MicrobesOnline Operon Predictions for Pseudomonas fluorescens Pf-5

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
870638	870639	PFL_0001	PFL_0002	dnaA	dnaN	TRUE	0.936	39.000	0.328	1.000	Y	0.529
870639	870640	PFL_0002	PFL_0003	dnaN	recF	TRUE	0.951	21.000	0.318	1.000	Y	0.232
870640	870641	PFL_0003	PFL_0004	recF	gyrB	TRUE	0.992	5.000	0.249	0.004	Y	-0.379
870641	870642	PFL_0004	PFL_0005	gyrB		FALSE	0.000	339.000	0.000	NA		-0.512
870642	870643	PFL_0005	PFL_0006			FALSE	0.287	152.000	0.000	NA		0.983
870643	870644	PFL_0006	PFL_0007			TRUE	0.957	-18.000	0.000	NA		0.987
870646	870647	PFL_0009	PFL_0010			TRUE	0.876	19.000	0.345	NA		0.118
870648	870649	PFL_0011	PFL_0012			FALSE	0.490	84.000	0.310	1.000	N	-0.622
870649	870650	PFL_0012	PFL_0013		glyS	TRUE	0.748	18.000	0.123	1.000	N	0.334
870650	870651	PFL_0013	PFL_0014	glyS	glyQ	TRUE	0.999	-3.000	0.651	0.000	Y	0.230
870652	870653	PFL_0015	PFL_0016	tag		FALSE	0.028	43.000	0.017	1.000	N	-0.725
870653	870654	PFL_0016	PFL_0017			TRUE	0.627	73.000	0.053	NA		0.837
870655	870656	PFL_0018	PFL_0019			FALSE	0.007	125.000	0.000	1.000		-0.286
870656	870657	PFL_0019	PFL_0020		sun	TRUE	0.757	23.000	0.122	1.000	N	0.513
870657	870658	PFL_0020	PFL_0021	sun	fmt	TRUE	0.997	-3.000	0.305	1.000	Y	0.454
870658	870659	PFL_0021	PFL_0022	fmt	def	TRUE	0.890	70.000	0.105	0.016	Y	0.447
870660	870661	PFL_0023	PFL_0024		dprA	FALSE	0.011	100.000	0.033	1.000		-0.592
870661	870662	PFL_0024	PFL_0025	dprA		FALSE	0.188	55.000	0.004	NA	N	0.446
870664	870665	PFL_0027	PFL_0028	hemF	aroE	TRUE	0.640	94.000	0.093	1.000	N	0.955
870666	870667	PFL_0029	PFL_0030			TRUE	0.586	101.000	0.259	0.092	N	-0.097
870667	870668	PFL_0030	PFL_0031		betC	TRUE	0.859	18.000	0.218	1.000	N	0.523
870672	870673	PFL_0035	PFL_0036		trpA	FALSE	0.047	122.000	0.011	NA		0.138
870673	870674	PFL_0036	PFL_0037	trpA	trpB	TRUE	0.999	0.000	0.344	0.000	Y	0.947
870677	870678	PFL_0040	PFL_0041			FALSE	0.405	135.000	0.049	NA		0.906
870680	870681	PFL_0043	PFL_0044	osmC		FALSE	0.138	157.000	0.026	NA		0.636
870682	870683	PFL_0045	PFL_0046			TRUE	0.866	43.000	0.333	NA		0.689
870685	870686	PFL_0048	PFL_0049			TRUE	0.743	29.000	0.016	1.000		0.876
870687	870688	PFL_0050	PFL_0051	prlC		TRUE	0.993	-3.000	0.173	NA		0.897
870690	870691	PFL_0053	PFL_0054			TRUE	0.997	3.000	0.895	0.000		0.170
870691	870692	PFL_0054	PFL_0055			TRUE	0.969	13.000	0.579	0.068	N	-0.359
870694	870695	PFL_0057	PFL_0058			FALSE	0.013	268.000	0.000	1.000	N	0.666
870695	870696	PFL_0058	PFL_0059			TRUE	0.841	92.000	0.241	1.000	Y	0.643
870696	870697	PFL_0059	PFL_0060			FALSE	0.027	246.000	0.069	NA		0.354
870697	870698	PFL_0060	PFL_0061			FALSE	0.000	326.000	0.000	NA		-0.412
870698	870699	PFL_0061	PFL_0062			TRUE	0.963	83.000	0.741	0.003	Y	0.212
