MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus pneumoniae TIGR4

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 115553 115554 SP_0001 SP_0002 dnaA   TRUE 0.797 159.000 0.328 1.000 Y 0.762
 115554 115555 SP_0002 SP_0003     TRUE 0.930 11.000 0.009 NA   0.518
 115555 115556 SP_0003 SP_0004     TRUE 0.498 84.000 0.064 NA   0.091
 115556 115557 SP_0004 SP_0005     TRUE 0.891 71.000 0.184 1.000 Y 0.003
 115557 115558 SP_0005 SP_0006     TRUE 0.985 1.000 0.137 1.000 N 0.885
 115558 115559 SP_0006 SP_0007     TRUE 0.753 58.000 0.024 1.000 N 0.355
 115559 115560 SP_0007 SP_0008     TRUE 0.971 -7.000 0.053 1.000 N 0.240
 115560 115561 SP_0008 SP_0009     TRUE 0.941 5.000 0.009 NA   0.509
 115561 115562 SP_0009 SP_0010     TRUE 0.973 -7.000 0.105 NA   0.083
 115562 115563 SP_0010 SP_0011     TRUE 0.957 -3.000 0.014 1.000 N 0.068
 115563 115564 SP_0011 SP_0012     TRUE 0.970 4.000 0.067 0.071 N 0.895
 115564 115565 SP_0012 SP_0013     TRUE 0.978 16.000 0.192 1.000 N 0.687
 115565 115566 SP_0013 SP_0014     FALSE 0.160 122.000 0.006 1.000   NA
 115566 5907057 SP_0014 SP_2242   tRNA-Glu-5 FALSE 0.102 94.000 0.000 NA   NA
 5907057 2149446 SP_2242 SP_rrnaA16S tRNA-Glu-5   FALSE 0.027 250.000 0.000 NA   NA
 2149446 5907058 SP_rrnaA16S SP_2243   tRNA-Ala-4 TRUE 0.460 42.000 0.000 NA   NA
 5907058 2149448 SP_2243 SP_rrnaA23S tRNA-Ala-4   FALSE 0.066 125.000 0.000 NA   NA
 2149448 2149449 SP_rrnaA23S SP_rrnaA5S     FALSE 0.151 78.000 0.000 NA   NA
 2149449 5907059 SP_rrnaA5S SP_2244   tRNA-Asn-2 TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 5907059 115567 SP_2244 SP_0015 tRNA-Asn-2   FALSE 0.111 90.000 0.000 NA   NA
 115567 115568 SP_0015 SP_0016     TRUE 0.385 109.000 0.000 NA Y NA
 115569 115570 SP_0018 SP_0019     FALSE 0.085 231.000 0.000 NA   0.835
 115570 115571 SP_0019 SP_0020     FALSE 0.281 201.000 0.000 1.000 Y 0.270
 115571 115572 SP_0020 SP_0021   dut FALSE 0.292 187.000 0.000 1.000 Y 0.235
 115572 115573 SP_0021 SP_0022 dut   TRUE 0.957 2.000 0.005 NA N 0.742
 115573 5907061 SP_0022 SP_0023   radA TRUE 0.744 -16.000 0.000 NA   NA
 5907061 115574 SP_0023 SP_0024 radA   FALSE 0.175 73.000 0.000 NA   NA
 115574 115575 SP_0024 SP_0025     TRUE 0.955 25.000 0.111 NA   0.629
 115575 115576 SP_0025 SP_0026     TRUE 0.854 -18.000 0.000 NA   0.288
 115576 115577 SP_0026 SP_0027     FALSE 0.102 145.000 0.000 NA   0.229
 5907062 115578 SP_0028 SP_0029     FALSE 0.065 127.000 0.000 NA   NA
 115578 115579 SP_0029 SP_0030     TRUE 0.639 -42.000 0.000 NA   NA
 115579 115580 SP_0030 SP_0031     TRUE 0.473 40.000 0.000 NA   NA
 115581 115582 SP_0032 SP_0033     FALSE 0.254 85.000 0.005 NA   NA
 115584 115585 SP_0035 SP_0036   recO TRUE 0.974 -3.000 0.012 1.000 N 0.678
 115585 115586 SP_0036 SP_0037 recO   TRUE 0.971 -3.000 0.011 1.000 N 0.841
 115586 115587 SP_0037 SP_0038     TRUE 0.985 6.000 0.017 0.009 Y 0.650
 115587 10348728 SP_0038 SP_0039     TRUE 0.441 43.000 0.000 NA   NA
 115589 115590 SP_0041 SP_0042     FALSE 0.014 715.000 0.000 NA   NA
 115590 115591 SP_0042 SP_0043     TRUE 0.984 13.000 0.444 0.036   0.970
 115591 115592 SP_0043 SP_0044     FALSE 0.214 170.000 0.004 1.000   0.606
 115592 115593 SP_0044 SP_0045     TRUE 0.422 202.000 0.043 1.000 Y -0.239
 115593 115594 SP_0045 SP_0046     TRUE 0.676 93.000 0.024 1.000 Y -0.114
 115594 115595 SP_0046 SP_0047     TRUE 0.685 219.000 0.248 1.000 Y 0.742
 115595 115596 SP_0047 SP_0048   purN TRUE 0.997 -3.000 0.238 0.003 Y 0.551
 115596 115597 SP_0048 SP_0049 purN   TRUE 0.443 84.000 0.003 1.000 N 0.874
 115597 115598 SP_0049 SP_0050   purH TRUE 0.871 25.000 0.002 1.000 N 0.344
 115598 115599 SP_0050 SP_0051 purH   TRUE 0.811 122.000 0.238 1.000 Y 0.396
 115599 115600 SP_0051 SP_0052     FALSE 0.030 257.000 0.000 NA   -0.492
 115600 115601 SP_0052 SP_0053     TRUE 0.679 30.000 0.000 NA   0.134
 115601 115602 SP_0053 SP_0054     TRUE 0.988 -13.000 0.008 0.001 Y 0.660
 115602 115603 SP_0054 SP_0055     TRUE 0.778 10.000 0.000 NA   0.142
 115603 115604 SP_0055 SP_0056     TRUE 0.564 63.000 0.002 NA   0.351
 115605 115606 SP_0057 SP_0058     FALSE 0.030 328.000 0.000 1.000 N -0.157
 115607 115608 SP_0059 SP_0060     FALSE 0.078 261.000 0.000 NA   0.551
 115608 115609 SP_0060 SP_0061     TRUE 0.995 -3.000 0.190 1.000 Y 0.281
 115609 115610 SP_0061 SP_0062     TRUE 0.994 28.000 0.810 0.044 Y 0.347
 115610 115611 SP_0062 SP_0063     TRUE 0.977 -13.000 0.000 0.044 Y 0.406
 115611 115612 SP_0063 SP_0064     TRUE 0.959 7.000 0.000 0.044 Y 0.156
 115612 115613 SP_0064 SP_0065     FALSE 0.092 299.000 0.022 1.000 N -0.447
 115613 115614 SP_0065 SP_0066     FALSE 0.196 116.000 0.000 0.031 N 0.401
 115614 115615 SP_0066 SP_0067     FALSE 0.058 162.000 0.000 NA   -0.306
 115615 115616 SP_0067 SP_0068     FALSE 0.361 55.000 0.000 NA   -0.481
 115616 115617 SP_0068 SP_0069     TRUE 0.860 21.000 0.000 NA   0.550
 115617 115618 SP_0069 SP_0070     TRUE 0.682 44.000 0.000 NA   0.488
 115618 115619 SP_0070 SP_0071     FALSE 0.028 307.000 0.000 NA   -0.068
 115619 115620 SP_0071 SP_0072     FALSE 0.101 103.000 0.000 NA   -0.325
 115620 115621 SP_0072 SP_0073     FALSE 0.089 140.000 0.000 NA   0.091
 115621 115622 SP_0073 SP_0074     FALSE 0.134 106.000 0.000 1.000   0.144
 115622 115623 SP_0074 SP_0075     FALSE 0.028 277.000 0.000 1.000   -0.599
 115625 115626 SP_0077 SP_0078     TRUE 0.825 -19.000 0.000 NA   0.180
 115626 115627 SP_0078 SP_0079     TRUE 0.996 14.000 0.490 0.005 Y 0.555
 115627 115628 SP_0079 SP_0080     TRUE 0.726 21.000 0.000 NA   -0.029
 115628 5907063 SP_0080 SP_0081     FALSE 0.040 182.000 0.000 NA   NA
 5907063 115629 SP_0081 SP_0082     FALSE 0.073 116.000 0.000 NA   NA
 115629 115630 SP_0082 SP_0083     TRUE 0.494 167.000 0.333 1.000   0.330
 115630 115631 SP_0083 SP_0084     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y 0.647
 115631 115632 SP_0084 SP_0085   rpsD FALSE 0.113 195.000 0.002 1.000 N 0.140
 115632 10348729 SP_0085 SP_0086 rpsD   FALSE 0.049 160.000 0.000 NA   NA
 115634 115635 SP_0088 SP_0089     FALSE 0.202 80.000 0.000 NA   0.064
 115635 115636 SP_0089 SP_0090     FALSE 0.070 289.000 0.000 NA   0.726
 115636 115637 SP_0090 SP_0091     TRUE 0.997 14.000 0.917 0.054 Y 0.450
 115637 115638 SP_0091 SP_0092     TRUE 0.631 258.000 0.250 0.054 Y 0.489
 115640 115641 SP_0094 SP_0095     TRUE 0.638 50.000 0.000 NA   0.482
 115641 115642 SP_0095 SP_0096     FALSE 0.072 275.000 0.000 NA   0.753
 115643 115644 SP_0097 SP_0098     TRUE 0.888 63.000 0.500 NA   0.264
 115644 115645 SP_0098 SP_0099     TRUE 0.977 -7.000 0.150 NA   0.056
 115645 115646 SP_0099 SP_0100     TRUE 0.979 -13.000 0.250 NA   0.107
 115646 115647 SP_0100 SP_0101     FALSE 0.382 139.000 0.100 NA N 0.240
 115648 115649 SP_0102 SP_0103     TRUE 0.924 42.000 0.000 NA Y 0.638
 115650 115651 SP_0104 SP_0105     TRUE 0.940 22.000 0.033 1.000   0.687
 115651 115652 SP_0105 SP_0106     TRUE 0.993 9.000 0.221 0.001 Y 0.506
 115655 115656 SP_0109 SP_0110     TRUE 0.760 76.000 0.353 NA   -0.037
 115656 115657 SP_0110 SP_0111     TRUE 0.994 -3.000 0.520 NA   0.624
 115657 115658 SP_0111 SP_0112     FALSE 0.059 207.000 0.000 1.000 N 0.018
 115658 10348730 SP_0112 SP_0113     TRUE 0.693 17.000 0.000 NA   NA
 115660 115661 SP_0115 SP_0116     FALSE 0.021 652.000 0.000 NA   0.059
 115661 115662 SP_0116 SP_0117     FALSE 0.022 553.000 0.000 NA   0.057
 115662 115663 SP_0117 SP_0118   trmU FALSE 0.041 401.000 0.000 1.000   0.358
 115663 115664 SP_0118 SP_0119 trmU   FALSE 0.201 141.000 0.003 1.000 N 0.268
 115664 115665 SP_0119 SP_0120     TRUE 0.929 10.000 0.005 1.000 N 0.716
 115666 115667 SP_0121 SP_0122     TRUE 0.992 2.000 0.576 NA   0.634
 115667 115668 SP_0122 SP_0123     FALSE 0.033 326.000 0.000 NA   0.135
 115668 115669 SP_0123 SP_0124     FALSE 0.044 247.000 0.000 NA   0.114
 115669 115670 SP_0124 SP_0125     TRUE 0.989 2.000 0.500 NA   0.306
 115671 115672 SP_0126 SP_0127     FALSE 0.117 96.000 0.000 NA   -0.264
 115672 115673 SP_0127 SP_0128     TRUE 0.983 -3.000 0.209 1.000   0.042
 115673 115674 SP_0128 SP_0129     TRUE 0.950 -10.000 0.030 1.000   0.013
 5907064 5907065 SP_0130 SP_0131     FALSE 0.024 276.000 0.000 NA   NA
 5907065 5907066 SP_0131 SP_0132     FALSE 0.033 213.000 0.000 NA   NA
 115675 115676 SP_0133 SP_0134     TRUE 0.759 -22.000 0.000 NA   -0.127
 115676 115677 SP_0134 SP_0135     TRUE 0.674 24.000 0.000 NA   -0.165
 115677 115678 SP_0135 SP_0136     TRUE 0.922 -7.000 0.000 NA   0.419
 115678 115679 SP_0136 SP_0137     FALSE 0.275 87.000 0.000 NA   0.468
 115679 115680 SP_0137 SP_0138     FALSE 0.044 222.000 0.000 NA   -0.021
 115680 115681 SP_0138 SP_0139     TRUE 0.761 6.000 0.000 NA   -0.132
 115681 5907067 SP_0139 SP_0140   ugd TRUE 0.700 13.000 0.000 NA   NA
 5907067 115682 SP_0140 SP_0141 ugd   FALSE 0.017 396.000 0.000 NA   NA
 115682 115683 SP_0141 SP_0142     FALSE 0.061 286.000 0.000 NA   0.945
 115683 115684 SP_0142 SP_0143     TRUE 0.832 22.000 0.000 NA   0.939
 115684 115685 SP_0143 SP_0144     TRUE 0.861 12.000 0.000 NA   0.965
 115685 115686 SP_0144 SP_0145     FALSE 0.373 72.000 0.000 NA   0.950
 115686 115687 SP_0145 SP_0146     FALSE 0.035 545.000 0.000 NA   0.347
 115687 115688 SP_0146 SP_0147     TRUE 0.982 -10.000 0.338 NA   -0.404
 115688 115689 SP_0147 SP_0148     FALSE 0.130 218.000 0.013 NA   0.173
 115689 115690 SP_0148 SP_0149     FALSE 0.084 154.000 0.000 NA N 0.015
 115690 115691 SP_0149 SP_0150     TRUE 0.667 100.000 0.500 NA N -0.132
 115691 115692 SP_0150 SP_0151     TRUE 0.972 -7.000 0.042 1.000 N 0.343
 115692 115693 SP_0151 SP_0152     TRUE 0.998 2.000 0.938 1.000 Y 0.702
 115695 115696 SP_0154 SP_0155     TRUE 0.993 2.000 0.667 NA   0.707
 115696 115697 SP_0155 SP_0156     TRUE 0.993 12.000 0.227 0.014 Y 0.583
 115697 115698 SP_0156 SP_0157     TRUE 0.953 4.000 0.091 NA   -0.162
 115698 115699 SP_0157 SP_0158     TRUE 0.804 78.000 0.286 NA   0.593
 115700 115701 SP_0159 SP_0160     FALSE 0.040 310.000 0.000 NA   0.257
 115701 115702 SP_0160 SP_0161     TRUE 0.990 -3.000 0.392 NA   0.307
 115703 115704 SP_0162 SP_0163     FALSE 0.047 248.000 0.000 NA   0.170
 115704 115705 SP_0163 SP_0164     FALSE 0.079 153.000 0.000 NA   0.082
 115705 115706 SP_0164 SP_0165     TRUE 0.684 45.000 0.000 NA   0.761
 115706 115707 SP_0165 SP_0166     FALSE 0.076 221.000 0.000 0.042   0.351
 115707 115708 SP_0166 SP_0167     TRUE 0.876 -24.000 0.008 NA   -0.581
 115708 115709 SP_0167 SP_0168     TRUE 0.854 -3.000 0.000 NA   -0.320
 115709 5907068 SP_0168 SP_0169     FALSE 0.041 181.000 0.000 NA   NA
 5907068 115710 SP_0169 SP_0170     TRUE 0.659 -33.000 0.000 NA   NA
 115710 115711 SP_0170 SP_0171     TRUE 0.694 24.000 0.000 NA   -0.034
 115711 115712 SP_0171 SP_0172     FALSE 0.203 118.000 0.000 NA   0.575
 115712 115713 SP_0172 SP_0173   mutL FALSE 0.341 61.000 0.000 NA   -0.002
 115714 115715 SP_0174 SP_0175     FALSE 0.217 97.000 0.000 NA   0.398
 115715 115716 SP_0175 SP_0176     TRUE 0.993 1.000 0.054 0.003 Y 0.478
 115716 115717 SP_0176 SP_0177     TRUE 0.984 20.000 0.051 1.000 Y 0.431
 115717 115718 SP_0177 SP_0178     TRUE 0.996 -15.000 0.456 1.000 Y 0.725
 115719 115720 SP_0179 SP_0180 ruvA   TRUE 0.958 37.000 0.012 1.000 Y 0.456
 115720 115721 SP_0180 SP_0181     TRUE 0.965 -3.000 0.004 NA   0.627
 115722 115723 SP_0182 SP_0183     FALSE 0.054 188.000 0.000 NA   -0.011
 115723 115724 SP_0183 SP_0184     TRUE 0.774 -28.000 0.000 NA   0.125
 115724 115725 SP_0184 SP_0185     TRUE 0.971 -9.000 0.072 NA   0.276
 115726 115727 SP_0186 SP_0187 uvrA   TRUE 0.958 -7.000 0.008 1.000 N 0.321
 115727 115728 SP_0187 SP_0188     TRUE 0.776 5.000 0.000 NA   -0.112
 115728 115729 SP_0188 SP_0189   spxA TRUE 0.567 35.000 0.000 NA   -0.234
 115729 115730 SP_0189 SP_0190 spxA   TRUE 0.701 -31.000 0.000 NA   -0.449
 115730 115731 SP_0190 SP_0191     TRUE 0.788 -22.000 0.000 NA   0.069
 115731 115732 SP_0191 SP_0192     TRUE 0.456 87.000 0.016 NA   0.415
 115732 5907069 SP_0192 SP_0193     TRUE 0.745 4.000 0.000 NA   NA
 5907069 115733 SP_0193 SP_0194     TRUE 0.695 16.000 0.000 NA   NA
 115733 115734 SP_0194 SP_0195     TRUE 0.698 -34.000 0.000 NA   -0.343
 115734 115735 SP_0195 SP_0196     TRUE 0.794 -15.000 0.000 NA   -0.172
 115735 115736 SP_0196 SP_0197     FALSE 0.096 115.000 0.000 NA   -0.093
 115736 115737 SP_0197 SP_0198     TRUE 0.726 84.000 0.200 NA   0.639
 115737 115738 SP_0198 SP_0199     FALSE 0.041 254.000 0.000 NA   0.093
 115738 115739 SP_0199 SP_0200     FALSE 0.035 258.000 0.000 NA   -0.035
 115739 115740 SP_0200 SP_0201     TRUE 0.947 -22.000 0.095 NA   -0.032
 115740 115741 SP_0201 SP_0202     FALSE 0.341 120.000 0.057 NA   0.161
 115741 115742 SP_0202 SP_0203     TRUE 0.942 12.000 0.062 NA   0.143
 115742 115743 SP_0203 SP_0204     TRUE 0.917 44.000 0.292 NA   0.113
 115743 115744 SP_0204 SP_0205     TRUE 0.986 -7.000 0.159 1.000   0.683
 115744 115745 SP_0205 SP_0206     TRUE 0.976 -3.000 0.029 NA   0.766
 115745 115746 SP_0206 SP_0207     TRUE 0.884 -24.000 0.000 NA   0.574
 115746 115747 SP_0207 SP_0208   rpsJ FALSE 0.034 267.000 0.000 1.000   -0.047
 115747 115748 SP_0208 SP_0209 rpsJ rplC TRUE 0.757 217.000 0.467 0.040 Y 0.512
 115748 115749 SP_0209 SP_0210 rplC rplD TRUE 0.994 25.000 0.544 0.030 Y 0.641
 115749 115750 SP_0210 SP_0211 rplD rplW TRUE 0.995 0.000 0.307 0.030 Y NA
 115750 115751 SP_0211 SP_0212 rplW rplB TRUE 0.995 18.000 0.849 0.034 Y NA
 115751 115752 SP_0212 SP_0213 rplB rpsS TRUE 0.901 104.000 0.820 0.040 Y 0.049
 115752 115753 SP_0213 SP_0214 rpsS rplV TRUE 0.995 12.000 0.769 0.040 Y -0.006
 115753 115754 SP_0214 SP_0215 rplV rpsC TRUE 0.997 13.000 0.719 0.040 Y 0.696
 115754 115755 SP_0215 SP_0216 rpsC rplP TRUE 0.998 4.000 0.828 0.040 Y 0.617
 115755 115756 SP_0216 SP_0217 rplP rpmC TRUE 0.997 10.000 0.802 0.030 Y 0.626
 115756 115757 SP_0217 SP_0218 rpmC rpsQ TRUE 0.995 25.000 0.828 0.030 Y 0.359
 115757 115758 SP_0218 SP_0219 rpsQ rplN TRUE 0.993 26.000 0.791 0.040 Y 0.050
 115758 115759 SP_0219 SP_0220 rplN rplX TRUE 0.963 78.000 0.810 0.040 Y 0.537
 115759 115760 SP_0220 SP_0221 rplX rplE TRUE 0.996 24.000 0.758 0.030 Y 0.543
 115760 115761 SP_0221 SP_0222 rplE rpsN TRUE 0.993 18.000 0.309 0.030 Y 0.316
 115763 115764 SP_0224 SP_0225 rpsH rplF TRUE 0.826 192.000 0.808 0.030 Y 0.341
