MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus agalactiae A909

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1166177 1166178 SAK_0001 SAK_0002 dnaA dnaN TRUE 0.723 155.000 0.328 1.000 Y NA
 1166178 1166179 SAK_0002 SAK_0003 dnaN   FALSE 0.261 70.000 0.003 1.000 N NA
 1166179 1166180 SAK_0003 SAK_0004     TRUE 0.879 10.000 0.015 NA   NA
 1166180 1166181 SAK_0004 SAK_0005     FALSE 0.073 202.000 0.000 NA   NA
 1166181 1166182 SAK_0005 SAK_0006   ychF FALSE 0.070 244.000 0.002 NA   NA
 1166182 1166183 SAK_0006 SAK_0007 ychF pth TRUE 0.778 84.000 0.184 1.000 Y NA
 1166183 1166184 SAK_0007 SAK_0008 pth mfd TRUE 0.968 -3.000 0.137 1.000 N NA
 1166184 1166185 SAK_0008 SAK_0009 mfd   FALSE 0.043 291.000 0.024 1.000 N NA
 1166185 1166186 SAK_0009 SAK_0010     TRUE 0.971 -13.000 0.053 1.000 N NA
 1166186 1166187 SAK_0010 SAK_0011     TRUE 0.881 3.000 0.009 NA   NA
 1166187 1166188 SAK_0011 SAK_0012     TRUE 0.963 0.000 0.105 NA   NA
 1166188 1166189 SAK_0012 SAK_0013   tilS TRUE 0.863 2.000 0.014 NA N NA
 1166189 1166190 SAK_0013 SAK_0014 tilS hpt TRUE 0.938 5.000 0.067 0.065 N NA
 1166190 1166191 SAK_0014 SAK_0015 hpt ftsH TRUE 0.948 23.000 0.192 1.000 N NA
 1166191 1166192 SAK_0015 SAK_0016 ftsH rrsA FALSE 0.019 499.000 0.000 NA   NA
 1166192 1166193 SAK_0016 SAK_0017 rrsA   FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1166193 1166194 SAK_0017 SAK_0018   rrlA FALSE 0.123 155.000 0.000 NA   NA
 1166194 1166195 SAK_0018 SAK_0019 rrlA rrfA FALSE 0.280 75.000 0.000 NA   NA
 1166195 1166196 SAK_0019 SAK_0020 rrfA   TRUE 0.801 4.000 0.000 NA   NA
 1166196 1166197 SAK_0020 SAK_0021     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166197 1166198 SAK_0021 SAK_0022     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166198 1166199 SAK_0022 SAK_0023     TRUE 0.790 10.000 0.000 NA   NA
 1166199 1166200 SAK_0023 SAK_0024     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1166200 1166201 SAK_0024 SAK_0025     TRUE 0.712 34.000 0.000 NA   NA
 1166201 1166202 SAK_0025 SAK_0026     TRUE 0.792 9.000 0.000 NA   NA
 1166202 1166203 SAK_0026 SAK_0027     TRUE 0.804 12.000 0.000 NA   NA
 1166203 1166204 SAK_0027 SAK_0028     TRUE 0.793 8.000 0.000 NA   NA
 1166204 1166205 SAK_0028 SAK_0029   rrsB FALSE 0.128 153.000 0.000 NA   NA
 1166205 1166206 SAK_0029 SAK_0030 rrsB   FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1166206 1166207 SAK_0030 SAK_0031   rrlB FALSE 0.123 155.000 0.000 NA   NA
 1166207 1166208 SAK_0031 SAK_0032 rrlB rrfB FALSE 0.280 75.000 0.000 NA   NA
 1166208 1166209 SAK_0032 SAK_0033 rrfB   TRUE 0.801 4.000 0.000 NA   NA
 1166209 1166210 SAK_0033 SAK_0034     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166210 1166211 SAK_0034 SAK_0035     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166211 1166212 SAK_0035 SAK_0036     TRUE 0.790 10.000 0.000 NA   NA
 1166212 1166213 SAK_0036 SAK_0037     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1166213 1166214 SAK_0037 SAK_0038     TRUE 0.712 34.000 0.000 NA   NA
 1166214 1166215 SAK_0038 SAK_0039     TRUE 0.792 9.000 0.000 NA   NA
 1166215 1166216 SAK_0039 SAK_0040     TRUE 0.804 12.000 0.000 NA   NA
 1166216 1166217 SAK_0040 SAK_0041     TRUE 0.793 8.000 0.000 NA   NA
 1166217 1166218 SAK_0041 SAK_0042     TRUE 0.819 16.000 0.000 NA   NA
 1166218 1166219 SAK_0042 SAK_0043     TRUE 0.822 20.000 0.000 NA   NA
 1166219 1166220 SAK_0043 SAK_0044     TRUE 0.819 16.000 0.000 NA   NA
 1166220 1166221 SAK_0044 SAK_0045     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1166221 1166222 SAK_0045 SAK_0046     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166222 1166223 SAK_0046 SAK_0047     TRUE 0.822 20.000 0.000 NA   NA
 1166223 1166224 SAK_0047 SAK_0048     TRUE 0.695 35.000 0.000 NA   NA
 1166224 1166225 SAK_0048 SAK_0049     TRUE 0.825 14.000 0.000 NA   NA
 1166225 1166226 SAK_0049 SAK_0050   pcsB FALSE 0.053 236.000 0.000 NA   NA
 1166226 1166227 SAK_0050 SAK_0051 pcsB prs TRUE 0.420 124.000 0.107 NA   NA
 1166227 1166228 SAK_0051 SAK_0052 prs   TRUE 0.527 108.000 0.048 1.000 Y NA
 1166228 1166229 SAK_0052 SAK_0053   recO TRUE 0.946 -10.000 0.012 1.000 N NA
 1166229 1166230 SAK_0053 SAK_0054 recO   FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1166230 1166231 SAK_0054 SAK_0055   plsX FALSE 0.264 78.000 0.000 NA   NA
 1166231 1166232 SAK_0055 SAK_0056 plsX   TRUE 0.977 11.000 0.017 0.008 Y NA
 1166232 1166233 SAK_0056 SAK_0057   purC FALSE 0.172 124.000 0.017 1.000 N NA
 1166233 1166234 SAK_0057 SAK_0058 purC   FALSE 0.193 268.000 0.043 1.000 Y NA
 1166234 1166235 SAK_0058 SAK_0059   purF FALSE 0.213 234.000 0.024 1.000 Y NA
 1166235 1166236 SAK_0059 SAK_0060 purF purM TRUE 0.981 28.000 0.248 1.000 Y NA
 1166236 1166237 SAK_0060 SAK_0061 purM purN TRUE 0.808 168.000 0.238 0.003 Y NA
 1166237 1166238 SAK_0061 SAK_0062 purN   TRUE 0.855 20.000 0.003 1.000   NA
 1166238 1166239 SAK_0062 SAK_0063   purH TRUE 0.853 20.000 0.002 1.000   NA
 1166239 1166240 SAK_0063 SAK_0064 purH zooA FALSE 0.067 193.000 0.000 1.000   NA
 1166240 1166241 SAK_0064 SAK_0065 zooA sip FALSE 0.113 147.000 0.000 1.000   NA
 1166241 1166242 SAK_0065 SAK_0066 sip   FALSE 0.040 247.000 0.000 1.000   NA
 1166242 1166243 SAK_0066 SAK_0067     TRUE 0.776 47.000 0.000 1.000 Y NA
 1166243 1166244 SAK_0067 SAK_0068     TRUE 0.590 88.000 0.000 0.054 Y NA
 1166244 1166245 SAK_0068 SAK_0069     TRUE 0.998 10.000 1.000 0.054 Y NA
 1166245 1166246 SAK_0069 SAK_0070     TRUE 0.987 13.000 0.250 NA Y NA
 1166246 1166247 SAK_0070 SAK_0071     TRUE 0.822 20.000 0.000 NA   NA
 1166247 1166248 SAK_0071 SAK_0072     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166248 1166249 SAK_0072 SAK_0073     TRUE 0.711 17.000 0.000 NA N NA
 1166249 1166250 SAK_0073 SAK_0074     TRUE 0.913 8.000 0.105 NA N NA
 1166252 1166253 SAK_0076 SAK_0077 purD purE FALSE 0.170 286.000 0.044 1.000 Y NA
 1166253 1166254 SAK_0077 SAK_0078 purE purK TRUE 0.994 -13.000 0.000 0.001 Y NA
 1166254 1166255 SAK_0078 SAK_0079 purK   TRUE 0.511 53.000 0.000 NA   NA
 1166255 1166256 SAK_0079 SAK_0080   purB TRUE 0.818 22.000 0.000 NA   NA
 1166256 1166257 SAK_0080 SAK_0081 purB   FALSE 0.164 153.000 0.005 1.000   NA
 1166257 1166258 SAK_0081 SAK_0082   ruvB FALSE 0.090 201.000 0.002 1.000   NA
 1166258 1166259 SAK_0082 SAK_0083 ruvB   FALSE 0.110 152.000 0.005 1.000 N NA
 1166259 1166260 SAK_0083 SAK_0084     TRUE 0.886 7.000 0.019 NA   NA
 1166260 1166261 SAK_0084 SAK_0085     TRUE 0.991 -3.000 0.351 NA   NA
 1166261 1166262 SAK_0085 SAK_0086     FALSE 0.018 270.000 0.000 1.000 N NA
 1166262 1166263 SAK_0086 SAK_0087     TRUE 0.339 179.000 0.012 0.003   NA
 1166263 1166264 SAK_0087 SAK_0088   thrC FALSE 0.198 120.000 0.003 1.000   NA
 1166264 1166265 SAK_0088 SAK_0089 thrC   FALSE 0.080 105.000 0.000 1.000 N NA
 1166265 1166266 SAK_0089 SAK_0090   rpsJ FALSE 0.030 205.000 0.000 1.000 N NA
 1166266 1166267 SAK_0090 SAK_0091 rpsJ rplC TRUE 0.917 105.000 0.467 0.037 Y NA
 1166267 1166268 SAK_0091 SAK_0092 rplC rplD TRUE 0.996 24.000 0.544 0.028 Y NA
 1166268 1166269 SAK_0092 SAK_0093 rplD rplW TRUE 0.996 0.000 0.307 0.028 Y NA
 1166269 1166270 SAK_0093 SAK_0094 rplW rplB TRUE 0.998 18.000 0.849 0.034 Y NA
 1166270 1166271 SAK_0094 SAK_0095 rplB rpsS TRUE 0.963 99.000 0.820 0.037 Y NA
 1166271 1166272 SAK_0095 SAK_0096 rpsS rplV TRUE 0.998 16.000 0.769 0.037 Y NA
 1166272 1166273 SAK_0096 SAK_0097 rplV rpsC TRUE 0.998 13.000 0.719 0.037 Y NA
 1166273 1166274 SAK_0097 SAK_0098 rpsC rplP TRUE 0.998 4.000 0.828 0.037 Y NA
 1166274 1166275 SAK_0098 SAK_0099 rplP rpmC TRUE 0.998 10.000 0.802 0.028 Y NA
 1166275 1166276 SAK_0099 SAK_0100 rpmC rpsQ TRUE 0.998 26.000 0.828 0.028 Y NA
 1166276 1166277 SAK_0100 SAK_0101 rpsQ rplN TRUE 0.998 25.000 0.791 0.037 Y NA
 1166277 1166278 SAK_0101 SAK_0102 rplN rplX TRUE 0.974 80.000 0.810 0.037 Y NA
 1166278 1166279 SAK_0102 SAK_0103 rplX rplE TRUE 0.998 24.000 0.758 0.028 Y NA
 1166279 1166280 SAK_0103 SAK_0104 rplE rpsNA TRUE 0.996 18.000 0.496 0.028 Y NA
 1166280 1166281 SAK_0104 SAK_0105 rpsNA rpsH TRUE 0.886 155.000 0.473 0.028 Y NA
 1166281 1166282 SAK_0105 SAK_0106 rpsH rplF TRUE 0.957 110.000 0.808 0.028 Y NA
 1166282 1166283 SAK_0106 SAK_0107 rplF rplR TRUE 0.962 101.000 0.815 0.028 Y NA
 1166283 1166284 SAK_0107 SAK_0108 rplR rpsE TRUE 0.998 19.000 0.814 0.037 Y NA
 1166284 1166285 SAK_0108 SAK_0109 rpsE rpmD TRUE 0.998 15.000 0.789 0.037 Y NA
 1166285 1166286 SAK_0109 SAK_0110 rpmD rplO TRUE 0.949 125.000 0.653 0.005 Y NA
 1166286 1166287 SAK_0110 SAK_0111 rplO secY TRUE 0.989 21.000 0.730 1.000 N NA
 1166287 1166288 SAK_0111 SAK_0112 secY adk TRUE 0.549 95.000 0.241 1.000 N NA
 1166288 1166289 SAK_0112 SAK_0113 adk infA FALSE 0.252 116.000 0.059 1.000 N NA
 1166289 1166290 SAK_0113 SAK_0114 infA rpsM TRUE 0.631 160.000 0.075 0.034 Y NA
 1166290 1166291 SAK_0114 SAK_0115 rpsM rpsK TRUE 0.998 18.000 0.810 0.028 Y NA
 1166291 1166292 SAK_0115 SAK_0116 rpsK rpoA TRUE 0.886 50.000 0.308 1.000 N NA
 1166292 1166293 SAK_0116 SAK_0117 rpoA rplQ TRUE 0.992 15.000 0.873 1.000 N NA
 1166293 1166294 SAK_0117 SAK_0118 rplQ rrsC FALSE 0.016 592.000 0.000 NA   NA
 1166294 1166295 SAK_0118 SAK_0119 rrsC   FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1166295 1166296 SAK_0119 SAK_0120   rrlC FALSE 0.118 157.000 0.000 NA   NA
 1166296 1166297 SAK_0120 SAK_0121 rrlC rrfC FALSE 0.280 75.000 0.000 NA   NA
 1166297 1166298 SAK_0121 SAK_0122 rrfC   TRUE 0.801 4.000 0.000 NA   NA
 1166298 1166299 SAK_0122 SAK_0123     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166299 1166300 SAK_0123 SAK_0124     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166300 1166301 SAK_0124 SAK_0125     TRUE 0.790 10.000 0.000 NA   NA
 1166301 1166302 SAK_0125 SAK_0126     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1166302 1166303 SAK_0126 SAK_0127     TRUE 0.774 29.000 0.000 NA   NA
 1166303 1166304 SAK_0127 SAK_0128     TRUE 0.793 8.000 0.000 NA   NA
 1166304 1166305 SAK_0128 SAK_0129     TRUE 0.825 14.000 0.000 NA   NA
 1166305 1166306 SAK_0129 SAK_0130     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1166306 1166307 SAK_0130 SAK_0131     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166307 1166308 SAK_0131 SAK_0132     TRUE 0.804 12.000 0.000 NA   NA
 1166308 1166309 SAK_0132 SAK_0133     TRUE 0.793 7.000 0.000 NA   NA
 1166309 1166310 SAK_0133 SAK_0134     TRUE 0.823 15.000 0.000 NA   NA
 1166310 1166311 SAK_0134 SAK_0135     TRUE 0.793 7.000 0.000 NA   NA
 1166311 1166312 SAK_0135 SAK_0136     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1166312 1166313 SAK_0136 SAK_0137     FALSE 0.022 414.000 0.000 NA   NA
 1166313 1166314 SAK_0137 SAK_0138     FALSE 0.313 70.000 0.000 NA   NA
 1166314 1166315 SAK_0138 SAK_0139     FALSE 0.015 916.000 0.000 NA   NA
 1166315 1166316 SAK_0139 SAK_0140     FALSE 0.059 220.000 0.000 NA   NA
 1166316 1166317 SAK_0140 SAK_0141   comX FALSE 0.075 200.000 0.000 NA   NA
 1166317 1166318 SAK_0141 SAK_0142 comX   FALSE 0.136 122.000 0.000 1.000   NA
 1166318 1166319 SAK_0142 SAK_0143     TRUE 0.974 -3.000 0.174 1.000 N NA
 1166319 1166320 SAK_0143 SAK_0144     TRUE 0.974 -3.000 0.174 1.000 N NA
 1166320 1166321 SAK_0144 SAK_0145   hrcA FALSE 0.125 143.000 0.009 1.000 N NA
 1166321 1166322 SAK_0145 SAK_0146 hrcA grpE TRUE 0.724 42.000 0.051 1.000 N NA
 1166322 1166323 SAK_0146 SAK_0147 grpE dnaK TRUE 0.526 181.000 0.026 0.007 Y NA
 1166323 1166324 SAK_0147 SAK_0148 dnaK dnaJ TRUE 0.528 289.000 0.196 0.004 Y NA
 1166324 1166325 SAK_0148 SAK_0149 dnaJ   FALSE 0.073 114.000 0.000 1.000 N NA
 1166325 1166326 SAK_0149 SAK_0150   truA FALSE 0.153 71.000 0.000 1.000 N NA
 1166326 1166327 SAK_0150 SAK_0151 truA   TRUE 0.979 -37.000 0.058 1.000 N NA
 1166327 1166328 SAK_0151 SAK_0152     TRUE 0.970 10.000 0.276 NA   NA
 1166328 1166329 SAK_0152 SAK_0153     TRUE 0.980 -3.000 0.149 NA   NA
 1166331 1166332 SAK_0155 SAK_0156 tig rpoE FALSE 0.070 189.000 0.005 1.000 N NA
 1166332 1166333 SAK_0156 SAK_0157 rpoE pyrG FALSE 0.050 273.000 0.029 1.000 N NA
 1166333 1166334 SAK_0157 SAK_0158 pyrG   FALSE 0.226 109.000 0.002 NA   NA
 1166334 1166335 SAK_0158 SAK_0159     TRUE 0.572 47.000 0.000 NA   NA
 1166335 1166336 SAK_0159 SAK_0160   dut TRUE 0.395 63.000 0.000 NA   NA
 1166336 1166337 SAK_0160 SAK_0161 dut radA FALSE 0.133 162.000 0.028 1.000 N NA
 1166337 1166338 SAK_0161 SAK_0162 radA   FALSE 0.131 136.000 0.009 1.000 N NA
 1166338 1166339 SAK_0162 SAK_0163     FALSE 0.056 154.000 0.000 1.000 N NA
 1166342 1166343 SAK_0166 SAK_0167 rbsB rbsC TRUE 0.987 53.000 0.847 NA Y NA
 1166343 1166344 SAK_0167 SAK_0168 rbsC rbsA TRUE 0.988 11.000 0.358 1.000 Y NA
 1166344 1166345 SAK_0168 SAK_0169 rbsA rbsD TRUE 0.985 16.000 0.243 1.000 Y NA
 1166345 1166346 SAK_0169 SAK_0170 rbsD rbsK TRUE 0.997 -25.000 0.183 1.000 Y NA
 1166346 1166347 SAK_0170 SAK_0171 rbsK rbsR TRUE 0.988 -7.000 0.281 1.000 N NA
 1166348 1166349 SAK_0172 SAK_0173     TRUE 0.991 0.000 0.591 NA N NA
 1166349 1166350 SAK_0173 SAK_0174     TRUE 0.902 31.000 0.133 1.000 N NA
 1166350 1166351 SAK_0174 SAK_0175     TRUE 0.998 -7.000 0.500 1.000 Y NA
 1166351 1166352 SAK_0175 SAK_0176   argG FALSE 0.056 154.000 0.000 1.000 N NA
 1166352 1166353 SAK_0176 SAK_0177 argG argH TRUE 0.987 19.000 0.278 1.000 Y NA
 1166353 1166354 SAK_0177 SAK_0178 argH fba FALSE 0.061 141.000 0.000 1.000 N NA
 1166356 1166357 SAK_0180 SAK_0181 rpmB   FALSE 0.302 132.000 0.044 NA   NA
 1166357 1166358 SAK_0181 SAK_0182     TRUE 0.982 33.000 0.567 NA   NA
 1166358 1166359 SAK_0182 SAK_0183     FALSE 0.201 148.000 0.006 NA   NA
 1166359 1166360 SAK_0183 SAK_0184     FALSE 0.013 401.000 0.000 NA N NA
 1166361 1166362 SAK_0185 SAK_0186   bag FALSE 0.091 178.000 0.000 NA   NA
 1166362 1166363 SAK_0186 SAK_0187 bag   FALSE 0.221 80.000 0.000 1.000   NA
 1166363 1166364 SAK_0187 SAK_0188     TRUE 0.818 109.000 0.667 1.000   NA
 1166364 1166365 SAK_0188 SAK_0189     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 1166365 1166366 SAK_0189 SAK_0190     FALSE 0.095 204.000 0.000 0.076 N NA
 1166366 1166367 SAK_0190 SAK_0191     TRUE 0.987 33.000 0.750 NA   NA
 1166367 1166368 SAK_0191 SAK_0192     FALSE 0.180 101.000 0.000 NA   NA
 1166368 1166369 SAK_0192 SAK_0193     FALSE 0.028 341.000 0.000 NA   NA
 1166369 1166370 SAK_0193 SAK_0194     TRUE 0.995 10.000 0.758 1.000 Y NA
 1166371 1166372 SAK_0195 SAK_0196     TRUE 0.853 46.000 0.118 NA   NA
 1166372 1166373 SAK_0196 SAK_0197     TRUE 0.383 120.000 0.132 NA N NA
 1166373 1166374 SAK_0197 SAK_0198     TRUE 0.970 2.000 0.267 NA N NA
 1166374 1166375 SAK_0198 SAK_0199   sufC FALSE 0.108 165.000 0.013 1.000 N NA
 1166375 1166376 SAK_0199 SAK_0200 sufC sufD TRUE 0.949 37.000 0.139 1.000 Y NA
 1166376 1166377 SAK_0200 SAK_0201 sufD sufS TRUE 0.987 2.000 0.606 1.000 N NA
