MicrobesOnline Operon Predictions for Persephonella marina EX-H1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7268567 7268568 PERMA_0001 PERMA_0002 groS_1   FALSE 0.383 105.000 0.000 1.000 Y NA
 7268568 7268569 PERMA_0002 PERMA_0003     TRUE 0.663 5.000 0.000 1.000   NA
 7268572 7268573 PERMA_0006 PERMA_0007     FALSE 0.101 208.000 0.000 NA   NA
 7268574 7268575 PERMA_0008 PERMA_0009     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7268575 7268576 PERMA_0009 PERMA_0010   purN FALSE 0.143 80.000 0.000 NA   NA
 7268576 7268577 PERMA_0010 PERMA_0011 purN   FALSE 0.426 38.000 0.000 1.000   NA
 7268577 7268578 PERMA_0011 PERMA_0012   purM TRUE 0.763 20.000 0.000 1.000   NA
 7268580 7268581 PERMA_0013 PERMA_0015     FALSE 0.397 192.000 0.004 NA   NA
 7268581 7268582 PERMA_0015 PERMA_0016     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7268584 7268585 PERMA_0017 PERMA_0019   engA FALSE 0.319 44.000 0.000 1.000   NA
 7268586 7268587 PERMA_0020 PERMA_0021   mviN TRUE 0.924 26.000 0.006 NA   NA
 7268587 7268588 PERMA_0021 PERMA_0023 mviN   FALSE 0.143 85.000 0.000 1.000   NA
 7268590 7268591 PERMA_0024 PERMA_0025     TRUE 0.974 4.000 0.103 1.000   NA
 7268591 7268592 PERMA_0025 PERMA_0027     TRUE 0.711 -3.000 0.000 1.000   NA
 7268594 7268595 PERMA_0028 PERMA_0029   guaA FALSE 0.541 14.000 0.000 NA N NA
 7268595 7268596 PERMA_0029 PERMA_0030 guaA   TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7268596 7268597 PERMA_0030 PERMA_0031     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7268597 7268598 PERMA_0031 PERMA_0032     FALSE 0.244 56.000 0.000 1.000   NA
 7268598 7268599 PERMA_0032 PERMA_0033     TRUE 0.644 -9.000 0.000 1.000   NA
 7268599 7268600 PERMA_0033 PERMA_0034     TRUE 0.915 3.000 0.000 0.018   NA
 7268600 7268601 PERMA_0034 PERMA_0035     TRUE 0.955 47.000 0.143 0.018   NA
 7268601 7268602 PERMA_0035 PERMA_0036     TRUE 0.990 -3.000 0.048 0.016   NA
 7268602 7268603 PERMA_0036 PERMA_0037     TRUE 0.638 8.000 0.000 NA   NA
 7268603 7268604 PERMA_0037 PERMA_0038     TRUE 0.664 4.000 0.000 NA   NA
 7268604 7268605 PERMA_0038 PERMA_0039     TRUE 0.996 3.000 0.029 0.016 Y NA
 7268605 7268606 PERMA_0039 PERMA_0040     TRUE 0.996 -3.000 0.037 0.016 Y NA
 7268606 7268607 PERMA_0040 PERMA_0041     FALSE 0.070 73.000 0.000 1.000 N NA
 7268607 7268608 PERMA_0041 PERMA_0042     TRUE 0.913 -3.000 0.005 1.000 N NA
 7268608 7268609 PERMA_0042 PERMA_0043   accA TRUE 0.898 5.000 0.006 1.000 N NA
 7268609 7268610 PERMA_0043 PERMA_0045 accA   TRUE 0.881 -3.000 0.003 1.000 N NA
 7268614 7268615 PERMA_0048 PERMA_0049     FALSE 0.163 72.000 0.000 NA   NA
 7268615 7268616 PERMA_0049 PERMA_0050     TRUE 0.995 13.000 0.500 0.004 N NA
 7268616 7268617 PERMA_0050 PERMA_0051   rplU FALSE 0.054 96.000 0.000 1.000 N NA
 7268617 7268618 PERMA_0051 PERMA_0052 rplU rpmA TRUE 0.999 16.000 0.667 0.029 Y NA
 7268619 7268620 PERMA_0053 PERMA_0054 mrdB mrdA TRUE 0.951 -13.000 0.161 1.000 N NA
 7268620 7268621 PERMA_0054 PERMA_0055 mrdA   TRUE 0.913 -19.000 0.008 NA   NA
 7268621 7268622 PERMA_0055 PERMA_0056   mreC TRUE 0.776 18.000 0.000 NA   NA
 7268622 7268623 PERMA_0056 PERMA_0057 mreC   TRUE 0.940 6.000 0.030 1.000 N NA
 7268624 7268625 PERMA_0058 PERMA_0059 dapA   TRUE 0.581 122.000 0.014 1.000   NA
 7268625 7268626 PERMA_0059 PERMA_0060     TRUE 0.978 12.000 0.044 1.000   NA
 7268626 7268627 PERMA_0060 PERMA_0061   ribH TRUE 0.564 44.000 0.002 1.000 N NA
 7268627 7268628 PERMA_0061 PERMA_0062 ribH nusB TRUE 0.961 0.000 0.045 1.000 N NA
 7268628 7268629 PERMA_0062 PERMA_0064 nusB   TRUE 0.972 -3.000 0.041 1.000   NA
 7268630 7268631 PERMA_0063 PERMA_0065   yajC FALSE 0.130 91.000 0.000 NA   NA
 7268632 7268633 PERMA_0066 PERMA_0067     FALSE 0.182 68.000 0.000 1.000   NA
 7268634 7268635 PERMA_0068 PERMA_0069 metF   FALSE 0.202 64.000 0.000 1.000   NA
 7268635 7268636 PERMA_0069 PERMA_0070     TRUE 0.971 4.000 0.059 1.000   NA
 7268636 7268637 PERMA_0070 PERMA_0071   pheT FALSE 0.242 252.000 0.002 1.000 N NA
 7268637 7268638 PERMA_0071 PERMA_0072 pheT pheS TRUE 0.998 -3.000 0.574 0.001 Y NA
 7268638 7268639 PERMA_0072 PERMA_0073 pheS rplT TRUE 0.996 16.000 0.202 1.000 Y NA
 7268639 7268640 PERMA_0073 PERMA_0074 rplT rpmI TRUE 0.998 23.000 0.928 0.029 Y NA
 7268641 7268642 PERMA_0075 PERMA_0077     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7268643 7268644 PERMA_0076 PERMA_0078 rdgB ruvC FALSE 0.413 10.000 0.000 1.000 N NA
 7268644 7268645 PERMA_0078 PERMA_0079 ruvC   TRUE 0.983 0.000 0.277 NA   NA
 7268646 7268647 PERMA_0080 PERMA_0081     FALSE 0.518 21.000 0.000 1.000 N NA
 7268647 7268648 PERMA_0081 PERMA_0082   ispH TRUE 0.988 10.000 0.054 1.000 Y NA
 7268648 7268649 PERMA_0082 PERMA_0083 ispH   TRUE 0.771 14.000 0.000 NA   NA
 7268649 7268650 PERMA_0083 PERMA_0084     TRUE 0.641 7.000 0.000 NA   NA
 7268650 7268651 PERMA_0084 PERMA_0085     TRUE 0.991 4.000 0.096 1.000 Y NA
 7268651 7268652 PERMA_0085 PERMA_0086     TRUE 0.998 12.000 0.214 0.005 Y NA
 7268652 7268653 PERMA_0086 PERMA_0087     TRUE 0.788 18.000 0.000 1.000   NA
 7268653 7268654 PERMA_0087 PERMA_0088   prmC TRUE 0.631 -10.000 0.000 1.000   NA
 7268654 7268655 PERMA_0088 PERMA_0090 prmC murA TRUE 0.931 -7.000 0.017 1.000 N NA
 7268656 7268657 PERMA_0089 PERMA_0091 rpoD aspS FALSE 0.046 144.000 0.000 1.000 N NA
 7268659 7268660 PERMA_0092 PERMA_0094     FALSE 0.246 53.000 0.000 NA   NA
 7268660 7268661 PERMA_0094 PERMA_0095   argH FALSE 0.223 60.000 0.000 1.000   NA
 7268663 7268664 PERMA_0096 PERMA_0098     TRUE 0.711 -3.000 0.000 1.000   NA
 7268664 7268665 PERMA_0098 PERMA_0099     TRUE 0.764 19.000 0.000 NA   NA
 7268665 7268666 PERMA_0099 PERMA_0100     TRUE 0.963 11.000 0.027 NA   NA
 7268666 7268667 PERMA_0100 PERMA_0101     TRUE 0.985 3.000 0.500 NA   NA
 7268669 7268670 PERMA_0102 PERMA_0104 ggt   TRUE 0.981 -3.000 0.200 1.000   NA
 7268670 7268671 PERMA_0104 PERMA_0105     TRUE 0.631 -10.000 0.000 1.000   NA
 7268674 7268675 PERMA_0108 PERMA_0109 gcvH   TRUE 0.994 2.000 0.088 1.000 Y NA
 7268675 7268676 PERMA_0109 PERMA_0110   def_1 TRUE 0.976 0.000 0.364 1.000 N NA
 7268676 7268677 PERMA_0110 PERMA_0111 def_1   FALSE 0.216 59.000 0.000 NA   NA
 7268677 7268678 PERMA_0111 PERMA_0112     TRUE 0.977 -3.000 0.104 NA   NA
 7268678 7268679 PERMA_0112 PERMA_0113     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7268679 7268680 PERMA_0113 PERMA_0114     TRUE 0.980 3.000 0.154 NA   NA
 7268681 7268682 PERMA_0115 PERMA_0116     FALSE 0.496 67.000 0.000 1.000 Y NA
 7268682 7268683 PERMA_0116 PERMA_0117     FALSE 0.422 5.000 0.000 1.000 N NA
 7268683 7268684 PERMA_0117 PERMA_0118     TRUE 0.653 24.000 0.000 NA   NA
 7268685 7268686 PERMA_0119 PERMA_0120     FALSE 0.409 38.000 0.000 NA   NA
 7268686 7268687 PERMA_0120 PERMA_0121     FALSE 0.118 132.000 0.000 1.000   NA
 7268687 7268688 PERMA_0121 PERMA_0122     TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7268688 7268689 PERMA_0122 PERMA_0124     TRUE 0.648 5.000 0.000 NA   NA
 7268690 7268691 PERMA_0123 PERMA_0125 pdxA   TRUE 0.961 4.000 0.028 NA   NA
 7268691 7268692 PERMA_0125 PERMA_0126     TRUE 0.984 -6.000 0.804 NA   NA
 7268692 7268693 PERMA_0126 PERMA_0127     TRUE 0.982 10.000 0.790 NA   NA
 7268693 7268694 PERMA_0127 PERMA_0128     TRUE 0.978 15.000 0.029 NA   NA
 7268694 7268695 PERMA_0128 PERMA_0129     TRUE 0.943 11.000 0.022 1.000 N NA
 7268695 7268696 PERMA_0129 PERMA_0130     TRUE 0.606 76.000 0.007 1.000   NA
 7268696 7268697 PERMA_0130 PERMA_0131     TRUE 0.963 3.000 0.014 NA   NA
 7268698 7268699 PERMA_0132 PERMA_0133 recJ ahpC FALSE 0.337 82.000 0.002 1.000 N NA
 7268699 7268700 PERMA_0133 PERMA_0134 ahpC   TRUE 0.725 947.000 0.429 NA   NA
 11452094 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 549.000 0.000 NA   NA
 11594457 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 549.000 0.000 NA   NA
 11736849 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 549.000 0.000 NA   NA
 11452095 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 511.000 0.000 NA   NA
 11594458 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 511.000 0.000 NA   NA
 11736850 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 511.000 0.000 NA   NA
 11452096 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 476.000 0.000 NA   NA
 11594459 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 476.000 0.000 NA   NA
 11736851 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 476.000 0.000 NA   NA
 11452097 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 440.000 0.000 NA   NA
 11594460 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 440.000 0.000 NA   NA
 11736852 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 440.000 0.000 NA   NA
 11452098 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 405.000 0.000 NA   NA
 11594461 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 405.000 0.000 NA   NA
 11736853 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 405.000 0.000 NA   NA
 11452099 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 361.000 0.000 NA   NA
 11594462 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 361.000 0.000 NA   NA
 11736854 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 361.000 0.000 NA   NA
 11452100 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 326.000 0.000 NA   NA
 11594463 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 326.000 0.000 NA   NA
 11736855 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 326.000 0.000 NA   NA
 11452101 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 286.000 0.000 NA   NA
 11594464 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 286.000 0.000 NA   NA
 11736856 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 286.000 0.000 NA   NA
 11452102 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 251.000 0.000 NA   NA
 11594465 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 251.000 0.000 NA   NA
 11736857 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 251.000 0.000 NA   NA
 11452103 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 212.000 0.000 NA   NA
 11594466 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 212.000 0.000 NA   NA
 11736858 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 212.000 0.000 NA   NA
 11452104 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 177.000 0.000 NA   NA
 11594467 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 177.000 0.000 NA   NA
 11736859 7268700   PERMA_0134     FALSE NA 177.000 0.000 NA   NA
 7268700 7268701 PERMA_0134 PERMA_0135   rpsU FALSE 0.277 47.000 0.000 NA   NA
 7268701 7268702 PERMA_0135 PERMA_0136 rpsU   TRUE 0.887 11.000 0.000 0.045   NA
 7268702 7268703 PERMA_0136 PERMA_0137   cvpA TRUE 0.726 3.000 0.000 1.000   NA
 7268703 7268704 PERMA_0137 PERMA_0139 cvpA   TRUE 0.601 -12.000 0.000 NA   NA
 7268705 7268706 PERMA_0138 PERMA_0140   rseP TRUE 0.845 37.000 0.005 NA   NA
 7268706 7268707 PERMA_0140 PERMA_0141 rseP dxr TRUE 0.982 12.000 0.568 1.000 N NA
 7268707 7268708 PERMA_0141 PERMA_0142 dxr   TRUE 0.925 11.000 0.004 NA   NA
 7268708 7268709 PERMA_0142 PERMA_0143     FALSE 0.137 84.000 0.000 NA   NA
 7268709 7268710 PERMA_0143 PERMA_0144     TRUE 0.987 16.000 0.004 1.000 Y NA
 7268714 7268715 PERMA_0147 PERMA_0149     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7268715 7268716 PERMA_0149 PERMA_0150   cmk TRUE 0.943 16.000 0.000 1.000 Y NA
 7268716 7268717 PERMA_0150 PERMA_0151 cmk   FALSE 0.552 2.000 0.000 1.000 N NA
 7268717 7268718 PERMA_0151 PERMA_0152   moaD FALSE 0.495 3.000 0.000 1.000 N NA
 7268718 7268719 PERMA_0152 PERMA_0153 moaD   TRUE 0.975 -10.000 0.006 1.000 Y NA
 7268719 7268720 PERMA_0153 PERMA_0154     TRUE 0.875 50.000 0.700 1.000 N NA
 7268720 7268721 PERMA_0154 PERMA_0155   ilvC TRUE 0.926 11.000 0.008 1.000 N NA
 7268721 7268722 PERMA_0155 PERMA_0156 ilvC   TRUE 0.692 45.000 0.003 NA   NA
 7268722 7268723 PERMA_0156 PERMA_0157   ilvN TRUE 0.976 -3.000 0.091 NA   NA
 7268723 7268724 PERMA_0157 PERMA_0158 ilvN ilvB TRUE 0.998 22.000 0.057 0.001 Y NA
 7268724 7268725 PERMA_0158 PERMA_0159 ilvB trmFO FALSE 0.295 98.000 0.000 0.008 N NA
 7268725 7268726 PERMA_0159 PERMA_0160 trmFO   FALSE 0.412 8.000 0.000 1.000 N NA
 7268726 7268727 PERMA_0160 PERMA_0161   moaE FALSE 0.064 78.000 0.000 1.000 N NA
 7268727 7268728 PERMA_0161 PERMA_0162 moaE   TRUE 0.871 10.000 0.004 NA N NA
 7268728 7268729 PERMA_0162 PERMA_0163     FALSE 0.552 15.000 0.000 NA N NA
 7268730 7268731 PERMA_0164 PERMA_0166     FALSE 0.495 3.000 0.000 1.000 N NA
 7268732 7268733 PERMA_0165 PERMA_0167     TRUE 0.927 -10.000 0.007 NA   NA
 7268733 7268734 PERMA_0167 PERMA_0168     TRUE 0.978 10.000 0.372 NA   NA
 7268734 7268735 PERMA_0168 PERMA_0169   tmk TRUE 0.978 5.000 0.254 1.000   NA
 7268738 7268739 PERMA_0172 PERMA_0173     TRUE 0.790 72.000 0.600 1.000 N NA
 7268740 7268741 PERMA_0174 PERMA_0175     TRUE 0.554 -18.000 0.000 NA   NA
 7268741 7268742 PERMA_0175 PERMA_0176   tyrS TRUE 0.782 17.000 0.000 NA   NA
 7268743 7268744 PERMA_0177 PERMA_0178   rnr FALSE 0.505 54.000 0.003 1.000 N NA
 7268744 7268745 PERMA_0178 PERMA_0179 rnr   FALSE 0.047 130.000 0.000 1.000 N NA
 7268745 7268746 PERMA_0179 PERMA_0180     TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.015 Y NA
 7268746 7268747 PERMA_0180 PERMA_0181   atpH TRUE 0.998 13.000 0.132 0.015 Y NA
 7268747 7268748 PERMA_0181 PERMA_0182 atpH atpA_1 TRUE 0.994 38.000 0.864 0.015 Y NA
 7268748 7268749 PERMA_0182 PERMA_0183 atpA_1 atpG_1 TRUE 0.999 15.000 0.846 0.015 Y NA
 7268749 7268750 PERMA_0183 PERMA_0184 atpG_1 atpD_1 TRUE 0.997 25.000 0.724 0.015 Y NA
 7268750 7268751 PERMA_0184 PERMA_0186 atpD_1   TRUE 0.782 17.000 0.000 NA   NA
 7268752 7268753 PERMA_0185 PERMA_0187   ctpA TRUE 0.978 -3.000 0.017 0.028 N NA
 7268753 7268754 PERMA_0187 PERMA_0188 ctpA   FALSE 0.107 56.000 0.000 1.000 N NA
 7268754 7268755 PERMA_0188 PERMA_0189     FALSE 0.477 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7268756 7268757 PERMA_0190 PERMA_0191 aroC atpB_1 FALSE 0.333 78.000 0.002 1.000 N NA
 7268757 7268758 PERMA_0191 PERMA_0192 atpB_1   TRUE 0.959 12.000 0.007 1.000   NA
 7268758 7268759 PERMA_0192 PERMA_0193     TRUE 0.964 24.000 0.035 1.000   NA
 7268759 7268760 PERMA_0193 PERMA_0194   rpmH TRUE 0.557 98.000 0.008 1.000   NA
 7268760 7268761 PERMA_0194 PERMA_0195 rpmH   FALSE 0.432 341.000 0.005 NA   NA
 7268761 7268762 PERMA_0195 PERMA_0196     TRUE 0.986 21.000 0.461 NA   NA
 7268762 7268763 PERMA_0196 PERMA_0197   trmE TRUE 0.980 -3.000 0.008 0.051   NA
 7268763 7268764 PERMA_0197 PERMA_0198 trmE rho TRUE 0.840 40.000 0.009 1.000   NA
 7268764 7268765 PERMA_0198 PERMA_0199 rho rpmE TRUE 0.697 76.000 0.115 1.000 N NA
 7268765 7268766 PERMA_0199 PERMA_0200 rpmE prfA TRUE 0.993 0.000 0.110 1.000 Y NA
 7268766 7268767 PERMA_0200 PERMA_0201 prfA   TRUE 0.641 7.000 0.000 NA   NA
 7268767 7268768 PERMA_0201 PERMA_0202     FALSE 0.096 311.000 0.000 NA   NA
 7268768 7268769 PERMA_0202 PERMA_0203     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7268770 7268771 PERMA_0204 PERMA_0205     TRUE 0.783 16.000 0.000 NA   NA
 7268772 7268773 PERMA_0206 PERMA_0207   proS FALSE 0.120 102.000 0.000 NA   NA
 7268773 7268774 PERMA_0207 PERMA_0208 proS   TRUE 0.906 2.000 0.002 1.000 N NA
 7268774 7268775 PERMA_0208 PERMA_0209     TRUE 0.967 3.000 0.087 1.000 N NA
 7268776 7268777 PERMA_0210 PERMA_0211     TRUE 0.977 -7.000 0.273 NA   NA
 7268777 7268778 PERMA_0211 PERMA_0212   ychF FALSE 0.297 45.000 0.000 NA   NA
