MicrobesOnline Operon Predictions for Desulfobacterium autotrophicum HRM2

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5907317 5907318 HRM2_00010 HRM2_00020 dnaN gyrB TRUE 0.996 14.000 0.114 1.000 Y NA
 5907319 5907320 HRM2_00030 HRM2_00040   tonB TRUE 0.993 8.000 0.100 1.000   NA
 5907320 5907321 HRM2_00040 HRM2_00050 tonB exbD TRUE 0.876 141.000 0.200 1.000 N NA
 5907321 5907322 HRM2_00050 HRM2_00060 exbD tolQ2 TRUE 1.000 16.000 0.750 0.077 Y NA
 5907322 5907323 HRM2_00060 HRM2_00070 tolQ2 tolQ3 TRUE 0.999 39.000 0.667 0.011 Y NA
 5907323 5907324 HRM2_00070 HRM2_00080 tolQ3   TRUE 0.765 12.000 0.000 NA   NA
 5907326 5907327 HRM2_00100 HRM2_00110     FALSE 0.196 107.000 0.000 NA   NA
 5907328 5907329 HRM2_00120 HRM2_00130   xerD1 FALSE 0.078 427.000 0.000 0.063 Y NA
 5907329 5907330 HRM2_00130 HRM2_00140 xerD1 hmrR1 TRUE 0.934 -18.000 0.000 0.012   NA
 5907330 5907331 HRM2_00140 HRM2_00150 hmrR1   TRUE 0.978 -3.000 0.000 0.063   NA
 5907331 5907332 HRM2_00150 HRM2_00160     FALSE 0.008 504.000 0.000 NA   NA
 5907332 5907333 HRM2_00160 HRM2_00170     FALSE 0.184 112.000 0.000 NA   NA
 5907333 5907334 HRM2_00170 HRM2_00180   cbiC FALSE 0.056 198.000 0.000 NA   NA
 5907334 5907335 HRM2_00180 HRM2_00190 cbiC cbiA1 TRUE 0.997 -52.000 0.061 0.010 Y NA
 5907335 5907336 HRM2_00190 HRM2_00200 cbiA1 cbiD TRUE 0.999 -3.000 0.043 0.010 Y NA
 5907336 5907337 HRM2_00200 HRM2_00210 cbiD nthA TRUE 0.895 4.000 0.000 1.000 N NA
 5907337 5907338 HRM2_00210 HRM2_00220 nthA   FALSE 0.050 219.000 0.000 1.000   NA
 5907338 5907339 HRM2_00220 HRM2_00230   norM FALSE 0.041 237.000 0.000 1.000   NA
 5907339 5907340 HRM2_00230 HRM2_00240 norM   FALSE 0.026 270.000 0.000 NA   NA
 5907341 5907342 HRM2_00250 HRM2_00260   malT FALSE 0.082 169.000 0.000 NA   NA
 5907342 5907343 HRM2_00260 HRM2_00270 malT   TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.041 Y NA
 5907343 5907344 HRM2_00270 HRM2_00280     TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.091 Y NA
 5907344 5907345 HRM2_00280 HRM2_00290     TRUE 1.000 -3.000 0.786 NA N NA
 5907347 5907348 HRM2_00310 HRM2_00320     TRUE 0.994 0.000 0.021 NA   NA
 5907348 5907349 HRM2_00320 HRM2_00330     TRUE 0.912 -9.000 0.000 NA   NA
 5907349 5907350 HRM2_00330 HRM2_00340     TRUE 0.998 -3.000 0.036 0.062 N NA
 5907350 5907351 HRM2_00340 HRM2_00350     TRUE 0.998 4.000 0.217 0.062   NA
 5907351 5907352 HRM2_00350 HRM2_00360     TRUE 0.985 -88.000 0.100 1.000   NA
 5907352 5907353 HRM2_00360 HRM2_00370     TRUE 0.996 -15.000 0.122 NA   NA
 5907356 5907357 HRM2_00400 HRM2_00410 rlgA1   FALSE 0.307 77.000 0.000 NA   NA
 5907357 5907358 HRM2_00410 HRM2_00420     FALSE 0.336 71.000 0.000 NA   NA
 5907358 5907359 HRM2_00420 HRM2_00430   silP TRUE 0.695 15.000 0.000 NA   NA
 5907360 5907361 HRM2_00440 HRM2_00450   rndA TRUE 0.642 18.000 0.000 NA   NA
 5907361 5907362 HRM2_00450 HRM2_00460 rndA rndB TRUE 0.993 13.000 0.200 1.000 N NA
 5907362 5907363 HRM2_00460 HRM2_00470 rndB   TRUE 0.875 26.000 0.000 1.000 Y NA
 5907363 5907364 HRM2_00470 HRM2_00480     TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.062 Y NA
 5907365 5907366 HRM2_00490 HRM2_00500 mttB1   TRUE 0.423 51.000 0.000 1.000 N NA
 5907366 5907367 HRM2_00500 HRM2_00510   mttC FALSE 0.013 399.000 0.000 1.000   NA
 5907367 5907368 HRM2_00510 HRM2_00520 mttC metH1 TRUE 0.820 19.000 0.000 0.004   NA
 5907368 5907369 HRM2_00520 HRM2_00530 metH1   FALSE 0.014 383.000 0.000 1.000   NA
 5907371 5907372 HRM2_00550 HRM2_00560     TRUE 0.458 38.000 0.000 NA   NA
 5907373 5907374 HRM2_00570 HRM2_00580     FALSE 0.349 68.000 0.000 NA   NA
 5907374 5907375 HRM2_00580 HRM2_00590     TRUE 1.000 -19.000 0.465 1.000 Y NA
 5907377 5907378 HRM2_00610 HRM2_00620 ytfE   FALSE 0.374 52.000 0.000 NA N NA
 5907378 5907379 HRM2_00620 HRM2_00630   narI TRUE 0.977 -61.000 0.049 1.000 N NA
 5907379 5907380 HRM2_00630 HRM2_00640 narI narJ TRUE 0.999 30.000 0.667 0.002 Y NA
 5907380 5907381 HRM2_00640 HRM2_00650 narJ narH TRUE 0.999 23.000 0.667 0.002 Y NA
 5907381 5907382 HRM2_00650 HRM2_00660 narH narG TRUE 1.000 -10.000 1.000 0.001 Y NA
 5907383 5907384 HRM2_00670 HRM2_00680   hlyD TRUE 0.999 -3.000 0.158 1.000 N NA
 5907384 5907385 HRM2_00680 HRM2_00690 hlyD   TRUE 1.000 -3.000 0.842 NA   NA
 5907385 5907386 HRM2_00690 HRM2_00700     TRUE 1.000 2.000 0.827 NA   NA
 5907386 5907387 HRM2_00700 HRM2_00710     TRUE 0.958 46.000 0.106 1.000 N NA
 5907388 5907389 HRM2_00720 HRM2_00730     TRUE 0.501 30.000 0.000 NA   NA
 5907389 5907390 HRM2_00730 HRM2_00740     FALSE 0.008 473.000 0.000 NA   NA
 5907391 5907392 HRM2_00750 HRM2_00760     FALSE 0.006 655.000 0.000 NA   NA
 5907392 5907393 HRM2_00760 HRM2_00770     FALSE 0.061 193.000 0.000 NA   NA
 5907393 5907394 HRM2_00770 HRM2_00780     FALSE 0.026 286.000 0.000 1.000   NA
 5907396 5907397 HRM2_00800 HRM2_00810   hdrD1 FALSE 0.007 606.000 0.000 1.000 N NA
 5907398 5907399 HRM2_00820 HRM2_00830     TRUE 0.986 40.000 0.091 1.000 Y NA
 5907399 5907400 HRM2_00830 HRM2_00840     TRUE 0.463 37.000 0.000 NA   NA
 5907402 5907403 HRM2_00860 HRM2_00870 nnrR   FALSE 0.035 255.000 0.000 1.000   NA
 5907403 5907404 HRM2_00870 HRM2_00880   napC TRUE 0.443 42.000 0.000 NA   NA
 5907406 5907407 HRM2_00900 HRM2_00910     TRUE 1.000 -3.000 0.909 NA N NA
 5907407 5907408 HRM2_00910 HRM2_00920     TRUE 0.996 46.000 0.429 1.000 Y NA
 5907408 5907409 HRM2_00920 HRM2_00930     TRUE 0.589 23.000 0.000 1.000 N NA
 5907409 5907410 HRM2_00930 HRM2_00940     TRUE 0.967 1.000 0.000 0.050   NA
 5907410 5907411 HRM2_00940 HRM2_00950   fdx1 TRUE 0.888 4.000 0.000 NA   NA
 5907413 5907414 HRM2_00970 HRM2_00980 prsA1   TRUE 0.438 54.000 0.000 1.000   NA
 5907414 5907415 HRM2_00980 HRM2_00990     FALSE 0.283 92.000 0.000 1.000   NA
 5907416 5907417 HRM2_01000 HRM2_01010     TRUE 0.999 15.000 0.500 1.000 Y NA
 5907417 5907418 HRM2_01010 HRM2_01020     TRUE 1.000 -3.000 0.778 1.000 Y NA
 5907418 5907419 HRM2_01020 HRM2_01030     FALSE 0.025 1120.000 0.000 1.000 Y NA
 5907419 5907420 HRM2_01030 HRM2_01040     TRUE 1.000 -22.000 0.667 1.000 Y NA
 5907420 5907421 HRM2_01040 HRM2_01050     TRUE 1.000 0.000 0.667 1.000 Y NA
 5907421 5907422 HRM2_01050 HRM2_01060     FALSE 0.257 99.000 0.000 1.000   NA
 5907422 5907423 HRM2_01060 HRM2_01070     FALSE 0.134 133.000 0.000 NA   NA
 5907424 5907425 HRM2_01080 HRM2_01090     FALSE 0.094 159.000 0.000 NA   NA
 5907426 5907427 HRM2_01100 HRM2_01110     FALSE 0.024 279.000 0.000 NA   NA
 5907427 5907428 HRM2_01110 HRM2_01120     FALSE 0.049 205.000 0.000 NA   NA
 5907428 5907429 HRM2_01120 HRM2_01130     FALSE 0.023 284.000 0.000 NA   NA
 5907429 5907430 HRM2_01130 HRM2_01140     FALSE 0.078 172.000 0.000 NA   NA
 5907430 5907431 HRM2_01140 HRM2_01150   fdx2 FALSE 0.072 180.000 0.000 NA   NA
 5907431 5907432 HRM2_01150 HRM2_01160 fdx2   TRUE 0.994 3.000 0.050 NA   NA
 5907432 5907433 HRM2_01160 HRM2_01170     TRUE 1.000 1.000 0.500 0.074   NA
 5907433 5907434 HRM2_01170 HRM2_01180     FALSE 0.009 455.000 0.000 NA   NA
 5907434 5907435 HRM2_01180 HRM2_01190   ilvD1 FALSE 0.172 119.000 0.000 NA   NA
 5907435 5907436 HRM2_01190 HRM2_01200 ilvD1   FALSE 0.008 486.000 0.000 1.000 N NA
 5907436 5907437 HRM2_01200 HRM2_01210     FALSE 0.047 217.000 0.000 1.000 N NA
 5907438 5907439 HRM2_01220 HRM2_01230 betL   FALSE 0.371 72.000 0.000 1.000   NA
 5907439 5907440 HRM2_01230 HRM2_01240   betT FALSE 0.029 278.000 0.000 1.000   NA
 5907440 5907441 HRM2_01240 HRM2_01250 betT mttB2 TRUE 0.423 51.000 0.000 1.000 N NA
 5907441 5907442 HRM2_01250 HRM2_01260 mttB2   FALSE 0.015 349.000 0.000 1.000 N NA
 5907442 5907443 HRM2_01260 HRM2_01270     TRUE 1.000 -3.000 0.154 1.000 Y NA
 5907443 5907444 HRM2_01270 HRM2_01280     TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 5907444 5907445 HRM2_01280 HRM2_01290     FALSE 0.013 364.000 0.000 NA   NA
 5907446 5907447 HRM2_01300 HRM2_01310     FALSE 0.040 224.000 0.000 NA   NA
 5907447 5907448 HRM2_01310 HRM2_01320     TRUE 0.826 -22.000 0.000 NA   NA
 5907448 5907449 HRM2_01320 HRM2_01330     TRUE 0.433 104.000 0.000 0.002   NA
 5907449 5907450 HRM2_01330 HRM2_01340     FALSE 0.051 203.000 0.000 NA   NA
 5907452 5907453 HRM2_01360 HRM2_01370 furA catA TRUE 0.722 78.000 0.000 1.000 Y NA
 5907454 5907455 HRM2_01380 HRM2_01390 ubiE2 speB TRUE 0.513 31.000 0.000 1.000 N NA
 5907455 5907456 HRM2_01390 HRM2_01400 speB nspC TRUE 0.958 71.000 0.035 1.000 Y NA
 5907456 5907457 HRM2_01400 HRM2_01410 nspC lysA1 TRUE 0.999 -21.000 0.444 1.000 Y NA
 5907457 5907458 HRM2_01410 HRM2_01420 lysA1 speA TRUE 0.972 60.000 0.052 1.000 Y NA
 5907459 5907460 HRM2_01430 HRM2_01440     FALSE 0.394 54.000 0.000 NA   NA
 5907460 5907461 HRM2_01440 HRM2_01450     FALSE 0.148 128.000 0.000 NA   NA
 5907461 5907462 HRM2_01450 HRM2_01460     FALSE 0.015 337.000 0.000 NA   NA
 5907462 5907463 HRM2_01460 HRM2_01470   msrA FALSE 0.312 76.000 0.000 NA   NA
 5907463 5907464 HRM2_01470 HRM2_01480 msrA   FALSE 0.121 133.000 0.000 NA N NA
 5907467 5907468 HRM2_01510 HRM2_01520     TRUE 0.997 5.000 0.171 1.000   NA
 5907468 5907469 HRM2_01520 HRM2_01530   bioB1 TRUE 0.997 -3.000 0.058 1.000 N NA
 5907469 5907470 HRM2_01530 HRM2_01540 bioB1   TRUE 0.823 -28.000 0.000 1.000 N NA
 5907470 5907471 HRM2_01540 HRM2_01550     TRUE 0.999 -6.000 0.111 1.000 Y NA
 5907471 5907472 HRM2_01550 HRM2_01560     TRUE 0.859 27.000 0.000 NA Y NA
 5907472 5907473 HRM2_01560 HRM2_01570     FALSE 0.403 45.000 0.000 NA N NA
 5907473 5907474 HRM2_01570 HRM2_01580   fdx3 TRUE 0.992 13.000 0.167 1.000 N NA
 5907474 5907475 HRM2_01580 HRM2_01590 fdx3 hydA1 TRUE 1.000 -7.000 0.417 0.021   NA
 5907475 5907476 HRM2_01590 HRM2_01600 hydA1 fdhB1 TRUE 0.982 96.000 0.400 0.021   NA
 5907476 5907477 HRM2_01600 HRM2_01610 fdhB1 fdhA1 TRUE 0.999 -7.000 0.400 0.074   NA
 5907479 5907480 HRM2_01630 HRM2_01640     TRUE 0.991 12.000 0.128 NA   NA
 5907482 5907483 HRM2_01660 HRM2_01670     TRUE 0.695 15.000 0.000 NA   NA
 5907483 5907484 HRM2_01670 HRM2_01680     FALSE 0.258 90.000 0.000 NA   NA
 5907484 5907485 HRM2_01680 HRM2_01690     TRUE 1.000 0.000 0.882 0.062 N NA
 5907485 5907486 HRM2_01690 HRM2_01700   modA3 TRUE 0.827 -27.000 0.000 1.000 N NA
 5907489 5907490 HRM2_01730 HRM2_01740     TRUE 0.619 102.000 0.000 1.000 Y NA
 5907490 5907491 HRM2_01740 HRM2_01750   pstC1 FALSE 0.341 73.000 0.000 1.000 N NA
 5907491 5907492 HRM2_01750 HRM2_01760 pstC1 pstA1 TRUE 1.000 -7.000 0.485 0.002 Y NA
 5907492 5907493 HRM2_01760 HRM2_01770 pstA1 pstS1 TRUE 0.958 41.000 0.012 NA Y NA
 5907493 5907494 HRM2_01770 HRM2_01780 pstS1   FALSE 0.267 81.000 0.000 NA N NA
 5907494 5907495 HRM2_01780 HRM2_01790   pstS2 TRUE 0.468 36.000 0.000 NA   NA
 5907495 5907496 HRM2_01790 HRM2_01800 pstS2 pstB1 TRUE 0.701 121.000 0.026 NA   NA
 5907496 5907497 HRM2_01800 HRM2_01810 pstB1 phoU1 TRUE 0.931 14.000 0.000 NA Y NA
 5907497 5907498 HRM2_01810 HRM2_01820 phoU1   FALSE 0.029 243.000 0.000 NA N NA
 5907498 5907499 HRM2_01820 HRM2_01830   ptsA1 TRUE 0.503 38.000 0.000 1.000   NA
 5907500 5907501 HRM2_01840 HRM2_01850     FALSE 0.286 82.000 0.000 NA   NA
 5907503 5907504 HRM2_01870 HRM2_01880   phoA FALSE 0.271 490.000 0.188 NA   NA
 5907505 5907506 HRM2_01890 HRM2_01900   psdD TRUE 0.979 25.000 0.143 NA   NA
 5907506 5907507 HRM2_01900 HRM2_01910 psdD   TRUE 0.999 0.000 0.143 1.000   NA
 5907507 5907508 HRM2_01910 HRM2_01920     TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5907509 5907510 HRM2_01930 HRM2_01940 dksA1   FALSE 0.253 91.000 0.000 NA   NA
 5907510 5907511 HRM2_01940 HRM2_01950     FALSE 0.041 221.000 0.000 NA   NA
 5907512 5907513 HRM2_01960 HRM2_01970     TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5907513 5907514 HRM2_01970 HRM2_01980     TRUE 0.976 10.000 0.000 0.009 Y NA
 5907517 5907518 HRM2_02010 HRM2_02020 fdx4 aor1 TRUE 0.419 179.000 0.000 0.044 Y NA
 5907518 5907519 HRM2_02020 HRM2_02030 aor1 adh3 TRUE 0.829 41.000 0.000 1.000 Y NA
 5907519 5907520 HRM2_02030 HRM2_02040 adh3 adh5 TRUE 0.967 -52.000 0.000 0.014 Y NA
 5907520 5907521 HRM2_02040 HRM2_02050 adh5   FALSE 0.294 80.000 0.000 NA   NA
 5907521 5907522 HRM2_02050 HRM2_02060     FALSE 0.134 133.000 0.000 NA   NA
 5907523 5907524 HRM2_02070 HRM2_02080     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5907525 5907526 HRM2_02090 HRM2_02100     TRUE 0.633 17.000 0.000 NA N NA
 5907526 5907527 HRM2_02100 HRM2_02110     TRUE 0.964 9.000 0.000 1.000 Y NA
 5907527 5907528 HRM2_02110 HRM2_02120     TRUE 0.535 124.000 0.000 1.000 Y NA
 5907529 5907530 HRM2_02130 HRM2_02140   hcp1 TRUE 0.575 27.000 0.000 1.000   NA
 5907531 5907532 HRM2_02150 HRM2_02160     FALSE 0.027 266.000 0.000 NA   NA
 5907532 5907533 HRM2_02160 HRM2_02170     FALSE 0.030 252.000 0.000 NA   NA
 5907533 5907534 HRM2_02170 HRM2_02180     FALSE 0.007 521.000 0.000 NA   NA
 5907534 5907535 HRM2_02180 HRM2_02190     TRUE 0.999 0.000 0.273 1.000   NA
 5907535 5907536 HRM2_02190 HRM2_02200     FALSE 0.340 70.000 0.000 NA   NA
 5907536 5907537 HRM2_02200 HRM2_02210     FALSE 0.037 231.000 0.000 NA   NA
 5907539 5907540 HRM2_02230 HRM2_02240 cobU cobQ TRUE 0.981 25.000 0.031 1.000 Y NA
 5907540 5907541 HRM2_02240 HRM2_02250 cobQ cobO TRUE 0.999 -3.000 0.003 0.010 Y NA
 5907541 5907542 HRM2_02250 HRM2_02260 cobO cobJ TRUE 0.955 16.000 0.000 0.010 Y NA
 5907542 5907543 HRM2_02260 HRM2_02270 cobJ cbiG TRUE 0.999 -135.000 0.352 0.010 Y NA
 5907543 5907544 HRM2_02270 HRM2_02280 cbiG cobM TRUE 1.000 -3.000 0.397 0.010 Y NA
 5907544 5907545 HRM2_02280 HRM2_02290 cobM cobL TRUE 0.999 -3.000 0.029 0.010 Y NA
 5907545 5907546 HRM2_02290 HRM2_02300 cobL   TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5907546 5907547 HRM2_02300 HRM2_02310   cbiL TRUE 0.993 -3.000 0.005 NA   NA
 5907547 5907548 HRM2_02310 HRM2_02320 cbiL   TRUE 0.831 67.000 0.012 1.000 N NA
 5907548 5907549 HRM2_02320 HRM2_02330     TRUE 0.997 -61.000 0.140 1.000 Y NA
 5907549 5907550 HRM2_02330 HRM2_02340     TRUE 0.998 9.000 0.157 1.000 Y NA
 5907552 5907553 HRM2_02360 HRM2_02370     FALSE 0.193 103.000 0.000 NA N NA
 5907553 5907554 HRM2_02370 HRM2_02380     TRUE 1.000 -10.000 0.909 NA N NA
 5907554 5907555 HRM2_02380 HRM2_02390     TRUE 0.998 24.000 0.429 1.000 Y NA
 5907557 5907558 HRM2_02410 HRM2_02420     TRUE 0.998 -7.000 0.023 0.090 Y NA
 5907560 5907561 HRM2_02440 HRM2_02450 phoU2 pstB2 TRUE 0.998 11.000 0.231 NA Y NA
 5907561 5907562 HRM2_02450 HRM2_02460 pstB2 pstA2 TRUE 0.999 0.000 0.016 0.002 Y NA
 5907562 5907563 HRM2_02460 HRM2_02470 pstA2 pstC2 TRUE 1.000 1.000 0.198 0.002 Y NA
 5907563 5907564 HRM2_02470 HRM2_02480 pstC2 pstS3 TRUE 0.999 0.000 0.044 1.000 Y NA
 5907564 5907565 HRM2_02480 HRM2_02490 pstS3   FALSE 0.319 78.000 0.000 1.000 N NA
 5907565 5907566 HRM2_02490 HRM2_02500     TRUE 0.984 3.000 0.000 1.000 Y NA
 5907566 5907567 HRM2_02500 HRM2_02510     TRUE 0.998 7.000 0.154 NA Y NA
 5907567 5907568 HRM2_02510 HRM2_02520     FALSE 0.294 80.000 0.000 NA   NA
 5907568 5907569 HRM2_02520 HRM2_02530   panB TRUE 0.997 -3.000 0.055 1.000   NA
 5907570 5907571 HRM2_02540 HRM2_02550 hisS aspS TRUE 1.000 -7.000 0.161 0.037 Y NA
 5907571 5907572 HRM2_02550 HRM2_02560 aspS xpt TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5907572 5907573 HRM2_02560 HRM2_02570 xpt   TRUE 0.841 7.000 0.000 NA   NA
 5907574 5907575 HRM2_02580 HRM2_02590 minE minD1 TRUE 0.999 11.000 0.347 NA Y NA
 5907575 5907576 HRM2_02590 HRM2_02600 minD1 minC TRUE 0.995 57.000 0.368 1.000 Y NA
 5907576 5907577 HRM2_02600 HRM2_02610 minC   FALSE 0.095 163.000 0.000 1.000 N NA
 5907577 5907578 HRM2_02610 HRM2_02620     TRUE 0.910 28.000 0.000 0.040 Y NA
