MicrobesOnline Operon Predictions for Cupriavidus taiwanensis

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5900956 5900957 RALTA_A0001 RALTA_A0002 dnaA dnaN FALSE 0.081 425.000 0.328 1.000 Y NA
 5900957 5900958 RALTA_A0002 RALTA_A0003 dnaN gyrB FALSE 0.183 254.000 0.114 1.000 Y NA
 5900958 5900959 RALTA_A0003 RALTA_A0004 gyrB   FALSE 0.045 238.000 0.000 0.002   NA
 5900959 5900960 RALTA_A0004 RALTA_A0005     TRUE 0.811 21.000 0.000 0.081   NA
 5900961 5900962 RALTA_A0006 RALTA_A0007     FALSE 0.248 72.000 0.000 NA   NA
 5900962 5900963 RALTA_A0007 RALTA_A0008   gsp TRUE 0.755 4.000 0.000 NA   NA
 5900963 5900964 RALTA_A0008 RALTA_A0009 gsp   TRUE 0.753 0.000 0.000 1.000 N NA
 5900964 5900965 RALTA_A0009 RALTA_A0010     FALSE 0.135 116.000 0.000 1.000 N NA
 5900965 5900966 RALTA_A0010 RALTA_A0011   glnQ TRUE 0.975 -3.000 0.055 1.000 Y NA
 5900966 5900967 RALTA_A0011 RALTA_A0012 glnQ glnP TRUE 0.993 -3.000 0.647 1.000 Y NA
 5900967 5900968 RALTA_A0012 RALTA_A0013 glnP glnH TRUE 0.988 19.000 0.261 0.067 Y NA
 5900968 5900969 RALTA_A0013 RALTA_A0014 glnH   TRUE 0.739 81.000 0.239 1.000 N NA
 5900969 5900970 RALTA_A0014 RALTA_A0015     FALSE 0.097 135.000 0.000 1.000 N NA
 5900972 5900973 RALTA_A0017 RALTA_A0018     TRUE 0.696 14.000 0.000 NA   NA
 5900976 5900977 RALTA_A0021 RALTA_A0022     FALSE 0.223 142.000 0.033 NA   NA
 5900977 5900978 RALTA_A0022 RALTA_A0023   dbpA TRUE 0.767 23.000 0.010 NA   NA
 5900978 5900979 RALTA_A0023 RALTA_A0024 dbpA   FALSE 0.140 155.000 0.010 1.000   NA
 5900979 5900980 RALTA_A0024 RALTA_A0025     FALSE 0.061 173.000 0.000 1.000   NA
 5900980 5900981 RALTA_A0025 RALTA_A0026     FALSE 0.418 83.000 0.025 1.000   NA
 5900982 5900983 RALTA_A0027 RALTA_A0028 gst   FALSE 0.087 142.000 0.000 1.000 N NA
 5900983 5900984 RALTA_A0028 RALTA_A0029     TRUE 0.636 98.000 0.172 NA N NA
 5900985 5900986 RALTA_A0030 RALTA_A0031     TRUE 0.848 33.000 0.068 1.000 N NA
 5900986 5900987 RALTA_A0031 RALTA_A0032     FALSE 0.029 205.000 0.000 1.000   NA
 5900991 5900992 RALTA_A0036 RALTA_A0037     FALSE 0.186 98.000 0.000 NA   NA
 5900992 5900993 RALTA_A0037 RALTA_A0038     TRUE 0.748 114.000 0.500 NA   NA
 5900995 5900996 RALTA_A0040 RALTA_A0041     TRUE 0.747 -3.000 0.000 NA   NA
 5900997 5900998 RALTA_A0042 RALTA_A0043   minE FALSE 0.004 339.000 0.000 NA N NA
 5900998 5900999 RALTA_A0043 RALTA_A0044 minE minD TRUE 0.989 22.000 0.618 NA Y NA
 5900999 5901000 RALTA_A0044 RALTA_A0045 minD minC TRUE 0.939 67.000 0.466 1.000 Y NA
 5901001 5901002 RALTA_A0046 RALTA_A0047     FALSE 0.344 146.000 0.083 1.000   NA