 7268778 7268779 PERMA_0212 PERMA_0213 ychF   FALSE 0.549 64.000 0.003 NA   NA
 7268780 7268781 PERMA_0214 PERMA_0215     TRUE 0.751 1.000 0.000 1.000   NA
 7268781 7268782 PERMA_0215 PERMA_0216     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7268782 7268783 PERMA_0216 PERMA_0218     TRUE 0.585 -13.000 0.000 NA   NA
 7268786 7268787 PERMA_0219 PERMA_0221     TRUE 0.969 5.000 0.075 NA   NA
 7268787 7268788 PERMA_0221 PERMA_0222     TRUE 0.964 4.000 0.033 NA   NA
 7268788 7268789 PERMA_0222 PERMA_0223   thrC_1 TRUE 0.970 11.000 0.215 1.000 N NA
 7268790 7268791 PERMA_0224 PERMA_0225 guaB   TRUE 0.771 14.000 0.000 NA   NA
 7268791 7268792 PERMA_0225 PERMA_0226     TRUE 0.681 23.000 0.000 NA   NA
 7268792 7268793 PERMA_0226 PERMA_0227   pgk TRUE 0.939 22.000 0.004 NA   NA
 7268793 7268794 PERMA_0227 PERMA_0228 pgk   TRUE 0.983 13.000 0.004 1.000 Y NA
 7268794 7268795 PERMA_0228 PERMA_0230   pheA TRUE 0.913 0.000 0.005 1.000 N NA
 7268797 7268798 PERMA_0231 PERMA_0232 rpsB tsf TRUE 0.995 0.000 0.748 1.000 Y NA
 7268798 7268799 PERMA_0232 PERMA_0233 tsf pyrH TRUE 0.982 2.000 0.416 1.000 N NA
 7268799 7268800 PERMA_0233 PERMA_0234 pyrH frr TRUE 0.737 97.000 0.626 1.000 N NA
 7268800 7268801 PERMA_0234 PERMA_0235 frr   FALSE 0.517 68.000 0.003 NA   NA
 7268801 7268802 PERMA_0235 PERMA_0236   nusA TRUE 0.990 13.000 0.759 NA   NA
 7268802 7268803 PERMA_0236 PERMA_0237 nusA   TRUE 0.569 157.000 0.075 NA N NA
 7268803 7268804 PERMA_0237 PERMA_0238     TRUE 0.990 -12.000 0.223 NA Y NA
 7268807 7268808 PERMA_0240 PERMA_0242   pnp FALSE 0.528 1.000 0.000 1.000 N NA
 7268808 7268809 PERMA_0242 PERMA_0243 pnp rpsO TRUE 0.979 0.000 0.004 1.000 Y NA
 7268811 7268812 PERMA_0245 PERMA_0246     FALSE 0.097 260.000 0.000 NA   NA
 7268812 7268813 PERMA_0246 PERMA_0247     FALSE 0.101 375.000 0.000 1.000   NA
 7268813 7268814 PERMA_0247 PERMA_0248     TRUE 0.945 6.000 0.011 NA   NA
 7268814 7268815 PERMA_0248 PERMA_0249     TRUE 0.991 18.000 0.821 NA   NA
 7268815 7268816 PERMA_0249 PERMA_0250     TRUE 0.944 3.000 0.005 1.000   NA
 7268816 7268817 PERMA_0250 PERMA_0251     TRUE 0.976 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 7268817 7268818 PERMA_0251 PERMA_0252     FALSE 0.107 155.000 0.000 NA   NA
 7268818 7268819 PERMA_0252 PERMA_0253     FALSE 0.094 460.000 0.000 NA   NA
 7268820 7268821 PERMA_0254 PERMA_0255     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7268821 7268822 PERMA_0255 PERMA_0256     FALSE 0.531 12.000 0.000 1.000 N NA
 7268822 7268823 PERMA_0256 PERMA_0257   thrC_2 FALSE 0.537 69.000 0.008 1.000 N NA
 7268823 7268824 PERMA_0257 PERMA_0258 thrC_2 panE TRUE 0.930 -3.000 0.008 1.000 N NA
 7268824 7268825 PERMA_0258 PERMA_0259 panE rph FALSE 0.099 59.000 0.000 1.000 N NA
 7268825 7268826 PERMA_0259 PERMA_0260 rph purA TRUE 0.896 0.000 0.003 1.000 N NA
 7268826 7268827 PERMA_0260 PERMA_0261 purA   TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7268827 7268828 PERMA_0261 PERMA_0262     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7268828 7268829 PERMA_0262 PERMA_0263     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7268829 7268830 PERMA_0263 PERMA_0264     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7268830 7268831 PERMA_0264 PERMA_0265     TRUE 0.753 38.000 0.000 NA Y NA
 7268831 7268832 PERMA_0265 PERMA_0266     TRUE 0.643 6.000 0.000 NA   NA
 7268832 7268833 PERMA_0266 PERMA_0268   fbp TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7268834 7268835 PERMA_0267 PERMA_0269     FALSE 0.438 -6.000 0.000 1.000 N NA
 7268836 7268837 PERMA_0270 PERMA_0271 crcB   TRUE 0.954 10.000 0.023 NA   NA
 7268837 7268838 PERMA_0271 PERMA_0272     TRUE 0.859 70.000 0.750 NA   NA
 7268838 7268839 PERMA_0272 PERMA_0273     FALSE 0.094 480.000 0.000 NA   NA
 7268839 7268840 PERMA_0273 PERMA_0274     TRUE 0.901 49.000 0.400 NA   NA
 7268840 7268841 PERMA_0274 PERMA_0276   trpE TRUE 0.840 38.000 0.006 NA   NA
 7268842 7268843 PERMA_0275 PERMA_0277 dapE   TRUE 0.936 -3.000 0.011 1.000 N NA
 7268843 7268844 PERMA_0277 PERMA_0278     TRUE 0.704 22.000 0.000 NA   NA
 7268844 7268845 PERMA_0278 PERMA_0279     TRUE 0.664 4.000 0.000 NA   NA
 7268845 7268846 PERMA_0279 PERMA_0280     TRUE 0.562 30.000 0.000 NA   NA
 7268847 7268848 PERMA_0281 PERMA_0282 alaS   FALSE 0.379 39.000 0.000 NA   NA
 7268851 7268852 PERMA_0284 PERMA_0286 pyrE   TRUE 0.954 11.000 0.009 1.000   NA
 7268853 7268854 PERMA_0287 PERMA_0288 purL   FALSE 0.045 168.000 0.000 1.000 N NA
 7268854 7268855 PERMA_0288 PERMA_0289     TRUE 0.998 -3.000 0.333 0.002 Y NA
 7268855 7268856 PERMA_0289 PERMA_0290     TRUE 0.986 3.000 0.667 NA   NA
 7268856 7268857 PERMA_0290 PERMA_0291     FALSE 0.205 61.000 0.000 NA   NA
 7268857 7268858 PERMA_0291 PERMA_0293     TRUE 0.601 -12.000 0.000 NA   NA
 7268861 7268862 PERMA_0294 PERMA_0296     FALSE 0.290 33.000 0.000 1.000 N NA
 7268862 7268863 PERMA_0296 PERMA_0297   nrdD TRUE 0.697 82.000 0.178 1.000 N NA
 7268864 7268865 PERMA_0298 PERMA_0299 napA   TRUE 0.994 13.000 0.258 0.054   NA
 7268865 7268866 PERMA_0299 PERMA_0300     TRUE 0.987 -10.000 0.167 0.054   NA
 7268866 7268867 PERMA_0300 PERMA_0301   napB TRUE 0.997 -7.000 0.385 0.027 Y NA
 7268867 7268868 PERMA_0301 PERMA_0302 napB   TRUE 0.990 7.000 0.174 0.024   NA
 7268868 7268869 PERMA_0302 PERMA_0303     TRUE 0.956 -7.000 0.023 NA   NA
 7268869 7268870 PERMA_0303 PERMA_0304     TRUE 0.977 3.000 0.083 NA   NA
 7268870 7268871 PERMA_0304 PERMA_0305     FALSE 0.101 205.000 0.000 NA   NA
 7268871 7268872 PERMA_0305 PERMA_0306     TRUE 0.760 105.000 0.286 NA   NA
 7268872 7268873 PERMA_0306 PERMA_0307     TRUE 0.998 3.000 0.188 0.002 Y NA
 7268873 7268874 PERMA_0307 PERMA_0308     TRUE 0.958 -16.000 0.075 1.000   NA
 7268874 7268875 PERMA_0308 PERMA_0309     TRUE 0.969 -12.000 0.151 1.000   NA
 7268875 7268876 PERMA_0309 PERMA_0310   cobA TRUE 0.984 14.000 0.075 1.000   NA
 7268876 7268877 PERMA_0310 PERMA_0311 cobA   TRUE 0.948 -3.000 0.028 NA N NA
 7268877 7268878 PERMA_0311 PERMA_0312     FALSE 0.517 -34.000 0.000 NA   NA
 7268878 7268879 PERMA_0312 PERMA_0313     FALSE 0.121 101.000 0.000 NA   NA
 7268880 7268881 PERMA_0314 PERMA_0315     TRUE 0.990 14.000 0.667 NA   NA
 7268881 7268882 PERMA_0315 PERMA_0316     FALSE 0.098 242.000 0.000 NA   NA
 7268882 7268883 PERMA_0316 PERMA_0317     FALSE 0.379 39.000 0.000 NA   NA
 7268883 7268884 PERMA_0317 PERMA_0318     TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7268884 7268885 PERMA_0318 PERMA_0319     TRUE 0.982 0.000 0.222 NA   NA
 7268885 7268886 PERMA_0319 PERMA_0320     FALSE 0.155 75.000 0.000 NA   NA
 7268887 7268888 PERMA_0321 PERMA_0322 aroD   FALSE 0.440 4.000 0.000 1.000 N NA
 7268888 7268889 PERMA_0322 PERMA_0323     TRUE 0.943 15.000 0.005 1.000 N NA
 7268889 7268890 PERMA_0323 PERMA_0324     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7268890 7268891 PERMA_0324 PERMA_0325     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7268894 7268895 PERMA_0328 PERMA_0329     TRUE 0.980 18.000 0.214 NA N NA
 7268895 7268896 PERMA_0329 PERMA_0330     FALSE 0.068 68.000 0.000 NA N NA
 7268896 7268897 PERMA_0330 PERMA_0331     TRUE 0.966 8.000 0.054 NA   NA
 7268897 7268898 PERMA_0331 PERMA_0332     TRUE 0.988 0.000 1.000 NA   NA
 7268899 7268900 PERMA_0333 PERMA_0334 serA   TRUE 0.954 15.000 0.008 1.000 N NA
 7268900 7268901 PERMA_0334 PERMA_0335     TRUE 0.730 21.000 0.000 NA   NA
 7268902 7268903 PERMA_0336 PERMA_0337     TRUE 0.972 2.000 0.015 1.000   NA
 7268903 7268904 PERMA_0337 PERMA_0338   alr TRUE 0.910 26.000 0.012 1.000 N NA
 7268905 7268906 PERMA_0339 PERMA_0340     TRUE 0.966 108.000 0.231 0.003 Y NA
 7268906 7268907 PERMA_0340 PERMA_0341     FALSE 0.552 2.000 0.000 1.000 N NA
 7268907 7268908 PERMA_0341 PERMA_0342     FALSE 0.152 43.000 0.000 1.000 N NA
 7268908 7268909 PERMA_0342 PERMA_0343     TRUE 0.961 18.000 0.016 1.000 N NA
 7268909 7268910 PERMA_0343 PERMA_0344     TRUE 0.915 11.000 0.006 1.000 N NA
 7268910 7268911 PERMA_0344 PERMA_0345     TRUE 0.735 40.000 0.006 1.000 N NA
 7268912 7268913 PERMA_0346 PERMA_0347     TRUE 0.738 1.000 0.000 NA   NA
 7268914 7268915 PERMA_0349 PERMA_0350   hypA FALSE 0.097 255.000 0.000 NA   NA
 7268916 7268917 PERMA_0351 PERMA_0352     TRUE 0.969 17.000 0.033 NA N NA
 7268917 7268918 PERMA_0352 PERMA_0353     FALSE 0.110 186.000 0.000 1.000   NA
 7268918 7268919 PERMA_0353 PERMA_0354     TRUE 0.639 10.000 0.000 NA   NA
 7268919 7268920 PERMA_0354 PERMA_0355   lpxA TRUE 0.985 -3.000 0.552 NA   NA
 7268920 7268921 PERMA_0355 PERMA_0356 lpxA trxA TRUE 0.933 10.000 0.006 1.000   NA
 7268921 7268922 PERMA_0356 PERMA_0357 trxA   TRUE 0.947 4.000 0.008 1.000   NA
 7268922 7268923 PERMA_0357 PERMA_0358     FALSE 0.499 136.000 0.025 1.000 N NA
 7268923 7268924 PERMA_0358 PERMA_0359     TRUE 0.993 0.000 0.175 1.000 Y NA
 7268924 7268925 PERMA_0359 PERMA_0360   queF FALSE 0.116 140.000 0.000 1.000   NA
 7268925 7268926 PERMA_0360 PERMA_0361 queF   TRUE 0.965 2.000 0.008 1.000   NA
 7268926 7268927 PERMA_0361 PERMA_0362     FALSE 0.528 1.000 0.000 1.000 N NA
 7268927 7268928 PERMA_0362 PERMA_0363   rnhB TRUE 0.990 9.000 0.111 1.000 Y NA
 7268928 7268929 PERMA_0363 PERMA_0364 rnhB rplS TRUE 0.954 5.000 0.066 1.000 N NA
 7268929 7268930 PERMA_0364 PERMA_0365 rplS   FALSE 0.081 66.000 0.000 1.000 N NA
 7268930 7268931 PERMA_0365 PERMA_0366     TRUE 0.898 12.000 0.002 1.000 N NA
 7268935 7268936 PERMA_0370 PERMA_0371     FALSE 0.526 -28.000 0.000 NA   NA
 7268936 7268937 PERMA_0371 PERMA_0372     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7268937 7268938 PERMA_0372 PERMA_0373   asd FALSE 0.165 71.000 0.000 NA   NA
 7268939 7268940 PERMA_0374 PERMA_0375     TRUE 0.970 10.000 0.100 NA   NA
 7268940 7268941 PERMA_0375 PERMA_0376   uppS TRUE 0.928 -3.000 0.003 1.000   NA
 7268941 7268942 PERMA_0376 PERMA_0378 uppS cdsA_1 TRUE 0.984 -3.000 0.400 1.000   NA
 7268943 7268944 PERMA_0377 PERMA_0379     FALSE 0.176 67.000 0.000 NA   NA
 7268945 7268946 PERMA_0380 PERMA_0381   uppP FALSE 0.428 24.000 0.000 1.000 N NA
 7268946 7268947 PERMA_0381 PERMA_0383 uppP   FALSE 0.287 46.000 0.000 NA   NA
 7268948 7268949 PERMA_0382 PERMA_0384     FALSE 0.238 55.000 0.000 NA   NA
 7268949 7268950 PERMA_0384 PERMA_0385     FALSE 0.259 53.000 0.000 1.000   NA
 7268950 7268951 PERMA_0385 PERMA_0386     FALSE 0.477 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7268951 7268952 PERMA_0386 PERMA_0387   leuB FALSE 0.050 106.000 0.000 1.000 N NA
 7268952 7268953 PERMA_0387 PERMA_0388 leuB nadC TRUE 0.875 24.000 0.004 1.000 N NA
 7268953 7268954 PERMA_0388 PERMA_0389 nadC   TRUE 0.925 10.000 0.005 NA   NA
 7268956 7268957 PERMA_0391 PERMA_0392   sppA TRUE 0.595 68.000 0.005 NA   NA
 7268957 7268958 PERMA_0392 PERMA_0393 sppA rbfA TRUE 0.583 15.000 0.000 1.000 N NA
 7268958 7268959 PERMA_0393 PERMA_0394 rbfA   TRUE 0.977 -3.000 0.113 NA   NA
 7268959 7268960 PERMA_0394 PERMA_0395     FALSE 0.464 36.000 0.000 NA   NA
 7268960 7268961 PERMA_0395 PERMA_0396     TRUE 0.895 -7.000 0.006 NA N NA
 7268961 7268962 PERMA_0396 PERMA_0397     TRUE 0.974 1.000 0.145 1.000 N NA
 7268962 7268963 PERMA_0397 PERMA_0398     FALSE 0.481 35.000 0.000 NA   NA
 7268963 7268964 PERMA_0398 PERMA_0399   rpsT TRUE 0.638 8.000 0.000 NA   NA
 7268965 7268966 PERMA_0400 PERMA_0401     FALSE 0.050 108.000 0.000 1.000 N NA
 7268967 7268968 PERMA_0402 PERMA_0403 rgy   FALSE 0.069 74.000 0.000 1.000 N NA
 7268969 7268970 PERMA_0404 PERMA_0405     FALSE 0.152 43.000 0.000 1.000 N NA
 7268970 7268971 PERMA_0405 PERMA_0406     TRUE 0.924 1.000 0.005 1.000 N NA
 7268971 7268972 PERMA_0406 PERMA_0407     TRUE 0.751 1.000 0.000 1.000   NA
 7268972 7268973 PERMA_0407 PERMA_0408     FALSE 0.234 58.000 0.000 1.000   NA
 7268973 7268974 PERMA_0408 PERMA_0409     TRUE 0.970 -3.000 0.165 1.000 N NA
 7268974 7268975 PERMA_0409 PERMA_0410     FALSE 0.115 151.000 0.000 1.000   NA
 7268975 7268976 PERMA_0410 PERMA_0411     TRUE 0.939 16.000 0.000 0.021   NA
 7268976 7268977 PERMA_0411 PERMA_0412     TRUE 0.997 15.000 0.556 0.003   NA
 7268977 7268978 PERMA_0412 PERMA_0413     TRUE 0.893 57.000 0.600 NA   NA
 7268978 7268979 PERMA_0413 PERMA_0414     TRUE 0.986 0.000 0.667 NA   NA
 7268979 7268980 PERMA_0414 PERMA_0416     FALSE 0.101 205.000 0.000 NA   NA
 7268981 7268982 PERMA_0415 PERMA_0417   kdsA TRUE 0.611 26.000 0.000 NA   NA
 7268983 7268984 PERMA_0418 PERMA_0419     FALSE 0.128 94.000 0.000 NA   NA
 7268984 7268985 PERMA_0419 PERMA_0420     TRUE 0.628 26.000 0.000 1.000   NA
 7268985 7268986 PERMA_0420 PERMA_0421     TRUE 0.903 0.000 0.000 0.032   NA
 7268986 7268987 PERMA_0421 PERMA_0422     TRUE 0.860 2.000 0.000 0.085 N NA
 7268987 7268988 PERMA_0422 PERMA_0423   rnhA FALSE 0.552 2.000 0.000 1.000 N NA
 7268988 7268989 PERMA_0423 PERMA_0424 rnhA radA TRUE 0.862 6.000 0.003 1.000 N NA
 7268989 7268990 PERMA_0424 PERMA_0425 radA   TRUE 0.849 5.000 0.002 1.000 N NA
 7268990 7268991 PERMA_0425 PERMA_0426   pyrF FALSE 0.061 82.000 0.000 1.000 N NA
 7268991 7268992 PERMA_0426 PERMA_0427 pyrF rpoN TRUE 0.868 -6.000 0.003 1.000 N NA
 7268992 7268993 PERMA_0427 PERMA_0428 rpoN   TRUE 0.958 -3.000 0.050 NA N NA
 7268993 7268994 PERMA_0428 PERMA_0429   rplM TRUE 0.723 75.000 0.002 NA Y NA
 7268994 7268995 PERMA_0429 PERMA_0430 rplM rpsI TRUE 0.998 18.000 0.051 0.026 Y NA
 7268995 7268996 PERMA_0430 PERMA_0431 rpsI argC TRUE 0.557 97.000 0.031 1.000 N NA
 7268996 7268997 PERMA_0431 PERMA_0432 argC rfaE_1 TRUE 0.899 -3.000 0.004 1.000 N NA
 7268997 7268998 PERMA_0432 PERMA_0433 rfaE_1 purS FALSE 0.237 37.000 0.000 1.000 N NA
 7268998 7268999 PERMA_0433 PERMA_0435 purS purQ TRUE 0.998 11.000 0.656 0.002 Y NA
 7269002 7269003 PERMA_0436 PERMA_0438     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269003 7269004 PERMA_0438 PERMA_0439     FALSE 0.251 51.000 0.000 NA   NA
 7269004 7269005 PERMA_0439 PERMA_0440     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7269005 7269006 PERMA_0440 PERMA_0441     TRUE 0.662 -6.000 0.000 NA   NA
 7269006 7269007 PERMA_0441 PERMA_0442     FALSE 0.211 60.000 0.000 NA   NA
 7269007 7269008 PERMA_0442 PERMA_0443     FALSE 0.112 128.000 0.000 NA   NA
 7269009 7269010 PERMA_0444 PERMA_0445 hemC   FALSE 0.415 7.000 0.000 1.000 N NA
 7269010 7269011 PERMA_0445 PERMA_0446     FALSE 0.477 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7269011 7269012 PERMA_0446 PERMA_0447     FALSE 0.525 33.000 0.000 1.000   NA
 7269012 7269013 PERMA_0447 PERMA_0449     TRUE 0.974 -7.000 0.136 1.000   NA
 7269015 7269016 PERMA_0450 PERMA_0451     TRUE 0.922 0.000 0.005 1.000 N NA
 7269016 7269017 PERMA_0451 PERMA_0452     FALSE 0.160 73.000 0.000 NA   NA
 7269017 7269018 PERMA_0452 PERMA_0453     TRUE 0.980 10.000 0.500 NA   NA
 7269018 7269019 PERMA_0453 PERMA_0454   dapB TRUE 0.940 0.000 0.004 NA   NA
 7269019 7269020 PERMA_0454 PERMA_0456 dapB   TRUE 0.926 4.000 0.004 NA   NA
 7269021 7269022 PERMA_0455 PERMA_0457   nth TRUE 0.783 14.000 0.000 1.000   NA
 7269022 7269023 PERMA_0457 PERMA_0458 nth   TRUE 0.980 2.000 0.000 0.007 Y NA
 7269023 7269024 PERMA_0458 PERMA_0459     FALSE 0.410 9.000 0.000 1.000 N NA
 7269024 7269025 PERMA_0459 PERMA_0460   hemB FALSE 0.422 5.000 0.000 1.000 N NA
 7269025 7269026 PERMA_0460 PERMA_0461 hemB   FALSE 0.287 46.000 0.000 NA   NA
 7269026 7269027 PERMA_0461 PERMA_0462     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7269027 7269028 PERMA_0462 PERMA_0463     TRUE 0.981 8.000 0.013 1.000 Y NA