 1166377 1166378 SAK_0201 SAK_0202 sufS   TRUE 0.992 -13.000 0.292 1.000 N NA
 1166378 1166379 SAK_0202 SAK_0203   sufB TRUE 0.689 100.000 0.152 0.002 N NA
 1166380 1166381 SAK_0204 SAK_0205     TRUE 0.838 153.000 0.231 0.003 Y NA
 1166382 1166383 SAK_0206 SAK_0207   oppD TRUE 0.502 119.000 0.000 0.053 Y NA
 1166383 1166384 SAK_0207 SAK_0208 oppD   TRUE 0.968 10.000 0.134 0.053   NA
 1166384 1166385 SAK_0208 SAK_0209   oppD TRUE 0.974 13.000 0.286 1.000   NA
 1166385 1166386 SAK_0209 SAK_0210 oppD oppF TRUE 0.999 0.000 0.619 0.002 Y NA
 1166386 1166387 SAK_0210 SAK_0211 oppF rrsD FALSE 0.023 405.000 0.000 NA   NA
 1166387 1166388 SAK_0211 SAK_0212 rrsD   FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1166388 1166389 SAK_0212 SAK_0213   rrlD FALSE 0.118 157.000 0.000 NA   NA
 1166389 1166390 SAK_0213 SAK_0214 rrlD rrfD FALSE 0.280 75.000 0.000 NA   NA
 1166390 1166391 SAK_0214 SAK_0215 rrfD   TRUE 0.794 6.000 0.000 NA   NA
 1166391 1166392 SAK_0215 SAK_0216   ispE FALSE 0.139 140.000 0.000 NA   NA
 1166392 1166393 SAK_0216 SAK_0217 ispE adcR FALSE 0.294 86.000 0.008 1.000   NA
 1166393 1166394 SAK_0217 SAK_0218 adcR adcC TRUE 0.961 3.000 0.192 1.000   NA
 1166394 1166395 SAK_0218 SAK_0219 adcC adcB TRUE 0.999 -10.000 0.673 1.000 Y NA
 1166396 1166397 SAK_0220 SAK_0221   tyrS FALSE 0.014 579.000 0.000 1.000   NA
 1166398 1166399 SAK_0222 SAK_0223   rpoB FALSE 0.007 524.000 0.000 1.000 N NA
 1166399 1166400 SAK_0223 SAK_0224 rpoB rpoC TRUE 0.968 117.000 0.851 0.003 Y NA
 1166400 1166401 SAK_0224 SAK_0225 rpoC   FALSE 0.243 114.000 0.007 NA   NA
 1166401 1166402 SAK_0225 SAK_0226   comGA FALSE 0.262 173.000 0.083 NA   NA
 1166402 1166403 SAK_0226 SAK_0227 comGA   TRUE 0.979 35.000 0.639 1.000   NA
 1166403 1166404 SAK_0227 SAK_0228     TRUE 0.999 -3.000 0.861 1.000 Y NA
 1166404 1166405 SAK_0228 SAK_0229     TRUE 0.825 50.000 0.110 NA   NA
 1166405 1166406 SAK_0229 SAK_0230     TRUE 0.999 -28.000 0.786 NA   NA
 1166406 1166407 SAK_0230 SAK_0231     TRUE 0.973 23.000 0.250 NA   NA
 1166407 1166408 SAK_0231 SAK_0232     TRUE 0.995 -22.000 0.232 NA   NA
 1166408 1166409 SAK_0232 SAK_0233     TRUE 0.397 115.000 0.087 NA   NA
 1166409 1166410 SAK_0233 SAK_0234   ackA TRUE 0.896 32.000 0.130 1.000 N NA
 1166410 1166411 SAK_0234 SAK_0235 ackA   FALSE 0.249 152.000 0.094 1.000 N NA
 1166411 1166412 SAK_0235 SAK_0236     TRUE 0.449 59.000 0.000 NA   NA
 1166412 1166413 SAK_0236 SAK_0237     TRUE 0.636 41.000 0.000 NA   NA
 1166413 1166414 SAK_0237 SAK_0238     TRUE 0.323 69.000 0.000 NA   NA
 1166415 1166416 SAK_0239 SAK_0240 proC pepA TRUE 0.397 70.000 0.041 1.000 N NA
 1166416 1166417 SAK_0240 SAK_0241 pepA   FALSE 0.085 185.000 0.000 NA   NA
 1166418 1166419 SAK_0242 SAK_0243     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166419 1166420 SAK_0243 SAK_0244     TRUE 0.951 33.000 0.239 1.000   NA
 1166422 1166423 SAK_0246 SAK_0247 ssb2   FALSE 0.134 124.000 0.000 1.000   NA
 1166423 1166424 SAK_0247 SAK_0248     TRUE 0.752 27.000 0.000 1.000   NA
 1166424 1166425 SAK_0248 SAK_0249     TRUE 0.999 -19.000 0.538 0.019 Y NA
 1166425 1166426 SAK_0249 SAK_0250     TRUE 0.368 170.000 0.178 1.000   NA
 1166426 1166427 SAK_0250 SAK_0251     TRUE 0.994 2.000 0.869 1.000   NA
 1166427 1166428 SAK_0251 SAK_0252     FALSE 0.021 243.000 0.000 1.000 N NA
 1166428 1166429 SAK_0252 SAK_0253     TRUE 0.508 113.000 0.000 0.052 Y NA
 1166429 1166430 SAK_0253 SAK_0254     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.052 Y NA
 1166430 1166431 SAK_0254 SAK_0255     TRUE 0.987 12.000 0.333 1.000 Y NA
 1166431 1166432 SAK_0255 SAK_0256     TRUE 1.000 -16.000 0.750 0.031 Y NA
 1166432 1166433 SAK_0256 SAK_0257     FALSE 0.016 283.000 0.000 1.000 N NA
 1166433 1166434 SAK_0257 SAK_0258     TRUE 0.726 222.000 0.650 1.000 Y NA
 1166434 1166435 SAK_0258 SAK_0259     FALSE 0.026 216.000 0.000 1.000 N NA
 1166435 1166436 SAK_0259 SAK_0260     TRUE 0.973 3.000 0.156 0.019 N NA
 1166436 1166437 SAK_0260 SAK_0261     TRUE 0.981 13.000 0.182 0.028   NA
 1166437 1166438 SAK_0261 SAK_0262     TRUE 0.976 3.000 0.333 1.000   NA
 1166438 1166439 SAK_0262 SAK_0263     TRUE 0.999 -3.000 0.742 0.003 Y NA
 1166439 1166440 SAK_0263 SAK_0264     FALSE 0.076 109.000 0.000 1.000 N NA
 1166440 1166441 SAK_0264 SAK_0265   rpsO FALSE 0.101 88.000 0.000 1.000 N NA
 1166441 1166442 SAK_0265 SAK_0266 rpsO pnp TRUE 0.336 381.000 0.335 1.000 Y NA
 1166442 1166443 SAK_0266 SAK_0267 pnp   TRUE 0.898 2.000 0.009 NA   NA
 1166443 1166444 SAK_0267 SAK_0268   cysE TRUE 0.933 9.000 0.097 NA   NA
 1166444 1166445 SAK_0268 SAK_0269 cysE   TRUE 0.790 10.000 0.000 NA   NA
 1166445 1166446 SAK_0269 SAK_0270   cysS TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166446 1166447 SAK_0270 SAK_0271 cysS   TRUE 0.982 -7.000 0.129 1.000   NA
 1166447 1166448 SAK_0271 SAK_0272     TRUE 0.711 103.000 0.150 0.006   NA
 1166448 1166449 SAK_0272 SAK_0273     TRUE 0.975 -3.000 0.109 NA   NA
 1166449 1166450 SAK_0273 SAK_0274     TRUE 0.359 93.000 0.036 NA   NA
 1166450 1166451 SAK_0274 SAK_0275     FALSE 0.027 345.000 0.000 NA   NA
 1166451 1166452 SAK_0275 SAK_0276   rplM FALSE 0.022 417.000 0.000 NA   NA
 1166452 1166453 SAK_0276 SAK_0277 rplM rpsI TRUE 0.997 21.000 0.601 0.027 Y NA
 1166454 1166455 SAK_0278 SAK_0279     FALSE 0.283 69.000 0.000 1.000   NA
 1166456 1166457 SAK_0280 SAK_0281     TRUE 0.726 141.000 0.500 NA   NA
 1166457 1166458 SAK_0281 SAK_0282     TRUE 0.794 6.000 0.000 NA   NA
 1166458 1166459 SAK_0282 SAK_0283     TRUE 0.801 4.000 0.000 NA   NA
 1166459 1166460 SAK_0283 SAK_0284     FALSE 0.034 300.000 0.000 NA   NA
 1166460 1166461 SAK_0284 SAK_0285     TRUE 0.682 36.000 0.000 NA   NA
 1166461 1166462 SAK_0285 SAK_0286   pre FALSE 0.032 317.000 0.000 NA   NA
 1166462 1166463 SAK_0286 SAK_0287 pre   TRUE 0.840 168.000 1.000 NA   NA
 1166464 1166465 SAK_0288 SAK_0289     TRUE 0.947 -10.000 0.000 NA   NA
 1166466 1166467 SAK_0290 SAK_0291     FALSE 0.178 102.000 0.000 NA   NA
 1166467 1166468 SAK_0291 SAK_0292     TRUE 0.997 0.000 1.000 NA   NA
 1166468 1166469 SAK_0292 SAK_0293     TRUE 0.963 -27.000 0.000 NA   NA
 1166469 1166470 SAK_0293 SAK_0294     TRUE 0.955 -15.000 0.000 NA   NA
 1166470 1166471 SAK_0294 SAK_0295     TRUE 0.712 34.000 0.000 NA   NA
 1166471 1166472 SAK_0295 SAK_0296     FALSE 0.196 91.000 0.000 NA   NA
 1166472 1166473 SAK_0296 SAK_0297     FALSE 0.021 428.000 0.000 NA   NA
 1166473 1166474 SAK_0297 SAK_0298     FALSE 0.160 122.000 0.000 NA   NA
 1166474 1166475 SAK_0298 SAK_0299     TRUE 0.711 73.000 0.200 1.000   NA
 1166476 1166477 SAK_0300 SAK_0301     TRUE 0.994 1.000 0.619 0.051 N NA
 1166477 1166478 SAK_0301 SAK_0302     TRUE 0.992 3.000 0.650 0.051 N NA
 1166478 1166479 SAK_0302 SAK_0303     TRUE 0.997 0.000 0.450 0.098 Y NA
 1166480 1166481 SAK_0304 SAK_0305 rrsE   FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1166481 1166482 SAK_0305 SAK_0306   rrlE FALSE 0.123 155.000 0.000 NA   NA
 1166482 1166483 SAK_0306 SAK_0307 rrlE rrfE FALSE 0.280 75.000 0.000 NA   NA
 1166483 1166484 SAK_0307 SAK_0308 rrfE   TRUE 0.801 4.000 0.000 NA   NA
 1166484 1166485 SAK_0308 SAK_0309     TRUE 0.794 6.000 0.000 NA   NA
 1166485 1166486 SAK_0309 SAK_0310     TRUE 0.670 37.000 0.000 NA   NA
 1166486 1166487 SAK_0310 SAK_0311     TRUE 0.793 8.000 0.000 NA   NA
 1166487 1166488 SAK_0311 SAK_0312     TRUE 0.825 14.000 0.000 NA   NA
 1166488 1166489 SAK_0312 SAK_0313     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1166489 1166490 SAK_0313 SAK_0314     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166490 1166491 SAK_0314 SAK_0315     TRUE 0.804 12.000 0.000 NA   NA
 1166491 1166492 SAK_0315 SAK_0316     TRUE 0.793 7.000 0.000 NA   NA
 1166492 1166493 SAK_0316 SAK_0317     TRUE 0.823 15.000 0.000 NA   NA
 1166493 1166494 SAK_0317 SAK_0318     TRUE 0.793 7.000 0.000 NA   NA
 1166494 1166495 SAK_0318 SAK_0319     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1166495 1166496 SAK_0319 SAK_0320     FALSE 0.148 131.000 0.000 NA   NA
 1166496 1166497 SAK_0320 SAK_0321     FALSE 0.046 251.000 0.000 NA   NA
 1166497 1166498 SAK_0321 SAK_0322     TRUE 0.381 64.000 0.000 NA   NA
 1166498 1166499 SAK_0322 SAK_0323     TRUE 0.995 19.000 1.000 NA   NA
 1166499 1166500 SAK_0323 SAK_0324     TRUE 0.790 10.000 0.000 NA   NA
 1166500 1166501 SAK_0324 SAK_0325     FALSE 0.015 861.000 0.000 NA   NA
 1166501 1166502 SAK_0325 SAK_0326     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166502 1166503 SAK_0326 SAK_0327     FALSE 0.007 573.000 0.000 1.000 N NA
 1166503 1166504 SAK_0327 SAK_0328     TRUE 0.596 100.000 0.000 0.015 Y NA
 1166504 1166505 SAK_0328 SAK_0329     TRUE 0.912 43.000 0.000 0.015 Y NA
 1166506 1166507 SAK_0330 SAK_0331     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 1166507 1166508 SAK_0331 SAK_0332     FALSE 0.084 580.000 0.000 0.047 Y NA
 1166508 1166509 SAK_0332 SAK_0333     TRUE 0.899 24.000 0.085 1.000 N NA
 1166509 1166510 SAK_0333 SAK_0334     TRUE 0.988 3.000 0.713 1.000 N NA
 1166510 1166511 SAK_0334 SAK_0335     FALSE 0.044 264.000 0.000 NA   NA
 1166511 1166512 SAK_0335 SAK_0336     TRUE 0.934 21.000 0.069 NA   NA
 1166513 1166514 SAK_0337 SAK_0338   nagA FALSE 0.039 278.000 0.000 NA   NA
 1166514 1166515 SAK_0338 SAK_0339 nagA   FALSE 0.136 119.000 0.000 1.000   NA
 1166515 1166516 SAK_0339 SAK_0340   glyQ FALSE 0.027 313.000 0.000 1.000   NA
 1166516 1166517 SAK_0340 SAK_0341 glyQ   TRUE 0.736 0.000 0.000 1.000 N NA
 1166517 1166518 SAK_0341 SAK_0342   glyS TRUE 0.622 4.000 0.000 1.000 N NA
 1166518 1166519 SAK_0342 SAK_0343 glyS   TRUE 0.894 12.000 0.020 NA   NA
 1166519 1166520 SAK_0343 SAK_0344     FALSE 0.210 89.000 0.000 NA   NA
 1166520 1166521 SAK_0344 SAK_0345   glpK FALSE 0.162 115.000 0.000 NA   NA
 1166521 1166522 SAK_0345 SAK_0346 glpK glpO TRUE 0.997 13.000 0.500 0.002 Y NA
 1166522 1166523 SAK_0346 SAK_0347 glpO glpF TRUE 0.979 12.000 0.500 1.000 N NA
 1166523 1166524 SAK_0347 SAK_0348 glpF   TRUE 0.741 88.000 0.364 1.000   NA
 1166524 1166525 SAK_0348 SAK_0349     TRUE 0.996 -9.000 0.462 NA   NA
 1166525 1166526 SAK_0349 SAK_0350   tkt FALSE 0.157 125.000 0.000 NA   NA
 1166526 1166527 SAK_0350 SAK_0351 tkt   FALSE 0.063 213.000 0.000 NA   NA
 1166527 1166528 SAK_0351 SAK_0352     TRUE 0.956 20.000 0.136 NA   NA
 1166528 1166529 SAK_0352 SAK_0353     TRUE 0.978 4.000 0.341 NA   NA
 1166531 1166532 SAK_0355 SAK_0356 proB proA TRUE 0.994 10.000 0.281 0.002 Y NA
 1166532 1166533 SAK_0356 SAK_0357 proA mraW FALSE 0.193 83.000 0.003 1.000 N NA
 1166533 1166534 SAK_0357 SAK_0358 mraW   TRUE 0.902 15.000 0.077 1.000 N NA
 1166534 1166535 SAK_0358 SAK_0359   pbpX TRUE 0.670 109.000 0.456 1.000 N NA
 1166535 1166536 SAK_0359 SAK_0360 pbpX mraY TRUE 0.963 2.000 0.038 1.000 Y NA
 1166536 1166537 SAK_0360 SAK_0361 mraY   FALSE 0.166 98.000 0.007 1.000 N NA
 1166537 1166538 SAK_0361 SAK_0362     FALSE 0.185 138.000 0.036 1.000 N NA
 1166538 1166539 SAK_0362 SAK_0363     TRUE 0.801 95.000 0.143 0.050 Y NA
 1166539 1166540 SAK_0363 SAK_0364     TRUE 0.992 0.000 0.310 1.000 Y NA
 1166540 1166541 SAK_0364 SAK_0365     TRUE 0.686 122.000 0.364 NA   NA
 1166541 1166542 SAK_0365 SAK_0366   trxB TRUE 0.662 69.000 0.117 NA   NA
 1166542 1166543 SAK_0366 SAK_0367 trxB   FALSE 0.126 158.000 0.017 1.000 N NA
 1166543 1166544 SAK_0367 SAK_0368   nadE TRUE 0.997 -3.000 0.194 0.003 Y NA
 1166544 1166545 SAK_0368 SAK_0369 nadE pepC FALSE 0.177 113.000 0.017 1.000 N NA
 1166546 1166547 SAK_0370 SAK_0371   recU TRUE 0.994 -13.000 0.319 1.000   NA
 1166548 1166549 SAK_0372 SAK_0373     TRUE 0.795 121.000 0.579 NA   NA
 1166549 1166550 SAK_0373 SAK_0374     FALSE 0.019 470.000 0.000 NA   NA
 1166550 1166551 SAK_0374 SAK_0375     TRUE 0.908 13.000 0.029 NA   NA
 1166553 1166554 SAK_0377 SAK_0378     FALSE 0.128 129.000 0.000 1.000   NA
 1166554 1166555 SAK_0378 SAK_0379     TRUE 0.990 -13.000 0.136 NA   NA
 1166555 1166556 SAK_0379 SAK_0380     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 1166556 1166557 SAK_0380 SAK_0381     TRUE 0.999 2.000 0.857 0.019 Y NA
 1166557 1166558 SAK_0381 SAK_0382     TRUE 0.545 50.000 0.000 NA   NA
 1166558 1166559 SAK_0382 SAK_0383   gmk FALSE 0.105 167.000 0.000 NA   NA
 1166559 1166560 SAK_0383 SAK_0384 gmk rpoZ TRUE 0.979 23.000 0.471 1.000 N NA
 1166560 1166561 SAK_0384 SAK_0385 rpoZ priA TRUE 0.542 74.000 0.032 0.073 N NA
 1166561 1166562 SAK_0385 SAK_0386 priA fmt TRUE 0.683 47.000 0.052 1.000 N NA
 1166562 1166563 SAK_0386 SAK_0387 fmt sun TRUE 0.997 -10.000 0.305 1.000 Y NA
 1166563 1166564 SAK_0387 SAK_0388 sun stp1 TRUE 0.791 38.000 0.074 1.000 N NA
 1166564 1166565 SAK_0388 SAK_0389 stp1 stk1 TRUE 0.997 0.000 0.704 1.000 Y NA
 1166565 1166566 SAK_0389 SAK_0390 stk1   FALSE 0.233 161.000 0.039 NA   NA
 1166566 1166567 SAK_0390 SAK_0391     TRUE 0.996 -3.000 0.679 NA   NA
 1166567 1166568 SAK_0391 SAK_0392     TRUE 0.999 -7.000 0.853 0.019 Y NA
 1166568 1166569 SAK_0392 SAK_0393     TRUE 0.889 42.000 0.164 1.000   NA
 1166569 1166570 SAK_0393 SAK_0394     TRUE 0.990 -16.000 0.151 1.000   NA
 1166572 1166573 SAK_0396 SAK_0397     TRUE 0.808 119.000 0.188 0.045 Y NA
 1166573 1166574 SAK_0397 SAK_0398     FALSE 0.141 204.000 0.091 1.000 N NA
 1166574 1166575 SAK_0398 SAK_0399     TRUE 0.999 17.000 0.889 0.015 Y NA
 1166575 1166576 SAK_0399 SAK_0400     TRUE 0.999 2.000 0.889 0.015 Y NA
 1166576 1166577 SAK_0400 SAK_0401     FALSE 0.216 181.000 0.132 1.000 N NA
 1166577 1166578 SAK_0401 SAK_0402     TRUE 0.968 10.000 0.368 1.000 N NA
 1166578 1166579 SAK_0402 SAK_0403   gldA TRUE 0.699 68.000 0.211 1.000 N NA
 1166580 1166581 SAK_0404 SAK_0405     TRUE 0.330 91.000 0.033 1.000   NA
 1166582 1166583 SAK_0406 SAK_0407     TRUE 0.964 0.000 0.130 1.000   NA
 1166583 1166584 SAK_0407 SAK_0408   yfiA TRUE 0.544 77.000 0.080 NA   NA
 1166584 1166585 SAK_0408 SAK_0409 yfiA rrsF FALSE 0.030 330.000 0.000 NA   NA
 1166585 1166586 SAK_0409 SAK_0410 rrsF   FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1166586 1166587 SAK_0410 SAK_0411   rrlF FALSE 0.123 155.000 0.000 NA   NA
 1166587 1166588 SAK_0411 SAK_0412 rrlF rrfF FALSE 0.280 75.000 0.000 NA   NA
 1166588 1166589 SAK_0412 SAK_0413 rrfF   TRUE 0.794 6.000 0.000 NA   NA
 1166591 1166592 SAK_0415 SAK_0416     TRUE 0.487 137.000 0.083 0.063   NA
 1166592 1166593 SAK_0416 SAK_0417     TRUE 0.346 96.000 0.098 1.000 N NA
 1166593 1166594 SAK_0417 SAK_0418   fabH TRUE 0.929 0.000 0.070 1.000 N NA
 1166594 1166595 SAK_0418 SAK_0419 fabH acpP TRUE 0.859 58.000 0.065 0.008   NA
 1166595 1166596 SAK_0419 SAK_0420 acpP fabK TRUE 0.471 155.000 0.216 1.000   NA
 1166596 1166597 SAK_0420 SAK_0421 fabK fabD TRUE 0.938 20.000 0.099 1.000   NA
 1166597 1166598 SAK_0421 SAK_0422 fabD fabG TRUE 0.995 9.000 0.432 0.008 Y NA
 1166598 1166599 SAK_0422 SAK_0423 fabG fabF TRUE 0.963 16.000 0.056 1.000 Y NA