 115764 115765 SP_0225 SP_0226 rplF rplR TRUE 0.955 84.000 0.815 0.030 Y 0.753
 115765 115766 SP_0226 SP_0227 rplR rpsE TRUE 0.996 18.000 0.814 0.040 Y 0.185
 115766 115767 SP_0227 SP_0228 rpsE rpmD TRUE 0.996 14.000 0.789 0.040 Y 0.230
 115767 115768 SP_0228 SP_0229 rpmD rplO TRUE 0.881 145.000 0.653 0.005 Y 0.605
 115768 115769 SP_0229 SP_0230 rplO secY TRUE 0.990 13.000 0.730 1.000 N 0.782
 115769 115770 SP_0230 SP_0231 secY adk TRUE 0.424 151.000 0.241 1.000 N -0.192
 115770 115771 SP_0231 SP_0232 adk infA TRUE 0.437 117.000 0.059 1.000 N 0.405
 115771 115772 SP_0232 SP_0233 infA rpmJ TRUE 0.983 25.000 0.067 1.000 Y 0.532
 115772 115773 SP_0233 SP_0234 rpmJ rpsM TRUE 0.987 18.000 0.086 0.030 Y 0.364
 115773 115774 SP_0234 SP_0235 rpsM   TRUE 0.997 18.000 0.810 0.030 Y 0.706
 115774 115775 SP_0235 SP_0236     TRUE 0.951 43.000 0.308 1.000 N 0.520
 115775 115776 SP_0236 SP_0237   rplQ TRUE 0.990 12.000 0.873 1.000 N 0.293
 115776 115777 SP_0237 SP_0238 rplQ   FALSE 0.076 265.000 0.002 1.000 N 0.127
 115777 115778 SP_0238 SP_0239     TRUE 0.981 10.000 0.569 NA   0.244
 115778 115779 SP_0239 SP_0240     FALSE 0.153 244.000 0.008 NA   0.714
 5907070 115780 SP_0241 SP_0242     TRUE 0.789 -10.000 0.000 NA   NA
 115780 115781 SP_0242 SP_0243     TRUE 0.891 13.000 0.000 0.051 N 0.827
 115781 115782 SP_0243 SP_0244     FALSE 0.049 305.000 0.000 NA   0.331
 115782 115783 SP_0244 SP_0245     FALSE 0.052 175.000 0.000 NA   -0.360
 115784 115785 SP_0246 SP_0247     TRUE 0.992 13.000 0.188 0.042 Y 0.468
 115785 115786 SP_0247 SP_0248     FALSE 0.232 195.000 0.091 1.000 N -0.066
 115786 115787 SP_0248 SP_0249     TRUE 0.986 46.000 0.889 0.028 Y -0.077
 115787 115788 SP_0249 SP_0250     TRUE 0.998 -7.000 0.889 0.028 Y 0.033
 115788 115789 SP_0250 SP_0251     TRUE 0.440 151.000 0.132 1.000 N 0.415
 115789 115790 SP_0251 SP_0252     TRUE 0.976 19.000 0.368 1.000 N 0.155
 115790 115791 SP_0252 SP_0253   gldA TRUE 0.973 18.000 0.211 1.000 N 0.322
 115791 115792 SP_0253 SP_0254 gldA leuS FALSE 0.048 455.000 0.000 1.000 N 0.439
 115792 115793 SP_0254 SP_0255 leuS   FALSE 0.325 195.000 0.000 1.000 Y 0.404
 115793 115794 SP_0255 SP_0256     TRUE 0.956 12.000 0.037 0.016   0.649
 115794 5907071 SP_0256 SP_0257     FALSE 0.013 794.000 0.000 NA   NA
 115796 115797 SP_0259 SP_0260 ruvB   TRUE 0.937 -19.000 0.004 NA   0.585
 115797 115798 SP_0260 SP_0261     FALSE 0.064 231.000 0.000 NA   0.309
 115798 115799 SP_0261 SP_0262     TRUE 0.990 9.000 0.113 1.000 Y 0.766
 115799 115800 SP_0262 SP_0263     TRUE 0.942 22.000 0.040 1.000 N 0.921
 115800 115801 SP_0263 SP_0264     TRUE 0.969 13.000 0.095 1.000 N 0.545
 115801 115802 SP_0264 SP_0265     FALSE 0.332 99.000 0.002 1.000 N 0.422
 115802 115803 SP_0265 SP_0266     FALSE 0.166 193.000 0.003 1.000 N 0.396
 115803 115804 SP_0266 SP_0267     FALSE 0.204 119.000 0.000 NA N 0.828
 115806 115807 SP_0269 SP_0270     FALSE 0.364 56.000 0.000 NA   -0.222
 115807 115808 SP_0270 SP_0271   rpsL TRUE 0.917 -13.000 0.000 NA   0.615
 115808 115809 SP_0271 SP_0272 rpsL   TRUE 0.992 20.000 0.224 0.005 Y 0.767
 115809 115810 SP_0272 SP_0273     TRUE 0.640 425.000 0.579 1.000 Y 0.793
 115810 115811 SP_0273 SP_0274   polC FALSE 0.280 104.000 0.003 1.000 N 0.289
 115811 115812 SP_0274 SP_0275 polC   TRUE 0.491 102.000 0.000 NA Y 0.250
 115812 115813 SP_0275 SP_0276     TRUE 0.989 -7.000 0.400 NA   0.299
 115813 115814 SP_0276 SP_0277     TRUE 0.861 21.000 0.000 NA   0.712
 115814 115815 SP_0277 SP_0278     TRUE 0.933 22.000 0.095 NA   0.058
 115815 115816 SP_0278 SP_0279     TRUE 0.973 10.000 0.190 1.000   0.592
 115816 115817 SP_0279 SP_0280     FALSE 0.052 268.000 0.000 1.000   0.303
 115817 115818 SP_0280 SP_0281     FALSE 0.247 218.000 0.041 1.000 N 0.526
 115819 115820 SP_0282 SP_0283     TRUE 0.995 24.000 0.812 0.041 Y 0.966
 115820 115821 SP_0283 SP_0284     TRUE 0.995 28.000 0.943 0.041 Y 0.878
 115821 115822 SP_0284 SP_0285     FALSE 0.094 224.000 0.000 1.000   0.719
 115822 115823 SP_0285 SP_0286     FALSE 0.027 340.000 0.000 1.000   -0.070
 115824 115825 SP_0287 SP_0288     TRUE 0.704 68.000 0.034 NA   0.644
 115825 115826 SP_0288 SP_0289     FALSE 0.189 125.000 0.000 NA   0.558
 115826 115827 SP_0289 SP_0290     TRUE 0.987 2.000 0.006 0.005 Y 0.888
 115827 115828 SP_0290 SP_0291   folE TRUE 0.987 -19.000 0.024 1.000 Y 0.773
 115828 115829 SP_0291 SP_0292 folE   TRUE 0.943 43.000 0.005 1.000 Y 0.829
 115831 115832 SP_0294 SP_0295 rplM rpsI TRUE 0.996 19.000 0.601 0.030 Y 0.468
 115833 115834 SP_0296 SP_0297     FALSE 0.066 199.000 0.000 NA   0.217
 115834 115835 SP_0297 SP_0298     FALSE 0.029 302.000 0.000 NA   -0.067
 115836 115837 SP_0299 SP_0300     FALSE 0.241 179.000 0.000 NA Y NA
 115837 10348731 SP_0300 SP_0301     TRUE 0.778 -12.000 0.000 NA   NA
 10348731 115838 SP_0301 SP_0302     FALSE 0.380 49.000 0.000 NA   NA
 115838 115839 SP_0302 SP_0303   celA FALSE 0.046 190.000 0.000 1.000   -0.548
 115839 115840 SP_0303 SP_0304 celA   TRUE 0.798 52.000 0.066 NA   0.162
 115840 115841 SP_0304 SP_0305   celB FALSE 0.253 130.000 0.033 NA   -0.014
 115841 115842 SP_0305 SP_0306 celB   TRUE 0.545 118.000 0.128 0.028 N 0.747
 115842 115843 SP_0306 SP_0307     TRUE 0.973 1.000 0.043 0.028 N 0.356
 115843 115844 SP_0307 SP_0308   celC TRUE 0.965 10.000 0.000 0.028 Y 0.875
 115844 115845 SP_0308 SP_0309 celC   TRUE 0.942 31.000 0.105 NA   0.570
 115845 115846 SP_0309 SP_0310   celD TRUE 0.880 80.000 0.842 NA   0.920
 115846 115847 SP_0310 SP_0311 celD   FALSE 0.027 379.000 0.000 NA   0.059
 115847 115848 SP_0311 SP_0312     FALSE 0.019 575.000 0.000 NA   -0.134
 115850 5907072 SP_0314 SP_0315     FALSE 0.017 384.000 0.000 NA   NA
 115851 115852 SP_0316 SP_0317     TRUE 0.732 24.000 0.000 NA   0.134
 115852 115853 SP_0317 SP_0318     TRUE 0.985 10.000 0.167 NA Y -0.251
 115853 115854 SP_0318 SP_0319     TRUE 0.968 31.000 0.094 NA Y -0.286
 115854 115855 SP_0319 SP_0320     TRUE 0.973 19.000 0.197 1.000 N 0.429
 115856 115857 SP_0321 SP_0322     TRUE 0.957 12.000 0.160 1.000   -0.117
 115857 115858 SP_0322 SP_0323     TRUE 0.971 11.000 0.267 1.000   0.200
 115858 115859 SP_0323 SP_0324     TRUE 0.996 15.000 0.933 0.040 Y -0.312
 115859 115860 SP_0324 SP_0325     TRUE 0.998 -13.000 0.933 0.040 Y 0.718
 115860 115861 SP_0325 SP_0326     TRUE 0.920 0.000 0.002 NA N NA
 115861 115862 SP_0326 SP_0327     TRUE 0.820 22.000 0.006 NA   NA
 115862 115863 SP_0327 SP_0328     FALSE 0.073 116.000 0.000 NA   NA
 115863 115864 SP_0328 SP_0329     FALSE 0.042 178.000 0.000 NA   NA
 115864 115865 SP_0329 SP_0330     TRUE 0.892 60.000 0.562 NA   0.004
 5907073 115866 SP_0331 SP_0332     TRUE 0.678 11.000 0.000 NA   NA
 115866 115867 SP_0332 SP_0333     TRUE 0.952 16.000 0.105 NA   0.117
 115868 115869 SP_0334 SP_0335 mraW   TRUE 0.966 12.000 0.077 1.000 N 0.684
 115869 115870 SP_0335 SP_0336     TRUE 0.989 4.000 0.456 1.000 N 0.525
 115870 115871 SP_0336 SP_0337   mraY TRUE 0.986 2.000 0.038 1.000 Y -0.203
 115871 115872 SP_0337 SP_0338 mraY   FALSE 0.020 609.000 0.000 1.000 N -0.421
 115872 5907074 SP_0338 SP_0339     FALSE 0.081 107.000 0.000 NA   NA
 115873 115874 SP_0340 SP_0341     TRUE 0.385 95.000 0.006 NA   0.495
 115876 115877 SP_0343 SP_0344     FALSE 0.025 277.000 0.000 0.076   NA
 115877 2149466 SP_0344 SP_0345     FALSE 0.241 179.000 0.000 NA Y NA
 115878 115879 SP_0346 SP_0347     TRUE 0.992 2.000 0.583 1.000 N 0.912
 115879 115880 SP_0347 SP_0348     TRUE 0.996 9.000 0.636 1.000 Y 0.711
 115880 115881 SP_0348 SP_0349     TRUE 0.989 10.000 0.800 1.000 N 0.396
 115881 115882 SP_0349 SP_0350     FALSE 0.029 341.000 0.000 NA N -0.138
 115882 115883 SP_0350 SP_0351     TRUE 0.983 9.000 0.023 NA Y 0.426
 115883 115884 SP_0351 SP_0352     TRUE 0.772 5.000 0.000 NA   -0.146
 115884 115885 SP_0352 SP_0353     TRUE 0.971 -7.000 0.065 NA   0.256
 115885 115886 SP_0353 SP_0354     TRUE 0.873 1.000 0.000 NA   0.104
 115886 115887 SP_0354 SP_0355     TRUE 0.895 0.000 0.000 NA   0.176
 115887 115888 SP_0355 SP_0356     TRUE 0.926 -10.000 0.000 1.000   0.702
 115888 115889 SP_0356 SP_0357     TRUE 0.866 5.000 0.000 1.000   0.347
 115889 115890 SP_0357 SP_0358     TRUE 0.838 4.000 0.000 1.000   0.159
 115890 115891 SP_0358 SP_0359     TRUE 0.430 100.000 0.019 1.000   0.666
 115891 115892 SP_0359 SP_0360     TRUE 0.997 1.000 0.477 1.000 Y 0.177
 10348732 5907075 SP_0361 SP_0362     FALSE 0.221 67.000 0.000 NA   NA
 5907076 5907077 SP_0364 SP_0365     TRUE 0.724 -19.000 0.000 NA   NA
 115893 115894 SP_0366 SP_0367     FALSE 0.064 148.000 0.000 NA   -0.426
 115894 2149470 SP_0367 SP_0368     TRUE 0.514 35.000 0.000 NA   NA
 115895 115896 SP_0369 SP_0370   recU TRUE 0.990 -3.000 0.319 1.000   0.957
 115897 115898 SP_0371 SP_0372     TRUE 0.893 70.000 0.579 NA   0.557
 115898 115899 SP_0372 SP_0373     FALSE 0.040 486.000 0.000 NA   0.410
 115899 115900 SP_0373 SP_0374     TRUE 0.939 13.000 0.029 NA   0.325
 115900 115901 SP_0374 SP_0375     TRUE 0.433 76.000 0.005 NA   0.247
 115901 115902 SP_0375 SP_0376     TRUE 0.945 12.000 0.012 1.000 N 0.655
 115902 115903 SP_0376 SP_0377     FALSE 0.111 99.000 0.000 1.000   -0.228
 115903 115904 SP_0377 SP_0378     TRUE 0.688 18.000 0.000 NA   NA
 115905 115906 SP_0379 SP_0380     TRUE 0.589 43.000 0.000 NA   0.187
 115907 115908 SP_0381 SP_0382     TRUE 0.995 -18.000 0.281 0.005 Y 0.821
 115908 115909 SP_0382 SP_0383     TRUE 0.996 -13.000 0.312 0.003 Y 0.500
 115909 115910 SP_0383 SP_0384     TRUE 0.975 -16.000 0.097 1.000 N 0.539
 115910 115911 SP_0384 SP_0385     FALSE 0.345 77.000 0.005 NA   -0.386
 115911 115912 SP_0385 SP_0386     TRUE 0.995 -3.000 0.679 NA   0.556
 115912 115913 SP_0386 SP_0387     TRUE 0.997 14.000 0.853 0.013 Y 0.564
 115913 5907078 SP_0387 SP_0388     FALSE 0.083 104.000 0.000 NA   NA
 5907078 115914 SP_0388 SP_0389     FALSE 0.054 150.000 0.000 NA   NA
 115914 115915 SP_0389 SP_0390     TRUE 0.473 45.000 0.000 NA   -0.113
 115915 115916 SP_0390 SP_0391     TRUE 0.850 19.000 0.000 NA   0.969
 5907079 5907080 SP_0392 SP_0393     TRUE 0.826 0.000 0.000 NA   NA
 115917 115918 SP_0394 SP_0395     TRUE 0.969 24.000 0.336 0.027 N 0.164
 115918 115919 SP_0395 SP_0396     TRUE 0.980 2.000 0.131 0.027 N 0.368
 115919 115920 SP_0396 SP_0397     TRUE 0.928 62.000 0.062 1.000 Y 0.592
 115920 115921 SP_0397 SP_0398     FALSE 0.106 158.000 0.000 NA   0.317
 115921 5907081 SP_0398 SP_0399     TRUE 0.697 8.000 0.000 NA   NA
 5907081 115922 SP_0399 SP_0400   tig FALSE 0.021 304.000 0.000 NA   NA
 115923 115924 SP_0401 SP_0402     FALSE 0.250 279.000 0.099 1.000 N 0.690
 115924 115925 SP_0402 SP_0403     TRUE 0.969 4.000 0.080 1.000 N 0.382
 115926 115927 SP_0404 SP_0405     TRUE 0.969 -3.000 0.019 NA   0.374
 115927 115928 SP_0405 SP_0406     TRUE 0.390 104.000 0.070 1.000   0.066
 115930 115931 SP_0408 SP_0409     FALSE 0.039 218.000 0.000 NA   -0.275
 115931 115932 SP_0409 SP_0410     FALSE 0.096 110.000 0.000 NA   -0.213
 115933 115934 SP_0411 SP_0412     FALSE 0.147 213.000 0.003 NA   0.809
 115934 115935 SP_0412 SP_0413     TRUE 0.955 3.000 0.010 NA   0.575
 115935 115936 SP_0413 SP_0414     FALSE 0.147 84.000 0.000 NA   -0.483
 115937 115938 SP_0415 SP_0416     TRUE 0.589 94.000 0.098 0.041 N 0.935
 115938 115939 SP_0416 SP_0417     TRUE 0.983 0.000 0.070 1.000 N 0.784
 115939 115940 SP_0417 SP_0418   acpP TRUE 0.802 60.000 0.065 0.008   0.812
 115940 115941 SP_0418 SP_0419 acpP   TRUE 0.586 119.000 0.216 1.000   0.522
 115941 115942 SP_0419 SP_0420     TRUE 0.981 -7.000 0.099 1.000   0.867
 115942 115943 SP_0420 SP_0421   fabG TRUE 0.989 34.000 0.432 0.008 Y 0.922
 115943 115944 SP_0421 SP_0422 fabG   TRUE 0.985 22.000 0.056 1.000 Y 0.716
 115944 115945 SP_0422 SP_0423     TRUE 0.991 3.000 0.074 1.000 Y 0.849
 115945 115946 SP_0423 SP_0424   fabZ TRUE 0.994 -3.000 0.047 0.008 Y 0.741
 115946 115947 SP_0424 SP_0425 fabZ   TRUE 0.987 12.000 0.045 1.000 Y 0.671
 115947 115948 SP_0425 SP_0426     TRUE 0.975 37.000 0.090 0.003 Y 0.929
 115948 115949 SP_0426 SP_0427     TRUE 0.997 -3.000 0.234 0.002 Y 0.929
 115949 115950 SP_0427 SP_0428     TRUE 0.714 11.000 0.000 NA   -0.509
 115950 115951 SP_0428 SP_0429     TRUE 0.633 41.000 0.000 NA   0.249
 115951 115952 SP_0429 SP_0430     TRUE 0.991 -27.000 1.000 NA   0.497
 115952 115953 SP_0430 SP_0431     TRUE 0.867 13.000 0.000 NA   0.433
 115953 5907082 SP_0431 SP_0432     FALSE 0.040 182.000 0.000 NA   NA
 115954 115955 SP_0433 SP_0434 nusB   TRUE 0.984 -7.000 0.265 NA   0.066
 115955 115956 SP_0434 SP_0435     TRUE 0.908 22.000 0.031 NA   0.149
 115956 115957 SP_0435 SP_0436   gatB FALSE 0.355 129.000 0.000 1.000 Y -0.265
 115957 115958 SP_0436 SP_0437 gatB gatA TRUE 0.997 0.000 0.492 0.002 Y 0.240
 115958 115959 SP_0437 SP_0438 gatA gatC TRUE 0.998 0.000 0.643 0.002 Y 0.862
 115960 5907083 SP_0439 SP_0440 prfC   FALSE 0.023 283.000 0.000 NA   NA
 5907083 115961 SP_0440 SP_0441   rpmB FALSE 0.073 116.000 0.000 NA   NA
 115961 115962 SP_0441 SP_0442 rpmB   FALSE 0.334 157.000 0.044 NA   0.721
 115962 115963 SP_0442 SP_0443     TRUE 0.990 3.000 0.567 NA   0.471
 115965 115966 SP_0445 SP_0446   ilvH TRUE 0.996 -7.000 0.249 0.001 Y 0.982
 115966 115967 SP_0446 SP_0447 ilvH   TRUE 0.886 78.000 0.130 0.003 Y 0.995
 115967 115968 SP_0447 SP_0448     FALSE 0.339 77.000 0.000 NA   0.966
 115968 115969 SP_0448 SP_0449     FALSE 0.074 238.000 0.000 NA   0.965
 115969 115970 SP_0449 SP_0450     TRUE 0.611 50.000 0.000 NA   0.997
 115970 115971 SP_0450 SP_0451     FALSE 0.022 735.000 0.000 NA   0.111
 115972 115973 SP_0452 SP_0453     TRUE 0.998 0.000 0.758 1.000 Y 0.460
 115975 5907084 SP_0455 SP_0456     TRUE 0.580 27.000 0.000 NA   NA
 115979 115980 SP_0460 SP_0461     FALSE 0.062 265.000 0.000 NA   0.380
 115981 115982 SP_0462 SP_0463     FALSE 0.055 224.000 0.000 0.006   0.150
 115982 115983 SP_0463 SP_0464     TRUE 0.486 47.000 0.000 0.010   -0.037
 115985 115986 SP_0466 SP_0467     TRUE 0.911 95.000 0.909 NA Y NA
 115986 115987 SP_0467 SP_0468     TRUE 0.996 -13.000 0.800 NA Y -0.558
 5907085 115988 SP_0469 SP_0470     FALSE 0.074 115.000 0.000 NA   NA
 115988 115989 SP_0470 SP_0471     TRUE 0.935 -7.000 0.000 NA   0.622
 115992 115993 SP_0474 SP_0475     TRUE 0.958 -52.000 0.250 NA   -0.002
