005 gyrB   FALSE 0.002 528.000 0.000 1.000 N NA
 333046 333047 PSPTO0005 PSPTO0006     TRUE 0.784 63.000 0.032 0.086 Y NA
 333047 333048 PSPTO0006 PSPTO0007     TRUE 0.632 11.000 0.000 NA   NA
 333048 333049 PSPTO0007 PSPTO0008     TRUE 0.800 4.000 0.000 NA   NA
 10692007 333051 PSPTO_5633 PSPTO0011     FALSE 0.006 322.000 0.000 NA   NA
 333051 333052 PSPTO0011 PSPTO0012     FALSE 0.155 61.000 0.000 NA   NA
 333052 333053 PSPTO0012 PSPTO0013     TRUE 0.516 -25.000 0.000 NA   NA
 333055 333056 PSPTO0015 PSPTO0016     FALSE 0.219 36.000 0.000 NA   NA
 333057 333058 PSPTO0017 PSPTO0018     FALSE 0.354 147.000 0.000 1.000 Y NA
 333058 333059 PSPTO0018 PSPTO0019     TRUE 0.999 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 333059 333060 PSPTO0019 PSPTO0020     FALSE 0.140 69.000 0.000 NA   NA
 333060 333061 PSPTO0020 PSPTO0021     FALSE 0.367 19.000 0.000 NA   NA
 333062 333063 PSPTO0022 PSPTO0023     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 333063 333064 PSPTO0023 PSPTO0024     FALSE 0.001 931.000 0.000 NA   NA
 333064 333065 PSPTO0024 PSPTO0025     FALSE 0.005 351.000 0.000 NA   NA
 333067 333068 PSPTO0027 PSPTO0028     TRUE 0.847 2.000 0.000 NA   NA
 333068 333069 PSPTO0028 PSPTO0029     TRUE 0.882 0.000 0.000 NA   NA
 333069 333070 PSPTO0029 PSPTO0030     TRUE 0.558 13.000 0.000 NA   NA
 333070 333071 PSPTO0030 PSPTO0031     FALSE 0.002 578.000 0.000 NA   NA
 333072 333073 PSPTO0032 PSPTO0033     TRUE 0.999 0.000 0.857 0.086   NA
 333073 333074 PSPTO0033 PSPTO0034     TRUE 0.999 -3.000 0.743 0.086   NA
 333074 333075 PSPTO0034 PSPTO0035     FALSE 0.006 873.000 0.000 NA Y NA
 333075 333076 PSPTO0035 PSPTO0036     TRUE 0.769 18.000 0.061 NA   NA
 333077 333078 PSPTO0037 PSPTO0038     FALSE 0.187 45.000 0.000 NA   NA
 333079 333080 PSPTO0039 PSPTO0040     TRUE 0.769 18.000 0.061 NA   NA
 333081 10692008 PSPTO0041 PSPTO_0042     TRUE 0.800 4.000 0.000 NA   NA
 10692008 333082 PSPTO_0042 PSPTO0043     FALSE 0.086 130.000 0.000 NA   NA
 333084 333085 PSPTO0045 PSPTO0046     FALSE 0.003 394.000 0.000 NA   NA
 333085 333086 PSPTO0046 PSPTO0047     TRUE 0.997 3.000 0.415 NA Y NA
 333086 333087 PSPTO0047 PSPTO0048     FALSE 0.001 1475.000 0.000 NA   NA
 333087 333088 PSPTO0048 PSPTO0049     FALSE 0.231 252.000 0.300 NA   NA
 333088 333089 PSPTO0049 PSPTO0050     TRUE 0.941 17.000 0.300 NA   NA
 333089 333090 PSPTO0050 PSPTO0051     FALSE 0.116 87.000 0.000 NA   NA
 333090 333091 PSPTO0051 PSPTO0052     FALSE 0.020 227.000 0.000 NA   NA
 333092 333093 PSPTO0053 PSPTO0054     TRUE 0.996 -13.000 1.000 NA   NA
