MicrobesOnline Operon Predictions for Anaplasma phagocytophilum HZ

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1301155 1301156 APH_0001 APH_0002 polA rpe TRUE 0.433 155.000 0.003 1.000 N NA
 1301156 1301157 APH_0002 APH_0003 rpe   TRUE 0.686 76.000 0.005 NA N NA
 1301157 1301158 APH_0003 APH_0004     TRUE 0.997 7.000 0.178 NA Y NA
 1301158 1301159 APH_0004 APH_0005     FALSE 0.012 1061.000 0.000 NA   NA
 1301159 1301160 APH_0005 APH_0006     TRUE 0.933 38.000 0.021 NA   NA
 1301162 1301163 APH_0008 APH_0009     TRUE 0.908 12.000 0.000 NA   NA
 1301163 1301164 APH_0009 APH_0010     FALSE 0.014 814.000 0.000 NA   NA
 1301165 1301166 APH_0011 APH_0012     TRUE 0.481 53.000 0.000 NA   NA
 1301167 1301168 APH_0013 APH_0014 glyQ-1 glyS TRUE 0.998 2.000 0.651 0.004 Y NA
 1301168 1301169 APH_0014 APH_0015 glyS dnaJ TRUE 0.787 78.000 0.009 1.000 N NA
 1301172 1301173 APH_0018 APH_0019 ruvC   TRUE 0.989 5.000 0.011 1.000 N NA
 1301173 1301174 APH_0019 APH_0020   hemE TRUE 0.769 63.000 0.007 1.000 N NA
 1301176 1301177 APH_0022 APH_0023     TRUE 0.970 30.000 0.055 NA   NA
 1301177 1301178 APH_0023 APH_0024     TRUE 0.913 -3.000 0.000 NA   NA
 1301179 1301180 APH_0025 APH_0026   nadA TRUE 0.882 57.000 0.008 1.000 Y NA
 1301184 1301185 APH_0032 APH_0033     FALSE 0.249 160.000 0.000 NA   NA
 1301187 1301188 APH_0035 APH_0036 trpS grpE TRUE 0.991 7.000 0.016 1.000 N NA
 1301190 1301191 APH_0038 APH_0039 pyrG secG TRUE 0.992 13.000 0.083 1.000 N NA
 1301194 1301195 APH_0042 APH_0043     TRUE 0.609 307.000 0.200 NA   NA
 1301195 1301196 APH_0043 APH_0044     FALSE 0.055 368.000 0.000 NA   NA
 1301197 1301198 APH_0045 APH_0046     TRUE 0.795 194.000 0.199 NA   NA
 1301199 1301200 APH_0047 APH_0048     TRUE 0.396 64.000 0.000 NA   NA
 1301202 1301203 APH_0050 APH_0051     FALSE 0.042 373.000 0.000 1.000   NA
 1301203 1301204 APH_0051 APH_0052     TRUE 0.965 1.000 0.004 NA   NA
 1301206 1301207 APH_0054 APH_0055 rpsP   FALSE 0.030 507.000 0.000 NA   NA
 1301209 1301210 APH_0057 APH_0058     FALSE 0.061 348.000 0.000 NA   NA
 1301211 1301212 APH_0059 APH_0060 pheS rplT TRUE 0.994 -19.000 0.202 1.000 Y NA
 1301212 1301213 APH_0060 APH_0061 rplT rpmI TRUE 0.995 24.000 0.928 0.058 Y NA
 1301214 1301215 APH_0062 APH_0063     TRUE 0.913 -3.000 0.000 NA   NA
 1301215 1301216 APH_0063 APH_0064   rho-1 TRUE 0.823 -48.000 0.000 NA   NA
 1301217 1301218 APH_0065 APH_0066 lpdA-1   FALSE 0.259 115.000 0.000 1.000   NA
 1301221 1301222 APH_0069 APH_0070 thiS   TRUE 0.978 34.000 0.064 1.000 Y NA
 1301224 1301225 APH_0072 APH_0073 gltX-1   FALSE 0.142 250.000 0.000 NA   NA
 1301225 1301226 APH_0073 APH_0074     FALSE 0.294 132.000 0.000 NA   NA
 1301226 1301227 APH_0074 APH_0075     TRUE 0.965 11.000 0.005 1.000   NA
 1301227 10942763 APH_0075 APH_0076     FALSE 0.078 322.000 0.000 NA   NA
 1301228 1301229 APH_0077 APH_0078     TRUE 0.845 106.000 0.042 NA   NA
 1301231 1301232 APH_0080 APH_0081 trx virB9-1 TRUE 0.983 13.000 0.008 NA N NA
 1301232 1301233 APH_0081 APH_0082 virB9-1 pdhA FALSE 0.082 359.000 0.000 NA N NA
 1301233 1301234 APH_0082 APH_0083 pdhA   TRUE 0.953 23.000 0.008 1.000   NA
 1301235 1301236 APH_0084 APH_0085 rrlB rrfC TRUE 0.359 79.000 0.000 NA   NA
 1301237 1301238 APH_0086 APH_0087     FALSE 0.099 302.000 0.000 NA   NA
 1301238 1301239 APH_0087 APH_0088   guaB TRUE 0.728 65.000 0.002 1.000 Y NA
 1301239 1301240 APH_0088 APH_0089 guaB ppnK TRUE 0.675 76.000 0.005 1.000 N NA
 1301240 1301241 APH_0089 APH_0090 ppnK   TRUE 0.990 10.000 0.018 1.000 N NA
 1301242 1301243 APH_0091 APH_0092   fabD FALSE 0.240 165.000 0.000 NA   NA
 1301243 1301244 APH_0092 APH_0093 fabD tmk TRUE 0.946 17.000 0.003 1.000 N NA
 1301244 1301245 APH_0093 APH_0094 tmk   TRUE 0.606 168.000 0.007 NA N NA
 1301245 1301246 APH_0094 APH_0095     FALSE 0.229 172.000 0.000 NA   NA
 1301248 1301249 APH_0097 APH_0098 secB   TRUE 0.848 71.000 0.015 NA N NA
 1301249 1301250 APH_0098 APH_0099     FALSE 0.167 215.000 0.000 NA   NA
 1301250 1301251 APH_0099 APH_0100     TRUE 0.839 -31.000 0.000 NA   NA
 1301253 1301254 APH_0102 APH_0103     FALSE 0.294 132.000 0.000 NA   NA
 1301257 1301258 APH_0106 APH_0107 ribE mfd FALSE 0.030 565.000 0.000 1.000 N NA
 1301258 1301259 APH_0107 APH_0108 mfd   TRUE 0.925 6.000 0.000 NA   NA
 1301260 1301261 APH_0109 APH_0110 rnhA   TRUE 0.915 39.000 0.014 NA   NA
 1301261 1301262 APH_0110 APH_0111   pyrH FALSE 0.275 205.000 0.002 NA   NA
 1301262 1301263 APH_0111 APH_0112 pyrH frr TRUE 0.996 9.000 0.626 1.000 N NA
 1301263 1301264 APH_0112 APH_0113 frr   FALSE 0.185 538.000 0.020 1.000   NA
 1301264 1301265 APH_0113 APH_0114     FALSE 0.034 464.000 0.000 NA   NA
 1301265 10942764 APH_0114 APH_0115     FALSE 0.012 950.000 0.000 NA   NA
 10942764 1301266 APH_0115 APH_0116     FALSE 0.071 332.000 0.000 NA   NA
 1301267 1301268 APH_0117 APH_0118     FALSE 0.101 301.000 0.000 NA   NA
 1301268 1301269 APH_0118 APH_0119   purC TRUE 0.641 35.000 0.000 NA   NA
 1301270 1301271 APH_0120 APH_0121 hisS   TRUE 0.353 82.000 0.000 NA   NA
 1301274 1301275 APH_0124 APH_0125   ccmA TRUE 0.724 30.000 0.000 NA   NA
 1301275 1301276 APH_0125 APH_0126 ccmA   TRUE 0.873 -16.000 0.000 NA   NA
 1301276 1301277 APH_0126 APH_0127     FALSE 0.033 468.000 0.000 NA   NA
 1301279 1301280 APH_0129 APH_0130     FALSE 0.261 114.000 0.000 1.000   NA
 1301280 1301281 APH_0130 APH_0131     FALSE 0.310 121.000 0.000 NA   NA
 1301281 10942765 APH_0131 APH_0132     FALSE 0.018 709.000 0.000 NA   NA
 10942765 1301282 APH_0132 APH_0133     TRUE 0.468 54.000 0.000 NA   NA
 1301282 10942766 APH_0133 APH_0134     FALSE 0.119 278.000 0.000 NA   NA
 1301283 1301284 APH_0135 APH_0136     TRUE 0.975 28.000 0.032 1.000 N NA
 1301284 1301285 APH_0136 APH_0137     TRUE 0.986 8.000 0.009 1.000 N NA
 1301286 1301287 APH_0138 APH_0139 ligA   TRUE 0.981 6.000 0.006 1.000 N NA
 1301287 1301288 APH_0139 APH_0140     TRUE 0.994 -7.000 0.216 NA N NA
 1301288 1301289 APH_0140 APH_0141     TRUE 0.497 233.000 0.007 NA N NA
 1301289 1301290 APH_0141 APH_0142     FALSE 0.029 440.000 0.000 1.000   NA
 1301291 1301292 APH_0144 APH_0145     FALSE 0.081 263.000 0.000 0.059   NA
 1301292 1301293 APH_0145 APH_0146     TRUE 0.826 -43.000 0.000 NA   NA
 1301293 1301294 APH_0146 APH_0147     FALSE 0.021 630.000 0.000 NA   NA
 1301295 1301296 APH_0148 APH_0149     FALSE 0.038 436.000 0.000 NA   NA
 1301296 1301297 APH_0149 APH_0150     TRUE 0.986 10.000 0.012 NA   NA
 1301297 1301298 APH_0150 APH_0151   rpsF TRUE 0.632 77.000 0.006 1.000   NA
 1301298 1301299 APH_0151 APH_0152 rpsF rpsR TRUE 0.997 11.000 0.319 0.055 Y NA
 1301299 1301300 APH_0152 APH_0153 rpsR rplI TRUE 0.993 24.000 0.499 0.055 Y NA
 1301300 1301301 APH_0153 APH_0154 rplI glyA TRUE 0.947 23.000 0.006 1.000 N NA
 1301301 1301302 APH_0154 APH_0155 glyA   TRUE 0.906 -6.000 0.000 NA   NA
 1301302 1301303 APH_0155 APH_0156     FALSE 0.348 85.000 0.000 NA   NA
 1301303 1301304 APH_0156 APH_0157     TRUE 0.989 16.000 0.028 NA N NA
 1301304 1301305 APH_0157 APH_0158   sdhA-1 FALSE 0.038 473.000 0.000 1.000 N NA
 1301305 1301306 APH_0158 APH_0159 sdhA-1 sdhB-1 TRUE 0.997 15.000 0.604 0.008 Y NA
 1301306 1301307 APH_0159 APH_0160 sdhB-1   TRUE 0.921 1.000 0.000 NA   NA
 1301307 1301308 APH_0160 APH_0161   sdhA-2 TRUE 0.923 2.000 0.000 NA   NA
 1301308 1301309 APH_0161 APH_0162 sdhA-2 sdhB-2 TRUE 0.997 15.000 0.604 0.008 Y NA
 1301309 1301310 APH_0162 APH_0163 sdhB-2 thyX TRUE 0.980 1.000 0.006 1.000 N NA
 1301310 1301311 APH_0163 APH_0164 thyX   FALSE 0.099 456.000 0.005 1.000 N NA
 1301312 1301313 APH_0165 APH_0166 glyQ-2 ruvB FALSE 0.338 128.000 0.000 1.000 N NA
 1301313 1301314 APH_0166 APH_0167 ruvB ruvA TRUE 0.997 -3.000 0.549 0.004 Y NA
 1301314 1301315 APH_0167 APH_0168 ruvA ccmC TRUE 0.978 -3.000 0.007 1.000 N NA
 1301316 1301317 APH_0169 APH_0170   gmk FALSE 0.266 150.000 0.000 NA   NA
 1301318 1301319 APH_0171 APH_0172 p44-45   FALSE 0.298 61.000 0.000 0.059   NA
 1301322 1301323 APH_0175 APH_0176 folD   TRUE 0.679 33.000 0.000 NA   NA
 1301323 1301324 APH_0176 APH_0177     FALSE 0.180 206.000 0.000 NA   NA
 1301325 1301326 APH_0178 APH_0179     FALSE 0.178 133.000 0.000 0.007   NA
 1301326 1301327 APH_0179 APH_0180   cycM TRUE 0.526 292.000 0.027 1.000   NA
 1301327 1301328 APH_0180 APH_0181 cycM   FALSE 0.239 305.000 0.000 1.000 Y NA
 1301328 1301329 APH_0181 APH_0182     FALSE 0.113 288.000 0.000 NA   NA
 1301331 1301332 APH_0184 APH_0185   ppdK FALSE 0.257 154.000 0.000 NA   NA
 1301332 1301333 APH_0185 APH_0186 ppdK   FALSE 0.094 305.000 0.000 NA   NA
 1301333 1301334 APH_0186 APH_0187     TRUE 0.926 76.000 0.500 NA   NA
 1301335 1301336 APH_0188 APH_0189     TRUE 0.864 -19.000 0.000 NA   NA
 1301338 1301339 APH_0191 APH_0192     TRUE 0.925 6.000 0.000 NA   NA
 1301339 1301340 APH_0192 APH_0193   gshB TRUE 0.990 10.000 0.023 NA   NA
 1301340 1301341 APH_0193 APH_0194 gshB   TRUE 0.522 49.000 0.000 NA   NA
