MicrobesOnline Operon Predictions for Dechloromonas aromatica RCB

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 581152 581151 Daro_0001 Daro_0002 dnaA dnaN TRUE 0.537 210.000 0.328 1.000 Y NA
 581151 581150 Daro_0002 Daro_0003 dnaN gyrB TRUE 0.780 74.000 0.114 1.000 Y NA
 581150 581149 Daro_0003 Daro_0004 gyrB   FALSE 0.159 72.000 0.000 1.000 N NA
 581149 581148 Daro_0004 Daro_0005   dtd TRUE 0.813 13.000 0.000 1.000 N NA
 581147 581146 Daro_0006 Daro_0007     TRUE 0.546 91.000 0.000 0.098 Y NA
 581146 581145 Daro_0007 Daro_0008     TRUE 0.933 27.000 0.000 0.049 Y NA
 581145 581144 Daro_0008 Daro_0009     FALSE 0.069 127.000 0.000 1.000 N NA
 581144 581143 Daro_0009 Daro_0010   gshB TRUE 0.981 -15.000 0.038 1.000 Y NA
 581143 581142 Daro_0010 Daro_0011 gshB   TRUE 0.971 7.000 0.120 1.000   NA
 581142 581141 Daro_0011 Daro_0012     FALSE 0.192 68.000 0.000 1.000   NA
 581139 3337429 Daro_0014 Daro_0015     FALSE 0.145 79.000 0.000 NA   NA
 581138 581137 Daro_0016 Daro_0017 rsuA possible oxyR TRUE 0.955 -3.000 0.008 1.000 N NA
 3337430 581135 Daro_0018 Daro_0019   dprA TRUE 0.510 77.000 0.004 1.000 Y NA
 581135 581134 Daro_0019 Daro_0020 dprA   TRUE 0.976 -3.000 0.033 1.000   NA
 581133 581132 Daro_0021 Daro_0022 def fmt TRUE 0.998 -3.000 0.105 0.024 Y NA
 581132 581131 Daro_0022 Daro_0023 fmt htpX FALSE 0.370 59.000 0.021 1.000 N NA
 581130 581129 Daro_0024 Daro_0025     TRUE 0.760 51.000 0.188 NA   NA
 581129 581128 Daro_0025 Daro_0026     FALSE 0.119 103.000 0.000 1.000   NA
 581128 3337431 Daro_0026 Daro_0027     TRUE 0.856 10.000 0.000 1.000   NA
 581126 581125 Daro_0028 Daro_0029 sun   TRUE 0.956 -37.000 0.094 NA   NA
 581125 581124 Daro_0029 Daro_0030   ntrY TRUE 0.997 -3.000 0.810 NA   NA
 581124 581123 Daro_0030 Daro_0031 ntrY ntrX, putative TRUE 0.996 -22.000 0.605 1.000 Y NA
 581123 581122 Daro_0031 Daro_0032 ntrX, putative hemE FALSE 0.084 114.000 0.000 1.000 N NA
 581122 581121 Daro_0032 Daro_0033 hemE priA FALSE 0.018 283.000 0.000 1.000 N NA
 581121 581120 Daro_0033 Daro_0034 priA   FALSE 0.242 52.000 0.000 NA   NA
 3337432 584285 Daro_0035 Daro_0036     TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 584285 581118 Daro_0036 Daro_0037     TRUE 0.734 19.000 0.000 NA   NA
 581118 581117 Daro_0037 Daro_0038     TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 581115 581114 Daro_0040 Daro_0041     TRUE 0.615 25.000 0.000 NA   NA
 581114 581113 Daro_0041 Daro_0042     FALSE 0.373 37.000 0.000 NA   NA
 581109 581108 Daro_0046 Daro_0047 metH   FALSE 0.036 201.000 0.000 1.000   NA
 3337433 581105 Daro_0049 Daro_0050     TRUE 0.977 -7.000 0.036 0.097 N NA
 581105 581104 Daro_0050 Daro_0051     TRUE 0.815 7.000 0.000 NA   NA
 581103 581102 Daro_0052 Daro_0053   glnK TRUE 0.636 86.000 0.222 1.000   NA
 581102 581101 Daro_0053 Daro_0054 glnK amt TRUE 0.950 11.000 0.061 1.000 N NA
 581100 581099 Daro_0055 Daro_0056   purU TRUE 0.900 0.000 0.000 1.000 N NA
 581099 581098 Daro_0056 Daro_0057 purU   TRUE 0.950 6.000 0.074 1.000 N NA
 581098 581097 Daro_0057 Daro_0058     FALSE 0.286 44.000 0.000 1.000 N NA
 581097 581096 Daro_0058 Daro_0059     TRUE 0.881 0.000 0.000 NA N NA
 581094 581093 Daro_0062 Daro_0063     TRUE 0.808 14.000 0.000 NA   NA
 581091 584252 Daro_0065 Daro_R0001   tRNA-Gly FALSE 0.297 43.000 0.000 NA   NA
 584252 813560 Daro_R0001 Daro_R0002 tRNA-Gly rrs FALSE 0.011 535.000 0.000 NA   NA
 813560 584253 Daro_R0002 Daro_R0003 rrs tRNA-Ile FALSE 0.195 61.000 0.000 NA   NA
 584253 584254 Daro_R0003 Daro_R0004 tRNA-Ile tRNA-Ala TRUE 0.819 12.000 0.000 NA   NA
 584254 5645260 Daro_R0004 Daro_R0005 tRNA-Ala   FALSE 0.028 212.000 0.000 NA   NA
 5645260 584205 Daro_R0005 Daro_R0006   rrf FALSE 0.109 98.000 0.000 NA   NA
 581090 581089 Daro_0066 Daro_0067   ubiX TRUE 0.948 2.000 0.020 1.000   NA
 581089 581088 Daro_0067 Daro_0068 ubiX   TRUE 0.962 0.000 0.033 NA   NA
 581088 3337436 Daro_0068 Daro_0069     TRUE 0.969 -19.000 0.118 NA   NA
 3337436 581087 Daro_0069 Daro_0070     TRUE 0.947 0.000 0.013 NA   NA
 581086 581085 Daro_0071 Daro_0072     FALSE 0.009 673.000 0.000 NA   NA
 581085 3337437 Daro_0072 Daro_0073     TRUE 0.991 5.000 0.931 NA   NA
 3337437 581084 Daro_0073 Daro_0074     TRUE 0.820 77.000 0.835 NA   NA
 581084 581083 Daro_0074 Daro_0075     TRUE 0.996 10.000 0.437 0.001 N NA
 581082 581081 Daro_0076 Daro_0077   gln T type III homolog TRUE 0.768 28.000 0.031 1.000 N NA
 581081 581080 Daro_0077 Daro_0078 gln T type III homolog   TRUE 0.924 40.000 0.688 1.000   NA
 581080 581079 Daro_0078 Daro_0079     TRUE 0.980 5.000 0.216 1.000   NA
 581079 581078 Daro_0079 Daro_0080     TRUE 0.996 11.000 0.486 1.000 Y NA
 581078 581077 Daro_0080 Daro_0081   tauA TRUE 0.983 31.000 0.224 0.047 Y NA
 581077 581076 Daro_0081 Daro_0082 tauA   FALSE 0.014 361.000 0.000 NA   NA
 581076 581075 Daro_0082 Daro_0083     FALSE 0.054 143.000 0.000 NA   NA
 581075 584283 Daro_0083 Daro_0084     FALSE 0.201 169.000 0.105 NA   NA
 584283 581074 Daro_0084 Daro_0085     TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 581074 581073 Daro_0085 Daro_0086     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 581073 581072 Daro_0086 Daro_0087   fabG FALSE 0.295 86.000 0.000 0.069 N NA
 581072 581071 Daro_0087 Daro_0088 fabG   FALSE 0.031 197.000 0.000 NA   NA
 581071 581070 Daro_0088 Daro_0089     FALSE 0.354 38.000 0.000 NA   NA
 581070 581069 Daro_0089 Daro_0090     TRUE 0.996 4.000 0.205 0.069 Y NA
 581069 581068 Daro_0090 Daro_0091     TRUE 0.813 13.000 0.000 1.000 N NA
 581068 581067 Daro_0091 Daro_0092     TRUE 0.830 4.000 0.000 1.000 N NA
 581067 581066 Daro_0092 Daro_0093     FALSE 0.216 57.000 0.000 NA   NA
 581066 581065 Daro_0093 Daro_0094     TRUE 0.652 23.000 0.000 NA   NA
 581065 581064 Daro_0094 Daro_0095     TRUE 0.444 33.000 0.000 NA   NA
 581064 581063 Daro_0095 Daro_0096     FALSE 0.152 76.000 0.000 NA   NA
 581063 581062 Daro_0096 Daro_0097     TRUE 0.983 -3.000 0.071 NA   NA
 581062 581061 Daro_0097 Daro_0098   atoB TRUE 0.885 1.000 0.000 NA   NA
 581061 3337438 Daro_0098 Daro_0099 atoB   TRUE 0.527 29.000 0.000 1.000 N NA
 3337438 581059 Daro_0099 Daro_0100     TRUE 0.601 39.000 0.035 1.000 N NA
 581059 581058 Daro_0100 Daro_0101     TRUE 0.532 35.000 0.007 1.000 N NA
 581058 581057 Daro_0101 Daro_0102     FALSE 0.354 69.000 0.033 1.000 N NA
 581056 581055 Daro_0103 Daro_0104     TRUE 0.744 32.000 0.037 1.000   NA
 581055 584282 Daro_0104 Daro_0105     TRUE 0.814 13.000 0.000 NA   NA
 584282 581054 Daro_0105 Daro_0106     FALSE 0.055 142.000 0.000 NA   NA
 581053 581052 Daro_0107 Daro_0108     TRUE 0.975 17.000 0.235 1.000 N NA
 581052 581051 Daro_0108 Daro_0109     TRUE 0.999 14.000 0.948 0.005 Y NA
 3337439 581049 Daro_0111 Daro_0112   mrdB TRUE 0.963 -3.000 0.022 NA N NA
 581049 581048 Daro_0112 Daro_0113 mrdB mrdA TRUE 0.983 -3.000 0.073 1.000 N NA
 581048 581047 Daro_0113 Daro_0114 mrdA   TRUE 0.981 19.000 0.108 1.000 Y NA
 581047 581046 Daro_0114 Daro_0115   mreC TRUE 0.999 0.000 0.550 0.002 Y NA
 581046 581045 Daro_0115 Daro_0116 mreC mreB TRUE 0.956 31.000 0.689 1.000 N NA
 581044 581043 Daro_0117 Daro_0118 gatC gatA TRUE 1.000 -3.000 0.643 0.001 Y NA
 581043 581042 Daro_0118 Daro_0119 gatA   TRUE 0.912 2.000 0.003 NA   NA
 581042 581041 Daro_0119 Daro_0120   gatB TRUE 0.859 14.000 0.003 NA   NA
 581040 581039 Daro_0121 Daro_0122   pyrE TRUE 0.963 -7.000 0.052 NA   NA
 581038 581037 Daro_0123 Daro_0124 xth elaB FALSE 0.147 78.000 0.000 NA   NA
 581037 581036 Daro_0124 Daro_0125 elaB   TRUE 0.810 5.000 0.000 NA   NA
 581036 3337440 Daro_0125 Daro_0126     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 3337440 3337441 Daro_0126 Daro_0127     TRUE 0.858 3.000 0.000 NA   NA
 581035 581034 Daro_0128 Daro_0129 ampG   TRUE 0.980 0.000 0.087 NA   NA
 581034 581033 Daro_0129 Daro_0130   metX TRUE 0.996 -3.000 0.509 1.000   NA
 581032 581031 Daro_0131 Daro_0132   cirA TRUE 0.822 -19.000 0.000 NA   NA
 581030 581029 Daro_0133 Daro_0134     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 581029 581028 Daro_0134 Daro_0135     FALSE 0.236 53.000 0.000 NA   NA
 581028 581027 Daro_0135 Daro_0136     TRUE 0.996 -3.000 0.500 NA   NA
 581027 3337442 Daro_0136 Daro_0137     FALSE 0.210 58.000 0.000 NA   NA
 3337442 3337443 Daro_0137 Daro_0138     TRUE 0.985 5.000 0.000 0.001 Y NA
 3337443 581024 Daro_0138 Daro_0139     TRUE 0.979 -15.000 0.180 1.000 N NA
 581024 581023 Daro_0139 Daro_0140   cobD TRUE 0.997 -7.000 0.463 0.010 N NA
 581023 3337444 Daro_0140 Daro_0141 cobD   TRUE 0.980 -3.000 0.053 1.000 N NA
 3337444 581021 Daro_0141 Daro_0142     FALSE 0.130 85.000 0.000 NA   NA
 581021 581020 Daro_0142 Daro_0143     TRUE 0.986 15.000 0.471 NA   NA
 581018 581017 Daro_0145 Daro_0146     TRUE 0.996 0.000 0.174 1.000 Y NA
 581017 3337445 Daro_0146 Daro_0147     FALSE 0.092 109.000 0.000 1.000 N NA
 581015 581014 Daro_0148 Daro_0149 cobT cobS TRUE 0.995 -3.000 0.005 0.010 Y NA
 581012 581011 Daro_0151 Daro_0152 phpB rfaQ TRUE 0.954 2.000 0.000 0.069 N NA
 581011 581010 Daro_0152 Daro_0153 rfaQ rfaG TRUE 0.998 -3.000 0.235 1.000 Y NA
 581010 581009 Daro_0153 Daro_0154 rfaG msbA TRUE 0.524 49.000 0.039 1.000 N NA
 581009 581008 Daro_0154 Daro_0155 msbA   TRUE 0.900 0.000 0.000 1.000 N NA
 581008 581007 Daro_0155 Daro_0156     TRUE 0.993 -3.000 0.222 1.000 N NA
 581007 581006 Daro_0156 Daro_0157   rfaQ TRUE 0.900 0.000 0.000 1.000 N NA
 581006 581005 Daro_0157 Daro_0158 rfaQ   TRUE 0.997 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 581005 581004 Daro_0158 Daro_0159   rfaF TRUE 0.997 -3.000 0.182 1.000 Y NA
 581004 581003 Daro_0159 Daro_0160 rfaF   TRUE 0.984 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 581003 581002 Daro_0160 Daro_0161     TRUE 0.982 -3.000 0.000 NA Y NA
 581002 581001 Daro_0161 Daro_0162   rfaQ TRUE 0.982 -3.000 0.000 NA Y NA
 580999 580998 Daro_0164 Daro_0165     TRUE 0.842 31.000 0.095 NA   NA
 580998 580997 Daro_0165 Daro_0166   thrB TRUE 0.980 4.000 0.204 NA   NA
 580997 580996 Daro_0166 Daro_0167 thrB   TRUE 0.981 10.000 0.209 NA   NA
 580996 580995 Daro_0167 Daro_0168     TRUE 0.947 3.000 0.035 NA   NA
 580995 580994 Daro_0168 Daro_0169   nadD TRUE 0.917 -7.000 0.006 NA   NA
 580994 580993 Daro_0169 Daro_0170 nadD   TRUE 0.990 0.000 0.221 NA   NA
 580993 580992 Daro_0170 Daro_0171     TRUE 0.994 -3.000 0.307 NA   NA
 580992 580991 Daro_0171 Daro_0172   maf TRUE 0.976 0.000 0.074 NA   NA
 580990 580989 Daro_0173 Daro_0174     TRUE 0.952 5.000 0.065 1.000   NA
 580989 580988 Daro_0174 Daro_0175     FALSE 0.373 37.000 0.000 NA   NA
 580988 580987 Daro_0175 Daro_0176   PaaF homolog TRUE 0.556 28.000 0.000 NA   NA
 3337446 580984 Daro_0178 Daro_0179     FALSE 0.165 68.000 0.000 1.000 N NA
 580983 580982 Daro_0180 Daro_0181 cafA   TRUE 0.670 22.000 0.000 1.000 N NA
 580982 580981 Daro_0181 Daro_0182     FALSE 0.161 72.000 0.000 NA   NA
 584212 584211 Daro_R0007 Daro_R0008 tRNA-Met tRNA-Lys FALSE 0.115 93.000 0.000 NA   NA
 584211 584210 Daro_R0008 Daro_R0009 tRNA-Lys tRNA-Lys TRUE 0.734 19.000 0.000 NA   NA
 584210 580980 Daro_R0009 Daro_0183 tRNA-Lys metF FALSE 0.052 146.000 0.000 NA   NA
 580980 580979 Daro_0183 Daro_0184 metF   TRUE 0.968 -3.000 0.024 1.000 N NA
 580979 580978 Daro_0184 Daro_0185     TRUE 0.834 10.000 0.000 NA   NA
 580978 580977 Daro_0185 Daro_0186   ahcY TRUE 0.942 10.000 0.042 NA   NA
 580977 580976 Daro_0186 Daro_0187 ahcY   FALSE 0.041 165.000 0.000 1.000 N NA
 580976 580975 Daro_0187 Daro_0188   metK FALSE 0.246 65.000 0.006 1.000 N NA
 580974 580973 Daro_0189 Daro_0190 htrB htrB TRUE 0.998 7.000 0.255 0.001 Y NA
 580973 580972 Daro_0190 Daro_0191 htrB   TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 580972 580971 Daro_0191 Daro_0192   dapF FALSE 0.224 61.000 0.000 1.000   NA
 580971 580970 Daro_0192 Daro_0193 dapF   TRUE 0.991 -3.000 0.175 NA   NA
 580970 580969 Daro_0193 Daro_0194   xerC TRUE 0.990 6.000 0.714 NA   NA
 580969 3337447 Daro_0194 Daro_0195 xerC   TRUE 0.801 15.000 0.000 NA   NA
 3337447 580968 Daro_0195 Daro_0196     FALSE 0.157 74.000 0.000 NA   NA
 580968 3337448 Daro_0196 Daro_0197     FALSE 0.250 51.000 0.000 NA   NA
 3337448 580967 Daro_0197 Daro_0198     FALSE 0.154 75.000 0.000 NA   NA
 580967 580966 Daro_0198 Daro_0199     TRUE 0.993 10.000 0.887 1.000   NA
 580966 580965 Daro_0199 Daro_0200     TRUE 0.971 2.000 0.000 1.000 Y NA
 580965 580964 Daro_0200 Daro_0201     TRUE 0.965 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 580964 580963 Daro_0201 Daro_0202     TRUE 0.560 46.000 0.043 NA   NA
 580963 580962 Daro_0202 Daro_0203   hslV TRUE 0.911 14.000 0.025 NA   NA
 580962 580961 Daro_0203 Daro_0204 hslV hslU TRUE 0.999 -3.000 0.752 1.000 Y NA
 580961 580960 Daro_0204 Daro_0205 hslU   FALSE 0.170 105.000 0.007 1.000   NA
 580959 580958 Daro_0206 Daro_0207   lysA TRUE 0.854 6.000 0.002 1.000 N NA
 580955 580954 Daro_0210 Daro_0211     TRUE 0.999 -3.000 0.616 NA Y NA
 580954 580953 Daro_0211 Daro_0212     TRUE 0.999 -3.000 0.770 NA Y NA
 580953 580952 Daro_0212 Daro_0213     TRUE 0.999 -3.000 0.680 NA Y NA
 580952 580951 Daro_0213 Daro_0214     TRUE 0.999 -3.000 0.668 1.000 Y NA
 580951 580950 Daro_0214 Daro_0215   aroK TRUE 0.691 82.000 0.319 1.000 N NA
 580950 580949 Daro_0215 Daro_0216 aroK aroB TRUE 0.997 -3.000 0.208 1.000 Y NA
 580949 580948 Daro_0216 Daro_0217 aroB gltB FALSE 0.139 188.000 0.000 1.000 Y NA
 580948 580947 Daro_0217 Daro_0218 gltB gltD TRUE 0.999 0.000 0.236 0.001 Y NA
 580947 580946 Daro_0218 Daro_0219 gltD   FALSE 0.033 191.000 0.000 NA   NA
 580946 580945 Daro_0219 Daro_0220   glmU FALSE 0.315 41.000 0.000 NA   NA
 580945 580944 Daro_0220 Daro_0221 glmU   TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 580944 580943 Daro_0221 Daro_0222   fusA FALSE 0.373 37.000 0.000 NA   NA
 580942 580941 Daro_0223 Daro_0224   ompR FALSE 0.141 323.000 0.000 0.048 Y NA
 580941 580940 Daro_0224 Daro_0225 ompR   TRUE 0.999 -3.000 0.889 0.048 Y NA
 580939 580938 Daro_0226 Daro_0227     FALSE 0.383 91.000 0.000 1.000 Y NA
 580938 580937 Daro_0227 Daro_0228   fixC TRUE 0.941 3.000 0.000 0.098 N NA
 580937 580936 Daro_0228 Daro_0229 fixC   FALSE 0.221 56.000 0.000 NA   NA
 580936 580935 Daro_0229 Daro_0230     FALSE 0.024 236.000 0.000 NA   NA
 580933 580932 Daro_0232 Daro_0233   gpmA FALSE 0.080 117.000 0.000 1.000 N NA
 580932 580931 Daro_0233 Daro_0234 gpmA rbn FALSE 0.176 76.000 0.000 1.000   NA
 580930 580929 Daro_0235 Daro_0236     TRUE 0.556 28.000 0.000 NA   NA
 580929 580928 Daro_0236 Daro_0237   glpQ FALSE 0.028 211.000 0.000 NA   NA
 580926 580925 Daro_0239 Daro_0240   barA TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 580925 580924 Daro_0240 Daro_0241 barA   TRUE 0.777 5.000 0.000 NA N NA
 580924 3337450 Daro_0241 Daro_0242     FALSE 0.099 91.000 0.000 NA N NA
 580922 580921 Daro_0243 Daro_0244     FALSE 0.034 186.000 0.000 1.000 N NA
 580918 580917 Daro_0247 Daro_0248     FALSE 0.029 206.000 0.000 NA   NA
 580916 580915 Daro_0249 Daro_0250 fadD livG TRUE 0.991 3.000 0.474 1.000 N NA
 580915 580914 Daro_0250 Daro_0251 livG livH TRUE 0.984 13.000 0.074 1.000 Y NA
 580914 580913 Daro_0251 Daro_0252 livH livM TRUE 0.998 17.000 0.750 0.047 Y NA