870699	870700	PFL_0062	PFL_0063			TRUE	0.629	100.000	0.268	1.000	N	0.667
870700	870701	PFL_0063	PFL_0064			TRUE	0.840	34.000	0.536	1.000	N	-0.262
870703	870704	PFL_0066	PFL_0067			TRUE	0.871	56.000	0.722	NA		0.027
870704	870705	PFL_0067	PFL_0068			TRUE	0.943	11.000	0.255	NA		0.381
870705	870706	PFL_0068	PFL_0069			TRUE	0.991	-12.000	0.321	1.000	Y	0.096
870706	870707	PFL_0069	PFL_0070			TRUE	0.954	-3.000	0.099	1.000		-0.251
870708	870709	PFL_0071	PFL_0072			TRUE	0.960	60.000	0.867	NA	Y	0.319
870709	870710	PFL_0072	PFL_0073			TRUE	0.999	0.000	0.469	1.000	Y	0.869
870712	870713	PFL_0075	PFL_0076		psaC	TRUE	0.671	38.000	0.037	1.000		0.764
870713	870714	PFL_0076	PFL_0077	psaC		TRUE	0.998	-7.000	0.755	1.000	Y	0.345
870714	870715	PFL_0077	PFL_0078			TRUE	0.994	0.000	0.309	NA	Y	-0.158
870717	870718	PFL_0080	PFL_0081	thrB		TRUE	0.714	66.000	0.204	NA		0.578
870721	870722	PFL_0084	PFL_0085			FALSE	0.181	198.000	0.088	1.000	N	0.874
870722	870723	PFL_0085	PFL_0086			TRUE	0.952	13.000	0.162	NA		0.894
870723	870724	PFL_0086	PFL_0087			TRUE	0.990	-3.000	0.147	NA		0.772
870724	870725	PFL_0087	PFL_0088			FALSE	0.415	102.000	0.350	1.000	N	-0.926
870725	870726	PFL_0088	PFL_0089			TRUE	0.609	77.000	0.200	NA	N	0.509
870727	870728	PFL_0090	PFL_0091	kinB	algB	TRUE	0.991	11.000	0.455	0.035	Y	-0.113
870729	870730	PFL_0092	PFL_0093			FALSE	0.274	82.000	0.070	NA		-0.010
870730	870731	PFL_0093	PFL_0094			TRUE	0.880	15.000	0.140	NA		0.603
870731	870732	PFL_0094	PFL_0095		gltT	FALSE	8.54787993370826e-05	746.000	0.000	NA		-0.721
870732	870733	PFL_0095	PFL_0096	gltT		FALSE	0.052	177.000	0.047	1.000		0.050
870734	870735	PFL_0097	PFL_0098			TRUE	0.994	-3.000	0.201	NA		0.907
870735	870736	PFL_0098	PFL_0099			TRUE	0.996	2.000	0.650	NA	Y	-0.168
870736	870737	PFL_0099	PFL_0100			TRUE	0.997	-3.000	0.491	NA	Y	0.181
870737	870738	PFL_0100	PFL_0101			FALSE	0.325	55.000	0.075	NA		-0.248
870738	870739	PFL_0101	PFL_0102			FALSE	0.165	168.000	0.109	NA		0.373
870739	870740	PFL_0102	PFL_0103			TRUE	0.821	57.000	0.600	1.000		-0.323
870740	870741	PFL_0103	PFL_0104			FALSE	0.044	217.000	0.000	1.000	Y	-0.950
870741	870742	PFL_0104	PFL_0105			TRUE	0.686	68.000	0.085	0.085	N	0.525
870744	870745	PFL_0107	PFL_0108			TRUE	0.993	-3.000	0.647	NA		-0.375
870745	870746	PFL_0108	PFL_0109			TRUE	0.950	28.000	0.727	NA		0.644
870746	870747	PFL_0109	PFL_0110			TRUE	0.730	104.000	0.800	NA		-0.238
870747	870748	PFL_0110	PFL_0111			FALSE	9.68010069242974e-05	640.000	0.000	NA		-0.811
870748	870749	PFL_0111	PFL_0112		abfT-1	FALSE	0.016	320.000	0.000	NA		0.838
870749	870750	PFL_0112	PFL_0113	abfT-1	pntB	FALSE	0.510	180.000	0.077	1.000	Y	0.896
870750	870751	PFL_0113	PFL_0114	pntB	pntAB	TRUE	0.997	0.000	0.144	0.001		0.978