 1301341 1301342 APH_0194 APH_0195     TRUE 0.356 81.000 0.000 NA   NA
 1301342 1301343 APH_0195 APH_0196     FALSE 0.202 244.000 0.000 NA N NA
 1301343 1301344 APH_0196 APH_0197     TRUE 0.481 53.000 0.000 NA   NA
 1301346 1301347 APH_0200 APH_0201 xerC   FALSE 0.033 468.000 0.000 NA   NA
 1301349 1301350 APH_0203 APH_0204     FALSE 0.140 251.000 0.000 NA   NA
 1301350 1301351 APH_0204 APH_0205     TRUE 0.724 30.000 0.000 NA   NA
 1301352 1301353 APH_0206 APH_0207     FALSE 0.204 193.000 0.000 NA   NA
 1301354 1301355 APH_0208 APH_0209     TRUE 0.833 141.000 0.059 NA   NA
 1301356 1301357 APH_0210 APH_0211 purM-2   FALSE 0.051 378.000 0.000 NA   NA
 1301357 1301358 APH_0211 APH_0212   folK FALSE 0.017 727.000 0.000 NA   NA
 1301358 1301359 APH_0212 APH_0213 folK   FALSE 0.022 687.000 0.000 1.000 N NA
 1301359 10942768 APH_0213 APH_0214     FALSE 0.013 869.000 0.000 NA   NA
 10942768 1301360 APH_0214 APH_0215     FALSE 0.041 426.000 0.000 NA   NA
 1301360 1301361 APH_0215 APH_0216     TRUE 0.492 52.000 0.000 NA   NA
 1301363 1301364 APH_0218 APH_0219 bioB   TRUE 0.948 -13.000 0.004 NA   NA
 1301364 1301365 APH_0219 APH_0220     TRUE 0.833 142.000 0.060 NA   NA
 1301365 1301366 APH_0220 APH_0221     FALSE 0.263 491.000 0.040 NA   NA
 1301368 1301369 APH_0223 APH_0224     FALSE 0.062 346.000 0.000 NA   NA
 10942769 1301373 APH_0228 APH_0230   purN FALSE 0.011 1219.000 0.000 NA   NA
 1301373 1301374 APH_0230 APH_0231 purN pepA TRUE 0.989 6.000 0.012 1.000 N NA
 1301375 1301376 APH_0232 APH_0233     TRUE 0.777 141.000 0.019 NA   NA
 1301376 1301377 APH_0233 APH_0234     FALSE 0.027 542.000 0.000 NA   NA
 1301381 1301382 APH_0238 APH_0239     TRUE 0.458 55.000 0.000 NA   NA
 1301383 1301384 APH_0240 APH_0241 groL groS TRUE 0.944 53.000 0.036 0.013 Y NA
 1301385 1301386 APH_0242 APH_0243 radC lipB TRUE 0.621 78.000 0.004 1.000 N NA
 1301387 1301388 APH_0244 APH_0245   pyrC TRUE 0.376 74.000 0.000 NA   NA
 1301388 1301389 APH_0245 APH_0246 pyrC   TRUE 0.842 28.000 0.003 1.000   NA
 1301390 1301391 APH_0247 APH_0248 fumC   FALSE 0.268 351.000 0.009 NA   NA
 1301396 1301397 APH_0253 APH_0254   folP TRUE 0.435 58.000 0.000 NA   NA
 1301397 1301398 APH_0254 APH_0255 folP   TRUE 0.926 5.000 0.000 NA   NA
 1301399 1301400 APH_0256 APH_0257   qor TRUE 0.850 124.000 0.100 1.000   NA
 1301402 1301403 APH_0259 APH_0260     FALSE 0.323 103.000 0.000 NA   NA
 1301403 1301404 APH_0260 APH_0261     FALSE 0.043 420.000 0.000 NA   NA
 1301404 1301405 APH_0261 APH_0262     FALSE 0.076 324.000 0.000 NA   NA
 1301406 1301407 APH_0263 APH_0264 hemH   FALSE 0.129 262.000 0.000 NA   NA
 1301407 1301408 APH_0264 APH_0265     TRUE 0.918 9.000 0.000 NA   NA
 1301408 1301409 APH_0265 APH_0266     FALSE 0.042 422.000 0.000 NA   NA
 1301409 1301410 APH_0266 APH_0267     TRUE 0.923 2.000 0.000 NA   NA
 1301410 1301411 APH_0267 APH_0268     FALSE 0.282 140.000 0.000 NA   NA
 1301413 1301414 APH_0270 APH_0271   ihfB TRUE 0.386 68.000 0.000 NA   NA
 1301414 1301415 APH_0271 APH_0272 ihfB sppA TRUE 0.990 14.000 0.030 1.000 N NA
 1301415 1301416 APH_0272 APH_0273 sppA rpsA TRUE 0.994 8.000 0.057 1.000 N NA
 1301416 1301417 APH_0273 APH_0274 rpsA cmkB TRUE 0.896 103.000 0.281 1.000 N NA
 1301417 1301418 APH_0274 APH_0275 cmkB   TRUE 0.403 210.000 0.005 1.000 N NA
 1301419 1301420 APH_0276 APH_0277     TRUE 0.920 8.000 0.000 NA   NA
 1301420 1301421 APH_0277 APH_0278   tuf-1 TRUE 0.458 55.000 0.000 NA   NA
 1301421 1301422 APH_0278 APH_0279 tuf-1 rpsJ TRUE 0.997 7.000 0.318 1.000 Y NA
 1301422 1301423 APH_0279 APH_0280 rpsJ rplC TRUE 0.991 26.000 0.307 0.067 Y NA
 1301423 1301424 APH_0280 APH_0281 rplC rplD TRUE 0.994 22.000 0.486 0.051 Y NA
 1301424 1301425 APH_0281 APH_0282 rplD rplW TRUE 0.997 -7.000 0.513 1.000 Y NA
 1301425 1301426 APH_0282 APH_0283 rplW rplB TRUE 0.998 -3.000 0.849 1.000 Y NA
 1301426 1301427 APH_0283 APH_0284 rplB rpsS TRUE 0.998 6.000 0.820 0.067 Y NA
 1301427 1301428 APH_0284 APH_0285 rpsS rplV TRUE 0.997 3.000 0.119 0.067 Y NA
 1301428 1301429 APH_0285 APH_0286 rplV rpsC TRUE 0.997 4.000 0.109 0.067 Y NA
 1301429 1301430 APH_0286 APH_0287 rpsC rplP TRUE 0.998 13.000 0.828 0.067 Y NA
 1301430 1301431 APH_0287 APH_0288 rplP rpmC TRUE 0.996 10.000 0.802 0.051   NA
 1301431 1301432 APH_0288 APH_0289 rpmC rpsQ TRUE 0.995 -7.000 0.828 0.051   NA
 1301432 1301433 APH_0289 APH_0290 rpsQ rplN TRUE 0.998 9.000 0.791 0.067 Y NA
 1301433 1301434 APH_0290 APH_0291 rplN rplX TRUE 0.998 0.000 0.810 0.067 Y NA
 1301434 1301435 APH_0291 APH_0292 rplX rplE TRUE 0.998 7.000 0.758 0.051 Y NA
 1301435 1301436 APH_0292 APH_0293 rplE rpsN TRUE 0.996 12.000 0.309 0.051 Y NA
 1301436 1301437 APH_0293 APH_0294 rpsN rpsH TRUE 0.994 18.000 0.295 0.051 Y NA
 1301437 1301438 APH_0294 APH_0295 rpsH rplF TRUE 0.997 13.000 0.808 0.051 Y NA
 1301438 1301439 APH_0295 APH_0296 rplF rplR TRUE 0.997 17.000 0.815 0.051 Y NA
 1301439 1301440 APH_0296 APH_0297 rplR rpsE TRUE 0.998 9.000 0.814 0.067 Y NA
 1301440 1301441 APH_0297 APH_0298 rpsE rplO TRUE 0.993 19.000 0.148 0.067 Y NA
 1301441 1301442 APH_0298 APH_0299 rplO secY TRUE 0.993 21.000 0.730 1.000 N NA
 1301442 1301443 APH_0299 APH_0300 secY adk TRUE 0.991 -18.000 0.241 1.000 N NA
 1301443 1301444 APH_0300 APH_0301 adk rpsM TRUE 0.859 63.000 0.017 1.000 N NA
 1301444 1301445 APH_0301 APH_0302 rpsM rpsK TRUE 0.998 10.000 0.810 0.051 Y NA
 1301445 1301446 APH_0302 APH_0303 rpsK rpoA TRUE 0.914 77.000 0.308 1.000 N NA
 1301446 1301447 APH_0303 APH_0304 rpoA rplQ TRUE 0.983 34.000 0.873 1.000 N NA
 1301447 1301448 APH_0304 APH_0305 rplQ pheT TRUE 0.984 13.000 0.006 1.000 Y NA
 1301448 1301449 APH_0305 APH_0306 pheT   FALSE 0.013 896.000 0.000 NA   NA
 1301450 1301451 APH_0307 APH_0308   rnpA TRUE 0.907 32.000 0.006 1.000 N NA
 1301451 1301452 APH_0308 APH_0309 rnpA rpmH TRUE 0.995 -9.000 0.787 1.000   NA
 1301453 1301454 APH_0310 APH_0311 ubiA   TRUE 0.976 21.000 0.018 1.000   NA
 1301454 1301455 APH_0311 APH_0312     FALSE 0.020 645.000 0.000 NA   NA
 1301455 1301456 APH_0312 APH_0313   pstB TRUE 0.925 6.000 0.000 NA   NA
 1301458 1301459 APH_0315 APH_0316 rpmF plsX TRUE 0.996 7.000 0.418 1.000 N NA
 1301459 1301460 APH_0316 APH_0317 plsX fabH TRUE 0.997 0.000 0.380 0.010 Y NA
 1301460 10942770 APH_0317 APH_0318 fabH   FALSE 0.287 135.000 0.000 NA   NA
 10942770 1301461 APH_0318 APH_0320     FALSE 0.022 617.000 0.000 NA   NA
 1301463 1301464 APH_0322 APH_0323   dnaB TRUE 0.897 50.000 0.017 NA   NA
 1301467 1301468 APH_0326 APH_0327     FALSE 0.206 191.000 0.000 NA   NA
 1301468 1301469 APH_0327 APH_0328     FALSE 0.051 379.000 0.000 NA   NA
 1301469 1301470 APH_0328 APH_0329   ispA TRUE 0.990 4.000 0.016 NA   NA
 1301471 1301472 APH_0330 APH_0331   nrdA FALSE 0.198 196.000 0.000 NA   NA
 1301472 1301473 APH_0331 APH_0332 nrdA   TRUE 0.734 68.000 0.007 1.000 N NA
 1301473 1301474 APH_0332 APH_0333     FALSE 0.126 267.000 0.000 NA   NA
 1301480 1301481 APH_0339 APH_0340   tkt TRUE 0.974 32.000 0.118 1.000 N NA
 1301481 1301482 APH_0340 APH_0341 tkt   TRUE 0.978 25.000 0.045 1.000   NA
 1301482 1301483 APH_0341 APH_0342     TRUE 0.996 7.000 0.655 1.000   NA
 1301483 1301484 APH_0342 APH_0343     TRUE 0.889 -10.000 0.000 NA   NA
 1301484 1301485 APH_0343 APH_0344     FALSE 0.351 83.000 0.000 NA   NA
 1301485 1301486 APH_0344 APH_0345     TRUE 0.811 94.000 0.016 1.000 N NA
 1301486 1301487 APH_0345 APH_0346   dnaK TRUE 0.437 262.000 0.008 1.000 N NA
 1301487 1301488 APH_0346 APH_0347 dnaK   FALSE 0.214 223.000 0.000 NA N NA
 1301488 1301489 APH_0347 APH_0348     FALSE 0.047 787.000 0.004 NA N NA
 1301489 1301490 APH_0348 APH_0349   ffh TRUE 0.981 -7.000 0.008 1.000 N NA
 1301490 1301491 APH_0349 APH_0350 ffh era TRUE 0.425 75.000 0.003 0.021   NA
 1301491 1301492 APH_0350 APH_0351 era   TRUE 0.835 73.000 0.021 1.000   NA
 1301492 1301493 APH_0351 APH_0352     FALSE 0.007 2637.000 0.000 1.000   NA
 1301493 1301494 APH_0352 APH_0353     TRUE 0.429 311.000 0.022 0.034   NA
 1301494 1301495 APH_0353 APH_0354     FALSE 0.216 448.000 0.013 1.000 N NA
 1301495 1301496 APH_0354 APH_0355     TRUE 0.419 106.000 0.003 1.000   NA
 1301496 1301497 APH_0355 APH_0356   priA FALSE 0.036 530.000 0.002 1.000   NA
 1301497 1301498 APH_0356 APH_0357 priA   FALSE 0.323 103.000 0.000 NA   NA
 1301498 1301499 APH_0357 APH_0358     FALSE 0.294 132.000 0.000 NA   NA
 1301499 1301500 APH_0358 APH_0359   rpmB FALSE 0.018 700.000 0.000 NA   NA
 1301504 1301505 APH_0363 APH_0364   pccA FALSE 0.170 211.000 0.000 NA   NA
 1301505 1301506 APH_0364 APH_0365 pccA   TRUE 0.761 158.000 0.021 NA   NA
 1301506 1301507 APH_0365 APH_0366     TRUE 0.684 306.000 0.500 NA   NA
 1301507 1301508 APH_0366 APH_0367   lipA FALSE 0.047 400.000 0.000 NA   NA
 1301508 1301509 APH_0367 APH_0368 lipA   TRUE 0.679 33.000 0.000 NA   NA
 1301509 1301510 APH_0368 APH_0369     FALSE 0.228 173.000 0.000 NA   NA