 580913 580912 Daro_0252 Daro_0253 livM   TRUE 0.966 42.000 0.750 1.000 Y NA
 580912 580911 Daro_0253 Daro_0254   livF TRUE 0.982 26.000 0.125 0.095 Y NA
 580911 580910 Daro_0254 Daro_0255 livF   TRUE 0.415 173.000 0.479 1.000 N NA
 580910 580909 Daro_0255 Daro_0256     TRUE 0.801 15.000 0.000 NA   NA
 580906 580905 Daro_0259 Daro_0260     FALSE 0.024 233.000 0.000 NA   NA
 580905 580904 Daro_0260 Daro_0261     TRUE 0.994 13.000 0.313 NA Y NA
 580900 580899 Daro_0265 Daro_0266     TRUE 0.832 6.000 0.000 1.000   NA
 580899 580898 Daro_0266 Daro_0267     TRUE 0.856 10.000 0.000 1.000   NA
 580898 580897 Daro_0267 Daro_0268   glcD TRUE 0.573 123.000 0.031 0.097 Y NA
 580897 580896 Daro_0268 Daro_0269 glcD   TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 580895 580894 Daro_0270 Daro_0271   livH TRUE 0.963 36.000 0.333 1.000 Y NA
 580894 580893 Daro_0271 Daro_0272 livH livM TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.047 Y NA
 580893 580892 Daro_0272 Daro_0273 livM livG TRUE 0.995 -3.000 0.091 1.000 Y NA
 580892 580891 Daro_0273 Daro_0274 livG livF TRUE 0.996 -7.000 0.091 0.020 Y NA
 580891 580890 Daro_0274 Daro_0275 livF minC TRUE 0.813 13.000 0.000 1.000 N NA
 580890 580889 Daro_0275 Daro_0276 minC minD TRUE 0.969 36.000 0.466 1.000 Y NA
 580889 580888 Daro_0276 Daro_0277 minD minE TRUE 0.997 2.000 0.618 NA Y NA
 580888 580887 Daro_0277 Daro_0278 minE   FALSE 0.063 134.000 0.000 NA   NA
 584281 580885 Daro_0280 Daro_0281     TRUE 0.912 -12.000 0.011 NA   NA
 580885 580884 Daro_0281 Daro_0282     TRUE 0.948 2.000 0.029 NA   NA
 580884 580883 Daro_0282 Daro_0283     FALSE 0.100 104.000 0.000 1.000 N NA
 580883 580882 Daro_0283 Daro_0284     TRUE 0.834 10.000 0.000 NA   NA
 580882 584280 Daro_0284 Daro_0285     FALSE 0.085 114.000 0.000 NA   NA
 584280 580881 Daro_0285 Daro_0286     TRUE 0.815 7.000 0.000 NA   NA
 580880 580879 Daro_0287 Daro_0288 lipA lipB TRUE 0.999 -7.000 0.319 0.001 Y NA
 580879 580878 Daro_0288 Daro_0289 lipB   TRUE 0.988 1.000 0.219 NA   NA
 580878 580877 Daro_0289 Daro_0290   ilvE TRUE 0.983 2.000 0.155 NA   NA
 580877 580876 Daro_0290 Daro_0291 ilvE dacC TRUE 0.986 5.000 0.390 1.000 N NA
 580876 580875 Daro_0291 Daro_0292 dacC nhaR TRUE 0.900 0.000 0.000 1.000 N NA
 580874 580873 Daro_0293 Daro_0294 htpX tolC TRUE 0.754 18.000 0.000 1.000 N NA
 580873 580872 Daro_0294 Daro_0295 tolC   TRUE 0.999 -3.000 0.533 1.000 Y NA
 580872 580871 Daro_0295 Daro_0296     TRUE 0.994 -3.000 0.304 1.000 N NA
 580871 580870 Daro_0296 Daro_0297     TRUE 0.995 -3.000 0.417 1.000 N NA
 580870 580869 Daro_0297 Daro_0298     FALSE 0.077 119.000 0.000 1.000 N NA
 580868 580867 Daro_0299 Daro_0300     TRUE 0.828 8.000 0.000 NA   NA
 580867 580866 Daro_0300 Daro_0301   lgt FALSE 0.353 41.000 0.000 1.000   NA
 580865 580864 Daro_0302 Daro_0303 ilvD   TRUE 0.984 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 580864 580863 Daro_0303 Daro_0304     FALSE 0.049 152.000 0.000 1.000 N NA
 580863 584255 Daro_0304 Daro_R0010   tRNA-Tyr FALSE 0.108 99.000 0.000 NA   NA
 584255 584256 Daro_R0010 Daro_R0011 tRNA-Tyr tRNA-Gly FALSE 0.328 40.000 0.000 NA   NA
 584256 584257 Daro_R0011 Daro_R0012 tRNA-Gly tRNA-Thr TRUE 0.485 31.000 0.000 NA   NA
 584257 580862 Daro_R0012 Daro_0305 tRNA-Thr tuf FALSE 0.227 55.000 0.000 NA   NA
 580862 584258 Daro_0305 Daro_R0013 tuf tRNA-Trp FALSE 0.183 63.000 0.000 NA   NA
 584258 580861 Daro_R0013 Daro_0306 tRNA-Trp secE TRUE 0.615 25.000 0.000 NA   NA
 580861 580860 Daro_0306 Daro_0307 secE nusG TRUE 0.997 -3.000 0.843 1.000 N NA
 580860 580859 Daro_0307 Daro_0308 nusG rplK TRUE 0.704 108.000 0.681 1.000 N NA
 580859 580858 Daro_0308 Daro_0309 rplK rplA TRUE 0.999 3.000 0.838 0.019 Y NA
 580858 580857 Daro_0309 Daro_0310 rplA rplJ TRUE 0.684 226.000 0.302 0.019 Y NA
 580857 580856 Daro_0310 Daro_0311 rplJ rplL TRUE 0.988 39.000 0.884 0.015 Y NA
 580856 580855 Daro_0311 Daro_0312 rplL rpoB FALSE 0.265 207.000 0.223 1.000   NA
 580855 580854 Daro_0312 Daro_0313 rpoB rpoC TRUE 0.994 22.000 0.851 0.001   NA
 580854 580853 Daro_0313 Daro_0314 rpoC rpsL FALSE 0.250 158.000 0.122 1.000 N NA
 580853 580852 Daro_0314 Daro_0315 rpsL rpsG TRUE 0.937 111.000 0.620 0.003 Y NA
 580852 580851 Daro_0315 Daro_0316 rpsG fusA TRUE 0.994 19.000 0.579 1.000 Y NA
 580851 580850 Daro_0316 Daro_0317 fusA tuf TRUE 0.985 16.000 0.005 0.003 Y NA
 580850 580849 Daro_0317 Daro_0318 tuf rpsJ TRUE 0.585 62.000 0.006 1.000 Y NA
 580849 580848 Daro_0318 Daro_0319 rpsJ rplC TRUE 0.890 110.000 0.307 0.019 Y NA
 580848 580847 Daro_0319 Daro_0320 rplC rplD TRUE 0.998 10.000 0.486 0.015 Y NA
 580847 580846 Daro_0320 Daro_0321 rplD rplW TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.015 Y NA
 580846 580845 Daro_0321 Daro_0322 rplW rplB TRUE 0.999 0.000 0.849 0.019 Y NA
 580845 580844 Daro_0322 Daro_0323 rplB rpsS TRUE 0.999 11.000 0.820 0.019 Y NA
 580844 580843 Daro_0323 Daro_0324 rpsS rplV TRUE 0.999 10.000 0.769 0.019 Y NA
 580843 580842 Daro_0324 Daro_0325 rplV rpsC TRUE 0.999 10.000 0.719 0.019 Y NA
 580842 580841 Daro_0325 Daro_0326 rpsC rplP TRUE 0.999 2.000 0.828 0.019 Y NA
 580841 580840 Daro_0326 Daro_0327 rplP rpmC TRUE 0.999 3.000 0.802 0.015 Y NA
 580840 580839 Daro_0327 Daro_0328 rpmC rpsQ TRUE 0.999 -3.000 0.828 0.015 Y NA
 580839 580838 Daro_0328 Daro_0329 rpsQ rplN TRUE 0.881 154.000 0.791 0.019 Y NA
 580838 580837 Daro_0329 Daro_0330 rplN rplX TRUE 0.999 8.000 0.810 0.019 Y NA
 580837 580836 Daro_0330 Daro_0331 rplX rplE TRUE 0.999 10.000 0.758 0.015 Y NA
 580836 580835 Daro_0331 Daro_0332 rplE rpsN TRUE 0.998 8.000 0.309 0.015 Y NA
 580835 580834 Daro_0332 Daro_0333 rpsN rpsH TRUE 0.997 16.000 0.295 0.015 Y NA
 580834 580833 Daro_0333 Daro_0334 rpsH rplF TRUE 0.999 11.000 0.808 0.015 Y NA
 580833 580832 Daro_0334 Daro_0335 rplF rplR TRUE 0.999 10.000 0.815 0.015 Y NA
 580832 580831 Daro_0335 Daro_0336 rplR rpsE TRUE 0.995 28.000 0.814 0.019 Y NA
 580831 580830 Daro_0336 Daro_0337 rpsE rpmD TRUE 0.999 4.000 0.789 0.019 Y NA
 580830 580829 Daro_0337 Daro_0338 rpmD rplO TRUE 0.999 4.000 0.653 0.002 Y NA
 580829 580828 Daro_0338 Daro_0339 rplO secY TRUE 0.982 21.000 0.730 1.000 N NA
 580828 580827 Daro_0339 Daro_0340 secY infA TRUE 0.962 9.000 0.083 1.000 N NA
 580827 580826 Daro_0340 Daro_0341 infA rpmJ TRUE 0.544 76.000 0.104 1.000   NA
 580826 580825 Daro_0341 Daro_0342 rpmJ rpsM TRUE 0.888 52.000 0.194 0.015   NA
 580825 580824 Daro_0342 Daro_0343 rpsM rpsK TRUE 0.999 13.000 0.810 0.015 Y NA
 580824 580823 Daro_0343 Daro_0344 rpsK rpsD TRUE 0.998 13.000 0.509 0.019 Y NA
 580823 580822 Daro_0344 Daro_0345 rpsD rpoA TRUE 0.972 24.000 0.549 1.000 N NA
 580822 580821 Daro_0345 Daro_0346 rpoA rplQ TRUE 0.878 57.000 0.873 1.000 N NA
 580820 580819 Daro_0347 Daro_0348   msbA FALSE 0.048 155.000 0.000 1.000 N NA
 580818 580817 Daro_0349 Daro_0350   fadL TRUE 0.779 61.000 0.077 1.000 Y NA
 580817 580816 Daro_0350 Daro_0351 fadL   TRUE 0.672 22.000 0.000 NA   NA
 580816 580815 Daro_0351 Daro_0352     TRUE 0.835 9.000 0.000 NA   NA
 580814 580813 Daro_0353 Daro_0354     FALSE 0.063 134.000 0.000 NA   NA
 580812 580811 Daro_0355 Daro_0356   recG TRUE 0.922 19.000 0.076 NA N NA
 580809 580808 Daro_0358 Daro_0359     TRUE 0.799 15.000 0.000 1.000 N NA
 580808 580807 Daro_0359 Daro_0360     TRUE 0.843 12.000 0.000 1.000   NA
 580807 580806 Daro_0360 Daro_0361   nemA FALSE 0.151 85.000 0.000 1.000   NA
 580806 580805 Daro_0361 Daro_0362 nemA   TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 580804 580803 Daro_0363 Daro_0364     FALSE 0.085 125.000 0.000 1.000   NA
 580803 580802 Daro_0364 Daro_0365   livG TRUE 0.998 14.000 0.550 0.020 Y NA
 580802 580801 Daro_0365 Daro_0366 livG livM TRUE 0.996 4.000 0.545 1.000 Y NA
 580801 580800 Daro_0366 Daro_0367 livM livH TRUE 0.999 3.000 0.591 0.046 Y NA
 580800 580799 Daro_0367 Daro_0368 livH   FALSE 0.170 66.000 0.000 1.000 N NA
 580799 580798 Daro_0368 Daro_0369     TRUE 0.708 97.000 0.174 0.057   NA
 580797 580796 Daro_0370 Daro_0371 PaaZ PaaG TRUE 0.516 131.000 0.139 0.068 N NA
 580796 580795 Daro_0371 Daro_0372 PaaG PaaH TRUE 0.972 -25.000 0.025 1.000 Y NA
 580795 580794 Daro_0372 Daro_0373 PaaH PaaI TRUE 0.924 -7.000 0.009 1.000 N NA
 580794 580793 Daro_0373 Daro_0374 PaaI PaaK TRUE 0.732 25.000 0.009 1.000 N NA
 580793 580792 Daro_0374 Daro_0375 PaaK PaaJ TRUE 0.974 11.000 0.154 1.000 N NA
 580792 580791 Daro_0375 Daro_0376 PaaJ livJ TRUE 0.553 28.000 0.000 1.000 N NA
 580791 580790 Daro_0376 Daro_0377 livJ PaaA FALSE 0.142 89.000 0.000 1.000   NA
 580790 580789 Daro_0377 Daro_0378 PaaA PaaB TRUE 0.997 -3.000 0.920 NA   NA
 580789 580788 Daro_0378 Daro_0379 PaaB PaaC TRUE 0.996 0.000 0.943 NA   NA
 580788 580787 Daro_0379 Daro_0380 PaaC PaaD TRUE 0.992 4.000 0.919 NA   NA
 580787 580786 Daro_0380 Daro_0381 PaaD PaaE TRUE 0.782 23.000 0.012 NA   NA
 580786 580785 Daro_0381 Daro_0382 PaaE PaaF homolog FALSE 0.155 74.000 0.000 1.000 N NA
 580785 580784 Daro_0382 Daro_0383 PaaF homolog   TRUE 0.984 12.000 0.000 0.004 Y NA
 580781 580780 Daro_0386 Daro_0387 PaaX   FALSE 0.028 213.000 0.000 NA   NA
 3337453 580779 Daro_0388 Daro_0389     FALSE 0.143 80.000 0.000 NA   NA
 580779 580778 Daro_0389 Daro_0390   pbpC TRUE 0.991 7.000 0.711 1.000   NA
 580778 809846 Daro_0390 Daro_0391 pbpC   FALSE 0.046 158.000 0.000 NA   NA
 809846 809847 Daro_0391 Daro_0392     TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 809847 809848 Daro_0392 Daro_0393     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 809848 580777 Daro_0393 Daro_0394     FALSE 0.013 385.000 0.000 NA   NA
 580777 813336 Daro_0394 Daro_0395     TRUE 0.556 28.000 0.000 NA   NA
 813336 580776 Daro_0395 Daro_0396     TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 580776 580775 Daro_0396 Daro_0397     TRUE 0.810 5.000 0.000 NA   NA
 580775 580774 Daro_0397 Daro_0398     FALSE 0.250 51.000 0.000 NA   NA
 580774 580773 Daro_0398 Daro_0399     TRUE 0.712 20.000 0.000 NA   NA
 580773 580772 Daro_0399 Daro_0400     TRUE 0.786 -73.000 0.000 NA   NA
 580772 580771 Daro_0400 Daro_0401     FALSE 0.010 597.000 0.000 NA   NA
 580771 580770 Daro_0401 Daro_0402   aas TRUE 0.962 0.000 0.032 1.000 N NA
 580770 3337454 Daro_0402 Daro_0403 aas   TRUE 0.802 17.000 0.000 1.000   NA
 3337454 580769 Daro_0403 Daro_0404     TRUE 0.876 -10.000 0.000 1.000   NA
 580769 580768 Daro_0404 Daro_0405     TRUE 0.986 -3.000 0.017 0.068   NA
 580768 580767 Daro_0405 Daro_0406     FALSE 0.127 86.000 0.000 NA   NA
 580767 580766 Daro_0406 Daro_0407     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 580766 809861 Daro_0407 Daro_0408     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 809861 580765 Daro_0408 Daro_0409     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 580765 580764 Daro_0409 Daro_0410     FALSE 0.067 129.000 0.000 NA   NA
 580764 580763 Daro_0410 Daro_0411     TRUE 0.509 30.000 0.000 NA   NA
 580763 580762 Daro_0411 Daro_0412     FALSE 0.092 109.000 0.000 NA   NA
 580762 580761 Daro_0412 Daro_0413   ubiA FALSE 0.203 60.000 0.000 NA   NA
 580761 580760 Daro_0413 Daro_0414 ubiA   TRUE 0.906 -6.000 0.000 1.000   NA
 580760 580759 Daro_0414 Daro_0415     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 580759 3337455 Daro_0415 Daro_0416     FALSE 0.017 306.000 0.000 NA   NA
 3337455 580758 Daro_0416 Daro_0417   aslB TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 580758 580757 Daro_0417 Daro_0418 aslB   TRUE 0.854 4.000 0.000 1.000   NA
 580757 580756 Daro_0418 Daro_0419     TRUE 0.831 4.000 0.000 NA   NA
 580756 580755 Daro_0419 Daro_0420     FALSE 0.172 66.000 0.000 NA   NA
 580754 580753 Daro_0421 Daro_0422     TRUE 0.615 25.000 0.000 NA   NA
 580753 580752 Daro_0422 Daro_0423   dacB TRUE 0.894 -7.000 0.000 1.000   NA
 580751 580750 Daro_0424 Daro_0425   GroES (mopB) FALSE 0.023 237.000 0.000 1.000 N NA
 580750 580749 Daro_0425 Daro_0426 GroES (mopB) GroEL (mopA) TRUE 0.962 41.000 0.154 0.010 Y NA
 580749 580748 Daro_0426 Daro_0427 GroEL (mopA)   FALSE 0.027 216.000 0.000 NA   NA
 580748 580747 Daro_0427 Daro_0428     TRUE 0.994 2.000 0.684 NA   NA
 580747 580746 Daro_0428 Daro_0429   qseB FALSE 0.019 325.000 0.000 1.000   NA
 580746 580745 Daro_0429 Daro_0430 qseB qseC homolog TRUE 0.997 -22.000 0.812 1.000 Y NA
 580745 584259 Daro_0430 Daro_R0014 qseC homolog tRNA-Phe FALSE 0.127 86.000 0.000 NA   NA
 584259 3337456 Daro_R0014 Daro_0431 tRNA-Phe   FALSE 0.164 69.000 0.000 NA   NA
 3337456 580744 Daro_0431 Daro_0432     FALSE 0.250 51.000 0.000 NA   NA
 580744 580743 Daro_0432 Daro_0433     FALSE 0.038 173.000 0.000 NA   NA
 580743 580742 Daro_0433 Daro_0434     FALSE 0.247 57.000 0.000 1.000   NA
 580741 580740 Daro_0435 Daro_0436     TRUE 0.595 26.000 0.000 NA   NA
 580740 580739 Daro_0436 Daro_0437     TRUE 0.952 16.000 0.087 NA   NA
 580738 580737 Daro_0438 Daro_0439     TRUE 0.835 9.000 0.000 NA   NA
 580736 580735 Daro_0440 Daro_0441 lpdA aceF TRUE 0.995 13.000 0.463 1.000 Y NA
 580735 580734 Daro_0441 Daro_0442 aceF aceE TRUE 0.987 13.000 0.101 1.000 Y NA
 580733 580732 Daro_0444 Daro_0445   cyoC TRUE 0.993 3.000 0.750 NA   NA
 580731 580730 Daro_0446 Daro_0447     TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.001 Y NA
 580730 580729 Daro_0447 Daro_0448   folD TRUE 0.434 74.000 0.064 1.000 N NA
 580729 580728 Daro_0448 Daro_0449 folD purE TRUE 0.951 -3.000 0.005 1.000 N NA
 580728 580727 Daro_0449 Daro_0450 purE emrE TRUE 0.813 13.000 0.000 1.000 N NA
 580727 580726 Daro_0450 Daro_0451 emrE purK TRUE 0.900 0.000 0.000 1.000 N NA
 580726 580725 Daro_0451 Daro_0452 purK   TRUE 0.951 -3.000 0.009 NA N NA
 584260 580723 Daro_R0015 Daro_0454 tRNA-Ala   FALSE 0.083 115.000 0.000 NA   NA
 580723 580722 Daro_0454 Daro_0455   atoC TRUE 0.816 16.000 0.000 1.000   NA
 580722 580721 Daro_0455 Daro_0456 atoC   FALSE 0.043 162.000 0.000 1.000 N NA
 580721 580720 Daro_0456 Daro_0457     TRUE 0.830 28.000 0.058 1.000 N NA
 580720 580719 Daro_0457 Daro_0458     FALSE 0.087 111.000 0.000 1.000 N NA
 580719 580718 Daro_0458 Daro_0459     TRUE 0.997 -3.000 0.792 NA N NA
 580718 580717 Daro_0459 Daro_0460     FALSE 0.068 116.000 0.000 NA N NA
 3337458 580715 Daro_0461 Daro_0462     TRUE 0.993 2.000 0.575 NA   NA
 580715 580714 Daro_0462 Daro_0463     TRUE 0.804 10.000 0.000 NA N NA
 580713 580712 Daro_0464 Daro_0465     FALSE 0.215 62.000 0.000 1.000   NA
 580712 580711 Daro_0465 Daro_0466     TRUE 0.854 -16.000 0.000 1.000   NA
 580711 580710 Daro_0466 Daro_0467     TRUE 0.556 28.000 0.000 NA   NA
 580710 580709 Daro_0467 Daro_0468     TRUE 0.966 4.000 0.098 NA   NA
 580709 580708 Daro_0468 Daro_0469   artJ FALSE 0.137 82.000 0.000 1.000 N NA
 580708 580707 Daro_0469 Daro_0470 artJ   TRUE 0.899 86.000 0.667 1.000 Y NA
 580707 580706 Daro_0470 Daro_0471     FALSE 0.140 90.000 0.000 1.000   NA
 580705 580704 Daro_0472 Daro_0473 dgkA uvrA TRUE 0.928 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3337459 580702 Daro_0475 Daro_0476   nac FALSE 0.027 219.000 0.000 NA   NA
 580702 580701 Daro_0476 Daro_0477 nac atoC FALSE 0.060 266.000 0.000 0.047 N NA
 580701 580700 Daro_0477 Daro_0478 atoC   TRUE 0.999 -3.000 0.613 1.000 Y NA
 580700 580699 Daro_0478 Daro_0479     FALSE 0.367 40.000 0.000 1.000   NA