 7269028 7269029 PERMA_0463 PERMA_0464     TRUE 0.946 -3.000 0.019 1.000 N NA
 7269029 7269030 PERMA_0464 PERMA_0465   feoB FALSE 0.552 2.000 0.000 1.000 N NA
 7269030 7269031 PERMA_0465 PERMA_0466 feoB   TRUE 0.986 -10.000 0.046 1.000 Y NA
 7269031 7269032 PERMA_0466 PERMA_0467     FALSE 0.513 86.000 0.004 1.000   NA
 7269036 7269037 PERMA_0471 PERMA_0472     FALSE 0.114 119.000 0.000 NA   NA
 7269037 7269038 PERMA_0472 PERMA_0473   trpS FALSE 0.116 113.000 0.000 NA   NA
 7269041 7269042 PERMA_0476 PERMA_0477     FALSE 0.094 422.000 0.000 NA   NA
 7269042 7269043 PERMA_0477 PERMA_0478     TRUE 0.585 -13.000 0.000 NA   NA
 7269043 7269044 PERMA_0478 PERMA_0479     TRUE 0.639 10.000 0.000 NA   NA
 7269044 7269045 PERMA_0479 PERMA_0480     FALSE 0.093 611.000 0.000 NA   NA
 7269045 7269046 PERMA_0480 PERMA_0481     FALSE 0.439 37.000 0.000 NA   NA
 7269046 7269047 PERMA_0481 PERMA_0482     FALSE 0.095 372.000 0.000 NA   NA
 7269047 7269048 PERMA_0482 PERMA_0483     FALSE 0.096 300.000 0.000 NA   NA
 7269049 7269050 PERMA_0484 PERMA_0485     FALSE 0.097 1125.000 0.000 1.000   NA
 7269050 7269051 PERMA_0485 PERMA_0486     FALSE 0.113 125.000 0.000 NA   NA
 7269051 7269052 PERMA_0486 PERMA_0487     TRUE 0.704 22.000 0.000 NA   NA
 7269052 7269053 PERMA_0487 PERMA_0488     TRUE 0.664 4.000 0.000 NA   NA
 7269053 7269054 PERMA_0488 PERMA_0489     TRUE 0.945 -3.000 0.006 NA   NA
 7269054 7269055 PERMA_0489 PERMA_0490   cgtA TRUE 0.730 21.000 0.000 NA   NA
 7269055 7269056 PERMA_0490 PERMA_0491 cgtA   FALSE 0.523 56.000 0.000 0.048   NA
 7269056 7269057 PERMA_0491 PERMA_0492   rpmB FALSE 0.438 84.000 0.002 1.000   NA
 7269058 7269059 PERMA_0493 PERMA_0494     FALSE 0.476 46.000 0.000 0.030 N NA
 7269059 7269060 PERMA_0494 PERMA_0495   mtnA TRUE 0.814 73.000 0.006 1.000 Y NA
 7269060 7269061 PERMA_0495 PERMA_0496 mtnA   TRUE 0.963 2.000 0.008 NA   NA
 7269061 7269062 PERMA_0496 PERMA_0497   nadB TRUE 0.968 1.000 0.016 NA   NA
 7269062 7269063 PERMA_0497 PERMA_0498 nadB infC FALSE 0.281 165.000 0.003 1.000 N NA
 7269063 7269064 PERMA_0498 PERMA_0499 infC   FALSE 0.059 84.000 0.000 1.000 N NA
 7269065 7269066 PERMA_0500 PERMA_0501   trpF TRUE 0.927 2.000 0.004 1.000 N NA
 7269066 7269067 PERMA_0501 PERMA_0502 trpF   TRUE 0.628 -9.000 0.000 NA   NA
 7269067 7269068 PERMA_0502 PERMA_0503     TRUE 0.972 -3.000 0.046 NA   NA
 7269068 7269069 PERMA_0503 PERMA_0504     TRUE 0.954 3.000 0.029 1.000 N NA
 7269069 7269070 PERMA_0504 PERMA_0505   leuD TRUE 0.938 6.000 0.029 1.000 N NA
 7269071 7269072 PERMA_0506 PERMA_0507   fabG FALSE 0.350 71.000 0.000 0.013 N NA
 7269072 7269073 PERMA_0507 PERMA_0508 fabG acpP TRUE 0.992 39.000 0.321 0.007 Y NA
 7269073 7269074 PERMA_0508 PERMA_0509 acpP fabF TRUE 0.989 7.000 0.066 1.000 Y NA
 7269074 7269075 PERMA_0509 PERMA_0511 fabF rnc TRUE 0.927 -10.000 0.023 1.000 N NA
 7269076 7269077 PERMA_0510 PERMA_0512     TRUE 0.704 22.000 0.000 NA   NA
 7269077 7269078 PERMA_0512 PERMA_0513     FALSE 0.191 64.000 0.000 NA   NA
 7269078 7269079 PERMA_0513 PERMA_0514     TRUE 0.840 68.000 0.400 NA   NA
 7269079 7269080 PERMA_0514 PERMA_0515     FALSE 0.107 155.000 0.000 NA   NA
 7269080 7269081 PERMA_0515 PERMA_0516     TRUE 0.776 18.000 0.000 NA   NA
 7269081 7269082 PERMA_0516 PERMA_0517     FALSE 0.181 66.000 0.000 NA   NA
 7269083 7269084 PERMA_0518 PERMA_0519     TRUE 0.937 13.000 0.000 1.000 Y NA
 7269084 7269085 PERMA_0519 PERMA_0521     TRUE 0.969 1.000 0.016 1.000   NA
 7269086 7269087 PERMA_0520 PERMA_0522 ksgA galU TRUE 0.886 0.000 0.003 1.000 N NA
 7269087 7269088 PERMA_0522 PERMA_0523 galU purC TRUE 0.916 4.000 0.008 1.000 N NA
 7269088 7269089 PERMA_0523 PERMA_0524 purC   TRUE 0.777 13.000 0.000 1.000   NA
 7269089 7269090 PERMA_0524 PERMA_0525     FALSE 0.312 45.000 0.000 1.000   NA
 7269090 7269091 PERMA_0525 PERMA_0526     TRUE 0.711 -3.000 0.000 1.000   NA
 7269093 7269094 PERMA_0528 PERMA_0529     TRUE 0.998 3.000 0.500 0.003 Y NA
 7269094 7269095 PERMA_0529 PERMA_0530     TRUE 0.998 20.000 0.045 0.003 Y NA
 7269095 7269096 PERMA_0530 PERMA_0531     TRUE 0.949 79.000 0.017 0.003 Y NA
 7269096 7269097 PERMA_0531 PERMA_0532   recR FALSE 0.471 72.000 0.005 1.000 N NA
 7269097 7269098 PERMA_0532 PERMA_0533 recR   TRUE 0.985 -3.000 0.604 NA   NA
 7269098 7269099 PERMA_0533 PERMA_0534   dnaX TRUE 0.940 1.000 0.003 NA   NA
 7269099 7269100 PERMA_0534 PERMA_0535 dnaX   TRUE 0.813 56.000 0.036 1.000   NA
 7269103 7269104 PERMA_0538 PERMA_0539 miaA hfq_1 TRUE 0.976 18.000 0.017 1.000   NA
 7269104 7269105 PERMA_0539 PERMA_0540 hfq_1 hflX TRUE 0.956 22.000 0.008 1.000   NA
 7269105 7269106 PERMA_0540 PERMA_0541 hflX   TRUE 0.956 2.000 0.005 1.000   NA
 7269106 7269107 PERMA_0541 PERMA_0542     TRUE 0.883 -9.000 0.005 1.000 N NA
 7269108 7269109 PERMA_0543 PERMA_0544   hisB TRUE 0.908 13.000 0.002 1.000 N NA
 7269109 7269110 PERMA_0544 PERMA_0545 hisB   TRUE 0.920 12.000 0.004 1.000 N NA
 7269110 7269111 PERMA_0545 PERMA_0546     FALSE 0.191 64.000 0.000 NA   NA
 7269111 7269112 PERMA_0546 PERMA_0547     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269112 7269113 PERMA_0547 PERMA_0548     TRUE 0.968 -3.000 0.029 1.000   NA
 7269114 7269115 PERMA_0549 PERMA_0550     TRUE 0.597 27.000 0.000 NA   NA
 7269115 7269116 PERMA_0550 PERMA_0551     FALSE 0.257 50.000 0.000 NA   NA
 7269116 7269117 PERMA_0551 PERMA_0552     TRUE 0.886 46.000 0.125 NA   NA
 7269117 7269118 PERMA_0552 PERMA_0553     FALSE 0.097 260.000 0.000 NA   NA
 7269118 7269119 PERMA_0553 PERMA_0554     FALSE 0.115 117.000 0.000 NA   NA
 7269121 7269122 PERMA_0556 PERMA_0557 ahcY   TRUE 0.895 28.000 0.004 NA   NA
 7269122 7269123 PERMA_0557 PERMA_0558   ilvD TRUE 0.960 15.000 0.005 NA   NA
 7269123 7269124 PERMA_0558 PERMA_0559 ilvD metK TRUE 0.928 21.000 0.006 1.000 N NA
 7269124 7269125 PERMA_0559 PERMA_0561 metK   TRUE 0.918 -7.000 0.004 NA   NA
 7269126 7269127 PERMA_0560 PERMA_0562 lpdA   TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7269127 7269128 PERMA_0562 PERMA_0563     TRUE 0.782 17.000 0.000 NA   NA
 7269128 7269129 PERMA_0563 PERMA_0564     TRUE 0.975 4.000 0.133 NA   NA
 7269129 7269130 PERMA_0564 PERMA_0565     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7269130 7269131 PERMA_0565 PERMA_0566     TRUE 0.966 20.000 0.010 NA   NA
 7269131 7269132 PERMA_0566 PERMA_0567     TRUE 0.951 -7.000 0.015 NA   NA
 7269132 7269133 PERMA_0567 PERMA_0568   ppsA TRUE 0.672 98.000 0.222 NA N NA
 7269133 7269134 PERMA_0568 PERMA_0569 ppsA glyS TRUE 0.906 24.000 0.006 1.000 N NA
 7269134 7269135 PERMA_0569 PERMA_0570 glyS glyQ TRUE 0.999 1.000 0.651 0.001 Y NA
 7269135 7269136 PERMA_0570 PERMA_0571 glyQ truD_1 FALSE 0.196 65.000 0.000 1.000   NA
 7269137 7269138 PERMA_0572 PERMA_0573   trpB FALSE 0.531 12.000 0.000 1.000 N NA
 7269138 7269139 PERMA_0573 PERMA_0574 trpB   TRUE 0.655 10.000 0.000 1.000   NA
 7269139 7269140 PERMA_0574 PERMA_0576     FALSE 0.157 78.000 0.000 1.000   NA
 7269141 7269142 PERMA_0575 PERMA_0577     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7269142 7269143 PERMA_0577 PERMA_0578     TRUE 0.985 3.000 0.500 NA   NA
 7269143 7269144 PERMA_0578 PERMA_0579   kdsB FALSE 0.396 39.000 0.000 1.000   NA
 7269144 7269145 PERMA_0579 PERMA_0580 kdsB   FALSE 0.304 44.000 0.000 NA   NA
 7269145 7269146 PERMA_0580 PERMA_0581   thiG FALSE 0.323 42.000 0.000 NA   NA
 7269146 7269147 PERMA_0581 PERMA_0582 thiG   TRUE 0.907 28.000 0.005 1.000   NA
 7269147 7269148 PERMA_0582 PERMA_0583     TRUE 0.955 11.000 0.011 1.000   NA
 7269149 7269150 PERMA_0584 PERMA_0585 fmt   TRUE 0.675 43.000 0.000 1.000 Y NA
 7269150 7269151 PERMA_0585 PERMA_0586   petA FALSE 0.046 141.000 0.000 1.000 N NA
 7269151 7269152 PERMA_0586 PERMA_0587 petA   TRUE 0.998 13.000 0.093 0.002 Y NA
 7269152 7269153 PERMA_0587 PERMA_0588     TRUE 0.998 0.000 0.103 0.002 Y NA
 7269154 7269155 PERMA_0589 PERMA_0590 proC   FALSE 0.420 -7.000 0.000 1.000 N NA
 7269155 7269156 PERMA_0590 PERMA_0591     FALSE 0.518 21.000 0.000 1.000 N NA
 7269156 7269157 PERMA_0591 PERMA_0592     TRUE 0.969 -7.000 0.062 1.000   NA
 7269159 7269160 PERMA_0594 PERMA_0595   argS TRUE 0.942 2.000 0.003 NA   NA
 7269161 7269162 PERMA_0596 PERMA_0597 pyrG acsA_1 FALSE 0.107 56.000 0.000 1.000 N NA
 7269162 7269163 PERMA_0597 PERMA_0598 acsA_1 hslU FALSE 0.089 63.000 0.000 1.000 N NA
 7269163 7269164 PERMA_0598 PERMA_0599 hslU   TRUE 0.983 14.000 0.003 0.015   NA
 7269164 7269165 PERMA_0599 PERMA_0600     TRUE 0.968 11.000 0.039 NA   NA
 7269166 7269167 PERMA_0601 PERMA_0602     FALSE 0.464 36.000 0.000 NA   NA
 7269167 7269168 PERMA_0602 PERMA_0603     FALSE 0.108 153.000 0.000 NA   NA
 7269168 7269169 PERMA_0603 PERMA_0604   smpB TRUE 0.627 25.000 0.000 NA   NA
 7269170 7269171 PERMA_0605 PERMA_0606   purB FALSE 0.144 45.000 0.000 1.000 N NA
 7269171 7269172 PERMA_0606 PERMA_0607 purB   FALSE 0.477 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7269173 7269174 PERMA_0608 PERMA_0609   nadE TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7269175 7269176 PERMA_0610 PERMA_0611     FALSE 0.287 46.000 0.000 NA   NA
 7269176 7269177 PERMA_0611 PERMA_0612     TRUE 0.991 13.000 1.000 NA   NA
 7269177 7269178 PERMA_0612 PERMA_0613     TRUE 0.985 1.000 0.286 NA   NA
 7269178 7269179 PERMA_0613 PERMA_0614     FALSE 0.181 66.000 0.000 NA   NA
 7269180 7269181 PERMA_0615 PERMA_0616 plsY pgsA_1 TRUE 0.934 -9.000 0.007 1.000   NA
 7269181 7269182 PERMA_0616 PERMA_0617 pgsA_1 ftsZ TRUE 0.887 -3.000 0.003 1.000 N NA
 7269182 7269183 PERMA_0617 PERMA_0618 ftsZ ftsA TRUE 0.996 20.000 0.460 1.000 Y NA
 7269183 7269184 PERMA_0618 PERMA_0619 ftsA   TRUE 0.970 4.000 0.389 NA N NA
 7269184 7269185 PERMA_0619 PERMA_0620     TRUE 0.990 -13.000 0.372 NA Y NA
 7269185 7269186 PERMA_0620 PERMA_0621   murB TRUE 0.997 -7.000 0.135 0.006 Y NA
 7269186 7269187 PERMA_0621 PERMA_0622 murB murG TRUE 0.972 -13.000 0.007 1.000 Y NA
 7269187 7269188 PERMA_0622 PERMA_0623 murG   TRUE 0.944 -3.000 0.017 1.000 N NA
 7269188 7269189 PERMA_0623 PERMA_0624   murD TRUE 0.955 -7.000 0.085 1.000 N NA
 7269191 7269192 PERMA_0626 PERMA_0627   gltA FALSE 0.127 95.000 0.000 NA   NA
 7269192 7269193 PERMA_0627 PERMA_0628 gltA argF TRUE 0.985 14.000 0.004 1.000 Y NA
 7269193 7269194 PERMA_0628 PERMA_0629 argF pyrB TRUE 0.652 91.000 0.002 0.001 N NA
 7269194 7269195 PERMA_0629 PERMA_0630 pyrB   FALSE 0.125 49.000 0.000 1.000 N NA
 7269195 7269196 PERMA_0630 PERMA_0631   truB FALSE 0.531 12.000 0.000 1.000 N NA
 7269196 7269197 PERMA_0631 PERMA_0632 truB   TRUE 0.950 13.000 0.009 1.000 N NA
 7269197 7269198 PERMA_0632 PERMA_0633   lgt TRUE 0.910 -3.000 0.005 1.000 N NA
 7269198 7269199 PERMA_0633 PERMA_0634 lgt def_2 TRUE 0.935 13.000 0.005 1.000 N NA
 7269199 7269200 PERMA_0634 PERMA_0635 def_2 rpe TRUE 0.975 3.000 0.250 1.000 N NA
 7269202 7269203 PERMA_0636 PERMA_0638     TRUE 0.922 4.000 0.004 NA   NA
 7269203 7269204 PERMA_0638 PERMA_0639   lepB FALSE 0.110 55.000 0.000 1.000 N NA
 7269204 7269205 PERMA_0639 PERMA_0640 lepB   TRUE 0.988 17.000 1.000 1.000 N NA
 7269205 7269206 PERMA_0640 PERMA_0641   purE FALSE 0.388 -10.000 0.000 1.000 N NA
 7269206 7269207 PERMA_0641 PERMA_0642 purE   FALSE 0.531 12.000 0.000 1.000 N NA
 7269208 7269209 PERMA_0643 PERMA_0644 truA era TRUE 0.982 12.000 0.005 0.027   NA
 7269209 7269210 PERMA_0644 PERMA_0645 era mgtE TRUE 0.952 9.000 0.016 1.000   NA
 7269211 7269212 PERMA_0646 PERMA_0647     FALSE 0.228 59.000 0.000 1.000   NA
 7269213 7269214 PERMA_0648 PERMA_0649 fabD bioD TRUE 0.879 -3.000 0.003 1.000 N NA
 7269214 7269215 PERMA_0649 PERMA_0651 bioD   TRUE 0.960 0.000 0.012 NA   NA
 7269216 7269217 PERMA_0650 PERMA_0652     TRUE 0.578 -16.000 0.000 1.000   NA
 7269218 7269219 PERMA_0653 PERMA_0654     TRUE 0.916 47.000 0.600 NA   NA
 7269219 7269220 PERMA_0654 PERMA_0655     TRUE 0.979 25.000 0.500 NA   NA
 7269220 7269221 PERMA_0655 PERMA_0656     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269221 7269222 PERMA_0656 PERMA_0657     TRUE 0.972 -13.000 0.333 NA   NA
 7269222 7269223 PERMA_0657 PERMA_0658     TRUE 0.995 18.000 0.167 1.000 Y NA
 7269223 7269224 PERMA_0658 PERMA_0659     TRUE 0.978 27.000 0.583 1.000   NA
 7269224 7269225 PERMA_0659 PERMA_0660     TRUE 0.984 15.000 0.095 NA   NA
 7269225 7269226 PERMA_0660 PERMA_0661     TRUE 0.968 24.000 0.054 NA   NA
 7269226 7269227 PERMA_0661 PERMA_0662     TRUE 0.973 3.000 0.243 NA N NA
 7269227 7269228 PERMA_0662 PERMA_0663     TRUE 0.985 19.000 0.784 NA N NA
 7269228 7269229 PERMA_0663 PERMA_0664     TRUE 0.943 37.000 0.156 1.000   NA
 7269229 7269230 PERMA_0664 PERMA_0665     TRUE 0.757 36.000 0.000 0.051   NA
 7269230 7269231 PERMA_0665 PERMA_0666     FALSE 0.117 137.000 0.000 1.000   NA
 7269231 7269232 PERMA_0666 PERMA_0667     TRUE 0.963 30.000 0.125 1.000   NA
 7269232 7269233 PERMA_0667 PERMA_0668     FALSE 0.550 148.000 0.013 NA   NA
 7269233 7269234 PERMA_0668 PERMA_0669     FALSE 0.093 612.000 0.000 NA   NA
 7269234 7269235 PERMA_0669 PERMA_0670     TRUE 0.951 -12.000 0.029 NA   NA
 7269235 7269236 PERMA_0670 PERMA_0671     TRUE 0.750 20.000 0.000 NA   NA
 7269237 7269238 PERMA_0672 PERMA_0673     FALSE 0.311 43.000 0.000 NA   NA
 7269238 7269239 PERMA_0673 PERMA_0674     FALSE 0.290 -22.000 0.000 NA N NA
 7269239 7269240 PERMA_0674 PERMA_0675   ftsL TRUE 0.956 11.000 0.012 1.000   NA
 7269240 7269241 PERMA_0675 PERMA_0676 ftsL mraW TRUE 0.986 2.000 0.227 1.000   NA
 7269241 7269242 PERMA_0676 PERMA_0677 mraW   TRUE 0.905 3.000 0.004 1.000 N NA
 7269242 7269243 PERMA_0677 PERMA_0678     TRUE 0.631 -10.000 0.000 1.000   NA
 7269243 7269244 PERMA_0678 PERMA_0679     TRUE 0.711 -3.000 0.000 1.000   NA
 7269244 7269245 PERMA_0679 PERMA_0680     TRUE 0.791 15.000 0.000 1.000   NA
 7269245 7269246 PERMA_0680 PERMA_0681     TRUE 0.980 -3.000 0.800 1.000 N NA
 7269246 7269247 PERMA_0681 PERMA_0682     TRUE 0.988 -15.000 0.200 1.000 Y NA
 7269247 7269248 PERMA_0682 PERMA_0683     TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7269249 7269250 PERMA_0684 PERMA_0685 ileS   TRUE 0.900 -3.000 0.004 1.000 N NA
 7269251 7269252 PERMA_0686 PERMA_0687     TRUE 0.738 1.000 0.000 NA   NA
 7269252 7269253 PERMA_0687 PERMA_0688     FALSE 0.251 51.000 0.000 NA   NA
 7269254 7269255 PERMA_0689 PERMA_0691     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269256 7269257 PERMA_0690 PERMA_0692     TRUE 0.995 -3.000 0.635 1.000 Y NA
 7269257 7269258 PERMA_0692 PERMA_0693     TRUE 0.994 -3.000 0.470 1.000 Y NA
 7269258 7269259 PERMA_0693 PERMA_0694     TRUE 0.991 -7.000 0.273 0.025   NA
 7269260 7269261 PERMA_0695 PERMA_0696     TRUE 0.999 21.000 0.900 0.003 Y NA
 7269261 7269262 PERMA_0696 PERMA_0697     TRUE 0.997 -7.000 0.700 0.051 Y NA
 7269262 7269263 PERMA_0697 PERMA_0698     FALSE 0.155 75.000 0.000 NA   NA
 7269263 7269264 PERMA_0698 PERMA_0699     TRUE 0.965 -16.000 0.200 NA   NA
 7269264 7269265 PERMA_0699 PERMA_0700     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7269265 7269266 PERMA_0700 PERMA_0701     TRUE 0.738 1.000 0.000 NA   NA
 7269266 7269267 PERMA_0701 PERMA_0702   moxR FALSE 0.178 69.000 0.000 1.000   NA
 7269267 7269268 PERMA_0702 PERMA_0703 moxR   TRUE 0.982 -3.000 0.333 NA   NA
 7269268 7269269 PERMA_0703 PERMA_0705   hypF FALSE 0.205 61.000 0.000 NA   NA
 7269270 7269271 PERMA_0704 PERMA_0706   flhB FALSE 0.191 64.000 0.000 NA   NA
 7269271 7269272 PERMA_0706 PERMA_0707 flhB   TRUE 0.998 1.000 0.353 0.081 Y NA
 7269272 7269273 PERMA_0707 PERMA_0708   fliQ TRUE 0.992 3.000 0.078 1.000 Y NA
