MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium perfringens ATCC 13124

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2166304 2166305 CPF_0001 CPF_0002 dnaA dnaN TRUE 0.881 295.000 0.328 1.000 Y NA
 2166305 2166306 CPF_0002 CPF_0003 dnaN   TRUE 0.485 126.000 0.006 1.000   NA
 2166306 2166307 CPF_0003 CPF_0004   recF TRUE 0.628 56.000 0.006 1.000   NA
 2166307 2166308 CPF_0004 CPF_0005 recF   TRUE 0.866 14.000 0.024 NA   NA
 2166308 2166309 CPF_0005 CPF_0006   gyrB FALSE 0.310 237.000 0.017 NA   NA
 2166309 2166310 CPF_0006 CPF_0007 gyrB gyrA TRUE 0.990 22.000 0.306 0.003 Y NA
 2166310 1420708 CPF_0007 CPF_2998 gyrA rrsA FALSE 0.011 547.000 0.000 NA   NA
 1420708 1420709 CPF_2998 CPF_2999 rrsA rrlA FALSE 0.078 181.000 0.000 NA   NA
 1420709 1420710 CPF_2999 CPF_3000 rrlA rrfA FALSE 0.181 92.000 0.000 NA   NA
 1420710 1420711 CPF_3000 CPF_0008 rrfA   TRUE 0.492 -4.000 0.000 NA   NA
 1420711 1420712 CPF_0008 CPF_0009     FALSE 0.439 6.000 0.000 NA   NA
 1420712 2166311 CPF_0009 CPF_0010     FALSE 0.043 273.000 0.000 NA   NA
 2166311 2166312 CPF_0010 CPF_0011     FALSE 0.025 349.000 0.000 NA   NA
 2166312 2166313 CPF_0011 CPF_0012     FALSE 0.041 243.000 0.000 1.000   NA
 2166313 2166314 CPF_0012 CPF_0013     TRUE 0.968 13.000 0.370 NA   NA
 2166314 2166315 CPF_0013 CPF_0014   serS FALSE 0.024 352.000 0.000 NA   NA
 2166315 2166316 CPF_0014 CPF_0015 serS   FALSE 0.081 177.000 0.000 NA   NA
 2166316 1420719 CPF_0015 CPF_0016     FALSE 0.126 142.000 0.000 NA   NA
 1420719 1420720 CPF_0016 CPF_0017     FALSE 0.327 34.000 0.000 NA   NA
 1420720 2166317 CPF_0017 CPF_0018     FALSE 0.047 261.000 0.000 NA   NA
 2166317 1420722 CPF_0018 CPF_0019     FALSE 0.173 109.000 0.000 NA   NA
 1420722 1420723 CPF_0019 CPF_0020     FALSE 0.439 6.000 0.000 NA   NA
 2166321 2166322 CPF_0024 CPF_0025 addB addA TRUE 0.994 -10.000 0.408 0.007 Y NA
 1420734 2166328 CPF_0031 CPF_0032     FALSE 0.087 171.000 0.000 NA   NA
 2166330 1420738 CPF_0034 CPF_0035     FALSE 0.245 55.000 0.000 NA   NA
 1420738 2166331 CPF_0035 CPF_0036     FALSE 0.120 146.000 0.000 NA   NA
 2166331 2166332 CPF_0036 CPF_0037     TRUE 0.811 3.000 0.005 1.000   NA
 2166332 2166333 CPF_0037 CPF_0038     FALSE 0.200 78.000 0.000 NA   NA
 2166333 2166334 CPF_0038 CPF_0039     FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 2166334 2166335 CPF_0039 CPF_0040     FALSE 0.100 161.000 0.000 NA   NA
 2166337 2166338 CPF_0042 CPF_0043 plc   FALSE 0.075 188.000 0.000 NA   NA
 2166338 2166339 CPF_0043 CPF_0044     TRUE 0.946 20.000 0.132 NA   NA
 2166339 2166340 CPF_0044 CPF_0045     TRUE 0.965 3.000 0.227 NA   NA
 2166340 2166341 CPF_0045 CPF_0046     TRUE 0.935 13.000 0.091 NA   NA
 2166341 2166342 CPF_0046 CPF_0047   lgt FALSE 0.045 266.000 0.000 NA   NA
 2166342 1420751 CPF_0047 CPF_0048 lgt   FALSE 0.052 251.000 0.000 NA   NA
 1420751 2166343 CPF_0048 CPF_0049     FALSE 0.016 433.000 0.000 NA   NA
 2166343 2166344 CPF_0049 CPF_0050   brnQ FALSE 0.016 440.000 0.000 NA   NA
 2166346 2166347 CPF_0052 CPF_0053 dnaX   TRUE 0.812 112.000 0.100 NA   NA
 2166347 2166348 CPF_0053 CPF_0054   recR TRUE 0.919 98.000 0.604 NA   NA
 2166348 2166349 CPF_0054 CPF_0055 recR   TRUE 0.509 226.000 0.071 NA   NA
 2166349 2166350 CPF_0055 CPF_0056   bofA TRUE 0.970 16.000 0.417 NA   NA
 2166350 2166351 CPF_0056 CPF_0057 bofA   FALSE 0.042 275.000 0.000 NA   NA
 2166351 2166352 CPF_0057 CPF_0058     FALSE 0.114 151.000 0.000 NA   NA
 2166352 2166353 CPF_0058 CPF_0059     FALSE 0.212 69.000 0.000 NA   NA
 2166353 2166354 CPF_0059 CPF_0060     FALSE 0.097 164.000 0.000 NA   NA
 2166354 2166355 CPF_0060 CPF_0061     TRUE 0.963 69.000 0.110 0.068 Y NA
 2166355 2166356 CPF_0061 CPF_0062     TRUE 0.675 150.000 0.072 1.000   NA
 2166358 2166359 CPF_0064 CPF_0065     FALSE 0.194 291.000 0.007 1.000 N NA
 2166359 2166360 CPF_0065 CPF_0066     FALSE 0.186 379.000 0.035 1.000 N NA
 2166360 2166361 CPF_0066 CPF_0067     FALSE 0.206 92.000 0.000 1.000 N NA
 2166361 1420771 CPF_0067 CPF_3001   rrsB FALSE 0.011 548.000 0.000 NA   NA
 1420771 1420772 CPF_3001 CPF_3002 rrsB rrlB FALSE 0.076 186.000 0.000 NA   NA
 1420772 1420773 CPF_3002 CPF_3003 rrlB rrfB FALSE 0.270 49.000 0.000 NA   NA
 1420773 1420774 CPF_3003 CPF_0068 rrfB   TRUE 0.492 -4.000 0.000 NA   NA
 1420774 2166362 CPF_0068 CPF_0069     FALSE 0.030 321.000 0.000 NA   NA
 1420779 1420780 CPF_3004 CPF_3005 rrsC rrlC FALSE 0.078 181.000 0.000 NA   NA
 1420780 1420781 CPF_3005 CPF_3006 rrlC rrfC FALSE 0.270 49.000 0.000 NA   NA
 1420781 1420782 CPF_3006 CPF_0073 rrfC   TRUE 0.479 0.000 0.000 NA   NA
 1420782 2166366 CPF_0073 CPF_0074   fusA FALSE 0.009 657.000 0.000 NA   NA
 2166366 2166367 CPF_0074 CPF_0075 fusA   FALSE 0.125 423.000 0.021 NA   NA
 2166367 2166368 CPF_0075 CPF_0076     FALSE 0.051 252.000 0.000 NA   NA
 2166368 2166369 CPF_0076 CPF_0077     FALSE 0.013 542.000 0.000 1.000 N NA
 2166369 2166370 CPF_0077 CPF_0078     FALSE 0.032 333.000 0.000 1.000 N NA
 2166372 2166373 CPF_0080 CPF_0081     TRUE 0.971 7.000 0.375 1.000 N NA
 2166373 2166374 CPF_0081 CPF_0082     TRUE 0.993 14.000 0.250 1.000 Y NA
 2166374 2166375 CPF_0082 CPF_0083     TRUE 0.993 14.000 0.241 1.000 Y NA
 2166375 2166376 CPF_0083 CPF_0084   iolD TRUE 0.948 17.000 0.128 1.000 N NA
 2166376 2166377 CPF_0084 CPF_0085 iolD   TRUE 0.867 70.000 0.140 1.000   NA
 2166377 2166378 CPF_0085 CPF_0086   iolE TRUE 0.814 119.000 0.125 1.000   NA
 2166378 2166379 CPF_0086 CPF_0087 iolE   TRUE 0.765 82.000 0.059 1.000   NA
 2166379 2166380 CPF_0087 CPF_0088     TRUE 0.833 88.000 0.118 1.000   NA
 2166380 2166381 CPF_0088 CPF_0089     FALSE 0.016 372.000 0.000 1.000   NA
 2166381 2166382 CPF_0089 CPF_0090     FALSE 0.066 232.000 0.000 1.000 N NA
 2166382 2166383 CPF_0090 CPF_0091     TRUE 0.980 103.000 0.667 0.067 Y NA
 2166383 2166384 CPF_0091 CPF_0092     TRUE 0.827 104.000 0.000 1.000 Y NA
 2166386 2166387 CPF_0094 CPF_0095 gldA   TRUE 0.895 26.000 0.053 1.000 N NA
 2166387 2166388 CPF_0095 CPF_0096     FALSE 0.348 361.000 0.000 1.000 Y NA
 2166388 2166389 CPF_0096 CPF_0097     FALSE 0.041 277.000 0.000 NA   NA
 2166391 2166392 CPF_0099 CPF_0100     FALSE 0.162 119.000 0.000 NA   NA
 2166392 2166393 CPF_0100 CPF_0101     FALSE 0.065 208.000 0.000 NA   NA
 2166393 2166394 CPF_0101 CPF_0102     TRUE 0.825 112.000 0.118 NA   NA
 2166395 2166396 CPF_0103 CPF_0104     FALSE 0.008 770.000 0.000 NA   NA
 2166396 2166397 CPF_0104 CPF_0105     FALSE 0.065 208.000 0.000 NA   NA
 2166397 2166398 CPF_0105 CPF_0106     FALSE 0.021 378.000 0.000 NA   NA
 2166398 2166399 CPF_0106 CPF_0107     TRUE 0.854 106.000 0.165 NA   NA
 2166400 2166401 CPF_0108 CPF_0109     FALSE 0.119 147.000 0.000 NA   NA
 2166401 2166402 CPF_0109 CPF_0110     FALSE 0.036 293.000 0.000 NA   NA
 2166403 2166404 CPF_0111 CPF_0112     FALSE 0.227 61.000 0.000 NA   NA
 2166404 2166405 CPF_0112 CPF_0113     TRUE 0.954 12.000 0.167 NA   NA
 2166406 2166407 CPF_0114 CPF_0115     FALSE 0.131 140.000 0.000 NA   NA
 2166407 2166408 CPF_0115 CPF_0116     TRUE 0.956 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2166408 2166409 CPF_0116 CPF_0117     FALSE 0.253 52.000 0.000 NA   NA
 2166409 2166410 CPF_0117 CPF_0118     FALSE 0.011 531.000 0.000 NA   NA
 2166410 2166411 CPF_0118 CPF_0119     TRUE 0.514 -10.000 0.000 NA   NA
 2166413 2166414 CPF_0121 CPF_0122     FALSE 0.012 442.000 0.000 1.000   NA
 2166414 2166415 CPF_0122 CPF_0123     FALSE 0.058 21.000 0.000 0.012   NA
 2166415 2166416 CPF_0123 CPF_0124     FALSE 0.241 56.000 0.000 NA   NA
 2166416 2166417 CPF_0124 CPF_0125     FALSE 0.017 421.000 0.000 NA   NA
 2166417 2166418 CPF_0125 CPF_0126     FALSE 0.054 244.000 0.000 NA   NA
 2166418 2166419 CPF_0126 CPF_0127     FALSE 0.012 515.000 0.000 NA   NA
 2166419 2166420 CPF_0127 CPF_0128     FALSE 0.069 201.000 0.000 NA   NA
 2166422 2166423 CPF_0130 CPF_0131     FALSE 0.009 651.000 0.000 NA   NA
 2166427 2166428 CPF_0135 CPF_0136     FALSE 0.045 264.000 0.000 NA   NA
 2166430 2166431 CPF_0138 CPF_0139     FALSE 0.003 311.000 0.000 0.060   NA
 2166431 2166432 CPF_0139 CPF_0140     TRUE 0.884 88.000 0.227 NA   NA
 2166432 2166433 CPF_0140 CPF_0141     FALSE 0.201 77.000 0.000 NA   NA
 2166433 2166434 CPF_0141 CPF_0142     FALSE 0.063 212.000 0.000 NA   NA
 2166434 2166435 CPF_0142 CPF_0143     FALSE 0.026 346.000 0.000 NA   NA
 2166435 2166436 CPF_0143 CPF_0144     FALSE 0.045 264.000 0.000 NA   NA
 2166436 2166437 CPF_0144 CPF_0145   kptA FALSE 0.014 462.000 0.000 NA   NA
 2166437 2166438 CPF_0145 CPF_0146 kptA   FALSE 0.013 421.000 0.000 1.000   NA
 2166438 2166439 CPF_0146 CPF_0147     FALSE 0.378 4.000 0.000 1.000   NA
 2166439 2166440 CPF_0147 CPF_0148     FALSE 0.016 427.000 0.000 NA   NA
 2166440 2166441 CPF_0148 CPF_0149     FALSE 0.212 69.000 0.000 NA   NA
 2166441 2166442 CPF_0149 CPF_0150     FALSE 0.014 475.000 0.000 NA   NA
 2166442 2166443 CPF_0150 CPF_0151     FALSE 0.039 284.000 0.000 NA   NA
 2166443 2166444 CPF_0151 CPF_0152     FALSE 0.201 77.000 0.000 NA   NA
 2166444 2166445 CPF_0152 CPF_0153     FALSE 0.381 26.000 0.000 NA   NA
 2166447 2166448 CPF_0155 CPF_0156     FALSE 0.009 588.000 0.000 NA   NA
 2166448 2166449 CPF_0156 CPF_0157     FALSE 0.071 195.000 0.000 NA   NA
 2166449 2166450 CPF_0157 CPF_0158     FALSE 0.208 72.000 0.000 NA   NA
 2166450 2166451 CPF_0158 CPF_0159     FALSE 0.008 769.000 0.000 NA   NA
 2166451 2166452 CPF_0159 CPF_0160     FALSE 0.118 159.000 0.000 1.000 N NA
 2166452 2166453 CPF_0160 CPF_0161   arcA FALSE 0.012 553.000 0.000 1.000 N NA
 2166453 2166454 CPF_0161 CPF_0162 arcA argF TRUE 0.924 109.000 0.022 1.000 Y NA
 2166454 2166455 CPF_0162 CPF_0163 argF arcD TRUE 0.758 145.000 0.000 1.000 Y NA
 2166455 2166456 CPF_0163 CPF_0164 arcD arcC TRUE 0.869 61.000 0.000 1.000 Y NA
 2166456 2166457 CPF_0164 CPF_0165 arcC argR FALSE 0.233 73.000 0.000 1.000 N NA
 2166457 2166458 CPF_0165 CPF_0166 argR colA FALSE 0.008 542.000 0.000 1.000   NA
 2166460 2166461 CPF_0168 CPF_0169   metC TRUE 0.708 64.000 0.021 1.000 N NA
 2166461 2166462 CPF_0169 CPF_0170 metC   TRUE 0.990 -13.000 0.101 0.015 Y NA
 2166462 2166463 CPF_0170 CPF_0171   luxS TRUE 0.608 85.000 0.010 1.000 N NA
 2166463 2166464 CPF_0171 CPF_0172 luxS   FALSE 0.029 349.000 0.000 1.000 N NA
 2166465 2166466 CPF_0173 CPF_0174     TRUE 0.901 5.000 0.042 NA   NA
 2166466 2166467 CPF_0174 CPF_0175     TRUE 0.915 3.000 0.049 NA   NA
 2166468 2166469 CPF_0176 CPF_0177   nanE FALSE 0.044 285.000 0.000 1.000 N NA
 2166469 2166470 CPF_0177 CPF_0178 nanE nanA FALSE 0.345 37.000 0.000 1.000 N NA
 2166470 2166471 CPF_0178 CPF_0179 nanA   TRUE 0.954 104.000 0.074 1.000 Y NA
 2166471 2166472 CPF_0179 CPF_0180     TRUE 0.857 111.000 0.148 NA N NA
 2166472 2166473 CPF_0180 CPF_0181     TRUE 0.952 156.000 0.189 NA Y NA
 2166473 2166474 CPF_0181 CPF_0182     TRUE 0.896 191.000 0.081 NA Y NA
 2166476 2166477 CPF_0184 CPF_0185 nagH cbiM FALSE 0.006 879.000 0.000 1.000   NA
 2166477 2166478 CPF_0185 CPF_0186 cbiM cbiN TRUE 0.996 0.000 0.861 0.015 Y NA
 2166478 2166479 CPF_0186 CPF_0187 cbiN cbiQ TRUE 0.996 -16.000 0.804 0.002 Y NA
 2166479 2166480 CPF_0187 CPF_0188 cbiQ cbiO TRUE 0.982 15.000 0.082 0.003 Y NA
 2166480 2166481 CPF_0188 CPF_0189 cbiO   FALSE 0.010 556.000 0.000 NA   NA
 2166482 2166483 CPF_0190 CPF_0191     FALSE 0.045 223.000 0.000 1.000   NA
 2166484 1420902 CPF_0192 CPF_3007   rrsD FALSE 0.010 566.000 0.000 NA   NA
 1420902 1420903 CPF_3007 CPF_3008 rrsD rrlD FALSE 0.078 181.000 0.000 NA   NA
 1420903 1420904 CPF_3008 CPF_3009 rrlD rrfD FALSE 0.263 50.000 0.000 NA   NA
 1420904 1420905 CPF_3009 CPF_0193 rrfD   TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 1420905 2166485 CPF_0193 CPF_0194     FALSE 0.012 515.000 0.000 NA   NA
 2166485 2166486 CPF_0194 CPF_0195     FALSE 0.012 507.000 0.000 NA   NA
 2166486 2166487 CPF_0195 CPF_0196     FALSE 0.232 59.000 0.000 NA   NA
 2166487 2166488 CPF_0196 CPF_0197     FALSE 0.007 1306.000 0.000 NA   NA
 2166490 2166491 CPF_0199 CPF_0200     FALSE 0.175 101.000 0.000 NA   NA
 2166491 2166492 CPF_0200 CPF_0201     FALSE 0.131 140.000 0.000 NA   NA
 2166492 2166493 CPF_0201 CPF_0202     FALSE 0.432 10.000 0.000 NA   NA
 2166493 2166494 CPF_0202 CPF_0203     FALSE 0.013 481.000 0.000 NA   NA
 2166495 2166496 CPF_0204 CPF_0205     FALSE 0.014 574.000 0.000 NA N NA
 2166497 2166498 CPF_0206 CPF_0207   sbcC TRUE 0.996 -13.000 0.669 0.004 Y NA
 2166498 2166499 CPF_0207 CPF_0208 sbcC ackA FALSE 0.022 406.000 0.000 1.000 N NA
 2166501 2166502 CPF_0210 CPF_0211     FALSE 0.223 63.000 0.000 NA   NA
 2166502 2166503 CPF_0211 CPF_0212     TRUE 0.974 2.000 0.400 NA   NA
 2166503 2166504 CPF_0212 CPF_0213     TRUE 0.897 14.000 0.036 NA N NA
 2166504 2166505 CPF_0213 CPF_0214     TRUE 0.997 -13.000 0.877 1.000 Y NA
 2166505 2166506 CPF_0214 CPF_0215     TRUE 0.996 1.000 0.657 1.000 Y NA
 2166506 2166507 CPF_0215 CPF_0216     TRUE 0.845 42.000 0.047 1.000 N NA
 2166507 2166508 CPF_0216 CPF_0217     TRUE 0.994 1.000 0.576 0.007 Y NA
 2166508 2166509 CPF_0217 CPF_0218     TRUE 0.889 -13.000 0.015 NA   NA
 2166509 2166510 CPF_0218 CPF_0219     TRUE 0.953 -25.000 0.077 NA   NA
 2166510 2166511 CPF_0219 CPF_0220     FALSE 0.148 128.000 0.000 NA   NA
 2166511 2166512 CPF_0220 CPF_0221     FALSE 0.032 312.000 0.000 NA   NA
 2166513 2166514 CPF_0222 CPF_0223     TRUE 0.742 201.000 0.500 0.039 N NA
 2166514 2166515 CPF_0223 CPF_0224     TRUE 0.982 -19.000 0.500 NA   NA
 2166515 2166516 CPF_0224 CPF_0225     TRUE 0.502 -7.000 0.000 NA   NA
 2166516 2166517 CPF_0225 CPF_0226     TRUE 0.960 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 2166518 2166519 CPF_0227 CPF_0228     FALSE 0.051 253.000 0.000 NA   NA
 2166520 2166521 CPF_0230 CPF_0231     FALSE 0.017 418.000 0.000 NA   NA
 2166521 2166522 CPF_0231 CPF_0232     TRUE 0.456 3.000 0.000 NA   NA
 2166523 2166524 CPF_0233 CPF_0234     TRUE 0.502 -7.000 0.000 NA   NA
 2166524 2166525 CPF_0234 CPF_0235     FALSE 0.122 145.000 0.000 NA   NA
 2166525 2166526 CPF_0235 CPF_0236     FALSE 0.081 -7.000 0.000 0.100   NA
 2166526 2166527 CPF_0236 CPF_0237     FALSE 0.363 10.000 0.000 1.000   NA
 2166527 2166528 CPF_0237 CPF_0238     FALSE 0.022 404.000 0.000 1.000 N NA
 2166529 2166530 CPF_0239 CPF_0240     FALSE 0.351 18.000 0.000 1.000   NA
 2166530 2166531 CPF_0240 CPF_0241     TRUE 0.997 -12.000 0.625 1.000 Y NA
 2166531 2166532 CPF_0241 CPF_0242     FALSE 0.351 18.000 0.000 1.000   NA
 2166532 2166533 CPF_0242 CPF_0243     FALSE 0.043 272.000 0.000 NA   NA
 2166533 2166534 CPF_0243 CPF_0244     FALSE 0.031 315.000 0.000 NA   NA