 580699 580698 Daro_0479 Daro_0480   gltP FALSE 0.116 105.000 0.000 1.000   NA
 580698 580697 Daro_0480 Daro_0481 gltP aspA TRUE 0.698 40.000 0.077 1.000 N NA
 580696 580695 Daro_0482 Daro_0483   ssb TRUE 0.873 17.000 0.015 1.000 N NA
 580695 580694 Daro_0483 Daro_0484 ssb   FALSE 0.352 38.000 0.000 1.000 N NA
 580694 580693 Daro_0484 Daro_0485   kup FALSE 0.149 77.000 0.000 1.000 N NA
 580692 580691 Daro_0486 Daro_0487     FALSE 0.119 103.000 0.000 1.000   NA
 580690 580689 Daro_0488 Daro_0489 btuE   TRUE 0.751 26.000 0.010 1.000   NA
 580689 580688 Daro_0489 Daro_0490     TRUE 0.912 11.000 0.013 1.000   NA
 580688 580687 Daro_0490 Daro_0491     TRUE 0.991 8.000 0.722 NA   NA
 580687 580686 Daro_0491 Daro_0492   cfa TRUE 0.993 -3.000 0.213 NA   NA
 580686 580685 Daro_0492 Daro_0493 cfa   TRUE 0.980 -31.000 0.258 NA   NA
 580685 580684 Daro_0493 Daro_0494     FALSE 0.102 655.000 0.247 NA   NA
 580684 580683 Daro_0494 Daro_0495     TRUE 0.995 -3.000 0.323 1.000   NA
 580683 580682 Daro_0495 Daro_0496     TRUE 0.994 -3.000 0.240 1.000   NA
 580682 580681 Daro_0496 Daro_0497     TRUE 0.993 2.000 0.533 NA   NA
 580680 580679 Daro_0498 Daro_0499     TRUE 0.985 19.000 0.724 NA   NA
 580679 580678 Daro_0499 Daro_0500     FALSE 0.136 83.000 0.000 NA   NA
 580678 580677 Daro_0500 Daro_0501   gmhA TRUE 0.996 -3.000 0.613 NA   NA
 580677 3337460 Daro_0501 Daro_0502 gmhA   TRUE 0.449 42.000 0.011 NA   NA
 3337460 3337461 Daro_0502 Daro_0503     TRUE 0.861 -22.000 0.003 NA   NA
 580675 580674 Daro_0504 Daro_0505     FALSE 0.069 137.000 0.000 1.000   NA
 580674 580673 Daro_0505 Daro_0506   pyrC TRUE 0.632 24.000 0.000 1.000 N NA
 580673 580672 Daro_0506 Daro_0507 pyrC   TRUE 0.886 12.000 0.009 NA   NA
 580672 580671 Daro_0507 Daro_0508     TRUE 0.976 -3.000 0.041 NA   NA
 580670 580669 Daro_0509 Daro_0510 infA   TRUE 0.435 31.000 0.000 NA N NA
 580669 580668 Daro_0510 Daro_0511   leuA FALSE 0.074 282.000 0.000 NA Y NA
 580667 580666 Daro_0512 Daro_0513 lrp   FALSE 0.040 168.000 0.000 NA   NA
 580666 580665 Daro_0513 Daro_0514     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 580665 3337462 Daro_0514 Daro_R0016     FALSE 0.161 72.000 0.000 NA   NA
 580664 580663 Daro_0515 Daro_0516     FALSE 0.009 697.000 0.000 NA   NA
 580663 580662 Daro_0516 Daro_0517     TRUE 0.992 1.000 0.431 NA   NA
 3337463 580661 Daro_0518 Daro_0519     FALSE 0.102 103.000 0.000 NA   NA
 580661 580660 Daro_0519 Daro_0520     FALSE 0.175 65.000 0.000 NA   NA
 580660 580659 Daro_0520 Daro_0521     TRUE 0.990 10.000 0.571 NA   NA
 580659 580658 Daro_0521 Daro_0522     TRUE 0.999 -3.000 0.619 NA Y NA
 580658 580657 Daro_0522 Daro_0523     TRUE 0.444 33.000 0.000 NA   NA
 580656 3337464 Daro_0524 Daro_0525     FALSE 0.039 170.000 0.000 NA   NA
 3337464 584209 Daro_0525 Daro_R0017   tRNA-Met FALSE 0.033 189.000 0.000 NA   NA
 584209 580655 Daro_R0017 Daro_0526 tRNA-Met rpoD TRUE 0.828 8.000 0.000 NA   NA
 580655 580654 Daro_0526 Daro_0527 rpoD dnaG TRUE 0.836 47.000 0.299 1.000 N NA
 580654 580653 Daro_0527 Daro_0528 dnaG   TRUE 0.973 7.000 0.137 1.000   NA
 580653 580652 Daro_0528 Daro_0529   rpsU TRUE 0.771 84.000 0.173 0.022   NA
 3337465 580650 Daro_0531 Daro_0532   tpx TRUE 0.834 10.000 0.000 NA   NA
 580650 3337466 Daro_0532 Daro_0533 tpx   FALSE 0.014 418.000 0.000 1.000   NA
 580648 580647 Daro_0535 Daro_0536     FALSE 0.023 242.000 0.000 NA   NA
 580647 580646 Daro_0536 Daro_0537   xerD TRUE 0.847 11.000 0.000 1.000   NA
 580646 580645 Daro_0537 Daro_0538 xerD   TRUE 0.980 -22.000 0.046 1.000 Y NA
 580645 580644 Daro_0538 Daro_0539     TRUE 0.691 21.000 0.000 1.000 N NA
 580644 580643 Daro_0539 Daro_0540   proA FALSE 0.168 67.000 0.000 1.000 N NA
 580642 580641 Daro_0542 Daro_0543 holA   FALSE 0.275 166.000 0.199 NA N NA
 580641 580640 Daro_0543 Daro_0544   leuS TRUE 0.977 10.000 0.182 NA N NA
 580640 580639 Daro_0544 Daro_0545 leuS   FALSE 0.023 237.000 0.000 NA   NA
 580638 580637 Daro_0546 Daro_0547 uvrD   FALSE 0.141 81.000 0.000 NA   NA
 580637 580636 Daro_0547 Daro_0548   qor FALSE 0.216 57.000 0.000 NA   NA
 580636 580635 Daro_0548 Daro_0549 qor   TRUE 0.967 -3.000 0.021 NA   NA
 580635 580634 Daro_0549 Daro_0550     TRUE 0.970 -3.000 0.026 NA   NA
 580633 580632 Daro_0551 Daro_0552     FALSE 0.121 89.000 0.000 1.000 N NA
 580631 580630 Daro_0553 Daro_0554   wrbA TRUE 0.672 35.000 0.036 NA   NA
 580630 580629 Daro_0554 Daro_0555 wrbA   FALSE 0.170 78.000 0.000 1.000   NA
 580628 580627 Daro_0556 Daro_0557     TRUE 0.994 -3.000 0.297 NA   NA
 580627 580626 Daro_0557 Daro_0558     FALSE 0.027 189.000 0.000 NA N NA
 580625 580624 Daro_0559 Daro_0560 dnaE   TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 580623 580622 Daro_0561 Daro_0562     FALSE 0.057 388.000 0.000 1.000 Y NA
 580622 3337468 Daro_0562 Daro_0563     FALSE 0.052 145.000 0.000 1.000 N NA
 580620 580619 Daro_0564 Daro_0565 nuoM   TRUE 0.975 2.000 0.091 NA   NA
 580619 580618 Daro_0565 Daro_0566     TRUE 0.995 -3.000 0.348 NA   NA
 580618 580617 Daro_0566 Daro_0567   nuoM TRUE 0.997 0.000 0.240 0.003   NA
 580617 580616 Daro_0567 Daro_0568 nuoM nuoM TRUE 1.000 -3.000 0.750 0.003 Y NA
 580616 3337469 Daro_0568 Daro_0569 nuoM   TRUE 0.834 10.000 0.000 NA   NA
 580615 580614 Daro_0570 Daro_0571 phnA probable sulfate transporter Sul1 TRUE 0.963 13.000 0.004 1.000 Y NA
 580613 580612 Daro_0573 Daro_0574   metG FALSE 0.012 418.000 0.000 NA   NA
 580611 580610 Daro_0575 Daro_0576 creB mrp FALSE 0.149 77.000 0.000 1.000 N NA
 580610 580609 Daro_0576 Daro_0577 mrp dcd TRUE 0.553 72.000 0.112 1.000 N NA
 580609 580608 Daro_0577 Daro_0578 dcd adiA TRUE 0.537 72.000 0.105 1.000 N NA
 3337470 580606 Daro_0579 Daro_0580   glgA TRUE 0.834 9.000 0.000 1.000 N NA
 580606 580605 Daro_0580 Daro_0581 glgA pgi TRUE 0.966 3.000 0.000 1.000 Y NA
 580605 580604 Daro_0581 Daro_0582 pgi   TRUE 0.984 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 580604 580603 Daro_0582 Daro_0583     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.012 Y NA
 580603 580602 Daro_0583 Daro_0584     TRUE 0.997 10.000 0.220 0.012 Y NA
 580602 580601 Daro_0584 Daro_0585   glgC TRUE 0.996 0.000 0.181 1.000 Y NA
 580599 580598 Daro_0587 Daro_0588     FALSE 0.187 62.000 0.000 NA   NA
 580598 580597 Daro_0588 Daro_0589     FALSE 0.077 120.000 0.000 NA   NA
 580596 3337471 Daro_0590 Daro_0591     TRUE 0.529 29.000 0.000 NA   NA
 580595 580594 Daro_0592 Daro_0593 glk thyA TRUE 0.830 4.000 0.000 1.000 N NA
 580592 3337472 Daro_0595 Daro_0596 mogA   TRUE 0.981 -7.000 0.117 1.000   NA
 580590 580589 Daro_0597 Daro_0598 pmbA   FALSE 0.163 102.000 0.008 NA   NA
 3337473 580588 Daro_0599 Daro_0600     FALSE 0.114 93.000 0.000 1.000 N NA
 580588 580587 Daro_0600 Daro_0601     TRUE 0.997 0.000 0.283 NA Y NA
 580586 580585 Daro_0602 Daro_0603 gpmB glyA TRUE 0.628 40.000 0.048 1.000 N NA
 580585 580584 Daro_0603 Daro_0604 glyA   FALSE 0.265 114.000 0.069 NA N NA
 580584 580583 Daro_0604 Daro_0605   ribD TRUE 0.993 -3.000 0.277 NA N NA
 580582 580581 Daro_0606 Daro_0607 moeB   FALSE 0.381 70.000 0.040 NA   NA
 580581 580580 Daro_0607 Daro_0608     TRUE 0.828 21.000 0.017 NA   NA
 580580 3337474 Daro_0608 Daro_0609     TRUE 0.994 -18.000 0.408 0.032 N NA
 3337475 580578 Daro_0610 Daro_0611     TRUE 0.913 4.000 0.026 NA N NA
 580578 580577 Daro_0611 Daro_0612   grxC TRUE 0.990 -3.000 0.166 NA N NA
 580577 580576 Daro_0612 Daro_0613 grxC secB TRUE 0.903 32.000 0.221 1.000 N NA
 580576 3337476 Daro_0613 Daro_0614 secB   TRUE 0.961 2.000 0.046 NA   NA
 3337476 580575 Daro_0614 Daro_0615   gpsA TRUE 0.989 -3.000 0.118 NA   NA
 580574 3337477 Daro_0616 Daro_0617     TRUE 0.483 46.000 0.017 1.000   NA
 580572 580571 Daro_0618 Daro_0619 bioB bioC TRUE 0.990 -3.000 0.022 1.000 Y NA
 580570 580569 Daro_0620 Daro_0621     TRUE 0.997 2.000 0.790 0.094   NA
 580569 580568 Daro_0621 Daro_0622     FALSE 0.099 105.000 0.000 NA   NA
 580568 580567 Daro_0622 Daro_0623     TRUE 0.877 2.000 0.000 NA   NA
 580567 580566 Daro_0623 Daro_0624     FALSE 0.089 121.000 0.000 1.000   NA
 580565 580564 Daro_0625 Daro_0626   hemB FALSE 0.150 135.000 0.024 1.000   NA
 580563 580562 Daro_0627 Daro_0628 slmA   TRUE 0.798 39.000 0.122 1.000   NA
 580562 580561 Daro_0628 Daro_0629   argB TRUE 0.502 65.000 0.069 1.000   NA
 580561 580560 Daro_0629 Daro_0630 argB   FALSE 0.161 86.000 0.005 NA N NA
 580560 580559 Daro_0630 Daro_0631   ntpA FALSE 0.165 61.000 0.000 NA N NA
 580559 580558 Daro_0631 Daro_0632 ntpA   TRUE 0.966 -3.000 0.019 NA   NA
 580558 580557 Daro_0632 Daro_0633     TRUE 0.987 11.000 0.381 NA   NA
 580557 580556 Daro_0633 Daro_0634   aspS TRUE 0.861 7.000 0.003 1.000 N NA
 580556 580555 Daro_0634 Daro_0635 aspS   TRUE 0.923 18.000 0.057 NA   NA
 580555 580554 Daro_0635 Daro_0636     TRUE 0.980 -15.000 0.190 NA   NA
 580554 580553 Daro_0636 Daro_0637   pilD FALSE 0.295 71.000 0.018 NA   NA
 580553 580552 Daro_0637 Daro_0638 pilD hofC TRUE 0.998 0.000 0.454 1.000 Y NA
 580552 580551 Daro_0638 Daro_0639 hofC   TRUE 0.997 16.000 0.362 0.016 Y NA
 580551 580550 Daro_0639 Daro_0640     FALSE 0.214 81.000 0.012 NA N NA
 580550 580549 Daro_0640 Daro_0641     TRUE 0.987 10.000 0.349 NA   NA
 580547 3337478 Daro_0643 Daro_0644     TRUE 0.949 -12.000 0.053 NA N NA
 584278 584277 Daro_0645 Daro_0646     TRUE 0.966 3.000 0.075 NA   NA
 584277 580545 Daro_0646 Daro_0647     TRUE 0.932 3.000 0.021 NA   NA
 580543 580542 Daro_0649 Daro_0650 rplM rpsI TRUE 0.998 10.000 0.601 0.014 Y NA
 580542 580541 Daro_0650 Daro_0651 rpsI   FALSE 0.040 248.000 0.011 NA   NA
 580541 580540 Daro_0651 Daro_0652     TRUE 0.985 10.000 0.293 NA   NA
 580540 580539 Daro_0652 Daro_0653     TRUE 0.514 64.000 0.079 NA   NA
 580539 584276 Daro_0653 Daro_0654     FALSE 0.020 265.000 0.000 NA   NA
 584276 584199 Daro_0654 Daro_R0018   rrs FALSE 0.013 393.000 0.000 NA   NA
 584199 584262 Daro_R0018 Daro_R0019 rrs tRNA-Ile FALSE 0.195 61.000 0.000 NA   NA
 584262 584263 Daro_R0019 Daro_R0020 tRNA-Ile tRNA-Ala TRUE 0.819 12.000 0.000 NA   NA
 584263 10270998 Daro_R0020 Daro_R0021 tRNA-Ala   FALSE 0.028 212.000 0.000 NA   NA
 10270998 584204 Daro_R0021 Daro_R0022   rrf FALSE 0.109 98.000 0.000 NA   NA
 584204 580537 Daro_R0022 Daro_0655 rrf   FALSE 0.013 395.000 0.000 NA   NA
 580536 580535 Daro_0656 Daro_0657     TRUE 0.932 0.000 0.005 NA   NA
 580534 584264 Daro_0658 Daro_R0023 ispB tRNA-Pro TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 584264 580533 Daro_R0023 Daro_0659 tRNA-Pro   FALSE 0.022 247.000 0.000 NA   NA
 580533 3337479 Daro_0659 Daro_0660     FALSE 0.013 374.000 0.000 NA   NA
 3337479 580532 Daro_0660 Daro_0661     TRUE 0.989 0.000 0.206 NA   NA
 580532 580531 Daro_0661 Daro_0662   atoC TRUE 0.995 -42.000 0.556 1.000 Y NA
 580531 580530 Daro_0662 Daro_0663 atoC ampD TRUE 0.981 0.000 0.100 1.000 N NA
 580529 580528 Daro_0664 Daro_0665     FALSE 0.294 62.000 0.010 1.000 N NA
 580527 580526 Daro_0666 Daro_0667     FALSE 0.097 106.000 0.000 1.000 N NA
 580524 580523 Daro_0669 Daro_0670     TRUE 0.998 0.000 0.923 NA Y NA
 580523 580522 Daro_0670 Daro_0671     TRUE 0.953 3.000 0.000 0.055   NA
 580522 580521 Daro_0671 Daro_0672     TRUE 0.967 0.000 0.000 0.066   NA
 580521 580520 Daro_0672 Daro_0673     TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 3337480 580518 Daro_0674 Daro_0675     TRUE 0.970 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 580516 580515 Daro_0677 Daro_0678     TRUE 0.649 21.000 0.000 NA N NA
 580515 580514 Daro_0678 Daro_0679     TRUE 0.999 -3.000 0.600 NA Y NA
 580510 580509 Daro_0683 Daro_0684     FALSE 0.276 47.000 0.000 NA   NA
 580508 580507 Daro_0685 Daro_0686   narL TRUE 0.987 -10.000 0.059 1.000 Y NA
 580507 3337481 Daro_0686 Daro_0687 narL   FALSE 0.386 68.000 0.000 0.046 N NA
 3337481 580506 Daro_0687 Daro_0688   nhaA FALSE 0.161 71.000 0.000 1.000 N NA
 580505 3337483 Daro_0690 Daro_0691     FALSE 0.015 339.000 0.000 NA   NA
 580504 3337484 Daro_0692 Daro_0693     FALSE 0.071 126.000 0.000 1.000 N NA
 3337484 3337485 Daro_0693 Daro_0694     TRUE 0.875 -7.000 0.000 1.000 N NA
 580502 3337486 Daro_0695 Daro_0696     FALSE 0.154 75.000 0.000 NA   NA
 3337486 580501 Daro_0696 Daro_0697     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 580501 580500 Daro_0697 Daro_0698     FALSE 0.085 113.000 0.000 1.000 N NA
 580500 580499 Daro_0698 Daro_0699     TRUE 0.993 -3.000 0.222 1.000 N NA
 580499 580498 Daro_0699 Daro_0700     TRUE 0.928 -3.000 0.000 1.000 N NA
 580498 580497 Daro_0700 Daro_0701     TRUE 0.485 31.000 0.000 NA   NA
 580497 580496 Daro_0701 Daro_0702     TRUE 0.940 14.000 0.053 NA   NA
 580494 580493 Daro_0704 Daro_0705 cpxR   TRUE 0.991 2.000 0.081 1.000 Y NA
 580493 580492 Daro_0705 Daro_0706     FALSE 0.023 243.000 0.000 1.000 N NA
 580491 580490 Daro_0707 Daro_0708   mviN TRUE 0.856 16.000 0.006 NA   NA
 580488 580487 Daro_0710 Daro_0711 fabG   TRUE 0.529 58.000 0.009 0.066 N NA
 580487 584274 Daro_0711 Daro_0712   ccoS TRUE 0.998 0.000 0.713 NA Y NA
 584274 580486 Daro_0712 Daro_0713 ccoS ccoN FALSE 0.067 293.000 0.070 NA N NA
 580486 580485 Daro_0713 Daro_0714 ccoN ccoO TRUE 0.994 17.000 0.525 0.004 N NA
 580485 584273 Daro_0714 Daro_0715 ccoO ccoQ TRUE 0.990 6.000 0.167 0.004 N NA
 584273 580484 Daro_0715 Daro_0716 ccoQ ccoP TRUE 0.989 16.000 0.182 0.004 N NA
 580484 580483 Daro_0716 Daro_0717 ccoP fixG/napH homolog TRUE 0.726 131.000 0.103 0.035 Y NA
 580483 580482 Daro_0717 Daro_0718 fixG/napH homolog   TRUE 0.947 4.000 0.051 NA   NA
 580482 580481 Daro_0718 Daro_0719     TRUE 0.767 30.000 0.040 NA   NA
 580481 580480 Daro_0719 Daro_0720     FALSE 0.263 110.000 0.050 NA   NA
 580478 580477 Daro_0722 Daro_0723 motA motB TRUE 0.987 26.000 0.516 1.000 Y NA
 580477 580476 Daro_0723 Daro_0724 motB   TRUE 0.913 21.000 0.000 1.000 Y NA
 580476 580475 Daro_0724 Daro_0725   cheY TRUE 0.977 19.000 0.082 1.000 Y NA
 580475 580474 Daro_0725 Daro_0726 cheY cheA TRUE 0.869 89.000 0.444 1.000 Y NA
 580474 580473 Daro_0726 Daro_0727 cheA cheW TRUE 0.987 23.000 0.105 0.014 Y NA
 580473 580472 Daro_0727 Daro_0728 cheW   TRUE 0.911 32.000 0.000 0.014 Y NA
 580472 580471 Daro_0728 Daro_0729     TRUE 0.853 40.000 0.000 0.014 Y NA
 580471 580470 Daro_0729 Daro_0730   cheR TRUE 0.992 3.000 0.025 0.015 Y NA
 580470 580469 Daro_0730 Daro_0731 cheR   TRUE 0.995 13.000 0.444 1.000 Y NA
 580469 580468 Daro_0731 Daro_0732   cheB TRUE 0.743 49.000 0.022 1.000 Y NA
 580468 580467 Daro_0732 Daro_0733 cheB   TRUE 0.444 78.000 0.000 1.000 Y NA
 580467 580466 Daro_0733 Daro_0734     FALSE 0.222 138.000 0.000 1.000 Y NA
 580466 580465 Daro_0734 Daro_0735     TRUE 0.998 18.000 0.778 0.015 Y NA
 580465 580464 Daro_0735 Daro_0736   cheY TRUE 0.993 25.000 0.444 0.046 Y NA
 580464 580463 Daro_0736 Daro_0737 cheY   TRUE 0.732 163.000 0.667 1.000 Y NA
 580463 580462 Daro_0737 Daro_0738   cheA-like protein TRUE 0.975 12.000 0.028 1.000 Y NA
 580462 580461 Daro_0738 Daro_0739 cheA-like protein flhB FALSE 0.205 174.000 0.009 1.000 Y NA
 580461 580460 Daro_0739 Daro_0740 flhB flhA TRUE 0.998 1.000 0.287 0.012 Y NA
 580460 580459 Daro_0740 Daro_0741 flhA flhF TRUE 0.994 -3.000 0.065 1.000 Y NA