 1301512 1301513 APH_0371 APH_0372 sodB virB3 TRUE 0.708 93.000 0.007 NA N NA
 1301513 1301514 APH_0372 APH_0373 virB3 virB4-1 TRUE 0.998 1.000 0.789 NA Y NA
 1301514 1301515 APH_0373 APH_0374 virB4-1 virB6 TRUE 0.997 -7.000 0.579 1.000 Y NA
 1301515 1301516 APH_0374 APH_0375 virB6   TRUE 0.897 138.000 0.818 0.005   NA
 1301516 1301517 APH_0375 APH_0376     TRUE 0.993 13.000 0.333 0.005   NA
 1301517 1301518 APH_0376 APH_0377     TRUE 0.988 21.000 0.429 0.005   NA
 1301519 1301520 APH_0378 APH_0379   dut FALSE 0.012 1041.000 0.000 NA   NA
 1301520 1301521 APH_0379 APH_0380 dut ispH FALSE 0.057 520.000 0.002 1.000 N NA
 1301521 1301522 APH_0380 APH_0381 ispH carA FALSE 0.049 568.000 0.002 1.000 N NA
 1301523 1301524 APH_0382 APH_0383     FALSE 0.029 527.000 0.000 NA   NA
 1301526 1301527 APH_0385 APH_0386     TRUE 0.522 49.000 0.000 NA   NA
 1301527 1301528 APH_0386 APH_0387     FALSE 0.266 150.000 0.000 NA   NA
 1301528 1301529 APH_0387 APH_0388     FALSE 0.132 259.000 0.000 NA   NA
 1301529 1301530 APH_0388 APH_0389   gpmI TRUE 0.830 -34.000 0.000 NA   NA
 1301532 1301533 APH_0391 APH_0392     FALSE 0.254 158.000 0.000 NA   NA
 1301533 1301534 APH_0392 APH_0393   lpdA-2 TRUE 0.987 8.000 0.015 0.046   NA
 1301534 1301535 APH_0393 APH_0394 lpdA-2   TRUE 0.862 60.000 0.015 1.000 N NA
 1301535 1301536 APH_0394 APH_0395   infA TRUE 0.683 78.000 0.006 1.000 N NA
 1301536 1301537 APH_0395 APH_0396 infA maf TRUE 0.974 23.000 0.012 NA N NA
 1301537 1301538 APH_0396 APH_0397 maf rpsB TRUE 0.709 139.000 0.008 NA N NA
 1301538 1301539 APH_0397 APH_0398 rpsB tsf TRUE 0.986 36.000 0.748 1.000 Y NA
 1301539 1301540 APH_0398 APH_0399 tsf   FALSE 0.144 269.000 0.000 1.000 N NA
 1301540 1301541 APH_0399 APH_0400     FALSE 0.161 219.000 0.000 NA   NA
 1301541 1301542 APH_0400 APH_0401   petA FALSE 0.098 303.000 0.000 NA   NA
 1301542 1301543 APH_0401 APH_0402 petA petB TRUE 0.994 9.000 0.024 0.004 Y NA
 1301543 1301544 APH_0402 APH_0403 petB petC TRUE 0.998 2.000 0.630 0.004 Y NA
 1301544 1301545 APH_0403 APH_0404 petC   FALSE 0.013 753.000 0.000 1.000   NA
 1301545 1301546 APH_0404 APH_0405     TRUE 0.948 66.000 1.000 NA   NA
 1301546 1301547 APH_0405 APH_0406     FALSE 0.009 1716.000 0.000 NA   NA
 1301547 1301548 APH_0406 APH_0407     FALSE 0.064 344.000 0.000 NA   NA
 1301552 1301553 APH_0411 APH_0412 mutM   TRUE 0.845 20.000 0.000 NA   NA
 1301553 1301554 APH_0412 APH_0413     FALSE 0.027 536.000 0.000 NA   NA
 1301556 1301557 APH_0415 APH_0416 pccB   TRUE 0.791 26.000 0.000 NA   NA
 1301558 1301559 APH_0417 APH_0418     FALSE 0.287 135.000 0.000 NA   NA
 1301559 1301560 APH_0418 APH_0419     TRUE 0.995 -7.000 0.579 NA   NA
 1301560 1301561 APH_0419 APH_0420   prfA FALSE 0.025 571.000 0.000 NA   NA
 1301562 1301563 APH_0421 APH_0422   argB TRUE 0.985 -22.000 0.046 1.000   NA
 1301563 1301564 APH_0422 APH_0423 argB hemF TRUE 0.362 183.000 0.003 1.000 N NA
 1301564 1301565 APH_0423 APH_0424 hemF   FALSE 0.105 308.000 0.000 1.000 N NA
 1301565 1301566 APH_0424 APH_0425     FALSE 0.135 256.000 0.000 NA   NA
 1301566 1301567 APH_0425 APH_0426     FALSE 0.331 94.000 0.000 NA   NA
 1301569 1301570 APH_0428 APH_0429     FALSE 0.231 170.000 0.000 NA   NA
 1301570 1301571 APH_0429 APH_0430     FALSE 0.201 194.000 0.000 NA   NA
 1301573 1301574 APH_0432 APH_0433     FALSE 0.237 166.000 0.000 NA   NA
 1301574 1301575 APH_0433 APH_0434   nuoF FALSE 0.322 70.000 0.000 1.000   NA
 1301575 1301576 APH_0434 APH_0435 nuoF nuoJ FALSE 0.054 1232.000 0.005 0.010 Y NA
 1301576 1301577 APH_0435 APH_0436 nuoJ nuoK TRUE 0.978 44.000 0.484 0.010 Y NA
 1301577 1301578 APH_0436 APH_0437 nuoK nuoL TRUE 0.935 120.000 0.451 0.025 Y NA
 1301578 1301579 APH_0437 APH_0438 nuoL nuoM TRUE 0.996 -3.000 0.251 0.008 Y NA
 1301579 1301580 APH_0438 APH_0439 nuoM nuoN TRUE 0.997 2.000 0.453 0.008 Y NA
 1301580 1301581 APH_0439 APH_0440 nuoN dxr TRUE 0.701 97.000 0.007 1.000 N NA
 1301581 1301582 APH_0440 APH_0441 dxr   TRUE 0.435 161.000 0.004 NA   NA
 1301582 1301583 APH_0441 APH_0442   ispG TRUE 0.627 179.000 0.009 NA   NA
 1301583 1301584 APH_0442 APH_0443 ispG tatC TRUE 0.589 184.000 0.007 NA N NA
 1301584 1301585 APH_0443 APH_0444 tatC   TRUE 0.570 258.000 0.014 NA N NA
 1301585 1301586 APH_0444 APH_0445   nusA TRUE 0.377 240.000 0.005 NA N NA
 1301586 1301587 APH_0445 APH_0446 nusA infB TRUE 0.992 18.000 0.342 1.000 N NA
 1301587 1301588 APH_0446 APH_0447 infB rbfA TRUE 0.998 -3.000 0.530 1.000 Y NA
 1301589 1301590 APH_0448 APH_0449     FALSE 0.261 152.000 0.000 NA   NA
 1301591 1301592 APH_0450 APH_0451 clpA typA TRUE 0.541 83.000 0.003 0.030 N NA
 1301592 1301593 APH_0451 APH_0452 typA   FALSE 0.016 770.000 0.000 NA   NA
 1301593 1301594 APH_0452 APH_0453     FALSE 0.011 1219.000 0.000 NA   NA
 1301594 1301595 APH_0453 APH_0454     FALSE 0.029 527.000 0.000 NA   NA
 1301595 1301596 APH_0454 APH_0455     TRUE 0.376 74.000 0.000 NA   NA
 1301596 1301597 APH_0455 APH_0456     TRUE 0.381 70.000 0.000 NA   NA
 1301599 1301600 APH_0458 APH_0459     FALSE 0.009 1636.000 0.000 NA   NA
 1301600 1301601 APH_0459 APH_0460     TRUE 0.908 12.000 0.000 NA   NA
 1301602 1301603 APH_0461 APH_0462     FALSE 0.208 189.000 0.000 NA   NA
 1301603 1301604 APH_0462 APH_0463     FALSE 0.011 1098.000 0.000 NA   NA
 1301606 1301607 APH_0465 APH_0466 ssb   FALSE 0.244 164.000 0.000 NA   NA
 1301608 1301609 APH_0467 APH_0468     FALSE 0.300 127.000 0.000 NA   NA
 1301609 1301610 APH_0468 APH_0469     FALSE 0.041 376.000 0.000 1.000   NA
 1301610 1301611 APH_0469 APH_0470   gatB TRUE 0.924 26.000 0.006 1.000   NA
 1301611 1301612 APH_0470 APH_0471 gatB   FALSE 0.136 281.000 0.000 1.000 N NA
 1301612 1301613 APH_0471 APH_0472     FALSE 0.013 861.000 0.000 NA   NA
 1301613 1301614 APH_0472 APH_0473   fabI TRUE 0.564 45.000 0.000 NA   NA
 1301614 1301615 APH_0473 APH_0474 fabI dnaA FALSE 0.192 216.000 0.000 1.000 N NA
 1301615 1301616 APH_0474 APH_0475 dnaA   TRUE 0.822 23.000 0.000 NA   NA
 1301616 1301617 APH_0475 APH_0476     TRUE 0.920 0.000 0.000 NA   NA
 1301618 1301619 APH_0477 APH_0478     FALSE 0.208 189.000 0.000 NA   NA
 1301619 1301620 APH_0478 APH_0479   prfB FALSE 0.011 1098.000 0.000 NA   NA
 1301620 1301621 APH_0479 APH_0480 prfB   FALSE 0.187 201.000 0.000 NA   NA
 1301622 1301623 APH_0481 APH_0482   bioA TRUE 0.609 63.000 0.005 1.000   NA
 1301623 1301624 APH_0482 APH_0483 bioA   FALSE 0.030 514.000 0.000 NA   NA
 1301624 1301625 APH_0483 APH_0484     FALSE 0.137 255.000 0.000 NA   NA
 1301627 1301628 APH_0486 APH_0487     FALSE 0.012 960.000 0.000 NA   NA
 1301628 1301629 APH_0487 APH_0488     TRUE 0.556 46.000 0.000 NA   NA
 1301629 1301630 APH_0488 APH_0489     FALSE 0.010 1234.000 0.000 NA   NA
 1301633 1301634 APH_0492 APH_0493   atpC TRUE 0.968 -3.000 0.004 1.000 N NA
 1301634 1301635 APH_0493 APH_0494 atpC atpD TRUE 0.956 92.000 0.837 0.010 Y NA
 1301635 1301636 APH_0494 APH_0495 atpD   FALSE 0.325 102.000 0.000 NA   NA
 1301637 1301638 APH_0496 APH_0497 mgtE   FALSE 0.009 1570.000 0.000 NA   NA
 1301639 1301640 APH_0498 APH_0499     FALSE 0.032 471.000 0.000 NA   NA
 1301641 1301642 APH_0501 APH_0502   truA FALSE 0.068 340.000 0.000 NA   NA
 1301642 1301643 APH_0502 APH_0503 truA pyrB TRUE 0.972 -3.000 0.005 1.000 N NA
 1301643 1301644 APH_0503 APH_0504 pyrB rrmJ FALSE 0.348 149.000 0.000 NA N NA
 1301644 1301645 APH_0504 APH_0505 rrmJ xth FALSE 0.029 645.000 0.000 NA N NA
 1301645 1301646 APH_0505 APH_0506 xth   TRUE 0.469 340.000 0.069 1.000   NA
 1301647 1301648 APH_0507 APH_0508   rpmJ TRUE 0.746 29.000 0.000 NA   NA
 1301648 1301649 APH_0508 APH_0509 rpmJ   FALSE 0.158 222.000 0.000 NA   NA
 1301649 1301650 APH_0509 APH_0510     FALSE 0.024 584.000 0.000 NA   NA
 1301650 1301651 APH_0510 APH_0511     FALSE 0.240 165.000 0.000 NA   NA
 1301652 1301653 APH_0512 APH_0513     FALSE 0.011 1102.000 0.000 NA   NA
 1301653 1301654 APH_0513 APH_0514   rpoZ TRUE 0.647 150.000 0.008 NA   NA
 1301654 1301655 APH_0514 APH_0515 rpoZ   FALSE 0.185 376.000 0.008 0.041   NA
 1301658 1301659 APH_0518 APH_0519   nuoA FALSE 0.068 340.000 0.000 NA   NA
 1301659 1301660 APH_0519 APH_0520 nuoA nuoB TRUE 0.998 3.000 0.507 0.009 Y NA
 1301660 1301661 APH_0520 APH_0521 nuoB nuoC TRUE 0.997 2.000 0.328 0.009 Y NA
 1301663 1301664 APH_0523 APH_0524   surE FALSE 0.010 1241.000 0.000 NA   NA
 1301664 1301665 APH_0524 APH_0525 surE   TRUE 0.882 16.000 0.000 NA   NA
 1301665 1301666 APH_0525 APH_0526   ccmE TRUE 0.873 -16.000 0.000 NA   NA
 1301667 1301668 APH_0527 APH_0528 pyrF   TRUE 0.940 -34.000 0.004 NA N NA
 1301669 1301670 APH_0529 APH_0530     FALSE 0.222 178.000 0.000 NA   NA
 1301671 1301672 APH_0531 APH_0532     FALSE 0.023 598.000 0.000 NA   NA
 1301672 1301673 APH_0532 APH_0533     TRUE 0.605 37.000 0.000 NA   NA
 1301673 1301674 APH_0533 APH_0534   leuS TRUE 0.746 29.000 0.000 NA   NA
