MicrobesOnline Operon Predictions for Shewanella oneidensis MR-1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 199200 199201 SO0003 SO0004 trmE   FALSE 0.402 96.000 0.221 1.000   0.151
 199201 199202 SO0004 SO0005     TRUE 0.998 4.000 0.461 NA   0.777
 199202 199203 SO0005 SO0006   rnpA TRUE 0.981 -33.000 0.540 NA   0.889
 199203 199204 SO0006 SO0007 rnpA rpmH TRUE 0.994 17.000 0.787 1.000   0.603
 199205 199206 SO0008 SO0009 dnaA dnaN TRUE 0.994 21.000 0.328 1.000 Y 0.724
 199206 199207 SO0009 SO0010 dnaN recF TRUE 0.787 163.000 0.318 1.000 Y 0.463
 199207 199208 SO0010 SO0011 recF gyrB TRUE 0.989 17.000 0.249 0.005 Y 0.447
 199211 199212 SO0014 SO0015 glyS glyQ TRUE 0.999 10.000 0.651 0.001 Y 0.635
 199214 199215 SO0017 SO0018     FALSE 0.002 240.000 0.000 1.000   0.109
 199215 199216 SO0018 SO0019     TRUE 0.893 48.000 0.043 1.000   0.638
 199216 199217 SO0019 SO0020   fadA FALSE 0.002 247.000 0.009 0.047 N 0.120
 199217 199218 SO0020 SO0021 fadA fadB TRUE 0.995 23.000 0.607 1.000 Y 0.864
 199219 199220 SO0022 SO0023 pepQ   FALSE 0.534 16.000 0.127 1.000   0.036
 199220 199221 SO0023 SO0024   trkH-1 TRUE 0.630 78.000 0.202 1.000   0.307
 199221 199222 SO0024 SO0025 trkH-1   TRUE 0.949 2.000 0.118 1.000 N 0.284
 199225 199226 SO0028 SO0029 trkH-2 trkA TRUE 0.962 12.000 0.126 0.005 Y 0.076
 199226 199227 SO0029 SO0030 trkA sun TRUE 0.937 16.000 0.122 1.000 N 0.391
 199227 199228 SO0030 SO0031 sun fmt TRUE 0.998 3.000 0.305 1.000 Y 0.680
 199228 199229 SO0031 SO0032 fmt def-1 TRUE 0.984 16.000 0.105 0.023 Y 0.457
 199230 199231 SO0033 SO0034     FALSE 0.162 84.000 0.048 1.000   0.192
 199231 199232 SO0034 SO0035   smg TRUE 0.984 3.000 0.124 NA   0.444
 199232 199233 SO0035 SO0036 smg   FALSE 0.541 113.000 0.331 NA   0.203
 199233 199234 SO0036 SO0037     FALSE 0.567 139.000 0.151 NA N 0.464
 199234 199235 SO0037 SO0038   hemF TRUE 0.856 29.000 0.066 NA N 0.464
 199237 199238 SO0040 SO0041 aroE   FALSE 0.462 26.000 0.078 NA   0.164
 199240 2200916 SO0043 SO_r001   Sp16SC FALSE 0.134 165.000 0.000 NA   NA
 2200916 407354 SO_r001 SO_r002 Sp16SC Sp23SC FALSE 0.031 317.000 0.000 NA   NA
 407354 2200917 SO_r002 SO_r003 Sp23SC Sp5SC FALSE 0.082 204.000 0.000 NA   NA
 2200917 401094 SO_r003 SO_t001 Sp5SC tRNA-Asp-1 FALSE 0.534 35.000 0.000 NA   NA
 401094 199241 SO_t001 SO0044 tRNA-Asp-1   FALSE 0.018 441.000 0.000 NA   NA
 199241 199242 SO0044 SO0045     TRUE 0.961 25.000 0.035 NA   0.716
 199243 199244 SO0046 SO0047     TRUE 0.975 10.000 0.060 1.000   0.453
 199244 199245 SO0047 SO0048     FALSE 0.028 49.000 0.036 0.049 N 0.073
 199245 199246 SO0048 SO0049   gpmA FALSE 0.036 110.000 0.170 1.000 N -0.283
 199249 199250 SO0052 SO0053 secB gpsA TRUE 0.996 5.000 0.206 1.000 N 0.753
 199250 199251 SO0053 SO0054 gpsA   FALSE 0.001 350.000 0.017 1.000   0.036
 199254 199255 SO0057 SO0058     TRUE 0.999 2.000 0.808 1.000 Y 0.672
 199255 199256 SO0058 SO0059   kdpE TRUE 0.942 46.000 0.207 1.000 N 0.740
 199256 199257 SO0059 SO0060 kdpE   TRUE 0.999 1.000 0.621 1.000 Y 0.830
 199258 199259 SO0061 SO0062     FALSE 0.001 334.000 0.000 NA   0.026
 199259 199260 SO0062 SO0063     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   0.437
 199260 199262 SO0063 SO0065   mog FALSE 0.056 239.000 0.000 NA   0.313