 115993 115994 SP_0475 SP_0476     FALSE 0.109 168.000 0.000 NA   0.373
 115994 115995 SP_0476 SP_0477     TRUE 0.942 10.000 0.000 1.000 Y -0.341
 115995 115996 SP_0477 SP_0478     TRUE 0.783 69.000 0.000 1.000 Y 0.640
 115997 115998 SP_0479 SP_0480   trkA TRUE 0.981 4.000 0.017 0.004 Y 0.061
 115999 116000 SP_0481 SP_0482     TRUE 0.963 15.000 0.068 NA   0.611
 116000 116001 SP_0482 SP_0483     FALSE 0.354 366.000 0.435 NA   0.621
 116001 116002 SP_0483 SP_0484     TRUE 0.987 -15.000 0.530 1.000   0.213
 116002 116003 SP_0484 SP_0486     FALSE 0.122 193.000 0.005 1.000 N 0.063
 116005 116006 SP_0488 SP_0489     TRUE 0.993 -10.000 0.600 1.000   0.730
 116006 116007 SP_0489 SP_0490     TRUE 0.940 28.000 0.105 1.000   0.957
 116007 116008 SP_0490 SP_0491     TRUE 0.831 5.000 0.000 NA   0.207
 116008 116009 SP_0491 SP_0492     TRUE 0.800 -28.000 0.000 NA   0.238
 116009 116010 SP_0492 SP_0493     FALSE 0.107 113.000 0.000 1.000 N -0.267
 116010 116011 SP_0493 SP_0494     FALSE 0.079 390.000 0.029 1.000 N -0.346
 116012 116013 SP_0495 SP_0496     FALSE 0.025 265.000 0.000 1.000   NA
 116014 116015 SP_0497 SP_0498     TRUE 0.829 -19.000 0.000 NA   0.199
 116015 116016 SP_0498 SP_0499   pgk TRUE 0.707 90.000 0.002 1.000 Y 0.550
 116016 116017 SP_0499 SP_0500 pgk   FALSE 0.139 136.000 0.002 NA   -0.041
 116017 116018 SP_0500 SP_0501     TRUE 0.701 77.000 0.154 NA   0.303
 116018 116019 SP_0501 SP_0502     TRUE 0.941 37.000 0.179 1.000 N 0.986
 116021 116022 SP_0504 SP_0505     FALSE 0.045 171.000 0.000 NA   NA
 116022 116023 SP_0505 SP_0506     FALSE 0.362 57.000 0.000 0.073 N NA
 116023 116024 SP_0506 SP_0507     FALSE 0.336 71.000 0.000 0.073   0.299
 116025 116026 SP_0508 SP_0509     TRUE 0.995 0.000 0.080 0.073 Y 0.681
 116026 116027 SP_0509 SP_0510     TRUE 0.996 13.000 0.564 0.073 Y 0.556
 116027 116028 SP_0510 SP_0511     FALSE 0.023 351.000 0.000 NA   -0.289
 116029 116030 SP_0512 SP_0513     TRUE 0.580 35.000 0.000 NA   -0.130
 116030 116031 SP_0513 SP_0514     TRUE 0.723 -28.000 0.000 NA   -0.184
 116031 116032 SP_0514 SP_0515   hrcA FALSE 0.126 164.000 0.003 NA   0.023
 116032 116033 SP_0515 SP_0516 hrcA   TRUE 0.928 27.000 0.051 1.000 N 0.973
 116033 116034 SP_0516 SP_0517   dnaK FALSE 0.287 489.000 0.026 0.007 Y 0.991
 116034 116035 SP_0517 SP_0518 dnaK   TRUE 0.919 2.000 0.000 NA   0.780
 116035 116036 SP_0518 SP_0519     FALSE 0.043 611.000 0.000 NA   0.784
 116037 116038 SP_0520 SP_0521     TRUE 0.934 10.000 0.063 NA   0.108
 116039 116040 SP_0522 SP_0523     TRUE 0.989 -3.000 0.167 NA N 0.563
 116042 116043 SP_0525 SP_0526     TRUE 0.988 5.000 0.500 NA   0.782
 116043 116044 SP_0526 SP_0527     TRUE 0.995 14.000 0.444 NA Y 0.782
 116045 116046 SP_0528 SP_0529     TRUE 0.853 57.000 0.250 1.000   -0.066
 116046 5907086 SP_0529 SP_0530   blpA TRUE 0.678 11.000 0.000 NA   NA
 116047 116048 SP_0531 SP_0532     FALSE 0.020 467.000 0.000 NA   -0.093
 116048 116049 SP_0532 SP_0533     TRUE 0.424 69.000 0.000 NA   0.476
 116049 116050 SP_0533 SP_0534     FALSE 0.052 235.000 0.000 NA   0.189
 116050 116051 SP_0534 SP_0535     FALSE 0.367 68.000 0.000 NA   0.299
 116051 116052 SP_0535 SP_0536     TRUE 0.866 -3.000 0.000 NA   -0.090
 116052 116053 SP_0536 SP_0537     FALSE 0.036 203.000 0.000 NA   NA
 116053 116054 SP_0537 SP_0538     TRUE 0.971 26.000 0.750 NA   NA
 116054 116055 SP_0538 SP_0539     FALSE 0.054 150.000 0.000 NA   NA
 116055 116056 SP_0539 SP_0540     TRUE 0.975 16.000 0.400 NA   -0.049
 116056 116057 SP_0540 SP_0541     FALSE 0.034 244.000 0.000 NA   -0.293
 116057 116058 SP_0541 SP_0542     TRUE 0.788 -18.000 0.000 NA   -0.073
 116058 116059 SP_0542 SP_0543     FALSE 0.018 641.000 0.000 NA   -0.204
 116059 116060 SP_0543 SP_0544     TRUE 0.753 85.000 0.500 NA   0.147
 116060 116061 SP_0544 SP_0545     TRUE 0.407 52.000 0.000 NA   -0.161
 116061 116062 SP_0545 SP_0546     TRUE 0.512 42.000 0.000 NA   -0.242
 116062 116063 SP_0546 SP_0547     FALSE 0.063 151.000 0.000 NA   -0.392
 116065 116066 SP_0549 SP_0550   trmB TRUE 0.978 -3.000 0.154 NA   -0.306
 116066 116067 SP_0550 SP_0552 trmB   FALSE 0.287 126.000 0.004 NA   0.597
 116067 116068 SP_0552 SP_0553   nusA TRUE 0.951 44.000 0.759 NA   -0.076
 116068 116069 SP_0553 SP_0554 nusA   TRUE 0.990 22.000 0.323 NA Y 0.209
 116069 116070 SP_0554 SP_0555     TRUE 0.992 -7.000 0.408 NA N 0.806
 116070 116071 SP_0555 SP_0556   infB TRUE 0.992 17.000 0.223 NA Y 0.371
 116071 116072 SP_0556 SP_0557 infB rbfA TRUE 0.633 251.000 0.530 1.000 Y -0.304
 116072 116073 SP_0557 SP_0558 rbfA   FALSE 0.037 243.000 0.000 NA   -0.090
 116073 116074 SP_0558 SP_0559     TRUE 0.834 2.000 0.000 NA   -0.037
 116076 116077 SP_0561 SP_0562     TRUE 0.981 0.000 0.229 NA   NA
 116077 116078 SP_0562 SP_0563     TRUE 0.953 10.000 0.114 NA   0.247
 116078 116079 SP_0563 SP_0564     TRUE 0.507 96.000 0.143 NA   0.063
 116079 116080 SP_0564 SP_0565     FALSE 0.033 413.000 0.000 1.000   0.265
 116080 116081 SP_0565 SP_0566     TRUE 0.980 -13.000 0.150 1.000   0.814
 116081 116082 SP_0566 SP_0567     TRUE 0.960 -15.000 0.053 NA   0.311
 116082 116083 SP_0567 SP_0568   valS TRUE 0.949 -7.000 0.008 NA   0.253
 116083 10348734 SP_0568 SP_0569 valS   FALSE 0.141 81.000 0.000 1.000   NA
 10348734 116084 SP_0569 SP_0570     TRUE 0.670 51.000 0.020 NA   NA
 116084 116085 SP_0570 SP_0571     FALSE 0.022 380.000 0.000 NA   -0.241
 116086 116087 SP_0573 SP_0574     FALSE 0.079 124.000 0.000 NA   -0.442
 116087 116088 SP_0574 SP_0575     FALSE 0.259 186.000 0.105 1.000   0.107
 116088 116089 SP_0575 SP_0576     FALSE 0.032 300.000 0.000 1.000   0.024
 116089 116090 SP_0576 SP_0577     TRUE 0.966 18.000 0.259 1.000   -0.153
 116090 116091 SP_0577 SP_0578     TRUE 0.994 13.000 0.318 1.000 Y 0.769
 116091 116092 SP_0578 SP_0579   pheS FALSE 0.047 482.000 0.000 1.000 N 0.459
 116092 116093 SP_0579 SP_0580 pheS   TRUE 0.939 0.000 0.009 1.000   -0.229
 116093 116094 SP_0580 SP_0581   pheT TRUE 0.452 77.000 0.007 1.000   0.269
 5907088 116096 SP_0583 SP_0584     FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 116096 116097 SP_0584 SP_0585     FALSE 0.032 261.000 0.000 1.000   -0.184
 116097 116098 SP_0585 SP_0586     TRUE 0.890 64.000 0.050 0.002 Y 0.185
 116100 116101 SP_0588 SP_0589     TRUE 0.937 16.000 0.006 1.000 N 0.571
 116101 116102 SP_0589 SP_0590     TRUE 0.943 12.000 0.017 1.000   0.509
 116102 116103 SP_0590 SP_0591   cysS TRUE 0.448 82.000 0.002 1.000   0.628
 116103 116104 SP_0591 SP_0592 cysS   TRUE 0.983 -7.000 0.129 1.000   0.919
 116104 116105 SP_0592 SP_0593     TRUE 0.934 4.000 0.017 NA   0.175
 116105 116107 SP_0593 SP_0595     FALSE 0.112 137.000 0.000 NA   0.253
 116107 116108 SP_0595 SP_0596     TRUE 0.860 -3.000 0.000 NA   -0.168
 116108 5907089 SP_0596 SP_0597     FALSE 0.055 146.000 0.000 NA   NA
 5907089 116109 SP_0597 SP_0598     FALSE 0.066 125.000 0.000 NA   NA
 116109 116110 SP_0598 SP_0599     TRUE 0.808 -37.000 0.000 NA   0.311
 116110 116111 SP_0599 SP_0600     TRUE 0.997 13.000 0.917 1.000 Y 0.832
 116111 116112 SP_0600 SP_0601     TRUE 0.983 52.000 0.542 1.000 Y 0.579
 116112 116113 SP_0601 SP_0602     FALSE 0.119 180.000 0.000 NA   0.523
 116113 116114 SP_0602 SP_0603     TRUE 0.500 49.000 0.000 NA   0.112
 116114 116115 SP_0603 SP_0604     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y 0.856
 116115 116116 SP_0604 SP_0605     FALSE 0.090 141.000 0.000 1.000 N -0.041
 116117 116118 SP_0606 SP_0607     FALSE 0.068 246.000 0.000 0.063 N 0.304
 116118 116119 SP_0607 SP_0608     TRUE 0.997 10.000 0.947 0.013 Y 0.320
 116119 116120 SP_0608 SP_0609     TRUE 0.995 13.000 0.400 0.047 Y 0.824
 116120 116121 SP_0609 SP_0610     TRUE 0.980 40.000 0.185 1.000 Y 0.512
 116122 116123 SP_0611 SP_0612     TRUE 0.657 34.000 0.000 NA   0.158
 116123 116124 SP_0612 SP_0613     TRUE 0.611 43.000 0.000 NA   0.256
 116124 116125 SP_0613 SP_0614     TRUE 0.794 69.000 0.143 NA   0.629
 116125 116126 SP_0614 SP_0615     TRUE 0.462 112.000 0.100 NA   0.333
 116126 116127 SP_0615 SP_0616     TRUE 0.996 5.000 0.467 0.008 Y 0.729
 116127 116128 SP_0616 SP_0617     TRUE 0.850 58.000 0.087 1.000 N 0.585
 116128 116129 SP_0617 SP_0618   uvrC TRUE 0.837 40.000 0.002 1.000 N 0.592
 116129 116130 SP_0618 SP_0619 uvrC   TRUE 0.916 -10.000 0.000 1.000   0.466
 116132 116133 SP_0621 SP_0622     TRUE 0.808 -13.000 0.000 NA   -0.160
 116133 116134 SP_0622 SP_0623     TRUE 0.933 13.000 0.051 1.000 N -0.228
 116134 116135 SP_0623 SP_0624     TRUE 0.750 54.000 0.031 NA N 0.154
 116135 5907090 SP_0624 SP_0625     FALSE 0.049 160.000 0.000 NA   NA
 5907090 116136 SP_0625 SP_0626     FALSE 0.051 156.000 0.000 NA   NA
 116136 116137 SP_0626 SP_0627     FALSE 0.110 98.000 0.000 1.000 N NA
 116137 116138 SP_0627 SP_0628     TRUE 0.961 -31.000 0.007 1.000 Y NA
 116138 116139 SP_0628 SP_0629     TRUE 0.954 3.000 0.007 1.000 N 0.770
 116139 116140 SP_0629 SP_0630   rplK FALSE 0.070 309.000 0.000 1.000 N 0.535
 116140 116141 SP_0630 SP_0631 rplK rplA TRUE 0.841 207.000 0.838 0.036 Y 0.824
 116141 5907091 SP_0631 SP_0632 rplA   FALSE 0.075 114.000 0.000 NA   NA
 5907091 116142 SP_0632 SP_0633     FALSE 0.020 315.000 0.000 NA   NA
 116142 116143 SP_0633 SP_0634     FALSE 0.028 303.000 0.000 NA   -0.101
 116145 116146 SP_0636 SP_0637     TRUE 0.971 2.000 0.098 NA   0.265
 116146 116147 SP_0637 SP_0638     TRUE 0.975 2.000 0.083 NA   0.438
 116147 116148 SP_0638 SP_0639     TRUE 0.674 36.000 0.000 NA   0.258
 116148 116149 SP_0639 SP_0640     TRUE 0.665 -63.000 0.000 NA   -0.581
 116149 116150 SP_0640 SP_0641     FALSE 0.040 732.000 0.000 1.000   0.480
 5907092 10348735 SP_0642 SP_0643     FALSE 0.083 104.000 0.000 NA   NA
 5907093 116151 SP_0644 SP_0645     FALSE 0.020 334.000 0.000 NA   NA
 116151 116152 SP_0645 SP_0646     TRUE 0.979 38.000 0.143 0.026 Y 0.887
 116152 116153 SP_0646 SP_0647     TRUE 0.869 48.000 0.000 0.037 Y 0.260
 116153 116154 SP_0647 SP_0648     FALSE 0.200 395.000 0.000 1.000 Y 0.635
 5907094 116155 SP_0649 SP_0650     FALSE 0.034 210.000 0.000 NA   NA
 5907095 116156 SP_0651 SP_0652     TRUE 0.744 -16.000 0.000 NA   NA
 116156 116157 SP_0652 SP_0653     TRUE 0.969 -7.000 0.100 NA   -0.365
 116157 116158 SP_0653 SP_0654     TRUE 0.743 -25.000 0.000 NA   -0.118
 116158 116159 SP_0654 SP_0655     TRUE 0.758 -64.000 0.000 NA   0.215
 116159 116161 SP_0655 SP_0657     FALSE 0.279 179.000 0.044 1.000   0.474
 116161 116162 SP_0657 SP_0658     FALSE 0.072 211.000 0.000 1.000   0.303
 116162 116163 SP_0658 SP_0659     TRUE 0.989 20.000 0.250 1.000 Y 0.091
 116163 116164 SP_0659 SP_0660     TRUE 0.841 188.000 0.875 1.000 Y 0.337
 116164 116165 SP_0660 SP_0661     FALSE 0.305 268.000 0.240 1.000   0.384
 116165 116166 SP_0661 SP_0662     TRUE 0.992 -3.000 0.480 0.012   0.298
 116166 116167 SP_0662 SP_0663     FALSE 0.380 116.000 0.020 NA   0.695
 116167 116168 SP_0663 SP_0664     FALSE 0.225 97.000 0.000 NA   0.432
 116168 116169 SP_0664 SP_0665     TRUE 0.548 61.000 0.000 1.000   0.585
 116169 116170 SP_0665 SP_0666     TRUE 0.950 1.000 0.006 NA   0.318
 116170 116171 SP_0666 SP_0667     TRUE 0.722 50.000 0.006 NA   0.303
 116171 116172 SP_0667 SP_0668     FALSE 0.242 124.000 0.015 NA   0.113
 116172 116173 SP_0668 SP_0669   thyA TRUE 0.391 97.000 0.006 1.000 N 0.510
 116175 116176 SP_0671 SP_0672 miaA   TRUE 0.951 -7.000 0.027 1.000   -0.151
 116176 116177 SP_0672 SP_0673     TRUE 0.957 -7.000 0.014 NA   0.286
 116177 116178 SP_0673 SP_0674     TRUE 0.934 15.000 0.022 NA   0.329
 116178 116179 SP_0674 SP_0675     TRUE 0.944 21.000 0.074 1.000   0.308
 116181 116182 SP_0677 SP_0678     TRUE 0.953 0.000 0.035 NA   NA
 116182 116183 SP_0678 SP_0679     FALSE 0.203 119.000 0.000 NA   0.617
 116185 116186 SP_0681 SP_0682     TRUE 0.922 20.000 0.015 NA   0.376
 116188 116189 SP_0684 SP_0685     TRUE 0.876 -3.000 0.000 NA   0.011
 116189 116190 SP_0685 SP_0686     FALSE 0.182 94.000 0.000 NA   0.243
 116190 116191 SP_0686 SP_0687     TRUE 0.995 2.000 1.000 NA   0.603
 116191 116192 SP_0687 SP_0688   murD FALSE 0.114 104.000 0.000 1.000 N -0.543
 116192 116193 SP_0688 SP_0689 murD murG TRUE 0.991 2.000 0.060 1.000 Y 0.392
 116193 116194 SP_0689 SP_0690 murG   TRUE 0.982 10.000 0.072 NA Y 0.180
 116194 116195 SP_0690 SP_0691     FALSE 0.217 110.000 0.000 NA   0.556
 116195 116196 SP_0691 SP_0692     TRUE 0.737 12.000 0.000 NA   -0.276
 116196 116197 SP_0692 SP_0693     FALSE 0.064 183.000 0.000 NA   0.124
 116197 116198 SP_0693 SP_0694     FALSE 0.085 134.000 0.000 NA   -0.024
 116198 116199 SP_0694 SP_0695     FALSE 0.060 343.000 0.000 1.000   0.742
 116199 116200 SP_0695 SP_0696     TRUE 0.940 -3.000 0.000 NA   0.734
 116200 5907096 SP_0696 SP_0697     FALSE 0.046 168.000 0.000 NA   NA
 5907096 116201 SP_0697 SP_0698     TRUE 0.811 -7.000 0.000 NA   NA
 116201 116202 SP_0698 SP_0699     TRUE 0.922 1.000 0.000 NA   0.430
 116203 116204 SP_0701 SP_0702   pyrE TRUE 0.946 34.000 0.006 1.000 Y 0.197
 116204 116205 SP_0702 SP_0703 pyrE   FALSE 0.029 233.000 0.000 NA   NA
 116205 116206 SP_0703 SP_0704     TRUE 0.700 96.000 0.667 NA   NA
 116206 116207 SP_0704 SP_0705     TRUE 0.980 -51.000 0.667 NA   0.227
 116207 116208 SP_0705 SP_0706     TRUE 0.990 4.000 1.000 NA   -0.239
 116208 116209 SP_0706 SP_0707     TRUE 0.994 -3.000 1.000 NA   -0.175
 5907098 116210 SP_0708 SP_0709     TRUE 0.696 12.000 0.000 NA   NA
 116210 116211 SP_0709 SP_0710     TRUE 0.998 1.000 0.773 1.000 Y 0.306
 116211 116212 SP_0710 SP_0711     TRUE 0.994 -40.000 0.841 0.013 Y -0.304
 10348736 116213 SP_0712 SP_0713   lysS FALSE 0.057 143.000 0.000 NA   NA
 116215 116216 SP_0715 SP_0716     FALSE 0.029 557.000 0.000 NA N 0.177
 116216 116217 SP_0716 SP_0717     FALSE 0.056 237.000 0.000 NA N 0.156
 116217 116218 SP_0717 SP_0718     TRUE 0.989 2.000 0.061 0.005 Y 0.041
 116218 116219 SP_0718 SP_0719     FALSE 0.024 559.000 0.000 NA   0.129
 116219 116220 SP_0719 SP_0720     TRUE 0.958 1.000 0.047 NA   -0.167
 116220 116221 SP_0720 SP_0721     TRUE 0.956 2.000 0.035 NA   0.201
 116221 116222 SP_0721 SP_0722     TRUE 0.921 11.000 0.050 NA   -0.085
 116222 116223 SP_0722 SP_0723     TRUE 0.961 5.000 0.052 NA   0.493
 116223 116224 SP_0723 SP_0724     TRUE 0.973 0.000 0.059 NA   0.254
