MicrobesOnline Operon Predictions for Mycobacterium marinum M

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5929659 5929660 MMAR_0001 MMAR_0002 dnaA dnaN FALSE 0.053 541.000 0.328 1.000 Y NA
 5929660 5929661 MMAR_0002 MMAR_0003 dnaN recF TRUE 0.957 21.000 0.318 1.000 Y NA
 5929661 5929662 MMAR_0003 MMAR_0004 recF   TRUE 0.979 -3.000 0.099 NA   NA
 5929662 5929663 MMAR_0004 MMAR_0005   gyrB FALSE 0.021 210.000 0.022 NA   NA
 5929663 5929664 MMAR_0005 MMAR_0006 gyrB gyrA TRUE 0.959 40.000 0.306 0.001 Y NA
 5929664 5929665 MMAR_0006 MMAR_0007 gyrA   FALSE 0.200 84.000 0.009 NA   NA
 5929665 5929666 MMAR_0007 MMAR_5487   ileT FALSE 0.183 61.000 0.000 NA   NA
 5929666 5929667 MMAR_5487 MMAR_5488 ileT alaT FALSE 0.028 161.000 0.000 NA   NA
 5929667 5929668 MMAR_5488 MMAR_0008 alaT   FALSE 0.048 137.000 0.000 NA   NA
 5929669 5929670 MMAR_0009 MMAR_0010     FALSE 0.094 111.000 0.000 NA   NA
 5929672 5929673 MMAR_0012 MMAR_0013     FALSE 0.097 156.000 0.181 NA   NA
 5929674 5929675 MMAR_0014 MMAR_0015   trpG FALSE 0.574 38.000 0.098 NA   NA
 5929676 5929677 MMAR_0016 MMAR_0017 pknB pknA TRUE 0.999 -3.000 0.426 0.004 Y NA
 5929677 5929678 MMAR_0017 MMAR_0018 pknA pbpA TRUE 0.994 -3.000 0.574 1.000 N NA
 5929678 5929679 MMAR_0018 MMAR_0019 pbpA rodA TRUE 0.986 -3.000 0.250 1.000 N NA
 5929679 5929680 MMAR_0019 MMAR_0020 rodA pstP TRUE 0.979 -3.000 0.145 1.000 N NA
 5929680 5929681 MMAR_0020 MMAR_0021 pstP   TRUE 0.997 -3.000 0.216 NA Y NA
 5929681 5929682 MMAR_0021 MMAR_0022     FALSE 0.122 134.000 0.069 NA   NA
 5929683 5929684 MMAR_5489 MMAR_0023 leuT   FALSE 0.003 421.000 0.000 NA   NA
 5929684 5929685 MMAR_0023 MMAR_0024     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5929686 5929687 MMAR_0025 MMAR_0026     TRUE 0.928 -19.000 0.000 NA   NA
 5929687 5929688 MMAR_0026 MMAR_0027   thyA_1 FALSE 0.528 14.000 0.000 NA   NA
 5929688 5929689 MMAR_0027 MMAR_0028 thyA_1   FALSE 0.147 78.000 0.000 NA   NA
 5929689 5929690 MMAR_0028 MMAR_0029     TRUE 0.851 0.000 0.000 NA   NA
 5929690 5929691 MMAR_0029 MMAR_0030     FALSE 0.001 964.000 0.000 NA   NA
 5929693 5929694 MMAR_0032 MMAR_0033     TRUE 0.909 6.000 0.045 0.016 N NA
 5929694 5929695 MMAR_0033 MMAR_0034   proV_1 TRUE 0.998 -3.000 0.083 0.054 Y NA
 5929695 5929696 MMAR_0034 MMAR_0035 proV_1   TRUE 0.998 -7.000 0.138 0.054 Y NA
 5929700 5929701 MMAR_0039 MMAR_0040     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5929701 5929702 MMAR_0040 MMAR_0041   whiB5 FALSE 0.086 114.000 0.000 NA   NA
 5929703 5929704 MMAR_0042 MMAR_0043     TRUE 0.995 -3.000 0.600 NA   NA
 5929704 5929705 MMAR_0043 MMAR_0044     TRUE 0.996 -3.000 0.750 NA   NA
 5929705 5929706 MMAR_0044 MMAR_0045     TRUE 0.796 75.000 1.000 NA   NA
 5929706 5929707 MMAR_0045 MMAR_0046     TRUE 0.824 43.000 0.600 NA   NA
 5929707 5929708 MMAR_0046 MMAR_0047     TRUE 0.997 -3.000 0.800 NA   NA
 5929708 5929709 MMAR_0047 MMAR_0048     FALSE 0.010 228.000 0.000 NA   NA
 5929709 5929710 MMAR_0048 MMAR_0049     TRUE 0.778 88.000 1.000 NA   NA
 5929710 5929711 MMAR_0049 MMAR_0050     FALSE 0.231 50.000 0.000 NA   NA
 5929712 5929713 MMAR_0051 MMAR_0052     TRUE 0.911 3.000 0.174 NA   NA
 5929715 5929716 MMAR_0054 MMAR_0055     FALSE 0.426 41.000 0.016 NA   NA
 5929716 5929717 MMAR_0055 MMAR_0056   mtc28 TRUE 0.760 85.000 0.875 NA   NA
 5929719 5929720 MMAR_0058 MMAR_0059     FALSE 0.530 41.000 0.039 1.000   NA
 5929720 5929721 MMAR_0059 MMAR_0060     FALSE 0.455 57.000 0.207 1.000 N NA
 5929721 5929722 MMAR_0060 MMAR_0061   glnQ TRUE 0.999 -3.000 0.538 1.000 Y NA
 5929722 5929723 MMAR_0061 MMAR_0062 glnQ   FALSE 0.387 82.000 0.231 1.000 N NA
 5929723 5929724 MMAR_0062 MMAR_0063     FALSE 0.397 111.000 0.412 NA N NA
 5929724 5929725 MMAR_0063 MMAR_0064     TRUE 0.654 32.000 0.235 NA N NA
 5929725 5929726 MMAR_0064 MMAR_0065   ino1 TRUE 0.687 91.000 0.059 NA Y NA
 5929726 5929727 MMAR_0065 MMAR_0066 ino1   TRUE 0.685 62.000 0.608 NA N NA
 5929727 5929728 MMAR_0066 MMAR_0067     FALSE 0.085 156.000 0.122 NA   NA
 5929729 5929730 MMAR_0068 MMAR_0069   ponA1 FALSE 0.009 458.000 0.200 NA   NA
 5929730 5929731 MMAR_0069 MMAR_0070 ponA1   TRUE 0.984 -3.000 0.204 NA   NA
 5929731 5929732 MMAR_0070 MMAR_0071     TRUE 0.933 0.000 0.061 NA   NA
 5929732 5929733 MMAR_0071 MMAR_0072   rpsF FALSE 0.094 124.000 0.002 NA   NA
 5929733 5929734 MMAR_0072 MMAR_0073 rpsF ssb FALSE 0.202 92.000 0.029 1.000 N NA
 5929734 5929735 MMAR_0073 MMAR_0074 ssb rpsR1 FALSE 0.375 46.000 0.030 1.000 N NA
 5929735 5929736 MMAR_0074 MMAR_0075 rpsR1 rplI TRUE 0.961 43.000 0.499 0.014 Y NA
 5929736 5929737 MMAR_0075 MMAR_0076 rplI dnaB FALSE 0.003 534.000 0.012 1.000 N NA
 5929737 5929738 MMAR_0076 MMAR_0077 dnaB   FALSE 0.140 105.000 0.000 1.000   NA
 5929738 5929739 MMAR_0077 MMAR_0078     FALSE 0.008 243.000 0.000 NA   NA
 5929739 5929740 MMAR_0078 MMAR_0079     FALSE 0.217 52.000 0.000 NA   NA
 5929741 5929742 MMAR_0080 MMAR_0081 coxL_2 coxM_2 TRUE 0.998 -3.000 0.133 0.001 Y NA
 5929742 5929743 MMAR_0081 MMAR_0082 coxM_2 coxS_2 TRUE 0.995 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5929743 5929744 MMAR_0082 MMAR_0083 coxS_2   TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000   NA
 5929745 5929746 MMAR_0084 MMAR_0085     FALSE 0.126 111.000 0.000 1.000   NA
 5929751 5929752 MMAR_0090 MMAR_0091     FALSE 0.595 42.000 0.000 0.053   NA
 5929754 5929755 MMAR_0093 MMAR_0094 ermB mmpL5_3 FALSE 0.351 90.000 0.000 0.054   NA
 5929755 5929756 MMAR_0094 MMAR_0095 mmpL5_3 mmpS5_3 TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5929757 5929758 MMAR_0096 MMAR_0097     TRUE 0.851 0.000 0.000 NA   NA
 5929758 5929759 MMAR_0097 MMAR_0098     FALSE 0.027 163.000 0.000 NA   NA
 5929759 5929760 MMAR_0098 MMAR_0099     TRUE 0.997 -3.000 0.000 0.011 Y NA
 5929760 5929761 MMAR_0099 MMAR_0100     FALSE 0.131 48.000 0.000 NA N NA
 5929761 5929762 MMAR_0100 MMAR_0101     FALSE 0.017 148.000 0.000 NA N NA
 5929762 5929763 MMAR_0101 MMAR_0102     TRUE 0.997 -3.000 0.000 0.011 Y NA
 5929763 5929764 MMAR_0102 MMAR_0103     FALSE 0.478 18.000 0.000 NA   NA
 5929764 5929765 MMAR_0103 MMAR_0104     FALSE 0.183 61.000 0.000 NA   NA
 5929766 5929767 MMAR_0105 MMAR_0106     FALSE 0.013 207.000 0.000 NA   NA
 5929768 5929769 MMAR_0107 MMAR_0108 celA   FALSE 0.059 142.000 0.000 1.000   NA
 5929769 5929770 MMAR_0108 MMAR_0109     FALSE 0.085 115.000 0.000 NA   NA
 5929770 5929771 MMAR_0109 MMAR_0110     FALSE 0.028 161.000 0.000 NA   NA
 5929774 5929775 MMAR_0113 MMAR_0115     FALSE 0.003 371.000 0.000 NA   NA
 5929775 5929776 MMAR_0115 MMAR_0116     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5929776 5929777 MMAR_0116 MMAR_0117     TRUE 0.983 1.000 0.667 NA   NA
 5929777 5929778 MMAR_0117 MMAR_0118     FALSE 0.004 346.000 0.000 NA   NA
 5929779 5929780 MMAR_0119 MMAR_0120     FALSE 0.074 133.000 0.000 1.000   NA
 5929780 5929781 MMAR_0120 MMAR_0121     FALSE 0.038 162.000 0.000 1.000   NA
 5929786 5929787 MMAR_0126 MMAR_0127   adhD_1 FALSE 0.163 70.000 0.000 NA   NA
 5929787 5929788 MMAR_0127 MMAR_0128 adhD_1   FALSE 0.367 135.000 0.000 1.000 Y NA
 5929788 5929789 MMAR_0128 MMAR_0129     TRUE 0.707 9.000 0.000 1.000   NA
 5929789 5929790 MMAR_0129 MMAR_0130     TRUE 0.998 -3.000 0.800 0.012   NA
 5929790 5929791 MMAR_0130 MMAR_0131     TRUE 0.993 0.000 0.600 0.005   NA
 5929794 5929795 MMAR_0134 MMAR_0135     FALSE 0.612 10.000 0.000 NA   NA
 5929795 5929796 MMAR_0135 MMAR_0136     FALSE 0.029 159.000 0.000 NA   NA
 5929796 5929797 MMAR_0136 MMAR_0137     FALSE 0.217 52.000 0.000 NA   NA
 5929798 5929799 MMAR_0138 MMAR_0139   fadE6_1 FALSE 0.043 156.000 0.000 1.000   NA
 5929799 5929800 MMAR_0139 MMAR_0140 fadE6_1   TRUE 0.721 8.000 0.000 1.000   NA
 5929802 5929803 MMAR_0142 MMAR_0143 ltp1_1   TRUE 0.904 31.000 0.750 NA   NA
 5929803 5929804 MMAR_0143 MMAR_0144     FALSE 0.127 96.000 0.000 NA   NA
 5929804 5929805 MMAR_0144 MMAR_0145     TRUE 0.670 31.000 0.182 NA   NA
 5929807 5929808 MMAR_0147 MMAR_0148     FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5929808 5929809 MMAR_0148 MMAR_0149   fadE25_2 FALSE 0.136 69.000 0.000 1.000 N NA
 5929809 5929810 MMAR_0149 MMAR_0150 fadE25_2   FALSE 0.612 29.000 0.100 1.000 N NA
 5929810 5929811 MMAR_0150 MMAR_0151   eis1 FALSE 0.264 54.000 0.000 1.000   NA
 5929811 5929812 MMAR_0151 MMAR_0152 eis1   FALSE 0.045 140.000 0.000 NA   NA
 5929813 5929814 MMAR_0153 MMAR_0154     FALSE 0.323 59.000 0.038 NA   NA
 5929815 5929816 MMAR_0155 MMAR_0156 fadE36_1 fadE2_1 FALSE 0.469 19.000 0.000 NA   NA
 5929816 5929817 MMAR_0156 MMAR_0157 fadE2_1 cyaA FALSE 0.057 123.000 0.000 1.000 N NA
 5929817 5929818 MMAR_0157 MMAR_0158 cyaA icd2 FALSE 0.070 114.000 0.000 1.000 N NA
 5929818 5929819 MMAR_0158 MMAR_0159 icd2   FALSE 0.002 677.000 0.000 NA   NA
 5929819 5929820 MMAR_0159 MMAR_0160     TRUE 0.934 -10.000 0.000 NA   NA
 5929820 5929821 MMAR_0160 MMAR_0161     TRUE 0.946 12.000 0.667 NA   NA
 5929822 5929823 MMAR_0162 MMAR_0163     TRUE 0.938 -7.000 0.000 NA   NA
 5929823 5929824 MMAR_0163 MMAR_0164     TRUE 0.949 0.000 0.087 1.000   NA
 5929824 5929825 MMAR_0164 MMAR_0165     TRUE 0.968 -3.000 0.040 1.000 N NA
 5929825 5929826 MMAR_0165 MMAR_0166   gabT_2 TRUE 0.912 0.000 0.040 1.000 N NA
 5929826 5929827 MMAR_0166 MMAR_0167 gabT_2   TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.017 Y NA
 5929827 5929828 MMAR_0167 MMAR_0168     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5929828 5929829 MMAR_0168 MMAR_0169     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 5929829 5929830 MMAR_0169 MMAR_0170     TRUE 0.889 12.000 0.333 NA   NA
 5929830 5929831 MMAR_0170 MMAR_0171     TRUE 0.989 -25.000 0.400 NA   NA
 5929831 5929832 MMAR_0171 MMAR_0172     TRUE 0.995 -3.000 0.400 0.091   NA
 5929832 5929833 MMAR_0172 MMAR_0173     TRUE 0.936 16.000 0.667 1.000   NA
 5929833 5929834 MMAR_0173 MMAR_0174   pks16_1 TRUE 0.993 9.000 1.000 1.000 Y NA
 5929834 5929835 MMAR_0174 MMAR_0175 pks16_1 yrbE6A TRUE 0.992 10.000 1.000 NA Y NA
 5929835 5929836 MMAR_0175 MMAR_0176 yrbE6A yrbE6B TRUE 0.996 2.000 1.000 NA Y NA
 5929836 5929837 MMAR_0176 MMAR_0177 yrbE6B mce6A TRUE 0.993 3.000 0.667 NA Y NA
 5929837 5929838 MMAR_0177 MMAR_0178 mce6A mce6B TRUE 0.977 19.000 0.667 NA Y NA
 5929838 5929839 MMAR_0178 MMAR_0179 mce6B mce6C TRUE 0.999 -7.000 1.000 0.012 Y NA
 5929839 5929840 MMAR_0179 MMAR_0180 mce6C mce6D TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.012 Y NA
 5929840 5929841 MMAR_0180 MMAR_0181 mce6D mce6E TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 5929841 5929842 MMAR_0181 MMAR_0182 mce6E mce6F TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 5929842 5929843 MMAR_0182 MMAR_0183 mce6F   FALSE 0.002 686.000 0.000 NA   NA
 5929843 5929844 MMAR_0183 MMAR_0184     FALSE 0.002 841.000 0.000 NA   NA
 5929844 5929845 MMAR_0184 MMAR_0185     FALSE 0.141 84.000 0.000 NA   NA
 5929845 5929846 MMAR_0185 MMAR_0186     FALSE 0.196 57.000 0.000 NA   NA
 5929846 5929847 MMAR_0186 MMAR_0187   esxB_1 FALSE 0.105 105.000 0.000 NA   NA
 5929847 5929848 MMAR_0187 MMAR_0188 esxB_1 esxA_1 TRUE 0.757 37.000 0.333 NA   NA
 5929848 5929849 MMAR_0188 MMAR_0189 esxA_1 esxA_3 FALSE 0.009 233.000 0.000 NA   NA
 5929849 5929850 MMAR_0189 MMAR_0190 esxA_3   FALSE 0.008 250.000 0.000 NA   NA
 5929850 5929851 MMAR_0190 MMAR_0191     FALSE 0.086 114.000 0.000 NA   NA
 5929851 5929852 MMAR_0191 MMAR_0193     FALSE 0.003 407.000 0.000 NA   NA
 5929852 5929853 MMAR_0193 MMAR_0194     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5929853 5929854 MMAR_0194 MMAR_0195   esxB_2 FALSE 0.187 60.000 0.000 NA   NA
 5929854 5929855 MMAR_0195 MMAR_0196 esxB_2 esxA_2 TRUE 0.771 34.000 0.333 NA   NA
 5929855 5929856 MMAR_0196 MMAR_0197 esxA_2   FALSE 0.281 44.000 0.000 NA   NA
 5929856 5929857 MMAR_0197 MMAR_0198     TRUE 0.650 8.000 0.000 NA   NA
 5929857 5929858 MMAR_0198 MMAR_0199     TRUE 0.726 4.000 0.000 NA   NA
 5929858 5929859 MMAR_0199 MMAR_0200     FALSE 0.086 114.000 0.000 NA   NA
 5929860 5929861 MMAR_0201 MMAR_0202     FALSE 0.152 75.000 0.000 NA   NA
 5929862 5929863 MMAR_0203 MMAR_0204     FALSE 0.141 84.000 0.000 NA   NA
 5929864 5929865 MMAR_0205 MMAR_0207   sdaA FALSE 0.108 118.000 0.000 1.000   NA
 5929865 5929866 MMAR_0207 MMAR_0208 sdaA glyA2 TRUE 0.997 -3.000 0.118 1.000 Y NA
 5929866 5929867 MMAR_0208 MMAR_0209 glyA2 gcvH_1 TRUE 0.996 -3.000 0.081 1.000 Y NA
 5929867 5929868 MMAR_0209 MMAR_0210 gcvH_1 gcvT_1 TRUE 0.911 47.000 0.056 0.002 Y NA
 5929868 5929869 MMAR_0210 MMAR_0211 gcvT_1 gcvB_1 TRUE 0.963 18.000 0.032 0.001 Y NA
 5929871 5929872 MMAR_0212 MMAR_0213     TRUE 0.917 10.000 0.400 1.000 N NA
 5929872 5929873 MMAR_0213 MMAR_0214     FALSE 0.020 166.000 0.000 1.000 N NA
 5929874 5929875 MMAR_0215 MMAR_0216     TRUE 0.982 4.000 1.000 1.000 N NA
 5929876 5929877 MMAR_0217 MMAR_0218     FALSE 0.185 85.000 0.000 1.000   NA
 5929877 5929878 MMAR_0218 MMAR_0219     FALSE 0.061 129.000 0.000 NA   NA
 5929878 5929879 MMAR_0219 MMAR_0220     FALSE 0.156 73.000 0.000 NA   NA
 5929879 5929880 MMAR_0220 MMAR_0221     TRUE 0.997 -3.000 0.800 NA   NA
 5929883 5929884 MMAR_0224 MMAR_0225     FALSE 0.074 121.000 0.000 NA   NA
 5929884 5929885 MMAR_0225 MMAR_0226     FALSE 0.003 356.000 0.000 NA   NA
 5929890 5929891 MMAR_0231 MMAR_0232 ctpA_1   TRUE 0.881 11.000 0.286 NA   NA
 5929891 5929892 MMAR_0232 MMAR_0233     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5929894 5929895 MMAR_0235 MMAR_0236     FALSE 0.321 39.000 0.000 NA   NA
 5929895 5929896 MMAR_0236 MMAR_0237     TRUE 0.885 -3.000 0.000 NA N NA
 5929897 5929898 MMAR_0238 MMAR_0239     FALSE 0.090 103.000 0.000 1.000 N NA
 5929898 5929899 MMAR_0239 MMAR_0240     TRUE 0.997 -3.000 0.000 0.025 Y NA
 5929907 5929908 MMAR_0248 MMAR_0249     FALSE 0.224 46.000 0.000 1.000 N NA
 5929908 5929909 MMAR_0249 MMAR_0250     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5929909 5929910 MMAR_0250 MMAR_0251   mtn FALSE 0.094 111.000 0.000 NA   NA
 5929910 5929911 MMAR_0251 MMAR_0253 mtn   FALSE 0.003 358.000 0.000 NA   NA
 5929911 5929912 MMAR_0253 MMAR_0254     FALSE 0.112 102.000 0.000 NA   NA
 5929912 5929913 MMAR_0254 MMAR_0255   mmpL5_4 FALSE 0.187 82.000 0.000 1.000   NA
 5929914 5929915 MMAR_0256 MMAR_0257     TRUE 0.992 -3.000 0.364 1.000   NA
 5929915 5929916 MMAR_0257 MMAR_0258   fadD10 TRUE 0.997 -7.000 0.800 1.000   NA
 5929916 5929917 MMAR_0258 MMAR_0259 fadD10   TRUE 0.842 29.000 0.444 NA   NA
 5929917 5929918 MMAR_0259 MMAR_0260     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 5929918 5929919 MMAR_0260 MMAR_0261     FALSE 0.036 194.000 0.167 NA N NA
 5929920 5929921 MMAR_0262 MMAR_0263 omt_1   FALSE 0.142 82.000 0.000 NA   NA
 5929926 5929927 MMAR_0268 MMAR_0269   ctpB TRUE 0.985 -7.000 0.000 0.005   NA
 5929927 5929928 MMAR_0269 MMAR_0271 ctpB   FALSE 0.006 245.000 0.000 1.000 N NA
 5929928 5929929 MMAR_0271 MMAR_0272   cyp226B1 FALSE 0.521 112.000 0.000 1.000 Y NA
 5929929 5929930 MMAR_0272 MMAR_0273 cyp226B1   FALSE 0.004 432.000 0.000 1.000   NA
 5929930 5929931 MMAR_0273 MMAR_0274   cyp271A1 TRUE 0.950 -13.000 0.000 1.000   NA
 5929931 5929932 MMAR_0274 MMAR_0275 cyp271A1 gcpE_2 TRUE 0.771 1.000 0.000 1.000 N NA
 5929932 5929933 MMAR_0275 MMAR_0276 gcpE_2 dxs2 TRUE 0.997 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 5929933 5929934 MMAR_0276 MMAR_0277 dxs2 lytB2 TRUE 0.998 -3.000 0.333 1.000 Y NA