870751	870752	PFL_0114	PFL_0115	pntAB	pntAA	TRUE	0.993	16.000	0.829	0.001		0.931
870752	870753	PFL_0115	PFL_0116	pntAA	gcvA	FALSE	0.000	452.000	0.000	NA	N	0.238
870754	870755	PFL_0117	PFL_0118	gcdH		TRUE	0.785	14.000	0.143	1.000	N	-0.022
870755	870756	PFL_0118	PFL_0119		rrsA	FALSE	0.003	647.000	0.000	NA		NA
870756	870757	PFL_0119	PFL_0120	rrsA		FALSE	0.194	124.000	0.000	NA		NA
870757	870758	PFL_0120	PFL_0121			TRUE	0.826	11.000	0.000	NA		NA
870758	870759	PFL_0121	PFL_0122		rrlA	FALSE	0.028	234.000	0.000	NA		NA
870759	3829842	PFL_0122	PFL_r01	rrlA		FALSE	0.190	127.000	0.000	NA		NA
3829842	870760	PFL_r01	PFL_0123		rrfA	FALSE	0.245	103.000	0.000	NA		NA
870761	870762	PFL_0124	PFL_0125			TRUE	0.571	72.000	0.147	NA		0.404
870762	870763	PFL_0125	PFL_0126			TRUE	0.962	22.000	0.160	NA	Y	0.893
870763	870764	PFL_0126	PFL_0127			TRUE	0.992	6.000	0.444	NA	N	0.998
870767	870768	PFL_0130	PFL_0131			TRUE	0.841	15.000	0.273	NA		-0.502
870769	870770	PFL_0132	PFL_0133			FALSE	0.109	162.000	0.097	NA		-0.063
870771	870772	PFL_0134	PFL_0135			TRUE	0.681	39.000	0.053	1.000	N	0.781
870772	870773	PFL_0135	PFL_0136			TRUE	0.992	-10.000	0.447	0.085	N	0.476
870773	870774	PFL_0136	PFL_0137			FALSE	0.000	284.000	0.000	1.000	N	-0.297
870774	870775	PFL_0137	PFL_0138			TRUE	0.919	28.000	0.647	NA	N	0.409
870775	870776	PFL_0138	PFL_0139		nrtC-1	TRUE	0.993	6.000	0.553	NA	Y	0.131
870776	870777	PFL_0139	PFL_0140	nrtC-1		TRUE	0.980	34.000	0.795	1.000	Y	0.692
870777	870778	PFL_0140	PFL_0141			FALSE	0.001	216.000	0.000	NA	N	-0.699
870778	870779	PFL_0141	PFL_0142			FALSE	0.343	177.000	0.400	NA		0.389
870779	870780	PFL_0142	PFL_0143			TRUE	0.888	15.000	0.385	1.000		-0.608
870780	870781	PFL_0143	PFL_0144			TRUE	0.994	-3.000	0.423	1.000	N	0.642
870781	870782	PFL_0144	PFL_0145			FALSE	0.483	41.000	0.000	1.000	N	0.730
870782	870783	PFL_0145	PFL_0146			TRUE	0.997	-3.000	0.400	NA	N	0.982
870783	870784	PFL_0146	PFL_0147			TRUE	0.657	99.000	0.000	NA	Y	0.815
870785	870786	PFL_0148	PFL_0149			TRUE	0.782	-30.000	0.000	NA		0.489
870787	870788	PFL_0150	PFL_0151			FALSE	0.009	110.000	0.000	NA		-0.028
870788	870789	PFL_0151	PFL_0152			TRUE	0.958	15.000	0.600	NA		0.403
870789	870790	PFL_0152	PFL_0153			FALSE	0.147	65.000	0.000	NA		0.274
870790	870791	PFL_0153	PFL_0154			FALSE	0.000	414.000	0.000	NA		-0.036
870791	870792	PFL_0154	PFL_0155			TRUE	0.987	-3.000	0.444	NA		-0.809
870792	870793	PFL_0155	PFL_0156			TRUE	0.995	-3.000	0.353	NA		0.766
870793	870794	PFL_0156	PFL_0157			TRUE	0.995	-3.000	0.529	NA		0.568
870794	870795	PFL_0157	PFL_0158			TRUE	0.998	-3.000	0.800	1.000	N	0.764
870795	870796	PFL_0158	PFL_0159			FALSE	0.030	39.000	0.000	NA		-0.233