 5901003 5901004 RALTA_A0048 RALTA_A0049 gatB   FALSE 0.185 90.000 0.000 1.000 N NA
 5901004 5901005 RALTA_A0049 RALTA_A0050     TRUE 0.629 27.000 0.000 NA   NA
 5901005 5901006 RALTA_A0050 RALTA_A0051   gatA TRUE 0.841 3.000 0.006 NA   NA
 5901006 5901007 RALTA_A0051 RALTA_A0052 gatA gatC TRUE 0.962 73.000 0.643 0.002 Y NA
 5901008 5901009 RALTA_A0053 RALTA_A0054 mreB mreC FALSE 0.393 197.000 0.689 1.000 N NA
 5901009 5901010 RALTA_A0054 RALTA_A0055 mreC mreD TRUE 0.995 -3.000 0.550 0.002 Y NA
 5901010 5901011 RALTA_A0055 RALTA_A0056 mreD mrdA TRUE 0.861 73.000 0.108 1.000 Y NA
 5901011 5901012 RALTA_A0056 RALTA_A0057 mrdA mrdB TRUE 0.872 30.000 0.073 1.000 N NA
 5901012 5901013 RALTA_A0057 RALTA_A0058 mrdB   FALSE 0.146 142.000 0.005 NA   NA
 5901013 5901014 RALTA_A0058 RALTA_A0059   xerC TRUE 0.926 51.000 0.714 NA   NA
 5901016 5901017 RALTA_A0061 RALTA_A0062   lipB FALSE 0.175 155.000 0.028 NA   NA
 5901017 5901018 RALTA_A0062 RALTA_A0063 lipB lipA TRUE 0.980 41.000 0.319 0.001 Y NA
 5901019 5901020 RALTA_A0064 RALTA_A0065 kluB kluA TRUE 0.958 34.000 0.591 NA   NA
 5901021 5901022 RALTA_A0066 RALTA_A0067     TRUE 0.989 -3.000 0.103 0.001 Y NA
 5901022 5901023 RALTA_A0067 RALTA_A0068     TRUE 0.793 40.000 0.055 1.000   NA
 5901023 5901024 RALTA_A0068 RALTA_A0069     TRUE 0.623 108.000 0.173 NA   NA
 5901024 5901025 RALTA_A0069 RALTA_A0070     TRUE 0.984 11.000 0.939 NA   NA
 5901025 5901026 RALTA_A0070 RALTA_A0071   pcp1 TRUE 0.961 17.000 0.300 NA   NA
 5901027 5901028 RALTA_A0072 RALTA_A0073     TRUE 0.922 19.000 0.103 NA   NA
 5901028 5901029 RALTA_A0073 RALTA_A0074     TRUE 0.790 66.000 0.239 NA   NA
 5901029 5901030 RALTA_A0074 RALTA_A0075     TRUE 0.994 -3.000 0.750 NA Y NA
 5901030 5901031 RALTA_A0075 RALTA_A0076     TRUE 0.994 -3.000 0.922 NA Y NA
 5901032 5901033 RALTA_A0077 RALTA_A0078     TRUE 0.956 -3.000 0.147 1.000 N NA
 5901033 5901034 RALTA_A0078 RALTA_A0079     TRUE 0.679 34.000 0.007 NA   NA
 5901037 5901038 RALTA_A0082 RALTA_A0083     FALSE 0.031 202.000 0.000 1.000   NA
 5901038 5901039 RALTA_A0083 RALTA_A0084     TRUE 0.875 38.000 0.121 NA   NA
 5901039 5901040 RALTA_A0084 RALTA_A0085     TRUE 0.844 66.000 0.413 NA   NA
 5901040 5901041 RALTA_A0085 RALTA_A0086     TRUE 0.690 77.000 0.087 0.098 N NA
 5901041 5901042 RALTA_A0086 RALTA_A0087     FALSE 0.420 77.000 0.022 1.000   NA
 5901043 5901044 RALTA_A0088 RALTA_A0089     TRUE 0.654 86.000 0.130 NA   NA
 5901044 5901045 RALTA_A0089 RALTA_A0090   pcaD2 TRUE 0.888 51.000 0.348 NA   NA
 5901045 5901046 RALTA_A0090 RALTA_A0091 pcaD2   FALSE 0.068 239.000 0.081 NA   NA