 5929934 5929935 MMAR_0277 MMAR_0278 lytB2   TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5929935 5929936 MMAR_0278 MMAR_0279     FALSE 0.183 61.000 0.000 NA   NA
 5929936 5929937 MMAR_0279 MMAR_0280     FALSE 0.192 58.000 0.000 NA   NA
 5929937 5929938 MMAR_0280 MMAR_0281   cyp183B1 TRUE 0.940 8.000 0.400 1.000   NA
 5929938 5929939 MMAR_0281 MMAR_0282 cyp183B1 idsB_3 FALSE 0.490 13.000 0.000 1.000 N NA
 5929940 5929941 MMAR_0283 MMAR_0284 cyp274A1 plcB_3 FALSE 0.155 60.000 0.000 1.000 N NA
 5929941 5929942 MMAR_0284 MMAR_0285 plcB_3   FALSE 0.044 154.000 0.000 1.000   NA
 5929943 5929944 MMAR_0286 MMAR_0287 lipJ   TRUE 0.916 3.000 0.125 1.000   NA
 5929946 5929947 MMAR_0289 MMAR_0290 rpsR2 rpsN2 TRUE 0.979 7.000 0.024 0.013 Y NA
 5929947 5929948 MMAR_0290 MMAR_0291 rpsN2 rpmG1 TRUE 0.991 1.000 0.052 0.013 Y NA
 5929948 5929949 MMAR_0291 MMAR_0292 rpmG1 rpmB2 TRUE 0.996 0.000 0.332 0.013 Y NA
 5929950 5929951 MMAR_0293 MMAR_0294   rpmE_1 TRUE 0.960 -3.000 0.004 NA   NA
 5929951 5929952 MMAR_0294 MMAR_0295 rpmE_1   FALSE 0.032 170.000 0.000 1.000   NA
 5929952 5929953 MMAR_0295 MMAR_0296   fadD12_2 TRUE 0.938 3.000 0.231 1.000   NA
 5929954 5929955 MMAR_0297 MMAR_0298 ctpI   FALSE 0.002 469.000 0.000 NA   NA
 5929956 5929957 MMAR_0299 MMAR_0300     FALSE 0.164 125.000 0.091 NA   NA
 5929957 5929958 MMAR_0300 MMAR_0301     FALSE 0.348 35.000 0.000 NA   NA
 5929959 5929960 MMAR_0302 MMAR_0303     TRUE 0.991 2.000 0.375 1.000 Y NA
 5929960 5929961 MMAR_0303 MMAR_0304     TRUE 0.945 10.000 0.600 1.000 N NA
 5929961 5929962 MMAR_0304 MMAR_0305     TRUE 0.860 13.000 0.300 1.000 N NA
 5929963 5929964 MMAR_0306 MMAR_0307     TRUE 0.977 2.000 0.538 1.000   NA
 5929964 5929965 MMAR_0307 MMAR_0308     TRUE 0.831 15.000 0.222 1.000   NA
 5929965 5929966 MMAR_0308 MMAR_0309     TRUE 0.979 -3.000 0.143 1.000 N NA
 5929966 5929967 MMAR_0309 MMAR_0310     TRUE 0.981 0.000 0.500 1.000 N NA
 5929967 5929968 MMAR_0310 MMAR_0311     TRUE 0.996 -7.000 0.857 1.000 N NA
 5929968 5929969 MMAR_0311 MMAR_0312     FALSE 0.007 238.000 0.000 1.000 N NA
 5929971 5929972 MMAR_0314 MMAR_0315     FALSE 0.548 102.000 0.500 NA   NA
 5929977 5929978 MMAR_0320 MMAR_0321   fusA2 FALSE 0.496 16.000 0.000 NA   NA
 5929978 5929979 MMAR_0321 MMAR_0322 fusA2   FALSE 0.044 171.000 0.009 1.000   NA
 5929980 5929981 MMAR_0323 MMAR_0324   pepA FALSE 0.089 113.000 0.000 NA   NA
 5929981 5929982 MMAR_0324 MMAR_0325 pepA treS FALSE 0.105 119.000 0.013 1.000 N NA
 5929982 5929983 MMAR_0325 MMAR_0326 treS   TRUE 0.726 74.000 0.071 NA Y NA
 5929983 5929984 MMAR_0326 MMAR_0327     FALSE 0.217 115.000 0.136 NA   NA
 5929985 5929986 MMAR_0328 MMAR_0329 fbpC   FALSE 0.004 353.000 0.000 NA   NA
 5929990 5929991 MMAR_0333 MMAR_0334     FALSE 0.079 131.000 0.000 1.000   NA
 5929992 5929993 MMAR_0335 MMAR_0336   desA3_2 TRUE 0.894 36.000 0.800 1.000 N NA
 5929993 5929994 MMAR_0336 MMAR_0337 desA3_2   FALSE 0.006 270.000 0.000 NA   NA
 5929994 5929995 MMAR_0337 MMAR_0338     TRUE 0.990 0.000 0.800 NA   NA
 5929996 5929997 MMAR_0339 MMAR_0340     TRUE 0.992 -3.000 0.400 NA   NA
 5929998 5929999 MMAR_0341 MMAR_0342   ephF TRUE 0.634 39.000 0.200 NA   NA
 5930000 5930001 MMAR_0343 MMAR_0344     FALSE 0.615 7.000 0.000 1.000 N NA
 5930001 5930002 MMAR_0344 MMAR_0345     FALSE 0.546 46.000 0.200 1.000 N NA
 5930005 5930006 MMAR_0348 MMAR_0349     TRUE 0.994 -3.000 0.538 NA   NA
 5930006 5930007 MMAR_0349 MMAR_0350     FALSE 0.173 110.000 0.034 NA   NA
 5930011 5930012 MMAR_0354 MMAR_0355     TRUE 0.893 0.000 0.006 NA   NA
 5930012 5930013 MMAR_0355 MMAR_0356     FALSE 0.269 145.000 0.571 NA N NA
 5930013 5930014 MMAR_0356 MMAR_0357     TRUE 0.978 14.000 0.556 NA Y NA
 5930014 5930015 MMAR_0357 MMAR_0358     TRUE 0.982 0.000 0.000 NA Y NA
 5930015 5930016 MMAR_0358 MMAR_0359     FALSE 0.016 150.000 0.000 NA N NA
 5930016 5930017 MMAR_0359 MMAR_0360     TRUE 0.772 73.000 0.875 1.000 N NA
 5930017 5930018 MMAR_0360 MMAR_0361     TRUE 0.970 5.000 0.700 1.000 N NA
 5930019 5930020 MMAR_0362 MMAR_0363     TRUE 0.787 2.000 0.000 NA   NA
 5930021 5930022 MMAR_0364 MMAR_0365   pknK_2 FALSE 0.183 61.000 0.000 NA   NA
 5930022 5930023 MMAR_0365 MMAR_0366 pknK_2 pknK_3 FALSE 0.327 114.000 0.000 0.001   NA
 5930024 5930025 MMAR_0367 MMAR_0368     TRUE 0.959 6.000 0.000 1.000 Y NA
 5930025 5930026 MMAR_0368 MMAR_0369     FALSE 0.002 730.000 0.000 NA   NA
 5930026 5930027 MMAR_0369 MMAR_0370     FALSE 0.003 407.000 0.000 NA   NA
 5930027 5930028 MMAR_0370 MMAR_0371     FALSE 0.023 170.000 0.000 NA   NA
 5930028 5930029 MMAR_0371 MMAR_0372     FALSE 0.118 100.000 0.000 NA   NA
 5930029 5930030 MMAR_0372 MMAR_0373   ptpB FALSE 0.067 125.000 0.000 NA   NA
 5930030 5930031 MMAR_0373 MMAR_0374 ptpB fadE2 TRUE 0.983 -7.000 0.226 1.000 N NA
 5930032 5930033 MMAR_0375 MMAR_0376     FALSE 0.171 66.000 0.000 NA   NA
 5930033 5930034 MMAR_0376 MMAR_0377   pntAa FALSE 0.008 244.000 0.000 NA   NA
 5930034 5930035 MMAR_0377 MMAR_0378 pntAa pntAb TRUE 0.975 16.000 0.829 0.001   NA
 5930035 5930036 MMAR_0378 MMAR_0379 pntAb pntB TRUE 0.996 -3.000 0.321 0.001   NA
 5930039 5930040 MMAR_0382 MMAR_0383     FALSE 0.012 210.000 0.000 NA   NA
 5930040 5930041 MMAR_0383 MMAR_0384     FALSE 0.034 152.000 0.000 NA   NA
 5930041 5930042 MMAR_0384 MMAR_0385     FALSE 0.062 128.000 0.000 NA   NA
 5930043 5930044 MMAR_0386 MMAR_0387   fabG3 TRUE 0.927 20.000 0.667 1.000   NA
 5930044 5930045 MMAR_0387 MMAR_0388 fabG3   TRUE 0.822 21.000 0.182 0.075 N NA
 5930046 5930047 MMAR_0389 MMAR_0390     FALSE 0.267 59.000 0.011 NA   NA
 5930047 5930048 MMAR_0390 MMAR_0391     TRUE 0.841 40.000 0.600 NA   NA
 5930049 5930050 MMAR_0392 MMAR_0393     TRUE 0.786 15.000 0.250 NA N NA
 5930051 5930052 MMAR_0394 MMAR_0395     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5930053 5930054 MMAR_0396 MMAR_0397     FALSE 0.131 143.000 0.182 NA   NA
 5930054 5930055 MMAR_0397 MMAR_0398     FALSE 0.471 38.000 0.026 NA   NA
 5930055 5930056 MMAR_0398 MMAR_0399   cyp191A3 TRUE 0.978 -3.000 0.078 NA   NA
 5930056 5930057 MMAR_0399 MMAR_0400 cyp191A3   TRUE 0.982 2.000 0.750 1.000 N NA
 5930057 5930058 MMAR_0400 MMAR_0401     TRUE 0.996 -3.000 0.750 1.000 N NA
 5930058 5930059 MMAR_0401 MMAR_0402     TRUE 0.995 -3.000 0.600 1.000 N NA
 5930059 5930060 MMAR_0402 MMAR_0403     TRUE 0.995 -3.000 0.600 1.000 N NA
 5930060 5930061 MMAR_0403 MMAR_0404   lipW TRUE 0.997 -3.000 0.833 1.000 N NA
 5930063 5930064 MMAR_0406 MMAR_0407     FALSE 0.323 52.000 0.020 NA   NA
 5930066 5930067 MMAR_0409 MMAR_0410 fadD5 yrbE1A FALSE 0.098 216.000 0.000 NA Y NA
 5930067 5930068 MMAR_0410 MMAR_0411 yrbE1A yrbE1B TRUE 0.996 2.000 1.000 NA Y NA
 5930068 5930069 MMAR_0411 MMAR_0412 yrbE1B mce1A TRUE 0.994 5.000 1.000 NA Y NA
 5930069 5930070 MMAR_0412 MMAR_0413 mce1A mce1B TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.012 Y NA
 5930070 5930071 MMAR_0413 MMAR_0414 mce1B mce1C TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.012 Y NA
 5930071 5930072 MMAR_0414 MMAR_0415 mce1C mce1D TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.012 Y NA
 5930072 5930073 MMAR_0415 MMAR_0416 mce1D lprK TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.012 Y NA
 5930073 5930074 MMAR_0416 MMAR_0417 lprK mce1F TRUE 0.999 -6.000 0.800 0.012 Y NA
 5930074 5930075 MMAR_0417 MMAR_0418 mce1F   FALSE 0.441 93.000 0.286 NA   NA
 5930075 5930076 MMAR_0418 MMAR_0419     TRUE 0.996 -3.000 0.750 NA   NA
 5930076 5930077 MMAR_0419 MMAR_0420     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5930077 5930078 MMAR_0420 MMAR_0421     TRUE 0.996 -33.000 1.000 NA   NA
 5930079 5930080 MMAR_0422 MMAR_0423 lprO   TRUE 0.690 46.000 0.333 NA   NA
 5930080 5930081 MMAR_0423 MMAR_0424     FALSE 0.609 50.000 0.286 NA   NA
 5930081 5930082 MMAR_0424 MMAR_0425     FALSE 0.014 200.000 0.000 NA   NA
 5930082 5930083 MMAR_0425 MMAR_0426   sigG TRUE 0.895 3.000 0.095 NA   NA
 5930084 5930085 MMAR_0427 MMAR_0428     FALSE 0.466 47.000 0.068 NA   NA
 5930085 5930086 MMAR_0428 MMAR_0429     TRUE 0.995 -3.000 0.600 NA   NA
 5930086 5930087 MMAR_0429 MMAR_0430   bglS TRUE 0.988 -3.000 0.273 NA   NA
 5930088 5930089 MMAR_0431 MMAR_0432   ilvD FALSE 0.010 226.000 0.000 NA   NA
 5930090 5930091 MMAR_0433 MMAR_0434     FALSE 0.204 118.000 0.125 NA   NA
 5930091 5930092 MMAR_0434 MMAR_0435     FALSE 0.361 120.000 0.375 NA   NA
 5930092 5930093 MMAR_0435 MMAR_0436     FALSE 0.063 198.000 0.250 NA   NA
 5930093 5930094 MMAR_0436 MMAR_0437     TRUE 0.987 -13.000 0.276 1.000   NA
 5930096 5930097 MMAR_0439 MMAR_0440     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5930098 5930099 MMAR_0441 MMAR_0442   mmpL11 TRUE 0.997 -3.000 0.750 1.000   NA
 5930103 5930104 MMAR_0446 MMAR_0447 mmpL3   FALSE 0.308 106.000 0.217 NA   NA
 5930104 5930105 MMAR_0447 MMAR_0448     FALSE 0.501 38.000 0.040 NA   NA
 5930106 5930107 MMAR_0449 MMAR_0450     TRUE 0.994 -3.000 0.529 NA   NA
 5930107 5930108 MMAR_0450 MMAR_0451   pckA FALSE 0.025 203.000 0.026 NA   NA
 5930108 5930109 MMAR_0451 MMAR_0452 pckA fadD4 TRUE 0.672 10.000 0.009 1.000 N NA
 5930109 5930110 MMAR_0452 MMAR_0453 fadD4 echA8_4 TRUE 0.976 3.000 0.019 1.000 Y NA
 5930111 5930112 MMAR_0454 MMAR_0455   fadE3_2 FALSE 0.126 111.000 0.000 1.000   NA
 5930113 5930114 MMAR_0456 MMAR_0457     FALSE 0.511 15.000 0.000 NA   NA
 5930114 5930115 MMAR_0457 MMAR_0459     TRUE 0.851 0.000 0.000 NA   NA
 5930115 5930116 MMAR_0459 MMAR_0460     FALSE 0.006 277.000 0.000 NA   NA
 5930116 5930117 MMAR_0460 MMAR_0461     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5930117 5930118 MMAR_0461 MMAR_0462     TRUE 0.787 2.000 0.000 NA   NA
 5930118 5930119 MMAR_0462 MMAR_0463   lipC FALSE 0.244 114.000 0.182 NA   NA
 5930119 5930120 MMAR_0463 MMAR_0464 lipC   TRUE 0.891 45.000 1.000 NA   NA
 5930120 5930121 MMAR_0464 MMAR_0465   echA1 TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 5930121 5930122 MMAR_0465 MMAR_0466 echA1   TRUE 0.744 99.000 0.222 1.000 Y NA
 5930122 5930123 MMAR_0466 MMAR_0467     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5930123 5930124 MMAR_0467 MMAR_0468     FALSE 0.002 551.000 0.000 NA   NA
 5930124 5930125 MMAR_0468 MMAR_0469     FALSE 0.521 112.000 0.000 1.000 Y NA
 5930128 5930129 MMAR_0472 MMAR_0473     FALSE 0.558 45.000 0.104 1.000   NA
 5930131 5930132 MMAR_0475 MMAR_0476     TRUE 0.871 11.000 0.265 NA   NA
 5930134 5930135 MMAR_0478 MMAR_0479     FALSE 0.007 266.000 0.000 NA   NA
 5930135 5930136 MMAR_0479 MMAR_0480     TRUE 0.808 1.000 0.000 NA   NA
 5930136 5930137 MMAR_0480 MMAR_0481     FALSE 0.004 351.000 0.000 NA   NA
 5930137 5930138 MMAR_0481 MMAR_0482     TRUE 0.930 -15.000 0.000 NA   NA
 5930138 5930139 MMAR_0482 MMAR_0483     TRUE 0.756 3.000 0.000 NA   NA
 5930139 5930140 MMAR_0483 MMAR_0484     FALSE 0.005 290.000 0.000 NA   NA
 5930142 5930143 MMAR_5555 MMAR_0487   php FALSE 0.019 181.000 0.000 NA   NA
 5930144 5930145 MMAR_0488 MMAR_0489 fadE4   FALSE 0.362 99.000 0.250 1.000 N NA
 5930147 5930148 MMAR_0491 MMAR_0492     FALSE 0.017 190.000 0.000 NA   NA
 5930149 5930150 MMAR_0493 MMAR_0494   glpQ2 FALSE 0.067 125.000 0.000 NA   NA
 5930152 5930153 MMAR_0496 MMAR_0497     FALSE 0.620 89.000 0.526 NA   NA
 5930153 5930154 MMAR_0497 MMAR_0498     FALSE 0.165 69.000 0.000 NA   NA
 5930155 5930156 MMAR_0499 MMAR_0500 lpqI   FALSE 0.337 87.000 0.185 1.000 N NA
 5930156 5930157 MMAR_0500 MMAR_0501     FALSE 0.130 128.000 0.067 1.000 N NA
 5930158 5930159 MMAR_0502 MMAR_0503   fabG4 TRUE 0.968 19.000 0.412 1.000 Y NA
 5930162 5930163 MMAR_0506 MMAR_0507     FALSE 0.067 125.000 0.000 NA   NA
 5930163 5930164 MMAR_0507 MMAR_0508     TRUE 0.667 7.000 0.000 NA   NA
 5930165 5930166 MMAR_0509 MMAR_0510   sdhB_1 FALSE 0.469 48.000 0.087 NA   NA
 5930166 5930167 MMAR_0510 MMAR_0511 sdhB_1 sdhA_1 TRUE 0.999 0.000 0.826 0.002 Y NA
 5930167 5930168 MMAR_0511 MMAR_0512 sdhA_1   TRUE 0.868 47.000 0.860 NA   NA
 5930168 5930169 MMAR_0512 MMAR_0513     FALSE 0.359 79.000 0.171 NA   NA
 5930172 5930173 MMAR_0516 MMAR_0517 nirB nirD TRUE 0.886 26.000 0.286 0.001 N NA
 5930174 5930175 MMAR_0518 MMAR_0519     FALSE 0.431 57.000 0.071 1.000   NA
 5930175 5930176 MMAR_0519 MMAR_0520     TRUE 0.983 -9.000 0.173 1.000   NA
 5930176 5930177 MMAR_0520 MMAR_0521   narK3_2 FALSE 0.072 79.000 0.000 NA N NA
 5930177 5930178 MMAR_0521 MMAR_0522 narK3_2 aac FALSE 0.010 230.000 0.000 NA   NA
 5930178 5930179 MMAR_0522 MMAR_0523 aac   TRUE 0.652 27.000 0.101 NA   NA
 5930179 5930180 MMAR_0523 MMAR_0524     TRUE 0.975 16.000 0.551 NA Y NA
 5930180 5930181 MMAR_0524 MMAR_0525     FALSE 0.162 113.000 0.050 1.000 N NA
 5930185 5930186 MMAR_0529 MMAR_0530   fadE6 FALSE 0.010 227.000 0.000 NA   NA
 5930186 5930187 MMAR_0530 MMAR_0531 fadE6 serA3 FALSE 0.384 57.000 0.114 1.000 N NA
 5930187 5930188 MMAR_0531 MMAR_0532 serA3   TRUE 0.976 -3.000 0.057 NA   NA
 5930188 5930189 MMAR_0532 MMAR_0533     FALSE 0.237 137.000 0.333 NA   NA
 5930190 5930191 MMAR_0534 MMAR_0535     TRUE 0.817 7.000 0.048 NA   NA
 5930193 5930194 MMAR_0537 MMAR_0538     FALSE 0.008 244.000 0.000 NA   NA
 5930194 5930195 MMAR_0538 MMAR_0539     TRUE 0.909 19.000 0.667 NA N NA
 5930195 5930196 MMAR_0539 MMAR_0540     FALSE 0.062 128.000 0.000 NA   NA
 5930196 5930197 MMAR_0540 MMAR_0541     FALSE 0.026 165.000 0.000 NA   NA
 5930197 5930198 MMAR_0541 MMAR_0542     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5930198 5930199 MMAR_0542 MMAR_0543     TRUE 0.996 -3.000 0.750 NA   NA
 5930199 5930200 MMAR_0543 MMAR_0544     TRUE 0.950 3.000 0.333 NA   NA
 5930200 5930201 MMAR_0544 MMAR_0545     TRUE 0.967 3.000 0.500 NA   NA
 5930201 5930202 MMAR_0545 MMAR_0546   esxG FALSE 0.336 37.000 0.000 NA   NA
 5930202 5930203 MMAR_0546 MMAR_0547 esxG esxH FALSE 0.388 29.000 0.000 NA   NA
 5930203 5930204 MMAR_0547 MMAR_0548 esxH   TRUE 0.855 9.000 0.182 NA   NA
 5930204 5930205 MMAR_0548 MMAR_0549     TRUE 0.769 72.000 0.818 NA   NA
 5930205 5930206 MMAR_0549 MMAR_0550   mycP3 TRUE 0.994 -3.000 0.556 NA   NA
 5930206 5930207 MMAR_0550 MMAR_0551 mycP3   TRUE 0.993 -10.000 0.556 NA   NA
 5930210 5930211 MMAR_0554 MMAR_0555     FALSE 0.209 67.000 0.009 1.000 N NA
 5930211 5930212 MMAR_0555 MMAR_5554     FALSE 0.289 43.000 0.000 NA   NA
 5930215 5930216 MMAR_0558 MMAR_0559     FALSE 0.222 106.000 0.067 NA   NA
 5930218 5930219 MMAR_0561 MMAR_0562     FALSE 0.172 153.000 0.333 NA   NA
 5930219 5930220 MMAR_0562 MMAR_0563     FALSE 0.010 222.000 0.000 NA   NA
 5930220 5930221 MMAR_0563 MMAR_0564     TRUE 0.657 68.000 0.500 NA   NA
 5930223 5930224 MMAR_0566 MMAR_0567     FALSE 0.016 212.000 0.000 1.000   NA
 5930224 5930225 MMAR_0567 MMAR_0568     FALSE 0.390 100.000 0.286 1.000 N NA
 5930225 5930226 MMAR_0568 MMAR_0569     FALSE 0.299 35.000 0.000 1.000 N NA
 5930227 5930228 MMAR_0570 MMAR_0571     TRUE 0.766 50.000 0.000 1.000 Y NA
 5930229 5930230 MMAR_0572 MMAR_0573     FALSE 0.118 100.000 0.000 NA   NA
 5930231 5930232 MMAR_0574 MMAR_0575     FALSE 0.123 98.000 0.000 NA   NA
 5930232 5930233 MMAR_0575 MMAR_0576     FALSE 0.219 30.000 0.000 NA N NA
 5930233 5930234 MMAR_0576 MMAR_0577     FALSE 0.037 119.000 0.000 NA N NA
 5930235 5930236 MMAR_0578 MMAR_0579 aroB_1   TRUE 0.820 0.000 0.000 1.000 N NA
 5930236 5930237 MMAR_0579 MMAR_0580     TRUE 0.665 11.000 0.000 1.000   NA
 5930237 5930238 MMAR_0580 MMAR_0581     TRUE 0.667 7.000 0.000 NA   NA
 5930238 5930239 MMAR_0581 MMAR_0582     TRUE 0.989 -3.000 0.286 NA   NA
 5930239 5930240 MMAR_0582 MMAR_0583     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5930240 5930241 MMAR_0583 MMAR_0584     FALSE 0.016 192.000 0.000 NA   NA