 7269273 7269274 PERMA_0708 PERMA_0709 fliQ fliP TRUE 0.995 8.000 0.032 0.012 Y NA
 7269274 7269275 PERMA_0709 PERMA_0710 fliP   TRUE 0.933 26.000 0.008 NA   NA
 7269275 7269276 PERMA_0710 PERMA_0711     TRUE 0.981 -7.000 0.600 NA   NA
 7269276 7269277 PERMA_0711 PERMA_0712   fliL TRUE 0.987 9.000 0.024 0.003   NA
 7269277 7269278 PERMA_0712 PERMA_0713 fliL   TRUE 0.995 23.000 0.024 0.010 Y NA
 7269278 7269279 PERMA_0713 PERMA_0714     TRUE 0.991 5.000 0.188 NA Y NA
 7269279 7269280 PERMA_0714 PERMA_0715   fliI TRUE 0.985 -22.000 0.156 NA Y NA
 7269280 7269281 PERMA_0715 PERMA_0716 fliI   TRUE 0.972 -40.000 1.000 NA   NA
 7269281 7269282 PERMA_0716 PERMA_0717   fliF TRUE 0.974 2.000 0.024 NA   NA
 7269282 7269283 PERMA_0717 PERMA_0718 fliF fliE TRUE 0.998 13.000 0.180 0.008 Y NA
 7269283 7269284 PERMA_0718 PERMA_0719 fliE flgC TRUE 0.998 22.000 0.271 0.005 Y NA
 7269284 7269285 PERMA_0719 PERMA_0720 flgC flgB TRUE 0.997 15.000 0.804 1.000 Y NA
 7269285 7269286 PERMA_0720 PERMA_0721 flgB   TRUE 0.957 -3.000 0.010 1.000   NA
 7269286 7269287 PERMA_0721 PERMA_0722     TRUE 0.585 -13.000 0.000 NA   NA
 7269287 7269288 PERMA_0722 PERMA_0723     FALSE 0.205 61.000 0.000 NA   NA
 7269288 7269289 PERMA_0723 PERMA_0724     TRUE 0.953 4.000 0.045 1.000 N NA
 7269289 7269290 PERMA_0724 PERMA_0725   flhF TRUE 0.988 11.000 0.382 0.081 N NA
 7269290 7269291 PERMA_0725 PERMA_0726 flhF flhA TRUE 0.992 -10.000 0.440 1.000 Y NA
 7269291 7269292 PERMA_0726 PERMA_0727 flhA   TRUE 0.989 1.000 0.020 NA Y NA
 7269292 7269293 PERMA_0727 PERMA_0728   flgI TRUE 0.993 10.000 0.625 NA Y NA
 7269293 7269294 PERMA_0728 PERMA_0729 flgI flgH TRUE 0.998 10.000 0.833 0.010 Y NA
 7269294 7269295 PERMA_0729 PERMA_0730 flgH   TRUE 0.627 186.000 0.043 NA   NA
 7269295 7269296 PERMA_0730 PERMA_0731   flgG TRUE 0.967 -19.000 0.319 NA   NA
 7269296 7269297 PERMA_0731 PERMA_0732 flgG   TRUE 0.998 16.000 0.148 0.006 Y NA
 7269297 7269298 PERMA_0732 PERMA_0733     TRUE 0.979 54.000 0.074 0.008 Y NA
 7269298 7269299 PERMA_0733 PERMA_0734   fliM TRUE 0.969 -7.000 0.000 0.003 Y NA
 7269299 7269300 PERMA_0734 PERMA_0735 fliM fliG TRUE 0.995 12.000 0.007 0.008 Y NA
 7269300 7269301 PERMA_0735 PERMA_0736 fliG   TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7269301 7269302 PERMA_0736 PERMA_0737     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7269302 7269303 PERMA_0737 PERMA_0738     TRUE 0.973 3.000 0.000 0.009 Y NA
 7269303 7269304 PERMA_0738 PERMA_0739     TRUE 0.838 32.000 0.000 1.000 Y NA
 7269304 7269305 PERMA_0739 PERMA_0740     TRUE 0.997 11.000 0.091 0.009 Y NA
 7269305 7269306 PERMA_0740 PERMA_0741     TRUE 0.997 22.000 0.045 0.010 Y NA
 7269306 7269307 PERMA_0741 PERMA_0742     TRUE 0.997 0.000 0.033 0.009 Y NA
 7269307 7269308 PERMA_0742 PERMA_0743     TRUE 0.719 22.000 0.000 1.000   NA
 7269308 7269309 PERMA_0743 PERMA_0744     TRUE 0.566 -19.000 0.000 1.000   NA
 7269309 7269310 PERMA_0744 PERMA_0745   cheR TRUE 0.991 -3.000 0.051 1.000 Y NA
 7269312 7269313 PERMA_0747 PERMA_0748     FALSE 0.409 38.000 0.000 NA   NA
 7269313 7269314 PERMA_0748 PERMA_0749     FALSE 0.108 146.000 0.000 NA   NA
 7269317 7269318 PERMA_0752 PERMA_0753     TRUE 0.985 0.000 0.429 NA   NA
 7269318 7269319 PERMA_0753 PERMA_0754     TRUE 0.696 11.000 0.000 1.000   NA
 7269319 7269320 PERMA_0754 PERMA_0755     TRUE 0.696 11.000 0.000 1.000   NA
 7269320 7269321 PERMA_0755 PERMA_0756     TRUE 0.710 43.000 0.007 1.000 N NA
 7269321 7269322 PERMA_0756 PERMA_0757     FALSE 0.356 153.000 0.000 1.000 Y NA
 7269323 7269324 PERMA_0758 PERMA_0759 mutS   FALSE 0.548 32.000 0.000 1.000   NA
 7269325 7269326 PERMA_0760 PERMA_0762 miaB   TRUE 0.981 17.000 0.037 NA   NA
 7269327 7269328 PERMA_0761 PERMA_0763   plsX TRUE 0.996 6.000 0.058 0.007 Y NA
 7269328 7269329 PERMA_0763 PERMA_0764 plsX rpmF TRUE 0.980 1.000 0.418 1.000 N NA
 7269332 7269333 PERMA_0767 PERMA_0769     FALSE 0.532 -37.000 0.000 1.000   NA
 7269334 7269335 PERMA_0768 PERMA_0770     TRUE 0.954 -3.000 0.009 NA   NA
 7269335 7269336 PERMA_0770 PERMA_0771     TRUE 0.980 10.000 0.500 NA   NA
 7269336 7269337 PERMA_0771 PERMA_0772     TRUE 0.985 11.000 0.750 NA   NA
 7269337 7269338 PERMA_0772 PERMA_0773     TRUE 0.990 14.000 0.750 NA   NA
 7269338 7269339 PERMA_0773 PERMA_0774     TRUE 0.890 10.000 0.000 1.000 Y NA
 7269341 7269342 PERMA_0775 PERMA_0777   uvrB FALSE 0.221 58.000 0.000 NA   NA
 7269344 7269345 PERMA_0779 PERMA_0780     TRUE 0.962 2.000 0.007 NA   NA
 7269345 7269346 PERMA_0780 PERMA_0781   moaA FALSE 0.533 66.000 0.007 NA N NA
 7269346 7269347 PERMA_0781 PERMA_0782 moaA   FALSE 0.116 142.000 0.000 1.000   NA
 7269347 7269348 PERMA_0782 PERMA_0783     TRUE 0.929 0.000 0.003 NA   NA
 7269349 7269350 PERMA_0784 PERMA_0785 leuS   FALSE 0.166 70.000 0.000 NA   NA
 7269350 7269351 PERMA_0785 PERMA_0786     FALSE 0.094 402.000 0.000 NA   NA
 7269351 7269352 PERMA_0786 PERMA_0788     TRUE 0.696 11.000 0.000 1.000   NA
 7269353 7269354 PERMA_0787 PERMA_0789     TRUE 0.968 31.000 0.400 NA   NA
 7269354 7269355 PERMA_0789 PERMA_0790   gidA TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7269357 7269358 PERMA_0791 PERMA_0793     TRUE 0.585 -13.000 0.000 NA   NA
 7269359 7269360 PERMA_0794 PERMA_0795   thiC FALSE 0.310 105.000 0.003 1.000 N NA
 7269360 7269361 PERMA_0795 PERMA_0796 thiC   FALSE 0.179 40.000 0.000 1.000 N NA
 7269361 7269362 PERMA_0796 PERMA_0797     TRUE 0.990 3.000 0.038 1.000 Y NA
 7269362 7269363 PERMA_0797 PERMA_0798     TRUE 0.935 38.000 0.750 1.000 N NA
 7269363 7269364 PERMA_0798 PERMA_0799     TRUE 0.936 8.000 0.029 NA N NA
 7269364 7269365 PERMA_0799 PERMA_0800     TRUE 0.983 2.000 0.117 NA   NA
 7269367 7269368 PERMA_0802 PERMA_0803     TRUE 0.964 -3.000 0.086 1.000 N NA
 7269368 7269369 PERMA_0803 PERMA_0804     TRUE 0.969 -10.000 0.600 1.000 N NA
 7269369 7269370 PERMA_0804 PERMA_0805     TRUE 0.967 8.000 0.333 1.000 N NA
 7269370 7269371 PERMA_0805 PERMA_0806     FALSE 0.359 -13.000 0.000 1.000 N NA
 7269371 7269372 PERMA_0806 PERMA_0807     TRUE 0.992 2.000 0.077 0.079   NA
 7269372 7269373 PERMA_0807 PERMA_0808     TRUE 0.726 3.000 0.000 1.000   NA
 7269373 7269374 PERMA_0808 PERMA_0809     TRUE 0.653 9.000 0.000 1.000   NA
 7269374 7269375 PERMA_0809 PERMA_0810     FALSE 0.413 10.000 0.000 1.000 N NA
 7269375 7269376 PERMA_0810 PERMA_0811     TRUE 0.996 -3.000 0.017 0.003 Y NA
 7269376 7269377 PERMA_0811 PERMA_0812     FALSE 0.061 82.000 0.000 1.000 N NA
 7269377 7269378 PERMA_0812 PERMA_0813     TRUE 0.986 4.000 1.000 1.000   NA
 7269378 7269379 PERMA_0813 PERMA_0814   gspG FALSE 0.498 35.000 0.000 1.000   NA
 7269379 7269380 PERMA_0814 PERMA_0815 gspG   FALSE 0.533 -25.000 0.000 NA   NA
 7269380 7269381 PERMA_0815 PERMA_0816     TRUE 0.615 -10.000 0.000 NA   NA
 7269381 7269382 PERMA_0816 PERMA_0817     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7269382 7269383 PERMA_0817 PERMA_0818     TRUE 0.639 10.000 0.000 NA   NA
 7269383 7269384 PERMA_0818 PERMA_0819     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269384 7269385 PERMA_0819 PERMA_0820     FALSE 0.168 69.000 0.000 NA   NA
 7269385 7269386 PERMA_0820 PERMA_0821     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7269386 7269387 PERMA_0821 PERMA_0822     FALSE 0.420 -7.000 0.000 1.000 N NA
 7269387 7269388 PERMA_0822 PERMA_0823   gspD TRUE 0.984 -13.000 0.043 1.000 Y NA
 7269388 7269389 PERMA_0823 PERMA_0824 gspD   TRUE 0.997 3.000 0.043 0.005 Y NA
 7269389 7269390 PERMA_0824 PERMA_0826     TRUE 0.997 3.000 0.036 0.005 Y NA
 7269391 7269392 PERMA_0825 PERMA_0827     FALSE 0.494 0.000 0.000 1.000 N NA
 7269394 7269395 PERMA_0828 PERMA_0830     TRUE 0.949 -10.000 0.021 NA   NA
 7269395 7269396 PERMA_0830 PERMA_0831     TRUE 0.959 10.000 0.031 NA   NA
 7269396 7269397 PERMA_0831 PERMA_0832     TRUE 0.561 -16.000 0.000 NA   NA
 7269397 7269398 PERMA_0832 PERMA_0833     TRUE 0.981 2.000 0.061 NA   NA
 7269399 7269400 PERMA_0834 PERMA_0835     FALSE 0.097 256.000 0.000 NA   NA
 7269400 7269401 PERMA_0835 PERMA_0836   acsA_2 TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7269401 7269402 PERMA_0836 PERMA_0837 acsA_2   TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7269402 7269403 PERMA_0837 PERMA_0838     TRUE 0.982 5.000 0.656 NA   NA
 7269403 7269404 PERMA_0838 PERMA_0839     TRUE 0.957 32.000 0.113 1.000   NA
 7269404 7269405 PERMA_0839 PERMA_0840     TRUE 0.970 2.000 0.050 1.000 N NA
 7269405 7269406 PERMA_0840 PERMA_0841     FALSE 0.160 73.000 0.000 NA   NA
 7269406 7269407 PERMA_0841 PERMA_0842     FALSE 0.133 88.000 0.000 NA   NA
 7269407 7269408 PERMA_0842 PERMA_0843     TRUE 0.615 -10.000 0.000 NA   NA
 7269408 7269409 PERMA_0843 PERMA_0844     FALSE 0.489 34.000 0.000 NA   NA
 7269409 7269410 PERMA_0844 PERMA_0845     FALSE 0.098 254.000 0.000 NA   NA
 7269410 7269411 PERMA_0845 PERMA_0847     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269412 7269413 PERMA_0846 PERMA_0848     FALSE 0.379 39.000 0.000 NA   NA
 7269414 7269415 PERMA_0849 PERMA_0850     TRUE 0.681 23.000 0.000 NA   NA
 7269415 7269416 PERMA_0850 PERMA_0851     TRUE 0.971 -13.000 0.250 1.000   NA
 7269416 7269417 PERMA_0851 PERMA_0852     FALSE 0.202 64.000 0.000 1.000   NA
 7269417 7269418 PERMA_0852 PERMA_0853     TRUE 0.990 -3.000 0.037 1.000 Y NA
 7269418 7269419 PERMA_0853 PERMA_0854     TRUE 0.564 13.000 0.000 1.000 N NA
 7269419 7269420 PERMA_0854 PERMA_0855     TRUE 0.627 25.000 0.000 NA   NA
 7269421 7269422 PERMA_0856 PERMA_0857     FALSE 0.187 67.000 0.000 1.000   NA
 7269423 7269424 PERMA_0858 PERMA_0859     FALSE 0.520 64.000 0.000 1.000 Y NA
 7269424 7269425 PERMA_0859 PERMA_0861     FALSE 0.477 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7269426 7269427 PERMA_0860 PERMA_0862     FALSE 0.122 100.000 0.000 NA   NA
 7269428 7269429 PERMA_0863 PERMA_0865     TRUE 0.970 -13.000 1.000 1.000 N NA
 7269430 7269431 PERMA_0864 PERMA_0866 hisF   FALSE 0.388 -10.000 0.000 1.000 N NA
 7269431 7269432 PERMA_0866 PERMA_0867     FALSE 0.494 0.000 0.000 1.000 N NA
 7269432 7269433 PERMA_0867 PERMA_0868     TRUE 0.968 12.000 0.016 NA   NA
 7269433 7269434 PERMA_0868 PERMA_0869     FALSE 0.547 31.000 0.000 NA   NA
 7269434 7269435 PERMA_0869 PERMA_0870     FALSE 0.445 -3.000 0.000 NA N NA
 7269436 7269437 PERMA_0871 PERMA_0873     TRUE 0.990 2.000 0.750 NA   NA
 7269441 7269442 PERMA_0876 PERMA_0877     FALSE 0.205 61.000 0.000 NA   NA
 7269442 7269443 PERMA_0877 PERMA_0878     TRUE 0.993 -3.000 0.200 1.000 Y NA
 7269443 7269444 PERMA_0878 PERMA_0879     FALSE 0.531 12.000 0.000 1.000 N NA
 7269444 7269445 PERMA_0879 PERMA_0880     FALSE 0.172 68.000 0.000 NA   NA
 7269445 7269446 PERMA_0880 PERMA_0881     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7269446 7269447 PERMA_0881 PERMA_0882     FALSE 0.185 65.000 0.000 NA   NA
 7269447 7269448 PERMA_0882 PERMA_0883     TRUE 0.653 9.000 0.000 1.000   NA
 7269448 7269449 PERMA_0883 PERMA_0884     TRUE 0.725 0.000 0.000 1.000   NA
 7269449 7269450 PERMA_0884 PERMA_0885     TRUE 0.991 8.000 0.159 1.000 Y NA
 7269450 7269451 PERMA_0885 PERMA_0886     TRUE 0.965 10.000 0.048 NA   NA
 7269451 7269452 PERMA_0886 PERMA_0887     TRUE 0.639 10.000 0.000 NA   NA
 7269452 7269453 PERMA_0887 PERMA_0889     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269454 7269455 PERMA_0888 PERMA_0890     TRUE 0.946 2.000 0.009 NA N NA
 7269455 7269456 PERMA_0890 PERMA_0891     TRUE 0.875 -10.000 0.000 NA Y NA
 7269457 7269458 PERMA_0892 PERMA_0893     FALSE 0.495 3.000 0.000 1.000 N NA
 7269459 7269460 PERMA_0894 PERMA_0895     TRUE 0.664 4.000 0.000 NA   NA
 7269460 7269461 PERMA_0895 PERMA_0896     FALSE 0.226 57.000 0.000 NA   NA
 7269463 7269464 PERMA_0897 PERMA_0899     FALSE 0.148 78.000 0.000 NA   NA
 7269465 7269466 PERMA_0900 PERMA_0901   bioA FALSE 0.420 -7.000 0.000 1.000 N NA
 7269469 7269470 PERMA_0904 PERMA_0905 folE   TRUE 0.940 5.000 0.008 NA   NA
 7269474 7269475 PERMA_0909 PERMA_0910 dnaA   FALSE 0.104 181.000 0.000 NA   NA
 7269475 7269476 PERMA_0910 PERMA_0911     TRUE 0.585 28.000 0.000 NA   NA
 7269476 7269477 PERMA_0911 PERMA_0912     TRUE 0.963 1.000 0.008 1.000   NA
 7269477 7269478 PERMA_0912 PERMA_0913   leuA TRUE 0.941 12.000 0.003 1.000   NA
 7269478 7269479 PERMA_0913 PERMA_0914 leuA   FALSE 0.052 102.000 0.000 1.000 N NA
 7269479 7269480 PERMA_0914 PERMA_0915   hybA TRUE 0.980 1.000 0.000 0.003 Y NA
 7269480 7269481 PERMA_0915 PERMA_0916 hybA   TRUE 0.976 2.000 0.125 1.000 N NA
 7269481 7269482 PERMA_0916 PERMA_0917     FALSE 0.123 46.000 0.000 NA N NA
 7269482 7269483 PERMA_0917 PERMA_0918   hypB FALSE 0.267 -45.000 0.000 NA N NA
 7269483 7269484 PERMA_0918 PERMA_0919 hypB   TRUE 0.915 51.000 0.015 1.000 Y NA
 7269484 7269485 PERMA_0919 PERMA_0920     TRUE 0.916 9.000 0.010 1.000 N NA
 7269485 7269486 PERMA_0920 PERMA_0921     FALSE 0.359 -13.000 0.000 1.000 N NA
 7269488 7269489 PERMA_0923 PERMA_0924     FALSE 0.103 188.000 0.000 NA   NA
 7269489 7269490 PERMA_0924 PERMA_0925   typA TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7269491 7269492 PERMA_0926 PERMA_0927   uvrC TRUE 0.846 -22.000 0.002 NA   NA
 7269492 7269493 PERMA_0927 PERMA_0928 uvrC   FALSE 0.244 56.000 0.000 1.000   NA
 7269493 7269494 PERMA_0928 PERMA_0929     TRUE 0.655 10.000 0.000 1.000   NA
 7269494 7269495 PERMA_0929 PERMA_0931     TRUE 0.664 4.000 0.000 NA   NA
 7269498 7269499 PERMA_0932 PERMA_0934   prtC FALSE 0.064 78.000 0.000 1.000 N NA
 7269501 7269502 PERMA_0935 PERMA_0937     TRUE 0.569 -15.000 0.000 NA   NA
 7269504 7269505 PERMA_0938 PERMA_0940   pncB TRUE 0.956 -3.000 0.038 1.000 N NA
 7269505 7269506 PERMA_0940 PERMA_0941 pncB murC TRUE 0.903 -3.000 0.004 1.000 N NA
 7269507 7269508 PERMA_0942 PERMA_0944     TRUE 0.646 98.000 0.028 1.000   NA
 7269509 7269510 PERMA_0943 PERMA_0945   sfsA TRUE 0.954 3.000 0.008 NA   NA
 7269510 7269511 PERMA_0945 PERMA_0946 sfsA hemE TRUE 0.648 5.000 0.000 NA   NA
 7269512 7269513 PERMA_0947 PERMA_0949     TRUE 0.942 31.000 0.000 0.019 Y NA
 7269516 7269517 PERMA_0951 PERMA_0952     TRUE 0.994 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 7269517 7269518 PERMA_0952 PERMA_0953     FALSE 0.336 41.000 0.000 NA   NA
 7269518 7269519 PERMA_0953 PERMA_0954     FALSE 0.464 36.000 0.000 NA   NA
 7269521 7269522 PERMA_0956 PERMA_0957     TRUE 0.985 3.000 0.500 NA   NA
 7269522 7269523 PERMA_0957 PERMA_0958     TRUE 0.969 3.000 0.029 NA   NA
 7269524 7269525 PERMA_0959 PERMA_0960 metG   TRUE 0.859 10.000 0.003 1.000 N NA
 7269525 7269526 PERMA_0960 PERMA_0961     TRUE 0.994 0.000 0.007 0.010 Y NA
 7269527 7269528 PERMA_0962 PERMA_0963 katG   FALSE 0.066 77.000 0.000 1.000 N NA
 7269528 7269529 PERMA_0963 PERMA_0964   thiO TRUE 0.901 4.000 0.000 1.000 Y NA
 7269529 7269530 PERMA_0964 PERMA_0965 thiO   TRUE 0.963 9.000 0.040 1.000   NA
 7269530 7269531 PERMA_0965 PERMA_0966     TRUE 0.972 -6.000 0.069 1.000   NA
 7269532 7269533 PERMA_0967 PERMA_0968     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269533 7269534 PERMA_0968 PERMA_0969     FALSE 0.086 64.000 0.000 1.000 N NA
 7269535 7269536 PERMA_0970 PERMA_0971     TRUE 0.725 0.000 0.000 1.000   NA
 7269536 7269537 PERMA_0971 PERMA_0972     TRUE 0.711 -3.000 0.000 1.000   NA
 7269537 7269538 PERMA_0972 PERMA_0973     FALSE 0.543 -21.000 0.000 NA   NA
 7269538 7269539 PERMA_0973 PERMA_0974     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7269539 7269540 PERMA_0974 PERMA_0975     TRUE 0.987 1.000 0.500 NA   NA
 7269541 7269542 PERMA_0976 PERMA_0977     FALSE 0.145 79.000 0.000 NA   NA