 580459 580458 Daro_0741 Daro_0742 flhF   TRUE 0.973 -7.000 0.083 1.000 N NA
 580458 580457 Daro_0742 Daro_0743   fliA TRUE 0.989 0.000 0.193 1.000 N NA
 580457 580456 Daro_0743 Daro_0744 fliA motC TRUE 0.991 0.000 0.089 0.046 N NA
 580456 580455 Daro_0744 Daro_0745 motC motB TRUE 0.997 0.000 0.248 1.000 Y NA
 580454 580453 Daro_0746 Daro_0747     TRUE 0.997 0.000 0.211 0.003   NA
 580453 580452 Daro_0747 Daro_0748   flgA TRUE 0.774 64.000 0.330 1.000   NA
 580451 580450 Daro_0749 Daro_0750 flgB flgC TRUE 0.984 12.000 0.000 0.005 Y NA
 580450 580449 Daro_0750 Daro_0751 flgC flgD TRUE 0.992 14.000 0.256 NA Y NA
 580449 580448 Daro_0751 Daro_0752 flgD flgE TRUE 0.974 16.000 0.047 NA Y NA
 580448 580447 Daro_0752 Daro_0753 flgE flgF TRUE 0.993 20.000 0.160 0.005 Y NA
 580447 580446 Daro_0753 Daro_0754 flgF flgG TRUE 0.998 14.000 0.381 0.001 Y NA
 580446 580445 Daro_0754 Daro_0755 flgG flgH TRUE 0.998 10.000 0.463 0.006 Y NA
 580445 580444 Daro_0755 Daro_0756 flgH flgI TRUE 0.982 24.000 0.061 0.008 Y NA
 580444 580443 Daro_0756 Daro_0757 flgI flgJ TRUE 0.990 7.000 0.030 0.008 Y NA
 580443 580442 Daro_0757 Daro_0758 flgJ flgK TRUE 0.981 52.000 0.705 0.004 Y NA
 580442 580441 Daro_0758 Daro_0759 flgK flgL TRUE 0.994 16.000 0.080 0.001 Y NA
 580441 580440 Daro_0759 Daro_0760 flgL   TRUE 0.994 -3.000 0.250 NA   NA
 580439 580438 Daro_0761 Daro_0762 fliR fliQ TRUE 0.996 2.000 0.056 0.003 Y NA
 580438 3337487 Daro_0762 Daro_0763 fliQ fliP TRUE 0.998 15.000 0.827 0.012 Y NA
 3337487 584272 Daro_0763 Daro_0764 fliP   TRUE 0.995 -7.000 0.203 1.000 Y NA
 584272 580436 Daro_0764 Daro_0765   fliN TRUE 0.935 54.000 0.443 1.000 Y NA
 580436 580435 Daro_0765 Daro_0766 fliN fliM TRUE 0.999 -7.000 0.741 0.001 Y NA
 580435 580434 Daro_0766 Daro_0767 fliM fliL TRUE 0.990 7.000 0.012 0.001 Y NA
 580434 580433 Daro_0767 Daro_0768 fliL fliK TRUE 0.697 30.000 0.013 1.000   NA
 580433 580432 Daro_0768 Daro_0769 fliK fliJ TRUE 0.897 63.000 0.317 0.006   NA
 580432 580431 Daro_0769 Daro_0770 fliJ fliI TRUE 0.994 7.000 0.073 0.006 Y NA
 580431 580430 Daro_0770 Daro_0771 fliI fliH TRUE 0.995 -15.000 0.085 0.006 Y NA
 580430 580429 Daro_0771 Daro_0772 fliH fliG TRUE 0.997 15.000 0.320 0.006 Y NA
 580429 580428 Daro_0772 Daro_0773 fliG fliF TRUE 0.998 -10.000 0.220 0.006 Y NA
 580427 580426 Daro_0774 Daro_0775   atoC TRUE 0.998 -7.000 0.679 1.000 Y NA
 580426 580425 Daro_0775 Daro_0776 atoC fliE TRUE 0.685 50.000 0.108 1.000 N NA
 580424 580423 Daro_0777 Daro_0778     FALSE 0.389 81.000 0.057 NA   NA
 580423 580422 Daro_0778 Daro_0779     TRUE 0.985 -19.000 0.279 1.000   NA
 580422 3337488 Daro_0779 Daro_0780     TRUE 0.983 13.000 0.256 1.000   NA
 3337488 580421 Daro_0780 Daro_0781   fliS TRUE 0.988 4.000 0.338 1.000   NA
 580421 580420 Daro_0781 Daro_0782 fliS fliD TRUE 0.983 13.000 0.000 0.004 Y NA
 580420 580419 Daro_0782 Daro_0783 fliD   TRUE 0.550 55.000 0.000 NA Y NA
 580419 580418 Daro_0783 Daro_0784     FALSE 0.340 97.000 0.000 NA Y NA
 580417 580416 Daro_0785 Daro_0786     TRUE 0.981 -3.000 0.000 0.018   NA
 584266 580414 Daro_R0025 Daro_0788 tRNA-Thr   FALSE 0.136 83.000 0.000 NA   NA
 580412 580411 Daro_0789 Daro_0790     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 580411 580410 Daro_0790 Daro_0791     FALSE 0.120 90.000 0.000 NA   NA
 580410 580409 Daro_0791 Daro_0792     FALSE 0.010 644.000 0.000 NA   NA
 580409 3337489 Daro_0792 Daro_0793     FALSE 0.221 56.000 0.000 NA   NA
 580407 3337492 Daro_0797 Daro_0798     TRUE 0.652 23.000 0.000 NA   NA
 3337492 3337493 Daro_0798 Daro_0799     FALSE 0.024 233.000 0.000 NA   NA
 580406 580405 Daro_0801 Daro_0802     FALSE 0.069 128.000 0.000 NA   NA
 580402 813498 Daro_0805 Daro_R0026   tRNA-Met FALSE 0.167 68.000 0.000 NA   NA
 813498 813562 Daro_R0026 Daro_R0027 tRNA-Met rrs FALSE 0.016 317.000 0.000 NA   NA
 813562 584267 Daro_R0027 Daro_R0028 rrs tRNA-Ile FALSE 0.195 61.000 0.000 NA   NA
 584267 584268 Daro_R0028 Daro_R0029 tRNA-Ile tRNA-Ala TRUE 0.819 12.000 0.000 NA   NA
 584268 10750586 Daro_R0029 Daro_R0030 tRNA-Ala   FALSE 0.028 212.000 0.000 NA   NA
 10750586 584203 Daro_R0030 Daro_R0031   rrf FALSE 0.109 98.000 0.000 NA   NA
 584203 3337495 Daro_R0031 Daro_R0032 rrf   FALSE 0.041 165.000 0.000 NA   NA
 3337495 580401 Daro_R0032 Daro_0806   dnaX TRUE 0.579 27.000 0.000 NA   NA
 580401 580400 Daro_0806 Daro_0807 dnaX   TRUE 0.986 14.000 0.411 NA   NA
 580400 580399 Daro_0807 Daro_0808   recR TRUE 0.989 5.000 0.604 NA   NA
 580399 580398 Daro_0808 Daro_0809 recR petA FALSE 0.175 84.000 0.002 1.000 N NA
 580398 580397 Daro_0809 Daro_0810 petA   TRUE 0.990 4.000 0.005 0.001 Y NA
 580397 580396 Daro_0810 Daro_0811     TRUE 0.999 14.000 0.630 0.001 Y NA
 580396 580395 Daro_0811 Daro_0812   sspA TRUE 0.686 84.000 0.370 NA N NA
 580395 580394 Daro_0812 Daro_0813 sspA sspB TRUE 0.994 3.000 0.831 NA   NA
 580394 580393 Daro_0813 Daro_0814 sspB nasA/napA/narB homolog FALSE 0.069 128.000 0.000 NA   NA
 580393 580392 Daro_0814 Daro_0815 nasA/napA/narB homolog   TRUE 0.940 19.000 0.095 1.000 N NA
 580392 580391 Daro_0815 Daro_0816   nirB FALSE 0.014 362.000 0.000 1.000 N NA
 580391 580390 Daro_0816 Daro_0817 nirB nirD TRUE 0.988 27.000 0.539 0.001 N NA
 580390 3337496 Daro_0817 Daro_0818 nirD   FALSE 0.250 51.000 0.000 NA   NA
 3337496 580389 Daro_0818 Daro_0819   nirC, putative FALSE 0.150 77.000 0.000 NA   NA
 580389 580388 Daro_0819 Daro_0820 nirC, putative   TRUE 0.723 66.000 0.275 1.000 N NA
 580387 580386 Daro_0821 Daro_0822     FALSE 0.011 454.000 0.000 NA   NA
 580386 584270 Daro_0822 Daro_0823     FALSE 0.020 271.000 0.000 NA   NA
 584270 580385 Daro_0823 Daro_0824     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 580384 580383 Daro_0825 Daro_0826 narK   TRUE 0.788 60.000 0.337 1.000 N NA
 580383 580382 Daro_0826 Daro_0827     FALSE 0.194 61.000 0.000 1.000 N NA
 580382 580381 Daro_0827 Daro_0828     TRUE 0.598 28.000 0.000 1.000   NA
 580381 580380 Daro_0828 Daro_0829   nasT homolog TRUE 0.787 18.000 0.000 1.000   NA
 580380 580379 Daro_0829 Daro_0830 nasT homolog nasF homolog FALSE 0.148 296.000 0.218 NA N NA
 580379 580378 Daro_0830 Daro_0831 nasF homolog nas E homolog TRUE 0.912 65.000 0.514 NA Y NA
 580378 580377 Daro_0831 Daro_0832 nas E homolog nasD TRUE 0.998 15.000 0.396 0.001 Y NA
 580377 580376 Daro_0832 Daro_0833 nasD narX FALSE 0.049 151.000 0.000 1.000 N NA
 580376 580375 Daro_0833 Daro_0834 narX narL TRUE 0.999 2.000 0.686 0.061 Y NA
 580374 580373 Daro_0835 Daro_0836     FALSE 0.054 143.000 0.000 NA   NA
 580373 584208 Daro_0836 Daro_R0033   tRNA-Arg TRUE 0.556 28.000 0.000 NA   NA
 580372 580371 Daro_0837 Daro_0838   uup FALSE 0.181 74.000 0.000 1.000   NA
 580371 580370 Daro_0838 Daro_0839 uup   TRUE 0.753 38.000 0.009 0.031   NA
 580366 580365 Daro_0843 Daro_0844   accA TRUE 0.501 60.000 0.059 1.000 N NA
 580365 580364 Daro_0844 Daro_0845 accA   TRUE 0.965 -31.000 0.123 1.000 N NA
 580364 580363 Daro_0845 Daro_0846   dapA FALSE 0.144 79.000 0.000 1.000 N NA
 580363 580362 Daro_0846 Daro_0847 dapA   TRUE 0.967 16.000 0.028 NA Y NA
 580362 580361 Daro_0847 Daro_0848     TRUE 0.956 -3.000 0.008 NA   NA
 580360 3337497 Daro_0849 Daro_0850 hypothetical protein   FALSE 0.060 136.000 0.000 NA   NA
 580356 580355 Daro_0853 Daro_0854   PTPS, putative FALSE 0.076 132.000 0.000 1.000   NA
 584194 584193 Daro_0857 Daro_0858   aroC FALSE 0.084 126.000 0.000 1.000   NA
 584193 584192 Daro_0858 Daro_0859 aroC   FALSE 0.306 52.000 0.002 NA   NA
 584192 584191 Daro_0859 Daro_0860   hcaT TRUE 0.433 42.000 0.009 NA   NA
 584191 584190 Daro_0860 Daro_0861 hcaT leuC TRUE 0.699 31.000 0.027 1.000 N NA
 584190 584189 Daro_0861 Daro_0862 leuC   TRUE 0.839 13.000 0.000 1.000   NA
 584189 584188 Daro_0862 Daro_0863   leuD TRUE 0.915 0.000 0.000 1.000   NA
 584188 584187 Daro_0863 Daro_0864 leuD leuB TRUE 0.997 13.000 0.159 0.002 Y NA
 584187 584186 Daro_0864 Daro_0865 leuB asd TRUE 0.977 34.000 0.196 0.040 Y NA
 584186 584185 Daro_0865 Daro_0866 asd   FALSE 0.123 157.000 0.034 1.000 N NA
 584185 584184 Daro_0866 Daro_0867     TRUE 0.534 63.000 0.083 NA   NA
 584184 584183 Daro_0867 Daro_0868   truA TRUE 0.954 -3.000 0.006 NA   NA
 584183 813345 Daro_0868 Daro_0869 truA   TRUE 0.990 -3.000 0.139 1.000 N NA
 813345 584182 Daro_0869 Daro_0870   trpB TRUE 0.999 -13.000 0.375 0.001 Y NA
 584182 584181 Daro_0870 Daro_0871 trpB trpA TRUE 0.999 0.000 0.344 0.001 Y NA
 584181 584180 Daro_0871 Daro_0872 trpA accD TRUE 0.993 -3.000 0.232 1.000 N NA
 584180 584179 Daro_0872 Daro_0873 accD folC TRUE 0.995 -3.000 0.383 1.000 N NA
 584179 584178 Daro_0873 Daro_0874 folC dedD TRUE 0.973 3.000 0.100 NA   NA
 584178 584177 Daro_0874 Daro_0875 dedD cvpA TRUE 0.982 -3.000 0.066 NA   NA
 584177 584176 Daro_0875 Daro_0876 cvpA purF TRUE 0.910 34.000 0.262 1.000   NA
 584176 584175 Daro_0876 Daro_0877 purF metZ TRUE 0.986 0.000 0.153 1.000 N NA
 584175 584174 Daro_0877 Daro_0878 metZ rhlE FALSE 0.041 165.000 0.000 1.000 N NA
 584174 584173 Daro_0878 Daro_0879 rhlE   FALSE 0.067 129.000 0.000 1.000 N NA
 584173 584172 Daro_0879 Daro_0880   hofF TRUE 0.996 6.000 0.740 1.000 Y NA
 584172 584171 Daro_0880 Daro_0881 hofF   TRUE 0.950 1.000 0.026 NA   NA
 584171 584170 Daro_0881 Daro_0882     TRUE 0.979 22.000 0.667 NA   NA
 584170 584169 Daro_0882 Daro_0883     TRUE 0.976 24.000 0.154 0.005   NA
 584169 3337498 Daro_0883 Daro_0884     TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 3337498 584168 Daro_0884 Daro_0885     TRUE 0.855 -10.000 0.000 NA   NA
 584168 584167 Daro_0885 Daro_0886     TRUE 0.931 -16.000 0.032 NA   NA
 584167 584166 Daro_0886 Daro_0887     TRUE 0.982 -3.000 0.065 NA   NA
 584166 584165 Daro_0887 Daro_0888     TRUE 0.758 37.000 0.086 NA   NA
 584165 584164 Daro_0888 Daro_0889     TRUE 0.457 70.000 0.057 1.000   NA
 584164 584163 Daro_0889 Daro_0890     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 584163 584162 Daro_0890 Daro_0891     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 584162 3337499 Daro_0891 Daro_0892     TRUE 0.971 -15.000 0.115 NA   NA
 3337499 584161 Daro_0892 Daro_0893   hofQ TRUE 0.987 -3.000 0.102 NA   NA
 584161 584160 Daro_0893 Daro_0894 hofQ   TRUE 0.981 34.000 0.846 1.000 Y NA
 584160 584159 Daro_0894 Daro_0895     TRUE 0.991 2.000 0.338 1.000   NA
 584159 584158 Daro_0895 Daro_0896     FALSE 0.103 111.000 0.000 1.000   NA
 584157 584156 Daro_0897 Daro_0898 mhpR   TRUE 0.799 32.000 0.000 1.000 Y NA
 584155 584154 Daro_0899 Daro_0900 mhpA homolog   FALSE 0.137 70.000 0.000 NA N NA
 584154 584153 Daro_0900 Daro_0901   mhpB homolog FALSE 0.013 370.000 0.000 NA   NA
 584153 584152 Daro_0901 Daro_0902 mhpB homolog   TRUE 0.932 55.000 0.750 0.092   NA
 584152 584151 Daro_0902 Daro_0903     TRUE 0.995 11.000 0.750 0.092   NA
 584151 584150 Daro_0903 Daro_0904     FALSE 0.315 41.000 0.000 NA   NA
 584150 584149 Daro_0904 Daro_0905   mhpD homolog TRUE 0.881 0.000 0.000 NA N NA
 584149 584148 Daro_0905 Daro_0906 mhpD homolog mhpF homolog TRUE 0.839 29.000 0.000 1.000 Y NA
 584148 584147 Daro_0906 Daro_0907 mhpF homolog mhpE homolog TRUE 0.813 13.000 0.000 1.000 N NA
 584147 584146 Daro_0907 Daro_0908 mhpE homolog   FALSE 0.320 109.000 0.000 1.000 Y NA
 584146 584145 Daro_0908 Daro_0909   livF TRUE 0.999 2.000 0.750 0.019 Y NA
 584145 584144 Daro_0909 Daro_0910 livF   TRUE 0.970 24.000 0.500 NA   NA
 584144 584143 Daro_0910 Daro_0911   mhpC FALSE 0.306 42.000 0.000 NA   NA
 584142 584141 Daro_0912 Daro_0913   recQ TRUE 0.877 2.000 0.000 NA   NA
 584141 584140 Daro_0913 Daro_0914 recQ lpxH TRUE 0.833 -25.000 0.000 1.000   NA
 584140 584139 Daro_0914 Daro_0915 lpxH ppiB TRUE 0.991 -3.000 0.136 1.000   NA
 584139 584138 Daro_0915 Daro_0916 ppiB ppiA TRUE 0.992 10.000 0.031 0.003 Y NA
 584138 584137 Daro_0916 Daro_0917 ppiA   TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 584137 3337500 Daro_0917 Daro_0918     TRUE 0.971 0.000 0.052 NA   NA
 584135 584134 Daro_0920 Daro_0921     FALSE 0.132 185.000 0.000 NA Y NA
 584134 584133 Daro_0921 Daro_0922   dnaJ FALSE 0.015 294.000 0.000 NA N NA
 584133 584132 Daro_0922 Daro_0923 dnaJ dnaK TRUE 0.927 84.000 0.236 0.004 Y NA
 584132 584131 Daro_0923 Daro_0924 dnaK grpE TRUE 0.817 68.000 0.030 0.010 Y NA
 584129 584128 Daro_0926 Daro_0927     TRUE 0.444 33.000 0.000 NA   NA
 584128 584127 Daro_0927 Daro_0928   trx FALSE 0.216 57.000 0.000 NA   NA
 584127 3337501 Daro_0928 Daro_0929 trx hemH FALSE 0.240 52.000 0.000 1.000 N NA
 3337501 584125 Daro_0929 Daro_0930 hemH hrcA TRUE 0.966 0.000 0.048 NA N NA
 584124 584123 Daro_0931 Daro_0932   recN TRUE 0.988 0.000 0.170 1.000 N NA
 584122 3337502 Daro_0933 Daro_0934     TRUE 0.756 18.000 0.000 NA   NA
 3337503 584120 Daro_0935 Daro_0936   dapB TRUE 0.955 3.000 0.049 1.000 N NA
 584120 584119 Daro_0936 Daro_0937 dapB   TRUE 0.853 6.000 0.002 1.000 N NA
 584119 584118 Daro_0937 Daro_0938   carA FALSE 0.081 116.000 0.000 1.000 N NA
 584118 584117 Daro_0938 Daro_0939 carA carB TRUE 0.998 16.000 0.345 0.001 Y NA
 584117 584116 Daro_0939 Daro_0940 carB greA TRUE 0.941 27.000 0.241 1.000 N NA
 584116 584115 Daro_0940 Daro_0941 greA   TRUE 0.959 5.000 0.089 NA   NA
 584113 584112 Daro_0943 Daro_0944 ftsJ hflB FALSE 0.189 56.000 0.000 NA N NA
 584112 584111 Daro_0944 Daro_0945 hflB folP TRUE 0.797 57.000 0.325 1.000 N NA
 584111 584110 Daro_0945 Daro_0946 folP glmM TRUE 0.989 -7.000 0.260 1.000 N NA
 584110 584109 Daro_0946 Daro_0947 glmM tpiA TRUE 0.682 88.000 0.082 1.000 Y NA
 584109 584108 Daro_0947 Daro_0948 tpiA secG TRUE 0.976 13.000 0.184 1.000 N NA
 584108 584232 Daro_0948 Daro_R0035 secG tRNA-Leu FALSE 0.242 52.000 0.000 NA   NA
 584232 584107 Daro_R0035 Daro_0949 tRNA-Leu nuoA FALSE 0.183 63.000 0.000 NA   NA
 584107 584106 Daro_0949 Daro_0950 nuoA   TRUE 0.998 10.000 0.507 0.006 Y NA
 584106 584105 Daro_0950 Daro_0951     TRUE 0.996 20.000 0.328 0.006 Y NA
 584105 584104 Daro_0951 Daro_0952     TRUE 0.999 -7.000 0.483 0.009 Y NA
 584104 584103 Daro_0952 Daro_0953   nuoE TRUE 0.999 0.000 0.355 0.009 Y NA
 584103 584102 Daro_0953 Daro_0954 nuoE nuoF TRUE 0.999 0.000 0.343 0.006 Y NA
 584102 584101 Daro_0954 Daro_0955 nuoF nuoG TRUE 0.977 46.000 0.395 0.006 Y NA
 584101 584100 Daro_0955 Daro_0956 nuoG nuoH TRUE 0.999 1.000 0.515 0.009 Y NA
 584100 584099 Daro_0956 Daro_0957 nuoH nuoI TRUE 0.998 11.000 0.500 0.009 Y NA
 584099 584098 Daro_0957 Daro_0958 nuoI nuoJ TRUE 0.998 13.000 0.442 0.009 Y NA
 584098 584097 Daro_0958 Daro_0959 nuoJ nuoK TRUE 0.998 15.000 0.484 0.006 Y NA
 584097 584096 Daro_0959 Daro_0960 nuoK nuoL TRUE 0.998 9.000 0.451 0.009 Y NA
 584096 584095 Daro_0960 Daro_0961 nuoL nuoM TRUE 0.981 34.000 0.175 0.003 Y NA
 584095 584094 Daro_0961 Daro_0962 nuoM nuoN TRUE 0.998 13.000 0.340 0.003 Y NA
 584094 584093 Daro_0962 Daro_0963 nuoN   FALSE 0.323 69.000 0.017 1.000   NA
 584092 584091 Daro_0964 Daro_0965     FALSE 0.016 308.000 0.000 1.000 N NA
 584091 584090 Daro_0965 Daro_0966     TRUE 0.947 3.000 0.000 0.060 N NA
 584090 584089 Daro_0966 Daro_0967     TRUE 0.991 -3.000 0.167 1.000 N NA
 584089 584088 Daro_0967 Daro_0968     TRUE 0.991 -3.000 0.154 1.000   NA
 584088 584087 Daro_0968 Daro_0969     TRUE 0.840 7.000 0.000 1.000   NA