 116224 116225 SP_0724 SP_0725     TRUE 0.994 -7.000 0.190 0.005 Y -0.061
 116227 116228 SP_0727 SP_0728     TRUE 0.977 11.000 0.250 NA   0.507
 116228 116229 SP_0728 SP_0729     FALSE 0.188 271.000 0.167 NA   -0.365
 116229 116230 SP_0729 SP_0730     FALSE 0.050 207.000 0.000 1.000 N -0.274
 116230 116231 SP_0730 SP_0731     TRUE 0.493 111.000 0.083 NA   0.522
 5907099 116232 SP_0732 SP_0733     TRUE 0.539 32.000 0.000 NA   NA
 116232 116233 SP_0733 SP_0734     FALSE 0.019 355.000 0.000 NA   NA
 10348737 116234 SP_0735 SP_0736     FALSE 0.069 121.000 0.000 NA   NA
 116235 116236 SP_0737 SP_0738     TRUE 0.881 -3.000 0.000 NA   0.061
 116238 116239 SP_0740 SP_0741     TRUE 0.861 20.000 0.000 1.000   0.785
 116239 116240 SP_0741 SP_0742     TRUE 0.693 59.000 0.012 NA   0.373
 116241 116242 SP_0743 SP_0744     TRUE 0.829 19.000 0.000 1.000 N 0.262
 116242 116243 SP_0744 SP_0745   upp TRUE 0.735 89.000 0.041 1.000 Y 0.097
 116243 116244 SP_0745 SP_0746 upp clpP FALSE 0.141 174.000 0.010 1.000 N -0.323
 116246 116247 SP_0748 SP_0749     TRUE 0.415 101.000 0.109 NA   -0.592
 116247 116248 SP_0749 SP_0750     TRUE 0.535 268.000 0.150 1.000 Y 0.956
 116248 116249 SP_0750 SP_0751     TRUE 0.995 4.000 0.363 0.045 Y 0.990
 116249 116250 SP_0751 SP_0752     TRUE 0.997 0.000 0.349 1.000 Y 0.997
 116250 116251 SP_0752 SP_0753     TRUE 0.995 0.000 0.128 0.038 Y 0.976
 116251 116252 SP_0753 SP_0754     FALSE 0.284 308.000 0.214 1.000   0.758
 116252 2149493 SP_0754 SP_0755   prfB FALSE 0.081 108.000 0.000 1.000   NA
 2149493 116253 SP_0755 SP_0756 prfB   TRUE 0.924 18.000 0.053 1.000 N NA
 116253 116254 SP_0756 SP_0757     TRUE 0.997 -7.000 0.431 1.000 Y 0.566
 116254 116255 SP_0757 SP_0758     FALSE 0.066 286.000 0.000 0.082 N 0.383
 116255 116256 SP_0758 SP_0759     TRUE 0.745 6.000 0.000 NA   -0.414
 116256 116257 SP_0759 SP_0760     FALSE 0.354 56.000 0.000 NA   -0.444
 116257 116258 SP_0760 SP_0761     FALSE 0.096 140.000 0.000 NA   0.154
 116258 116259 SP_0761 SP_0762     FALSE 0.071 215.000 0.000 1.000 N 0.246
 116259 116260 SP_0762 SP_0763     FALSE 0.042 291.000 0.000 NA   0.224
 116260 116261 SP_0763 SP_0764     FALSE 0.157 134.000 0.000 NA   0.447
 116261 116262 SP_0764 SP_0765   holA TRUE 0.768 34.000 0.002 1.000 N 0.016
 116262 116263 SP_0765 SP_0766 holA   FALSE 0.185 173.000 0.012 1.000 N 0.186
 116263 116264 SP_0766 SP_0767     FALSE 0.300 156.000 0.021 NA   0.643
 116264 116265 SP_0767 SP_0768     TRUE 0.926 21.000 0.016 NA   0.904
 116265 116266 SP_0768 SP_0769     TRUE 0.951 3.000 0.012 NA   0.921
 116266 116267 SP_0769 SP_0770     TRUE 0.966 2.000 0.027 NA   0.841
 116268 116269 SP_0771 SP_0772     FALSE 0.148 84.000 0.000 NA   -0.379
 116272 116273 SP_0775 SP_0776 rpsP   TRUE 0.981 20.000 0.385 1.000   0.501
 116273 116274 SP_0776 SP_0777     FALSE 0.017 565.000 0.000 NA   -0.428
 116274 116275 SP_0777 SP_0778   rimM TRUE 0.589 31.000 0.000 NA   -0.665
 116275 116276 SP_0778 SP_0779 rimM trmD TRUE 0.996 -10.000 0.672 1.000 Y -0.384
 116276 2149494 SP_0779 SP_0780 trmD   TRUE 0.825 12.000 0.002 1.000   NA
 116279 116280 SP_0783 SP_0784     FALSE 0.083 197.000 0.000 NA   0.339
 116281 116282 SP_0785 SP_0786     TRUE 0.991 -16.000 0.923 1.000 N 0.006
 116282 116283 SP_0786 SP_0787     TRUE 0.997 2.000 0.923 1.000 Y -0.016
 116283 116284 SP_0787 SP_0788   metG FALSE 0.295 124.000 0.003 1.000 N 0.513
 116284 116285 SP_0788 SP_0789 metG   FALSE 0.022 466.000 0.000 NA N -0.230
 116285 116286 SP_0789 SP_0790     TRUE 0.980 4.000 0.429 NA   -0.346
 116286 116287 SP_0790 SP_0791     FALSE 0.199 75.000 0.000 NA   -0.367
 116287 116288 SP_0791 SP_0792     TRUE 0.487 66.000 0.008 NA   -0.195
 116288 116289 SP_0792 SP_0793   fabG TRUE 0.991 -7.000 0.710 NA   0.001
 116289 116290 SP_0793 SP_0794 fabG   TRUE 0.946 11.000 0.067 1.000 N 0.203
 116290 116291 SP_0794 SP_0795     TRUE 0.572 53.000 0.000 1.000   0.376
 116291 116292 SP_0795 SP_0796     TRUE 0.808 -25.000 0.000 NA   0.225
 116292 116293 SP_0796 SP_0797     FALSE 0.097 123.000 0.000 NA   0.022
 116293 116294 SP_0797 SP_0798     FALSE 0.359 109.000 0.061 1.000 N -0.161
 116294 116295 SP_0798 SP_0799     TRUE 0.997 -10.000 0.606 1.000 Y 0.934
 116297 116298 SP_0801 SP_0802     FALSE 0.051 200.000 0.000 1.000 N -0.312
 116298 116299 SP_0802 SP_0803     TRUE 0.893 37.000 0.019 1.000 N 0.680
 116299 116300 SP_0803 SP_0804     TRUE 0.904 11.000 0.008 NA   0.279
 116300 116301 SP_0804 SP_0805     FALSE 0.190 76.000 0.000 NA   -0.660
 116301 116302 SP_0805 SP_0806   gyrB TRUE 0.890 15.000 0.013 1.000   -0.411
 116302 116303 SP_0806 SP_0807 gyrB   FALSE 0.385 82.000 0.011 1.000 N -0.053
 116304 116305 SP_0809 SP_0810     FALSE 0.019 355.000 0.000 NA   NA
 116305 116306 SP_0810 SP_0811     TRUE 0.611 32.000 0.000 NA   -0.080
 5907102 5907103 SP_0813 SP_0814     TRUE 0.826 0.000 0.000 NA   NA
 5907103 116307 SP_0814 SP_0815     TRUE 0.489 38.000 0.000 NA   NA
 116308 116309 SP_0816 SP_0817     FALSE 0.272 165.000 0.114 NA   -0.623
 2149499 116310 SP_0818 SP_0819     FALSE 0.217 198.000 0.000 NA Y NA
 116314 116315 SP_0823 SP_0824     TRUE 0.998 0.000 0.640 1.000 Y 0.772
 116315 116316 SP_0824 SP_0825     FALSE 0.258 179.000 0.017 1.000 N 0.756
 116316 116317 SP_0825 SP_0826     FALSE 0.172 138.000 0.009 NA   -0.112
 116317 5907104 SP_0826 SP_0827     TRUE 0.696 15.000 0.000 NA   NA
 5907104 116318 SP_0827 SP_0828     FALSE 0.022 298.000 0.000 NA   NA
 116318 116319 SP_0828 SP_0829     TRUE 0.974 14.000 0.018 1.000 Y -0.120
 116319 116320 SP_0829 SP_0830     TRUE 0.961 2.000 0.080 NA   -0.039
 116320 116321 SP_0830 SP_0831     TRUE 0.962 16.000 0.083 NA   0.847
 116321 116322 SP_0831 SP_0832     FALSE 0.018 464.000 0.000 NA   -0.439
 116322 116323 SP_0832 SP_0833     FALSE 0.253 67.000 0.000 NA   -0.398
 116323 116324 SP_0833 SP_0834     TRUE 0.833 25.000 0.000 1.000   0.736
 116324 116325 SP_0834 SP_0835     FALSE 0.044 654.000 0.000 1.000   0.756
 116326 116327 SP_0836 SP_0837     FALSE 0.070 140.000 0.000 1.000 N NA
 116327 116328 SP_0837 SP_0838   rpsT TRUE 0.652 53.000 0.002 1.000 N 0.212
 116328 116329 SP_0838 SP_0839 rpsT   TRUE 0.568 68.000 0.014 1.000 N 0.152
 116330 116331 SP_0840 SP_0841     FALSE 0.021 374.000 0.000 NA   -0.383
 116331 116332 SP_0841 SP_0842     TRUE 0.968 -3.000 0.044 1.000 N 0.050
 116332 116333 SP_0842 SP_0843     TRUE 0.989 18.000 0.106 1.000 Y 0.454
 116333 116334 SP_0843 SP_0844     TRUE 0.991 -13.000 0.051 1.000 Y 0.743
 116334 116335 SP_0844 SP_0845     TRUE 0.578 90.000 0.200 1.000   -0.067
 116335 116336 SP_0845 SP_0846     FALSE 0.199 144.000 0.024 1.000   -0.552
 116336 116337 SP_0846 SP_0847     TRUE 0.991 -7.000 0.438 1.000   0.353
 116337 116338 SP_0847 SP_0848     TRUE 0.992 3.000 0.720 0.044   0.739
 116338 5907105 SP_0848 SP_0849     FALSE 0.122 85.000 0.000 NA   NA
 5907105 5907106 SP_0849 SP_0850     TRUE 0.826 0.000 0.000 NA   NA
 116340 116341 SP_0852 SP_0853     TRUE 0.826 0.000 0.000 NA   NA
 116341 116342 SP_0853 SP_0854     TRUE 0.697 14.000 0.000 NA   NA
 116342 116343 SP_0854 SP_0855     FALSE 0.052 174.000 0.000 NA   -0.354
 116343 116344 SP_0855 SP_0856     FALSE 0.379 132.000 0.086 1.000 N 0.210
 116344 5907107 SP_0856 SP_0857     TRUE 0.628 23.000 0.000 NA   NA
 5907107 116345 SP_0857 SP_0858     FALSE 0.238 65.000 0.000 NA   NA
 116345 116346 SP_0858 SP_0859     TRUE 0.996 -3.000 0.939 NA   0.993
 116346 116347 SP_0859 SP_0860     TRUE 0.980 15.000 0.300 NA   0.922
 116347 116348 SP_0860 SP_0861     FALSE 0.055 168.000 0.000 NA   -0.294
 116348 5907108 SP_0861 SP_2245   tRNA-Tyr-2 FALSE 0.372 50.000 0.000 NA   NA
 5907108 5907109 SP_2245 SP_2246 tRNA-Tyr-2 tRNA-Gln-2 TRUE 0.672 10.000 0.000 NA   NA
 5907109 116349 SP_2246 SP_0862 tRNA-Gln-2 rpsA FALSE 0.048 162.000 0.000 NA   NA
 116350 116351 SP_0864 SP_0865     TRUE 0.976 0.000 0.030 NA N 0.859
 116351 116352 SP_0865 SP_0866     TRUE 0.890 28.000 0.067 NA   -0.315
 116352 116353 SP_0866 SP_0867     FALSE 0.128 150.000 0.003 NA   -0.160
 116353 116354 SP_0867 SP_0868     TRUE 0.984 28.000 0.139 1.000 Y 0.923
 116354 116355 SP_0868 SP_0869     TRUE 0.987 11.000 0.606 1.000 N 0.936
 116355 116356 SP_0869 SP_0870     TRUE 0.988 -13.000 0.292 1.000 N 0.776
 116356 116357 SP_0870 SP_0871     TRUE 0.893 54.000 0.152 0.002 N 0.810
 116360 5907111 SP_0874 SP_2247   tRNA-Ser-4 FALSE 0.159 77.000 0.000 NA   NA
 116361 116362 SP_0875 SP_0876     TRUE 0.998 -3.000 0.721 NA Y 0.560
 116362 116363 SP_0876 SP_0877     TRUE 0.998 -3.000 0.816 NA Y 0.450
 116363 116364 SP_0877 SP_0878     TRUE 0.440 86.000 0.010 0.059 N 0.341
 116366 116367 SP_0880 SP_0881     TRUE 0.983 9.000 0.349 1.000 N 0.797
 116367 116368 SP_0881 SP_0882     FALSE 0.148 135.000 0.005 NA   -0.534
 116368 116369 SP_0882 SP_0883     TRUE 0.641 22.000 0.000 NA   NA
 116369 116370 SP_0883 SP_0884     TRUE 0.829 -3.000 0.000 NA   NA
 116370 116371 SP_0884 SP_0885     TRUE 0.968 13.000 0.130 NA   0.965
 116371 116372 SP_0885 SP_0886     FALSE 0.031 507.000 0.000 1.000 N 0.195
 116372 116373 SP_0886 SP_0887     TRUE 0.990 13.000 0.092 0.066 Y 0.608
 116373 116374 SP_0887 SP_0888     FALSE 0.327 60.000 0.000 NA   -0.135
 116374 116375 SP_0888 SP_0889     TRUE 0.967 -3.000 0.009 NA   0.853
 116375 116376 SP_0889 SP_0890     FALSE 0.203 118.000 0.000 1.000   0.692
 116376 116377 SP_0890 SP_0891     TRUE 0.645 -55.000 0.000 0.066   NA
 116377 116378 SP_0891 SP_0892     FALSE 0.307 105.000 0.048 0.009   NA
 116379 116380 SP_0893 SP_0894     TRUE 0.869 17.000 0.000 1.000   0.471
 116381 116382 SP_0895 SP_0896 dnaE pfkA TRUE 0.594 82.000 0.098 1.000 N 0.159
 116382 116383 SP_0896 SP_0897 pfkA   TRUE 0.966 59.000 0.261 0.005 Y 0.659
 116385 116386 SP_0901 SP_0902     TRUE 0.745 4.000 0.000 NA   NA
 116388 116389 SP_0904 SP_0905     TRUE 0.994 -3.000 0.841 NA   0.217
 116389 116390 SP_0905 SP_0906     TRUE 0.972 1.000 0.091 NA   0.135
 116391 116392 SP_0907 SP_0908     FALSE 0.258 102.000 0.000 NA N 0.646
 116392 116393 SP_0908 SP_0909     TRUE 0.984 -13.000 0.215 NA   0.535
 116393 116394 SP_0909 SP_0910     TRUE 0.792 58.000 0.051 NA   0.448
 116396 116397 SP_0912 SP_0913     TRUE 0.992 2.000 0.855 1.000   0.157
 5907113 116398 SP_0914 SP_0915     TRUE 0.707 -22.000 0.000 NA   NA
 116401 116402 SP_0918 SP_0919     TRUE 0.993 -3.000 0.036 1.000 Y 0.754
 116402 116403 SP_0919 SP_0920     TRUE 0.998 0.000 0.444 1.000 Y 0.748
 116403 116404 SP_0920 SP_0921     TRUE 0.993 -3.000 0.025 1.000 Y 0.811
 116404 116405 SP_0921 SP_0922     TRUE 0.954 10.000 0.084 1.000   0.357
 116407 116408 SP_0924 SP_0925     TRUE 0.527 54.000 0.000 NA   0.310
 116410 116411 SP_0927 SP_0928     TRUE 0.987 -3.000 0.119 1.000 N 0.699
 116411 116412 SP_0928 SP_0929     TRUE 0.978 -10.000 0.082 1.000 N 0.844
 116412 116413 SP_0929 SP_0930     TRUE 0.906 3.000 0.000 1.000   0.494
 116413 116414 SP_0930 SP_0931     FALSE 0.278 101.000 0.003 1.000   0.309
 116414 116415 SP_0931 SP_0932   proA TRUE 0.993 10.000 0.281 0.002 Y 0.802
 116415 116416 SP_0932 SP_0933 proA   TRUE 0.986 4.000 0.009 0.002 Y 0.640
 116416 116417 SP_0933 SP_0934     TRUE 0.709 10.000 0.000 NA   -0.466
 116417 116418 SP_0934 SP_0935   tdk TRUE 0.742 8.000 0.000 NA   -0.211
 116418 116419 SP_0935 SP_0936 tdk   TRUE 0.991 -3.000 0.254 1.000 N 0.701
 116419 116420 SP_0936 SP_0937     TRUE 0.893 40.000 0.038 NA   0.606
 116420 116421 SP_0937 SP_0938     TRUE 0.968 3.000 0.043 NA   0.683
 116421 116422 SP_0938 SP_0939     FALSE 0.030 227.000 0.000 NA   NA
 116422 5907114 SP_0939 SP_0940     FALSE 0.079 109.000 0.000 NA   NA
 116423 116424 SP_0941 SP_0942     TRUE 0.982 17.000 0.750 NA   NA
 116425 116426 SP_0943 SP_0944   pyrH FALSE 0.327 78.000 0.002 1.000 N -0.327
 116426 116427 SP_0944 SP_0945 pyrH frr TRUE 0.981 9.000 0.626 1.000 N -0.472
 116427 116428 SP_0945 SP_0946 frr   TRUE 0.705 60.000 0.012 1.000   0.834
 116428 116429 SP_0946 SP_0947     TRUE 0.901 9.000 0.013 NA   0.094
 116429 116430 SP_0947 SP_0948     FALSE 0.325 86.000 0.010 NA   -0.004
 116430 5907115 SP_0948 SP_0949     FALSE 0.200 69.000 0.000 NA   NA
 5907115 116431 SP_0949 SP_0950     FALSE 0.039 183.000 0.000 NA   NA
 116431 116432 SP_0950 SP_0951     TRUE 0.967 3.000 0.065 NA   0.375
 116433 116434 SP_0953 SP_0954     TRUE 0.719 68.000 0.125 1.000 N 0.024
 116434 116435 SP_0954 SP_0955     TRUE 0.939 -16.000 0.002 1.000   0.589
 116435 116436 SP_0955 SP_0956     FALSE 0.061 179.000 0.000 NA   0.048
 116436 116437 SP_0956 SP_0957     TRUE 0.745 33.000 0.000 NA   0.380
 116437 116438 SP_0957 SP_0958     TRUE 0.989 4.000 0.500 NA   0.887
 116438 116439 SP_0958 SP_0959   infC FALSE 0.049 284.000 0.000 NA   0.302
 116439 116440 SP_0959 SP_0960 infC rpmI TRUE 0.993 33.000 0.652 1.000 Y 0.556
 116440 116441 SP_0960 SP_0961 rpmI rplT TRUE 0.985 52.000 0.928 0.025 Y 0.233
 116441 116442 SP_0961 SP_0962 rplT   TRUE 0.721 58.000 0.003 1.000 N 0.633
 116442 116443 SP_0962 SP_0963     FALSE 0.037 298.000 0.000 1.000 N -0.018
 116443 116444 SP_0963 SP_0964     TRUE 0.988 11.000 0.592 0.002 N 0.518
 116444 116445 SP_0964 SP_0965     FALSE 0.362 99.000 0.005 1.000   0.552
 116447 116448 SP_0967 SP_0968     TRUE 0.935 -19.000 0.035 NA   0.105
 116448 116449 SP_0968 SP_0969   era TRUE 0.932 17.000 0.063 1.000   -0.188
 116449 116450 SP_0969 SP_0970 era   TRUE 0.758 49.000 0.004 1.000   0.911
 116450 116451 SP_0970 SP_0971   coaE TRUE 0.966 0.000 0.066 1.000 N NA
 116451 116452 SP_0971 SP_0972 coaE   TRUE 0.909 -13.000 0.007 1.000 N NA
 116452 116453 SP_0972 SP_0973   rpmG TRUE 0.943 0.000 0.012 1.000 N NA
 116453 116454 SP_0973 SP_0974 rpmG secG TRUE 0.753 40.000 0.012 1.000 N NA
 116454 116455 SP_0974 SP_0975 secG   FALSE 0.383 102.000 0.064 1.000 N -0.215
 116455 116456 SP_0975 SP_0976   smpB TRUE 0.960 -37.000 0.143 0.028 N 0.292
 116456 116457 SP_0976 SP_0977 smpB   TRUE 0.918 16.000 0.002 1.000 N 0.430
 116457 116458 SP_0977 SP_0978     FALSE 0.200 73.000 0.000 NA   -0.605
 116458 116459 SP_0978 SP_0979     TRUE 0.959 19.000 0.204 NA   -0.026
 116459 116460 SP_0979 SP_0980     TRUE 0.967 2.000 0.024 1.000   0.552
 116460 116461 SP_0980 SP_0981   prsA TRUE 0.619 67.000 0.016 1.000   0.324
 116462 116463 SP_0984 SP_0985     TRUE 0.949 0.000 0.018 NA   -0.205
 116463 116464 SP_0985 SP_0986     TRUE 0.943 0.000 0.012 NA   -0.210