870796	870797	PFL_0159	PFL_0160			FALSE	0.326	-6.000	0.000	NA		-0.274
870797	870798	PFL_0160	PFL_0161			FALSE	0.000	276.000	0.000	NA		-0.264
870798	870799	PFL_0161	PFL_0162			TRUE	0.948	15.000	0.696	1.000		-0.442
870799	870800	PFL_0162	PFL_0163		icaA	TRUE	0.987	4.000	0.435	1.000		0.455
870800	870801	PFL_0163	PFL_0164	icaA		TRUE	0.993	0.000	0.462	NA		0.421
870801	870802	PFL_0164	PFL_0165			FALSE	0.000	486.000	0.000	NA		0.037
870802	870803	PFL_0165	PFL_0166			TRUE	0.588	28.000	0.000	NA		0.721
870804	870805	PFL_0167	PFL_0168			FALSE	0.000	3388.000	0.000	NA		0.194
870806	870807	PFL_0169	PFL_0170			TRUE	0.990	-22.000	0.364	NA		0.967
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872124	872125	PFL_1488	PFL_1489			FALSE	0.227	17.000	0.000	NA		0.165
872125	872126	PFL_1489	PFL_1490		cynS	FALSE	0.157	188.000	0.000	1.000	Y	0.238
872126	872127	PFL_1490	PFL_1491	cynS		TRUE	0.756	37.000	0.000	1.000	Y	0.446
872130	872131	PFL_1494	PFL_1495		rnd	FALSE	0.016	123.000	0.004	1.000	N	0.151
872131	872132	PFL_1495	PFL_1496	rnd		TRUE	0.990	-3.000	0.073	NA		0.923
872132	872133	PFL_1496	PFL_1497			FALSE	0.038	197.000	0.056	NA		0.061
872135	872136	PFL_1499	PFL_1500			FALSE	0.348	46.000	0.034	NA		0.257
872137	872138	PFL_1501	PFL_1502			FALSE	0.105	83.000	0.034	NA		-0.128
872138	872139	PFL_1502	PFL_1503			FALSE	0.052	198.000	0.034	1.000		0.453
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872254	872255	PFL_1619	PFL_1620			FALSE	0.182	122.000	0.000	1.000	N	0.718
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872256	872257	PFL_1621	PFL_1622			FALSE	0.124	97.000	0.000	NA		0.420
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872281	872282	PFL_1646	PFL_1647		fliL	FALSE	0.159	191.000	0.075	1.000	Y	-0.757
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872283	872284	PFL_1648	PFL_1649	fliM	fliN	TRUE	0.989	56.000	0.741	0.001	Y	0.852
872284	872285	PFL_1649	PFL_1650	fliN	fliO	TRUE	0.998	1.000	0.443	1.000	Y	0.756
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872288	872289	PFL_1653	PFL_1654	fliR	flhB	TRUE	0.986	4.000	0.129	1.000	Y	0.338
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872291	872292	PFL_1656	PFL_1657			TRUE	0.982	6.000	0.154	NA		0.943
872292	872293	PFL_1657	PFL_1658			TRUE	0.998	0.000	0.385	NA	Y	0.837
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872297	872298	PFL_1662	PFL_1663			FALSE	0.174	101.000	0.000	NA		0.561
872298	872299	PFL_1663	PFL_1664		flhA	FALSE	0.005	145.000	0.000	NA		-0.759
872299	872300	PFL_1664	PFL_1665	flhA	flhF	TRUE	0.985	12.000	0.178	1.000	Y	0.894
872300	872301	PFL_1665	PFL_1666	flhF		TRUE	0.651	128.000	0.241	1.000	N	0.946
872301	872302	PFL_1666	PFL_1667			TRUE	0.997	-3.000	0.482	1.000	N	0.980
872302	872303	PFL_1667	PFL_1668			FALSE	0.533	166.000	0.283	1.000	N	0.952