 5930242 5930243 MMAR_0585 MMAR_0586     FALSE 0.163 70.000 0.000 NA   NA
 5930244 5930245 MMAR_0587 MMAR_0588     FALSE 0.211 53.000 0.000 NA   NA
 5930245 5930246 MMAR_0588 MMAR_0589   pinR TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5930246 5930247 MMAR_0589 MMAR_0590 pinR   TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5930247 5930248 MMAR_0590 MMAR_5581     TRUE 0.924 -58.000 0.000 NA   NA
 5930248 5930249 MMAR_5581 MMAR_0591     TRUE 0.927 -22.000 0.000 NA   NA
 5930249 5930250 MMAR_0591 MMAR_0592     TRUE 0.756 3.000 0.000 NA   NA
 5930251 5930252 MMAR_0593 MMAR_0594     TRUE 0.989 -3.000 0.286 NA   NA
 5930252 5930253 MMAR_0594 MMAR_5490   glyU FALSE 0.192 58.000 0.000 NA   NA
 5930253 5930254 MMAR_5490 MMAR_0595 glyU   FALSE 0.199 56.000 0.000 NA   NA
 5930255 5930256 MMAR_0596 MMAR_0597     FALSE 0.139 87.000 0.000 NA   NA
 5930256 5930257 MMAR_0597 MMAR_0598   pcp FALSE 0.426 24.000 0.000 NA   NA
 5930257 5930258 MMAR_0598 MMAR_0599 pcp   FALSE 0.014 203.000 0.000 NA   NA
 5930258 5930259 MMAR_0599 MMAR_0600   dcd FALSE 0.353 46.000 0.007 NA   NA
 5930259 5930260 MMAR_0600 MMAR_0601 dcd   FALSE 0.136 90.000 0.000 NA   NA
 5930260 5930261 MMAR_0601 MMAR_0602     FALSE 0.031 156.000 0.000 NA   NA
 5930261 5930262 MMAR_0602 MMAR_0603   udgA FALSE 0.326 77.000 0.200 NA N NA
 5930262 5930263 MMAR_0603 MMAR_0604 udgA   FALSE 0.380 62.000 0.105 NA   NA
 5930263 5930264 MMAR_0604 MMAR_0605     TRUE 0.780 36.000 0.368 NA   NA
 5930264 5930265 MMAR_0605 MMAR_0606   rmlA TRUE 0.750 30.000 0.273 NA   NA
 5930266 5930267 MMAR_0607 MMAR_0608     FALSE 0.019 182.000 0.000 NA   NA
 5930269 5930270 MMAR_0610 MMAR_0611 aspC   FALSE 0.477 31.000 0.023 1.000 N NA
 5930270 5930271 MMAR_0611 MMAR_0612     FALSE 0.119 130.000 0.057 1.000 N NA
 5930272 5930273 MMAR_0613 MMAR_0614   iniB FALSE 0.031 277.000 0.286 NA   NA
 5930273 5930274 MMAR_0614 MMAR_0615 iniB iniA FALSE 0.553 101.000 0.500 NA   NA
 5930274 5930275 MMAR_0615 MMAR_0616 iniA iniC TRUE 0.997 -3.000 0.583 0.004   NA
 5930276 5930277 MMAR_0617 MMAR_0618     FALSE 0.133 92.000 0.000 NA   NA
 5930277 5930278 MMAR_0618 MMAR_0619     FALSE 0.099 108.000 0.000 NA   NA
 5930278 5930279 MMAR_0619 MMAR_0620   lpqJ FALSE 0.336 37.000 0.000 NA   NA
 5930279 5930280 MMAR_0620 MMAR_0621 lpqJ coxS_3 FALSE 0.133 92.000 0.000 NA   NA
 5930280 5930281 MMAR_0621 MMAR_0622 coxS_3 coxM_3 TRUE 0.999 -7.000 0.273 0.002 Y NA
 5930281 5930282 MMAR_0622 MMAR_0623 coxM_3 coxL_3 TRUE 0.997 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 5930284 5930285 MMAR_0625 MMAR_0627   ansP1_1 FALSE 0.028 161.000 0.000 NA   NA
 5930285 5930286 MMAR_0627 MMAR_0628 ansP1_1   FALSE 0.003 281.000 0.000 NA N NA
 5930286 5930287 MMAR_0628 MMAR_0629     FALSE 0.200 34.000 0.000 NA N NA
 5930288 5930289 MMAR_0630 MMAR_0631   kdpA FALSE 0.001 837.000 0.000 1.000 N NA
 5930289 5930290 MMAR_0631 MMAR_0632 kdpA kdpB TRUE 0.995 0.000 0.124 0.001 Y NA
 5930290 5930291 MMAR_0632 MMAR_0633 kdpB kdpC TRUE 0.992 3.000 0.877 0.001   NA
 5930291 5930292 MMAR_0633 MMAR_0634 kdpC kdpD TRUE 0.893 8.000 0.014 0.050   NA
 5930292 5930293 MMAR_0634 MMAR_0635 kdpD kdpE TRUE 0.998 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 5930295 5930296 MMAR_0637 MMAR_0638 dnaK grpE TRUE 0.998 -3.000 0.074 0.004 Y NA
 5930296 5930297 MMAR_0638 MMAR_0639 grpE dnaJ TRUE 0.875 58.000 0.068 0.004 Y NA
 5930297 5930298 MMAR_0639 MMAR_0640 dnaJ hspR TRUE 0.907 1.000 0.074 1.000 N NA
 5930299 5930300 MMAR_0641 MMAR_0642     FALSE 0.038 331.000 0.000 NA Y NA
 5930300 5930301 MMAR_0642 MMAR_0643     FALSE 0.001 1208.000 0.000 NA N NA
 5930301 5930302 MMAR_0643 MMAR_0644     TRUE 0.693 75.000 0.667 1.000 N NA
 5930305 5930306 MMAR_0647 MMAR_0648     FALSE 0.569 45.000 0.188 NA   NA
 5930306 5930307 MMAR_0648 MMAR_0649   pyrE TRUE 0.969 -13.000 0.028 1.000   NA
 5930307 5930308 MMAR_0649 MMAR_0650 pyrE   TRUE 0.695 11.000 0.012 NA   NA
 5930308 5930309 MMAR_0650 MMAR_0651     TRUE 0.975 -3.000 0.055 NA   NA
 5930310 5930311 MMAR_0652 MMAR_0653 secE2   FALSE 0.478 18.000 0.000 NA   NA
 5930312 5930313 MMAR_0654 MMAR_0655   coxM FALSE 0.441 61.000 0.250 NA N NA
 5930313 5930314 MMAR_0655 MMAR_0656 coxM coxS TRUE 0.999 0.000 0.909 0.002 Y NA
 5930314 5930315 MMAR_0656 MMAR_0657 coxS coxL TRUE 1.000 -3.000 0.818 0.002 Y NA
 5930315 5930316 MMAR_0657 MMAR_0658 coxL   TRUE 0.955 10.000 0.750 NA N NA
 5930316 5930317 MMAR_0658 MMAR_0659     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 5930317 5930318 MMAR_0659 MMAR_0660     TRUE 0.939 1.000 0.200 NA   NA
 5930318 5930319 MMAR_0660 MMAR_0661     TRUE 0.835 14.000 0.250 NA   NA
 5930319 5930320 MMAR_0661 MMAR_0662     TRUE 0.883 7.000 0.208 NA   NA
 5930321 5930322 MMAR_0663 MMAR_0664 eutC eutB TRUE 1.000 -3.000 0.859 0.001 Y NA
 5930322 5930323 MMAR_0664 MMAR_0665 eutB   TRUE 0.998 -3.000 0.407 1.000 Y NA
 5930324 5930325 MMAR_0666 MMAR_0667 cya_1   FALSE 0.099 99.000 0.000 1.000 N NA
 5930328 5930329 MMAR_0670 MMAR_0671 mgtE   FALSE 0.002 767.000 0.000 NA   NA
 5930330 5930331 MMAR_0672 MMAR_0673     FALSE 0.010 224.000 0.000 NA   NA
 5930331 5930332 MMAR_0673 MMAR_0674     FALSE 0.511 15.000 0.000 NA   NA
 5930332 5930333 MMAR_0674 MMAR_0675     TRUE 0.726 4.000 0.000 NA   NA
 5930333 5930334 MMAR_0675 MMAR_0676     TRUE 0.808 1.000 0.000 NA   NA
 5930335 5930336 MMAR_0677 MMAR_0678     FALSE 0.431 45.000 0.011 1.000   NA
 5930336 5930337 MMAR_0678 MMAR_0679     FALSE 0.593 20.000 0.020 NA   NA
 5930338 5930339 MMAR_0680 MMAR_0681 purA   TRUE 0.975 -3.000 0.052 NA   NA
 5930342 5930343 MMAR_0684 MMAR_0685     FALSE 0.002 312.000 0.000 NA N NA
 5930344 5930345 MMAR_0686 MMAR_0687 purT   TRUE 0.948 -3.000 0.019 NA N NA
 5930345 5930346 MMAR_0687 MMAR_0688   metZ FALSE 0.239 88.000 0.092 NA N NA
 5930349 5930350 MMAR_0691 MMAR_0692   tauD_1 TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000   NA
 5930350 5930351 MMAR_0692 MMAR_0693 tauD_1 panD_1 TRUE 0.820 0.000 0.000 1.000 N NA
 5930351 5930352 MMAR_0693 MMAR_0694 panD_1   TRUE 0.931 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5930352 5930353 MMAR_0694 MMAR_0695     FALSE 0.003 366.000 0.000 NA   NA
 5930353 5930354 MMAR_0695 MMAR_0696   lpqK TRUE 0.923 4.000 0.250 NA   NA
 5930354 5930355 MMAR_0696 MMAR_0697 lpqK   FALSE 0.193 50.000 0.000 1.000 N NA
 5930355 5930356 MMAR_0697 MMAR_0698   fadE7 TRUE 0.977 12.000 0.214 0.030 Y NA
 5930357 5930358 MMAR_0699 MMAR_0700     FALSE 0.021 174.000 0.000 NA   NA
 5930358 5930359 MMAR_0700 MMAR_0701     TRUE 0.985 -3.000 0.222 NA   NA
 5930359 5930360 MMAR_0701 MMAR_0702     TRUE 0.997 -3.000 0.250 NA Y NA
 5930360 5930361 MMAR_0702 MMAR_0703     TRUE 0.997 -3.000 0.250 NA Y NA
 5930362 5930363 MMAR_0704 MMAR_0705 mmpL1 mmpS1_1 TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5930364 5930365 MMAR_0706 MMAR_0707 fadD30 pks6 TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 5930367 5930368 MMAR_0709 MMAR_0710 fgd1 pta TRUE 0.763 8.000 0.021 NA   NA
 5930368 5930369 MMAR_0710 MMAR_0711 pta ackA TRUE 0.983 -10.000 0.185 1.000   NA
 5930369 5930370 MMAR_0711 MMAR_0712 ackA   FALSE 0.046 179.000 0.029 1.000   NA
 5930371 5930372 MMAR_0713 MMAR_0714 pknG glnH TRUE 0.996 0.000 0.622 1.000 Y NA
 5930372 5930373 MMAR_0714 MMAR_0715 glnH   TRUE 0.991 0.000 0.895 NA   NA
 5930376 5930377 MMAR_0718 MMAR_0719 thiO thiS TRUE 0.995 -3.000 0.625 1.000 N NA
 5930377 5930378 MMAR_0719 MMAR_0720 thiS thiG TRUE 0.996 -7.000 0.104 1.000 Y NA
 5930378 5930379 MMAR_0720 MMAR_0721 thiG   TRUE 0.971 -3.000 0.009 1.000   NA
 5930381 5930382 MMAR_0723 MMAR_0724     FALSE 0.281 44.000 0.000 NA   NA
 5930382 5930383 MMAR_0724 MMAR_0725     FALSE 0.511 15.000 0.000 NA   NA
 5930383 5930384 MMAR_0725 MMAR_0726   lpqL FALSE 0.187 133.000 0.222 NA   NA
 5930384 5930385 MMAR_0726 MMAR_0727 lpqL lpqL_1 TRUE 0.998 -3.000 0.778 0.001   NA
 5930385 5930386 MMAR_0727 MMAR_0728 lpqL_1 lpqM FALSE 0.335 113.000 0.286 NA   NA
 5930389 5930390 MMAR_0731 MMAR_0732     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 5930392 5930393 MMAR_0733 MMAR_0734   thiD TRUE 0.976 -3.000 0.059 NA   NA
 5930393 5930394 MMAR_0734 MMAR_0735 thiD thiC TRUE 0.998 -3.000 0.015 0.006 Y NA
 5930395 5930396 MMAR_0736 MMAR_0737     FALSE 0.525 104.000 0.429 1.000   NA
 5930396 5930397 MMAR_0737 MMAR_0738     TRUE 0.996 -3.000 0.000 0.085 Y NA
 5930398 5930399 MMAR_0739 MMAR_0740   ctpH TRUE 0.767 47.000 0.500 NA   NA
 5930399 5930400 MMAR_0740 MMAR_0741 ctpH   TRUE 0.792 20.000 0.250 NA   NA
 5930400 5930401 MMAR_0741 MMAR_0742   xthA FALSE 0.065 144.000 0.015 NA   NA
 5930401 5930402 MMAR_0742 MMAR_0743 xthA   TRUE 0.893 3.000 0.088 NA   NA
 5930402 5930403 MMAR_0743 MMAR_0744   def TRUE 0.981 0.000 0.488 NA   NA
 5930404 5930405 MMAR_0745 MMAR_0746     FALSE 0.410 65.000 0.176 NA   NA
 5930405 5930406 MMAR_0746 MMAR_0747   sodC TRUE 0.639 73.000 0.500 NA   NA
 5930406 5930407 MMAR_0747 MMAR_0748 sodC   TRUE 0.978 -19.000 0.128 1.000   NA
 5930409 5930410 MMAR_0750 MMAR_0751     FALSE 0.047 138.000 0.000 NA   NA
 5930411 5930412 MMAR_0752 MMAR_0753   pssA TRUE 0.964 -3.000 0.025 1.000 N NA
 5930412 5930413 MMAR_0753 MMAR_0754 pssA psd TRUE 0.904 54.000 0.466 1.000 Y NA
 5930413 5930414 MMAR_0754 MMAR_0755 psd   FALSE 0.140 86.000 0.000 NA   NA
 5930414 5930415 MMAR_0755 MMAR_0756   moeA2 FALSE 0.004 314.000 0.000 NA   NA
 5930415 5930416 MMAR_0756 MMAR_0757 moeA2   TRUE 0.737 19.000 0.188 1.000 N NA
 5930416 5930417 MMAR_0757 MMAR_0758     TRUE 0.662 47.000 0.333 1.000 N NA
 5930419 5930420 MMAR_0760 MMAR_0761     FALSE 0.169 67.000 0.000 NA   NA
 5930420 5930421 MMAR_0761 MMAR_0762     FALSE 0.338 96.000 0.250 NA N NA
 5930422 5930423 MMAR_0763 MMAR_0764     TRUE 0.745 10.000 0.027 NA   NA
 5930424 5930425 MMAR_0765 MMAR_0766   sigK TRUE 0.996 -3.000 0.778 NA   NA
 5930425 5930426 MMAR_0766 MMAR_0767 sigK   FALSE 0.522 46.000 0.065 1.000   NA
 5930426 5930427 MMAR_0767 MMAR_0768   ufaA1 TRUE 0.982 -3.000 0.081 1.000   NA
 5930427 5930428 MMAR_0768 MMAR_0769 ufaA1   TRUE 0.977 -3.000 0.067 NA   NA
 5930428 5930429 MMAR_0769 MMAR_0770     TRUE 0.996 -6.000 0.722 NA   NA
 5930429 5930430 MMAR_0770 MMAR_0771   mmpL5_2 FALSE 0.312 59.000 0.007 1.000   NA
 5930430 5930431 MMAR_0771 MMAR_0772 mmpL5_2 mmpS4_2 TRUE 0.996 -3.000 0.667 NA   NA
 5930432 5930433 MMAR_0773 MMAR_0774     FALSE 0.007 259.000 0.000 NA   NA
 5930433 5930434 MMAR_0774 MMAR_0775     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5930435 5930436 MMAR_0776 MMAR_0777     FALSE 0.006 276.000 0.000 NA   NA
 5930436 5930437 MMAR_0777 MMAR_0778   echA2 FALSE 0.293 67.000 0.039 NA   NA
 5930437 5930438 MMAR_0778 MMAR_0779 echA2   FALSE 0.110 92.000 0.000 1.000 N NA
 5930439 5930440 MMAR_0780 MMAR_0781 putA_1   TRUE 0.908 0.000 0.021 NA   NA
 5930440 5930441 MMAR_0781 MMAR_0782     TRUE 0.632 21.000 0.042 NA   NA
 5930441 5930442 MMAR_0782 MMAR_0783     TRUE 0.997 -7.000 1.000 NA   NA
 5930444 5930445 MMAR_0785 MMAR_0786 lpd   TRUE 0.853 3.000 0.028 NA   NA
 5930446 5930447 MMAR_5564 MMAR_0787     FALSE 0.156 73.000 0.000 NA   NA
 5930447 5930448 MMAR_0787 MMAR_0789     FALSE 0.010 231.000 0.000 NA   NA
 5930448 5930449 MMAR_0789 MMAR_0790     TRUE 0.989 -3.000 0.286 NA   NA
 5930450 5930451 MMAR_0791 MMAR_0792   icl FALSE 0.004 308.000 0.000 1.000 N NA
 5930451 5930452 MMAR_0792 MMAR_0793 icl fadB2 FALSE 0.045 164.000 0.036 1.000 N NA
 5930452 5930453 MMAR_0793 MMAR_0794 fadB2 umaA FALSE 0.121 136.000 0.130 1.000 N NA
 5930454 5930455 MMAR_0795 MMAR_0796   pcaA FALSE 0.105 119.000 0.000 1.000   NA
 5930455 5930456 MMAR_0796 MMAR_0797 pcaA   FALSE 0.061 158.000 0.056 1.000 N NA
 5930457 5930458 MMAR_0798 MMAR_0799     FALSE 0.259 86.000 0.017 1.000   NA
 5930458 5930459 MMAR_0799 MMAR_0800   hbhA FALSE 0.005 355.000 0.012 NA   NA
 5930459 5930460 MMAR_0800 MMAR_0801 hbhA   FALSE 0.141 153.000 0.270 NA   NA
 5930460 5930461 MMAR_0801 MMAR_0802     TRUE 0.879 5.000 0.143 NA   NA
 5930461 5930462 MMAR_0802 MMAR_0803   deoC TRUE 0.916 0.000 0.030 NA   NA
 5930463 5930464 MMAR_0804 MMAR_0805     TRUE 0.979 -3.000 0.091 NA   NA
 5930464 5930465 MMAR_0805 MMAR_0806     FALSE 0.374 31.000 0.000 NA   NA
 5930465 5930466 MMAR_0806 MMAR_0807     FALSE 0.003 417.000 0.000 NA   NA
 11425288 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 1953.000 0.000 NA   NA
 11567651 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 1953.000 0.000 NA   NA
 11710043 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 1953.000 0.000 NA   NA
 11425289 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 1974.000 0.000 NA   NA
 11567652 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 1974.000 0.000 NA   NA
 11710044 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 1974.000 0.000 NA   NA
 11425290 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2049.000 0.000 NA   NA
 11567653 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2049.000 0.000 NA   NA
 11710045 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2049.000 0.000 NA   NA
 11425291 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2070.000 0.000 NA   NA
 11567654 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2070.000 0.000 NA   NA
 11710046 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2070.000 0.000 NA   NA
 11425292 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2160.000 0.000 NA   NA
 11567655 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2160.000 0.000 NA   NA
 11710047 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2160.000 0.000 NA   NA
 11425293 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2181.000 0.000 NA   NA
 11567656 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2181.000 0.000 NA   NA
 11710048 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2181.000 0.000 NA   NA
 11425294 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2262.000 0.000 NA   NA
 11567657 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2262.000 0.000 NA   NA
 11710049 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2262.000 0.000 NA   NA
 11425295 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2283.000 0.000 NA   NA
 11567658 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2283.000 0.000 NA   NA
 11710050 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2283.000 0.000 NA   NA
 11425296 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2367.000 0.000 NA   NA
 11567659 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2367.000 0.000 NA   NA
 11710051 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2367.000 0.000 NA   NA
 11425297 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2388.000 0.000 NA   NA
 11567660 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2388.000 0.000 NA   NA
 11710052 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2388.000 0.000 NA   NA
 11425298 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2478.000 0.000 NA   NA
 11567661 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2478.000 0.000 NA   NA
 11710053 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2478.000 0.000 NA   NA
 11425299 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2499.000 0.000 NA   NA
 11567662 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2499.000 0.000 NA   NA
 11710054 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2499.000 0.000 NA   NA