 584087 584086 Daro_0969 Daro_0970     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.045 Y NA
 584086 584085 Daro_0970 Daro_0971     TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.060 Y NA
 584085 584084 Daro_0971 Daro_0972     TRUE 0.984 -10.000 0.000 0.043 Y NA
 584084 584083 Daro_0972 Daro_0973     TRUE 0.977 15.000 0.000 0.043 Y NA
 584083 584082 Daro_0973 Daro_0974   ackA FALSE 0.028 211.000 0.000 1.000 N NA
 584082 584081 Daro_0974 Daro_0975 ackA   TRUE 0.997 1.000 0.400 1.000 Y NA
 584081 3337504 Daro_0975 Daro_0976     FALSE 0.098 106.000 0.000 NA   NA
 3337504 584079 Daro_0976 Daro_0977     TRUE 0.810 5.000 0.000 NA   NA
 584079 584078 Daro_0977 Daro_0978   fabI FALSE 0.229 101.000 0.027 NA   NA
 584077 584076 Daro_0979 Daro_0980     TRUE 0.998 -3.000 0.351 0.006   NA
 584076 584075 Daro_0980 Daro_0981     TRUE 0.996 2.000 0.298 0.006   NA
 584075 584074 Daro_0981 Daro_0982   hybC TRUE 0.994 10.000 0.271 1.000 Y NA
 584074 584073 Daro_0982 Daro_0983 hybC   TRUE 0.998 -3.000 0.441 1.000 Y NA
 584072 584071 Daro_0984 Daro_0985 serC   TRUE 0.962 -3.000 0.008 1.000   NA
 584070 584069 Daro_0986 Daro_0987     TRUE 0.968 7.000 0.107 1.000   NA
 584069 584068 Daro_0987 Daro_0988     TRUE 0.983 3.000 0.032 0.004   NA
 584068 584067 Daro_0988 Daro_0989     FALSE 0.107 100.000 0.000 NA   NA
 584067 584066 Daro_0989 Daro_0990     FALSE 0.032 192.000 0.000 NA   NA
 584064 584063 Daro_0992 Daro_0993     TRUE 0.856 36.000 0.182 1.000 N NA
 584063 584062 Daro_0993 Daro_0994     FALSE 0.144 88.000 0.000 1.000   NA
 584062 584061 Daro_0994 Daro_0995     TRUE 0.767 19.000 0.000 1.000   NA
 584061 584060 Daro_0995 Daro_0996     FALSE 0.136 83.000 0.000 NA   NA
 584060 584059 Daro_0996 Daro_0997     TRUE 0.987 -3.000 0.095 NA   NA
 584059 584058 Daro_0997 Daro_0998     TRUE 0.966 14.000 0.119 NA   NA
 584058 3337505 Daro_0998 Daro_0999     TRUE 0.982 -3.000 0.065 NA   NA
 3337506 584056 Daro_1001 Daro_1002     TRUE 0.994 -10.000 0.786 1.000   NA
 584056 584055 Daro_1002 Daro_1003     TRUE 0.953 10.000 0.050 1.000   NA
 584055 584054 Daro_1003 Daro_1004     TRUE 0.998 -3.000 0.429 0.091   NA
 584054 584053 Daro_1004 Daro_1005     FALSE 0.013 392.000 0.000 1.000 N NA
 584052 584051 Daro_1006 Daro_1007     TRUE 0.890 15.000 0.014 NA   NA
 584051 584050 Daro_1007 Daro_1008   aldB FALSE 0.228 168.000 0.125 NA   NA
 584049 584048 Daro_1009 Daro_1010     FALSE 0.039 170.000 0.000 1.000 N NA
 584048 584047 Daro_1010 Daro_1011     FALSE 0.024 236.000 0.000 NA   NA
 584047 584046 Daro_1011 Daro_1012     TRUE 0.796 -33.000 0.000 NA   NA
 584040 584039 Daro_1018 Daro_1019     TRUE 0.998 12.000 0.300 0.001 Y NA
 584039 584038 Daro_1019 Daro_1020     TRUE 0.992 37.000 0.882 0.001 Y NA
 584038 584037 Daro_1020 Daro_1021     FALSE 0.158 73.000 0.000 1.000 N NA
 584036 584035 Daro_1022 Daro_1023     FALSE 0.325 76.000 0.000 0.091 N NA
 584035 3337507 Daro_1023 Daro_1024     TRUE 0.774 17.000 0.000 NA   NA
 584034 584033 Daro_1025 Daro_1026     TRUE 0.997 -3.000 0.857 NA   NA
 584033 584032 Daro_1026 Daro_1027     TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 584032 584031 Daro_1027 Daro_1028     TRUE 0.928 -3.000 0.000 1.000 N NA
 584031 584030 Daro_1028 Daro_1029     FALSE 0.303 42.000 0.000 1.000 N NA
 584030 584029 Daro_1029 Daro_1030   uvrY TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.060 Y NA
 584029 584028 Daro_1030 Daro_1031 uvrY pip FALSE 0.275 52.000 0.000 1.000   NA
 584028 584027 Daro_1031 Daro_1032 pip   FALSE 0.017 301.000 0.000 NA   NA
 584027 584026 Daro_1032 Daro_1033     FALSE 0.012 410.000 0.000 NA   NA
 584026 584025 Daro_1033 Daro_1034     TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 584025 584024 Daro_1034 Daro_1035     FALSE 0.051 149.000 0.000 NA   NA
 584024 584023 Daro_1035 Daro_1036   fnr FALSE 0.048 155.000 0.000 NA   NA
 584023 584233 Daro_1036 Daro_R0036 fnr tRNA-Asn FALSE 0.102 103.000 0.000 NA   NA
 584233 584234 Daro_R0036 Daro_R0037 tRNA-Asn tRNA-Gly TRUE 0.815 7.000 0.000 NA   NA
 584022 3337508 Daro_1037 Daro_1038 intD   TRUE 0.786 -126.000 0.000 NA   NA
 3337508 584021 Daro_1038 Daro_1039     TRUE 0.877 2.000 0.000 NA   NA
 584021 3337509 Daro_1039 Daro_1040     FALSE 0.179 64.000 0.000 NA   NA
 3337509 3337510 Daro_1040 Daro_1041     FALSE 0.179 64.000 0.000 NA   NA
 3337510 3337511 Daro_1041 Daro_1042     FALSE 0.159 73.000 0.000 NA   NA
 584235 584020 Daro_R0038 Daro_1043 tRNA-Gly   FALSE 0.031 200.000 0.000 NA   NA
 584020 584019 Daro_1043 Daro_1044     FALSE 0.156 172.000 0.000 1.000 Y NA
 584019 584018 Daro_1044 Daro_1045     FALSE 0.052 337.000 0.000 0.044   NA
 584018 584017 Daro_1045 Daro_1046     FALSE 0.049 154.000 0.000 NA   NA
 584015 584014 Daro_1048 Daro_1049 hemN   TRUE 0.492 65.000 0.061 1.000   NA
 584014 3337512 Daro_1049 Daro_1050     TRUE 0.827 15.000 0.000 1.000   NA
 3337512 584013 Daro_1050 Daro_1051     TRUE 0.928 -3.000 0.000 1.000 N NA
 584013 584012 Daro_1051 Daro_1052     TRUE 0.928 -3.000 0.000 1.000 N NA
 584012 584011 Daro_1052 Daro_1053     TRUE 0.808 5.000 0.000 1.000 N NA
 584011 584010 Daro_1053 Daro_1054   selD FALSE 0.391 36.000 0.000 1.000 N NA
 584010 584009 Daro_1054 Daro_1055 selD   FALSE 0.025 229.000 0.000 1.000 N NA
 584009 584008 Daro_1055 Daro_1056     TRUE 0.963 20.000 0.000 0.044 Y NA
 584008 584007 Daro_1056 Daro_1057     TRUE 0.828 8.000 0.000 NA   NA
 584006 584005 Daro_1059 Daro_1060     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 584004 584003 Daro_1061 Daro_1062 bfr bfr TRUE 0.998 10.000 0.396 0.001 Y NA
 584001 584000 Daro_1064 Daro_1065   cyoC TRUE 0.992 4.000 0.750 NA   NA
 583998 583997 Daro_1067 Daro_1068   feoB (putative) TRUE 0.996 -3.000 0.375 1.000   NA
 583997 583996 Daro_1068 Daro_1069 feoB (putative)   FALSE 0.112 165.000 0.000 0.063 N NA
 583994 3337514 Daro_1071 Daro_1072     FALSE 0.022 247.000 0.000 NA   NA
 3337514 583992 Daro_1072 Daro_1073     FALSE 0.022 245.000 0.000 NA   NA
 583992 583991 Daro_1073 Daro_1074     TRUE 0.787 16.000 0.000 1.000 N NA
 583991 583990 Daro_1074 Daro_1075     TRUE 0.819 12.000 0.000 NA   NA
 583990 583989 Daro_1075 Daro_1076     FALSE 0.236 53.000 0.000 NA   NA
 583989 583988 Daro_1076 Daro_1077     FALSE 0.122 89.000 0.000 NA   NA
 583988 583987 Daro_1077 Daro_1078     FALSE 0.019 272.000 0.000 1.000 N NA
 583987 583986 Daro_1078 Daro_1079   kdpE FALSE 0.016 320.000 0.000 1.000 N NA
 583986 583985 Daro_1079 Daro_1080 kdpE kdpD TRUE 0.994 1.000 0.154 1.000 Y NA
 583985 583984 Daro_1080 Daro_1081 kdpD corA TRUE 0.948 11.000 0.058 1.000 N NA
 583984 3337515 Daro_1081 Daro_1082 corA   FALSE 0.030 204.000 0.000 NA   NA
 3337515 583983 Daro_1082 Daro_1083   ptsN FALSE 0.032 196.000 0.000 NA   NA
 583983 583982 Daro_1083 Daro_1084 ptsN   TRUE 0.847 11.000 0.000 1.000   NA
 583982 583981 Daro_1084 Daro_1085   kdpC TRUE 0.787 18.000 0.000 1.000   NA
 583981 583980 Daro_1085 Daro_1086 kdpC kdpB TRUE 0.999 12.000 0.877 0.001 Y NA
 583980 583979 Daro_1086 Daro_1087 kdpB kdpA TRUE 0.993 19.000 0.091 0.001 Y NA
 583979 583978 Daro_1087 Daro_1088 kdpA   FALSE 0.010 613.000 0.000 NA   NA
 583978 3337516 Daro_1088 Daro_1089     TRUE 0.607 80.000 0.182 NA   NA
 583976 583975 Daro_1090 Daro_1091 btuE   FALSE 0.227 55.000 0.000 NA   NA
 583974 583973 Daro_1092 Daro_1093     FALSE 0.021 257.000 0.000 NA   NA
 583972 583971 Daro_1094 Daro_1095     FALSE 0.094 198.000 0.000 0.071   NA
 583970 3337517 Daro_1096 Daro_1097     TRUE 0.753 16.000 0.000 NA N NA
 3337517 3337518 Daro_1097 Daro_1098     TRUE 0.914 -3.000 0.000 NA N NA
 3337518 583968 Daro_1098 Daro_1099   nemA FALSE 0.148 65.000 0.000 NA N NA
 583968 583967 Daro_1099 Daro_1100 nemA   FALSE 0.105 101.000 0.000 1.000 N NA
 583967 583966 Daro_1100 Daro_1101     TRUE 0.426 34.000 0.000 NA   NA
 583965 583964 Daro_1102 Daro_1103     FALSE 0.142 89.000 0.000 1.000   NA
 583963 583962 Daro_1104 Daro_1105     FALSE 0.009 965.000 0.000 NA   NA
 3337520 583961 Daro_1107 Daro_1108     FALSE 0.250 51.000 0.000 NA   NA
 583961 583960 Daro_1108 Daro_1109     FALSE 0.133 84.000 0.000 NA   NA
 583960 583959 Daro_1109 Daro_1110     TRUE 0.986 -7.000 0.233 NA N NA
 583959 583958 Daro_1110 Daro_1111     TRUE 0.969 28.000 0.775 NA   NA
 583958 583957 Daro_1111 Daro_1112     TRUE 0.834 10.000 0.000 NA   NA
 583957 583956 Daro_1112 Daro_1113     TRUE 0.947 3.000 0.036 NA   NA
 583956 583955 Daro_1113 Daro_1114   exbD FALSE 0.062 122.000 0.000 NA N NA
 583955 583954 Daro_1114 Daro_1115 exbD tolQ TRUE 0.998 2.000 0.400 0.064 Y NA
 583954 583953 Daro_1115 Daro_1116 tolQ   TRUE 0.948 4.000 0.000 0.015 N NA
 583953 3337521 Daro_1116 Daro_1117     FALSE 0.084 104.000 0.000 NA N NA
 3337521 583952 Daro_1117 Daro_1118   deaD FALSE 0.008 685.000 0.000 NA N NA
 583952 583951 Daro_1118 Daro_1119 deaD   FALSE 0.036 202.000 0.000 1.000   NA
 583951 583950 Daro_1119 Daro_1120     TRUE 0.978 -3.000 0.000 0.053   NA
 583950 3337522 Daro_1120 Daro_1121     TRUE 0.712 20.000 0.000 NA   NA
 583949 583948 Daro_1122 Daro_1123     TRUE 0.994 15.000 0.396 NA Y NA
 3337523 583946 Daro_1125 Daro_1126   greB TRUE 0.941 0.000 0.010 NA   NA
 583946 813563 Daro_1126 Daro_R0039 greB rrs FALSE 0.013 393.000 0.000 NA   NA
 813563 813506 Daro_R0039 Daro_R0040 rrs tRNA-Ile FALSE 0.195 61.000 0.000 NA   NA
 813506 813507 Daro_R0040 Daro_R0041 tRNA-Ile tRNA-Ala TRUE 0.819 12.000 0.000 NA   NA
 813507 813554 Daro_R0041 Daro_R0042 tRNA-Ala rrl FALSE 0.028 212.000 0.000 NA   NA
 813554 584206 Daro_R0042 Daro_R0043 rrl rrf FALSE 0.109 98.000 0.000 NA   NA
 584206 583945 Daro_R0043 Daro_1127 rrf htpG FALSE 0.052 146.000 0.000 NA   NA
 583945 583944 Daro_1127 Daro_1128 htpG   FALSE 0.023 244.000 0.000 NA   NA
 583944 583943 Daro_1128 Daro_1129   dbpA TRUE 0.828 8.000 0.000 NA   NA
 583942 583941 Daro_1130 Daro_1131     TRUE 0.923 -10.000 0.015 NA   NA
 583941 583940 Daro_1131 Daro_1132     TRUE 0.801 15.000 0.000 NA   NA
 583940 583939 Daro_1132 Daro_1133     TRUE 0.815 7.000 0.000 NA   NA
 583939 583938 Daro_1133 Daro_1134     FALSE 0.227 55.000 0.000 NA   NA
 583935 583934 Daro_1137 Daro_1138     FALSE 0.315 41.000 0.000 NA   NA
 583934 583933 Daro_1138 Daro_1139   cheY FALSE 0.016 325.000 0.000 NA   NA
 583933 583932 Daro_1139 Daro_1140 cheY   TRUE 0.994 5.000 0.290 1.000 Y NA
 583932 583931 Daro_1140 Daro_1141     TRUE 0.895 12.000 0.012 NA   NA
 583931 583930 Daro_1141 Daro_1142     TRUE 0.900 18.000 0.035 NA   NA
 583930 583929 Daro_1142 Daro_1143   tsr TRUE 0.981 30.000 0.136 0.014 Y NA
 583929 583928 Daro_1143 Daro_1144 tsr cheW TRUE 0.998 10.000 0.500 0.014 Y NA
 583928 813349 Daro_1144 Daro_1145 cheW   TRUE 0.849 38.000 0.040 1.000 Y NA
 813349 583927 Daro_1145 Daro_1146   cheR TRUE 0.991 0.000 0.060 1.000 Y NA
 583927 583926 Daro_1146 Daro_1147 cheR   TRUE 0.998 -3.000 0.289 1.000 Y NA
 583926 583925 Daro_1147 Daro_1148   cheB TRUE 0.993 -7.000 0.132 1.000 Y NA
 583925 583924 Daro_1148 Daro_1149 cheB   TRUE 0.951 14.000 0.000 1.000 Y NA
 583922 583921 Daro_1151 Daro_1152     FALSE 0.153 75.000 0.000 1.000 N NA
 3337525 583920 Daro_1153 Daro_1154     TRUE 0.942 -19.000 0.048 NA   NA
 583920 3337526 Daro_1154 Daro_1155     TRUE 0.957 -3.000 0.009 NA   NA
 583917 583916 Daro_1157 Daro_1158   rnfE FALSE 0.334 43.000 0.000 1.000   NA
 583916 583915 Daro_1158 Daro_1159 rnfE rnfG TRUE 0.998 5.000 0.908 0.090 Y NA
 583915 583914 Daro_1159 Daro_1160 rnfG rnfD TRUE 0.999 2.000 0.924 0.090 Y NA
 583914 583913 Daro_1160 Daro_1161 rnfD rnfC TRUE 0.998 4.000 0.814 0.090 Y NA
 583913 583912 Daro_1161 Daro_1162 rnfC rnfB TRUE 0.999 0.000 0.537 0.033 Y NA
 583912 583911 Daro_1162 Daro_1163 rnfB rnfA TRUE 0.999 -3.000 0.564 0.090 Y NA
 583911 583910 Daro_1163 Daro_1164 rnfA pyrD FALSE 0.221 73.000 0.005 1.000 N NA
 583909 583908 Daro_1165 Daro_1166 tolC acrA TRUE 0.990 -3.000 0.146 1.000 N NA
 583908 583907 Daro_1166 Daro_1167 acrA   TRUE 0.996 0.000 0.167 1.000 Y NA
 583907 583906 Daro_1167 Daro_1168     TRUE 0.994 -6.000 0.163 NA Y NA
 583906 583905 Daro_1168 Daro_1169     TRUE 0.914 -3.000 0.000 NA N NA
 583905 583904 Daro_1169 Daro_1170     FALSE 0.220 56.000 0.000 1.000 N NA
 583903 583902 Daro_1171 Daro_1172   fabF TRUE 0.649 21.000 0.000 NA N NA
 583902 583901 Daro_1172 Daro_1173 fabF   TRUE 0.996 -3.000 0.400 1.000   NA
 583901 583900 Daro_1173 Daro_1174     TRUE 0.446 74.000 0.069 NA   NA
 583900 583899 Daro_1174 Daro_1175     FALSE 0.164 69.000 0.000 NA   NA
 583898 583897 Daro_1176 Daro_1177     TRUE 0.998 -3.000 0.250 1.000 Y NA
 583897 583896 Daro_1177 Daro_1178     TRUE 0.995 2.000 1.000 1.000 N NA
 583896 583895 Daro_1178 Daro_1179     FALSE 0.059 137.000 0.000 NA   NA
 583895 583894 Daro_1179 Daro_1180   qseB FALSE 0.037 178.000 0.000 NA   NA
 583894 583893 Daro_1180 Daro_1181 qseB qseC (homolog) TRUE 0.965 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 3337527 583891 Daro_1182 Daro_1183     TRUE 0.890 -6.000 0.000 NA   NA
 583891 583890 Daro_1183 Daro_1184   kup FALSE 0.045 160.000 0.000 NA   NA
 583889 583888 Daro_1185 Daro_1186     FALSE 0.012 412.000 0.000 NA   NA
 583887 583886 Daro_1187 Daro_1188     FALSE 0.216 57.000 0.000 NA   NA
 583886 583885 Daro_1188 Daro_1189     TRUE 0.951 5.000 0.074 NA   NA
 583885 583884 Daro_1189 Daro_1190     TRUE 0.940 7.000 0.049 NA   NA
 583884 584358 Daro_1190 Daro_1191     FALSE 0.057 139.000 0.000 NA   NA
 584358 583883 Daro_1191 Daro_1192     FALSE 0.256 50.000 0.000 1.000 N NA
 583883 583882 Daro_1192 Daro_1193     TRUE 0.827 60.000 0.500 NA   NA
 583882 583881 Daro_1193 Daro_1194     FALSE 0.109 98.000 0.000 NA   NA
 583881 583880 Daro_1194 Daro_1195     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583880 583879 Daro_1195 Daro_1196   aat TRUE 0.995 3.000 0.285 1.000 Y NA
 583879 583878 Daro_1196 Daro_1197 aat potG TRUE 0.960 -3.000 0.011 1.000 N NA
 583876 583875 Daro_1199 Daro_1200     FALSE 0.179 64.000 0.000 NA   NA
 583875 583874 Daro_1200 Daro_1201   spr FALSE 0.190 117.000 0.038 NA N NA
 583873 583872 Daro_1202 Daro_1203     TRUE 0.986 2.000 0.200 1.000 N NA
 583872 583871 Daro_1203 Daro_1204   prpE TRUE 0.630 50.000 0.080 1.000 N NA
 583871 583870 Daro_1204 Daro_1205 prpE ppx FALSE 0.110 96.000 0.000 1.000 N NA
 583870 583869 Daro_1205 Daro_1206 ppx   TRUE 0.975 -3.000 0.044 NA N NA
 583869 583868 Daro_1206 Daro_1207     TRUE 0.982 -3.000 0.000 NA Y NA
 583868 583867 Daro_1207 Daro_1208     TRUE 0.959 10.000 0.000 1.000 Y NA
 583867 583866 Daro_1208 Daro_1209     TRUE 0.982 2.000 0.143 NA   NA
 583864 583863 Daro_1211 Daro_1212 fixA   TRUE 0.998 13.000 0.571 0.033 Y NA
 583863 583862 Daro_1212 Daro_1213     TRUE 0.943 10.000 0.043 NA   NA
 583862 583861 Daro_1213 Daro_1214     TRUE 0.802 -28.000 0.000 NA   NA
 583861 583860 Daro_1214 Daro_1215     TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 583860 583859 Daro_1215 Daro_1216   rpsF FALSE 0.084 114.000 0.000 1.000 N NA
 583859 3337528 Daro_1216 Daro_1217 rpsF   TRUE 0.549 70.000 0.122 NA N NA
 3337528 583858 Daro_1217 Daro_1218   rpsR TRUE 0.964 -28.000 0.128 NA N NA
 583858 583857 Daro_1218 Daro_1219 rpsR rplI TRUE 0.997 19.000 0.499 0.013 Y NA
 583857 583856 Daro_1219 Daro_1220 rplI dnaB TRUE 0.485 67.000 0.074 1.000 N NA