872303	872304	PFL_1668	PFL_1669			TRUE	0.963	31.000	0.516	1.000	Y	0.465
872304	872305	PFL_1669	PFL_1670		cheA	TRUE	0.966	13.000	0.341	1.000	Y	-0.558
872305	872306	PFL_1670	PFL_1671	cheA		TRUE	0.956	48.000	0.327	0.013	Y	0.381
872306	872307	PFL_1671	PFL_1672		motA	TRUE	0.995	0.000	0.153	1.000	Y	0.623
872307	872308	PFL_1672	PFL_1673	motA		TRUE	0.993	3.000	0.248	1.000	Y	0.374
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872309	872310	PFL_1674	PFL_1675			TRUE	0.715	85.000	0.454	1.000		0.081
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872470	872471	PFL_1835	PFL_1836	fadA6	fadB	TRUE	0.959	26.000	0.600	1.000	Y	-0.227
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872980	872981	PFL_2345	PFL_2346		qor	FALSE	6.95479287621497e-05	1079.000	0.000	NA		-0.728
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873221	873222	PFL_2586	PFL_2587			TRUE	0.590	131.000	0.086	1.000	Y	0.553
873222	873223	PFL_2587	PFL_2588			TRUE	0.997	-3.000	0.199	1.000	Y	0.743
873223	873224	PFL_2588	PFL_2589			TRUE	0.841	37.000	0.013	NA	Y	0.753
873224	873225	PFL_2589	PFL_2590		ilvB	FALSE	0.313	58.000	0.047	NA	N	0.312
873225	873226	PFL_2590	PFL_2591	ilvB		TRUE	0.819	35.000	0.140	1.000		0.778
873226	873227	PFL_2591	PFL_2592			FALSE	0.027	214.000	0.000	NA		0.576
873227	873228	PFL_2592	PFL_2593			TRUE	0.690	42.000	0.000	NA		0.938
873228	873229	PFL_2593	PFL_2594			TRUE	0.958	67.000	0.750	NA	Y	0.559
873229	873230	PFL_2594	PFL_2595		rbsC	TRUE	0.905	32.000	0.500	1.000		0.491
873230	873231	PFL_2595	PFL_2596	rbsC	dksA	FALSE	0.000	426.000	0.000	1.000		-0.499
873231	873232	PFL_2596	PFL_2597	dksA		FALSE	0.405	160.000	0.020	1.000	Y	0.712
873232	873233	PFL_2597	PFL_2598			FALSE	0.526	122.000	0.088	NA		0.924
873234	873235	PFL_2599	PFL_2600			FALSE	0.000	526.000	0.000	NA		-0.434
873236	873237	PFL_2601	PFL_2602			TRUE	0.995	0.000	0.375	NA		0.864
873237	873238	PFL_2602	PFL_2603			FALSE	0.420	137.000	0.250	NA		0.444
873239	873240	PFL_2604	PFL_2605			TRUE	0.768	88.000	0.600	NA		0.179
873240	873241	PFL_2605	PFL_2606			FALSE	0.002	654.000	0.000	NA		0.629
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873242	873243	PFL_2607	PFL_2608			TRUE	0.999	-3.000	0.937	0.071	Y	0.552
873243	873244	PFL_2608	PFL_2609		mnhD	TRUE	0.999	-3.000	0.944	1.000	Y	0.554
873244	873245	PFL_2609	PFL_2610	mnhD		TRUE	1.000	-3.000	0.976	0.003	Y	0.658
873245	873246	PFL_2610	PFL_2611			TRUE	0.999	0.000	0.881	0.003	Y	0.370
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873254	873255	PFL_2619	PFL_2620	livG	livH	TRUE	0.998	0.000	0.917	1.000	Y	0.100
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873285	873286	PFL_2650	PFL_2651		citE	TRUE	0.644	165.000	0.500	1.000	N	0.912