 10942772 1301675 APH_0535 APH_0536     FALSE 0.009 1733.000 0.000 NA   NA
 1301676 1301677 APH_0537 APH_0538 uvrA nusB TRUE 0.868 29.000 0.003 1.000 N NA
 1301677 1301678 APH_0538 APH_0539 nusB ribH TRUE 0.996 2.000 0.347 1.000 N NA
 1301678 1301679 APH_0539 APH_0540 ribH   TRUE 0.985 13.000 0.011 1.000 N NA
 1301680 1301681 APH_0541 APH_0542     FALSE 0.154 230.000 0.000 NA   NA
 1301682 1301683 APH_0543 APH_0544 pssA   TRUE 0.943 114.000 0.466 1.000 Y NA
 1301683 1301684 APH_0544 APH_0545     FALSE 0.024 641.000 0.000 1.000 N NA
 1301684 1301685 APH_0545 APH_0546     FALSE 0.028 532.000 0.000 NA   NA
 1301686 1301687 APH_0547 APH_0548 efp   TRUE 0.994 3.000 0.047 1.000 N NA
 1301687 1301688 APH_0548 APH_0549   rluC TRUE 0.835 36.000 0.005 1.000 N NA
 1301688 1301689 APH_0549 APH_0550 rluC   TRUE 0.522 49.000 0.000 NA   NA
 1301690 1301691 APH_0551 APH_0552     TRUE 0.791 159.000 0.029 1.000 N NA
 1301691 1301692 APH_0552 APH_0553     TRUE 0.994 -7.000 0.160 NA N NA
 1301693 1301694 APH_0554 APH_0555   cysS TRUE 0.952 -3.000 0.003 NA   NA
 1301694 1301695 APH_0555 APH_0556 cysS   TRUE 0.492 52.000 0.000 NA   NA
 1301697 1301698 APH_0558 APH_0559     TRUE 0.861 18.000 0.000 NA   NA
 1301698 1301699 APH_0559 APH_0560   nrdB FALSE 0.019 652.000 0.000 NA   NA
 1301699 1301700 APH_0560 APH_0561 nrdB   TRUE 0.978 -49.000 0.032 1.000   NA
 1301703 1301704 APH_0564 APH_0565     FALSE 0.173 210.000 0.000 NA   NA
 1301706 1301707 APH_0567 APH_0568     FALSE 0.028 530.000 0.000 NA   NA
 1301708 1301709 APH_0569 APH_0570     TRUE 0.415 61.000 0.000 NA   NA
 1301709 1301710 APH_0570 APH_0571   dnaG FALSE 0.015 785.000 0.000 NA   NA
 1301714 1301715 APH_0575 APH_0576   rpoD FALSE 0.324 217.000 0.003 1.000 N NA
 1301716 1301717 APH_0577 APH_0578     FALSE 0.020 638.000 0.000 NA   NA
 1301718 1301719 APH_0579 APH_0580     TRUE 0.778 27.000 0.000 NA   NA
 1301720 1301721 APH_0581 APH_0582 cutA   TRUE 0.845 48.000 0.007 1.000 N NA
 1301721 1301722 APH_0582 APH_0583     FALSE 0.023 600.000 0.000 NA   NA
 1301722 1301723 APH_0583 APH_0584     FALSE 0.020 637.000 0.000 NA   NA
 1301724 1301725 APH_0585 APH_0586     FALSE 0.009 1413.000 0.000 NA   NA
 1301725 1301726 APH_0586 APH_0587     TRUE 0.847 -28.000 0.000 NA   NA
 1301726 1301727 APH_0587 APH_0588     TRUE 0.542 47.000 0.000 NA   NA
 1301727 1301728 APH_0588 APH_0589     FALSE 0.024 589.000 0.000 NA   NA
 1301728 1301729 APH_0589 APH_0590     FALSE 0.131 260.000 0.000 NA   NA
 1301729 1301730 APH_0590 APH_0591     TRUE 0.679 33.000 0.000 NA   NA
 1301730 1301731 APH_0591 APH_0592     TRUE 0.679 33.000 0.000 NA   NA
 1301731 1301732 APH_0592 APH_0593     FALSE 0.246 161.000 0.000 NA   NA
 1301734 1301735 APH_0595 APH_0596     TRUE 0.746 29.000 0.000 NA   NA
 1301735 1301736 APH_0596 APH_0597   topA FALSE 0.045 411.000 0.000 NA   NA
 1301737 1301738 APH_0598 APH_0599     FALSE 0.009 2231.000 0.000 NA   NA
 1301738 1301739 APH_0599 APH_0600   thiC FALSE 0.026 547.000 0.000 NA   NA
 1301739 1301740 APH_0600 APH_0601 thiC   FALSE 0.009 2353.000 0.000 NA   NA
 1301742 1301743 APH_0603 APH_0604     FALSE 0.060 353.000 0.000 NA   NA
 1301743 1301744 APH_0604 APH_0605     FALSE 0.259 153.000 0.000 NA   NA
 1301744 1301745 APH_0605 APH_0606   ubiG FALSE 0.018 697.000 0.000 NA   NA
 1301745 1301746 APH_0606 APH_0607 ubiG lysS TRUE 0.491 56.000 0.000 1.000 N NA
 1301746 1301747 APH_0607 APH_0608 lysS   FALSE 0.041 377.000 0.000 1.000   NA
 1301747 1301748 APH_0608 APH_0609     FALSE 0.111 289.000 0.000 NA   NA
 1301748 1301749 APH_0609 APH_0610     FALSE 0.009 1689.000 0.000 NA   NA
 1301749 1301750 APH_0610 APH_0611     TRUE 0.937 18.000 0.003 1.000 N NA
 1301750 1301751 APH_0611 APH_0612     TRUE 0.920 168.000 0.667 0.003 Y NA
 1301751 1301752 APH_0612 APH_0613     TRUE 0.530 48.000 0.000 NA   NA
 1301755 1301756 APH_0616 APH_0617     TRUE 0.600 38.000 0.000 NA   NA
 1301756 1301757 APH_0617 APH_0618     FALSE 0.193 198.000 0.000 NA   NA
 1301757 1301758 APH_0618 APH_0619     FALSE 0.010 1265.000 0.000 NA   NA
 1301758 1301759 APH_0619 APH_0620     FALSE 0.041 428.000 0.000 NA   NA
 1301760 1301761 APH_0621 APH_0622   ksgA FALSE 0.101 301.000 0.000 NA   NA
 1301762 1301763 APH_0623 APH_0624   tpiA TRUE 0.818 -57.000 0.000 NA   NA
 1301763 1301764 APH_0624 APH_0625 tpiA   TRUE 0.934 59.000 0.353 NA   NA
 1301764 1301765 APH_0625 APH_0626     TRUE 0.984 2.000 0.008 NA   NA
 1301767 1301768 APH_0628 APH_0629 folB mdh TRUE 0.836 69.000 0.015 1.000 N NA
 1301768 1301769 APH_0629 APH_0630 mdh   FALSE 0.115 285.000 0.000 NA   NA
 1301769 1301770 APH_0630 APH_0631     FALSE 0.035 458.000 0.000 NA   NA
 1301772 1301773 APH_0633 APH_0634     TRUE 0.872 17.000 0.000 NA   NA
 1301773 1301774 APH_0634 APH_0635     TRUE 0.995 -3.000 0.429 NA   NA
 1301774 1301775 APH_0635 APH_0636     TRUE 0.993 -19.000 0.500 NA   NA
 1301777 1301778 APH_0638 APH_0639     FALSE 0.056 363.000 0.000 NA   NA
 1301778 1301779 APH_0639 APH_0640     FALSE 0.009 2407.000 0.000 NA   NA
 1301780 1301781 APH_0641 APH_0642   rpiB FALSE 0.009 2162.000 0.000 NA   NA
 1301782 1301783 APH_0643 APH_0644     FALSE 0.010 1269.000 0.000 NA   NA
 1301784 1301785 APH_0645 APH_0646   acpS FALSE 0.270 102.000 0.000 1.000   NA
 1301785 1301786 APH_0646 APH_0647 acpS proS TRUE 0.986 -3.000 0.011 1.000 N NA
 1301786 1301787 APH_0647 APH_0648 proS   FALSE 0.012 775.000 0.000 1.000   NA
 1301787 1301788 APH_0648 APH_0649     TRUE 0.767 28.000 0.000 NA   NA
 1301789 1301790 APH_0650 APH_0651 coaD   TRUE 0.468 54.000 0.000 NA   NA
 1301790 1301791 APH_0651 APH_0652     FALSE 0.319 107.000 0.000 NA   NA
 1301791 1301792 APH_0652 APH_0653     FALSE 0.251 159.000 0.000 NA   NA
 1301792 1301793 APH_0653 APH_0654     TRUE 0.852 -27.000 0.000 NA   NA
 1301793 1301794 APH_0654 APH_0655     TRUE 0.894 -9.000 0.000 NA   NA
 1301794 1301795 APH_0655 APH_0656     TRUE 0.746 29.000 0.000 NA   NA
 1301795 1301796 APH_0656 APH_0657     FALSE 0.274 146.000 0.000 NA   NA
 1301797 1301798 APH_0658 APH_0659 trxB   TRUE 0.995 6.000 0.024 1.000 Y NA
 1301799 1301800 APH_0660 APH_0661 aspC   FALSE 0.077 323.000 0.000 NA   NA
 1301800 1301801 APH_0661 APH_0662   p44-70 FALSE 0.024 579.000 0.000 NA   NA
 1301801 1301802 APH_0662 APH_0663 p44-70 p44-71 FALSE 0.301 60.000 0.000 0.044   NA
 1301802 1301803 APH_0663 APH_0664 p44-71 p44-72 FALSE 0.275 64.000 0.000 0.044   NA
 1301803 1301804 APH_0664 APH_0665 p44-72   FALSE 0.015 798.000 0.000 NA   NA
 1301805 1301806 APH_0666 APH_0667     FALSE 0.012 1012.000 0.000 NA   NA
 1301806 1301807 APH_0667 APH_0668   fabG FALSE 0.263 151.000 0.000 NA   NA
 1301809 1301810 APH_0670 APH_0671     TRUE 0.847 -28.000 0.000 NA   NA
 1301811 1301812 APH_0672 APH_0673     FALSE 0.322 104.000 0.000 NA   NA
 1301812 1301813 APH_0673 APH_0674   iscS TRUE 0.979 29.000 0.023 0.002 Y NA
 1301813 1301814 APH_0674 APH_0675 iscS iscU TRUE 0.989 16.000 0.038 1.000 N NA
 1301814 1301815 APH_0675 APH_0676 iscU   TRUE 0.979 26.000 0.056 NA   NA
 1301815 1301816 APH_0676 APH_0677   hscB TRUE 0.991 -7.000 0.046 NA   NA
 1301816 1301817 APH_0677 APH_0678 hscB hscA TRUE 0.995 -9.000 0.634 NA   NA
 1301817 1301818 APH_0678 APH_0679 hscA   TRUE 0.932 55.000 0.091 NA N NA
 1301818 1301819 APH_0679 APH_0680     TRUE 0.965 30.000 0.029 NA   NA
 1301820 1301821 APH_0681 APH_0682     TRUE 0.830 -34.000 0.000 NA   NA
 1301821 1301822 APH_0682 APH_0683     FALSE 0.018 707.000 0.000 NA   NA
 1301822 1301823 APH_0683 APH_0684     FALSE 0.085 314.000 0.000 NA   NA
 1301824 1301825 APH_0685 APH_0686     FALSE 0.270 148.000 0.000 NA   NA
 1301825 1301826 APH_0686 APH_0687     FALSE 0.086 312.000 0.000 NA   NA
 1301826 1301827 APH_0687 APH_0688     FALSE 0.009 1726.000 0.000 NA   NA
 1301827 1301828 APH_0688 APH_0689     FALSE 0.011 1219.000 0.000 NA   NA
 1301828 1301829 APH_0689 APH_0690   mraW FALSE 0.019 665.000 0.000 NA   NA
 1301829 1301830 APH_0690 APH_0691 mraW   FALSE 0.009 1840.000 0.000 NA   NA
 1301830 1301831 APH_0691 APH_0692     FALSE 0.270 148.000 0.000 NA   NA
 1301832 1301833 APH_0693 APH_0694     FALSE 0.022 521.000 0.000 1.000   NA
 1301833 1301834 APH_0694 APH_0695   eno TRUE 0.985 5.000 0.009 1.000   NA
 1301834 1301835 APH_0695 APH_0696 eno   FALSE 0.140 251.000 0.000 NA   NA
 1301836 1301837 APH_0697 APH_0698 rplU rpmA TRUE 0.998 4.000 0.667 0.040 Y NA
 1301837 1301838 APH_0698 APH_0699 rpmA   TRUE 0.926 4.000 0.000 NA   NA
 1301838 1301839 APH_0699 APH_0700   argS FALSE 0.009 1366.000 0.000 NA   NA
 1301839 1301840 APH_0700 APH_0701 argS   FALSE 0.104 414.000 0.006 0.003   NA
 1301841 1301842 APH_0702 APH_0703     FALSE 0.021 632.000 0.000 NA   NA
 1301842 1301843 APH_0703 APH_0704     TRUE 0.702 32.000 0.000 NA   NA
 1301843 1301844 APH_0704 APH_0705   pmbA FALSE 0.176 209.000 0.000 NA   NA
 1301844 1301845 APH_0705 APH_0706 pmbA folE TRUE 0.988 10.000 0.015 NA   NA