 1166599 1166600 SAK_0423 SAK_0424 fabF accB TRUE 0.971 2.000 0.074 1.000 Y NA
 1166600 1166601 SAK_0424 SAK_0425 accB fabZ TRUE 0.992 -3.000 0.047 0.008 Y NA
 1166601 1166602 SAK_0425 SAK_0426 fabZ accC TRUE 0.911 38.000 0.045 1.000 Y NA
 1166602 1166603 SAK_0426 SAK_0427 accC accD TRUE 0.986 9.000 0.090 0.003 Y NA
 1166603 1166604 SAK_0427 SAK_0428 accD accA TRUE 0.998 -7.000 0.234 0.002 Y NA
 1166604 1166605 SAK_0428 SAK_0429 accA   FALSE 0.019 470.000 0.000 NA   NA
 1166608 1166609 SAK_0432 SAK_0433     TRUE 0.671 179.000 0.583 NA   NA
 1166609 1166610 SAK_0433 SAK_0434     TRUE 0.998 15.000 0.812 0.027 Y NA
 1166610 1166611 SAK_0434 SAK_0435     TRUE 0.998 33.000 0.943 0.027 Y NA
 1166611 1166612 SAK_0435 SAK_0436     FALSE 0.028 302.000 0.000 1.000   NA
 1166613 1166614 SAK_0437 SAK_0438     TRUE 0.760 90.000 0.400 NA   NA
 1166614 1166615 SAK_0438 SAK_0439     FALSE 0.101 292.000 0.068 NA   NA
 1166615 1166616 SAK_0439 SAK_0440     TRUE 0.345 83.000 0.008 NA   NA
 1166616 1166617 SAK_0440 SAK_0441     TRUE 0.970 -7.000 0.033 NA   NA
 1166617 1166618 SAK_0441 SAK_0442     TRUE 0.971 9.000 0.283 NA   NA
 1166619 1166620 SAK_0443 SAK_0444     TRUE 0.967 -3.000 0.063 NA   NA
 1166621 1166622 SAK_0445 SAK_0446   ecsA FALSE 0.033 309.000 0.000 NA   NA
 1166622 1166623 SAK_0446 SAK_0447 ecsA   TRUE 0.954 2.000 0.167 NA N NA
 1166623 1166624 SAK_0447 SAK_0448     TRUE 0.701 58.000 0.107 NA N NA
 1166624 1166625 SAK_0448 SAK_0449   trmB TRUE 0.989 -10.000 0.154 NA   NA
 1166625 1166626 SAK_0449 SAK_0450 trmB   TRUE 0.600 44.000 0.000 NA   NA
 1166626 1166627 SAK_0450 SAK_0451     FALSE 0.020 452.000 0.000 NA   NA
 1166627 1166628 SAK_0451 SAK_0452   nusA TRUE 0.984 36.000 0.759 NA   NA
 1166628 1166629 SAK_0452 SAK_0453 nusA ylxR TRUE 0.989 22.000 0.323 NA Y NA
 1166629 1166630 SAK_0453 SAK_0454 ylxR   TRUE 0.993 -7.000 0.408 NA N NA
 1166630 1166631 SAK_0454 SAK_0455   infB TRUE 0.986 20.000 0.223 NA Y NA
 1166631 1166632 SAK_0455 SAK_0456 infB rbfA TRUE 0.865 109.000 0.530 1.000 Y NA
 1166634 1166635 SAK_0458 SAK_0459 copY copA TRUE 0.892 13.000 0.064 1.000 N NA
 1166635 1166636 SAK_0459 SAK_0460 copA   TRUE 0.962 41.000 0.048 0.003 Y NA
 1166636 1166637 SAK_0460 SAK_0461     FALSE 0.165 110.000 0.000 NA   NA
 1166637 1166638 SAK_0461 SAK_0462     TRUE 0.923 15.000 0.047 NA   NA
 1166638 1166639 SAK_0462 SAK_0463   polA FALSE 0.139 113.000 0.000 1.000   NA
 1166639 1166640 SAK_0463 SAK_0464 polA   TRUE 0.838 30.000 0.005 NA   NA
 1166640 1166641 SAK_0464 SAK_0465     TRUE 0.357 82.000 0.010 NA   NA
 1166641 1166642 SAK_0465 SAK_0466     FALSE 0.108 153.000 0.000 1.000   NA
 1166642 1166643 SAK_0466 SAK_0467     TRUE 0.647 113.000 0.333 1.000   NA
 1166643 1166644 SAK_0467 SAK_0468     TRUE 0.994 2.000 0.500 1.000 Y NA
 1166646 1166647 SAK_0470 SAK_0471 tgt   FALSE 0.215 107.000 0.004 1.000   NA
 1166647 1166648 SAK_0471 SAK_0472     TRUE 0.904 7.000 0.039 NA   NA
 1166648 1166649 SAK_0472 SAK_0473     FALSE 0.272 139.000 0.033 NA   NA
 1166649 1166650 SAK_0473 SAK_0474     TRUE 0.966 0.000 0.013 0.025   NA
 1166650 1166651 SAK_0474 SAK_0475   pgi FALSE 0.017 272.000 0.000 1.000 N NA
 1166651 1166652 SAK_0475 SAK_0476 pgi   FALSE 0.013 322.000 0.000 1.000 N NA
 1166652 1166653 SAK_0476 SAK_0477     TRUE 0.954 -3.000 0.037 1.000   NA
 1166653 1166654 SAK_0477 SAK_0478     FALSE 0.124 132.000 0.000 1.000   NA
 1166655 1166656 SAK_0479 SAK_0480 galU gpsA TRUE 0.725 37.000 0.032 1.000 N NA
 1166657 1166658 SAK_0481 SAK_0482 rnpA   TRUE 0.881 13.000 0.052 1.000 N NA
 1166658 1166659 SAK_0482 SAK_0483     TRUE 0.929 8.000 0.106 1.000   NA
 1166659 1166660 SAK_0483 SAK_0484   rrsG FALSE 0.027 348.000 0.000 NA   NA
 1166660 1166661 SAK_0484 SAK_0485 rrsG   FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1166661 1166662 SAK_0485 SAK_0486   rrlG FALSE 0.123 155.000 0.000 NA   NA
 1166662 1166663 SAK_0486 SAK_0487 rrlG rrfG FALSE 0.280 75.000 0.000 NA   NA
 1166663 1166664 SAK_0487 SAK_0488 rrfG   TRUE 0.801 4.000 0.000 NA   NA
 1166664 1166665 SAK_0488 SAK_0489     TRUE 0.794 6.000 0.000 NA   NA
 1166665 1166666 SAK_0489 SAK_0490     TRUE 0.670 37.000 0.000 NA   NA
 1166666 1166667 SAK_0490 SAK_0491     TRUE 0.793 8.000 0.000 NA   NA
 1166668 1166669 SAK_0492 SAK_0493   recX TRUE 0.391 84.000 0.025 NA   NA
 1166670 1166671 SAK_0494 SAK_0495 rumA   FALSE 0.018 269.000 0.000 1.000 N NA
 1166671 1166672 SAK_0495 SAK_0496     TRUE 0.672 34.000 0.000 1.000   NA
 1166672 1166673 SAK_0496 SAK_0497   scpA FALSE 0.089 179.000 0.000 NA   NA
 1166673 1166674 SAK_0497 SAK_0498 scpA   FALSE 0.065 210.000 0.000 NA   NA
 1166674 1166675 SAK_0498 SAK_0499   nrdF FALSE 0.017 555.000 0.000 NA   NA
 1166675 1166676 SAK_0499 SAK_0500 nrdF nrdI TRUE 0.996 1.000 0.643 NA Y NA
 1166676 1166677 SAK_0500 SAK_0501 nrdI   TRUE 0.998 2.000 1.000 NA Y NA
 1166677 1166678 SAK_0501 SAK_0502     TRUE 0.395 63.000 0.000 NA   NA
 1166678 1166679 SAK_0502 SAK_0503     TRUE 0.967 13.000 0.200 NA   NA
 1166679 1166680 SAK_0503 SAK_0504     FALSE 0.298 73.000 0.000 NA   NA
 1166680 1166681 SAK_0504 SAK_0505     TRUE 0.962 -24.000 0.000 NA   NA
 1166682 1166683 SAK_0506 SAK_0507     FALSE 0.041 272.000 0.000 NA   NA
 1166683 1166684 SAK_0507 SAK_0508     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 1166684 1166685 SAK_0508 SAK_0509     FALSE 0.220 87.000 0.000 NA   NA
 1166685 1166686 SAK_0509 SAK_0510     TRUE 0.959 24.000 0.167 NA   NA
 1166686 10942577 SAK_0510 SAK_0511     FALSE 0.232 84.000 0.000 NA   NA
 10942577 1166687 SAK_0511 SAK_0512     TRUE 0.819 16.000 0.000 NA   NA
 1166687 1166688 SAK_0512 SAK_0513     FALSE 0.165 110.000 0.000 NA   NA
 1166688 1166689 SAK_0513 SAK_0514     FALSE 0.195 85.000 0.000 1.000   NA
 1166692 1166693 SAK_0517 SAK_0518     FALSE 0.026 355.000 0.000 NA   NA
 1166694 1166695 SAK_0519 SAK_0520     FALSE 0.307 71.000 0.000 NA   NA
 1166695 1166696 SAK_0520 SAK_0521     TRUE 0.963 2.000 0.150 NA   NA
 1166696 1166697 SAK_0521 SAK_0522     TRUE 0.907 21.000 0.026 NA   NA
 1166698 1166699 SAK_0523 SAK_0524     FALSE 0.277 115.000 0.000 0.017 N NA
 1166699 1166700 SAK_0524 SAK_0525     TRUE 0.998 19.000 0.846 0.015 Y NA
 1166700 1166701 SAK_0525 SAK_0526     TRUE 0.962 12.000 0.000 0.026 Y NA
 1166701 1166702 SAK_0526 SAK_0527   rhaD TRUE 0.919 23.000 0.000 1.000 Y NA
 1166702 1166703 SAK_0527 SAK_0528 rhaD   FALSE 0.303 135.000 0.000 1.000 Y NA
 1166703 1166704 SAK_0528 SAK_0529     TRUE 0.994 13.000 0.333 0.026 Y NA
 1166704 1166705 SAK_0529 SAK_0530     TRUE 0.996 2.000 0.444 0.026 Y NA
 1166707 1166708 SAK_0532 SAK_0533     TRUE 0.978 84.000 1.000 0.049 Y NA
 1166708 1166709 SAK_0533 SAK_0534     TRUE 0.998 14.000 0.800 0.049 Y NA
 1166709 1166710 SAK_0534 SAK_0535     TRUE 0.965 10.000 0.095 1.000 Y NA
 1166710 1166711 SAK_0535 SAK_0536   galK FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1166711 1166712 SAK_0536 SAK_0537 galK galT TRUE 0.818 13.000 0.000 NA   NA
 1166712 1166713 SAK_0537 SAK_0538 galT galE TRUE 0.985 2.000 0.204 0.002 N NA
 1166713 1166714 SAK_0538 SAK_0539 galE   TRUE 0.331 126.000 0.120 1.000 N NA
 1166714 1166715 SAK_0539 SAK_0540     TRUE 0.796 5.000 0.000 NA   NA
 1166715 1166716 SAK_0540 SAK_0541     TRUE 0.987 33.000 0.750 NA   NA
 1166716 1166717 SAK_0541 SAK_0542     TRUE 0.792 20.000 0.000 1.000   NA
 1166717 1166718 SAK_0542 SAK_0543     FALSE 0.204 191.000 0.061 NA   NA
 1166718 1166719 SAK_0543 SAK_0544     FALSE 0.168 109.000 0.000 NA   NA
 1166719 1166720 SAK_0544 SAK_0545     FALSE 0.036 268.000 0.000 1.000   NA
 1166720 1166721 SAK_0545 SAK_0546     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166721 1166722 SAK_0546 SAK_0547   valS TRUE 0.818 22.000 0.000 NA   NA
 1166724 1166725 SAK_0549 SAK_0550     TRUE 0.574 161.000 0.375 1.000   NA
 1166725 1166726 SAK_0550 SAK_0551     FALSE 0.167 160.000 0.005 NA   NA
 1166726 1166727 SAK_0551 SAK_0552   asnA FALSE 0.232 115.000 0.005 NA   NA
 1166729 1166730 SAK_0554 SAK_0555   coaD FALSE 0.222 299.000 0.367 1.000 N NA
 1166730 1166731 SAK_0555 SAK_0556 coaD   TRUE 0.967 -10.000 0.052 1.000 N NA
 1166731 1166732 SAK_0556 SAK_0557     TRUE 0.316 75.000 0.023 1.000 N NA
 1166732 1166733 SAK_0557 SAK_0558     TRUE 0.839 69.000 0.347 NA   NA
 1166733 1166734 SAK_0558 SAK_0559     TRUE 0.692 51.000 0.016 NA   NA
 1166734 1166735 SAK_0559 SAK_0560     TRUE 0.925 0.000 0.012 NA   NA
 1166735 1166736 SAK_0560 SAK_0561     TRUE 0.332 196.000 0.045 NA Y NA
 1166736 1166737 SAK_0561 SAK_0562     TRUE 1.000 -10.000 0.911 0.008 Y NA
 1166737 1166738 SAK_0562 SAK_0563     FALSE 0.068 128.000 0.000 1.000 N NA
 1166739 1166740 SAK_0564 SAK_0565     FALSE 0.155 126.000 0.000 NA   NA
 1166740 1166741 SAK_0565 SAK_0566   bioB TRUE 0.854 1.000 0.000 NA   NA
 1166742 1166743 SAK_0567 SAK_0568     TRUE 0.915 10.000 0.058 NA   NA
 1166743 1166744 SAK_0568 SAK_0569     TRUE 0.998 -7.000 0.576 1.000 Y NA
 1166744 1166745 SAK_0569 SAK_0570   nth FALSE 0.074 113.000 0.000 1.000 N NA
 1166747 1166748 SAK_0572 SAK_0573     TRUE 0.994 -3.000 0.496 NA   NA
 1166748 1166749 SAK_0573 SAK_0574     TRUE 0.895 12.000 0.064 NA N NA
 1166749 1166750 SAK_0574 SAK_0575   typA FALSE 0.054 232.000 0.003 NA N NA
 1166750 1166751 SAK_0575 SAK_0576 typA   TRUE 0.735 45.000 0.015 NA   NA
 1166751 1166752 SAK_0576 SAK_0577   murD FALSE 0.222 130.000 0.006 NA   NA
 1166752 1166753 SAK_0577 SAK_0578 murD murG TRUE 0.963 3.000 0.060 1.000 Y NA
 1166753 1166754 SAK_0578 SAK_0579 murG divIB TRUE 0.966 4.000 0.072 NA Y NA
 1166754 1166755 SAK_0579 SAK_0580 divIB ftsA FALSE 0.284 272.000 0.389 NA N NA
 1166755 1166756 SAK_0580 SAK_0581 ftsA ftsZ TRUE 0.992 22.000 0.460 1.000 Y NA
 1166756 1166757 SAK_0581 SAK_0582 ftsZ   TRUE 0.850 6.000 0.002 NA   NA
 1166757 1166758 SAK_0582 SAK_0583     TRUE 0.858 12.000 0.002 NA   NA
 1166758 1166759 SAK_0583 SAK_0584     TRUE 0.981 3.000 0.370 NA   NA
 1166759 1166760 SAK_0584 SAK_0585     TRUE 0.977 2.000 0.287 1.000   NA
 1166760 1166761 SAK_0585 SAK_0586     TRUE 0.987 10.000 0.579 NA   NA
 1166761 1166762 SAK_0586 SAK_0587   ileS FALSE 0.044 285.000 0.012 NA N NA
 1166763 1166764 SAK_0588 SAK_0589     TRUE 0.713 64.000 0.114 NA   NA
 1166764 1166765 SAK_0589 SAK_0590   clpE FALSE 0.156 186.000 0.079 1.000 N NA
 1166766 1166767 SAK_0591 SAK_0592     FALSE 0.286 142.000 0.044 NA   NA
 1166767 1166768 SAK_0592 SAK_0593     TRUE 0.998 -7.000 0.640 1.000 Y NA
 1166768 1166769 SAK_0593 SAK_0594     FALSE 0.015 287.000 0.000 1.000 N NA
 1166769 1166770 SAK_0594 SAK_0595   folD FALSE 0.140 139.000 0.013 1.000 N NA
 1166770 1166771 SAK_0595 SAK_0596 folD   TRUE 0.936 -3.000 0.030 NA N NA
 1166771 1166772 SAK_0596 SAK_0597   xseA FALSE 0.155 126.000 0.005 NA N NA
 1166772 1166773 SAK_0597 SAK_0598 xseA xseB TRUE 0.999 -22.000 0.412 0.001 Y NA
 1166773 1166774 SAK_0598 SAK_0599 xseB   TRUE 0.941 0.000 0.100 1.000 N NA
 1166774 1166775 SAK_0599 SAK_0600   tlyA TRUE 0.961 -7.000 0.058 1.000 N NA
 1166775 1166776 SAK_0600 SAK_0601 tlyA   TRUE 0.969 -13.000 0.048 1.000 N NA
 1166776 1166777 SAK_0601 SAK_0602   recN TRUE 0.851 12.000 0.037 1.000 N NA
 1166777 1166778 SAK_0602 SAK_0603 recN   FALSE 0.240 113.000 0.006 NA   NA
 1166778 1166779 SAK_0603 SAK_0604     TRUE 0.989 -7.000 0.203 NA   NA
 1166779 1166780 SAK_0604 SAK_0605     TRUE 0.999 -25.000 0.828 NA   NA
 1166780 1166781 SAK_0605 SAK_0606   hup TRUE 0.533 103.000 0.156 NA   NA
 1166782 1166783 SAK_0607 SAK_0608     FALSE 0.153 128.000 0.000 NA   NA
 1166783 1166784 SAK_0608 SAK_0609     TRUE 0.522 52.000 0.000 NA   NA
 1166784 1166785 SAK_0609 SAK_0610     TRUE 0.995 -13.000 0.333 NA   NA
 1166786 1166787 SAK_0611 SAK_0612     FALSE 0.184 98.000 0.000 NA   NA
 1166789 1166790 SAK_0614 SAK_0615     FALSE 0.040 273.000 0.000 NA   NA
 1166790 1166791 SAK_0615 SAK_0616     TRUE 0.992 -13.000 0.200 NA   NA
 1166791 1166792 SAK_0616 SAK_0617     TRUE 0.830 75.000 0.400 NA   NA
 1166792 1166793 SAK_0617 SAK_0618     TRUE 0.988 5.000 0.600 NA   NA
 1166793 1166794 SAK_0618 SAK_0619     TRUE 0.945 18.000 0.100 NA   NA
 1166794 1166795 SAK_0619 SAK_0620     FALSE 0.043 269.000 0.000 NA   NA
 1166795 1166796 SAK_0620 SAK_0621     TRUE 0.938 20.000 0.080 NA   NA
 1166796 1166797 SAK_0621 SAK_0622     FALSE 0.261 79.000 0.000 NA   NA
 1166797 1166798 SAK_0622 SAK_0623     FALSE 0.046 254.000 0.000 NA   NA
 1166798 1166799 SAK_0623 SAK_0624     FALSE 0.042 270.000 0.000 NA   NA
 1166799 1166800 SAK_0624 SAK_0625     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166800 1166801 SAK_0625 SAK_0626     TRUE 0.821 21.000 0.000 NA   NA
 1166801 1166802 SAK_0626 SAK_0627     FALSE 0.083 188.000 0.000 NA   NA
 1166802 1166803 SAK_0627 SAK_0628     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166803 1166804 SAK_0628 SAK_0629     FALSE 0.025 388.000 0.000 NA   NA
 1166804 1166805 SAK_0629 SAK_0630     FALSE 0.017 572.000 0.000 NA   NA
 1166805 1166806 SAK_0630 SAK_0631     TRUE 0.550 151.000 0.250 NA   NA
 1166806 1166807 SAK_0631 SAK_0632     TRUE 0.976 -3.000 0.118 NA   NA
 1166807 1166808 SAK_0632 SAK_0633     TRUE 0.994 -7.000 0.353 NA   NA
 1166808 1166809 SAK_0633 SAK_0634     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 1166809 1166810 SAK_0634 SAK_0635     FALSE 0.171 108.000 0.000 NA   NA
 1166810 1166811 SAK_0635 SAK_0636     TRUE 0.738 81.000 0.263 NA   NA
 1166811 1166812 SAK_0636 SAK_0637     TRUE 0.983 3.000 0.417 NA   NA
 1166812 1166813 SAK_0637 SAK_0638     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166813 1166814 SAK_0638 SAK_0639     TRUE 0.825 14.000 0.000 NA   NA
 1166814 1166815 SAK_0639 SAK_0640     TRUE 0.999 -49.000 0.667 NA   NA
 1166815 1166816 SAK_0640 SAK_0641     FALSE 0.057 230.000 0.000 NA   NA
 1166816 1166817 SAK_0641 SAK_0642     TRUE 0.982 10.000 0.444 NA   NA
 1166817 1166818 SAK_0642 SAK_0643     TRUE 0.980 0.000 0.222 NA   NA
 1166818 1166819 SAK_0643 SAK_0644     TRUE 0.994 15.000 0.833 NA   NA
 1166819 1166820 SAK_0644 SAK_0645     TRUE 0.982 0.000 0.250 NA   NA
 1166820 1166821 SAK_0645 SAK_0646     TRUE 0.982 -6.000 0.125 NA   NA
 1166821 1166822 SAK_0646 SAK_0647     TRUE 0.984 1.000 0.333 NA   NA
 1166822 1166823 SAK_0647 SAK_0648     TRUE 0.829 1.000 0.000 1.000   NA
 1166823 1166824 SAK_0648 SAK_0649     TRUE 0.804 12.000 0.000 NA   NA
 1166824 1166825 SAK_0649 SAK_0650     TRUE 0.995 23.000 1.000 NA   NA
 1166825 1166826 SAK_0650 SAK_0651     TRUE 0.792 9.000 0.000 NA   NA
 1166826 1166827 SAK_0651 SAK_0652     TRUE 0.934 -7.000 0.000 NA   NA
 1166827 1166828 SAK_0652 SAK_0653     FALSE 0.155 126.000 0.000 NA   NA
 1166830 1166831 SAK_0655 SAK_0656     FALSE 0.023 406.000 0.000 NA   NA
 1166832 1166833 SAK_0657 SAK_0658 pyrD fibB FALSE 0.036 187.000 0.000 1.000 N NA
 1166833 1166834 SAK_0658 SAK_0659 fibB   TRUE 0.996 19.000 0.467 0.010 Y NA