 116464 116465 SP_0986 SP_0987     TRUE 0.426 95.000 0.062 NA   0.086
 116466 116467 SP_0988 SP_0989     TRUE 0.943 10.000 0.015 1.000 N 0.657
 116467 116468 SP_0989 SP_0990     TRUE 0.953 -21.000 0.025 NA   0.746
 116468 116469 SP_0990 SP_0991     TRUE 0.954 17.000 0.041 NA   0.556
 116469 116470 SP_0991 SP_0992     TRUE 0.392 77.000 0.006 1.000   0.052
 116470 116471 SP_0992 SP_0993     TRUE 0.438 98.000 0.105 0.038   -0.210
 116471 116472 SP_0993 SP_0994     TRUE 0.979 3.000 0.105 1.000 N 0.633
 116472 2149515 SP_0994 SP_0995     FALSE 0.044 196.000 0.000 NA N NA
 2149515 10348739 SP_0995 SP_0996     FALSE 0.042 179.000 0.000 NA   NA
 10348739 116473 SP_0996 SP_0997     FALSE 0.048 161.000 0.000 NA   NA
 116473 116474 SP_0997 SP_0998     FALSE 0.108 147.000 0.000 NA   0.277
 116474 116475 SP_0998 SP_0999     FALSE 0.060 231.000 0.000 NA   0.282
 116475 116476 SP_0999 SP_1000     TRUE 0.995 11.000 0.500 1.000 Y 0.573
 116476 116477 SP_1000 SP_1001     FALSE 0.044 374.000 0.000 1.000 N 0.305
 116477 116478 SP_1001 SP_1002     FALSE 0.161 143.000 0.000 1.000 N 0.918
 116478 116479 SP_1002 SP_1003     TRUE 0.987 8.000 0.500 NA   0.608
 116479 116480 SP_1003 SP_1004     FALSE 0.090 210.000 0.000 NA   0.441
 116480 5907119 SP_1004 SP_1005     FALSE 0.030 226.000 0.000 NA   NA
 116485 116486 SP_1010 SP_1011     TRUE 0.476 82.000 0.003 0.059   0.604
 116487 5907120 SP_1012 SP_2248   tRNA-Thr-3 FALSE 0.088 100.000 0.000 NA   NA
 5907120 116488 SP_2248 SP_1013 tRNA-Thr-3   FALSE 0.019 342.000 0.000 NA   NA
 116488 116489 SP_1013 SP_1014   dapA TRUE 0.938 56.000 0.063 1.000 Y 0.985
 5907121 116490 SP_1015 SP_1016   trmE FALSE 0.048 162.000 0.000 NA   NA
 116490 116491 SP_1016 SP_1017 trmE   FALSE 0.257 137.000 0.003 1.000   0.659
 116492 116493 SP_1018 SP_1019     TRUE 0.952 -10.000 0.004 1.000   0.842
 116493 116494 SP_1019 SP_1020   prfA TRUE 0.913 10.000 0.002 1.000   0.646
 116494 116495 SP_1020 SP_1021 prfA   TRUE 0.995 0.000 0.084 1.000 Y 0.582
 116495 116496 SP_1021 SP_1022     TRUE 0.989 -13.000 0.029 NA Y 0.895
 116496 116497 SP_1022 SP_1023     TRUE 0.957 2.000 0.012 NA   0.934
 116497 116498 SP_1023 SP_1024   glyA TRUE 0.780 62.000 0.056 1.000   0.750
 116498 116499 SP_1024 SP_1025 glyA   TRUE 0.967 -25.000 0.103 NA   0.592
 116499 116500 SP_1025 SP_1026     TRUE 0.978 0.000 0.128 NA   0.134
 116500 116501 SP_1026 SP_1027     TRUE 0.550 74.000 0.019 NA   0.313
 116501 116502 SP_1027 SP_1028     TRUE 0.862 -31.000 0.000 NA   0.527
 116502 116503 SP_1028 SP_1029     TRUE 0.869 13.000 0.000 NA   0.451
 116503 116504 SP_1029 SP_1030     FALSE 0.019 739.000 0.000 1.000 N -0.432
 116504 116505 SP_1030 SP_1031     TRUE 0.496 171.000 0.250 NA   0.728
 116505 116506 SP_1031 SP_1032     FALSE 0.177 121.000 0.000 NA   0.459
 116506 116507 SP_1032 SP_1033     TRUE 0.997 -22.000 0.778 1.000 Y 0.549
 116507 116508 SP_1033 SP_1034     TRUE 0.998 0.000 0.800 0.042 Y 0.172
 116508 116509 SP_1034 SP_1035     TRUE 0.996 0.000 0.250 1.000 Y 0.322
 116511 116512 SP_1037 SP_1038     FALSE 0.089 125.000 0.000 NA   -0.042
 116512 116513 SP_1038 SP_1039     FALSE 0.039 684.000 0.000 NA   0.468
 116513 116514 SP_1039 SP_1040     TRUE 0.663 92.000 0.400 NA   -0.241
 116514 116515 SP_1040 SP_1041     FALSE 0.097 223.000 0.000 NA   0.636
 116515 116516 SP_1041 SP_1042     FALSE 0.024 313.000 0.000 NA   -0.371
 116516 116517 SP_1042 SP_1043     TRUE 0.731 62.000 0.125 NA   -0.474
 116517 116518 SP_1043 SP_1044     TRUE 0.430 58.000 0.000 NA   0.167
 116518 116519 SP_1044 SP_1045     FALSE 0.380 112.000 0.077 NA N -0.012
 116519 5907122 SP_1045 SP_1046     FALSE 0.047 164.000 0.000 NA   NA
 5907122 116520 SP_1046 SP_1047     FALSE 0.118 86.000 0.000 NA   NA
 116520 116521 SP_1047 SP_1048     TRUE 0.488 46.000 0.000 NA   0.009
 116521 116522 SP_1048 SP_1049     FALSE 0.114 140.000 0.000 NA   0.276
 116522 116523 SP_1049 SP_1050     FALSE 0.045 192.000 0.000 NA   -0.482
 116523 116524 SP_1050 SP_1051     TRUE 0.942 0.000 0.000 1.000   0.614
 116524 116525 SP_1051 SP_1052     TRUE 0.801 28.000 0.000 NA   0.844
 116525 116526 SP_1052 SP_1053     TRUE 0.896 3.000 0.000 NA   0.422
 116526 116527 SP_1053 SP_1054     FALSE 0.017 831.000 0.000 NA   -0.205
 116527 116528 SP_1054 SP_1055     TRUE 0.863 5.000 0.000 NA   0.343
 116528 116529 SP_1055 SP_1056     TRUE 0.814 -13.000 0.000 NA   -0.096
 116529 116530 SP_1056 SP_1057     FALSE 0.075 114.000 0.000 NA   NA
 116530 116531 SP_1057 SP_1058     FALSE 0.052 153.000 0.000 NA   NA
 116531 116532 SP_1058 SP_1059     FALSE 0.052 304.000 0.000 NA   0.367
 116532 116533 SP_1059 SP_1060     FALSE 0.064 220.000 0.000 NA   0.285
 116533 116534 SP_1060 SP_1061     TRUE 0.851 -3.000 0.000 NA   -0.750
 116534 116535 SP_1061 SP_1062     TRUE 0.775 14.000 0.000 1.000   0.028
 116535 116536 SP_1062 SP_1063     TRUE 0.961 -3.000 0.012 1.000   0.288
 116536 116537 SP_1063 SP_1064     FALSE 0.051 158.000 0.000 1.000   NA
 5907123 116539 SP_1066 SP_1067     FALSE 0.061 135.000 0.000 NA   NA
 116539 116540 SP_1067 SP_1068     TRUE 0.948 20.000 0.028 1.000 N 0.585
 116540 116541 SP_1068 SP_1069     FALSE 0.023 383.000 0.000 NA   -0.118
 116541 116542 SP_1069 SP_1070     TRUE 0.816 69.000 0.368 NA   0.124
 116542 116543 SP_1070 SP_1071     TRUE 0.996 -3.000 0.895 1.000   0.403
 116543 116544 SP_1071 SP_1072   dnaG FALSE 0.370 90.000 0.002 1.000   0.455
 116544 116545 SP_1072 SP_1073 dnaG   TRUE 0.983 3.000 0.209 1.000 N 0.861
 116545 116546 SP_1073 SP_1074     TRUE 0.956 14.000 0.044 NA   0.543
 116546 116547 SP_1074 SP_1075     FALSE 0.310 142.000 0.019 NA   0.529
 116547 116548 SP_1075 SP_1076     TRUE 0.993 16.000 0.413 0.013 Y 0.112
 116548 116549 SP_1076 SP_1077     TRUE 0.866 31.000 0.016 NA N 0.192
 116549 116550 SP_1077 SP_1078     TRUE 0.869 59.000 0.167 NA   0.634
 116550 116551 SP_1078 SP_1079   obgE TRUE 0.600 70.000 0.011 NA   0.512
 116551 116552 SP_1079 SP_1080 obgE   TRUE 0.896 10.000 0.009 NA   0.209
 116552 116553 SP_1080 SP_1081     FALSE 0.018 1143.000 0.000 NA   -0.040
 116553 116554 SP_1081 SP_1082     TRUE 0.961 16.000 0.052 1.000 N 0.734
 116554 116555 SP_1082 SP_1083     TRUE 0.991 -7.000 0.342 1.000 N 0.929
 116555 116556 SP_1083 SP_1084     TRUE 0.980 16.000 0.235 1.000 N 0.583
 116556 5907124 SP_1084 SP_1085     FALSE 0.018 380.000 0.000 NA   NA
 5907124 116557 SP_1085 SP_1086     TRUE 0.587 26.000 0.000 NA   NA
 116557 116558 SP_1086 SP_1087     FALSE 0.229 191.000 0.000 0.063 Y NA
 116558 116559 SP_1087 SP_1088   radC TRUE 0.947 43.000 0.005 0.014 Y 0.663
 116560 116561 SP_1089 SP_1090     TRUE 0.989 18.000 0.714 1.000   0.630
 116561 116562 SP_1090 SP_1091     TRUE 0.775 16.000 0.000 NA   0.049
 116562 116563 SP_1091 SP_1092     TRUE 0.739 -25.000 0.000 NA   -0.150
 116563 116564 SP_1092 SP_1093     TRUE 0.922 -28.000 0.056 NA   -0.166
 116564 116565 SP_1093 SP_1094     TRUE 0.962 5.000 0.166 NA   -0.115
 116565 116566 SP_1094 SP_1095     TRUE 0.953 43.000 0.089 1.000 Y -0.081
 116566 116567 SP_1095 SP_1096     TRUE 0.434 113.000 0.145 1.000   -0.024
 116568 116569 SP_1097 SP_1098   ppnK TRUE 0.989 -16.000 0.725 1.000   0.275
 116569 116570 SP_1098 SP_1099 ppnK   TRUE 0.986 -3.000 0.150 1.000 N 0.367
 116570 116571 SP_1099 SP_1100   eutD TRUE 0.896 44.000 0.067 1.000 N 0.546
 5907125 116572 SP_1101 SP_1102     FALSE 0.041 181.000 0.000 NA   NA
 116572 116573 SP_1102 SP_1103     TRUE 0.860 6.000 0.000 NA   0.361
 116574 116575 SP_1104 SP_1105   rplU FALSE 0.083 182.000 0.000 NA   0.295
 116575 116576 SP_1105 SP_1106 rplU   TRUE 0.992 16.000 0.208 NA Y 0.804
 116576 116577 SP_1106 SP_1107   rpmA TRUE 0.988 26.000 0.203 NA Y 0.680
 116578 116579 SP_1108 SP_1109     TRUE 0.855 -28.000 0.000 NA   0.453
 116582 116583 SP_1112 SP_1113     TRUE 0.390 106.000 0.098 NA   -0.174
 116583 116584 SP_1113 SP_1114     FALSE 0.027 426.000 0.000 1.000   0.131
 116584 116585 SP_1114 SP_1115     TRUE 0.955 3.000 0.019 1.000   0.429
 116585 116586 SP_1115 SP_1116     TRUE 0.820 80.000 0.600 NA   0.263
 116586 116587 SP_1116 SP_1117   ligA FALSE 0.364 93.000 0.002 NA   0.504
 116587 116588 SP_1117 SP_1118 ligA   FALSE 0.184 112.000 0.002 1.000 N -0.249
 116588 116589 SP_1118 SP_1119     FALSE 0.022 545.000 0.000 1.000 N -0.136
 116591 116592 SP_1121 SP_1122   glgC TRUE 0.997 -10.000 0.317 0.002 Y 0.681
 116592 116593 SP_1122 SP_1123 glgC   TRUE 0.998 -10.000 0.810 0.002 Y 0.542
 116593 116594 SP_1123 SP_1124   glgA TRUE 0.997 -3.000 0.395 1.000 Y 0.202
 116594 5907126 SP_1124 SP_1125 glgA   FALSE 0.283 59.000 0.000 NA   NA
 5907126 116595 SP_1125 SP_1126     TRUE 0.687 9.000 0.000 NA   NA
 116598 116599 SP_1129 SP_1130     FALSE 0.259 75.000 0.000 1.000   0.126
 116600 116601 SP_1131 SP_1132     FALSE 0.105 100.000 0.000 1.000   -0.437
 116601 116602 SP_1132 SP_1133     TRUE 0.758 11.000 0.000 NA   0.031
 116602 116603 SP_1133 SP_1134     FALSE 0.044 205.000 0.000 NA   -0.187
 116603 116604 SP_1134 SP_1135     TRUE 0.569 35.000 0.000 NA   -0.212
 116604 116605 SP_1135 SP_1136     TRUE 0.908 -3.000 0.000 NA   0.265
 116605 116606 SP_1136 SP_1137     TRUE 0.950 12.000 0.000 NA Y -0.093
 116608 116609 SP_1139 SP_1140     TRUE 0.451 47.000 0.000 NA   -0.141
 116609 116610 SP_1140 SP_1141     TRUE 0.808 8.000 0.000 NA   0.193
 116610 116611 SP_1141 SP_1142     TRUE 0.880 18.000 0.000 NA   0.575
 116611 116612 SP_1142 SP_1143     FALSE 0.072 197.000 0.000 NA   0.265
 116612 116613 SP_1143 SP_1144     TRUE 0.977 -10.000 0.095 NA   0.458
 116613 116614 SP_1144 SP_1145     TRUE 0.736 18.000 0.000 NA   -0.179
 116614 116615 SP_1145 SP_1146     TRUE 0.788 3.000 0.000 NA   -0.531
 10348740 116616 SP_1147 SP_1148     FALSE 0.092 98.000 0.000 NA   NA
 116616 116617 SP_1148 SP_1149     TRUE 0.517 109.000 0.000 NA Y 0.417
 116617 116618 SP_1149 SP_1150     FALSE 0.034 396.000 0.000 NA   0.274
 116619 116620 SP_1151 SP_1152     TRUE 0.993 -3.000 0.070 0.062 Y 0.278
 116620 116621 SP_1152 SP_1153     FALSE 0.120 215.000 0.010 NA   0.135
 116621 116622 SP_1153 SP_1154     FALSE 0.049 209.000 0.000 NA   0.002
 116622 116623 SP_1154 SP_1155   rbgA FALSE 0.019 447.000 0.000 1.000   -0.467
 116623 116624 SP_1155 SP_1156 rbgA rnhB TRUE 0.980 -13.000 0.148 1.000   0.765
 116624 116625 SP_1156 SP_1157 rnhB   TRUE 0.869 16.000 0.002 1.000 N -0.107
 116628 116629 SP_1160 SP_1161     TRUE 0.855 64.000 0.200 1.000 N 0.845
 116629 116630 SP_1161 SP_1162     TRUE 0.976 46.000 0.227 1.000 Y 0.821
 116630 116631 SP_1162 SP_1163     TRUE 0.583 218.000 0.103 0.045 Y 0.852
 116631 116632 SP_1163 SP_1164     TRUE 0.997 16.000 0.769 0.045 Y 0.629
 116634 116635 SP_1166 SP_1167   pyrC FALSE 0.079 285.000 0.000 1.000 N 0.712
 116635 116636 SP_1167 SP_1168 pyrC   TRUE 0.893 13.000 0.005 1.000 N 0.029
 116636 116637 SP_1168 SP_1169     TRUE 0.985 10.000 0.043 1.000 Y 0.802
 116637 116638 SP_1169 SP_1170     FALSE 0.174 138.000 0.000 NA   0.623
 116638 116639 SP_1170 SP_1171     TRUE 0.520 58.000 0.000 NA   0.372
 116639 116640 SP_1171 SP_1172     FALSE 0.031 251.000 0.000 NA   -0.476
 116640 116641 SP_1172 SP_1173     FALSE 0.285 90.000 0.000 NA   0.529
 116641 116642 SP_1173 SP_1174     FALSE 0.016 422.000 0.000 NA   NA
 116642 116643 SP_1174 SP_1175     FALSE 0.050 158.000 0.000 NA   NA
 116643 116644 SP_1175 SP_1176     FALSE 0.026 295.000 0.000 NA   -0.462
 116644 116645 SP_1176 SP_1177     TRUE 0.994 6.000 0.240 0.023 Y 0.594
 116646 116647 SP_1178 SP_1179     TRUE 0.786 81.000 0.562 1.000 N -0.121
 116647 116648 SP_1179 SP_1180   nrdF TRUE 0.791 188.000 0.500 0.002 Y 0.444
 116651 116652 SP_1183 SP_1184     TRUE 0.539 138.000 0.500 NA   -0.499
 116652 116653 SP_1184 SP_1185     TRUE 0.641 209.000 0.200 1.000 Y 0.361
 116653 116654 SP_1185 SP_1186     TRUE 0.997 0.000 0.600 0.023 Y -0.422
 116654 116655 SP_1186 SP_1187     TRUE 0.955 36.000 0.500 1.000   -0.001
 116655 116656 SP_1187 SP_1188     FALSE 0.048 238.000 0.000 NA   0.141
 116656 116657 SP_1188 SP_1189     TRUE 0.787 14.000 0.000 NA   0.099
 116657 116658 SP_1189 SP_1190     FALSE 0.028 333.000 0.000 NA   -0.027
 116658 116659 SP_1190 SP_1191     TRUE 0.998 2.000 0.800 0.001 Y 0.892
 116659 116660 SP_1191 SP_1192     TRUE 0.995 11.000 0.500 1.000 Y 0.774
 116660 116661 SP_1192 SP_1193     TRUE 0.989 31.000 0.333 0.001 Y 0.911
 116661 5907127 SP_1193 SP_1194     FALSE 0.050 157.000 0.000 NA   NA
 5907127 116662 SP_1194 SP_1195     TRUE 0.745 4.000 0.000 NA   NA
 116662 5907128 SP_1195 SP_1196     TRUE 0.693 17.000 0.000 NA   NA
 5907128 116663 SP_1196 SP_1197     TRUE 0.697 8.000 0.000 NA   NA
 116663 116664 SP_1197 SP_1198     TRUE 0.939 38.000 0.429 0.023   NA
 116664 116665 SP_1198 SP_1199     TRUE 0.837 0.000 0.000 0.023   NA
 116665 116666 SP_1199 SP_1200     FALSE 0.015 543.000 0.000 1.000   NA
 116666 116667 SP_1200 SP_1201     TRUE 0.461 79.000 0.002 1.000   0.729
 116667 116668 SP_1201 SP_1202     TRUE 0.953 2.000 0.005 1.000   0.787
 116668 116669 SP_1202 SP_1203     TRUE 0.955 7.000 0.037 1.000 N 0.876
 116669 116670 SP_1203 SP_1204     TRUE 0.979 -7.000 0.048 NA N 0.667
 116670 116671 SP_1204 SP_1205     FALSE 0.275 212.000 0.058 NA N 0.768
 116671 116672 SP_1205 SP_1206   xseB TRUE 0.976 -3.000 0.100 1.000 N -0.038
 116672 116673 SP_1206 SP_1207 xseB xseA TRUE 0.993 -22.000 0.412 0.001 Y 0.007
 116673 116674 SP_1207 SP_1208 xseA   FALSE 0.228 128.000 0.002 1.000 N 0.311
 116676 116677 SP_1210 SP_1211     FALSE 0.090 132.000 0.000 NA   0.046
 116677 116678 SP_1211 SP_1212   truB FALSE 0.096 149.000 0.000 NA   0.205
 116678 116679 SP_1212 SP_1213 truB   TRUE 0.892 10.000 0.014 NA   -0.002
 116679 5907129 SP_1213 SP_1214     FALSE 0.045 171.000 0.000 NA   NA
 5907129 116680 SP_1214 SP_1215     FALSE 0.054 148.000 0.000 NA   NA
 116680 116681 SP_1215 SP_1216     TRUE 0.703 -31.000 0.000 NA   -0.378
 116683 116684 SP_1218 SP_1219     FALSE 0.103 372.000 0.013 NA   0.436
 116686 116687 SP_1221 SP_1222     TRUE 0.595 165.000 0.542 0.061   0.399
 116687 116688 SP_1222 SP_1223     FALSE 0.280 69.000 0.000 NA   0.076
 116688 116689 SP_1223 SP_1224     TRUE 0.989 2.000 0.400 NA   0.418
 116689 116690 SP_1224 SP_1225     TRUE 0.598 31.000 0.000 NA   -0.290
 116690 116691 SP_1225 SP_1226     TRUE 0.969 2.000 0.038 1.000   0.497
 116691 116692 SP_1226 SP_1227     TRUE 0.998 -7.000 0.597 0.011 Y 0.624
