MicrobesOnline Operon Predictions for Neorickettsia sennetsu str. Miyayama

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1259955 1259956 NSE_0001 NSE_0002     FALSE 0.262 66.000 0.002 NA   NA
 1259959 1259960 NSE_0005 NSE_0006     TRUE 0.718 38.000 0.003 1.000 N NA
 1259962 1259963 NSE_0008 NSE_0009   pgsA FALSE 0.301 53.000 0.002 NA   NA
 1259964 1259965 NSE_0010 NSE_0011 nuoJ   FALSE 0.123 45.000 0.000 NA   NA
 1259965 1259966 NSE_0011 NSE_0012   nuoK FALSE 0.069 88.000 0.000 NA   NA
 1259968 1259969 NSE_0014 NSE_0015 nuoL   FALSE 0.062 145.000 0.000 NA   NA
 1259972 1259973 NSE_0018 NSE_0019   dnaK FALSE 0.067 112.000 0.000 NA   NA
 1259974 1259975 NSE_0020 NSE_0021 truA   FALSE 0.069 87.000 0.000 NA   NA
 1259975 1259976 NSE_0021 NSE_0022     FALSE 0.060 171.000 0.000 NA   NA
 1259976 1259977 NSE_0022 NSE_0023     FALSE 0.074 67.000 0.000 NA   NA
 1259977 1259978 NSE_0023 NSE_0024     FALSE 0.054 288.000 0.000 NA   NA
 1259979 1259980 NSE_0025 NSE_0026     FALSE 0.068 78.000 0.000 NA   NA
 1259980 1259981 NSE_0026 NSE_0027     FALSE 0.082 57.000 0.000 NA   NA
 1259981 1259982 NSE_0027 NSE_0972     FALSE 0.066 124.000 0.000 NA   NA
 1259984 1259985 NSE_0029 NSE_0030     TRUE 0.715 23.000 0.008 NA   NA
 1259985 1259986 NSE_0030 NSE_0031   purM FALSE 0.056 210.000 0.000 NA   NA
 1259986 1259987 NSE_0031 NSE_0032 purM mrpC FALSE 0.276 211.000 0.000 1.000 N NA
 1259989 1259990 NSE_0034 NSE_0035     FALSE 0.197 32.000 0.000 NA   NA
 1259990 1259991 NSE_0035 NSE_0036     FALSE 0.056 204.000 0.000 NA   NA
 1259991 1259992 NSE_0036 NSE_0037     FALSE 0.070 71.000 0.000 NA   NA
 1259993 1259994 NSE_0038 NSE_0039   rpoZ TRUE 0.588 52.000 0.500 0.052   NA
 1259994 1259995 NSE_0039 NSE_0040 rpoZ ribF TRUE 0.691 22.000 0.003 1.000   NA
 1259995 1259996 NSE_0040 NSE_0041 ribF   FALSE 0.240 186.000 0.003 NA   NA
 1259999 1260000 NSE_0044 NSE_0045 thiS   TRUE 0.689 27.000 0.005 1.000   NA
 1260001 1260002 NSE_0973 NSE_0047 rrsA sdhC FALSE 0.273 23.000 0.000 NA   NA
 1260002 1260003 NSE_0047 NSE_0048 sdhC   TRUE 0.915 -3.000 0.008 0.003   NA
 1260003 1260004 NSE_0048 NSE_0049   argS TRUE 0.646 5.000 0.000 1.000   NA
 1260005 1260006 NSE_0050 NSE_0051     FALSE 0.067 115.000 0.000 NA   NA
 1260007 1260008 NSE_0052 NSE_0053   nuoG TRUE 0.904 7.000 0.033 NA   NA
 1260008 1260009 NSE_0053 NSE_0054 nuoG nuoH TRUE 0.973 -22.000 0.515 0.032 Y NA
 1260009 1260010 NSE_0054 NSE_0055 nuoH   TRUE 0.637 29.000 0.005 NA   NA
 1260011 1260012 NSE_0056 NSE_0057 fumC pnp FALSE 0.268 305.000 0.000 1.000 N NA
 1260012 1260013 NSE_0057 NSE_0058 pnp rpsO TRUE 0.988 4.000 0.335 1.000 Y NA
 1260013 1260014 NSE_0058 NSE_0059 rpsO purB FALSE 0.276 211.000 0.000 1.000 N NA
 1260014 1260015 NSE_0059 NSE_0060 purB rplI TRUE 0.917 12.000 0.004 1.000 N NA
 1260015 1260016 NSE_0060 NSE_0061 rplI rpsR TRUE 0.978 13.000 0.499 0.065 Y NA
 1260016 1260017 NSE_0061 NSE_0062 rpsR rpsF TRUE 0.893 45.000 0.319 0.065 Y NA
 1260018 1260019 NSE_0063 NSE_0064     TRUE 0.955 9.000 0.167 NA N NA
 1260023 1260024 NSE_0068 NSE_0069     FALSE 0.058 184.000 0.000 NA   NA
 1260024 1260025 NSE_0069 NSE_0070     FALSE 0.261 25.000 0.000 NA   NA
 1260025 1260026 NSE_0070 NSE_0071     FALSE 0.071 70.000 0.000 NA   NA
 1260026 1260027 NSE_0071 NSE_0072     FALSE 0.055 219.000 0.000 NA   NA
 1260027 1260028 NSE_0072 NSE_0073     FALSE 0.053 439.000 0.000 NA   NA
 1260030 1260031 NSE_0075 NSE_0076     FALSE 0.063 141.000 0.000 NA   NA
 1260031 1260032 NSE_0076 NSE_0077     FALSE 0.053 466.000 0.000 NA   NA
 1260033 1260034 NSE_0078 NSE_0079     FALSE 0.053 427.000 0.000 NA   NA
 1260034 1260035 NSE_0079 NSE_0080     FALSE 0.076 65.000 0.000 NA   NA
 1260037 1260038 NSE_0082 NSE_0083     FALSE 0.054 285.000 0.000 NA   NA
 1260039 1260040 NSE_0084 NSE_0085 gatB   TRUE 0.971 -7.000 0.002 1.000 Y NA
 1260042 1260043 NSE_0087 NSE_0088     FALSE 0.059 180.000 0.000 NA   NA
 1260043 1260044 NSE_0088 NSE_0089     FALSE 0.069 73.000 0.000 NA   NA
 1260044 1260045 NSE_0089 NSE_0090     FALSE 0.054 248.000 0.000 NA   NA
 1260045 1260046 NSE_0090 NSE_0091     FALSE 0.069 89.000 0.000 NA   NA
 1260046 1260047 NSE_0091 NSE_0092     FALSE 0.057 194.000 0.000 NA   NA
 1260048 1260049 NSE_0093 NSE_0094   fmt FALSE 0.058 185.000 0.000 NA   NA
 1260049 1260050 NSE_0094 NSE_0095 fmt   FALSE 0.219 30.000 0.000 NA   NA
 1260055 1260056 NSE_0100 NSE_0101 lipB truB TRUE 0.911 12.000 0.003 1.000 N NA
 1260056 1260057 NSE_0101 NSE_0102 truB   FALSE 0.068 76.000 0.000 NA   NA
 1260057 1260058 NSE_0102 NSE_0103     FALSE 0.067 117.000 0.000 NA   NA
 1260058 1260059 NSE_0103 NSE_0104     FALSE 0.465 10.000 0.000 NA   NA
 1260059 1260060 NSE_0104 NSE_0105     FALSE 0.068 84.000 0.000 NA   NA
 1260062 1260063 NSE_0107 NSE_0108     FALSE 0.053 522.000 0.000 NA   NA
 1260063 1260064 NSE_0108 NSE_0109     FALSE 0.062 147.000 0.000 NA   NA
 1260064 1260065 NSE_0109 NSE_0110     FALSE 0.063 141.000 0.000 NA   NA
 1260065 1260066 NSE_0110 NSE_0111     FALSE 0.053 332.000 0.000 NA   NA
 1260066 1260067 NSE_0111 NSE_0112     FALSE 0.054 264.000 0.000 NA   NA
 1260067 1260068 NSE_0112 NSE_0113     FALSE 0.053 314.000 0.000 NA   NA
 1260072 1260073 NSE_0117 NSE_0118     FALSE 0.069 87.000 0.000 NA   NA
 1260077 1260078 NSE_0122 NSE_0123 nadC rpsP FALSE 0.429 141.000 0.002 1.000 N NA
 1260078 1260079 NSE_0123 NSE_0124 rpsP   TRUE 0.988 -3.000 0.342 0.061 Y NA
 1260079 1260080 NSE_0124 NSE_0125     TRUE 0.840 6.000 0.002 NA   NA
 1260082 1260083 NSE_0127 NSE_0128 tatC   TRUE 0.532 72.000 0.006 NA N NA
 1260083 1260084 NSE_0128 NSE_0129     FALSE 0.288 154.000 0.006 NA   NA
 1260084 1260085 NSE_0129 NSE_0130     FALSE 0.137 43.000 0.000 NA   NA
 1260086 1260087 NSE_0131 NSE_0132 atpA atpH TRUE 0.983 11.000 0.864 0.014 Y NA
 1260087 1260088 NSE_0132 NSE_0133 atpH   FALSE 0.322 83.000 0.000 1.000 N NA
 1260088 1260089 NSE_0133 NSE_0134   ispF TRUE 0.586 47.000 0.002 1.000 N NA
 1260089 1260090 NSE_0134 NSE_0135 ispF   FALSE 0.303 20.000 0.000 NA   NA
 1260091 1260092 NSE_0136 NSE_0137     FALSE 0.446 11.000 0.000 NA   NA