 1301845 1301846 APH_0706 APH_0707 folE atpG TRUE 0.986 5.000 0.008 1.000 N NA
 1301846 1301847 APH_0707 APH_0708 atpG   FALSE 0.017 745.000 0.000 NA   NA
 1301849 1301850 APH_0710 APH_0711   nuoH FALSE 0.144 248.000 0.000 NA   NA
 1301850 1301851 APH_0711 APH_0712 nuoH nuoG TRUE 0.976 47.000 0.515 0.021 Y NA
 1301851 1301852 APH_0712 APH_0713 nuoG   TRUE 0.991 10.000 0.033 NA   NA
 1301852 1301853 APH_0713 APH_0714     TRUE 0.542 47.000 0.000 NA   NA
 1301853 1301854 APH_0714 APH_0715     TRUE 0.713 31.000 0.000 NA   NA
 1301854 1301855 APH_0715 APH_0716   gyrB TRUE 0.396 64.000 0.000 NA   NA
 1301855 1301856 APH_0716 APH_0717 gyrB   FALSE 0.022 624.000 0.000 NA   NA
 1301856 1301857 APH_0717 APH_0718     TRUE 0.852 19.000 0.000 NA   NA
 1301857 1301858 APH_0718 APH_0719     TRUE 0.502 51.000 0.000 NA   NA
 1301858 1301859 APH_0719 APH_0720     FALSE 0.024 591.000 0.000 NA   NA
 1301859 1301860 APH_0720 APH_0721     FALSE 0.010 1301.000 0.000 NA   NA
 1301860 1301861 APH_0721 APH_0722     TRUE 0.889 -10.000 0.000 NA   NA
 1301861 1301862 APH_0722 APH_0723     FALSE 0.049 388.000 0.000 NA   NA
 1301862 1301863 APH_0723 APH_0724     FALSE 0.297 130.000 0.000 NA   NA
 1301863 1301864 APH_0724 APH_0725     FALSE 0.072 331.000 0.000 NA   NA
 1301865 1301866 APH_0726 APH_0727     FALSE 0.017 715.000 0.000 NA   NA
 1301869 1301870 APH_0730 APH_0731 dnaQ nuoE TRUE 0.974 -10.000 0.007 1.000 N NA
 1301870 1301871 APH_0731 APH_0732 nuoE nuoD TRUE 0.997 -3.000 0.355 0.008 Y NA
 1301871 1301872 APH_0732 APH_0733 nuoD   FALSE 0.058 357.000 0.000 NA   NA
 1301873 1301874 APH_0734 APH_0735   thiL FALSE 0.017 805.000 0.000 1.000 N NA
 1301874 1301875 APH_0735 APH_0736 thiL   FALSE 0.083 337.000 0.000 1.000 N NA
 1301875 1301876 APH_0736 APH_0737     FALSE 0.252 217.000 0.002 NA   NA
 1301877 1301878 APH_0738 APH_0739     FALSE 0.012 1010.000 0.000 NA   NA
 1301878 1301879 APH_0739 APH_0740   ank FALSE 0.207 190.000 0.000 NA   NA
 1301879 1301880 APH_0740 APH_0741 ank   FALSE 0.026 548.000 0.000 NA   NA
 1301880 1301881 APH_0741 APH_0742     FALSE 0.083 315.000 0.000 NA   NA
 1301881 1301882 APH_0742 APH_0743     TRUE 0.373 75.000 0.000 NA   NA
 1301882 1301883 APH_0743 APH_0744     TRUE 0.679 33.000 0.000 NA   NA
 1301883 1301884 APH_0744 APH_0745   murB FALSE 0.123 273.000 0.000 NA   NA
 1301884 1301885 APH_0745 APH_0746 murB hemC TRUE 0.959 -25.000 0.006 1.000 N NA
 1301885 1301886 APH_0746 APH_0747 hemC folC TRUE 0.546 197.000 0.003 1.000 Y NA
 1301889 1301890 APH_0750 APH_0751     TRUE 0.791 26.000 0.000 NA   NA
 1301894 1301895 APH_0755 APH_0756     FALSE 0.031 479.000 0.000 NA   NA
 1301895 1301896 APH_0756 APH_0757     TRUE 0.446 56.000 0.000 NA   NA
 1301896 1301897 APH_0757 APH_0758     FALSE 0.199 195.000 0.000 NA   NA
 1301898 1301899 APH_0759 APH_0760 rpoH   FALSE 0.072 331.000 0.000 NA   NA
 1301899 1301900 APH_0760 APH_0761     TRUE 0.556 46.000 0.000 NA   NA
 1301900 1301901 APH_0761 APH_0762     FALSE 0.011 1100.000 0.000 NA   NA
 1301901 1301902 APH_0762 APH_0763     FALSE 0.196 197.000 0.000 NA   NA
 1301902 1301903 APH_0763 APH_0764     FALSE 0.018 714.000 0.000 NA   NA
 1301903 1301904 APH_0764 APH_0765   lepA FALSE 0.338 89.000 0.000 NA   NA
 1301904 1301905 APH_0765 APH_0766 lepA   FALSE 0.323 216.000 0.005 1.000   NA
 1301905 1301906 APH_0766 APH_0767   pnp TRUE 0.978 6.000 0.007 1.000   NA
 1301906 1301907 APH_0767 APH_0768 pnp rpsO TRUE 0.962 56.000 0.335 1.000 Y NA
 1301907 1301908 APH_0768 APH_0769 rpsO truB TRUE 0.980 35.000 0.211 1.000 Y NA
 1301910 1301911 APH_0771 APH_0772     TRUE 0.891 15.000 0.000 NA   NA
 1301911 1301912 APH_0772 APH_0773     TRUE 0.852 -27.000 0.000 NA   NA
 1301912 1301913 APH_0773 APH_0774     TRUE 0.791 26.000 0.000 NA   NA
 1301913 1301914 APH_0774 APH_0775     FALSE 0.240 165.000 0.000 NA   NA
 1301914 1301915 APH_0775 APH_0776     FALSE 0.196 197.000 0.000 NA   NA
 1301915 1301916 APH_0776 APH_0777     TRUE 0.386 68.000 0.000 NA   NA
 1301917 1301918 APH_0778 APH_0779     TRUE 0.576 43.000 0.000 NA   NA
 1301920 1301921 APH_0781 APH_0782     FALSE 0.213 187.000 0.000 NA   NA
 1301921 1301922 APH_0782 APH_0783     TRUE 0.884 -12.000 0.000 NA   NA
 1301922 1301923 APH_0783 APH_0784   hup FALSE 0.127 193.000 0.000 0.034   NA
 1301923 1301924 APH_0784 APH_0785 hup   FALSE 0.336 92.000 0.000 NA   NA
 1301924 1301925 APH_0785 APH_0786     FALSE 0.318 109.000 0.000 NA   NA
 1301925 1301926 APH_0786 APH_0787     FALSE 0.019 665.000 0.000 NA   NA
 1301929 1301930 APH_0790 APH_0791 pdxJ   TRUE 0.519 229.000 0.005 1.000 Y NA
 1301932 1301933 APH_0793 APH_0794     FALSE 0.009 1370.000 0.000 NA   NA
 1301933 1301934 APH_0794 APH_0795     TRUE 0.934 28.000 0.007 NA   NA
 1301938 1301939 APH_0799 APH_0800     FALSE 0.039 430.000 0.000 NA   NA
 1301939 1301940 APH_0800 APH_0801   nuoI FALSE 0.056 363.000 0.000 NA   NA
 1301940 1301941 APH_0801 APH_0802 nuoI lepB TRUE 0.989 2.000 0.013 1.000 N NA
 1301941 1301942 APH_0802 APH_0803 lepB   TRUE 0.967 23.000 0.010 NA   NA
 1301942 1301943 APH_0803 APH_0804     FALSE 0.010 1247.000 0.000 NA   NA
 1301944 1301945 APH_0805 APH_0806     TRUE 0.882 16.000 0.000 NA   NA
 1301945 1301946 APH_0806 APH_0807     FALSE 0.259 153.000 0.000 NA   NA
 1301946 1301947 APH_0807 APH_0808     FALSE 0.011 1112.000 0.000 NA   NA
 1301948 1301949 APH_0809 APH_0810     FALSE 0.038 434.000 0.000 NA   NA
 1301950 1301951 APH_0811 APH_0812     FALSE 0.009 1700.000 0.000 NA   NA
 1301951 1301952 APH_0812 APH_0813     FALSE 0.285 136.000 0.000 NA   NA
 1301952 1301953 APH_0813 APH_0814     TRUE 0.986 5.000 0.008 1.000 N NA
 1301953 1301954 APH_0814 APH_0815     FALSE 0.047 400.000 0.000 NA   NA
 1301954 1301955 APH_0815 APH_0816     FALSE 0.325 102.000 0.000 NA   NA
 1301955 1301956 APH_0816 APH_0817     FALSE 0.036 447.000 0.000 NA   NA
 1301958 1301959 APH_0819 APH_0820     FALSE 0.180 206.000 0.000 NA   NA
 1301960 1301961 APH_0821 APH_0822     TRUE 0.873 -16.000 0.000 NA   NA
 1301961 1301962 APH_0822 APH_0823     TRUE 0.358 80.000 0.000 NA   NA
 1301962 1301963 APH_0823 APH_0824     FALSE 0.152 233.000 0.000 NA   NA
 1301963 1301964 APH_0824 APH_0825     FALSE 0.075 328.000 0.000 NA   NA
 1301965 1301966 APH_0826 APH_0827     FALSE 0.011 1115.000 0.000 NA   NA
 1301969 1301970 APH_0830 APH_0831     FALSE 0.283 139.000 0.000 NA   NA
 1301971 1301972 APH_0832 APH_0833     FALSE 0.116 283.000 0.000 NA   NA
 1301972 1301973 APH_0833 APH_0834     TRUE 0.920 0.000 0.000 NA   NA
 1301973 1301974 APH_0834 APH_0835     TRUE 0.852 -27.000 0.000 NA   NA
 1301974 1301975 APH_0835 APH_0836     TRUE 0.891 15.000 0.000 NA   NA
 1301975 1301976 APH_0836 APH_0837     FALSE 0.108 292.000 0.000 NA   NA
 1301976 1301977 APH_0837 APH_0838     FALSE 0.012 999.000 0.000 NA   NA
 1301977 1301978 APH_0838 APH_0839     FALSE 0.015 791.000 0.000 NA   NA
 1301978 1301979 APH_0839 APH_0840     TRUE 0.542 47.000 0.000 NA   NA
 1301981 1301982 APH_0842 APH_0843     FALSE 0.106 295.000 0.000 NA   NA
 1301982 1301983 APH_0843 APH_0844     FALSE 0.013 892.000 0.000 NA   NA
 1301984 1301985 APH_0845 APH_0846     FALSE 0.027 535.000 0.000 NA   NA
 1301987 1301988 APH_0848 APH_0849     FALSE 0.231 170.000 0.000 NA   NA
 1301988 1301989 APH_0849 APH_0850     FALSE 0.143 249.000 0.000 NA   NA
 1301990 1301991 APH_0851 APH_0852 hemB   TRUE 0.992 0.000 0.010 1.000 Y NA
 1301994 1301995 APH_0855 APH_0856     FALSE 0.014 833.000 0.000 NA   NA
 1301995 1301996 APH_0856 APH_0857   mutS FALSE 0.142 209.000 0.000 1.000   NA
 1301996 1301997 APH_0857 APH_0858 mutS   FALSE 0.274 146.000 0.000 NA   NA
 1301998 1301999 APH_0859 APH_0860     TRUE 0.987 2.000 0.010 NA   NA
 1301999 1302000 APH_0860 APH_0861     FALSE 0.012 993.000 0.000 NA   NA
 1302001 1302002 APH_0862 APH_0863   sucA FALSE 0.016 762.000 0.000 NA   NA
 1302002 1302003 APH_0863 APH_0864 sucA   TRUE 0.890 10.000 0.000 1.000   NA
 1302003 1302004 APH_0864 APH_0865     FALSE 0.066 342.000 0.000 NA   NA
 1302005 1302006 APH_0866 APH_0867   purB TRUE 0.873 -16.000 0.000 NA   NA
 1302009 1302010 APH_0870 APH_0871     FALSE 0.326 99.000 0.000 NA   NA
 1302012 1302013 APH_0873 APH_0874     TRUE 0.918 9.000 0.000 NA   NA
 1302013 1302014 APH_0874 APH_0875     FALSE 0.011 1216.000 0.000 NA   NA
 1302014 1302015 APH_0875 APH_0876     FALSE 0.014 833.000 0.000 NA   NA
 1302015 1302016 APH_0876 APH_0877     FALSE 0.017 750.000 0.000 NA   NA
 1302017 1302018 APH_0878 APH_0879     FALSE 0.011 1118.000 0.000 NA   NA
 1302019 1302020 APH_0880 APH_0881 miaB   FALSE 0.011 1073.000 0.000 NA   NA
 1302020 1302021 APH_0881 APH_0882     FALSE 0.020 645.000 0.000 NA   NA
 1302021 1302022 APH_0882 APH_0883     TRUE 0.366 77.000 0.000 NA   NA
 1302023 1302024 APH_0884 APH_0885 uvrC   FALSE 0.010 1227.000 0.000 NA   NA
 1302025 1302026 APH_0886 APH_0887     FALSE 0.042 423.000 0.000 NA   NA
 1302026 1302027 APH_0887 APH_0888     FALSE 0.147 246.000 0.000 NA   NA