 2166536 2166537 CPF_0246 CPF_0247     TRUE 0.979 13.000 0.828 NA   NA
 2166538 2166539 CPF_0248 CPF_0249     FALSE 0.135 137.000 0.000 NA   NA
 2166540 2166541 CPF_0250 CPF_0251   lacA FALSE 0.036 259.000 0.000 1.000   NA
 2166541 2166542 CPF_0251 CPF_0252 lacA   FALSE 0.041 244.000 0.000 1.000   NA
 2166542 2166543 CPF_0252 CPF_0253     FALSE 0.089 184.000 0.000 1.000 N NA
 2166543 2166544 CPF_0253 CPF_0254     TRUE 0.527 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2166544 2166545 CPF_0254 CPF_0255     FALSE 0.021 376.000 0.000 NA   NA
 2166546 2166547 CPF_0256 CPF_0257     FALSE 0.060 218.000 0.000 NA   NA
 2166547 2166548 CPF_0257 CPF_0258   ung FALSE 0.065 208.000 0.000 NA   NA
 2166549 1420972 CPF_0259 CPF_3010   rrsE FALSE 0.018 416.000 0.000 NA   NA
 1420972 1420973 CPF_3010 CPF_3011 rrsE rrlE FALSE 0.078 181.000 0.000 NA   NA
 1420973 1420974 CPF_3011 CPF_3012 rrlE rrfE FALSE 0.263 50.000 0.000 NA   NA
 1420974 1420975 CPF_3012 CPF_0260 rrfE   TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 2166551 2166552 CPF_0262 CPF_0263     FALSE 0.016 464.000 0.000 1.000 N NA
 2166552 2166553 CPF_0263 CPF_0264     TRUE 0.458 18.000 0.000 1.000 N NA
 2166553 2166554 CPF_0264 CPF_0265     FALSE 0.357 14.000 0.000 1.000   NA
 2166554 2166555 CPF_0265 CPF_0266     FALSE 0.059 19.000 0.000 0.017   NA
 2166555 2166556 CPF_0266 CPF_0267     FALSE 0.357 14.000 0.000 1.000   NA
 2166556 2166557 CPF_0267 CPF_0268     TRUE 0.821 115.000 0.000 1.000 Y NA
 2166558 2166559 CPF_0269 CPF_0270     TRUE 0.861 83.000 0.156 1.000   NA
 2166561 2166562 CPF_0273 CPF_0274     FALSE 0.076 185.000 0.000 NA   NA
 2166562 2166563 CPF_0274 CPF_0275     FALSE 0.054 195.000 0.000 1.000   NA
 2166563 2166564 CPF_0275 CPF_0276     TRUE 0.903 3.000 0.078 0.005   NA
 2166567 2166568 CPF_0279 CPF_0280     FALSE 0.231 111.000 0.000 NA N NA
 2166572 2166573 CPF_0284 CPF_0285     FALSE 0.014 504.000 0.000 1.000 N NA
 2166574 2166575 CPF_0286 CPF_0287   acpS TRUE 0.749 49.000 0.020 NA   NA
 2166575 2166576 CPF_0287 CPF_0288 acpS   TRUE 0.909 -13.000 0.020 NA N NA
 2166576 2166577 CPF_0288 CPF_0289     TRUE 0.817 61.000 0.064 NA   NA
 2166577 2166578 CPF_0289 CPF_0290     FALSE 0.053 247.000 0.000 NA   NA
 2166578 2166579 CPF_0290 CPF_0291     TRUE 0.862 6.000 0.019 NA   NA
 2166579 2166580 CPF_0291 CPF_0292     FALSE 0.117 438.000 0.019 1.000 N NA
 2166580 2166581 CPF_0292 CPF_0293     TRUE 0.990 0.000 0.180 0.001 Y NA
 2166581 2166582 CPF_0293 CPF_0294     FALSE 0.162 119.000 0.000 NA   NA
 2166582 2166583 CPF_0294 CPF_0295     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 2166583 2166584 CPF_0295 CPF_0296     FALSE 0.066 206.000 0.000 NA   NA
 2166584 2166585 CPF_0296 CPF_0297     TRUE 0.996 -10.000 0.431 1.000 Y NA
 2166585 2166586 CPF_0297 CPF_0298     TRUE 0.629 89.000 0.015 1.000 N NA
 2166586 2166587 CPF_0298 CPF_0299     TRUE 0.862 23.000 0.060 0.010   NA
 2166587 2166588 CPF_0299 CPF_0300   uvrB TRUE 0.589 88.000 0.013 1.000   NA
 2166588 2166589 CPF_0300 CPF_0301 uvrB   FALSE 0.045 266.000 0.000 NA   NA
 2166589 2166590 CPF_0301 CPF_0302     FALSE 0.056 236.000 0.000 NA   NA
 2166590 2166591 CPF_0302 CPF_0303     TRUE 0.978 -7.000 0.426 NA   NA
 2166591 2166592 CPF_0303 CPF_0304     FALSE 0.059 221.000 0.000 NA   NA
 2166592 2166593 CPF_0304 CPF_0305     FALSE 0.118 159.000 0.000 1.000 N NA
 2166593 2166594 CPF_0305 CPF_0306     TRUE 0.466 15.000 0.000 1.000 N NA
 2166594 2166595 CPF_0306 CPF_0307   lctP FALSE 0.066 229.000 0.000 1.000 N NA
 2166595 2166596 CPF_0307 CPF_0308 lctP   TRUE 0.968 95.000 0.148 1.000 Y NA
 2166596 2166597 CPF_0308 CPF_0309     TRUE 0.995 13.000 0.875 0.020 Y NA
 2166597 2166598 CPF_0309 CPF_0310     TRUE 0.995 2.000 0.875 0.009 Y NA
 2166600 2166601 CPF_0312 CPF_0313     FALSE 0.396 24.000 0.000 NA   NA
 2166604 2166605 CPF_0316 CPF_0317     FALSE 0.176 97.000 0.000 NA   NA
 2166606 2166607 CPF_0318 CPF_0319   xpt FALSE 0.010 560.000 0.000 NA   NA
 2166607 2166608 CPF_0319 CPF_0320 xpt   FALSE 0.015 486.000 0.000 1.000 N NA
 2166608 2166609 CPF_0320 CPF_0321     TRUE 0.585 191.000 0.000 0.098 Y NA
 2166611 2166612 CPF_0323 CPF_0324     TRUE 0.943 16.000 0.114 NA   NA
 2166612 2166613 CPF_0324 CPF_0325     FALSE 0.032 309.000 0.000 NA   NA
 2166613 2166614 CPF_0325 CPF_0326   ogt FALSE 0.035 318.000 0.000 1.000 N NA
 2166614 2166615 CPF_0326 CPF_0327 ogt recQ TRUE 0.893 49.000 0.000 1.000 Y NA
 2166615 2166616 CPF_0327 CPF_0328 recQ   FALSE 0.188 88.000 0.000 NA   NA
 2166616 2166617 CPF_0328 CPF_0329     FALSE 0.427 15.000 0.000 NA   NA
 2166617 2166618 CPF_0329 CPF_0330     FALSE 0.141 144.000 0.000 1.000 N NA
 2166618 2166619 CPF_0330 CPF_0331     FALSE 0.107 166.000 0.000 1.000 N NA
 2166619 2166620 CPF_0331 CPF_0332     FALSE 0.157 121.000 0.000 NA   NA
 2166620 2166621 CPF_0332 CPF_0333     TRUE 0.909 16.000 0.053 NA   NA
 2166621 2166622 CPF_0333 CPF_0334     TRUE 0.514 -10.000 0.000 NA   NA
 2166622 2166623 CPF_0334 CPF_0335     FALSE 0.434 9.000 0.000 NA   NA
 2166625 2166626 CPF_0337 CPF_0338 uvrA   FALSE 0.119 334.000 0.002 NA   NA
 2166626 2166627 CPF_0338 CPF_0339     TRUE 0.924 14.000 0.070 NA   NA
 2166627 2166628 CPF_0339 CPF_0340     TRUE 0.971 1.000 0.285 1.000 N NA
 2166628 2166629 CPF_0340 CPF_0341   uvrC FALSE 0.405 157.000 0.005 1.000 N NA
 2166629 2166630 CPF_0341 CPF_0342 uvrC murB FALSE 0.409 149.000 0.003 1.000 N NA
 2166630 2166631 CPF_0342 CPF_0343 murB   TRUE 0.514 240.000 0.080 NA   NA
 2166631 1421059 CPF_0343 CPF_0344     TRUE 0.488 -3.000 0.000 NA   NA
 1421059 2166632 CPF_0344 CPF_0345     TRUE 0.456 3.000 0.000 NA   NA
 2166632 2166633 CPF_0345 CPF_0346     FALSE 0.083 174.000 0.000 NA   NA
 2166633 1421062 CPF_0346 CPF_0347     FALSE 0.019 400.000 0.000 NA   NA
 1421062 2166634 CPF_0347 CPF_0348     FALSE 0.067 205.000 0.000 NA   NA
 2166634 1421064 CPF_0348 CPF_0349     FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 1421064 2166635 CPF_0349 CPF_0350   pfkA FALSE 0.008 712.000 0.000 NA   NA
 2166635 2166636 CPF_0350 CPF_0351 pfkA pyk TRUE 0.883 94.000 0.011 0.006 Y NA
 2166636 2166637 CPF_0351 CPF_0352 pyk   FALSE 0.010 580.000 0.000 NA   NA
 2166637 2166638 CPF_0352 CPF_0353     FALSE 0.032 309.000 0.000 NA   NA
 2166638 2166639 CPF_0353 CPF_0354   cls FALSE 0.008 172.000 0.000 0.064   NA
 2166641 2166642 CPF_0356 CPF_0357   rumA FALSE 0.040 302.000 0.000 1.000 N NA
 2166644 2166645 CPF_0359 CPF_0360     FALSE 0.050 255.000 0.000 NA   NA
 2166645 2166646 CPF_0360 CPF_0361     FALSE 0.223 63.000 0.000 NA   NA
 2166646 2166647 CPF_0361 CPF_0362     TRUE 0.832 13.000 0.025 0.058 N NA
 2166647 2166648 CPF_0362 CPF_0363     FALSE 0.014 459.000 0.000 NA   NA
 2166648 2166649 CPF_0363 CPF_0364     FALSE 0.162 119.000 0.000 NA   NA
 2166649 2166650 CPF_0364 CPF_0365     TRUE 0.461 349.000 0.231 NA   NA
 2166650 2166651 CPF_0365 CPF_0366     FALSE 0.019 399.000 0.000 NA   NA
 2166651 2166652 CPF_0366 CPF_0367     TRUE 0.996 -7.000 0.846 0.006 Y NA
 2166654 2166655 CPF_0369 CPF_0370     FALSE 0.048 258.000 0.000 NA   NA
 2166656 2166657 CPF_0371 CPF_0372     FALSE 0.054 261.000 0.000 1.000 N NA
 2166660 2166661 CPF_0375 CPF_0376 udp deoB FALSE 0.295 167.000 0.007 0.047 N NA
 2166662 2166663 CPF_0377 CPF_0378     TRUE 0.926 46.000 0.231 1.000   NA
 2166664 2166665 CPF_0379 CPF_0380     FALSE 0.153 125.000 0.000 NA   NA
 2166665 2166666 CPF_0380 CPF_0381   garR FALSE 0.014 468.000 0.000 NA   NA
 2166666 2166667 CPF_0381 CPF_0382 garR nadA FALSE 0.038 307.000 0.000 1.000 N NA
 2166667 2166668 CPF_0382 CPF_0383 nadA nadB TRUE 0.983 5.000 0.042 1.000 Y NA
 2166668 2166669 CPF_0383 CPF_0384 nadB nadC TRUE 0.989 -43.000 0.046 1.000 Y NA
 2166671 2166672 CPF_0386 CPF_0387     FALSE 0.209 90.000 0.000 1.000 N NA
 2166672 2166673 CPF_0387 CPF_0388     FALSE 0.412 34.000 0.000 NA N NA
 2166673 2166674 CPF_0388 CPF_0389     FALSE 0.058 225.000 0.000 NA   NA
 2166674 2166675 CPF_0389 CPF_0390     FALSE 0.424 13.000 0.000 NA   NA
 2166675 2166676 CPF_0390 CPF_0391     FALSE 0.065 207.000 0.000 NA   NA
 2166676 2166677 CPF_0391 CPF_0392   brnQ FALSE 0.008 735.000 0.000 NA   NA
 2166677 2166678 CPF_0392 CPF_0393 brnQ   FALSE 0.049 256.000 0.000 NA   NA
 2166678 2166679 CPF_0393 CPF_0394     FALSE 0.031 314.000 0.000 NA   NA
 2166679 2166680 CPF_0394 CPF_0395   kduI FALSE 0.136 107.000 0.000 1.000   NA
 2166680 2166681 CPF_0395 CPF_0396 kduI kduD TRUE 0.971 16.000 0.417 1.000 N NA
 2166681 2166682 CPF_0396 CPF_0397 kduD   FALSE 0.077 -3.000 0.000 0.063 N NA
 2166682 2166683 CPF_0397 CPF_0398     TRUE 0.948 4.000 0.000 1.000 Y NA
 2166683 2166684 CPF_0398 CPF_0399   kduI TRUE 0.704 165.000 0.000 1.000 Y NA
 2166684 2166685 CPF_0399 CPF_0400 kduI   FALSE 0.352 17.000 0.000 1.000   NA
 2166685 2166686 CPF_0400 CPF_0401     TRUE 0.955 17.000 0.200 1.000   NA
 2166686 2166687 CPF_0401 CPF_0402     TRUE 0.990 48.000 0.933 0.018 Y NA
 2166687 2166688 CPF_0402 CPF_0403     TRUE 0.996 -10.000 0.933 0.018 Y NA
 2166688 2166689 CPF_0403 CPF_0404     TRUE 0.974 70.000 0.267 0.018 Y NA
 2166689 2166690 CPF_0404 CPF_0405     TRUE 0.843 3.000 0.006 NA N NA
 2166690 2166691 CPF_0405 CPF_0406     TRUE 0.457 140.000 0.006 NA   NA
 2166691 2166692 CPF_0406 CPF_0407     TRUE 0.959 34.000 0.562 1.000   NA
 2166692 2166693 CPF_0407 CPF_0408     FALSE 0.042 295.000 0.000 1.000 N NA
 2166693 2166694 CPF_0408 CPF_0409     FALSE 0.035 300.000 0.000 NA   NA
 2166694 2166695 CPF_0409 CPF_0410     FALSE 0.071 195.000 0.000 NA   NA
 2166695 2166696 CPF_0410 CPF_0411     FALSE 0.090 148.000 0.000 1.000   NA
 2166696 2166697 CPF_0411 CPF_0412     FALSE 0.065 5.000 0.000 0.036   NA
 2166697 2166698 CPF_0412 CPF_0413     FALSE 0.055 241.000 0.000 NA   NA
 2166698 2166699 CPF_0413 CPF_0414     FALSE 0.061 216.000 0.000 NA   NA
 2166699 2166700 CPF_0414 CPF_0415     FALSE 0.123 144.000 0.000 NA   NA
 2166700 2166701 CPF_0415 CPF_0416     FALSE 0.389 25.000 0.000 NA   NA
 2166701 2166702 CPF_0416 CPF_0417   hsp90 FALSE 0.027 333.000 0.000 NA   NA
 2166702 2166703 CPF_0417 CPF_0418 hsp90   FALSE 0.057 228.000 0.000 NA   NA
 2166703 2166704 CPF_0418 CPF_0419     FALSE 0.311 37.000 0.000 NA   NA
 2166704 2166705 CPF_0419 CPF_0420     FALSE 0.076 187.000 0.000 NA   NA
 2166705 2166706 CPF_0420 CPF_0421     FALSE 0.018 436.000 0.000 1.000 N NA
 2166706 2166707 CPF_0421 CPF_0422     TRUE 0.882 259.000 0.167 1.000 Y NA
 2166707 2166708 CPF_0422 CPF_0423     TRUE 0.976 11.000 0.610 NA   NA
 2166708 2166709 CPF_0423 CPF_0424     FALSE 0.009 656.000 0.000 NA   NA
 2166709 2166710 CPF_0424 CPF_0425     FALSE 0.200 97.000 0.000 1.000 N NA
 2166710 2166711 CPF_0425 CPF_0426     FALSE 0.015 501.000 0.000 1.000 N NA
 2166711 2166712 CPF_0426 CPF_0427   trmB FALSE 0.062 177.000 0.000 1.000   NA
 2166712 2166713 CPF_0427 CPF_0428 trmB   FALSE 0.009 519.000 0.000 1.000   NA
 2166713 2166714 CPF_0428 CPF_0429     FALSE 0.014 468.000 0.000 NA   NA
 2166714 2166715 CPF_0429 CPF_0430     FALSE 0.057 231.000 0.000 NA   NA
 2166715 2166716 CPF_0430 CPF_0431     FALSE 0.019 392.000 0.000 NA   NA
 2166718 2166719 CPF_0433 CPF_0434     FALSE 0.039 283.000 0.000 NA   NA
 2166719 2166720 CPF_0434 CPF_0435     FALSE 0.193 84.000 0.000 NA   NA
 2166720 2166721 CPF_0435 CPF_0436     FALSE 0.021 377.000 0.000 NA   NA
 2166722 2166723 CPF_0437 CPF_0438     FALSE 0.439 6.000 0.000 NA   NA
 2166724 2166725 CPF_0439 CPF_0440     FALSE 0.042 275.000 0.000 NA   NA
 2166725 2166726 CPF_0440 CPF_0441     TRUE 0.996 -9.000 0.618 0.037 Y NA
 2166726 2166727 CPF_0441 CPF_0442     TRUE 0.977 3.000 0.529 1.000 N NA
 2166727 2166728 CPF_0442 CPF_0443     FALSE 0.022 323.000 0.000 1.000   NA
 2166728 2166729 CPF_0443 CPF_0444     FALSE 0.074 190.000 0.000 NA   NA
 2166729 2166730 CPF_0444 CPF_0445     FALSE 0.045 266.000 0.000 NA   NA
 2166730 2166731 CPF_0445 CPF_0446     FALSE 0.362 34.000 0.000 1.000 N NA
 2166731 2166732 CPF_0446 CPF_0447     TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 2166732 2166733 CPF_0447 CPF_0448     TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 2166733 2166734 CPF_0448 CPF_0449     FALSE 0.167 116.000 0.000 NA   NA
 2166736 2166737 CPF_0451 CPF_0452     FALSE 0.074 190.000 0.000 NA   NA
 2166737 2166738 CPF_0452 CPF_0453     FALSE 0.169 114.000 0.000 NA   NA
 2166738 2166739 CPF_0453 CPF_0454     FALSE 0.035 297.000 0.000 NA   NA
 2166741 2166742 CPF_0456 CPF_0457     FALSE 0.033 305.000 0.000 NA   NA
 2166742 2166743 CPF_0457 CPF_0458     FALSE 0.232 59.000 0.000 NA   NA
 2166743 2166744 CPF_0458 CPF_0459     FALSE 0.045 222.000 0.000 1.000   NA
 2166744 2166745 CPF_0459 CPF_0460     TRUE 0.995 -25.000 0.200 1.000 Y NA
 2166747 2166748 CPF_0462 CPF_0463     FALSE 0.008 768.000 0.000 NA   NA
 2166748 2166749 CPF_0463 CPF_0464     FALSE 0.013 477.000 0.000 NA   NA
 2166749 2166750 CPF_0464 CPF_0465     FALSE 0.073 13.000 0.000 0.096 N NA
 2166750 2166751 CPF_0465 CPF_0466     FALSE 0.096 201.000 0.000 NA N NA
 2166751 1421182 CPF_0466 CPF_0467     FALSE 0.427 15.000 0.000 NA   NA
 1421182 2166752 CPF_0467 CPF_0468     FALSE 0.426 14.000 0.000 NA   NA
 2166752 1421184 CPF_0468 CPF_0469     FALSE 0.426 14.000 0.000 NA   NA
 1421184 2166753 CPF_0469 CPF_0470     FALSE 0.427 15.000 0.000 NA   NA
 2166753 2166754 CPF_0470 CPF_0471     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 2166754 2166755 CPF_0471 CPF_0472     FALSE 0.430 11.000 0.000 NA   NA
 2166755 2166756 CPF_0472 CPF_0473     TRUE 0.892 28.000 0.056 1.000 N NA
 2166756 2166757 CPF_0473 CPF_0474     FALSE 0.393 2.000 0.000 1.000   NA
 2166757 2166758 CPF_0474 CPF_0475     TRUE 0.452 -13.000 0.000 1.000   NA
 2166758 2166759 CPF_0475 CPF_0476     TRUE 0.479 0.000 0.000 NA   NA
 2166759 2166760 CPF_0476 CPF_0477     FALSE 0.198 80.000 0.000 NA   NA
 2166760 2166761 CPF_0477 CPF_0478     FALSE 0.060 17.000 0.000 0.016   NA
 2166761 2166762 CPF_0478 CPF_0479   rfbA TRUE 0.465 12.000 0.000 1.000 N NA
 2166762 2166763 CPF_0479 CPF_0480 rfbA rfbC TRUE 0.967 106.000 0.139 1.000 Y NA
 2166763 2166764 CPF_0480 CPF_0481 rfbC rfbD TRUE 0.985 14.000 0.062 1.000 Y NA
 2166764 2166765 CPF_0481 CPF_0482 rfbD rfbB TRUE 0.978 28.000 0.088 0.003 Y NA
 2166765 2166766 CPF_0482 CPF_0483 rfbB galU TRUE 0.836 176.000 0.022 1.000 Y NA
 2166766 2166767 CPF_0483 CPF_0484 galU   FALSE 0.017 365.000 0.000 1.000   NA
 2166767 2166768 CPF_0484 CPF_0485     FALSE 0.018 415.000 0.000 NA   NA
 2166768 2166769 CPF_0485 CPF_0486   galE FALSE 0.200 78.000 0.000 NA   NA
 2166769 2166770 CPF_0486 CPF_0487 galE galU TRUE 0.481 282.000 0.000 1.000 Y NA
 2166770 2166771 CPF_0487 CPF_0488 galU   FALSE 0.028 327.000 0.000 NA   NA