 116692 116693 SP_1227 SP_1228     TRUE 0.726 56.000 0.002 1.000 N 0.698
 116693 116694 SP_1228 SP_1229     FALSE 0.056 358.000 0.000 1.000 N 0.424
 116695 116696 SP_1230 SP_1231     TRUE 0.932 12.000 0.013 NA   0.396
 116696 116697 SP_1231 SP_1232     TRUE 0.953 -16.000 0.019 NA   0.916
 116697 116698 SP_1232 SP_1233     FALSE 0.169 228.000 0.026 NA   0.339
 116698 116699 SP_1233 SP_1234     TRUE 0.947 12.000 0.107 NA   -0.139
 116700 116701 SP_1235 SP_1236     TRUE 0.504 69.000 0.021 1.000   -0.351
 116701 116702 SP_1236 SP_1237     TRUE 0.893 -34.000 0.014 0.013   0.080
 116702 116703 SP_1237 SP_1238     TRUE 0.863 10.000 0.002 1.000 N 0.056
 116703 116704 SP_1238 SP_1240     FALSE 0.305 77.000 0.002 NA   -0.307
 116705 116706 SP_1241 SP_1242     TRUE 0.997 0.000 0.326 1.000 Y 0.900
 116706 116707 SP_1242 SP_1243     FALSE 0.334 149.000 0.021 1.000 N 0.623
 116708 116709 SP_1244 SP_1245     TRUE 0.946 4.000 0.005 1.000   0.629
 116709 116710 SP_1245 SP_1246     TRUE 0.975 0.000 0.103 0.022   0.018
 116710 116711 SP_1246 SP_1247     TRUE 0.935 -3.000 0.006 1.000   -0.202
 116711 116712 SP_1247 SP_1248   rnc TRUE 0.979 -9.000 0.120 1.000 N 0.276
 116712 5907130 SP_1248 SP_2249 rnc tRNA-Arg-1 FALSE 0.039 183.000 0.000 NA   NA
 5907130 116713 SP_2249 SP_1249 tRNA-Arg-1   FALSE 0.244 64.000 0.000 NA   NA
 116713 116714 SP_1249 SP_1250     FALSE 0.085 175.000 0.000 NA N 0.172
 116714 116715 SP_1250 SP_1251     TRUE 0.995 -25.000 0.467 NA Y 0.461
 116715 116716 SP_1251 SP_1252     FALSE 0.057 164.000 0.000 NA   -0.320
 116716 116717 SP_1252 SP_1253     TRUE 0.826 0.000 0.000 NA   NA
 116717 116718 SP_1253 SP_1254     FALSE 0.049 160.000 0.000 NA   NA
 116718 116719 SP_1254 SP_1255     FALSE 0.054 219.000 0.000 NA   0.156
 116719 116720 SP_1255 SP_1256     TRUE 0.809 4.000 0.000 NA   0.007
 116720 5907131 SP_1256 SP_1257   leuB TRUE 0.829 -3.000 0.000 NA   NA
 5907131 116721 SP_1257 SP_1258 leuB   TRUE 0.696 12.000 0.000 NA   NA
 116721 116722 SP_1258 SP_1259     TRUE 0.712 19.000 0.000 NA   -0.529
 116722 116723 SP_1259 SP_1260     FALSE 0.085 365.000 0.040 NA   -0.254
 116723 116724 SP_1260 SP_1261     TRUE 0.464 93.000 0.015 NA   0.685
 116726 116727 SP_1263 SP_1264     FALSE 0.139 167.000 0.000 NA   0.595
 116727 116728 SP_1264 SP_1265     FALSE 0.030 259.000 0.000 NA   -0.345
 116728 116729 SP_1265 SP_1266     FALSE 0.043 512.000 0.000 NA   0.493
 116729 116730 SP_1266 SP_1267     FALSE 0.285 84.000 0.002 1.000 N -0.296
 116730 116731 SP_1267 SP_1268     TRUE 0.970 12.000 0.133 1.000   0.514
 116731 116732 SP_1268 SP_1269     TRUE 0.993 -10.000 0.667 NA   0.574
 116732 116733 SP_1269 SP_1270     TRUE 0.533 98.000 0.074 NA N 0.896
 116733 116734 SP_1270 SP_1271   ispD TRUE 0.987 5.000 0.367 1.000 N 0.631
 116735 116736 SP_1272 SP_1273     TRUE 0.980 10.000 0.500 NA   0.258
 116736 116737 SP_1273 SP_1274     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA Y 0.004
 116738 116739 SP_1275 SP_1276 carB   TRUE 0.462 313.000 0.117 0.001 Y 0.377
 116739 116740 SP_1276 SP_1277   pyrB TRUE 0.934 50.000 0.014 1.000 Y 0.918
 116740 116741 SP_1277 SP_1278 pyrB   TRUE 0.992 19.000 0.247 1.000 Y 0.944
 116741 116742 SP_1278 SP_1279     FALSE 0.058 211.000 0.000 1.000 N 0.043
 116742 116743 SP_1279 SP_1280     TRUE 0.962 0.000 0.002 NA   0.626
 116744 116745 SP_1281 SP_1282     FALSE 0.059 239.000 0.000 NA   0.293
 116746 116747 SP_1283 SP_1284     TRUE 0.986 2.000 0.222 NA   0.667
 116748 116749 SP_1285 SP_1286 gidB   FALSE 0.071 267.000 0.000 1.000 N 0.415
 116750 116751 SP_1287 SP_1288     TRUE 0.974 12.000 0.151 1.000   0.618
 116751 116752 SP_1288 SP_1289     TRUE 0.439 91.000 0.009 NA   0.748
 116753 116754 SP_1290 SP_1291     TRUE 0.926 13.000 0.035 1.000   0.042
 116754 116755 SP_1291 SP_1292     TRUE 0.602 43.000 0.000 1.000   0.221
 5907132 116756 SP_2250 SP_1293 tRNA-Arg-2 rplS TRUE 0.441 43.000 0.000 NA   NA
 116756 116757 SP_1293 SP_1294 rplS   FALSE 0.320 119.000 0.004 1.000 N 0.572
 116757 116758 SP_1294 SP_1295     TRUE 0.994 -6.000 0.160 0.073 Y -0.094
 116758 116759 SP_1295 SP_1296     TRUE 0.977 -3.000 0.023 1.000 N 0.581
 116759 116760 SP_1296 SP_1297     TRUE 0.443 116.000 0.167 1.000 N -0.558
 116761 116762 SP_1298 SP_1299   rpmE2 FALSE 0.352 96.000 0.020 1.000   0.167
 116763 5907133 SP_1300 SP_1301     TRUE 0.829 -3.000 0.000 NA   NA
 5907133 116764 SP_1301 SP_1302     TRUE 0.396 46.000 0.000 NA   NA
 116764 116765 SP_1302 SP_1303     FALSE 0.102 94.000 0.000 NA   NA
 116765 116766 SP_1303 SP_1304     FALSE 0.066 125.000 0.000 NA   NA
 116767 116768 SP_1305 SP_1306     TRUE 0.905 -3.000 0.000 NA   0.250
 116769 5907134 SP_1307 SP_1308     TRUE 0.700 13.000 0.000 NA   NA
 5907134 5907135 SP_1308 SP_1309     TRUE 0.693 17.000 0.000 NA   NA
 5907135 116770 SP_1309 SP_1310     TRUE 0.693 17.000 0.000 NA   NA
 116770 5907136 SP_1310 SP_1311     FALSE 0.105 93.000 0.000 NA   NA
 5907138 116771 SP_1313 SP_1314     TRUE 0.724 -19.000 0.000 NA   NA
 116771 116772 SP_1314 SP_1315     FALSE 0.037 219.000 0.000 NA   -0.507
 116772 116773 SP_1315 SP_1316     TRUE 0.987 23.000 0.238 0.002 Y 0.047
 116773 116774 SP_1316 SP_1317     TRUE 0.998 1.000 0.776 0.007 Y 0.625
 116774 116775 SP_1317 SP_1318     TRUE 0.906 63.000 0.021 0.007 Y 0.636
 116775 116776 SP_1318 SP_1319     TRUE 0.985 -10.000 0.021 0.007 Y -0.044
 116776 116777 SP_1319 SP_1320     TRUE 0.698 65.000 0.097 0.008   -0.162
 116777 116778 SP_1320 SP_1321     TRUE 0.861 34.000 0.045 0.008   -0.047
 116778 116779 SP_1321 SP_1322     TRUE 0.987 16.000 0.848 0.007   0.033
 116779 116780 SP_1322 SP_1323     TRUE 0.965 -10.000 0.029 1.000   0.415
 116780 116781 SP_1323 SP_1324     TRUE 0.969 25.000 0.333 NA   0.344
 116781 116782 SP_1324 SP_1325     TRUE 0.628 157.000 0.667 NA   0.326
 116782 116783 SP_1325 SP_1326     TRUE 0.874 10.000 0.000 1.000   0.602
 116783 116784 SP_1326 SP_1327     TRUE 0.966 2.000 0.000 NA Y -0.585
 116784 116785 SP_1327 SP_1328     TRUE 0.915 19.000 0.037 NA N -0.754
 116785 116786 SP_1328 SP_1329     TRUE 0.975 28.000 0.037 1.000 Y 0.870
 116786 116787 SP_1329 SP_1330     TRUE 0.989 25.000 1.000 1.000 N 0.771
 116787 116788 SP_1330 SP_1331     TRUE 0.934 5.000 0.040 1.000 N -0.402
 116788 116789 SP_1331 SP_1332     FALSE 0.027 399.000 0.000 NA   0.109
 116789 116790 SP_1332 SP_1333     TRUE 0.843 3.000 0.000 NA   0.140
 116790 116791 SP_1333 SP_1334     TRUE 0.742 13.000 0.000 NA   -0.273
 116791 116792 SP_1334 SP_1335     FALSE 0.050 158.000 0.000 NA   NA
 116792 116793 SP_1335 SP_1336     FALSE 0.032 218.000 0.000 NA   NA
 116793 116794 SP_1336 SP_1337     FALSE 0.118 182.000 0.000 0.060   0.517
 116794 116795 SP_1337 SP_1338     FALSE 0.055 262.000 0.000 NA   0.318
 116795 116796 SP_1338 SP_1339     FALSE 0.050 180.000 0.000 NA   -0.246
 116796 116797 SP_1339 SP_1340     FALSE 0.094 133.000 0.000 NA   0.085
 116797 116798 SP_1340 SP_1341     TRUE 0.913 3.000 0.000 1.000   0.705
 116798 116799 SP_1341 SP_1342     TRUE 0.966 15.000 0.000 1.000 Y 0.408
 116799 116800 SP_1342 SP_1343     TRUE 0.945 -3.000 0.000 1.000 N 0.774
 116800 116801 SP_1343 SP_1344     TRUE 0.947 33.000 0.182 1.000   0.892
 116801 116802 SP_1344 SP_1345     FALSE 0.102 163.000 0.000 NA   0.318
 116802 116803 SP_1345 SP_1346     FALSE 0.028 245.000 0.000 NA   NA
 116803 116804 SP_1346 SP_1347     FALSE 0.105 93.000 0.000 NA   NA
 116804 116805 SP_1347 SP_1348     TRUE 0.700 13.000 0.000 NA   NA
 116805 116806 SP_1348 SP_1349     FALSE 0.323 55.000 0.000 NA   NA
 116806 116807 SP_1349 SP_1350     TRUE 0.697 8.000 0.000 NA   NA
 116807 116808 SP_1350 SP_1351     TRUE 0.826 0.000 0.000 NA   NA
 116808 116809 SP_1351 SP_1352     FALSE 0.040 182.000 0.000 NA   NA
 116809 116810 SP_1352 SP_1353     FALSE 0.021 304.000 0.000 NA   NA
 116810 116811 SP_1353 SP_1354   rplL TRUE 0.861 19.000 0.000 NA   0.860
 116811 116812 SP_1354 SP_1355 rplL rplJ TRUE 0.969 76.000 0.884 0.023 Y 0.518
 116812 116813 SP_1355 SP_1356 rplJ   FALSE 0.039 249.000 0.000 1.000 N -0.300
 116813 116814 SP_1356 SP_1357     FALSE 0.044 392.000 0.000 1.000 N 0.324
 116814 116815 SP_1357 SP_1358     TRUE 0.996 -37.000 0.895 0.008 Y 0.938
 116815 116816 SP_1358 SP_1359     TRUE 0.797 58.000 0.035 1.000 N 0.811
 116816 116817 SP_1359 SP_1360     FALSE 0.070 295.000 0.000 1.000 N 0.894
 116817 116818 SP_1360 SP_1361     TRUE 0.990 2.000 0.036 1.000 Y 0.933
 116818 116819 SP_1361 SP_1362     FALSE 0.290 151.000 0.044 NA N 0.243
 116819 116820 SP_1362 SP_1363     FALSE 0.049 200.000 0.000 NA   -0.053
 116820 116821 SP_1363 SP_1364     TRUE 0.966 29.000 0.333 NA   0.419
 116821 116822 SP_1364 SP_1365     TRUE 0.978 16.000 0.222 NA   0.741
 116822 116823 SP_1365 SP_1366     TRUE 0.986 2.000 0.250 NA   0.898
 116823 116824 SP_1366 SP_1367     TRUE 0.998 -10.000 0.667 NA Y 0.538
 116824 116825 SP_1367 SP_1368     FALSE 0.053 279.000 0.000 NA N 0.273
 116825 116826 SP_1368 SP_1369     TRUE 0.974 -3.000 0.025 NA N 0.942
 116826 116827 SP_1369 SP_1370     TRUE 0.993 -3.000 0.025 1.000 Y 0.692
 116827 116828 SP_1370 SP_1371     TRUE 0.991 -7.000 0.012 1.000 Y 0.741
 116828 116829 SP_1371 SP_1372     FALSE 0.316 92.000 0.003 NA   0.289
 116829 116830 SP_1372 SP_1373     TRUE 0.957 11.000 0.058 NA   0.639
 116830 116831 SP_1373 SP_1374     TRUE 0.978 10.000 0.010 1.000 Y 0.953
 116831 116832 SP_1374 SP_1375   aroB TRUE 0.989 10.000 0.110 0.003 Y 0.823
 116832 116833 SP_1375 SP_1376 aroB aroE TRUE 0.980 19.000 0.010 1.000 Y 0.833
 116833 116834 SP_1376 SP_1377 aroE aroD TRUE 0.997 -10.000 0.500 1.000 Y 0.760
 116834 116835 SP_1377 SP_1378 aroD   TRUE 0.986 -3.000 0.125 NA   0.737
 116837 116838 SP_1380 SP_1381     TRUE 0.966 -46.000 0.341 NA   0.066
 116840 116841 SP_1383 SP_1384 alaS   TRUE 0.913 22.000 0.006 NA   0.770
 116841 116842 SP_1384 SP_1385     FALSE 0.030 263.000 0.000 NA   -0.366
 116842 116843 SP_1385 SP_1386     FALSE 0.031 253.000 0.000 NA   -0.537
 116843 116844 SP_1386 SP_1387     TRUE 0.997 -3.000 0.253 0.039 Y 0.630
 116844 116845 SP_1387 SP_1388     TRUE 0.997 -3.000 0.492 0.039 Y 0.314
 116845 116846 SP_1388 SP_1389     TRUE 0.995 -40.000 0.928 0.039 Y 0.068
 116846 116847 SP_1389 SP_1390   murB TRUE 0.733 59.000 0.041 1.000 N 0.212
 116847 116848 SP_1390 SP_1391 murB   FALSE 0.181 112.000 0.005 NA   -0.487
 116848 116849 SP_1391 SP_1392     TRUE 0.949 10.000 0.042 NA   0.526
 116851 116852 SP_1394 SP_1395     FALSE 0.152 157.000 0.000 NA N 0.500
 116852 116853 SP_1395 SP_1396     TRUE 0.995 12.000 0.413 NA Y 0.518
 116853 116854 SP_1396 SP_1397     TRUE 0.996 13.000 0.542 0.002 Y 0.699
 116854 116855 SP_1397 SP_1398     TRUE 0.995 11.000 0.490 0.004 Y 0.799
 116855 116856 SP_1398 SP_1399     TRUE 0.998 -10.000 0.907 0.004 Y 0.723
 116856 116857 SP_1399 SP_1400     TRUE 0.996 0.000 0.206 1.000 Y 0.849
 116859 116860 SP_1402 SP_1403     TRUE 0.981 1.000 0.229 NA N -0.383
 116860 116861 SP_1403 SP_1404     TRUE 0.981 -10.000 0.337 NA   NA
 116861 116862 SP_1404 SP_1405   spxA TRUE 0.977 0.000 0.169 NA   NA
 116862 116863 SP_1405 SP_1406 spxA   FALSE 0.042 210.000 0.000 NA   -0.248
 116863 116864 SP_1406 SP_1407     TRUE 0.989 -10.000 0.330 NA   0.540
 116864 116865 SP_1407 SP_1408     TRUE 0.960 11.000 0.055 1.000 N 0.638
 116865 116866 SP_1408 SP_1409     TRUE 0.956 5.000 0.060 1.000 N 0.258
 116866 116867 SP_1409 SP_1410     FALSE 0.373 84.000 0.021 NA   -0.264
 116867 116868 SP_1410 SP_1411     TRUE 0.974 16.000 0.206 NA   0.410
 116868 116869 SP_1411 SP_1412     TRUE 0.965 1.000 0.079 NA   -0.198
 116869 116870 SP_1412 SP_1413     TRUE 0.993 -7.000 0.494 1.000 N 0.656
 116870 116871 SP_1413 SP_1414     FALSE 0.185 127.000 0.011 1.000   -0.781
 116871 116872 SP_1414 SP_1415     FALSE 0.244 146.000 0.011 1.000   0.369
 116875 116876 SP_1419 SP_1420   nadE FALSE 0.118 350.000 0.007 1.000 N 0.596
 116876 116877 SP_1420 SP_1421 nadE   TRUE 0.996 -3.000 0.194 0.003 Y 0.845
 116877 116878 SP_1421 SP_1422     FALSE 0.341 116.000 0.021 NA   0.375
 116878 116879 SP_1422 SP_1423     TRUE 0.980 -10.000 0.103 NA   0.688
 116879 116880 SP_1423 SP_1424     FALSE 0.019 434.000 0.000 NA   -0.282
 116880 116881 SP_1424 SP_1425     TRUE 0.729 16.000 0.000 NA   -0.656
 116881 116882 SP_1425 SP_1426     TRUE 0.780 10.000 0.000 NA   0.152
 116882 116883 SP_1426 SP_1427     FALSE 0.020 335.000 0.000 1.000   NA
 116883 116884 SP_1427 SP_1428     FALSE 0.071 249.000 0.008 1.000   NA
 116884 116885 SP_1428 SP_1429     TRUE 0.863 15.000 0.008 1.000   NA
 5907140 116886 SP_1430 SP_1431     TRUE 0.829 -3.000 0.000 NA   NA
 116886 116887 SP_1431 SP_1432     FALSE 0.033 242.000 0.000 NA   -0.386
 116889 116890 SP_1434 SP_1435     TRUE 0.990 -40.000 0.294 0.008 Y 0.211
 116890 116891 SP_1435 SP_1436     TRUE 0.768 11.000 0.000 NA   0.085
 116891 116892 SP_1436 SP_1437     TRUE 0.992 15.000 1.000 NA   0.653
 116892 116893 SP_1437 SP_1438     TRUE 0.903 -12.000 0.000 1.000   0.391
 116893 116894 SP_1438 SP_1439     FALSE 0.058 141.000 0.000 1.000   NA
 116894 10348741 SP_1439 SP_1440     FALSE 0.029 234.000 0.000 NA   NA
 5907141 116895 SP_1441 SP_1442     FALSE 0.221 67.000 0.000 NA   NA
 116895 116896 SP_1442 SP_1443     TRUE 0.724 -19.000 0.000 NA   NA
 116900 116901 SP_1447 SP_1448     TRUE 0.913 9.000 0.047 1.000   NA
 116901 116902 SP_1448 SP_1449     TRUE 0.992 -3.000 0.326 NA   0.716
 116902 116903 SP_1449 SP_1450     FALSE 0.189 84.000 0.000 NA   0.098
 116903 116904 SP_1450 SP_1451     TRUE 0.976 2.000 0.143 1.000   0.268
 116904 116905 SP_1451 SP_1452     TRUE 0.750 22.000 0.000 NA   0.131
 116905 116906 SP_1452 SP_1453     TRUE 0.877 37.000 0.013 NA   0.605
 116906 116907 SP_1453 SP_1454     FALSE 0.177 94.000 0.000 NA   0.220
 116907 116908 SP_1454 SP_1455     FALSE 0.149 143.000 0.000 NA   0.469
 116909 116910 SP_1456 SP_1457 def   TRUE 0.923 45.000 0.002 1.000 Y 0.430
 116911 116912 SP_1458 SP_1459     TRUE 0.699 66.000 0.117 NA   -0.385
 116912 116913 SP_1459 SP_1460     TRUE 0.819 66.000 0.364 NA   -0.391
 116913 116914 SP_1460 SP_1461     TRUE 0.997 0.000 0.310 1.000 Y 0.909
 116914 116915 SP_1461 SP_1462     FALSE 0.271 158.000 0.010 1.000 N 0.539
 116915 116916 SP_1462 SP_1463     TRUE 0.980 -6.000 0.050 1.000 N 0.591