 1260094 1260095 NSE_0139 NSE_0140     FALSE 0.054 253.000 0.000 NA   NA
 1260095 1260096 NSE_0140 NSE_0141     FALSE 0.071 70.000 0.000 NA   NA
 1260098 1260099 NSE_0143 NSE_0144   xerD FALSE 0.067 118.000 0.000 NA   NA
 1260099 1260100 NSE_0144 NSE_0145 xerD   FALSE 0.055 212.000 0.000 NA   NA
 1260100 1260101 NSE_0145 NSE_0146     FALSE 0.202 89.000 0.002 NA   NA
 1260101 1260102 NSE_0146 NSE_0147     FALSE 0.054 276.000 0.000 NA   NA
 1260102 1260103 NSE_0147 NSE_0148     FALSE 0.347 17.000 0.000 NA   NA
 1260105 1260106 NSE_0150 NSE_0151     FALSE 0.069 73.000 0.000 NA   NA
 1260106 1260107 NSE_0151 NSE_0152     FALSE 0.239 -49.000 0.000 NA   NA
 1260107 1260108 NSE_0152 NSE_0153     FALSE 0.186 -115.000 0.000 NA   NA
 1260108 1260109 NSE_0153 NSE_0154   pyrC TRUE 0.512 67.000 0.003 1.000 N NA
 1260109 1260110 NSE_0154 NSE_0155 pyrC   FALSE 0.111 47.000 0.000 NA   NA
 1260111 1260112 NSE_0156 NSE_0157 alaS   FALSE 0.067 113.000 0.000 NA   NA
 1260117 1260118 NSE_0162 NSE_0163 dksA thyX TRUE 0.544 69.000 0.005 1.000 N NA
 1260118 1260119 NSE_0163 NSE_0164 thyX hflK TRUE 0.524 117.000 0.005 1.000 N NA
 1260119 1260120 NSE_0164 NSE_0165 hflK hflC TRUE 0.990 -3.000 0.947 0.024 Y NA
 1260120 1260121 NSE_0165 NSE_0166 hflC   TRUE 0.979 -13.000 0.084 0.024 Y NA
 1260121 1260122 NSE_0166 NSE_0167   dnaE TRUE 0.905 12.000 0.002 1.000 N NA
 1260122 1260123 NSE_0167 NSE_0168 dnaE   FALSE 0.066 120.000 0.000 NA   NA
 1260125 1260126 NSE_0170 NSE_0171 dnaN   FALSE 0.068 84.000 0.000 NA   NA
 1260130 1260131 NSE_0175 NSE_0176   hslV TRUE 0.545 46.000 0.026 1.000   NA
 1260131 1260132 NSE_0176 NSE_0177 hslV hslU TRUE 0.944 21.000 0.008 1.000 Y NA
 1260132 1260133 NSE_0177 NSE_0178 hslU   TRUE 0.954 3.000 0.003 1.000 N NA
 1260133 1260134 NSE_0178 NSE_0179   pyrD TRUE 0.491 127.000 0.003 1.000 N NA
 1260135 1260136 NSE_0180 NSE_0181     FALSE 0.054 262.000 0.000 NA   NA
 1260136 1260137 NSE_0181 NSE_0182     TRUE 0.883 -10.000 0.022 NA   NA
 1260137 1260138 NSE_0182 NSE_0183     TRUE 0.920 -3.000 0.030 NA   NA
 1260140 1260141 NSE_0185 NSE_0186 purH gshB FALSE 0.274 219.000 0.000 1.000 N NA
 1260142 1260143 NSE_0187 NSE_0188     FALSE 0.185 34.000 0.000 NA   NA
 1260143 1260144 NSE_0188 NSE_0189     TRUE 0.577 -3.000 0.000 NA   NA
 1260145 1260146 NSE_0190 NSE_0191     TRUE 0.796 -22.000 0.010 NA   NA
 1260146 1260147 NSE_0191 NSE_0192     FALSE 0.333 114.000 0.010 NA   NA
 1260147 1260148 NSE_0192 NSE_0193     FALSE 0.229 29.000 0.000 NA   NA
 1260148 1260149 NSE_0193 NSE_0194   purF FALSE 0.360 -22.000 0.000 NA   NA
 1260149 1260150 NSE_0194 NSE_0195 purF   FALSE 0.457 41.000 0.003 NA   NA
 1260150 1260151 NSE_0195 NSE_0196   efp TRUE 0.823 -3.000 0.002 NA   NA
 1260151 1260152 NSE_0196 NSE_0197 efp   FALSE 0.067 103.000 0.000 NA   NA
 1260153 1260154 NSE_0198 NSE_0199     TRUE 0.946 -3.000 0.003 1.000 N NA
 1260154 1260155 NSE_0199 NSE_0200     FALSE 0.055 214.000 0.000 NA   NA
 1260155 1260156 NSE_0200 NSE_0201     FALSE 0.219 30.000 0.000 NA   NA
 1260156 1260157 NSE_0201 NSE_0202     FALSE 0.291 134.000 0.000 NA N NA
 1260157 1260158 NSE_0202 NSE_0203     TRUE 0.900 22.000 0.216 NA N NA
 1260160 1260161 NSE_0205 NSE_0206   priA FALSE 0.177 151.000 0.002 NA   NA
 1260161 1260162 NSE_0206 NSE_0207 priA   FALSE 0.370 16.000 0.000 NA   NA
 1260162 1260163 NSE_0207 NSE_0208     FALSE 0.068 78.000 0.000 NA   NA
 1260164 1260165 NSE_0209 NSE_0210   virB9-1 TRUE 0.802 20.000 0.091 NA   NA
 1260165 1260166 NSE_0210 NSE_0211 virB9-1 virB8-1 TRUE 0.897 -16.000 0.455 NA   NA
 1260167 1260168 NSE_0212 NSE_0213 grpE trpS TRUE 0.842 30.000 0.016 1.000 N NA
 1260168 1260169 NSE_0213 NSE_0214 trpS   FALSE 0.257 63.000 0.002 1.000   NA
 1260169 1260170 NSE_0214 NSE_0215   rplT TRUE 0.913 14.000 0.928 0.057   NA
 1260170 1260171 NSE_0215 NSE_0216 rplT pheS TRUE 0.987 -3.000 0.202 1.000 Y NA
 1260171 1260172 NSE_0216 NSE_0217 pheS rpiB TRUE 0.724 32.000 0.002 1.000 N NA
 1260172 1260173 NSE_0217 NSE_0218 rpiB glyA TRUE 0.889 -28.000 0.015 1.000 N NA
 1260175 1260176 NSE_0220 NSE_0221     FALSE 0.068 81.000 0.000 NA   NA
 1260176 1260177 NSE_0221 NSE_0222   carB FALSE 0.209 31.000 0.000 NA   NA
 1260177 1260178 NSE_0222 NSE_0223 carB   FALSE 0.057 197.000 0.000 NA   NA
 1260178 1260179 NSE_0223 NSE_0224   tldD FALSE 0.266 -35.000 0.000 NA   NA
 1260179 1260180 NSE_0224 NSE_0225 tldD purA FALSE 0.231 88.000 0.002 NA   NA
 1260180 1260181 NSE_0225 NSE_0226 purA   FALSE 0.232 144.000 0.002 1.000   NA
 1260182 1260183 NSE_0227 NSE_0228   gpsA FALSE 0.410 149.000 0.143 1.000   NA
 1260183 1260184 NSE_0228 NSE_0229 gpsA radC TRUE 0.754 46.000 0.143 1.000 N NA
 1260184 1260185 NSE_0229 NSE_0230 radC   FALSE 0.086 102.000 0.000 1.000   NA
 1260185 1260186 NSE_0230 NSE_0231     FALSE 0.149 40.000 0.000 NA   NA
 1260186 1260187 NSE_0231 NSE_0232   secA FALSE 0.067 111.000 0.000 NA   NA
 1260188 1260189 NSE_0233 NSE_0234     FALSE 0.061 153.000 0.000 NA   NA
 1260190 1260191 NSE_0235 NSE_0236 purE   FALSE 0.305 141.000 0.000 1.000 N NA
 1260191 1260192 NSE_0236 NSE_0237     TRUE 0.901 -3.000 0.008 NA   NA
 1260195 1260196 NSE_0240 NSE_0241     TRUE 0.945 -3.000 0.632 NA   NA
 1260197 1260198 NSE_0242 NSE_0243     FALSE 0.137 43.000 0.000 NA   NA
 1260198 1260199 NSE_0243 NSE_0244     FALSE 0.360 -22.000 0.000 NA   NA
 1260199 1260200 NSE_0244 NSE_0245     FALSE 0.068 79.000 0.000 NA   NA
 1260200 1260201 NSE_0245 NSE_0246   nth TRUE 0.502 99.000 0.003 1.000 N NA
 1260201 1260202 NSE_0246 NSE_0247 nth   TRUE 0.506 74.000 0.003 1.000 N NA
 1260202 1260203 NSE_0247 NSE_0248     TRUE 0.986 7.000 0.466 0.006 Y NA
 1260203 1260204 NSE_0248 NSE_0249     FALSE 0.235 65.000 0.002 NA   NA
 1260204 1260205 NSE_0249 NSE_0250   sucD FALSE 0.057 200.000 0.000 NA   NA
 1260205 1260206 NSE_0250 NSE_0251 sucD sucC TRUE 0.989 0.000 0.256 0.003 Y NA
 1260207 1260208 NSE_0252 NSE_0253   thiL FALSE 0.336 -24.000 0.000 NA   NA
 1260208 1260209 NSE_0253 NSE_0254 thiL tpiA FALSE 0.459 180.000 0.003 1.000 N NA
 1260209 1260210 NSE_0254 NSE_0255 tpiA   TRUE 0.686 27.000 0.008 NA   NA