 2166771 1421204 CPF_0488 CPF_0489     FALSE 0.065 207.000 0.000 NA   NA
 1421204 2166772 CPF_0489 CPF_0490     FALSE 0.023 363.000 0.000 NA   NA
 2166772 2166773 CPF_0490 CPF_0491     FALSE 0.012 427.000 0.000 1.000   NA
 2166775 2166776 CPF_0493 CPF_0494 sipW   FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 2166776 2166777 CPF_0494 CPF_0495     FALSE 0.276 48.000 0.000 NA   NA
 2166777 2166778 CPF_0495 CPF_0496     TRUE 0.966 24.000 0.400 NA   NA
 2166778 2166779 CPF_0496 CPF_0497     FALSE 0.415 20.000 0.000 NA   NA
 2166779 2166780 CPF_0497 CPF_0498     FALSE 0.040 281.000 0.000 NA   NA
 2166780 2166781 CPF_0498 CPF_0499     TRUE 0.950 5.000 0.000 NA Y NA
 2166781 2166782 CPF_0499 CPF_0500     FALSE 0.080 178.000 0.000 NA   NA
 2166782 2166783 CPF_0500 CPF_0501     FALSE 0.017 368.000 0.000 1.000   NA
 2166783 2166784 CPF_0501 CPF_0502     TRUE 0.580 178.000 0.000 0.009 Y NA
 2166784 2166785 CPF_0502 CPF_0503     TRUE 0.942 41.000 0.595 0.017   NA
 2166785 2166786 CPF_0503 CPF_0504     FALSE 0.018 358.000 0.000 1.000   NA
 2166788 2166789 CPF_0506 CPF_0507     TRUE 0.996 -7.000 0.933 0.006 Y NA
 2166789 2166790 CPF_0507 CPF_0508     FALSE 0.013 497.000 0.000 NA   NA
 2166790 2166791 CPF_0508 CPF_0509     FALSE 0.050 255.000 0.000 NA   NA
 2166791 2166792 CPF_0509 CPF_0510     TRUE 0.538 327.000 0.385 1.000   NA
 2166792 2166793 CPF_0510 CPF_0511     FALSE 0.041 296.000 0.000 1.000 N NA
 2166793 2166794 CPF_0511 CPF_0512     TRUE 0.997 0.000 1.000 1.000 Y NA
 2166794 2166795 CPF_0512 CPF_0513     FALSE 0.196 81.000 0.000 NA   NA
 2166795 2166796 CPF_0513 CPF_0514     FALSE 0.104 158.000 0.000 NA   NA
 2166796 2166797 CPF_0514 CPF_0515     FALSE 0.014 465.000 0.000 NA   NA
 2166797 2166798 CPF_0515 CPF_0516     FALSE 0.011 526.000 0.000 NA   NA
 2166798 2166799 CPF_0516 CPF_0517     FALSE 0.063 212.000 0.000 NA   NA
 2166799 2166800 CPF_0517 CPF_0518     FALSE 0.032 311.000 0.000 NA   NA
 2166800 2166801 CPF_0518 CPF_0519     FALSE 0.434 9.000 0.000 NA   NA
 2166801 2166802 CPF_0519 CPF_0520     FALSE 0.316 36.000 0.000 NA   NA
 2166804 2166805 CPF_0522 CPF_0523     FALSE 0.019 404.000 0.000 NA   NA
 2166806 2166807 CPF_0524 CPF_0525     FALSE 0.426 14.000 0.000 NA   NA
 2166808 2166809 CPF_0526 CPF_0527   speD FALSE 0.037 313.000 0.000 1.000 N NA
 2166809 2166810 CPF_0527 CPF_0528 speD   TRUE 0.988 18.000 0.091 1.000 Y NA
 2166810 2166811 CPF_0528 CPF_0529   speE TRUE 0.992 15.000 0.237 1.000 Y NA
 2166811 2166812 CPF_0529 CPF_0530 speE speB TRUE 0.991 -13.000 0.077 1.000 Y NA
 2166814 2166815 CPF_0532 CPF_0533     FALSE 0.120 146.000 0.000 NA   NA
 2166817 2166818 CPF_0535 CPF_0536     FALSE 0.008 952.000 0.000 NA   NA
 2166818 2166819 CPF_0536 CPF_0537     FALSE 0.052 249.000 0.000 NA   NA
 2166819 2166820 CPF_0537 CPF_0538     TRUE 0.981 -7.000 0.793 0.094 N NA
 2166820 2166821 CPF_0538 CPF_0539     FALSE 0.050 271.000 0.000 1.000 N NA
 2166821 2166822 CPF_0539 CPF_0540     TRUE 0.977 -7.000 0.400 NA   NA
 2166822 2166823 CPF_0540 CPF_0541   treB FALSE 0.026 348.000 0.000 NA   NA
 2166823 2166824 CPF_0541 CPF_0542 treB treC TRUE 0.952 204.000 0.650 1.000 Y NA
 2166824 2166825 CPF_0542 CPF_0543 treC treR TRUE 0.659 265.000 0.336 1.000 N NA
 2166827 2166828 CPF_0545 CPF_0546   ribD FALSE 0.008 556.000 0.000 1.000   NA
 2166828 2166829 CPF_0546 CPF_0547 ribD ribE TRUE 0.994 22.000 0.456 1.000 Y NA
 2166829 2166830 CPF_0547 CPF_0548 ribE ribA TRUE 0.911 152.000 0.051 1.000 Y NA
 2166830 2166831 CPF_0548 CPF_0549 ribA ribE TRUE 0.910 127.000 0.054 0.002 Y NA
 2166832 2166833 CPF_0550 CPF_0551     FALSE 0.174 104.000 0.000 NA   NA
 2166834 2166835 CPF_0552 CPF_0553     FALSE 0.037 291.000 0.000 NA   NA
 2166835 2166836 CPF_0553 CPF_0554     FALSE 0.058 185.000 0.000 1.000   NA
 2166836 2166837 CPF_0554 CPF_0555     TRUE 0.924 13.000 0.000 0.016 Y NA
 2166837 2166838 CPF_0555 CPF_0556     FALSE 0.128 153.000 0.000 1.000 N NA
 2166838 2166839 CPF_0556 CPF_0557     TRUE 0.977 79.000 0.366 0.036 Y NA
 2166839 2166840 CPF_0557 CPF_0558     TRUE 0.994 2.000 0.512 0.036 Y NA
 2166840 2166841 CPF_0558 CPF_0559     FALSE 0.056 236.000 0.000 NA   NA
 2166841 2166842 CPF_0559 CPF_0560     TRUE 0.952 -10.000 0.087 NA   NA
 2166842 2166843 CPF_0560 CPF_0561     FALSE 0.111 164.000 0.000 1.000 N NA
 2166843 2166844 CPF_0561 CPF_0562     FALSE 0.054 285.000 0.000 NA N NA
 2166844 2166845 CPF_0562 CPF_0563     TRUE 0.987 -7.000 0.041 NA Y NA
 2166846 2166847 CPF_0564 CPF_0565 fruA fruK TRUE 0.996 4.000 0.816 1.000 Y NA
 2166847 2166848 CPF_0565 CPF_0566 fruK   TRUE 0.996 0.000 0.721 1.000 Y NA
 2166851 2166852 CPF_0569 CPF_0570     FALSE 0.024 378.000 0.000 1.000 N NA
 2166852 2166853 CPF_0570 CPF_0571     FALSE 0.039 304.000 0.000 1.000 N NA
 2166853 2166854 CPF_0571 CPF_0572     FALSE 0.026 301.000 0.000 1.000   NA
 2166854 1421288 CPF_0572 CPF_3013   rrsF FALSE 0.014 462.000 0.000 NA   NA
 1421288 1421289 CPF_3013 CPF_3014 rrsF rrlF FALSE 0.078 181.000 0.000 NA   NA
 1421289 1421290 CPF_3014 CPF_3015 rrlF rrfF FALSE 0.263 50.000 0.000 NA   NA
 1421290 1421291 CPF_3015 CPF_0573 rrfF   TRUE 0.488 -3.000 0.000 NA   NA
 1421291 2166855 CPF_0573 CPF_0574   sfsA FALSE 0.017 425.000 0.000 NA   NA
 2166855 2166856 CPF_0574 CPF_0575 sfsA   FALSE 0.018 414.000 0.000 NA   NA
 2166856 2166857 CPF_0575 CPF_0576   lysA FALSE 0.014 411.000 0.000 1.000   NA
 2166857 2166858 CPF_0576 CPF_0577 lysA   FALSE 0.018 409.000 0.000 NA   NA
 2166858 2166859 CPF_0577 CPF_0578     TRUE 0.456 3.000 0.000 NA   NA
 2166859 2166860 CPF_0578 CPF_0579   ftsH FALSE 0.053 25.000 0.000 0.042 N NA
 2166860 2166861 CPF_0579 CPF_0580 ftsH   TRUE 0.758 220.000 0.583 1.000   NA
 2166861 2166862 CPF_0580 CPF_0581     FALSE 0.011 456.000 0.000 1.000   NA
 2166862 2166863 CPF_0581 CPF_0582     TRUE 0.975 31.000 0.066 0.049 Y NA
 2166863 2166864 CPF_0582 CPF_0583     TRUE 0.996 -3.000 0.640 1.000 Y NA
 2166864 2166865 CPF_0583 CPF_0584     FALSE 0.070 218.000 0.000 1.000 N NA
 2166865 2166866 CPF_0584 CPF_0585     TRUE 0.449 252.000 0.000 0.003 Y NA
 2166868 2166869 CPF_0587 CPF_0588     FALSE 0.144 142.000 0.000 1.000 N NA
 2166872 2166873 CPF_0591 CPF_0592   prfC FALSE 0.054 261.000 0.000 1.000 N NA
 2166873 2166874 CPF_0592 CPF_0593 prfC   FALSE 0.062 214.000 0.000 NA   NA
 2166875 2166876 CPF_0594 CPF_0595     FALSE 0.243 41.000 0.000 1.000   NA
 2166876 2166877 CPF_0595 CPF_0596     TRUE 0.885 1.000 0.023 NA   NA
 2166877 2166878 CPF_0596 CPF_0597   rfbA FALSE 0.403 23.000 0.000 NA   NA
 2166878 2166879 CPF_0597 CPF_0598 rfbA rfbC TRUE 0.967 106.000 0.139 1.000 Y NA
 2166879 2166880 CPF_0598 CPF_0599 rfbC rfbD TRUE 0.985 14.000 0.062 1.000 Y NA
 2166880 2166881 CPF_0599 CPF_0600 rfbD rfbB TRUE 0.978 28.000 0.088 0.003 Y NA
 2166881 2166882 CPF_0600 CPF_0601 rfbB   FALSE 0.389 25.000 0.000 NA   NA
 2166882 2166883 CPF_0601 CPF_0602     TRUE 0.488 -3.000 0.000 NA   NA
 2166883 2166884 CPF_0602 CPF_0603     FALSE 0.179 94.000 0.000 NA   NA
 2166884 2166885 CPF_0603 CPF_0604     FALSE 0.434 9.000 0.000 NA   NA
 2166885 2166886 CPF_0604 CPF_0605     FALSE 0.341 22.000 0.000 1.000   NA
 2166886 2166887 CPF_0605 CPF_0606     FALSE 0.114 129.000 0.000 1.000   NA
 2166887 2166888 CPF_0606 CPF_0607     FALSE 0.052 202.000 0.000 1.000   NA
 2166888 2166889 CPF_0607 CPF_0608     FALSE 0.051 205.000 0.000 1.000   NA
 2166889 2166890 CPF_0608 CPF_0609     TRUE 0.942 26.000 0.167 1.000   NA
 2166890 2166891 CPF_0609 CPF_0610     TRUE 0.761 147.000 0.133 1.000   NA
 2166892 2166893 CPF_0611 CPF_0612     FALSE 0.162 119.000 0.000 NA   NA
 2166893 2166894 CPF_0612 CPF_0613   brnQ FALSE 0.057 280.000 0.000 NA N NA
 2166895 2166896 CPF_0614 CPF_0615 trpS   FALSE 0.018 414.000 0.000 NA   NA
 2166896 2166897 CPF_0615 CPF_0616     FALSE 0.194 83.000 0.000 NA   NA
 2166897 2166898 CPF_0616 CPF_0617   pstS FALSE 0.048 211.000 0.000 1.000   NA
 2166898 2166899 CPF_0617 CPF_0618 pstS pstS TRUE 0.517 224.000 0.000 0.036 Y NA
 2166899 2166900 CPF_0618 CPF_0619 pstS pstC TRUE 0.912 82.000 0.005 1.000 Y NA
 2166900 2166901 CPF_0619 CPF_0620 pstC pstA TRUE 0.990 3.000 0.219 0.002 Y NA
 2166901 2166902 CPF_0620 CPF_0621 pstA pstB TRUE 0.992 18.000 0.428 0.002 Y NA
 2166902 2166903 CPF_0621 CPF_0622 pstB phoU TRUE 0.972 25.000 0.016 NA Y NA
 2166903 2166904 CPF_0622 CPF_0623 phoU   FALSE 0.140 160.000 0.000 NA N NA
 2166905 2166906 CPF_0624 CPF_0625     FALSE 0.327 34.000 0.000 NA   NA
 2166906 2166907 CPF_0625 CPF_0626   glnS FALSE 0.021 414.000 0.000 1.000 N NA
 2166907 2166908 CPF_0626 CPF_0627 glnS   FALSE 0.050 254.000 0.000 NA   NA
 2166908 2166909 CPF_0627 CPF_0628     FALSE 0.109 155.000 0.000 NA   NA
 2166910 2166911 CPF_0629 CPF_0630     TRUE 0.982 -25.000 1.000 0.003   NA
 2166911 2166912 CPF_0630 CPF_0631     FALSE 0.072 194.000 0.000 NA   NA
 2166912 2166913 CPF_0631 CPF_0632     TRUE 0.793 76.000 0.062 NA   NA
 2166913 2166914 CPF_0632 CPF_0633   tyrS FALSE 0.039 284.000 0.000 NA   NA
 2166914 2166915 CPF_0633 CPF_0634 tyrS   FALSE 0.037 256.000 0.000 1.000   NA
 2166915 2166916 CPF_0634 CPF_0635     TRUE 0.702 119.000 0.050 1.000   NA
 2166916 2166917 CPF_0635 CPF_0636     FALSE 0.201 310.000 0.017 NA   NA
 2166917 2166918 CPF_0636 CPF_0637     TRUE 0.696 118.000 0.043 NA   NA
 2166918 2166919 CPF_0637 CPF_0638     TRUE 0.908 14.000 0.052 NA   NA
 2166919 2166920 CPF_0638 CPF_0639     FALSE 0.104 158.000 0.000 NA   NA
 2166920 2166921 CPF_0639 CPF_0640     FALSE 0.029 323.000 0.000 NA   NA
 2166921 2166922 CPF_0640 CPF_0641     TRUE 0.981 9.000 0.810 NA N NA
 2166924 2166925 CPF_0643 CPF_0644     TRUE 0.950 25.000 0.214 1.000   NA
 2166925 2166926 CPF_0644 CPF_0645     TRUE 0.660 187.000 0.235 0.017   NA
 2166926 2166927 CPF_0645 CPF_0646     TRUE 0.874 97.000 0.431 0.017   NA
 2166927 2166928 CPF_0646 CPF_0647     TRUE 0.825 108.000 0.115 NA   NA
 2166928 2166929 CPF_0647 CPF_0648     TRUE 0.806 139.000 0.154 NA   NA
 2166929 2166930 CPF_0648 CPF_0649     TRUE 0.993 19.000 0.308 1.000 Y NA
 2166931 2166932 CPF_0650 CPF_0651     FALSE 0.174 107.000 0.000 NA   NA
 2166932 2166933 CPF_0651 CPF_0652     FALSE 0.196 81.000 0.000 NA   NA
 2166933 2166934 CPF_0652 CPF_0653     FALSE 0.037 290.000 0.000 NA   NA
 2166934 2166935 CPF_0653 CPF_0654     FALSE 0.175 102.000 0.000 NA   NA
 2166936 2166937 CPF_0655 CPF_0656     FALSE 0.012 508.000 0.000 NA   NA
 2166939 2166940 CPF_0658 CPF_0659     FALSE 0.077 184.000 0.000 NA   NA
 2166940 2166941 CPF_0659 CPF_0660     FALSE 0.321 35.000 0.000 NA   NA
 2166941 2166942 CPF_0660 CPF_0661     FALSE 0.297 42.000 0.000 NA   NA
 2166944 2166945 CPF_0663 CPF_0664   birA FALSE 0.071 197.000 0.000 NA   NA
 2166945 2166946 CPF_0664 CPF_0665 birA   FALSE 0.082 157.000 0.000 1.000   NA
 2166946 2166947 CPF_0665 CPF_0666     TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 2166947 2166948 CPF_0666 CPF_0667     FALSE 0.175 101.000 0.000 NA   NA
 2166948 2166949 CPF_0667 CPF_0668     FALSE 0.074 190.000 0.000 NA   NA
 2166949 2166950 CPF_0668 CPF_0669   dut FALSE 0.053 247.000 0.000 NA   NA
 2166950 2166951 CPF_0669 CPF_0670 dut thiC FALSE 0.014 505.000 0.000 1.000 N NA
 2166951 2166952 CPF_0670 CPF_0671 thiC   FALSE 0.064 238.000 0.000 1.000 N NA
 2166952 2166953 CPF_0671 CPF_0672   purE TRUE 0.617 311.000 0.012 1.000 Y NA
 2166953 2166954 CPF_0672 CPF_0673 purE purC TRUE 0.984 0.000 0.035 1.000 Y NA
 2166954 2166955 CPF_0673 CPF_0674 purC purF TRUE 0.976 46.000 0.082 1.000 Y NA
 2166955 2166956 CPF_0674 CPF_0675 purF purM TRUE 0.994 1.000 0.248 1.000 Y NA
 2166956 2166957 CPF_0675 CPF_0676 purM purN TRUE 0.941 -12.000 0.000 0.001 Y NA
 2166957 2166958 CPF_0676 CPF_0677 purN purH TRUE 0.943 13.000 0.000 1.000 Y NA
 2166958 2166959 CPF_0677 CPF_0678 purH purD TRUE 0.973 116.000 0.238 1.000 Y NA
 2166960 2166961 CPF_0680 CPF_0681     FALSE 0.011 533.000 0.000 NA   NA
 2166962 2166963 CPF_0682 CPF_0683 argH argG TRUE 0.976 94.000 0.278 1.000 Y NA
 2166964 2166965 CPF_0684 CPF_0685     FALSE 0.019 400.000 0.000 NA   NA
 2166965 2166966 CPF_0685 CPF_0686     FALSE 0.083 175.000 0.000 NA   NA
 2166966 2166967 CPF_0686 CPF_0687   aroF FALSE 0.093 166.000 0.000 NA   NA
 2166967 2166968 CPF_0687 CPF_0688 aroF aroB TRUE 0.856 121.000 0.008 0.002 Y NA
 2166968 2166969 CPF_0688 CPF_0689 aroB aroA TRUE 0.861 193.000 0.051 1.000 Y NA
 2166969 2166970 CPF_0689 CPF_0690 aroA aroC TRUE 0.960 64.000 0.057 1.000 Y NA
 2166970 2166971 CPF_0690 CPF_0691 aroC   TRUE 0.738 169.000 0.004 0.002 Y NA
 2166971 2166972 CPF_0691 CPF_0692     FALSE 0.082 176.000 0.000 NA   NA
 2166972 2166973 CPF_0692 CPF_0693   aroE FALSE 0.010 554.000 0.000 NA   NA
 2166973 2166974 CPF_0693 CPF_0694 aroE aroK TRUE 0.679 254.000 0.002 1.000 Y NA
 2166974 2166975 CPF_0694 CPF_0695 aroK aroQ TRUE 0.861 67.000 0.000 1.000 Y NA
 2166977 2166978 CPF_0697 CPF_0698     FALSE 0.008 737.000 0.000 NA   NA
 2166978 2166979 CPF_0698 CPF_0699     FALSE 0.149 127.000 0.000 NA   NA
 2166979 2166980 CPF_0699 CPF_0700     TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 2166980 2166981 CPF_0700 CPF_0701     FALSE 0.063 212.000 0.000 NA   NA
 2166981 2166982 CPF_0701 CPF_0702     FALSE 0.090 168.000 0.000 NA   NA
 2166982 2166983 CPF_0702 CPF_0703     FALSE 0.151 126.000 0.000 NA   NA
 2166983 2166984 CPF_0703 CPF_0704     TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 2166984 2166985 CPF_0704 CPF_0705     FALSE 0.225 115.000 0.000 NA N NA
 2166985 2166986 CPF_0705 CPF_0706     FALSE 0.009 786.000 0.000 1.000 N NA
 2166986 2166987 CPF_0706 CPF_0707     TRUE 0.985 -3.000 0.894 1.000 N NA
 2166987 2166988 CPF_0707 CPF_0708     FALSE 0.131 115.000 0.000 1.000   NA
 2166989 2166990 CPF_0709 CPF_0710     FALSE 0.263 50.000 0.000 NA   NA
 2166991 2166992 CPF_0711 CPF_0712     FALSE 0.036 260.000 0.000 1.000   NA
 2166992 2166993 CPF_0712 CPF_0713     TRUE 0.911 77.000 0.400 1.000   NA
 2166993 2166994 CPF_0713 CPF_0714     FALSE 0.045 221.000 0.000 1.000   NA
 2166994 2166995 CPF_0714 CPF_0715     FALSE 0.245 55.000 0.000 NA   NA
 2166995 2166996 CPF_0715 CPF_0716     FALSE 0.058 227.000 0.000 NA   NA
 2166996 2166997 CPF_0716 CPF_0717     FALSE 0.070 199.000 0.000 NA   NA
 2166997 2166998 CPF_0717 CPF_0718     FALSE 0.086 188.000 0.000 1.000 N NA
 2166998 2166999 CPF_0718 CPF_0719     FALSE 0.126 119.000 0.000 1.000   NA
 2166999 2167000 CPF_0719 CPF_0720   splB FALSE 0.051 204.000 0.000 1.000   NA
 2167000 2167001 CPF_0720 CPF_0721 splB   FALSE 0.010 664.000 0.000 1.000 N NA
 2167001 2167002 CPF_0721 CPF_0722     FALSE 0.276 48.000 0.000 NA   NA
 2167002 2167003 CPF_0722 CPF_0723     FALSE 0.026 344.000 0.000 NA   NA