 5907578 5907579 HRM2_02620 HRM2_02630     TRUE 0.874 6.000 0.000 1.000   NA
 5907579 5907580 HRM2_02630 HRM2_02640     TRUE 0.975 -22.000 0.010 NA   NA
 5907581 5907582 HRM2_02650 HRM2_02660   ksgA TRUE 0.994 -3.000 0.008 NA   NA
 5907582 5907583 HRM2_02660 HRM2_02670 ksgA   TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5907583 5907584 HRM2_02670 HRM2_02680     TRUE 0.538 28.000 0.000 1.000 N NA
 5907584 5907585 HRM2_02680 HRM2_02690   moeA1 TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5907585 5907586 HRM2_02690 HRM2_02700 moeA1 moeA2 TRUE 0.765 929.000 0.481 0.004 Y NA
 5907587 5907588 HRM2_02710 HRM2_02720 gltA1   FALSE 0.340 70.000 0.000 NA   NA
 5907588 5907589 HRM2_02720 HRM2_02730   recN FALSE 0.253 91.000 0.000 NA   NA
 5907589 5907590 HRM2_02730 HRM2_02740 recN   TRUE 0.767 -43.000 0.000 NA   NA
 5907590 5907591 HRM2_02740 HRM2_02750   livF1 TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5907591 5907592 HRM2_02750 HRM2_02760 livF1 livG1 TRUE 1.000 -7.000 0.381 0.032 Y NA
 5907592 5907593 HRM2_02760 HRM2_02770 livG1 livM1 TRUE 1.000 -3.000 0.381 1.000 Y NA
 5907593 5907594 HRM2_02770 HRM2_02780 livM1 livH1 TRUE 1.000 16.000 0.882 0.061 Y NA
 5907594 5907595 HRM2_02780 HRM2_02790 livH1 livJ1 TRUE 0.992 126.000 0.667 1.000 Y NA
 5907597 5907598 HRM2_02810 HRM2_02820     TRUE 0.868 5.000 0.000 NA   NA
 5907598 5907599 HRM2_02820 HRM2_02830   fixL FALSE 0.331 72.000 0.000 NA   NA
 5907600 5907601 HRM2_02840 HRM2_02850     TRUE 0.898 -13.000 0.000 1.000   NA
 5907601 5907602 HRM2_02850 HRM2_02860     TRUE 0.784 11.000 0.000 NA   NA
 5907602 5907603 HRM2_02860 HRM2_02870     FALSE 0.018 309.000 0.000 NA   NA
 5907603 5907604 HRM2_02870 HRM2_02880     FALSE 0.394 54.000 0.000 NA   NA
 5907605 5907606 HRM2_02890 HRM2_02900     FALSE 0.199 106.000 0.000 NA   NA
 5907606 5907607 HRM2_02900 HRM2_02910     TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5907609 5907610 HRM2_02930 HRM2_02940     TRUE 0.848 -18.000 0.000 NA   NA
 5907610 5907611 HRM2_02940 HRM2_02950     TRUE 0.932 1.000 0.000 NA   NA
 5907613 5907614 HRM2_02970 HRM2_02980 etfA1 etfB1 TRUE 1.000 -3.000 0.500 0.021 Y NA
 5907615 5907616 HRM2_02990 HRM2_03000 pncB   FALSE 0.198 111.000 0.000 1.000 N NA
 5907616 5907617 HRM2_03000 HRM2_03010     TRUE 0.589 23.000 0.000 1.000 N NA
 5907617 5907618 HRM2_03010 HRM2_03020     TRUE 0.950 64.000 0.115 1.000 N NA
 5907618 5907619 HRM2_03020 HRM2_03030     TRUE 0.991 -9.000 0.021 NA   NA
 5907619 5907620 HRM2_03030 HRM2_03040     TRUE 0.607 20.000 0.000 NA   NA
 5907620 5907621 HRM2_03040 HRM2_03050   fabG1 TRUE 0.937 14.000 0.000 1.000 Y NA
 5907621 5907622 HRM2_03050 HRM2_03060 fabG1   FALSE 0.081 340.000 0.000 1.000 Y NA
 5907622 5907623 HRM2_03060 HRM2_03070     TRUE 0.600 44.000 0.000 0.073 N NA
 5907623 5907624 HRM2_03070 HRM2_03080     TRUE 0.406 91.000 0.000 0.049 N NA
 5907624 5907625 HRM2_03080 HRM2_03090   fabG2 TRUE 0.821 70.000 0.000 0.049 Y NA
 5907626 5907627 HRM2_03100 HRM2_03110   racD1 FALSE 0.302 82.000 0.000 1.000 N NA
 5907627 5907628 HRM2_03110 HRM2_03120 racD1   FALSE 0.170 111.000 0.000 NA N NA
 5907628 5907629 HRM2_03120 HRM2_03130     TRUE 0.553 22.000 0.000 NA N NA
 5907629 5907630 HRM2_03130 HRM2_03140   hisD1 TRUE 0.753 13.000 0.000 1.000 N NA
 5907630 5907631 HRM2_03140 HRM2_03150 hisD1 dctM1 FALSE 0.064 195.000 0.000 1.000 N NA
 5907631 5907632 HRM2_03150 HRM2_03160 dctM1 dctQ1 TRUE 1.000 -3.000 1.000 NA Y NA
 5907632 5907633 HRM2_03160 HRM2_03170 dctQ1 dctP1 TRUE 0.998 58.000 0.769 NA Y NA
 5907633 5907634 HRM2_03170 HRM2_03180 dctP1   TRUE 0.728 -60.000 0.000 NA   NA
 5907634 5907635 HRM2_03180 HRM2_03190   hdrF1' FALSE 0.007 530.000 0.000 NA   NA
 5907635 5907636 HRM2_03190 HRM2_03200 hdrF1' hdrF1 TRUE 0.983 -3.000 0.000 0.006   NA
 5907636 5907637 HRM2_03200 HRM2_03210 hdrF1 glpB1 TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000   NA
 5907637 5907638 HRM2_03210 HRM2_03220 glpB1 glpA1 TRUE 1.000 -3.000 0.650 0.002 N NA
 5907639 5907640 HRM2_03230 HRM2_03240   fadH FALSE 0.325 73.000 0.000 NA   NA
 5907641 5907642 HRM2_03250 HRM2_03260   gdhA1 FALSE 0.105 155.000 0.000 1.000 N NA
 5907642 5907643 HRM2_03260 HRM2_03270 gdhA1 ppsA1 TRUE 0.996 4.000 0.108 1.000   NA
 5907644 5907645 HRM2_03280 HRM2_03290     TRUE 0.483 33.000 0.000 NA   NA
 5907645 5907646 HRM2_03290 HRM2_03300   glgB1 TRUE 0.675 16.000 0.000 NA   NA
 5907646 5907647 HRM2_03300 HRM2_03310 glgB1   TRUE 0.415 61.000 0.000 1.000   NA
 5907647 5907648 HRM2_03310 HRM2_03320   argT FALSE 0.128 279.000 0.000 1.000 Y NA
 5907648 5907649 HRM2_03320 HRM2_03330 argT   TRUE 0.996 58.000 0.378 0.075 Y NA
 5907649 5907650 HRM2_03330 HRM2_03340   glnQ1 TRUE 1.000 3.000 0.600 1.000 Y NA
 5907650 5907651 HRM2_03340 HRM2_03350 glnQ1 glnP1 TRUE 1.000 -3.000 0.643 1.000 Y NA
 5907654 5907655 HRM2_03380 HRM2_03390     FALSE 0.051 203.000 0.000 NA   NA
 5907656 5907657 HRM2_03400 HRM2_03410 colR colS TRUE 1.000 -3.000 0.375 1.000 Y NA
 5907659 5907660 HRM2_03430 HRM2_03440 fdhA2 fdhB2 TRUE 0.997 84.000 0.615 0.005 Y NA
 5907660 5907661 HRM2_03440 HRM2_03450 fdhB2 fdhE1 TRUE 0.967 142.000 0.462 0.005   NA
 5907662 5907663 HRM2_03460 HRM2_03470     TRUE 0.989 60.000 0.536 NA   NA
 5907663 5907664 HRM2_03470 HRM2_03480     FALSE 0.040 240.000 0.000 1.000   NA
 5907664 5907665 HRM2_03480 HRM2_03490     TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000   NA
 5907665 5907666 HRM2_03490 HRM2_03500   ppsA2 FALSE 0.128 187.000 0.000 0.089   NA
 5907668 5907669 HRM2_03520 HRM2_03530     FALSE 0.232 101.000 0.000 1.000 N NA
 5907669 5907670 HRM2_03530 HRM2_03540     FALSE 0.010 414.000 0.000 NA   NA
 5907670 5907671 HRM2_03540 HRM2_03550   eutC TRUE 0.404 51.000 0.000 NA   NA
 5907671 5907672 HRM2_03550 HRM2_03560 eutC eutB TRUE 1.000 -3.000 0.859 0.001 Y NA
 5907674 5907675 HRM2_03580 HRM2_03590     TRUE 0.772 13.000 0.000 1.000   NA
 5907675 5907676 HRM2_03590 HRM2_03600     FALSE 0.031 268.000 0.000 1.000   NA
 5907676 5907677 HRM2_03600 HRM2_03610     FALSE 0.007 620.000 0.000 1.000   NA
 5907677 5907678 HRM2_03610 HRM2_03620   algI1 FALSE 0.068 185.000 0.000 NA   NA
 5907680 5907681 HRM2_03640 HRM2_03650 aldA   FALSE 0.031 255.000 0.000 1.000 N NA
 5907681 5907682 HRM2_03650 HRM2_03660     FALSE 0.035 225.000 0.000 NA N NA
 5907682 5907683 HRM2_03660 HRM2_03670     FALSE 0.005 710.000 0.000 NA   NA
 5907683 5907684 HRM2_03670 HRM2_03680     FALSE 0.361 64.000 0.000 NA   NA
 5907684 5907685 HRM2_03680 HRM2_03690     FALSE 0.243 94.000 0.000 NA   NA
 5907687 5907688 HRM2_03710 HRM2_03720 ompA1   TRUE 0.489 32.000 0.000 NA   NA
 5907688 5907689 HRM2_03720 HRM2_03730     FALSE 0.008 485.000 0.000 NA   NA
 5907689 5907690 HRM2_03730 HRM2_03740     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5907690 5907691 HRM2_03740 HRM2_03750     FALSE 0.008 465.000 0.000 NA N NA
 5907691 5907692 HRM2_03750 HRM2_03760     TRUE 0.803 45.000 0.000 NA Y NA
 5907692 5907693 HRM2_03760 HRM2_03770     TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5907693 5907694 HRM2_03770 HRM2_03780     FALSE 0.012 378.000 0.000 NA   NA
 5907694 5907695 HRM2_03780 HRM2_03790     FALSE 0.027 285.000 0.000 1.000   NA
 5907700 5907701 HRM2_03840 HRM2_03850     FALSE 0.005 913.000 0.000 NA   NA
 5907701 5907702 HRM2_03850 HRM2_03860     FALSE 0.155 126.000 0.000 NA   NA
 5907702 5907703 HRM2_03860 HRM2_03870   umuD1 FALSE 0.008 548.000 0.000 1.000   NA
 5907703 5907704 HRM2_03870 HRM2_03880 umuD1 umuC2 FALSE 0.298 89.000 0.000 1.000   NA
 5907704 5907705 HRM2_03880 HRM2_03890 umuC2 umuC3 TRUE 0.531 27.000 0.000 NA   NA
 5907705 5907706 HRM2_03890 HRM2_03900 umuC3   TRUE 0.443 42.000 0.000 NA   NA
 5907706 5907707 HRM2_03900 HRM2_03910     FALSE 0.040 239.000 0.000 1.000   NA
 5907707 5907708 HRM2_03910 HRM2_03920     FALSE 0.113 156.000 0.000 1.000   NA
 5907711 5907712 HRM2_03950 HRM2_03960     TRUE 0.410 49.000 0.000 NA   NA
 5907712 5907713 HRM2_03960 HRM2_03970   mltB TRUE 0.999 11.000 0.750 NA   NA
 5907714 5907715 HRM2_03980 HRM2_03990 radA   TRUE 0.891 21.000 0.003 NA N NA
 5907715 5907716 HRM2_03990 HRM2_04000     TRUE 0.966 13.000 0.018 NA   NA
 5907717 5907718 HRM2_04010 HRM2_04020     TRUE 0.677 -103.000 0.000 1.000 N NA
 5907718 5907719 HRM2_04020 HRM2_04030   dnaK1 FALSE 0.220 104.000 0.000 1.000 N NA
 5907719 5907720 HRM2_04030 HRM2_04040 dnaK1 grpE TRUE 0.998 18.000 0.224 0.007 Y NA
 5907720 5907721 HRM2_04040 HRM2_04050 grpE   FALSE 0.011 410.000 0.000 NA   NA
 5907721 5907722 HRM2_04050 HRM2_04060     TRUE 1.000 -3.000 0.405 NA   NA
 5907722 5907723 HRM2_04060 HRM2_04070     TRUE 0.998 0.000 0.083 NA   NA
 5907723 5907724 HRM2_04070 HRM2_04080     TRUE 0.995 13.000 0.311 NA   NA
 5907726 5907727 HRM2_04100 HRM2_04110   nifB1 TRUE 0.594 21.000 0.000 NA   NA
 5907728 5907729 HRM2_04120 HRM2_04130     FALSE 0.345 69.000 0.000 NA   NA
 5907731 5907732 HRM2_04150 HRM2_04160     FALSE 0.155 126.000 0.000 NA   NA
 5907732 5907733 HRM2_04160 HRM2_04170     FALSE 0.286 82.000 0.000 NA   NA
 5907733 5907734 HRM2_04170 HRM2_04180     TRUE 0.841 7.000 0.000 NA   NA
 5907734 5907735 HRM2_04180 HRM2_04190     TRUE 0.509 29.000 0.000 NA   NA
 5907735 5907736 HRM2_04190 HRM2_04200     FALSE 0.148 128.000 0.000 NA   NA
 5907736 5907737 HRM2_04200 HRM2_04210     FALSE 0.056 198.000 0.000 NA   NA
 5907737 5907738 HRM2_04210 HRM2_04220     FALSE 0.011 385.000 0.000 NA   NA
 5907740 5907741 HRM2_04240 HRM2_04250   pflD1 TRUE 0.477 38.000 0.000 1.000 N NA
 5907741 5907742 HRM2_04250 HRM2_04260 pflD1 pflC1 TRUE 0.908 11.000 0.000 0.002 N NA
 5907745 5907746 HRM2_04290 HRM2_04300     TRUE 0.716 13.000 0.000 NA N NA
 5907746 5907747 HRM2_04300 HRM2_04310     TRUE 0.994 29.000 0.196 NA Y NA
 5907747 5907748 HRM2_04310 HRM2_04320     TRUE 1.000 -13.000 0.741 1.000 Y NA
 5907749 5907750 HRM2_04330 HRM2_04340     FALSE 0.232 91.000 0.000 NA N NA
 5907750 5907751 HRM2_04340 HRM2_04350     TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5907753 5907754 HRM2_04370 HRM2_04380   clpP1 TRUE 0.994 55.000 0.351 1.000 Y NA
 5907754 5907755 HRM2_04380 HRM2_04390 clpP1 clpX1 TRUE 1.000 2.000 0.352 1.000 Y NA
 5907755 5907756 HRM2_04390 HRM2_04400 clpX1 lon1 TRUE 0.990 61.000 0.201 1.000 Y NA
 5907756 5907757 HRM2_04400 HRM2_04410 lon1   FALSE 0.352 67.000 0.000 NA   NA
 5907757 5907758 HRM2_04410 HRM2_04420     TRUE 0.550 25.000 0.000 NA   NA
 5907759 5907760 HRM2_04430 HRM2_04440 leuB sucC2 TRUE 0.848 33.000 0.000 1.000 Y NA
 5907760 5907761 HRM2_04440 HRM2_04450 sucC2   TRUE 1.000 0.000 0.538 1.000 N NA
 5907763 5907764 HRM2_04470 HRM2_04480 cspL qmoC FALSE 0.065 199.000 0.000 1.000   NA
 5907764 5907765 HRM2_04480 HRM2_04490 qmoC qmoB TRUE 0.512 36.000 0.000 1.000   NA
 5907765 5907766 HRM2_04490 HRM2_04500 qmoB qmoA TRUE 1.000 8.000 0.333 0.006 Y NA
 5907766 5907767 HRM2_04500 HRM2_04510 qmoA aprA TRUE 0.792 281.000 0.189 1.000 Y NA
 5907767 5907768 HRM2_04510 HRM2_04520 aprA aprB TRUE 0.999 57.000 0.925 0.001 Y NA
 5907769 5907770 HRM2_04530 HRM2_04540   fabG3 TRUE 0.998 7.000 0.429 NA   NA
 5907771 5907772 HRM2_04550 HRM2_04560     TRUE 0.915 33.000 0.026 NA   NA
 5907773 5907774 HRM2_04570 HRM2_04580   infC TRUE 0.833 39.000 0.000 1.000 Y NA
 5907774 5907775 HRM2_04580 HRM2_04590 infC rpmI TRUE 0.976 196.000 0.652 1.000 Y NA
 5907775 5907776 HRM2_04590 HRM2_04600 rpmI rplT TRUE 1.000 27.000 0.928 0.012 Y NA
 5907776 5907777 HRM2_04600 HRM2_04610 rplT pheS TRUE 0.997 15.000 0.202 1.000 Y NA
 5907777 5907778 HRM2_04610 HRM2_04620 pheS pheT TRUE 1.000 2.000 0.574 0.001 Y NA
 5907778 5907779 HRM2_04620 HRM2_04630 pheT   FALSE 0.394 54.000 0.000 NA   NA
 5907779 5907780 HRM2_04630 HRM2_04640     FALSE 0.037 230.000 0.000 NA   NA
 5907780 5907781 HRM2_04640 HRM2_04650   nusA TRUE 0.998 18.000 0.759 NA   NA
 5907781 5907782 HRM2_04650 HRM2_04660 nusA infB TRUE 0.944 122.000 0.342 1.000 N NA
 5907782 5907783 HRM2_04660 HRM2_04670 infB rbfA TRUE 1.000 -3.000 0.530 1.000 Y NA
 5907783 5907784 HRM2_04670 HRM2_04680 rbfA truB TRUE 1.000 0.000 0.318 1.000 Y NA
 5907784 5907785 HRM2_04680 HRM2_04690 truB rpsO TRUE 0.953 151.000 0.211 1.000 Y NA
 5907785 5907786 HRM2_04690 HRM2_04700 rpsO pnpA TRUE 0.950 186.000 0.335 1.000 Y NA
 5907786 5907787 HRM2_04700 HRM2_04710 pnpA   TRUE 0.408 63.000 0.000 1.000   NA
 5907788 5907789 HRM2_04720 HRM2_04730     FALSE 0.325 73.000 0.000 NA   NA
 5907791 5907792 HRM2_04750 HRM2_04760     FALSE 0.074 177.000 0.000 NA   NA
 5907794 5907795 HRM2_04780 HRM2_04790     TRUE 0.826 -22.000 0.000 NA   NA
 5907795 5907796 HRM2_04790 HRM2_04800   mobB TRUE 0.831 8.000 0.000 NA   NA
 5907797 5907798 HRM2_04810 HRM2_04820 aroK moeA TRUE 0.778 12.000 0.000 1.000 N NA
 5907799 5907800 HRM2_04830 HRM2_04840 alr pflA TRUE 0.814 10.000 0.000 1.000 N NA
 5907800 5907801 HRM2_04840 HRM2_04850 pflA nrdD TRUE 0.997 4.000 0.178 1.000 N NA
 5907801 5907802 HRM2_04850 HRM2_04860 nrdD   FALSE 0.013 404.000 0.000 1.000   NA
 5907802 5907803 HRM2_04860 HRM2_04870     FALSE 0.005 753.000 0.000 NA   NA
 5907803 5907804 HRM2_04870 HRM2_04880   aor2 TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5907804 5907805 HRM2_04880 HRM2_04890 aor2 soxB1 TRUE 0.676 17.000 0.000 1.000 N NA
 5907805 5907806 HRM2_04890 HRM2_04900 soxB1 soxA1 TRUE 0.974 -7.000 0.000 0.001   NA
 5907806 5907807 HRM2_04900 HRM2_04910 soxA1 livF2 FALSE 0.207 114.000 0.000 1.000   NA
 5907807 5907808 HRM2_04910 HRM2_04920 livF2 livG2 TRUE 1.000 -7.000 0.280 0.031 Y NA
 5907808 5907809 HRM2_04920 HRM2_04930 livG2 livM2 TRUE 1.000 4.000 0.333 1.000 Y NA
 5907809 5907810 HRM2_04930 HRM2_04940 livM2 livH2 TRUE 1.000 -3.000 0.783 0.060 Y NA
 5907810 5907811 HRM2_04940 HRM2_04950 livH2 livJ2 TRUE 0.995 88.000 0.581 1.000 Y NA
 5907811 5907812 HRM2_04950 HRM2_04960 livJ2   TRUE 0.569 25.000 0.000 1.000 N NA
 5907813 5907814 HRM2_04970 HRM2_04980   divIVA TRUE 0.948 20.000 0.028 NA   NA
 5907814 5907815 HRM2_04980 HRM2_04990 divIVA pilT1 FALSE 0.388 48.000 0.000 NA N NA
 5907815 5907816 HRM2_04990 HRM2_05000 pilT1 pilT2 TRUE 0.998 29.000 0.400 0.032 Y NA
 5907816 5907817 HRM2_05000 HRM2_05010 pilT2   TRUE 0.999 0.000 0.300 NA   NA
 5907817 5907818 HRM2_05010 HRM2_05020     TRUE 0.888 4.000 0.000 NA   NA
 5907819 5907820 HRM2_05030 HRM2_05040     TRUE 0.958 10.000 0.003 NA   NA
 5907820 5907821 HRM2_05040 HRM2_05050   folP TRUE 0.993 0.000 0.008 NA   NA
 5907821 5907822 HRM2_05050 HRM2_05060 folP ftsH TRUE 0.990 -7.000 0.008 1.000 N NA
 5907822 5907823 HRM2_05060 HRM2_05070 ftsH   TRUE 0.953 72.000 0.145 1.000 N NA
 5907826 5907827 HRM2_05100 HRM2_05110 ugpB ugpA TRUE 0.784 80.000 0.000 0.060 Y NA
 5907827 5907828 HRM2_05110 HRM2_05120 ugpA ugpE TRUE 0.981 6.000 0.000 0.060 Y NA
 5907829 5907830 HRM2_05130 HRM2_05140     TRUE 0.622 19.000 0.000 NA   NA
 5907830 5907831 HRM2_05140 HRM2_05150     TRUE 0.642 18.000 0.000 NA   NA
 5907831 5907832 HRM2_05150 HRM2_05160     FALSE 0.319 78.000 0.000 1.000 N NA
 5907832 5907833 HRM2_05160 HRM2_05170     TRUE 0.918 -7.000 0.000 NA N NA
 5907833 5907834 HRM2_05170 HRM2_05180     FALSE 0.293 75.000 0.000 NA N NA
 5907835 5907836 HRM2_05190 HRM2_05200   apt1 TRUE 0.997 9.000 0.026 0.004 Y NA
 5907837 5907838 HRM2_05210 HRM2_05220   murI FALSE 0.103 151.000 0.000 NA   NA
 5907839 5907840 HRM2_05230 HRM2_05240 epd   FALSE 0.268 91.000 0.000 1.000 N NA
 5907840 5907841 HRM2_05240 HRM2_05250     TRUE 0.431 45.000 0.000 NA   NA
 5907841 5907842 HRM2_05250 HRM2_05260   mscC1 TRUE 0.996 13.000 0.354 NA   NA
 5907843 5907844 HRM2_05270 HRM2_05280 aor3 rtcB TRUE 0.483 33.000 0.000 NA   NA
 5907848 5907849 HRM2_05320 HRM2_05330 uraA upp TRUE 0.987 39.000 0.101 1.000 Y NA
 5907850 5907851 HRM2_05340 HRM2_05350 priA   FALSE 0.181 113.000 0.000 NA   NA