 7269542 7269543 PERMA_0977 PERMA_0978     TRUE 0.994 2.000 0.069 1.000 Y NA
 7269543 7269544 PERMA_0978 PERMA_0980     TRUE 0.977 0.000 0.069 1.000   NA
 7269545 7269546 PERMA_0979 PERMA_0981   grpE TRUE 0.998 1.000 0.500 0.008 Y NA
 7269546 7269547 PERMA_0981 PERMA_0982 grpE   TRUE 0.734 65.000 0.026 NA   NA
 7269548 7269549 PERMA_0983 PERMA_0984     TRUE 0.964 0.000 0.017 NA   NA
 7269549 7269550 PERMA_0984 PERMA_0985     FALSE 0.552 2.000 0.000 1.000 N NA
 7269550 7269551 PERMA_0985 PERMA_0986     FALSE 0.269 35.000 0.000 1.000 N NA
 7269551 7269552 PERMA_0986 PERMA_0987     TRUE 0.615 -10.000 0.000 NA   NA
 7269552 7269553 PERMA_0987 PERMA_0988     TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7269553 7269554 PERMA_0988 PERMA_0990     TRUE 0.566 -19.000 0.000 1.000   NA
 7269556 7269557 PERMA_0991 PERMA_0992     FALSE 0.495 3.000 0.000 1.000 N NA
 7269558 7269559 PERMA_0993 PERMA_0994     TRUE 0.987 18.000 0.182 NA   NA
 7269559 7269560 PERMA_0994 PERMA_0995   murI TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7269560 7269561 PERMA_0995 PERMA_0996 murI   TRUE 0.944 2.000 0.003 NA   NA
 7269561 7269562 PERMA_0996 PERMA_0997     TRUE 0.701 62.000 0.010 NA   NA
 7269562 7269563 PERMA_0997 PERMA_0998     TRUE 0.960 -3.000 0.013 1.000   NA
 7269563 7269564 PERMA_0998 PERMA_0999     FALSE 0.051 88.000 0.000 NA N NA
 7269565 7269566 PERMA_1000 PERMA_1001   purF FALSE 0.142 81.000 0.000 NA   NA
 7269566 7269567 PERMA_1001 PERMA_1003 purF   FALSE 0.412 8.000 0.000 1.000 N NA
 7269569 7269570 PERMA_1004 PERMA_1005     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7269570 7269571 PERMA_1005 PERMA_1007     FALSE 0.200 62.000 0.000 NA   NA
 7269572 7269573 PERMA_1006 PERMA_1008     FALSE 0.359 -13.000 0.000 1.000 N NA
 7269574 7269575 PERMA_1009 PERMA_1010   hypC FALSE 0.197 63.000 0.000 NA   NA
 7269575 7269576 PERMA_1010 PERMA_1011 hypC   TRUE 0.585 28.000 0.000 NA   NA
 7269576 7269577 PERMA_1011 PERMA_1012     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7269577 7269578 PERMA_1012 PERMA_1013   hypD TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7269578 7269579 PERMA_1013 PERMA_1014 hypD   FALSE 0.102 58.000 0.000 1.000 N NA
 7269579 7269580 PERMA_1014 PERMA_1015     TRUE 0.967 0.000 0.000 0.043 Y NA
 7269580 7269581 PERMA_1015 PERMA_1016   hypE FALSE 0.090 62.000 0.000 1.000 N NA
 7269581 7269582 PERMA_1016 PERMA_1017 hypE   FALSE 0.438 -6.000 0.000 1.000 N NA
 7269582 7269583 PERMA_1017 PERMA_1019     FALSE 0.216 59.000 0.000 NA   NA
 7269588 7269589 PERMA_1022 PERMA_1024     FALSE 0.205 61.000 0.000 NA   NA
 7269590 7269591 PERMA_1025 PERMA_1026 rluB   FALSE 0.277 47.000 0.000 NA   NA
 7269592 7269593 PERMA_1027 PERMA_1028     TRUE 0.867 60.000 0.357 NA   NA
 7269593 7269594 PERMA_1028 PERMA_1029     TRUE 0.974 3.000 0.048 NA   NA
 7269594 7269595 PERMA_1029 PERMA_1030     TRUE 0.988 3.000 1.000 NA   NA
 7269595 7269596 PERMA_1030 PERMA_1031     TRUE 0.899 60.000 1.000 NA   NA
 7269598 7269599 PERMA_1033 PERMA_1034     FALSE 0.221 58.000 0.000 NA   NA
 7269599 7269600 PERMA_1034 PERMA_1035     FALSE 0.096 268.000 0.000 NA   NA
 7269600 7269601 PERMA_1035 PERMA_1036     TRUE 0.988 3.000 1.000 NA   NA
 7269601 7269602 PERMA_1036 PERMA_1037     TRUE 0.832 91.000 1.000 NA   NA
 7269602 7269603 PERMA_1037 PERMA_1038     FALSE 0.101 203.000 0.000 NA   NA
 7269603 7269604 PERMA_1038 PERMA_1039     TRUE 0.995 2.000 0.283 0.019   NA
 7269605 7269606 PERMA_1040 PERMA_1042     FALSE 0.413 10.000 0.000 1.000 N NA
 7269607 7269608 PERMA_1041 PERMA_1043 mraY   TRUE 0.961 1.000 0.007 1.000   NA
 7269608 7269609 PERMA_1043 PERMA_1044     TRUE 0.637 9.000 0.000 NA   NA
 7269609 7269610 PERMA_1044 PERMA_1045     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269610 7269611 PERMA_1045 PERMA_1046   tpiA TRUE 0.793 34.000 0.004 1.000 N NA
 7269611 7269612 PERMA_1046 PERMA_1047 tpiA   TRUE 0.980 10.000 0.009 1.000 Y NA
 7269612 7269613 PERMA_1047 PERMA_1048     FALSE 0.323 42.000 0.000 NA   NA
 7269613 7269614 PERMA_1048 PERMA_1049     TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7269614 7269615 PERMA_1049 PERMA_1050   atpC_1 TRUE 0.963 2.000 0.007 1.000   NA
 7269616 7269617 PERMA_1051 PERMA_1052     TRUE 0.585 -13.000 0.000 NA   NA
 7269617 7269618 PERMA_1052 PERMA_1053     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7269618 7269619 PERMA_1053 PERMA_1054     FALSE 0.473 64.000 0.004 1.000 N NA
 7269619 7269620 PERMA_1054 PERMA_1055     TRUE 0.907 4.000 0.006 1.000 N NA
 7269620 7269621 PERMA_1055 PERMA_1056     TRUE 0.935 10.000 0.027 1.000 N NA
 7269621 7269622 PERMA_1056 PERMA_1057     TRUE 0.946 -7.000 0.041 1.000 N NA
 7269622 7269623 PERMA_1057 PERMA_1058   hemL FALSE 0.059 84.000 0.000 1.000 N NA
 7269623 7269624 PERMA_1058 PERMA_1059 hemL   TRUE 0.960 12.000 0.008 NA   NA
 7269624 7269625 PERMA_1059 PERMA_1060   nrdR TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7269629 7269630 PERMA_1064 PERMA_1065   iscS TRUE 0.970 18.000 0.036 1.000 N NA
 7269632 7269633 PERMA_1067 PERMA_1068     TRUE 0.913 -10.000 0.012 1.000 N NA
 7269633 7269634 PERMA_1068 PERMA_1069     TRUE 0.980 0.000 0.011 0.008 N NA
 7269634 7269635 PERMA_1069 PERMA_1070     TRUE 0.982 0.000 0.214 NA   NA
 7269635 7269636 PERMA_1070 PERMA_1071     TRUE 0.965 12.000 0.011 NA   NA
 7269636 7269637 PERMA_1071 PERMA_1072   aroE TRUE 0.951 2.000 0.011 1.000 N NA
 7269638 7269639 PERMA_1073 PERMA_1074     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7269639 7269640 PERMA_1074 PERMA_1075   proB FALSE 0.477 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7269640 7269641 PERMA_1075 PERMA_1076 proB   TRUE 0.940 2.000 0.006 1.000 N NA
 7269641 7269642 PERMA_1076 PERMA_1077     TRUE 0.975 -3.000 0.062 NA   NA
 7269642 7269643 PERMA_1077 PERMA_1078     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7269643 7269644 PERMA_1078 PERMA_1079     FALSE 0.413 10.000 0.000 1.000 N NA
 7269647 7269648 PERMA_1082 PERMA_1083 efp accB TRUE 0.973 12.000 0.120 1.000 N NA
 7269648 7269649 PERMA_1083 PERMA_1084 accB rfaD TRUE 0.932 13.000 0.004 1.000 N NA
 7269649 7269650 PERMA_1084 PERMA_1085 rfaD thrB TRUE 0.925 1.000 0.005 1.000 N NA
 7269650 7269651 PERMA_1085 PERMA_1087 thrB   FALSE 0.129 100.000 0.000 1.000   NA
 7269652 7269653 PERMA_1086 PERMA_1088     TRUE 0.902 5.000 0.002 1.000   NA
 7269653 7269654 PERMA_1088 PERMA_1089   mltD TRUE 0.769 2.000 0.000 1.000   NA
 7269657 7269658 PERMA_1092 PERMA_1093 coaBC   FALSE 0.486 22.000 0.000 1.000 N NA
 7269658 7269659 PERMA_1093 PERMA_1094     TRUE 0.993 -10.000 0.688 1.000 Y NA
 7269659 7269660 PERMA_1094 PERMA_1095     FALSE 0.552 2.000 0.000 1.000 N NA
 7269660 7269661 PERMA_1095 PERMA_1096     TRUE 0.655 10.000 0.000 1.000   NA
 7269661 7269662 PERMA_1096 PERMA_1098   hemD TRUE 0.983 -3.000 0.308 1.000   NA
 7269664 7269665 PERMA_1099 PERMA_1101     TRUE 0.738 1.000 0.000 NA   NA
 7269666 7269667 PERMA_1100 PERMA_1102     FALSE 0.518 21.000 0.000 1.000 N NA
 7269668 7269669 PERMA_1103 PERMA_1104 rpiB glyA TRUE 0.964 14.000 0.025 1.000 N NA
 7269669 7269670 PERMA_1104 PERMA_1105 glyA   FALSE 0.401 25.000 0.000 1.000 N NA
 7269670 7269671 PERMA_1105 PERMA_1106   ispF TRUE 0.931 2.000 0.005 1.000 N NA
 7269671 7269672 PERMA_1106 PERMA_1107 ispF   FALSE 0.549 -19.000 0.000 NA   NA
 7269672 7269673 PERMA_1107 PERMA_1109   recG TRUE 0.902 -13.000 0.004 NA   NA
 7269674 7269675 PERMA_1108 PERMA_1110     FALSE 0.044 186.000 0.000 1.000 N NA
 7269677 7269678 PERMA_1111 PERMA_1113     TRUE 0.977 -13.000 0.727 NA   NA
 7269678 7269679 PERMA_1113 PERMA_1114     TRUE 0.820 90.000 0.739 NA   NA
 7269679 7269680 PERMA_1114 PERMA_1115   panC TRUE 0.911 9.000 0.003 1.000   NA
 7269681 7269682 PERMA_1116 PERMA_1117     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7269682 7269683 PERMA_1117 PERMA_1119     TRUE 0.664 4.000 0.000 NA   NA
 7269684 7269685 PERMA_1118 PERMA_1120 hisC_1   FALSE 0.477 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7269685 7269686 PERMA_1120 PERMA_1121     TRUE 0.900 5.000 0.006 1.000 N NA
 7269689 7269690 PERMA_1124 PERMA_1125     TRUE 0.945 -3.000 0.005 1.000   NA
 7269691 7269692 PERMA_1126 PERMA_1127     FALSE 0.137 84.000 0.000 NA   NA
 7269692 7269693 PERMA_1127 PERMA_1128     FALSE 0.520 -31.000 0.000 NA   NA
 7269693 7269694 PERMA_1128 PERMA_1129     TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7269695 7269696 PERMA_1130 PERMA_1131     TRUE 0.984 11.000 0.010 1.000 Y NA
 7269696 7269697 PERMA_1131 PERMA_1132   fumB TRUE 0.998 11.000 0.262 0.001 Y NA
 7269697 7269698 PERMA_1132 PERMA_1133 fumB   TRUE 0.970 33.000 0.015 1.000 Y NA
 7269698 7269699 PERMA_1133 PERMA_1134   sucD TRUE 0.996 24.000 0.017 0.001 Y NA
 7269699 7269700 PERMA_1134 PERMA_1135 sucD   FALSE 0.391 99.000 0.000 1.000 Y NA
 7269700 7269701 PERMA_1135 PERMA_1136   orB TRUE 0.996 33.000 0.316 0.001 Y NA
 7269701 7269702 PERMA_1136 PERMA_1137 orB   FALSE 0.099 234.000 0.000 NA   NA
 7269702 7269703 PERMA_1137 PERMA_1138     FALSE 0.092 1082.000 0.000 NA   NA
 7269703 7269704 PERMA_1138 PERMA_1139     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7269706 7269707 PERMA_1141 PERMA_1142     FALSE 0.092 632.000 0.000 NA   NA
 7269711 7269712 PERMA_1146 PERMA_1147     FALSE 0.155 75.000 0.000 NA   NA
 7269713 7269714 PERMA_1148 PERMA_1149     FALSE 0.100 217.000 0.000 NA   NA
 7269715 7269716 PERMA_1150 PERMA_1151     TRUE 0.639 10.000 0.000 NA   NA
 7269716 7269717 PERMA_1151 PERMA_1152     TRUE 0.986 0.000 0.600 NA   NA
 7269717 7269718 PERMA_1152 PERMA_1153     FALSE 0.533 -25.000 0.000 NA   NA
 7269718 7269719 PERMA_1153 PERMA_1154     TRUE 0.569 -15.000 0.000 NA   NA
 7269719 7269720 PERMA_1154 PERMA_1155     FALSE 0.505 -100.000 0.000 NA   NA
 7269720 7269721 PERMA_1155 PERMA_1156     FALSE 0.160 73.000 0.000 NA   NA
 7269721 7269722 PERMA_1156 PERMA_1157     TRUE 0.910 -3.000 0.000 NA Y NA
 7269724 7269725 PERMA_1158 PERMA_1160     TRUE 0.972 -3.000 0.009 0.042 N NA
 7269725 7269726 PERMA_1160 PERMA_1161   lon TRUE 0.946 -3.000 0.018 1.000 N NA
 7269726 7269727 PERMA_1161 PERMA_1162 lon   TRUE 0.991 3.000 0.056 NA Y NA
 7269727 7269728 PERMA_1162 PERMA_1163   trmD TRUE 0.803 30.000 0.003 NA N NA
 7269729 7269730 PERMA_1165 PERMA_1166     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7269730 7269731 PERMA_1166 PERMA_1168     TRUE 0.648 5.000 0.000 NA   NA
 7269733 7269734 PERMA_1169 PERMA_1170     TRUE 0.730 21.000 0.000 NA   NA
 7269734 7269735 PERMA_1170 PERMA_1171     TRUE 0.638 8.000 0.000 NA   NA
 7269735 7269736 PERMA_1171 PERMA_1172     FALSE 0.123 99.000 0.000 NA   NA
 7269737 7269738 PERMA_1173 PERMA_1174     TRUE 0.975 11.000 0.500 1.000 N NA
 7269738 7269739 PERMA_1174 PERMA_1175     TRUE 0.949 -7.000 0.014 NA   NA
 7269740 7269741 PERMA_1176 PERMA_1177     TRUE 0.638 8.000 0.000 NA   NA
 7269741 7269742 PERMA_1177 PERMA_1178     TRUE 0.639 10.000 0.000 NA   NA
 7269742 7269743 PERMA_1178 PERMA_1179     FALSE 0.120 104.000 0.000 NA   NA
 7269743 7269744 PERMA_1179 PERMA_1180   tuf_1 FALSE 0.409 38.000 0.000 NA   NA
 7269744 7269745 PERMA_1180 PERMA_1181 tuf_1 rpmG TRUE 0.993 21.000 0.099 1.000 Y NA
 7269745 7269746 PERMA_1181 PERMA_1182 rpmG   TRUE 0.637 9.000 0.000 NA   NA
 7269746 7269747 PERMA_1182 PERMA_1183   secE TRUE 0.653 24.000 0.000 NA   NA
 7269747 7269748 PERMA_1183 PERMA_1184 secE nusG TRUE 0.987 17.000 0.843 1.000 N NA
 7269748 7269749 PERMA_1184 PERMA_1185 nusG rplK TRUE 0.971 25.000 0.681 1.000 N NA
 7269749 7269750 PERMA_1185 PERMA_1186 rplK rplA TRUE 0.998 3.000 0.838 0.030 Y NA
 7269750 7269751 PERMA_1186 PERMA_1187 rplA rplJ TRUE 0.998 17.000 0.302 0.030 Y NA
 7269751 7269752 PERMA_1187 PERMA_1188 rplJ rplL TRUE 0.993 39.000 0.884 0.022 Y NA
 7269752 7269753 PERMA_1188 PERMA_1189 rplL rpoB TRUE 0.747 125.000 0.223 1.000   NA
 7269753 7269754 PERMA_1189 PERMA_1190 rpoB rpoC TRUE 0.976 51.000 0.851 0.001   NA
 7269754 7269755 PERMA_1190 PERMA_1191 rpoC rpsL FALSE 0.507 208.000 0.035 1.000 N NA
 7269755 7269756 PERMA_1191 PERMA_1192 rpsL rpsG TRUE 0.998 20.000 0.224 0.005 Y NA
 7269756 7269757 PERMA_1192 PERMA_1193 rpsG fusA TRUE 0.944 68.000 0.579 1.000 Y NA
 7269757 7269758 PERMA_1193 PERMA_1194 fusA tuf_2 TRUE 0.996 33.000 0.400 0.002 Y NA
 7269758 7269759 PERMA_1194 PERMA_1195 tuf_2 rpsJ TRUE 0.996 16.000 0.318 1.000 Y NA
 7269759 7269760 PERMA_1195 PERMA_1196 rpsJ rplC TRUE 0.998 19.000 0.467 0.030 Y NA
 7269760 7269761 PERMA_1196 PERMA_1197 rplC rplD TRUE 0.996 27.000 0.361 0.022 Y NA
 7269761 7269762 PERMA_1197 PERMA_1198 rplD rplW TRUE 0.995 0.000 0.513 1.000 Y NA
 7269762 7269763 PERMA_1198 PERMA_1199 rplW rplB TRUE 0.997 14.000 0.849 1.000 Y NA
 7269763 7269764 PERMA_1199 PERMA_1200 rplB rpsS TRUE 0.998 3.000 0.820 0.030 Y NA
 7269764 7269765 PERMA_1200 PERMA_1201 rpsS rplV TRUE 0.999 13.000 0.769 0.030 Y NA
 7269765 7269766 PERMA_1201 PERMA_1202 rplV rpsC TRUE 0.999 13.000 0.719 0.030 Y NA
 7269766 7269767 PERMA_1202 PERMA_1203 rpsC rplP TRUE 0.998 23.000 0.828 0.030 Y NA
 7269767 7269768 PERMA_1203 PERMA_1204 rplP rpmC TRUE 0.960 5.000 0.000 0.022 Y NA
 7269768 7269769 PERMA_1204 PERMA_1205 rpmC rpsQ TRUE 0.970 0.000 0.000 0.022 Y NA
 7269769 7269770 PERMA_1205 PERMA_1206 rpsQ rplN TRUE 0.971 90.000 0.791 0.030 Y NA
 7269770 7269771 PERMA_1206 PERMA_1207 rplN rplX TRUE 0.998 4.000 0.810 0.030 Y NA
 7269771 7269772 PERMA_1207 PERMA_1208 rplX   TRUE 0.999 14.000 0.758 0.022 Y NA
 7269772 7269773 PERMA_1208 PERMA_1209   rpsN TRUE 0.999 16.000 0.496 0.022 Y NA
 7269773 7269774 PERMA_1209 PERMA_1210 rpsN rpsH TRUE 0.998 12.000 0.473 0.022 Y NA
 7269774 7269775 PERMA_1210 PERMA_1211 rpsH rplF TRUE 0.996 33.000 0.808 0.022 Y NA
 7269775 7269776 PERMA_1211 PERMA_1212 rplF rplR TRUE 0.998 23.000 0.815 0.022 Y NA
 7269776 7269777 PERMA_1212 PERMA_1213 rplR rpsE TRUE 0.998 12.000 0.814 0.030 Y NA
 7269777 7269778 PERMA_1213 PERMA_1214 rpsE rpmD TRUE 0.998 12.000 0.789 0.030 Y NA
 7269778 7269779 PERMA_1214 PERMA_1215 rpmD rplO TRUE 0.998 0.000 0.653 0.004 Y NA
 7269779 7269780 PERMA_1215 PERMA_1216 rplO secY TRUE 0.970 26.000 0.730 1.000 N NA
 7269780 7269781 PERMA_1216 PERMA_1217 secY   TRUE 0.936 3.000 0.009 1.000 N NA
 7269781 7269782 PERMA_1217 PERMA_1218   map TRUE 0.956 13.000 0.013 1.000 N NA
 7269782 7269783 PERMA_1218 PERMA_1219 map infA TRUE 0.992 11.000 0.160 1.000 Y NA
 7269783 7269784 PERMA_1219 PERMA_1220 infA rpmJ TRUE 0.977 10.000 0.257 1.000   NA
 7269784 7269785 PERMA_1220 PERMA_1221 rpmJ rpsM TRUE 0.995 14.000 0.194 0.022   NA
 7269785 7269786 PERMA_1221 PERMA_1222 rpsM rpsK TRUE 0.998 24.000 0.810 0.022 Y NA
 7269786 7269787 PERMA_1222 PERMA_1223 rpsK rpsD TRUE 0.997 4.000 0.509 0.030 Y NA
 7269787 7269788 PERMA_1223 PERMA_1224 rpsD rpoA TRUE 0.900 42.000 0.549 1.000 N NA
 7269788 7269789 PERMA_1224 PERMA_1225 rpoA rplQ TRUE 0.987 14.000 0.873 1.000 N NA
 7269789 7269790 PERMA_1225 PERMA_1227 rplQ   TRUE 0.930 3.000 0.003 1.000   NA
 7269791 7269792 PERMA_1226 PERMA_1228     TRUE 0.986 -3.000 0.750 NA   NA
 7269792 7269793 PERMA_1228 PERMA_1229   ilvE TRUE 0.971 -3.000 0.041 NA   NA
 7269794 7269795 PERMA_1230 PERMA_1231     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269795 7269796 PERMA_1231 PERMA_1233     TRUE 0.960 5.000 0.029 NA   NA
 7269799 7269800 PERMA_1235 PERMA_1236     FALSE 0.494 0.000 0.000 1.000 N NA
 7269800 7269801 PERMA_1236 PERMA_1237     FALSE 0.192 66.000 0.000 1.000   NA
 7269801 7269802 PERMA_1237 PERMA_1238     FALSE 0.117 136.000 0.000 1.000   NA