 2167003 2167004 CPF_0723 CPF_0724     FALSE 0.018 104.000 0.000 0.060   NA
 2167004 2167005 CPF_0724 CPF_0725     FALSE 0.016 374.000 0.000 1.000   NA
 2167005 2167006 CPF_0725 CPF_0726     FALSE 0.148 128.000 0.000 NA   NA
 2167008 2167009 CPF_0728 CPF_0729     TRUE 0.777 106.000 0.070 NA   NA
 2167009 2167010 CPF_0729 CPF_0730     TRUE 0.874 89.000 0.200 NA   NA
 2167010 2167011 CPF_0730 CPF_0731     FALSE 0.178 140.000 0.000 NA N NA
 2167011 2167012 CPF_0731 CPF_0732     FALSE 0.092 206.000 0.000 NA N NA
 2167012 2167013 CPF_0732 CPF_0733     FALSE 0.176 123.000 0.000 1.000 N NA
 2167013 2167014 CPF_0733 CPF_0734   scrK TRUE 0.941 21.000 0.000 1.000 Y NA
 2167015 1421454 CPF_0735 CPF_0736     FALSE 0.042 275.000 0.000 NA   NA
 2167016 2167017 CPF_0737 CPF_0738 trx   FALSE 0.046 308.000 0.000 NA N NA
 2167017 2167018 CPF_0738 CPF_0739     TRUE 0.972 26.000 0.600 NA N NA
 2167018 2167019 CPF_0739 CPF_0740     FALSE 0.013 526.000 0.000 1.000 N NA
 2167019 2167020 CPF_0740 CPF_0741   cstA FALSE 0.017 462.000 0.000 1.000 N NA
 2167020 2167021 CPF_0741 CPF_0742 cstA   FALSE 0.143 131.000 0.000 NA   NA
 2167021 2167022 CPF_0742 CPF_0743     FALSE 0.067 204.000 0.000 NA   NA
 2167024 2167025 CPF_0745 CPF_0746     TRUE 0.460 17.000 0.000 1.000 N NA
 2167025 2167026 CPF_0746 CPF_0747     FALSE 0.019 406.000 0.000 NA   NA
 2167030 2167031 CPF_0751 CPF_0752     TRUE 0.796 49.000 0.040 1.000   NA
 2167034 2167035 CPF_0755 CPF_0756     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 2167035 2167036 CPF_0756 CPF_0757     FALSE 0.007 576.000 0.000 1.000   NA
 2167045 2167046 CPF_0766 CPF_0767     FALSE 0.021 415.000 0.000 1.000 N NA
 2167048 2167049 CPF_0769 CPF_0770   aspS FALSE 0.060 181.000 0.000 1.000   NA
 2167049 2167050 CPF_0770 CPF_0771 aspS   FALSE 0.014 410.000 0.000 1.000   NA
 2167050 2167051 CPF_0771 CPF_0772     FALSE 0.184 90.000 0.000 NA   NA
 2167051 2167052 CPF_0772 CPF_0773     TRUE 0.948 9.000 0.000 NA Y NA
 2167052 2167053 CPF_0773 CPF_0774     FALSE 0.112 153.000 0.000 NA   NA
 2167053 2167054 CPF_0774 CPF_0775     FALSE 0.035 298.000 0.000 NA   NA
 2167054 2167055 CPF_0775 CPF_0776     FALSE 0.025 350.000 0.000 NA   NA
 2167055 2167056 CPF_0776 CPF_0777     TRUE 0.889 43.000 0.089 NA   NA
 2167056 2167057 CPF_0777 CPF_0778     FALSE 0.153 153.000 0.000 NA N NA
 2167059 2167060 CPF_0780 CPF_0781     FALSE 0.069 219.000 0.000 1.000 N NA
 2167061 2167062 CPF_0782 CPF_0783     TRUE 0.931 27.000 0.000 1.000 Y NA
 2167063 2167064 CPF_0784 CPF_0785 ahpC   TRUE 0.580 487.000 0.084 1.000 Y NA
 2167064 2167065 CPF_0785 CPF_0786     FALSE 0.071 197.000 0.000 NA   NA
 2167065 2167066 CPF_0786 CPF_0787     FALSE 0.174 108.000 0.000 NA   NA
 2167066 2167067 CPF_0787 CPF_0788   panE TRUE 0.942 36.000 0.267 NA   NA
 2167067 2167068 CPF_0788 CPF_0789 panE   FALSE 0.054 261.000 0.000 1.000 N NA
 2167068 2167069 CPF_0789 CPF_0790     FALSE 0.060 219.000 0.000 NA   NA
 2167069 2167070 CPF_0790 CPF_0791     FALSE 0.175 103.000 0.000 NA   NA
 2167070 2167071 CPF_0791 CPF_0792     FALSE 0.191 85.000 0.000 NA   NA
 2167071 2167072 CPF_0792 CPF_0793     FALSE 0.327 34.000 0.000 NA   NA
 2167072 2167073 CPF_0793 CPF_0794     FALSE 0.061 247.000 0.000 1.000 N NA
 2167075 2167076 CPF_0796 CPF_0797     FALSE 0.087 171.000 0.000 NA   NA
 2167078 2167079 CPF_0799 CPF_0800     FALSE 0.148 128.000 0.000 NA   NA
 2167079 2167080 CPF_0800 CPF_0801     FALSE 0.059 184.000 0.000 1.000   NA
 2167080 2167081 CPF_0801 CPF_0802     FALSE 0.041 296.000 0.000 1.000 N NA
 2167081 2167082 CPF_0802 CPF_0803     FALSE 0.041 245.000 0.000 1.000   NA
 2167086 2167087 CPF_0807 CPF_0808     TRUE 0.986 99.000 0.889 1.000 Y NA
 2167087 2167088 CPF_0808 CPF_0809     TRUE 0.991 4.000 0.217 0.035 Y NA
 2167088 2167089 CPF_0809 CPF_0810     TRUE 0.937 158.000 0.121 1.000 Y NA
 2167089 2167090 CPF_0810 CPF_0811     FALSE 0.035 319.000 0.000 1.000 N NA
 2167090 2167091 CPF_0811 CPF_0812     FALSE 0.214 68.000 0.000 NA   NA
 2167091 2167092 CPF_0812 CPF_0813     TRUE 0.502 -7.000 0.000 NA   NA
 2167094 2167095 CPF_0815 CPF_0816   ddl FALSE 0.079 201.000 0.000 1.000 N NA
 2167095 2167096 CPF_0816 CPF_0817 ddl   FALSE 0.091 147.000 0.000 1.000   NA
 2167096 2167097 CPF_0817 CPF_0818     FALSE 0.021 327.000 0.000 1.000   NA
 2167097 2167098 CPF_0818 CPF_0819     TRUE 0.989 51.000 0.943 0.016 Y NA
 2167098 2167099 CPF_0819 CPF_0820     TRUE 0.994 20.000 0.812 0.016 Y NA
 2167099 2167100 CPF_0820 CPF_0821     TRUE 0.832 171.000 0.583 NA   NA
 2167100 2167101 CPF_0821 CPF_0822     FALSE 0.020 384.000 0.000 NA   NA
 2167101 2167102 CPF_0822 CPF_0823     FALSE 0.058 226.000 0.000 NA   NA
 2167102 2167103 CPF_0823 CPF_0824     FALSE 0.014 459.000 0.000 NA   NA
 2167103 2167104 CPF_0824 CPF_0825     FALSE 0.049 257.000 0.000 NA   NA
 2167104 2167105 CPF_0825 CPF_0826     FALSE 0.042 275.000 0.000 NA   NA
 2167105 2167106 CPF_0826 CPF_0827     FALSE 0.008 794.000 0.000 NA   NA
 2167106 2167107 CPF_0827 CPF_0828     FALSE 0.146 129.000 0.000 NA   NA
 2167107 2167108 CPF_0828 CPF_0829     FALSE 0.253 52.000 0.000 NA   NA
 2167108 2167109 CPF_0829 CPF_0830     TRUE 0.993 0.000 0.375 0.006 Y NA
 2167109 2167110 CPF_0830 CPF_0831     FALSE 0.046 217.000 0.000 1.000   NA
 2167110 2167111 CPF_0831 CPF_0832     TRUE 0.894 9.000 0.039 NA   NA
 2167111 2167112 CPF_0832 CPF_0833   arsR FALSE 0.022 369.000 0.000 NA   NA
 2167112 2167113 CPF_0833 CPF_0834 arsR arsC FALSE 0.184 119.000 0.000 1.000 N NA
 2167113 2167114 CPF_0834 CPF_0835 arsC   TRUE 0.460 17.000 0.000 1.000 N NA
 2167114 2167115 CPF_0835 CPF_0836     FALSE 0.084 192.000 0.000 1.000 N NA
 2167115 2167116 CPF_0836 CPF_0837     TRUE 0.956 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2167116 2167117 CPF_0837 CPF_0838     FALSE 0.029 284.000 0.000 1.000   NA
 2167117 2167118 CPF_0838 CPF_0839     TRUE 0.539 -25.000 0.000 NA   NA
 2167118 2167119 CPF_0839 CPF_0840   cloSI FALSE 0.031 315.000 0.000 NA   NA
 2167119 2167120 CPF_0840 CPF_0841 cloSI   FALSE 0.033 271.000 0.000 1.000   NA
 2167120 1421560 CPF_0841 CPF_0842     TRUE 0.514 -10.000 0.000 NA   NA
 1421560 2167121 CPF_0842 CPF_0843     FALSE 0.040 280.000 0.000 NA   NA
 2167123 2167124 CPF_0845 CPF_0846     FALSE 0.095 165.000 0.000 NA   NA
 2167124 2167125 CPF_0846 CPF_0847   rbr FALSE 0.067 205.000 0.000 NA   NA
 2167125 2167126 CPF_0847 CPF_0848 rbr   FALSE 0.013 526.000 0.000 1.000 N NA
 2167128 2167129 CPF_0850 CPF_0851     FALSE 0.044 314.000 0.000 NA N NA
 2167131 2167132 CPF_0853 CPF_0854   glxK TRUE 0.863 224.000 0.078 1.000 Y NA
 2167132 2167133 CPF_0854 CPF_0855 glxK deaD FALSE 0.010 659.000 0.000 1.000 N NA
 2167133 2167134 CPF_0855 CPF_0856 deaD   FALSE 0.109 155.000 0.000 NA   NA
 2167134 2167135 CPF_0856 CPF_0857     FALSE 0.074 189.000 0.000 NA   NA
 2167135 2167136 CPF_0857 CPF_0858     FALSE 0.136 107.000 0.000 1.000   NA
 2167136 2167137 CPF_0858 CPF_0859     FALSE 0.017 368.000 0.000 1.000   NA
 2167137 2167138 CPF_0859 CPF_0860     FALSE 0.047 261.000 0.000 NA   NA
 2167141 2167142 CPF_0863 CPF_0864     TRUE 0.456 3.000 0.000 NA   NA
 2167142 2167143 CPF_0864 CPF_0865     TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 2167144 2167145 CPF_0866 CPF_0867     FALSE 0.055 239.000 0.000 NA   NA
 2167145 2167146 CPF_0867 CPF_0868     FALSE 0.175 103.000 0.000 NA   NA
 2167146 2167147 CPF_0868 CPF_0869     FALSE 0.136 104.000 0.000 1.000   NA
 2167148 2167149 CPF_0870 CPF_0871     FALSE 0.099 162.000 0.000 NA   NA
 2167149 1421590 CPF_0871 CPF_0872     FALSE 0.070 198.000 0.000 NA   NA
 2167154 2167155 CPF_0877 CPF_0878     FALSE 0.212 69.000 0.000 NA   NA
 2167155 2167156 CPF_0878 CPF_0879     TRUE 0.984 -3.000 0.833 NA   NA
 2167157 2167158 CPF_0880 CPF_0881     FALSE 0.022 325.000 0.000 1.000   NA
 2167159 2167160 CPF_0882 CPF_0883     FALSE 0.183 91.000 0.000 NA   NA
 2167160 2167161 CPF_0883 CPF_0884     FALSE 0.022 368.000 0.000 NA   NA
 2167161 2167162 CPF_0884 CPF_0885     FALSE 0.044 268.000 0.000 NA   NA
 2167162 2167163 CPF_0885 CPF_0886   eutS FALSE 0.028 354.000 0.000 1.000 N NA
 2167163 2167164 CPF_0886 CPF_0887 eutS eutP TRUE 0.948 4.000 0.000 1.000 Y NA
 2167164 2167165 CPF_0887 CPF_0888 eutP   TRUE 0.458 18.000 0.000 1.000 N NA
 2167165 2167166 CPF_0888 CPF_0889     TRUE 0.994 4.000 0.388 1.000 Y NA
 2167166 2167167 CPF_0889 CPF_0890   eutA FALSE 0.086 216.000 0.000 NA N NA
 2167167 2167168 CPF_0890 CPF_0891 eutA   TRUE 0.995 19.000 0.600 NA Y NA
 2167168 2167169 CPF_0891 CPF_0892     TRUE 0.985 17.000 0.119 0.001 Y NA
 2167169 2167170 CPF_0892 CPF_0893   eutL TRUE 0.995 22.000 0.617 1.000 Y NA
 2167170 2167171 CPF_0893 CPF_0894 eutL   TRUE 0.974 13.000 0.468 NA N NA
 2167171 2167172 CPF_0894 CPF_0895     TRUE 0.996 0.000 0.442 NA Y NA
 2167172 2167173 CPF_0895 CPF_0896   eutM TRUE 0.840 355.000 0.349 NA Y NA
 2167173 2167174 CPF_0896 CPF_0897 eutM eutT TRUE 0.916 78.000 0.357 NA N NA
 2167174 2167175 CPF_0897 CPF_0898 eutT   TRUE 0.974 10.000 0.452 NA N NA
 2167175 2167176 CPF_0898 CPF_0899     TRUE 0.736 229.000 0.459 NA   NA
 2167176 2167177 CPF_0899 CPF_0900     TRUE 0.864 147.000 0.487 NA   NA
 2167177 2167178 CPF_0900 CPF_0901     TRUE 0.995 2.000 0.385 NA Y NA
 2167178 2167179 CPF_0901 CPF_0902     TRUE 0.950 51.000 0.552 NA N NA
 2167179 2167180 CPF_0902 CPF_0903     TRUE 0.996 3.000 0.759 NA Y NA
 2167180 2167181 CPF_0903 CPF_0904     FALSE 0.031 369.000 0.000 NA N NA
 2167181 2167182 CPF_0904 CPF_0905     FALSE 0.012 432.000 0.000 1.000   NA
 2167182 2167183 CPF_0905 CPF_0906     FALSE 0.037 292.000 0.000 NA   NA
 2167183 2167184 CPF_0906 CPF_0907     FALSE 0.186 89.000 0.000 NA   NA
 2167184 2167185 CPF_0907 CPF_0908     FALSE 0.179 94.000 0.000 NA   NA
 2167185 2167186 CPF_0908 CPF_0909     FALSE 0.195 82.000 0.000 NA   NA
 2167186 2167187 CPF_0909 CPF_0910     FALSE 0.053 247.000 0.000 NA   NA
 2167187 2167188 CPF_0910 CPF_0911     TRUE 0.941 113.000 0.049 1.000 Y NA
 2167188 2167189 CPF_0911 CPF_0912     TRUE 0.994 6.000 0.382 NA Y NA
 2167189 2167190 CPF_0912 CPF_0913     TRUE 0.986 23.000 0.071 NA Y NA
 2167190 2167191 CPF_0913 CPF_0914     TRUE 0.963 -13.000 0.000 NA Y NA
 2167191 2167192 CPF_0914 CPF_0915     TRUE 0.448 4.000 0.000 NA   NA
 2167192 2167193 CPF_0915 CPF_0916     FALSE 0.311 37.000 0.000 NA   NA
 2167193 2167194 CPF_0916 CPF_0917     FALSE 0.396 24.000 0.000 NA   NA
 2167194 2167195 CPF_0917 CPF_0918     TRUE 0.946 16.000 0.000 NA Y NA
 2167195 2167196 CPF_0918 CPF_0919     TRUE 0.518 0.000 0.000 1.000 N NA
 2167196 2167197 CPF_0919 CPF_0920     FALSE 0.099 162.000 0.000 NA   NA
 2167197 2167198 CPF_0920 CPF_0921     FALSE 0.079 180.000 0.000 NA   NA
 2167198 2167199 CPF_0921 CPF_0922     FALSE 0.055 240.000 0.000 NA   NA
 2167199 2167200 CPF_0922 CPF_0923     TRUE 0.488 -3.000 0.000 NA   NA
 2167200 2167201 CPF_0923 CPF_0924     FALSE 0.071 195.000 0.000 NA   NA
 2167202 2167203 CPF_0925 CPF_0926     FALSE 0.054 244.000 0.000 NA   NA
 2167203 2167204 CPF_0926 CPF_0927     FALSE 0.180 93.000 0.000 NA   NA
 2167204 2167205 CPF_0927 CPF_0928     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 2167206 2167207 CPF_0929 CPF_0930     FALSE 0.426 12.000 0.000 NA   NA
 2167207 2167208 CPF_0930 CPF_0932     FALSE 0.381 26.000 0.000 NA   NA
 2167210 2167211 CPF_0933 CPF_0934     TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 2167211 2167212 CPF_0934 CPF_0935     FALSE 0.430 11.000 0.000 NA   NA
 2167212 2167213 CPF_0935 CPF_0936     FALSE 0.186 89.000 0.000 NA   NA
 2167213 2167214 CPF_0936 CPF_0937     FALSE 0.292 44.000 0.000 NA   NA
 2167214 2167215 CPF_0937 CPF_0938     TRUE 0.479 0.000 0.000 NA   NA
 2167215 2167216 CPF_0938 CPF_0939     TRUE 0.985 2.000 0.069 0.052 Y NA
 2167216 2167217 CPF_0939 CPF_0940     FALSE 0.351 18.000 0.000 1.000   NA
 2167217 2167218 CPF_0940 CPF_0941     TRUE 0.472 1.000 0.000 NA   NA
 2167218 2167219 CPF_0941 CPF_0942     TRUE 0.494 -6.000 0.000 NA   NA
 2167219 2167220 CPF_0942 CPF_0943     FALSE 0.115 150.000 0.000 NA   NA
 2167221 1421664 CPF_0945 CPF_0946     FALSE 0.043 270.000 0.000 NA   NA
 1421664 2167222 CPF_0946 CPF_0947     FALSE 0.133 139.000 0.000 NA   NA
 2167222 2167223 CPF_0947 CPF_0948     FALSE 0.212 69.000 0.000 NA   NA
 2167223 2167224 CPF_0948 CPF_0949     TRUE 0.502 -7.000 0.000 NA   NA
 2167224 2167225 CPF_0949 CPF_0950     FALSE 0.426 14.000 0.000 NA   NA
 2167225 2167226 CPF_0950 CPF_0951     FALSE 0.220 64.000 0.000 NA   NA
 2167226 2167227 CPF_0951 CPF_0952     TRUE 0.532 -16.000 0.000 NA   NA
 2167227 2167228 CPF_0952 CPF_0953     FALSE 0.424 13.000 0.000 NA   NA
 2167228 2167229 CPF_0953 CPF_0954     FALSE 0.363 28.000 0.000 NA   NA
 2167229 2167230 CPF_0954 CPF_0955     FALSE 0.179 94.000 0.000 NA   NA
 2167230 2167231 CPF_0955 CPF_0956     TRUE 0.958 25.000 0.273 NA   NA
 2167231 2167232 CPF_0956 CPF_0957     FALSE 0.427 15.000 0.000 NA   NA
 2167232 2167233 CPF_0957 CPF_0958     FALSE 0.316 36.000 0.000 NA   NA
 2167233 2167234 CPF_0958 CPF_0959     TRUE 0.962 4.000 0.214 NA   NA
 2167234 2167235 CPF_0959 CPF_0960     TRUE 0.982 0.000 0.750 NA   NA
 2167235 2167236 CPF_0960 CPF_0961     TRUE 0.982 0.000 0.750 NA   NA
 2167236 2167237 CPF_0961 CPF_0962     TRUE 0.977 10.000 0.667 NA   NA
 2167237 2167238 CPF_0962 CPF_0963     FALSE 0.424 13.000 0.000 NA   NA
 2167238 2167239 CPF_0963 CPF_0964     FALSE 0.186 89.000 0.000 NA   NA
 2167239 2167240 CPF_0964 CPF_0965     FALSE 0.300 41.000 0.000 NA   NA
 2167240 2167241 CPF_0965 CPF_0966     TRUE 0.448 4.000 0.000 NA   NA
 2167241 2167242 CPF_0966 CPF_0967     FALSE 0.403 23.000 0.000 NA   NA
 2167242 2167243 CPF_0967 CPF_0968     FALSE 0.215 67.000 0.000 NA   NA
 2167243 2167244 CPF_0968 CPF_0969     FALSE 0.316 36.000 0.000 NA   NA
 2167244 2167245 CPF_0969 CPF_0970     FALSE 0.418 19.000 0.000 NA   NA
 2167245 2167246 CPF_0970 CPF_0971     FALSE 0.426 14.000 0.000 NA   NA
 2167246 2167247 CPF_0971 CPF_0972     FALSE 0.300 41.000 0.000 NA   NA
 2167247 2167248 CPF_0972 CPF_0973     FALSE 0.190 86.000 0.000 NA   NA
 2167248 2167249 CPF_0973 CPF_0974     FALSE 0.017 418.000 0.000 NA   NA
 2167249 2167250 CPF_0974 CPF_0975     FALSE 0.058 224.000 0.000 NA   NA
 2167250 2167251 CPF_0975 CPF_0976     TRUE 0.443 5.000 0.000 NA   NA
 2167251 2167252 CPF_0976 CPF_0977     FALSE 0.437 7.000 0.000 NA   NA
 2167254 2167255 CPF_0979 CPF_0980     FALSE 0.071 197.000 0.000 NA   NA
 2167255 2167256 CPF_0980 CPF_0981     FALSE 0.311 37.000 0.000 NA   NA
 2167256 2167257 CPF_0981 CPF_0982     FALSE 0.421 17.000 0.000 NA   NA