 5907851 5907852 HRM2_05350 HRM2_05360   ntrC1 FALSE 0.035 235.000 0.000 NA   NA
 5907855 5907856 HRM2_05390 HRM2_05400 aapP1 aapM TRUE 0.998 52.000 0.734 1.000 Y NA
 5907856 5907857 HRM2_05400 HRM2_05410 aapM aapQ TRUE 0.986 31.000 0.037 0.014 Y NA
 5907857 5907858 HRM2_05410 HRM2_05420 aapQ aapJ2 TRUE 0.849 91.000 0.022 0.060   NA
 5907858 5907859 HRM2_05420 HRM2_05430 aapJ2 aapJ1 TRUE 0.972 1.000 0.000 0.015   NA
 5907860 5907861 HRM2_05440 HRM2_05450     FALSE 0.275 79.000 0.000 NA N NA
 5907861 5907862 HRM2_05450 HRM2_05460     TRUE 0.997 10.000 0.077 NA Y NA
 5907862 5907863 HRM2_05460 HRM2_05470     TRUE 0.675 16.000 0.000 NA   NA
 5907863 5907864 HRM2_05470 HRM2_05480     TRUE 0.675 16.000 0.000 NA   NA
 5907864 5907865 HRM2_05480 HRM2_05490     TRUE 0.868 5.000 0.000 NA   NA
 5907865 5907866 HRM2_05490 HRM2_05500     TRUE 0.932 1.000 0.000 NA   NA
 5907866 5907867 HRM2_05500 HRM2_05510     TRUE 0.914 48.000 0.044 NA   NA
 5907867 5907868 HRM2_05510 HRM2_05520     TRUE 0.989 -13.000 0.032 NA   NA
 5907868 5907869 HRM2_05520 HRM2_05530     TRUE 0.594 21.000 0.000 NA   NA
 5907870 5907871 HRM2_05540 HRM2_05550     TRUE 0.881 -13.000 0.000 NA   NA
 11538271 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 7944.000 0.000 NA   NA
 11680634 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 7944.000 0.000 NA   NA
 11823026 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 7944.000 0.000 NA   NA
 11538272 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 7981.000 0.000 NA   NA
 11680635 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 7981.000 0.000 NA   NA
 11823027 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 7981.000 0.000 NA   NA
 11538273 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 8015.000 0.000 NA   NA
 11680636 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 8015.000 0.000 NA   NA
 11823028 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 8015.000 0.000 NA   NA
 11538274 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 8052.000 0.000 NA   NA
 11680637 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 8052.000 0.000 NA   NA
 11823029 5907861   HRM2_05450     FALSE NA 8052.000 0.000 NA   NA
 5907871 5907872 HRM2_05550 HRM2_05560     FALSE 0.005 798.000 0.000 NA   NA
 5907872 5907873 HRM2_05560 HRM2_05570     TRUE 0.662 -102.000 0.000 NA   NA
 5907873 5907874 HRM2_05570 HRM2_05580     FALSE 0.384 58.000 0.000 NA   NA
 5907874 5907875 HRM2_05580 HRM2_05590     TRUE 0.803 10.000 0.000 NA   NA
 5907875 5907876 HRM2_05590 HRM2_05600     FALSE 0.317 75.000 0.000 NA   NA
 5907876 5907877 HRM2_05600 HRM2_05610     FALSE 0.080 170.000 0.000 NA   NA
 5907877 5907878 HRM2_05610 HRM2_05620     FALSE 0.038 228.000 0.000 NA   NA
 5907878 5907879 HRM2_05620 HRM2_05630     TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 5907879 5907880 HRM2_05630 HRM2_05640     TRUE 0.594 21.000 0.000 NA   NA
 5907880 5907881 HRM2_05640 HRM2_05650     TRUE 0.680 -85.000 0.000 NA   NA
 5907881 5907882 HRM2_05650 HRM2_05660     FALSE 0.040 224.000 0.000 NA   NA
 5907882 5907883 HRM2_05660 HRM2_05670     FALSE 0.087 165.000 0.000 NA   NA
 5907883 5907884 HRM2_05670 HRM2_05680     FALSE 0.025 273.000 0.000 NA   NA
 5907884 5907885 HRM2_05680 HRM2_05690     FALSE 0.013 362.000 0.000 NA   NA
 5907886 5907887 HRM2_05700 HRM2_05710     FALSE 0.151 130.000 0.000 1.000 N NA
 5907888 5907889 HRM2_05720 HRM2_05730     FALSE 0.014 342.000 0.000 NA   NA
 5907889 5907890 HRM2_05730 HRM2_05740     FALSE 0.005 1068.000 0.000 1.000   NA
 5907891 5907892 HRM2_05750 HRM2_05760     TRUE 0.944 13.000 0.000 1.000 Y NA
 5907892 5907893 HRM2_05760 HRM2_05770   rpoE TRUE 0.622 46.000 0.000 0.035 N NA
 5907893 5907894 HRM2_05770 HRM2_05780 rpoE   FALSE 0.280 84.000 0.000 NA   NA
 5907894 5907895 HRM2_05780 HRM2_05790     FALSE 0.392 55.000 0.000 NA   NA
 5907895 5907896 HRM2_05790 HRM2_05800     FALSE 0.015 331.000 0.000 NA   NA
 5907896 5907897 HRM2_05800 HRM2_05810     TRUE 0.999 2.000 0.079 1.000 Y NA
 5907897 5907898 HRM2_05810 HRM2_05820     TRUE 1.000 -3.000 0.586 1.000 N NA
 5907898 5907899 HRM2_05820 HRM2_05830     TRUE 1.000 -13.000 0.471 NA Y NA
 5907900 5907901 HRM2_05840 HRM2_05850     FALSE 0.049 206.000 0.000 NA   NA
 5907901 5907902 HRM2_05850 HRM2_05860     FALSE 0.021 293.000 0.000 NA   NA
 5907902 5907903 HRM2_05860 HRM2_05870     FALSE 0.156 133.000 0.000 1.000   NA
 5907904 5907905 HRM2_05880 HRM2_05890     FALSE 0.009 515.000 0.000 1.000   NA
 5907905 5907906 HRM2_05890 HRM2_05900   pntA TRUE 0.888 5.000 0.000 1.000   NA
 5907906 5907907 HRM2_05900 HRM2_05910 pntA pntA2 TRUE 0.973 201.000 0.829 0.001   NA
 5907907 5907908 HRM2_05910 HRM2_05920 pntA2 pntB TRUE 0.999 -7.000 0.321 0.001   NA
 5907908 5907909 HRM2_05920 HRM2_05930 pntB   FALSE 0.076 352.000 0.000 1.000 Y NA
 5907911 5907912 HRM2_05950 HRM2_05960     TRUE 0.859 -16.000 0.000 NA   NA
 5907912 5907913 HRM2_05960 HRM2_05970     FALSE 0.021 294.000 0.000 NA   NA
 5907913 5907914 HRM2_05970 HRM2_05980     FALSE 0.005 957.000 0.000 NA   NA
 5907916 5907917 HRM2_06000 HRM2_06010     FALSE 0.134 133.000 0.000 NA   NA
 5907918 5907919 HRM2_06020 HRM2_06030     FALSE 0.307 77.000 0.000 NA   NA
 5907919 5907920 HRM2_06030 HRM2_06040     TRUE 0.903 -10.000 0.000 NA   NA
 5907920 5907921 HRM2_06040 HRM2_06050     TRUE 0.509 29.000 0.000 NA   NA
 5907922 5907923 HRM2_06060 HRM2_06070   aroF FALSE 0.151 127.000 0.000 NA   NA
 5907923 5907924 HRM2_06070 HRM2_06080 aroF aroB1 TRUE 0.900 41.000 0.000 0.002 Y NA
 5907926 5907927 HRM2_06100 HRM2_06110     TRUE 0.410 49.000 0.000 NA   NA
 5907927 5907928 HRM2_06110 HRM2_06120     TRUE 0.695 15.000 0.000 NA   NA
 5907928 5907929 HRM2_06120 HRM2_06130   cls TRUE 0.868 5.000 0.000 NA   NA
 5907929 5907930 HRM2_06130 HRM2_06140 cls mcpB1 FALSE 0.140 134.000 0.000 1.000 N NA
 5907932 5907933 HRM2_06160 HRM2_06170 mdeA   FALSE 0.357 70.000 0.000 1.000 N NA
 5907934 5907935 HRM2_06180 HRM2_06190   rbr1 TRUE 0.863 14.000 0.000 0.017   NA
 5907935 5907936 HRM2_06190 HRM2_06200 rbr1   TRUE 0.967 14.000 0.027 NA   NA
 5907936 5907937 HRM2_06200 HRM2_06210     FALSE 0.151 127.000 0.000 NA   NA
 5907937 5907938 HRM2_06210 HRM2_06220     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5907940 5907941 HRM2_06240 HRM2_06250   speE1 TRUE 0.669 -94.000 0.000 NA   NA
 5907941 5907942 HRM2_06250 HRM2_06260 speE1 speD TRUE 0.879 25.000 0.000 1.000 Y NA
 5907942 5907943 HRM2_06260 HRM2_06270 speD fadJ FALSE 0.089 168.000 0.000 1.000 N NA
 5907943 5907944 HRM2_06270 HRM2_06280 fadJ oadB1 TRUE 0.569 25.000 0.000 1.000 N NA
 5907944 5907945 HRM2_06280 HRM2_06290 oadB1   TRUE 0.966 41.000 0.057 0.001   NA
 5907945 5907946 HRM2_06290 HRM2_06300     TRUE 0.675 16.000 0.000 NA   NA
 5907947 5907948 HRM2_06310 HRM2_06320   rbsA1 FALSE 0.027 285.000 0.000 1.000   NA
 5907948 5907949 HRM2_06320 HRM2_06330 rbsA1 rbsC1 TRUE 0.955 49.000 0.100 1.000   NA
 5907949 5907950 HRM2_06330 HRM2_06340 rbsC1 rbsC2 TRUE 0.999 1.000 0.273 0.051   NA
 5907951 5907952 HRM2_06350 HRM2_06360 uspA10   TRUE 0.983 73.000 0.444 NA   NA
 5907952 5907953 HRM2_06360 HRM2_06370     FALSE 0.151 127.000 0.000 NA   NA
 5907953 5907954 HRM2_06370 HRM2_06380     FALSE 0.009 439.000 0.000 NA   NA
 5907954 5907955 HRM2_06380 HRM2_06390     FALSE 0.277 85.000 0.000 NA   NA
 5907959 5907960 HRM2_06430 HRM2_06440   katG FALSE 0.369 62.000 0.000 NA   NA
 5907960 5907961 HRM2_06440 HRM2_06450 katG mvhD1 FALSE 0.119 152.000 0.000 1.000   NA
 5907961 5907962 HRM2_06450 HRM2_06460 mvhD1   TRUE 0.623 -253.000 0.000 NA   NA
 5907964 5907965 HRM2_06480 HRM2_06490     TRUE 0.698 -76.000 0.000 NA   NA
 5907965 5907966 HRM2_06490 HRM2_06500     TRUE 0.881 -13.000 0.000 NA   NA
 5907966 5907967 HRM2_06500 HRM2_06510   dnaG1 TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5907967 5907968 HRM2_06510 HRM2_06520 dnaG1   FALSE 0.019 301.000 0.000 NA   NA
 5907970 5907971 HRM2_06540 HRM2_06550     TRUE 0.999 -19.000 0.600 NA   NA
 5907971 5907972 HRM2_06550 HRM2_06560     TRUE 0.999 0.000 0.400 NA   NA
 5907973 5907974 HRM2_06570 HRM2_06580     FALSE 0.113 145.000 0.000 NA   NA
 5907975 5907976 HRM2_06590 HRM2_06600     FALSE 0.103 151.000 0.000 NA   NA
 5907976 5907977 HRM2_06600 HRM2_06610     FALSE 0.005 857.000 0.000 NA   NA
 5907977 5907978 HRM2_06610 HRM2_06620   prmA1 TRUE 0.893 -12.000 0.000 NA   NA
 5907978 5907979 HRM2_06620 HRM2_06630 prmA1   TRUE 0.995 -16.000 0.120 NA   NA
 5907979 5907980 HRM2_06630 HRM2_06640     TRUE 1.000 -7.000 0.667 NA   NA
 5907980 5907981 HRM2_06640 HRM2_06650   trmE TRUE 0.947 12.000 0.003 NA   NA
 5907981 5907982 HRM2_06650 HRM2_06660 trmE   TRUE 0.999 -3.000 0.116 1.000   NA
 5907982 5907983 HRM2_06660 HRM2_06670   oxaA TRUE 0.993 16.000 0.254 1.000   NA
 5907983 5907984 HRM2_06670 HRM2_06680 oxaA   TRUE 0.970 104.000 0.461 NA   NA
 5907984 5907985 HRM2_06680 HRM2_06690   rnpA TRUE 0.999 -7.000 0.540 NA   NA
 5907985 5907986 HRM2_06690 HRM2_06700 rnpA rpmH TRUE 0.999 15.000 0.787 1.000   NA
 5907986 5907987 HRM2_06700 HRM2_06710 rpmH rne1 FALSE 0.397 152.000 0.002 1.000   NA
 5907987 5907988 HRM2_06710 HRM2_06720 rne1   TRUE 0.996 -6.000 0.050 1.000 N NA
 5907989 5907990 HRM2_06730 HRM2_06740 asnS   TRUE 0.581 22.000 0.000 NA   NA
 5907991 5907992 HRM2_06750 HRM2_06760 cobT1 thiC TRUE 0.995 5.000 0.015 1.000 Y NA
 5907992 5907993 HRM2_06760 HRM2_06770 thiC   FALSE 0.389 56.000 0.000 NA   NA
 5907995 5907996 HRM2_06790 HRM2_06800     TRUE 0.998 -3.000 0.067 NA   NA
 5907996 5907997 HRM2_06800 HRM2_06810     TRUE 0.838 6.000 0.000 NA N NA
 5907997 5907998 HRM2_06810 HRM2_06820   glnA1 FALSE 0.024 264.000 0.000 NA N NA
 5907998 5907999 HRM2_06820 HRM2_06830 glnA1 glnB1 TRUE 0.840 36.000 0.000 1.000 Y NA
 5907999 5908000 HRM2_06830 HRM2_06840 glnB1 glnD TRUE 0.891 30.000 0.008 1.000 N NA
 5908000 5908001 HRM2_06840 HRM2_06850 glnD tatA FALSE 0.030 259.000 0.000 1.000 N NA
 5908002 5908003 HRM2_06860 HRM2_06870     TRUE 0.894 185.000 0.431 NA   NA
 5908005 5908006 HRM2_06890 HRM2_06900   cysE1 FALSE 0.311 86.000 0.000 1.000   NA
 5908006 5908007 HRM2_06900 HRM2_06910 cysE1 cysA1 TRUE 0.986 -16.000 0.000 0.001 Y NA
 5908007 5908008 HRM2_06910 HRM2_06920 cysA1 nqrA FALSE 0.179 121.000 0.000 1.000 N NA
 5908008 5908009 HRM2_06920 HRM2_06930 nqrA nqrB TRUE 0.999 -3.000 0.029 0.001 Y NA
 5908009 5908010 HRM2_06930 HRM2_06940 nqrB nqrC TRUE 1.000 -7.000 1.000 0.001 Y NA
 5908010 5908011 HRM2_06940 HRM2_06950 nqrC nqrD TRUE 0.979 34.000 0.010 0.001 Y NA
 5908011 5908012 HRM2_06950 HRM2_06960 nqrD nqrE TRUE 0.878 152.000 0.019 0.001 Y NA
 5908012 5908013 HRM2_06960 HRM2_06970 nqrE nqrF TRUE 0.993 22.000 0.056 0.001 Y NA
 5908013 5908014 HRM2_06970 HRM2_06980 nqrF   TRUE 0.795 12.000 0.000 1.000   NA
 5908014 5908015 HRM2_06980 HRM2_06990     TRUE 0.844 -25.000 0.000 1.000   NA
 5908016 5908017 HRM2_07000 HRM2_07010     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908017 5908018 HRM2_07010 HRM2_07020     TRUE 0.990 50.000 0.531 NA N NA
 5908018 5908019 HRM2_07020 HRM2_07030     TRUE 0.998 -34.000 0.358 0.043   NA
 5908019 5908020 HRM2_07030 HRM2_07040     TRUE 0.999 3.000 0.284 NA   NA
 5908020 5908021 HRM2_07040 HRM2_07050     TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 5908021 5908022 HRM2_07050 HRM2_07060     TRUE 0.888 4.000 0.000 NA   NA
 5908022 5908023 HRM2_07060 HRM2_07070     TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 5908023 5908024 HRM2_07070 HRM2_07080   mop1 TRUE 0.995 116.000 0.607 0.037 Y NA
 5908024 5908025 HRM2_07080 HRM2_07090 mop1   TRUE 0.988 43.000 0.393 1.000 N NA
 5908026 5908027 HRM2_07100 HRM2_07110     FALSE 0.044 217.000 0.000 NA   NA
 5908027 5908028 HRM2_07110 HRM2_07120     TRUE 0.616 137.000 0.023 NA   NA
 5908028 5908029 HRM2_07120 HRM2_07130   cmk4 TRUE 0.958 29.000 0.067 1.000   NA
 5908029 5908030 HRM2_07130 HRM2_07140 cmk4 cmk5 TRUE 0.998 57.000 0.500 0.002 Y NA
 5908030 5908031 HRM2_07140 HRM2_07150 cmk5   TRUE 0.996 34.000 0.750 1.000   NA
 5908031 5908032 HRM2_07150 HRM2_07160     TRUE 0.951 140.000 0.500 NA   NA
 5908032 5908033 HRM2_07160 HRM2_07170     FALSE 0.015 327.000 0.000 NA   NA
 5908033 5908034 HRM2_07170 HRM2_07180   ppsA3 TRUE 0.995 33.000 0.667 1.000   NA
 5908034 5908035 HRM2_07180 HRM2_07190 ppsA3 mtrB FALSE 0.229 106.000 0.000 1.000   NA
 5908038 5908039 HRM2_07220 HRM2_07230   hutU1 FALSE 0.069 183.000 0.000 NA   NA
 5908040 5908041 HRM2_07240 HRM2_07250     FALSE 0.006 614.000 0.000 NA   NA
 5908041 5908042 HRM2_07250 HRM2_07260     TRUE 0.739 13.000 0.000 NA   NA
 5908042 5908043 HRM2_07260 HRM2_07270   cspG FALSE 0.068 197.000 0.000 1.000   NA
 5908043 5908044 HRM2_07270 HRM2_07280 cspG   FALSE 0.005 956.000 0.000 1.000   NA
 5908044 5908045 HRM2_07280 HRM2_07290     FALSE 0.361 64.000 0.000 NA   NA
 5908045 5908046 HRM2_07290 HRM2_07300     FALSE 0.009 443.000 0.000 NA   NA
 5908046 5908047 HRM2_07300 HRM2_07310     FALSE 0.320 74.000 0.000 NA   NA
 5908047 5908048 HRM2_07310 HRM2_07320     FALSE 0.011 404.000 0.000 NA   NA
 5908048 5908049 HRM2_07320 HRM2_07330     TRUE 0.717 125.000 0.036 NA   NA
 5908049 5908050 HRM2_07330 HRM2_07340     TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5908050 5908051 HRM2_07340 HRM2_07350   mtbC1 FALSE 0.161 124.000 0.000 NA   NA
 5908052 5908053 HRM2_07360 HRM2_07370     TRUE 0.698 -76.000 0.000 NA   NA
 5908053 5908054 HRM2_07370 HRM2_07380     TRUE 0.881 -13.000 0.000 NA   NA
 5908054 5908055 HRM2_07380 HRM2_07390   dnaG2 TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5908055 5908056 HRM2_07390 HRM2_07400 dnaG2   FALSE 0.019 301.000 0.000 NA   NA
 5908057 5908058 HRM2_07410 HRM2_07420     FALSE 0.027 266.000 0.000 NA   NA
 5908059 5908060 HRM2_07430 HRM2_07440 dksA2   FALSE 0.239 95.000 0.000 NA   NA
 5908062 5908063 HRM2_07460 HRM2_07470 metH2 mtmC FALSE 0.166 188.000 0.000 0.003   NA
 5908063 5908064 HRM2_07470 HRM2_07480 mtmC mttB3 TRUE 0.795 12.000 0.000 1.000   NA
 5908064 5908065 HRM2_07480 HRM2_07490 mttB3 opuD1 FALSE 0.383 63.000 0.000 1.000 N NA
 5908065 5908066 HRM2_07490 HRM2_07500 opuD1 rocR FALSE 0.028 270.000 0.000 1.000 N NA
 5908067 5908068 HRM2_07510 HRM2_07520 opuD2   FALSE 0.006 631.000 0.000 NA   NA
 5908068 5908069 HRM2_07520 HRM2_07530     TRUE 0.852 6.000 0.000 NA   NA
 5908069 5908070 HRM2_07530 HRM2_07540     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908070 5908071 HRM2_07540 HRM2_07550     FALSE 0.325 73.000 0.000 NA   NA
 5908072 5908073 HRM2_07560 HRM2_07570 hflX   FALSE 0.016 323.000 0.000 NA   NA
 5908073 5908074 HRM2_07570 HRM2_07580     FALSE 0.008 468.000 0.000 NA   NA
 5908074 5908075 HRM2_07580 HRM2_07590   tyrA TRUE 0.655 -160.000 0.000 1.000 N NA
 5908075 5908076 HRM2_07590 HRM2_07600 tyrA   FALSE 0.137 132.000 0.000 NA   NA
 5908077 5908078 HRM2_07610 HRM2_07620 thiJ fba1 TRUE 0.531 27.000 0.000 NA   NA
 5908081 5908082 HRM2_07650 HRM2_07660     FALSE 0.007 534.000 0.000 NA   NA
 5908082 5908083 HRM2_07660 HRM2_07670   btuB1 TRUE 0.496 34.000 0.000 1.000 N NA
 5908084 5908085 HRM2_07680 HRM2_07690 cbiK1   FALSE 0.294 90.000 0.000 1.000   NA
 5908085 5908086 HRM2_07690 HRM2_07700   cbiK2 TRUE 0.697 -106.000 0.000 1.000   NA
 5908086 5908087 HRM2_07700 HRM2_07710 cbiK2 racD2 FALSE 0.165 126.000 0.000 1.000 N NA
 5908088 5908089 HRM2_07720 HRM2_07730 atoB1 acd1 TRUE 0.897 21.000 0.000 1.000 Y NA
 5908089 5908090 HRM2_07730 HRM2_07740 acd1   TRUE 0.569 25.000 0.000 1.000 N NA
 5908091 5908092 HRM2_07750 HRM2_07760   glpA2 FALSE 0.331 72.000 0.000 NA   NA
 5908092 5908093 HRM2_07760 HRM2_07770 glpA2 glpB2 TRUE 1.000 -3.000 0.650 0.002 N NA