 1260210 1260211 NSE_0255 NSE_0256   gatA FALSE 0.202 154.000 0.002 NA   NA
 1260211 1260212 NSE_0256 NSE_0257 gatA rpmG TRUE 0.697 92.000 0.002 0.083 Y NA
 1260212 1260213 NSE_0257 NSE_0258 rpmG ctaG TRUE 0.878 16.000 0.002 1.000 N NA
 1260213 1260214 NSE_0258 NSE_0259 ctaG dnaA FALSE 0.265 580.000 0.000 1.000 N NA
 1260214 1260215 NSE_0259 NSE_0260 dnaA asd TRUE 0.478 68.000 0.002 1.000 N NA
 1260215 1260216 NSE_0260 NSE_0261 asd   FALSE 0.279 67.000 0.003 NA   NA
 1260218 1260219 NSE_0263 NSE_0264     TRUE 0.491 9.000 0.000 NA   NA
 1260219 1260220 NSE_0264 NSE_0265   rpsJ FALSE 0.069 87.000 0.000 NA   NA
 1260220 1260221 NSE_0265 NSE_0266 rpsJ rplC TRUE 0.985 -7.000 0.307 0.073 Y NA
 1260221 1260222 NSE_0266 NSE_0267 rplC rplD TRUE 0.989 0.000 0.486 0.055 Y NA
 1260222 1260223 NSE_0267 NSE_0268 rplD rplW TRUE 0.988 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 1260223 1260224 NSE_0268 NSE_0269 rplW rplB TRUE 0.989 6.000 0.849 1.000 Y NA
 1260224 1260225 NSE_0269 NSE_0270 rplB rpsS TRUE 0.985 9.000 0.820 0.073 Y NA
 1260225 1260226 NSE_0270 NSE_0271 rpsS rplV TRUE 0.987 -3.000 0.119 0.073 Y NA
 1260226 1260227 NSE_0271 NSE_0272 rplV rpsC TRUE 0.976 -16.000 0.109 0.073 Y NA
 1260227 1260228 NSE_0272 NSE_0273 rpsC rplP TRUE 0.976 16.000 0.828 0.073 Y NA
 1260228 1260229 NSE_0273 NSE_0274 rplP rpmC TRUE 0.953 -3.000 0.802 0.055   NA
 1260229 1260230 NSE_0274 NSE_0275 rpmC rpsQ TRUE 0.958 2.000 0.828 0.055   NA
 1260230 1260231 NSE_0275 NSE_0276 rpsQ rplN TRUE 0.972 18.000 0.791 0.073 Y NA
 1260231 1260232 NSE_0276 NSE_0277 rplN rplX TRUE 0.953 -3.000 0.810 0.073   NA
 1260232 1260233 NSE_0277 NSE_0278 rplX rplE TRUE 0.896 16.000 0.758 0.055   NA
 1260233 1260234 NSE_0278 NSE_0279 rplE rpsN TRUE 0.969 17.000 0.309 0.055 Y NA
 1260234 1260235 NSE_0279 NSE_0280 rpsN rpsH TRUE 0.962 20.000 0.295 0.055 Y NA
 1260235 1260236 NSE_0280 NSE_0281 rpsH rplF TRUE 0.982 3.000 0.003 0.055 Y NA
 1260236 1260237 NSE_0281 NSE_0282 rplF rplR TRUE 0.937 20.000 0.003 0.055 Y NA
 1260237 1260238 NSE_0282 NSE_0283 rplR rpsE TRUE 0.973 17.000 0.814 0.073 Y NA
 1260238 1260239 NSE_0283 NSE_0284 rpsE rplO TRUE 0.987 -3.000 0.148 0.073 Y NA
 1260239 1260240 NSE_0284 NSE_0285 rplO secY TRUE 0.975 -3.000 0.730 1.000 N NA
 1260240 1260241 NSE_0285 NSE_0286 secY adk TRUE 0.948 -3.000 0.003 1.000 N NA
 1260241 1260242 NSE_0286 NSE_0287 adk rpsM TRUE 0.901 14.000 0.003 1.000 N NA
 1260242 1260243 NSE_0287 NSE_0288 rpsM rpsK TRUE 0.980 13.000 0.810 0.055 Y NA
 1260243 1260244 NSE_0288 NSE_0289 rpsK rpoA TRUE 0.827 38.000 0.308 1.000 N NA
 1260244 1260245 NSE_0289 NSE_0290 rpoA rplQ TRUE 0.934 19.000 0.873 1.000 N NA
 1260246 1260247 NSE_0291 NSE_0292   pgpA TRUE 0.912 -19.000 0.005 1.000 N NA
 1260247 1260248 NSE_0292 NSE_0293 pgpA infC TRUE 0.906 -13.000 0.002 1.000 N NA
 1260248 1260249 NSE_0293 NSE_0294 infC thrS TRUE 0.897 43.000 0.186 1.000 Y NA
 1260249 1260250 NSE_0294 NSE_0295 thrS   FALSE 0.068 76.000 0.000 NA   NA
 1260250 1260251 NSE_0295 NSE_0296     FALSE 0.074 67.000 0.000 NA   NA
 1260251 1260252 NSE_0296 NSE_0297     TRUE 0.789 19.000 0.019 NA   NA
 1260252 1260253 NSE_0297 NSE_0298     TRUE 0.969 2.000 0.091 NA N NA
 1260253 1260254 NSE_0298 NSE_0299     TRUE 0.876 -22.000 0.634 NA   NA
 1260254 1260255 NSE_0299 NSE_0300     FALSE 0.392 15.000 0.000 NA   NA
 1260255 1260256 NSE_0300 NSE_0301     TRUE 0.577 -3.000 0.000 NA   NA
 1260256 1260257 NSE_0301 NSE_0302   iscU TRUE 0.732 28.000 0.056 NA   NA
 1260257 1260258 NSE_0302 NSE_0303 iscU iscS TRUE 0.653 56.000 0.038 1.000 N NA
 1260258 1260259 NSE_0303 NSE_0304 iscS   TRUE 0.881 44.000 0.023 0.003 Y NA
 1260260 1260261 NSE_0305 NSE_0306     TRUE 0.904 -16.000 0.002 1.000 N NA
 1260261 1260262 NSE_0306 NSE_0307   pth TRUE 0.989 0.000 0.496 0.082 Y NA
 1260263 1260264 NSE_0308 NSE_0309 gshA coaE FALSE 0.075 183.000 0.000 1.000   NA
 1260264 1260265 NSE_0309 NSE_0310 coaE   TRUE 0.942 0.000 0.002 1.000 N NA
 1260265 1260266 NSE_0310 NSE_0311   grxC TRUE 0.905 3.000 0.000 1.000 N NA
 1260266 1260267 NSE_0311 NSE_0312 grxC rpoD FALSE 0.266 548.000 0.000 1.000 N NA
 1260267 1260268 NSE_0312 NSE_0313 rpoD clpA TRUE 0.517 100.000 0.004 1.000 N NA
 1260268 1260269 NSE_0313 NSE_0314 clpA   TRUE 0.644 27.000 0.004 NA   NA
 1260269 1260270 NSE_0314 NSE_0315     FALSE 0.313 67.000 0.005 NA   NA
 1260273 1260274 NSE_0318 NSE_0319   yajC FALSE 0.054 301.000 0.000 NA   NA
 1260274 1260275 NSE_0319 NSE_0320 yajC pdxJ TRUE 0.872 16.000 0.002 NA N NA
 1260275 1260276 NSE_0320 NSE_0321 pdxJ   FALSE 0.468 70.000 0.002 1.000 N NA
 1260276 1260277 NSE_0321 NSE_0322   lipA TRUE 0.884 -25.000 0.005 1.000 N NA
 1260277 1260278 NSE_0322 NSE_0323 lipA   TRUE 0.566 169.000 0.081 NA N NA
 1260282 1260283 NSE_0327 NSE_0328     FALSE 0.308 113.000 0.006 NA   NA
 1260283 1260284 NSE_0328 NSE_0329     TRUE 0.752 36.000 1.000 NA   NA
 1260284 1260285 NSE_0329 NSE_0330     TRUE 0.908 9.000 0.182 NA   NA
 1260285 1260286 NSE_0330 NSE_0331     TRUE 0.799 22.000 0.167 NA   NA
 1260286 1260287 NSE_0331 NSE_0332     FALSE 0.195 -91.000 0.000 NA   NA
 1260287 1260288 NSE_0332 NSE_0333   cysS FALSE 0.465 10.000 0.000 NA   NA
 1260288 1260289 NSE_0333 NSE_0334 cysS   FALSE 0.068 99.000 0.000 NA   NA
 1260289 1260290 NSE_0334 NSE_0335   mutS FALSE 0.058 189.000 0.000 NA   NA
 1260290 1260291 NSE_0335 NSE_0336 mutS rpe FALSE 0.269 290.000 0.000 1.000 N NA
 1260292 1260293 NSE_0337 NSE_0338 map   FALSE 0.175 36.000 0.000 NA   NA
 1260293 1260294 NSE_0338 NSE_0339     FALSE 0.261 -36.000 0.000 NA   NA
 1260294 1260295 NSE_0339 NSE_0340     TRUE 0.928 -22.000 0.145 1.000 N NA
 1260296 1260297 NSE_0341 NSE_0342 rpoH ftsZ TRUE 0.930 7.000 0.002 1.000 N NA
 1260297 1260298 NSE_0342 NSE_0343 ftsZ   FALSE 0.250 334.000 0.000 NA N NA
 1260298 1260299 NSE_0343 NSE_0344     FALSE 0.060 166.000 0.000 NA   NA
 1260300 1260301 NSE_0345 NSE_0346 tyrS bfr TRUE 0.867 20.000 0.004 1.000 N NA
 1260301 1260302 NSE_0346 NSE_0347 bfr lon FALSE 0.272 234.000 0.000 1.000 N NA