 7269804 7269805 PERMA_1240 PERMA_1241 lepA   FALSE 0.212 62.000 0.000 1.000   NA
 7269805 7269806 PERMA_1241 PERMA_1242     TRUE 0.987 0.000 0.750 NA   NA
 7269806 7269807 PERMA_1242 PERMA_1243     TRUE 0.987 1.000 0.429 NA   NA
 7269807 7269808 PERMA_1243 PERMA_1244     TRUE 0.639 10.000 0.000 NA   NA
 7269808 7269809 PERMA_1244 PERMA_1245     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269809 7269810 PERMA_1245 PERMA_1246     TRUE 0.977 12.000 0.044 NA   NA
 7269810 7269811 PERMA_1246 PERMA_1247     TRUE 0.966 12.000 0.044 1.000 N NA
 7269811 7269812 PERMA_1247 PERMA_1248     FALSE 0.049 91.000 0.000 NA N NA
 7269812 7269813 PERMA_1248 PERMA_1249     TRUE 0.947 11.000 0.031 NA N NA
 7269813 7269814 PERMA_1249 PERMA_1250     FALSE 0.195 39.000 0.000 1.000 N NA
 7269814 7269815 PERMA_1250 PERMA_1251     TRUE 0.994 0.000 0.188 1.000 Y NA
 7269815 7269816 PERMA_1251 PERMA_1252     TRUE 0.970 2.000 0.050 1.000 N NA
 7269816 7269817 PERMA_1252 PERMA_1253     FALSE 0.086 64.000 0.000 1.000 N NA
 7269820 7269821 PERMA_1256 PERMA_1257     TRUE 0.974 13.000 0.000 0.045 Y NA
 7269821 7269822 PERMA_1257 PERMA_1258     TRUE 0.988 15.000 0.281 NA   NA
 7269822 7269823 PERMA_1258 PERMA_1259     TRUE 0.984 2.000 0.153 NA   NA
 7269823 7269824 PERMA_1259 PERMA_1260     TRUE 0.950 27.000 0.143 NA N NA
 7269824 7269825 PERMA_1260 PERMA_1261     TRUE 0.993 -12.000 0.867 1.000 Y NA
 7269825 7269826 PERMA_1261 PERMA_1262     TRUE 0.981 -7.000 0.590 NA   NA
 7269826 7269827 PERMA_1262 PERMA_1263     TRUE 0.639 10.000 0.000 NA   NA
 7269828 7269829 PERMA_1264 PERMA_1265     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7269832 7269833 PERMA_1268 PERMA_1269 lpxK   TRUE 0.661 52.000 0.004 NA   NA
 7269834 7269835 PERMA_1270 PERMA_1271     TRUE 0.622 49.000 0.000 1.000 Y NA
 7269835 7269836 PERMA_1271 PERMA_1272     TRUE 0.966 -7.000 0.000 0.007 Y NA
 7269837 7269838 PERMA_1273 PERMA_1274     FALSE 0.264 49.000 0.000 NA   NA
 7269838 7269839 PERMA_1274 PERMA_1275     TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7269839 7269840 PERMA_1275 PERMA_1276     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269840 7269841 PERMA_1276 PERMA_1277     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269841 7269842 PERMA_1277 PERMA_1279     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269844 7269845 PERMA_1280 PERMA_1282     TRUE 0.983 13.000 0.095 NA   NA
 7269846 7269847 PERMA_1281 PERMA_1283     TRUE 0.888 10.000 0.005 1.000 N NA
 7269847 7269848 PERMA_1283 PERMA_1284     TRUE 0.963 -6.000 0.129 1.000 N NA
 7269848 7269849 PERMA_1284 PERMA_1285   carA TRUE 0.900 0.000 0.004 1.000 N NA
 7269850 7269851 PERMA_1286 PERMA_1287 ispE   TRUE 0.648 5.000 0.000 NA   NA
 7269851 7269852 PERMA_1287 PERMA_1288     FALSE 0.264 49.000 0.000 NA   NA
 7269852 7269853 PERMA_1288 PERMA_1289     TRUE 0.974 18.000 0.056 1.000 N NA
 7269853 7269854 PERMA_1289 PERMA_1290   pth TRUE 0.998 0.000 0.496 0.036 Y NA
 7269854 7269855 PERMA_1290 PERMA_1291 pth rpsF TRUE 0.950 67.000 0.029 0.036 Y NA
 7269855 7269856 PERMA_1291 PERMA_1292 rpsF   TRUE 0.861 11.000 0.002 1.000 N NA
 7269856 7269857 PERMA_1292 PERMA_1293   rpsR TRUE 0.878 24.000 0.004 1.000 N NA
 7269857 7269858 PERMA_1293 PERMA_1294 rpsR rplI TRUE 0.999 15.000 0.499 0.022 Y NA
 7269858 7269859 PERMA_1294 PERMA_1295 rplI dnaB FALSE 0.339 110.000 0.004 1.000 N NA
 7269859 7269860 PERMA_1295 PERMA_1296 dnaB   TRUE 0.950 2.000 0.012 NA N NA
 7269860 7269861 PERMA_1296 PERMA_1297     TRUE 0.912 29.000 0.006 NA   NA
 7269861 7269862 PERMA_1297 PERMA_1298   pfkA TRUE 0.988 3.000 1.000 NA   NA
 7269862 7269863 PERMA_1298 PERMA_1299 pfkA   TRUE 0.976 23.000 0.600 1.000 N NA
 7269864 7269865 PERMA_1300 PERMA_1301     FALSE 0.226 57.000 0.000 NA   NA
 7269866 7269867 PERMA_1302 PERMA_1303 lnt   FALSE 0.379 39.000 0.000 NA   NA
 7269867 7269868 PERMA_1303 PERMA_1304     FALSE 0.123 99.000 0.000 NA   NA
 7269868 7269869 PERMA_1304 PERMA_1305     FALSE 0.099 233.000 0.000 NA   NA
 7269870 7269871 PERMA_1306 PERMA_1307   hsdR TRUE 0.988 2.000 0.411 NA   NA
 7269871 7269872 PERMA_1307 PERMA_1308 hsdR   TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7269872 7269873 PERMA_1308 PERMA_1309     FALSE 0.506 -49.000 0.000 NA   NA
 7269873 7269874 PERMA_1309 PERMA_1310     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7269874 7269875 PERMA_1310 PERMA_1311   hsdM TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7269875 7269876 PERMA_1311 PERMA_1312 hsdM   FALSE 0.096 261.000 0.000 NA   NA
 7269876 7269877 PERMA_1312 PERMA_1313     TRUE 0.776 18.000 0.000 NA   NA
 7269877 7269878 PERMA_1313 PERMA_1314     TRUE 0.977 5.000 0.286 NA   NA
 7269878 7269879 PERMA_1314 PERMA_1315     FALSE 0.095 375.000 0.000 NA   NA
 7269880 7269881 PERMA_1316 PERMA_1317     FALSE 0.354 40.000 0.000 NA   NA
 7269881 7269882 PERMA_1317 PERMA_1318     TRUE 0.627 25.000 0.000 NA   NA
 7269882 7269883 PERMA_1318 PERMA_1319     FALSE 0.100 218.000 0.000 NA   NA
 7269884 7269885 PERMA_1320 PERMA_1321     FALSE 0.133 88.000 0.000 NA   NA
 7269885 7269886 PERMA_1321 PERMA_1322     TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7269887 7269888 PERMA_1323 PERMA_1324 tig clpP TRUE 0.993 4.000 0.351 1.000 Y NA
 7269888 7269889 PERMA_1324 PERMA_1325 clpP clpX TRUE 0.994 3.000 0.352 1.000 Y NA
 7269889 7269890 PERMA_1325 PERMA_1326 clpX ysxC TRUE 0.979 2.000 0.043 1.000   NA
 7269890 7269891 PERMA_1326 PERMA_1327 ysxC trpA FALSE 0.256 54.000 0.000 1.000   NA
 7269891 7269892 PERMA_1327 PERMA_1328 trpA hisH TRUE 0.913 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7269892 7269893 PERMA_1328 PERMA_1329 hisH hemN FALSE 0.243 90.000 0.000 0.046 N NA
 7269893 7269894 PERMA_1329 PERMA_1330 hemN   TRUE 0.738 1.000 0.000 NA   NA
 7269894 7269895 PERMA_1330 PERMA_1331     FALSE 0.323 42.000 0.000 NA   NA
 7269895 7269896 PERMA_1331 PERMA_1332   uvrA FALSE 0.176 67.000 0.000 NA   NA
 7269896 7269897 PERMA_1332 PERMA_1333 uvrA cas_2 FALSE 0.306 1175.000 0.000 NA Y NA
 11452105 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 2902.000 0.000 NA   NA
 11594468 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 2902.000 0.000 NA   NA
 11736860 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 2902.000 0.000 NA   NA
 11452106 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 2931.000 0.000 NA   NA
 11594469 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 2931.000 0.000 NA   NA
 11736861 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 2931.000 0.000 NA   NA
 11452107 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 2971.000 0.000 NA   NA
 11594470 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 2971.000 0.000 NA   NA
 11736862 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 2971.000 0.000 NA   NA
 11452108 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3000.000 0.000 NA   NA
 11594471 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3000.000 0.000 NA   NA
 11736863 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3000.000 0.000 NA   NA
 11452109 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3036.000 0.000 NA   NA
 11594472 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3036.000 0.000 NA   NA
 11736864 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3036.000 0.000 NA   NA
 11452110 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3065.000 0.000 NA   NA
 11594473 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3065.000 0.000 NA   NA
 11736865 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3065.000 0.000 NA   NA
 11452111 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3102.000 0.000 NA   NA
 11594474 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3102.000 0.000 NA   NA
 11736866 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3102.000 0.000 NA   NA
 11452112 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3131.000 0.000 NA   NA
 11594475 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3131.000 0.000 NA   NA
 11736867 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3131.000 0.000 NA   NA
 11452113 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3169.000 0.000 NA   NA
 11594476 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3169.000 0.000 NA   NA
 11736868 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3169.000 0.000 NA   NA
 11452114 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3198.000 0.000 NA   NA
 11594477 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3198.000 0.000 NA   NA
 11736869 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3198.000 0.000 NA   NA
 11452115 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3234.000 0.000 NA   NA
 11594478 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3234.000 0.000 NA   NA
 11736870 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3234.000 0.000 NA   NA
 11452116 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3263.000 0.000 NA   NA
 11594479 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3263.000 0.000 NA   NA
 11736871 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3263.000 0.000 NA   NA
 11452117 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3299.000 0.000 NA   NA
 11594480 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3299.000 0.000 NA   NA
 11736872 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3299.000 0.000 NA   NA
 11452118 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3328.000 0.000 NA   NA
 11594481 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3328.000 0.000 NA   NA
 11736873 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3328.000 0.000 NA   NA
 11452119 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3364.000 0.000 NA   NA
 11594482 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3364.000 0.000 NA   NA
 11736874 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3364.000 0.000 NA   NA
 11452120 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3393.000 0.000 NA   NA
 11594483 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3393.000 0.000 NA   NA
 11736875 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3393.000 0.000 NA   NA
 11452121 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3427.000 0.000 NA   NA
 11594484 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3427.000 0.000 NA   NA
 11736876 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3427.000 0.000 NA   NA
 11452122 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3456.000 0.000 NA   NA
 11594485 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3456.000 0.000 NA   NA
 11736877 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3456.000 0.000 NA   NA
 11452123 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3491.000 0.000 NA   NA
 11594486 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3491.000 0.000 NA   NA
 11736878 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3491.000 0.000 NA   NA
 11452124 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3520.000 0.000 NA   NA
 11594487 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3520.000 0.000 NA   NA
 11736879 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3520.000 0.000 NA   NA
 11452125 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3554.000 0.000 NA   NA
 11594488 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3554.000 0.000 NA   NA
 11736880 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3554.000 0.000 NA   NA
 11452126 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3583.000 0.000 NA   NA
 11594489 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3583.000 0.000 NA   NA
 11736881 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3583.000 0.000 NA   NA
 11452127 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3621.000 0.000 NA   NA
 11594490 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3621.000 0.000 NA   NA
 11736882 7269895   PERMA_1331     FALSE NA 3621.000 0.000 NA   NA
 7269897 7269898 PERMA_1333 PERMA_1334 cas_2   TRUE 0.980 0.000 0.143 NA   NA
 7269898 7269899 PERMA_1334 PERMA_1335   cst TRUE 0.976 -7.000 0.218 NA   NA
 7269899 7269900 PERMA_1335 PERMA_1336 cst   FALSE 0.165 71.000 0.000 NA   NA
 7269900 7269901 PERMA_1336 PERMA_1337   cas5t FALSE 0.097 257.000 0.000 NA   NA
 7269901 7269902 PERMA_1337 PERMA_1338 cas5t   TRUE 0.986 19.000 0.231 NA   NA
 7269902 7269903 PERMA_1338 PERMA_1339     FALSE 0.111 129.000 0.000 NA   NA
 7269903 7269904 PERMA_1339 PERMA_1340   cas_3 TRUE 0.936 -15.000 0.017 NA   NA
 7269905 7269906 PERMA_1341 PERMA_1342     TRUE 0.984 23.000 0.684 NA   NA
 7269907 7269908 PERMA_1343 PERMA_1344 cas_4   TRUE 0.995 2.000 0.207 NA Y NA
 11452128 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5893.000 0.000 NA   NA
 11594491 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5893.000 0.000 NA   NA
 11736883 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5893.000 0.000 NA   NA
 11452129 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5923.000 0.000 NA   NA
 11594492 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5923.000 0.000 NA   NA
 11736884 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5923.000 0.000 NA   NA
 11452130 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5958.000 0.000 NA   NA
 11594493 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5958.000 0.000 NA   NA
 11736885 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5958.000 0.000 NA   NA
 11452131 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5988.000 0.000 NA   NA
 11594494 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5988.000 0.000 NA   NA
 11736886 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 5988.000 0.000 NA   NA
 11452132 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6022.000 0.000 NA   NA
 11594495 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6022.000 0.000 NA   NA
 11736887 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6022.000 0.000 NA   NA
 11452133 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6052.000 0.000 NA   NA
 11594496 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6052.000 0.000 NA   NA
 11736888 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6052.000 0.000 NA   NA
 11452134 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6088.000 0.000 NA   NA
 11594497 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6088.000 0.000 NA   NA
 11736889 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6088.000 0.000 NA   NA
 11452135 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6118.000 0.000 NA   NA
 11594498 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6118.000 0.000 NA   NA
 11736890 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6118.000 0.000 NA   NA
 11452136 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6152.000 0.000 NA   NA
 11594499 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6152.000 0.000 NA   NA
 11736891 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6152.000 0.000 NA   NA
 11452137 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6182.000 0.000 NA   NA
 11594500 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6182.000 0.000 NA   NA
 11736892 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6182.000 0.000 NA   NA
 11452138 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6217.000 0.000 NA   NA
 11594501 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6217.000 0.000 NA   NA
 11736893 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6217.000 0.000 NA   NA