 1166834 1166835 SAK_0659 SAK_0660     TRUE 0.989 13.000 0.133 0.010 Y NA
 1166835 1166836 SAK_0660 SAK_0661     TRUE 0.963 0.000 0.125 1.000   NA
 1166836 1166837 SAK_0661 SAK_0662     TRUE 0.478 71.000 0.035 1.000   NA
 1166838 1166839 SAK_0663 SAK_0664     FALSE 0.028 344.000 0.000 NA   NA
 1166841 1166842 SAK_0666 SAK_0667 fbp   FALSE 0.222 90.000 0.018 1.000 N NA
 1166842 1166843 SAK_0667 SAK_0668   prfB FALSE 0.291 69.000 0.006 1.000 N NA
 1166843 1166844 SAK_0668 SAK_0669 prfB ftsE TRUE 0.883 19.000 0.053 1.000 N NA
 1166844 1166845 SAK_0669 SAK_0670 ftsE   TRUE 0.998 -16.000 0.431 1.000 Y NA
 1166846 1166847 SAK_0671 SAK_0672     FALSE 0.135 145.000 0.000 NA   NA
 1166847 1166848 SAK_0672 SAK_0673     TRUE 0.939 -3.000 0.004 NA   NA
 1166849 1166850 SAK_0674 SAK_0675     FALSE 0.074 113.000 0.000 1.000 N NA
 1166850 1166851 SAK_0675 SAK_0676     FALSE 0.263 86.000 0.028 1.000 N NA
 1166851 1166852 SAK_0676 SAK_0677   asnS TRUE 0.896 21.000 0.068 1.000 N NA
 1166853 1166854 SAK_0678 SAK_0679     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166854 1166855 SAK_0679 SAK_0680     FALSE 0.020 246.000 0.000 1.000 N NA
 1166856 1166857 SAK_0681 SAK_0682     TRUE 0.372 195.000 0.214 NA   NA
 1166857 1166858 SAK_0682 SAK_0683     TRUE 0.993 -3.000 0.470 NA   NA
 1166858 1166859 SAK_0683 SAK_0684   pepDA TRUE 0.887 15.000 0.015 1.000   NA
 1166859 1166860 SAK_0684 SAK_0685 pepDA adcA TRUE 0.463 142.000 0.250 1.000 N NA
 1166861 1166862 SAK_0686 SAK_0687 rpmE   FALSE 0.263 109.000 0.020 1.000   NA
 1166863 1166864 SAK_0688 SAK_0689 add   TRUE 0.523 59.000 0.034 1.000 N NA
 1166864 1166865 SAK_0689 SAK_0690     TRUE 0.571 77.000 0.167 1.000 N NA
 1166865 1166866 SAK_0690 SAK_0691     TRUE 0.969 -7.000 0.094 1.000 N NA
 1166866 1166867 SAK_0691 SAK_0692   rplS FALSE 0.014 580.000 0.006 1.000 N NA
 1166867 1166868 SAK_0692 SAK_0693 rplS   FALSE 0.164 111.000 0.000 NA   NA
 1166870 1166871 SAK_0695 SAK_0696     FALSE 0.109 162.000 0.000 NA   NA
 1166873 1166874 SAK_0698 SAK_0699     TRUE 0.991 10.000 0.917 1.000 N NA
 1166874 1166875 SAK_0699 SAK_0700     TRUE 0.989 0.000 0.542 1.000 N NA
 1166875 1166876 SAK_0700 SAK_0701   vncR TRUE 0.669 97.000 0.409 1.000 N NA
 1166876 1166877 SAK_0701 SAK_0702 vncR   TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 1166879 1166880 SAK_0704 SAK_0705     TRUE 0.622 42.000 0.000 NA   NA
 1166880 1166881 SAK_0705 SAK_0706     FALSE 0.021 425.000 0.000 NA   NA
 1166881 1166882 SAK_0706 SAK_0707     TRUE 0.676 119.000 0.385 1.000   NA
 1166882 1166883 SAK_0707 SAK_0708   gyrB TRUE 0.904 1.000 0.013 1.000   NA
 1166883 1166884 SAK_0708 SAK_0709 gyrB ezrA FALSE 0.182 94.000 0.011 1.000 N NA
 1166884 1166885 SAK_0709 SAK_0710 ezrA serB FALSE 0.174 94.000 0.009 1.000 N NA
 1166886 1166887 SAK_0711 SAK_0712     TRUE 0.818 13.000 0.000 NA   NA
 1166890 1166891 SAK_0715 SAK_0716 aroA aroK TRUE 0.983 -7.000 0.012 1.000 Y NA
 1166891 1166892 SAK_0716 SAK_0717 aroK   TRUE 0.717 57.000 0.111 NA N NA
 1166892 1166893 SAK_0717 SAK_0718   rumA TRUE 0.353 101.000 0.093 NA N NA
 1166893 1166894 SAK_0718 SAK_0719 rumA   FALSE 0.018 522.000 0.000 NA   NA
 1166895 1166896 SAK_0720 SAK_0721     FALSE 0.261 79.000 0.000 NA   NA
 1166897 1166898 SAK_0722 SAK_0723     FALSE 0.012 860.000 0.000 1.000   NA
 1166898 1166899 SAK_0723 SAK_0724     FALSE 0.022 409.000 0.000 NA   NA
 1166900 1166901 SAK_0725 SAK_0726     TRUE 0.545 50.000 0.000 NA   NA
 1166901 1166902 SAK_0726 SAK_0727     TRUE 0.819 17.000 0.000 NA   NA
 1166902 1166903 SAK_0727 SAK_0728     TRUE 0.934 5.000 0.095 NA   NA
 1166903 1166904 SAK_0728 SAK_0729     TRUE 0.989 -7.000 0.200 NA   NA
 1166905 1166906 SAK_0730 SAK_0731     TRUE 0.821 21.000 0.000 NA   NA
 1166906 1166907 SAK_0731 SAK_0732     FALSE 0.114 159.000 0.000 NA   NA
 1166907 1166908 SAK_0732 SAK_0733     TRUE 0.998 -19.000 0.636 NA   NA
 1166908 1166909 SAK_0733 SAK_0734     TRUE 0.987 -7.000 0.182 1.000   NA
 1166909 1166910 SAK_0734 SAK_0735     FALSE 0.161 118.000 0.000 NA   NA
 1166910 1166911 SAK_0735 SAK_0736   metK FALSE 0.096 174.000 0.000 NA   NA
 1166911 1166912 SAK_0736 SAK_0737 metK   TRUE 0.868 2.000 0.003 1.000   NA
 1166912 1166913 SAK_0737 SAK_0738     FALSE 0.013 733.000 0.000 1.000   NA
 1166913 1166914 SAK_0738 SAK_0739     TRUE 0.991 -3.000 0.125 0.002   NA
 1166914 1166915 SAK_0739 SAK_0740     FALSE 0.028 343.000 0.000 NA   NA
 1166915 1166916 SAK_0740 SAK_0741     FALSE 0.186 97.000 0.000 NA   NA
 1166916 1166917 SAK_0741 SAK_0742     TRUE 0.965 -3.000 0.057 NA   NA
 1166917 1166918 SAK_0742 SAK_0743     TRUE 0.482 56.000 0.000 NA   NA
 1166918 1166919 SAK_0743 SAK_0744     TRUE 0.983 0.000 0.273 NA   NA
 1166919 1166920 SAK_0744 SAK_0745     TRUE 0.983 17.000 0.400 NA   NA
 1166920 1166921 SAK_0745 SAK_0746     FALSE 0.249 81.000 0.000 NA   NA
 1166921 1166922 SAK_0746 SAK_0747     TRUE 0.996 -7.000 0.545 NA   NA
 1166922 1166923 SAK_0747 SAK_0748     TRUE 0.982 14.000 0.364 NA   NA
 1166923 1166924 SAK_0748 SAK_0749     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166924 1166925 SAK_0749 SAK_0750     TRUE 0.955 0.000 0.071 NA   NA
 1166925 1166926 SAK_0750 SAK_0751     TRUE 0.993 -7.000 0.321 NA   NA
 1166926 1166927 SAK_0751 SAK_0752     TRUE 0.973 9.000 0.308 NA   NA
 1166927 1166928 SAK_0752 SAK_0753     TRUE 0.955 3.000 0.148 NA   NA
 1166928 1166929 SAK_0753 SAK_0754     TRUE 0.942 12.000 0.111 NA   NA
 1166929 1166930 SAK_0754 SAK_0755     TRUE 0.323 69.000 0.000 NA   NA
 1166930 1166931 SAK_0755 SAK_0756     FALSE 0.148 131.000 0.000 NA   NA
 1166931 1166932 SAK_0756 SAK_0757     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166932 1166933 SAK_0757 SAK_0758     TRUE 0.995 0.000 0.750 NA   NA
 1166933 1166934 SAK_0758 SAK_0759     TRUE 0.967 13.000 0.200 NA   NA
 1166934 1166935 SAK_0759 SAK_0760     TRUE 0.820 18.000 0.000 NA   NA
 1166935 1166936 SAK_0760 SAK_0761     TRUE 0.837 2.000 0.000 NA   NA
 1166936 1166937 SAK_0761 SAK_0762     TRUE 0.957 -45.000 0.000 1.000   NA
 1166937 1166938 SAK_0762 SAK_0763     FALSE 0.012 781.000 0.000 1.000   NA
 1166938 1166939 SAK_0763 SAK_0764     TRUE 0.999 -97.000 0.250 0.002 Y NA
 1166939 1166940 SAK_0764 SAK_0765     FALSE 0.313 70.000 0.000 NA   NA
 1166940 1166941 SAK_0765 SAK_0766     TRUE 0.944 14.000 0.095 NA   NA
 1166941 1166942 SAK_0766 SAK_0767     FALSE 0.046 250.000 0.000 NA   NA
 1166942 1166943 SAK_0767 SAK_0768     FALSE 0.277 118.000 0.017 NA   NA
 1166943 1166944 SAK_0768 SAK_0769     FALSE 0.032 321.000 0.000 NA   NA
 1166947 1166948 SAK_0772 SAK_0773     TRUE 0.863 120.000 0.333 0.066 Y NA
 1166948 1166949 SAK_0773 SAK_0774     FALSE 0.013 658.000 0.000 1.000   NA
 1166949 1166950 SAK_0774 SAK_0775     FALSE 0.066 194.000 0.000 1.000   NA
 1166951 1166952 SAK_0776 SAK_0777     TRUE 0.447 89.000 0.000 0.010   NA
 1166952 1166953 SAK_0777 SAK_0778     TRUE 0.837 2.000 0.000 NA   NA
 1166953 1166954 SAK_0778 SAK_0779     TRUE 1.000 -43.000 1.000 NA Y NA
 1166954 1166955 SAK_0779 SAK_0780     TRUE 0.887 82.000 0.667 NA   NA
 1166955 1166956 SAK_0780 SAK_0781     TRUE 0.759 31.000 0.000 NA   NA
 1166956 1166957 SAK_0781 SAK_0782     FALSE 0.047 249.000 0.000 NA   NA
 1166957 1166958 SAK_0782 SAK_0783     FALSE 0.018 521.000 0.000 NA   NA
 1166958 1166959 SAK_0783 SAK_0784     FALSE 0.060 217.000 0.000 NA   NA
 1166959 1166960 SAK_0784 SAK_0785     FALSE 0.014 1119.000 0.000 NA   NA
 1166960 1166961 SAK_0785 SAK_0786     TRUE 0.428 61.000 0.000 NA   NA
 1166961 1166962 SAK_0786 SAK_0787     FALSE 0.063 200.000 0.000 1.000   NA
 1166962 1166963 SAK_0787 SAK_0788     TRUE 0.813 3.000 0.000 NA   NA
 1166963 1166964 SAK_0788 SAK_0789     TRUE 0.837 2.000 0.000 NA   NA
 1166964 1166965 SAK_0789 SAK_0790   cylX FALSE 0.016 625.000 0.000 NA   NA
 1166965 1166966 SAK_0790 SAK_0791 cylX cylD TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 1166966 1166967 SAK_0791 SAK_0792 cylD cylG TRUE 0.981 -3.000 0.000 0.057 Y NA
 1166967 1166968 SAK_0792 SAK_0793 cylG   TRUE 0.922 -7.000 0.000 1.000   NA
 1166968 1166969 SAK_0793 SAK_0794   cylZ TRUE 0.992 -16.000 0.167 NA   NA
 1166969 1166970 SAK_0794 SAK_0795 cylZ cylA TRUE 0.906 -10.000 0.000 NA N NA
 1166970 1166971 SAK_0795 SAK_0796 cylA cylB TRUE 0.998 -7.000 0.849 NA   NA
 1166971 1166972 SAK_0796 SAK_0797 cylB cylE TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166972 1166973 SAK_0797 SAK_0798 cylE cylF TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1166973 1166974 SAK_0798 SAK_0799 cylF cylI TRUE 0.801 -3.000 0.000 1.000 N NA
 1166974 1166975 SAK_0799 SAK_0800 cylI cylJ TRUE 0.615 5.000 0.000 1.000 N NA
 1166975 1166976 SAK_0800 SAK_0801 cylJ cylK TRUE 0.793 8.000 0.000 NA   NA
 1166976 1166977 SAK_0801 SAK_0802 cylK   FALSE 0.028 343.000 0.000 NA   NA
 1166977 1166978 SAK_0802 SAK_0803     TRUE 0.712 34.000 0.000 NA   NA
 1166978 1166979 SAK_0803 SAK_0804     TRUE 0.522 52.000 0.000 NA   NA
 1166979 1166980 SAK_0804 SAK_0805     FALSE 0.151 103.000 0.000 1.000   NA
 1166980 1166981 SAK_0805 SAK_0806     FALSE 0.042 271.000 0.000 NA   NA
 1166981 1166982 SAK_0806 SAK_0807     TRUE 0.750 32.000 0.000 NA   NA
 1166982 1166983 SAK_0807 SAK_0808     TRUE 0.695 35.000 0.000 NA   NA
 1166983 1166984 SAK_0808 SAK_0809     TRUE 0.695 35.000 0.000 NA   NA
 1166984 1166985 SAK_0809 SAK_0810     FALSE 0.158 124.000 0.000 NA   NA
 1166985 1166986 SAK_0810 SAK_0811     TRUE 0.790 10.000 0.000 NA   NA
 1166986 1166987 SAK_0811 SAK_0812     FALSE 0.064 212.000 0.000 NA   NA
 1166991 1166992 SAK_0816 SAK_0817     TRUE 0.977 -3.000 0.127 NA   NA
 1166992 1166993 SAK_0817 SAK_0818     FALSE 0.107 164.000 0.000 NA   NA
 1166995 1166996 SAK_0820 SAK_0821   ldhA TRUE 0.962 14.000 0.158 NA   NA
 1166996 1166997 SAK_0821 SAK_0822 ldhA   FALSE 0.038 206.000 0.000 NA N NA
 1166997 1166998 SAK_0822 SAK_0823     TRUE 0.616 67.000 0.000 NA Y NA
 1166998 1166999 SAK_0823 SAK_0824     TRUE 0.922 17.000 0.000 1.000 Y NA
 1166999 1167000 SAK_0824 SAK_0825     TRUE 0.960 29.000 0.333 1.000 N NA
 1167000 1167001 SAK_0825 SAK_0826   eda TRUE 0.736 117.000 0.583 1.000 N NA
 1167001 1167002 SAK_0826 SAK_0827 eda uxaC TRUE 0.992 17.000 0.467 1.000 Y NA
 1167002 1167003 SAK_0827 SAK_0828 uxaC uxuA TRUE 0.997 18.000 0.533 0.001 Y NA
 1167003 1167004 SAK_0828 SAK_0829 uxuA   TRUE 0.596 124.000 0.364 1.000 N NA
 1167004 1167005 SAK_0829 SAK_0830     TRUE 0.384 153.000 0.035 0.057   NA
 1167005 1167006 SAK_0830 SAK_0831     TRUE 0.875 16.000 0.012 1.000   NA
 1167008 1167009 SAK_0833 SAK_0834 ccpA   FALSE 0.201 132.000 0.041 1.000 N NA
 1167009 1167010 SAK_0834 SAK_0835     TRUE 0.670 45.000 0.037 1.000 N NA
 1167010 1167011 SAK_0835 SAK_0836     TRUE 0.996 2.000 0.413 0.012 Y NA
 1167011 1167012 SAK_0836 SAK_0837   thrS FALSE 0.008 457.000 0.000 1.000 N NA
 1167012 1167013 SAK_0837 SAK_0838 thrS   FALSE 0.025 222.000 0.000 1.000 N NA
 1167013 1167014 SAK_0838 SAK_0839     FALSE 0.184 98.000 0.000 NA   NA
 1167014 1167015 SAK_0839 SAK_0840     FALSE 0.103 168.000 0.000 NA   NA
 1167016 1167017 SAK_0841 SAK_0842     TRUE 0.999 12.000 0.947 0.013 Y NA
 1167017 1167018 SAK_0842 SAK_0843     TRUE 0.995 13.000 0.400 0.045 Y NA
 1167018 1167019 SAK_0843 SAK_0844     TRUE 0.979 12.000 0.185 1.000 Y NA
 1167020 1167021 SAK_0845 SAK_0846     TRUE 0.999 -7.000 0.597 0.017 Y NA
 1167021 1167022 SAK_0846 SAK_0847     TRUE 0.895 4.000 0.038 1.000   NA
 1167022 1167023 SAK_0847 SAK_0848     TRUE 0.885 3.000 0.011 NA   NA
 1167023 1167024 SAK_0848 SAK_0849   rnc FALSE 0.131 176.000 0.002 NA   NA
 1167024 1167025 SAK_0849 SAK_0850 rnc smc TRUE 0.911 8.000 0.120 1.000 N NA
 1167025 1167026 SAK_0850 SAK_0851 smc   FALSE 0.168 91.000 0.000 1.000   NA
 1167026 1167027 SAK_0851 SAK_0852     TRUE 0.991 0.000 0.250 0.023   NA
 1167027 1167028 SAK_0852 SAK_0853   ftsY TRUE 0.954 0.000 0.007 0.085   NA
 1167029 1167030 SAK_0854 SAK_0855     TRUE 0.996 0.000 0.841 NA   NA
 1167030 1167031 SAK_0855 SAK_0856     TRUE 0.940 6.000 0.114 NA   NA
 1167032 1167033 SAK_0857 SAK_0858     FALSE 0.103 105.000 0.000 NA N NA
 1167033 1167034 SAK_0858 SAK_0859     TRUE 0.990 -7.000 0.215 NA   NA
 1167034 1167035 SAK_0859 SAK_0860     TRUE 0.471 81.000 0.051 NA   NA
 1167035 1167036 SAK_0860 SAK_0861     TRUE 0.961 -22.000 0.000 NA   NA
 1167036 1167037 SAK_0861 SAK_0862   hprK FALSE 0.161 116.000 0.000 NA   NA
 1167037 1167038 SAK_0862 SAK_0863 hprK lgt TRUE 0.994 -7.000 0.494 1.000 N NA
 1167038 1167039 SAK_0863 SAK_0864 lgt   TRUE 0.937 15.000 0.079 NA   NA
 1167039 1167040 SAK_0864 SAK_0865     TRUE 0.985 -3.000 0.206 NA   NA
 1167042 1167043 SAK_0867 SAK_0868     TRUE 0.820 130.000 0.156 0.003 Y NA
 1167043 1167044 SAK_0868 SAK_0869     FALSE 0.154 127.000 0.000 NA   NA
 1167044 1167045 SAK_0869 SAK_0870     FALSE 0.158 124.000 0.000 NA   NA
 1167047 1167048 SAK_0872 SAK_0873 ribD ribE TRUE 0.998 -19.000 0.456 1.000 Y NA
 1167048 1167049 SAK_0873 SAK_0874 ribE ribBA TRUE 0.962 18.000 0.051 1.000 Y NA
 1167049 1167050 SAK_0874 SAK_0875 ribBA ribE TRUE 0.987 15.000 0.054 0.002 Y NA
 1167053 1167054 SAK_0878 SAK_0879     TRUE 0.900 22.000 0.018 NA   NA
 1167057 1167058 SAK_0882 SAK_0883     TRUE 0.994 -16.000 0.250 NA   NA
 1167060 1167061 SAK_0885 SAK_0886 ppc   FALSE 0.207 106.000 0.028 1.000 N NA
 1167061 1167062 SAK_0886 SAK_0887   tuf FALSE 0.011 352.000 0.000 1.000 N NA
 1167062 1167063 SAK_0887 SAK_0888 tuf tpiA FALSE 0.068 181.000 0.003 1.000 N NA
 1167063 1167064 SAK_0888 SAK_0889 tpiA gpmA FALSE 0.208 177.000 0.000 1.000 Y NA
 1167064 1167065 SAK_0889 SAK_0890 gpmA   FALSE 0.068 129.000 0.000 1.000 N NA
 1167065 1167066 SAK_0890 SAK_0891   recR TRUE 0.822 15.000 0.013 1.000 N NA
 1167066 1167067 SAK_0891 SAK_0892 recR ddl FALSE 0.130 141.000 0.010 1.000 N NA
 1167067 1167068 SAK_0892 SAK_0893 ddl murF TRUE 0.667 147.000 0.046 0.010 Y NA
 1167068 1167069 SAK_0893 SAK_0894 murF   FALSE 0.036 187.000 0.000 1.000 N NA
 1167069 1167070 SAK_0894 SAK_0895     FALSE 0.151 129.000 0.000 NA   NA
 1167070 1167071 SAK_0895 SAK_0896     FALSE 0.089 179.000 0.000 NA   NA
 1167071 1167072 SAK_0896 SAK_0897   prfC FALSE 0.077 177.000 0.000 1.000   NA
 1167072 1167073 SAK_0897 SAK_0898 prfC   FALSE 0.302 86.000 0.003 NA   NA
 1167073 1167074 SAK_0898 SAK_0899     FALSE 0.160 121.000 0.000 NA   NA
 1167074 1167075 SAK_0899 SAK_0900     TRUE 0.989 -7.000 0.067 1.000 Y NA
 1167075 1167076 SAK_0900 SAK_0901     TRUE 0.991 16.000 0.400 NA Y NA
 1167076 1167077 SAK_0901 SAK_0902     FALSE 0.031 235.000 0.000 NA N NA
 1167078 1167079 SAK_0903 SAK_0904     TRUE 0.989 -7.000 0.209 1.000   NA
 1167080 1167081 SAK_0905 SAK_0906     FALSE 0.186 100.000 0.014 1.000 N NA
 1167081 1167082 SAK_0906 SAK_0907     TRUE 0.989 -16.000 0.130 1.000   NA
 1167082 1167083 SAK_0907 SAK_0908     TRUE 0.333 126.000 0.000 0.023   NA