 333094 333095 PSPTO0055 PSPTO0056     TRUE 0.999 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 333096 333097 PSPTO0057 PSPTO0058     TRUE 0.888 -3.000 0.000 NA   NA
 333097 333098 PSPTO0058 PSPTO0059     FALSE 0.087 128.000 0.000 NA   NA
 10692009 333099 PSPTO_0060 PSPTO0061     FALSE 0.090 118.000 0.000 NA   NA
 333102 333103 PSPTO0064 PSPTO0065   recG FALSE 0.327 87.000 0.038 1.000 N NA
 333103 333104 PSPTO0065 PSPTO0066 recG   TRUE 0.972 12.000 0.117 1.000 Y NA
 333104 333105 PSPTO0066 PSPTO0067   tonB-1 FALSE 0.242 93.000 0.023 1.000 N NA
 333105 333106 PSPTO0067 PSPTO0068 tonB-1 exbD-1 TRUE 0.987 -3.000 0.143 1.000 N NA
 333106 333107 PSPTO0068 PSPTO0069 exbD-1 exbB-1 TRUE 0.999 4.000 0.810 1.000 Y NA
 333109 333110 PSPTO0071 PSPTO0072     TRUE 0.483 55.000 0.056 NA   NA
 333110 333111 PSPTO0072 PSPTO0073   spoT TRUE 0.853 26.000 0.215 NA N NA
 333111 333112 PSPTO0073 PSPTO0074 spoT rpoZ TRUE 0.906 61.000 0.291 1.000 Y NA
 333112 333113 PSPTO0074 PSPTO0075 rpoZ gmk TRUE 0.742 148.000 0.471 1.000 N NA
 333113 333114 PSPTO0075 PSPTO0076 gmk   TRUE 0.955 14.000 0.276 NA   NA
 333115 333116 PSPTO0077 PSPTO0078 rph   TRUE 0.627 17.000 0.018 NA   NA
 333118 333119 PSPTO0080 PSPTO0081 pyrE   TRUE 0.850 11.000 0.034 NA   NA
 333120 333121 PSPTO0082 PSPTO0083 argB algC TRUE 0.596 29.000 0.044 1.000 N NA
 333121 333122 PSPTO0083 PSPTO0084 algC dut FALSE 0.003 1243.000 0.039 1.000 N NA
 333122 333123 PSPTO0084 PSPTO0085 dut coaBC TRUE 0.974 7.000 0.201 1.000 N NA
 333125 333126 PSPTO0087 PSPTO0088     FALSE 0.155 61.000 0.000 NA   NA
 333127 333128 PSPTO0089 PSPTO0090 rpmB rpmG TRUE 0.994 12.000 0.332 0.013 Y NA
 333133 333134 PSPTO0095 PSPTO0096     TRUE 0.856 25.000 0.200 1.000 N NA
 333139 333140 PSPTO0101 PSPTO0102 dadA   TRUE 0.864 -28.000 0.088 NA N NA
 333140 333141 PSPTO0102 PSPTO0103   dadX FALSE 0.437 80.000 0.070 NA N NA
 333143 333144 PSPTO0105 PSPTO0106   cycB TRUE 0.688 25.000 0.057 1.000 N NA
 333144 333145 PSPTO0106 PSPTO0107 cycB   TRUE 0.741 97.000 0.123 1.000 Y NA
 333146 333147 PSPTO0108 PSPTO0109     TRUE 0.958 -7.000 0.122 NA   NA
 333147 333148 PSPTO0109 PSPTO0110     TRUE 0.856 28.000 0.230 NA   NA
 333150 333151 PSPTO0112 PSPTO0113 xpt rep FALSE 0.324 55.000 0.020 1.000 N NA
 333154 333155 PSPTO0116 PSPTO0117     TRUE 0.648 184.000 0.500 1.000 N NA
 333155 333156 PSPTO0117 PSPTO0118     FALSE 0.007 320.000 0.000 1.000 N NA
 333156 333157 PSPTO0118 PSPTO0119     TRUE 0.922 58.000 0.600 1.000   NA
 333157 333158 PSPTO0119 PSPTO0120     FALSE 0.474 97.000 0.109 NA   NA
 333161 333162 PSPTO0123 PSPTO0124     TRUE 0.584 57.000 0.000 1.000 Y NA