 11452139 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6247.000 0.000 NA   NA
 11594502 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6247.000 0.000 NA   NA
 11736894 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6247.000 0.000 NA   NA
 11452140 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6283.000 0.000 NA   NA
 11594503 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6283.000 0.000 NA   NA
 11736895 7269903   PERMA_1339     FALSE NA 6283.000 0.000 NA   NA
 7269911 7269912 PERMA_1347 PERMA_1348     FALSE 0.116 113.000 0.000 NA   NA
 7269914 7269915 PERMA_1350 PERMA_1351     TRUE 0.936 11.000 0.005 NA   NA
 7269915 7269916 PERMA_1351 PERMA_1352     TRUE 0.961 -3.000 0.014 1.000   NA
 7269916 7269917 PERMA_1352 PERMA_1353     TRUE 0.958 0.000 0.009 NA   NA
 7269917 7269918 PERMA_1353 PERMA_1354   lpxB FALSE 0.243 54.000 0.000 NA   NA
 7269919 7269920 PERMA_1355 PERMA_1357 bioB   FALSE 0.152 43.000 0.000 1.000 N NA
 7269921 7269922 PERMA_1356 PERMA_1358     FALSE 0.092 1069.000 0.000 NA   NA
 7269922 7269923 PERMA_1358 PERMA_1359     TRUE 0.973 -22.000 0.800 NA   NA
 7269923 7269924 PERMA_1359 PERMA_1360     TRUE 0.970 -24.000 0.556 NA   NA
 7269924 7269925 PERMA_1360 PERMA_1361     TRUE 0.985 0.000 0.400 1.000   NA
 7269925 7269926 PERMA_1361 PERMA_1362     TRUE 0.982 3.000 0.200 NA   NA
 7269926 7269927 PERMA_1362 PERMA_1363     TRUE 0.989 1.000 1.000 NA   NA
 7269927 7269928 PERMA_1363 PERMA_1364     TRUE 0.562 30.000 0.000 NA   NA
 7269928 7269929 PERMA_1364 PERMA_1365     TRUE 0.840 -46.000 0.003 NA   NA
 7269930 7269931 PERMA_1366 PERMA_1367 upp   FALSE 0.477 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7269931 7269932 PERMA_1367 PERMA_1368     FALSE 0.552 2.000 0.000 1.000 N NA
 7269932 7269933 PERMA_1368 PERMA_1369     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7269933 7269934 PERMA_1369 PERMA_1370     TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7269934 7269935 PERMA_1370 PERMA_1371     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269935 7269936 PERMA_1371 PERMA_1373     FALSE 0.523 -30.000 0.000 NA   NA
 7269937 7269938 PERMA_1372 PERMA_1374     FALSE 0.092 738.000 0.000 NA   NA
 7269938 7269939 PERMA_1374 PERMA_1375     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7269939 7269940 PERMA_1375 PERMA_1376     FALSE 0.105 169.000 0.000 NA   NA
 7269940 7269941 PERMA_1376 PERMA_1377     FALSE 0.110 136.000 0.000 NA   NA
 7269941 7269942 PERMA_1377 PERMA_1378     FALSE 0.547 31.000 0.000 NA   NA
 7269942 7269943 PERMA_1378 PERMA_1379     FALSE 0.114 123.000 0.000 NA   NA
 7269943 7269944 PERMA_1379 PERMA_1380   surE FALSE 0.093 482.000 0.000 NA   NA
 7269944 7269945 PERMA_1380 PERMA_1381 surE   FALSE 0.172 68.000 0.000 NA   NA
 7269945 7269946 PERMA_1381 PERMA_1382     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7269946 7269947 PERMA_1382 PERMA_1383     TRUE 0.787 41.000 0.005 1.000   NA
 7269947 7269948 PERMA_1383 PERMA_1384     TRUE 0.910 -13.000 0.005 NA   NA
 7269948 7269949 PERMA_1384 PERMA_1385     TRUE 0.738 1.000 0.000 NA   NA
 7269949 7269950 PERMA_1385 PERMA_1386     TRUE 0.929 12.000 0.000 1.000 Y NA
 7269950 7269951 PERMA_1386 PERMA_1387   sdhA TRUE 0.685 105.000 0.000 0.005 Y NA
 7269951 7269952 PERMA_1387 PERMA_1388 sdhA purD FALSE 0.054 96.000 0.000 1.000 N NA
 7269952 7269953 PERMA_1388 PERMA_1389 purD lysA TRUE 0.827 27.000 0.003 1.000 N NA
 7269954 7269955 PERMA_1390 PERMA_1391 minC minD TRUE 0.996 20.000 0.466 1.000 Y NA
 7269955 7269956 PERMA_1391 PERMA_1392 minD minE TRUE 0.995 3.000 0.618 NA Y NA
 7269956 7269957 PERMA_1392 PERMA_1393 minE hisG TRUE 0.897 -3.000 0.004 NA N NA
 7269957 7269958 PERMA_1393 PERMA_1394 hisG glmU TRUE 0.924 2.000 0.004 1.000 N NA
 7269958 7269959 PERMA_1394 PERMA_1395 glmU   TRUE 0.931 -3.000 0.003 1.000   NA
 7269959 7269960 PERMA_1395 PERMA_1396   trpD TRUE 0.908 4.000 0.002 1.000   NA
 7269960 7269961 PERMA_1396 PERMA_1397 trpD   TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7269961 7269962 PERMA_1397 PERMA_1399     TRUE 0.765 13.000 0.000 NA   NA
 7269963 7269964 PERMA_1398 PERMA_1400     TRUE 0.964 0.000 0.017 NA   NA
 7269964 7269965 PERMA_1400 PERMA_1401     TRUE 0.972 14.000 0.045 1.000 N NA
 7269965 7269966 PERMA_1401 PERMA_1402     TRUE 0.984 -3.000 0.382 1.000   NA
 7269966 7269967 PERMA_1402 PERMA_1403   acpS FALSE 0.122 117.000 0.000 1.000   NA
 7269967 7269968 PERMA_1403 PERMA_1404 acpS aroK TRUE 0.889 -3.000 0.003 1.000 N NA
 7269968 7269969 PERMA_1404 PERMA_1405 aroK   TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7269971 7269972 PERMA_1407 PERMA_1408   queA TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7269972 7269973 PERMA_1408 PERMA_1409 queA   TRUE 0.978 2.000 0.039 NA   NA
 7269973 7269974 PERMA_1409 PERMA_1410   thiE FALSE 0.379 39.000 0.000 NA   NA
 7269975 7269976 PERMA_1411 PERMA_1412 nuoA   TRUE 0.994 -9.000 0.018 0.005 Y NA
 7269976 7269977 PERMA_1412 PERMA_1413     TRUE 0.985 64.000 0.750 0.005 Y NA
 7269977 7269978 PERMA_1413 PERMA_1414     TRUE 0.720 79.000 0.000 0.008 Y NA
 7269978 7269979 PERMA_1414 PERMA_1415     TRUE 0.979 2.000 0.000 0.008 Y NA
 7269979 7269980 PERMA_1415 PERMA_1416     TRUE 0.962 -9.000 0.000 0.008 Y NA
 7269980 7269981 PERMA_1416 PERMA_1417     TRUE 0.998 0.000 0.484 0.005 Y NA
 7269981 7269982 PERMA_1417 PERMA_1418   nuoL TRUE 0.999 14.000 0.451 0.008 Y NA
 7269982 7269983 PERMA_1418 PERMA_1419 nuoL   TRUE 0.995 12.000 0.004 0.002 Y NA
 7269983 7269984 PERMA_1419 PERMA_1420   nuoN TRUE 0.972 4.000 0.000 0.002 Y NA
 7269984 7269985 PERMA_1420 PERMA_1421 nuoN gmk TRUE 0.921 1.000 0.004 1.000 N NA
 7269985 7269986 PERMA_1421 PERMA_1422 gmk   TRUE 0.898 -7.000 0.002 NA   NA
 7269986 7269987 PERMA_1422 PERMA_1423   rpoZ FALSE 0.354 40.000 0.000 NA   NA
 7269987 7269988 PERMA_1423 PERMA_1424 rpoZ   TRUE 0.653 9.000 0.000 1.000   NA
 7269988 7269989 PERMA_1424 PERMA_1425     TRUE 0.994 -3.000 0.024 0.090 Y NA
 7269989 7269990 PERMA_1425 PERMA_1426   lysS FALSE 0.313 64.000 0.000 0.090 N NA
 7269990 7269991 PERMA_1426 PERMA_1427 lysS   FALSE 0.503 66.000 0.005 NA N NA
 7269991 7269992 PERMA_1427 PERMA_1428   hfq_2 TRUE 0.991 18.000 0.750 NA   NA
 7269992 7269993 PERMA_1428 PERMA_1429 hfq_2   TRUE 0.598 99.000 0.014 1.000   NA
 7269993 7269994 PERMA_1429 PERMA_1430     FALSE 0.150 77.000 0.000 NA   NA
 7269995 7269996 PERMA_1431 PERMA_1432   rpsP TRUE 0.958 36.000 0.385 1.000   NA
 7269996 7269997 PERMA_1432 PERMA_1433 rpsP ffh TRUE 0.978 21.000 0.361 1.000 N NA
 7269998 7269999 PERMA_1434 PERMA_1435     TRUE 0.771 14.000 0.000 NA   NA
 7269999 7270000 PERMA_1435 PERMA_1436     FALSE 0.547 31.000 0.000 NA   NA
 7270000 7270001 PERMA_1436 PERMA_1437     FALSE 0.152 80.000 0.000 1.000   NA
 7270001 7270002 PERMA_1437 PERMA_1438   speE TRUE 0.973 11.000 0.056 1.000   NA
 7270002 7270003 PERMA_1438 PERMA_1439 speE   TRUE 0.984 15.000 0.087 NA   NA
 7270003 7270004 PERMA_1439 PERMA_1440     FALSE 0.105 166.000 0.000 NA   NA
 7270004 7270005 PERMA_1440 PERMA_1441   acnB FALSE 0.128 93.000 0.000 NA   NA
 7270005 7270006 PERMA_1441 PERMA_1442 acnB   FALSE 0.152 80.000 0.000 1.000   NA
 7270006 7270007 PERMA_1442 PERMA_1443     FALSE 0.157 78.000 0.000 1.000   NA
 7270007 7270008 PERMA_1443 PERMA_1444     FALSE 0.047 129.000 0.000 1.000 N NA
 7270008 7270009 PERMA_1444 PERMA_1445     FALSE 0.097 257.000 0.000 NA   NA
 7270010 7270011 PERMA_1446 PERMA_1447     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7270011 7270012 PERMA_1447 PERMA_1448     TRUE 0.561 -16.000 0.000 NA   NA
 7270012 7270013 PERMA_1448 PERMA_1449     TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7270013 7270014 PERMA_1449 PERMA_1450     TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7270014 7270015 PERMA_1450 PERMA_1451     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7270015 7270016 PERMA_1451 PERMA_1452     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7270016 7270017 PERMA_1452 PERMA_1453     TRUE 0.615 -10.000 0.000 NA   NA
 7270017 7270018 PERMA_1453 PERMA_1454     TRUE 0.637 9.000 0.000 NA   NA
 7270018 7270019 PERMA_1454 PERMA_1455     TRUE 0.569 -15.000 0.000 NA   NA
 7270020 7270021 PERMA_1456 PERMA_1457     FALSE 0.257 50.000 0.000 NA   NA
 7270021 7270022 PERMA_1457 PERMA_1458     TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7270022 7270023 PERMA_1458 PERMA_1459     TRUE 0.750 20.000 0.000 NA   NA
 7270023 7270024 PERMA_1459 PERMA_1460     TRUE 0.782 17.000 0.000 NA   NA
 7270024 7270025 PERMA_1460 PERMA_1461     FALSE 0.102 199.000 0.000 NA   NA
 7270025 7270026 PERMA_1461 PERMA_1462     TRUE 0.704 22.000 0.000 NA   NA
 7270027 7270028 PERMA_1463 PERMA_1464 clpS nadD TRUE 0.648 5.000 0.000 NA   NA
 7270028 7270029 PERMA_1464 PERMA_1465 nadD   TRUE 0.868 5.000 0.003 1.000 N NA
 7270030 7270031 PERMA_1466 PERMA_1467     TRUE 0.941 -3.000 0.014 1.000 N NA
 7270031 7270032 PERMA_1467 PERMA_1468   fabZ TRUE 0.649 49.000 0.006 1.000 N NA
 7270035 7270036 PERMA_1470 PERMA_1472     TRUE 0.987 -13.000 0.111 1.000 Y NA
 7270036 7270037 PERMA_1472 PERMA_1473     TRUE 0.643 6.000 0.000 NA   NA
 7270038 7270039 PERMA_1474 PERMA_1475 cysS   TRUE 0.974 2.000 0.094 1.000 N NA
 7270039 7270040 PERMA_1475 PERMA_1476     FALSE 0.118 51.000 0.000 1.000 N NA
 7270040 7270041 PERMA_1476 PERMA_1477     TRUE 0.964 2.000 0.033 NA N NA
 7270041 7270042 PERMA_1477 PERMA_1478     TRUE 0.981 17.000 0.231 NA N NA
 7270042 7270043 PERMA_1478 PERMA_1479     FALSE 0.538 118.000 0.033 1.000 N NA
 7270043 7270044 PERMA_1479 PERMA_1480     TRUE 0.995 0.000 0.422 1.000 Y NA
 7270044 7270045 PERMA_1480 PERMA_1481     TRUE 0.983 18.000 0.449 NA N NA
 7270047 7270048 PERMA_1483 PERMA_1484     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7270048 7270049 PERMA_1484 PERMA_1485     TRUE 0.997 3.000 0.125 0.062 Y NA
 7270049 7270050 PERMA_1485 PERMA_1487     FALSE 0.358 59.000 0.000 0.062 N NA
 7270051 7270052 PERMA_1486 PERMA_1488     TRUE 0.929 12.000 0.005 1.000 N NA
 7270053 7270054 PERMA_1489 PERMA_1490 purT   TRUE 0.637 9.000 0.000 NA   NA
 7270054 7270055 PERMA_1490 PERMA_1491     TRUE 0.980 -6.000 0.400 NA   NA
 7270055 7270056 PERMA_1491 PERMA_1492     FALSE 0.107 157.000 0.000 NA   NA
 7270056 7270057 PERMA_1492 PERMA_1493     FALSE 0.507 33.000 0.000 NA   NA
 7270057 7270058 PERMA_1493 PERMA_1494     FALSE 0.221 58.000 0.000 NA   NA
 7270058 7270059 PERMA_1494 PERMA_1495     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7270059 7270060 PERMA_1495 PERMA_1496     TRUE 0.638 8.000 0.000 NA   NA
 7270060 7270061 PERMA_1496 PERMA_1497     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7270061 7270062 PERMA_1497 PERMA_1498     TRUE 0.913 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7270063 7270064 PERMA_1499 PERMA_1500   purH FALSE 0.115 118.000 0.000 NA   NA
 7270065 7270066 PERMA_1501 PERMA_1502     TRUE 0.571 507.000 0.029 NA   NA
 7270067 7270068 PERMA_1503 PERMA_1504 trmU pilC TRUE 0.950 1.000 0.014 1.000 N NA
 7270068 7270069 PERMA_1504 PERMA_1505 pilC   TRUE 0.995 14.000 0.218 1.000 Y NA
 7270069 7270070 PERMA_1505 PERMA_1506     TRUE 0.998 18.000 0.047 0.004 Y NA
 7270071 7270072 PERMA_1507 PERMA_1508 accC_1   TRUE 0.962 -3.000 0.015 1.000   NA
 7270072 7270073 PERMA_1508 PERMA_1509     TRUE 0.923 -6.000 0.004 1.000   NA
 7270073 7270074 PERMA_1509 PERMA_1510     TRUE 0.554 -18.000 0.000 NA   NA
 7270074 7270075 PERMA_1510 PERMA_1511     FALSE 0.336 41.000 0.000 NA   NA
 7270075 7270076 PERMA_1511 PERMA_1512   panD TRUE 0.978 0.000 0.004 1.000 Y NA
 7270076 7270077 PERMA_1512 PERMA_1513 panD   TRUE 0.920 3.000 0.005 1.000 N NA
 7270077 7270078 PERMA_1513 PERMA_1514   ispG TRUE 0.911 1.000 0.004 1.000 N NA
 7270078 7270079 PERMA_1514 PERMA_1515 ispG   TRUE 0.941 1.000 0.004 NA   NA
 7270079 7270080 PERMA_1515 PERMA_1516     TRUE 0.969 -13.000 0.214 NA   NA
 7270080 7270081 PERMA_1516 PERMA_1517   argB TRUE 0.943 1.000 0.004 NA   NA
 7270082 7270083 PERMA_1518 PERMA_1519     TRUE 0.655 10.000 0.000 1.000   NA
 7270085 7270086 PERMA_1521 PERMA_1522 secA lspA TRUE 0.935 76.000 0.023 0.062 Y NA
 7270086 7270087 PERMA_1522 PERMA_1523 lspA   TRUE 0.965 2.000 0.031 1.000 N NA
 7270088 7270089 PERMA_1524 PERMA_1525     TRUE 0.738 1.000 0.000 NA   NA
 7270089 7270090 PERMA_1525 PERMA_1526     TRUE 0.643 6.000 0.000 NA   NA
 7270090 7270091 PERMA_1526 PERMA_1527     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7270091 7270092 PERMA_1527 PERMA_1528     FALSE 0.176 67.000 0.000 NA   NA
 7270092 7270093 PERMA_1528 PERMA_1529     FALSE 0.044 185.000 0.000 1.000 N NA
 7270093 7270094 PERMA_1529 PERMA_1530     FALSE 0.150 77.000 0.000 NA   NA
 7270094 7270095 PERMA_1530 PERMA_1531     TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7270095 7270096 PERMA_1531 PERMA_1532     TRUE 0.895 -15.000 0.004 NA   NA
 7270096 7270097 PERMA_1532 PERMA_1533     TRUE 0.740 12.000 0.000 NA   NA
 7270098 7270099 PERMA_1534 PERMA_1535     FALSE 0.338 306.000 0.000 0.009   NA
 7270099 7270100 PERMA_1535 PERMA_1536     FALSE 0.526 -28.000 0.000 NA   NA
 7270100 7270101 PERMA_1536 PERMA_1537     TRUE 0.977 9.000 0.333 NA   NA
 7270101 7270102 PERMA_1537 PERMA_1538   lexA TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7270103 7270104 PERMA_1539 PERMA_1540 dnaN gyrB TRUE 0.952 49.000 0.114 1.000 Y NA
 7270107 7270108 PERMA_1543 PERMA_1544     TRUE 0.994 2.000 0.093 1.000 Y NA
 7270108 7270109 PERMA_1544 PERMA_1545     FALSE 0.105 232.000 0.000 1.000   NA
 7270110 7270111 PERMA_1546 PERMA_1547     FALSE 0.098 243.000 0.000 NA   NA
 7270111 7270112 PERMA_1547 PERMA_1548     TRUE 0.712 3.000 0.000 NA   NA
 7270112 7270113 PERMA_1548 PERMA_1549     TRUE 0.998 0.000 1.000 0.088 Y NA
 7270113 7270114 PERMA_1549 PERMA_1550     FALSE 0.412 49.000 0.000 0.088 N NA
 7270114 7270115 PERMA_1550 PERMA_1551     TRUE 0.696 11.000 0.000 1.000   NA
 7270115 7270116 PERMA_1551 PERMA_1552     TRUE 0.725 0.000 0.000 1.000   NA
 7270116 7270117 PERMA_1552 PERMA_1554     TRUE 0.585 -13.000 0.000 NA   NA
 7270118 7270119 PERMA_1553 PERMA_1555 secF secD TRUE 0.997 10.000 0.051 0.001 Y NA
 7270121 7270122 PERMA_1557 PERMA_1558 pgi serS FALSE 0.410 9.000 0.000 1.000 N NA
 7270122 7270123 PERMA_1558 PERMA_1559 serS   TRUE 0.902 10.000 0.003 1.000   NA
 7270126 7270127 PERMA_1562 PERMA_1563     TRUE 0.982 -10.000 1.000 NA   NA
 7270128 7270129 PERMA_1564 PERMA_1565     TRUE 0.575 29.000 0.000 NA   NA
 7270129 7270130 PERMA_1565 PERMA_1566     TRUE 0.925 -16.000 0.011 NA   NA
 7270130 7270131 PERMA_1566 PERMA_1567   hpt TRUE 0.770 38.000 0.006 1.000 N NA
 7270131 7270132 PERMA_1567 PERMA_1568 hpt rimI TRUE 0.911 29.000 0.005 1.000   NA
 7270132 7270133 PERMA_1568 PERMA_1569 rimI   TRUE 0.725 0.000 0.000 1.000   NA
 7270133 7270134 PERMA_1569 PERMA_1570     TRUE 0.643 6.000 0.000 NA   NA
 7270135 7270136 PERMA_1571 PERMA_1572   pstS TRUE 0.986 19.000 0.182 1.000   NA
 7270136 7270137 PERMA_1572 PERMA_1573 pstS pstC TRUE 0.964 90.000 0.086 0.002 Y NA
 7270137 7270138 PERMA_1573 PERMA_1574 pstC pstA TRUE 0.998 6.000 0.537 0.002 Y NA
 7270138 7270139 PERMA_1574 PERMA_1575 pstA pstB TRUE 0.999 0.000 0.526 0.002 Y NA
 7270139 7270140 PERMA_1575 PERMA_1576 pstB phoU TRUE 0.996 16.000 0.317 NA Y NA
 7270140 7270141 PERMA_1576 PERMA_1577 phoU   TRUE 0.929 -7.000 0.018 NA N NA
 7270141 7270142 PERMA_1577 PERMA_1578     TRUE 0.769 2.000 0.000 1.000   NA
 7270142 7270143 PERMA_1578 PERMA_1579     TRUE 0.922 -25.000 0.013 1.000   NA