 5908093 5908094 HRM2_07770 HRM2_07780 glpB2 hdrF2 TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5908094 5908095 HRM2_07780 HRM2_07790 hdrF2   FALSE 0.007 606.000 0.000 1.000 N NA
 5908095 5908096 HRM2_07790 HRM2_07800     TRUE 0.461 32.000 0.000 NA N NA
 5908096 5908097 HRM2_07800 HRM2_07810   uspA11 FALSE 0.332 65.000 0.000 NA N NA
 5908099 5908100 HRM2_07830 HRM2_07840     TRUE 0.951 12.000 0.000 1.000 Y NA
 5908101 5908102 HRM2_07850 HRM2_07860   mcpA1 FALSE 0.060 195.000 0.000 NA   NA
 5908102 5908103 HRM2_07860 HRM2_07870 mcpA1   TRUE 0.550 25.000 0.000 NA   NA
 5908103 5908104 HRM2_07870 HRM2_07880     FALSE 0.031 246.000 0.000 NA   NA
 5908104 5908105 HRM2_07880 HRM2_07890     TRUE 0.987 4.000 0.000 0.033 Y NA
 5908106 5908107 HRM2_07900 HRM2_07910   thrS1 FALSE 0.386 69.000 0.000 1.000   NA
 5908107 5908108 HRM2_07910 HRM2_07920 thrS1   FALSE 0.005 703.000 0.000 NA   NA
 5908108 5908109 HRM2_07920 HRM2_07930   opuD3 FALSE 0.004 1106.000 0.000 NA   NA
 5908109 5908110 HRM2_07930 HRM2_07940 opuD3   FALSE 0.010 399.000 0.000 NA N NA
 5908110 5908111 HRM2_07940 HRM2_07950     TRUE 0.968 40.000 0.143 NA N NA
 5908111 5908112 HRM2_07950 HRM2_07960     TRUE 0.999 6.000 0.343 NA Y NA
 5908112 5908113 HRM2_07960 HRM2_07970     TRUE 1.000 0.000 0.750 1.000 Y NA
 5908114 5908115 HRM2_07980 HRM2_07990     TRUE 0.698 -76.000 0.000 NA   NA
 5908115 5908116 HRM2_07990 HRM2_08000     TRUE 0.881 -13.000 0.000 NA   NA
 5908116 5908117 HRM2_08000 HRM2_08010   dnaG3 TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5908117 5908118 HRM2_08010 HRM2_08020 dnaG3   FALSE 0.019 301.000 0.000 NA   NA
 5908122 5908123 HRM2_08060 HRM2_08070     FALSE 0.181 113.000 0.000 NA   NA
 5908123 5908124 HRM2_08070 HRM2_08080     FALSE 0.008 486.000 0.000 NA   NA
 5908124 5908125 HRM2_08080 HRM2_08090   pabB FALSE 0.074 183.000 0.000 1.000 N NA
 5908125 5908126 HRM2_08090 HRM2_08100 pabB pabA TRUE 0.998 -13.000 0.029 0.014 Y NA
 5908126 5908127 HRM2_08100 HRM2_08110 pabA   FALSE 0.032 233.000 0.000 NA N NA
 5908128 5908129 HRM2_08120 HRM2_08130   aspC1 FALSE 0.036 232.000 0.000 NA   NA
 5908129 5908130 HRM2_08130 HRM2_08140 aspC1 rsbP FALSE 0.210 218.000 0.000 1.000 Y NA
 5908130 5908131 HRM2_08140 HRM2_08150 rsbP   TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908131 5908132 HRM2_08150 HRM2_08160   rarD FALSE 0.211 103.000 0.000 NA   NA
 5908132 5908133 HRM2_08160 HRM2_08170 rarD   TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908134 5908135 HRM2_08180 HRM2_08190     FALSE 0.056 208.000 0.000 1.000   NA
 5908135 5908136 HRM2_08190 HRM2_08200     TRUE 0.502 33.000 0.000 1.000 N NA
 5908137 5908138 HRM2_08210 HRM2_08220     TRUE 0.731 -57.000 0.000 NA   NA
 5908138 5908139 HRM2_08220 HRM2_08230     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 5908140 5908141 HRM2_08240 HRM2_08250   ctpA1 FALSE 0.113 156.000 0.000 1.000   NA
 5908141 5908142 HRM2_08250 HRM2_08260 ctpA1   TRUE 0.888 5.000 0.000 1.000   NA
 5908142 5908143 HRM2_08260 HRM2_08270     TRUE 0.642 18.000 0.000 NA   NA
 5908143 5908144 HRM2_08270 HRM2_08280     TRUE 0.550 25.000 0.000 NA   NA
 5908144 5908145 HRM2_08280 HRM2_08290     TRUE 0.784 11.000 0.000 NA   NA
 5908145 5908146 HRM2_08290 HRM2_08300     TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5908146 5908147 HRM2_08300 HRM2_08310     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908147 5908148 HRM2_08310 HRM2_08320     TRUE 0.765 12.000 0.000 NA   NA
 5908150 5908151 HRM2_08340 HRM2_08350     FALSE 0.151 127.000 0.000 NA   NA
 5908151 5908152 HRM2_08350 HRM2_08360     TRUE 1.000 -3.000 1.000 NA   NA
 5908152 5908153 HRM2_08360 HRM2_08370     FALSE 0.179 114.000 0.000 NA   NA
 5908153 5908154 HRM2_08370 HRM2_08380     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908154 5908155 HRM2_08380 HRM2_08390     FALSE 0.013 366.000 0.000 NA   NA
 5908155 5908156 HRM2_08390 HRM2_08400     FALSE 0.196 107.000 0.000 NA   NA
 5908158 5908159 HRM2_08420 HRM2_08430 gltL1 gltK1 TRUE 0.988 1.000 0.000 1.000 Y NA
 5908159 5908160 HRM2_08430 HRM2_08440 gltK1 gltJ1 TRUE 0.994 0.000 0.000 0.012 Y NA
 5908160 5908161 HRM2_08440 HRM2_08450 gltJ1 gltB1 TRUE 0.804 75.000 0.000 0.050 Y NA
 5908161 5908162 HRM2_08450 HRM2_08460 gltB1   FALSE 0.007 586.000 0.000 1.000 N NA
 5908162 5908163 HRM2_08460 HRM2_08470     TRUE 0.642 18.000 0.000 NA   NA
 5908163 5908164 HRM2_08470 HRM2_08480   glcF1 TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908164 5908165 HRM2_08480 HRM2_08490 glcF1 glcD1 TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.041 Y NA
 5908165 5908166 HRM2_08490 HRM2_08500 glcD1 dctM2 TRUE 0.814 10.000 0.000 1.000 N NA
 5908166 5908167 HRM2_08500 HRM2_08510 dctM2 dctQ2 TRUE 1.000 -3.000 1.000 NA Y NA
 5908167 5908168 HRM2_08510 HRM2_08520 dctQ2 dctP2 TRUE 0.997 70.000 0.667 NA Y NA
 5908168 5908169 HRM2_08520 HRM2_08530 dctP2   FALSE 0.022 291.000 0.000 1.000 N NA
 5908171 5908172 HRM2_08550 HRM2_08560     TRUE 0.494 31.000 0.000 NA   NA
 5908175 5908176 HRM2_08590 HRM2_08600     FALSE 0.108 148.000 0.000 NA   NA
 5908177 5908178 HRM2_08610 HRM2_08620 fbp1 glgC2 TRUE 0.908 19.000 0.000 1.000 Y NA
 5908178 5908179 HRM2_08620 HRM2_08630 glgC2 gap1 TRUE 0.875 26.000 0.000 1.000 Y NA
 5908179 5908180 HRM2_08630 HRM2_08640 gap1 fba2 TRUE 0.766 96.000 0.000 0.004 Y NA
 5908180 5908181 HRM2_08640 HRM2_08650 fba2 pfkB1 TRUE 0.973 26.000 0.012 1.000 Y NA
 5908181 5908182 HRM2_08650 HRM2_08660 pfkB1   TRUE 0.877 5.000 0.000 1.000 N NA
 5908182 5908183 HRM2_08660 HRM2_08670   mtp TRUE 0.935 35.000 0.048 1.000 N NA
 5908184 5908185 HRM2_08680 HRM2_08690   pgm TRUE 0.439 47.000 0.000 1.000 N NA
 5908185 5908186 HRM2_08690 HRM2_08700 pgm dcuA FALSE 0.046 226.000 0.000 1.000   NA
 5908186 5908187 HRM2_08700 HRM2_08710 dcuA   FALSE 0.024 279.000 0.000 NA   NA
 5908187 5908188 HRM2_08710 HRM2_08720   nifH1 FALSE 0.349 68.000 0.000 NA   NA
 5908188 5908189 HRM2_08720 HRM2_08730 nifH1 nifD1 TRUE 1.000 -10.000 0.900 0.040 Y NA
 5908189 5908190 HRM2_08730 HRM2_08740 nifD1 msrAB FALSE 0.126 142.000 0.000 1.000 N NA
 5908192 5908193 HRM2_08760 HRM2_08770     TRUE 0.970 2.000 0.000 0.009   NA
 5908193 5908194 HRM2_08770 HRM2_08780   folA FALSE 0.095 170.000 0.000 1.000   NA
 5908194 5908195 HRM2_08780 HRM2_08790 folA   FALSE 0.069 372.000 0.000 1.000 Y NA
 5908195 5908196 HRM2_08790 HRM2_08800   gltA2 TRUE 0.981 22.000 0.093 0.060 N NA
 5908197 5908198 HRM2_08810 HRM2_08820     TRUE 0.995 -7.000 0.055 NA   NA
 5908199 5908200 HRM2_08830 HRM2_08840   cat4 TRUE 0.636 21.000 0.000 1.000   NA
 5908201 5908202 HRM2_08850 HRM2_08860 acsM1 acd2 FALSE 0.138 269.000 0.000 1.000 Y NA
 5908202 5908203 HRM2_08860 HRM2_08870 acd2   TRUE 0.502 33.000 0.000 1.000 N NA
 5908206 5908207 HRM2_08900 HRM2_08910     TRUE 0.642 18.000 0.000 NA   NA
 5908207 5908208 HRM2_08910 HRM2_08920     FALSE 0.004 1346.000 0.000 NA   NA
 5908209 5908210 HRM2_08930 HRM2_08940     TRUE 0.784 10.000 0.000 NA N NA
 5908210 5908211 HRM2_08940 HRM2_08950     TRUE 0.868 5.000 0.000 NA   NA
 5908211 5908212 HRM2_08950 HRM2_08960     FALSE 0.034 239.000 0.000 NA   NA
 5908212 5908213 HRM2_08960 HRM2_08970   uvrA1 TRUE 0.539 31.000 0.000 1.000   NA
 5908214 5908215 HRM2_08980 HRM2_08990     FALSE 0.022 287.000 0.000 NA   NA
 5908217 5908218 HRM2_09010 HRM2_09020   dhs2 FALSE 0.401 52.000 0.000 NA   NA
 5908218 5908219 HRM2_09020 HRM2_09030 dhs2   TRUE 0.607 20.000 0.000 NA   NA
 5908219 5908220 HRM2_09030 HRM2_09040   bioF TRUE 0.675 16.000 0.000 NA   NA
 5908220 5908221 HRM2_09040 HRM2_09050 bioF   TRUE 0.413 54.000 0.000 1.000 N NA
 5908221 5908222 HRM2_09050 HRM2_09060     TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5908222 5908223 HRM2_09060 HRM2_09070   rho1 FALSE 0.015 342.000 0.000 1.000 N NA
 5908223 5908224 HRM2_09070 HRM2_09080 rho1   TRUE 0.937 -7.000 0.000 1.000   NA
 5908224 5908225 HRM2_09080 HRM2_09090     FALSE 0.010 477.000 0.000 1.000   NA
 5908225 5908226 HRM2_09090 HRM2_09100     FALSE 0.283 77.000 0.000 NA N NA
 5908228 5908229 HRM2_09120 HRM2_09130 mttB4 opuD4 FALSE 0.235 100.000 0.000 1.000 N NA
 5908231 5908232 HRM2_09150 HRM2_09160 engD   TRUE 0.569 25.000 0.000 1.000 N NA
 5908232 5908233 HRM2_09160 HRM2_09170     FALSE 0.137 132.000 0.000 NA   NA
 5908234 5908235 HRM2_09180 HRM2_09190     FALSE 0.161 124.000 0.000 NA   NA
 5908235 5908236 HRM2_09190 HRM2_09200   moaB FALSE 0.248 92.000 0.000 NA   NA
 5908236 5908237 HRM2_09200 HRM2_09210 moaB pyrR TRUE 0.988 2.000 0.004 1.000 N NA
 5908238 5908239 HRM2_09220 HRM2_09230 mobA moaE TRUE 0.988 -13.000 0.002 0.003   NA
 5908239 5908240 HRM2_09230 HRM2_09240 moaE moaC FALSE 0.341 282.000 0.025 0.003   NA
 5908240 5908241 HRM2_09240 HRM2_09250 moaC   TRUE 0.787 -37.000 0.000 NA   NA
 5908241 5908242 HRM2_09250 HRM2_09260     FALSE 0.258 90.000 0.000 NA   NA
 5908242 5908243 HRM2_09260 HRM2_09270     FALSE 0.303 78.000 0.000 NA   NA
 5908243 5908244 HRM2_09270 HRM2_09280     TRUE 0.983 6.000 0.019 NA   NA
 5908244 5908245 HRM2_09280 HRM2_09290   ddlA FALSE 0.397 154.000 0.004 NA   NA
 5908245 5908246 HRM2_09290 HRM2_09300 ddlA purD TRUE 0.404 145.000 0.002 1.000 N NA
 5908246 5908247 HRM2_09300 HRM2_09310 purD   TRUE 0.974 -16.000 0.005 NA N NA
 5908247 5908248 HRM2_09310 HRM2_09320     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 5908248 5908249 HRM2_09320 HRM2_09330     FALSE 0.389 56.000 0.000 NA   NA
 5908250 5908251 HRM2_09340 HRM2_09350     FALSE 0.196 107.000 0.000 NA   NA
 5908251 5908252 HRM2_09350 HRM2_09360     FALSE 0.005 713.000 0.000 NA   NA
 5908252 5908253 HRM2_09360 HRM2_09370     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908255 5908256 HRM2_09390 HRM2_09400     FALSE 0.007 632.000 0.000 1.000   NA
 5908256 5908257 HRM2_09400 HRM2_09410     TRUE 0.999 9.000 0.667 NA   NA
 5908261 5908262 HRM2_09450 HRM2_09460     FALSE 0.007 557.000 0.000 NA   NA
 5908262 5908263 HRM2_09460 HRM2_09470     FALSE 0.006 594.000 0.000 NA   NA
 5908263 5908264 HRM2_09470 HRM2_09480     FALSE 0.006 697.000 0.000 NA   NA
 5908264 5908265 HRM2_09480 HRM2_09490     TRUE 0.698 -76.000 0.000 NA   NA
 5908265 5908266 HRM2_09490 HRM2_09500     TRUE 0.881 -13.000 0.000 NA   NA
 5908266 5908267 HRM2_09500 HRM2_09510   dnaG4 TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5908267 5908268 HRM2_09510 HRM2_09520 dnaG4   FALSE 0.019 301.000 0.000 NA   NA
 5908268 5908269 HRM2_09520 HRM2_09530     FALSE 0.007 523.000 0.000 NA   NA
 5908269 5908270 HRM2_09530 HRM2_09540     FALSE 0.054 200.000 0.000 NA   NA
 5908270 5908271 HRM2_09540 HRM2_09550   napH FALSE 0.219 101.000 0.000 NA   NA
 5908273 5908274 HRM2_09570 HRM2_09580 nagD aroH FALSE 0.056 201.000 0.000 1.000 N NA
 5908274 5908275 HRM2_09580 HRM2_09590 aroH lon2 FALSE 0.022 297.000 0.000 1.000 N NA
 5908277 5908278 HRM2_09610 HRM2_09620   chrA1 FALSE 0.089 174.000 0.000 1.000   NA
 5908278 5908279 HRM2_09620 HRM2_09630 chrA1 chrA2 TRUE 0.716 42.000 0.000 0.000   NA
 5908279 5908280 HRM2_09630 HRM2_09640 chrA2   TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 5908280 5908281 HRM2_09640 HRM2_09650   ushA FALSE 0.331 72.000 0.000 NA   NA
 5908282 5908283 HRM2_09660 HRM2_09670   nifH2 FALSE 0.011 676.000 0.000 0.099   NA
 5908283 5908284 HRM2_09670 HRM2_09680 nifH2 glnB2 TRUE 0.995 29.000 0.580 1.000 N NA
 5908284 5908285 HRM2_09680 HRM2_09690 glnB2 glnB3 TRUE 1.000 -3.000 0.860 0.001 Y NA
 5908285 5908286 HRM2_09690 HRM2_09700 glnB3 nifD2 TRUE 0.987 28.000 0.294 1.000 N NA
 5908286 5908287 HRM2_09700 HRM2_09710 nifD2 nifK1 TRUE 0.999 69.000 0.902 0.001 Y NA
 5908287 5908288 HRM2_09710 HRM2_09720 nifK1 nifE TRUE 0.994 96.000 0.380 0.001 Y NA
 5908288 5908289 HRM2_09720 HRM2_09730 nifE nifK2 TRUE 1.000 7.000 0.342 0.001 Y NA
 5908289 5908290 HRM2_09730 HRM2_09740 nifK2 nifB2 TRUE 0.967 77.000 0.131 0.002   NA
 5908290 5908291 HRM2_09740 HRM2_09750 nifB2 thx TRUE 0.945 53.000 0.082 1.000   NA
 5908291 5908292 HRM2_09750 HRM2_09760 thx nifV1 TRUE 0.449 198.000 0.035 1.000 N NA
 5908293 5908294 HRM2_09770 HRM2_09780     TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5908294 5908295 HRM2_09780 HRM2_09790   iciA TRUE 0.675 90.000 0.000 1.000 Y NA
 5908297 5908298 HRM2_09810 HRM2_09820 galT draG1 FALSE 0.333 75.000 0.000 1.000 N NA
 5908298 5908299 HRM2_09820 HRM2_09830 draG1 draT TRUE 0.981 21.000 0.118 1.000   NA
 5908300 5908301 HRM2_09840 HRM2_09850   modA4 FALSE 0.013 367.000 0.000 NA   NA
 5908301 5908302 HRM2_09850 HRM2_09860 modA4 modB TRUE 1.000 0.000 0.627 0.001 Y NA
 5908302 5908303 HRM2_09860 HRM2_09870 modB modC TRUE 0.999 -136.000 0.537 0.001 Y NA
 5908303 5908304 HRM2_09870 HRM2_09880 modC   TRUE 0.861 48.000 0.008 1.000   NA
 5908306 5908307 HRM2_09900 HRM2_09910   nhaD2 FALSE 0.028 399.000 0.000 0.011   NA
 5908307 5908308 HRM2_09910 HRM2_09920 nhaD2   FALSE 0.004 1050.000 0.000 NA   NA
 5908308 5908309 HRM2_09920 HRM2_09930     FALSE 0.050 204.000 0.000 NA   NA
 5908310 5908311 HRM2_09940 HRM2_09950   aac TRUE 0.809 73.000 0.000 0.055 Y NA
 5908311 5908312 HRM2_09950 HRM2_09960 aac   FALSE 0.053 214.000 0.000 1.000   NA
 5908312 5908313 HRM2_09960 HRM2_09970   hmgL FALSE 0.238 104.000 0.000 1.000   NA
 5908313 5908314 HRM2_09970 HRM2_09980 hmgL mmc TRUE 0.704 93.000 0.006 1.000 N NA
 5908314 5908315 HRM2_09980 HRM2_09990 mmc   TRUE 0.995 4.000 0.006 1.000 Y NA
 5908315 5908316 HRM2_09990 HRM2_10000   acsL2 TRUE 0.909 27.000 0.000 0.055 Y NA
 5908316 5908317 HRM2_10000 HRM2_10010 acsL2 acd3 TRUE 0.987 30.000 0.074 1.000 Y NA
 5908318 5908319 HRM2_10020 HRM2_10030   mcmL TRUE 0.947 78.000 0.146 1.000 N NA
 5908319 5908320 HRM2_10030 HRM2_10040 mcmL atoB2 TRUE 0.928 83.000 0.015 1.000 Y NA
 5908320 5908321 HRM2_10040 HRM2_10050 atoB2   FALSE 0.042 511.000 0.000 1.000 Y NA
 5908321 5908322 HRM2_10050 HRM2_10060   pepP TRUE 0.549 27.000 0.000 1.000 N NA
 5908322 5908323 HRM2_10060 HRM2_10070 pepP   FALSE 0.343 62.000 0.000 NA N NA
 5908325 5908326 HRM2_10090 HRM2_10100 nemA   FALSE 0.020 297.000 0.000 NA   NA
 5908327 5908328 HRM2_10110 HRM2_10120     TRUE 0.631 46.000 0.000 0.040   NA
 5908328 5908329 HRM2_10120 HRM2_10130     TRUE 0.691 16.000 0.000 1.000 N NA
 5908329 5908330 HRM2_10130 HRM2_10140     FALSE 0.168 125.000 0.000 1.000 N NA
 5908332 5908333 HRM2_10160 HRM2_10170 spk   TRUE 0.784 11.000 0.000 NA   NA
 5908336 5908337 HRM2_10200 HRM2_10210     TRUE 0.531 27.000 0.000 NA   NA
 5908338 5908339 HRM2_10220 HRM2_10230 mcpA2   TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908340 5908341 HRM2_10240 HRM2_10250     FALSE 0.337 79.000 0.000 1.000   NA
 5908341 5908342 HRM2_10250 HRM2_10260   corA1 TRUE 0.689 -124.000 0.000 1.000   NA
 5908346 5908347 HRM2_10300 HRM2_10310 tpx fumC TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5908347 5908348 HRM2_10310 HRM2_10320 fumC nfnB1 TRUE 0.854 31.000 0.000 1.000 Y NA
 5908348 5908349 HRM2_10320 HRM2_10330 nfnB1   TRUE 0.691 14.000 0.000 NA N NA
 5908349 5908350 HRM2_10330 HRM2_10340   pldA TRUE 0.950 -3.000 0.000 NA N NA
 5908350 5908351 HRM2_10340 HRM2_10350 pldA   FALSE 0.083 168.000 0.000 NA   NA
 5908351 5908352 HRM2_10350 HRM2_10360     FALSE 0.299 79.000 0.000 NA   NA
 5908352 5908353 HRM2_10360 HRM2_10370     FALSE 0.227 98.000 0.000 NA   NA
 5908354 5908355 HRM2_10380 HRM2_10390     FALSE 0.100 153.000 0.000 NA   NA
 5908357 5908358 HRM2_10410 HRM2_10420     TRUE 0.648 20.000 0.000 1.000   NA
 5908358 5908359 HRM2_10420 HRM2_10430     TRUE 1.000 -3.000 0.107 1.000 Y NA
 5908359 5908360 HRM2_10430 HRM2_10440   dgkA TRUE 0.857 -18.000 0.000 1.000 N NA
 5908360 5908361 HRM2_10440 HRM2_10450 dgkA   TRUE 0.938 -63.000 0.000 1.000 Y NA