 116916 116917 SP_1463 SP_1464     TRUE 0.973 0.000 0.019 1.000   0.766
 116918 116919 SP_1465 SP_1466     TRUE 0.986 -3.000 0.146 1.000   0.879
 116920 116921 SP_1467 SP_1468     TRUE 0.997 1.000 0.488 NA Y 0.402
 116921 116922 SP_1468 SP_1469     FALSE 0.188 152.000 0.005 1.000   0.296
 116923 116924 SP_1470 SP_1471     TRUE 0.877 60.000 0.243 NA   0.892
 116924 116925 SP_1471 SP_1472     TRUE 0.984 19.000 0.588 NA   0.348
 116926 116927 SP_1473 SP_1474   glyS TRUE 0.778 42.000 0.020 NA   -0.171
 116927 116928 SP_1474 SP_1475 glyS glyQ TRUE 0.723 212.000 0.651 0.001 Y -0.249
 116928 116929 SP_1475 SP_1476 glyQ   FALSE 0.045 371.000 0.003 NA   -0.502
 116929 116930 SP_1476 SP_1477     TRUE 0.869 -18.000 0.000 NA   0.342
 116930 116931 SP_1477 SP_1478     FALSE 0.033 255.000 0.000 1.000   -0.197
 116931 116932 SP_1478 SP_1479     FALSE 0.216 114.000 0.000 1.000   0.621
 116932 116933 SP_1479 SP_1480     FALSE 0.089 235.000 0.000 NA   0.711
 116933 116934 SP_1480 SP_1481     TRUE 0.683 25.000 0.000 NA   -0.023
 116935 116936 SP_1482 SP_1483     TRUE 0.980 -3.000 0.200 1.000   -0.411
 5907142 116937 SP_1484 SP_1485     FALSE 0.146 79.000 0.000 NA   NA
 116937 5907143 SP_1485 SP_1486     TRUE 0.826 0.000 0.000 NA   NA
 5907143 116938 SP_1486 SP_1487     FALSE 0.331 54.000 0.000 NA   NA
 116938 116939 SP_1487 SP_1488     FALSE 0.068 123.000 0.000 NA   NA
 116939 116940 SP_1488 SP_1489   tuf FALSE 0.017 384.000 0.000 NA   NA
 116940 116941 SP_1489 SP_1490 tuf   FALSE 0.045 207.000 0.000 NA   -0.130
 116941 116942 SP_1490 SP_1491     FALSE 0.018 620.000 0.000 NA   -0.148
 116942 116943 SP_1491 SP_1492     FALSE 0.041 224.000 0.000 1.000   -0.110
 116943 116944 SP_1492 SP_1493     TRUE 0.711 -42.000 0.000 NA   -0.037
 116944 116945 SP_1493 SP_1494     FALSE 0.178 105.000 0.000 NA   0.346
 116945 116946 SP_1494 SP_1495     TRUE 0.874 -6.000 0.000 NA   0.058
 116946 116947 SP_1495 SP_1496     FALSE 0.069 122.000 0.000 NA   NA
 116947 5907144 SP_1496 SP_1497     FALSE 0.031 220.000 0.000 NA   NA
 116948 116949 SP_1498 SP_1499     FALSE 0.309 111.000 0.049 NA   -0.228
 116950 116951 SP_1500 SP_1501     TRUE 0.991 13.000 0.154 1.000 Y 0.448
 116951 116952 SP_1501 SP_1502     TRUE 0.987 10.000 0.130 1.000 Y 0.282
 116954 116955 SP_1504 SP_1505     TRUE 0.974 8.000 0.324 NA   0.123
 116957 116958 SP_1507 SP_1508 atpC   TRUE 0.997 11.000 0.837 0.007 Y 0.508
 116958 116959 SP_1508 SP_1509     TRUE 0.947 86.000 0.724 0.007 Y 0.733
 116959 116960 SP_1509 SP_1510     TRUE 0.997 16.000 0.846 0.007 Y 0.918
 116960 116961 SP_1510 SP_1511     TRUE 0.997 15.000 0.864 0.007 Y 0.656
 116961 116962 SP_1511 SP_1512     TRUE 0.997 0.000 0.222 0.007 Y 0.799
 116962 116963 SP_1512 SP_1513     TRUE 0.986 14.000 0.032 0.007 Y 0.517
 116963 116964 SP_1513 SP_1514     TRUE 0.992 35.000 0.557 0.008 Y 0.559
 116964 5907145 SP_1514 SP_1515     FALSE 0.172 75.000 0.000 NA   NA
 5907145 116965 SP_1515 SP_1516     FALSE 0.016 445.000 0.000 NA   NA
 116965 116966 SP_1516 SP_1517   greA FALSE 0.042 478.000 0.000 1.000 N 0.364
 116966 116967 SP_1517 SP_1518 greA   TRUE 0.588 71.000 0.079 NA   -0.290
 116967 116968 SP_1518 SP_1519     TRUE 0.562 81.000 0.120 NA   -0.278
 116968 116969 SP_1519 SP_1520     TRUE 0.967 -3.000 0.037 0.012   0.136
 116969 116970 SP_1520 SP_1521   murC TRUE 0.887 10.000 0.014 1.000   -0.109
 116970 116971 SP_1521 SP_1522 murC   TRUE 0.921 11.000 0.013 NA   0.344
 116971 116972 SP_1522 SP_1523     TRUE 0.895 48.000 0.151 NA   0.388
 116972 116973 SP_1523 SP_1524     FALSE 0.241 93.000 0.000 1.000 N 0.339
 116973 116974 SP_1524 SP_1525     TRUE 0.983 8.000 0.082 0.009 Y -0.055
 116974 5907146 SP_1525 SP_1526     FALSE 0.050 158.000 0.000 NA   NA
 5907146 116975 SP_1526 SP_1527     FALSE 0.044 172.000 0.000 NA   NA
 116975 116976 SP_1527 SP_1528     TRUE 0.813 -13.000 0.000 NA   -0.108
 116976 116977 SP_1528 SP_1529     FALSE 0.093 121.000 0.000 NA   -0.043
 116979 5907147 SP_1531 SP_1532     FALSE 0.037 194.000 0.000 NA   NA
 5907147 116980 SP_1532 SP_1533     TRUE 0.744 -16.000 0.000 NA   NA
 116980 116981 SP_1533 SP_1534     TRUE 0.444 86.000 0.005 NA   0.633
 116981 116982 SP_1534 SP_1535     TRUE 0.386 71.000 0.005 1.000 N NA
 116982 116983 SP_1535 SP_1536     TRUE 0.974 -10.000 0.209 1.000   NA
 116983 116984 SP_1536 SP_1537     TRUE 0.661 54.000 0.006 1.000   0.196
 116984 116985 SP_1537 SP_1538     TRUE 0.971 2.000 0.151 1.000   -0.116
 116985 116986 SP_1538 SP_1539   rpsR FALSE 0.071 295.000 0.000 1.000   0.560
 116986 116987 SP_1539 SP_1540 rpsR   TRUE 0.877 32.000 0.012 1.000 N 0.359
 116987 116988 SP_1540 SP_1541   rpsF TRUE 0.930 12.000 0.012 1.000 N 0.329
 116988 116989 SP_1541 SP_1542 rpsF asnC TRUE 0.438 153.000 0.000 1.000 Y 0.712
 116989 5907148 SP_1542 SP_1543 asnC   TRUE 0.676 19.000 0.000 NA   NA
 5907148 116990 SP_1543 SP_1544     TRUE 0.811 -7.000 0.000 NA   NA
 116990 116991 SP_1544 SP_1545     TRUE 0.989 -3.000 0.205 1.000   0.763
 116993 116994 SP_1547 SP_1548     FALSE 0.052 310.000 0.000 NA   0.384
 116994 116995 SP_1548 SP_1549     TRUE 0.944 12.000 0.028 NA   0.961
 116995 116996 SP_1549 SP_1550     FALSE 0.099 116.000 0.000 NA N -0.543
 116996 116997 SP_1550 SP_1551     TRUE 0.884 13.000 0.000 NA N 0.471
 116999 117000 SP_1553 SP_1554     TRUE 0.969 -3.000 0.056 1.000   0.080
 117000 117001 SP_1554 SP_1555     TRUE 0.949 12.000 0.015 1.000 N 0.611
 117001 117002 SP_1555 SP_1556     FALSE 0.124 97.000 0.000 NA   -0.058
 117002 117003 SP_1556 SP_1557     TRUE 0.485 43.000 0.000 NA   -0.401
 117003 117004 SP_1557 SP_1558     TRUE 0.968 2.000 0.139 NA   -0.261
 117004 117005 SP_1558 SP_1559     TRUE 0.522 62.000 0.003 1.000   0.137
 117005 117006 SP_1559 SP_1560     TRUE 0.952 24.000 0.150 NA   0.309
 117006 117007 SP_1560 SP_1561     TRUE 0.991 -13.000 0.502 NA   0.792
 117007 117008 SP_1561 SP_1562     TRUE 0.836 5.000 0.000 NA   0.237
 117010 117011 SP_1564 SP_1565     TRUE 0.991 -3.000 0.470 NA   0.236
 117011 117012 SP_1565 SP_1566     TRUE 0.989 -3.000 0.214 NA   0.691
 117012 117013 SP_1566 SP_1567     TRUE 0.836 52.000 0.051 NA   0.804
 117013 117014 SP_1567 SP_1568     TRUE 0.918 11.000 0.002 NA   0.686
 117014 117015 SP_1568 SP_1569   clpX TRUE 0.952 9.000 0.043 1.000   0.505
 117015 117016 SP_1569 SP_1570 clpX   TRUE 0.782 32.000 0.012 NA   NA
 117016 117017 SP_1570 SP_1571     TRUE 0.951 0.000 0.030 NA   NA
 117017 117018 SP_1571 SP_1572     FALSE 0.302 130.000 0.005 1.000 N 0.574
 117018 2149546 SP_1572 SP_1573   lytC FALSE 0.015 478.000 0.000 1.000   NA
 2149546 117019 SP_1573 SP_1574 lytC tpiA FALSE 0.193 70.000 0.000 1.000   NA
 117019 117020 SP_1574 SP_1575 tpiA   TRUE 0.387 98.000 0.007 NA N 0.478
 117020 117021 SP_1575 SP_1576     TRUE 0.944 9.000 0.021 NA N 0.936
 117021 117022 SP_1576 SP_1577     FALSE 0.204 182.000 0.009 1.000 N 0.942
 117022 117023 SP_1577 SP_1578     TRUE 0.407 87.000 0.002 1.000 N 0.895
 117023 117024 SP_1578 SP_1579     TRUE 0.876 -27.000 0.000 NA   0.668
 117024 117025 SP_1579 SP_1580     FALSE 0.042 406.000 0.000 NA   0.386
 117026 117027 SP_1581 SP_1582     FALSE 0.090 99.000 0.000 NA   NA
 5907149 117028 SP_2251 SP_1583 tRNA-Leu-1   FALSE 0.135 82.000 0.000 NA   NA
 117028 117029 SP_1583 SP_1584     TRUE 0.971 0.000 0.083 1.000 N -0.550
 117031 117032 SP_1586 SP_1587     FALSE 0.063 199.000 0.000 1.000 N 0.055
 117033 117034 SP_1588 SP_1589     FALSE 0.324 99.000 0.010 1.000 N 0.237
 117034 117035 SP_1589 SP_1590     TRUE 0.995 0.000 0.796 1.000   0.683
 117035 117036 SP_1590 SP_1591     FALSE 0.131 126.000 0.000 1.000   0.291
 117036 117037 SP_1591 SP_1592     TRUE 0.871 -7.000 0.000 1.000   0.071
 5907150 5907151 SP_1593 SP_1594     TRUE 0.826 0.000 0.000 NA   NA
 117039 117040 SP_1596 SP_1597     FALSE 0.038 228.000 0.000 NA   -0.161
 117040 117041 SP_1597 SP_1598     TRUE 0.978 -22.000 0.276 NA   0.338
 117041 117042 SP_1598 SP_1599   truA TRUE 0.977 -10.000 0.058 1.000 N 0.629
 117042 117043 SP_1599 SP_1600 truA   FALSE 0.073 318.000 0.009 1.000   0.089
 117043 117044 SP_1600 SP_1601     FALSE 0.082 240.000 0.000 NA   0.816
 117044 117045 SP_1601 SP_1602     TRUE 0.935 3.000 0.011 NA   0.240
 117045 117046 SP_1602 SP_1603   cmk FALSE 0.249 131.000 0.002 1.000 N 0.413
 117046 117047 SP_1603 SP_1604 cmk   TRUE 0.897 9.000 0.012 NA   0.070
 117049 117050 SP_1606 SP_1607     TRUE 0.987 5.000 0.030 NA Y 0.741
 117050 117051 SP_1607 SP_1608     FALSE 0.046 301.000 0.000 1.000 N 0.210
 117051 117052 SP_1608 SP_1609     TRUE 0.939 17.000 0.021 NA   0.398
 117052 117053 SP_1609 SP_1610     TRUE 0.987 -13.000 0.283 NA   0.687
 117054 117055 SP_1611 SP_1612     FALSE 0.199 87.000 0.000 NA   0.223
 5907152 5907153 SP_1613 SP_1614     TRUE 0.826 0.000 0.000 NA   NA
 5907153 2149552 SP_1614 SP_1615   recP-1 FALSE 0.018 375.000 0.000 NA   NA
 2149552 117056 SP_1615 SP_1616 recP-1   TRUE 0.880 37.000 0.000 1.000 Y NA
 117056 117057 SP_1616 SP_1617     TRUE 0.991 11.000 0.273 1.000 Y 0.269
 117057 117058 SP_1617 SP_1618     TRUE 0.987 26.000 0.286 0.013 Y 0.185
 117058 117059 SP_1618 SP_1619     TRUE 0.992 13.000 0.179 0.013 Y 0.471
 117059 117060 SP_1619 SP_1620     TRUE 0.982 -22.000 0.015 0.021 Y 0.358
 117060 2149553 SP_1620 SP_1621     TRUE 0.952 -7.000 0.029 0.021 N NA
 117064 117065 SP_1625 SP_1626   rpsO FALSE 0.020 816.000 0.000 NA N -0.120
 117065 117066 SP_1626 SP_1627 rpsO   FALSE 0.089 141.000 0.000 1.000   0.094
 117067 117068 SP_1628 SP_1629     FALSE 0.332 70.000 0.000 NA   0.285
 117068 117069 SP_1629 SP_1630     FALSE 0.045 191.000 0.000 NA   -0.701
 117069 117070 SP_1630 SP_1631   thrS TRUE 0.762 58.000 0.018 NA   0.567
 117071 117072 SP_1632 SP_1633     TRUE 0.998 -7.000 0.812 1.000 Y 0.473
 117074 117075 SP_1635 SP_1636     FALSE 0.308 68.000 0.000 NA   0.129
 117075 117076 SP_1636 SP_1637     TRUE 0.859 76.000 0.667 NA   0.292
 117079 117080 SP_1640 SP_1641     FALSE 0.180 131.000 0.000 NA   0.704
 117080 117081 SP_1641 SP_1642     TRUE 0.848 19.000 0.000 NA   0.402
 117081 117082 SP_1642 SP_1643     FALSE 0.289 67.000 0.000 NA   -0.005
 117083 117084 SP_1644 SP_1645     TRUE 0.956 30.000 0.177 1.000 N 0.511
 117087 2149554 SP_1648 SP_1649     TRUE 0.989 -3.000 0.043 1.000 Y NA
 2149554 117088 SP_1649 SP_1650     TRUE 0.954 32.000 0.038 1.000 Y NA
 117088 117089 SP_1650 SP_1651   tpx FALSE 0.264 96.000 0.007 1.000 N -0.303
 117090 117091 SP_1652 SP_1653     TRUE 0.970 -64.000 0.438 1.000 N -0.080
 117091 117092 SP_1653 SP_1654     FALSE 0.043 250.000 0.000 1.000   0.105
 117092 117093 SP_1654 SP_1655     TRUE 0.385 53.000 0.000 1.000   -0.373
 117093 117094 SP_1655 SP_1656     TRUE 0.532 51.000 0.000 NA   0.260
 117096 117097 SP_1658 SP_1659   ileS FALSE 0.019 448.000 0.000 NA   -0.370
 117097 117098 SP_1659 SP_1660 ileS   FALSE 0.110 144.000 0.000 NA   0.275
 117098 117099 SP_1660 SP_1661     TRUE 0.507 43.000 0.000 NA   -0.130
 117099 117100 SP_1661 SP_1662     TRUE 0.987 9.000 0.579 NA   0.847
 117100 117101 SP_1662 SP_1663     TRUE 0.984 -3.000 0.287 1.000   NA
 117101 117102 SP_1663 SP_1664     TRUE 0.986 0.000 0.370 NA   NA
 117102 117103 SP_1664 SP_1665     TRUE 0.970 10.000 0.194 NA   0.956
 117103 117104 SP_1665 SP_1666     TRUE 0.955 5.000 0.030 NA   0.818
 117104 117105 SP_1666 SP_1667     TRUE 0.995 17.000 0.460 1.000 Y 0.692
 117105 117106 SP_1667 SP_1668     FALSE 0.092 219.000 0.000 NA   0.516
 117106 117107 SP_1668 SP_1669     TRUE 0.397 91.000 0.016 NA   0.291
 117107 117108 SP_1669 SP_1670     TRUE 0.932 -13.000 0.016 1.000 N -0.336
 117108 117109 SP_1670 SP_1671   ddl TRUE 0.826 84.000 0.046 0.006 Y 0.830
 117109 117110 SP_1671 SP_1672 ddl recR FALSE 0.217 176.000 0.010 1.000 N 0.395
 117110 117111 SP_1672 SP_1673 recR   TRUE 0.900 11.000 0.013 1.000 N -0.008
 117113 117114 SP_1675 SP_1676     TRUE 0.933 18.000 0.054 1.000 N -0.148
 117114 117115 SP_1676 SP_1677     TRUE 0.478 169.000 0.333 NA   0.303
 117115 117116 SP_1677 SP_1678     TRUE 0.767 -18.000 0.000 NA   -0.400
 117116 117117 SP_1678 SP_1679     FALSE 0.068 197.000 0.000 NA   0.231
 117117 117118 SP_1679 SP_1680     FALSE 0.109 97.000 0.000 NA   -0.628
 117118 117119 SP_1680 SP_1681     TRUE 0.500 272.000 0.250 NA Y -0.514
 117119 117120 SP_1681 SP_1682     TRUE 0.996 16.000 1.000 0.037 Y -0.228
 117120 117121 SP_1682 SP_1683     FALSE 0.206 222.000 0.000 0.037 Y -0.617
 117121 117122 SP_1683 SP_1684     FALSE 0.361 125.000 0.000 1.000 Y -0.386
 117122 117123 SP_1684 SP_1685     TRUE 0.986 19.000 0.132 1.000 Y 0.149
 117123 117124 SP_1685 SP_1686     FALSE 0.059 174.000 0.000 1.000   -0.067
 117124 117125 SP_1686 SP_1687     TRUE 0.977 12.000 0.273 1.000   0.355
 117125 117126 SP_1687 SP_1688     TRUE 0.964 18.000 0.000 1.000 Y 0.388
 117126 117127 SP_1688 SP_1689     TRUE 0.997 0.000 0.300 0.037 Y 0.492
 117127 117128 SP_1689 SP_1690     TRUE 0.864 79.000 0.180 0.037 Y 0.043
 117128 117129 SP_1690 SP_1691     TRUE 0.980 19.000 0.060 NA Y -0.010
 5907154 117131 SP_1693 SP_1694 nanA   FALSE 0.023 288.000 0.000 NA   NA
 117131 117132 SP_1694 SP_1695     FALSE 0.034 761.000 0.000 NA   0.377
 117132 117133 SP_1695 SP_1696     FALSE 0.126 173.000 0.000 NA   0.782
 117133 117134 SP_1696 SP_1697     FALSE 0.087 235.000 0.000 NA   0.531
 117134 117135 SP_1697 SP_1698   alr TRUE 0.936 19.000 0.078 1.000 N -0.305
 117135 117136 SP_1698 SP_1699 alr acpS TRUE 0.969 -10.000 0.093 1.000 N 0.070
 117136 117137 SP_1699 SP_1700 acpS   TRUE 0.722 45.000 0.007 1.000 N 0.056
 117137 117138 SP_1700 SP_1701     TRUE 0.997 2.000 0.750 0.001 Y 0.161
 117138 117139 SP_1701 SP_1702   secA TRUE 0.569 81.000 0.025 1.000 N 0.472
 117139 117140 SP_1702 SP_1703 secA   FALSE 0.179 146.000 0.017 NA   -0.421
 117140 117141 SP_1703 SP_1704     TRUE 0.615 28.000 0.000 NA   -0.384
 117141 117142 SP_1704 SP_1705     TRUE 0.810 4.000 0.000 NA   0.011
 117142 117143 SP_1705 SP_1706     TRUE 0.883 -7.000 0.000 NA   0.160
 117143 117144 SP_1706 SP_1707     FALSE 0.051 185.000 0.000 NA   -0.109
 117144 117145 SP_1707 SP_1708     FALSE 0.083 137.000 0.000 NA   -0.014
 117145 117146 SP_1708 SP_1709   engA FALSE 0.286 80.000 0.002 NA   -0.167
 117146 117147 SP_1709 SP_1710 engA   TRUE 0.867 14.000 0.005 1.000   -0.273
 117147 117148 SP_1710 SP_1711     TRUE 0.971 -3.000 0.048 1.000 N 0.129
 117148 117149 SP_1711 SP_1712     TRUE 0.998 1.000 0.817 NA Y 0.696