 199262 199263 SO0065 SO0066 mog   FALSE 0.013 697.000 0.000 1.000   0.319
 199263 199264 SO0066 SO0067     TRUE 0.990 -3.000 0.116 1.000   0.634
 199265 199266 SO0068 SO0069     TRUE 0.887 58.000 0.214 NA   0.535
 199266 199267 SO0069 SO0070   natA TRUE 0.957 98.000 0.271 NA Y 0.708
 199267 199268 SO0070 SO0071 natA   TRUE 0.997 3.000 0.292 1.000   0.874
 199269 199270 SO0072 SO0073     TRUE 0.904 41.000 0.053 1.000 N 0.618
 199270 199271 SO0073 SO0074     TRUE 0.990 -3.000 0.238 NA   0.548
 199271 199272 SO0074 SO0075     FALSE 0.003 216.000 0.058 NA   0.105
 199272 199273 SO0075 SO0076     FALSE 0.009 141.000 0.014 NA   0.040
 199273 199274 SO0076 SO0077     FALSE 0.449 120.000 0.031 NA   0.400
 199275 199276 SO0078 SO0079     TRUE 0.770 45.000 0.125 NA   0.396
 199276 199277 SO0079 SO0080     TRUE 0.870 62.000 0.132 NA   0.561
 199278 199279 SO0081 SO0082     TRUE 0.982 4.000 0.027 1.000   0.507
 199279 199280 SO0082 SO0083     FALSE 0.476 188.000 0.183 1.000   0.484
 199282 199283 SO0085 SO0086     FALSE 0.119 368.000 0.000 NA   0.533
 199283 199284 SO0086 SO0087     FALSE 0.021 66.000 0.000 NA   0.184
 199286 199287 SO0089 SO0090     FALSE 0.002 247.000 0.000 NA   -0.490
 199288 199289 SO0091 SO0092   deoD-1 FALSE 0.580 159.000 0.000 NA N 0.631
 199289 199290 SO0092 SO0093 deoD-1   TRUE 0.996 15.000 0.333 1.000 Y 0.581
 199293 199294 SO0096 SO0097 hutC hutU TRUE 0.790 127.000 0.077 1.000 N 0.779
 199294 199295 SO0097 SO0098 hutU hutH TRUE 0.977 65.000 0.315 0.001 Y 0.768
 199295 199298 SO0098 SO0101 hutH fdnG FALSE 0.008 626.000 0.000 0.047 N 0.249
 199298 199299 SO0101 SO0102 fdnG fdnH TRUE 0.999 3.000 1.000 0.002 Y 0.956
 199299 199300 SO0102 SO0103 fdnH fdnI TRUE 0.998 -3.000 0.750 0.002 Y 0.973
 199300 199301 SO0103 SO0104 fdnI fdhE TRUE 0.997 0.000 0.667 NA N 0.957
 199301 199302 SO0104 SO0105 fdhE selA TRUE 0.818 58.000 0.008 NA N 0.911
 199302 199303 SO0105 SO0106 selA selB TRUE 0.996 -3.000 0.569 0.001 N 0.913
 199304 199305 SO0107 SO0108 fdhD   TRUE 0.774 126.000 0.068 NA   0.893
 199305 199306 SO0108 SO0109     TRUE 0.998 0.000 0.844 NA   0.907
 199307 199308 SO0110 SO0111     FALSE 0.014 116.000 0.000 NA   0.062
 199310 199311 SO0113 SO0114     FALSE 0.005 172.000 0.077 NA   0.040
 199312 199313 SO0115 SO0116     FALSE 0.578 179.000 0.000 0.055   0.631
 199313 199315 SO0116 SO0118     FALSE 0.000 649.000 0.000 1.000   0.061
 199315 199316 SO0118 SO0119     FALSE 0.324 261.000 0.000 NA   0.670
 199319 199320 SO0122 SO0123     FALSE 0.066 27.000 0.065 1.000 N 0.119
 199323 199324 SO0126 SO0127     FALSE 0.424 63.000 0.044 NA   0.309
 199324 199325 SO0127 SO0128     FALSE 0.016 107.000 0.000 NA   0.018
 199326 199327 SO0129 SO0130     FALSE 0.001 304.000 0.000 NA   -0.038
 199329 199331 SO0132 SO_0134     FALSE 0.008 231.000 0.053 1.000   0.137
 199332 199333 SO0135 SO0136     TRUE 0.953 27.000 0.029 NA   0.804
 199333 199334 SO0136 SO0137   moeB FALSE 0.539 50.000 0.010 NA   0.369
 199334 199335 SO0137 SO0138 moeB moeA TRUE 0.998 12.000 0.323 0.004 Y 0.744
 199336 199337 SO0139 SO0140 ftn   FALSE 0.099 186.000 0.000 NA   NA
 199338 199339 SO0141 SO0142   ribB FALSE 0.005 364.000 0.000 1.000 N 0.233
 199341 199342 SO0144 SO0145 ptrB   FALSE 0.087 23.000 0.052 1.000 N 0.117