 11425300 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2580.000 0.000 NA   NA
 11567663 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2580.000 0.000 NA   NA
 11710055 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2580.000 0.000 NA   NA
 11425301 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2601.000 0.000 NA   NA
 11567664 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2601.000 0.000 NA   NA
 11710056 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2601.000 0.000 NA   NA
 11425302 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2667.000 0.000 NA   NA
 11567665 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2667.000 0.000 NA   NA
 11710057 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2667.000 0.000 NA   NA
 11425303 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2688.000 0.000 NA   NA
 11567666 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2688.000 0.000 NA   NA
 11710058 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2688.000 0.000 NA   NA
 11425304 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2727.000 0.000 NA   NA
 11567667 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2727.000 0.000 NA   NA
 11710059 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2727.000 0.000 NA   NA
 11425305 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2748.000 0.000 NA   NA
 11567668 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2748.000 0.000 NA   NA
 11710060 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2748.000 0.000 NA   NA
 11425306 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2781.000 0.000 NA   NA
 11567669 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2781.000 0.000 NA   NA
 11710061 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2781.000 0.000 NA   NA
 11425307 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2802.000 0.000 NA   NA
 11567670 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2802.000 0.000 NA   NA
 11710062 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2802.000 0.000 NA   NA
 11425308 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2847.000 0.000 NA   NA
 11567671 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2847.000 0.000 NA   NA
 11710063 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2847.000 0.000 NA   NA
 11425309 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2868.000 0.000 NA   NA
 11567672 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2868.000 0.000 NA   NA
 11710064 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2868.000 0.000 NA   NA
 11425310 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2901.000 0.000 NA   NA
 11567673 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2901.000 0.000 NA   NA
 11710065 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2901.000 0.000 NA   NA
 11425311 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2922.000 0.000 NA   NA
 11567674 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2922.000 0.000 NA   NA
 11710066 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2922.000 0.000 NA   NA
 11425312 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2967.000 0.000 NA   NA
 11567675 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2967.000 0.000 NA   NA
 11710067 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2967.000 0.000 NA   NA
 11425313 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2988.000 0.000 NA   NA
 11567676 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2988.000 0.000 NA   NA
 11710068 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 2988.000 0.000 NA   NA
 11425314 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3012.000 0.000 NA   NA
 11567677 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3012.000 0.000 NA   NA
 11710069 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3012.000 0.000 NA   NA
 11425315 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3033.000 0.000 NA   NA
 11567678 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3033.000 0.000 NA   NA
 11710070 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3033.000 0.000 NA   NA
 11425316 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3069.000 0.000 NA   NA
 11567679 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3069.000 0.000 NA   NA
 11710071 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3069.000 0.000 NA   NA
 11425317 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3090.000 0.000 NA   NA
 11567680 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3090.000 0.000 NA   NA
 11710072 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3090.000 0.000 NA   NA
 11425318 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3126.000 0.000 NA   NA
 11567681 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3126.000 0.000 NA   NA
 11710073 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3126.000 0.000 NA   NA
 11425319 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3147.000 0.000 NA   NA
 11567682 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3147.000 0.000 NA   NA
 11710074 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3147.000 0.000 NA   NA
 11425320 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3171.000 0.000 NA   NA
 11567683 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3171.000 0.000 NA   NA
 11710075 5930462   MMAR_0803   deoC FALSE NA 3171.000 0.000 NA   NA
 5930467 5930468 MMAR_0808 MMAR_0809 murB lprQ FALSE 0.509 36.000 0.036 NA   NA
 5930470 5930471 MMAR_0811 MMAR_0812     TRUE 0.712 12.000 0.082 NA N NA
 5930471 5930472 MMAR_0812 MMAR_0813     TRUE 0.994 -3.000 0.541 NA   NA
 5930472 5930473 MMAR_0813 MMAR_0814   gpm1 TRUE 0.800 14.000 0.196 NA   NA
 5930473 5930474 MMAR_0814 MMAR_0815 gpm1 senX3 FALSE 0.144 136.000 0.196 1.000 N NA
 5930474 5930475 MMAR_0815 MMAR_0816 senX3 regX3 FALSE 0.531 156.000 0.437 1.000 Y NA
 5930476 5930477 MMAR_0817 MMAR_0818     TRUE 0.989 -3.000 0.300 NA   NA
 5930477 5930478 MMAR_0818 MMAR_0819     TRUE 0.673 33.000 0.200 NA   NA
 5930481 5930482 MMAR_0822 MMAR_0823     TRUE 0.989 -3.000 0.286 NA   NA
 5930482 5930483 MMAR_0823 MMAR_0824     TRUE 0.735 17.000 0.127 NA   NA
 5930483 5930484 MMAR_0824 MMAR_0825     TRUE 0.906 2.000 0.076 NA   NA
 5930484 5930485 MMAR_0825 MMAR_0826   proC TRUE 0.722 25.000 0.143 1.000   NA
 5930485 5930486 MMAR_0826 MMAR_0827 proC   FALSE 0.157 142.000 0.186 1.000   NA
 5930486 5930487 MMAR_0827 MMAR_0828     FALSE 0.169 139.000 0.233 NA   NA
 5930487 5930488 MMAR_0828 MMAR_0829   galE2 FALSE 0.529 79.000 0.356 NA   NA
 5930488 5930489 MMAR_0829 MMAR_0830 galE2   TRUE 0.972 6.000 0.796 1.000 N NA
 5930490 5930491 MMAR_0831 MMAR_0832 cmaA2   TRUE 0.842 23.000 0.400 1.000 N NA
 5930491 5930492 MMAR_0832 MMAR_0833   serB1 FALSE 0.512 45.000 0.145 1.000 N NA
 5930493 5930494 MMAR_0834 MMAR_0835 coxS_1 coxM_1 TRUE 0.997 4.000 1.000 0.090 Y NA
 5930494 5930495 MMAR_0835 MMAR_0836 coxM_1 coxL_1 TRUE 0.999 -3.000 0.333 0.001 Y NA
 5930496 5930497 MMAR_0837 MMAR_0838     FALSE 0.002 438.000 0.000 NA   NA
 5930497 5930498 MMAR_0838 MMAR_5582   mimJ FALSE 0.022 173.000 0.000 NA   NA
 5930499 5930500 MMAR_0839 MMAR_0840   mmpL2 TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5930500 5930501 MMAR_0840 MMAR_0841 mmpL2   TRUE 0.895 0.000 0.007 NA   NA
 5930501 5930502 MMAR_0841 MMAR_0842   hemA FALSE 0.141 111.000 0.012 NA   NA
 5930502 5930503 MMAR_0842 MMAR_0843 hemA hemC TRUE 0.975 14.000 0.178 0.002 Y NA
 5930503 5930504 MMAR_0843 MMAR_0844 hemC hemD TRUE 0.957 22.000 0.044 0.002 Y NA
 5930504 5930505 MMAR_0844 MMAR_0845 hemD hemB TRUE 0.967 40.000 0.429 0.002 Y NA
 5930505 5930506 MMAR_0845 MMAR_0846 hemB   TRUE 0.727 12.000 0.039 NA   NA
 5930506 5930507 MMAR_0846 MMAR_0847     TRUE 0.992 -3.000 0.389 NA   NA
 5930508 5930509 MMAR_0848 MMAR_0851     TRUE 0.808 1.000 0.000 NA   NA
 5930509 5930510 MMAR_0851 MMAR_0852   cyp185A4 FALSE 0.016 1254.000 0.000 1.000 Y NA
 5930510 5930511 MMAR_0852 MMAR_0853 cyp185A4   FALSE 0.001 962.000 0.000 NA N NA
 5930512 5930513 MMAR_0854 MMAR_0855     FALSE 0.274 106.000 0.200 1.000 N NA
 5930514 5930515 MMAR_0856 MMAR_0857     FALSE 0.268 112.000 0.200 NA   NA
 5930515 5930516 MMAR_0857 MMAR_0858     FALSE 0.400 52.000 0.167 NA N NA
 5930517 5930518 MMAR_0859 MMAR_0860   ctpF FALSE 0.057 123.000 0.000 1.000 N NA
 5930518 5930519 MMAR_0860 MMAR_0861 ctpF   FALSE 0.005 271.000 0.000 1.000 N NA
 5930519 5930520 MMAR_0861 MMAR_0862   gabP FALSE 0.019 170.000 0.000 1.000 N NA
 5930521 5930522 MMAR_0863 MMAR_0864 apbA   TRUE 0.925 16.000 0.667 1.000 N NA
 5930524 5930525 MMAR_0867 MMAR_0868     FALSE 0.147 103.000 0.000 1.000   NA
 5930526 5930527 MMAR_0869 MMAR_0870   hemL FALSE 0.127 74.000 0.000 1.000 N NA
 5930527 5930528 MMAR_0870 MMAR_0871 hemL   TRUE 0.942 0.000 0.204 NA N NA
 5930528 5930529 MMAR_0871 MMAR_0872     TRUE 0.802 3.000 0.035 NA N NA
 5930529 5930530 MMAR_0872 MMAR_0873   ccsA TRUE 0.999 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5930530 5930531 MMAR_0873 MMAR_0874 ccsA   TRUE 0.666 102.000 0.131 NA Y NA
 5930531 5930532 MMAR_0874 MMAR_0875   ccsB TRUE 0.996 -3.000 0.082 NA Y NA
 5930532 5930533 MMAR_0875 MMAR_0876 ccsB   TRUE 0.691 42.000 0.308 1.000 N NA
 5930536 5930537 MMAR_0879 MMAR_0880 fabH menA FALSE 0.155 99.000 0.011 1.000 N NA
 5930538 5930539 MMAR_0881 MMAR_0882 pnp galE3 TRUE 0.931 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5930541 5930542 MMAR_0884 MMAR_0885     FALSE 0.577 30.000 0.048 NA   NA
 5930542 5930543 MMAR_0885 MMAR_0886     TRUE 0.979 -3.000 0.109 NA   NA
 5930544 5930545 MMAR_0887 MMAR_0888   menE TRUE 0.663 12.000 0.008 NA   NA
 5930545 5930546 MMAR_0888 MMAR_0889 menE   FALSE 0.403 45.000 0.024 NA   NA
 5930546 5930547 MMAR_0889 MMAR_0890     FALSE 0.411 61.000 0.150 NA   NA
 5930547 5930548 MMAR_0890 MMAR_0891   pitA TRUE 0.996 -3.000 0.667 NA   NA
 5930548 5930549 MMAR_0891 MMAR_0892 pitA   FALSE 0.313 98.000 0.167 NA   NA
 5930549 5930550 MMAR_0892 MMAR_0893     FALSE 0.528 14.000 0.000 NA   NA
 5930550 5930551 MMAR_0893 MMAR_0894     FALSE 0.469 19.000 0.000 NA   NA
 5930551 5930552 MMAR_0894 MMAR_0895   menB FALSE 0.426 44.000 0.005 1.000   NA
 5930552 5930553 MMAR_0895 MMAR_0896 menB   TRUE 0.961 -3.000 0.005 NA   NA
 5930553 5930554 MMAR_0896 MMAR_0897   fadD8 FALSE 0.096 110.000 0.000 NA   NA
 5930555 5930556 MMAR_0898 MMAR_0899   menC TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000   NA
 5930556 5930557 MMAR_0899 MMAR_0900 menC bpoC TRUE 0.938 -7.000 0.000 NA   NA
 5930557 5930558 MMAR_0900 MMAR_0901 bpoC menD FALSE 0.271 64.000 0.022 NA   NA
 5930558 5930559 MMAR_0901 MMAR_0902 menD   TRUE 0.975 -3.000 0.055 NA   NA
 5930559 5930560 MMAR_0902 MMAR_0903   pimB FALSE 0.453 76.000 0.259 NA   NA
 5930562 5930563 MMAR_0905 MMAR_0906     TRUE 0.934 -10.000 0.000 NA   NA
 5930563 5930564 MMAR_0906 MMAR_0907   menH FALSE 0.388 29.000 0.000 NA   NA
 5930565 5930566 MMAR_0908 MMAR_0909     TRUE 0.694 33.000 0.222 NA   NA
 5930566 5930567 MMAR_0909 MMAR_0910     FALSE 0.377 54.000 0.029 1.000   NA
 5930568 5930569 MMAR_0911 MMAR_0912 grcC1 hspX FALSE 0.225 91.000 0.042 1.000 N NA
 5930570 5930571 MMAR_0913 MMAR_0914 sulP sulP_1 FALSE 0.086 293.000 0.000 0.014 Y NA
 5930571 5930572 MMAR_0914 MMAR_0915 sulP_1 gpdA1 FALSE 0.007 233.000 0.000 1.000 N NA
 5930574 5930575 MMAR_0917 MMAR_0918     FALSE 0.002 450.000 0.000 1.000 N NA
 5930575 5930576 MMAR_0918 MMAR_0919   rimL FALSE 0.028 149.000 0.000 1.000 N NA
 5930576 5930577 MMAR_0919 MMAR_0920 rimL   FALSE 0.112 102.000 0.000 NA   NA
 5930579 5930580 MMAR_0921 MMAR_0922     TRUE 0.996 -3.000 0.028 1.000 Y NA
 5930580 5930581 MMAR_0922 MMAR_0923     TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000   NA
 5930581 5930582 MMAR_0923 MMAR_0924     FALSE 0.096 123.000 0.000 1.000   NA
 5930582 5930583 MMAR_0924 MMAR_0925   nhaP FALSE 0.059 122.000 0.000 1.000 N NA
 5930583 5930584 MMAR_0925 MMAR_0926 nhaP   FALSE 0.014 158.000 0.000 NA N NA
 5930589 5930590 MMAR_0931 MMAR_0932     FALSE 0.005 294.000 0.000 NA   NA
 5930590 5930591 MMAR_0932 MMAR_0933     FALSE 0.397 28.000 0.000 NA   NA
 5930591 5930592 MMAR_0933 MMAR_0934     FALSE 0.105 105.000 0.000 NA   NA
 5930592 5930593 MMAR_0934 MMAR_0935     FALSE 0.314 48.000 0.000 1.000   NA
 5930593 5930594 MMAR_0935 MMAR_0936   atsA_1 FALSE 0.055 125.000 0.000 1.000 N NA
 5930594 5930595 MMAR_0936 MMAR_0937 atsA_1 gatA_1 FALSE 0.134 70.000 0.000 1.000 N NA
 5930595 5930596 MMAR_0937 MMAR_0938 gatA_1 cyp135B4 FALSE 0.011 199.000 0.000 1.000 N NA
 5930598 5930599 MMAR_0940 MMAR_0941 galT galK TRUE 0.996 -3.000 0.370 0.001 N NA
 5930599 5930600 MMAR_0941 MMAR_0942 galK   FALSE 0.143 81.000 0.000 NA   NA
 5930605 5930606 MMAR_0947 MMAR_0948     FALSE 0.179 62.000 0.000 NA   NA
 5930606 5930607 MMAR_0948 MMAR_0949   lppF FALSE 0.086 114.000 0.000 NA   NA
 5930607 5930608 MMAR_0949 MMAR_0950 lppF lpqN FALSE 0.013 204.000 0.000 NA   NA
 5930609 5930610 MMAR_0951 MMAR_0952     FALSE 0.587 11.000 0.000 NA   NA
 5930611 5930612 MMAR_0953 MMAR_5583     TRUE 0.934 -10.000 0.000 NA   NA
 5930612 5930613 MMAR_5583 MMAR_0954     FALSE 0.135 91.000 0.000 NA   NA
 5930615 5930616 MMAR_0956 MMAR_0957 recD recB TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 5930616 5930617 MMAR_0957 MMAR_0958 recB recC TRUE 0.998 0.000 0.542 0.001 Y NA
 5930618 5930619 MMAR_0959 MMAR_0960   cynS FALSE 0.127 74.000 0.000 1.000 N NA
 5930619 5930620 MMAR_0960 MMAR_0961 cynS   FALSE 0.606 23.000 0.011 1.000   NA
 5930621 5930622 MMAR_0962 MMAR_0963 echA3   FALSE 0.294 82.000 0.067 NA   NA
 5930622 5930623 MMAR_0963 MMAR_0965   gloB FALSE 0.023 194.000 0.006 NA   NA
 5930624 5930625 MMAR_0966 MMAR_5492   thrT FALSE 0.043 142.000 0.000 NA   NA
 5930625 5930626 MMAR_5492 MMAR_5493 thrT metT FALSE 0.211 53.000 0.000 NA   NA
 5930626 5930627 MMAR_5493 MMAR_0967 metT rpmG2 FALSE 0.273 45.000 0.000 NA   NA
 5930627 5930628 MMAR_0967 MMAR_0968 rpmG2   FALSE 0.431 51.000 0.079 NA   NA
 5930628 5930629 MMAR_0968 MMAR_0969     TRUE 0.996 -13.000 0.818 NA   NA
 5930629 5930630 MMAR_0969 MMAR_0970     TRUE 0.993 11.000 0.818 0.068 Y NA
 5930630 5930631 MMAR_0970 MMAR_5494   trpT FALSE 0.036 148.000 0.000 NA   NA
 5930631 5930632 MMAR_5494 MMAR_0971 trpT secE FALSE 0.035 149.000 0.000 NA   NA
 5930632 5930633 MMAR_0971 MMAR_0972 secE nusG FALSE 0.424 32.000 0.006 1.000 N NA
 5930633 5930634 MMAR_0972 MMAR_0973 nusG rplK TRUE 0.821 47.000 0.681 1.000 N NA
 5930634 5930635 MMAR_0973 MMAR_0974 rplK rplA TRUE 0.946 88.000 0.838 0.016 Y NA
 5930636 5930637 MMAR_0975 MMAR_0976     TRUE 0.942 16.000 0.778 NA   NA
 5930637 5930638 MMAR_0976 MMAR_0977   mmaA4 FALSE 0.320 105.000 0.222 NA   NA
 5930638 5930639 MMAR_0977 MMAR_0978 mmaA4 mmaA3 TRUE 0.661 143.000 0.286 0.005 Y NA
 5930639 5930640 MMAR_0978 MMAR_0979 mmaA3 mmaA5_1 TRUE 0.838 133.000 0.667 0.005 Y NA
 5930640 5930641 MMAR_0979 MMAR_0980 mmaA5_1 mmaA1 TRUE 0.686 147.000 0.400 0.005 Y NA
 5930641 5930642 MMAR_0980 MMAR_0981 mmaA1 lipG1 FALSE 0.547 97.000 0.444 NA   NA
 5930642 5930643 MMAR_0981 MMAR_0982 lipG1   TRUE 0.873 10.000 0.243 NA   NA
 5930643 5930644 MMAR_0982 MMAR_0983   lipG2 FALSE 0.160 120.000 0.054 NA   NA
 5930644 5930645 MMAR_0983 MMAR_0984 lipG2 amiD FALSE 0.223 51.000 0.000 NA   NA
 5930646 5930647 MMAR_0985 MMAR_0986   fabD2 TRUE 0.997 -3.000 0.857 1.000   NA
 5930647 5930648 MMAR_0986 MMAR_0987 fabD2   TRUE 0.736 7.000 0.000 1.000   NA