 1167083 1167084 SAK_0908 SAK_0909     TRUE 0.957 11.000 0.200 1.000   NA
 1167086 1167087 SAK_0911 SAK_0912   holA FALSE 0.291 54.000 0.000 1.000 N NA
 1167087 1167088 SAK_0912 SAK_0913 holA sodA FALSE 0.253 80.000 0.012 1.000 N NA
 1167088 1167089 SAK_0913 SAK_0914 sodA   FALSE 0.024 338.000 0.000 1.000   NA
 1167089 1167090 SAK_0914 SAK_0915   bglF TRUE 0.991 -7.000 0.259 1.000   NA
 1167090 1167091 SAK_0915 SAK_0916 bglF   TRUE 0.988 17.000 0.318 1.000 Y NA
 1167093 1167094 SAK_0918 SAK_0919     TRUE 0.966 25.000 0.095 1.000 Y NA
 1167094 1167095 SAK_0919 SAK_0920     FALSE 0.153 101.000 0.000 1.000   NA
 1167096 1167097 SAK_0921 SAK_0922   queA FALSE 0.119 81.000 0.000 1.000 N NA
 1167098 1167099 SAK_0923 SAK_0924   nagB TRUE 0.322 151.000 0.071 NA   NA
 1167101 1167102 SAK_0926 SAK_0927     TRUE 0.330 73.000 0.020 1.000 N NA
 1167102 1167103 SAK_0927 SAK_0928     TRUE 0.753 52.000 0.056 NA   NA
 1167103 1167104 SAK_0928 SAK_0929   pepB TRUE 0.968 16.000 0.204 NA   NA
 1167104 1167105 SAK_0929 SAK_0930 pepB   FALSE 0.066 195.000 0.000 1.000   NA
 1167105 1167106 SAK_0930 SAK_0931     FALSE 0.234 110.000 0.012 1.000   NA
 1167106 1167107 SAK_0931 SAK_0932   prsA TRUE 0.519 61.000 0.008 1.000   NA
 1167107 1167108 SAK_0932 SAK_0933 prsA   FALSE 0.050 242.000 0.000 NA   NA
 1167108 1167109 SAK_0933 SAK_0934   alaS TRUE 0.880 16.000 0.006 NA   NA
 1167109 1167110 SAK_0934 SAK_0935 alaS   FALSE 0.244 82.000 0.000 NA   NA
 1167110 1167111 SAK_0935 SAK_0936     FALSE 0.215 88.000 0.000 NA   NA
 1167111 1167112 SAK_0936 SAK_0937     FALSE 0.021 421.000 0.000 NA   NA
 1167112 1167113 SAK_0937 SAK_0938     TRUE 0.960 45.000 0.500 NA   NA
 1167113 1167114 SAK_0938 SAK_0939     TRUE 0.947 3.000 0.115 NA   NA
 1167117 1167118 SAK_0942 SAK_0943 nrdF   TRUE 0.857 203.000 0.500 0.002 Y NA
 1167118 1167119 SAK_0943 SAK_0944     TRUE 0.827 78.000 0.562 1.000 N NA
 1167120 1167121 SAK_0945 SAK_0946 ptsH ptsI TRUE 0.992 5.000 0.240 0.016 Y NA
 1167121 1167122 SAK_0946 SAK_0947 ptsI gapN FALSE 0.171 150.000 0.035 1.000 N NA
 1167122 1167123 SAK_0947 SAK_0948 gapN   FALSE 0.166 140.000 0.028 1.000 N NA
 1167125 1167126 SAK_0950 SAK_0951 udk   FALSE 0.133 87.000 0.000 NA N NA
 1167126 1167127 SAK_0951 SAK_0952   dnaX TRUE 0.911 0.000 0.030 NA N NA
 1167129 1167130 SAK_0954 SAK_0955 metK   FALSE 0.018 521.000 0.000 NA   NA
 1167130 1167131 SAK_0955 SAK_0956     TRUE 0.354 67.000 0.000 NA   NA
 1167131 1167132 SAK_0956 SAK_0957     FALSE 0.113 160.000 0.000 NA   NA
 1167132 1167133 SAK_0957 SAK_0958     FALSE 0.171 108.000 0.000 NA   NA
 1167133 1167134 SAK_0958 SAK_0959     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1167134 1167135 SAK_0959 SAK_0960     TRUE 0.801 4.000 0.000 NA   NA
 1167135 1167136 SAK_0960 SAK_0961     TRUE 0.941 -12.000 0.000 1.000   NA
 1167136 1167137 SAK_0961 SAK_0962     FALSE 0.200 84.000 0.000 1.000   NA
 1167137 1167138 SAK_0962 SAK_0963   thiD TRUE 0.982 2.000 0.478 1.000 N NA
 1167138 1167139 SAK_0963 SAK_0964 thiD thiM TRUE 0.985 2.000 0.032 0.003 Y NA
 1167139 1167140 SAK_0964 SAK_0965 thiM thiE TRUE 0.987 14.000 0.061 0.003 Y NA
 1167140 1167141 SAK_0965 SAK_0966 thiE murA FALSE 0.069 127.000 0.000 1.000 N NA
 1167141 1167142 SAK_0966 SAK_0967 murA   TRUE 0.329 84.000 0.052 1.000 N NA
 1167142 1167143 SAK_0967 SAK_0968     TRUE 0.991 -7.000 0.342 1.000 N NA
 1167143 1167144 SAK_0968 SAK_0969   map TRUE 0.957 23.000 0.235 1.000 N NA
 1167144 1167145 SAK_0969 SAK_0970 map   TRUE 0.982 2.000 0.373 1.000   NA
 1167147 1167148 SAK_0972 SAK_0973   ligA FALSE 0.218 140.000 0.010 NA   NA
 1167148 1167149 SAK_0973 SAK_0974 ligA   TRUE 0.805 12.000 0.013 1.000 N NA
 1167149 1167150 SAK_0974 SAK_0975   pulA TRUE 0.896 4.000 0.088 1.000 N NA
 1167150 1167151 SAK_0975 SAK_0976 pulA glgB TRUE 0.528 206.000 0.067 0.006 Y NA
 1167151 1167152 SAK_0976 SAK_0977 glgB glgC TRUE 0.987 42.000 0.317 0.002 Y NA
 1167152 1167153 SAK_0977 SAK_0978 glgC glgD TRUE 1.000 -10.000 0.810 0.001 Y NA
 1167153 1167154 SAK_0978 SAK_0979 glgD glgA TRUE 0.996 -3.000 0.395 1.000 Y NA
 1167154 1167155 SAK_0979 SAK_0980 glgA atpE FALSE 0.024 332.000 0.000 1.000   NA
 1167155 1167156 SAK_0980 SAK_0981 atpE atpB TRUE 0.975 33.000 0.189 0.005   NA
 1167156 1167157 SAK_0981 SAK_0982 atpB atpF TRUE 0.983 18.000 0.032 0.005 Y NA
 1167157 1167158 SAK_0982 SAK_0983 atpF atpH TRUE 0.995 0.000 0.222 0.005 Y NA
 1167158 1167159 SAK_0983 SAK_0984 atpH atpA TRUE 0.999 16.000 0.864 0.005 Y NA
 1167159 1167160 SAK_0984 SAK_0985 atpA atpG TRUE 0.998 16.000 0.846 0.005 Y NA
 1167160 1167161 SAK_0985 SAK_0986 atpG atpD TRUE 0.979 74.000 0.724 0.005 Y NA
 1167161 1167162 SAK_0986 SAK_0987 atpD atpC TRUE 0.998 13.000 0.837 0.005 Y NA
 1167162 1167163 SAK_0987 SAK_0988 atpC   TRUE 0.665 59.000 0.039 NA   NA
 1167163 1167164 SAK_0988 SAK_0989   murA TRUE 0.851 63.000 0.279 NA   NA
 1167164 1167165 SAK_0989 SAK_0990 murA   TRUE 0.953 2.000 0.110 NA   NA
 1167165 1167166 SAK_0990 SAK_0991   endA TRUE 0.748 75.000 0.237 NA   NA
 1167166 1167167 SAK_0991 SAK_0992 endA pheS FALSE 0.029 292.000 0.000 1.000   NA
 1167167 1167168 SAK_0992 SAK_0993 pheS   FALSE 0.315 83.000 0.009 1.000   NA
 1167168 1167169 SAK_0993 SAK_0994   pheT TRUE 0.589 54.000 0.007 1.000   NA
 1167171 1167172 SAK_0996 SAK_0997 rexB rexA TRUE 0.995 -10.000 0.070 0.064 Y NA
 1167172 1167173 SAK_0997 SAK_0998 rexA   TRUE 0.648 13.000 0.000 1.000 N NA
 1167175 1167176 SAK_1000 SAK_1001     FALSE 0.112 150.000 0.000 1.000   NA
 1167176 1167177 SAK_1001 SAK_1002     TRUE 0.982 75.000 0.769 0.001 Y NA
 1167177 1167178 SAK_1002 SAK_1003     TRUE 0.652 127.000 0.051 0.056 Y NA
 1167178 1167179 SAK_1003 SAK_1004     TRUE 0.846 60.000 0.091 1.000 Y NA
 1167179 1167180 SAK_1004 SAK_1005   lplA TRUE 0.491 98.000 0.200 1.000 N NA
 1167181 1167182 SAK_1006 SAK_1007     TRUE 0.995 0.000 0.796 1.000   NA
 1167183 1167184 SAK_1008 SAK_1009     TRUE 0.987 3.000 0.502 NA   NA
 1167184 1167185 SAK_1009 SAK_1010   glmM TRUE 0.835 54.000 0.150 NA   NA
 1167185 1167186 SAK_1010 SAK_1011 glmM   FALSE 0.159 123.000 0.000 NA   NA
 1167186 1167187 SAK_1011 SAK_1012     TRUE 0.950 25.000 0.143 NA   NA
 1167187 1167188 SAK_1012 SAK_1013     FALSE 0.194 92.000 0.000 NA   NA
 1167188 1167189 SAK_1013 SAK_1014     TRUE 0.877 4.000 0.060 1.000 N NA
 1167189 1167190 SAK_1014 SAK_1015     TRUE 0.907 1.000 0.055 1.000 N NA
 1167190 1167191 SAK_1015 SAK_1016     TRUE 0.996 -25.000 0.330 NA   NA
 1167191 1167192 SAK_1016 SAK_1017     FALSE 0.025 388.000 0.000 NA   NA
 1167192 1167193 SAK_1017 SAK_1018   cas1 TRUE 0.990 2.000 0.546 NA   NA
 1167193 1167194 SAK_1018 SAK_1019 cas1   TRUE 0.997 -3.000 0.876 NA   NA
 1167194 1167195 SAK_1019 SAK_1020     TRUE 0.994 -13.000 0.253 NA   NA
 1167195 1167196 SAK_1020 SAK_1021   ndk FALSE 0.014 1684.000 0.000 NA   NA
 11520237 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1091.000 0.000 NA   NA
 11662600 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1091.000 0.000 NA   NA
 11804992 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1091.000 0.000 NA   NA
 11520238 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1127.000 0.000 NA   NA
 11662601 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1127.000 0.000 NA   NA
 11804993 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1127.000 0.000 NA   NA
 11520239 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1157.000 0.000 NA   NA
 11662602 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1157.000 0.000 NA   NA
 11804994 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1157.000 0.000 NA   NA
 11520240 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1193.000 0.000 NA   NA
 11662603 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1193.000 0.000 NA   NA
 11804995 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1193.000 0.000 NA   NA
 11520241 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1223.000 0.000 NA   NA
 11662604 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1223.000 0.000 NA   NA
 11804996 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1223.000 0.000 NA   NA
 11520242 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1259.000 0.000 NA   NA
 11662605 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1259.000 0.000 NA   NA
 11804997 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1259.000 0.000 NA   NA
 11520243 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1289.000 0.000 NA   NA
 11662606 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1289.000 0.000 NA   NA
 11804998 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1289.000 0.000 NA   NA
 11520244 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1325.000 0.000 NA   NA
 11662607 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1325.000 0.000 NA   NA
 11804999 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1325.000 0.000 NA   NA
 11520245 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1355.000 0.000 NA   NA
 11662608 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1355.000 0.000 NA   NA
 11805000 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1355.000 0.000 NA   NA
 11520246 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1391.000 0.000 NA   NA
 11662609 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1391.000 0.000 NA   NA
 11805001 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1391.000 0.000 NA   NA
 11520247 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1421.000 0.000 NA   NA
 11662610 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1421.000 0.000 NA   NA
 11805002 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1421.000 0.000 NA   NA
 11520248 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1457.000 0.000 NA   NA
 11662611 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1457.000 0.000 NA   NA
 11805003 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1457.000 0.000 NA   NA
 11520249 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1487.000 0.000 NA   NA
 11662612 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1487.000 0.000 NA   NA
 11805004 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1487.000 0.000 NA   NA
 11520250 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1523.000 0.000 NA   NA
 11662613 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1523.000 0.000 NA   NA
 11805005 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1523.000 0.000 NA   NA
 11520251 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1553.000 0.000 NA   NA
 11662614 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1553.000 0.000 NA   NA
 11805006 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1553.000 0.000 NA   NA
 11520252 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1589.000 0.000 NA   NA
 11662615 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1589.000 0.000 NA   NA
 11805007 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1589.000 0.000 NA   NA
 11520253 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1619.000 0.000 NA   NA
 11662616 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1619.000 0.000 NA   NA
 11805008 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1619.000 0.000 NA   NA
 11520254 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1655.000 0.000 NA   NA
 11662617 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1655.000 0.000 NA   NA
 11805009 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1655.000 0.000 NA   NA
 11520255 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1685.000 0.000 NA   NA
 11662618 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1685.000 0.000 NA   NA
 11805010 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1685.000 0.000 NA   NA
 11520256 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1721.000 0.000 NA   NA
 11662619 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1721.000 0.000 NA   NA
 11805011 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1721.000 0.000 NA   NA
 11520257 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1751.000 0.000 NA   NA
 11662620 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1751.000 0.000 NA   NA
 11805012 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1751.000 0.000 NA   NA
 11520258 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1787.000 0.000 NA   NA
 11662621 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1787.000 0.000 NA   NA
 11805013 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1787.000 0.000 NA   NA
 11520259 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1817.000 0.000 NA   NA
 11662622 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1817.000 0.000 NA   NA
 11805014 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1817.000 0.000 NA   NA
 11520260 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1853.000 0.000 NA   NA
 11662623 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1853.000 0.000 NA   NA
 11805015 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1853.000 0.000 NA   NA
 11520261 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1883.000 0.000 NA   NA
 11662624 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1883.000 0.000 NA   NA
 11805016 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1883.000 0.000 NA   NA
 11520262 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1919.000 0.000 NA   NA
 11662625 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1919.000 0.000 NA   NA
 11805017 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1919.000 0.000 NA   NA
 11520263 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1949.000 0.000 NA   NA
 11662626 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1949.000 0.000 NA   NA
 11805018 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1949.000 0.000 NA   NA
 11520264 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1985.000 0.000 NA   NA
 11662627 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1985.000 0.000 NA   NA
 11805019 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 1985.000 0.000 NA   NA
 11520265 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 2015.000 0.000 NA   NA
 11662628 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 2015.000 0.000 NA   NA
 11805020 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 2015.000 0.000 NA   NA
 11520266 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 2051.000 0.000 NA   NA
 11662629 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 2051.000 0.000 NA   NA
 11805021 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 2051.000 0.000 NA   NA
 11520267 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 2081.000 0.000 NA   NA
 11662630 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 2081.000 0.000 NA   NA
 11805022 1167193   SAK_1018   cas1 FALSE NA 2081.000 0.000 NA   NA