 583855 583854 Daro_1221 Daro_1222   PhoH homolog FALSE 0.246 81.000 0.014 NA   NA
 583854 3337529 Daro_1222 Daro_1223 PhoH homolog   TRUE 0.726 34.000 0.050 1.000 N NA
 583852 583851 Daro_1224 Daro_1225     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583850 583849 Daro_1226 Daro_1227 gph ubiG TRUE 0.990 -7.000 0.259 1.000   NA
 583849 583848 Daro_1227 Daro_1228 ubiG   TRUE 0.447 75.000 0.071 1.000 N NA
 583848 583847 Daro_1228 Daro_1229     TRUE 0.532 57.000 0.064 1.000 N NA
 583846 583845 Daro_1230 Daro_1231 gyrA serC TRUE 0.974 0.000 0.067 1.000 N NA
 583845 583844 Daro_1231 Daro_1232 serC pheA TRUE 0.988 5.000 0.121 1.000 Y NA
 583844 583843 Daro_1232 Daro_1233 pheA hisC TRUE 0.988 11.000 0.098 1.000 Y NA
 583843 583842 Daro_1233 Daro_1234 hisC   TRUE 0.992 5.000 0.198 1.000 Y NA
 583842 583841 Daro_1234 Daro_1235     TRUE 0.900 0.000 0.000 1.000 N NA
 583841 583840 Daro_1235 Daro_1236   galE FALSE 0.112 94.000 0.000 1.000 N NA
 583840 583839 Daro_1236 Daro_1237 galE rfbB TRUE 0.959 25.000 0.000 0.002 Y NA
 583839 583838 Daro_1237 Daro_1238 rfbB rfbA TRUE 0.992 0.000 0.000 0.004 Y NA
 583838 583837 Daro_1238 Daro_1239 rfbA rfbC TRUE 0.997 -3.000 0.208 1.000 Y NA
 583837 3337530 Daro_1239 Daro_1240 rfbC   FALSE 0.048 156.000 0.000 NA   NA
 3337530 3337531 Daro_1240 Daro_1241     FALSE 0.034 186.000 0.000 NA   NA
 3337531 583836 Daro_1241 Daro_1242     FALSE 0.015 350.000 0.000 NA   NA
 583836 3337532 Daro_1242 Daro_1243     TRUE 0.827 15.000 0.000 1.000   NA
 3337532 3337533 Daro_1243 Daro_1244     TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 3337533 583835 Daro_1244 Daro_1245     TRUE 0.989 -3.000 0.118 1.000 N NA
 583835 583834 Daro_1245 Daro_1246     TRUE 0.946 9.000 0.056 NA N NA
 583834 583833 Daro_1246 Daro_1247     TRUE 0.917 3.000 0.016 NA N NA
 583833 583832 Daro_1247 Daro_1248     TRUE 0.966 -3.000 0.019 1.000 N NA
 583832 583831 Daro_1248 Daro_1249     TRUE 0.962 -7.000 0.050 NA   NA
 583831 583830 Daro_1249 Daro_1250     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583830 583829 Daro_1250 Daro_1251     TRUE 0.989 -3.000 0.125 NA   NA
 583829 3337534 Daro_1251 Daro_1252     FALSE 0.015 337.000 0.000 NA   NA
 3337534 583828 Daro_1252 Daro_1253     FALSE 0.112 95.000 0.000 NA   NA
 583828 583827 Daro_1253 Daro_1254     TRUE 0.992 -3.000 0.182 1.000 N NA
 583827 583826 Daro_1254 Daro_1255   galE TRUE 0.981 -10.000 0.030 1.000 Y NA
 583826 583825 Daro_1255 Daro_1256 galE   TRUE 0.692 40.000 0.000 1.000 Y NA
 583825 583824 Daro_1256 Daro_1257   rffG TRUE 0.999 -3.000 0.624 1.000 Y NA
 583824 583823 Daro_1257 Daro_1258 rffG   TRUE 0.989 -12.000 0.088 1.000 Y NA
 583823 583822 Daro_1258 Daro_1259     TRUE 0.988 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 583822 583821 Daro_1259 Daro_1260     TRUE 0.986 -3.000 0.006 NA Y NA
 583821 583820 Daro_1260 Daro_1261     TRUE 0.982 -3.000 0.000 NA Y NA
 583820 583819 Daro_1261 Daro_1262   wcaI TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.017 Y NA
 583819 583818 Daro_1262 Daro_1263 wcaI rfbD TRUE 0.997 -3.000 0.157 1.000 Y NA
 583818 583817 Daro_1263 Daro_1264 rfbD   TRUE 0.994 11.000 0.271 0.003   NA
 583817 583816 Daro_1264 Daro_1265   wecB TRUE 0.984 -7.000 0.148 1.000   NA
 583816 3337535 Daro_1265 Daro_1266 wecB   TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 3337536 583812 Daro_1267 Daro_1268     FALSE 0.085 114.000 0.000 NA   NA
 583811 583810 Daro_1269 Daro_1270   rfe TRUE 0.470 72.000 0.000 1.000 Y NA
 583810 583809 Daro_1270 Daro_1271 rfe   TRUE 0.935 4.000 0.000 0.062 N NA
 583809 3337537 Daro_1271 Daro_1272     TRUE 0.858 3.000 0.000 NA   NA
 3337537 583808 Daro_1272 Daro_1273     TRUE 0.810 5.000 0.000 NA   NA
 583808 583807 Daro_1273 Daro_1274     TRUE 0.988 -3.000 0.111 NA   NA
 583807 583806 Daro_1274 Daro_1275     TRUE 0.966 -12.000 0.085 1.000 N NA
 583806 583805 Daro_1275 Daro_1276     TRUE 0.861 -9.000 0.000 1.000 N NA
 583805 583804 Daro_1276 Daro_1277     TRUE 0.984 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 583804 583803 Daro_1277 Daro_1278     TRUE 0.975 7.000 0.031 1.000 Y NA
 583803 583802 Daro_1278 Daro_1279   aroA FALSE 0.158 73.000 0.000 1.000 N NA
 583802 583801 Daro_1279 Daro_1280 aroA rpsA FALSE 0.210 93.000 0.015 1.000 N NA
 583801 583800 Daro_1280 Daro_1281 rpsA ihfB TRUE 0.983 13.000 0.292 1.000 N NA
 583800 813350 Daro_1281 Daro_1282 ihfB   TRUE 0.626 62.000 0.129 NA   NA
 813350 583799 Daro_1282 Daro_1283     TRUE 0.993 -3.000 0.229 NA   NA
 583799 583798 Daro_1283 Daro_1284   ugd TRUE 0.832 10.000 0.000 1.000 N NA
 583798 583797 Daro_1284 Daro_1285 ugd rbsK TRUE 0.958 4.000 0.000 1.000 Y NA
 583797 583796 Daro_1285 Daro_1286 rbsK rfaD TRUE 0.996 13.000 0.191 0.011 Y NA
 583796 583795 Daro_1286 Daro_1287 rfaD cysM TRUE 0.932 -7.000 0.012 1.000 N NA
 583795 583794 Daro_1287 Daro_1288 cysM   TRUE 0.973 -3.000 0.032 1.000 N NA
 583794 583793 Daro_1288 Daro_1289   ppa FALSE 0.194 61.000 0.000 1.000 N NA
 583793 583792 Daro_1289 Daro_1290 ppa nadE TRUE 0.882 7.000 0.009 1.000 N NA
 583792 583791 Daro_1290 Daro_1291 nadE glnB TRUE 0.955 25.000 0.288 1.000 N NA
 583790 583789 Daro_1292 Daro_1293   trxB TRUE 0.948 7.000 0.053 1.000   NA
 583788 583787 Daro_1294 Daro_1295 crp   TRUE 0.980 3.000 0.158 1.000 N NA
 583787 583786 Daro_1295 Daro_1296   lolA TRUE 0.592 68.000 0.130 1.000 N NA
 583784 583783 Daro_1298 Daro_1299     TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 583783 583782 Daro_1299 Daro_1300   serS FALSE 0.258 50.000 0.000 NA   NA
 584236 583780 Daro_R0044 Daro_1302 tRNA-Ser   FALSE 0.085 114.000 0.000 NA   NA
 583780 583779 Daro_1302 Daro_1303   hsdM TRUE 0.681 35.000 0.000 0.087   NA
 583779 3337538 Daro_1303 Daro_1304 hsdM   TRUE 0.815 7.000 0.000 NA   NA
 583778 583777 Daro_1305 Daro_1306 t150   TRUE 0.993 -3.000 0.080 0.086   NA
 583776 583775 Daro_1307 Daro_1308     TRUE 0.947 74.000 0.240 0.001 Y NA
 583774 3337539 Daro_1309 Daro_1310     FALSE 0.013 379.000 0.000 NA   NA
 3337539 813351 Daro_1310 Daro_1311     TRUE 0.876 -7.000 0.000 NA   NA
 813351 583773 Daro_1311 Daro_1312   pin FALSE 0.119 90.000 0.000 1.000 N NA
 3337540 810699 Daro_1313 Daro_1314     FALSE 0.012 413.000 0.000 NA   NA
 810699 3337541 Daro_1314 Daro_1315     TRUE 0.835 9.000 0.000 NA   NA
 3337541 3337542 Daro_1315 Daro_1316     FALSE 0.026 223.000 0.000 NA   NA
 3337542 583772 Daro_1316 Daro_1317   dppB FALSE 0.012 433.000 0.000 NA   NA
 583772 583771 Daro_1317 Daro_1318 dppB   TRUE 0.999 -3.000 0.738 0.042 Y NA
 583771 583770 Daro_1318 Daro_1319     TRUE 0.901 1.000 0.000 1.000   NA
 583769 584231 Daro_1320 Daro_R0045   tRNA-Asp FALSE 0.080 117.000 0.000 NA   NA
 584231 584230 Daro_R0045 Daro_R0046 tRNA-Asp tRNA-Glu TRUE 0.556 28.000 0.000 NA   NA
 584230 584229 Daro_R0046 Daro_R0047 tRNA-Glu tRNA-Ala FALSE 0.342 39.000 0.000 NA   NA
 584229 584228 Daro_R0047 Daro_R0048 tRNA-Ala tRNA-Asp FALSE 0.127 86.000 0.000 NA   NA
 584228 584227 Daro_R0048 Daro_R0049 tRNA-Asp tRNA-Glu TRUE 0.556 28.000 0.000 NA   NA
 584227 584226 Daro_R0049 Daro_R0050 tRNA-Glu tRNA-Ala TRUE 0.635 24.000 0.000 NA   NA
 584226 583768 Daro_R0050 Daro_1321 tRNA-Ala gltX FALSE 0.175 65.000 0.000 NA   NA
 583767 583766 Daro_1323 Daro_1324     TRUE 0.989 -7.000 0.263 NA   NA
 583766 583765 Daro_1324 Daro_1325     TRUE 0.878 3.000 0.000 1.000   NA
 583765 583764 Daro_1325 Daro_1326     TRUE 0.814 13.000 0.000 NA   NA
 583763 583762 Daro_1327 Daro_1328 ihfA   FALSE 0.033 536.000 0.000 0.086   NA
 3337543 813352 Daro_1329 Daro_1330     FALSE 0.014 362.000 0.000 NA   NA
 583760 583759 Daro_1334 Daro_1335     TRUE 0.947 33.000 0.667 NA   NA
 583759 583758 Daro_1335 Daro_1336     FALSE 0.183 73.000 0.000 1.000   NA
 583758 583757 Daro_1336 Daro_1337     FALSE 0.033 188.000 0.000 1.000 N NA
 583757 583756 Daro_1337 Daro_1338     FALSE 0.016 315.000 0.000 1.000 N NA
 583756 583755 Daro_1338 Daro_1339   nfnB FALSE 0.035 185.000 0.000 1.000 N NA
 583755 583754 Daro_1339 Daro_1340 nfnB glcG FALSE 0.079 118.000 0.000 NA   NA
 583752 583751 Daro_1344 Daro_1345     TRUE 0.992 -3.000 0.200 NA   NA
 583751 583750 Daro_1345 Daro_1346     TRUE 0.414 37.000 0.000 1.000   NA
 583749 583748 Daro_1347 Daro_1348     TRUE 0.691 84.000 0.333 NA   NA
 583747 583746 Daro_1349 Daro_1350     TRUE 0.996 -3.000 0.500 NA   NA
 583746 583745 Daro_1350 Daro_1351     TRUE 0.833 66.000 0.750 NA   NA
 583745 583744 Daro_1351 Daro_1352     TRUE 0.978 19.000 0.375 NA   NA
 583744 583743 Daro_1352 Daro_1353   mhpB FALSE 0.057 140.000 0.000 NA   NA
 583743 583742 Daro_1353 Daro_1354 mhpB mhpD TRUE 0.856 87.000 0.400 0.014   NA
 583742 583741 Daro_1354 Daro_1355 mhpD mhpF homolog TRUE 0.839 29.000 0.000 1.000 Y NA
 583741 583740 Daro_1355 Daro_1356 mhpF homolog mhpE TRUE 0.691 21.000 0.000 1.000 N NA
 583740 583739 Daro_1356 Daro_1357 mhpE   TRUE 0.808 5.000 0.000 1.000 N NA
 583739 583738 Daro_1357 Daro_1358     FALSE 0.143 146.000 0.000 0.052 N NA
 583738 583737 Daro_1358 Daro_1359     TRUE 0.751 55.000 0.078 0.052 N NA
 583737 583736 Daro_1359 Daro_1360     TRUE 0.413 141.000 0.250 1.000 N NA
 583736 583735 Daro_1360 Daro_1361   mhpC FALSE 0.300 49.000 0.000 1.000   NA
 583735 583734 Daro_1361 Daro_1362 mhpC   FALSE 0.247 57.000 0.000 1.000   NA
 583734 583733 Daro_1362 Daro_1363   aer TRUE 0.981 -10.000 0.000 0.100 Y NA
 583732 583731 Daro_1364 Daro_1365     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583731 3337547 Daro_1365 Daro_1366     TRUE 0.789 16.000 0.000 NA   NA
 3337547 813354 Daro_1366 Daro_1367     FALSE 0.011 466.000 0.000 NA   NA
 583730 583729 Daro_1368 Daro_1369     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583729 583728 Daro_1369 Daro_1370     TRUE 0.756 18.000 0.000 NA   NA
 3337549 583726 Daro_1373 Daro_1374     TRUE 0.823 11.000 0.000 NA   NA
 583726 3337550 Daro_1374 Daro_1375     FALSE 0.015 336.000 0.000 NA   NA
 3337550 583725 Daro_1375 Daro_1376     TRUE 0.814 13.000 0.000 NA   NA
 583725 3337551 Daro_1376 Daro_1377     FALSE 0.011 1021.000 0.000 1.000   NA
 3337551 583724 Daro_1377 Daro_1378   asr FALSE 0.079 118.000 0.000 NA   NA
 583722 583721 Daro_1381 Daro_1382     TRUE 0.834 9.000 0.000 1.000 N NA
 583721 3337553 Daro_1382 Daro_1383     FALSE 0.271 48.000 0.000 NA   NA
 3337553 583720 Daro_1383 Daro_1384     FALSE 0.012 396.000 0.000 NA   NA
 583719 583718 Daro_1385 Daro_1386     FALSE 0.050 151.000 0.000 NA   NA
 583718 583717 Daro_1386 Daro_1387     FALSE 0.195 61.000 0.000 NA   NA
 583717 583716 Daro_1387 Daro_1388   cspE FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 583716 583715 Daro_1388 Daro_1389 cspE   FALSE 0.010 563.000 0.000 NA   NA
 583715 583714 Daro_1389 Daro_1390     FALSE 0.127 86.000 0.000 NA   NA
 583714 583713 Daro_1390 Daro_1391   acpD TRUE 0.795 26.000 0.030 NA   NA
 3337554 3337555 Daro_1393 Daro_1394 NIfM homolog nifZ TRUE 0.990 5.000 0.643 1.000   NA
 3337555 3337556 Daro_1394 Daro_1395 nifZ NifW homolog TRUE 0.994 0.000 0.111 0.004   NA
 3337556 583709 Daro_1395 Daro_1396 NifW homolog   TRUE 0.957 11.000 0.078 NA   NA
 583709 583708 Daro_1396 Daro_1397   cysE TRUE 0.967 21.000 0.286 NA   NA
 583708 583707 Daro_1397 Daro_1398 cysE   TRUE 0.995 -7.000 0.198 1.000 Y NA
 583706 583705 Daro_1399 Daro_1400   uvrY TRUE 0.983 3.000 0.000 0.058 Y NA
 583705 583704 Daro_1400 Daro_1401 uvrY   FALSE 0.072 125.000 0.000 1.000 N NA
 583704 583703 Daro_1401 Daro_1402     TRUE 0.832 47.000 0.286 NA   NA
 583703 583702 Daro_1402 Daro_1403     TRUE 0.982 22.000 0.857 NA   NA
 583702 583701 Daro_1403 Daro_1404     FALSE 0.069 128.000 0.000 NA   NA
 583701 583700 Daro_1404 Daro_1405     FALSE 0.165 68.000 0.000 1.000 N NA
 583700 583699 Daro_1405 Daro_1406     FALSE 0.017 302.000 0.000 1.000 N NA
 583698 3337557 Daro_1407 Daro_1408     TRUE 0.981 17.000 0.364 NA   NA
 3337557 813355 Daro_1408 Daro_1409     TRUE 0.982 -10.000 0.182 NA   NA
 813355 583696 Daro_1409 Daro_1410   nafY-2 TRUE 0.990 -3.000 0.136 NA   NA
 583696 3337558 Daro_1410 Daro_1411 nafY-2   FALSE 0.147 78.000 0.000 NA   NA
 3337558 3337559 Daro_1411 Daro_1412   NifT homolog FALSE 0.173 77.000 0.000 1.000   NA
 3337559 583694 Daro_1412 Daro_1413 NifT homolog nifK TRUE 0.920 35.000 0.100 0.004 N NA
 583694 583693 Daro_1413 Daro_1414 nifK nifD TRUE 0.976 69.000 0.902 0.001 Y NA
 583693 583692 Daro_1414 Daro_1415 nifD nifH TRUE 0.560 91.000 0.026 0.001 N NA
 583689 583688 Daro_1418 Daro_1419     TRUE 0.745 37.000 0.080 NA   NA
 583688 583687 Daro_1419 Daro_1420     TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 583687 583686 Daro_1420 Daro_1421   nitrite reductase subunit (putative) TRUE 0.952 5.000 0.000 1.000 Y NA
 583686 583685 Daro_1421 Daro_1422 nitrite reductase subunit (putative) nitroreductase TRUE 0.978 -3.000 0.000 0.051   NA
 583685 583684 Daro_1422 Daro_1423 nitroreductase   TRUE 0.858 3.000 0.000 NA   NA
 583683 583682 Daro_1424 Daro_1425 ureG UreF (putative) TRUE 0.998 5.000 0.550 0.004 Y NA
 583682 583681 Daro_1425 Daro_1426 UreF (putative) UreE TRUE 0.999 -3.000 0.560 0.004 Y NA
 583681 583680 Daro_1426 Daro_1427 UreE ureC TRUE 0.997 2.000 0.315 0.001 N NA
 583680 583679 Daro_1427 Daro_1428 ureC Urea amidohydrolase beta TRUE 0.999 -3.000 0.486 0.001 Y NA
 583679 583678 Daro_1428 Daro_1429 Urea amidohydrolase beta Urea amidohydrolase gamma TRUE 0.999 10.000 0.595 0.001 Y NA
 583678 583677 Daro_1429 Daro_1430 Urea amidohydrolase gamma UreH (putative) TRUE 0.997 10.000 0.664 0.003 N NA
 3337560 583676 Daro_1431 Daro_1432     FALSE 0.251 109.000 0.000 0.061   NA
 583676 583675 Daro_1432 Daro_1433   tra8_1 FALSE 0.035 185.000 0.000 1.000 N NA
 583674 583673 Daro_1434 Daro_1435 UrtE (putative) UrtD (putative) TRUE 0.996 7.000 0.731 0.018   NA
 583673 583672 Daro_1435 Daro_1436 UrtD (putative) UrtC (putative) TRUE 0.996 -6.000 0.823 1.000   NA
 583672 583671 Daro_1436 Daro_1437 UrtC (putative) UrtB (putative) TRUE 0.999 10.000 0.758 0.042 Y NA
 583670 3337561 Daro_1438 Daro_1439     TRUE 0.712 50.000 0.125 NA   NA
 3337561 583669 Daro_1439 Daro_1440     FALSE 0.011 487.000 0.000 NA   NA
 583669 583668 Daro_1440 Daro_1441   arcB TRUE 0.817 12.000 0.000 1.000 N NA
 3337562 583666 Daro_1442 Daro_1443 CynS (putative) UrtA (putative) FALSE 0.126 77.000 0.000 NA N NA
 583664 583663 Daro_1445 Daro_1446     TRUE 0.992 -13.000 0.214 0.043 N NA
 583663 583662 Daro_1446 Daro_1447   draG homolog FALSE 0.065 131.000 0.000 1.000 N NA
 583662 583661 Daro_1447 Daro_1448 draG homolog nifQ (putative) TRUE 0.965 -21.000 0.094 1.000   NA
 583661 583660 Daro_1448 Daro_1449 nifQ (putative)   TRUE 0.847 11.000 0.000 1.000   NA
 583660 583659 Daro_1449 Daro_1450     TRUE 0.803 87.000 0.065 0.023 Y NA
 583659 583658 Daro_1450 Daro_1451     TRUE 0.995 17.000 0.226 0.087 Y NA
 583658 583657 Daro_1451 Daro_1452     TRUE 0.973 -22.000 0.052 0.051 N NA
 583657 583656 Daro_1452 Daro_1453     TRUE 0.987 0.000 0.052 0.087   NA
 583656 583655 Daro_1453 Daro_1454   nifB TRUE 0.959 1.000 0.032 1.000   NA
 583652 583651 Daro_1457 Daro_1458 fldA glpE TRUE 0.813 13.000 0.000 1.000 N NA
 583651 583650 Daro_1458 Daro_1459 glpE   TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 3337563 583648 Daro_1460 Daro_1461     FALSE 0.016 312.000 0.000 NA   NA