 5908361 5908362 HRM2_10450 HRM2_10460     TRUE 0.857 150.000 0.182 1.000   NA
 5908362 5908363 HRM2_10460 HRM2_10470     FALSE 0.121 151.000 0.000 1.000   NA
 5908363 5908364 HRM2_10470 HRM2_10480     FALSE 0.307 77.000 0.000 NA   NA
 5908365 5908366 HRM2_10490 HRM2_10500     FALSE 0.095 157.000 0.000 NA   NA
 5908366 5908367 HRM2_10500 HRM2_10510   argH1 TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 5908367 5908368 HRM2_10510 HRM2_10520 argH1 lysA2 TRUE 0.996 3.000 0.071 1.000 N NA
 5908369 5908370 HRM2_10530 HRM2_10540     FALSE 0.017 339.000 0.000 1.000   NA
 5908371 5908372 HRM2_10550 HRM2_10560     FALSE 0.305 110.000 0.000 0.099 N NA
 5908373 5908374 HRM2_10570 HRM2_10580     FALSE 0.321 83.000 0.000 1.000   NA
 5908377 5908378 HRM2_10610 HRM2_10620 acnA   FALSE 0.376 60.000 0.000 NA   NA
 5908378 5908379 HRM2_10620 HRM2_10630   lysA3 TRUE 0.519 28.000 0.000 NA   NA
 5908380 5908381 HRM2_10640 HRM2_10650   gpsA1 TRUE 0.905 4.000 0.000 1.000   NA
 5908382 5908383 HRM2_10660 HRM2_10670     FALSE 0.111 146.000 0.000 NA   NA
 5908383 5908384 HRM2_10670 HRM2_10680     TRUE 0.959 16.000 0.024 NA   NA
 5908384 5908385 HRM2_10680 HRM2_10690     TRUE 0.999 0.000 0.021 0.001 Y NA
 5908385 5908386 HRM2_10690 HRM2_10700     TRUE 1.000 27.000 0.822 0.001 Y NA
 5908386 5908387 HRM2_10700 HRM2_10710     TRUE 0.999 36.000 0.797 0.003 Y NA
 5908387 5908388 HRM2_10710 HRM2_10720     TRUE 0.564 28.000 0.000 1.000   NA
 5908389 5908390 HRM2_10730 HRM2_10740 acd4   TRUE 0.996 19.000 0.500 1.000   NA
 5908390 5908391 HRM2_10740 HRM2_10750     FALSE 0.051 218.000 0.000 1.000   NA
 5908393 5908394 HRM2_10770 HRM2_10780   era TRUE 0.936 2.000 0.000 1.000   NA
 5908394 5908395 HRM2_10780 HRM2_10790 era engB TRUE 0.932 27.000 0.004 0.003   NA
 5908395 5908396 HRM2_10790 HRM2_10800 engB aspC2 TRUE 0.993 -3.000 0.004 1.000   NA
 5908396 5908397 HRM2_10800 HRM2_10810 aspC2 hisG TRUE 0.997 0.000 0.002 1.000 Y NA
 5908397 5908398 HRM2_10810 HRM2_10820 hisG hisI TRUE 0.999 -3.000 0.035 0.004 Y NA
 5908400 5908401 HRM2_10840 HRM2_10850     TRUE 0.905 4.000 0.000 1.000   NA
 5908401 5908402 HRM2_10850 HRM2_10860   dksA3 TRUE 0.954 14.000 0.007 1.000   NA
 5908402 5908403 HRM2_10860 HRM2_10870 dksA3 hemA FALSE 0.146 132.000 0.000 1.000 N NA
 5908403 5908404 HRM2_10870 HRM2_10880 hemA ccmC1 TRUE 0.897 103.000 0.112 1.000 N NA
 5908404 5908405 HRM2_10880 HRM2_10890 ccmC1 cysG TRUE 0.951 54.000 0.104 1.000 N NA
 5908408 5908409 HRM2_10920 HRM2_10930 fur feoB1 TRUE 0.992 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5908409 5908410 HRM2_10930 HRM2_10940 feoB1   FALSE 0.403 45.000 0.000 NA N NA
 5908410 5908411 HRM2_10940 HRM2_10950     TRUE 0.458 38.000 0.000 NA   NA
 5908412 5908413 HRM2_10960 HRM2_10970     TRUE 0.509 29.000 0.000 NA   NA
 5908413 5908414 HRM2_10970 HRM2_10980     TRUE 0.990 0.000 0.000 1.000 Y NA
 5908415 5908416 HRM2_10990 HRM2_11000 pilM pilN TRUE 1.000 -3.000 0.143 NA Y NA
 5908416 5908417 HRM2_11000 HRM2_11010 pilN pilO TRUE 1.000 -54.000 0.770 NA Y NA
 5908417 5908418 HRM2_11010 HRM2_11020 pilO pilP TRUE 1.000 -3.000 0.680 NA Y NA
 5908418 5908419 HRM2_11020 HRM2_11030 pilP pilQ TRUE 0.997 64.000 0.668 NA Y NA
 5908420 5908421 HRM2_11040 HRM2_11050     TRUE 0.803 10.000 0.000 NA   NA
 5908421 5908422 HRM2_11050 HRM2_11060   thrC TRUE 0.993 -3.000 0.005 NA   NA
 5908422 5908423 HRM2_11060 HRM2_11070 thrC serS TRUE 0.979 -13.000 0.004 1.000 N NA
 5908426 5908427 HRM2_11100 HRM2_11110 pcm   TRUE 0.997 3.000 0.102 NA   NA
 5908427 5908428 HRM2_11110 HRM2_11120     TRUE 0.739 13.000 0.000 NA   NA
 5908429 5908430 HRM2_11130 HRM2_11140 lysR coaD TRUE 0.983 3.000 0.002 1.000 N NA
 5908430 5908431 HRM2_11140 HRM2_11150 coaD   TRUE 0.995 16.000 0.367 1.000 N NA
 5908431 5908432 HRM2_11150 HRM2_11160     TRUE 0.993 -3.000 0.004 1.000 N NA
 5908432 5908433 HRM2_11160 HRM2_11170     TRUE 0.998 43.000 0.533 0.072 Y NA
 5908433 5908434 HRM2_11170 HRM2_11180     TRUE 0.953 21.000 0.037 NA   NA
 5908434 5908435 HRM2_11180 HRM2_11190   lpxC TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908436 5908437 HRM2_11200 HRM2_11210   hslO TRUE 0.931 15.000 0.000 1.000 Y NA
 5908437 5908438 HRM2_11210 HRM2_11220 hslO   FALSE 0.161 124.000 0.000 NA   NA
 5908438 5908439 HRM2_11220 HRM2_11230   iorA1 TRUE 0.519 28.000 0.000 NA   NA
 5908439 5908440 HRM2_11230 HRM2_11240 iorA1 iorB1 TRUE 0.997 29.000 0.237 0.002 Y NA
 5908440 5908441 HRM2_11240 HRM2_11250 iorB1 gspF1 TRUE 0.580 24.000 0.000 1.000 N NA
 5908442 5908443 HRM2_11260 HRM2_11270     TRUE 0.971 104.000 0.436 1.000   NA
 5908443 5908444 HRM2_11270 HRM2_11280     FALSE 0.179 126.000 0.000 1.000   NA
 5908444 5908445 HRM2_11280 HRM2_11290     TRUE 0.443 42.000 0.000 NA   NA
 5908445 5908446 HRM2_11290 HRM2_11300   gspE1 TRUE 0.970 -16.000 0.002 NA   NA
 5908446 5908447 HRM2_11300 HRM2_11310 gspE1 gspD1 TRUE 1.000 -3.000 0.085 0.003 Y NA
 5908447 5908448 HRM2_11310 HRM2_11320 gspD1 gspC TRUE 0.997 -10.000 0.029 1.000 Y NA
 5908448 5908449 HRM2_11320 HRM2_11330 gspC   TRUE 0.996 -3.000 0.022 NA   NA
 5908449 5908450 HRM2_11330 HRM2_11340     TRUE 0.999 -3.000 0.158 NA   NA
 5908450 5908451 HRM2_11340 HRM2_11350     TRUE 0.986 12.000 0.068 1.000   NA
 5908451 5908452 HRM2_11350 HRM2_11360   gspK1 TRUE 0.997 1.000 0.034 0.045   NA
 5908452 5908453 HRM2_11360 HRM2_11370 gspK1 gspJ1 TRUE 0.999 6.000 0.417 1.000   NA
 5908453 5908454 HRM2_11370 HRM2_11380 gspJ1   TRUE 0.745 -52.000 0.000 NA   NA
 5908454 5908455 HRM2_11380 HRM2_11390     TRUE 0.859 -16.000 0.000 NA   NA
 5908455 5908456 HRM2_11390 HRM2_11400   gspG1 TRUE 0.676 -88.000 0.000 NA   NA
 5908459 5908460 HRM2_11430 HRM2_11440 dnaJ2 ptpS TRUE 0.841 46.000 0.005 1.000 N NA
 5908462 5908463 HRM2_11460 HRM2_11470 ftsE ftsX TRUE 0.999 15.000 0.431 1.000 Y NA
 5908463 5908464 HRM2_11470 HRM2_11480 ftsX   TRUE 0.997 -36.000 0.075 1.000 Y NA
 5908464 5908465 HRM2_11480 HRM2_11490   ctpA2 TRUE 1.000 2.000 0.408 0.015 N NA
 5908465 5908466 HRM2_11490 HRM2_11500 ctpA2   TRUE 0.966 72.000 0.210 1.000   NA
 5908471 5908472 HRM2_11550 HRM2_11560     FALSE 0.320 74.000 0.000 NA   NA
 5908473 5908474 HRM2_11570 HRM2_11580     TRUE 0.501 30.000 0.000 NA   NA
 5908474 5908475 HRM2_11580 HRM2_11590   hypC FALSE 0.142 130.000 0.000 NA   NA
 5908475 5908476 HRM2_11590 HRM2_11600 hypC hypF TRUE 0.909 118.000 0.046 NA Y NA
 5908476 5908477 HRM2_11600 HRM2_11610 hypF hypD TRUE 0.998 1.000 0.023 1.000 Y NA
 5908477 5908478 HRM2_11610 HRM2_11620 hypD hypE TRUE 0.950 190.000 0.353 1.000 Y NA
 5908479 5908480 HRM2_11630 HRM2_11640     TRUE 0.575 27.000 0.000 1.000   NA
 5908481 5908482 HRM2_11650 HRM2_11660 trxA1   FALSE 0.016 326.000 0.000 NA   NA
 5908483 5908484 HRM2_11670 HRM2_11680 hyaD1 hysA TRUE 0.986 81.000 0.214 1.000 Y NA
 5908484 5908485 HRM2_11680 HRM2_11690 hysA hysB TRUE 0.999 37.000 0.571 0.001 Y NA
 5908486 5908487 HRM2_11700 HRM2_11710 hyaD2 hdrA1 TRUE 0.625 101.000 0.000 1.000 Y NA
 5908487 5908488 HRM2_11710 HRM2_11720 hdrA1 mvhD2 TRUE 0.997 28.000 0.400 1.000 Y NA
 5908488 5908489 HRM2_11720 HRM2_11730 mvhD2 mvhG TRUE 0.990 0.000 0.000 1.000 Y NA
 5908489 5908490 HRM2_11730 HRM2_11740 mvhG mvhA TRUE 1.000 3.000 0.778 1.000 Y NA
 5908492 5908493 HRM2_11760 HRM2_11770     FALSE 0.013 357.000 0.000 NA   NA
 5908493 5908494 HRM2_11770 HRM2_11780     FALSE 0.005 801.000 0.000 NA   NA
 5908494 5908495 HRM2_11780 HRM2_11790     FALSE 0.030 253.000 0.000 NA   NA
 5908495 5908496 HRM2_11790 HRM2_11800     TRUE 0.562 24.000 0.000 NA   NA
 5908496 5908497 HRM2_11800 HRM2_11810     FALSE 0.019 320.000 0.000 1.000   NA
 5908497 5908498 HRM2_11810 HRM2_11820     FALSE 0.144 317.000 0.000 0.032 Y NA
 5908498 5908499 HRM2_11820 HRM2_11830     TRUE 0.799 52.000 0.000 1.000 Y NA
 5908499 5908500 HRM2_11830 HRM2_11840     TRUE 0.750 14.000 0.000 1.000   NA
 5908500 5908501 HRM2_11840 HRM2_11850   hdrA2 TRUE 0.648 20.000 0.000 1.000   NA
 5908501 5908502 HRM2_11850 HRM2_11860 hdrA2 mvhD3 TRUE 0.741 73.000 0.000 1.000 Y NA
 5908502 5908503 HRM2_11860 HRM2_11870 mvhD3 fdhB3 TRUE 0.850 -22.000 0.000 1.000   NA
 5908503 5908504 HRM2_11870 HRM2_11880 fdhB3 fdhA3 TRUE 0.832 18.000 0.000 0.004   NA
 5908504 5908505 HRM2_11880 HRM2_11890 fdhA3   FALSE 0.098 168.000 0.000 1.000   NA
 5908505 5908506 HRM2_11890 HRM2_11900     TRUE 0.925 16.000 0.000 1.000 Y NA
 5908506 5908507 HRM2_11900 HRM2_11910     TRUE 0.816 40.000 0.000 NA Y NA
 5908507 5908508 HRM2_11910 HRM2_11920   gloB FALSE 0.262 89.000 0.000 NA   NA
 5908511 5908512 HRM2_11950 HRM2_11960 acsM2   TRUE 1.000 -13.000 0.750 1.000   NA
 5908512 5908513 HRM2_11960 HRM2_11970   tatD2 FALSE 0.253 91.000 0.000 NA   NA
 5908513 5908514 HRM2_11970 HRM2_11980 tatD2 gpsA2 FALSE 0.311 71.000 0.000 NA N NA
 5908514 5908515 HRM2_11980 HRM2_11990 gpsA2   FALSE 0.009 457.000 0.000 NA   NA
 5908515 5908516 HRM2_11990 HRM2_12000     TRUE 1.000 0.000 0.714 NA   NA
 5908516 5908517 HRM2_12000 HRM2_12010     TRUE 0.797 11.000 0.000 1.000 N NA
 5908517 5908518 HRM2_12010 HRM2_12020     FALSE 0.013 380.000 0.000 1.000 N NA
 5908518 5908519 HRM2_12020 HRM2_12030     FALSE 0.253 91.000 0.000 NA   NA
 5908519 5908520 HRM2_12030 HRM2_12040     FALSE 0.019 302.000 0.000 NA   NA
 5908520 5908521 HRM2_12040 HRM2_12050     FALSE 0.072 180.000 0.000 NA   NA
 5908521 5908522 HRM2_12050 HRM2_12060     FALSE 0.012 381.000 0.000 NA   NA
 5908522 5908523 HRM2_12060 HRM2_12070     TRUE 0.553 29.000 0.000 1.000   NA
 5908523 5908524 HRM2_12070 HRM2_12080   atoS1 TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.072 Y NA
 5908524 5908525 HRM2_12080 HRM2_12090 atoS1   TRUE 1.000 -3.000 0.800 NA   NA
 5908525 5908526 HRM2_12090 HRM2_12100     TRUE 0.852 6.000 0.000 NA   NA
 5908526 5908527 HRM2_12100 HRM2_12110     TRUE 0.989 115.000 1.000 NA   NA
 5908529 5908530 HRM2_12130 HRM2_12140     TRUE 1.000 -7.000 0.616 1.000 Y NA
 5908530 5908531 HRM2_12140 HRM2_12150     FALSE 0.284 87.000 0.000 1.000 N NA
 5908531 5908532 HRM2_12150 HRM2_12160   leuA1 TRUE 0.777 62.000 0.000 1.000 Y NA
 5908535 5908536 HRM2_12190 HRM2_12200 dctP3 dctQ3 TRUE 0.999 -16.000 0.667 NA N NA
 5908536 5908537 HRM2_12200 HRM2_12210 dctQ3 dctM3 TRUE 0.999 12.000 1.000 NA N NA
 5908538 5908539 HRM2_12220 HRM2_12230     TRUE 0.888 4.000 0.000 NA   NA
 5908539 5908540 HRM2_12230 HRM2_12240     TRUE 0.999 3.000 0.067 0.012 Y NA
 5908540 5908541 HRM2_12240 HRM2_12250     TRUE 0.816 71.000 0.000 0.060 Y NA
 5908541 5908542 HRM2_12250 HRM2_12260   hisP TRUE 0.806 49.000 0.000 1.000 Y NA
 5908543 5908544 HRM2_12270 HRM2_12280 ispG proS TRUE 0.919 18.000 0.004 1.000 N NA
 5908544 5908545 HRM2_12280 HRM2_12290 proS relA TRUE 0.921 20.000 0.007 1.000 N NA
 5908546 5908547 HRM2_12300 HRM2_12310 rpmB   FALSE 0.385 162.000 0.003 1.000   NA
 5908547 5908548 HRM2_12310 HRM2_12320   trxB TRUE 0.799 81.000 0.013 1.000   NA
 5908548 5908549 HRM2_12320 HRM2_12330 trxB trxA2 TRUE 0.966 36.000 0.107 1.000   NA
 5908555 5908556 HRM2_12390 HRM2_12400 rpsA1 gap2 FALSE 0.387 62.000 0.000 1.000 N NA
 5908556 5908557 HRM2_12400 HRM2_12410 gap2   TRUE 0.985 10.000 0.042 1.000   NA
 5908557 5908558 HRM2_12410 HRM2_12420     FALSE 0.183 125.000 0.000 1.000   NA
 5908558 5908559 HRM2_12420 HRM2_12430     TRUE 0.888 4.000 0.000 NA   NA
 5908559 5908560 HRM2_12430 HRM2_12440     TRUE 1.000 3.000 0.674 NA   NA
 5908560 5908561 HRM2_12440 HRM2_12450   ltaE TRUE 0.682 18.000 0.000 1.000   NA
 5908561 5908562 HRM2_12450 HRM2_12460 ltaE putA1 TRUE 0.897 21.000 0.000 1.000 Y NA
 5908562 5908563 HRM2_12460 HRM2_12470 putA1 lldD TRUE 0.941 -6.000 0.000 1.000 N NA
 5908563 5908564 HRM2_12470 HRM2_12480 lldD   TRUE 0.845 62.000 0.000 0.040 Y NA
 5908565 5908566 HRM2_12490 HRM2_12500     TRUE 0.997 3.000 0.111 NA   NA
 5908567 5908568 HRM2_12510 HRM2_12520     FALSE 0.018 331.000 0.000 1.000   NA
 5908568 5908569 HRM2_12520 HRM2_12530   hmrR2 FALSE 0.270 129.000 0.000 0.049   NA
 5908569 5908570 HRM2_12530 HRM2_12540 hmrR2 xerD2 TRUE 0.936 -18.000 0.000 0.009   NA
 5908573 5908574 HRM2_12570 HRM2_12580 azlC   TRUE 0.999 -7.000 0.254 NA   NA
 5908578 5908579 HRM2_12620 HRM2_12630 mraZ mraW TRUE 0.995 31.000 0.635 NA   NA
 5908579 5908580 HRM2_12630 HRM2_12640 mraW   TRUE 0.998 5.000 0.227 1.000   NA
 5908580 5908581 HRM2_12640 HRM2_12650   ftsI TRUE 0.743 119.000 0.032 1.000   NA
 5908581 5908582 HRM2_12650 HRM2_12660 ftsI murE TRUE 0.999 4.000 0.107 1.000 Y NA
 5908582 5908583 HRM2_12660 HRM2_12670 murE murF TRUE 1.000 -3.000 0.099 0.002 Y NA
 5908583 5908584 HRM2_12670 HRM2_12680 murF mraY TRUE 1.000 4.000 0.309 0.005 Y NA
 5908584 5908585 HRM2_12680 HRM2_12690 mraY murD TRUE 1.000 11.000 0.647 0.005 Y NA
 5908585 5908586 HRM2_12690 HRM2_12700 murD ftsW TRUE 1.000 -3.000 0.297 0.002 N NA
 5908586 5908587 HRM2_12700 HRM2_12710 ftsW murG1 TRUE 0.997 -7.000 0.098 1.000 N NA
 5908587 5908588 HRM2_12710 HRM2_12720 murG1 murC TRUE 1.000 1.000 0.270 1.000 Y NA
 5908588 5908589 HRM2_12720 HRM2_12730 murC murB TRUE 0.999 9.000 0.136 0.005 Y NA
 5908589 5908590 HRM2_12730 HRM2_12740 murB ftsQ TRUE 0.921 65.000 0.070 NA   NA
 5908590 5908591 HRM2_12740 HRM2_12750 ftsQ ftsA TRUE 0.996 13.000 0.389 NA   NA
 5908591 5908592 HRM2_12750 HRM2_12760 ftsA ftsZ TRUE 0.998 20.000 0.460 1.000 Y NA
 5908592 5908593 HRM2_12760 HRM2_12770 ftsZ   TRUE 0.987 4.000 0.015 1.000 N NA
 5908593 5908594 HRM2_12770 HRM2_12780   trmH1 FALSE 0.284 87.000 0.000 1.000 N NA
 5908594 5908595 HRM2_12780 HRM2_12790 trmH1   FALSE 0.312 76.000 0.000 NA   NA
 5908596 5908597 HRM2_12800 HRM2_12810   sseA FALSE 0.094 159.000 0.000 NA   NA
 5908597 5908598 HRM2_12810 HRM2_12820 sseA   TRUE 0.486 36.000 0.000 1.000 N NA
 5908599 5908600 HRM2_12830 HRM2_12840     FALSE 0.055 199.000 0.000 NA   NA
 5908602 5908603 HRM2_12860 HRM2_12870     FALSE 0.035 234.000 0.000 NA   NA
 5908604 5908605 HRM2_12880 HRM2_12890     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 5908605 5908606 HRM2_12890 HRM2_12900   appF1 TRUE 0.956 11.000 0.000 1.000 Y NA
 5908606 5908607 HRM2_12900 HRM2_12910 appF1 appD TRUE 0.995 0.000 0.000 0.002 Y NA
 5908607 5908608 HRM2_12910 HRM2_12920 appD appC TRUE 1.000 -3.000 0.528 1.000 Y NA
 5908608 5908609 HRM2_12920 HRM2_12930 appC appB TRUE 1.000 4.000 0.694 0.049 Y NA
 5908609 5908610 HRM2_12930 HRM2_12940 appB appA TRUE 0.998 82.000 0.697 0.049 Y NA
 5908610 5908611 HRM2_12940 HRM2_12950 appA   FALSE 0.332 80.000 0.000 1.000   NA
 5908611 5908612 HRM2_12950 HRM2_12960     TRUE 0.713 16.000 0.000 1.000   NA
 5908612 5908613 HRM2_12960 HRM2_12970     FALSE 0.010 423.000 0.000 NA   NA
 5908614 5908615 HRM2_12980 HRM2_12990 lysM1   TRUE 0.948 24.000 0.034 1.000   NA
 5908620 5908621 HRM2_13040 HRM2_13050     TRUE 0.607 20.000 0.000 NA   NA
 5908621 5908622 HRM2_13050 HRM2_13060     FALSE 0.194 121.000 0.000 1.000   NA
 5908622 5908623 HRM2_13060 HRM2_13070     TRUE 0.974 22.000 0.083 1.000   NA
 5908623 5908624 HRM2_13070 HRM2_13080     FALSE 0.317 75.000 0.000 NA   NA
 5908624 5908625 HRM2_13080 HRM2_13090     TRUE 0.994 7.000 0.111 NA   NA
 5908625 5908626 HRM2_13090 HRM2_13100     TRUE 0.489 32.000 0.000 NA   NA
 5908626 5908627 HRM2_13100 HRM2_13110     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908627 5908628 HRM2_13110 HRM2_13120     TRUE 0.998 -3.000 0.069 NA   NA
 5908628 5908629 HRM2_13120 HRM2_13130     TRUE 0.981 42.000 0.276 NA   NA
 5908629 5908630 HRM2_13130 HRM2_13140     TRUE 0.996 13.000 0.385 NA   NA
 5908630 5908631 HRM2_13140 HRM2_13150     TRUE 1.000 -3.000 0.500 NA   NA
 5908631 5908632 HRM2_13150 HRM2_13160     TRUE 0.993 26.000 0.444 NA   NA
 5908632 5908633 HRM2_13160 HRM2_13170     TRUE 0.550 25.000 0.000 NA   NA