 1302028 1302029 APH_0889 APH_0890     FALSE 0.010 1324.000 0.000 NA   NA
 1302030 1302031 APH_0891 APH_0892     TRUE 0.593 39.000 0.000 NA   NA
 1302031 1302032 APH_0892 APH_0893   htpG FALSE 0.016 770.000 0.000 NA   NA
 1302032 1302033 APH_0893 APH_0894 htpG   TRUE 0.745 87.000 0.008 NA   NA
 1302035 1302036 APH_0896 APH_0897   nth FALSE 0.304 126.000 0.000 NA   NA
 1302036 1302037 APH_0897 APH_0898 nth   FALSE 0.043 419.000 0.000 NA   NA
 1302037 1302038 APH_0898 APH_0899   gyrA FALSE 0.074 330.000 0.000 NA   NA
 10942774 1302040 APH_0902 APH_0903     FALSE 0.189 199.000 0.000 NA   NA
 1302040 1302041 APH_0903 APH_0904     FALSE 0.059 354.000 0.000 NA   NA
 1302041 1302042 APH_0904 APH_0905     FALSE 0.222 178.000 0.000 NA   NA
 1302042 1302043 APH_0905 APH_0906     FALSE 0.009 1867.000 0.000 NA   NA
 1302045 1302046 APH_0908 APH_0909     TRUE 0.377 73.000 0.000 NA   NA
 1302046 1302047 APH_0909 APH_0910   trmU FALSE 0.130 408.000 0.004 NA N NA
 1302048 1302049 APH_0911 APH_0912     FALSE 0.074 330.000 0.000 NA   NA
 1302049 1302050 APH_0912 APH_0913     TRUE 0.882 16.000 0.000 NA   NA
 1302051 1302052 APH_0914 APH_0915     FALSE 0.013 883.000 0.000 NA   NA
 1302052 1302053 APH_0915 APH_0916     FALSE 0.017 746.000 0.000 NA   NA
 1302055 1302056 APH_0918 APH_0919     FALSE 0.031 487.000 0.000 NA   NA
 1302056 1302057 APH_0919 APH_0920     FALSE 0.012 946.000 0.000 NA   NA
 1302058 1302059 APH_0921 APH_0922     FALSE 0.017 735.000 0.000 NA   NA
 1302059 1302060 APH_0922 APH_0923     FALSE 0.161 219.000 0.000 NA   NA
 1302060 1302061 APH_0923 APH_0924     TRUE 0.817 144.000 0.045 NA   NA
 1302062 1302063 APH_0925 APH_0926 rpmG   TRUE 0.901 13.000 0.000 NA   NA
 1302064 1302065 APH_0927 APH_0928     TRUE 0.889 -10.000 0.000 NA   NA
 1302066 1302067 APH_0929 APH_0930   fabF TRUE 0.914 130.000 0.106 1.000 Y NA
 1302067 1302068 APH_0930 APH_0931 fabF   FALSE 0.316 113.000 0.000 NA   NA
 1302070 10942775 APH_0933 APH_0934     FALSE 0.012 966.000 0.000 NA   NA
 10942775 10942776 APH_0934 APH_0936     FALSE 0.076 326.000 0.000 NA   NA
 1302074 1302075 APH_0940 APH_0941 tolQ   FALSE 0.104 299.000 0.000 NA   NA
 1302075 1302076 APH_0941 APH_0942     TRUE 0.392 65.000 0.000 NA   NA
 1302077 1302078 APH_0943 APH_0944     FALSE 0.022 621.000 0.000 NA   NA
 1302079 1302080 APH_0945 APH_0946 argD   FALSE 0.039 433.000 0.000 NA   NA
 1302081 1302082 APH_0947 APH_0948     FALSE 0.151 234.000 0.000 NA   NA
 1302083 1302084 APH_0949 APH_0950     FALSE 0.040 429.000 0.000 NA   NA
 1302084 10942777 APH_0950 APH_0951     FALSE 0.096 304.000 0.000 NA   NA
 10942777 1302085 APH_0951 APH_0952     FALSE 0.085 314.000 0.000 NA   NA
 1302085 10942778 APH_0952 APH_0953     TRUE 0.791 26.000 0.000 NA   NA
 1302086 1302087 APH_0954 APH_0955     FALSE 0.154 230.000 0.000 NA   NA
 1302087 1302088 APH_0955 APH_0956     TRUE 0.614 219.000 0.021 1.000   NA
 1302089 1302090 APH_0957 APH_0958     FALSE 0.025 572.000 0.000 NA   NA
 1302090 1302091 APH_0958 APH_0959     FALSE 0.082 317.000 0.000 NA   NA
 1302092 1302093 APH_0960 APH_0961 thiE   FALSE 0.022 627.000 0.000 NA   NA
 1302093 1302094 APH_0961 APH_0962     TRUE 0.641 148.000 0.008 NA   NA
 1302094 1302095 APH_0962 APH_0963     TRUE 0.679 33.000 0.000 NA   NA
 1302095 1302096 APH_0963 APH_0964     FALSE 0.219 180.000 0.000 NA   NA
 1302096 1302097 APH_0964 APH_0965   fmt TRUE 0.365 60.000 0.000 1.000   NA
 1302097 1302098 APH_0965 APH_0966 fmt   FALSE 0.318 110.000 0.000 NA   NA
 1302098 1302099 APH_0966 APH_0967     FALSE 0.257 154.000 0.000 NA   NA
 1302099 1302100 APH_0967 APH_0968   lon FALSE 0.329 96.000 0.000 NA   NA
 1302100 1302101 APH_0968 APH_0969 lon clpX TRUE 0.995 -13.000 0.201 0.092 Y NA
 1302101 1302102 APH_0969 APH_0970 clpX clpP TRUE 0.997 12.000 0.352 1.000 Y NA
 1302102 1302103 APH_0970 APH_0971 clpP   TRUE 0.963 56.000 0.351 1.000 Y NA
 1302103 1302104 APH_0971 APH_0972     TRUE 0.619 36.000 0.000 NA   NA
 1302104 1302105 APH_0972 APH_0973     FALSE 0.270 148.000 0.000 NA   NA
 1302106 1302107 APH_0974 APH_0975 pgpA   TRUE 0.933 35.000 0.018 1.000   NA
 1302107 1302108 APH_0975 APH_0976     TRUE 0.958 53.000 0.700 NA   NA
 1302109 1302110 APH_0977 APH_0978     TRUE 0.502 51.000 0.000 NA   NA
 10942779 1302112 APH_0980 APH_0982     FALSE 0.009 1566.000 0.000 NA   NA
 1302113 1302114 APH_0983 APH_0984   ubiB TRUE 0.986 -7.000 0.022 0.091   NA
 1302116 1302117 APH_0986 APH_0987   tatA TRUE 0.988 19.000 0.176 1.000   NA
 1302117 1302118 APH_0987 APH_0988 tatA recR FALSE 0.312 76.000 0.000 1.000   NA
 1302118 1302119 APH_0988 APH_0989 recR rpsD FALSE 0.013 1181.000 0.000 1.000 N NA
 1302119 1302120 APH_0989 APH_0990 rpsD   TRUE 0.908 12.000 0.000 NA   NA
 1302120 1302121 APH_0990 APH_0991     FALSE 0.173 210.000 0.000 NA   NA
 1302122 1302123 APH_0992 APH_0993   thiD FALSE 0.015 776.000 0.000 NA   NA
 1302123 1302124 APH_0993 APH_0994 thiD   TRUE 0.990 -7.000 0.038 NA   NA
 1302124 1302125 APH_0994 APH_0995     TRUE 0.996 5.000 0.362 NA   NA
 1302125 1302126 APH_0995 APH_0996     FALSE 0.013 865.000 0.000 NA   NA
 1302126 1302127 APH_0996 APH_0997     TRUE 0.353 82.000 0.000 NA   NA
 1302127 1302128 APH_0997 APH_0998   sdhD TRUE 0.537 198.000 0.008 NA   NA
 1302128 1302129 APH_0998 APH_0999 sdhD sdhC TRUE 0.997 4.000 0.453 0.002 Y NA
 1302129 1302130 APH_0999 APH_1000 sdhC rrsA FALSE 0.263 151.000 0.000 NA   NA
 1302130 1302131 APH_1000 APH_1001 rrsA   FALSE 0.139 253.000 0.000 NA   NA
 1302131 1302132 APH_1001 APH_1002     TRUE 0.822 23.000 0.000 NA   NA
 1302132 1302133 APH_1002 APH_1003   dnaE FALSE 0.299 128.000 0.000 NA   NA
 1302134 1302135 APH_1004 APH_1005     FALSE 0.032 470.000 0.000 NA   NA
 1302136 1302137 APH_1006 APH_1007     FALSE 0.223 177.000 0.000 NA   NA
 1302137 1302138 APH_1007 APH_1008   pdxH FALSE 0.329 96.000 0.000 NA   NA
 1302138 1302139 APH_1008 APH_1009 pdxH   FALSE 0.010 1332.000 0.000 NA   NA
 1302139 1302140 APH_1009 APH_1010     FALSE 0.121 277.000 0.000 NA   NA
 1302140 1302141 APH_1010 APH_1011     FALSE 0.012 921.000 0.000 NA   NA
 1302141 1302142 APH_1011 APH_1012     FALSE 0.312 118.000 0.000 NA   NA
 1302143 1302144 APH_1013 APH_1014 pyrD   TRUE 0.987 9.000 0.010 1.000 N NA
 1302147 10942780 APH_1017 APH_1018     FALSE 0.010 1294.000 0.000 NA   NA
 10942780 1302148 APH_1018 APH_1019     FALSE 0.033 468.000 0.000 NA   NA
 1302149 1302150 APH_1020 APH_1021     TRUE 0.619 36.000 0.000 NA   NA
 1302150 1302151 APH_1021 APH_1022   rnhB FALSE 0.009 1424.000 0.000 NA   NA
 1302152 1302153 APH_1023 APH_1024 rpoC rpoB TRUE 0.995 13.000 0.851 0.002   NA
 1302153 1302154 APH_1024 APH_1025 rpoB rplL TRUE 0.954 40.000 0.223 1.000   NA
 1302154 1302155 APH_1025 APH_1026 rplL rplJ TRUE 0.939 165.000 0.884 1.000 Y NA
 1302155 1302156 APH_1026 APH_1027 rplJ rplA TRUE 0.986 32.000 0.302 1.000 Y NA
 1302156 1302157 APH_1027 APH_1028 rplA rplK TRUE 0.997 15.000 0.838 0.044 Y NA
 1302157 1302158 APH_1028 APH_1029 rplK nusG TRUE 0.997 5.000 0.681 1.000 N NA
 1302158 1302159 APH_1029 APH_1030 nusG secE TRUE 0.995 -10.000 0.843 1.000   NA
 1302159 1302160 APH_1030 APH_1031 secE   TRUE 0.837 21.000 0.000 NA   NA
 1302160 1302161 APH_1031 APH_1032   tuf-2 TRUE 0.804 25.000 0.000 NA   NA
 1302161 1302162 APH_1032 APH_1033 tuf-2 fusA TRUE 0.996 9.000 0.102 0.002 Y NA
 1302162 1302163 APH_1033 APH_1034 fusA rpsG TRUE 0.976 36.000 0.114 1.000 Y NA
 1302163 1302164 APH_1034 APH_1035 rpsG rpsL TRUE 0.996 18.000 0.620 0.007 Y NA
 1302165 1302166 APH_1036 APH_1037     TRUE 0.982 -10.000 0.015 1.000   NA
 1302168 1302169 APH_1039 APH_1040     FALSE 0.013 907.000 0.000 NA   NA
 1302171 1302172 APH_1042 APH_1043     TRUE 0.808 97.000 0.022 1.000   NA
 1302173 1302174 APH_1044 APH_1045     FALSE 0.014 854.000 0.000 NA   NA
 1302174 1302175 APH_1045 APH_1046     FALSE 0.185 203.000 0.000 NA   NA
 1302176 1302177 APH_1047 APH_1048   fabK FALSE 0.118 280.000 0.000 NA   NA
 1302177 1302178 APH_1048 APH_1049 fabK msp5 TRUE 0.787 164.000 0.097 0.031   NA
 1302178 1302179 APH_1049 APH_1050 msp5   TRUE 0.955 51.000 0.500 NA   NA
 1302179 1302180 APH_1050 APH_1051   rpsU TRUE 0.904 112.000 0.462 NA   NA
 1302180 1302181 APH_1051 APH_1052 rpsU sucC TRUE 0.824 93.000 0.028 1.000   NA
 1302181 1302182 APH_1052 APH_1053 sucC sucD TRUE 0.997 9.000 0.256 0.002 Y NA
 1302182 1302183 APH_1053 APH_1054 sucD   FALSE 0.019 672.000 0.000 NA   NA
 1302183 1302184 APH_1054 APH_1055     TRUE 0.468 54.000 0.000 NA   NA
 1302184 1302185 APH_1055 APH_1056     FALSE 0.021 628.000 0.000 NA   NA
 1302185 1302186 APH_1056 APH_1057     FALSE 0.211 188.000 0.000 NA   NA
 1302186 1302187 APH_1057 APH_1058     TRUE 0.839 -31.000 0.000 NA   NA
 1302189 1302190 APH_1060 APH_1061 pstC   TRUE 0.981 0.000 0.007 1.000 N NA
 10942781 10942782 APH_1063 APH_1065     FALSE 0.009 1421.000 0.000 NA   NA
 1302192 1302193 APH_1066 APH_1067     TRUE 0.992 21.000 0.667 NA   NA