 2167262 2167263 CPF_0987 CPF_0988     FALSE 0.020 391.000 0.000 NA   NA
 2167264 2167265 CPF_0989 CPF_0990     FALSE 0.028 330.000 0.000 NA   NA
 2167265 2167266 CPF_0990 CPF_0991     FALSE 0.126 142.000 0.000 NA   NA
 2167266 2167267 CPF_0991 CPF_0992     FALSE 0.090 168.000 0.000 NA   NA
 2167267 2167268 CPF_0992 CPF_0993     TRUE 0.980 4.000 0.759 NA   NA
 2167268 2167269 CPF_0993 CPF_0994     FALSE 0.381 26.000 0.000 NA   NA
 2167270 2167271 CPF_0995 CPF_0996     FALSE 0.287 45.000 0.000 NA   NA
 1421717 2167274 CPF_0999 CPF_1000     FALSE 0.223 63.000 0.000 NA   NA
 2167274 2167275 CPF_1000 CPF_1001     TRUE 0.529 -15.000 0.000 NA   NA
 2167277 2167278 CPF_1003 CPF_1004     FALSE 0.034 302.000 0.000 NA   NA
 2167279 2167280 CPF_1005 CPF_1006 fmt   FALSE 0.062 213.000 0.000 NA   NA
 2167280 2167281 CPF_1006 CPF_1007     FALSE 0.178 95.000 0.000 NA   NA
 2167283 2167284 CPF_1009 CPF_1010 feoB feoA TRUE 0.983 18.000 0.050 1.000 Y NA
 2167285 2167286 CPF_1011 CPF_1012     TRUE 0.479 0.000 0.000 NA   NA
 2167286 2167287 CPF_1012 CPF_1013     FALSE 0.347 20.000 0.000 1.000   NA
 2167287 2167288 CPF_1013 CPF_1014     FALSE 0.010 490.000 0.000 1.000   NA
 2167289 2167290 CPF_1015 CPF_1016     FALSE 0.061 14.000 0.000 0.008   NA
 2167291 2167292 CPF_1017 CPF_1018 dcm dcm TRUE 0.813 60.000 0.000 0.001 Y NA
 2167293 2167294 CPF_1019 CPF_1020     FALSE 0.021 378.000 0.000 NA   NA
 2167294 2167295 CPF_1020 CPF_1021     FALSE 0.138 135.000 0.000 NA   NA
 2167296 2167297 CPF_1022 CPF_1023     FALSE 0.011 521.000 0.000 NA   NA
 2167297 2167298 CPF_1023 CPF_1024     FALSE 0.016 441.000 0.000 NA   NA
 2167298 2167299 CPF_1024 CPF_1025     FALSE 0.029 323.000 0.000 NA   NA
 2167302 2167303 CPF_1028 CPF_1029     TRUE 0.717 254.000 0.462 1.000 N NA
 2167306 2167307 CPF_1032 CPF_1033     TRUE 0.502 -7.000 0.000 NA   NA
 2167307 2167308 CPF_1033 CPF_1034     FALSE 0.015 442.000 0.000 NA   NA
 2167308 2167309 CPF_1034 CPF_1035     FALSE 0.015 456.000 0.000 NA   NA
 2167309 2167310 CPF_1035 CPF_1036     FALSE 0.336 32.000 0.000 NA   NA
 2167310 2167311 CPF_1036 CPF_1037     TRUE 0.472 1.000 0.000 NA   NA
 2167312 2167313 CPF_1038 CPF_1039     FALSE 0.065 207.000 0.000 NA   NA
 2167313 2167314 CPF_1039 CPF_1040     TRUE 0.850 22.000 0.021 NA   NA
 2167315 2167316 CPF_1041 CPF_1042     FALSE 0.011 552.000 0.000 NA   NA
 2167318 2167319 CPF_1044 CPF_1045     TRUE 0.520 -12.000 0.000 NA   NA
 2167319 2167320 CPF_1045 CPF_1046   fucO FALSE 0.087 171.000 0.000 NA   NA
 2167322 2167323 CPF_1048 CPF_1049 fucI fucK TRUE 0.989 21.000 0.119 1.000 Y NA
 2167323 2167324 CPF_1049 CPF_1050 fucK fucU TRUE 0.996 -6.000 0.455 1.000 Y NA
 2167324 2167325 CPF_1050 CPF_1051 fucU fucA TRUE 0.991 29.000 0.333 1.000 Y NA
 2167325 2167326 CPF_1051 CPF_1052 fucA fucP TRUE 0.985 35.000 0.133 NA Y NA
 2167326 2167327 CPF_1052 CPF_1053 fucP   FALSE 0.033 305.000 0.000 NA   NA
 2167327 2167328 CPF_1053 CPF_1054     FALSE 0.067 205.000 0.000 NA   NA
 2167328 2167329 CPF_1054 CPF_1055     FALSE 0.011 529.000 0.000 NA   NA
 2167329 2167330 CPF_1055 CPF_1056     TRUE 0.823 30.000 0.023 NA   NA
 2167330 2167331 CPF_1056 CPF_1057     TRUE 0.977 -7.000 0.015 0.085 Y NA
 2167331 2167332 CPF_1057 CPF_1058     FALSE 0.108 134.000 0.000 1.000   NA
 2167333 2167334 CPF_1059 CPF_1060     FALSE 0.159 120.000 0.000 NA   NA
 2167337 2167338 CPF_1063 CPF_1064     FALSE 0.029 325.000 0.000 NA   NA
 2167338 2167339 CPF_1064 CPF_1065     FALSE 0.162 119.000 0.000 NA   NA
 2167339 2167340 CPF_1065 CPF_1066     FALSE 0.012 510.000 0.000 NA   NA
 2167340 2167341 CPF_1066 CPF_1067   cotJB TRUE 0.946 13.000 0.125 NA   NA
 2167341 2167342 CPF_1067 CPF_1068 cotJB cotJC TRUE 0.917 13.000 0.062 NA   NA
 2167344 2167345 CPF_1070 CPF_1071     FALSE 0.041 277.000 0.000 NA   NA
 2167345 2167346 CPF_1071 CPF_1072     FALSE 0.214 68.000 0.000 NA   NA
 2167346 2167347 CPF_1072 CPF_1073     FALSE 0.007 592.000 0.000 1.000   NA
 2167349 2167350 CPF_1075 CPF_1076     FALSE 0.013 482.000 0.000 NA   NA
 2167350 2167351 CPF_1076 CPF_1077     FALSE 0.012 428.000 0.000 1.000   NA
 2167353 2167354 CPF_1079 CPF_1080     FALSE 0.184 90.000 0.000 NA   NA
 2167355 2167356 CPF_1081 CPF_1082     TRUE 0.765 240.000 0.625 1.000 N NA
 2167357 2167358 CPF_1083 CPF_1084     TRUE 0.536 -22.000 0.000 NA   NA
 2167358 2167359 CPF_1084 CPF_1085     FALSE 0.300 41.000 0.000 NA   NA
 2167362 2167363 CPF_1088 CPF_1089     FALSE 0.238 57.000 0.000 NA   NA
 2167363 2167364 CPF_1089 CPF_1090     FALSE 0.104 158.000 0.000 NA   NA
 2167365 2167366 CPF_1091 CPF_1092     FALSE 0.055 239.000 0.000 NA   NA
 2167366 2167367 CPF_1092 CPF_1093     TRUE 0.980 -7.000 0.500 NA   NA
 2167367 2167368 CPF_1093 CPF_1094     TRUE 0.985 -6.000 1.000 NA   NA
 2167368 2167369 CPF_1094 CPF_1095     TRUE 0.974 5.000 0.500 NA   NA
 2167369 2167370 CPF_1095 CPF_1096     TRUE 0.958 35.000 0.500 NA   NA
 2167371 2167372 CPF_1097 CPF_1098     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 2167373 2167374 CPF_1099 CPF_1100     FALSE 0.007 2297.000 0.000 NA   NA
 2167374 2167375 CPF_1100 CPF_1101     FALSE 0.056 237.000 0.000 NA   NA
 2167377 2167378 CPF_1103 CPF_1104     FALSE 0.033 305.000 0.000 NA   NA
 2167378 2167379 CPF_1104 CPF_1105     FALSE 0.015 450.000 0.000 NA   NA
 2167379 2167380 CPF_1105 CPF_1106     TRUE 0.717 153.000 0.095 NA   NA
 2167380 2167381 CPF_1106 CPF_1107     FALSE 0.090 168.000 0.000 NA   NA
 2167381 2167382 CPF_1107 CPF_1108     FALSE 0.080 178.000 0.000 NA   NA
 2167382 2167383 CPF_1108 CPF_1109     FALSE 0.028 328.000 0.000 NA   NA
 2167385 2167386 CPF_1111 CPF_1112     TRUE 0.921 18.000 0.000 0.014 Y NA
 2167386 2167387 CPF_1112 CPF_1113     FALSE 0.046 282.000 0.000 1.000 N NA
 2167387 2167388 CPF_1113 CPF_1114     TRUE 0.799 88.000 0.000 0.033 Y NA
 2167388 2167389 CPF_1114 CPF_1115     TRUE 0.942 -3.000 0.000 0.033 Y NA
 2167389 2167390 CPF_1115 CPF_1116     FALSE 0.415 20.000 0.000 NA   NA
 2167390 2167391 CPF_1116 CPF_1117     FALSE 0.424 13.000 0.000 NA   NA
 2167391 2167392 CPF_1117 CPF_1118     TRUE 0.931 81.000 0.667 NA   NA
 2167392 2167393 CPF_1118 CPF_1119   gngC FALSE 0.177 96.000 0.000 NA   NA
 2167395 2167396 CPF_1121 CPF_1122     FALSE 0.037 290.000 0.000 NA   NA
 2167396 2167397 CPF_1122 CPF_1123     FALSE 0.013 478.000 0.000 NA   NA
 2167397 2167398 CPF_1123 CPF_1124     FALSE 0.009 590.000 0.000 NA   NA
 2167399 2167400 CPF_1125 CPF_1126 feoB   TRUE 0.906 215.000 0.164 1.000 Y NA
 2167400 2167401 CPF_1126 CPF_1127   feoA TRUE 0.984 31.000 0.195 0.009 Y NA
 2167401 2167402 CPF_1127 CPF_1128 feoA   FALSE 0.263 50.000 0.000 NA   NA
 2167402 2167403 CPF_1128 CPF_1129     FALSE 0.007 1168.000 0.000 NA   NA
 2167404 2167405 CPF_1130 CPF_1131     FALSE 0.069 201.000 0.000 NA   NA
 2167405 2167406 CPF_1131 CPF_1132     FALSE 0.078 181.000 0.000 NA   NA
 2167406 2167407 CPF_1132 CPF_1133     FALSE 0.008 724.000 0.000 NA   NA
 2167407 2167408 CPF_1133 CPF_1134     FALSE 0.052 249.000 0.000 NA   NA
 2167410 2167411 CPF_1136 CPF_1137     FALSE 0.050 255.000 0.000 NA   NA
 2167411 2167412 CPF_1137 CPF_1138     FALSE 0.110 154.000 0.000 NA   NA
 2167412 2167413 CPF_1138 CPF_1139     FALSE 0.040 280.000 0.000 NA   NA
 2167413 2167414 CPF_1139 CPF_1140     TRUE 0.995 4.000 0.606 1.000 Y NA
 2167414 2167415 CPF_1140 CPF_1141     FALSE 0.053 248.000 0.000 NA   NA
 2167415 2167416 CPF_1141 CPF_1142     TRUE 0.927 96.000 0.750 NA   NA
 2167416 2167417 CPF_1142 CPF_1143     TRUE 0.894 96.000 0.333 NA   NA
 2167417 2167418 CPF_1143 CPF_1144     FALSE 0.071 196.000 0.000 NA   NA
 2167418 2167419 CPF_1144 CPF_1145     FALSE 0.069 220.000 0.000 1.000 N NA
 2167421 2167422 CPF_1147 CPF_1148     FALSE 0.058 227.000 0.000 NA   NA
 2167422 2167423 CPF_1148 CPF_1149     FALSE 0.028 331.000 0.000 NA   NA
 2167423 2167424 CPF_1149 CPF_1150     FALSE 0.300 41.000 0.000 NA   NA
 2167424 2167425 CPF_1150 CPF_1151     FALSE 0.060 220.000 0.000 NA   NA
 2167425 2167426 CPF_1151 CPF_1152     FALSE 0.427 15.000 0.000 NA   NA
 2167426 2167427 CPF_1152 CPF_1153   mgtA FALSE 0.009 591.000 0.000 NA   NA
 2167427 2167428 CPF_1153 CPF_1154 mgtA   FALSE 0.018 110.000 0.000 0.055 N NA
 2167428 2167429 CPF_1154 CPF_1155     FALSE 0.032 276.000 0.000 1.000   NA
 2167431 2167432 CPF_1157 CPF_1158     FALSE 0.061 178.000 0.000 1.000   NA
 2167434 2167435 CPF_1160 CPF_1161     FALSE 0.363 28.000 0.000 NA   NA
 2167435 2167436 CPF_1161 CPF_1162     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 2167436 2167437 CPF_1162 CPF_1163     FALSE 0.191 85.000 0.000 NA   NA
 2167437 2167438 CPF_1163 CPF_1164     FALSE 0.045 222.000 0.000 1.000   NA
 2167438 2167439 CPF_1164 CPF_1165     FALSE 0.237 70.000 0.000 1.000 N NA
 2167439 2167440 CPF_1165 CPF_1166     FALSE 0.040 281.000 0.000 NA   NA
 2167440 2167441 CPF_1166 CPF_1167     FALSE 0.372 27.000 0.000 NA   NA
 2167441 2167442 CPF_1167 CPF_1168     FALSE 0.212 69.000 0.000 NA   NA
 2167442 2167443 CPF_1168 CPF_1169     FALSE 0.081 177.000 0.000 NA   NA
 2167443 2167444 CPF_1169 CPF_1170     FALSE 0.057 229.000 0.000 NA   NA
 2167444 2167445 CPF_1170 CPF_1171     FALSE 0.007 187.000 0.000 0.060 N NA
 2167445 2167446 CPF_1171 CPF_1172     TRUE 0.992 20.000 0.500 0.014 Y NA
 2167446 2167447 CPF_1172 CPF_1173     FALSE 0.031 338.000 0.000 1.000 N NA
 2167447 2167448 CPF_1173 CPF_1174     TRUE 0.971 14.000 1.000 0.001   NA
 2167448 2167449 CPF_1174 CPF_1175     TRUE 0.960 20.000 0.600 0.001   NA
 2167449 2167450 CPF_1175 CPF_1176   dhaF TRUE 0.977 17.000 0.714 NA   NA
 2167450 2167451 CPF_1176 CPF_1177 dhaF dhaG TRUE 0.980 -7.000 0.500 NA   NA
 2167451 2167452 CPF_1177 CPF_1178 dhaG   TRUE 0.902 19.000 0.049 NA   NA
 2167452 2167453 CPF_1178 CPF_1179     TRUE 0.906 24.000 0.061 NA   NA
 2167453 2167454 CPF_1179 CPF_1180   dhaT TRUE 0.700 94.000 0.037 NA   NA
 2167454 2167455 CPF_1180 CPF_1181 dhaT   FALSE 0.011 585.000 0.000 1.000 N NA
 2167455 2167456 CPF_1181 CPF_1182     FALSE 0.028 290.000 0.000 1.000   NA
 2167456 2167457 CPF_1182 CPF_1183     FALSE 0.019 348.000 0.000 1.000   NA
 2167458 2167459 CPF_1184 CPF_1185     FALSE 0.167 116.000 0.000 NA   NA
 2167459 2167460 CPF_1185 CPF_1186     FALSE 0.172 111.000 0.000 NA   NA
 2167460 2167461 CPF_1186 CPF_1187     FALSE 0.403 23.000 0.000 NA   NA
 2167463 2167464 CPF_1189 CPF_1190     FALSE 0.049 257.000 0.000 NA   NA
 2167465 2167466 CPF_1191 CPF_1192     FALSE 0.020 344.000 0.000 1.000   NA
 2167466 2167467 CPF_1192 CPF_1193     TRUE 0.760 210.000 0.429 1.000 N NA
 2167467 2167468 CPF_1193 CPF_1194     TRUE 0.502 -7.000 0.000 NA   NA
 2167468 2167469 CPF_1194 CPF_1195   hpkA FALSE 0.426 14.000 0.000 NA   NA
 2167471 2167472 CPF_1197 CPF_1198     FALSE 0.061 217.000 0.000 NA   NA
 2167472 2167473 CPF_1198 CPF_1199     FALSE 0.074 211.000 0.000 1.000 N NA
 2167473 2167474 CPF_1199 CPF_1200     TRUE 0.921 56.000 0.286 NA   NA
 2167474 2167475 CPF_1200 CPF_1201     TRUE 0.962 11.000 0.231 NA   NA
 2167476 2167477 CPF_1202 CPF_1203     FALSE 0.175 102.000 0.000 NA   NA
 2167477 2167478 CPF_1203 CPF_1204     FALSE 0.073 192.000 0.000 NA   NA
 2167481 2167482 CPF_1207 CPF_1208     FALSE 0.065 207.000 0.000 NA   NA
 2167482 2167483 CPF_1208 CPF_1209     FALSE 0.044 269.000 0.000 NA   NA
 2167483 2167484 CPF_1209 CPF_1210   kdpA TRUE 0.502 -7.000 0.000 NA   NA
 2167484 2167485 CPF_1210 CPF_1211 kdpA kdpB TRUE 0.984 14.000 0.112 0.001 Y NA
 2167485 2167486 CPF_1211 CPF_1212 kdpB kdpC TRUE 0.994 15.000 0.877 0.001 Y NA
 2167486 2167487 CPF_1212 CPF_1213 kdpC kdpD FALSE 0.066 12.000 0.000 0.083 N NA
 2167487 2167488 CPF_1213 CPF_1214 kdpD kdpE TRUE 0.992 -25.000 0.081 1.000 Y NA
 2167488 2167489 CPF_1214 CPF_1215 kdpE   FALSE 0.393 2.000 0.000 1.000   NA
 2167489 2167490 CPF_1215 CPF_1216     FALSE 0.054 243.000 0.000 NA   NA
 2167492 2167493 CPF_1218 CPF_1219     FALSE 0.172 111.000 0.000 NA   NA
 2167495 2167496 CPF_1221 CPF_1222 lacZ   FALSE 0.016 375.000 0.000 1.000   NA
 2167496 2167497 CPF_1222 CPF_1223     FALSE 0.008 537.000 0.000 1.000   NA
 2167497 2167498 CPF_1223 CPF_1224     FALSE 0.028 332.000 0.000 NA   NA
 2167498 2167499 CPF_1224 CPF_1225     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 2167499 2167500 CPF_1225 CPF_1226     FALSE 0.104 158.000 0.000 NA   NA
 2167501 2167502 CPF_1227 CPF_1228     FALSE 0.356 29.000 0.000 NA   NA
 2167504 2167505 CPF_1230 CPF_1231     FALSE 0.426 12.000 0.000 NA   NA
 2167505 2167506 CPF_1231 CPF_1232     FALSE 0.031 316.000 0.000 NA   NA
 2167507 2167508 CPF_1233 CPF_1234     FALSE 0.095 165.000 0.000 NA   NA
 2167509 2167510 CPF_1235 CPF_1236     FALSE 0.204 528.000 0.000 1.000 Y NA
 2167510 2167511 CPF_1236 CPF_1237     FALSE 0.131 150.000 0.000 1.000 N NA
 2167512 2167513 CPF_1238 CPF_1239     FALSE 0.164 118.000 0.000 NA   NA
 2167514 2167515 CPF_1240 CPF_1241   spoVAF FALSE 0.111 131.000 0.000 1.000   NA
 2167515 2167516 CPF_1241 CPF_1242 spoVAF   FALSE 0.005 233.000 0.000 0.059   NA
 2167517 2167518 CPF_1243 CPF_1244     FALSE 0.006 224.000 0.000 0.082 N NA
 2167518 2167519 CPF_1244 CPF_1245   sdhB FALSE 0.372 32.000 0.000 1.000 N NA
 2167519 2167520 CPF_1245 CPF_1246 sdhB sdhA TRUE 0.985 4.000 0.098 0.002 Y NA
 2167526 2167527 CPF_1252 CPF_1253     FALSE 0.030 319.000 0.000 NA   NA
 2167527 2167528 CPF_1253 CPF_1254     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 2167528 2167529 CPF_1254 CPF_1255   gltX FALSE 0.009 667.000 0.000 NA   NA
 2167529 2167530 CPF_1255 CPF_1256 gltX   FALSE 0.082 176.000 0.000 NA   NA
 2167530 2167531 CPF_1256 CPF_1257     FALSE 0.057 228.000 0.000 NA   NA
 2167532 2167533 CPF_1258 CPF_1259 aspD   FALSE 0.142 132.000 0.000 NA   NA
 2167534 2167535 CPF_1260 CPF_1261   hprK FALSE 0.426 12.000 0.000 NA   NA
 2167535 2167536 CPF_1261 CPF_1262 hprK   FALSE 0.320 45.000 0.000 1.000 N NA
 2167536 2167537 CPF_1262 CPF_1263     TRUE 0.747 67.000 0.034 1.000 N NA
 2167537 2167538 CPF_1263 CPF_1264     FALSE 0.175 125.000 0.000 1.000 N NA
 2167538 2167539 CPF_1264 CPF_1265   mgsA FALSE 0.103 169.000 0.000 1.000 N NA
 2167539 2167540 CPF_1265 CPF_1266 mgsA   FALSE 0.072 193.000 0.000 NA   NA
 2167540 2167541 CPF_1266 CPF_1267     FALSE 0.193 84.000 0.000 NA   NA
 2167541 2167542 CPF_1267 CPF_1268     FALSE 0.292 44.000 0.000 NA   NA
 2167543 2167544 CPF_1269 CPF_1270     FALSE 0.051 205.000 0.000 1.000   NA
 2167545 2167546 CPF_1271 CPF_1272 pabA pabB TRUE 0.993 6.000 0.250 1.000 Y NA
 2167546 2167547 CPF_1272 CPF_1273 pabB   TRUE 0.953 54.000 0.027 1.000 Y NA
 2167547 2167548 CPF_1273 CPF_1274   folE TRUE 0.973 15.000 0.011 1.000 Y NA
 2167548 2167549 CPF_1274 CPF_1275 folE   TRUE 0.914 26.000 0.081 1.000   NA