 333164 333165 PSPTO0126 PSPTO0127   algR TRUE 1.000 -3.000 0.775 0.031 Y NA
 333165 333166 PSPTO0127 PSPTO0128 algR hemC FALSE 0.068 223.000 0.032 1.000 N NA
 333166 333167 PSPTO0128 PSPTO0129 hemC hemD TRUE 0.998 -3.000 0.205 0.001 Y NA
 333167 333168 PSPTO0129 PSPTO0130 hemD   TRUE 0.972 42.000 0.600 1.000 Y NA
 333168 333169 PSPTO0130 PSPTO0131     TRUE 0.999 -3.000 0.765 1.000 Y NA
 333169 333170 PSPTO0131 PSPTO0132     FALSE 0.092 215.000 0.042 1.000 N NA
 333170 333171 PSPTO0132 PSPTO0133     TRUE 0.772 5.000 0.000 NA   NA
 333171 333172 PSPTO0133 PSPTO0134   algQ FALSE 0.392 18.000 0.000 NA   NA
 333176 333177 PSPTO0138 PSPTO0139     TRUE 0.852 17.000 0.108 NA   NA
 333177 333178 PSPTO0139 PSPTO0140     TRUE 0.508 67.000 0.075 NA   NA
 333178 333179 PSPTO0140 PSPTO0141     FALSE 0.105 181.000 0.024 1.000 N NA
 333179 333180 PSPTO0141 PSPTO0142     FALSE 0.025 215.000 0.000 NA   NA
 333181 333182 PSPTO0143 PSPTO0144   prlC TRUE 0.989 -3.000 0.173 NA   NA
 333185 333186 PSPTO0147 PSPTO0148     FALSE 0.026 209.000 0.000 NA   NA
 333186 333187 PSPTO0148 PSPTO0149     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 333187 333188 PSPTO0149 PSPTO0150     FALSE 0.367 19.000 0.000 NA   NA
 333189 333190 PSPTO0151 PSPTO0152   osmC FALSE 0.213 118.000 0.026 NA   NA
 333192 333193 PSPTO0154 PSPTO0155     FALSE 0.233 150.000 0.049 NA   NA
 333196 333197 PSPTO0158 PSPTO0159 trpB trpA TRUE 0.999 -3.000 0.344 0.001 Y NA
 333197 333199 PSPTO0159 PSPTO0161 trpA   FALSE 0.087 127.000 0.000 NA   NA
 333200 333201 PSPTO0162 PSPTO0163     FALSE 0.025 213.000 0.000 NA   NA
 333201 333202 PSPTO0163 PSPTO0164     FALSE 0.006 774.000 0.079 NA N NA
 333203 333204 PSPTO0165 PSPTO0166     TRUE 0.803 37.000 0.218 1.000 N NA
 333204 333205 PSPTO0166 PSPTO0167     FALSE 0.153 62.000 0.000 NA   NA
 333205 333206 PSPTO0167 PSPTO0168     FALSE 0.135 72.000 0.000 NA   NA
 333207 333208 PSPTO0169 PSPTO0170 aroE hemF TRUE 0.981 0.000 0.093 1.000 N NA
 3829845 333209 PSPTO_5630 PSPTO0171     FALSE 0.200 41.000 0.000 NA   NA
 333209 333210 PSPTO0171 PSPTO0172     FALSE 0.002 588.000 0.000 NA   NA
 333210 333211 PSPTO0172 PSPTO0173   qor FALSE 0.106 96.000 0.000 NA   NA
 333212 333213 PSPTO0174 PSPTO0175     FALSE 0.372 39.000 0.023 NA N NA
 333213 333214 PSPTO0175 PSPTO0176     FALSE 0.414 55.000 0.033 1.000   NA
 333215 333216 PSPTO0177 PSPTO0178 def-1 fmt TRUE 0.882 61.000 0.105 0.019 Y NA
 333216 333217 PSPTO0178 PSPTO0179 fmt sun TRUE 0.998 -3.000 0.305 1.000 Y NA
 333217 333218 PSPTO0179 PSPTO0180 sun trkA TRUE 0.985 -3.000 0.122 1.000 N NA
 333218 333219 PSPTO0180 PSPTO0181 trkA   FALSE 0.128 83.000 0.000 1.000 N NA