 1260302 1260303 NSE_0347 NSE_0348 lon   TRUE 0.607 54.000 0.005 1.000 N NA
 1260303 1260304 NSE_0348 NSE_0349     TRUE 0.906 -3.000 0.011 NA   NA
 1260304 1260305 NSE_0349 NSE_0350   glnA TRUE 0.620 28.000 0.003 NA   NA
 1260306 1260307 NSE_0351 NSE_0352     TRUE 0.577 -3.000 0.000 NA   NA
 1260308 1260309 NSE_0353 NSE_0354     FALSE 0.204 -82.000 0.000 NA   NA
 1260311 1260312 NSE_0356 NSE_0357     TRUE 0.501 375.000 0.000 NA Y NA
 1260312 1260313 NSE_0357 NSE_0358     FALSE 0.068 83.000 0.000 NA   NA
 1260313 1260314 NSE_0358 NSE_0359     FALSE 0.123 45.000 0.000 NA   NA
 1260315 1260316 NSE_0360 NSE_0361     FALSE 0.395 -19.000 0.000 NA   NA
 1260318 1260319 NSE_0363 NSE_0364     TRUE 0.528 -7.000 0.000 NA   NA
 1260319 1260320 NSE_0364 NSE_0365     FALSE 0.080 58.000 0.000 NA   NA
 1260320 1260321 NSE_0365 NSE_0366     TRUE 0.899 -10.000 0.111 NA   NA
 1260321 1260322 NSE_0366 NSE_0367   proS TRUE 0.943 6.000 0.002 1.000 N NA
 1260322 1260323 NSE_0367 NSE_0368 proS   TRUE 0.591 27.000 0.002 NA   NA
 1260323 1260324 NSE_0368 NSE_0369   ppdK FALSE 0.294 111.000 0.005 NA   NA
 1260324 1260325 NSE_0369 NSE_0370 ppdK   TRUE 0.600 1.000 0.000 NA   NA
 1260328 1260329 NSE_0373 NSE_0374   surE FALSE 0.072 209.000 0.000 1.000   NA
 1260329 1260330 NSE_0374 NSE_0375 surE   FALSE 0.453 -15.000 0.000 NA   NA
 1260335 1260336 NSE_0380 NSE_0381 qor   TRUE 0.600 1.000 0.000 NA   NA
 1260336 1260337 NSE_0381 NSE_0382     FALSE 0.111 47.000 0.000 NA   NA
 1260337 1260338 NSE_0382 NSE_0383     TRUE 0.582 5.000 0.000 NA   NA
 1260338 1260339 NSE_0383 NSE_0384     TRUE 0.924 -3.000 0.016 0.047   NA
 1260339 1260340 NSE_0384 NSE_0385     TRUE 0.953 14.000 0.002 1.000 Y NA
 1260341 1260342 NSE_0386 NSE_0387     FALSE 0.058 184.000 0.000 NA   NA
 1260342 1260343 NSE_0387 NSE_0388     FALSE 0.090 54.000 0.000 NA   NA
 1260344 1260345 NSE_0389 NSE_0390     FALSE 0.316 -27.000 0.000 NA   NA
 1260351 1260352 NSE_0396 NSE_0397 atpB atpE TRUE 0.842 23.000 0.628 0.012   NA
 1260352 1260353 NSE_0397 NSE_0398 atpE atpX TRUE 0.913 1.000 0.005 0.012   NA
 1260353 1260354 NSE_0398 NSE_0399 atpX   TRUE 0.884 -9.000 0.007 0.012   NA
 1260354 1260355 NSE_0399 NSE_0400     TRUE 0.600 -97.000 0.007 NA   NA
 1260356 1260357 NSE_0401 NSE_0402 ribE-1   TRUE 0.528 181.000 0.011 1.000 N NA
 1260358 1260359 NSE_0403 NSE_0404     FALSE 0.059 177.000 0.000 NA   NA
 1260359 1260360 NSE_0404 NSE_0405     FALSE 0.149 40.000 0.000 NA   NA
 1260360 1260361 NSE_0405 NSE_0406   prfA TRUE 0.528 -7.000 0.000 NA   NA
 1260361 1260362 NSE_0406 NSE_0407 prfA   FALSE 0.441 104.000 0.002 1.000 N NA
 1260362 1260363 NSE_0407 NSE_0408   rpsA TRUE 0.509 101.000 0.003 1.000 N NA
 1260363 1260364 NSE_0408 NSE_0409 rpsA sppA TRUE 0.914 18.000 0.057 1.000 N NA
 1260364 1260365 NSE_0409 NSE_0410 sppA   TRUE 0.556 79.000 0.008 1.000 N NA
 1260367 1260368 NSE_0412 NSE_0413     FALSE 0.069 91.000 0.000 NA   NA
 1260368 1260369 NSE_0413 NSE_0414     FALSE 0.106 48.000 0.000 NA   NA
 1260369 1260370 NSE_0414 NSE_0415   xth FALSE 0.068 93.000 0.000 NA   NA
 1260371 1260372 NSE_0416 NSE_0417     FALSE 0.235 198.000 0.003 1.000   NA
 1260373 1260374 NSE_0418 NSE_0419     FALSE 0.446 11.000 0.000 NA   NA
 1260374 1260375 NSE_0419 NSE_0420     FALSE 0.335 18.000 0.000 NA   NA
 1260375 1260376 NSE_0420 NSE_0421     FALSE 0.161 38.000 0.000 NA   NA
 1260377 1260378 NSE_0422 NSE_0423   ftsH TRUE 0.880 -3.000 0.004 NA   NA
 1260379 1260380 NSE_0424 NSE_0425     TRUE 0.502 -9.000 0.000 NA   NA
 1260380 1260381 NSE_0425 NSE_0426     FALSE 0.100 51.000 0.000 NA   NA
 1260381 1260382 NSE_0426 NSE_0427   ftsA FALSE 0.463 75.000 0.002 1.000 N NA
 1260384 1260385 NSE_0429 NSE_0430 nuoA   TRUE 0.502 -9.000 0.000 NA   NA
 1260385 1260386 NSE_0430 NSE_0431   nuoB FALSE 0.106 48.000 0.000 NA   NA
 1260386 1260387 NSE_0431 NSE_0432 nuoB nuoC TRUE 0.973 16.000 0.328 0.009 Y NA
 1260387 1260388 NSE_0432 NSE_0433 nuoC   TRUE 0.527 7.000 0.000 NA   NA
 1260388 1260389 NSE_0433 NSE_0434   gap FALSE 0.070 71.000 0.000 NA   NA
 1260389 1260390 NSE_0434 NSE_0435 gap   FALSE 0.065 129.000 0.000 NA   NA
 1260390 1260391 NSE_0435 NSE_0436   pgk FALSE 0.131 44.000 0.000 NA   NA
 1260391 1260392 NSE_0436 NSE_0437 pgk   FALSE 0.403 14.000 0.000 NA   NA
 1260394 1260395 NSE_0439 NSE_0440     TRUE 0.843 -34.000 1.000 NA   NA
 1260395 1260396 NSE_0440 NSE_0441     TRUE 0.908 -3.000 0.013 NA   NA
 1260396 1260397 NSE_0441 NSE_0442     FALSE 0.254 249.000 0.000 NA N NA
 1260397 1260398 NSE_0442 NSE_0443   dxr TRUE 0.942 -3.000 0.002 NA N NA
 1260399 1260400 NSE_0444 NSE_0445     TRUE 0.834 4.000 0.002 NA   NA
 1260401 1260402 NSE_0446 NSE_0447     FALSE 0.332 96.000 0.006 1.000   NA
 1260403 1260404 NSE_0448 NSE_0449     FALSE 0.272 92.000 0.003 NA   NA
 1260405 1260406 NSE_0450 NSE_0451     FALSE 0.053 303.000 0.000 NA   NA
 1260406 1260407 NSE_0451 NSE_0452   acpP TRUE 0.872 0.000 0.003 NA   NA
 1260407 1260408 NSE_0452 NSE_0453 acpP fabF TRUE 0.939 1.000 0.106 1.000   NA
 1260408 1260409 NSE_0453 NSE_0454 fabF hemF TRUE 0.808 -67.000 0.004 1.000 N NA
 1260409 1260410 NSE_0454 NSE_0455 hemF   FALSE 0.461 45.000 0.004 1.000   NA
 1260410 1260411 NSE_0455 NSE_0456     FALSE 0.358 176.000 0.022 1.000   NA
 1260411 1260412 NSE_0456 NSE_0457     FALSE 0.077 64.000 0.000 NA   NA
 1260414 1260415 NSE_0459 NSE_0460     FALSE 0.055 214.000 0.000 NA   NA
 1260415 1260416 NSE_0460 NSE_0461     TRUE 0.536 55.000 0.002 1.000 N NA
 1260416 1260417 NSE_0461 NSE_0974     FALSE 0.057 199.000 0.000 NA   NA
 1260417 1260418 NSE_0974 NSE_0462     FALSE 0.281 -32.000 0.000 NA   NA
 1260418 1260419 NSE_0462 NSE_0463   lpdA-1 FALSE 0.059 181.000 0.000 NA   NA
 1260419 1260420 NSE_0463 NSE_0464 lpdA-1   TRUE 0.490 84.000 0.003 1.000 N NA
 1260421 1260422 NSE_0465 NSE_0466 mgtE   FALSE 0.338 172.000 0.020 NA   NA
 1260422 1260423 NSE_0466 NSE_0467     FALSE 0.292 178.000 0.008 NA   NA
 1260423 1260424 NSE_0467 NSE_0468   trmU TRUE 0.516 107.000 0.004 1.000 N NA
 1260425 1260426 NSE_0469 NSE_0470   dnaQ TRUE 0.827 -16.000 0.005 1.000   NA