 1167196 1167197 SAK_1021 SAK_1022 ndk lepA FALSE 0.112 136.000 0.003 1.000 N NA
 1167197 1167198 SAK_1022 SAK_1023 lepA   FALSE 0.013 720.000 0.000 1.000   NA
 1167198 1167199 SAK_1023 SAK_1024     FALSE 0.134 124.000 0.000 1.000   NA
 1167199 1167200 SAK_1024 SAK_1025     TRUE 0.852 9.000 0.010 1.000   NA
 1167200 1167201 SAK_1025 SAK_1026   msrB TRUE 0.850 0.000 0.000 1.000   NA
 1167201 1167202 SAK_1026 SAK_1027 msrB   FALSE 0.058 152.000 0.000 1.000 N NA
 1167202 1167203 SAK_1027 SAK_1028     TRUE 0.850 0.000 0.000 1.000   NA
 1167204 1167205 SAK_1029 SAK_1030     FALSE 0.041 272.000 0.000 NA   NA
 1167207 1167208 SAK_1032 SAK_1033     TRUE 0.984 12.000 0.471 NA   NA
 1167208 1167209 SAK_1033 SAK_1034     TRUE 0.981 1.000 0.412 1.000 N NA
 1167210 1167211 SAK_1035 SAK_1036 dnaE pfk TRUE 0.435 81.000 0.098 1.000 N NA
 1167211 1167212 SAK_1036 SAK_1037 pfk pyk TRUE 0.979 49.000 0.261 0.005 Y NA
 1167212 1167213 SAK_1037 SAK_1038 pyk lepB FALSE 0.233 171.000 0.072 1.000   NA
 1167215 1167216 SAK_1040 SAK_1041 glmS phnA FALSE 0.097 163.000 0.008 1.000 N NA
 1167216 1167217 SAK_1041 SAK_1042 phnA   FALSE 0.159 135.000 0.018 1.000 N NA
 1167217 1167218 SAK_1042 SAK_1043     TRUE 0.970 10.000 0.130 1.000 Y NA
 1167218 1167219 SAK_1043 SAK_1044     TRUE 0.979 14.000 0.154 1.000 Y NA
 1167220 1167221 SAK_1045 SAK_1046 rpsT coaA TRUE 0.331 69.000 0.014 1.000 N NA
 1167222 1167223 SAK_1047 SAK_1048   cdd FALSE 0.013 326.000 0.000 1.000 N NA
 1167223 1167224 SAK_1048 SAK_1049 cdd   TRUE 0.836 65.000 0.300 1.000   NA
 1167224 1167225 SAK_1049 SAK_1050     FALSE 0.245 145.000 0.036 1.000   NA
 1167225 1167226 SAK_1050 SAK_1051     TRUE 0.995 -7.000 0.438 1.000   NA
 1167226 1167227 SAK_1051 SAK_1052     TRUE 0.996 2.000 0.720 0.041   NA
 1167227 1167228 SAK_1052 SAK_1053   nox FALSE 0.058 205.000 0.000 1.000   NA
 1167230 1167231 SAK_1055 SAK_1056 gyrA   TRUE 0.820 7.000 0.013 NA N NA
 1167231 1167232 SAK_1056 SAK_1057     TRUE 0.882 16.000 0.039 NA N NA
 1167232 1167233 SAK_1057 SAK_1058     FALSE 0.236 153.000 0.024 NA   NA
 1167235 1167236 SAK_1060 SAK_1061     TRUE 0.987 33.000 0.750 NA   NA
 1167238 1167239 SAK_1063 SAK_1064   gid FALSE 0.073 114.000 0.000 1.000 N NA
 1167239 1167240 SAK_1064 SAK_1065 gid   FALSE 0.228 78.000 0.000 1.000   NA
 1167240 1167241 SAK_1065 SAK_1066     FALSE 0.146 133.000 0.000 NA   NA
 1167243 1167244 SAK_1068 SAK_1069     TRUE 0.884 26.000 0.033 1.000   NA
 1167244 1167245 SAK_1069 SAK_1070     TRUE 0.994 2.000 0.855 1.000   NA
 1167245 1167246 SAK_1070 SAK_1071     TRUE 0.384 110.000 0.094 1.000   NA
 1167246 1167247 SAK_1071 SAK_1072     TRUE 0.998 -3.000 0.812 1.000 Y NA
 1167250 1167251 SAK_1075 SAK_1076   satD TRUE 0.993 -10.000 0.250 NA   NA
 1167251 1167252 SAK_1076 SAK_1077 satD ffh TRUE 0.442 67.000 0.002 NA   NA
 1167252 1167253 SAK_1077 SAK_1078 ffh   TRUE 0.954 18.000 0.151 1.000   NA
 1167253 1167254 SAK_1078 SAK_1079   ciaH FALSE 0.139 113.000 0.000 1.000   NA
 1167254 1167255 SAK_1079 SAK_1080 ciaH ciaR TRUE 0.999 -16.000 0.606 1.000 Y NA
 1167255 1167256 SAK_1080 SAK_1081 ciaR pepN FALSE 0.179 162.000 0.061 1.000 N NA
 1167256 1167257 SAK_1081 SAK_1082 pepN phoU FALSE 0.249 146.000 0.067 NA N NA
 1167257 1167258 SAK_1082 SAK_1083 phoU   TRUE 0.985 34.000 0.413 NA Y NA
 1167258 1167259 SAK_1083 SAK_1084   pstB TRUE 0.851 213.000 0.542 0.002 Y NA
 1167259 1167260 SAK_1084 SAK_1085 pstB pstA TRUE 0.996 12.000 0.490 0.004 Y NA
 1167260 1167261 SAK_1085 SAK_1086 pstA pstC TRUE 1.000 -10.000 0.907 0.004 Y NA
 1167261 1167262 SAK_1086 SAK_1087 pstC   TRUE 0.946 46.000 0.206 1.000 Y NA
 1167262 1167263 SAK_1087 SAK_1088     TRUE 0.396 185.000 0.303 NA N NA
 1167263 1167264 SAK_1088 SAK_1089     TRUE 0.737 68.000 0.229 NA N NA
 1167264 1167265 SAK_1089 SAK_1090     TRUE 0.979 23.000 0.337 NA   NA
 1167265 1167266 SAK_1090 SAK_1091   spxA TRUE 0.988 -7.000 0.169 NA   NA
 1167266 1167267 SAK_1091 SAK_1092 spxA ribF TRUE 0.632 43.000 0.017 1.000 N NA
 1167267 1167268 SAK_1092 SAK_1093 ribF truB TRUE 0.967 13.000 0.308 1.000 N NA
 1167268 1167269 SAK_1093 SAK_1094 truB   FALSE 0.166 92.000 0.000 1.000   NA
 1167269 1167270 SAK_1094 SAK_1095     TRUE 0.922 13.000 0.049 NA   NA
 1167270 1167271 SAK_1095 SAK_1096     TRUE 0.850 34.000 0.033 NA   NA
 1167271 1167272 SAK_1096 SAK_1097     FALSE 0.172 107.000 0.000 NA   NA
 1167272 1167273 SAK_1097 SAK_1098     FALSE 0.174 106.000 0.000 NA   NA
 1167273 1167274 SAK_1098 SAK_1099     TRUE 0.991 12.000 0.438 1.000 Y NA
 1167274 1167275 SAK_1099 SAK_1100   topA FALSE 0.063 137.000 0.000 1.000 N NA
 1167275 1167276 SAK_1100 SAK_1101 topA   TRUE 0.769 95.000 0.238 1.000 Y NA
 1167276 1167277 SAK_1101 SAK_1102     FALSE 0.063 138.000 0.000 1.000 N NA
 1167277 1167278 SAK_1102 SAK_1103     TRUE 0.739 62.000 0.012 1.000 Y NA
 1167278 1167279 SAK_1103 SAK_1104     TRUE 0.999 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 1167279 1167280 SAK_1104 SAK_1105     TRUE 0.999 -3.000 0.870 0.041 Y NA
 1167280 1167281 SAK_1105 SAK_1106     FALSE 0.043 239.000 0.000 1.000   NA
 1167281 1167282 SAK_1106 SAK_1107   rnhB TRUE 0.856 21.000 0.003 1.000   NA
 1167282 1167283 SAK_1107 SAK_1108 rnhB   TRUE 0.989 -13.000 0.148 1.000   NA
 1167283 1167284 SAK_1108 SAK_1109     FALSE 0.039 276.000 0.000 NA   NA
 1167284 1167285 SAK_1109 SAK_1110   cstA FALSE 0.074 201.000 0.000 NA   NA
 1167285 1167286 SAK_1110 SAK_1111 cstA   TRUE 0.429 156.000 0.050 1.000 Y NA
 1167286 1167287 SAK_1111 SAK_1112     TRUE 0.997 12.000 0.538 0.015 Y NA
 1167287 1167288 SAK_1112 SAK_1113     FALSE 0.014 976.000 0.000 NA   NA
 1167288 1167289 SAK_1113 SAK_1114     FALSE 0.196 91.000 0.000 NA   NA
 1167289 1167290 SAK_1114 SAK_1115     FALSE 0.077 197.000 0.000 NA   NA
 1167290 1167291 SAK_1115 SAK_1116     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1167291 1167292 SAK_1116 SAK_1117     TRUE 0.794 6.000 0.000 NA   NA
 1167292 1167293 SAK_1117 SAK_1118     FALSE 0.080 192.000 0.000 NA   NA
 1167293 1167294 SAK_1118 SAK_1119     TRUE 0.774 29.000 0.000 NA   NA
 1167294 1167295 SAK_1119 SAK_1120     TRUE 0.794 6.000 0.000 NA   NA
 1167295 1167296 SAK_1120 SAK_1121     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 1167296 1167297 SAK_1121 SAK_1122     TRUE 0.792 9.000 0.000 NA   NA
 1167297 1167298 SAK_1122 SAK_1123     TRUE 0.916 13.000 0.038 NA   NA
 1167298 1167299 SAK_1123 SAK_1124     TRUE 0.988 7.000 0.623 NA   NA
 1167299 1167300 SAK_1124 SAK_1125     TRUE 0.996 0.000 0.833 NA   NA
 1167300 1167301 SAK_1125 SAK_1126     TRUE 0.994 -16.000 0.237 NA   NA
 1167301 1167302 SAK_1126 SAK_1127     TRUE 0.972 9.000 0.286 NA   NA
 1167302 1167303 SAK_1127 SAK_1128     TRUE 0.487 82.000 0.061 NA   NA
 1167303 1167304 SAK_1128 SAK_1129     FALSE 0.105 167.000 0.000 NA   NA
 1167304 1167305 SAK_1129 SAK_1130     FALSE 0.161 117.000 0.000 NA   NA
 1167305 1167306 SAK_1130 SAK_1131     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1167306 1167307 SAK_1131 SAK_1132   carB FALSE 0.154 127.000 0.000 NA   NA
 1167307 1167308 SAK_1132 SAK_1133 carB carA TRUE 0.986 31.000 0.117 0.002 Y NA
 1167308 1167309 SAK_1133 SAK_1134 carA pyrB TRUE 0.951 14.000 0.014 1.000 Y NA
 1167309 1167310 SAK_1134 SAK_1135 pyrB pyrC TRUE 0.758 165.000 0.452 1.000 Y NA
 1167310 1167311 SAK_1135 SAK_1136 pyrC pyrE TRUE 0.934 12.000 0.003 1.000 Y NA
 1167311 1167312 SAK_1136 SAK_1137 pyrE pyrF TRUE 0.975 13.000 0.133 1.000 Y NA
 1167312 1167313 SAK_1137 SAK_1138 pyrF   FALSE 0.063 213.000 0.000 NA   NA
 1167313 1167314 SAK_1138 SAK_1139     TRUE 0.522 52.000 0.000 NA   NA
 1167314 1167315 SAK_1139 SAK_1140     FALSE 0.148 131.000 0.000 NA   NA
 1167315 1167316 SAK_1140 SAK_1141   asd FALSE 0.185 170.000 0.020 NA   NA
 1167316 1167317 SAK_1141 SAK_1142 asd   FALSE 0.056 207.000 0.000 1.000   NA
 1167317 1167318 SAK_1142 SAK_1143     FALSE 0.013 691.000 0.000 1.000   NA
 1167318 1167319 SAK_1143 SAK_1144   fhs FALSE 0.107 239.000 0.094 1.000 N NA
 1167319 1167320 SAK_1144 SAK_1145 fhs lplA TRUE 0.532 89.000 0.200 1.000 N NA
 1167320 1167321 SAK_1145 SAK_1146 lplA   TRUE 0.952 27.000 0.250 1.000 N NA
 1167321 1167322 SAK_1146 SAK_1147     TRUE 0.996 -31.000 0.286 NA   NA
 1167322 1167323 SAK_1147 SAK_1148     TRUE 0.982 -7.000 0.107 NA   NA
 1167323 1167324 SAK_1148 SAK_1149     TRUE 0.981 29.000 0.571 NA N NA
 1167324 1167325 SAK_1149 SAK_1150     TRUE 0.988 -3.000 0.100 NA Y NA
 1167325 1167326 SAK_1150 SAK_1151     TRUE 0.918 -3.000 0.019 1.000 N NA
 1167327 1167328 SAK_1152 SAK_1153 coaB coaC TRUE 0.959 -7.000 0.013 1.000   NA
 1167328 1167329 SAK_1153 SAK_1154 coaC   TRUE 0.738 46.000 0.019 NA   NA
 1167329 1167330 SAK_1154 SAK_1155     TRUE 0.420 110.000 0.098 NA   NA
 1167331 1167332 SAK_1156 SAK_1157     TRUE 0.999 1.000 0.895 0.007 Y NA
 1167332 1167333 SAK_1157 SAK_1158     TRUE 0.918 12.000 0.053 NA   NA
 1167333 1167334 SAK_1158 SAK_1159     TRUE 0.957 2.000 0.128 NA   NA
 1167334 1167335 SAK_1159 SAK_1160   glyA TRUE 0.936 5.000 0.103 NA   NA
 1167335 1167336 SAK_1160 SAK_1161 glyA   FALSE 0.231 92.000 0.015 NA N NA
 1167336 1167337 SAK_1161 SAK_1162     TRUE 0.987 -7.000 0.029 NA Y NA
 1167337 1167338 SAK_1162 SAK_1163   prfA TRUE 0.989 0.000 0.084 0.047 Y NA
 1167338 1167339 SAK_1163 SAK_1164 prfA tdk TRUE 0.804 35.000 0.062 1.000 N NA
 1167340 1167341 SAK_1165 SAK_1166     TRUE 0.473 140.000 0.189 1.000   NA
 1167341 1167342 SAK_1166 SAK_1167     TRUE 0.973 18.000 0.243 NA   NA
 1167342 1167343 SAK_1167 SAK_1168     TRUE 0.989 24.000 0.588 NA   NA
 1167343 1167344 SAK_1168 SAK_1169     FALSE 0.183 99.000 0.000 NA   NA
 1167345 1167346 SAK_1170 SAK_1171 pbuX xpt TRUE 0.973 0.000 0.046 1.000 Y NA
 1167346 1167347 SAK_1171 SAK_1172 xpt guaC FALSE 0.155 255.000 0.009 1.000 Y NA
 1167347 1167348 SAK_1172 SAK_1173 guaC   FALSE 0.060 203.000 0.000 1.000   NA
 1167350 1167351 SAK_1175 SAK_1176     FALSE 0.122 135.000 0.000 1.000   NA
 1167351 1167352 SAK_1176 SAK_1177   pta TRUE 0.747 62.000 0.031 0.051   NA
 1167352 1167353 SAK_1177 SAK_1178 pta   TRUE 0.877 26.000 0.067 1.000 N NA
 1167353 1167354 SAK_1178 SAK_1179   ppnK TRUE 0.970 -3.000 0.150 1.000 N NA
 1167354 1167355 SAK_1179 SAK_1180 ppnK   TRUE 0.998 -16.000 0.725 1.000   NA
 1167356 1167357 SAK_1181 SAK_1182   prs FALSE 0.311 176.000 0.145 1.000   NA
 1167357 1167358 SAK_1182 SAK_1183 prs   TRUE 0.965 4.000 0.089 1.000 Y NA
 1167358 1167359 SAK_1183 SAK_1184     TRUE 0.965 2.000 0.166 NA   NA
 1167359 1167360 SAK_1184 SAK_1185     FALSE 0.294 161.000 0.083 NA   NA
 1167361 1167362 SAK_1186 SAK_1187 radC   TRUE 0.370 96.000 0.046 NA   NA
 1167362 1167363 SAK_1187 SAK_1188     FALSE 0.196 91.000 0.000 NA   NA
 1167363 1167364 SAK_1188 SAK_1189     FALSE 0.047 163.000 0.000 1.000 N NA
 1167364 1167365 SAK_1189 SAK_1190     TRUE 0.378 101.000 0.071 1.000   NA
 1167367 1167368 SAK_1192 SAK_1193   potD TRUE 0.370 109.000 0.033 0.077 N NA
 1167368 1167369 SAK_1193 SAK_1194 potD potC TRUE 0.998 -7.000 0.253 0.040 Y NA
 1167369 1167370 SAK_1194 SAK_1195 potC potB TRUE 0.998 -3.000 0.492 0.040 Y NA
 1167370 1167371 SAK_1195 SAK_1196 potB potA TRUE 1.000 -16.000 0.928 0.040 Y NA
 1167371 1167372 SAK_1196 SAK_1197 potA murB TRUE 0.645 49.000 0.041 1.000 N NA
 1167372 1167373 SAK_1197 SAK_1198 murB folK FALSE 0.129 144.000 0.010 1.000 N NA
 1167373 1167374 SAK_1198 SAK_1199 folK folB TRUE 0.989 -3.000 0.142 1.000 Y NA
 1167374 1167375 SAK_1199 SAK_1200 folB folP TRUE 0.973 2.000 0.094 1.000 Y NA
 1167375 1167376 SAK_1200 SAK_1201 folP folE TRUE 0.963 4.000 0.073 1.000 Y NA
 1167376 1167377 SAK_1201 SAK_1202 folE folC TRUE 0.964 19.000 0.057 1.000 Y NA
 1167377 1167378 SAK_1202 SAK_1203 folC rarD TRUE 0.809 2.000 0.000 1.000   NA
 1167378 1167379 SAK_1203 SAK_1204 rarD thrB TRUE 0.965 -13.000 0.005 1.000   NA
 1167379 1167380 SAK_1204 SAK_1205 thrB hom TRUE 0.963 2.000 0.036 1.000 Y NA
 1167382 1167383 SAK_1207 SAK_1208     TRUE 0.788 22.000 0.000 1.000   NA
 1167383 1167384 SAK_1208 SAK_1209     TRUE 0.987 33.000 0.750 NA   NA
 1167384 1167385 SAK_1209 SAK_1210     TRUE 0.796 5.000 0.000 NA   NA
 1167385 1167386 SAK_1210 SAK_1211     FALSE 0.136 143.000 0.000 NA   NA
 1167386 1167387 SAK_1211 SAK_1212     FALSE 0.291 74.000 0.000 NA   NA
 1167387 1167388 SAK_1212 SAK_1213     FALSE 0.171 108.000 0.000 NA   NA
 1167389 10942578 SAK_1214 SAK_1215     FALSE 0.113 160.000 0.000 NA   NA
 10942578 1167390 SAK_1215 SAK_1216     FALSE 0.182 100.000 0.000 NA   NA
 1167391 1167392 SAK_1217 SAK_1218 tpx   FALSE 0.187 73.000 0.000 NA N NA
 1167392 1167393 SAK_1218 SAK_1219     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 1167393 1167394 SAK_1219 SAK_1220     TRUE 0.796 5.000 0.000 NA   NA
 1167394 1167395 SAK_1220 SAK_1221     TRUE 0.479 164.000 0.238 NA   NA
 1167395 1167396 SAK_1221 SAK_1222     TRUE 0.818 22.000 0.000 NA   NA
 1167396 1167397 SAK_1222 SAK_1223     TRUE 0.572 47.000 0.000 NA   NA
 1167397 1167398 SAK_1223 SAK_1224     TRUE 0.729 56.000 0.060 NA   NA
 1167398 1167399 SAK_1224 SAK_1225     TRUE 0.948 10.000 0.143 NA   NA
 1167399 1167400 SAK_1225 SAK_1226     TRUE 0.823 15.000 0.000 NA   NA
 1167400 1167401 SAK_1226 SAK_1227     TRUE 0.732 48.000 0.000 0.059   NA
 1167401 1167402 SAK_1227 SAK_1228   pcrA FALSE 0.018 411.000 0.000 1.000   NA
 1167402 1167403 SAK_1228 SAK_1229 pcrA   FALSE 0.102 106.000 0.000 NA N NA
 1167403 1167404 SAK_1229 SAK_1230   uraA FALSE 0.085 133.000 0.000 NA N NA
 1167405 1167406 SAK_1231 SAK_1232     TRUE 0.704 63.000 0.060 0.077 N NA
 1167406 1167407 SAK_1232 SAK_1233     FALSE 0.097 159.000 0.000 1.000   NA
 1167407 1167408 SAK_1233 SAK_1234     TRUE 0.989 -19.000 0.121 1.000   NA
 1167408 1167409 SAK_1234 SAK_1235     TRUE 0.323 69.000 0.000 NA   NA
 1167410 1167411 SAK_1236 SAK_1237   rpsA FALSE 0.298 73.000 0.000 NA   NA
 1167411 1167412 SAK_1237 SAK_1238 rpsA   FALSE 0.159 123.000 0.000 NA   NA
 1167412 1167413 SAK_1238 SAK_1239     TRUE 0.794 6.000 0.000 NA   NA
 1167413 1167414 SAK_1239 SAK_1240     TRUE 0.428 61.000 0.000 NA   NA
 1167414 1167415 SAK_1240 SAK_1241   ilvE TRUE 0.529 83.000 0.095 NA   NA
 1167415 1167416 SAK_1241 SAK_1242 ilvE parC FALSE 0.292 113.000 0.086 1.000 N NA
 1167416 1167417 SAK_1242 SAK_1243 parC parE TRUE 0.937 134.000 0.552 0.002 Y NA
 1167419 1167420 SAK_1245 SAK_1246 ung   FALSE 0.183 99.000 0.000 NA   NA
 1167420 1167421 SAK_1246 SAK_1247   neuA FALSE 0.162 114.000 0.000 NA   NA
 1167421 1167422 SAK_1247 SAK_1248 neuA neuD TRUE 0.860 11.000 0.013 1.000   NA
 1167422 1167423 SAK_1248 SAK_1249 neuD neuC TRUE 0.941 -3.000 0.013 1.000   NA
 1167423 1167424 SAK_1249 SAK_1250 neuC neuB TRUE 0.926 77.000 0.549 1.000 Y NA
 1167424 1167425 SAK_1250 SAK_1251 neuB cpsL TRUE 0.850 0.000 0.000 1.000   NA
 1167425 1167426 SAK_1251 SAK_1252 cpsL   TRUE 0.952 -3.000 0.033 1.000   NA
 1167426 1167427 SAK_1252 SAK_1253     FALSE 0.232 84.000 0.000 NA   NA