 7270143 7270144 PERMA_1579 PERMA_1580     TRUE 0.979 2.000 0.045 NA   NA
 7270144 7270145 PERMA_1580 PERMA_1582     TRUE 0.975 14.000 0.019 NA   NA
 7270146 7270147 PERMA_1581 PERMA_1583 cysM ruvA FALSE 0.159 42.000 0.000 1.000 N NA
 7270148 7270149 PERMA_1584 PERMA_1585     TRUE 0.682 133.000 0.400 1.000 N NA
 7270149 7270150 PERMA_1585 PERMA_1586   glnA TRUE 0.961 32.000 0.005 1.000 Y NA
 7270150 7270151 PERMA_1586 PERMA_1587 glnA   FALSE 0.130 91.000 0.000 NA   NA
 7270151 7270152 PERMA_1587 PERMA_1588     FALSE 0.132 90.000 0.000 NA   NA
 7270152 7270153 PERMA_1588 PERMA_1589     TRUE 0.643 6.000 0.000 NA   NA
 7270153 7270154 PERMA_1589 PERMA_1590     FALSE 0.297 45.000 0.000 NA   NA
 7270154 7270155 PERMA_1590 PERMA_1591     TRUE 0.561 -16.000 0.000 NA   NA
 7270155 7270156 PERMA_1591 PERMA_1592   coaE TRUE 0.859 2.000 0.000 0.087 N NA
 7270156 7270157 PERMA_1592 PERMA_1593 coaE   TRUE 0.913 -3.000 0.002 NA   NA
 7270157 7270158 PERMA_1593 PERMA_1595     FALSE 0.526 -28.000 0.000 NA   NA
 7270159 7270160 PERMA_1594 PERMA_1596     TRUE 0.954 -3.000 0.009 NA   NA
 7270160 7270161 PERMA_1596 PERMA_1597     FALSE 0.041 243.000 0.000 1.000 N NA
 7270161 7270162 PERMA_1597 PERMA_1598     FALSE 0.104 182.000 0.000 NA   NA
 7270162 7270163 PERMA_1598 PERMA_1599     TRUE 0.653 24.000 0.000 NA   NA
 7270163 7270164 PERMA_1599 PERMA_1600     TRUE 0.958 -3.000 0.012 NA   NA
 7270165 7270166 PERMA_1601 PERMA_1602 rumA   FALSE 0.052 100.000 0.000 1.000 N NA
 7270166 7270167 PERMA_1602 PERMA_1603     TRUE 0.661 -7.000 0.000 1.000   NA
 7270167 7270168 PERMA_1603 PERMA_1605     TRUE 0.989 -7.000 0.109 0.022   NA
 7270169 7270170 PERMA_1604 PERMA_1606     FALSE 0.323 42.000 0.000 NA   NA
 7270170 7270171 PERMA_1606 PERMA_1607   gidB FALSE 0.118 47.000 0.000 NA N NA
 7270171 7270172 PERMA_1607 PERMA_1608 gidB   TRUE 0.901 -3.000 0.004 1.000 N NA
 7270172 7270173 PERMA_1608 PERMA_1609     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7270173 7270174 PERMA_1609 PERMA_1610     FALSE 0.231 56.000 0.000 NA   NA
 7270174 7270175 PERMA_1610 PERMA_1611     TRUE 0.615 -10.000 0.000 NA   NA
 7270176 7270177 PERMA_1612 PERMA_1613 corA   TRUE 0.857 49.000 0.064 NA   NA
 7270177 7270178 PERMA_1613 PERMA_1614   flgK FALSE 0.238 55.000 0.000 NA   NA
 7270178 7270179 PERMA_1614 PERMA_1615 flgK flgL TRUE 0.986 66.000 0.833 0.001 Y NA
 7270180 7270181 PERMA_1616 PERMA_1617   fliS FALSE 0.529 -27.000 0.000 NA   NA
 7270181 7270182 PERMA_1617 PERMA_1618 fliS   TRUE 0.998 14.000 0.056 0.001 Y NA
 7270182 7270183 PERMA_1618 PERMA_1619     TRUE 0.992 5.000 0.298 NA Y NA
 7270183 7270184 PERMA_1619 PERMA_1620     TRUE 0.908 61.000 0.032 NA Y NA
 7270184 7270185 PERMA_1620 PERMA_1621     FALSE 0.140 82.000 0.000 NA   NA
 7270185 7270186 PERMA_1621 PERMA_1622     TRUE 0.615 -10.000 0.000 NA   NA
 7270186 7270187 PERMA_1622 PERMA_1623     TRUE 0.993 -3.000 0.235 1.000 Y NA
 7270187 7270188 PERMA_1623 PERMA_1624   neuC TRUE 0.991 -7.000 0.131 1.000 Y NA
 7270188 7270189 PERMA_1624 PERMA_1625 neuC   TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7270189 7270190 PERMA_1625 PERMA_1626     TRUE 0.615 -10.000 0.000 NA   NA
 7270190 7270191 PERMA_1626 PERMA_1627   neuB FALSE 0.205 61.000 0.000 NA   NA
 7270191 7270192 PERMA_1627 PERMA_1628 neuB   TRUE 0.967 -3.000 0.027 1.000   NA
 7270192 7270193 PERMA_1628 PERMA_1629     TRUE 0.711 -3.000 0.000 1.000   NA
 7270193 7270194 PERMA_1629 PERMA_1630     TRUE 0.989 -7.000 0.061 1.000 Y NA
 7270194 7270195 PERMA_1630 PERMA_1631     FALSE 0.100 422.000 0.000 1.000   NA
 7270196 7270197 PERMA_1632 PERMA_1633     FALSE 0.417 6.000 0.000 1.000 N NA
 7270197 7270198 PERMA_1633 PERMA_1634     TRUE 0.982 19.000 0.003 1.000 Y NA
 7270198 7270199 PERMA_1634 PERMA_1635   accC_2 TRUE 0.932 13.000 0.005 1.000 N NA
 7270199 7270200 PERMA_1635 PERMA_1636 accC_2 eno TRUE 0.951 13.000 0.009 1.000 N NA
 7270200 7270201 PERMA_1636 PERMA_1637 eno   TRUE 0.902 -46.000 0.032 1.000 N NA
 7270201 7270202 PERMA_1637 PERMA_1639     TRUE 0.871 -48.000 0.004 1.000   NA
 7270203 7270204 PERMA_1638 PERMA_1640 argJ   TRUE 0.725 0.000 0.000 1.000   NA
 7270204 7270205 PERMA_1640 PERMA_1641     TRUE 0.696 11.000 0.000 1.000   NA
 7270205 7270206 PERMA_1641 PERMA_1642     FALSE 0.148 78.000 0.000 NA   NA
 7270208 7270209 PERMA_1643 PERMA_1645     TRUE 0.730 21.000 0.000 NA   NA
 7270209 7270210 PERMA_1645 PERMA_1646   hisA TRUE 0.884 3.000 0.003 NA N NA
 7270210 7270211 PERMA_1646 PERMA_1647 hisA   TRUE 0.655 10.000 0.000 1.000   NA
 7270211 7270212 PERMA_1647 PERMA_1648     TRUE 0.943 4.000 0.007 1.000   NA
 7270212 7270213 PERMA_1648 PERMA_1649     FALSE 0.336 41.000 0.000 NA   NA
 7270214 7270215 PERMA_1650 PERMA_1651     TRUE 0.981 0.000 0.174 NA   NA
 7270215 7270216 PERMA_1651 PERMA_1652     TRUE 0.628 26.000 0.000 1.000   NA
 7270217 7270218 PERMA_1653 PERMA_1654     TRUE 0.662 -6.000 0.000 NA   NA
 7270218 7270219 PERMA_1654 PERMA_1655     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7270219 7270220 PERMA_1655 PERMA_1656     FALSE 0.481 36.000 0.000 1.000   NA
 7270220 7270221 PERMA_1656 PERMA_1657     FALSE 0.494 0.000 0.000 1.000 N NA
 7270221 7270222 PERMA_1657 PERMA_1658     FALSE 0.518 21.000 0.000 1.000 N NA
 7270222 7270223 PERMA_1658 PERMA_1659     TRUE 0.973 3.000 0.039 1.000   NA
 7270223 7270224 PERMA_1659 PERMA_1660   tatC FALSE 0.264 49.000 0.000 NA   NA
 7270224 7270225 PERMA_1660 PERMA_1661 tatC   TRUE 0.969 -25.000 0.009 NA Y NA
 7270225 7270226 PERMA_1661 PERMA_1662     FALSE 0.159 42.000 0.000 1.000 N NA
 7270226 7270227 PERMA_1662 PERMA_1663     TRUE 0.901 4.000 0.000 1.000 Y NA
 7270228 7270229 PERMA_1664 PERMA_1665 thiD   TRUE 0.711 -3.000 0.000 1.000   NA
 7270229 7270230 PERMA_1665 PERMA_1666     FALSE 0.312 45.000 0.000 1.000   NA
 7270231 7270232 PERMA_1667 PERMA_1668   speD_1 FALSE 0.287 46.000 0.000 NA   NA
 7270234 7270235 PERMA_1669 PERMA_1671   hemH TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7270237 7270238 PERMA_1673 PERMA_1674   dnaG TRUE 0.922 -3.000 0.006 1.000 N NA
 7270239 7270240 PERMA_1675 PERMA_1676 folP   TRUE 0.973 -7.000 0.133 NA   NA
 7270240 7270241 PERMA_1676 PERMA_1677     TRUE 0.601 -12.000 0.000 NA   NA
 7270241 7270242 PERMA_1677 PERMA_1678   thrS FALSE 0.464 36.000 0.000 NA   NA
 7270243 7270244 PERMA_1679 PERMA_1681     FALSE 0.102 195.000 0.000 NA   NA
 7270245 7270246 PERMA_1682 PERMA_1683 proA   TRUE 0.957 10.000 0.105 1.000 N NA
 7270246 7270247 PERMA_1683 PERMA_1684   panB TRUE 0.883 0.000 0.002 1.000 N NA
 7270247 7270248 PERMA_1684 PERMA_1686 panB   TRUE 0.860 -7.000 0.003 NA N NA
 7270249 7270250 PERMA_1685 PERMA_1687 maeB speD_2 FALSE 0.371 27.000 0.000 1.000 N NA
 7270254 7270255 PERMA_1690 PERMA_1692     TRUE 0.982 4.000 0.545 NA   NA
 7270257 7270258 PERMA_1694 PERMA_1695   atpC_2 TRUE 0.989 2.000 0.671 NA   NA
 7270258 7270259 PERMA_1695 PERMA_1696 atpC_2 atpD_2 TRUE 0.995 -19.000 0.129 0.010 Y NA
 7270259 7270260 PERMA_1696 PERMA_1697 atpD_2 atpG_2 TRUE 0.971 -3.000 0.000 0.010 Y NA
 7270260 7270261 PERMA_1697 PERMA_1698 atpG_2 atpA_2 TRUE 0.998 -3.000 0.455 0.010 Y NA
 7270261 7270262 PERMA_1698 PERMA_1699 atpA_2   TRUE 0.997 -13.000 0.697 0.010 Y NA
 7270262 7270263 PERMA_1699 PERMA_1700     TRUE 0.998 10.000 0.727 0.010 Y NA
 7270263 7270264 PERMA_1700 PERMA_1701   atpB_2 TRUE 0.999 16.000 0.818 0.011 Y NA
 7270264 7270265 PERMA_1701 PERMA_1702 atpB_2   TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7270265 7270266 PERMA_1702 PERMA_1703     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7270266 7270267 PERMA_1703 PERMA_1704   tkt TRUE 0.588 17.000 0.000 1.000 N NA
 7270267 7270268 PERMA_1704 PERMA_1705 tkt aat FALSE 0.061 82.000 0.000 1.000 N NA
 7270268 7270269 PERMA_1705 PERMA_1706 aat truD_2 TRUE 0.669 24.000 0.000 1.000   NA
 7270270 7270271 PERMA_1707 PERMA_1708   galT TRUE 0.592 29.000 0.000 1.000   NA
 7270271 7270272 PERMA_1708 PERMA_1709 galT   TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7270272 7270273 PERMA_1709 PERMA_1711     TRUE 0.983 17.000 0.060 NA   NA
 7270274 7270275 PERMA_1710 PERMA_1712     FALSE 0.094 438.000 0.000 NA   NA
 7270275 7270276 PERMA_1712 PERMA_1713     TRUE 0.935 10.000 0.007 NA   NA
 7270276 7270277 PERMA_1713 PERMA_1714     FALSE 0.160 73.000 0.000 NA   NA
 7270277 7270278 PERMA_1714 PERMA_1715     TRUE 0.997 30.000 0.371 0.001 Y NA
 7270278 7270279 PERMA_1715 PERMA_1716     TRUE 0.766 115.000 0.007 1.000 Y NA
 7270280 7270281 PERMA_1717 PERMA_1718 leuC   TRUE 0.965 22.000 0.019 NA   NA
 7270281 7270282 PERMA_1718 PERMA_1719     TRUE 0.948 -3.000 0.007 NA   NA
 7270282 7270283 PERMA_1719 PERMA_1720     TRUE 0.964 -7.000 0.043 NA   NA
 7270283 7270284 PERMA_1720 PERMA_1721     TRUE 0.681 23.000 0.000 NA   NA
 7270285 7270286 PERMA_1722 PERMA_1723 aroA   TRUE 0.837 8.000 0.002 1.000 N NA
 7270286 7270287 PERMA_1723 PERMA_1724   lptA TRUE 0.957 0.000 0.009 NA   NA
 7270287 7270288 PERMA_1724 PERMA_1725 lptA   TRUE 0.987 1.000 0.459 NA   NA
 7270288 7270289 PERMA_1725 PERMA_1726   hemA TRUE 0.950 3.000 0.006 NA   NA
 7270290 7270291 PERMA_1727 PERMA_1728     FALSE 0.549 -19.000 0.000 NA   NA
 7270291 7270292 PERMA_1728 PERMA_1729     TRUE 0.771 14.000 0.000 NA   NA
 7270292 7270293 PERMA_1729 PERMA_1730     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7270293 7270294 PERMA_1730 PERMA_1731     FALSE 0.221 58.000 0.000 NA   NA
 7270294 7270295 PERMA_1731 PERMA_1732     FALSE 0.354 40.000 0.000 NA   NA
 7270295 7270296 PERMA_1732 PERMA_1733     TRUE 0.955 38.000 0.750 NA   NA
 7270296 7270297 PERMA_1733 PERMA_1734     TRUE 0.983 7.000 1.000 NA   NA
 7270297 7270298 PERMA_1734 PERMA_1736     TRUE 0.990 2.000 1.000 NA   NA
 7270300 7270301 PERMA_1737 PERMA_1738     TRUE 0.959 -7.000 0.118 1.000 N NA
 7270301 7270302 PERMA_1738 PERMA_1739     TRUE 0.823 73.000 0.055 0.085 N NA
 7270302 7270303 PERMA_1739 PERMA_1740   yaeT FALSE 0.367 393.000 0.008 1.000 N NA
 7270303 7270304 PERMA_1740 PERMA_1741 yaeT   TRUE 0.987 12.000 0.008 1.000 Y NA
 7270304 7270305 PERMA_1741 PERMA_1743   lpxD TRUE 0.984 -3.000 0.008 1.000 Y NA
 7270306 7270307 PERMA_1742 PERMA_1744     TRUE 0.991 4.000 0.100 1.000 Y NA
 7270309 7270310 PERMA_1745 PERMA_1747     FALSE 0.112 128.000 0.000 NA   NA
 7270310 7270311 PERMA_1747 PERMA_1748     FALSE 0.494 0.000 0.000 1.000 N NA
 7270311 7270312 PERMA_1748 PERMA_1749     FALSE 0.110 55.000 0.000 1.000 N NA
 7270312 7270313 PERMA_1749 PERMA_1750     TRUE 0.627 25.000 0.000 NA   NA
 7270313 7270314 PERMA_1750 PERMA_1751     TRUE 0.585 -13.000 0.000 NA   NA
 7270314 7270315 PERMA_1751 PERMA_1752     TRUE 0.959 -10.000 0.042 NA   NA
 7270315 7270316 PERMA_1752 PERMA_1753     FALSE 0.413 10.000 0.000 1.000 N NA
 7270316 7270317 PERMA_1753 PERMA_1754   hslV TRUE 0.915 4.000 0.007 1.000 N NA
 7270317 7270318 PERMA_1754 PERMA_1755 hslV   TRUE 0.865 -13.000 0.005 NA N NA
 7270319 7270320 PERMA_1756 PERMA_1757   coaD TRUE 0.937 -3.000 0.012 1.000 N NA
 7270320 7270321 PERMA_1757 PERMA_1758 coaD   TRUE 0.880 30.000 0.004 NA   NA
 7270321 7270322 PERMA_1758 PERMA_1759   holA TRUE 0.937 0.000 0.004 NA   NA
 7270322 7270323 PERMA_1759 PERMA_1760 holA ruvB TRUE 0.967 0.000 0.000 0.033 Y NA
 7270323 7270324 PERMA_1760 PERMA_1761 ruvB nadA FALSE 0.068 75.000 0.000 1.000 N NA
 7270326 7270327 PERMA_1763 PERMA_1765   cas_5 FALSE 0.058 77.000 0.000 NA N NA
 7270332 7270333 PERMA_1768 PERMA_1770     FALSE 0.552 2.000 0.000 1.000 N NA
 7270333 7270334 PERMA_1770 PERMA_1771     FALSE 0.092 716.000 0.000 NA   NA
 7270334 7270335 PERMA_1771 PERMA_1772     TRUE 0.738 1.000 0.000 NA   NA
 7270335 7270336 PERMA_1772 PERMA_1773     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7270336 7270337 PERMA_1773 PERMA_1774     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7270339 7270340 PERMA_1775 PERMA_1777     TRUE 0.561 -16.000 0.000 NA   NA
 7270340 7270341 PERMA_1777 PERMA_1778     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7270341 7270342 PERMA_1778 PERMA_1779     TRUE 0.628 -9.000 0.000 NA   NA
 7270342 7270343 PERMA_1779 PERMA_1780     FALSE 0.439 37.000 0.000 NA   NA
 7270343 7270344 PERMA_1780 PERMA_1781     TRUE 0.776 18.000 0.000 NA   NA
 7270344 7270345 PERMA_1781 PERMA_1782     TRUE 0.779 15.000 0.000 NA   NA
 7270345 7270346 PERMA_1782 PERMA_1783     FALSE 0.243 54.000 0.000 NA   NA
 7270346 7270347 PERMA_1783 PERMA_1784     FALSE 0.110 137.000 0.000 NA   NA
 7270347 7270348 PERMA_1784 PERMA_1785     FALSE 0.113 125.000 0.000 NA   NA
 7270348 7270349 PERMA_1785 PERMA_1786     FALSE 0.102 189.000 0.000 NA   NA
 7270349 7270350 PERMA_1786 PERMA_1787     FALSE 0.533 -25.000 0.000 NA   NA
 7270350 7270351 PERMA_1787 PERMA_1788     FALSE 0.095 372.000 0.000 NA   NA
 7270351 7270352 PERMA_1788 PERMA_1789     FALSE 0.096 338.000 0.000 NA   NA
 7270352 7270353 PERMA_1789 PERMA_1790     FALSE 0.372 105.000 0.000 NA Y NA
 7270353 7270354 PERMA_1790 PERMA_1791     TRUE 0.765 13.000 0.000 NA   NA
 7270354 7270355 PERMA_1791 PERMA_1792     TRUE 0.987 -3.000 1.000 NA   NA
 7270355 7270356 PERMA_1792 PERMA_1793     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7270356 7270357 PERMA_1793 PERMA_1794     TRUE 0.981 2.000 0.055 1.000   NA
 7270357 7270358 PERMA_1794 PERMA_1795     TRUE 0.905 6.000 0.000 0.005   NA
 7270358 7270359 PERMA_1795 PERMA_1796     FALSE 0.098 235.000 0.000 NA   NA
 7270359 7270360 PERMA_1796 PERMA_1797     TRUE 0.765 13.000 0.000 NA   NA
 7270361 7270362 PERMA_1798 PERMA_1799     TRUE 0.597 27.000 0.000 NA   NA
 7270362 7270363 PERMA_1799 PERMA_1800     FALSE 0.113 124.000 0.000 NA   NA
 7270363 7270364 PERMA_1800 PERMA_1801     FALSE 0.517 -34.000 0.000 NA   NA
 7270364 7270365 PERMA_1801 PERMA_1802     TRUE 0.648 5.000 0.000 NA   NA
 7270365 7270366 PERMA_1802 PERMA_1803     TRUE 0.730 21.000 0.000 NA   NA
 7270366 7270367 PERMA_1803 PERMA_1804     TRUE 0.646 -7.000 0.000 NA   NA
 7270367 7270368 PERMA_1804 PERMA_1805     FALSE 0.539 -22.000 0.000 NA   NA
 7270368 7270369 PERMA_1805 PERMA_1806     FALSE 0.507 33.000 0.000 NA   NA
 7270369 7270370 PERMA_1806 PERMA_1807     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7270370 7270371 PERMA_1807 PERMA_1808     TRUE 0.681 11.000 0.000 NA   NA
 7270371 7270372 PERMA_1808 PERMA_1809     TRUE 0.664 4.000 0.000 NA   NA
 7270372 7270373 PERMA_1809 PERMA_1810     TRUE 0.664 4.000 0.000 NA   NA
 7270373 7270374 PERMA_1810 PERMA_1811     TRUE 0.816 82.000 0.500 NA   NA
 7270374 7270375 PERMA_1811 PERMA_1812     TRUE 0.976 -18.000 1.000 NA   NA
 7270375 7270376 PERMA_1812 PERMA_1813     TRUE 0.974 -16.000 0.667 NA   NA
 7270376 7270377 PERMA_1813 PERMA_1814     TRUE 0.988 3.000 1.000 NA   NA
 7270377 7270378 PERMA_1814 PERMA_1815     TRUE 0.968 -10.000 0.111 NA   NA
 7270378 7270379 PERMA_1815 PERMA_1816     FALSE 0.128 94.000 0.000 NA   NA
 7270379 7270380 PERMA_1816 PERMA_1817     FALSE 0.125 97.000 0.000 NA   NA
 7270380 7270381 PERMA_1817 PERMA_1818     TRUE 0.697 -3.000 0.000 NA   NA
 7270381 7270382 PERMA_1818 PERMA_1819     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7270382 7270383 PERMA_1819 PERMA_1820     TRUE 0.641 7.000 0.000 NA   NA
 7270383 7270384 PERMA_1820 PERMA_1821     TRUE 0.711 0.000 0.000 NA   NA
 7270384 7270385 PERMA_1821 PERMA_1822     TRUE 0.756 2.000 0.000 NA   NA
 7270385 7270386 PERMA_1822 PERMA_1823     TRUE 0.765 13.000 0.000 NA   NA
 7270386 7270387 PERMA_1823 PERMA_1824     FALSE 0.093 620.000 0.000 NA   NA
 7270387 7270388 PERMA_1824 PERMA_1825     TRUE