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873291	873292	PFL_2656	PFL_2657	potD-3		FALSE	0.009	107.000	0.000	1.000	N	-0.580
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873302	873303	PFL_2667	PFL_2668			FALSE	0.008	116.000	0.000	NA		-0.148
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873324	873325	PFL_2689	PFL_2690		katG	FALSE	0.001	214.000	0.000	1.000		-0.193
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873337	873338	PFL_2702	PFL_2703		noxB-1	TRUE	0.689	74.000	0.400	1.000		-0.282
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873345	873346	PFL_2710	PFL_2711		fad-1	FALSE	8.10794945012904e-05	792.000	0.000	1.000	N	-0.048
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873392	873393	PFL_2757	PFL_2758		pilC	TRUE	0.999	0.000	0.653	0.002	Y	0.784
873393	873394	PFL_2758	PFL_2759	pilC		FALSE	0.004	548.000	0.000	NA	N	0.774
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873400	873401	PFL_2765	PFL_2766			FALSE	0.101	170.000	0.000	NA		NA
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873406	873407	PFL_2771	PFL_2772			FALSE	0.229	148.000	0.000	NA		0.863
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873409	873410	PFL_2774	PFL_2775			FALSE	0.007	204.000	0.000	NA		0.146
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873577	873578	PFL_2942	PFL_2943	fadA2	fadD-2	TRUE	0.898	20.000	0.045	1.000	Y	0.576
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875156	875157	PFL_4521	PFL_4522		acsA	FALSE	0.005	604.000	0.000	1.000	N	0.862
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875504	875505	PFL_4868	PFL_4869	glpK	glpR	FALSE	0.297	96.000	0.055	1.000	N	0.516
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875506	875507	PFL_4870	PFL_4871			FALSE	0.000	365.000	0.000	1.000	N	-0.281
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875512	875513	PFL_4876	PFL_4877		glpM	TRUE	0.736	19.000	0.085	NA		0.437
875513	875514	PFL_4877	PFL_4878	glpM		FALSE	0.007	178.000	0.000	NA		0.079
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876020	876021	PFL_5384	PFL_5385			FALSE	0.190	109.000	0.122	1.000	N	-0.268
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876852	876853	PFL_6216	PFL_6217	atpD	atpG	TRUE	0.992	28.000	0.724	0.001	Y	0.751
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876854	876855	PFL_6218	PFL_6219	atpA	atpH	TRUE	0.993	22.000	0.864	0.001	Y	0.597
876855	876856	PFL_6219	PFL_6220	atpH	atpF	TRUE	0.990	13.000	0.242	0.001	Y	0.645
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876864	876865	PFL_6228	PFL_6229		trmE	FALSE	0.006	312.000	0.000	0.059		-0.592
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876866	876867	PFL_6230	PFL_6231		rpmH	FALSE	0.001	659.000	0.000	1.000		0.207