 1167427 1167428 SAK_1253 SAK_1254   cpsI TRUE 0.879 34.000 0.000 NA Y NA
 1167428 1167429 SAK_1254 SAK_1255 cpsI cpsH TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 1167429 1167430 SAK_1255 SAK_1256 cpsH   FALSE 0.187 96.000 0.000 NA   NA
 1167430 1167431 SAK_1256 SAK_1257   cpsF TRUE 0.949 0.000 0.052 NA   NA
 1167431 1167432 SAK_1257 SAK_1258 cpsF cpsE TRUE 0.896 24.000 0.020 NA   NA
 1167432 1167433 SAK_1258 SAK_1259 cpsE cpsD TRUE 0.906 13.000 0.067 NA N NA
 1167433 1167434 SAK_1259 SAK_1260 cpsD cpsC TRUE 0.988 11.000 0.800 1.000 N NA
 1167434 1167435 SAK_1260 SAK_1261 cpsC cpsB TRUE 0.994 9.000 0.636 1.000 Y NA
 1167435 1167436 SAK_1261 SAK_1262 cpsB   TRUE 0.982 6.000 0.583 1.000 N NA
 1167438 1167439 SAK_1264 SAK_1265   deoD TRUE 0.792 9.000 0.000 NA   NA
 1167439 1167440 SAK_1265 SAK_1266 deoD   TRUE 0.965 -16.000 0.027 1.000 N NA
 1167440 1167441 SAK_1266 SAK_1267   punA TRUE 0.677 2.000 0.000 1.000 N NA
 1167441 1167442 SAK_1267 SAK_1268 punA arsC TRUE 0.820 39.000 0.108 1.000 N NA
 1167442 1167443 SAK_1268 SAK_1269 arsC deoB TRUE 0.740 51.000 0.108 1.000 N NA
 1167443 1167444 SAK_1269 SAK_1270 deoB rpiA TRUE 0.796 57.000 0.018 1.000 Y NA
 1167444 1167445 SAK_1270 SAK_1271 rpiA   FALSE 0.022 238.000 0.000 1.000 N NA
 1167445 1167446 SAK_1271 SAK_1272   estA TRUE 0.641 90.000 0.217 NA   NA
 1167446 1167447 SAK_1272 SAK_1273 estA   TRUE 0.810 57.000 0.143 NA   NA
 1167447 1167448 SAK_1273 SAK_1274     FALSE 0.063 296.000 0.026 1.000   NA
 1167448 1167449 SAK_1274 SAK_1275     TRUE 0.996 0.000 0.895 1.000   NA
 1167449 1167450 SAK_1275 SAK_1276     TRUE 0.981 13.000 0.368 NA   NA
 1167452 1167453 SAK_1278 SAK_1279 budA budB TRUE 0.876 14.000 0.044 1.000 N NA
 1167453 1167454 SAK_1279 SAK_1280 budB   FALSE 0.264 110.000 0.022 1.000   NA
 1167454 1167455 SAK_1280 SAK_1281     TRUE 0.979 -10.000 0.048 NA   NA
 1167455 1167456 SAK_1281 SAK_1282     FALSE 0.194 92.000 0.000 NA   NA
 1167456 1167457 SAK_1282 SAK_1283   mutX TRUE 0.879 -10.000 0.000 1.000 N NA
 1167459 1167460 SAK_1285 SAK_1286 rfbB rmlC TRUE 0.594 207.000 0.350 1.000 Y NA
 1167460 1167461 SAK_1286 SAK_1287 rmlC rfbA TRUE 0.985 0.000 0.149 1.000 Y NA
 1167461 1167462 SAK_1287 SAK_1288 rfbA   TRUE 0.588 59.000 0.059 1.000 N NA
 1167462 1167463 SAK_1288 SAK_1289     TRUE 0.888 9.000 0.021 NA   NA
 1167463 1167464 SAK_1289 SAK_1290     TRUE 0.994 -10.000 0.283 NA   NA
 1167464 1167465 SAK_1290 SAK_1291     FALSE 0.277 104.000 0.012 NA   NA
 1167465 1167466 SAK_1291 SAK_1292   apt FALSE 0.160 118.000 0.005 NA N NA
 1167466 1167467 SAK_1292 SAK_1293 apt   FALSE 0.093 123.000 0.000 NA N NA
 1167467 1167468 SAK_1293 SAK_1294   recJ FALSE 0.075 152.000 0.000 NA N NA
 1167468 1167469 SAK_1294 SAK_1295 recJ   TRUE 0.944 -3.000 0.016 1.000   NA
 1167469 1167470 SAK_1295 SAK_1296   rnz TRUE 0.936 2.000 0.074 1.000   NA
 1167470 1167471 SAK_1296 SAK_1297 rnz   TRUE 0.774 42.000 0.022 NA   NA
 1167471 1167472 SAK_1297 SAK_1298     TRUE 0.964 -7.000 0.014 NA   NA
 1167472 1167473 SAK_1298 SAK_1299   miaA FALSE 0.315 91.000 0.027 1.000   NA
 1167475 1167476 SAK_1301 SAK_1302     FALSE 0.065 134.000 0.000 1.000 N NA
 1167476 1167477 SAK_1302 SAK_1303     FALSE 0.044 169.000 0.000 1.000 N NA
 1167477 1167478 SAK_1303 SAK_1304     TRUE 0.716 15.000 0.000 NA N NA
 1167478 1167479 SAK_1304 SAK_1305   pepV FALSE 0.255 97.000 0.031 NA N NA
 1167479 1167480 SAK_1305 SAK_1306 pepV   TRUE 0.839 47.000 0.179 1.000 N NA
 1167484 1167485 SAK_1310 SAK_1311     FALSE 0.180 101.000 0.000 NA   NA
 1167485 1167486 SAK_1311 SAK_1312     TRUE 0.790 10.000 0.000 NA   NA
 1167487 1167488 SAK_1313 SAK_1314     FALSE 0.082 190.000 0.000 NA   NA
 1167488 1167489 SAK_1314 SAK_1315     TRUE 0.988 36.000 0.667 0.057   NA
 1167489 1167490 SAK_1315 SAK_1316     FALSE 0.058 224.000 0.000 NA   NA
 1167490 1167491 SAK_1316 SAK_1317     TRUE 0.823 15.000 0.000 NA   NA
 1167492 1167493 SAK_1318 SAK_1319   lmb TRUE 0.993 13.000 0.800 NA   NA
 1167493 1167494 SAK_1319 SAK_1320 lmb scpB FALSE 0.045 236.000 0.000 1.000   NA
 1167494 1167495 SAK_1320 SAK_1321 scpB   FALSE 0.018 537.000 0.000 NA   NA
 1167496 1167497 SAK_1322 SAK_1323     TRUE 0.988 36.000 0.667 0.057   NA
 1167500 1167501 SAK_1326 SAK_1327     FALSE 0.038 255.000 0.000 1.000   NA
 1167501 1167502 SAK_1327 SAK_1328     FALSE 0.144 135.000 0.000 NA   NA
 1167502 1167503 SAK_1328 SAK_1329     TRUE 0.837 2.000 0.000 NA   NA
 1167503 1167504 SAK_1329 SAK_1330     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 1167504 1167505 SAK_1330 SAK_1331     FALSE 0.055 235.000 0.000 NA   NA
 1167505 1167506 SAK_1331 SAK_1332     TRUE 0.948 52.000 0.500 NA   NA
 1167506 1167507 SAK_1332 SAK_1333     TRUE 0.983 14.000 0.400 NA   NA
 1167507 1167508 SAK_1333 SAK_1334   rplL FALSE 0.042 241.000 0.000 1.000   NA
 1167508 1167509 SAK_1334 SAK_1335 rplL rplJ TRUE 0.989 64.000 0.884 0.020 Y NA
 1167511 1167512 SAK_1337 SAK_1338     TRUE 0.965 5.000 0.093 1.000 Y NA
 1167512 1167513 SAK_1338 SAK_1339     FALSE 0.149 130.000 0.000 NA   NA
 1167513 1167514 SAK_1339 SAK_1340     FALSE 0.116 158.000 0.000 NA   NA
 1167516 1167517 SAK_1342 SAK_1343   clpX TRUE 0.894 11.000 0.043 1.000   NA
 1167519 1167520 SAK_1345 SAK_1346 folA thyA TRUE 0.683 80.000 0.295 1.000 N NA
 1167521 1167522 SAK_1347 SAK_1348     TRUE 0.983 2.000 0.183 1.000 Y NA
 1167522 1167523 SAK_1348 SAK_1349     TRUE 0.328 92.000 0.020 NA   NA
 1167523 1167524 SAK_1349 SAK_1350     TRUE 0.950 5.000 0.146 NA   NA
 1167524 1167525 SAK_1350 SAK_1351     TRUE 0.539 87.000 0.135 1.000   NA
 1167525 1167526 SAK_1351 SAK_1352     FALSE 0.106 101.000 0.000 NA N NA
 1167527 1167528 SAK_1353 SAK_1354   fni TRUE 0.336 68.000 0.000 NA   NA
 1167528 1167529 SAK_1354 SAK_1355 fni   TRUE 0.958 -3.000 0.097 1.000 N NA
 1167529 1167530 SAK_1355 SAK_1356   mvaD TRUE 0.998 -7.000 0.312 0.005 Y NA
 1167530 1167531 SAK_1356 SAK_1357 mvaD mvk TRUE 0.999 -18.000 0.281 0.004 Y NA
 1167531 1167532 SAK_1357 SAK_1358 mvk   FALSE 0.073 116.000 0.000 1.000 N NA
 1167532 1167533 SAK_1358 SAK_1359     TRUE 0.995 0.000 0.533 1.000 Y NA
 1167533 1167534 SAK_1359 SAK_1360     TRUE 0.993 2.000 0.800 1.000   NA
 1167534 1167535 SAK_1360 SAK_1361     FALSE 0.145 108.000 0.000 1.000   NA
 1167535 1167536 SAK_1361 SAK_1362     TRUE 1.000 -10.000 1.000 0.007 Y NA
 1167536 1167537 SAK_1362 SAK_1363     TRUE 0.894 47.000 0.296 1.000 N NA
 1167539 1167540 SAK_1365 SAK_1366 def gdhA TRUE 0.437 70.000 0.056 1.000 N NA
 1167542 1167543 SAK_1368 SAK_1369     TRUE 0.998 5.000 0.846 0.007 Y NA
 1167543 1167544 SAK_1369 SAK_1370     TRUE 0.359 67.000 0.013 1.000 N NA
 1167544 1167545 SAK_1370 SAK_1371     TRUE 0.932 -3.000 0.006 1.000   NA
 1167545 1167546 SAK_1371 SAK_1372   papS TRUE 0.904 11.000 0.056 1.000   NA
 1167546 1167547 SAK_1372 SAK_1373 papS   FALSE 0.075 200.000 0.000 NA   NA
 1167547 1167548 SAK_1373 SAK_1374     TRUE 0.950 0.000 0.056 NA   NA
 1167548 1167549 SAK_1374 SAK_1375     TRUE 0.592 72.000 0.083 NA   NA
 1167549 1167550 SAK_1375 SAK_1376     TRUE 0.535 51.000 0.000 NA   NA
 1167550 1167551 SAK_1376 SAK_1377     FALSE 0.083 189.000 0.000 NA   NA
 1167551 1167552 SAK_1377 SAK_1378     TRUE 0.998 -3.000 0.816 1.000 Y NA
 1167552 1167553 SAK_1378 SAK_1379     TRUE 0.998 -3.000 0.721 1.000 Y NA
 1167553 1167554 SAK_1379 SAK_1380     FALSE 0.066 131.000 0.000 1.000 N NA
 1167554 1167555 SAK_1380 SAK_1381     FALSE 0.115 144.000 0.000 1.000   NA
 1167555 1167556 SAK_1381 SAK_1382   panE FALSE 0.053 212.000 0.000 1.000   NA
 1167556 1167557 SAK_1382 SAK_1383 panE   TRUE 0.979 13.000 0.333 NA   NA
 1167557 1167558 SAK_1383 SAK_1384     TRUE 0.322 137.000 0.059 NA   NA
 1167558 1167559 SAK_1384 SAK_1385   trmD TRUE 0.955 -19.000 0.007 1.000 N NA
 1167559 1167560 SAK_1385 SAK_1386 trmD rimM TRUE 0.999 -13.000 0.672 1.000 Y NA
 1167560 1167561 SAK_1386 SAK_1387 rimM   TRUE 0.395 63.000 0.000 NA   NA
 1167561 1167562 SAK_1387 SAK_1388     TRUE 0.792 9.000 0.000 NA   NA
 1167562 1167563 SAK_1388 SAK_1389     FALSE 0.171 108.000 0.000 NA   NA
 1167563 1167564 SAK_1389 SAK_1390     FALSE 0.147 132.000 0.000 NA   NA
 1167564 1167565 SAK_1390 SAK_1391   rpsP TRUE 0.976 10.000 0.385 1.000   NA
 1167565 1167566 SAK_1391 SAK_1392 rpsP   FALSE 0.068 129.000 0.000 1.000 N NA
 1167566 1167567 SAK_1392 SAK_1393     TRUE 0.997 15.000 0.923 1.000 Y NA
 1167567 1167568 SAK_1393 SAK_1394     TRUE 0.992 3.000 0.923 1.000 N NA
 1167568 1167569 SAK_1394 SAK_1395     FALSE 0.055 209.000 0.000 1.000   NA
 1167569 1167570 SAK_1395 SAK_1396   carA TRUE 0.839 56.000 0.013 0.002   NA
 1167570 1167571 SAK_1396 SAK_1397 carA pyrR TRUE 0.764 49.000 0.000 1.000 Y NA
 1167571 1167572 SAK_1397 SAK_1398 pyrR   FALSE 0.083 176.000 0.008 1.000 N NA
 1167572 1167573 SAK_1398 SAK_1399   lspA TRUE 0.979 -16.000 0.082 1.000 N NA
 1167573 1167574 SAK_1399 SAK_1400 lspA   TRUE 0.910 9.000 0.119 1.000 N NA
 1167574 1167575 SAK_1400 SAK_1401   rpmA FALSE 0.026 216.000 0.000 1.000 N NA
 1167575 1167576 SAK_1401 SAK_1402 rpmA   TRUE 0.984 22.000 0.203 NA Y NA
 1167576 1167577 SAK_1402 SAK_1403   rplU TRUE 0.982 7.000 0.208 NA Y NA
 1167577 1167578 SAK_1403 SAK_1404 rplU   FALSE 0.035 190.000 0.000 1.000 N NA
 1167578 1167579 SAK_1404 SAK_1405   thiI FALSE 0.183 102.000 0.014 1.000 N NA
 1167579 1167580 SAK_1405 SAK_1406 thiI   TRUE 0.975 2.000 0.349 1.000 N NA
 1167582 1167583 SAK_1408 SAK_1409 gor   FALSE 0.154 175.000 0.010 NA   NA
 1167583 1167584 SAK_1409 SAK_1410   aroC TRUE 0.321 84.000 0.005 NA   NA
 1167584 1167585 SAK_1410 SAK_1411 aroC aroB TRUE 0.992 1.000 0.110 0.003 Y NA
 1167585 1167586 SAK_1411 SAK_1412 aroB aroD TRUE 0.643 94.000 0.000 0.003 Y NA
 1167586 1167587 SAK_1412 SAK_1413 aroD   TRUE 0.967 0.000 0.125 NA   NA
 1167589 1167590 SAK_1415 SAK_1416 rplT rpmI TRUE 0.993 58.000 0.928 0.020 Y NA
 1167590 1167591 SAK_1416 SAK_1417 rpmI infC TRUE 0.987 40.000 0.652 1.000 Y NA
 1167591 1167592 SAK_1417 SAK_1418 infC cmk FALSE 0.104 161.000 0.010 1.000 N NA
 1167592 1167593 SAK_1418 SAK_1419 cmk   TRUE 0.855 11.000 0.012 1.000   NA
 1167595 1167596 SAK_1421 SAK_1422   pepT TRUE 0.901 29.000 0.051 NA   NA
 1167596 1167597 SAK_1422 SAK_1423 pepT   FALSE 0.122 135.000 0.000 1.000   NA
 1167598 1167599 SAK_1424 SAK_1425 murE fhuC FALSE 0.198 156.000 0.062 1.000 N NA
 1167599 1167600 SAK_1425 SAK_1426 fhuC fhuD TRUE 0.997 24.000 0.889 1.000 Y NA
 1167600 1167601 SAK_1426 SAK_1427 fhuD fhuB TRUE 0.981 16.000 0.179 1.000 Y NA
 1167601 1167602 SAK_1427 SAK_1428 fhuB   TRUE 0.999 -3.000 0.857 0.039 Y NA
 1167603 1167604 SAK_1429 SAK_1430   ppaC TRUE 0.605 60.000 0.015 NA   NA
 1167604 1167605 SAK_1430 SAK_1431 ppaC pflA FALSE 0.185 117.000 0.023 1.000 N NA
 1167605 1167606 SAK_1431 SAK_1432 pflA   TRUE 0.525 68.000 0.028 NA   NA
 1167606 1167607 SAK_1432 SAK_1433     FALSE 0.168 180.000 0.023 NA   NA
 1167607 1167608 SAK_1433 SAK_1434     TRUE 0.994 -7.000 0.408 1.000   NA
 1167608 1167609 SAK_1434 SAK_1435     TRUE 0.356 93.000 0.050 1.000   NA
 1167609 1167610 SAK_1435 SAK_1436     TRUE 0.998 -19.000 0.600 NA   NA
 1167610 1167611 SAK_1436 SAK_1437     FALSE 0.038 284.000 0.000 NA   NA
 1167611 1167612 SAK_1437 SAK_1438     TRUE 0.934 -7.000 0.000 NA   NA
 1167612 1167613 SAK_1438 SAK_1439     TRUE 0.947 -10.000 0.000 NA   NA
 1167613 1167614 SAK_1439 SAK_1440     TRUE 0.658 38.000 0.000 NA   NA
 1167614 1167615 SAK_1440 SAK_1441     TRUE 0.843 41.000 0.000 0.009   NA
 1167615 1167616 SAK_1441 SAK_1442     FALSE 0.092 177.000 0.000 NA   NA
 1167616 1167617 SAK_1442 SAK_1443   lepB TRUE 0.821 19.000 0.000 NA   NA
 1167617 1167618 SAK_1443 SAK_1444 lepB   TRUE 0.998 -16.000 0.667 NA   NA
 1167618 1167619 SAK_1444 SAK_1445     FALSE 0.052 239.000 0.000 NA   NA
 1167619 1167620 SAK_1445 SAK_1446     TRUE 0.936 -10.000 0.000 1.000   NA
 1167620 1167621 SAK_1446 SAK_1447     TRUE 0.891 -3.000 0.000 1.000   NA
 1167621 1167622 SAK_1447 SAK_1448     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 1167622 1167623 SAK_1448 SAK_1449     TRUE 0.837 2.000 0.000 NA   NA
 1167623 1167624 SAK_1449 SAK_1450     TRUE 0.983 9.000 0.222 NA Y NA
 1167624 1167625 SAK_1450 SAK_1451     TRUE 0.938 2.000 0.000 NA Y NA
 1167625 1167626 SAK_1451 SAK_1452   ispD TRUE 0.639 3.000 0.000 1.000 N NA
 1167626 1167627 SAK_1452 SAK_1453 ispD licD2 TRUE 0.702 3.000 0.000 NA N NA
 1167627 1167628 SAK_1453 SAK_1454 licD2   TRUE 0.800 25.000 0.000 NA   NA
 1167628 1167629 SAK_1454 SAK_1455     TRUE 0.934 -7.000 0.000 NA   NA
 1167629 1167630 SAK_1455 SAK_1456     TRUE 0.995 -3.000 0.568 NA   NA
 1167630 1167631 SAK_1456 SAK_1457     TRUE 0.796 5.000 0.000 NA   NA
 1167631 1167632 SAK_1457 SAK_1458   rgpAc TRUE 0.994 -10.000 0.289 NA   NA
 1167632 1167633 SAK_1458 SAK_1459 rgpAc rfbD TRUE 0.715 117.000 0.212 1.000 Y NA
 1167633 1167634 SAK_1459 SAK_1460 rfbD   TRUE 0.564 90.000 0.152 NA   NA
 1167634 1167635 SAK_1460 SAK_1461   rpoD TRUE 0.337 109.000 0.044 NA   NA
 1167635 1167636 SAK_1461 SAK_1462 rpoD dnaG TRUE 0.945 8.000 0.209 1.000 N NA
 1167638 1167639 SAK_1464 SAK_1465 rpsU   FALSE 0.176 104.000 0.000 NA   NA
 1167639 1167640 SAK_1465 SAK_1466     FALSE 0.238 83.000 0.000 NA   NA
 1167640 1167641 SAK_1466 SAK_1467     FALSE 0.046 325.000 0.000 0.051 N NA
 1167645 1167646 SAK_1471 SAK_1472   glgP FALSE 0.054 415.000 0.000 1.000 Y NA
 1167646 1167647 SAK_1472 SAK_1473 glgP malQ TRUE 0.993 12.000 0.289 0.019 Y NA
 1167647 1167648 SAK_1473 SAK_1474 malQ   TRUE 0.705 121.000 0.538 1.000 N NA
 1167649 1167650 SAK_1475 SAK_1476     TRUE 0.951 98.000 0.690 0.039 Y NA
 1167650 1167651 SAK_1476 SAK_1477     TRUE 0.999 0.000 0.793 0.039 Y NA
 1167651 1167652 SAK_1477 SAK_1478     FALSE 0.090 231.000 0.000 0.039 N NA
 1167653 1167654 SAK_1479 SAK_1480     FALSE 0.038 283.000 0.000 NA   NA
 1167654 1167655 SAK_1480 SAK_1481     TRUE 0.989 -7.000 0.200 NA   NA
 1167655 1167656 SAK_1481 SAK_1482   secA TRUE 0.657 14.000 0.000 1.000 N NA
 1167656 1167657 SAK_1482 SAK_1483 secA asp3 TRUE 0.953 -13.000 0.000 NA   NA
 1167657 1167658 SAK_1483 SAK_1484 asp3 asp2 TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1167658 1167659 SAK_1484 SAK_1485 asp2 asp1 FALSE 0.244 82.000 0.000 NA   NA
 1167659 1167660 SAK_1485 SAK_1486 asp1   TRUE 0.918 0.000 0.007 NA   NA
 1167660 1167661 SAK_1486 SAK_1487     FALSE 0.158 124.000 0.000 NA   NA
 1167661 1167662 SAK_1487 SAK_1488     TRUE 0.428 61.000 0.000 NA   NA
 1167662 1167663 SAK_1488 SAK_1489     TRUE 0.934 -7.000 0.000 NA   NA
 1167663 1167664 SAK_1489 SAK_1490     TRUE 0.993 -10.000 0.000 0.003 Y NA
 1167664 1167665 SAK_1490 SAK_1491     TRUE 0.987 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 1167665 1167666 SAK_1491 SAK_1492     TRUE 0.792 9.000 0.000 NA   NA
 1167666 1167667 SAK_1492 SAK_1493     FALSE 0.030 331.000 0.000 NA   NA