 5901048 5901049 RALTA_A0093 RALTA_A0094 metHa metHb TRUE 0.976 18.000 0.041 0.001 Y NA
 5901049 5901050 RALTA_A0094 RALTA_A0095 metHb   FALSE 0.010 263.000 0.000 NA   NA
 5901050 5901051 RALTA_A0095 RALTA_A0096   vsrD FALSE 0.005 320.000 0.000 NA   NA
 5901051 5901052 RALTA_A0096 RALTA_A0097 vsrD   TRUE 0.932 56.000 0.107 0.021 Y NA
 5901054 5901055 RALTA_A0099 RALTA_A0100     TRUE 0.740 53.000 0.083 NA   NA
 5901057 5901058 RALTA_A0102 RALTA_A0103 argS   FALSE 0.361 125.000 0.062 NA N NA
 5901058 5901059 RALTA_A0103 RALTA_A0104   dsbA TRUE 0.653 139.000 0.573 NA N NA
 5901059 5901060 RALTA_A0104 RALTA_A0105 dsbA   TRUE 0.726 117.000 0.434 1.000   NA
 5901060 5901061 RALTA_A0105 RALTA_A0106     TRUE 0.959 3.000 0.135 1.000   NA
 5901063 5901064 RALTA_A0108 RALTA_A0109     FALSE 0.266 124.000 0.033 NA N NA
 5901064 5901065 RALTA_A0109 RALTA_A0110     FALSE 0.377 76.000 0.021 NA N NA
 5901065 5901066 RALTA_A0110 RALTA_A0111   aceK FALSE 0.251 127.000 0.028 1.000 N NA
 5901066 5901067 RALTA_A0111 RALTA_A0112 aceK can1 TRUE 0.957 -3.000 0.158 1.000 N NA
 5901067 5901068 RALTA_A0112 RALTA_A0113 can1   TRUE 0.725 55.000 0.087 1.000 N NA
 5901068 5901069 RALTA_A0113 RALTA_A0114     FALSE 0.299 175.000 0.140 1.000   NA
 5901069 5901070 RALTA_A0114 RALTA_A0115     TRUE 0.936 31.000 0.214 1.000   NA
 5901070 5901071 RALTA_A0115 RALTA_A0116     TRUE 0.687 102.000 0.250 1.000 N NA
 5901071 5901072 RALTA_A0116 RALTA_A0117     TRUE 0.961 -3.000 0.167 1.000   NA
 5901072 5901073 RALTA_A0117 RALTA_A0118     TRUE 0.918 -3.000 0.054 NA   NA
 5901073 5901074 RALTA_A0118 RALTA_A0119     TRUE 0.851 -3.000 0.014 NA   NA
 5901074 5901075 RALTA_A0119 RALTA_A0120     FALSE 0.369 65.000 0.006 1.000 N NA
 5901075 5901076 RALTA_A0120 RALTA_A0121     TRUE 0.725 32.000 0.015 1.000 N NA
 5901076 5901077 RALTA_A0121 RALTA_A0122     TRUE 0.836 53.000 0.217 1.000 N NA
 5901077 5901078 RALTA_A0122 RALTA_A0123   bioA FALSE 0.012 241.000 0.000 1.000 N NA
 5901078 5901079 RALTA_A0123 RALTA_A0124 bioA bioF TRUE 0.970 -10.000 0.054 0.001 Y NA
 5901079 5901080 RALTA_A0124 RALTA_A0125 bioF bioD TRUE 0.990 -3.000 0.121 0.001 Y NA
 5901080 5901081 RALTA_A0125 RALTA_A0126 bioD bioB TRUE 0.971 20.000 0.025 0.001 Y NA
 5901081 5901082 RALTA_A0126 RALTA_A0127 bioB   FALSE 0.322 71.000 0.003 1.000 N NA
 5901082 5901083 RALTA_A0127 RALTA_A0128     FALSE 0.094 193.000 0.040 1.000 N NA
 5901083 5901084 RALTA_A0128 RALTA_A0129     TRUE 0.939 50.000 0.176 1.000 Y NA
 5901084 5901085 RALTA_A0129 RALTA_A0130     TRUE 0.920 26.000 0.119 NA   NA