 333220 333221 PSPTO0182 PSPTO0183   tag FALSE 0.378 38.000 0.017 1.000 N NA
 333222 333223 PSPTO0184 PSPTO0185 glyQ glyS TRUE 1.000 -3.000 0.651 0.001 Y NA
 333223 333224 PSPTO0185 PSPTO0186 glyS   TRUE 0.904 14.000 0.123 1.000 N NA
 333224 333225 PSPTO0186 PSPTO0187     TRUE 0.808 58.000 0.310 1.000 N NA
 333226 10692011 PSPTO0189 PSPTO_0190     TRUE 0.847 2.000 0.000 NA   NA
 10692011 333227 PSPTO_0190 PSPTO0192     FALSE 0.001 1374.000 0.000 NA   NA
 333228 333229 PSPTO0193 PSPTO0194     TRUE 0.999 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 333229 333230 PSPTO0194 PSPTO0196     FALSE 0.066 276.000 0.000 NA Y NA
 333230 333231 PSPTO0196 PSPTO0197     TRUE 0.769 18.000 0.061 NA   NA
 333231 333232 PSPTO0197 PSPTO0200     FALSE 0.001 1044.000 0.000 NA   NA
 333232 333233 PSPTO0200 PSPTO0201     FALSE 0.017 739.000 0.000 0.037 Y NA
 333233 333234 PSPTO0201 PSPTO0202     TRUE 0.828 3.000 0.000 NA   NA
 333234 333235 PSPTO0202 PSPTO0203     TRUE 0.772 5.000 0.000 NA   NA
 333235 333236 PSPTO0203 PSPTO0205     FALSE 0.001 3408.000 0.000 NA   NA
 333236 333237 PSPTO0205 PSPTO0206     FALSE 0.003 394.000 0.000 NA   NA
 333237 10692012 PSPTO0206 PSPTO_0207     FALSE 0.044 179.000 0.000 NA   NA
 10692012 333238 PSPTO_0207 PSPTO0208     FALSE 0.175 49.000 0.000 NA   NA
 333238 333239 PSPTO0208 PSPTO0209   lsyA-1 FALSE 0.037 188.000 0.000 NA   NA
 333239 333240 PSPTO0209 PSPTO0210 lsyA-1   TRUE 0.847 2.000 0.000 NA   NA
 333240 333241 PSPTO0210 PSPTO0211   iucD TRUE 0.882 0.000 0.000 NA   NA
 333242 333243 PSPTO0212 PSPTO0213 lysR   FALSE 0.014 251.000 0.000 NA   NA
 333243 333244 PSPTO0213 PSPTO0214     TRUE 0.949 10.000 0.136 NA   NA
 333246 333247 PSPTO0216 PSPTO0217   glnK FALSE 0.032 199.000 0.000 NA   NA
 333247 333248 PSPTO0217 PSPTO0218 glnK amt-1 TRUE 0.720 36.000 0.135 1.000 N NA
 333248 333249 PSPTO0218 PSPTO0219 amt-1   FALSE 0.017 242.000 0.000 NA   NA
 333249 333250 PSPTO0219 PSPTO0220     FALSE 0.207 99.000 0.018 NA   NA
 333251 333252 PSPTO0221 PSPTO0222   xerC TRUE 0.988 -7.000 0.367 1.000   NA
 333252 333253 PSPTO0222 PSPTO0223 xerC   TRUE 0.997 3.000 0.714 NA   NA
 333253 333254 PSPTO0223 PSPTO0224   dapF TRUE 0.926 14.000 0.175 NA   NA
 333254 333255 PSPTO0224 PSPTO0225 dapF lsyA-2 TRUE 0.994 5.000 0.104 0.002 Y NA
 333255 333256 PSPTO0225 PSPTO0226 lsyA-2 lppL TRUE 0.736 10.000 0.006 NA N NA
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 334771 334772 PSPTO1767 PSPTO1768 ohr   FALSE 0.355 217.000 0.314 1.000 N NA
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 335167 401642 PSPTO2166 PSPTO_t29 gltX tRNA-Ala-4 FALSE 0.066