 1260426 1260427 NSE_0470 NSE_0471 dnaQ   FALSE 0.277 210.000 0.000 1.000 N NA
 1260428 1260429 NSE_0472 NSE_0473   cycM FALSE 0.375 127.000 0.037 NA   NA
 1260429 1260430 NSE_0473 NSE_0474 cycM purN FALSE 0.476 142.000 0.003 1.000 N NA
 1260430 1260431 NSE_0474 NSE_0475 purN pepA TRUE 0.607 60.000 0.012 1.000 N NA
 1260431 1260432 NSE_0475 NSE_0476 pepA   FALSE 0.111 47.000 0.000 NA   NA
 1260435 1260436 NSE_0479 NSE_0480 pstA   TRUE 0.950 7.000 0.008 1.000 N NA
 1260436 1260437 NSE_0480 NSE_0481     TRUE 0.886 13.000 0.176 1.000   NA
 1260439 1260440 NSE_0483 NSE_0484     FALSE 0.066 123.000 0.000 NA   NA
 1260441 1260442 NSE_0485 NSE_0486 folP folK TRUE 0.546 208.000 0.000 0.006 Y NA
 1260443 1260444 NSE_0487 NSE_0488   metK FALSE 0.227 -63.000 0.000 NA   NA
 1260445 1260446 NSE_0489 NSE_0490     FALSE 0.320 19.000 0.000 NA   NA
 1260446 1260447 NSE_0490 NSE_0491     FALSE 0.055 228.000 0.000 NA   NA
 1260447 1260448 NSE_0491 NSE_0492     FALSE 0.360 -22.000 0.000 NA   NA
 1260448 1260449 NSE_0492 NSE_0493   pqqC FALSE 0.278 206.000 0.000 1.000 N NA
 1260449 1260450 NSE_0493 NSE_0494 pqqC   FALSE 0.164 44.000 0.000 1.000   NA
 1260451 1260452 NSE_0495 NSE_0496 htpG   FALSE 0.056 205.000 0.000 NA   NA
 1260453 1260454 NSE_0497 NSE_0498 cutE   TRUE 0.915 -3.000 0.019 NA   NA
 1260456 1260457 NSE_0500 NSE_0501 ligA   TRUE 0.792 16.000 0.000 1.000 N NA
 1260457 1260458 NSE_0501 NSE_0502   carA TRUE 0.809 -19.000 0.000 1.000 N NA
 1260458 1260459 NSE_0502 NSE_0503 carA   TRUE 0.634 24.000 0.002 1.000   NA
 1260459 1260460 NSE_0503 NSE_0504     FALSE 0.285 80.000 0.004 NA   NA
 1260460 1260461 NSE_0504 NSE_0505     FALSE 0.323 179.000 0.016 NA   NA
 1260461 1260462 NSE_0505 NSE_0506   leuS FALSE 0.196 109.000 0.002 NA   NA
 1260465 1260466 NSE_0509 NSE_0510   pyrB TRUE 0.880 -19.000 0.002 1.000 N NA
 1260466 1260467 NSE_0510 NSE_0511 pyrB   FALSE 0.053 550.000 0.000 NA   NA
 1260468 1260469 NSE_0512 NSE_0513     FALSE 0.423 56.000 0.020 NA   NA
 1260469 1260470 NSE_0513 NSE_0514     TRUE 0.927 5.000 0.080 NA   NA
 1260471 1260472 NSE_0515 NSE_0516     FALSE 0.066 125.000 0.000 NA   NA
 1260472 1260473 NSE_0516 NSE_0517     FALSE 0.069 89.000 0.000 NA   NA
 1260474 1260475 NSE_0518 NSE_0519 gltX-1   TRUE 0.898 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1260475 1260476 NSE_0519 NSE_0520   nrdB TRUE 0.879 -7.000 0.000 1.000 N NA
 1260477 1260478 NSE_0521 NSE_0522 nusA infB TRUE 0.956 10.000 0.342 1.000 N NA
 1260478 1260479 NSE_0522 NSE_0523 infB   TRUE 0.925 9.000 0.530 1.000   NA
 1260479 1260480 NSE_0523 NSE_0524     TRUE 0.614 -28.000 0.002 NA   NA
 1260480 1260481 NSE_0524 NSE_0525   guaB FALSE 0.264 196.000 0.000 NA N NA
 1260481 1260482 NSE_0525 NSE_0526 guaB   FALSE 0.067 118.000 0.000 NA   NA
 1260483 1260484 NSE_0527 NSE_0528     TRUE 0.819 20.000 0.199 NA   NA
 1260484 1260485 NSE_0528 NSE_0529     TRUE 0.727 -40.000 0.011 1.000   NA
 1260485 1260486 NSE_0529 NSE_0530   recA FALSE 0.428 39.000 0.002 1.000   NA
 1260487 1260488 NSE_0531 NSE_0532     FALSE 0.086 55.000 0.000 NA   NA
 1260489 1260490 NSE_0533 NSE_0534     FALSE 0.062 147.000 0.000 NA   NA
 1260493 1260494 NSE_0537 NSE_0538 ileS pyrE TRUE 0.955 3.000 0.004 1.000 N NA
 1260494 1260495 NSE_0538 NSE_0539 pyrE   FALSE 0.306 164.000 0.008 NA   NA
 1260496 1260497 NSE_0540 NSE_0541 ffh   TRUE 0.784 7.000 0.002 NA   NA
 1260497 1260498 NSE_0541 NSE_0542     TRUE 0.916 -3.000 0.019 NA   NA
 1260498 1260499 NSE_0542 NSE_0543     TRUE 0.912 6.000 0.019 NA   NA
 1260499 1260500 NSE_0543 NSE_0544   fabK FALSE 0.406 118.000 0.065 1.000   NA
 1260502 1260503 NSE_0546 NSE_0547 rrmJ tmk TRUE 0.831 -28.000 0.002 NA N NA
 1260503 1260504 NSE_0547 NSE_0548 tmk sucB FALSE 0.276 211.000 0.000 1.000 N NA
 1260507 1260508 NSE_0551 NSE_0552     FALSE 0.060 170.000 0.000 NA   NA
 1260508 1260509 NSE_0552 NSE_0553   dnaB FALSE 0.239 -49.000 0.000 NA   NA
 1260510 1260511 NSE_0554 NSE_0555     FALSE 0.063 141.000 0.000 NA   NA
 1260511 1260512 NSE_0555 NSE_0556   rluC FALSE 0.131 44.000 0.000 NA   NA
 1260512 1260513 NSE_0556 NSE_0557 rluC   FALSE 0.326 -25.000 0.000 NA   NA
 1260513 1260514 NSE_0557 NSE_0558   trxB FALSE 0.197 32.000 0.000 NA   NA
 1260514 1260515 NSE_0558 NSE_0559 trxB   TRUE 0.981 7.000 0.024 1.000 Y NA
 1260515 1260516 NSE_0559 NSE_0560   ndk FALSE 0.423 154.000 0.002 1.000 N NA
 1260519 1260520 NSE_0563 NSE_0564     FALSE 0.384 109.000 0.047 NA   NA
 1260521 1260522 NSE_0565 NSE_0566   nuoD FALSE 0.344 66.000 0.007 NA   NA
 1260522 1260523 NSE_0566 NSE_0567 nuoD   FALSE 0.068 80.000 0.000 NA   NA
 1260523 1260524 NSE_0567 NSE_0568     FALSE 0.053 383.000 0.000 NA   NA
 1260524 1260525 NSE_0568 NSE_0569   serS FALSE 0.246 77.000 0.003 NA   NA
 1260525 1260526 NSE_0569 NSE_0570 serS miaA TRUE 0.526 218.000 0.000 1.000 Y NA
 1260526 1260527 NSE_0570 NSE_0571 miaA   TRUE 0.835 14.000 0.014 NA   NA
 1260530 1260531 NSE_0574 NSE_0575 ruvA ruvB TRUE 0.787 277.000 0.549 0.004 Y NA
 1260534 1260535 NSE_0578 NSE_0579 sucA   FALSE 0.441 185.000 0.003 NA N NA
 1260535 1260536 NSE_0579 NSE_0580     TRUE 0.884 -3.000 0.004 NA   NA
 1260536 1260537 NSE_0580 NSE_0581     TRUE 0.901 -3.000 0.005 1.000   NA
 1260537 1260538 NSE_0581 NSE_0582     FALSE 0.054 254.000 0.000 NA   NA
 1260538 1260539 NSE_0582 NSE_0583   rpsD FALSE 0.465 10.000 0.000 NA   NA
 1260540 1260541 NSE_0584 NSE_0585     FALSE 0.068 77.000 0.000 NA   NA
 1260541 1260542 NSE_0585 NSE_0586     FALSE 0.067 101.000 0.000 NA   NA
 1260543 1260544 NSE_0587 NSE_0588 folE atpG TRUE 0.928 -16.000 0.008 1.000 N NA
 1260548 1260549 NSE_0592 NSE_0593 glpX   FALSE 0.072 69.000 0.000 NA   NA
 1260549 1260550 NSE_0593 NSE_0594   topA FALSE 0.063 144.000 0.000 NA   NA
 1260550 1260551 NSE_0594 NSE_0595 topA   FALSE 0.161 38.000 0.000 NA   NA
 1260551 1260552 NSE_0595 NSE_0596     FALSE 0.086 55.000 0.000 NA   NA
 1260555 1260556 NSE_0599 NSE_0600   acnA FALSE 0.096 52.000 0.000 NA   NA
 1260557 1260558 NSE_0601 NSE_0602     FALSE 0.063 144.000 0.000 NA   NA
 1260558 1260559 NSE_0602 NSE_0603     FALSE 0.320 19.000 0.000 NA   NA