 5901085 5901086 RALTA_A0130 RALTA_A0131     TRUE 0.850 -3.000 0.013 NA   NA
 5901086 5901087 RALTA_A0131 RALTA_A0132     TRUE 0.863 1.000 0.012 NA   NA
 5901087 5901088 RALTA_A0132 RALTA_A0133     TRUE 0.891 33.000 0.105 NA   NA
 5901089 5901090 RALTA_A0134 RALTA_A0135     FALSE 0.293 158.000 0.083 NA   NA
 5901090 5901091 RALTA_A0135 RALTA_A0136     TRUE 0.904 -10.000 0.120 NA   NA
 5901091 5901092 RALTA_A0136 RALTA_A0137     FALSE 0.042 235.000 0.035 NA   NA
 5901092 5901093 RALTA_A0137 RALTA_A0138     FALSE 0.014 344.000 0.045 NA   NA
 5901093 5901094 RALTA_A0138 RALTA_A0139     TRUE 0.904 29.000 0.100 NA   NA
 5901095 5901096 RALTA_A0140 RALTA_A0141 dehH   FALSE 0.008 283.000 0.000 1.000   NA
 5901096 5901097 RALTA_A0141 RALTA_A0142   hslV FALSE 0.021 223.000 0.000 1.000   NA
 5901097 5901098 RALTA_A0142 RALTA_A0143 hslV hslU TRUE 0.951 69.000 0.752 1.000 Y NA
 5901098 5901099 RALTA_A0143 RALTA_A0144 hslU   FALSE 0.022 212.000 0.000 NA   NA
 5901100 5901101 RALTA_A0145 RALTA_A0146     TRUE 0.987 -3.000 0.197 1.000 Y NA
 5901106 5901107 RALTA_A0151 RALTA_A0152 argB   TRUE 0.644 64.000 0.069 1.000   NA
 5901107 5901108 RALTA_A0152 RALTA_A0153     TRUE 0.954 -3.000 0.122 1.000   NA
 5901108 5901109 RALTA_A0153 RALTA_A0154   metX FALSE 0.013 276.000 0.006 1.000 N NA
 5901109 5901110 RALTA_A0154 RALTA_A0155 metX metW TRUE 0.980 -3.000 0.509 NA   NA
 5901114 5901115 RALTA_A0159 RALTA_A0160     FALSE 0.291 121.000 0.029 NA   NA
 5901117 5901118 RALTA_A0162 RALTA_A0163     TRUE 0.714 92.000 0.000 0.021 Y NA
 5901120 5901121 RALTA_A0165 RALTA_A0166     TRUE 0.968 33.000 0.857 NA   NA
 5901123 5901124 RALTA_A0168 RALTA_A0169 pyrE   FALSE 0.233 121.000 0.009 1.000   NA
 5901125 5901126 RALTA_A0170 RALTA_A0171   dapF FALSE 0.279 97.000 0.007 NA   NA
 5901126 5901127 RALTA_A0171 RALTA_A0172 dapF   FALSE 0.462 53.000 0.007 1.000 N NA
 5901127 5901128 RALTA_A0172 RALTA_A0173     TRUE 0.986 -3.000 0.064 0.001 Y NA
 5901129 5901130 RALTA_A0174 RALTA_A0175 metK   FALSE 0.041 204.000 0.003 NA   NA
 5901134 5901135 RALTA_Amisc_RNA_8 RALTA_A0179   thiC FALSE 0.181 101.000 0.000 NA   NA
 5901135 5901136 RALTA_A0179 RALTA_A0180 thiC thiO FALSE 0.204 157.000 0.044 1.000 N NA
 5901136 5901137 RALTA_A0180 RALTA_A0181 thiO thiS TRUE 0.968 13.000 0.342 1.000 N NA
 5901137 5901138 RALTA_A0181 RALTA_A0182 thiS thiG TRUE 0.978 4.000 0.064 1.000 Y NA
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 5901139 5901140 RALTA_A0183 RALTA_A0184 thiE   TRUE 0.716 8.000 0.000 1.000 N NA
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