 5930650 5930651 MMAR_0989 MMAR_0990   rplJ FALSE 0.003 375.000 0.000 NA   NA
 5930651 5930652 MMAR_0990 MMAR_0991 rplJ rplL TRUE 0.959 68.000 0.884 0.012 Y NA
 5930654 5930655 MMAR_0993 MMAR_0994   mkl FALSE 0.027 179.000 0.038 NA N NA
 5930655 5930656 MMAR_0994 MMAR_0995 mkl rpoB FALSE 0.001 593.000 0.000 1.000 N NA
 5930656 5930657 MMAR_0995 MMAR_0996 rpoB rpoC TRUE 0.972 53.000 0.851 0.001 Y NA
 5930657 5930658 MMAR_0996 MMAR_5546 rpoC   FALSE 0.002 663.000 0.000 NA   NA
 5930660 5930661 MMAR_0998 MMAR_0999   end FALSE 0.143 81.000 0.000 NA   NA
 5930661 5930662 MMAR_0999 MMAR_1000 end lpqP FALSE 0.202 65.000 0.004 1.000 N NA
 5930662 5930663 MMAR_1000 MMAR_1001 lpqP   FALSE 0.335 62.000 0.071 1.000 N NA
 5930663 5930664 MMAR_1001 MMAR_1002   echA4 TRUE 0.977 9.000 0.286 1.000 Y NA
 5930664 5930665 MMAR_1002 MMAR_1003 echA4   TRUE 0.828 14.000 0.292 NA N NA
 5930665 5930666 MMAR_1003 MMAR_1004   echA5 TRUE 0.970 -3.000 0.083 NA N NA
 5930667 5930668 MMAR_1005 MMAR_1006 mmpL5 mmpS5 TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 5930670 5930671 MMAR_1008 MMAR_1009     TRUE 0.833 50.000 0.778 NA   NA
 5930672 5930673 MMAR_1010 MMAR_1011   rpsL FALSE 0.004 376.000 0.000 1.000   NA
 5930673 5930674 MMAR_1011 MMAR_1012 rpsL rpsG TRUE 0.998 0.000 0.620 0.002 Y NA
 5930674 5930675 MMAR_1012 MMAR_1013 rpsG fusA1 TRUE 0.883 81.000 0.579 1.000 Y NA
 5930675 5930676 MMAR_1013 MMAR_1014 fusA1 tuf FALSE 0.536 187.000 0.400 0.001 Y NA
 5930676 5930677 MMAR_1014 MMAR_1015 tuf   FALSE 0.008 250.000 0.000 NA   NA
 5930677 5930678 MMAR_1015 MMAR_1016     FALSE 0.252 134.000 0.333 NA   NA
 5930678 5930679 MMAR_1016 MMAR_1017     TRUE 0.925 10.000 0.214 0.067   NA
 5930680 5930681 MMAR_1018 MMAR_1019     TRUE 0.939 0.000 0.088 NA   NA
 5930682 5930683 MMAR_1020 MMAR_1021   pqqE TRUE 0.993 -3.000 0.484 NA   NA
 5930683 5930684 MMAR_1021 MMAR_1022 pqqE lldD1 TRUE 0.973 3.000 0.548 1.000   NA
 5930684 5930685 MMAR_1022 MMAR_1023 lldD1   FALSE 0.219 155.000 0.464 NA   NA
 5930685 5930686 MMAR_1023 MMAR_1024     TRUE 0.993 -3.000 0.440 NA   NA
 5930686 5930687 MMAR_1024 MMAR_1025     TRUE 0.951 9.000 0.667 NA N NA
 5930688 5930689 MMAR_1026 MMAR_1027     FALSE 0.051 135.000 0.000 NA   NA
 5930690 5930691 MMAR_1028 MMAR_1029     FALSE 0.002 556.000 0.000 NA   NA
 5930691 5930692 MMAR_1029 MMAR_5549     TRUE 0.923 -67.000 0.000 NA   NA
 5930692 5930693 MMAR_5549 MMAR_1030   rpsJ FALSE 0.005 291.000 0.000 NA   NA
 5930693 5930694 MMAR_1030 MMAR_1031 rpsJ rplC TRUE 0.984 15.000 0.467 0.016 Y NA
 5930694 5930695 MMAR_1031 MMAR_1032 rplC rplD TRUE 0.996 0.000 0.361 0.012 Y NA
 5930695 5930696 MMAR_1032 MMAR_1033 rplD rplW TRUE 0.997 0.000 0.513 0.012 Y NA
 5930696 5930697 MMAR_1033 MMAR_1034 rplW rplB TRUE 0.986 30.000 0.849 0.011 Y NA
 5930697 5930698 MMAR_1034 MMAR_1035 rplB rpsS TRUE 0.988 22.000 0.820 0.016 Y NA
 5930698 5930699 MMAR_1035 MMAR_1036 rpsS rplV TRUE 0.984 29.000 0.769 0.016 Y NA
 5930699 5930700 MMAR_1036 MMAR_1037 rplV rpsC TRUE 0.998 0.000 0.719 0.016 Y NA
 5930700 5930701 MMAR_1037 MMAR_1038 rpsC rplP TRUE 0.996 4.000 0.828 0.016 Y NA
 5930701 5930702 MMAR_1038 MMAR_1039 rplP rpmC TRUE 0.998 0.000 0.802 0.012 Y NA
 5930702 5930703 MMAR_1039 MMAR_1040 rpmC rpsQ TRUE 0.998 0.000 0.828 0.012 Y NA
 5930703 5930704 MMAR_1040 MMAR_1041 rpsQ atsA FALSE 0.050 144.000 0.005 1.000 N NA
 5930704 5930705 MMAR_1041 MMAR_1042 atsA   TRUE 0.982 -46.000 0.250 NA   NA
 5930705 5930706 MMAR_1042 MMAR_1043     TRUE 0.703 5.000 0.000 NA   NA
 5930706 5930707 MMAR_1043 MMAR_1044     FALSE 0.422 130.000 0.600 NA   NA
 5930707 5930708 MMAR_1044 MMAR_1045   rplN FALSE 0.008 251.000 0.000 NA   NA
 5930708 5930709 MMAR_1045 MMAR_1046 rplN rplX TRUE 0.998 1.000 0.810 0.016 Y NA
 5930709 5930710 MMAR_1046 MMAR_1047 rplX rplE TRUE 0.999 -3.000 0.758 0.012 Y NA
 5930710 5930711 MMAR_1047 MMAR_1048 rplE rpsN TRUE 0.993 5.000 0.496 0.012 Y NA
 5930711 5930712 MMAR_1048 MMAR_1049 rpsN rpsH TRUE 0.913 77.000 0.473 0.012 Y NA
 5930712 5930713 MMAR_1049 MMAR_1050 rpsH rplF TRUE 0.993 11.000 0.808 0.012 Y NA
 5930713 5930714 MMAR_1050 MMAR_1051 rplF rplR TRUE 0.997 3.000 0.815 0.012 Y NA
 5930714 5930715 MMAR_1051 MMAR_1052 rplR rpsE TRUE 0.981 38.000 0.814 0.016 Y NA
 5930715 5930716 MMAR_1052 MMAR_1053 rpsE rpmD TRUE 0.999 -3.000 0.789 0.016 Y NA
 5930716 5930717 MMAR_1053 MMAR_1054 rpmD rplO TRUE 0.999 -3.000 0.653 0.002 Y NA
 5930720 5930721 MMAR_1057 MMAR_1058     TRUE 0.891 20.000 0.000 NA Y NA
 5930721 5930722 MMAR_1058 MMAR_1059     TRUE 0.998 -3.000 0.400 NA Y NA
 5930726 5930727 MMAR_1064 MMAR_1065 fucA serA2 TRUE 0.973 -3.000 0.058 1.000 N NA
 5930728 5930729 MMAR_1066 MMAR_1067 xylB   FALSE 0.075 148.000 0.018 1.000   NA
 5930730 5930731 MMAR_1068 MMAR_1069     TRUE 0.902 17.000 0.000 NA Y NA
 5930732 5930733 MMAR_1070 MMAR_1071 secY adk TRUE 0.973 -3.000 0.057 1.000 N NA
 5930733 5930734 MMAR_1071 MMAR_1072 adk mapA TRUE 0.972 3.000 0.606 1.000 N NA
 5930734 5930735 MMAR_1072 MMAR_1073 mapA sigL FALSE 0.398 53.000 0.099 1.000 N NA
 5930735 5930736 MMAR_1073 MMAR_1074 sigL   TRUE 0.897 79.000 0.697 NA Y NA
 5930736 5930737 MMAR_1074 MMAR_1075     TRUE 0.699 87.000 0.065 NA Y NA
 5930737 5930738 MMAR_1075 MMAR_1076     FALSE 0.426 24.000 0.000 NA   NA
 5930739 5930740 MMAR_1077 MMAR_1078 mmsB fadE9 TRUE 0.948 13.000 0.051 1.000 Y NA
 5930740 5930741 MMAR_1078 MMAR_1079 fadE9 mmsA TRUE 0.876 6.000 0.197 1.000 N NA
 5930741 5930742 MMAR_1079 MMAR_1080 mmsA   FALSE 0.016 180.000 0.000 1.000 N NA
 5930742 5930743 MMAR_1080 MMAR_1081   rmlC FALSE 0.021 164.000 0.000 1.000 N NA
 5930743 5930744 MMAR_1081 MMAR_1082 rmlC rmlB TRUE 0.988 2.000 0.250 1.000 Y NA
 5930744 5930745 MMAR_1082 MMAR_1083 rmlB   TRUE 0.806 10.000 0.188 NA N NA
 5930745 5930746 MMAR_1083 MMAR_1084     TRUE 0.867 27.000 0.000 NA Y NA
 5930747 5930748 MMAR_1085 MMAR_1086 infA rpmJ TRUE 0.898 34.000 0.067 1.000 Y NA
 5930748 5930749 MMAR_1086 MMAR_1087 rpmJ rpsM FALSE 0.316 191.000 0.086 0.012 Y NA
 5930749 5930750 MMAR_1087 MMAR_1088 rpsM rpsK TRUE 0.996 4.000 0.810 0.012 Y NA
 5930750 5930751 MMAR_1088 MMAR_1089 rpsK rpsD TRUE 0.983 19.000 0.509 0.016 Y NA
 5930751 5930752 MMAR_1089 MMAR_1090 rpsD rpoA FALSE 0.617 86.000 0.549 1.000 N NA
 5930752 5930753 MMAR_1090 MMAR_1091 rpoA rplQ TRUE 0.803 61.000 0.873 1.000 N NA
 5930753 5930754 MMAR_1091 MMAR_1092 rplQ truA FALSE 0.512 131.000 0.102 1.000 Y NA
 5930755 5930756 MMAR_1093 MMAR_1094 cycA   FALSE 0.003 271.000 0.000 NA N NA
 5930756 5930757 MMAR_1094 MMAR_1095     TRUE 0.664 67.000 0.000 NA Y NA
 5930757 5930758 MMAR_1095 MMAR_1096     FALSE 0.029 129.000 0.000 NA N NA
 5930758 5930759 MMAR_1096 MMAR_1097   cut4 FALSE 0.007 260.000 0.000 NA   NA
 5930759 5930760 MMAR_1097 MMAR_1098 cut4 cut3 TRUE 0.928 32.000 0.500 0.001   NA
 5930762 5930763 MMAR_1100 MMAR_1101 mycP4   TRUE 0.996 -3.000 0.727 NA   NA
 5930764 5930765 MMAR_1102 MMAR_1103     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 5930765 5930766 MMAR_1103 MMAR_1104   esxU FALSE 0.551 63.000 0.310 NA   NA
 5930766 5930767 MMAR_1104 MMAR_1105 esxU esxT TRUE 0.777 16.000 0.190 NA   NA
 5930767 5930768 MMAR_1105 MMAR_1106 esxT rplM FALSE 0.009 239.000 0.000 NA   NA
 5930768 5930769 MMAR_1106 MMAR_1107 rplM rpsI TRUE 0.999 -3.000 0.601 0.012 Y NA
 5930769 5930770 MMAR_1107 MMAR_1108 rpsI mrsA FALSE 0.074 151.000 0.068 1.000 N NA
 5930770 5930771 MMAR_1108 MMAR_1109 mrsA   FALSE 0.152 105.000 0.009 NA   NA
 5930771 5930772 MMAR_1109 MMAR_1110     TRUE 0.984 3.000 0.875 NA   NA
 5930773 5930774 MMAR_1111 MMAR_1112     TRUE 0.807 16.000 0.238 NA   NA
 5930774 5930775 MMAR_1112 MMAR_1113     TRUE 0.813 10.000 0.095 NA   NA
 5930776 5930777 MMAR_1114 MMAR_1115 glmS   FALSE 0.233 65.000 0.005 NA   NA
 5930777 5930778 MMAR_1115 MMAR_1116     FALSE 0.604 52.000 0.300 NA   NA
 5930778 5930779 MMAR_1116 MMAR_1117     FALSE 0.559 19.000 0.004 NA   NA
 5930779 5930780 MMAR_1117 MMAR_1118   gadB FALSE 0.317 37.000 0.009 NA N NA
 5930780 5930781 MMAR_1118 MMAR_1119 gadB alr FALSE 0.230 87.000 0.041 1.000 N NA
 5930781 5930782 MMAR_1119 MMAR_1120 alr   TRUE 0.976 -10.000 0.055 1.000   NA
 5930782 5930783 MMAR_1120 MMAR_1121     TRUE 0.960 -7.000 0.011 NA   NA
 5930783 5930784 MMAR_1121 MMAR_1122     TRUE 0.985 -3.000 0.217 NA   NA
 5930784 5930785 MMAR_1122 MMAR_1123   rimI TRUE 0.980 -3.000 0.062 1.000   NA
 5930785 5930786 MMAR_1123 MMAR_1124 rimI gcp TRUE 0.924 1.000 0.056 1.000   NA
 5930786 5930787 MMAR_1124 MMAR_1125 gcp groES FALSE 0.052 314.000 0.004 1.000 Y NA
 5930787 5930788 MMAR_1125 MMAR_1126 groES groEL1 TRUE 0.909 93.000 0.592 0.079 Y NA
 5930788 5930789 MMAR_1126 MMAR_1127 groEL1   FALSE 0.003 251.000 0.000 NA N NA
 5930790 5930791 MMAR_1128 MMAR_1129     FALSE 0.007 266.000 0.000 NA   NA
 5930796 5930797 MMAR_1133 MMAR_1134   sigD TRUE 0.720 76.000 0.706 NA   NA
 5930797 5930798 MMAR_1134 MMAR_1135 sigD   TRUE 0.995 -7.000 0.615 NA   NA
 5930800 5930801 MMAR_1137 MMAR_1138 guaB2 guaB3 TRUE 0.910 10.000 0.056 0.001 N NA
 5930801 5930802 MMAR_1138 MMAR_1139 guaB3   FALSE 0.009 181.000 0.000 NA N NA
 5930802 5930803 MMAR_1139 MMAR_1140   choD FALSE 0.068 89.000 0.000 NA N NA
 5930806 5930807 MMAR_1143 MMAR_1144     TRUE 0.994 -3.000 0.286 0.049   NA
 5930808 5930809 MMAR_5486 MMAR_1145     FALSE 0.321 39.000 0.000 NA   NA
 5930811 5930812 MMAR_1147 MMAR_1148   guaA FALSE 0.072 79.000 0.000 NA N NA
 5930814 5930815 MMAR_1150 MMAR_1151     TRUE 0.961 7.000 0.636 NA   NA
 5930816 5930817 MMAR_1152 MMAR_1153 iunH acrA1 FALSE 0.431 45.000 0.103 NA N NA
 5930817 5930818 MMAR_1153 MMAR_1154 acrA1 lpqD FALSE 0.462 40.000 0.077 NA N NA
 5930820 5930821 MMAR_1156 MMAR_1157 otsB2   FALSE 0.316 52.000 0.016 NA   NA
 5930825 5930826 MMAR_1161 MMAR_1162     FALSE 0.067 125.000 0.000 NA   NA
 5930826 5930827 MMAR_1162 MMAR_1163   spoU FALSE 0.019 181.000 0.000 NA   NA
 5930828 5930829 MMAR_1164 MMAR_1165     FALSE 0.009 217.000 0.000 1.000 N NA
 5930829 5930830 MMAR_1165 MMAR_1166     TRUE 0.995 -3.000 0.636 NA   NA
 5930830 5930831 MMAR_1166 MMAR_1167     TRUE 0.996 -24.000 0.818 NA   NA
 5930831 5930832 MMAR_1167 MMAR_1168     TRUE 0.992 -19.000 0.529 NA   NA
 5930832 5930833 MMAR_1168 MMAR_1169     TRUE 0.931 9.000 0.412 NA   NA
 5930833 5930834 MMAR_1169 MMAR_1170   fadD29_1 FALSE 0.002 644.000 0.000 NA   NA
 5930834 5930835 MMAR_1170 MMAR_1171 fadD29_1 bioF2_5 FALSE 0.280 38.000 0.000 1.000 N NA
 5930835 5930836 MMAR_1171 MMAR_1172 bioF2_5   TRUE 0.655 5.000 0.000 1.000 N NA
 5930837 5930838 MMAR_1173 MMAR_1174     TRUE 0.739 25.000 0.000 0.012   NA
 5930838 5930839 MMAR_1174 MMAR_1175     FALSE 0.003 377.000 0.000 1.000 N NA
 5930840 5930841 MMAR_1176 MMAR_1177 folD   TRUE 0.993 -3.000 0.453 NA   NA
 5930843 5930844 MMAR_1179 MMAR_1180     FALSE 0.019 248.000 0.000 0.066 N NA
 5930845 5930846 MMAR_1181 MMAR_1182     FALSE 0.179 62.000 0.000 NA   NA
 5930846 5930847 MMAR_1182 MMAR_1183     FALSE 0.190 59.000 0.000 NA   NA
 5930847 5930848 MMAR_1183 MMAR_1184   metA TRUE 0.978 -3.000 0.136 1.000 N NA
 5930848 5930849 MMAR_1184 MMAR_1185 metA metC TRUE 0.982 12.000 0.542 1.000 Y NA
 5930852 5930853 MMAR_1188 MMAR_1189 trpS   TRUE 0.865 5.000 0.045 1.000   NA
 5930854 5930855 MMAR_1190 MMAR_1191 nagA sugI TRUE 0.996 -3.000 0.054 1.000 Y NA
 5930855 5930856 MMAR_1191 MMAR_1192 sugI dacC FALSE 0.032 202.000 0.074 1.000 N NA
 5930857 5930858 MMAR_1193 MMAR_1194     TRUE 0.934 -10.000 0.000 NA   NA
 5930862 5930863 MMAR_1198 MMAR_1199     FALSE 0.011 214.000 0.000 NA   NA
 5930864 5930865 MMAR_1200 MMAR_1201 sdhB sdhA TRUE 0.998 0.000 0.604 0.002 Y NA
 5930865 5930866 MMAR_1201 MMAR_1202 sdhA sdhD TRUE 0.985 29.000 0.705 0.002 Y NA
 5930866 5930867 MMAR_1202 MMAR_1203 sdhD sdhC TRUE 0.998 -3.000 0.157 0.001 Y NA
 5930868 5930869 MMAR_1204 MMAR_1205 cdd deoA TRUE 0.997 -3.000 0.221 1.000 Y NA
 5930869 5930870 MMAR_1205 MMAR_1206 deoA add TRUE 0.996 -3.000 0.062 1.000 Y NA
 5930871 5930872 MMAR_1207 MMAR_1208     FALSE 0.006 270.000 0.000 NA   NA
 5930873 5930874 MMAR_1209 MMAR_1210   alc TRUE 0.978 -3.000 0.133 1.000 N NA
 5930874 5930875 MMAR_1210 MMAR_1211 alc   TRUE 0.968 -3.000 0.039 1.000 N NA
 5930876 5930877 MMAR_1212 MMAR_1213     FALSE 0.131 109.000 0.000 1.000   NA
 5930879 5930880 MMAR_1215 MMAR_1216     FALSE 0.467 49.000 0.100 NA   NA
 5930882 5930883 MMAR_1218 MMAR_1219 pmmB deoD TRUE 0.982 -10.000 0.235 1.000 N NA
 5930884 5930885 MMAR_1220 MMAR_1221 amiB1 amiA1 TRUE 0.993 -3.000 0.132 0.002   NA
 5930885 5930886 MMAR_1221 MMAR_1222 amiA1   FALSE 0.122 112.000 0.000 1.000   NA
 5930888 5930889 MMAR_1224 MMAR_1225 lpdA glpD2 TRUE 0.797 85.000 0.071 0.087 Y NA
 5930889 5930890 MMAR_1225 MMAR_1226 glpD2 gltB_1 FALSE 0.002 408.000 0.000 1.000 N NA
 5930891 5930892 MMAR_1227 MMAR_1228   ctpH_1 FALSE 0.054 133.000 0.000 NA   NA
 5930893 5930894 MMAR_1229 MMAR_1230 phoY1 corA_1 TRUE 0.805 42.000 0.000 NA Y NA
 5930894 5930895 MMAR_1230 MMAR_1231 corA_1   FALSE 0.011 205.000 0.000 1.000 N NA
 5930895 5930896 MMAR_1231 MMAR_1232   atsB FALSE 0.528 22.000 0.015 1.000 N NA
 5930898 5930899 MMAR_1234 MMAR_1235 phoS2_1   FALSE 0.069 86.000 0.000 NA N NA
 5930899 5930900 MMAR_1235 MMAR_1236   lpqC FALSE 0.109 53.000 0.000 NA N NA
 5930901 5930902 MMAR_1237 MMAR_1238 nei lhr TRUE 0.952 4.000 0.352 1.000   NA
 5930902 5930903 MMAR_1238 MMAR_1239 lhr   FALSE 0.591 33.000 0.040 1.000   NA
 5930903 5930904 MMAR_1239 MMAR_1240   pcd FALSE 0.391 49.000 0.052 1.000 N NA
 5930904 5930905 MMAR_1240 MMAR_1241 pcd   FALSE 0.325 78.000 0.103 NA   NA
 5930906 5930907 MMAR_1242 MMAR_1243   lat FALSE 0.492 54.000 0.224 1.000 N NA
 5930907 5930908 MMAR_1243 MMAR_1244 lat   FALSE 0.310 80.000 0.083 NA   NA
 5930908 5930909 MMAR_1244 MMAR_1245   usfY FALSE 0.374 113.000 0.333 NA   NA
 5930909 5930910 MMAR_1245 MMAR_1246 usfY   FALSE 0.015 196.000 0.000 NA   NA
 5930910 5930911 MMAR_1246 MMAR_1247   rsbW TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5930911 5930912 MMAR_1247 MMAR_1248 rsbW sigF TRUE 0.994 -3.000 0.636 NA N NA
 5930915 5930916 MMAR_1251 MMAR_1252 accA3 sufE FALSE 0.184 111.000 0.045 NA   NA
 5930916 5930917 MMAR_1252 MMAR_1253 sufE sseA TRUE 0.991 -3.000 0.351 NA   NA
 5930917 5930918 MMAR_1253 MMAR_1254 sseA   FALSE 0.303 40.000 0.011 NA N NA
 5930918 5930919 MMAR_1254 MMAR_1255     TRUE 0.965 -3.000 0.015 NA   NA
 5930919 5930920 MMAR_1255 MMAR_1256   accD5 TRUE 0.996 -3.000 0.692 NA   NA
 5930921 5930922 MMAR_1257 MMAR_1258 birA   FALSE 0.265 63.000 0.016 NA   NA
 5930924 5930925 MMAR_1260 MMAR_1261 purK purE TRUE 0.998 -7.000 0.141 0.001 Y NA
 5930925 5930926 MMAR_1261 MMAR_1262 purE fadE25 FALSE 0.482 25.000 0.009 1.000 N NA
 5930926 5930927 MMAR_1262 MMAR_1263 fadE25   FALSE 0.027 194.000 0.037 1.000 N NA
 5930927 5930928 MMAR_1263 MMAR_1264     TRUE 0.999 -3.000 0.636 1.000 Y NA
 5930928 5930929 MMAR_1264 MMAR_1265     TRUE 0.999 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 5930930 5930931 MMAR_1266 MMAR_1267 sulP_2   FALSE 0.005 278.000 0.000 1.000 N NA
 5930931 5930932 MMAR_1267 MMAR_1268     FALSE 0.028 177.000 0.000 1.000   NA
 5930933 5930934 MMAR_1269 MMAR_1270     FALSE 0.238 61.000 0.000 1.000   NA
 5930935 5930936 MMAR_1271 MMAR_1272 ctpC   TRUE 0.938 10.000 0.500 NA   NA
 5930936 5930937 MMAR_1272 MMAR_1273     FALSE 0.202 116.000 0.103 NA   NA
 5930937 5930938 MMAR_1273 MMAR_1274     TRUE 0.862 30.000 0.517 NA   NA
 5930939 5930940 MMAR_1275 MMAR_1276 rmlD wbbL1 TRUE 0.990 -7.000 0.354 NA   NA
 5930940 5930941 MMAR_1276 MMAR_1277 wbbL1 manB TRUE 0.920 2.000 0.151 NA   NA