 1260560 1260561 NSE_0604 NSE_0605 prfB   FALSE 0.055 223.000 0.000 NA   NA
 1260563 1260564 NSE_0607 NSE_0608     TRUE 0.595 3.000 0.000 NA   NA
 1260564 1260565 NSE_0608 NSE_0609   mutL FALSE 0.056 210.000 0.000 NA   NA
 1260565 1260566 NSE_0609 NSE_0610 mutL   TRUE 0.683 -25.000 0.002 NA   NA
 1260567 1260568 NSE_0611 NSE_0612   bioB FALSE 0.299 -28.000 0.000 NA   NA
 1260569 1260570 NSE_0613 NSE_0614 bioF   TRUE 0.577 -3.000 0.000 NA   NA
 1260571 1260572 NSE_0615 NSE_0616 bioC   FALSE 0.197 32.000 0.000 NA   NA
 1260573 1260574 NSE_0617 NSE_0618 bioD bioA TRUE 0.755 200.000 0.051 0.005 Y NA
 1260574 1260575 NSE_0618 NSE_0619 bioA   FALSE 0.057 198.000 0.000 NA   NA
 1260575 1260576 NSE_0619 NSE_0620     FALSE 0.065 129.000 0.000 NA   NA
 1260576 1260577 NSE_0620 NSE_0621     FALSE 0.055 221.000 0.000 NA   NA
 1260577 1260578 NSE_0621 NSE_0622   ctaD TRUE 0.953 29.000 0.741 0.004 Y NA
 1260578 1260579 NSE_0622 NSE_0623 ctaD cyoE TRUE 0.955 10.000 0.153 0.057 N NA
 1260579 1260580 NSE_0623 NSE_0624 cyoE petA TRUE 0.909 15.000 0.005 1.000 N NA
 1260580 1260581 NSE_0624 NSE_0625 petA petB TRUE 0.982 -7.000 0.024 0.004 Y NA
 1260581 1260582 NSE_0625 NSE_0626 petB petC TRUE 0.983 10.000 0.630 0.004 Y NA
 1260582 1260583 NSE_0626 NSE_0627 petC secD TRUE 0.590 57.000 0.006 1.000 N NA
 1260586 1260587 NSE_0630 NSE_0631 fabH   FALSE 0.149 40.000 0.000 NA   NA
 1260587 1260588 NSE_0631 NSE_0632   plsX FALSE 0.054 256.000 0.000 NA   NA
 1260588 1260589 NSE_0632 NSE_0633 plsX rpmF TRUE 0.776 46.000 0.418 1.000 N NA
 1260589 1260590 NSE_0633 NSE_0634 rpmF   FALSE 0.096 52.000 0.000 NA   NA
 1260590 1260591 NSE_0634 NSE_0635     FALSE 0.078 63.000 0.000 NA   NA
 1260591 1260592 NSE_0635 NSE_0636   nuoE FALSE 0.070 243.000 0.000 1.000   NA
 1260592 1260593 NSE_0636 NSE_0637 nuoE   TRUE 0.842 -15.000 0.005 1.000   NA
 1260594 1260595 NSE_0638 NSE_0639     FALSE 0.077 64.000 0.000 NA   NA
 1260595 1260596 NSE_0639 NSE_0640   hup FALSE 0.062 149.000 0.000 NA   NA
 1260596 1260597 NSE_0640 NSE_0641 hup   TRUE 0.561 41.000 0.016 NA   NA
 1260598 1260599 NSE_0642 NSE_0643 groEL groES TRUE 0.987 0.000 0.079 0.014 Y NA
 1260599 1260600 NSE_0643 NSE_0644 groES   FALSE 0.366 147.000 0.020 1.000   NA
 1260600 1260601 NSE_0644 NSE_0645     TRUE 0.922 0.000 0.013 1.000   NA
 1260608 1260609 NSE_0652 NSE_0653     FALSE 0.083 56.000 0.000 NA   NA
 1260611 1260612 NSE_0655 NSE_0656     FALSE 0.054 274.000 0.000 NA   NA
 1260612 1260613 NSE_0656 NSE_0657     FALSE 0.053 306.000 0.000 NA   NA
 1260614 1260615 NSE_0658 NSE_0659     FALSE 0.405 152.000 0.200 NA   NA
 1260615 1260616 NSE_0659 NSE_0660     FALSE 0.054 255.000 0.000 NA   NA
 1260616 1260617 NSE_0660 NSE_0661     FALSE 0.067 118.000 0.000 NA   NA
 1260619 1260620 NSE_0663 NSE_0664 fabZ   TRUE 0.892 7.000 0.014 NA   NA
 1260620 1260621 NSE_0664 NSE_0665   fabG FALSE 0.257 190.000 0.003 1.000   NA
 1260623 1260624 NSE_0667 NSE_0668 rnhA   FALSE 0.068 430.000 0.000 1.000   NA
 1260624 1260625 NSE_0668 NSE_0669   greA FALSE 0.364 54.000 0.004 1.000   NA
 1260626 1260627 NSE_0670 NSE_0671   lpdA-2 FALSE 0.067 101.000 0.000 NA   NA
 1260628 1260629 NSE_0672 NSE_0673   typA FALSE 0.231 108.000 0.002 NA   NA
 1260629 1260630 NSE_0673 NSE_0674 typA   TRUE 0.528 -7.000 0.000 NA   NA
 1260632 1260633 NSE_0676 NSE_0677   rpoC TRUE 0.707 36.000 0.002 1.000 N NA
 1260633 1260634 NSE_0677 NSE_0678 rpoC rpoB TRUE 0.596 55.000 0.851 0.002   NA
 1260634 1260635 NSE_0678 NSE_0679 rpoB rplL TRUE 0.695 37.000 0.223 1.000   NA
 1260635 1260636 NSE_0679 NSE_0680 rplL rplJ TRUE 0.917 42.000 0.884 1.000 Y NA
 1260636 1260637 NSE_0680 NSE_0681 rplJ rplA TRUE 0.977 12.000 0.302 1.000 Y NA
 1260637 1260638 NSE_0681 NSE_0682 rplA rplK TRUE 0.991 2.000 0.838 0.045 Y NA
 1260638 1260639 NSE_0682 NSE_0683 rplK   TRUE 0.859 29.000 0.038 1.000 N NA
 1260639 1260640 NSE_0683 NSE_0684   secE TRUE 0.866 5.000 0.002 1.000   NA
 1260640 1260641 NSE_0684 NSE_0685 secE   TRUE 0.566 6.000 0.000 NA   NA
 1260641 1260642 NSE_0685 NSE_0686   tuf TRUE 0.566 6.000 0.000 NA   NA
 1260642 1260643 NSE_0686 NSE_0687 tuf fusA TRUE 0.936 31.000 0.102 0.002 Y NA
 1260643 1260644 NSE_0687 NSE_0688 fusA rpsG TRUE 0.981 9.000 0.114 1.000 Y NA
 1260644 1260645 NSE_0688 NSE_0689 rpsG rpsL TRUE 0.980 12.000 0.620 0.009 Y NA
 1260645 1260646 NSE_0689 NSE_0690 rpsL recG TRUE 0.515 67.000 0.003 1.000 N NA
 1260647 1260648 NSE_0691 NSE_0692 nuoM nuoN TRUE 0.988 -3.000 0.453 0.007 Y NA
 1260648 1260649 NSE_0692 NSE_0693 nuoN   FALSE 0.273 227.000 0.000 1.000 N NA
 1260649 1260650 NSE_0693 NSE_0694     TRUE 0.747 177.000 0.024 1.000 Y NA
 1260650 1260651 NSE_0694 NSE_0695     FALSE 0.054 292.000 0.000 NA   NA
 1260653 1260654 NSE_0697 NSE_0698     TRUE 0.979 -10.000 0.178 NA Y NA
 1260654 1260655 NSE_0698 NSE_0699     TRUE 0.957 -7.000 0.014 0.008 N NA
 1260657 1260658 NSE_0701 NSE_0702 rnhB   TRUE 0.599 2.000 0.000 NA   NA
 1260658 1260659 NSE_0702 NSE_0703     FALSE 0.076 65.000 0.000 NA   NA
 1260659 1260660 NSE_0703 NSE_0704     FALSE 0.055 239.000 0.000 NA   NA
 1260660 1260661 NSE_0704 NSE_0705     FALSE 0.068 79.000 0.000 NA   NA
 1260661 1260662 NSE_0705 NSE_0706     FALSE 0.155 39.000 0.000 NA   NA
 1260663 1260664 NSE_0707 NSE_0708 gidA   TRUE 0.856 0.000 0.002 NA   NA
 1260665 1260666 NSE_0709 NSE_0710     FALSE 0.312 91.000 0.005 NA   NA
 1260666 1260667 NSE_0710 NSE_0711     FALSE 0.266 396.000 0.000 1.000 N NA
 1260667 1260668 NSE_0711 NSE_0712   recJ FALSE 0.266 493.000 0.000 1.000 N NA
 1260673 1260674 NSE_0717 NSE_0718 trmE   TRUE 0.877 4.000 0.003 1.000   NA
 1260674 1260675 NSE_0718 NSE_0719     TRUE 0.985 4.000 0.016 1.000 Y NA
 1260675 1260676 NSE_0719 NSE_0720     FALSE 0.278 208.000 0.000 1.000 N NA
 1260676 1260677 NSE_0720 NSE_0721   gyrB TRUE 0.670 28.000 0.000 1.000 N NA
 1260677 1260678 NSE_0721 NSE_0722 gyrB   FALSE 0.061 151.000 0.000 NA   NA
 1260679 1260680 NSE_0723 NSE_0724 bcp   FALSE 0.446 169.000 0.002 1.000 N NA
 1260680 1260681 NSE_0724 NSE_0725     FALSE 0.395 -19.000 0.000 NA   NA