 117149 117150 SP_1712 SP_1713     TRUE 0.984 1.000 0.109 NA N 0.750
 117151 117152 SP_1714 SP_1715     TRUE 0.968 5.000 0.068 1.000 N 0.806
 117153 117154 SP_1716 SP_1717     TRUE 0.981 -3.000 0.059 NA   0.751
 117154 117155 SP_1717 SP_1718     FALSE 0.021 391.000 0.000 NA   -0.230
 5907155 117156 SP_1719 SP_1720     FALSE 0.016 415.000 0.000 NA   NA
 117157 117158 SP_1721 SP_1722     TRUE 0.709 149.000 0.235 NA Y 0.042
 117158 117159 SP_1722 SP_1723     FALSE 0.096 126.000 0.000 NA   0.058
 117160 117161 SP_1724 SP_1725     TRUE 0.990 -19.000 0.571 1.000 N 0.607
 117162 117163 SP_1726 SP_1727     TRUE 0.996 0.000 0.183 1.000 Y 0.611
 117163 117164 SP_1727 SP_1728     FALSE 0.115 107.000 0.000 NA   0.030
 117164 2149557 SP_1728 SP_1729     TRUE 0.561 29.000 0.000 NA   NA
 2149557 117165 SP_1729 SP_1730     FALSE 0.238 65.000 0.000 NA   NA
 117165 117166 SP_1730 SP_1731     TRUE 0.881 2.000 0.000 NA   0.266
 117166 117167 SP_1731 SP_1732     FALSE 0.124 115.000 0.000 NA   0.164
 117167 117168 SP_1732 SP_1733     TRUE 0.998 -3.000 0.704 1.000 Y 0.787
 117168 117169 SP_1733 SP_1734     TRUE 0.952 15.000 0.074 1.000 N 0.224
 117169 117170 SP_1734 SP_1735   fmt TRUE 0.996 -7.000 0.305 1.000 Y 0.257
 117170 117171 SP_1735 SP_1736 fmt   TRUE 0.938 13.000 0.052 1.000 N -0.005
 117171 117172 SP_1736 SP_1737     TRUE 0.628 66.000 0.032 0.056 N 0.010
 117172 117173 SP_1737 SP_1738   gmk TRUE 0.977 28.000 0.471 1.000 N 0.669
 117173 117174 SP_1738 SP_1739 gmk   FALSE 0.184 130.000 0.010 1.000   -0.221
 117174 117175 SP_1739 SP_1740     FALSE 0.067 200.000 0.000 NA   0.227
 117175 117176 SP_1740 SP_1741     TRUE 0.991 4.000 0.615 NA   0.698
 117176 117177 SP_1741 SP_1742     FALSE 0.039 238.000 0.000 NA   -0.053
 117177 117178 SP_1742 SP_1743     TRUE 0.942 10.000 0.094 NA   0.097
 117178 117179 SP_1743 SP_1744     TRUE 0.497 103.000 0.085 NA   0.957
 117179 117180 SP_1744 SP_1745     TRUE 0.926 13.000 0.008 NA   0.405
 117180 117181 SP_1745 SP_1746     TRUE 0.964 1.000 0.024 0.029 N 0.245
 117181 117182 SP_1746 SP_1747   nadD TRUE 0.996 0.000 0.199 1.000 Y 0.354
 117182 117183 SP_1747 SP_1748 nadD   TRUE 0.902 52.000 0.150 NA N 0.628
 117183 117184 SP_1748 SP_1749     FALSE 0.271 214.000 0.068 NA   0.776
 117184 117185 SP_1749 SP_1750     TRUE 0.990 3.000 0.555 1.000   0.895
 117185 117186 SP_1750 SP_1751     TRUE 0.945 15.000 0.015 1.000   0.624
 117186 117187 SP_1751 SP_1752     TRUE 0.828 57.000 0.059 0.067 N 0.879
 5907156 117188 SP_1753 SP_1754     FALSE 0.210 68.000 0.000 NA   NA
 117189 117190 SP_1755 SP_1756     TRUE 0.989 5.000 1.000 NA   -0.790
 117190 117191 SP_1756 SP_1757     TRUE 0.984 2.000 0.400 NA   -0.135
 117191 117192 SP_1757 SP_1758     TRUE 0.986 -7.000 0.400 NA   -0.061
 117192 117193 SP_1758 SP_1759     TRUE 0.976 12.000 0.429 1.000 N -0.428
 117193 117194 SP_1759 SP_1760     TRUE 0.992 -7.000 0.571 NA   0.302
 117194 117195 SP_1760 SP_1761     TRUE 0.992 -3.000 0.800 NA   -0.577
 117195 117196 SP_1761 SP_1762     TRUE 0.987 -16.000 0.571 NA   0.254
 117196 117197 SP_1762 SP_1763   secY TRUE 0.868 10.000 0.007 NA   -0.053
 117197 117198 SP_1763 SP_1764 secY   TRUE 0.558 57.000 0.002 NA N -0.043
 117198 117199 SP_1764 SP_1765     TRUE 0.998 0.000 0.500 NA Y 0.693
 117199 117200 SP_1765 SP_1766     TRUE 0.995 9.000 0.750 0.003 Y -0.127
 117200 117201 SP_1766 SP_1767     TRUE 0.924 31.000 0.000 0.003 Y 0.161
 117201 117202 SP_1767 SP_1768     TRUE 0.971 10.000 0.154 NA   0.647
 117202 5907157 SP_1768 SP_1769     TRUE 0.561 29.000 0.000 NA   NA
 5907157 117203 SP_1769 SP_1770     TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 117203 117204 SP_1770 SP_1771     FALSE 0.213 307.000 0.000 0.003 Y 0.393
 117204 117205 SP_1771 SP_1772     FALSE 0.327 55.000 0.000 1.000   NA
 117205 5907158 SP_1772 SP_1773     FALSE 0.017 401.000 0.000 NA   NA
 117206 117207 SP_1774 SP_1775     TRUE 0.962 18.000 0.143 NA   0.288
 117207 117208 SP_1775 SP_1776     TRUE 0.981 17.000 0.364 NA   0.419
 117208 117209 SP_1776 SP_1777     FALSE 0.018 374.000 0.000 1.000   NA
 117210 117211 SP_1778 SP_1779     FALSE 0.228 111.000 0.010 NA   -0.052
 117211 117212 SP_1779 SP_1780     FALSE 0.088 240.000 0.000 NA   0.583
 117212 117213 SP_1780 SP_1781     TRUE 0.865 11.000 0.004 NA   0.013
 117213 117214 SP_1781 SP_1782   prmA TRUE 0.979 2.000 0.227 NA   0.085
 117214 117215 SP_1782 SP_1783 prmA   FALSE 0.150 136.000 0.004 1.000   -0.274
 117215 117216 SP_1783 SP_1784     TRUE 0.775 -19.000 0.000 1.000   -0.138
 117216 117217 SP_1784 SP_1785     TRUE 0.874 19.000 0.000 NA   0.675
 117217 117218 SP_1785 SP_1786     FALSE 0.056 291.000 0.000 NA   0.380
 117218 117219 SP_1786 SP_1787     TRUE 0.939 37.000 0.308 NA   0.087
 117219 117220 SP_1787 SP_1788     FALSE 0.023 360.000 0.000 NA   -0.278
 117220 117221 SP_1788 SP_1789     TRUE 0.829 -10.000 0.000 NA   -0.136
 117222 5907159 SP_1790 SP_2252   tRNA-Lys-1 FALSE 0.025 265.000 0.000 NA   NA
 117223 117224 SP_1791 SP_1792     TRUE 0.736 21.000 0.000 0.055   -0.033
 117224 117225 SP_1792 SP_1793     FALSE 0.028 306.000 0.000 NA   -0.071
 117225 117226 SP_1793 SP_1794     FALSE 0.031 251.000 0.000 NA   -0.443
 117226 117227 SP_1794 SP_1795     FALSE 0.054 386.000 0.000 NA   0.546
 117227 117228 SP_1795 SP_1796     TRUE 0.986 10.000 0.182 1.000 Y -0.127
 117228 117229 SP_1796 SP_1797     TRUE 0.994 29.000 0.733 0.036 Y 0.600
 117229 117230 SP_1797 SP_1798     TRUE 0.997 -16.000 0.933 0.036 Y 0.239
 117230 117231 SP_1798 SP_1799     TRUE 0.503 151.000 0.214 1.000 N 0.411
 117231 117232 SP_1799 SP_1800     FALSE 0.029 362.000 0.000 NA   0.096
 117233 117234 SP_1801 SP_1802     TRUE 0.682 78.000 0.214 NA   0.050
 117234 117235 SP_1802 SP_1803     TRUE 0.954 12.000 0.143 NA   -0.064
 117235 117236 SP_1803 SP_1804     TRUE 0.890 39.000 0.036 NA   0.527
 117236 117237 SP_1804 SP_1805     TRUE 0.986 31.000 1.000 NA   0.711
 117238 117239 SP_1806 SP_1807     FALSE 0.042 178.000 0.000 NA   NA
 117241 117242 SP_1809 SP_1810     TRUE 0.972 15.000 0.182 NA   0.928
 117242 117243 SP_1810 SP_1811   trpA FALSE 0.044 302.000 0.000 NA   0.274
 117243 117244 SP_1811 SP_1812 trpA   TRUE 0.994 -7.000 0.248 0.001 Y -0.428
 117244 117245 SP_1812 SP_1813     TRUE 0.995 -22.000 0.375 0.002 Y 0.447
 117245 117246 SP_1813 SP_1814   trpC TRUE 0.993 -13.000 0.264 0.002 Y -0.166
 117246 117247 SP_1814 SP_1815 trpC trpD TRUE 0.996 -3.000 0.216 1.000 Y 0.341
 117247 117248 SP_1815 SP_1816 trpD   TRUE 0.973 11.000 0.018 1.000 Y 0.004
 117248 117249 SP_1816 SP_1817     TRUE 0.997 -3.000 0.321 0.001 Y 0.646
 117251 117252 SP_1819 SP_1820     TRUE 0.743 7.000 0.000 NA   -0.292
 117252 117253 SP_1820 SP_1821     FALSE 0.023 414.000 0.000 NA   -0.035
 117253 117254 SP_1821 SP_1822     FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   0.443
 117254 117255 SP_1822 SP_1823     FALSE 0.195 96.000 0.000 NA   0.312
 117255 117256 SP_1823 SP_1824     TRUE 0.908 3.000 0.000 0.066   0.499
 117256 117257 SP_1824 SP_1825     TRUE 0.988 12.000 0.545 0.036 N 0.796
 117257 117258 SP_1825 SP_1826     TRUE 0.634 103.000 0.364 0.036 N 0.082
 117258 117259 SP_1826 SP_1827     TRUE 0.782 25.000 0.000 1.000   0.328
 117259 117260 SP_1827 SP_1828     FALSE 0.060 180.000 0.000 1.000   0.011
 117260 117261 SP_1828 SP_1829     TRUE 0.886 13.000 0.000 0.003 N 0.454
 117261 117262 SP_1829 SP_1830     TRUE 0.883 13.000 0.000 NA N 0.465
 117262 117263 SP_1830 SP_1831     TRUE 0.510 58.000 0.000 NA   0.352
 117263 117264 SP_1831 SP_1832     TRUE 0.473 61.000 0.000 NA   0.359
 117264 117265 SP_1832 SP_1833     TRUE 0.808 -16.000 0.000 NA   0.004
 117265 117266 SP_1833 SP_1834     FALSE 0.025 313.000 0.000 NA   -0.288
 117266 117267 SP_1834 SP_1835     FALSE 0.071 211.000 0.000 NA   0.300
 117269 117270 SP_1837 SP_1838     TRUE 0.985 43.000 0.382 NA Y 0.629
 117270 117271 SP_1838 SP_1839     FALSE 0.274 173.000 0.018 NA N 0.718
 117271 117272 SP_1839 SP_1840     TRUE 0.998 -10.000 0.911 0.008 Y 0.875
 117272 117273 SP_1840 SP_1841     FALSE 0.218 206.000 0.018 NA   0.641
 117273 117274 SP_1841 SP_1842     FALSE 0.207 72.000 0.000 NA   -0.336
 117274 117275 SP_1842 SP_1843     TRUE 0.390 61.000 0.000 NA   0.167
 117275 117276 SP_1843 SP_1844     TRUE 0.843 -40.000 0.000 NA   0.867
 117277 5907160 SP_1845 SP_1846     TRUE 0.696 12.000 0.000 NA   NA
 5907160 117278 SP_1846 SP_1847     FALSE 0.013 869.000 0.000 NA   NA
 117278 117279 SP_1847 SP_1848     TRUE 0.992 0.000 0.046 1.000 Y 0.286
 117280 117281 SP_1849 SP_1850     TRUE 0.917 -3.000 0.000 NA   0.319
 117281 117282 SP_1850 SP_1851     FALSE 0.053 181.000 0.000 NA   -0.096
 117282 117283 SP_1851 SP_1852     TRUE 0.656 71.000 0.024 NA N 0.530
 117283 117284 SP_1852 SP_1853     TRUE 0.990 19.000 0.107 0.003 Y 0.558
 117286 117287 SP_1855 SP_1856     TRUE 0.941 1.000 0.000 1.000 N 0.603
 117287 117288 SP_1856 SP_1857     FALSE 0.094 244.000 0.000 1.000 N 0.729
 117290 117291 SP_1859 SP_1860     FALSE 0.035 342.000 0.000 0.050 N 0.063
 117291 117292 SP_1860 SP_1861     TRUE 0.992 -7.000 0.382 1.000 N 0.593
 117292 117293 SP_1861 SP_1862     TRUE 0.941 15.000 0.031 NA   0.351
 117293 117294 SP_1862 SP_1863     TRUE 0.983 4.000 0.222 NA   0.620
 117294 117295 SP_1863 SP_1864     FALSE 0.016 682.000 0.000 NA   -0.385
 117295 117296 SP_1864 SP_1865     TRUE 0.723 22.000 0.000 NA   0.016
 117297 117298 SP_1866 SP_1867     FALSE 0.066 159.000 0.000 NA   -0.054
 117298 117299 SP_1867 SP_1868     TRUE 0.778 16.000 0.000 NA   0.063
 117299 117300 SP_1868 SP_1869     FALSE 0.032 282.000 0.000 NA   -0.040
 117300 117301 SP_1869 SP_1870     TRUE 0.998 -10.000 0.870 0.036 Y 0.982
 117301 117302 SP_1870 SP_1871     TRUE 0.999 -3.000 0.870 1.000 Y 0.978
 117302 117303 SP_1871 SP_1872     TRUE 0.775 96.000 0.055 1.000 Y 0.934
 117304 117305 SP_1873 SP_1874     TRUE 0.940 0.000 0.014 NA   NA
 117305 117306 SP_1874 SP_1875   scpB TRUE 0.979 -13.000 0.224 NA N 0.155
 117306 117307 SP_1875 SP_1876 scpB scpA TRUE 0.984 19.000 0.570 NA   0.383
 117307 117308 SP_1876 SP_1877 scpA xerD TRUE 0.959 0.000 0.003 NA   0.484
 117308 117309 SP_1877 SP_1878 xerD   TRUE 0.967 -9.000 0.017 1.000   0.775
 117309 117310 SP_1878 SP_1879     TRUE 0.981 -3.000 0.065 1.000   0.803
 117310 117311 SP_1879 SP_1880     TRUE 0.965 -24.000 0.085 0.019   0.762
 117311 117312 SP_1880 SP_1881     FALSE 0.152 366.000 0.034 1.000 N 0.720
 117312 117313 SP_1881 SP_1882     FALSE 0.153 208.000 0.014 NA   0.267
 117313 117314 SP_1882 SP_1883     FALSE 0.038 256.000 0.000 NA   0.036
 117314 117315 SP_1883 SP_1884     TRUE 0.825 178.000 0.650 1.000 Y 0.411
 117316 5907161 SP_1885 SP_1886     FALSE 0.051 155.000 0.000 NA   NA
 117317 117318 SP_1887 SP_1888     TRUE 0.994 11.000 0.333 0.001 Y 0.487
 117318 117319 SP_1888 SP_1889     TRUE 0.996 9.000 0.650 1.000 Y 0.959
 117319 117320 SP_1889 SP_1890     TRUE 0.990 0.000 0.278 0.036   0.930
 117320 117321 SP_1890 SP_1891     TRUE 0.901 67.000 0.600 0.036   0.371
 117323 117324 SP_1893 SP_1894     FALSE 0.188 138.000 0.000 NA N 0.585
 117324 117325 SP_1894 SP_1895     FALSE 0.375 358.000 0.050 1.000 Y 0.910
 117325 117326 SP_1895 SP_1896     TRUE 0.997 11.000 0.925 0.036 Y 0.868
 117326 117327 SP_1896 SP_1897     TRUE 0.996 -10.000 0.275 0.036 Y 0.623
 117327 117328 SP_1897 SP_1898     TRUE 0.896 92.000 0.286 1.000 Y 0.768
 117329 117330 SP_1899 SP_1900     TRUE 0.882 -3.000 0.000 1.000 N -0.140
 5907162 5907163 SP_2253 SP_2254 tRNA-Ser-1 tRNA-Ile-1 TRUE 0.703 7.000 0.000 NA   NA
 5907163 5907164 SP_2254 SP_2255 tRNA-Ile-1 tRNA-Gly-1 TRUE 0.507 36.000 0.000 NA   NA
 5907164 5907165 SP_2255 SP_2256 tRNA-Gly-1 tRNA-Phe-1 TRUE 0.663 20.000 0.000 NA   NA
 5907165 5907166 SP_2256 SP_2257 tRNA-Phe-1 tRNA-Met-1 TRUE 0.745 4.000 0.000 NA   NA
 5907166 5907167 SP_2257 SP_2258 tRNA-Met-1 tRNA-Ser-2 TRUE 0.697 14.000 0.000 NA   NA
 5907167 5907168 SP_2258 SP_2259 tRNA-Ser-2 tRNA-Met-2 TRUE 0.678 11.000 0.000 NA   NA
 5907168 5907169 SP_2259 SP_2260 tRNA-Met-2 tRNA-Met-3 TRUE 0.697 14.000 0.000 NA   NA
 5907169 5907170 SP_2260 SP_2261 tRNA-Met-3 tRNA-Pro-1 TRUE 0.710 6.000 0.000 NA   NA
 5907170 5907171 SP_2261 SP_2262 tRNA-Pro-1 tRNA-Arg-3 TRUE 0.695 16.000 0.000 NA   NA
 5907171 5907172 SP_2262 SP_2263 tRNA-Arg-3 tRNA-Leu-2 TRUE 0.672 10.000 0.000 NA   NA
 5907172 5907173 SP_2263 SP_2264 tRNA-Leu-2 tRNA-Gly-2 TRUE 0.697 8.000 0.000 NA   NA
 5907173 5907174 SP_2264 SP_2265 tRNA-Gly-2 tRNA-Thr-1 TRUE 0.628 23.000 0.000 NA   NA
 5907174 5907175 SP_2265 SP_2266 tRNA-Thr-1 tRNA-Leu-3 TRUE 0.676 19.000 0.000 NA   NA
 5907175 5907176 SP_2266 SP_2267 tRNA-Leu-3 tRNA-Lys-2 TRUE 0.710 6.000 0.000 NA   NA
 5907176 5907177 SP_2267 SP_2268 tRNA-Lys-2 tRNA-Asp-1 TRUE 0.604 25.000 0.000 NA   NA
 5907177 5907178 SP_2268 SP_2269 tRNA-Asp-1 tRNA-Val-1 TRUE 0.759 3.000 0.000 NA   NA
 5907178 2149581 SP_2269 SP_rrnaD5S tRNA-Val-1   TRUE 0.725 5.000 0.000 NA   NA
 2149581 2149582 SP_rrnaD5S SP_rrnaD23S     FALSE 0.190 70.000 0.000 NA   NA
 2149582 5907179 SP_rrnaD23S SP_2270   tRNA-Ala-1 FALSE 0.066 125.000 0.000 NA   NA
 5907179 2149584 SP_2270 SP_rrnaD16S tRNA-Ala-1   TRUE 0.418 44.000 0.000 NA   NA
 2149584 5907180 SP_rrnaD16S SP_2271   tRNA-Glu-1 FALSE 0.027 248.000 0.000 NA   NA
 5907180 117331 SP_2271 SP_1901 tRNA-Glu-1   FALSE 0.256 62.000 0.000 NA   NA
 117332 117333 SP_1902 SP_1903 recX   TRUE 0.463 89.000 0.025 NA   0.362
 117335 117336 SP_1906 SP_1907 groEL groES TRUE 0.990 16.000 0.160 0.005 Y 0.253
 117336 2149587 SP_1907 SP_1908 groES   FALSE 0.262 156.000 0.083 1.000 N NA
 2149587 117337 SP_1908 SP_1909     FALSE 0.154 78.000 0.000 1.000   NA
 117337 117338 SP_1909 SP_1910     TRUE 0.871 42.000 0.020 1.000   0.575
 117338 117339 SP_1910 SP_1911     TRUE 0.971 16.000 0.239 1.000   0.218
 117339 117340 SP_1911 SP_1912     TRUE 0.977 -3.000 0.140 NA   -0.121
 117340 5907182 SP_1912 SP_1913     FALSE 0.027 250.000 0.000 NA   NA
 5907182 117341 SP_1913 SP_1914     FALSE 0.060 137.000 0.000 NA   NA
 117341 117342 SP_1914 SP_1915     TRUE 0.990 6.000 0.714 NA   0.577
 117342 117343 SP_1915 SP_1916     FALSE 0.313 111.000 0.053 NA   -0.381
 117343 117344 SP_1916 SP_1917     TRUE 0.851 -3.000 0.000 NA   -0.505
 117344 117345 SP_1917 SP_1918     TRUE 0.460 66.000 0.000 NA &nbs