 2167549 2167550 CPF_1275 CPF_1276   folP TRUE 0.972 13.000 0.533 1.000   NA
 2167550 2167551 CPF_1276 CPF_1277 folP folBK TRUE 0.967 13.000 0.019 0.005 Y NA
 2167553 2167554 CPF_1279 CPF_1281     FALSE 0.022 369.000 0.000 NA   NA
 2167557 2167558 CPF_1282 CPF_1284   crcB TRUE 0.884 20.000 0.038 NA   NA
 2167559 2167560 CPF_1285 CPF_1286     FALSE 0.046 219.000 0.000 1.000   NA
 2167560 2167561 CPF_1286 CPF_1287     FALSE 0.048 212.000 0.000 1.000   NA
 2167563 2167564 CPF_1289 CPF_1290 cobT   TRUE 0.981 38.000 0.104 1.000 Y NA
 2167564 2167565 CPF_1290 CPF_1291   cobS TRUE 0.992 -16.000 0.092 1.000 Y NA
 2167565 2167566 CPF_1291 CPF_1292 cobS   TRUE 0.872 14.000 0.026 NA   NA
 2167566 2167567 CPF_1292 CPF_1293     TRUE 0.973 5.000 0.434 NA   NA
 2167567 2167568 CPF_1293 CPF_1294   cobB TRUE 0.946 3.000 0.094 1.000 N NA
 2167568 2167569 CPF_1294 CPF_1295 cobB   TRUE 0.824 -3.000 0.017 0.012 N NA
 2167569 2167570 CPF_1295 CPF_1296     FALSE 0.012 574.000 0.000 1.000 N NA
 2167570 2167571 CPF_1296 CPF_1297     TRUE 0.990 -13.000 0.061 1.000 Y NA
 2167571 2167572 CPF_1297 CPF_1298     TRUE 0.990 5.000 0.119 1.000 Y NA
 2167572 2167573 CPF_1298 CPF_1299     TRUE 0.881 10.000 0.030 NA   NA
 2167573 2167574 CPF_1299 CPF_1300   cobQ TRUE 0.806 10.000 0.005 NA   NA
 2167574 2167575 CPF_1300 CPF_1301 cobQ   FALSE 0.049 276.000 0.000 1.000 N NA
 2167575 2167576 CPF_1301 CPF_1302     FALSE 0.141 93.000 0.000 1.000   NA
 2167576 2167577 CPF_1302 CPF_1303     FALSE 0.059 223.000 0.000 NA   NA
 2167577 2167578 CPF_1303 CPF_1304     FALSE 0.059 222.000 0.000 NA   NA
 2167578 2167579 CPF_1304 CPF_1305   mtnN FALSE 0.036 293.000 0.000 NA   NA
 2167580 2167581 CPF_1306 CPF_1307   cfa FALSE 0.100 161.000 0.000 NA   NA
 2167582 2167583 CPF_1308 CPF_1309     TRUE 0.448 4.000 0.000 NA   NA
 2167583 2167584 CPF_1309 CPF_1310     FALSE 0.034 304.000 0.000 NA   NA
 2167584 2167585 CPF_1310 CPF_1311     FALSE 0.073 191.000 0.000 NA   NA
 2167585 2167586 CPF_1311 CPF_1312   hisK FALSE 0.077 184.000 0.000 NA   NA
 2167587 2167588 CPF_1313 CPF_1314   nadE FALSE 0.018 360.000 0.000 1.000   NA
 2167589 2167590 CPF_1315 CPF_1316     TRUE 0.993 20.000 0.313 NA Y NA
 2167590 2167591 CPF_1316 CPF_1317     FALSE 0.092 180.000 0.000 1.000 N NA
 2167591 2167592 CPF_1317 CPF_1318   rnfG FALSE 0.066 233.000 0.000 1.000 N NA
 2167592 2167593 CPF_1318 CPF_1319 rnfG rnfE TRUE 0.984 18.000 0.091 0.038 Y NA
 2167593 2167594 CPF_1319 CPF_1320 rnfE rnfA TRUE 0.987 31.000 0.237 0.038 Y NA
 2167594 2167595 CPF_1320 CPF_1321 rnfA rnfB TRUE 0.990 17.000 0.221 0.038 Y NA
 2167595 2167596 CPF_1321 CPF_1322 rnfB   FALSE 0.248 64.000 0.000 1.000 N NA
 2167596 2167597 CPF_1322 CPF_1323     FALSE 0.099 172.000 0.000 1.000 N NA
 2167597 2167598 CPF_1323 CPF_1324   fabH TRUE 0.948 2.000 0.098 1.000 N NA
 2167598 2167599 CPF_1324 CPF_1325 fabH fabD TRUE 0.767 97.000 0.000 0.005 Y NA
 2167599 2167600 CPF_1325 CPF_1326 fabD fabG TRUE 0.988 4.000 0.149 0.005 Y NA
 2167600 2167601 CPF_1326 CPF_1327 fabG fabF TRUE 0.992 15.000 0.236 1.000 Y NA
 2167601 2167602 CPF_1327 CPF_1328 fabF accB TRUE 0.987 12.000 0.074 1.000 Y NA
 2167602 2167603 CPF_1328 CPF_1329 accB fabZ TRUE 0.979 3.000 0.047 0.005 Y NA
 2167603 2167604 CPF_1329 CPF_1330 fabZ accC TRUE 0.982 12.000 0.045 1.000 Y NA
 2167604 2167605 CPF_1330 CPF_1331 accC accD TRUE 0.987 -7.000 0.090 0.002 Y NA
 2167605 2167606 CPF_1331 CPF_1332 accD accA TRUE 0.992 -7.000 0.234 0.001 Y NA
 2167610 2167611 CPF_1336 CPF_1337 rluB   TRUE 0.812 6.000 0.008 1.000   NA
 2167611 2167612 CPF_1337 CPF_1338     FALSE 0.275 32.000 0.000 1.000   NA
 2167612 2167613 CPF_1338 CPF_1339     TRUE 0.594 217.000 0.124 1.000   NA
 2167613 2167614 CPF_1339 CPF_1340   cmk TRUE 0.653 122.000 0.039 1.000   NA
 2167614 2167615 CPF_1340 CPF_1341 cmk ispH TRUE 0.937 2.000 0.070 1.000 N NA
 2167615 2167616 CPF_1341 CPF_1342 ispH   FALSE 0.135 110.000 0.000 1.000   NA
 2167618 2167619 CPF_1344 CPF_1345     FALSE 0.133 139.000 0.000 NA   NA
 2167620 2167621 CPF_1346 CPF_1347     FALSE 0.077 184.000 0.000 NA   NA
 2167622 2167623 CPF_1348 CPF_1349   miaB FALSE 0.088 186.000 0.000 1.000 N NA
 2167623 2167624 CPF_1349 CPF_1350 miaB ppcA FALSE 0.011 456.000 0.000 1.000   NA
 2167626 2167627 CPF_1352 CPF_1353     FALSE 0.035 298.000 0.000 NA   NA
 2167627 2167628 CPF_1353 CPF_1354     FALSE 0.014 464.000 0.000 NA   NA
 2167628 2167629 CPF_1354 CPF_1355     FALSE 0.169 114.000 0.000 NA   NA
 2167629 2167630 CPF_1355 CPF_1356   pfl FALSE 0.023 367.000 0.000 NA   NA
 2167630 2167631 CPF_1356 CPF_1357 pfl pflA TRUE 0.875 80.000 0.163 1.000 N NA
 2167631 2167632 CPF_1357 CPF_1358 pflA mutS FALSE 0.053 263.000 0.000 1.000 N NA
 2167632 2167633 CPF_1358 CPF_1359 mutS mutL TRUE 0.986 27.000 0.220 0.002 Y NA
 2167633 2167634 CPF_1359 CPF_1360 mutL miaA TRUE 0.938 18.000 0.097 1.000 N NA
 2167634 2167635 CPF_1360 CPF_1361 miaA   TRUE 0.921 44.000 0.192 1.000   NA
 2167635 2167636 CPF_1361 CPF_1362     TRUE 0.754 105.000 0.064 1.000   NA
 2167636 2167637 CPF_1362 CPF_1363     FALSE 0.048 259.000 0.000 NA   NA
 2167640 2167641 CPF_1366 CPF_1367     FALSE 0.012 516.000 0.000 NA   NA
 2167647 2167648 CPF_1373 CPF_1374     FALSE 0.223 63.000 0.000 NA   NA
 2167648 2167649 CPF_1374 CPF_1375     FALSE 0.018 352.000 0.000 1.000   NA
 2167653 2167654 CPF_1379 CPF_1380     FALSE 0.270 49.000 0.000 NA   NA
 2167654 2167655 CPF_1380 CPF_1381   pyrE FALSE 0.104 158.000 0.000 NA   NA
 2167655 2167656 CPF_1381 CPF_1382 pyrE pyrD TRUE 0.919 149.000 0.060 1.000 Y NA
 2167656 2167657 CPF_1382 CPF_1383 pyrD pyrK TRUE 0.975 20.000 0.592 1.000 N NA
 2167657 2167658 CPF_1383 CPF_1384 pyrK pyrF TRUE 0.908 25.000 0.112 0.003 N NA
 2167658 2167659 CPF_1384 CPF_1385 pyrF pyrC TRUE 0.986 10.000 0.064 1.000 Y NA
 2167659 1422104 CPF_1385 CPF_1386 pyrC   FALSE 0.409 22.000 0.000 NA   NA
 1422104 2167660 CPF_1386 CPF_1387   pyrB TRUE 0.443 5.000 0.000 NA   NA
 2167660 2167661 CPF_1387 CPF_1388 pyrB   FALSE 0.023 391.000 0.000 1.000 N NA
 2167661 2167662 CPF_1388 CPF_1389     FALSE 0.401 231.000 0.036 1.000 N NA
 2167662 2167663 CPF_1389 CPF_1390     FALSE 0.072 213.000 0.000 1.000 N NA
 2167663 2167664 CPF_1390 CPF_1391   manA FALSE 0.055 260.000 0.000 1.000 N NA
 2167665 2167666 CPF_1392 CPF_1393     TRUE 0.977 18.000 0.796 1.000   NA
 2167666 2167667 CPF_1393 CPF_1394     FALSE 0.055 240.000 0.000 NA   NA
 2167667 2167668 CPF_1394 CPF_1395     FALSE 0.418 19.000 0.000 NA   NA
 2167671 2167672 CPF_1398 CPF_1399     FALSE 0.263 50.000 0.000 NA   NA
 2167672 2167673 CPF_1399 CPF_1400     FALSE 0.168 115.000 0.000 NA   NA
 2167675 2167676 CPF_1402 CPF_1403     TRUE 0.997 -13.000 0.600 1.000 Y NA
 2167676 2167677 CPF_1403 CPF_1404     TRUE 0.534 -19.000 0.000 NA   NA
 2167677 2167678 CPF_1404 CPF_1405     FALSE 0.172 111.000 0.000 NA   NA
 2167678 2167679 CPF_1405 CPF_1406     TRUE 0.979 9.000 0.818 NA   NA
 2167679 2167680 CPF_1406 CPF_1407     FALSE 0.043 292.000 0.000 1.000 N NA
 2167680 2167681 CPF_1407 CPF_1408     FALSE 0.080 200.000 0.000 1.000 N NA
 2167681 2167682 CPF_1408 CPF_1409     FALSE 0.199 102.000 0.000 1.000 N NA
 2167682 2167683 CPF_1409 CPF_1410     FALSE 0.083 174.000 0.000 NA   NA
 2167683 2167684 CPF_1410 CPF_1411     TRUE 0.465 2.000 0.000 NA   NA
 2167686 2167687 CPF_1413 CPF_1414 spoVB   TRUE 0.943 22.000 0.137 1.000   NA
 2167687 2167688 CPF_1414 CPF_1415     TRUE 0.833 60.000 0.078 1.000   NA
 2167688 2167689 CPF_1415 CPF_1416     FALSE 0.050 206.000 0.000 1.000   NA
 2167691 2167692 CPF_1418 CPF_1419     FALSE 0.351 30.000 0.000 NA   NA
 2167694 2167695 CPF_1421 CPF_1422     FALSE 0.086 189.000 0.000 1.000 N NA
 2167695 2167696 CPF_1422 CPF_1423     FALSE 0.029 285.000 0.000 1.000   NA
 2167696 2167697 CPF_1423 CPF_1424     FALSE 0.056 191.000 0.000 1.000   NA
 2167697 2167698 CPF_1424 CPF_1425     TRUE 0.947 6.000 0.000 1.000 Y NA
 2167698 2167699 CPF_1425 CPF_1426     TRUE 0.839 88.000 0.000 1.000 Y NA
 2167699 2167700 CPF_1426 CPF_1427   cobK TRUE 0.462 13.000 0.000 1.000 N NA
 2167700 2167701 CPF_1427 CPF_1428 cobK cobJ TRUE 0.992 19.000 0.423 0.012 Y NA
 2167701 2167702 CPF_1428 CPF_1429 cobJ cbiG TRUE 0.950 155.000 0.352 0.012 Y NA
 2167702 2167703 CPF_1429 CPF_1430 cbiG cobM TRUE 0.993 3.000 0.397 0.012 Y NA
 2167703 2167704 CPF_1430 CPF_1431 cobM cobI TRUE 0.981 51.000 0.291 0.012 Y NA
 2167704 2167705 CPF_1431 CPF_1432 cobI cbiT TRUE 0.936 0.000 0.000 0.012 Y NA
 2167705 2167706 CPF_1432 CPF_1433 cbiT cbiE TRUE 0.912 20.000 0.000 0.001 Y NA
 2167706 2167707 CPF_1433 CPF_1434 cbiE cbiD TRUE 0.951 28.000 0.008 0.012 Y NA
 2167707 2167708 CPF_1434 CPF_1435 cbiD cobH TRUE 0.988 18.000 0.168 0.012 Y NA
 2167708 2167709 CPF_1435 CPF_1436 cobH cbiK TRUE 0.954 0.000 0.000 1.000 Y NA
 2167711 2167712 CPF_1438 CPF_1439   entD FALSE 0.044 268.000 0.000 NA   NA
 2167712 2167713 CPF_1439 CPF_1440 entD   FALSE 0.020 383.000 0.000 NA   NA
 2167713 2167714 CPF_1440 CPF_1441     TRUE 0.970 34.000 0.933 NA   NA
 2167714 2167715 CPF_1441 CPF_1442     FALSE 0.009 515.000 0.000 1.000   NA
 2167715 2167716 CPF_1442 CPF_1443     FALSE 0.173 110.000 0.000 NA   NA
 2167716 1422162 CPF_1443 CPF_1444     FALSE 0.179 94.000 0.000 NA   NA
 1422162 2167717 CPF_1444 CPF_1446   sodF FALSE 0.057 232.000 0.000 NA   NA
 2167717 2167718 CPF_1446 CPF_1447 sodF   FALSE 0.224 62.000 0.000 NA   NA
 2167720 2167721 CPF_1449 CPF_1450   mgtE FALSE 0.344 31.000 0.000 NA   NA
 2167721 2167722 CPF_1450 CPF_1451 mgtE   FALSE 0.010 561.000 0.000 NA   NA
 2167724 2167725 CPF_1453 CPF_1454     FALSE 0.280 47.000 0.000 NA   NA
 2167725 2167726 CPF_1454 CPF_1455     FALSE 0.162 119.000 0.000 NA   NA
 2167726 2167727 CPF_1455 CPF_1456     FALSE 0.074 190.000 0.000 NA   NA
 2167727 2167728 CPF_1456 CPF_1457     FALSE 0.010 575.000 0.000 NA   NA
 2167728 2167729 CPF_1457 CPF_1458     FALSE 0.173 109.000 0.000 NA   NA
 2167729 2167730 CPF_1458 CPF_1459     FALSE 0.059 221.000 0.000 NA   NA
 2167730 2167731 CPF_1459 CPF_1460     FALSE 0.432 10.000 0.000 NA   NA
 2167731 2167732 CPF_1460 CPF_1461     FALSE 0.020 390.000 0.000 NA   NA
 2167732 2167733 CPF_1461 CPF_1462     FALSE 0.079 180.000 0.000 NA   NA
 2167733 2167734 CPF_1462 CPF_1463   gltA FALSE 0.396 24.000 0.000 NA   NA
 2167734 2167735 CPF_1463 CPF_1464 gltA   FALSE 0.081 -7.000 0.000 0.037 N NA
 2167735 2167736 CPF_1464 CPF_1465   adh1 TRUE 0.679 172.000 0.000 1.000 Y NA
 2167736 2167737 CPF_1465 CPF_1466 adh1   FALSE 0.195 112.000 0.000 1.000 N NA
 2167739 2167740 CPF_1468 CPF_1469     FALSE 0.035 298.000 0.000 NA   NA
 2167740 2167741 CPF_1469 CPF_1470     FALSE 0.051 253.000 0.000 NA   NA
 2167745 2167746 CPF_1474 CPF_1475 lacZ   FALSE 0.061 249.000 0.000 1.000 N NA
 2167746 2167747 CPF_1475 CPF_1476     TRUE 0.965 149.000 0.357 1.000 Y NA
 2167747 2167748 CPF_1476 CPF_1477     TRUE 0.967 16.000 0.318 1.000 N NA
 2167748 2167749 CPF_1477 CPF_1478     TRUE 0.985 40.000 0.273 0.031 Y NA
 2167749 2167750 CPF_1478 CPF_1479     TRUE 0.887 36.000 0.000 0.031 Y NA
 2167750 2167751 CPF_1479 CPF_1480     TRUE 0.937 2.000 0.000 0.031 Y NA
 2167751 2167752 CPF_1480 CPF_1481     FALSE 0.020 388.000 0.000 NA   NA
 2167752 2167753 CPF_1481 CPF_1482     FALSE 0.070 199.000 0.000 NA   NA
 2167753 2167754 CPF_1482 CPF_1483     FALSE 0.198 104.000 0.000 1.000 N NA
 2167754 2167755 CPF_1483 CPF_1484     FALSE 0.018 353.000 0.000 1.000   NA
 2167755 2167756 CPF_1484 CPF_1485     TRUE 0.937 12.000 0.094 NA   NA
 2167756 2167757 CPF_1485 CPF_1486     TRUE 0.488 -3.000 0.000 NA   NA
 2167757 2167758 CPF_1486 CPF_1487     FALSE 0.018 412.000 0.000 NA   NA
 2167758 2167759 CPF_1487 CPF_1488     FALSE 0.057 232.000 0.000 NA   NA
 2167759 2167760 CPF_1488 CPF_1489     FALSE 0.044 268.000 0.000 NA   NA
 2167760 2167761 CPF_1489 CPF_1490     FALSE 0.011 450.000 0.000 1.000   NA
 2167763 2167764 CPF_1492 CPF_1493     FALSE 0.021 379.000 0.000 NA   NA
 2167764 2167765 CPF_1493 CPF_1494     FALSE 0.276 48.000 0.000 NA   NA
 2167765 2167766 CPF_1494 CPF_1495     FALSE 0.124 120.000 0.000 1.000   NA
 2167768 1422215 CPF_1497 CPF_3016   ssrA FALSE 0.008 894.000 0.000 NA   NA
 1422215 2167769 CPF_3016 CPF_1498 ssrA xpt FALSE 0.028 328.000 0.000 NA   NA
 2167771 2167772 CPF_1500 CPF_1501   smpB FALSE 0.015 449.000 0.000 NA   NA
 2167772 2167773 CPF_1501 CPF_1502 smpB rnr FALSE 0.157 597.000 0.143 0.023 N NA
 2167773 2167774 CPF_1502 CPF_1503 rnr secG FALSE 0.362 289.000 0.064 1.000   NA
 2167774 2167775 CPF_1503 CPF_1504 secG   FALSE 0.073 191.000 0.000 NA   NA
 2167775 2167776 CPF_1504 CPF_1505   eno FALSE 0.007 1593.000 0.000 NA   NA
 2167776 2167777 CPF_1505 CPF_1506 eno   FALSE 0.020 380.000 0.000 NA   NA
 2167777 2167778 CPF_1506 CPF_1507     FALSE 0.065 208.000 0.000 NA   NA
 2167778 2167779 CPF_1507 CPF_1508   gpmI FALSE 0.012 566.000 0.000 1.000 N NA
 2167779 2167780 CPF_1508 CPF_1509 gpmI tpiA TRUE 0.962 125.000 0.138 1.000 Y NA
 2167780 2167781 CPF_1509 CPF_1510 tpiA pgk TRUE 0.889 244.000 0.141 1.000 Y NA
 2167781 2167782 CPF_1510 CPF_1511 pgk gap TRUE 0.813 144.000 0.005 0.005 Y NA
 2167782 2167783 CPF_1511 CPF_1512 gap   TRUE 0.786 91.000 0.067 1.000 N NA
 2167783 2167784 CPF_1512 CPF_1513   rpoN TRUE 0.801 227.000 0.034 1.000 Y NA
 2167784 2167785 CPF_1513 CPF_1514 rpoN   FALSE 0.052 251.000 0.000 NA   NA
 2167785 2167786 CPF_1514 CPF_1515     TRUE 0.984 -19.000 0.639 NA   NA
 2167786 2167787 CPF_1515 CPF_1516     FALSE 0.009 602.000 0.000 NA   NA
 2167787 2167788 CPF_1516 CPF_1517     FALSE 0.183 91.000 0.000 NA   NA
 2167788 2167789 CPF_1517 CPF_1518     TRUE 0.847 15.000 0.016 NA   NA
 2167789 2167790 CPF_1518 CPF_1519     FALSE 0.146 89.000 0.000 1.000   NA
 2167790 2167791 CPF_1519 CPF_1520     FALSE 0.010 158.000 0.000 0.023   NA
 2167791 2167792 CPF_1520 CPF_1521     TRUE 0.810 165.000 0.333 1.000 N NA
 2167792 2167793 CPF_1521 CPF_1522   ddl TRUE 0.854 74.000 0.000 1.000 Y NA
 2167793 2167794 CPF_1522 CPF_1523 ddl   FALSE 0.181 120.000 0.000 1.000 N NA
 2167796 2167797 CPF_1525 CPF_1526 nth plsD TRUE 0.832 12.000 0.011 1.000 N NA
 2167797 2167798 CPF_1526 CPF_1527 plsD   TRUE 0.877 38.000 0.064 1.000 N NA
 2167798 2167799 CPF_1527 CPF_1528   cysE TRUE 0.689 145.000 0.064 1.000 N NA
 2167799 2167800 CPF_1528 CPF_1529 cysE cysK TRUE 0.983 19.000 0.101 0.001 Y NA
 2167800 2167801 CPF_1529 CPF_1530 cysK   FALSE 0.020 339.000 0.000 1.000   NA
 2167802 2167803 CPF_1531 CPF_1532     TRUE 0.993 14.000 0.461 0.031 Y NA
 2167803 2167804 CPF_1532 CPF_1533     TRUE 0.981 12.000 0.039 1.000 Y NA
 2167805 2167806 CPF_1534 CPF_1535     TRUE 0.904 73.000 0.281 NA   NA