 1302193 1302194 APH_1067 APH_1068     TRUE 0.995 17.000 0.889 NA   NA
 1302194 1302195 APH_1068 APH_1069     TRUE 0.907 88.000 0.375 NA   NA
 1302197 1302198 APH_1071 APH_1072 rho-2   FALSE 0.106 295.000 0.000 NA   NA
 1302199 1302200 APH_1073 APH_1074 hslV hslU TRUE 0.931 167.000 0.752 1.000 Y NA
 1302200 1302201 APH_1074 APH_1075 hslU ubiE TRUE 0.986 6.000 0.008 1.000 N NA
 1302202 10942783 APH_1076 APH_1077     FALSE 0.122 276.000 0.000 NA   NA
 1302203 10942784 APH_1079 APH_1080 metG   FALSE 0.011 1088.000 0.000 NA   NA
 10942784 10942785 APH_1080 APH_1082     FALSE 0.011 1077.000 0.000 NA   NA
 1302205 1302206 APH_1084 APH_1085   ctaD TRUE 0.963 63.000 0.741 0.002 Y NA
 1302206 1302207 APH_1085 APH_1086 ctaD cyoE TRUE 0.993 13.000 0.153 0.069 N NA
 1302209 1302210 APH_1088 APH_1089 purD   FALSE 0.327 98.000 0.000 NA   NA
 1302210 1302211 APH_1089 APH_1090   yajC TRUE 0.641 35.000 0.000 NA   NA
 1302211 1302212 APH_1090 APH_1091 yajC   FALSE 0.098 303.000 0.000 NA   NA
 1302212 1302213 APH_1091 APH_1092     TRUE 0.468 54.000 0.000 NA   NA
 1302213 1302214 APH_1092 APH_1093     FALSE 0.021 628.000 0.000 NA   NA
 1302214 1302215 APH_1093 APH_1094     FALSE 0.211 188.000 0.000 NA   NA
 1302215 1302216 APH_1094 APH_1095     TRUE 0.839 -31.000 0.000 NA   NA
 1302217 1302218 APH_1096 APH_1097   dnaN FALSE 0.190 268.000 0.002 NA   NA
 1302218 1302219 APH_1097 APH_1098 dnaN   TRUE 0.402 114.000 0.003 0.004   NA
 1302219 1302220 APH_1098 APH_1099     TRUE 0.864 68.000 0.036 1.000   NA
 1302220 1302221 APH_1099 APH_1100     FALSE 0.243 304.000 0.000 1.000 Y NA
 1302221 1302222 APH_1100 APH_1101   ppa FALSE 0.028 593.000 0.000 1.000 N NA
 1302222 1302223 APH_1101 APH_1102 ppa   FALSE 0.014 828.000 0.000 NA   NA
 1302223 1302224 APH_1102 APH_1103     TRUE 0.997 2.000 0.889 NA   NA
 1302225 1302226 APH_1104 APH_1105     FALSE 0.016 757.000 0.000 NA   NA
 1302227 1302228 APH_1106 APH_1107   rpsI TRUE 0.926 5.000 0.000 NA   NA
 1302228 1302229 APH_1107 APH_1108 rpsI rplM TRUE 0.995 -13.000 0.231 0.032 Y NA
 1302230 1302231 APH_1109 APH_1110     TRUE 0.913 -3.000 0.000 NA   NA
 1302233 1302234 APH_1112 APH_1113 prsA gatC TRUE 0.985 -3.000 0.009 1.000 N NA
 1302234 1302235 APH_1113 APH_1114 gatC p44-7 FALSE 0.008 1225.000 0.000 1.000   NA
 1302235 10942786 APH_1114 APH_1115 p44-7   FALSE 0.327 98.000 0.000 NA   NA
 1302236 1302237 APH_1116 APH_1117   acnA FALSE 0.009 1441.000 0.000 NA   NA
 1302237 10942787 APH_1117 APH_1118 acnA   FALSE 0.037 441.000 0.000 NA   NA
 10942787 1302238 APH_1118 APH_1119   purK FALSE 0.015 782.000 0.000 NA   NA
 1302239 10942788 APH_1120 APH_1121 apaG   FALSE 0.144 248.000 0.000 NA   NA
 10942788 10942789 APH_1121 APH_1123     FALSE 0.013 883.000 0.000 NA   NA
 10942789 1302240 APH_1123 APH_1124     FALSE 0.261 152.000 0.000 NA   NA
 1302240 1302241 APH_1124 APH_1125     FALSE 0.113 204.000 0.000 0.034   NA
 1302241 1302242 APH_1125 APH_1126     FALSE 0.063 345.000 0.000 NA   NA
 1302243 10942790 APH_1127 APH_1128     FALSE 0.055 371.000 0.000 NA   NA
 10942790 1302244 APH_1128 APH_1129   virB4-2 FALSE 0.045 410.000 0.000 NA   NA
 1302244 1302245 APH_1129 APH_1130 virB4-2   TRUE 0.761 208.000 0.133 NA   NA
 1302245 1302246 APH_1130 APH_1131     FALSE 0.068 340.000 0.000 NA   NA
 1302246 1302247 APH_1131 APH_1132     TRUE 0.845 20.000 0.000 NA   NA
 1302247 1302248 APH_1132 APH_1133     FALSE 0.013 866.000 0.000 NA   NA
 1302248 1302249 APH_1133 APH_1134     FALSE 0.013 860.000 0.000 NA   NA
 1302251 1302252 APH_1136 APH_1137     FALSE 0.294 132.000 0.000 NA   NA
 1302252 1302253 APH_1137 APH_1138     TRUE 0.913 -3.000 0.000 NA   NA
 1302253 1302254 APH_1138 APH_1139     FALSE 0.011 1092.000 0.000 NA   NA
 1302254 1302255 APH_1139 APH_1140     FALSE 0.290 133.000 0.000 NA   NA
 1302255 1302256 APH_1140 APH_1141     TRUE 0.839 -31.000 0.000 NA   NA
 1302256 1302257 APH_1141 APH_1142     FALSE 0.249 160.000 0.000 NA   NA
 1302257 1302258 APH_1142 APH_1143     FALSE 0.307 125.000 0.000 NA   NA
 1302258 1302259 APH_1143 APH_1144     TRUE 0.356 81.000 0.000 NA   NA
 1302259 1302260 APH_1144 APH_1145     TRUE 0.446 56.000 0.000 NA   NA
 1302261 1302262 APH_1146 APH_1147 hflK hflC TRUE 0.998 -3.000 0.947 0.011 Y NA
 1302262 1302263 APH_1147 APH_1148 hflC   TRUE 0.996 3.000 0.084 0.011 Y NA
 1302263 1302264 APH_1148 APH_1149   rnc FALSE 0.012 1294.000 0.000 1.000 N NA
 1302264 1302265 APH_1149 APH_1150 rnc ctaG TRUE 0.850 42.000 0.006 1.000 N NA
 1302266 10942791 APH_1151 APH_1152     FALSE 0.010 1265.000 0.000 NA   NA
 10942791 1302267 APH_1152 APH_1153     FALSE 0.063 345.000 0.000 NA   NA
 1302267 10942792 APH_1153 APH_1154     FALSE 0.089 308.000 0.000 NA   NA
 10942792 1302268 APH_1154 APH_1155   p44-53 TRUE 0.564 45.000 0.000 NA   NA
 1302268 1302269 APH_1155 APH_1156 p44-53   FALSE 0.015 774.000 0.000 NA   NA
 1302269 1302270 APH_1156 APH_1157     FALSE 0.319 107.000 0.000 NA   NA
 1302270 1302271 APH_1157 APH_1158     TRUE 0.720 146.000 0.013 NA   NA
 1302271 1302272 APH_1158 APH_1159     TRUE 0.996 2.000 0.598 0.005   NA
 1302272 1302273 APH_1159 APH_1160   lspA TRUE 0.938 36.000 0.038 0.021   NA
 1302273 1302274 APH_1160 APH_1161 lspA ribF TRUE 0.792 94.000 0.013 1.000 N NA
 1302275 10942793 APH_1162 APH_1163 grxC   FALSE 0.314 114.000 0.000 NA   NA
 1302276 1302277 APH_1164 APH_1165 ftsA-1 recJ FALSE 0.343 126.000 0.000 1.000 N NA
 1302277 1302278 APH_1165 APH_1166 recJ   TRUE 0.435 176.000 0.004 1.000 N NA
 1302278 1302279 APH_1166 APH_1167     FALSE 0.119 278.000 0.000 NA   NA
 1302279 1302280 APH_1167 APH_1168   p44-36 FALSE 0.012 948.000 0.000 NA   NA
 1302280 1302281 APH_1168 APH_1169 p44-36   FALSE 0.286 61.000 0.000 0.033   NA
 1302281 1302282 APH_1169 APH_1170     FALSE 0.127 265.000 0.000 NA   NA
 1302285 1302286 APH_1173 APH_1174 pyrE thiF TRUE 0.860 78.000 0.025 1.000 N NA
 1302286 1302287 APH_1174 APH_1175 thiF   FALSE 0.072 307.000 0.000 1.000   NA
 1302287 1302288 APH_1175 APH_1176   p44-2 FALSE 0.251 126.000 0.000 1.000   NA
 1302288 10942794 APH_1176 APH_1177 p44-2   FALSE 0.103 300.000 0.000 NA   NA
 1302289 1302290 APH_1178 APH_1179 secA ftsH TRUE 0.409 174.000 0.004 0.037 N NA
 1302290 1302291 APH_1179 APH_1180 ftsH tilS TRUE 0.993 13.000 0.145 0.085 N NA
 1302291 1302292 APH_1180 APH_1181 tilS   TRUE 0.556 46.000 0.000 NA   NA
 1302293 1302294 APH_1182 APH_1183   ftsA-2 TRUE 0.814 112.000 0.018 1.000 N NA
 10942796 1302295 APH_1186 APH_1187     FALSE 0.016 753.000 0.000 NA   NA
 1302296 1302297 APH_1188 APH_1189     FALSE 0.019 654.000 0.000 NA   NA
 1302297 1302298 APH_1189 APH_1190     TRUE 0.994 -3.000 0.333 0.008   NA
 1302298 1302299 APH_1190 APH_1191   atpE TRUE 0.961 7.000 0.005 0.008   NA
 1302299 1302300 APH_1191 APH_1192 atpE atpB TRUE 0.812 205.000 0.628 0.008   NA
 10942797 1302302 APH_1194 APH_1195   p44-1 TRUE 0.857 -24.000 0.000 NA   NA
 1302303 1302304 APH_1196 APH_1197     FALSE 0.193 198.000 0.000 NA   NA
 1302304 1302305 APH_1197 APH_1198   sucB TRUE 0.657 93.000 0.007 1.000   NA
 1302305 1302306 APH_1198 APH_1199 sucB map TRUE 0.974 10.000 0.005 1.000 N NA
 1302306 1302307 APH_1199 APH_1200 map   TRUE 0.874 125.000 0.018 1.000 Y NA
 1302308 10942798 APH_1201 APH_1202     TRUE 0.918 -1.000 0.000 NA   NA
 1302312 1302313 APH_1207 APH_1208 purH fabZ TRUE 0.963 18.000 0.006 1.000 N NA
 1302313 1302314 APH_1208 APH_1209 fabZ   TRUE 0.989 17.000 0.102 1.000   NA
 1302314 1302315 APH_1209 APH_1210     TRUE 0.993 3.000 0.089 1.000   NA
 1302315 1302316 APH_1210 APH_1211     TRUE 0.995 6.000 0.016 1.000 Y NA
 1302317 1302318 APH_1212 APH_1213     TRUE 0.877 44.000 0.008 NA   NA
 1302319 1302320 APH_1214 APH_1215   p44-14 FALSE 0.069 309.000 0.000 1.000   NA
 1302323 1302324 APH_1218 APH_1219   omp-1X FALSE 0.053 340.000 0.000 1.000   NA
 1302324 1302325 APH_1219 APH_1220 omp-1X omp-1N TRUE 0.723 236.000 0.333 0.033   NA
 1302325 1302326 APH_1220 APH_1221 omp-1N p44-18ES FALSE 0.102 214.000 0.000 0.033   NA
 1302326 1302327 APH_1221 APH_1222 p44-18ES   FALSE 0.278 143.000 0.000 NA   NA
 1302327 1302328 APH_1222 APH_1223     TRUE 0.882 16.000 0.000 NA   NA
 1302329 1302330 APH_1224 APH_1225 valS   FALSE 0.080 319.000 0.000 NA   NA
 1302330 10942799 APH_1225 APH_1226     FALSE 0.214 185.000 0.000 NA   NA
 10942799 1302331 APH_1226 APH_1227   ftsY FALSE 0.031 479.000 0.000 NA   NA
 1302332 1302333 APH_1228 APH_1229 bioD p44-2b FALSE 0.014 684.000 0.000 1.000   NA
 1302333 10942800 APH_1229 APH_1230 p44-2b   FALSE 0.321 106.000 0.000 NA   NA
 1302334 1302335 APH_1231 APH_1232 gshA gltA FALSE 0.031 429.000 0.000 1.000   NA
 1302335 1302336 APH_1232 APH_1233 gltA guaA TRUE 0.777 34.000 0.003 0.041 N NA
 1302337 1302338 APH_1234 APH_1235     FALSE 0.111 289.000 0.000 NA   NA
 1302338 1302339 APH_1235 APH_1236     TRUE 0.816 -69.000 0.000 NA   NA
 10942801 1302341 APH_1238 APH_1239   p44-15b TRUE 0.415 61.000 0.000 NA   NA