 5908633 5908634 HRM2_13170 HRM2_13180     TRUE 0.797 22.000 0.000 0.003   NA
 5908634 5908635 HRM2_13180 HRM2_13190     TRUE 0.989 100.000 0.800 NA   NA
 5908635 5908636 HRM2_13190 HRM2_13200     TRUE 0.985 24.000 0.200 NA   NA
 5908636 5908637 HRM2_13200 HRM2_13210     TRUE 0.941 87.000 0.167 NA   NA
 5908637 5908638 HRM2_13210 HRM2_13220     FALSE 0.032 245.000 0.000 NA   NA
 5908638 5908639 HRM2_13220 HRM2_13230   ddlB1 TRUE 0.930 42.000 0.050 1.000 N NA
 5908639 5908640 HRM2_13230 HRM2_13240 ddlB1 ddlB2 TRUE 1.000 -3.000 0.200 0.001 Y NA
 5908640 5908641 HRM2_13240 HRM2_13250 ddlB2 kamA2 TRUE 0.968 101.000 0.400 1.000 N NA
 5908641 5908642 HRM2_13250 HRM2_13260 kamA2   FALSE 0.017 321.000 0.000 1.000 N NA
 5908642 5908643 HRM2_13260 HRM2_13270     FALSE 0.177 115.000 0.000 NA   NA
 5908644 5908645 HRM2_13280 HRM2_13290 sulP1   TRUE 0.695 15.000 0.000 NA   NA
 5908645 5908646 HRM2_13290 HRM2_13300     FALSE 0.005 716.000 0.000 NA   NA
 5908647 5908648 HRM2_13310 HRM2_13320 atpG atpA1 TRUE 0.999 -34.000 0.152 0.004 Y NA
 5908648 5908649 HRM2_13320 HRM2_13330 atpA1 atpF1 TRUE 1.000 -6.000 0.697 0.004 Y NA
 5908649 5908650 HRM2_13330 HRM2_13340 atpF1 atpE1 TRUE 1.000 0.000 0.727 0.004 Y NA
 5908650 5908651 HRM2_13340 HRM2_13350 atpE1 atpB1 TRUE 0.993 -7.000 0.000 0.004 Y NA
 5908651 5908652 HRM2_13350 HRM2_13360 atpB1   TRUE 0.999 -34.000 0.767 NA   NA
 5908652 5908653 HRM2_13360 HRM2_13370   atpI1 TRUE 0.999 3.000 0.491 NA   NA
 5908653 5908654 HRM2_13370 HRM2_13380 atpI1 atpC1 TRUE 1.000 -3.000 0.671 0.004   NA
 5908654 5908655 HRM2_13380 HRM2_13390 atpC1 atpD1 TRUE 1.000 -10.000 0.443 0.004 Y NA
 5908655 5908656 HRM2_13390 HRM2_13400 atpD1   FALSE 0.160 132.000 0.000 1.000   NA
 5908656 5908657 HRM2_13400 HRM2_13410     FALSE 0.324 82.000 0.000 1.000   NA
 5908657 5908658 HRM2_13410 HRM2_13420     FALSE 0.013 370.000 0.000 NA   NA
 5908659 5908660 HRM2_13430 HRM2_13440 fbp2   TRUE 1.000 -3.000 0.273 1.000 Y NA
 5908660 5908661 HRM2_13440 HRM2_13450     TRUE 1.000 -9.000 0.857 1.000 Y NA
 5908661 5908662 HRM2_13450 HRM2_13460     TRUE 0.753 13.000 0.000 1.000 N NA
 5908662 5908663 HRM2_13460 HRM2_13470     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908663 5908664 HRM2_13470 HRM2_13480     TRUE 0.999 12.000 1.000 NA   NA
 5908664 5908665 HRM2_13480 HRM2_13490     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908668 5908669 HRM2_13520 HRM2_13530     TRUE 0.562 24.000 0.000 NA   NA
 5908669 5908670 HRM2_13530 HRM2_13540     FALSE 0.372 61.000 0.000 NA   NA
 5908670 5908671 HRM2_13540 HRM2_13550     TRUE 0.947 0.000 0.000 1.000 N NA
 5908671 5908672 HRM2_13550 HRM2_13560   hom TRUE 0.965 28.000 0.006 1.000 Y NA
 5908673 5908674 HRM2_13570 HRM2_13580 purM   TRUE 0.640 19.000 0.000 1.000 N NA
 5908677 5908678 HRM2_13610 HRM2_13620     TRUE 0.932 1.000 0.000 NA   NA
 5908678 5908679 HRM2_13620 HRM2_13630   fucA TRUE 0.626 -214.000 0.000 NA   NA
 5908685 5908686 HRM2_13690 HRM2_13700     FALSE 0.274 86.000 0.000 NA   NA
 5908687 5908688 HRM2_13710 HRM2_13720     TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.038 Y NA
 5908688 5908689 HRM2_13720 HRM2_13730   mae FALSE 0.158 128.000 0.000 1.000 N NA
 5908689 5908690 HRM2_13730 HRM2_13740 mae potA2 FALSE 0.092 166.000 0.000 1.000 N NA
 5908690 5908691 HRM2_13740 HRM2_13750 potA2 potB2 TRUE 1.000 -7.000 0.789 1.000 Y NA
 5908691 5908692 HRM2_13750 HRM2_13760 potB2 potC2 TRUE 1.000 -3.000 0.286 0.048 Y NA
 5908692 5908693 HRM2_13760 HRM2_13770 potC2 potD1 TRUE 0.999 -3.000 0.047 0.048 Y NA
 5908693 5908694 HRM2_13770 HRM2_13780 potD1 gspE2 TRUE 0.832 14.000 0.000 0.059 N NA
 5908694 5908695 HRM2_13780 HRM2_13790 gspE2   FALSE 0.014 345.000 0.000 NA   NA
 5908695 5908696 HRM2_13790 HRM2_13800     TRUE 1.000 -7.000 0.805 NA   NA
 5908698 5908699 HRM2_13820 HRM2_13830     TRUE 0.942 180.000 0.667 NA   NA
 5908699 5908700 HRM2_13830 HRM2_13840     TRUE 1.000 -10.000 0.734 NA   NA
 5908700 5908701 HRM2_13840 HRM2_13850   rhdA FALSE 0.084 159.000 0.000 NA N NA
 5908705 5908706 HRM2_13890 HRM2_13900     TRUE 0.715 14.000 0.000 NA   NA
 5908708 5908709 HRM2_13920 HRM2_13930     FALSE 0.245 93.000 0.000 NA   NA
 5908710 5908711 HRM2_13940 HRM2_13950     FALSE 0.312 76.000 0.000 NA   NA
 5908711 5908712 HRM2_13950 HRM2_13960     TRUE 0.916 126.000 0.250 NA   NA
 5908713 5908714 HRM2_13970 HRM2_13980     FALSE 0.119 276.000 0.000 NA Y NA
 5908714 5908715 HRM2_13980 HRM2_13990     TRUE 0.991 -3.000 0.000 NA Y NA
 5908715 5908716 HRM2_13990 HRM2_14000     FALSE 0.008 451.000 0.000 NA N NA
 5908716 5908717 HRM2_14000 HRM2_14010     TRUE 0.999 13.000 0.444 NA Y NA
 5908717 5908718 HRM2_14010 HRM2_14020     TRUE 0.999 0.000 0.138 0.001   NA
 5908718 5908719 HRM2_14020 HRM2_14030     FALSE 0.015 369.000 0.000 1.000   NA
 5908720 5908721 HRM2_14040 HRM2_14050 glnP2 glnQ2 TRUE 0.998 33.000 0.643 1.000 Y NA
 5908721 5908722 HRM2_14050 HRM2_14060 glnQ2 glnP3 TRUE 1.000 8.000 0.600 1.000 Y NA
 5908722 5908723 HRM2_14060 HRM2_14070 glnP3 glnH1 TRUE 0.587 132.000 0.000 0.048 Y NA
 5908723 5908724 HRM2_14070 HRM2_14080 glnH1   FALSE 0.026 267.000 0.000 NA   NA
 5908725 5908726 HRM2_14090 HRM2_14100 glpC   FALSE 0.014 323.000 0.000 NA N NA
 5908727 5908728 HRM2_14110 HRM2_14120 potD2 potC3 TRUE 0.967 54.000 0.013 0.048 Y NA
 5908728 5908729 HRM2_14120 HRM2_14130 potC3 potB3 TRUE 0.999 -3.000 0.027 0.048 Y NA
 5908729 5908730 HRM2_14130 HRM2_14140 potB3 potA3 TRUE 1.000 -7.000 0.545 0.048 Y NA
 5908730 5908731 HRM2_14140 HRM2_14150 potA3   FALSE 0.353 71.000 0.000 1.000 N NA
 5908731 5908732 HRM2_14150 HRM2_14160     TRUE 0.999 47.000 0.667 0.035 Y NA
 5908732 5908733 HRM2_14160 HRM2_14170     FALSE 0.243 158.000 0.000 0.001   NA
 5908734 5908735 HRM2_14180 HRM2_14190   hemE FALSE 0.031 256.000 0.000 1.000 N NA
 5908735 5908736 HRM2_14190 HRM2_14200 hemE   TRUE 0.479 44.000 0.000 1.000   NA
 5908736 5908737 HRM2_14200 HRM2_14210     TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000   NA
 5908738 5908739 HRM2_14220 HRM2_14230     TRUE 0.978 -3.000 0.000 0.039 N NA
 5908739 5908740 HRM2_14230 HRM2_14240     FALSE 0.007 579.000 0.000 1.000 N NA
 5908740 5908741 HRM2_14240 HRM2_14250     FALSE 0.329 76.000 0.000 1.000 N NA
 5908741 5908742 HRM2_14250 HRM2_14260     FALSE 0.078 179.000 0.000 1.000 N NA
 5908743 5908744 HRM2_14270 HRM2_14280 moaA1   TRUE 0.895 4.000 0.000 1.000 N NA
 5908744 5908745 HRM2_14280 HRM2_14290     TRUE 0.995 -3.000 0.000 0.038 Y NA
 5908745 5908746 HRM2_14290 HRM2_14300     FALSE 0.007 485.000 0.000 NA N NA
 5908746 5908747 HRM2_14300 HRM2_14310   aor4 TRUE 1.000 3.000 0.500 NA Y NA
 5908747 5908748 HRM2_14310 HRM2_14320 aor4 fdx5 TRUE 0.601 101.000 0.000 NA Y NA
 5908748 5908749 HRM2_14320 HRM2_14330 fdx5 hdrA3 TRUE 0.989 0.000 0.000 NA Y NA
 5908749 5908750 HRM2_14330 HRM2_14340 hdrA3 hdrA3' TRUE 0.988 -13.000 0.000 0.002 Y NA
 5908750 5908751 HRM2_14340 HRM2_14350 hdrA3' mvhD4 TRUE 0.992 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5908751 5908752 HRM2_14350 HRM2_14360 mvhD4 fdhB4 TRUE 0.923 3.000 0.000 1.000   NA
 5908752 5908753 HRM2_14360 HRM2_14370 fdhB4 fdhA4 TRUE 0.885 -55.000 0.000 0.004   NA
 5908753 5908754 HRM2_14370 HRM2_14380 fdhA4   TRUE 0.862 -19.000 0.000 1.000   NA
 5908754 5908755 HRM2_14380 HRM2_14390     FALSE 0.365 63.000 0.000 NA   NA
 5908755 5908756 HRM2_14390 HRM2_14400   aor5 TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908759 5908760 HRM2_14430 HRM2_14440     FALSE 0.056 208.000 0.000 1.000   NA
 5908760 5908761 HRM2_14440 HRM2_14450     FALSE 0.048 297.000 0.000 0.032   NA
 5908761 5908762 HRM2_14450 HRM2_14460     FALSE 0.012 371.000 0.000 NA   NA
 5908762 5908763 HRM2_14460 HRM2_14470   lolD1 TRUE 0.819 9.000 0.000 NA   NA
 5908763 5908764 HRM2_14470 HRM2_14480 lolD1   TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5908764 5908765 HRM2_14480 HRM2_14490     FALSE 0.108 141.000 0.000 NA N NA
 5908767 5908768 HRM2_14510 HRM2_14520     FALSE 0.013 370.000 0.000 NA   NA
 5908768 5908769 HRM2_14520 HRM2_14530   cydB1 FALSE 0.172 128.000 0.000 1.000   NA
 5908769 5908770 HRM2_14530 HRM2_14540 cydB1 cydA1 TRUE 0.999 -7.000 0.095 0.058 Y NA
 5908771 5908772 HRM2_14550 HRM2_14560   aroB2 TRUE 0.899 3.000 0.000 NA N NA
 5908775 5908776 HRM2_14590 HRM2_14600     TRUE 0.622 19.000 0.000 NA   NA
 5908776 5908777 HRM2_14600 HRM2_14610     TRUE 0.998 -3.000 0.083 NA   NA
 5908777 5908778 HRM2_14610 HRM2_14620     TRUE 0.765 12.000 0.000 NA   NA
 5908778 5908779 HRM2_14620 HRM2_14630     TRUE 0.550 25.000 0.000 NA   NA
 5908781 5908782 HRM2_14650 HRM2_14660 dbp   TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 5908783 5908784 HRM2_14670 HRM2_14680   hsdR1 TRUE 0.496 34.000 0.000 1.000 N NA
 5908784 5908785 HRM2_14680 HRM2_14690 hsdR1 hsdM1 TRUE 0.988 63.000 0.112 0.048 Y NA
 5908785 5908786 HRM2_14690 HRM2_14700 hsdM1 hsdS1 TRUE 0.999 -3.000 0.061 0.048 Y NA
 5908786 5908787 HRM2_14700 HRM2_14710 hsdS1   TRUE 0.932 1.000 0.000 NA   NA
 5908787 5908788 HRM2_14710 HRM2_14720     TRUE 1.000 0.000 0.500 NA   NA
 5908788 5908789 HRM2_14720 HRM2_14730     FALSE 0.040 224.000 0.000 NA   NA
 5908789 5908790 HRM2_14730 HRM2_14740     FALSE 0.015 329.000 0.000 NA   NA
 5908790 5908791 HRM2_14740 HRM2_14750     TRUE 0.932 1.000 0.000 NA   NA
 5908791 5908792 HRM2_14750 HRM2_14760     TRUE 0.999 3.000 0.333 1.000   NA
 5908792 5908793 HRM2_14760 HRM2_14770     TRUE 0.998 9.000 0.375 1.000   NA
 5908793 5908794 HRM2_14770 HRM2_14780     TRUE 0.999 -16.000 0.750 NA   NA
 5908794 5908795 HRM2_14780 HRM2_14790     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 5908795 5908796 HRM2_14790 HRM2_14800     FALSE 0.303 78.000 0.000 NA   NA
 5908796 5908797 HRM2_14800 HRM2_14810     FALSE 0.012 383.000 0.000 NA   NA
 5908797 5908798 HRM2_14810 HRM2_14820     TRUE 0.519 28.000 0.000 NA   NA
 5908799 5908800 HRM2_14830 HRM2_14840     TRUE 0.999 -3.000 0.118 NA   NA
 5908800 5908801 HRM2_14840 HRM2_14850     FALSE 0.113 145.000 0.000 NA   NA
 5908802 5908803 HRM2_14860 HRM2_14870   fdx6 FALSE 0.068 184.000 0.000 NA   NA
 5908803 5908804 HRM2_14870 HRM2_14880 fdx6   TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 5908804 5908805 HRM2_14880 HRM2_14890     FALSE 0.401 52.000 0.000 NA   NA
 5908805 5908806 HRM2_14890 HRM2_14900     TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 5908806 5908807 HRM2_14900 HRM2_14910     FALSE 0.375 65.000 0.000 1.000 N NA
 5908807 5908808 HRM2_14910 HRM2_14920     FALSE 0.012 376.000 0.000 NA   NA
 5908808 5908809 HRM2_14920 HRM2_14930     FALSE 0.280 84.000 0.000 NA   NA
 5908809 5908810 HRM2_14930 HRM2_14940     FALSE 0.168 121.000 0.000 NA   NA
 5908811 5908812 HRM2_14950 HRM2_14960 hemN1   TRUE 0.691 16.000 0.000 1.000 N NA
 5908812 5908813 HRM2_14960 HRM2_14970     FALSE 0.303 121.000 0.000 0.039 N NA
 5908814 5908815 HRM2_14980 HRM2_14990     FALSE 0.028 262.000 0.000 NA   NA
 5908815 5908816 HRM2_14990 HRM2_15000     FALSE 0.052 202.000 0.000 NA   NA
 5908816 5908817 HRM2_15000 HRM2_15010     TRUE 0.439 43.000 0.000 NA   NA
 5908817 5908818 HRM2_15010 HRM2_15020     TRUE 0.999 -7.000 0.396 NA   NA
 5908818 5908819 HRM2_15020 HRM2_15030     TRUE 0.998 -3.000 0.104 NA   NA
 5908819 5908820 HRM2_15030 HRM2_15040     FALSE 0.048 207.000 0.000 NA   NA
 5908821 5908822 HRM2_15050 HRM2_15060 zntA   FALSE 0.126 149.000 0.000 1.000   NA
 5908822 5908823 HRM2_15060 HRM2_15070     TRUE 0.932 1.000 0.000 NA   NA
 5908823 5908824 HRM2_15070 HRM2_15080     TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 5908824 5908825 HRM2_15080 HRM2_15090     FALSE 0.392 55.000 0.000 NA   NA
 5908825 5908826 HRM2_15090 HRM2_15100   fixO TRUE 0.894 29.000 0.010 NA   NA
 5908826 5908827 HRM2_15100 HRM2_15110 fixO fixN TRUE 1.000 -3.000 0.600 0.000 N NA
 5908827 5908828 HRM2_15110 HRM2_15120 fixN   TRUE 0.828 98.000 0.051 NA   NA
 5908828 5908829 HRM2_15120 HRM2_15130   mopC TRUE 0.994 -9.000 0.051 NA   NA
 5908829 5908830 HRM2_15130 HRM2_15140 mopC   TRUE 0.996 -3.000 0.028 NA   NA
 5908830 5908831 HRM2_15140 HRM2_15150   mopB TRUE 0.997 4.000 0.182 NA   NA
 5908831 5908832 HRM2_15150 HRM2_15160 mopB mopA TRUE 0.906 250.000 0.400 NA Y NA
 5908832 5908833 HRM2_15160 HRM2_15170 mopA ubiE4 FALSE 0.057 200.000 0.000 1.000 N NA
 5908833 5908834 HRM2_15170 HRM2_15180 ubiE4 ubiB1 FALSE 0.283 83.000 0.000 NA   NA
 5908834 5908835 HRM2_15180 HRM2_15190 ubiB1   TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908837 5908838 HRM2_15210 HRM2_15220     FALSE 0.007 563.000 0.000 NA   NA
 5908839 5908840 HRM2_15230 HRM2_15240   bioB2 FALSE 0.018 312.000 0.000 NA   NA
 5908841 5908842 HRM2_15250 HRM2_15260 acd5   TRUE 0.594 21.000 0.000 NA   NA
 5908842 5908843 HRM2_15260 HRM2_15270     FALSE 0.243 94.000 0.000 NA   NA
 5908844 5908845 HRM2_15280 HRM2_15290     TRUE 0.502 435.000 0.400 1.000 N NA
 5908845 5908846 HRM2_15290 HRM2_15300     TRUE 0.987 143.000 0.600 1.000 Y NA
 5908846 5908847 HRM2_15300 HRM2_15310     TRUE 0.994 105.000 0.500 0.058 Y NA
 5908847 5908848 HRM2_15310 HRM2_15320     TRUE 1.000 3.000 0.667 0.011 Y NA
 5908848 5908849 HRM2_15320 HRM2_15330   glnQ3 TRUE 0.998 19.000 0.333 1.000 Y NA
 5908849 5908850 HRM2_15330 HRM2_15340 glnQ3 dcyD1 TRUE 0.897 21.000 0.000 1.000 Y NA
 5908851 5908852 HRM2_15350 HRM2_15360   mrcB TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000   NA
 5908852 5908853 HRM2_15360 HRM2_15370 mrcB thiE FALSE 0.081 174.000 0.000 1.000 N NA
 5908853 5908854 HRM2_15370 HRM2_15380 thiE   FALSE 0.124 139.000 0.000 NA   NA
 5908855 5908856 HRM2_15390 HRM2_15400     FALSE 0.096 156.000 0.000 NA   NA
 5908859 5908860 HRM2_15430 HRM2_15440     TRUE 1.000 -16.000 1.000 0.037 Y NA
 5908860 5908861 HRM2_15440 HRM2_15450   adh6 TRUE 0.999 0.000 0.214 1.000 N NA
 5908862 5908863 HRM2_15460 HRM2_15470   clcA FALSE 0.009 939.000 0.000 0.095   NA
 5908863 5908864 HRM2_15470 HRM2_15480 clcA gap3 TRUE 0.813 11.000 0.000 1.000   NA
 5908864 5908865 HRM2_15480 HRM2_15490 gap3 gpmA1 TRUE 0.893 -49.000 0.000 0.004   NA
 5908865 5908866 HRM2_15490 HRM2_15500 gpmA1 pdxK FALSE 0.091 167.000 0.000 1.000 N NA
 5908866 5908867 HRM2_15500 HRM2_15510 pdxK   FALSE 0.239 95.000 0.000 NA   NA
 5908867 5908868 HRM2_15510 HRM2_15520     TRUE 0.765 12.000 0.000 NA   NA
 5908869 5908870 HRM2_15530 HRM2_15540 mscC2   FALSE 0.362 69.000 0.000 1.000 N NA
 5908871 5908872 HRM2_15550 HRM2_15560     FALSE 0.008 496.000 0.000 NA   NA
 5908872 5908873 HRM2_15560 HRM2_15570     FALSE 0.004 1150.000 0.000 NA   NA
 5908873 5908874 HRM2_15570 HRM2_15580     TRUE 0.960 -7.000 0.000 0.095 N NA
 5908874 5908875 HRM2_15580 HRM2_15590     TRUE 0.998 13.000 0.545 1.000   NA
 5908875 5908876 HRM2_15590 HRM2_15600     TRUE 1.000 -7.000 0.547 1.000   NA
 5908876 5908877 HRM2_15600 HRM2_15610     TRUE 1.000 0.000 0.609 0.003 N NA
 5908877 5908878 HRM2_15610 HRM2_15620   dcyD2 FALSE 0.012 397.000 0.000 1.000 N NA
 5908878 5908879 HRM2_15620 HRM2_15630 dcyD2   FALSE 0.007 557.000 0.000 1.000 N NA
 5908880 5908881 HRM2_15640 HRM2_15650     TRUE 0.998 -54.000 0.095 0.003 Y NA
 5908881 5908882 HRM2_15650 HRM2_15660     TRUE 0.994 7.000 0.095 1.000   NA
 5908882 5908883 HRM2_15660 HRM2_15670     TRUE 0.864 7.000 0.000 1.000   NA
 5908883 5908884 HRM2_15670 HRM2_15680     FALSE 0.025 275.000 0.000 NA   NA
 5908884 5908885 HRM2_15680 HRM2_15690     TRUE 0.695 15.000 0.000 NA   NA
 5908885 5908886 HRM2_15690 HRM2_15700     TRUE 0.836 69.000 0.000 0.031 Y NA
 5908886 5908887 HRM2_15700 HRM2_15710     TRUE 0.981 -3.000 0.000 0.021   NA
 5908887 5908888 HRM2_15710 HRM2_15720   pstS4 TRUE 0.765 12.000 0.000 NA   NA
 5908888 5908889 HRM2_15720 HRM2_15730 pstS4   TRUE 0.522 25.000 0.000 NA N NA