 1260681 1260682 NSE_0725 NSE_0726   gmk FALSE 0.257 26.000 0.000 NA   NA
 1260683 1260684 NSE_0727 NSE_0728     FALSE 0.060 166.000 0.000 NA   NA
 1260684 1260685 NSE_0728 NSE_0729     FALSE 0.292 21.000 0.000 NA   NA
 1260687 1260688 NSE_0731 NSE_0732     FALSE 0.360 -22.000 0.000 NA   NA
 1260688 1260689 NSE_0732 NSE_0733   eno TRUE 0.893 0.000 0.003 1.000   NA
 1260691 1260692 NSE_0735 NSE_0736     TRUE 0.566 6.000 0.000 NA   NA
 1260692 1260693 NSE_0736 NSE_0737   gltX-2 FALSE 0.370 16.000 0.000 NA   NA
 1260693 1260694 NSE_0737 NSE_0738 gltX-2   FALSE 0.301 96.000 0.004 1.000   NA
 1260694 1260695 NSE_0738 NSE_0739   virD4 FALSE 0.073 194.000 0.000 1.000   NA
 1260695 1260696 NSE_0739 NSE_0740 virD4 virB11 TRUE 0.939 31.000 0.405 1.000 Y NA
 1260696 1260697 NSE_0740 NSE_0741 virB11 virB10 TRUE 0.987 6.000 0.452 1.000 Y NA
 1260697 1260698 NSE_0741 NSE_0742 virB10 virB9-2 TRUE 0.985 7.000 0.526 NA Y NA
 1260698 1260699 NSE_0742 NSE_0743 virB9-2 virB8-2 TRUE 0.981 -13.000 0.579 NA Y NA
 1260699 1260700 NSE_0743 NSE_0744 virB8-2   FALSE 0.131 44.000 0.000 NA   NA
 1260700 1260701 NSE_0744 NSE_0745   ribA FALSE 0.082 57.000 0.000 NA   NA
 1260704 1260705 NSE_0748 NSE_0749     FALSE 0.058 183.000 0.000 NA   NA
 1260705 1260706 NSE_0749 NSE_0750     TRUE 0.566 6.000 0.000 NA   NA
 1260706 1260707 NSE_0750 NSE_0751     FALSE 0.229 29.000 0.000 NA   NA
 1260707 1260708 NSE_0751 NSE_0752   clpP TRUE 0.985 7.000 0.351 1.000 Y NA
 1260708 1260709 NSE_0752 NSE_0753 clpP clpX TRUE 0.978 -16.000 0.352 1.000 Y NA
 1260712 1260713 NSE_0756 NSE_0757 glyS glyQ TRUE 0.987 -7.000 0.651 0.002 Y NA
 1260713 1260714 NSE_0757 NSE_0758 glyQ   TRUE 0.745 36.000 0.003 1.000 N NA
 1260716 1260717 NSE_0760 NSE_0761     TRUE 0.828 16.000 0.015 1.000   NA
 1260717 1260718 NSE_0761 NSE_0762   atpC TRUE 0.924 4.000 0.018 1.000   NA
 1260718 1260719 NSE_0762 NSE_0763 atpC atpD TRUE 0.913 1.000 0.005 0.010   NA
 1260719 1260720 NSE_0763 NSE_0764 atpD   FALSE 0.080 58.000 0.000 NA   NA
 1260720 1260721 NSE_0764 NSE_0765     FALSE 0.299 -28.000 0.000 NA   NA
 1260721 1260722 NSE_0765 NSE_0766   virB4-1 TRUE 0.908 -9.000 0.133 NA   NA
 1260722 1260723 NSE_0766 NSE_0767 virB4-1   TRUE 0.481 -10.000 0.000 NA   NA
 1260723 1260724 NSE_0767 NSE_0768     FALSE 0.249 -42.000 0.000 NA   NA
 1260724 1260725 NSE_0768 NSE_0769     FALSE 0.068 78.000 0.000 NA   NA
 1260725 1260726 NSE_0769 NSE_0770   virB2 FALSE 0.249 -42.000 0.000 NA   NA
 1260726 1260727 NSE_0770 NSE_0771 virB2 lepA FALSE 0.058 186.000 0.000 NA   NA
 1260729 1260730 NSE_0773 NSE_0774 lysS   FALSE 0.232 -52.000 0.000 NA   NA
 1260730 1260731 NSE_0774 NSE_0775     FALSE 0.053 464.000 0.000 NA   NA
 1260731 1260732 NSE_0775 NSE_0776     FALSE 0.068 92.000 0.000 NA   NA
 1260732 1260733 NSE_0776 NSE_0777   moeB FALSE 0.061 154.000 0.000 NA   NA
 1260733 1260734 NSE_0777 NSE_0778 moeB   FALSE 0.248 27.000 0.000 NA   NA
 1260736 1260737 NSE_0780 NSE_0781   hisS FALSE 0.197 32.000 0.000 NA   NA
 1260737 1260738 NSE_0781 NSE_0782 hisS   TRUE 0.891 -19.000 0.003 NA N NA
 1260738 1260739 NSE_0782 NSE_0783     FALSE 0.324 83.000 0.007 NA   NA
 1260742 1260743 NSE_0786 NSE_0787     FALSE 0.072 69.000 0.000 NA   NA
 1260743 1260744 NSE_0787 NSE_0788     TRUE 0.902 15.000 1.000 NA   NA
 1260744 1260745 NSE_0788 NSE_0789     TRUE 0.479 163.000 1.000 NA   NA
 1260746 1260747 NSE_0790 NSE_0791 hemH   FALSE 0.309 136.000 0.007 NA   NA
 1260747 1260748 NSE_0791 NSE_0792   rpsT FALSE 0.224 72.000 0.002 NA   NA
 1260750 1260751 NSE_0794 NSE_0795     FALSE 0.057 194.000 0.000 NA   NA
 1260752 1260753 NSE_0796 NSE_0797 pccB   FALSE 0.335 114.000 0.010 NA   NA
 1260753 1260754 NSE_0797 NSE_0798     FALSE 0.368 178.000 0.087 NA   NA
 1260755 1260756 NSE_0799 NSE_0800 ispG   FALSE 0.334 52.000 0.002 1.000   NA
 1260756 1260757 NSE_0800 NSE_0801     FALSE 0.208 -73.000 0.000 NA   NA
 1260757 1260758 NSE_0801 NSE_0802   pdhA FALSE 0.428 -16.000 0.000 NA   NA
 1260758 1260759 NSE_0802 NSE_0975 pdhA rrfC FALSE 0.335 18.000 0.000 NA   NA
 1260759 1260760 NSE_0975 NSE_0976 rrfC rrlB FALSE 0.079 59.000 0.000 NA   NA
 1260760 1260761 NSE_0976 NSE_0805 rrlB   FALSE 0.090 54.000 0.000 NA   NA
 1260762 1260763 NSE_0806 NSE_0807 ubiA   TRUE 0.920 -3.000 0.018 1.000   NA
 1260763 1260764 NSE_0807 NSE_0808     FALSE 0.364 102.000 0.013 1.000   NA
 1260765 1260766 NSE_0809 NSE_0810     FALSE 0.053 330.000 0.000 NA   NA
 1260766 1260767 NSE_0810 NSE_0811   smpB TRUE 0.527 7.000 0.000 NA   NA
 1260769 1260770 NSE_0813 NSE_0814     FALSE 0.068 92.000 0.000 NA   NA
 1260770 1260771 NSE_0814 NSE_0815   pccA FALSE 0.354 138.000 0.014 1.000   NA
 1260771 1260772 NSE_0815 NSE_0816 pccA prs TRUE 0.887 -28.000 0.014 1.000 N NA
 1260772 1260773 NSE_0816 NSE_0817 prs   FALSE 0.294 166.000 0.000 1.000 N NA
 1260774 1260775 NSE_0818 NSE_0819     FALSE 0.320 19.000 0.000 NA   NA
 1260775 1260776 NSE_0819 NSE_0820     FALSE 0.071 70.000 0.000 NA   NA
 1260776 1260777 NSE_0820 NSE_0821   folD TRUE 0.829 -16.000 0.000 1.000 N NA
 1260781 1260782 NSE_0825 NSE_0826   hemA FALSE 0.433 12.000 0.000 NA   NA
 1260783 1260784 NSE_0827 NSE_0828 rpsU   FALSE 0.325 77.000 0.005 1.000   NA
 1260784 1260785 NSE_0828 NSE_0829     TRUE 0.908 2.000 0.005 1.000   NA
 1260788 1260789 NSE_0832 NSE_0833 miaB   FALSE 0.053 363.000 0.000 NA   NA
 1260791 1260792 NSE_0835 NSE_0836     FALSE 0.069 91.000 0.000 NA   NA
 1260793 1260794 NSE_0837 NSE_0838     FALSE 0.068 94.000 0.000 NA   NA
 1260794 1260795 NSE_0838 NSE_0839   rpsI FALSE 0.068 97.000 0.000 NA   NA
 1260795 1260796 NSE_0839 NSE_0840 rpsI rplM TRUE 0.988 3.000 0.231 0.042 Y NA
 1260796 1260797 NSE_0840 NSE_0841 rplM   FALSE 0.473 33.000 0.002 1.000   NA
 1260797 1260798 NSE_0841 NSE_0842     TRUE 0.915 1.000 0.012 NA   NA
 1260798 1260799 NSE_0842 NSE_0843   sodB TRUE 0.546 36.000 0.004 NA   NA
 1260800 1260801 NSE_0844 NSE_0845     TRUE 0.847 19.000 0.002 1.000 N NA
 1260801 1260802 NSE_0845 NSE_0846     TRUE 0.604 189.000 0.182 0.052 N NA
 1260804 1260805 NSE_0848 NSE_0849     FALSE 0.061 154.000 0.000 NA   NA