 2167808 2167809 CPF_1537 CPF_1538     FALSE 0.409 22.000 0.000 NA   NA
 2167809 2167810 CPF_1538 CPF_1539   spoVR TRUE 0.702 52.000 0.014 NA   NA
 2167810 2167811 CPF_1539 CPF_1540 spoVR yhbH TRUE 0.972 27.000 0.761 NA   NA
 2167811 2167812 CPF_1540 CPF_1541 yhbH prkA TRUE 0.979 4.000 0.683 NA   NA
 2167812 2167813 CPF_1541 CPF_1542 prkA recQ TRUE 0.581 90.000 0.006 1.000 N NA
 2167813 2167814 CPF_1542 CPF_1543 recQ thiE FALSE 0.066 231.000 0.000 1.000 N NA
 2167814 2167815 CPF_1543 CPF_1544 thiE thiM TRUE 0.971 -7.000 0.010 0.005 Y NA
 2167815 2167816 CPF_1544 CPF_1545 thiM thiD TRUE 0.974 12.000 0.039 0.005 Y NA
 2167819 2167820 CPF_1548 CPF_1549   mglA TRUE 0.944 75.000 0.028 NA Y NA
 2167820 2167821 CPF_1549 CPF_1550 mglA mglC TRUE 0.997 -28.000 0.905 1.000 Y NA
 2167823 2167824 CPF_1552 CPF_1553 galK galT TRUE 0.732 123.000 0.000 0.002 Y NA
 2167826 2167827 CPF_1555 CPF_1556     TRUE 0.960 -3.000 0.137 NA   NA
 2167827 2167828 CPF_1556 CPF_1557   fba FALSE 0.176 97.000 0.000 NA   NA
 2167831 2167832 CPF_1560 CPF_1561     FALSE 0.287 45.000 0.000 NA   NA
 2167832 2167833 CPF_1561 CPF_1562     FALSE 0.151 126.000 0.000 NA   NA
 2167833 2167834 CPF_1562 CPF_1563     FALSE 0.093 166.000 0.000 NA   NA
 2167836 2167837 CPF_1565 CPF_1566     TRUE 0.689 41.000 0.004 NA   NA
 2167837 2167838 CPF_1566 CPF_1567     FALSE 0.091 167.000 0.000 NA   NA
 2167838 2167839 CPF_1567 CPF_1568     FALSE 0.073 192.000 0.000 NA   NA
 2167839 2167840 CPF_1568 CPF_1569     FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 2167840 2167841 CPF_1569 CPF_1570     FALSE 0.412 21.000 0.000 NA   NA
 2167841 2167842 CPF_1570 CPF_1571     FALSE 0.195 82.000 0.000 NA   NA
 2167842 2167843 CPF_1571 CPF_1572     FALSE 0.418 19.000 0.000 NA   NA
 2167843 2167844 CPF_1572 CPF_1573     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 2167844 2167845 CPF_1573 CPF_1574     FALSE 0.206 51.000 0.000 1.000   NA
 2167845 2167846 CPF_1574 CPF_1575     TRUE 0.443 5.000 0.000 NA   NA
 2167846 2167847 CPF_1575 CPF_1576     TRUE 0.502 -7.000 0.000 NA   NA
 2167847 2167848 CPF_1576 CPF_1577     FALSE 0.316 36.000 0.000 NA   NA
 2167848 2167849 CPF_1577 CPF_1578     TRUE 0.882 162.000 1.000 NA   NA
 2167849 2167850 CPF_1578 CPF_1579     TRUE 0.978 3.000 0.600 NA   NA
 2167850 2167851 CPF_1579 CPF_1580     TRUE 0.975 17.000 0.600 NA   NA
 2167851 2167852 CPF_1580 CPF_1581     TRUE 0.978 9.000 0.750 NA   NA
 2167852 2167853 CPF_1581 CPF_1582     TRUE 0.981 9.000 1.000 NA   NA
 2167853 2167854 CPF_1582 CPF_1583     TRUE 0.502 -7.000 0.000 NA   NA
 2167854 2167855 CPF_1583 CPF_1584     FALSE 0.426 12.000 0.000 NA   NA
 2167855 2167856 CPF_1584 CPF_1585     FALSE 0.300 41.000 0.000 NA   NA
 2167856 2167857 CPF_1585 CPF_1586     TRUE 0.947 -10.000 0.071 NA   NA
 2167857 2167858 CPF_1586 CPF_1587     TRUE 0.965 1.000 0.200 NA   NA
 2167858 2167859 CPF_1587 CPF_1588     TRUE 0.983 -7.000 0.750 NA   NA
 2167859 2167860 CPF_1588 CPF_1589     FALSE 0.012 503.000 0.000 NA   NA
 2167860 2167861 CPF_1589 CPF_1590     FALSE 0.083 175.000 0.000 NA   NA
 2167861 2167862 CPF_1590 CPF_1591     FALSE 0.178 95.000 0.000 NA   NA
 2167862 2167863 CPF_1591 CPF_1592     FALSE 0.232 59.000 0.000 NA   NA
 2167863 2167864 CPF_1592 CPF_1593     FALSE 0.126 142.000 0.000 NA   NA
 2167864 2167865 CPF_1593 CPF_1594     FALSE 0.135 137.000 0.000 NA   NA
 2167865 2167866 CPF_1594 CPF_1595     FALSE 0.065 208.000 0.000 NA   NA
 2167866 2167867 CPF_1595 CPF_1596     FALSE 0.427 15.000 0.000 NA   NA
 2167867 2167868 CPF_1596 CPF_1597   dnaB FALSE 0.426 12.000 0.000 NA   NA
 2167868 2167869 CPF_1597 CPF_1598 dnaB   FALSE 0.430 11.000 0.000 NA   NA
 2167869 2167870 CPF_1598 CPF_1599     FALSE 0.363 28.000 0.000 NA   NA
 2167870 2167871 CPF_1599 CPF_1600     FALSE 0.419 18.000 0.000 NA   NA
 2167871 2167872 CPF_1600 CPF_1601     FALSE 0.381 26.000 0.000 NA   NA
 2167872 2167873 CPF_1601 CPF_1602     FALSE 0.439 6.000 0.000 NA   NA
 2167873 2167874 CPF_1602 CPF_1603     FALSE 0.263 50.000 0.000 NA   NA
 2167875 2167876 CPF_1604 CPF_1605     FALSE 0.206 51.000 0.000 1.000   NA
 2167876 2167877 CPF_1605 CPF_1606     TRUE 0.805 68.000 0.100 0.046   NA
 2167877 2167878 CPF_1606 CPF_1607     FALSE 0.172 112.000 0.000 NA   NA
 2167878 2167879 CPF_1607 CPF_1608     FALSE 0.424 13.000 0.000 NA   NA
 2167880 2167881 CPF_1609 CPF_1610     FALSE 0.019 404.000 0.000 NA   NA
 2167881 2167882 CPF_1610 CPF_1611     FALSE 0.075 188.000 0.000 NA   NA
 2167882 2167883 CPF_1611 CPF_1612     FALSE 0.133 139.000 0.000 NA   NA
 2167883 2167884 CPF_1612 CPF_1613   rnz FALSE 0.151 84.000 0.000 1.000   NA
 2167884 2167885 CPF_1613 CPF_1614 rnz   FALSE 0.133 113.000 0.000 1.000   NA
 2167887 2167888 CPF_1616 CPF_1617     FALSE 0.181 92.000 0.000 NA   NA
 2167888 2167889 CPF_1617 CPF_1618     TRUE 0.900 81.000 0.286 NA   NA
 2167889 2167890 CPF_1618 CPF_1619     FALSE 0.042 237.000 0.000 1.000   NA
 2167891 2167892 CPF_1620 CPF_1621     FALSE 0.019 351.000 0.000 1.000   NA
 2167892 2167893 CPF_1621 CPF_1622     FALSE 0.037 291.000 0.000 NA   NA
 2167893 2167894 CPF_1622 CPF_1623     FALSE 0.173 109.000 0.000 NA   NA
 2167895 2167896 CPF_1624 CPF_1625 cax   FALSE 0.012 441.000 0.000 1.000   NA
 2167896 2167897 CPF_1625 CPF_1626     FALSE 0.238 57.000 0.000 NA   NA
 2167897 2167898 CPF_1626 CPF_1627     FALSE 0.131 140.000 0.000 NA   NA
 2167898 2167899 CPF_1627 CPF_1628     FALSE 0.069 200.000 0.000 NA   NA
 2167899 2167900 CPF_1628 CPF_1629     FALSE 0.093 166.000 0.000 NA   NA
 2167900 1422348 CPF_1629 CPF_1630     TRUE 0.542 -28.000 0.000 NA   NA
 1422348 2167901 CPF_1630 CPF_1631     FALSE 0.175 103.000 0.000 NA   NA
 2167901 2167902 CPF_1631 CPF_1632     FALSE 0.043 270.000 0.000 NA   NA
 2167902 1422351 CPF_1632 CPF_1633     FALSE 0.067 205.000 0.000 NA   NA
 2167904 2167905 CPF_1635 CPF_1636 map   FALSE 0.026 348.000 0.000 NA   NA
 2167907 2167908 CPF_1638 CPF_1639     FALSE 0.190 86.000 0.000 NA   NA
 2167910 2167911 CPF_1640 CPF_1642     FALSE 0.316 36.000 0.000 NA   NA
 2167911 2167912 CPF_1642 CPF_1643     FALSE 0.061 217.000 0.000 NA   NA
 2167912 2167913 CPF_1643 CPF_1644   lon TRUE 0.916 0.000 0.048 1.000   NA
 2167913 2167914 CPF_1644 CPF_1645 lon lonB TRUE 0.927 122.000 0.072 0.002 Y NA
 2167914 2167915 CPF_1645 CPF_1646 lonB clpX TRUE 0.913 111.000 0.042 0.002 Y NA
 2167915 2167916 CPF_1646 CPF_1647 clpX clpP TRUE 0.961 40.000 0.022 1.000 Y NA
 2167916 2167917 CPF_1647 CPF_1648 clpP tig TRUE 0.823 191.000 0.024 1.000 Y NA
 2167917 2167918 CPF_1648 CPF_1649 tig   TRUE 0.522 127.000 0.005 NA N NA
 2167922 2167923 CPF_1653 CPF_1654     FALSE 0.430 11.000 0.000 NA   NA
 2167923 2167924 CPF_1654 CPF_1655     FALSE 0.077 184.000 0.000 NA   NA
 2167924 2167925 CPF_1655 CPF_1656     FALSE 0.040 247.000 0.000 1.000   NA
 2167925 2167926 CPF_1656 CPF_1657     FALSE 0.021 375.000 0.000 NA   NA
 2167930 2167931 CPF_1663 CPF_1664     TRUE 0.993 14.000 0.431 0.036 Y NA
 2167932 2167933 CPF_1665 CPF_1666   thiI FALSE 0.146 129.000 0.000 NA   NA
 2167933 2167934 CPF_1666 CPF_1667 thiI   TRUE 0.975 -3.000 0.349 1.000 N NA
 2167934 2167935 CPF_1667 CPF_1668     FALSE 0.064 174.000 0.000 1.000   NA
 2167935 1422386 CPF_1668 CPF_1669     FALSE 0.021 379.000 0.000 NA   NA
 1422386 2167936 CPF_1669 CPF_1670     FALSE 0.056 236.000 0.000 NA   NA
 2167938 2167939 CPF_1672 CPF_1673     FALSE 0.025 307.000 0.000 1.000   NA
 2167940 2167941 CPF_1674 CPF_1675     TRUE 0.458 205.000 0.044 NA   NA
 2167941 2167942 CPF_1675 CPF_1676     FALSE 0.055 241.000 0.000 NA   NA
 2167943 2167944 CPF_1677 CPF_1678   pcp TRUE 0.898 0.000 0.029 NA   NA
 2167944 2167945 CPF_1678 CPF_1679 pcp   TRUE 0.945 36.000 0.300 NA   NA
 2167945 2167946 CPF_1679 CPF_1680     TRUE 0.980 13.000 0.939 NA   NA
 2167946 2167947 CPF_1680 CPF_1681   clpB FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 2167948 2167949 CPF_1682 CPF_1683   cls FALSE 0.156 80.000 0.000 1.000   NA
 2167950 2167951 CPF_1684 CPF_1685   hemL FALSE 0.079 201.000 0.000 1.000 N NA
 2167951 2167952 CPF_1685 CPF_1686 hemL hemB TRUE 0.923 63.000 0.026 0.002 Y NA
 2167952 2167953 CPF_1686 CPF_1687 hemB hemD TRUE 0.958 57.000 0.044 1.000 Y NA
 2167953 2167954 CPF_1687 CPF_1688 hemD hemC TRUE 0.980 9.000 0.031 1.000 Y NA
 2167954 2167955 CPF_1688 CPF_1689 hemC   TRUE 0.935 58.000 0.009 1.000 Y NA
 2167955 2167956 CPF_1689 CPF_1690   hemA TRUE 0.980 0.000 0.018 1.000 Y NA
 2167956 2167957 CPF_1690 CPF_1691 hemA arsC FALSE 0.020 417.000 0.000 1.000 N NA
 2167957 2167958 CPF_1691 CPF_1692 arsC asrB TRUE 0.994 14.000 0.720 0.029 Y NA
 2167958 2167959 CPF_1692 CPF_1693 asrB   TRUE 0.978 -7.000 0.750 0.029   NA
 2167959 2167960 CPF_1693 CPF_1694     TRUE 0.647 240.000 0.227 1.000   NA
 2167960 2167961 CPF_1694 CPF_1695   fnt TRUE 0.642 218.000 0.152 1.000 N NA
 2167961 2167962 CPF_1695 CPF_1696 fnt   FALSE 0.065 208.000 0.000 NA   NA
 2167962 2167963 CPF_1696 CPF_1697     TRUE 0.536 -22.000 0.000 NA   NA
 2167965 1422417 CPF_1699 CPF_1701     FALSE 0.421 17.000 0.000 NA   NA
 1422417 2167966 CPF_1701 CPF_1702     FALSE 0.035 297.000 0.000 NA   NA
 2167966 2167967 CPF_1702 CPF_1703     FALSE 0.270 49.000 0.000 NA   NA
 2167967 2167968 CPF_1703 CPF_1704     FALSE 0.425 16.000 0.000 NA   NA
 2167968 2167969 CPF_1704 CPF_1705     FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 2167969 2167970 CPF_1705 CPF_1706   pepF TRUE 0.866 18.000 0.028 1.000   NA
 2167970 2167971 CPF_1706 CPF_1707 pepF   TRUE 0.921 21.000 0.070 NA   NA
 2167972 2167973 CPF_1708 CPF_1709     TRUE 0.738 73.000 0.038 NA   NA
 2167973 2167974 CPF_1709 CPF_1710     TRUE 0.992 19.000 0.231 1.000 Y NA
 2167975 2167976 CPF_1711 CPF_1712     FALSE 0.031 279.000 0.000 1.000   NA
 2167976 2167977 CPF_1712 CPF_1713     FALSE 0.033 268.000 0.000 1.000   NA
 2167977 2167978 CPF_1713 CPF_1714     FALSE 0.042 293.000 0.000 1.000 N NA
 2167978 2167979 CPF_1714 CPF_1715     TRUE 0.995 0.000 0.778 0.014 Y NA
 2167979 2167980 CPF_1715 CPF_1716     TRUE 0.966 154.000 0.778 0.014 Y NA
 2167980 2167981 CPF_1716 CPF_1717     TRUE 0.965 155.000 0.786 0.008 Y NA
 2167983 2167984 CPF_1719 CPF_1720     FALSE 0.049 257.000 0.000 NA   NA
 2167986 2167987 CPF_1722 CPF_1723 dut   FALSE 0.138 135.000 0.000 NA   NA
 2167987 2167988 CPF_1723 CPF_1724     FALSE 0.190 86.000 0.000 NA   NA
 2167990 2167991 CPF_1726 CPF_1727     FALSE 0.426 12.000 0.000 NA   NA
 2167993 2167994 CPF_1729 CPF_1730     FALSE 0.162 119.000 0.000 NA   NA
 2167996 2167997 CPF_1732 CPF_1733     FALSE 0.201 77.000 0.000 NA   NA
 2167997 2167998 CPF_1733 CPF_1734     FALSE 0.303 40.000 0.000 NA   NA
 2167998 2167999 CPF_1734 CPF_1735     FALSE 0.048 258.000 0.000 NA   NA
 2167999 2168000 CPF_1735 CPF_1736     TRUE 0.451 21.000 0.000 1.000 N NA
 2168000 2168001 CPF_1736 CPF_1737     TRUE 0.994 2.000 0.270 1.000 Y NA
 2168001 2168002 CPF_1737 CPF_1738     TRUE 0.985 -25.000 0.646 NA   NA
 2168002 2168003 CPF_1738 CPF_1739     FALSE 0.174 108.000 0.000 NA   NA
 2168003 2168004 CPF_1739 CPF_1740     FALSE 0.206 74.000 0.000 NA   NA
 2168004 2168005 CPF_1740 CPF_1741     FALSE 0.067 204.000 0.000 NA   NA
 2168005 2168006 CPF_1741 CPF_1742     FALSE 0.174 104.000 0.000 NA   NA
 2168008 2168009 CPF_1744 CPF_1745     FALSE 0.178 95.000 0.000 NA   NA
 2168009 2168010 CPF_1745 CPF_1746     FALSE 0.042 274.000 0.000 NA   NA
 2168011 2168012 CPF_1747 CPF_1748     TRUE 0.974 17.000 0.569 NA   NA
 2168013 2168014 CPF_1749 CPF_1750     FALSE 0.029 325.000 0.000 NA   NA
 2168014 2168015 CPF_1750 CPF_1751   virS FALSE 0.067 171.000 0.000 1.000   NA
 2168015 2168016 CPF_1751 CPF_1752 virS   TRUE 0.957 -6.000 0.000 1.000 Y NA
 2168016 2168017 CPF_1752 CPF_1753     FALSE 0.152 139.000 0.000 1.000 N NA
 2168017 2168018 CPF_1753 CPF_1754     FALSE 0.176 97.000 0.000 NA   NA
 2168018 2168019 CPF_1754 CPF_1755     FALSE 0.058 224.000 0.000 NA   NA
 2168019 2168020 CPF_1755 CPF_1756     FALSE 0.013 426.000 0.000 1.000   NA
 2168022 2168023 CPF_1758 CPF_1759     FALSE 0.003 292.000 0.000 0.025   NA
 2168023 2168024 CPF_1759 CPF_1760   topB FALSE 0.024 313.000 0.000 1.000   NA
 2168024 2168025 CPF_1760 CPF_1761 topB   FALSE 0.188 88.000 0.000 NA   NA
 2168025 2168026 CPF_1761 CPF_1762     TRUE 0.958 10.000 0.196 NA   NA
 2168026 2168027 CPF_1762 CPF_1763     FALSE 0.123 144.000 0.000 NA   NA
 2168027 2168028 CPF_1763 CPF_1764     FALSE 0.056 237.000 0.000 NA   NA
 2168028 2168029 CPF_1764 CPF_1765     FALSE 0.195 82.000 0.000 NA   NA
 2168029 2168030 CPF_1765 CPF_1766     TRUE 0.948 15.000 0.130 NA   NA
 2168030 2168031 CPF_1766 CPF_1767     FALSE 0.056 235.000 0.000 NA   NA
 2168031 2168032 CPF_1767 CPF_1768     FALSE 0.051 252.000 0.000 NA   NA
 2168032 2168033 CPF_1768 CPF_1769     FALSE 0.396 24.000 0.000 NA   NA
 2168033 2168034 CPF_1769 CPF_1770   gdhA FALSE 0.032 310.000 0.000 NA   NA
 2168034 2168035 CPF_1770 CPF_1771 gdhA   FALSE 0.013 483.000 0.000 NA   NA
 2168037 2168038 CPF_1773 CPF_1774     FALSE 0.403 23.000 0.000 NA   NA
 2168040 2168041 CPF_1776 CPF_1777     TRUE 0.990 35.000 0.700 0.005 Y NA
 2168041 2168042 CPF_1777 CPF_1778     FALSE 0.007 620.000 0.000 1.000   NA
 2168042 2168043 CPF_1778 CPF_1779     FALSE 0.060 220.000 0.000 NA   NA
 2168045 2168046 CPF_1781 CPF_1782     FALSE 0.060 220.000 0.000 NA   NA
 2168046 2168047 CPF_1782 CPF_1783     TRUE 0.994 -7.000 0.174 1.000 Y NA
 2168047 2168048 CPF_1783 CPF_1784   scrR TRUE 0.883 40.000 0.070 1.000 N NA
 2168048 2168049 CPF_1784 CPF_1785 scrR   TRUE 0.563 164.000 0.042 1.000 N NA
 2168049 2168050 CPF_1785 CPF_1786     FALSE 0.029 324.000 0.000 NA   NA
 2168050 2168051 CPF_1786 CPF_1787     FALSE 0.012 516.000 0.000 NA   NA
 2168051 2168052 CPF_1787 CPF_1788     TRUE 0.989 13.000 0.200 0.028 Y NA
 2168052 2168053 CPF_1788 CPF_1789     TRUE 0.968 1.000 0.455 0.028   NA
 2168055 2168056 CPF_1791 CPF_1792     TRUE 0.988 -13.000 0.044 1.000 Y NA
 2168056 2168057 CPF_1792 CPF_1793     TRUE 0.928 -10.000 0.044 1.000 N NA
 2168057 2168058 CPF_1793 CPF_1794   bioD FALSE 0.067 227.000 0.000 1.000 N NA
 2168058 2168059 CPF_1794 CPF_1795 bioD bioB TRUE 0.972 3.000 0.025 0.002 Y NA
 2168059 1422512 CPF_1795 CPF_1796 bioB   FALSE 0.418 19.000 0.000 NA   NA
 1422512 2168060 CPF_1796 CPF_1797     FALSE 0.069 201.000 0.000 NA   NA
 2168060 1422514 CPF_1797 CPF_1798     FALSE 0.030 322.000 0.000 NA   NA
 1422514 2168061 CPF_1798 CPF_1799     FALSE 0.183 91.000 0.000 NA   NA
 2168063 2168064 CPF_1801 CPF_1802     FALSE 0.048 211.000 0.000 1.000   NA
 2168064 2168065 CPF_1802 CPF_1803   pulA TRUE 0.530 212.000 0.000 0.025 Y NA
 2168067 2168068 CPF_1805 CPF_1806     FALSE 0.136 109.000 0.000 1.000   NA