 5908889 5908890 HRM2_15730 HRM2_15740     FALSE 0.380 59.000 0.000 NA   NA
 5908890 5908891 HRM2_15740 HRM2_15750     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908891 5908892 HRM2_15750 HRM2_15760     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908892 5908893 HRM2_15760 HRM2_15770     TRUE 1.000 -19.000 1.000 NA Y NA
 5908893 5908894 HRM2_15770 HRM2_15780     TRUE 0.842 67.000 0.021 NA N NA
 5908894 5908895 HRM2_15780 HRM2_15790     FALSE 0.054 194.000 0.000 NA N NA
 5908896 5908897 HRM2_15800 HRM2_15810     TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5908897 5908898 HRM2_15810 HRM2_15820     TRUE 0.940 105.000 0.250 1.000 N NA
 5908898 5908899 HRM2_15820 HRM2_15830     TRUE 1.000 -10.000 0.667 0.047 N NA
 5908899 5908900 HRM2_15830 HRM2_15840     FALSE 0.008 470.000 0.000 NA   NA
 5908900 5908901 HRM2_15840 HRM2_15850     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5908902 5908903 HRM2_15860 HRM2_15870     FALSE 0.109 152.000 0.000 1.000 N NA
 5908903 5908904 HRM2_15870 HRM2_15880     TRUE 0.881 -13.000 0.000 NA   NA
 5908905 5908906 HRM2_15890 HRM2_15900     FALSE 0.021 292.000 0.000 NA   NA
 5908906 5908907 HRM2_15900 HRM2_15910   mttB5 FALSE 0.113 156.000 0.000 1.000   NA
 5908907 5908908 HRM2_15910 HRM2_15920 mttB5   FALSE 0.275 79.000 0.000 NA N NA
 5908908 5908909 HRM2_15920 HRM2_15930   mttB6 FALSE 0.288 76.000 0.000 NA N NA
 5908910 5908911 HRM2_15940 HRM2_15950   norV FALSE 0.310 80.000 0.000 1.000 N NA
 5908912 5908913 HRM2_15960 HRM2_15970   ach1 FALSE 0.294 80.000 0.000 NA   NA
 5908915 5908916 HRM2_15990 HRM2_16000   trpD1 TRUE 0.473 35.000 0.000 NA   NA
 5908916 5908917 HRM2_16000 HRM2_16010 trpD1   TRUE 0.550 25.000 0.000 NA   NA
 5908917 5908918 HRM2_16010 HRM2_16020   cobT2 TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5908919 5908920 HRM2_16030 HRM2_16040     TRUE 0.581 22.000 0.000 NA   NA
 5908921 5908922 HRM2_16050 HRM2_16060   cat1 FALSE 0.008 479.000 0.000 NA   NA
 5908922 5908923 HRM2_16060 HRM2_16070 cat1 acd6 FALSE 0.370 67.000 0.000 1.000 N NA
 5908923 5908924 HRM2_16070 HRM2_16080 acd6 hbd1 TRUE 0.837 37.000 0.000 1.000 Y NA
 5908924 5908925 HRM2_16080 HRM2_16090 hbd1   FALSE 0.106 154.000 0.000 1.000 N NA
 5908925 5908926 HRM2_16090 HRM2_16100     FALSE 0.005 719.000 0.000 NA N NA
 5908926 5908927 HRM2_16100 HRM2_16110     TRUE 0.990 73.000 0.667 NA   NA
 5908927 5908928 HRM2_16110 HRM2_16120     TRUE 0.477 34.000 0.000 NA   NA
 5908928 5908929 HRM2_16120 HRM2_16130     FALSE 0.355 66.000 0.000 NA   NA
 5908930 5908931 HRM2_16140 HRM2_16150     TRUE 0.954 77.000 0.182 NA   NA
 5908933 5908934 HRM2_16170 HRM2_16180     TRUE 0.992 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5908934 5908935 HRM2_16180 HRM2_16190     TRUE 1.000 11.000 0.750 1.000 Y NA
 5908935 5908936 HRM2_16190 HRM2_16200     TRUE 0.916 7.000 0.000 0.047 N NA
 5908937 5908938 HRM2_16210 HRM2_16220   phnD FALSE 0.231 97.000 0.000 NA   NA
 5908938 5908939 HRM2_16220 HRM2_16230 phnD   TRUE 1.000 4.000 0.867 NA N NA
 5908939 5908940 HRM2_16230 HRM2_16240     TRUE 0.981 96.000 0.400 0.037   NA
 5908941 5908942 HRM2_16250 HRM2_16260   ppsA4 TRUE 0.731 15.000 0.000 1.000   NA
 5908943 5908944 HRM2_16270 HRM2_16280     FALSE 0.025 381.000 0.000 0.058   NA
 5908944 5908945 HRM2_16280 HRM2_16290     TRUE 0.997 65.000 0.500 0.095 Y NA
 5908945 5908946 HRM2_16290 HRM2_16300     TRUE 1.000 -3.000 0.929 1.000 N NA
 5908946 5908947 HRM2_16300 HRM2_16310     TRUE 1.000 -3.000 0.459 1.000 Y NA
 5908947 5908948 HRM2_16310 HRM2_16320     TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 5908949 5908950 HRM2_16330 HRM2_16340 trkA2 trkB TRUE 1.000 -3.000 0.270 0.004 Y NA
 5908950 5908951 HRM2_16340 HRM2_16350 trkB lysM2 TRUE 0.698 17.000 0.000 1.000   NA
 5908952 5908953 HRM2_16360 HRM2_16370   motA1 TRUE 0.929 2.000 0.000 1.000 N NA
 5908953 5908954 HRM2_16370 HRM2_16380 motA1 motB1 TRUE 0.819 45.000 0.000 1.000 Y NA
 5908954 5908955 HRM2_16380 HRM2_16390 motB1 ptsN1 TRUE 0.439 47.000 0.000 1.000 N NA
 5908955 5908956 HRM2_16390 HRM2_16400 ptsN1 eriC1 TRUE 0.990 10.000 0.077 1.000 N NA
 5908956 5908957 HRM2_16400 HRM2_16410 eriC1 uspA12 TRUE 0.819 9.000 0.000 NA   NA
 5908958 5908959 HRM2_16420 HRM2_16430   kamA3 FALSE 0.044 221.000 0.000 1.000 N NA
 5908959 5908960 HRM2_16430 HRM2_16440 kamA3   FALSE 0.047 209.000 0.000 NA   NA
 5908960 5908961 HRM2_16440 HRM2_16450   recR TRUE 0.982 -10.000 0.003 NA   NA
 5908961 5908962 HRM2_16450 HRM2_16460 recR   TRUE 0.999 6.000 0.604 NA   NA
 5908962 5908963 HRM2_16460 HRM2_16470   dnaX TRUE 0.998 6.000 0.411 NA   NA
 5908963 5908964 HRM2_16470 HRM2_16480 dnaX   TRUE 0.519 28.000 0.000 NA   NA
 5908964 5908965 HRM2_16480 HRM2_16490     TRUE 0.594 21.000 0.000 NA   NA
 5908965 5908966 HRM2_16490 HRM2_16500     TRUE 0.918 26.000 0.016 NA   NA
 5908966 5908967 HRM2_16500 HRM2_16510   acsM3 FALSE 0.345 69.000 0.000 NA   NA
 5908967 5908968 HRM2_16510 HRM2_16520 acsM3   TRUE 0.507 37.000 0.000 1.000   NA
 5908968 5908969 HRM2_16520 HRM2_16530     TRUE 0.829 10.000 0.000 1.000   NA
 5908969 5908970 HRM2_16530 HRM2_16540     TRUE 0.995 4.000 0.087 1.000   NA
 5908970 5908971 HRM2_16540 HRM2_16550     FALSE 0.328 81.000 0.000 1.000   NA
 5908971 5908972 HRM2_16550 HRM2_16560   rsbW2 TRUE 1.000 -3.000 0.825 NA   NA
 5908972 5908973 HRM2_16560 HRM2_16570 rsbW2   TRUE 0.739 13.000 0.000 NA   NA
 5908974 5908975 HRM2_16580 HRM2_16590   nuoE FALSE 0.223 108.000 0.000 1.000   NA
 5908975 5908976 HRM2_16590 HRM2_16600 nuoE nuoF TRUE 0.994 22.000 0.073 0.004 Y NA
 5908976 5908977 HRM2_16600 HRM2_16610 nuoF   FALSE 0.340 70.000 0.000 NA   NA
 5908978 5908979 HRM2_16620 HRM2_16630 cooC   TRUE 0.562 24.000 0.000 NA   NA
 5908979 5908980 HRM2_16630 HRM2_16640   metH3 FALSE 0.087 165.000 0.000 NA   NA
 5908980 5908981 HRM2_16640 HRM2_16650 metH3 cdhE FALSE 0.280 93.000 0.000 1.000   NA
 5908981 5908982 HRM2_16650 HRM2_16660 cdhE cdhC TRUE 0.996 91.000 0.474 0.002 Y NA
 5908982 5908983 HRM2_16660 HRM2_16670 cdhC cdhA TRUE 0.995 70.000 0.263 0.002 Y NA
 5908983 5908984 HRM2_16670 HRM2_16680 cdhA   FALSE 0.349 68.000 0.000 NA   NA
 5908984 5908985 HRM2_16680 HRM2_16690   cdhD TRUE 0.642 18.000 0.000 NA   NA
 5908987 5908988 HRM2_16710 HRM2_16720 folD fchA TRUE 0.991 14.000 0.082 0.000 N NA
 5908989 5908990 HRM2_16730 HRM2_16740 metF1   TRUE 0.612 21.000 0.000 1.000 N NA
 5908990 5908991 HRM2_16740 HRM2_16750     TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5908991 5908992 HRM2_16750 HRM2_16760   acsF TRUE 0.483 33.000 0.000 NA   NA
 5908992 5908993 HRM2_16760 HRM2_16770 acsF sucD3 TRUE 0.931 -7.000 0.000 1.000 N NA
 5908993 5908994 HRM2_16770 HRM2_16780 sucD3   FALSE 0.045 213.000 0.000 NA   NA
 5908994 5908995 HRM2_16780 HRM2_16790   ispE TRUE 0.994 -3.000 0.011 NA   NA
 5908995 5908996 HRM2_16790 HRM2_16800 ispE   TRUE 0.715 14.000 0.000 NA   NA
 5908996 5908997 HRM2_16800 HRM2_16810   prsA2 FALSE 0.174 118.000 0.000 NA   NA
 5908997 5908998 HRM2_16810 HRM2_16820 prsA2 rplY TRUE 0.925 51.000 0.056 1.000 N NA
 5908998 5908999 HRM2_16820 HRM2_16830 rplY pth TRUE 1.000 10.000 0.496 0.015 Y NA
 5908999 5909000 HRM2_16830 HRM2_16840 pth   FALSE 0.347 195.000 0.010 1.000 N NA
 5909000 5909001 HRM2_16840 HRM2_16850   rluD1 TRUE 0.637 105.000 0.005 1.000 N NA
 5909003 5909004 HRM2_16870 HRM2_16880 fdhA5 putA2 FALSE 0.162 131.000 0.000 1.000   NA
 5909006 5909007 HRM2_16900 HRM2_16910     TRUE 0.474 39.000 0.000 1.000 N NA
 5909009 5909010 HRM2_16930 HRM2_16940     TRUE 0.981 18.000 0.103 NA   NA
 5909010 5909011 HRM2_16940 HRM2_16950   ftsK1 TRUE 0.998 -3.000 0.072 1.000   NA
 5909011 5909012 HRM2_16950 HRM2_16960 ftsK1   TRUE 0.990 -10.000 0.024 NA   NA
 5909012 5909013 HRM2_16960 HRM2_16970     FALSE 0.239 95.000 0.000 NA   NA
 5909013 5909014 HRM2_16970 HRM2_16980     TRUE 0.962 40.000 0.111 NA   NA
 5909014 5909015 HRM2_16980 HRM2_16990   mcpA3 FALSE 0.005 925.000 0.000 NA   NA
 5909016 5909017 HRM2_17000 HRM2_17010     TRUE 1.000 -3.000 0.700 1.000   NA
 5909017 5909018 HRM2_17010 HRM2_17020     TRUE 0.831 8.000 0.000 NA   NA
 5909018 5909019 HRM2_17020 HRM2_17030   folC TRUE 0.463 37.000 0.000 NA   NA
 5909019 5909020 HRM2_17030 HRM2_17040 folC   TRUE 0.925 64.000 0.067 1.000   NA
 5909020 5909021 HRM2_17040 HRM2_17050   adk FALSE 0.044 230.000 0.000 1.000   NA
 5909022 5909023 HRM2_17060 HRM2_17070 rho2 rpmE TRUE 0.965 40.000 0.115 1.000 N NA
 5909023 5909024 HRM2_17070 HRM2_17080 rpmE prfA TRUE 0.997 -40.000 0.110 1.000 Y NA
 5909024 5909025 HRM2_17080 HRM2_17090 prfA hemK TRUE 0.997 4.000 0.040 1.000 Y NA
 5909025 5909026 HRM2_17090 HRM2_17100 hemK rpsB FALSE 0.334 172.000 0.000 1.000 Y NA
 5909026 5909027 HRM2_17100 HRM2_17110 rpsB tsf TRUE 0.997 27.000 0.748 1.000   NA
 5909027 5909028 HRM2_17110 HRM2_17120 tsf pyrH TRUE 0.999 3.000 0.416 1.000   NA
 5909028 5909029 HRM2_17120 HRM2_17130 pyrH frr TRUE 0.996 24.000 0.626 1.000 N NA
 5909029 5909030 HRM2_17130 HRM2_17140 frr uppS TRUE 0.999 -10.000 0.409 1.000 N NA
 5909030 5909031 HRM2_17140 HRM2_17150 uppS cdsA TRUE 0.999 -30.000 0.400 1.000 Y NA
 5909031 5909032 HRM2_17150 HRM2_17160 cdsA dxr TRUE 0.999 11.000 0.372 1.000 Y NA
 5909032 5909033 HRM2_17160 HRM2_17170 dxr   TRUE 0.998 14.000 0.568 1.000 N NA
 5909033 5909034 HRM2_17170 HRM2_17180   purL TRUE 0.986 2.000 0.002 1.000 N NA
 5909034 5909035 HRM2_17180 HRM2_17190 purL purQ TRUE 0.999 0.000 0.047 0.000 Y NA
 5909035 5909036 HRM2_17190 HRM2_17200 purQ   TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 5909036 5909037 HRM2_17200 HRM2_17210     FALSE 0.030 250.000 0.000 NA   NA
 5909037 5909038 HRM2_17210 HRM2_17220     TRUE 0.451 40.000 0.000 NA   NA
 5909038 5909039 HRM2_17220 HRM2_17230     FALSE 0.144 139.000 0.000 1.000   NA
 5909039 5909040 HRM2_17230 HRM2_17240     TRUE 0.999 -3.000 0.200 1.000   NA
 5909040 5909041 HRM2_17240 HRM2_17250     FALSE 0.007 584.000 0.000 1.000 N NA
 5909041 5909042 HRM2_17250 HRM2_17260     FALSE 0.010 437.000 0.000 1.000 N NA
 5909045 5909046 HRM2_17290 HRM2_17300     FALSE 0.005 884.000 0.000 NA   NA
 5909047 5909048 HRM2_17310 HRM2_17320 endA1   FALSE 0.097 310.000 0.000 1.000 Y NA
 5909048 5909049 HRM2_17320 HRM2_17330     TRUE 0.999 -10.000 0.500 NA   NA
 5909049 5909050 HRM2_17330 HRM2_17340     FALSE 0.033 242.000 0.000 NA   NA
 5909050 5909051 HRM2_17340 HRM2_17350     FALSE 0.188 110.000 0.000 NA   NA
 5909051 5909052 HRM2_17350 HRM2_17360     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 5909052 5909053 HRM2_17360 HRM2_17370     FALSE 0.065 189.000 0.000 NA   NA
 5909053 5909054 HRM2_17370 HRM2_17380     FALSE 0.005 759.000 0.000 NA   NA
 5909055 5909056 HRM2_17390 HRM2_17410     FALSE 0.005 777.000 0.000 NA   NA
 5909057 5909058 HRM2_17420 HRM2_17430   purA TRUE 0.997 3.000 0.012 1.000 Y NA
 5909058 5909059 HRM2_17430 HRM2_17440 purA   TRUE 0.431 45.000 0.000 NA   NA
 5909059 5909060 HRM2_17440 HRM2_17450     FALSE 0.380 59.000 0.000 NA   NA
 5909060 5909061 HRM2_17450 HRM2_17460     FALSE 0.008 493.000 0.000 NA   NA
 5909061 5909062 HRM2_17460 HRM2_17470     FALSE 0.145 129.000 0.000 NA   NA
 5909062 5909063 HRM2_17470 HRM2_17480     FALSE 0.006 642.000 0.000 NA   NA
 5909064 5909065 HRM2_17490 HRM2_17500 ppc mscC3 TRUE 0.799 -37.000 0.000 1.000 N NA
 5909066 5909067 HRM2_17510 HRM2_17520     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5909067 5909068 HRM2_17520 HRM2_17530   acd7 FALSE 0.336 71.000 0.000 NA   NA
 5909069 5909070 HRM2_17540 HRM2_17550     TRUE 0.675 16.000 0.000 NA   NA
 5909070 5909071 HRM2_17550 HRM2_17560     TRUE 0.909 124.000 0.203 NA   NA
 5909071 5909072 HRM2_17560 HRM2_17570     TRUE 0.519 28.000 0.000 NA   NA
 5909073 5909074 HRM2_17580 HRM2_17590     TRUE 0.837 -22.000 0.000 1.000 N NA
 5909075 5909076 HRM2_17600 HRM2_17610     TRUE 1.000 0.000 0.389 0.047 N NA
 5909076 5909077 HRM2_17610 HRM2_17620     TRUE 0.999 17.000 0.524 NA Y NA
 5909077 5909078 HRM2_17620 HRM2_17630     FALSE 0.111 146.000 0.000 NA   NA
 5909078 5909079 HRM2_17630 HRM2_17640     TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5909083 5909084 HRM2_17680 HRM2_17690 trpC trpD2 TRUE 0.997 2.000 0.007 1.000 Y NA
 5909084 5909085 HRM2_17690 HRM2_17700 trpD2 trpG TRUE 0.996 3.000 0.004 1.000 Y NA
 5909085 5909086 HRM2_17700 HRM2_17710 trpG trpE TRUE 0.999 -6.000 0.012 0.001 Y NA
 5909087 5909088 HRM2_17720 HRM2_17730     TRUE 0.451 40.000 0.000 NA   NA
 5909088 5909089 HRM2_17730 HRM2_17740   clpP2 FALSE 0.199 119.000 0.000 1.000   NA
 5909089 5909090 HRM2_17740 HRM2_17750 clpP2   TRUE 0.999 -3.000 0.143 NA   NA
 5909090 5909091 HRM2_17750 HRM2_17760     TRUE 0.880 150.000 0.258 NA   NA
 5909091 5909092 HRM2_17760 HRM2_17770     TRUE 0.642 18.000 0.000 NA   NA
 5909092 5909093 HRM2_17770 HRM2_17780     TRUE 0.473 35.000 0.000 NA   NA
 5909093 5909094 HRM2_17780 HRM2_17790     FALSE 0.310 80.000 0.000 1.000 N NA
 5909095 5909096 HRM2_17800 HRM2_17810   atpE2 FALSE 0.239 95.000 0.000 NA   NA
 5909096 5909097 HRM2_17810 HRM2_17820 atpE2 atpB2 TRUE 0.979 106.000 0.119 0.004 Y NA
 5909097 5909098 HRM2_17820 HRM2_17830 atpB2   TRUE 0.996 1.000 0.058 1.000   NA
 5909098 5909099 HRM2_17830 HRM2_17840   atpI2 TRUE 0.994 6.000 0.094 NA   NA
 5909099 5909100 HRM2_17840 HRM2_17850 atpI2 selD1 TRUE 0.483 33.000 0.000 NA   NA
 5909100 5909101 HRM2_17850 HRM2_17860 selD1   FALSE 0.122 140.000 0.000 NA   NA
 5909101 5909102 HRM2_17860 HRM2_17870     TRUE 0.914 17.000 0.003 NA   NA
 5909102 5909103 HRM2_17870 HRM2_17880     TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5909104 5909105 HRM2_17890 HRM2_17900   resR FALSE 0.004 969.000 0.000 NA   NA
 5909105 5909106 HRM2_17900 HRM2_17910 resR   FALSE 0.012 373.000 0.000 NA   NA
 5909106 5909107 HRM2_17910 HRM2_17920     FALSE 0.004 968.000 0.000 NA   NA
 5909108 5909109 HRM2_17930 HRM2_17940     FALSE 0.085 167.000 0.000 NA   NA
 5909116 5909117 HRM2_18010 HRM2_18020     FALSE 0.099 154.000 0.000 NA   NA
 5909117 5909118 HRM2_18020 HRM2_18030   leuC1 TRUE 0.952 0.000 0.000 1.000   NA
 5909118 5909119 HRM2_18030 HRM2_18040 leuC1 leuD1 TRUE 0.999 -3.000 0.038 0.001 Y NA
 5909119 5909120 HRM2_18040 HRM2_18050 leuD1 thyX TRUE 0.753 13.000 0.000 1.000 N NA
 5909121 5909122 HRM2_18060 HRM2_18070 thiN   FALSE 0.361 64.000 0.000 NA   NA
 5909123 5909124 HRM2_18080 HRM2_18090     TRUE 0.473 35.000 0.000 NA   NA
 5909124 5909125 HRM2_18090 HRM2_18100     TRUE 0.999 5.000 0.631 0.043   NA
 5909125 5909126 HRM2_18100 HRM2_18110   lpxK TRUE 0.937 -7.000 0.000 1.000   NA
 5909126 5909127 HRM2_18110 HRM2_18120 lpxK msbB FALSE 0.038 568.000 0.000 1.000 Y NA
 5909127 5909128 HRM2_18120 HRM2_18130 msbB kdtX TRUE 0.991 -3.000 0.000 NA Y NA
 5909128 5909129 HRM2_18130 HRM2_18140 kdtX tagB1 TRUE 0.994 -39.000 0.040 NA Y NA
 5909130 5909131 HRM2_18150 HRM2_18160   rfaG1 TRUE 0.936 2.000 0.000 1.000   NA
 5909132 5909133 HRM2_18170 HRM2_18180 hldE tagB2 TRUE 0.999 -3.000 0.096 1.000 Y NA
 5909133 5909134 HRM2_18180 HRM2_18190 tagB2   TRUE 0.570 23.000 0.000 NA   NA
 5909134 5909135 HRM2_18190 HRM2_18200     FALSE 0.085 167.000 0.000 NA   NA
 5909140 5909141 HRM2_18250 HRM2_18260 kdkA kdsB TRUE 0.984 -3.000 0.000 0.002   NA
 5909141 5909142 HRM2_18260 HRM2_18270 kdsB kdtA TRUE 0.908 19.000 0.000 1.000 Y NA
 5909143 5909144 HRM2_18280 HRM2_18290 msbA1   FALSE 0.007 511.000 0.000 NA   NA
 5909145 5909146 HRM2_18300 HRM2_18310 rfaF arnT TRUE 0.977 4.000 0.000 NA Y NA
 5909146 5909147 HRM2_18310 HRM2_18320 arnT   TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5909147 5909148 HRM2_18320 HRM2_18330   arnC TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 5909149 5909150 HRM2_18340 HRM2_18350 glpK   TRUE 0.599 22.000 0.000 1.000 N NA