 583648 583647 Daro_1461 Daro_1462     FALSE 0.070 127.000 0.000 NA   NA
 583647 583646 Daro_1462 Daro_1463   cyoE TRUE 0.994 7.000 0.321 1.000 Y NA
 583646 3337564 Daro_1463 Daro_1464 cyoE   TRUE 0.763 25.000 0.014 NA   NA
 3337564 3337565 Daro_1464 Daro_1465     TRUE 0.997 -3.000 0.722 NA   NA
 583643 583642 Daro_1467 Daro_1468     TRUE 0.996 -3.000 0.536 1.000 N NA
 583642 3337567 Daro_1468 Daro_1469     TRUE 0.810 5.000 0.000 NA   NA
 3337567 583641 Daro_1469 Daro_1470   cyoB TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583641 583640 Daro_1470 Daro_1471 cyoB   TRUE 0.990 11.000 0.015 0.003 Y NA
 583639 583638 Daro_1472 Daro_1473     FALSE 0.155 84.000 0.000 1.000   NA
 583637 583636 Daro_1474 Daro_1475   modD TRUE 0.903 7.000 0.017 NA   NA
 583636 583635 Daro_1475 Daro_1476 modD modA TRUE 0.857 20.000 0.026 1.000 N NA
 583635 583634 Daro_1476 Daro_1477 modA modE TRUE 0.942 26.000 0.031 0.001   NA
 583632 583631 Daro_1479 Daro_1480     FALSE 0.328 40.000 0.000 NA   NA
 583631 583630 Daro_1480 Daro_1481     TRUE 0.802 -28.000 0.000 NA   NA
 583630 583629 Daro_1481 Daro_1482     FALSE 0.044 161.000 0.000 NA   NA
 583629 583628 Daro_1482 Daro_1483   fldA TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583628 583627 Daro_1483 Daro_1484 fldA   TRUE 0.856 10.000 0.000 1.000   NA
 583627 583626 Daro_1484 Daro_1485     TRUE 0.924 5.000 0.033 NA   NA
 583624 583623 Daro_1487 Daro_1488 nifA nifL TRUE 0.997 -13.000 0.214 0.057 Y NA
 583622 583621 Daro_1489 Daro_1490 rnfG rnfE TRUE 0.999 2.000 1.000 0.087 Y NA
 583621 583620 Daro_1490 Daro_1491 rnfE rseC TRUE 0.914 -3.000 0.000 NA N NA
 583620 583619 Daro_1491 Daro_1492 rseC rnfA TRUE 0.921 9.000 0.029 NA N NA
 583619 583618 Daro_1492 Daro_1493 rnfA rnfB TRUE 0.745 114.000 0.098 0.087 Y NA
 583618 583617 Daro_1493 Daro_1494 rnfB rnfC TRUE 0.994 11.000 0.092 0.032 Y NA
 583617 583616 Daro_1494 Daro_1495 rnfC rnfD TRUE 0.999 -3.000 0.905 0.087 Y NA
 583616 583615 Daro_1495 Daro_1496 rnfD   TRUE 0.789 16.000 0.000 NA   NA
 583615 583614 Daro_1496 Daro_1497     TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 583614 5645261 Daro_1497 Daro_1498     TRUE 0.999 0.000 0.829 0.002   NA
 5645261 583612 Daro_1498 Daro_1499   pntB TRUE 0.997 0.000 0.321 0.002   NA
 583612 583611 Daro_1499 Daro_1500 pntB   FALSE 0.020 231.000 0.000 NA N NA
 583611 583610 Daro_1500 Daro_1501   nifE FALSE 0.053 132.000 0.000 NA N NA
 583610 583609 Daro_1501 Daro_1502 nifE   FALSE 0.017 307.000 0.000 NA   NA
 583609 3337568 Daro_1502 Daro_1503     FALSE 0.115 93.000 0.000 NA   NA
 583607 583606 Daro_1505 Daro_1506 nifN nifX (putative) TRUE 0.952 -37.000 0.084 NA   NA
 583606 583605 Daro_1506 Daro_1507 nifX (putative)   TRUE 0.971 -3.000 0.029 NA   NA
 583605 583604 Daro_1507 Daro_1508     TRUE 0.955 -7.000 0.037 NA   NA
 583604 583603 Daro_1508 Daro_1509     TRUE 0.982 16.000 0.321 NA   NA
 583603 583602 Daro_1509 Daro_1510     TRUE 0.987 -3.000 0.100 NA   NA
 583602 583601 Daro_1510 Daro_1511     TRUE 0.858 3.000 0.000 NA   NA
 583601 583600 Daro_1511 Daro_1512     TRUE 0.831 4.000 0.000 NA   NA
 583600 583599 Daro_1512 Daro_1513     FALSE 0.075 122.000 0.000 NA   NA
 583599 583598 Daro_1513 Daro_1514   nifU TRUE 0.979 13.000 0.210 NA   NA
 583598 583597 Daro_1514 Daro_1515 nifU nifS-1 homolog TRUE 0.904 44.000 0.716 1.000 N NA
 583597 3337569 Daro_1515 Daro_1516 nifS-1 homolog   FALSE 0.117 92.000 0.000 NA   NA
 583596 583595 Daro_1517 Daro_1518     TRUE 0.618 72.000 0.163 NA   NA
 583595 583594 Daro_1518 Daro_1519     TRUE 0.995 10.000 0.500 0.086   NA
 583593 583592 Daro_1520 Daro_1521     TRUE 0.977 21.000 0.500 NA   NA
 583591 583590 Daro_1522 Daro_1523     TRUE 0.828 8.000 0.000 NA   NA
 583590 583589 Daro_1523 Daro_1524     TRUE 0.849 29.000 0.082 NA   NA
 583587 583586 Daro_1526 Daro_1527     TRUE 0.852 51.000 0.444 1.000 N NA
 583586 583585 Daro_1527 Daro_1528     FALSE 0.141 331.000 0.000 0.043 Y NA
 583583 3337570 Daro_1530 Daro_1531     FALSE 0.018 294.000 0.000 NA   NA
 3337570 3337571 Daro_1531 Daro_1532   phasin FALSE 0.108 99.000 0.000 NA   NA
 3337571 583581 Daro_1532 Daro_1533 phasin   FALSE 0.067 129.000 0.000 NA   NA
 583581 3337572 Daro_1533 Daro_1534     FALSE 0.021 259.000 0.000 NA   NA
 583578 583577 Daro_1537 Daro_1538     FALSE 0.036 183.000 0.000 NA   NA
 583577 3337573 Daro_1538 Daro_1539     FALSE 0.328 40.000 0.000 NA   NA
 3337573 583576 Daro_1539 Daro_1540     FALSE 0.048 156.000 0.000 NA   NA
 583576 583575 Daro_1540 Daro_1541     TRUE 0.954 -21.000 0.000 1.000 Y NA
 583575 583574 Daro_1541 Daro_1542     FALSE 0.269 48.000 0.000 1.000 N NA
 583574 583573 Daro_1542 Daro_1543     FALSE 0.322 76.000 0.000 0.098 N NA
 583573 583572 Daro_1543 Daro_1544   fadE TRUE 0.794 37.000 0.112 1.000 N NA
 583572 583571 Daro_1544 Daro_1545 fadE   TRUE 0.994 -18.000 0.242 1.000 Y NA
 583571 583570 Daro_1545 Daro_1546     TRUE 0.877 2.000 0.000 NA   NA
 583570 583569 Daro_1546 Daro_1547     TRUE 0.823 11.000 0.000 NA   NA
 583569 583568 Daro_1547 Daro_1548   fadL FALSE 0.357 136.000 0.028 1.000 Y NA
 583568 583567 Daro_1548 Daro_1549 fadL   FALSE 0.293 158.000 0.027 1.000 Y NA
 583567 583566 Daro_1549 Daro_1550     TRUE 0.991 22.000 0.588 1.000 Y NA
 583566 583565 Daro_1550 Daro_1551     TRUE 0.909 4.000 0.015 NA   NA
 583565 583564 Daro_1551 Daro_1552     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583564 583563 Daro_1552 Daro_1553   fadD TRUE 0.595 26.000 0.000 NA   NA
 583563 583562 Daro_1553 Daro_1554 fadD   TRUE 0.915 0.000 0.000 1.000   NA
 583562 583561 Daro_1554 Daro_1555     TRUE 0.832 25.000 0.000 0.086   NA
 3337574 583560 Daro_1556 Daro_1557     FALSE 0.022 252.000 0.000 NA   NA
 583559 583558 Daro_1558 Daro_1559     FALSE 0.400 134.000 0.200 NA   NA
 583558 3337575 Daro_1559 Daro_1560     TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 583557 583556 Daro_1561 Daro_1562     TRUE 0.967 -3.000 0.022 NA   NA
 583556 583555 Daro_1562 Daro_1563     TRUE 0.994 1.000 0.667 NA   NA
 583555 583554 Daro_1563 Daro_1564   glnQ TRUE 0.972 3.000 0.095 NA   NA
 583554 583553 Daro_1564 Daro_1565 glnQ ferredoxin TRUE 0.588 110.000 0.333 1.000 N NA
 583553 583552 Daro_1565 Daro_1566 ferredoxin   TRUE 0.996 -3.000 0.167 0.023   NA
 583552 583551 Daro_1566 Daro_1567   nosD homolog TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 583551 583550 Daro_1567 Daro_1568 nosD homolog   TRUE 0.923 6.000 0.034 NA   NA
 583550 583549 Daro_1568 Daro_1569     FALSE 0.355 72.000 0.034 NA   NA
 583549 583548 Daro_1569 Daro_1570     TRUE 0.925 113.000 0.667 0.019 Y NA
 583548 583547 Daro_1570 Daro_1571   nosZ-2 (putative) TRUE 0.658 87.000 0.012 0.086 Y NA
 583547 583546 Daro_1571 Daro_1572 nosZ-2 (putative) uvrY FALSE 0.038 172.000 0.000 1.000 N NA
 583546 583545 Daro_1572 Daro_1573 uvrY   TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.042 Y NA
 583545 583544 Daro_1573 Daro_1574     TRUE 0.985 3.000 0.000 0.029 Y NA
 583544 583543 Daro_1574 Daro_1575   nosZ-1 (putative) FALSE 0.055 141.000 0.000 1.000 N NA
 583542 583541 Daro_1576 Daro_1577     TRUE 0.992 0.000 0.333 NA   NA
 583541 583540 Daro_1577 Daro_1578     TRUE 0.980 -3.000 0.056 NA   NA
 3337576 3337577 Daro_1579 Daro_1580   qseC homolog FALSE 0.110 433.000 0.000 0.040 Y NA
 3337577 583537 Daro_1580 Daro_1581 qseC homolog qseB TRUE 0.997 -16.000 1.000 1.000 Y NA
 583537 583536 Daro_1581 Daro_1582 qseB napC FALSE 0.325 40.000 0.000 1.000 N NA
 583535 583534 Daro_1583 Daro_1584     TRUE 0.986 17.000 0.571 NA   NA
 583533 583532 Daro_1585 Daro_1586     TRUE 0.999 -3.000 0.682 1.000 Y NA
 583531 583530 Daro_1587 Daro_1588     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583529 583528 Daro_1589 Daro_1590     TRUE 0.895 2.000 0.000 1.000   NA
 583528 3337578 Daro_1590 Daro_1591     TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 3337578 583526 Daro_1591 Daro_1592   dnaQ TRUE 0.851 8.000 0.000 1.000   NA
 583526 583525 Daro_1592 Daro_1593 dnaQ rnhA TRUE 0.994 10.000 0.248 1.000 Y NA
 583525 583524 Daro_1593 Daro_1594 rnhA   TRUE 0.976 -10.000 0.111 1.000   NA
 583522 583521 Daro_1596 Daro_1597     TRUE 0.977 15.000 0.000 0.042 Y NA
 583521 3337579 Daro_1597 Daro_1598     TRUE 0.509 30.000 0.000 NA   NA
 583520 583519 Daro_1599 Daro_1600     TRUE 0.815 7.000 0.000 NA   NA
 583519 813358 Daro_1600 Daro_1601     TRUE 0.831 -16.000 0.000 NA   NA
 813358 583518 Daro_1601 Daro_1602     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583516 583515 Daro_1604 Daro_1605 sfhB   TRUE 0.984 -7.000 0.168 NA   NA
 583515 583514 Daro_1605 Daro_1606     TRUE 0.661 29.000 0.009 NA   NA
 583513 583512 Daro_1608 Daro_1609 Poly(3-hydroxyalkanoate) synthetase acetoacetyl-CoA reductase TRUE 0.985 23.000 0.049 0.001 Y NA
 583512 583511 Daro_1609 Daro_1610 acetoacetyl-CoA reductase acetoacetyl-CoA reductase TRUE 0.913 51.000 0.038 0.001 Y NA
 3337582 583509 Daro_1612 Daro_1613   PhaR FALSE 0.048 155.000 0.000 NA   NA
 583509 583508 Daro_1613 Daro_1614 PhaR   FALSE 0.010 572.000 0.000 NA   NA
 3337583 583506 Daro_1615 Daro_1616   menB TRUE 0.997 -3.000 0.171 0.001 N NA
 583506 583505 Daro_1616 Daro_1617 menB   FALSE 0.049 152.000 0.000 1.000 N NA
 583504 583503 Daro_1619 Daro_1620 ilvN ilvB TRUE 0.991 2.000 0.059 0.001   NA
 583503 3337585 Daro_1620 Daro_1621 ilvB   FALSE 0.014 367.000 0.000 NA   NA
 3337585 583502 Daro_1621 Daro_1622     FALSE 0.276 47.000 0.000 NA   NA
 583501 583500 Daro_1623 Daro_1624     FALSE 0.051 163.000 0.000 1.000   NA
 583499 3337586 Daro_1625 Daro_1626     FALSE 0.393 36.000 0.000 NA   NA
 3337586 583498 Daro_1626 Daro_1627   fumB FALSE 0.052 146.000 0.000 NA   NA
 583498 583497 Daro_1627 Daro_1628 fumB   TRUE 0.953 14.000 0.079 NA   NA
 583496 583495 Daro_1629 Daro_1630 acs   FALSE 0.022 245.000 0.000 NA   NA
 583495 583494 Daro_1630 Daro_1631     TRUE 0.974 1.000 0.077 NA   NA
 583494 583493 Daro_1631 Daro_1632     TRUE 0.985 17.000 0.486 1.000   NA
 583493 583492 Daro_1632 Daro_1633     TRUE 0.818 70.000 0.229 0.084   NA
 583492 583491 Daro_1633 Daro_1634     TRUE 0.828 8.000 0.000 NA   NA
 583491 583490 Daro_1634 Daro_1635     FALSE 0.258 50.000 0.000 NA   NA
 583490 583489 Daro_1635 Daro_1636     TRUE 0.991 3.000 0.392 1.000   NA
 583489 583488 Daro_1636 Daro_1637     TRUE 0.918 10.000 0.013 1.000   NA
 583488 583487 Daro_1637 Daro_1638     TRUE 0.997 -3.000 0.916 NA   NA
 583487 3337587 Daro_1638 Daro_1639     TRUE 0.834 10.000 0.000 NA   NA
 3337587 584238 Daro_1639 Daro_R0052   tRNA-Ser FALSE 0.393 36.000 0.000 NA   NA
 3337588 583486 Daro_1640 Daro_1641     FALSE 0.221 56.000 0.000 NA   NA
 583486 3337589 Daro_1641 Daro_1642     TRUE 0.890 -6.000 0.000 NA   NA
 3337589 3337590 Daro_1642 Daro_1643     FALSE 0.009 1550.000 0.000 NA   NA
 3337590 583484 Daro_1643 Daro_1644   lysR FALSE 0.012 423.000 0.000 NA   NA
 583481 3337592 Daro_1648 Daro_1649     FALSE 0.014 360.000 0.000 NA   NA
 3337592 3337593 Daro_1649 Daro_1650     TRUE 0.815 7.000 0.000 NA   NA
 583480 583479 Daro_1651 Daro_1652     FALSE 0.065 132.000 0.000 NA   NA
 583478 583477 Daro_1653 Daro_1654     TRUE 0.993 -3.000 0.080 0.083   NA
 583476 583475 Daro_1655 Daro_1656     FALSE 0.393 36.000 0.000 NA   NA
 583475 583474 Daro_1656 Daro_1657     FALSE 0.167 68.000 0.000 NA   NA
 583474 583473 Daro_1657 Daro_1658     TRUE 0.733 86.000 0.500 NA   NA
 583473 583472 Daro_1658 Daro_1659     FALSE 0.053 144.000 0.000 NA   NA
 583472 583471 Daro_1659 Daro_1660     TRUE 0.928 -3.000 0.000 1.000 N NA
 583470 583469 Daro_1661 Daro_1662     FALSE 0.295 166.000 0.000 0.056 Y NA
 3337594 3337595 Daro_1663 Daro_1664     FALSE 0.117 92.000 0.000 NA   NA
 583468 3337596 Daro_1665 Daro_1666     FALSE 0.046 158.000 0.000 NA   NA
 583466 3337597 Daro_1667 Daro_1668     FALSE 0.013 370.000 0.000 NA   NA
 3337597 583465 Daro_1668 Daro_1669     FALSE 0.012 427.000 0.000 NA   NA
 583464 583463 Daro_1670 Daro_1671     FALSE 0.011 493.000 0.000 1.000 N NA
 583463 583462 Daro_1671 Daro_1672     TRUE 0.998 2.000 0.827 NA Y NA
 583462 583461 Daro_1672 Daro_1673     TRUE 0.997 -3.000 0.842 NA N NA
 583461 583460 Daro_1673 Daro_1674   ttk TRUE 0.928 -3.000 0.000 1.000 N NA
 583460 583459 Daro_1674 Daro_1675 ttk   FALSE 0.018 294.000 0.000 1.000 N NA
 583458 583457 Daro_1676 Daro_1677     FALSE 0.026 227.000 0.000 NA   NA
 583457 583456 Daro_1677 Daro_1678   glcG TRUE 0.855 -10.000 0.000 NA   NA
 583456 583455 Daro_1678 Daro_1679 glcG argD FALSE 0.258 55.000 0.000 1.000   NA
 583455 583454 Daro_1679 Daro_1680 argD   FALSE 0.023 238.000 0.000 1.000 N NA
 583451 583450 Daro_1683 Daro_1684     FALSE 0.114 93.000 0.000 1.000 N NA
 583450 583449 Daro_1684 Daro_1685     FALSE 0.011 478.000 0.000 1.000 N NA
 583449 583448 Daro_1685 Daro_1686     TRUE 0.998 -3.000 0.352 0.009   NA
 583448 583447 Daro_1686 Daro_1687     TRUE 0.992 -3.000 0.039 0.009   NA
 583447 583446 Daro_1687 Daro_1688   cobI TRUE 0.978 16.000 0.056 0.009   NA
 583446 583445 Daro_1688 Daro_1689 cobI cobL TRUE 0.998 -3.000 0.128 0.009 Y NA
 583445 583444 Daro_1689 Daro_1690 cobL cbiD TRUE 0.996 -13.000 0.107 0.009 Y NA
 583444 583443 Daro_1690 Daro_1691 cbiD   TRUE 0.995 8.000 0.102 0.009 Y NA
 583443 583442 Daro_1691 Daro_1692     TRUE 0.988 7.000 0.118 0.009   NA
 583442 583441 Daro_1692 Daro_1693   cobM TRUE 0.991 -3.000 0.027 0.009   NA
 583441 583440 Daro_1693 Daro_1694 cobM   TRUE 0.460 32.000 0.000 1.000 N NA
 583440 583439 Daro_1694 Daro_1695     TRUE 0.999 -3.000 0.335 0.001 Y NA
 583439 583438 Daro_1695 Daro_1696     TRUE 0.999 -10.000 0.804 0.001 Y NA
 583438 583437 Daro_1696 Daro_1697   cbiM TRUE 1.000 -3.000 0.861 0.009 Y NA
 583437 583436 Daro_1697 Daro_1698 cbiM pip FALSE 0.014 412.000 0.000 1.000   NA
 583435 583434 Daro_1699 Daro_1700 pqqB pqqC TRUE 0.997 6.000 0.825 0.001   NA
 583434 583433 Daro_1700 Daro_1701 pqqC pqqD TRUE 0.995 -3.000 0.053 0.001   NA
 583433 583432 Daro_1701 Daro_1702 pqqD pqqE TRUE 0.994 -3.000 0.045 0.001   NA
 813361 3337598 Daro_1703 Daro_1704     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 3337598 583431 Daro_1704 Daro_1705     TRUE 0.989 -3.000 0.107 1.000   NA
 583431 583430 Daro_1705 Daro_1706     TRUE 0.993 2.000 0.500 1.000 N NA
 583430 3337599 Daro_1706 Daro_1707     TRUE 0.990 -3.000 0.148 NA   NA
 3337599 583429 Daro_1707 Daro_1708     TRUE 0.975 3.000 0.114 NA   NA
 583429 583428 Daro_1708 Daro_1709     TRUE 0.995 1.000 0.250 0.050   NA
 583428 3337600 Daro_1709 Daro_1710     TRUE 0.982 -12.000 0.192 1.000 N NA
 3337600 583426 Daro_1710 Daro_1711     TRUE 0.787 -61.000 0.000 1.000 N NA
 583426 583425 Daro_1711 Daro_1712     TRUE 0.993 -3.000 0.080 0.083   NA
 583425 3337601 Daro_1712 Daro_1713     FALSE 0.013 373.000 0.000 NA   NA
 3337601 3337602 Daro_1713 Daro_1714     FALSE 0.280 46.000 0.000 NA   NA
 3337602 584225 Daro_1714 Daro_R0053   tRNA-Val FALSE 0.009 702.000 0.000 NA   NA
 584225 583424 Daro_R0053 Daro_1715 tRNA-Val hupB FALSE 0.288 44.000 0.000 NA   NA
 583424 583423 Daro_1715 Daro_1716 hupB lon FALSE 0.113 163.000 0.033 1.000 N NA
 583423 583422 Daro_1716 Daro_1717 lon clpX TRUE 0.850 68.000 0.201 1.000 Y NA
 583422 583421 Daro_1717 Daro_1718 clpX clpP TRUE 0.994 15.000 0.352 1.000 Y NA