 2168068 2168069 CPF_1806 CPF_1807     FALSE 0.054 195.000 0.000 1.000   NA
 2168069 2168070 CPF_1807 CPF_1808     FALSE 0.034 302.000 0.000 NA   NA
 2168071 2168072 CPF_1809 CPF_1810     TRUE 0.482 5.000 0.000 1.000 N NA
 2168073 2168074 CPF_1811 CPF_1812     FALSE 0.229 60.000 0.000 NA   NA
 2168074 2168075 CPF_1812 CPF_1813     TRUE 0.973 21.000 0.556 NA   NA
 2168075 2168076 CPF_1813 CPF_1814     TRUE 0.978 2.000 0.556 NA   NA
 2168076 2168077 CPF_1814 CPF_1815     TRUE 0.980 17.000 1.000 NA   NA
 2168077 2168078 CPF_1815 CPF_1816     FALSE 0.113 152.000 0.000 NA   NA
 2168078 2168079 CPF_1816 CPF_1817   cax FALSE 0.030 317.000 0.000 NA   NA
 2168079 2168080 CPF_1817 CPF_1818 cax dinB FALSE 0.165 130.000 0.000 1.000 N NA
 2168080 2168081 CPF_1818 CPF_1819 dinB   FALSE 0.143 143.000 0.000 1.000 N NA
 2168081 2168082 CPF_1819 CPF_1820     FALSE 0.059 223.000 0.000 NA   NA
 2168082 2168083 CPF_1820 CPF_1821     FALSE 0.165 117.000 0.000 NA   NA
 2168083 2168084 CPF_1821 CPF_1822   pspA FALSE 0.034 303.000 0.000 NA   NA
 2168084 2168085 CPF_1822 CPF_1823 pspA   FALSE 0.190 86.000 0.000 NA   NA
 2168087 2168088 CPF_1825 CPF_1826     FALSE 0.014 397.000 0.000 1.000   NA
 2168088 2168089 CPF_1826 CPF_1827     FALSE 0.091 147.000 0.000 1.000   NA
 2168089 2168090 CPF_1827 CPF_1828     FALSE 0.051 252.000 0.000 NA   NA
 2168090 2168091 CPF_1828 CPF_1829     FALSE 0.071 197.000 0.000 NA   NA
 2168091 2168092 CPF_1829 CPF_1830     TRUE 0.975 0.000 0.720 0.029   NA
 2168092 2168093 CPF_1830 CPF_1831     TRUE 0.979 -10.000 0.438 1.000   NA
 2168093 2168094 CPF_1831 CPF_1832     TRUE 0.573 141.000 0.030 1.000   NA
 2168094 2168095 CPF_1832 CPF_1833     FALSE 0.008 555.000 0.000 1.000   NA
 2168095 2168096 CPF_1833 CPF_1834     FALSE 0.019 428.000 0.000 1.000 N NA
 2168096 2168097 CPF_1834 CPF_1835     TRUE 0.973 9.000 0.530 1.000   NA
 2168097 2168098 CPF_1835 CPF_1836     TRUE 0.855 146.000 0.435 1.000   NA
 2168100 2168101 CPF_1838 CPF_1839     FALSE 0.126 142.000 0.000 NA   NA
 2168101 2168102 CPF_1839 CPF_1840   glgB TRUE 0.982 100.000 1.000 0.010 Y NA
 2168102 2168103 CPF_1840 CPF_1841 glgB   FALSE 0.178 95.000 0.000 NA   NA
 2168104 2168105 CPF_1842 CPF_1843     TRUE 0.488 -3.000 0.000 NA   NA
 2168106 2168107 CPF_1844 CPF_1845     FALSE 0.026 348.000 0.000 NA   NA
 2168107 2168108 CPF_1845 CPF_1846     TRUE 0.762 44.000 0.018 NA   NA
 2168108 2168109 CPF_1846 CPF_1847     FALSE 0.084 173.000 0.000 NA   NA
 2168109 2168110 CPF_1847 CPF_1848   axe1 FALSE 0.138 96.000 0.000 1.000   NA
 2168111 2168112 CPF_1849 CPF_1850     FALSE 0.097 164.000 0.000 NA   NA
 2168113 2168114 CPF_1851 CPF_1852     FALSE 0.172 112.000 0.000 NA   NA
 2168114 2168115 CPF_1852 CPF_1853   thiH TRUE 0.890 31.000 0.000 0.005 Y NA
 2168115 2168116 CPF_1853 CPF_1854 thiH thiG TRUE 0.990 13.000 0.277 0.005 Y NA
 2168116 2168117 CPF_1854 CPF_1855 thiG thiF TRUE 0.610 129.000 0.054 0.028   NA
 2168117 2168118 CPF_1855 CPF_1856 thiF thiS TRUE 0.471 280.000 0.115 1.000   NA
 2168118 2168119 CPF_1856 CPF_1857 thiS   FALSE 0.048 278.000 0.000 1.000 N NA
 2168119 2168120 CPF_1857 CPF_1858     FALSE 0.020 334.000 0.000 1.000   NA
 2168120 2168121 CPF_1858 CPF_1859     FALSE 0.295 43.000 0.000 NA   NA
 2168121 2168122 CPF_1859 CPF_1860   msrB FALSE 0.234 58.000 0.000 NA   NA
 2168122 2168123 CPF_1860 CPF_1861 msrB   FALSE 0.203 76.000 0.000 NA   NA
 2168125 2168126 CPF_1863 CPF_1864     FALSE 0.055 241.000 0.000 NA   NA
 2168128 2168129 CPF_1866 CPF_1867     FALSE 0.146 129.000 0.000 NA   NA
 2168129 2168130 CPF_1867 CPF_1868     FALSE 0.065 207.000 0.000 NA   NA
 2168132 2168133 CPF_1870 CPF_1871     TRUE 0.933 15.000 0.083 NA   NA
 2168133 2168134 CPF_1871 CPF_1872     TRUE 0.892 17.000 0.042 NA   NA
 2168136 2168137 CPF_1874 CPF_1875     FALSE 0.044 269.000 0.000 NA   NA
 2168138 2168139 CPF_1876 CPF_1877     FALSE 0.170 113.000 0.000 NA   NA
 2168140 2168141 CPF_1878 CPF_1879     FALSE 0.137 99.000 0.000 1.000   NA
 2168141 1422596 CPF_1879 CPF_1880     FALSE 0.133 139.000 0.000 NA   NA
 1422596 2168142 CPF_1880 CPF_1881   rbsC FALSE 0.409 22.000 0.000 NA   NA
 2168142 2168143 CPF_1881 CPF_1882 rbsC rbsA TRUE 0.995 14.000 0.504 1.000 Y NA
 2168143 2168144 CPF_1882 CPF_1883 rbsA rbsD TRUE 0.979 88.000 0.337 1.000 Y NA
 2168144 2168145 CPF_1883 CPF_1884 rbsD rbsK TRUE 0.979 3.000 0.020 1.000 Y NA
 2168145 2168146 CPF_1884 CPF_1885 rbsK def FALSE 0.147 141.000 0.000 1.000 N NA
 2168146 2168147 CPF_1885 CPF_1886 def   FALSE 0.124 156.000 0.000 1.000 N NA
 2168147 2168148 CPF_1886 CPF_1887     FALSE 0.093 146.000 0.000 1.000   NA
 2168148 2168149 CPF_1887 CPF_1888     FALSE 0.047 216.000 0.000 1.000   NA
 2168149 2168150 CPF_1888 CPF_1889     TRUE 0.991 3.000 0.238 0.006 Y NA
 2168150 2168151 CPF_1889 CPF_1890     TRUE 0.996 -7.000 0.776 0.006 Y NA
 2168151 2168152 CPF_1890 CPF_1891     TRUE 0.992 17.000 0.462 0.006 Y NA
 2168152 2168153 CPF_1891 CPF_1892     TRUE 0.995 -13.000 0.487 0.006 Y NA
 2168153 2168154 CPF_1892 CPF_1893     TRUE 0.990 13.000 0.258 0.006 Y NA
 2168154 2168155 CPF_1893 CPF_1894     TRUE 0.944 31.000 0.489 0.006   NA
 2168155 2168156 CPF_1894 CPF_1895     TRUE 0.935 55.000 0.848 0.006   NA
 2168156 2168157 CPF_1895 CPF_1896     TRUE 0.947 -13.000 0.132 0.006   NA
 2168157 2168158 CPF_1896 CPF_1897     FALSE 0.031 277.000 0.000 1.000   NA
 2168158 2168159 CPF_1897 CPF_1898     TRUE 0.948 -100.000 0.063 NA   NA
 2168159 2168160 CPF_1898 CPF_1899     TRUE 0.834 147.000 0.300 NA   NA
 2168162 2168163 CPF_1901 CPF_1902     FALSE 0.173 110.000 0.000 NA   NA
 2168163 2168164 CPF_1902 CPF_1903     TRUE 0.809 12.000 0.009 1.000   NA
 2168167 2168168 CPF_1906 CPF_1907     TRUE 0.709 107.000 0.043 NA   NA
 2168169 2168170 CPF_1908 CPF_1909     TRUE 0.539 -25.000 0.000 NA   NA
 2168173 2168174 CPF_1912 CPF_1913   feoB TRUE 0.989 38.000 0.308 1.000 Y NA
 2168174 2168175 CPF_1913 CPF_1914 feoB   FALSE 0.427 15.000 0.000 NA   NA
 2168178 2168179 CPF_1917 CPF_1918     FALSE 0.071 166.000 0.000 1.000   NA
 2168179 2168180 CPF_1918 CPF_1919     FALSE 0.051 204.000 0.000 1.000   NA
 2168182 2168183 CPF_1921 CPF_1922   purB FALSE 0.047 280.000 0.000 1.000 N NA
 2168183 2168184 CPF_1922 CPF_1923 purB   FALSE 0.224 243.000 0.002 1.000 N NA
 2168184 2168185 CPF_1923 CPF_1924   aspB TRUE 0.734 95.000 0.047 1.000 N NA
 2168185 2168186 CPF_1924 CPF_1925 aspB spoVS FALSE 0.112 153.000 0.000 NA   NA
 2168186 2168187 CPF_1925 CPF_1926 spoVS   FALSE 0.324 218.000 0.016 NA   NA
 2168187 2168188 CPF_1926 CPF_1927   recA FALSE 0.160 348.000 0.018 1.000   NA
 2168188 2168189 CPF_1927 CPF_1928 recA pgsA TRUE 0.583 136.000 0.022 1.000 N NA
 2168189 2168190 CPF_1928 CPF_1929 pgsA   TRUE 0.967 -16.000 0.132 1.000 N NA
 2168190 2168191 CPF_1929 CPF_1930   ftsK TRUE 0.734 69.000 0.031 1.000 N NA
 2168191 2168192 CPF_1930 CPF_1931 ftsK clpP TRUE 0.681 132.000 0.047 1.000 N NA
 2168192 2168193 CPF_1931 CPF_1932 clpP   TRUE 0.806 54.000 0.045 1.000 N NA
 2168193 2168194 CPF_1932 CPF_1933     TRUE 0.951 14.000 0.148 NA   NA
 2168194 2168195 CPF_1933 CPF_1934   pnpA TRUE 0.447 135.000 0.003 NA   NA
 2168195 2168196 CPF_1934 CPF_1935 pnpA rpsO TRUE 0.978 92.000 0.335 1.000 Y NA
 2168196 2168197 CPF_1935 CPF_1936 rpsO ribF TRUE 0.826 116.000 0.119 1.000 N NA
 2168197 2168198 CPF_1936 CPF_1937 ribF truB TRUE 0.970 4.000 0.308 1.000 N NA
 2168198 2168199 CPF_1937 CPF_1938 truB   TRUE 0.961 4.000 0.221 1.000   NA
 2168199 2168200 CPF_1938 CPF_1939   rbfA TRUE 0.957 4.000 0.173 1.000   NA
 2168200 2168201 CPF_1939 CPF_1940 rbfA infB TRUE 0.994 22.000 0.530 1.000 Y NA
 2168201 2168202 CPF_1940 CPF_1941 infB   TRUE 0.989 31.000 0.223 NA Y NA
 2168202 2168203 CPF_1941 CPF_1942     TRUE 0.979 -7.000 0.408 NA N NA
 2168203 2168204 CPF_1942 CPF_1943   nusA TRUE 0.992 28.000 0.323 NA Y NA
 2168204 2168205 CPF_1943 CPF_1944 nusA   TRUE 0.977 20.000 0.759 NA   NA
 2168205 2168206 CPF_1944 CPF_1945   polC TRUE 0.462 233.000 0.059 NA   NA
 2168206 2168207 CPF_1945 CPF_1946 polC ispG TRUE 0.744 78.000 0.040 1.000 N NA
 2168207 2168208 CPF_1946 CPF_1947 ispG   TRUE 0.935 20.000 0.092 1.000 N NA
 2168208 2168209 CPF_1947 CPF_1948   dxr TRUE 0.975 12.000 0.568 1.000 N NA
 2168209 2168210 CPF_1948 CPF_1949 dxr cdsA FALSE 0.211 360.000 0.044 1.000   NA
 2168210 2168211 CPF_1949 CPF_1950 cdsA uppS TRUE 0.909 9.000 0.055 1.000   NA
 2168211 2168212 CPF_1950 CPF_1951 uppS frr TRUE 0.926 65.000 0.409 1.000 N NA
 2168212 2168213 CPF_1951 CPF_1952 frr pyrH TRUE 0.976 14.000 0.626 1.000 N NA
 2168213 2168214 CPF_1952 CPF_1953 pyrH tsf TRUE 0.909 93.000 0.416 1.000 N NA
 2168214 2168215 CPF_1953 CPF_1954 tsf rpsB TRUE 0.986 80.000 0.748 1.000 Y NA
 2168215 2168216 CPF_1954 CPF_1955 rpsB codY FALSE 0.110 383.000 0.006 1.000 N NA
 2168216 2168217 CPF_1955 CPF_1956 codY topA TRUE 0.576 142.000 0.025 1.000 N NA
 2168217 2168218 CPF_1956 CPF_1957 topA dprA TRUE 0.986 45.000 0.238 1.000 Y NA
 2168218 2168219 CPF_1957 CPF_1958 dprA   TRUE 0.926 1.000 0.053 1.000 N NA
 2168221 2168222 CPF_1960 CPF_1961 rnhB   TRUE 0.949 16.000 0.148 1.000   NA
 2168222 2168223 CPF_1961 CPF_1962   rplS TRUE 0.541 147.000 0.027 1.000   NA
 2168223 2168224 CPF_1962 CPF_1963 rplS trmD TRUE 0.980 121.000 0.567 1.000 Y NA
 2168224 2168225 CPF_1963 CPF_1964 trmD rimM TRUE 0.997 -10.000 0.672 1.000 Y NA
 2168225 2168226 CPF_1964 CPF_1965 rimM   TRUE 0.921 56.000 0.324 1.000   NA
 2168226 2168227 CPF_1965 CPF_1966   rpsP TRUE 0.943 44.000 0.385 1.000   NA
 2168227 2168228 CPF_1966 CPF_1967 rpsP ffh TRUE 0.953 34.000 0.361 1.000 N NA
 2168228 2168229 CPF_1967 CPF_1968 ffh   TRUE 0.950 12.000 0.151 1.000   NA
 2168229 2168230 CPF_1968 CPF_1969   ftsY TRUE 0.607 175.000 0.081 1.000   NA
 2168230 2168231 CPF_1969 CPF_1970 ftsY smc TRUE 0.939 14.000 0.165 0.013 N NA
 2168231 2168232 CPF_1970 CPF_1971 smc   FALSE 0.410 205.000 0.027 1.000 N NA
 2168232 2168233 CPF_1971 CPF_1972   rnc TRUE 0.990 -21.000 0.064 1.000 Y NA
 2168233 2168234 CPF_1972 CPF_1973 rnc acpP TRUE 0.795 87.000 0.068 1.000 N NA
 2168234 2168235 CPF_1973 CPF_1974 acpP plsX TRUE 0.923 77.000 0.034 0.004 Y NA
 2168235 2168236 CPF_1974 CPF_1975 plsX rpmF TRUE 0.933 58.000 0.418 1.000 N NA
 2168236 2168237 CPF_1975 CPF_1976 rpmF   TRUE 0.975 16.000 0.599 NA   NA
 2168237 2168238 CPF_1976 CPF_1977   ackA TRUE 0.737 120.000 0.061 NA   NA
 2168238 2168239 CPF_1977 CPF_1978 ackA pta TRUE 0.968 91.000 0.137 1.000 Y NA
 2168240 2168241 CPF_1979 CPF_1981   ylbJ TRUE 0.747 65.000 0.036 NA   NA
 2168242 2168243 CPF_1980 CPF_1982   coaD TRUE 0.846 9.000 0.015 NA   NA
 2168243 2168244 CPF_1982 CPF_1983 coaD   TRUE 0.902 2.000 0.034 1.000 N NA
 2168244 2168245 CPF_1983 CPF_1984   recG TRUE 0.915 65.000 0.016 0.012 Y NA
 2168245 2168246 CPF_1984 CPF_1985 recG   TRUE 0.596 154.000 0.048 1.000   NA
 2168246 2168247 CPF_1985 CPF_1986     TRUE 0.974 14.000 0.567 NA   NA
 2168249 2168250 CPF_1988 CPF_1989   rpe TRUE 0.961 2.000 0.166 1.000 N NA
 2168250 2168251 CPF_1989 CPF_1990 rpe rsgA TRUE 0.965 0.000 0.213 1.000   NA
 2168251 2168252 CPF_1990 CPF_1991 rsgA   TRUE 0.628 237.000 0.196 1.000   NA
 2168252 2168253 CPF_1991 CPF_1992     TRUE 0.996 2.000 0.704 1.000 Y NA
 2168253 2168254 CPF_1992 CPF_1993     TRUE 0.937 13.000 0.105 1.000   NA
 2168254 2168255 CPF_1993 CPF_1994   sun TRUE 0.923 32.000 0.135 1.000   NA
 2168255 2168256 CPF_1994 CPF_1995 sun   TRUE 0.925 11.000 0.076 1.000   NA
 2168256 2168257 CPF_1995 CPF_1996   fmt TRUE 0.877 18.000 0.035 1.000   NA
 2168257 2168258 CPF_1996 CPF_1997 fmt def TRUE 0.973 20.000 0.033 0.026 Y NA
 2168258 2168259 CPF_1997 CPF_1998 def priA TRUE 0.799 14.000 0.003 1.000 N NA
 2168259 2168260 CPF_1998 CPF_1999 priA coaBC TRUE 0.904 39.000 0.099 1.000 N NA
 2168260 2168261 CPF_1999 CPF_2000 coaBC rpoZ TRUE 0.847 6.000 0.013 1.000 N NA
 2168261 2168262 CPF_2000 CPF_2001 rpoZ gmk TRUE 0.926 -19.000 0.035 1.000 N NA
 2168262 2168263 CPF_2001 CPF_2002 gmk   TRUE 0.965 -10.000 0.143 NA   NA
 2168263 2168264 CPF_2002 CPF_2003     TRUE 0.956 14.000 0.189 NA   NA
 2168264 2168265 CPF_2003 CPF_2004     FALSE 0.060 220.000 0.000 NA   NA
 2168265 2168266 CPF_2004 CPF_2005     FALSE 0.036 258.000 0.000 1.000   NA
 2168266 2168267 CPF_2005 CPF_2006   spoIVA FALSE 0.025 351.000 0.000 NA   NA
 2168267 2168268 CPF_2006 CPF_2007 spoIVA   FALSE 0.289 333.000 0.060 NA   NA
 2168268 2168269 CPF_2007 CPF_2008     TRUE 0.923 5.000 0.068 1.000   NA
 2168269 2168270 CPF_2008 CPF_2009     TRUE 0.922 3.000 0.061 1.000   NA
 2168270 2168271 CPF_2009 CPF_2010     FALSE 0.033 327.000 0.000 1.000 N NA
 2168271 2168272 CPF_2010 CPF_2011     FALSE 0.426 14.000 0.000 NA   NA
 2168272 2168273 CPF_2011 CPF_2012   nrdR FALSE 0.406 166.000 0.013 NA   NA
 2168273 2168274 CPF_2012 CPF_2013 nrdR   TRUE 0.616 62.000 0.005 NA   NA
 2168274 2168275 CPF_2013 CPF_2014   sigG TRUE 0.573 141.000 0.026 NA   NA
 2168275 2168276 CPF_2014 CPF_2015 sigG sigE TRUE 0.981 75.000 0.602 0.005 Y NA
 2168276 2168277 CPF_2015 CPF_2016 sigE spoIIGA TRUE 0.979 14.000 0.856 1.000   NA
 2168277 2168278 CPF_2016 CPF_2017 spoIIGA   FALSE 0.308 38.000 0.000 NA   NA
 2168278 2168279 CPF_2017 CPF_2018   ftsZ FALSE 0.084 173.000 0.000 NA   NA
 2168279 2168280 CPF_2018 CPF_2019 ftsZ ftsA TRUE 0.994 14.000 0.460 1.000 Y NA
 2168280 2168281 CPF_2019 CPF_2020 ftsA pilT FALSE 0.021 78.000 0.000 0.006 N NA
 2168281 2168282 CPF_2020 CPF_2021 pilT   TRUE 0.444 181.000 0.025 1.000 N NA
 2168282 2168283 CPF_2021 CPF_2022     TRUE 0.849 63.000 0.087 1.000 N NA
 2168283 2168284 CPF_2022 CPF_2023   udk TRUE 0.588 113.000 0.012 1.000 N NA
 2168284 2168285 CPF_2023 CPF_2024 udk   TRUE 0.952 0.000 0.100 1.000 N NA
 2168285 2168286 CPF_2024 CPF_2025     TRUE 0.951 6.000 0.146 1.000   NA
 2168286 2168287 CPF_2025 CPF_2026     TRUE 0.921 16.000 0.067 NA   NA
 2168287 2168288 CPF_2026 CPF_2027   typA FALSE 0.392 170.000 0.012 NA   NA
 2168288 2168289 CPF_2027 CPF_2028 typA   FALSE 0.365 157.000 0.004 1.000   NA
 2168289 2168290 CPF_2028 CPF_2029     TRUE 0.903 71.000 0.289 1.000   NA
 2168290 2168291 CPF_2029 CPF_2030     TRUE 0.957 21.000 0.211 NA   NA
 2168291 2168292 CPF_2030 CPF_2031     TRUE 0.901 16.000 0.047 NA   NA
 2168292 2168293 CPF_2031 CPF_2032     TRUE 0.950 48.000 0.537 NA   NA
 2168293 2168294 CPF_2032 CPF_2033   alaS TRUE 0.754 144.000 0.110 NA   NA
 2168294 1422750 CPF_2033 CPF_2035 alaS   FALSE 0.009 591.000 0.000 NA   NA
 1422750 2168295 CPF_2035 CPF_2036     FALSE 0.421 17.000 0.000 NA   NA
 2168295 2168296 CPF_2036 CPF_2037   trmU FALSE 0.191 280.000 0.006 NA   NA
 2168296 2168297 CPF_2037 CPF_2038 trmU   TRUE 0.919</