 5930942 5930943 MMAR_1278 MMAR_1279     TRUE 0.965 -3.000 0.028 1.000 N NA
 5930943 5930944 MMAR_1279 MMAR_1280   fbiB FALSE 0.579 29.000 0.018 1.000   NA
 5930944 5930945 MMAR_1280 MMAR_1281 fbiB fbiA TRUE 0.991 -3.000 0.371 NA   NA
 5930948 5930949 MMAR_1284 MMAR_1285   pmmA FALSE 0.249 147.000 0.460 NA   NA
 5930949 5930950 MMAR_1285 MMAR_1286 pmmA   TRUE 0.978 -3.000 0.080 NA   NA
 5930950 5930951 MMAR_1286 MMAR_1287   manA TRUE 0.860 8.000 0.174 NA   NA
 5930952 5930953 MMAR_1288 MMAR_1289     TRUE 0.853 31.000 0.000 NA Y NA
 5930954 5930955 MMAR_1290 MMAR_1291   alkB TRUE 0.656 111.000 0.778 1.000   NA
 5930955 5930956 MMAR_1291 MMAR_1292 alkB rubA TRUE 0.991 0.000 0.778 1.000   NA
 5930956 5930957 MMAR_1292 MMAR_1293 rubA rubB TRUE 0.994 1.000 0.250 0.011 Y NA
 5930957 5930958 MMAR_1293 MMAR_1294 rubB   TRUE 0.988 -3.000 0.300 1.000 N NA
 5930958 5930959 MMAR_1294 MMAR_1295   sahH FALSE 0.138 105.000 0.012 1.000 N NA
 5930959 5930960 MMAR_1295 MMAR_1296 sahH   FALSE 0.004 344.000 0.000 NA   NA
 5930960 5930961 MMAR_1296 MMAR_1297     FALSE 0.003 401.000 0.000 NA   NA
 5930961 5930962 MMAR_1297 MMAR_1298   tmk FALSE 0.088 64.000 0.000 NA N NA
 11425321 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -635.000 0.000 NA   NA
 11567684 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -635.000 0.000 NA   NA
 11710076 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -635.000 0.000 NA   NA
 11425322 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -674.000 0.000 NA   NA
 11567685 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -674.000 0.000 NA   NA
 11710077 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -674.000 0.000 NA   NA
 11425323 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -695.000 0.000 NA   NA
 11567686 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -695.000 0.000 NA   NA
 11710078 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -695.000 0.000 NA   NA
 11425324 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -740.000 0.000 NA   NA
 11567687 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -740.000 0.000 NA   NA
 11710079 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -740.000 0.000 NA   NA
 11425325 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -761.000 0.000 NA   NA
 11567688 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -761.000 0.000 NA   NA
 11710080 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -761.000 0.000 NA   NA
 11425326 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -800.000 0.000 NA   NA
 11567689 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -800.000 0.000 NA   NA
 11710081 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -800.000 0.000 NA   NA
 11425327 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -821.000 0.000 NA   NA
 11567690 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -821.000 0.000 NA   NA
 11710082 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -821.000 0.000 NA   NA
 11425328 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -860.000 0.000 NA   NA
 11567691 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -860.000 0.000 NA   NA
 11710083 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -860.000 0.000 NA   NA
 11425329 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -881.000 0.000 NA   NA
 11567692 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -881.000 0.000 NA   NA
 11710084 5930961   MMAR_1297     FALSE NA -881.000 0.000 NA   NA
 5930962 5930963 MMAR_1298 MMAR_1299 tmk mtrA FALSE 0.203 80.000 0.021 1.000 N NA
 5930963 5930964 MMAR_1299 MMAR_1300 mtrA mtrB TRUE 0.950 50.000 0.772 1.000 Y NA
 5930964 5930965 MMAR_1300 MMAR_1301 mtrB lpqB TRUE 0.978 0.000 0.418 NA   NA
 5930965 5930966 MMAR_1301 MMAR_1302 lpqB   FALSE 0.353 61.000 0.061 NA   NA
 5930966 5930967 MMAR_1302 MMAR_1303     FALSE 0.416 43.000 0.022 NA   NA
 5930967 5930968 MMAR_1303 MMAR_1304     FALSE 0.010 342.000 0.072 NA   NA
 5930968 5930969 MMAR_1304 MMAR_1305   secA1 FALSE 0.220 97.000 0.094 NA N NA
 5930969 5930970 MMAR_1305 MMAR_1306 secA1   FALSE 0.196 85.000 0.020 1.000 N NA
 5930970 5930971 MMAR_1306 MMAR_1307     FALSE 0.322 57.000 0.091 NA N NA
 5930971 5930972 MMAR_1307 MMAR_1308     FALSE 0.292 72.000 0.136 NA N NA
 5930972 5930973 MMAR_1308 MMAR_1309     TRUE 0.994 5.000 0.889 1.000 Y NA
 5930975 5930976 MMAR_1311 MMAR_1312   pvdS FALSE 0.417 43.000 0.022 NA   NA
 5930976 5930977 MMAR_1312 MMAR_1313 pvdS   FALSE 0.281 66.000 0.029 NA   NA
 5930977 5930978 MMAR_1313 MMAR_1314     FALSE 0.149 141.000 0.208 NA   NA
 5930978 5930979 MMAR_1314 MMAR_1315   desA3 TRUE 0.625 89.000 0.583 1.000 N NA
 5930979 5930980 MMAR_1315 MMAR_1316 desA3 desA3_1 FALSE 0.179 230.000 0.000 0.001 Y NA
 5930983 5930984 MMAR_1319 MMAR_1320   aroA TRUE 0.981 -3.000 0.063 1.000   NA
 5930985 5930986 MMAR_1321 MMAR_1322   fadB3 FALSE 0.123 98.000 0.000 NA   NA
 5930986 5930987 MMAR_1322 MMAR_1323 fadB3   FALSE 0.225 65.000 0.000 1.000   NA
 5930987 5930988 MMAR_1323 MMAR_5565     FALSE 0.105 105.000 0.000 NA   NA
 5930988 5930989 MMAR_5565 MMAR_1324     FALSE 0.003 383.000 0.000 NA   NA
 5930989 5930990 MMAR_1324 MMAR_1325     FALSE 0.002 788.000 0.000 NA   NA
 5930990 5930991 MMAR_1325 MMAR_1326     FALSE 0.150 76.000 0.000 NA   NA
 5930991 5930992 MMAR_1326 MMAR_1327     FALSE 0.416 25.000 0.000 NA   NA
 5930992 5930993 MMAR_1327 MMAR_1328     FALSE 0.010 223.000 0.000 NA   NA
 5930993 5930994 MMAR_1328 MMAR_1329     FALSE 0.146 79.000 0.000 NA   NA
 5930994 5930995 MMAR_1329 MMAR_1330     TRUE 0.959 -3.000 0.002 NA   NA
 5930995 5930996 MMAR_1330 MMAR_1331     FALSE 0.023 171.000 0.000 NA   NA
 5930997 5930998 MMAR_1332 MMAR_1333     FALSE 0.565 12.000 0.000 NA   NA
 5930999 5931000 MMAR_1334 MMAR_1335 sigH   TRUE 0.997 -3.000 0.808 NA   NA
 5931000 5931001 MMAR_1335 MMAR_1336     FALSE 0.007 362.000 0.046 NA   NA
 5931001 5931002 MMAR_1336 MMAR_1337     FALSE 0.455 50.000 0.102 NA   NA
 5931003 5931004 MMAR_1338 MMAR_1339 whiB1   FALSE 0.008 284.000 0.000 1.000   NA
 5931006 5931007 MMAR_1341 MMAR_1342   entC TRUE 0.985 -3.000 0.170 1.000   NA
 5931007 5931008 MMAR_1342 MMAR_1343 entC gpm2 TRUE 0.980 -3.000 0.167 1.000 N NA
 5931010 5931011 MMAR_1345 MMAR_1346   rhlE FALSE 0.511 15.000 0.000 NA   NA
 5931016 5931017 MMAR_1351 MMAR_1352   moeB1 FALSE 0.102 172.000 0.236 1.000   NA
 5931017 5931018 MMAR_1352 MMAR_1353 moeB1   FALSE 0.502 66.000 0.273 NA   NA
 5931019 5931020 MMAR_1354 MMAR_1355   lipV TRUE 0.913 3.000 0.111 1.000   NA
 5931020 5931021 MMAR_1355 MMAR_1356 lipV   FALSE 0.374 65.000 0.115 NA   NA
 5931022 5931023 MMAR_1357 MMAR_1358     FALSE 0.038 146.000 0.000 NA   NA
 5931023 5931024 MMAR_1358 MMAR_1359     TRUE 0.999 -3.000 0.493 0.002 Y NA
 5931024 5931025 MMAR_1359 MMAR_1360     FALSE 0.357 62.000 0.110 1.000 N NA
 5931025 5931026 MMAR_1360 MMAR_1361   nudC FALSE 0.048 166.000 0.048 1.000 N NA
 5931027 5931028 MMAR_1362 MMAR_1363 lpqQ   FALSE 0.018 185.000 0.000 NA   NA
 5931029 5931030 MMAR_1364 MMAR_1365 uvrD2 whiB7 FALSE 0.004 419.000 0.000 1.000   NA
 5931033 5931034 MMAR_1368 MMAR_1369     FALSE 0.571 39.000 0.108 NA   NA
 5931035 5931036 MMAR_1370 MMAR_1371     FALSE 0.195 122.000 0.069 1.000   NA
 5931038 5931039 MMAR_5495 MMAR_1373 metU   FALSE 0.007 262.000 0.000 NA   NA
 5931039 5931040 MMAR_1373 MMAR_1374     FALSE 0.007 304.000 0.000 1.000   NA
 5931040 5931041 MMAR_1374 MMAR_1375   atsD_1 FALSE 0.007 300.000 0.000 1.000   NA
 5931041 5931042 MMAR_1375 MMAR_1376 atsD_1   FALSE 0.089 113.000 0.000 NA   NA
 5931042 5931043 MMAR_1376 MMAR_1377     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931045 5931046 MMAR_1379 MMAR_1380     TRUE 0.963 0.000 0.218 1.000   NA
 5931046 5931047 MMAR_1380 MMAR_1381   gltA1 TRUE 0.994 -3.000 0.502 1.000 N NA
 5931047 5931048 MMAR_1381 MMAR_1382 gltA1   FALSE 0.003 400.000 0.000 NA   NA
 5931048 5931049 MMAR_1382 MMAR_1383     FALSE 0.118 100.000 0.000 NA   NA
 5931049 5931050 MMAR_1383 MMAR_1384     FALSE 0.160 71.000 0.000 NA   NA
 5931050 5931051 MMAR_1384 MMAR_1385     FALSE 0.240 49.000 0.000 NA   NA
 5931051 5931052 MMAR_1385 MMAR_1386     FALSE 0.163 70.000 0.000 NA   NA
 5931057 5931058 MMAR_1391 MMAR_1392     FALSE 0.032 154.000 0.000 NA   NA
 5931058 5931059 MMAR_1392 MMAR_1393     TRUE 0.980 0.000 0.444 NA   NA
 5931060 5931061 MMAR_1394 MMAR_1395     TRUE 0.990 -3.000 0.333 1.000 N NA
 5931063 5931064 MMAR_1397 MMAR_1398     TRUE 0.991 -3.000 0.345 NA   NA
 5931064 5931065 MMAR_1398 MMAR_1399   moxR3 FALSE 0.568 49.000 0.231 NA   NA
 5931065 5931066 MMAR_1399 MMAR_1400 moxR3   TRUE 0.945 14.000 0.744 NA   NA
 5931066 5931067 MMAR_1400 MMAR_1401     TRUE 0.934 2.000 0.212 NA   NA
 5931067 5931068 MMAR_1401 MMAR_1402     FALSE 0.010 221.000 0.000 NA   NA
 5931071 5931072 MMAR_1405 MMAR_1406     FALSE 0.496 16.000 0.000 NA   NA
 5931073 5931074 MMAR_1407 MMAR_5541     FALSE 0.002 880.000 0.000 NA   NA
 5931074 5931075 MMAR_5541 MMAR_1408     TRUE 0.682 87.000 0.385 0.044   NA
 5931077 5931078 MMAR_1410 MMAR_1411     FALSE 0.078 119.000 0.000 NA   NA
 5931079 5931080 MMAR_1412 MMAR_1413     FALSE 0.002 523.000 0.000 NA   NA
 5931081 5931082 MMAR_1414 MMAR_1415 cyaA_1   FALSE 0.568 17.000 0.000 1.000   NA
 5931082 5931083 MMAR_1415 MMAR_1418     FALSE 0.002 717.000 0.000 NA   NA
 5931084 5931085 MMAR_1419 MMAR_1420   cynT FALSE 0.002 629.000 0.000 NA   NA
 5931085 5931086 MMAR_1420 MMAR_1421 cynT   FALSE 0.002 564.000 0.000 NA   NA
 5931086 5931087 MMAR_1421 MMAR_1422     FALSE 0.002 588.000 0.000 NA   NA
 5931087 5931088 MMAR_1422 MMAR_1423     FALSE 0.434 23.000 0.000 NA   NA
 5931088 5931089 MMAR_1423 MMAR_1424     FALSE 0.010 224.000 0.000 NA   NA
 5931089 5931090 MMAR_1424 MMAR_1425     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931090 5931091 MMAR_1425 MMAR_1426     FALSE 0.008 250.000 0.000 NA   NA
 5931092 5931093 MMAR_1427 MMAR_1428     FALSE 0.024 168.000 0.000 NA   NA
 5931093 5931094 MMAR_1428 MMAR_1429     FALSE 0.049 136.000 0.000 NA   NA
 5931094 5931095 MMAR_1429 MMAR_1430     FALSE 0.123 98.000 0.000 NA   NA
 5931095 5931096 MMAR_1430 MMAR_1431   zntA TRUE 0.993 -10.000 0.500 NA   NA
 5931096 5931097 MMAR_1431 MMAR_1432 zntA   TRUE 0.737 65.000 0.667 NA   NA
 5931097 5931098 MMAR_1432 MMAR_1433     FALSE 0.005 291.000 0.000 NA   NA
 5931098 5931099 MMAR_1433 MMAR_1435     TRUE 0.925 -34.000 0.000 NA   NA
 5931099 5931100 MMAR_1435 MMAR_1436     TRUE 0.926 -24.000 0.000 NA   NA
 5931100 5931101 MMAR_1436 MMAR_1437     TRUE 0.851 0.000 0.000 NA   NA
 5931101 5931102 MMAR_1437 MMAR_1438     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931102 5931103 MMAR_1438 MMAR_1439     TRUE 0.997 -3.000 0.800 NA   NA
 5931104 5931105 MMAR_1440 MMAR_1441     FALSE 0.018 183.000 0.000 NA   NA
 5931105 5931106 MMAR_1441 MMAR_1442     FALSE 0.307 41.000 0.000 NA   NA
 5931106 5931107 MMAR_1442 MMAR_1443     FALSE 0.008 247.000 0.000 NA   NA
 5931108 5931109 MMAR_1444 MMAR_1445     FALSE 0.004 347.000 0.000 NA   NA
 5931110 5931111 MMAR_1447 MMAR_1448     FALSE 0.006 285.000 0.000 NA   NA
 5931117 5931118 MMAR_1452 MMAR_1453     FALSE 0.600 42.000 0.000 0.044   NA
 5931118 5931119 MMAR_1453 MMAR_1454     FALSE 0.004 344.000 0.000 NA   NA
 5931119 5931120 MMAR_1454 MMAR_1455     FALSE 0.265 46.000 0.000 NA   NA
 5931120 5931121 MMAR_1455 MMAR_1456     TRUE 0.682 87.000 0.385 0.044   NA
 5931121 5931122 MMAR_1456 MMAR_1457     FALSE 0.194 78.000 0.000 1.000   NA
 5931122 5931123 MMAR_1457 MMAR_1458     FALSE 0.612 10.000 0.000 NA   NA
 5931123 5931124 MMAR_1458 MMAR_1459     FALSE 0.008 245.000 0.000 NA   NA
 5931124 5931125 MMAR_1459 MMAR_1460     FALSE 0.061 129.000 0.000 NA   NA
 5931125 5931126 MMAR_1460 MMAR_1461     TRUE 0.890 80.000 0.667 NA Y NA
 5931126 5931127 MMAR_1461 MMAR_1462     FALSE 0.015 153.000 0.000 NA N NA
 5931127 5931128 MMAR_1462 MMAR_1464     FALSE 0.003 364.000 0.000 NA   NA
 5931130 5931131 MMAR_1466 MMAR_1467     FALSE 0.007 262.000 0.000 NA   NA
 5931131 5931132 MMAR_1467 MMAR_1468     FALSE 0.028 162.000 0.000 NA   NA
 5931134 5931135 MMAR_1470 MMAR_1471 nuoN nuoM TRUE 0.999 -3.000 0.257 0.002 Y NA
 5931135 5931136 MMAR_1471 MMAR_1472 nuoM nuoL TRUE 0.999 -3.000 0.373 0.002 Y NA
 5931136 5931137 MMAR_1472 MMAR_1473 nuoL nuoK TRUE 0.994 11.000 0.790 0.005 Y NA
 5931137 5931138 MMAR_1473 MMAR_1474 nuoK nuoJ TRUE 0.999 -3.000 0.306 0.003 Y NA
 5931138 5931139 MMAR_1474 MMAR_1475 nuoJ nuoI TRUE 0.998 -3.000 0.210 0.005 Y NA
 5931139 5931140 MMAR_1475 MMAR_1476 nuoI nuoH TRUE 0.998 -7.000 0.221 0.005 Y NA
 5931140 5931141 MMAR_1476 MMAR_1477 nuoH nuoG TRUE 0.907 50.000 0.151 0.005 Y NA
 5931141 5931142 MMAR_1477 MMAR_1478 nuoG nuoF TRUE 0.999 -3.000 0.753 0.005 Y NA
 5931142 5931143 MMAR_1478 MMAR_1479 nuoF nuoE TRUE 0.995 0.000 0.163 0.005 Y NA
 5931143 5931144 MMAR_1479 MMAR_1480 nuoE nuoD TRUE 0.998 -3.000 0.161 0.005 Y NA
 5931144 5931145 MMAR_1480 MMAR_1481 nuoD nuoC TRUE 0.975 20.000 0.299 0.005 Y NA
 5931145 5931146 MMAR_1481 MMAR_1482 nuoC nuoB TRUE 0.999 -3.000 0.691 0.003 Y NA
 5931146 5931147 MMAR_1482 MMAR_1483 nuoB nuoA TRUE 0.991 9.000 0.498 0.003 Y NA
 5931148 5931149 MMAR_1484 MMAR_1485   plcB_2 FALSE 0.009 182.000 0.000 NA N NA
 5931150 5931151 MMAR_1486 MMAR_1487     FALSE 0.589 27.000 0.043 NA   NA
 5931151 5931152 MMAR_1487 MMAR_1488     FALSE 0.564 36.000 0.064 NA   NA
 5931152 5931153 MMAR_1488 MMAR_1489     FALSE 0.565 12.000 0.000 NA   NA
 5931153 5931154 MMAR_1489 MMAR_1490     TRUE 0.941 0.000 0.102 NA   NA
 5931154 5931155 MMAR_1490 MMAR_1491   fadE12_3 TRUE 0.989 -3.000 0.302 NA   NA
 5931155 5931156 MMAR_1491 MMAR_1492 fadE12_3   TRUE 0.646 25.000 0.113 1.000 N NA
 5931156 5931157 MMAR_1492 MMAR_1493     TRUE 0.949 0.000 0.194 1.000 N NA
 5931157 5931158 MMAR_1493 MMAR_1494     TRUE 0.981 -3.000 0.182 1.000 N NA
 5931158 5931159 MMAR_1494 MMAR_1495     TRUE 0.974 -3.000 0.045 NA   NA
 5931159 5931160 MMAR_1495 MMAR_1496     TRUE 0.833 3.000 0.013 NA   NA
 5931162 5931163 MMAR_1498 MMAR_1499 fadB4   TRUE 0.881 43.000 0.000 0.017 Y NA
 5931163 5931164 MMAR_1499 MMAR_1500     FALSE 0.218 68.000 0.000 1.000   NA
 5931164 5931165 MMAR_1500 MMAR_1501     TRUE 0.977 -30.000 0.182 NA   NA
 5931165 5931166 MMAR_1501 MMAR_1502     TRUE 0.993 -3.000 0.455 NA   NA
 5931166 5931167 MMAR_1502 MMAR_1503     TRUE 0.992 -3.000 0.375 1.000   NA
 5931168 5931169 MMAR_1504 MMAR_1505   mhpF TRUE 0.931 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5931169 5931170 MMAR_1505 MMAR_1506 mhpF   TRUE 0.997 -3.000 1.000 1.000 N NA
 5931170 5931171 MMAR_1506 MMAR_1507     FALSE 0.202 49.000 0.000 1.000 N NA
 5931171 5931172 MMAR_1507 MMAR_1508   ilvB1_1 TRUE 0.944 3.000 0.323 1.000 N NA
 5931173 5931174 MMAR_1509 MMAR_1510 fadE23 fadE24 TRUE 0.949 55.000 0.604 0.018 Y NA
 5931174 5931175 MMAR_1510 MMAR_1511 fadE24   FALSE 0.290 82.000 0.096 1.000 N NA
 5931177 5931178 MMAR_1513 MMAR_1514     FALSE 0.019 541.000 0.000 NA Y NA
 5931179 5931180 MMAR_1515 MMAR_1516   devR TRUE 0.947 24.000 1.000 1.000   NA
 5931180 5931181 MMAR_1516 MMAR_1517 devR devS TRUE 0.974 12.000 0.091 0.008 Y NA
 5931183 5931184 MMAR_1519 MMAR_1520     TRUE 0.756 3.000 0.000 NA   NA
 5931185 5931186 MMAR_1521 MMAR_1522     TRUE 0.768 5.000 0.000 1.000   NA
 5931187 5931188 MMAR_1523 MMAR_1524     FALSE 0.388 29.000 0.000 NA   NA
 5931188 5931189 MMAR_1524 MMAR_1525   agpS FALSE 0.612 10.000 0.000 NA   NA