 583421 583420 Daro_1718 Daro_1719 clpP tig TRUE 0.893 68.000 0.351 1.000 Y NA
 584239 583419 Daro_R0054 Daro_1720 tRNA-His pepD FALSE 0.187 62.000 0.000 NA   NA
 583419 3337603 Daro_1720 Daro_1721 pepD   TRUE 0.810 5.000 0.000 NA   NA
 583418 583417 Daro_1722 Daro_1723     TRUE 0.957 10.000 0.000 0.010   NA
 583417 583416 Daro_1723 Daro_1724   dapE TRUE 0.988 -3.000 0.115 1.000 N NA
 583416 583415 Daro_1724 Daro_1725 dapE   TRUE 0.966 0.000 0.040 1.000 N NA
 583415 583414 Daro_1725 Daro_1726   dapD TRUE 0.831 26.000 0.045 1.000 N NA
 583414 583413 Daro_1726 Daro_1727 dapD   TRUE 0.988 16.000 0.149 1.000 Y NA
 583412 583411 Daro_1729 Daro_1730     FALSE 0.019 279.000 0.000 NA   NA
 583411 813362 Daro_1730 Daro_1731     TRUE 0.756 18.000 0.000 NA   NA
 583410 583409 Daro_1732 Daro_1733     TRUE 0.970 24.000 0.115 0.009   NA
 583409 583408 Daro_1733 Daro_1734   ligA TRUE 0.984 0.000 0.106 1.000   NA
 583408 583407 Daro_1734 Daro_1735 ligA galU TRUE 0.941 0.000 0.010 1.000 N NA
 583407 583406 Daro_1735 Daro_1736 galU hpt TRUE 0.957 1.000 0.036 1.000 N NA
 583406 583405 Daro_1736 Daro_1737 hpt   TRUE 0.983 -3.000 0.000 0.008   NA
 583405 583404 Daro_1737 Daro_1738   xapA TRUE 0.895 2.000 0.000 1.000   NA
 583403 583402 Daro_1739 Daro_1740 glnD map TRUE 0.996 0.000 0.817 1.000 N NA
 583401 583400 Daro_1741 Daro_1742 rfbD rpsB FALSE 0.029 204.000 0.000 1.000 N NA
 583400 583399 Daro_1742 Daro_1743 rpsB tsf TRUE 0.945 58.000 0.748 1.000 Y NA
 583399 583398 Daro_1743 Daro_1744 tsf pyrH TRUE 0.928 16.000 0.047 1.000 N NA
 583398 583397 Daro_1744 Daro_1745 pyrH frr TRUE 0.942 -25.000 0.058 1.000 N NA
 583397 583396 Daro_1745 Daro_1746 frr uppS TRUE 0.954 28.000 0.409 1.000 N NA
 583396 583395 Daro_1746 Daro_1747 uppS cdsA TRUE 0.997 -7.000 0.400 1.000 Y NA
 583395 583394 Daro_1747 Daro_1748 cdsA dxr TRUE 0.998 -3.000 0.372 1.000 Y NA
 583394 583393 Daro_1748 Daro_1749 dxr   TRUE 0.996 -3.000 0.568 1.000 N NA
 583393 583392 Daro_1749 Daro_1750     TRUE 0.993 4.000 0.204 1.000 Y NA
 583392 583391 Daro_1750 Daro_1751   hlpA TRUE 0.938 49.000 0.354 1.000 Y NA
 583391 583390 Daro_1751 Daro_1752 hlpA lpxD TRUE 0.998 0.000 0.814 1.000 Y NA
 583390 583389 Daro_1752 Daro_1753 lpxD fabZ TRUE 0.991 5.000 0.796 1.000 N NA
 583389 583388 Daro_1753 Daro_1754 fabZ lpxA TRUE 0.995 2.000 0.850 1.000 N NA
 583388 583387 Daro_1754 Daro_1755 lpxA lpxB TRUE 0.996 2.000 0.289 1.000 Y NA
 583387 583386 Daro_1755 Daro_1756 lpxB rnhB TRUE 0.981 -12.000 0.186 1.000 N NA
 583386 583385 Daro_1756 Daro_1757 rnhB   TRUE 0.991 -3.000 0.046 0.018 N NA
 583384 583383 Daro_1758 Daro_1759   ppc TRUE 0.834 10.000 0.000 NA   NA
 583383 583382 Daro_1759 Daro_1760 ppc   FALSE 0.044 160.000 0.000 1.000 N NA
 583382 583381 Daro_1760 Daro_1761     TRUE 0.532 122.000 0.000 0.003 Y NA
 583381 583380 Daro_1761 Daro_1762     TRUE 0.799 15.000 0.000 1.000 N NA
 583380 583379 Daro_1762 Daro_1763     FALSE 0.360 136.000 0.029 1.000 Y NA
 583379 583378 Daro_1763 Daro_1764     TRUE 0.997 -3.000 0.043 0.023 Y NA
 583378 583377 Daro_1764 Daro_1765     TRUE 0.999 -3.000 0.639 0.001   NA
 583377 583376 Daro_1765 Daro_1766     TRUE 0.992 -3.000 0.194 NA   NA
 583375 583374 Daro_1767 Daro_1768 pdhR ppsA FALSE 0.352 38.000 0.000 1.000 N NA
 583371 583370 Daro_1771 Daro_1772     TRUE 0.975 16.000 0.000 0.039 Y NA
 583369 583368 Daro_1773 Daro_1774     FALSE 0.066 141.000 0.000 1.000   NA
 583367 583366 Daro_1775 Daro_1776   sdhB FALSE 0.020 267.000 0.000 NA   NA
 583366 3337605 Daro_1776 Daro_1777 sdhB   TRUE 0.999 -3.000 0.153 0.002 Y NA
 3337605 583364 Daro_1777 Daro_1778     TRUE 0.998 2.000 0.128 0.002 Y NA
 583363 3337606 Daro_1779 Daro_1780     TRUE 0.712 20.000 0.000 NA   NA
 3337606 583362 Daro_1780 Daro_1781     TRUE 0.808 14.000 0.000 NA   NA
 583362 583361 Daro_1781 Daro_1782   mobB TRUE 0.947 18.000 0.097 NA   NA
 583361 583360 Daro_1782 Daro_1783 mobB moeA TRUE 0.997 -6.000 0.082 0.003 Y NA
 583360 583359 Daro_1783 Daro_1784 moeA moaD TRUE 0.998 -3.000 0.095 0.003 Y NA
 583359 583358 Daro_1784 Daro_1785 moaD   TRUE 0.787 18.000 0.000 1.000   NA
 583358 583357 Daro_1785 Daro_1786     FALSE 0.011 562.000 0.000 NA   NA
 583357 583356 Daro_1786 Daro_1787     TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 583356 3337607 Daro_1787 Daro_1788     FALSE 0.030 203.000 0.000 NA   NA
 3337608 583355 Daro_1789 Daro_1790     TRUE 0.890 -6.000 0.000 NA   NA
 583355 583354 Daro_1790 Daro_1791     TRUE 0.556 28.000 0.000 NA   NA
 583353 583352 Daro_1792 Daro_1793     FALSE 0.293 50.000 0.000 1.000   NA
 583351 583350 Daro_1794 Daro_1795     FALSE 0.057 139.000 0.000 NA   NA
 583350 583349 Daro_1795 Daro_1796     TRUE 0.828 8.000 0.000 NA   NA
 583349 583348 Daro_1796 Daro_1797     TRUE 0.815 7.000 0.000 NA   NA
 583346 583345 Daro_1799 Daro_1800     FALSE 0.074 123.000 0.000 NA   NA
 583345 583344 Daro_1800 Daro_1801     TRUE 0.883 24.000 0.069 NA   NA
 583343 583342 Daro_1802 Daro_1803     TRUE 0.945 -10.000 0.029 1.000   NA
 583342 583341 Daro_1803 Daro_1804     TRUE 0.974 -3.000 0.029 1.000   NA
 583341 583340 Daro_1804 Daro_1805     FALSE 0.035 185.000 0.000 NA   NA
 584240 584241 Daro_R0055 Daro_R0056 tRNA-Arg tRNA-Arg FALSE 0.271 48.000 0.000 NA   NA
 584241 3337609 Daro_R0056 Daro_1807 tRNA-Arg   FALSE 0.036 183.000 0.000 NA   NA
 583338 583337 Daro_1808 Daro_1809   gcvH TRUE 0.842 -13.000 0.000 NA   NA
 583337 584224 Daro_1809 Daro_R0057 gcvH tRNA-SeC(p) TRUE 0.712 20.000 0.000 NA   NA
 584224 583336 Daro_R0057 Daro_1810 tRNA-SeC(p) selB TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 583336 583335 Daro_1810 Daro_1811 selB   TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 583335 3337610 Daro_1811 Daro_1812     TRUE 0.901 1.000 0.000 1.000   NA
 3337610 583333 Daro_1812 Daro_1813     FALSE 0.376 71.000 0.000 0.084   NA
 583333 583332 Daro_1813 Daro_1814   selA FALSE 0.077 119.000 0.000 1.000 N NA
 583332 583331 Daro_1814 Daro_1815 selA fdhE TRUE 0.667 42.000 0.083 NA N NA
 583331 583330 Daro_1815 Daro_1816 fdhE fdnI FALSE 0.386 127.000 0.182 NA N NA
 583330 583329 Daro_1816 Daro_1817 fdnI FdxH TRUE 0.999 -3.000 0.333 0.001 Y NA
 583329 583328 Daro_1817 Daro_1818 FdxH fdoG TRUE 0.996 12.000 0.410 0.001   NA
 583328 583327 Daro_1818 Daro_1819 fdoG   TRUE 0.962 13.000 0.000 0.001   NA
 583327 583326 Daro_1819 Daro_1820   rhlE FALSE 0.024 268.000 0.000 1.000   NA
 583326 583325 Daro_1820 Daro_1821 rhlE   FALSE 0.143 67.000 0.000 NA N NA
 583325 583324 Daro_1821 Daro_1822     FALSE 0.346 36.000 0.000 NA N NA
 583324 583323 Daro_1822 Daro_1823   trmA FALSE 0.208 58.000 0.000 1.000 N NA
 583323 583322 Daro_1823 Daro_1824 trmA   FALSE 0.121 89.000 0.000 1.000 N NA
 583322 583321 Daro_1824 Daro_1825   phnC TRUE 0.995 -9.000 0.038 0.001 Y NA
 583321 583320 Daro_1825 Daro_1826 phnC   TRUE 0.999 8.000 0.690 0.001 Y NA
 583319 583318 Daro_1827 Daro_1828 atoC   TRUE 0.994 -21.000 0.312 1.000 Y NA
 583317 583316 Daro_1829 Daro_1830     TRUE 0.992 0.000 0.300 NA   NA
 583316 583315 Daro_1830 Daro_1831     FALSE 0.217 80.000 0.007 NA   NA
 583314 583313 Daro_1832 Daro_1833   fecR TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA N NA
 583313 583312 Daro_1833 Daro_1834 fecR fhuE FALSE 0.390 84.000 0.000 NA Y NA
 583312 583311 Daro_1834 Daro_1835 fhuE   FALSE 0.132 74.000 0.000 NA N NA
 583310 583309 Daro_1836 Daro_1837     TRUE 0.992 5.000 1.000 NA   NA
 583309 583308 Daro_1837 Daro_1838     TRUE 0.991 11.000 0.750 NA   NA
 583308 583307 Daro_1838 Daro_1839   dsbE FALSE 0.119 191.000 0.059 NA   NA
 583307 3337611 Daro_1839 Daro_1840 dsbE   TRUE 0.980 2.000 0.118 NA   NA
 3337611 813363 Daro_1840 Daro_1841     TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 813363 583305 Daro_1841 Daro_1842     TRUE 0.914 -3.000 0.000 NA N NA
 583305 583304 Daro_1842 Daro_1843     TRUE 0.989 -37.000 0.714 NA   NA
 583304 583303 Daro_1843 Daro_1844     TRUE 0.900 0.000 0.000 NA   NA
 583303 3337612 Daro_1844 Daro_1845     FALSE 0.170 67.000 0.000 NA   NA
 583302 583301 Daro_1846 Daro_1847   cobB TRUE 0.847 11.000 0.000 1.000   NA
 583301 583300 Daro_1847 Daro_1848 cobB   FALSE 0.048 155.000 0.000 NA   NA
 583300 3337613 Daro_1848 Daro_1849     FALSE 0.096 107.000 0.000 NA   NA
 583298 583297 Daro_1851 Daro_1852 mgtA   FALSE 0.038 174.000 0.000 NA   NA
 583297 583296 Daro_1852 Daro_1853     FALSE 0.258 50.000 0.000 NA   NA
 583296 583295 Daro_1853 Daro_1854     FALSE 0.017 305.000 0.000 NA   NA
 583294 583293 Daro_1855 Daro_1856     FALSE 0.086 199.000 0.000 0.059 N NA
 583293 3337614 Daro_1856 Daro_1857     FALSE 0.253 109.000 0.000 0.059   NA
 3337614 583292 Daro_1857 Daro_1858     FALSE 0.018 337.000 0.000 1.000   NA
 583292 3337615 Daro_1858 Daro_1859     FALSE 0.167 68.000 0.000 NA   NA
 3337615 3337616 Daro_1859 Daro_1860     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583290 583289 Daro_1861 Daro_1862     FALSE 0.031 200.000 0.000 NA   NA
 583288 583287 Daro_1863 Daro_1864 argC   FALSE 0.183 73.000 0.000 1.000   NA
 583287 583286 Daro_1864 Daro_1865     TRUE 0.556 28.000 0.000 NA   NA
 583286 583285 Daro_1865 Daro_1866     FALSE 0.117 92.000 0.000 NA   NA
 583285 583284 Daro_1866 Daro_1867   parE FALSE 0.108 98.000 0.000 1.000 N NA
 583283 583282 Daro_1868 Daro_1869 nfnB   FALSE 0.014 355.000 0.000 NA   NA
 583282 583281 Daro_1869 Daro_1870     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583281 813364 Daro_1870 Daro_1871     FALSE 0.044 162.000 0.000 NA   NA
 583278 583277 Daro_1874 Daro_1875     TRUE 0.815 7.000 0.000 NA   NA
 583277 583276 Daro_1875 Daro_1876     TRUE 0.996 -3.000 0.455 1.000 N NA
 583276 583275 Daro_1876 Daro_1877     TRUE 0.999 -3.000 0.571 1.000 Y NA
 3337618 583274 Daro_1878 Daro_1879   qseC TRUE 0.953 -22.000 0.000 1.000 Y NA
 583273 583272 Daro_1880 Daro_1881     TRUE 0.835 9.000 0.000 NA   NA
 583272 583271 Daro_1881 Daro_1882   blc TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 583270 583269 Daro_1883 Daro_1884     TRUE 0.939 -3.000 0.000 1.000   NA
 583267 583266 Daro_1886 Daro_1887   tag FALSE 0.124 87.000 0.000 1.000 N NA
 583266 813365 Daro_1887 Daro_1888 tag   FALSE 0.030 228.000 0.000 1.000   NA
 583265 583264 Daro_1889 Daro_1890     FALSE 0.159 72.000 0.000 1.000 N NA
 583263 583262 Daro_1891 Daro_1892   dehydrogenase, oxidoreductase TRUE 0.998 11.000 0.364 0.001 Y NA
 583262 583261 Daro_1892 Daro_1893 dehydrogenase, oxidoreductase   TRUE 0.989 2.000 0.273 1.000 N NA
 583261 583260 Daro_1893 Daro_1894     TRUE 0.968 -3.000 0.023 NA   NA
 583260 583259 Daro_1894 Daro_1895     FALSE 0.159 73.000 0.000 NA   NA
 583258 583257 Daro_1896 Daro_1897     FALSE 0.172 163.000 0.000 1.000 Y NA
 583257 583256 Daro_1897 Daro_1898     TRUE 0.951 20.000 0.125 1.000   NA
 583256 583255 Daro_1898 Daro_1899     TRUE 0.989 3.000 0.357 NA   NA
 583255 583254 Daro_1899 Daro_1900   degQ FALSE 0.020 270.000 0.000 NA   NA
 583254 3337619 Daro_1900 Daro_1901 degQ   FALSE 0.373 37.000 0.000 NA   NA
 583253 583252 Daro_1902 Daro_1903     FALSE 0.025 200.000 0.000 NA N NA
 583251 583250 Daro_1904 Daro_1905   creA TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 583250 583249 Daro_1905 Daro_1906 creA   TRUE 0.635 24.000 0.000 NA   NA
 583249 583248 Daro_1906 Daro_1907     FALSE 0.201 65.000 0.000 1.000   NA
 3337620 583247 Daro_1908 Daro_1909     FALSE 0.014 357.000 0.000 NA   NA
 3337621 583246 Daro_1910 Daro_1911     FALSE 0.172 66.000 0.000 NA   NA
 583245 583244 Daro_1912 Daro_1913   panE TRUE 0.670 22.000 0.000 1.000 N NA
 583243 3337622 Daro_1914 Daro_1915     FALSE 0.036 183.000 0.000 NA   NA
 3337622 583242 Daro_1915 Daro_1916     FALSE 0.183 63.000 0.000 NA   NA
 583242 3337623 Daro_1916 Daro_1917     FALSE 0.104 102.000 0.000 NA   NA
 3337623 3337624 Daro_1917 Daro_1918     FALSE 0.031 199.000 0.000 NA   NA
 3337624 583241 Daro_1918 Daro_1919   sbcC FALSE 0.083 115.000 0.000 NA   NA
 583241 583240 Daro_1919 Daro_1920 sbcC sbcD TRUE 0.999 -3.000 0.669 0.001 N NA
 583240 583239 Daro_1920 Daro_1921 sbcD   FALSE 0.058 137.000 0.000 1.000 N NA
 583239 583238 Daro_1921 Daro_1922   glpK TRUE 0.998 -3.000 0.086 0.001 Y NA
 811236 583237 Daro_1923 Daro_1924     TRUE 0.876 -7.000 0.000 NA   NA
 583237 583236 Daro_1924 Daro_1925   purL FALSE 0.041 166.000 0.000 NA   NA
 583236 583235 Daro_1925 Daro_1926 purL   FALSE 0.054 142.000 0.000 1.000 N NA
 583234 583233 Daro_1927 Daro_1928     FALSE 0.096 107.000 0.000 NA   NA
 583231 3337625 Daro_1930 Daro_1931     FALSE 0.012 407.000 0.000 NA   NA
 583230 583229 Daro_1932 Daro_1933     FALSE 0.129 85.000 0.000 1.000 N NA
 583229 583228 Daro_1933 Daro_1934     FALSE 0.029 208.000 0.000 1.000 N NA
 583227 583226 Daro_1935 Daro_1936 fabI   FALSE 0.121 89.000 0.000 1.000 N NA
 583225 583224 Daro_1937 Daro_1938   dgt TRUE 0.435 36.000 0.000 1.000   NA
 583224 583223 Daro_1938 Daro_1939 dgt lexA FALSE 0.165 68.000 0.000 1.000 N NA
 583223 583222 Daro_1939 Daro_1940 lexA   TRUE 0.953 0.000 0.019 NA   NA
 583222 583221 Daro_1940 Daro_1941     TRUE 0.989 -67.000 0.800 NA   NA
 583221 583220 Daro_1941 Daro_1942   dnaE TRUE 0.988 13.000 0.115 1.000 Y NA
 583220 583219 Daro_1942 Daro_1943 dnaE   FALSE 0.025 229.000 0.000 1.000 N NA
 583219 583218 Daro_1943 Daro_1944     FALSE 0.058 138.000 0.000 NA   NA
 583217 3337626 Daro_1945 Daro_1946     TRUE 0.854 4.000 0.000 1.000   NA
 583215 583214 Daro_1947 Daro_1948 cysE   TRUE 0.584 58.000 0.086 1.000 N NA
 583214 583213 Daro_1948 Daro_1949     TRUE 0.978 9.000 0.175 1.000 N NA
 583213 583212 Daro_1949 Daro_1950   iscS TRUE 0.987 20.000 0.037 0.001 Y NA
 583212 583211 Daro_1950 Daro_1951 iscS nifU homolog TRUE 0.875 44.000 0.448 1.000 N NA
 583211 583210 Daro_1951 Daro_1952 nifU homolog iscA TRUE 0.997 3.000 0.359 0.001   NA
 583210 583209 Daro_1952 Daro_1953 iscA hscB TRUE 0.995 0.000 0.500 1.000   NA
 583209 583208 Daro_1953 Daro_1954 hscB hscA TRUE 0.997 4.000 0.634 1.000 Y NA
 583208 583207 Daro_1954 Daro_1955 hscA fdx TRUE 0.997 -3.000 0.794 1.000 N NA
 583207 583206 Daro_1955 Daro_1956 fdx   TRUE 0.997 -3.000 0.625 1.000   NA
 583206 583205 Daro_1956 Daro_1957     TRUE 0.906 9.000 0.012 NA   NA
 583205 3337627 Daro_1957 Daro_1958     TRUE 0.877 2.000 0.000 NA   NA
 3337627 583203 Daro_1958 Daro_1959     TRUE 0.615 25.000 0.000 NA   NA
 583203 3337628 Daro_1959 Daro_1960     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   NA
 3337628 583202 Daro_1960 Daro_1961     TRUE 0.810 5.000 0.000 NA   NA
 583201 3337629 Daro_1962 Daro_1963 serB   TRUE 0.509 30.000 0.000 NA   NA
 3337629 583200 Daro_1963 Daro_1964   aroF FALSE 0.410 35.000 0.000 NA   NA
 583200 583199 Daro_1964 Daro_1965 aroF mfd TRUE 0.908 2.000 0.002 1.000 N NA
 583199 583198 Daro_1965 Daro_1966 mfd   FALSE 0.055 142.000 0.000 NA   NA
 583196 3337630 Daro_1968 Daro_1969     TRUE 0.978 -3.000 0.045 NA   NA
 3337630 583194 Daro_1969 Daro_1970     TRUE 0.934 -15.000 0.033 NA   NA
 583194 583193 Daro_1970 Daro_1971     TRUE 0.983 -7.000 0.154 NA   NA
 583193 583192 Daro_1971 Daro_1972     TRUE 0.894 11.000 0.010 NA   NA
 583191 583190 Daro_1973 Daro_1974 ispD ispF TRUE 0.998 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 583190 583189 Daro_1974 Daro_1975 ispF   TRUE 0.916 -10.000 0.011 1.000 N NA