 5909150 5909151 HRM2_18350 HRM2_18360     TRUE 1.000 18.000 0.865 0.002 Y NA
 5909151 5909152 HRM2_18360 HRM2_18370   malK TRUE 0.999 53.000 0.847 0.046 Y NA
 5909152 5909153 HRM2_18370 HRM2_18380 malK malG TRUE 1.000 -3.000 0.922 0.046 Y NA
 5909153 5909154 HRM2_18380 HRM2_18390 malG   TRUE 0.999 10.000 0.854 NA   NA
 5909154 5909155 HRM2_18390 HRM2_18400   malE TRUE 0.980 104.000 0.640 NA   NA
 5909157 5909158 HRM2_18420 HRM2_18430     TRUE 0.994 -3.000 0.007 NA   NA
 5909158 5909159 HRM2_18430 HRM2_18440     TRUE 0.995 -3.000 0.017 NA   NA
 5909159 5909160 HRM2_18440 HRM2_18450     TRUE 0.983 25.000 0.189 NA   NA
 5909160 5909161 HRM2_18450 HRM2_18460   gmk TRUE 0.978 27.000 0.143 NA   NA
 5909161 5909162 HRM2_18460 HRM2_18470 gmk   TRUE 0.993 -3.000 0.005 1.000 N NA
 5909162 5909163 HRM2_18470 HRM2_18480   citC FALSE 0.006 640.000 0.000 1.000 N NA
 5909163 5909164 HRM2_18480 HRM2_18490 citC comF TRUE 0.950 -57.000 0.004 1.000   NA
 5909164 5909165 HRM2_18490 HRM2_18500 comF   FALSE 0.294 90.000 0.000 1.000   NA
 5909165 5909166 HRM2_18500 HRM2_18510   nahJ TRUE 0.517 35.000 0.000 1.000   NA
 5909166 5909167 HRM2_18510 HRM2_18520 nahJ   FALSE 0.013 396.000 0.000 1.000   NA
 5909168 5909169 HRM2_18530 HRM2_18540   uvrA2 TRUE 0.958 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5909169 5909170 HRM2_18540 HRM2_18550 uvrA2 pdxA TRUE 0.993 -3.000 0.005 1.000 N NA
 5909171 5909172 HRM2_18560 HRM2_18570 dnaA glcD2 TRUE 0.993 -3.000 0.004 1.000 N NA
 5909173 5909174 HRM2_18580 HRM2_18590     FALSE 0.392 55.000 0.000 NA   NA
 5909174 5909175 HRM2_18590 HRM2_18600   dnaB TRUE 0.992 -3.000 0.002 1.000   NA
 5909175 5909176 HRM2_18600 HRM2_18610 dnaB rplI TRUE 0.792 77.000 0.010 1.000 N NA
 5909176 5909177 HRM2_18610 HRM2_18620 rplI   TRUE 0.888 75.000 0.055 NA   NA
 5909177 5909178 HRM2_18620 HRM2_18630   rpsR TRUE 0.910 73.000 0.069 NA   NA
 5909178 5909179 HRM2_18630 HRM2_18640 rpsR rpsF TRUE 1.000 2.000 0.319 0.009 Y NA
 5909179 5909180 HRM2_18640 HRM2_18650 rpsF   FALSE 0.061 202.000 0.000 1.000   NA
 5909180 5909181 HRM2_18650 HRM2_18660     TRUE 0.888 4.000 0.000 NA   NA
 5909182 5909183 HRM2_18670 HRM2_18680     TRUE 1.000 -31.000 0.529 1.000 Y NA
 5909183 5909184 HRM2_18680 HRM2_18690   degP FALSE 0.315 79.000 0.000 1.000 N NA
 5909186 5909187 HRM2_18710 HRM2_18720 ppiD1   TRUE 0.936 2.000 0.000 1.000   NA
 5909188 5909189 HRM2_18730 HRM2_18740   aspG FALSE 0.044 217.000 0.000 NA   NA
 5909189 5909190 HRM2_18740 HRM2_18750 aspG recX TRUE 0.918 -10.000 0.000 1.000   NA
 5909190 5909191 HRM2_18750 HRM2_18760 recX   TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000   NA
 5909191 5909192 HRM2_18760 HRM2_18770     TRUE 0.855 8.000 0.000 1.000   NA
 5909192 5909193 HRM2_18770 HRM2_18780     TRUE 0.675 16.000 0.000 NA   NA
 5909193 5909194 HRM2_18780 HRM2_18790   ppiC1 TRUE 0.501 30.000 0.000 NA   NA
 5909194 5909195 HRM2_18790 HRM2_18800 ppiC1 prc FALSE 0.226 107.000 0.000 1.000   NA
 5909195 5909196 HRM2_18800 HRM2_18810 prc   TRUE 0.952 0.000 0.000 1.000   NA
 5909196 5909197 HRM2_18810 HRM2_18820     TRUE 0.831 8.000 0.000 NA   NA
 5909199 5909200 HRM2_18840 HRM2_18850     FALSE 0.355 66.000 0.000 NA   NA
 5909200 5909201 HRM2_18850 HRM2_18860     TRUE 0.765 12.000 0.000 NA   NA
 5909201 5909202 HRM2_18860 HRM2_18870   guaA1 TRUE 0.868 5.000 0.000 NA   NA
 5909203 5909204 HRM2_18880 HRM2_18890 efp1   TRUE 0.851 7.000 0.000 1.000 N NA
 5909204 5909205 HRM2_18890 HRM2_18900     FALSE 0.262 89.000 0.000 NA   NA
 5909205 5909206 HRM2_18900 HRM2_18910   resB TRUE 0.435 44.000 0.000 NA   NA
 5909206 5909207 HRM2_18910 HRM2_18920 resB ccmC2 TRUE 1.000 -3.000 0.120 NA Y NA
 5909207 5909208 HRM2_18920 HRM2_18930 ccmC2   FALSE 0.055 210.000 0.000 1.000   NA
 5909208 5909209 HRM2_18930 HRM2_18940     TRUE 0.995 49.000 0.750 1.000   NA
 5909209 5909210 HRM2_18940 HRM2_18950     TRUE 0.999 33.000 0.800 NA Y NA
 5909210 5909211 HRM2_18950 HRM2_18960     TRUE 0.999 28.000 0.941 NA Y NA
 5909211 5909212 HRM2_18960 HRM2_18970     TRUE 0.965 59.000 0.176 NA   NA
 5909212 5909213 HRM2_18970 HRM2_18980     FALSE 0.184 112.000 0.000 NA   NA
 5909214 5909215 HRM2_18990 HRM2_19000   glpQ1 TRUE 0.570 23.000 0.000 NA   NA
 5909215 5909216 HRM2_19000 HRM2_19010 glpQ1   FALSE 0.020 296.000 0.000 NA   NA
 5909217 5909218 HRM2_19020 HRM2_19030 ptsH ptsA2 TRUE 1.000 -7.000 0.163 0.002 Y NA
 5909218 5909219 HRM2_19030 HRM2_19040 ptsA2 smpB TRUE 0.943 19.000 0.017 1.000 N NA
 5909220 5909221 HRM2_19050 HRM2_19060     TRUE 0.519 28.000 0.000 NA   NA
 5909221 5909222 HRM2_19060 HRM2_19070     TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 5909222 5909223 HRM2_19070 HRM2_19080     TRUE 0.923 3.000 0.000 1.000   NA
 5909223 5909224 HRM2_19080 HRM2_19090     FALSE 0.009 453.000 0.000 NA   NA
 5909224 5909225 HRM2_19090 HRM2_19100     TRUE 0.881 -13.000 0.000 NA   NA
 5909225 5909226 HRM2_19100 HRM2_19110     FALSE 0.013 353.000 0.000 NA   NA
 5909227 5909228 HRM2_19120 HRM2_19130     FALSE 0.018 306.000 0.000 NA   NA
 5909231 5909232 HRM2_19160 HRM2_19170     TRUE 0.813 11.000 0.000 1.000   NA
 5909232 5909233 HRM2_19170 HRM2_19180     TRUE 0.937 -7.000 0.000 1.000   NA
 5909233 5909234 HRM2_19180 HRM2_19190     TRUE 0.404 51.000 0.000 NA   NA
 5909235 5909236 HRM2_19200 HRM2_19210   parB FALSE 0.269 87.000 0.000 NA   NA
 5909236 5909237 HRM2_19210 HRM2_19220 parB   TRUE 0.881 -43.000 0.000 0.046   NA
 5909237 5909238 HRM2_19220 HRM2_19230   istB1 TRUE 0.999 -7.000 0.500 NA   NA
 5909238 5909239 HRM2_19230 HRM2_19240 istB1   TRUE 0.819 9.000 0.000 NA   NA
 5909241 5909242 HRM2_19260 HRM2_19270     TRUE 0.955 162.000 0.667 NA   NA
 5909242 5909243 HRM2_19270 HRM2_19280   exeA1 TRUE 0.997 -7.000 0.071 1.000   NA
 5909244 5909245 HRM2_19290 HRM2_19300     FALSE 0.280 84.000 0.000 NA   NA
 5909245 5909246 HRM2_19300 HRM2_19310     FALSE 0.008 479.000 0.000 NA   NA
 5909246 5909247 HRM2_19310 HRM2_19320   cueR TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 5909248 5909249 HRM2_19330 HRM2_19340     FALSE 0.021 289.000 0.000 NA   NA
 5909249 5909250 HRM2_19340 HRM2_19350   cyaA1 TRUE 0.888 4.000 0.000 NA   NA
 5909251 5909252 HRM2_19360 HRM2_19370     TRUE 0.715 14.000 0.000 NA   NA
 5909252 5909253 HRM2_19370 HRM2_19380     TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 5909253 5909254 HRM2_19380 HRM2_19390     FALSE 0.219 101.000 0.000 NA   NA
 5909254 5909255 HRM2_19390 HRM2_19400     FALSE 0.014 350.000 0.000 NA   NA
 5909255 5909256 HRM2_19400 HRM2_19410   radC1 FALSE 0.277 85.000 0.000 NA   NA
 5909256 5909257 HRM2_19410 HRM2_19420 radC1   FALSE 0.207 104.000 0.000 NA   NA
 5909257 5909258 HRM2_19420 HRM2_19430     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5909258 5909259 HRM2_19430 HRM2_19440     FALSE 0.340 70.000 0.000 NA   NA
 5909259 5909260 HRM2_19440 HRM2_19450     TRUE 0.448 41.000 0.000 NA   NA
 5909261 5909262 HRM2_19460 HRM2_19470     FALSE 0.294 80.000 0.000 NA   NA
 5909262 5909263 HRM2_19470 HRM2_19480     FALSE 0.352 67.000 0.000 NA   NA
 5909263 5909264 HRM2_19480 HRM2_19490   hsdM2 FALSE 0.007 536.000 0.000 NA   NA
 5909264 5909265 HRM2_19490 HRM2_19500 hsdM2 hsdS2 TRUE 0.999 2.000 0.054 0.046 Y NA
 5909265 5909266 HRM2_19500 HRM2_19510 hsdS2 hsdR2 TRUE 0.996 25.000 0.126 0.002 Y NA
 5909266 5909267 HRM2_19510 HRM2_19520 hsdR2   TRUE 0.994 4.000 0.068 NA   NA
 5909268 5909269 HRM2_19530 HRM2_19540     TRUE 0.594 21.000 0.000 NA   NA
 5909269 5909270 HRM2_19540 HRM2_19550     FALSE 0.004 1003.000 0.000 NA   NA
 5909272 5909273 HRM2_19570 HRM2_19580     FALSE 0.050 210.000 0.000 1.000 N NA
 5909273 5909274 HRM2_19580 HRM2_19590     TRUE 0.928 -79.000 0.000 1.000 Y NA
 5909275 5909276 HRM2_19600 HRM2_19610     TRUE 0.787 -37.000 0.000 NA   NA
 5909278 5909279 HRM2_19630 HRM2_19640     TRUE 0.607 20.000 0.000 NA   NA
 5909279 5909280 HRM2_19640 HRM2_19650     FALSE 0.050 204.000 0.000 NA   NA
 5909280 5909281 HRM2_19650 HRM2_19660     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5909281 5909282 HRM2_19660 HRM2_19670   gumC1 FALSE 0.010 415.000 0.000 NA   NA
 5909282 5909283 HRM2_19670 HRM2_19680 gumC1   TRUE 0.486 36.000 0.000 1.000 N NA
 5909283 5909284 HRM2_19680 HRM2_19690   cpsE TRUE 0.435 37.000 0.000 NA N NA
 5909284 5909285 HRM2_19690 HRM2_19700 cpsE   TRUE 0.988 64.000 0.185 NA Y NA
 5909285 5909286 HRM2_19700 HRM2_19710     TRUE 0.519 28.000 0.000 NA   NA
 5909287 5909288 HRM2_19720 HRM2_19730     FALSE 0.275 129.000 0.000 0.046   NA
 5909288 5909289 HRM2_19730 HRM2_19740   xerD3 TRUE 0.936 -18.000 0.000 0.009   NA
 5909290 5909291 HRM2_19750 HRM2_19760     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5909291 5909292 HRM2_19760 HRM2_19770     TRUE 0.998 -25.000 0.478 NA   NA
 5909292 5909293 HRM2_19770 HRM2_19780     TRUE 0.868 5.000 0.000 NA   NA
 5909293 5909294 HRM2_19780 HRM2_19790     FALSE 0.130 135.000 0.000 NA   NA
 5909294 5909295 HRM2_19790 HRM2_19800     TRUE 1.000 -9.000 1.000 NA   NA
 5909295 5909296 HRM2_19800 HRM2_19810     TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 5909296 5909297 HRM2_19810 HRM2_19820     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5909297 5909298 HRM2_19820 HRM2_19830     TRUE 0.765 12.000 0.000 NA   NA
 5909298 5909299 HRM2_19830 HRM2_19840     FALSE 0.043 218.000 0.000 NA   NA
 5909299 5909300 HRM2_19840 HRM2_19850     TRUE 0.997 16.000 0.509 1.000   NA
 5909300 5909301 HRM2_19850 HRM2_19860   tuaH TRUE 0.990 3.000 0.000 0.012 Y NA
 5909301 5909302 HRM2_19860 HRM2_19870 tuaH   TRUE 0.403 64.000 0.000 1.000   NA
 5909302 5909303 HRM2_19870 HRM2_19880     TRUE 0.553 29.000 0.000 1.000   NA
 5909303 5909304 HRM2_19880 HRM2_19890     FALSE 0.301 88.000 0.000 1.000   NA
 5909304 5909305 HRM2_19890 HRM2_19900     FALSE 0.190 123.000 0.000 1.000   NA
 5909305 5909306 HRM2_19900 HRM2_19910     FALSE 0.147 138.000 0.000 1.000   NA
 5909306 5909307 HRM2_19910 HRM2_19920     FALSE 0.012 377.000 0.000 NA   NA
 5909307 5909308 HRM2_19920 HRM2_19930     FALSE 0.029 256.000 0.000 NA   NA
 5909308 5909309 HRM2_19930 HRM2_19940     FALSE 0.082 169.000 0.000 NA   NA
 5909309 5909310 HRM2_19940 HRM2_19950   rfaL TRUE 0.996 5.000 0.033 NA Y NA
 5909310 5909311 HRM2_19950 HRM2_19960 rfaL   TRUE 0.739 13.000 0.000 NA   NA
 5909311 5909312 HRM2_19960 HRM2_19970   rfaG2 TRUE 0.503 38.000 0.000 1.000   NA
 5909312 5909313 HRM2_19970 HRM2_19980 rfaG2   TRUE 0.983 6.000 0.000 0.012 Y NA
 5909313 5909314 HRM2_19980 HRM2_19990     TRUE 0.715 14.000 0.000 NA   NA
 5909314 5909315 HRM2_19990 HRM2_20000     TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5909315 5909316 HRM2_20000 HRM2_20010   carB1 TRUE 0.509 29.000 0.000 NA   NA
 5909316 5909317 HRM2_20010 HRM2_20020 carB1   TRUE 0.995 12.000 0.208 1.000   NA
 5909317 5909318 HRM2_20020 HRM2_20030     TRUE 0.963 25.000 0.069 1.000 N NA
 5909322 5909323 HRM2_20070 HRM2_20080   capA TRUE 0.803 10.000 0.000 NA   NA
 5909323 5909324 HRM2_20080 HRM2_20090 capA pyrK TRUE 0.955 -3.000 0.000 NA   NA
 5909324 5909325 HRM2_20090 HRM2_20100 pyrK cysK TRUE 0.642 18.000 0.000 NA   NA
 5909325 5909326 HRM2_20100 HRM2_20110 cysK   FALSE 0.318 84.000 0.000 1.000   NA
 5909326 5909327 HRM2_20110 HRM2_20120   istA1 TRUE 0.921 -19.000 0.000 0.046   NA
 5909327 5909328 HRM2_20120 HRM2_20130 istA1 cysS1 FALSE 0.010 441.000 0.000 1.000 N NA
 5909328 5909329 HRM2_20130 HRM2_20140 cysS1   TRUE 0.519 28.000 0.000 NA   NA
 5909329 5909330 HRM2_20140 HRM2_20150     TRUE 0.550 25.000 0.000 NA   NA
 5909330 5909331 HRM2_20150 HRM2_20160     FALSE 0.023 283.000 0.000 NA   NA
 5909333 5909334 HRM2_20180 HRM2_20190   lolD2 TRUE 0.520 30.000 0.000 1.000 N NA
 5909334 5909335 HRM2_20190 HRM2_20200 lolD2 lolE TRUE 0.862 6.000 0.000 1.000 N NA
 5909335 5909336 HRM2_20200 HRM2_20210 lolE lolF TRUE 0.607 20.000 0.000 NA   NA
 5909336 5909337 HRM2_20210 HRM2_20220 lolF   TRUE 0.581 22.000 0.000 NA   NA
 5909338 5909339 HRM2_20230 HRM2_20240     FALSE 0.269 87.000 0.000 NA   NA
 5909340 5909341 HRM2_20250 HRM2_20260     FALSE 0.041 220.000 0.000 NA   NA
 5909341 5909342 HRM2_20260 HRM2_20270     FALSE 0.052 202.000 0.000 NA   NA
 5909344 5909345 HRM2_20290 HRM2_20300     TRUE 0.723 -61.000 0.000 NA   NA
 5909345 5909346 HRM2_20300 HRM2_20310   gyaR TRUE 0.814 10.000 0.000 1.000 N NA
 5909348 5909349 HRM2_20330 HRM2_20340   hisC1 FALSE 0.013 360.000 0.000 NA   NA
 5909349 5909350 HRM2_20340 HRM2_20350 hisC1 glnH2 TRUE 0.734 75.000 0.000 1.000 Y NA
 5909350 5909351 HRM2_20350 HRM2_20360 glnH2 glnP4 TRUE 0.997 11.000 0.067 0.046 Y NA
 5909351 5909352 HRM2_20360 HRM2_20370 glnP4 glnQ4 TRUE 0.997 60.000 0.600 1.000 Y NA
 5909352 5909353 HRM2_20370 HRM2_20380 glnQ4 glnP5 TRUE 1.000 -3.000 0.643 1.000 Y NA
 5909353 5909354 HRM2_20380 HRM2_20390 glnP5 glcD3 FALSE 0.373 66.000 0.000 1.000 N NA
 5909354 5909355 HRM2_20390 HRM2_20400 glcD3 glcF2 TRUE 0.933 21.000 0.000 0.037 Y NA
 5909358 5909359 HRM2_20430 HRM2_20440 fadD4   FALSE 0.027 367.000 0.000 0.038 N NA
 5909359 5909360 HRM2_20440 HRM2_20450     TRUE 0.695 15.000 0.000 NA   NA
 5909360 5909361 HRM2_20450 HRM2_20460     FALSE 0.023 283.000 0.000 NA   NA
 5909362 5909363 HRM2_20470 HRM2_20480 hemL mpl TRUE 0.993 2.000 0.007 0.012 N NA
 5909363 5909364 HRM2_20480 HRM2_20490 mpl   TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 5909364 5909365 HRM2_20490 HRM2_20500     TRUE 0.581 22.000 0.000 NA   NA
 5909365 5909366 HRM2_20500 HRM2_20510     TRUE 0.589 23.000 0.000 1.000 N NA
 5909366 5909367 HRM2_20510 HRM2_20520     FALSE 0.296 84.000 0.000 1.000 N NA
 5909368 5909369 HRM2_20530 HRM2_20540     FALSE 0.384 58.000 0.000 NA   NA
 5909369 5909370 HRM2_20540 HRM2_20550     FALSE 0.067 186.000 0.000 NA   NA
 5909370 5909371 HRM2_20550 HRM2_20560     TRUE 0.439 43.000 0.000 NA   NA
 5909371 5909372 HRM2_20560 HRM2_20570     TRUE 0.716 -63.000 0.000 NA   NA
 5909372 5909373 HRM2_20570 HRM2_20580     FALSE 0.190 109.000 0.000 NA   NA
 5909373 5909374 HRM2_20580 HRM2_20590     FALSE 0.164 123.000 0.000 NA   NA
 5909374 5909375 HRM2_20590 HRM2_20600     TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 5909375 5909376 HRM2_20600 HRM2_20610     FALSE 0.015 336.000 0.000 NA   NA
 5909376 5909377 HRM2_20610 HRM2_20620     TRUE 1.000 0.000 0.727 NA   NA
 5909377 5909378 HRM2_20620 HRM2_20630     TRUE 0.997 12.000 0.434 NA   NA
 5909379 5909380 HRM2_20640 HRM2_20650     TRUE 0.666 -96.000 0.000 NA   NA
 5909380 5909381 HRM2_20650 HRM2_20660     TRUE 0.448 41.000 0.000 NA   NA
 5909381 5909382 HRM2_20660 HRM2_20670     FALSE 0.072 180.000 0.000 NA   NA
 5909382 5909383 HRM2_20670 HRM2_20680   radC2 FALSE 0.126 138.000 0.000 NA   NA
 5909383 5909384 HRM2_20680 HRM2_20690 radC2   FALSE 0.277 85.000 0.000 NA   NA
 5909384 5909385 HRM2_20690 HRM2_20700     FALSE 0.015 329.000 0.000 NA   NA
 5909385 5909386 HRM2_20700 HRM2_20710   dnaG10 FALSE 0.019 301.000 0.000 NA   NA
 5909386 5909387 HRM2_20710 HRM2_20720 dnaG10   TRUE 0.944 0.000 0.000 NA   NA
 5909387 5909388 HRM2_20720 HRM2_20730     TRUE 0.881 -13.000 0.000 NA   NA
 5909388 5909389 HRM2_20730 HRM2_20740     TRUE 0.698 -76.000 0.000 NA   NA
 5909389 5909390 HRM2_20740 HRM2_20750     FALSE 0.006 619.000 0.000 NA   NA
 5909390 5909391 HRM2_20750 HRM2_20760     FALSE 0.009 463.000 0.000 NA   NA
 5909391 5909392 HRM2_20760 HRM2_20770     TRUE 0.819 9.000 0.000 NA   NA
 5909393 5909394 HRM2_20780 HRM2_20790     FALSE 0.106 150.000 0.000 NA   NA
 5909394 5909395 HRM2_20790 HRM2_20800     FALSE 0.005 959.000 0.000 NA   NA
 5909396 5909397 HRM2_20810 HRM2_20820     FALSE 0.017 318.000 0.000 NA   NA