 199344 199345 SO0147 SO0148     FALSE 0.014 120.000 0.000 NA   0.185
 199349 199351 SO0152 SO0154     FALSE 0.002 242.000 0.027 NA   0.139
 199351 199354 SO0154 SO0157     FALSE 0.106 532.000 0.000 NA   0.584
 199357 199359 SO0160 SO0162   pckA FALSE 0.002 254.000 0.000 NA N 0.120
 199359 199360 SO0162 SO0163 pckA hslO FALSE 0.127 202.000 0.048 1.000 N 0.349
 199360 199361 SO0163 SO0164 hslO hslR TRUE 0.889 26.000 0.003 1.000 N 0.516
 199362 199363 SO0165 SO0166 gspC gspD TRUE 0.995 25.000 0.575 0.006 Y 0.912
 199363 199364 SO0166 SO0167 gspD gspE TRUE 0.999 -3.000 0.776 0.006 Y 0.916
 199364 199365 SO0167 SO0168 gspE gspF TRUE 0.999 4.000 0.653 0.006 Y 0.856
 199365 199366 SO0168 SO0169 gspF gspG TRUE 0.982 75.000 0.599 0.006 Y 0.796
 199366 199367 SO0169 SO0170 gspG gspH TRUE 0.998 2.000 0.425 0.006   0.836
 199367 199368 SO0170 SO0171 gspH gspI TRUE 0.992 -13.000 0.605 0.006   0.784
 199368 199369 SO0171 SO0172 gspI gspJ TRUE 0.995 -19.000 0.569 0.006 Y 0.725
 199369 199370 SO0172 SO0173 gspJ gspK TRUE 0.997 -3.000 0.461 1.000 Y 0.929
 199370 199371 SO0173 SO0174 gspK gspL TRUE 0.986 49.000 0.537 0.070 Y 0.762
 199371 199372 SO0174 SO0175 gspL gspM TRUE 0.999 2.000 0.811 1.000 Y 0.765
 199372 199373 SO0175 SO0176 gspM gspN TRUE 0.995 15.000 0.649 1.000   0.685
 199376 199377 SO0179 SO0180     TRUE 0.982 -22.000 0.429 NA   0.699
 199377 199378 SO0180 SO0181     TRUE 0.896 81.000 0.133 NA   0.743
 199378 199379 SO0181 SO0182     FALSE 0.263 112.000 0.000 NA   0.308
 199381 199382 SO0184 SO0185     TRUE 0.917 40.000 0.054 NA   0.876
 199382 199383 SO0185 SO0186     TRUE 0.984 29.000 0.571 NA   0.831
 199383 199384 SO0186 SO0187     TRUE 0.861 56.000 0.000 NA   0.651
 199384 199385 SO0187 SO0188     TRUE 0.992 3.000 0.154 NA   0.540
 199385 199386 SO0188 SO0189     TRUE 0.956 15.000 0.000 NA   0.504
 199386 199387 SO0189 SO0190     FALSE 0.002 238.000 0.000 1.000   -0.078
 199387 199388 SO0190 SO0191   cysQ-1 TRUE 0.915 70.000 0.373 1.000   0.545
 199388 199389 SO0191 SO0192 cysQ-1   TRUE 0.902 8.000 0.054 1.000   0.244
 199389 199390 SO0192 SO0193     FALSE 0.002 236.000 0.062 1.000   0.056
 199390 199391 SO0193 SO0194     TRUE 0.930 -9.000 0.090 1.000   0.431
 199392 199393 SO0195 SO0196 ybbB selD TRUE 0.914 0.000 0.214 NA   0.094
 199393 199394 SO0196 SO0197 selD   FALSE 0.017 97.000 0.025 1.000 N -0.017
 199395 370236 SO0198 SO0198.1     FALSE 0.039 283.000 0.000 NA   NA
 370236 10942653 SO0198.1 SO_0201     FALSE 0.355 67.000 0.000 NA   NA
 10942653 199398 SO_0201 SO0202     FALSE 0.015 521.000 0.000 NA   NA
 199398 199399 SO0202 SO0203     TRUE 0.887 47.000 0.000 NA   0.685
 199399 199400 SO0203 SO0204     FALSE 0.550 136.000 0.000 NA   0.519
 199400 199401 SO0204 SO0205     FALSE 0.020 284.000 0.000 NA   0.256
 2200918 401095 SO_r004 SO_t003 Sp16SB tRNA-Ile-1 FALSE 0.339 76.000 0.000 NA   NA
 401095 401096 SO_t003 SO_t004 tRNA-Ile-1 tRNA-Ala-1 FALSE 0.191 139.000 0.000 NA   NA
 401096 407355 SO_t004 SO_r005 tRNA-Ala-1 Sp23SB FALSE 0.042 275.000 0.000 NA   NA
 407355 2200919 SO_r005 SO_r006 Sp23SB Sp5SB FALSE 0.082 204.000 0.000 NA   NA
 370258 199406 SO0208.1 SO0211     FALSE 0.087 23.000 0.000 NA   0.100
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