 1260805 1260806 NSE_0849 NSE_0850   argD TRUE 0.843 -15.000 0.000 1.000 N NA
 1260807 1260808 NSE_0851 NSE_0852   purC TRUE 0.499 139.000 0.004 1.000 N NA
 1260809 1260810 NSE_0853 NSE_0854 ribE-2 lgt FALSE 0.465 103.000 0.002 1.000 N NA
 1260812 1260813 NSE_0856 NSE_0857 rpmH rnpA TRUE 0.933 -9.000 0.787 1.000   NA
 1260813 1260814 NSE_0857 NSE_0858 rnpA   TRUE 0.940 6.000 0.540 NA   NA
 1260815 1260816 NSE_0859 NSE_0860     TRUE 0.816 -70.000 1.000 0.004   NA
 1260816 1260817 NSE_0860 NSE_0861     TRUE 0.980 11.000 0.400 0.004 Y NA
 1260817 1260818 NSE_0861 NSE_0862   virB6 TRUE 0.864 17.000 0.182 0.004   NA
 1260818 1260819 NSE_0862 NSE_0863 virB6 virB4-2 TRUE 0.947 -3.000 0.579 1.000   NA
 1260819 1260820 NSE_0863 NSE_0864 virB4-2 virB3 TRUE 0.989 3.000 0.789 NA Y NA
 1260820 1260821 NSE_0864 NSE_0865 virB3   FALSE 0.250 333.000 0.000 NA N NA
 1260821 1260822 NSE_0865 NSE_0866     TRUE 0.515 129.000 1.000 1.000   NA
 1260822 1260823 NSE_0866 NSE_0867     TRUE 0.878 18.000 1.000 NA   NA
 1260823 1260824 NSE_0867 NSE_0868     FALSE 0.465 10.000 0.000 NA   NA
 1260825 1260826 NSE_0869 NSE_0870     FALSE 0.257 26.000 0.000 NA   NA
 1260826 1260827 NSE_0870 NSE_0871     FALSE 0.220 -67.000 0.000 NA   NA
 1260827 1260828 NSE_0871 NSE_0872     FALSE 0.084 126.000 0.000 1.000   NA
 1260828 1260829 NSE_0872 NSE_0873     FALSE 0.086 324.000 0.000 0.004   NA
 1260829 1260830 NSE_0873 NSE_0874     FALSE 0.054 250.000 0.000 NA   NA
 1260830 1260831 NSE_0874 NSE_0875     TRUE 0.566 6.000 0.000 NA   NA
 1260831 1260832 NSE_0875 NSE_0876   secG FALSE 0.289 61.000 0.002 0.051   NA
 1260832 1260833 NSE_0876 NSE_0877 secG pyrG TRUE 0.960 -7.000 0.083 1.000 N NA
 1260836 1260837 NSE_0880 NSE_0881   maf TRUE 0.921 -10.000 0.003 NA N NA
 1260837 1260838 NSE_0881 NSE_0882 maf infA TRUE 0.770 34.000 0.005 NA N NA
 1260838 1260839 NSE_0882 NSE_0883 infA   TRUE 0.603 52.000 1.000 NA   NA
 1260840 1260841 NSE_0884 NSE_0885     TRUE 0.893 22.000 0.057 1.000 N NA
 1260841 1260842 NSE_0885 NSE_0886     FALSE 0.199 -88.000 0.000 NA   NA
 1260843 1260844 NSE_0887 NSE_0888 guaA   FALSE 0.427 132.000 0.002 1.000 N NA
 1260845 1260846 NSE_0889 NSE_0890     FALSE 0.435 16.000 0.000 1.000   NA
 1260846 1260847 NSE_0890 NSE_0891   gpmI FALSE 0.092 69.000 0.000 1.000   NA
 1260850 1260851 NSE_0894 NSE_0895 trxA rplS TRUE 0.908 10.000 0.002 1.000 N NA
 1260851 1260852 NSE_0895 NSE_0896 rplS trmD TRUE 0.957 24.000 0.567 1.000 Y NA
 1260852 1260853 NSE_0896 NSE_0897 trmD rpmA TRUE 0.944 16.000 0.002 1.000 Y NA
 1260853 1260854 NSE_0897 NSE_0898 rpmA rplU TRUE 0.886 49.000 0.667 0.041 Y NA
 1260854 1260855 NSE_0898 NSE_0899 rplU recR FALSE 0.456 112.000 0.002 1.000 N NA
 1260856 1260857 NSE_0900 NSE_0901     TRUE 0.504 272.000 0.000 NA Y NA
 1260857 1260858 NSE_0901 NSE_0902     FALSE 0.053 396.000 0.000 NA   NA
 1260860 1260861 NSE_0904 NSE_0905     FALSE 0.058 186.000 0.000 NA   NA
 1260862 1260863 NSE_0906 NSE_0907     FALSE 0.056 206.000 0.000 NA   NA
 1260867 1260868 NSE_0911 NSE_0912     FALSE 0.370 16.000 0.000 NA   NA
 1260868 1260869 NSE_0912 NSE_0913     TRUE 0.794 -22.000 0.008 NA   NA
 1260869 1260870 NSE_0913 NSE_0914     TRUE 0.954 3.000 0.598 0.005   NA
 1260870 1260871 NSE_0914 NSE_0915   lspA TRUE 0.859 13.000 0.013 0.021   NA
 1260871 1260872 NSE_0915 NSE_0916 lspA   TRUE 0.970 2.000 0.029 0.021 N NA
 1260874 1260875 NSE_0918 NSE_0919 rnc   TRUE 0.799 -9.000 0.002 NA   NA
 1260875 1260876 NSE_0919 NSE_0920     TRUE 0.599 2.000 0.000 NA   NA
 1260876 1260877 NSE_0920 NSE_0921   mraW FALSE 0.055 227.000 0.000 NA   NA
 1260877 1260878 NSE_0921 NSE_0922 mraW   FALSE 0.222 131.000 0.002 1.000   NA
 1260878 1260879 NSE_0922 NSE_0923     FALSE 0.298 95.000 0.004 1.000   NA
 1260881 1260882 NSE_0925 NSE_0926     TRUE 0.542 99.000 1.000 0.005   NA
 1260882 1260883 NSE_0926 NSE_0927     FALSE 0.129 50.000 0.000 1.000   NA
 1260883 1260884 NSE_0927 NSE_0928     FALSE 0.209 31.000 0.000 NA   NA
 1260886 1260887 NSE_0930 NSE_0931     FALSE 0.076 65.000 0.000 NA   NA
 1260888 1260889 NSE_0932 NSE_0933     FALSE 0.274 -34.000 0.000 NA   NA
 1260889 1260890 NSE_0933 NSE_0934     TRUE 0.528 -7.000 0.000 NA   NA
 1260890 1260891 NSE_0934 NSE_0935     FALSE 0.343 71.000 0.007 1.000   NA
 1260891 1260892 NSE_0935 NSE_0936     TRUE 0.535 128.000 0.007 1.000 N NA
 1260892 1260893 NSE_0936 NSE_0937     TRUE 0.938 -16.000 0.070 NA N NA
 1260895 1260896 NSE_0939 NSE_0940     TRUE 0.601 138.000 0.091 1.000 N NA
 1260896 1260897 NSE_0940 NSE_0941     TRUE 0.895 5.000 0.005 NA   NA
 1260898 1260899 NSE_0942 NSE_0943     FALSE 0.067 106.000 0.000 NA   NA
 1260899 1260900 NSE_0943 NSE_0944   uppS TRUE 0.481 -10.000 0.000 NA   NA
 1260900 1260901 NSE_0944 NSE_0945 uppS frr TRUE 0.972 -3.000 0.409 1.000 N NA
 1260901 1260902 NSE_0945 NSE_0946 frr pyrH TRUE 0.952 13.000 0.626 1.000 N NA
 1260902 1260903 NSE_0946 NSE_0947 pyrH tsf TRUE 0.966 7.000 0.416 1.000 N NA
 1260903 1260904 NSE_0947 NSE_0948 tsf rpsB TRUE 0.960 23.000 0.748 1.000 Y NA
 1260904 1260905 NSE_0948 NSE_0949 rpsB   FALSE 0.070 71.000 0.000 NA   NA
 1260906 1260907 NSE_0950 NSE_0951 ubiE   TRUE 0.577 -3.000 0.000 NA   NA
 1260907 1260908 NSE_0951 NSE_0952     FALSE 0.111 47.000 0.000 NA   NA
 1260908 1260909 NSE_0952 NSE_0953   pdhC FALSE 0.054 259.000 0.000 NA   NA
 1260909 1260910 NSE_0953 NSE_0954 pdhC   TRUE 0.481 197.000 0.007 NA N NA
 1260911 1260912 NSE_0955 NSE_0956 ruvC mdh TRUE 0.487 90.000 0.002 1.000 N NA
 1260913 1260914 NSE_0957 NSE_0958 dut gyrA FALSE 0.268 295.000 0.000 1.000 N NA
 1260915 1260916 NSE_0959 NSE_0960 era fabD FALSE 0.285 67.000 0.003 1.000   NA
 1260916 1260917 NSE_0960 NSE_0961 fabD dnaG FALSE 0.472 78.000 0.002 1.000 N NA
 1260917 1260918 NSE_0961 NSE_0962 dnaG acpS TRUE 0.673 41.000 0.002 1.000 N NA
 1260923 1260924 NSE_0967 NSE_0968   hemE FALSE 0.053 407.000 0.000 NA   NA
 1260924 1260925 NSE_0968 NSE_0969 hemE nadA TRUE 0.784 50.000 0.002 1.000 Y NA
 1260926 1260927 NSE_0970 NSE_0971 coaD   TRUE 0.844 4.000 0.002 NA   NA