 5931191 5931192 MMAR_1527 MMAR_1528 prfB   TRUE 0.951 -10.000 0.013 1.000 N NA
 5931192 5931193 MMAR_1528 MMAR_1529     TRUE 0.895 3.000 0.096 NA   NA
 5931193 5931194 MMAR_1529 MMAR_1530   ftsE FALSE 0.368 45.000 0.010 NA   NA
 5931194 5931195 MMAR_1530 MMAR_1531 ftsE ftsX TRUE 0.993 1.000 0.431 1.000 Y NA
 5931195 5931196 MMAR_1531 MMAR_1532 ftsX smpB TRUE 0.847 3.000 0.038 1.000 N NA
 5931197 5931198 MMAR_1533 MMAR_1534     TRUE 0.993 -3.000 0.429 NA   NA
 5931199 5931200 MMAR_1535 MMAR_1536     TRUE 0.929 0.000 0.025 1.000   NA
 5931200 5931201 MMAR_1536 MMAR_1537     FALSE 0.416 25.000 0.000 NA   NA
 5931201 5931202 MMAR_1537 MMAR_5496   ssr TRUE 0.941 -6.000 0.000 NA   NA
 5931203 5931204 MMAR_1538 MMAR_1539     TRUE 0.726 4.000 0.000 NA   NA
 5931208 5931209 MMAR_1542 MMAR_1543     FALSE 0.169 67.000 0.000 NA   NA
 5931209 5931210 MMAR_1543 MMAR_1544     FALSE 0.289 43.000 0.000 NA   NA
 5931213 5931214 MMAR_1547 MMAR_1548   glsA FALSE 0.138 68.000 0.000 1.000 N NA
 5931214 5931215 MMAR_1548 MMAR_1549 glsA   FALSE 0.172 94.000 0.000 1.000   NA
 5931216 5931217 MMAR_1550 MMAR_1551     FALSE 0.002 329.000 0.000 NA N NA
 5931218 5931219 MMAR_1552 MMAR_1553     FALSE 0.013 207.000 0.000 NA   NA
 5931220 5931221 MMAR_1554 MMAR_1555     FALSE 0.010 261.000 0.000 1.000   NA
 5931222 5931223 MMAR_1556 MMAR_1557     TRUE 0.982 -3.000 0.231 NA N NA
 5931223 5931224 MMAR_1557 MMAR_1558     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931225 5931226 MMAR_1559 MMAR_1560     FALSE 0.299 42.000 0.000 NA   NA
 5931226 5931227 MMAR_1560 MMAR_1561   miaA_1 FALSE 0.139 87.000 0.000 NA   NA
 5931227 5931228 MMAR_1561 MMAR_1562 miaA_1   FALSE 0.024 169.000 0.000 NA   NA
 5931228 5931229 MMAR_1562 MMAR_1563     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931229 5931230 MMAR_1563 MMAR_1564   cyp276A1 TRUE 0.959 -3.000 0.000 1.000   NA
 5931230 5931231 MMAR_1564 MMAR_1565 cyp276A1   FALSE 0.132 71.000 0.000 1.000 N NA
 5931231 5931232 MMAR_1565 MMAR_1566   miaB FALSE 0.004 292.000 0.000 1.000 N NA
 5931234 5931235 MMAR_1568 MMAR_1569     TRUE 0.921 33.000 1.000 1.000 N NA
 5931235 5931236 MMAR_1569 MMAR_1570     FALSE 0.205 54.000 0.000 NA   NA
 5931236 5931237 MMAR_1570 MMAR_1571     FALSE 0.223 51.000 0.000 NA   NA
 5931237 5931238 MMAR_1571 MMAR_1572     FALSE 0.336 37.000 0.000 NA   NA
 5931238 5931239 MMAR_1572 MMAR_1573     FALSE 0.028 161.000 0.000 NA   NA
 5931240 5931241 MMAR_1574 MMAR_1575     TRUE 0.634 9.000 0.000 NA   NA
 5931241 5931242 MMAR_1575 MMAR_1576     FALSE 0.012 210.000 0.000 NA   NA
 5931243 5931244 MMAR_1577 MMAR_1578     TRUE 0.989 -7.000 0.333 NA   NA
 5931244 5931245 MMAR_1578 MMAR_1579     FALSE 0.041 144.000 0.000 NA   NA
 5931245 5931246 MMAR_1579 MMAR_1580     FALSE 0.228 64.000 0.000 1.000   NA
 5931246 5931247 MMAR_1580 MMAR_1581     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 5931248 5931249 MMAR_1582 MMAR_1583   citE_2 FALSE 0.111 91.000 0.000 1.000 N NA
 5931251 5931252 MMAR_1585 MMAR_1586     FALSE 0.299 42.000 0.000 NA   NA
 5931252 5931253 MMAR_1586 MMAR_1587     FALSE 0.528 14.000 0.000 NA   NA
 5931254 5931255 MMAR_1588 MMAR_1589     TRUE 0.986 -3.000 0.226 NA   NA
 5931255 5931256 MMAR_1589 MMAR_1590     TRUE 0.996 0.000 0.290 0.044 Y NA
 5931257 5931258 MMAR_1591 MMAR_5497 pgmA alaU FALSE 0.171 66.000 0.000 NA   NA
 5931258 5931259 MMAR_5497 MMAR_1592 alaU   FALSE 0.085 115.000 0.000 NA   NA
 5931260 5931261 MMAR_1593 MMAR_1594     TRUE 0.808 1.000 0.000 NA   NA
 5931262 5931263 MMAR_1595 MMAR_1596     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA N NA
 5931263 5931264 MMAR_1596 MMAR_1597     FALSE 0.024 158.000 0.000 1.000 N NA
 5931264 5931265 MMAR_1597 MMAR_1598     FALSE 0.003 465.000 0.000 1.000   NA
 5931265 5931266 MMAR_1598 MMAR_1599     FALSE 0.131 144.000 0.000 0.043   NA
 5931266 5931267 MMAR_1599 MMAR_1600     FALSE 0.056 132.000 0.000 NA   NA
 5931271 5931272 MMAR_1604 MMAR_1605     TRUE 0.667 7.000 0.000 NA   NA
 5931272 5931273 MMAR_1605 MMAR_1606     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931273 5931274 MMAR_1606 MMAR_1607   putA_2 FALSE 0.108 93.000 0.000 1.000 N NA
 5931275 5931276 MMAR_1608 MMAR_1609     FALSE 0.343 36.000 0.000 NA   NA
 5931276 5931277 MMAR_1609 MMAR_1610     FALSE 0.139 87.000 0.000 NA   NA
 5931277 5931278 MMAR_1610 MMAR_1611     FALSE 0.030 157.000 0.000 NA   NA
 5931278 5931279 MMAR_1611 MMAR_1612   mmr TRUE 0.984 -3.000 0.143 1.000   NA
 5931279 5931280 MMAR_1612 MMAR_1613 mmr   FALSE 0.165 69.000 0.000 NA   NA
 5931280 5931281 MMAR_1613 MMAR_1614     FALSE 0.136 90.000 0.000 NA   NA
 5931281 5931282 MMAR_1614 MMAR_1615   dnaK1 FALSE 0.362 25.000 0.000 1.000 N NA
 5931282 5931283 MMAR_1615 MMAR_1616 dnaK1 cstA FALSE 0.236 83.000 0.043 1.000 N NA
 5931284 5931285 MMAR_1618 MMAR_1619 cueO   TRUE 0.977 -3.000 0.071 NA   NA
 5931285 5931286 MMAR_1619 MMAR_1620     FALSE 0.008 246.000 0.000 NA   NA
 5931290 5931291 MMAR_1624 MMAR_1625   fadE22 FALSE 0.621 111.000 0.062 1.000 Y NA
 5931295 5931296 MMAR_1629 MMAR_1630     TRUE 0.847 14.000 0.333 NA N NA
 5931296 5931297 MMAR_1630 MMAR_1631     FALSE 0.348 123.000 0.333 1.000   NA
 5931301 5931302 MMAR_1635 MMAR_1636     FALSE 0.550 73.000 0.316 1.000   NA
 5931304 5931305 MMAR_1638 MMAR_1639     FALSE 0.002 483.000 0.000 NA   NA
 5931305 5931306 MMAR_1639 MMAR_1640   nrdH FALSE 0.001 512.000 0.000 NA N NA
 5931306 5931307 MMAR_1640 MMAR_1641 nrdH nrdI TRUE 0.755 44.000 0.500 NA N NA
 5931307 5931308 MMAR_1641 MMAR_1642 nrdI nrdE TRUE 0.997 -30.000 0.300 NA Y NA
 5931308 5931309 MMAR_1642 MMAR_1643 nrdE   FALSE 0.187 115.000 0.100 1.000 N NA
 5931309 5931310 MMAR_1643 MMAR_1644     FALSE 0.370 119.000 0.400 1.000 N NA
 5931311 5931312 MMAR_1645 MMAR_1646     TRUE 0.987 -22.000 0.333 NA   NA
 5931313 5931314 MMAR_1647 MMAR_1648 nrdF2   FALSE 0.596 35.000 0.100 NA   NA
 5931315 5931316 MMAR_1649 MMAR_1650 adh fecB FALSE 0.144 134.000 0.068 1.000   NA
 5931317 5931318 MMAR_1651 MMAR_1652 ctaD serB2 FALSE 0.254 53.000 0.007 1.000 N NA
 5931318 5931319 MMAR_1652 MMAR_1653 serB2   FALSE 0.015 182.000 0.000 1.000 N NA
 5931319 5931320 MMAR_1653 MMAR_1654     TRUE 0.662 15.000 0.043 1.000 N NA
 5931320 5931321 MMAR_1654 MMAR_1655     TRUE 0.998 -3.000 0.085 0.005 Y NA
 5931321 5931322 MMAR_1655 MMAR_1656   hycD TRUE 0.998 -3.000 0.398 1.000 Y NA
 5931322 5931323 MMAR_1656 MMAR_1657 hycD hycP TRUE 0.992 5.000 0.679 NA Y NA
 5931323 5931324 MMAR_1657 MMAR_1658 hycP hycQ TRUE 0.997 0.000 0.864 NA Y NA
 5931324 5931325 MMAR_1658 MMAR_1659 hycQ hycE TRUE 0.998 0.000 0.659 0.005 Y NA
 5931325 5931326 MMAR_1659 MMAR_1660 hycE   FALSE 0.099 99.000 0.000 1.000 N NA
 5931326 5931327 MMAR_1660 MMAR_1661     TRUE 0.974 -3.000 0.024 1.000   NA
 5931327 5931328 MMAR_1661 MMAR_1662   echA17 TRUE 0.978 -3.000 0.043 1.000   NA
 5931328 5931329 MMAR_1662 MMAR_1663 echA17   TRUE 0.877 11.000 0.292 1.000 N NA
 5931329 5931330 MMAR_1663 MMAR_1664     FALSE 0.070 165.000 0.112 NA   NA
 5931330 5931331 MMAR_1664 MMAR_1665     FALSE 0.243 84.000 0.034 NA   NA
 5931332 5931333 MMAR_1666 MMAR_1667     FALSE 0.486 17.000 0.000 NA   NA
 5931335 5931336 MMAR_1669 MMAR_1670     FALSE 0.416 25.000 0.000 NA   NA
 5931336 5931337 MMAR_1670 MMAR_1671   phrI FALSE 0.064 127.000 0.000 NA   NA
 5931337 5931338 MMAR_1671 MMAR_1672 phrI   TRUE 0.690 9.000 0.008 1.000 N NA
 5931338 5931339 MMAR_1672 MMAR_1673     TRUE 0.988 -3.000 0.027 0.043   NA
 5931340 5931341 MMAR_1674 MMAR_1675     FALSE 0.076 111.000 0.000 1.000 N NA
 5931343 5931344 MMAR_1677 MMAR_1678     FALSE 0.017 189.000 0.000 NA   NA
 5931347 5931348 MMAR_1681 MMAR_1682     FALSE 0.330 92.000 0.082 1.000   NA
 5931348 5931349 MMAR_1682 MMAR_1683     TRUE 0.982 -3.000 0.095 1.000   NA
 5931350 5931351 MMAR_1684 MMAR_1685 fixA fixB TRUE 0.975 48.000 0.877 0.012 Y NA
 5931351 5931352 MMAR_1685 MMAR_1686 fixB   FALSE 0.095 144.000 0.062 NA   NA
 5931352 5931353 MMAR_1686 MMAR_1687     TRUE 0.968 0.000 0.286 NA   NA
 5931353 5931354 MMAR_1687 MMAR_1688     FALSE 0.144 80.000 0.000 NA   NA
 5931354 5931355 MMAR_1688 MMAR_1689   iscS FALSE 0.183 61.000 0.000 NA   NA
 5931355 5931356 MMAR_1689 MMAR_1690 iscS trmU TRUE 0.719 15.000 0.094 1.000 N NA
 5931358 5931359 MMAR_1692 MMAR_1693     FALSE 0.003 326.000 0.000 1.000 N NA
 5931359 5931360 MMAR_1693 MMAR_1694   ligA FALSE 0.004 290.000 0.000 1.000 N NA
 5931360 5931361 MMAR_1694 MMAR_1695 ligA   FALSE 0.186 70.000 0.002 1.000 N NA
 5931361 5931362 MMAR_1695 MMAR_1696     FALSE 0.154 173.000 0.429 NA   NA
 5931362 5931363 MMAR_1696 MMAR_1697   mmpL4_9 TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931363 5931364 MMAR_1697 MMAR_1698 mmpL4_9   TRUE 0.923 -655.000 0.000 NA   NA
 5931364 5931365 MMAR_1698 MMAR_1699     FALSE 0.602 42.000 0.000 0.043   NA
 5931367 5931368 MMAR_1701 MMAR_1702 gatC gatA TRUE 0.999 -3.000 0.643 0.001 Y NA
 5931368 5931369 MMAR_1702 MMAR_1703 gatA pfkA FALSE 0.146 100.000 0.007 1.000 N NA
 5931369 5931370 MMAR_1703 MMAR_1704 pfkA gatB FALSE 0.008 283.000 0.011 1.000 N NA
 5931370 5931371 MMAR_1704 MMAR_1705 gatB   FALSE 0.413 37.000 0.000 1.000   NA
 5931375 5931376 MMAR_1709 MMAR_1710   ilvB1 FALSE 0.041 144.000 0.000 NA   NA
 5931376 5931377 MMAR_1710 MMAR_1711 ilvB1 ilvN TRUE 0.997 0.000 0.380 0.001 Y NA
 5931377 5931378 MMAR_1711 MMAR_1712 ilvN ilvC TRUE 0.929 43.000 0.071 0.001 Y NA
 5931379 5931380 MMAR_1713 MMAR_1714     TRUE 0.980 -3.000 0.060 1.000   NA
 5931381 5931382 MMAR_1715 MMAR_1716 serA1 leuB TRUE 0.782 56.000 0.039 1.000 Y NA
 5931384 5931385 MMAR_1718 MMAR_1719   gltS TRUE 0.975 -3.000 0.070 1.000 N NA
 5931385 5931386 MMAR_1719 MMAR_5498 gltS glnU FALSE 0.041 144.000 0.000 NA   NA
 5931386 5931387 MMAR_5498 MMAR_5499 glnU gluU FALSE 0.163 70.000 0.000 NA   NA
 5931390 5931391 MMAR_1722 MMAR_1723 mmpL1_1 mmpS1 TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931391 5931392 MMAR_1723 MMAR_1724 mmpS1 bioF2_2 FALSE 0.011 219.000 0.000 NA   NA
 5931392 5931393 MMAR_1724 MMAR_1725 bioF2_2   FALSE 0.002 551.000 0.000 1.000 N NA
 5931394 5931395 MMAR_1726 MMAR_1727 leuC leuD TRUE 0.981 25.000 0.477 0.000 Y NA
 5931395 5931396 MMAR_1727 MMAR_1728 leuD hupB FALSE 0.022 225.000 0.066 1.000 N NA
 5931397 5931398 MMAR_1729 MMAR_1730 mutT1 ppk FALSE 0.119 80.000 0.000 1.000 N NA
 5931398 5931399 MMAR_1730 MMAR_1731 ppk   FALSE 0.238 79.000 0.026 NA   NA
 5931400 5931401 MMAR_1732 MMAR_1733 gpdA2 ddlA FALSE 0.271 92.000 0.088 1.000 N NA
 5931403 5931404 MMAR_1735 MMAR_1736 thiL   FALSE 0.407 26.000 0.000 NA   NA
 5931404 5931405 MMAR_1736 MMAR_1737   ung TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931405 5931406 MMAR_1737 MMAR_1738 ung   TRUE 0.633 6.000 0.000 1.000 N NA
 5931406 5931407 MMAR_1738 MMAR_1739     TRUE 0.836 50.000 0.000 0.062 Y NA
 5931409 5931410 MMAR_1741 MMAR_1742   recG TRUE 0.889 3.000 0.040 1.000   NA
 5931410 5931411 MMAR_1742 MMAR_1743 recG   TRUE 0.801 5.000 0.018 NA   NA
 5931412 5931413 MMAR_1744 MMAR_1745     FALSE 0.017 190.000 0.000 NA   NA
 5931414 5931415 MMAR_1746 MMAR_1747 lipN   FALSE 0.105 187.000 0.421 NA N NA
 5931415 5931416 MMAR_1747 MMAR_1748     TRUE 0.910 6.000 0.257 NA   NA
 5931416 5931417 MMAR_1748 MMAR_1749   pca FALSE 0.415 43.000 0.021 NA   NA
 5931417 5931418 MMAR_1749 MMAR_1750 pca   FALSE 0.195 78.000 0.014 1.000 N NA
 5931418 5931419 MMAR_1750 MMAR_1751   kdtB FALSE 0.533 74.000 0.367 1.000 N NA
 5931420 5931421 MMAR_1752 MMAR_1753   purU FALSE 0.030 157.000 0.000 NA   NA
 5931421 5931422 MMAR_1753 MMAR_1754 purU   FALSE 0.467 34.000 0.012 NA   NA
 5931423 5931424 MMAR_1755 MMAR_1756     FALSE 0.028 161.000 0.000 NA   NA
 5931426 5931427 MMAR_1758 MMAR_1759   fadD29 FALSE 0.001 829.000 0.000 NA N NA
 5931427 5931428 MMAR_1759 MMAR_1760 fadD29   TRUE 0.688 5.000 0.010 NA N NA
 5931428 5931429 MMAR_1760 MMAR_1761   fadD22 FALSE 0.073 119.000 0.010 NA N NA
 5931429 5931430 MMAR_1761 MMAR_1762 fadD22 pks15/1 TRUE 0.989 17.000 0.750 0.012 Y NA
 5931430 5931431 MMAR_1762 MMAR_1763 pks15/1 lppX FALSE 0.026 415.000 0.500 NA   NA
 5931432 5931433 MMAR_1764 MMAR_1765 mmpL7 fadD28 TRUE 0.979 2.000 0.600 1.000   NA
 5931434 5931435 MMAR_1766 MMAR_1767   mas FALSE 0.002 561.000 0.000 1.000 N NA
 5931436 5931437 MMAR_1768 MMAR_1769 papA5 drrC TRUE 0.786 34.000 0.364 NA   NA
 5931437 5931438 MMAR_1769 MMAR_1770 drrC drrB TRUE 0.997 6.000 0.857 0.001 Y NA
 5931438 5931439 MMAR_1770 MMAR_1771 drrB drrA TRUE 0.999 -3.000 0.750 1.000 Y NA
 5931439 5931440 MMAR_1771 MMAR_1772 drrA ppsE TRUE 0.927 11.000 0.500 1.000 N NA
 5931440 5931441 MMAR_1772 MMAR_1773 ppsE ppsD TRUE 0.992 6.000 0.417 0.008 Y NA
 5931441 5931442 MMAR_1773 MMAR_1774 ppsD ppsC TRUE 0.998 0.000 0.833 0.008 Y NA
 5931442 5931443 MMAR_1774 MMAR_1775 ppsC ppsB TRUE 0.997 0.000 0.500 0.008 Y NA
 5931443 5931444 MMAR_1775 MMAR_1776 ppsB ppsA TRUE 0.991 0.000 0.000 0.008 Y NA
 5931444 5931445 MMAR_1776 MMAR_1777 ppsA fadD26 TRUE 0.995 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5931445 5931446 MMAR_1777 MMAR_1778 fadD26 tesA FALSE 0.018 679.000 0.000 1.000 Y NA
 5931446 5931447 MMAR_1778 MMAR_1779 tesA   TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931448 5931449 MMAR_1780 MMAR_1781     FALSE 0.254 75.000 0.029 NA   NA
 5931449 5931450 MMAR_1781 MMAR_1782   rnc TRUE 0.850 3.000 0.026 NA   NA
 5931450 5931451 MMAR_1782 MMAR_1783 rnc fpg TRUE 0.905 1.000 0.068 1.000 N NA
 5931451 5931452 MMAR_1783 MMAR_1784 fpg   FALSE 0.171 91.000 0.010 1.000 N NA
 5931452 5931453 MMAR_1784 MMAR_1785   smc FALSE 0.099 99.000 0.000 1.000 N NA
 5931453 5931454 MMAR_1785 MMAR_1786 smc ftsY FALSE 0.593 60.000 0.165 0.012 N NA
 5931454 5931455 MMAR_1786 MMAR_1787 ftsY amt FALSE 0.122 144.000 0.004 0.043 N NA
 5931455 5931456 MMAR_1787 MMAR_1788 amt glnB TRUE 0.993 -3.000 0.467 1.000 N NA
 5931456 5931457 MMAR_1788 MMAR_1789 glnB glnD FALSE 0.238 94.000 0.055 1.000 N NA
 5931458 5931459 MMAR_1790 MMAR_1791     FALSE 0.011 216.000 0.000 NA   NA
 5931460 5931461 MMAR_1792 MMAR_1793 ffh   TRUE 0.760 7.000 0.025 1.000 N NA
 5931461 5931462 MMAR_1793 MMAR_1794   pknI FALSE 0.202 49.000 0.000 1.000 N NA
 5931462 5931463 MMAR_1794 MMAR_1795 pknI   FALSE 0.085 105.000 0.000 1.000 N NA
 5931463 5931464 MMAR_1795 MMAR_1796     TRUE 0.955 2.000 0.278 1.000   NA
 5931466 5931467 MMAR_1798 MMAR_1799   rpsP FALSE 0.018 206.000 0.002 NA   NA
 5931467 5931468 MMAR_1799 MMAR_1800 rpsP   TRUE 0.933 9.000 0.385 1.000   NA
 5931468 5931469 MMAR_1800 MMAR_1801   rimM TRUE 0.827 25.000 0.324 1.000   NA
 5931469 5931470 MMAR_1801 MMAR_1802 rimM trmD TRUE 0.989 10.000 0.672 1.000 Y NA
 5931472 5931473 MMAR_1804 MMAR_1805 rplS lepB FALSE 0.128 112.000 0.018 1.000 N NA
 5931473 5931474 MMAR_1805 MMAR_1806 lepB rnhB TRUE 0.827 3.000 0.024 1.000 N NA
 5931474 5931475 MMAR_1806 MMAR_1807 rnhB   FALSE 0.134 131.000 0.067 NA   NA
 5931476 5931477 MMAR_1808 MMAR_1809     FALSE 0.147 78.000 0.000 NA   NA
 5931478 5931479 MMAR_1810 MMAR_1811 galE4 fdhD FALSE 0.128 135.000 0.143 1.000 N NA
 5931479 5931480 MMAR_1811 MMAR_1812 fdhD   FALSE 0.096 117.000 0.003 1.000 N NA
 5931480 5931481 MMAR_1812 MMAR_1813     TRUE 0.919 0.000 0.050 1.000 N NA
 5931481 5931482 MMAR_1813 MMAR_1814     TRUE 0.972 -3.000 0.053 1.000 N NA
 5931482 5931483 MMAR_1814 MMAR_1815   viuB FALSE 0.334 33.000 0.007 NA N NA
 5931483 5931484 MMAR_1815 MMAR_1816 viuB lldD1_1 FALSE 0.601 24.000 0.107 NA N NA
 5931484 5931485 MMAR_1816 MMAR_1817 lldD1_1 xerC FALSE 0.444 32.000 0.013 1.000 N NA