 1302342 10942802 APH_1240 APH_1241 msp4   FALSE 0.014 825.000 0.000 NA   NA
 10942802 1302343 APH_1241 APH_1243   hemA FALSE 0.009 1508.000 0.000 NA   NA
 1302343 1302344 APH_1243 APH_1244 hemA tyrS TRUE 0.455 290.000 0.010 1.000 N NA
 1302344 1302345 APH_1244 APH_1245 tyrS   TRUE 0.585 40.000 0.000 NA   NA
 1302346 1302347 APH_1246 APH_1247 glnA ispB FALSE 0.284 257.000 0.003 1.000 N NA
 10942803 1302348 APH_1248 APH_1249   p44-12 TRUE 0.512 50.000 0.000 NA   NA
 1302348 1302349 APH_1249 APH_1250 p44-12   FALSE 0.026 547.000 0.000 NA   NA
 1302349 1302350 APH_1250 APH_1251     TRUE 0.923 2.000 0.000 NA   NA
 1302351 10942804 APH_1252 APH_1253 holA   FALSE 0.272 147.000 0.000 NA   NA
 10942804 1302352 APH_1253 APH_1254     FALSE 0.169 212.000 0.000 NA   NA
 1302352 10942805 APH_1254 APH_1255     FALSE 0.213 187.000 0.000 NA   NA
 10942805 1302353 APH_1255 APH_1256   p44-23 TRUE 0.415 61.000 0.000 NA   NA
 1302353 1302354 APH_1256 APH_1257 p44-23   FALSE 0.152 199.000 0.000 1.000   NA
 1302354 1302355 APH_1257 APH_1258   fba FALSE 0.195 193.000 0.000 0.021 N NA
 1302355 1302356 APH_1258 APH_1259 fba   TRUE 0.926 5.000 0.000 NA   NA
 1302356 1302357 APH_1259 APH_1260     FALSE 0.304 126.000 0.000 NA   NA
 1302357 10942806 APH_1260 APH_1261     FALSE 0.240 165.000 0.000 NA   NA
 1302358 1302359 APH_1262 APH_1263   infC TRUE 0.366 77.000 0.000 NA   NA
 1302359 1302360 APH_1263 APH_1264 infC thrS TRUE 0.992 23.000 0.186 1.000 Y NA
 1302362 1302363 APH_1266 APH_1267 rplS trmD TRUE 0.998 4.000 0.567 1.000 Y NA
 1302363 1302364 APH_1267 APH_1268 trmD rimM TRUE 0.998 -3.000 0.672 1.000 Y NA
 1302364 1302365 APH_1268 APH_1269 rimM p44-16 FALSE 0.257 122.000 0.000 1.000   NA
 1302365 1302366 APH_1269 APH_1270 p44-16   FALSE 0.285 88.000 0.000 1.000   NA
 1302366 1302367 APH_1270 APH_1271     TRUE 0.700 81.000 0.007 1.000   NA
 1302368 1302369 APH_1272 APH_1273     FALSE 0.105 297.000 0.000 NA   NA
 1302369 10942807 APH_1273 APH_1274     TRUE 0.512 50.000 0.000 NA   NA
 10942807 1302370 APH_1274 APH_1275   p44-16b TRUE 0.415 61.000 0.000 NA   NA
 1302371 1302372 APH_1276 APH_1277 ispF ispD TRUE 0.844 255.000 0.419 1.000 Y NA
 1302374 1302375 APH_1279 APH_1280 purE   TRUE 0.960 -7.000 0.005 1.000   NA
 1302376 1302377 APH_1281 APH_1282 ihfA   TRUE 0.995 -3.000 0.535 1.000   NA
 1302377 1302378 APH_1282 APH_1283     TRUE 0.894 -9.000 0.000 NA   NA
 1302381 1302382 APH_1287 APH_1288 p44-32 trmE FALSE 0.121 202.000 0.000 0.065   NA
 1302383 1302384 APH_1289 APH_1290     FALSE 0.017 718.000 0.000 NA   NA
 1302384 1302385 APH_1290 APH_1291     TRUE 0.973 7.000 0.005 NA   NA
 1302385 1302386 APH_1291 APH_1292   ftsZ TRUE 0.977 0.000 0.006 NA   NA
 1302388 1302389 APH_1294 APH_1295     FALSE 0.253 383.000 0.011 NA   NA
 1302389 1302390 APH_1295 APH_1296     FALSE 0.015 803.000 0.000 NA   NA
 1302390 1302391 APH_1296 APH_1297     FALSE 0.082 317.000 0.000 NA   NA
 1302392 1302393 APH_1298 APH_1299 recG   TRUE 0.565 174.000 0.007 1.000 N NA
 1302394 1302395 APH_1300 APH_1301 purF pth FALSE 0.112 343.000 0.002 1.000 N NA
 1302395 1302396 APH_1301 APH_1302 pth   TRUE 0.997 10.000 0.496 0.047 Y NA
 1302396 1302397 APH_1302 APH_1303     FALSE 0.038 393.000 0.000 1.000   NA
 1302397 1302398 APH_1303 APH_1304     TRUE 0.822 23.000 0.000 NA   NA
 1302398 1302399 APH_1304 APH_1305     FALSE 0.322 104.000 0.000 NA   NA
 1302399 1302400 APH_1305 APH_1306     TRUE 0.993 12.000 0.057 1.000 N NA
 1302400 1302401 APH_1306 APH_1307     FALSE 0.279 401.000 0.016 NA   NA
 1302401 1302402 APH_1307 APH_1308     FALSE 0.141 386.000 0.005 NA   NA
 1302402 1302403 APH_1308 APH_1309     FALSE 0.030 491.000 0.000 NA   NA
 1302405 10942809 APH_1311 APH_1312 p44-24   TRUE 0.415 61.000 0.000 NA   NA
 10942809 1302406 APH_1312 APH_1314   ribA FALSE 0.010 1277.000 0.000 NA   NA
 1302406 1302407 APH_1314 APH_1315 ribA   TRUE 0.872 17.000 0.000 NA   NA
 1302407 1302408 APH_1315 APH_1316     FALSE 0.319 108.000 0.000 NA   NA
 1302408 1302409 APH_1316 APH_1317     TRUE 0.373 75.000 0.000 NA   NA
 1302409 1302410 APH_1317 APH_1318     TRUE 0.860 -22.000 0.000 NA   NA
 1302414 1302415 APH_1322 APH_1323 xseA   TRUE 0.960 -31.000 0.007 NA   NA
 10942810 1302416 APH_1324 APH_1325     FALSE 0.080 319.000 0.000 NA   NA
 1302417 1302418 APH_1326 APH_1327 secF   FALSE 0.022 614.000 0.000 NA   NA
 1302418 10942811 APH_1327 APH_1328     TRUE 0.362 78.000 0.000 NA   NA
 10942811 10942812 APH_1328 APH_1330     FALSE 0.010 1257.000 0.000 NA   NA
 10942812 1302419 APH_1330 APH_1331   smpB FALSE 0.036 445.000 0.000 NA   NA
 1302419 1302420 APH_1331 APH_1332 smpB ribB TRUE 0.975 8.000 0.005 1.000 N NA
 1302420 1302421 APH_1332 APH_1333 ribB greA TRUE 0.985 15.000 0.014 1.000 N NA
 1302421 1302422 APH_1333 APH_1334 greA atpA TRUE 0.955 28.000 0.009 1.000 N NA
 1302422 1302423 APH_1334 APH_1335 atpA atpH TRUE 0.996 19.000 0.864 0.007 Y NA
 1302423 1302424 APH_1335 APH_1336 atpH   TRUE 0.873 -16.000 0.000 NA   NA
 1302424 1302425 APH_1336 APH_1337     TRUE 0.396 64.000 0.000 NA   NA
 1302425 1302426 APH_1337 APH_1338     TRUE 0.925 3.000 0.000 NA   NA
 1302426 1302427 APH_1338 APH_1339     TRUE 0.884 -12.000 0.000 NA   NA
 1302427 1302428 APH_1339 APH_1340     TRUE 0.993 -3.000 0.058 NA   NA
 1302428 1302429 APH_1340 APH_1341     TRUE 0.845 89.000 0.030 NA   NA
 1302429 10942813 APH_1341 APH_1342     FALSE 0.019 672.000 0.000 NA   NA
 10942813 1302430 APH_1342 APH_1344     FALSE 0.009 2064.000 0.000 NA   NA
 1302430 1302431 APH_1344 APH_1345     TRUE 0.933 20.000 0.004 NA   NA
 1302431 1302432 APH_1345 APH_1346     FALSE 0.248 255.000 0.003 NA   NA
 1302432 1302433 APH_1346 APH_1347     TRUE 0.980 3.000 0.007 NA   NA
 1302433 1302434 APH_1347 APH_1348   dnaX TRUE 0.995 12.000 0.411 NA   NA
 1302434 1302435 APH_1348 APH_1349 dnaX gap TRUE 0.406 172.000 0.003 1.000 N NA
 10942814 10942815 APH_1350 APH_1352     FALSE 0.010 1320.000 0.000 NA   NA
 10942815 1302436 APH_1352 APH_1353     FALSE 0.276 144.000 0.000 NA   NA
 1302436 1302437 APH_1353 APH_1354   recA TRUE 0.882 16.000 0.000 NA   NA
 1302438 1302439 APH_1355 APH_1356 p44-79   FALSE 0.189 199.000 0.000 NA   NA
 1302439 10942816 APH_1356 APH_1357     FALSE 0.032 470.000 0.000 NA   NA
 1302440 1302441 APH_1358 APH_1359     TRUE 0.869 184.000 1.000 0.032   NA
 1302441 1302442 APH_1359 APH_1360   ubiD TRUE 0.756 85.000 0.009 NA   NA
 1302442 1302443 APH_1360 APH_1361 ubiD   FALSE 0.114 286.000 0.000 NA   NA
 1302443 1302444 APH_1361 APH_1362     TRUE 0.880 -13.000 0.000 NA   NA
 1302445 1302446 APH_1363 APH_1364     FALSE 0.341 88.000 0.000 NA   NA
 1302446 1302447 APH_1364 APH_1365     FALSE 0.014 817.000 0.000 NA   NA
 1302447 1302448 APH_1365 APH_1366   secD TRUE 0.926 4.000 0.000 NA   NA
 1302449 1302450 APH_1367 APH_1368 uvrB   FALSE 0.013 864.000 0.000 NA   NA
 1302450 1302451 APH_1368 APH_1369     FALSE 0.173 210.000 0.000 NA   NA
 1302451 1302452 APH_1369 APH_1370     TRUE 0.381 70.000 0.000 NA   NA
 1302453 1302454 APH_1371 APH_1372   def TRUE 0.570 247.000 0.014 1.000 N NA
 1302455 1302456 APH_1373 APH_1374   rpsT TRUE 0.686 126.000 0.007 1.000 N NA
 1302457 1302458 APH_1375 APH_1376   lgt FALSE 0.012 773.000 0.000 1.000   NA
 1302459 1302460 APH_1377 APH_1378 mviN   TRUE 0.830 40.000 0.006 NA   NA
 1302460 1302461 APH_1378 APH_1379     FALSE 0.158 222.000 0.000 NA   NA
 1302463 1302464 APH_1381 APH_1382     FALSE 0.034 460.000 0.000 NA   NA
 1302465 1302466 APH_1383 APH_1384     FALSE 0.251 159.000 0.000 NA   NA
 1302466 1302467 APH_1384 APH_1385     FALSE 0.345 86.000 0.000 NA   NA
 1302467 1302468 APH_1385 APH_1386     FALSE 0.290 133.000 0.000 NA   NA
 1302470 10942817 APH_1388 APH_1389     FALSE 0.064 344.000 0.000 NA   NA
 10942817 10942818 APH_1389 APH_1391     FALSE 0.014 832.000 0.000 NA   NA
 10942818 1302471 APH_1391 APH_1392   p44-11 TRUE 0.362 78.000 0.000 NA   NA
 1302473 1302474 APH_1394 APH_1395     TRUE 0.872 77.000 0.025 NA N NA
 1302474 1302475 APH_1395 APH_1396     TRUE 0.922 7.000 0.000 NA   NA
 1302475 1302476 APH_1396 APH_1397     TRUE 0.641 35.000 0.000 NA   NA
 10942819 10942820 APH_1399 APH_1401     FALSE 0.021 632.000 0.000 NA   NA
 10942820 1302478 APH_1401 APH_1402   virD4 FALSE 0.025 568.000 0.000 NA   NA
 1302478 1302479 APH_1402 APH_1403 virD4 virB11 TRUE 0.970 52.000 0.405 1.000 Y NA
 1302479 1302480 APH_1403 APH_1404 virB11 virB10 TRUE 0.976 47.000 0.452 1.000 Y NA
 1302480 1302481 APH_1404 APH_1405 virB10 virB9-2 TRUE 0.994 24.000 0.526 NA Y NA
 1302481 1302482 APH_1405 APH_1406 virB9-2 virB8 TRUE 0.997 -16.000 0.579 NA Y NA
 1302482 1302483 APH_1406 APH_1407 virB8   FALSE 0.348 85.000 0.000 NA   NA
 1302483 10942821 APH_1407 APH_1408     FALSE 0.023 611.000 0.000 NA   NA
 10942821 1302484 APH_1408 APH_1409     FALSE 0.079 321.000 0.000 NA   NA
 1302484 1302485 APH_1409 APH_1410     FALSE 0.287 135.000 0.000 NA   NA