 1167669 1167670 SAK_1495 SAK_1496 uvrB   TRUE 0.428 61.000 0.000 NA   NA
 1167671 1167672 SAK_1497 SAK_1498     TRUE 0.992 0.000 0.326 1.000 Y NA
 1167673 1167674 SAK_1499 SAK_1500   obgE TRUE 0.867 26.000 0.009 NA   NA
 1167674 1167675 SAK_1500 SAK_1501 obgE   TRUE 0.490 67.000 0.011 NA   NA
 1167677 1167678 SAK_1503 SAK_1504     TRUE 0.378 110.000 0.000 0.009   NA
 1167678 1167679 SAK_1504 SAK_1505     TRUE 0.432 85.000 0.000 1.000 Y NA
 1167679 1167680 SAK_1505 SAK_1506     FALSE 0.067 191.000 0.000 1.000   NA
 1167681 1167682 SAK_1507 SAK_1508   gloA FALSE 0.202 88.000 0.009 1.000 N NA
 1167682 1167683 SAK_1508 SAK_1509 gloA   FALSE 0.088 129.000 0.000 NA N NA
 1167683 1167684 SAK_1509 SAK_1510   cycA FALSE 0.088 129.000 0.000 NA N NA
 1167685 1167686 SAK_1511 SAK_1512 smpB rnr TRUE 0.970 3.000 0.143 0.024 N NA
 1167686 1167687 SAK_1512 SAK_1513 rnr secG FALSE 0.263 113.000 0.064 1.000 N NA
 1167687 10942579 SAK_1513 SAK_1514 secG   TRUE 0.572 47.000 0.000 NA   NA
 10942579 1167688 SAK_1514 SAK_1515     TRUE 0.872 0.000 0.000 NA   NA
 1167688 1167689 SAK_1515 SAK_1516     FALSE 0.077 196.000 0.000 NA   NA
 1167689 1167690 SAK_1516 SAK_1517     TRUE 0.995 -10.000 0.385 NA   NA
 1167690 1167691 SAK_1517 SAK_1518   coaE FALSE 0.071 124.000 0.000 1.000 N NA
 1167691 1167692 SAK_1518 SAK_1519 coaE mutM TRUE 0.948 -3.000 0.066 1.000 N NA
 1167692 1167693 SAK_1519 SAK_1520 mutM   FALSE 0.169 149.000 0.004 1.000   NA
 1167695 1167696 SAK_1522 SAK_1523     FALSE 0.055 235.000 0.000 NA   NA
 1167696 1167697 SAK_1523 SAK_1524     FALSE 0.015 730.000 0.000 NA   NA
 1167697 1167698 SAK_1524 SAK_1525   era FALSE 0.053 237.000 0.000 NA   NA
 1167698 1167699 SAK_1525 SAK_1526 era dgkA TRUE 0.813 42.000 0.063 1.000   NA
 1167699 1167700 SAK_1526 SAK_1527 dgkA   TRUE 0.982 -19.000 0.035 NA   NA
 1167700 1167701 SAK_1527 SAK_1528     FALSE 0.023 407.000 0.000 NA   NA
 1167701 1167702 SAK_1528 SAK_1529     FALSE 0.017 322.000 0.000 NA N NA
 1167704 1167705 SAK_1531 SAK_1532     FALSE 0.222 124.000 0.004 NA   NA
 1167705 1167706 SAK_1532 SAK_1533     FALSE 0.118 157.000 0.000 NA   NA
 1167706 1167707 SAK_1533 SAK_1534   msrA TRUE 0.932 24.000 0.080 NA   NA
 1167707 1167708 SAK_1534 SAK_1535 msrA   FALSE 0.218 138.000 0.016 1.000   NA
 1167708 1167709 SAK_1535 SAK_1536   frr FALSE 0.227 118.000 0.012 1.000   NA
 1167709 1167710 SAK_1536 SAK_1537 frr pyrH TRUE 0.986 16.000 0.626 1.000 N NA
 1167710 1167711 SAK_1537 SAK_1538 pyrH nikE FALSE 0.072 121.000 0.000 1.000 N NA
 1167711 1167712 SAK_1538 SAK_1539 nikE nikD TRUE 0.999 -13.000 0.500 0.023 Y NA
 1167712 1167713 SAK_1539 SAK_1540 nikD nikC TRUE 0.998 -12.000 0.353 1.000 Y NA
 1167713 1167714 SAK_1540 SAK_1541 nikC nikB TRUE 0.983 45.000 0.353 0.038 Y NA
 1167714 1167715 SAK_1541 SAK_1542 nikB nikA TRUE 0.998 -13.000 0.167 0.038 Y NA
 1167715 1167716 SAK_1542 SAK_1543 nikA rplA FALSE 0.010 389.000 0.000 1.000 N NA
 1167716 1167717 SAK_1543 SAK_1544 rplA rplK TRUE 0.964 104.000 0.838 0.026 Y NA
 1167719 1167720 SAK_1546 SAK_1547     TRUE 0.760 8.000 0.000 1.000   NA
 1167721 1167722 SAK_1548 SAK_1549     FALSE 0.019 485.000 0.000 NA   NA
 1167722 1167723 SAK_1549 SAK_1550     TRUE 0.962 -24.000 0.000 NA   NA
 1167724 1167725 SAK_1551 SAK_1552 pabB ftsK FALSE 0.116 82.000 0.000 1.000 N NA
 1167727 1167728 SAK_1554 SAK_1555 mtsC mtsB TRUE 0.978 2.000 0.130 1.000 Y NA
 1167728 1167729 SAK_1555 SAK_1556 mtsB mtsA TRUE 0.495 171.000 0.135 1.000 Y NA
 1167731 1167732 SAK_1558 SAK_1559 pfs   TRUE 0.903 10.000 0.041 NA   NA
 1167732 1167733 SAK_1559 SAK_1560     TRUE 0.936 0.000 0.025 NA   NA
 1167733 1167734 SAK_1560 SAK_1561   glmU TRUE 0.829 21.000 0.015 1.000 N NA
 1167734 1167735 SAK_1561 SAK_1562 glmU   FALSE 0.049 244.000 0.000 NA   NA
 1167735 1167736 SAK_1562 SAK_1563     TRUE 0.987 13.000 0.500 NA   NA
 1167736 1167737 SAK_1563 SAK_1564     FALSE 0.210 89.000 0.000 NA   NA
 1167737 1167738 SAK_1564 SAK_1565     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1167738 1167739 SAK_1565 SAK_1566     FALSE 0.052 239.000 0.000 NA   NA
 1167739 1167740 SAK_1566 SAK_1567     TRUE 0.997 -7.000 0.710 NA   NA
 1167740 1167741 SAK_1567 SAK_1568     FALSE 0.202 90.000 0.000 NA   NA
 1167741 1167742 SAK_1568 SAK_1569     FALSE 0.076 198.000 0.000 NA   NA
 1167742 1167743 SAK_1569 SAK_1570     FALSE 0.051 240.000 0.000 NA   NA
 1167743 1167744 SAK_1570 SAK_1571     TRUE 0.418 140.000 0.131 NA   NA
 1167744 1167745 SAK_1571 SAK_1572     TRUE 0.955 7.000 0.167 NA   NA
 1167745 1167746 SAK_1572 SAK_1573     TRUE 0.993 5.000 0.857 NA   NA
 1167746 1167747 SAK_1573 SAK_1574     TRUE 0.936 52.000 0.429 NA   NA
 1167747 1167748 SAK_1574 SAK_1575   brnQ FALSE 0.026 365.000 0.000 NA   NA
 1167748 1167749 SAK_1575 SAK_1576 brnQ metG FALSE 0.033 196.000 0.000 1.000 N NA
 1167752 1167753 SAK_1579 SAK_1580     TRUE 0.998 -16.000 0.714 1.000   NA
 1167753 1167754 SAK_1580 SAK_1581   xth FALSE 0.232 77.000 0.000 1.000   NA
 1167755 1167756 SAK_1582 SAK_1583     TRUE 0.890 2.000 0.050 1.000 N NA
 1167756 1167757 SAK_1583 SAK_1584     TRUE 0.469 55.000 0.009 1.000 N NA
 1167757 1167758 SAK_1584 SAK_1585     TRUE 0.708 63.000 0.013 0.048   NA
 1167758 1167759 SAK_1585 SAK_1586   serC TRUE 0.336 68.000 0.000 NA   NA
 1167761 1167762 SAK_1588 SAK_1589     TRUE 0.906 6.000 0.043 NA   NA
 1167762 1167763 SAK_1589 SAK_1590   holB TRUE 0.888 30.000 0.038 NA   NA
 1167763 1167764 SAK_1590 SAK_1591 holB tmk TRUE 0.963 20.000 0.254 1.000 N NA
 1167766 1167767 SAK_1593 SAK_1594   livF TRUE 0.967 19.000 0.214 1.000   NA
 1167767 1167768 SAK_1594 SAK_1595 livF livG TRUE 0.992 0.000 0.128 0.023 Y NA
 1167768 1167769 SAK_1595 SAK_1596 livG livM TRUE 0.992 1.000 0.349 1.000 Y NA
 1167769 1167770 SAK_1596 SAK_1597 livM livH TRUE 0.994 3.000 0.363 0.038 Y NA
 1167770 1167771 SAK_1597 SAK_1598 livH livK FALSE 0.174 106.000 0.000 NA   NA
 1167771 1167772 SAK_1598 SAK_1599 livK   FALSE 0.123 155.000 0.000 NA   NA
 1167772 1167773 SAK_1599 SAK_1600   clpP TRUE 0.401 100.000 0.065 NA   NA
 1167773 1167774 SAK_1600 SAK_1601 clpP upp FALSE 0.147 125.000 0.010 1.000 N NA
 1167774 1167775 SAK_1601 SAK_1602 upp   FALSE 0.134 110.000 0.004 1.000 N NA
 1167775 1167776 SAK_1602 SAK_1603     FALSE 0.064 136.000 0.000 1.000 N NA
 1167776 1167777 SAK_1603 SAK_1604     FALSE 0.042 173.000 0.000 1.000 N NA
 1167778 1167779 SAK_1605 SAK_1606     TRUE 0.990 5.000 0.163 0.004 Y NA
 1167780 1167781 SAK_1607 SAK_1608   rluB TRUE 0.929 0.000 0.014 NA   NA
 1167781 1167782 SAK_1608 SAK_1609 rluB scpB TRUE 0.990 -10.000 0.224 NA N NA
 1167782 1167783 SAK_1609 SAK_1610 scpB scpA TRUE 0.995 -3.000 0.570 NA   NA
 1167783 1167784 SAK_1610 SAK_1611 scpA   TRUE 0.931 0.000 0.017 NA   NA
 1167784 1167785 SAK_1611 SAK_1612     TRUE 0.986 -10.000 0.111 NA   NA
 1167785 1167786 SAK_1612 SAK_1613     TRUE 0.958 -3.000 0.034 NA   NA
 1167786 1167787 SAK_1613 SAK_1614   rdgB TRUE 0.969 -18.000 0.005 1.000   NA
 1167787 1167788 SAK_1614 SAK_1615 rdgB murI TRUE 0.930 -3.000 0.034 1.000 N NA
 1167788 1167789 SAK_1615 SAK_1616 murI   FALSE 0.147 175.000 0.014 1.000   NA
 1167789 1167790 SAK_1616 SAK_1617     FALSE 0.116 158.000 0.000 NA   NA
 1167790 1167791 SAK_1617 SAK_1618     TRUE 0.730 62.000 0.107 NA   NA
 1167791 1167792 SAK_1618 SAK_1619     TRUE 0.336 68.000 0.000 NA   NA
 1167792 1167793 SAK_1619 SAK_1620     TRUE 0.949 23.000 0.123 NA   NA
 1167793 1167794 SAK_1620 SAK_1621     TRUE 0.809 38.000 0.043 1.000   NA
 1167795 1167796 SAK_1622 SAK_1623     TRUE 0.499 85.000 0.154 1.000 N NA
 1167797 1167798 SAK_1624 SAK_1625     TRUE 0.986 24.000 0.125 0.038 Y NA
 1167798 1167799 SAK_1625 SAK_1626     FALSE 0.049 161.000 0.000 1.000 N NA
 1167799 1167800 SAK_1626 SAK_1627   greA FALSE 0.081 103.000 0.000 1.000 N NA
 1167800 1167801 SAK_1627 SAK_1628 greA   TRUE 0.579 73.000 0.079 NA   NA
 1167801 1167802 SAK_1628 SAK_1629     TRUE 0.543 87.000 0.120 NA   NA
 1167802 1167803 SAK_1629 SAK_1630   murC TRUE 0.320 86.000 0.014 1.000   NA
 1167803 1167804 SAK_1630 SAK_1631 murC   TRUE 0.874 10.000 0.013 NA   NA
 1167804 1167805 SAK_1631 SAK_1632     TRUE 0.796 5.000 0.000 NA   NA
 1167805 1167806 SAK_1632 SAK_1633     TRUE 0.412 62.000 0.000 NA   NA
 1167806 1167807 SAK_1633 SAK_1634     FALSE 0.156 155.000 0.004 1.000   NA
 1167807 1167808 SAK_1634 SAK_1635   dnaI TRUE 0.650 48.000 0.008 1.000   NA
 1167808 1167809 SAK_1635 SAK_1636 dnaI   TRUE 0.998 -3.000 0.817 NA Y NA
 1167809 1167810 SAK_1636 SAK_1637     TRUE 0.950 0.000 0.109 NA N NA
 1167810 1167811 SAK_1637 SAK_1638     FALSE 0.137 149.000 0.007 NA N NA
 1167811 1167812 SAK_1638 SAK_1639   csrR TRUE 0.999 -10.000 0.438 0.072 Y NA
 1167812 1167813 SAK_1639 SAK_1640 csrR   FALSE 0.098 235.000 0.014 NA   NA
 1167813 1167814 SAK_1640 SAK_1641   htpX FALSE 0.239 105.000 0.002 NA   NA
 1167814 1167815 SAK_1641 SAK_1642 htpX   TRUE 0.970 21.000 0.222 NA   NA
 1167816 1167817 SAK_1643 SAK_1644 gidB   TRUE 0.798 15.000 0.006 1.000 N NA
 1167817 1167818 SAK_1644 SAK_1645     TRUE 0.997 13.000 0.490 0.004 Y NA
 1167819 1167820 SAK_1646 SAK_1647     TRUE 0.996 -7.000 0.530 1.000   NA
 1167820 1167821 SAK_1647 SAK_1648     TRUE 0.984 17.000 0.435 NA   NA
 1167821 1167822 SAK_1648 SAK_1649   ygjU FALSE 0.102 169.000 0.000 NA   NA
 1167823 1167824 SAK_1650 SAK_1651 brnQ   FALSE 0.162 114.000 0.000 NA   NA
 1167825 1167826 SAK_1652 SAK_1653 metI   TRUE 0.999 -3.000 0.938 1.000 Y NA
 1167826 1167827 SAK_1653 SAK_1654     TRUE 0.853 -7.000 0.000 1.000 N NA
 1167827 1167828 SAK_1654 SAK_1655     FALSE 0.084 134.000 0.000 NA N NA
 1167828 1167829 SAK_1655 SAK_1656     FALSE 0.080 141.000 0.000 NA N NA
 1167829 1167830 SAK_1656 SAK_1657     FALSE 0.152 102.000 0.000 1.000   NA
 1167830 1167831 SAK_1657 SAK_1658     FALSE 0.172 155.000 0.002 NA   NA
 1167831 1167832 SAK_1658 SAK_1659     FALSE 0.161 118.000 0.000 NA   NA
 1167832 1167833 SAK_1659 SAK_1660     TRUE 0.591 208.000 0.625 1.000   NA
 1167834 1167835 SAK_1661 SAK_1662     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1167835 1167836 SAK_1662 SAK_1663     TRUE 0.989 38.000 0.316 0.002 Y NA
 1167836 1167837 SAK_1663 SAK_1664     TRUE 0.957 0.000 0.099 1.000   NA
 1167837 1167838 SAK_1664 SAK_1665   glpF TRUE 0.996 10.000 0.857 0.055   NA
 1167839 1167840 SAK_1666 SAK_1667     FALSE 0.199 139.000 0.000 0.050 N NA
 1167840 1167841 SAK_1667 SAK_1668     TRUE 0.330 93.000 0.023 NA   NA
 1167841 1167842 SAK_1668 SAK_1669     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   NA
 1167842 1167843 SAK_1669 SAK_1670     TRUE 0.815 23.000 0.000 NA   NA
 1167843 1167844 SAK_1670 SAK_1671     TRUE 0.665 66.000 0.085 NA   NA
 1167844 1167845 SAK_1671 SAK_1672     TRUE 0.896 2.000 0.008 NA   NA
 1167845 1167846 SAK_1672 SAK_1673     TRUE 0.440 63.000 0.024 1.000 N NA
 1167846 1167847 SAK_1673 SAK_1674   nadD TRUE 0.992 -3.000 0.199 1.000 Y NA
 1167847 1167848 SAK_1674 SAK_1675 nadD   TRUE 0.394 130.000 0.150 NA N NA
 1167848 1167849 SAK_1675 SAK_1676     TRUE 0.422 93.000 0.068 NA   NA
 1167849 1167850 SAK_1676 SAK_1677     TRUE 0.992 0.000 0.555 1.000   NA
 1167850 1167851 SAK_1677 SAK_1678     FALSE 0.246 111.000 0.015 1.000   NA
 1167851 1167852 SAK_1678 SAK_1679   gatB FALSE 0.144 157.000 0.002 1.000   NA
 1167852 1167853 SAK_1679 SAK_1680 gatB gatA TRUE 0.998 0.000 0.492 0.001 Y NA
 1167853 1167854 SAK_1680 SAK_1681 gatA gatC TRUE 0.999 0.000 0.643 0.001 Y NA
 1167854 1167855 SAK_1681 SAK_1682 gatC ppdK FALSE 0.109 138.000 0.002 1.000 N NA
 1167855 1167856 SAK_1682 SAK_1683 ppdK   TRUE 0.931 13.000 0.065 NA   NA
 1167856 1167857 SAK_1683 SAK_1684     TRUE 0.929 11.000 0.089 NA   NA
 1167859 1167860 SAK_1686 SAK_1687   codY TRUE 0.531 67.000 0.083 1.000 N NA
 1167860 1167861 SAK_1687 SAK_1688 codY   FALSE 0.165 126.000 0.015 1.000 N NA
 1167865 1167866 SAK_1692 SAK_1693 aroE   FALSE 0.157 98.000 0.000 1.000   NA
 1167866 1167867 SAK_1693 SAK_1694   recG FALSE 0.051 291.000 0.008 1.000   NA
 1167867 1167868 SAK_1694 SAK_1695 recG   FALSE 0.256 80.000 0.000 NA   NA
 1167868 1167869 SAK_1695 SAK_1696   alr FALSE 0.191 93.000 0.000 NA   NA
 1167869 1167870 SAK_1696 SAK_1697 alr acpS TRUE 0.956 -3.000 0.093 1.000 N NA
 1167870 1167871 SAK_1697 SAK_1698 acpS   TRUE 0.620 25.000 0.000 1.000 N NA
 1167871 1167872 SAK_1698 SAK_1699   secA FALSE 0.070 126.000 0.000 1.000 N NA
 1167872 1167873 SAK_1699 SAK_1700 secA manA FALSE 0.228 109.000 0.042 1.000 N NA
 1167873 1167874 SAK_1700 SAK_1701 manA scrK TRUE 0.787 118.000 0.333 1.000 Y NA
 1167874 1167875 SAK_1701 SAK_1702 scrK   TRUE 0.878 68.000 0.235 1.000 Y NA
 1167876 1167877 SAK_1703 SAK_1704 scrB scrR TRUE 0.986 2.000 0.571 1.000 N NA
 1167878 1167879 SAK_1705 SAK_1706 nusB   TRUE 0.992 -7.000 0.265 NA   NA
 1167879 1167880 SAK_1706 SAK_1707   efp TRUE 0.373 89.000 0.031 NA   NA
 1167880 1167881 SAK_1707 SAK_1708 efp   FALSE 0.014 928.000 0.000 NA   NA
 1167881 1167882 SAK_1708 SAK_1709     FALSE 0.021 418.000 0.000 NA   NA
 1167882 1167883 SAK_1709 SAK_1710     TRUE 0.818 13.000 0.000 NA   NA
 1167883 1167884 SAK_1710 SAK_1711     FALSE 0.020 453.000 0.000 NA   NA
 1167884 1167885 SAK_1711 SAK_1712     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 1167885 1167886 SAK_1712 SAK_1713     FALSE 0.034 302.000 0.000 NA   NA
 1167886 1167887 SAK_1713 SAK_1714   pepP TRUE 0.804 12.000 0.000 NA   NA
 1167887 1167888 SAK_1714 SAK_1715 pepP   FALSE 0.182 100.000 0.000 NA   NA
 1167888 1167889 SAK_1715 SAK_1716     TRUE 0.988 2.000 0.500 NA   NA
 1167889 1167890 SAK_1716 SAK_1717   uvrA FALSE 0.012 336.000 0.000 1.000 N NA
 1167890 1167891 SAK_1717 SAK_1718 uvrA   FALSE 0.147 132.000 0.000 NA   NA
 1167891 1167892 SAK_1718 SAK_1719     TRUE 0.927 25.000 0.072 NA   NA
 1167892 1167893 SAK_1719 SAK_1720   rpsR FALSE 0.043 170.000 0.000 1.000 N NA
 1167893 1167894 SAK_1720 SAK_1721 rpsR ssb1 TRUE 0.586 45.000 0.012 1.000 N NA
 1167894 1167895 SAK_1721 SAK_1722 ssb1 rpsF TRUE 0.797 12.000 0.012 1.000 N NA
 1167896 1167897 SAK_1723 SAK_1724 mutY   FALSE 0.070 177.000 0.002 1.000 N NA
 1167898 10942580 SAK_1725 SAK_1726 trx   FALSE 0.249 81.000 0.000 NA   NA
 10942580 1167899 SAK_1726 SAK_1727     FALSE 0.161 118.000 0.000 NA   NA
 1167899 1167900 SAK_1727 SAK_1728     TRUE 0.448 85.000 0.070 1.000   NA
 1167900 1167901 SAK_1728 SAK_1729     TRUE 0.898 3.000 0.019 NA   NA
 1167902 1167903 SAK_1730 SAK_1731 rnhC lepB TRUE 0.902 16.000 0.080 1.000 N NA
 1167903 1167904 SAK_1731 SAK_1732 lepB   FALSE 0.293 129.000 0.099 1.000 N NA
 1167904 1167905 SAK_1732 SAK_1733     TRUE 0.337 115.000 0.050 NA   NA
 1167907 1167908 SAK_1735 SAK_1736 pflB   FALSE 0.153 101.000 0.000 1.000   NA
 1167909 1167910 SAK_1737 SAK_1738     TRUE 0.990 -3.000 0.326 NA   NA
 1167912 1167913 SAK_1740 SAK_1741     FALSE 0.103 190.000 0.031 1.000 N NA
 1167913 1167914 SAK_1741 SAK_1742     TRUE 0.871 18.000 0.043 1.000 N NA