 5931487 5931488 MMAR_1819 MMAR_1820 rpsB tsf TRUE 0.995 2.000 0.748 1.000 Y NA
 5931488 5931489 MMAR_1820 MMAR_1821 tsf amiC TRUE 0.911 21.000 0.006 1.000 Y NA
 5931491 5931492 MMAR_1823 MMAR_1824     FALSE 0.559 119.000 0.667 1.000   NA
 5931494 5931495 MMAR_1826 MMAR_1827 pyrH frr TRUE 0.705 65.000 0.626 1.000 N NA
 5931495 5931496 MMAR_1827 MMAR_1828 frr cdsA FALSE 0.568 33.000 0.076 1.000 N NA
 5931496 5931497 MMAR_1828 MMAR_1829 cdsA   FALSE 0.003 367.000 0.000 NA   NA
 5931497 5931498 MMAR_1829 MMAR_1830     FALSE 0.314 40.000 0.000 NA   NA
 5931498 5931499 MMAR_1830 MMAR_1831   mpt53 FALSE 0.252 74.000 0.003 1.000   NA
 5931499 5931500 MMAR_1831 MMAR_1832 mpt53   TRUE 0.989 14.000 1.000 1.000 Y NA
 5931500 5931501 MMAR_1832 MMAR_1833     TRUE 0.880 16.000 0.400 NA   NA
 5931502 5931503 MMAR_1834 MMAR_1835 mpt70 dipZ FALSE 0.114 88.000 0.000 1.000 N NA
 5931504 5931505 MMAR_1836 MMAR_1837 dxr   TRUE 0.671 20.000 0.088 1.000 N NA
 5931505 5931506 MMAR_1837 MMAR_1838   ispG TRUE 0.638 23.000 0.072 1.000 N NA
 5931506 5931507 MMAR_1838 MMAR_1839 ispG   FALSE 0.373 52.000 0.018 1.000   NA
 5931507 5931508 MMAR_1839 MMAR_1840     FALSE 0.391 111.000 0.292 1.000   NA
 5931508 5931509 MMAR_1840 MMAR_1841     FALSE 0.443 76.000 0.250 NA   NA
 5931509 5931510 MMAR_1841 MMAR_1842   mapB FALSE 0.198 105.000 0.042 NA   NA
 5931510 5931511 MMAR_1842 MMAR_1843 mapB   FALSE 0.012 210.000 0.000 NA   NA
 5931511 5931512 MMAR_1843 MMAR_1844     FALSE 0.054 133.000 0.000 NA   NA
 5931513 5931514 MMAR_1845 MMAR_1846     FALSE 0.006 282.000 0.000 NA   NA
 5931514 5931515 MMAR_1846 MMAR_1847     FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5931515 5931516 MMAR_1847 MMAR_1848     FALSE 0.008 240.000 0.000 NA   NA
 5931516 5931517 MMAR_1848 MMAR_1849     FALSE 0.098 109.000 0.000 NA   NA
 5931517 5931518 MMAR_1849 MMAR_1850     FALSE 0.002 813.000 0.000 NA   NA
 5931518 5931519 MMAR_1850 MMAR_1851     FALSE 0.004 337.000 0.000 NA   NA
 5931519 5931520 MMAR_1851 MMAR_1852   bioF2_3 FALSE 0.010 228.000 0.000 NA   NA
 5931520 5931521 MMAR_1852 MMAR_1853 bioF2_3   FALSE 0.183 61.000 0.000 NA   NA
 5931521 5931522 MMAR_1853 MMAR_1854   aroG_1 FALSE 0.006 285.000 0.000 NA   NA
 5931522 5931523 MMAR_1854 MMAR_1855 aroG_1   FALSE 0.002 735.000 0.000 1.000   NA
 5931523 5931524 MMAR_1855 MMAR_1856     FALSE 0.441 22.000 0.000 NA   NA
 5931524 5931525 MMAR_1856 MMAR_1857   hypD TRUE 0.810 4.000 0.013 NA   NA
 5931525 5931526 MMAR_1857 MMAR_1858 hypD hypC TRUE 0.939 12.000 0.017 NA Y NA
 5931526 5931527 MMAR_1858 MMAR_1859 hypC hypE TRUE 0.896 23.000 0.008 NA Y NA
 5931527 5931528 MMAR_1859 MMAR_1860 hypE   TRUE 0.961 -3.000 0.019 1.000 N NA
 5931528 5931529 MMAR_1860 MMAR_1861     TRUE 0.989 -3.000 0.286 NA   NA
 5931529 5931530 MMAR_1861 MMAR_1862   hypF TRUE 0.961 -3.000 0.005 NA   NA
 5931530 5931531 MMAR_1862 MMAR_1863 hypF   TRUE 0.977 2.000 0.015 NA Y NA
 5931531 5931532 MMAR_1863 MMAR_1864   hyaD TRUE 0.882 3.000 0.167 NA N NA
 5931532 5931533 MMAR_1864 MMAR_1865 hyaD   FALSE 0.187 123.000 0.139 NA   NA
 5931533 5931534 MMAR_1865 MMAR_1866     TRUE 0.991 -3.000 0.368 NA   NA
 5931534 5931535 MMAR_1866 MMAR_1867     TRUE 0.996 -3.000 0.696 NA   NA
 5931535 5931536 MMAR_1867 MMAR_1868     TRUE 0.971 -3.000 0.037 NA   NA
 5931536 5931537 MMAR_1868 MMAR_1869   hyaB TRUE 0.818 4.000 0.033 1.000 N NA
 5931537 5931538 MMAR_1869 MMAR_1870 hyaB hyaA TRUE 0.965 50.000 0.625 0.000 Y NA
 5931538 5931539 MMAR_1870 MMAR_1871 hyaA hypB FALSE 0.003 320.000 0.000 1.000 N NA
 5931539 5931540 MMAR_1871 MMAR_1872 hypB hypA TRUE 0.823 29.000 0.062 0.003   NA
 5931540 5931541 MMAR_1872 MMAR_1873 hypA hoxN FALSE 0.426 35.000 0.000 1.000   NA
 5931546 5931547 MMAR_1878 MMAR_1879     FALSE 0.449 21.000 0.000 NA   NA
 5931549 5931550 MMAR_1881 MMAR_1882 mqo elaA TRUE 0.983 -3.000 0.119 1.000   NA
 5931550 5931551 MMAR_1882 MMAR_1883 elaA   TRUE 0.991 -3.000 0.314 1.000   NA
 5931551 5931552 MMAR_1883 MMAR_1884   cobO TRUE 0.949 22.000 0.057 0.072 Y NA
 5931552 5931553 MMAR_1884 MMAR_1885 cobO cobB TRUE 0.817 95.000 0.114 0.007 Y NA
 5931553 5931554 MMAR_1885 MMAR_1886 cobB cysG FALSE 0.594 120.000 0.145 1.000 Y NA
 5931554 5931555 MMAR_1886 MMAR_1887 cysG efpA TRUE 0.633 34.000 0.156 NA   NA
 5931555 5931556 MMAR_1887 MMAR_1888 efpA proS FALSE 0.138 107.000 0.004 NA   NA
 5931557 5931558 MMAR_1889 MMAR_1890     TRUE 0.981 -3.000 0.139 NA   NA
 5931559 5931560 MMAR_1891 MMAR_1892   nusA TRUE 0.996 -3.000 0.759 NA   NA
 5931560 5931561 MMAR_1892 MMAR_1893 nusA   TRUE 0.801 86.000 0.323 NA Y NA
 5931561 5931562 MMAR_1893 MMAR_1894   infB FALSE 0.338 65.000 0.171 NA N NA
 5931562 5931563 MMAR_1894 MMAR_1895 infB rbfA TRUE 0.981 13.000 0.530 1.000 Y NA
 5931563 5931564 MMAR_1895 MMAR_1896 rbfA   TRUE 0.903 5.000 0.173 1.000   NA
 5931564 5931565 MMAR_1896 MMAR_1897   dinF TRUE 0.738 16.000 0.054 1.000   NA
 5931565 5931566 MMAR_1897 MMAR_1898 dinF ugpA FALSE 0.412 65.000 0.006 0.043 N NA
 5931566 5931567 MMAR_1898 MMAR_1899 ugpA ugpE TRUE 0.997 0.000 0.389 0.012 Y NA
 5931567 5931568 MMAR_1899 MMAR_1900 ugpE   TRUE 0.992 7.000 0.467 0.012 Y NA
 5931568 5931569 MMAR_1900 MMAR_1901     TRUE 0.999 -7.000 0.467 0.012 Y NA
 5931570 5931571 MMAR_1902 MMAR_1903 trxB2_2 echA16_2 FALSE 0.193 50.000 0.000 1.000 N NA
 5931572 5931573 MMAR_1904 MMAR_1905     FALSE 0.357 133.000 0.000 NA Y NA
 5931573 5931574 MMAR_1905 MMAR_1906     FALSE 0.328 38.000 0.000 NA   NA
 5931574 5931575 MMAR_1906 MMAR_1907     TRUE 0.972 -3.000 0.041 NA   NA
 5931576 5931577 MMAR_1908 MMAR_1909     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931577 5931578 MMAR_1909 MMAR_1910     FALSE 0.248 48.000 0.000 NA   NA
 5931578 5931579 MMAR_1910 MMAR_1911     TRUE 0.801 32.000 0.375 NA   NA
 5931580 5931581 MMAR_1912 MMAR_1913     TRUE 0.956 -9.000 0.006 NA   NA
 5931581 5931582 MMAR_1913 MMAR_1914   lppV_1 TRUE 0.895 0.000 0.006 NA   NA
 5931582 5931583 MMAR_1914 MMAR_1915 lppV_1   FALSE 0.307 91.000 0.111 NA   NA
 5931583 5931584 MMAR_1915 MMAR_1916   pptII TRUE 0.987 -3.000 0.203 1.000   NA
 5931584 5931585 MMAR_1916 MMAR_1917 pptII truB TRUE 0.966 -3.000 0.034 1.000 N NA
 5931585 5931586 MMAR_1917 MMAR_1918 truB ltp1 FALSE 0.084 107.000 0.003 NA N NA
 5931586 5931587 MMAR_1918 MMAR_1919 ltp1 fadE21 TRUE 0.879 29.000 0.011 NA Y NA
 5931589 5931590 MMAR_1921 MMAR_1922 ribF rpsO FALSE 0.154 126.000 0.119 1.000 N NA
 5931590 5931591 MMAR_1922 MMAR_1923 rpsO lppU TRUE 0.651 12.000 0.004 NA   NA
 5931591 5931592 MMAR_1923 MMAR_1924 lppU   FALSE 0.348 35.000 0.000 NA   NA
 5931592 5931593 MMAR_1924 MMAR_1925   gpsI FALSE 0.003 371.000 0.000 NA   NA
 5931593 5931594 MMAR_1925 MMAR_1926 gpsI pepR TRUE 0.980 -22.000 0.171 1.000   NA
 5931594 5931595 MMAR_1926 MMAR_1927 pepR   TRUE 0.825 5.000 0.010 1.000   NA
 5931597 5931598 MMAR_1929 MMAR_1930     TRUE 0.623 29.000 0.074 NA   NA
 5931598 5931599 MMAR_1930 MMAR_1931     FALSE 0.486 105.000 0.429 NA   NA
 5931599 5931600 MMAR_1931 MMAR_1932   ephD_1 TRUE 0.967 6.000 0.667 NA   NA
 5931600 5931601 MMAR_1932 MMAR_1933 ephD_1   FALSE 0.609 14.000 0.000 1.000   NA
 5931603 5931604 MMAR_1935 MMAR_1936     TRUE 0.977 6.000 0.900 NA   NA
 5931606 5931607 MMAR_1938 MMAR_1939 dapB   TRUE 0.811 8.000 0.027 1.000   NA
 5931607 5931608 MMAR_1939 MMAR_1940     TRUE 0.977 -3.000 0.069 NA   NA
 5931608 5931609 MMAR_1940 MMAR_1941     TRUE 0.851 0.000 0.000 NA   NA
 5931609 5931610 MMAR_1941 MMAR_1942     TRUE 0.944 -3.000 0.000 NA   NA
 5931610 5931611 MMAR_1942 MMAR_1943     FALSE 0.190 59.000 0.000 NA   NA
 5931611 5931612 MMAR_1943 MMAR_1944     FALSE 0.348 35.000 0.000 NA   NA
 5931614 5931615 MMAR_1946 MMAR_1947     FALSE 0.029 159.000 0.000 NA   NA
 5931615 5931616 MMAR_1947 MMAR_1948   fadD13_1 FALSE 0.058 100.000 0.000 NA N NA
 5931616 5931617 MMAR_1948 MMAR_1949 fadD13_1   FALSE 0.005 299.000 0.000 NA   NA
 5931617 5931618 MMAR_1949 MMAR_1950     TRUE 0.809 70.000 1.000 NA   NA
 5931618 5931619 MMAR_1950 MMAR_1951   accA3_1 FALSE 0.210 32.000 0.000 NA N NA
 5931621 5931622 MMAR_1952 MMAR_1953   fadE34_1 TRUE 0.995 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5931622 5931623 MMAR_1953 MMAR_1954 fadE34_1 fadE18_1 TRUE 0.999 -3.000 0.833 0.017 Y NA
 5931625 5931626 MMAR_1956 MMAR_1957 thyA dfrA TRUE 0.903 8.000 0.295 1.000 N NA
 5931626 5931627 MMAR_1957 MMAR_1958 dfrA   TRUE 0.964 -3.000 0.012 NA   NA
 5931627 5931628 MMAR_1958 MMAR_1959   hsdM TRUE 0.851 0.000 0.000 NA   NA
 5931628 5931629 MMAR_1959 MMAR_1960 hsdM hsdS TRUE 0.988 -3.000 0.033 0.042   NA
 5931629 5931630 MMAR_1960 MMAR_1961 hsdS thyX TRUE 0.665 11.000 0.000 1.000   NA
 5931630 5931631 MMAR_1961 MMAR_1962 thyX dapA FALSE 0.133 118.000 0.037 1.000 N NA
 5931631 5931632 MMAR_1962 MMAR_1963 dapA   TRUE 0.910 20.000 0.550 1.000   NA
 5931633 5931634 MMAR_1964 MMAR_1965     TRUE 0.991 4.000 0.600 NA Y NA
 5931634 5931635 MMAR_1965 MMAR_1966     TRUE 0.981 0.000 0.250 0.061   NA
 5931638 5931639 MMAR_1969 MMAR_1970 pgsA3   FALSE 0.084 140.000 0.006 1.000   NA
 5931639 5931640 MMAR_1970 MMAR_1971     FALSE 0.124 159.000 0.260 NA   NA
 5931640 5931641 MMAR_1971 MMAR_1972     TRUE 0.848 16.000 0.306 NA   NA
 5931643 5931644 MMAR_1974 MMAR_1975     TRUE 0.698 24.000 0.152 NA   NA
 5931646 5931647 MMAR_1977 MMAR_1978 recA recX TRUE 0.987 -34.000 0.296 1.000   NA
 5931647 5931648 MMAR_1978 MMAR_1979 recX   FALSE 0.276 75.000 0.016 1.000   NA
 5931648 5931649 MMAR_1979 MMAR_1980     TRUE 0.968 -3.000 0.024 NA   NA
 5931650 5931651 MMAR_1981 MMAR_1982   pknH_2 FALSE 0.008 241.000 0.000 NA   NA
 5931652 5931653 MMAR_1983 MMAR_1984     FALSE 0.011 220.000 0.000 NA   NA
 5931653 5931654 MMAR_1984 MMAR_1985     FALSE 0.454 47.000 0.059 NA   NA
 5931654 5931655 MMAR_1985 MMAR_1986   miaA TRUE 0.973 -3.000 0.043 NA   NA
 5931655 5931656 MMAR_1986 MMAR_1987 miaA dapF TRUE 0.838 5.000 0.062 1.000 N NA
 5931656 5931657 MMAR_1987 MMAR_1988 dapF hflX FALSE 0.438 47.000 0.025 1.000   NA
 5931657 5931658 MMAR_1988 MMAR_1989 hflX fadE20 FALSE 0.073 144.000 0.003 1.000   NA
 5931662 5931663 MMAR_1993 MMAR_1994     TRUE 0.716 10.000 0.012 NA   NA
 5931663 5931664 MMAR_1994 MMAR_1995     FALSE 0.482 29.000 0.005 NA   NA
 5931665 5931666 MMAR_1996 MMAR_1997     TRUE 0.782 46.000 0.280 0.045   NA
 5931666 5931667 MMAR_1997 MMAR_1998     TRUE 0.786 49.000 0.538 1.000   NA
 5931671 5931672 MMAR_2002 MMAR_2003 ideR sigB FALSE 0.480 152.000 0.134 0.061 Y NA
 5931672 5931673 MMAR_2003 MMAR_2004 sigB   FALSE 0.230 135.000 0.303 NA   NA
 5931675 5931676 MMAR_2006 MMAR_2007     FALSE 0.416 66.000 0.185 NA   NA
 5931678 5931679 MMAR_2009 MMAR_2010     FALSE 0.102 106.000 0.000 NA   NA
 5931679 5931680 MMAR_2010 MMAR_2011   sigA FALSE 0.017 210.000 0.000 1.000   NA
 5931680 5931681 MMAR_2011 MMAR_2012 sigA ppgK FALSE 0.251 179.000 0.075 1.000 Y NA
 5931686 5931687 MMAR_2017 MMAR_2018 dut   TRUE 0.937 0.000 0.078 NA   NA
 5931689 5931690 MMAR_2020 MMAR_2021     TRUE 0.670 28.000 0.145 NA   NA
 5931691 5931692 MMAR_2022 MMAR_2023 ceoC ceoB TRUE 0.902 53.000 0.162 0.002 Y NA
 5931693 5931694 MMAR_2024 MMAR_2025     TRUE 0.970 -3.000 0.082 NA N NA
 5931694 5931695 MMAR_2025 MMAR_2026     FALSE 0.056 125.000 0.004 NA N NA
 5931695 5931696 MMAR_2026 MMAR_2027     TRUE 0.985 -3.000 0.222 NA   NA
 5931696 5931697 MMAR_2027 MMAR_2028     TRUE 0.982 -3.000 0.176 NA   NA
 5931698 5931699 MMAR_2029 MMAR_2030 arsB1 arsA TRUE 0.916 39.000 0.000 0.000 Y NA
 5931699 5931700 MMAR_2030 MMAR_2031 arsA   FALSE 0.199 56.000 0.000 NA   NA
 11425330 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -961.000 0.000 NA   NA
 11567693 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -961.000 0.000 NA   NA
 11710085 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -961.000 0.000 NA   NA
 11425331 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -999.000 0.000 NA   NA
 11567694 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -999.000 0.000 NA   NA
 11710086 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -999.000 0.000 NA   NA
 11425332 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1033.000 0.000 NA   NA
 11567695 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1033.000 0.000 NA   NA
 11710087 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1033.000 0.000 NA   NA
 11425333 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1053.000 0.000 NA   NA
 11567696 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1053.000 0.000 NA   NA
 11710088 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1053.000 0.000 NA   NA
 11425334 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1087.000 0.000 NA   NA
 11567697 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1087.000 0.000 NA   NA
 11710089 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1087.000 0.000 NA   NA
 11425335 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1134.000 0.000 NA   NA
 11567698 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1134.000 0.000 NA   NA
 11710090 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1134.000 0.000 NA   NA
 11425336 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1168.000 0.000 NA   NA
 11567699 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1168.000 0.000 NA   NA
 11710091 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1168.000 0.000 NA   NA
 11425337 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1197.000 0.000 NA   NA
 11567700 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1197.000 0.000 NA   NA
 11710092 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1197.000 0.000 NA   NA
 11425338 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1231.000 0.000 NA   NA
 11567701 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1231.000 0.000 NA   NA
 11710093 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1231.000 0.000 NA   NA
 11425339 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1260.000 0.000 NA   NA
 11567702 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1260.000 0.000 NA   NA
 11710094 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1260.000 0.000 NA   NA
 11425340 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1294.000 0.000 NA   NA
 11567703 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1294.000 0.000 NA   NA
 11710095 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1294.000 0.000 NA   NA
 11425341 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1323.000 0.000 NA   NA
 11567704 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1323.000 0.000 NA   NA
 11710096 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1323.000 0.000 NA   NA
 11425342 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1357.000 0.000 NA   NA
 11567705 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1357.000 0.000 NA   NA
 11710097 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1357.000 0.000 NA   NA
 11425343 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1377.000 0.000 NA   NA
 11567706 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1377.000 0.000 NA   NA
 11710098 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1377.000 0.000 NA   NA
 11425344 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1411.000 0.000 NA   NA
 11567707 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1411.000 0.000 NA   NA
 11710099 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1411.000 0.000 NA   NA
 11425345 5931702   MMAR_2033     FALSE NA -1431.000 0.000 NA   NA
 11567708 5931702